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DIAMOND - Crystal Impact

1. de instalaci n puede iniciarse desde el icono de Autoplay situado en el directorio ra z del CD o DVD Una vez instalado DIAMOND deber instalar tambi n POV Ray si no estuviera ya instalado en su ordenador si quiere conseguir im genes de calida fotogr fica TM Instalaci n de POV Ray Puede instalar POV Ray bi n desde el correspondiente bot n desde el programa de isntalaci n o ejecutando el archivo povwin36 exe que encontrar en el directorio POV Ray del CD o DVD de DIAMOND Si lo instalase desde archivos descargados de manera independiente por ejemplo una demo de DIAMOND y el programa povwin36 exe disponibles en la p gina Web de Crystal Impact Basta con dirigirse al directorio donde se descarg povwin36 exe y Dado que la imagen resultante debe randerizarse o puede capturarse en movimiento se aconseja una buena tarjeta gr fica y un procesador r pido gt ejecutarlo la instalaci n comenzar de inmediato y le guiar a trav s del proceso Si el programa estuviera instado previamente deber informar a DIAMOND la ruta en el que se encuentra instalado DIAMOND se la preguntar si fuese necesario Primeros pasos con DIAMOND Empezaremos con una situaci n t pica los datos de una cierta estructura cristalina est n en un archivo CIF y deseamos crear la imagen correspondiente en nuestro caso se trata del Fulereno Cso importado desde the Pauling File Binarie
2. Pulse Siguiente para avanzar a la ultima etapa de este asistente File Import Assistant Picture creation Pictures can be created for a dataset automatically with the help of an assistant or simply blank The input File C 4rchivos de programalDiamond 31 Tutorialc 0 cif with 1 datasetis has been converted successfully You can define if and how Far bo create a structure picture for each dataset le Maximum dataset count to start a picture each 1 If the dataset is a crystal structure Launch the Picture Creation Assistant r Create a blank picture If the dataset is a molecular structure Launch the Picture Creation Assistant Create a picture automatically lt Atr s Siguiente gt Cancelar Fig 5 En la tercera etapa del asistente puede seleccionar si permite realizar a DIAMOND el resto de pasos de forma autom tica o no File Import Assistant Si marcamos la casilla Do not show this assistant again no lo haga ahora la operaci n de importaci n se har directamente la pr xima vez que decida cargar un archivo Pulsamos Finalizar Completing the File Import Assistant The input File C 4rchiwos de programalDiamond 3Tutoriallc 0 cif with 1 dataset sj has been converted successfully To Finish the conversion and to start reading dataset s click the Finish button Without assistant the conversion runs with automatic Format recognition To re enable the assistant choose th
3. 12 Si en la misma barra pulsamos sobre c60 cif obtendremos un listado de todas las estructuras del archivo fig 13 en nuestro caso el documento posee una figura adem s se obtiene una descripci n r pida de la ficha general datos bibliogr ficos de fase y par metros at micos F c60 cif Formula sum HM symboal SGR na Cell parameters HE 51252286 31252200 Coo Fm 3 02 14 260 14 260 14 250 90 00 90 00 Pictures x Data brief General Origin 31252286 ss Bibliographic data Citation DT ACACEG 50 344 351 1994 Space group Fm a cubic a 14 2600 A V 2899 74 49 2 51252266 Picture 1 ci 46h Mu 0 05200 0 0 24900 cz 96 1 0 10500 0 05500 0 22000 C3 96 1 0 18500 0 05200 0 16500 Fig 13 ce gt DIAMOND es un programa potente que ofrece una gran variedad de opciones mas all de las mostradas en este inicio r pido por ejemplo la posibilidad de mover la figura y grabar el movimiento para una presentaci n multimedia para poder apreciarlas recomendamos encarecidamente la lectura del manual de usuario y de su gu a paso a paso En caso de tener alg n problema o solicitar alguna informaci n sobre el uso del programa aparte de las proporcionadas en la ayuda en l nea y el manual se puede en la p gina de los dise adores en http www crystalimpact com CRYSTAL IMPACT GbR 49 228 981 36 43 Rathausgasse 30 49 228 981 36 44 D 53111 Bonn E mail pcd support
4. Data brief luego elija Table of Created Atoms de la lista desplegable y podr ver esa informaci n Ahora sit e su rat n sobre el fondo negro del rea de dibujo pulse con el bot n derecho para asegurar que es el rea activa Desde la barra de men s seleccione Edit Select All o desde el teclado pulse la combinaci n de teclas Ctrl Alt observar como se seleccionan todos lo tomos del dibujo marcadores en amarillo Pulsando en el panel Stucture picture contents sobre Y que indica un desplegable fig 9 podremos acceder a informaci n de la figura seleccionada o de los objetos seleccionados en ella e Contenido de la estructura dibujada e Atomos creados e Objetos selecionados e Distancias entre o desde tomos e Linealidad o planareidad de los tomos seleccionados e Etc E St EAI Data brief gt General Origin 517572786 Bibliographic data Citation ACACEQ 50 344 351 1994 Phase data F Space group Fm 3 202 cubic Cell a 14 7600 W 7899 74 4 7 4 Atomic parameters Atom Ox Wyck Site 5 0 F xfa yb z c u A 21 48h Mi 0 05200 0 0 24900 na ol 1 ndanEenn A ASCA A FFAN Properties Structure picture contents El Automatic u Structure picture contents Created atoms in structure picture Selected objects in structure picture Distances around selected objectis Distances between selected atoms Histogram of distances Center of selected atoms Linearity of selected atoms Plana
5. mAro RSo x lt zs Success 14 molecules 930 atoms created NUM Fig 7 The crystal structure data and display a picture have been created automatically 1 rea gr fica la estructura de nuestro cristal o mol cula aparecer en este rea Observaremos el Fulereno una estructura de celda c bica de 240 tomos con 60 carbonos agrupados bolas 2 rea de paneles a la derecha del rea gr fica aparecen dos paneles de datos uno superior Data brief muestra por defecto la ficha general del compuesto y bajo a l el panel de propiedades Properties En la parte superior del rea 2 por defecto se muestra la ficha general del compuesto dibujado en este panel se pueden mostrar otras tablas relacionadas por ejemplo par metros at micos o distancias entre planos ngulos medidos por el usuario etc Se accede a ellas desplegando el men situado en Data brief fig 8 SATA Taber Atomic Parameters Table of Created Atoms Table of Created Bonds Table of Atom Groups Table of Bond Groups P51 1994 Table of Polyhedra Ibic Table of Planes Table of Lines 1 Table of Distances arameters Table of Angles In a 1 05200 0 Table of Torsion Angles Table of H Bond Infos Extended Geometric Infos Fig 8 u 4 0 24900 i nenn A ARCAN Mn FFAN 10 i Intente desplegar la tabla de tomos Table of created atoms Seleccione y haga clic sobre
6. Klaus Brandenburg Holger Putz DIAMOND Visualizaci n de estructuras cristalinas y mol culas Inicio R pido Intel Pentium and Pentium ll are registered trademarks of Intel Corp Santa Clara CA USA AMD and Athlon are registered trademarks of AMD Corp Sunnyvale CA USA Windows Windows NT and PowerPoint are registered trademarks of the Microsoft Corp Redmond WA USA POV Ray Persistence of Vision POV Team and POV Help are trademarks of the POV Team Williamstown Australia The POV Ray package which is present on the Diamond CD ROM as a free bonus customers of Diamond do not pay for POV Ray in any way You can download the official POV Ray package without charge from http www povray org The distribution present on the Diamond CD ROM is the official version of POV Ray it is permitted under the terms of the General License in the file POVLEGAL DOC The POV Team does not endorse the distributor or its products The POV Team receives no compensation for this distribution For detailed information about the POV Ray license please read the GENERAL LICENSE AGREEMENT also called POVLEGAL DOC Copyright c 1997 2006 by CRYSTAL IMPACT Dr K Brandenburg amp Dr H Putz GbR Postfach 12 51 D 53002 Bonn Germany E mail info crystalimpact com World Wide Web http www crystalimpact com DIAMOND Inicio R pido Version 3 1f Introduccion Si tiene los da
7. crystalimpact com Germany http www crystalimpact com 14
8. e Options command in the Tools menu Atr s Finalizar Cancelar Fig 6 En el didlogo final puede elegir el omitir este asistente si lo hace la pr xima vez que importe un archivo de datos la importaci n se realizar en silencio es decir autom ticamente DIAMOND importar y crear la estructura de forma autom tica tras unos segundos fig 7 Ahora la estructura del cristal y los datos del archivo c60 cif aparecer n en la interfase del programa la exploraremos un poco para mostrar algunas opciones de presentaci n Eche un vistazo a la pantalla fig 7 distinguiremos dos reas generales 1 y 2 Diamond Demonstration Version c60 cif gt File Edit View Structure Picture Build Objects Move Tools Window Help ax Dek AOS K N mund Ho 38 a ra m Data brief x General Origin 51252286 Bibliographic data Citation ACACEQ 50 344 351 1994 Phase data 7 Space group F m 3 202 cubic a 14 2600 Cell 3 Y 2899 74 AY Z 4 Atomic parameters Atom Ox Wyck Site S D F xfa y b z c u A EL 48h mM 0 05200 0 0 24900 0 oi 1 n nEenn an 22nan Y Properties x Structure picture contents Atomic parameters 3 Symmetry records 24 Atoms in unit cell 240 Explicitely defined bonds 0 Created atoms 840 Created bonds 1260 Cell corners 8 Cell edges 12 Atom labels 0 Bond labels 0 Texts 0 Polyhedra 0 Polyhedron Faces 0 Distances 0 Anales 0 Torsion angles 0 H bond infos 0 OCROABL6 O0CMOm B M B
9. e izh 2e7 1 587 Acom c parameters 1e Atom Ox Wyck Site 5 0 0 fo vb z c L 588 cl 45h ma 0 052C0 0 0 24300 o Cz 961 0 05C0 0 08500 0 22300 10 20 30 40 50 60 70 80 CA Gal no BSA Nas A ASN ela SE 23 he o OoOO Ha l l v iu A y es 6 H lt RE FF LICCESS reflections generated Fig 11 Data sheet Distance Angles y Power pattern del Fulereno 12 gt Si se hace clic en la barra de navegaci n sobre 51252286 se desplegar un lbum de vistas en miniatura Thumnail de las de todas la figuras relacionadas y en el panel Data brief se presentar una ficha de los datos mas importante de la estructura selecionada Pulsando en el bot n Picture details en la base del cuadro aparecer una descripci n de cada figura en miniatura junto a ella fig 12 Diamond Demonstration Yersion c60 cif gt File Edit View Structure Picture Build Objects Move Tools Window Help ar DEHAASLERSCNEENBEIRAHAIR IE AG HE c60 cif 51252286 E Datasheet BN Cistancestanoles MW Powder pattern Jas Picture 1 General Origin 51252286 ss Bibliographic data Citation 9 ACACEQ 50 344 351 1994 atom O bond labelfs F m 3 202 cubic a 14 2600 V 2899 74 Z 1 1 Ho ll 0 05200 0 0 24900 E 0 10500 0 08500 0 22000 c3 abi 1 0 18500 0 05200 0 16500 Ba Picture Tiles Lee JODA 1 M S iwA rik amp O H 4 Bo FG Auto Save completed Ss Fig
10. h C Repeat first symbol Compound source Structure type Creation method spoasncd by PAULING FILE Cummienls c60 cif 51252286 gt Powder pattern ale Table of reflection parameters x x ray laborat A gt Phase data e No 2Theta d spacing A Int F n k 1 mut 3 1 10 737 8 2330 27369791 11 17420 1 1 1 8 Formula sum coc 1 5106 E 12 404 7 1300 481545 41 30 88 0 0 2 6 En 3 17 577 5 0417 36526891 23 21 25 0 2 2 12 Formula welght o LA 5 4 20 641 4 2996 22907591 29 17927 1 1 3 2 Sthetemas 21 570 4 1165 7ARGRA AL 1172 90 2 A e stal system E p 2021 e a 6 24 957 3 5650 29283 81 1563 0 0 4 6 1 7 27 237 3 2715 2579579 48 80 43 1 3 3 24 PACHO A Powder pattern settings g 27 959 3 1886 5121249 86 164 78 0 2 4 12 Cell parameters a 14 ann 9 27 959 3 1886 772560 25 6400 2 0 4 12 Cell ratio a b 1 0000 bc 1 00C0 c a 1 0300 uO Rezo 2m mien Ia l i S 2 h i h i 3 12 32 602 2 7443 3174576 32 187 36 3 3 3 8 cell volume 2899 74 13 35 585 2 5208 9031 28 898 0 4 4 12 4 14 37 275 2 4104 93386 61 2147 1 3 5 2 15 37 275 2 4104 1087 29 232 3 1 5 2 5 16 37 823 2 3767 185339 63 9950 0 0 6 6 Calc density Diagram settings 17 37 823 2 3767 232088 41 34 40 2 4 4 24 M d it 18 39 954 2 2547 863533 45 9972 0 2 6 12 Bas density 19 39 954 2 2547 222242 07 50 59 2 0 6 12 Melting point RER Rall Int 3 587 RObs 3e7 Pearson code cF240 Formula type N asar Wyckotf sequenc
11. on Navigation bar informa sobre el numero de figuras disponibles y proporciona acceso rapido a datos como el difractograma de la figura Ademas a la derecha de la barra se muestran tres posibles accesos directos con tres iconos Data sheet Distances angles Powder pattern El Data sheet Powder pattern Al pulsar sobre sus iconos maximizan sus paneles fig 11 Data sheet Es una version extendida de los datos generales del la estructura e Distances and angles Tabla e histograma de la representacion de distancias y angulos entre varios atomos significativos de la estructura e Powder pattern EI difractgrama calculado desde los datos de la estructura junto al listado de reflexiones Pueden ajustarse varios parametros del diagrama de difracci n radiaci n longitud de onda correcci n LP etc c60 cit 51252786 gt Distances angles Table of distances Select atom typeis d 1 2 a c60 cit 51252286 gt Data sheet Unit A a cl 1x 1 4830 General cz 2x 1 4871 orig a _ Lode SLZ5EZOb i Database dates Ana q a Common name O angles c3 ix 2 3944 Systematic name A A ca 1x 2 4242 Structural formula d1 2andd1 3 c3 Cc Lx 1 4566 Analytical furmula W Count Cc Lx 1 4622 C Symmetry op co Lx 1 4530 Eibliographic data cl 1x 2 3626 CI Atom code C2 Lx 2 3944 Zune C Coordinates Publication title Citation A24CEQ 50 344 351 1594 Standard uncertainties Mineral name fillerene hic
12. ot n Abrir CIF Acr nimo de Crystallographic Information File uno de las extensiones m s comunes para el intercambio de datos en cristalograf a Por ejemplo las revistas IUCr como Acta Crystallographica ofrecen descargas de estos archivos de sus publicaciones Puede obtenerse mas informaci n en la p gina http www iucr org iucr top cif index html Pauling File Binaries Edition publicado por ASM International Materials Park Ohio U S A Buscar en Tutorial Fe Documentos recientes pyrene cif quartz cif unknown cif Nombre Tipo CIF E cif i Si acaba de instalar DIAMOND y las opciones del programa son las mismas que las ajustadas de f brica aparecer el di logo File Import Assistant fig 3 que usaremos para controlar las etapas del procedimiento de importaci n Por ejemplo reconocer el tipo de archivo etc Pulse Siguiente Compruebe si aparece el tipo de archivo a importar en la combo box File format si no lo fuera despliegue el men y selecci nelo Tambi n podr ver la ruta y el n mero de archivos que se va a importar en nuestro caso uno fig 4 Pulse sobre Siguiente La 2 ree Si ha variado algun parametro no tiene por qu preocuparse puede restablecer las opciones iniciales desde el menu Tools Reset Settings abi Cancelar Welcome to the File Import Assistant The input file C Archivos de programa Diamond 3 Tuto
13. rial c60 cif has no Diamond format and thus needs to be converted This assistant will guide you through the file conversion procedure To continue click the Next button Siguiente gt j Cancelar Fig 3 El File Import Assistant nos guiar para realizar la importaci n del archivo File Import Assistant File format Confirmation or modification of the automatically detected file format The automatic file format recognition has encountered the following format If this Format does not match choose another one from the list below File format Crystallographic Information File CIF hd Diamond 3 document 1 dataset has HDiamond 2 x or Endeavour 1 x Diamond 1 x Endeavour Configuration File Crystallographic Information File CIF ShelX INS or RES Format d 34T 1c60 cif x Pert HighScore Plus HPF x Pert Plus IDF Fig 4 En la segunda etapa de File Import Assistant puede verse si el tipo de los archivos y el n mero de ellos a importar son correctos Puede elegir si quiere que DIAMOND acabe de dibujar la estructura de manera autom tica o iniciar un nuevo Asistente para la creaci n de estructuras Structure Picture Creation Assistant e incluso o iniciar el dibujo con una Create a blank Picture En nuestro caso para hacerlo mas f cil posible este inicio seleccionaremos Create a picture automatically en el combo f the dataset is a crystal structure fig 5
14. rity of selected atoms Distances Angles Torsion angles H bond infos o 0060060 Fig 9 Al selecionar objetos del area gr fica sus propiedades pueden informarse en el panel de propiedades Si se selecciona la palabra Automatic la primera l nea de las opciones desplegadas el panel mostrar informaci n correspondiente al objeto seleccionado es el modo por defecto que en principio no conviene cambiar Debajo de la barra de botones se sit a la barra de navegaci n fig 10 que proporciona la siguiente informaci n El procedimiento funciona seleccionado cualquier objeto del rea gr fica para simplificar esta gu a se le indica el procedimiento que selecciona todos los objetos representados el cristal o mol cula completo 11 gt En la parte derecha de la barra junto al icono se indica la vista activa en nuestro caso Picture 1 antecedida por el nombre del archivo y un n mero separados por los signos gt que indican una jerarqu a c60 cif gt S1252286 gt Picture 1 Esto significa que el dibujo Picture 1 de la estructura S1252286 mostrada est contenida en el documento de DIAMOND c60 cif Porque los actuales archivos de DIAMOND de extensi n diamdoc pueden contener mas de una estructura posible para el mismo cristal o mas de un dibujo para la misma estructura cristalina c6O cif gt 51252286 gt Picture 1 Ei Data sheet Distances angles Powder pattern Fig 10 La barra de navegaci
15. s Edition Si no lo ha hecho todavia por favor abra el DIAMOND ahora comenzara mosirando la pantalla de inicio desde la que podra realizar las operaciones mas comunes como importar una estructura o abrir un archivo reciente o guardado con anterioridad Con un simple clic fig 1 Diamond Demonstration Version Start T File Edit View Tools Window Help Sex DSHAQS LBB OOM MENA 2 au z amp Start do Y od TCS information a unknown diarndoc Tuesday November 11 2008 Please refer to our Diamond Sales Page for Support Functions gt Open a file i Create a new document What is new in version 3 0 n Browse sample files ZB Read the tutorial Diamond on the Web m Please note This is a demonstration version which is almost identical with the full version of Diamond Read here about the limitations of the demonstration version NUM Fig 1 la pantalla de inico mostrando las operciones mas comunes del programa importar o abrir archivos guardados Haga clic sobre Open a file para importar los datos de la estructura se mostrar el cuadro de di logo de Windows Abrir fig 2 mediante la combobox Tipo nos aseguraremos que se puedan mostrar los archivos de extensi n cif luego seleccionaremos el archivo c60 cif guardado en el subdirectorio Tutorial de DIAMOND posiblemente en la ruta C Archivos de programa Diamond 3 Tutorial Finalmente pulsaremos sobre el b
16. tos de una estructura cristalina o un grupo espacial o de una celda unidad o un grupo at mico o los par metros de un archivo CIF y quiere e Crear una imagen de alta calidad para una presentaci n o una publicaci n e Comprender los principios de construcci n de la estructura e Visualizar la forma de construir la estructura de varias maneras en una clase con sus estudiantes Excelente Eso es lo que puede hacer con DIAMOND un moderno paquete de software que visualiza las estructura at micas La nueva versi n 3 XX est dise ada para realizar los primeros pasos de la manera mas sencilla y did ctica posible Instalaci n Antes de instalar DIAMOND deber comprobar que su sistema cumple los m nimos requeridos Sistema operativo Microsoft Windows 98 ME 2000 or XP o NT 4 0 Tener instalado Microsoft Internet Explorer 5 01 o superior Un ordenador con procesador m nimo Intel Pentium ll o AMD Athlon Al menos 64 megabytes de RAM Al menos 100 megabytes de espacio libre en disco duro Tarjeta gr fica de resoluci n de 1024 x 768 pixels con 32 768 de colores La mas alta 32 bits y Pro favor inserte el disco de DIAMOND en su disquetera u tras unos segundos se abrir el men de instalaci n pulse sobre el logotipo Install gt Diamono K La instalaci n comenzar y le guiar a trav s del proceso siga las indicaciones del programa que aparezcan en al pantalla Si pasa un tiempo razonable y no aparece el men

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