Guida all`allestimento del laboratorio e alla preparazione
Contents
1. HT DNA Extended Range Labchip Lambda A DNA Library Quantification Kit KAPA Library Quantification DNA Standards Kit KAPA Piastre a 384 multipozzetti LightCycler 480 bianco Alluminio sigillante LightCycler 480 Disinfettante ad ampio spettro Microcide SQ Microprovette striscia a otto provette 12 per confezione Sigillo adesivo con microsigillo B 30 Utilizzo mensile Fornitore Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Sigma Aldrich n codice E7023 Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Covaris n codice 520073 PerkinElmer n codice 760517 Life Technologies n codice 25250 010 KAPA Biosystems n codice KK4824 KAPA Biosystems n codice KK4903 Roche n codice Varia 04729749001 Roche n codice 04729757001 Hamilton n codice 3896 01 Covaris n codice 520053 Bio Rad n codice Varia MSBF 1001 Scopo Preparazione delle librerie automatizzata conservazione delle piastre di DNA Preparazione delle librerie automatizzata manutenzione di ML STAR Preparazione delle librerie automatizzata Preparazione delle librerie automatizzata manutenzione di ML STAR Quantificazione della libreria Preparazione delle librerie automatizzata shearing di DNA con Covaris Preparazione delle librerie controlli qualit Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione del DNA Quantifica2. OLUNSUOO Ip penazew a anzeiyooaseddy Apparecchiatura per la generazione di cluster e per il sequenziamento Apparecchio Bilancia caricamento dall alto digitale capacit 420 g Rack bottiglie provetta per centrifuga da 15 ml con rivestimento epoxy Rack bottiglie con provetta per centrifuga da 250 mla 6 posizioni con rivestimento epoxy Microcentrifuga desktop Congelatore da 25 C a 15 C Scatole di conservazione scaffali per congelatore se non inclusi Portaghiaccio Rack per provette per microcentrifuga Centrifuga per micropiastre Shaker per micropiastra velocit elevata in grado di agitare a 1800 rpm e 110 V 120 V e 230 V Inserto blocco riscaldamento Midi Parafilm Rack per provette PCR Frigorifero temperatura compresa tra 2 C e 8 C Pinzette di plastica con punta quadrata Vortex 1 HiSeq X Ten 2 HiSeq X Five 36 Fornitore Sartorius modello CPA4283S o similare Fornitore di laboratorio generico LabScientific n codice TR 15 Fornitore di laboratorio generico LabScientific n di catalogo CBR 200 Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico VWR n codice 13500 890 VWR n codice 14216 214 Illumina n codice BD 60 601 Fornitore di laboratorio generico Fornito
3. codice 235938 Life Technologies n codice P11495 Fornitore di laboratorio generico VWR n codice 89094 658 Beckman Coulter n codice 372795 Beckman Coulter n codice 372786 Hamilton n codice 194051 Seahorse Bioscience n codice 201246 100 Utilizzo mensile Varia Scatole da 400 Scatole da 2002 Scatole da 400 Scatole da 2002 Varia Scopo Preparazione delle librerie sigillatura delle piastre Quant e protezione dei coloranti Quant sigillatura delle piastre PCR Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie automatizzata Preparazione delle librerie automatizzata separazione dei volumi dei reagenti Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione del DNA Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione del DNA Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione del DNA Preparazione delle librerie automatizzata Preparazione delle librerie automatizzata Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X 31 Ua n lep I u10 OUUNSUOO Ip I elazew a an zeryo9aseddy Materiale di consumo RNaseZap Tampone TE 1X grado di biologia molecolare Provette coniche da 1
4. pu incidere sull allineamento o danneggiarne i componenti Un rappresentante Illumina installer e preparer lo strumento Nel caso sia previsto il collegamento dello strumento a un sistema di gestione dei dati o a una destinazione in rete necessario definire il percorso per l archiviazione dei dati prima della data dell installazione Questo permette al rappresentante di Illumina di testare il processo del trasferimento dati durante l installazione ATTENZIONE Non spostare lo strumento dopo l installazione e la preparazione dello stesso da parte del rappresentante Illumina Uno spostamento dello strumento non eseguito correttamente pu alterare l allineamento ottico e compromettere l integrit dei dati Nel caso sia necessario spostare lo strumento rivolgersi al rappresentante Illumina Per maggiori informazioni fare riferimento alla garanzia dello strumento Dimensione e contenuto degli imballaggi Lo strumento HiSeq X e i suoi componenti sono spediti in tre casse Utilizzare le dimensioni riportate di seguito per determinare la larghezza minima richiesta della porta per fare entrare le casse di spedizione Cassa n 1 contiene lo strumento Cassa n 2 contiene un gruppo di continuit UPS versione specifica per Giappone America del nord o una versione internazionale Cassa n 3 contiene gli oggetti seguenti Computer di controllo dello strumento monitor e braccio del monitor Flacone degli scarti e rack reagenti Pannelli
5. uoIZNpO1 U Requisiti di spazio di laboratorio Requisiti elettrici Vincoli ambientali Requisiti del computer Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente Considerazioni relative alla sicurezza Per informazioni importanti sugli aspetti relativi alla sicurezza vedere la Guida sulla sicurezza e conformit del sistema HiSeg X n codice 15050094 Risorse addizionali possibile scaricare la documentazione seguente dal sito Web Illumina Risorsa Descrizione Guida alla preparazione dei campioni Fornisce istruzioni per preparare le librerie TruSeq TruSeq Nano DNA n codice 15041110 Nano DNA Guida alla preparazione dei campioni Fornisce istruzioni per preparare le librerie TruSeq TruSeq DNA PCR Free n codice DNA PCR Free 15036187 Guida sulla sicurezza e conformit del Fornisce informazioni su etichettatura dello sistema HiSeq X n codice 15050094 strumento certificazioni di conformit e aspetti relativi alla sicurezza Guida di riferimento per HiSeq X Ten Fornisce una descrizione dei contenuti dei kit e le Reagent Kit v2 n codice 15058861 istruzioni per preparare i materiali di consumo prima Guida di riferimento per HiSeq X Five di una corsa di sequenziamento Reagent Kit v2 n codice 15067046 Lista di controllo per HiSeq X Reagent Fornisce un elenco interattivo da utilizzare quando si Kit v2 confezione da 10 n codice toglie dalla confezione e si conserva il kit di reagenti in 150613
6. 54 35 m Automazione per Hamilton Microlab la gestione dei STAR liquidi Sistema LightCycler Strumenti qPCR 480 Real Time PCR Strumenti cBot Roche Centrifuga Centrifuga Strumenti per PerkinElmer Caliper l analisi dei GX frammenti Spazio su banco Spazio su banco Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X q 3 oizeds p IusinbeyH Per mantenere un inventario minimo di materiali per la preparazione delle librerie e per il sequenziamento di tre settimane richiesto lo spazio di conservazione seguente Area di laboratorio Pre PCR Post PCR confezione singola Post PCR confezione da 10 Tra 25 C e 15 C Tra 2 Ce8 C 18 L 0 02 m3 4 8 L 0 004 m 819 L 0 81 m 20 6 L 0 02 m 579 L 0 57 m 24 6 L 0 02 m3 Tra 15 C e 30 C 0 86 m 0 97 m3 Dimensioni dello spazio di conservazione dei kit di reagenti per i kit in confezione singola Le quantit e le dimensioni seguenti rappresentano i componenti nei kit di reagenti HiSeq X v2 5 e HiSeq X v2 confezione da 10 Componente del kit PE Cluster Kit scatola 1 di 2 PE Cluster Kit scatola 2 di 2 Cella a flusso preconfigurata patterned Collettore ibridazione SBS Kit scatola 1 di 2 SBS Kit scatola 2 di 2 Kit accessori 14 Quantit Conservazione Tra 25 C e 15 C Tra 25 Cie 15 C Tra 2 Ce8 C Tra 15 C e 30 C Tra 15 C
7. cBot 18 Per sottoporre le celle a flusso a generazione di cluster Illumina raccomanda almeno 5 strumenti cBot da utilizzare con il sistema HiSeq X Ten Il sistema HiSeq X Five richiede almeno 2 strumenti cBot per sottoporre le celle a flusso a generazione di cluster Per i laboratori che operano a capacit completa si raccomandano almeno 4 6 strumenti cBot per gestire la capacit in modo efficace N codice 15050093 Rev H ITA Se si prevede di utilizzare il kit di reagenti in confezione da 10 sono richiesti almeno 4 strumenti cBot Il kit in confezione da 10 confezionato in modo da poter preparare contemporaneamente 4 celle a flusso e richiede 4 strumenti cBot per la generazione di cluster Misura Dimensioni dello strumento Altezza coperchio aperto 70 cm Altezza coperchio chiuso 39 cm Profondit 62 cm Larghezza 38 cm Peso 31 kg Per maggiori informazioni su cBot vedere la Guida per l utente di cBot n codice 15006165 Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X q Q onozesoqe IP Iysinboy Requisiti elettrici Le specifiche seguenti descrivono i requisiti elettrici necessari per il funzionamento dello strumento Specifiche elettriche Tipo Specifica Tensione di rete 100 240 V c a a 50 60 Hz Potenza assorbita Massimo 1500 W Prese di alimentazione L impianto elettrico del laboratorio deve essere dotato delle seguenti caratteristiche Per aliment
8. dello strumento Cavi di alimentazione un cavo di alimentazione specifico per gli Stati Uniti o tre cavi di alimentazione internazionali Regno unito Unione Europea e Cina Misura Cassa n 1 Cassa n 2 Cassa n 3 Computer Strumento UPS coperchi e cavi di alimentazione Larghezza 165cm 78 cm 115 cm Altezza 122 cm 51 cm 102 cm Profondit 107 cm 61 cm 82 cm Peso 312kg 81kg 125 kg Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeqX F uoIzejje su eubasuoI Configurazione del sistema Il sistema HiSeq X include lo strumento un monitor un computer di controllo dello strumento uno scanner per codici a barre una tastiera un mouse e un alimentatore universale Il computer di controllo dello strumento un sotto sistema dedicato dello strumento e non previsto come computer per uso generico 8 N codice 15050093 Rev H ITA Principi di layout e design per laboratori a livello di produzione Le linee guida seguenti presuppongono che il materiale di partenza sia DNA estratto e che non siano incluse disposizioni per l estrazione di DNA da materiale di partenza Se l estrazione fa parte del laboratorio di produzione richiesto ulteriore spazio Aree di laboratorio per pre PCR e post PCR Per evitare la contaminazione incrociata stabilire un area di pre PCR con camici da laboratorio in aree separati per indossare i camici e pressione dell aria positiva Stabilire en
9. jE PI 8 HE dle Y 5 alg D x Ki ge S 9 e g sla a o g ce E Fila g d 95 8 A S z RE 9 A ge lt lt ES a g v T 3 S x x Fi o o T b 9 Fa g 9 d bi Automazione Lal 2 Li Ed Automazione l g per la pera S A qPCR a estione 8 z Oo gestione u f s v dei ikguidi S dei liquidi g ui a ko lt lt I A A Ei 2 2 z T ce Lavandino qPCR o c v E Lavandino Cdntrifuga Centrifuga 5 Ko a Da 15 C a 30 C Rifiuti Camici Conservazione solidi Rifiuti Da 15 C a 30 C Rifiuti Camici liquidi Conservazione solidi I q O N codice 15050093 Rev H ITA Layout di laboratorio per HiSeq X Five Per configurare il laboratorio per il sistema HiSeq X Five utilizzare lo stesso layout generale di HiSeq X Ten Per i dettagli sul posizionamento degli strumenti e dell apparecchiatura ausiliaria vedere Requisiti di spazio a pagina 12 e Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente a pagina 29 Attrezzatura per SeqLab Illumina Per i requisiti di attrezzatura specifici per SegLab Illumina vedere Requisiti di spazio minimo richiesto e stimato per HiSeq X Ten a pagina 12 o Requisiti di spazio minimo richiesto e stimato per HiSeg X Five a pagina 13 Sebbene i laboratori configurati per SeqLab Illumina utilizzino apparecchiatura specifica sono valide le stesse dimensioni e posizioni generali mostrate nel layout di laboratorio di esempio Guida all allestimento del l
10. la gestione dei STAR liquidi Dispositivi Fluorimetro molecolari Centrifuga SpectraMax M Spazio su banco Zu Reader Centrifuga Spazio su banco Post PCR Strumenti HiSeq X Strumenti HiSeq X 60 67 m 71 81 m Automazione per Hamilton Microlab la gestione dei STAR liquidi Sistema LightCycler Strumenti qPCR 480 Real Time PCR Strumenti cBot Roche Centrifuga Strumenti cBot Strumenti per Centrifuga l analisi dei PerkinElmer Caliper frammenti GX Spazio su banco Spazio su banco Per mantenere un inventario minimo di materiali per la preparazione delle librerie e per il sequenziamento di tre settimane richiesto lo spazio di conservazione seguente 12 N codice 15050093 Rev H ITA Area di laboratorio Tra 25 C e 15 C Pre PCR 36 L 0 03 m8 Post PCR confezione singola Post PCR confezione da 10 1639 L 1 63 m 1042 L 1 04 m Tra 2 Ce8 C Tra 15 C e 30 C 9 6 L 0 01 m3 i 41 3 L 0 04 m 1 72 m 44 2 L 0 04 m 1 75 m Requisiti di spazio minimo richiesto e stimato per HiSeq X Five Arcadi Apparecchiatura Spazio Spazio laboratorio Scopo generale SegLab Illumina minimo raccomandato Pre PCR Covaris LE220 Covaris LE220 24 43 m 35 58 m Automazione per Hamilton Microlab la gestione dei STAR liquidi Dispositivi Fluorimetro molecolari Centrifuga L M A eries o Gemini SARA Reno XPS Microplate Reader Centrifuga Spazio su banco Post PCR Strumenti HiSeq X Strumenti HiSeq X 43 20 m
11. ul generico Punte per pipette barriera da Fornitore di laboratorio Varia Uso generico 1000 ul generico Pipette multicanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 10 ul generico Pipette multicanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 20 ul generico Pipette multicanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 200 ul generico Pipette multicanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 1000 ul generico Pipette monocanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 10 ul generico Pipette monocanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 20 ul generico Pipette monocanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 200 ul generico Pipette monocanale Fornitore di laboratorio Varia Uso generico da 1000 pl Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X generico 33 Ua n lep I u10 OUUNSUOO Ip penazew a eun zeryo9aseddy Materiale di consumo Fornitore Utilizzo Scopo mensile ProClin 300 50 ml Sigma Aldrich n codice Varia Lavaggio di 48912 U manutenzione dello strumento Tris HC110 mM pH 8 0 Fornitore di laboratorio Varia Uso generico generico Provette centrifuga 250 ml Fornitore di laboratorio Varia Lavaggi dello strumento generico e per la manutenzione Corning n codice 430776 mensile Provette coniche 15 ml Fornitore di laboratorio Varia Raccolta e misurazione generico del volume degli scarti Corning n cod
12. 31 confezione da 10 per i kit di reagenti HiSeq X Ten o HiSeq X Five Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X D Risorsa Descrizione Guida del sistema HiSeq X Fornisce una panoramica sui componenti e sul n codice 15050091 software dello strumento sulle istruzioni per preparare i reagenti di sequenziamento e per eseguire le corse di sequenziamento e le procedure per manutenzione dello strumento e la risoluzione dei problemi Modulo di monitoraggio del laboratorio di Fornisce una registrazione interattiva di tipo di corsa HiSeq X n codice 15050095 numero di lotto dei reagenti pesi dei reagenti e volumi erogati per una corsa con doppia cella a flusso Consultare la pagina di supporto di HiSeq X sul sito Web Illumina per accedere alla documentazione ai download del software ai training online e alle domande frequenti FAQ Per informazioni specifiche su SeqLab Illumina consultare la pagina di supporto di SeqLab Illumina N codice 15050093 Rev H ITA Consegna e installazione Il personale autorizzato Illumina consegna lo strumento disimballa il sistema e lo posiziona sul banco da laboratorio Lo spazio e il banco da laboratorio devono essere preparati prima della consegna CI ATTENZIONE Lo strumento pu essere disimballato installato o spostato unicamente da personale debitamente autorizzato da Illumina Una manipolazione non appropriata dello strumento
13. 5 ml Provette microcentrifuga 1 7 ml Tween 20 Acqua deionizzata Acqua grado PCR 1 HiSeq X Ten 2 HiSeq X Five Fornitore Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Corning n di catalogo 430052 Fornitore di laboratorio generico Sigma Aldrich n codice P7949 Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Utilizzo mensile Varia Varia Varia Scopo Superfici di decontaminazione Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione del DNA Uso generico Uso generico Uso generico Preparazione delle librerie automatizzata manutenzione di ML STAR Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione della libreria Materiali di consumo per la generazione di cluster e per il sequenziamento Materiale di consumo 1N NaOH Strisce a otto provette da 0 2 ml Strisce a otto cappucci piatti Recipienti da 60 ml Recipienti a 96 pozzetti 32 Fornitore Fornitore di laboratorio generico Thermo Scientific n di catalogo AB 0264 Thermo Scientific n di catalogo AB 0784 Hamilton n di catalogo 194051 Seahorse Bioscience n di catalogo 201246 100 01 Utilizzo mensile Varia Varia Varia Varia Varia Scopo Denaturazione delle librerie prima della generazione di cluster Generazione di cluster su cBot Per tappare le strisce a otto provet
14. 75 688 Norvegia 800 16836 Austria 0800 296575 Nuova Zelanda 0800 451 650 Belgio 0800 81102 Paesi Bassi 0800 0223859 Danimarca 80882346 Regno Unito 0800 917 0041 Finlandia 0800 918363 Spagna 900 812168 Francia 0800 911850 Svezia 020790181 Germania 0800 180 8994 Svizzera 0800 563118 Irlanda 1 800 812949 Altri paesi 44 1799 534000 Schede di sicurezza SDS Le schede di sicurezza SDS sono disponibili sul sito Web Illumina all indirizzo support illumina com sds ilmn Documentazione dei prodotti La documentazione dei prodotti in formato PDF pu essere scaricata dal sito Web Illumina Andare al sito support illumina com e selezionare un prodotto quindi fare clic su Documentation amp Literature Documentazione e letteratura Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X LdU EZUA SISSY N codice 15050093 Rev H ITA uil CE Illumina San Diego Califomia 92122 U S A 1 800 809 ILMN 4566 ec rer 1 858 202 4566 fuori dal Nord America Emergo Europe techsupport illumina com Molenstraat15 www ilumina com 2513 BH L Aia Paesi Bassi
15. Sistema HiSeg X Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione Solo a uso di ricerca Non usare in procedimenti diagnostici Cronologia revisioni 3 Introduzione 5 Consegna e installazione 7 Principi di layout e design per laboratori a livello di produzione 9 Requisiti di spazio 12 Requisiti di laboratorio 17 Requisiti elettrici 20 Gruppo di continuit UPS 22 Vincoli ambientali 23 Computer di controllo dello strumento 24 Considerazioni relative alla rete informatica 25 Analisi dei dati e requisiti di archiviazione 27 Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente 29 Produzione di rifiuti pericolosi 37 Assistenza tecnica tl te mamaa y Pa de rss E af aA DI PROPRIET DI ILLUMINA illumina N codice 15050093 Rev H ITA Luglio 2015 Questo documento e il suo contenuto sono di propriet di Illumina Inc e delle aziende a essa affiliate Illumina e sono destinati esclusivamente a uso contrattuale da parte dei clienti di Illumina per quanto concerne l utilizzo dei prodotti qui descritti con esclusione di qualsiasi altro scopo Questo documento e il suo contenuto non possono essere usati o distribuiti per altri scopi e o in altro modo diffusi resi pubblici o riprodotti in alcun modo senza preventiva approvazione scritta da parte di Illumina Mediante questo documento Illumina non trasferisce alcuna licenza sui propri diritti su brevetti marchi di
16. aboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X q q SUOIZNPOJd Ip 0 jSAI e 110 e40gg 1d UBISAP a INOARI Ip IdIOULIK Requisiti di spazio La posizione degli strumenti e il layout del laboratorio dipendono dal modo in cui stato configurato lo spazio di laboratorio Tuttavia utilizzare i seguenti requisiti di spazio stimati per determinare il layout migliore per il laboratorio della vostra sede NOTA Attenersi ai requisiti di posizionamento e di spazio libero minimo Per maggiori informazioni vedere Requisiti di posizionamento a pagina 17 I sistemi HiSeq X Ten e HiSeq X sono sistemi ad elevata processivit e possono richiedere uno spazio di conservazione significativo per i materiali di consumo per il sequenziamento in base ai requisiti dell inventario Per operazioni efficienti a livello di produzione e per ridurre i rischi mantenere un inventario minimo per la preparazione delle librerie e dei materiali di consumo per il sequenziamento utilizzando le linee guida seguenti Con una consegna di reagenti programmata mantenere un inventario di due settimane Senza una consegna di reagenti programmata mantenere un inventario di tre settimane Requisiti di spazio minimo richiesto e stimato per HiSeq X Ten Area di Apparecchiatura Spazio Spazio laboratorio Scopo generale SegLab Illumina minimo raccomandato Pre PCR Covaris LE220 Covaris LE220 24 43m 35 58 m Automazione per Hamilton Microlab
17. ale di utilizzo inferiore Se si prevede di ripetere l analisi di set di dati aumentare il numero di nodi computer e archiviazione proporzionalmente y NOTA Le raccomandazioni seguenti non includono l archiviazione per il backup e l archiviazione dei dati Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeqX P T SUOIZEIAIUDIE Ip INSINDAI 1 ep 19p ISieuy Numero di nodi computer Tempo di analisi 30X sequenziamento dell intero genoma Memorizzazione BAM online 10 corse un mese per sistema Memorizzazione VCF online 10 corse un mese per sistema Memorizzazione archivio BAM 120 corse un anno per sistema Memorizzazione archivio VCF 120 corse un anno per sistema Algoritmi Illumina ai Ciascuno Cinque Dieci A strumento strumenti strumenti p aggiuntivo 7 14 2 6 ore 6 ore 6 ore 60 TB 120 TB 12 TB 1 5 TB 3 TB 0 3 TB 720 TB 1440 TB 144 TB 18 TB 36 TB 3 6 TB BWA GATK a dd Ciascuno Cinque Dieci A s strumento strumenti strumenti i aggiuntivo 43 85 9 38 ore 38 ore 38 ore 60 TB 120 TB 12 TB 1 5 TB 3 TB 0 3 TB 720 TB 1440 TB 144 TB 18 TB 36 TB 3 6 TB 1 Analisi del sequenziamento dell intero genoma con HiSeq Analysis Software v2 0 2 BWA v0 7 9a GATK v1 6 3 Per nodo 20 CPU core 2 8 GHz 128 GB di memoria 6 x 1 terabyte TB dischi rigidi Aumentare la velocit incrementando i core CPU o la velocit dell orologio copertura massima su
18. azione a 110 V c a richiesta una linea elettrica dedicata da 20 A dotata di massa con tensione e impianto di messa a terra adeguati Nord America e Giappone Presa NEMA 5 20 Presa Interpower Corp n codice 88030080 o equivalente Per alimentazione a 220 240 V c a richiesta una linea elettrica dedicata da almeno 10 A dotata di massa con tensione e impianto di messa a terra adeguati In base alle necessit utilizzare un rating superiore secondo i requisiti della regione geografica Se si riscontrano fluttuazioni di tensione superiori al 10 necessario installare un regolatore di tensione Messa a terra protettiva Lo strumento collegato alla messa a terra protettiva attraverso il telaio Il conduttore di protezione del cavo di alimentazione riporta il limite della messa a terra protettiva a un valore di riferimento sicuro Il conduttore di messa a terra del cavo di alimentazione deve essere in buono stato di funzionamento quando si utilizza questo dispositivo Cavi di alimentazione Lo strumento dotato di un connettore con standard internazionale IEC 60320 C13 ed fornito di un cavo di alimentazione specifico per il paese I livelli di tensione pericolosi vengono eliminati dallo strumento solo quando il cavo di alimentazione scollegato dalla fonte di alimentazione c a Per acquistare connettori o cavi di alimentazione equivalenti conformi alle normative locali rivolgersi a un fornitore terzo come Interpower Co
19. ccare rapidamente il cavo di alimentazione dalla presa Assicurarsi che lo strumento sia accessibile da tutti i lati Lasciare pertanto uno spazio libero intorno allo strumento pari alle dimensioni elencate di seguito Accesso Spazio libero minimo Lati Lasciare almeno 61 cm di spazio libero a entrambi i lati dello strumento Retro Lasciare almeno 10 2 cm di spazio libero dietro lo strumento Se gli strumenti sono posizionati con il lato posteriore adiacente lasciare 21 38 cm di spazio libero tra gli strumenti Parte Lasciare almeno 61 cm di spazio libero sopra lo strumento Se lo superiore Strumento posizionato sotto un ripiano accertarsi di lasciare lo spazio libero minimo indicato Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X q F onozesoqe IP Iysinboy Linee guida sulle vibrazioni per HiSeq X Attenersi alle seguenti linee guida per ridurre al minimo le vibrazioni durante il sequenziamento e ottimizzare le prestazioni Collocare lo strumento su un banco da laboratorio solido e immobilizzato Non installare lo strumento in prossimit di porte di frequente passaggio L apertura e la chiusura ripetute delle porte possono indurre vibrazioni Non installare un ripiano estraibile per tastiera sotto il banco Non collocare sul banco altre apparecchiature che potrebbero produrre vibrazioni quali shaker vortex centrifuga o strumenti con ventole pesanti Non posizionar
20. e 30 C Tra 25 Ce 15 C Tra 15 C e 30 C Lunghezza 19 7 cm 22 2 cm 19 cm 24 cm 20 3 20 3 22 2 cm Larghezza 14 cm 6 3 cm 10 cm 14 cm 13 3 cm 13 3 cm 6 3 cm Altezza 8 9 cm 15 2 cm 1 3 cm 8 5 cm 19 cm 19 cm 15 2 cm N codice 15050093 Rev H ITA Dimensioni dello spazio di conservazione dei kit di reagenti per i kit in confezione da 10 Le quantit e le dimensioni seguenti rappresentano i componenti nei kit di reagenti HiSeq X v2 5 e HiSeq X v2 confezione da 10 Componente del kit PE Cluster Kit scatola A PE Cluster Kit scatola B PE Cluster Kit scatola C Cella a flusso preconfigurata patterned Collettore ibridazione Kit accessori scatola A Kit accessori scatola B SBS Kit scatola A SBS Kit scatola B SBS Kit scatola C SBS Kit scatola D SBS Kit scatola E SBS Kit scatola F Quantit 20 20 Conservazione Tra 25 C e 15 C Tra 25 C e 15 C Tra 25 C e 15 C Tra 2 Ce 8 C Tra 15 C e 30 C Tra 15 C e 30 C Tra 15 C e 30 C Tra 15 C e 30 C Tra 15 C e 30 C Tra 15 C e 30 C Tra 25 C e 15 C Tra 25 C e 15 C Tra 25 C e 15 C Lunghezza 48 cm 10 cm 45 1 cm 19 cm 24 cm 24 9 cm 26 2 cm 40 cm 40 cm 40 cm 40 cm 40 cm 40 cm Larghezza 30 8 cm 8 1 cm 25 4 cm 10 cm 14 c
21. e oggetti sopra lo strumento Linee guida sul banco da laboratorio per HiSeq X Posizionare HiSeq X su un banco da laboratorio mobile con ruote piroettanti con blocco che disponga di un ripiano inferiore in grado di sostenere il computer di controllo dello strumento Il banco deve sostenere il peso dello strumento e il computer di controllo dello strumento Larghezza Altezza Profondit Ruote piroettanti con blocco 152 4 cm 76 2 91 4 cm 76 2 cm S Per i clienti del Nord America Illumina consiglia il seguente banco da laboratorio mobile Bench Craft www bench craft com n codice HS 30 60 30 P2 con ruote piroettanti HS indica il banco standard 30 60 30 indica 76 20 cm di larghezza x 152 4 di lunghezza x 76 20 cm di altezza P2 indica le prese nella parte posteriore del banco Linee guida sul banco da laboratorio per Hamilton Microlab STAR Per i laboratori che utilizzano Hamilton Microlab STAR ML STAR per la preparazione automatizzata delle librerie posizionare lo strumento su un banco da laboratorio immobile con telaio ad A Un ripiano inferiore facoltativo per ulteriore spazio di conservazione Il banco deve sostenere il peso dello strumento ed essere solido a sufficienza per sostenere i movimenti del braccio di pipettamento Larghezza Altezza Profondit Ruote 243 8 cm 91 4 cm 91 4 cm Nessuna Per maggiori informazioni su ML STAR vedere la Guida di riferimento di Hamilton Microlab STAR n codice 15070074 Dimensioni di
22. fabbrica copyright o diritti secondo il diritto consuetudinario n alcun diritto similare di alcun terzo AI fine di assicurare un uso sicuro e corretto dei prodotti qui descritti le istruzioni riportate in questo documento devono essere scrupolosamente ed esplicitamente seguite da personale qualificato e adeguatamente addestrato Leggere e comprendere a fondo tutto il contenuto di questo documento prima di usare tali prodotti LA LETTURA INCOMPLETA DEL CONTENUTO DEL PRESENTE DOCUMENTO E IL MANCATO RISPETTO DI TUTTE LE ISTRUZIONI IVI CONTENUTE PU CAUSARE DANNI AL PRODOTTO LESIONI PERSONALI A UTENTI E TERZI E DANNI MATERIALI ILLUMINA NON SI ASSUME ALCUNA RESPONSABILIT DERIVANTE DALL USO IMPROPRIO DEL DEI PRODOTTO I QUI DESCRITTI INCLUSI SOFTWARE O PARTI DI ESSO 2015 Illumina Inc Tutti i diritti riservati Illumina 24sure BaseSpace BeadArray BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAIIx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect MiSeq NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq il colore arancione zucca e il design del fluire delle basi sono marchi o marchi registrati di Illumina Inc negli Stati uniti e o in altri paesi Tutti gli altri nomi loghi e altri marchi di fabbrica sono di propriet dei rispetti
23. generico Bio Rad n codice HSP 9601 Fornitore di laboratorio generico E amp K Scientific n codice 480096 Eppendorf n codice 951020303 Thermo Scientific n codice AB 0800150 Thermo Scientific n codice AB 0859 Thermo Scientific n codice AB 0564 Fornitore di laboratorio generico VWR n codice 10011 194 Fornitore di laboratorio generico PerkinElmer n codice CLS760672 Utilizzo mensile Varia 2 scatole 25 per scatola 1 scatola 25 per scatola 5 scatole 50 per scatola 3 scatole 50 per scatola 5 scatole 50 per scatola 3 scatole 50 per scatola Varia Scopo Preparazione delle librerie Quant DNA on SpectraMax Preparazione delle librerie fasi della PCR Preparazione delle librerie fasi della PCR Preparazione delle librerie automatizzata fasi della PCR Preparazione delle librerie Preparazione delle librerie automatizzata fasi PDP quantificazione delle librerie Elettroforesi automatizzata su Caliper GX Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione del DNA Preparazione delle librerie controlli qualit cu Ua n lep I u10 OLUNSUOO Ip penazew a an zeryo9aseddy Materiale di consumo Tappetini cappucci Panno che non lascia residui Etanolo 200 proof assoluto per la biologia molecolare 500 ml Etanolo al 70 Quantificazione fluorometrica con reagenti fluorescenti leganti dsDNA Sigilli in alluminio
24. ice 430052 Provette coniche da 50 ml con Fornitore di laboratorio Varia Conservazione delle celle base d appoggio generico a flusso Corning n codice 430921 oltre alle provette di conservazione fornite nel kit di reagenti Provette microcentrifuga Fornitore di laboratorio Varia Uso generico 1 7 ml generico Tween 20 liquido viscoso Sigma Aldrich n codice Varia Lavaggio di 100 ml P7949 manutenzione dello strumento Acqua distillata Fornitore di laboratorio Varia Uso generico generico Acqua da laboratorio Millipore 1000 1 Lavaggi dello strumento Vedere Linee guide per posizioni vuote dei l acqua da laboratorio reagenti Acqua grado PCR Fornitore di laboratorio Varia Uso generico Linee guide per l acqua da laboratorio generico Per eseguire le procedure dello strumento usare sempre acqua da laboratorio Non usare mai acqua di rubinetto o acqua deionizzata Quanto segue sono esempi accettabili di acqua da laboratorio PW1 Illumina 18 Acqua con resistivit pari a 18 MQ Megaohm Acqua Milli Q Acqua Super Q Acqua sterile per biologia molecolare N codice 15050093 Rev H ITA 34 Apparecchiatura per la preparazione della libreria Apparecchio Termociclatore a 96 pozzetti con coperchio riscaldato e Bio Rad 51000 e Bio Rad C1000 e Eppendorf Mastercycler pro S Scanner per codici a barre portatile Covaris LE220 Rack Covaris per strisce a 8 microprovette 12 Labchip GX Touch 24 per genomica Hamilton Mic
25. iderazioni relative allarete informatica Illumina non fornisce servizi di installazione o assistenza tecnica per la connessione in rete dei computer di controllo dello strumento Tuttavia possibile configurare e mantenere una connessione in rete sul computer di controllo dello strumento dopo l installazione dello strumento Usare una connessione da 1 gigabyte tra il computer di controllo dello strumento e il sistema di gestione dati Questa connessione pu essere diretta o realizzata mediante uno switch di rete i NOTA Illumina non raccomanda o supporta l utilizzo di una connessione superiore a 1 gigabyte per computer di controllo dello strumento come la scheda PCI Fiber Channel Se si usa BaseSpace Illumina raccomanda le seguenti connessioni di rete minime Utilizzo di BaseSpace durante una HiSeq X HiSeq X Five HiSeq X Ten corsa per per 5 per 10 strumento strumenti strumenti File per il trasferimento dei dati 100 Mbps 0 5 Gbps 1 Gbps delle identificazioni delle basi BCL Solo per invio dello stato dello 1 Mbps 5 Mbps 10 Mbps strumento e monitoraggio della corsa Al momento della connessione a una rete configurare Windows Update in modo che il sistema non esegua automaticamente gli aggiornamenti Illumina raccomanda di attendere almeno un mese dopo una release Windows prima di permettere un aggiornamento Assistenza tecnica di rete Illumina non installa o fornisce assistenza tecnica per la connessione in rete de
26. ifiuti Provvedere alla raccolta e allo smaltimento di rifiuti liquidi e solidi pericolosi Per maggiori informazioni vedere Produzione di rifiuti pericolosi a pagina 37 Consultare le regolamentazioni locali per le precauzioni generali relative alla gestione del materiale pericoloso dal punto di vista biologico Area di laboratorio Assicurarsi che sia disponibile almeno un lavandino in ciascuna area del laboratorio e macchine per il ghiaccio in entrambi i laboratori Assicurarsi che ciascun laboratorio abbia accesso ad acqua Milli Q o fonte di acqua equivalente Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X Q SUOIZNPodd Ip Ojjan e uozeoqej 13d uBISApP noAeg Ip IdIOULI A Attenersi alle ordinanze locali per i sistemi di soppressione degli incendi e per le docce di sicurezza chimica Area di assistenza tecnica Per ottimizzare l efficienza produttiva creare un area dedicata all assistenza da utilizzare nel caso in cui uno strumento richieda un assistenza prolungata Yy ATTENZIONE Lo strumento pu essere spostato unicamente da personale debitamente autorizzato da Illumina Una manipolazione non appropriata dello strumento pu incidere sull allinmeamento o danneggiarne i componenti Esempio di layout di laboratorio di HiSeq X Ten L immagine seguente fornisce un layout di esempio per 10 strumenti HiSeq X 5 strumenti cBot 4 robot per l automazione della gestione dei l
27. include le connessioni seguenti al computer di controllo dello strumento Quantit Descrizione 1 Connessione USB per la comunicazione tra lo strumento e il computer utilizzato un connettore standard USB di stile tipo A B 4 Connessioni CameraLink a segnale differenziale di bassa tensione LVDS Low Voltage Differential Signaling per le due videocamere principali Sono utilizzati cavi CameraLink standard Le videocamere trasferiscono i dati non elaborati dallo strumento al computer Software antivirus Si raccomanda vivamente di utilizzare un software antivirus a scelta per proteggere il computer di controllo dello strumento AI fine di evitare perdita di dati o interruzioni il software antivirus come segue Impostare le scansioni manuali Non abilitare le scansioni automatiche Eseguire le scansioni manuali solo quando lo strumento non in uso Impostare gli aggiornamenti affinch vengano scaricati ma non installati senza l autorizzazione dell utente Non eseguire l aggiornamento durante il funzionamento dello strumento Eseguire l aggiornamento solo quando lo strumento non in funzione e quando sicuro eseguire il riavvio del computer dello strumento Non riavviare automaticamente il computer dopo l aggiornamento Escludere la directory delle applicazioni e i drive dei dati dalla protezione del file system in tempo reale nello specifico C Illumina directory drive O e drive S D 4 N codice 15050093 Rev H ITA Cons
28. iquidi e apparecchiatura da laboratorio accessoria Questo esempio di layout richiede circa 84 metri quadrati 28 metri quadrati per pre amplificazione 56 metri quadrati per post amplificazione Lasciare ulteriori 19 metri quadrati per conservare materiale vario NOTA f Attenersi ai requisiti di posizionamento e di spazio libero minimo Per maggiori informazioni vedere Requisiti di posizionamento a pagina 17 e Principi di layout e design per laboratori a livello di produzione a pagina 9 Figura 1 Esempio di layout in laboratorio di HiSeq X Ten non in scala I a cBot ha Ultra A Da a x a sonicazione 2 d d Analisi dei Automazione CBot Ti T I frammenti per la v 18 gestione cBot Automazione 5 lt veni o q dei liquidi s pera E t gestione Ultra x gt a cBot 5 dei liquidi sonicazione TI mi DI g frammenti g 2 al pal 3 3 MO esot g MENE 2 e a
29. ivolgersi a un fornitore terzo come Interpower Corporation www interpower com 5 NOTA A Il gruppo di continuit non in grado di mantenere lo strumento durante interruzioni di alimentazione prolungate Illumina raccomanda di collegare il connettore del gruppo di continuit a una fonte elettrica di backup come un generatore per assicurare la perdita minima di dati durante interruzioni di alimentazione prolungate 2 2 N codice 15050093 Rev H ITA Vincoli ambientali Elemento Temperatura Umidit Elevazione Qualit dell aria Ventilazione Emissioni acustiche Specifica Mantenere nel laboratorio una temperatura compresa tra 19 C e 25 C 22 C 3 C Questa la temperatura operativa dello strumento Durante una corsa evitare che la temperatura ambiente subisca sbalzi superiori a 2 C Mantenere l umidit relativa senza condensa nell intervallo 20 80 Installare lo strumento a un altitudine inferiore a 2000 metri Utilizzare lo strumento in un ambiente con Grado di inquinamento II o migliore La definizione Grado di inquinamento 2 si applica ad ambienti che presentano solo sostanze inquinanti non conduttive Rivolgersi al dipartimento del laboratorio per i requisiti di ventilazione in base alle specifiche di dissipazione termica dello strumento Le emissioni acustiche sono di 65 dB a 1 metro di distanza dalla parte anteriore dello strumento Dissipazione termica Componente Potenza misura
30. llo strumento Rivedere le attivit di manutenzione della rete per eventuali rischi di compatibilit con il sistema Illumina inclusi i rischi seguenti Rimozione di Group Policy Objects GPO i GPO possono incidere sul sistema operativo OS delle risorse Illumina collegate I cambiamenti al sistema operativo possono disturbare il software proprietario nei sistemi Illumina Gli strumenti Illumina sono stati testati e verificati per funzionare correttamente Dopo aver eseguito i collegamenti GPO del dominio alcune impostazioni potrebbero incidere sul software dello strumento Se il software dello strumento non funziona correttamente consultare l amministratore IT del laboratorio per le possibili interferenze causate dai GPO Attivazione di Windows Firewall e Windows Defender questi prodotti Windows possono incidere sulle risorse del sistema operativo utilizzate dal software Illumina Installare un software antivirus per proteggere il computer di controllo dello strumento Modifiche ai privilegi degli utenti preconfigurati mantenere i privilegi esistenti per gli utenti preconfigurati Se necessario gli utenti preconfigurati possono essere resi non disponibili Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X 2 D e91 eW0 U 9 31 Eje 9A172941 IUOIZEJAPISUOI Strumenti multipli Assicurarsi che l unit del server sia sufficiente a gestire l elevato volume di dati da trasferire tra s
31. m 19 7 cm 22 8 cm 17 8 cm 17 8 cm 17 8 cm 17 8 cm 17 8 cm 17 8 cm Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X Altezza 11 3 cm 5 8 cm 14 2 cm 1 3 cm 8 5 cm 13 3 cm 12 cm 19 3 cm 19 3 cm 19 3 cm 19 3 cm 19 3 cm 19 3 cm 15 oizeds p IusinbeyH Dimensioni dello spazio di conservazione per i kit di preparazione delle librerie Le quantit e le dimensioni seguenti rappresentano i componenti in TruSeq Nano DNA Kit e TruSeq PCR Free Kit Tabella 1 TruSeq Nano DNA Kit Componente Quantit del kit TruSeq Nano 1 DNA Sample Prep Sample 1 Purification Beads Box Adapter Plate 1 Box Tabella 2 TruSeq PCR Free Kit Componente Quantit del kit TruSeq DNA 1 PCR Free Sample Prep Sample 1 Purification Beads Box Adapter Plate si Box Conservazione Tra 25 C e 15 C Tra 2 C e 8 C Tra 25 C e 15 C Conservazione Tra 25 C e 15 C Tra 2 C e 8 C Tra 25 Ce 15 C Monitoraggio dei numeri di lotto Alla ricezione dell inventario Illumina raccomanda di immettere i numeri di lotto nel sistema di monitoraggio dell inventario Il monitoraggio dei numeri di lotto contribuisce a confermare l inventario e a monitorare le date di scadenza Implementare una politica FIFO primo entrato primo uscito per l utilizzo dei reagenti e assicurare l efficienza massima dell inventario 16 Lu
32. mina com sds html 15050093 C Luglio Disponibile solo in inglese 2014 Aggiunta la sezione intitolata Principi di layout e design per laboratori a livello di produzione che elenca le pratiche migliori per impostare il laboratorio Aggiunti i materiali di consumo e le apparecchiature usati per la preparazione di librerie generazione di cluster e sequenziamento a livello di produzione Aggiornato il n di catalogo VWR per le salviette imbevute di alcool a 95041 714 15050093_ITA B Maggio Aggiornata la temperatura di conservazione per i reagenti 2014 SBS scatola 1 di 2 alla temperatura compresa tra 2 C e 8 C come indicato sull etichetta Aggiornato l URL per le schede di sicurezza SDS a support illumina com sds ilmn 15050093_ITA A Marzo Versione iniziale 2014 4 N codice 15050093 Rev H ITA Introduzione La presente guida fornisce le specifiche e le linee guida per la preparazione della sede per l installazione e per il funzionamento dello strumento HiSeq X Illumina Il sistema HiSeq X Ten comprende una serie di 10 strumenti HiSeq X Il sistema HiSeq X Five comprende una serie di 5 strumenti HiSeq X Entrambe le configurazioni possono essere utilizzate in un laboratorio equipaggiato per SeqLab Illumina NOTA f Per calcolare le dimensioni e le specifiche di laboratorio per accogliere un sistema HiSeq X Ten o HiSeq X moltiplicare i requisiti di un singolo strumento per il numero totale di strumenti da installare
33. nghezza 21 5 cm 14 5 cm 14 5 cm Lunghezza 21 5 cm 14 5 cm 14 5 cm Larghezza 14 5 cm 8 5 cm 8 5 cm Larghezza 14 5 cm 8 5 cm 8 5 cm Altezza 6 cm 5 5 cm 5 5 cm Altezza 6 cm 5 5 cm 5 5 cm N codice 15050093 Rev H ITA Requisiti di laboratorio Utilizzare le specifiche e le linee guida seguenti per determinare lo spazio di laboratorio richiesto Dimensioni di HiSeq X Lo strumento e il computer di controllo dello strumento presentano dopo l installazione le dimensioni seguenti Dimensione Strumento Computer di controllo dello strumento Larghezza 118 6 cm 18 cm Il flacone degli scarti si estende per ulteriori 10 cm sul lato destro dello strumento Altezza 94 cm minimo 45 cm L altezza dello strumento regolabile per ulteriori 1 27 cm Profondit 76cm 28 cm Il vano contenente la tastiera si estende per ulteriori 19 cm dal pannello anteriore Peso 2214kg 34 kg Requisiti di posizionamento I requisiti seguenti assicurano l accesso all interruttore di alimentazione dello strumento e alla presa elettrica consentono una ventilazione adeguata e forniscono accesso sufficiente per la manutenzione dello strumento Posizionare lo strumento in modo che il personale possa raggiungere il lato destro dello strumento per premere l interruttore di alimentazione situato sul pannello posteriore vicino al cavo di alimentazione Posizionare lo strumento in modo da poter sta
34. pportata pari a gt 240X 4 Non necessario memorizzare per lungo tempo i dati di sequenziamento non elaborati dei file BCL e FASTO Questi file possono essere eliminati dopo la creazione dei file BAM VCF Se necessario i file FASTO possono essere generati dai file BAM 28 N codice 15050093 Rev H ITA Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente I materiali di consumo e le apparecchiature qui elencati sono utilizzati per la preparazione delle librerie la generazione di cluster su cBot e il sequenziamento su HiSeq X Ten o su HiSeq X Five Per maggiori informazioni vedere la Guida del sistema HiSeq X n codice 15050091 Materiali di consumo per la preparazione delle librerie Materiale di consumo Piastre FLUOTRAC a 96 pozzetti nero Piastre a 96 pozzetti per PCR HSP Hard Shell Piastre a 96 pozzetti per PCR 0 3 ml non skirted oppure Piastre a 96 pozzetti per PCR Twin tec Piastre TCY per PCR da 96 pozzetti 0 2 ml completamente skirted Piastre di conservazione a 96 pozzetti midi pozzetto tondo da 0 8 ml Piastre di conservazione a 96 pozzetti super midi pozzetto tondo da 1 2 ml Piastra per PCR 384 C Axygen Flacone da 125 ml DNA High Sensitivity Reagent Kit Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X Fornitore Fornitore di laboratorio generico VWR n codice 82050 728 Fornitore di laboratorio
35. re di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico McMaster Carr n di catalogo 7003A22 o simile Fornitore di laboratorio generico Quantit 1 10 52 10 52 51 32 Diversi 1 minimo 2 raccomandato N codice 15050093 Rev H ITA Produzione di rifiuti pericolosi Tipo di Categoria di Volume mese per Volume mese per rifiuto rifiuto HiSeq X Ten HiSeq X Five Liquido Pericolo chimico Formammide 10 ml 1 3 l volume 1 31per corsa 0 62 l per corsa Solido Formammide plastica vuota che a ha contenuto il reagente Solido Taglienti Taglientiinveto x ATTENZIONE Lo smaltimento dei contenitori e dei contenuti non utilizzati avviene secondo gli standard di sicurezza in vigore nel proprio paese Per maggiori informazioni vedere la scheda di sicurezza SDS per il kit alla pagina Web support illumina com sds html Identificazione di pericolo Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X 3 F I NIJIA IP UOIZNPOId d ISOJOD Note Assistenza tecnica Per assistenza tecnica contattare l Assistenza tecnica Illumina Tabella 3 Dati di contatto generali Illumina Sito Web www illumina com E mail techsupport illumina com Tabella 4 Numeri di telefono Assistenza clienti Illumina Area geografica Numero di contatto Area geografica Numero di contatto Nord America 1 800 809 4566 Italia 800 874909 Australia 1 800 7
36. rolab STAR laboratorio pre PCR e laboratorio post PCR Incubatore per microcampioni Hybex Portaghiaccio Strumento LightCycler 480 II sistema a 384 pozzetti Supporto magnetico per piastra a 96 pozzetti Shaker per micropiastra velocit elevata in grado di agitare a 1800 rpm Rullo per microsigilli Vortex mini MiniFuge Centrifuga per piastre Sistema di riscaldamento SciGene TruTemp eNESAV e 220 V Fluorimetro SpectraMax 1 HiSeq X Ten 2 HiSeq X Five Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X Fornitore Bio Rad n codice 51000 Bio Rad n codice C1000 Eppendorf n codice 6325 Motorola n codice DS4208 Covaris LE220 rivolgersi a Covaris Covaris n codice 500191 PerkinElmer Hamilton n codice 95300 01 SciGene n codice 1057 30 0 Fornitore di laboratorio generico Roche n codice 05015243001 Life Technologies n codice AM10027 VWR n codice 13500 890 Fornitore di laboratorio generico VWR n codice 58816 121 VWR n codice 93000 196 Fornitore di laboratorio generico Illumina n codice SC 60 503 Illumina n codice SC 60 503 Molecular Devices n codice XPS Molecular Devices serie M Quantit 41 22 2 1 minimo 2 raccomandato 2 1 2 minimo 4 raccomandato 4 1 1 minimo 2 raccomandato 1 minimo 2 raccomandato 2 1 minimo 2 raccomandato 35 Uu9 N lep I u10
37. rporation www interpower com y ATTENZIONE Non utilizzare mai una prolunga per collegare lo strumento alla presa di alimentazione D O N codice 15050093 Rev H ITA Fusibili Solo i tecnici dell assistenza FSE Illumina sono qualificati per la sostituzione dei fusibili interni Il modulo di ingresso alimentazione include due fusibili di ingresso sulle linee di ingresso ad alta tensione I fusibili sono da 5 mm x 20 mm e del tipo 10 A 250 V c a slow blow Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X DI 101J 19 a 1 sinbey Gruppo di continuit UPS Lo strumento spedito con un gruppo di continuit UPS specifico per la regione geografica Giappone APC SmartUPS 2200VA modello SUA2200 B Nord America APC SmartUPS 2200VA modello SUA2200XL Internazionale APC SmartUPS 2200V A modello SUA2200XLI Specifica Giappone Nord America Internazionale Watt massimi 1980W 1980 W 1980 W Corrente massima 2200 VA 2200 VA 2200 VA Tensione in ingresso 100V c a 120V c a 230V c a nominale Connessione in NEMA L5 30P NEMA 5 20P IEC 320 C20 ingresso Schuko CEE 7 EU1 16P British BS1363A Autonomia media 28 5 minuti 28 5 minuti 28 5 minuti carico del 50 Autonomia media 10 4 minuti 10 4 minuti 10 4 minuti carico del 100 Per acquistare un gruppo di continuit equivalente conforme alle normative locali nei paesi al di fuori delle regioni geografiche indicate r
38. ta Watt per strumento Strumento 750 Computer e 750 monitor Totale 1500 Uscita Potenza Uscita Potenza Uscita termica misurata termica misurata termica BTU h Watt BTU h Watt BTU h per per 5 per 5 per 10 per 10 strumento strumenti strumenti strumenti strumenti 2600 3750 13 000 7500 26 000 1400 3750 7 000 7500 14 000 4000 7500 20 000 15 000 40 000 E AVVERTENZA y Non far funzionare lo strumento se un qualsiasi pannello rimosso Non toccare la stazione termica nello scomparto di imaging Il riscaldatore a effetto Peltier utilizzato nell area del piano di solito controllato tra la temperatura ambiente 22 C e 85 C L esposizione a temperature al limite superiore di questo intervallo potrebbero causare bruciature Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeqX 23 IE USIQUIE I ODUIA Computer di controllo dello strumento Lo strumento consegnato con un computer di controllo dello strumento personalizzato con i pi recenti requisiti di sistema Per maggiori informazioni sulle specifiche del computer rivolgersi all Assistenza tecnica Illumina Il computer di controllo dello strumento un sottosistema dedicato dello strumento che non pensato n supportato come computer per uso generico Il caricamento e l uso di software di terze parti pu causare elaborazione lenta perdita di dati o dati non validi Connessioni per i dati Lo strumento
39. te quando non vengono utilizzate Preparazione di una Striscia a otto provette per il templato della libreria su ML STAR Preparazione di una striscia a otto provette per le librerie sottoposte a pooling su ML STAR N codice 15050093 Rev H ITA Materiale di consumo Fornitore Utilizzo Scopo mensile Damigiana da almeno 6 litri Fornitore di laboratorio Varia Per la preparazione della generico soluzione di lavaggio di Corning n codice 430776 manutenzione Pulizia della cella a flusso e del piano portacelle Etanolo al 70 oppure Fornitore di laboratorio Varia Salviettine imbevute di alcol generico isopropilico al 70 VWR n codice 95041 714 Fornitore di laboratorio Varia Etanolo 200 proof assoluto Uso generico per biologia molecolare generico Sigma Aldrich n codice 7023 Guanti monouso privi di Fornitore di laboratorio Varia Uso generico polvere generico Panno da laboratorio a Fornitore di laboratorio Varia Pulizia della cella a flusso bassissimo rilascio di particelle generico e del piano portacelle VWR n codice 21905 026 Carta pulente per lenti Fornitore di laboratorio Varia Pulizia della cella a flusso 10x15 cm ca generico VWR n codice 52846 001 Punte per pipette barriera da Fornitore di laboratorio Varia Uso generico 10 ul generico Punte per pipette barriera da Fornitore di laboratorio Varia Uso generico 20 ul generico Punte per pipette barriera da Fornitore di laboratorio Varia Uso generico 200
40. trate dedicate per l area pre PCR Assicurarsi che il personale del laboratorio non debba passare attraverso l area di post PCR per accedere all area di pre PCR raccomandata un area di passaggio per il trasferimento dei materiali dall area pre PCR all area post PCR Un area di passaggio pu essere ordinata da diversi cataloghi scientifici industriali Esempio di informazioni per l ordine area di passaggio acrilico 61 cm L x 61 cm P x 61 cm A montaggio a parete con staffe Terra Universal com n codice 1992 51D Non passare il materiale o le apparecchiature dall area post PCR nell area pre PCR Acquistare apparecchiature separate per ciascuna area Assicurarsi che l area di post PCR sia pressurizzata negativamente Conservazione a freddo Assicurarsi che i congelatori e i frigoriferi dispongano di monitor della temperatura e sistemi di allarme che si attivano in caso di mancato funzionamento del sistema e inviano una notifica dell evento agli utenti Per le operazioni a livello di produzione una soluzione efficace in termini di costi rappresentata da una combinazione di cella congelatore e cella frigorifero Consentire uno spazio di conservazione a freddo sufficiente nell area di laboratorio per un minimo di tre giorni di operazioni per i reagenti e i campioni da elaborare Uno spazio di conservazione a freddo pu essere messo al di fuori dell area di laboratorio Per ulteriori informazioni vedere Requisiti di spazio a pagina 12 R
41. trumenti multipli Prendere in considerazione la possibilit di configurare gli strumenti in modo che trasmettano dati a server diversi Assicurarsi che la connessione ai server di analisi sia sufficiente a gestire l elevato volume di dati da trasferire tra strumenti multipli Prendere in considerazione la possibilit di configurare gli strumenti in modo che usino connessioni diverse o usino un link a banda larga superiore per la connessione condivisa come 10 gigabyte D 6 N codice 15050093 Rev H ITA Analisi dei dati e requisiti di archiviazione Per ciascuna cella a flusso una corsa di sequenziamento e la successiva analisi secondaria generano file aventi le dimensioni seguenti File BCL 620 GB Cartella delle immagini in miniatura 60 GB Cartella InterOp 75 80 MB File FASTQ 700 GB File BAM 600 GB File VCF 28 GB Le seguenti informazioni sono fornite come linee guida nella creazione di una infrastruttura che supporti i dati generati con il sistema HiSeq X I tempi di analisi sono a titolo esemplificativo e non rappresentano specifiche Illumina J NOTA Poich la conservazione attuale dei dati soggetta a politiche locali confermare le condizioni prima di calcolare le esigenze di archiviazione Queste informazioni presumono che una corsa con una doppia cella a flusso generi 1 8 terabasi Tb di dati ad una percentuale di utilizzo del 100 su ciascuno strumento Regolare i numeri contenuti nella tabella per una percentu
42. uster e sequenziamento e Aggiunti gli item necessari per SeqLab Illumina Aggiunte le informazioni relative ai requisiti di spazio minimi stimati per lo spazio di laboratorio pre PCR e post PCR e la conservazione dei materiali di consumo a determinate temperature Aggiornati i requisiti di analisi e archiviazione dei dati numero di nodi computer tempo di analisi utilizzando gli algoritmi Illumina VCF online e memorizzazione dell archivio Corretti i requisiti dimemorizzazione per i file VCF Aggiornata la temperatura di conservazione per i reagenti SBS PWI PBI e PB2 alla temperatura ambiente da 15 C a 30 C Disponibile solo in inglese Aggiunte le librerie denaturate come uno scopo per NaOH fornito dall utente La denaturazione delle librerie una fase della preparazione quando si utilizza HiSeq X HD Reagent Kit v2 Aggiunte le dimensioni di conservazione per i kit di preparazione delle librerie Guida all allestimento del laboratorio e alla preparazione della sede di installazione del sistema HiSeq X 3 N codice Revisione Data Descrizione della modifica 15050093 D Agosto Disponibile solo in inglese 2014 Aggiornate le raccomandazioni per l antivirus del software per includere i nomi dei drive Aggiunte le raccomandazioni sulla compatibilit per le attivit di manutenzione della rete Aggiornato il n di catalogo VWR per le salviette imbevute di alcool a 95041 714 Aggiornato il collegamento SDS a support illu
43. vi titolari Cronologia revisioni N codice Revisione Data 15050093_ITA H Luglio 2015 15050093_ITA G Gennaio 2015 15050093_ITA F Novembre 2014 15050093 E Ottobre 2014 Descrizione della modifica Rinominata la guida per specificare il sistema HiSeq X Questa guida si applica a HiSeq X Ten e HiSeq X Five inclusa la configurazione per SeqLab Illumina Sostituito Isaac Genome Alignment Software Isaac Variant Caller con HiSeq Analysis Software v2 0 come prodotto utilizzato per l analisi del sequenziamento dell intero genoma IUOISIASI BIDO OUOII Aggiunte le informazioni seguenti e Raccomandazioni sull utilizzo di aree separate per indossare i camici e sul mantenimento dell apparecchiatura confinata nell area di laboratorio pre PCR o post PCR appropriata e Esempio di layout di laboratorio per HiSeq X Ten e strumenti e apparecchiature ausiliarie e Linee guida sul banco di laboratorio per Hamilton Microlab STAR Aggiornate le informazioni seguenti e Requisiti di spazio minimo per includere l apparecchiatura specifica per SeqLab Illumina e Dimensioni di conservazione per i kit di reagenti per includere i kit di reagenti HiSeq X v2 5 e Requisiti di analisi dei dati e di archiviazione versioni BWA e GATK numero di nodi di computer e durate delle analisi Aggiornate le apparecchiature e i materiali di consumo forniti dall utente e Item separati per applicazione preparazione delle librerie o per la generazione di cl
44. zione della libreria Quantificazione automatica delle librerie Preparazione delle librerie PCR su LightCycler 480 Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione delle librerie Preparazione delle librerie automatizzata quantificazione della libreria Preparazione delle librerie automatizzata ML STAR manutenzione Preparazione delle librerie shearing di DNA con Covaris Preparazione delle librerie N codice 15050093 Rev H ITA Materiale di consumo Sigillo adesivo con microsigillo F Pipette monocanale da 20 ul Pipette monocanale da 200 ul Pipette monocanale da 1000 ul Punte per pipette barriera da 10 ul Punte per pipette barriera da 20 ul Punte per pipette barriera da 200 ul Punte per pipette barriera da 1000 ul Punte per pipette Hamilton con filtro sterili da 50 ul Punte per pipette Hamilton sterili da 300 ul Reagente Quant iT PicoGreen dsDNA Serbatoi dei reagenti multicanale monouso privi di RNase DNase Struttura per recipienti Recipienti met 75 ml Recipienti 60 ml Recipienti 96 pozzetti Fornitore Bio Rad n codice MSF 1001 Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Fornitore di laboratorio generico Hamilton n codice 235979 Hamilton n
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