Visor ACD/3D
Contents
1. Visor ACD 3D Gu a de Usuario 15 Operando con el Visor de Mol culas 3 5 2 Calcular el Angulo entre dos Enlaces 1 Haga clic en el bot n Calcular Angulo entre 2 Enlaces Aj 2 Haga clic en dos tomos vecinos que formen un enlace 3 Mueva el puntero del rat n hacia el tercer tomo que forme el enlace con los dos anteriores El valor del ngulo calculado aparece en la barra de estado por ejemplo BondAngle C 7 C 19 C 21 120 487 Deg 4 Para fijar el valor calculado haga clic sobre este tomo 5 Para cancelar la selecci n y comenzar una nueva medida haga clic en cualquier parte vac a de la zona de trabajo Para detener el uso de la herramienta haga clic en su bot n para deseleccionarlo 3 5 3 Calculo de un Angulo de Torsi n 1 Haga clic en el bot n Calcular Angulo de Torsi n E 2 Haga clic en dos tomos que participen de un enlace com n El correspondiente enlace se seleccionar 3 De la misma manera haga clic sobre dos o m s tomos adyacentes para seleccionar el enlace El resultado final ser de tres enlaces adyacentes participando en un ngulo de torsi n que estar seleccionado El ngulo calculado se refleja en la barra de estado por ejemplo TorsionAngle C 20 C 12 C 7 C19 0 117 Deg Nota Sin seleccionar el tercer enlace es posible ver los valores de las ngulos de torsiones del ultimo tomo seleccionado moviendo el puntero del rat n sobre los tomos adyacentes Viso2. 1 En la ventana de ChemSketch desde el men opciones escoja el Comando Preferencias 2 Haga clic en el Tabulador General y en la caja Defecto Default box al final del tabulador especifique el directorio que se abrir cada vez que usted abra el dialogo Importar abrir salvar exportar en la ventana de ChemSketch Directories Private C xMy Documents ds Default EXTmp E Nota En la caja privada puede escoger puede escoger el directorio para guardar la configuraci n del programa ChemSketch por ejemplo archivos plantilla cfg y qrstyles stl 1 Haga Clic en OK 2 Active la ventana 3D y desde el men Opciones escoja el comando Hacer Carpeta por Defecto y la carpeta requerida Haga Clic en OK Visor ACD 3D Gu a de Usuario 7 Bases del Visor ACD 3D 2 5 Salir del Visor ACD 3D Puede salir del programa por cualquiera de las siguientes formas e Hacer clic X en la esquina superior derecha de la barra de t tulo de cualquier ventana 0 e Desde el menu ACD Labs escoja el commando Cerrar Todo Esto cerrar todos los programas ACD que est n abiertos uno despu s del otro 0 e Seleccione el comando Salir desde el men archivo Esto cerrar nicamente el programa abierto sobre el que se esta trabajando Se le avisar para salvar su trabajo en el formato de archive apropiado dependiendo de la ventana que este saliendo Visor ACD 3D Gu a de Usuario 8 3 Operando con el Visor de Mol culas
3. www acdlabs com feedback mailing html 1 6 2 Como Contactarnos Estamos disponibles a trav s de nuetro sitio web tel fono fax y correo regular pero el camino m s popular es contactarnos v a e mail Para preguntas sobre precios ventas disponibilidad y asuntos generales deben dirigirse a infoOWacdlabs com Para Soporte T cnico y Cient fico deben dirigirse a supportOacdlabs com D ganos el nombre de su software el n mero de la versi n y la fecha de liberaci n del producto para el cual nos esta contactando Esta informaci n est disponible selecionando Help About Si aplica d ganos el nombre del distribuidor a qui n le compr el software 1 6 3 Actualizaciones en L nea Nuevo en 5 0 La Versi n 5 0 de todo el software ACD para PC tiene la posibilidad de actualizarse en l nea Necesita registrar los n meros del software y una conexi n a Internet desde el mismo computador en el cual tiene instalado el software Las actualizaciones son arreglos peque os llevando el n mero de la versi n actual del programa a otra por ejemplo 5 00 a 5 01 Refi rase al documento Online Updates incluido con el resto de la documentaci n en su carpeta documentos para aumentar la informaci n o env e un e mail a nuetro departamento de soporte t cnico Visor ACD 3D Gu a de Usuario 5 2 Bases del Visor ACD 3D 2 1 Objetivos Este cap tulo lo familiarizar con e Como iniciar el programa e Como escoger y cambiar la
4. ster en Docencia de la Qu mica en la Universidad Pedag gica Nacional Facultad de Ciencia y Tecnolog a Departamento de Qu mica Bogot Colombia con la debida autorizaci n de gt Technical Support Manager gt Advanced Chemistry Development Inc En esta traducci n se mantuvo el esquema del documento original sin alterar su esencia Algunos t rminos que tienen dificultad para una traducci n literal adecuada se mantuvieron como tales o se colocaron entre par ntesis Cualquier sugerencia al respecto gustoso la atender en mi correo personal cafranco Ouni pedagogica edu co o por intermedio del soporte t cnico de ACD labs Tabla de Contenidos Y Ntoducce naciona 1 1 1 Qu e es el Visor ACD ISD ura iaa 1 1 2 Algoritmo de Optimizaci n 3D coconnocccccnnnncanoncnncnnnnnnnnncnnonnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnennnnannnns 1 1 2 1 Limitaciones del Optimizador ACD 3DF oooooocccccinicicociccncccnnnnonnnnconnnanannnnnccnnnnnnnccnnnannnnnno 2 1 3 Qu hay Nuevo en 5 0 accesoo ticiscniliselaiinslion isaac srricdnota So laieisisoiii isos 2 1 3 1 Funciones Generales ACD LaDS ooccccccoconicncocoonocncononenennnnonononnononononnnnnnnnrannnnonarannnnnnos 2 1 3 2 Funciones Espec ficas del Visor ACD 3D ooooccccicccocccononincnoonnnnconnnnnnnncnnnnanar nn ncncnnnrn nn 3 1 4 Definiciones USAUAS cooocccncccccnononcnoncnnnananonnnnnonananonanononanonnnnncnnnnacnnnnrnn nana ca nannanns 3 1 5 Acerca de esta QUA cad dell AANA ENAA KANT
5. 3 1 Objetivos En este cap tulo aprender como hacer e insertar mol culas en la ventana 3D e adecuar la vista de las mol culas color radio at mico e salvar y cargar par metros de vistas y e medir la distancia entre tomos y calcular ngulos entre los enlaces 3 2 Insertar una Mol cula en la ventana 3D 1 Inicie el Visor ACD 3D como se describe abajo 2 Haga clic en el bot n ChemSketch ChemSk len la ventana de Interruptores al final de la ventana 3 Esto activar la ventana de ChemSketch Haga clic en el bot n Diccionario en la parte superior derecha de la ventana de ChemsSketch encerrada abajo en el circulo azul EEEE ChemSketch Window noname01 sk2 Eile Edit Pages Tools Templates Options Documents l Lab e Help neei Sal Maa a e APRA ARENA JELE n l Lab Login nonameor si2 y ChemSk Copy to 3D 3D e Visor ACD 3D Gu a de Usuario 9 Operando con el Visor de Mol culas Nota La versi n gratuita de ChemSketch no incluye el modulo Diccionario Este m dulo es comercial as que si tiene una versi n libre de ChemSketch en uso dibuje cualquier estructura usando las herramientas de la interfase de ChemSketch Para m s detalles sobre el Dibujo de estructuras referirse a la Gu a de Usuario del ACD ChemSketch 1 Esto mostrar la caja de dialogo del ACD Diccionario En la caja de b squeda r pida teclee algunas letras para el nombre cinchonidine La Cinconidina
6. Lista de Marcos nimagic GIF butane gif 5256 bytes e EE Fai IE View Effects Hel 3 Haga clic en el bot n Acci n gt para ir por la animaci n marco tras marco 4 Haga clic en el bot n Bucle Loop l para hacer que el movimiento se repita indefinidamente 5 Adicione o remueva los Gifs que sean necesarios para completar adecuadamente el movimiento 6 Si quiere explore otras opciones tal como la escala de colores tiempo de retenci n mancha de rect ngulos etc en orden de realzar la animaci n o para hacer archivos Gif m s peque os 7 Desde el men Archivo escoja Guardar Optimizado Como y teclee butane gif 8 Abra este archivo en en su opci n de Internet para verlo Puede abrirlo arrastrando y soltando o tecleando en el archivo como una URL Visor ACD 3D Gu a de Usuario 22 5 Conclusi n Gracias por escoger el Visor ACD 3D Estamos empe ados en producir lo m s f cil para usar 3D en los programas de qu mica disponibles actualmente Este resumen combinada con la ayuda en l nea debe ser suficiente para ejecutar muchas cosas con este potente e intuitivo paquete En raras ocasiones se requiere mayor asistencia o si tiene retroalimentaci n sobre este manual o cualquier aspecto del software estar amos contentos de escucharlo Podemos ser contactados por las v as descritas en la secci n 1 6 Y adem s Gane D ganos c mo podemos probar esta gu a Visor ACD 3D Una
7. es un agente anti malario que se extrae de la corteza de varias especies de Cincona M Quick Search 41849 of 85341 Cinchonicine a Cinchonidine Cinchonine Cinchoninic Acid Cinchophen Ej Cinchotine Cinchotoxine Cinchovatine Cinchowvatine x 2 Tan pronto como el nombre requerido sea seleccionado en la lista y la estructura correspondiente se muestre haga clic en OK Note que la sombra de la estructura seleccionada se suspende del cursor Haga clic en la hoja de trabajo para ubicar la estructura en la ventana de ChemSketch 3 Haga clic en el bot n Copiar a 3D Copyto 3D la final de la ventana de ChemSketch para transferir la mol cula a la interfase del visor ACD 3D Ver una figura simple que aparece en la ventana 3D Visor ACD 3D Gu a de Usuario 10 Operando con el Visor de Mol culas 3 3 Adecuar la Vista de Mol culas 1 Para crear un modelo 3D de una estructura qu mica en 2D haga clic en el bot n optimizar en 3D ES Note que se adicionan los hidr genos 2 Arrastre sobre la zona de trabajo para rotar la estructura y as obtener una mejor vista 3 Para representar la estructura actual en bolas y barras haga clic en el bot n Bolas y Barras Ball and Sticks gt 4 Para adicionar una aureola de puntos a la mol cula actual haga clic en el bot n puntos Dots E La estructura aparecer de la siguiente forma Fie Edit View Tools Options ACD Labs Help zizie ae ol ChemSk 3D hemsk 3D 5 P
8. vez que ha usado esta gu a nos gustar a su retroalimentaci n C mo podemos probar la documentaci n para este producto Tenemos un peque o cuestionario que nos gustar a que contestara Todos los remitentes enviar n un dibujo para ganar un premio de ACD ChemPFolder o equivalente descuento en la compra de cualquiera de software ACD Por favor use MS Word 6 0 o posterior para abrir el archivo survey doc o use Adobe Acrobat Reader para abrir survey paf en la documentaci n del CD que ha recibido con este software o visite la p gina Feedback en nuestro sitio web http www acdlabs com feedback guides html El ganador del dibujo ser anunciado al final de cada a o calendario Gu a de Usuario 23
9. AA NAN AA AARAA NAAT AA NANN 4 1 6 Par mas INtorMACIO evoca iii 4 1 6 1 Siti Wabern aa aa a e e ai ia E a RE ETEA ENRE 4 1 6 2 C mo Contactar S ooooccccccnnccconenenconononncnonornnnnnonoronnnnnrrnnnnnnrrnnnonanrnnnnnnnrnnnnnonarannnnonos 5 1 6 3 Actualizaciones en L nea Nuevo en D Oliconocccccconncinncooonenenooononnenonononnnnnonoronnnnonarannnnonos 5 2 Lo B sico del Visor ACD 3D oonnnccccconnnancncoconanananconononananconononananancnrnanananaronos 6 2 O A o A II 6 2 2 Comenzar con el visor ACD 3D ooocccncccccnccncnnnnonononanononanonnnancnnnnnconaraconaranonacaconacane 6 2 3 Asociaci n de archivos Nuevo en D Ol occccccnnonnnonocconoconennnnonocnnnnnononnnnnnononconenononos 6 2 31 Cambiar la ASOCIA Mene e E EE EEE 7 2 4 Cambiar Directorios por Defecto sianinn iia 7 2 5 Salir del Visor ACD 3 D essuie serranus aenda aida 8 3 Operando con Vista de Mol culas ooooocconnccccnnonccccnnnncncnnnnanncnnnnancrnnanerennnnnos 9 a a A A A A 9 3 2 Insertar una Mol cula en la Ventana 3D cccoononnnnnocccoocnnnnnononocononnnnnononnncnnnconenenonos 9 3 3 Ver Mol culas Especiales ccicisndnesaanadi goin ranita ici 11 23 1 Cambiar COMO isis aaa iaa lis 12 3 3 2 Cambiar el Radio At mico de un Elemento ESpPEC fICO ooocooiconccccnnnninconncncccananannnnoss 13 3 3 3 Cambiar Vista de Radio At MICO oocccccconocinnconoccononnoconononnononononnononononnononrnnnnonnaronnnos 14 3 4 Guadar y Cargar Escenarios de ViStaS ooo
10. Visor ACD 3D Version 5 0 para Microsoft Windows Gu a del Usuario Ver Estructuras en 3D y Calcular sus Par metros Estructurales Advanced Chemistry Development inc Copyright O 1994 2001 Advanced Chemistry Development Inc Todos los derechos reservados ACD Labs es una marca registrada de Advanced Chemistry Development Inc Microsoft y Windows son marcas registradas de Microsoft Corporation IBM es una marca registrada de International Business Machines Corporation Animagic GIF es una marca registrada de RTL Software Inc PDF Acrobat y Formatos de Documentos Port tiles estructuras asociadas y los operadores son propiedad de Adobe Corporation Todas las otras marcas mencionadas dentro de este manual son propiedad de sus respectivos due os Todas las marcas registradas son reconocidas La informaci n en este documento est sujeta a cambio sin previo aviso y se provee como se ofrece sin garant a Advanced Chemistry Development Inc no se responsabiliza de nada en cuanto al contenido de este material incluido su limite a las no garant as de mercadeo y adecuaci n para un prop sito en particular Advanced Chemistry Development Inc no ser responsable de errores internos o por cualquier da o directo indirecto especial incidental o consecuente al uso de este material Parte n mero G11_0208 Notas del Traductor La traducci n de este documento fue realizada por CARLOS A FRANCO R Licenciado en Qu mica y Mag
11. ara rotar autom ticamente una mol cula sin cambiar su tipo de vista haga clic en el bot n auto rotaci n Auto rotate dl Para rotar autom ticamente cambiando su tipo de vista haga clic en el bot n auto rotar y cambiar estilo Auto rotate and Change style B Visor ACD 3D Gu a de Usuario 11 Operando con el Visor de Mol culas Nota Para representar la estructura como discos alambres gue o Aa aci llenos haga clic en el correspondiente bot n en la barra e xi respectivamente Puede hacer clic con el derecho en la zona de ra para activar entre los botones del modo de vistas Note que si alguna de las mediciones en el men 2 A E2 esta active haciendo clic con el bot n derecho afectar a ellos nicamente 3 3 1 Cambiar colores 1 Desde el men Opciones escoja el Comando Colores o haga clic en el bot n Juego de Colores Set Colors A Esta acci n desplazar la caja de dialogo Colores Colors x Background Selection G Green Elements 7 Hydrogen y C White P Alphabetical Order X Cancel Help 2 Cuando se hacen mediciones el conjunto de tomos para los cuales se les esta midiendo la distancia o los ngulos est n en color resaltado Este color es verde brillante Para cambiar el color de los tomos que est n seleccionados desde la lista de selecciones escoja el color que quiera y haga clic en OK Nota La Selecci n trabaja nicamen
12. ario i 1 Introducci n 1 1 Qu es el Visor ACD 3D El visor ACD 3D es un programa que convierte estructuras en dos dimensiones desde en sus componentes en tres dimensiones y calcula ngulos de enlace y distancias entre tomos El visor ACD 3D esta completamente integrado con el programa de Dibujo de estructuras de ChemsSketch Este provee un amplio rango de caracter sticas Importar Lee estructuras en el formato mol de MDL el cual es altamente compatible con otros software de qu mica computacional Exportar El visor ACD 3D provee opciones adicionales de salvar archivos desde la interfase 3D como servidor de archivos OLE o desde la interfase ChemSketch como sketch bitmap o archivos mol de MDL Despliegue Especifica la representaci n de la estructura mostrada color de mol culas y tipos de vistas El rango de opciones de dise o estructural usando barras bolas y barras hasta la m s sofisticada t cnica de llenado de espacios o puntos transparentes sobre una esfera Mover La posici n de la mol cula puede ser cambiada con el control del rat n O una estructura puede ser un conjunto de auto rotaci n con o sin cambio de los estilos de vistas Medir Permite medidas tomo a tomo y medida de ngulos de 3 y 4 v rtices torsi n Adecuar Usted puede modificar radios y colores at micos individuales as como el color del fondo Integraci n Copia los Contenidos desde la zona de trabajo al portapapeles y
13. asociaci n de archivos e Como escoger los directorios por defecto y e Como salir del Visor ACD 3D 2 2 Iniciando el Visor ACD 3D Una vez que el Visor ACD 3D ha sido instalado en su computador siga estos pasos para comenzar 1 2 Inicie Microsoft Windows Haga doble clic en el icono del Visor 3D an el men Inicio en Windows 95 98 2000 o NT escoja ACD Labs y escoja el icono 3D e doble clic en el archivo show3d exe en la carpeta donde tiene instalado todo el software ACD Por defecto es ACD50 S corriendo otros programas ACD Labs desde el men ACD Labs escoja el Visor 3D Se debe abrir una pantalla flotante Si tiene el software gratuito ver por 15 segundos una lista cambiante de los productos de ACD Sea paciente y haga clic cuando se active la ventana 2 3 Ajustar las Asociaciones de Archivos Nuevo en 5 0 Si es la primera vez que inicia el programa aparece una caja de dialogo para la Asociaci n de Archivos Esta caja contiene una lista seleccionable de extensiones y tipos de archivos si desea abrirlos autom ticamente con el software ACD Si es as haga clic en las cajas de chequeo del formato de archivo que quiere adicionar y haga clic en el bot n Yes Si no quiere que se abran autom ticamente las extensiones de los archivos en 3D o no esta seguro salga de la caja de chequeo dejando las selecciones en blanco y pulse en el bot n NO Visor ACD 3D Gu a de Usuario 6 Bases del V
14. do Salvar Arreglos men Opciones 3 Desde el men Opciones escoja el comando Juego de Arreglos por Defecto para abrir la caja de dialogo Juego de Arreglos por Defecto 4 Encuentre el archive con los arreglos que quiere tener por defecto 5 Haga clic en OK En este momento cada vez que usted abra el visor ACD 3D estos arreglos se cargar n hasta que le especifique otros arreglos Importante Para regresar al sistema de arreglos por defecto desde el men Opciones seleccione el comando Restaurar Arreglos por defecto 3 5 Calcular Parametros Estructurales 3 5 1 Calcular la Distancia entre Dos tomos 1 Escoja el modo de vista Bolas y Barras para mejorar la vista de los tomos 2 Haga clic en Calcular la Distancia entre 2 tomos a 3 Haga clic en cualquier tomo para seleccionarlo entonces mueva el puntero del rat n sobre otro tomo para resaltarlos con la selecci n color En la barra de estado puede ver la distancia entre los tomos seleccionados Distance H 39 H 42 4 6179 A 4 Para fijar la selecci n haga clic sobre el tomo Por ejemplo en el cuadro abajo los tomos seleccionados est n marcados con verde para m s detalles sobre c mo ajustar la selecci n de colores ver las Secci n 3 3 1 5 Para cancelar la selecci n y para comenzar una nueva medida haga clic en cualquier parte vac a del espacio de trabajo Para detener el uso de esta selecci n haga clic en su bot n para deseleccionarlo
15. eglos de Vistas 1 Escoja el comando Salvar Arreglos desde el men Opciones para mostrar la siguiente caja de dialogo Include Style Attributes PA WV Colors V Radi x Cancel Help 2 Seleccione la caja de chequeo de los atributos que quiere salvar Note que seleccionando la caja de dialogo Radio le permitir salvar arreglos especificados en la caja de dialogo Radio At mico pero el radio actual no muestra opciones ver Secci n 3 3 2 y 3 3 3 3 Haga clic en OK y en la caja de dialogo que aparece especifique el nombre del archive y la ubicaci n disco y directorio Note que el archivo debe salvarse con la extensi n 3ds 4 Haga clic en OK para guardar el archivo 3 4 2 Cargar Arreglos de Vistas Si ha salvado previamente arreglos de vistas puede cargarlos en la sesi n actual 1 Escoja el comando Cargar Arreglos desde el men Opciones para abrir la caja de dialogo Cargar Arreglos 2 Encuentre el archivo 3ds que quiere cargar Visor ACD 3D Gu a de Usuario 14 Operando con el Visor de Mol culas 3 Haga clic en OK Los arreglos Contenidos en este archive se cargar n en la presente sesi n de trabajo 3 4 3 Arreglos por Defecto en la Vista Arreglos Si quiere usar arreglos espec ficos cada vez que trabaje con el visor ACD 3D debe escogerlos para que queden por defecto 1 Especifique el arreglo de vista requerido referirse a la Secci n 3 3 2 Guardarlos en un archive usando el coman
16. esador de palabra para la frase O palabra relacionados gt Los pantallazas mostrados a trav s de esta gu a se han tomado con un tama o relativamente peque o Se muestra por defecto una ventana que cubre toda la pantalla Haga clic una vez sobre el bot n minimizar en la esquina superior derecha de la pantalla para reducir el rea de trabajo haga clic una vez en el bot n maximizar a para regresar a la pantalla completa gt Los pantallazos han sido tomados con la ltima versi n del software Hemos hecho muchos esfuerzos para que haya correspondencia entre lo que usted ve en el Visor ACD 3D y lo que en la gu a se muestra sin embargo hay peque as diferencias gt Esta gu a asume que ya esta familiarizado con el uso del rat n y con la manipulaci n de archivos en Microsoft Windows Una vez usted ha usado esta Gu a nos gustar a su retroalimentaci n C mo podemos mejorar la documentaci n para este producto Nosotros tenemos una encuesta corta que nos gustar a que usted completara Todos los que respondan con un dibujo ser n elegibles para participar de un premio de Gane ACD ChemPFolder o descuento equivalente para la compra de Su opini n cualquier software de ACD Por favor use MS Word 6 0 o posterior para abrir el archivo survey doc o usar el Lector de A es Adobe Acrobat para abrir survey paf en la documentaci n del importante CD que usted ha recibido con este software o visite la p gina de para Retroa
17. gados sucesivos en nuevas p ginas se debe obtener un documento con una serie de p ginas cada una conteniendo peque as Visor ACD 3D Gu a de Usuario 19 Crear un GIF Animado variaciones de la mol cula en rotaci n Puede chequear el n mero de p ginas y escoger entre ellas escogiendo el bot n P gina en la barra de estado 5 Page 15 4 3 Afinaci n de Pinturas Si mira a trav s de las figuras y nota que el tama o de cada cuadro es diferente Esto afectar la animaci n final y se har desigual Si su software de animaci n le permite cambiar el tama o de los gifs usados y modificar sus contenidos puede saltar esta secci n y hacer los cambios necesarios en su animaci n Si est usando software de animaci n que no incluye estas capacidades puede usar el modo Dibujo en ChemSketch para que le ayude a Estandarizar la imagen de cada fotograf a 1 2 Muestre la p gina con las figuras agrandadas En el modo Dibujo escoja la herramienta Rect ngulo Ol y arrastre sobre la imagen de la mol cula de tal forma que el rect ngulo la incluya toda Libere el rat n para fijar el rect ngulo y haga clic en Enviar Atr s E para enviar el rect ngulo al fondo de tal manera que la mol cula sea visible Presione CTRL A para seleccionar los dos objetos y haga clic en Centrar Horizontalmente y en el bot n Centrar Verticalmente Si no quiere borde en el rect ngulo seleccione solamente el rect ngulo y con el bot n derec
18. ho sobre la secci n de la cruz a la izquierda en la Paleta de Colores arriba de la barra de estado haga clic en color de bordes escogiendo ninguno Haciendo clic con el izquierdo sobre cualquier color cambiar el color de relleno del rect ngulo esto puede usarse si ha usado un color especial para el fondo cuando copie las mol culas en la ventana 3D Nota Sino se desplaza la Paleta de Colores refi rase a la secci n Vistas del Tabulador General en la caja de dialogo Preferencias men Opciones Deber a entonces seleccionarse la Paleta de Colores Tan pronto como el rect ngulo est del color y tama o elegido selecci nelo y c pielo en el portapapeles para que pueda pegarlo simplemente en otras fotograf as Escoja Siguiente P gina presione CTRL V y haga clic sobre la mol cula para pegar el rect ngulo sobre esta Luego haga clic en el bot n Enviar Atr s E presione CTRL A para seleccionar los dos objetos y alinearlos con el bot n Centrar Horizontalmente y Centrar Verticalmente Repita el paso 6 para cada p gina Visor ACD 3D Gu a de Usuario 20 Crear un GIF Animado 4 4 Obtener una Serie de GIFs 1 Desde la p gina lista de ChemSketch haga la escogencia para la primera imagen 3D tal como p gina 1 o 2 Importante Cuando exporte un archivo GIF ChemSketch exporta toda la p gina sin mirar que los objetos est n seleccionados o no por esto aseg rese que la p gina contiene solamente aquellos objetos que qu
19. iendo sobre PCs est n controlados por el ACD Host el cual le permite un conjunto de descargas fuera de tiempo y par metros de auto recarga e Todas las versiones PC del software ACD excepto para la serie PhysChem Simulador LC y Simulador GC incluyen una nueva caracter stica que autom ticamente detecta la asociaci n de archivos por defecto para ciertas extensiones de archivos Esto es especial para el software ACD por ejemplo sk2 esp lud Tal como la versi n 5 0 emitida muchas ventanas ACD ahora contienen el comando Asociaci n de Archivos File Associations men File e Todas las versiones del software ACD tienen una nueva lista de comandos bajo el men Help tal como Bug Report Feature Request Si tiene un PC habilitado con Internet seleccionando este comando lo llevar autom ticamente a la p gina web de ACD para resaltar reportes y nuevas caracter sticas requeridas e Una nueva caracter stica nueva conveniente para todos los di logos de entrada salida en todas la ventanas de la versi n 5 0 es que las cajas de dialogo de las selecciones de archivo est ndar pueden ser redimensionadas esquina inferior derecha del dialogo De esta forma las manipulaciones de archivos y carpetas tal como la creaci n de nuevas carpetas limpiar el escritorio y mostrar los detalles de los archivos se pueden hacer sin salirse de la caja de dialogo Visor ACD 3D Gu a de Usuario 2 Introducci n e Las versiones para PC del sof
20. iere que aparezcan en el archivo 2 Escoja Comando Exportar desde el men Archivo y seleccione el formato para guardarlo como GIF gif Espec fique el nombre del archivo por ejemplo butane01 gif 3 Haga clic en OK para que se guarde la imagen de esta p gina 4 Mu vase a la siguiente p gina haciendo clic en P gina Siguiente haciendo clic en el bot n en la barra de estado o presione AV PAGINA en su teclado 5 Repita los pasos anteriores guardando los archivos con un nombre ligeramente diferente en la siguiente secuencia butane02 gif butane03 gif butane0a gif etc 4 5 Escenario Final Animaci n Dependiendo del software de animaci n la interfase para la entrada de archivos GIF difiere una de otra La siguiente descripci n se hace con respecto al paquete Animagic desde el software RTL 1 Abra el software de animaci n Animagic GIF Untitled Iof x Fie Edit Animation Frames Options View Effects Help HSHH AA AKUR m6 ZAA ejelr e O Notransparent color 2 Inserte las series de archivos butane0 GIF como marcos en la lista de marcos Por ejemplo en Animagic esto puede hacerse con la operaci n arrastrar y soltar Haga una m ltiple Esto no es proyectado como una aprobaci n del producto Visor ACD 3D Gu a de Usuario 21 Crear un GIF Animado selecci n sobre los iconos de los archivos desde su carpeta o desde el Explorador de Windows y arr strelos hasta que se ubiquen en el panel
21. isor ACD 3D 2 3 1 Cambiar la Asociaci n de Archivos Si no ha seleccionado todos los formatos la asociaci n de archivos por defecto puede verse o cambiarse en cualquier momento desde el Men Archivo seleccionando Asociaci n de Archivos Si ha seleccionado todos los formatos entonces recibir un mensaje todos los tipos de archive soportados est n asociados con la presente aplicaci n En este caso para cambiar la asociaci n de archivos puede hacerlo a trav s del Explorador de Windows 1 Abra el Explorador de Windows Seleccione un archivo con la extensi n para la cual quiere crear la asociaci n 2 Mantenga presionada la tecla May sculas y haga clic con el bot n derecho del rat n sobre el archive Desde el men emergente seleccione abrir con 3 Escoja la aplicaci n que quiere usar para abrir el archive y Seleccione de la caja de selecci n Usar Siempre este Programa 4 Haga clic en OK y cierre el Explorador 2 4 Cambiar Directorios por Defecto Si esta corriendo una copia de 3D mono Usuario la escogencia del directorio por defecto es sencilla Si tiene una copia para Grupo de Trabajo es recomendable cambiar las caracter sticas del directorio por defecto en el software de ACD Labs de tal forma que el drive por defecto para guardar sus trabajos sea el disco duro local y no el del servidor remoto Despu s de crear el acceso local para cada n mero de puestos entonces para cada instalaci n local haga lo siguiente
22. limentaci n en nuestro sitio Web nosotros http nww acdlabs com feedback quides html El ganador ser anunciado al final de cada a o calendario 1 6 Para m s Informaci n 1 6 1 Sitio Web Para ver lo ultimo del software y servicios de ACD visite nuestro sitio web en http www acdlabs com Nuestro sitio es accedido en un promedio de diez mil consultas por d a La raz n es que mucho se ofrece a trav s de nuestro sitio web En la primavera del 2001 ofrecimos gratuitamente el ChemsSketch 4 5 un complemento gratuito el ISIS 3D la extensi n ChemDraw y una clave demo de 15 d as para las sesiones de Interactive Lab donde puede evaluar c lculos usando applets de Java sin comprar el software Hay pel culas basadas en Lotus Cam que muestran la operaci n de muchos de nuestros paquetes de especialmente ChemSketch disponible para descargar Visor ACD 3D Gu a de Usuario 4 Introducci n Estamos constantemente actualizando la informaci n de nuestro sitio web En el sitio encuentra informaci n sobre conferencias cient ficas las cuales puede visitarlas Puede consultar la p gina de Preguntas que se hacen con frecuencia o enviar y conversar con nuestro grupo de noticias que puede ser consultado en news news acdlabs com acd public chemsketch Si desea estar informado de los ltimos desarrollos de nuestros productos inscr base para hacer parte de la difusi n mediante e mail en la p gina de nuestro sitio web http
23. los pega en otra aplicaci n OLE soportada por Microsoft Windows tal como un procesador de palabras o aplicaciones gr ficas 1 2 Algoritmo de Optimizaci n en 3D El algoritmo de optimizaci n en 3D r pidamente transforma la estructura planar 2D desde el ChemsSketch a una estructura tridimensional real Esta basado sobre mec nica molecular modificada el cual toma en cuenta los enlaces alargados ngulos de flexi n rotaci n interna e interacciones no enlazantes de Van der Waals Las modificaciones incluyen simplificaciones de funciones potenciales y aplica la minimizaci n de los esquemas por algoritmos heur sticos adicionales para evitar conformaciones iniciales herradas Visor ACD 3D Gu a de Usuario 1 Introducci n El algoritmo de optimizaci n 3D es una versi n propia de mec nica molecular con el campo de fuerza inicialmente basado en los par metros de CHARMM Las modificaciones involucran alguna simplificaci n y se hicieron para aumentar la estabilidad y velocidad de c mputo Note que el optimizador 3D no es un artefacto de la mec nica molecular m ximo Su plan apunta para reproducir las conformaciones razonables posiblemente muy irrazonables de dibujos en 2D en lugar de perfeccionar precisamente conformaciones en 3D De vez en cuando una entrada de la conformaci n R cambiar a una conformaci n S en el proceso de optimizaci n Esto es porque el algoritmo no restringe las conformaciones Si el visor de ACD 3D pr
24. mover el puntero del rat n hacia un tem y presionar el bot n izquierdo del rat n gt Right click significa mover el puntero del rat n hacia un tem y presionar el bot n derecho del rat n gt Double click significa mover el puntero del rat n hacia un tem y r pidamente presionar el bot n izquierdo del rat n dos veces gt Drag significa presionar y mantener presionado el bot n izquierdo del rat n mientras mueve el rat n Nota En Windows el bot n izquierdo del rat n esta tomado por defecto Usted puede cambiarlo activando la caja de dialogo del rat n desde el Panel de Control de Windows Esto le permite cambiar tambi n la velocidad y los atributos de movimiento del rat n Visor ACD 3D Gu a de Usuario 3 Introducci n 1 5 Acerca de esta Gu a Para comenzar a usar el Visor ACD 3D en su totalidad no tiene que leer el manual el programa es muyy intuitivo y f cil de usar Esto se debe a que esta gu a no provee descripciones muy extensas para todas las opciones disponibles en el programa por el contrario comience a usarlo Despu s de revisar estos ejercicios estar en capacidad de usar el Visor ACD 3D usted mismo sin cualquier asistencia y con un m ximo de velocidad y eficiencia gt Esta gu a de Usuario se ofrece en forma electr nica legible en los m s comunes procesadores de palabras disponibles Si no puede localizar en el ndice un asunto que necesite por favor haga una b squeda de texto en el proc
25. nsabilidad ACD no recomienda ni se responsabiliza entre productos diferentes de animaci n Para este ejemplo usamos Animagic de prueba desde RTL Software Inc Una copia de evaluaci n puede bajarse desde la p gina web http www rtlsoft com animagic e instalarla en su PC Un archivo GIF animado puede crearse vinculando sucesivamente una imagen GIF fija o una fotograf a despu s de otra Cada GIF fijo debe contener cambios muy peque os con respecto a la anterior pero sin cambios grandes para dar al ojo humano la ilusi n de movimiento cuando se muestre uno tras otro Un buen software de animaci n optimizar los v nculos as que todos los tama os de las im genes ser n lo m s peque as posible La exportaci n de un archivo ChemSketch o 3D a un formato GIF es ntegro Un conjunto de estos GIFs se usa como entrada en un programa especial GIF animator el cual saca la imagen en movimiento despu s de algunas ediciones y optimizaciones al formato animado GIF Iremos a trav s de estos pasos en detalle 1 TUCOWS es un acr nimo para la Colecci n Final de Software para Windows Ver www tucows com Visor ACD 3D Gu a de Usuario 18 Crear un GIF Animado 4 2 Movimiento paso a paso en el Visor ACD 3D Comenzaremos con una estructura muy simple butano es f cil de dibujar y procesar 1 En la ventana ChemSketch En el modo Estructura dibuje el butano CH3 CH3 2 Haga clic en el bot n Copiar a 3D en la ve
26. ntana sobre la barra de interruptores 3 n la ventana 3D haga clic en el bot n Optimizaci n 3D para optimizar la estructura 4 Escoja la vista Bolas y Barras 22 y haga clic en el bot n incrementar el radio at mico varias veces para que los tomos sean m s prominentes 5 Desde el men Opciones escoja el Comando Colores y en la secci n Elemento de la caja de dialogo asigne el color verde para el hidr geno y el azul para el carbono En la secci n de fondo escoja blanco Deber a obtener algo as como lo siguiente Ahora copie la mol cula al portapapeles escogiendo Copiar desde el men Editar Escoja la Ventana ChemSketch haciendo clic en el bot n _ ChemSk l Si existe alg n dibujo en la p gina cree una nueva p gina haciendo clic en a o 0 N O Presione CTRL V para hacer una copia r pida de la imagen desde el portapapeles Haga clic en la zona de trabajo para posicionar la imagen 10 Regrese a la Ventana 3D haciendo clic en 3D ly rote ligeramente la estructura arrastr ndola 11 De nuevo copie la estructura al portapapeles escoja la ventana ChemsSketch cree una nueva p gina y copie la estructura 12 Repita los pasos anteriores hasta que su estructura aparezca en la misma posici n a la inicial Consejo Para hacer que una estructura rote regular y horizontalmente arrastre el cursor estrictamente de forma horizontal y al mismo destino cada vez 13 Escoja la Ventana ChemSketch Como resultado de pe
27. oduce una conformaci n molecular diferente a la que usted espera no se sorprenda Es la misma esenciar del an lisis conformacional que las mol culas t picamente tienen muchas conformaciones El optimizador encuentra solo una y necesariamente no es la que usted esperaba Por ejemplo usted espera un fragmento del ciclohexano probablemente en silla pero los optimizador puede generar una de bote que tambi n es una de sus conformaciones convenientes de hecho en muchas estructuras este fragmento existe en una forma torcida En algunos casos por ejemplo si usted quiere obtener el enanti mero deseado para las estructuras con un centro quiral usted puede usar los est reo enlaces arriba y abajo en la Ventana de ChemsSketch para definir la direcci n requerida de los enlaces 1 2 1 Limitaciones del Optimizador ACD 3D El visor ACD 3D puede optimizar nicamente estructuras que contengan C IV H 1 F 1 Cl 1 Br 1 1 D N I IV O II y S II IV VI Este no puede optimizar compuestos rgano met licos o estructuras con tomos cargados excepto azidas y grupos nitro Also it does not take into account hydrogen bonding 1 3 Qu hay Nuevo en 5 0 1 3 1 Funciones Generales ACD Labs e Todos los programas de ACD corren como aplicaciones de 32 bit sobre PCs con sistemas operativos Windows 95 98 NT ME 2000 excepto para ACD I Lab para Intranets Series para productos SGI y series para Sun Solaris e Todos los programas ACD corr
28. oooocccccnnncccccccccconnnnonnnnncnnnananncncnnnnnnnnnnno 14 3 4 1 Guardar Escenario de ViStaS ooocccccconocnorococconononocoononnenenononnnnonononnonnnrnnanonnnrnnnnos 14 3 4 2 Cargar Escenario de VIS AS ooonocccccocinnccccocnnononnnncccnnnnnnnnnnn corn nnnnnnnn cnn nn nn nnnnn nn nnnnnnnns 14 3 4 3 Cargar Parametros de Vista por Defecto oooooocccnnonacocccccnnoonccccconnnnannnncnnnnnnnarnnnnnannnnn 15 3 5 Calcular Parametros Estructurales cccccooonnononcccoconononconnconennnnnnononoconononennonnns 15 3 5 1 Calcular la Distancia entre dos LOMOS ococcccccononinocooonenenonononnnnncnonononnonnoronanonnnrnnnnos 15 3 5 2 Calcular el Angulo entre dos enlaces oooomoccccnnoninoconcccccononnccncnnnnnnrnnnncnnnnnnnrnnncnnnnnnns 16 3 5 3 Calcular un Angulo de TorSi N oooooocccccnnonacccccccnnononnnccccnnnnnnorn cnn cnn nan rn nn nn nan nnnernnnnnanannns 16 4 Crear un GIFANIMA Oc nnna 18 4 1 Obtener el Software de Animaci n occcccccoccccnncconoconononnncnnononononnononononcnnnnnononoss 18 4 2 Pasos del Movimiento en el visor ACD 3D oooonccnccocncocococooncnnnnocinoononocononcnnnnnononos 19 4 3 Ajuste Fino de Cuadros sarita diia alles 20 4 4 Obtener una serie de GIFS o oonccccnnccccnncononnnincnnccnnonanononaconononanononanonnncnonnnanonanins 21 4 5 Escena Final ANniMaci nN occcncccccnnconcnnnonononincnnnincnnncnnnnancnnnnnanonananonnnanonananananans 21 5 Concilios daa ai 23 ACD 3D Gu a de Usu
29. r ACD 3D Gu a de Usuario 16 Operando con el Visor de Mol culas 1 Para cancelar la selecci n y comenzar una nueva medida haga clic en cualquier parte vac a del espacio de trabajo Para detener el uso de la herramienta haga clic en su bot n para deseleccionarlo Visor ACD 3D Gu a de Usuario 17 4 Crear un GIF Animado Ahora puede crear archivos GIF animados para su sitio con un esfuerzo y costo m nimo y un m ximo de impacto El formato de archivo GIF puede que no sea tan sofisticado como java Flash ActiveX u otros formatos orientados a la qu mica como Rasmol y Chime pero estas nuevas aplicaciones no son tan accesibles para los visitantes de la web quienes de pronto no tengan los plug ins adecuados o una conexi n que sea r pida Para la verdadera accesibilidad un archivo GIF es todav a la piedra angular del plan de trabajo de la web Los GIFS animados son adecuados para muchas p ginas web si se usan para enfatizar alunas cosas en la p gina por ejemplo La Nueva esfera rotando en la p gina de descargables de ACD o para mostrar pict ricamente alguna cosa mientras se explica algo por ejemplo el movimiento de la densidad electr nica en el curso de la reacci n de Diels Alder 4 1 Obtener el Software de Animaci n Los Gifs animados pueden ser creados con software com n disponible tal como los paquetes listados en el sitio Tucows Este software es a menudo gratuito de evaluaci n o de prueba Norma de Respo
30. ta y teclee el Nuevo valor por ejemplo 1 5 en la caja Cambiar Radio que aparece Change Radius x Radius 1 5 Cancel 4 Haga clic en OK para guardar los cambios Nota El radio at mico esta expresado en unidades relativas 5 Tan pronto como se hagan los cambios haga clic en OK Nota La pr xima vez que comience el Visor ACD 3D los valores por defecto se restaurar n a los valores previos Para m s detalles sobre como salvar y cargar arreglos por defecto referirse a la Secci n 3 4 6 Para ver los resultados completos al cambiar los radios at micos escoja la vista Espacios Llenos E Visor ACD 3D Gu a de Usuario 13 Operando con el Visor de Mol culas 3 3 3 Cambiar la Pantalla de Radio At mico 1 Escoja el modo de vista Bolas y Vistas Barras Pel 2 Haga clic en el bot n Incrementar el Radio At mico en 5 el Cada clic secuencial en este bot n incrementa el radio en 5 3 Haga clic en le bot n Disminuir Radio At mico en 5 para disminuir el radio de todos los tomos desplazados en 5 Importante Esta herramientas no afectan el radio actual de los tomos esto se especifica en la caja de dialogo Radio At mico pero solamente cambia esta pantalla 3 4 Salvar y Cargar Arreglos de Vistas Puede salvar los arreglos que haya especificado en el presente trabajo como un archivo 3ds c rguelos desde un archivo previamente salvado y enc jalos como nuevos par metros por defecto 3 4 1 Salvar Arr
31. te con las herramientas Calculo de Distancia k Calculo del Angulo y Calculo del Angulo de Torsi n Para m s detalles sobre esta herramienta refi rase a la Secci n 3 5 3 Para cambiar el color del fondo de la pantalla Seleccione el color en la lista para el fondo Importante Si esta imprimiendo gran cantidad para no gastar tinta es mejor poner el color de fondo en blanco 4 Para cambiar el color de un elemento qu mico haga clic en el nombre del elemento en la lista y escoja el color en la derecha Nota Seleccionando la caja de chequeo orden alfab tico se ordenar n los nombres de los elementos en la lista de otra forma los elementos ser n listados en el orden en que ellos aparecen en la Tabla Peri dica de Elementos Visor ACD 3D Gu a de Usuario 12 Operando con el Visor de Mol culas 3 3 2 Cambiar Radios At micos de un Elemento Espec fico 1 Escoja el Comando desde el men Opciones para abrir la caja de dialogo de Radio At mico que contiene los par metros de radios at micos por defecto para varios elementos Atomic Radii x f OK _X conce X Cancel Help o a E a E a E a E a A a G a E a GA S a E a E a E a I Alphabetical Order 2 Para ver el conjunto de valores posibles del radio de cualquier elemento haga clic en la lista En la columna derecha el valor correspondiente es resaltado 3 Para cambiar el radio at mico de cualquier elemento haga doble clic sobre este en la lis
32. tware ACD incluyen una nueva caracter stica que simplifica las operaciones frecuentes Las preferencias de la caja de mensajes pueden prepararse para que usted pueda controlar el nivel de sugerencias del sistema para las acciones que usted hace El men de Ayuda contiene el Comando Preferencias de la Caja de Mensajes Message Box Preferences Dependiendo de su opci n de configuraci n usted constantemente puede cambiarlas o nunca moverlas para ciertas acciones con toda seguridad Message Box Preferences x M Consider Don t show me again Status C Yes C No Show All Message Boxes Clear Don t show me again Check Boxes Today s Choices all x Cancel Help e Todo el software para PC de ACD puede ser actualizado a trav s de internet usando la facilidad de actualizaci n en l nea Vea abajo la Secci n 1 6 3 1 3 2 Visor ACD 3D Funciones Espec ficas e Los nuevos colores de la caja de dialogo muestran colores instant neos junto con la habilidad para escoger nombres de elementos alfab ticamente Vea la secci n 3 3 1 e Similarmente la lista de elementos mostrados en la caja de dialogo del radio at mico pueden ser ordenados tambi n alfab ticamente Vea la secci n 3 3 2 1 4 Definiciones Usadas En este tutorial los siguientes t rminos se usan para describir diferentes acciones gt Point significa mover el puntero del rat n hacia un tem gt Click o left click significa
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