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SIGES : Prestation pour correctif et ajout de nouvelles

1. init biosec db listes dossier type xml 15 init biosec db listes empty xml 6 init biosec db listes evenement type xml 57 init biosec db listes evenement type Tomm vm 27 init biosec db listes installation type xml 66 init biosec db listes intervention nature vm 15 init biosec db listes lien type xml 9 init biosec db listes message niveau vm 9 init biosec db listes message objet xml 90 init biosec db listes organisme cgb xml 69 init biosec db listes organisme cgg xml 897 Jinitbiosec db listes organisme_oq xml 2202 init biosec db listes participant role xml 12 init biosec db listes participant role light xml 9 init biosec db listes piecejointe confidentialite xml 9 init biosec db listes piecejointe nature vml 33 init biosec db listes projet_etat xml 12 init biosec db listes roles xml 27 initbiosec db listes soumission xml 6 init biosec db listes type procedure cgb xml 15 init biosec db listes type procedure cgg xml 12 init biosec db listes type procedure _oq xml 18 init biosec db messages contents vm 4 init biosec db messages 2006 contents AT 2 init biosec db system contents _ xml 4 Jinit biosec db system users xml 11 initbiosec ME LIRE 6 finit ME LIRE 4 js alerts js 491 js core js 248 jjs gestion messages js 872 js index js 308 js jdbc js 52 js logs utilisations js 115 js mail js 9 Jjjs os js 75 js xmldb js 329 messages biosec xml 1137 messages erreurs xml 41 messages for
2. utiliser en test inra fr copie conjointe de tous les courriels envoy s En fonctionnement normal on devrait le laisser vide webapp url bas Adresse r elle et publique de https siges inra fr s l application iges data filesystem Dossier o seront stock es les pi ces var data jointes Ce dossier doit tre accessible en criture sur le syst me et il doit exister xdepo ldap enabl Indique si la v rification des mots de 011 passe est effectu e dans l annuaire LDAP En fonctionnement normal la valeur devrait tre 1 xdepo ldap url L URL d acc s l annuaire LDAP ldap ldap inra fr 389 biosec admin pwd Le mot de passe de l utilisateur admin admin de la base de donn es eXist Au moment de l initialisation de l application il doit tre laiss admin biosec root pwd Le mot de passe de l utilisateur root ogmtours de l application qui est utilis uniquement pour initialiser un premier administrateur 3 5 2 6 Fichier SIGES transform messages messages xsl Ce fichier est modifier uniquement si l envoi de courriels ne se fait pas aux destinataires normaux donc normal dest false dans la configuration Et encore le changement n est pas obligatoire Il s agit de d commenter la partie suivante vers la ligne 17 du fichier lt lt xsl if test Svrai false gt lt xsl text gt message normalement envoy a lt xsl text gt lt xsl value of sel
3. Effectuer les corrections sur les programmes et le param trage du logiciel s il y a lieu Ces actions se feront en collaboration avec le service de la DSI responsable des serveurs OpenLDap et des serveurs h bergeant l application 5 Ajout de fonctionnalit s Le logiciel SIGES permet actuellement de suivre les exp rimentations caract res r glementaires mettant en jeu des OGM ON et OQ dee INGA CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Afin d viter toute confusion le Dossier du SI SIGES sera not avec un D majuscule pour le diff rencier des dossiers scientifiques envoy s aux diff rentes Commissions il en sera de m me avec le concept de Projet La CNUE souhaite Inclure les exp rimentations incluant l utilisation de MOT Micro Organismes et Toxines ainsi que les agents biologiques pathog nes Cr er une corbeille pour les dossiers Ajout d un module de gestion des visites de contr le de la cellule Bios curit Pour l ajout de ces fonctions le prestataire devra r aliser Les travaux de sp cifications l impl mentation logicielle Les tests et les recettes Ja livraison Le suivi par les administrateurs de l impl mentation La mise jour des documents de l applicatif Ja livraison de tous les documents techniques sp cifications manuel de conception etc Inclure les dossiers pour les MOT et les agents biologi
4. Audit INSTALLATIONS CONCERNEES Nom des locaux et leur num ro INRA Trame de visite de la Cellule _ SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 3 9 AUDITION DES INSTALLATIONS Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui INRA Trame de visite de la Cellule _ SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 4 9 AUDITION DES INSTALLATI
5. Droits d acc s aux toutes g dossier dossiers PG v nement modifications ajouter une PJ y ed DU OUI d cide la tous DU Directeur Unit EN OUI de d l gu s cr ation Dossiers E p complete et i GD Gestionnaire de Dossier nomm p Je de leur ar le DU modifie le pour lequel arrie BAREND dossier cr e ilest GD I RS Responsable scientifique OUI pour son Son projet d un projet Projet ou lo dossier PC PC Pr sident de centre d l gu s tous Dossiers impliquant leur centre DPC D l gu Pr vention de Centre DPC OUI CD Chef de d partement CD OUI tous Dossiers impliquant gestionnaire et secondaire d l gu s leur d partement CO Consultant unit centre Droits sp cifi s ouverts d partement par Administrateurs FN Fonction FN Fonction nationale tous Dossiers AS Administrateur Syst me Gestion des param tres de fonctionnement du syst me nomination des administrateurs DU PC et CD peuvent nommer des d l gu s m mes pr rogatives part celle de nommer d autres d l gu s Quels que soient les r les jou s par l unit UR UMR UE dans les activit s d crites dans le dossier unit responsable scientifique unit h bergeante mise disposition d installations confin es ou de champs Droit d dition ouvert par le GD en faveur du RS utile si n cessit de d poser une PJ confidentielle rel
6. OQ qui durant la dur e de l agr ment bien qu obligatoires ne seront pas g r es dans le syst me On peut donc dire qu un m me dossier enregistr au niveau minist riel correspondant un environnement administratif et juridique comporte n projets de recherches mais toujours pour une Unit identifi e 5 1 3 Vie du dossier Une fois le dossier labor au niveau des Unit s il est transmis pour signature au chef du D partement Scientifique concern Le Pr sident de Centre INRA dernier signataire envoie le dossier papier l instance ad hoc La loi impose aux commissions CGG et CGB un d lai de r ponse celui ci court partir de l accus de r ception et l enregistrement officiel du dossier Apr s expertise les commissions mettent des avis ventuellement par projet de recherche sur la base desquels les ministres d livrent les agr ments de laboratoire ou les autorisations d exp rimentations Dans le cas de modification ult rieure des conditions exp rimentales des compl ments de dossiers doivent tre envoy s aux commissions Dans le cas particulier de la diss mination volontaire d OGM dans l environnement le responsable scientifique a l obligation de d clarer chaque implantation de semis ou de repiquage de plants OGM Les dossiers sont clos e en fin de dur e d agr ment e en fin de dur e d exp rimentation ou pr matur ment par suite de e de non autorisation
7. Page 11 Version 1 6 e les Pr sidents de Centres PC e les Consultants 6 2 R les 6 2 1 Administrateurs Les Administrateurs 1 personne pour l instant appartiennent la Cellule Bios curit ils peuvent ajouter ou supprimer des administrateurs ils administrent l application et ses r f rentiels internes Un Administrateur peut intervenir sur les dossiers des fins de compl tude voire de saisie compl te si n cessaire Un Administrateur pourra donc jouer le r le de Cr ateur 6 2 2 Cr ateurs Le Cr ateur est la personne qui saisit les informations permettant de d crire le contenu d un Dossier et de tous ses projets C est priori l un des intervenants du projet Responsable Scientifique ou Directeur de l Unit ou d l gataire Toutefois le Dossier peut tre saisi par un tiers comme le D l gu Pr vention du Centre un d l gataire du Pr sident de Centre la cellule Bios curit Dans ces derniers cas la saisie ne pourra tre correctement r alis e qu la condition de poss der les comp tences m tier permettant de comprendre le dossier scientifique envoy la commission Le Cr ateur aura la responsabilit de 1 saisir les donn es g n rales du Dossier 2 d clarer les diff rents Projets en identifiant leur Responsable Scientifique Le Cr ateur pourra selon le contexte saisir lui m me toutes les informations scientifiques des Projets Potentiellement le nombre de
8. Un administrateur peut acc der en permanence l ensemble des dossiers pour la gestion g n rale de l application i Un DU PC ou CD peut nommer un d l gu ou plusieurs ayant les m mes pr rogatives que lui sauf celle de d l guer nouveau j Un Dossier est obligatoirement g r compl tude modification et suivi de la vie du Dossier par un GD 1 ou plusieurs par Dossier nomm par son DU sachant qu un DU peut se d signer lui m me GD Contacter l administrateur si une difficult survient ce niveau adresse en bas de chaque page de l application k Le ou les RS de chaque Projet scientifique composant le Dossier peuvent consulter les informations g n rales du Dossier et des projets ainsi que les PJ non confidentielles Le r le des diff rents acteurs pr cise les possibilit s offertes un RS pour g rer les ventuelles donn es confidentielles d un Projet D Un DPC peut apr s avoir t nomm par le PC ou l administrateur consulter tous les dossiers de son centre m Des personnes exer ant des fonctions nationales Direction Scientifique Mission Centrale Pr vention nomm ment d sign es par l administrateur peuvent consulter tous les dossiers et tablir des bilans n Des consultants peuvent tre autoris s par l administrateur consulter certains dossiers sp cifi s Pour l essentiel le GD est la cheville ouvri re du Dossier pour lequel il a t
9. aide recherche histo xhtml 65 aide recherche panier xhtml 65 laide recherche resultats xhtml 65 aide tableaux xhtml 65 alertes flowscript messages js 54 alertes js messages js 29 alertes marquage xml 2 alertes messages xmap 101 alertes xquery existeNouveaux xq 8 alertes xquery filtresForm xq 39 alertes xquery menu xq 14 alertes xquery messagesFiltre xq 42 alertes xquery messagesListe xq 37 alertes xquery messagesListeAn xq 38 alertes xquery nav messagesFiltre xq 46 alertes xquery nav messagesListe xq 44 alertes xquery nav messagesListeAn xq 45 alertes xsl courriel2xhtml xsl 313 alertes xsl filtrer2xhtml xsl 181 alertes xsl messages2xhtml xsl 323 alertes xsp courriel xsp 78 alertes xsp filtrer xsp 55 alertes xsp messages xsp 172 biosec xmap 706 extractor xmap 48 forms cloreprojet binding xml 186 forms cloreprojet default xml 3 forms cloreprojet display xml 190 forms cloreprojet form xml 94 forms creer evenement binding xml 439 forms creer evenement default xml 3 forms creer evenemenit display xml 299 forms creer evenement form xml 158 forms creerdossier AD binding xml 210 forms creerdossier AD default xml 2 forms creerdossier AD display xml 364 forms creerdossier AD form xml 325 forms creerdossier DU binding xml 212 forms creerdossier DU default xml 2 forms creerdossier DU display xml 366 forms creerdossier DU form xml 297 forms implantation binding xml 376
10. blobs file fichier de sauvegarde format c nom de la base de donn es Le code utilisateur de la base de donn es le fichier de sauvegarde et le nom de la base de donn es doivent tre sp cifi s Les options blobs inclure les donn es des champs de type BLOB et format c compress sont obligatoires pour une sauvegarde de toutes les donn es PostgreSQL propose de nombreuses autres options si n cessaires Le fichier obtenu peut donc tre sauvegard sur un support externe et il peut servir restaurer les donn es avec une commande telle que pg restor username code utilisateur dbname nom de la base clean nom du fichier de sauvegarde Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 16 17 INA Application SIGES aj Ism A noter ici que le code utilisateur associ doit tre un utilisateur privil gi car il doit pouvoir modifier la base de donn es concern e 4 2 5 Donn es d utilisation Les donn es d utilisation permettent de g n rer le tableau de bord des utilisations du syst me Elles sont stock es dans une table de la base de donn es relationnelles de support PostgreSQL Dans une configuration normale il s agit de la m me base de donn es que pour les donn es d indexation Dans ce cas il suffit d appliquer les m mes m thodes que dans la section pr c dente pour la sauvegarde et la restauration des donn es 4 3 Arr t et d marrage La m
11. date heure dur e num ros des Dossiers consult s 7 6 3 Tableau Interventions sur le SI BioSec Ce Tableau est accessible uniquement l Administrateur Il donne la liste des interventions effectu es sur le syst me sur la base des processus d crits au paragraphe 7 3 Gestion du Dossier en indiquant l identit de l Utilisateur la date et la nature de l intervention c est dire la fonction de 7 3 mise en uvre avec la possibilit d ouvrir le Dossier partir de l cran 7 7 Connecteur au format XML Cette fonction activable uniquement par un administrateur propose une interface accessible une application INRA externe au format XML Elle permettra d exporter tout ou partie des l ments constituant un dossier en fonction des besoins de l application externe Page 20 INA Version 1 6 8 Restitution de l Information 8 1 Principe fondateur Dans la mesure o le format n est pas sp cifique du type de sollicitation la restitution de l information issue d interrogations de requ tes diverses se fera en distinguant 1 le mode de pr sentation 2 le format de l information 3 le support de transmission le tuyau fichier texte imprimante etc Le nombre de Dossiers concern s sera pr cis en en t te 8 2 Pr sentations de la Restitution Ind pendamment des formats d affichage ou d exportation il sera possible de choisir entre trois modes re
12. er CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES SIGES Prestation pour correctif et ajout de nouvelles fonctionnalit s l application Description du document Titre SIGES prestation pour correctif et ajout de nouvelles fonctionnalit s Type Cahier des charges Auteurs Audrey Jacques Gustave Date de cr ation 25 06 2014 Ce document a pour objectif de d crire les sp cifications d taill es pour apporter une correction l application SIGES On y d crit l architecture de l application telle qu elle est aujourd hui les corrections volutions et nouvelles fonctionnalit s attendues ex SCIENCE amp IMPACT CNUE Contenu L Pr sentations AUE 3 Ta TO 3 A atau ak een ee ii uni ataza 3 3 Pr sentation de l application SIGES in 4 AreNiteCtur ins TEE EE EE utide 5 Le Code 5 ll Prestations A ELA EAE 5 4 Correctifs Mise niveau de SIGES iii 5 Mise niveau de SDX COCOON ra 5 Adapter SIGES aux nouvelles contraintes de la DSI iiic iiic cici nenes 6 Corriger la fonctionnalit d authentification par LDAP una a 6 5 Ajout de fonctionnalit s iii 6 Inclure les dossiers pour les MOT et les agents biologiques pathog nes nnn unn eeens 7 Cr ation d une dl geike AAA H Ajout d un module de gestion pour la Cellule de S curit Biologique 8 6 AAA EO 14 dee INGA CNUE EE SCIENCE amp IMPACT COMM
13. et la valeur de la variable est le contenu textuel de cet l ment Pour retrouver la d finition d une variable dans le fichier chercher l l ment correspondant Par exemple pour rechercher la variable xdepo smtp host rechercher la cha ne de caract res lt xdepo smtp host gt Les variables d crites ci dessous ont t regroup es au d but du sitemap pour faciliter la configuration Si des changements sont apport s au sitemap pendant que l application est en fonction ces changements sont visibles imm diatement Variable D finition Exemple smtp host Serveur SMTP utiliser pour l envoi smtp inra fr de courrier lectronique send from Adresse de courrier lectronique qui siges tours inra fr sera utilis e comme exp diteur des messages send mail Indique si l envoi des courriels est truelfalse activ ou non En fonctionnement normal devrait tre true normal dest Indique si les destinataires des truelfalse Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 9 17 INA Application SIGES aj Is m Variable D finition Exemple courriels sont les vrais agents de l INRA ou si l on utilise toujours les m mes destinataires En fonctionnement normal devrait tre true simul dest Adresse d exp dition des courriels si test inra fr toujours la m me adresse est utilis e Utile et obligatoire uniquement si normal dest est false mail cc Indique une adresse
14. f rentiels internes Aussi souvent que possible la saisie des champs des Dossiers sera facilit e par l utilisation de listes pr d finies Ces listes doivent pouvoir tre e Soit ditables pour ajout modification suppression d items e Soit importables partir de fichiers textes Remarque Dans certains cas il faudra pourvoir disposer de listes ouvertes ou quivalent c est dire que le Cr ateur pourra ajouter un item manquant Sa pr sence dans la partie ferm e de la liste sera valid e par un administrateur 7 2 Connexion Enregistrement Une fois identifi comme tel par l annuaire national voir paragraphe S curit amp Acc s l application un utilisateur interne de l INRA pourra acc der au syst me uniquement e Si sa fonction dans l organisation de l Institut a t reconnue par le SI e S il a t pr alablement enregistr A priori toute personne se connectant pour instruire un Dossier se trouvera obligatoirement dans le second cas Si cet utilisateur n est pas connu du SI 1 la fen tre de connexion lui proposera de s enregistrer dans le r le de Cr ateur 2 Une r ponse affirmative de sa part enverra un message l administrateur qui Page 14 INA Version 1 6 a apr s contr le de l identit et des intentions de l utilisateur t l phone messagerie Directeur de l Unit b validera manuellement cette demande 3 L utilisateur pourra ensui
15. g taux SRPV L agr ment est d livr par le Pr fet apr s audit de l unit par une commission ad hoc la possibilit compl mentaire de g rer dans SIGES des organismes nuisibles non de quarantaine est aussi possible si besoin Ces activit s sont d nomm es dans l application SIGES organismes nuisibles et de quarantaine ou en abr g ON OQ Les informations h berg es g r es et rendues par SIGES portent sur a L identification et le suivi des demandes d agr ments ou d autorisations d pos es par les chercheurs des unit s responsable scientifique d un ou plusieurs projets de recherche et d exp rimentation D autres unit s peuvent tre simplement impliqu es dans l h bergement de tout ou partie de ces activit s b La Description sommaire de ces exp rimentations objectifs scientifiques organismes vivants impliqu s dur e des activit s moyens mis en uvre pour ma triser les risques confinement ou diss mination c La r partition g ographique et les lieux d implantation de ces exp rimentations d La connaissance des avis agr ments et autorisations d livr s par les Commissions et les autorit s responsables e Les personnes INRA responsables scientifiques impliqu es ainsi que les organismes partenaires f L tablissement de bilans synth tiques par centre par d partement par organisme vivant etc g L approfondissement des questions caract re plus
16. il argumentera son choix technique 12 3 Navigateurs Les 2 derni res versions date de la commande de la prestation des navigateurs Internet Explorer de IE 5 5 6 n de Netscape de la V6 0 la V7 n ainsi que la version 1 0 de Firefox devront tre certifi es totalement op rationnelles avec l application Javascript pourra tre utilis afin d am liorer l ergonomie de l application pour des aspects ponctuels exemple auto compl tion de la saisie d un utilisateur partir d une liste de valeurs forcer la saisie d un texte en majuscule etc Par contre il est souhait que l application ne n cessite pas l installation de proxy sur le poste client de nombreux utilisateurs d sactivant cette option Dans le cas o l application ne serait pas capable de g rer automatiquement la r solution de l cran elle sera optimis e pour une r solution de 1024x768 pixels 13 Nature de la Prestation LINEA souhaite un produit logiciel totalement libre de droits de licence Toute autre solution sera d clar e non recevable Le prestataire devra proposer en outre e une session de formation aux administrateurs adapt e la complexit de la solution deux trois personnes e une session de formation utilisateurs deux jours e un contrat de maintenance corrective 14 Nature des Livrables La nature des livrables est li e celle des diff rentes phases du projet Page 24 INA V
17. lioration
18. passwd utilisateur Le syst me demandera alors de saisir deux fois le nouveau mot de passe Le changement est imm diat En mode graphique on peut utiliser le menu Tools gt Edit users pour ouvrir la fen tre de gestion des utilisateurs Dans cette fen tre on doit s lectionner l utilisateur modifier inscrire deux fois le mot de passe et cliquer sur le bouton Modify User tel qu illustr dans la capture d cran ci dessous Create User Modify User Remove Reset Username admin Password See A Password repeat pri Home Collection Groups Assigned GAI dba dba ed A noter que l utilisateur admin doit tre dans le groupe dba 4 1 2 Changement du mot de passe admin Pour modifier le mot de passe de l utilisateur admin on doit effectuer deux op rations et ces deux op rations doivent tre effectu es dans un laps de temps le plus court possible car entre les deux l application pourrait se comporter anormalement L ordre dans laquelle on les effectue n est toutefois pas important e Modifier l utilisateur admin avec le client eXist tel que d crit ci dessous e Modifier le fichier SSIGES global variables xmap pour changer la valeur de la variable globale biosec admin pwd en y mettant le nouveau mot de passe et sauvegarder ce fichier Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 13 17 BE INA Application SIGES Pour m
19. 3 3 2 1 Windows Peu importe si Tomcat est install en tant que service ou non l utilitaire STOMCAT bin tomcat5w exe permet de fixer des param tres dont celui relatif la m moire vive Lorsqu on ex cute ce programme une fen tre s ouvre avec plusieurs onglets Dans l onglet Java il faut remplir le champ Maximum memory pool avec une valeur appropri e 3 3 2 2 Linux La meilleure fa on de pr ciser la m moire allou e au d marrage de Tomcat est de donner une valeur la variable d environnement JAVA OPTS Par exemple on peut modifier le fichier TOMCAT bin startup sh en ajoutant cette ligne en d but de fichier JAVA_OPTS Xmx1500m export JAVA OPTS Il est inutile de pr ciser ce param tre pour l arr t de Tomcat 3 3 3 Lancement arr t et red marrage 3 3 3 1 Windows Au moment de l installation il est possible de faire en sorte que Tomcat soit install comme un service Dans ce cas on peut d marrer Tomcat comme tout service Windows avec l outil Services des outils d administration panneaux de contr le Il suffit de choisir le service appropri normalement Apache Tomcat et de choisir l une des commandes D marrer Arr ter ou Red marrer dans les menus ou outils Si Tomcat n a pas t install en tant que service il faut lancer l application TOMCAT bin tomcat5 exe pour le d marrer et faire un CTRL C dans le fen tre de Tomcat pour l arr ter 3 3 3 2 Linux UNIX La d
20. En cours d Instruction l Accus de R ception de la Commission a t re u Actif l autorisation d exp rimentation ou l agr ment a t donn Clos l Avis du Minist re est n gatif ou la dur e d agr ment est atteinte ou bien tous les essais sont termin s PORRA 5 2 5 Gestion des Versions du Dossier Les donn es comprises dans la base seront contr l es par la Cellule BioS curit Lors de cette op ration des corrections seront apport es si n cessaire Il arrivera par ailleurs que le Cr ateur ou un Responsable Scientifique modifie ou compl te le contenu des donn es du Dossier ou d un Projet Il conviendra de garder dans la base le contenu de chaque version du dossier dat e avec un num ro de version qui sera consultable par I Administrateur et les Responsables Scientifiques seulement Bien entendu seule la version courante sera utilis e dans les op rations de consultation ou d laboration de tableaux de bord 6 Pr sentation des Utilisateurs et des R les 6 1 Utilisateurs du Syst me d Information SI BioSec sera une application Web accessible uniquement en interne l INRA Les utilisateurs devront donc obligatoirement tre r f renc s dans l annuaire national LDAP de l INRA personnel des unit s y compris ceux des Unit s Mixtes de Recherche Ils se diviseront en cinq cat gories de r les e les Administrateurs e les Cr ateurs e les Responsables Scientifiques RS INA
21. Informations ASI de la CNUE repr sentant la Ma trise d Ouvrage Audrey Jacques Gustave Tel 05 57 12 28 46 Mail audrey jacques gustave pierroton inra fr Le prestataire sera galement amen changer avec les diff rents services de la DSI durant les diff rentes phases du projet 14 er CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE ANNEXES Contenu ANNEXE I cahier des charges SIGES manuel de l utilisateur Il ANNEXE II manuel d installation et d exploitation de SIGES U iiien IV ANNEXE III liste des fichiers de SIGES rra V ANNEXE III squelette des documents g n r s XVII ex INA CNUE ST SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE ANNEXE I cahier des charges SIGES manuel de l utilisateur Version 1 6 Direction ce Nnnauzfion a DIS l dus deitz I dd nt P le DEINO SI Syst mes Informatiques Ezk HH DO IIIA INEA Cellule BioS cnrit GO 37380 Nouzilly Syst me d Information BioS curit LI Page 1 INA ed CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE SYSTEME D INFORMATION POUR LA GESTION DES EXPERIMENTATIONS SENSIBLES SIGES MANUEL D AIDE EN LIGNE SOMMAIRE DU MANUEL A Glossaire et principales abr viations utilis es dans oe manuel et dans SIGES B Champs d activit et objectifs g n raux de l application SIGES C Organisme p titionnaire D Dossiers et projets E Gestion des acc s l application et
22. afin de supporter des fonctions de recherche et OAI Les instructions fournies ici concernent le SGBD PostgreSQL version 8 0 x conforme l environnement de l INRA 3 4 1 Installation Ce SGBD peut tre install sur diff rentes plates formes Sous Windows on doit t l charger un assistant d installation et suivre les instructions soigneusement en particulier pour toute la question des utilisateurs et mots de passe Il peut tre install comme un service d marrage automatique Sous Linux on doit faire particuli rement attention aux droits li s aux connexions r seau Par d faut PostgreSQL refuse les connexions provenant d ordinateurs distants A noter que le SGBD PostgreSQL peut tre install sur un serveur diff rent de celui o se trouve Tomcat Par ailleurs le SGBD n est pas tr s sollicit car il ne participe pas aux fonctions de recherche et de gestion des donn es Il est utilis pour stocker des donn es n cessaires au bon fonctionnement de l outil de recherche et des donn es relatives l utilisation du syst me PostgreSQL est livr avec des outils en ligne de commande mais galement un client graphique pgAdmin qui est fort utile pour effectuer diff rentes op rations 3 4 2 Configuration Avant d installer SIGES on doit effectuer trois op rations de configuration cr er une base donner des droits sur cette base un utilisateur et cr er une table L outil d administration pgAdmin peut t
23. aux dossiers F Unit s INRA et organismes ext rieurs impliqu s G R les des diff rents acteurs H Les outils int gr s dans SIGES Messagerie Recherche ZS Exportation et Impression des donn es Tableaux de bord Administration Manuel aide SIGES 27 08 2006 1 Pe CNU Ca SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES ANNEXE II manuel d installation et d exploitation de SIGES A0 dr MAREA a 5 Manuel d installation et d exploitation Pr par par AJLSM Martin S vigny Version 0 1 Date 5 mai 2006 Table des mati res 5 Importation et exportation de donn es asa saaa a ae aas aras aea aat a ae at an ae an aea 17 e CNUE EE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES ANNEXE III liste des fichiers de SIGES fichier nombre de lignes administration administration xmap 112 administration flowscript administration js 885 administration js admin js 162 administration xq consultants xq 21 administration xq dossier xq 6 administration xq dossier clos xq 15 administration xq dossier co xq 7 administration xq fin prevue xq 15 administration xq implantation xq 16 administration xq reponse tardive xq 18 administration xq roles xq 11 administration xq sans projet xq
24. base de donn es relationnelles Les donn es d indexation dans le syst me de fichiers La base de donn es XML APS Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 17 17 INRA Trame de visite de la Cellule E BEEKO S Page 1 9 TEEI SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique AUDITION en SALLE Unit acronyme n codique Inra Nom entier Directeur de l Unit D partement de tutelle Autre s tutelle s Centre Date s de r alisation de l Audit N de I Audit Auditeur s Type d audit Conformit r glementaire Diagnostic Conseil Nom s de s Personne s Audit e s Dates des audits ant rieurs Effectifs de l unit Date de la r union d ouverture Date de la r union de cl ture Remarque s GENERALITES Rapide apercu du programme de recherche concern Les contraintes qui en d coulent pour les aspects de s curit Biologique Les volutions scientifiques d ordres administratifs TGU et les changements d infrastructures probables gt INRA Trame de visite de la Cellule SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 2 9 INFORMATION sur le s AGREMENT S dossier absent dossier en construction dossier envoy la commission dossier en cours d instruction attente avis commission Dossier dans la base SIGES OUI NON jour Champ de l
25. d partement l tat du Dossier en construction actif clos type d installations mobilis es serre S2 animalerie A3 etc organisme vivant impliqu etc Exportation et Impression des donn es Les donn es g n rales d un Dossier informations contenues dans les champs peuvent tre imprim es partir de l cran affichage du Dossier ou du module recherche Un Dossier peut tre export sous divers formats Acrobat Reader pdf Web html Word rtf Excel xls Les PJ peuvent tre ouvertes partir de l application et imprim es selon les modalit s autoris es par le format du document acc s restreint pour les PJ confidentielles Tableaux de bord Un module tableau de bord permet d tablir a des statistiques comptage des dossiers selon diff rentes configurations b des listes de dossiers par centre d partement organisme externe ou type d organisme vivant c un suivi de l utilisation du syst me et la liste des utilisateurs potentiels Les possibilit s offertes par ce module varient en fonction du r le jou dans l application par la personne qui se connecte les PC et CD peuvent diter des statistiques et certaines listes de dossiers qui les concernent Administration Le module Administration permet de g rer certains param tres de l application a nomination de d l gu s de DU PC DPC et CD respectivement par les DU PC et CD b nomination des p
26. d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 15 17 INA Application SIGES aj Is m 2 Faire un tar gz du dossier temporaire et le nommer en fonction de la journ e par exemple siges exist 20060327 tar gz 3 Supprimer le dossier temporaire Il reste ensuite g rer les fichiers quotidiens conserver quelques jours un par semaine etc La restauration se fait partir d un dossier de sauvegarde et non d une archive compress e Elle peut tre lanc e depuis une commande semblable la pr c dente java jar start jar backup restore dossier de sauvegarde db contents xml user admin password mot de passe ouri xmldb exist siges inra fr siges xmlrpc biosec Il s agit bien s r d une seule commande m me si elle est sur trois lignes ici Les l ments entre accolades doivent tre remplac s par les valeurs pertinentes La partie siges inra fr sigesde l URL doit tre remplac e par l URL de base de l application A noter qu avec le client eXist livr par AJLSM les scripts exist restore bat OU exist restore sh permettent d ex cuter cette commande Vous devez modifier les scripts pour ajuster les diff rents param tres Le client permet des sauvegardes et des restaurations s lectives c est dire pas tout le contenu de la base consulter la documentation eXist pour en savoir plus 4 2 4 Donn es d indexation Les donn es d indexation sont utilis es en recherche Elles sont divis
27. dans les distributions de eXist et peut donc tre t l charg Pour simplifier la distribution SIGES inclut les librairies n cessaires pour ex cuter le client eXist dans la version qui correspond celle utilis e dans SIGES A noter que cette version est le snapshot du 26 octobre 2005 Pour installer ce client il suffit de d compresser l archive exist client zip dans un dossier appropri Ce client peut se connecter sur une base de donn es distante il peut donc tre install sur un poste de travail Toutefois pour des op rations de sauvegarde et de restauration il est n cessaire de l installer sur le serveur o se trouve la base de donn es afin d viter des transferts r seau trop importants noter que Java doit tre install sur le poste de travail ou le serveur o ce client eXist sera utilis On peut tester le client graphique et la connexion la base de donn es SIGES en l ex cutant ainsi java jar start jar client d Ensuite dans la fen tre de dialogue de connexion on peut indiquer l utilisateur admin le mot de passe associ et l URL suivante xmldb exist siges inra fr siges xmlrpc biosec On doit bien s r remplacer siges inra fr siges par l adresse de base de l application On peut tester le client en mode ligne de commande en l ex cutant ainsi une seule ligne de commande scind e ici pour plus de clart java jar start jar client d no gui user admin collection db ouri xmld
28. e liste des Dossiers de l unit concern e par l Audit d v nements Audit cr Audit effectu o unit conforme non conforme de documents joints et consultables rapports et tous documents concernant l Audit quel que soit le format doc pdf txt xls xISx odt ots csv zip png bitmap jpg Il sera possible pour chaque Audit de g n rer des documents pr paratoires et de synth se Trame de visite de la Cellule de S curit Biologique pr paratoire Liste des agents de l unit visit e pr paratoire Rapport d audit de la Cellule S curit Biologique synth se L Audit sera accessible pendant plusieurs ann es Les donn es et les documents joints seront trait s et stock s selon le m me principe que pour les Dossiers er gt INNA CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Utilisateurs et r les Ce module engendrera la cr ation d un nouveau r le cellule s curit biologique CSB Les r les qui pourront utiliser ce module seront Cellule s curit biologique CSB administrateur AD administrateur syst me AS Le r le CB sera g r dans la partie Administration au niveau de la fonction Gestion des r les l image du r le AD L ajout d un utilisateur dans ce r le pourra tre effectu par les r les Cellule bios curit CB administrateur AD administrateur syst me AS Cycle de vie d u
29. e d arr t des exp rimentations 5 2 Les Dossiers dans SI BioSec Ce paragraphe a pour objectif de d crire la fa on dont le dossier scientifique est repr sent dans le SI BioSec Page 8 INA Version 1 6 Afin d viter toute confusion e le Dossier du SI BioSec sera not avec un D majuscule pour le diff rencier des dossiers scientifiques envoy s aux diff rentes Commissions et pr sent s dans le paragraphe pr c dent e ilen sera de m me avec le concept de Projet 5 2 1 D finition Le Dossier a dans le SI BioSec une signification qui lui est propre un contenu tr s simplifi par rapport aux dossiers scientifiques et de leurs annexes remplis par les Responsables Scientifiques Le Dossier d crira l environnement administratif et donc les principaux acteurs et de fa on extr mement simplifi e les aspects scientifiques Dans le cas particulier des OGM diss min s seront ajout es les informations relatives aux implantations effectives Le Dossier sera compl t par l ensemble des documents constitutifs des dossiers sous forme de documents associ s stock s par le syst me Ainsi le Dossier de SI BioSec sera constitu 1 Des l ments saisis manuellement permettant de d crire le contenu des dossiers scientifiques 2 De documents joints consultables a Des copies num ris es de toutes les pi ces officielles permettant de conserver la trace d annotations manuscrites mises par les C
30. elle est comprise dans la plage de date s lectionn e l Audit sera dans l tat En cours de r alisation la date pr vue de l Audit est ant rieure la date du jour plage de date l Audit sera dans l tat Bilan en cours Tous les utilisateurs autoris s utiliser ce module pourront voir tous les Audits cr s G n ration des documents pr paratoires et de synth se L utilisateur pourra g n rer de fa on automatique les documents pr paratoires Trame de visite de la Cellule de S curit Biologique pr paratoire Liste des agents de l unit visit e pr paratoire Rapport d audit de la Cellule S curit Biologique synth se L annexe IV pr sente le squelette de ces documents Une version finalis e par la CSB sera fournie au prestataire SIGES rempliera automatiquement les documents voir annexe III avec les informations suivantes Trame de visite de la CSB Liste des agents Rapport d audit Identit de l unit Identit de Num ro de l audit acronyme num ro l unit acronyme identifiant de l Audit codique INRA intitul Nomet pr nom Dates de r alisation de complet du directeur Paudit date ou plage Nom et pr nom du d Unit de dates pr vue pour directeur d Unit Identit du PAudit Identit du d partement de d partement de tutelle acronyme intitul tutelle acronyme complet intitul complet Identit du centre Iden
31. jeu des organismes vivants dont l utilisation en recherche est soumise des r glementations Ce sont a Les OGM utilis s en conditions confin es NS INRA 1997 45 Ces activit s impliquent des animaux des v g taux ou des microorganismes et font l objet d une demande d agr ment d poser aupr s de la CGG Commission de G nie G n tique ou Conseil des biotechnologies Cet agr ment est d livr par le Minist re de la Recherche Ces activit s sont d nomm es dans l application SIGES utilisation confin e d OGM ou en abr g OGM conf b Les OGM utilis s en diss mination NS INRA 1999 02 Ces activit s impliquent essentiellement des v g taux et font l objet d une demande d autorisation d poser aupr s de la CGB Commission du G nie Biomol culaire ou Conseil des biotechnologies Cette autorisation est d livr e par le Minist re de l Agriculture Les d clarations effectives d implantation des cultures OGM sont galement g r es dans SIGES Ces activit s sont d nomm es dans l application SIGES diss mination d OGM ou en abr g OGM diss c Les Organismes de quarantaine NS INRA 2003 40 Ces activit s impliquent des insectes des n matodes des virus des bact ries des parasites des champignons et des v g taux Manuel aide SIGES 27 08 2006 2 Elles font l objet d une demande d agr ment d poser aupr s des Services R gionaux de la Protection des V
32. l adresse tant donn e de mani re relative par rapport l adresse de base de SIGES Nom Adresse Description XMLRPC xmlrpc biosec Acc s XMLRPC la base de donn es exist Utilis notamment par le client Java Cette connexion peut tre tr s utile WebDAV webdav biosec Acc s WebDAV la base de donn es eXist Peut tre utile pour explorer le contenu Cocoon Principal service ne pas supprimer ni modifier 3 5 2 2 Fichier SIGES WEB INF cocoon xml Il s agit d un fichier de configuration standard pour toute application Cocoon Ce fichier est dans un format XML Il peut tre modifi avec un diteur XML ou un diteur de texte attention au jeu de caract res Il est n cessaire de red marrer SIGES pour que les modifications dans ce fichier soient prises en compte Ce fichier contient la d finition des composantes Cocoon et il n est pas n cessaire de les modifier Toutefois quelques l ments de configuration sont importants dans ce fichier en particulier pour l utilisation de la m moire et l acc s des ressources externes Il s agit des sources de donn es JDBC externes bases de donn es serveur SMTP pour l envoi d alertes param trage de l ex cution des t ches p riodiques Ces l ments de configuration sont tous situ s la fin du fichier Trois sources de donn es externes sont utilis es la base Bastin h berg e par l INRA et deux acc s une base de don
33. le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui INRA Trame de visite de la Cellule _ SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 6 9 AUDITION DES INSTALLATIONS Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers regi
34. me d Information raa 11 ERRE AA a Aka aA EA ka 12 GTA EE A EE 12 6 22 C EL ea E A At Id S 12 6 2 3 Responsable Scientifique RS de Projet sue 12 6 2 4 Pr sident de Centre PO AEA 13 BOEak gauak kauta atakea dekozu 13 7 Fonctions du Syst me d Information ua seer 14 7 1 Administration de EE 14 7 1 1 Gestion des Utilisateurs et des R les atatik area kean 14 7 1 2 Gestion des R f rentiels internes EE 14 7 2 Connexion ea ua AAO 14 7 3 Gestion du BSE 15 7 3 1 Phase pr alable hors NE AA 15 132 Cr ation d Dossier BIOS ai dicas 15 Page 2 INA Version 1 6 geta PIC IDE es nn A E 15 7 3 2 2 Saisie des informations secs 16 13203 Insetton des fichiers JOIS a rta 16 7 3 3 Envoi du dossier scientifique la commission rrua 16 7 3 4 Instruction du dossier scientifique par la commission rrua 16 7 3 4 Retour des avis de commissions a 17 7 3 5 D claration d Implantation pour un Dossier COP 17 7 3 6 Cl ture d un Dossier d un Projet TER 17 7 4 Interrogation amp E EE 18 TA bau e EE 18 7 4 2 Fonctions derra 18 TS Enyo d Alertes cri lada bit 18 TSA AVIS COMMISSION AE 19 7 5 2 Non d p t du dossier de diss mination rra 19 7 5 3 Fin d autorisation ou d agr ment artan antateitane araiarraren 19 7 6 Production de Tableaux de PO 19 7 6 1 Tableau Suivi du contenu du SI BioSec Ka 19 7 6 2 Tableau Utilisation du SI BioSec ua 20 7 6 3 Tableau Interventions sur le SI BioSec rrnrnrsrrrnrrrnnsnrsrrrnrrnn
35. nomm par son DU Les droits de consultation de modification et d intervention dans la vie du Dossier sont g r s directement par l application la plupart des autres acteurs autoris s entrer dans SIGES peuvent consulter les dossiers les concernant mais ne peuvent modifier aucune information Manuel aide SIGES 27 08 2006 5 F Unit s INRA UR UMR UE et organismes ext rieurs impliqu s Une unit peut tre impliqu e dans un Dossier sous 2 aspects comme responsable scientifique des activit s ensemble des projets ou comme responsable de l h bergement des activit s souvent la m me unit tient les 2 r les mais certaines activit s d crites dans un Dossier peuvent tre conduites dans une ou plusieurs unit s h bergeantes par exemple une UE qui disposent des installations sp cifiques ad quates S1 plusieurs unit s sont concern es par un Dossier tous les DU PC et CD correspondants auront galement acc s SIGES pour ce Dossier De la m me fa on l application permet de prendre en compte un organisme ext rieur GEVES INSERM plut t qu une unit INRA avec potentiellement les m mes r les responsable scientifique ou h bergeant En tout tat de cause une seule entit unit INRA ou organisme externe peut tre responsable scientifique d un Dossier mais plusieurs unit s ou organismes externes peuvent jouer le r le d h bergeant dans un m me Dossier Tout DU
36. par le RS Cela fera l objet d une alerte automatique du SI BioSec voir le paragraphe Alertes 7 3 6 D claration d Implantation pour un Dossier CGB Elle est faite par le RS la date tant not e dans le SI 7 3 7 Cl ture d un Dossier d un Projet La cl ture d un Projet ou d un Dossier ne modifie pas les conditions d acc s ces l ments Un Projet est clos e Automatiquement o quand la p riode de fin de l essai est franchie o sile Dossier est clos e Manuellement par le RS ou le Cr ateur si le contexte l exige Le dossier est clos e automatiquement quand o tous les Projets sont clos o la date de validit est franchie e Manuellement par le Cr ateur ou un Administrateur cellule Bios curit si le contexte l exige Les proc dures automatiques ne se d clenchent qu apr s l mission d un pr avis voir le paragraphe Alertes Page 17 INA Version 1 6 7 4 Interrogation amp Consultation 7 4 1 Principe Le Consultant est un utilisateur enregistr du SI BioSec Il pourra interroger le Syst me d Information e dans le cadre strictement limit des Dossiers auxquels il a acc s e surla base de recherches effectu es o par mots cl s choisis ventuellement dans les listes de choix impos es sur certains champs o ou sur la base de recherches en texte libre dans les documents PDF utilisables L accent sera mis sur l ergonomie de la recherche Le r s
37. sansprojet target org apache cocoon components cron TestCronJob SansProjet concurrent runs true gt lt cron gt 0 0 1 lt cron gt lt trigger gt Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 7 17 INA Application SIGES aj Ism lt trigger name implantation target org apache cocoon components cron TestCronJob Implantation concurrent runs true gt lt cron gt 0 0 1 lt cron gt lt trigger gt lt trigger name annuel target org apache cocoon components cron TestCronJob Annuel concurrent runs true gt lt cron gt 0 0 1 14 3 lt cron gt lt trigger gt lt triggers gt Les cinq premi res alertes doivent tre quotidiennes et la derni re doit tre annuelle L heure des alertes quotidiennes peut tre modifi e elle est param tr e 1h00 par d faut Pour l alerte annuelle la date et l heure peuvent tre modifi e Seuls les l ments cron peuvent tre modifi s les autres informations ne changent pas La signification des chiffres dans l l ment cron est classique Dans l ordre il s agit de 1 Secondes Minutes Heures Journ e du mois 1 31 Mois 1 12 Journ e de la semaine 0 6 0 dimanche Une dente composante Cocoon doit tre configur e le store janitor qui contr le la bonne utilisation de la m moire vive L l ment store janitor contient cette configuration tel que celui ci lt store janitor logger core store janito
38. scientifique et technique nature des vecteurs utilis s et des h tes interm diaires via un module de recherche appliqu l ensemble des dossiers et des documents d pos s en pi ces jointes dans SIGES SIGES est un outil qui permet d informer en temps r el diff rents niveaux hi rarchiques de l Institut Les informations sont mises en ligne avec des droits d acc s d finis Ces informations sont destin es en priorit la Direction G n rale coll ge de Direction aux Missions d appui Communication Pr vention etc et aux diff rents niveaux hi rarchiques Unit s Centres et d partements SIGES n est pas un outil de tra abilit ou de contr le des interventions effectives et concr tes mises en uvre sur le terrain l occasion des exp rimentations les responsables scientifiques les DU et les PC sont m me localement de s assurer de la conformit des activit s avec les recommandations mises par les Commissions L application SIGES est plac e sous la responsabilit des Directions Scientifiques APA PPV et du DGD en charge des dispositifs exp rimentaux Elle est g r e en relation troite avec les Missions Pr vention Qualit et Communication et avec la Formation Permanente Nationale Manuel aide SIGES 27 08 2006 3 CYCLE DE VIE D UN DOSSIER 1 Dossier 1 ou plusieurs Projets scientifiques GP cloture du Dossier agr aut recue tats du Dossiers en constructio
39. thode la plus s re pour arr ter et d marrer l application est d agir au niveau de Tomcat en l arr tant ou le d marrant M me si celui ci propose des moyens de d marrer et arr ter des applications comme SIGES cette m thode ne s av re pas s re et efficace tous les coups 4 4 Proc dures p riodiques et automatiques L application SIGES ex cute p riodiquement des alertes qui ont comme r sultat d envoyer des courriers lectroniques et parfois de modifier les dossiers XML La plupart sont programm es quotidiennement mais une seule doit tre programm e annuellement Attention de ne pas les effectuer en m me temps qu une sauvegarde par exemple Le param trage de ces alertes se fait dans le fichier SIGES WEB INF cocoon xconf et il a d j t d crit dans la section 3 5 2 2 page 6 5 Importation et exportation de donn es Le projet SIGES ne pr voit pas de r cup ration de donn es Le d marrage se fera avec une base vide Toutefois il peut tre utile de pouvoir copier des donn es depuis une installation vers une autre Dans ce cas la meilleure m thode consiste utiliser les proc dures de sauvegarde et de restauration d crites dans la section pr c dente Pour rappel es donn es qui doivent tre r cup r es sont 1 Les pi ces jointes dans le syst me de fichiers Les donn es d utilisation dans la base de donn es relationnelles Les m tadonn es de gestion pour l indexation dans la
40. ult rieurs sont inclure soit par RS soit par PC R daction imbiale formulaire web par RS MAJ possible permanente __ ee Consultation et MAJ Centre PC et son 53 Dossiers les concernant del gatare o Le E A A A EEN eee Se Consultation dossier d partement CD et Dodt OEE GO C onsulation et MAJ personnes de la Cellule BS Autres consultations d terminer au cas ai Ke mio Gu di ee d 57 par cas CP BS Pr vention Communication DS autonsation par admmastrateur Weeer EEE Earn ker Tra abilit des mterventions dans la BD nouvelle version d une PJ envoie manuellement l ancienne vers un r pertoire old Seul demier Confidentialit des PJ le dossier complet tant mis aussi en PT avec acc s au document r serv an seul RS concern son Du son CD san PC et lo cellule BS d Page 28 SYSTEME D INFORMATION POUR LA GESTION DES EXPERIMENTATIONS SENSIBLES SIGES MANUEL D AIDE EN LIGNE SOMMAIRE DU MANUEL A w Sn Glossaire et principales abr viations utilis es dans ce manuel et dans SIGES Champs d activit et objectifs g n raux de l application SIGES Organisme p titionnaire Dossiers et projets Gestion des acc s l application et aux dossiers Unit s INRA et organismes ext rieurs impliqu s R les des diff rents acteurs Les outils int gr s dans SIGES Messagerie Recherche Expor
41. 14 administration xq unites xq 8 Jadministration xsl admin xsl 210 Jadministration xsl administrer2xhtml xsl 154 administration xsl as xsi 211 administration xsl cd xsl 359 administration xsl co xsl 339 administration xsl disparues xsl 43 Jadministration xsl dpc xsl 294 administration xsl du xsl 380 Jadministration xsl fn xsl 217 Jadministration xsl infos2xhtml xsl 162 Jadministration xsl li xsl 88 Jadministration xsl menu xsl 192 Jadministration xsl navig2xhtml xsl 92 administration xsl no rights xsl 16 Jadministration xsl orgs2xhtml xsl 79 Jadministration xsl pc xsl 362 Jadministration xsl sci xsl 396 Jadministration xsl sys xsl 71 Jadministration xsp acces_admin xsp 141 administration xsp administrer xsp 550 Jadministration xsp infos xsp 75 Jadministration xsp navig xsp 52 administration xsp no rights xsp 4 Jadministration xsp orgs xsp 57 aide administration xhtml 87 aide administration li xhtml 85 aide administration role xhtml 134 aide administration sci xhtml 65 aide creer dossier xhtml 66 aide dossier xhtml 79 aide dossiers xhtml 96 laide filtrer messages xhtml 65 aide liste messages xhtml 65 aide manuel pdf 712 aide recherche formulaire xhtml 65 TZE SCIENCE amp IMPACT
42. 2 page 6 4 2 2 Pi ces jointes Les pi ces jointes aux notices sont stock es dans un dossier sp cifi dans le fichier SIGES global variables xmap Un m canisme de sauvegarde standard associ un syst me de fichiers peut tre utilis La restauration consiste uniquement r cup rer le contenu sauvegard en conservant la structure des sous dossiers 4 2 3 Dossiers XML et informations de gestion Les dossiers XML et plusieurs autres informations li es au fonctionnement de SIGES sont stock es dans une base de donn es XML eXist La sauvegarde quotidienne de cette base est absolument essentielle Diff rentes m thodes peuvent tre utilis es 4 2 3 1 Sauvegarde binaire La base de donn es dans son format natif est stock e dans le dossier SSIGES WEB INF xmldb biosec Ce contenu peut tre sauvegard comme tout fichier mais il est pr f rable de le faire un moment o il y a tr s peu d utilisations la nuit mais hors p riode de programmation des alertes pour viter des modifications la base pendant la sauvegarde La restauration consiste remettre leur place les fichiers concern s II est toutefois n cessaire de le faire pendant que Tomcat est arr t et de le red marrer une fois que les fichiers sont recopi s 4 2 3 2 Sauvegarde XML eXist propose un outil de sauvegarde des donn es en format XML et un outil de restauration correspondant Il s agit d une meilleure m thode
43. 86 Pi ces jointes Dossiers Ce BE amp Dossier FR INRA SIGES 75456fgd66h rren ES peu DOES err er P t rence ar Par mois fra GQ Type Commission Mt cortin e OGM Gestonnarer rr err armar O Anger response errea err e a gt a gt Anger neergaand les eren en aian pareen aren beera beretara Type de procedure Groupe 1 classe 1 4 Possibilit pour l affichage d un Audit A partir de cet affichage l utilisateur ayant les droits suffisants pourra Modifier supprimer l Audit Ajouter modifier supprimer une pi ce jointe Ajouter un v nement Afficher un Dossier depuis la liste des Dossiers li s VAudit s il y en a G n rer les documents de pr paration ou de synth se de l Audit Cr ation d un Audit Pour cr er un Audit l utilisateur devra compl ter un formulaire Cr ation d un Audit tat Pr vu Type Conformit Conseil Diagnostic Cr er l audit 5 Possibilit de formulaire de cr ation d Audit 11 dee INA CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Apr s avoir choisi l unit si cette derni re poss de des Dossiers en tant qu unit h bergeante l utilisateur pourra avoir un aper u de cette liste L Audit nouvellement cr sera forc ment dans l tat Pr vu sauf si la date pr vue de l Audit est la date du jour ou si
44. Cr ateurs est de l ordre de quelques centaines Le Cr ateur s auto d clare et demande son enregistrement dans ce r le au SI 6 2 3 Responsable Scientifique RS de Projet En tant que tel le RS est responsable du contenu scientifique du Projet ou d un Projet du Dossier adress une Commission Une fois son Projet initi par le Cr ateur le RS aura la possibilit de saisir les donn es scientifiques du Projet Par ailleurs le RS sera amen tenir jour les l ments du Projet en fonction des diff rents v nements de son cycle de vie d claration annuelle d implantation documents de la Protection des V g taux etc Page 12 INA Version 1 6 Le RS aura acc s aux donn es g n rales du Dossier et au Projet dont il est responsable pour consultation mise jour des informations propres au Projet et insertion de pi ces jointes concernant le Projet Le nombre de RS est de l ordre quelques centaines Un utilisateur est d clar Responsable Scientifique par un Cr ateur ventuellement lui m me 6 2 4 Pr sident de Centre PC Le PC envoie les dossiers scientifiques aux diff rentes commissions CGG et CGB Le Pr sident de Centre est responsable de toutes les exp rimentations effectu es sur son centre pour information la notion de Centre recouvre souvent plusieurs sites diff rents Les PC sont une vingtaine On peut imaginer qu ils travailleront fr quemment par d l gation P
45. ES cr ation de Dossiers modification de Dossiers etc par tel ou tel utilisateur De faire des statistiques sur les Dossiers D imprimer les listes de Dossiers format pdf rtf xIs csv Les actions r alis es dans le cadre du module Audits devront elles aussi appara tre dans le bilan de l utilisation syst me voir image 6 mais il devra galement tre possible de R aliser des statistiques sur les Audits nombre d Audits en fonction de la date de l tat ou de l v nement et par centre ou d partement Exporter des listes des Audits avec leurs caract ristiques principales regroup s par centre 13 SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Utilisation du systeme Pr sentation des diff rents usages du syst me Choisir une p riode JJ MM AAAA KE Nature des interventions CT Connexion au syst me 1 Consutation dun dossier Modification d un dossier Notification dun v nement O insertion d une pi ce jointe Suppression d un dossier norer les utilisations en provenance des e e gt AD Administrateur FN Fonction nationale S lectionner un agent eme Nom Courriel e i Format de sortie du tableau de bord PDF RTF Excel Texte d limit 6 Partie utilisation du syst me du module Tableau de bord 6 Les interlocuteurs L interlocuteur principal du prestataire sera l ing nieur Administration des Syst mes d
46. ISSION NATIONALE I Pr sentations g n rales 1 L INRA L Inra Institut National de la Recherche Agronomique est un tablissement public caract re scientifique et technologique EPST plac sous la double tutelle des Minist res de la Recherche et de l Agriculture Les articles R 831 1 R 831 15 du Nouveau Code Rural pr cisent les missions l organisation et le fonctionnement de l Inra et sp cifient que l Inra est un tablissement public national caract re scientifique et technologique plac sous la tutelle du ministre charg de la recherche et du ministre charg de l agriculture Les missions statutaires de l Inra sont les suivantes r aliser toute recherche int ressant l agriculture et les industries qui lui sont li es contribuer la politique nationale de recherche dans les domaines relevant de sa comp tence publier et diffuser les r sultats de ses travaux et concourir au d veloppement de l Information scientifique et la diffusion des connaissances scientifiques apporter son concours la formation la recherche et par la recherche participer la valorisation de ses recherches effectuer des expertises scientifiques dans son champ de comp tences Ces travaux visent produire assembler diffuser et valoriser des connaissances et des savoir faire autour de six axes strat giques actuellement d finis comme suit am liorer le cadre de vie pr server l environnement
47. MPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Acronyme et Num ro de l unit Nom entier de l unit Centre D partement Concern s Total BIO ann e et n d ordre dans l ann e Diagnostic Page 4 concern e Conformit Pages 2 et 3 concern es Conseil Page 4 concern e Indiquer v g tal ou animal OGM OQ MOT ou ABP XIX Version 1 6 Direction de l Innovation et des Syst mes d Information P le Syst mes Informatiques Syst me d Information BioS curit Cahier des Charges Version 1 6 30 mai 2005 Page 1 Version 1 6 Table des Mati res t Pr sentation de Ta daaa 4 HEak da d 1 2 Principaux Crit res d comparaison des Offres ilegorria Eate tani 4 1 3 Confidentialit du pr sent e EE 5 2 Pr sentation de La 5 gt FE Ne 6 4 Objectif Ne 6 5 D finition du concept de Baa 7 Dal LES dre EAO SR EE H 5 1 1 laboration EE 7 5 1 2 Dossiers r glementaires et projets de recherche sr 7 SANE EE 8 5 2 Les Dossiers dans RE Lane none ha nee de 8 a DS EE 9 5 2 2 Structure G n rale du DOS taa 9 5 2 2 1 Information structur e stock e dans la Base 9 PESO A s band 10 5 2 3 Partie du cycle de vie g r dans le Syst me EE 10 5 2 4 Cycle de Vie amp tats du Dossier a 11 5 2 5 Gestion des Versions du BAA 11 6 Pr sentation des Utilisateurs et des ROES etara aeta A 11 6 1 Utilisateurs du Syst
48. ONS Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui INRA Trame de visite de la Cellule _ SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 5 9 AUDITION DES INSTALLATIONS Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr
49. SI BioSec 2 le dossier scientifique est constitu d un assemblage de documents divers a ce dossier compl t par les paraphes est scann et un fichier PDF 2 est g n r Ce travail peut tre effectu soit dans l Unit soit confi par le PC une tierce personne Le dossier scann est ins r dans le SI par le PC ou son d l gataire c Les documents disponibles sous forme texte constituant une partie du dossier scientifique peuvent galement tre ins r s au format PDF 1 afin d enrichir les possibilit s de consultation pr sentes dans le moteur de recherche du SI Remarque Informations sur le format PDF e Ce format de fichier recouvre deux types d utilisation selon la m thode de g n ration du document o 1 Si le document a t g n r partir d un logiciel sp cialis Adobe Distiller ou un logiciel libre quivalent le fichier reste d chiffrable par un moteur de recherche ce qui autorise des recherches full text Page 15 INA Version 1 6 o 2 Si le document a t scann le fichier est quivalent un assemblage d images que l on ne peut qu imprimer 7 3 2 2 Saisie des informations Afin de limiter la fois la charge du Cr ateur et les risques d erreurs la saisie devra tre assist e chaque fois que cela sera possible e quelques champs seront obligatoires pour permettre la cr ation du Dossier e un contr le sera effectu sur l
50. admin superuser xsp 74 sdx admin welcome xsp 22 sdx admin xsl apps xsl 194 sdx admin xsl bases xsl 148 sdx admin xsl explorer xsl 921 sdx admin xsl identities xsl 473 sdx admin xsl index xsl 166 Jsdx admin xsl login xsl 194 Jsdx admin xsl loginsu xsl 218 sdx admin xsl messages en 161 sdx admin xsl messages es 158 sdx admin xsl messages fr 269 sdx admin xsl messages langs 7 sdx admin xsl messages pt 160 sdx admin xsl reconfigure xsl 116 sdx admin xsl skin xsl 277 Jsdx admin xsl superuser xsl 316 sdx admin xsl welcome xsl 19 sdx admin xsl xform xsl 1597 sdx resources conf analysis fr_biosec xml 471 sdx resources css html css 240 sdx resources css sdx css 17 sdx resources css xform css 27 sdx resources css xform dom css 1 sdx resources indexation index identity xsl 38 sdx resources js selects js 299 sdx resources xsl dir xsl 53 sdx resources xsl error xsl 9 de er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES XIII ST SCIENCE amp IMPACT Jsdx resources xsl sdx default xsl 577 sdx resources xsl xml xsl 744 sitemap xmap 140 sql engine xsp 64 static listeorgs xml 11 static listeunites xml 11 static listeutilisateurunite xml 11 static navigpopup xml 12 static opener xml 12 sta
51. alidation par cellule Bios curit Date derni re intervention dans SI BioSec 4 un mode Dossier complet qui pr sente toutes les informations saisies pour ce Dossier y compris les noms des fichiers joints que l on pourra ouvrir en cliquant sur leur r f rence On pourra trier le r sultat de l interrogation selon quatre crit res successifs chacun de ces crit res tant choisi parmi la liste suivante 1 Dossiers vivants ou tous 2 type de commission ou toutes 3 ann e choisie toutes partir d une ann e donn e ou toutes cf date envoi la commission 4 Unit Centre ou d partement aussi bien unit s responsables que h bergeantes Le d tail de la pr sentation de ces modes sera pr cis pendant la phase de sp cification d taill e 8 3 Formats de la Restitution Les informations pr sent es dans le paragraphe pr c dent pourront tre export es selon diff rents formats Nous envisageons les formats suivants qui semblent soit disponibles dans le monde de l open source soit relativement ais s mettre en uvre e XML sur la base de la DTD choisie pour l INRA e HTML e RIF e PDF e Fichier texte tabul pour les tableaux importable sous Windows et Macintosh 9 S curit amp Acc s l application L exigence de s curit est primordiale sur ce projet L application sera accessible uniquement sur l Intranet INRA les centres r gionaux sont interconnect
52. ative au projet dont ce dernier est responsable H Les outils int gr s dans SIGES Plusieurs outils int gr s dans SIGES permettent de suivre le cycle de vie des dossiers et d utiliser les informations stock es dans cette base nationale bilans par centre d partement commission organisme vivant organisme ext rieur 2 do Messagerie Chaque acteur DU PC DPC CD peut tre averti par messagerie de la situation du Dossier qui le concerne selon une fr quence qui varie avec la nature et l importance de l v nement et du r le de chacun dans l application Quelques uns de ces messages sont des alertes lanc es par SIGES lorsque certains d lais sont d pass s ou lorsque des anomalies sont constat es courriel messages internes dans SIGES Recherche Un module de recherche permet de r aliser des recherches sur l ensemble des dossiers en cours ou clos pour lesquels l acc s est autoris Ces recherches int ressent essentiellement les centres et les d partements pour lesquels existent un nombre significatif de dossiers Ces recherches portent sur l ensemble des informations document es dans SIGES champs de donn es et pi ces jointes Diff rents crit res de recherche sont utilisables type d activit OGM conf OGM diss ON OQ type de proc dure choisie dans le cadre d une commission donn e rattachement du Manuel aide SIGES 27 08 2006 7 Dossier une unit un centre ou un
53. avoir e L annuaire LDAP de l INRA e Le r f rentiel des structures et de agents Bastin e Un serveur SMTP pour l envoi de courriels L installation de SIGES consiste donc installer et ou configurer l acc s ces diff rentes composantes sous jacentes et ensuite installer et configurer proprement l application elle m me A noter que SIGES et toutes les composantes sous jacentes fonctionnent sur diff rents syst mes d exploitation En particulier nous le faisons fonctionner de mani re constante sur des plates formes Linux et Windows 3 Installation et configuration 3 1 Serveur Web HTTP Le serveur Web ou HTTP doit r pondre aux requ tes envoy es par les navigateurs Web sur le port 80 port par d faut mais d autres ports peuvent tre utilis s Selon la requ te il va soit la servir directement dans le cas d un fichier statique ou la passer un serveur d applications qui effectuera les traitements n cessaires et qui retournera la r ponse au serveur HTTP qu la relaie au navigateur Dans le cas de SIGES toutes les requ tes sont envoy es au serveur d applications aucune n est trait e directement par le serveur Web Nous supposons que l installation et la configuration du serveur Web ne font pas partie de ce manuel d installation car un tel serveur est d j install l INRA Dans le cas d une installation de d monstration ou de test on peut tout fait laisser tomber cette installation car le serveur d a
54. b exist siges inra fr siges xmlrpc biosec Pour simplifier nous avons livr quatre scripts de d marrage deux pour Windows et deux pour Linux UNIX Un script permet de d marrer en mode ligne de commande et un autre permet de d marrer en client graphique L utilisateur admin est utilis mais le mot de passe sera demand On doit toutefois modifier les scripts pour bien d finir la variable qui indique l adresse du serveur SET SERVEUR localhost 8080 siges SERVEUR localhost 8080 siges La premi re ligne est pour Windows la seconde pour Linux UNIX 4 Exploitation d une installation 4 1 Gestion des utilisateurs syst me La base de donn es XML de SIGES est initialis e avec un seul utilisateur syst me c est dire qui existent d s le d part et qui ne doit pas tre supprim Il s agit de l utilisateur admin utilis par application On peut modifier son mot de passe mais dans ce cas il faut le faire galement dans le fichier SSIGES global variables xmap Lors de l initialisation de l application le mot de passe est admin 4 1 1 Changement des mots de passe root ou SIGES Les mots de passe de l utilisateur admin peut tre chang uniquement avec le client eXist Pour ce faire il faut se connecter en administrateur admin En ligne de commande on peut effectuer la commande suivante Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 12 17 INA Application SIGES aj Ism
55. cherche xsp reload xsp 78 de er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UMITES EXPERIMENTALES ST SCIENCE amp IMPACT recherche xsp reloadapp xsp 37 recherche xsp resultats xsp 256 recherche xsp suggest xsp 27 Jrecherche xsp tableaux xsp 65 recherche xsp tag lib xsl 113 Jrecherche xsp tag params xml 41 Jrecherche xsp tag sitemap xml 56 Jrecherche xsp tag string xml 31 Jrecherche xsp tag xmldb xsl 611 recherche xsp terms xsp 72 Jref inra agent xsp 37 Jref inra centre xsp 37 ref inra centre dep par unite xsp 55 Jref inra centre hierarchie xsp 54 Jref inra centres xsp 40 Jref inra departement xsp 37 Jref inra departement hierarchie xsp 72 Jref inra departements xsp 40 Jref inra expand agents xsl 16 Jref inra liste unites xsp 35 Jref inra ref inra xmap 123 Jref inra sql xsp 28 ref inra sql2table xsl 40 Jref inra strip root xsl 23 Jref inra unite xsp 39 ref inra unite hierarchie xsp 122 Jref inra unites xsp 42 Jref inra unites du centre xsp 53 ref inra unites du dep xsp 39 ref inra unites par centre xsp 64 ref inra unites par dep xsp 49 ressources forms css 62 ressources forms advanced field styling xsl 115 Jressources forms calendar css 77 ressources forms calendar styling xsl 53 ressources forms field styling xs
56. d une unit INRA peut cr er et g rer un Dossier dans SIGES quel que soit son r le dans le Dossier h bergeant responsable scientifique G R les des diff rents acteurs Cr ation de Dossier cf bouton cr ation d un Dossier c est au DU son d l gu d initier la cr ation d un Dossier son r le se limite ce moment nommer un GD parmi les personnes de son unit Compl ter modifier et suivre un Dossier est du ressort principal du des GD d sign s pour le Dossier un DU peut se nommer lui m me GD Les RS de Projet peuvent aussi demander tre diteur ce qui les autorise entrer les donn es propres leur Projet utile surtout si des PJ confidentielles doivent tre ajout es Le PC peut tre amen intervenir dans le Dossier au moment de l envoi du Dossier la commission notifie l envoi du Dossier la commission mais la saisie de cet v nement peut aussi tre r alis e par le GD Le PC peut aussi ins rer des PJ L ensemble des autres acteurs acc dent l application avec des droits de consultations PC DPC CD EN Un module Recherche permet de s lectionner des Dossiers en fonction de crit res applicables l ensemble du Dossier tous les champs et Pi ces Jointes Manuel aide SIGES 27 08 2006 6 PRESENTATION SUCCINCTE DES ROLES DES DIFFERENTS ACTEURS DANS SIGES Modifier un dossier a ito AE R lt EE notifier un Consulter un
57. dans le dossier d installation de Tomcat Plus pr cis ment les trois librairies suivantes doivent tre plac es dans les dossiers correspondants jmx jar Ur OMCAT bin xercesImpl jar STOMCAT common endorsed Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 3 17 INA Application SIGES aj Is m xml apis jar STOMCAT common endorsed Attention Une incompatibilit entre les versions des librairies du kit de compatibilit Tomcat 5 5 16 et le SGBD XML utilis par SIGES eXist exige une installation d une version plus ancienne du kit de compatibilit La version 5 5 9 fonctionne bien 3 3 2 M moire allou e L l ment de configuration de Tomcat le plus important pour SIGES est la m moire allou e Java Par d faut cette m moire est largement insuffisante pour un bon fonctionnement de SIGES C est pourquoi il est n cessaire de modifier cette configuration De mani re g n rale on peut d marrer une application Java avec un param tre Xmx qui indique la m moire maximale allou e Java Par exemple java Xmx500m classe Dans cet exemple Java pourra utiliser jusqu 500Mo de m moire vive Pour Tomcat il faut donc s assurer que ce param tre est proprement pass au d marrage Pour SIGES il est conseill d allouer au moins 1Go de m moire vive Tomcat pour une utilisation r elle sur un serveur 1 5Go semble optimal Pour des tests quelques centaines de Mo peuvent suffire
58. dastraux etc Le dossier papier est paraph par le Directeur d Unit par le Chef de D partement de recherches puis par le Pr sident de Centre PC qui a la responsabilit de le transmettre la commission idoine 5 1 2 Dossiers r glementaires et projets de recherche La d nomination dossier est relative un ensemble de documents transmis une commission enregistr officiellement par celle ci et pour laquelle est d livr un agr ment de laboratoire pour une dur e de 3 5 ans CGG ou une autorisation d exp rimentation ponctuelle CGB gt Pour la CGG le dossier est une demande d agr ment de laboratoire pour toutes les manipulations d OGM pendant 3 5 ans INA Page 7 Version 1 6 Le dossier correspond donc souvent plusieurs projets de recherche avec des Responsables Scientifiques diff rents et pour lesquels les commissions peuvent rendre des avis s par s gt Pour la CGB le dossier est une demande d autorisation d exp rimentation Il correspond en g n ral un seul projet de recherche Le protocole exp rimental peut pr voir une exp rimentation sur plusieurs ann es culturales avec chaque ann e plusieurs essais sur des localisations distinctes gt Pour la SRPV le dossier est une demande d agr ment de laboratoire pour une dur e fix e Le dossier peut correspondre un ou plusieurs projets de recherches Les demandes pour toute importation ou circulation d
59. de sauvegarde car en cas de corruption de la base il sera plus facile de corriger les erreurs et de reprendre le contenu La sauvegarde peut tre lanc e par une ligne de commande sur le serveur condition que le client Java soit install En supposant que Java est dans le PATH et que le dossier courant est le dossier d installation du client eXist la ligne de commande est java jar start jar backup dir dossier de sortie user admin password mot de passe backup db ouri xmldb exist siges inra fr siges xmlrpc biosec Il s agit bien s r d une seule commande m me si elle est sur trois lignes ici Les l ments entre accolades doivent tre remplac s par les valeurs pertinentes La partie siges inra fr siges de l URL doit tre remplac e par l URL de base de l application A noter qu avec le client eXist livr par AJLSM les scripts exist backup bat OU exist backup sh permettent d ex cuter cette commande Vous devez modifier les scripts pour ajuster les diff rents param tres Cette commande peut tre programm e quotidiennement Voici toutefois quelques r flexions ce sujet e I est pr f rable de compresser le dossier obtenu car il peut devenir volumineux en XML e Il est vivement conseill de ne pas faire une sauvegarde dans un dossier qui contient d j une sauvegarde pr c dente Ainsi un script de sauvegarde peut tre le suivant 1 Ex cuter la sauvegarde dans un dossier temporaire Manuel
60. dministrateur de l application Celui ci pourra ensuite prendre la main La s quence d actions suivantes permet de faire cette initialisation 1 D marrer le serveur d applications Tomcat si ce n est d j fait 2 Avec un navigateur Web aller l adresse de base de SIGES qui devrait tre quelque chose comme htip serveur port siges 3 S identifier avec le code utilisateur root et le mot de passe qui y est associ d clar dans le fichier SSIGES global variables xmap Lors de cette phase d identification la base de donn es XML est initialis e 4 Cliquer sur l onglet Administration 5 Cliquer sur l entr e AS Administrateur syst me dans la section Gestion des r les 6 Dans la partie Ajouter un administrateur syst me clquer sur le bouton Ajouter puis recherche la personne qui jouera ce r le dans Bastin Une fois la personne s lectionn e cliquer sur le bouton Valider Une fois ces op rations effectu es l application est pr te l emploi Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 11 17 INA Application SIGES aj Ism 3 6 Utilitaires 3 6 1 Client Java eXist SIGES utilise le SGBD XML eXist pour stocker et g rer les notices en format XML Parfois il peut tre utile de se connecter la base de donn es avec un client d di eXist propose un tel client en Java qui fonctionne en ligne de commande ou en mode graphique Ce client est inclus
61. dre le SDK et non le JRE Au moment d crire cette documentation il s agit de l entr e J2SE v 1 4 2 11 SDK Pour Windows un assistant d installation est propos Pour Linux un RPM peut tre t l charg L installation est donc simple et directe en suivant pas pas les instructions 3 2 2 JAVA_HOME La variable d environnement JAVA HOME est utilis e par de nombreuses applications Java pour d terminer o se trouve la machine virtuelle Pour SIGES il est fortement conseill de bien la d finir Sous Windows on peut d finir une variable d environnement en ouvrant le panneau de configuration Syst me Dans ce panneau on active l onglet Avanc puis on clique sur le bouton Variables d environnement Deux types de variables peuvent tre d finies celles pour l utilisateur seulement et celles pour tous les utilisateurs ou syst me Il est pr f rable de d finir une variable syst me ici Pour ce faire cliquer sur le bouton Nouveau sous la liste des variables syst me et saisir JAVA HOME comme nom de la variable et copier le chemin complet du dossier d installation de Java comme valeur de la variable 3 3 Serveur d applications Java Le serveur d applications Java Apache Tomcat est support par SIGES Il correspond l environnement de l INRA et il est facile installer pour effectuer des d monstrations L installation la configuration la maintenance et l exploitation de Tomcat est un m
62. e 5 1 1 laboration du dossier Toute exp rimentation mettant en uvre des Organismes G n tiquement Modifi s ou des Organismes dits de Quarantaine doit faire l objet au pr alable d un agr ment de laboratoire ou d une autorisation d exp rimentation s donn par le Minist re de la Recherche ou le Minist re de I Agriculture Diff rentes instances minist rielles instruisent les dossiers e Deux commissions nationales distinctes o CGG Commission G nie G n tique Minist re de la Recherche qui g re les OGM confin s o CGB Commission de G nie Biomol culaire Minist re de I Agriculture pour les OGM diss min s dans l environnement e Des Services R gionaux o SRPV Services R gionaux de la Protection des V g taux Minist re de la Recherche Organismes de Quarantaine OQ qui sont par nature confin s Le responsable scientifique d exp rimentations n cessitant une autorisation labore un dossier scientifique destin tre envoy la CGB la CGG ou au SRPV Il d crit l environnement des exp rimentations e administratif et juridique Unit responsable Centre INRA concern e scientifique responsabilit scientifique e et de fa on tr s d taill e pour chaque projet de recherche environnement humain mat riel biologique protocoles installations utilis es Ce dossier peut tre constitu par assemblage de diff rents documents texte plans de b timents plans ca
63. ect Sorigine gt lt xsl text gt l amp 10 lt xsl text gt lt xsl if gt gt Cela a pour effet de modifier l g rement le d but des courriels envoy s permettant ainsi de savoir qui il aurait t normalement envoy lorsque ce n est pas le destinataire normal qui le re oit 3 5 2 7 Fichier SIGES recherche conf application xconf Il s agit d un fichier de configuration standard pour toute application SDX Ce fichier est dans un format XML Il peut tre modifi avec un diteur XML ou un diteur de texte attention au jeu de caract res et Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 10 17 INA Application SIGES aj Ism aux entit s externes Il est n cessaire de red marrer SIGES pour que les modifications dans ce fichier soient prises en compte SDX utilise une notion d entrep t pour garder une trace des documents qu il indexe Dans SIGES ces entrep ts sont de type URL car nous ne conservons que l adresse du document qui est stock uniquement dans la base de donn es XML Pour optimiser la gestion des URL et les rendre plus portables il est possible de d finir une URL de base et seule l URL relative cette base sera r ellement conserv e Cette URL de base doit correspondre FURL racine de l application SIGES par exemple http siges inra fr siges Elle doit donc correspondre au param tre webapp url base d fini dans le fichier ylobal variables xmap ll y a un seul entr
64. effet possible que le R f rentiel Transitoire externe fournisse toutes les informations n cessaires Page 13 INA Version 1 6 7 Fonctions du Syst me d Information 7 1 Administration de l application Les personnes identifi es par l application comme Administrateurs pourront g rer la liste des Administrateurs et auront acc s son param trage Le param trage concerne les points suivants 7 1 1 Gestion des Utilisateurs et des R les Un cran permettra de cr er modifier supprimer les l ments de listes d utilisateurs et de leur affecter leur r le Cette affectation de r le pourra se faire selon deux m thodes 1 soit automatiquement ou par validation de l administrateur partir du sch ma organisationnel de l INRA c est possible pour les Pr sidents de Centre les Chefs de D partement les Directeurs d Unit s 2 soit manuellement dans les cas ou le sch ma de l organisation ne permet pas de le d terminer ou s il y a des doutes sur l exactitude de l information pour un r le donn La reconnaissance automatique de la fonction exerc e se fera par consultation d une base externe BASTIN Oracle destin e faire office de r f rentiel transitoire Lors de la mise en service du Syst me d Information de l Institut S21 SI BioSec devra pouvoir se connecter sur le nouveau r f rentiel vraisemblablement par l interm diaire du connecteur XML 7 1 2 Gestion des R
65. ep t de type URL on peut le rep rer en cherchant la cha ne de caract res lt sdx repository type URL dans le fichier La d claration doit tre ainsi lt repository type URL id rdossiers base adresse de base gt II suffit donc de remplacer adresse de base par l adresse de base r elle de l application 3 5 3 D ploiement Une fois l application SIGES install e et configur e elle peut tre d ploy e dans Tomcat Pour un d ploiement standard il suffit de d placer le dossier SIGES dans le dosser STOMCAT webapps de mani re ce qu il existe un fichier STOMCAT WEB INF web xml O repr sente le dossier racine de SIGES qui sera alors visible dans l URL Pour un d ploiement plus manuel mais offrant plus de souplesse il est plus simple de passer par le manager de Tomcat l adresse http serveur Tomcat manager html et d utiliser le formulaire en bas de page pour d ployer une application Dans ce formulaire on peut d terminer FURL racine par exemple siges et la localisation du dossier SIGES sous la forme file home siges OU file c siges le la fin est n cessaire 3 5 4 Initialisation Le d ploiement rend SIGES apte fonctionner dans un environnement Tomcat Toutefois avant que les utilisateurs puissent r ellement utiliser SIGES on doit effectuer quelques op rations d initialisation Essentiellement il s agit de s identifier en root et de d finir au moins un a
66. ersion 1 6 La fin de chaque phase du projet donnera lieu une validation formelle crite et co sign e par le prestataire et la ma trise d ouvrage de l INRA On retiendra pour l essentiel les documents suivants 1 ADAI manuel pr sentant l architecture de l application et les outils libres utilis s sp cifications d taill es manuel de conception les codes sources manuel d installation manuel utilisateur 15 Gestion du Projet 15 1 Direction de Projet INRA Les interlocuteurs privil gi s pendant la phase d instruction du projets seront Le responsable fonctionnel repr sentant la Maitrise d Ouvrage Patrick L chopier T l 02 47 42 78 82 Fax 02 47 42 76 30 lechopi tours inra fr Le responsable informatique G rard Pelloux T l 04 32 72 21 61 Fax 04 32 72 21 62 Gerard Pelloux avignon inra fr 15 2 Structures du Projet Elles seront d finies et mises en place en accord avec le prestataire 000 Page 25 INA INA Annexe le DOSSIER BioSec Version 1 6 Page 26 Version 1 6 BD OGM amp OQ Prnsipales hypoth ses retenues formadaire web remplir localement par le responsable scientifique Formulaire inchi par le pr sident de Centre dans BD avec tous dossiers et documents nume ris s de liaisons avec les commissions MAJ muse jour DU directeur duut RS responsable scsentifique PC Pr sident de Centre CD chef de d partement Cellu
67. ersonnes disposant de fonctions nationales ou de consultant c D finition des listes d autorit type de proc dures type d installations listes des organismes vivants d Param trage du contenu et de l envoi des messages qui doit les recevoir et sous quelle forme param trage des messages d alerte d lais fr quences e Unit de remplacement quand une unit INRA impliqu e dans un Dossier actif ou clos est supprim e dans la base structures INRA elle peut tre remplac e dans le Dossier par la nouvelle unit qui a repris ses activit s Les actions offertes par ce module varient en fonction du r le jou dans l application par la personne qui se connecte les DU PC et CD peuvent nommer des d l gu s cf a les possibilit s offertes aux autres alin as concernent essentiellement l administrateur de l application Manuel aide SIGES 27 08 2006 8 l INA Application SIGES aj Ism Manuel d installation et d exploitation Pr par par AJLSM Martin S vigny Version 0 1 Date 5 mai 2006 Table des mati res 1 2 3 5 uge BARATO 2 Architecture g n rale sumamente 2 Installation et configuration rss 2 3 44 Serveur Web UI TE Krater Aer rm arada as 2 8 2 Machine virtuelle ALEA 2 3 3 Serveur d applications Java EAE 3 34 SGBD CIE fe a 5 IS EI 6 EZA Dell 12 Exploitation d une installation nasan 12 4 1 Gestion des utilisateurs syst me issues 12 4 2 Sauve
68. es champs dates le format devra tre correct pour pouvoir enregistrer le Dossier e on utilisera si possible des listes en facilitant le choix partir d une s lection dynamique bas e sur les premi res lettres saisies e un choix par d faut sera propos pour certains champs ainsi partir du nom du Cr ateur le SI automatisera le contenu des champs pour lesquels des informations sont disponibles dans le r f rentiel de l INRA nom de l Unit du Centre etc 7 3 2 3 Insertion des fichiers joints Les fichiers joints seront initialement pr sents soit sur le poste de travail du Cr ateur soit sur un serveur de Centre Le SI les stockera sur un serveur national de Jouy en Josas Les fichiers PDF seront regroup s dans un r pertoire correspondant un Dossier selon la m thode d crite dans le paragraphe 5 2 2 2 Lors de la phase de sp cifications d taill es il conviendra de normer les noms des r pertoires et des fichiers PDF soit automatiquement soit par des recommandations crites sur les crans de l application 7 3 3 Envoi du dossier scientifique la commission Le Pr sident de Centre note la date d envoi dans le SI 7 3 4 Instruction du dossier scientifique par la commission La commission renvoie en g n ral au PC un accus de r ception du dossier avec attribution d un num ro de r f rence propre gt Le PC renseigne le Dossier BioSec correspondant avec ces nouvelles informations Remarque s
69. es en deux ensembles les fichiers d indexation et les m tadonn es de gestion A noter qu il est possible de reg n rer toutes ces donn es partir des notices dans la base XML Pour ce faire on doit aller l adresse http serveur dossier gestion admin html en tant qu administrateur de l application et dans la zone de texte Notices d une collection eXist sur le serveur indiquer dossiers puis cliquer sur le bouton Indexer 4 2 4 1 Fichiers d indexation Le moteur de recherche utilis est Lucene via SDX Ce moteur de recherche stocke les donn es index es dans des fichiers binaires qui doivent tre sauvegard s pour une restauration rapide Pour une sauvegarde compl te il suffit de sauvegarder tout le contenu du dossier SIGES recherche conf Quelques fichiers de configuration seront aussi sauvegard s mais c est n gligeable par rapport au reste La restauration peut se faire comme pour tout fichier 4 2 4 2 M tadonn es de gestion Les m tadonn es de gestion li es l indexation sont stock es dans le SGBD relationnel de support PostgreSQL On peut donc utiliser les m canismes de PostgreSQL pour assurer les sauvegardes et les restaurations Le plus simple et le plus efficace est de sauvegarder puis restaurer toute la base de donn es li e l application La commande suivante permet de le faire pg dump est un utilitaire dans le dossier bin de PostgreSQL pg dump username code utilisateur
70. et produire durablement am liorer l alimentation humaine pr server la sant des consommateurs comprendre leur comportement diversifier les produits et leurs usages am liorer leur comp titivit d velopper les strat gies g n riques pour la connaissance du vivant Une pr sentation d taill e de l organisation et des activit s de l Institut est disponible sur le site http www inra fr 2 La CNUE La Commission Nationale des Unit s Exp rimentales est une unit d appui de l INRA qui est charg e du suivi de la politique d organisation du dispositif exp rimental de l INRA Plac e sous l autorit du Directeur g n ral d l gu en charge des programmes du dispositif et de l valuation scientifiques elle a pour mission centrale d avoir une connaissance approfondie et actualis e des diff rentes composantes du dispositif exp rimental de l INRA patrimoine installations et dispositifs exp rimentaux ressources financi res et humaines d di es etc et d en v rifier l op rationnalit Elle propose galement les volutions n cessaires en termes d organisation et de fonctionnement pour r pondre aux objectifs fix s Cette connaissance fondamentale lui permet de r pondre aux diverses sollicitations internes de la Direction G n rale des directeurs scientifiques ou des chefs de d partements pour des missions d analyse ou d expertise par exemple la mission sur l harmonisation des pratiques budg taires dan
71. ffichage d un Dossier La connexion cette application se fait par authentification gr ce un annuaire LDAP L acc s n y est autoris que si l utilisateur remplit certains crit res en plus du LDAP dee INGA CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES En annexe de ce document le cahier des charges constitu au d part du projet ainsi que le manuel utilisateur d crivent les fonctionnalit s et les concepts de l application Il est pr f rable de consulter ces annexes pour la compr hension des prestations demand es Architecture SIGES est une application Web d velopp e l aide du Framework de gestion documentaire SDX bas sur Cocoon 2 1 5 1 La persistance des dossiers est assur e par une base de donn es XML eXist ainsi qu une base de donn es PostgreSQL 8 1 L indexation et la recherche des documents est assur e par Lucene Le tableau suivant pr sente les versions actuelles des composants logiciels de l application Composants logiciels Versions actuelles Apache 1 3 34 Cocoon 2 1 5 1 SDX 2 2 1 Java 1 4 2 Tomcat 5 PostgreSQL 8 1 Le manuel d installation et d exploitation en annexe Il pr sente l architecture g n rale de SIGES Le code L annexe III pr sente la liste des fichiers constituants l application sans les fichiers de type images et de code compil comme les class ainsi que le nombre de lignes de code Le total se
72. file xml 9 Jressources htmlarea plugins FullPage popups docprop htm 131 ressources htmlarea plugins FullPage popups makefile xml 5 Jressources htmlarea plugins makefile xml 8 ressources htmlarea plugins SpellChecker img makefile xml 4 ressources htmlarea plugins SpellChecker lang cz js 27 de er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES XI ST SCIENCE amp IMPACT Jressources htmlarea plugins SpellChecker lang da js 27 ressources htmlarea plugins SpellChecker lang de js 25 ressources htmlarea plugins SpellChecker lang en js 27 ressources htmlarea plugins SpellChecker lang hu js 26 Jressources htmlarea plugins SpellChecker lang it js 25 ressources htmlarea plugins SpellChecker lang makefile xml 4 ressources htmlarea plugins SpellChecker lang ro js 26 Jressources htmlarea plugins SpellChecker makefile xml 8 ressources htmlarea plugins SpellChecker readme tech html 111 ressources htmlarea plugins SpellChecker spell checker js 67 ressources htmlarea plugins SpellChecker spell check logic cg 210 ressources htmlarea plugins SpellChecker spell check style css 10 ressources htmlarea plugins SpellChecker spell check ui html 102 Jressources htmlarea plugins SpellChecker spell check ui js 365 ressources htmlarea plugins TableOperati
73. forms implantation default xml 3 forms implantation display xml 655 forms implantation form xml 312 forms login binding xml 180 forms login default xml 21 forms login display xml 145 forms login form xml 29 Jforms messages binding xml 104 orms messages default xml 2 forms messages display xml 18 er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES VI ST SCIENCE amp IMPACT forms messages form xml 15 Jforms modification binding xml 417 forms modification default xml 3 forms modification display xml 468 forms modification form xml 385 Forms modifier_gestionnaires binding xml 206 forms modifier gestionnaires default xml 3 forms modifier gestionnaires display xml 317 forms modifier gestionnaires form xml 212 forms pj binding xml 237 forms pj default xml 3 forms pj display xml 238 forms pj form xml 81 forms popup rechercheunite binding xml 96 Rorms popup_rechercheunite default xml 2 Jforms popup_rechercheunite display xml 112 forms popup rechercheunite form xml 39 forms popup rechercheutilisateur binding xml 65 forms popup rechercheutilisateur default xml 2 forms popup_rechercheutilisateur display xml 100 forms popup rechercheutilisateur form xml 34 forms projet binding xml 769 forms projet default xml 3
74. forms projet display xml 643 forms projet form xml 400 forms referentiel utilisateur binding xml 62 forms referentiel utilisateur default xml 2 forms referentiel utilisateur display xml 88 forms referentiel utilisateur form xml 31 global variables xmap 185 init biosec db contents ml 8 init biosec db conf contents _ xml 17 init biosec db conf administrateurs xml 5 init biosec db conf delai alertes xml 23 Jinit biosec db conf delegues cd xml 4 Jinit biosec db conf delegues dpc xml 4 init biosec db conf delegues du xml 4 init biosec db conf delegues pc xml 4 Jinit biosec db conf fonctions nationales xml 4 Jinitbiosec db conf messages al xml 53 linitbiosec db conf messages ev xml 133 init biosec db conf messages pj xml 103 init biosec db conf messages texte xml 43 init biosec db conf referentiels xml 43 Jinit biosec db conf sysadmin xml 5 init biosec db dossiers contents vm 4 init biosec db dossiers 2006 contents ml 2 init biosec db listes contents ml 29 init biosec db listes corr img xml 81 Jinit biosec db listes departements_francais xml 291 init biosec db listes domtom xml 33 init biosec db listes dossier etat xml 21 de er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UMITES EXPERIMENTALES VII ST SCIENCE amp IMPACT
75. garde et restauration des donn es 14 4 37 Arr t et d marrage EE 17 4 4 Proc dures p riodiques et automatiques 17 Importation et exportation de donn es sr a 17 INA Application SIGES aj Ism 1 Introduction Ce manuel d crit les proc dures pour installer l application SIGES la configurer l initialiser et ensuite l exploiter c est dire en assurer le bon fonctionnement SIGES est une application de gestion de dossiers et projets li s la bio s curit Toutes les composantes sur lesquelles repose l application SIGES peuvent tre trouv es sous la forme de logiciels libres ou gratuits De plus aucune restriction sur l utilisation des sources de l application SIGES n est impos e par AJLSM Ainsi il est tout fait possible de proc der plusieurs installations diff rentes 2 Architecture g n rale SIGES est une application Web d velopp e dans une architecture Java Elle repose donc fondamentalement sur trois composantes fonctionnelles essentielles e Un serveur Web HTTP e Une machine virtuelle Java e Un serveur d applications Java Par ailleurs SIGES utilise un SGBD relationnel pour y stocker certaines donn es de gestion li es l indexation des notices et l utilisation du syst me De plus SIGES utilise le syst me de fichiers accessible sur le serveur partir d une racine configurable pour y stocker les pi ces jointes Enfin SIGES acc de des ressources externes g r es par l INRA s
76. i c est le RS qui re oit cette pi ce il devra saisir le renseignement La commission peut aussi demander des renseignements compl mentaires et s adresse alors en g n ral directement au RS des compl ments de dossier peuvent tre alors de nouveau envoy s par le RS qui ajoute ces documents num ris s au Dossier D une mani re plus g n rale des compl ments de dossier peuvent exister tous moments de la vie d un dossier renseignements compl mentaires demande de prolongation demande de modification Dans toutes ces situations ces ajouts g r s par le RS doivent tre num ris s et int gr s dans le Dossier Le PC renseigne le SI quant aux dates de transmissions de ces compl ments il n est pas toujours pr venu par le RS qui devra alors saisir lui m me ces informations Page 16 INA Version 1 6 7 3 5 Retour des avis de commissions Les retours d avis sont en g n ral transmis directement au RS gt Celui ci doit transmettre une copie de cet avis au PC gt Ce dernier prend connaissance de cet avis e Il renseigne le Dossier date avis dur e extrait du commentaire e Il num rise l avis et l int gre dans le Dossier BioSec Si des avis compl mentaires manant de la commission devaient arriver le m me processus est mettre en place transmission au PC et mise jour du Dossier Le PC doit tre alert sur le non retour d avis de la commission peut tre la non transmission de cet avis
77. im 345 Jressources htmlarea popupwin js 124 ressources htmlarea project config xml 5 ressources htmlarea reference html 505 ressources htmlarea release notes htmi 162 Jressources local forms css 9 Jressources main xsl 11 Jressources mattkruse lib AnchorPosition js 85 Jressources mattkruse lib CalendarPopup js 463 ressources mattkruse lib date js 230 ressources mattkruse lib date Is 7 dee CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES XII ST SCIENCE amp IMPACT ressources mattkruse lib date en js 7 ressources mattkruse lib date fr js 7 ressources mattkruse lib OptionTransfer js 100 Jressources matikruse lib PopupWindow js 232 Jressources mattkruse lib README txt 3 ressources mattkruse lib selectbox js 195 ressources scripts main js 16 Jressources styles main css 25 sdx admin applications xsp 21 sdx admin apps xsp 85 sdx admin bases xsp 57 sdx admin explorer xsp 77 sdx admin identities xsp 141 sdx admin index xsp 35 sdx admin login xsp 36 sdx admin loginsu xsp 42 sdx admin reconfigure xsp 21 sdx admin res html css 240 sdx admin res sdx css 17 sdx admin res sdx gif 18 sdx admin res selects js 299 sdx admin res xform css 27 sdx admin res xform dom css 1 sdx admin sdx admin xmap 70 sdx
78. installation du SGBD de support De plus les l ments user et password doivent contenir le code utilisateur et son mot de passe pour acc der aux bases de donn es Ensuite le serveur SMTP utilis pour les alertes quotidiennes doit tre configur ainsi lt component class org apache cocoon mail MailMessageSender logger mailsender role org apache cocoon mail MailSender gt lt parameter name smtp host value smtp inra fr gt lt component gt Il faut remplacer smtp inra fr par une valeur appropri e L application SIGES d clenche de nombreuses alertes quotidiennes et une alerte annuelle Ces alertes sont galement d finies dans le fichier cocoon xconf La configuration de base est la suivante Enfin la p riodicit des alertes et de la compilation des tableaux de bord doit tre sp cifi e Par d faut elle est d finie ainsi lt triggers gt lt trigger name reponsetardive target org apache cocoon components cron TestCronJob ReponseTardive concurrent runs true gt lt cron gt 0 0 1 lt cron gt lt trigger gt lt trigger name annoncefin target org apache cocoon components cron TestCronJob AnnonceF in concurrent runs true gt lt cron gt 0 0 1 lt cron gt lt trigger gt lt trigger name dossierclos target org apache cocoon components cron TestCronJob DossierClos concurrent runs true gt lt cron gt 0 0 1 lt cron gt lt trigger gt lt trigger name
79. ique papier envoy la commission Ce document contient l int gralit des informations dont certaines sont publiques et d autres priv es Cette pi ce pourra tre accompagn e d un autre document PDF ou plusieurs ayant servi produire le dossier scientifique qui permettra la recherche full text 2 Espace Projet il accueillera toutes les pi ces d di es un projet 3 Espace Vieux Documents il accueillera les anciennes versions des pi ces jointes la gestion de la confidentialit restant active Une pi ce jointe pourra tre supprim e ou d plac e dans l Espace Vieux Documents 5 2 3 Partie du cycle de vie g r dans le syst me Le syst me ne g rera pas la phase d laboration ni de signature du dossier en interne l INRA Page 10 INA Version 1 6 Le Dossier n existe donc qu partir du moment o complet sign il est envoy par les Pr sidents de Centre aux commissions Un Dossier pourra donc tre cr dans le syst me un instant pouvant tre ant rieur ou post rieur l envoi effectif 5 2 4 Cycle de Vie amp tats du Dossier Le Dossier passera par plusieurs tats selon le s quencement d v nements li s son cycle de vie Ces tats seront les suivants 1 En Construction le Dossier est en cours de saisie il pourra tre enregistr m me s il n est pas complet Envoy la commission par le Pr sident de Centre
80. ise d un existant L INRA fournira un jeu de tests d une dizaine de Dossiers selon un format d finir 11 Types de Solutions acceptables Pour une raison de coh rence avec ses choix technologiques l INRA souhaite une solution bas e sur la plate forme open source XML SDX disponible sous licence GPL 12 Contraintes Techniques 12 1 Architectures logique et physique L INRA a une pr f rence pour les solutions fonctionnant int gralement sous Unix ou Linux avec une architecture logicielle hi rarchis e n tiers diff renciant clairement l acc s Web la couche applicative et le stockage des donn es L application pourra tre param tr e pour fonctionner sur la base d architectures physiques diff rentes de telle sorte que le serveur Web le serveur d application la base de donn es XML et le serveur de stockage puisse tre install s sur un nombre de machines allant de 1 4 12 2 Serveurs Actuellement les serveurs de l INRA utilisent les environnements suivants Serveur Web o serveur Apache Page 23 INA Version 1 6 o OS Linux Debian Sarge ou Sun Solaris 8 Serveurs d application et de fichiers pdf o OS Linux Debian Sarge ou Sun Solaris 8 Serveur de donn es o OS Linux Debian Sarge ou Sun Solaris 8 Il est souhait que le stockage des donn es se fasse sur une base native XML de pr f rence sous licence libre si le soumissionnaire fait une proposition alternative
81. ision synth tique de la situation Ils sont accessibles aux Consultants en fonction de leur habilitation d crite dans le paragraphe 6 2 5 Consultant Les tableaux contiennent des informations labor es la demande et p riodiquement la fin de chaque trimestre 7 6 1 Tableau e Suivi du contenu du SI BioSec Ce tableau contient les informations suivantes e depuis le 1 janvier o par Commission par centre par d partement par plante par organisme Nombre dossiers nouveaux entr s en base cr ation dossier envoy la 0000 commission Nombre dossiers nouveaux diss mination CGB date envoi dossier la PV Nombre dossiers nouveaux diss mination CGB date de mise en culture Page 19 INA Version 1 6 Nombre dossiers nouveaux ayant re u un avis positif de la commission nature avis positif Nombre dossiers nouveaux ayant regu un avis n gatif de la commission nature avis n gatif Nombre dossiers nouvellement clos date de cl ture automatique ou volontaire atteinte e Nombre de dossiers vivants la date de l interrogation e Nombre total de dossiers la date de l interrogation 7 6 2 Tableau Utilisation du SI BioSec Ce Tableau est accessible uniquement l Administrateur Il donne le nombre la liste des Utilisateurs e intervenant sur le SI en cr ation ou modification de Dossiers date heure num ro du Dossier e ayant consult le SI
82. iste pr c dents dossiers apparent s n fornsat N ewegstrement des pr c dents dossiers d claration d utilisation ACGG MI Al et des N enregistrement du dossier agr ment pr c dent complen Pie CA pas commission hen permettant consultation Lere demande prolongation pas de modif modification procedure Ure Jensacid Gel o Gel ederta es Lira demande pzta pas de mel 39 Nore dossier ou sous dorsier misen PI E ait compl ment de modi modification compl ment modification compl ment EEE Couple Demande modern Demande prolongation 21 A n Noter r f dossier sa existe eela DER gestion dossier uubal modif prolongation D cabration d implantation SRPV _ 1 Date s de mise en place effective Departement s Conmume s Nom s domame s INRA ou organismes partenaire ou priv s Beet totale s OGM Ste Conmnnne s da EZE INRA ou organismes sy surface s EZE OGM n dossier initial modif prolongation E Gestion des dossiers de demandes autorisation ou agr ment et gestion par Pi Page 27 Om Version 1 6 Traummiteion par RS au pe dv Gete 48 web avec tous les autres ficluers Origins e pdf voire doc mm ads inclusion par PC des documents compl mentaires ex feuille des Y avec documents aamexes plans 3 d pour Gr2 dossier info public sf annexe 4 EO esatie dd e LP Hee 2
83. istribution inclut diff rents scripts pour d marrer et arr ter Tomcat ces scripts sont tous situ s dans le dossier TOMCAT bin Normalement le d marrage et l arr t de Tomcat sont d clench s respectivement par les commandes suivantes STOMCAT bin startup sh STOMCAT bin shutdown sh Pour un d marrage lors de la mise en route du serveur il conviendra de s assurer que ces scripts sont inclus dans la s quence d initialisation du serveur Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 4 17 INA Application SIGES aj Ism 3 3 4 Fichiers logs Dans une installation standard Tomcat va crire des informations dans des fichiers logs qui sont situ s dans le dossier STOMCAT 1ogs Ces informations peuvent parfois donner des indications sur des probl mes rencontr s en particulier si l application SIGES ou Tomcat lui m me ne fonctionne plus normalement 3 3 5 Dossier de travail Le dossier TOMCAT work est la racine des dossiers temporaires utilis s par les applications Parfois il peut tre n cessaire de supprimer ce dossier temporaire pour s assurer que des fichiers sont recompil s par exemple Il est donc important de conna tre son emplacement A noter que chaque application poss de son propre dossier temporaire et il n est pas n cessaire de supprimer tout le dossier TOMCAT work pour faire le m nage dans une application 3 4 SGBD relationnel Un SGBD relationnel doit tre install
84. it r glementaire Diagnostic Conseil Nom s de s Personne s Audit e s Dates des audits ant rieurs Effectifs de l unit Date de la r union d ouverture Date de la r union de cl ture Remarque s GENERALITES Rapide apergu du programme de recherche concern Les contraintes qui en d coulent pour les aspects de s curit Biologique Les volutions scientifiques d ordres administratifs TGU et les changements d infrastructures probables XVII BIR MITO BIOLA Personnes pr sentes lors de la visite de la Cellule de S curit Biologique TEL SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES RITZA EXPERIMENTALES AUDITION en SALLE Date Unit acronyme Directeur de l Unit D partement de tutelle Autre s tutelle s Centre Personnes Pr sentes Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Remarque s XVIII NAappUILU ZAUAN UC la COUT eia Page 1 1 de S curit Biologique dur C SCIENCE amp I
85. l 424 ressources forms htmlarea styling xsl 46 Jressources forms lib js 165 ressources forms page styling xsl 245 ressources forms samples styling xsl 23 ressources htmlarea project 11 ressources htmlarea ChangeLog 1185 ressources himlarea dialog js 50 Jressources htmlarea htmlarea css 89 Jressources htmlarea htmlarea js 1324 ressources htmlarea images makefile xml 4 ressources himlarea index himl 196 Jressources himlarea lang b5 js 32 ressources htmlarea lang cz js 51 ressources htmlarea lang da js 33 ressources htmlarea lang de js 48 ressources htmlarea lang ee js 50 er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES ST SCIENCE amp IMPACT ressources htmlarea lang el js 70 ressources htmlarea lang en js 74 ressources htmlarea lang es js 48 Jressources himlarea lang fi js 43 ressources htmlarea lang fr js 49 ressources htmlarea lang gb js 32 ressources himlarea lang he js 50 Jressources himlarea lang hu js 50 ressources htmlarea lang it js 49 ressources htmlarea lang ja euc js 33 ressources htmlarea lang ja jis js 33 Jressources himlarea lang ja sjis js 33 ressources himlarea lang ja utf8 js 34 Jressources himlarea lang lt js 50 ressources htmlarea lang Iv js 49 ressources htmlarea lang makefile
86. le BS celhile bios cint CP BS comit permanent bios cunt dCGB 19 ef doser CGB 1 biste saisse sur hste propos e F cran auto g n r par application parta mfos sasies dans fornmdare systeme g r par application RUBRIQUES DU FORMULAIRE e Se de diss mination d OGM CGB Agr meut d utilisation confin e d OGM CGG UE gn etaren OBSERVATIONS sd ne A 3 Vaiti reep le da projet celle du DU dle du DU ekle du projet el de DU o autre gn Ea a E AEE E E 5 SE L id A ETETE bre ner EO ea poden Ge baue SEDU est noa INRA et si are pas dans la te des RS EE 4 Directeur de l unit responsable L liste DU saguatage von feudle paraphes scicutifique de Folk DU CGG L3 programe de Q per 400 eni bura INRA du non abritent Lee nerd GEO ee a d a e Unit da m me EE Site PE pr ciser P be Zk e serca co BET m nte partiellement PS Ss differente pr c dente se 00 3 Ss prive plusieurs r ponses possibles gt ekon sur bie laboratore LL 12 L3 champ serre Si S2 S3 ammsalene Al A2 A3 chambre 6 Types d installations mobilis es a Bate climatis e Al A2 salle battage AL A2 autre References GE des E sauces ci dessous uma gt 109 PAE Em a St e tt tt x emvisag s 400 6 N enregistrement du dossier grement ou Paki Lu me de mie od te de ES rn po ete 19 L
87. le R f rentiel provisoire ces alertes seront galement consultables sur un cran de l application la pr sence de tels messages tant signal e lors de la connexion de chaque utilisateur par exemple Les alertes est mises l attention du ou des RS du Projet du Directeur de l Unit du Pr sident de Centre et de la Cellule Page 18 INA Version 1 6 Les d lais d activation des alertes d crites ci dessous sont donn s pour indication Ils doivent tre param trables par l Administrateur commission par commission Un cran donnera acc s une liste de toutes les alarmes en pr cisant la date d mission le type de l alarme et les destinataires du message 7 5 1 Avis Commission Elle est mise e trois mois apr s la date d accus r ception de l envoi d un dossier une Commission e si l avis de la Commission n a pas t notifi dans le Dossier un probl me ventuel ou un oubli du RS 7 5 2 Non d p t du dossier de diss mination Elle concerne sp cifiquement les Dossiers CGB Elle est mise si le dossier de diss mination effectif n est pas d pos e apr s la date de l avis d autorisation de diss mination e avec renouvellement tous les quatre mois 7 5 3 Fin d autorisation ou d agr ment Elle est mise une fois six mois avant l expiration de la date de fin d autorisation ou d agr ment 7 6 Production de Tableaux de Bord Ces tableaux sont destin s fournir une v
88. le plus souvent un grand nombre de Projets Un Projet est clos automatiquement la fin de la p riode pr vue pour les essais il pourra tre clos pr matur ment par le RS L annexe Dossier liste l ensemble des donn es trait es 5 2 2 2 Pi ces jointes Remarque ce paragraphe fait r f rence des r les Cr ateur RS PC pr sent s dans le paragraphe 6 Pr sentation des Utilisateurs et des R les Les pi ces jointes peuvent concerner l ensemble du Dossier ou plus particuli rement un projet Les pi ces jointes peuvent tre ins r es e par le Cr ateur qui l associe un Dossier ou un Projet particulier e ou bien par un Responsable Scientifique pour le Projet qu il g re Il reste ensuite d finir les conditions de publication 1 Une pi ce jointe est accessible par d faut en consultation et par l interm diaire du moteur de recherche au Cr ateur aux Responsables Scientifiques RS des autres projets du Dossier sa hi rarchie Directeur de l Unit Chef de D partement aux Pr sidents de Centres PC et I Administrateur 2 Si la pi ce jointe est d clar e confidentielle elle ne sera plus accessible aux autres RS des Projets contenus dans le Dossier tout en le restant de l ensemble de la hi rarchie Le stockage des pi ces jointes se fera de fa on structur e 1 Espace Dossier La pi ce la plus importante est la copie scann e du dossier scientif
89. lgation de tout ou partie des informations contenues dans ce document 1 4 Forme attendue des propositions Outre la pr sentation de la Soci t et de ses r alisations dans le domaine les propositions des soumissionnaires distingueront la description technique de la proposition commerciale Cette derni re pr cisera notamment les charges en jours et les co ts par type de prestation pour chaque phase du projet analyse conception r alisation tests documentation formation Un calendrier de r alisation sera fourni 2 Pr sentation de l INRA L Institut National de la Recherche Agronomique est un Etablissement Public caract re Scientifique et Technologique Les Directions Scientifiques et les Directions d Appui la Recherche s appuient sur e 14 d partements de recherche touchant l agriculture l alimentation et l environnement e 21 centres r gionaux r partis en pr s de 200 sites dans toute la France e 470 unit s dont 260 unit s de recherche 80 unit s exp rimentales et 130 unit s d appui et de service L Unit Centrale Informatique de Jouy en Josas dans la r gion parisienne est le lieu d h bergement des applications de gestion et des serveurs nationaux serveurs Web d applications et de donn es Une pr sentation de l Institut de son organisation et de ses activit s est disponible sur le site http www inra fr Page 5 INA Version 1 6 3 Enjeux amp Contexte Ce
90. m xsp 70 tableaux xsp tdb meta xsp 23 tableaux xsp utilisations xsp 125 theme css biosec css 109 theme js change liste js 160 er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES XIV ST SCIENCE amp IMPACT Jtheme js exports js 26 theme js popup biosec js 11 theme js rechercheutilisateur js 20 theme modele xhtml 67 Jtransform cforms evenement xsl 140 Jtransform cforms forms calendar styling xsl 45 Jtransform eforms forms field styling xsl 689 Jtransform cforms forms himlarea styling xsl 26 transform cforms forms page styling xsl 280 transform cforms main xsl 549 Jtransform cforms modification xsl 188 Jtransform cforms strip empty elements xs 225 transform cocoon error2html xsl 122 Jtranstorm messages messages xsl 101 transform messages sujet messages xsl 21 transform presentation aggregate xsl 83 transform presentation biosec xsl 318 transform presentation entete2xhtml xsl 310 transform presentation index2xhtml xsl 243 Jtransform presentation menu2xhtml xsl 993 Jtransform presentation modele2xhtml xsl 35 Jtransform referentiels ajax xsl 117 Jtranstorm referentiels csv2list xsl 88 Jtransform referentiels list values cform xs 84 Jtransform referentiels list values cform ev xsl 124 transform referentiels list value
91. ment ou d autorisation Un Dossier SIGES est normalement cr et instruit par l unit qui est responsable scientifique des activit s mais une unit dont le r le se limite au seul h bergement de ces activit s peut aussi le faire par exemple une UE peut h berger les activit s scientifiques port es par un organisme ext rieur E Gestion des acc s l application et aux dossiers Les dossiers contenus dans cette base SIGES ne sont accessibles qu aux personnes directement concern es par les activit s qui y sont d crites Les DU PC et CD peuvent a priori acc der SIGES le contr le de ces acc s hi rarchiques est assur par la base structure de l INRA actualis e en permanence Ainsi e Un DU peut visualiser les Dossiers de sa propre unit pas les autres et c est lui qui initie la cr ation d un nouveau Dossier dans SIGES il nomme alors un GD f Un PC peut visualiser tous les Dossiers dans lesquels une unit de son centre est impliqu e que cette unit soit responsable scientifique d un Dossier ou bien qu elle h berge les activit s d crites dans un autre Dossier g Un CD peut visualiser les Dossiers des unit s de son d partement qu il soit d partement gestionnaire ou d partement associ Les unit s concern es peuvent tre responsables scientifiques d un Dossier et ou h berger les activit s d crites dans le Dossier D autres personnes peuvent acc der SIGES h
92. ms xml 741 Jmessages messages xml 210 Jrecherche conf application xconf 141 Jrecherche conf indexation dates xsl 458 recherche conf indexation indexation xsl 639 recherche conf logicsheets historiquelmpl xsl 204 recherche conf logicsheets xsp xsl 530 recherche js recherche js 615 Jrecherche sdxapp xmap 444 recherche xsl _inc common xsl 735 Jrecherche xsl _inc page xsl 61 recherche xsl _system fieldListFilter xsl 74 Jrecherche xsl _system query xsl 106 de er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UMITES EXPERIMENTALES VIII ST SCIENCE amp IMPACT recherche xsl admin xhtml admin2xhtml xsl 93 Jrecherche xsl dossier dossier xsl 67 recherche xsl dossier xhtml dossier dossier xsl 1157 Jrecherche xsl dossier xhtml dossier2xhtml xsl 335 recherche xsl dossiers dossiers xsl 28 recherche xsl dossiers fo dossiers2fo xsl 1022 recherche xsl dossiers pdf dossiers2pdf xsl 33 recherche xsl dossiers rtf dossiers2rtf xsl 193 recherche xsl dossiers xhtml dossiers2xhtml xsl 849 Jrecherche xsl dossiers xml dossiers2xml xsl 108 recherche xsl fo fo xsl 17 Jrecherche xsl fo xhtml2fo LICENSE 24 Jrecherche xsl fo xhtml2fo README 1 Jrecherche xsl fo xhtml2fo xsl 1559 recherche xsl formulaire formulaire xsl 135 recherche xsl formulaire xh
93. n DU d signe un en attente agr ment ou autorisation en cours d instruction attente GE envoy la Vee commission EE Dur e 3 6 mois Dur e 3 5 ans gt wesch GD et RS GD changes entre DU DPC et PC GD commission et DU GD GD GD GD RS Acteurs DPC GD CD PC di en ED DU CD DPC DU CD DPC DU CD DPC PC d GD PC GD PC DPC GD PC AD AD AD AD AD AD DU Directeur Unit GD Gestionnaire de Dossier RS Responsable scientifique projet PC Pr sident de centre DPC D l gu Pr vention de Centre CD Chef de d partement AD Administrateur C Organisme p titionnaire En g n ral c est l INRA qui est l organisme p titionnaire le Dossier pr par par l unit est d pos par le PC repr sentant de la Directrice G n rale aupr s de la commission ad hoc Dans le cas des UMR I organisme p titionnaire peut aussi tre un des organismes partenaires engag s dans l UMR selon le positionnement g ographique de l unit et les accords locaux Dans tous les cas l application SIGES est documenter le DU de UMR doit d cider de cr er un Dossier dans l application SIGES et nommer un GD parmi les agents de son unit cette personne peut ne pas tre un agent titulaire INRA D Dossiers et projets Pour les 3 types d activit s g r s par SIGES OGM confin s OGM diss min s OQ un Dossier SIGES permet de 1 d crire les donn es g n rales inh re
94. n es de support pour l indexation d une part et l utilisation du syst me d autre part Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 6 17 INA Application SIGES aj Ism A noter que ces deux acc s peuvent tre sur la m me base de donn es Les trois sources sont d clar es ainsi lt datasources gt lt jdbe name jdbc database gt lt pool controller max 10 min 5 gt lt dburl gt jdbc oracle thin corail jouy inra fr 1521 SI lt dburl gt lt user gt code utilisateur lt user gt lt password gt mot de passe lt password gt lt jdbc gt lt jdbe name biosec logs utilisations gt lt pool controller max 10 min 5 gt lt dburl gt jdbc postgresql localhost siges autoReconnect true lt dburl gt lt user gt code utilisateur lt user gt lt password gt mot de passe lt password gt lt jdbc gt lt jdbc name biosec sdxapp logger sdx rdbms biosec sdxapp gt lt pool controller min 5 max 100 gt lt dburl gt jdbc postgresql localhost siges autoReconnect true lt dburl gt lt user gt code utilisateur lt user gt lt password gt mot de passe lt password gt lt jdbc gt lt datasources gt Pour ces trois sources de donn es l attribut name de l l ment jabc ne doit pas tre modifi Les autres l ments peuvent l tre En particulier pour les sources biosec logs utilisations et biosec sdxapp l URL de connexion dans l l ment dburl doit correspondre l
95. n Audit Un Audit passe par les tats suivants pr vu en cours de r alisation bilan en cours termin Le sch ma suivant pr sente les diff rentes actions permettant de passer d un tat un autre dee INRA CNUE SCIENCE 8 IMPACT COMMISSION NATIONALE Cr ation de l Audit Modification de la date plage pr vue par l utilisateur Date du jour date plage pr vue En cours de r alisation Cr ation de l v nement audit effectu OU date du jour gt date plage pr vue Bilan en cours Cr ation de l v nement Unit conforme non conforme Termin e Affichage des Audits La liste des Audits existants sera affich e sous forme de liste l image des Dossiers du module Gestion des dossiers voir image 3 On aura pour chaque ligne identifiant unit concern e la liste des dossiers de l unit s il y en a l tat de l Audit Un menu permettant de s lectionner une fonction afficher modifier supprimer drm e esn err rr ere Ju Liste des dossiers en cours Afficher 10 dossiers par page ei 86 dossiers en cours Page 1 9 Crit res de tri centre unit date de cr ation EI mer Type Unit Etat Fonctions OGM m anie En ea erei cont construcion Afficher te dossier zi A Utiisation de la transformation g n tique dans le cadre de recherches pour l am lioratio
96. n SIGES est livr e sous la forme d une archive compress e en format ZIP La proc dure d installation consiste donc d compresser ce dossier dans un endroit appropri voir la partie d ploiement ci dessous pour plus d information sur cet endroit En cas de mise jour les fichiers livr s peuvent craser ceux d j pr sents II peut tre pr f rable de supprimer le dossier de travail de Tomcat pour s assurer que les nouveaux fichiers seront bien pris en compte 3 5 2 Configuration L application est livr e dans une configuration standard Toutefois certains param tres doivent tre modifi s pour s adapter au nouvel environnement Ces param tres se retrouvent dans quelques fichiers Nous reprenons ici les param tres concern s fichier par fichier La mention sIGES indique le dossier o se trouve l archive SIGES d compress e 3 5 2 1 Fichier SIGES WEB INF web xml Il s agit d un fichier de configuration standard pour toute application Web en environnement Java Ce fichier est dans un format XML II peut tre modifi avec un diteur XML ou un diteur de texte attention au jeu de caract res Il est n cessaire de red marrer SIGES pour que les modifications dans ce fichier soient prises en compte Ce fichier de configuration peut tre utilis comme tel Toutefois nous attirons l attention sur les diff rents services qui y sont d finis sous la forme de servlets Voici une courte description de ces services
97. n g n tique de la pomme de terre urr gt En attente afficheicompl ter le projet gt compl ter le projet 5 ON E Actif DATE El A Analyse de la qualt de semences Meme Atom ie praje Afficher le dossier gt El A Analyse de la qualit des lots de semences issues de vari t s OGM selon les m thodes normalis es Arfichefcompl ter le projet El Afficher le dossier gt El A Etude des m canismes mol culaires de la tol rance la dessiccation et de la quantit germinative des graines de Medicago truncatula See Arfichecompl ter le projet E B Caract risation fonctionnelle et r le physiologique de prot ines mitochondriales exprim es dans les graines de l gumineuses ee Arfichecompl ter te projet ZS C Recherche de g nes impliqu s dans le contr le de la germination chez la l gumineuse mod le Medicago truncatula Saami Arfichecompl ter le projet IE D R le des thior doxines dans les graines de l gumineuses Gees Afficherfcompl ter le projet El 3 Module gestion des Dossiers 10 SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES L utilisateur pourra donc afficher consulter un Audit Audit BIO 201412 Identifiant BIO 201412 v nements Type Diagnostic 29 08 2014 Audit cr Date pr vue D but 02 09 2014 John Doe A Fin 03 09 2014 29 08 2014 tat Pr vue Unit concern e UR14
98. ns un format XML Il peut tre modifi avec un diteur XML ou un diteur de texte attention au jeu de caract res Il est n cessaire de red marrer SIGES pour que les modifications dans ce fichier soient prises en compte Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 8 17 INA Application SIGES aj Ism Ce fichier permet de configurer les fichiers logs g n r s par l application SIGES Ces fichiers se trouvent tous dans le dossier SIGES WEB INF logs Normalement il n est pas n cessaire de modifier ce fichier Toutefois on peut le faire pour deux raisons e Changer le niveau de s v rit pour des raisons de d bogage ou de performance e Changer les param tres de rotation Dans la configuration standard la s v rit est ERROR et les fichiers subissent une rotation quotidienne ou avant s ils d passent 100Mo de taille Seuls trois fichiers logs sont produits cocoon core date log sdx date log et cron date 1og Le premier contient les logs li s Cocoon en g n ral Le second contient les logs li s la partie SDX de l application Enfin le troisi me contient les logs li s l ex cution automatique alertes Pour modifier le niveau de s v rit il faut modifier la valeur des diff rents attributs log level dans le document pour y indiquer DEBUG INFO WARN ERROR OU FATAL ERROR 3 5 2 4 Fichier SIGES WEB INF classes log4j xml La base de donn es eXist et certaines aut
99. ntation de l application SIGES SIGES Syst me d Information pour la Gestion des Exp rimentations Sp cifiques est un SI recensant les informations r glementaires sur les exp rimentations mettant en jeux des organismes g n tiquement modifi s OGM des organismes de quarantaines OQ ainsi que des organismes nuisibles ON ag DL ED ee lt Retour la liste Dossier pr c dent Dossier suivant 5 G Dossier 4112 pa Aa Identifiant FR INRA SIGES rr R f rence 4112 Dur e mois v nements G 10 12 2003 Dossier cr 60 tat GP reu Fer 11 12 2006 Type Commission Uisation confn e TOGM EE 10 12 2003 Dossier envoy la comm Se GO pe au format Gestionnaires a e EE va 08 04 2004 Avis re u de la commis eee Pd Ge gar 11 12 2006 Unit Organisme responsable scientifique an _ p rr B 25 05 2004 Agr ment Autorisation recu e du Unit Organisme h bergeant les activit s _ lt er q Minist re ou du Pr fet Installations utilis es Laboratoire L1 Serre unnel S2 mmm 11 12 2006 HTML impression 2 Type de proc dure Groupe 1 classe 1 LI Projets e Pi ces jointes 11 12 2006 Dossier scientifique et Etude des m canismes mol culaires de la tol rance la dessiccation et de la quantit germinative des graines de Medicago ER ic truncatula nee 11 12 2006 Identifiant EE 12 12 2006 D cision agr ment autorisa
100. ntes la demande de l unit et ses projets scientifiques 11 pr senter sommairement les caract ristiques principales de chaque Projet scientifique titre objectifs organismes vivants impliqu s 111 tracer les relations entre l unit et la commission ad hoc CGG CGB ou SRPV dans le cadre des proc dures r glementaires d velopp es par l unit pour obtenir l agr ment ou l autorisation de ses activit s a Un Dossier peut comprendre 1 ou plusieurs projets scientifiques b Diff rents v nements r pertori s dans SIGES jalonnent la vie du Dossier depuis sa construction son envoi la commission son instruction par la commission jusqu la d livrance de l agr ment ou de l autorisation c Tous les documents relatifs au Dossier pr sent la commission dossier scientifique et technique pr par par l unit les r ponses et avis apport s par la commission les certificats des agr ments ou des autorisations etc peuvent tre ins r s dans l application en pi ces jointes PJ sous formats Acrobat Reader pdf MS Excel xls ou Word rtf ou doc Manuel aide SIGES 27 08 2006 4 d Tous les acteurs concern s par un Dossier DU PC CD pourront le consulter directement dans SIGES Ils seront inform s en temps r el de l tat d avancement de la demande d agr ment autorisation depuis la r daction initiale du Dossier jusqu sa cl ture fin de la p riode d agr
101. odifier un mot de passe avec le client eXist il faut se connecter en administrateur admin En ligne de commande on peut effectuer la commande suivante passwd utilisateur Le syst me demandera alors de saisir deux fois le nouveau mot de passe Le changement est imm diat En mode graphique on peut utiliser le menu Tools gt Edit users pour ouvrir la fen tre de gestion des utilisateurs Dans cette fen tre on doit s lectionner l utilisateur modifier inscrire deux fois le mot de passe et cliquer sur le bouton Modify User tel qu illustr dans la capture d cran ci dessous A noter que l utilisateur admin doit tre dans le groupe dba 4 2 Sauvegarde et restauration des donn es L application SIGES stocke des donn es diff rents endroits qu il est n cessaire de sauvegarder pour assurer un certain niveau de s curit Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 14 17 INA Application SIGES aj Ism 4 2 1 Sources de l application L application SIGES se trouve enti rement dans le dossier appel SIGES ici Il peut tre sauvegard compl tement si souhait mais noter qu il contient galement la base de donn es exist et les fichiers d indexation Des proc dures sp cifiques pour ces donn es sont d crites ci dessous Si toutes les sources ne sont pas sauvegard es il serait tout de m me pr f rable de sauvegarder au moins les fichiers param trer d crits dans la section 3 5
102. ommissions ainsi que les signatures b Des fichiers de pr f rence au format PDF permettant une recherche dans le texte Ces fichiers pourront tre les versions lectroniques des documents envoy s aux commissions c Des l ments divers photographies images et plans num ris s etc Le Dossier sera actif pendant plusieurs ann es Les donn es hors fichiers joints du Dossier seront trait es et stock es sous la forme d un document XML Le sch ma sera d fini avec le Prestataire de Services Remarque une analyse des donn es sur la base d un mod le relationnel a t r alis e mod le conceptuel de donn es et dictionnaire de donn es Ce document peut tre fourni la demande 5 2 2 Structure G n rale du Dossier 5 2 2 1 Information structur e stock e dans la Base Le Dossier contient diff rents types de donn es 1 une premi re cat gorie d information d crit globalement le Dossier environnement administratif partenaires gestion du Dossier par le PC et la cellule Bios curit 2 une seconde cat gorie d crit le Projet c est dire l information sp cifique l essai scientifique envisag responsable scientifique partenaires mat riel biologique type et caract ristiques de l installation exp rimentale Page 9 INA Version 1 6 a dans le cas d un dossier CGB il n y a souvent qu un seul Projet mais avec plusieurs implantations b dans celui de la CGG il y a
103. ons lang cz js 80 ressources htmlarea plugins TableOperations lang da js 80 ressources htmlarea plugins TableOperations lang de js 78 ressources htmlarea plugins TableOperations lang el js 78 ressources htmlarea plugins TableOperations lang en js 79 ressources htmlarea plugins TableOperations lang fi js 66 ressources htmlarea plugins TableOperations lang hu js 50 Jressources htmlarea plugins TableOperations lang it js 78 ressources htmlarea plugins TableOperations lang makefile xml 4 Jressources htmlarea plugins TableOperations lang nl js 79 ressources htmlarea plugins TableOperations lang no js 79 ressources htmlarea plugins TableOperations lang ro js 79 Jressources htmlarea plugins TableOperations makefile xml 8 Jressources htmlarea plugins T ableOperations table operations js 1007 ressources htmlarea popupdiv js 358 ressources htmlarea popups about html 362 Jressources htmlarea popups blank html 2 Jressources htmlarea popups custom2 html 35 ressources himlarea popups editor_help himl 16 ressources htmlarea popups fullscreen htmi 103 ressources htmlarea popups insert_image html 189 Jressources himlarea popups insert_table html 168 Jressources htmlarea popups link htm 141 Jressources htmlarea popups makefile xml 5 ressources htmlarea popups old_insert_image html 202 ressources htmlarea popups old fullscreen htmi 96 ressources hitmlarea popups popup js 91 ressources htmlarea popups select color h
104. ors d finitive La corbeille sera propre chaque utilisateur dee INGA CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UMITES EXPERIMENTALES Ajout d un module de gestion pour la Cellule de S curit Biologique La Cellule de S curit Biologique CSB est mandat e pour r aliser des audits de contr le dans les unit s de l INRA qui d clarent les exp rimentations concern es par SIGES Un module de gestion des rapports et des documents engendr s par ces visites sera ajout Il aura pour ent te Audits Le nouveau module sera ins r sous forme d un onglet l image des autres modules de l outil voir capture d cran ci dessous d rr GED HI Dossier pr c dent Dossier suivant 2 Onglets D finition Dans ce module les utilisateurs dont le r le le permet pourront d clarer et rechercher des Audits pour des unit s donn es Un Audit sera d clar pour une unit et sera constitu des l ments d crivant l Audit o identifiant le format sera le suivant BIO ann e num ro d ordre dans l ann e Exemple pour le 8 me Audit effectu durant l ann e 2014 BI0 20148 type s Conformit r glementaire et ou Diagnostic et ou Conseil cr ateur de l Audit affichage Pr nom Nom date pr vue de l Audit une journ e ou une plage de plusieurs jours tat pr vue en cours de r alisation bilan en cours termin e unit concern
105. porte 84 511 lignes de code L essentiel des fonctions est d fini en langage JavaScript qui peut se retrouver dans des fichiers xsp ou js II Prestations demand es 4 Correctifs Mise niveau de SIGES La CNUE souhaite Mettre niveau le framework SDX Adapter SIGES aux nouvelles contraintes de la DSI Corriger la fonctionnalit d authentification LDAP Mise niveau de SDX Cocoon Le framework de gestion documentaire SDX bas sur Cocoon utilis est actuellement la version 2 1 5 1 Ce dernier devra tre mis niveau vers la derni re version stable savoir la 2 2 0 http cocoon apache org index html Cette mise niveau inclut l ensemble des d veloppements applicatifs bas s sur ce framework Il s agit donc de Corriger modifier les codes sources si n cessaire Corriger modifier les pages JSP HTML JavaScripts g n riques ou sp cifiques l INRA Corriger modifier les fichiers param trant l application d finition des variables globales de l application etc dee INGA CNUE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Adapter SIGES aux nouvelles contraintes de la DSI L application est h berg e sur les serveurs nationaux INRA g r s par la Direction des Syst mes Informatiques DSI Cela implique des contraintes quant aux versions des composants logiciels fonctionnels pr sent s dans la partie Architecture Le tableau suivant pr
106. pplications propos Tomcat peut galement faire office de serveur Web ou HTTP A noter galement que l acc s SIGES se fera l aide d un protocole HTTPS II faut donc configurer le serveur Web en cons quence mais cela est transparent pour le fonctionnement de l application 3 2 Machine virtuelle Java La machine virtuelle Java permet d ex cuter des applications Java sur un ordinateur Le serveur d applications et SIGES tant crits en langage Java une machine virtuelle est donc n cessaire SIGES fonctionne avec une machine virtuelle Java version 1 4 2 A noter qu une version 1 5 est disponible et que SIGES peut probablement fonctionner avec cette nouvelle version mais aucun test Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 2 17 INA Application SIGES aj Ism sp cifique dans ce sens n a t effectu et l environnement de l INRA utilise d j une version 1 4 2 De plus seule la machine virtuelle Java de Sun a t test e m me si encore une fois d autres machines virtuelles Java pourraient fonctionner Pour installer proprement Java deux tapes sont n cessaires ex cuter un installateur et d finir une variable d environnement JAVA HOME 3 2 1 T l chargement et installation On peut r cup rer une machine virtuelle Java l adresse suivante http java sun com 2se 1 4 2 download html On y trouve des versions pour Windows Linux et Solaris On doit faire attention bien pren
107. pr sentation 1 un mode liste Il permet de lister les Dossiers en ne reprenant que quelques champs afin que tout soit contenu sur une seule ligne 2 un mode Dossier simplifi qui ne contient que les champs indispensables pour caract riser le dossier scientifique N dossier Organisme Unit responsable INRA ou non Responsable scientifique le 1 nomm cens tre le principal D partement de recherche concern si INRA Centre concern si INRA Unit abritant l essai INRA ou non Centre concern si INRA Autorisation Agr ment date avis avis ou et dur e Nom usuel Plante animal micro organisme sols Diss mination CGB date dernier d p t demande diss mination Date arr t d finitif dossier 3 un mode suivi Dossier qui ne contient que les champs indispensables pour caract riser le Dossier N dossier Organisme Unit responsable INRA ou non Responsable scientifique le 1 nomm cens tre le principal D partement de recherche concern si INRA Centre concern si INRA Unit abritant l essai INRA ou non Centre concern si INRA Situation du dossier envoy commission instruction en cours avis rendu Page 21 INA Version 1 6 Autorisation Agr ment date avis avis ou et dur e Nom usuel Plante animal micro organisme sols Diss mination CGB date dernier d p t demande diss mination Date arr t d finitif Dossier Date v
108. ques pathog nes Les concepts du dossier scientifique dans le contexte r el et le contexte du SI sont bien d finis dans le cahier des charges originel ainsi que ses annexes cf Annexe I Aussi ce paragraphe se concentrera directement sur le type de dossiers qui nous int resse MOT et agents biologiques pathog nes Ces Dossiers seront cr s et g r s de la m me fa on que les Dossiers pour les OGM les ON et les OQ Il s agit donc dans SIGES de ajouter les commissions MOT et agents biologiques pathog nes pour pouvoir cr er des Dossiers contenant des projets utilisant cette cat gorie d organismes rendre possible l ajout des organismes vivants pour ces types de Dossier permettre la r alisation de requ tes sur ces types de dossier mettre jour les documentations des applicatifs manuel administration listing des fonctionnalit s Cr ation d une corbeille Actuellement la suppression d un Dossier est d finitive apr s confirmation par l utilisateur La CNUE souhaite que d sormais la suppression d un Dossier ne soit plus d finitive Lors de la confirmation de suppression par l utilisateur le Dossier sera d plac dans une corbeille Pour supprimer de fa on d finitive ce Dossier l utilisateur devra vider cette corbeille Quand l utilisateur videra la corbeille un message de confirmation sera affich en avertissant que la suppression des dossiers contenus dans cette corbeille sera al
109. r gt SUSEN lt parameter name freememory value 2048000 gt lt parameter name heapsize value 66600000 gt lt parameter name cleanupthreadinterval value 10 gt lt parameter name threadpriority value 5 gt lt parameter name percent to free value 10 gt lt parameter name invokegc value false gt lt store janitor gt Les param tres freememory et heapsize sont particuli rement importants et nous les d crivons ci dessous freememory Il s agit de la quantit de m moire qui devrait tre disponible pour Java Lorsque la quantit atteint cette limit Cocoon va commencer faire du m nage dans ses objets La valeur utilis e devrait tre assez grande pour que l op ration la plus gourmande en m moire puisse tre ex cut e m me s il ne reste que cette m moire disponible Pour SIGES nous proposons de la fixer environ 100Mo ce qui correspond une valeur de 100000000 environ heapsize Ce param tre indique Cocoon la quantit totale de m moire qui peut tre disponible Il est conseill de le fixer environ 2 de moins que la valeur du param tre Xmx pass Java au d marrage Par exemple pour Xmx 1500m le param tre pourrait tre 1541406720 Pour Xmx 1000m le param tre pourrait tre 1027604480 3 5 2 3 Fichier SIGES WEB INF logkit xconf Il s agit d un fichier de configuration li la librairie de logs LogKit Ce fichier est da
110. r sident adjoint ou une personne de leur choix On peut estimer que 40 50 personnes seront amen es Jouer ce r le 6 2 5 Consultant Est consultant toute personne se connectant au syst me d information pour consulter un ou des Dossiers Les Dossiers les Projets contenus dans un Dossiers seront accessibles un Consultant selon e les r les pour lesquels il est r f renc dans le SI e ea situation dans l organisation de l Institut Ainsi 1 un RS pourra acc der aux Projets de ses Dossiers 2 un Directeur d Unit DU le DU du RS et le DU de l Unit qui h berge l essai s il est diff rent aura acc s tous les Dossiers de l Unit un Chef de D partement acc dera aux dossiers de son d partement un Pr sident de Centre acc dera ceux de son Centre le D l gu Pr vention de Centre acc dera ceux de son Centre quelques personnes assurant les fonctions nationales suivantes auront acc s tous les Dossiers le Charg de Mission Bios curit les membres de la Cellule Bios curit le responsable de la Mission Nationale de Pr vention AR e dans le cas o il y a incertitude sur le r le ou sur la situation l application g rera des groupes utilisateurs de fa on explicite par param trage manuel effectu par l Administrateur Cet aspect devra cependant tre tudi lors des sp cifications d taill es en prenant en compte le contexte lors de la mise en concurrence Il est en
111. re utilis pour ces trois op rations A noter que Le nom de la base de donn es n est pas important mais il doit tre not pour une configuration ult rieure e D autres tables seront cr es par l application e Un utilisateur doit avoir des droits d criture dans la base cr e C est le seul utilisateur qui sera utilis par SIGES pour acc der cette base de donn es Il est donc n cessaire de noter le code utilisateur et le mot de passe concern s Une fois la base et l utilisateur cr s il est n cessaire de cr er une table dans cette base de donn es La requ te SQL qui permet de cr er la table est la suivante CREATE TABLE stats heure TIMESTAMP NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP nom VARCHAR 255 NOT NULL prenom VARCHAR 255 NOT NULL matricule VARCHAR 255 NOT NULL roles VARCHAR 255 NOT NULL numero_unite VARCHAR 255 NOT NULL unite VARCHAR 255 NOT NULL centre VARCHAR 255 NOT NULL departements VARCHAR 255 NOT NULL nature VARCHAR 255 NOT NULL prec VARCHAR 255 NOT NULL Manuel d installation et exploitation Version 0 1 5 mai 2006 p 5 17 INA Application SIGES aj Ism dossier VARCHAR 255 NOT NULL 3 5 SIGES Pour un bon fonctionnement de SIGES on doit passer par trois tapes installation configuration et initialisation 3 5 1 Installation L applicatio
112. res composantes utilisent un m canisme de logs diff rent de celui de Cocoon configur dans la section pr c dente C est pourquoi il est n cessaire de modifier le fichier SSIGES WEB INF classes log4j xml afin d ajuster le chemin fichier suivant lt param name File value C web siges WEB INF logs exist log gt L id al est d indiquer un nom de fichier qui se trouve dans le m me dossier logs que les autres Un seul log est d fini dans ce fichier et la rotation sera ventuellement ajust e 3 5 2 5 Fichier SIGES global variables xmap Il s agit d un fichier de sitemap Cocoon o plusieurs variables globales sont d finies Ce fichier est dans un format XML Il peut tre modifi avec un diteur XML ou un diteur de texte attention au jeu de caract res Il n est pas n cessaire de red marrer SIGES pour que les modifications dans ce fichier soient prises en compte les sitemap Cocoon sont automatiquement recharg s lorsqu ils sont modifi s De nombreux param tres de l application sont d finis comme des variables de sitemap globales de Cocoon et r utilis es un peu partout dans l application Toutes les variables n ont pas tre modifi es nous listons ici uniquement celles qui doivent tre v rifi es et probablement modifi es pour une installation de l application noter que dans un sitemap Cocoon une variable globale est d finie ainsi le nom de la variable est le nom d un l ment XML
113. rganisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Remarque s INRA Rapport d Audit de la Cellule ZEA SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Acronyme et Num ro de l unit Nom entier de l unit Centre D partement Concern s Total BIO ann e et n d ordre dans l ann e Diagnostic Page 4 concern e Conformit Pages 2 et 3 concern es Conseil Page 4 concern e Indiquer v g tal ou animal OGM OQ MOT ou ABP EEE INRA Rapport d Audit de la Cellule ZE EEE SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique D roulement Synth se g n rale de l audit Points de conformit INRA Rapport d Audit de la Cellule Dr BEE Gr Dr de S curit Biologique Points de non conformit INRA Rapport d Audit de la Cellule da SL SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique D roulement Synth se g n rale de l audit Points d am
114. rtaines Unit s de Recherche de l INRA exp rimentent sur des organismes vivants pouvant pr senter des risques pour l environnement et ou la sant Organismes G n tiquement Modifi s OGM v g taux et animaux Organismes de Quarantaine OQ agents pathog nes Ces exp rimentations sont effectu es dans le cadre de protocoles rigoureux contr le de l environnement proc dures habilitation du personnel ayant fait l objet d examens pr alables par les commissions ind pendantes et nationales idoines Dans le cas particulier des diss minations volontaires d OGM en milieu non confin les informations essentielles sont diffus es dans le domaine public lieu de culture type d OGM etc Par contre une partie des informations reste confidentielle comme l identit des scientifiques concern s et certains d tails d ordre scientifique En ce qui concerne les exp riences men es en milieu confin certaines informations ne sont pas publiques Dans tous les cas des contr les sont p riodiquement effectu s par des experts externes la tra abilit des exp rimentations tant assur e soit par des syst mes informatiques de gestion de laboratoires LIMS ou autres produits soit par les cahiers de laboratoires Ces exp rimentations sont men es dans des Unit s g ographiquement r parties dans tous les centres r gionaux et 1l est difficile d tablir un instant t la liste exhaustive de tous les travaux en co
115. s le soumissionnaire prendra le soin de pr ciser dans son document les aspects non couverts par la proposition ce qui n aura pas t clairement indiqu comme en dehors de la proposition commerciale et technique sera de fait consid r comme inclus dans la prestation au forfait Selon le nombre de soumissionnaires il sera tabli ou non une short list La nature de la prestation sera ensuite affin e avec chaque soumissionnaire afin de lever toute ambigu t sur les besoins de l INRA les fonctions propos es et sur la capacit de sa soci t garantir une bonne fin ce projet L INRA attend de cette op ration la fourniture d un Syst me d Information op rationnel sans avoir prendre en charge le param trage d un logiciel 1 2 Principaux Crit res de comparaison des offres 1 Ad quation aux besoins exprim s dans le cahier des charges et notamment e Couverture des besoins fonctionnels e Respect des contraintes techniques e Ouverture et volutivit de la solution Page 4 INA Version 1 6 e Facilit de param trage de l application 2 Exp rience et r f rences dans des projets similaires 3 Compacit du planning 4 Co t initial et prix de revient sur deux ans 1 3 Confidentialit du pr sent document Les informations pr sent es dans ce document sont consid r es par l INRA comme rigoureusement confidentielles Le soumissionnaire s expose des poursuites en cas de divu
116. s cform orga xsl 55 transform referentiels restriction xsl 15 transform sal list xsl 29 Jtransform sal liste unites par centres xsl 38 transform terms conversion xsl 22 WEB INF catalog xml 8 WEB INF cocoon xconf 505 WEB INF log4j dtd 93 JWEB INF log4j xml 59 JWEB INF logkit xconf 107 JWEB INF sdx hsqlDatabaseManager bat 19 WEB INF sdx hsqlDatabaseManager sh 39 JWEB INF sdx index identity xsl 42 JWEB INF sdx luke bat 5 WEB INF sdx luke sh 21 JWEB INF sdx rmi policy 255 JWEB INF sdx sdx xconf 21 JWEB INF web xml 162 JWEB INF xmldb biosec conf xml 63 xsp acces xsp 81 xsp acces forms xsp 470 xsp entete xsp 124 xsp filtre dossiers xsp 330 xsp index xsp 60 xsp mail xsp 82 xsp menu xsp 137 xsp referentiels xsp 144 er CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES XV ed CNUE COMMISSION NATIONALE ST SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE xsp userinfos xsp 37 xsp xdboutput xsp 41 Ixsp xmldbnavigation xsp 94 XVI 7 dC 19 CNUE M N A ES UNITES EXPERIMENTALES Trame de visite de la Cellule ANNEXE II squelette des do AE S curit Biologique Page 1 1 AUDITION en SALLE Unit acronyme n codique Inra Nom entier Directeur de l Unit D partement de tutelle Autre s tutelle s Centre Date s de r alisation de l Audit N de l Audit Auditeur s Type d audit Conform
117. s essentiellement par les plaques RENATER mais quelques sites isol s sont reli s par des connexions ADSL et Num ris Nous envisageons pour ce projet un acc s s curis type https mais le soumissionnaire peut tre force de proposition sur cet aspect Que ce soit pour une simple consultation du syst me d information comme pour une proc dure de saisie de dossier l utilisateur devra s identifier et entrer son mot de passe INA Page 22 Version 1 6 gt Dans un premier temps l application se connectera l annuaire national de l INRA protocole LDAP afin de valider le droit d acc s de l utilisateur La connexion sera chiffr e gt si l acc s est autoris l application recherchera dans sa propre base les r les associ s cet utilisateur Afin de simplifier le processus d identification les utilisateurs seront connus dans l application par le m me identifiant unique que dans LDAP Les informations chang es entre les serveurs et les postes utilisateurs sont de deux types celles contenues dans la base et les fichiers joints chaque dossier Le soumissionnaire devra exposer clairement sa solution pour ce qui est de chacun de ces types de donn es Il d crira en particulier ce qu elle implique aux niveaux logiciel et serveurs notamment sur I tanch it avec d autres applications SDX accessibles en http 10 Gestion de l existant Ce projet ne comporte pas de repr
118. s les Unit s Exp rimentales ou la labellisation des installations exp rimentales e CNUE COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES SCIENCE amp IMPACT La CNUE a galement pour mission d assurer le suivi de la gestion des moyens allou s personnel et budget en liaison avec les D partements elle g re galement un budget collectif d investissement d di aux Unit s et Installations exp rimentales via le FCI Fond Commun d investissement Dans le but d accompagner l volution du dispositif exp rimental de l INRA elle est galement missionn e pour animer la Cellule Bios curit et mettre en uvre les proc dures concernant les changes de mat riels biologiques De plus la CNUE assure la promotion de la d marche qualit et de la structuration de communaut de pratique soutient les actions de ma trise des risques professionnels et encourage l mergence de m thodes techniques g n riques prototype progiciel etc Enfin la CNUE soutient le fonctionnement en r seau et l ouverture nationale et europ enne des Unit s Exp rimentales L ensemble de ces dossiers am ne la CNUE interagir r guli rement avec diverses instances et structures de l Institut CNOC CNOI MCP BEA D l gation la Qualit DIFAG D l gation D veloppement Durable MICSDAR FMII Pour ces diff rentes missions d int r t g n ral la CNUE rend compte de son action au Coll ge de direction 3 Pr se
119. sente les versions actuelles et les versions souhait es Composants logiciels Versions actuelles Versions souhait es Apache 1 3 34 2 2 Cocoon 2 1 5 1 2 2 0 ou compatible avec la version de SDX le cas ch ant SDX 2 2 1 2 4 Java 1 4 2 1 6 ou 1 7 ou 1 8 Tomcat 5 7 PostgreSQL 8 1 9 2 4 Ces mises niveau inclus Migration de la base PostgreSQL Correction modification du param trage syst me Correction modification du code source si n cessaire Mise jour de la documentation syst me dossier d h bergement manuel d exploitation documents techniques manuel d installation Corriger la fonctionnalit d authentification par LDAP SIGES est accessible uniquement sur l intranet de l INRA L acc s se fait en deux temps L application se connecte dans un premier temps l annuaire LDAP national de l INRA afin de valider le droit d acc s de l utilisateur Dans un deuxi me temps si l acc s est autoris l application recherche dans sa propre base les r les associ s cet utilisateur Actuellement la 1 tape du processus d acc s l application est hors service Un changement de version du serveur Ldap openLDap passage de la version 2 4 la version 2 5 et de certificats semblent tre l origine du probl me Pour corriger ce probl me le prestataire devra R aliser les travaux de diagnostic et d tablissement de plan d action corrective
120. snrsssvrrrnnsserssrrnvnnssssrnvrnvee 20 7 1 Connecteur au format XML 45 nain nina nor eee rrai 20 8 Restitution de l Information neven eene neerennenveeveeennnennveeverrnnennvere veren envseev enen 21 STP arena AAE 21 8 2 Pr sentations de la Restitution a 21 8 3 Formats de la RestitutiOn sa 22 9 S curit amp Acc s Papplication a aA aa aaa aaa aidea 22 ltere pelen ee Ee AE ee la dd io Rd 23 NEA Ku diete ADE 23 ERE UEak aaa arie 23 22 1245101111201111 geak ata nn TE E An RR iE e Ee 23 RS aaa E Ra 2 a ne 23 12 3 Na AO eTA 24 12 4 Base d Donn es hs nn rkenen re en tn Sa te dt a etes 24 13 Nature dela Prestation rain he Ea a iee dna dr 24 14 Nature desd ral him te de ardaurik terrera 24 15 Gestion du POIs AM A dere R en Sanae 25 15 1 Direction de Projet KAUSA 25 15 2 Structures du Prost E 25 Annexe le DOSSIER BioSec sa 26 Page 3 INA Version 1 6 Projet Syst me d Information BioS curit SI BioSec 1 Pr sentation de la Consultation 1 1 D marche Ce projet est destin manipuler des informations textuelles L INRA souhaite mettre en place un syst me d informations documentaires sur la base des contraintes techniques expos es plus loin La prestation se fera dans le cadre d un forfait Le pr sent document a pour objectif de pr senter les besoins de l INRA Dans le cas o la solution technique propos e ne recouvre pas l ensemble des besoins d crit
121. stres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui Identification du local Niveau confinement Accessibilit Limit SAS oculus badge verrouillage asservi Veine des Solides Autoclave collecte limination d chets poubelles contr le vecteurs transfert mati res Veine des Liquides Effluents vier plan de travail sols murs lavabos Veine A rienne Filtres HEPA pression portes fen tres Tra abilit Cahiers registres Divers Panneau danger biologique douche v tements rangement ou gants PSM nettoyage qui INNA Trame de visite de la Cellule SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 7 9 INNA Trame de visite de la Cellule SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 8 9 INNA Trame de visite de la Cellule SCIENCE amp IMPACT de S curit Biologique Page 9 9 NRA SCIENCE amp IMPACT Personnes pr sentes lors de la visite de la Cellule de S curit Biologique Page 1 1 AUDITION en SALLE Date Unit acronyme Directeur de l Unit D partement de tutelle Autre s tutelle s Centre Personnes Pr sentes Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction organisme Nom pr nom fonction o
122. tation et Impression des donn es Tableaux de bord Administration e Ze d Ze Ze Ze Manuel aide SIGES 27 08 2006 A Glossaire et principales abr viations utilis es dans ce manuel et dans SIGES a Acteurs impliqu s dans l application SIGES DU Directeur Unit GD Gestionnaire de Dossier RS Responsable scientifique d un Projet PC Pr sident de Centre DPC D l gu Pr vention de Centre CD Chef de D partement FN Fonction Nationale CO Consultant AD Administrateur AS Administrateur Syst me b Caract ristiques des unit s utilis es dans l identifiant des dossiers URP Unit de Recherche Propre UR URM Unit de Recherche Mixte UMR UEP Unit Exp rimentale Propre UE UGP Unit de Gestion Propre UG c Autres acteurs MCP Mission Centrale Pr vention FPN Formation Permanente Nationale DS APA Direction Scientifique Animaux et Produits Animaux DS PPV Direction Scientifique Plantes et Produits v g taux d Documents SIGES Dossier dossier de SIGES comprenant plusieurs Projets Projet projet scientifique d crit au sein d un Dossier SIGES PJ Pi ce Jointe insertion pr vue dans SIGES B Champs d activit et objectifs g n raux de application SIGES L application SIGES est un Syst me d Information pour la Gestion des Exp rimentations Sensibles Les exp rimentations sensibles concernent les activit s exp rimentales mettant en
123. te se connecter en tant que Cr ateur 7 3 Gestion du Dossier 7 3 1 Phase pr alable hors SI BioSec Le responsable scientifique labore son dossier destin tre envoy l une des deux commissions la CGB ou la CGG Ce dossier peut tre constitu par assemblage de diff rents documents texte plan de cadastre etc Le dossier PAPIER est paraph par le Directeur d Unit quelquefois par le Chef de D partement puis par le Pr sident de Centre PC qui a la responsabilit de la transmettre la commission 7 3 2 Cr ation du Dossier BioSec 7 3 2 1 Principe La saisie manuelle des informations est de la responsabilit du RS ou par d l gation un Cr ateur poss dant les notions scientifiques indispensables Le Dossier devra obligatoirement tre compl t par le dossier scientifique qui devra tre ins r au format PDF comme pi ce jointe On peut d crire plusieurs sc narii 1 le dossier scientifique est enti rement sous forme texte Word ou autre a dans ce cas il peut tre ins r au format PDF 1 par le RS b s il ne subit pas de modifications ou d annotations il peut tre compl t par l insertion d une ou deux feuilles compl mentaires portant les paraphes du Directeur d Unit ventuellement du Chef de D partement et du Pr sident de Centre Dans ce cas soit le RS et le PC soit le PC ins re apr s les avoir scann es 2 les ou la feuilles compl mentaires dans
124. tic recherche xml 10 static referentiel utilisateur xml 11 Jtableaux js calendar js 722 tableaux js calendar fr js 96 tableaux js calendar setup js 141 tableaux js tableaux js 260 tableaux tableaux xmap 418 tableaux transform 2csv xsl 20 Jtableaux transform 2excel xsl 18 Jtableaux transform 2fo xsl 939 tableaux transform pdf_parametres xsl 57 tableaux transform texteDelimite xsl 634 tableaux transform translateText xsl 81 tableaux transform utilisateurs excel zip xml 6 tableaux transform utilisateurs zip xmI 6 tableaux transform xml2html xsl 493 tableaux xquery dossiersParCentre xq 41 tableaux xquery dossiersParCentres xq 63 tableaux xquery dossiersParDep xq 41 tableaux xquery dossiersParDeps xq 63 tableaux xquery dossiersParOrgExts xq 59 tableaux xquery dossiersParOrgType xq 61 tableaux xquery organismesVivants xq 58 tableaux xquery statistiquesParCentre xq 120 tableaux xquery statistiquesParDep xq 120 tableaux xsl isGestionnaire xsl 26 tableaux xsl listeDossiers2tdb xsl 86 tableaux xsl statistiques2tdb xsl 64 tableaux xsl tableaux2xhtml xsl 236 tableaux xsl tdb form2xhtml xsl 766 Jtableaux xsl terms2agents xsl 25 tableaux xsl terms2organismes xsl 25 tableaux xsl utilisateurs2tdb xsl 169 tableaux xsl utilisations2tdb xsl 72 tableaux xsl vivants2tdb xsl 106 tableaux xsp gddu dossiers xsp 76 tableaux xsp listeDossiers xsp 123 tableaux xsp tableaux xsp 83 tableaux xsp tdb for
125. tier en lui m me Nous n avons pas pour objectif d aborder en profondeur ces aspects dans ce manuel Nous allons donner les consignes de base pour l installation de SIGES SIGES peut fonctionner avec les versions 5 0 x et 5 5 x de Tomcat La version utilis e l INRA sera la 5 5 x alors nous donnons les instructions pour cette version Les diff rences entre les deux versions ne sont pas tr s significatives 3 3 1 T l chargement et installation On peut t l charger Tomcat depuis cette page http tomcat apache org download 55 cgi L installation sous Windows se fait l aide d un assistant Lors du processus d installation on doit pr ciser le port sur lequel le serveur http int gr Tomcat va r pondre de m me que le code utilisateur et le mot de passe de l administrateur Il convient de bien noter ces trois informations car elles pourront tre utiles plus tard De plus il est important de bien sp cifier l emplacement d un Java 1 4 2 et non un Java 1 5 comme le propose l installateur pour faire fonctionner SIGES correctement Sous Linux l installation consiste essentiellement d compresser l archives tar gz t l charg e Une fois Tomcat install on doit ajouter des librairies pour le faire fonctionner avec un Java 1 4 2 Ces librairies sont disponibles sur la m me page de t l chargement sous l intitul JDK 1 4 Compatability Package Il s agit d une archive zip OU tar gz qui doit tre d compress e
126. tion R f rence A eege 12 12 2006 tat Aen Titre Etude des m canismes mol culaires de la tol rance la dessiccation et de la quantit germinative des graines de Medicago truncatula Objectifs L objectif de nos recherches est de mieux comprendre les m canismes de tol rance la desiccation TD et les facteurs biologiques impliqu s dans conservation des semences La strat gie d velopp e est la dans un premier temps l identification des g nes impliqu s dans la TD et la long vit des graines par des approches transcriptomique et prot omique Dans un deuxi me temps les efforts porteront sur la validation de la fonction de g nes candidats ce litre deux types d approches sont envisag es une approche de physiologie mol culaire consistant caract riser les ph notypes de plantes transg niques sur ou sous exprimant les g nes candidats i une approche de biochimie et biophysique centr e sur l analyse fonctionele in vitro de prot ines recombinantes purif es Cette seconde approche sera privil gi e pour mettre en vidence d ventuels fonctions de protection contre les effets d l t res de la d shydratation Responsables berre mn scientifiques Organismes Bact ries Agrobacterium tumefaciens d 1 Bact ries Escherichia coii cll Champignons Pichia pastoris cl 1 V g taux Arabidopsis thaliana V g taux vivants Medicago truncatula Notes 1 Application SIGES Module de gestion des Dossiers a
127. tit du centre h bergeant l INRA intitul h bergeant complet l INRA intitul Date s de r alisation de complet Paudit Date ou plage de Liste des agents dates pr vue de la Visite composants Num ro de l audit l unit directeur identifiant de l Audit d unit compris Auditeurs nom et pr nom du cr ateur de la visite Type d audit Dates des audits inf rieurs si d autres Audites ont d j t r alis es pour cette unit cette zone liste les dates plages de dates des Audits pr c dents 12 dee INGA CNUE EE SCIENCE amp IMPACT COMMISSION NATIONALE DES UNITES EXPERIMENTALES Les autres parties du document seront renseign es par la CSB Elles seront confirm es avec la version finalis e des squelettes Impact sur les modules existants de SIGES SIGES est constitu des modules Gestion des Dossiers Messages Recherche Tableaux de bord Administration L impact principal se fera au niveau du module Administration comme expliqu dans la partie Utilisateurs et r les La page d crivant un Dossier donn aura un encart suppl mentaire avec l ent te Audit Cellule S curit Biologique qui pr cisera quand l unit h bergeante est soumise un Audit si cette derni re a t jug e conforme ou non conforme par la CSB Le module Tableaux de bord permet De faire un bilan sur l utilisation de l application SIG
128. tml formulaire2xhtml xsl 37 recherche xsl historique historique xsl 28 Jrecherche xsl historique xhtml historique2xhtml xsl 533 Jrecherche xsl panier fo panier2fo xsl 11 Jrecherche xsl panier panier xsl 37 recherche xsl panier pdf panier2pdf xsl 313 Jrecherche xsl panier xhtml panier_resultats xsl 195 recherche xsl panier xhtml panier2xhtml xsl 290 Jrecherche xsl resultats resultats xsl 45 recherche xsl resultats xhtml resultats_navigation xsl 330 Jrecherche xsl resultats xhtml resultats_rappel xsl 17 recherche xsl resultats xhtml resultats_resultats xsl 80 recherche xsl resultats xhtml resultats2xhtml xsl 349 recherche xsl vues xhtml vue Commun vel 173 Jrecherche xsl vues xhtml vue_complet xsl 121 recherche xsl vues xhtml vue liste xsl 171 Jrecherche xsl vues xhtml vue_simplifie xsl 268 recherche xsp acces xsp 73 recherche xsp access_Idap xsp 178 recherche xsp admin xsp 158 Jrecherche xsp areRights xsp 60 Jrecherche xsp delete xsp 15 Jrecherche xsp dossier xsp 112 recherche xsp dossiers xsp 127 recherche xsp doublons xsp 24 Jrecherche xsp export xsp 76 Jrecherche xsp formulaire xsp 125 recherche xsp historique xsp 30 recherche xsp indexation prod xsp 103 recherche xsp init xsp 74 Jrecherche xsp isDeployed xsp 124 recherche xsp optimize xsp 90 Jrecherche xsp panier xsp 39 recherche xsp params xsp 62 recherche xsp recycleReader xsp 74 recherche xsp recycleSearcher xsp 74 re
129. ultat de la recherche sera mis disposition du Consultant pour affichage impression exportation selon les indications fournies dans le paragraphe Restitution de l Information 7 4 2 Fonctions de recherches Les possibilit s de recherche attendues sont celles classiquement propos es dans les bases de donn es documentaires en particulier e recherche experte sur tous les champs ou simplifi e e choisir de faire une recherche en texte int gral sur les Dossiers sur les pi ces jointes ou sur les deux la fois e m moriser un panier les notices s lectionn es lors d une session de recherche pour le r utiliser et le compl ter plus tard lors d une session de recherche ult rieure e disposer de profils permettant de m moriser des quations de recherche pour les r utiliser ult rieurement e visualisation des listes r f rentiels en cours de recherche et possibilit de choisir dans ces listes utilisation d op rateurs bool ens ET OU SAUF l op rateur implicite tant le ET logique troncatures droite et gauche op rateurs de proximit au cours d une m me session de recherche possibilit de r utiliser et croiser les tapes ant rieures gr ce une fonction historique 7 5 Envoi d Alertes Les alertes sont mises par SI BioSec par l interm diaire de la messagerie Comme il est vraisemblable que les adresses des utilisateurs ne soient pas toutes correctement renseign es dans
130. urs D une part comme pour tous les travaux de recherche une certaine confidentialit est de rigueur avant publication d autre part l hyper sensibilit de l opinion publique sur ce type de travaux rend la communication encore plus difficile m me de fa on interne l INRA La Direction G n rale de l Institut a mis en place un Comit Permanent de Bios curit charg de suivre les travaux de recherche pouvant entra ner un risque pour l environnement et la sant des hommes et des animaux Une Cellule Bios curit en constitue l organe op rationnel 4 Objectif du projet La Direction G n rale souhaite mettre disposition de la Cellule Bios curit un Syst me d Information centralis contenant les informations essentielles sur les exp rimentations OGM et OQ men es en milieu naturel ou confin Pour l instant il s agit de suivre e les d clarations d intentions d exp rimentations remplies par les scientifiques et envoy es pour avis aux diff rentes commissions e le retour d information d livr par ces commissions e Les diff rents documents susceptibles d tre produits durant la vie du projet Page 6 INA Version 1 6 5 D finition du concept de Dossier 5 1 Les dossiers scientifiques Ce paragraphe a pour objectif de pr ciser le contexte r el du dossier scientifique Son objectif est de faciliter la compr hension du contexte afin de mieux situer l objectif de la demand
131. xml 4 ressources htmlarea lang nb js 33 Jressources htmlarea lang nl js 76 ressources htmlarea lang no js 72 ressources htmlarea lang pl js 33 Jressources htmlarea lang pt br Is 33 Jressources himlarea lang ro js 67 ressources himlarea lang ru js 51 Jressources himlarea lang se js 33 Jressources htmlarea lang si js 50 ressources htmlarea lang vn js 46 ressources himlarea license txt 30 Jressources himlarea makefile xml 20 ressources htmlarea make release pl 262 ressources htmlarea plugins ContextMenu 1 pl 38 ressources htmlarea plugins ContextMenu context menu js 401 ressources htmlarea plugins ContextMenu lang de js 53 ressources htmlarea plugins ContextMenu lang el js 50 ressources htmlarea plugins ContextMenu lang en js 51 Jressources htmlarea plugins ContextMenu lang makefile xml 4 Jressources htmlarea plugins ContextMenu lang nl js 51 ressources htmlarea plugins ContextMenu makefile xml 7 Jressources htmlarea plugins CSS css js 97 Jressources htmlarea plugins CSS lang en js 1 Jressources htmlarea plugins CSS lang makefile xml 5 Jressources htmlarea plugins CSS makefile xml 7 Jressources himlarea plugins FullPage full page js 129 ressources himlarea plugins FullPage img makefile xml 4 ressources htmlarea plugins FullPage lang en js 14 ressources htmlarea plugins FullPage lang makefile xml 4 Jressources himlarea plugins FullPage lang ro js 14 ressources himlarea plugins FullPage make

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