Home
        INTRODUCTION GÉNÉRALE`A L`IDRIS Note aux nouveaux
         Contents
1.        bbftp  e    put fichier     u login  s mach_loc domaine fr  P P 8    put fichier OK       Les messages de contr  le sont transmis via un canal crypt   ssh  mais les donn  es sont toujours  envoy  es via le canal bbftp classique     Pour plus d   information  consultez notre site web    uww idris fr su Shared bbftp html    8 3 sftp    sftp est disponible    l IDRIS mais n   est pas autoris  e en batch en raison du cryptage des donn  es  transf  r  es  ce qui r  duit les performances  D   une mani  re g  n  rale  l   utilisation de sftp est conseill  e  uniquement pour de tr  s petits fichiers contenant des donn  es sensibles  devant   tre crypt  es     Les gros fichiers doivent   tre transf  r  s de pr  f  rence via la commande bbftp    sftp est une commande Ssh 2 et vous devrez donc  pour l utiliser  avoir le client correspondant    sftp propose les m  mes options que ftp  Comme pour bbftp  vous pouvez mettre en place une  authentification forte bas  e sur RSA dans ssh pour   viter d   avoir    entrer votre mot de passe  voir le  tableau en d  but de section  6 1 2      8 4 scp    La commande scp est disponible    l IDRIS mais  comme pour sftp  il y a des restrictions en batch  en raison du cryptage des donn  es  non autoris   en batch pour des raisons de performance   D   une  mani  re g  n  rale  l   utilisation de scp est conseill  e uniquement pour de tr  s petits fichiers contenant  des donn  es sensibles  devant   tre crypt  es     Les gros fichiers doivent   tre
2.   mes  vous pouvez contacter l   assistance de l   IDRIS  01 69 35 85 55  ou assist idris fr      9 2 Interactif et batch    Vous avez deux modes de travail possibles          l   interactif et le batch  soumission de travaux  sur Ada et Adapp       le batch  soumission de travaux  sur Turing     Dans les deux cas  vous serez contraint de respecter les limites maximales  en temps elapsed  ou  d horloge  et en m  moire  fix  es par l   IDRIS dans le but de mieux g  rer les ressources informatiques   Vous trouverez de plus amples informations concernant ces limites en tapant la commande news class  sur la machine qui vous int  resse  cf  section  L       Avant tout  nous vous recommandons de consulter sur notre serveur web les pages concernant    la les  machine s  que vous utilisez  www  idris  fr ada htm1    ou    wuw idris fr turing html    ou    www idris fr adapp html    9 2 1 Le travail en interactif    En g  n  ral  l   interactif est utilis   pour la gestion des fichiers  cr  ation  copie  archivage  sauvegarde   compilation        L une des premi  res choses que vous ferez sera  sans doute  l     dition d   un programme  source pour ensuite le compiler et l   ex  cuter  Toutes ces op  rations peuvent tr  s bien   tre effectu  es  directement sur les machines de calcul    l   aide des commandes d  finies sur chacune d   entre elles  il  n   y a plus besoin de passer par une frontale d  di  e pour atteindre les machines de calcul   toutes les  machines enregistr  es dans
3.  au HOME et au WORKDIR qui sont mont  s via GPFS  le TMPDIR peut   tre local au  n  ud de calcul et offrir ainsi de tr  s bonnes performances d   entr  es sorties     Remarques   chaque travail batch a son propre TMPDIR  Il n   y a donc aucun risque d   interf  rence  entre deux travaux diff  rents s   ex  cutant simultan  ment    Pour avoir des informations compl  tes sur les espaces disques de chaque machine  consultez notre  site web   uww idris fr   gt  IBM x3750 Ada    gt  Espaces disques et quotas    ou  ou    7 4 Espaces  tmp   usr tmp et  var tmp    Ces r  pertoires sont utilis  s pour des fichiers temporaires cr    s par des processus syst  mes  Nous  vous recommandons fortement de ne pas utiliser ces espaces disque de taille tr  s limit  e pour   viter  qu   ils ne soient satur  s  ce qui peut provoquer des dysfonctionnements voire un blocage de la machine    Ces r  pertoires sont r  guli  rement purg  s    Pour plus d   information sur le r  sum   des caract  ristiques des espaces disques  consultez notre site  web      wwuw idris fr   gt  Pr   et post traitement  Adapp    gt  Espaces disques et quotas    21    8 Commandes de transferts de fichiers    Plusieurs m  thodes pour les transferts de fichiers sont autoris  es    l   IDRIS      TABLE 1     Disponibilit   des m  thodes de transfert de fichier    l    IDRIS    CE DRE DS   Adapp Ergon   Adapp Ergon  E   l en  au             oo   O     o     EE RL  m LL  p   o   on on          8 1 Commandes mfget mfput        
4.  comp  tence         Comit  s th  matiques  CT   1  Environnement  2   a    coulements non r  actifs   b    coulements r  actifs et ou multiphasiques    Biologie et sant      Astrophysique et g  ophysique    Physique th  orique et physique des plasmas    3  4  5  6  Informatique  algorithmique et math  matiques  7  Dynamique mol  culaire appliqu  e    la biologie  8  Chimie quantique et mod  lisation mol  culaire  9  Physique  chimie et propri  t  s des mat  riaux    10  Nouvelles applications et applications transversales du calcul    1 3 Comit   des utilisateurs  CU         Le r  le du comit   des utilisateurs de l    IDRIS est de dialoguer avec le centre afin que tous les pro   jets auxquels des ressources informatiques ont   t   attribu  es puissent   tre men  s    bien dans les  meilleures conditions  Il transmet les observations de tous les utilisateurs sur le fonctionnement  du centre et dialogue avec l    IDRIS pour d  finir les   volutions souhaitables        Le comit   des utilisateurs est constitu   de 20   lus nationaux  2 par discipline scientifique  qui  peuvent   tre contact  s    l   adresse cu elus idris fr       Les utilisateurs de IDRIS trouveront les comptes rendus des r  unions sur le web de l   IDRIS    Le nom d utilisateur et le mot de passe    uti   liser se trouvent sur la page d   accueil de la machine de pr   post traitement  Adapp      Pages protegees web IDRIS   login    passwd     1 4 Missions et objectifs    L   IDRIS a pour objectif principal d
5.  de calcul  les 2 liens sont connect  s    uniquement 2 c  urs sur les  4 qu   il comporte    Espace disque   e Notez bien que la plupart des n  uds n   ont pas de disques locaux    e Seules les frontales  n  uds d   acc  s  poss  dent des disques syst  me  Pour tous les autres   le syst  me est charg   en m  moire au d  marrage du n  ud    e 2 2 Po partag  s avec la machine Blue Gene Q     Pour plus d   information sur la description mat  rielle d  taill  e         www idris fr   gt  IBM x3750 Ada    gt  Configuration mat  rielle et logicielle    2 2 Machine de pr   post traitement    Solution IBM compos  e de 13 serveurs  dont   IBM x3850  Adapp          4 n  uds IBM x3850 quadri processeurs Intel Westmere 8 c  urs    2 67GHz        Fr  quence du processeur   2 7 GHz       1 To de m  moire  32 Go c  ur         8 disques internes de 600 Go de m  moire        R  seau InfiniBand FDR10 Mellanox        Syst  me d exploitation Linux RedHat   La machine de pr   post traitement Adapp est essentiellement destin  e au post traitement num  rique  des r  sultats obtenus sur les machines de calcul   La machine de pr   post traitement Adapp a pour fonctions         de servir de serveur de visualisation       de g  n  rer le mot de passe pour vous connecter sur 1   extranet        d afficher le mot du jour contenant les informations permettent d acc  der aux pages r  serv  es   aux utilisateurs de l   IDRIS  Pour plus d   information sur la description mat  rielle d  taill  e      www idr
6.  le montage GPFS   les scripts n  cessitant une visibilit   sur les fichiers stock  s soit sur Gaya  fichiers non encore migr  s   soit sur Ergon  fichiers d  j   migr  s  devront   tre mis    jour en utilisant la commande mfls     La commande mfdods sera disponible sur Ergon   Pour toutes les informations sur le nouveau serveur d   archives Ergon consultez notre site web          Le serveur d   archives  Ergon  de l   IDRIS    4 Demandes d   allocation d   heures sur les machines de l   IDRIS    Pour les demandes d   attribution de ressources    l    IDRIS  consultez    5 Comment soumettre un projet et obtenir un compte    l   IDRIS      Nous vous conseillons de consulter directement les informations    jour sur notre site web     www idris fr   gt Gestion des ressources   gt  Gestion des comptes    6 Comment g  rer son compte    l   IDRIS      6 1 Connexion    La machine que vous utilisez pour vous connecter sur l   un de nos serveurs de calcul doit   tre  d  clar  e dans les filtres de l   IDRIS    l   aide des formulaires FTIP et ou FAIP     6 1 1 Comment se connecter sur une machine de l   IDRIS      Vous pouvez vous connecter sur toutes les machines de l IDRIS par la commande ssh       ssh  X machine idris fr  1 rlabxxx    Remarques         l option  X de ssh permet de positionner automatiquement le DISPLAY        la premi  re fois  il est n  cessaire d   avoir    port  e de main la lettre envoy  e par IDRIS avec le  mot de passe initial et temporaire qui est propre    
7.  mfput pour des fichiers sur Ergon   e soit par bbftp    Pour soumettre un job  ou script   il suffit d   utiliser  selon la machine de calcul  l   une des com   mandes suivantes  voir leurs manuels respectifs via la commande man       lisubmit mon job avec LoadLeveler  machine IBM      27    Remarques         Le mode batch ne permet pas    l utilisateur d intervenir sauf pour interrompre le d  roulement  du job  Il faut donc que les transferts de fichiers entre les machines puissent se faire sans avoir     taper de mot de passe         Des exemples de scripts de soumission ainsi que les commandes pour soumettre vos travaux sont  mis    votre disposition sur notre serveur      wuw idris fr   gt  IBM x3750 Ada    gt  Ex  cution contr  le d   un codel  on wuv idris fr   gt  IBM Blue Gene Q Turing    gt  Ex  cution contr  le d un code  ont  idris fr   gt  Pr   et post traitenent  Adapp    gt  Ex  cution contr  le d un code   Remarques         Adapp et Ada ayant le m  me gestionnaire de batch  les commandes de base sont les m  mes que  pour pour Ada        Le paragraphe consacr   aux classes sp  cifiques pr   et post traitement se situe    la toute fin de  la news        La s  lection entre travaux    standards     sur Ada  et travaux de pr   post traitement  sur Adapp   se fait par le seul mot clef LoadLeveler          requirements    Feature     prepost      Contr  le et suivi d   un travail   pour chaque job soumis en batch  le gestionnaire lui attribue un  identificateur de j
8.  nos filtres peuvent atteindre directement l   ensemble des frontales  Turing   Ada  Adapp  directement par ssh         Vous avez acc  s aux frontales       Vous n avez pas acc  s aux n  uds de calcul     Naturellement  les sessions interactives seront   galement utilis  es pour pr  parer les sessions dites  batch     26    9 2 2 Pourquoi utiliser le batch      Il existe plusieurs raisons de travailler en mode batch      possibilit   de d  passer les limitations en temps elapsed ou d   horloge et en m  moire de l   interactif    possibilit   de fermer la session interactive apr  s avoir soumis un travail     meilleure gestion des ressources entre les utilisateurs avec une r  partition sur la machine en  fonction des ressources demand  es  un travail tr  s consommateur en ressources sera ex  cut    pendant les heures dites creuses  la nuit  le week end      pour vos travaux de pr   post traitement sur la machine de pr   post traitement        l    IDRIS  nous disposons du logiciel LoadLeveler permettant la gestion des jobs en mode batch  sur les machines de calcul IBM  Ada  Turing  et sur la machine de pr   post traitement Adapp     Ce gestionnaire de batch contr  le le d  roulement des travaux en fonction des ressources demand  es   m  moire  temps elapsed ou d horloge  fichiers  et du nombre de jobs actifs    un instant donn    au  total et pour chaque utilisateur      C   est le seul mode sur Turing  Voici les 2   tapes essentielles pour travailler en batch      cr  ation e
9.  par n  ud llstatus  R   Vous pouvez voir la consommation de vos travaux batch    l   aide de la commande suivante    jar job id   Attention     Les informations pour un job ne sont r  cup  rables qu      partir du lendemain de son ex  cution   Pour plus d   information  tapez la commande jar  help sur la machine o   s   est ex  cut  e le job   Pour plus d   information  tapez la commande jar  help sur la machine o   s   est ex  cut  e le job   Vous trouverez sur notre site web des informations plus compl  tes sur les commandes de contr  le  des travaux batch      wwuw idris fr   gt  IBM x3750 Ada    gt  Commandes de contr  le des travaux  ouwww idris fr   gt  IBM Blue Gene Q Turing    gt  Commandes de contr  le des travaux batch  ouwww idris fr   gt  Pr   et post traitement  Adapp    gt  Ex  cution contr  le d   un code    Documentation de l   IDRIS        Le serveur web   IDRIS maintient    jour un serveur web   www idris fr regroupant l   en   semble de la documentation technique  FAQs  nouvelles du centre  fonctionnement des machines   etc           Les nouvelles du centre   elles sont accessibles uniquement aux utilisateurs de IDRIS via  notre serveur web et via la commande news sur chacune de nos machines    e avec news  a  on lit toutes les nouvelles disponibles    e avec news  on lit toutes les nouvelles disponibles depuis la derni  re lecture compl  te   utilisation d   un fichier de r  f  rence  news_time    e avec news   n  la liste des sujets des nouvelles appara 
10.  puis   siez r  essayer        Historique  rejet d   un mot de passe utilis   r  cemment    sur les 5 derniers mots de passe        Dur  e minimale entre deux changements de mot de passe   1 jour    Pour plus d   information  consultez notre serveur web     www idris fr   gt  FAQ g  n  rale   gt  Que faire lorsque j   ai un probl  me de mot de passe        6 1 4 Comment d  finir son environnement      Par d  faut  votre shell de login est le Bash  La proc  dure de connexion ex  cute donc d   abord le  fichier syst  me  etc profile qui d  finit les variables d environnement propres    l    IDRIS  Puis elle  ex  cute le premier des fichiers utilisateur qu   elle trouve  HOME  bash_profile   HOME  bash_login  ou  HOME    profile  La variable d environnement  BASH_ENV pointe sur le fichier syst  me  etc bash bashrc  lequel ex  cute votre fichier personnel  HOME    bashrc s   il existe  Le fichier  HOME    bashrc est pris en  compte par les shells interactifs  mais pas de connexion   Le contenu de la variable BASH_ENV n est  utilis   que par les shells non interactifs    Vous devrez  en particulier  d  finir la variable d environnement TERM        export TERM xterm  en Bash Ksh ou    setenv TERM xterm  en Tcsh Csh    Pour plus d   information  consultez la FAQ g  n  rale sur notre site web      www idris fr faqs gest_env html  http   www idris fr faqs gestion compte html    6 1 5 Comment afficher une fen  tre X sur votre terminal sous Unix      Par exemple  vous essayez d afficher
11.  ssh keygen  t rsa     Pour cela  il suffit de taper RETURN au moment d   entrer la passphrase  Mais nous vous  d  conseillons fortement de faire ceci pour des raisons de s  curit      Dans ce cas  les   tapes d  crites pr  c  demment sont    r  aliser une fois pour toutes sur la  les   machine s  sur la les quelle s  les commandes utilisant un protocole ssh seront ex  cut  es   Aucune r  actualisation  type changement de mot de passe  ne sera n  cessaire par la suite     Pour plus d   information  consultez la FAQ g  n  rale sur notre site web      www  idris  fr faqs using ssh html    6 1 3 Comment changer votre mot de passe      Quelle que soit la machine  vous pouvez changer votre mot de passe    tout moment en utilisant la  commande UNIX passwd directement sur la machine    Attention     Les machines Ada  Adapp et Turing et le serveur d   archives Ergon sont g  r  s par un serveur LDAP   Ce qui implique un m  me mot de passe sur les quatre syst  mes    Rappel sur la s  curit   du compte   Chaque compte est strictement personnel  L   acc  s d   une  personne non autoris  e via lun de ces comptes entra  ne d  s sa d  couverte des mesures de protection  imm  diates pouvant aller jusqu   au blocage instantan   du compte  Ne communiquez jamais votre mot  de passe en clair dans un message   lectronique adress      PIDRIS  assistance  secr  tariat  etc  quel que  soit le motif  Nous serions alors oblig   de g  n  rer un nouveau mot de passe initial qui sera envoy   par  courrie
12.  t    l     cran    e avec news sujet  o   sujet est l   un des sujets pr  c  demment list  s  on lit la nouvelle sujet     Remarques     e les news sont propres    chaque machine     e elles ne contiennent que l essentiel  une page au plus  mais renvoient en g  n  ral    d   autres  documents     e attention  elles peuvent   tre p  rim  es         Les documentations constructeurs   des documents  fournis par les constructeurs  sont ac   cessibles sur le web de l   IDRIS  Ils permettent  par exemple  d   avoir une documentation compl  te  sur les compilateurs  f90  C et C     les biblioth  ques scientifiques  les biblioth  ques de passage  de messages  MPI   etc         Les manuels   tous les manuels Unix sont disponibles en ligne gr  ce    la commande man     29    Les commandes d  velopp  es pour les utilisateurs par l    IDRIS ont aussi un manuel d utilisation     
13.  transf  r  s de pr  f  rence via la commande bbftp     24    8 5 rsync    La commande rsync  pour remote synchronization ou synchronisation    distance   permet de    synchroniser de fichiers  Elle est fr  quemment utilis  e pour mettre en place des syst  mes de sauvegarde  distante     La syntaxe est      rsync  OPTION     SRC  SRC     DEST  or rsync  OPTION     SRC  SRC      USERO HOST DEST  or rsync  OPTION     SRC  SRC      USER  HOST   DEST  or rsync  OPTION     SRC  SRC     rsync    USERC HOST  PORT  DEST    or rsync  OPTION      USERC HOST SRC  DEST   or rsync  OPTION      USERC HOST  SRC  DEST   or rsync  OPTION     rsync     USER  HOST  PORT  SRC  DEST           Pour voir les options et plus d   information  tapez la commande rsync     8 6 bbcp    BBCP est un utilitaire de transfert de fichiers  similaire    SCP et FTP pour les transferts    haut d  bit   La syntaxe de la commande est      bbcp  Options   Inspec  Outspec    Pour voir les options  tapez bbcp   help  Pour plus de d  tails  vous pouvez consulter la documentation officielle de BBCP    cette adresse      www slac stanford edu  abh bbcp    25    9 Environnement de travail    9 1 Rappels et recommandations        Pour travailler sur les machines du centre depuis votre machine locale  il faut que celle ci soit  d  clar  e dans nos filtres en nous renvoyant les formulaires FTIP et ou  FAIP  cf  section    les  formulaires           LoadLeveler comme gestionnaire de jobs batch     Si vous rencontrez des probl
14.  une fen  tre issue d   un outil  TotalView  etc      et vous obtenez  le message suivant      Error  Can   t open display    15    ou    Xlib  connection to  machine 0 0  refused by server    Xlib  Client is not authorized to connect to Server       Que signifient ces messages      1  Dans le premier cas  la machine     l    IDRIS  ne sait pas o   afficher la fen  tre   il est alors n  cessaire  de passer la commande suivante sur la machine de l IDRIS      export DISPLAY machine locale fr 0   en Bash Ksh ou    setenv DISPLAY machine locale fr 0   en Tcsh Csh    2  Dans le deuxi  me cas  la machine de votre laboratoire machine locale fr refuse    priori de  laisser une fen  tre s afficher si elle vient d   une autre machine  restriction due    la s  curit     Pour  permettre son affichage  vous devez passer la commande suivante sur votre machine locale        xauth list  DISPLAY    Cette commande retourne une ligne de la forme      machine local fr 0 MIT MAGIC COOKIE 1 529f63e074742901d058539c0149691a    et passer la commande suivante sur la machine de l    IDRIS        xauth add machine locale fr 0 MIT MAGIC COUKIE 1    529f63e074742901d058539c0149691a    De plus  votre machine locale doit   tre dans nos filtres pour pouvoir afficher une fen  tre X d   une  machine de calcul     6 2 Contr  le de sa consommation en temps        Nous vous conseillons d utiliser l   interface extranet qui permet au chef de projet     leurs  suppl  ants et    tous les membres du projet  de consu
15.  yes no   yes    Warning  Permanently added    machine_locale domaine fr xxx xx xxx xx      RSA   to the list of known hosts    login machine_locale domaine fr   s password     home group login       2  Initialisation des clefs SSH pour l   authentification RSA    Sur votre machine  vous devez initialiser votre paire clef publique clef priv  e  Cette proc  dure  n   est    faire qu   une seule fois    La clef publique est ensuite    d  poser sur la machine serveur  La clef priv  e reste sur la machine  cliente et est prot  g  e par la passphrase    Pour g  n  rer les clefs publiques  connectez vous sur la machine cliente  votre machine locale   et lancez la commande ssh keygen avec un mode d   authentification choisi  RSA ou DSA pour  Digital Signature Algorithm   Une passphrase vous sera alors demand  e   nous vous conseillons  de choisir une passphrase non triviale    Votre cl   priv  e doit rester prot  g  e   des contr  les de droits sont effectu  s par ssh         votre r  pertoire  HOME doit   tre prot  g   en   criture pour le groupe et les autres utilisateurs        votre r  pertoire  ssh ne doit   tre lisible et ex  cutable que par vous  drwx       ja       le fichier contenant votre cl   priv  e  id_rsa par d  faut  ne doit   tre lisible que par vous      D  poser votre clef publique sur la machine serveur    Connectez vous sur la machine cliente  machine    partir de laquelle ssh va   tre lanc    et ajou   ter la clef publique que vous venez de g  n  rer  7  ssh id
16. Institut du d  veloppement  et des ressources  en informatique scientifique       INTRODUCTION G  N  RALE    L   IDRIS    Note aux nouveaux utilisateurs    3 juillet 2014       Ce document pr  sente les principaux aspects indispensables    une bonne utilisation des machines  de l   IDRIS  Attention  l   environnement de PIDRIS est en constante   volution et il est recommand    de consulter r  guli  rement les mises    jour de ce document sur notre serveur web      www idris fr   gt  Espace utilisateurs   gt  Document nouvel utilisateur   Nous vous conseillons de visualiser ce document depuis un navigateur pour pouvoir cliquer sur les  liens cliquables vous permettant simultan  ment d   avoir des informations compl  tes    jour sur notre  site web  Ce que ne permet pas le document imprim       IDRIS      Rue John von Neumann      B  timent 506     B P  167     91403 Orsay cedex     France  T  l     33  0 1 69 35 85 05     T  l  copie    33  0 1 69 85 37 75     Standard    33  0 1 69 35 85 00    Table des mati  res        Pr  sentation de l   IDRIS       1        1 2 Gestion scientifique des ressource  1 3 Comit   des utilisateurs  CU    1 4 Missions et objectifs  1 5 Personnel de l   IDRIS    2 _ Pr  sentation des machine                      2 2 Machine de pr   post traitemen  2 3 Serveur d   archive  2 4 Vue d   ensemble        1 1 Place de PIDRIS               2 1 Machines de calcul                   3 Arr  t de Gaya et migration des donn  es vers Ergo    4 Demandes d   all
17. La commande mfget permet d   aller chercher un fichier sur la machine fichiers Ergon depuis une  machine de IDRIS  sans fournir de mot de passe        mfget path1 fichier_ergon path2 fichier_calcul  o      fichier_ergon   nom du fichier    rapatrier depuis ergon     e path1 est d  fini en absolu ou en relatif par rapport au r  pertoire HOME de la machine fichiers  ergon     e fichier_calcul   nom du fichier rapatri   sur la machine de calcul     e path  est d  fini en absolu ou en relatif par rapport au r  pertoire courant de la machine de    calcul     Attention   les r  pertoires sp  cifi  s dans cette commande doivent exister         La commande mfput permet de transf  rer un fichier de r  sultat de calcul  par exemple  depuis  une machine de l   IDRIS vers la machine fichiers  sans fournir le mot de passe        mfput pathi fichier_ calcul path2 fichier_ergon  o      e fichier _calcul   nom du fichier    sauvegarder     e path1 est d  fini en absolu ou en relatif par rapport au r  pertoire courant sur la machine de  calcul     e fichier_ergon   nom du fichier cible sur Ergon     e path  est d  fini en absolu ou en relatif par rapport au r  pertoire HOME de Ergon     22    Remarques    e Si les r  pertoires sp  cifi  s sur Ergon n existent pas  ils seront cr    s   e Pour voir les options de ces commandes  tapez man mfget ou man mfput ou l   aide en tapant  mfget    S il n y a pas de man  vous avez une aide en tapant mfget    ou mfput       Pour plus d   information  consu
18. _rsa pub  sur la machine serveur   7  ssh authorized_keys          machine_cliente  cat      ssh id_rsa pub   ssh rlabxxx machine idris fr  cat    gt  gt     ssh authorized_keys       Ne plus taper sa passphrase    Deux solutions existent   l agent ssh agent et la passphrase vide    a  agent ssh agent    Une m  thode existe pour ne plus avoir    entrer    chaque session sa passphrase  Sur la  machine cliente  un agent ssh agent va m  moriser la clef priv  e et la redonner    chaque  demande    machine_cliente  eval    ssh agent       Agent pid xxxx    Cette commande permet de d  marrer l   agent  Il passe en eval car il retourne des variables   qui seront utiles    ssh  SSH_AUTH_SOCK  SSH_AGENT_PID   Ensuite  il faut ajouter la clef  priv  e      13    machine _cliente   ssh add      ssh id_rsa  Enter passphrase for  home group login  ssh id_rsa     Identity added   home group login  ssh id_rsa    home group login  ssh id_rsa        On peut v  rifier que la clef priv  e est bien pr  sente via la commande ssh add  1 ou  supprimer des clefs par la commande ssh add  d  lt file gt      Maintenant  pour la session o   l   agent ssh a   t   lanc    les connexions ssh ne demanderont  plus la passphrase   Attention   l   acc  s pourra se faire sans saisie de la passphrase seulement pendant la dur  e    de vie de l   agent  Vous devrez donc le relancer    chaque nouvelle session      b  la passphrase vide      Vous avez la possibilit   de mettre une passphrase vide lors de la commande
19. acun 32 c  urs et 128 Go de   m  moire  4 Go c  ur      28 n  uds x3750 M4  Sandy Bridge  ayant chacun 32 c  urs et 256 Go de m  moire  8 Go c  ur    r  partis de la fa  on suivante     e 16 n  uds sans disque interne     e 12 n  uds ayant chacun 8 disques internes pour les travaux n  cessitant l   criture de fichiers  temporaires volumineux    4 n  uds IBM x3850  Westmere  ayant chacun 32 c  urs  1 To de m  moire  32 Go c  ur  et   8 disques internes destin  s au pr   post traitement     2 n  uds x3750 M4  Sandy Bridge  ayant chacun 32 c  urs  128 Go de m  moire  4 Go c  ur  et   4 disques internes     R  seau d   interconnexion de type InfiniBand FDR10 Mellanox    deux niveaux de switchs   e 1   niveau   chaque n  ud de calcul est connect   via 2 liens    2 switchs 36 ports  80 Go s  th  oriques pour les 32 c  urs   On peut ainsi interconnecter 20 n  uds avec 2 switchs en  utilisant 20 ports par switch    e 2   niveau   chaque switch 36 ports est connect   via 16 liens    1 switch 648 ports  utilisant alors   16 ports restants de chaque switch   Notez que ce switch 648 ports assure aussi l   intercon    nexion avec les frontales  les baies de disques  GPFS   les racks BlueGene Q et les frontales   BlueGene Q    Il est utilis   pour les communications MPI inter n  uds et les I O GPFS  Il offre une latence   de 1 34 microseconde et un d  bit de 4 1 Go s par lien  mesur  s sur une communication MPI   point    point via la biblioth  que MPI Intel     e Au niveau de chaque n  ud
20. as soft et les quotas hard         Les quotas soft  repr  sentent l   espace disque allou      chaque utilisateur  C   est une limite qui peut    tre d  pass  e jusqu      atteindre la limite du quota hard  Lors d   un d  passement  l utilisateur est  inform   par un warning et a    un d  lai de gr  ce  gt  pour redescendre en dessous de cette limite        Les quotas hard repr  sentent la limite ultime d   espace disque qui ne peut pas   tre d  pass  e   Au del   de cette limite  l   utilisateur ne peut plus   crire dans son espace        g  n  ralement  le quota soft est    90  de la capacit   totale et le quota hard    100      18    6 3 2 Que faire en cas de blocage      Lorsqu un groupe est en d  passement de quota  aucun email d avertissement n   est envoy    hors  machine d   archives   Vous   tes n  anmoins inform  s par des messages d   erreur lorsque vous manipulez  des fichiers dans l   espace disque concern    comme disk quota exceeded    En cas de blocage  il faut supprimer des fichiers ou les d  placer dans un autre espace de stockage  comme le  SWORKDIR ou sur le serveur d   archives Ergon  Le chef de projet ou son suppl  ant peut    aussi demander une augmentation motiv  e des quotas via l   extranet http   wvw idris fr extranet  Pour plus d   information  consultez la FAQ g  n  rale sur notre site web  http   www idris fr faqs gestion _compte html    Nous avons impl  ment   le service extranet permettant au chef de projet de demander une aug     mentation de 
21. d   quipement national  de calcul intensif   l    IDRIS participe    la mise en place de ressources informatiques nationales  au  service de la communaut   scientifique publique qui n  cessite des moyens informatiques extr  mes    L   IDRIS est une Unit   propre de service du CNRS  UPS 851      vocation pluridisciplinaire  plac  e  sous la tutelle de l    INS2I  Institut des sciences de l information et de leurs interactions     Actuellement  le directeur de l   unit   est M  Denis GIROU     1 2 Gestion scientifique des ressources        Sous la coordination de GENCI  Grand   quipement national de calcul intensif   est lanc   au qua   tri  me trimestre de chaque ann  e  un appel    propositions commun    l   ensemble des centres na   tionaux  TGCC  CINES et IDRIS  pour l attribution des ressources informatiques pour l   ann  e  suivante  Une seconde session a lieu au printemps de chaque ann  e pour permettre  durant le se   cond semestre  le d  marrage de nouveaux projets et pour octroyer une allocation compl  mentaire  aux projets de la premi  re session qui ont d  j   consomm   une part importante de leur allocation  annuelle    Les demandes de ressources se font par le formulaire DARI  Demande d   attribution de ressources  informatiques     travers un site commun pour l   ensemble des centres    Les demandes sont examin  es du point de vue scientifique par des Comit  s th  matiques dont la  liste est donn  e ci dessous  Il y a un comit   th  matique pour chaque domaine de
22. du groupe lab pour le syst  me de fichiers home  ATTENTION   quota inodes limite    300000  Mis    jour toutes les 10mns   derni  re mise    jour   Mar 5 15 41  akak ak ak ak ak ak ak ak ak ak ak ak a a a ak ak HE 3K 3K 3K 3K 3K 3K K K K K aK aK K KR 3K 3 3K 3K 3K 3K 3K 3K 3K K K K K K K K   K   K   K   K 3K 3K 3K 2K 3K 3K 3K 2K 2K 2K  Mo Atteint       Quota hard   11264  Quota soft   10240  Utilisation   5    Espace occup en Mo    rlab003 nomi  rlab001 nom2  rlab002 nom3  rlab803 nom4           le m  canisme des quotas est important    conna  tre  En effet  il peut emp  cher tous les membres  de votre groupe unix de travailler en bloquant l   ex  cution de vos travaux sur les machines de  PIDRIS  quota limit exceeded   Il peut aussi g  n  rer la perte de fichiers issus d   un calcul car ils  ne peuvent pas   tre   crits recopi  s sur l   espace disque        la commande quota_u ne refl  te pas toujours en temps r  el  juste apr  s un m  nage  l   espace  occup   car la mise    jour n   est pas forc  ment instantan  e  Un d  lai de quelques minutes     quelques heures suivant les machines est n  cessaire avant de retrouver les valeurs r  actualis  es    Les quotas sont faits pour garantir un acc  s   quitable aux ressources disques en emp  chant un   utilisateur de remplir involontairement tout un file system  Toutes les machines de l   IDRIS poss  dent  des quotas disques sur le HOME et le WORKDIR     6 3 1 Principes de fonctionnement    Il y a deux types de quotas  les quot
23. e    l   chelle  hyperscaling  d applications sur la Blue Gene Q     e l implication dans les projets europ  ens PRACE 2IP et PRACE 3IP     e les bancs d   essais de nouvelles architectures     e l   activit   de veille technologique     L   quipe d assistance assure du lundi au jeudi de 9h    18h et le vendredi de 9h    17h30 une  permanence t  l  phonique au 01 69 35 85 55 ou par messagerie    assist idris fr         Le groupe syst  me exploitation  Il a pour mission     e d   assurer le suivi et le bon fonctionnement du parc de supercalculateurs du centre  ainsi que de  l   ensemble des infrastructures de support technique     ce titre  l     quipe d  tecte les incidents   mat  riels et logiciels  et y rem  die 7 jours sur 7    e d installer et administrer les diff  rents serveurs de calcul  de fichiers et de pr   post traitement  du centre     e d   administrer l   architecture globale de l   environnement de calcul intensif     e d   administrer et d optimiser l   int  gration des supercalculateurs de l   IDRIS dans les infrastruc   tures europ  ennes PRACE  et de participer    la consolidation du bon fonctionnement de ces  infrastructures     e de participer    la d  finition des cahiers des charges de nouveaux services et aux d  veloppements  logiciels n  cessaires    leur mise en   uvre  tant au niveau national qu   au niveau europ  en         Le groupe r  seau et informatique interne maintient et supervise le fonctionnement d   un  r  seau performant entre les machin
24. e contribuer aussi efficacement que possible    l excellence de la   recherche scientifique dans le domaine de la mod  lisation et du calcul num  rique intensif    Pour accomplir ses missions  l    IDRIS intervient    deux niveaux         Comme structure de services  par la mise en place et l exploitation d   un environnement de calcul  intensif d avant garde diversifi    polyvalent et   volutif  adapt   aux tr  s grands d  fis scientifiques  dans le domaine de la simulation num  rique  Cet environnement englobe une interface per   formante de support aux utilisateurs  qui offre des services    tr  s forte valeur ajout  e  Ainsi   l   IDRIS ne se limite pas seulement au conseil et    la formation mais s implique   galement dans  le d  veloppement et l   optimisation des codes scientifiques        Comme agent de transfert de technologies  de la recherche et du d  veloppement en informatique  vers les infrastructures nationales de calcul de haute performance  Situ      l   intersection de la  science  la simulation num  rique  et de la technologie  l informatique scientifique  et tr  s proche  des utilisateurs scientifiques  l IDRIS se trouve dans une situation privil  gi  e pour l   int  gration  progressive des nouvelles technologies dans le syst  me national de la recherche scientifique  Cette  activit   s   est traduite  dans les ann  es 90  par une contribution importante    la diffusion du calcul  parall  le  qu   il poursuit aujourd   hui dans le domaine du calcul massiv
25. e pour les utilisateurs    Pendant la p  riode de migration des donn  es         il n   y aura plus d   acc  s en interactif sur Gaya        Gaya passera en mode lecture seule et il ne sera plus possible d   y cr  er de fichiers        les   critures seront r  alis  es sur le nouveau serveur Ergon        des commandes sp  cifiques permettront la gestion  listage  effacement  des fichiers de Gaya   depuis Adapp        le montage NFS de Gaya depuis Adapp ne sera plus disponible    La migration des fichiers de l   ancien serveur vers le nouveau  Ergon  sera automatiquement g  r  e  par les commandes mfget mfput lanc  es depuis les machines de calcul ou depuis Adapp  Les com   mandes mfput recopieront les fichiers sur le nouveau serveur Ergon  Pour les commandes mfget  la  lecture se fera soit sur Gaya  soit sur Ergon suivant que le fichier ait d  j     t   migr   ou non  ce processus  est totalement transparent pour les utilisateurs  Pour d  terminer si un fichier se trouve sur Ergon ou  sur Gaya  utiliser la commande mfis depuis n   importe quelle machine de calcul    l IDRIS  sauf Ergon     Depuis Adapp  le montage GPFS en lecture   criture d    Ergon  directement accessible via la va   riable d environnement  ARCHIVE  remplacera le montage NFS en lecture de Gaya  Pour des raisons  d   instabilit   chronique  ce montage NFS n   a pas pu   tre conserv   pendant la p  riode de migration  En  attendant que l int  gralit   des fichiers soient migr  s sur Ergon et donc visible avec
26. ement parall  le  et par  une expertise reconnue    l     chelle europ  enne dans le domaine des grilles de supercalculateurs   En effet  l IDRIS a   t   de 2004    2008 coordinateur du projet europ  en qui a con  u et d  ploy    l infrastructure europ  enne DEISA  2004 2011  et il participe actuellement aux diff  rents projets    PRACE  the Partnership for Advanced Computing in Europe  voir Www prace ri  eul     1 5 Personnel de l   IDRIS        Le support aux utilisateurs  assistance  est l interface privil  gi  e entre l   IDRIS et ses utili    sateurs  Ses principales missions sont     e le conseil et l assistance pour l   optimisation  le d  bogage ou le portage de codes sur les  diff  rentes architectures disponibles    l   IDRIS     e la formation  avec des cours  langages de programmation  paradigme de parall  lisation de  codes MPI et OpenMP  et formations sp  cifiques dispens  s    l   IDRIS ou en province     e la documentation int  gr  e dans le serveur web  www idris fr  base de connaissances pour  les utilisateurs     e la maintenance et les tests de validation pour les biblioth  ques  les compilateurs  et l   instal   lation de certains logiciels sp  cialis  s    L   quipe s   investit aussi dans des services    plus haute valeur ajout  e mis en place en r  ponse      des sollicitations de la communaut   scientifique  sous forme  entre autres  de support applicatif   avanc   dans le domaine du calcul intensif  Parmi ces activit  s  on peut citer     e le passag
27. es du centre et la connexion au r  seau national de la recherche  RENATER  Cette   quipe est   galement charg  e des interfaces avec le r  seau europ  en PRACE   Vu le r  le essentiel jou   par le r  seau informatique dans l   architecture globale du site  cette    quipe travaille en   troite liaison avec l     quipe syst  me exploitation         Le groupe s  curit    Le RSSI  Responsable de la s  curit   du syst  me d   information  assure un  r  le de conseil  d   assistance  d   information  de formation et d   alerte  Il peut intervenir directe   ment sur tout ou partie des syst  mes informatiques et de t  l  communication du centre         Ces   quipes sont assist  es dans leurs t  ches par le secr  tariat  l administration et la com   munication externe     2 Pr  sentation des machines    2 1 Machines de calcul    Machine Nombre de c  urs   M  moire   Performance cr  te    IBM BG Q Turing 65 536 836 Tflop s  IBM x3750 Ada 10 624 230 Tflop s       Toutes nos machines de calcul sont accessibles en interactif et en batch  soumission de travaux      2 1 1 Machines IBM Blue Gene Q  Turing     L acc  s    la machine IBM Blue Gene Q se fait uniquement via une frontale IBM Power   Turing    Il n   y a pas de login possible sur les n  uds de calcul     processeurs IBM Power A2          Frontale IBM Power7  e 32 c  urs Power      3 GHz    64 Go de m  moire vive   Syst  me d exploitation Linux RedHat   racks Blue Gene Q  4096 n  uds de calcul  65 536 c  urs PowerPC A2   chaque rac
28. ets qui  peuvent   tre reg  n  r  s ou des fichiers qui ont   t   pr  alablement copi  s sur le serveur d   archives  Ergon    Les fichiers sources seront laiss  s sur le r  pertoire HOME    Ce r  pertoire est divis   en 2 parties         une partie propre    chaque utilisateur accessible via la variable  WORKDIR       une partie commune au groupe Unix auquel l utilisateur appartient  On y acc  de via la variable    COMMONDIR  Cet espace permet de mettre en commun des fichiers     L espace WORKDIR est commun    Ada  Turing et Adapp  Il n   y a plus besoin de transf  rer vos  fichiers des machines de calcul vers la machine de pr   post traitement Adapp   Attention   un syst  me de quotas limite le HOME et le WORKDIR pour chaque groupe   Le service extranet permet au chef de projet de demander une augmentation de quota disque pour    le HOME  le WORKDIR et pour le quota inodes   http   www idris fr extranet    7 3  TMPDIR    C   est un r  pertoire temporaire qui poss  de les caract  ristiques suivantes         il est cr     automatiquement sous le nom symbolique  TMPDIR au d  but de chaque session inter   active ou de chaque travail batch  vide au d  part          il est d  truit automatiquement    la fin du travail batch ou de la session  Il faut donc penser     sauvegarder les fichiers importants qui s   y trouvent avant la fin du travail ou de la session          il est de taille importante  beaucoup plus grande que celle des r  pertoires HOME et WORKDIR        contrairement
29. is fr   gt  IBM x3850 Adapp    gt  Configuration mat  rielle et logicielle    2 3 Serveur d   archives    Solution IBM compos  e de 13 serveurs  dont         3 frontales  chacune avec 2 processeurs    16   uds  2 6 GHz et 128 Go de m  moire  6 serveurs  de fichiers GPFS  4 serveurs de donn  es et 2 serveurs de meta donn  es  associ  s    2 baies de  disques GSS26 avec une bande passante de 12 Go s pour une capacit   utile totale de 2 Po        2 serveurs TSM HSM pour g  rer la partie robotique et la migration des fichiers sur cassettes   Stockage         Un robot StorageTek SL8500   d ici fin 2014  celui ci sera muni de 16 lecteurs et contiendra  6300 cassettes offrant une capacit   de 10 Po  La capacit   maximale est de 10000 cassettes ce qui  correspond    environ 20 Po avec la capacit   des cassettes actuelles        Syst  me d exploitation RHEL 6    Pour plus d   information sur la description mat  rielle d  taill  e      www idris fr   gt  Stockage  Ergon    gt  Configuration mat  rielle et logicielle    2 4 Vue d   ensemble    C   est le sch  ma global du r  seau du centre        FIGURE 1     Sch  ma du r  seau IDRIS    10    3 Arr  t de Gaya et migration des donn  es vers Ergon    L ouverture du nouveau serveur d   archives Ergon a eu lieu le mardi ler juillet  La migration des  donn  es a commenc   depuis le serveur Gaya vers le nouveau serveur d   archive Ergon  Il est pr  vu que  cette phase de migration se termine    la fin de l   ann  e 2014  elle sera transparent
30. k contient 32 node cards    chaque rack est divis   en deux midplanes    chaque midplane contient 16 node cards    chaque node card poss  de 32 n  uds de calcul    chaque n  ud de calcul poss  de 16 c  urs    chaque c  ur peut ex  cuter 4 threads ou processus   Chaque n  ud de calcul a 16 Go de m  moire et une puissance th  orique de 204 1 Gflop s   12 7 Gflop s par c  ur   Soit  pour l   ensemble de la configuration  4096 n  uds de calcul   65 536 c  urs  262 144 threads   une puissance cr  te de 836 Tflop s et 65 To de m  moire vive   Enfin  chaque rack poss  de 16 n  uds d   I O  avec 2 liens chacun vers les n  uds de calcul   e Syst  me d exploitation CNK  Compute Node Kernel        Espace disque  e 2 2 Po      espace disque partag  s avec Ada          0 0 0e 0e hoo o    Pour plus d   information sur la description mat  rielle d  taill  e      www idris fr   gt  IBM Blue Gene Q Turing    gt  Configuration mat  rielle    2 1 2 Machines IBM x3750  Ada     Le supercalculateur SMP est bas   sur la technologie IBM x3750 M4   chaque n  ud de calcul  comporte 4 processeurs Intel Sandy Bridge E5 4650 8 c  urs  32 c  urs n  ud  cadenc  s    2 7 GHz avec  2 liens vers le r  seau InfiniBand FDR10 Mellanox  Il totalise 332 n  uds de calcul x3750 M4  2 n  uds  d   acc  s x3750 M4 et 4 n  uds x3850 pour le pr   post traitement  offrant une puissance th  orique totale  de 233 Tflop s    C   est une machine compos  e de      304 n  uds x3750 M4  Sandy Bridge  sans disque interne ayant ch
31. lter la comptabilit   d  taill  e du projet  e machine par machine   e login par login   e job par job et pour votre propre login         Vous avez la commande jar qui vous permet d afficher des informations concernant la consom   mation de vos travaux batch  Consultez    Pour les informations sur l   extranet consultez notre site http   wiw idris fr extranet    16    6 3 Contr  le de son utilisation disque    Il est important de surveiller sa consommation disque car certains espaces disque sont soumis     des quotas par groupe unix  Vous risquez donc de ne plus pouvoir cr  er de fichiers dans ces espaces   Pour conna  tre l   occupation disque de votre groupe unix  il suffit d   utiliser la commande quota_u   Cette commande indique        la limite disque utilisable pour votre groupe sur l   espace HOME  par d  faut  sur toutes les machines  du centre       la limite disque garantie pour votre groupe sur l   espace WORKDIR  option  w  sur Turing  Ada et  Adapp       le d  tail des diff  rentes consommations de chacun des utilisateurs de votre groupe     Attention         cette commande indique la place occup  e par vos fichiers dans votre espace  et prend aussi  en compte vos fichiers stock  s    l   ext  rieur de celui ci  dans le HOME d   un autre utilisateur par  exemple      17      quota_u  aK ak ak ak ak ak ak a a HE 3K 3K 3K 3K 3K 3K K K K K aK aK aK aK 2K 2K 2K 3K 3K 3K 3K 3K 3K 3K 3K 3K 3K 3K K K K K   K K   K   K   K   K   K 2K   K   K 2K 3K 3K 3K 2K 2K 2K  Quotas 
32. ltez notre site web   http   www idris fr su shared mfget mfput html    8 2 bbftp    BBFTP est un protocole de transfert de masse  Il permet de transf  rer de gros fichiers avec de  meilleures performances que FTP gr  ce    l   impl  mentation des    grandes fen  tres  gt   RFC 1323   des  canaux de transfert parall  les et de la compression de donn  es    la vol  e  En outre  il est plus s  curis    puisqu il chiffre les informations de connexion  user password   sans toutefois chiffrer les donn  es  pour  ne pas d  grader les performances des transferts     Pour utiliser bbftp  vous devez installer sur votre machine le logiciel bbftp  le client et le serveur     pour le t  l  charger allez    l   adresse   Vous pouvez consulter la documentation compl  te sur la page Web      8 2 1 Utilisation de bbftp en interactif    La commande bbftp en mode standard prend en entr  e un fichier contenant une liste d   instructions   cd  put  get  etc    Des options sont disponibles pour la compression ou pour sp  cifier le nombre  de canaux pour des transferts parall  les  etc  Le login et le mot de passe sont alors n  cessaires         Pour transf  rer un fichier sur une machine de l   IDRIS    partir d   une machine locale        bbftp  e    put fichieri fichier2     u rlabxxx machine idris fr  Password  max length   8192         put fichieri fichier2 OK    Cette commande signifie que bbftp se connecte    machine idris fr en utilisant le login  rlabxxx  Si la connexion est r  ussie la c
33. ob  ou de requ  te  que nous appellerons job id  Celui ci vous est notifi   au retour  de la commande de soumission et vous permet de contr  ler le d  roulement de votre travail         Comment lister tous ses jobs    Vous pourrez lister l   ensemble de vos jobs avec la commande suivante   11q sur les machines    IBM Ada  Adapp et Turing         Comment consulter la sortie de son job en cours d   ex  cution    e llq  xl job id donne plus d informations sur le job   e llq  u username   donne la liste de tous les travaux batch de l utilisateur          l1lq  u rbid001  Id Owner Submitted ST PRI Class Running On    ada338 376575 0 rbid001 8 1 16 30 I 100 c64t1    1 job steps  in query  0 waiting  O pending  1 running  O held  O preempted        Contr  le et suivi d   un travail   pour chaque job soumis en batch  le gestionnaire lui attribue  un identificateur de job  ou de requ  te  que nous appellerons job id  Celui ci vous est notifi    au retour de la commande de soumission et vous permet de contr  ler le d  roulement de votre  travail     e Comment lister tous ses jobs      Vous pourrez lister l   ensemble de vos jobs avec la commande suivante   11q sur les machines  La commande illq  f  4    vous permet de personnaliser l affichage voir  man   Vous pouvez supprimer un job  quel que soit son statut     l   aide de la commande suivante    llcancel job id avec LoadLeveler  Veillez coder le num  ro complet du ID   llcancel ada338 316697 2    Pour voir les ressources disponibles
34. ocation d   heures sur les machines de l   IDRIS    or          6 3 Contr  le de son utilisation disque  7__Pr  sentation des espaces disque            usr tmp et  var tmp    7 4 Espaces  tmp            9 Environnement de travai  9 1 Rappels et recommandations  9 2 Interactif et batc    10 Documentation de IDRIS        Comment soumettre un projet et obtenir un compte    l   IDRIS      6 _ Comment g  rer son compte    IDRIS   a a  6 2 Contr  le de sa consommation en temps                amA H  amp  Co           O0 0          10    11    11    11  11  15  16    19  19  19  19  20    21  21  22  23  23  24  24    25  25  25    28    1 Pr  sentation de l   IDRIS  1 1 Place de l    IDRIS    L IDRIS  Institut du d  veloppement et des ressources en informatique scientifique   fond   en no   vembre 1993  est un centre d   excellence en calcul num  rique intensif au service des unit  s de recherche  tributaires de l informatique extr  me  tant sur les aspects applicatifs  simulations aux grandes   chelles   que sur ceux li  s aux recherches inh  rentes au calcul de haute performance  infrastructures de calcul   m  thodes de r  solution et algorithmiques associ  s  traitement des grands volumes de donn  es  etc      L    IDRIS est le centre majeur du CNRS pour le calcul num  rique intensif de tr  s haute performance   Avec les autres centres nationaux  CINES pour le minist  re de l Enseignement sup  rieur et de la  Recherche  et TGCC pour le CEA   et sous la coordination de GENCI  Gran
35. ommande put fichieri fichier  est ex  cut  e  trans     fert du fichier fichier1 dans le fichier fichier2        Lorsqu on veut transf  rer plusieurs fichiers    la fois  on peut utiliser la commande mput        bbftp  e    mput fichieri fichier2     u rlabxxx machine idris fr  Password        mput fichieri fichier2 OK    Cette commande permet de transf  rer les fichiers fichier1 et fichier  sur la machine  machine idris fr en utilisant le login rlabxxx         Pour transf  rer un fichier d   une machine de l IDRIS sur une machine locale    partir de cette  machine locale      23      bbftp  e    get fichieri fichier      u rlabxxx machine idris fr    Password  max length   8192    get fichieri fichier2 OK       8 2 2 Utilisation de bbftp en batch    En mode batch  il faut pouvoir utiliser bbftp sans avoir    donner son mot de passe  Ceci est possible  en utilisant bbftp    travers une authentification forte dans ssh  La section  6 1 2  d  taille la proc  dure     suivre pour ne plus rentrer son mot de passe    Pour utiliser bbftp en mode batch    partir d   une machine de l    IDRIS  vous devez g  n  rer les clefs  publiques avec ssh keygen sur la machine de l   IDRIS en entrant une passphrase vide  sinon on vous  demandera la passphrase dans la session batch   Pensez ensuite    recopier la clef publique ainsi g  n  r  e  sur votre machine locale    Pour indiquer    bbftp que vous souhaitez passer par le protocole ssh  ajouter l   option  s devant  le nom de la machine cible
36. quota disque pour le HOME et ou le WORKDIR   http   www idris fr extranet    19    7 Pr  sentation des espaces disques    L espace disque accessible aux utilisateurs est partag   en plusieurs parties suivant qu   il s   agit d   une  machine de calcul ou non         le HOME disponible sur toutes les machines         le WORKDIR disponible sur Turing  Ada et Adapp        le TMPDIR disponible en batch sur Turing  Ada et Adapp     7 1 HOME    Par d  faut  l utilisateur est plac   dans ce r  pertoire au d  but de toute session ou y acc  de en tapant  la commande cd  sans param  tre  ou cd  HOME    Un syst  me de quotas limite cet espace pour chaque groupe mais  en contrepartie  il est sauvegard    quotidiennement  La sauvegarde permet de restituer les fichiers perdus    l   aide du logiciel de restitution  Tina  Time Navigator  qui est disponible sur toutes les machines du centre  Ce logiciel fonctionne  sous environnement X  une pr  sentation est disponible sur notre site web pour chaque machine de  calcul  C   est dans ce r  pertoire que l   on stockera les fichiers de petite taille et tr  s souvent utilis  s  les  sources  les biblioth  ques ou les utilitaires      7 2  WORKDIR    Le WORKDIR constitue le r  pertoire de travail  Il est accessible via la variable  WORKDIR  Notez  qu il n   est pas sauvegard    Par cons  quent  prenez soin de sauvegarder les fichiers qui s   y trouvent   Dans cet espace semi temporaire  on stocke g  n  ralement les ex  cutables et les fichiers obj
37. r postal    L utilisateur doit prendre quelques pr  cautions   l  mentaires         pr  venir imm  diatement IDRIS de toute tentative de violation de son compte        ne pas utiliser de mots de passe trop simples        prot  ger ses fichiers en limitant les acc  s  par exemple  rw r            prot  ger son poste de travail personnel    R  gles de constitution des mots de passe   Le mot de passe doit contenir         au moins 8 caract  res au minimum     14        au moins 2 caract  res alphab  tiques        au moins 1 caract  re non alphab  tique        au moins 3 caract  res dans le nouveau mot de passe qui n     taient pas dans l   ancien        n utilisez ni    ni    ni de caract  res accentu  s dans le mot de passe    e il est important d   viter    tout prix  un simple pr  nom ou m  me un mot du dictionnaire  aussi  complexe soit il    des programmes con  us pour essayer tous les mots des dictionnaires ainsi  que leurs permutations  abondent sur Internet  Ils sont activ  s pr  ventivement    l    IDRIS    Autres informations importantes         Expiration au bout de 70 jours  le compte n   est pas ferm      l   expiration  seul le changement du  mot de passe est forc   au del           6 tentatives infructueuses avant verrouillage du compte  Si vous avez fait plus de 6 tentatives   mais que vous   tes s  rs d   avoir retrouv   votre mot de passe  contactez  de pr  f  rence par  t  l  phone  l   Assistance  qui remettra ce compteur    z  ro imm  diatement afin que vous
38. t soumission d   un travail   cette   tape consiste      crire dans un fichier toutes  les commandes que l   on veut ex  cuter  toutes les commandes que vous passez en interactif sont  reconnues  et    ajouter  en d  but de fichier  des directives de soumission  ou options  pour  d  finir certains param  tres comme     e le nom de la requ  te     e la limite en temps elapsed ou d   horloge pour l   ensemble du job     e la limite maximale pour la m  moire occup  e par chaque processus du job     e le nombre de processus  pour MPI ou et OpenMP      Votre job sera alors plac   dans une classe batch en fonction des valeurs des directives de soumission   voir news class sur la machine qui vous int  resse   Nous vous conseillons de positionner au plus juste  les param  tres concernant la m  moire et le temps elapsed ou d horloge afin d   viter de r  server des  ressources qui resteront inutilis  es et pour avoir un retour de job le plus rapide possible     Ainsi  les travaux batch devraient toujours avoir la structure g  n  rale suivante      d  finir les directives de soumission pour son travail    se placer dans le TMPDIR  cd  TMPDIR     copier les fichiers d   entr  e n  cessaires    l   ex  cution    e soit par cp    partir du HOME ou du WORKDIR     e soit par mfget pour des fichiers sur Ergon  cf  section  8 1   e soit par bbftp  cf  section  8 2    lancer l ex  cution     copier les fichiers de r  sultats    conserver     e soit par cp vers le HOME ou le WORKDIR   e soit par
39. votre compte  ne pas confondre les lettres O  et l avec les chiffres 0 et 1 dans le mot de passe      6 1 2 L   authentification forte dans SSH bas  e sur RSA    Dans SSH  alors que l   authentification classique repose sur le login et le mot de passe Unix standard   l   authentification forte RSA  Rivest  Shamir  Adleman  repose sur le principe des clefs asym  triques   Vous avez 2 clefs   une publique accessible    tout le monde et une priv  e que vous seul devez conna  tre   Cette derni  re est donc contenue dans un fichier encrypt    les droits unix ne sont pas suffisants pour  la protection   Ce cryptage utilise une passphrase  sorte de mot de passe pour contr  ler l   acc  s    la  clef priv  e    Voici la proc  dure    suivre pour mettre en place l   authentification forte dans ssh bas  e sur RSA      1  Mise    jour du fichier    ssh known_hosts    Cette   tape sert    identifier la machine cliente  Chaque machine serveur poss  de un fichier       ssh known_hosts qui contient la liste de toutes les machines clientes connues     Pour acc  der    une machine de l   IDRIS  connectez vous sur cette machine par ssh et lancez ssh  vers la machine cliente  votre machine locale  pour mettre    jour ce fichier      12      ssh login machine locale domaine fr pwd   The authenticity of host    machine_locale domaine fr  xxx xx xxx xx    can   t be established    RSA key fingerprint is 52 9c 53 09 f4 b4 f6 fl bb ca 5d 11 03 03 f2 94   Are you sure you want to continue connecting 
    
Download Pdf Manuals
 
 
    
Related Search
    
Related Contents
Validator-NTf Network/Cabling Certifier User's Guide  Ives 7212 User's Manual    to view user manual.  Fujitsu ESPRIMO E5615      GUIA DO USUÁRIO - Support  NOTAS TÉCNICAS: INSTALACIÓN  First Alert FA148CPSSIA User's Manual    Copyright © All rights reserved. 
   Failed to retrieve file