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SPIRALES

1. CRT INRA UMR MISTEA Montpellier supagro tireau supagro inra fr 0 5 jour semaine soit 20 jours ETP Pascal Neveu Permanent IRO INRA UMR MISTEA Montpellier supagro tireau supagro inra fr 0 5 jour semaine soit 20 jours ETP LUONG Chi May Permanent PR IOIT Hanoi Icmai ioit ac vn 5 jours ETP PHAN VU Trung Administrateur syst me USTH Hanoi 5 jours ETP Page 3 sur 14 Moyens appuis demand s la DSI Soutien demand soutien en accompagnement E la pr paration du projet informatique expression des besoins tude de faisabilit E la r alisation du projet informatique pr ciser si possible les comp tences attendues web SIG SGBDR a la r daction d un dossier de financement H2020 ANR autre a l identification d un op rateur informatique r pondant a des besoins de stockage massif archivage ou d h bergement soutien pour l h bergement E de l applicatif scientifique sur une machine virtuelle acc s root autoris d un serveur physique cas particulier o une machine virtuelle ne conviendrait pas soutien pour l utilisation d outils Redmine pour le suivi du d veloppement des fonctionnalit s et des bugs et le suivi de projet I SVN pour le partage du code source au sein de l quipe de d veloppement PowerAMC pour la mod lisation de bases de donn es La suite ArcGIS ArcView ArcEditor ArcInfo de l diteur ESRI ENVI p
2. D veloppement d un syst me connaissances pour BIG DATA application aux donn es de ph notypage chez le riz O sativa Encadrement IRD Pierre LARMANDE Collaboration externe St phane JOUANNIC JONQUET Cl ment Patrick Valduriez UMR MISTEA INRA Contexte Dans le cadre de l quipe G nome et D veloppement des Riz GDR et du LMI RICE Hanoi des tudes de la diversit g notypique et ph notypique de vari t s traditionnelles de riz vietnamien sont conduites dans le but d identifier des g nes d int r t pour la compr hension de processus biologiques d veloppement et plasticit de la plante r sistance aux maladies mais galement pour des futur programmes d am lioration Ces tudes requi rent la manipulation d un important volume de donn es h t rog nes Ces donn es peuvent tre stock es sous la forme de fichier Excel texte structur images ou bases de donn es relationnelles Dans ce contexte l quipe de GDR souhaite organiser ses propres jeux de donn es afin de pouvoir naviguer partager et annoter ces derni res afin de les exploiter au mieux L impl mentation de syst mes d information utilisant les bases de donn es relationnelles n est pas adapt e notre probl matique car cette m thode n est pas assez flexible et volutive L objectif scientifique de ce projet est donc de proposer et d impl menter une solution de stockage de gestion et de consultation de fichiers de natures d
3. Direction du Syst me d Information Service Informatique scientifique et Appui aux Partenaire du Sud Formulaire de demande SPIRALES Soutien aux Projets Informatiques dans les Equipes Scientifiques Appel a projets 2015 Date de cloture 16 janvier 2015 La mise en uvre de l appel a projets est r alis e par la DSI de I IRD Contact spirales ird fr I R D Institut Recherche D veloppement www ird fr Si ge social Le sextant 44 boulevard de Dunkerque Marseille 1 Nature du projet D veloppement d un outil g n rique d indexation pour optimiser l exploitation de donn es biologiques structur es semi structur es et non structur es BIO eSAIl Des tudes de la diversit des riz vietnamien sont conduites au LMI RICE dans le but d identifier des g nes d int r t pour l am lioration de vari t s locales Ces tudes requi rent la manipulation d un volume important de donn es h t rog nes fichiers textes images et m tadonn es associ es bases de donn es relationnelles Dans ce contexte le LMI RICE souhaite d velopper un outil d indexation g n rique afin de pouvoir naviguer partager et annoter ces donn es dans l int r t de les exploiter et les diffuser au mieux o Continuum pr ciser ann e de d marrage 2014 2 Porteur s et collaborateur s du projet o UMR N 532 Nom DIADE et LMI Rice Functional Genomics and Plant Biotechnology RICE Hanoi Vietnam o En
4. sur les documents et les donn es La partie des interfaces constitue la majeure contribution du travail Elle est directement li e aux besoins exprim s en terme de requ tes et visualisation Nous nous sommes assur que cette couche soit suffisamment g n rique pour tre utilis e dans un autre contexte scientifique C est une phase que nous souhaiterions valuer dans ce deuxi me volet SPIRALE Rice phenotype database SEARCH INFORMATION c in native form of rice Tep Hai phon TAGS OAK GALLERY t t t PARTNERS Figure 1 Interface de recherche principale Page 6 sur 14 Rice phenotype database ous List of Application Excel and project list Create excel and project List of image data mporn image data Cortact Fle Manage Figure 2 Interface de gestion du syst me Rice phenotype database HOME List of Image Data Plant ID 49 Figure 3 Interface de gestion des Image Type images Page 7 sur 14 Rice phenotype database ONE File Manage gt Le en ti a avatar sd at a Luyen_dete avetar Luyen_ dete 2013 PonicDetos 2013 PenicDetes come tet nos Sang erg t 3 a a Z Phenotyping_ 20 Phenotyping_20 Pnenctyping_ 20 traktement imag Dossiers tems 10 se 8 gt Figure 4 Interface d import et de gestion des fichiers 4 3 1 Calendrier du projet digramme de Gant souhait Le planning du projet s tale sur la dur e d un stage de Master 2 en
5. Pierre Larmande Par ailleurs le LMI RICE est un laboratoire associ l USTH universit franco vietnamienne Hanoi pour laquelle le d veloppement d un tel outil est d un grand int r t pour la formation et les diff rents laboratoires de recherche qui y sont associ s De plus le LMI RICE est en relation avec l UMI UMMISCO et l IoiT Institute of Information Technology Hanoi Vietnam qui pourront apporter leur support et leur expertise au d veloppement du syst me d indexation multi donn es L objectif scientifique de ce projet est donc de proposer et d impl menter une solution de stockage et de gestion de fichiers de natures diverses Excel texte structur s images bases de donn es relationnelles gr ce la conception d un syst me souple c est a dire supportant le changement en fonction des besoins des utilisateurs Au cours de l ann e 2014 une premi re phase de r alisation a t effectue dans le cadre d un stage de master finance par SPIRALE Un prototype d application a t d velopp en r pondant aux objectif initiaux Ce prototype est disponible sur une VM mise a disposition par l quipe IS de l IRD a adresse http vmbioesai dev ird fr 8080 Syspherice Les objectifs scientifiques de cette demande de renouvellement SPIRALES sont d am liorer le fonctionnement de l application pour la porter en phase de production Cette phase n cessitera de tester l application a plus grande chelle jeu
6. ale nous privil gierons les logiciels avec ce type de licence Le langage Java est utilis pour r aliser les couches d acc s aux donn es ainsi que les interfaces de visualisation et d administration Dans ce cas nous sommes dans un environnement web Java Javascript Ajax jQuery Le logiciel final sera mis en ligne sous la forme d un package web application d pendances a d ployer sur un serveur Apache Tomcat Nom du document Date de r ception Descriptif du document Cahier des charges 20 04 2015 Synth se des besoins des utilisateurs Document de planification 29 04 2015 Document de planification du travail Document d installation technique et 15 08 2015 Fiche technique d crivant manuel d utilisation l installation de I application Page 10 sur 14 5 B n fices pour le Sud cf objectifs dans le guide du candidat Le site principal d valuation de cet outil sera l AGI Agricultural Genetics Institute Hanoi Vietnam site d implantation du LMI RICE alors que la majorit des d veloppements s effectuerons sur le site de Montpellier par la supervision de Pierre Larmande N ant La recherche de synergie ou de partenariat projet inter unit s impliquant des partenaires du Sud et la mobilisation de comp tences ext rieures l unit doit tre recherch e Pr nom Nom Organisme laboratoire unit Lieu g ographique Email Type de b n fice Pr Do Nang Vinh Agricultural G
7. atform http southgreen fr databases Page 14 sur 14
8. ce projet ex ANR CE Montant HT 5 232 pour le financement des 2 stagiaires Vietnamiens par le projet IDEX IBC 4 Description des besoins et du projet Dans le cadre du laboratoire LMI RICE des tudes de la diversit g notypique et ph notypique de vari t s traditionnelles de riz vietnamien sont conduites dans le but d identifier des g nes d int r ts pour la compr hension de processus biologiques d veloppement et plasticit de la plante r sistance aux maladies interactions b n fiques mais galement pour des futurs programmes d am lioration conduits par les partenaires vietnamiens Ces tudes requi rent la manipulation d un important volume de donn es h t rog nes de s quen age de g notype de ph notype Ces donn es sont pour parties d j disponibles et peuvent tre stock es sous la forme de fichier Excel texte structur e images ou bases de donn es relationnelles Dans ce contexte l quipe du LMI RICE souhaite par la mise en place d un outil d indexation organiser ses propres jeux de donn es afin de pouvoir plus facilement les exploiter et les partager dans un contexte multi partenarial LMI Les projets d velopp s au sein du LMI RICE Hanoi sont l interface de trois UMR Plantes de IRD DIADE IPME et LSTM unit s qui b n ficieront directement des retomb es de ce projet Spirales notamment via le plateau bioinformatique de Montpellier sous la co responsabilit de
9. chnologies propos es par Duraspace http www duraspace org sera envisag Le sujet s inspirera galement de solutions d velopp es dans le domaine biologique Kawano et al 2014 Profil recherch Master 2 informatique bioinformatique Solides connaissances du langage de programmation Java Bonnes connaissances des syst mes de gestion de bases de donn es NoSQL NewSQL SQL Bonnes connaissances du Web s mantique RDF SPARL RDF Triple store Autonomie Bon relationnel Gratification 436 euros Candidature CV and covering letter Contacts pierre larmande ird fr References Kawano S Watanabe T Mizuguchi S Araki N Katayama T amp Yamaguchi A 2014 TogoTable cross database annotation system using the Resource Description Framework RDF data model Nucleic Acids Research 42 Web Server issue W442 8 doi 10 1093 nar gku403 Shiri A 2014 Linked Data Meets Big Data A Knowledge Organization Systems Perspective 24 16 20 doi 10 7152 acro v24i1 14672 Wu H amp Yamaguchi A 2014 Semantic Web technologies for the big data in life sciences BioScience Trends 8 4 192 201 doi 10 5582 bst 2014 01048 8 SUJET DE STAGE 2 The Agronomic Linked Data AgroLD project Supervisors Pierre Larmande IRD and Aravind Venkatesan IBC Keywords Data Integration Information extraction Knowledge management Semantic Web Linked Open Data Bioinformatics Background Agro
10. de donn es et nombre d utilisateurs plus important mais galement de d finir avec les utilisateurs des fonctionnalit s leur permettant de couvrir l ensemble de leurs besoins meilleure gestion des requ tes connexion avec des syst mes existants cf 4 4 Un des objectifs de la phase 2 sera d am liorer la g n ricit de l outil afin que son utilisation d passe les besoins de l unit LMI RICE Pour ce faire nous travaillerons en collaboration avec des quipes ext rieures telles que l unit MISTEA 4 2 1 Nom de votre outil dans le cas d un d veloppement d application Biological Electronic Scientific Assistant Index BIO eSAl 4 2 2 Description de l existant moyens outils comp tences Aujourd hui le syst me comporte une interface de recherche figure 1 afin de fouiller parmi les donn es index es image fichiers Excel documents texte Toute la partie de gestion des documents et des index s effectue dans un espace s curis figure 2 Elle comprend notamment les fonctions de cr ation de projets auxquels les documents sont associ s les fonctions d import figure 4 et de gestion des documents Un exemple de gestion des images Page 5 sur 14 est donne en figure 3 L administration permet galement de d finir les index sur les documents et les requ tes qui permettent d agr ger plusieurs documents entre eux L originalit du syst me tiens par la possibilit d ajouter des annotations ou tags
11. enetics Institute AGI Hanoi Vietnam nangvinhdo gmail com application de l outil pour activit s de recherche Dr Tran Thu Hoai Plant Resource Centre PRC Hanoi Vietnam thuhoai70 yahoo com application de l outil pour activit s de recherche Pr Michel Lebrun University of Science and Technology of Hanoi USTH Hanoi Vietnam formation des tudiants Ho Tuong Vinh UMI UMMISCO IFI IRD UPMC Hanoi Vietnam ho tuong vinh ifi edu vn Formation des tudiants Le LMI RICE accueille plusieurs projets de recherche centr s sur le riz impliquant plusieurs UMR IRD DIADE IPME LSTM mais galement en collaboration avec d autres UMR de Montpellier BPMP AGAP Les projets scientifiques d velopp s au sein du LMI RICE ont pour objectif de produire de la connaissance g notypage ph notypage relative a l am lioration des vari t s de riz au Vietnam et de former les futurs chercheurs de l AGI Ces projets ne peuvent se d velopper que sur le long terme en partenariat avec diff rentes institutions vietnamiennes L outil d velopp contribuera a cette p rennisation des projets scientifiques en facilitant la m morisation la valorisation la diffusion et l utilisation des donn es acquises L objectif est galement de d ployer cet outil vers diff rents partenaires diff rentes UMR Le LMI RICE alimentera et encadrera le d veloppement de ce projet Par ailleurs tout nouveau projet demande de financement ext rieur impliquant l utili
12. i Folksonomie Page 9 sur 14 G rer des donn es de recherche fait partie int grante du projet de recherche Conna tre les jeux de donn es utilis s pendant le projet est une information importante Jeux de donn es qui Type de donn es Format Volume seront utilis s pendant le projet Donn es ph notype images jpeg 400Go Donn es ph notype texte Excel et Txt 200Go G rer des donn es de recherche fait partie int grante du projet de recherche Conna tre l organisation mise en place pour stocker sauvegarder et diffuser les donn es du projet est une information importante Note l application est actuellement h berg e sur une VM fournie par IS DSI nous valuons galement la proposition de stockage et de partage des donn es Lieu de stockage des donn es du projet LMI RICE une copie sur le serveur d analyse du LMI Plan de sauvegarde Un backup hebdomadaire sur disque dur externe redondance de disque RAID Personne ou quipe responsable de la sauvegarde Plateau bioinformatique contact Pierre Larmande M canisme de partage des donn es en ligne conditions de restriction Pas encore valu Logiciels utilis s par l application e NoSQL databases mongoDB e UML Modeling language e Java programming language e Javascript Ajax jQuery web langages La plupart des logiciels utilis s sont soumis des licences libres open GL BSD Apache ou GPL De mani re g n r
13. informatique soit du 1er avril au 31 aout 2015 Un sujet a t propos l Institut de la Francophonie pour l Informatique IFI d Hanoi Le candidat s lectionn sera le m m tudiant qui a travaille sur l application en 2014 Nom Avril Mai Juin Juillet Aout Septembre Octobre Novembre D cembre Dur e du stage Cahier des charges et sp cification Mission P Larmande Test a grande chelle impl mentation des requ tes Annotation folksomies De livrables finaux e La phase initiale sera d effectuer l inventaire des besoins en termes de fonctionnalit s cf 4 4 e Une mission au Vietnam de Pierre Larmande sera pr vue lors du d but de la phase de sp cification e Une phase de test sera n cessaire pour valuer la volum trie et la v locit de l application e Une phase d impl mentation des requ tes sera r alis e e Le travail sur les annotations sera r alis en derni re partie de projet Le syst me est compos de 3 parties n tiers architecture programm es en Java La couche d acc s aux donn es g re le plus souvent des donn es persistantes au sein d un Syst me de gestion de base de donn es SGBD Dans le modele ci dessous la couche de l acc s consiste DAO Factory Page 8 sur 14 DAO impl mentation et les API de mongodb java driver pour interagir avec SGBD Dans notre cas nous avons r utilis des API existantes telles que Java SPRING La couche de m tier est ind pendante de toute for
14. iverses Excel texte structur s images bases de donn es relationnelles gr ce la conception d un syst me souple c est a dire supportant le changement en fonction des besoins des utilisateurs La difficult r side dans la d finition de syst mes souples c est dire supportant une volution des besoins utilisateurs avec un minimum de d veloppement L importance des donn es m dias images dans ce cas est prendre en compte En effet leur association avec les jeux de donn es textuelles est vidente mais elle n cessitent galement la prise en compte de m ta informations d abords basique comme l auteur la date le lieu g olocalisation puis labor e comme un syst me de tagging permettant de rechercher des associations entre les jeux de donn es Objectifs Un syst me d information a t impl ment lors d un stage de Master 1 en 2014 Ce syst me est bas sur un SGBD NoSQL incluant galement la gestion des m tadonn es et des tags Toutefois la m thode mise en place ne permet pas de d tecter des relations explicites implicites entre les donn es g r es par le syst me L objectif du stage propos sera d valuer la faisabilit de gestion des BIG DATA coupl au technologies du Web S mantique en s appuyant sur les articles de synth se du domaine Shiri 2014 Wu amp Yamaguchi 2014 Par ailleurs un tat de l art de solutions existante telles que les te
15. me d interface avec l utilisateur Ainsi elle est utilisable aussi bien avec une interface console une interface web une interface de client riche C est g n ralement la couche la plus stable de l architecture Elle ne change pas si on change l interface utilisateur ou la fa on d acc der aux donn es n cessaires au fonctionnement de l application La couche interface utilisateur est l interface qui permet l utilisateur de piloter l application et d en recevoir des informations par l utilisation des requ tes et les r ponses du protocole HTTP On utilise le mod le de MVC pour construire les interactions avec utilisateur et les donn es du syst me Administrateur Utilisateur Web Interface MVC g il Service Interfaces Service Implementations g il e fl Q Domain S oie Ut A Fissu de la premi re phase du projet SPIRALE 2014 nous avons identifier des points d am lioration du syst me Tester l application a grande chelle c est a dire avec une volum trie plus importante et en augmentant le nombre d utilisateurs Am liorer les fonctionnalit s de recherche o inclure la possibilit de faire des requ tes conditionnelles OR AND NOT o inclure la recherche par intervalle de valeur sur les champs num riques o gestion des recherches multi langues Utiliser les annotations pour mettre de la s mantique folksomie http fr wikipedia org wik
16. nomy is an overarching field that consists of various areas of research such Genetics Plant Molecular Biology Ecology and Earth Science To effectively develop applications to improve crop production through sustainable methods it is important to over lay research findings from these fields as they are highly inter connected We are currently witnessing rapid advancements in information technologies that continue to drive a flood of information and analysis techniques within the domains mentioned above However the information currently available are highly distributed and patchy in nature Using these resources more effectively and taking advantage of associated cross disciplinary research opportunities poses a major challenge to both domain scientists and information technologists At the Institute of Computational Biology IBC we are involved in developing methods to aid data integration and knowledge management within the plant biology domain to improve information accessibility sharablity within the domain We address this challenge by pursuing several complementary research directions in distributed heterogeneous data integration Objective To build on this momentum we at IBC are currently building a RDF knowledge base Agronomic Linked Data AgroLD The knowledge base is designed to integrate data from various publically available plant centric data sources such as Gramene Oryzabase TAIR and resources from the SouthGreen platfo
17. our l analyse de donn es g ospatiales soutien financier pour un besoin diff rent des soutiens pr c dents 7000 HT E justification Indemnit suppl mentaires d accueil de 2 stagiaires Vietnamiens pour 6 mois en France Montpellier le premier pour travailler sur le projet SPIRALE en continuit de son travail en 2014 cf sujet de stage 1 Le deuxi me pour travailler sur un projet de d veloppement informatique qui sera connecte au projet SPIRALES cf sujet de stage 2 3000 2 x 250 euros x 6 mois Mission de 2 semaines au LMI RICE Vietnam et au centre international du Riz IRRI Philippines pour Pierre LARMANDE Au LMI RICE Pierre Larmande participera a la r daction du cahier des charges et des tests a grande chelle cf Gant chart Au Philippines Pierre Larmande effectuera une mission pour d velopper un partenariat avec l IRRI en pr sentant ce projet 4000 vols France Hanoi AR puis Hanoi Manilles AR per diem 2012 2013 2014 Montants attribu s HT 0 0 4000 1 http Awww redmine org Syst me libre de gestion de versions http subversion apache org i http www sybase fr products modelingdevelopment poweramc http www esri com software arcgis arcgis for desktop index html Shttp www exelisvis fr ProduitsetServices LesproduitsENVI ENVIpourArcGIS aspx Page 4 sur 14 Autres sources de financements acquis interne ou externe IRD pour
18. outil BIOeSAI n cessite des comp tences sp cifiques Par cons quent ce travail sera principalement effectu Montpellier dans le cadre de l UMR DIADE P Larmande en collaboration avec le LMI RICE 1 UMR DIADE Montpellier France 2 Agricultural Genetics Institute AGI Hanoi Vietnam site d implantation du LMI RICE UMR DIADE IRD UM2 CIRAD Montpellier UMR MISTEA INRA Supagro Montpellier UMR IMPE IRD UM2 CIRAD Montpellier University of Science and Technology of Hanoi USTH UMI UMMISCO IRD UPMC Localisation g ographique Montpellier France et Hanoi Vietnam Pr nom Nom Statut Cat gorie Organisme unit laboratoire Localisation g ographique Email Contribution en de temps homme ou en jours homme ETP total ou pour une p riode LE Ngoc Luyen Stagiaire Master 2 UMII IRD Montpellier 6 mois plein temps soit 100 jours ETP Pierre LARMANDE Permanent IE2 IRD UMR DIADE Montpellier pierre larmande ird fr 2 jour semaine soit 70 jours ETP St phane JOUANNIC Permanent CR1 IRD UMR DIADE Hanoi stephane jouannic ird fr 0 5 jour semaine soit 20 jours ETP Michel LEBRUN Permanent PR1 UM2 UMR DIADE LMI RICE Hanoi pascal gantet univ montp2 fr 0 5 jour semaine soit 20 jours ETP St phane BELLAFIORE Permanent CR2 IRD UMR RPB Hanoi stephane bellafiore ird fr 10 jours ETP Anne Tireau Permanent
19. rm to name a few The aim of AgroLD project is to provide a portal for bioinformatics and domain experts to exploit the homogenized data model towards filling the knowledge gaps To this end we plan to engage with stakeholders in demonstrating the advantages of SW in answering complex domain relevant questions that were unapproachable using traditional methods strategically filling knowledge gaps The internship proposal is to contribute to this project by Be involved in the building of AgroLD such as identifying additional data resources for integration Develop parsers and wrappers for existing public RDF triplestores Develop a web application allowing queries to remote and local resources Develop a query builder to improve information retrieval The student will also work on documentation of the work and manuscript writing Candidate profile Master 2 informatics Strong knowledge in Java and Python Good knowledge of RDBMS Good knowledge of the Semantic Web RDF SPARL RDF triple store Ability to work independently Good interpersonal skills and ability to work in a group Compensation 436 euros Application CV and covering letter Contacts pierre larmande ird fr Aravind Venkatesan lirmm fr TBC http www ibc montpellier fr 8 Gramene http gramene org Oryzabase http www shigen nig ac jp rice oryzabase 10 LT TAIR http www arabidopsis org SouthGreen pl
20. sation de cet outil son d veloppement et son alimentation en terme de donn es devront consacrer une partie de leur budget cette fin L administration du serveur de stockage des donn es et de l outil d velopp dans le cadre de ce projet se fera gr ce au soutien de l administrateur syst me de l USTH et du plateau bioinformatique de l IRD Montpellier De plus l encadrement des ing nieurs du plateau bioinformatique garantira la maintenance de l application la fin du projet 5 5 R ment des 1 es pa ires L objectif est que les partenaires acqui rent de plus en plus d autonomie quant l archivage et la valorisation des donn es relative leurs projets scientifiques via l utilisation de cet outil Les chercheurs de l AGI ainsi que les tudiants form s au sein du LMI les futurs chercheurs de l AGI seront les premiers contributeurs et utilisateurs de Page 11 sur 14 cet outil Cet outil constituera galement une vitrine pour la communication des donn es acquises en partenariat avec le LMI et sera transf r vers d autres instituts vietnamiens tels que le PRC et le PPRI Plus globalement l objectif est de produire un outil d indexation g n rique utilisable pour un grand nombre d applications de projets bas s sur l utilisation de fichiers multi formats 6 Actions transversales Un projet SPIRALES ne peut tre le projet d une unit il a vocation tre valoris et tre r utilis au sein de l institu
21. t et l ext rieur Une d marche de capitalisation doit tre recherch e La plupart des logiciels valu s sont soumis des licences libres open GL BSD Apache ou GPL De mani re g n rale nous privil gierons les logiciels avec ce type de licence Pour r pondre aux besoins de propri t intellectuelle les codes feront l objet d un d p t l Agence de protection des programmes Le projet BIOeSAI a travers le soutien des projets SPIRALES souhaite transf rer sa technologie avec ses partenaires Vietnamien de l AGI travaillant au LMI RICE De plus nous avons la volont de d velopper des collaborations avec l IRRI dans ce contexte d utilisation et de d veloppement logiciel Ce projet s appuie sur les acquis du projet Spirale BIOeSAI 2014 Une publication d di e au d veloppement et l exploitation de cet outil est pr vue en 2015 Les participants ce projet ont d j l exp rience de valorisation d outil informatique OryzaTagLineDB Larmande et al 2008 P TRAP AL Tam et al 2013 Par ailleurs cet outil pourra tre galement valoris au travers de plusieurs publications qui porteront sur les diff rents r sultats scientifiques faisant r f rences aux analyses associ es cet outil De m m ce produit sera mentionn syst matiquement lors de participation des congres communication orales ou poster relatifs aux r sultats scientifiques obtenus Page 12 sur 14 7 SUJET DE STAGE 1
22. vironnement amp Ressources Pierre LARMANDE Permanent IE2 IRD UMR DIADE Montpellier 0467416290 pierre larmande ird fr Lebrun Michel Permanent Professeur UM 2 Hanoi Vietnam lebrun univ montp2 fr Le DU doit tre garant de l esprit incitatif de SPIRALES et confirmer qu il est pr t assurer sur les fonds propres de l unit la vie de l outil h bergement et maintenance apr s la phase de d veloppement soutenue par SPIRALES La DSI soutiendra financi rement l h bergement de 3 projets par unit Ce projet de syst me d indexation de donn es multi formats est tr s important pour exploiter au mieux nos r sultats de ph notypage et de g notypage visant valoriser ou mieux connaitre les ressources g n tiques Page 2 sur 14 locales riz pathog nes dans un contexte de travail multi partenarial et international qui caract rise le LMI RICE IRD CIRAD AGI USTH L aspect novateur qui r side dans la mise au point d un syst me volutif permettra d int grer les donnees qui seront obtenues dans le cadre de projets en mergence qui seront r alis s par les partenaires en s appuyant sur des infrastructures du LMI Le LMI RICE soutient fortement ce projet plusieurs projets financ s sont en cours pour l acquisition des donn es ph notypage g notypage Les membres permanents du LMI RICE consacreront une partie de leur temps pour d velopper le projet Cette seconde phase de d veloppement de l

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