GENETIQUE QUANTITATIVE ET SELECTION :
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1. 2001 obtiennent une h ritabilit assez faible 0 10 chez le canard de Barbarie mais qui permet d identifier des familles pr sentant des g nes de viabilit favorables Par ailleurs diff rents travaux ont d j t consacr s l analyse et l am lioration de la long vit de poules lev es en cages collectives Ducrocq et al 2000 et 1 1 2 2 2 R sistance g n tique aux maladies infectieuses Augmenter la r sistance des animaux aux maladies infectieuses a t envisag d s les ann es 30 pour r duire les cons quences des pizooties qui ravageaient alors les troupeaux qu elles soient dues des bact ries des virus Beaumont et al 2003b ou des parasites Pinard Van der Laan et al 2003b Avec les progr s sanitaires ce type d infection est devenu rare et le co t d une s lection sur la r sistance ne se justifie d sormais qu en l absence de vaccin ou de traitement efficace et accept par les consommateurs Tel est en particulier le cas des coccidioses dont la chimio pr vention risque d tre restreinte voire interdite en Europe alors que le co t des vaccins reste tr s lev Des tudes sont en cours Pinard Van der Laan et al 2003a qui devraient permettre d identifier des marqueurs de la r sistance De m me la r sistance au portage de salmonelles pourrait tre utilis e comme moyen de lutte contre les risques de contamination humaine En effet si l on sait vaincre les symp2. tres de coloration de la viande ce qui montre l utilit de la prise en compte de ces caract res en s lection L tude d un croisement diall le entre canard P kin et canard de Barbarie montre galement le r le de la g n tique en particulier sur la couleur et les propri t s m caniques de la viande Larzul et al 2002 Il faut maintenant pr ciser l importance des interactions entre aptitudes g n tiques pour la qualit de la viande et conditions d abattage et tudier le r le dans les esp ces avicoles des g nes analogues ceux impliqu s chez le Porc dans la r gulation de la qualit de la viande r cepteur la ryanodine responsable du syndrome d hypersensibilit au stress et g ne RN r cemment clon par Milan et al 2000 2 2 R sistance aux maladies Les contraintes exp rimentales ainsi que les modalit s d application diff rent grandement selon que l on consid re des maladies d origine infectieuse ou non La s lection appara t comme l une des seules m thodes de lutte efficaces contre les troubles dits plurifactoriels comme les boiteries dont l tiologie reste tr s mal connue mais pour lesquels plusieurs facteurs favorisants ont t identifi s Mais leur fr quence tant peu pr visible leur tude g n tique n cessite l observation d un grand nombre d animaux De plus leur diagnostic est parfois en l absence de l sion sp cifique d licat A l oppos il est possible de repro
3. M 2000 INRA Prod Anim 13 37 45 Ta L J J Rouvier R Poivey J P 1994 Br Poult Sci 35 377 384 Taouis M De Basilio V Mignon Grasteau S Crochet S Bouchot C Bigot K Collin A Picard M 2002 Poult Sci 81 118 121 Tixier Boichard M Douaire M Beaumont C Elsen J M 1997 p 41 48 In 2 mes Journ de la Rech Avic Tours 8 10 Avril ITAVI Paris Tixier Boichard M Bordas A Renand G Bidanel J P 2002 7th World Cong on Livest Prod INRA CIRAD Montpellier Tixier Boichard M Chen C F Heirman T Garcia Lara T Schobert A Gourichon D 2003 In 5 mes Journ de la Rech Avic Tours 26 27 Mars ITAVI Paris Vidal M L Baron F Ahmed A Michel J Gautron J Beaumont C Gautier M Nys Y 2003 In S mes Journ de la Rech Avic Tours 26 27 Mars ITAVI Paris Wang C S Rutledge J J Gianola D 1993 Gen Sel Evol 25 41 62
4. faut aussi souligner que les progr s g n tiques vont de pair avec l volution des m thodes d levage Cette co volution est sans nul doute une des forces de l aviculture qu il convient de pr server R f rences bibliographiques Anang A Mielenz N Sch ler L 2002 Brit Poult Sci 43 384 390 Barbato G F 1992 Poult Sci 71 789 798 Beaumont C 1992 Can J Anim Sci 72 193 201 Beaumont C Protais J Guillot J F Colin P Proux K Millet N Pardon P 1999 Avian Path 28 131 135 Beaumont C Roussot O Marissal Avry N Morm de P 2002 INRA Prod Anim sous presse Beaumont C Protais J Pitel F Lantier F Plisson Petit F Colin P Protais M Le Roy P Leveque G Malo D Elsen J M Milan D Lantier I Neau A Salvat G Vignal A 2003a Poult Sci Accept sous r serve de modifications Beaumont C Dambrine G Chausse A M Flock D 2003b In Poultry Gen Breed and Biotech Muir d Sous presse Berthelot F Beaumont C Mompart F Girard Santosuosso O Pardon P Duchet Suchaux M 1998 Poult Sci 77 797 801 Besb s B Protais M 1995 p 128 130 In l res Jour de la Rech Avic Angers 28 30 Mars ITAVI Paris Besb s B Protais M 1995 p 128 130 In 2 mes Jour de la Rech Avic Tours 8 10 Avril Besb s B Ducrocq V Protais M 2002 7th World Cong on Livest Product Montpellier 19 23 Ao t INRA CIRAD Paris Bess
5. les h ritabilit s de ces deux troubles 0 23 ce qui permet d esp rer une s lection efficace contre les boiteries La faible corr lation g n tique estim e entre varus et valgus sugg re que ces deux types de d formations aient deux origines diff rentes ce qui a remis en cause le mode de s lection qui utilisait comme crit re la note globale pr sence ou absence de pattes tordues La sensibilit aux boiteries des autres esp ces avicoles peut galement tre r duite par s lection son h ritabilit est de 0 30 chez le canard de Barbarie et de 0 28 chez la pintade Chapuis et al 2001 Si ces valeurs permettent d esp rer des r sultats moyen terme le succ s de la s lection est galement conditionn par la valeur des corr lations entre la r sistance aux boiteries et les autres caract res s lectionn s Estimer cette corr lation et l utiliser dans les calculs de s lection facilite l am lioration conjugu e des performances et de la r sistance Le Bihan Duval et al 1997 chez le poulet Chapuis et al 2001 chez le canard de Barbarie Cette approche pourra d ailleurs se g n raliser d autres caract res R duction de la mortalit en levage R duire la mortalit en levage a une vidente justification conomique C est galement un objectif thique En analysant la survie d un animal comme une variable binaire mortalit survie l issue de la p riode d levage Chapuis et al
6. par le niveau moyen du lot consid r Diff rents mod les ont t propos s qui prennent en compte des facteurs d h t rog n it de variance dans les mod les seuils Foulley et Gianola 1996 Jaffrezic et al 1999 A notre connaissance aucune application en aviculture n a encore t publi e ce jour D autres donn es actuellement l tude pr sentent une distribution loign e de la normalit Tel est en particulier le cas des donn es de survie qui pr sentent la particularit d tre censur es soit les animaux meurent pendant la phase d levage soit ils sont encore en vie la fin du cycle Dans ce dernier cas il y a censure puisque l on ne sait pas quelle aurait t leur dur e de vie r elle si l observation avait t poursuivie Une m thode d analyse de telles donn es Ducrocq 1994 est d sormais disponible de m me que le logiciel correspondant Ducrocq et S lkner 1998 ce qui permet d tudier la long vit en particulier dans des conditions d levage prouvantes telles que des cages collectives o s exprime le picage Craig et Muir 1996a et b ce qui pourrait tre un moyen d obtenir des souches mieux adapt es aux conditions de l levage dit alternatif Ducrocq et al 2000 L tude de donn es r p t es au cours de la vie de l animal comme le poids ou la ponte constitue un autre domaine de recherches tr s actives Le but est de mieux utiliser l information
7. type de caract re est influenc par un nombre particuli rement important de facteurs Beaumont et al 2002 De nombreuses questions qui sont r soudre avant d introduire en s lection un nouveau crit re celui ci doit s exprimer de fa on aussi coh rente que possible dans deux environnements tr s diff rents de s lection et de production il doit tre la fois de port e g n rale et susceptible d tre mesur sur de grands effectifs enfin l estimation des corr lations g n tiques entre tout nouveau crit re et les performances zootechniques reste un pr alable toute introduction dans les sch mas de s lection commerciale Si ces questions se posent pour tout crit re de s lection elles sont particuli rement d licates lorsque ce sont des comportements qui sont tudi s Conclusion L ensemble de cette revue montre l ampleur et la diversit des possibilit s offertes par la g n tique avicole Les applications pratiques de ces diff rentes approches d pendront de la demande de la fili re mais aussi des cons quences indirectes en attendre Il est en effet impossible d obtenir un animal id al il faut se contenter de l animal optimal De m me il est sans aucun doute impossible d obtenir des lign es sp cialis es pour chaque type de production ou d levage et l encore il faut trouver un compromis entre le co t de la s lection et les contraintes de la production Mais il
8. valuation g n tique d autres effets al atoires que la seule valeur g n tique additive des candidats la s lection vise le plus souvent prendre en compte des effets maternels ayant ou non une composante g n tique ou encore mieux pr voir l int r t des croisements Ce th me appara t en effet tr s important dans des esp ces principalement exploit es en croisement Plusieurs tudes ont port sur l estimation des param tres de croisement qui permettent de pr voir l int r t de croisements entre souches par exemple pour le poids par Barbato et al 1992 mais beaucoup reste faire en particulier pour les caract res plus r cemment tudi s La s lection en vue du croisement est une approche compl mentaire qui comporte un volet exp rimental Minvielle et al 1999 et de la mod lisation Nombreuses sont en effet les raisons qui poussent le g n ticien estimer la part de variabilit due la dominance une estimation sans biais de l h ritabilit une meilleure pr diction des valeurs g n tiques additives voire l exploitation d une partie de la variance g n tique non additive travers le croisement qui est couramment utilis en aviculture Mais la combinaison des effets g n tiques additifs et non additifs dans une m me valuation g n tique entra ne d importantes difficult s num riques ayant trait la construction et la r solution des quations ce qui explique le peu d a
9. Evol 32 415 427 Larzul C 2002 p 33 36 In 5 Jour de la Rech sur les Palmip Foie Gras Pau 9 10 Octobre ITAVI Paris Larzul C Imbert B Bernardet M D Guy G R mignon H 2002 p 29 32 In 5 Journ es de la Rech sur les Palmip Foie Gras Pau 9 10 Octobre ITAVI Paris Le Bihan Duval E Beaumont C Colleau J J 1996 Gen Sel Evol 28 177 195 Le Bihan Duval E Beaumont C Colleau J J 1997 J of Anim Breed and Genet 114 239 259 Le Bihan Duval E Mignon Grasteau S Millet N Beaumont C 1998 Brit Poult Sci 39 346 353 Le Bihan E Millet N R mignon H 1999 Poult Sci 78 822 826 Le Bihan E Berri C Baeza E Millet N Beaumont C 2001 Poult Sci 80 839 843 Leclercq B Guy G Rudeaux F 1989 Gen Sel Evol 21 69 80 Leterrier C Nys Y 1992 Av Path 21 429 442 L Hospitalier R Bougon M Le Menec M Qu meneur P 1986 Bull Inf St Exp Avic Ploufragan 26 3 14 Manfredi E 2000 INRA Prod Anim Num ro Hors s rie G n tique Mol culaire principes et applications aux populations animales 239 242 Mignon Grasteau S Beaumont C Poivey J P de Rochambeau H 1998 Gen Sel Evol 30 481 491 Mignon Grasteau S Beaumont C 2000 INRA Prod Anim 13 337 348 Mignon Grasteau S Faure J M 2002 INRA Prod Anim sous presse Mignon Grasteau S Muley N Bastianelli D Gomez J Hallouis J M Besnard J Millet N Car
10. GENETIQUE QUANTITATIVE ET SELECTION EVOLUTION DES METHODES ET DES CARACTERES Beaumont Catherine Chapuis Herv INRA Station de Recherches Avicoles 37380 Nouzilly Syndicat des S lectionneurs Avicoles et Aquacoles Fran ais 37380 Nouzilly R sum La g n tique a largement contribu au d veloppement consid rable de la fili re avicole notamment gr ce aux caract ristiques biologiques des esp ces avicoles particuli rement favorables la s lection Les demandes actuelles des consommateurs et des professionnels de la fili re avicole am nent le g n ticien consid rer de nouveaux caract res qualit des produits r sistance aux maladies infectieuses ou non r duction des rejets d effluents bien tre des animaux En parall le les m thodes d analyse progressent vers une meilleure mod lisation des caract res et des effets g n tiques mais aussi vers une int gration des r sultats de g n tique mol culaire L ensemble permet non seulement d introduire en s lection de nouveaux crit res mais aussi de renouveler l tude des caract res d j s lectionn s tels que la croissance ou la ponte Introduction L volution des performances des esp ces avicoles a t consid rable les r sultats enregistr s la Station de Ploufragan montrent que le poids vif 42 jours des poulets de type chair a augment entre 1962 et 1985 de 45 grammes par an en moyenne L Hospitalier et al 1986 ta
11. disponible en int grant aux calculs de s lection l ensemble des mesures l mentaires pes e diff rents ges pour le poids nombre d ufs par semaines pour la ponte Foulley et Robert Grani 2002 Parmi les approches statistiques possibles figure la mod lisation des courbes de croissance voir la revue de Mignon Grasteau et Beaumont 2000 ou de ponte voir par exemple Anang et al 2002 qui permet de prendre en compte la cin tique d volution des performances L tude des s ries de ponte pendant lesquelles la poule pond chaque jour un uf appara t galement comme une approche int ressante d j s lectionn e avec succ s chez la poule Tixier Boichard et al 1995 2003 elle pr sente une h ritabilit sup rieure au taux de ponte Chen et Tixier Boichard 2003 Elle pourrait s appliquer d autres esp ces comme l Oie chez laquelle son tude a d but Brun et al 2002 L ensemble de ces approches pose de nouvelles questions notamment celles de combiner les valeurs g n tiques estim es avec des mod les lin aires caract res de production classiques ou non caract res discrets donn es de survie pour obtenir un index Besbes et al 2002 ont propos une m thode dont les premiers r sultats encourageants doivent encore tre valid s 1 1 2 Vers une mod lisation plus fine des m canismes g n tiques L int gration dans le mod le statistique utilis pour l
12. duire exp rimentalement les maladies infectieuses et donc de ma triser les conditions de mesure mais cela implique de disposer d animaleries prot g es et l ve consid rablement les co ts Comme les animaux infect s ne peuvent plus tre utilis s comme reproducteurs parce que morts ou porteurs du germe la s lection ne pourra se faire que sur collat raux en mesurant les fr res des candidats la s lection Dans ce cas disposer de marqueurs g n tiques de la r sistance am liorerait fortement la rentabilit de la s lection 2 2 1 R sistance troubles plurifactoriels g n tique aux La notion de troubles plurifactoriels regroupe un grand nombre de syndromes tous susceptibles d une am lioration g n tique Nous limiterons notre propos deux types de caract res discrets les boiteries ou censur s la long vit l approche retenue pouvant servir d autres troubles plurifactoriels comme les ascites Sanchez et al 2000 R duction des boiteries Les troubles locomoteurs affectent la quasi totalit des esp ces avicoles Ils sont responsables de graves souffrances pour l animal et occasionnent de lourdes pertes tant directes par r forme des animaux qu indirectes en perturbant la croissance A la suite de la distinction par Leterrier et Nys 1992 des d formations de type varus et valgus des membres inf rieurs du poulet de chair les travaux de Le Bihan Duval et al 1996 ont permis d estimer
13. e soit la demande des consommateurs ou pour tenir compte de la l gislation europ enne la question du bien tre animal est de plus en plus souvent discut e ce qui entra ne galement des questions sur ses relations avec la g n tique voir revues de Mignon Grasteau et Faure 2002et Faure et al 2003 Deux grands types d approches peuvent tre consid r s dans ce domaine Le premier porte sur des aptitudes g n rales tendance la peur motivation sociale dominance qui peuvent modifier un grand nombre de comportements le seconde se focalise sur un type de comportement particuli rement important Am liorer la sociabilit et la sensibilit aux stress pourrait permettre d augmenter les capacit s d adaptation des animaux lesquelles conditionnent la sensibilit au stress En cons quence plusieurs exp riences de s lection ont d j t men es sur des traits g n raux de temp rament la motivation sociale Mills et Faure 1991 et la sensibilit au stress mesur e par le taux de corticost rone apr s un stress social Gross et Siegel 1985 ou thermique Brown et Nestor 1973 l activit en open field Faure et Folmer 1975 ou encore la dur e d immobilit tonique chez la Caille Mills et Faure 1991 Il faut maintenant tirer tous les enseignements notamment mol culaires de ces exp riences et les transposer d autres esp ces avicoles En parall le d autres aptitudes sont tudier comme
14. ei W 1999 Lohmann Information 22 27 31 Bizeray D Leterrier C Constantin P Picard M Faure J M 2000 Appl Anim Behav 68 231 242 Bordas A M rat P 1975 Ann G n S l Anim 7 331 334 Bordas A Tixier Boichard M M rat P 1992 Brit Poult Sci 33 741 754 Brown K I Nestor K E 1973 Poult Sci 52 1948 1954 Brun J M Delaunay I Sellier N Alletru N Rouvier R Tixier Boichard M 2002 p 5 8 In S mes Jour de la Rech sur les Palmip Foie Gras Pau 9 10 Octobre ITAVI Paris Chapuis H 1997 Th se de doctorat de PENSAR Chapuis H Tixier Boichard M Delabrosse Y Ducrocq V 1996 Gen Sel Evol 28 299 317 Chapuis H Beaumont C Faure J M 2000 Sci et Tech Avic 31 5 15 Chapuis H Le Bihan Duval E Maillary L Beaumont C 2001 Sci et Techn Avic 37 11 17 Chapuis H Beaumont C 2002 7th World Cong on Livest Prod Montpellier 19 23 Ao t INRA CIRAD Paris Chapuis H Boulay M Retailleau J P Arnould C Mignon Grasteau S Berri C Coudurier B Faure J M 2003 S mes Jour de la Rech Avic Tours 27 29 Mars ITAVI Paris Chen C F Bordas A Tixier Boichard M 2002 7th World Cong on Livest Product Montpellier 19 23 Ao t INRA CIRAD Paris Chen C F Tixier Boichard M 2003 Poult Sci sous presse Craig J V Muir W M 1996a Poult Sci 75 1145 1155 Craig J V Muir W M 1996b Poult Sci 75 294 302 D
15. et femelles Mignon Grasteau et al 1998 Enfin cet nonc des voies de recherche en g n tique animale ne saurait tre exhaustif sans voquer le consid rable apport potentiel de la biologie mol culaire En effet si les interrogations demeurent nombreuses sur le nombre de g nes r gissant les diff rents caract res et leur effet l existence de g nes effet notable voire tr s important sur certains caract res quantitatifs n est plus d montrer 1 2 Vers une int gration des r sultats de g n tique mol culaire La recherche des g nes contr lant les principales performances a d but chez les volailles comme dans les autres esp ces de rente comme l a montr la pr sentation de synth se faite par Douaire et al 2001 aux derni res Journ es de la Recherche Avicole Ce type de d marche aura des r percussions sur les modes de s lection avicole Plusieurs zones du g nome dites QTL pour Quantitative Trait Loci viennent d tre identifi es dans une d marche de g nomique positionnelle pour leur effet sur diff rents caract res dans cette session seront ainsi pr sent s les r sultats portant sur la composition corporelle Lagarigue et al 2002 et la r sistance aux coccidies Pinard Van der Laan et al 2003a D autres tudes sont en cours notamment en France sur l efficacit alimentaire de la poule pondeuse Tixier Boichard et al 2002 Pitel et al 2001 la croissance en relation avec la
16. go et al 1995 son co t reste lev d o l int r t d une am lioration indirecte travers l acc l ration de la croissance la r duction du niveau d engraissement la modification de la forme de la courbe de croissance mais aussi l augmentation des capacit s de digestion des animaux dont Mignon Grasteau et al 2003 viennent de montrer qu il s agissait d un caract re tr s h ritable au moins dans le cas de poulets nourris avec une forte proportion de bl de mauvaise qualit 2 4 Am lioration des capacit s de reproduction Les capacit s de reproduction des animaux sont n cessairement maintenues par la s lection naturelle Mais la d gradation r guli re des performances de reproduction des souches lourdes pourraient terme renforcer l importance accord e ces crit res ou susciter de nouvelles recherches notamment sur les capacit s de production spermatiques domaine qui reste encore extr mement limit L am lioration de la dur e de p riode fertile pendant laquelle la femelle peut pondre des ufs fertiles apr s une ins mination peut galement permettre d espacer les ins minations Beaumont 1992 Cette d marche appara t particuli rement int ressante dans les esp ces comme le canard o la faible dur e de p riode fertile notamment pour la production de mulards implique des ins minations rapproch es Ta et al 1994 2 5 Am lioration du bien tre animal Que c
17. iques comme la qualit interne de l uf appr ci e par les unit s Haugh ou la r sistance de la coquille sont d j prises en compte dans les sch mas de s lection mais pourraient b n ficier des nouvelles avanc es faites sur la caract risation mol culaire de la coquille Nys et al 2001 Des tudes sont galement en cours sur l aptitude au gavage du mulard Larzul 2002 Mais la plupart des tudes portent sur la qualit des viandes et carcasses En effet le march fran ais du poulet est en pleine mutation si les ventes sous forme de carcasse enti re sont en perte de vitesse les produits labor s connaissent une forte croissance que ce soit pour les produits de type industriel ou pour ceux vendus sous signe de qualit tels que les labels En cons quence apr s la r duction de Pengraissement la qualit des carcasses et en particulier le d veloppement des muscles pectoraux morceaux nobles de la carcasse repr sentent aujourd hui des objectifs prioritaires de la fili re Ces caract res pr sentent des h ritabilit s lev es ce qui montre les fortes possibilit s d am lioration g n tique de ces caract res chez la dinde Chapuis et al 1996 le poulet Le Bihan Duval et al 1998 et l oie Larzul et al 2000 Ces caract res d j s lectionn s dans la tr s grande majorit voire la totalit des souches de type intensif seront sans doute de plus en plus souvent consid r s dans les pr
18. la peur vis vis de l homme chez le canard Faure et al 2002 ou d autres esp ces ou encore l activit locomotrice Bizeray et al 2000 Par ailleurs diff rents travaux ont t men s pour apporter une r ponse sp cifique diff rentes sources de r duction du bien tre Tel est en particulier le cas des recherches men es sur la r sistance aux maladies 2 2 mais aussi de celle visant limiter le comportement de picage des animaux Celui ci tant en partie sous contr le g n tique voir revue de Chapuis et al 2000 la s lection de lign es de poulet moins sensibles au comportement de picage pourrait constituer une solution en r duisant les pertes conomiques li es au ph nom ne sans recourir au d b cquage ou l levage en obscurit tous deux fortement contest s Au moins trois strat gies de s lection sont recens es ce jour l observation directe des animaux Kjaer et al 1997 2001 la s lection en cages collectives d apparent es pour les pondeuses Craig et Muir 1996a et b ou le recours un picom tre qui enregistre le nombre et la force de coups de becs port s un leurre Bessei 1999 Chapuis et al 2003 La diversit des pistes suivies par les chercheurs pour limiter le picage illustre la fois la difficult de la d marche et l int r t qu elle suscite Si la g n tique intervient dans ces caract res son r le n est que tr s partiel puisque ce
19. n a un effet infiniment petit sur le caract re La valeur g n tique des animaux somme de l effet de ces polyg nes a donc une Cinqui mes Journ es de la Recherche Avicole Tours 26 et 27 mars 2003 distribution normale Il en est de m me du caract re ainsi mod lis ou ph notype La quasi normalit des distributions des principaux caract res s lectionn s poids vif en particulier a encourag les th oriciens d velopper des m thodologies statistiques qui exploitent ce mod le Celles ci ont montr leur efficacit et continuent progresser notamment gr ce l augmentation de la puissance des ordinateurs Ainsi les m thodes de Gibbs sampling permettent d affiner encore davantage les calculs et fournissent au g n ticien la distribution des param tres g n tiques estim s permettant ainsi des comparaisons plus rigoureuses Wang et al 1993 Toutefois malgr sa remarquable puissance op rationnelle ce mod le purement additif n est pas totalement satisfaisant notamment lorsque la distribution des caract res tudi s s loigne de la normalit Il importe aussi d am liorer la mod lisation des effets g n tiques 1 1 1 Prise en compte de distributions non normales Sous la pression des consommateurs les pr occupations des diff rentes fili re animales se sont orient es vers des crit res plus qualitatifs r sistance aux maladies coloration performances de couvoir lesquels pr sente
20. ndis que le nombre d ufs pondus en 47 5 semaines est pass de 194 en 1960 284 en 1994 Besb s et Protais 1995 Il est classiquement admis que la s lection expliquerait au moins la moiti de ces gains ce que confirment largement les calculs de Jego et al 1995 sur les poulets de type chair et ceux de Besb s et Protais 1995 sur les pondeuses L efficacit de la s lection avicole doit beaucoup aux caract ristiques biologiques des esp ces avicoles Ainsi l esp rance du progr s g n tique d pend elle de quatre param tres tous favorables en aviculture e l intensit de s lection qui d pend de la pression de s lection pourcentage d animaux retenus par rapport aux nombre d individus mesur s e la pr cision de l valuation g n tique c est dire la pr cision de l estimation de la valeur des individus candidats la s lection e la variabilit du caract re s lectionn qui d termine le gain attendre d une s lection e l intervalle de g n ration En effet la forte prolificit des esp ces avicoles permet la fois d appliquer une pression de s lection satisfaisante et d obtenir des tailles de familles suffisantes une bonne estimation des valeurs g n tiques des candidats la s lection Cette valuation g n tique est d autant plus pr cise que la petite taille des animaux permet de regrouper un grand nombre d individus dans des conditions similaires limitant ainsi les c
21. nt pour la plupart une distribution discr te Dans certains cas l existence de g nes majeurs a t d montr e nanisme couleur ou structure du plumage ce qui permet de proposer des strat gies compl mentaires la s lection quantitative Mais le plus souvent il faut avoir recours la s lection sur des performances dont la distribution pr sente plusieurs cat gories ph notypiques correspondant par exemple une chelle de couleur des pattes ou peut se r duire deux classes pr sence absence de germes mortalit survie Pour ce type de caract res les mod les d analyse classiques sont particuli rement inop rants comme l ont rappel Chapuis et Beaumont 2002 tudier la variabilit g n tique d un caract re binaire en ignorant la nature particuli re de sa distribution conduit des estimateurs fortement biais s L utilisation en s lection de m thodes adapt es aux caract res discrets est d sormais effective notamment pour la sensibilit aux boiteries Le Bihan Duval et al 1996 Chapuis et al 2001 Mais des perfectionnements peuvent tre apport s Les mod les utilis s pour l instant supposent en effet l homog n it des variances ce qui conduit accorder une pond ration excessive aux performances obtenues dans les classes les plus variables Ceci est d autant plus pr judiciable que la grille de notation est arbitraire ce qui est souvent le cas des notes de qualit influenc es
22. oductions de type plus extensif et ventuellement s lectionn s indirectement par une modification g n tique des courbes de croissance Leclercq et al 1989 Mais la principale innovation dans ce domaine viendra sans doute de l importance accord e la qualit de la viande La lourdeur de la mesure de la qualit organoleptique de la viande rend pour Pinstant du moins toute am lioration g n tique directe de ce type de caract re impossible En revanche les tudes sur la qualit technologique de la viande se d veloppent et ce d autant plus que des viandes de mauvaise qualit pr sentant des pertes en eau excessives ou une instabilit de la couleur sont de plus en plus souvent d crites Ces d fauts pourraient notamment r sulter de viandes de type Pale Soft Exsudative PSE Le d terminisme de ce ph notype PSE ainsi que de celui des viandes acides ont fait l objet de nombreux travaux chez le Porc Monin et Sellier 1985 Ceux ci ont montr l importance dans la qualit technologique de la viande de la cin tique de pH Les travaux sur les esp ces avicoles sont par contre tr s r cents Chez le poulet les premi res tudes Le Bihan Duval et al 1999 et 2001 portaient sur la vitesse de chute de pH le niveau de pH ultime la coloration et les pertes en eau de la viande fra che Tous ces caract res pr sentent des h ritabilit s lev es variant de 0 35 0 49 pour le pH et de 0 50 0 57 pour les param
23. onfusions entre effets g n tiques et effets du milieu Enfin le faible intervalle de g n ration permet d encha ner rapidement les g n rations La qualit des dispositifs quasi exp rimentaux mis en place en aviculture a ainsi permis de mener d s les ann es 30 une s lection efficace Mais la s lection avicole a galement largement b n fici des progr s r alis s par la g n tique quantitative branche de la g n tique qui s int resse la transmission des caract res d int r t conomique En particulier l utilisation des m thodes modernes d valuation g n tique et d estimation des param tres g n tiques a permis de gagner en efficacit cette volution se poursuit En parall le le d veloppement consid rable de la g n tique mol culaire annonce une int gration prochaine de certains r sultats dans les sch mas de s lection Mais celle ci suscite de nouvelles questions qui ne pourront tre r solues que par une approche associant ces deux branches de la g n tique Enfin la demande des consommateurs et de la fili re am ne consid rer de nouveaux crit res de s lection 1 Evolution des m thodes 1 1 Evolution des mod les d analyse des caract res Le mod le de base de la g n tique quantitative est le mod le polyg nique infinit simal Celui ci explique la variabilit g n tique d un caract re donn par l action conjointe d une infinit de g nes additifs ou polyg nes dont chacu
24. ouaire M Vignal A Duclos M Dambrine G 2001 p 357 364 In 4 mes Jour de la Rech Avic Nantes 27 29 Mars ITAVI Paris Ducrocq V 1994 J of Dairy Sci 77 855 866 Ducrocq V S lkner J 1998 Manuel d utilisation d un logiciel Ducrocq V Besbes B Protais M 2000 Gen Sel Evol 32 23 40 Faure J M Folmer J C 1975 Ann G n S l Anim 7 123 132 Faure J M Val Laillet D Guy G Bernardet M D Gu men D 2002 p 64 68 5 Jour de la Rech sur les Palmip Foie Gras Pau 9 10 Octobre ITAVI Paris Faure J M Bessei W Jones R B 2003 In Poultry Gen Breed and Biotech Muir d Sous presse Foulley J L Gianola D 1996 Gen Sel Evol 28 249 273 Foulley J L and Robert Grani C 2002 Document de cours 159p Gross W B Siegel P B 1985 Poult Sci 64 2230 2233 Haberfeld A Dunnington E A Siegel P B Hillel J 1996 Poult Sci 75 951 953 Hillel J Verrinder Gibbins A M Etches R J Shaver D McQ 1993 Poult Sci 72 1197 1211 Jaffrezic F Robert Grani C Foulley J L 1999 Gen Sel Evol 31 301 318 J go Y Besb s B Donal J L 1995 p 125 127 In l res Jour de la Rech Avic Angers 28 30 Mars ITAVI Paris Kjaer J B S rensen P 1997 Brit Poult Sci 38 333 341 Kjaer J B Sorensen P Su G 2001 Appl Anim Behav Sci 71 229 239 Larzul C Rouvier R Rousselot Pailley D Guy G 2000 Gen Sel
25. pplications recens es ce jour en particulier dans les esp ces avicoles Dans le cas d une esp ce diffusion mondiale comme le poulet se pose in vitablement la question du choix du milieu de s lection et des ventuelles interactions entre l environnement dans lequel est entretenu le noyau de s lection et le classement des animaux qui le constituent Ainsi les poulets de chair issus d un noyau s lectionn sous nos latitudes temp r es auront ils des performances optimales dans des conditions de chaleur plus intense en r gion tropicale Des tudes r centes indiquent l int r t la fois de g nes majeurs comme le g ne cou nu Chen et al 2002 et du test de nouveaux crit res de s lection Taouis et al 2002 La s lection in situ supposer qu elle soit conomiquement viable aurait elle conduit des choix diff rents Plus proche de nous la s lection en claustration dans des milieux surprot g s que constituent les centres de s lection fournit elle les poulets les mieux adapt s aux conditions d levage L estimation des corr lations g n tiques entre performances r alis es dans les deux milieux ce qui suppose l identification et le suivi g n alogique d un effectif suffisant apporte des l ments de r ponse en vue d une s lection plus efficace Cette approche peut galement s appliquer l tude des possibilit s de modification du dimorphisme sexuel cart de poids entre m le
26. qualit de viande et de carcasse Projet IFAFS coordonn par L Cogburn ou la r sistance au portage de salmonelles Beaumont et al 2003a Les QTL ainsi identifi s peuvent tre int gr s dans les sch mas de s lection soit intra lign e par s lection assist e par marqueurs SAM soit dans des croisements suivis d introgression Tixer Boichard et al 1997 Dans les esp ces avicoles les applications de la SAM seront sans doute limit es il faut en effet avant toute application identifier quel all le du marqueur est associ l all le favorable que l on souhaite s lectionner Cette tape pr alable doit le plus souvent se faire l int rieur de chaque famille ce qui entra ne des co ts lev s Ceux ci ne pourront se justifier que pour des caract res particuli rement difficiles mesurer comme la r sistance aux maladies ne s exprimant que dans un sexe ou tr s tardivement L application sera beaucoup plus ais e d s lors que la mutation causale expliquant le QTL aura t identifi e Ce travail d identification de la mutation causale est g n ralement tr s long les premiers succ s ont t obtenus dans le cas de g nes effets majeurs chez le poulet comme dans d autres esp ces par exemple sur le g ne RN du porc Milan et al 2000 Quel que soit l avancement des connaissances sur le g nome des avanc es notables ont d ores et d j t r alis es dans la mod lisation et le traitemen
27. r B 2003 5 mes Journ es de la Rech Avic Tours 27 29 Mars ITAVI Paris Milan D Jeon J T Looft C Amarger V Robic A Thelander M Rogel Gaillard C Paul S Iannucelli N Rask L Ronne H Lundstr m K Reinsch N Gellin J Kalm E Le Roy P Chardon P Andersson L 2000 Science 288 1248 1251 Mills A Faure J M 1991 J Comp Psych 105 25 38 Minvielle F Monvoisin J L Costa J Frenot A Maeda Y 1999 J of Anim Breed and Gen 116 363 377 Minvielle F Coville J L Krupa A Monvoisin J L Maeda Y Okamoto S 2000 Gen Sel Evol 32 289 302 Monin G Sellier P 1985 Meat Sci 13 49 63 Nys Y Gautron J Mc Kee M D Garcia Ruiz J M Hincke M 2001 World s Poult Sci J 57 Pinard Van der Laan M H Siegel P B Lamont S J 1998 Poult Avian Biol Rev 9 122 141 Pinard Van der Laan M H 2002 Vet Immun and Immunopath 87 199 205 Pinard Van der Laan M H Pitel F Feve K Coville J L Legros H Monvoisin J L Neau A Rep rant J M 2003a In 5 mes Journ de la Rech Avic Tours 26 27 Mars ITAVI Paris Pinard Van der Laan M H Lillehoj H S James J Zhu 2003b In Poultry Genetics Breeding and Biotechnology Muir d Sous presse Pitel F Feve K Vignal A Tixier Boichard M Coville J L Bordas A 2001 397 403 In 4 mes Jour de la Rech Avic Nantes 27 29 Mars ITAVI Paris Sanchez A Plouzeau M Rault P Picard
28. s et niveau de production en relation avec le milieu Pinard Van der Laan et al 1998 Ainsi l exp rience de s lection men e par Pinard Van der Laan 2002 sur la r ponse en anticorps la r ponse cellulaire et les capacit s de phagocytose montre t elle la fois la faisabilit d une am lioration g n tique de ces trois crit res et leur ind pendance Enfin des tudes r centes visent tester les possibilit s d am lioration g n tique d autres m canismes g n raux de r sistance comme les capacit s bact riostatiques de l uf Vidal et al 2003 qui pourraient galement am liorer la s curit sanitaire 2 3 R duction des rejets dans l environnement Les rejets des animaux d levage sont de plus en plus souvent critiqu s Or il est possible de les r duire par s lection Les travaux pr curseurs de Bordas et M rat 1975 ont montr qu il tait possible de s lectionner des lign es de poules pondeuses divergeant pour leur consommation r siduelle fraction de l ing r qui n est expliqu e ni par les besoins d entretien de l organisme ni par ceux de production ponte dans ce cas ce qui rend ce crit re de s lection ind pendant du niveau de performance de l animal Bordas et al 1992 Chez le poulet de type chair c est l indice de consommation qui est consid r Si sa s lection est d j pratiqu e dans certaines souches destin es aux levages intensifs Je
29. t des cas d h r dit mixte mettant en jeu un g ne majeur et des polyg nes voir par exemple Manfredi 2000 Utiliser des marqueurs r partis sur l ensemble du g nome facilite et acc l re galement l introduction apr s croisement d un nouvel all le dans une population dite receveuse Hillel et al 1993 en permettant de rep rer les individus porteurs de l all le favorable et ayant limin les autres zones du g nome donneur Enfin l int r t d un croisement entre deux souches peut tre pr dit par la similarit entre les empreintes g n tiques des animaux de ces deux origines Haberfeld et al 1996 au moins dans le cas de s lection classique Minvielle et al 2000 A plus long terme la g nomique aura d autres cons quences sur la s lection en am liorant la connaissance des m canismes en jeu notamment travers l tude du niveau d expression des g nes g nomique expressionnelle elle permettra d approfondir l tude de la variabilit g n tique et d bouchera sur des crit res de s lection parmi lesquels le niveau d expression de certains g nes A terme de nouveaux g nes seront identifi s ce qui facilitera leur utilisation en s lection et permettra de mieux comprendre les interactions entre g nes 2 Evolution des caract res s lectionn s 2 1 Qualit des produits La qualit des produits est une pr occupation tr s g n rale de la fili re Certaines caract rist
30. t mes de cette maladie il est par contre impossible d liminer cette bact rie d un troupeau commercial en raison de l existence d animaux dits porteurs sains Ceux ci peuvent h berger des salmonelles pendant plusieurs semaines sans exprimer le moindre sympt me Ils repr sentent une des principales difficult s de la lutte contre les salmonelles car ils ne se distinguent de leurs cong n res indemnes qu au prix d analyses approfondies En cons quence s lectionner des animaux sur la r sistance au portage pourrait r duire la fr quence des porteurs et donc les risques de toxi infection alimentaire Des estimations r centes de l h ritabilit de la r sistance au portage d fini comme la persistance de la bact rie plusieurs semaines apr s inoculation ont montr qu il s agissait d un caract re qui pourrait b n ficier d une am lioration g n tique que ce soit chez l adulte Beaumont et al 1999 ou le poussin Berthelot 1998 Toutefois cette s lection appara t comme toute exp rience de ce type d licate appliquer grande chelle d o l int r t de l tude des g nes en cause Beaumont et al 2003 Une autre approche plus g n rale vise s lectionner des lign es divergentes sur leur r ponse immunitaire pour constituer des mod les animaux particuli rement appropri s la recherche des g nes en cause et la compr hension des relations entre capacit immunitaire r sistance aux maladie
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