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Guía de referencia del instrumento MiSeq FGx - Support

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1. Proveedor VWR n de cat logo 95041 714 Proveedor de laboratorio general Proveedor de laboratorio general VWR n de cat logo 21905 026 VWR n de cat logo 52846 001 Proveedor de laboratorio general Proveedor de laboratorio general Sigma Aldrich n de cat logo P7949 McMaster Carr n de catalogo 7003A22 Proveedor de laboratorio general Directrices para el agua sin nucleasas Utilice siempre agua sin nucleasas para los procedimientos del instrumento No utilice nunca agua del grifo ni desionizada Cualquiera de los siguientes son ejemplos aceptables Ilumina PW1 Agua de 18 megaohmios MQ Agua Milli O Agua Super Q Agua de biologia molecular Guia de referencia del instrumento MiSeq FGx Finalidad Limpieza del soporte de la celda de flujo Uso general Limpieza de la platina de la celda de flujo y del cierre metalico que cubre el dep sito de carga de muestras Limpieza de la celda de flujo Desnaturalizaci n y diluci n de bibliotecas de muestras y ADN de control PhiX Limpieza del instrumento Limpieza del instrumento Extracci n de la celda de flujo del contenedor de transporte de celdas de flujo Limpieza del instrumento sopilanba sejqiuinsuoy N de referencia 15050524 Rev C ESP Software de Miseq FGx Mtro du nn aa 10 MiSeq FGx Control Software oooooccccccccccccccccnnnnnnnnnonnonococcccncccncnncnnnnnnnnnnnns 11 Opciones del software de an lisis para exp
2. Revisi n de par metros del experimento 1 Revise Worklist Name Nombre de la lista de trabajo Analysis Workflow Flujo de trabajo de an lisis y Read Length Longitud de la lectura En el modo de uso exclusivo en investigaci n estos par metros se especifican en la hoja de muestras 2 Cuando se encuentre en modo de uso exclusivo en investigaci n revise las ubicaciones de las carpetas en la esquina inferior izquierda Si es necesario realizar alg n cambio seleccione Change Folders Cambiar carpetas Una vez realizados los cambios seleccione Save Guardar y a continuaci n Next Siguiente 3 Seleccione Next Siguiente Se abrir la pantalla Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento Revisi n de la comprobaci n previa al experimento El sistema lleva a cabo una comprobaci n de todos los componentes del experimento del espacio en el disco y de las conexiones de red antes de iniciar el experimento Si alg n elemento no supera la comprobaci n previa al experimento aparecer un mensaje en pantalla con instrucciones para corregir el error Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n de errores de configuraci n de experimentos en la p gina 71 Cuando todos los elementos hayan superado con xito la comprobaci n previa al experimento seleccione Start Run Iniciar experimento Nota importante antes de empezar el experimento q ADVERTENCIA y El sistema MiSeq FGx es sensible a las vibraciones Si t
3. ea NA a a ee E P ee m renta yf n Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 1 af L ojnudeg Primeros pasos Uso previsto MiSeq FGx es un instrumento de secuenciaci n que mide las se ales de fluorescencia de nucle tidos marcados mediante el uso de celdas de flujo y reactivos espec ficos del instrumento hardware de adquisici n de im genes y software de an lisis de datos MiSeq FGx como parte de MiSeq Forensic Genomics System est indicado para la secuenciaci n selectiva de ADN para las investigaciones de antecedentes forenses base de datos y otras aplicaciones de identificaci n humana MiSeq FGx tambi n incluye un modo de uso exclusivo en investigaci n Este modo funciona con todos los kits de preparaci n de bibliotecas de uso exclusivo en investigaci n de Illumina que sean compatibles con MiSeq 2 N de referencia 15050524 Rev C ESP Componentes MiSeq FGx consta de los siguientes componentes exteriores sajuauodu0o A Compartimento de la celda de flujo Contiene la platina de la celda de flujo que alberga la celda de flujo durante el experimento Los motores de la platina de la celda de flujo sacan la platina del m dulo ptico cerrado para la carga de celdas de flujo y la devuelven a su sitio cuando empieza el experimento B M dulo ptico cerrado Contiene componentes pticos que permiten la adquisici n de im genes de la celda de flujo C Barra de estado Ut
4. 1 Prepare una soluci n de lavado nueva con Tween 20 y agua sin nucleasas como se explica a continuaci n a A ada 5 ml de Tween 20 al 100 a 45 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 b A ada 25 ml de Tween 20 al 10 a 475 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 0 5 c Invierta varias veces para mezclar 2 Cuando haya finalizado el primer lavado retire la bandeja de lavado y la botella de lavado y deseche la soluci n de lavado restante 3 Rellene los componentes de lavado con soluci n de lavado nueva de Tween 20 al 0 5 de la siguiente forma a A ada 6 ml de soluci n de lavado a cada dep sito de la bandeja de lavado b A ada 350 ml de soluci n de lavado a la botella de lavado de 500 ml 4 Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado como se explica a continuaci n a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope Cierre la puerta del refrigerador de reactivos b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos c Cierre la puerta del compartimento de reactivos 5 Seleccione Next Siguiente Comenzar el segundo lavado Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 6 5 eladse us opou US opere un ap vO 9ezIesy Procedimientos de ma
5. 54 vol menes de lavado 78 N de referencia 15050524 Rev C ESP Asistencia t cnica Si necesita asistencia t cnica p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina Tabla3 Informaci n de contacto general de Illumina Sitio web www ilumina com Correo techsupport illumina com electr nico Tabla 4 N meros de tel fono del servicio de asistencia al cliente de Ilumina Zona N mero de contacto Zona N mero de contacto Norteam rica 1 800 809 4566 Irlanda 1 800 812949 Alemania 0800 180 8994 Italia 800 874909 Australia 1 800 775 688 Noruega 800 16836 Austria 0800 296575 Nueva Zelanda 0800 451 650 B lgica 0800 81102 Pa ses Bajos 0800 0223859 Dinamarca 80882346 Reino Unido 0800 917 0041 Espa a 900 812168 Suecia 020790181 Finlandia 0800 918363 Suiza 0800 563118 Francia 0800 911850 Otros paises 44 1799 534000 Hojas de datos de seguridad Las hojas de datos de seguridad SDS est n disponibles en el sitio web de Illumina en support illumina com sds html Documentacion del producto La documentaci n del producto en PDF est disponible para su descarga en el sitio web de Illumina Vaya a support illumina com seleccione un producto y a continuaci n haga clic en Documentation amp Literature Documentaci n y bibliograf a Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 81 291499 e19U9 sIsy TAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGAT CCTTAAGATIACTTGTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTATCA
6. Mylllumina con el fin de acceder a los boletines de asistencia Si tiene problemas con la calidad o el rendimiento de los experimentos p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Ilumina Para obtener m s informaci n consulte Asistencia t cnica en la p gina 81 Es posible que el representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina le solicite que proporcione copias de archivos espec ficos del experimento para solucionar problemas Los archivos siguientes se encuentran en la ra z de la carpeta de resultados del experimento SampleSheet csv si utiliza el instrumento en modo de uso exclusivo en investigaci n RunParameters xml RunInfo xml Carpeta Interop N de referencia 15050524 Rev C ESP Resoluci n de errores de configuraci n de experimentos Si falla alguna de las comprobaciones previas al experimento aparecer un icono rojo X junto al elemento Aparecer un mensaje en pantalla que describir el error y la acci n necesaria para corregirlo Error Acci n X Flow Rate Measured Se abre la pantalla de comprobaci n de la velocidad de flujo Utilice la lista Velocidad de flujo medida desplegable o el teclado en pantalla para introducir lo siguiente e Solution Soluci n PR2 e Volume Volumen 250 e Aspiration Rate Velocidad de aspiraci n 2500 e Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2500 Seleccione Pump Bombear Si el error persiste defina el volumen para que bombee 500 ul de
7. instalado en otro ordenador independiente del ordenador del instrumento Necesita una conexi n de red Consulte la Gu a del usuario del visor del an lisis de secuenciaci n n de referencia 15020619 Asimismo si est conectado a BaseSpace podr supervisar el experimento con el SAV en BaseSpace Run Progress Progreso del experimento Muestra el progreso del experimento en una barra de estado y recoge el n mero de ciclos completados Intensity Intensidad Muestra el valor de las intensidades de grupos del percentil 90 para cada placa El gr fico del rea Intensity Intensidad representa el n mero de placas y el n mero de superficies que se digitalizan Si se adquieren im genes solo de la superficie superior de la celda de flujo aparece un gr fico con una sola columna Si se adquieren im genes tanto de la superficie superior como de la inferior de la celda de flujo aparece un gr fico de dos columnas Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx P Q 9JEMIJOS 01 U0D XD Y SIN Software de MiSeg FGx 30 a A Indica dos placas solamente en la superficie superior B Indica cuatro placas en la superficie superior e inferior Q Score All Cycles Puntuaciones Q de todos los ciclos Muestra el porcentaje medio de bases superiores a Q30 que se trata de un indicador de la puntuaci n de calidad puntuaci n Q La puntuaci n Q es una predicci n de la probabilidad de que se produzca una llamada de bases incorrect
8. muestras Evite tocar el sello met lico cuando dispense la muestra Compruebe la presencia de burbujas de aire en el dep sito despu s de la carga de la muestra Si hay burbujas de aire golpee suavemente el cartucho contra el banco de trabajo para eliminar las burbujas Figura 32 Carga de bibliotecas Contin e directamente con los pasos de configuraci n del experimento mediante el uso de la interfaz de MiSeq FGx Control Software Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx A 5 0119834 BP OYONWeO jap UO DeJedald Realizaci n de un experimento Inicio de sesi n y selecci n de tipo de experimento 1 En la pantalla de inicio de sesi n introduzca su nombre de usuario y contrase a de ForenSeq Universal Analysis Software y a continuaci n seleccione Next Siguiente 2 En la pantalla Welcome Bienvenida seleccione Sequence Secuenciar 3 Cuando aparezca la pantalla Select Run Type Seleccionar tipo de experimento seleccione Forensic Genomics Gen mica forense o Research Use Only Run Experimento de uso exclusivo en investigaci n Figura 33 Selecci n de tipo de experimento Please select a run type 4 Siga las indicaciones para cargar la celda de flujo y los reactivos y configurar el experimento se describe en las siguientes secciones A 6 N de referencia 15050524 Rev C ESP Limpieza de la celda de flujo La celda de flujo est sumergida en tamp n de almacenamiento dentro de un contenedor de ce
9. Muestra el porcentaje de grupos que superan el filtro basado en el filtro de castidad de Illumina que mide la calidad Este dato aparece solo tras el ciclo 25 y NOTA La castidad de una llamada de bases es la proporci n de la intensidad de la se al m s alta dividida por la suma de las dos se ales m s altas Si existe m s de una llamada de bases con un valor de castidad inferior a 0 6 en los primeros 25 ciclos las lecturas no superan el filtro de calidad Phasing Hebra retrasada Consulte N mero de ciclos de una lectura en la p gina 32 y la secci n Run Metrics Tab Ficha M tricas del experimento de la Gu a de ForenSeg Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Prephasing Hebra adelantada Consulte N mero de ciclos de una lectura en la p gina 32 y la secci n Run Metrics Tab Ficha M tricas del experimento de la Gu a de ForenSeg Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Read 1 Lectura 1 Para obtener informaci n consulte la secci n Run Metrics Tab Ficha M tricas del experimento de la Guia de ForenSeq Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Index 1 ndice 1 Para obtener informaci n consulte la secci n Run Metrics Tab Ficha M tricas del experimento de la Guia de ForenSeq Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Read 2 Lectura 2 Para obtener informaci n consulte la secci n Run Metrics Tab Ficha M tricas del experimento
10. Soluci n SBS PR2 y repita el proceso Una vez bombeados los fluidos seleccione Restart Check Reiniciar comprobaci n Cuando la comprobaci n previa al experimento se realice correctamente el bot n Start Run Iniciar experimento se activar Si la comprobaci n del flujo vuelve a fallar recoloque la celda de flujo para asegurarse de que el flujo no se interrumpa debido a una alineaci n incorrecta Compruebe que no haya pelusas ni irregularidades en las juntas de la celda de flujo X Free Disk Space Liberar Si queda poco espacio en el disco aparecer un mensaje que indicar la cantidad espacio en disco de espacio en el disco necesaria Utilice la funci n Manage Files Administrar archivos para obtener el espacio necesario en el ordenador del instrumento X Network Connection Asegurese de que el cable de red esta conectado al instrumento Active Conexi n de red Si la conexi n de red no se restablece seleccione Reboot Reiniciar en la pantalla activa Manage Instrument Administrar instrumento para reiniciar el software Si la conexi n de red sigue sin restablecerse seleccione Shut Down Apagar en la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento y a continuaci n apague el instrumento con el interruptor de alimentaci n Espere al menos 60 segundos y a continuaci n encienda el instrumento e inicie el software Primary Analysis Ready El an lisis de RTA del experimento anterior no ha finalizado El tiempo An lisis
11. aproximadamente 60 90 minutos o hasta que est completamente descongelado Saque el cartucho del ba o de agua y d unos suaves toques en el banco para sacar el agua de la base del cartucho Seque la base del cartucho Aseg rese de que no haya salpicaduras de agua en la parte superior del cartucho de reactivo Inspecci n del cartucho de reactivo 1 Invierta el cartucho de reactivo diez veces para mezclar los reactivos descongelados y para comprobar visualmente que todas las posiciones est n descongeladas iy NOTA Es esencial que los reactivos del cartucho est n completamente descongelados y mezclados para garantizar una correcta secuenciaci n Inspeccione visualmente los reactivos de las posiciones 1 2 y 4 para asegurarse de que se han mezclado completamente y no presentan precipitados Golpee suavemente el cartucho en el banco para reducir las burbujas de aire en los reactivos NOTA r Los tubos del dispensador MiSeq FGx acceden al fondo de cada dep sito para aspirar los reactivos de modo que resulta importante que estos no presenten burbujas de aire Coloque el cartucho de reactivo en hielo o almac nelo a una temperatura de entre 2 C y 8 C hasta seis horas hasta que est listo para configurar el experimento Para obtener unos resultados ptimos proceda directamente con la carga de la muestra y la configuraci n del experimento Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx A 3 0119834 9p Oy9N I89 Jap UO DeJed
12. c digo de barras de la celda de flujo que se encuentra en la etiqueta del contenedor de celdas de flujo justo debajo del c digo de barras Seleccione Done Hecho Seleccione Next Siguiente para continuar con el paso siguiente de la configuraci n del experimento Botella de Soluci n SBS PR2 1 Siempre debe volver a intentar la lectura de RFID antes de continuar Para ello suba y baje el mango del dispensador de reactivo Si la RFID falla una segunda vez abra la puerta del compartimento de reactivos Levante el mango del dispensador y retire la botella de Soluci n SBS PR2 Compruebe si en la botella de Soluci n SBS PR2 o en el compartimento de reactivos hay desechos o sales que puedan detener la lectura de RFID Sustituya la botella de Soluci n SBS PR2 y baje despacio el mango del dispensador hasta que quede fijado en su sitio Aseg rese de que los dispensadores se introducen en las botellas de Soluci n SBS PR2 y de residuos Si la RFID contin a fallando seleccione el icono del teclado para abrir el teclado en pantalla N de referencia 15050524 Rev C ESP Introduzca el n mero del c digo de barras de la botella de Soluci n SBS PR2 que se encuentra en la etiqueta de la botella de Soluci n SBS PR2 justo debajo del c digo de barras Seleccione Done Hecho Seleccione Next Siguiente para continuar con el paso siguiente de la configuraci n del experimento Cartucho de reactivo 1 8 9
13. con el uso de los productos descritos en l y no para ning n otro fin Este documento y su contenido no se utilizar n ni distribuir n con ning n otro fin ni tampoco se comunicar n divulgar n ni reproducir n en ninguna otra forma sin el consentimiento previo por escrito de Illumina Illumina no transfiere mediante este documento ninguna licencia bajo sus derechos de patente marca comercial copyright ni derechos de autor ni similares derechos de terceros Para garantizar el uso correcto y seguro de los productos aqu descritos el personal cualificado y adecuadamente capacitado debe seguir sus instrucciones de manera rigurosa y expresa Se debe leer y entender completamente todo el contenido de este documento antes de usar estos productos SI NO SE LEEN COMPLETAMENTE NI SE SIGUEN EXPRESAMENTE TODAS LAS INSTRUCCIONES AQU CONTENIDAS PODR AN PRODUCIRSE DA OS EN EL PRODUCTO LESIONES EN LAS PERSONAS USUARIOS U OTROS Y DA OS EN OTRA PROPIEDAD ILLUMINA NO ASUME RESPONSABILIDAD ALGUNA QUE SURJA DEL USO INCORRECTO DE LOS PRODUCTOS AQU DESCRITOS INCLUIDAS LAS PIEZAS O EL SOFTWARE NI DEL USO DE DICHOS PRODUCTOS FUERA DEL MBITO DE LAS LICENCIAS EXPRESAS ESCRITAS O LOS PERMISOS OTORGADOS POR ILLUMINA EN CONEXI N CON LA ADQUISICI N DE DICHOS PRODUCTOS POR PARTE DE LOS CLIENTES PARA USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACI N PRUEBAS FORENSES O DE PATERNIDAD 2015 Illumina Inc Todos los derechos reservados Illumina 24sure BaseSpace BeadA
14. de Soluci n SBS PR2 y comprobaci n de la botella de residuos 1 Retire la botella de Soluci n SBS PR2 del almacenamiento a entre 2 y 8 C Invierta con cuidado la botella de Soluci n SBS PR2 para mezclarla y a continuaci n retire la tapa S0A11989J 9p epep 2 Abra la puerta del compartimento de reactivos 3 Levante el mango del dispensador hasta que quede bloqueado en su sitio 4 Coloque la botella de Soluci n SBS PR2 en la muesca a la derecha del refrigerador de reactivos Figura 41 Carga de la botella de Soluci n SBS PR2 5 Aseg rese de que la botella de residuos est vac a Si no lo est vacie el contenido en el contenedor de residuos adecuado 6 Baje lentamente el mango del dispensador Aseg rese de que los dispensadores se introducen en las botellas de Soluci n SBS PR2 y de residuos Figura 42 Bajada del mango del dispensador Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 5 1 7 Compruebe en la esquina inferior izquierda de la pantalla que la RFID de la botella de Soluci n SBS PR2 se haya le do correctamente E NOTA Si no es posible leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de REID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 por cada experimento de gen mica forense Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID
15. de uso la PI com n La PI de aplicaciones espec ficas y la PI com n son subconjuntos separados y no superpuestos de todos los derechos de propiedad intelectual que controla o posee Illumina A modo de ejemplo pero sin limitarse a este los derechos de propiedad intelectual de Illumina sobre m todos diagn sticos espec ficos m todos forenses espec ficos o biomarcadores de cido nucleico secuencias o combinaciones de biomarcadores o secuencias espec ficas son ejemplos de una PI de aplicaciones espec ficas Consumibles hacen referencia a los elementos fungibles y los reactivos de marca Illumina que ha concebido Illumina para su uso junto con el hardware as como para su consumo mediante el uso del hardware Documentaci n comprende el manual del usuario de Illumina correspondiente a este producto incluido entre otros los prospectos y cualquier otro tipo de documentaci n que se adjunte a este producto al que el producto haga referencia o que se encuentre en el embalaje vigentes en la fecha de env o de Illumina La documentaci n incluye este documento Hardware engloba los instrumentos accesorios o perif ricos de marca Illumina Illumina hace referencia a Illumina Inc o a un afiliado de Illumina seg n corresponda Producto comprende el producto al que se adjunta este documento por ejemplo hardware consumibles o software Comprador es la persona o entidad que adquiere de manera legal y correcta este producto de Illumina
16. el software de an lisis Esta funci n no est disponible para MiSeq FGx Todas las actualizaciones de software las realiza el personal de Illumina para garantizar una configuraci n adecuada del sistema Pantalla Review Revisi n La pantalla Review Revisi n confirma que MiSeq FGx Control Software ha recibido la informaci n del experimento de ForenSeq Universal Analysis Software Figura 14 Pantalla Review Revisi n Please review the run setup Run Name MockRunt Workflow Type FG Read 1 Index 1 Index2 Read 2 351 8 8 31 User customer yourlab com Read Length 44 Back Pantallas de configuraci n del experimento Tras seleccionar Sequence Secuenciar en la pantalla Welcome Bienvenida seleccione un tipo de experimento Al seleccionar Forensic Genomics Gen mica forense se abrir una serie de pantallas de configuraci n del experimento en el siguiente orden Select Run Seleccionar experimento Load Flow Cell Cargar celda de flujo Load Reagents Cargar Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 21 Software de MiSeg FGx la reactivos Review Revisar y Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento Al seleccionar Research Use Only Run Experimento de uso exclusivo en investigaci n se abrir una serie diferente de pantallas de configuraci n del experimento Consulte Pantallas de configuraci n para un experimento de uso exclusivo en investigaci n en la p gina 25 Pantalla Select A Run Sel
17. medida en que dicha infracci n se deba a los siguientes casos i el uso de este producto en una manera O para un prop sito que se encuentre fuera del mbito de la finalidad de uso para investigaci n ii el uso de este producto en una manera que no sea conforme a sus especificaciones su documentaci n los derechos concedidos de manera expresa al comprador conforme estos t rminos y condiciones o cualquier infracci n por parte del comprador de estos N de referencia 15050524 Rev C ESP t rminos y condiciones iii el uso de este producto junto con cualquier otro producto material o servicio no prestados por Illumina iv el uso de este producto para realizar un ensayo u otro proceso no proporcionado por Illumina o bien v el cumplimiento de las especificaciones o instrucciones por parte de Illumina para este producto que ha proporcionado el comprador o que se han proporcionado en su nombre las condiciones de i a v se denominan reclamaci n excluida c Indemnizaci n por parte del comprador El comprador defender indemnizar y mantendr indemnes a Illumina sus afiliados sus colaboradores no afiliados y los socios de desarrollo que contribuyeron al desarrollo de este producto as como a sus directivos directores representantes y empleados correspondientes frente a cualquier reclamaci n responsabilidad da o multa pena demanda y p rdida de cualquier tipo incluidas a modo enunciativo pero no taxativo las reclama
18. residuos f Cierre la puerta del compartimento de reactivos Seleccione Next Siguiente Comenzar el primer lavado Realizaci n del segundo lavado 5 NOTA Utilice siempre soluci n de lavado nueva para cada paso de lavado La reutilizaci n de la soluci n de lavado del lavado anterior puede devolver residuos a los conductos de flu dica Prepare una soluci n de lavado nueva con Tween 20 y agua sin nucleasas como se explica a continuaci n a A ada 5 ml de Tween 20 al 100 a 45 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 b A ada 25 ml de Tween 20 al 10 a 475 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 0 5 c Invierta varias veces para mezclar Cuando haya finalizado el primer lavado retire la bandeja de lavado y la botella de lavado y deseche la soluci n de lavado restante Rellene los componentes de lavado con soluci n de lavado nueva de Tween 20 al 0 5 de la siguiente forma a A ada 6 ml de soluci n de lavado a cada dep sito de la bandeja de lavado b A ada 350 ml de soluci n de lavado a la botella de lavado de 500 ml Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado como se explica a continuaci n a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope Cierre la puerta del refrigerador de reactivos b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del
19. seleccione System Check Comprobaci n del sistema Seleccione Conduct Volume Test Realizar prueba de volumen y a continuaci n seleccione Next Siguiente Figura 48 Pantalla System Check Comprobaci n del sistema Please select the system check options to perfor Llene cada dep sito de la bandeja de lavado con 6 ml de agua sin nucleasas Llene la botella de lavado de 500 ml con 350 ml de agua sin nucleasas Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de reactivos y deslice la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que se detenga Cierre la puerta del refrigerador de reactivos b Levante el mango del dispensador hasta que quede bloqueado en su sitio y cargue la botella de lavado c Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada Vuelva a colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos d Baje despacio el mango del dispensador asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos De acuerdo con las indicaciones en pantalla elimine las gotas del dispensador de la botella de lavado como se explica a continuaci n N de referencia 15050524 Rev C ESP a Cuando se le indique levante lentamente el mango del dispensador y compruebe que no haya una gota grande de agua en el dispensador de la botella de lavado b Cuando se le
20. 0 ml de soluci n de lavado a la botella de lavado de 500 ml 3 Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento 6 A N de referencia 15050524 Rev C ESP a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de reactivos y extraiga la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizados del refrigerador b Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope Cierre la puerta del refrigerador de reactivos c Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos hasta que quede en su sitio y sustituya la botella de Soluci n SBS PR2 por la botella de lavado J NOTA Deseche la botella de Soluci n SBS PR2 despu s de cada experimento No reutilice la Soluci n SBS PR2 restante d Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada Vuelva a colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos e Baje despacio el mango del dispensador asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos f Cierre la puerta del compartimento de reactivos 4 Seleccione Next Siguiente Comenzar el primer lavado Realizaci n del segundo lavado lt NOTA f Utilice siempre soluci n de lavado nueva para cada paso de lavado La reutilizaci n de la soluci n de lavado del lavado anterior puede devolver residuos a los conductos de flu dica
21. 12 En los siguientes casos se producen errores de RFID El componente cargado no forma parte de un kit forense En los experimentos de uso exclusivo en investigaci n el componente cargado no forma parte del kit incluido en la hoja de muestras Hay un fallo t cnico con la etiqueta de la RFID del componente Los pasos indicados a continuaci n pueden servir para solucionar errores de la RFID que se deriven de un fallo t cnico 2 NOTA i En un experimento se permite un fallo de lectura de RFID Si no es posible leer la RFID de dos consumibles el software no puede continuar con el paso siguiente de la configuraci n del experimento Si esto ocurre p ngase en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Celda de flujo 1 Siempre debe volver a intentar la lectura de RFID antes de continuar Para ello abra y cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo Si la RFID falla una segunda vez abra la puerta del compartimento de la celda de flujo y retire la celda de flujo con cuidado Compruebe si en la celda de flujo o la platina de la celda de flujo hay desechos o sales que puedan detener la lectura de RFID Vuelva a colocar la celda de flujo Aseg rese de que el cierre coloca la celda de flujo con la alineaci n correcta Cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo Si la RFID contin a fallando seleccione el icono del teclado para abrir el teclado en pantalla Introduzca el n mero del
22. AACGAACGIATCAATT AC CAATTG SCACTONTICARCETACCOTAANGS Ce AR G TAE IAT CAAT T ACTAAATATTAA CAACG Oa DO SA QS gage Saas a oe a 520 E 29 37 AAAA AGTAACA GCATTAAGAGG TACCA TECAA AACAGTAACACA IG AIGATCCACTCAT AA AATTGAGACTAAAT PLAO ARO Beye SO D CAACGTACCGTAACGAACGT CCG AACGT TTGAGACTAAATATTAACGTTGT TATCAATTGAGACTAAATATTAAC SAS Aa ole CAT GATAACAGTAACACACTTCTG ACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACTTAAC O ATT AGACTAAATATT y Li GATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGAC TAACGAACGTIA TOA eae CIARA ATIAACG TACCAMAAGAGCTACCOTCLICICHL ATCCACTGATTCAACGTAC CITGAICCAGTSAT ICAAGG IAGO e AAA AACC TAAATATTAAC TTAAGAGCTACCG GTAACGAA CGTATCAATTG GTTAACCTTAAGATT GAA ACTAAATA EENET BAL EG aA GA TATON TART GACA AAA A AEO TOCA TAAGAGCIAOCGICTIOT GTT AACGTACCA CAACGTACCGT JO GATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTG T GAGACTAAATATI TGCAACGACG TTAACGTACCAI ATCCACTGATTCAACGTACCGT TTAAGAGCTACC GTTAA TTACTT GATCCACTGATT CAA AAC HAAGATIACTI GATCCAGT GATICAAGGIACCGIE TAAGAT FS oC ANT TL ae olin ctor hy Ts VS ee Cea tated CAGTAACAC AAAAG BACCTIANGATTACTTGATCCACTOATICAAC AS da RCNA eS Relay AACCTIAAGA AAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAG TAACACACTICTGI TACT TA CGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGC AACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAA GTACCATTAAGAGCTACCG
23. ACGTACCAI eee CGTACCATTAAGAGCTACCG GATCC CGTAACGAACGTATC AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA GTATCAATTGAGACTAGCAAC CGAAAA ACTAAATATTAACG IAG TTAAGA AACCTTAAGATTACTTGA GAGCTTCTGTTAACCT TAAGAT TACT TAT CAAT T GAGACTAAGCTACCGTGCAAC AAA ACGTATORA TT CAGACTAAATATTAA OCIRCCATIAACAGL TAGE EA SAT TT ETAT GTACCATTAAGAGCTACCGTGCAA GAAAAG TTAGHIGATECACTGATTCAAG TCTG GTACCATTAAGAGCTACC J Cc GACG GAATGATAACAGT TCTG ARES y TAGCAAC PTNT ARGC TAES CGTACCGTAACGA GCTACC IES CAT CAACC ACCGIA ACTGAT TCAACGTA AATTGAGACTAACGACG 88 C RAGA CTACCGTC ATTAAGAGCTACCG SA AACGTACCAT TI TATI PACON AC T O gs9 AGCTACCGTGCAACGACGAAAA AA CATTAAGA eae TGAT TCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT GTTAACCTTAA CGAAAAGAATGATAACA TAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG TTAACGTACCA GAGACTAAATAT ITAAGAGCTACC
24. AT TGAGAC TONT ca TAA TATT AC GAAAAGAATGATAACAGTAACACAC CTGTIAA TAAATAT I AACGI ee eis AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTAC ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTG GAAAAGAATG GATAACAGTAACACAC TTGAGACTAAATATTAACG TGATCCACTGAT IAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTICTGT 1 TACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTT a TRI SALA GCTT N de referencia 15050524 Rev C ESP Precio de venta 50 00 USD TTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT AACCTTAAG A Ue ves cae eae Ae ITAACGTAC SANS Sole LAG rr Oia ACTGATTCAACGTACCG CAT A E o APALAGI GAT A Y GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGA TCTGTTAACCTIAAGAT TACTIG AAA TOATAACAGTAACACACITOTOTIAACCTIAAGATIACTIGAOCACTCATICAMCO TACCGTAAAGATTA fe eae CTGTTAACCT TANGA TACT EL GA LIGAN CATT GCTACCGTGCAACAGTAACACACTT ATAACAGTAACAGAGTICTO LIANG TI Ais SMa cae cic Ue AA TTGATCCACTGAT AAAAGAATGATAA AGIMAT TATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACIAACG TTAAGATTACTI GACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACAA ACUATTAAGAGCIAGEGTOG G TARAS CTIAAGATTACTIGAT CC asea gt ier e GATTCAACGTACCG CTTGATCCACTGATT TACCGTAACGAACGTA CTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAA TIRACCTTAAGATIACHIGAT TTAAGATTACTTGATCCACTGATT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA AAGATIACTIGATCCACTGATICAACGTA CCTIAAGATT TT 5 TTCAACGTAGCGTAACGAACGTATCAATTG TTC AG GTATCAATTGAGCTIC AAC CHAAGATIAC FIGATCCAGTGATICAAGK HACCGT
25. C ESP Carga de bibliotecas de muestras en cartuchos para uso exclusivo en investigaci n 4 NOTA Si el tipo de biblioteca lo requiere desnaturalice y diluya las bibliotecas y a ada el control PhiX opcional Consulte Preparaci n de bibliotecas para la secuenciaci n en MiSeq n de referencia 15039740 Este paso no es aplicable a todos los tipos de biblioteca Algunos m todos de preparaci n de muestras Illumina dan como resultado una concentraci n de bibliotecas agrupadas normalizada y lista para su uso Consulte la gu a de preparaci n de muestras del kit empleado para preparar bibliotecas de muestras NOTA Si est usando cebadores personalizados prepare estos y configure la hoja de muestras como se describe en Uso de cebadores personalizados en MiSeg n de referencia 15041638 Despu s de preparar el cartucho de reactivo de MiSeq FGx para su uso estar listo para cargar las muestras 1 4 Utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para limpiar el cierre met lico que cubre el dep sito etiquetado como Load Samples Carga de muestras Utilice una punta de pipeta limpia de 1 ml para perforar el sello met lico que cubre el dep sito etiquetado como Load Samples Carga de muestras q NOTA No perfore ninguna otra posici n de reactivo Las demas posiciones de reactivo se perforan autom ticamente durante el experimento Pipetee 600 ul de sus bibliotecas preparadas en el dep sito Load Samples Carga de
26. CAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACG CCATTAAGACCIACCOTGCAACGACOAMAAGAATGAIAACAGIAACACACTICTTIAACCI AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGIACCGTAAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC CCA TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACAGTTCTGT TAACCTTAAGATIACTIGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGIAT CAAT TGAGAGTAAATATTAACG TACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAAT GATAA GATAACAGTAAGACACTICIGTTAACCTIAAGATIACTIGATCCACTGATTCAACGTACCG TAACGAACGTATCAAT TGAGAGTAAATAT IAACGTACCATTAAGAGC TACCGICTICTGT IAACCTIAAGAT IACTTGATCCACTGATIC gt TTGATCCACTGAT TCAACGTIAAGAT TACTTGATCCACT GATT CAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGCT TCTGT TAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT I NN cathe ters SAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTOTGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGTA GTACCGTAACGAACG TATCATIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGIACCGTAACGAACGTAT CAAT GAGACTAAATATTAACGTACCAT AAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAAT GATAACAGTAACACACTICTGT TAACCT I STTGATCCACTGATICAACGTIAAGATIACTTGATCCACTGATTCAACGIAGCGIAACGAAGGIATCAATTGAGCTTICTGTIAACCTIAAGAT TACT IGATCCACTGATICAACG TACCGTAACGAACGIATCAATT GAGACTAGCAACGACG SAAAAGAATGATAACAG TAACACACTICTGTIAACCTIAAGATIACTIGATCCACTGATICAACGTACCGTAAAGATIACTIGATCCACTGAT ICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT IAACGIACCATTAAGAGC TACC GATAACAGTAACACACTICTIGITAACCT IAAGATIACTIGTTGATCCACTGATICAACGTACCGIATCAAT TGAGACTAAATAT IAACG TACCATIAAGAGC
27. CCTTAAGAT TACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGT GCAACGACGAAAAG AGTAACACA BATAACAGTAACACACTICIGN AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATI AAGGIAGGAT AAGAGCTACCOICTICIGTTAACCLIAAGA ACTIGATGCACTGA ITCAACG ACCATT AAGE AC a TAACCTTAAGATTAC a d Y AATAT AAGATTACTTGAT ACTACCGTGCAACGAAAATAA TAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACIP GAAAAGAATGAT SAAN GAATGATAACAGTAACAGAG TCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT ACCOTADAGA TACTTGATC AAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAA EA ICACACTTCTGT ACCAT TAAGAGCTACC A TCTGTTAACCTTAAGAT TACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAC AAT GATAA GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT GOLGATA ATTCAAC GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACT AI AAA PTGAGACT AAATAT TA A CTGTTAACCT TA gt TTGATCCACTGATTCAACGT TAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGT TAAC AGCAACGACG AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGA FCAKCGIACCOTAANGA TACT GATO AAGAGCTACC PARA USO EXCLUSIVO EN INVESTIGACI N PRUEBAS FORENSES O DE PATERNIDAD PROPIEDAD DE ILLUMINA N componente 15050524 Rev C ESP Febrero de 2015 N de cat logo SY 411 9001DOC Este documento y su contenido son propiedad de Illumina Inc y sus afiliados Illumina y est n previstos solamente para el uso contractual de sus clientes en conexi n
28. ER TERCERO DERIVADA DE O EN RELACI N CON ESTOS T RMINOS Y CONDICIONES INCLUIDOS ENTRE OTROS ESTE PRODUCTO INCLUIDO EL USO DEL MISMO Y EL CUMPLIMIENTO DE ILLUMINA CONFORME A LA PRESENTE YA SEA POR CONTRATO DELITO INCLUIDA LA NEGLIGENCIA RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD NO SUPERAR EN NING N CASO LA CANTIDAD PAGADA A ILLUMINA POR ESTE PRODUCTO 7 Limitaciones sobre las garant as concedidas por Illumina EN LA MEDIDA QUE LO PERMITA LA LEY Y SUJETO A LA GARANT A EXPRESA DEL PRODUCTO QUE FIGURA EN ESTOS T RMINOS Y CONDICIONES ILLUMINA NO OTORGA NINGUNA GARANT A Y RENUNCIA DE MANERA EXPRESA A CUALQUIER GARANT A YA SEA EXPRESA IMPL CITA O LEGAL EN RELACI N CON ESTE PRODUCTO INCLUIDAS ENTRE OTRAS CUALQUIER GARANT A IMPL CITA DE COMERCIALIZACI N IDONEIDAD PARA UN PROP SITO PARTICULAR DE NO INFRACCI N O DERIVADA DE UN RENDIMIENTO ACUERDO USO O TRANSACCI N COMERCIAL SIN LIMITAR LA GENERALIDAD DE LO DISPUESTO ANTERIORMENTE ILLUMINA NO AFIRMA REPRESENTA NI GARANTIZA DE NINGUNA MANERA LA UTILIDAD DE ESTE PRODUCTO PARA LOS USOS PREVISTOS DEL COMPRADOR 8 Garant a del producto Todas las garant as son personales en relaci n con el comprador y no se pueden transferir ni asignar a un tercero incluido un afiliado del comprador Todas las garant as son espec ficas de las instalaciones y no se transfieren si el producto se traslada a otra instalaci n del comprador a menos que Illumina efect
29. GACTAAATAT ARC OTACCATIRAGAGCTACCOTOCAACGACGAAG HICTGHAACCTTAAGATIAGTIGAT SO ETES MAC OAA TAGE Hy eine Weal OCA OTOT a Med Me AS AG aes ACTOR al NSU a ta peg NI SAAAAGAATGATAACAG TAACACACTICTGT IAACCTIAAGAT IAC LTTGATCCACTGATICAACGTACCG IAAAGATIACTIGATCCACTGATICAAGG IACCGTAACGAACGTATCAATT GAGAC TAAATATTAACGTACCATIAAGAGCTACC AAC AGTAACACAG TIC TGHAACGTTAAGATIAGTT OAT CCACT GAT CAACGTACCOTSACGAACCIATCAATTSAGAG AAAIATAACCIACCATIAAGAGCIACOGTOCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACHICTON ACCAT TAAGAGC TACCGTGCAACAGTAACACAGTICTGT TAACCTIAAGATIAGTIGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGIAT CAAT TGAGACTAAATATIAACG TACCALTAAGAGCTACCGT GCAACGACGAAAAGAAT GAIAM GATAACAGTAACACACTICTGT IAACCTIAAGATIACTIGATCCACTGATTCAACGTACCG TAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT IAACGTACCATIAAGAGCTACCGTCTICTGT IAACCTIAAGATIACTIGATCCACTGATTCAACG GTACCGTAACGAACGTATCATIAAGATIACTIGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACG TAT CAAT GAGACTAAATAT TAACGTACCAT AAGAGCTACCG TG CAACGACGAAAAGAATGATAACAGIAACACACTICTGTIMACCT Te STTGATCCACTGATICAACGTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIAGCGIAACGAAGGIATCAATTGAGCTICTGTIAACCTIAAGAT TACTIGATCCACTGATICAACG TACCGTAACGAACGIATCAATT GAGACTAGCAACGACG SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTG IAACCTTAAGATIACTIGATCCACTGAT ICAACGTACCGTAAAGAT TACT TGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTAT CAAT TGAGACTAAATATTAACG TACCAT TAAGAGCTACG GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGOTACOGTCTICTGTIAACCTIAAGATIACTTGATCCACTGATTCAACCE GTACCGTAACGAACGIAICATTAAGATIACTIGATCCACTGATI
30. IACCGICTICTGIAACCTIAAGATACTIGATCCACTGAITCAACGIACCGT SACTGATTCAACGTACCAAGATIACTIGATCCACTGAT ICAACGTACCGTAACGAACGIATCAATT GAGAC TAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGICTICTGIIAACCTIAAGATIACTTGATCCACTGATICAACGIACCGIAACGA SAAMAGAATGATAACAGTAACAGACTIGTGT TAACC TIAAGAT TACT IGATCCAGTGATT CAACGTACCGTAAAGATIACTIGATCCACTGAT TGAACGTACCGTAACGAACGTAT CAAT TGAGACTAMATA TAACGTACCAT TAAGAGC TACK GATAACAGTAACACACT TCTGTIAACCT IAAGATTACTT GAT CCACTGATTCAAGGTACCGTAACGAACGTAT CAAT GAGACTARATATTAACGTACCATIAAGAGCTACCGICIT ATIACTIGATCCACTGATTCAAGG TTGAGACTAAATATTAACGTTGTIAACO AGATTACTIGA CCAS TGA TEM STAC CCIM COMC GTA CM GAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTICTG AAC AAA TACTIGATECACA GATTCAACGIACCGIA AT GAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACTIAAGGTAAGAT TACT TGATCCACTGATICAACG IACCGTAACGAACGICTTCTG AAC CI IAAGAT ACT IGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA ae O y O gt ca oJ gt O 4 e 1839 BES 93 aad 3 O O O BB Q 10 DY oes IAC TAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACAA
31. MiSeq FGx Control Software Manifests Output Folder D itiumina MiSeqFGxOutput 9JEMIJOS JO1JUOD XD basi 44 Cancel Recipes F rmulas Las f rmulas personalizadas no son compatibles con los kits de ForenSeq Sample Sheets Hojas de muestras Define la ubicaci n predeterminada de la informaci n de muestras en ForenSeq Universal Analysis Software La informaci n de muestras se crea antes de la preparaci n de las bibliotecas y contiene los par metros del experimento Manifests Manifiestos Los kits de ForenSeq utilizan archivos de manifiesto que est n precargados MiSeqFGxOutput Define la ubicaci n predeterminada de los archivos de resultados del an lisis Illumina recomienda cambiar la ubicaci n predeterminada de la carpeta de resultados a una ubicaci n de red para compartirla y almacenarla a largo plazo Guia de referencia del instrumento MiSeq FGx 1 e Software de MiSeg FGx 18 Ficha Email Notifications Notificaciones por correo electr nico MiSeq FGx se puede configurar para que env e una notificaci n por correo electr nico cuando haya finalizado el an lisis de RTA cuando haya finalizado el an lisis de ForenSeq Universal Analysis Software o si se produce un error grave de software de MiSeq FGx La notificaci n por correo electr nico solo est disponible si el instrumento est conectado a una red con acceso a Internet Figura 10 Ficha Email Notifications Notificaciones por correo electr nico Ple
32. Siempre debe volver a intentar la lectura de RFID antes de continuar Para ello abra y cierre la puerta del refrigerador de reactivos Si la RFID falla una segunda vez abra la puerta del refrigerador de reactivos y extraiga el cartucho Compruebe si en el cartucho de reactivo o el refrigerador de reactivos hay desechos o sales que puedan detener la lectura de RFID Sustituya el cartucho de reactivo y cierre la puerta del refrigerador de reactivos Si la RFID sigue fallando seleccione Enter Reagent Kit Barcode Introducir el c digo de barras del kit de reactivos Introduzca el c digo de barras del kit de reactivos que se encuentra en la etiqueta del kit justo debajo del c digo de barras Introduzca el n mero de pieza del cartucho de reactivo que se encuentra a la derecha de REF en la etiqueta del kit de reactivos Figura 46 Introducci n de la informaci n sobre reactivos ac D e A Valld bypass code has been entered Please enter the reagent kit barcode and part number Allowed format for barcode is AA1234567 12345 Reagent Kit Barcode Reagent Kit Part Number Seleccione Next Siguiente para volver a la pantalla Load Reagents Cargar reactivos Seleccione Next Siguiente para continuar con el paso siguiente de la configuraci n del experimento Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx T 3 dl4y ep e4njo9 ap oJ ey ap uoron osay Soluci n de problemas Prevenci n de reinicios durante un experime
33. TCTTCTGTTAACCT TAAGATTACTTGATCCACTG TONNE IVA ae arial ARE AACOTAYSAATIGAG CTAAA ATTAC A TATTAACGTACCATTAAG e CTGTTAA ALTACTTGATCCA ATT AAC AATTG CCACTGAT CANGGTACCGTAAAGATIACT IGATCGA GCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAG SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTG GATAACAGTAACACACTICTGTIAACCT I ACCAT IAAGAGCTACCGTGCAACAG TAA GATAACAGTAACACACTICTGTTAACC GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTAC CTTGATCCACTGATICAACGTIAAG z AAGATTACTTG ATTCAACGTA GAACGTATCAA CTAAATATTAACGTAC G TTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAA GI ACC GTAACGAACGTALCASTIGAGCITCTO AACE AAGAMACIGATCCACTGALICAACOTACCE GAAAAGAATGATAACAGTAACACAC TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTAC Ilumina 5200 Illumina Way San Diego California 92122 U S A 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 fuera de Norteam rica techsupport illumina com www illumina com GTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTG AACGAACGTATCAATIGAG TAAATATTAACCIACCALTAA AAGALIACT GATCCAGIGATICAACGTAG AC TGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACAC CTTGATCCACTGATTCAACC CCT T TTA OT GATTCAACCTACCOTAACGAACH TCAA TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAA be BOTACOATGCAA UG a RR AO AO a ea ACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC TTGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAG AC ia US AACCT TAAGATTAC aes AAGAT o iTACCGTA ACT IGATCCACIG ATTA
34. Tween 20 al 0 5 c Invierta varias veces para mezclar Prepare los componentes de lavado con soluci n de lavado nueva de Tween 20 al 0 5 de la siguiente forma a A ada 6 ml de soluci n de lavado a cada dep sito de la bandeja de lavado b A ada 350 ml de soluci n de lavado a la botella de lavado de 500 ml Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado en el instrumento a Abra la puerta del compartimento de reactivos y la puerta del refrigerador de reactivos y extraiga la bandeja de lavado o el cartucho de reactivo utilizados del refrigerador b Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope Cierre la puerta del refrigerador de reactivos c Levante el mango del dispensador situado frente a la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos hasta que quede en su sitio y sustituya la botella de Soluci n SBS PR2 por la botella de lavado 5 NOTA i Deseche la botella de Soluci n SBS PR2 despu s de cada experimento No reutilice la Soluci n SBS PR2 restante d Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada Vuelva a colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 61 O USIWIUS UBW ep opere un ap vO 9eziesy Procedimientos de mantenimiento 62 4 e Baje despacio el mango del dispensador asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de
35. Una vez que se cierra la celda de flujo dos pasadores situados cerca de la bisagra del cierre posicionan autom ticamente la celda de flujo La estaci n t rmica situada bajo la platina de la celda de flujo controla los cambios de temperatura de la celda de flujo y es necesaria para generar y secuenciar grupos Celda de fluj A Puerto de salida B rea de adquisici n de im genes C Puerto de entrada La celda de flujo de MiSeq FGx es un sustrato de vidrio de un solo uso en el que se generan grupos y se lleva a cabo la reacci n de secuenciaci n Los reactivos entran en la celda de flujo a trav s del puerto de entrada pasan por el rea de adquisici n de im genes de carril nico y salen de la celda de flujo por el puerto de salida Los residuos que salen de la celda de flujo se depositan en la botella de residuos Durante el experimento de secuenciaci n las im genes del carril nico se adquieren en peque as reas de adquisici n de im genes llamadas placas N de referencia 15050524 Rev C ESP Compartimento de reactivos Refrigerador de reactivos Mango del dispensador se muestra en posici n elevada Botella de Soluci n SBS PR2 Botella de residuos Cartucho de reactivo MiSeq FGx A B Cc D E El compartimento de reactivos contiene el refrigerador de reactivos y las posiciones para la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos El refrigerador de reactivos sujeta un cartucho de react
36. a Las puntuaciones Q se calculan tras el ciclo 25 EN Probabilidad de llamada de bases Puntuaci n Q incorrecta Q40 1 de cada 10 000 Q30 1 de cada 1000 Q20 1 de cada 100 Q10 1 de cada 10 Cluster Density K mm Densidad de grupos K mm Muestra el n mero de grupos por mil metro cuadrado para el experimento Clusters Passing Filter Grupos que superan el filtro Muestra el porcentaje de grupos que superan el filtro basado en el filtro de castidad de Illumina que mide la calidad Este dato aparece solo tras el ciclo 25 J NOTA La castidad de una llamada de bases es la proporci n de la intensidad de la se al m s alta dividida por la suma de las dos se ales m s altas Si existe m s de una llamada de bases con un valor de castidad inferior a 0 6 en los primeros 25 ciclos las lecturas no superan el filtro de calidad Estimated Yield Mb Rendimiento estimado Mb Muestra el n mero proyectado de bases llamadas del experimento en megabases Este dato aparece solo tras el ciclo 25 Cuando el experimento haya finalizado aparecer el bot n Next Siguiente Revise los resultados en la pantalla Sequencing Secuenciaci n antes de continuar J NOTA La castidad de una llamada de bases es la proporci n de la intensidad de la se al m s alta dividida por la suma de las dos se ales m s altas Si existe m s de una llamada de bases con un valor de castidad inferior a 0 6 en los primeros 25 ciclos las lecturas no super
37. a celda de flujo para cerrarlo sobre la celda de flujo y NOTA e Alcerrarse la celda de flujo dos pasadores de alineacion situados cerca de la bisagra del cierre de la celda de flujo alinear n y posicionar n correctamente la celda de flujo Sonar un clic que indica que el cierre de la celda de flujo est en posici n segura Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx A 9 ofni ap epjeo ej ap ebleo Figura 40 Cierre de la celda de flujo 5 Compruebe la esquina inferior izquierda de la pantalla para confirmar que la RFID de la celda de flujo se ha le do correctamente y y NOTA Si no se puede leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de REID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID en la p gina 72 6 Cierre la puerta del compartimento de la celda de flujo Realizaci n de un experimento 7 Seleccione Next Siguiente en la pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo Se abrir la pantalla Load Reagents Cargar reactivos 5 O N de referencia 15050524 Rev C ESP Carga de reactivos La carga de reactivos consta de dos pasos Primero cargue la botella de Soluci n SBS PR2 y aseg rese de que la botella de residuos est vac a a continuaci n cargue el cartucho de reactivo Carga
38. a descripci n detallada del estado as como las instrucciones para resolver el problema en su caso Seleccione Acknowledge Aceptar para aceptar el mensaje y Close Cerrar para cerrar el cuadro de di logo Los mensajes de la ventana de estado se pueden filtrar seleccionando los iconos situados sobre el margen superior de la ventana Al seleccionar un icono se muestra o se oculta el estado Pantalla Perform Wash Realizar lavado La pantalla Perform Wash Realizar lavado permite a los usuarios realizar los siguientes tipos de lavado as como consultar la fecha en que se realiz el ltimo lavado Maintenance Wash Lavado de mantenimiento El lavado de mantenimiento consta de tres ciclos de lavado consecutivos que limpian en profundidad el sistema Realice al menos un lavado de mantenimiento cada 30 d as Consulte Procedimiento en la p gina 61 Standby Wash Lavado en modo en espera El lavado en modo en espera prepara correctamente los conductos de flu dica para permanecer inactivos y consta de dos ciclos de lavado consecutivos Realice un lavado en modo en espera si quiere que el instrumento permanezca inactivo hasta siete d as Consulte Realizaci n de un lavado en modo en espera en la p gina 64 Tras haber puesto el instrumento en modo inactivo se debe realizar un lavado de mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciaci n Post Run Wash Lavado posterior al experimento El lavado posterior al experimento es el lav
39. ado en modo en espera 22 20 cece cece cece cece ccc eceeeeeeeeeeeees 64 Apagado delinstrumento ooo 67 N de referencia 15050524 Rev C ESP Introducci n Realice siempre un lavado del instrumento cuando finalice el experimento de secuenciaci n El lavado regular del instrumento garantiza un rendimiento continuo de la siguiente manera Limpia el reactivo restante de los dispensadores y los conductos de flu dica po 3u 4 uolon Evita la acumulaci n de sal y su cristalizaci n en los dispensadores y los conductos de flu dica Evita la contaminaci n cruzada con el experimento anterior Frecuencia del mantenimiento Lleve a cabo las actividades de mantenimiento descritas en este cap tulo en los intervalos que figuran en las siguientes tablas Tabla 1 Mantenimiento durante el funcionamiento normal Actividad Diaria Lavado Despu s de cada posterior al experimento experimento Lavado de mantenimiento Lavado en modo en espera Apagado del instrumento Tabla 2 Mantenimiento durante inactividad 27 d as sin usar Actividad Diaria Seg n sea necesario Para preparar para inactividad 27 d as sin usar X Seg n sea necesario Lavado en modo en espera Apagado del instrumento Mantenimiento preventivo Illumina recomienda llevar a cabo un mantenimiento preventivo por a o natural Si no dispone de contrato de servicios p ngase en contacto con el gestor de cuentas re
40. ado est ndar del instrumento que se efect a entre los experimentos de secuenciaci n y consta de un solo ciclo de lavado Para realizar un lavado posterior al experimento en otro momento que no sea justo tras un experimento utilice el comando de la pantalla Perform Wash Realizar lavado para iniciar dicho lavado Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 1 3 BICMOS 01 U0D XD Y basi Software de MiSeg FGx MiSeq FGx se puede configurar para realizar un lavado de mantenimiento entre los experimentos en lugar de un lavado posterior al experimento Para obtener m s informaci n consulte Pantalla Run Options Opciones de experimento en la p gina 16 Figura 6 Pantalla Perform Wash Realizar lavado Please select a wash activity Perform The Maintenance Wash should be performed every 30 days for optimal performance Maintenance Wash Last performed N A The Standby Wash should be performed when the instrument will be idle for more than seven days Note If a Standby Wash is performed a maintenance wash must be conducted before sequencing Last performed N A The Post Run Wash is performed after every sequencing run Last performed N A a Z 00000 La pantalla Perform Wash Realizar lavado tambi n incluye un comando que permite levantar los dispensadores para que se pueda extraer el cartucho de reactivo del instrumento en caso de error o de interrupci n imprevista del experimento a y PRECAUCI N Cierre siempre la
41. ald Realizaci n de un experimento Carga de bibliotecas de muestras en cartuchos 44 X NOTA Si va a realizar un experimento de uso exclusivo en investigaci n siga las instrucciones de carga de muestras de la secci n Carga de bibliotecas de muestras en cartuchos para uso exclusivo en investigaci n en la p gina 45 Despu s de preparar el cartucho de reactivo de MiSeq FGx para su uso estar listo para cargar las muestras 1 4 Utilice una toallita de laboratorio sin pelusa para limpiar el cierre met lico que cubre el dep sito etiquetado como Load Samples Carga de muestras Utilice una punta de pipeta limpia de 1 ml para perforar el sello met lico que cubre el dep sito etiquetado como Load Samples Carga de muestras x NOTA No perfore ninguna otra posici n de reactivo Las dem s posiciones de reactivo se perforan autom ticamente durante el experimento Pipetee 600 ul de las bibliotecas de muestras DNL en el dep sito Load Samples Carga de muestras Evite tocar el sello met lico cuando dispense la muestra Compruebe la presencia de burbujas de aire en el dep sito despu s de la carga de la muestra Si hay burbujas de aire golpee suavemente el cartucho contra el banco de trabajo para eliminar las burbujas Figura 31 Carga de bibliotecas Contin e directamente con los pasos de configuraci n del experimento mediante el uso de la interfaz de MiSeq FGx Control Software N de referencia 15050524 Rev
42. an el filtro de calidad Seleccione Next Siguiente para salir de la pantalla Sequencing Secuenciaci n y proceda con un lavado posterior al experimento N de referencia 15050524 Rev C ESP Figura 26 Pantalla Sequencing Secuenciaci n para un experimento de uso exclusivo en investigaci n Maso spaco Load Flow toss Celt MARES Reagents eyes RG1234567 00CDE 2X101PE Phix v2 6pM Worktiow Resequencing 161 151 BaseSpace User CEEE Q Score All Cycles Flow Cell Intensity o ase Vates Upcate Atar Cycie 5 a Ii Stop Pause Cluster Density Kimm2 Clusters Passing Fitor Estmatod Yeid MB ME h oere mo 07 00000 Generaci n de plantillas La generaci n de plantillas es el proceso por el que se definen las posiciones de los grupos de toda la superficie de la celda de flujo de acuerdo con las coordenadas X e Y El an lisis en tiempo real RTA utiliza los siete primeros ciclos del experimento de secuenciaci n para la generaci n de plantillas de los kits de MiSeq FGx y de uso exclusivo en investigaci n v3 y los cuatro primeros ciclos de los kits de uso exclusivo en investigaci n vl y v2 Una vez generada la plantilla de las posiciones de los grupos las im genes producidas de cada ciclo de im genes posterior se alinear n con la plantilla Se extraen las intensidades de grupos individuales de los cuatro canales de color de nucle tidos y se producen llamadas de bases desde las intens
43. anecen en la posici n bajada lo cual es normal Deje la soluci n de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema N de referencia 15050524 Rev C ESP Realizaci n de un lavado de mantenimiento Realice un lavado de mantenimiento cada 7 d as para garantizar un rendimiento ptimo El lavado de mantenimiento incluye una serie de tres pasos de lavado con una soluci n de lavado de agua sin nucleasas mezclada con Tween 20 Espere unos 90 minutos a que finalice el lavado Consumibles proporcionados por el usuario Tween 20 Sigma Aldrich n de cat logo P7949 Agua sin nucleasas Procedimiento 1 2 3 Aseg rese de cargar una celda de flujo usada en el instrumento En la pantalla Welcome Bienvenida seleccione Perform Wash Realizar lavado En la pantalla Perform Wash Realizar lavado seleccione Maintenance Wash Lavado de mantenimiento El software eleva autom ticamente los dispensadores del refrigerador de reactivos Realizaci n del primer lavado 1 Prepare una soluci n de lavado nueva con Tween 20 y agua sin nucleasas como se explica a continuaci n a A ada 5 ml de Tween 20 al 100 a 45 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 b A ada 25 ml de Tween 20 al 10 a 475 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de
44. ant a Con el objeto de ser apto para cualquier servicio de reparaci n o sustituci n conforme a esta garant a el comprador debe i ponerse en contacto con la mayor brevedad posible con el departamento de asistencia de Illumina para informarle del incumplimiento ii cooperar con Illumina en la confirmaci n o el diagn stico del incumplimiento y iii devolver este producto con pago previo de los costes de transporte a Illumina de acuerdo con las instrucciones de Illumina o si se acuerda entre Illumina y el comprador conceder acceso a este producto al personal de reparaci n autorizado de Illumina con el objeto de confirmar el incumplimiento y realizar las reparaciones pertinentes nico recurso legal conforme a la garant a Seg n su criterio Illumina reparar o sustituir el producto no conforme a las especificaciones que se confirme que est cubierto por esta garant a Los consumibles reparados o sustituidos ofrecen una garant a de 30 d as El hardware se puede reparar o sustituir por un hardware o componentes funcionalmente equivalentes reacondicionados o nuevos solo si un componente del hardware no cumple las especificaciones Si el hardware se sustituye en su totalidad el per odo de garant a correspondiente a la sustituci n es de 90 d as a partir de la fecha de env o o el per odo restante de la garant a del hardware original lo que sea m s breve Si solo se repara o sustituye un componente el per odo de garant a de dicho
45. antalla en cualquier momento Puede acceder a Live Help desde el icono de ayuda de la pantalla Welcome Bienvenida Figura 28 Men Help Ayuda LIVE HELP ABOUT Para activar una conexi n solicite un c digo nico de acceso al servicio de asistencia t cnica de Illumina introduzca dicho c digo en la pantalla de Live Help y a continuaci n seleccione Next Siguiente N de referencia 15050524 Rev C ESP Figura 29 Pantalla de Live Help ilumina MiSeq FGx customer yourlad com Please follow below instructions to log into MiSeq Live Help Enter the access code provided to you by your Illumina Representative in the Access Code tiaki below using the keyboard icon and select Next to start the screen sharing session You might be prompted to download a small virus free plug in Thes plug in will not stay on the mstrument and will be removed once the support session is closed When your session has started your Illumina support representative will ask to lake control of your mstrument You have overneing control and can end the screen sharing session al any hme Instrument ID M99999 Machine Name CONFIG376VMOE x gt Home Guia de referencia del instrumento MiSeq FGx 35 SJEMILOS O1JUOD XD basi Opciones del software de an lisis para experimentos de uso exclusivo en investigaci n Una vez finalizado el an lisis de RTA los datos de secuenciaci n de MiSeq FGx para los experimentos de ForenSeq requieren u
46. ase make any needed changes to the Run Options Run Settings Folder Settings Email Notifications Local SMTP email server address required Sender address required on SMTP server Recipient addresses separate with commas Notify via email when Primary analysis is complete On instrument analysis is complete A critical MiSeq Software error occurs cw Cancel 07 Local SMTP email server address Direcci n de servidor de correo electr nico SMTP local Utilice el teclado en pantalla para introducir la direcci n del servidor de correo electr nico de SMTP local En caso necesario p ngase en contacto con el administrador de las instalaciones para obtener esta informaci n Sender email address Direcci n de correo electr nico del remitente Utilice el teclado en pantalla para introducir la direcci n del correo electr nico del remitente Esta direcci n puede ser la direcci n de correo electr nico de un usuario administrador o una direcci n diferente especificada para el env o de notificaciones por correo electr nico La direcci n de correo electr nico del remitente debe tener el mismo nombre de dominio que la direcci n del servidor de correo electr nico Recipient addresses Direcciones de destinatarios Utilice el teclado en pantalla para introducir las direcciones de correo electr nico de todos los destinatarios de las notificaciones Separe cada direcci n de correo electr nico con una coma Seleccione Test Proba
47. avado de hipoclorito de sodio al 0 01 en la posici n 17 de la bandeja de lavado hasta que el cuello del tubo est alineado con la bandeja El tubo desplaza la soluci n de lavado con Tween 20 y agua sin nucleasas de la posici n 17 Figura 44 Tubo MiSeq en la posici n 17 de la bandeja de lavado NOTA f Aseg rese de insertar el tubo MiSeq con hipoclorito de sodio solo en la posici n 17 de la bandeja Si inserta el tubo en otra posici n puede provocar fallos en la generaci n de grupos de los experimentos siguientes y puede da ar el sistema de flu dica del instrumento MiSeq FGx 5 En la pantalla de lavado posterior al experimento seleccione Start Wash Iniciar lavado El software eleva autom ticamente los dispensadores del refrigerador de reactivos Espere varios segundos para asegurarse de que los dispensadores est n completamente elevados antes de continuar 6 Abra la puerta del refrigerador de reactivos y del compartimento de reactivos y extraiga el cartucho de reactivo usado del refrigerador 7 Deslice la bandeja de lavado para introducirla en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope y seguidamente cierre la puerta del refrigerador de reactivos 8 Levante el mango del dispensador situado delante de la botella de Soluci n SBS PR2 y de la botella de residuos hasta que quede bloqueado en su sitio 9 Quite la botella de Soluci n SBS PR2 y sustit yala por la botella de lavado z NOTA f Deseche la botel
48. be especificar Pantalla System Check Comprobaci n del sistema System Check Comprobaci n del sistema es una pantalla que normalmente se utiliza para conectar con un representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina durante una sesi n de Live Help No es necesario utilizar esta funci n durante el funcionamiento normal ni para el mantenimiento del instrumento Algunas comprobaciones del sistema pueden realizarse antes de ponerse en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina como la prueba de volumen Una prueba de volumen comprueba el estado del sistema de flu dica calculando el volumen de flujo a medida que las burbujas pasan por los sensores Para obtener m s informaci n consulte Realizaci n de una prueba de volumen en la p gina 76 Una vez finalizada la comprobaci n del sistema los resultados de la prueba aparecer n en la pantalla Seleccione Show Details Mostrar detalles para ver un resumen de los resultados en la interfaz del software Seleccione Export Results Exportar resultados para exportar los resultados en formato csv en una unidad USB N de referencia 15050524 Rev C ESP Figura 13 Opciones de System Check Comprobaci n del sistema Please select the system check options to perform SJEMILOS 01110 XD basi Pantalla Manual Update Actualizaci n manual La funci n Manual Update Actualizaci n manual se utiliza para actualizar el software de control del instrumento y
49. cece cece ecceeceeeeeeeeees 2 Componentes 000 0022 c cece cece ccc ns 3 Inicio del sistema MiSeq FGX 2 2 2 cece cece cc ccccccccccceccecceeeeeeeeeeeeees 6 Consumibles requeridos 0 0 000 e cece cee cece ec cece eeeeeeeeeeeeeees 7 Cap tulo 2 Software de MiSeq FGX ococccooocccocccocccccccccocococcccccciccccncccos 9 INt FOGUCCION doioro cece cece niar ra aaar ra AEI abae dan iia ranido 10 MiSeq FGx Control Software oooococccccccccccccccccnccccnnnnnnccccccccccccccocos 11 Opciones del software de an lisis para experimentos de uso exclusivo en investigaci n oo cece cece cece cece eeccceeeeeeccccecceececcceeceeeeeecceeees 36 Cap tulo 3 Realizaci n de un experimento occ 39 Introducci n a a anona oaaao oaaao aaao 0000000000000200 00D 0 LDL 2o22 22nn 40 Flujo de trabajo de MiSeq FGX 2 e eee eeeeeeee 41 Preparaci n del cartucho de reactivo oooooocccccccccccccccccccccccccccccncnocccono 43 Inicio de sesi n y selecci n de tipo de experimento 20 2222000 46 Limpieza de la celda de flujo o oooocccccccccccccccccccccccccccccccccccnnncccccco 47 Carga de la celda de flujo oooocccccccccccccccccccccccccccccccccccccccnccnnnnns 49 Carga de reactivos 200 e cece cece ee ceccceccccccccccccccececceeceseeeeeee 51 Inicio del experimento _ 2 2 c cece eee cece eee c cece cccceeeeccecececeees 53 Supervision del experimento o 2 2 2 eee eee e cece eececceceeeeeeeeeeee
50. ceda con un lavado posterior al experimento Realizaci n de un experimento M tricas de experimento Las m tricas de experimento aparecen en la pantalla Sequencing Secuenciaci n en diferentes puntos de un experimento Durante los pasos de generaci n de grupos no se mostrar n las m tricas Cuando empiece la secuenciaci n las m tricas siguientes aparecer n en los ciclos indicados Criterio de medici n Kit Ciclo Intensidad MiSeq FGx Reagent Kits Ciclo 1 7 MiSeq RUO Reagent Kits v3 Ciclo 1 7 MiSeq RUO Reagent Kits v2 Ciclo 1 4 MiSeq RUO Reagent Kits v1 Ciclo 1 4 Intensidad y densidad de grupos MiSeq FGx Reagent Kits Ciclo 8 25 MiSeq RUO Reagent Kits v3 Ciclo 8 25 MiSeq RUO Reagent Kits v2 Ciclo 5 25 MiSeq RUO Reagent Kits v1 Ciclo 5 25 Intensidad densidad de grupos PF MiSeq FGx Reagent Kits Desde el ciclo 26 rendimiento y puntuaciones Q MiSeq RUO Reagent Kits v3 hasta que finalice el MiSeq RUO Reagent Kits v2 experimento MiSeq RUO Reagent Kits v1 5 A N de referencia 15050524 Rev C ESP Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx o tt a a rre 0100 gt 55 y onydep Procedimientos de mantenimiento 96 Procedimientos de mantenimiento tro du nn AEE Sa 57 Realizaci n de un lavado posterior al experimento 2 22 e cece eee ceccececeeeeees 58 Realizaci n de un lavado de mantenimiento 00 0 ce cece cece ccceceeeeeceeeee 61 Realizaci n de un lav
51. ci n La pantalla Sequencing Secuenciaci n se abre cuando empieza el experimento Esta pantalla proporciona una representaci n visual del experimento en curso incluidas las intensidades y las puntuaciones de calidad puntuaciones Q Run Progress Progreso del experimento Muestra el progreso del experimento en una barra de estado y recoge el n mero de ciclos completados Intensity Intensidad Muestra el valor de las intensidades de grupos del percentil 90 para cada placa El gr fico del rea Intensity Intensidad representa el n mero de placas y el n mero de superficies que se digitalizan Se adquieren im genes solo de la superficie superior de la celda de flujo Aparece un gr fico con una sola columna Flow Cell Celda de flujo Muestra la temperatura actual de la celda de flujo mediante colores El azul indica temperaturas m s bajas mientras que el naranja y el rojo indican temperaturas m s elevadas Durante la adquisici n de im genes las placas de las que se capturan im genes aparecen en gris oscuro Durante la qu mica las l neas onduladas indican que los reactivos se est n bombeando a trav s de la celda de flujo Cluster Density K mm Densidad de grupos K mm Muestra el n mero de grupos por mil metro cuadrado para el experimento Lo id neo ser a esperar un rango de densidad de grupos de 400 1650 K mm N de referencia 15050524 Rev C ESP Clusters Passing Filter Grupos que superan el filtro
52. ciones por da os personales o muerte y la infracci n de los derechos de propiedad intelectual de terceros que se deriven est n relacionados o procedan de i una infracci n por parte del comprador de cualquiera de estos t rminos y condiciones ii el uso del comprador de este producto fuera del mbito de su uso para investigaci n iii cualquier uso de este producto que no sea conforme a las especificaciones o la documentaci n de este documento o bien iv cualquier reclamaci n excluida d Condiciones para obligaciones de indemnizaci n Las obligaciones de indemnizaci n de las partes estar n condicionadas por las siguientes acciones de la parte que solicita la indemnizaci n i notificaci n inmediata a la otra parte por escrito de dicha reclamaci n o demanda ii concesi n de autorizaci n y control exclusivo a la otra parte sobre la defensa y arreglo de cualquier reclamaci n o demanda iii no admisi n de la infracci n de ning n derecho de propiedad intelectual sin el consentimiento previo por escrito de la otra parte iv la no negociaci n de ning n acuerdo o compromiso en relaci n con dicha reclamaci n o demanda sin el consentimiento previo por escrito de la otra parte y v la prestaci n de asistencia razonable a la otra parte en la defensa de la reclamaci n o demanda siempre que la parte reembolse a la parte indemnizada los gastos razonables complementarios que se deriven de la prestaci n de dicha asistencia e Product
53. compilaci n inversa o el montaje inverso de este producto d constituya la separaci n la extracci n o el aislamiento de los componentes de este producto o de otros an lisis no autorizados de este producto e conceda acceso a los m todos de funcionamiento de N de referencia 15050524 Rev C ESP este producto o determine dichos m todos f constituya el uso de consumibles o reactivos que no sean de Illumina con el hardware de Illumina no se aplica si las especificaciones o la documentaci n disponen lo contrario o bien g constituya la transferencia a un tercero o la sublicencia del software o cualquier software de terceros Todo el software ya se proporcione por separado se instale o se incorpore en un producto se otorga en forma de licencia al comprador y no se vende Salvo que se estipule de manera expresa en esta secci n ning n derecho ni ninguna licencia de los derechos de propiedad intelectual de Illumina se otorgan de manera expresa impl cita o por impedimento legal doctrina de los actos propios El comprador solo ser responsable de determinar si el comprador posee todos los derechos de propiedad intelectual necesarios para los usos previstos de este producto por parte del comprador incluidos entre otros cualquier derecho de terceros o derechos en relaci n con la PI de aplicaciones espec ficas Illumina no garantiza que los usos previstos espec ficos del comprador no infrinjan los derechos de propiedad intelectual
54. componente ser de 90 d as a partir de la fecha de env o o el per odo restante de la garant a del hardware original lo que finalice antes Las anteriores disposiciones establecen la nica soluci n del comprador y las nicas obligaciones de Illumina conforme a la garant a que se otorga por la presente Productos de terceros y garant a Illumina no tiene ninguna obligaci n de garant a en relaci n con ning n producto procedente de un tercero y que se suministre al comprador de acuerdo con los presentes t rminos y condiciones Los productos de terceros son aquellos que est n etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero La garant a de los productos de terceros si la hubiera la proporciona el fabricante original Mediante una solicitud por escrito Illumina intentar transferir dicha garant a al comprador 9 Indemnizaci n a Indemnizaci n por infracci n por parte de Illumina Conforme a estos t rminos y condiciones incluidas entre otras las exclusiones de las obligaciones de indemnizaci n de Illumina secci n 9 b m s adelante y las condiciones de obligaci n de indemnizaci n secci n 9 d a continuaci n lumina i defender indemnizar y eximir al comprador frente a cualquier reclamaci n o demanda de terceros en la que se alegue que este producto al utilizarse con fines de investigaci n de acuerdo con estos t rminos y condiciones y de acuerdo con la documentaci n y las especificaciones de este p
55. d press Restart Check to continue PR2 3 a2 Volume 250 ul e Aspirate Rate 2500 pUmin e Dispense Rate 2500 yLmin fi 44 Back Check Z 3 Cuando haya finalizado el paso de bombeo seleccione Restart Check Reiniciar comprobaci n 4 Si el error persiste defina el volumen para que bombee 500 ul de Soluci n SBS PR2 y repita el proceso una vez m s Si el segundo intento no resuelve el error p ngase en contacto con la asistencia t cnica de Illumina Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 7 5 o n j ap pepisojan ap s 10119 ap seua qold ap uolon os Soluci n de problemas Realizaci n de una prueba de volumen 76 Una obstrucci n de los conductos de flu dica podr a ser la causa de una administraci n de reactivos incorrecta y afectar a los resultados de secuenciaci n Si sospecha que existe una obstrucci n en los conductos de flu dica realice una prueba de volumen Una prueba de volumen comprueba el estado del sistema de flu dica calculando el volumen entre dos burbujas a medida que pasan por los sensores Para realizar una prueba de volumen debe cargar la bandeja de lavado y la botella de lavado con agua sin nucleasas y debe disponer de una celda de flujo usada colocada en su sitio Siga las indicaciones que aparezcan en pantalla para realizar la prueba 1 2 Aseg rese de cargar una celda de flujo usada en el instrumento En la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento
56. de bases 24 longitud de lectura 32 M mango del dispensador 5 mantenimiento lavado 61 Minimize to Windows 19 MiSeq Reporter descripci n general 37 m dulo ptico 3 mover archivos y carpetas 14 N nombre de dominio 20 nombre de usuario 6 O opciones de experimento 16 P pantalla de secuenciaci n 24 29 54 pantalla Welcome 11 pantallas de configuracion del experimento 25 base de datos 22 investigaci n de antecedentes 22 pausa de un experimento 33 posterior al experimento lavado 58 prueba de volumen 76 puntuaciones Q 24 R reactivos cargar 23 27 51 suministrados en un kit 7 referencias de genoma 14 refrigerador de reactivos temperatura 12 reiniciar software 19 RFID cartucho de reactivo 52 celda de flujo 49 soluci n de problemas 72 soluci n SBS 51 S seleccionar un experimento 22 sensor de puerta de la celda de flujo 12 software comprobaci n de espacio en disco 33 configuraci n del instrumento 19 duraci n del experimento 32 inicializaci n soluci n de problemas archivos espec ficos del experimento 70 empaquetar registros 15 REID 72 velocidad de flujo 75 solucion SBS carga 51 solucionar problemas errores de configuraci n de experimento 71 flu dica 76 supervisar el experimento 24 29 54 T t cnica ayuda 81 U ubicaciones de las carpetas configuraci n predeterminada 16 V velocidad de flujo soluci n de roblemas 75 visor del an lisis de secuenciaci n 29
57. de la Gu a de ForenSeq Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Index 2 ndice 2 Para obtener informaci n consulte la secci n Run Metrics Tab Ficha M tricas del experimento de la Gu a de ForenSeq Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Pantallas de configuraci n para un experimento de uso exclusivo en investigaci n Tras seleccionar Sequence Secuenciar en la pantalla Welcome Bienvenida seleccione un tipo de experimento Al seleccionar Research Use Only Run Experimento de uso exclusivo en investigaci n se abrir una serie de pantallas de configuraci n del experimento en el siguiente orden BaseSpace Option Opci n BaseSpace Load Flow Cell Cargar celda de flujo Load Reagents Cargar reactivos Review Revisar y Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento Al seleccionar Forensic Genomics Gen mica forense se abrir una serie diferente de pantallas de configuraci n del experimento Consulte Pantallas de configuraci n del experimento en la p gina 21 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx P 5 BICMOS JO1JUOD XD Y basi Software de MiSeg FGx 26 Pantalla BaseSpace Option Opci n BaseSpace Si realiza el an lisis de un experimento de uso exclusivo en investigaci n en BaseSpace seleccione Use BaseSpace for storage and analysis Usar BaseSpace para el almacenamiento y el an lisis Al seleccionar la opci n BaseSpace la informaci n del experimento se t
58. de un tercero o de una PI de aplicaciones espec ficas 3 Cumplimiento normativo Este producto no se ha aprobado autorizado ni se le ha otorgado licencia alguna por parte de la Food and Drug Administration FDA de EE UU o de cualquier otra entidad regulatoria ya sea extranjera o nacional para ning n uso previsto espec fico bien para su uso en investigaci n uso comercial uso diagn stico o de cualquier otro tipo Este producto contiene la etiqueta Para uso exclusivo en investigaci n El comprador debe asegurarse de que cuenta con todas las aprobaciones regulatorias pertinentes para los usos previstos de este producto por parte del comprador 4 Usos no autorizados El comprador acepta a utilizar cada consumible solo una vez y b utilizar solo consumibles o reactivos de Illumina con el hardware de Illumina Las limitaciones en a y b no se aplican si la documentaci n o las especificaciones de este producto disponen lo contrario El comprador acepta no involucrarse en ninguna de las siguientes actividades ni tampoco autoriza a ning n tercero a involucrarse en ninguna de las mismas i desmontar llevar a cabo actos de ingenier a inversa compilaci n inversa o montaje inverso del producto ii separar extraer o aislar componentes de este producto o bien someter a este producto o a sus componentes a cualquier an lisis que no se haya autorizado expresamente en la documentaci n de este producto iii otorgar acceso a los m todos de
59. dici n de los vol menes de lavado esperados confirma que la flu dica de lavado funciona correctamente 1 Antes de empezar el lavado vac e la botella de residuos 2 Cuando haya terminado el lavado mida el volumen de lavado de la botella de residuos Tipo de lavado Volumen de lavado esperado Lavado posterior al experimento 25 5 ml Lavado en modo en espera 46 ml Lavado de mantenimiento 17 25 ml Soluci n de problemas T 8 N de referencia 15050524 Rev C ESP ndice A abrazadera de la celda de flujo 4 alerta de estado icono 13 alertas de correo electr nico 16 an lisis durante la secuenciaci n 37 opciones 36 an lisis en tiempo real carpeta del experimento 32 generaci n de plantillas 31 apagar el instrumento 19 67 archivo de manifiesto copiar en instrumento 14 asistencia al cliente 81 asistencia t cnica 81 ayuda Live Help 34 B BaseSpace 26 conexi n 12 botella de residuos 5 C cargar celda de flujo 22 26 cargar reactivos 23 27 cartucho 52 soluci n SBS 51 carpetas de experimento gestionar 14 carpetas del experimento asignaci n de nombres 32 temporal resultados an lisis 32 celda de flujo cargar 22 26 49 descripci n general 4 limpiar 47 ciclos de una lectura 32 compartimento de la celda de flujo 3 4 compartimento de reactivos 3 5 componentes celda de flujo 4 compartimento de la celda de flujo 3 4 compartimento de reactivos 3 5 m dulo ptico 3 conexi n de red 71 configuraci n d
60. dispensador asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos c Cierre la puerta del compartimento de reactivos Seleccione Next Siguiente Comenzar el segundo lavado Realizaci n del lavado final 1 Prepare una soluci n de lavado nueva con Tween 20 y agua sin nucleasas como se explica a continuaci n a A ada 5 ml de Tween 20 al 100 a 45 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 b A ada 25 ml de Tween 20 al 10 a 475 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 0 5 c Invierta varias veces para mezclar Cuando haya finalizado el segundo lavado retire la bandeja de lavado y la botella de lavado y deseche la soluci n de lavado restante N de referencia 15050524 Rev C ESP 3 Rellene los componentes de lavado con soluci n de lavado nueva de Tween 20 al 0 5 de la siguiente forma a A ada 6 ml de soluci n de lavado a cada dep sito de la bandeja de lavado b A ada 350 ml de soluci n de lavado a la botella de lavado de 500 ml 4 Cargue la bandeja de lavado y la botella de lavado como se explica a continuaci n a Introduzca la bandeja de lavado en el refrigerador de reactivos hasta que llegue al tope Cierre la puerta del refrigerador de reactivos b Cargue la botella de lavado y baje despacio el mango del dispensador asegur ndose de que los di
61. e dicho traslado a Garant a de los consumibles Illumina garantiza que los consumibles que no sean consumibles personalizados cumplir n sus especificaciones hasta un per odo de i 3 meses a partir de la fecha de env o por parte de Illumina y ii cualquier fecha de caducidad o el final de su vida til impresa previamente en dicho consumible por parte de Illumina pero en ning n caso ser superior a un per odo de 12 meses a partir de la fecha de envio En relaci n con los consumibles personalizados esto es consumibles fabricados de acuerdo con las especificaciones o los dise os elaborados por el comprador o que el comprador o alguna entidad en su nombre proporciona a Illumina Ilumina Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx solo garantiza que los consumibles personalizados se fabricar n y probar n de acuerdo con los procesos de control de calidad y fabricaci n est ndar de Illumina Illumina no garantiza que los consumibles personalizados funcionen de manera prevista por el comprador o para los usos previstos del comprador Garant a del hardware Illumina garantiza que el hardware siempre que no se trate de componentes actualizados cumplir sus especificaciones durante un per odo de 12 meses tras la fecha de env o por parte de Illumina a menos que el hardware incluya la instalaci n ofrecida por Illumina en cuyo caso el per odo de garant a comienza en la fecha de instalaci n o 30 d as despu s de la fecha de env o
62. e red 20 configuraci n del instrumento 19 configuraci n del sistema 20 consumibles proporcionados por el usuario 7 proporcionados por Illumina 7 consumibles proporcionados por el usuario 7 contrase a 6 copiar archivos y carpetas 14 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 4 991Pu D densidad de grupos 24 detenci n de un experimento 33 direcci n IP 20 documentaci n 81 duraci n del experimento 32 E eliminar archivos y carpetas 14 empaquetar registros 15 encender el instrumento 6 espacio en disco comprobaci n 33 poco espacio en disco 71 F filtro de castidad 24 flu dica lavar 61 64 soluci n de problemas 75 solucionar problemas 76 flujo de trabajo duraci n del experimento 32 G generaci n de plantillas 31 gestionar f rmulas 14 hoja de muestras copiar en instrumento 14 no encontrada 71 iconos alerta de estado 13 errores y advertencias 13 indicadores de actividad 12 sensores 12 inactivar el instrumento 64 indicadores de actividad 12 indicadores del sensor 12 inicializaci n 71 intensidades 24 interruptor de alimentaci n 6 IE lavado de mantenimiento 13 lavado en modo en espera 13 64 lavados configuraci n de lavado posterior al experimento 16 en modo en espera 64 mantenimiento 13 61 79 Indice 80 modo en espera 13 posterior al experimento 58 preparar para apagar 67 preparar pan inactividad 64 ventajas 57 vol menes esperados 78 Live Help 34 llamadas
63. eccionar un experimento Seleccione un experimento para la secuenciaci n en el men desplegable Los experimentos se configuran en ForenSeq Universal Analysis Software Figura 15 Pantalla Select a Run Seleccionar un experimento Please select a run Select Run Pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo La pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo aparece en el momento de cargar la celda de flujo Una vez cargada la celda de flujo cierre el cierre de la celda de flujo y la puerta del compartimento de la celda de flujo El cierre y la puerta del compartimento deben estar cerrados antes de iniciar el experimento Figura 16 Pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo Planta load the flow cell and walt for the RFID to be reac Cuando la celda de flujo esta cargada el software lee y registra la RFID Aparecera una confirmaci n de que la RFID se ha le do correctamente en la esquina inferior derecha de la pantalla Si no es posible leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de RFID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 por cada N de referencia 15050524 Rev C ESP experimento Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID en la p gina 72 Seleccione el icono de ayuda de la esquina superior derecha de la pantalla El arch
64. en la celda de flujo Siga las indicaciones del software para cargar la celda de flujo Siga las indicaciones del software para cargar la botella de Soluci n SBS PR2 Aseg rese de que la botella de residuos est vac a y cargue el cartucho de reactivo En un experimento de uso exclusivo en investigaci n seleccione una hoja de muestras Revise los par metros del experimento y los resultados de comprobaci n anteriores al experimento Seleccione Start Run Iniciar experimento Si lo desea supervise el experimento desde la pantalla Sequencing Secuenciaci n Realice un lavado posterior al experimento con agua sin nucleasas mezclada con hipoclorito de sodio Generaci n de grupos Durante la generaci n de grupos las mol culas individuales de ADN se unen a la superficie de la celda de flujo y a continuaci n se amplifican en puente para formar grupos Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx A xD y basiw ep ofeqes ap oln y Realizaci n de un experimento 42 Secuenciacion Despu s de la generaci n de grupos se adquieren im genes de ellos utilizando combinaciones de LED y filtros espec ficos de cada uno de los cuatro dideoxinucle tidos marcados con tinta fluorescente Despu s de finalizar la adquisici n de im genes de una de las placas de la celda de flujo la celda de flujo se mueve a su sitio para exponer la siguiente placa El proceso se repite hasta que se digitalizan todas las placas Desp
65. en la p gina 72 8 Seleccione Next Siguiente en la pantalla Load Reagents Cargar reactivos Carga del cartucho de reactivo B NOTA i No deje la puerta del refrigerador de reactivos abierta durante largos per odos de tiempo 1 Abra la puerta del refrigerador de reactivos 2 Sujete el cartucho de reactivo por el extremo que tiene la etiqueta de Illumina e introd zcalo en el refrigerador de reactivos hasta que el cartucho se detenga Realizaci n de un experimento Figura 43 Carga del cartucho de reactivo T Cierre la puerta del refrigerador de reactivos 4 Compruebe en la esquina inferior izquierda de la pantalla si la RFID del cartucho de reactivo se ha le do correctamente NOTA e Si no se puede leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de REID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID en la pagina 72 5 Cierre la puerta del compartimento de reactivos 6 Seleccione Next Siguiente en la pantalla Load Reagents Cargar reactivos Se abrir la pantalla Review Revisar 5 2 N de referencia 15050524 Rev C ESP Inicio del experimento Tras cargar la celda de flujo y los reactivos revise los par metros del experimento y realice una prueba previa al experimento antes de iniciarlo
66. erimentos de uso exclusivo en investigaci n 36 Z oinudey Y j A if ae te eae tl aarde Darin Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 9 Software de MiSeg FGx Introducci n 10 El software que se describe en este cap tulo se utiliza para configurar ejecutar y analizar datos de MiSeq FGx MiSeq FGx Control Software Controla el funcionamiento del instrumento incluidos los diferentes ajustes de configuraci n Este software se instala y se ejecuta en el instrumento Consulte MiSeg FGx Control Software en la p gina 11 An lisis en tiempo real RTA Realiza el procesamiento de las im genes y las llamadas de bases y asigna una puntuaci n de calidad a cada base de cada ciclo Las im genes se almacenan temporalmente en la carpeta del experimento para su procesamiento con RTA y a continuaci n se eliminan autom ticamente cuando el an lisis de RTA finaliza Este software se instala y se ejecuta en el instrumento ForenSeq Universal Analysis Software Realiza autenticaci n de usuarios y an lisis tales como el demultiplexado la alineaci n la llamada de variantes y la generaci n de informes Las funciones espec ficas compatibles var an en funci n de la aplicaci n Este software se instala fuera del instrumento en un servidor aut nomo El resultado se ve a trav s de un navegador web Consulte la Gu a de ForenSeg Universal Analysis Software n de referencia 15053876 para obtener informaci n sobre el an lis
67. es 54 Capitulo 4 Procedimientos de mantenimiento ooo 56 Tat gee 0 exe 0 ge 57 Realizaci n de un lavado posterior al experimento 2222 22 eee cece eee eee eee 58 Realizaci n de un lavado de mantenimiento 0 0 ccc cece cece ceeeees 61 Realizaci n de un lavado en modo en espera 2 2 2 22sec eee eeeeeeeeceeeeees 64 Apagado del instrumento 2 0 2 2 cece cece eee eeeeeeeeeeeeceeeeeeceeeeeeeeees 67 Cap tulo 5 Soluci n de problemas 00ooooooccccccccccccccccoccccccccccccccccco 69 IO 0000 a MEOS 70 Resoluci n de errores de configuraci n de experimentos 2 71 Resoluci n del fallo de lectura de RFID 22200000 e cece eee cece 72 Prevenci n de reinicios durante un experimento 020ccccececeeeeeeees 74 Soluci n de problemas de errores de velocidad de flujo 75 Realizaci n de una prueba de volumen o oooccccccccccccccccccccocccccccnnnnccccono 76 Medici n de los vol menes de lavado esperados 2 2 2 ceeeeeeceeeeeeeees 78 A anes asd taodetauedepeuveanee LDL L L dee 79 Asistencia t cnica ee 81 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx IX N de referencia 15050524 Rev C ESP Primeros pasos USO previsto o occccccccccccccccccccccccccccocococonocn conce 2 Componentes ns 3 Inicio del sistema MiSeq FGX 22 2 c cece cece cece cece cece eeeeeeeeeeeeeeeeteeeeetees 6 Consumibles requeridos occ e eee rannen T Y
68. exceso de alcohol con una toallita limpialentes sin pelusa Inspeccione visualmente la zona para asegurarse de que los puertos de las celdas de flujo no estan obstruidos y de que las juntas estan bien asentadas alrededor de los puertos de las celdas de flujo Si las juntas parecen estar desplazadas vuelva a apretarlas en su sitio con cuidado hasta que queden perfectamente asentadas alrededor de los puertos de las celdas de flujo N de referencia 15050524 Rev C ESP Carga de la celda de flujo La pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo le solicitar que cargue la celda de flujo 1 4 Levante la puerta del compartimento de la celda de flujo y a continuaci n pulse el bot n de apertura situado a la derecha del cierre de la celda de flujo Se abrir el cierre de la celda de flujo Figura 38 Apertura del cierre de la celda de flujo Inspeccione visualmente la platina de la celda de flujo para asegurarse de que no presente pelusas Si hubiera pelusa o cualquier otro desecho limpie la platina de la celda de flujo con un pa o humedecido en alcohol o una toallita sin pelusa humedecida en etanol o isopropanol Limpie con cuidado la superficie de la platina de la celda de flujo hasta que est totalmente limpia y seca Mientras sostiene la celda de flujo por los bordes del cartucho de la celda de flujo col quela en la platina Figura 39 Colocaci n de la celda de flujo en la platina Presione suavemente el cierre de l
69. funcionamiento de este producto o intentar determinarlos o bien iv transferir a un tercero o conceder una sublicencia en relaci n con cualquier software o cualquier software de terceros Adem s el comprador acepta que el contenido y los m todos de funcionamiento de este producto son propiedad de Illumina y que este producto contiene o incluye secretos de mercado de Illumina Las condiciones y restricciones que figuran en estos t rminos y condiciones se negocian como condiciones de venta y por tanto controlan la venta de este producto as como su uso por parte del comprador 5 Limitaci n de responsabilidades EN LA MEDIDA EN QUE LO PERMITA LA LEY EN NING N CASO SE CONSIDERAR RESPONSABLE A ILLUMINA NI A SUS PROVEEDORES EN RELACI N CON EL COMPRADOR O CUALQUIER TERCERO DE LOS COSTES DE GESTI N DE SUSTITUCI N DE PRODUCTOS O SERVICIOS DE LA P RDIDA DE BENEFICIOS DATOS U OPERACIONES COMERCIALES NI DE NING N DA O INDIRECTO ESPECIAL ACCIDENTAL EJEMPLAR CONSECUENTE O PUNITIVO DE NING N TIPO DERIVADO DE O RELACIONADO CON ENTRE OTROS LA VENTA DE ESTE PRODUCTO SU USO EL CUMPLIMIENTO DE ILLUMINA DE LA PRESENTE NI DE CUALQUIERA DE ESTOS T RMINOS Y CONDICIONES YA SE DERIVEN O PROCEDAN DE CUALQUIER PRINCIPIO DE RESPONSABILIDAD BIEN POR CONTRATO DELITO INCLUIDA LA NEGLIGENCIA RESPONSABILIDAD ESTRICTA O CUALQUIER OTRO TIPO DE RESPONSABILIDAD 6 LA RESPONSABILIDAD TOTAL Y ACUMULATIVA DE ILLUMINA CON RESPECTO AL COMPRADOR O CUALQUI
70. gional o con el servicio de asistencia t cnica de Illumina para acordar un servicio de mantenimiento preventivo facturable Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx O Procedimientos de mantenimiento Realizaci n de un lavado posterior al experimento Lleve a cabo siempre un lavado del instrumento despu s de terminar un experimento de secuenciaci n Siga las indicaciones del software para cargar los componentes del lavado y realizar dicho lavado El lavado posterior al experimento dura aproximadamente 30 minutos J NOTA El lavado posterior al experimento contiene hipoclorito de sodio No utilice hipoclorito de sodio para un lavado de mantenimiento o lavado en modo en espera El software no continuar con los pasos de configuraci n para el siguiente experimento si no se ha realizado un lavado r NOTA Deje la celda de flujo usada en el instrumento Debe haber una celda de flujo cargada en el instrumento para llevar a cabo un lavado del instrumento Consumibles proporcionados por el usuario Tween 20 Sigma Aldrich n de cat logo P7949 Hipoclorito de sodio Agua sin nucleasas Procedimiento 58 1 Prepare una soluci n de lavado nueva con Tween 20 y agua sin nucleasas como se explica a continuaci n a A ada 5 ml de Tween 20 al 100 a 45 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 b A ada 25 ml de Tween 20 al 10 a 475 ml de agua sin nucleasas Estos vol mene
71. i n en la posici n ON Encendido Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 67 o u wn 1 sul Jap opebedy 68 N de referencia 15050524 Rev C ESP Soluci n de problemas Mtro du oilit geet aa eaa aaa aaa aa ea pidada Gaa 70 Resoluci n de errores de configuraci n de experimentos 22 222000 e cece ee eee ee 71 Resoluci n del fallo de lectura de RFID 2 2 2 2 cece eee c cece c ec ceeeeeeeeeeees 72 Prevenci n de reinicios durante un experimento 2 22 2 o eee eee ec cece cece cccccccceeeeeeeees 74 Soluci n de problemas de errores de velocidad de flujo 2 cece eee ec eeecceeeeeeceeees 75 Realizaci n de una prueba de volumen 2 0 0 2 cece eee eee cece cece cece cece ee eeceeeeeeeeees 76 Medici n de los vol menes de lavado esperados 2 200 c cece c cee ceeeeeees 78 Ree e 1 ff yf c gt os mi A PRAT TS Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 6 9 Goinyde a Soluci n de problemas Introducci n 70 Esta secci n describe los pasos de soluci n de problemas habituales que puede tomar antes de ponerse en contacto con el servicio de asistencia t cnica de Illumina Para la mayor a de los errores aparecer un mensaje en pantalla con las instrucciones para corregir el error Para cuestiones t cnicas visite las p ginas de asistencia de MiSeq FGx del sitio web de Illumina para acceder a las preguntas frecuentes o inicie sesi n en su cuenta de
72. icadores del sensor en la base de cada pantalla de la interfaz y cada uno representa el estado de un componente del instrumento Figura 5 Indicadores del sensor De izquierda a derecha los indicadores del sensor representan los siguientes componentes Puerta del compartimento de la celda de flujo en las posiciones abierta o cerrada Temperatura del refrigerador de reactivos en C Temperatura de la celda de flujo en C Estado de la conexi n del servidor N de referencia 15050524 Rev C ESP Iconos de estado En la esquina superior derecha de la pantalla Welcome Bienvenida ver un icono de estado que le notificar de los cambios de las condiciones durante la configuraci n del experimento o durante el experimento Icono de Nombre de estado Descripci n estado Estado OK Sin cambios El sistema est normal Atenci n Informaci n importante Se recomienda realizar una acci n Advertencia Las advertencias no detienen un experimento Sin embargo algunas podr an requerir una acci n antes de continuar Error Los errores suelen detener un experimento y normalmente requieren una acci n antes de continuar con el experimento Cuando se produce un cambio de estado el icono cambia a la imagen asociada y parpadea para llamar la atenci n Si esto ocurre seleccione el icono correspondiente para abrir la ventana de estado que contiene una descripci n general de la condici n Seleccione cualquier elemento de la lista para ver un
73. icono de ayuda de la esquina superior derecha de la pantalla El archivo de ayuda contiene un v deo que ilustra los pasos de carga de la celda de flujo Pantalla Load Reagents Cargar reactivos La pantalla Load Reagents Cargar reactivos consiste en dos pasos En primer lugar cargue la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos vac a y a continuaci n cargue el cartucho de reactivo Tras cargar la botella de Soluci n SBS PR2 y el cartucho de reactivo el software lee y registra la RFID Aparecer una confirmaci n de que la RFID se ha le do correctamente en la esquina inferior derecha de la pantalla Y NOTA Utilice los componentes del kit de secuenciaci n de reactivos adecuados para el tipo de experimento que realiza Los experimentos de gen mica forense solo funcionan con kits de secuenciaci n de ForenSeq y los experimentos de uso exclusivo en investigaci n solo funcionan con kits de reactivos de uso exclusivo en investigaci n Figura 22 Carga de la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos ae wD Please load the PR2 and waste botije and wait for the RFID to be rosa 9JEMIJOS JO1JUOD XD basi Si no es posible leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de RFID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 por cada experimento forense Para obtener m
74. idades de grupos normalizadas Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 31 SJEMILOS O1JUOD XD basi Software de MiSeg FGx Carpetas del experimento Cada experimento de MiSeq FGx genera tres carpetas de experimento cada una con una finalidad concreta DaAllluminaMiSeqFGxTemp Cuando el experimento comienza se crea una carpeta temporal en la unidad local del ordenador del instrumento y se utiliza como un rea de trabajo para MiSeq FGx Control Software y RTA No es necesario acceder a la carpeta temporal El contenido de esta carpeta se elimina tras siete d as DAllluminaMMiSeqFGxOutput RTA copia archivos de la carpeta temporal a la carpeta de resultados A medida que se generan los archivos de llamadas de bases y de puntuaci n de calidad de llamada de bases RTA vuelve a copiar los archivos en la carpeta temporal y llena la carpeta de an lisis Las im genes de enfoque y en miniatura no se copian en la carpeta de an lisis Se puede cambiar la ubicaci n de la carpeta de resultados en el campo Output Folder Carpeta de resultados de la pantalla Run Options Opciones de experimento Para obtener m s informaci n consulte Pantalla Run Options Opciones de experimento en la p gina 16 DaAllluminaMiSeqFGxAnalysis Cuando haya finalizado el an lisis de RTA ForenSeq Universal Analysis Software acceder a la carpeta de an lisis de la unidad local del instrumento para iniciar el an lisis posterior Todos los archivos guardados en
75. iliza tres colores para indicar el estado del instrumento El azul indica que el instrumento est en funcionamiento el naranja indica que el instrumento requiere atenci n y el verde indica que el instrumento est listo para empezar el siguiente experimento D Monitor de pantalla t ctil Permite la configuraci n integrada en el instrumento y la configuraci n del experimento utilizando la interfaz del software E Puerto USB externo Facilita la transferencia de los archivos y los datos al ordenador del instrumento desde el monitor de pantalla t ctil F Compartimento de reactivos Mantiene los reactivos a las temperaturas adecuadas las soluciones de lavado y la botella de residuos La puerta del compartimento de reactivos se asegura mediante un cierre magn tico La interfaz de MiSeq FGx gu a a los usuarios a trav s de los pasos de configuraci n del experimento mediante el monitor de pantalla t ctil Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 3 Primeros pasos Compartimento de la celda de flujo Platina de la celda de flujo Puerta del compartimento de la celda de flujo Cierre de la celda de flujo Celda de flujo Bot n de apertura del cierre de la celda de flujo muouw gt El compartimento de la celda de flujo contiene la platina la estaci n t rmica y las conexiones de flu dica de la celda de flujo La platina de la celda de flujo sostiene la celda de flujo y el cierre de la celda de flujo la fija y la posiciona
76. illumina Guia de referencia del instrumento MiSeq FGx AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTOTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATIGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACO GATRACAGTAACACACT ICTGTIRACCT AAGATTACTIGITGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAA TGAGAG TAAATATIAACGTACCATIAAGAGCTACCGICTICTGLIAACCTIAAGAT TACT IGATCCACIGATICAACGTACCGT SACTGATTCAACGTACCAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTAC AGCTACCGICTI CTIAAGA SAAAAGAATGATAACAGTAACACAGTICTG TAACCTIAAGATIACTIGATCCACTGAT ICAACGTACCGTARAGATIACT GATCCACTGAT TGAACG TACCGTAACGAACGTATCARI TTGAGACTAAATATTAACGTACCATIAAGAGCTACO GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATIGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICIGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACC TTGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACTIAACCTIAAGATTACTIGAICCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA GACTAAATAT TAACGTACCAT Hee ese CTACAAC A IS TOA AAC AAA ALAM ARS GTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACA GATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGIATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACOGTCTICIGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG SO CANTANGAGCTACCGTECARCTIAACCHRAGATTACTTIGATCCACT ATIC AACCTACCCTARCCARCCTATCAATTIGA
77. imento se configur incorrectamente si la calidad de los datos es deficiente o si se produce un error en el hardware Para detener un experimento en la pantalla Sequencing Secuenciaci n seleccione Stop Detener Cuando se detiene un experimento el comando actual no se realiza y la platina de la celda de flujo se mueve hacia delante El an lisis de RTA contin a en el ltimo ciclo finalizado Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 3 3 BICMOS JO1JUOD XD Y basi Software de MiSeg FGx Figura 27 Detenci n de un experimento Confirm Stopping a run is final You can not resume the run Are you sure you want to stop the run DED La detenci n de un experimento es definitiva No es posible reanudar un experimento tras detenerlo La nica opci n disponible es realizar un lavado del instrumento Si detiene un experimento no podr utilizar los reactivos restantes del cartucho de reactivo para un experimento posterior Un experimento nuevo requiere un cartucho de reactivo nuevo Live Help 34 MiSeq FGx debe estar conectado a una red con acceso a Internet para que se active la opci n Live Help La funci n Live Help es una herramienta de asistencia en l nea que permite a un representante del servicio de asistencia t cnica de Illumina visualizar su pantalla de MiSeq FGx con su permiso y compartir el control del instrumento Usted tendr el control principal y podr cerrar la sesi n de uso compartido de la p
78. ina 72 Seleccione el icono de ayuda de la esquina superior derecha de la pantalla El archivo de ayuda contiene un v deo que indica los pasos para la carga del cartucho de reactivo y para la carga de la botella de Soluci n SBS PR2 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx P 3 Software de MiSeg FGx 24 Pantalla Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento El software realiza autom ticamente una comprobaci n previa al experimento de las condiciones y los componentes necesarios del experimento antes de comenzar Si se produce alg n error durante esta comprobaci n aparecer un mensaje en la pantalla en el que se describir el error y qu medida hay que adoptar para corregirlo Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n de errores de configuraci n de experimentos en la p gina 71 Figura 19 Pantalla Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento Checking flow Network Connection Active Sample Validated Y Flow Cell Cartridge Loaded Y Waste Bottle Loaded Y PR2 Bottle Loaded Y Y Free Disk Space 86 Reagent Cartridge Loaded Flow Cell Door Closed Chiller Door Closed Flow Rate Measured Primary Analysis Ready The system is waiting 1 hour for primary analysis to complete for the previous run Start Run gZ y 00000 Cuando la comprobaci n previa al experimento se realice correctamente el bot n Start Run Iniciar experimento se activar Pantalla Sequencing Secuencia
79. indique baje lentamente el mango del dispensador hacia el agua lo suficiente como para permitir que la tensi n superficial elimine la gota c Cuando se le indique levante lentamente el mango del dispensador y compruebe que no haya una gota grande de agua en el dispensador de la botella de lavado d Cuando se le indique baje lentamente el mango del dispensador hasta el punto m ximo asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos Figura 49 Eliminaci n de la gota del dispensador Please lift the PR2 sipper Remove any large droplets on the tip by dipping the sipper slightly back into water Surface tension should pull the droplet off Insert PR2 and waste bottle Insert Wash Tray Y Insert MiSeq Flow Cell Conduct Volume Test x Stop Test P P areia EZ E USLUNJOA ap eganid eun ap uglIoezijeey 8 Seleccione Next Siguiente Se iniciar la prueba de volumen Cuando la prueba de volumen haya finalizado los resultados aparecer n en la pantalla Figura 50 Resultados de la prueba de volumen System Check is complete Results are displayed below Conduct Volume Test Pass Si no se supera la prueba realice un lavado de mantenimiento Consulte Procedimiento en la p gina 61 9 Cuando haya finalizado el lavado de mantenimiento repita la prueba de volumen Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx T1 Medici n de los vol menes de lavado esperados La me
80. interruptor de alimentaci n Lo a Ponga el interruptor de alimentaci n en la posici n ON Encendido El ordenador integrado del instrumento se iniciar Inicie sesi n en el sistema operativo Espere hasta que el sistema operativo se haya cargado completamente MiSeq FGx Control Software se inicia e inicializa el instrumento autom ticamente Una vez finalizado el paso de inicializaci n inicie sesi n con su nombre de usuario y contrase a de ForenSeq Universal Analysis Software Figura 2 Pantalla de inicio de sesi n Enter your ForenSeq UAS username and password Password Next 00000 Haga clic en Next Siguiente Se abre la pantalla Welcome Bienvenida Consulte Pantalla Welcome Bienvenida en la p gina 11 N de referencia 15050524 Rev C ESP Consumibles requeridos Consumibles de secuenciaci n Los consumibles de secuenciaci n necesarios para ejecutar MiSeq FGx se proporcionan por separado Consumibles proporcionados por el usuario Antes de iniciar un experimento aseg rese de que est n disponibles los siguientes consumibles proporcionados por el usuario Consumible Pa os humedecidos en alcohol isopropilo al 70 o etanol al 70 Guantes desechables sin polvos Toallita de laboratorio sin pelusa Papel para lentes 4 x 6 pulg Tubos de microcentrifugado Hipoclorito de sodio Tween 20 Pinzas de pl stico de punta cuadrada opcionales Agua sin nucleasas o equivalente
81. is de datos Para experimentos de uso exclusivo en investigaci n BaseSpace y MiSeq Reporter est n disponibles para realizar an lisis adicionales Consulte Opciones del software de an lisis para experimentos de uso exclusivo en investigaci n en la p gina 36 N de referencia 15050524 Rev C ESP MiSeq FGx Control Software Durante el experimento MiSeq FGx Control Software activa la platina de la celda de flujo dispensa reactivos controla la temperatura de la celda de flujo y captura im genes de grupos de la celda de flujo El software de control lleva a cabo el experimento en funci n de los par metros especificados en ForenSeq Universal Analysis Software Pantalla Welcome Bienvenida La interfaz de MiSeq FGx Control Software se abre en la pantalla Welcome Bienvenida cuando se inicia el software Figura 3 Pantalla Welcome Bienvenida Welcome to Illumina MiSeq FGx SEQUENCE Sequence Secuenciar Esta opci n abre una serie de pantallas de configuraci n del experimento que gu an a los usuarios a trav s de los pasos de la configuraci n del experimento Consulte Pantallas de configuraci n del experimento en la p gina 21 Perform Wash Realizar lavado Proporciona opciones para iniciar los siguientes tipos de lavados del instrumento Un lavado de mantenimiento un lavado en modo en espera o un lavado posterior al experimento Consulte Pantalla Perform Wash Realizar lavado en la p gina 13 Manage Files Administra
82. ivo de ayuda contiene un v deo que ilustra los pasos de carga de la celda de flujo Pantalla Load Reagents Cargar reactivos La pantalla Load Reagents Cargar reactivos consiste en dos pasos En primer lugar cargue la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos vac a y a continuaci n cargue el cartucho de reactivo Tras cargar la botella de Soluci n SBS PR2 y el cartucho de reactivo el software lee y registra la RFID Aparecer una confirmaci n de que la RFID se ha le do correctamente en la esquina inferior derecha de la pantalla YY NOTA Utilice los componentes del kit de secuenciaci n de reactivos adecuados para el tipo de experimento que realiza Los experimentos de gen mica forense solo funcionan con kits de secuenciaci n de ForenSeq y los experimentos de uso exclusivo en investigaci n solo funcionan con kits de reactivos de uso exclusivo en investigaci n Figura 17 Carga de la botella de Soluci n SBS PR2 y la botella de residuos 9JEMIJOS JO1JUOD XD basi Please load the PR2 and waste bettie and wait for the RFID to be read Si no es posible leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de RFID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 por cada experimento forense Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID en la p g
83. ivo de un solo uso durante el experimento Durante el lavado del instrumento sujeta la bandeja de lavado El software baja autom ticamente los dispensadores al interior del dep sito del cartucho de reactivo en el momento adecuado del experimento en funci n del proceso que se est realizando A la derecha del refrigerador de reactivos hay dos ranuras que se adaptan a la forma de las botellas de Soluci n SBS PR2 y de residuos El mango del dispensador bloquea las botellas en su sitio y baja el dispensador adecuado al interior de cada botella Los reactivos se bombear n por los dispensadores los conductos de flu dica y a continuaci n la celda de flujo El residuo de reactivo se enviar a la botella de residuos durante el proceso Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 5 sajuauoduo Primeros pasos Inicio del sistema MiSeg FGx i 5 NOTA Ilumina recomienda dejar siempre encendido el instrumento Sin embargo si es preciso apagar el instrumento siga el procedimiento de apagado descrito en Apagado del instrumento en la p gina 67 Espere como m nimo 60 segundos antes de volver a poner el interruptor de alimentaci n en la posici n ON Encendido Si MiSeq FGx todav a no est encendido inspeccione el lateral derecho del instrumento para localizar el interruptor de alimentaci n del panel trasero Est situado en la esquina inferior directamente encima del cable de alimentaci n Figura 1 Ubicaci n del
84. la carpeta de an lisis se copian en la carpeta de resultados Para obtener m s informaci n consulte Gu a de ForenSeq Universal Analysis Software n de referencia 15053876 Asignaci n de nombres a la carpeta ra z El nombre de la carpeta ra z del experimento identifica la fecha del experimento el n mero del instrumento y la celda de flujo utilizada para el experimento Las carpetas de experimento tienen el mismo nombre de carpeta ra z en todos los experimentos De forma predeterminada el nombre de la carpeta utiliza este formato AAMMDD_ lt n mero_instrumento gt _ lt n mero_experimento gt _A lt c digo_barras_c lula_ flujo gt El n mero del experimento aumenta en incrementos de uno cada vez que se realiza un experimento en un instrumento determinado Duraci n del experimento 32 La duraci n del experimento depende del n mero de ciclos que se lleven a cabo MiSeq FGx puede realizar un experimento de secuenciaci n indexada de 8 ciclos para el ndice 1 y 8 ciclos para el ndice 2 de 351 31 ciclos para kits de ForenSeq N mero de ciclos de una lectura El n mero de ciclos realizados en una lectura es un ciclo m s que el n mero de ciclos analizados El ciclo adicional es necesario para los c lculos de hebra retrasada y hebra adelantada Por ejemplo un experimento de 350 30 ciclos de paired end realiza una lectura de 351 ciclos y una lectura de 31 ciclos para un total de 382 ciclos Al final del experime
85. la de Soluci n SBS PR2 despu s de cada experimento No reutilice la Soluci n SBS PR2 restante Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 5 9 ojuawlledxa e J0O11950d OpeAR un ap UgIOeZIeay Procedimientos de mantenimiento 60 10 Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada Vuelva a colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos Y ADVERTENCIA Este grupo de reactivos contiene formamida una amida alif tica que es una toxina que puede alterar la capacidad reproductora Fvite su inhalaci n o ingesti n o el contacto con la piel o los ojos pues podr an producirse lesiones Deseche los contenedores y los contenidos no utilizados de acuerdo con las normativas de seguridad oficiales de su zona Para obtener m s informaci n consulte la hoja de datos de seguridad SDS de este kit en support illumina com sds html 11 Baje despacio el mango del dispensador asegur ndose de que los dispensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos 12 Cierre la puerta del compartimento de reactivos 13 Seleccione Next Siguiente Comenzar el lavado posterior al experimento Cuando haya terminado el lavado deje la celda de flujo utilizada la bandeja de lavado y la botella de lavado que contiene la soluci n de lavado restante sobre el instrumento Queda una peque a cantidad de soluci n de lavado en el tubo MiSeq en la posici n 17 NOTA Los dispensadores perm
86. ldas de flujo 1 2 Utilice un nuevo par de guantes sin polvo Utilice unas pinzas de pl stico para agarrar la celda de flujo por la base del cartucho de pl stico y s quela del contenedor de celdas de flujo Figura 34 Retirada de la celda de flujo Enjuague ligeramente la celda de flujo con agua sin nucleasas y aseg rese de que tanto el cartucho de pl stico como el cristal se enjuagan bien para eliminar el exceso de sales El exceso de sales puede afectar a la colocaci n de la celda de flujo en el instrumento Si las sales se secan en el rea de adquisici n de im genes esta tambi n se ver afectada Figura 35 Enjuague de la celda de flujo Seque bien la celda de flujo y el cartucho con una toallita limpialentes sin pelusa y tenga especial cuidado alrededor de la junta del puerto de la celda de flujo negra marcada en naranja en la ilustraci n siguiente Seque con suaves golpecitos la zona de las juntas y el cristal adyacente Figura 36 Puertos de celdas de flujo y juntas illumina Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 47 ofni ap ep ao9 ej ep ezalduur7 Realizaci n de un experimento 48 Con un pano humedecido en alcohol limpie el cristal de la celda de flujo Asegurese de que en el cristal no haya pelusas ni fibras de tejido huellas u otras marcas Evite usar el pano humedecido en alcohol en las juntas del puerto de la celda de flujo Figura 37 Secado de la celda de flujo Seque el
87. lo que ocurra primero Garant a b sica del hardware El t rmino componentes actualizados hace referencia a los componentes las modificaciones o las mejoras de Illumina en el hardware que el comprador haya adquirido previamente Illumina garantiza que los componentes actualizados cumplir n sus especificaciones durante un per odo de 90 d as a partir de la fecha de instalaci n de dichos componentes actualizados Los componentes actualizados no ampl an el per odo de garant a del hardware a menos que la actualizaci n la haya llevado a cabo Illumina en las instalaciones de Illumina en cuyo caso el hardware actualizado enviado al comprador incorporar una garant a b sica del hardware Exclusiones de la cobertura de la garant a Las anteriores garant as no se aplican en la medida en que un incumplimiento se deba a i un abuso uso indebido abandono negligencia accidente almacenamiento inadecuado o un uso contrario a las disposiciones de la documentaci n o las especificaciones ii una manipulaci n instalaci n mantenimiento o reparaci n indebidas que no sean realizadas por el personal de Illumina iii alteraciones no autorizadas iv sucesos de fuerza mayor o bien v su uso con un producto de terceros no suministrado por Tllumina a menos que la documentaci n o las especificaciones del producto dispongan de manera expresa que dicho producto de tercero es para su uso con el producto Procedimiento para la cobertura de la gar
88. mento 2 2 eee cece eee eee eec eee 46 Limpieza de la celda de flujo 222 e eee e cece ee eeeceecececucccccccceceeeceeeeeeees 47 Carga de la Geld a Ge TU eto bonsai oscila secu 49 Sargade reactivos arg cite tte re ae etd er aaa Seen ee ae dd 51 Inicio del experimento nn 53 Supervision del experimento 2 2 2 e cece ceceeccccecccsessssseseeee 54 J oe f A 0 aft sf TR gt m aarc Dar Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 3 9 g ojmydeo Introducci n Para realizar un experimento en MiSeq FGx siga los pasos de configuraci n descritos en este cap tulo Una vez iniciado el experimento el usuario no tendr que intervenir m s Cuando haya finalizado el experimento de secuenciaci n no olvide realizar un lavado del instrumento Realizaci n de un experimento A O N de referencia 15050524 Rev C ESP Flujo de trabajo de MiSeq FGx Aseg rese de que las bibliotecas de muestras ya se encuentran cargadas en el cartucho de reactivos antes de configurar el experimento Se deben seguir estos pasos con todos los protocolos de ensayos Prepare el cartucho de reactivos y a continuaci n cargue la biblioteca agrupada en el dep sito designado En la interfaz de software seleccione Sequence Secuenciar para iniciar los pasos de configuraci n del experimento Opcional Con ctese a BaseSpace si va a realizar un experimento de uso exclusivo en investigaci n Lave y seque bi
89. mento El sistema MiSeq FGx est dise ado para realizar un experimento de principio a fin sin necesidad de que intervenga el usuario No obstante se puede poner en pausa o detener un experimento en la pantalla Sequencing Secuenciaci n Pausa de un experimento Se puede poner en pausa un experimento durante la secuenciaci n si es necesario por ejemplo para vaciar la botella de residuos o comprobar el volumen restante en la botella de Soluci n SBS PR2 y despu s reiniciarlo para continuar con la secuenciaci n E PRECAUCI N y No ponga en pausa un experimento durante la generaci n de grupos o en los primeros ocho ciclos de la secuenciaci n No es posible reanudar un experimento puesto en pausa en ese momento Si utiliza MiSeq FGx en modo de uso exclusivo en investigaci n consulte M tricas de experimento en la p gina 54 para obtener informaci n sobre los ciclos de los kits de cartuchos de reactivos Para poner en pausa un experimento desde la pantalla Sequencing Secuenciaci n seleccione Pause Pausar El comando actual ha finalizado tras lo cual se pone en pausa el experimento la celda de flujo se pone en un estado seguro y el bot n cambia a Resume Reanudar En este momento puede vaciar la botella de residuos por ejemplo Seleccione Resume Reanudar para continuar con el experimento Detenci n de un experimento En caso necesario se puede detener un experimento durante la secuenciaci n por ejemplo si el exper
90. mple Sheet Folder D lllumina MiSeq FGx Control Software SampleSheets Manifest Folder D ltumina MiSeq FGx Control Software lManifests Output Folder D lilumina MiSeqFGxOutput 44 Cancel Ficha Run Settings Configuraci n de experimento Post Run Wash Option Opci n de lavado posterior al experimento Se debe realizar un lavado del instrumento despu s de cada experimento El software no continuar con los pasos de configuraci n para el siguiente experimento si no se ha realizado un lavado Este ajuste de configuraci n determina qu tipo de lavado se realizar de forma predeterminada despu s de configurar aqu un experimento Un lavado posterior al experimento tarda unos 30 minutos y un lavado de mantenimiento tarda aproximadamente 1 hora 1 6 N de referencia 15050524 Rev C ESP Ficha Folder Settings Configuraci n de carpeta MiSeq FGx requiere disponer de acceso a varios tipos de archivos almacenados en carpetas situadas en una red local o en el ordenador del instrumento Las opciones de la ficha Folder Settings Configuraci n de carpeta le indican a MiSeq FGx d nde se encuentran situadas esas carpetas Figura 9 Ficha Folder Settings Configuraci n de carpeta Please make any needed changes to the Run Options Run Settings Folder Settings Email Notifications Recipe Folder C lilumina MiSeq Control Software Recipe Sample Sheet Folder D llumina MiSeq FGx Control Software SampleSheets Manifest Folder D llumina
91. n an lisis en ForenSeq Universal Analysis Software Al realizar un experimento de uso exclusivo en investigaci n en MiSeq FGx los datos de secuenciaci n se pueden analizar en la nube con BaseSpace o en el ordenador del instrumento con MiSeq Reporter BaseSpace y MiSeq Reporter suministran informaci n sobre la alineaci n las variantes y los conjuntos de c ntigos para cada genoma solicitado y para cada muestra de un experimento de varias muestras Descripci n general de BaseSpace BaseSpace es el entorno inform tico basado en la nube de Illumina Si utiliza BaseSpace para almacenar y analizar los datos de los experimentos disfrutar de estas ventajas Elimina la necesidad del almacenamiento y el c lculo in situ Permite la gesti n y el an lisis de los datos basados en la Web Permite iniciar un nuevo experimento de secuenciaci n mientras que los datos se est n analizando Proporciona herramientas para la colaboraci n y el uso compartido globales Software de MiSeg FGx Cuando se inicia el experimento de secuenciaci n los archivos de datos se cifran durante el tr nsito se descifran durante el an lisis y se vuelven a cifrar cuando se almacenan Puede iniciar sesi n en BaseSpace al configurar el experimento de secuenciaci n Para obtener m s informaci n consulte Pantalla BaseSpace Option Opci n BaseSpace en la p gina 26 BaseSpace se desconectar autom ticamente de MiSeq FGx al final del experimento o en cuanto los a
92. ntenimiento Despu s del lavado Cuando haya terminado el lavado deje la celda de flujo utilizada la bandeja de lavado y la botella de lavado que contiene la soluci n de lavado restante sobre el instrumento x NOTA f Los dispensadores permanecen en la posici n bajada lo cual es normal Deje la soluci n de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema 6 6 N de referencia 15050524 Rev C ESP Apagado del instrumento Se recomienda dejar siempre encendido el instrumento Sin embargo si es preciso apagar el instrumento utilice el procedimiento siguiente para apagar Windows y preparar los conductos de flu dica 1 Realice un lavado de mantenimiento Para obtener m s informaci n consulte Procedimiento en la p gina 61 2 Quite la botella de residuos y deseche el contenido de manera adecuada Vuelva a colocar la botella de residuos en el compartimento de reactivos Cierre la puerta del compartimento de reactivos 4 En la pantalla Manage Instrument Administrar instrumento seleccione Shut Down Apagar Este comando apaga el software Figura 45 Pantalla Manage Instrument Administrar instrumento Please select an activity 5 Mueva el interruptor de alimentaci n a la posici n OFF Apagado E y NOTA y Cada vez que se apague el instrumento espere como m nimo 60 segundos antes de volver a poner el interruptor de alimentac
93. nto 14 Si MiSeq FGx se reinicia en mitad de un experimento puede ser porque el software Windows Update en la red se haya configurado para instalar automaticamente actualizaciones de software Este ajuste debe haberse desactivado durante la instalacion P ngase en contacto con el departamento de TI local si desea obtener ayuda para inhabilitar las actualizaciones automaticas del sistema operativo Windows que se ejecuta en segundo plano en MiSeq FGx 2 NOTA f Un reinicio finaliza el experimento y no se puede recuperar El experimento debe volver a empezar desde el principio N de referencia 15050524 Rev C ESP Soluci n de problemas de errores de velocidad de flujo La velocidad de flujo es la velocidad a la que los fluidos pasan por el sistema de flu dica ul min Se mide antes de cada experimento durante la comprobaci n previa Si el sistema no puede medir la velocidad de flujo tendr que bombear un volumen determinado de reactivo Soluci n SBS PR2 por el sistema antes de volver a comprobar la velocidad de flujo 1 Utilice la lista desplegable o el teclado en pantalla para introducir la informaci n siguiente Solution Soluci n PR2 Volume Volumen 250 ul Aspiration Rate Velocidad de aspiraci n 2500 ul min Dispense Rate Velocidad de dispensaci n 2500 ul min 2 Seleccione Pump Bombear Figura 47 Medici n de la velocidad de flujo A a T Unable to Measure Flow Rate Please check the fiuidics an
94. nto se habr n analizado 380 ciclos N de referencia 15050524 Rev C ESP Para obtener informaci n sobre el n mero de ciclos que se pueden realizar con un kit consulte la Gu a de referencia de MiSeg FGx Reagent Kit n de referencia 15055483 Si se realiza un experimento de uso exclusivo en investigaci n consulte la gu a de preparaci n de reactivos de MiSeq Reagent Kit correspondiente para uso exclusivo en investigaci n Espacio necesario en disco El ordenador integrado del instrumento ofrece una capacidad de almacenamiento aproximada de 550 GB Antes de iniciar un experimento el software comprueba el espacio disponible en el disco Si no hay suficiente espacio libre en el disco para el experimento aparecer un mensaje del software Dicho mensaje informar de cu nto espacio en disco es necesario para el experimento y cu nto espacio en disco es preciso liberar para poder continuar el experimento Si se le indica que libere espacio en disco vaya a la pantalla Welcome Bienvenida y seleccione Manage Files Administrar archivos En la pantalla Manage Files Administrar archivos seleccione la ficha Runs Experimentos Mueva o elimine las carpetas de experimentos anteriores como proceda Para obtener m s informaci n consulte Pantalla Manage Files Administrar archivos en la p gina 14 Despu s de liberar el espacio en disco necesario seleccione Restart Check Reiniciar comprobaci n Pausa o detenci n de un experi
95. o El software realiza autom ticamente una comprobaci n previa al experimento de las condiciones y los componentes necesarios del experimento antes de comenzar Si se produce alg n error durante esta comprobaci n aparecer un mensaje en la pantalla en el que se describir el error y qu medida hay que adoptar para corregirlo Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n de errores de configuraci n de experimentos en la p gina 71 Figura 25 Pantalla Pre Run Check Comprobaci n previa al experimento Checking flow Network Connection Active Sample Validated Y Flow Cell Cartridge Loaded Y Waste Bottle Loaded Y PR2Bottle Loaded Y Y Free Disk Space 86 Reagent Cartridge Loaded Flow Cell Door Closed Chiller Door Closed Flow Rate Measured Primary Analysis Ready The system is waiting 1 hour for primary analysis to complete for the previous run Start Run 00000 Cuando la comprobaci n previa al experimento se realice correctamente el bot n Start Run Iniciar experimento se activar Pantalla Sequencing Secuenciaci n para uso exclusivo en investigaci n 1 Durante el experimento de uso exclusivo en investigaci n supervise el progreso las intensidades y las puntuaciones de calidad en la pantalla Sequencing Secuenciaci n La pantalla Sequencing Secuenciaci n solo puede visualizarse Para supervisar el experimento con m s detalles utilice el visor del an lisis de secuenciaci n SAV
96. o de un distribuidor autorizado de Illumina Software hace referencia al software de marca Illumina por ejemplo el software que opera el hardware o el software de an lisis de datos Todo el software se concede mediante licencia y no se vende al tiempo que puede estar sujeto a t rminos adicionales que figuren en el acuerdo de licencia del usuario final del software Especificaciones incluye las especificaciones escritas de Illumina con respecto a este producto vigentes en la fecha de env o del producto por parte de Illumina 2 Derechos para uso exclusivo en investigaci n De conformidad con estos t rminos y condiciones y a menos que se acuerde lo contrario por escrito con un directivo de Illumina al comprador solo se le concede un derecho no exclusivo no transferible personal y sin posibilidad de sublicencia de acuerdo con la PI com n de Illumina en vigor en la fecha de env o de este producto por parte de Illumina con el nico fin de utilizar este producto en las instalaciones del comprador para los fines de investigaci n interna de este que incluye los servicios de investigaci n prestados a terceros y solo conforme a la documentaci n de este producto pero queda excluido de manera espec fica cualquier uso que a requiriera derechos o una licencia por parte de Illumina sobre una PI de aplicaciones espec ficas b constituya un nuevo uso de un consumible utilizado previamente c constituya el desmontaje la ingenier a inversa la
97. o de uso exclusivo en Cargar investigaci n Recipes F rmulas Delete Eliminar o Upload Para modo de uso exclusivo en Cargar investigaci n Bundle Logs Bundle Logs Empaquetar Solo para la soluci n de problemas del Empaquetar registros servicio de asistencia t cnica de Illumina registros Los archivos de f rmulas genomas y manifiestos de ForenSeq est n precargados para kits forenses y no deben modificarse Delete Eliminar Seleccione la casilla de verificaci n situada junto al archivo o la carpeta que se muestra y a continuaci n seleccione Delete Eliminar La funci n Delete Eliminar est disponible en todas las fichas Para eliminar archivos de experimentos es necesario disponer del nivel de acceso de usuario administrador Move Mover Solo est disponible para las carpetas de experimentos Seleccione la casilla de verificaci n situada junto al nombre de la carpeta seleccione Move Mover y a continuaci n vaya a una ubicaci n adecuada Move Mover copia la carpeta del experimento en la nueva ubicaci n y a continuaci n elimina la carpeta de su ubicaci n anterior Select All Files Seleccionar todos los archivos Seleccione la casilla de verificaci n situada a la izquierda del bot n Delete Eliminar y a continuaci n escoja una acci n Delete Eliminar o Move Mover La acci n se aplicar a todos los archivos o carpetas Upload Files Cargar archivos Si MiSeq FGx no est conectado a una
98. oca el instrumento despu s de iniciar un experimento el resultado de la secuenciaci n se puede ver perjudicado Despu s de seleccionar Start Run Iniciar experimento no abra las puertas del compartimento de reactivos ni el compartimento de la celda de flujo Evite asimismo tocar el monitor del instrumento salvo si tiene que poner en pausa el experimento Para obtener m s informaci n consulte Pausa de un experimento en la p gina 33 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 5 3 ojuauledxa ep O1DIU Supervisi n del experimento 1 Durante el experimento supervise el progreso las intensidades y las puntuaciones de calidad en la pantalla Sequencing Secuenciaci n La pantalla Sequencing Secuenciaci n solo puede visualizarse Para obtener m s informaci n consulte Pantalla Sequencing Secuenciaci n en la p gina 24 Para un experimento de uso exclusivo en investigaci n consulte Pantalla Sequencing Secuenciaci n para uso exclusivo en investigaci n en la p gina 29 Cuando el experimento haya finalizado aparecer el bot n Next Siguiente Revise los resultados en la pantalla Sequencing Secuenciaci n antes de continuar NOTA e La pantalla Sequencing Secuenciaci n permanecer visible hasta que seleccione Next Siguiente Tras seleccionar Next Siguiente no es posible volver a la pantalla Sequencing Secuenciaci n 3 Seleccione Next Siguiente para salir de la pantalla Sequencing Secuenciaci n y pro
99. os de terceros e indemnizaci n Illumina no tiene ninguna obligaci n de indemnizaci n en relaci n con ning n producto procedente de un tercero y que se suministre al comprador Los productos de terceros son aquellos que est n etiquetados o se comercializan con el nombre de un tercero Los derechos de indemnizaci n del comprador si los hubiera en relaci n con los productos de terceros ser n conforme a la indemnizaci n del propietario de la patente o del fabricante original Mediante una solicitud por escrito Illumina intentar transferir dicha indemnizaci n si la hubiera al comprador Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx V N de referencia 15050524 Rev C ESP Historial de revisiones N de Revisi n Fecha Descripci n del cambio referencia C Febrero Errores de formato corregidos de 2015 Enero de Solo disponible en ingl s 2015 Modificaci n del nombre del kit de reactivos de MiSeq ForenSeq Sequencing Kit a MiSeq FGx Reagent Kit A Octubre Solo disponible en ingl s de 2014 Publicaci n inicial 15050524_ESP 15050524 15050524 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx VI S9UOISIAS OP BI101SIH N de referencia 15050524 Rev C ESP Contenido Historial de revisiones _ 22 2 0 2c cece ccc cccceecceeccceccceeeeeeececeecceseceeeees vii TN ix Cap tulo 1 Primeros pasos 22 202 ooo ooo cece ccceeeececcccceeeeeeeeeeeeeeeeee 1 USO previsto 2000 ccc cece cece cece cece cece ccc
100. principal predeterminado para la finalizaci n del an lisis de RTA es una hora y aparece preparado una cuenta atr s en la pantalla Las opciones son esperar una hora o seleccionar la opci n Terminate Analysis Finalizar an lisis Los ciclos incompletos conllevan la detenci n de los an lisis de ForenSeq Universal Analysis Software X Sample Sheet Present Si no se le asigna a la hoja de muestras el ID del cartucho de reactivo como Hoja de muestras presente nombre para el experimento el instrumento no podr localizar autom ticamente la hoja de muestras correspondiente Vaya hasta la hoja de muestras del experimento sojuawiledxe 8p UOIOBINBIJUOD ap saJoJJa ap uolon osey Si se le asigna a la hoja de muestras como nombre el ID del cartucho de reactivo del experimento aseg rese de que la hoja de muestras se encuentre en la carpeta predeterminada de la hoja de muestras Compruebe la ubicaci n de la carpeta predeterminada en Run Options Opciones de experimento de la pantalla Welcome Bienvenida Aseg rese de que la extensi n del archivo de la hoja de muestras sea csv Si falta la hoja de muestras cree una y c piela en las ubicaciones de las hojas de muestras especificadas en Run Options Opciones de experimento Despu s de localizar la hoja de muestras seleccione Restart Check Reiniciar comprobaci n Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 71 Soluci n de problemas Resoluci n del fallo de lectura de RFID
101. puerta del refrigerador de reactivos despu s de cargar la bandeja de lavado y antes de iniciar un lavado De este modo se evitar n las posibles lesiones que se podr an producir si se tocan los dispensadores con las manos al bajarlos Pantalla Manage Files Administrar archivos Utilice la funci n Manage Files Administrar archivos para mover cargar o eliminar archivos en el ordenador del instrumento La pantalla se divide en seis fichas Runs Experimentos Sample Sheets Hojas de muestras Manifests Manifiestos Genomes Genomas Recipes F rmulas y Bundle Logs Empaquetar registros Figura 7 Pantalla Manage Files Administrar archivos Nanya na Mentes Directory D Ulumina MISeqf GxOutput a ana AS mene u 1 A N de referencia 15050524 Rev C ESP Opciones de Manage Files Administrar archivos Desde cualquier ficha de la pantalla Manage Files Administrar archivos seleccione Browse Examinar para navegar hasta cualquier archivo accesible para el instrumento Ficha Funciones Uso Runs Experimentos Delete Eliminar o Move Para modo de uso exclusivo en Mover investigaci n o en pruebas forenses Sample Sheets Hojas Delete Eliminar Upload Para modo de uso exclusivo en de muestras Cargar o Rename investigaci n Renombrar Manifests Delete Eliminar o Upload Para modo de uso exclusivo en Manifiestos Cargar investigaci n Genomes Genomas Delete Eliminar o Upload Para mod
102. r para enviar un mensaje de correo electr nico de prueba a los destinatarios de las notificaciones Notify via email when Notificar por correo electr nico cuando Seleccione la casilla de verificaci n de cada uno de los eventos del experimento que desee que active una notificaci n N de referencia 15050524 Rev C ESP Pantalla Manage Instrument Administrar instrumento La pantalla Manage Instrument Administrar instrumento contiene los controles para la configuraci n del sistema la soluci n de problemas la actualizaci n manual del software y el reinicio o apagado del software del instrumento Figura 11 Pantalla Manage Instrument Administrar instrumento Please select an activity SJEMILOS O1JUOD XD basi System Settings Configuraci n del sistema Permite cambiar la configuraci n de IP el nombre de la m quina o el dominio Consulte Pantalla System Settings Configuraci n del sistema en la p gina 20 System Check Comprobaci n del sistema Permite solucionar problemas con el fin de comprobar el estado operativo de los componentes del instrumento Consulte Pantalla System Check Comprobaci n del sistema en la p gina 20 gt Manual Update Actualizaci n manual Permite actualizar manualmente el software del ordenador del instrumento Consulte Pantalla Manual Update Actualizaci n manual en la p gina 21 Reboot Reiniciar Utilice el comando Reboot Reiniciar para reiniciar el software del si
103. r archivos Permite mover eliminar y cargar archivos en el ordenador del instrumento Consulte Pantalla Manage Files Administrar archivos en la p gina 14 gt Run Options Opciones de experimento Proporciona opciones para el lavado posterior al experimento el cambio de las ubicaciones predeterminadas de las carpetas de datos y la especificaci n de las preferencias de notificaciones por correo electr nico Consulte Pantalla Run Options Opciones de experimento en la p gina 16 Manage Instrument Administrar instrumento Proporciona opciones para ir a la configuraci n del sistema realizar una comprobaci n del sistema actualizar manualmente el software y reiniciar o apagar el instrumento Consulte Pantalla Manage Instrument Administrar instrumento en la p gina 19 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 1 1 BIEMIOS O1JUOD XD basi Software de MiSeg FGx 12 Indicadores de actividad Cada pantalla de la interfaz presenta una serie de iconos en la esquina inferior derecha Cada icono es un indicador de actividad que muestra qu actividad est realizando el instrumento Figura 4 Indicadores de actividad 00000 De izquierda a derecha los indicadores de actividad representan las siguientes actividades Movimiento de la platina Y Movimiento de la platina Z Activaci n de la funci n de los componentes electr nicos Uso de la c mara Bombeo por el sistema de flu dica Indicadores del sensor Existen cuatro ind
104. ransfiere a BaseSpace Introduzca la informaci n de su cuenta Mylllumina Figura 20 Pantalla BaseSpace Option Opci n BaseSpace Please select BaseSpace option Vi Use BaseSpace for storage and analysis all raw data from thus run will also be stored on Ihis instrument Enter your Mylllumina account Email Password 44 Back Pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo La pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo aparece en el momento de cargar la celda de flujo Una vez cargada la celda de flujo cierre el cierre de la celda de flujo y la puerta del compartimento de la celda de flujo El cierre y la puerta del compartimento deben estar cerrados antes de iniciar el experimento Figura 21 Pantalla Load Flow Cell Cargar celda de flujo Presse load the flow cell and wall for the RFID to be read Cuando la celda de flujo esta cargada el software lee y registra la RFID Aparecera una confirmacion de que la RFID se ha leido correctamente en la esquina inferior derecha de la pantalla Si no es posible leer la RFID se puede introducir manualmente la informaci n de identificaci n Sin embargo el software solo permite el fallo de uno de los tres componentes con etiqueta de RFID celda de flujo cartucho de reactivo o Soluci n SBS PR2 por cada experimento Para obtener m s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID en la p gina 72 N de referencia 15050524 Rev C ESP Seleccione el
105. rchivos del an lisis de RTA hayan terminado de cargarse Si se interrumpe la conexi n a Internet cuando se restablezca la conexi n los archivos de an lisis continuar n carg ndose desde el punto en el que se produjo la interrupci n En cuanto se cargue el ltimo archivo de llamadas de bases en BaseSpace se iniciar el an lisis adicional de los datos En BaseSpace se admiten los mismos flujos de trabajo de an lisis que en los an lisis integrados en el instrumento con MiSeq Reporter BaseSpace solo admite los mismos genomas que se suministran con MiSeq Reporter Puede conectarse a BaseSpace en basespace com Inicie sesi n con sus credenciales de Mylllumina Para obtener m s informaci n sobre el uso de BaseSpace consulte la ayuda en linea de BaseSpace en el sitio web de Illumina www illumina com help BaseSpaceHelp BaseSpaceHelp htm 3 6 N de referencia 15050524 Rev C ESP Descripci n general de MiSeq Reporter MiSeq Reporter es una aplicaci n de Windows Service que procesa llamadas de base generadas por an lisis iniciales MiSeq Reporter inicia los an lisis adicionales inmediatamente despu s de finalizar los an lisis de RTA del experimento de secuenciaci n MiSeq Reporter se ejecuta en el ordenador del instrumento MiSeq FGx Sin embargo la interfaz de software debe visualizarse utilizando un navegador web de otro ordenador conectado a la misma red que MiSeq Reporter Una vez finalizado el an lisis secundario se gua
106. rdar un archivo llamado CompletedJobInfo xml en la carpeta del experimento Para obtener m s informaci n consulte la Gu a del usuario de MiSeq Reporter n de referencia 15042295 Secuenciaci n durante el an lisis Si opta por utilizar MiSeq Reporter para un an lisis adicional de un experimento de uso exclusivo en investigaci n los recursos inform ticos del instrumento MiSeq FGx se han concebido para secuenciar o analizar Si se inicia un nuevo experimento de secuenciaci n en MiSeq FGx antes de que finalice el an lisis secundario de un experimento anterior aparece un cuadro de di logo de confirmaci n Tras confirmar el experimento de secuenciaci n se detiene el an lisis secundario Para reiniciar el an lisis utilice la funci n Requeue Reposicionar en la cola en la interfaz de MiSeq Reporter despu s de finalizar el nuevo experimento de secuenciaci n En ese punto el an lisis comenzar desde el principio Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 37 uoloebl JSOAUI US OAISN OX9 osn Sp sozu w dx esed SISIJeue BP DIEMIJOS jap sauoliodo 4 38 N de referencia 15050524 Rev C ESP Realizaci n de un experimento INMOGUCCION ont e e e dl La neos 40 Flujo de trabajo de MiSeq FGX oooocccccccccccccccccccccccccccnnonccccccnnnnncccnncnnnncncccncns 41 Preparaci n del cartucho de reactivo ooooccccccccccccccccccccoccccccccnnccccccccnnnncccccccnns 43 Inicio de sesi n y selecci n de tipo de experi
107. red utilice esta funci n para cargar archivos de hojas de muestras o archivos de manifiesto en el ordenador del instrumento desde una unidad USB Seleccione Upload Cargar y vaya hasta la ubicaci n de la unidad USB donde est alojada la hoja de muestras El archivo se cargar en la carpeta indicada en el campo Directory Directorio Rename Renombrar Seleccione la casilla de verificaci n junto al archivo de hoja de muestras y a continuaci n seleccione Rename Renombrar Utilice el teclado en pantalla para cambiar el nombre de la hoja de muestras Bundle Logs Empaquetar registros Combina y empaqueta en un archivo zip los grupos de archivos que utilizar el servicio de asistencia t cnica de Illumina para solucionar problemas Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 1 5 9JEMIJOS JOJJUOD XD basi Software de MiSeg FGx Pantalla Run Options Opciones de experimento La pantalla Run Options Opciones de experimento tiene tres fichas para especificar la configuraci n predeterminada de un experimento Run Settings Configuraci n de experimento Folder Settings Configuraci n de carpeta y Email Notifications Notificaciones por correo electr nico Figura 8 Ficha Run Settings Configuraci n de experimento en la pantalla Run Options Opciones de experimento Please make any needed changes to the Run Options Run Settings Folder Settings Email Notifications Recipe Folder C lllumina MiSeq Control Software Recipe Sa
108. roducto infringe los derechos de propiedad intelectual v lidos y ejecutables de un tercero y ii pagar todas las liquidaciones derivadas y todos los costes y juicios finales incluidos los honorarios razonables de los abogados que se le imputen al comprador en relaci n con dicha reclamaci n de infracci n Si este producto o alguna de sus partes pasa a ser o seg n la opini n de Illumina puede ser el objeto de una reclamaci n por infracci n Illumina tendr derecho seg n su propio criterio a A procurar al comprador el derecho a continuar utilizando este producto B modificar o sustituir este producto con una sustituci n no infractora sustancialmente equivalente o bien C solicitar la devoluci n de este producto y finalizar los derechos la licencia y cualquier otro permiso otorgado al comprador en relaci n con este producto as como a reembolsar al comprador el valor depreciado tal como se muestra en los registros oficiales del comprador del producto devuelto en el momento de dicha devoluci n siempre que no se otorgue ning n tipo de reembolso para consumibles utilizados o caducados Esta secci n establece la responsabilidad total de Illumina por cualquier infracci n de derechos de propiedad intelectual de terceros Exclusiones de obligaciones de indemnizaci n por parte de Illumina Illumina no tiene la obligaci n de defender indemnizar ni eximir al comprador frente a ninguna reclamaci n por infracci n de Illumina en la
109. rray BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAllx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect ForenSeq MiSeq FGx NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq el color naranja calabaza y el dise o de las bases de streaming son marcas comerciales de Illumina Inc o sus afiliados en EE UU u otros pa ses Todos los dem s nombres logotipos y marcas comerciales pertenecen a sus respectivos propietarios Leer antes de usar este producto Este producto y su uso y disposici n est n sujetos a los siguientes t rminos y condiciones Si el comprador no acepta estos t rminos y condiciones el comprador no contar con la autorizaci n de Illumina para utilizar este producto y no deber utilizar este producto 1 Definiciones PI de aplicaciones espec ficas hace referencia a los derechos de propiedad intelectual que controla o posee Illumina que pertenecen a este producto y al uso del mismo solo en relaci n con aplicaciones espec ficas o campos espec ficos La PI de aplicaciones espec ficas excluye la propiedad intelectual que controla o posee Illumina que cubre los aspectos o las caracter sticas de este producto o el uso del mismo que son comunes a este producto en todas las posibles aplicaciones y todos los posibles campos
110. s informaci n consulte Resoluci n del fallo de lectura de RFID en la p gina 72 Seleccione el icono de ayuda de la esquina superior derecha de la pantalla El archivo de ayuda contiene un v deo que indica los pasos para la carga del cartucho de reactivo y para la carga de la botella de Soluci n SBS PR2 Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 2 7 Software de MiSeg FGx 28 Cambio de la hoja de muestras Se requiere una hoja de muestras para un experimento de uso exclusivo en investigaci n El software busca de forma predeterminada un archivo de hoja de muestras cuyo nombre coincida con el n mero del c digo de barras del cartucho de reactivo cargado en el instrumento Si no se encuentra ninguna hoja de muestras se abrir una ventana para que pueda buscarla Seleccione el bot n Change Sample Sheet Cambiar la hoja de muestras en la pantalla Load Reagents Cargar reactivos y busque la hoja de muestras adecuada Pantalla Review Revisi n La pantalla Review Revisi n confirma que el software ha encontrado la hoja de muestras para el experimento e indica su nombre y los par metros que aparecen en la hoja de muestras Figura 24 Pantalla Review Revisi n Please review the run setup Run Name SampleSheet Workflow Type None Read 1 Index 1 Index2 Read2 301 8 8 31 User customer yourlab com Read Length N de referencia 15050524 Rev C ESP Pantalla Pre Run Check Comprobaci n previa al experiment
111. s proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 0 5 c Invierta varias veces para mezclar 2 Prepare una soluci n de lavado nueva de hipoclorito de sodio con agua sin nucleasas como se indica a continuaci n a A ada 30 ul de hipoclorito de sodio al 6 a 870 ul de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de una diluci n 1 30 de hipoclorito de sodio b A ada 50 ul de la diluci n 1 30 de hipoclorito de sodio a 950 ul de agua sin nucleasas en un tubo MiSeq proporcionado por Illumina n de referencia MS 102 9999 NOTA i Aseg rese de que comprueba el porcentaje de hipoclorito de sodio de la etiqueta del producto Es importante utilizar la concentraci n correcta de hipoclorito de sodio Si la concentraci n es demasiado alta puede provocar fallos en la generaci n de grupos de los experimentos siguientes Si no dispone de hipoclorito de sodio al 6 prepare una soluci n de 1 ml de hipoclorito de sodio al 0 01 en agua sin nucleasas c Mezcle bien la diluci n de hipoclorito de sodio y agua pipeteando arriba y abajo con una micropipeta P1000 N de referencia 15050524 Rev C ESP 3 Prepare los componentes de lavado con soluci n de lavado nueva de Tween 20 al 0 5 de la siguiente forma a A ada 6 ml de soluci n de lavado a cada dep sito de la bandeja de lavado b A ada 350 ml de soluci n de lavado a la botella de lavado de 500 ml 4 Inserte el tubo MiSeq con la soluci n de l
112. spensadores se introducen en la botella de lavado y en la de residuos c Cierre la puerta del compartimento de reactivos 5 Seleccione Next Siguiente Comenzar el lavado final Despu s del lavado Cuando haya terminado el lavado deje la celda de flujo utilizada la bandeja de lavado y la botella de lavado que contiene la soluci n de lavado restante sobre el instrumento 2 NOTA Los dispensadores permanecen en la posici n bajada lo cual es normal Deje la soluci n de lavado sin utilizar en la bandeja de lavado y la botella de lavado para evitar que los dispensadores se sequen y que entre aire en el sistema Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 6 3 O USIWIUS UBW ep opere un ap vO 9eziesy Procedimientos de mantenimiento Realizaci n de un lavado en modo en espera Si no tiene planeado utilizar el instrumento en los pr ximos siete d as prep relo para que permanezca inactivo realizando un lavado en modo en espera Un lavado en modo en espera realiza dos lavados consecutivos que irrigan cada posici n para limpiar cualquier residuo de reactivos o acumulaci n de sal Cada lavado dura unos 60 minutos Espere unas 2 horas para que el lavado en modo en espera finalice Cuando el lavado en modo en espera haya finalizado el instrumento estar en modo en espera y aparecer un mensaje en la pantalla Welcome Bienvenida indicando el estado del instrumento Cuando el instrumento est en el modo en espera es preciso reali
113. stema No hay ning n requisito para reiniciar el software como parte del mantenimiento regular Shut Down Apagar Utilice el comando Shut Down Apagar para apagar el software de control y Windows en el ordenador del instrumento Consulte Apagado del instrumento en la p gina 67 gt Minimize to Windows Minimizar a Windows Proporciona un acceso r pido al sistema operativo del instrumento y a cualquier carpeta que se encuentre en el ordenador del instrumento cuando se ejecute MiSeq FGx en modo de pantalla completa en lugar de en modo Windows Para utilizar esta funci n se requiere nivel de acceso de usuario administrador o de superusuario Gu a de referencia del instrumento MiSeq FGx 1 9 Software de MiSeg FGx 20 Pantalla System Settings Configuraci n del sistema La configuraci n del sistema suele definirse cuando el instrumento se instala y se inicia por primera vez Si necesita modificar alg n par metro de la configuraci n debido a un cambio de red o de centro utilice la funci n System Settings Configuraci n del sistema Figura 12 System Settings Configuraci n del sistema Please select from the following options to set up your IP settings O Obtain an IP address automatically O Use the following IP address P address Subnet mask Detault gateway x Save and Cancel Continue 00000 P ngase en contacto con el administrador de la instalaci n para informarse acerca de qu configuraci n de red de
114. u s del an lisis de im genes el software ejecuta las llamadas de bases el filtrado y la puntuaci n de calidad An lisis Cuando el experimento haya finalizado ForenSeq Universal Analysis Software realizar autom ticamente an lisis adicionales El an lisis se puede supervisar con una conexi n a Internet desde otro ordenador Consulte la Gu a de ForenSeq Universal Analysis Software n de referencia 15053876 N de referencia 15050524 Rev C ESP Preparaci n del cartucho de reactivo Las instrucciones siguientes describen c mo descongelar el cartucho de reactivo con un ba o de agua a temperatura ambiente Este m todo conlleva aproximadamente una hora 4 NOTA Un Cartucho de reactivo MiSeq FGx sirve para los experimentos de secuenciaci n de ForenSeq pero no para los experimentos de uso exclusivo en investigaci n Cuando realice un experimento de secuenciaci n de uso exclusivo en investigaci n utilice un cartucho de reactivo MiSeq est ndar Extraiga el cartucho de reactivo almacenado a una temperatura de entre 25 C y 15 C Coloque el cartucho de reactivo en un bano de agua con suficiente agua desionizada a temperatura ambiente como para sumergir la base del cartucho reactivo hasta la linea de agua impresa en este No permita que el agua supere la linea de agua maxima Figura 30 Linea de agua maxima Descongele el cartucho de reactivo en el bano de agua a temperatura ambiente durante
115. zar un lavado de mantenimiento antes de iniciar un experimento de secuenciaci n Consulte Frecuencia del mantenimiento en la p gina 57 para obtener m s informaci n sobre cu ndo realizar los lavados iy NOTA Illumina recomienda repetir el lavado en modo en espera cada 30 d as de inactividad del instrumento Consumibles proporcionados por el usuario Tween 20 Sigma Aldrich n de cat logo P7949 Agua sin nucleasas Procedimiento 1 Aseg rese de que haya una celda de flujo usada cargada en el instrumento 2 En la pantalla Welcome Bienvenida seleccione Perform Wash Realizar lavado 3 En la pantalla Wash Options Opciones de lavado seleccione Standby Wash Lavado en modo en espera El software eleva autom ticamente los dispensadores del refrigerador de reactivos Realizaci n del primer lavado 1 Prepare una soluci n de lavado nueva con Tween 20 y agua sin nucleasas como se explica a continuaci n a A ada 5 ml de Tween 20 al 100 a 45 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de Tween 20 al 10 b A ada 25 ml de Tween 20 al 10 a 475 ml de agua sin nucleasas Estos vol menes proporcionan el resultado de una soluci n de lavado de Tween 20 al 0 5 c Invierta varias veces para mezclar 2 Prepare los componentes de lavado con soluci n de lavado nueva de Tween 20 al 0 5 de la siguiente forma a A ada 6 ml de soluci n de lavado a cada dep sito de la bandeja de lavado b A ada 35

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