Mode d`emploi du logiciel Avogadro
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1. MOLPRO MOPAC Outil de manipulation NuyCHEM l Q Chem Outil de s lection Textures GLSL Outil de rotation automatique Spectres G n rer les surfaces Outil d optimisation automatique vibrations Outil de mesure M Suet 1 Physique Chimie A Ecole des Francs Bourgeois Ann e 2015 2016 1 Dessiner un mod le mol culaire S lectionner l outil dessin Cliquer puis tirer avec le bouton gauche de la souris On obtient un alcane lin aire en r p tant l op ration En partant d un atome de carbone de la cha ne carbon e on peut avec le m me principe obtenir un alcane ramifi Choix des atomes Dans la fen tre Param tre de dessin gt choisir dans le menu d roulant lt El ment gt l atome d sir Cr ation de liaisons multiples Dans la fen tre Param tre de dessin gt choisir dans le menu d roulant Multiplicit gt le type de liaison d sir Effacement Cliquer en haut sur l outil de s lection Dessiner un cadre autour de la structure bouton gauche de la souris maintenu appuy puis dans le menu lt Edition gt cliquer sur Effacer Si le cadre n est pas d fini la structure sera enti rement effac e Optimisation automatique de la repr sentation Cliquer sur le menu lt Extensions Optimisation de la g om trie gt On obtient un mod le respectant la g om trie de la mol cule longueurs relatives de2. Ecole des Francs Bourgeois Ann e 2015 2016 MODE D EMPLOI DU LOGICIEL AVOGADRO C est un logiciel de construction et visualisation de mol cules en 3D Une option permet de compl ter automatiquement la mol cule en construction avec des atomes d hydrog ne Un outil permet d optimiser automatiquement la g om trie de la mol cule Visualisation des mol cules construites sous forme de b tonnets fil de fer sph res mod le clat ou non Le logiciel donne aussi les longueurs des liaisons les angles entre les liaisons la taille des atomes Une biblioth que contient d j des exemples de mol cules acides amin s alcools acides amines amides Abordable d s le coll ge il peut avantageusement remplacer les mod les mol culaires plus de limite du nombre d atomes disponibles plus de course apr s les atomes qui roulent sur les paillasses Les nombreuses options et fonctionnalit s en font un logiciel qui peut tre utilis au del du lyc e Logiciel libre et gratuit t l chargeable sur http avogadro openmolecules net wiki Main_Page Fichier Edition wue Construction S lectionner ne EE Param tres Aide e DS O Houveau E Ouvrir ma Enregistrer Ferm t E4 muitter F Animation Outil de dessin Optimisation de la g om trie Ctrl Alt 0 M canique mol culaire Outil de navigation GAMESS k Gaussian Outil de manipulation des liaisons
3. e en cliquant sur la liaison C O on obtient l thanail Puis en cliquant sur l atome d hydrog ne du groupe fonctionnel on obtient l acide thano que M Suet 3 Physique Chimie Ecole des Francs Bourgeois Ann e 2015 2016 4 Une mol cule plus complexe l aspirine Il suffit de commencer par le cyclohexane construire l heptane et avant de rel cher le bouton gauche de la souris amener le 7 me carbone sur le premier puis de cr er l alternance liaison simple double liaison en cliquant sur les liaisons concern es on obtient le benz ne ce stade on peut optimiser automatiquement la structure voir plus haut Puis on proc de comme pour les mol cules oxyg n es pr c dentes M Suet 4 Physique Chimie
4. s liaisons angles entre liaisons Rotation des mol cules autour d un atome donn e Cliquer sur l outil de mesure Cliquer sur un atome donn de la mol cule avec le bouton gauche de la souris et d placer celle ci en maintenant le bouton gauche appuy Mesure de la valeur d un angle et de la longueur des liaisons Cliquer sur l outil de navigation Cliquer sur trois atomes les num ros 1 2 et 3 appara tront L angle est mesur entre le ler et le 3 me atome autour du 2 me atome Les distances sont mesur es entre le ler et le 2 me atome et entre le 2 me et le 3 me atome M Suet 2 Physique Chimie Ecole des Francs Bourgeois Ann e 2015 2016 Exemples Pour repr senter une mol cule autre qu un alcane 1 Exemple de l thyl ne partir de l thane outil dessin s lectionn puis cliquer et tirer sur la zone de travail cliquer sur la liaison C C on obtient l thyl ne un clic suppl mentaire donne l ac tyl ne On retrouve l thane en cliquant une fois de plus 2 Exemple de l thanol partir de l thane cliquer sur Param tre de dessin gt et dans la liste d roulante lt El ment gt choisir l oxyg ne En cliquant sur un des 6 atomes d hydrog ne celui ci est substitu par un groupe hydroxyle OH 3 Passage de l thanol l thanal puis l acide thano que L oxyg ne tant toujours s lectionn dans la list
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