Rapport de Stage M2 bioinformatique
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1. modify_user php modifyResp_user php resp_add_users php resp_delete_users php V Mu resp_diplome php resp_modify_users php resp_personnel php add_fichier php Add_user php Il Tei Tei ei ei addResp_user php Admin phbp admin add fichier php admin add users php admin_annuaire php ei 8 H e admin_delete_users php admin_diplome php admin_fichier php admin_modify_users php Login php el Te admin_personnel php admin_syllabus php affiche_user php afficheResp_user php connexion php e e e deconnexion php delete_user php deleteResp_user php header_popup php identification php 14 3 1 1 Structure des pages Index php Ressources Images ic nes CSS Figure 4 Structure des pages 15 3 1 2 L interface graphique En ce qui concerne l interface graphique elle sera d velopp e en langages HTML et PHP Elle se pr sente sous la forme suivante Figure 5 architecture du site 16 3 1 3 Les menus L UFR Enseignement Recherche Actualit s l UFR toutes les informations relatives a l UFR SVT 1 lt php 2 include HTML header html 3 include HTML menu html 4 include HTML Administration html 5 include HTML footer html 6 Ja SOUS MENUS pr sentation php acc s php annuaire php conseils php tout ce qui concerne l UFR SVT ENSEIGNEMENT concernant l espace enseignant lt php include HTML head2. Entr e des informations d identification Un ou plusieurs champs ne sont pas remplis V rification du bon remplissage des champs Tous les champs sont remplis Envoi d une requ te la base de donn es Aucune correspondance entre les mots de passe et login Pour chaque utilisateur Si plusieurs utilisateurs ont t s lectionn V rification du s lectionn s v rification de la mot de passe correspondance pour chacun d entre Correspondance entre les mots de passe et login Les informations de l utilisateur sont mises en Fin de variables de session l authentification L utilisateur est redirig vers sa page d accueil l utilisateur est connect Figure 16 Sch ma de la proc dure d identification au module d administration Lorsque l utilisateur a pass avec succ s la proc dure d identification 1l est redirig vers la page d accueil correspondant son niveau de droit et sa cat gorie Il a alors acc s aux diff rents module d administration du site 33 4 4 Les diff rents modules d administration du site Le site web de l UFR SVT propose de nombreuses fonctionnalit s Parmi celles ci quatre d entre elles n cessitent une fr quente mise jour Ces quatre fonctionnalit s se sont donc vu attribuer un module d administration pour permettre les mises jour et autres changements effectuer Les 4 modules d administration correspondants sont les sui
3. Id user nom user prenom user mail user mdp_user droit_user categorie user description user Fichiers Id fichier nom fichier data upload fichier uploader fichier pass _ fichier Figure 14 Mod le logique des donn es Tous les premiers champs des tables sont un identificateur pour la table en auto incr ment c est dire qu ils sont uniques et qu ils s incr mentent automatiquement de un chaque insertion Nous avons cr er 4 tables ind pendantes La table Administration site contenant la fonction le nom le password des personnes admin qui seront responsables de leur espace La table annuaire contenant le nom le pr nom le mail le t l phone le service La table User contenant tous les autres clients sans droits La table Fichier contenant le nom du fichier sa description a quel dipl me il correspond date de transfert des donn es via le serveur 26 4 Le module d administration du site 4 1 Introduction Besoins d administration La cr ation d un site web requiert de nombreuses comp tences aussi bien dans le langage HTML PHP que dans la ma trise d un syst me de gestion de base de donn es Le contenu du site doit pouvoir tre modifi c est une des caract ristiques qui tait demand e par les utilisateurs du site Il existe plusieurs fa ons de permettre l volution du contenu d un site La modification des codes sources des diff rentes pages L utilisation
4. diteur Il peut aussi importer son texte d j pr crit via un simple copier coller Une fois que le texte est crit il suffit alors l utilisateur de cliquer sur le bouton Envoyer Alors le contenu de la page du dipl me est remplac e par le texte que l utilisateur vient de valider Le fonctionnement de l diteur est assez simple il convertit le texte tap dans le champs en code HTML Il prend en compte toutes les options de mise en page de l diteur et les convertit en balises HTML pour reproduire exactement la m me mise en page que celle qui a t entr e Un fichier HTML est donc g n r Il est possible de choisir le nom du fichier de sortie Il suffit d utiliser le contenu de la variable nomdudiplome en nom de fichier Alors lors de l affichage de la page l insertion du contenu est obtenue en ins rant le fichier HTML g n r lors de l dition 41 4 5 Les volutions probables du site modules venir Lors de la cr ation du site certains modules n ont pas pu tre cr s La mise en ligne du Syllabus et sa gestion il est pr vu de mettre en ligne le syllabus afin que tous puissent y acc der partir du site web Un outil devra tre cr afin de pouvoir mettre jour ce syllabus L outil sera bas sur le m me principe que l outil de gestion des fichiers Les pages des dipl mes de premi re ann e les dipl mes de premi re ann e L1 n ont pas de page associ e Il
5. que l on appelle des attributs ou des champs constitue le dictionnaire des donn es Chaque attribut champ du dictionnaire de donn es sont caract ris par les propri t s suivantes Champ description type Le MLD le mod le logique des donn es va consister d crire la structure de donn es utilis e sans faire r f rence un langage de programmation Il s agit juste de pr ciser le type de donn es utilis es lors des traitements Ainsi le mod le logique est d pendant du type de base de donn es utilis Le MOD le mod le conceptuel des donn es MCD qui a pour but d crire de fa on formelle les donn es qui seront utilis es par le syst me d information Il s agit donc d une repr sentation des donn es facilement compr hensible permettant de d crire le syst me d information l aide d entit s Ici annuair admin fichiers user Dictionnaire des Donn es Annuaire CHAMP DESCRIPTION TYPE Id annuaire numero d identifiant int 2 de annuaire nom_annuaire nom de la personne varchar 50 recherch e prenom_annuaire pr nom de la varchar 50 personne recherch e tel annuaire t l phone de la varchar 50 personne mail_annuaire mail de la personne varchar 15 recherch e service annuaire service de la personne varchar 50 recherch e localisation annuaire Localisation de la varchar 50 personne recherch e Figure 10 Dictionnaire des donn es Annuaire 23 Dictionnaire des Donn es User num
6. Prim par le D partement CNRS SPI PROCESSEURS PARALL LES pour le traitement d images CEA Codes de Calcul Parall le MUMPS Serveur NETLIB Logiciels de traitement d images CNES ALCATEL ESPACE G n rateur de compilateur LL K L3 L Unit de Formation et de Recherche des Sciences de la Vie ef de la Terre L UFR des Sciences de la Vie et de la Terre est une composante de l Universit Paul Sabatier ce titre elle contribue aux missions du service public de l Enseignement Sup rieur d finies par le code de l ducation en assurant la formation initiale et continue la recherche scientifique et technologique ainsi que la valorisation de ses r sultats la diffusion de la culture et l information scientifique et technique la formation la recherche par la recherche la coop ration internationale L U F R Sciences de la Vie est de la Terre est la premi re composante en nombre d tudiants de l Universit Paul Sabatier 5 000 tudiants tous cycles confondus la deuxi me en nombre de laboratoires de recherche reconnus Elle comprend 250 enseignants titulaires une vingtaine de moniteurs et A T E R 140 chercheurs 110 IATOS 125 ITA r partis en 14 laboratoires reconnus dont 12 UMR 1U INSERM 1 EA 5 laboratoires corattach s 1 Ecole Doctorale 1 Ecole Doctorale corattach e 4 DEA Elle g re environ 2000 tudiants en DEUG 2000 en deuxi me cycle 2 IUP avec environ 300 tudiants et 300 tu
7. Toutefois ce langage pr sente des probl mes de portabilit entre les diff rents navigateurs ce qui nous a pouss restreindre son utilisation au contr le des donn es saisies par l utilisateur 2 3 3 PHP PHP PHP Hypertext Preprocessor est un langage de script ex cut cot serveur Sa syntaxe est proche du langage C Il peut tre soit ins r directement dans du code HTML soit crit dans un fichier part et appel l aide de la fonction include ou require Ces fichiers portent une extension php Il permet de g n rer des pages web au contenu dynamique Lorsqu un visiteur demander consulter une page son navigateur envoie une requ te au serveur HTTP Si la page contient du code PHP linterpr teur du serveur ex cute ce code et renvoie le code HTML g n r PHP poss de des fonctions qui permettent la gestion des bases de donn es MySQL A aucun moment le visiteur ne peut voir le code PHP 2 3 4 les diff rents logiciels utilis s Comme nous l avons vu auparavant pour la plateforme Web WAMP 5 et PSPAD comme diteur de texte Apache poss de d sormais de nombreuses fonctionnalit s dont la possibilit de d finir une configuration sp cifique chaque fichier ou r pertoire partag 12 3 Le site Web 31 Structuration du site web La structuration du site web a consiste b tir l architecture globale du site web en organisant les diff rentes informations Il s agit dans un premier temps de faire l in
8. code pour la plupart des langages Arbre pr sentant la liste des classes m thodes etc avec acc s direct ou le DOM HTML e Int gration d outils externes par exemple compilateurs avec r cup ration automatique de la sortie et positionnement automatique intelligente sur la bonne ligne du code source quand vous double cliquez sur une erreur e Support ASCII ANSI UTF 8 UTF 16 e Outils HTML int gr s reformatage du code compression Tidy color chooser import CSV e Syst me de macros 15 Chronologie Biolnfo D 7 e Elaboration du cahier des charges S Analyse des besoins Pr sentation Actualit s du projet Vie sur le campus Cr ation de devant le Intranet Partenariat H bergement du la structure Conseil Enseignant International Site par le CICT du site P dagogique Dipl mes Liens utiles http ufrsvt ups de l UFR SVT RE SN G GE Sujet R union avec Pr sentation Traduction du R daction du rapport rapport Le CICT Annuaire site en anglais Manuel maintenance pour Plan d acc s Manuel utilisateur l h bergement Recherche PowerPoint SN Figure 1 Elaboration du cahier des charges Chronologiquement les v nements qui ont compos le stage ont t tout d abord dans un premier temps de d terminer l architecture du site c est dire la fa on dont seraient li es les pages entre elles Il est important de faire un site le plus intuitif possible pour que le visiteur ne cherche pas son info
9. d un outil permettant la gestion de ce contenu Dans notre cas la modification directe des sources des diff rentes pages est tout simplement impossible En effet les utilisateurs du site n ont pas ou tr s peu de connaissances dans les langages utilis s pour coder les pages ainsi ils ne peuvent effectuer de modifications directes sans exposer le site un mauvais fonctionnement En ce qui concerne l utilisation d outils permettant la gestion du contenu il existe de nombreux outils nomm s CMS Content Management System Ces CMS sont des programmes g n ralement cod s en PhP ou dans un autre langage ces programmes permettent de g rer des pages ainsi que leurs contenus Nous avons test de nombreux CMS comme phpNuke Spip Plume Xoopx Liferay et bien d autres encore Ces CMS pr sentent de nombreuses options et beaucoup de possibilit s Malheureusement aucun d entre eux n a retenu notre attention quant son utilisation pr cise dans notre cas Nous avons donc d cid de cr er notre propre outil de gestion qui sera donc capable de r pondre nos attentes de fa on sp cifique Nous avons donc cr er un outil qui puisse r pondre aux points sp cifiques qui nous taient demand s par les utilisateurs du site web une gestion du contenu des pages pour permettre aux tudiants d avoir acc s une page sp cifique leur dipl me qui puisse leur donner des informations r centes et mises jour une
10. des sauvegardes de la structure et ou des donn es effectuer n importe quelle requ te g rer les privil ges des utilisateurs PhpMyAdmin est une application crite en PHP et permet l administration des bases MySQL Elle doit tre plac e sur le site Il est possible de cr er des tables d en visualiser le contenu d ex cuter des requ tes et d exporter le contenu de la base Cet outil a t utilis dans la cr ation et pour les tests des bases mais n a plus d utilit dans l utilisation quotidienne du site La premi re tape f t de faire la liste des donn es qui allaient tre trait es e Gestion de l annuaire de tous les personnels de l UFR SVT administratifs enseignants personnels techniques e Gestion des fichiers pour chaque dipl me espace r serv chaque responsable de dipl me avec droits 22 e Gestion des personnels espace r serv chaque responsable de dipl me avec droits ainsi que pour les responsables administratifs e Gestion des contenus de chaque dipl me espace r serv chaque responsable de dipl me avec droits 3 3 2 Pr sentation des tables Tout d abord nous avons d fini le dictionnaire des diff rentes donn es Le dictionnaire des donn es partant des documents la phase d analyse consiste en extraire les informations l mentaires non d composables qui vont constituer la future base de donn es La r union de l ensemble des donn es l mentaires
11. est pr vu d en ajouter une pour chaque dipl me lorsque la liste des dipl mes concern s aura t transmise l administrateur du site en place La mise en ligne des compte rendus et autres documents administratifs il est aussi pr vu de permettre la mise en ligne des diff rents compte rendu d assembl e conseil p dagogique et autres documents administratifs Le syst me sera bas sur le m me principe que l outil de gestion des fichiers Toutes ces sp cificit s seront la charge de l administrateur du site leurs mises en place leurs maintenances ainsi que leurs volutions possibles Ces modules n ont pas t cr s faute de temps mais aussi fautes de sp cifications techniques pr cises de la part des utilisateurs du site 42 5 Conclusion et perspectives Le site web de UFR SVT est donc en ligne pr s au fonctionnement Tous les modules qui sont mis en ligne disposition des utilisateurs sont fonctionnels Le cahier des charges qui nous tait fourni tait tr s peu d taill Nous avons fait ressortir les points que nous avons trouv essentiels Parmi eux se trouvent la cr ation des diff rentes pages qui composent actuellement le site web ainsi que des outils permettant leur administration L int gration de ces pages fut complexe du fait d un changement du cahier des charges assez fr quent nous obligeant recommencer certaines parties et en revoir d autres Certaines parties ou mo
12. gt 3 lt link rel stylesheet type text css href ressources general css gt 4 lt if lte IE 7 gt 5 lt link rel stylesheet type text css href ressources ie7 css gt 6 lt l endif gt 7 lt if lte IE 6 gt 8 lt link rel stylesheet type text css href ressources ie css gt 3 lt l endif gt kb te NE lt meta http equiv content type content text html charset windows 1250 gt lt meta name site UFR SVT content Site UFR SVT TOULOUSE gt lt title gt Bienvenue sur le site de L UFR SVT de la facult de Toulouse lt title gt lt script type text javascript src ressources menu js gt lt script gt erer n in e amp lt head gt Ka Ki Figure 2 header bm 23 les diff rents langages utilis s 2 3 1 HTML HTML Hypertext Markup Langage est un langage de mise en page de documents l aide de balises Les documents HTML sont identifi s par une adresse URL et sont interpr t s par un navigateur web Les pages HTML apparaissent l cran de la mani re dont l auteur l a voulu mais elles ne peuvent pas contenir d instructions ex cutables 2 3 2 Javascript Le code JavaScript est ins r directement dans les pages web ou dans un fichier s par mais contrairement PHP il est ex cut par le navigateur sur le poste client Le temps de latence est donc presque nul puisqu il n y a pas d change de donn es avec le serveur 11
13. responsable de dipl me de niveau 10 peut ajouter ou supprimer des fichiers pour son dipl me et pour son dipl me seulement Gestion du contenu de la page de dipl me le responsable de dipl me de niveau 10 peut ajouter supprimer ou modifier le contenu de la page de dipl me pour laquelle il est responsable et seulement la page dont il est responsable Niveau 12 Enseignant Encadrant Ce niveau est destin aux diff rents intervenants enseignants secr tariats etc Il leur est possible de g rer les fichiers ainsi que le contenu de la page du dipl me II leur est impossible de d l guer ces droits et donc de g rer les utilisateurs Gestion des fichiers l encadrant de niveau 12 peut ajouter ou supprimer des fichiers pour son dipl me et pour son dipl me seulement Gestion du contenu de la page de dipl me l encadrant de niveau 12 peut ajouter supprimer ou modifier le contenu de la page de dipl me pour laquelle il est responsable et seulement la page dont il est responsable Niveau 13 Enseignant Encadrant Ce niveau est destin aux diff rents intervenants enseignants secr tariats etc Il leur est possible de g rer le contenu de la page du dipl me Il leur est impossible de d l guer ces 30 droits et donc de g rer les utilisateurs Ils ne peuvent pas non plus g rer les fichiers du dipl me Gestion du contenu de la page de dipl me l encadrant de niveau 13 peut ajouter supprime
14. GBD MySQL Notre ma trise du langage utilis pour les requ tes a fortement augment malgr le fait que les requ tes que nous avons eu faire n taient pas d une grande complexit Ce stage nous a donc permis de conforter certaines de nos connaissances acquises au cours de l ann e comme le HTML le PhP et la gestion d une base de donn es Il nous a aussi permis d acqu rir de nouvelles connaissances comme le webdesign le travail en quipe ainsi qu un grande autonomie Nous sommes satisfait du travail accompli tout en restant lucide sur le fait qu il reste certains modules int grer Le travail consistait en la cr ation et la mise en place du site chose que nous avons r alis e Pour terminer bien que nous l ayons d j fait oralement nous r it rons ici de mani re plus administrative quelques remerciements aux personnes sans qui ce stage n aurait pas t possible ou tout du moins plus hasardeux et moins agr able Nous tenons remercier particuli rement Gilles Richard qui nous a recrut en tant que stagiaires puis orient pendant un semestre Un grand remerciement Georges Czapicki responsable du master bioinformatique Nous n oublions pas Gwanaelle Fichant notre rapporteur Le corps enseignant D une mani re g n rale nous saluons la confiance que tout le monde nous a port e notamment dans le choix des outils 44 NETOGRAPHIE http www phpfrance com PHP htip php mirror c
15. QL efface les donn es de l utilisateur s lectionn dans la table user Puis il est renvoy la page d accueil du module de gestion des utilisateurs 36 4 4 2 Gestion de l annuaire L annuaire du site web est un outil important permettant d effectuer une recherche parmi les personnels de UFR SVT soit par leur nom soit par leur service Cet annuaire est accessible depuis le site web via le menu L UFR en cliquant sur annuaire Afin que l annuaire fonctionne correctement il est n cessaire de pouvoir effectuer des mises jour sur les entr es de cet annuaire C est dans cet objectif que le module de gestion de l annuaire a t cr er Ce module est accessible pour les administrateurs de niveaux 0 1 et 6 Il est le m me pour ces trois niveaux de droit La page d accueil du module ressemble beaucoup celle du module de gestion des utilisateurs Elle est constitu d un menu simple permettant l ajout la suppression ou la modification d entr es de l annuaire La page comprend aussi un tableau affichant la liste des entr es de l annuaire celui ci permet l affichage de toutes les informations disponibles sur les personnes qui figurent dans l annuaire notamment le nom pr nom mail t l phone service et localisation num ro de bureau b timent etc L affichage du tableau est g r par une simple requ te SQL vers la table annuaire s lectionnant toutes les entr es puis les afficha
16. RAPPORT de STAGE Master 2 PRO BIOINFORMATIQUE 2006 2007 Cr ation Du Site de l UFR SVT http ufrsvt upstlse fr Marc Goasampis Yannis Duffourd Ma tre de stage Gilles Richard Sommaire EE 2 1 Introduction eee eee eee eee eeceecececeececeececeee 4 KSE 4 12 Institut de Recherche en Informatique de Toulouse RIT ner 5 1 2 1 Th mes de recherche 5 L22 eeneg 5 12 3 T T SEENEN 5 13 L Unit de Formation et de Recherche des Sciences de la Vie et de la TENTE creer rene serrer eee 6 14 Environnement Informatique GE 7 DE LAMPE RAR Renan et nn am ENEE 7 1 4 2 Serveur Apache EE 7 1 4 3 PSPAD EE Eeer 8 Elek 9 1 5 2 Strat gie de ARR ER a 9 1 5 3 Cahier des charges ne nd ee Ci ee E E EE AN 1 5 4 Conception du syst me de navigation 2 Mat riel DAS a aa 10 SO TA naruto NOR CARRE le Etes 10 COPA des AT RMS ee 11 DA A errant 11 2 3 1 HTML 2 3 2 Javascript 233 dE TR E E A E A EEEE N EKEN 3 Le site Web 13 EA AI STE MOD iie aia e EEE EEEE E EEEE EEE EErEE EER 3 1 1 Structure des pages E 3 1 2 L interface graphique EE 3 1 3 Les menus L UFR Enseignement Recherche Actualit s 3 3 La base de donn es DOGRI 3 3 1 MYSQL rte 3 3 2 Pr sentation des tables 4 Le module d administration du dree 27 41 Introduction Besoins Z TTL nn nn nn nn nn nn nr een ene enr erenrenrenreneeeeeererenres 27 42 Pr sentation des niveaux de droit deS H HSATEUTS nr en
17. amelnetwork com manual fr index php PHP htip php resourceindex com PHP http www manuelphp com PHP htip www wampserver com MySQL Windows http www pspad com fr PSPAD diteur de texte http www apache org d Apache htip php developpez com des d veloppeurs http www allhtml com Webmaster htip www editeurjavascript com javascript http www weboutils com Javascript htip www aide webmaster com Webmaster 45 site officiel sur Tr s bon site sur Tr s bon site sur Tr s bon site sur PHP5 Apache et Site official site officiel Club d entraide Portail pour Edition de HTML PHP Portail pour
18. ce projet Enfin nous expliquerons ce que ce stage nous a apport en terme d exp rience et d enrichissement de notre savoir faire et de nos comp tences 28 4 2 Pr sentation des niveaux de droit des urilisafeurs Afin de garantir un contr le sur la gestion du site les modules d administration sont soumis des niveaux de droits Il existe donc diff rents niveaux de droits qui permettent un certains nombre d actions Ces niveaux de droit sont organis s de fa on hi rarchique de fa on permettre une d l gation de droits Voici donc les niveaux de droits ainsi que les possibilit s out leur sont associ es Niveau 0 Administrateur du site C est le niveau d administration le plus lev Il a donc tous les pouvoirs sur le site et les autres utilisateurs Gestion des utilisateurs L administrateur de niveau 0 peut cr er d autres utilisateurs partir du niveau 1 et inf rieur Il peux supprimer ces m mes utilisateurs et aussi en modifier les donn es nom pr nom mot de passe coordonn es etc Gestion de l annuaire L administrateur de niveau O peut ajouter supprimer ou bien modifier des entr es de l annuaire Gestion des fichiers L administrateur de niveau 0 peut ajouter ou supprimer des fichiers dans toutes les cat gories de dipl me Gestion du contenu des pages de dipl mes L administrateur de niveau 0 peut modifier le contenu des pages de dipl me et ceci pour tou
19. de personne sans pour autant retirer le cot clair lisible et simple qui nous tait demand Notre formation n incluait pas d initiation au webdesign et nous avons du nous familiariser avec des outils de retouche d images de cr ation graphique et d autres outils qui ne nous taient pas familiers Malgr cela l volution graphique du site reste tout fait possible de part sa conception que nous avons voulu tr s modulaire Tout le contenu du site est lui aussi tr s volutif toujours gr ce cette conception modulaire du site Le site web est donc en place r pondant l objectif que le stage imposait A partir de cette base volutive il sera certainement possible de faire voluer le site de la fa on que administration de l UFR SVT le d sirera Sur un plan plus personnel ce stage nous a demand beaucoup de travail Il nous a demand de nous familiariser avec des outils assez peu employ s en bioinformatique tels que les logiciels d dition graphique Nous avons utilis s plusieurs langages informatiques confortant largement nos connaissances en HTML ainsi qu en PhP Notre ma trise de ces deux langages a donc fortement augment m me si certains de leurs aspects nous sont encore inconnus par exemple l orientation objet du PhP qui n a pas du tout t employ lors de la r alisation de notre stage 43 Nous avons aussi norm ment travaill sur les bases de donn es notamment sur le S
20. diants de 3 cycle Les Composantes L UFR des Sciences de la Vie et de la Terre est compos e des services administratifs d quipes de formation de commissions p dagogiques de laboratoires de centres de recherche qui concourent la mise en uvre et la r alisation du projet p dagogique et du programme de recherche Elle peut galement cr er des services communs vocation scientifique p dagogique et technique L4 Environnement Informatique Nous avons effectu tout notre travail en PO salle d enseignement du Master Pro Bioinformatique L environnement tait propice la cr ation de ce projet en concertation avec les diff rents intervenants soit notre Ma tre de stage soit les responsables de L administration de l UFR SVT Le stage s est d roul dans des conditions relativement honorables compte tenu des crit res impos s Tout le travail a t r alis sur nos portables personnels le reste du mat riel imprimante scanner connexion Internet tait notre disposition 1 4 1 WAMP5 Pour commencer nous avions besoin d une plateforme Web nous avons opt pour WAMPS5 qui est une plateforme de d veloppement Web de type WAMP permettant de faire fonctionner localement sans se connecter un serveur externe des scripts PHP W AMPS n est pas en soi un logiciel mais un environnement comprenant deux serveurs Apache et MySQL un interpr teur de script PHP ainsi qu une administration pour les deux ba
21. dules du site n ont pu tre int gr es temps pour ces raisons Les informations nous parvenant tardivement ou bien de fa on incompl te malgr nos demandes r p t es Malgr cela nous avons r pondu au mieux ce que nos clients demandaient avec les moyens que nous avions Tout le travail a t effectu avec nos ordinateurs personnels avec tr s peu d aide ext rieure et sans aucun local de travail fourni Les modules qui n ont pas pu tre ins r s dans le projet final pourront l tre plus tard Cette insertion sera la charge de l administrateur du site Il pourra reprendre le sch ma d int gration des autres modules pour cela En effet l int gration du syllabus et des comptes rendus reprend le m me principe que la mise disposition en ligne de fichiers leurs int grations seront donc facilement r alisables Et pour ce qui est des pages de premi re ann e leurs int grations rel vent elles aussi du m me principe que les pages cr es pr c demment pour les autres dipl mes il suffit donc de reprendre le m me sch ma de fonctionnement pour int grer ces pages Une des principales difficult que nous avons rencontr s est situ au niveau du webdesign En effet le graphisme du site a t complexe mettre en place Nous avons du retravailler la mise en page un nombre de fois assez grand Le travail tant d autant plus complexe qu il fallait que l aspect du site plaise un grand nombre
22. e UFR SVT ber RE Universit Paul Sabatier Toulouse DI SERVICES ADMINISTRATIFS DIRECTEUR de l UFR KNIBIEHLER Bernard RESPONSABLE ADMINISTRATIF DUBRULLE Germain AFFAIRES GENERALES SECRETARIAT LAUVERGNE V ronique 05 61 55 81 88 Bt 4R3 porte 106 MONT Christiane 05 61 55 67 20 Bt 4R3 porte 106 SERVICE SCOLARITE APOGEE DUBARRY Fabienne 05 61 55 83 49 Bt 4R3 porte 108 RASOTTO Marlene 05 61 55 83 84 Bt 4R3 porte 108 CASTEX Christiane 05 61 55 68 43 Bt 4R3 porte 108 PINCHARD Paulette 05 51 55 81 86 Bt 4R3 porte 108 DORVILMA Agnes 05 61 55 63 37 Bt 4R3 porte 123 PALACIO Sabine 05 61 55 60 52 Bt 4R3 vorte 123 servadmin php IFR SVT de la facult de Toulouse Mozilla Firefox ique Marque pages Qutis 2 Es SVT Ph Universit Panl Sabatier Toulouse DI Bernard Knibiehler T l 05 61 55 67 19 FAX 05 61 55 60 00 e mail dirsvt adm ups tlse fr Responsable Ad Germain Du 0561 55 69 30 FAX 05 61 55 60 00 e mail ressv adm ups tlse fr Adjointe Responsable Administratif V ronique Lauvergne T l 05 61 55 81 88 FAX 05 61 55 60 00 e mail secsv adm ups tlse fr Administration php Figure 7 Exemple de navigation a partir de la page index php 19 Le module Admin l acc s r serv aux utilisateurs ayant droit Acc s Enseignant http ufrsvt ups tlse fr Login Veuillez vous identifier Mozilla Firefox Veuillez vous ide
23. e et le nom de la personne qui a mis le fichier en ligne Il suffit alors de cliquer sur le nom du fichier pour y acc der Tous les fichiers doivent tre mis en ligne via l interface de gestion Pour chaque fichier mis disposition une ligne de la table fichiers contient toutes les informations concernant le fichier Les utilisateurs ayant acc s ce module sont les administrateurs de niveau 0 1 et 6 qui ont acc s la gestion des fichiers de toutes les cat gories de dipl me mais aussi pour les administrateurs de niveau 10 12 et 14 qui eux ont acc s la gestion des fichiers pour leur dipl me seulement La page d accueil du module est constitu e d un menu simple permettant l ajout ou la suppression de fichiers La page comprend aussi un tableau affichant la liste des fichiers disponibles celui ci permet l affichage de toutes les informations disponibles sur ces fichiers notamment le nom du fichier la date d ajout le nom de la personne qui a ajout le fichier le chemin vers le r pertoire contenant le fichier la description du fichier et aussi la cat gorie de dipl me pour laquelle le fichier est disponible L affichage du tableau est g r par une simple requ te SQL vers la table fichiers s lectionnant toutes les entr es puis les affichant gr ce du code PhP Affichage des fichiers mis disposition Chaque page de dipl me est organis e de fa on modulaire comme le reste des pages du site On y
24. e dernier module d administration du site est celui qui permet de modifier le contenu des pages des diff rents dipl mes de l UFR SVT Les utilisateurs qui ont acc s ce module sont les administrateurs de niveaux 0 et 1 pour toutes les cat gories de dipl me mais aussi les administrateurs de niveaux 10 12 et 13 en ce qui concerne leur dipl me seulement La gestion du contenu des pages est g r e via un outil que nous n avons pas d velopp nous m me Cet outil est FCKEditor Il est gratuit et est sous licence GPL Cet outil se pr sente l utilisateur sous la forme d un diteur de texte avec de nombreuses options de mise en page insertion etc http ufrsvt ups tise fr Administration du site Mozilla Firefox DER i El Source CRIE EX E S zer l 2 1 oke EE Gu B Z U 2j E ge CR SRPT O SE 2 Style gt Format Normal 7 Police E Taille Er Ta iaje Termin Figure 22 Page contenant l diteur FCKEditor pour l dition des pages de dipl me L utilisation de l diteur est tr s simple Dans le cas d un administrateur de niveau 1 ou 2 il faut d abord choisir le dipl me pour lequel l dition de la page sera effectu e Ce choix s effectue gr ce un menu d roulant proposant le choix des codes de dipl me L administrateur doit donc crire sont texte dans le champs de texte qui est propos avec l diteur Il peut mettre en forme son texte gr ce aux options disponibles de l
25. er html include HTML menu html include HTML enseignant html include HTML footer html Hz Gah m W M ba Un r pertoire shared a t cr pour regrouper tous les fichiers PHP et les dipl mes cod s pour le module Admin Figure 6 Repertoire shared SOUS MENUS acc s enseignant qui va permettre aux enseignants de se connecter Dipl mes listes de tous les dipl mes qui vont permettre d afficher les informations de la base de donn es 17 RECHERCHE concernant la recherche dans l UFR SVT 1 lt php 2 include HTML header html 3 include HTML menu html 4 include HTML laboratoire html s include HTML footer html 6 75 d SOUS MENUS les diff rents laboratoires de recherches d pendants de UFR SVT et le plateau technique regroupant plusieurs laboratoires collaborant avec l UFR ACTUALITES ici on trouve l espace tudiant 1 lt php z include 3 include 4 include s5 include 6 1 75 3 SOUS MENUS Vie sur le campus tous les services propos s par l UFR restauration formation service documentation le partenariat jardin botanique et le mus um international ERASMUS et des liens utiles HTML header html HTML menu html HTML viecampus html HTML footer html 18 Exemple de navigation partir de la page index php Index php L UFR SVT de la facult de Toul
26. es fichiers disponibles sur le site web il faut remplir une s rie de champs concernant le fichier sa description et dans le cas des administrateurs g rant tous les dipl mes le choix de la cat gorie du dipl me Il faut aussi choisir le fichier en parcourant son disque dur et en s lectionnant le fichier mettre en ligne Lorsque l utilisateur valide son choix une requ te SQL ins re les donn es concernant le fichier dans la table fichiers Le nom de l utilisateur ayant mis le fichier en ligne est r cup rer automatiquement en utilisant la variable de session qui sert l authentification La date est elle aussi r cup rer automatiquement fonction php now Le chemin vers le r pertoire est cr er automatiquement en utilisant la variable nomdudiplome 39 Page d ajout de fichier Envoi du formulaire rempli Fin de l ajout retour la liste des fichiers Figure 21 Sch ma repr sentant la proc dure d ajout de fichier Suppression d un fichier La suppression d un fichier d bute par le choix du fichier supprimer dans un menu d roulant Lorsque l utilisateur valide puis confirme son choix alors une requ te SQL efface les donn es concernant le fichier dans la table fichiers Le fichier est alors simplement supprim du r pertoire qui le contenait Puis il est renvoy la page d accueil du module de gestion des fichiers 40 4 4 4 Gestion du contenu des pages de dipl me L
27. gestion de fichiers mis disposition en ligne une gestion de l annuaire mis en ligne sur le site web une gestion des acc s utilisateurs au site D autres modules taient pr vus la base mais leur int gration n a pas t possible faute de temps ou d un manque de sp cifications par les utilisateurs du site Afin de garantir le bon fonctionnement de site ainsi que sa bonne utilisation il est n cessaire de r guler l acc s des utilisateurs aux outils de gestion du site Nous avons donc d cider de cr er des comptes utilisateurs auxquels des droits sont attribu s permettant l acc s ou non certaines sections du module d administration Les utilisateurs poss dant ces comptes sont soumis une identification leur permettant d acc der la section et aux possibilit s qui correspondent leur niveau de droit Dans un premier temps nous allons pr senter les diff rents niveaux de droits repr sentant les diff rentes cat gories d utilisateurs ainsi que leurs droits leurs acc s et leurs limitations 21 Ensuite nous pr senterons la proc dure de login ainsi que son fonctionnement notamment l utilisation de tables de la base de donn es Puis nous d taillerons le fonctionnement des 4 grands modules d administration de site leur acc s ainsi que leur utilisation Pour terminer nous exposerons les difficult s que nous avons rencontr lors de ce stage ainsi que les volutions possibles de
28. inclut le header le menu le contenu et le footer Les pages de dipl mes se voient inclure en plus un autre fichier dl php ainsi qu une ligne de code PhP d finissant le code dipl me correspondant la page C est ce fichier qui permet l affichage du tableau et la s lection des fichiers mis disposition pour le dipl me Le code du dipl me est donc mis dans une variable nomdudiplome Cette variable est utilis e par la suite pour effectuer la requ te vers la base de donn es En effet la requ te SQL permet la s lection des informations de la table fichiers qui ont le m me code dipl me que celui qui est contenu dans la variable nomdudiplome Le tableau est alors affich en utilisant les informations obtenues par la requ te SQL Une combinaison du nom de fichier ainsi que du chemin vers le r pertoire qui le contient permet de proposer le t l chargement du fichier lors de l affichage de ce dernier dans le tableau 38 Chargement de la page de dipl me D finition de la variable nomdudiplome Envoie d une requ te SQL la base de donn es Affichage du tableau comportant la liste des fichiers gr ce aux informations s lectionn es par la requ te Path nom uploader date Suite et fin du chargement de la page menu etc Figure 20 Sch ma repr sentant la proc dure d affichage des fichiers disponible au t l chargement Ajout de fichiers Afin d ajouter un fichier la liste d
29. iser le contenu sur tel ou tel type d information Nous nous sommes interrog s sur le type d information que les utilisateurs cibles taient susceptibles de chercher et d essayer de d terminer leurs principales questions et le type de r ponse attendue Cette tape a t faite par le biais de r union avec nos clients galement des b n ficiaires de l UFR c est dire le corps enseignant 1 5 3 Cahier des charges Le cahier des charges a permis au ma tre d ouvrage client de d finir ses besoins de formaliser ses id es 1 5 4 Conception du syst me de navigation La structure d un site web devait tre le reflet d une strat gie Des sc narios de navigation ont t labor s afin de pousser l utilisateur suivre un chemin dans le site web 2 Mat riel et m thodes La finalit de ce projet est de permettre ces clients de g rer eux m mes leur espace Notre stage s est d roul suivant les principales phases de d veloppement d une application informatique e Analyse de l existant et des besoins audit interne e D finition des outils qui seront utilis s e D veloppement des applications e Tests et mises en services Notre mission consiste r aliser la partie Back Office c est dire la mise en place de l administration du site Un certain nombre de contraintes nous ont t expliqu es d s le d part Toutes les donn es du site titres images textes doivent tre s
30. licit comme Ma tre de stage Gilles Richard Professeur L IRIT et assurant des enseignements dans le Master Bioinformatique La conception d un site web doit tre une d marche participative orient e utilisateurs c est dire qu elle doit se faire autant que possible en concertation avec un ensemble de repr sentants de l entreprise ou de l organisation et de ses b n ficiaires en vue d obtenir une satisfaction maximale des utilisateurs L ensemble de la conception doit ainsi principalement tre centr e sur l utilisateur et r alis e en concertation troite avec un panel repr sentatifs d usagers ce que nous avons fait devant le Conseil P dagogique de l UFR SVT devant les responsables de l Administration L objet principal de la phase de conception est d analyser l ensemble des besoins puis d imaginer des contextes d utilisation L analyse des besoins comporte ainsi deux volets Les besoins de l organisation correspondant une strat gie d objectifs Les besoins des utilisateurs correspondant une strat gie de cible Une fois cette op ration termin e il a fallu le r f rencer correctement Une application permettant de g rer les mises jour de chaque responsable p dagogique administratif gestion des personnels ajout de fichiers suppression de fichiers ainsi qu une traduction en anglais Un cahier de maintenance devait tre r alis ainsi qu un manuel d utilisation pour la base de donn es Ce projet re
31. n de la base de donn es Le langage SQL permet de cr er des tables dans lesquelles sont ins r es des donn es La cr ation de tables allait tre faite manuellement sur le serveur mais l insertion des donn es serait effectu e depuis les clients connect s via l interface cod e en PHP Avant de cr er es interfaces A convenait donc de d finir clairement les tables Pour planifier les tapes de d finition des tables et de la structure des donn es ce que nous avons fait avec W AMPS qui nous proposait une base de donn es de type MySQL en nous laissant choisir le langage compatible avec la base Nous avons donc choisi d utiliser PHP pour plusieurs raisons s Il s agit du langage le plus populaire pour l utilisation avec des bases MySQL e Fonctions d interfa ages avec MySQL e Langage gratuit et open source e Documentation tr s compl te en fran ais La gestion de la base de donn es est assur e par MySQL 3 3 1 MySQL Il s agit d un syst me de gestion de bases de donn es SGBD La version disponible sur le serveur web est la 4 MySQL est sous licence GPL Ce qui signifie qu il peut tre utilis gratuitement L outil phpMyAdmin est d velopp en PHP et offre une interface intuitive pour l administration des bases de donn es du serveur Cet outil permet de cr er de nouvelles bases _ cr er modifier supprimer des tables afficher ajouter modifier supprimer des tupes dans des tables effectuer
32. nexe du manuel utilisateur 31 43 Proc dure d idenfifi Les utilisateurs qui poss dent un compte d administration du site web doivent donc s identifier afin d acc der leur espace de gestion du site Pour cela il leur est donc attribu un Login avec un mot de passe qui lui est associ Les utilisateurs doivent saisir leur mot de passe ainsi que leur login sur la page d identification du site en cliquant dans le menu enseignement sur Acc s enseignant http localhost Login Veuillez vous identifier Mozilla Firefox DDAR Veuillez vous identifier GEET Votre Mot de passe EE Termin Figure 15 Page d identification pour acc der au module d administration La proc dure d identification est cod e enti rement en PhP et est r alis e gr ce aux fichiers suivants __ identification php ce fichier permet l affichage de la fen tre d identification login php c est ce fichier qui contient la proc dure d identification cod e en php _ connexion php ce fichier permet la connexion la base de donn es et la s lection de la base 32 Fonctionnement de l identification Tous les informations concernant les utilisateurs sont contenus dans la table User d crite pr c demment La table contient leur nom pr nom mot de passe mail niveau de droit cat gorie et description La proc dure d identification fonctionne de la fa on suivante
33. nt gr ce du code PhP Ajout suppression et modification d entr es de l annuaire Les diff rentes op rations sur la table d annuaire sont g r es de la m me fa on que pour le module de gestion des utilisateurs Il est n cessaire de remplir des formulaires qui sont pass s en POST pour effectuer des requ tes sur la table annuaire Une requ te permet l insertion dans la table pour ajouter un utilisateur une autre permet la mise jour de donn es utilisateurs pour la modification d une entr e et enfin une derni re permet de supprimer une ligne de la table ayant pour effet de supprimer une entr e de l annuaire 37 4 4 3 Gestion des fichiers Une des sp cifications demand es pr cis ment tait la possibilit d avoir acc s une liste de fichiers disponible au t l chargement Nous avons donc mis en place un syst me d upload download pour ces fichiers L organisation de ces fichiers a t con ue de la fa on suivante chaque dipl me poss de un r pertoire en ligne les administrateurs du site peuvent donc mettre disposition des fichiers dans ces r pertoires Pour effectuer ceci ils doivent utiliser l interface de gestion des fichiers Les fichiers mis en ligne sont disponibles au t l chargement sur la page de dipl me pour lequel ils ont t mis en ligne L affichage des fichiers disponibles prend la forme d un tableau indiquant le nom du fichier la date laquelle il a t mis en lign
34. ntifier Votre non RE Votre Mot de passe Pen Valider Figure 8 Popup de connexion 20 3 2 Version anglaise Pour la version anglaise nous avons utilis la flexibilit de php et des variables de session lt php nom_page _SERVER PHP_SELF L AN nom_page creg replace fr en nom_page echo lt a href nom_page gt lt img src ressources en gif gt lt a gt gt Hi lt php nom_page _SERVER PHP_SELF nom_page ereg_replace en fr nom_page echo lt a href gt nom_page gt lt img src ressources en gif gt lt a gt Figure 9 requ tes SqL pour la traduction du site On d clare une variable nom page via le serveur lt php nom_page _SERVER PHP_SELF nom_page ereg_ replace fr en nom_page a partir d une expression r guli re la fonction ereg_replace va permettre de retourner la cha ne texte pass e en arguments avec les occurrences trouv es remplac es par la cha ne de remplacement echo lt a href nom_page gt lt img src ressources en gif gt lt a gt gt affichage de la page idem pour revenir la traduction fran aise lt php nom_page _SERVER PHP_SELF nom_page ereg_replace en fr nom_page 111 echo lt a href gt nom_page gt lt img src ressources en gif gt lt a gt 21 3 3 La base de donn es SGBD D finitio
35. ntre tout fait dans le cadre de notre formation Divis e en deux parties les 6 premiers mois de cours sont compl t s par l acquisition de comp tences par la pratique d o l objet de ce rapport de stage 12 Institut de Recherche en Informatique de Toulouse TRIT 1 2 1 Th mes de recherche Toulouse est depuis les ann es cinquante un p le tres actif dans le d veloppement de l informatique L IRIT cr en janvier 1990 Unit Mixte de Recherche 5505 du CNRS occupe une place centrale et rassemble plus de trois cents chercheurs enseignants chercheurs et doctorants du CNRS de l INPT et de l UPS Les recherches men es au sein de l IRIT rel vent des Sciences et Technologies de l Information et de la Communication d partement nouvellement cr du CNRS Elles sont structur es travers trois d partements D partement Programmation Syst mes et Algorithmes D partement Informatique des Images des Sons et des Textes D partement Intelligence Artificielle et Syst mes Cognitifs 1 2 2 Th matiques Architectures Sp cialis es 1 PR 3 MC CSP Calcul Scientfique Parall le 1 PR 1 MC APO Algorithmes Parall les et Optimisation 2 PR 7 MC 1 ING SDL S ret de D veloppement du Logiciel 2 PR 7 MC 1 2 ING IA Intelligence Artificielle 1 PR 2 MC IRT Ing nierie R seaux et T l communications quipe mixte IRIT LEN7 3 PR 4 MC 2 PAST 1 2 3 R alisations Capteurs intelligents MICRO CAM RAS
36. nu compos de 3 items en haut et en blanc Ajouter un utilisateur Modifier un utilisateur Supprimer un utilisateur Ainsi qu un tableau pr sentant la liste des utilisateur que vous g rez Vous avez acc s toutes les informations concernant ces utilisateurs gt http ufrsvt ups tlse fr Administration du site Mozilla Firefox Ajouter un Utilisateur Supprimer un Utilisateur Modifier un Utilisateur Liste des personnels Nom Prenom i Drot Categorie Description Dubrulle Germain d om A L e administratif Marc dur ct fr Admin Michele ve ct fr 0 3DBIMI Michele 7 ve ctfr 0 3DBIPI Eric clo bs fr 0 3LBICI Etienne Gilles g etienn fr 0 3LIMB1 Truchet U ct fr U 3LBIP1 Christiane Figure 18 Page d accueil du module de gestion des utilisateurs L affichage du tableau est g r par une simple requ te SQL vers la table user s lectionnant ainsi tous les utilisateurs ayant un niveau de droit inf rieur l utilisateur et appartenant la m me cat gorie dans le cas des responsables de dipl me Pour ajouter un utilisateur il suffit de cliquer sur le lien correspondant le principe est le m me pour modifier ou supprimer un utilisateur 35 Ajouter un utilisateur Pour ajouter un utilisateur l administrateur doit remplir une s rie de champs correspondant aux diff rentes informations sur le nouvel utilisateur Le principe est simple une fois rempli les champs du formulaire sont envo
37. ouse Mozilla Firefox Historique Marque pages Ouis 2 77 O hipihrsrtapsisstriindexsho UERSVT a Sa me Pad Sabatier Tato I Bienvenue sur le nouveau site de l UFR SVT de l Universit Paul Sabatier Toulouse III L UFR des Sciences de la Vie et de la Terre estune composante de Universit Paul Sabatier A ce ttre elle contribue aux missions du serice public de l Enseignement Sup rieur d finies par le code ce l ducation en assurant la formation initiale et continue la recherche scientifique et technologique ainsi que la valorisation de ses r sutats la diffusion de la culture et linformation scientiique et technique la formation la recherche par la recherche la coop ration internationale Les composantes L UFR des Sciences de la Vie et de la Terre est compos e des senices administratifs d quipes de formation de commissions p dagogiques de laboratoires de centres de recherche qui concourent la mise en uvre et la r alisation du projet p dagogique et du programme de recherche Elle peut galement cr er des senices communs vocation scientifique p dagogique et technique Direct Services Administratifs Geg M Grasanps Dien H bergemen CICT de Toulouse Contacter le webmaster Bienvenue sur le site de L UFR SVT de la facult de Toulouse Mozill Firefox Fichier dton Affichage Historique Marquepages Outils 2 gt D ieee hee Abee e Sr D buter avec Firefox E la un
38. r ou modifier le contenu de la page de dipl me pour laquelle il est responsable et seulement la page dont il est responsable Niveau 14 Enseignant Encadrant Ce niveau est destin aux diff rents intervenants enseignants secr tariats etc Il leur est possible de g rer les fichiers pour leur dipl me Il leur est impossible de d l guer ces droits et donc de g rer les utilisateurs Ils ne peuvent pas non plus g rer le contenu des pages du dipl me Gestion des fichiers l encadrant de niveau 12 peut ajouter ou supprimer des fichiers pour son dipl me et pour son dipl me seulement Niveau 20 pas de droit Ce niveau a t cr e pour compenser les erreurs d utilisation du module de gestion des utilisateurs les utilisateurs de niveau 20 qui tentent de se connecter recevront un message d erreur leur indiquant de contacter leur responsable de dipl me ou bien l administrateur du site Les cat gories Pour les responsables de dipl mes et les encadrants leur identification est soumise aussi leur cat gorie Chaque dipl me est cloisonn de sorte que le responsable d un dipl me ne puisse acc der aux informations concernant le responsable d un autre dipl me Il en est de m me pour les encadrants enseignants secr taires etc Chaque dipl me poss de un code qui lui est unique ce code comporte six caract res Le tableau associant les codes dipl me et les dipl mes correspondant est disponible en an
39. r nrrnne ere nenne ere erernrens 29 EE ett ananas 32 KEE 34 4 4 1 Gestion des utilisateurs eea NAN RN 35 4 4 2 Gestion de l annuaire AAA 37 4 4 3 Gestion des fichiers m ee D RS DCR NS RO NN ON dt MAG Na 4 4 4 Gestion du contenu des pages de dipl me 4 5 Les volutions probables da site AT VENIT es sente sets 42 5 Conclusion et d aiaa 43 NETOGRAPHIE tee T a NAA tee ete dE ns et agree 45 1 Introduction L1 Introduction Ce rapport est le fruit d un stage de 6 mois effectu au sein de l Institut de Recherche en Informatique de Toulouse dans le cadre de notre Master professionnel bioinformatique L UFR SVT de L Universit Paul Sabatier Toulouse MI composante de l Universit Paul Sabatier ce titre contribue aux missions du service public de l Enseignement Sup rieur d finies par le code de l ducation L Administration de l UFR depuis quelque temps projetait de parfaire son syst me d information par la cr ation de son site L opportunit de l int gration d un de ses personnels au sein du Master professionnel Bioinformatique Marc Goasampis et l autorisation du responsable du Master Bioinformatique Georges Czaplicki leur permis de r aliser leur souhait Accompagn de Yannis Duffourd tudiant dans la formation notre mission tait prioritairement de mettre en place une version dynamique et volutive d un site Internet afin de toucher les clients utilisant ce m dia Nous avons sol
40. rmation et ne se perde pas Une r union avec des responsables du CICT Centre Interuniversitaire de Calcul de Toulouse a t programm e pour l h bergement Chaque page doit tre atteinte en effectuant le moins de clics possible Plusieurs mod les ont t r alis s afin de d terminer celui qui correspondait le mieux au r sultat souhait et on t pr sent s devant le Conseil P dagogique de l UFR SVT L utilisation d un menu horizontal semblait la meilleure solution L espace en dessous des boutons du menu servira faire d filer des informations relatives l UFR SVT Ce site est r alis galement en anglais Pour l laboration de ces diff rentes contraintes nous avons tout d abord tabli un plan d action 1 5 1 Strat gie d objecti X Avant de commencer le projet de site web il nous a t n cessaire de r capituler les objectifs du site web dans le cas d une Unit de Formation et de Recherche en quoi le site web va permettre cette administration de remplir ses propres objectifs strat giques Nous avons recens l ensemble des objectifs du site web afin d y associer des crit res op rationnels quantifiables qui permettront de mesurer si l objectif vis a bien t atteint 1 5 2 Strat gie de cible Ce site web est pr vu pour une cat gorie d utilisateurs caract re p dagogique Un ciblage pr cis du type d utilisateurs concern nous a permis d tablir un profil type et ainsi de focal
41. ro identifiant int 5 utilisateur nom de varchar 24 l utilisateur pr nom_user pr nom de varchar 24 l utilisateur mail de varchar 64 l utilisateur droits de varchar 10 l utilisateur categorie user int 2 description_user description de l utilisateur Figure 11 Dictionnaire des donn es User Dictionnaire des Donn es Fichiers num ro identifiant le int 11 fichier description_fichier description des varchar 200 fichiers diplomes fichier Nom du dipl me varchar 1 concern par le fichier data_upload_ fichier Date de la mise en dat 10 liane uploader_fichier Nom de la personne varchar 20 qui a mis un fichier en liane Chemin du fichier varchar 100 Figure 12 Dictionnaire des donn es Fichiers 24 Ensuite nous avons d fini le mod le conceptuel MCD avec 4 entit s ind pendantes repr sentant le mieux un int r t pour le syst me d information e ld annuaire S ld user nom _ annuaire nom_user prenom_annuaire prenom_user tel annuaire mdp _user mail_annuaire mail_user 5 service_annuaire droits_user e cat gorie_user_ description user e ld fichiers e nom fichiers e data upload fichiers e uploader fichiers Figure 13 Mod le conceptuel des donn es La figure montre que les diff rentes entit s son ind pendantes 25 Annuaire Id annuaire nom annuaire prenom_annuaire tel annuaire mail annuaire service annuaire localisation annuaire User
42. rojet p dagogique et du programme de recherche Elle peut galement cr er des services communs vocation scientifique p dagogique et technique Direction Services Administratifs Cr ation M Goasampis Y Duffourd H bergement CICT de Toulouse Contacter le webmaster Figure 3 page Index php Les fichiers HTML d finissent le squelette des pages tandis que les fichiers PHP servent communiquer avec la base de donn es envoyer des requ tes et afficher leurs r sultats Les fichiers PHP sont contenus dans des r pertoires diff rents chacun portant le nom des l ments que traitent les fichiers PHP qu il contient Par exemple le r pertoire fr contient les fichiers suivants 13 el de Te viecampus php Acces php Administration php Annuaire php Bioch php Caufr php Cevu php l3 el el Tei Is je Compeda php compterendu php compterenducp php compterenducs php connection php Conped php dl Il sl Tei 9 Te irection php enseignant php Equipes php equipform php Etudiant php il php Liens php liensutiles php Login php l UFR php Membres php membrescp php membrescs php partenariat php Plan php Plattech php Il Il Tei el 3 je presentation php rechercheannuaire php Selogger php servadmin php statutsufr php Suaps php ei Syllabus php D E D Les m mes fichiers sont dans la version anglaise en Shared est le r pertoire pour le module d Administration ei ei
43. s d veloppeurs de navigateurs ont cr es des extensions HTML propri taires ne pouvant tre affich es que par leurs navigateurs respectifs e La portabilit Chaque utilisateur doit tre libre d utiliser le navigateur de son choix Les sites r alis s en suivant ces standards seront interpr t s de la m me mani re quel que soit le moyen par lequel on y acc de La standardisation favorise galement l change de donn es entre divers environnements e Les CSS Cascading Style Sheets Les feuilles de style en cascade sont utilis es pour d crire la pr sentation d un document crit en HTML Elles sont utilis es pour d finir les polices les couleurs le rendu et d autres caract ristiques li es la pr sentation L objectif est 10 de bien s parer la structure du contenu voir paragraphe S paration du contenu et de la forme e R duction du volume des donn es L utilisation de CSS pour la mise en page des documents r duit de 25 50 la taille des donn es chang es 2 2 Compatibilit des diff rents navigateurs Les feuilles de style ne sont pas reconnues de la m me fa on par tous les navigateurs Nous avons partir de commentaires conditionnels via une css diff rente pour chaque navigateur dans la page header html r solu le probl me ce qui permettra aux utilisateurs d afficher notre site que ce soit avec Internet Explorer 6 Internet Explorer 7 Firefox 2 0 Mozilla aun 1 2 lt head
44. ses SQL PhpMyAdmin et SQLiteManager 1 4 2 Serveur Apache Apache est le serveur le plus r pandu sur Internet A la base con u pour fonctionner sur les syst mes de type Unix il a t port sur de nombreux syst mes tels que Windows C est un logiciel libre qui permet par exemple de construire et tester un site sur son propre ordinateur sans h bergement ext rieur Installation Il dispose d une interface d administration permettant de g rer les alias dossiers virtuels disponibles sous Apache et le d marrage arr t des serveurs Il permet donc d installer en une seule fois tout le n cessaire au d veloppement local de site PHP La derni re version 1 7 2b int gre Apache 2 2 4 PHP 5 2 3 MySQL 5 0 41 phpMyAdmin 2 10 1 et SQLiteManager 1 2 0 1 4 3 PSPAD Pour diter nos pages HTML php Javascript le choix s est port sur PSPAD qui est un excellent diteur de texte Il est utile pour travailler sur du simple texte mais aussi sur du HTML CSS Javascript php ou autres langages de programmation C Java Python IL poss de de nombreuses fonctionnalit s e Coloration syntaxique y compris m lange HMTL CSS Javascript dans le m me fichier y compris les cha nes multi lignes en Python e Support de nombreux langages HTML CSS Javscript php perl Python C C Java SQL Batch MS Dos Tex VBScript XML assembleur x86 e Int gration des aides contextuelles de diff rents langages e Explorateur de
45. tes les cat gories de dipl me En pratique ce niveau de droit n est pas utilis c est le niveau 1 qui a les m mes pouvoirs qui est utilis La raison est simple si un probl me survient pour le niveau de droit 1 il est toujours possible de r tablir l ordre avec le niveau de droit 0 Aussi si l administrateur de niveau 1 perd ou oublie son mot de passe login il est toujours possible de le retrouver en se connectant avec le compte de niveau 0 et ainsi retrouver le mot de passe login oubli ou bien m me de recr er un compte de niveau 1 Niveau 1 Administrateur du site et Responsable d UFR Ce niveau a les m mes droits que le niveau 0 mais il ne peut pas cr er d utilisateurs de niveau 1 Gestion des utilisateurs L administrateur de niveau 1 peut cr er des utilisateurs de niveau 2 et inf rieur Il peut aussi supprimer ou modifier des informations sur ces m mes comptes Gestion de l annuaire L administrateur de niveau 1 peut ajouter supprimer ou bien modifier des entr es de T annuaire Gestion des fichiers L administrateur de niveau 1 peut ajouter ou supprimer des fichiers dans toutes les cat gories de dipl me Gestion du contenu des pages de dipl mes L administrateur de niveau 1 peut modifier le contenu des pages de dipl me et ceci pour toutes les cat gories de dipl me 29 Concr tement ce niveau est celui qui est utilis par l administrateur du site pour effectuer
46. tock es dans la base de donn es et accessibles dynamiquement gr ce au couplage du langage PHP et MySQL Le site doit tre param trable dynamiquement l aide d une page s curis e qui communique directement avec la base de donn es travers diff rents formulaires remplir Les nouvelles informations sont stock es et visibles imm diatement sur le site Notre mission a donc t de construire toute la base de donn es et de permettre une mise jour facile et rapide du site m me pour un utilisateur lambda Cette m thode de travail confie une importante responsabilit aux stagiaires qui doit choisir les moyens employer et juger la qualit technique du r sultat Nous avons d galement nous d brouiller seuls lorsque des probl mes d ordre technique sont survenus au cours du d veloppement galement pour des r ponses sur le contenu du site Conseil P dagogique de l UFR SVT Pour le d veloppement PHP le bloc notes de Windows tait trop rudimentaire Nous avons opt pour PSPAD qui colore les expressions PHP et reconna t galement la majorit des langages de programmation que nous serions amen s utiliser au cours du stage JavaScript HTML PHP 2 1 Prestations techniques Il est fr quent de rencontrer des pages pr sentant des probl mes d affichage sur un navigateur alors que sur un autre elle s affichera sans probl mes Les causes de ces probl mes sont que lors des d buts d Internet le
47. toutes les taches d administration laissant le niveau 0 comme s curit en cas d erreurs ou probl mes Niveau 6 Secr tariat administratif Ce niveau est d di au secr tariat qui devra r aliser certaines taches de mise jour du site comme la gestion de l annuaire ou de certains fichiers Gestion de l annuaire l utilisateur de niveau 6 peut ajouter supprimer ou bien modifier des entr es de l annuaire Gestion des fichiers L utilisateur de niveau 6 peut ajouter ou supprimer des fichiers dans toutes les cat gories de dipl me Niveau 10 Responsable de dipl me Ce niveau est destin aux diff rents responsables des dipl mes de l UFR SVT Ceux ci ont plusieurs droits tels que la gestion de contenu des pages de fichiers ou bien de d l gation de droits Gestion des Utilisateurs le responsable de dipl me de niveau 10 peut cr er d autres utilisateurs de niveaux 12 ou inf rieurs ceci dans le but de permettre des enseignants de pouvoir ajouter du contenu ou des fichiers la page de dipl me correspondant Il n est possible de cr er des utilisateurs seulement pour sa cat gorie de dipl me et aucune autre Ainsi vous ne pouvez pas cr er d utilisateurs pour un autre dipl me que celui dont vous avez la charge Ce cloisonnement des dipl mes a t mis en place pour viter toutes erreurs de manipulation et aussi pour simplifier le fonctionnement de l administration Gestion des fichiers le
48. vants Gestion des utilisateurs Gestion de l annuaire Gestion du contenu des pages Gestion des fichiers mis disposition en ligne Ces 4 modules sont ind pendants et leur acc s est limit en fonction des droits et des cat gories des utilisateurs Sur toutes les pages il est possible de se d connecter en cliquant sur le bouton jaune figurant en bas de la page Il est aussi possible sur certaines pages de revenir la page pr c dente en cliquant sur la fl che verte qui se trouve elle aussi en bas de la page Figure 17 Boutons permettant de revenir en arri re fl che verte et permettant de se d connecter bouton jaune 34 4 4 1 Gestion des utilisateurs Le premier module est celui qui permet de g rer les comptes des diff rents utilisateurs Ce module est accessibles aux administrateur du site aux responsables d UFR ainsi ou aux responsables de dipl mes amis dans une utilisation plus restreinte En effet les administrateurs et responsables d UFR niveaux de droit O et 1 peuvent g rer les utilisateurs de toutes les cat gories Alors que les responsables de dipl mes ne peuvent g rer les utilisateurs de leur dipl me seulement Les niveaux de droit tant organis s de fa on hi rarchique il est impossible de cr er un utilisateur avec un niveau de droit sup rieur ou gal au sien La page d accueil du module de gestion des utilisateurs se pr sente de la fa on suivante Un simple me
49. ventaire des contenus du site web et de les regrouper par th matique afin de constituer des rubriques D s lors que les principales rubriques ont t identifi es nous avons d termin leur organisation et leur d coupage en sous rubriques La structuration du site se repr sente sous la forme d une arborescence dont la racine est la page d accueil index php FR SVT de la facult de Toulouse Mozilla Firefox wique Marque pages Outils 2 B http ufrsvt ups tlse frffr index php D gt Gz cle 1e UFR SVT Es 2 NC a Universit Paul Sabatier Toulouse III Bienvenue sur le nouveau site de l UFR SVT de l Universit Paul Sabatier Toulouse III L UFR des Sciences de la Vie et de la Terre est une composante de l Universit Paul Sabatier A ce titre elle contribue aux missions du service public de l Enseignement Sup rieur d finies par le code de l ducation en assurant la formation initiale et continue la recherche scientifique et technologique ainsi que la valorisation de ses r sultats la diffusion de la culture et l information scientifique et technique la formation la recherche par la recherche la coop ration internationale Les composantes L UFR des Sciences de la Vie et de la Terre est compos e des services administratifs d quipes de formation de commissions p dagogiques de laboratoires de centres de recherche qui concourent la mise en uvre et la r alisation du p
50. y s par POST et une requ te SQL permet l insertion des donn es de l utilisateur dans la table user L utilisateur rempli les champs et les soumet Passage des variables en POST Envoi d une requ te la base de donn es Retour la page d accueil du module de gestion des utilisateurs L ajout a bien t effectu Figure 19 Sch ma repr sentant la proc dure d ajout d un utilisateur Modification d un utilisateur Lorsque l administrateur choisit de modifier un utilisateur il arrive en premier lieu sur une page comprenant un menu d roulant Ce menu d roulant contient la liste des utilisateurs qu il peut modifier Il suffit de s lectionner l utilisateur modifier et la page suivante affichera les informations disponibles concernant l utilisateur s lectionn Ces informations sont affich es dans des champs modifiables il suffit de modifier les informations voulues et de valider Les donn es sont alors pass es via la m thode POST puis une requ te SQL modifie les donn es nouvellement entr es de l utilisateur dans la table user Ensuite il est renvoy la page d accueil du module de gestion des utilisateurs Suppression d un utilisateur La suppression d un utilisateur d bute de la m me fa on que la modification c est dire par le choix de l utilisateur supprimer dans un menu d roulant Lorsque l utilisateur valide puis confirme son choix alors une requ te S
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