Manuel d`utilisation - La fièvre catarrhale ovine (Bluetongue)
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1. de l ensemble Obsoletus par site et par d partement en juillet 2010 Pour visualiser la dynamique annuelle du taux de parit l chelle d un site ou d un d partement il faut appuyer sur la touche Ctrl et cliquer avec la souris le site ou la zone d int r t 3 2 L abondance En acc s tout public il est possible d afficher par site ou par d partement l abondance des populations de Culicoides regroup s par ensemble d esp ces On peut visualiser l abondance des populations de l ensemble Obsoletus en choisissant dans la partie Analyses par symbole le th me Donn es par ensemble d esp ces en 2010 puis l indicateur Abondance de l Ensemble Obsoletus en 2010 et le mois voulu ici avril Figure 7 L acc s restreint permet d acc der aux informations au niveau de l esp ce FA aioun ea vu France EELEE EE On es z per a PNEU C ELETERE LEE TE ar ii a mena rar FRET es ps fasses hi itunes ist en pi Passe hi te a dm a pa rs 1 Th A l 6 H Te e F LAT Con En a rni Fini FU RE k EST We en PSP PS Eee 25 F2 ete WA e Bi ns 4 m Led m n F 7 D oa Le mt Fo ei RE br Cr i SE HA Ce D P eii de d j i k E UE Fai Satar E H _ nn an 1l kas z Pen eis F ern n me PS S e ati Sa A i gt s l E 2 Hra M De Pr 4 i u T l bam ee bam p Eri i Fe l pama C ociP Oooo ARE G eciiP Figure 9 Abondance de l ensemble Obsoletus par2. En Rennes Baitiaz L Prea Ferrari ON CORAN ToT Brie Hanna gti gen chbm CRI E prur _ Toulouse MAR er nam de La ans Torm de parik 7 Figure 3 Illustration d une s lection multiple d partements du Pyr n es Atlantiques Nord et des Pour visualiser la dynamique annuelle du taux de parit ou de l abondance l chelle d un site ou d un d partement il faut appuyer sur la touche Ctrl et cliquer avec la souris sur l entit site ou d partement Figure 4 Une nouvelle fen tre avec un graphique apparait en haut droite Fosdliaice dr Partie fl 3 z i p E ie EN zj wj J juas G acliP R ELE G ecliP Figure 4 Illustration d une s lection faisant afficher la dynamique temporelle du taux de parit et de l abondance pour l Ensemble Obsoletus d partement de la Ni vre 2 2 Zone 2 la l gende La zone de l gende permet de s lectionner les variables souhait es Figure 5 Les variables sont le taux de parit et l abondance des populations de Culicoides Pour rappel le taux de parit repr sente la proportion de femelles ayant d j pris au moins un repas de sang femelles pares par rapport la population femelle totale collect e Les variables sont disponibles partir de 2007 pour certains d partements et sont mises jour chaque semaine Des ensembles d esp ces ont t pr d finis pour agr ger les donn es Tableau 1 Tableau 1 Les ensembles d esp ces Ens ensemble E
3. Nubeculosus Taux de parit pour l ens Achrayi Taux de parit pour l ens Circumscriptt Taux de parit pour l ens Fagineus Taux de parit pour l ens Festivipennis ondance de Tens Obsoletus v Analyses par symboles Donn es par ensemble d esp ces en 2010 Abondance de l ens Obsoletus x 07 choisissez un indicateur Abondance de l ens Obsoletus Abondance de l ens Imicola Abondance de l ens Pulicaris Abondance de l ens Punctatus Abondance de l ens Nubeculosus J de Lo Abondance de l ensemble Obsoletus 85 101 21 275 source Cirad France 260 897 Abondance de l ens Circumscriptus Abondance de l ens Fagineus Abondance de l ens Festivipennis b l il Bol y Figure 5 Les menus d roulants permettant la s lection des variables 2 3 Zone 3 le zoom Le cadre de navigation Figure 6 permet de naviguer dans la carte de diff rentes mani res soit en modifiant le zoom en faisant glisser le curseur vertical ou en cliquant sur les boutons et du curseur vertical soit en d pla ant le viseur avec la souris et en le redimensionnant partir de ses angles Toute action dans le cadre de navigation a des r percussions sur la carte principale Les onglets suivants sont accessibles depuis le cadre de navigation 7 permet d acc der l aide en ligne PE permet d imprimer des cartes avec une mise en page automatique x permet d
4. lectionn es En haut droite se trouvent les icones suivantes q permet d effectuer un zoom graphique par cliquer glisser de la souris Si permet de se d placer sur la carte par cliquer glisser de la souris g permet de restaurer le cadrage initial de la carte permet de rechercher un territoire partir du nom du d partement ou du code du site de pi geage 4 a permet d effectuer respectivement une s lection circulaire ou rectangulaire avec la souris a A non fonctionnels Par d faut la carte s affiche avec les sites de pi geages Les onglets sites et d partements permettent respectivement de visualiser les informations l chelle du site ou du d partement Le menu d roulant zonage de s lection permet de s lectionner les sites le niveau d partement ou r gion pour g n rer des rapports de synth se Il est possible d effectuer des s lections multiples de sites ou de d partements en appuyant sur la touche Shift et en s lectionnant les entit s avec la souris Figure 3 sur illance de l activit d s populations de culicoides en France EEr PEE FF FE orme sen o j poescte LE Fi li Donn es par ermembis despres en 2011 tes D partements Tama de piri pour l en Chcebus 0 i La Taux d par pour lercembl tesbabue ral EELE kr ETEEN kl a ETET i 7 w bigi al WATT E aii Cure I raiss DW fyrt E maria F GE ari Aharia B o PH LIN ERREUR
5. TAUX DE PARITE sareen 8 9 2 L ABONDANCE 222 nr 2 terne diem den dose du ten dieu 8 4 LE RAPPORT DE SYNTHESE nn nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnmmnnmenmnnenenmnnesenmnnenenmnnenennnnnnnne 9 4 1 COMMENT GENERER UN RAPPORT DE SYNTHESE SUR UNE SELECTION 7 mmmmmmuns 9 4 2 LE CONTENU DU RAPPORT ssssussnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn nnn 10 1 Qu est ce que le module G oclip Le module G oclip est une solution cartographique qui permet d am liorer la pr sentation des informations pour les rendre plus claires et plus attractives Associ a la base de donn es Ocapi ce module permet de 1 visualiser les r sultats d identification des pi geages de Culicoides spatialis s l chelle de la France et 2 d am liorer la pr sentation des r sultats avec la cr ation de cartes et de tableaux de fa on automatique L acc s au module G oclip s effectue depuis la page d accueil de la base de donn es Ocapi http ocapi cirad fr en cliquant sur le lien G oclip pour Ocapi Figure 1 et 2 Il existe deux niveaux d acc s ce module un acc s tout public sans mot de passe et un acc s r serv aux acteurs du r seau prot g par un mot de passe Fi vre catarrhale du mouton CIRAD 2008 Tous droits r serv s SURVEILLANCE 29 J Bienvenue sur Ocapi Observations Campagnes de Pi geage l outil de gestion en ligne des donn es issues de la surveillance entomologique mise en place dans le ca
6. dre la surveillance de la FCO Fi vre Catarrhale Ovine ou bluetongue sur le territoire fran ais Certaines des rubriques ci dessous sont en acc s restreint aux seuls gestionnaires de l information Acc der la gestion en ligne des donn es Afin d acc der la restitution cartographique des r sultats de pi geage cliquez sur le lien ci dessous Geoclip pour Ocapi Pour acc der aux r sultats de vos pi geages s lectionnez le pi ge dans la liste ci dessous et cliquez sur Acc der mes r sultats 01PL1 Acc der mes r sultats Pour des raisons de confidentialit concernant la position des pi ges sur le ferrifoire vis vis notamment des leveurs la carfe propos e jusqu alors n est plus Figure 1 Page d accueil de la base de donn es Ocapi Surveillance de l activit des populations de culico des en France Crit res d ftrag Mots cl s Domalt s Domalh rache Eitezueck ce recherche Ti mes Donn es par eisembk de sp ces ei 2011 7 Meangos Mean dae 12 7 anker ok hdl ateur llque z lel pour ter par Nb ll Y Tan ce parte pour lesembe Oleokts Tani ce parte pour Teisembk m kok Tance parte pour Teisembk PUEATE Tani ce parte pour Teisemble Prici Tani ce parte pour Teemblk Makeci kets Es s ription d l indicateur ET Hoi Moenie di tick par aombe de melks pars ombre talte mel SOUS CIAT SE Erene G EOC LIP_USER Hean q c depareme it hes Figure 2 Page d accueil du module G
7. e quitter l application zone couverte Zooms Navigation zoom 100 Figure 6 Le cadre de navigation 3 Affichage des donn es disponibles 3 1 Le taux de parit En acc s tout public il est possible d afficher par d partement ou par site le taux de parit des populations de Culicoides regroup s par ensemble d esp ces Le taux de parit est le ratio du nombre de femelles pares ayant pondu au moins une fois sur le nombre total de femelles C est une mesure simple de l ge des populations et donc tr s indirectement du risque de transmission puisque les deux sont positivement corr l s On peut visualiser le taux de parit des populations de l ensemble Obsoletus en choisissant dans la partie Analyses chloropl thes le th me Donn es par ensemble d esp ces en 2010 puis l indicateur Taux de parit de l ensemble Obsoletus et le mois voulu ici juillet Figure 6 L acc s restreint permet d acc der aux informations au niveau de l esp ce t azs L al E f Timm y amp e Eu va e An i i ram i CA C MTS ii C1 4 Tit S i Te a NES es mr b im e L L r ka O im a fy a T a k terme re Eu C1 L i 3 ea a a p L a a b a ka j ta a Tre armie me Bees s L ps ra 5 3 z a sh epa PET isai 7 C t LE a bg BD s h t z B o awa a G OciP SESA T l uax G acliP Figure 6 Taux de parit
8. l activit des Culicoides vecteurs a du virus de la fi vre catarrhale ovine Manuel technique Module G oclip de la base de donn es Ocapi Observations Campagnes de Pi geages i EID M DITERRAN E lt OP RATEUR PUBLIC EN ZONES HUMIDES contacts Thomas Balenghien thomas balenghien cirad fr Claire Garros claire garros cirad fr version mise Jour octobre 2011 Note pr liminaire Ce document est un tutorial d utilisation du module Geoclip pour la repr sentation cartographique interactive des donn es de la surveillance de l activit des Culicoides en France base Ocapi Les cartes pr sent es dans le document sont donn es titre illustratif et ne sont pas les donn es r ellement collect es par le r seau de surveillance NOTE PR LIMINAIRE 22552 222bu2 262 aus cunbe nan Guta aie bente Gone scan due une cos entente sed een min nnn nue 2 1 QU EST CE QUE LE MODULE GEOCLIP 9 nn nnnnnnnnnnnnnnnnnmnneemmnmenenmnnenenmnnennne 3 2 FONCTIONS GENERALES nn nnnnnnnnnnnnennnnnnnnnnmnnenenmnmenenmnnenenmnnenmnnenmnnenenennenennnne 4 2 1 ZONE 1 LA CARTE PRINCIPALE mnemenmnnnnmnnnnnnmnnnnnnmnnnnenmnnnnnnnnnennnnenenmnnenenmnnenennnue 4 22 ZONE 2 EAEEGENDE 2 2 ee nee seu i ne ess ces ec 6 2 3 ZONE 3 LE ZOOM mmmmmmmmmmmnmnmmnmnmmmnnmnnnmmnnnmnn mn name nn nn nn n nn ennnnenmenennen en ennnnennenennene 7 3 AFFICHAGE DES DONNEES DISPONIBLES nnnnnnennnnnnennnnnnenenmnsenenmnnnnennnne 8 3 15 LE
9. les et femelles captur s pour chaque mois de l ann e pour la s lection le nombre d individus Culicoides moyen males et femelles captur s pour les pi ges de la s lection pour chaque mois de l ann e le pourcentage d individus par Ensemble pour la s lection ou sur la France enti re 10 Le rapport s imprime en cliquant sur l ic ne El vw G 7 HP Portrait de territoire e k r gions Haute Normandie gee xj a g KI T Bilan des captures 2009 7 Nombre de pi geages r Galis s par semaine dans la s amp lection Nombre total d individus captur s par mois Evolution des individus par pi ge et par mois 3000 200 1000 0 ot re o re LL ra a 10 12 source Cirad R partition des individus selon R partition des individus selon les principaux ensembles d espl ces les principaux ensembles d espl ces Section France Ach Soka Circimscriptis Festupern Faye Pulkark mbola Pnctts Nibect bs gs Autres esp s Ach oe ohs Circimscriptis Festipen Fagh t pallark mbola Pnctts Nibect begs Artes espi s Figure 12 Le rapport de synth se 11
10. ns Imicola Ens Obsoletus Ens Pulicaris Ens Nubeculosus Ens Newsteadli C imicola C obsoletus C pulicaris C nubeculosus C newsteadli C scoticus C lupicaris C riethi C punctatus C chiopterus C flavipulicaris C punctipollis C dewulfi C montanus Ens Ens autres Ens Achrayi Ens Fagineus Festivipennis esp ces Ens Circumsciptus C achrayi C fagineus C festivipennis toutes les autres C circumscriptus C fascipennis C subfagineus C clastrieri C salinarius C pallidicornis C paloae C sphagnumensis C picturatus C shaklawensis C subfasciipennis A l chelle du site et du d partement les variables accessibles sont le taux de parit par ensemble d esp ces le taux de parit pour chaque esp ce acc s restreint l abondance par ensemble d esp ces l abondance pour chaque esp ce acc s restreint Analyses choropl thes Analyses choropl thes a Lt z x Donn ble d esp 2010 Donn es par ensemble d esp ces en 2010 v S O ca M Taux de parit pour l ens Obsoletus d 07 bi nz Taux de parit pour l ens Obsoletus s 07 Taux de parit pour l ensemble Obsoletus choisissez un indicateur E 75 100 64 L _50375 49 gt mF i 25 50 19 Taux de parit pour l ens Imicola 0 25 Taux de parit pour l ens Pulicaris N A 108 Es Taux de parit pour l ens Punctatus source Cirad France 72 Taux de parit pour l ens
11. oclip Il est possible d afficher les r sultats en s lectionnant directement sur la page de s lection Figure 2 ou partir de la carte interactive La carte interactive est accessible partir de l ic ne gt Carte gt j Les exemples pr sent s dans ce manuel sont r alis s partir de la carte interactive 2 Fonctions g n rales La page d accueil du module G oclip de la base de donn es Ocapi est constitu e de 3 zones pr sentant chacune des outils sp cifiques Figure 3 Les r sultats des identifications peuvent tre observ s l chelle du d partement ou l chelle du pi ge oa da aj vi ea a 2 si Bi E e pc l re a d esp ces en 2011 des populations de culico des en France Sites D partements Taux de parit pour l ens Obsoletus v Taux de parit pour l ensemble Obsoletus E 75 3558 50 75 11 25 50 7 12 7 25 2 N A 218 source Cirad France 58 Analyses par symboles choisissez un th me choisissez un indicateur zone 2 la l gende zone 3 le zoom zone couverte Zooms Navigation Le Sorties 5 zone 1 la carte principale w Fas G OcliP Figure 3 La page d accueil et les 3 zones 2 1 Zone 1 la carte principale La carte principale est la carte de France sur laquelle s affichent les informations s
12. rad Analyses par symboles choisissez un th me E Paris Y Ch lons i J O d Strasbourg choisissez un indicateur L X e Limoges gt zone couverte Zooms Door s i gY A Nawigation Zoom 100 Infos sur la s lection l mni B a N aJ d partements Allier nom de la zone Taux de parit pour l ens Obsoletus 1 Z a Te Masei ea d EC O3PL1 N A r sultat non dispc rapport d taill J O3PL2 N A r sultat non dispc rapport d taill D gt AY O3PL3 N A r sultat non dispc rapport d taill Ca fl TT N 03PL4 NZA r sultat non dispc rapport d taill 200 km Figure 11 S lection d une zone d tude d partement de l Allier pour le rapport automatique 4 2 Le contenu du rapport Le rapport de synth se pr sente les r sultats par ann e de requ tes pr d finies Figure 12 Le bilan des captures par ann e peut se changer dans le menu d roulant en haut droite Les r sultats pr sent s sont le nombre de pi geages r alis s par semaine dans la s lection L axe des abscisses repr sente les semaines de pi geages et l axe des ordonn es le nombre de pi geage total effectu dans la s lection Dans notre exemple Figure 12 le maximum de pi geage par semaine est de 4 car la r gion Haute Normandie comprend 4 pi ges r partis dans les 2 d partements le nombre d individus Culicoides total ma
13. site et par d partement en avril 2010 Pour visualiser la dynamique annuelle de l abondance d un site ou d un d partement il faut appuyer sur la touche Ctrl et cliquer avec la souris le site ou la zone d int r t 4 Le rapport de synthese 4 1 Comment g n rer un rapport de synth se sur une s lection Le module G oclip r alise des rapports de synth se automatis s sur une s lection un ou plusieurs sites un d partement une r gion administrative ou g ographique Pour g n rer le rapport il faut s lectionner le niveau g ographique de l analyse site s d partement r gion Figure 11 cadre rouge puis la zone d tude Une fen tre apparait alors en bas droite Figure 11 cadre vert r sumant la s lection En cliquant sur le bouton F Figure 11 cadre bleu une nouvelle fen tre s ouvre pr sentant le rapport de synth se Figure 12 cfumr15S tools cirad fr geoclip_ocapi carto php amp lang fr amp typind C amp nivgeos sites dep amp curIdDom 08 amp curCodeDom DS amp curCodeTheme piegeagegr20108 amp curCodelnd txparite_obsoletus amp curserie 12 HDI CODE PET L EP ee populations de culico des en France Sites DAGpartements Taux de part pour l ens Obsoletus v 12 C k 4 Taux de parit pour l ensemble Obsoletus n A 7 Liley E 7s 0 lt EN 50375 73 i 25 50 k 0 25 hi In EN N A 246 V ANa 0 4 D OR source Ci
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