Agilent ChemStation pour le Spectrophotomètre UV
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1. Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 15 2 Mode cin tique type d instrument plage de longueur d onde intervalle de longueurs d ondes dur e d int gration heure de mise en marche tat de la ou des lampes et tat g n ral du spectrophotom tre Agilent 8453 pr t non pr t Configuration du syst me d chantillonnage ATTENTION Le syst me d chantillonnage peut tre s lectionn et configur soit dans le menu de l instrument soit dans le tableau de bord de l instrument situ dans la barre lat rale de l interface graphique La commande Select Sampling System S lectionner le syst me d chantillonnage affiche la bo te de dialogue du syst me d chantillonnage dans laquelle vous pouvez s lectionner soit Manual Fonctionnement manuel soit le syst me de passeur de cuves 8 cuves ou 7 cuves Si vous voulez utiliser le r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A 100 vous devez s lectionner le syst me d chantillonnage manuel Si vous passez de l chantillonnage manuel au syst me de passeur de cuves les r sultats en cours du syst me cuve unique sont ignor s 16 La commande Setup Sampling System Configurer le syst me d chantillonnage affiche la bo te de dialogue Setup Configurer qui vous permet de d finir les param tres de dur e d analyse pour le syst me d chantillonnage choisi La bo te de dialogue Cells cuves vous2. journal 28 L lampe au deut rium 15 lampe au tungst ne 15 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent lampes 15 longueur du filtre 35 longueur du trajet optique 17 18 M menu Config 23 Instrument 14 32 Measure 24 Method 18 Mode 12 31 View 27 mesure temporelle 14 25 thermique 39 mesure blanc 24 m thode informations 23 37 param tres 18 26 thermod naturation 33 multiplier la vitesse 22 P passeur de cuves 16 22 26 point de donn es rejeter 23 24 programmation rampe de temp rature 31 32 40 Q qualification de l installation 8 r glage des gains 23 24 r gulateur de temp rature effet Peltier 9 16 18 32 40 43 Index r sultats math matiques 27 S soustraction du bruit de fond 19 34 spectre de blanc 27 39 41 spectres de compensation de cuve 27 substrat 26 suivi des trac s 20 suivi en temps r el 37 syst me d chantillonnage 16 T temp rature capteur externe 35 capteur interne 34 de repos 37 moyenne 35 unit s 37 temp rature de d part 33 40 temp rature de fusion 35 d riv e 35 sensibilit 35 temp rature finale 33 temps d int gration 23 temps de cycle 15 21 23 temps de cycle minimum 21 temps de d but d analyse 20 temps de maintien 33 thermod naturation 31 U utiliser une longueur d onde 19 34 V vitesse de l agitateur 37 vitesse de mont e en temp rature
3. 37 vitesse initiale 21 44 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent www agilent com Contenu de ce manuel Avec le logiciel d analyse biochimique ChemStation Agilent le logiciel g n ral s enrichit de deux nouveaux modes le mode cin tique et le mode thermod naturation Ces modes permettent d effectuer des exp riences de cin tique et de thermod naturation avec le spectrophom tre Agilent 8453 Pour cela il a t dot de fonctions de d veloppement de m thodes d analyse de moniteurs en ligne pour visualiser en temps r el les exp riences en cours et enfin d outils pour valuer et traiter les donn es exp rimentales Ce manuel contient les instructions pour installer le logiciel et des indications sur le mat riel n cessaire pour les exp riences de cin tique et de thermod naturation Il donne galement des renseignements sur les principales fonctions du logiciel pour vous aider r soudre vos probl mes d analyse Agilent Technologies Deutschland GmbH 2002 2003 Imprim en Allemagne 10 2003 ne Agilent Technologies
4. Spectra Tous les spectres et Trace Trac Lorsque la mesure de thermod naturation est termin e ou interrompue par l utilisateur les donn es sont enregistr es comme sp cifi dans la bo te de dialogue Temperature amp Options Les trac s sont valu s selon la proc dure qui a t d finie dans la bo te de dialogue des param tres de calcul Calculation Parameters Les r sultats sont affich s dans la fen tre Result Evaluation de vos donn es de thermod naturation Lorsque l analyse de thermod naturation est termin e vous avez la possibilit de r valuer les donn es exp rimentales Du fait que des spectres complets ont t acquis pendant la mesure tous les param tres de la bo te de dialogue des param tres de calcul peuvent tre chang s Cliquez sur OK pour valider les changements Les nouveaux r sultats s affichent dans la fen tre Results of Heating Trace R sultats du trac de mont e en temp rature Si les param tres de la m thode ont t chang s le drapeau Mod appara t dans la barre d outils de l interface graphique Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode thermod naturation 3 Le fait de cliquer sur le bouton Edit Sample Information Editer les informations chantillon dans la fen tre des r sultats du trac de mont e en temp rature affiche la bo te de dialogue des informations chantillon Elle vous permet d entrer des informations sur vos chantillons i
5. d finir les param tres de dur e d analyse en mode de fonctionnement manuel Single Cell Single cell Pathlength j cm Le champ Path Length Longueur du trajet optique en cm de la cuve que vous utilisez doit tre dit La valeur par d faut est de 1 cm S lectionnez Wait for Temperature Ready Attendre que la temp rature soit atteinte pour que le logiciel ChemStation attende un signal pr t du r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A avant d effectuer toute mesure Par d faut cette condition est supprim e Cette case cocher n est activ e que lorsque le r gulateur de temp rature Agilent 89090A est configur D finition d une m thode cin tique Les param tres des m thodes sont dit s dans la bo te de dialogue Time amp Calculation Temps amp calculs et dans la bo te de dialogue Info amp Options du menu Method M thode La bo te de dialogue Time amp Calculation s affiche galement quand on clique sur le bouton Setup Configurer Les principaux param tres de la m thode sont affich s dans la fen tre Method Summary R sum des m thodes de l interface graphique Dans la bo te de dialogue temps amp calculs vous pouvez d finir les conditions de la mesure temporelle Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 Time amp Calculation Parameters Wavelengths Use wavelength 400 nm Background correction subt
6. dans la bonne position 3 Cliquez sur Set gains R glage des gains dans le menu Measure Mesure Avec un syst me d chantillonnage multicuve il est recommand de mesurer les spectres de compensation de cuve afin de corriger les l g res diff rences de propri t s optiques des cuves Il faut initialiser le passeur de cuves avec le m me milieu blanc dans toutes les cuves La commande Zero Cells Compensation de cuve mesure un spectre blanc r el pour la cuve 1 puis mesure le spectre des autres cuves Les spectres de diff rence sont obtenus en soustrayant le spectre du blanc du spectre de chaque cuve les spectres sont ensuite automatiquement soustraits de toutes les mesures de spectres ult rieures pour corriger toute diff rence optique entre les cuves 1 Remplissez toutes les cuves du m me milieu blanc de l eau par exemple 2 V rifiez qu il n y a ni bulles ni particules en suspension dans les cuves 3 Effectuez une mesure de blanc en s lectionnant Blank Blanc dans le menu des mesures en cliquant sur le bouton Blank Blanc dans la barre lat rale de l interface graphique ou l aide de la touche F4 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 4 Lancez la mesure de compensation des cuves dans le menu Measure Mesure Les spectres de compensation des cuves s affichent dans la fen tre Zero Cells Spectra qui peut tre activ e dans le menu Vue Veillez ne pas changer
7. du logiciel d analyse biochimique La premi re partie Pr paration d une mesure de thermod naturation page 30 donne des informations sur les tapes qui pr c dent la mesure Vous apprendrez configurer le spectrophotom tre d finir la programmation de temp rature du r gulateur de temp rature effet Peltier et choisir entre diff rentes options d valuation La seconde partie Essai de thermod naturation page 39 d crit la mesure thermique proprement dite le suivi en temps r el et les possibilit s de traitement des donn es offertes par le logiciel ChemStation che Agilent Technologies 29 3 Mode thermod naturation Pr paration d une mesure de thermod naturation 30 Avant d effectuer une mesure de thermod naturation vous devez configurer votre syst me en fonction de votre application Dans cette partie vous apprendrez configurer le spectrophotom tre d finir la programmation de temp rature du r gulateur de temp rature effet Peltier et laborer une m thode de thermod naturation pour analyser un chantillon d ADN ou de prot ine Le r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A doit tre configur avant de d marrer le mode thermod naturation Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode thermod naturation 3 D marrage du mode thermod naturation Pour lancer le mode thermod naturation du logiciel d analyse biochimique choisissez T
8. le groupe On line trace monitor Suivi des trac s en temps r el vous pouvez sp cifier l chelle d absorbance axe des y du suivi des trac s en temps r el Choisissez Auto Scaling Echelle auto pour permettre la ChemStation de calculer l chelle d absorbance partir des intensit s des signaux ou choisissez Fixed Scaling Echelle fixe pour d finir une chelle d absorbance fixe Si vous s lectionnez une chelle fixe vous pouvez d finir les limites inf rieure et sup rieure de l chelle d absorbance en tapant les valeurs correspondantes dans les champs From de et To e Dans le groupe Idle Temperature Temp rature de repos ditez la temp rature des chantillons entre deux analyses de thermod naturation Le groupe Ramping Speed Vitesse de mont e en temp rature vous permet de s lectionner la vitesse laquelle la temp rature augmente Choisissez Slow Lente pour lever la temp rature progressivement jusqu chaque palier de la rampe de temp rature Choisissez Fast Rapide pour amener tr s rapidement la temp rature chaque palier de la rampe de temp rature Si les paliers sont larges il y a un risque de d passement de la temp rature en mode rapide e S lectionnez Autosave spectra to file Enregistrer automatiquement les spectres dans un fichier pour que les spectres acquis soient enregistr s Tapez un nom de fichier dans le champ Autosave filename Nom de fichier pour l enre
9. ment aux directives FAR 52 227 14 juin 1987 ou DFAR 252 227 7015 b 2 novembre 1995 Mentions de s curit ATTENTION Une mention ATTENTION signale un danger Si la proc dure le pro c d ou les consignes ne sont pas ex cut s correctement le produit risque d tre endommag ou les donn es d tre perdues En pr sence d une mention ATTENTION vous devez continuer votre op ra tion uniquement si vous avez totalement assimil et respect les conditions mentionn es AVERTISSEMENT Une mention AVERTISSEMENT signale un danger Si la proc dure le proc d ou les consignes ne sont pas ex cut s correcte ment les personnes risquent de s exposer des l sions graves En pr sence d une mention AVERTISSEMENT vous devez con tinuer votre op ration uniquement si vous avez totalement assimil et respect les conditions men tionn es Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Contenu de ce manuel Avec le logiciel d analyse biochimique ChemStation Agilent le logiciel g n ral s enrichit de deux nouveaux modes le mode cin tique et le mode thermod naturation Ces modes permettent d effectuer des exp riences de cin tique et de thermod naturation avec le spectrophom tre Agilent 8453 Pour cela il a t dot de fonctions de d veloppement de m thodes d analyse de moniteurs en ligne pour visualiser en temps r el les exp riences en cours et enfin d outils pour value
10. nm ce qui correspond la plus haute r solution Il est recommand de ne pas modifier la valeur par d faut 1 nm pour conserver les performances optimales du spectrophotom tre e S lectionnez Lamp s lampe s pour afficher la bo te de dialogue des param tres des lampes Lamp s Parameter Elle vous permet de d finir les param tres des lampes du spectrophotom tre Son format d pend du type de spectrophotom tre Avec un spectrophotom tre 8453 vous avez la possibilit d allumer On ou d teindre Off la lampe au deut rium et la lampe au tungst ne Les lampes peuvent galement tre command es en cliquant sur les ic nes correspondantes du tableau de bord de l instrument situ dans la barre lat rale de l interface graphique Si vous changez les param tres des lampes la m thode en cours est modifi e ainsi que l tat des lampes En cas de d faillance d une lampe non allumage d faut de la lampe ou porte du compartiment des lampes ouverte les param tres des lampes peuvent indiquer que les lampes sont allum es alors qu elles sont teintes Pour conna tre l tat r el des lampes v rifiez le dans la fen tre Spectrophotometer Status tat du spectrophotom tre ou dans le tableau de bord de l instrument situ dans la barre lat rale de l interface graphique L tat r el du spectrophotom tre est r sum dans la fen tre d tat du spectrophotom tre On peut y voir les valeurs r elles suivantes
11. que vous voulez qu une correction de dilatation thermique soit effectu e Tapez l quation de correction de volume dans le champ Volume T Vous pouvez utiliser les m mes op rateurs dans l quation de correction de volume que dans le groupe Equation Utilisez la variable T pour la temp rature de l chantillon S lectionnez Temperature amp Options dans le menu Method pour ouvrir la bo te de dialogue Temperature amp Options Dans cette zone vous avez le choix entre plusieurs options pour votre essai de thermod naturation Temperature amp Options Temperature unit Stirrer Online trace monitor Celsius off Auto scaling Kelvin O On C Fixed scaling C Fahrenheit Speed rpm From to AU Ramping speed Idle temperature 25 00 E Slow Fast Save spectra X Autosave spectra to file Method Information Default Method of Thermal Denaturation Mode Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode thermod naturation 3 e Le groupe Temperature Unit Unit de temp rature vous permet de choisir les unit s de mesure et contr le de la temp rature Vous avez le choix entre Celsius C Kelvin K et Fahrenheit F e Choisissez On dans le groupe Stirrer Agitateur pour activer l agitateur Quand il est activ vous pouvez s lectionner la vitesse en t min en tapant la valeur correspondante dans le champ Speed Vitesse e Dans
12. sultats des trac s Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 39 3 40 Mode thermod naturation e Entrez la concentration de l chantillon en mol l dans le champ Molarity M La concentration figurera dans le tableau et les rapports de r sultats des trac s elle est galement utilis e pour le calcul G C e Entrez la longueur d ADN de l chantillon en paires de base bp dans le champ DNA Length K La longueur d ADN figurera dans le tableau et les rapports des r sultats de trac s et sera utilis e pour le calcul G C e Vous pouvez entrer un commentaire par exemple une description de l chantillon dans le champ Comment Cliquez sur le bouton Run Analyse de la bo te de dialogue des informations chantillon pour d marrer l acquisition et afficher la fen tre All Spectra Tous les spectres la fen tre Trace Trac s et la fen tre Sample Information Informations chantillon Dans un premier temps le r gulateur de temp rature effet Peltier am ne le porte cuve la temp rature de d part Une fois le temps de maintien qui a t d fini dans la bo te de dialogue de la rampe de temp rature Temperature Ramp coul le premier spectre est mesur et le r gulateur de temp rature am ne le porte cuve la temp rature suivante de la rampe Pendant la mesure thermique vous pouvez suivre l acquisition des spectres et les trac s de temp rature en temps r el dans les fen tres All
13. une approximation Pour viter de perdre des donn es vous devez d terminer de mani re exp rimentale le temps de cycle minimal pour votre configuration Le temps de cycle minimal d pend du syst me d chantillonnage nombre de mesures par cycle du temps d int gration d fini dans la bo te de dialogue Setup Spectrophotometer et de la correction de la lumi re parasite d finie dans la bo te de dialogue Info amp Options e S lectionnez Increment cycle time Incr menter le temps de cycle pour activer l augmentation du temps de cycle Sp cifiez le pourcentage d augmentation dans le champ et un intervalle de temps en secondes dans le champ after initial time of apr s un temps initial de e Vous pouvez choisir parmi cinq types d valuation cin tique diff rents Choisissez la fl che vers le bas et s lectionnez le type de calcul dans la liste d roulante None aucun indique qu aucun calcul de vitesse n est effectu Initial rate vitesse initiale indique qu un ajustement quadratique est effectu selon l quation a bt et o b est la constante de vitesse initiale Zero order ordre z ro indique qu un ajustement lin aire est effectu selon l quation a bt o b est la constante de vitesse en DO s First order premier ordre indique qu un ajustement exponentiel est effectu selon l quation a b exp kt o k est la constante de vitesse en 1 s Delta AU indique q
14. une longueur de filtre Filter length pour le calcul et une valeur de sensibilit Sensitivity pour l dition des valeurs Tm e La valeur indiqu e dans le champ Longueur du filtre fixe le nombre de points de donn es utilis s pour calculer chaque point dans le trac Cette valeur doit tre un nombre impair compris entre 5 et 749 la valeur par d faut est 21 Plus le nombre de points est important plus le degr de lissage du trac est lev e Seuls les maxima et minima qui atteignent au moins la valeur indiqu e dans le champ Sensitivity Sensibilit et qui sont distincts des maxima ou minima voisins sont dit s Si vous laissez le champ vide la sensibilit est r gl e sur 1 1000 de la diff rence entre les valeurs maximale et minimale Le groupe Equation vous permet de d finir l quation qui servira calculer les r sultats Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 35 3 36 Mode thermod naturation e Tapez un nom de param tre pour le r sultat dans le champ situ gauche de l quation et l quation dans le champ de droite Utilisez Tm Temp rature de fusion M Molarit de l chantillon et K Longueur d ADN Le groupe Equation for Thermal Expansion Equation de dilatation thermique vous permet d activer une correction de variation de l absorbance due l ventuelle dilatation thermique de la solution S lectionnez Volume Correction Correction de volume pour indiquer
15. Agilent ChemStation m A pour le Spectrophotom tre UV visible a e D 00 0e Agilent Technologies Avertissements Agilent Technologies Inc 2002 2003 Conform ment aux lois nationales et inter nationales relatives la propri t intellec tuelle toute reproduction totale ou partielle de ce manuel sous quelque forme que ce soit par quelque moyen que ce soit voie lectronique ou traduction est interdite sans le consentement crit pr alable de la soci t Agilent Technologies Inc R f rence du manuel 61117 93008 Edition 10 2003 Imprim en Allemagne Agilent Technologies Deutschland GmbH Hewlett Packard Strasse 8 76337 Waldbronn Garantie Les informations contenues dans ce document sont fournies en l tat et pourront faire l objet de modifications sans pr avis dans les ditions ult rieures Dans les limites de la l gislation en vigueur Agilent exclut en outre toute garantie expresse ou implicite quant ce manuel et aux informations contenues dans ce dernier notamment mais sans s y restreindre toute garantie marchande et aptitude un but particulier En aucun cas Agilent ne peut tre tenu responsable des ventuelles erreurs contenues dans ce document ni des dommages directs ou indirects pouvant d couler des informations contenues dans ce document de la fourniture de l usage ou de la qualit de ce document Si Agilent et l utilisateur ont souscrit un co
16. H 81 5 16 66 log M Equation for thermal expansion l Volume correction Volume T 10 99829 104 5E 6 T 3 5E 6 SQR T Le champ Use Wavelength at Utiliser une longueur d onde de vous permet de d finir la longueur d onde des donn es trait es partir desquelles les valeurs d amplitude sont extraites pour produire le r sultat par longueur d onde La valeur par d faut est 260 nm Si vous entrez une longueur d onde pour laquelle il n y a pas de mesure par exemple un non entier les valeurs d amplitude seront calcul es par interpolation lin aire Le champ Background Correction Soustraction du bruit de fond vous permet de sp cifier toute soustraction du bruit de fond qui sera appliqu e au r sultat par longueur d onde pour calculer la fonction Choisissez la fl che vers le bas et s lectionnez une proc dure de soustraction du bruit de fond dans la liste d roulante Les options sont les m mes qu en mode cin tique Temperature group Groupe des temp ratures vous permet de s lectionner la source pour les mesures de temp rature Cliquez sur la fl che vers le bas et s lectionnez la source dans la liste d roulante Si vous choisissez Internal sensor Capteur interne c est la temp rature du porte cuve thermostatable Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode thermod naturation 3 mesur e par le r gulateur effet Peltier qui sera utilis e pour valuer le
17. aille et sa position par d faut Reset Current View R initialiser la vue en cours redonne toutes les fen tres de la vue en cours leur taille et leur position par d faut Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Index A ADN contenu CPG 40 longueur 36 40 B barre d outils 12 31 barre lat rale 13 bo te de dialogue Calculation Parameters 31 33 40 bo te de dialogue Info amp Options 18 22 24 bo te de dialogue Instrument Parameters 14 bo te de dialogue Temperature amp Options 36 40 bo te de dialogue Time amp Calculation 18 25 C cin tique d ordre z ro 21 cin tique de premier ordre 21 cin tique des r actions rapides 15 23 compensation de cuve 24 correction de la lumi re parasite 21 23 correction proportionnelle 20 D d clenchement externe 23 delta AU 21 dilatation thermique 36 dur e d analyse 20 dur e d int gration 15 E chelle automatique 25 diteur de configuration 9 enregistrement automatique 23 enregistrer automatiquement 37 quation dition 35 F fen tre des r sultats 25 27 fen tre des trac s chronologiques 25 fichier journal 41 fourchette de calcul 21 G gamme de calcul 35 gamme de longueurs d ondes 14 incr menter le cycle 21 informations chantillon 23 26 inhibiteur 26 installation logiciel 8 interface graphique 12 31 intervalle entre longueurs d ondes 15 J
18. chantillon e Un commentaire par exemple une description de l chantillon e La concentration d un substrat dans le champ S mg ml ce champ ne sera pr sent que si vous avez s lectionn S ou S I dans la bo te de dialogue Configure Substrate Inhibitors Configurer les substrats les inhibiteurs e La concentration d un inhibiteur dans le champ I mg ml ce champ ne sera pr sent que si vous avez s lectionn S I dans la bo te de dialogue Configure Substrate Inhibitors Configurer les substrats les inhibiteurs e La concentration du premier de deux substrats dans le champ A mg ml ce champ ne sera pr sent que si vous avez s lectionn A B dans la bo te de dialogue Configure Substrate Inhibitors Configurer les substrats les inhibiteurs e La concentration du second de deux substrats dans le champ B mg ml ce champ ne sera pr sent que si vous avez s lectionn A B dans la bo te de dialogue Configure Substrate Inhibitors Configurer les substrats les inhibiteurs Si un syst me de passeur de cuves a t configur vous pouvez choisir Configure Substrate Inhibitors Configurer les substrats les inhibiteurs dans la fen tre Results R sultats pour afficher la bo te de dialogue Configure Substrate Inhibitors Elle vous permet d adjoindre vos r sultats des informations sur les substrats et les inhibiteurs Vous pouvez aussi s lectionner cette bo te de dialogue en cliquant sur l
19. e avec le filtre optique et le spectre de l chantillon est corrig l aide de ce spectre La correction de lumi re parasite augmente le temps de cycle minimum du temps d int gration d fini dans la bo te de dialogue des param tres de l instrument plus 2 secondes e Cochez Autosave spectra to file Enregistrement automatique des spectres dans un fichier pour enregistrer sur le disque tous les spectres acquis Tapez un nom de fichier dans le champ adjacent Les spectres sont enregistr s dans le r pertoire par d faut HPCHEM n DATA avec l extension KD Le r pertoire par d faut peut tre modifi dans le menu Config Configuration L option Prompt for sample information before run Demander l info chantillon avant analyse affiche la bo te de dialogue Sample Information Informations chantillon avant le d marrage des mesures e S lectionnez Start Run on Trigger D marrer l analyse sur d clenchement pour lancer l acquisition des donn es par fermeture des contacts 13 et 15 de l interface GPIO De cette fa on il s coulera un temps minimal environ 0 12 seconde entre l action de d clenchement et le d marrage de l acquisition des donn es cette fonction est destin e la cin tique des r actions rapides e Vous pouvez saisir une description de la m thode dans le champ Method Information Informations m thode Ce champ accepte tous les caract res alphanum riques et la description peut tre aus
20. e biochimique 8 Configuration du r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A 9 Avant d utiliser le logiciel d analyse biochimique il faut l installer puis configurer le spectrophotom tre Ce chapitre d crit les outils et proc dures d installation La premi re chose faire est d installer le logiciel d analyse biochimique sur la ChemStation Agilent Si vous voulez utiliser le mode thermod naturation de la ChemStation Agilent vous devez galement configurer le r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A Cette op ration est facultative pour le mode cin tique che Agilent Technologies 7 1 Installation et configuration Installation du logiciel d analyse biochimique Le logiciel d analyse biochimique G1117A est un module additionnel qui inclut le logiciel g n ral G1115A 1 2 3 Ins rez le CD ROM ChemStation Agilent Lancez setup exe S lectionnez G1115AA UV VIS General Purpose ChemStation dans la liste des produits disponibles Available Products et cliquez sur Add Ajouter 4 Entrez le num ro de licence du G1115AA et cliquez sur Add ao N oo S lectionnez G1117AA UV VIS Biochemical Add on mode dans la liste des produits disponibles Available Products et cliquez sur Add Entrez le num ro de licence du G1117AA et cliquez sur Add Cliquez sur OK Cliquez sur Install Installer Quand l installation est termin e ex cutez Installation Qualifica
21. e bouton de la bo te de dialogue Edit Sample Information Editer les informations chantillon La bo te de dialogue Configure Substrate Inhibitors contient les param tres suivants e None Aucun indique qu aucun substrat ni inhibiteur n est inclus e S indique qu un substrat est inclus Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 e S I indique qu un substrat et un inhibiteur sont inclus e A B indique que deux substrats sont inclus Entrez les unit s de concentration des substrats et des inhibiteurs dans le champ Unit Unit TPour charger et valuer des donn es anciennes produites par le logiciel HP 89532K choisissez Import from MKD Importer de MKD dans le menu fichier Visualisation des r sultats Vous avez plusieurs options pour visualiser les donn es acquises et trait es ainsi que les r sultats tabul s S lectionnez le menu View Vue qui contient les options suivantes e All Spectra Tous les spectres affiche dans la fen tre Sample Spectra spectres des chantillons tous les spectres acquis e Spectra of Cell Spectres d une cuve vous permet d afficher les spectres d une cuve sp cifique dans la fen tre des spectres des chantillons S lectionnez le num ro de cuve dans le sous menu e Traces and Results Trac s et r sultats affiche la fen tre des trac s chronologiques la fen tre des r sultats et le tableau de r sum des m th
22. ement tre affich s automatiquement en double cliquant avec le bouton gauche de la souris sur un spectre ou un trac chronologique l int rieur d une fen tre graphique ou en appuyant sur Entr e si vous utilisez le curseur Le titre du tableau indique le type de spectre par exemple Sample Echantillon Standard Etalon ainsi que le num ro du spectre trac chronologique entre crochets dans la fen tre par exemple 1 e Logbooks Fichiers journaux affiche la bo te de dialogue Logbooks dans laquelle vous pouvez s lectionner un fichier journal afficher ou imprimer Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 41 3 42 Mode thermod naturation Load Logbook Charger le fichier journal affiche la bo te de dialogue Load Logbook qui vous permet de s lectionner un journal pr c demment enregistr et de l ouvrir Next Window Fen tre suivante active la fen tre suivante de la s rie Si la fen tre est masqu e par d autres fen tres Next Window l am ne au premier plan Si la fen tre se r duit une ic ne Next Window l affiche avec sa taille et sa position par d faut La touche F11 est le raccourci clavier pour s lectionner Next Window Previous Window Fen tre pr c dente active la fen tre pr c dente de la s rie Si la fen tre est cach e par d autres fen tres Previous Window l am ne au premier plan Si la fen tre se r duit une ic ne Previous Window l affiche avec sa t
23. es donn es offertes par le logiciel Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 3 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Sommaire 1 installation et configuration 7 Installation du logiciel d analyse biochimique 8 Configuration du r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A 2 Modecin tique 11 Pr paration d une mesure cin tique 12 D marrage du mode cin tique Kinetics 12 Configuration du spectrophotom tre 14 Configuration du syst me d chantillonnage 16 D finition d une m thode cin tique 18 Les mesures cin tiques 24 Mesure temporelle 24 Evaluation des donn es cin tiques 25 Visualisation des r sultats 27 3 Mode thermod naturation 29 Pr paration d une mesure de thermod naturation 30 D marrage du mode thermod naturation 31 Configuration du spectrophotom tre 32 R glage de la programmation de temp rature 32 Configuration d une m thode de thermod naturation 33 Essai de thermod naturation 39 Ex cution d un essai de thermod naturation 39 Evaluation de vos donn es de thermod naturation 40 Visualisation des r sultats 41 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 9 Table des mati res Index 43 6 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Agilent ChemStation pour le Spectrophotom tre UV visible Manuel d utilisation du Logiciel d Analyse Biochimique 1 Installation et configuration Installation du logiciel d analys
24. gamme de longueur d onde correspondant votre analyse Le champ From de d finit la limite inf rieure et le champ To la limite sup rieure de la gamme Les valeurs par d faut sont les limites de longueurs d ondes du spectrophotom tre configur Ill est recommand d utiliser la gamme maximale de votre spectrophotom tre Cela vous permettra de tirer pleinement parti des possibilit s du spectrophotom tre barrette de photodiodes par exemple l valuation postanalytique des donn es diff rentes longueurs d ondes Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 e La valeur indiqu e dans le champ Integration time Dur e d int gration est le temps exprim en secondes pendant lequel le signal est recueilli et int gr La dur e d int gration doit tre comprise entre 0 1 et 25 5 secondes la valeur par d faut est de 0 5 seconde Une dur e plus longue am liore le rapport signal bruit du fait que le signal est cumul tandis qu une moyenne du bruit est tablie La dur e d int gration s lectionn e a un impact direct sur le temps de cycle minimum des mesures cin tiques Le temps de cycle minimum ne peut tre inf rieur la dur e d int gration On pourra donc tre amen r duire la dur e d int gration pour les mesures cin tiques rapides e Le nombre indiqu dans le champ Interval intervalle d finit l intervalle entre longueurs d ondes L intervalle minimum est de 1
25. gistrement automatique Ce nom doit respecter les conventions DOS 8 caract res alphanum riques maximum Si Autosave spectra to file est d sactiv les spectres ne seront pas enregistr s e Vous pouvez entrer une description de la m thode dans le champ Method Information Informations m thode Ce champ accepte tous les caract res alphanum riques et la description peut tre aussi longue que vous le souhaitez Le texte revient automatiquement la ligne en fin de ligne Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 37 3 Mode thermod naturation La bo te de dialogue Set Individual Calculation Range D finir individuellement les gammes de calcul s affiche quand vous s lectionnez la commande Set Individual Calculation Range dans le menu Method Elle vous permet de d finir une gamme de temp rature pour calculer les r sultats de thermod naturation sur le trac affich Tapez les limites inf rieure et sup rieure de la gamme de temp rature dans les champs from de et to de la bo te de dialogue 38 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode thermod naturation 3 Essai de thermod naturation Lorsque la rampe de temp rature est d finie et que les param tres de la thermod naturation Dans cette partie vous trouverez des informations sur le suivi de la mesure en temps r el et sur les fonctions offertes par le logiciel ChemStation pour traiter vos donn es exp rimentales Ex cuti
26. hermal Denaturation Thermod naturation dans le menu Mode ou dans la liste d roulante Mode de l interface graphique La Figure 2 montre l interface graphique du mode thermod naturation du logiciel ChemStation Le mode en cours est indiqu dans la liste d roulante des modes de la barre d outils La barre d outils comporte galement le champ du nom de la m thode o s affiche le nom de la m thode analytique en cours ainsi que plusieurs boutons de raccourcis qui sont d crits dans le Manuel de l op rateur du syst me de spectroscopie UV visible Agilent 8453 TE 84i UV Visible System 1 Ditline Dak Fulle Calculation e D Rosulls oi Hesling Trace 1 moz Previous Trace NeaTrace Edt Sample Information ref JT 0 vestaone 100 sos M s i Deia Aben Dea Temgeratwe ____ FemSS Two A7 TS E D eoe Co O Thermal Measurement Figure 2 Interface graphique du mode thermod naturation Dans le tableau de bord d analyse en haut un bouton de raccourci ouvre la bo te de dialogue des param tres de calcul Calculation Parameters La barre d tat bleue montre la progression de la mesure de thermod naturation Le tableau de bord d chantillonnage poss de un bouton de raccourci qui ouvre la bo te de dialogue de la rampe de temp rature Temperature Ramp ainsi qu une zone d affichage de la temp rature en temps r el Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 31 3 32 M
27. ion o M oo a Cliquez sur OK pour fermer la bo te de dialogue Device Configuration Configuration du p riph rique 9 Fermez l diteur de configuration Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 9 1 Installation et configuration 10 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Agilent ChemStation pour le Spectrophotom tre UV visible Manuel d utilisation du Logiciel d Analyse Biochimique 2 Mode cin tique Pr paration d une mesure cin tique 12 Les mesures cin tiques 24 Ce chapitre d crit les principales t ches du mode cin tique du logiciel d analyse biochimique Une pr paration correcte tant primordiale pour toute mesure cin tique la premi re partie Pr paration d une mesure cin tique page 12 donne des informations sur les tapes qui pr c dent la mesure proprement dite Vous apprendrez configurer le spectrophotom tre et le syst me d chantillonnage et d finir une m thode d analyse La seconde partie Les mesures cin tiques page 24 d crit la mesure cin tique proprement dite et les possibilit s de traitement et d valuation des donn es offertes par le logiciel ChemStation che Agilent Technologies 11 2 Mode cin tique Pr paration d une mesure cin tique 12 Avant d effectuer toute mesure temporelle vous devez configurer votre syst me en fonction de votre application Dans cette partie du chapitre vous apprendrez configurer votre s
28. les cuves de place apr s la mesure de compensation des cuves Pour mesurer un seul spectre de la solution qui est dans la cuve et l afficher dans la fen tre des spectres des chantillons Sample Spectra s lectionnez Sample Single Spectrum dans le menu Measure Mesure Vous pouvez aussi mesurer un seul spectre en appuyant sur la touche F5 ou en cliquant sur le bouton Sample Echantillon dans la barre lat rale de l interface graphique Appuyez sur la touche F7 s lectionnez Time based measurement Mesure temporelle dans le menu Measure Mesure ou dans la barre lat rale de l interface graphique pour pr parer le logiciel commencer la mesure temporelle Les fen tres Time Trace Trac chronologique et Sample Spectra Spectres des chantillons apparaissent l cran Choisissez Start D marrer dans la barre de menus pour d marrer l acquisition ou Abort Interrompre pour interrompre une acquisition en cours Pendant la mesure temporelle vous pouvez suivre l acquisition des spectres et les trac s chronologiques en temps r el dans les fen tres Time Trace Trac chronologique et Sample Spectra Spectres des chantillons Double cliquez avec le bouton gauche de la souris l int rieur de la fen tre des trac s chronologiques ou des spectres des chantillons pour activer la fonction d chelle automatique de l axe des y Lorsque la mesure temporelle est termin e ou interrompue par l utilisateur les donn e
29. nformations qui pourront tre utilis es pour calculer les r sultats Visualisation des r sultats Vous avez plusieurs options pour visualiser les donn es acquises et trait es ainsi que les tableaux de r sultats S lectionnez le menu View Vue qui propose les options suivantes All Spectra Tous les spectres affiche dans la fen tre Sample Spectra Spectres des chantillons tous les spectres acquis e Spectra of Current Trace Spectres du trac en cours affiche dans la fen tre Spectra of Current Trace Spectres du trac en cours les spectres du trac s lectionn e All Traces Tous les trac s affiche tous les trac s de temp rature dans la fen tre Temperature Trace Trac de temp rature e Traces and Results Trac s et r sultats affiche les fen tres Time Traces Trac s chronologiques et Results R sultats ainsi que le tableau Method Summary R sum des m thodes e Measured Single Spectra Spectres uniques mesur s affiche dans la fen tre Single Spectra Spectres uniques un spectre mesur e Last Blank Spectrum Dernier spectre de blanc affiche la fen tre Last Blank Spectrum Dernier spectre de blanc e Tabulate Selected Spectrum Trace Tabuler le spectre trac s lectionn affiche sous forme tabulaire les donn es du tableau des spectres pour le spectre s lectionn ou celles du tableau des trac s chronologiques pour le trac chronologique s lectionn Ces tableaux peuvent gal
30. ntrat crit distinct dont les conditions de garantie relatives au produit couvert par ce document entrent en conflit avec les pr sentes conditions les conditions de garantie du contrat distinct se substituent aux conditions stipul es dans le pr sent document Licences technologiques Le mat riel et le logiciel d crits dans ce document sont prot g s par un accord de licence et leur utilisation ou reproduction sont soumises aux termes et conditions de ladite licence Limitation des droits L utilisation du logiciel dans le cadre d un contrat principal ou de sous traitance avec le Gouvernement am ricain est soumise la r glementation f d rale des Etats Unis r gissant les logiciels informatiques com merciaux DFAR 252 227 7014 juin 1995 ou les produits commerciaux FAR 2 101 a ou les logiciels informatiques sous licences FAR 52 227 19 juin 1987 ou toute r gle mentation ou clause de contrat quivalente L utilisation la duplication ou la publication de ce logiciel est soumise aux termes de la licence commerciale standard d livr e par Agilent Technologies Conform ment la directive FAR 52 227 19 c 1 2 juin 1987 les droits d utilisation accord s aux d par tements et agences rattach s au Gouverne ment am ricain sont limit s aux termes de la pr sente limitation des droits Les droits d utilisation accord s au Gouvernement am ricain dans le cadre des donn es tech niques sont limit s conform
31. ode thermod naturation Configuration du spectrophotom tre S lectionnez le menu Instrument du logiciel d analyse biochimique pour configurer votre spectrophotom tre Agilent 8453 en vue d une mesure de thermod naturation Le r glage des principaux param tres est identique celui du mode cin tique du logiciel ChemStation voir Configuration du spectrophotom tre page 14 R glage de la programmation de temp rature En mode thermod naturation le r gulateur de temp rature effet Peltier doit tre d fini comme syst me d chantillonnage ce qui se traduit par l indication Thermostattable Cell Cuve thermostatable dans le champ Sampling chantillonnage du tableau de bord de l instrument Cliquez sur le bouton Setup Configurer c t du champ chantillonnage pour ouvrir la bo te de dialogue de la programmation de temp rature et d finir les rampes de temp rature pour l essai de thermod naturation Temperature Ramp L_Insert_ Append No Start Stop Increment Hold Time 20 0 C 70 0 C 70 0 C 20 0 C Chaque ligne de la bo te de dialogue d finit une rampe de temp rature e La colonne No indique le num ro de la rampe les rampes sont num rot es par ordre Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode thermod naturation 3 e La colonne Start D part indique la temp rature de d part de la rampe Quand vous ajoutez une rampe la temp rature de d part est la
32. odes e Measured Single Spectra Spectres uniques mesur s affiche dans la fen tre Single Spectra Spectres uniques un spectre mesur e Last Blank Spectrum Dernier spectre de blanc affiche la fen tre du dernier spectre de blanc e Zero Cell Spectra Spectres de compensation de cuve est inclus dans le menu View Vue si vous avez configur un syst me de passeur de cuves Il affiche la fen tre Zero Cell Spectra spectres de compensation de cuve e Math Results R sultats math matiques affiche la fen tre des r sultats math matiques Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 27 2 28 Mode cin tique Tabulate Selected Spectrum Trace Tabuler le spectre trac s lectionn affiche sous forme tabulaire les donn es du tableau des spectres pour le spectre s lectionn ou celles du tableau des trac s chronologiques pour le trac chronologique s lectionn Ces tableaux peuvent galement tre affich s automatiquement en double cliquant avec le bouton gauche de la souris sur un spectre ou un trac chronologique l int rieur d une fen tre graphique ou en appuyant sur Entr e si vous utilisez le curseur Le titre du tableau indique le type de spectre par exemple Sample chantillon Standard talon ainsi que le num ro du spectre trac chronologique entre crochets par exemple 1 Logbooks Fichier journaux affiche la bo te de dialogue Logbooks dans laquelle vous pouvez s lectionne
33. on d un essai de thermod naturation Les mesures peuvent tre lanc es soit partir du menu Measure de la barre de menus soit en cliquant sur les boutons Blank Sample Thermal Measurement de la barre lat rale de l interface graphique ou encore l aide de certaines touches de fonction Avant de pouvoir mesurer un spectre unique ou d effectuer une analyse de thermod naturation vous devez mesurer un spectre de blanc en s lectionnant Blank Blanc dans le menu Measure en appuyant sur la touche F4 ou en cliquant sur le bouton Blank Blanc de la barre lat rale de l interface graphique Pour mesurer un spectre unique de la solution vers e dans la cuve et l afficher dans la fen tre des spectres d chantillons Sample Spectra s lectionnez Sample Single Spectrum dans le menu Measure Vous pouvez aussi mesurer un spectre unique en appuyant sur F5 ou en cliquant sur le bouton Sample Echantillon de la barre lat rale de l interface graphique La touche F7 et l option Thermal Measurement Mesure thermique du menu Measure ou de la barre lat rale de l interface graphique permettent d afficher la bo te de dialogue des informations chantillon Sample Information e Tapez un nom d chantillon dans le champ Sample Name Le nom de l chantillon figurera dans le tableau et les rapports e Tapez un nom de solvant dans le champ Solvent Les informations concernant le solvant figureront dans le tableau et les rapports de r
34. pectrophotom tre s lectionner et configurer le syst me d chantillonnage et enfin mettre au point une m thode cin tique Cela vous permettra d exploiter les fonctions du logiciel d analyse biochimique afin de trouver la meilleure solution pour vos mesures cin tiques D marrage du mode cin tique Kinetics Pour lancer le mode cin tique du logiciel d analyse biochimique s lectionnez Kinetics Cin tique dans le menu Mode ou dans la liste d roulante des modes de l interface graphique La Figure 1 montre l interface graphique pour le mode cin tique du logiciel ChemStation Le mode en cours est affich dans la liste d roulante des modes de la barre d outils La barre d outils contient galement le champ du nom de la m thode o s affiche le nom de la m thode analytique employ e Les lettres Mod la suite du nom de la m thode signifient que cette m thode a t modifi e et que ces modifications n ont pas encore t enregistr es La barre d outils contient galement plusieurs boutons de raccourcis qui sont d crits en d tail dans le Manuel de l op rateur du syst me de spectroscopie UV visible Agilent 8453 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 Figure 1 Interface graphique utilisateur du mode cin tique La barre lat rale est divis e en deux Le tableau de bord d analyse en haut comporte un bouton Setup configurer qui ouvre la bo te de dialog
35. permet de d finir les param tres de dur e d analyse pour le passeur de cuves Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 Cells Pathlength cm Cell1 Blank x Cell2 Sampe Z Cell3 Notused x Cell4 NotUsed x Cell5 Notused x Cell6 NotUsed x Cell7 NotUsed x Cell8 NotUsed x LULL La bo te de dialogue pr sente les cuves utilis es sous la forme d un tableau avec les colonnes suivantes e Cuve n indique la position des cuves dans le passeur de cuves la cuve 1 est celle qui est la plus proche de l avant du spectrophotom tre e La colonne centrale du tableau d crit l chantillon qui se trouve dans la cuve S lectionnez Sample Echantillon Blank Blanc ou Not Used Non utilis dans la liste d roulante e Les champs Path Length Longueur du trajet optique montrent en cm la longueur du trajet optique des cuves d chantillon dans chaque emplacement du passeur de cuves La valeur par d faut pour chaque cuve est de 1 cm Il est conseill de prendre l habitude d utiliser l emplacement 1 pour les mesures blanc De cette mani re le spectre de blanc est toujours renouvel au d but de tout cycle de mesures Ceci est particuli rement important si vous effectuez des exp riences cin tiques de longue dur e Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 17 Mode cin tique La bo te de dialogue Single Cell Cuve unique vous permet de
36. r et traiter les donn es exp rimentales Ce manuel contient les instructions pour installer le logiciel et des indications sur le mat riel n cessaire pour les exp riences de cin tique et de thermod naturation Il donne galement des renseignements sur les principales fonctions du logiciel pour vous aider r soudre vos probl mes d analyse Ce manuel est divis en trois chapitres qui vous guideront pour la prise en main du logiciel de l installation l valuation et la pr sentation d une exp rience de cin tique ou de thermod naturation 1 Installation et configuration Le Chapitre Installation et configuration d crit l installation du logiciel ChemStation Agilent et la configuration du r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A indispensable pour les exp riences de thermod naturation 2 Mode cin tique Le Chapitre Mode cin tique guide l utilisateur tout au long des tapes de configuration du spectrophotom tre et du syst me d chantillonnage d laboration d une m thode cin tique et d ex cution d une mesure cin tique jusqu l valuation des donn es exp rimentales 3 Mode thermod naturation Le Chapitre Mode thermod naturation d crit la d finition d une rampe de temp rature et d une m thode d analyse pour effectuer une exp rience de thermod naturation Il donne des renseignements sur le moniteur en ligne et les possibilit s d valuation d
37. r un journal afficher ou imprimer Load Logbook Charger le fichier journal affiche la bo te de dialogue Load Logbook qui vous permet de s lectionner un journal pr c demment enregistr et de l ouvrir Next Window Fen tre suivante active la fen tre suivante de la s rie Si la fen tre est masqu e par d autres fen tres cette commande l am ne au premier plan Si la fen tre se r duit une ic ne Next Window l affiche avec sa taille et sa position par d faut La touche F11 est le raccourci clavier pour s lectionner Next Window Previous Window Fen tre pr c dente active la fen tre pr c dente de la s rie Si la fen tre est cach e par d autres fen tres cette commande l am ne au premier plan Si la fen tre se r duit une ic ne Previous Window l affiche avec sa taille et sa position par d faut Reset Current View R initialiser la vue en cours redonne toutes les fen tres de la vue en cours leur taille et leur position par d faut Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Agilent ChemStation pour le Spectrophotom tre UV visible Manuel d utilisation du Logiciel d Analyse Biochimique 3 Mode thermod naturation Pr paration d une mesure de thermod naturation 30 Essai de thermod naturation 39 Ce chapitre d crit les outils essentiels pour laborer une m thode de thermod naturation ainsi que pour acqu rir et valuer les donn es gr ce au mode thermod naturation
38. ract average over range M 550 570 nm Trace monitor Y scaling from jo to j AU Monitor spectra Last Spectrum M Y scaling from jo to j AU Timing Options Run time 2500 s Increment cycle time by 20 z Start time 5 after initial time of fr 000 s Cycle time j 25 s min 11 9s Rate calculation Type First order x Calculation time range from 0 0 to 0 0 s F Multiply Rate by 1 to convert to Rate unit PF Subtract Rate of cell z from all other Rates e Le champ Use Wavelength Utiliser la longueur d onde vous permet de d finir la longueur d onde pour les mesures multicuves ou jusqu six longueurs d ondes pour les mesures de cuve unique des donn es trait es partir desquelles les valeurs d amplitude sont extraites pour produire le r sultat La longueur d onde par d faut est 480 nm Si vous entrez des longueurs d ondes pour lesquelles aucune donn e mesur e n est disponible par exemple des non entiers les valeurs d amplitude sont calcul es par interpolation lin aire e Le champ Background Correction Soustraction du bruit de fond vous permet de sp cifier toute soustraction du bruit de fond appliqu e au r sultat par longueur d onde pour calculer le r sultat d une fonction Choisissez la fl che vers le bas et s lectionnez une proc dure de soustraction du bruit de fond dans la liste d roulante Logiciel d analyse biochimique pour ChemSta
39. s donn es Si vous choisissez External sensor Capteur externe c est la temp rature de l chantillon mesur e par le capteur de temp rature externe qui sera utilis e pour valuer les donn es Le groupe Set Calculation Range D finir la gamme de calcul vous permet de limiter une plage de temp rature donn e le calcul des r sultats pour tous les trac s Indiquez les limites inf rieure et sup rieure de la plage de temp rature dans les champs From de et To Le groupe Absorbance Ratio Rapport d absorbance vous permet d indiquer une temp rature laquelle les valeurs d absorbance sont normalis es le trac de temp rature est divis par la valeur d absorbance la temp rature indiqu e S lectionnez Normalize at temperature Normaliser la temp rature pour activer la normalisation et indiquez la temp rature de normalisation dans le champ adjacent Le groupe Tm Calculation Calcul de la temp rature de fusion vous permet de s lectionner la m thode de calcul pour la temp rature de fusion e Choisissez Average Valeur moyenne pour calculer la temp rature de fusion en prenant la temp rature la valeur moyenne d absorbance au d but de la plage de calcul et la valeur moyenne d absorbance la fin de la plage de calcul e Choisissez Derivative D riv e pour calculer la temp rature de fusion en prenant la d riv e premi re du trac de temp rature Dans les champs adjacents entrez
40. s de cin tique sont enregistr es comme sp cifi dans la bo te de dialogue Options amp Info Les trac s chronologiques sont valu s par type de vitesse selon ce qui a t d fini dans la bo te de dialogue Time amp Calculation Temps et calculs Les r sultats sont affich s dans la fen tre Results R sultats Evaluation des donn es cin tiques Lorsque la mesure temporelle est termin e vous avez la possibilit de r valuer les donn es cin tiques Du fait que des spectres complets ont t acquis pendant la proc dure de mesure les param tres des champs Wavelength Longueur d onde et Rate Calculation Calcul des vitesses de la bo te de dialogue Time amp Calculation peuvent tre chang s Cliquez sur OK Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 25 2 26 Mode cin tique pour activer les changements Les nouveaux r sultats s affichent dans la fen tre des r sultats Si des param tres de la m thode ont t modifi s le rep re Mod appara tra sur l interface graphique Si le syst me d chantillonnage manuel a t configur vous pouvez choisir Edit Sample Information Editer les informations chantillon dans la fen tre des r sultats pour afficher la bo te de dialogue des informations chantillon Sample Information Elle vous permet d adjoindre des informations chantillon vos r sultats La bo te de dialogue contient les param tres suivants Le nom de l
41. si longue que vous le souhaitez Le texte revient automatiquement la ligne en fin de ligne Vous pouvez diter une description existante l aide de n importe quelle proc dure standard de traitement de texte par exemple Copier Couper Coller Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 23 2 Mode cin tique Les mesures cin tiques 24 Mesure temporelle Les mesures peuvent tre d marr es soit en utilisant le menu Measure mesure dans la barre de menus soit en cliquant sur les boutons Blank Blanc Sample Echantillon Time Based Measurement Mesure temporelle de la barre lat rale de l interface graphique ou encore l aide de certaines touches de fonction Si vous avez s lectionn l option Adjust gains separately from blank measurement r gler les gains s par ment de la mesure blanc dans la bo te de dialogue Options amp info option Set Gains R glage des gains est incluse dans le menu Measure Mesure Le r glage s par du gain sur un blanc fort pouvoir de transmission par exemple de l eau ou une solution tampon donne aux gains une valeur inf rieure et vite tout d passement de la capacit du convertisseur A N ce qui permet de ne pas avoir rejeter des points de donn es en raison de trac s chronologiques pentes n gatives 1 Ins rez une cuve remplie d eau ou de tout autre milieu faiblement absorbant dans le porte cuve 2 Mettez le passeur de cuves
42. temp rature finale de la rampe pr c dente e La colonne Stop Fin indique la temp rature finale de la rampe Quand vous ajoutez une rampe au programme la temp rature finale est ind finie La temp rature finale maximale est 100 C e La colonne Increment Incr ment indique la diff rence de temp rature entre deux paliers cons cutifs L incr ment par d faut est de 0 5 C La colonne Hold Time Temps de maintien indique le temps pendant lequel chaque palier de temp rature est maintenu La valeur par d faut est 1 00 min Configuration d une m thode de thermod naturation Pour diter les param tres d analyse de votre m thode de thermod naturation s lectionnez Calculation Calculs dans le menu m thode ou cliquez sur le bouton Setup Configurer du tableau de bord d analyse de l interface graphique La bo te de dialogue des param tres de calcul Calculation Parameters s affiche Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 33 3 34 Mode thermod naturation Calculation Parameters Wavelength Use wavelength at 260 nm Background correction subtract average over range 500 nm 550 nm Temperature Use temperature from Internal sensor M Set calculation range Absorbance ratio Se T Normalize at temperature C rTM calculation Average mean value Derivative Filterlength 21 Sensitivity Equation ZGC 2 44 T
43. thod of Kinetics Mode 3 L option Move multicell transport for stirring if possible D placer le passeur de cuves pour agitation si possible place la cuve en cours sur la position permettant l agitation de l chantillon pendant le temps de repos entre deux cycles si le temps de cycle d fini est suffisamment long environ le temps de cycle minimum plus 4 secondes pour chaque cuve configur e Cette case cocher est disponible uniquement quand un syst me de passeur de cuves est s lectionn Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 L option Adjust gains separately from blank measurement R gler les gains s par ment de la mesure blanc ajoute la commande Set Gains D finir les gains dans le menu Measure Mesures Set Gains effectue un r glage des gains une r f rence et une mesure la commande Blank Blanc effectue seulement une r f rence et une mesure Le r glage s par du gain sur un blanc fort pouvoir de transmission par exemple de l eau ou une solution tampon donne aux gains une valeur inf rieure afin d viter tout d passement de la capacit du convertisseur A N et tout point de donn es rejeter en raison des trac s chronologiques pentes n gatives L option Straylight Correction On Correction de lumi re parasite activ e permet de commander la correction de lumi re parasite Quand cette fonction est activ e une seconde mesure est effectu
44. tion Qualification de l installation dans le menu ChemStation Agilent 10 Si la qualification de l installation est accord e cela signifie que l installation du logiciel d analyse biochimique et du logiciel g n ral est r ussie Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Installation et configuration 1 Configuration du r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A Si vous souhaitez utiliser le mode thermod naturation du logiciel d analyse biochimique vous devez d abord configurer le r gulateur de temp rature effet Peltier Agilent 89090A 1 Lancez l diteur de configuration UV Vis Configuration Editor dans le menu ChemStation Agilent 845x UV Visible System 1 Device Configuration UWVis Modules GPIB OC LAN 8452A 8453 GPIB Address 20 Tenp Control Selected Modules Spectrophotometer 8453 GPIB 25 2 Si aucun instrument Agilent 8453 n a encore t configur ajoutez un nouvel instrument New Instrument comme expliqu dans le Manuel de op rateur du syst me de spectroscopie UV visible Agilent 8453 3 S lectionnez Instruments dans le menu Configure Configurer BR Entrez le nom de l instrument Instrument name choisissez la taille initiale de la fen tre Initial Screen Window Size et cliquez sur OK S lectionnez TemCo Choisissez une adresse GPIB 20 Cliquez sur Add Ajouter pour accepter la configurat
45. tion Agilent 19 2 20 Mode cin tique none aucune indique que le r sultat par longueur d onde est celui qui a t mesur sans soustraction du bruit de fond single reference wavelength une seule longueur d onde de r f rence indique que l absorbance une seule longueur d onde est soustraite du r sultat par longueur d onde Sp cifiez la longueur d onde du bruit de fond dans ce champ subtract average over a range soustraire la valeur moyenne sur une gamme indique que l absorbance moyenne sur une gamme de longueurs d ondes est soustraite du r sultat par longueur d onde Pr cisez les limites sup rieure et inf rieure de la gamme des longueurs d ondes du bruit de fond dans ces champs three point drop line correction proportionnelle indique qu une absorbance de fond calcul e avec une correction proportionnelle est soustraite du r sultat par longueur d onde Sp cifiez les limites sup rieure et inf rieure de la gamme de longueurs d ondes de fond utilis e pour le calcul du bruit de fond dans les champs gauche inf rieure et droit sup rieure adjacents Le suivi des trac s Trace Monitor est un graphe continuellement mis jour qui montre l volution dans le temps de l absorbance la longueur d onde sp cifi e dans le champ Use Wavelength utiliser la longueur d onde D finissez l chelle de l axe d absorbance y en tapant les limites inf rieure et sup rie
46. ue des m thodes Celle ci contient les principaux param tres des m thodes Dans le tableau de bord de l instrument en bas vous pouvez s lectionner le syst me d chantillonnage et commander les lampes du spectrophotom tre L interface graphique utilisateur en mode cin tique contient par d faut la fen tre Time Trace Trac chronologique la fen tre Results R sultats et la fen tre Method Summary R sum des m thodes Apr s la mesure ces fen tres affichent les trac s cin tiques chronologiques les donn es cin tiques valu es et les principaux param tres de la m thode Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 13 2 14 Mode cin tique Configuration du spectrophotom tre S lectionnez le menu Instrument du logiciel d analyse biochimique pour configurer votre spectrophotom tre Agilent 8453 pour une mesure temporelle Choisissez Setup Spectrophotometer Configurer le spectrophotom tre pour afficher la bo te de dialogue Instrument Parameters param tres de l instrument qui vous permettra de d finir les param tres de dur e de l analyse du spectrophotom tre Les param tres qui peuvent tre d finis dans cette bo te de dialogue sont les suivants Instrument Parameters Wavelength range from fso nm 1100 nm Integration time 0 5 seconds j m Interval n e Vous pouvez utiliser les champs pour sp cifier les limites inf rieure et sup rieure de la
47. ue l absorbance initiale est soustraite de l absorbance finale AbS fin AbSt q but e Vous pouvez sp cifier que le calcul de vitesse est effectu dans une fourchette de temps limit e Tapez l heure de d marrage du calcul dans le champ from partir de et l heure de fin dans le champ to Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent 21 2 22 Mode cin tique e S lectionnez Multiply Rate Multiplier la vitesse pour activer un facteur de conversion du r sultat de vitesse Sp cifiez le facteur et les nouvelles unit s dans le champ To convert to rate unit convertir en unit de vitesse S lectionnez Subtract Rate of Cell Soustraire la vitesse de la cuve pour soustraire le r sultat d une cuve de r f rence des r sultats de toutes les autres cuves Choisissez la fl che vers le bas et s lectionnez la cuve de r f rence dans la liste d roulante Cette option n est disponible que si vous avez d fini une mesure multicuve Dans la bo te de dialogue Options amp Information vous pouvez d finir les conditions d acquisition pour l exp rience cin tique Options and Information Move multi cell transport for stirring if possible FX Adjust gains separately from Blank measurement l Straylight correction on Data Path C HPCHEMXISDATAN FX Autosave spectra to file Prompt for sample information before run l Start Run on Trigger Method Information pe Me
48. ure dans les champs Y scaling from chelle en y partir de et to jusqu Vous pouvez soit suivre le dernier spectre acquis soit les spectres d une cuve sp cifique S lectionnez la fl che vers le bas et choisissez soit Last Spectrum Dernier spectre soit Cell n cuve n pour les mesures multicuves soit All Spectra Tous les spectres pour les mesures cuve unique D finissez l chelle de l axe de l absorbance y en tapant les limites inf rieure et sup rieure dans les champs Y scaling from Echelle en y partir de et to jusqu La dur e d analyse Run Time est la dur e totale de l analyse La fourchette va jusqu 999999 secondes 11 5 jours La dur e d analyse doit tre sup rieure au temps de cycle auquel on ajoute le temps de d but d analyse Start Time Le temps de d but d analyse est le temps qui s coule entre le moment o la proc dure de mesure est lanc e et o la mesure d marre r ellement il est facultatif La valeur par d faut est 0 0 Logiciel d analyse biochimique pour ChemStation Agilent Mode cin tique 2 Le temps de cycle est le temps qui s coule entre le d marrage d une mesure et le d marrage de la mesure suivante la valeur par d faut est de 5 0 secondes pour une mesure multicuve 0 5 seconde pour une mesure cuve unique valeurs minimum acceptables Le temps de cycle minimum d pend du mat riel utilis et la valeur indiqu e n est qu
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