MANUAL TÉCNICO PARA DISEARCH
Contents
1. Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Fuente gt Destino Formulario de Extracci n Historias Cl nicas Almacenamiento de historias cl nicas Electr nicas electr nicas preseleccionadas Historias Cl nicas Electr nicas Repositorio de que almacena las historias cl nicas electr nicas resultantes del proceso de preselecci n Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Fuente gt Destino Motor de An lisis de HCE Historias Clinicas Consulta de historias cl nicas Electr nicas electr nicas preseleccionadas Dependencia Almacenamiento de historias cl nicas Fuente gt Destino Formulario de Extracci n Historias Cl nicas electr nicas preseleccionadas Electr nicas Motor de An lisis de HCE Componente principal de la aplicaci n que contiene la l gica del proceso de miner a de texto y consultas binarias que ser aplicado a las historias cl nicas electr nicas que a su vez orquesta los dos subcomponentes miner a de texto y consulta binarias para que trabajen a la par y que el resultado final sea uno en concreto para el proceso de an lisis de historias cl nicas electr nicas Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Fuente gt Destino Motor de An lisis de HCE Persistencia de Almacenamiento de los resultados resultados del proceso de an lisis de historias cl nicas electr nicas Dependencia Fuente gt Destino Motor de An lisis de HCE Motor de Conocimiento Par metros de entrada par2. E AS eo ee eS ee eS 9 ys A EEE 9 E E e CES eo ETE A EE E 10 SUBGRUPO seeren ner aeae re er anr E Ea bonds nae AAEE AEE due bauasielinineounbecsanceuaeseiacen 11 TEMP RESULTADOS ANALISIS wencsccsccvsccensxtoecaiecenetasceeeccasvirsoxasaubodaswusbcsesvareiassueausssatienceaness 11 VISTA MINABLE corra iia 12 DIAGRAMA DE CLASES mini rre 12 A o A 14 MODELO DE COMPONENTES Modelo de componentes de la extracci n an lisis y priorizaci n de historias cl nicas electr nicas basado en la arquitectura de 3 capas Capa de presentacion Formulario de Analisis HCE Extracci n Capa de Logica Plantillas Base de Conocimiento ETL Extracci n l Priorizador Transformaci n y Carga Motor de Analisis de HCE Consultas Binarias Mineria de Texto Historias Cl nicas gt Persistencia de Electr nicas resultados An lisis de HCE Interfaz grafica de usuario que permite la parametrizaci n previa al proceso de an lisis de las historias cl nicas electr nicas Interfaces Fuente Destino Descripcion Dependencia Fuente gt Destino Analisis de HCE Priorizador Parametrizaci n de formula de distancia y despliegue de resultados priorizados Dependencia Fuente gt Destino An lisis de HCE Motor de Conocimiento Configuraci n de plantillas de descripci n de enfermedades Formulario de Extracci n Interfaz grafica de usuario que permite la parametrizaci n para la extracci n de historias cl nicas electr nicas del SAHI
3. Parametrizaci n de formula de distancia y despliegue de resultados priorizados MODELO ENTIDAD RELACI N El modelo entidad relaci n es una abstracci n de la definici n de plantilla para una definici n de enfermedad y la relaci n con el usuario de la crea actualiza elimina y los resultados del an lisis de historia cl nicas electr nicas DISEARCH DISEARCH Nombre Abstracto Leaf Root Documentacion Transit To Visibilidad USUARIOS Nombre Data Model Documentaci n Valor falso falso falso Modelo de datos que contiene las entidades que dan soporte a la aplicaci n DISEARCH DISEARCH Valor Physical Entidad que mantiene los usuarios del sistema Resumen ARIES Columnas Nombre Tipo de Restricciones INTUTE Documentacion datos IDUSUARIO Llave unica del usuario del sistema NOMBRES varchar 25 Nombre del usuario 5 del sistema APELLIDOS oo Apellidos del usuario del sistema CONTRASENA varchar 25 5 Establece la fecha de creaci n del usuario ESPECIALIDADESIDESPECIALI FK DAD ESPECIALIDAD IDESPECIALID AD ROLESIDROL CN FK ROLES IDROL Estado del usuario 1 Activo 1 FECHACREACION 2 Inactivo 0 7 o ESPECIALIDAD Nombre Valor Data Model Physical Documentaci n Entidad que define las especialidades del usuario solo aplica para el usuario investigador y contempla las siguientes especialidades m dicas Por definir Por definir Transit T
4. Pontificia Universidad Javeriana MANUAL TECNICO PARA DISEARCH David Elias Pena Clavijo Tabla de contenido MODELO DE COMPONENTES ccecceeceecceccecceccecceececuececaecaecaecaecaesaeeaeeaeeceeceecueceeeuecuesueeaeeaeens 1 AO e eer A 2 Formulario de Extracci n cccccecceccecceceececceececeececeeaecaecueceeaececueaeeaecneceeaesaeseeseeaesaeceeseeaesneenenees 3 Historias Cl nicas Electr nicas ccc cececceccecceceeceececeeceeceeceeaecaecueceeaececueaesaesueceeaesaecueseeaesneeneness 3 Motor de An lisis de HCE ocn ren na nnrmcnnnes 3 Conslllas BINAMAS reessione ere a eE r a ei an Arere r eraa PA a E rar EiS 4 Miner a de AA 4 Motor de Conocimiento ec cece cecceceeceececceceeceecececaecuecueaecaeceeceeaecuecueaeeaeceseeaesaecueseeaesuesueaesaeeneaneas 4 Base de conocimiento 2 cc ceceececceccecececceeeeceececeeaecueceeaecaececeeaecaecueaeeaececeeaesaesueseeaeseesueaesaeseeaeeas 4 PIRAS aeee nated tavidusaia AAA A 4 Persistencia de resultados cc cecceccecceceececceececeeceeceeaeceecueceeaecaecueaeeaecueceesesaeseeceeaesaesueaeeaeeneenenees 4 PriOriZACOr c ceeeeeeeeeee Pr CO E E O tas dansabeicncenatacadniabs 5 MODELO ENTIDAD RELACI N 0 0 0 ce cece eccccccecceccecceccecceececeecuecaecaecaecaeeaeeaeeaueceeseecueceesuesuesuesaeeaeens 5 D EAR CH eee ne eo ree eT ee Ee a ee ee ee 6 SU Os een ee ne a De ee eS ee ee 6 ESTE A De ee ee Sen ee ee ESR 7 A 8 PA aaa ee ee ee ee 8 R
5. a el proceso de miner a de texto y b squedas binarias Dependencia Fuente gt Destino Motor de An lisis de HCE Historias Clinicas Consulta de historias cl nicas Electronicas electr nicas preseleccionadas Consultas Binarias Sub componente del motor de analisis de HCE que realiza consultas SQL a los siguientes campos estructurados Cie10 nombre de medicamentos y el nombre de ex menes m dicos campos contenidos en las historias cl nicas electr nicas preseleccionadas que se encuentren en la vista minable Miner a de Texto Sub componente del motor de an lisis de HCE que realiza la miner a de texto sobre los campos no estructurados o narrativos como el campo de diagnostico campo contenido en las historias cl nicas electr nicas preseleccionadas que se encuentran en la vista minable Motor de Conocimiento Componente de aplicaci n que enriquece y administra las descripciones de las enfermedades definidas por el investigador Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Par metros de entrada para el Fuente gt Destino Motor de An lisis de HCE Motor de Conocimiento proceso de miner a de texto y b squedas binarias Dependencia Fuente gt Destino An lisis de HCE Motor de Conocimiento Configuraci n de plantillas de descripci n de enfermedades Base de conocimiento Sub componente del motor de conocimiento que contiene y administra la base de conocimiento cargada en el sistema Interfaces Fuente Destino Des
6. archar 255 Nombre del subgrupo que describe una enfermedad o o E TEMP_RESULTADOS_ANALISIS Valor num rico con la utilidad asociada un subgrupo Nombre Valor Data Model Physical Documentaci n Tabla temporal que almacena los resultados del proceso de an lisis de historias cl nicas electr nicas TEMP_RESULTADOS_ANALISI DISEARCH Resumen de Columnas Nombre Tipo de datos Restricciones Nullable Documentacion identificar un IDRESANALISIS bigint PK analisis LITERALESIDLITERAL int FK Literal que fue LITERALES IDLITERAL analizado para una historia clinica puntual Llave nica para Numero de historia cl nica Analizada n E IO i Valor obtenido 11 del proceso de mineria de texto y busqueda binaria VISTA MINABLE Basado en el documento de an lisis de calidad de datos se genera la vista minable con la siguiente estructura a nivel fisico NI N 4 N b N b N N N N 7 N N DIAGRAMA DE CLASES El siguiente modelo de clases implementa dos patrones GOF el patr n cadena de responsabilidad para el proceso de an lisis de historias cl nicas electr nicas y el patr n estrategia para la implementaci n de los algoritmos de distancia para ser aplicados en el proceso de priorizaci n 12 13 JAVADOC El Javadoc contiene toda la informaci n del c digo fuente de DISEARCH En este se pueden encontrar las descripciones de las clases y sus m todos con sus cor
7. asociado a una historia cl nica electr nica PESO decimal 19 Peso asignado a una historia cl nica electr nica a trav s de la funci n de distancia VALORES Nombre Valor Data Model Physical Documentaci n Contiene los valores definidos por literal para una enfermedad en espec fico Transit To VALORES Resumen de Columnas Nombre NES Restricciones NTE Documentaci n FK E PLANTILLAS IDPLANTILLA Plantilla a la cual hace parte el valor FK LITERALES IDLITERAL Literal a cual pertenece el valor PLANTILLAIDPLANTILLA LITERALESIDLITERAL VALOR varchar 255 LITERALES Valor de un literal para una enfermedad puntual Nombre Valor Contiene los literales e intensidad definidos para una plantilla Resumen de Columnas Nombre Tipo de datos Restricciones Nullable Documentacion IDLITERAL Llave nica que identifica un literal a j ER IDSUBGRUPO LITERAL varchar 255 Nombre que describe al literal INTENSIDAD decimal 19 Valor num rico asignado a un literal que define la intensidad del literal para una enfermedad GAZETTEER varchar 255 Almacena el nombre exacto del gazetteer asociado al literal 10 SUBGRUPO Nombre Valor Data Model Physical Contiene los subgrupos y utilidad para una plantilla Resumen de Columnas Nombre Tipo de datos Restricciones Nullable Documentacion Llave unica que identifica un IDSUBGRUPO int PK subgrupo SUBGRUPO v
8. cripci n Dependencia Fuente gt Destino Plantillas Base de Conocimiento La base de conocimiento enriquece una la descripci n de plantilla Plantillas Sub componente del motor de an lisis de conocimiento que contiene y administra las plantillas que describen las enfermedades Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Fuente gt Destino Plantillas Base de Concimiento La base de conocimiento enriquece una la descripci n de plantilla Persistencia de resultados Componente que persiste los resultados del proceso de an lisis de historias cl nicas electr nicas Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Fuente gt Destino Motor de An lisis de HCE Persistencia de Almacenamiento de los resultados resultados del proceso de an lisis de historias cl nicas electr nicas Dependencia Fuente gt Destino Priorizador Persistencia de Almacenamiento de resultados de la resultados priorizaci n de las historias cl nicas electr nicas previamente analizadas Priorizador Componente de aplicaci n que analiza y prioriza los resultados almacenados en el componente de persistencia de resultados a trav s de formulas de distancia Interfaces Fuente Destino Descripci n Dependencia Fuente gt Destino Priorizador Persistencia de Almacenamiento de resultados de la resultados priorizaci n de las historias cl nicas electr nicas previamente analizadas Dependencia Fuente gt Destino An lisis de HCE Priorizador
9. o ESPECIALIDAD Schema DISEARCH Resumen de Columnas Tipo de datos Restricciones NES Documentaci n IDESPECIALIDAD int PK Llave Unica para la especialidad ESPECIALIDAD varchar 255 Especialidad del usuario aplica para tipo de usuario investigador para Administrador este campo no es obligatorio ROLES Nombre Valor Data Model Physical Documentaci n Entidad que define los roles que tiene cada usuario Transit To ROLES Schema DISEARCH Resumen de Columnas Nombre Tipo de datos Restricciones NE Documentaci n varchar 255 Rol del usuario que puede ser 1 Administrador 2 Investigador PLANTILLAS Nombre Valor Data Model Physical Documentaci n Describe una plantilla Transit To PLANTILLAS Schema DISEARCH Resumen de Columnas Nombre Tipo de datos Restricciones Nullable Documentacion IDPLANTILLA Llave unica que identifica una plantilla que describe una enfermedad USUARIOSIDUSUARIO int FK USUARIOS IDUSUARIO ENFERMEDAD varchar 255 Nombre de la enfermedad que identifica la plantilla DESCRIPCION varchar 255 Si Campo opcional para describir la plantilla RESULTADOS Nombre Valor Data Model Physical Documentacion Guarda los resultados del proceso de priorizaci n Transit To RESULTADOS Schema DISEARCH Resumen de Columnas Nombre Tipo de datos Restricciones Nullable Documentacion aina DPLANTILLA TOS IDPLANTILLA bigint Numero de atenci n
10. respondientes entradas y salidas explicadas Toda la informacion se encuentra en JAVADOC para DISEARCH 14
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