Histolab 5.0
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1. On y indique une taille mini et ou maxi pour les objets d tect s Les effets de la s quence sur l image peuvent tre visualis s en positionnant le commutateur situ droite sur Phase ou Contours Application d une mire permanente Une mire permanente est un ensemble de contours qui restent affich s en permanence Ces contours doivent tre d finis dans une structure d clar e de type Mire permanente R glages de la d tection x R f rence Trac manuel Mire permanente D tection automatique Ces contours servent de zone de r f rence aux mesures prises dans d autres structures si la zone de mesure d finie dans la fen tre de Nouvelle tude correspond cette mire Les contours de la mires sont cr s l aide des outils de trac s leur utilisation est d taill e au chapitre 4 Ils ne sont pas effac s quand on commence une nouvelle tude pour les effacer utiliser l article Effacer les mires permanentes du menu Mesure Ils sont restaur s au d marrage du logiciel D finition de l exploration Lorsque le syst me est quip d une platine motoris e l analyse de l chantillon est enti rement automatique Il faut alors d finir la forme et la taille de cet chantillon On utilise pour cela le cadre sup rieur de la bo te de dialogue ci dessous article D finir l exploration du menu Mesure Histo2. Lumi re 85 Objets v Ep Endocrine v Fibre I Lignes v D Hop Es Ponts 9 endocrine El Ajouter Tr yy Supprimer Informations R f rence Lame Pb 257 Op rateur CL Notes Coloration P1710 Analyse de l chantillon Choisir les champs manuellement Suivre les positions des platines Suivre une exploration pr d finie Annuler la r solution de 50 E M Conserver les images mesur es Les structures servent regrouper les mesures de fa on coh rente notamment pour les calculs statistiques Histolab manuel d utilisation page 15 44 Le nom de chaque structure est indiqu dans la colonne de gauche On peut le modifier apr s lavoir s lectionn partiellement ou totalement Chaque structure regroupera un certain nombre de figures dont le type d termine les mesures prises Ceci se choisit par le menu local situ au centre de la liste qui propose e des points destin s effectuer des d nombrements l 29 id 2 N 2 e des lignes destin es a mesurer des longueurs ou des paisseurs e des objets destin s effectuer des mesures g om triques individuelles sur des contours ferm s longueur largeur diam tre quivalent p rim tre surface et intensit lumineuse e des surfaces destin es prendre des mesures globales Toutes les figures peuvent tre trac es manuellement To
3. tude choix des structures et outils de mesures le menu R sultats concerne les documents pr sent s dans les pages Tableau R sultats et Rapport On y trouve l acc s des bo tes de dialogue pour d finir le contenu de ces documents et des articles permettant d afficher certains d entre eux dans des fen tres toujours visibles Histolab manuel d utilisation page 7 44 e le menu Presentation contient diverses options plus g n rales personnalisation de l environnement et options de trac s des mesures e menu informations sur le logiciel Histolab et modes de fonctionnement s curis s Les fonctionnalit s propos es par ces menus sont d crites en d tail dans le Manuel de r f rence La barre d outils La barre d outils offre un acc s rapide a certaines fonctions et informations utilis es fr quemment 00000 90000900 0222 06 AT TEE T8 6 La barre d outils d Histolab 1 Fonctions vid o d usage courant de gauche droite Acquisition Figer l image Contraste automatique Int gration d images 2 Activation d sactivation du suivi des positions lorsque le syst me est quip d une platine de d placement index e ou motoris e 3 Nom de la structure en cours de mesure C est un menu local un clic fait appara tre la liste des structures d finies et permet de changer de structure 4 R
4. Contours de la liste des Outils du menu Mesure Ensuite parcourir l chantillon et pointer autant de points que n cessaire pour d crire le bord de coupe avec la pr cision d sir e Cependant plus le nombre de points du profil trac est important plus longue sera l analyse de chaque champ un test d inclusion de chaque mesure l int rieur du profil tant r alis Repositionnement d un chantillon Pour replacer un chantillon sous une zone de r f rence afficher la vue d ensemble s lectionner la page Exploration ou afficher la palette en pressant la touche lt F12 gt ou par le menu Resultats Vue d ensemble Vue d ensemble Rep rer un d tail caract ristique du trac d placer la coupe jusqu ce que le d tail soit dans le champ vid o c est dire jusqu ce que la rectangle blanc symbolisant le champ vid o dans la vue d ensemble et le d tail en question soient superpos s puis refermer la vue d ensemble lt F12 gt afficher la page Vid o et Histolab manuel d utilisation page 26 44 presser ce bouton ou s lectionner l article D brayer les platines du menu Mesure pour ne plus asservir les trac s la position de la platine du microscope puis d placer la platine jusqu ce que le d tail rep r soit superpos au tissu correspondant Presser ce bouton nouveau pour retrouver l asservissement de positions Selection de la
5. rieurement Les r sultats statistiques et comptages peuvent tre export s vers les logiciels de calcul usuels soit dans des fichiers compatibles soit simplement par copier coller Enfin images liste des valeurs et statistiques sont dit es sur imprimante Histolab manuel d utilisation page 5 44 D marrage d Histolab Un raccourci vers Histolab est normalement accessible dans le groupe de programmes Microvision Instruments situ dans le menu Programmes du menu D marrer de Windows La feuille de travail d Histolab La feuille de travail est la fen tre affich e lors du d marrage d Histolab On y trouve les l ments standard de l environnement Windows la barre de titre 1 qui inclut la case de menu syst me gauche et les cases d agrandissement et de r duction de la fen tre droite la barre de menus 2 donne acc s toutes les fonctions du logiciel Lorsque la feuille n occupe pas tout l cran elle peut tre d plac e en cliquant dans la barre de titre ou d form e en cliquant dans son cadre La barre d outils 3 contient quelques boutons pour acc der rapidement aux fonctions les plus utilis es du logiciel A gauche de la feuille des onglets 4 permettent d afficher soit l image vid o soit diff rents documents repr sentatifs du travail en cours une cartographie ou un historique des champs mesur s le tableau des mesures une repr sentation graphique et des
6. 00 0 01 0 0000 64 71 PTE re 0 00 0 01 0 0000 17 25 lehed t s UN 0 00 0 01 0 0000 8 63 A RG DER 0 00 0 01 0 0000 5 24 e A ir 0 00 0 01 0 0000 7 06 Jade M TAS am 0 03 0 03 0 0002 34 06 mire SE corse 0 01 0 04 0 0001 60 59 ETETE A A 0 01 0 02 0 0000 3 41 ule Op Sn Cor 0 00 0 01 0 0000 56 86 AAG hea i le 08633 yendacine ena A 0 0258 5 0 0000 0 0002 MEA a 0 01 0 02 0 0000 10 9 pimibre t ss pas 0 01 0 02 0 0000 24 44 s Lumi re SUE IDEEKS een 0 00 0 01 0 0000 694 4 E ala 0 01 0 03 0 0000 61 96 AE La O a ere 0 00 om 0 0000 67 45 PS 18 I eee o AO SE E 0 5157 IT 0 0613 13 0 0000 0 0003 TES s O le 0 01 0 03 0 0000 76 06 EPA AO 0 00 0 01 0 0000 63 10 timere 4590 15455 0 00 0 01 0 0000 63 82 A o la 0 00 0 01 0 0000 67 45 AADA TT 0 01 0 03 0 0000 63 92 o eales E 0 00 0 01 0 0000 65 49 a Lumi re 59 138 0 01 0 02 0 0000 70 53 mi re 59 140 0 00 0 01 0 0000 56 47 De Conan it R sultats Bla la le lee lee lulu les lo lo lc Nikon F400 10 ji Lame 81 4 02 i QT A A 2 me 4 1210172004 1008 Histolab manuel d utilisation page 33 44 Organisation du tableau Chaque objet occupe une ligne et est d crit par le num ro du champ d analyse le nom de la structure laquelle il appartient puis par le r sultat des mesures prises Choix des mesures affich es Les mesures affich es peuvent tre choisies en pressant ce bouton ou par l article correspondant du menu
7. D finition d une macro Choix de la s paration R glage du crit re Application d une mire permanente D finition de l exploration Enregistrement d une tude Mod les et fichiers enregistr s 4 Analyse d une lame Pr visualisation de la lame avec une platine motoris e Trac d une zone de r f rence Repositionnement d un chantillon S lection de la structure Histolab manuel d utilisation page 3 44 Sommaire Utilisation des outils de mesure La mesure d intensit Contr le des mesures Correction des erreurs Valider un champ mesur Mesure automatique de l chantillon avec une platine motoris e 5 Vue d ensemble de la coupe Exportation 6 Tableau des mesures Organisation du tableau Choix des mesures affich es Regroupement des objets Intensit exprim e Exportation 7 Statistiques et repr sentation graphique Les statistiques La table de comptage L histogramme d une mesure Exportation 8 Mise en page et impression du rapport Exportation au format PDF 9 Modes de fonctionnement s curis s Histolab manuel d utilisation page 4 44 1 Vue d ensemble d Histolab Histolab a t con u pour prendre plusieurs types de mesures sur des tissus histologiques tr s vari s Il propose pour cela de riches fonctionnalit s de traitement d image et de nombreux outils de mesure interactifs et puissants Un grand soin a t apport la simplicit et au confort d utilisation ai
8. R sultats Choix des mesures Abscisse Ordonn e Longueur E 0 00 Largeur O Diam tre E SSI P rim tre e 0 00 Y mm s Aaa Surface EJ 0 0000 mire A Absorption CO Nombre d objets contenus Ex L E Surface movenne des objets contenus Surface totale des objets contenus Annuler Absorption moyenne des objets contenus Choix des mesures affich es C est galement dans cette fen tre que l on peut choisir la pr cision d une mesure en cliquant sur le menu d roulant correspondant celle ci Pour les structures servant de zone de mesures une ou d autres structures il peut tre int ressant d afficher des informations suppl mentaires relatives aux objets contenus Histolab a pr vu d indiquer le nombre la surface moyenne la surface totale et l intensit moyenne des objets contenus R ciproquement il est possible de retrouver le contenant d un objet du tableau par son num ro affich dans les cellules de l gende du tableau Pour cela il faut que l article correspondant de la fen tre L gendes affich es accessible via le menu R sultats soit coch L gendes affich es am 2 FF Champ M Structure a t a ce _ Canterai a ue EEAS ao EE Choix des l gendes affich es Histolab manuel d utilisation page 34 44 Regroupement des objets Histolab a pr vu deux modes de regroupement des objets trac s ou d tect s Selon l art
9. appliquer d un bout l autre de l chantillon Dans le cas contraire l analyse est semi Histolab manuel d utilisation page 10 44 automatique apr s avoir positionn la platine du microscope de mani re ce que la zone d int r t soit affich e dans l image vid o l op rateur doit s lectionner la structure qu il veut analyser puis un outil de mesure Le chapitre 4 est consacr la prise des mesures tant par les outils de trac manuels que par les outils de mesure automatiques Le chapitre 5 pr sente la page Exploration o s affiche la cartographie de la coupe ou l historique des mesures effectu es Exploitation des r sultats Cette tape finale consiste d finir la pr sentation des tableaux et graphiques propos s ainsi que la mise en page du rapport de mesure Ces fonctions sont d crites aux chapitres 6 8 Protection des r glages Les r glages effectu s lors des deux premi res tapes sont fondamentaux et d terminent la validit des r sultats des mesures ll est possible de restreindre l acc s a ces r glages en pla ant le logiciel dans un mode de fonctionnement s curis Les modes s curis s sont d crits au chapitre 9 Histolab manuel d utilisation page 11 44 2 Preparation de l appareil Acquisition de l image La premi re tape consiste acqu rir l image du champ mesurer Elle est stock e dans la m moire d image et une partie est affich e d
10. chaque outil est symbolis par un bouton Celui de l outil s lectionn parait enfonc il peut arriver en debut d tude qu aucun bouton ne soit enfonc La plupart des outils s utilisent avec la souris en proc dant une s quence d actions du type lt presser gt lt d placer gt lt rel cher gt chaque action servant relever un point particulier soit de la zone s lectionn e dans l image vid o soit de la figure trac e Aucune diff renciation n est faite entre les boutons de la souris Aucune touche sp ciale du clavier n est utilis e une exception pr s les touches lt Maj gt lt F5 gt pour une analyse automatique de tout le champ video et la touche lt F5 gt pour une d tection automatique d une structure dans tout le champ vid o L utilisation de chaque outil est pr sent e ci dessous Les mesures que l outil sait prendre sont rappel es Double filet papillons raccourci lt F5 gt mesure automatique du champ vid o Histolab manuel d utilisation page 27 44 e Mesures prises coordonn es longueur largeur diam tre quivalent p rim tre surface e Principe applique successivement au champ vid o les r glages d finis pour chacune des structures d tect es automatiquement Filet papillons mesure automatique de la structure s lectionn e champ vid o e Mesures prises coordonn es longueur largeur diam tre quivalent p rim tre surface e Prin
11. fa ons suivant le choix effectu dans la bo te qui s affiche par l article Intensit exprim e du menu R sultats Intensit exprim e Y Intensit absolue E E d absorption lumi re blanche 8 Taus d mission hoc L intensite absolue est une valeur entre O et 255 correspondant la valeur moyenne des niveaux de gris d un objet Pour une image provenant d un chantillon clair en lumi re blanche clairage en transmission il peut tre plus int ressant d exprimer le taux d absorption de lumi re de chacun des objets d tect s par exemple pour analyser l intensit d un marquage par le BRDU sur une coupe histologique Avant les mesures il faut dans ce cas indiquer au syst me une r f rence lumineuse correspondant 100 de lumi re transmise soit 0 d absorption Pour cela s lectionner l article l article Mesurer l intensit du fond du menu Mesure et presser dans une zone de l image o toute la lumi re est transmise En fluorescence la source lumineuse sert exciter des marqueurs fluorescents dans des longueurs d ondes sp cifiques C est alors le taux d mission de chacun des objets fluorescents par rapport l intensit du fond sombre qui est caract ristique de l intensit du marquage Avant les mesures il faut dans ce cas indiquer au syst me une r f rence lumineuse correspondant 0 de lumi re mise Pour cela s lectionner l article l ar
12. ne d tecte pas compl tement des objets Le filtrage peut tre soit un simple lissage des contours des objets d tect s soit une s quence de traitements personnalis s ventuellement une s paration des objets d tect s souvent utile pour les points parfois pour les objets l application d un crit re sur les valeurs mesur es tape facultative galement utile pour les objets Histolab manuel d utilisation page 17 44 R glage du seuillage fixe pour une image couleur Il se r gle avec la bo te de dialogue suivante Seuillage couleur see E TE R glage des niveaux de seuil pour une image couleur Cette fen tre pr sente trois histogrammes superpos s et les seuils associ s e un histogramme en couleur des teintes pr sentes dans l image deux seuils d finissent quelles teintes seront recherch es dans l arc en ciel e un histogramme gris de la saturation des couleurs de l image deux seuils d finissent si les couleurs recherch es sont plut t ternes gauche ou vives droite e un histogramme noir de l intensit lumineuse de l image deux seuils d finissent si les couleurs recherch es sont plut t sombres gauche ou claires droite Lors d une analyse automatique du champ vid o lt F5 gt les points de l image consid r s sont ceux dont chacune des composantes teinte saturation et intensit se trouve l int rieur de la plage d finie
13. tre du menu R sultats ou son raccourci clavier la touche lt F12 gt Yue d ensemble Affichage de la vue d ensemble dans une palette Exportation e Transformation de la vue d ensemble en une image unique activer l outil Encadrer du menu Edition puis encadrer la zone voulue L option Copier permet de transf rer la partie encadr e vers un autre logiciel e Enregistrement individuel des images mesur es dans le menu Fichier utiliser option Exporter puis le sous menu Images mesur es Histolab manuel d utilisation page 32 44 6 Tableau des mesures Pendant l analyse des champs Histolab construit une table regroupant les valeurs mesur es Le tableau s affiche en s lectionnant l onglet correspondant x 1 listolab Fichier Edition Image Mesure R sultats Pr sentation 7 Surfmoy de Surftot de Lumi re Lumi re mm7 mm7 Longueur P rim tre Surface Absorption Nombre de SrUCIUTE Contenant MWUMETO mm mm mm 36 res re Ta Me 0 1656 JUMALAD taa s haie 0 7546 1 0 0000 0 0000 Lumi re PATES 0 00 0 01 00000 745 tire et 06253 Endocrine O T 07742 16 0 0000 0 0008 time ne 2 DEEE 0 02 0 05 0 0002 70 47 imere o E Ts 0 00 0 01 0 0000 85 49 A A Te Ar 0 01 0 03 0 0000 73 07 AO a E 0 01 0 02 0 0000 60 24 Pumara e OS EEE manie 0 00 0 0 0 0000 63 53 yd ARAS PELLE 0 02 005 0 0001 44 58 kumera a a 0 01 0 07 0 0000 3 80 AE O e ae 0
14. 71 Champ 4 Somme 97 2372 Champ 3 Fibre aleur moyenne 1 7674 Champ 8 Ecarttype 11652 Champ Y Intervalle de confiance 03079 Champ Longueur P rim tre Surface Absorption STR 3 mer mimi mm 5 amp 10 Nombre de valsurs 55 Champ 11 Valeur minimale 0 0054 Champ 12 Valeur maximale 4 7360 Champ 13 Somme 428144 Champ 14 Yaleu moyenne 0 7784 Champ 15 Valeurs de l histo Histogramme Endocrine Surface Hombre 09000 mm 0 4000 mm 02000 mm 4 2000 mm 1 6000 mm 2 0000 mm 2 4000 mm 2 2000 mm 3 2000 mm 3 8000 mm 4 0000 mm 4 4000 mm 42000 mm Eu R sultats a Surface o mm7 0 0000 1 0000 3 0000 li ami E Y E 1008 Mikon E400 10 Lame 81 4 02 1 CM 21012004 dl Histolab manuel d utilisation page 37 44 Les statistiques La table des statistiques regroupe les mesures effectu es par structure Elle peut rester affich e en permanence si l article Statistiques du sous menu Afficher dans une fen tre du menu R sultats est coch La table de comptage La table de comptage affiche champ par champ les r sultats des d nombrements effectu s pour chaque structure au cours d une tude Des statistiques sur ces d nombrements sont affich s en fin de tableau Cette table est mise jour en permanence au cours de l analys
15. 9 Modes de fonctionnement securises Dans le cadre d une utilisation d Histolab sur des lames de teintes tr s constantes il peut tre int ressant de figer les r glages effectu s pour viter toute modification accidentelle Histolab pr voit les trois modes de fonctionnement suivants e le mode Administration est le mode de travail normal dans lequel toutes les fonctions du logiciel sont accessibles e le mode Op rations est un mode s curis dans lequel toutes les op rations de routine sont possibles Par contre les r glages ne sont plus accessibles ils restent identiques ceux effectu s en mode Administration e le mode Supervision est un mode s curis dans lequel les r glages restent accessibles mais sont consign s dans un fichier journal Les acc s aux fichiers sont restreints et galement consign s dans le fichier journal Ce mode est d fini par un composant logiciel distinct vendu s par ment S curit active k e Administration E _ Param tres de s curit Op rations Supervision Les modes de fonctionnement pr sent s dans le menu L article Param tres de s curit permet l administrateur de d finir le mode de d marrage du logiciel et de prot ger l acc s au mode Administration par un mot de passe Histolab manuel d utilisation page 44 44
16. Ce nom appara t ensuite dans la barre d outils d Histolab Lors des enregistrements suivants le m me fichier est utilis moins que l on en change explicitement par l article Enregistrer sous Histolab manuel d utilisation page 23 44 Mod les et fichiers enregistr es Il peut tre utile de d finir des mod les d tudes conservant notamment la d finition des structures et les r glages de leur d tection Pour ce faire on enregistre les informations pr par es dans un fichier gr ce l article Enregistrer l tude Pour exploiter ce mod le e ouvrir le fichier avec l article Ouvrir une tude menu Fichier ceci restaure les structures d finies e Saisir les caract ristiques propres la nouvelle tude avec l article correspondant du menu M 99 esure e D finir un nouveau fichier avec l article Enregistrer l tude sous du menu Fichier Remarque les fichiers mod les peuvent tre prot g s de tout remplacement accidentel avec l explorateur de Windows afficher les propri t s du fichier et cocher la case Lecture seule Histolab manuel d utilisation page 24 44 4 Analyse d une lame Les caract ristiques de l tude ont t d finies l talonnage du syst me est v rifi l image de la ou des coupe est correcte l cran tout est pr t pour les mesures Elles sont prises champ par champ puis en principe stru
17. EE EN Objets ie 5 YIDEO FHA E CONTOURS LR 2 pe AST Beldi EM oo Annuler Reglage du seuillage adaptatif Histolab manuel d utilisation page 19 44 On y indique e a teinte g n rale des objets e un param tre de taille qui correspond au rayon en pixel des plus grands objets d tecter e la variation de teinte minimale prendre en compte entre les objets et le fond de l image Comme dans le cas pr c dent le r sultat de l op ration de seuillage appara t si l on clique sur le bouton Phase superposition d un masque aux parties seuill es de l image ou sur le bouton Contours les parties seuill es sont entour es R glage du lissage La bo te de r glage du lissage se pr sente comme suit R glage du lissage e VIDEO Teile d lissage A pase T i T 421 CONTOURS Annuler R glage du lissage Si des petits objets non significatifs parasitent la mesure augmenter le lissage si des l ments distincts d une structure sont assimil s le r duire Le r sultat de l op ration de seuillage appara t si l on clique sur le bouton Phase superposition d un masque aux parties seuill es de l image ou sur le bouton Contours les parties seuill es sont entour es D finition d une macro Une macro est une succession de transformations d image judicieusement agenc es elle se d finit dans la fen tre s
18. France Belgique Belgi Fisher t l 0388671414 t l 056 260 260 Bioblock Scientific fax 03886711 68 fax 056260 270 email infosObioblock fr email belgiumObioblock com Parc d innovation BP 50111 F67403 illkirch cedex www bioblock com www bioblock be Mode d emploi Espa a tfno 9151592 34 fax 91 515 92 35 email ventas bioblock com www es fishersci com MICROVISION Instruments CE 1750 Petite Montagne Sud 8 rue du Forez 91047 Evry France Tel 33 0 1 69 11 15 50 Fax 33 0 1 69 11 15 51 eMail info microvision fr S A au capital de 135 000 euros R C S Corbeil Essonnes B 388 570 046 10 dition Histolab 5 8 janvier 2004 Sommaire 1 Vue d ensemble d Histolab D marrage d Histolab La feuille de travail d Histolab Les menus La barre d outils Les onglets les pages et les documents La barre d tat D roulement d une session de travail Pr paration de l appareil Pr paration de l tude L analyse de la lame Exploitation des r sultats Protection des r glages 2 Pr paration de l appareil Acquisition de l image Acc s au contr leur de platines Etalonnage du syst me R glage de l autofocus 3 Pr paration de l tude D finition de l tude R glage de la d tection des structures D tection automatique R glage du seuillage fixe pour une image couleur R glage du seuillage fixe pour une image monochrome R glage du seuillage adaptatif R glage du lissage
19. Pour extraire une teinte initiale presser sur ce bouton et encadrer la couleur extraire dans l image vid o Histolab calcule alors la valeur moyenne et l cart type de chacune des composantes des points image de la zone d sign e et modul s par la tol rance d finie les seuils bas et haut de d tection Le r sultat de l op ration de seuillage appara t si l on clique sur le bouton Phase superposition d un masque aux parties seuill es de l image ou sur le bouton Contours les parties seuill es sont entour es Si la d tection effectu e n est pas satisfaisante il y a plusieurs fa ons de l ajuster e Sila mesure du champ a rat des l ments de la structure en cours d analyse augmenter la tolerance si des l ments ont t ind ment affect s la structure diminuer la tol rance e Sile r glage n est toujours pas satisfaisant il est possible de modifier individuellement les seuils haut et bas de chacune des composantes en cliquant dans une des barres color es jusqu amener le seuil la valeur souhait e R glage du seuillage fixe pour une image monochrome Il se r gle avec la bo te de dialogue suivante Histolab manuel d utilisation page 18 44 Seuillage monochrome T AT N DED o PHAZE SONTOURE a ERIE R glage des niveaux de seuil pour une image monochrome Cette fen tre pr sente l histogramme des niveaux de gris pr sents d
20. a fa on suivante 66 99 e presser dans la zone de gauche sur la transformation d sir e puis presser le bouton ou double cliquer simplement dans la zone de gauche sur la transformation d sir e la transformation se place en fin de liste e presser sur les boutons marqu s d une fl che pour d placer la transformation vers l emplacement voulu e sila transformation l exige indiquer la taille puis valider par la touche lt Entree gt Les effets de la s quence sur l image peuvent tre visualis s en positionnant le commutateur situ droite sur Phase ou Contours Choix de la s paration La s paration est utile pour les structures o un d nombrement des objets est effectu comptage ou mesure d objet Elle permet dans une certaine mesure de consid rer des objets apparaissant agglom r s comme des objets distincts Trois m thodes automatiques de s paration sont propos es e rapide pour s parer uniquement les gros objets e standard pour s parer les objets de taille moyenne e fine pour s parer des petits objets R glage du crit re Il est possible de conclure la d tection par un tri selon l une des mesures effectu es l aide de la bo te de dialogue suivante Histolab manuel d utilisation page 21 44 M Mesurer les objets sup rieurs Surface a 500 pr MDEG PHASE CONTOURS a l SSSR EE Annuler D Mesurer les objets inf rieurs
21. ail Pr paration de l appareil Lors de cette tape on r gle essentiellement e l acquisition de l image vid o et son cadrage en s aidant des options du menu Image on cherche obtenir l image l cran suffisamment contrast e e l talonnage du syst me op ration qui consiste tablir l quivalence entre une distance r elle et sa longueur apparente l cran La preparation de l appareil est pr sent e au chapitre 2 De nombreux aspects sont d taill s dans le manuel de r f rence l acquisition vid o au chapitre 4 l talonnage au chapitre 5 Pr paration de l tude La preparation de l tude consiste indiquer au logiciel le nombre et le nom des structures a mesurer ainsi que quelques caract ristiques de l chantillon analyser et si le syst me est quip d une platine motoris e la forme et la taille de la zone explorer Ensuite on r gle la d tection de chaque structure c est dire l ensemble des traitements d image qui conduiront l appareil d tecter la structure dans l image vid o Les traitements programm s sont r sum s dans une palette que l on affiche par le menu Mesure Ces op rations sont d crites au chapitre 3 L analyse de la lame L analyse peut tre enti rement automatique si le syst me est quip d une platine motoris e et si la pr paration de la lame est assez homog ne pour que les r glages effectu s puissent s
22. ans l image deux seuils d finissent quelles valeurs seront recherch es Lors d une analyse automatique du champ vid o lt F5 gt les points de l image consid r s sont ceux dont l intensit lumineuse se trouve l int rieur de la plage d finie Pour extraire une plage initiale presser sur ce bouton et encadrer l intensit lumineuse extraire dans l image vid o Histolab calcule alors la valeur moyenne et l cart type de l intensit dans la zone d sign e et modul s par la tol rance d finie les seuils bas et haut de d tection Le r sultat de l op ration de seuillage appara t si l on clique sur le bouton Phase superposition d un masque aux parties seuill es de l image ou sur le bouton Contours les parties seuill es sont entour es Si la d tection effectu e n est pas satisfaisante il y a plusieurs fa ons de l ajuster e Si la mesure du champ a rat des l ments de la structure en cours d analyse augmenter la tolerance si des l ments ont t ind ment affect s la structure diminuer la tol rance e Si le r glage n est toujours pas satisfaisant il est possible de modifier les seuils haut et bas de l chelle des gris en cliquant dans la barre de r glage jusqu amener le seuil la valeur souhait e R glage du seuillage adaptatif Cette m thode se r gle avec la bo te de dialogue suivante Seuillage adaptatif Objets sombres FR
23. ans la feuille de travail a L acquisition temps r el s active par ce bouton ou par l option Nouvelle image Ce bouton applique une am lioration automatique du contraste de limage Il peut tre utile de figer l image par ce bouton ou par l option Figer l image L acquisition par integration est utilis e lorsque l intensit lumineuse est tr s faible limage est acquise par une cam ra sp ciale dite int gration Le r glage de l int gration d image s effectue par l article correspondant du menu Image Lors d une tude l acquisition de l image est r p t e chaque champ analys Les techniques voqu es ici sont d taill es au chapitre 4 du manuel de r f rence Histolab manuel d utilisation page 12 44 Acc s au contr leur de platines Si une platine de d placement index e ou motoris e est install e elle est contr l e par un logiciel ind pendant Les r glages n cessaires ont t effectu s en atelier ou lors de la mise en service de l appareil Ce logiciel peut tre affich via l article Afficher le contr leur de platines du menu le bouton stri en bas et droite du panneau donne acc s son menu et aux r glages mat riels le bouton rouge en bas gauche ferme le panneau inutile lors de l utilisation normale d Histolab Etalonnage du syst me Cette tape est fondamentale car elle conditionne la validit des mesures q
24. cipe applique au champ vid o les r glages d finis dans la bo te de R glage de la d tection pour la structure s lectionn e Baguette magique mesure automatique d une zone du champ vid o e Mesures prises coordonn es longueur largeur diam tre quivalent p rim tre surface intensit lumineuse e Fonctionnement presser a deux extr mit s de la zone d int r t Cette zone est alors automatiquement analys e suivant les r glages d finis E ES Contours libres et polygones e Mesures prises coordonn es longueur largeur diam tre quivalent p rim tre surface e race presser puis d placer la souris autant de fois que n cessaire pour d crire la forme mesurer Double cliquer pour refermer le contour et ainsi signifier la fin de la mesure Le contour est liss par Histolab Y Compteur e Mesures prises coordonn es e Trace presser emplacement du point marquer E ED SD Segment ligne courbe et ligne bris e e Mesures prises coordonn es longueur e Trac presser aux deux extr mit s du segment tracer pour les lignes courbe ou bris e presser autant de points que n cessaire pour d crire la longueur mesurer Histolab manuel d utilisation page 28 44 La mesure d intensit Pour les structures de type objets une mesure suppl mentaire est effectu e l intensit lumineuse de chacun des objets d tect s ou trac s Elle s exprime de diff rentes
25. cture par structure Pr visualisation de la lame avec une platine motoris e Si le syst me est quip d une platine de d placement motoris e il est possible d effectuer une pr visualisation de la lame avant l analyse proprement dite afin de rep rer les zones d int r t dans la vue d ensemble Pour ce faire e e N 2 9 e Choisir un objectif faible grandissement sur le microscope et s lectionner l talonnage correspondant dans la liste des talonnages du menu Mesure puis e Positionner la zone d exploration autour de la coupe de tissu analyser en d pla ant et redimensionnant sa repr sentation dans la page Exploration et e S lectionner l article Acqu rir la pr visualisation du menu Mesure Le syst me construit alors une image de toute la zone d exploration e Revenir l objectif souhait pour l analyse et s lectionner l talonnage correspondant dans la liste Trace d une zone de reference Si lors de la d finition de l tude une structure a t d finie comme zone de reference on souhaite generalement la tracer avant toute autre mesure Selectionner cette structure dans le menu local de la barre d outils ou dans la liste des Structures du menu Mesure D Ceci fait s lectionner l outil de trac libre en pressant le bouton correspondant de la barre Histolab manuel d utilisation page 25 44 d outils ou en s lectionnant l article
26. e d une coupe de tissu Elle peut galement rester affich e en permanence si l article Statistiques du sous menu Afficher dans une fen tre du menu R sultats est coch Table de comptage Champ Objets Compteur Champ 1 Champ 2 Champ 3 Champ 4 Champ 5 Champ 5 Champ 7 Champ 8 Champ 9 Champ 10 Champ 11 Champ 12 Champ 13 Champ 14 Champ 15 Champ 16 Champ 17 Champ 15 Champ 19 Champ 20 Champ 21 Champ 22 Champ 23 Champ 24 Champ 25 Champ 26 Champ 27 Champ 28 Champ 29 Champ 30 Champ 31 Champ 32 gt d el a oa MO gt 01 1 OO ID ON 00JCO YO00MraROoO2 cmomna o a gt adj 64 Total Moyenne Int de confiance L histogramme d une mesure Une mesure particuli re longueur largeur diam tre p rim tre surface ou intensit peut tre analys e individuellement gr ce un histogramme il faut d finir des classes de taille pour la mesure consid r e et choisir quelle structure entre dans cet histogramme Cet histogramme se pr sente sous forme de graphique en barres le nombre d objets dans chaque classe pouvant galement tre affich Histolab manuel d utilisation page 38 44 Histogramme toutes structures lt Valeurs de l histo Nombre Longueur Hm L histogramme de la longueur toutes structures confondues et les valeurs correspondantes Il est possible d afficher la loi normale correspondant la di
27. ectionner des colonnes enti res presser et d placer dans les lignes d en t te Pour s lectionner le tableau entier presser dans le coin sup rieur gauche du tableau e parun fichier au format texte dans le menu Fichier utiliser le sous menu Exporter puis l article Table de mesures REMARQUE IMPORTANTE l exportation ne doit pas tre confondue avec l enregistrement d une tude Un fichier d tude contient les mesures et leur environnement mais ne peut tre lu que par Histolab n fichier export ne contient que les valeurs mais peut tre lu par un autre logiciel Il est toujours pr f rable d enregistrer l tude car on peut ensuite en extraire les valeurs pour les exporter alors que l inverse est impossible Histolab manuel d utilisation page 35 44 Histolab manuel d utilisation page 36 44 7 Statistiques et repr sentation graphique Outre le tableau de mesure pr sent pr c demment Histolab propose quatre documents dans sa page R sultats la table des statistiques la table de comptage un histogramme en barres et les valeurs num riques associ es au graphique kl listolab Fichier Edtion Image Mesure R sutets Presentation 0 O DE Fibre Statistiques Longueur P rim tre Surface Absorption Champ mn men mm 4 Champ 1 Hombre de valeurs 5e Champ 2 aleur minimale 0 0504 Champ 3 aleur maximale 4 58
28. el d utilisation page 31 44 Les trac s correspondants aux mesures effectu es dans chaque champ pour toutes les structures d finies sont repr sent s en r duction le grandissement de la vue d ensemble s affiche dans la barre d tat situ e au bas de la fen tre Les images des champs sont galement affich es si l option Conserver les images des champs mesur s a t activ e au d marrage de l tude Lorsque le syst me est quip d une platine qui transmet sa position au micro ordinateur platine index e ou motoris e l historique est remplac par une cartographie de la coupe Si la platine est motoris e la pr visualisation ventuellement acquise est affich e ici de m me que la zone de l exploration Cette derni re peut tre d plac e et d form e l aide de la souris afin d tre ajust e la zone d int r t sur la coupe de tissu Le champ encadr est le champ actif dont les donn es sont galement affich es dans la page Vid o Pour changer de champ actif utiliser les options Champ pr c dent et Champ suivant du menu Mesure ou presser sur le champ d sir tout en pressant simultan ment les touches lt Majusc gt et lt Ctrl gt du clavier La vue d ensemble peut tre affich e dans une fen tre distincte et ainsi rester visible m me lorsque l on travaille sur les autres pages d Histolab on utilise pour cela l option Afficher dans une fen
29. es statistigues Histolab manuel d utilisation page 40 44 8 Mise en page et impression du rapport La page Rapport pr sente le rapport de mesures exactement tel qu il va tre imprim Fichier Edition Image Mesure R sultats Presentation 2 A 1 do QE Fibre Vv TA 5 10 15 20 25 20 25 40 Histolab Lame 81 4 02 a Histolab Lame 81 4 02 JE Darse mrle ds gis Menu sededques EEE JA at ma 2 rreran 2 2 gt a Fetes cara kara TAn 2 Hi bus ansamblis CET TT Tai HI TAA aH WIMA Hia HFE En pe CATA Polos 53 0 0 Ir 2004 by HERO SION folies ll Za Hool obib 5300 1507 200 by HEROVER roles 11 21012004 1008 50 11 Nikon E400 10 Il HI Lame 51 41 02 1 HE La mise en page de ce document est enti rement personnalisable taille et contenu de l en t te et du pied de page ordre et intitul des documents imprim s On y acc de en Histolab manuel d utilisation page 41 44 R sultats Trois types d en t te sont propos s par le premier onglet pressant ce bouton ou par l article Propri t s du rapport propos par le menu e une en t te standard sans r glage qui inclut automatiquement le nom du logiciel suivi de la r f rence de l tude e une en t te personnalis e dont on peut d finir la hauteur le titre et un logo que l on aura pr alablement plac dans le presse papiers e une en t te
30. glage de la d tection de la structure s lectionn e 5 Passage de champ en champ Avec une platine motoris e tous les boutons sont actifs Les boutons de d placement pilotent la platine le bouton de gauche permet de d finir une position initiale Avec une platine de d placement index e les boutons sont inactifs les changements de champ se font en d pla ant la platine Avec un syst me manuel les boutons de d placement entre les champs sont actifs et permettent d afficher les mesures d j effectu es 6 Mesure d une structure mesure de toutes les structures mesure de l chantillon syst mes motoris s mesure d une structure dans une zone de l image vid o 7 Outils de mesure interactifs de gauche droite s lection d objets comptage trac d un contour trac d un polygone trac d un segment trac d une ligne courbe trac d une ligne bris e Les outils sont valid s selon le type de structure s lectionn e 8 R glage des propri t s des documents affich s mesures affich es dans les tableaux d finition du graphique mise en page du rapport Histolab manuel d utilisation page 8 44 Les onglets les pages et les documents Les onglets situ s gauche de la fen tre permettent d afficher cinq pages repr sentatives de l tude en cours L image vid o temps r el est bien s r la page la plus importante qui permet d observer l chantillon et d y effectuer les mesure
31. icle coch dans le menu R sultats les objets sont regroup s par structure ce qui est pratique pour comparer les mesures de plusieurs objets d une m me structure ou par zone de mesure ce qui est utile pour rapprocher les mesures d un objet de celles de son contenant Intensit exprim e Pour choisir l intensit exprim e afficher la fen tre suivante via le menu Mesure Intensit exprim e I Intensit absolue Taux d absorption lumi re blanche R Annuler E Taus d mission fluorescence Choisir e Intensit absolue pour afficher la valeur moyenne des niveaux de gris d un objet e Taux d absorption pour analyser l intensit d un marquage sur une coupe histologique clair e en transmission lumi re blanche e Taux d mission pour analyser l intensit d un marquage sur une coupe histologique fluorescente Exportation L exportation des r sultats consiste mettre en forme les r sultats obtenus par Histolab pour qu ils soient exploitables par des logiciels ext rieurs en g n ral des tableurs Deux techniques sont propos es e parle presse papiers s lectionner le bloc de cellules Lorsqu il est color s lectionner l option Copier du menu Edition Activer le logiciel de destination et coller emplacement voulu Pour s lectionner des lignes enti res presser et glisser dans les colonnes de l gende Pour s l
32. la d tection du menu Mesure On choisit tout d abord d appliquer ou non une d tection automatique selon que la structure mesurer a une teinte homog ne ou non Histolab manuel d utilisation page 16 44 D tection automatique D tection de Marquage Trac manuel lt D tection automatique Seuillage R glages Fixe couleur Fixe monochrome Adaptatit Filtrage R glages Lissage Macro S paration amp Aucune O Rapide Standard C Fine Crit re R glages Aucun Surface La palette de r glage de la d tection La d tection de structures dans une image se fait en quatre tapes Le seuillage qui extrait de l image la phase mesurer Il existe deux m thodes Le seuillage fixe consiste r gler manuellement les valeurs de teintes caract risant les objets Cette m thode permet une grande pr cision de la d tection mais exige un clairage stable et une preparation des chantillons uniforme ll en existe une version pour les images en couleur une autre pour celles en noir et blanc Le seuillage adaptatif permet de d tecter les objets dans des champs o l clairage n est pas homog ne Il s effectue toujours sur une image convertie en niveaux de gris La d tection prend quelques secondes Le filtrage qui corrige un seuillage imparfait qui laisse des artefacts ou qui
33. lab manuel d utilisation page 22 44 D finition de l exploration Echantillon Rectangulare Longueur j Largeur 42 champs Circulaire Diam tre E Exploration Horizontale 1 Verticale En spirale M Inclure les champs p riph riques PF Parcours al atoire Choisir champs parmi 42 Disposition des champs i Champs jointits Pas horizontal 10 61 mm Annuler Fas vertical 7 333 mm Armar E La zone ainsi d finie peut tre explor e de plusieurs facons diff rentes gr ce aux options des deux autres cadres On peut par exemple d finir une exploration exhaustive de l chantillon cocher les cases Inclure les champs p riph riques et Champs jointifs ou bien pr f rer une analyse plus rapide en d finissant des champs disjoints ou en laissant le systeme choisir des champs de facon al atoire La zone a analyser est repr sent e dans la page Exploration On peut ajuster sa taille et sa position avec la souris Enregistrement d une etude Durant la prise des mesures il est recommand de proc der l enregistrement r gulier des valeurs mesur es On utilise pour cela l article Enregistrer l tude du menu Fichier La premiere fois cet article provoque l affichage de la bo te de dialogue standard de Windows dans laquelle on indique un r pertoire et un nom du fichier qui identifie l tude le suffixe hlb y est automatiquement ajout
34. ler l autofocus R glages de l autofocus Activer l autofocus 5 Pendant l exploration ajuster le focus tous les Lors d un autofocus mesurer le contraste tous les 2 champs 50 pr Essai Annuler Jik o R glage de l autofocus e entrer dans la seconde zone de texte une distance de l ordre de grandeur de la profondeur de champ de l objectif utilis elle d finit le pas de l analyse e presser le bouton Essai le syst me d place l axe de mise au point et effectue une mesure chaque tape ne courbe est trac e en rouge et le syst me se place la position correspondant au maximum de cette courbe e sila courbe est large et aplatie la position correcte risque d tre hors de la zone analys e augmenter le pas de l analyse e sila courbe est trop troite le syst me risque de rater la position correcte diminuer le pas de l analyse Histolab manuel d utilisation page 14 44 3 Preparation de l tude Definition de l tude Lors de cette premi re tape l utilisateur d finit les structures qu il souhaite analyser et documente l tude qui commence r f rence de la coupe nom de l op rateur commentaire Ceci se fait l aide de l article Nouvelle tude du menu Fichier Nouvelle tude Structures a _ Intitul Figures Zone de mesure EN 4 Endocrine ES Surfaces v mj E
35. nsi qu la production de documents directement utilisables annotation des images impression des images et des r sultats archivage sous forme de fichiers exploitables par d autres logiciels Histolab pr voit l accumulation de mesures sur un nombre illimit de champs Il permet d analyser plusieurs types de structures simultan ment Des statistiques concernant chaque type de structure sont propos es en permanence Les mesures propos es sont les suivantes abscisse et ordonn e du centre longueur largeur diam tre p rim tre surface et intensit lumineuse Les r sultats sont tous exprim s en unit s r elles soit dans un tableau complet soit r sum s par des valeurs statistiques Histolab propose l utilisateur une palette d outils de mesure et s adapte ainsi a tout type de coupe histologique Certains outils sont automatiques c est dire qu apr s avoir t r gl s ils mesurent une structure sur tout le ou partie du champ affich dans la fen tre vid o D autres outils sont des outils de trac purs notamment pour effectuer des comptages ou des mesures d paisseurs ou encore dans les cas ou les colorations de la coupe ne sont pas assez homog nes pour tre d tect es sur des crit res de teinte Enfin tout est mis en uvre pour que l utilisateur puisse exploiter les r sultats fournis par Histolab de la fa on la plus souple possible une session de travail peut tre enregistr e et reprise ult
36. s L image vid o et les trac s ventuellement superpos s peut tre enregistr e ou imprim e par les options correspondantes du menu Fichier Une partie de l image peut tre encadr e puis par l option Copier du menu Edition transf r e vers un autre logiciel La page Exploration pr sente un historique des champs mesur s tous les objets trac s sont repr sent s superpos s l image pr sente sous la cam ra au moment de la mesure Lorsque le syst me est quip d une platine de d placement index e ou motoris e l historique est remplac par une cartographie de l chantillon dans laquelle les images et les mesures sont trac es leur position r elle La vue d ensemble historique ou cartographie peut galement tre affich e dans une fen tre distincte et incluse dans le rapport imprim Une partie de la vue d ensemble peut tre encadr e copi e puis transf r e vers un autre logiciel Le Tableau pr sente tous les objets trac s durant l tude un par ligne et pour chacun d eux un certain nombre de mesures choisies par l op rateur Le tableau des mesures peut tre ins r dans le rapport Une partie du tableau peut tre s lectionn e copi e et transf r e vers un tableur La page R sultats permet d afficher quatre documents distincts les valeurs statistiques calcul es dans chaque structure la table de comptage un histogramme de r partition
37. ser ce bouton ou s lectionner l article Valider le champ du menu Mesure pour valider les mesures d j effectu es et proc der l analyse d un nouveau champ D placer ensuite la coupe sur son support jusqu ce que le nouveau champ analyser soit enti rement affich dans l image vid o O Ce bouton permet de revenir sur un champ mesur pr c demment Nota Bene lorsque le microscope est quip d une platine de d placement indexee connect e l ordinateur ces boutons sont d valid s il suffit de d placer la platine pour mesurer un nouveau champ ou revenir sur un champ d j mesur Lorsqu il est quip d une platine de d placement motoris e ces boutons permettent de passer d un champ l autre Mesure automatique de l chantillon avec une platine motoris e D placer l chantillon vers le coin sup rieur gauche du rectangle analyser ou le sommet du cercle et presser ce bouton il d finit la position du premier champ de l exploration Presser ce bouton l exploration automatique commence Histolab manuel d utilisation page 30 44 5 Vue d ensemble de la coupe La vue d ensemble s affiche quand on s lectionne l onglet Exploration Histolab Tableau see k g 1 1 A 1 F fators2004 1010 jf x602 J axwiotecn oxc 390p 25 OSS V Lame 81 4 02 Jl La vue d ensemble pr sente un historique des champs analys s Histolab manu
38. sous forme graphique et en tableau Ces quatre documents peuvent tre individuellement affich s dans une fen tre distincte inclus dans le rapport ou copi s vers un logiciel ext rieur Le Rapport est une reproduction fid le du document susceptible d tre imprim Il suit en permanence les volutions du travail en cours La mise en page du rapport est personnalisable taille et contenu de l en t te et du pied de page intitul et ordre des documents imprim s La barre d etat La barre d etat est situ e tout en bas de la feuille Elle regroupe quelques informations concernant le travail en cours 2049122004 1605 426 Nikon E40040x II Hitachi2 jog H Lame P419 257 III NN e 1 5 6 0 La barre d etat d Histolab Histolab manuel d utilisation page 9 44 1 Date du syst me Heure du syst me Grandissement dans lequel est affich l image vid o ou la vue d ensemble Nom de l talonnage actuellement appliqu Nom du fichier image ventuellement charg NS EN A S R f rence de l chantillon en cours d analyse ou nom du fichier tude dans lequel sont enregistr es les mesures 7 Position du r ticule lorsque l on clique dans une des r gles gradu es Lorsque l on utilise l outil d encadrement la taille de la zone s lectionn e est affich e ici 8 Indicateur d occupation de la m moire du micro ordinateur D roulement d une session de trav
39. stribution de la mesure dans les classes d finies en cochant l option correspondante en bas de cette fen tre D autres options de trac couleur des barres et de la loi normale quadrillage du graphique paisseur de la courbe se choisissent galement sous l histogramme Le choix de la structure celui de la mesure ainsi que les limites des classes de taille se d finissent en cliquant sur ce bouton ou par l article Propri t s de l histogramme du menu Mesure La bo te de dialogue suivante appara t Propri t s de l histogramme i Structures _ Toutes les structures Ti Axe horizontal Longueur Minimum 0 000 mm Auto W Maximum 0 000 mm Auto M Intervalle 0 000 mm Auo W Axe vertical Hombre Minimum fo Auto Masimum jo Auto EGE a SI En cochant les cases Auto il est possible de laisser Histolab ajuster au mieux chacun des param tres Exportation e vers un logiciel de pr sentation par le presse papiers dans la feuille de travail presser sur la barre de titre du document voulu Lorsque le cadre est color s lectionner l option Copier du Histolab manuel d utilisation page 39 44 menu dition Activer le logiciel de destination et coller l emplacement voulu e vers un tableur par un fichier au format texte dans le menu Fichier utiliser le sous menu Exporter puis l article Le comptage ou L
40. structure Il existe trois m thodes de s lection de la structure e Dans le menu Mesure l article Structures mene un sous menu contenant le nom des structures d finies il suffit de s lectionner la structure voulue qui devient coch e e Le nom de la structure actuellement s lectionn e est affich dans la barre d outils Il s agit d un menu d roulant presser dessus fait appara tre les autres structures e Pendant les mesures un moyen plus rapide permet de passer d une structure a la suivante l article Structure suivante du menu Mesure et surtout son raccourci clavier la touche lt F4 gt A chaque structure est associ e une couleur utilis e pour tracer les relev s Cette couleur appara t notamment dans la barre d outil dans le menu d roulant Pour changer la couleur d une structure on utilise l article Couleurs de trac s du menu Pr sentation Utilisation des outils de mesure Selon les types de structures choisis des outils de mesures manuels ou automatiques sont propos s Les outils manuels sont directement utilisables tandis que les outils automatiques doivent avoir t r gl s au moins en d but d analyse d une coupe La s lection d un outil de mesure se fait par l un des moyens suivants e l article Outils du menu Mesure ouvre un sous menu contenant la liste des outils L outil choisi est coch e Si la barre d outils est affich e
41. tableaux statistiques le rapport imprim L image vid o ou le document occupent la plus grande partie de la feuille 5 Ils sont entour s de r gles 6 gradu es en unit s r elles et de barres de d filement 7 actives lorsque le document ou l image sont plus grands que la fen tre Dans le bas de la feuille de travail la barre d tat 8 contient des informations relatives au travail en cours Histolab manuel d utilisation page 6 44 1 m i Mistolab VI Ai N AN N Exploration Tableau La feuille de travail d Histolab Les menus Ils donnent acc s toutes les fonctions d Histolab En voici un bref aper u le menu Fichier est consacr aux tudes d but d une tude et d finition de ses principales caract ristiques enregistrement de l tude exportation et impression des r sultats ll permet galement d archiver de charger ou d imprimer des images le menu Edition propose les fonctions classiques de copier coller qui permettent d changer des images ou des documents entre plusieurs logiciels On y trouve galement l annulation d une action et l acc s au module d annotation des images le menu Image est consacr la gestion de la vid o acquisition m morisation et am lioration des images le menu Mesure regroupe les fonctions utilis es pendant une tude talonnage du syst me caract ristiques de l
42. ticle Mesurer l intensit du fond du menu Mesure et presser dans une zone de l image o rien ne fluoresce Contr le des mesures Les derni res valeurs mesur es peuvent tre affich es dans une petite fen tre superpos e la feuille de travail article R sultats de la mesure du menu R sultats me dm sus une Histolab manuel d utilisation page 29 44 R sultats express Correction des erreurs En cas d erreur lors d un trac ou d une mesure automatique plusieurs rem des existent e Le dernier trac ou la derni re mesure effectu peut tre simplement annul par la fonction correspondante du menu Edition Cet outil permet de s lectionner un trac L article Supprimer du menu Edition supprime le trac s lectionn Si le trac comporte des poign es il est possible de le reprendre en cliquant sur une des poign es et le bouton de la souris restant press l amener jusqu l endroit d sir e Une mesure de la coupe en cours d analyse peut tre effac e en supprimant la ligne correspondante dans le tableau de r sultat Il est recommand de proc der un enregistrement r gulier de l tude en cours Ainsi en cas de fausse manipulation pass e d abord inaper ue et qui ne peut donc plus tre annul e il reste possible de rouvrir ce fichier par l article correspondant du menu Fichier Valider un champ mesur O Pres
43. ui vont tre prises On l utilise plus ou moins fr quemment en fonction du syst me optique e Si l on modifie souvent le syst me optique grandissement d un objectif cam ra dont on modifie la position sur la potence il faut r talonner le syst me chaque modification par l option D finir du sous menu Etalonnage du menu Mesure e Si l on dispose d un syst me optique avec quelques positions pr d finies objectifs du microscope par exemple il suffit d activer la bonne chelle de distance parmi celles propos es par le sous menu Etalonnage du menu Mesure e Enfin si l on utilise un syst me optique fixe on pourra se contenter d une v rification p riodique placer une regle ou un microm tre sous la cam ra et v rifier que ses graduations sont en concordance avec celles d Histolab Pour plus de pr cisions se reporter au chapitre 5 du manuel de r f rence R glage de l autofocus Si les observations sont effectu es avec un microscope et que celui ci est quip d un axe de mise au point motoris syst me motoris trois axes il est possible d effectuer la focalisation automatiquement pendant les analyses Cette op ration n cessite un r glage qui d pend de l objectif choisi L article D finir l autofocus est propos dans le menu Mesure Il affiche la bo te de dialogue ci dessous Histolab manuel d utilisation page 13 44 Pour r g
44. uivante Filtrage d image Fermeture Ouverture Remplissage Ferm g od sique Ouv g od sique Ouw g od sique ESA M Remplizzage RSS E YIDEO Objets du bord E ase a ES EA Suppression 2 bords CONTOURS Suppression 4 bords SE Taille masimum 2 Annuler Ok D finition d une s quence La bo te de dialogue qui appara t propose gauche la liste des transformations qu il est possible Histolab manuel d utilisation page 20 44 d appliquer l image En voici une rapide description e fermeture bouchage des trous avec lissage des contours e ouverture suppression des petits artefacts avec lissage des contours e fermeture g od sique bouchage de trous en pr servant les contours e ouverture g od sique suppression des petits artefacts en pr servant les contours e remplissage remplissage de tous les trous quelle que soit leur taille en pr servant les contours e objets du bord suppression des objets enti rement contenus dans le champ e suppression 2 bords suppression des objets coupant le bord haut ou gauche du champ e suppression 4 bords suppression de tous les objets coupant l un des bords du champ e taille maximum suppression des objets de taille sup rieure au param tre indiqu en pr servant les contours La liste de droite est la s quence form e de quelques unes de ces transformations Pour y inclure une transformation proc der de l
45. utes l exception des lignes peuvent tre acquises automatiquement Seules les structures de type objets peuvent servir de mire Les structures prises peuvent tre restreintes l int rieur d une zone de r f rence l aide du menu local situ droite de la liste en l absence de toute mention les mesures sont prises sur l ensemble du champ vid o Dans le menu local apparaissent les structures qui peuvent tre consid r es comme des zones de r f rences ce sont celles d finies par un contour ferm Les propri t s graphiques des figures trac es couleur style de remplissage des figures ferm es motif des points se d finissent en cliquant sur leur symbole un palette appara t alors montrant les choix disponibles En bas de la fen tre la case Conserver les images mesur es permet d associer l image des champs aux mesures effectu es Ces images sont notamment affich es dans la vue d ensemble Elles sont int gr es au fichier de l tude Remarque conserver les images en plus des mesures dans le fichier de l tude augmente consid rablement la taille de celui ci Afin de limiter cette inflation il peut tre judicieux de diminuer la r solution des images R glage de la d tection des structures Le r glage de la d tection des structures par des outils automatiques est pr sent dans une palette que l on affiche en pressant ce bouton ou par l article R glage de
46. vide pour imprimer le rapport sur du papier pr imprim On ne r gle alors que la hauteur de l espace laisser libre Le pied de page peut inclure la r f rence du logiciel et une num rotation de page ou laisser vide une hauteur donn e pour utiliser du papier pr imprim Propri t s du rapport Miseenpage Documents imprim s En t te Personnalis Hauteur 1 8 cm Titre Rapport de contr lel aa Pied de page Standard Hauteur D finition de l en t te et du pied de page Le second onglet sert d finir le contenu du rapport Propri t s du rapport Documents imprim s ae Ge 71 Infos tude E Caract ristiques de l tude ue d ensemble Coupe Graphique EJ Histogramme Valeurs histo O Comptage Statistiquez EJ Statistiques HMzmE xml Mesures EJ Table de mesures Annuler noter FRE Histolab manuel d utilisation page 42 44 La liste pr sent e permet de choisir les documents inclure au rapport d en fixer l ordre et le titre L impression proprement dite se lance par l article Imprimer le rapport du menu Fichier Exportation au format PDF Si Adobe Distiller est install sur le poste de travail le rapport peut tre export au format PDF ce qui permet de le revoir sur un poste ne disposant pas d Histolab Histolab manuel d utilisation page 43 44
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