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Guida del sistema NextSeq 500 (15046563) - Support

1. par D pri naen i Arrone pays lt 5 n Ria p Guida del sistema NextSeq 500 4 D y Oojoydep Risoluzione del problemi Introduzione 46 Per eventuali domande tecniche visitare le pagine di supporto di NextSeq 500 sul sito Web Illumina Le pagine di supporto forniscono l accesso a documentazione download e domande frequenti Accedere all account Mylllumina per accedere ai bollettini di supporto Per problemi relativi alla qualit della corsa o alle prestazioni rivolgersi all Assistenza tecnica Illumina Vedere Assistenza tecnica a pagina 77 Prendere in considerazione la possibilit di condividere un link al riepilogo della corsa in BaseSpace con l Assistenza tecnica Illumina per la risoluzione dei problemi n codice 15046563 Rev ITA File di risoluzione dei problemi Un rappresentante dell Assistenza tecnica Illumina pu richiedere copie dei file specifici della corsa o della scansione per risolvere il problema Di solito i file seguenti sono utilizzati per la risoluzione dei problemi File principale File informazioni corsa RunInfo xml File parametri della corsa RunParameters xml File configurazione RTA RTAConfiguration xm File InterOp bin File di registro File registro errori ErrorLog txt File registro globale GlobalLog tsv File registro corsia LaneLog txt Cartella Cartella della corsa livello base Cartella della corsa livello base Data
2. C e 15 C antibrina Portaghiaccio Frigorifero temperatura compresa tra 2 C e 8 C Fornitore Fornitore generico Fornitore generico Fornitore generico n codice 15046563 Rev ITA Seguenziamento Introduzione iii 22 Flusso di lavoro per il sequenziamento 00 iii iii 23 Preparazione della cartuccia di reagenti 00 Lie 24 Preparazione della cella a flusso 0 iii iii 25 Preparazione delle librerie per il sequenziamento 0 aaa 22 oaaan2222 21 Impostazione di una corsa di sequenziamento 0 0000 28 Monitoraggio del progresso della corsa 0 Lili 34 Lavaggio post corsa automatico 0 0 iii iii ii eee eee 36 a anna mi To i ri te de Vo D g r alan rGEGE arca re 7a r CATTAPGGAGICE Guida del sistema NextSeq 500 2 I Z OJOUaeI Sequenziamento Introduzione Per eseguire una corsa di sequenziamento su NextSeq 500 preparare una cartuccia di reagenti e una cella a flusso quindi seguire le indicazioni del software per impostare e avviare la corsa La generazione di cluster e il sequenziamento sono integrati sullo strumento Dopo la corsa viene avviato automaticamente un lavaggio dello strumento usando i componenti gi caricati sullo strumento Generazione di cluster Durante la generazione di cluster singole molecole di
3. y Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html Fare scorrere il contenitore dei reagenti usati nello scomparto tamponi fino all arresto Rimuovere la cartuccia dei tamponi usata nella corsa precedente se presente Caricare la cartuccia dei tamponi di lavaggio contenente la soluzione di lavaggio Rimuovere la cartuccia dei reagenti usata nella corsa precedente se presente Caricare la cartuccia dei reagenti di lavaggio o N SS DI A Q Selezionare Next Avanti La verifica pre lavaggio si avvia automaticamente Avvio del lavaggio 1 Selezionare Start Avvio 2 Al termine del lavaggio selezionare Home Inizio Dopo il lavaggio Dopo il lavaggio i pescanti rimangono nella posizione abbassata per impedire che aria entri nel sistema Lasciare le cartucce in posizione fino alla corsa successiva Guida del sistema NextSeq 500 4 jenuew oc1bbenej un ip uoiznoasa Manutenzione Aggiornamenti software Gli aggiornamenti
4. Al completamento della corsa di sequenziamento il software avvia un lavaggio post corsa automatico usando la soluzione di lavaggio fornita nella cartuccia di tamponi e NaOCl fornito nella cartuccia di reagenti Il lavaggio post corsa automatico dura circa 90 minuti Al termine del lavaggio il pulsante Home Inizio diventa attivo Durante il lavaggio i risultati del sequenziamento rimangono visibili sulla schermata y NOTA I Il lavaggio post corsa automatico pompa la soluzione di lavaggio nel sistema dalla cartuccia di tamponi ai recipienti di lavaggio riservati nella cartuccia di reagenti quindi al contenitore dei reagenti usati Dopo Il lavaggio Dopo il lavaggio i pescanti rimangono nella posizione abbassata per impedire che aria entri nel sistema Lasciare le cartucce in posizione fino alla corsa successiva 3 6 n codice 15046563 Rev ITA Manutenzione Introduzione Lie iii iii iii i iii iii iii iii Esecuzione di un lavaggio manuale 0 0 L00000 iii Aggiornamenti software 00i bce i eee eee evi ornoo oroo ceci ici ezine Spegnimento dello strumento eee Guida del sistema NextSeq 500 i min srren nca Gcaccirtapggasrc 3 f S oJoydeo Manutenzione Introduzione 30 Le procedure di manutenzione comprendono i lavaggi manuali dello strumento e quando disponibili gli aggiornamenti del software del sis
5. Intensities InterOp Logs Registri RTA Registri RTA Registri RTA Descrizione Contiene le informazioni seguenti e Nome della corsa e Numero di cicli per la corsa e Numero di cicli in ciascuna lettura e Se la lettura una lettura indicizzata e Numero di strisce e tile sulla cella a flusso Contiene le informazioni relative ai parametri della corsa e ai componenti della corsa Le informazioni comprendono l etichetta RFID il numero di serie il numero di parte e la data di scadenza IUUS QO4d 19 SUOIZNIOSII Ip JIA Contiene le impostazioni della configurazione di RTA per la corsa Il file RTAConfiguration xml viene creato all inizio della corsa File report binari usati per Sequencing Analysis Viewer I file InterOp sono aggiornati durante tutta la corsa I file di registro descrivono ciascuna fase eseguita dallo strumento per ciascun ciclo ed elenca le versioni software e firmware usate per la corsa Il file denominato Nome strumento _ Hardwareattuale csv elenca inumeri di serie dei componenti dello strumento Registro degli errori di RTA I file registro errori sono aggiornati ogni volta che si verifica un errore Registro di tutti gli eventi RTA I file registro globale sono aggiornati durante tutta la corsa Registro degli eventi di elaborazione di RTA I file registro corsia sono aggiornati durante tutta la corsa Errori di RTA Per risolvere gli errori di RTA controllare prima i
6. Prep Preparazione di BaseSpace Vedere la Guida di BaseSpace help basespace illumina com Preparare una nuova cartuccia di reagenti scongelarla e ispezionarla Preparare una nuova cella a flusso portare a temperatura ambiente togliere dalla confezione e ispezionare Denaturare e diluire le librerie non si applica a tutti i tipi di libreria Vedere Denaturazione e diluizione delle librerie per il sistema NextSeq n codice 15048776 Caricare la diluizione della libreria sulla cartuccia di reagenti nel serbatoio n 10 Dall interfaccia software selezionare Sequence Sequenziamento per avviare la procedura di impostazione della corsa Caricare la cella a flusso Svuotare e ricaricare il contenitore dei reagenti usati Caricare la cartuccia di tamponi e la cartuccia di reagenti Riesaminare i parametri della corsa e i risultati della verifica automatica Selezionare Start Avvio Monitorare il progresso della corsa dall interfaccia del software di controllo dalla scheda Run Corsa su BaseSpace oppure da un computer sulla rete usando Sequencing Analysis Viewer SAV Al termine del sequenziamento viene avviato automaticamente un lavaggio dello strumento Guida del sistema NextSeq 500 2 3 o u weizu nb s j 49d 01048 IP OSSN JH Sequenziamento Preparazione della cartuccia di reagenti 24 Rimuovere la cartuccia di reagenti dalla temperatura di conservazione compresa tra 25 C e 15 C Scongelare in
7. S Annotare la data di scadenza per la reibridazione 3 Rimuovere la cella a flusso salvata e metterla da parte a una temperatura compresa tra 2 C e8 C fino a quando si pronti a impostare la corsa di reibridazione iy NOTA E possibile conservare la cella a flusso fino a 7 giorni a una temperatura compresa tra 2 C e 8 C nella confezione in plastica trasparente a forma di conchiglia senza la confezione essiccante Per ottenere i risultati migliori reibridare la cella a flusso salvata entro 3 giorni Esecuzione di un lavaggio manuale 1 Dalla schermata Home Inizio selezionare Perform Wash Esecuzione lavaggio 2 Dalla schermata Wash Selection Selezione lavaggio selezionare Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Vedere Esecuzione di un lavaggio manuale a pagina 39 y NOTA Se la cartuccia di reagenti e la cartuccia di tamponi non sono ancora state rimosse dalla corsa arresta possibile utilizzare queste cartucce per il lavaggio manuale In caso contrario eseguire un lavaggio manuale con la cartuccia dei reagenti di lavaggio e la cartuccia dei tamponi di lavaggio Impostazione di una nuova corsa sulla scheda BaseSpace Prep Preparazione BaseSpace Se lo strumento configurato per BaseSpace o BaseSpace Onsite impostare una nuova corsa sulla scheda Prep Preparazione usando gli stessi parametri della corsa originale y SUGGERIMENTO Fare clic sulla scheda Pools Pool selezionare l ID del pool appro
8. cartuccia di tamponi Chiudere lo sportello dello scomparto tamponi e selezionare Next Avanti Caricamento della cartuccia di reagenti 30 1 Rimuovere la cartuccia di reagenti usata dallo scomparto reagenti Smaltire i contenuti non utilizzati in base agli standard applicabili Y y r F 4 mai o F AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html NOTA Per semplificare lo smaltimento sicuro dei reagenti non usati il serbatoio in posizione 6 rimovibile Per maggiori informazioni vedere Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n 6 a pagina 31 Fare scorrere la cartuccia di reagenti nello scomparto reagenti fino a quando la cartuccia si ferma in posizione quindi chiudere lo sportello dello scomparto reagenti Figura 21 Caricamento della cartuccia di reagenti Selezionare Load Carica Il software sposta automaticamente la cartuccia in posizione circa 30 secondi l ID della cartucc
9. corsa modalit autonoma 32 modalit BaseSpace 31 modifica parametri 31 personalizzazione 16 posizione cartella 32 posizione cartella di output 15 posizione cluster file 66 generazione della griglia per l identificazione dei cluster 63 predeterminazione delle fasi prephasing 63 probabilit errore 65 pulsante di accensione 9 punteggi qualitativi 65 punteggi qualitativi Q scores 65 R reagenti confezione 6 smaltimento corretto 30 reagenti usati contenitore pieno 51 smaltimento 28 41 reibridazione primer 52 reibridazione Lettura 1 52 risoluzione dei problemi contenitore dei reagenti usati 51 file specifici per la corsa 47 Live Help Assistenza in diretta 48 metriche qualit bassa 52 opzioni contatto 46 verifica pre corsa 49 verifica sistema 13 55 RTA v2 gestione errori 62 RunInfo xml 47 66 S scala Phred 65 schermata Home Inizio 11 scomparto di imaging 4 scomparto reagenti 4 scomparto tamponi 4 Sequencing Analysis Viewer 22 sequenziamento materiali di consumo forniti dall utente 19 sequenziamento a due canali 64 software aggiornamento automatico 42 n codice 15046563 Rev I ITA aggiornamento manuale 13 42 analisi immagini identificazione delle basi 11 durata della corsa 17 impostazione strumento 16 impostazioni configurazione 14 inizializzazione 9 integrato sullo strumento 11 schermata Home Inizio 11 software di controllo 11 software Real Time Analysis 2 11 differenze di RTA v2 60 ri
10. dei punteggi qualitativi Vedere Punteggio qualitativo a pagina 65 Intensity Intensit mostra il valore delle intensit dei cluster per il 90 percentile per ciascuna tile I colori del grafico indicano ciascuna base rosso A verde C blu Ge nero T I colori corrispondono agli indicatori delle basi utilizzati in Sequencing Analysis Software SAV Cluster Density K mm Densit dei cluster K mm mostra il numero di cluster rilevato per la corsa Clusters Passing Filter Cluster che attraversano il filtro mostra la percentuale di cluster che attraversano il filtro Vedere Cluster che attraversano il filtro a pagina 62 Estimated Yield Gb Resa prevista Gb mostra il numero di basi previste per la corsa Immagine della cella a flusso mostra quale coppia di corsie sottoposte a imaging mentre l altra coppia di corsie in una fase della chimica Dopo aver selezionato Home Inizio non possibile tornare a visualizzare le metriche della corsa Tuttavia le metriche della corsa sono accessibili su BaseSpace o visualizzabili da un computer autonomo usando Sequencing Analysis Viewer SAV Cicli per le metriche della corsa 34 Le metriche della corsa vengono visualizzate in diversi punti in una corsa Durante le fasi di generazione di cluster non appare alcuna metrica I primi cinque cicli sono riservati per la generazione della griglia per l identificazione Le metriche della corsa appaiono dopo i
11. di output per il sequenziamento 66 Tile della cella a flusso 0 0 68 Struttura della cartella di output del sequenziamento 11 IO iii 13 Assistenza tecnica aana a oaoa aoaaa DAADAA ADAD LADLAD LL E aan I Guida del sistema NextSeq 500 IX n codice 15046563 Rev ITA TULL nera i poo Informazioni preliminari Componenti dello strumento e Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento Avvio dello strumento iii iii iii iii iii iii iii Software NextSeg 1134 la hide epim de a E eaer inuia erna dde idt Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente 0 0 hu RA VA pere s i a te edoi KAN _ h_ n WAA paint ai e n ZRA c ln FIT e pena Pi oto i n i hdi ar CRE I s R on RETT pr _ i Rag j i aa venne ai gt ge Coma o ca ra rocaRcA rea rggasicoton VOS 3 renna N p Guida del sistema NextSeq 500 I L OjOUaeI Introduzione Il sistema NextSeg 500 Illumina unisce la potenza del sequenziamento a elevata processivit con la semplicit di un sequenziatore da banco Caratteristiche del sequenziamento Sequenziamento ad elevata processivit NextSeg 500 permette il sequenziamento degli esomi degli
12. interi genomi e dei trascrittomi e supporta le librerie TruSeg e Nextera Tipi di celle a flusso le celle a flusso sono disponibili in configurazioni ad output elevato e ad output medio Ciascun tipo di cella a flusso confezionata con una cartuccia di reagenti pre riempita compatibile Real Time Analysis RTA software di analisi integrato che esegue l analisi dei dati sullo strumento che comprende l analisi delle immagini e l identificazioni delle basi NextSeq utilizza una nuova implementazione di RTA chiamata RTA v2 che comprende importanti differenze dal punto di vista dell architettura e delle caratteristiche Per maggiori informazioni vedere Real Time Analysis RTA a pagina 59 Informazioni preliminari Integrazione BaseSpace il flusso di lavoro di sequenziamento integrato con BaseSpace l ambiente di calcolo genomico Illumina per l analisi dei dati l archiviazione e la collaborazione Per gli strumenti configurati per BaseSpace le informazioni sulle librerie e i parametri della corsa sono specificati nella scheda Prep Preparazione di BaseSpace Le corse che sono state impostate in BaseSpace vengono visualizzate sull interfaccia dello strumento durante l impostazione della corsa Mentre la corsa in fase di elaborazione i file di output sono trasmessi in tempo reale a BaseSpace o a BaseSpace Onsite Considerazioni sulla sicurezza Per informazioni importanti sugli aspetti relativi alla sicurezza vedere la Guida s
13. monouso privi di Fornitore generico polvere lubrificante Panno da laboratorio a VWR n di catalogo 21905 026 bassissimo rilascio di particelle o equivalente Scopo Denaturazione della libreria diluita a 0 2 N Denaturazione della libreria Pulizia della cella a flusso e per uso generico Uso generale Pulizia della cella a flusso Materiali di consumo forniti dall utente per la manutenzione dello strumento Materiali di consumo Fornitore NaOCI 5 Sigma Aldrich n di catalogo ipoclorito di sodio 239305 o equivalente Tween 20 Sigma Aldrich n di catalogo P7949 Acqua da laboratorio Fornitore generico Linee guida per l acqua da laboratorio Scopo Lavaggio dello strumento utilizzando un lavaggio post corsa manuale diluito allo 0 12 Lavaggio dello strumento utilizzando le opzioni di lavaggio manuale diluito allo 0 05 Lavaggio dello strumento lavaggio manuale Per eseguire le procedure dello strumento usare sempre acqua da laboratorio Non usare mai acqua di rubinetto o acqua deionizzata Quanto segue sono esempi accettabili di acqua da laboratorio PWI1 Illumina Acqua con resistivit pari a 18 MQ Megaohm Acqua Milli Q Acqua Super Q Acqua sterile per biologia molecolare Guida del sistema NextSeq 500 19 u N ep INUIOJ owunsuoo Ip ienazew a inzeiyooaieddy Informazioni preliminari Apparecchiature fornite dall utente 20 Apparecchio Congelatore temperatura compresa tra 25
14. non sono richieste per il funzionamento normale Opzione Descrizione Shut Down Spegne il software e l alimentazione dello strumento Vedere Spegni Spegnimento dello strumento a pagina 44 Restart Riavvia Riavvia Windows e il software di controllo e quindi inizializza lo strumento Questo comando di solito usato durante una sessione di risoluzione dei problemi o da un rappresentante Illumina Exit to Windows Chiude il software di controllo e accede direttamente al sistema Esci su Windows operativo Uscire su Windows per eseguire compiti amministrativi Il funzionamento normale eseguito dall interfaccia software in modalit kiosk Sequencing Analysis Viewer SAV Il software Sequencing Analysis Viewer SAV mostra le metriche di sequenziamento generate durante la corsa Le metriche vengono visualizzate sotto forma di grafici di dispersione diagrammi e tabelle in base ai dati generati da RTA e scritti nei file InterOp Le metriche vengono aggiornate man mano che la corsa procede Selezionare Refresh Aggiorna in qualsiasi momento durante la corsa per visualizzare le metriche aggiornate Per ulteriori informazioni vedere Guida per l utente di Sequencing Analysis Viewer SAV n codice 15020619 SAV incluso in NextSeq System Suite installato sul computer dello strumento SAV pu anche essere installato su un altro computer collegato alla stessa rete dello strumento per monitorare a distanza le metriche della corsa Dur
15. nota relativa ai danni potenziali legati al riposizionamento dello strumento in seguito all installazione Rivolgersi sempre al rappresentante Illumina prima di riposizionare lo strumento Aggiornato l URL per le schede di sicurezza SDS a support illumina com sds ilmn IUOISIA9I BIDO OUOII N codice 15046563_ITA Revisione C Data Aprile 2014 Descrizione della modifica Aggiornate le descrizioni software a NextSeq Control Software v1 2 e RTA v2 1 e Aggiunto il nome della ricetta per NextSeq Mid da usare con NextSeq 500 Mid Output Kit e Rimosse le istruzioni per l aggiunta di NaOCI alla cartuccia dei tamponi di lavaggio per un lavaggio manuale e Corretto il volume di NaOCI a 3 ml per la posizione n 28 della cartuccia di reagenti che richiesta per un lavaggio post corsa automatico e Annotato che i nomi lunghi delle corse vengono visualizzati in un campo a scorrimento sulla schermata per l impostazione della corsa e Annotato che RTA v2 non applica le correzioni della determinazione delle fasi phasing e della predeterminazione delle fasi prephasing alle letture indice e Aggiunta la descrizione dei file di registro all elenco dei file usati per la risoluzione dei problemi e Aggiunte le istruzioni per svuotare un contenitore dei reagenti usati pieno durante una corsa e Aggiunta la descrizione delle cartelle della ricetta inclusa la posizione delle ricette personalizzate e Aggiunta la descriz
16. output Output elevato Guida del sistema NextSeq 500 6 9 OSSN j ejjeo eljjep all Real Time Analysis RTA Numerazione delle tile In ciascuna striscia sono presenti 12 tile per ciascun segmento della videocamera Le tile sono numerate 01 12 numero a due cifre indipendentemente dal numero della striscia o del segmento della videocamera Figura 33 Numerazione delle tile 12 08 04 01 oa Il numero completo della tile include cinque cifre che rappresentano la posizione come indicato qui di seguito Superficie 1 rappresenta la superficie superiore 2 rappresenta la superficie inferiore Striscia 1 203 Videocamera 1 2 3 4 506 Tile 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 o 12 Esempio il numero di tile 12508 indica superficie superiore striscia numero 2 videocamera numero 5 e tile numero 8 Il numero di tile a cinque cifre completo usato nel nome del file delle immagini in miniatura e nei file di determinazione delle fasi phasing Per ulteriori informazioni vedere File di output per il sequenziamento a pagina 66 Assegnazione di un nome alle immagine in miniatura thumbnail Un immagine in miniatura per ciascun canale colore rosso e verde per le tile 1 6 e 12 generata da tutte le videocamere superficie superiore e inferiore a ogni ciclo durante l imaging I file delle immagini in miniatura sono generati in formato file JPG A ciascuna immagine viene assegnato un nome con il numero di tile co
17. per eseguire una corsa di sequenziamento I componenti del kit sono etichettati con indicatori codificati per colore per indicare la compatibilit tra le celle a flusso e le cartucce di reagenti Utilizzare sempre una cartuccia di reagenti e una cella a flusso compatibili La cartuccia di tamponi universale La cella a flusso la cartuccia di reagenti e la cartuccia di tamponi utilizzano l identificazione a radiofrequenza RFID per la compatibilit e il monitoraggio accurato dei materiali di consumo Etichettatura per la compatibilit dei kit I componenti del kit sono etichettati con indicatori codificati per colore per indicare la compatibilit tra le celle a flusso e le cartucce di reagenti Utilizzare sempre una cartuccia di reagenti e una cella a flusso compatibili La cartuccia di tamponi universale Ciascuna cella a flusso e cartuccia di reagenti etichettata High Elevato o Mid Medio Verificare sempre l etichetta quando si preparano i materiali di consumo per una corsa Tipo di kit Marchio sull etichetta Componenti di High Output Kit HIGH Componenti di Mid Output Kit uo Panoramica sulla cella a flusso Figura 3 Cartuccia della cella a flusso A Coppia corsie A corsie 1 e 3 B Coppia corsie B corsie 2 e 4 C Struttura della cartuccia della cella a flusso La cella a flusso un substrato su vetro su cui vengono generati i cluster e viene eseguita la reazione di sequenziamento La cella a flusso r
18. un bagno d acqua a temperatura ambiente fino a scongelamento circa 60 minuti Non sommergere la cartuccia Picchiettare delicatamente sul banco per far fuoriuscire l acqua dalla base quindi asciugare la base NOTA Metodo alternativo scongelare i reagenti durante la notte alla temperatura compresa tra 2 C e 8 C I reagenti richiedono un minimo di 18 ore per lo scongelamento A questa temperatura i reagenti sono stabili fino a una settimana Capovolgere per miscelare i reagenti Ispezionare le posizioni 29 30 31 e 32 per assicurarsi che i reagenti siano scongelati Picchiettare delicatamente sul banco per ridurre le bolle d aria Y AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html n codice 15046563 Rev ITA Preparazione della cella a flusso 4 5 Rimuovere dalla confezione una nuova cella a flusso dalla temperatura di conservazione compresa tra 2 C e 8 C Tenere la confezione aperta della cella a f
19. AAATATTAACG A AACGACGAACTTCTGTTAA AA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTETTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI ME ae e IRIS CIRO ERI E QUIRINALE ISO SRO RE it TC AATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATA TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC SGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCECACTGATTCEAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTI CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC I GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATC
20. AACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATECACTGATTC AACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGA ATTA TTAAC CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAAGI NextSeg 500 BIAGCAACGAC GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO ATTAAGAGCTAC Solo a uso di ricerca Non usare in procedimenti diagnostici DI PROPRIET DI ILLUMINA N codice 150465683 Rev ITA Maggio 2015 N di catalogo SY 415 9001DOC Personalizzare una breve guida al flusso di lavoro completo con Custom Protocol Selector support ilumina com custom protocol selector htmi Questo documento e il suo contenuto sono di propriet di Illumina Inc e delle aziende ad essa affiliate Illumina e sono destinati esclusivamente all uso conforme a contratto da parte dei clienti Illumina in correlazione con l utilizzo dei prodotti qui descritti con esclusione di qualsiasi altro scopo Questo documento e il suo contenuto non possono essere usati o distribuiti per altri scopi e o in altro modo diffusi resi pubblici o riprodotti con alcun mezzo senza previa approvazione scritta da parte della Illumina Mediante questo documento Illumina non cede alcuna licenza protetta dai suoi diritti di brevetto di propriet dei marchi di propriet intellettuale o riconosciuti dal diritto consuetudinario n diritti simili di terzi Al fine di assicurare un uso sicuro e corretto dei prodotti qui descritti le istruzioni riportate in questo docume
21. AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGT okki i niiAu i A CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACCG GAAAAGAATGATAA GTTAACCTTAAGATT TACCG GTA AACGT GACTAAA CGTAC CAGTAACACACTTCT ACTTGATCCACTGATTCAAC TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAACG ATCAATTGA TATTAA TTAAGAGCTAC FGATAACAGTAACACACTTC ACTTG ATCCACTGATTCEAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAAC TTAAGAGCTACCGTCTTCTGITAACC G TTGATCCACTGATTCAACGTACCGI CTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTA CGAA TCAATTGAGAC TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTC C TTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG CAGTAACACA ACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT AACGAA TCAATTGAG A CATTAAGAGCTAC GATAACAGTAACACAC GITAACC GATTACTTGATCCACTGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATT CCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACC ACTTGATCCACTGATTCAA AA TACCGT A TT AACGTACC G CCTTAAGATT CCAC CAAC TTGEAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG n TAACGACG GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACC
22. AATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTI GAAAAGAATGATAA TAACA TICTGTTAACCTTAAGATTACTT A CGTACCGTAA ACTAAATATTAACGTACC CAG CACTTC CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA CGTAACGAACGTATCAA GACT ATTAACGTACCATTAAGAGCTACI TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTO CTTGAT CTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTAT GA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGC G CAG ACA ACTTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTATCAATTGA TATTAACGTA AAGAGCTACCGTCTTCT ACTTGATCCACTGATT CTTGATCCACTGATT CGTT ACTTGATCCACTGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGCTTC C ACTTGAT TGATTCAACGTA AACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGAC TATTAACGTACCATTAAG ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT A TTAAGAGCTACCGT AGT DG CGAACGTATCATTAAGATTACTTGATECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTG CAGT ACTT CTTGATCCACTGATTCAAC ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACC A GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACI CAGTAACACACTTCTGTTAACC ACTTGATCCACTGATTCAAC TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGA ATTAACGTACCATTAAGAGCTACI GAAAAGAATGATAA TTAAGATT A GTACCG CGTACCGTAA CTAAATATTAACGTACCA TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIACCG gt CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTOCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTC
23. ATTAAGAGCTACA Illumina 5200 lllumina Way San Diego California 92122 U S A 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 fuori dal Nord America techsupport illumina com WWw ilumina com
24. CATTAAGAGCTACCGTCTTCT ea ii ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGA IGCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACA IE ea ere IR US RI e AE FERROSI a PCI Ig ee lore ei elle CUS vera GIRI GAAAAGAAT TTAAC G FGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTITCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI ANETT i n LI TCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAG AME SS LO A RE TATCAATTGAGACTAAAT CA nl AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT FGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATECACTGATTCOAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTI CATE CACIGATTCAAC CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG lt CAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTCTGTTAACCTT
25. Close Chiudi per chiudere la finestra di dialogo 1 D n codice 15046563 Rev ITA Schermata Manage Instrument Gestione strumento La schermata Manage Instrument Gestione strumento contiene le impostazioni per la configurazione e i controlli dello strumento Figura 10 Schermata Manage Instrument Gestione strumento Opzione System Configuration Configurazione del sistema System Customization Personalizzazione sistema Software Update Aggiornamento software System Check Verifica sistema Shutdown Options Opzioni di spegnimento Unload Consumables Scarica materiali di consumo About Informazioni su Guida del sistema NextSeq 500 Volume e descrizione Fornisce l opzione per modificare le impostazioni del sistema come il nome della macchina il dominio e la connettivit Vedere Impostazioni della schermata System Configuration Configurazione sistema a pagina 14 Fornisce le impostazioni opzionali del software per preferenze di visualizzazione suono e nome strumento Vedere Personalizzazione del sistema a pagina 16 Fornisce le opzioni per aggiornare il software dello strumento Vedere Aggiornamenti software a pagina 42 Fornisce opzioni di risoluzione dei problemi per la verifica dello stato di funzionamento dei componenti del sistema Vedere Verifica del sistema a pagina 55 Fornisce le opzioni per riavviare il software del sistema per spegnere lo strumento o uscire su W
26. D Guida del sistema NextSeq 500 Data Agosto 2014 Giugno 2014 Descrizione della modifica Aggiornate le descrizioni software a NextSeq Control Software v1 3 e Aggiornate le descrizioni dei comandi System Customization Personalizzazione sistema e Software Updates Aggiornamenti software sulla schermata Manage Instrument Gestione strumento e Aggiornata la descrizione della schermata Pre Run Check Verifica pre corsa che raggruppa gli elementi da verificare in quattro categorie allargabili e Aggiornate le istruzioni di Live Help Assistenza in diretta per accedervi utilizzando l URL L icona sulla schermata Home Inizio non disponibile in NCS v1 3 e Aggiunta la procedura di reibridazione integrata sullo strumento per reibridare il primer Lettura 1 L opzione per reibridare una cella a flusso compatibile con NCS v1 3 o successiva e richiede una nuova cartuccia di reagenti e una nuova cartuccia di tamponi Aggiunta la Guida per i primer personalizzati NextSeq n codice 15057456 all elenco delle risorse addizionali Aggiunte le istruzioni per caricare BP13 in posizione n 18 della cartuccia di reagenti quando si eseguono corse a doppia indicizzazione Corretto il ciclo al quale appaiono le metriche della densit cluster che il ciclo 25 Corrette le posizioni della cartuccia di reagenti per i primer personalizzati alla posizione n 7 Lettura 1 n 8 Lettura 2 e n 9 Indice 1 Aggiunta una
27. DNA si legano alla superficie della cella a flusso e in seguito vengono sottoposte ad amplificazione per formare i cluster Sequenziamento Analisi Le I cluster vengono sottoposi a imaging usando la chimica di sequenziamento a due canali e una combinazione di filtri specifici per ciascun terminatore di catena etichettato con coloranti fluorescenti Al termine dell imaging di una tile sulla cella a flusso la tile successiva viene sottoposta a imaging Il processo ripetuto per ciascun ciclo di sequenziamento Dopo l analisi delle immagini il software esegue l identificazione delle basi il filtraggio e il calcolo dei punteggi qualitativi Monitorare il progresso e le statistiche della corsa dall interfaccia del software di controllo dalla scheda Run Corsa su BaseSpace oppure da un computer sulla rete usando il software Sequencing Analysis Viewer SAV Vedere Sequencing Analysis Viewer SAV a pagina 17 Man mano che la corsa procede il software di controllo trasferisce automaticamente i file di identificazione delle basi BCL a BaseSpace oppure alla posizione di output specificata per l analisi secondaria In base all applicazione sono disponibili diversi metodi di analisi Per maggiori informazioni vedere la Guida di BaseSpace help basespace illumina com n codice 15046563 Rev ITA Flusso di lavoro per il sequenziamento Per le configurazioni usando BaseSpace o BaseSpace Onsite Illumina impostare la corsa sulla scheda
28. Lettura 2 primer personalizzato per Read 2 Lettura 2 Index 1 Indice 1 primer personalizzato per Index 1 Indice 1 Index 2 Indice 2 primer personalizzato per Index 2 Indice 2 Opzionale Selezionare l icona Edit Modifica per modificare i parametri della corsa Una volta terminato selezionare Save Salva Output folder location Posizione cartella di output modificare la posizione della cartella di output per la corsa attuale Selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione di rete prescelta Purge consumables for this run Spurgo dei materiali di consumo per questa corsa modificare questa impostazione per spurgare automaticamente i materiali di consumo dopo la corsa corrente Per maggiori informazioni vedere Personalizzazione della corsa a pagina 16 n codice 15046563 Rev ITA Use run monitoring for this run Usa monitoraggio corsa per questa corsa modificare questa impostazione per utilizzare il monitoraggio della corsa in BaseSpace 8 Selezionare Next Avanti Revisione della verifica automatica Il software esegue una verifica automatica del sistema Durante la verifica gli indicatori seguenti vengono visualizzati sulla schermata Segno di spunta grigio la verifica non ancora stata eseguita Icona di progresso la verifica in corso Segno di spunta verde la verifica stata superata X rossa la verifica non stata superata Per qualsiasi voce che non supera la verifica richiesta un
29. Quando richiesto di chiudere il software di controllo e di riavviare il software di controllo selezionare Yes S Il software di controllo si riavvia automaticamente Verifiche del movimento Verifica del sistema Descrizione BSM Verifica il guadagno e la resistenza del meccanismo di prelievo dal flacone Bottle Straw Mechanism BSM per confermare che il modulo funziona correttamente FCLM amp FAM Verifica il guadagno e la resistenza del meccanismo di caricamento della cella a flusso Flow Cell Load Mechanism FCLM e del modulo di automazione della fluidica Fluid Automation Module FAM per confermare che i moduli funzionano correttamente Stage Tests Test del Verifica il limiti e le prestazioni di spostamento del piano XY e dei piano sei piani Z uno per ciascuna videocamera Verifica del Modulo ottica Verifica del sistema Descrizione Flow Cell Registration Misura il tilt della cella a flusso sul piano ottico verifica la Registrazione cella a funzionalit della videocamera verifica il modulo di imaging e flusso verifica che la registrazione della cella flusso sia nella posizione di imaging corretta Verifiche della fluidica Verifica del sistema Descrizione Valve Response Verifica l accuratezza dei movimenti della pompa e della valvola e Risposta valvola verifica il range di movimento della siringa della pompa Pressure Decay Verifica la portata delle perdite di un sistema di fluidica sigillato Riduzione pre
30. TA Figura 18 Rimozione del contenitore dei reagenti usati y W NOTA d Mentre si rimuove il contenitore posizionare l altra mano sotto il contenitore per sostenerlo I 4 AVVERTENZA Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html 2 Fare scorrere il contenitore dei reagenti usati nello scomparto tamponi fino all arresto Quando il contenitore in posizione si avverte un clic Figura 19 Caricamento del contenitore dei reagenti usati Caricamento della cartuccia di tamponi 1 Rimuovere la cartuccia di tamponi usata dallo scomparto superiore 2 Fare scorrere una nuova cartuccia di tamponi nello scomparto tamponi fino all arresto Quando la cartuccia in posizione si avverte un clic l ID della cartuccia di tamponi viene visualizzato sullo schermo e il sensore viene sottoposto a verifica Guida del sistema NextSeq 500 D Q o u weizu nb s Ip es109 eun ip uoizezsodul Sequenziamento 3 Figura 20 Caricamento della
31. TGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI cobai ET TAT E TOTO TOTTE AEAT AEREA TEAT TOTT TARA T TAA E ATETEA TAA T TA TTACTTGATCCACTGATTCAAC TTGAGACTAAATATTAACGITGTTAACCTITAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT TATCARTIGA ACTA TAAATATTAACGTACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCG 42 TAACGACG AGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAC TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC TAAATATTAACGIACCATTAAGAGCTACCGIGCAACGACGAACTICIGITAACCTTAA CSA TTACTTGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGETTAACCTTAAGATTACTTGATCCACW G GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATO ATTAAGAGCTACI TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA ACACACTTCTG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAI AATG TGATAACAG ACAC TTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA PACTGATTCAAC DGTACCGT
32. TTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA vie ica CTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGA GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAG iii CCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC ri i 2a n II lt C bIN INI l bB CGACGAAAAGAATGA a ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT IGATAACAGIARCACACTTCIGITAACGI TAAGATTACITGAT CCACTGATTORACGIACCGTAACGAACGIATCAAIGAGACTAAAIA TAACGIACCAI IAAGAGCIACOGICITC TAI RAGGI IAAGATIACITOATOCACIGATTCRAG SGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACC
33. a alnome del computer pu incidere sulla connettivit e richiede un amministratore di rete Member of domain Membro di dominio collega lo strumento a un dominio Il dominio il nome associato con la connessione Internet della struttura Le modifiche al dominio richiedono un nome utente e una password di amministratore Member of work group Membro del gruppo di lavoro se lo strumento non collegato a Internet specificare un nome per il gruppo di lavoro Il nome del gruppo di lavoro univoco per la struttura Configurazione di BaseSpace Opzione Analysis Analisi BaseSpace Guida del sistema NextSeq 500 Descrizione BaseSpace invia i dati di sequenziamento a Base Space Illumina BaseSpace Onsite BaseSpace Onsite invia i dati di sequenziamento a BaseSpace Onsite Immettere Server Name Nome del server per il server di BaseSpace Onsite e Opzionale Per le opzioni BaseSpace o BaseSpace Onsite selezionare la casella di controllo Output Folder Cartella di output e quindi selezionare Browse Sfoglia per andare alla posizione preferita Questa impostazione salva una copia dei dati di sequenziamento solo file BCL in una posizione di rete Standalone Instrument Strumento indipendente invia i dati di sequenziamento a una posizione sulla rete della struttura Selezionare Browse Sfoglia e andare alla posizione preferita Il software di controllo genera il nome della cartella di output e Opzionale Selez
34. a com e selezionare un prodotto quindi fare clic su Documentation amp Literature Documentazione e letteratura Guida del sistema NextSeq 500 Va 74 BOIU99 EZUa SISS GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC FGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGI CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTAC e 1 1 1 1 ii lii0 i 0 i L i _ f f i lt A k x X i AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACI TTGAGACTAAATATTAACGTITGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTA TATGAAT TGAGACTARATAL TARCGTAGI RACC LIAAGATTACI IGAI CCACTGATTCAACGIACCGIAACGARCGICITCIGTTAACCITAAGALACITGAICCACIGATI CARCGIACOGTAACGAACGIATCANI TGAGACIAACGACG GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCECACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTAC
35. acchiusa in una cartuccia della cella a flusso 6 n codice 15046563 Rev ITA La cella a flusso contiene quattro corsie che sono sottoposte a imaging in coppie Le corsie 1 e 3 coppia corsie A sono sottoposte a imaging contemporaneamente Le corsie 2 e 4 coppia corsie B sono sottoposte a imaging al completamento dell imaging della coppia di corsie A Sebbene la cella a flusso disponga di quattro corsie solo una singola libreria o un set di librerie sottoposte a pooling viene sequenziato sulla cella a flusso Le librerie vengono caricate sulla cartuccia di reagenti da un singolo flacone e trasferite automaticamente alla cella a flusso a tutte e quattro le corsie Ciascuna corsia viene sottoposta a imaging in aree denominate tile Per maggiori informazioni vedere Tile della cella a flusso a pagina 68 Panoramica sulla cartuccia di reagenti La cartuccia di reagenti un materiale di consumo monouso dotato di etichetta RFID e serbatoi con sigillo in alluminio che sono preriempiti con i reagenti di sequenziamento e i reagenti per la generazione di cluster Figura 4 Cartuccia di reagenti La cartuccia di reagenti comprende un serbatoio designato al caricamento delle librerie preparate Dopo l avvio della corsa le librerie vengono trasferite automaticamente dal serbatoio alla cella a flusso Diversi serbatoi sono riservati per il lavaggio automatico post corsa La soluzione di lavaggio viene pompata dalla cartuccia di tamponi ai se
36. are qui la libreria Non toccare il sigillo in alluminio mentre si erogano le librerie Figura 16 Caricamento delle librerie Guida del sistema NextSeq 500 D F ojuaweizuanbaes j 4ad alJaJgi 2 jap suoIzelsedald Sequenziamento Impostazione di una corsa di sequenziamento Dalla schermata Home Inizio selezionare Sequence Sequenziamento Il comando Sequence Sequenziamento apre lo sportello dello scomparto di imaging rilascia i materiali di consumo di una corsa precedente e apre la serie di schermate per l impostazione della corsa Un breve ritardo normale Se lo strumento configurato per BaseSpace o BaseSpace Onsite si apre la schermata di login di BaseSpace Schermata Log in to BaseSpace Accedi a BaseSpace 1 Immettere il proprio nome utente e password di BaseSpace 2 Selezionare Next Avanti Caricamento della cella a flusso 1 Rimuovere la cella a flusso usata in una corsa precedente 2 Utilizzare i perni di allineamento per posizionare la cella a flusso sul piano portacelle Figura 17 Caricamento della cella a flusso 3 Selezionare Load Carica Lo sportello si chiude automaticamente l ID della cella a flusso viene visualizzato sulla schermata e i sensori sono sottoposti a verifica 4 Selezionare Next Avanti svuotamento del contenitore dei reagenti usati 1 Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in base agli standard applicabili D a n codice 15046563 Rev I
37. ata della corsa di sequenziamento La durata della corsa di sequenziamento dipende dal numero di cicli eseguiti La lunghezza massima di una corsa una corsa paired end di 150 cicli ciascuna lettura 2 x 150 pi otto cicli ciascuna per due letture indice Per le durate previste e altre specifiche di sistema visitare la pagina delle specifiche di NextSeq 500 sul sito Web Illumina Guida del sistema NextSeq 500 I f Das XaN JEMYOS Informazioni preliminari Numero di cicli in una lettura In una corsa di sequenziamento il numero di cicli eseguiti in una lettura pari a un ciclo in pi rispetto al numero di cicli analizzati Ad esempio una corsa paired end da 150 cicli esegue letture da 151 cicli 2 x 151 con un totale di 302 cicli Al termine della corsa si analizzano 2 x 150 cicli Il ciclo extra necessario per i calcoli di determinazione delle fasi phasing e di predeterminazione delle fasi prephasing 1 a n codice 15046563 Rev ITA Apparecchiature e Materiali diconsumo forniti dall utente I materiali di consumo e l attrezzatura seguenti sono utilizzati su NextSeq 500 Materiali di consumo forniti dall utente per le corse di sequenziamento Materiali di consumo Fornitore 1N NaOH Fornitore generico idrossido di sodio 200 mM Tris HCI pH7 Fornitore generico Salviettine imbevute di alcol VWR n catalogo 95041 714 isopropilico al 70 o equivalente oppure Fornitore generico di etanolo al 70 Guanti
38. azione prima di poter procedere Vedere Risoluzione dei errori della verifica automatica a pagina 49 Per arrestare una verifica automatica in corso selezionare l icona GJ nell angolo inferiore destro Per riavviare la verifica selezionare l icona S La verifica riprende dalla prima verifica completata o non superata Per visualizzare i risultati di ciascuna singola verifica entro una categoria selezionare l icona per allargare la categoria Avvio della corsa Al termine della verifica automatica selezionare Start Avvia La corsa di sequenziamento viene avviata Per configurare il sistema per avviare una corsa automaticamente dopo una verifica selezionare Personalizzazione della corsa a pagina 16 Guida del sistema NextSeq 500 3 3 o u weizu nb s Ip es1o9 eun Ip suoIZe sodUWj Sequenziamento Monitoraggio del progresso della corsa Monitorare il progresso della corsa le intensit e i punteggi qualitativi mentre le metriche vengono visualizzate sulla schermata Figura 23 Progresso e metriche della corsa di sequenziamento Custer Density Ousters Passing Filter Progresso della corsa mostra la fase in corso di elaborazione e il numero di cicli completati per ciascuna lettura La barra di progresso non proporzionale alla velocit della corsa di ciascuna fase Usare il tempo rimanente indicato nell angolo superiore destro per determinare la durata attuale O Score Punteggi qualitativi mostra la distribuzione
39. bianca fino a quando la piastra si blocca in posizione sotto le clip Figura 14 Ispezione delle clip di blocco A Posizione errata la clip di blocco non blocca l estremit della piastra di trasporto B Posizione corretta la clip di blocco blocca l estremit della piastra di trasporto 4 Assicurarsi che le quattro clip a scatto in metallo siano piatte sulla piastra di trasporto nera Figura 15 Ispezione delle clip a scatto MiA A Posizione errata la clip a scatto non piatta sulla piastra di trasporto B Posizione corretta la clip a scatto piatta sulla piastra di trasporto n codice 15046563 Rev ITA Preparazione delle librerie per il sequenziamento Denaturazione e diluizione delle librerie Se richiesto dal tipo di libreria denaturare e diluire le librerie e aggiungere un campione di controllo PhiX Il volume della libreria e la concentrazione di caricamento diversa in base alla versione di NCS che si sta eseguendo Per maggiori informazioni vedere la Denaturazione e diluizione delle librerie per il sistema NextSeg n codice 15048776 Caricamento delle librerie sulla cartuccia di reagenti 1 Pulire il sigillo in alluminio che copre il serbatoio n 10 etichettato Load Library Here Caricare qui la libreria con un panno a bassissimo rilascio di particelle 2 Perforare il sigillo con la punta di una pipetta pulita da 1 ml 3 Caricare le librerie nel serbatoio n 10 etichettato Load Library Here Caric
40. che un file di configurazione software in formato XML RTA v2 riceve i comandi dal software di controllo sulla posizione del file RunInfo xml e se stata specificata una cartella di output opzionale File di output di RTA v2 Le immagini per ciascun canale sono passate in memoria come tile Le tile sono piccole aree di imaging sulla cella a flusso definite come il campo visivo della videocamera In base a queste immagini il software produce output sotto forma di un set di file di identificazione delle basi qualitativamente valutate e di file filtro Tutti gli altri file sono file di output di supporto Tipo di file Descrizione File di identificazione Ciascuna tile analizzata viene inclusa in un file aggregato di delle basi identificazione delle basi bcl per ciascuna corsia e per ciascuna ciclo Il file aggregato dell identificazione delle basi contiene l identificazione delle basi e il punteggio qualitativo associato per ciascun cluster in quella corsia File filtro Ciascuna tile produce informazioni sul filtro che vengono aggregate in un file filtro filter per ciascuna corsia I file filtro specificano se un cluster attraversa i filtri File posizione cluster I file posizione cluster locs contengono le coordinate X Y per ciascun cluster in una tile Un file posizione cluster viene generato per ciascuna corsia durante la generazione della griglia per l identificazione dei cluster File indice Un file indice identificazio
41. clude applicazioni integrate che eseguono le corse di sequenziamento NextSeq Control Software NCS il software di controllo guida l utente lungo l intera procedura per l impostazione di una corsa di sequenziamento Software Real Time Analysis RTA RTA esegue l analisi delle immagini e l identificazione delle basi durante la corsa di sequenziamento NextSeq 500 utilizza RTA v2 che include differenze importanti nell architettura e nelle caratteristiche rispetto alle versioni precedenti Per maggiori informazioni vedere Real Time Analysis RTA a pagina 59 Schermata Home Inizio L interfaccia di NextSeq Control Software NCS apre la schermata Home Inizio Figura 9 Schermata Home Inizio Welcome to NextSeg Sequence Sequence Sequenziamento apre una serie di schermate che guidano l utente nella procedura di impostazione di una corsa di sequenziamento Manage Instrument Gestione strumento fornisce le opzioni per configurare le impostazioni del sistema eseguire una verifica del sistema aggiornare il software e spegnere lo strumento Vedere Schermata Manage Instrument Gestione strumento a pagina 13 Se lo strumento connesso a una rete con accesso a Internet quando disponibile un aggiornamento software viene visualizzata un icona O gi segnalazione Perform Wash Esecuzione lavaggio fornisce le opzioni per un lavaggio dello strumento manuale Vedere Esecuzione di un lavaggio manuale a pagina 39 Quando richie
42. delle ricette appropriata Le cartelle delle ricette sono organizzate nel modo seguente Custom Personalizzato High Elevato ricette personalizzate usate con un High Output Kit Mid Medio ricette personalizzate usate con un Mid Output Kit High Elevato ricette originali usate con un High Output Kit 5 Mid Medio ricette originali usate con un Mid Output Kit Wash Lavaggio contiene la ricetta per il lavaggio manuale n codice 15046563 Rev ITA Verifica del sistema Una verifica del sistema non necessaria per il normale funzionamento o per la manutenzione dello strumento Tuttavia un rappresentante dell Assistenza tecnica Illumina potrebbe richiedere di eseguire una verifica del sistema per la risoluzione dei problemi ig NOTA Se deve essere eseguito un lavaggio dello strumento eseguire il lavaggio prima di avviare la verifica del sistema L avvio di una verifica del sistema chiude il software di controllo e lancia NextSeq Service Software NSS Il software di servizio viene lanciato e si apre alla schermata Load Carica che viene configurata per usare l opzione avanzata di caricamento EWIS SIS Op BIIAN Figura 27 Verifiche del sistema disponibili Initialize ki Geboci the tosts to ram Select Al Motion Optics Fluidics i Uberianget pitti Wiha Ribje Op rs Free Day FILM A FAME Ciao Fata Le caselle di controllo inattive sulla schermata Select Selezione indicano i test che richied
43. di elaborazione I file di configurazione i formati file di output e il flusso di lavoro di elaborazione differiscono dalle implementazioni precedenti di RTA Le impostazioni del file di configurazione usate con le implementazioni precedenti di RTA non sono compatibili con RTA v2 Se l elaborazione viene arrestata RTA v2 non continua o non riprende l elaborazione Non possibile riavviare il software durante una corsa di sequenziamento n codice 15046563 Rev ITA Descrizione generale diR T v2 RTA v2 viene eseguito sul computer dello strumento ed esegue l analisi durante la corsa RTA v2 estrae le intensit dalle immagini esegue l identificazione delle basi e assegna punteggi qualitativi all identificazione delle basi A differenza delle versioni precedenti di RTA RTA v2 e NextSeq Control Software NCS comunicano tramite un interfaccia HTTP sul Web e condividono file di memoria RTA v2 archivia in memoria tutte le informazioni dell elaborazione per renderla pi veloce possibile Poich l elaborazione avviene in memoria RTA v2 non pu essere riavviato dopo l interruzione di una corsa Input per RTA v2 RTA v2 richiede i seguenti input per l elaborazione Le immagini delle tile contenute nella memoria locale del sistema RunInfo xml che viene generato automaticamente all inizio della corsa e fornisce il nome della corsa il numero di cicli se una lettura indicizzata e il numero di tile sulla cella a flusso RTA exe config
44. e dei serbatoi riservati sulla cartuccia di reagenti Corretto il volume di Tween 20 nella soluzione di lavaggio utilizzata per i lavaggi manuali Ristrutturate le informazioni relative alle opzioni di configurazione del sistema Spostate le informazioni sul software Real Time Analysis nell Appendice A N codice 15046563 150465653_ITA Revisione G F Data Febbraio 2015 Settembre 2014 Descrizione della modifica Aggiornate le descrizioni software a NextSeq Control Software v1 4 e Aggiunte le opzioni di lavaggio manuale Quick Wash Lavaggio rapido e Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale e Aggiunta la descrizione delle caratteristiche di personalizzazione della corsa per spurgare i materiali di consumo al termine della corsa e per saltare la conferma della verifica pre corsa e Aggiunta l opzione per cancellare e riavviare una verifica pre corsa e Aggiunta l opzione per permettere il monitoraggio della corsa in modalit indipendente e Rimossa la descrizione dei file offset e dei file della determinazione delle fasi phasing che non sono pi scritti nella cartella della corsa e Aggiornata l immagine del grafico di dispersione per mostrare le identificazioni delle basi distribuite in modo pi uniforme quando si utilizza la versione 1 4 del software del sistema e Aggiunta la descrizione di Run Copy Service Esecuzione servizio copia e Aggiunta l opzione per utilizzare un prim
45. eagente di denaturazione nella posizione n 6 che contiene formammide Per semplificare lo smaltimento sicuro di qualsiasi reagente non usato dopo una corsa di sequenziamento il serbatoio in posizione 6 rimovibile Per maggiori informazioni vedere Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n 6 a pagina 31 Panoramica sulla cartuccia di tamponi La cartuccia di tamponi un materiale di consumo monouso che contiene tre serbatoi preriempiti con tampone e soluzione di lavaggio Il contenuto della cartuccia di tamponi sufficiente per il sequenziamento di una cella a flusso Figura 6 Cartuccia di tamponi n codice 15046563 Rev ITA Avvio dello strumento 1 Portare l interruttore di alimentazione in posizione I acceso Figura7 Interruttore di alimentazione sulla parte posteriore dello strumento 2 Premere il pulsante di alimentazione sopra lo scomparto reagenti Il pulsante di alimentazione accende l alimentazione dello strumento e avvia il computer e il software dello strumento integrati Figura 8 Pulsante di alimentazione sulla parte anteriore dello strumento 3 Attendere che il sistema operativo completi il caricamento Quando il sistema pronto NextSeq Control Software NCS si avvia ed esegue automaticamente l inizializzazione del sistema Al termine dell inizializzazione si apre la schermata di Home Inizio Se il sistema stato configurato per l accesso mediante credenziali eseguire il login con il
46. earch Cerca Selezionare Next Avanti Confermare i parametri della corsa Run Name Nome corsa il nome della corsa come assegnato in BaseSpace Library ID ID libreria il nome delle librerie sottoposte a pooling come assegnato in BaseSpace Recipe Ricetta il nome della ricetta NextSeq High o NextSeq Mid in base alla cartuccia di reagenti usata per la corsa Read Type Tipo lettura Single Read Lettura unidirezionale oppure Paired End Lettura paired end Read Length Lunghezza lettura il numero di cicli per ciascuna lettura Opzionale Custom Primers Primer custom se applicabile Opzionale Selezionare l icona Edit Modifica per modificare i parametri della corsa Una volta terminato selezionare Save Salva Guida del sistema NextSeq 500 31 o u weizu nb s p es1o9 eun Ip uoizezsodulj Sequenziamento 32 5 Run parameters Parametri della corsa cambiare il numero di letture o il numero di cicli per lettura Custom primers Primer personalizzati cambiare le impostazioni per i primer personalizzati Per maggiori informazioni vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Purge consumables for this run Spurgo dei materiali di consumo per questa corsa modificare questa impostazione per spurgare automaticamente i materiali di consumo dopo la corsa corrente Per maggiori informazioni vedere Personalizzazione della corsa a pagina 16 Selezionare Next Avanti Inseri
47. elle basi per ciascun cluster Punteggio qualitativo assegna un punteggio qualitativo per ciascuna identificazione delle basi Generazione della griglia per l identificazione dei cluster La prima fase nel flusso di lavoro RTA la generazione della griglia per l identificazione dei cluster che definisce la posizione di ciascun cluster in una tile usando le coordinate X e X La generazione della griglia per l identificazione dei cluster richiede i dati dell immagine ottenuti dai primi cinque cicli della corsa Dopo che l ultimo ciclo della griglia per una tile stato sottoposto a imaging viene generata la griglia y NOTA Per rilevare un cluster durante la generazione della griglia per l identificazione dei cluster deve essere presente una base che non sia G nei primi cinque cicli Per qualsiasi sequenza indicizzata RTA v2 richiede almeno una base che non sia G nei primi due cicli La griglia usata come un riferimento per la fase successiva di registrazione ed estrazione dell intensit Le posizioni dei cluster per l intera cella a flusso sono scritti nei file di posizione dei cluster locs uno per ciascuna corsia Registrazione ed estrazione dell intensit La registrazione e l estrazione dell intensit vengono avviate dopo la generazione della griglia per l identificazione dei cluster La registrazione allinea le immagini prodotte su ogni ciclo successivo di immagini rispetto alla griglia L estrazione dell intensit d
48. er Indice 2 personalizzato possibile con NextSeq 500 Kit v2 Per maggiori informazioni vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Aggiornate le istruzioni per la preparazione dei reagenti per l utilizzo di NextSeq 500 Kit v2 rimossi i passaggi manuali per caricare ipoclorito di sodio e i primer a doppia indicizzazione alla cartuccia di reagenti Questi reagenti sono pre caricati nella cartuccia di reagenti v2 Per maggiori informazioni vedere la Guida di riferimento per NextSeq 500 550 Kit v2 n codice 15058065 Aggiunta la sezione Materiali di consumo per il sequenziamento che elenca le versioni dei kit versioni compatibili con NCS e il nome e il numero di codice della guida di riferimento del kit associata Aggiornati i materiali di consumo forniti dall utente per specificare l utilizzo di NaOCI per le opzioni di lavaggio manuale introdotte in NCS v1 4 Corretti i requisiti per i cluster che attraversano il filtro a non pi di una identificazione delle basi sotto il valore chastity nei primi 25 cicli Aggiunto il volume di 120 ml di acqua da laboratorio alle istruzioni contenute in Verifica del sistema Corrette le descrizioni delle caratteristiche di NextSeq Control Software v1 3 Aggiornato l URL per le schede di sicurezza SDS a support illumina com sds html Aggiornato il marchio del prodotto NextSeq da a n codice 15046563 Rev ITA N codice Revisione 15046563 E 15046563
49. er la corsa Verifica che la data della cella a flusso per la reibridazione non sia scaduta Esegue il priming dei reagenti Un ritardo normale Salta il passaggio di generazione di cluster Rimuove il primer Lettura 1 precedente Ibridizza un primer Lettura 1 fresco Prosegue con la Lettura 1 e il resto della corsa in base ai parametri specificati della corsa Momenti in cui terminare una corsa per la reibridazione La reibridazione successiva possibile solo se si termina la corsa nei momenti seguenti Dopo il ciclo 5 le intensit appaiono dopo la registrazione della griglia che richiede i primi 5 cicli di sequenziamento Sebbene sia sicuro terminare una corsa dopo il ciclo 1 si raccomanda di terminare una corsa dopo il ciclo 5 Non terminare una corsa durante la generazione di cluster Lettura 1 o Lettura Indice 1 terminare la corsa prima dell avvio della risintesi paired end La cella a flusso non pu essere salvata per le successiva reibridazione dopo l avvio della risintesi paired end Materiali di consumo necessari Una corsa di reibridazione richiede una nuova cartuccia di reagenti e una nuova cartuccia di tamponi NextSeq indipendentemente da quando stata arrestata la corsa Terminazione della corsa attuale 1 Selezionare End Run Termina corsa Quando richiesto di confermare il comando selezionare Yes S H 2 n codice 15046563 Rev I ITA 2 Quando richiesto di salvare la cella a flusso selezionare Yes
50. era e tile Per maggiori informazioni vedere Numerazione delle tile a pagina 70 e Assegnazione di un nome alle immagine in miniatura thumbnail a pagina 70 6 ojusweizuenbas j 13d indino Ip l4 Real Time Analysis RTA Tile della cella a flusso Le tile sono piccole aree di imaging sulla cella a flusso definite come il campo visivo della videocamera Il numero totale di tile dipende dal numero di corsie strisce e superfici sottoposte a imaging sulla cella a flusso e da come le videocamere lavorano assieme per raccogliere le immagini Le celle a flusso a output elevato dispongono di 864 tile Le celle a flusso a output medio dispongono di 288 tile Tabella 2 Tile della cella a flusso Componente della Output cella a flusso elevato Corsie 4 Superfici 2 Strisce per corsia 3 Segmenti della 3 videocamera Tile per striscia per 12 segmento della videocamera Tile totali sottoposte a 864 imaging Numerazione delle corsie Le corsie 1 e 3 chiamate coppia corsie A sono sottoposte a imaging contemporaneamente Output medio 4 12 288 Descrizione Una corsia un canale fisico con porte di ingresso e di uscita dedicate La cella a flusso sottoposta a imaging su due superfici la superficie superiore e la superficie inferiore La superficie superiore di una tile viene sottoposta a imaging quindi la superficie inferiore della stessa tile viene sottoposta a imaging prima di passare alla tile succe
51. etermina un valore di intensit per ciascun cluster nella griglia per una data immagine Se la registrazione non riesce per una qualsiasi immagine in un ciclo non viene generata alcuna identificazione delle basi per quella tile in quel ciclo Usare il software Sequencing Analysis Viewer SAV per esaminare le immagini in miniatura e identificare le immagine la cui registrazione non riuscita Correzione empirica della determinazione delle fasi phasing Durante la reazione di sequenziamento ciascun filamento di DNA in un cluster si estende di una base per ciclo La determinazione delle fasi phasing e la predeterminazione delle fasi prephasing si verificano quando un filamento fuoriesce dalla fase con il ciclo di incorporazione attuale La determinazione delle fasi phasing si verifica quando una base rimane indietro Guida del sistema NextSeq 500 6 3 SISA EU ul BaY IP 01048 IP OSSN H Real Time Analysis RTA La predeterminazione delle fasi prephasing si verifica quando una base salta in avanti Figura 28 Determinazione delle fasi phasing e predeterminazione delle fasi prephasing A Lettura con una base nella determinazione delle fasi phasing B Lettura con una base nella predeterminazione delle fasi prephasing RTA v2 corregge gli effetti della determinazione delle fasi phasing e della predeterminazione delle fasi prephasing usando un algoritmo empirico per la correzione della determinazione delle fasi p
52. file della ricetta specifico per la corsa denominato con l ID della cartuccia di reagenti RTALogs i file di registro che descrivono le fasi dell analisi Thumbnail_Images le immagini in miniatura per le tile 1 6 e 12 in ciascuna striscia a ciascun ciclo El RTAComplete xml El RTAConfiguration xml E RunInfo xml E RunNotes xml E RunParameters xml Guida del sistema NextSeq 500 TA ojuewreizuanbas j p indino Ip ejjeyeo ejjep eInyn1 S 2 n codice 15046563 Rev ITA INdice A accesso a Windows 13 aggiornamento software 42 analisi file di output 66 analisi secondaria modalit BaseSpace 15 modalit indipendente 15 analisi primaria determinazione delle fasi phasing 63 punteggio qualitativo 65 purezza segnale 62 assistenza clienti 77 assistenza tecnica 77 attraversamento filtro PF 62 avviso di stato 12 B barra di stato 4 BaseSpace 2 icone trasferimento 35 impostazione 15 login 28 C cartuccia di reagenti panoramica 7 preparazione flusso di lavoro cartuccia di reagenti 24 cartuccia di tamponi 8 29 cartuccia reagenti serbatoio n 28 40 cella a flusso confezione 25 coppie di corsie 6 denominazione file immagini 70 guarnizioni porta 25 imaging 69 ispezione 25 numerazione corsie 68 numerazione tile 70 numero striscia 69 panoramica 6 perni di allineamento 28 pulizia 25 reibridazione 52 tile 68 tipi 2 cicli in una lettura 18 cluster che attraversano il filtro 62 compatib
53. gio qualitativo superiore implica che un identificazione delle basi pi affidabile e pi probabile che sia corretta Il punteggio qualitativo permette di comunicare velocemente la probabilit di piccoli errori I punteggi qualitativi sono rappresentati come QXX dove XX il punteggio La tabella seguente illustra la relazione fra il punteggio qualitativo e la probabilit di errore Punteggio qualitativo Q X Probabilit di errore Q40 0 0001 1 su 10 000 030 0 001 1 su 1 000 Q20 0 01 1 su 100 Q10 0 1 1 su 10 Il punteggio qualitativo calcola un set valori per ciascuna identificazione delle basi e quindi usa questi valori per individuare il punteggio qualitativo in una tabella qualitativa Le tabelle qualitative sono create per fornire previsioni di qualit accurate ed ottimali per le corse generate da una specifica configurazione di una piattaforma di sequenziamento e versione della chimica Dopo la determinazione del punteggio qualitativo i risultati sono registrati nei file per l identificazione delle basi bcl Per maggiori informazioni vedere File di output per il sequenziamento a pagina 66 Guida del sistema NextSeq 500 6 D s s jeuy QUI BaY IP 01048 IP ossn 4 Tipo di file File di identificazione delle basi File indice identificazione delle basi Real Time Analysis RTA File posizione cluster File filtro File InterOp File configurazione RTA File informazioni corsa 66 File di o
54. hasing che massimizza il valore chastity cumulativo dei dati a ogni ciclo per tutta la corsa RTA v2 non applica correzioni alle letture indici identificazione delle basi L identificazione delle basi determina una base A C G o T per ciascun cluster di una data tile a un ciclo specifico NextSeq 500 usa il sequenziamento a due canali che richiede solo due immagini per codificare i dati per quattro basi di DNA un immagine dal canale rosso e un immagine dal canale verde Le intensit estratte da un immagine confrontata con un altra immagine fornisce quattro popolazioni distinte ciascuna corrispondente a un nucleotide Il processo di identificazione delle basi determina a quale popolazione appartiene ciascun cluster Figura 29 Intensit dei cluster in un grafico a dispersione Tabella 1 Identificazione delle basi nel sequenziamento a due canali Canal Canale Base 0 e Risultato rosso verde A 1 on 1 on Cluster che mostrano intensit sia nel canale rosso che nel canale verde 1 on 0 off Cluster che mostrano intensit solo nel canale rosso 6 4 n codice 15046563 Rev I ITA Canale Canale Base Risultato rosso verde G 0 off 0 off Cluster che non mostrano intensit a una posizione cluster nota T 0 off 1 on Cluster che mostrano intensit solo nel canale verde Punteggio qualitativo Un punteggio qualitativo Q score una previsione della probabilit di un identificazione delle basi errata Un punteg
55. ia viene visualizzato sulla schermata e i sensori sono sottoposti a verifica Selezionare Next Avanti n codice 15046563 Rev I ITA Rimozione del serbatoio usato dalla posizione n 6 1 2 3 Dopo aver rimosso dallo strumento la cartuccia di reagenti usata rimuovere la copertura protettiva in gomma sopra la slot accanto alla posizione n 6 Figura 22 Posizione rimovibile n 6 A Copertura protettiva in gomma B Posizionen 6 Premere la linguetta in plastica trasparente e quindi spingere verso sinistra per far fuoriuscire il serbatoio Smaltire il serbatoio in base agli standard applicabili Inserimento dei parametri della corsa I passaggi visualizzati sulla schermata Run Setup Impostazione corsa sono diversi in base alla configurazione del sistema BaseSpace o BaseSpace Onsite la schermata Run Setup Impostazione corsa elenca le corse che sono state impostate in BaseSpace Se la corsa prevista non viene visualizzata sulla schermata Run Setup Impostazione corsa assicurarsi che la corsa sia selezionata per il sequenziamento in BaseSpace Computer autonomo la schermata Run Setup Impostazione corsa include i campi per la definizione dei parametri della corsa Selezione delle corse disponibili configurazione BaseSpace 1 4 Selezionare un nome della corsa dall elenco delle corse disponibili Usare le frecce verso l alto e verso il basso per scorrere nell elenco o inserire un nome della corsa nel campo S
56. ibrerie per il sequenziamento 0 0 21 Impostazione di una corsa di sequenziamento 0 28 Monitoraggio del progresso della corsa 0 00 34 Lavaggio post corsa automatico i iii 36 Capitolo 3 Manutenzione aaan aa anaana anaana anaoa na ina inanan 37 Introduzione MOO 38 Esecuzione di un lavaggio manuale 0 0 00 39 Aggiornamenti software 0 iii iii ei 42 Spegnimento dello strumento 0 00000 ninnan 44 Capitolo 4 Risoluzione dei problemi oanonn ananiona 45 Introduzione iii iii vii e eve vii eee 46 File di risoluzione dei problemi 0 41 Live Help Assistenza in diretta 0 48 Risoluzione dei errori della verifica automatica 0 000 49 Contenitore dei reagenti usati pieno 0 51 Flusso di lavoro di reibridazione Li 52 Ricette personalizzate e cartelle delle ricette 0 54 Verifica del sistema 00 ii 55 Messaggio di errore RAID 00 eee iii 58 Appendice A Real Time Analysis RTA 59 INITOGUZIONE iii dillo oscilla 60 Descrizione generale di RTA v2 _ 0 000 61 Flusso di lavoro di Real Time Analysis 0 00 000 63 File
57. il lavaggio post corsa automatico Un lavaggio manuale richiede la cartuccia dei reagenti di lavaggio e la cartuccia dei tamponi di lavaggio forniti con lo strumento e una cella a flusso usata Una cella a flusso usata pu essere utilizzata fino a 20 volte per i lavaggi dello strumento Figura 24 Cartuccia dei reagenti di lavaggio e cartuccia dei tamponi di lavaggio Preparazione per Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Materiali di consumo forniti Volume e descrizione dall utente e NaOCI 1 ml diluito a 0 12 Caricato sulla cartuccia dei reagenti di lavaggio posizione n 28 e Tween 20 100 Utilizzata per creare 125 ml di soluzione di lavaggio di e Acqua da laboratorio 0 05 Tween 20 Caricata sulla cartuccia dei tamponi di lavaggio serbatoio centrale Guida del sistema NextSeq 500 3 Q jenuew oc1bbenej un ip uoiznoasa Manutenzione NOTA Usare sempre una diluizione di NaOCI fresca preparata nelle ultime 24 ore Se si prepara un volume superiore a 1 ml conservare la diluizione residua a una temperatura compresa tra 2 Ce8 C da utilizzare nelle successive 24 ore Altrimenti smaltire la diluizione residua di NaOCl Combinare i volumi seguenti in una provetta per microcentrifuga per ottenere 1 ml di 0 12 NaOCI 5 NaOCI 24 pl Acqua da laboratorio 976 ul Capovolgere la provetta per miscelare Aggiungere 1 ml di 0 12 NaOCI alla cartuccia dei reagenti di lavaggio Il recipiente corrett
58. ilit cella a flusso cartuccia di reagenti 6 etichettatura RFID 7 monitoraggio RFID 6 componenti barra di stato 4 Guida del sistema NextSeq 500 9IPU scomparto di imaging 4 scomparto reagenti 4 scomparto tamponi 4 configurazione autonoma 32 configurazione BaseSpace 31 coppie corsie 68 B determinazione delle fasi phasing 63 documentazione 3 77 durata della corsa 17 E errori e avvertenze 12 in file di output 62 errori verifica pre corsa 49 esecuzione servizio copia 35 file di output 66 file di output sequenziamento 66 file di registro GlobalLog 62 LaneNLog 62 file filtro 66 file identificazione delle basi 66 file InterOp 47 66 file locs 66 filtro chastity 62 flusso di lavoro cartuccia di reagenti 30 cartuccia di tamponi 29 cella a flusso 28 durata della corsa 17 ipoclorito di sodio 40 login a BaseSpace 28 metriche della corsa 34 modalit autonoma 32 modalit BaseSpace 31 opzione avanzata di caricamento 12 panoramica 23 preparazione della cella a flusso 25 reagenti usati 28 sportello dello scomparto della cella a flusso 28 verifica pre corsa 33 formammide posizione n 6 31 formazione online 3 G generazione della griglia per l identificazione dei cluster 63 gestione strumento 11 impostazione analisi secondaria 15 impostazione di BaseSpace 15 impostazioni IP e DNS 14 me Indice 74 invio salute strumento 15 nome computer 15 personalizzazione 16 spegnimento 44 da doc
59. illumina Guida del sistema NextSeg 500 GAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTOAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACI TGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG gt CACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACG GAAAAGAAT ACACTTCTGTTAACCTTAAGATT C C ATT Li GTACCGTAA A ACTAAATATTAACGTACCA CAGTAACACA C ACTTGATCCACTGATTCAAC CGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT CGAA TCAATTGAG ATTAA TTAAGAGCTAC TGATAACAGTAACACAC AACC GATTACTTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTATCAATTGA AAATATT CCATTAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACC ACTTGATCC GATT ATTGAGAC TA TIAAGATTACTTGATCCA ATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGT i TATCAATTGAGACTAAATATT ACTTAACCTTAAG TTGATCCACTGATTCAACGT GTAACGAACGTCTT AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA TCAATTGAGACTAACGAC AGA TATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACC ACTTGATCCACTGATTCAAC CGIAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAA TTAAGAGCTACCGTGC AGTAACAC TGATAACAGTAACACACTTO ATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGA AAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCT CTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA CCATTAAGAGCTACCGTGCAACTITAA GATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAG AACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAAC ATTACTTGA TACCA CCTTAAGATT 1 T GTA TTGAGACT
60. indows Vedere Opzioni di spegnimento a pagina 17 Scarica la cella a flusso e la cartuccia di reagenti e solleva i pescanti dalla cartuccia di tamponi e dal contenitore di reagenti usati Elenca le versioni software il nome del computer l ID dello strumento e il numero di corse da eseguire sullo strumento 19 Das XaNn s4eMUYoS Informazioni preliminari Impostazioni della schermata System Configuration Configurazione sistema Il sistema viene configurato durante l installazione Tuttavia se necessario eseguire una modifica usare le opzioni di configurazione del sistema Opzione Descrizione Network Fornisce le opzioni per le impostazioni di indirizzo IP indirizzo del Configuration server di nomi di dominio DNS nome del computer e nome del Configurazione dominio della rete BaseSpace Fornisce le opzioni per i metodi di analisi compresi BaseSpace Configuration BaseSpace Onsite modalit indipendente e monitoraggio della corsa Configurazione in BaseSpace nonch le impostazioni per il login predefinito a Ba BaseSpace e i report sulla salute dello strumento Le schermate di configurazione del sistema includono i comandi seguenti Back Indietro ritorna alla schermata precedente Exit Esci non salva le modifiche e torna alla schermata Manage Instrument Gestione strumento Save Salva salva le modifiche e passa alla schermata successiva Configurazione della rete Opzione Descrizione IP address Conta
61. ionare Use Run Monitoring Usa monitoraggio corsa per monitorare la corsa utilizzando gli strumenti di visualizzazione disponibili su BaseSpace richiesto un login BaseSpace Immettere un User Name Nome utente e una Password Password per registrare lo strumento con BaseSpace Il nome utente e la password immessi possono essere impostati come credenziali di login predefinite Use default login and bypass the BaseSpace login screen Usa login predefinito e bypassa la schermata di login di BaseSpace imposta il nome utente e la password come login predefinito di BaseSpace e bypassa la schermata di BaseSpace durante l impostazione della corsa Send instrument health information to Illumina Invia informazioni sulla salute dello strumento a Illumina invia i file di registro a Illumina Questa opzione non disponibile con BaseSpace Onsite o con le configurazioni indipendenti 15 D S X N JEMYOS IMINATrI ioni pre Informaz Opzione Start Up Option Opzione di avvio Keyboard and Audio Tastiera e audio Avatar Image Immagine Avatar Opzione Advanced Load Caricamento avanzato Purge Consumables Spurgo dei materiali di consumo Skip Check Confirmation Salta conferma verifica Personalizzazione del sistema Descrizione Kiosk Mode Modalit kiosk mostra l interfaccia del software di controllo a schermo intero Il software progettato per l uso in modalit kiosk Windows Mode Moda
62. ione delle verifiche termiche per ventole e sonde termiche n codice 15046563 Rev ITA N codice 15046563_ITA 15046563 Revisione B Guida del sistema NextSeq 500 Data Febbraio 2014 Gennaio 2014 Descrizione della modifica Aggiornate le descrizioni software a NextSeq Control Software v1 1 e Aggiunta la funzione di ricerca nella schermata Run Setup Impostazione corsa per filtrare l elenco di corse disponibili e Aggiunte le ricette disponibili incluse NextSeq High o NextSeq Mid in base al tipo di cella a flusso e Annotato che gli aggiornamenti software includono il contratto di licenza note sulla versione e un elenco di software da aggiornare e Aggiunta la descrizione del messaggio di errore RAID e Annotato che un pulsante Exit Esci chiude NSS e riavvia automaticamente NCS al termine di una verifica del sistema Aggiunta la durata di conservazione dei reagenti fino a un massimo di una settimana alla temperatura di 4 C Aggiornata l etichetta della cartuccia di reagenti per il serbatoio n 10 a Load Library Here Caricare qui la libreria Aggiornato l elenco dei materiali di consumo forniti dall utente per indicare ipoclorito di sodio al 3 6 ed elencato un numero di catalogo del fornitore Aggiornate le istruzioni per preparare una diluizione di NaOCl allo 0 06 per i lavaggi dello strumento che include una riduzione in volume di 2 ml e una concentrazione di partenza di 3 6 Aggi
63. ioni sui filtri sono aggregate in un file filtro per ciascun corsia e lettura I file filtro sono generati al ciclo 26 usando 25 cicli di dati Data Intensities BaseCalls L00 X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia s_ corsia filter File report binari usati dal software Sequencing Analysis Viewer SAV I file InterOp sono aggiornati durante tutta la corsa Cartella InterOp Creati all inizio di una corsa i file configurazione RTA elencano le impostazioni per la corsa Cartella della corsa livello base RTAConfiguration xml Elenca il nome della corsa il numero di cicli in ciascuna lettura se la lettura una lettura indicizzata e il numero di strisce e tile sulla cella a flusso Il file informazioni corsa viene creato all inizio della corsa Cartella della corsa livello base RunInfo xml n codice 15046563 Rev ITA Tipo di file File immagini in miniatura thumbnail Guida del sistema NextSeq 500 Descrizione posizione e nome del file Un immagine in miniatura per ciascun canale colore rosso e verde per le tile 1 6 e 12 da tutte le videocamere superficie superiore e inferiore a ogni ciclo durante l imaging Thumbnail Images L00 X C X 1 i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia e una sotto cartella per ciascun ciclo s_ corsia _ tile _ canale jpg nelnome del file la tile rappresentata da un numero a cinque cifre che indica superficie striscia videocam
64. l ciclo 25 inclusi densit dei cluster cluster che attraversano il filtro rendimento e punteggi qualitativi n codice 15046563 Rev ITA Trasferimento dei dati In base alla configurazione per l analisi selezionata durante la corsa viene visualizzata sullo schermo un icona per indicare lo stato del trasferimento dati Stato BaseSpace BaseSpace Strumento Illumina Onsite autonomo Collegato A Collegato e in fase di trasferimento dati Scollegato m ai Se durante la corsa viene interrotto il trasferimento dei dati i dati vengono archiviati temporaneamente sul computer dello strumento Quando la connessione viene ripristinata il trasferimento dei dati riprende automaticamente Se la connessione non viene ripristinata prima del termine della corsa i dati devono essere rimossi manualmente dal computer dello strumento prima di poter avviare una nuova corsa dd D A teo Run Copy Service Esecuzione servizio copia NextSeq System Software Suite introduce Run Copy Service Esecuzione servizio copia RTA v2 richiede il servizio di copia dei file da una posizione di origine a una posizione di destinazione e il servizio esegue la copia desiderata nell ordine ricevuto Nel caso si verifichi un eccezione il file viene rimesso in coda per la copia in base al numero di file nella coda di copia Guida del sistema NextSeq 500 3 D es109 gjj p oss 1poud jap oiPHeiopuonN Sequenziamento Lavaggio post corsa automatico
65. l registro degli errori di RTA che archiviato nella cartella RTALogs Questo file non presente per le corse prive di errori Includere il registro degli errori quando si comunicano i problemi all Assistenza tecnica Illumina Guida del sistema NextSeq 500 4 Risoluzione del problemi Live Help Assistenza In diretta La funzione Live Help Assistenza in diretta collega lo strumento direttamente al personale dell Assistenza tecnica Illumina per la risoluzione dei problemi Con il permesso dell utente un rappresentante dell Assistenza tecnica Illumina pu visualizzare lo schermo e condividere il controllo dello strumento L utente mantiene il controllo prioritario sullo strumento e pu mettere fine alla sessione di condivisione della schermata in qualsiasi momento Per abilitare Live Help Assistenza in diretta lo strumento deve essere collegato a una rete con accesso a Internet Condivisione del desktop 48 1 Dalla schermata Manage Instrument Gestione strumento selezionare Shutdown Options Opzioni di spegnimento 2 Dalla schermata Shutdown Options Opzioni di spegnimento selezionare Exit to Windows Esci su Windows 3 Aprire un browser e andare alla pagina Web support illumina com share_desktop html Si apre la finestra di dialogo Share Your Desktop Condividi il desktop 4 Chiamare l Assistenza tecnica Illumina per ricevere un codice di accesso univoco 5 Immettere il codice di accesso univoco nel campo Acces
66. l valore chastity di una identificazione delle basi I cluster attraversano il filtro PF quando non pi di una identificazione delle basi nei primi 25 cicli hanno un valore chastity di lt 0 63 I cluster che non attraversano il filtro non rappresentano un identificazione delle basi Gestione degli errori di RTA v2 62 RTA v2 crea file di registro e li scrive nella cartella RTALogs Gli errori vengono registrati in un file di errori in formato file tsv I file di registro e i file di errori seguenti sono trasferiti alla destinazione di output finale al termine dell elaborazione GlobalLog tsv riassume importanti eventi della corsa LaneNLog tsv elenca gli eventi di elaborazione per ciascuna corsia Error tsv elenca gli errori che si sono verificati durante una corsa WarningLog tsv elenca gli avvertimenti che si sono verificati durante una corsa n codice 15046563 Rev ITA Flusso di lavoro di Real I ime Analysis Il flusso di lavoro di Real Time Analysis include le fasi seguenti Generazione della griglia per l identificazione dei cluster definisce le posizioni dei cluster Registrazione ed estrazione dell intensit allinea le posizioni dei cluster e determina i valori di intensit Correzione empirica della determinazione delle fasi phasing corregge gli effetti della determinazione delle fasi phasing e della predeterminazione delle fasi prephasing Identificazione delle basi determina una identificazione d
67. leva pescanti Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in modo appropriato Rimettere il contenitore vuoto nello scomparto tamponi Selezionare Continue Continua La corsa riprende automaticamente Guida del sistema NextSeq 500 D I ouald Ipesn uabeai 1 p 810 US UOI Risoluzione del problemi Flusso di lavoro di reibridazione Una corsa di reibridazione potrebbe essere necessaria se le metriche generate durante i primi pochi cicli mostrano intensit inferiori a 2500 Alcune librerie a bassa diversit possono mostrare intensit inferiori a 1000 il che previsto e non pu essere risolto con la reibridazione iy NOTA Il comando End Run Termina corsa definitivo La corsa non pu essere ripresa i materiali di consumo della corsa non possono essere riutilizzati e i dati di sequenziamento della corsa non sono salvati Quando viene terminata una corsa il software esegue i passaggi seguenti prima di terminare la corsa Pone la cella a flusso in uno stato sicuro Sblocca l etichetta RFID della cella a flusso per una corsa successiva Assegna alla cella a flusso una data di scadenza per la reibridazione Scrive i registri della corsa per i cicli completati Un ritardo normale Bypassa il lavaggio post corsa automatico Quando viene avviata una corsa di reibridazione il software esegue i passaggi seguenti prima di eseguire la corsa Crea una cartella per la corsa in base a un nome univoco p
68. lit Windows permette l accesso a Windows sul computer dello strumento In questa modalit l interazione con l interfaccia software come la posizione dei pulsanti pu essere alterata Use on screen keyboard Utilizza tastiera dello schermo attiva la tastiera dello schermo per inserire informazioni nello strumento In alternativa collegare una tastiera a una porta USB esterna Play audio Audio attiva gli indicatori audio per gli eventi seguenti e Inizializzazione dello strumento e All avvio di una corsa e Al verificarsi di determinati errori e Alla richiesta di interazione da parte dell utente e Al termine di una corsa Avatar Image Immagine Avatar selezionare Browse Sfoglia per individuare un immagine preferita per lo strumento Nel campo Name Nome immettere un nome preferito per lo strumento L immagine e il nome vengono visualizzati nella parte superiore di ciascuna schermata Personalizzazione della corsa Descrizione Use Advanced Load Consumables Usa caricamento avanzato dei materiali di consumo selezionare questa opzione per caricare i materiali di consumo da una singola schermata piuttosto che da una serie di schermate per l impostazione della corsa Vedere Opzione avanzata di caricamento a pagina 12 Purge Consumables at End of Run Spurgo dei materiali di consumo al termine della corsa attivata per impostazione predefinita questa impostazione dopo una corsa spurga automaticamente i reagenti non
69. lusso a temperatura ambiente per 30 minuti iy NOTA Se la confezione in alluminio intatta la cella a flusso pu rimanere a temperatura ambiente fino a 12 ore Evitare il raffreddamento e il riscaldamento ripetuti della cella a flusso Rimuovere la cella a flusso dalla confezione in alluminio Figura 11 Rimozione dalla confezione in alluminio Aprire la confezione in plastica trasparente a forma di conchiglia e rimuovere la cella a flusso Figura 12 Rimozione dalla confezione a forma di conchiglia Pulire la superficie in vetro della cella a flusso con una salvietta imbevuta di alcool che non lascia residui Asciugare il vetro con un panno da laboratorio a bassissimo rilascio di particelle Ispezione della cella a flusso 1 Assicurarsi che le porte della cella a flusso non siano ostruite 2 Assicurarsi che le guarnizioni della porta siano posizionate e che siano visibili le parti bianche in plastica Guida del sistema NextSeq 500 2 D OSSN ejjeo ejj p uoizesed ld Sequenziamento Figura 13 Componenti della cella a flusso Guarnizioni porta 4 Clip di blocco 4 Clip a scatto 4 Struttura della cartuccia della cella a flusso Piastra di trasporto MOOD Assicurarsi che le quattro clip di blocco bianche blocchino l estremit della piastra di trasporto nera Se la piastra non fissata sotto le clip premere delicatamente assieme la piastra di trasporto nera e la struttura della cartuccia
70. me indicato dalla convenzione seguente che inizia sempre per s_ Corsia 1 2 304 Tile numero della tile a cinque cifre che indica superficie striscia videocamera e tile Canale rosso o verde Esempio s_3_12512_green jpg indica corsia numero 3 superficie superiore striscia numero 2 videocamera numero 5 tile numero 12 e canale verde O n codice 15046563 Rev I ITA Struttura della cartella di output del sequenziamento Data Intensities C BaseCalls L001 i file di identificazione delle basi per la corsia 1 aggregate in un file per ciclo gt L002 i file di identificazione delle basi per la corsia 2 aggregate in un file per ciclo L003 i file di identificazione delle basi per la corsia 3 aggregate in un file per ciclo L004 i file di identificazione delle basi per la corsia 4 aggregate in un file per ciclo L001 un file locs aggregato per la corsia 1 gt L002 un file locs aggregato per la corsia 2 L003 un file locs aggregato per la corsia 3 L004 un file locs aggregato per la corsia 4 m Images Focus L001 le immagini di messa a fuoco per la corsia 1 L002 le immagini di messa a fuoco per la corsia 2 L003 le immagini di messa a fuoco per la corsia 3 L004 le immagini di messa a fuoco per la corsia 4 5 InterOp i file binari usati da Sequencing Analysis Viewer SAV Logs i file di registro che descrivono le fasi operative 5 Recipe il
71. mento dei parametri della corsa configurazione su computer autonomo 1 2 3 Immettere un nome della corsa scelto dall utente Opzionale Immettere un ID della libreria scelto dall utente Dall elenco a discesa Recipe Ricetta selezionare una ricetta Sono elencate solo le ricette compatibili Selezionare un tipo di lettura Single Read Unidirezionale oppure Paired End Paired end Inserire il numero di cicli per ciascuna lettura nella corsa di sequenziamento Read 1 Lettura 1 immettere un valore fino a 151 cicli Read 2 Lettura 2 immettere un valore fino a 151 cicli Questo valore di solito lo stesso numero di cicli di Read 1 Lettura 1 Index 1 Indice 1 immettere il numero di cicli richiesti per il primer Index 1 i7 Index 2 Indice 2 immettere il numero di cicli richiesti per il primer Index 2 i5 Il software di controllo conferma le voci immesse in base ai criteri seguenti I cicli totali non devono superare il numero di cicli massimi permesso I cicli per Lettura 1 sono superiori ai 5 cicli usati per la generazione della griglia per l identificazione dei cluster I cicli Lettura Indici non superano i cicli Lettura 1 e Lettura 2 Opzionale Se si stanno usando primer personalizzati selezionare la casella di controllo per i primer usati Per maggiori informazioni vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Read 1 Lettura 1 primer personalizzato per Read 1 Lettura 1 Read 2
72. mento su NextSeq 500 richiede l accesso allo scomparto reagenti e allo scomparto tamponi per caricare i materiali di consumo della corsa e per svuotare il contenitore dei reagenti usati 4 n codice 15046563 Rev I ITA Figura 2 Scomparto reagenti e scomparto tamponi A Sportello dello scomparto reagenti chiude lo scomparto reagenti con un dispositivo di blocco che si trova sotto l angolo inferiore destro dello sportello Lo scomparto reagenti alloggia la cartuccia di reagenti I reagenti vengono pompati nei pescanti scorrono nel sistema di fluidica e infine giungono alla cella a flusso B Cartuccia di reagenti la cartuccia di reagenti un materiale di consumo monouso pre riempito C Cartuccia di reagenti la cartuccia di reagenti un materiale di consumo monouso pre riempito D Contenitore dei reagenti usati i reagenti usati sono raccolti per lo smaltimento dopo ciascuna corsa E Sportello dello scomparto tamponi chiude lo scomparto tamponi con un dispositivo di blocco che si trova sotto l angolo inferiore sinistro dello sportello Lo scomparto tamponi contiene la cartuccia di tamponi e il contenitore dei reagenti usati Guida del sistema NextSeq 500 D o u wun 1 S Ojj p usuodwop Informazioni preliminari Panoramica sui materiali di consumo per sequenziamento L esecuzione di una corsa di sequenziamento su NextSeq 500 richiede un NextSeq 500 Kit monouso Ciascun kit include una cella a flusso e i reagenti richiesti
73. ne delle basi bci viene generato per identificazione delle ciascuna corsia per preservare le informazioni originali della tile Il file basi indice contiene una coppia di valori per ciascuna tile che sono il numero di tile e il numero di cluster per quella tile I file di output sono usati per l analisi a valle in BaseSpace In alternativa usare il software di conversione bcl2fastq per la conversione FASTO e soluzioni di analisi di terze parti I file Guida del sistema NextSeq 500 61 CA WLY Ip e euouab uoizuos eq Real Time Analysis RTA NextSeq richiedono bcl2fastq v2 0 o versione successiva Per la versione pi recente di bcl2fastq visitare la pagina di download di NextSeg sul sito Web Illumina RTA v2 fornisce metriche in tempo reale sulla qualit della corsa archiviate come file InterOp I file InterOp sono file di output binari che contengono tile ciclo e metriche a livello di lettura e sono richiesti per visualizzare le metriche in tempo reale utilizzando Sequencing Analysis Viewer SAV Per la versione pi recente del software SAV visitare la la pagina di download di SAV sul sito Web Illumina Cluster che attraversano Il filtro Durante la corsa RTA v2 filtra i dati non elaborati e rimuove le letture che non corrispondono alla soglia per la qualit dei dati I cluster sovrapposti o di qualit bassa vengono rimossi Per l analisi a due canali RTA v2 utilizza un sistema basato sulla popolazione per determinare i
74. nome utente e la password predefiniti Nome utente sbsuser Password sbs123 In caso contrario eseguire il login utilizzando le credenziali specificate per la sede Pulsante di accensione Il pulsante di accensione si trova nella parte anteriore di NextSeq e permette di accendere lo strumento e il computer dello strumento Il pulsante di accensione esegue le azioni seguenti in base allo stato di accensione dello strumento Guida del sistema NextSeq 500 9 o u wn 1 S Ojj p OIAAY IMINATrI ioni pre Informaz 10 Stato di accensione Intervento Lo strumento spento Premere brevemente il pulsante per accendere l alimentazione Lo strumento acceso Premere brevemente il pulsante per spegnere l alimentazione Sullo schermo viene visualizzata una finestra di dialogo per confermare uno spegnimento normale dello strumento Lo strumento acceso Premere e tenere premuto il pulsante di accensione per 10 secondi per forzare lo spegnimento dello strumento e del computer dello strumento Utilizzare questo metodo per spegnere lo strumento solo se lo strumento non risponde NOTA Spegnere lo strumento durante una corsa di sequenziamento termina la corsa immediatamente La terminazione di una corsa definitiva I materiali di consumo della corsa non possono essere riutilizzati e i dati di sequenziamento ottenuti dalla corsa non sono salvati n codice 15046563 Rev ITA Software NextSeg Il software dello strumento in
75. nto devono essere scrupolosamente ed esplicitamente seguite da personale qualificato e adeguatamente formato Leggere e comprendere a fondo tutto il contenuto di questo documento prima di usare tali prodotti LA LETTURA INCOMPLETA DEL CONTENUTO DEL PRESENTE DOCUMENTO E IL MANCATO RISPETTO DI TUTTE LE ISTRUZIONI IVI CONTENUTE PU CAUSARE DANNI AL PRODOTTO LESIONI PERSONALI A UTENTI E TERZI E DANNI MATERIALI ILLUMINA NON SI ASSUME ALCUNA RESPONSABILIT DERIVANTE DALL USO IMPROPRIO DEI PRODOTTI QUI DESCRITTI COMPONENTI E SOFTWARE INCLUSI 2015 Illumina Inc Tutti i diritti riservati Illumina 24sure BaseSpace Bead Array BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAII Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium 1Scan iSelect MiSeg NeoPrep Nextera NextBio NextSeg Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeg TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq il colore arancione zucca e la grafica del fluire delle basi sono marchi o marchi registrati di Illumina Inc negli Stati Uniti e o in altri paesi Tutti gli altri nomi loghi e altri marchi di fabbrica sono di propriet dei rispettivi titolari n codice 15046563 Rev ITA Cronologia revisioni N codice Revisione Data 15046563_ITA I Maggio 2015 15046563 H Maggio 2015 Guida del sistema NextSeq 500 Descrizione della modifica Corretta la descrizion
76. o corrisponde alla posizione n 28 sulla cartuccia precaricata Figura 25 Caricamento di NaOCI Combinare i seguenti volumi per ottenere una soluzione di lavaggio di 0 05 Tween 20 100 Tween 20 62 ul Acqua da laboratorio 125 ml Aggiungere 125 ml di soluzione di lavaggio al serbatoio centrale della cartuccia dei tamponi di lavaggio Selezionare Perform Wash Esecuzione lavaggio quindi Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Preparazione per Quick Wash Lavaggio rapido Materiali di consumo forniti dall utente Volume e descrizione e Tween 20 100 Utilizzata per creare 40 ml di soluzione di lavaggio di 0 05 e Acqua da laboratorio Tween 20 40 Caricata sulla cartuccia dei tamponi di lavaggio serbatoio centrale Combinare i seguenti volumi per ottenere una soluzione di lavaggio di 0 05 Tween 20 100 Tween 20 20 ul Acqua da laboratorio 40 ml Aggiungere 40 ml di soluzione di lavaggio al serbatoio centrale della cartuccia dei tamponi di lavaggio Selezionare Perform Wash Esecuzione lavaggio quindi selezionare Quick Wash n codice 15046563 Rev I ITA Lavaggio rapido Caricamento di una cella a flusso usata e delle cartucce di lavaggio 1 Se non presente una cella a flusso usata caricare una cella a flusso usata Selezionare Load Carica e quindi Next Avanti 2 Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in base agli standard applicabili AVVERTENZA
77. ogazione dei reagenti Valve Response Risposta valvola Pump Pompa Buffer Mechanism Meccanismo tampone Spent Reagents Empty Contenitore dei reagenti usati vuoto Azione raccomandata La cella a flusso potrebbe essere in posizione errata e Sulle schermate per l impostazione della corsa selezionare Back Indietro per tornare alla fase della cella a flusso Lo sportello dello scomparto di imaging si apre e Scaricare e ricaricare la cella a flusso per assicurarsi che sia posizionata correttamente Azione raccomandata Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Svuotare il contenitore dei reagenti usati e ricaricare il contenitore vuoto n codice 15046563 Rev ITA Contenitore dei reagenti usati pieno Iniziare sempre una corsa con un contenitore dei reagenti usati vuoto Se si inizia una corsa senza svuotare il contenitore dei reagenti usati i sensori del sistema indicano al software di mettere in pausa la corsa quando il contenitore pieno I sensori del sistema non possono mettere in pausa una corsa durante la generazione di cluster la risintesi paired end o un lavaggio post corsa automatico Quando la corsa in pausa si apre una finestra di dialogo con le opzioni per sollevare i pescanti e svuotare il contenitore pieno Svuotamento del contenitore dei reagenti usati 1 2 3 4 Selezionare Raise Sippers Sol
78. omaticamente NOTA Se compreso un aggiornamento del firmware richiesto un riavvio automatico del sistema dopo l aggiornamento del firmware Aggiornamento software manuale 42 1 Scaricare l installer di System Suite dalla pagina Web Illumina e salvarlo in una posizione di rete In alternativa copiare il file di installazione del software su un dispositivo USB portatile Selezionare Manage Instrument Gestione strumento Selezionare Software Update Aggiornamento software Selezionare Manually install the update from the following location Installare manualmente l aggiornamento dalla posizione seguente n codice 15046563 Rev ITA 5 Selezionare Browse Sfoglia per andare alla posizione della cartella in cui si trova il file di installazione del software quindi selezionare Update Aggiorna 6 Attenersialle istruzioni della procedura guidata all installazione a Accettare il contratto di licenza b Rivedere le note sulla versione c Rivedere l elenco di software inclusi nell aggiornamento Al termine dell aggiornamento il software di controllo si riavvia automaticamente NOTA Se compreso un aggiornamento del firmware richiesto un riavvio automatico del sistema dopo l aggiornamento del firmware Tii re Guida del sistema NextSeq 500 4 3 94eM Jos lluaweuJOIDbYy Manutenzione Spegnimento dello strumento 44 1 Selezionare Manage Instrument Gestione strumento 2 Selezionare System Po
79. onenti della corsa sono in posizione selezionare Next Avanti Per attivare l opzione avanzata di caricamento selezionare Use Advanced Load Consumables Usa caricamento avanzato dei materiali di consumo sulla schermata Run Customization Personalizzazione corsa Per maggiori informazioni vedere Personalizzazione della corsa a pagina 16 Icone di stato Nell angolo superiore destro di ciascuna schermata visualizzata un icona di stato che segnala eventuali cambiamenti delle condizioni operative durante l impostazione o l esecuzione della corsa Icona di Nome dello stato Descrizione stato Stato OK Le condizioni del sistema sono normali Elaborazione Il sistema in fase di elaborazione Avvertenza Si verificata un avvertenza Le avvertenze non arrestano una corsa o richiedono un intervento prima di poter procedere Errore Si verificato un errore x BS Gli errori richiedono un intervento prima di poter procedere con la corsa Quando si verifica un cambiamento nelle condizioni operative l icona cambia per mostrare l immagine associata e lampeggia per avvertire l utente Selezionare l icona per aprire la finestra di stato e visualizzare una descrizione della condizione Selezionare le voci elencate nella finestra per visualizzare una descrizione dettagliata della condizione verificatasi ed eventualmente le istruzioni per risolvere il problema Selezionare Acknowledge Accetta per confermare di aver letto il messaggio e
80. ono l assistenza da parte di un rappresentante dell assistenza Illumina Esecuzione di una verifica del sistema 1 Dalla schermata Manage Instrument Gestione strumento selezionare System Check Verifica sistema Quando richiesto di chiudere il software di controllo selezionare Yes S 2 Caricare i materiali di consumo nel modo seguente a Se una cella a flusso usata non gi sullo strumento caricare una cella a flusso usata b Svuotare il contenitore dei reagenti usati e rimetterlo sullo strumento c Caricare la cartuccia dei tamponi di lavaggio contenente 120 ml di acqua da laboratorio nel serbatoio centrale d Caricare la cartuccia dei reagenti di lavaggio Assicurarsi che la cartuccia dei reagenti di lavaggio sia vuota e pulita 3 Selezionare Load Carica Il software sposta in posizione la cella a flusso e la cartuccia dei reagenti di lavaggio Selezionare Next Avanti 4 Selezionare Next Avanti Viene avviata la verifica del sistema 5 Opzionale Al termine della verifica del sistema selezionare View Visualizza accanto al nome della verifica per visualizzare i valori associati a ciascuna verifica Guida del sistema NextSeq 500 D D Risoluzione del problemi 6 Selezionare Next Avanti Si apre il report della verifica del sistema 7 Selezionare Save Salva per salvare il report in formato compresso Andare alla posizione di rete in cui salvare il file 8 Una volta terminato selezionare Exit Esci 9
81. priato per mantenere le impostazioni della corsa precedente e quindi assegnare un nome univoco alla nuova corsa Impostazione di una corsa sullo strumento 1 Preparare una nuova cartuccia di reagenti 2 Sela cella a flusso salvata stata conservata permettere alla cella a flusso di raggiungere la temperatura ambiente 15 30 minuti 3 Caricare la cella a flusso salvata 4 Rimuovere il contenitore dei reagenti usati e smaltirne i contenuti in modo appropriato quindi ricaricare il contenitore vuoto 5 Caricare la cartuccia di tamponi e la cartuccia di reagenti nuove 6 Dalla schermata Run Setup Impostazione corsa selezionare le opzioni seguenti BaseSpace o BaseSpace Onsite selezionare la corsa e confermare i parametri della corsa Computer indipendente immettere il nome della corsa e specificare gli stessi parametri della corsa originale 7 Selezionare Next Successivo per procedere alla verifica pre corsa e avviare la corsa Guida del sistema NextSeq 500 D 3 SUOIZEpilygis4 IP DJOAB IP OSSN Risoluzione del problemi Ricette personalizzate e cartelle delle ricette 54 Non modificare le ricette originali Fare sempre una copia della ricetta originale assegnandole un nuovo nome Se una ricetta originale stata modificata il programma di aggiornamento software non riconosce pi la ricetta per gli ultimi aggiornamenti e le nuove versioni non vengono installate Archiviare le ricette personalizzate nella cartella
82. quenza bit errore Guida del sistema NextSeq 500 Azione raccomandata Assicurarsi che gli sportelli dello scomparto siano chiusi I sensori dei materiali di consumo non eseguono la registrazione Assicurarsi che ciascun materiale di consumo sia caricato correttamente Sulle schermate per l impostazione della corsa selezionare Back Indietro per tornare alla fase di caricamento e ripetere l impostazione della corsa I componenti critici del software sono mancanti Eseguire un aggiornamento manuale del software per ripristinare i componenti del software Il disco rigido dello strumento non ha spazio su disco sufficiente per eseguire una corsa I dati di una corsa precedente potrebbero non essere stati trasferiti Liberare i dati della corsa dal disco rigido dello strumento La connessione alla rete stata interrotta Verificare lo stato della rete e confermare la connessione fisica alla rete L account BaseSpace pieno o il server della rete pieno Azione raccomandata Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Azione raccomandata Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina Contattare l Assistenza tecnica Illumina 49 BOIFELUOIMNE edj E Op 140449 19 QUOIZN OSIY Risoluzione del problemi 50 Sistema di imaging Flow Cell Registration Registrazione cella a flusso Er
83. rbatoi riservati attraverso il sistema e quindi al contenitore dei reagenti usati Ciascun serbatoio sulla cartuccia di reagenti numerato Non perforare i sigilli in alluminio a meno che non sia richiesto ad esempio per caricare le librerie prima di una corsa vi AVVERTENZA y Questo set di reagenti contiene formammide una ammide alifatica che una probabile tossina riproduttiva L inalazione l ingestione il contatto con la pelle o con gli occhi possono causare lesioni personali Indossare attrezzatura protettiva inclusi protezione per gli occhi guanti e indumenti da laboratorio Maneggiare i reagenti usati come rifiuti chimici e smaltirli in base agli standard di sicurezza in vigore localmente Per informazioni ambientali di salute e di sicurezza vedere le SDS per questo kit all indirizzo support illumina com sds html Guida del sistema NextSeq 500 F ojuaweizuanbaes j 49d OLUNSUOI Ip I elde e wi INS EIILUEIOUEL Informazioni preliminari Serbatoi riservati Figura 5 Serbatoi numerati j 0 Fa 18 5 n TY a Posizione 7 8e9 10 A imoet 1000 TITS j illumina Descrizione Riservate per i primer personalizzati facoltativi Caricamento delle librerie Per informazioni sui primer personalizzati vedere la Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Serbatoio rimovibile in posizione n 6 La cartuccia di reagenti pre riempita include un r
84. s Code Codice di accesso Figura 26 Campo del codice di accesso per la condivisione del desktop Share Your Desktop Please fill out the fields below Name Company Type the code you received from your Representative and click Continue to proceed O conTINUE 6 Fare clic su Continue Continua Si avvia la sessione di condivisione della schermata 7 Per terminare la sessione di condivisione della schermata selezionare Home Inizio n codice 15046563 Rev ITA Risoluzione del errori della verifica automatica Se si verificano errori durante la verifica automatica utilizzare le azioni seguenti raccomandate per risolvere l errore Se la verifica pre corsa non viene superata l etichetta RFID della cartuccia di reagenti non viene bloccata e pu essere usata per una corsa successiva Tuttavia l etichetta RFID viene bloccata dopo che i sigilli in alluminio sono stati perforati Verifiche del sistema Doors Closed Sportelli chiusi Consumables Loaded Materiali di consumo caricati Required Software Software richiesto Instrument Disk Space Spazio su disco dello strumento Network Connection Connessione rete Network Disk Space Spazio su disco della rete Temperature Temperatura Temperature Iemperatura Temperature Sensors Sensori della temperatura Fans Ventole Sistema di imaging Imaging Limits Limiti di imaging Z Steps and Settle Fasi e arresto Z Bit Error Rate Fre
85. software sono confezionati in un gruppo di software denominato System Suite che include NextSeq Control Software NCS Ricette NextSeq RTA v2 NextSeq Service Software NSS Sequencing Analysis Viewer SAV BaseSpace Broker Gli aggiornamenti software possono essere installati automaticamente utilizzando una connessione Internet o manualmente da una rete o una posizione USB Automatic updates Aggiornamenti automatici per gli strumenti collegati a una rete con accesso a Internet quando disponibile un aggiornamento software viene visualizzata l icona sul pulsante Manage Instrument Gestione strumento sulla schermata Home Inizio Manual updates Aggiornamenti manuali scaricare l installer di System Suite dalla pagina di supporto di NextSeq 500 sul sito Web Illumina Aggiornamento software automatico 1 2 3 Selezionare Manage Instrument Gestione strumento Selezionare Software Update Aggiornamento software Selezionare Install the update already downloaded from BaseSpace Installare l aggiornamento gi scaricato da BaseSpace Selezionare Update Aggiorna per avviare l aggiornamento Si apre una finestra di dialogo di conferma del comando Attenersi alle istruzioni della procedura guidata all installazione a Accettare il contratto di licenza b Rivedere le note sulla versione c Rivedere l elenco di software inclusi nell aggiornamento Al termine dell aggiornamento il software di controllo si riavvia aut
86. ssione che conferma che la cella a flusso montata correttamente nella posizione di sequenziamento Flow Rate Portata Verifica la funzionalit dei sensori delle bolle d aria che sono usati per rilevare la presenza di aria nelle linee dei reagenti Misura le portate per verificare la presenza di occlusioni o perdite D 6 n codice 15046563 Rev ITA Verifiche termiche Verifica del sistema Fans Ventole Thermal Probes Sonde termiche Guida del sistema NextSeq 500 Descrizione Verifica la velocit del sistema delle ventole in impulsi per minuto PPM per confermare il funzionamento delle ventole Le ventole che non funzionano forniscono un valore negativo Verifica la temperatura media di ciascun sensore termico I sensori termici che non funzionano forniscono un valore negativo D EWIS SIS Op BIIAN Risoluzione del problemi Messaggio di errore RAID 58 Il computer di NextSeq dotato di due dischi rigidi Se un disco rigido inizia a non funzionare il sistema genera un messaggio di errore RAID e suggerisce di contattare l Assistenza tecnica Illumina Di solito richiesta la sostituzione del disco rigido possibile proseguire con le fasi di impostazione della corsa e di funzionamento normale Lo scopo del messaggio quello di programmare in anticipo un intervento di assistenza per evitare interruzioni durante il funzionamento normale dello strumento Per proseguire selezionare Acknowledge Acce
87. ssiva Una striscia una colonna di tile in una corsia Lo strumento usa sei videocamere per sottoporre a imaging la cella a flusso in tre segmenti per ciascuna corsia Una tile un area sulla cella a flusso che la videocamera visualizza come un immagine Il numero totale di tile corrisponde a corsie x superfici x strisce x segmenti della videocamera x tile per striscia per segmento Le corsie 2 e 4 chiamate coppia corsie B sono sottoposte a imaging al completamento dell imaging della coppia corsie A 63 n codice 15046563 Rev ITA Figura 30 Numerazione delle corsie RR T CC ERAH HHHH HEF gt Fe Dee HHH 4 HHHHHH HHH i I Fi A Coppia corsie A corsie 1 e 3 B Coppia corsie B corsie 2 e 4 Numerazione delle strisce Ciascuna corsia viene sottoposta a imaging in tre strisce Le strisce sono numerate 1 3 per le celle a flusso a output elevato Figura 31 Numerazione delle strisce Numerazione delle videocamere NextSeq 500 utilizza sei videocamere per sottoporre a imaging la cella a flusso Le videocamere sono numerate 1 6 Le videocamere 1 3 sottopongono a imaging la corsia 1 Le videocamere 4 6 sottopongono a imaging la corsia 3 Una volta sottoposte a imaging le corsie 1 e 3 il modulo di imaging si sposta sull asse X per sottoporre a imaging le corsie 2e4 Figura 32 Numerazione delle videocamere e dei segmenti Mostrata una cella a flusso High
88. sto un lavaggio viene visualizzata un icona O a segnalazione sul pulsante Perform Wash Esecuzione lavaggio Schermate per l impostazione della corsa Selezionando Sequence Sequenziamento sulla schermata Home Inizio si apre una serie di schermate che guidano l utente nella procedura di impostazione della corsa di sequenziamento Il flusso di lavoro standard include le fasi di accesso a BaseSpace caricamento dei materiali di consumo per la corsa revisione dei parametri della corsa esecuzione di una verifica automatica pre corsa del sistema e quindi l avvio della corsa Per maggiori informazioni vedere Sequenziamento a pagina 21 Guida del sistema NextSeq 500 1 I bD S xX N JEMYOS IMINATrI ioni pre Informaz Opzione avanzata di caricamento Il flusso di lavoro standard per l impostazione della corsa di sequenziamento passa attraverso una serie di schermate per caricare i materiali di consumo della corsa L opzione avanzata di caricamento unisce su una sola schermata le fasi di caricamento di cella a flusso cartuccia di buffer e cartuccia di reagenti e di svuotamento del contenitore dei reagenti usati Caricare i materiali di consumo per la corsa e il contenitore dei reagenti usati vuoto in qualsiasi ordine Una volta terminato selezionare Load Carica per spostare la cella a flusso e la cartuccia di reagenti in posizione Il posizionamento automatico dei materiali di consumo pu richiedere fino a 30 secondi Quando i comp
89. sultati 66 spegnimento dello strumento 13 44 sportello dello scomparto della cella a flusso 28 spurgo dei materiali di consumo 17 strumento avvio 9 e configurazione 14 pulsante di accensione 9 spegnimento 13 T trasferimento dati esecuzione servizio copia 35 icone attivit 35 V verifica pre corsa 33 verifica sistema 13 55 Guida del sistema NextSeq 500 Fo 9IPU Indice 16 n codice 15046563 Rev ITA Assistenza tecnica Per assistenza tecnica contattare l Assistenza tecnica Illumina Tabella 3 Dati di contatto generali Illumina Sito Web www illumina com Email techsupport illumina com Tabella 4 Numeri di telefono Assistenza clienti Illumina Area geografica Numero di contatto Area geografica Numero di contatto Nord America 1 800 809 4566 Italia 800 874909 Australia 1 800 775 688 Norvegia 800 16836 Austria 0800 296575 Nuova Zelanda 0800 451 650 Belgio 0800 81102 Paesi Bassi 0800 0223859 Danimarca 80882346 Regno Unito 0800 917 0041 Finlandia 0800 918363 Spagna 900 812168 Francia 0800 911850 Svezia 020790181 Germania 0800 180 8994 Svizzera 0800 563118 Irlanda 1 800 812949 Altri paesi 44 1799 534000 Schede di sicurezza SDS Le schede di sicurezza SDS sono disponibili sul sito Web Illumina all indirizzo support illumina com sds html Documentazione dei prodotti La documentazione dei prodotti in formato PDF pu essere scaricata dal sito web di Illumina Andare al sito support illumin
90. tema Lavaggi dello strumento un lavaggio post corsa automatico dopo ciascuna corsa di sequenziamento mantiene le prestazioni dello strumento Tuttavia un lavaggio manuale richiesto periodicamente in determinate condizioni Vedere Esecuzione di un lavaggio manuale a pagina 39 Aggiornamenti software quando disponibile una versione aggiornata del software del sistema possibile installare l aggiornamento automaticamente mediante una connessione a BaseSpace oppure manualmente dopo aver scaricato l installer dalla pagina Web Illumina Vedere Aggiornamenti software a pagina 42 n codice 15046563 Rev ITA Esecuzione di un lavaggio manuale I lavaggi manuali sono avviati dalla schermata Home Inizio Le opzioni di lavaggio comprendono Quick Wash Lavaggio rapido e Manual Post Run Wash Lavaggio post corsa manuale Tipi di lavaggio Descrizione Quick Wash Lavaggio Lava il sistema con una soluzione di lavaggio fornita dall utente rapido composta da acqua da laboratorio e Tween 20 cartuccia dei tamponi di lavaggio Durata 20 minuti E i a gl N Richiesto ogni 14 giorni se lo strumento rimasto inattivo o stato spento Lavaggio post corsa Lava il sistema con una soluzione di lavaggio fornita dall utente manuale composta da acqua da laboratorio e Tween 20 cartuccia dei tamponi D i on di lavaggio e ipoclorito di sodio allo 0 12 cartuccia dei reagenti di urata 90 minuti lavaggio Richiesto se non stato eseguito
91. tta e quindi Close Chiudi n codice 15046563 Rev ITA Real I ime Analysis RTA Introduzione M 60 Descrizione generale di RTA v2 0 000 ie 61 Flusso di lavoro di Real Time Analysis 0 00 iii ie 63 File di output per il sequenziamento iii iii iii 66 Tile della cella a flusso 0 aaao 000a aoao aaoo aooaa ooa aooo o ooroo n onan 68 Struttura della cartella di output del sequenziamento 11 r a ar SITA ma f e J por SA sa q ee RUIE i K gt da ERE RE J s tS y3 N Re ii v x _ _ ia y s a re A _ Pi ta _ ni TTIE f t or n von x all Canto a agili ore Marccatc rgargsasrcst t a Ta gt CONCA n Sa e li s s lt P h Guida del sistema NextSeq 500 D 9 y So9Ipuadd Real Time Analysis RTA Introduzione 60 Il software integrato Real Time Analysis RTA esegue l analisi dei dati in tempo reale integrata sullo strumento durante la corsa di sequenziamento comprese l analisi delle immagini e l identificazione delle basi accelerando di conseguenza i tempi di analisi a valle NextSeq usa una nuova implementazione del software Real Time Analysis RTA chiamata RTA v2 che include differenze importanti nell architettura e nelle caratteristiche RTA v2 introduce le differenze seguenti Tutti i processi sono eseguiti in memoria per massimizzare la velocit
92. ttare lamministratore di rete per gli indirizzi specifici per la Indirizzo IP struttura Obtain an IP address automatically Ottieni un indirizzo IP automaticamente ottiene un indirizzo IP utilizzando il server DHCP Use the following IP address Usa l indirizzo IP seguente collega lo strumento a un altra posizione server e Immettere l indirizzo IP L indirizzo IP una serie di quattro numeri separati da un punto ad esempio 168 62 20 37 e Immettere la maschera di sottorete che una sottodivisione della rete IP e Immettere il gateway predefinito che un router sulla rete che collega a Internet DNS address Obtain a DNS address automatically Ottieni un indirizzo DNS Indirizzo DNS automaticamente legge l indirizzo DNS associato con l indirizzo IP Use the following DNS addresses Usa gli indirizzi DNS seguenti collega lo strumento a un server che traduce i nomi di dominio in indirizzi IP e Immettere l indirizzo DNS prescelto L indirizzo DNS il nome del server usato per tradurre i nomi di dominio in indirizzi IP e Immettere l indirizzo DNS alternativo L indirizzo alternativo usato se il DNS prescelto non in grado di tradurre un determinato nome di dominio in un indirizzo IP 1 4 n codice 15046563 Rev I ITA Opzione Computer name Nome del computer Descrizione Computer name Nome computer il nome assegnato al computer dello strumento al momento della fabbricazione Qualsiasi modifica eseguit
93. ull utilizzo di BaseSpace e sulle opzioni di analisi disponibili IIEUOIZIPPE SSIOSIH Consultare la pagina di supporto per NextSeq 500 sul sito Web Illumina per accedere alla documentazione ai download del software alla formazione online e alle domande frequenti FAQ Guida del sistema NextSeq 500 3 Informazioni preliminari Componenti dello strumento Il sistema NextSeq 500 comprende un monitor touch screen una barra di stato e tre scomparti Figura 1 Componenti dello strumento A Scomparto di imaging contiene la cella a flusso durante una corsa di sequenziamento B Monitor touch screen permette la configurazione e l impostazione integrate sullo strumento utilizzando l interfaccia del software di controllo C Barra di stato indica lo stato dello strumento come in elaborazione blu richiede attenzione arancione e pronto per il sequenziamento verde o quando necessario eseguire un lavaggio entro 24 ore giallo D Scomparto tamponi contiene la cartuccia di tamponi e il contenitore dei reagenti usati E Scomparto reagenti contiene la cartuccia di reagenti scomparto di imaging Lo scomparto di imaging alloggia il piano che comprende tre perni di allineamento per posizionare la cella a flusso Dopo aver caricato la cella a flusso lo sportello dello scomparto di imaging si chiude automaticamente e sposta i componenti in posizione scomparto reagenti e scomparto tamponi L impostazione di una corsa di sequenzia
94. ulla sicurezza e conformit del sistema NextSeq n codice 15046564_ITA D n codice 15046563 Rev ITA Risorse addizionali possibile scaricare la documentazione seguente dal sito Web Illumina Risorsa Guida alla preparazione della sede di installazione del sistema NextSeg n codice 15045113_ ITA Guida sulla sicurezza e conformit del sistema NextSeq n codice 15046564_ITA Guida per l utente del lettore RFID modello n TR 001 44 n codice 15041950_ITA Denaturazione e diluizione delle librerie per il sistema NextSeq n codice 15048776 Guida per i primer personalizzati NextSeg n codice 15057456 Guida di BaseSpace help basespace illumina com Descrizione Fornisce le specifiche relative ai locali del laboratorio i requisiti elettrici e ambientali Fornisce informazioni relative agli aspetti di sicurezza del funzionamento alle dichiarazioni di conformit e alle etichette dello strumento Fornisce informazioni sul lettore RFID nello strumento certificazioni di conformit e considerazioni relative alla sicurezza Fornisce istruzioni per denaturare e diluire le librerie preparate per una corsa di sequenziamento e per preparare un campione di controllo PhiX facoltativo Questa procedura si applica alla maggior parte dei tipi di librerie Fornisce informazioni relative all uso di primer di sequenziamento personalizzati al posto di primer di sequenziamento Illumina Fornisce informazioni s
95. umentazione 3 salute dello strumento 15 guida Live Help Assistenza in diretta 48 icone errori e avvertenze 12 stato 12 identificazione delle basi 64 imaging sequenziamento a due canali 64 immagini in miniatura 67 impostazione corsa opzione avanzata 12 impostazioni configurazione 14 impostazioni IP e DNS 14 intensit 64 interruttore di alimentazione 9 ipoclorito di sodio lavaggio 40 L lavaggio automatico 36 componenti lavaggio 39 lavaggio manuale 11 39 materiali di consumo forniti dall utente 39 lavaggio post corsa 36 lavaggio strumento 39 linee guida acqua da laboratorio 19 Live Help Assistenza in diretta 11 48 lunghezza lettura 17 18 M manutenzione strumento materiali di consumo forniti dall utente 19 materiali di consumo acqua da laboratorio 19 cartuccia di reagenti 7 cartuccia di tamponi 8 cella a flusso 6 corse di sequenziamento 19 forniti da Illumina 6 manutenzione strumento 19 materiali di consumo lavaggio 39 40 materiali di consumo forniti dall utente 19 T di errore RAID 58 metriche cicli densit cluster 34 cicli intensit 34 identificazione delle basi 64 metriche della corsa 34 monitoraggio RFID 6 N nome avatar 16 i nome strumento personalizzazione 16 nome utente e password 9 nome utente e password del sistema 9 numerazione corsie 68 numerazione strisce 69 numerazione tile 70 numerazione videocamere 69 O opzione avanzata di caricamento 12 16 P parametri della
96. unte le illustrazioni per mostrare la posizione corretta ed errata delle clip sulla cella a flusso Aggiornato il capitolo Real Time Analysis RTA per includere una panoramica di RTA v2 la struttura della cartella di output e il processo di identificazione delle basi Aggiornato il capitolo sulla risoluzione dei problemi per includere gli errori di RTA v2 e includere RunParameters xml nell elenco dei file di risoluzione dei problemi Versione iniziale IUOISIA9I BIDO OUOII n codice 15046563 Rev ITA Sommario Cronologia revisioni 00 iii iii iii iii iii Sommario MOO IX Capitolo 1 Informazioni preliminari 1 INTOGUZIONO 20 i iii lie hate 2 Risorse addizionali 0 0000 eee 3 Componenti dello strumento 0000an 00an o aoaaa annann 4 Panoramica sui materiali di consumo per il sequenziamento 6 Avvio dello strumento 0 9 Software NextSeq 0 0 iii iii ii iii iii 11 Apparecchiature e materiali di consumo forniti dall utente 19 Capitolo 2 Sequenziamento oona aa ananiona oaaao anoni naa nan 21 Introduzione MP 22 Flusso di lavoro per il sequenziamento annan 22222222 23 Preparazione della cartuccia di reagenti 0 00 24 Preparazione della cella a flusso 25 Preparazione delle l
97. usati dalla cartuccia di reagenti al contenitore dei reagenti usati Quando questa impostazione non attivata smaltire manualmente i reagenti non usati Lo spurgo dei materiali di consumo impiega tempo aggiuntivo Disattivare questa impostazione per una corsa indipendentemente utilizzando la funzione Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa Skip Pre Run Check Confirmation Salta conferma verifica pre corsa selezionare questa impostazione per avviare automaticamente il sequenziamento dopo il completamento corretto di una verifica automatica Se la verifica automatica non dovesse riuscire per qualsiasi ragione risolvere l errore prima di procedere n codice 15046563 Rev ITA Modifica delle Impostazioni della corsa per spurgare i materiali di consumo Modificare l impostazione di spurgo dei materiali di consumo per una corsa indipendentemente dall uso della funzione Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa BaseSpace or BaseSpace Onsite configuration Configurazione di BaseSpace o BaseSpace Onsite selezionare l icona Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa Una volta terminato selezionare l icona A Save Salva Standalone configuration Configurazione su computer indipendente selezionare l icona Edit Modifica sulla schermata Run Setup Impostazione corsa Una volta terminato selezionare Save Salva Opzioni di spegnimento Le opzioni di spegnimento
98. utput per il sequenziamento Descrizione posizione e nome del file Ciascuna tile analizzata inclusa in un file di identificazione delle basi aggregata in un file per ciascuna corsia per ciascun ciclo Il file aggregato contiene l identificazione delle basi e il punteggio qualitativo codificato per ciascun cluster per quella corsia Data Intensities BaseCalls LOO X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia Ciclo bcl bgzf dove ciclo rappresenta il numero di ciclo in formato a quattro cifre I file di identificazione delle basi sono compressi usando gzip Per ciascuna corsia un file indice binario elenca le informazioni originali della tile in una coppia di valori per ciascuna tile che sono numero di tile e numero di cluster per la tile I file indice individuazione delle basi sono creati la prima volta che un file di identificazione delle basi viene creato per quella corsia Data Intensities BaseCalls LOO X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia s_ Corsia bci Per ciascuna tile le coordinate XY per ciascun cluster sono aggregate in un file posizione cluster per ciascuna corsia I file posizione cluster sono il risultato della generazione della griglia per l identificazione dei cluster Data Intensities LOO X i file sono archiviati in una cartella per ciascuna corsia s_ corsia locs I file filtro specificano se un cluster ha attraversato i filtri Le informaz
99. wer Options Opzioni di alimentazione del sistema 3 Selezionare Shut Down Spegnimento Il comando Shut Down Spegni spegne in sicurezza il software e spegne lo strumento Attendere almeno 60 secondi prima di accendere nuovamente lo strumento Y ATTENZIONE Non riposizionare lo strumento Uno spostamento dello strumento non eseguito nel modo appropriato pu incidere sull alineamento ottico e compromettere l integrit dei dati Nel caso sia necessario spostare lo strumento rivolgersi al rappresentante Illumina n codice 15046563 Rev ITA Risoluzione del problemi Introduzione M 46 File di risoluzione dei problemi 000000000000000000000000000000 000000000000000 00000200222 41 Live Help Assistenza in diretta 0 ie 48 Risoluzione dei errori della verifica automatica 0 0 0oaaa a22 oann2222 49 Contenitore dei reagenti usati pieno 000000000000000 oaoa 22a a220 2o22 an2a 51 Flusso di lavoro di reibridazione scurrile ito osare 52 Ricette personalizzate e cartelle delle ricette 0 54 Verifica del sistema 0 00 00 iii iii iii iii 55 Messaggio di errore RAID 0 bei e lieve ie eci eee eee zie 58 goa v F 7 sr an K A R A L LI 8 F R F ToN S Pe AS m La AN INS ea lt aa alii e 2 a Bar ef dea vo Cet rh r i rami J aracauc rtapgsasrc t gt

Guida del sistema NextSeq 500 (15046563) - Support

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