Manual de usuario de mycoDB. - Centro de Vigilancia Sanitaria
Contents
1. Bo a 1 E l DOCENCIA DIVULGACI N l SERVICIOS 5 Ss NOTICIAS CONTACTO VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE HOME Servicios Bases de datos mycoDB Isolate Search MIRU VNTRTYPE SEARCH Si mycoDB B squeda de un MIRU VNTRtipo 5 z EEE z BD Nacional de Micobacteriosis Animal Datos actualizados a 04 de mayo de 2011 Copyright 2011 VISAVET MIRU VNTR type y Resultados por p gina 50 SPOLIGOTYPE SEARCH Spoligotype Search b squeda de un espoligotipo por su c digo estandarizado B squeda de un MIRU VNTRtipo por el n mero de repeticiones de cada secuencia del locus 2165 2461 0580 3192 2996 2163a 2163b ISOLATE SEARCH Isolate Search b squeda de aislamientos de micobacterias atendiendo a diferentes criterios Resultados por p gina 50 ISOLATE Mars Isolate Maps mapas anuales de distribuci n de aislamientos de micobacterias en Espana Manual de usuario 0 Y Copyright 2011 VISAVET Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria U C M Reservados todos los derechos m Ed Manual de Usuario mycoDB v 2 5 P gina 13 de 15 ee Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE Los resultados de las consultas se muestran de la misma forma que en la primera herramienta 8 ISOLATE2. ISOLATE SEARCH Equivalencia entre c digos de espoligotipo Isolate Search b squeda de aislamientos de Introduzca el c digo binario del perfil de espoligo y pulse intro 6 seleccione el c digo VISAVET 6 SB para ver la relaci n micobacterias atendiendo a diferentes criterios C digo binario C digo VISAVET y C digo se y ISOLATE Mars Isolate Maps mapas anuales de distribuci n de aislamientos de micobacterias en Espa a J Manual de usuario EQ Y wee Y Copyright 2011 VISAVET Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria U C M Reservados todos los derechos La En la siguiente pantalla se ofrecen los resultados de la consulta resumidos en una tabla junto con el mapa de localizaci n geogr fica En el mapa se indican en azul los municipios donde se ha identificado el perfil SPB 009 SB0295 desde 1996 hasta el momento de la consulta Los mapas geogr ficos ofrecen informaci n de la presencia de espoligotipos espec ficos de una regi n geogr fica determinada a nivel de municipio P gina 10 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE HOME VISAVET INVESTIGACI N DOCENCIA DIVULGACI N Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal iy ACTUALIDAD CONTACTO VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE Eng
3. from srameais Persistence enc Pagina 9 de 15 A Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE 6 SPOLIGOTYPE SEARCH SPOLIGOTYPE SEARCH es una herramienta que permite realizar las b squedas por perfiles de espoligo para ver la distribuci n geogr fica de los mismos y su aislamiento en distintas especies animales desde 1996 hasta la actualidad Las b squedas se pueden realizar por la nomenclatura internacional o la nomenclatura interna del Centro VISAVET El siguiente ejemplo describe la b squeda por perfil de espoligotipo SBO295 A HOME VISAVET INVESTIGACI N DOCENCIA DIVULGACI N SERVICIOS NOTICIAS CONTACTO Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE English E HOME Servicios Bases de datos mycoDB Spoligotype Search SEARCH D11101111110111110011111111111111101009 l ma SPOLIGOTYPE SEARCH 8 is Mycol Busqueda por c digo estandarizado BD Nacional de Micobacteriosis Animal Datos actualizados a 04 de mayo de 2011 ji Copyright 2011 VISAVET Espoligotipo C digo VISAVET SPx xxx Espoligotipo SB0295 MIRU VNTRTYPE SEARCH C digo SB SBxxxx MIRU VNTRtype Search b squeda de un MIRU Resultados por p gina 50 Buscar VNTRtipo por el n mero de repeticiones
4. gico ADN y datos de espoligotipo La base de datos mycoDB contiene informaci n para la realizaci n de estudios epidemiol gicos sobre el estudio de la variabilidad de genotipos en Espana la presencia de genotipos caracter sticos de una regi n espec fica o la importancia de los animales salvajes como reservorio para animales dom sticos P gina 5 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 A Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE La base de datos mycoDB se complementa con un visor capaz de mostrar la distribuci n geogr fica de los aislamientos de micobacterias en Esoa a seg n criterios de consulta combinables como el a o especie animal espoligotipo implicado etc 2 Acceso a la base de datos La base de datos est alojada en un servidor del Cemyto de Vigilancia Sanitaria Veterinaria VISAVET de la Universidad Complutense permitiendose su acceso mediante una aplicaci n web desarrollada por este RASVE centro y disponible a traves de un enlace en la pagina web de la Red de Alerta Sanitaria Veterinaria RASVE del Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino http rasve mapa es o la direcci n http www mycodb es mycoDB cuenta con dos versiones 2 1 Full version La versi n completa incluye todos los registros de micobacteriosis animal en Espa a Su consulta est restringida a los Servicios Veterinari
5. Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 6 4 3 3 5 11 2 5 7 14 10 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11011 Bos taurus Bovina M bovis S580295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis B0295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis 580295 2 12 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis Tambi n se incluye una versi n para impresi n de todos los datos del resultado de la consulta 7 MIRU VNTRTYPE SEARCH MIRU VNTRTYPE SEARCH es una herramienta que permite realizar las b squedas por perfiles de MIRU VNTR para ver la distribuci n geogr fica de los mismos y su aislamiento en distintas especies animales desde 1996 hasta la actualidad Las b squedas se pueden realizar por el patr n de repeticiones para los 9 loci VNTR 2165 VNTR 2461 VNTR 0580 VNTR 3192 VNTR 2996 VNTR 2163a VNTR 2163b VNTR 4052 VNTR 3232 o por el n mero de repeticiones para cada secuencia del locus iw i f e Ma HOME i mycoDB es a y
6. claro Oe las provincias que han enviado muestras y en x t N azul oscuro los municipios en los que se ha identificado y caracterizado por tipificaci n molecular alg n miembro del complejo M tuberculosis 10 Asistencia t cnica El Centro VISAVET ofrece a los usuarios de la versi n completa de mycoDB la asistencia necesaria para su correcto aprovechamiento por lo que rogamos contacten con nosotros para ayudarles en cualquier problema relativo al manejo o funcionamiento agradeciendo asimismo cualquier sugerencia o indicaci n que nos permita una mejora de esta aplicaci n Contactos e Servicio de Inform tica y Comunicaci n Tel 34 913 944 096 e mail sic visavet ucm es e Servicio de Micobacterias Tel 34 913 944 083 e mail mycobacteriaOvisavet ucm es CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA VISA VET UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DE MADRID Avenida Puerta de Hierro s n 28040 Madrid Tel 34 913943975 Fax 34 913 943 795 e mail visavetOvisavet ucm es web www vigilanciasanitaria es Manual de Usuario mycoDB v 2 5 P gina 15 de 15
7. demo de la Relaci n entre nomenclaturas Relaci n entre las nomenclaturas de espoligotipos VISAVET e sae MyCODB es Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE a aE F E K 7 S st ds ve m HOME VISAVET INVESTIGACI N DOCENCIA DIVULGACI N SERVICIOS NOTICIAS CONTACTO Tr English Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal mycoDB Convenio de Colaboracion MARM UCM x El Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria es responsable de la base de datos que recoge los registros nacionales de micobacteriosis animal desde 1996 hasta la actualidad La base de datos se complementa con un visor que muestra la distribuci n geogr fica de los aislamiento de Micobacterias seg n criterios de consulta como el a o especie animal o espoligotipo implicado Informaci n sobre mycoDB El acceso a esta base de datos est disponible a trav s de la p gina web de la Red de Alerta Sanitaria Ministerio de Ambiente Medio Rural y Marino para Servicios Veterinarios y Laboratorios que participan en el Programa Nacional de Erradicaci n de la Tuberculosis Bovina RASVE del Medio los DVR spoligotyping La t cnica Direct Variable Repeat Spacer Oligonucleotide Typing se basa en la amplificaci n de una regi n del genoma denominada locus DR direct repeat Esta region est compuesta por secuencias repetid
8. A Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE H ie MyCODB MANUAL DE USUARIO Versi n 2 5 Servicio de Inform tica y Comunicaci n CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA VISAVET UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DE MADRID A Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE INDICE Informaci n recogida en la base de datos cocococcconocononononananaranarnnnonononononnna rana ona nonanononons 5 Pe eta afec o A EC eases cuueinsstecaonemants 6 SCS OS TS CS O iii 6 Nomenclatura de los perfiles de genotipo oconcoccnccnnanananonananaconanancananrnnnarnncnnnaonaconncos 7 AICA INE oca 8 SPOLSOMPE SEAN rio 10 MIRUS NIRTI ES EAR praia agota 13 SOLATE SEARE leete ceci 14 IS OA ES iio 14 Pen KEN ee re een 15 P gina 3 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 O Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE 1 Informaci n recogida en la base de datos El Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria VISAVET es responsable de la Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal mycoDB bajo contrato para la realizaci n de servicio apoyo t cnico cient fico para el desarrollo e implementaci n de t cnicas avanzadas de diagn stico de tuberculosis bovina
9. R Meles meles car Felis silvestris catus CATTLE Bos taurus CHAMOIS Rupicapra rupicapra DOMESTIC PIG Sus scrofa domestica FOX Vulpes vulpes ISOLATE Maps DOG Canis lupus familiaris FALLOW DEER Dama dama GOAT Capra aegagrus hircus MOUFLON Ovis musimon RED DEER Cervus elaphus IBERIAN LYNX Lynx pardinus PECCARY Tayassusu sp I SHEEP Ovis aries Isolate Maps maps showing the annual distribution of mycobacterial isolations in Spain PLUCILICI CI CIC WILD BOAR Sus scrofa YELLOW CROWNED PARROT Amazona ochrocephala A User manual Results per page 50 Search ug vi Copyright 2011 VISAVET Health Surveillance Centre U C M All rights reserved La Los resultados de las consultas se muestran de la misma forma que en la primera herramienta P gina 14 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 s M coDB es E Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE 9 ISOLATE MAPS En la base de datos se incluyen las muestras muestras de tejido medios de cultivo bacteriol gico ADN o datos de espoligotipo sa ao 2006 recibidas en el Centro VISAVET desde el a o zen Bi Khare a AA A 1996 hasta la actualidad Esta consulta e N j l visualiza la distribuci n de los aislamientos por gt va ano en mapas donde se reflejan en azul
10. SEARCH La herramienta ISOLATE SEARCH permite realizar las b squedas de aislados de micobacterias en Espa a condicionadas o no a diferentes criterios tales como el espoligotipo MIRU VNTRftipo a o de aislamiento identificaci n micobacteriana comunidad aut noma provincia municipio especie animal o combinaciones de estas Esta herramienta permite por tanto incluir distintos par metros en una u Bu E y EURF y HOME gt s a VISAVET ae M RESEARCH PO s y TEACHING AAA OUTREACH E at aft misma busqueda SERVICES NEWS Spanish Database of Animal Mycobacteriosis HEALTH SURVEILLANCE CENTRE COMPLUTENSE UNIVERSITY Espa ol Gad CONTACT q VISAVET HOME Services Databases mycoDB Isolate Search ISOLATE SEARCH ola 132 is mycoDB Spanish Database of Animal Mycobacteriosis Last update may 04th 2011 Copyright 2011 VISAVET Identification Year to AAA Region y Province Wu TO SPOLIGOTYPE SEARCH Municipality Spoligotype Spoligotype Search search of a particular spoligotype using the standardised patterns Search of mycobacterial isolates attending to different criteria 2165 2461 0580 3192 2996 2163a 2163b 4052 3232 VNTR MIRUtype MIRU VNTRTYPE SEARCH Animal Species MIRU VNTRtype Search search of a particular ALPACA Lama pacos ANKOLE WATUSI Bos taurus MIRU VNTRtype using the number of repeats BADGE
11. as DR separadas por secuencias denominadas espaciadores a los que va dirigida la reacci n en cadena de la polimerasa PCR que son detectados mediante hibridaci n de los productos generados a una membrana con oligonucde tidos unidos covalentemente Al final del protocolo se obtiene un patr n perfil de espoligotipo caracterizado por la presencia o ausencia de espaciadores Esta t cnica es especifica para especies bacterianas del complejo M tuberculosis M tuberculosis M bovis M caprae M africanum M pinnipedii y M microti Actualmente el DVR spoligotyping es la t cnica d elecci n para la realizaci n de estudios de epidemiolog a molecul transmisi n animales salvajes y dom sticos movimiento de animales aislados especificos de una regi n geogr fica estudio de brotes etc Informaci n sobre DVR spoligotyping Kamerbeeh sL Kok A van Agterveld M van Soslngen D Kuijper S nA Molh She on and strain Gifferertiation of Mycobectenum tubercwiosis for degnosis and epdemology J MIRU VNTR La t cnica de Mycobacterial Interspersed Repetitive Units Variable Number Tandem Repeats MIRU VNTR est basada en una PCR que amplifica una selecci n de MIRU VNTR loci Estos loci son elementos principalmente en tuberculosis que se repiten en regiones intergenicas de t ndem de 40 genoma de los a 120 pares de bases y localizados miembros del complejo Mycobacterium El n mero d
12. atos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE SPOLIGOTYPE SEARCH MIRU VNTRTYPE SEARCH ISOLATE SEARCH ISOLATE MAPS En la p gina principal se realiza una breve descripci n de las t cnicas de DVR spoligotyping y MIRU VNTR existiendo tambi n un enlace al presente manual de usuario y a la documentaci n antes mencionada HOME Bases de datos Servicios Fecha de actualizaci n de FB la Base de Datos Sse MYCO 5 gt Version 2 5 Copyright 2011 VISAVET mycoDB BD Nacional de Micobacteriosis Animal Datos actualizados a 04 de mayo de 2011 SPOLIGOTYPE SPOLIGOTYPE SEARCH SEARCH MIRU VNTRTYPE MIRU VNTRTYPE SEARCH SEARCH repeticiones ISOLATE ISOLATE SEARCH SEARCH crtenos ISOLATE Mars ISOLATE MAPS mycoDB i mycoDB demo Free Access aplicaci n mycoDB Documents mycoDB Documentaci n internacional 7 A Copyright 2011 VISA Manual de Usuario mycoDB v 2 5 Spoligotype Search b squeda de un espoligotipo por su c digo estandarizado MIRU VNTRtype Search busqueda de un MIRU VNTRtipo por el numero de Manual de Usuario Manual de usuario de Isolate Search b squeda de aislamientos de micobacterias atendiendo a diferentes Isolate Maps mapas anuales de distribuci n de aislamientos de micobacterias en Espa a Acceso libre a una
13. con el Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino MARM Esta base de datos recoge los aislamientos de micobacterias de origen animal realizados o remitidos al Centro VISAVET desde el a o 1996 hasta la actualidad una vez realizada su caracterizaci n molecular En la base de datos se contemplan los datos m nimos de la muestra necesarios para realizar estudios epidemiol gicos como son fecha de aislamiento especie animal y localizaci n geogr fica Comunidad Aut noma provincia y municipio La base de datos se actualiza peri dicamente con los resultados que se van obteniendo o son remitidos a VISAVET La remisi n de muestras a VISAVET se realiza por parte de los Laboratorios Regionales y Provinciales as como por el Laboratorio Central de Sanidad Animal en Santa Fe Granada el Instituto Vasco de Investigaci n y Desarrollo Agrario Neiker el Centre de Recerca en Sanitat Animal CReSA y el Instituto de Investigaci n en Recursos Cineg ticos IREC Seg n el Manual de Procedimiento para la toma y env o de muestras para el cultivo microbiol gico de tuberculosis Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria VISAVET UCM y Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino Manuales de Procedimiento del Programa Nacional de Erradicaci n de Enfermedades Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino Ed 1 2006 las muestras que pueden remitirse al Centro son muestras de tejido medios de cultivo bacteriol
14. e repeticiones de cada secuencia del locus se estima analizando el tama o del producto de PCR despu s de la migraci n electrofordtica Los loci que se han descrito como m s discriminatorios para los aislados de M bovis son entre otros el VNTR 3232 QUB 11a QUB 11b ETR A ETR B y MIRU 26 loci Sin embargo el an lisis MIRU VNTR todav a no est estandarizado para M bovis y la diversidad al lica puede variar entre los pa ses Este protocolo est siendo una t cnica importante de caracterizaci n molecular ya que permite un an lisis reproducible y discriminatorio de las cepas del complejo de Mycobacterium tuberculosis Esta t cnica se ha propuesto como t cnica para la caracterizaci n de cepas del complejo M tuberculosis en combinaci n con el DVR spoligotyping Informacion sobre En la actualidad el Centro de Vigilancia Sanitaria Veterinaria emplea esta t cnica en el estudio de brotes epidemiol gicos espec ficos MIRU VNTR Referencias Frothingham Meeke n the Mycobdecternum tuberculosis complex based or venebie numbers of tendem DNA repests Microbiology Aranaz A Romers 8 Montero N Alvarez J Bezos J Ge Juan L M Geletion of a direct ariabie repest in a Mycobacterium tubercuiosis ogen lt ladorsto T Doschirok ML Aranaz A Nagy terium caprae isciates from Europe by A Gomez Mampaso E file ss wolales Damirgue 5 Aransz A de Juan L Alvarez J Dezos in the same spoig Y
15. istiendo la posibilidad de introducir el c digo binario para comprobar la existencia de un espoligotipo en mycoDB Equivalencia entre c digos de espoligotipo Introduzca el c digo binario del perfil de espoligo y pulse intro seleccione el c digo VISAVET SB para ver la relaci n C digo binario 1101101101111110111101111111111111111100000 C digo VISAVET gt PB 006 C digo sB B0265 4 2 MIRU VNTR La t cnica Mycobacterial Intersoersed Repetitive Units Variable Number Tandem Repeats MIRU VNTR permite obtener un patr n basado en el n mero de repeticiones de cada secuencia del locus En mycoDB los loci analizados son VNTR 2165 VNTR 2461 VNTR 0580 VNTR 3192 VNTR 2996 VNTR 2163a VNTR 2163b VNTR 4052 y VNTR 3232 obteni ndose patrones de 9 n meros Ej 4 4 3 3 5 10 2 5 8 El car cter indica un locus no analizado mientras que el car cter F indica un fallo en la amplificaci n de ese locus En el apartado de documentaci n Documents est disponible la relaci n entre la nomenclatura utilizada en mycoDB con otras frecuentemente empleadas para los loci MIRU VNTR 5 Aplicaci n web mycoDB La aplicaci n web que permite el acceso a los datos est disponible en los idiomas espa ol e ingl s y consta de cuatro apartados principales que equivalen a los cuatro tipos de consultas actualmente disponibles P gina 8 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 MYCO DB es Base de D
16. lish ER LINKS HOME Servicios Bases de datos mycoDB SPOLIGOTYPE SEARCH 0011101111110111110011111111111111101000 Resultados AISLADOS 414 MAPA SB0295 CCAA 11 f mm 1 PROVINCIAS 28 ed No mostrar leyendas m MUNICIPIOS 115 S a a amp z SP ANIMALES 5 z SP MYCO 1 Accesos directos 2 IsolateTable y RegionTable AnimalTable a ie SpoligoTable Y E DataTable 2 r 9 e O i ah ot w e z A gt Informaci n 4 y s 4 BD Nacional de Micobacteriosis Animal mm Datos actualizados a 18 de Mayo de 2009 Copyright 2009 VISAVET v0 90 Si no puede ver el mapa haga click aqui Municipios Basado en ALOV Map Applet C 2003 ShowMap gt ALOV Software y TimeMap Project University of Sydney Generado a las 18 27 30 del 21 05 2009 GMT CACERES Los botones de la parte superior permiten mover la zona del mapa visualizada y realizar ampliaciones para observar claramente los municipios con aislamientos del espoligotipo Asimismo se permite mostrar leyendas con los nombres de las provincias o municipios visualizados BADAJOZ Bajo el resumen de los resultados existen accesos directos a las diferentes tablas que contienen los resultados detallados de la consulta solateTable Muestra la identificaci n de la especie micobacteriana a la que corresponde el espoligotipo Isolate Table A Identificaci n Y Espoligotip
17. o Y Aislamientos M Bovis 1 414 MIRU VNTRTable Muestra los MIRU VNTRtipos para el espoligotipo consultado Manual de Usuario mycoDB v 2 5 P gina 11 de 15 ee Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE MIRU VNTRT able A MIRU VNTRtipo Y Aislados 3 3 3 3 5 11 2 4 7 4 4 3 3 5 11 2 5 13 6 2 3 3 5 11 2 5 7 6 4 3 3 4 11 2 5 7 6 4 3 3 5 11 2 4 7 6 4 3 3 5 11 2 5 12 6 4 3 3 5 11 2 5 7 6 4 3 3 5 11 2 5 8 6 4 3 3 5 12 2 5 7 6 4 3 3 F 11 2 F 8 6 4 3 4 5 11 2 5 6 6 4 3 4 5 11 2 5 7 6 4 3 4 5 F 2 5 6 6 4 3 11 2 5 7 6 4 3 2 2 2 2 5 7 6 4 F 3 5 11 2 5 7 6 5 3 3 6 11 2 5 7 A a a cl RegionTable Muestra las provincias y el n mero de aislamientos del espoligotipo en cada una de ellas Region Table A Provincia Y Aislamientos M BOVIS Y Aislados totales Albacete 6 6 Almeria 1 1 Asturias 10 10 Avila 20 20 Badajoz 19 19 Barcelona 3 3 Burgos 1 1 Caceres 2 2 Cadiz 40 40 Cantabria 18 18 Ciudad Real 11 11 Cordoba 29 29 Granada 2 2 Huelva 10 10 Jaen 82 82 Leon 1 1 Madrid 13 13 Malaga 1 1 Navarra 7 7 Orense 3 5 Pontevedra 1 1 Salamanca 74 74 Segovia 1 1 Sevilla 36 36 Toledo 5 5 Valladolid 1 1 Zamora 13 13 Zaragoza 2 2 AnimalTable Muestra las especies animales y el numero de aislamientos el espoligotipo en cada una de ella
18. os y laboratorios que participan en el Programa Nacional de Erradicaci n de la Tuberculosis Bovina precisandose un nombre de usuario y contrase a 2 2 Demo version La versi n demo es de acceso libre mycoDB Demo es una demonstraci n de la base de datos espa ola mycoDB y contiene datos simulados Cualquier parecido a la realidad es pura coincidencia Para acceder a la versi n demo basta con seguir el enlace disponible en la p gina de inicio de la a myco DE aplicaci n eS a 3 Requerimientos t cnicos Para la correcta visualizaci n y funcionamiento de la aplicaci n web mycoDB se requiere Microsoft Windows XP Vista 7 P gina 6 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 a 4 Ye 2 4 Ao f a 4 4 FA D R N gt Saas IMYCO es Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE Navegador web actualizado Microsoft Explorer 7 0 o superior Mozilla Firefox 3 0 o superior con soporte habilitado para Java Script Oracle O Java Software Necesario para la correcta visualizaci n de los mapas Puede obtener una versi n actualizada en http www java com download Adobe Reader Necesario para la correcta visualizaci n de documentaci n en formato PDF Puede obtener una versi n actualizada en http get adobe comj reader 4 Nomenclatura de los perfiles de genotipo Actualmente mycoDB muest
19. ra los perfiles de dos t cnicas utilizadas para la caracterizaci n molecular de los aislados de Micobacterias 4 1 DVR spoligotyping La t cnica Direct Variable Repeat spacer oligonucleotide typing o DVR spoligotyping permite obtener un patr n denominado perfil de espoligo o espoligotipo que se representa por un c digo binario de 43 d gitos Ej 1101111101111110110111111111111011111100000 Para denominar estos perfiles el Centro VISAVET emplea dos nomenclaturas o C digo internacional Aislados de M bovis y M caprae prefijo SB seguido por un n mero de cuatro digitos correlativos M bovis Spoligotype Database www mbovis org Aislados de M tuberculosis prefijo SIT seguido de un n mero correlativo de uno a cuatro d gitos SITVIT Databse www pasteur guadeloupe fr S081 SITVITDemo o C digo VISAVET C digo que diferencia tres tipos de perfiles SPT espoligotipo de M tuberculosis SPB espoligotipo de M bovis y SPC Manual de Usuario mycoDB v 2 5 P gina 7 de 15 f r NAP i Q Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE espoligotipo de M caprae Se designa con las tres letras del tipo m s tres n meros correlativos separado por un gui n Ej SPT 001 En la b squeda de espoligotipos SPOLIGOTYPE SEARCH existe un apartado para ver la relaci n de equivalencia entre los c digos descritos ex
20. s Animaltable A Especie Animal Nombre com n Y Aislamientos M bovis Y Aislamientos M caprae Y Aislados totales Bos taurus Bovina 393 0 393 Capra segagrus hircus Caprina 1 o 1 Cervus elaphus Ciervo 3 0 9 Sus scrofa Jabali 10 0 10 Lynx pardinus Lince iberico 1 0 1 SpoligoTable Muestra el espoligotipo en sus dos nomenclaturas VISAVET y SB asi como el numero de aislados totales SpoligoTable A Espoligotipo V Espoligotipo SB Y Aislados totales SPB 009 5B0295 414 DataTable Muestra todos los datos de cada uno de los aislamientos del espoligotipo ordenados por Comunidad Aut noma P gina 12 de 15 Manual de Usuario mycoDB v 2 5 Base de Datos Nacional de Micobacteriosis Animal VISAVET CENTRO DE VIGILANCIA SANITARIA VETERINARIA UNIVERSIDAD COMPLUTENSE DataTable A Espoligotipo SB MIRU VNTRtipo Fecha CCAA C digo Provincia Municipio C digo Especie animal Nombre com n Identificaci n SB0295 6 4 3 3 5 11 2 5 8 15 7 2008 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 17 2 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 6 5 3 3 6 11 2 5 7 17 2 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcala de los Gazules 11001 Sos taurus Bovina M bovis 580295 17 2 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis S580295 6 4 3 3 5 11 2 5 7 27 8 2009 Andalucia 1 Cadiz Alcal de los Gazules 11001 Bos taurus Bovina M bovis SB0295 27 8 2009
Download Pdf Manuals
Related Search