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Guide de l`utilisateur

1. Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire L gionelles Culture des s cr tions bronchiques aspir es ou LBA D tection antig nique dans l urine S rologie Infections nosocomiales Ent robact riac es Culture des expectorations Pseudomonas aeruginosa s cr tions bronchiques aspir es ou Staphylocoques dor s LBA Candida spp Pneumonie lobaire Pneumocoques Culture des expectorations Haemophilus influenzae s cr tions bronchiques aspir es ou Klebsiella pneumoniae LBA Pneumonie atypique Chlamydia pneumoniae psittaci S rologie Coxiella burnetti fi vre Q S rologie L gionelles Culture des aspirations ou LBA S rologie D tection antig nique dans l urine Mycoplasma pneumoniae S rologie PCR Virus influenza et parainfluenza S rologie Ad novirus Antig ne RSV Virus respiratoire syncytial Pneumonie chez Nocardia spp Culture des expectorations immuno d prim s Candida spp aspirations bronchiques ou LBA inclus SIDA Aspergillus Spp Mycobact ries Culture des expectorations aspirations bronchiques ou LBA examen direct Pneumocystis carinii Coloration au methenamine argent sur LBA Cytom galovirus CMV S rologie Culture partir des s cr tions bronchiques LBA biopsies pulmonaires Pneumonie par Souvent infection mixte Culture des s cr tions bronchiques aspiration Abc s avec ana robies recueillies par brossage prot g pulmonaire B tonnets Gram LBA En particul
2. Onchocerca volvulus oui Pou du canard ou R action immunologique dermatite du baigneur aux larves d une bilharziose vers des canards Gale myase ou puce Identification du Tiques puces poux chique parasite Ectoparasites VI Muscle Biopsie Cysticerques oui Onchocerca volvulus oui Dans les nodules Trichinella spiralis oui Trypanosoma cruzi oui VII Oeil Biopsie grattage Acanthamoeba spp Verre de contact Examen direct et culture AST 55 Site Parasite Mat riel S rologie Remarque pathog ne en gras possible Cysticerques oui Loa loa Filaire retir e oui Toxoplasma gondii oui Par histologie seulement Toxocara canis S rologie oui R action granulomateuse de la r tine VIII Syst me Urine uro g nital Schistosoma oui haematobium Trichomonas vaginalis Frottis vaginal Ur trite chez l homme Frottis ur tral IX Syst me LCR et Biopsie nerveux Acanthamoeba spp AST central Cysticerques oui Echinococcus spp oui Naegleria fowleri AST Toxoplasma gondii oui Par PCR Faire d abord une s rologie dans le sang 9 3 Pr l vements Afin d assurer une bonne prise en charge des chantillons il est tr s important pour le laboratoire de disposer d un maximum d informations cliniques Veuillez dans la mesure du possible indiquer sur le bon de demande d analyse e Des informations cliniques sympt mes tat immunitaire e Toute informati
3. Milieu de transport sp cial Voir 3 5 7 21 Pr l vement Examens de Sur demande Quantit Milieu de Indications routine transport cf particuli re du annexe 2 pr l vement S cr tions Culture a ro Tube st rile VARIANTE Recueillir prostatiques Examen microscopique s par ment 5 10 ml de l urine avant et post massage prostatique voir aussi 3 5 1 Gonocoques Natif pour PCR et Chlamydiae Mycoplasme Tube st rile Voir 3 5 7 3 3 4 Autres pr l vements Pr l vement Examens de Sur demande Quantit Milieu de Indications routine transport cf particuli re du annexe 2 pr l vement Frottis Culture a ro Ecouvillon universel screening Strepto B h mol n onatologie gr B nez gorge Listeria oreille Gonocoques oeil ombilic Examen microscopique Frottis rectal Culture a ro Shigella spp Ecouvillon universel Chez les immuno Candida spp Vibrio spp d prim s description Examen Gonocoques g n rale de la flore microscopique culture VRE Mat riel Culture a ro Mycoses D couper Les pr l vements d autopsie ana Mycobact ries st rilement des doivent Examen Legionella spp morceaux d environ tre faits le plus vite microscopique 2cm de c t dans les organes examiner mettre chaque morceau SEPAREMENT dans un tube st rile possible apr s le d c s Sang cardiaque si poss
4. gt 25 champ 4 3 2 Observation l objectif 100 x Comptage des micro organismes pr sents Germes par champ code 0 champ 0 1 9 champ 10 24 champ gt 25 champ 4 4 Crit res d exclusion des expectorations Les expectorations contamin es par la flore oropharyng e n ont pas de valeur pr dictive d une affection pulmonaire soit parce que g n ralement les cultures ne pr sentent qu une flore soit parce que les pathog nes potentiels sont plut t des colonisateurs de la sph re oropharyng e Afin d tablir un syst me qualit et d viter des analyses co teuses superflues il est recommand de suivre d apr s la coloration de Gram les crit res d exclusion des expectorations suivants valables pour les patients immunocomp tents Leucocytes C pith liales Interpr tation gt refus accept avec remarque lt accept lt t accept lt lt refus e Les expectorations de patients hospitalis s seront exclues selon ces crit res le r sultat du Gram sera communiqu au service et un nouveau pr l vement sera demand e Les expectorations obtenues hors hospitalisation ou de patients au cabinet m dical seront cultiv es tant donn la difficult de r p ter le pr l vement NB Toutefois il est recommand au m decin de nous communiquer si l expectoration doit ou non tre au pr alable consid r e selon les crit res d
5. Cryptococcus neoformans culture et d tection antig nique o agglutination coses S rologie gt gt 1ml dans un tube Pr lever en m me st rile plus si d autres temps du sang pour examens sont l analyse du s rum demand s PCR virus gt 0 5 ml virus R frig rer toxoplasmose gt 2 ml autres mycobact ries Liquide de Culture a ro Mycobact ries 5 10 ml dans un tube ponction ana Examen Mycoses st rile microscopique Actinomyc tes Higo RS N Liquide pleural Liquide gonocoques culture semaines Abc s pus Culture a ro Mycobact ries Mat riel pr lev de Mycoses pr f rence la Actinomyc tes seringue dans un tube st rile Parasites Contacter INM voir 9 2 Culture a ro Mycoses 5 10 ml dans un tube ana st rile pr lever par y compris drain ou sonde jeter salmonelles les premiers ml Examen Parasites Ne pas r frig rer si Microscopique recherche de Giardia Num ration des lamblia ou autres germes parasites microscopique Bile liquide duod nal Voir 9 2 Lait maternel Culture a ro gt 1 ml dans un tube Num ration des st rile germes Helicobacter pylori Ajouter quelques Ne pas laisser plus de 3 gouttes de NaCl 0 9 h temp rature st rile ambiante ou plus de 5h 4 C Biopsie Culture a ro Legionelles Ajouter quelques pulmonaire ana Examen Actinomyc tes gouttes de NaCl 0 9 microscopique st rile Mycobact
6. e cath ters 2 jours R sultat t l phon si e liquides et pus ponctionn s 2 6 jours e h moculture routine 1 3 jours R sultat t l phon si L identification peut parfois prendre plusieurs jours 3 semaines e _h moculture p diatrie 1 3 jours R sultat t l phon si L identification peut parfois prendre plusieurs jours 3 semaines e__h mocultures mycoses 1 30 jours Antifongigramme si levures e urine num ration uricults 1 2 jours Antifongigramme si levures e _expectorations 2 3 jours Antifongigramme si levures e selles 2 3 jours Antifongigramme si levures R sultat t l phon si e __mycoplasmes num ration 2 jours Antifongigramme si levures Culture positive ana 3 12 jours Test de sensibilit sur demande sp ciale e _ Bact riologie g n rale e Clostridium difficile selles o culture 5 jours Analyse R sultat d lai Remarques o toxine 2 heures R sultat t l phon si Champignons identification e levures 1 3 jours apr s isolement e moisissures et dermatophytes 1 jour 4 apr s isolement selon l esp ce et la vitesse de semaines maturation Mycobact ries culture n g 6 12 semaines Rapport interm diaire crit apr s 6 semaines Mycobact ries e culture positive 1 12 R sultat t l phon si e identification pr liminaire 5 jours Diff renciation entre mycobact rie du complexe tuberculosis et autres MOTT e identificatio
7. est pas grande e La PCR est possible mais ne sera pas propos e en premi re intention e La d tection de l antig ne de Legionella pneumophila dans les urines offre une sensibilit et 26 sp cificit assez lev es pour tre reconnue comme gold standard Bien que th oriquement le test ne reconnaisse les antig nes que de tous s rotypes confondus des tudes montrent que sa sensibilit varie de 80 95 selon le s rotype responsable de la leginellose Le test est ex cut une fois par semaine mais peut tre demand en urgence les jours d ouvrables uniquement e La s rologie n cessite 2 prises de sang phase aigu et 3 4 semaines plus tard pour documenter une atteinte Legionella pneumophila des groupes 1 6 pathog nes les plus courants 3 5 4 E coli pathog nes EHEC VTEC ETEC EPEC EIEC Ces d nominations englobent 2 groupes de pathog nes 1 les agents classiques de diarrh es acquises dans les zones tropicales et subtropicales ETEC EPEC EIEC 2 les agents communs dans les zones temp r es EHEC ou VTEC dont le 0157 Alors que pour le premier groupe les m thodes de diagnostic sont restreintes c est le deuxi me groupe qui fera l objet d une recherche plus compl te pour son importance lors d pid mies 0157 ou plus sporadiquement lors d atteintes s v res chez les enfants principalement syndrome ur mique h molytique Sur demande et principalement sur les selles liquid
8. moiti R frig rateur 15 Pr l vements Tube Milieu Temp ratur Pr cautions Conservatio Germes cf annexe 2 e de Mode d emploi n du recherch s stockage pr l vement Selles parasites Tube FECON jaune TA Mettre le volume d une TA contenant I0 ml de noisette ne jamais remplir SAF Tube FECON Voir 9 2 bleu pour selles fra ches Urines Tube st rile de 50 ml TA Routine voir 3 5 1 antig ne R frig rateur ou 15 ml l gionelles Mycoplasme voir 3 5 7 Mycobact ries 1re urine du matin voir 3 7 Chlamydia voir 8 1 Bordetella pertussis Ecouvillon souple et TA Pr l vement nasopharyng au TA coqueluche milieu au charbon cours de la phase catarrhale culture MTC de la maladie Laisser couvillon dans le milieu Pr venir rapidement notre service de transport Bordetella pertussis Etui R frig rateur Voir ch 3 5 2 R frig rateur coqueluche PCR NPS PCR TM Champignons Tube st rile de 50 ml TA Squames en provenance du TA Dermatophytes bord de l ongle L sions et cheveux Chlamydia Etui AMPLICORTM TA Voir 8 1 TA trachomatis frottis Envoyer au labo dans un d lai Gonocoques PCR Tube st rile 50 ml de 24h liquides Chlamydia Etui BioM rieux TA Voir 3 5 6 R frig rateur trachomatis IF Envoyer rapidement Gonocoques Ecouvillon universel TA Laisser l couvillon dans le TA culture milieu Envoi par expr s Mycoplasmes Bouillon
9. Candida spp R tinite Cytom galovirus Buffy coat Varicella zona S rologie Bl pharite Staphylocoques dor s Culture et examen directe sur frottis Demodex acarien sur les Examen direct cils Otite moyenne Staphylocoques dor s Culture de liquide aspir Pneumocoques 2 8 Os et articulations Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Ost ite Staphylocoques dor s Culture de biopsies ou de Ost omy lite Staphylocoques coagulase n gative pr l vements per op ratoires Spondylodiscite Streptocoques 2 paires d h mocultures Ent robact riac es salmonelles Pseudomonas aeruginosa Ana robies Campylobacter spp Brucella spp Culture de biopsies h mocultures NB suspicion signaler au laboratoire car temps d incubation plus long Mycobact ries Culture examen direct de biopsies ou de pr l vements per op ratoires Arthrites Staphylocoques dor s Culture de mat riel de ponction Streptocoques h molytiques B tonnets Gram n gatif Gonocoques h mocultures post parainfectieu Campylobacter jejuni ou fetus S rologie ses Salmonelles r actionnelles Yersinia spp Borrelia burgdorferi Staphylocoques S rologie dor s PCR de liquides de ponction Chlamydiae S rologie Rub ole Parvovirus enfants B 19 S rologie 2 9 Appareil uro g nital Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Cystite Ent robact ria
10. Epiglottite Haemophilus H mocultures Eviter l couvillonnage influenzae de l piglotte qui peut entra ner une obstruction respiratoire compl te Frottis de nez Culture Ecouvillon universel Culture largie y pid miologie ou Culturette compris Candida spp portage pour immunod prim s staphylocoques Streptocoques fB h m dor s MRSA du groupe B et Listeria m ningocoques pour nouveaux n s S cr tions Culture a ro Virus RSV gt 1 ml dans un D tection antig nique nasopharyng es tube st rile du virus respiratoire syncitial RSV ainsi que pour autre virus voir chapitre 10 Bordetella voir coqueluche pertussis Pus de sinus Culture a ro Mycoses Pus aspir ou ana Leucocytes ponctionn dans un Examen osinophiles tube st rile microscopique Giemsa Frottis d oreille Culture a ro Mycoses Ecouvillon souple Nettoyer l oreille Candida spp Recherche externe avec un Examen d ana robies d tergent doux microscopique otite moyenne chronique pr lever avec un couvillon ou mieux par paracent se si otite moyenne Pr ciser le site du pr l vement Frottis d oeil Culture a ro Examen microscopique gonocoques par culture chez les nouveau n s Mycoses Ecouvillon universel Actinomyc tes Chlamydia Etui AMPLICOR Voir 8 1 trachomatis PCR ou Etui Voir 3 5 6 Chlamydia IF Virus culture Milieu de transport MTV Mycoplasmes Milieu
11. Pharyngite Ad novirus Oreillons Calicivirus Faux croup Influenza LCV Coronavirus Parainfluenza VZV CMV Norwalk virus EBV MNI EBV Conjonctivite Ad novirus RSV FSME Ent rovirus HSV Arbovirus Rougeole CMV Enc phalite HSV Rub ole Coxsackie A Oreillons K rato HSV Bronchite RSV Rougeole conjonctivite Ad novirus Bronchiolite Parainfluenza Ent rovirus VZV Influenza HIV Atteintes du HSV Ad novirus FSME nouveau n CMV VZV Pneumonie Ad novirus Arbovirus HBV Influenza Rage HIV RSV Fi vres Rub ole Parainfluenza h morragiques Parvo B 19 Ent rovirus VZV EBV Atteintes HSV CMV EBV __ CMV g nitales HPV VZV H patite H patites A E Ad novirus Rougeole H patites B Molluscum Ur trite HSV C D G contagiosum Cystite Ad novirus EBV CWC Pleurodynie_ Coxsackie B aigu CW Parvo B 19 Myocardite Ent rovirus N phropathie Hantavirus Diarrh e Rotavirus P ricardite Ad novirus Ad novirus Herpes M ningite Enterovirus 40 41 groupe HSV Astrovirus 10 2 Pr l vements par type de virus En gras les m thodes de diagnostic les plus significatives ou courantes Voir aussi les annexes pour la sous traitance Virus Pr l vements Culture D tection Diagnostic S rologie Remarques rapide mol culaire Ad novirus Nez gorge oui oui oui Typage possible frottis dans MTV Oeil frottis dans MTV Ad novirus Selles fra ches non oui non Agent
12. rile de 15 ml Conserver temp rature ambiante pour la recherche amibes Pour les recherches par PCR ou les examens s rologiques conserver le mat riel au r frig rateur 9 4 Recherches effectu es en routine de l IMN Selles recherche de protozoaires et helminthes 1 Examen microscopique direct sans enrichissement 2 Examen microscopique apr s enrichissement du pr l vement dans le SAF Sur demande ou selon les indications cliniques coloration de Ziehl Neelsen modifi e pour la recherche de cryptosporidies et autres coccidies Sang recherche de malaria 1 Examen microscopique rapide en fluorescence apr s coloration l acridine orange permettant de d tecter la pr sence de Plasmodium spp par mise en vidence de l ADN et ARN 2 Recherche antig nique rapide du P falciparum dans le sang 3 Examen microscopique apr s la coloration de Giemsa de 2 gouttes paisses et 2 frottis minces permettant de d tecter la pr sence de Plasmodium spp puis une diff renciation l esp ce et finalement une valuation de la parasit mie Sang recherche de microfilaires de trypanosomes et autres parasites sanguins Comme pour la malaria mais sans recherche antig nique Urine recherche de Schistosomes Examen direct apr s centrifugation ou filtration de l chantillon 58 10 Virologie 10 1 Etiologie virale Clinique Virus Clinique Virus Clinique Virus
13. sion Envoyer dans un tube st rile Si suspicion de Piedra nigra ou alba pr sence de petites boules noires ou blanch tres sur le cheveu couper les parties du cheveu atteint avec des ciseaux Ongles onyxis Bien nettoyer avant de pr lever environ 30 petits copeaux avec un scalpel la limite du tissu malade et du tissu sain Envoyer dans un tube st rile P rionyxis Frottis du bord proximal de l ongle avec un couvillon Peau Avec un scalpel pr lever le plus possible de squames au bord de la l sion en grattant de la l sion vers la peau saine Envoyer dans un tube st rile Muqueuses Frottis ou biopsie Pityriasis versicolor Grattage du pourtour de la l sion puis application d un morceau de ruban adh sif transparent coller ce ruban sur une lame en l appliquant bien et en vitant les bulles Scotch test LCR Au moins 2 ml en tube st rile Sang 8 10 mI de sang dans un flacon Bactec Mycosis 3 triplets 24h Voir chapitre 29 Pr l vement M thode pr cautions 3 6 1 1 Oeil corn e Frottis corn en ventuellement biopsie Voies lacrymales Frottis Tractus respiratoire Expectorations spontan es ou provoqu es Mat riel de bronchoscopie ou aspiration transtrach ale Liquide pleural ou biopsie de pl vre Urine Urine au vol sond e ou ponctionn e Sont inad quats les pr l vements suivants e urines de 24h e selles de patients
14. 1x semaine mardi syst matique IF FTAabs confirmation Les titres gt 8 en RPR VDRL et TPHA gt 1x semaine mardi 1 160 ont une valeur pr dictive lev e Neurosyphilis TPHA screening LCR Titre A Envoyer du s rum avec le LCR Si 1x semaine positif AST si n cessaire La mise en vidence d une production intrath cale n cessite le dosage des IgG totaux dans le s rum et le LCR Toxocara canis ELISA IgG A AST Toxoplasma gondii ELFA IgG IgM IgG Ul ml IgM A D pistage D pistage chaque jour U ml Test d avidit des IgG en A Permet de dater une infection de plus de 4 mois ISAGA IgM IgA Titre A AST Tests de confirmation et d pistage IF IgG IgM IgM IgA chez le nouveau n Agglutination directe IgG profil m re enfant ELIFA 1g totaux Commentaire A D s la naissance diff rencie les anticorps de l enfant de ceux de sa m re Veuillez envoyer le s rum de la m re avec celui du nouveau n Varicelle Zona ELFA IgG N gatif B chaque jour Positif titre IF IgM N gatif 1x semaine mercredi Positif IgA B AST Utile lors des r activations du zona et des atteintes neurologiques Virus d Epstein Barr Agglutination rapide N gatif B Permet de donner un r ponse rapide Monotest Positif Sensibilit 90 chaque jour Les mononucl oses infectieuses MNI n gatives au monotest sont dues aux CMV toxoplasmose HIV h patites etc Mauvaise sensibilit chez les enfants de moins de 7 ans 50 ELISA
15. 7H13 Ce milieu contient du carbone radioactif C14 il doit tre conserv avec des pr cautions particuli res Il est fourni au fur et mesure des demandes Pr lever 5 mi de sang avec les pr cautions d asepsie d usage En cas d impossibilit d inoculer les flacons directement le sang doit tre pr lev sur anticoagulant SPS et envoy rapidement au laboratoire Incubation jusqu 12 semaines 3 6 1 4 Brucellose 31 La bact ri mie est en g n ral continue mais limit e aux toutes premi res semaines de la maladie Il est recommand de faire des pr l vements sur plusieurs jours 3 paires d h mocultures 24h Les brucelles poussent lentement et le nombre d organismes pr sents dans le sang est faible Il est donc n cessaire d incuber les h mocultures plus longtemps 30 jours Toutefois la majorit des h mocultures sont positives apr s 3 5 jours gt Cocher sur la fiche de demande d analyse la position Brucellose 3 6 1 5 Infection sur cath ter Pr lever 1 paire d h moculture par le cath ter 1 paire en p riph rie sang veineux afin de d terminer le site infect Inoculer 8 10 mi de sang dans chaque flacon Ils seront envoy s ensemble au laboratoire apr s avoir soigneusement indiqu les sites et l heure de pr l vement 3 6 2 Tableau r capitulatif Milieux ensemencer Volume de sang Nombre de pr l vements Temps d incubation Routine Bactec
16. 8 1 Chlamydiae pour PCR et Mycoplasmes Milieu de transport Voir 3 5 7 sp cial Frottis ur tral Culture a robie Gonocoques Ecouvillon souple culture l femme ou Examen Chlamydia Etui AMPLICOR acheminer rapidement homme microscopique pour PCR et p Voir 8 Mycoplasmes Milieu de transport Voir 3 5 7 sp cial Trichomonas Ecouvillon universel vaginalis Abc s pus Culture a ro Chlamydiae infection ana Gonocoques Etui AMPLICORTM Voir 8 1 g nitale haute Candida spp Mycoplasmes pour Examen PCR et Voir 3 5 7 microscopique Milieu de transport sp cial St rilet Culture a ro Dans un tube st rile ana avec quelques Actinomyc tes gouttes de NaCl Candida spp 0 9 pour viter le dess chement Liquide Culture a ro Volume maximal Faire aussi des amniotique ana dans un tube de 50 h mocultures en cas Placenta Strepto f ml st rile d accouchement h molytique Frottis de la face pr matur septique gr B interne ou envoyer Eviter la contamination Listeria un morceau dans un vaginale Candida spp tube st rile Examen placenta microscopique Mycoplasmes Voir 3 5 7 Liquide Toxoplasma gondii Tube st rile cf chapitre 8 amniotique Sperme Culture a ro Totalit de l jaculat Candida spp Num ration des germes Examen microscopique dans un tube st rile Gonocoques Chlamydiae Natif pour PCR et Mycoplasmes
17. AST E histolytica ELISA A AST Fi vre Q cf Coxiella burnetti Francisella tularensis Agglutination lg Titre B AST Helicobacter pylori EIA quantitatif IgG E ml B Test de d pistage chez les enfants symptomatiques Permet aussi le suivi apr s traitement H patite A lg totaux IgM si N gatif Positif A AST H patite B Ag Hbs Ac anti Hbs N gatif Positif A AST Ac Anti Hbc Titration des anticorps Hbs lors du Ag Hbe Ac anti Hbe contr le de la vaccination Vir mie par hybridation cf Ch 8 0 H patite C 1g totaux IgM si N gatif Positif A AST Confirmation Vir mie par PCR n cessaire pour documenter l infectiosit cf Ch 8 0 H patite D Ac totaux N gatif Positif A AST Seulement si H patite B positive H patite E Ac totaux N gatif Positif A AST Herpes simplex IF IgG IgM N gatif Positif C 1x semaine mercredi atteinte neurologique 1F IgG IgM N gatif Positif Envoyer du s rum avec le LCR Titration si positif et calcul de la production intrath cale si n cessaire PCR cf Ch 8 0 HIV1 2 Ac totaux N gatif Positif A AST Recherche d antig ne p 24 Confirmation Vir mie par PCR cf Ch 8 0 Influenza A B FC Titre C Un 2e s rum 15 jours plus tard est Ix semaine lundi mardi souhaitable L gionelles IF Titre C L pneumophila 1 6 Ix semaine jeudi Leptospirose Ig totaux A AST Mycoplasma FC Titre B C Les titres sont souvent lev s dans le 1er pneumoniae 1x semaine
18. Aerobic bouchon bleu capsule grise tiquette grise Bactec Anaerobic bouchon rose capsule violette tiquette violette 8 10 ml flacon 2 3 paires 24h 7 jours P diatrie Bactec P ds bouchon gris clair capsule rose tiquette rose 1 3 ml flacon 1 3 flacons 24h 7 jours Champignons Bactec Mycosis paire de routine bouchon gris fonc capsule verte tiquette verte 8 10 ml flacon 3 triplets 24h plusieurs jours de suite 14 jours Demande sp ciale Champignons dimorphiques ou exotiques idem idem 30 jours Mycobact ries Bactec 13A Middlebrook 7H13 5 ml flacon 1 3 flacons 24h 6 12 semaines Endocardite brucellose Bactec Aerobic bouchon bleu capsule grise tiquette grise Bactec Anaerobic bouchon rose capsule violette tiquette 8 10 ml flacon 3 paires 24h plusieurs jours de suite 30 jours 3 6 3 Prise de sang pour h moculture Proc dure e Afaire de pr f rence avant toute antibioth rapie ou du moins juste avant une nouvelle 32 administration lors de l ascension de la temp rature fi vre ou au moment des frissons si la fi vre est discontinue si la fi vre est continue le moment importe peu e Pr l vements de 2 3 x 20 ml 24h sont suffisants intervalles de 15 min 2 h Changer chaque fois de bras de veine e Se
19. BUA R1 R frig rateur Voir 3 5 7 R frig rateur g nitaux Envoyer le plus vite possible Papillomavirus Etui DIGENE TA e Frottis laisser couvillon TA dans le milieu congeler e Biopsie introduire dans le PINM milieu de transport Voir 8 2 Vir mie Tube EDTA TA 5 10 mi de sang envoyer dans TA HIV un d lai de 6 heures R frig rateur HCV Voir 8 3 et 8 4 Virus Milieu de transport R frig rateur Ecouvillon laisser dans le R frig rateur culture antig ne pour virus MTV milieu de transport Ponctions et urines mettre directement dans le milieu Virus CMV sang Tube EDTA TA Prendre contact avec le TA laboratoire pour transport rapide Virus respiratoire Tube st rile TA Appeler au plus vite le R frig rateur syncytial RSV laboratoire pendant les heures max 24h ouvrables 3 3 3 3 1 Microbiologie g n rale Ponctions et liquides divers biopsies plaies 16 A ro germes a robies et microa rophiles Ana germes ana robies Quantit Milieu de transport cf annexe 2 gt 3 ml dans un tube st rile pour la routine plus si d autres examens Indications particuli re du pr l vement Ne pas r frig rer si m ningite bact rienne sont demand s Pr lever en m me temps du sang pour h mocultures Sur demande Examens de routine Pr l vement LCR Culture a ro ana Examen microscopique
20. VCA IgG IgM et N gatif B La combinaison des 3 param tres permet EBNA IgG Positif d estimer le moment de l infection 1x semaine vendredi Nous faire savoir si vous d sirez une appr ciation quantitative AST Virus respiratoire FC lg totaux C syncitial RSV Virus de l enc phalite ELISA IgG IgM A AST tiques FSME Yersinia Immunoblot IgG IgA C AST enterocolitica 49 8 Diagnostic mol culaire 8 1 Tableau g n ral des prestations les plus courantes Micro organisme recherch M thode Pr l vement et transport Fr quence cf aussi annexe 1 et 2 Bartonella henselae et Bartonella PCR Biopsie ou pus dans tube st rile quintana garder r frig r AST Bordetella pertussis PCR S cr tions nasopharyng es dans le tube coqueluche NPS PCR TM AST Borrelia burgdorferi PCR Liquide articulaire et LCR sensu stricto ou garder r frig r 3 g notypes AST Chlamydia trachomatis PCR Etui AMPLICOR voir 8 1 et urine 2x semaine le mardi et le vendredi Ent rovirus PCR 1 2 ml garder r frig r AST H patite B vir mie Hybridation Sang EDTA 5 ml ou plasma 3 ml AST H patite C PCR Sang EDTA 5 ml plasma ou s rum 3ml 1 qualitative 2x 15 jours H patite C vir mie PCR Sang EDTA 2x 5 ml ou plasma 3 5ml quantitative AST H patite C g notypage PCR et profil Sang EDTA 2x 5 ml ou plasma 3 5 ml de digestion AST HIV vir mie PCR Sang ED
21. ciale La CMI de l antibiotique pour une souche tudi e est d finie comme la plus faible concentration encore capable d inhiber toute croissance bact rienne visible l oeil nu apr s 18 24h de contact 37 C La CMB est la plus faible concentration d antibiotique capable de d truire au moins 99 9 d une population bact rienne NB on ne peut pas d terminer la CMB sans avoir mesur la CMI auparavant 6 2 1 amp test Le test epsilon est bas sur une combinaison des m thodes de dilution et de diffusion sur g lose Les bandelettes du test sont constitu es de plastique fin inerte et non poreux Sur la face inf rieure de la bandelette est fix un gradient pr d fini et exponentiel de l antibiotique 43 stabilis Le gradient est continu et stable ce qui permet une lecture semi continue de la CMI contrairement aux m thodes traditionnelles o on a des dilutions par 2 Lorsqu on applique une bandelette sur une g lose ensemenc e imm diatement l antibiotique se met diffuser dans la g lose Apr s incubation une zone d inhibition elliptique et sym trique par rapport l axe de la bandelette appara t La CMI peut tre lue l endroit o la zone d inhibition rejoint la bandelette Cette m thode ne permet pas de mesurer la CMB 6 3 Test de bact ricidie But Contr ler l efficacit du traitement aux antibiotiques dans des cas d endocardites ost omy lites ou septic mies gra
22. exclusion ci dessus 38 39 5 Interpr tation des num rations de cultures 5 1 Urines Il est tr s important que le laboratoire connaisse la motivation de l analyse les sympt mes cliniques du patients et le diagnostic la m thode de pr l vement de l urine et si des antibiotiques ont t administr s au moment ou avant la collection de l chantillon ms Re souches 10 identification antibiogramme AB si py lon phrite aigu et uropathog ne reconnu croissance bact riologiquement non significative identification antibiogramme croissance bact riologiquement non significative identification antibiogramme gt 10 gt 2 identification antibiogramme seulement si demand Remarques e Tous les isolements obtenus dans les urines d une ponction sus pubienne feront l objet d une identification et d un antibiogramme quel que soit leur nombre e Les g loses de travail tant gard es jusqu 6 jours il est possible de demander un antibiogramme par simple appel t l phonique au laboratoire 5 2 Cath ters Crit res ll tentent de diff rencier une colonisation d une contamination de documenter un tat septique lt 15 colonies contamination probable identification seulement Toutefois lors de pr sence de Staphylocoque dor ent robact ries ent rocoques ou levures ou d un germe isol dans la m me p riode dans les h mocultures l antibiogramme peut tre d cid apr s communicat
23. immunocomp tents e mat riel fix au formol ou autre Transport Le mat riel doit parvenir au laboratoire dans un d lai de 24 h apr s le pr l vement e urine d lai de 2h temp rature ambiante ou lt 24 h r frig rer 4 8 C Antifongigramme voir chapitre 6 5 3 6 H mocultures La Microbiololgie fournit aux m decins et aux h pitaux un syst me d h mocultures comportant diff rents flacons de bouillon Routine e Flacon Bactec Aerobic bouchon bleu capsule grise tiquette grise contenant 25 ml de bouillon enrichi de soja cas ine dig r s et de C02 e Flacon Bactec Anaerobic bouchon rose capsule violette tiquette violette contenant 40 mI de bouillon pr r duit enrichi de soja cas ine dig r s de N2 et de CO2 II est recommand de pr lever pour chaque patient une s rie de gt 2 paires de flacons pour une p riode de 24h num rot es 1 et 2 en l espace de 15 minutes 2 heures La sensibilit de 2 paires d h moculture chez des patients non trait s aux antibiotiques est d environ 95 alors qu elle n est que de 80 avec une seule paire Dans le cas de patients d j trait s seule la prise de 3 paires garantit une sensibilit de 90 Les 2 flacons doivent tre ensemenc s avec du sang pr lev au m me moment et envoy s ensemble au laboratoire Inoculer 8 10 mi de sang dans chaque flacon NB Veuillez nous indiquer le volume de sang inocul s il est inf rieur Incubation jus
24. la streptomycine la polymyxine B la kanamycine et la gentamicine La r sine inactive la plupart des antibiotiques 3 7 Mycobact ries 3 7 1 Pr l vements R gle g n rale pour le diagnostic des mycobact ries il est recommand d envoyer autant de mat riel que possible Pr l vement Collection Volume Expectorations 1re expectoration du matin 3 5 jours 3 10 ml jour pendant cons cutifs S cr tions Aspiration des s cr tions Variable bronchiques LBA brossages Suc gastrique Pr lev jeun d s le r veil contenant les 30 50 ml jour pendant 3 jours mucosit s bronchiques d gluties pendant cons cutifs le sommeil N utiliser que des solutions de rin age st riles Faire parvenir rapidement Pr l vement de choix chez les enfants 33 Pr l vement Collection Volume Urine 1 re urine du matin 30 50 ml jour pendant 3 jours cons cutifs LCR Natif en tube st rile 3 ml au minimum Liquide pleural Natif en tube st rile Le plus possible Liquide p ricardique Liquide p riton al Liquide synovial Sang Demander des flacons 13A ensemencer 5 ml directement au lit du patient en prenant les pr cautions d asepsie usuelles pour les h mocultures voir 3 6 Ne pas utiliser d iode sur les flacons 5 ml Pus Natif Le plus possible Si tr s petite quantit ajouter quelques gouttes de H20 dist st rile Biopsies tissus Tube st rile avec quel
25. permettant l identification des mycobact ries du complexe tuberculosis de Mycobacterium avium intracellulare Mycobacterium kansasii et Mycobacterium gordonae contaminant fr quent NB ces sondes ne sont utilisables que sur des cultures bien positives il s agit d hybridation et non pas d amplification comme pour les PCR L identification d finitive peut parfois prendre plusieurs semaines plusieurs mois confirmations sous trait es Les nouveaux cas positifs sont communiqu s par t l phone Le complexe tuberculosis comprend les esp ces Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium bovis Mycobacterium bovis BCG Mycobacterium africanum tr s rare L identification d finitive l int rieur de ce complexe peut prendre encore gt mois suppl mentaire 35 4 Examens microscopiques 4 1 Examen direct Un examen direct sans coloration d une goutte de pr l vement entre lame et lamelle peut tre utile pour la mise en vidence rapide de certains micro organismes par ex 1 Trichomonas vaginalis d un frottis g nital 2 Clue cells associ s Gardnerella vaginalis 3 Spiroch tes dans un frottis de chancre mou Toutefois cette observation se fait en g n ral au lit du patient ou au cabinet m dical car le pr l vement doit tre tr s frais 4 2 Principales colorations 4 2 1 Gram Cette coloration est un des tests de base en microbiologie du fait qu elle est relativement simple r aliser rapi
26. plastiques imperm ables fournis par la Microbiologie et dans des cartons Ne peuvent pas tre pris en consid ration tout pr l vement dont l identification n est pas assur e tout mat riel re u pour culture dans une solution telle que formaline ou alcool pr l vement pr cieux re u dans un r cipient non st rile non tanche ou endommag tout mat riel dess ch tout chantillon improprement conserv tout chantillon inappropri l analyse demand e La non conformit fait dans la mesure du possible l objet d un contact t l phonique ou d une remarque sur le rapport des r sultats 14 Conservation la Microbiologie e Tous les pr l vements sont conserv s r frig r s pendant 6 jours suivant la r ception Les LCR et biopsies sont conserv s 80 C au moins 6 mois mais certains autres pr l vement peuvent l tre sur demande e Les s rums sont conserv s congel s 20 C pendant au moins 1 an e Les plasma pour la PCR sont conserv s congel s pendant au moins 2 ans e Tous les germes cultiv s sont gard s 6 jours au frigo avec les plaques de g loses de primo culture pendant ce temps il est possible de demander un compl ment d analyse identification ou antibiogramme qui n aurait pas t fait e Les souches consid r es comme pathog nes sont conserv es congel es pendant 6 mois sauf pour les urines 3 2 Microbiologie Voir planche Annexe 2 V rifier la date d
27. ries Pneumocystis Coloration au carinii methenamine argent 17 Pr l vement Examens de routine Os moelle ganglions Frottis de plaies profondes morsures plaies op ratoires br lures n croses Frottis de peau plaies superficielles ulc res V sicules Cath ter veineux Drains redons Culture a ro ana Examen microscopique Culture a ro ana Examen microscopique Culture a ro Examen microscopique Culture a ro Examen microscopique Culture a ro Num ration des germes Culture a ro ana Examen microscopique Liquide de dialyse p riton ale Culture a ro ana Quantit Milieu de Indications transport cf annexe particuli re du 2 pr l vement Ne pas mettre dans des solutions de fixation Si suspicion Sur demande Mycobact ries Mycoses Brucella spp Bartonella vert 8 0 Le plus possible dans un tube st rile avec quelques gouttes de NaCl 0 9 pour viter d ost omy lite faire dess chement aussi des h mocultures Parasites Voir9 2 Mycoses voir Ecouvillon universel Nettoyer la surface de la 3 5 8 plaie l alcool aspirer Actinomyc tes le pus ventuel la Mycobact ries seringue ou couvillonner la l sion en profondeur Pr ciser le site de la plaie Pr ciser le site de la plaie Mycoses envoyer Ecouvillon universel plut t des squames Corynebacterium diphteriae Envoyer le liquide asp
28. va l tre Sa sensibilit est autour de 1000 copies ARN mI ou 600 Ul ml Cette analyse est sous trait e cf annexe 1 Le g notype peut tre demand avec cette analyse en vue du traitement 8 5 1 Pr l vements Veuillez pr lever 5 10 ml EDTA de sang le faire parvenir le jour m me au laboratoire ou 2 5 ml de plasma peut tre envoy par courrier A ou m me du plasma congel Ce test est fait 1 2 x 15 jours selon les demandes N B Vu la grande stabilit de la vir mie dans le plasma ou s rum lors du stockage 4 8 C et la cong lation successive il est possible de faire une PCR sur le m me pr l vement utilis pour la s rologie au pr alable 8 5 2 R sultats Les r sultats de la PCR qualitative sont exprim s en n gatif positif IIs sont g n ralement communiqu s le jour m me par t l phone 53 9 Parasitologie 9 1 Introduction Durant ces derni res ann es le paysage du diagnostic parasitaire s est consid rablement modifi La g n ralisation des voyages dans les pays tropicaux l arriv e de migrants de pays lointains et l mergence de parasites opportunistes qui atteignent les patients immunod prim s ont contribu une vaste diversification des parasites rencontr s Aux parasitoses autochtones s ajoutent de plus en plus fr quemment des maladies contract es dans les pays lointains qui n cessitent d tre rapidement diagnostiqu es Les techniques de diagnostic ont aussi beaucoup
29. ADMED Microbiologie M decin directeur Dr H H Siegrist Boucle de Cydalise 16 T l 032 967 21 01 2300 La Chaux de Fonds Fax 032 968 26 43 e mail inm admin ne ch Centrale d appel du ramassage T l 032 967 20 33 Guide de l utilisateur Organisation g n rale 1 1 Pr sentation de l Institut Cf site Internet 1 2 Missions de l Institut Cf site Internet 1 3 Horaire d ouverture Lundi au vendredi 08h00 18h00 en permanence Samedi 08h00 13h00 quipe r duite souvent des renseignements peuvent encore tre obtenus l apr s midi Dimanches et jours 09h00 12h00 seulement deux laborantin e s pr sent e s au laboratoire f ri s souvent des renseignements peuvent encore tre obtenus apr s midi 1 4 Service de piquet En dehors de l horaire d ouverture normale et pour les cas n cessitant un r sultat en urgence vous pouvez atteindre par l interm diaire du service portier de H pital de La Chaux de Fonds un e technicien ne qui se d placera en Microbiologie NB Il est demand de faire appel ce service uniquement pour les analyses dont les r sultats influenceront r ellement une d cision th rapeutique I ne sera donn aucun r sultat de routine pendant cette garde ceux ci seront communiqu s par t l phone ou fax pendant les heures d ouverture 1 5 Transport des pr l vements Les pr l vements doivent dans tous les cas parvenir dans les meilleurs d lais au laboratoire 1 5 1 En
30. Ce milieu est stock la Microbiologie cause de sa radioactivit et fourni au fur et mesure des demandes aux m decins et dans les services hospitaliers pour l ensemencement direct au lit du malade e Par culture sur milieux solides Loewenstein Jensen milieu traditionnel aux oeufs coagul s et Middlebrook 7H11 milieu g los e Par diagnostic mol culaire cf chapitre 8 Plusieurs milieux de culture de principe et de composition diff rents sont utilis s pour augmenter les chances d isoler le plus de mycobact ries possibles L utilisation de milieux liquides permet dans la plupart des cas une croissance plus rapide des mycobact ries ce qui d pend videmment du nombre de bact ries contenues au d part dans le pr l vement Le syst me Bactec permet en outre une identification pr liminaire pr somptive rapide 5 7 jours partir du moment o la culture se r v le positive c est dire une diff renciation entre les mycobact ries du complexe tuberculosis et les MOTT Mycobact ries non tuberculeuses On teste la sensibilit ou la r sistance au NAP p nitro a acetylamino B hydroxy propiophenone compos interm diaire dans la synth se du chloramph nicol A partir de l pour les mycobact ries du complexe tuberculosis il est possible d obtenir un antibiogramme pour les tuberculostatiques courants en 7 10 jours INH Rifampicine Ethambutol Pyrazinamide Nous disposons de sondes g n tiques
31. Chez enfants lt 2 ans et routine personnes g es Ad novirus Comme pour la routine EHEC E Coli Comme pour la Selles sanguinolantes Ent roH morragique routine diarrh es aussi VTEC h morragiques et liquides g n ralement sans leucocytes Mycobact ries Comme pour la Chez patients routine immunod prim s Leucocytes Comme pour la D tection de la Parasites routine lactoferrine Voir 9 2 Nouveaux n s idem Comme pour la lt 2 mois description de la routine flore Ent rocolite n crosante Clostridium spp M conium Listeria Comme pour la strepto B h m gr B routine Intoxications alimentaires C botulinum Selles enfant lt 15 ans S rum 10 ml C perfringens Selles Culture toxine Autres Culture des aliments Prendre contact au pr alable 3 4 3 4 1 Signes cliniques e coulement f tide Infections germes ana robies e infection situ e proximit d une muqueuse 23 e tissu n crotique gangr ne formation de pseudo membranes e gaz dans les tissus et les coulements e infections accompagnant une tumeur maligne ou un autre processus entra nant une destruction tissulaire e traitement aux aminoglycosides ou quinolones sans couverture contre les ana robies e _ thrombophl bite septique e infection apr s morsure humaine ou animale e pr sence de granules de soufre dans les coulements actinomycose e notion d a
32. TA 5 10 ml ou plasma 3 5 ml 1x semaine le jeudi cf Ch 8 3 HIV r sistances aux antiviraux PCR Sang EDTA 5 10 ml ou plasma 3 5 ml AST Mycobact ries du complexe PCR Expectoration Aspiration LBA etc tuberculosis Biopsie LCR 2 5 ml garder r frig r AST Neisseria gonorrhoeae PCR Etui AMPLICOR cf Ch 8 1 et urine 2x semaine le mardi et le vendredi Papilloma virus humain Hybridation de l ADN Etui DIGENE cf Ch 8 2 AST Toxoplasma gondii PCR LCR 2 4 mli garder r frig r Liquide amniotique 10 20 ml AST Virus CMV EBV HSV VZV JC PCR LCR 1 2 ml garder r frig r AST NB La liste n est pas exhaustive pour toutes autres analyses particuli res Parvo B19 M pneumoniae Chlamydia pneumoniae Eubacterial PCR l gionelles rickettsies etc veuillez nous contacter directement au laboratoire s il vous pla t 8 2 Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae La recherche de Chlamydia trachomatis et Neisseria gonorrhoeae se fait simultan ment partir d un seul et m me pr l vement avec le syst me AMPLICOR CT NG 50 8 2 1 Urine femmes ou hommes Le patient ne doit pas avoir urin au cours des 2 heures pr c dant le pr l vement Recueillir 10 50 ml d urine de premier jet de la miction dans un tube en plastique st rile de 50 ml Boucher le r cipient l tiqueter et l acheminer rapidement au laboratoire Le pr l vement r frig r se
33. Tractus gastro intestinal Tractus Tractus Tractus g nito Peau respiratoire gastro urinaire Oreille intestinal Oeil Acinetobacter spp Actinomyces spp Aerococcus spp Bacteroides spp Bifidobacterium spp Candida spp Capnocytophaga Clostridium spp Corynebacterium spp Enterobacteriaceae Ent rocoques Eubacterium spp Fusobacterium spp Gardnerella vaginalis Haemophilus spp Lactobacillus spp Malassezia spp Micrococcus spp Mobiluncus spp Moraxella spp Mycoplasma spp Neisseria spp Peptostreptococcus spp Prevotella spp 41 Propionibacterium spp Staphylococcus aureus Staphylocoque coag n g Streptococcus agalactiae B Streptococcus pyogenes A Streptococcus pneumoniae Streptococcus spp Stomatococcus spp Ureaplasma spp Veillonella Spp 42 6 Tests de sensibilit aux antibiotiques 6 1 Antibiogramme Nous utilisons en routine la m thode des disques impr gn s d antibiotiques diffusion sur g lose appel e m thode de Kirby Bauer Il s agit d un test qualitatif dont le r sultat est exprim en S sensible interm diaire R r sistant Nous testons un choix d antibiotiques les plus ad quats pour la cat gorie d
34. alcool 4 2 5 Coloration de Ziehl Neelsen Coloration de r f rence pour la recherche de mycobact ries Toutes les lames positives l auramine sont recolor es au Ziehl Neelsen pour confirmation R sultat exprim en nombre de BAAR cf chapitre 3 7 Une modification de la technique permet de mettre en vidence les Nocardia spp ainsi que les Cryptosporidies 4 2 6 Coloration au blankophore Examen direct pour la recherche de champignons dans les pr l vements Compos fluorescent provenant de la chimie industrielle se liant la forme de glucose qui compose la paroi cellulaire des champignons et des fibres v g tales Elle permet la distinction entre les formes levuriques et les formes myc liennes 4 3 Interpr tation semi quantitative des examens microscopiques On estime que le volume de liquide observ l agrandissement 1000x correspond environ un millioni me de millilitre On peut donc tablir les correspondances suivantes 37 l ments champ l ments mm l ments ml 1 100 champs 10 10 000 10 1 10 champs 100 100 000 10 1 par champ 1 000 1 000 000 10 10 par champ 10 000 10 000 000 10 etc On consid re que le seuil de d tectabilit dans les liquides corporels non centrifug s se situe environ 10 germes ml 4 3 1 Observation l objectif 100x Comptage des leucocytes et des cellules pith liales pr sents Cellules par champ code 0 champ 0 1 9 champ 10 24 champ
35. ana germes ana robies AB antibiogramme Analyse R sultat d lai Remarques Examens microscopiques Dans la journ e Si mention urgent e Examens directs r sultat t l phon d s que disponible e Colorations Ex Gram min 20 min Auramine ou Ziehl min 40 min Methenamine argent Pneumocystis carinii min 2 heures Culture n gative a ro 1 jour e frottis de gorge angine e frottis divers 2 3 jours e cath ters 2 jours e liquides et pus ponctionn s 5 jours e urine num ration 1 jour e uricults 2 jours e expectorations 1 2 jours e selles 2 3 jours e mycoplasmes 2 jours e levures 5 jours e champignons filamenteux 14 jours e l gionelles 14 jours e dermatophytes et 30 jours champignons exotiques Cultare n gative a ro ana 7 jours e LCR e actinomyc tes 14 jours e h mocultures routine 7 jours 30 jours si endocardite ou brucellose e h moculture p diatrie 7 jours e _h moculture mycoses 14 jours 30 jours si champignons exotiques Culture n gative ana e frottis divers 2 5 jours e liquides et pus ponctionn s 10 jours e biopsies 10 jours e LBA 5 jours e Clostridium difficile selles 2 3 jours Toxine dans la journ e 2 heures Culture positive AB a ro e frottis de gorge angine 1 2 jours Pas d antibiogramme e frottis divers 2 4 jours
36. ang Les Candida et autres levures poussent assez rapidement en a robiose les cultures sont incub es automatiquement pendant 14 jours gt Cocher sur la fiche de demande d analyse la position Champignons Mycosis Recherche de champignons exotiques Histoplasma Blastomyces etc Entourer en rouge sur la fiche de demande d analyse la position Champignons Mycosis en ajoutant dimorphiques ou exotiques Les flacons seront incub s pendant 30 jours 3 6 1 2 Endocardites Les endocardites infectieuses sont le plus souvent provoqu es par des streptocoques en particulier des streptocoques verdissants ou des ent rocoques groupe D mais d autres organismes peuvent tre en cause par ex Staphylocoques HACEK La bact ri mie est en g n ral continue car la d charge de bact ries dans le sang partir du foyer infectieux est assez constante Cette derni re est en g n ral plut t basse 0 1 30 UFC ml L intervalle entre les prises de sang a donc moins d importance on pr l ve habituellement 3 paires d h mocultures par 24h Du fait du petit nombre de bact ries dans le sang et parce que certains micro organismes responsables d endocardites poussent tr s lentement il est souvent n cessaire d incuber les h mocultures plus longtemps 30 jours gt Cocher sur la fiche de demande d analyse la position Endocardite 3 6 1 3 Mycobact ries BK et MOTT Flacons Bactec 13A Middlebrook
37. bc s 3 4 2 Pr l vements pour la recherche des ana robies Localisation Acceptables Non acceptables T te et cou Aspiration d abc s avec seringue et aiguille Frottis de gorge ou Biopsies nasopharyng Frottis per op Frottis de gencives couvillon universel Frottis superficiels Poumons Aspiration transtrach ale Expectorations Ponctions Aspirations endotrach ales Biopsies Pr l vements de LBA bronchoscopie sans Brossages bronchiques prot g s pr cautions sp ciales Frottis per op couvillon universel si aspiration impossible Syst me nerveux Aspiration d abc s avec seringue et aiguille Frottis sans milieu de transport central Biopsies ana robies Frottis per op couvillon universel si aspiration impossible Abdomen Liquide p riton al ponctionn Frottis sans milieu de transport Aspiration d abc s avec seringue et aiguille ana robies Biopsies Frottis per op couvillon universel si aspiration impossible Intestin Selles seulement pour la recherche de Frottis rectaux Clostridium difficile Clostridium botulinum ou Clostridium perfringens chez nouveau n s Urine Ponction sus pubienne Au vol Sondage Tractus g nital Ponction du cul de sac de Douglas Frottis de vulve f minin Aspiration endom triale prot g e Frottis vaginaux Aspiration d abc s avec seringue et aiguille Frottis de cervix Glandes de Bartholin Lochies Biopsies Frottis per op couvillon universel St
38. c es Ent rocoques Ana robies apr s dialyse Staphylocoques Culture du liquide de dialyse p riton ale Streptocoques Ent robact riac es Candida spp Abc s intra abdominaux Souvent infections mixtes Ent robact riac es Streptococcus du groupe milleri Ana robies Culture du pus aspir ou de mat riel op ratoire Prurit anal Dermatophytes Culture partir de squames Candida spp cutan es ou de frottis Oxyures Enterobius vermicularis Scotch test anal 2 3 Peau et tissus mous Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Exanth me Dermatophytes Culture de squames cutan es Candida sp Borrelia burgdorferi Lyme S rologie PCR Treponema pallidum Syphilis S rologie VDRL TPHA FTA Rickettsies S rologie Virus Epstein Barr EBV Rub ole S rologie Rougeole Oreillons ParvovirusB19 S rologie Herpes simplex Culture V sicules Herpes simplex varicella Zoster Culture Coxsackie virus Imp tigo Staphylocoques dor s Culture de frottis Streptocoques B h molytiques gr A Erysip le rysip lo de Streptocoques h molytiques gr A Staphylocoques dor s Erysipelothrix rhusiopathiae Culture de frottis ou d aspiration apr s instillation de NaCl sous cutan e 2 paires d h mocultures Folliculite furonculose Staphylocoques dor s Culture du pus ou frottis v frottis de nez Plaies profo
39. c es en particulier E Culture et num ration des germes Syndrome coli sur urine pr lev e au vol sond e ur tral Ent rocoques ou ponctionn e Py lon phrite Staphylococcus saprophyticus Levures 12 Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Mycobacterium tuberculosis Culture examen direct sur urine au vol sond e ou ponctionn e Ana robies rares Seulement sur urines ponctionn es Ur trite Haemophilus spp Culture du frottis Gonocoques PCR sur frottis milieu de transport Chlamydia trachomatis Urine 1er jet Mycoplasmes g nitaux Culture du frottis et num ration indicative des germes Milieu de transport sp cial Urine 1er jet Acheminer imm diatement Prostatite Ent robact riac es Culture des s cr tions prostatiques et de Epididymite E coli en particulier l urine Pseudomonas spp Ent rocoques Gonocoques PCR Chlamydia trachomatis PCR Mycoplasmes g nitaux Culture du frottis et num ration indicative des germes Milieu de transport sp cial Urine 1er jet Acheminer imm diatement Vulvo vaginite Candida spp Culture de frottis Petites filles Streptocoques h molytiques gr A Trichomonas vaginalis Examen direct microscopie sur couvillon universel ou urine du premier jet Apporter tr s rapidement au labo Herpes simplex Culture du frottis Vaginose Souvent infection mixte A C
40. c un succ s th rapeutique des endocardites des atteintes osseuses ou des sepsis chez les patients neutrop niques NB veuillez s il vous pla t prendre contact avec l IMN pour nous avertir par t l phone au moins un jour l avance le test se fait sur 72h 44 6 4 Antibiogramme des mycobact ries Pour ce groupe particulier de bact ries les m thodes d terminant la sensibilit aux antibiotiques sp cifiques ne sont pas incluses dans les normes NCCLS e Mycobacterium tuberculosis complexe Syst me Bactec croissance en bouillon m thode standardis e g n ralement reconnue Elle peut tre confirm e par la m thode proportionnelle pratiqu e dans les laboratoires universitaires R sultat communiqu sous forme sensible ou r sistant e Mycobact ries atypiques Pas d tudes prospectives et corr lation in vitro avec la situation in vivo mal connue Antibiogramme sous trait g n ralement au Laboratoire des Mycobact ries du CHUV 6 5 Antifongigramme pour levures Il est effectu sur demande ou pour des infections graves levures ou encore lors de mycoses r sistantes au traitement Le test de screening consiste en une palette d antifongiques dos s 2 dilutions limites correspondant aux 2 zones critiques de sensibilit r duite Sont communiqu s e Fluconazole e itraconazole e Ketoconazole Les r sultats sont exprim s en S sensible interm diaire R r sistant Pour toute sou
41. che r sistante demandant confirmation la souche est envoy e notre centre de r f rence au CHUV cf annexe 2 Il en va de m me pour les ventuelles CMI pour des moisissures 45 7 S rologie 7 1 Introduction Les tests s rologiques servent e rechercher des anticorps contre des antig nes de certains agents pathog nes e rechercher des antig nes par ex h patite HIV certains champignons etc Il reposent sur les tests immunologiques bas s sur l affinit entre les anticorps et les antig nes Les tests sont tous caract ris s par des valeurs de sensibilit et sp cificit Ces valeurs d pendent des limites techniques du test d tecter un param tre de la population choisie etc De plus ces 2 valeurs sont li es entre elles Nous renon ons ici documenter ces valeurs qui varient fortement selon les auteurs mais elles restent disponibles sur demande Les valeurs plus utiles l interpr tation sont les valeurs pr dictives d un r sultat positif VPP ou n gatif VPN Celles ci d pendent de la pr valence dans la population Il est important de r aliser que la valeur d un test augmente fortement lorsque le patient pr sente plusieurs facteurs de risque pour un test demand au hasard la valeur VPP est g n ralement tellement basse qu elle en devient inutile ou m me fausse pour la gestion du patient Dans notre tableau 7 1 nous avons chercher codifier le niveau d importance des tests s rologique
42. chronique Ana robies Streptocoques du groupe milleri Aspergillus Spp Culture du pus ponctionn Pharyngite amygdalite Angine de Plaut Vincent Dipht rie Mononucl ose infectieuse Streptocoques B h molytiques des groupes A C ou G Culture de frottis Association fuso spirillaire Gram sur frottis Corynebacterium diphteriae Culture de frottis Recherche de toxine chez la souche Virus Epstein Barr EBV S rologie Coqueluche Bordetella pertussis PCR Culture du pr l vement nasopharyng phase catarrhale de la maladie frottis ou aspiration en milieu de transport Gingivite stomatite Candida spp Culture de frottis Herpes simplex Culture Epiglottite Haemophilus influenzae H mocultures 2 5 Voies respiratoires inf rieures Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Bronchite aigu Mycoplasma pneumoniae S rologie Chlamydia pneumoniae PCR Virus influenza et parainfluenza S rologie Ad novirus RSV Antig nes Bronchite chronique surinfection Pneumocoques Haemophilus influenzae Moraxella catarrhalis Culture des expectorations ou s cr tions bronchiques aspir es Bronchopneumonie Haemophilus influenzae Pneumocoques Staphylocoques dor s grippe Culture des expectorations s cr tions bronchiques aspir es ou LBA 9
43. ci arrive particuli rement avec M fortuitum Concentration en Probabilit de R sultat probable BAAR ml pr paration lt 1000 10 Pas de BAAR observ s 1000 5000 50 1 2 BAAR pour 300 champs douteux pr l vement r p ter 5000 10000 50 1 10 BAAR pour 100 champs environ 50000 90 1 10 BAAR pour 10 champs environ 100000 96 1 10 BAAR par champ gt 500000 99 gt 10 BAAR par champ Attention La fixation la flamme ne tue pas toutes les mycobact ries ventuellement pr sentes 34 Si on envoie des lames pr f rer la fixation au m thanol Bien les envelopper pour viter les contaminations e Par culture en milieu d enrichissement liquide Bactec 12B Middlebrook 7H12 marqu au Fe 1 uCi ml Le substrat radioactif est utilis par les mycobact ries et au cours du m tabolisme du CO est form et lib r dans l atmosph re au dessus du milieu dans la bouteille Ce CO est d tect par l appareil BACTEC et sa radioactivit est mesur e quantitativement elle est directement proportionnelle la croissance activit cellulaire dans la bouteille Bactec 13A Middlebrook 7H13 pour h mocultures contenant un anticoagulant et du C carbone radioactif dans un substrat Le milieu est hypotonique ce qui entra ne une lyse automatique des cellules sanguines Une pression n gative dans la bouteille permet une aspiration du sang lors du pr l vement
44. conserve gt 24 heures 8 2 2 Frottis cervical Placer un sp culum enlever la glaire au niveau de l exocol avec un des couvillons grand mod le fournis et le jeter introduire l autre couvillon grand mod le au niveau de l endocol jusqu ce que l extr mit ne soit plus visible Faire tourner l couvillon pendant 3 5 secondes Le retirer en vitant le contact avec les parois vaginales Placer l couvillon dans le tube AMPLICOR contenant le milieu de transport agiter vigoureusement l couvillon dans le liquide pendant 15 secondes Exprimer le liquide de l couvillon contre la paroi du tube Enlever tout exc s de glaire se trouvant dans l chantillon l aide de l couvillon et exprimer encore tout liquide r siduel provenant de la glaire contre la paroi du tube Sortir l couvillon et l exc s de glaire et jeter l couvillon Boucher le tube l tiqueter et l acheminer rapidement au laboratoire 8 2 3 Echantillons ur traux hommes Le patient ne doit pas avoir urin dans l heure pr c dant le pr l vement introduire l couvillon petit mod le de 2 4 cm dans l ur tre Faire tourner l couvillon pendant 3 5 secondes et le retirer Placer l couvillon dans le tube AMPLICOR contenant le milieu de transport Agiter vigoureusement l couvillon dans le liquide pendant 15 secondes Exprimer le liquide de l couvillon contre la paroi du tube Sortir l couvillon et le j
45. d sinfecter les mains mettre des gants e D sinfecter m ticuleusement la peau du patient 2 x alcool 70 et 1 x avec un produit iod ne plus t ter la veine apr s la d sinfection e D sinfecter l alcool 70 les bouchons des bouteilles d h mocultures e Changer chaque fois l aiguille pour introduire le sang dans chaque bouteille par piq re travers le bouchon Ne pas laisser entrer d air ou utiliser le syst me Vacutainer e Les bouteilles a robie et ana robie ou encore mycosis doivent tre ensemenc es avec du sang pr lev au m me moment et envoy es ensemble au laboratoire e Nettoyer les bouchons e Inverser plusieurs fois les bouteilles pour m langer le contenu et emp cher la coagulation e Inscrire le nom du patient sur les flacons avec l heure et la date du pr l vement e Ne rien crire ou coller sur le code barres des flacons e Transporter les bouteilles directement l INM ou les incuber l tuve 37 C durant la nuit mais ne pas garder les flacons ensemenc s plus longtemps au service ou au laboratoire Remarque La dilution du sang dans le bouillon emp che l activit bact ricide normale du sang et dilue les ventuels r sidus d antibiotiques qu il pourrait contenir En outre le SPS polyanethol sulfonate de sodium contenu dans le flacon n agit pas seulement comme anticoagulant mais aussi comme agent anticompl mentaire et antiphagocytaire il inactive par ailleurs
46. de diarrh e 40 41 d tect e par latex ou par microscopie lectronique Astrovirus Selles fra ches non non Par microscopie cultivable lectronique Calicivirus Selles fra ches non ventuel non Par microscopie cultivable lectronique 59 Virus Pr l vements Culture D tection Diagnostic S rologie Remarques rapide mol culaire Cytom galovirus Nez gorge oui oui oui Nouveau n s lt CMV frottis ou 7jours urine afin s cr tions d exclure une Urine infection Sang EDTA 10 shell vial cong nitale mi Patients Biopsie oui transplant s LBA oui PCR surveillance et suivi LCR non non PCR de la vir mie Liquide antig n mie amniotique Immunosupprim s lors de complications syst miques Grossesse pr sence dans le liquide amniotique Dengue non non oui Epstein Barr LCR non PCR oui Immunosupprim s Virus EBV cultivable atteintes neurologiques pas de s rologie Ent rovirus Gorge frottis oui possible Permet de Coxachie Selles fra ches documenter une ECMO Polio Biopsie atteinte particuli re LCR possible PCR en faisant le typage ce qui est plus utile que la s rologie PCR est plus rapide et sensible mais typage pas possible FSME non oui Arbovirus Hantavirus non non oui Hantaan et Puumala Herpes Simplex L sion liquide oui oui oui Liquide de v sicule Virus HSV 1 et ou fr
47. de et avantageuse C est un des rares tests disposition pour aider au diagnostic en cas d urgence m dicale Cette coloration est effectu e sur tous les pr l vements except les frottis de nez et de gorge en routine les h mocultures et les selles La paroi cellulaire des bact ries Gram positif sous l action du colorant Violet de Gentiane et du mordant Lugol formant un complexe ne se laisse pas d colorer par l alcool et appara t bleu noir Le tout tant ensuite contrecolor la fuchsine les bact ries Gram n gatif ne forment pas ce complexe insoluble l alcool appara tront donc en rouge rose au microscope Parfois des bact ries en principe Gram ne retiennent pas bien le Gram la coloration n est pas tr s nette on parle alors de Gram labile ceci arrive fr quemment par exemple avec Gardnerella vaginalis Les r sultats sont rendus sous les d nominations suivantes Morphologie Exemples Coques Gram cf ci dessous Coques Gram type staphylocoque Staphylocoques Aerococcus spp Micrococcus spp etc Coques Gram type streptocoque Streptocoques ent rocoques Peptostreptocoques ana robies Coques Gram type pneumocoque Pneumocoque Coques Gram donn diplocoques Gram Neisseria spp dont gonocoques et m ningocoques Moraxella catarrhalis Veillonella ana robies Diplocoques Gram intracellulaires M ningocoques gonocoques B tonnets Gram E
48. de tissu frais 2 5 mm de diam tre dans le tube de transport Faire parvenir le pr l vement imm diatement au laboratoire ou le conserver 20 C jusqu son envoi 8 4 Vir mie HIV La vir mie est mesur e par RT PCR sur le syst me HIV Monitor Cobas AMPLICOR G n ralement la vir mie se fait par e M thode sensible dont les limites de lin arit vont de 50 copies ml 75 000 copies ml Cette m thode permet un suivi optimum des patients trait s toutefois si vous d sirez une autre sensibilit faites le nous savoir sur la feuille de demande parmi ce choix e M thode standard gt 400 copies ml e M thode ultrasensible gt 10 copies ml Ces derni res analyses sont sous trait es cf annexe 1 8 4 1 Pr l vements Pour mesurer la charge virale de HIV veuillez envoyer e 5 10 mi de sang pr lev sur EDTA par ex tubes S Monovette EDTA KE 9 ml fournis sur demande par INM ou e 3 5 ml de plasma garder r frig r ou congel Cette analyse est pour le moment effectu e 1x semaine le jeudi NB Il est capital pour un r sultat optimal que les tubes de sang parviennent au laboratoire dans un d lai maximal de 6 heures Si ce d lai ne peut pas tre respect nous vous recommandons de centrifuger 20 minutes 1500 g le tube de sang EDTA pour la vir mie et d envoyer le plasma La d termination des CD4 tant assur e par le Centre de transfusion SRNJTS ajouter 1 tube de 2 5 mi de sang pr lev s
49. de transport BUA R1 Amibes voir chapitre 9 Pr l vement ana intra oculaire mycoses Frottis de Candida spp Culture virale Ecouvillon universel 19 Pr l vement Examens de routine Sur demande Quantit Milieu de transport Indications particuli re du pr l vement bouche Milieu de transport pour virus Pr sence d une flore normale abondante et vari e d o interpr tation difficile en l absence d une information pr cise sur la clinique Expectorations Culture a ro Mycoses Tube st rile 50 ml h mocultures si et Aspirations Examen Actinomyc tes pneumonie bronchiques microscopique Mycobact ries Legionella spp Cryptococcus D tection antig nique neoformans dans le s rum Mycoplasma Veuillez contacter l INM pneumoniae PCR Chlamydiae_ PCR Parasites Voir chapitre 9 Ponction ana Tube st rile 50 ml Si abc s ou corps transtrach ale tranger ou pneumonie par aspiration LBA Cf expectoration Cf expectoration Tube st rile 50 ml Immunod prim s num ration Pneumocystis des germes carinit ana Cytom galovirus Tubage Mycobact ries 30 50 ml jour Faire parvenir le plus gastrique culture pendant 3 jours rapidement possible examen cons cutifs pr lev lafin d assurer la microscopique jeun d s le r veil viabilit des dans un tube st rile Mycobact ries N utiliser que des
50. dium difficile Recherche de toxine et cultures des membraneuse selles Intoxications alimentaires Staphylocoques dor s Culture des aliments suspects Bacillus cereus Clostridium perfringens Recherche de toxine Selles Clostridium botulinum Culture de selles Toxine dans le s rum Enfant lt 15 ans H patites H patites A B C D et E S rologie Virus Epstein Barr EBV S rologie Cytom galovirus CMV S rologie Toxocara canis S rologie larva migrans visc rale Abc s du foie et de la Souvent infections mixtes Culture du pus aspir rate Ent robact riac es h mocultures Streptococcus du groupe milleri Ana robies Entamoeba histolytica S rologie Examen direct Kyste du foie Echinococcose S rologie Examen direct Chol cystite cholangite Ent robact riac es Culture de la bile Ent rocoques h mocultures Ana robies Fasciola hepatica douve Recherche directe dans les selles ou la bile S rologie Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Abc s du pancr as ou de la rate Ent robact riac es Staphylocoques dor s Streptocoques Ent rocoques Ana robies Culture du pus aspir H mocultures Parasites Cf chapitre 9 P ritonites primaire Pneumocoques Culture de ponctions ou de Streptocoques B h molytiques gr A mat riel op ratoire Ent robact riac es secondaire Souvent infections mixtes Culture du mat riel op ratoire Ent robact ria
51. e tiques S rologie FSME Rickettsies Borrelia burgdorferi Lyme S rologie PCR Parasites Cf chapitre 9 Abc s du cerveau Souvent infections mixtes Culture du pus Streptocoques du groupe milleri Staphylocoques dor s Ent robact riac es Ana robies Champignons Cysticercose c r brale Larve de Taenia solium S rologie T tanos Clostridium tetani Culture de pr l vements de plaies Botulisme Clostridium botulinum Toxine dans le s rum 2 7 Yeux et oreilles Clinique Principaux agents Diagnostic de laboratoire pathog nes Conjonctivite Staphylocoques Culture de frottis Streptocoques avant anesth sie locale B tonnets Gram Haemophilus spp Neisseria spp PCR ou Immunofluorescence directe Dacryocystite Chlamydia trachomatis Champignons et actinomyc tes K ratite Staphylocoques Culture de frottis et liquide Streptocoques de verre de contact B tonnets Gram Champignons Amibes Culture sur frottis ou verre de contact Herpes simplex Culture Chlamydia trachomatis PCR ou immunofluorescence directe 11 Clinique Principaux agents Diagnostic de laboratoire Haemophilus influenzae Streptocoques h molytiques gr A Moraxella catarrhalis pathog nes Enophtalmies Staphylocoques Culture de pr l vements du corps vitr et Streptocoques de l humeur aqueuse B tonnets Gram Bacillus cereus Ana robies Champignons
52. e C phalo Rachidien LCR Ligase Chain Reaction technique de biologie mol culaire MNI Mononucl ose infectieuse MOTT Mycobact rie autre que tuberculosis e MTC Milieu de Transport au Charbon coqueluche MTV Milieu de Transport pour Virus NCCLS National Committee for Clinical Laboratory Standards N g N gatif N gative 65 Abr viations NSP PCR TM Milieu de transport PCR pour pr l vements nasopharyng s OFAS Office F d ral des Assurances Sociales OFSP Office F d ral de la Sant Publique PCR R action de polym risation en cha ne Pos Positif Positive R R sistant RPR Rapid Plasma Reagin technique de s rologie RSV Virus respiratoire syncitial VRS RT PCR R action de polym risation en cha ne avec reverse transcription S Sensible SAF Ac tate de sodium acide ac tique formol milieu de transport pour parasites SIDA Syndrome d ImmunoD ficience Acquise SPS Polyanetholsulfonate de sodium SRNJTS Service R gional Neuch telois et Jurassien de Transfusion Sanguine TA Temp rature Ambiante TPHA Treponema Pallidum HemAgglutination UA Unit arbitraire UFC Unit Formant une Colonie UI Unit internationale U ml Unit ml VCA Antig ne viral de capside VDRL Veneral Disease Reference Laboratory technique de s rologie VPN Valeur Pr dictive N gative VPP Valeur Pr dictive Positive VRE Enterocoques r sis
53. e bact ries suivant les recommandations de normalisation dict es par le NCCLS National Committee for Clinical Laboratory Standards Ces normes sont p riodiquement remises jour Certaines bact ries ou antibiotiques ne figurent pas dans les tabelles NCCLS il peut alors tre d cid par le laboratoire sur indication ou par le clinicien d valuer la sensibilit par une CMI commerciale test Cf 6 2 1 Pour cela il est important de mentionner le traitement antibiotique administr 6 1 1 B ta lactamase Pour la recherche rapide et s re d une r sistance la p nicilline chez certaines bact ries Haemophilus influenzae Neisseria gonorrhoeae Moraxella Branhamella catarrhalis Une souche lactamase positive est r sistante aux p nicillines G et V ainsi qu ampicilline et amoxycilline Cette B lactamase peut tre inhib e par l acide clavulanique le tazobactam ou le sulbactam 6 2 Concentrations minimales inhibitrice et bact ricide CMI et CMB D termination quantitative de la sensibilit d un germe un ou plusieurs antibiotiques par la m thode des dilutions s rielles en bouillon Le r sultat est exprim en milligrammes litre mg l C est une mesure plus pr cise qu un antibiogramme par la m thode des disques mais difficilement applicable en routine pour toutes les souches isol es On la r serve donc des cas graves tels que septic mies endocardites ost omy lites sur demande sp
54. e ou n cessaire pour poser le diagnostic S rologie pour les agents pathog nes et maladies les plus S rologie utile pouvant influencer ou modifier de mani re significative la prise en charge du S rologie peu indicative mais pouvant documenter r trospectivement ou pid miologiquement le cas mais ne changeant pas la prise en charge du patient NE Les r sultats positifs d analyse code A sont communiqu s au m decin par t l phone Les commentaires la validation m dicale d pendent des pr cisions cliniques obtenues sur la feuille de demande Agent pathog ne Test R sultat Cod Remarques Maladie Param tre Fr quence de l analyse e AST analyse sous trait e cf annexe 1 Ad novirus FC Ix semaine Titre C Un 2 s rum 15 jours plus tard est lundi mardi souhaitable Antistreptolysines C AST Antistaphylolysines Antipneumolysines Bartonella henselae 1F IgG IgM Titre B AST Titre IgG gt 1 512 vocateur d une Griffes du chat infection PCR indiqu e partir d une aspiration ou d une biopsie de ganglion Bordetella pertussis IgG IgA B AST Coqueluche Permet de documenter une coqueluche r cente gt 2 semaines La PCR est possible sur un pr l vement nasopharyng pendant la phase paroxysmale Borrelia burgdorferi ELFA IgG IgM Indice C R actions crois es en IgM connues avec Lyme D pistage Chaque jour Herpessvirid s et Toxoplasmo
55. e p remption des milieux de transport avant l emploi Envois r frig r s viter une ventuelle d t rioration de l chantillon par cong lation Mat riel de pr l vement et milieux de transport fournis par la muni d une cuill re Pr l vements Tube Milieu Temp ratur Pr cautions Conservatio Germes cf annexe 2 e de Mode d emploi n du recherch s stockage pr l vement Frottis pour Ecouvillon universel Temp rature Apr s le pr l vement Temp rature recherche ambiante enfoncer l couvillon dans le ambiante d a robies germes TA milieu de transport et l y laisser TA peu exigeants plaies superficielles gorge furoncles etc Frottis pour recherche d ana robies Ponctions diverses Tubes st riles de 15 TA Ajouter quelques gouttes d eau R frig rateur Biopsies ml ou 50 ml physiologique st rile aux biopsies H mocultures Diff rents flacons TA Voir H mocultures 3 6 35 37 C contenant du bouillon LCR Bact ries et Tube st rile de 15 ml TA Envoyer au min 3 ml le plus TA parasites vite possible LCR virus et PCR Tube st rile de 15 ml TA Envoyer 0 5 3 ml selon les R frig rateur demandes Cath ter Tube st rile de 50 ml TA introduire le morceau de R frig rateur cath ter avec une pince st rile bien revisser le bouchon Expectorations Tube st rile de 50 ml TA R frig rateur Selles Bact ries Tube FECON bleu TA Ne remplir qu
56. ement LBA contamin par la LCR possible PCR pr sence du virus sur la peau 10 3 Transport du mat riel Milieu de transport pour virus MTV Ce milieu se conservant r frig r doit tre utilis seulement pour la culture virale partir des pr l vements suivants frottis urine biopsie liquide de v sicule s cr tions nasopharyng es s cr tions trach ales LBA etc afin de pr server la viabilit des virus cf 3 2 Frottis Tissus Liquides Urines Introduire dans le milieu de transport et y laisser l couvillon introduire et craser dans le milieu de transport Introduire dans le milieu pour les grands volumes mettre seulement 1 2 ml Verser 2 ml d urine dans le milieu de transport Pr l vements natifs tube st rile Veuillez nous les faire parvenir tr s rapidement Sang LCR Selles Tous Ne jamais mettre dans un milieu MTV tube EDTA Ne jamais mettre dans un milieu MTV tube 15 ml st rile Ne jamais mettre dans un milieu MTV Tube FECON bleu Comprenant d autres recherches par exemple cultures bact riennes Ces pr l vements peuvent tre gard s temp rature ambiante ou r frig r s 61 Afin de conserver la qualit de la gestion d un pr l vement pr cieux nous vous sugg rons de prendre contact avec notre laboratoire avant de faire le pr l vement 10 4 D tections rapides sur le pr l vement La culture virale peut se positiver e
57. ent antimicrobien ou interrompre celui ci avant les pr l vements dans tous les cas sp cifier sur la fiche de demande d analyse le nom des antibiotiques prescrits et la dur e du traitement REMPLIR LES FICHES COMPL TEMENT ET LISIBLEMENT SANS OUBLIER LE NOM DU MEDECIN EV N DU BIP A QUI IL FAUDRA COMMUNIQUER LES RESULTATS Donner le plus possible de renseignements concernant le patient et sa maladie y compris une ventuelle maladie sous jacente et le status immunologique ou des d tails sur une possibilit d exposition un agent particulier voyage exposition professionnelle etc Pr ciser la nature exacte ainsi que la date et l heure du pr l vement et cocher les examens d sir s Toujours identifier le pr l vement en inscrivant le nom du patient sur le milieu de transport Indiquer clairement par un point jaune s il est connu que le patient est infectieux Sp cifier clairement toute demande sp ciale ventuellement prendre contact au pr alable avec le laboratoire t l 032 967 21 01 Faire parvenir les chantillons le plus rapidement au laboratoire dans son milieu de transport ad quat voir 3 2 Les tubes doivent tre bien ferm s afin d viter que le contenu ne s coule et ne contamine les personnes charg es de son transport et de sa manipulation En cas d envoi par la poste les tubes et bouteilles cassables doivent tre exp di s dans des emballages de protection mat riel absorbant sachets
58. es temp rature ambiante Un milieu de transport au charbon disponible au laboratoire permet une conservation plus s re du pr l vement sur couvillon Toutefois la mise en vidence de Bordetella pertussis n est r elle que dans la phase catarrhale e La PCR se fait partir des s cr tions nasopharyng es et du frottis sur couvillon sp cifique inclus avec le milieu de transport Le pr l vement est ensuite mis dans le milieu fourni par la Microbiologie NPS PCR TM en y laissant le frottis Cette m thode a l avantage de d tecter une partie de l ADN du pathog ne m me s il n est plus viable Sa sensibilit reste lev e m me apr s la phase aigu Un r sultat positif disponible apr s 3 4 jours ouvrables est rapidement communiqu par t l phone e La s rologie permet de documenter une coqueluche notamment chez des patients pr sentant une clinique moins typique ex adultes Elle est positive 2 3 semaines apr s la phase aigu 3 5 3 L gionelles Le diagnostic de la pneumonie l gionelles est devenu plus complet depuis l utilisation de la mise en vidence de l antig ne dans les urines Voici les m thodes de diagnostic disponibles e La culture de l gionelles partir des expectorations profondes des aspirations ou des LBA permet l isolation et la d termination de l esp ce ainsi que du s rotype et de documenter par comparaison des souches un ventuel foyer ou source de contamination Sa sensibilit n
59. es h morragiques et sans leucocytes il est possible d utiliser les m thodes diagnostiques suivantes e Une d tection de la toxine similaire la V rotoxine dans les selles apr s enrichissement en bouillon e Culture de selles sur une plaque s lective permettant de mettre en vidence les E coli 0157 qui agglutineront avec un latex sp cifique e Confirmation des r sultats positifs par le laboratoire de r f rence CNTIA gr ce la PCR et des m thodes d hybridation d ADN 3 5 5 Bartonella henselae Maladie des griffes du chat Zoonose relativement fr quente dans les r gions de campagne se pr sentant par des sympt mes peu sp cifiques tat grippal fi vre ad nopathie mais qui attire l attention lors de complications douloureuses comme l ad nopathie persistante La pr sence de chat ge lt an ou une griffure ou site d inoculation doivent rapidement faire penser la maladie des griffes du chat Les m thodes de diagnostic disponibles sont les suivantes e La s rologie IgG et IgM a une sensibilit de 92 et une sp cificit de 88 e La PCR ne se fait pas sur le sang mais bien sur le pus du ganglion abc d ou encore mieux sur le ganglion lui m me La possibilit de d tecter par la m me PCR une bact rie proche Bartonella quintana partir de biopsie de tissus doit tre discut e Bien que pr sentant une autre clinique l agent de la Fi vre des tranch es peu pr senter des similitudes ma
60. es 24h incubation a robies et ana robies jusqu 7 jours Mycobact ries H moculture Bactec 13A Champignons routine H mocultures 3 triplets incubation jusqu 14 jours Champignons dimorphiques H mocultures 3 triplets ou exotiques incubation jusqu 30 jours Histoplasma Coccidioides etc Endocardites Bact ries Gram et Gram H mocultures 3 paires ou plus 24h a robies et ana robies incubation jusqu 30 jours ventuellement champignons Infections Staphylocoques H mocultures associ es au port Candida spp culture des pointes de cath ter de cath ters Myocardites Staphylocoques dor s H mocultures p ricardites pneumocoques cultures de ponctions de biopsies ent robact riac es Mycobacterium tuberculosis champignons Leptosires S rologie Virus Culture virale PCR Mycoplasma pneumoniae S rologie PCR Coxiella burnetti Fi vre Q S rologie Infections Brucella spp H mocultures 3 paires ou plus syst miques incubation jusqu 30 jours S rologie Salmonella Typhi Paratyphi Culture de selles et h mocultures S rologie Widal Francisella Leptospires S rologie Coxiella burnetti S rologie Mycobact rioses H mocultures Bactec 13A Cytom galovirus CMV Culture rapide partir de sang buffy coat Culture de l urine nouveau n s Eventuellement s rologie Syndrome de Staphylocoques dor s Culture des s cr
61. eter Boucher le tube l tiqueter et l acheminer rapidement au laboratoire 8 2 4 Frottis de conjonctive Eliminer tout exsudat purulent avec un tampon st rile Frotter vigoureusement la conjonctive tarsale avec le petit couvillon Utiliser un couvillon pour chaque oeil s par ment Placer l couvillon dans le tube AMPLICOR contenant le milieu de transport Agjiter vigoureusement l couvillon dans le liquide pendant 15 secondes Exprimer le liquide de l couvillon contre la paroi du tube Sortir l couvillon et le jeter Boucher le tube l tiqueter et acheminer rapidement au laboratoire Attention les chantillons transport s avec l couvillon peuvent contenir des inhibiteurs de la polym rase 51 8 3 Papilloma Virus Humain 8 3 1 Frottis cervicaux Si on d sire faire un examen cytologique pr lever l chantillon pour le Papanicolaou en premier lieu Ne pas proc der au pr l vement apr s application d acide ac tique e Identifier le tube de transport Etui DIGENE avec nom et pr nom de la patiente e Retirer l couvillon en Dacron de son emballage l introduire dans le canal endocervical et obtenir les cellules par rotation Frotter aussi fermement toute zone de transformation e Placer l couvillon dans le tube de transport casser la tige et refermer le tube e Etiqueter et acheminer le tube rapidement au laboratoire 8 2 2 Biopsies cervicales Placer imm diatement la biopsie
62. ible ponctionner avant louverture du thorax apr s d sinfection de la peau l iode Les pr l vements mis dans de l alcool ou du formol ne conviennent pas Virus Si possible congeler 80 jusqu l envoi prendre contact avec l INM Epid miologie Culture Portage MRSA Prendre contact Hygi ne qualitative et avec l INM pour hospitali re quantitative d terminer quels sont les pr l vements n cessaires 22 Pr l vement Examens de Sur demande Quantit Milieu de Indications routine transport cf particuli re du annexe 2 pr l vement Selles Culture A partir des mati res Mentionner si le patient Salmonella spp f cales mises dans a fait un s jour Shigella spp un r cipient propre l tranger Suspicion de Campylobacter pr lever le volume shigellose ou chol ra spp d une noix de selles envoyer galement un Yersinia dans un tube frottis rectal couvillon enterocolitica FECON bouchon universel Aeromonas spp Clostridium difficile bleu muni d une cuill re 1 selle jour maximum 3 semaines idem gt culture recherche de toxine Respecter un d lai de 5 jours si un 1er pr l vement est positif avant de renvoyer des selles Mycoses Candida Comme pour la Chez patients Spp routine immunod prim s Vibrio cholerae Selles frottis rectal Plesiomonas Rotavirus Comme pour la
63. ier personnes Champignons Biopsies pulmonaires g es Empy me pleural Pneumocoques Culture du liquide pleural Streptocoques du groupe milleri Staphylocoques dor s Ana robies Mycobact riose Mycobacterium tuberculosis Culture des expectorations tuberculose MOTT aspirations bronchiques LBA liquide pleural biopsies pulmonaires examen direct Infiltrat pulmonaire Parasites Cf chapitre 9 osinophilie Kyste pulmonaire Echinococcus spp S rologie Examen direct Aspergillome Aspergillus Spp Culture de biopsies Examen direct S rologie Mucoviscidose Pseudomonas aeruginosa Culture Staphylocoques dor s Haemophilus influenzae Burkholderia cepacia 10 2 6 Syst mes nerveux Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire M ningite M ningocoques Culture et Gram du LCR Pneumocoques h mocultures Haemophilus influenzae Streptocoques f h molytiques gr B Listeria monocytogenes Cryptococcus neoformans Culture du LCR Gram Recherche antig nique agglutination Mycobacterium tuberculosis Culture du LCR examen direct Leptospires S rologie Treponema pallidum Neuro lu s S rologie dans s rum et LCR TPHA Enterovirus Herpes simplex PCR Enc phalites Listeria monocytogenes Culture de LCR h mocultures Rougeole oreillons S rologie Herpes simplex autres virus PCR du LCR Toxoplasma gondii HIV S rologie dans sang et LCR Virus de l enc phalit
64. ion des r sultats 15 colonies 1 esp ce infection probable identification antibiogramme r sultat communiqu par t l phone Risque de bact ri mie ou septic mie valuer la n cessit de faire des h mocultures pour rechercher la bact ri mie 5 3 Bile Lait maternel Liquide amniotique Sperme Lavage broncho alv olaire LBA La num ration semi quantitative des micro organismes en pr sence est rendue en CFU ml Colony Forming Unit Ceci peut aider distinguer les ventuels contaminants des pathog nes probables 40 5 4 Pr l vements susceptibles d tre contamin s par la flore normale La num ration semi quantitative de la culture des micro organismes sur g lose est encod e comme suit 1 10 colonies croissance dans la 1re plage seulement croissance dans la 2e plage Croissance dans la 3e plage La quantification est n cessaire l valuation de la signification clinique du germe tant donn qu un pathog ne dans un certain contexte peut aussi tre un simple saprophyte dans une flore normale voir les tableaux ci dessous Lieu de l infection Source de la contamination Oreille moyenne Cavit auriculaire externe Voies respiratoires inf rieures Oropharynx Sinus Nasopharynx Vessie Ur tre et p rin e Endom tre Vagin Plaies superficielles et infections sous cutan es Peau et muqueuses 5 5 Flore normale humaine Fistules
65. ir avec une seringue ou couvillon Virologie Milieu de transport MTV m o TR ou quelques ml Mycoses Pr lever aseptiquement et introduire dans le tube avec une pince st rile bien revisser le bouchon a liquide de drainage dans un tube st rile Envoyer toute la poche de dialyse ou 50 ml dans un tube st rile 3 3 2 Pr l vements ORL Voies respiratoires Oeil Pr l vement Examens de Sur demande Quantit Milieu de Indications routine transport particuli re du pr l vement Frottis de gorge Culture Gonocoques Ecouvillon universel pharynx angine streptocoques Culture largie B h molytiques Candida des groupes A Streptocoques Chez les nouveaux n s Cet G h m Listeria Virus Milieu de transport Angine de Plaut Gram pas de viral MTV Association fuso Ecouvillon universel Vincent culture spirillaire Coqueluche Bordetella Culture Aspiration et frottis pertussis PCR nasopharyng au cours de la phase catarrhale 18 Pr l vement Examens de routine Sur demande Quantit Milieu de transport Indications particuli re du pr l vement de la maladie Faire parvenir rapidement Voir chapitres 3 5 2 et 8 Soulever le bord de la Dipht rie Corynebacterium Ecouvillon diphteriae universel fausse membrane et couvillonner sous celle ci Pr lever aussi du mat riel du nasopharynx
66. is atteint plus particuli rement les immunod prim s et les sans abris 3 5 6 Chlamydia trachomatis par IF immunofluorescence Etuis de pr l vements disponibles l INM contenant 2 couvillons st riles en Dacron une lame et un tube d ac tone fixateur Hommes ne pas uriner durant l heure pr c dant le pr l vement introduire l couvillon tige m tallique d environ 2 4 cm dans l ur tre Tourner 5 10 sec en frottant 27 soigneusement pour arracher des cellules Femmes placer un sp culum Nettoyer le col ut rin avec un couvillon st rile ou une gaze Introduire l couvillon tige plastique dans le canal endocervical d environ 1 cm en frottant soigneusement pour arracher des cellules Retirer l couvillon en vitant de toucher les parois vaginales L ur tre f minin peut aussi tre infect faire donc un 2e pr l vement selon la technique pr vue pour les hommes Pr l vements oculaires appliquer un anesth sique local Eliminer tout exsudat purulent avec un tampon st rile Utiliser un couvillon tige m tallique pour chaque oeil s par ment Frotter soigneusement la surface interne des 2 paupi res pour arracher des cellules Pneumopathie du nouveau n veuillez contacter l INM Confection du frottis lame e Eliminerles pr l vements purulents ou h morragiques e R aliser le frottis IMM DIATEMENT apr s le pr l vement e Rouler soigneusement la totalit de l couvillon sur toute
67. la surface du cercle marqu sur la lame Laisser s cher compl tement l air ambiant e V rifier la pr sence de l talement e Fixer avec l ac tone laisser vaporer e Envoyer la lame dans son tui rapidement au laboratoire e Si un envoi imm diat n est pas possible conserver la lame 2 8 C au maximum 7 jours e Au del il faut congeler 20 C Remarque un pr l vement ne montrant pas de Chlamydiae et contenant moins de 50 cellules pith liales sera class interpr table Voir aussi Chlamydia trachomatis par PCR au chapitre 8 3 5 7 Mycoplasmes g nitaux Effectuer le pr l vement avant toute antibioth rapie Les mycoplasmes ayant une grande affinit pour les membranes des cellules de muqueuses il est important de recueillir le plus grand nombre possible de cellules e Pr l vement vaginal nettoyer minutieusement l exocol et liminer la glaire cervicale sans utiliser d antiseptique local puis couvillonner l endocol Placer l couvillon dans le milieu de transport BUA R1 et l y laisser e Pr l vement ur tral nettoyer le m at et pr lever par couvillonnage ou grattage de la muqueuse au moins 3 heures apr s la derni re miction Placer l couvillon dans le milieu de transport BUA R1 et l y laisser e Urine pr lever le premier jet env 10 ml dans un tube st rile et faire parvenir imm diatement dans les 30 minutes Veuillez avertir le laboratoire e Sperme dans un tube st
68. lundi mardi s rum en raison d une longue incubation N gonorrhoeae FC Titre C Utile en cas d arthrite r actionnelle 1x semaine lundi mardi Oreillons IF IgG IgM B AST Parainfluenza 1 2 3 FC Titre C R action crois e parfois avec les 1x semaine lundi mardi oreillons Un 2e s rum 15 jours apr s est souhaitable Parvovirus B19 IgG IgM C AST Rickettsies IF IgG IgM A AST Les r sultats positifs en IgM seulement doivent tre contr l s apr s 21 jours la pr sence simultan e d IgG est obligatoire lors d infection aigu Rougeole ELFA IgG chaque jour Taux B AST IgM N gatif Positif Rub ole ELFA IgG IgM IgG Ul ml IgM B chaque jour U ml Test avidit des IgG en AST Permet de dater une infection de plus de 2 mois Agent pathog ne Test R sultat Cod Remarques Maladie Param tre Fr quence de l analyse e AST analyse sous trait e cf annexe 1 e S Typhi Widal agglutination N gatif C Int r t pid miologique et d pistage e S Paratyphi A B C chaque jour Positif titre d arthrites Ne permet pas de e S Enteritidis diagnostiquer une manifestation gastro e S Typhimurium intestinale Syphilis s rum RPR test rapide chaque Titre A B Nombreuses r actions crois es connues Treponema pallidum jour Titre rendant difficile l interpr tation de titres TPHA d pistage N gatif Positif bas particuli rement lors de d pistage
69. n 1 15 jours selon les virus et la quantit pr sente avec une moyenne de 2 7 jours Il est donc quelques fois pr f rable de choisir la d tection rapide au moyen de 1 Tests immunoenzymatiques directement sur le pr l vement comme l immunofluorescence IF ELISA immunoblot ou agglutinations Ces tests sont particuli rement int ressants pour la gestion rapide d un patient ou la surveillance pid miologique comme cela est le cas pour le RSV le virus de l influenza ou le rotavirus Il permet une r ponse le jour m me de l arriv e du pr l vement au laboratoire 2 Culture rapide apr s 1 jour d incubation shell vial assay elle permet de d tecter des prot ines sp cifiques exprim es par les cellules parasit es par des techniques immunoenzymatiques semblables la d tection antig nique directe 10 5 Vir mie CMV dans le sang antig n mie Ce test est utilis commun ment pour la surveillance de patients transplant s Il se fait par culture rapide le r sultat tant communiqu par t l phone le jour suivant e Pr lever 2 x 10 mli de sang EDTA e Garder temp rature ambiante et faire parvenir tr s rapidement au laboratoire le matin e l est pr f rable de nous avertir le jour avant la prise de sang pour faciliter l acheminement au laboratoire sous traitant 62 LES ANNEXES 1 2 et 3 ne sont pas corrig es GSJ ANNEXE 1 Analyses en sous traitance et adresses des laboratoires mandat s Cf li
70. n d finitive 1 jour Selon l esp ce plusieurs mois e antibiogramme 5 10 jours Seulement pour Mycobact ries du complexe Diagnostic mol culaire e Chlamydia trachomatis gonocoques 2x par semaine tuberculosis Mardi et vendredi R sultat t l phon si e vir mie HIV e HCV qualitatif Ix par semaine Ix tous les 15 Jeudi R sultat t l phon si Parasitologie e selles et autres pr l vements fix s jours 1 2 jours R sultat t l phon si e selles et autres pr l vements frais par ex amibes Dans la journ e R sultat t l phon si e malaria Dans la journ e R sultat t l phon si Divers e Chlamydia trachomatis par IF 1 jour e S rologie selon analyse Voir tableau chapitre 7 e Rotavirus Dans la journ e R sultat t l phon si e RSV d tection antig nique 1 heure R sultat t l phon ou e L gionelle antig ne urinaire 1x par semaine R sultat t l phon si e EHEC Toxine 1x par semaine R sultat t l phon si 2 Maladies infectieuses les plus importantes et moyens de diagnostic 2 1 Syst me cardio vasculaire h matopo tique et lymphor ticulaire Triplet flacons a ro ana mycosis b41 paire par le cath ter 1 paire par p riph rie Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Septic mies Bact ries Gram et Gram H mocultures 2 3 pair
71. ndes B tonnets Gram Streptocoques ana robies L sion de la peau et des Dermatophytes Culture squames cheveux ongles phan res Levures poils Plaies Staphylocoques dor s Culture de frottis ou biopsies Staphylocoques dor s Morsure chien chat Pasteurella EF 4 DF2 Staphylocoques dor s Culture de frottis ou biopsies humaine Eikenella corrodens Ana robies Cellulite Streptocoques B h molytiques Culture de frottis ou d aspiration apr s instillation de NaCl sous cutan e 8 Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Cellulite gangr neuse Souvent infections mixtes a ro ana robies Culture de frottis ou de pus Gangr ne gazeuse Clostridium spp Certaines Ent robact riac es en association avec ana robies Culture de frottis ou de mat riel op ratoire H mocultures Mastite abc s mammaire Staphylocoques dor s ana robies Culture du pus Granulome Mycobact ries en particulier M marinum Culture de biopsie de la peau Ectoparasites Poux tiques Identification envoyer vivant ou dans de l alcool 70 2 4 Clinique Voies respiratoires sup rieures Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Sinusite aigu Pneumocoques Haemophilus influenzae Streptocoques h molytiques Moraxella catarrhalis Culture des s cr tions aspiration ou ponction
72. nombreuses esp ces bact riennes Il faut donc viter la pr sence de cette flore saprophyte ou contaminante dans les pr l vements destin s la culture Si une mise en culture n est pas possible dans l heure qui suit le pr l vement r frig rer l urine pour emp cher une prolif ration des germes Conservation au r frig rateur lt 24h o temp rature ambiante lt 2h Le mode de pr l vement le plus utilis est celui dit du milieu du jet mi jet si le pr l vement est confi au patient lui m me il faut lui donner des instructions pr cises disponibles au laboratoire sur demande Apr s lavage hygi nique des mains e Faire une toilette soigneuse de la r gion vulvaire chez la femme et du m at chez l homme puis rincer abondamment e Eliminer le 1er jet d urine et recueillir dans le tube st rile de 50 ml au moins 20 ml d urine milieu du jet e Fermer herm tiquement le tube l identifier tr s pr cis ment par ex tiquette du service et le faire parvenir rapidement ou le laisser 4 8 la nuit Analyses particuli res Mycobact ries voir chapitre 3 7 Parasites voir chapitre 9 Chlamydia Gonocoques voir chapitre 8 CMV voir chapitre 10 25 Mycoplasmes voir chapitre 3 5 7 L gionelles voir chapitre 3 5 31 Les sondages v sicaux devraient tre r serv s aux patients alit s inconscients etc Il y a un danger d infection post sondage par introduction de germes de l ur
73. nt robact ries Pseudomonas spp Haemophilus spp Campylobacter spp etc B tonnets Gram type Haemophilus Haemophilus spp Pasteurella spp B tonnets Gram fusiformes Fusobacterium spp ana robies B tonnets Gram type ana robie Bacteroides spp Prevotella spp Fusobacterium spp 36 Morphologie Exemples B tonnets Gram Listeria spp Bacillus spp Propionibacterium spp cf ci dessous Clostridium spp ana robies B tonnets Gram type Gardnerella Gardnerella vaginalis B tonnets Gram ramifi s Actinomyces spp et Nocardia spp et autres B tonnets Gram type Lactobacillus Lactobacillus spp Eubacterium spp etc B t Gram type Corynebacterium Corynebacterium spp Filaments myc liens Dermatophytes moisissures et levures 4 2 2 Coloration de Giemsa Pour les recherches dans le sang sur frottis minces et gouttes paisses de e parasites malaria microfilaires trypanosomes et e bact ries Borrelia recurrentis agent de la fi vre r currente 4 2 3 Coloration au methenamine argent e Recherche de Pneumocystis carinii particuli rement dans les LBA ou biopsies e Recherche d autres champignons par leur forme myc lienne 4 2 4 Coloration l auramine fluorescence Coloration de d pistage pour la recherche de mycobact ries Marquage fluorescent des acides nucl iques qui chez les mycobact ries sont r sistants la d coloration l acide
74. on relative un s jour l tranger dur e destination s pr cise s date du retour e D ventuels traitements et prophylaxies Pour le pr l vement des expectorations des frottis vaginaux et ur traux veuillez suivre les indications donn es au chapitre 3 9 3 1 Tractus intestinal Selles Envoyer rapidement un tube de selles fra chement mises 10g sans adjonctions tube FECON et 3x un tube contenant les selles environ 1g volume d une noisette fix es et homog n is es dans 10 ml de solution SAF tube FECON Le pr l vement devrait se faire par petites portions plusieurs endroits des selles s il y a du mucus ou du sang pr lever ces endroits l Les 3 chantillons devraient tre pr lev s sur 3 jours diff rents et si possible non cons cutifs en l espace de 10 jours maximum Le patient ne doit pas avoir re u de traitement antibiotique antiparasitaire ou de baryum dans les 2 semaines pr c dant l examen de mani re g n rale indiquer tout traitement Les pr l vements contamin s par de l urine ne sont pas acceptables Les oeufs et larves d helminthes ne sont pas pr sents dans les selles durant la phase pr coce qui peut durer jusqu 3 mois Recherche de larves dans les selles anguillules Faire parvenir imm diatement les selles encore chaudes sans additifs les larves devraient tre encore 56 vivantes la r ception du mat riel Liquide duod nal Mettre le liquide d a
75. ottis oui ou frotter de 2 Biopsie oui mani re pr lever Oeil frottis des cellules Sur le LCR possible PCR possible LCR il est possible de faire une s rologie en vue de d terminer la production intrath cale H patites Sang non PCR oui Cf Ch 7 et 8 A B C D E F HIV 1et2 Sang non PCR oui Cf Ch 7 et 8 Influenza A et B Gorge frottis oui oui oui Culture permet de bien appuy ou documenter une S cr tions grippe et nasopharyng es d terminer le type LBA Parainfluenza 1 cf Influenza oui oui Documentation 2et3 d un cas et typage Oreillons LCR oui oui Culture positive Urine salive dans la phase 60 Virus Pr l vements Culture D tection Diagnostic S rologie Remarques rapide mol culaire aigu et d but de convalescence utile si pas de parotidite Papilloma Virus Frottis non Hybridation non Cf Ch 8 Humain HPV gyn cologique Biopsie cultivable Rougeole non oui Rotavirus Selles fra ches non latex non D tection cultivable antig nique chez les lt 2ans ou immunocompromis Rub ole Liquide oui PCR oui Contacter le amniotique laboratoire Parvovirus B19 Ponctions non non PCR oui Biopsies RSV Virus S cr tions oui oui oui Enfants en bas Respiratoire nasopharyng es ge Syncytial Mucus extractor Personnes g es aussi Varicelle et zona Biopsies oui oui oui Attention le LCR VZV v sicules l sion peut tre frottis facil
76. qu 7 jours P diatrie routine Flacons Bactec P ds bouchon gris clair capsule rose tiquette rose contenant 40 mI de bouillon de culture pour germes a robies Pour la recherche d ana robies veuillez prendre contact avec le laboratoire Inoculer 1 3 ml de sang NB Veuillez nous indiquer le volume de sang inocul s il est inf rieur En cas de septic mie ou de bact ri mie chez l enfant la concentration de bact ries dans le sang circulant est plus forte que chez l adulte Incubation jusqu 7 jours Important ne rien crire ou coller sur le code barres des flacons 3 6 1 Demandes sp ciales 3 6 1 1 Champignons Les fong mies sont difficiles d tecter il n existe pas de m thode id ale bien tablie pour la recherche de champignons dans le sang mais l h moculture constitue un des examen cl s du diagnostic 30 des mycoses invasives Des cultures n gatives ne peuvent donc pas exclure une mycose Responsables d infections nosocomiales et communautaires les champignons jouent un r le grandissant chez les immunod prim s les porteurs de cath ters veineux centraux ou lors d utilisation d antibiotiques large spectre Il est recommand de pr lever plusieurs s ries d h mocultures 3 triplets aero ana mycosis 24h et intervalle journalier ensemencer le milieu Bactec Mycosis bouchon gris fonc capsule verte tiquette verte contenant 40 ml de bouillon Inoculer 8 10 mI de s
77. ques gouttes de Variable NaCl 0 9 st rile Moelle osseuse Tube st rile 7 10 ml Sang menstruel Tube st rile diluer avec NaCl 0 9 st rile Quelques millilitres 1 1 Sperme Natif Variable Selles Tube st rile FECON bouchon bleu Remplir moiti Indication immunod prim s Ecouvillons Pas recommand s Seulement acceptables si le mat riel ne peut pas tre pr lev d une autre fa on 3 7 2 M thodes de diagnostic La recherche du Mycobacterium tuberculosis BK ou bacille de Koch ainsi que des autres mycobact ries MOTT ou Mycobacteria other than tuberculosis se fait e Par examen direct coloration l auramine fluorescence ou Ziehl Neelsen on d tecte les Bacilles Acido Alcoolo R sistants ou BAAR NB cette acido alcoolo r sistance se r f re uniquement des propri t s tinctoriales La microscopie permet un diagnostic rapide si elle est positive mais la sensibilit globale de la m thode n est que d environ 60 II faut au moins 10 10 germes ml pour avoir une bonne probabilit que la lame soit positive La pr sence de BAAR l examen direct ne permet pas de donner l identit de la bact rie Des micro organismes autres que les Mycobact ries peuvent tre partiellement acido alcoolo r sistants Par ex Rhodococcus Spp Nocardia Spp Legionella micdadei Certaines Mycobact ries croissance rapide ont une facult variable retenir les colorants acido alcoolo r sistants ce
78. ra collect plusieurs fois par jour par le personnel de la Microbiologie 8h00 10h30 14h30 16h30 Etuve et r frig rateur sont disposition ainsi qu une r serve de mat riel pour les pr l vements cf Annexe 2 1 5 4 Apporter directement en Microbiologie e Tous les pr l vements urgents ou pr cieux e Tous les pr l vements pour culture de gonocoques mycoplasmes virus e Biopsies gastriques pour la recherche de Helicobacter pylori e Bile liquide duod nal pour recherche de Giardia lamblia e Selles fra ches pour recherche de formes v g tatives de Giardia lamblia ou d amibes de larves d anguillules e Sang pour les vir mies HIV HBV ou HCV 1 6 Communication des r sultats Des r sultats m me partiels importants sont communiqu s d abord par t l phone par fax ou par diohsimed pour les h pitaux Toutefois seuls les rapports pr liminaires ou finaux sont officiellement valid s Les rapports crits sont envoy s par la poste m me le samedi Les r sultats pour h pital de La Chaux de Fonds sont d pos s au service messager et visibles sur Diohismed En semaine les r sultats pour les h pitaux des Cadolles Pourtal s Providence Landeyeux St Imier du Locle et de Couvet sont achemin s par le transporteur le matin ou apr s midi 1 7 Dur e des analyses effectu es en Microbiologie titre indicatif Pour les autres analyses veuillez vous adresser laboratoire a ro germes a robies
79. rile envoyer imm diatement 28 BUA R Bouillon ur e arginine liquide de reprise 3 5 8 Mycoses La recherche de levures se fait syst matiquement pour les pr l vements suivants pr l vements ORL pr l vements g nitaux pr l vements provenant de patients immunod prim s mat riel d autopsie Pour les autres pr l vements les champignons sont recherch s sur demande sp ciale Au pr alable pour les recherches de champignons nous faisons une pr paration directe au Blankophore qui indique la pr sence ou l absence d l ments myc liens au microscope Ce r sultat fait l objet d un rapport interm diaire Recherche de Cryptococcus neoformans e Dans les LCR par agglutination titration si et culture e Dans le s rum par agglutination uniquement titration si e Dans le sang par h moculture e Autres pr l vements par culture Pr l vements Pour viter des contaminations bact riennes 1 nettoyage m canique pour enlever les d p ts ind sirables cro tes peau morte 2 nettoyage l alcool 70 Il est souvent n cessaire de faire plusieurs pr l vements du m me site Pr l vement M thode pr cautions Biopsies mycose sous cutan ou g n ralis e Excision aseptique du centre et de la p riph rie de la l sion envoi dans un tube st rile Cheveux poils Raccourcir avec une pince piler en arracher environ 30 au bord de la l
80. rilets pour recherche d Actinomyces spp Os et Aspiration avec seringue et aiguille Frottis superficiels articulations Biopsies Frottis per op couvillon universel Tissus mous Aspiration avec seringue et aiguille Frottis superficiels de la peau Biopsies ou des bords d une plaie Plaies ulc res aspiration profonde travers la peau d contamin e 24 Localisation Acceptables Non acceptables 3 4 3 Transport e Grands volumes de pus de liquides de ponction et grands morceaux de tissus dans un tube st rile les bact ries ana robies y restent vivantes pendant 2 3 heures temp rature ambiante e Frottis l aide de l couvillon universel les frottis sont les pr l vements les moins indiqu s pour la recherche d ana robies toutefois ils peuvent tre gard s temp rature ambiante durant la nuit e Biopsies petits volumes de mat riels aspir s dans un tube st rile de 15ml avec quelques gouttes d eau physiologique st rile Apporter toujours ces pr l vements au laboratoire dans les plus brefs d lais 3 5 Pr cautions particuli res pour certaines analyses 3 5 1 Urines Culture de routine L ur tre est en g n ral colonis par la flore de la peau staphylocoques coagulase n gative Corynebacterium spp et par des germes de la flore f cale ou vaginale Enterococcus spp Lactobacillus spp Par ailleurs l urine est un bon milieu de culture pour de
81. s par rapport son utilit pour le diagnostic et sa valeur pour la gestion du patient 7 1 1 Pr l vements Les tests sont valid s en principe sur du s rum quelque fois sur du liquide c phalo rachidien LCR mais ils pourraient aussi se faire partir de plasma de liquide de ponction ou d humeur aqueuse Envoyer 5 10 mi de sang natif sans anticoagulant ou 2 5 mi de s rum au moins 2 mi de LCR toujours avec du s rum en parall le NB Ces pr l vements doivent tre gard s 4 8 C s ils ne sont pas achemin s le jour m me Pr lever un 2e chantillon 7 21 jours ou plus selon pathog ne et marqueur apr s le 1er pr l vement si l on d sire suivre l volution des anticorps 7 1 2 R sultats Les r sultats peuvent tre exprim s en positif n gatif quivoque par un titre exprim en dilution du s rum en indice ou en unit s ex unit s internationales ml Les valeurs sont toujours accompagn es de bornes d interpr tation Un r sultat positif ou n gatif se rapporte uniquement au test pas la maladie elle m me 7 1 3 Motivation Il est essentiel de motiver la demande afin de permettre une bonne gestion de la qualit de l analyse qui passe par le choix des tests jusqu l interpr tation ad quate des r sultats Nous ne sommes pas en mesure de commenter des r sultats sans renseignements cliniques 46 7 2 courants Codes A B patient C S rologie obligatoir
82. se PCR indiqu e pour les ponctions de genou et biopsies de peau Confirmation Western Blot IgG IgM Appr ciation B AST Sp cificit am lior e pour les stades tardifs Neuroborr liose ELISA Capture IgG IgM Index A Envoyer du s rum avec le LCR Calcul de la production intrath cale AST Brucella spp Agglutination N gatif B R action avec B melitensis B abortus Chaque jour Positif titre bovis et B suis Campylobacter jejuni FC Ix semaine Titre C Manifestations extra digestives lundi mardi seulement par ex Syndrome de Guillain Barr e C trachomatis IF IgG IgM IgA Titre C Screening pour Chlamydiae ou test e C psittaci 1x semaine jeudi individuel e C pneumoniae Coxiella burnetti IF Titre A AST Fi vre Q D pistage sur la phase Il Si positif titration sur la phase Il et la phase Cryptococcus Agglutination antig ne N gatif A Chez les immunocomp tents neoformans Chaque jour Positif titre Le titrage permet un suivi th rapeutique 47 48 Agent pathog ne Test R sultat Cod Remarques Maladie Param tre Fr quence de l analyse e AST analyse sous trait e cf annexe 1 LCR s rum Cytom galovirus ELFA IgG IgM e IgM U ml B Chaque jour e IgG UA mI Test avidit des IgG en Permet de dater une infection de plus de 3 mois cf sous traitance Echinocoques ELISA B
83. solutions de rin age st riles 3 3 3 Pr l vements uro g nitaux Pr l vement Examens de Sur demande Quantit Milieu de Indications routine transport cf annexe 2 particuli re du pr l vement Urine Culture a ro Examen microscopique Num ration des germes L gionnelles antig ne Candida Cytom galovirus Ana robies Mycobact ries Parasites Mycoplasmes Chlamydiae PCR Gonocoque PCR Environ 10 50 ml dans un tube st rile Voir 3 5 1 pour plus d indications Ana robies seulement sur urines ponctionn es Frottis vaginal Culture a ro Gardnerella vaginalis Strept B h m gr B Trichomonas Ecouvillon universel Fin de grossesse Examen direct 20 Pr l vement Examens de Sur demande Quantit Milieu de Indications routine transport cf particuli re du annexe 2 pr l vement Candida spp vaginalis Examen Gonocoques microscopique Frottis vulve Candida spp Trichomonas Ecouvillon universel vaginalis Herpes Milieu MTV simplex Frottis du col Culture a ro Ecouvillon universel Si suspicion d infection ut rin Strepto G haute endom trite h molitique actinomycose ne pas gr B grossesse envoyer de frottis mais Gardnerella aspirer le pus la vaginalis seringue Voir 8 1 Candida spp HPV Milieu de transport Voir 8 2 Examen sp cial microscopique Gonocoques Etui AMPLICOR Voir
84. spiration dans un tube st rile de 15 ml et faire parvenir imm diatement Scotch test Oxyures Le matin avant la toilette appliquer sur l anus un morceau de ruban adh sif transparent en insistant bien dans les replis le coller ensuite sur une lame porte objet en vitant les bulles d air Bien envelopper avant l exp dition les oeufs sont contaminants Biopsies Placer la biopsie dans un tube st rile de 15 ml avec tr s peu d eau physiologique st rile pour maintenir l humidit et faire parvenir rapidement au laboratoire Vers ou segments de vers Mettre l l ment identifier dans un tube de 15 ou 50 mI contenant de l eau physiologique pas de formol 9 3 2 Sang Recherche de Malaria Pr lever le sang dans un tube EDTA de 5 ml Faire parvenir imm diatement le tube au laboratoire Pr lever au cours d un acc s de fi vre et noter l heure de la prise sur la feuille de demande Il est aussi possible d envoyer 6 frottis minces et 4 gouttes paisses piqu es au bout du doigt Dans ce cas la recherche antig nique de p falciparum ne pourra pas tre faite Recherche de Filaires et Trypanosomes Pr lever 10 ml de sang EDTA ou h parin Faire parvenir imm diatement le tube au laboratoire Tenir compte de la p riodicit des microfilaires pr sence dans le sang p riph rique Wuchereria bancrofti nocturne prise de sang vers 2 heures du matin W bancrofti var pacifica ap riodique Brugia malayi noct
85. ste des sous traitances sur notre site Internet 63 ANNEXE 2 Milieux de transports disponibles m U O W p T G H Tube de 15 ml st rile capuchon jaune Tube de 50 ml st rile capuchon bleu Tube FECON capuchon bleu Tube FECON SAF capuchon jaune Ecouvillon universel Transystem COPAN capuchon bleu Ecouvillon Culturette Ecouvillon souple Transystem COPAN capuchon orange Ecouvillon souple et milieu au charbon MTC Transystem COPAN capuchon bleu J c 19 Iy Q D O Z E Etui Chlamydia IF BioM rieux Milieu de Transport Viral MTV Etui PCR Coqueluche NPS PCR TM Etui DIGENE Specimen Collection Kit HPV Etui AMPLICOR PCR Chlamydia Gonocoques BACTEC A robie h moculture routine BACTEC Ana robie h moculture routine BACTEC P ds h moculture p diatrie BACTEC Mycosis h moculture champignons BACTEC 13A h moculture mycobact ries Tube s rologie blanc Tube EDTA rouge pour les vir mies Bouillon Ur e Arginine Ri BUA Ri pour mycoplasme 64 ANNEXE 3 Abr viations AB Antibiogramme AC Ac Anticorps ADN Acide D soxyriboNucl ique A ro Germes a robies et microa rophiles AG Ag Antig ne AIMS Administration des Institutions M dicales Sp cialis es Ana Germes ana robies ASLO AntiStreptoLysine O AST Analyse Sous Trait e BAAR Bacille Acido Alcoolo R sis
86. tant BK Bacille de Koch BUA Bouillon Arginine Ur e Mycoplasmes g nitaux CFU Unit formant une colonie en anglais CMB Concentration Minimale Bact ricide CML Concentration Minimale Inhibitrice CMV Cytomegalovirus CNTIA Centre National des Toxi Infections Alimentaires BE EBNA Antig ne nucl aire de virus d Epstein Barr EBV Virus d Epstein Barr EDTA Acide Ethyl ne Diamine T trac tique EHEC ECEH Escherichia coli ent ron morragique EIEC ECEI Escherichia coli ent roinvasif ELIFA Enzyme linked immunofiltration assay technique de s rologie EPEC ECEP Escherichia coli ent ropathog ne ETEC ECET Escherichia coli ent rotoxinog ne FC Fixation du Compl ment technique de s rologie FLAN Fondation des Laboratoires H pitaux Neuch telois FSME M ningoenc phalite tiques FTA Fluorescent Treponema Antibody HACEK h molytiques Actinobacillus Capnocytophaga Eikenella Kingella HCV Virus de l h patite C HIV Virus de l immunod ficience humaine VIH HPV Papillomavirus humain HSV Virus de l herpes simplex Interm diaire IF Immunofluorescence technique de s rologie IgA Immunoglobulines A IgG Immunoglobulines G IgM Immunoglobulines M INH Isoniazide INM Institut Neuch telois de Microbiologie ISAGA Technique de s rologie pour la toxoplasmose JC Virus JC LBA Lavage BronchoAlv olaire LCR Liquid
87. tants la vancomycine VTEC Escherichia coli v rotoxinog ne ETEC VZV Virus de la Varicelle Zoster 66
88. tion oui Recherche des larves dans les selles fra ches 54 Site Parasite Mat riel S rologie Remarque pathog ne en gras possible anguillules S rologie recommand e Taenia spp Trichuris trichiura Il Sang Sang EDTA Babesia spp Peu de cas document s Leishmanies moelle osseuse oui encore en Suisse Microfilaires oui Chez les patients Plasmodium spp oui immunod prim s PCR AST Trypanosoma spp oui Respecter la p riodicit cf pr l vements Recherche antig nique possible pour P falciparum Ill Poumon Expectorations Ankylostomes selles Larves en transit Ascaris lumbricoides selles oui Larves en transit Cryptosporidium spp selles Echinococcus spp oui Paragonimus selles westermani Strongyloides stercoralis selles oui Larves en transit IV Foie et Ponction biopsie rate Echinococcus spp oui S rologie recommand e Entamoeba histolytica oui Recherche souvent n gative dans les selles La s rologie est la m thode de choix Pour les localisations visc rales AST Fasciola hepatica oui Leishmania donovani oui D tect s occasionnellement dans la sang p riph rique Toxoplasma gondii oui La s rologie est la m thode de choix V Peau Biopsie snip Dracunculus medinensis Vers de M dine adultes sous la peau Leishmania spp Mansonella streptocerca
89. tions vaginales frottis de choc toxique Streptocoques B h molytiques gr A plaie expectorations etc Lymphad nite Yersinia pseudotuberculosis Culture de pus ou de biopsies lymphad nopathie Yersinia enterocolitica S rologie Virus d Epstein Barr EBV S rologie Cytom galovirus CMV S rologie Culture HIV S rologie Herpes simplex Culture Toxoplasme S rologie 6 Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Maladie des Bartonella henselae PCR pus biopsies griffes du chat S rologie 2 2 Syst me gastro intestinal Clinique Principaux agents pathog nes Diagnostic de laboratoire Gastroent rite Salmonella spp Culture des selles routine ent rocolite Shigella spp Recherche de Shigella spp Campylobacter jejuni coli envoyer plut t un frottis rectal Yersinia enterocolitica l aide de l couvillon universel Aeromonas spp Vibrio Spp Demande sp ciale E coli ent roh morragique Culture des selles toxine demande sp ciale ECEP ECET ECEI Pas de recherche de routine Rotavirus Recherche d antig ne dans les selles Ad novirus Recherche d antig ne dans les Vers et leurs oeufs selles Protozoaires Recherche microscopique dans les Giardia lamblia selles fra ches et fix es au SAF recherche antig nique apr s traitement Anguillules larves Recherche microscopique dans les selles fra ches Colite pseudo Clostri
90. tre dans la vessie et le risque de contamination de l urine n est pas limin Les urines recueillies par sonde demeure ne conviennent pas pour la culture La ponction sus pubienne effectu e dans de parfaites conditions d asepsie est la meilleure m thode pour trouver les bact ries qui sont v ritablement pr sentes dans la vessie Tout micro organisme isol sera consid r comme significatif Seul pr l vement valable pour la recherche d ana robies NB Ne jamais envoyer une partie des urines de 24h temp rature ambiante les germes contaminants et pathog nes s y multiplient rapidement Suspicion de prostatite Pr l vement en 2 tapes 1er chantillon urine mi jet suivi d un massage prostatique 2e chantillon 10 ml d urine du 1er jet apr s massage Les 2 pr l vements doivent parvenir tr s rapidement au laboratoire pour permettre une analyse quantitative Ne pas ensemencer des uricults qui sont trop peu sensibles En cas de prostatite il y a plus de bact ries dans le 2 me chantillon que dans le 1er M thode valable uniquement si la vessie n est pas infect e elle aussi 3 5 2 Coqueluche Trois possibilit s de diagnostic sont disposition pour la mise en vidence d une coqueluche Bordetella pertussis e La mise en culture des s cr tions ou du frottis nasopharyng s post rieurs n cessite une rapidit d ex cution pas toujours possible Le pr l vement doit nous parvenir dans les 2 heur
91. ulture de frottis vaginite non Ana robies sp cifique Mycoplasma I Ureaplasma Gardnerella vaginalis Examen direct Clue cells Mobiluncus spp Cervicite Ent robact riac es Culture du frottis du col ou mat riel Endom trite Streptocoques op ratoire Annexite Mycoplasmes NB pas de recherche d ana robies pour Pelvip ritonite Ana robies frottis de col Mycobacterium tuberculosis Gonocoques Chlamydia trachomatis PCR sur frottis ou mat riel op ratoire L sions HPV Papillomavirus humain Frottis et milieu de transport sp cial pr canc reuses Cf chapitre 8 cervicales Infections Listeria monocytogenes h mocultures pendant la Streptocoques f h molytiques gr B__ Culture de frottis grossesse Haemophilus spp Culture de frottis Treponema pallidum Syphilis S rologie TPHA FTA VDRL Rub ole Cytomegalovirus CMV S rologie HIV S rologie H patites B C Toxoplasma gondii S rologie PCR du liquide amniotique Herpes simplex Culture virale 3 Pr l vements 13 3 1 Indications g n rales Un pr l vement correct accompagn d informations cliniques exhaustives est de la plus haute importance pour le diagnostic bact riologique Pr lever au lieu m me de l infection suspect e ou pr lever les liquides qui drainent les organes infect s Envoyer une assez grande quantit de mat riel Pr lever si possible avant de commencer un traitem
92. ur EDTA Cette analyse se fait tous les jours sauf le week end 52 NB Pour la d termination des CD4 envoyer le tube EDTA pr lev le jour m me veuillez nous faire savoir si le pr l vement nous parviendra apr s 15h00 Transport Pour une plus grande efficacit nous vous proposons de regrouper le ramassage des tubes pour ces deux analyses Nous vous serions reconnaissants de prendre contact avec un des laboratoires avant la prise de sang pour que nous puissions planifier le transport par un de nos coursiers 8 4 2 R sultats Les r sultats sont exprim s en copies ml IIS sont g n ralement envoy s par courrier A le jeudi Si vous le souhaitez ils peuvent tre transmis par fax dans ce cas veuillez nous le faire savoir sur la feuille de demande 8 5 HCV qualitatif et vir mie Les tests de d tection du virus de l h patite C HCV dans le plasma ou le s rum se font par RT PCR La PCR qualitative tant plus sensible 100 copies ARN mI ou 50 Ul ml il est pr f rable d y faire recours sur un r sultat de s rologie positive pour HCV lorsque l on cherche d terminer si le patient est infectieux ou seulement immun Le r sultat de ce test est plus utile que d attendre celui de la confirmation par l immunoblot pas toujours d cisive La vir mie pouvant tre variable un test n gatif doit tre r p t apr s 3 6 mois La PCR quantitative ou Monitor permet le suivi de la vir mie du patient trait ou qui
93. urne prise de sang vers 2 heures du matin Loa loa diurne prise de sang vers 14 heures Mansonella spp non pathog ne ap riodique 9 3 3 Urine Recherche de Schistosomes L excr tion maximale des oeufs a lieu entre midi et 15 heures Pr lever une portion d urine ce moment l dans un tube st rile de 50 ml et le faire parvenir imm diatement car il est important de savoir si les oeufs sont viables ou non 9 3 4 Ponctions d abc s En cas de suspicion d abc s amibien du foie le mat riel aspir devrait tre r parti dans 3 4 tubes st riles La portion provenant du bord de l abc s est le meilleur mat riel examiner Le mat riel doit parvenir sans d lai au laboratoire Placer aussi 1 ml de ponction dans un tube contenant de la solution SAF Veuillez prendre contact avec le laboratoire avant de ponctionner 57 9 3 5 Biopsies peau muscles moelle osseuse Les ponctions et biopsies doivent tre plac es dans un tube st rile contenant quelques gouttes d eau physiologique st rile et tre envoy es imm diatement au laboratoire Les biopsies peuvent aussi tre plac es dans du formol 4 pour l histologie dans ce cas les cultures et PCR ne seront plus possibles 9 3 6 Ectoparasites Mettre le parasite identifier dans un tube de 15 ou 50 ml si possible encore vivant et amener rapidement sinon ajouter de l alcool 70 9 3 7 LCR Faire parvenir sans d lai gt 1 ml de LCR dans un tube st
94. ves en mesurant le pouvoir bact ricide du s rum du patient sur la souche isol e Proc dure e Le malade doit tre au minimum depuis 48h sous traitement antibiotique e Le sang est pr lev avant et apr s une nouvelle administration d antibiotique pour obtenir la concentration s rique minimale et maximale e Injection intramusculaire pr lever juste avant et 1 2h apr s l injection e Injection ou perfusion intraveineuse pr lever juste avant et 30 60 min apr s l injection ponctionner une autre veine e Voie orale pr lever juste avant et 1 2 h apr s la prise selon le taux d absorption qui peut varier d une substance une autre par ex floxapen p nicilline V 1 h ampicilline 2h Envoyer le sang dans des tubes st riles sans anticoagulant en mentionnant bien sur chaque tube quel est le pr l vement avant et apr s administration de l antibiotique R sultat I s exprime en taux de dilution du s rum correspondant la plus grande dilution encore capable de d truire au moins 99 9 de la population bact rienne Interpr tation Bact ricidie insuffisante Titre max et min lt 1 2 Bact ricidie moyenne bonne Titre max 1 4 1 16 et titre min 1 2 1 4 Bact ricidie tr s bonne Titre max gt 1 32 et titre min gt 1 8 Dans le s rum pr lev apr s administration de l antibiotique max il est reconnu dans la litt rature qu un taux gt 1 16 a une bonne corr lation ave
95. voi par la poste Veiller ce que les tubes et flacons soient bien ferm s exp dier les r cipients cassables dans des cartons non dans des enveloppes Nous nous permettons de rappeler que la responsabilit pour tout dommage caus par ses envois incombe l exp diteur prescriptions d ex cution de la loi sur le service postal Le mat riel d emballage est mis disposition sur demande voir Ch 3 1 et 3 2 Si l acheminement n est pas garanti pour le lendemain veuillez solliciter notre service de ramassage 1 5 2 Ramassage par le service transport d ADMED Une collecte des pr l vements est effectu e par nos transporteurs en collaboration avec le 2 Service R gional Neuch telois et Jurassien de Transfusion Sanguine SRNITS Les jours ouvrables elle dessert la r gion de La Chaux de Fonds et du Locle le Val de Ruz le Vallon de St Imier Saignel gier et ses environs le Val de Travers la r gion entre St Aubin et Peseux le Littoral neuch telois ainsi que la ville de Neuch tel Veuillez demander par t l phone au no 032 967 20 33 Central de ramassage le passage de notre transporteur Les dimanches et jours f ri s c est un service de taxi qui assure le transport du mat riel une fois le matin vers 08h00 au Locle 09h00 Neuch tel 09h45 La Chaux de Fonds 1 5 3 H pital de La Chaux de Fonds Il existe un poste central situ au 7e tage de l h pital o le mat riel peut tre d pos et o il se
96. volu Si la microscopie apr s enrichissement et ou coloration de l chantillon reste la m thode la plus couramment utilis e des techniques de recherche antig nique de l agent en cause de s rologie ou de diagnostic mol culaire sont de plus en plus accessibles 9 2 Types d affections par site Site Parasite Mat riel S rologie Remarque pathog ne en gras possible Intestin Selles Balantidium coli Blastocystis hominis Chilomastix mesnili Cryptosporidium parvum Biopsie intestinale Cyclospora cayetanensis Biopsie intestinale Dientamoeba fragilis Entamoeba histolytica Biopsie de c lon Diff renciation possible par PCR apr s culture selles fra ches non fix es AST La s rologie n est pas indiqu e pour la localisation intestinale Entamoeba coli Entamoeba hartmanni Recherche antig nique Endolimax nana utile pour un suivi Giardia lamblia Liquide duod nal th rapeutique AST lodamoeba b tschlii Isospora belli Biopsie intestinale Microsporidies Biopsie intestinale Coloration sp ciale AST Sarcocystis spp Trichomonas hominis Ankylostoma duodenale Ascaris lumbricoides oui Chlonorchis sinensis Diphyllobothrium latum Enterobius vermicularis Scotch test Oxyures Fasciola hepatica oui Hymenolepis spp Necator americanus Paragonimus westermani Schistosoma spp Strongyloides stercoralis biopsie rectale oui expectora

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