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Guida del sistema NextSeq 550 (15069765) - Support

1. 0000 L iii iii iii iii 0000 40 Flusso di lavoro della scansione 0 0 Lieve vee vie 42 Come scaricare la cartella DMAP noaoo oonan ooann ooann oanonaan 43 Caricamento del BeadChip sull adattatore 0 0 oaaao nannaa 44 Impostazione di una scansione iii ei 45 Monitoraggio del progresso della scansione 000 41 v n _ x MA dn o z arr il dea O ail Ma BEG a m Enaren gt a r y an omenan ge a 5 Cota me gt a THL ecaRca rta regasIcoton CONE aen BPPN ene SAT par ar Guida del sistema NextSeq 550 3 Q S oJoydeo Scansione Introduzione Per eseguire una scansione su NextSeq 550 sono necessari un BeadChip ibridato e colorato l adattatore BeadChip i fileDecode Map DMAP un file manifest e un file cluster per il BeadChip che si sta utilizzando Utilizzare un Decode Download Client per scaricare una cartella DMAP per il BeadChip che si sta utilizzando e copiarla nella posizione specificata sulla schermata BeadChip Configuration Configurazione del BeadChip I file Decode Map DMAP sono posizionati nella cartella DMAP che univoca per ciascun codice a barre del BeadChip Caricare il BeadChip sull adattatore BeadChip riutilizzabile e quindi caricare l adattatore sullo strumento Il software di controllo guida l utente lungo l intera procedura per avviare la scansione I file di o
2. NOTA Per semplificare lo smaltimento sicuro dei reagenti non usati il serbatoio in posizione 6 rimovibile Per maggiori informazioni vedere Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n 6 a pagina 33 Fare scorrere la cartuccia di reagenti nello scomparto reagenti fino a quando la cartuccia si ferma in posizione quindi chiudere lo sportello dello scomparto reagenti Figura 23 Caricamento della cartuccia di reagenti Selezionare Load Carica Il software sposta automaticamente la cartuccia in posizione circa 30 secondi l ID della cartuccia viene visualizzato sulla schermata e i sensori sono sottoposti a verifica Selezionare Next Avanti n codice 15069765 Rev BITA Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n 6 1 2 3 Dopo aver rimosso dallo strumento la cartuccia di reagenti usata rimuovere la copertura protettiva in gomma sopra la slot accanto alla posizione n 6 Figura 24 Posizione rimovibile n 6 A Copertura protettiva in gomma B Posizionen 6 Premere la linguetta in plastica trasparente e quindi spingere verso sinistra per far fuoriuscire il serbatoio Smaltire il serbatoio in base agli standard applicabili Inserimento dei parametri della corsa I passaggi visualizzati sulla schermata Run Setup Impostazione corsa sono diversi in base alla configurazione del sistema BaseSpace o BaseSpace Onsite la schermata Run Setup Impostazione corsa elenca le corse che sono state impostat
3. Guida del sistema NextSeq 550 V Appendice B File e cartelle di output File di output per il sequenziamento Struttura della cartella di output del sequenziamento File di output della scansione Struttura della cartella di output della scansione Descrizione generale di RTA v2 Flusso di lavoro di Real Time Analysis n codice 15069765 Rev BITA Informazioni preliminari Introduzione iii iii ici i iii iii iii iii iii 2 Risorse addizionali Lssruistaco ra loreto eee een 3 Componenti dello strumento iii 4 Panoramica sull adattatore BeadChip riutilizzabile 0 6 Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento T Avvio dello strumento PACRRRRR RE RT FEE ART O TTI OT TT OTTO 10 Software NextSeq 0 0 0 12 Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente 0 0 21 Tali en al r Se pfi FAA a ei Gc ceci rtaregagicsro Guida del sistema NextSeq 550 I L OjOUaeI Introduzione Il sistema NextSeq 550 Illumina una soluzione singola che fornisce una transizione semplice tra il sequenziamento ad elevata processivit e la scansione di array Caratteristiche del sequenziamento Sequenziamento ad elevata processivit NextSeq 550 permette il sequenziamento degli esomi degli interi genomi e dei trascrittomi e supporta le librerie TruSeg e Nextera Tipi di celle a flusso le
4. un area sulla cella a flusso che segmento della la videocamera visualizza come videocamera un immagine Tile totali sottoposte a 864 288 Il numero totale di tile corrisponde a imaging corsie x superfici x strisce x segmenti della videocamera x tile per striscia per segmento Numerazione delle corsie Le corsie 1 e 3 chiamate coppia corsie A sono sottoposte a imaging contemporaneamente Le corsie 2 e 4 chiamate coppia corsie B sono sottoposte a imaging al completamento Guida del sistema NextSeq 550 3 D dell imaging della coppia corsie A Figura 37 Numerazione delle corsie HRE ET HHHH HEH 2 E A Coppia corsie A corsie 1 e 3 B Coppia corsie B corsie 2 e 4 File e cartelle di output Numerazione delle strisce Ciascuna corsia viene sottoposta a imaging in tre strisce Le strisce sono numerate 1 3 per le celle a flusso a output elevato Figura 38 Numerazione delle strisce Numerazione delle videocamere NextSeq 550 utilizza sei videocamere per sottoporre a imaging la cella a flusso Le videocamere sono numerate 1 6 Le videocamere 1 3 sottopongono a imaging la corsia 1 Le videocamere 4 6 sottopongono a imaging la corsia 3 Una volta sottoposte a imaging le corsie 1 e 3 il modulo di imaging si sposta sull asse X per sottoporre a imaging le corsie 2e4 Figura 39 Numerazione delle videocamere e dei segmenti Mostrata una cella a flusso High output Output elevato a 6 n codice 15069765 Rev B
5. s_ corsia locs I file filtro specificano se un cluster ha attraversato i filtri Le informazioni sui filtri sono aggregate in un file filtro per ciascun corsia e lettura I file filtro sono generati al ciclo 26 usando 25 cicli di dati Data Intensities BaseCalls L00 X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia s_ corsia filter File report binari usati dal software Sequencing Analysis Viewer SAV I file InterOp sono aggiornati durante tutta la corsa Cartella InterOp Creati all inizio di una corsa i file configurazione RTA elencano le impostazioni per la corsa Cartella della corsa livello base RTAConfiguration xml Elenca il nome della corsa il numero di cicli in ciascuna lettura se la lettura una lettura indicizzata e il numero di strisce e tile sulla cella a flusso Il file informazioni corsa viene creato all inizio della corsa Cartella della corsa livello base RunInfo xml n codice 15069765 Rev BITA Tipo di file Descrizione posizione e nome del file File immagini in Un immagine in miniatura per ciascun canale colore rosso e verde miniatura thumbnail per le tile 1 6 e 12 da tutte le videocamere superficie superiore e inferiore a ogni ciclo durante l imaging Thumbnail Images L00 X C X 1 i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia e una sotto cartella per ciascun ciclo s_ corsia _ tile _ canale jpg nelnome del file la tile rappresentata da un numero
6. terminare la corsa prima dell avvio della risintesi paired end La cella a flusso non pu essere salvata per le successiva reibridazione dopo l avvio della risintesi paired end Materiali di consumo necessari Una corsa di reibridazione richiede una nuova cartuccia di reagenti e una nuova cartuccia di tamponi NextSeq indipendentemente da quando stata arrestata la corsa Terminazione della corsa attuale 1 Selezionare End Run Termina corsa Quando richiesto di confermare il comando selezionare Yes S 6 6 n codice 15069765 Rev BITA 2 Quando richiesto di salvare la cella a flusso selezionare Yes S Annotare la data di scadenza per la reibridazione 3 Rimuovere la cella a flusso salvata e metterla da parte a una temperatura compresa tra 2 Ce8 C fino a quando si pronti a impostare la corsa di reibridazione iy NOTA possibile conservare la cella a flusso fino a 7 giorni a una temperatura compresa tra 2 C e 8 C nella confezione in plastica trasparente a forma di conchiglia senza la confezione essiccante Per ottenere i risultati migliori reibridare la cella a flusso salvata entro 3 giorni Esecuzione di un lavaggio manuale 1 Dalla schermata Home Inizio selezionare Perform Wash Esecuzione lavaggio 2 Dalla schermata Wash Selection Selezione lavaggio selezionare Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Vedere Esecuzione di un lavaggio manuale a pagina 51 iy NOTA Se la cartuccia di reage
7. 9934994010 9934994010 A NOTA La terminazione di una scansione definitiva Se una scansione viene terminata prima del completamento della scansione i dati sottoposti a scansione non vengono salvati Trasferimento dei dati Al termine della scansione i dati sono messi in coda per essere trasferiti nella cartella di output della scansione I dati sono scritti temporaneamente sul computer dello strumento Quando viene avviata una scansione successiva la cartella temporanea viene eliminata automaticamente dal computer dello strumento Il tempo richiesto per il trasferimento dei dati dipende dalla connessione di rete Prima di avviare una scansione successiva assicurarsi che i dati siano stati scritti nella cartella di output Per verificare assicurarsi che i file GTC siano presenti nella cartella del codice a barre Per maggiori informazioni vedere Struttura della cartella di output della scansione a pagina 90 Guida del sistema NextSeq 550 A guolsueos ejj p ossaJsboud ap cIbbEIO NUO Scansione 48 Se la connessione viene interrotta il trasferimento dei dati riprende automaticamente al ripristino della connessione Ciascun file dispone di un timer di un ora dopo che stato messo in coda per il trasferimento alla cartella di output Quando trascorsa l ora o lo strumento viene riavviato prima del completamento del trasferimento i dati non vengono scritti nella cartella di output n codice 15069765 Rev BITA Manutenzion
8. DGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATECACTGATTC AACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGA ATTA E TTAAC CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAAGI Ee BIAGCAACGAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO ATTAAGAGCTAC Solo a uso di ricerca Non usare in procedimenti diagnostici DI PROPRIET DI ILLUMINA N codice 15069765 Rev B ITA Maggio 2015 N di catalogo SY 415 9002DOC Personalizzare una breve guida al flusso di lavoro completo con Custom Protocol Selector support ilumina com custom protocol selector htmi Questo documento e il suo contenuto sono di propriet di Illumina Inc e delle aziende ad essa affiliate Illumina e sono destinati esclusivamente all uso conforme a contratto da parte dei clienti Illumina in correlazione con l utilizzo dei prodotti qui descritti con esclusione di qualsiasi altro scopo Questo documento e il suo contenuto non possono essere usati o distribuiti per altri scopi e o in altro modo diffusi resi pubblici o riprodotti con alcun mezzo senza previa approvazione scritta da parte della Illumina Mediante questo documento Illumina non cede alcuna licenza protetta dai suoi diritti di brevetto di propriet dei marchi di propriet intellettuale o riconosciuti dal diritto consuetudinario n diritti simili di terzi Al fine di assicurare un uso sicuro e corretto dei prodotti qui descritti le istruzioni riportate in questo document
9. Opzione Start Up Option Opzione di avvio Keyboard and Audio Tastiera e audio Avatar Image Immagine Avatar Descrizione Kiosk Mode Modalit kiosk mostra l interfaccia del software di controllo a schermo intero Il software progettato per l uso in modalit kiosk Windows Mode Modalit Windows permette l accesso a Windows sul computer dello strumento In questa modalit l interazione con l interfaccia software come la posizione dei pulsanti pu essere alterata Use on screen keyboard Utilizza tastiera dello schermo attiva la tastiera dello schermo per inserire informazioni nello strumento In alternativa collegare una tastiera a una porta USB esterna Play audio Audio attiva gli indicatori audio per gli eventi seguenti e Inizializzazione dello strumento e All avvio di una corsa e Al verificarsi di determinati errori e Alla richiesta di interazione da parte dell utente e Al termine di una corsa Avatar Image Immagine Avatar selezionare Browse Sfoglia per individuare un immagine preferita per lo strumento Nel campo Name Nome immettere un nome preferito per lo strumento L immagine e il nome vengono visualizzati nella parte superiore di ciascuna schermata Personalizzazione della corsa Opzione Advanced Load Caricamento avanzato 18 Descrizione Use Advanced Load Consumables Usa caricamento avanzato dei materiali di consumo selezionare questa opzione per caricare i mate
10. Pompa Buffer Mechanism Meccanismo tampone Spent Reagents Empty Contenitore dei reagenti usati vuoto Verifiche del sistema Doors Closed Sportelli chiusi Consumables Loaded Materiali di consumo caricati Required Software Software richiesto Verify Input Files Verifica file di input Instrument Disk Space Spazio su disco dello strumento Guida del sistema NextSeq 550 Azione raccomandata Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina La cella a flusso potrebbe essere in posizione errata e Sulle schermate per l impostazione della corsa selezionare Back Indietro per tornare alla fase della cella a flusso Lo sportello dello scomparto di imaging si apre e Scaricare e ricaricare la cella a flusso per assicurarsi che sia posizionata correttamente Azione raccomandata Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Svuotare il contenitore dei reagenti usati e ricaricare il contenitore vuoto Verifiche per le scansioni di array Azione raccomandata Assicurarsi che gli sportelli dello scomparto siano chiusi I sensori dei materiali di consumo non eseguono la registrazione Assicurarsi che ciascun materiale di consumo sia caricato correttamente Sulle schermate per l impostazione della corsa selezionare Back Indietro per tornare alla fase di caricamento e ripetere
11. Selezionare Browse Sfoglia per andare alla posizione della cartella in cui si trova il file di installazione del software quindi selezionare Update Aggiorna 6 Attenersialle istruzioni della procedura guidata all installazione a Accettare il contratto di licenza b Rivedere le note sulla versione c Rivedere l elenco di software inclusi nell aggiornamento Al termine dell aggiornamento il software di controllo si riavvia automaticamente NOTA Se compreso un aggiornamento del firmware richiesto un riavvio automatico del sistema dopo l aggiornamento del firmware Tii re Guida del sistema NextSeq 550 D D Jem os lluaweuJOIDbYy Manutenzione Spegnimento dello strumento 56 1 Selezionare Manage Instrument Gestione strumento 2 Selezionare System Power Options Opzioni di alimentazione del sistema 3 Selezionare Shut Down Spegnimento Il comando Shut Down Spegni spegne in sicurezza il software e spegne lo strumento Attendere almeno 60 secondi prima di accendere nuovamente lo strumento Y ATTENZIONE Non riposizionare lo strumento Uno spostamento dello strumento non eseguito nel modo appropriato pu incidere sull alineamento ottico e compromettere l integrit dei dati Nel caso sia necessario spostare lo strumento rivolgersi al rappresentante Illumina n codice 15069765 Rev BITA h a m 4 vado eta e 1 ema A ii spal x e alti ve x SECATTAPEGAGICE pat 5 anaota a
12. a cinque cifre che indica superficie striscia videocamera e tile Per maggiori informazioni vedere Numerazione delle tile a pagina 87 e Assegnazione di un nome alle immagine in miniatura thumbnail a pagina 87 Tile della cella a flusso Le tile sono piccole aree di imaging sulla cella a flusso definite come il campo visivo della videocamera Il numero totale di tile dipende dal numero di corsie strisce e superfici sottoposte a imaging sulla cella a flusso e da come le videocamere lavorano assieme per raccogliere le immagini Le celle a flusso a output elevato dispongono di 864 tile Le celle a flusso a output medio dispongono di 288 tile Tabella 2 Tile della cella a flusso ojuasweizuenbas j 13d indino Ip l4 Componente della Output Output va Descrizione cella a flusso elevato medio Corsie 4 4 Una corsia un canale fisico con porte di ingresso e di uscita dedicate Superfici 2 2 La cella a flusso sottoposta a imaging su due superfici la superficie superiore e la superficie inferiore La superficie superiore di una tile viene sottoposta a imaging quindi la superficie inferiore della stessa tile viene sottoposta a imaging prima di passare alla tile successiva Strisce per corsia 3 1 Una striscia una colonna di tile in una corsia Segmenti della 3 3 Lo strumento usa sei videocamere per videocamera sottoporre a imaging la cella a flusso in tre segmenti per ciascuna corsia Tile per striscia per 12 12 Una tile
13. a flusso usata in una corsa precedente 2 Utilizzare i perni di allineamento per posizionare la cella a flusso sul piano portacelle Figura 19 Caricamento della cella a flusso 3 Selezionare Load Carica Lo sportello si chiude automaticamente l ID della cella a flusso viene visualizzato sulla schermata e i sensori sono sottoposti a verifica 4 Selezionare Next Avanti svuotamento del contenitore dei reagenti usati 1 Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in base agli standard applicabili 3 O n codice 15069765 Rev BITA Figura 20 Rimozione del contenitore dei reagenti usati y W NOTA d Mentre si rimuove il contenitore posizionare l altra mano sotto il contenitore per sostenerlo N AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html 2 Fare scorrere il contenitore dei reagenti usati nello scomparto tamponi fino all arresto Quando il contenitore in posizione si avverte un cli
14. canale rosso e un immagine dal canale verde Le intensit estratte da un immagine confrontata con un altra immagine fornisce quattro popolazioni distinte ciascuna corrispondente a un nucleotide Il processo di identificazione delle basi determina a quale popolazione appartiene ciascun cluster Figura 36 Intensit dei cluster in un grafico a dispersione Tabella 1 Identificazione delle basi nel sequenziamento a due canali Canal Canale Base 0 e Risultato rosso verde A 1 on 1 on Cluster che mostrano intensit sia nel canale rosso che nel canale verde 1 on 0 off Cluster che mostrano intensit solo nel canale rosso a O n codice 15069765 Rev BITA Canale Canale Base Risultato rosso verde G 0 off 0 off Cluster che non mostrano intensit a una posizione cluster nota T 0 off 1 on Cluster che mostrano intensit solo nel canale verde Punteggio qualitativo Un punteggio qualitativo Q score una previsione della probabilit di un identificazione delle basi errata Un punteggio qualitativo superiore implica che un identificazione delle basi pi affidabile e pi probabile che sia corretta Il punteggio qualitativo permette di comunicare velocemente la probabilit di piccoli errori I punteggi qualitativi sono rappresentati come QXX dove XX il punteggio La tabella seguente illustra la relazione fra il punteggio qualitativo e la probabilit di errore Punteggio qualitativo Q X Probabilit di
15. celle a flusso sono disponibili in configurazioni ad output elevato e ad output medio Ciascun tipo di cella a flusso confezionata con una cartuccia di reagenti pre riempita compatibile Real Time Analysis RTA software di analisi integrato che esegue l analisi dei dati sullo strumento che comprende l analisi delle immagini e l identificazioni delle basi NextSeq utilizza una nuova implementazione di RTA chiamata RTA v2 che comprende importanti differenze dal punto di vista dell architettura e delle caratteristiche Per maggiori informazioni vedere Real Time Analysis RTA a pagina 75 Integrazione BaseSpace il flusso di lavoro di sequenziamento integrato con BaseSpace l ambiente di calcolo genomico Illumina per l analisi dei dati l archiviazione e la collaborazione Per gli strumenti configurati per BaseSpace le informazioni sulle librerie e i parametri della corsa sono specificati nella scheda Prep Preparazione di BaseSpace Le corse che sono state impostate in BaseSpace vengono visualizzate sull interfaccia dello strumento durante l impostazione della corsa Mentre la corsa in fase di elaborazione i file di output sono trasmessi in tempo reale a BaseSpace o a BaseSpace Onsite Informazioni preliminari Funzione di scansione di array Scansione di array integrata nel software di controllo NextSeq 550 permette la transizione tra la scansione di array e il sequenziamento a elevata processivit sullo stesso strumento utilizza
16. cluster richiede i dati dell immagine ottenuti dai primi cinque cicli della corsa Dopo che l ultimo ciclo della griglia per una tile stato sottoposto a imaging viene generata la griglia y NOTA Per rilevare un cluster durante la generazione della griglia per l identificazione dei cluster deve essere presente una base che non sia G nei primi cinque cicli Per qualsiasi sequenza indicizzata RTA v2 richiede almeno una base che non sia G nei primi due cicli La griglia usata come un riferimento per la fase successiva di registrazione ed estrazione dell intensit Le posizioni dei cluster per l intera cella a flusso sono scritti nei file di posizione dei cluster locs uno per ciascuna corsia Registrazione ed estrazione dell intensit La registrazione e l estrazione dell intensit vengono avviate dopo la generazione della griglia per l identificazione dei cluster La registrazione allinea le immagini prodotte su ogni ciclo successivo di immagini rispetto alla griglia L estrazione dell intensit determina un valore di intensit per ciascun cluster nella griglia per una data immagine Se la registrazione non riesce per una qualsiasi immagine in un ciclo non viene generata alcuna identificazione delle basi per quella tile in quel ciclo Usare il software Sequencing Analysis Viewer SAV per esaminare le immagini in miniatura e identificare le immagine la cui registrazione non riuscita Correzione empirica della determinazion
17. della scansione DMAP Scaricare le informazioni DMAP e salvarle nella cartella DMAP specificata Caricare il BeadChip sull adattatore BeadChip Caricare l adattatore BeadChip sullo strumento Specificare i parametri della scansione la posizione della cartella DMAP e la posizione di output Rivedere i risultati della verifica automatica Selezionare Start Avvio Monitorare la scansione dall interfaccia del software di controllo 4 2 n codice 15069765 Rev B ITA Come scaricare la cartella DMAP Alla cartella DMAP si accede utilizzando Decode File Client mediante account o BeadChip visualizzazione predefinita Accesso alla cartella DMAP mediante account 1 Dalla scheda principale di Decode File Client selezionare un opzione di download AutoPilot All BeadChips not yet downloaded Tutti i BeadChip non ancora scaricati All BeadChips Tutti i BeadChip BeadChips by Purchase Order BeadChip per Ordine di acquisto BeadChips by barcode BeadChip per codice a barre 2 Immettere le informazioni richieste 3 Individuare la cartella DMAP che si desidera scaricare Assicurarsi di avere spazio libero sufficiente sulla destinazione del download 4 Avviare il download Visualizzare lo stato del download dalla scheda Download Status and Log Stato download e registro 5 Salvare la cartella DMAP nella posizione della cartella DMAP specificata Accesso alla cartella DMAP mediante BeadChip 1 Identificare i BeadChip
18. di grafici di dispersione diagrammi e tabelle in base ai dati generati da RTA e scritti nei file InterOp Le metriche vengono aggiornate man mano che la corsa procede Selezionare Refresh Aggiorna in qualsiasi momento durante la corsa per visualizzare le metriche aggiornate Per ulteriori informazioni vedere Guida per l utente di Sequencing Analysis Viewer SAV n codice 15020619 SAV incluso in NextSeq System Suite installato sul computer dello strumento SAV pu anche essere installato su un altro computer collegato alla stessa rete dello strumento per monitorare a distanza le metriche della corsa Durata della corsa di sequenziamento La durata della corsa di sequenziamento dipende dal numero di cicli eseguiti La lunghezza massima di una corsa una corsa paired end di 150 cicli ciascuna lettura 2 x 150 pi otto cicli ciascuna per due letture indice Per le durate previste e altre specifiche di sistema visitare la pagina delle specifiche di NextSeq 550 sul sito Web Illumina Numero di cicli in una lettura 20 In una corsa di sequenziamento il numero di cicli eseguiti in una lettura pari a un ciclo in pi rispetto al numero di cicli analizzati Ad esempio una corsa paired end da 150 cicli esegue letture da 151 cicli 2 x 151 con un totale di 302 cicli Al termine della corsa si analizzano 2 x 150 cicli Il ciclo extra necessario per i calcoli di determinazione delle fasi phasing e di predeterminazione delle f
19. di lavaggio posizione n 28 Utilizzata per creare 125 ml di soluzione di lavaggio di 0 05 Tween 20 Caricata sulla cartuccia dei tamponi di lavaggio serbatoio centrale 5l jenuew o1bbenej un ip uoizno sa Manutenzione NOTA Usare sempre una diluizione di NaOCl fresca preparata nelle ultime 24 ore Se si prepara un volume superiore a 1 ml conservare la diluizione residua a una temperatura compresa tra 2 Ce8 C da utilizzare nelle successive 24 ore Altrimenti smaltire la diluizione residua di NaOCl Combinare i volumi seguenti in una provetta per microcentrifuga per ottenere 1 ml di 0 12 NaOCl 5 NaOCI 24 ul Acqua da laboratorio 976 ul Capovolgere la provetta per miscelare Aggiungere 1 ml di 0 12 NaOCI alla cartuccia dei reagenti di lavaggio Il recipiente corretto corrisponde alla posizione n 28 sulla cartuccia precaricata Figura 32 Caricamento di NaOCI Combinare i seguenti volumi per ottenere una soluzione di lavaggio di 0 05 Tween 20 100 Tween 20 62 ul Acqua da laboratorio 125 ml Aggiungere 125 ml di soluzione di lavaggio al serbatoio centrale della cartuccia dei tamponi di lavaggio Selezionare Perform Wash Esecuzione lavaggio quindi Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Preparazione per Quick Wash Lavaggio rapido 52 Materiali di consumo forniti dall utente Volume e descrizione e Tween 20 100 Utilizzata per creare 40 ml di soluzione di lavaggio di 0 05 e Ac
20. di reagenti e una cella a flusso compatibili La cartuccia di tamponi universale La cella a flusso la cartuccia di reagenti e la cartuccia di tamponi utilizzano l identificazione a radiofrequenza RFID per la compatibilit e il monitoraggio accurato dei materiali di consumo Etichettatura per la compatibilit dei kit I componenti del kit sono etichettati con indicatori codificati per colore per indicare la compatibilit tra le celle a flusso e le cartucce di reagenti Utilizzare sempre una cartuccia di reagenti e una cella a flusso compatibili La cartuccia di tamponi universale Ciascuna cella a flusso e cartuccia di reagenti etichettata High Elevato o Mid Medio Verificare sempre l etichetta quando si preparano i materiali di consumo per una corsa Tipo di kit Marchio sull etichetta Componenti di High Output Kit Componenti di Mid Output Kit Panoramica sulla cella a flusso Figura 4 Cartuccia della cella a flusso A Coppia corsie A corsie 1 e 3 B Coppia corsie B corsie 2 e 4 C Struttura della cartuccia della cella a flusso La cella a flusso un substrato su vetro su cui vengono generati i cluster e viene eseguita la reazione di sequenziamento La cella a flusso racchiusa in una cartuccia della cella a flusso Guida del sistema NextSeq 550 F ojuaweizuanbaes j 49d OLWUNSUoOI Ip I eldS e wu INS EIILUEAOUELA IMINATrI ioni pre Informaz La cella a flusso contiene quattro corsie che so
21. file cluster 1 Andare alla pagina di supporto di Illumina support illumina com per il BeadChip che si sta utilizzando e fare clic sulla scheda Downloads Download Scaricare i file da sostituire o aggiornare e copiarli nella posizione di rete preferita iy NOTA Assicurarsi di selezionare i file manifest e i file cluster compatibili con il sistema NextSeq 550 I file compatibili contengono NS550 nel nome del file Solo se la posizione cambiata aggiornare la posizione nella schermata BeadChip Scan Configuration Configurazione per la scansione del BeadChip nel modo seguente a Dalla schermata Home Inizio di NCS selezionare Manage Instrument Gestione strumento b Selezionare System Configuration Configurazione sistema c Selezionare BeadChip Scan Configuration Configurazione per la scansione del BeadChip Selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione dei file sostituiti o aggiornati Guida del sistema NextSeq 550 6 9 SUOISUEoS gjj p diymypeag ap nong Risoluzione del problemi Ricette personalizzate e cartelle delle ricette O Non modificare le ricette originali Fare sempre una copia della ricetta originale assegnandole un nuovo nome Se una ricetta originale stata modificata il programma di aggiornamento software non riconosce pi la ricetta per gli ultimi aggiornamenti e le nuove versioni non vengono installate Archiviare le ricette personalizzate nella cartella delle ricette approp
22. intensit e i punteggi qualitativi mentre le metriche vengono visualizzate sulla schermata Figura 25 Progresso e metriche della corsa di sequenziamento Custer Density Ousters Passing Filter Progresso della corsa mostra la fase in corso di elaborazione e il numero di cicli completati per ciascuna lettura La barra di progresso non proporzionale alla velocit della corsa di ciascuna fase Usare il tempo rimanente indicato nell angolo superiore destro per determinare la durata attuale Q Score Punteggi qualitativi mostra la distribuzione dei punteggi qualitativi Vedere Punteggio qualitativo a pagina 81 Intensity Intensit mostra il valore delle intensit dei cluster per il 90 percentile per ciascuna tile I colori del grafico indicano ciascuna base rosso A verde C blu Ge nero T I colori corrispondono agli indicatori delle basi utilizzati in Sequencing Analysis Software SAV Cluster Density K mm Densit dei cluster K mm mostra il numero di cluster rilevato per la corsa Clusters Passing Filter Cluster che attraversano il filtro mostra la percentuale di cluster che attraversano il filtro Vedere Cluster che attraversano il filtro a pagina 78 Estimated Yield Gb Resa prevista Gb mostra il numero di basi previste per la corsa Immagine della cella a flusso mostra quale coppia di corsie sottoposte a imaging mentre l altra coppia di corsie in una fase della chimica Dopo av
23. l impostazione della corsa I componenti critici del software sono mancanti Eseguire un aggiornamento manuale del software per ripristinare i componenti del software Assicurarsi che il percorso al file di cluster e al file manifest sia corretto e che i file siano presenti Il disco rigido dello strumento non ha spazio su disco sufficiente per eseguire una corsa I dati di una corsa precedente potrebbero non essere stati trasferiti Liberare i dati della corsa dal disco rigido dello strumento 63 BOIFELUO ME eoj E Op 140449 19 QUOIZN OSIY Risoluzione del problemi 64 Verifiche del sistema Network Connection Connessione rete Network Disk Space Spazio su disco della rete Sistema di imaging Imaging Limits Limiti di imaging Z Steps and Settle Fasi e arresto Z Bit Error Rate Frequenza bit errore Auto Center Centramento automatico Azione raccomandata Azione raccomandata Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina La connessione alla rete stata interrotta Verificare lo stato della rete e confermare la connessione fisica alla rete L account BaseSpace pieno o il server della rete pieno Scaricare l adattatore BeadChip Assicurarsi che il BeadChip sia alloggiato nell adattatore quindi ricaricare l adattatore n codice 15069765 Rev BITA Contenitore dei reagenti usati pieno Iniziare sem
24. numerato Non perforare i sigilli in alluminio a meno che non sia richiesto ad esempio per caricare le librerie prima di una corsa AVVERTENZA y Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html a n codice 15069765 Rev BITA Serbatoi riservati Figura 6 Serbatoinumerati 00000 Load Library Hero my ll 40 O O DGCOLOCOBA 9922 illumina Posizione Descrizione 7 89 Riservate per i primer personalizzati facoltativi 10 Caricamento delle librerie Per informazioni sui primer personalizzati vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Serbatoio rimovibile in posizione n 6 La cartuccia di reagenti pre riempita include un reagente di denaturazione nella posizione n 6 che contiene formammide Per semplificare lo smaltimento sicuro di qualsiasi reagente non usato dopo una corsa di sequenziamento il serbatoio in posizione 6 rimovibile Per maggiori informazioni veder
25. predefinita della cartella DMAP la posizione della cartella di output il formato file delle immagini salvate e il tipo di file di output Le schermate di configurazione del sistema includono i comandi seguenti Back Indietro ritorna alla schermata precedente Exit Esci non salva le modifiche e torna alla schermata Manage Instrument Gestione strumento Save Salva salva le modifiche e passa alla schermata successiva Guida del sistema NextSeq 550 15 Das XaN JEMYOS Informazioni preliminari 16 Configurazione della rete Opzione IP address Indirizzo IP DNS address Indirizzo DNS Computer name Nome del computer Descrizione Contattare l amministratore di rete per gli indirizzi specifici per la struttura Obtain an IP address automatically Ottieni un indirizzo IP automaticamente ottiene un indirizzo IP utilizzando il server DHCP Use the following IP address Usa l indirizzo IP seguente collega lo strumento a un altra posizione server e Immettere l indirizzo IP L indirizzo IP una serie di quattro numeri separati da un punto ad esempio 168 62 20 37 e Immettere la maschera di sottorete che una sottodivisione della rete IP e Immettere il gateway predefinito che un router sulla rete che collega a Internet Obtain a DNS address automatically Ottieni un indirizzo DNS automaticamente legge l indirizzo DNS associato con l indirizzo IP Use the following DNS address
26. 550 2 3 Z OJOUaeI Sequenziamento Introduzione Per eseguire una corsa di sequenziamento su NextSeq 550 preparare una cartuccia di reagenti e una cella a flusso quindi seguire le indicazioni del software per impostare e avviare la corsa La generazione di cluster e il sequenziamento sono integrati sullo strumento Dopo la corsa viene avviato automaticamente un lavaggio dello strumento usando i componenti gi caricati sullo strumento Generazione di cluster Durante la generazione di cluster singole molecole di DNA si legano alla superficie della cella a flusso e in seguito vengono sottoposte ad amplificazione per formare i cluster Sequenziamento Analisi 24 I cluster vengono sottoposi a imaging usando la chimica di sequenziamento a due canali e una combinazione di filtri specifici per ciascun terminatore di catena etichettato con coloranti fluorescenti Al termine dell imaging di una tile sulla cella a flusso la tile successiva viene sottoposta a imaging Il processo ripetuto per ciascun ciclo di sequenziamento Dopo l analisi delle immagini il software esegue l identificazione delle basi il filtraggio e il calcolo dei punteggi qualitativi Monitorare il progresso e le statistiche della corsa dall interfaccia del software di controllo dalla scheda Run Corsa su BaseSpace oppure da un computer sulla rete usando il software Sequencing Analysis Viewer SAV Vedere Sequencing Analysis Viewer SAV a pagina 20 Man mano c
27. AAATATTAACG A AACGACGAACTTCTGTTAA AA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI ME ae IRIS CIRO ERE Aa AEE e SUE ISO RIO RE it TC AATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATA TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC SGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTI CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC I GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT
28. AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI AE Se Ue A IL SE SUISSE LISA SIT Io E SEME Ia ee Sla ele SEA ROLLE I O T TA TTACTTGATCCACTGATTCAAC TTGAGACTAAATATTAACGITGTTAACCITAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT TATCARTIGA ACTA TAAATATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCG 92 1 l1 j1J1 TAACGACG AGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC TAAATATTAACGIACCATTAAGAGCTACCGIGCAACGACGAACTICIGITAACCTTAA CSA TTACTTGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACW G GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO ATTAAGAGCTACI TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA ACACACTTCTG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAI AATG TGATAACAG ACAC TTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA PACTGATTCAAC
29. ACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCT ea ii ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGA IGCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACA IE ea ere IR US RI e AE FERROSI a PCI Ig ee lore ei elle CUS vera GIRI GAAAAGAAT TTAAC G FGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTITCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI ANETT i n LI TCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAG AME SS LO A RE TATCAATTGAGACTAAAT CA nl AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT FGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATECACTGATTCOAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTI CATE CACIGATTCAAC CT
30. ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACA Illumina 5200 lllumina Way San Diego California 92122 U S A 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 fuori dal Nord America techsupport illumina com WWw ilumina com
31. CG n TAACGACG GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA vie ica CTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAG iii CCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC ri i 2a n II lt C bIN INI l bB CGACGAAAAGAATGA a ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT IGATAACAGIARCACACTTCIGITAACGI TAAGATTACITGAT CCACTGATTORACGIACCGTAACGAACGIATCAAIGAGACTAAAIA TAACGIACCAI IAAGAGCIACOGICITC TAI RAGGI IAAGATIACITOATOCACIGATTCRAG SGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATT
32. Carica per spostare la cella a flusso e la cartuccia di reagenti in posizione Il posizionamento automatico dei materiali di consumo pu richiedere fino a 30 secondi Quando i componenti della corsa sono in posizione selezionare Next Avanti Per attivare l opzione avanzata di caricamento selezionare Use Advanced Load Consumables Usa caricamento avanzato dei materiali di consumo sulla schermata Run Customization Personalizzazione corsa Per maggiori informazioni vedere Personalizzazione della corsa a pagina 18 Icone di stato Nell angolo superiore destro di ciascuna schermata visualizzata un icona di stato che segnala eventuali cambiamenti delle condizioni operative durante l impostazione o l esecuzione della corsa Icona di Nome dello stato Descrizione stato Stato OK Le condizioni del sistema sono normali Elaborazione Il sistema in fase di elaborazione Avvertenza Si verificata un avvertenza Le avvertenze non arrestano una corsa o richiedono un intervento prima di poter procedere Errore Si verificato un errore x ESS Gli errori richiedono un intervento prima di poter procedere con la corsa Guida del sistema NextSeq 550 1 3 bD S xX N JEMYOS Informazioni preliminari Quando si verifica un cambiamento nelle condizioni operative l icona cambia per mostrare l immagine associata e lampeggia per avvertire l utente Selezionare l icona per aprire la finestra di stato e visualizzare una descrizione de
33. Client 40 accesso mediante account 43 accesso mediante BeadChip 43 determinazione delle fasi phasing 79 documentazione 3 95 durata della corsa 20 errori e avvertenze 13 in file di output 78 errori verifica pre corsa 62 esecuzione servizio copia 37 file di input scansione cartella DMAP 40 cartella DMAP download 43 file cluster 40 69 file manifest 40 69 file di output 84 file di output della scansione GTC IDAT 89 file di output scansione GTC IDAT 17 file di output scansione GTC IDAT 17 89 file di output sequenziamento 84 file di registro GlobalLog 78 LaneNLog 78 file filtro 84 file GTC 17 89 file identificazione delle basi 84 91 Indice 92 file InterOp 59 84 file locs 84 filtro chastity 78 flusso di lavoro BeadChip 45 cartuccia di reagenti 32 cartuccia di tamponi 31 cella a flusso 30 durata della corsa 20 ipoclorito di sodio 52 login a BaseSpace 30 metriche della corsa 36 modalit autonoma 34 modalit BaseSpace 33 opzione avanzata di caricamento 13 panoramica 25 42 preparazione della cella a flusso 27 reagenti usati 30 verifica pre corsa 35 46 formammide posizione n 6 33 formazione online 3 G generazione della griglia per l identificazione dei cluster 79 gestione strumento 12 impostazione analisi secondaria 17 impostazione di BaseSpace 17 impostazioni IP e DNS 16 invio salute strumento 17 nome computer 16 personalizzazione 18 spegnimento 56 da documentazi
34. EK A sd gate P ut oa ii Risoluzione del problemi Introduzione MEO 58 File di risoluzione dei problemi 0000000000000000000000000000000000 0000000000000000 202222 59 Live Help Assistenza in diretta iii 61 Risoluzione dei errori della verifica automatica 0 00 62 Contenitore dei reagenti usati pieno Le 65 Flusso di lavoro di reibridazione 025 66 Errori del BeadChip e della scansione iii 68 Ricette personalizzate e cartelle delle ricette 000000000000222 70 Verifica del sistema zienda Resta antenne 71 Messaggio di errore RAID 0 0000 e ie ei ee 14 m eta FF eta rn i Guida del sistema NextSeq 550 D G OJOUdE Risoluzione del problemi Introduzione 58 Per eventuali domande tecniche visitare le pagine di supporto di NextSeq 550 sul sito Web Illumina Le pagine di supporto forniscono l accesso a documentazione download e domande frequenti Accedere all account Mylllumina per accedere ai bollettini di supporto Per problemi relativi alla qualit della corsa o alle prestazioni rivolgersi all Assistenza tecnica Illumina Vedere Assistenza tecnica a pagina 95 Prendere in considerazione la possibilit di condividere un link al riepilogo della corsa in BaseSpace con l Assistenza tecnica Illumina per la risoluzione dei problemi n codice 15069765 Rev BITA File d
35. GAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTI GAAAAGAATGATAA TAACA TICTGTTAACCTTAAGATTACTT A CGTACCGTAA ACTAAATATTAACGTACC CAG CACTTC CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA CGTAACGAACGTATCAA GACT ATTAACGTACCATTAAGAGCTACI TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTO CTTGAT CTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTAT GA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGC G CAG ACA ACTTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTATCAATTGA TATTAACGTA AAGAGCTACCGTCTTCT ACTTGATCCACTGATT CTTGATCCACTGATT CGTT ACTTGATCCACTGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGCTTC C ACTTGAT TGATTCAACGTA AACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGAC TATTAACGTACCATTAAG ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT A TTAAGAGCTACCGT AGT DG CGAACGTATCATTAAGATTACTTGATECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTG CAGT ACTT CTTGATCCACTGATTCAAC ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACC A GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACI CAGTAACACACTTCTGTTAACC ACTTGATCCACTGATTCAAC TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGA ATTAACGTACCATTAAGAGCTACI GAAAAGAATGATAA TTAAGATT A GTACCG CGTACCGTAA CTAAATATTAACGTACCA TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIACCG gt CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTOCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTT
36. ITA Numerazione delle tile In ciascuna striscia sono presenti 12 tile per ciascun segmento della videocamera Le tile sono numerate 01 12 numero a due cifre indipendentemente dal numero della striscia o del segmento della videocamera Figura 40 Numerazione delle tile Il numero completo della tile include cinque cifre che rappresentano la posizione come indicato qui di seguito Superficie 1 rappresenta la superficie superiore 2 rappresenta la superficie inferiore Striscia 1 203 Videocamera 1 2 3 4 506 Tile 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 o 12 Esempio il numero di tile 12508 indica superficie superiore striscia numero 2 videocamera numero 5 e tile numero 8 Il numero di tile a cinque cifre completo usato nel nome del file delle immagini in miniatura e nei file di determinazione delle fasi phasing Per ulteriori informazioni vedere File di output per il sequenziamento a pagina 84 Assegnazione di un nome alle immagine in miniatura thumbnail Un immagine in miniatura per ciascun canale colore rosso e verde per le tile 1 6 e 12 generata da tutte le videocamere superficie superiore e inferiore a ogni ciclo durante l imaging I file delle immagini in miniatura sono generati in formato file JPG A ciascuna immagine viene assegnato un nome con il numero di tile come indicato dalla convenzione seguente che inizia sempre per s_ Corsia 1 2 304 Tile numero della tile a cinque cifre che indica superfici
37. LA DALAL LL Laana 39 CRLLCOO 07410 0S MOO 40 Flusso di lavoro della scansione 0 i 42 Come scaricare la cartella DMAP 0000000000 0an 000a oaa 2222an 43 Caricamento del BeadChip sull adattatore 0 0 0 44 Impostazione di una scansione 00 Lie 45 Monitoraggio del progresso della scansione ii 47 Capitolo 4 Manutenzione nannaa naanin a anana ana inanan 49 CRLLCOLO 0740 0 S MEN 50 Esecuzione di un lavaggio manuale 0 Licei 51 Aggiornamenti software iii iii iii 54 Spegnimento dello strumento i 56 Capitolo 5 Risoluzione dei problemi nnan annnnnnan Ti Introduzione Li 58 File di risoluzione dei problemi 59 Live Help Assistenza in diretta 0 61 Risoluzione dei errori della verifica automatica 62 Contenitore dei reagenti usati pieno 0 65 Flusso di lavoro di reibridazione i i 66 Errori del BeadChip e della scansione i 68 Ricette personalizzate e cartelle delle ricette 0 0 10 Verifica del sistema 0 00 71 Messaggio di errore RAID 00 iii 14 Appendice A Real Time Analysis RTA 95
38. NCS che si sta eseguendo Per maggiori informazioni vedere la Denaturazione e diluizione delle librerie per il sistema NextSeg n codice 15048776 Caricamento delle librerie sulla cartuccia di reagenti 1 Pulire il sigillo in alluminio che copre il serbatoio n 10 etichettato Load Library Here Caricare qui la libreria con un panno a bassissimo rilascio di particelle 2 Perforare il sigillo con la punta di una pipetta pulita da 1 ml 3 Caricare le librerie nel serbatoio n 10 etichettato Load Library Here Caricare qui la libreria Non toccare il sigillo in alluminio mentre si erogano le librerie Figura 18 Caricamento delle librerie Guida del sistema NextSeq 550 D Q ojuaweizuanbaes j 4ad alJaJgi jj p uoizeed ld Sequenziamento Impostazione di una corsa di sequenziamento Dalla schermata Home Inizio selezionare Experiment Esperimento quindi selezionare Sequence Sequenziamento Il comando Sequence Sequenziamento apre lo sportello dello scomparto di imaging rilascia i materiali di consumo di una corsa precedente e apre la serie di schermate per l impostazione della corsa Un breve ritardo normale Se lo strumento configurato per BaseSpace o BaseSpace Onsite si apre la schermata di login di BaseSpace Schermata Log in to BaseSpace Accedi a BaseSpace 1 Immettere il proprio nome utente e password di BaseSpace 2 Selezionare Next Avanti Caricamento della cella a flusso 1 Rimuovere la cella
39. TGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG lt CAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGT okki i niiAu i A CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACCG GAAAAGAATGATAA GTTAACCTTAAGATT TACCG GTA AACGT GACTAAA CGTAC CAGTAACACACTTCT ACTTGATCCACTGATTCAAC TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAACG ATCAATTGA TATTAA TTAAGAGCTAC FGATAACAGTAACACACTTC ACTTG ATCCACTGATTCEAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAAC TTAAGAGCTACCGTCTTCTGITAACC G TTGATCCACTGATTCAACGTACCGI CTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTA CGAA TCAATTGAGAC TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTC C TTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG CAGTAACACA ACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT AACGAA TCAATTGAG A CATTAAGAGCTAC GATAACAGTAACACAC GITAACC GATTACTTGATCCACTGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATT CCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACC ACTTGATCCACTGATTCAA AA TACCGT A TT AACGTACC G CCTTAAGATT CCAC CAAC TTGEAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTAC
40. ansione sono scritti nella cartella di output il pulsante Rescan Nuova scansione diventa attivo Quando viene selezionato Rescan Nuova scansione il software esegue le fasi seguenti Esegue una nuova scansione dei campioni che contengono le sezioni non riuscite utilizzando una sovrapposizione da tile a tile aumentata Genera file di output nella cartella di output originale Sovrascrive i precedenti file di output per le sezioni non riuscite Incrementa il conteggio delle scansioni di uno per ciascuna nuova scansione ma lo fa in secondo piano Il software non rinomina la cartella di output Nuova scansione o avvio di una nuova scansione 1 Selezionare Rescan Nuova scansione per sottoporre a scansione i campioni che contengono sezioni non riuscite 2 Sela scansione continua a non riuscire terminare la scansione n codice 15069765 Rev BITA 3 Rimuovere il BeadChip e l adattatore e ispezionare il BeadChip per eventuale presenza di polvere o residui Utilizzare aria compressa o altri metodi di pulizia della polvere a compressione per eliminare i residui Ricaricare il BeadChip e avviare una nuova scansione Quando viene avviata una nuova scansione il software esegue le fasi seguenti Esegue la scansione dell intero BeadChip Genera file di output in una nuova cartella di output Incrementa il contatore delle scansioni di uno in base al conteggio delle scansioni dell ultima nuova scansione Sostituzione dei file manifest e dei
41. arte di un rappresentante dell assistenza Illumina Esecuzione di una verifica del sistema 1 Dalla schermata Manage Instrument Gestione strumento selezionare System Check Verifica sistema Quando richiesto di chiudere il software di controllo selezionare Yes S 2 Caricare i materiali di consumo nel modo seguente a Se una cella a flusso usata non gi sullo strumento caricare una cella a flusso usata b Svuotare il contenitore dei reagenti usati e rimetterlo sullo strumento c Caricare la cartuccia dei tamponi di lavaggio contenente 120 ml di acqua da laboratorio nel serbatoio centrale d Caricare la cartuccia dei reagenti di lavaggio Assicurarsi che la cartuccia dei reagenti di lavaggio sia vuota e pulita 3 Selezionare Load Carica Il software sposta in posizione la cella a flusso e la cartuccia dei reagenti di lavaggio Selezionare Next Avanti 4 Selezionare Next Avanti Viene avviata la verifica del sistema 5 Opzionale Al termine della verifica del sistema selezionare View Visualizza accanto al nome della verifica per visualizzare i valori associati a ciascuna verifica Guida del sistema NextSeq 550 VA Risoluzione del problemi 6 Selezionare Next Avanti Si apre il report della verifica del sistema 7 Selezionare Save Salva per salvare il report in formato compresso Andare alla posizione di rete in cui salvare il file 8 Una volta terminato selezionare Exit Esci 9 Quando richiesto di ch
42. asi prephasing n codice 15069765 Rev BITA Apparecchiature e Materiali diconsumo forniti dall utente I materiali di consumo e l attrezzatura seguenti sono utilizzati su NextSeq 550 Materiali di consumo forniti dall utente per le corse di sequenziamento Materiali di consumo Fornitore 1N NaOH Fornitore generico idrossido di sodio 200 mM Tris HCI pH7 Fornitore generico Salviettine imbevute di alcol VWR n catalogo 95041 714 isopropilico al 70 o equivalente oppure Fornitore generico di etanolo al 70 Guanti monouso privi di Fornitore generico polvere lubrificante Panno da laboratorio a VWR n di catalogo 21905 026 bassissimo rilascio di particelle o equivalente Scopo Denaturazione della libreria diluita a 0 2 N Denaturazione della libreria Pulizia della cella a flusso e per uso generico Uso generale Pulizia della cella a flusso Materiali di consumo forniti dall utente per la manutenzione dello strumento Materiali di consumo Fornitore NaOCI 5 Sigma Aldrich n di catalogo ipoclorito di sodio 239305 o equivalente Tween 20 Sigma Aldrich n di catalogo P7949 Acqua da laboratorio Fornitore generico Linee guida per l acqua da laboratorio Scopo Lavaggio dello strumento utilizzando un lavaggio post corsa manuale diluito allo 0 12 Lavaggio dello strumento utilizzando le opzioni di lavaggio manuale diluito allo 0 05 Lavaggio dello strumento lavaggio manuale Per eseguire
43. c Figura 21 Caricamento del contenitore dei reagenti usati Caricamento della cartuccia di tamponi 1 Rimuovere la cartuccia di tamponi usata dallo scomparto superiore 2 Fare scorrere una nuova cartuccia di tamponi nello scomparto tamponi fino all arresto Quando la cartuccia in posizione si avverte un clic l ID della cartuccia di tamponi viene visualizzato sullo schermo e il sensore viene sottoposto a verifica Guida del sistema NextSeq 550 31 o u weizu nb s Ip es109 eun ip uoizezsodul Sequenziamento 3 Figura 22 Caricamento della cartuccia di tamponi Chiudere lo sportello dello scomparto tamponi e selezionare Next Avanti Caricamento della cartuccia di reagenti 32 1 Rimuovere la cartuccia di reagenti usata dallo scomparto reagenti Smaltire i contenuti non utilizzati in base agli standard applicabili Y y r i F 4 er F AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html
44. cchi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html n codice 15069765 Rev BITA Preparazione della cella a flusso 4 5 Rimuovere dalla confezione una nuova cella a flusso dalla temperatura di conservazione compresa tra 2 C e 8 C Tenere la confezione aperta della cella a flusso a temperatura ambiente per 30 minuti Jy NOTA Se la confezione in alluminio intatta la cella a flusso pu rimanere a temperatura ambiente fino a 12 ore Evitare il raffreddamento e il riscaldamento ripetuti della cella a flusso Rimuovere la cella a flusso dalla confezione in alluminio Figura 13 Rimozione dalla confezione in alluminio Aprire la confezione in plastica trasparente a forma di conchiglia e rimuovere la cella a flusso Figura 14 Rimozione dalla confezione a forma di conchiglia Pulire la superficie in vetro della cella a flusso con una salvietta imbevuta di alcool che non lascia residui Asciugare il vetro con un panno da laboratorio a bassissimo rilascio di particelle Ispezione della cella a flusso 1 Assicurarsi che le porte della cella a flusso non siano ostruite 2 Assicurarsi che le guarnizioni della porta siano posizionate e che siano visibili le parti bianche in plastica G
45. cesso a un file manifest e a un file cluster Ciascun file manifest e file cluster univoco per un tipo di BeadChip Assicurarsi che siano utilizzati i file cluster che comprendono NS550 nel nome del file Questi file sono compatibili con il sistema NextSeq File manifest i file manifest descrivono il contenuto dell SNP o della sonda su un BeadChip I file manifest utilizzano il formato file bpm File cluster i file cluster descrivono le posizioni dei cluster per l array di genotipizzazione Illumina e sono utilizzati nell analisi dei dati per eseguire l identificazione dei genotipi I file cluster utilizzano il formato file egt n codice 15069765 Rev BITA La posizione dei file specificata sulla schermata BeadChip Scan Configuration Configurazione per la scansione del BeadChip Dalla schermata Home Inizio di NCS selezionare Manage Instrument Gestione strumento System Configuration Configurazione sistema e quindi BeadChip Scan Configuration Configurazione per la scansione del BeadChip Una volta installato lo strumento NextSeq 550 il rappresentante Illumina scarica questi file e specifica il percorso nel software di controllo Non necessario modificare questi file fatta eccezione in caso di perdita di dati o se disponibile una nuova versione Per maggiori informazioni vedere Sostituzione dei file manifest e dei file cluster a pagina 69 Guida del sistema NextSeq 550 4 uoIZNpO1 U Scansione Flusso di lavoro
46. corsa modalit autonoma 34 modalit BaseSpace 33 modifica parametri 33 personalizzazione 18 posizione cartella 34 posizione cartella di output 17 posizione cluster file 84 generazione della griglia per l identificazione dei cluster 79 predeterminazione delle fasi prephasing 79 probabilit errore 81 pulsante di accensione 10 punteggi qualitativi 81 punteggi qualitativi Q scores 81 R reagenti confezione 7 smaltimento corretto 32 n codice 15069765 Rev BITA reagenti usati contenitore pieno 65 V smaltimento 30 53 reibridazione primer 66 reibridazione Lettura 1 66 risoluzione dei problemi contenitore dei reagenti usati 65 file specifici per la corsa 59 file specifici per la scansione 60 impossibile leggere il codice a barre del BeadChip 68 Live Help Assistenza in diretta 61 mancata registrazione della scansione 68 metriche qualit bassa 66 opzioni contatto 58 sostituzione file manifest e file cluster 69 verifica pre corsa 62 verifica sistema 14 71 RTA v2 gestione errori 78 RunInfo xml 59 84 S scala Phred 81 schermata Home Inizio 12 scomparto di imaging 4 scomparto reagenti 4 scomparto tamponi 4 Sequencing Analysis Viewer 24 sequenziamento materiali di consumo forniti dall utente 21 sequenziamento a due canali 80 software aggiornamento automatico 54 aggiornamento manuale 14 54 analisi immagini identificazione delle basi 12 durata della corsa 20 impostazione strumento 18 impostazioni config
47. di reagenti RTALogs i file di registro che descrivono le fasi dell analisi Thumbnail Images le immagini in miniatura per le tile 1 6 e 12 in ciascuna striscia a ciascun ciclo El RTAComplete xml El RTAConfiguration xml El RunInfoxml El RunNotes xml E RunParameters xml n codice 15069765 Rev BITA File di output della scansione Tipo di file File GTC File delle immagini Guida del sistema NextSeq 550 Descrizione posizione e nome del file File di identificazione dei genotipi Un file GTC generato per ciascun campione sottoposto a scansione sul BeadChip Il nome del file comprende il codice a barre e il campione sottoposto a scansione codice a barre _ campione gtc I file delle immagini sono denominati in base all area sottoposta a scansione sul BeadChip Il nome comprende il codice a barre il campione e la sezione su BeadChip striscia e canale di imaging rosso o verde codice a barre _ campione _ sezione _ striscia _ videocamera _ tile _Icanale jpg e Codice a barre il nome del file inizia con il codice a barre del BeadChip e Campione un area del BeadChip numerata come una riga R0X dall alto al basso e una colonna C0X da sinistra a destra e Sezione un riga numerata entro un campione e Striscia i BeadChip sono sottoposti a imaging come una raccolta di tile sovrapposte Quindi solo una striscia utilizzata per sottoporre a imaging la sezione e Videocamera la v
48. e Introduzione iii iii iii ivi iii iii iii iii iii Esecuzione di un lavaggio manuale 0 0 L00000 Aggiornamenti software 0 000 ie eci ei eee evi eee eci ii ceci ici ezine Spegnimento dello strumento 0 iii Guida del sistema NextSeq 550 if st srren neat Gceccirtapggasrc 49 f y Oojoydep Manutenzione Introduzione 50 Le procedure di manutenzione comprendono i lavaggi manuali dello strumento e quando disponibili gli aggiornamenti del software del sistema Lavaggi dello strumento un lavaggio post corsa automatico dopo ciascuna corsa di sequenziamento mantiene le prestazioni dello strumento Tuttavia un lavaggio manuale richiesto periodicamente in determinate condizioni Vedere Esecuzione di un lavaggio manuale a pagina 51 Aggiornamenti software quando disponibile una versione aggiornata del software del sistema possibile installare l aggiornamento automaticamente mediante una connessione a BaseSpace oppure manualmente dopo aver scaricato l installer dalla pagina Web Illumina Vedere Aggiornamenti software a pagina 54 n codice 15069765 Rev BITA Esecuzione di un lavaggio manuale I lavaggi manuali sono avviati dalla schermata Home Inizio Le opzioni di lavaggio comprendono Quick Wash Lavaggio rapido e Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Tipi di lavaggio Quick Wash Lavag
49. e striscia videocamera e tile Canale rosso o verde Esempio s_3_12512_green jpg indica corsia numero 3 superficie superiore striscia numero 2 videocamera numero 5 tile numero 12 e canale verde Guida del sistema NextSeq 550 3 74 ojusweizuenbas j 13d indino Ip l4 File e cartelle di output Struttura della cartella di output del sequenziamento O0 I Data Intensities BaseCalls L001 i file di identificazione delle basi per la corsia 1 aggregate in un file per ciclo L002 i file di identificazione delle basi per la corsia 2 aggregate in un file per ciclo L003 i file di identificazione delle basi per la corsia 3 aggregate in un file per ciclo L004 i file di identificazione delle basi per la corsia 4 aggregate in un file per ciclo L001 un file locs aggregato per la corsia 1 L002 un file locs aggregato per la corsia 2 L003 un file locs aggregato per la corsia 3 L004 un file locs aggregato per la corsia 4 m Images Focus L001 le immagini di messa a fuoco per la corsia 1 L002 le immagini di messa a fuoco per la corsia 2 L003 le immagini di messa a fuoco per la corsia 3 L004 le immagini di messa a fuoco per la corsia 4 5 InterOp i file binari usati da Sequencing Analysis Viewer SAV Logs i file di registro che descrivono le fasi operative Recipe il file della ricetta specifico per la corsa denominato con l ID della cartuccia
50. e Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n 6 a pagina 33 Panoramica sulla cartuccia di tamponi La cartuccia di tamponi un materiale di consumo monouso che contiene tre serbatoi preriempiti con tampone e soluzione di lavaggio Il contenuto della cartuccia di tamponi sufficiente per il sequenziamento di una cella a flusso Figura 7 Cartuccia di tamponi Guida del sistema NextSeq 550 o u weizu nb s ji 14 d OLUNSUO Ip I ew INS EIILUEAOUEA IMINATrI ioni pre Informaz Avvio dello strumento 1 Portare l interruttore di alimentazione in posizione I acceso Figura 8 Interruttore di alimentazione sulla parte posteriore dello strumento 2 Premere il pulsante di alimentazione sopra lo scomparto reagenti Il pulsante di alimentazione accende l alimentazione dello strumento e avvia il computer e il software dello strumento integrati Figura 9 Pulsante di alimentazione sulla parte anteriore dello strumento 3 Attendere che il sistema operativo completi il caricamento Quando il sistema pronto NextSeq Control Software NCS si avvia ed esegue automaticamente l inizializzazione del sistema Al termine dell inizializzazione si apre la schermata di Home Inizio Se il sistema stato configurato per l accesso mediante credenziali eseguire il login con il nome utente e la password predefiniti Nome utente sbsuser Password sbs123 In caso contrario eseguire il login utilizzando le credenziali specif
51. e delle fasi phasing Durante la reazione di sequenziamento ciascun filamento di DNA in un cluster si estende di una base per ciclo La determinazione delle fasi phasing e la predeterminazione delle fasi prephasing si verificano quando un filamento fuoriesce dalla fase con il ciclo di incorporazione attuale La determinazione delle fasi phasing si verifica quando una base rimane indietro Guida del sistema NextSeq 550 Fd Q SISA EU ul e 4 IP 01048 IP ossn 4 Real Time Analysis RTA La predeterminazione delle fasi prephasing si verifica quando una base salta in avanti Figura 35 Determinazione delle fasi phasing e predeterminazione delle fasi prephasing A Lettura con una base nella determinazione delle fasi phasing B Lettura con una base nella predeterminazione delle fasi prephasing RTA v2 corregge gli effetti della determinazione delle fasi phasing e della predeterminazione delle fasi prephasing usando un algoritmo empirico per la correzione della determinazione delle fasi phasing che massimizza il valore chastity cumulativo dei dati a ogni ciclo per tutta la corsa RTA v2 non applica correzioni alle letture indici identificazione delle basi L identificazione delle basi determina una base A C G o T per ciascun cluster di una data tile a un ciclo specifico NextSeq 550 usa il sequenziamento a due canali che richiede solo due immagini per codificare i dati per quattro basi di DNA un immagine dal
52. e in BaseSpace Se la corsa prevista non viene visualizzata sulla schermata Run Setup Impostazione corsa assicurarsi che la corsa sia selezionata per il sequenziamento in BaseSpace Computer autonomo la schermata Run Setup Impostazione corsa include i campi per la definizione dei parametri della corsa Selezione delle corse disponibili configurazione BaseSpace 1 Selezionare un nome della corsa dall elenco delle corse disponibili Usare le frecce verso l alto e verso il basso per scorrere nell elenco o inserire un nome della corsa nel campo Search Cerca Selezionare Next Avanti Confermare i parametri della corsa Run Name Nome corsa il nome della corsa come assegnato in BaseSpace Library ID ID libreria il nome delle librerie sottoposte a pooling come assegnato in BaseSpace Recipe Ricetta il nome della ricetta NextSeq High o NextSeq Mid in base alla cartuccia di reagenti usata per la corsa Read Type Tipo lettura Single Read Lettura unidirezionale oppure Paired End Lettura paired end Read Length Lunghezza lettura il numero di cicli per ciascuna lettura Opzionale Custom Primers Primer custom se applicabile Guida del sistema NextSeq 550 3 3 ojuasweizuanbas p es1o9 eun Ip uoizezsodulj Sequenziamento 4 Opzionale Selezionare l icona Edit Modifica per modificare i parametri della 5 corsa Una volta terminato selezionare Save Salva Run parameters Parametri della corsa cambiare
53. er selezionato Home Inizio non possibile tornare a visualizzare le metriche della corsa Tuttavia le metriche della corsa sono accessibili su BaseSpace o visualizzabili da un computer autonomo usando Sequencing Analysis Viewer SAV Cicli per le metriche della corsa 36 Le metriche della corsa vengono visualizzate in diversi punti in una corsa Durante le fasi di generazione di cluster non appare alcuna metrica I primi cinque cicli sono riservati per la generazione della griglia per l identificazione Le metriche della corsa appaiono dopo il ciclo 25 inclusi densit dei cluster cluster che attraversano il filtro rendimento e punteggi qualitativi n codice 15069765 Rev BITA Trasferimento dei dati In base alla configurazione per l analisi selezionata durante la corsa viene visualizzata sullo schermo un icona per indicare lo stato del trasferimento dati Stato BaseSpace BaseSpace Strumento Illumina Onsite autonomo Collegato A Collegato e in fase di trasferimento dati Scollegato m ai Se durante la corsa viene interrotto il trasferimento dei dati i dati vengono archiviati temporaneamente sul computer dello strumento Quando la connessione viene ripristinata il trasferimento dei dati riprende automaticamente Se la connessione non viene ripristinata prima del termine della corsa i dati devono essere rimossi manualmente dal computer dello strumento prima di poter avviare una nuova corsa dd D A teo R
54. erata Per visualizzare i risultati di ciascuna singola verifica entro una categoria selezionare l icona per allargare la categoria Avvio della scansione Al termine della verifica automatica selezionare Start Avvia La scansione ha inizio Per configurare il sistema per avviare una scansione automaticamente dopo una verifica selezionare Personalizzazione della corsa a pagina 18 4 6 n codice 15069765 Rev BITA Monitoraggio del progresso della scansione Monitorare il progresso della scansione utilizzando l immagine del BeadChip Ciascun colore sull immagine indica lo stato della scansione Grigio chiaro scansione non eseguita Grigio scuro scansione eseguita ma non registrata Verde scansione eseguita e registrata correttamente Rosso scansione e registrazione non riuscite Se la registrazione non riesce possibile eseguireuna nuova scansione dei campioni che contengono le sezioni non riuscite Vedere Mancata scansione del BeadChip a pagina 68 Selezionare l immagine del BeadChip per passare tra la visualizzazione completa e la visualizzazione dettagliata di un campione selezionato La visualizzazione completa mostra i campioni sul BeadChip e le sezioni entro ciascun campione La visualizzazione dettagliata mostra ciascuna sezione entro il campione selezionato Figura 30 Immagine del BeadChip visualizzazione completa e visualizzazione dettagliata KML UL HA AU i A Barcode number Barcode number
55. ernativa usare il software di conversione bcl2fastq per la conversione FASTO e soluzioni di analisi di terze parti I file NextSeq richiedono bcl2fastq v2 0 o versione successiva Per la versione pi recente di bcl2fastq visitare la pagina di download di NextSeg sul sito Web Illumina RTA v2 fornisce metriche in tempo reale sulla qualit della corsa archiviate come file InterOp I file InterOp sono file di output binari che contengono tile ciclo e metriche a livello di lettura e sono richiesti per visualizzare le metriche in tempo reale utilizzando Sequencing Analysis Viewer SAV Per la versione pi recente del software SAV visitare la la pagina di download di SAV sul sito Web Illumina Cluster che attraversano Il filtro Durante la corsa RTA v2 filtra i dati non elaborati e rimuove le letture che non corrispondono alla soglia per la qualit dei dati I cluster sovrapposti o di qualit bassa vengono rimossi Per l analisi a due canali RTA v2 utilizza un sistema basato sulla popolazione per determinare il valore chastity di una identificazione delle basi I cluster attraversano il filtro PF quando non pi di una identificazione delle basi nei primi 25 cicli hanno un valore chastity di lt 0 63 I cluster che non attraversano il filtro non rappresentano un identificazione delle basi Gestione degli errori di RTA v2 13 RTA v2 crea file di registro e li scrive nella cartella RTALogs Gli errori vengono registrati in un file di er
56. errore Q40 0 0001 1 su 10 000 030 0 001 1 su 1 000 Q20 0 01 1 su 100 Q10 0 1 1 su 10 Il punteggio qualitativo calcola un set valori per ciascuna identificazione delle basi e quindi usa questi valori per individuare il punteggio qualitativo in una tabella qualitativa Le tabelle qualitative sono create per fornire previsioni di qualit accurate ed ottimali per le corse generate da una specifica configurazione di una piattaforma di sequenziamento e versione della chimica Dopo la determinazione del punteggio qualitativo i risultati sono registrati nei file per l identificazione delle basi bcl Per maggiori informazioni vedere File di output per il sequenziamento a pagina 84 Guida del sistema NextSeq 550 SI SISA EU QUI BaY IP 01048 IP OSSN H 2 n codice 15069765 Rev BITA File e cartelle di output File di output per il sequenziamento 0 84 Struttura della cartella di output del sequenziamento 88 File di output della scansione 0i 0 89 Struttura della cartella di output della scansione 0 90 e ni _ que cir dt f a an or 1 Prete Pa ar 4 sti LI vr PP fil MA recaReA rea rsgag resto Guida del sistema NextSeq 550 a 3 qs vIpuaddy fs i O fs O Tipo di file O File di identificazione delle basi D fn O D 2 File indice LL identificazione delle basi File posizione cluster Fi
57. es Usa gli indirizzi DNS seguenti collega lo strumento a un server che traduce i nomi di dominio in indirizzi IP e Immettere l indirizzo DNS prescelto L indirizzo DNS il nome del server usato per tradurre i nomi di dominio in indirizzi IP e Immettere l indirizzo DNS alternativo L indirizzo alternativo usato se il DNS prescelto non in grado di tradurre un determinato nome di dominio in un indirizzo IP Computer name Nome computer il nome assegnato al computer dello strumento almomento della fabbricazione Qualsiasi modifica eseguita alnome del computer pu incidere sulla connettivit e richiede un amministratore di rete Member of domain Membro di dominio collega lo strumento a un dominio Il dominio il nome associato con la connessione Internet della struttura Le modifiche al dominio richiedono un nome utente e una password di amministratore Member of work group Membro del gruppo di lavoro se lo strumento non collegato a Internet specificare un nome per il gruppo di lavoro Il nome del gruppo di lavoro univoco per la struttura n codice 15069765 Rev BITA Configurazione di BaseSpace Opzione Analysis Analisi BaseSpace Descrizione BaseSpace invia i dati di sequenziamento a Base Space Illumina BaseSpace Onsite BaseSpace Onsite invia i dati di sequenziamento a BaseSpace Onsite Immettere Server Name Nome del server per il server di BaseSpace Onsite e Opzionale Per le opz
58. esta impostazione per utilizzare il monitoraggio della corsa in BaseSpace 8 Selezionare Next Avanti Revisione della verifica automatica Il software esegue una verifica automatica del sistema Durante la verifica gli indicatori seguenti vengono visualizzati sulla schermata Segno di spunta grigio la verifica non ancora stata eseguita Icona di progresso la verifica in corso Segno di spunta verde la verifica stata superata X rossa la verifica non stata superata Per qualsiasi voce che non supera la verifica richiesta un azione prima di poter procedere Vedere Risoluzione dei errori della verifica automatica a pagina 62 Per arrestare una verifica automatica in corso selezionare l icona GJ nell angolo inferiore destro Per riavviare la verifica selezionare l icona Ol La verifica riprende dalla prima verifica completata o non superata Per visualizzare i risultati di ciascuna singola verifica entro una categoria selezionare l icona per allargare la categoria Avvio della corsa Al termine della verifica automatica selezionare Start Avvia La corsa di sequenziamento viene avviata Per configurare il sistema per avviare una corsa automaticamente dopo una verifica selezionare Personalizzazione della corsa a pagina 18 Guida del sistema NextSeq 550 3 D o u weizu nb s p es1o9 eun Ip uoizezsodulj Sequenziamento Monitoraggio del progresso della corsa Monitorare il progresso della corsa le
59. gio rapido Durata 20 minuti Lavaggio post corsa manuale Durata 90 minuti Descrizione Lava il sistema con una soluzione di lavaggio fornita dall utente composta da acqua da laboratorio e Tween 20 cartuccia dei tamponi di lavaggio e Richiesto ogni 14 giorni se lo strumento rimasto inattivo con la cartuccia di reagenti e la cartuccia di tamponi in posizione e Richiesto ogni 7 giorni se lo strumento si trova in uno stato asciutto cartuccia di reagenti e cartuccia di tamponi rimosse e Richiesto dopo uno spegnimento Lava il sistema con una soluzione di lavaggio fornita dall utente composta da acqua da laboratorio e Tween 20 cartuccia dei tamponi di lavaggio e ipoclorito di sodio allo 0 12 cartuccia dei reagenti di lavaggio Richiesto se non stato eseguito il lavaggio post corsa automatico Un lavaggio manuale richiede la cartuccia dei reagenti di lavaggio e la cartuccia dei tamponi di lavaggio forniti con lo strumento e una cella a flusso usata Una cella a flusso usata pu essere utilizzata fi no a 20 volte per i lavaggi dello strumento Figura 31 Cartuccia dei reagenti di lavaggio e cartuccia dei tamponi di lavaggio Preparazione per Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Materiali di consumo forniti dall utente e NaOCI e Tween 20 100 e Acqua da laboratorio Guida del sistema NextSeq 550 Volume e descrizione 1 ml diluito a 0 12 Caricato sulla cartuccia dei reagenti
60. he la cella a flusso montata correttamente nella posizione di sequenziamento Flow Rate Portata Verifica la funzionalit dei sensori delle bolle d aria che sono usati per rilevare la presenza di aria nelle linee dei reagenti Misura le portate per verificare la presenza di occlusioni o perdite Fd D n codice 15069765 Rev BITA Verifiche termiche Verifica del sistema Fans Ventole Thermal Probes Sonde termiche Guida del sistema NextSeq 550 Descrizione Verifica la velocit del sistema delle ventole in impulsi per minuto PPM per confermare il funzionamento delle ventole Le ventole che non funzionano forniscono un valore negativo Verifica la temperatura media di ciascun sensore termico I sensori termici che non funzionano forniscono un valore negativo 3 EWIS SIS Op BIIAN Risoluzione del problemi Messaggio di errore RAID 14 Il computer di NextSeq dotato di due dischi rigidi Se un disco rigido inizia a non funzionare il sistema genera un messaggio di errore RAID e suggerisce di contattare l Assistenza tecnica Illumina Di solito richiesta la sostituzione del disco rigido possibile proseguire con le fasi di impostazione della corsa e di funzionamento normale Lo scopo del messaggio quello di programmare in anticipo un intervento di assistenza per evitare interruzioni durante il funzionamento normale dello strumento Per proseguire selezionare Acknowledge Accetta e quindi Close C
61. he la corsa procede il software di controllo trasferisce automaticamente i file di identificazione delle basi BCL a BaseSpace oppure alla posizione di output specificata per l analisi secondaria In base all applicazione sono disponibili diversi metodi di analisi Per maggiori informazioni vedere la Guida di BaseSpace help basespace illumina com n codice 15069765 Rev BITA Flusso di lavoro per il sequenziamento Per le configurazioni usando BaseSpace o BaseSpace Onsite Illumina impostare la corsa sulla scheda Prep Preparazione di BaseSpace Vedere la Guida di BaseSpace help basespace illumina com Preparare una nuova cartuccia di reagenti scongelarla e ispezionarla Preparare una nuova cella a flusso portare a temperatura ambiente togliere dalla confezione e ispezionare Denaturare e diluire le librerie non si applica a tutti i tipi di libreria Vedere Denaturazione e diluizione delle librerie per il sistema NextSeq n codice 15048776 Caricare la diluizione della libreria sulla cartuccia di reagenti nel serbatoio n 10 Dall interfaccia software selezionare Sequence Sequenziamento per avviare la procedura di impostazione della corsa Caricare la cella a flusso Svuotare e ricaricare il contenitore dei reagenti usati Caricare la cartuccia di tamponi e la cartuccia di reagenti Riesaminare i parametri della corsa e i risultati della verifica automatica Selezionare Start Avvio Monitorare il progresso de
62. hip A Posizione corretta quando la clip viene rilasciata il BeadChip adagiato sull adattatore B Posizione errata quando la clip viene rilasciata il BeadChip non adagiato sull adattatore 4 A n codice 15069765 Rev BITA Impostazione di una scansione Dalla schermata Home Inizio selezionare Experiment Esperimento quindi selezionare Scan Scansione Il comando Scan Scansione apre lo sportello dello scomparto di imaging rilascia i materiali di consumo di una corsa precedente se presenti e apre la serie di schermate per l impostazione della scansione Un breve ritardo normale Come scaricare i materiali di consumo del sequenziamento Se i materiali di consumo del sequenziamento sono presenti e si sta impostando una scansione il software suggerisce di scaricare la cartuccia di reagenti e la cartuccia di tamponi prima di passare alla fase successiva 1 Se suggerito rimuovere i materiali di consumo del sequenziamento usati da una corsa di sequenziamento precedente a Rimuovere la cartuccia di reagenti dallo scomparto reagenti Smaltire i contenuti non utilizzati in base agli standard applicabili Y AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laborator
63. hiudi n codice 15069765 Rev BITA Real I ime Analysis RTA Introduzione MEO 76 Descrizione generale di RTA v2 0 0000 ie Vas Flusso di lavoro di Real Time Analysis 0 00 iii 79 ne ni e ET 3 aikoo com tt D pnt gt gt Mero f rina anna i Enare ti td Cam pi narecaecA rta regagico ton Guida del sistema NextSeq 550 F D y 0lpPusddwy Real Time Analysis RTA Introduzione 6 Il software integrato Real Time Analysis RTA esegue l analisi dei dati in tempo reale integrata sullo strumento durante la corsa di sequenziamento comprese l analisi delle immagini e l identificazione delle basi accelerando di conseguenza i tempi di analisi a valle NextSeq usa una nuova implementazione del software Real Time Analysis RTA chiamata RTA v2 che include differenze importanti nell architettura e nelle caratteristiche RTA v2 introduce le differenze seguenti Tutti i processi sono eseguiti in memoria per massimizzare la velocit di elaborazione I file di configurazione i formati file di output e il flusso di lavoro di elaborazione differiscono dalle implementazioni precedenti di RTA Le impostazioni del file di configurazione usate con le implementazioni precedenti di RTA non sono compatibili con RTA v2 Se l elaborazione viene arrestata RTA v2 non continua o non riprende l elaborazione Non possibile riavviare il software durante una corsa di sequenziamen
64. i risoluzione dei problemi Un rappresentante dell Assistenza tecnica Illumina pu richiedere copie dei file specifici della corsa o della scansione per risolvere il problema Di solito i file seguenti sono utilizzati per risolvere il problema File di risoluzione dei problemi per le corse di sequenziamento File principale File informazioni corsa RunInfo xml File parametri della corsa RunParameters xml File configurazione RTA RTAConfiguration xml File InterOp bin File di registro File registro errori ErrorLog txt File registro globale GlobalLog tsv File registro corsia LaneLog txt Guida del sistema NextSeq 550 Cartella Cartella della corsa livello base Cartella della corsa livello base Data Intensities InterOp Logs Registri RTA Registri RTA Registri RTA Descrizione Contiene le informazioni seguenti e Nome della corsa e Numero di cicli per la corsa e Numero di cicli in ciascuna lettura e Se la lettura una lettura indicizzata e Numero di strisce e tile sulla cella a flusso Contiene le informazioni relative ai parametri della corsa e ai componenti della corsa Le informazioni comprendono l etichetta RFID il numero di serie il numero di parte e la data di scadenza IUUS QO4d 19 SUOIZNIOSII Ip JIA Contiene le impostazioni della configurazione di RTA per la corsa Il file RTAConfiguration xml viene creato all inizio della corsa File re
65. icate per la sede Pulsante di accensione Il pulsante di accensione si trova nella parte anteriore di NextSeq e permette di accendere lo strumento e il computer dello strumento Il pulsante di accensione esegue le azioni seguenti in base allo stato di accensione dello strumento 1 O n codice 15069765 Rev BITA Stato di accensione Intervento Lo strumento spento Premere brevemente il pulsante per accendere l alimentazione Lo strumento acceso Premere brevemente il pulsante per spegnere l alimentazione Sullo schermo viene visualizzata una finestra di dialogo per confermare uno spegnimento normale dello strumento Lo strumento acceso Premere e tenere premuto il pulsante di accensione per 10 secondi per forzare lo spegnimento dello strumento e del computer dello strumento Utilizzare questo metodo per spegnere lo strumento solo se lo strumento non risponde iy NOTA Spegnere lo strumento durante una corsa di sequenziamento termina la corsa immediatamente La terminazione di una corsa definitiva I materiali di consumo della corsa non possono essere riutilizzati e i dati di sequenziamento ottenuti dalla corsa non sono salvati Guida del sistema NextSeq 550 I I 0 U8WwN1 S 0 8p OIAAY7 Informazioni preliminari Software NextSeg Il software dello strumento include applicazioni integrate che eseguono le corse di sequenziamento o la scansione di array NextSeq Control Software NCS il software di controllo guida l ute
66. ideocamera utilizzata per raccogliere l immagine e Tile un area di imaging definita come il campo visivo della videocamera e Canale un canale rosso o verde SI SuUoISUEoSs Ejjap mdino Ip sjIH File e cartelle di output Struttura della cartella di output della scansione I gt Data Nome strumento Scansione n _ Codice a barre gt Codice a barre Config El Effective cfg registra le impostazioni di configurazione utilizzate durante la scansione M Focus contiene i file delle immagini utilizzate per mettere a fuoco la scansione Logs contiene i file di registro che elencano ciascuna fase eseguita durante la scansione PreScanDiagnosticFiles Data_Ora Scansione codice a barre E ProcessedBarcode jpg immagine del codice a barre del BeadChip E Diagnostica della scansione file di registro E PreScanChecks csv registra i risultati della verifica automatica El file GTC file di identificazione dei genotipi un file per campione El file IDAT opzionale file dei dati di intensit due file per campione uno ciascuno per canale E file delle immagini immagini della scansione per ciascun campione sezione striscia videocamera tile e canale E Codice a barre _campione_metriche csv B Codice a barre _sezione_metriche csv El ScanParameters xml Q O n codice 15069765 Rev BITA INdice A accesso a Windows 14 adattatore caricamento BeadChip 45 orientamento BeadChip 44
67. il numero di letture o il numero di cicli per lettura Custom primers Primer personalizzati cambiare le impostazioni per i primer personalizzati Per maggiori informazioni vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Purge consumables for this run Spurgo dei materiali di consumo per questa corsa modificare questa impostazione per spurgare automaticamente i materiali di consumo dopo la corsa corrente Per maggiori informazioni vedere Personalizzazione della corsa a pagina 18 Selezionare Next Avanti Inserimento dei parametri della corsa configurazione su computer autonomo 1 2 3 34 Immettere un nome della corsa scelto dall utente Opzionale Immettere un ID della libreria scelto dall utente Dall elenco a discesa Recipe Ricetta selezionare una ricetta Sono elencate solo le ricette compatibili Selezionare un tipo di lettura Single Read Unidirezionale oppure Paired End Paired end Inserire il numero di cicli per ciascuna lettura nella corsa di sequenziamento Read 1 Lettura 1 immettere un valore fino a 151 cicli Read 2 Lettura 2 immettere un valore fino a 151 cicli Questo valore di solito lo stesso numero di cicli di Read 1 Lettura 1 Index 1 Indice 1 immettere il numero di cicli richiesti per il primer Index 1 i7 Index 2 Indice 2 immettere il numero di cicli richiesti per il primer Index 2 i5 Il software di controllo conferma le voci immesse in base ai crite
68. illumina Guida del sistema NextSeg 550 GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG gt CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG GAAAAGAAT ACACTTCTGTTAACCTTAAGATT C C ATT Li GTACCGTAA A ACTAAATATTAACGTACCA CAGTAACACA C ACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT CGAA TCAATTGAG ATTAA TTAAGAGCTAC TGATAACAGTAACACAC AACC GATTACTTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTATCAATTGA AAATATT CCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACC ACTTGATCC GATT ATTGAGAC TA TIAAGATTACTTGATCCA ATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT i TATCAATTGAGACTAAATATT ACTTAACCTTAAG TTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTCTT AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA TCAATTGAGACTAACGAC AGA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACC ACTTGATCCACTGATTCAAC CGIAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAA TTAAGAGCTACCGTGC AGTAACAC TGATAACAGTAACACACTTO ATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGA AAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCT CTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA CCATTAAGAGCTACCGTGCAACTITAA GATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAG AACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAAC ATTACTTGA TACCA CCTTAAGATT 1 T GTA T TGAGACT
69. io Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html SUOISUBOS eun Ip uoizezsodw b Rimuovere la cartuccia di tamponi usata dallo scomparto tamponi 2 Chiudere gli sportelli dello scomparto reagenti e dello scomparto tamponi Caricamento dell adattatore BeadChip 1 Utilizzare i perni di allineamento per posizionare l adattatore BeadChip sul piano 2 Selezionare Load Carica Lo sportello si chiude automaticamente l ID del BeadChip viene visualizzato sulla schermata e i sensori sono sottoposti a verifica Un breve ritardo normale Se il codice a barre del BeadChip non pu essere letto viene visualizzata una finestra di dialogo che permette di immettere manualmente il codice a barre Vedere Il software non riesce a leggere il codice a barre del BeadChip a pagina 68 3 Selezionare Next Avanti Guida del sistema NextSeq 550 4 D Scansione Impostazione della scansione 1 Nella schermata Scan Setup Impostazione scansione confermare le informazioni seguenti Barcode Codice a barre il software legge il codice a barre del BeadChip quando il BeadChip caricato Se il codice a barre era stato immesso manualmente viene visualizzato il pulsante Edit Modifica per apportare ulteriori modifiche Type Tipo il campo del
70. ioni BaseSpace o BaseSpace Onsite selezionare la casella di controllo Output Folder Cartella di output e quindi selezionare Browse Sfoglia per andare alla posizione preferita Questa impostazione salva una copia dei dati di sequenziamento solo file BCL in una posizione di rete Standalone Instrument Strumento indipendente invia i dati di sequenziamento a una posizione sulla rete della struttura Selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione preferita Il software di controllo genera il nome della cartella di output e Opzionale Selezionare Use Run Monitoring Usa monitoraggio corsa per monitorare la corsa utilizzando gli strumenti di visualizzazione disponibili su BaseSpace richiesto un login BaseSpace Immettere un User Name Nome utente e una Password Password per registrare lo strumento con BaseSpace Il nome utente e la password immessi possono essere impostati come credenziali di login predefinite Use default login and bypass the BaseSpace login screen Usa login predefinito e bypassa la schermata di login di BaseSpace imposta il nome utente e la password come login predefinito di BaseSpace e bypassa la schermata di BaseSpace durante l impostazione della corsa Send instrument health information to Illumina Invia informazioni sulla salute dello strumento a Illumina invia i file di registro a Illumina Questa opzione non disponibile con BaseSpace Onsite o con le configurazioni indipendenti Configura
71. iudere il software di controllo e di riavviare il software di controllo selezionare Yes S Il software di controllo si riavvia automaticamente Verifiche del movimento Verifica del sistema Descrizione BSM Verifica il guadagno e la resistenza del meccanismo di prelievo dal flacone Bottle Straw Mechanism BSM per confermare che il modulo funziona correttamente FCLM amp FAM Verifica il guadagno e la resistenza del meccanismo di caricamento della cella a flusso Flow Cell Load Mechanism FCLM e del modulo di automazione della fluidica Fluid Automation Module FAM per confermare che i moduli funzionano correttamente Stage Tests Test del Verifica il limiti e le prestazioni di spostamento del piano XY e dei piano sei piani Z uno per ciascuna videocamera Verifica del Modulo ottica Verifica del sistema Descrizione Flow Cell Registration Misura il tilt della cella a flusso sul piano ottico verifica la Registrazione cella a funzionalit della videocamera verifica il modulo di imaging e flusso verifica che la registrazione della cella flusso sia nella posizione di imaging corretta Verifiche della fluidica Verifica del sistema Descrizione Valve Response Verifica l accuratezza dei movimenti della pompa e della valvola e Risposta valvola verifica il range di movimento della siringa della pompa Pressure Decay Verifica la portata delle perdite di un sistema di fluidica sigillato Riduzione pressione che conferma c
72. le filtro File InterOp File configurazione RTA File informazioni corsa 84 File di output per il sequenziamento Descrizione posizione e nome del file Ciascuna tile analizzata inclusa in un file di identificazione delle basi aggregata in un file per ciascuna corsia per ciascun ciclo Il file aggregato contiene l identificazione delle basi e il punteggio qualitativo codificato per ciascun cluster per quella corsia Data Intensities BaseCalls LOO X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia Ciclo bcl bgzf dove ciclo rappresenta il numero di ciclo in formato a quattro cifre I file di identificazione delle basi sono compressi usando gzip Per ciascuna corsia un file indice binario elenca le informazioni originali della tile in una coppia di valori per ciascuna tile che sono numero di tile e numero di cluster per la tile I file indice individuazione delle basi sono creati la prima volta che un file di identificazione delle basi viene creato per quella corsia Data Intensities BaseCalls LOO X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia s_ Corsia bci Per ciascuna tile le coordinate XY per ciascun cluster sono aggregate in un file posizione cluster per ciascuna corsia I file posizione cluster sono il risultato della generazione della griglia per l identificazione dei cluster Data Intensities LOO X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia
73. le procedure dello strumento usare sempre acqua da laboratorio Non usare mai acqua di rubinetto o acqua deionizzata Quanto segue sono esempi accettabili di acqua da laboratorio PWI1 Illumina Acqua con resistivit pari a 18 MQ Megaohm Acqua Milli Q Acqua Super Q Acqua sterile per biologia molecolare Guida del sistema NextSeq 550 21 9 U N ep INUIOJ OLUUNSUOI Ip ienazew a inzeiyooaieddy Informazioni preliminari Apparecchiature fornite dall utente 22 Apparecchio Congelatore temperatura compresa tra 25 C e 15 C antibrina Portaghiaccio Frigorifero temperatura compresa tra 2 C e 8 C Fornitore Fornitore generico Fornitore generico Fornitore generico n codice 15069765 Rev BITA Seguenziamento Introduzione iii eee 24 Flusso di lavoro per il sequenziamento 0 iii 25 Preparazione della cartuccia di reagenti 00 Lie 26 Preparazione della cella a flusso iii 21 Preparazione delle librerie per il sequenziamento 0 nanan oaaan2222 29 Impostazione di una corsa di sequenziamento 0 bei 30 Monitoraggio del progresso della corsa 0 Lili 36 Lavaggio post corsa automatico 0 iii ici iii ei eee 38 a anna mi To i ri te de Vo D g r alan rGEGE arca re 7a r CATTAPGGAGICE Guida del sistema NextSeq
74. ll indirizzo support illumina com sds html Documentazione dei prodotti La documentazione dei prodotti in formato PDF pu essere scaricata dal sito web di Illumina Andare al sito support illumina com e selezionare un prodotto quindi fare clic su Documentation amp Literature Documentazione e letteratura Guida del sistema NextSeq 550 Q BOIU99 EZUa SISS GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC FGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGI CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC e 1 1 1 1 ii lii0 i 0 i L i _ f f i lt A k x X i AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI TTGAGACTAAATATTAACGTITGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATGAAT TGAGACTARATAL TARCGTAGI RACC LIAAGATTACI IGAI CCACTGATTCAACGIACCGIAACGARCGICITCIGTTAACCITAAGALACITGAICCACIGATI CARCGIACOGTAACGAACGIATCANI TGAGACIAACGACG GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCEC
75. lla condizione Selezionare le voci elencate nella finestra per visualizzare una descrizione dettagliata della condizione verificatasi ed eventualmente le istruzioni per risolvere il problema Selezionare Acknowledge Accetta per confermare di aver letto il messaggio e Close Chiudi per chiudere la finestra di dialogo Schermata Manage Instrument Gestione strumento 14 La schermata Manage Instrument Gestione strumento contiene le impostazioni per la configurazione e i controlli dello strumento Figura 12 Schermata Manage Instrument Gestione strumento Opzione i Volume e descrizione System Fornisce l opzione per modificare le impostazioni del sistema come il Configuration nome della macchina il dominio e la connettivit Vedere Impostazioni Configurazione della schermata System Configuration Configurazione sistema a pagina I del sistema System Fornisce le impostazioni opzionali del software per preferenze di Customization visualizzazione suono e nome strumento Vedere Personalizzazione Personalizzazione del sistema a pagina 18 sistema Software Update Fornisce le opzioni per aggiornare il software dello strumento Aggiornamento Vedere Aggiornamenti software a pagina 54 software System Check Fornisce opzioni di risoluzione dei problemi per la verifica dello stato Verifica sistema di funzionamento dei componenti del sistema Vedere Verifica del sistema a pagina 71 Shutdown Fornisce le opzi
76. lla corsa dall interfaccia del software di controllo dalla scheda Run Corsa su BaseSpace oppure da un computer sulla rete usando Sequencing Analysis Viewer SAV Al termine del sequenziamento viene avviato automaticamente un lavaggio dello strumento Guida del sistema NextSeq 550 2 D o u weizu nb s j 19d 01048 IP ossn 4 Sequenziamento Preparazione della cartuccia di reagenti 26 Rimuovere la cartuccia di reagenti dalla temperatura di conservazione compresa tra 25 C e 15 C Scongelare in un bagno d acqua a temperatura ambiente fino a scongelamento circa 60 minuti Non sommergere la cartuccia Picchiettare delicatamente sul banco per far fuoriuscire l acqua dalla base quindi asciugare la base NOTA Metodo alternativo scongelare i reagenti durante la notte alla temperatura compresa tra 2 C e 8 C I reagenti richiedono un minimo di 18 ore per lo scongelamento A questa temperatura i reagenti sono stabili fino a una settimana Capovolgere per miscelare i reagenti Ispezionare le posizioni 29 30 31 e 32 per assicurarsi che i reagenti siano scongelati Picchiettare delicatamente sul banco per ridurre le bolle d aria Y AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli o
77. lla corsa originale 7 Selezionare Next Successivo per procedere alla verifica pre corsa e avviare la corsa Guida del sistema NextSeq 550 6 Fa SUOIZEpilygiIS4 IP DJOAB IP OSSN Risoluzione del problemi Errori del BeadChip e della scansione Il software non riesce a leggere il codice a barre del BeadChip Quando viene visualizzata la finestra di dialogo degli errori di lettura del codice a barre selezionare le opzioni seguenti Selezionare Rescan Nuova scansione Il software cerca di leggere di nuovo il codice a barre Selezionare il campo di testo e immettere il codice a barre numerico come mostrato nell immagine In base al BeadChip i numeri dei codici a barre contengono fino a 12 cifre Selezionare Save Salva L immagine del codice a barre archiviato nella cartella di output Selezionare Cancel Annulla Lo sportello dello scomparto di imaging si apre per scaricare l adattatore BeadChip Mancata scansione del BeadChip 69 Le immagini sono registrate dopo essere state sottoposte a scansione La registrazione identifica le microsfere mettendo in correlazione le loro posizioni sull immagine scansionata e le informazioni nella mappa delle microsfere o nella cartella DMAP Le sezioni che non vengono registrate sono indicate in rosso sull immagine del BeadChip Figura 33 BeadChip che mostra le sezioni non riuscite jm Barcode number 9934994010 Quando la scansione completata e i dati sottoposti a sc
78. mento della corsa non sono salvati Quando viene terminata una corsa il software esegue i passaggi seguenti prima di terminare la corsa Pone la cella a flusso in uno stato sicuro Sblocca l etichetta RFID della cella a flusso per una corsa successiva Assegna alla cella a flusso una data di scadenza per la reibridazione Scrive i registri della corsa per i cicli completati Un ritardo normale Bypassa il lavaggio post corsa automatico Quando viene avviata una corsa di reibridazione il software esegue i passaggi seguenti prima di eseguire la corsa Crea una cartella per la corsa in base a un nome univoco per la corsa Verifica che la data della cella a flusso per la reibridazione non sia scaduta Esegue il priming dei reagenti Un ritardo normale Salta il passaggio di generazione di cluster Rimuove il primer Lettura 1 precedente Ibridizza un primer Lettura 1 fresco Prosegue con la Lettura 1 e il resto della corsa in base ai parametri specificati della corsa Momenti in cui terminare una corsa per la reibridazione La reibridazione successiva possibile solo se si termina la corsa nei momenti seguenti Dopo il ciclo 5 le intensit appaiono dopo la registrazione della griglia che richiede i primi 5 cicli di sequenziamento Sebbene sia sicuro terminare una corsa dopo il ciclo 1 si raccomanda di terminare una corsa dopo il ciclo 5 Non terminare una corsa durante la generazione di cluster Lettura 1 o Lettura Indice 1
79. messo dell utente un rappresentante dell Assistenza tecnica Illumina pu visualizzare lo schermo e condividere il controllo dello strumento L utente mantiene il controllo prioritario sullo strumento e pu mettere fine alla sessione di condivisione della schermata in qualsiasi momento Per abilitare Live Help Assistenza in diretta lo strumento deve essere collegato a una rete con accesso a Internet Guida del sistema NextSeq 550 61 E 9JIp uI EZUa sISS 7 djaH SAI Risoluzione del errori della verifica automatica Se si verificano errori durante la verifica automatica utilizzare le azioni seguenti raccomandate per risolvere l errore Le verifiche automatiche sono diverse per il sequenziamento e per le scansioni di array Verifiche per le corse di sequenziamento Se la verifica pre corsa non viene superata l etichetta RFID della cartuccia di reagenti non viene bloccata e pu essere usata per una corsa successiva Tuttavia l etichetta RFID viene bloccata dopo che i sigilli in alluminio sono stati perforati Risoluzione del problemi Verifiche del sistema Azione raccomandata Doors Closed Sportelli Assicurarsi che gli sportelli dello scomparto siano chiusi chiusi Consumables Loaded I sensori dei materiali di consumo non eseguono la Materiali di consumo registrazione Assicurarsi che ciascun materiale di consumo sia caricati caricato correttamente Sulle schermate per l impostazione della corsa selezionare Back Indietr
80. n Setup Impostazione corsa BaseSpace or BaseSpace Onsite configuration Configurazione di BaseSpace o BaseSpace Onsite selezionare l icona Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa Una volta terminato selezionare l icona A Save Salva Standalone configuration Configurazione su computer indipendente selezionare l icona Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa Una volta terminato selezionare Save Salva Opzioni di spegnimento Le opzioni di spegnimento non sono richieste per il funzionamento normale Opzione Shut Down Spegni Restart Riavvia Exit to Windows Esci su Windows Guida del sistema NextSeq 550 Descrizione Spegne il software e l alimentazione dello strumento Vedere Spegnimento dello strumento a pagina 56 Riavvia Windows e il software di controllo e quindi inizializza lo strumento Questo comando di solito usato durante una sessione di risoluzione dei problemi o da un rappresentante Illumina Chiude il software di controllo e accede direttamente al sistema operativo Uscire su Windows per eseguire compiti amministrativi Il funzionamento normale eseguito dall interfaccia software in modalit kiosk 19 bD S xX N JEMYOS Informazioni preliminari Sequencing Analysis Viewer SAV Il software Sequencing Analysis Viewer SAV mostra le metriche di sequenziamento generate durante la corsa Le metriche vengono visualizzate sotto forma
81. ndo lo stesso software di controllo Funzione di imaging estesa il sistema di imaging in NextSeq 550 comprende il software e le modifiche al piano per permettere l imaging di un area di superficie pi grande per permettere la scansione dei BeadChip Tipi di BeadChip i tipi di BeadChip compatibili includono CytoSNP 12 CytoSNP 850K e Karyomap 12 Adattatore BeadChip un adattatore BeadChip riutilizzabile permette di caricare facilmente un BeadChip sullo strumento Analisi dei dati utilizzare il software BlueFuse Multi per analizzare i dati dell array Considerazioni sulla sicurezza Per informazioni importanti sugli aspetti relativi alla sicurezza vedere la Guida sulla sicurezza e conformit del sistema NextSeq n codice 15046564_ITA D n codice 15069765 Rev BITA Risorse addizionali possibile scaricare la documentazione seguente dal sito Web Illumina Risorsa Guida alla preparazione della sede di installazione del sistema NextSeg n codice 15045113_ ITA Guida sulla sicurezza e conformit del sistema NextSeq n codice 15046564_ITA Guida per l utente del lettore RFID modello n TR 001 44 n codice 15041950_ITA Denaturazione e diluizione delle librerie per il sistema NextSeq n codice 15048776 Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Guida di BaseSpace help basespace illumina com Descrizione Fornisce le specifiche relative ai locali del laboratorio i requisiti ele
82. ne iniziale 2015 15069765_ITA Guida del sistema NextSeq 550 n codice 15069765 Rev BITA Sommario Cronologia revisioni 0 iii iii iii iii ii iii iii Sommario MOO V Capitolo 1 Informazioni preliminari 1 INITOGIUZIONE iuris SO telo eine 2 Risorse addizionali 0 000 eee eee 3 Componenti dello strumento i 4 Panoramica sull adattatore BeadChip riutilizzabile 6 Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento T Avvio dello strumento ie 10 Software NextSeq 0 0 12 Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente 21 Capitolo 2 Sequenziamento aaan anaana anaana nananana 23 Introduzione iii iii iii iii iii ii ei 24 Flusso di lavoro per il sequenziamento 000 25 Preparazione della cartuccia di reagenti 0 0 26 Preparazione della cella a flusso 0 i 21 Preparazione delle librerie per il sequenziamento 0 0 29 Impostazione di una corsa di sequenziamento 0 0 30 Monitoraggio del progresso della corsa 0 iii 36 Lavaggio post corsa automatico iii ei 38 Capitolo 3 Scansione _ oaaao aaa ALAL
83. no sottoposte a imaging in coppie Le corsie 1 e 3 coppia corsie A sono sottoposte a imaging contemporaneamente Le corsie 2 e 4 coppia corsie B sono sottoposte a imaging al completamento dell imaging della coppia di corsie A Sebbene la cella a flusso disponga di quattro corsie solo una singola libreria o un set di librerie sottoposte a pooling viene sequenziato sulla cella a flusso Le librerie vengono caricate sulla cartuccia di reagenti da un singolo flacone e trasferite automaticamente alla cella a flusso a tutte e quattro le corsie Ciascuna corsia viene sottoposta a imaging in aree denominate tile Per maggiori informazioni vedere Tile della cella a flusso a pagina 85 Panoramica sulla cartuccia di reagenti La cartuccia di reagenti un materiale di consumo monouso dotato di etichetta RFID e serbatoi con sigillo in alluminio che sono preriempiti con i reagenti di sequenziamento e i reagenti per la generazione di cluster Figura 5 Cartuccia di reagenti La cartuccia di reagenti comprende un serbatoio designato al caricamento delle librerie preparate Dopo l avvio della corsa le librerie vengono trasferite automaticamente dal serbatoio alla cella a flusso Diversi serbatoi sono riservati per il lavaggio automatico post corsa La soluzione di lavaggio viene pompata dalla cartuccia di tamponi ai serbatoi riservati attraverso il sistema e quindi al contenitore dei reagenti usati Ciascun serbatoio sulla cartuccia di reagenti
84. nsumo monouso pre riempito C Cartuccia di reagenti la cartuccia di reagenti un materiale di consumo monouso pre riempito D Contenitore dei reagenti usati i reagenti usati sono raccolti per lo smaltimento dopo ciascuna corsa E Sportello dello scomparto tamponi chiude lo scomparto tamponi con un dispositivo di blocco che si trova sotto l angolo inferiore sinistro dello sportello Lo scomparto tamponi contiene la cartuccia di tamponi e il contenitore dei reagenti usati Guida del sistema NextSeq 550 D o u wun 1 S Ojj p usuodwop Panoramica sull adattatore BeadChip riutilizzabile L adattatore BeadChip riutilizzabile contiene il BeadChip durante la scansione Il BeadChip bloccato nel supporto incassato dell adattatore mediante la clip di blocco Quindi l adattatore BeadChip viene caricato sul piano nello scomparto di imaging Figura3 Adattatore BeadChip riutilizzabile A Informazioni preliminari A Adattatore BeadChip B Clip di blocco 6 n codice 15069765 Rev BITA Panoramica sui materiali di consumo per sequenziamento L esecuzione di una corsa di sequenziamento su NextSeq 550 richiede un NextSeq 500 550 Kit monouso Ciascun kit include una cella a flusso e i reagenti richiesti per eseguire una corsa di sequenziamento I componenti del kit sono etichettati con indicatori codificati per colore per indicare la compatibilit tra le celle a flusso e le cartucce di reagenti Utilizzare sempre una cartuccia
85. nte lungo l intera procedura per l impostazione di una corsa di sequenziamento o una scansione di array Software Real Time Analysis RTA per le corse di sequenziamento RTA esegue l analisi delle immagini e l identificazione delle basi durante la corsa di sequenziamento NextSeq 550 utilizza RTA v2 che include differenze importanti nell architettura e nelle caratteristiche rispetto alle versioni precedenti Per maggiori informazioni vedere Real Time Analysis RTA a pagina 75 Schermata Home Inizio L interfaccia di NextSeq Control Software NCS apre la schermata Home Inizio Figura 10 Schermata Home Inizio Welcome to NextSeq 6 a Experiment Experiment Esperimento fornisce l opzione per impostare una corsa di sequenziamento o una scansione BeadChip Manage Instrument Gestione strumento fornisce le opzioni per configurare le impostazioni del sistema eseguire una verifica del sistema aggiornare il software e spegnere lo strumento Vedere Schermata Manage Instrument Gestione strumento a pagina 14 Se lo strumento connesso a una rete con accesso a Internet quando disponibile un aggiornamento software viene visualizzata un icona O ii segnalazione Perform Wash Esecuzione lavaggio fornisce le opzioni per un lavaggio dello strumento manuale Vedere Esecuzione di un lavaggio manuale a pagina 51 Quando richiesto un lavaggio viene visualizzata un icona O gi segnalazione sul pulsante Perform Wash Esec
86. nti e la cartuccia di tamponi non sono ancora state rimosse dalla corsa arresta possibile utilizzare queste cartucce per il lavaggio manuale In caso contrario eseguire un lavaggio manuale con la cartuccia dei reagenti di lavaggio e la cartuccia dei tamponi di lavaggio Impostazione di una nuova corsa sulla scheda BaseSpace Prep Preparazione BaseSpace Se lo strumento configurato per BaseSpace o BaseSpace Onsite impostare una nuova corsa sulla scheda Prep Preparazione usando gli stessi parametri della corsa originale l SUGGERIMENTO Fare clic sulla scheda Pools Pool selezionare l ID del pool appropriato per mantenere le impostazioni della corsa precedente e quindi assegnare un nome univoco alla nuova corsa Impostazione di una corsa sullo strumento 1 Preparare una nuova cartuccia di reagenti 2 Sela cella a flusso salvata stata conservata permettere alla cella a flusso di raggiungere la temperatura ambiente 15 30 minuti 3 Caricare la cella a flusso salvata 4 Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in modo appropriato quindi ricaricare il contenitore vuoto 5 Caricare la cartuccia di tamponi e la cartuccia di reagenti nuove 6 Dalla schermata Run Setup Impostazione corsa selezionare le opzioni seguenti BaseSpace o BaseSpace Onsite selezionare la corsa e confermare i parametri della corsa Computer indipendente immettere il nome della corsa e specificare gli stessi parametri de
87. o per tornare alla fase di caricamento e ripetere l impostazione della corsa Required Software I componenti critici del software sono mancanti Software richiesto Eseguire un aggiornamento manuale del software per ripristinare i componenti del software Instrument Disk Space Il disco rigido dello strumento non ha spazio su disco Spazio su disco dello sufficiente per eseguire una corsa I dati di una corsa strumento precedente potrebbero non essere stati trasferiti Liberare i dati della corsa dal disco rigido dello strumento Network Connection La connessione alla rete stata interrotta Verificare lo stato Connessione rete della rete e confermare la connessione fisica alla rete Network Disk Space L account BaseSpace pieno o il server della rete pieno Spazio su disco della rete Temperature Temperatura Azione raccomandata Temperature Temperatura Contattare l Assistenza tecnica Illumina Temperature Sensors Sensori Contattare l Assistenza tecnica Illumina della temperatura Fans Ventole Contattare l Assistenza tecnica Illumina Sistema di imaging Azione raccomandata Imaging Limits Limiti di Contattare l Assistenza tecnica Illumina imaging 6 2 n codice 15069765 Rev B ITA Sistema di imaging Z Steps and Settle Fasi e arresto Z Bit Error Rate Frequenza bit errore Flow Cell Registration Registrazione cella a flusso Erogazione dei reagenti Valve Response Risposta valvola Pump
88. o devono essere scrupolosamente ed esplicitamente seguite da personale qualificato e adeguatamente formato Leggere e comprendere a fondo tutto il contenuto di questo documento prima di usare tali prodotti LA LETTURA INCOMPLETA DEL CONTENUTO DEL PRESENTE DOCUMENTO E IL MANCATO RISPETTO DI TUTTE LE ISTRUZIONI IVI CONTENUTE PU CAUSARE DANNI AL PRODOTTO LESIONI PERSONALI A UTENTI E TERZI E DANNI MATERIALI ILLUMINA NON SI ASSUME ALCUNA RESPONSABILIT DERIVANTE DALL USO IMPROPRIO DEI PRODOTTI QUI DESCRITTI COMPONENTI E SOFTWARE INCLUSI 2015 Illumina Inc Tutti i diritti riservati Illumina 24sure BaseSpace Bead Array BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAII Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium 1Scan iSelect MiSeg NeoPrep Nextera NextBio NextSeg Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeg TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq il colore arancione zucca e la grafica del fluire delle basi sono marchi o marchi registrati di Illumina Inc negli Stati Uniti e o in altri paesi Tutti gli altri nomi loghi e altri marchi di fabbrica sono di propriet dei rispettivi titolari n codice 15069765 Rev BITA Cronologia revisioni N codice Revisione Data Descrizione della modifica Maggio Corretta la descrizione dei serbatoi riservati sulla cartuccia 2015 di reagenti 15069765 A Maggio Versio
89. odice a barre del BeadChip la posizione del file cluster e la posizione del file manifest I file di registro descrivono ciascuna fase eseguita sullo strumento durante la scansione Le metriche sono fornite come metriche del campione e come metriche della sezione codice a barre _campione_metriche csv per ciascun campione e canale rosso e verde elenca Percent Off Image Percentuale al di fuori dell immagine Percent Outliers Percentuale valori anomali P05 P50 P95 Avg FWHM Avg Media FWHM media FWHM Stddev Deviazione standard FWHM e Min Registration Score Punteggio registrazione minimo codice a barre _sezione_metriche csv per ciascuna sezione e tile elenca Laser Z position Laser posizione Z Through Focus Z position Sul fuoco posizione Z Red FWHM FWHM rosso Green FWHM FWHM verde Red Avg Pixel Intensity Intensit pixel media rosso Green Avg Pixel Intensity Intensit pixel media verde Red Registration Score Punteggio registrazione rosso e Green Registration Score Punteggio registrazione verde codice a barre nuova scansione cella a flusso elenca le posizioni delle tile regolate per una nuova scansione che include una sovrapposizione aumentata da tile a tile n codice 15069765 Rev BITA Live Help Assistenza In diretta La funzione Live Help Assistenza in diretta collega lo strumento direttamente al personale dell Assistenza tecnica Illumina per la risoluzione dei problemi Con il per
90. one 3 salute dello strumento 17 guida Live Help Assistenza in diretta 61 icone errori e avvertenze 13 stato 13 identificazione delle basi 80 imaging sequenziamento a due canali 80 immagini in miniatura 85 impostazione corsa opzione avanzata 13 impostazioni configurazione 15 impostazioni IP e DNS 16 intensit 80 interruttore di alimentazione 10 ipoclorito di sodio lavaggio 52 L lavaggio automatico 38 componenti lavaggio 51 lavaggio manuale 12 51 materiali di consumo forniti dall utente 51 lavaggio post corsa 38 lavaggio strumento 51 linee guida acqua da laboratorio 21 gui Live Help Assistenza in diretta 12 61 lunghezza lettura 20 M manutenzione strumento materiali di consumo forniti dall utente 21 materiali di consumo acqua da laboratorio 21 cartuccia di reagenti 8 cartuccia di tamponi 9 cella a flusso 7 corse di sequenziamento 21 forniti da Illumina 7 manutenzione strumento 21 materiali di consumo lavaggio 51 52 materiali di consumo forniti dall utente 21 A di errore RAID 74 metriche cicli densit cluster 36 cicli intensit 36 identificazione delle basi 80 metriche della corsa 36 monitoraggio RFID 7 N nome avatar 18 nome strumento personalizzazione 18 nome utente e password 10 nome utente e password del sistema 10 numerazione corsie 86 numerazione strisce 86 numerazione tile 87 numerazione videocamere 86 O opzione avanzata di caricamento 13 18 P parametri della
91. oni per riavviare il software del sistema per spegnere lo strumento o uscire su Windows Vedere Opzioni di spegnimento a pagina 19 Options Opzioni di spegnimento n codice 15069765 Rev BITA Opzione Unload Consumables Scarica materiali di consumo About Informazioni su Volume e descrizione Scarica la cella a flusso e la cartuccia di reagenti e solleva i pescanti dalla cartuccia di tamponi e dal contenitore di reagenti usati Elenca le versioni software il nome del computer l ID dello strumento e il numero di corse da eseguire sullo strumento Impostazioni della schermata System Configuration Configurazione sistema Il sistema viene configurato durante l installazione Tuttavia se necessario eseguire una modifica usare le opzioni di configurazione del sistema Opzione Network Configuration Configurazione della rete BaseSpace Configuration Configurazione di BaseSpace BeadChip Scan Configuration Configurazione della scansione del BeadChip Descrizione Fornisce le opzioni per le impostazioni di indirizzo IP indirizzo del server di nomi di dominio DNS nome del computer e nome del dominio Fornisce le opzioni per i metodi di analisi compresi BaseSpace BaseSpace Onsite modalit indipendente e monitoraggio della corsa in BaseSpace nonch le impostazioni per il login predefinito a BaseSpace e i report sulla salute dello strumento Fornisce le opzioni per indicare la posizione
92. panoramica 6 aggiornamento software 54 analisi file di output 84 analisi secondaria modalit BaseSpace 17 modalit indipendente 17 analisi primaria determinazione delle fasi phasing 79 punteggio qualitativo 81 purezza segnale 78 assistenza clienti 95 assistenza tecnica 95 attraversamento filtro PF 78 avviso di stato 13 B barra di stato 4 BaseSpace 2 icone trasferimento 37 impostazione 17 login 30 BeadChip adattatore 6 44 analisi 2 caricamento 45 impossibile leggere il codice a barre 68 mancata registrazione 68 orientamento codice a barre 44 tipi 2 C cartella DMAP Decode File Client 40 download 43 cartuccia di reagenti panoramica 8 preparazione flusso di lavoro cartuccia di reagenti 26 cartuccia di tamponi 9 31 cartuccia reagenti serbatoio n 28 52 cella a flusso confezione 27 coppie di corsie 7 denominazione file immagini 87 guarnizioni porta 27 imaging 86 ispezione 27 numerazione corsie 86 Guida del sistema NextSeq 550 99IPUI numerazione tile 87 numero striscia 86 panoramica 7 perni di allineamento 30 pulizia 27 reibridazione 66 tile 85 tipi 2 cicli in una lettura 20 cluster che attraversano il filtro 78 compatibilit cella a flusso cartuccia di reagenti 7 etichettatura RFID 8 monitoraggio RFID 7 componenti barra di stato 4 scomparto di imaging 4 scomparto reagenti 4 scomparto tamponi 4 configurazione autonoma 34 configurazione BaseSpace 33 coppie corsie 86 D Decode File
93. port binari usati per Sequencing Analysis Viewer I file InterOp sono aggiornati durante tutta la corsa I file di registro descrivono ciascuna fase eseguita dallo strumento per ciascun ciclo ed elenca le versioni software e firmware usate per la corsa Il file denominato Nome strumento _ Hardwareattuale csv elenca inumeri di serie dei componenti dello strumento Registro degli errori di RTA I file registro errori sono aggiornati ogni volta che si verifica un errore Registro di tutti gli eventi RTA I file registro globale sono aggiornati durante tutta la corsa Registro degli eventi di elaborazione di RTA I file registro corsia sono aggiornati durante tutta la corsa 59 Risoluzione del problemi Errori di RTA Per risolvere gli errori di RTA controllare prima il registro degli errori di RTA che archiviato nella cartella RTALogs Questo file non presente per le corse prive di errori Includere il registro degli errori quando si comunicano i problemi all Assistenza tecnica Illumina File di risoluzione dei problemi per le scansioni di array 60 File principale Cartella File dei parametri della Cartella scansione della ScanParameters xml corsa livello base File di registro Logs File delle metriche Codice a barre File nuova scansione Codice a barre Descrizione Contiene le informazioni relative ai parametri della scansione Le informazioni comprendono la data della scansione il c
94. pre una corsa con un contenitore dei reagenti usati vuoto Se si inizia una corsa senza svuotare il contenitore dei reagenti usati i sensori del sistema indicano al software di mettere in pausa la corsa quando il contenitore pieno I sensori del sistema non possono mettere in pausa una corsa durante la generazione di cluster la risintesi paired end o un lavaggio post corsa automatico Quando la corsa in pausa si apre una finestra di dialogo con le opzioni per sollevare i pescanti e svuotare il contenitore pieno Svuotamento del contenitore dei reagenti usati 1 2 3 4 Selezionare Raise Sippers Solleva pescanti Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in modo appropriato Rimettere il contenitore vuoto nello scomparto tamponi Selezionare Continue Continua La corsa riprende automaticamente Guida del sistema NextSeq 550 6 D ouald Ipesn uabeai 1 p 10 1U UO0N Risoluzione del problemi Flusso di lavoro di reibridazione Una corsa di reibridazione potrebbe essere necessaria se le metriche generate durante i primi pochi cicli mostrano intensit inferiori a 2500 Alcune librerie a bassa diversit possono mostrare intensit inferiori a 1000 il che previsto e non pu essere risolto con la reibridazione iy NOTA Il comando End Run Termina corsa definitivo La corsa non pu essere ripresa i materiali di consumo della corsa non possono essere riutilizzati e i dati di sequenzia
95. qua da laboratorio Tween 20 Caricata sulla cartuccia dei tamponi di lavaggio serbatoio centrale Combinare i seguenti volumi per ottenere una soluzione di lavaggio di 0 05 Tween 20 100 Tween 20 20 ul Acqua da laboratorio 40 ml Aggiungere 40 ml di soluzione di lavaggio al serbatoio centrale della cartuccia dei tamponi di lavaggio Selezionare Perform Wash Esecuzione lavaggio quindi selezionare Quick Wash Lavaggio rapido n codice 15069765 Rev BITA Caricamento di una cella a flusso usata e delle cartucce di lavaggio 1 Se non presente una cella a flusso usata caricare una cella a flusso usata Selezionare Load Carica e quindi Next Avanti 2 Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in base agli standard applicabili 4 AVVERTENZA y Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html Fare scorrere il contenitore dei reagenti usati nello scomparto tamponi fino all arresto Rimuovere la ca
96. ri seguenti I cicli totali non devono superare il numero di cicli massimi permesso I cicli per Lettura 1 sono superiori ai 5 cicli usati per la generazione della griglia per l identificazione dei cluster I cicli Lettura Indici non superano i cicli Lettura 1 e Lettura 2 Opzionale Se si stanno usando primer personalizzati selezionare la casella di controllo per i primer usati Per maggiori informazioni vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeq n codice 15057456 Read 1 Lettura 1 primer personalizzato per Read 1 Lettura 1 Read 2 Lettura 2 primer personalizzato per Read 2 Lettura 2 Index 1 Indice 1 primer personalizzato per Index 1 Indice 1 Index 2 Indice 2 primer personalizzato per Index 2 Indice 2 Opzionale Selezionare l icona Edit Modifica per modificare i parametri della corsa Una volta terminato selezionare Save Salva Output folder location Posizione cartella di output modificare la posizione della cartella di output per la corsa attuale Selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione di rete prescelta n codice 15069765 Rev BITA Purge consumables for this run Spurgo dei materiali di consumo per questa corsa modificare questa impostazione per spurgare automaticamente i materiali di consumo dopo la corsa corrente Per maggiori informazioni vedere Personalizzazione della corsa a pagina 18 Use run monitoring for this run Usa monitoraggio corsa per questa corsa modificare qu
97. riali di consumo da una singola schermata piuttosto che da una serie di schermate per l impostazione della corsa Vedere Opzione avanzata di caricamento a pagina 13 n codice 15069765 Rev BITA Opzione Purge Consumables Spurgo dei materiali di consumo Skip Check Confirmation Salta conferma verifica Descrizione Purge Consumables at End of Run Spurgo dei materiali di consumo al termine della corsa attivata per impostazione predefinita questa impostazione dopo una corsa spurga automaticamente i reagenti non usati dalla cartuccia di reagenti al contenitore dei reagenti usati Quando questa impostazione non attivata smaltire manualmente i reagenti non usati Lo spurgo dei materiali di consumo impiega tempo aggiuntivo Disattivare questa impostazione per una corsa indipendentemente utilizzando la funzione Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa Skip Pre Run Check Confirmation Salta conferma verifica pre corsa selezionare questa impostazione per avviare automaticamente il sequenziamento o la scansione dopo il completamento corretto di una verifica automatica Se la verifica automatica non dovesse riuscire per qualsiasi ragione risolvere l errore prima di procedere Modifica delle Impostazioni della corsa per spurgare i materiali di consumo Modificare l impostazione di spurgo dei materiali di consumo per una corsa indipendentemente dall uso della funzione Edit Modifica sulla schermata Ru
98. riata Le cartelle delle ricette sono organizzate nel modo seguente Custom Personalizzato High Elevato ricette personalizzate usate con un High Output Kit Mid Medio ricette personalizzate usate con un Mid Output Kit High Elevato ricette originali usate con un High Output Kit 5 Mid Medio ricette originali usate con un Mid Output Kit Wash Lavaggio contiene la ricetta per il lavaggio manuale n codice 15069765 Rev BITA Verifica del sistema Una verifica del sistema non necessaria per il normale funzionamento o per la manutenzione dello strumento Tuttavia un rappresentante dell Assistenza tecnica Illumina potrebbe richiedere di eseguire una verifica del sistema per la risoluzione dei problemi ig NOTA Se deve essere eseguito un lavaggio dello strumento eseguire il lavaggio prima di avviare la verifica del sistema L avvio di una verifica del sistema chiude il software di controllo e lancia NextSeq Service Software NSS Il software di servizio viene lanciato e si apre alla schermata Load Carica che viene configurata per usare l opzione avanzata di caricamento EWIS SIS Op BIIAN Figura 34 Verifiche del sistema disponibili Initialize ki Geboci the tosts to ram Select Al Motion Optics Fluidics i Uberianget pitti Wiha Ribje Op rs Free Day FILM A FAME Ciao Fata Le caselle di controllo inattive sulla schermata Select Selezione indicano i test che richiedono l assistenza da p
99. rori in formato file tsv I file di registro e i file di errori seguenti sono trasferiti alla destinazione di output finale al termine dell elaborazione GlobalLog tsv riassume importanti eventi della corsa LaneNLog tsv elenca gli eventi di elaborazione per ciascuna corsia Error tsv elenca gli errori che si sono verificati durante una corsa WarningLog tsv elenca gli avvertimenti che si sono verificati durante una corsa n codice 15069765 Rev BITA Flusso di lavoro di Real I ime Analysis Il flusso di lavoro di Real Time Analysis include le fasi seguenti Generazione della griglia per l identificazione dei cluster definisce le posizioni dei cluster Registrazione ed estrazione dell intensit allinea le posizioni dei cluster e determina i valori di intensit Correzione empirica della determinazione delle fasi phasing corregge gli effetti della determinazione delle fasi phasing e della predeterminazione delle fasi prephasing Identificazione delle basi determina una identificazione delle basi per ciascun cluster Punteggio qualitativo assegna un punteggio qualitativo per ciascuna identificazione delle basi Generazione della griglia per l identificazione dei cluster La prima fase nel flusso di lavoro RTA la generazione della griglia per l identificazione dei cluster che definisce la posizione di ciascun cluster in una tile usando le coordinate X e X La generazione della griglia per l identificazione dei
100. rtuccia dei tamponi usata nella corsa precedente se presente Caricare la cartuccia dei tamponi di lavaggio contenente la soluzione di lavaggio Rimuovere la cartuccia dei reagenti usata nella corsa precedente se presente Caricare la cartuccia dei reagenti di lavaggio o N A ODI A Q Selezionare Next Avanti La verifica pre lavaggio si avvia automaticamente Avvio del lavaggio 1 Selezionare Start Avvio 2 Al termine del lavaggio selezionare Home Inizio Dopo Il lavaggio Dopo il lavaggio i pescanti rimangono nella posizione abbassata per impedire che aria entri nel sistema Lasciare le cartucce in posizione fino alla corsa successiva Guida del sistema NextSeq 550 D 3 jenuew o1bbenej un ip uoiznoasa Manutenzione Aggiornamenti software Gli aggiornamenti software sono confezionati in un gruppo di software denominato System Suite che include NextSeq Control Software NCS Ricette NextSeq RTA v2 NextSeq Service Software NSS Sequencing Analysis Viewer SAV BaseSpace Broker Gli aggiornamenti software possono essere installati automaticamente utilizzando una connessione Internet o manualmente da una rete o una posizione USB Automatic updates Aggiornamenti automatici per gli strumenti collegati a una rete con accesso a Internet quando disponibile un aggiornamento software viene visualizzata l icona sul pulsante Manage Instrument Gestione strumento sulla schermata Home Inizio Manual update
101. s Aggiornamenti manuali scaricare l installer di System Suite dalla pagina di supporto di NextSeq 550 sul sito Web Illumina Aggiornamento software automatico 1 2 3 Selezionare Manage Instrument Gestione strumento Selezionare Software Update Aggiornamento software Selezionare Install the update already downloaded from BaseSpace Installare l aggiornamento gi scaricato da BaseSpace Selezionare Update Aggiorna per avviare l aggiornamento Si apre una finestra di dialogo di conferma del comando Attenersi alle istruzioni della procedura guidata all installazione a Accettare il contratto di licenza b Rivedere le note sulla versione c Rivedere l elenco di software inclusi nell aggiornamento Al termine dell aggiornamento il software di controllo si riavvia automaticamente NOTA Se compreso un aggiornamento del firmware richiesto un riavvio automatico del sistema dopo l aggiornamento del firmware Aggiornamento software manuale 54 1 Scaricare l installer di System Suite dalla pagina Web Illumina e salvarlo in una posizione di rete In alternativa copiare il file di installazione del software su un dispositivo USB portatile Selezionare Manage Instrument Gestione strumento Selezionare Software Update Aggiornamento software Selezionare Manually install the update from the following location Installare manualmente l aggiornamento dalla posizione seguente n codice 15069765 Rev BITA 5
102. tipo di BeadChip viene popolato automaticamente in base al codice a barre del BeadChip DMAP Location Posizione DM AP la posizione della cartella DMAP specificata sulla schermata BeadChip Scan Configuration Configurazione per la scansione del BeadChip Per modificare la posizione solo per la scansione attuale selezionare Browse Sfoglia e navigare alla posizione corretta Output Location Posizione di output la posizione di output specificata sulla schermata BeadChip Scan Configuration Configurazione per la scansione del BeadChip Per modificare la posizione solo per la scansione attuale selezionare Browse Sfoglia e navigare alla posizione preferita 2 Selezionare Next Avanti Revisione della verifica automatica Il software esegue una verifica automatica del sistema Durante la verifica gli indicatori seguenti vengono visualizzati sulla schermata Segno di spunta grigio la verifica non ancora stata eseguita Icona di progresso la verifica in corso Segno di spunta verde la verifica stata superata X rossa la verifica non stata superata Per qualsiasi voce che non supera la verifica richiesta un azione prima di poter procedere Vedere Risoluzione dei errori della verifica automatica a pagina 62 Per arrestare una verifica automatica in corso selezionare l icona GJ nell angolo inferiore destro Per riavviare la verifica selezionare l icona ei La verifica riprende dalla prima verifica completata o non sup
103. to n codice 15069765 Rev BITA Descrizione generale diR T v2 RTA v2 viene eseguito sul computer dello strumento ed esegue l analisi durante la corsa RTA v2 estrae le intensit dalle immagini esegue l identificazione delle basi e assegna punteggi qualitativi all identificazione delle basi A differenza delle versioni precedenti di RTA RTA v2 e NextSeq Control Software NCS comunicano tramite un interfaccia HTTP sul Web e condividono file di memoria RTA v2 archivia in memoria tutte le informazioni dell elaborazione per renderla pi veloce possibile Poich l elaborazione avviene in memoria RTA v2 non pu essere riavviato dopo l interruzione di una corsa Input per RTA v2 RTA v2 richiede i seguenti input per l elaborazione Le immagini delle tile contenute nella memoria locale del sistema RunInfo xml che viene generato automaticamente all inizio della corsa e fornisce il nome della corsa il numero di cicli se una lettura indicizzata e il numero di tile sulla cella a flusso RTA exe config che un file di configurazione software in formato XML RTA v2 riceve i comandi dal software di controllo sulla posizione del file RunInfo xml e se stata specificata una cartella di output opzionale File di output di RTA v2 Le immagini per ciascun canale sono passate in memoria come tile Le tile sono piccole aree di imaging sulla cella a flusso definite come il campo visivo della videocamera In base a queste immagini il sof
104. to indica lo stato dello strumento come in elaborazione blu richiede attenzione arancione e pronto per il sequenziamento verde o quando necessario eseguire un lavaggio entro 24 ore giallo D Scomparto tamponi contiene la cartuccia di tamponi e il contenitore dei reagenti usati E Scomparto reagenti contiene la cartuccia di reagenti scomparto di imaging Lo scomparto di imaging alloggia il piano che comprende tre perni di allineamento per posizionare la cella a flusso per il sequenziamento o l adattatore BeadChip per la scansione Dopo aver caricato la cella a flusso o l adattatore BeadChip lo sportello dello scomparto di imaging si chiude automaticamente e sposta i componenti in posizione scomparto reagenti e scomparto tamponi L impostazione di una corsa di sequenziamento su NextSeq 550 richiede l accesso allo scomparto reagenti e allo scomparto tamponi per caricare i materiali di consumo della corsa e per svuotare il contenitore dei reagenti usati 4 n codice 15069765 Rev B ITA Figura 2 Scomparto reagenti e scomparto tamponi A Sportello dello scomparto reagenti chiude lo scomparto reagenti con un dispositivo di blocco che si trova sotto l angolo inferiore destro dello sportello Lo scomparto reagenti alloggia la cartuccia di reagenti I reagenti vengono pompati nei pescanti scorrono nel sistema di fluidica e infine giungono alla cella a flusso B Cartuccia di reagenti la cartuccia di reagenti un materiale di co
105. ttrici e ambientali Fornisce informazioni relative agli aspetti di sicurezza del funzionamento alle dichiarazioni di conformit e alle etichette dello strumento Fornisce informazioni sul lettore RFID nello strumento certificazioni di conformit e considerazioni relative alla sicurezza Fornisce istruzioni per denaturare e diluire le librerie preparate per una corsa di sequenziamento e per preparare un campione di controllo PhiX facoltativo Questa procedura si applica alla maggior parte dei tipi di librerie Fornisce informazioni relative all uso di primer di sequenziamento personalizzati al posto di primer di sequenziamento Illumina Fornisce informazioni sull utilizzo di BaseSpace e sulle opzioni di analisi disponibili IIEUOIZIPPE SSIOSIH Consultare la la pagina di supporto per NextSeq 550 sul sito Web Illumina per accedere alla documentazione ai download del software alla formazione online e alle domande frequenti FAQ Guida del sistema NextSeq 550 3 Componenti dello strumento Il sistema NextSeq 550 comprende un monitor touch screen una barra di stato e tre scomparti Figura 1 Componenti dello strumento Informazioni preliminari A Scomparto di imaging contiene la cella a flusso per il sequenziamento o l adattatore BeadChip per la scansione B Monitor touch screen permette la configurazione e l impostazione integrate sullo strumento utilizzando l interfaccia del software di controllo C Barra di sta
106. tware produce output sotto forma di un set di file di identificazione delle basi qualitativamente valutate e di file filtro Tutti gli altri file sono file di output di supporto Tipo di file Descrizione File di identificazione Ciascuna tile analizzata viene inclusa in un file aggregato di delle basi identificazione delle basi bcl per ciascuna corsia e per ciascuna ciclo Il file aggregato dell identificazione delle basi contiene l identificazione delle basi e il punteggio qualitativo associato per ciascun cluster in quella corsia File filtro Ciascuna tile produce informazioni sul filtro che vengono aggregate in un file filtro filter per ciascuna corsia I file filtro specificano se un cluster attraversa i filtri File posizione cluster I file posizione cluster locs contengono le coordinate X Y per ciascun cluster in una tile Un file posizione cluster viene generato per ciascuna corsia durante la generazione della griglia per l identificazione dei cluster File indice Un file indice identificazione delle basi bci viene generato per identificazione delle ciascuna corsia per preservare le informazioni originali della tile Il file basi indice contiene una coppia di valori per ciascuna tile che sono il numero di tile e il numero di cluster per quella tile Guida del sistema NextSeq 550 Ve F CA WLY Ip e euouab uoizuos eq Real Time Analysis RTA I file di output sono usati per l analisi a valle in BaseSpace In alt
107. uida del sistema NextSeq 550 2 F OSSN ejjeo ejjep uoizesed ld Sequenziamento Figura 15 Componenti della cella a flusso Guarnizioni porta 4 Clip di blocco 4 Clip a scatto 4 Struttura della cartuccia della cella a flusso Piastra di trasporto MOOD Assicurarsi che le quattro clip di blocco bianche blocchino l estremit della piastra di trasporto nera Se la piastra non fissata sotto le clip premere delicatamente assieme la piastra di trasporto nera e la struttura della cartuccia bianca fino a quando la piastra si blocca in posizione sotto le clip Figura 16 Ispezione delle clip di blocco A Posizione errata la clip di blocco non blocca l estremit della piastra di trasporto B Posizione corretta la clip di blocco blocca l estremit della piastra di trasporto 4 Assicurarsi che le quattro clip a scatto in metallo siano piatte sulla piastra di trasporto nera Figura 17 Ispezione delle clip a scatto MiA A Posizione errata la clip a scatto non piatta sulla piastra di trasporto B Posizione corretta la clip a scatto piatta sulla piastra di trasporto n codice 15069765 Rev BITA Preparazione delle librerie per il sequenziamento Denaturazione e diluizione delle librerie Se richiesto dal tipo di libreria denaturare e diluire le librerie e aggiungere un campione di controllo PhiX Il volume della libreria e la concentrazione di caricamento diversa in base alla versione di
108. un Copy Service Esecuzione servizio copia NextSeq System Software Suite introduce Run Copy Service Esecuzione servizio copia RTA v2 richiede il servizio di copia dei file da una posizione di origine a una posizione di destinazione e il servizio esegue la copia desiderata nell ordine ricevuto Nel caso si verifichi un eccezione il file viene rimesso in coda per la copia in base al numero di file nella coda di copia Guida del sistema NextSeq 550 3 es109 gjj p oss 1poud jap 01bbe40NUOIN Sequenziamento Lavaggio post corsa automatico Al completamento della corsa di sequenziamento il software avvia un lavaggio post corsa automatico usando la soluzione di lavaggio fornita nella cartuccia di tamponi e NaOCl fornito nella cartuccia di reagenti Il lavaggio post corsa automatico dura circa 90 minuti Al termine del lavaggio il pulsante Home Inizio diventa attivo Durante il lavaggio i risultati del sequenziamento rimangono visibili sulla schermata y NOTA I Il lavaggio post corsa automatico pompa la soluzione di lavaggio nel sistema dalla cartuccia di tamponi ai recipienti di lavaggio riservati nella cartuccia di reagenti quindi al contenitore dei reagenti usati Dopo Il lavaggio Dopo il lavaggio i pescanti rimangono nella posizione abbassata per impedire che aria entri nel sistema Lasciare le cartucce in posizione fino alla corsa successiva 3 8 n codice 15069765 Rev BITA Scansione Introduzione
109. urazione 15 inizializzazione 10 integrato sullo strumento 12 schermata Home Inizio 12 software BlueFuse Multi 2 17 software di controllo 12 software Real Time Analysis 2 12 differenze di RTA v2 76 risultati 84 spegnimento dello strumento 14 56 spurgo dei materiali di consumo 19 strumento avvio 10 a configurazione 15 pulsante di accensione 10 spegnimento 14 T trasferimento dati esecuzione servizio copia 37 icone attivit 37 trasferimento dei dati dati di scansione 47 verifica pre corsa 35 46 verifica sistema 14 71 Guida del sistema NextSeq 550 93 99IPUI Indice 94 n codice 15069765 Rev BITA Assistenza tecnica Per assistenza tecnica contattare l Assistenza tecnica Illumina Tabella 3 Dati di contatto generali Illumina Sito Web www illumina com Email techsupport illumina com Tabella 4 Numeri di telefono Assistenza clienti Illumina Area geografica Numero di contatto Area geografica Numero di contatto Nord America 1 800 809 4566 Italia 800 874909 Australia 1 800 775 688 Norvegia 800 16836 Austria 0800 296575 Nuova Zelanda 0800 451 650 Belgio 0800 81102 Paesi Bassi 0800 0223859 Danimarca 80882346 Regno Unito 0800 917 0041 Finlandia 0800 918363 Spagna 900 812168 Francia 0800 911850 Svezia 020790181 Germania 0800 180 8994 Svizzera 0800 563118 Irlanda 1 800 812949 Altri paesi 44 1799 534000 Schede di sicurezza SDS Le schede di sicurezza SDS sono disponibili sul sito Web Illumina a
110. utilizzando due delle opzioni seguenti Codice a barre del BeadChip ID della confezione del BeadChip Numero dell Ordine di acquisto Numero dell Ordine di vendita 2 Individuare la cartella DMAP che si desidera scaricare Assicurarsi di avere spazio libero sufficiente sulla destinazione del download 3 Avviare il download Visualizzare lo stato del download dalla scheda Download Status and Log Stato download e registro 4 Salvare la cartella DMAP nella posizione della cartella DMAP specificata Guida del sistema NextSeq 550 4 3 dWING gla e gj SIEILIEIS swop Scansione Caricamento del BeadChip sull adattatore 1 Premere sulla clip di blocco dell adattatore La clip si inclina leggermente per aprirsi 2 Tenendo il BeadChip per le estremit posizionare il BeadChip con il codice a barre accanto alla clip di blocco e collocare il BeadChip sul supporto incassato dell adattatore Figura 26 Caricamento del BeadChip sull adattatore pr 3 Utilizzando le aperture su entrambi i lati del BeadChip assicurarsi che il BeadChip sia posizionato nel supporto incassato dell adattatore Figura 27 Collocamento sicuro del BeadChip IAT E 1 i x Ch Sn di 4 Rilasciare delicatamente la clip di blocco per assicurare in posizione il BeadChip 5 Ispezionare il BeadChip lateralmente per assicurarsi che il BeadChip sia adagiato sull adattatore Se necessario riposizionare il BeadChip Figura 28 Ispezione della posizione del BeadC
111. utput vengono generati durante la scansione e sono quindi messi in coda per essere trasferiti nella cartella di output specificata Eseguire l analisi utilizzando il software BlueFuse Multi che richiede i dati di scansione in un formato file di identificazione dei genotipi GTC Per impostazione predefinita NextSeq 550 genera dati normalizzati e identificazioni del genotipo associate nel formato file GTC Facoltativamente possibile configurare lo strumento per generare file dei dati di intensit IDAT aggiuntivi Per maggiori informazioni vedere Configurazione per la scansione del BeadChip a pagina 17 Decode File Client La cartella DMAP contiene le informazioni che identificano le posizioni delle microsfere sul BeadChip e quantifica il segnale associato con ciascuna microsfera Una cartella DMAP univoca per ciascun codice a barre del BeadChip L utility Decode File Client permette di scaricare le cartelle DMAP direttamente dal server Illumina utilizzando un protocollo HTTP standard Per accedere a Decode File Client andare alla pagina di supporto di Decode File Client sul sito Web Illumina support illumina com array array_software decode_file_ client downloads html Installare Decode File Client su un computer con accesso alla posizione di rete della cartella DMAP Per maggiori informazioni vedere Come scaricare la cartella DMAP a pagina 43 File manifest e file cluster 40 Per ciascun BeadChip il software richiede l ac
112. uzione lavaggio Schermate per l impostazione della corsa 12 Selezionando Experiment Esperimento sulla schermata Home Inizio sono disponibili le opzioni Sequence Sequenzia o Scan Esegui scansione Sequence Sequenzia apre una serie di schermate che guidano l utente nella procedura di login a BaseSpace caricamento dei materiali di consumo per la corsa revisione dei parametri della corsa esecuzione di una verifica automatica del sistema e avvio della corsa Per maggiori informazioni vedere Sequenziamento a pagina 23 n codice 15069765 Rev BITA Scan Esegui scansione apre una serie di schermate che guidano l utente nella procedura di caricamento del BeadChip revisione dei parametri della scansione esecuzione di una verifica automatica del sistema e avvio della scansione Per maggiori informazioni vedere Scansione a pagina 39 Figura 11 Schermata Select Assay Seleziona saggio Opzione avanzata di caricamento Il flusso di lavoro standard per l impostazione della corsa di sequenziamento passa attraverso una serie di schermate per caricare i materiali di consumo della corsa L opzione avanzata di caricamento unisce su una sola schermata le fasi di caricamento di cella a flusso cartuccia di buffer e cartuccia di reagenti e di svuotamento del contenitore dei reagenti usati Caricare i materiali di consumo per la corsa e il contenitore dei reagenti usati vuoto in qualsiasi ordine Una volta terminato selezionare Load
113. zione per la scansione del BeadChip Opzione Scan Scansione Guida del sistema NextSeq 550 Descrizione DMAP Location Posizione DMAP specifica la posizione della cartella DMAP sulla rete della struttura Copiare il contenuto di DMAP per il BeadChip da sottoporre a scansione prima di avviare la scansione Output Location Posizione di output invia i dati della scansione a una posizione sulla rete della struttura Selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione preferita Il software di controllo genera automaticamente il nome della cartella di output Saved Image Type Tipi immagine salvati specifica il formato file per i file delle immagini della scansione come JPEG predefinito PNG o TIFF Output File Type Tipo file di output specifica il formato file dei file di output della scansione come GTC solamente predefinito o GTC e IDAT Il software BlueFuse Multi richiede il formato file GTC come input 1 D S X N JEMYOS IMINATrI ioni pre Informaz Opzione Scan Map Mappa scansione Descrizione Fornisce il percorso al file manifest e al file cluster per ciascun BeadChip supportato Al momento dell installazione iniziale dello strumento il personale Illumina scarica questi file e imposta il percorso alla posizione di rete Per ulteriori informazioni vedere Se si desidera modificare il percorso selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione preferita Personalizzazione del sistema

Guida del sistema NextSeq 550 (15069765) - Support

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