Home

PRESENTATION DES RESULTATS DE L`EVALUATION

1. Les contrats court terme de deux ans ou moins dont b n ficient des salari s ayant acquis des comp tences par des formations r centes ne permettent pas de faire fructifier ces investissements Les rapports crits d un certain nombre de G nopole taient m diocres et ne refl taient pas la qualit de ces centres constat e lors des visites des valuateurs Recommandations Les directeurs des G nopoles doivent jouir de la plus grande flexibilit possible pour d penser les fonds qui leurs sont allou s en se soumettant par la suite une valuation pour v rifier s ils ont engag ces fonds avec discernement ce qui leur permettra par la suite d en recevoir d autres H Il est n cessaire de recourir un m canisme am lior pour recruter et former du personnel technique avec les qualifications requises pour exploiter les quipements sophistiqu s n cessaires des tudes g nomiques haut d bit La poursuite des investissements sera n cessaire pour maintenir et mettre jour les quipements sophistiqu s indispensables la recherche g nomique Presque TOUT le mat riel actuel sera obsol te dans 3 5 ans et le progr s scientifique au plus haut niveau exige un nouvel appareillage Il est vital de poursuivre un programme d exploitation de maintenance et de remplacement de l quipement si les G nopoles doivent rester comp titives au niveau international Il serait dangereux d engager trop
2. de fonds dans des contrats d emploi long terme qui pourraient emp cher des investissements futurs dans des installations Le mod le g n ral de d veloppement de centres un haut niveau de comp tences qui peut faire office de centres de ressources pour d autres utilisateurs devrait tre encourag En d pit de la recommandation 3 la contribution de scientifiques au niveau post doctorat est n cessaire pour renforcer les programmes de recherches dans les G nopoles et en fait d une mani re g n rale au sein de la communaut fran aise des sciences de la vie Le but est d am liorer la mobilit la fois intellectuelle et g ographique Le programme actuel de r unions devrait tre tendu pour inclure du personnel int ress dans des r unions r guli res peut tre annuelles visant discuter des aspects techniques des d veloppements et des r sultats scientifiques particuliers La coop ration entre les directeurs est fortement souhaitable et devrait tre intensifi e 10 11 12 13 14 15 16 17 18 Une forte priorit devrait tre accord e aux discussions entre les directeurs et les autres acteurs en mettant l accent sur les d fis scientifiques mergeant par opposition aux d fis administratifs ou politiques Le programme devrait tre r examin dans 3 ans Cette valuation et d autres ventuelles devraient tre communiqu es au panel afin de suivre les pro
3. d entreprises Par le biais d un appel d offre national 6 g nopoles r gionales ont t cr es en deux phases Lille Strasbourg Lyon Grenoble Marseille Montpellier Toulouse et la g nopole Evry Ile de France a t structur e avec les sites de l Institut Pasteur Necker Cochin Montagne Ste Genevi ve Paris Sud Le projet Grand Ouest Rennes Nantes doit tre accompagn pour faire merger dans les deux prochaines ann es un projet ambitieux en g nomique marine En juin 2002 un GIP national Consortium national de recherche en g nomique CNRG a t cr avec les missions suivantes e g rer les tr s grands quipements nationaux de la g nomique le Centre national de s quen age et le Centre national de g notypage e coordonner et animer les diff rentes g nopoles qui sont une r ponse au d fi de la g nomique et un outil de structuration de la recherche nationale en g nomique e participer la mise en uvre de la politique de transfert de technologie en particulier dans le domaine de la g nomique humaine Le CNRG r unit trois composantes e le G noscope ou Centre national de s quen age dirig par Jean Weissanbach et qui a un budget annuel de 15 Meuros e le Centre national de G notypage dirig par Mark Lathrop avec un budget annuel de 9 Meuros e le R seau National des G nopoles dirig par Jacques Haiech qui devrait b n ficier d un budget en 2003 de 30 Meuros Le conseil
4. es 2 Chiffre concernant les produits pharmaceutiques Source commission europ enne janvier 2002 GENOPOLE DEMAIN Un difice consolider Aujourd hui les premiers objectifs de Genopole sont atteints Les cing ann es pass es permettent de dresser un bilan et de conduire une r flexion sur l avenir Seul un projet ambitieux peut faire de Genopole un centre europ en o se mettra en uvre la m decine de demain au service des malades gr ce la fertilisation crois e de la recherche et des biotechnologies Plusieurs conditions sont d j r unies pour r ussir ce pari l originalit d un site multidisciplinaire les comp tences humaines des projets scientifiques pointus et d envergure le choix de l excellence pour des projets d entreprises innovantes susceptibles de s duire les investisseurs Des mesures en faveur de l innovation La loi sur l innovation de 1999 a constitu une premi re tape d cisive pour le d veloppement des jeunes entreprises innovantes en rapprochant recherche publique et priv e Elle a donn go t un nombre croissant de chercheurs de se lancer dans l aventure entrepreneuriale Mais cet effort important doit tre poursuivi notamment au travers des nouvelles mesures propos es par Nicole Fontaine ministre d l gu e l Industrie et Claudie Haigner ministre d l gu e la Recherche et aux Nouvelles Technologies Genopole soutient activement les propositions
5. omique des membranes cellulaires chez les plantes dans les cellules animales programme Genoplante GenHomme G nomique microbienne biodiversit r seau m tabolique PLATES FORMES Acces Prestations Site Web Mail Contacts 1 ANIMAGE PF multimodale d imagerie du petit animal responsable Marc JANIER Pour toutes les plates formes et programmes 2 PROTEOME analyse prot amp omique responsable Jer me GARIN 3 GENOMIQUE STRUCTURALE determination de la structure 3D des prot ines www ens lyon fr genopole rhone alpes responsable Eva PEBAY PEYROULA Valorisation daniel christiaen rhone alpes futur org Pour toutes les plates formes et G nomique responsable Fran ois RECHENMANN Communication programmes Centre National de Ressources en Prot omique responsable Jacques JOYARD Anne giraudel rhone alpes futur org R amp D Services Exploration fonctionnelle des g nes responsable Jacques SAMARUT Formation Eumorphia contact Marc JANIER HUPO en construction contact J r me GARIN SPINE contact Eva PEBAY PEYROULA ENRICH d pos contact Daniel CHRISTIAEN Formations ateliers pratiques de formation sur les plates formes formation en assurance qualit en partenariat avec l incubateur Cr alys Pour les tudiants DEA DESS Master enseignement en DEUG Licence Ma trise dipl mes d ing nieur Vers le grand public et les scolaires programme G nome mode d emploi
6. a re u plus de 100 000 chantillons d ADN dont 75 ont d j t analys s provenant de plus de 150 laboratoires L ensemble des travaux r alis s au CNG a donn lieu 114 publications provenant la fois des projets de collaboration avec les quipes acad miques 55 publications actuellement sur une pente en nette augmentation et des d veloppements technologiques Le CNG assure la formation de scientifiques Cette formation int resse toutes les technologies disponibles au Centre A ce jour le CNG a accueilli 80 chercheurs techniciens ou tudiants 30 tudiants fran ais et trangers dans son laboratoire d accueil pour assurer leur formation et leur encadrement dans la r alisation de leurs projets de recherche Le CNG a galement organis et anim plusieurs manifestations scientifiques pour sensibiliser la communaut scientifique l impact de la g nomique dans la recherche biom dicale symposium international en 2001 en collaboration avec le r seau nHomme atelier de INSERM en 2002 atelier organis par l Union Europ enne en 2002 Le CNG assure la valorisation des r sultats obtenus dans le cadre de ses travaux sp cifiques d veloppement des outils technologiques r sultats des projets r alis s l initiative du CNG Avec l INSERM le CNRS et la soci t FIST SA le Centre a d pos 11 demandes de brevets dont 8 sont actuellement actives l exploitation de 2 de ces brevets est l orig
7. d administration est compos du minist re de la recherche du minist re de la sant du minist re de l industrie et des quatre principaux organismes de recherche dans le domaine des sciences du vivant CNRS INSERM CEA et INRA Il est pr sid par le directeur g n ral de l INSERM Christian Br chot qui est aussi le directeur du consortium Le conseil scientifique du CNRG est pr sid par Andr Sentenac et comprend 8 personnalit s scientifiques trang res et 13 scientifiques fran ais LE CENTRE NATIONAL DE GENOTYPAGE CNG Cr en 1997 le CNG a t un des premiers centres mondiaux mis en place pour tudier par des approches g nomiques grande chelle les variations du g nome humain g notypes et d terminer l association de ces variants avec les maladies de l Homme Ces approches r volutionnent toute la g n tique humaine et occupent aujourd hui au niveau international une place centrale pour l tude des maladies notamment les maladies multifactorielles Dans ce secteur tr s concurrentiel la conception l organisation l innovation technologique plateaux de production haut d bit tra abilit des informations outils d analyse originaux et performants et le management du CNG permettent de fournir la communaut scientifique des approches m thodologiques de haute capacit pour tudier les variations du g nome humain et d terminer leurs implications dans les maladies Bien que ces
8. de simplification de l acc s aux aides l innovation G nopole d Ile de France Site de l Institut Pasteur D finition de la G nopole G nopole d Ile de France Site de l Institut Pasteur G nomique des Microorganismes Pathog nes Cr e en 1999 Directeur Stewart COLE Partenaires Institutionnels Institut Pasteur de Paris Missions Th matiques de la G nopole Application de la g nomique et de la g nomique fonctionnelle l tude des microorganismes pathog nes afin de mettre au point de nouvelles approches de diagnostic de prophylaxie et de th rapie des maladies infectieuses Description des plates formes et des programmes dans lesquels elles sont impliqu es que vous consid rez comme les plus importants Nom Acc s Prestations Responsable PLATES FORMES Site Web Mail G nomique PT1 bouchier pasteur fr S quen age Christiane Bouchier Transcriptome PT2 PT7 jycoppee pasteur fr Puces ADN Jean Yves Copp e synth se Prot omique PT3 anamane pasteur fr oligonucl otides Abdelkader Namane longs Bioinformatique Annotation PT4 moszer pasteur fr i Ivan Moszer Prot omique G nomique Structurale PT5 PT6 alzari pasteur fr Pedro Alzari Bases de donn es Prot ines recombinantes Anticorps Cristallogen se Diffraction Rayons X Nom Responsable Echelle Site Web PROGRAMMES PHARES Candida glabrata B Dujon national i http www pasteur fr Mycobact
9. en partenariat avec le CCSTI de Grenoble Entreprises cr es 18 Budget 3 5 M an en moyenne G nopole de Montpellier Languedoc Roussillon G nomique pour la Sant et l Agronimie Cr e en 1999 Directeurs J o l BOCKAERT Michel DELSENY Partenaires Institutionnels Universit s de Montpellier I Montpellier Il Nimes et Perpignan CNRS INSERM INRA CIRAD IRD ENSA M CEA PLATES FORMES Acc s Site Web Mail Prestations Responsable TOUTES PLATES FORMES _________httpi igenopole igh cnrs fr ___ E RS NE en eee een de S quencage G notypage delseny univ perp fr conchita ferraz igh cnrs fr R alisation de Banques BAC r plication Pr parations PCR haut d bit Robotique alte DIRT 150 000 s quen ages an Be EUR ee Mise disposition de phytotrons chambres de culture etserres confin es l Transgen se Ve guiderdoni cirad fr Mutants d insertion du Riz E Guiderdoni des 2 plateaux ENSA M et CNRS de spectrom trie de masse Analyses haut Prot ome rossignol ensam inra fr patrick jouin ccipe cnrs fr d bit Chimie prot omique M Rossignol P J ouin Transcriptome men laurent journot ccipe cnrs fr ee puces microarrays drosophile souris homme Oligos cDNA L Joumnot C Theillet C Sardet Exploration fonctionnelle souris __________patrice mollard ccipe cnrs ft Endocrinologie Transmission synaptigue PMollard OoOO http imgt cines fr
10. g nome en d veloppant des outils d analyse fonctionnelle qui permettent d identifier leur fonction D autre part des travaux de g nomique sont d velopp s sur les genomes de plantes cultiv es afin de conna tre leur structure l organisation des g nes qui s y trouvent et d identifier certains de ces g nes qui ont une grande importance agronomique Les chercheurs disposent d un fil conducteur pour cette exploration malgr la grande complexit des g nomes des plantes cultiv es l ordre des g nes le long des chromosomes est pour l essentiel le m me que chez les esp ces mod les dont le g nome est int gralement s quenc Arabidopsis et riz Contact Michel Caboche t l 01 60 87 45 06 mail caboche versailles inra fr
11. g nomes aux organismes en collaboration avec l universit de Versailles S aint Quentin Avec 2 DESS 2 DEA des fili res professionnelles sur 3 ans l universit et l IUP assurent des formations directement op rationnelles en pr parant les futurs collaborateurs des laboratoires et des entreprises de biotechnologies dans diverses disciplines droit ing nierie entrepreneuriale informatique appliqu e la biologie etc Un Institut de biologie est en projet dans le cadre de l actuel Contrat de plan tat R gion UN BIOPARC DYNAMIQUE FACE A DES ENJEUX MAJ EURS Les enjeux l avenir de notre industrie pharmaceutique puisque 50 des nouveaux m dicaments sont li s aux biotechnologies Le secteur de l industrie pharmaceutique qui emploie en France plus de 100 000 personnes est d j fragilise dans un march mondial estim 500 Milliards d euros en 20042 Manquer le tournant des biotechnologies condamnerait l industrie pharmaceutique fran aise le niveau d excellence de notre syst me de soins le recul de cette industrie hypoth querait les relations entre les laboratoires implant s en France dans le cadre des programmes de recherche et des essais cliniques etles CHU Les entreprises de biotechnologies du campus Les promesses des biotechnologies offrent donc une chance qu il faut saisir C est dans ce contexte que Genopole a conduit une politique de valorisation Au 31 janvier 2003 42 soci t s de biotechn
12. http www infobiogen fr services domo PE Base IMGT immunog n tique Bioinformatique structurale Mise a disposition Bioinformatique gascuel lirmm fr lefranc ligm igh cnrs fr 0 Gascuel M P Lefranc G Labesse G Labesse cbs univ montp1 fr de serveurs banques de donn es et logiciels BIOSERV DOMO NMRb Nom PROGRAMMES Responsable _ Th matique Site Web R cepteurs nucl aires C Royer royer tome cbs univ montp1 fr Biophysique ei interactions Cristallographie 30 anarog nes orphelins http www cbs univ montpl fr Th Theillet heillet valdorel fndecf 777 Anomalies g nomiques CGH aray j nn nn TTT https gh F F Molina franck molina ibph pharma univ montp1 fr Chimior sistance http www igm cnrs Cancer Cycle cellulaire M M chali marcel mechali igh cnrs fr R plication des chromosomes mop fr accueil_ menus htm BEE NEIEN G notypage s quen age 6 me H Moreau h moreau obs banyuls fr C Ferraz PCRDT Etude des d s quilibres conchita ferraz igh cnrs fr C Glaszman S quence 0 E banyuls FE ke aeons htm de liaisons programme GAGE ______________ Gaszman chedf _ ie nme mn nme nn num ee g en ne Mutants d insertion du riz R sistances aux contraintes biotiques et abiotiques G nomique fonctionnelle du Riz et E Guiderdoni guiderdoni cirad fr M Rossignol S AR i Steet thaliana are nr 9 Clonages Analyses du ou g n tiques de l adaptation des http www ensa
13. la production et l analyse de souris g n tiques modifi es le s quen age de l ADN et la g n tique des maladies Toutes ces m thodes n cessitent un fort soutien de la bio informatique Ces technologies se sont ajout es aux activit s scientifiques existantes en France dans des sites qui taient d j reconnus comme tant des centres importants pour la recherche biologique Le programme G nopoles ne visait pas seulement fournir l appareillage et am liorer la capacit technique mais il avait galement pour but de diffuser les techniques n cessaires aux tudes g nomiques dans toutes les r gions de la France En outre le programme devait encourager les interactions des communaut s scientifiques au niveau local et aussi tablir des liens entre les multiples groupes dans diff rents endroits de la France Ces initiatives ont t con ues dans le but d am liorer la qualit scientifique des recherches fond es sur la g nomique en France et de stimuler les activit s biotechnologiques mesur es d abord en termes de cr ation d entreprises et d emplois Etant donn ces objectifs multiples bien qu intimement li es l valuation du projet G nopoles doit comprendre plusieurs facettes et EMBO a t convi e se concentrer sur la plus value scientifique Ceci a n cessit la fois une valuation de la qualit des plates formes qui ont t install es et de leur impact sur la production scientifique des gr
14. secher rsd cam ac uk T 01223 766964 F 01223 332988 W www rsd cam ac uk Dr Paul M SHARP Dept of Genetics of the University Queens Medical Centre UK Nottingham NG7 2UH Tel 44 115 9709263 Fax 44 115 9709906 E mail pdzpms evol gene nottingham ac uk Prof Joel L SUSSMAN Dept of Structural Biology Weizmann Institute of Science IL 76100 Rehovot Tel 972 8 9344531 Fax 972 8 9344159 E mail joel sussman weizmann ac il url http www weizmann ac il joel Dr Gilbert VASSART IRIBHN amp Dep Medical Genetics Faculte de Medecine Univ Brussels 808 route de Lennik B 1070 Brussels Tel 32 2 5554145 4169 Fax 32 2 5554655 4212 E mail gvassart ulb ac be Web address http www ulb ac be medecine iribhn Dr Erwin F WAGNER IMP Dr Bohr Gasse 7 A 1030 Wien Tel 43 1 79730888 Fax 43 1 7987153 E mail Wagner nt imp univie ac at Dr Gregory P WINTER MRC Laboratory of Molecular Biology Hills Road UK Cambridge CB2 2QH Tel 44 1223 402101 Fax 44 1223 214789 E mail winter mrc Imb cam ac uk Web address http www2 mrc Imb cam ac uk Prof Alfred WITTINGHOFER Abt Strukturelle Biologie MPI fiir Mol Physiologie Otto Hahn Strasse 11 D 44227 Dortmund Tel 49 231 1332100 2101 Fax 49 231 1332199 E mail Alfred Wittinghofer mp i dortmund mpg de Web address http www mpi dortmund mpg de Comit directeur Frank GANNON Executive Director Les GR
15. 1 20 5121954 E mail bernards nki nl Web address http www nki nl Dr Anton J BERNS Division of Molecular Genetics Netherlands Cancer Institute Plesmanlaan 121 NL 1066 CX Amsterdam Tel 31 20 5121990 Fax 31 20 5122011 E mail tberns nki nl Web address http www nki nl Dr Guy R CORNELIS Molekulare Mikrobiologie Biozentrum der Universitat Klingelbergstr 50 70 CH 4056 Basel Tel 41 61 2673111 Fax 41 61 2672118 E mail guy cornelis unibas ch Web address http www icp ucl ac be mipa cornelis Prof Bauke W DIJKSTRA Lab of Biophysical Chemistry of the University Nijenborgh 4 NL 9747 AG Groningen Tel 31 50 3634381 4378 Fax 31 50 3634800 E mail bauke chem rug nl Web address http www xray chem rug nl Dr Giulio F DRAETTA Dept of Experimental Oncology European Institute of Oncology Via Ripamonti 435 I 20141 Milan Tel 39 02 5748 9855 Fax 39 02 5748 9851 E mail gdraetta ieo it Web address http www ieo it Prof Reinhold G HERRMANN Botanisches Institut der Universit t Menzinger Str 67 D 80638 M nchen Tel 49 89 17861200 1 Fax 49 89 171683 E mail herrmann botanik biologie uni muenchen de Dr Tim HUNT Chairman Cancer Research UK London Research Institute Clare Hall Laboratories Blanche Lane UK South Mimms Herts EN6 3LD Tel 44 207 2693981 Fax 44 207 2693981 E mail tim hunt cancer org uk Web address http www lif icnet uk clareha
16. AT Entreprises cr es en relation avec la g nopole EndoCube Enzynomics Physiogenex Quantome Budget 1 5 M an contributions du RNG Sites web des principaux programmes 1 http www laas fr 2 http www nugenob com 3 http www toulouse inra fr lgc pis RH IMpRH htm 4 http genopole toulouse inra fr cmuller accueil3 html 5 http medicago toulouse inra fr Mt EST 6 http bio71 gba insa tlse fr jmflab 7 http www insa tlse fr gba Recherche RECHERCHE nav htm 8 http sequence toulouse inra fr R solanacearum html 9 http sequence toulouse inra fr meliloti html 10 http protein toulouse inra fr prodom 2002 1 html home php G nopole de Marseille D finition de la G nopole G nopole de Marseille Cr e en 2000 Directeurs Bertrand JORDAN de 2000 2001 Pierre FERRIER depuis 2001 Partenaires Institutionnels Universit de la M diterran e Inserm CNRS Ville de Marseille R gion PACA D partement des Bouches du Rh ne Missions Les 3 axes du programme g nomique sont d velopp s Recherche Enseignement Valorisation et cr ations d entreprises Th matiques de la G nopole Analyses grande chelle des g nomes appliqu es aux domaines de l Immunologie de la Biologie du D veloppement et de la Pathologie Humaine Description des plates formes et des programmes dans lesquels elles sont impliqu es que vous consid rez comme les plus importants Acc s Si
17. IVELL Electronic Information Programme Manager Jan TAPLICK Fellowship Programme Manager Eilish CRADDOCK Personal Secretary to Professor Gannon Biographie de Frank Gannon Frank Gannon is now the Executive Director of the European Molecular Biology Organization EMBO in Heidelberg Germany Secretary General of the intergovernmental body of the European Molecular Biology Conference EMBC He maintains an active laboratory at the EMBL in Heidelberg that carries out research on the Estrogen Receptor Gene and has over 200 publications to his credit H eis also Senior Editor of EMBO Reports and Associate Editor of the EMBO Journal H ehas worked previously in Leicester Madison Strasbourg and Galway Biographie de Richard Timothy HUNT known as Tim Address Born Nationality M arital status Education B A 1964 Ph D 1968 Positions held Cancer Research UK ClareHall Laboratories South Mimms H erts EN6 3LD England Telephone 44 20 7269 3981 FA X 44 20 7269 3804 email tim hunt cancer org uk 19th February 1943 at Neston in the Wirral UK British Married to Professor M ary Collins 2 daughters Celia Daisy born 27 November 1994 Agnes Beatrix born May 7h 1998 1951 56 Dragon School Oxford 1956 60 M agdalen College School Oxford 1961 64 Clare College Cambridge University of Cambridge Natural Sciences Tripos Part I Class 1 Part II Biochemistry Class 2 1 The control of haemoglobin sy
18. applications concernent essentiellement la g n tique humaine le CNG entreprend aussi l analyse du g nome de plusieurs plantes en collaboration avec l INRA et de mod les animaux Souris en collaboration avec le CNRS Le CNG un centre de recherche Le fonctionnement du CNG repose sur l activit d infrastructures sp cialis es chacune d elles tant charg e de d velopper une approche m thodologique haute capacit et de l implanter sur un plateau de production g notypage des microsatellites g notypage des SNPs single nucleotide polymorphism La r alisation compl te de la majorit des projets entrepris au CNG implique l intervention s quentielle de plusieurs plateaux de production d o l int gration parfaite de toutes les infrastructures Un projet type portant par exemple sur l identification d un g ne impliqu dans une maladie n cessite plusieurs tapes successives pr paration de l ADN localisation du g ne de la maladie par g notypage des microsatellites analyses statistiques et finalement clonage positionnel du g ne grace la d tection syst matique des variants g n tiques tels que les SNPs Dans un environnement en pleine volution la cr ation et la mise en place op rationnelle de ces plateaux de production reposent sur des choix strat giques r pondant non seulement aux besoins imm diats mais doivent anticiper les d veloppements futurs La r alisation d tudes grande c
19. boration avec les laboratoires du secteur public ou Le Genoscope s est engag seul ou en collaboration dans le sous contrat avec le secteur priv s quen age de g nomes entiers Parmi les petits g nomes bact ries Parmi les projets notables men s au et eucaryotes unicellulaires 9 sont achev s et 15 sont en cours de Genoscope outre le chromosome 14 s quen age ou de finition Quant la participation du Genoscope au humain et Tetraodon lire ci s quen age de gros g nomes animaux et v g taux elle est dessous on peut citer la achev e pour trois d entre eux anoph le chromosome 3 de l arabette chromosome 14 de l homme et en voie de l tre pour deux autres chromosome 12 du riz Tetraodon participation au s quen age de l anoph le moustique vecteur du paludisme et la prise en charge du Le Genoscope s est par ailleurs engag dans divers projets collaboratifs portant sur des s quen age du chromosome 12 du r gions g nomiques 20 projets des produits d expression des g nes 12 projets ou d autres types d information g nomique 29 projets riz au sein d un consortium international Le Genoscope se r oriente actuellement vers l exploration de la diversit microbienne encore largement m connue Il d veloppe par ailleurs en interne des ressources informatiques d analyse des g nomes Le g nome humain comporte entre 28 000 et 34 000 g nes Le 22 mai 2000 le Genoscope annon a
20. che toulouse inra fr D tection de g nes PRODOM D Allouche IR INRA 4 Prot omique monsarat ipbs fr Spectrom trie de masse B Monsarrat IR CNRS 5 Exploration penicaud toulouse iserm fr Analyse in vivo et m tabolismes L P nicaud DR CNRS Fonctionnelle PROGRAMMES Site Web r f rence aux plates formes Responsable Th matique liste au verso les plus impliqu es Nanobiotechnologies 1 4 C Vieu LAAS CNRS D veloppement Biopuces REX NanoToLife ADN prot ines ARECA ARC 1 4 5 G Delsol CHU INSERM Prot omique et Cancer NUGENOB 1 5 D Langin CHU INSERM Maladies m taboliques AGENAE 1 2 3 D Milan A Vignal INRA Cartographie g nomes animaux GENOPLANTE 1 2 3 L Gentzbittel INP ENSAT Cartographie Tournesol MEDICAGO 1 2 3 P Gamas J D nari CNRS INRA Caract risation du transcriptome R solanacearum S melitoti C Boucher J Batut INRA CNRS Pathog nie et symbiose Levure L lactis 1 3 N Lindley JM Francois INSA Microbiologie industrielle PRODOM Interpro 3 D Kahn INRA Domaines prot iques Formations DESS Bioinformatique DESS Bioing ni rie Unit de valeur de l Ecole doctorale Biologie Sant Biotechnologie transcriptome s quen age g notypage Formation continue Transcriptomique INSA Introduction la g nomique pour Agrobiologie INP ENSAT Outils math matiques et informatiques pour laboration la conduite et l valuation des programmes de recherche en g nomique INP ENS
21. d veloppement d industries satellites des biotechnologies chimie fine mat riaux production GMP et en attirant des grands groupes pharmaceutiques Promouvoir le site d Evry comme un acteur europ en majeur et promouvoir la g nomique RESULTATS EN 2003 Une taille cr dible en cing ans peine 23 laboratoires acad miques et 42 entreprises de biotechnologies ont choisi le campus de Genopole dont 26 cr es ex nihilo Un campus qui maille les talents pluridisciplinarit et synergie entre les chercheurs les enseignants chercheurs et les entrepreneurs Un Comit d experts ind pendant pour valuer les projets propos s par les entrepreneurs Des centaines d emplois cr s 260 salari s sur le site en 1995 511 en 1997 et pres de 1 400 aujourd hui Des formations nouvelles et diversifi es avec l universit d Evry Val d Essonne Une plate forme d infrastructures d outils et de services communs Un parc immobilier de 58 837 m avec 25 435 m destin s aux entreprises de biotechnologies dont une p pini re de 2 560 m et quatre h tels d entreprises d une surface totale de 7 900 m2 L am nagement d un territoire en troite collaboration avec les collectivit s locales Un tissu de partenaires GENOPOLE EN BREF ET EN CHIFFRES Debut 1998 existaient sur le site d Evry cinq laboratoires G n thon laboratoire de vectorologie de l AFM associ au CNRS le Genoscope Centre
22. de comit qui fut n cessaire son d veloppement a t reconnu en 1994 comme ayant le potentiel n cessaire pour assumer un r le suppl mentaire celui d valuer les programmes scientifiques nationaux L Autriche fut le premier pays que VEMBO a examin suivie par la Finlande et la Hongrie Des valuations plus faible chelle ont t effectu es pour le compte de diff rentes institutions se trouvant dans plusieurs pays Dans tous les cas le but de l analyse de EMBO fut d assurer une valuation critique de la qualit et de l orientation du travail scientifique examin L valuation En 2002 le ministre fran ais charg de la Recherche a contact l EMBO en l invitant effectuer une valuation du systeme fran ais des G nopoles D une certaine mani re l examen des G nopoles est diff rent et plus complexe que l analyse d institutions classiques Le programme des G nopoles a t mis sur pied par le gouvernement fran ais en 1999 2000 avec de multiples objectifs strat giques Il a t con u pour stimuler fortement l int gration des approches de la g nomique et de la g nomique fonctionnelle au sein de la communaut des chercheurs en France D une mani re g n rale ceci a abouti au d veloppement d une vari t de plates formes qui comprennent des m thodes d analyse de transcription par puces ADN des quipements sophistiqu s pour la chimie et l analyse structurelle des prot ines
23. e 10 millions de bases les lettres de l ADN de sein de ce consortium le Genoscope qui assure l int gralit de la P ordre de la taille d un g nome bact rien contribution fran aise a d ores et d j achev le s quen age du chromosome 14 humain pour un co t hors analyse et annotation estim plus de 10 millions d euros et a publi ses conclusions dans la revue Nature le 1 janvier 2003 Contact Yann ESNAULT presse genoscope cns fr L AFM une association en mouvement Association loi 1901 cr e en 1958 l Association Fran aise contre les A F M Myopathies rassemble des malades et des familles touch es par des maladies FEN Prongalse neuromusculaires Reconnue d utilit publique elle a pour mission de gu rir contre les Myopathies et d aider les personnes atteintes par ces maladies lourdement invalidantes encore incurables et pour la plupart d origine g n tique Pour s en donner les moyens elle a cr en 1987 le T l thon qui chaque ann e fait appel a la g n rosit du public durant le premier week end de d cembre MISSION GUERIR Les premi res cartes du g nome humain En 1992 l AFM met la disposition de la communaut internationale les premi res cartes du g nome humain r alis e par son laboratoire G n thon Ces cartes sont l origine du d cryptage du g nome humain annonc en 2000 et 2001 L origine g n tique de plus de 700 maladies d masqu e Gr ce ces ca
24. e a pour ambition d essayer de mieux comprendre les r seaux g n tiques qui sont impliqu s dans la r ponse au stress g notoxique et dans la canc risation d une cellule Le SGF utilise une approche globale qui consiste tudier le polymorphisme de la r ponse individuelle aux radiations ionisantes des populations cellulaires souches et diff renci es Pour l ensemble de ces activit s le laboratoire s appuie sur une quipe de bio informaticiens qui met au point les algorithmes n cessaires la fabrication et l analyse de ses puces Mots cl s biopuces bioinformatique canc rogen se cellules souches diff renciation radiations ionisantes toxicog nomique Contacts Xavier Gidrol directeur du Service de G nomique Fonctionnelle T l 01 60 87 34 74 gidrol dsvidf cea fr L URGV INRA CNRS une des pi ces ma tresse de la recherche fran ais en g nomique v g tale Notre pays a pris un retard important dans le domaine de la g nomique v g tale principalement en ce qui conceme l analyse des g nomes des esp ces cultiv es et l identification mol culaire des g nes d int r t agronomique pr sents dans ces g nomes Ceci peut s expliquer en partie par le manque de structures appropri es a ce type d approche Devant l ampleur de la t che accomplir pour combler ce retard il semblait donc n cessaire de cr er un laboratoire d di la g nomique v g tale en France Un tel laboratoire n cessite un
25. e l ADN la prot omique les mod les de souris l analyse globale de la transcription l analyse g n tique des maladies humaines et la bio informatique Installation d quipements de grande qualit dans d excellents laboratoires qui sont maintenant en fonctionnement Acc l ration de l int gration des m thodologies haut d bit aux recherches classiques et diffusion de ces m thodologies sur le plan r gional Promotion de nouvelles collaborations Elaboration de structures nouvelles pour r pondre aux besoins locaux et aux diff rents d fis administratifs sur le plan national Cr ation de jeunes pousses technologiques Acc l ration gr ce au programme des G nopoles de la participation de la France dans diff rentes activit s europ ennes et internationales Les faiblesses Les processus administratifs centraux semblent tre compliqu es lents et peu r actifs en regard de l objectif de soutenir une communaut scientifique enthousiaste Les retards dans le transfert de fonds engag s pour les d penses dans les G nopoles sont inacceptables et contre productifs La flexibilit du programme des G nopoles est inadapt e l re post g nomique est soumise de forts changements et exige des r actions rapides aux nouvelles technologies mergentes par exemple l interf rence ARN Nous avons constat quelques domaines o il existe des redondances particuli rement en bio informatique
26. e organisation particuli re notamment en quipement robotique et en personnel ainsi qu une localisation favorable pour tre performant L mergence de l URGV Unit de recherche en g nomique v g tale En 1998 ces consid rations ont amen Paul Vialle alors directeur g n ral de l INRA cr er un nouveau laboratoire intitul Unit de Recherches en G nomique V g tale URGV Evry dans le b timent du G noscope et avec l appui du Minist re de la recherche le pourvoir d s sa cr ation d un cadre technique pour y mener des projets cons quents Le laboratoire n tant pas tr s grand 500m2 il a t d cid en juillet 2000 d am nager des nouveaux locaux 500 m2 de plus localis s dans le b timent du Centre National de G notypage CNG proximit du site actuel de URGV pour pouvoir accueillir des quipes nouvelles et pour pouvoir entreprendre des projets de plus grande envergure Cette extension soutenue par l INRA et par G nopole est d somais op rationnelle et permettra d avoir une couverture assez large de toutes les techniques majeures en g nomique v g tale except s le s quen age et le g notypage haut d bit qui seront men s en collaboration avec le G noscope et le CNG Politique scientifique Le laboratoire d veloppe deux grands axes de recherches D une part il tudie le g nome de l esp ce mod le Arabidopsis thaliana et contribue l inventaire des g nes pr sents dans ce
27. e ou y a t il d autres facteurs qui sont responsables Veuillez les d cliner 6 Est ce que votre G nopole est devenue une unit donnez des exemples ou est ce un ensemble de groupes individuels 7 Dans quelle mesure la technologie de plate forme a t elle t tablie et a t partag e par des groupes externes Dans quelle mesure ces activit s partag es ont elles eu des effets positifs ou n gatifs sur vos recherches Le comit d valuation au travail RAPPORT DE L EMBO SUR LES GENOPOLES Synthese Le d cryptage de s quences enti res de l ADN d organismes depuis les microbes jusqu aux hommes et aux plantes marque le d but d une re nouvelle dans les recherches biologiques fondamentales Il aura des incidences long terme sur la biotechnologie et la m decine La g nomique tente d expliquer le d veloppement le comportement et les maladies des organismes en se fondant sur l ensemble de leurs informations g n tiques Les nouvelles approches qui en d coulent impr gneront tout le champ des recherches en biologie et en biotechnologie Aucun biologiste en France ou ailleurs ne pourra alors se permettre d ignorer la g nomique Cependant il n est pas facile de comprendre et d expliquer comment ces informations g n tiques se traduisent en tre vivant Une grand choix de nouvelles technologies habituellement con ues pour traiter parall lement plusieurs chantillons doit voir
28. erium ulcerans T Stinear international P P recherche genopole Microcystis aeruginosa N Tandeau de international Marsac Plasmodium falciparum national Photorhabdus luminescens W regional GenoList J E Charles national S PE I Moszer Bods G nomique structurale des mycobact ries inter r gional et P Alzari internatoinal Rh ne Alpes Genopole D finition de la G nopole Rh ne Alpes Genopole Du G ne au fonctionnement de l Organisme Cr e en 2000 Directeurs Jacques SAMARUT Jacques JOYARD Porteurs Institutionnels Universit Claude Bernard Universit Joseph Fourier Ecole Normale Sup rieure de Lyon CEA Grenoble INRIA Rh ne Alpes Partenaires institutionnels Fondation Rh ne Alpes Futur Ecole Centrale de Lyon CHU Grenoble CHU Saint Etienne HCL CNRS INSERM INRA Valorisation et d veloppement conomique Fondation Rh ne Alpes Futur Contact Daniel Christiaen et Anne Giraudel Missions Une offre globale allant du g ne au fonctionnement de l organisme recouvrant trois domaines d application la g nomique la prot omique structurale et l exploration fonctionnelle des g nes et trois produits R amp D services et formation Th matiques de Rh ne Alpes Genopole Chez l Homme Cancer th matique prioritaire de la r gion Rh ne Alpes en soutien technologique du projet Canceropole Lyon Rh ne Alpes Pathologies m taboliques impliquant des signalisations hormonales Prot
29. es Institutionnels Institut Pasteur de Lille CNRS Universit de Lille I Universit de Lille II Inserm CHRU de Lille Bioincubateur Eurasant Site web http www genopole lille fr Missions Th matiques de la G nopole Analyse g nomique et post g nomique des maladies chroniques multifactorielles li es au vieillissement maladies cardiovasculaires neurod g n ratives m taboliques inflammatoires et canc reuses et d veloppement acc l r de nouvelles modalit s de prise en charge th rapeutique de ces affections Description des plates formes et des programmes dans lesquels elles sont impliqu es que vous consid rez comme les plus importants Acc s Prestations Responsable Site Web Mail PLATES FORMES G nomique haut d bit contact genoscreen fr S quen age g notypage recherche de A Tordeux enn eaters Aa eae RE fonctionnelle Prot omique plateau proteomique 2D spectrom trie de masse C Rolando ET en Bioth rapies ericvanbelle aol com Essais de th rapies cellulaires et E Van Belle g niques talb lifl fr Logiciels bases de donn es formations E Talbi Responsable Th matique Site Web PROGRAMME Etude des 3 Cit s A Alperovitch Epid miologie g n tique cohorte veillissement neurod g n ratif et vasculaire Facteurs de susceptibilit g n tiques Grid Computing E Talbi Architecture logicielle distribu e pour ee Ee omg Essais cliniques bioth rapies maladies cardio vasc
30. gr s Il existe une v ritable possibilit de conflit d int r ts lorsque les b n ficiaires de fonds provenant du programme des G nopoles occupent aussi des positions de d cideurs dans le programme Ceci devrait tre vit l avenir dans la mesure du possible Dans l objectif d examen et d valuation il serait souhaitable de d finir plus clairement les sources de financement correspondant aux les r sultats rapport s Une plus forte capacit de s quen age de l ADN est n cessaire en France Il est pr conis de permettre des groupes et des G nopoles externes d utiliser les installations de g notypage actuelles tant donn leur capacit disponible Pour chaque organisme une m thode de puce ADN d di devrait tre standardis e et une base de donn es transcriptome devrait tre cr e Dans la mesure du possible des syst mes informatiques de gestion de laboratoires devraient tre normalis s travers les plates formes Des techniques biophysiques suppl mentaires devraient tre prises en consid ration par la plate forme prot omique qui devrait se concentrer davantage sur des prot ines ayant une fonction connue Il faudrait r duire les doublons inutiles dans le d veloppement de logiciels sur les plates formes de bio informatique L enseignement devrait tre une mati re de coop ration entre les centres Toute expansion du programme des G nopoles de nouveaux centres en F
31. helle implique des protocoles robustes et fiables qui prennent en compte la tr s grande h t rog n it des chantillons biologiques Apr s s lection des instruments et d veloppement des protocoles la mise en place d un plateau de production haut d bit est une tape longue et difficile Les plateaux de production du CNG ont t adapt s pour traiter simultan ment tous les chantillons d ADN souvent tr s h t rog nes provenant de sources et de projets divers A travers une coop ration franco japonaise majeure en g nomique mise en place par le Minist re de la Recherche le CNG s est impliqu dans l tude syst matique des variants g n tiques existant dans 15 000 g nes chez l Homme Les r sultats de ce programme rassembl s dans une base de donn es de port e internationale sont utilis s pour tous les projets de coop ration r alis s au CNG notamment pour la recherche des facteurs g n tiques impliqu s dans les maladies multifactorielles et pour l identification des g nes des maladies monog niques Le CNG d veloppe et implante de nouveaux logiciels destin s aux analyses g n tiques Pour certains projets d tudes g n tiques et la demande des porteurs de projets le CNG prend en charge la majorit des analyses statistiques n cessaires l interpr tation des donn es Compte tenu de l importance des mod les animaux Rat Souris en g nomique fonctionnelle d couverte des g nes de
32. ictive et plus multidisciplinaire o l analyse de la complexit du vivant peut tre abord e tant d un point de vue qualitatif que quantitatif La nouvelle p riode qui s ouvre est celle de la g nomique fonctionnelle qui a pour objet l tude du fonctionnement du g nome en allant du g ne la fonction Plusieurs strat gies sont possibles e l option g n tique o la souris devient l arch type des mod les animaux Chaque g ne de son g nome peut tre modul ou modifi et un bilan complet de sant est r alis sur ces souris mutantes ph notypage e l option structurale o la connaissance de la forme de chaque prot ine d un organisme pr c de la connaissance de la fonction e l approche physio pharmacologique o une mol cule active sur une cible biologique perturbe le syst me vivant L analyse de cette perturbation permet de d chiffrer le r le de la cible biologique dans un tat physiologique bien identifi LES GENOPOLES instituts sans murs centr s autour de plates formes technologiques rassemblent des quipes r gionales autour de quelques projets scientifiques de grande envergure d veloppent un p le bio informatique dynamisent les formations universitaires Licence Master Doctorat dans le domaine de la g nomique et de la bio informatique et s appuient sur des structures de valorisation en particulier la partie bio incubateur d un incubateur pour faciliter le transfert de technologie et la cr ation
33. ine de la cr ation de 2 entreprises de biotechnologies Pour les tudes r alis es en collaboration avec les quipes acad miques les organismes de tutelle de ces quipes sont charg s de la valorisation des r sultats obtenus Centre National de S quencage ISCOPE Le s quen age de l ADN permet d acc der l information g n tique des tres vivants Cette information rev t aujourd hui une importance cruciale tant pour la recherche fondamentale que pour les applications dans les domaines de la sant de l agriculture et de l environnement C est la raison pour laquelle les grandes nations industrialis es se sont lanc es dans des programmes de s quen age grande chelle d s 1993 94 En 1997 la France d cide de s impliquer son tour dans ces grands programmes en cr ant Evry le Genoscope Centre National de S quen age int gr depuis le P juillet 2002 dans un groupement d int r t public GIP le Consortium National de Recherche en G nomique CNRG Premier grand quipement fran ais en biologie le Genoscope a pour mission de produire et d interpr ter de grands volumes de donn es de s quence de haute qualit partir des g nomes de diverses organismes l tre humain mais aussi des microbes des plantes et des animaux pr sentant un int r t scientifique m dical ou conomique Certains projets de s quen age sont conduits en interne R alisations et projets du Genoscope d autres en colla
34. it que le g nome humain comporte entre 28 000 et 34 000 g nes Cette estimation bien inf rieure celles admises l poque mais confort e depuis par les progr s de l analyse du g nome humain a t obtenue par 2 milliards de comparaisons entre le g nome d un poisson s quenc au Genoscope Tetraodon nigroviridis et le g nome humain Elle s est accompagn e de la mise au point d un nouvel outil informatique d analyse des g nomes et de rep rage des g nes nomm Exofish qui a t appliqu depuis d autres paires d organismes comparaisons anoph le drosophile riz arabette La contribution fran aise au Projet G nome Humain Le Genoscope en chiffres Le 26 juin 2000 le Projet G nome Humain un consortium Le Genoscope emploie aujourd hui 146 personnes dont 36 r unissant seize centres de s quen age dans le monde annon ait chercheurs et ing nieurs et fonctionne sur un budget annuel l obtention d une bauche de la s quence des 24 types de de 12 millions d euros Son pare de 86 s quenceurs sur gel R PRE SE et de 9 s quenceurs multicapillaires en voie de r novation chromosomes humains La r alisation de l objectif final du ji permet de lire en moyenne pr s de 11 500 r actions de consortium l obtention d une s quence achev e sans trous et s quence par jour soit une production quotidienne moyenne avec une exactitude de 99 99 sera annonc e en avril 2003 Au de plus d
35. jouir de la plus grande flexibilit possible pour d penser les fonds qui leurs sont allou s en se soumettant par la suite une valuation pour v rifier s ils ont engag ces fonds avec discernement ce qui leur permettra par la suite d en recevoir d autres e Il est n cessaire d am liorer dans sa pertinence et son opportunit dans le temps le recrutement et la formation du personnel technique avec les qualifications n cessaires pour exploiter les quipements sophistiqu s indispensables des tudes g nomiques haut d bit e Il faut poursuivre les investissements dans les quipements et les fournitures afin de soutenir l lan initial du programme PRESENTATION DU RAPPORT DE L EMBO SUR LE PROGRAMME DES GENOPOLES L EMBO Organisation Europ enne de Biologie Mol culaire L EMBO Organisation Europ enne de Biologie Mol culaire a t fond e il y a environ 40 ans pour promouvoir des recherches de grande qualit dans le domaine des sciences amp la vie en Europe Cette organisation g re un ensemble de programmes notamment des bourses d tudes des cours des ateliers et le programme des jeunes chercheurs L EMBO a favoris le d veloppement des biosciences mol culaires en particulier gr ce l exemple donn par l excellence de ses membres et l exigence de qualit scientifique comme unique crit re pour la s lection de ses programmes Ce corps d experts et le syst me complet
36. l AFM s attache d velopper des solutions innovantes directement en lien avec les besoins des malades et de leurs familles On peut notamment citer e La cr ation d un r seau national de consultations sp cialis es permettant aux malades de b n ficier d une prise en charge m dicale adapt e d un diagnostic juste et quand cela est possible d un conseil g n tique e La mise en place de services r gionaux d aide et d information de l AFM qui orientent et conseillent partout en France les malades confront s aux diff rents probl mes li s la maladie e Le d veloppement de technologies innovantes et diversifi es pour une plus grande autonomie des personnes handicap es bras articul fauteuil verticalisateur v hicule adapt aide animaliere e Un dispositif d acc s simplifi aux moyens de compensation l association milite activement aux c t s de l APF Association des Paralys s de France pour la mise en place d un dispositif d acc s simplifi et efficace aux aides techniques mais galement aux aides humaines et aux adaptations du logement indispensables leur autonomie Par ailleurs parce que les maladies neuromusculaires sont des maladies rares pour la plupart d origine g n tique l AFM a mis en place une strat gie d int r t g n ral autour des maladies g n tiques et des maladies rares et soutenu la cr ation de la Plateforme Maladies Rares qui rassemble associations de malades et services d inf
37. le jour C est pourquoi plusieurs autres pays en particulier les Etats Unis le Royaume Uni et le Japon ont d j fait des investissements importants pour mettre sur pied et quiper les installations n cessaires la recherche g nomique Par cons quent nous soutenons totalement l initiative fran aise qui a cr et financ des centres pour la recherche g nomique par le biais du programme des G nopoles Ceci a permis l installation d quipements cl s pour les technologies de la g nomique en France Les G nopoles semblent avoir fait un tr s bon usage du premier tour de financement central catalytique Ceci a g n r d importants financements aux niveaux local et r gional et a permis plusieurs laboratoires de s affirmer comme acteurs puissants de la recherche en g nomique Nous nous f licitons de l abandon des anciens modes de financement de la recherche fran aise puisque le programme a r ussi assurer quelques centres d excellence des sommes importantes principalement pour les installations et l quipement au moment opportun et d une mani re bien cibl e Ces centres sont ainsi capables d tre concurrentiels la fois sur les places europ ennes et internationales Afin de poursuivre le d veloppement du programme les loges les critiques et les recommandations sont d taill s la fin de ce rapport nous faisons les suggestions suivantes e Les directeurs des G nopoles doivent
38. ll contact html Prof Doron LANCET Dept of Mol Genetics The Weizmann Inst of Science IL 76100 Rehovot Tel 972 8 9343683 Fax 972 8 9344112 E mail doron lancet weizmann ac il Web address http bioinfo weizmann ac il genome_center doron_lancet html Dr Anna Elina LEHESJOKI Folkh lsan Institute of Genetics and Department of Medical Genetics University of Helsinki Mannerheimintie 97 FIN 00280 Helsinki Tel 358 9 19125072 Fax 358 9 E mail anna elina lehesjoki helsinki fi Dr Iain W MATTAJ EMBL Meyerhofstr 1 D 69117 Heidelberg Tel 49 6221 387393 Fax 49 6221 387518 E mail mattaj emb l heidelberg de Prof Thomas F MEYER MPI f r Infektionsbiologie Abt Molekulare Biologie Schumann Str 21 22 D 10117 Berlin Tel 49 30 28460402 Fax 49 30 28460401 E mail meyer mpiib berlin mpg de Web address http www mpiib berlin mpg de Dr Paola RICCIARDI CASTAGNOLI Universtiy of Milano Bicocca Dept of Biotechnology and Bioscience P zza della Scienza 2 1 20123 Milano Tel 39 02 64483559 Fax 39 02 64483565 E mail paola castagnoli unimib it Prof Francesco SALAMINI MPI fiir Zuechtungsforschung Carl von Linn Weg 10 D 50829 K ln Tel 49 221 5062400 Fax 49 221 5062413 E mail salamini mpiz koeln mpg de Web address http www mpiz koeln mpg de Dr David SECHER Director of Research Services University of Cambridge 16 Mill Lane Cambridge CB2 1SB E david
39. m inra fr US SANS ECROT Bockaert joel bockaert ccipe cnrs fr R cepteurs coupl s eee Epilepsie Maladies http www montp inserm fr ifr3 htm Biologie Malaria 6emePCRDT SSO kr SCENE BIOMALPAR H Vial vial univ montp2 fr M tabolisme lipidique du parasite http www dbs univ montp2 fr umr5539 Formations Entreprises cr es Budget global annuel Ecole ADN N mes Skuld Tech Phase initiale 1999 2001 1822kE uros an DESS Bioinformatique NMR Tec 2002 AP 533keuros DESS Biologie Structurale Up Gen CP 353keuros Genepep Aegis Biomedical G nopole de Toulouse Midi Pyr n es D finition de la G nopole G nopole de Toulouse Midi Pyr n es G nomique et prot omique fonctionnelle pour la Microbiologie l Agronomie et la Sant Cr e en 1999 Directeur Claude CHEVALET Partenaires Institutionnels INRA INSA INPT CNRS Inserm Universit Paul Sabatier ENVT Missions Soutenir et susciter la transition vers une biologie int grative Mettre les technologies g nomiques au service de la recherche et du transfert technologique D velopper les approches interdisciplinaires biologie chimie physique math matiques Site Web central Prestations Responsable PLATES FORMES genopole toulouse inra fr sites directs Mail 1 Transcriptome Biopuces http bio71 gba insa tlse fr Puces ADN JM Fran ois PR INSA 2 G notypage S quen age gentz ensat fr G notypage L Gentzbittel PR INPT 3 Bioinformatique allou
40. maladies tude fonctionnelle des g nes de maladies identifi s chez P Homme et en collaboration avec l Institut de Transg nose G n tique exp rimentale et Mol culaire du CNRS le CNG participe la mise en place d un programme national de mutag n se al atoire induite chez la Souris qui fait partie d un programme europ en Le CNG au service de la communaut scientifique L utilisation des approches g nomiques dans la recherche biom dicale notamment pour rechercher les g nes de pr disposition aux maladies s appuie de plus en plus sur des infrastructures haute capacit pour r ussir Bien que cette recherche soit facilit e par la disponibilit de donn es de plus en plus pr cises sur la s quence du g nome humain l identification des g nes de maladies est encore un v ritable d fi Depuis juillet 1999 date laquelle son premier plateau de production a t op rationnel g notypage des microsatellites le CNG a entrepris 108 projets de recherche dont la grande majorit a t soumis par des quipes fran aises INSERM CNRS Institut Pasteur Universit s IRD INRA quipes hospitalo universitaires Parmi ces 108 projets 15 projets ont une dimension internationale dont 9 projets financ s dans le cadre du 5 PCRD de l Union Europ enne 7 projets ont t initi s par le CNG notamment les tudes pilotes destin es valider ses plateaux de production Au cours de cette p riode le CNG
41. mes et des programmes dans lesquels elles sont impliqu es que vous consid rez comme les plus importants Nom Acc s PLATES FORMES Site Web Mail CLINIQUE DE LA SOURIS chambon igbmc u strasbg fr GENOMIQUE D STRUCTURALE moras igbmc u aes strasbg fr MEDICAMENT BE mhibert aspirine u strasbg fr Responsable Nom PROGRAMMES Structure et fonction des r cepteurs nucl aires Pierre Chambon et Dino Moras R cepteurs membranaires Marcel Hibert Prestations Responsable mutagen se et ph notypage de la Pierre Chambon souris mod les des maladies humaines Dino Moras structure tridimensionnelle des prot ines Marcel Hibert Chimioth que et Criblage de m dicaments Th matique Site Web Du G ne au M dicament Formations offertes Bio informatique IUP technologies avanc es en sciences du vivant Ecole Sup rieure de Biotechnologie de Strasbourg Entreprises cr es en rapport avec la g nopole Carex Prestwick Chemical Alix euroclide greenpharma neuro3D polyplus Transfection Proteogenix Novalyst Budget global annuel CP Euros 2000 24 355 2001 47 144 2002 23 778 AP Euros 2000 24 355 2001 84 337 2002 30 788 G nopole de Lille R gion Nord Pas de Calais D finition de la G nopole G nopole de Lille R gion Nord Pas de Calais Pathologies g n tiques multifactorielles et Innovation Th rapeutique Cr e en 1999 Directeur Philippe AMOUYEL Partenair
42. minist re jeunesse ducation recherche minist re d l gu recherche et nouvelles technologies PRESENTATION DES RESULTATS DE L EVALUATION DES GENOPOLES PAR L EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY ORGANISATION Conference de presse de Claudie Haignere ministre deleguee a la Recherche et aux nouvelles Technologies Evry 21 mars 2003 www recherche gouv fr SOMMAIRE Sept questions aux directeurs des g nopoles Synth se du rapport Rapport de EMBO sur les g nopoles Pr sentation des g nopoles de Paris Ile de France Rh ne Alpes Languedoc Roussillon Midi Pyr n es Marseille Alsace Lorraine Nord Pas de Calais Liste des membres du Comit d valuation Biographies de Frank Gannon et Tim Hunt Le Consortium National de Recherche en G nomique Le Centre national de G notypage Le G noscope L AFM Le service de genomique fonctionnelle du CEA L URGV Questions de lEMBO aux Directeurs des G nopoles 1 Classez par ordre de priorit les objectifs scientifiques atteints gr ce ce financement 2 Quels objectifs scientifiques n ont pas t atteints 3 Selon vous quelles sont les raisons de cet chec 4 Quelles ont t les cons quences structurelles de ce soutien suppl mentaire 5 Est ce que les groupes individuels ont maintenant une interaction efficace et travaillent ensemble d une mani re collective Si c est le cas est ce que cette interaction est motiv e par la technologi
43. national de s quencage le CERMA Centre d tude et de recherche en m canique et en automatisme le Laboratoire syst mes complexes et le Laboratoire de m thodes informatiques et deux entreprises Genset et Biofords Consultants La r alisation du projet de Genopole a trouv sa dynamique dans la synergie entre les laboratoires de recherche et la cr ation d entreprises innovantes de biotechnologies UN RENFORCEMENT RAPIDE DU POLE DE RECHERCHE ET D ENSEIGNEMENT Les laboratoires de recherche Dans un contexte de d veloppement sans pr c dent de la g n tique de la g nomique et des biotechnologies l environnement scientifique initial avec le Genoscope le Centre national de g notypage et le laboratoire G n thon a constitu un p le attractif majeur pour la politique de d veloppement conduite sur le Campus d Evry Au 31 janvier 2003 il h berge 23 unit s de recherche Pr s de 900 personnes sont attach es au p le scientifique dont 233 chercheurs Genopole a pour objectif d accueillir d ici 2005 3 nouveaux groupes de recherche par an L universit d Evry Val d Essonne Cette jeune universit ne pouvait que b n ficier de l appui et de l accompagnement de Genopole Elle r unit aujourd hui 9 400 tudiants D sormais 5 d entre eux poursuivent un cursus en biologie Une fili re compl te d enseignements dans cette discipline leur est propos e notamment avec l ouverture d une cole doctorale des
44. nthesis in the Department of Biochemistry Cambridge supervised by the late Dr A Korner and Dr Alan Munro Principal Scientist Cancer Research UK Clare Hall Laboratories 1991 present University Lecturer Department of Biochemistry University of Cambridge 1981 1990 Research Fellow in Department of Biochemistry University of Cambridge 1971 1981 Royal Society Research Fellow 1976 1981 MRC Senior Assistant in Research 1975 1976 Beit Memorial Fellow 1972 1975 Postdoctoral Fellow in Department of Medicine Albert Einstein College of Medicine with Dr Irving M London 1968 70 Research Fellow of Clare College Cambridge 1967 74 Official Fellow 1975 2001 Honorary Fellow 2001 Junior Proctor University of Cambridge 1982 1983 Editorial boards Reviewing Panels Honours Instructor in Embryology 1977 1979 and Physiology 1980 83 summer courses Marine Biological Laboratory Woods Hole U S A Journal of Cell Science Molecular Biology of the Cell Genes to Cells EMBO Fund Committee 1990 1994 Council of John Innes Institute Norwich 1991 1993 BBSRC Cell and Molecular Biology Panel 1995 96 Council of the Royal Society 1996 7 Scientific Advisory Board of the IMP Vienna 1995 2001 Scientific Advisory Board of Wellcome Unit Dundee 1997 Wellcome Trust Cell and Molecular Panel 2000 2002 Chair Review of the French Genopole System 2003 Member of EMBO 1979 Fellow of the Royal Society 1991 Member
45. nts ports faiblesses et recommandations Le rapport concernant chaque G nopole a t labor par chacune des quipes ayant effectu une visite et en cons quence il existe quelque variation dans le style de pr sentation Dans tous les cas cependant les recommandations ont t num rot es par souci de coh rence et de facilit de r f rence Nous devons signaler l enthousiasme vident mais en aucun cas in vitable de toutes les quipes d valuation pour les conditions et le travail scientifique qu elles ont constat s dans chaque G nopole sans exception L EMBO aimerait galement exprimer ses remerciements aux directeurs pour leur coop ration et particuli rement pour l hospitalit dont ils ont entour les quipes qui ont effectu les visites Conclusions Au d but de cette valuation la plupart des membres du panel connaissaient tr s peu l existence ou les objectifs du programme des G nopoles Bien ou avant eu des explications sur ses origines et son ex cution ils demeuraient sceptiques quant sa valeur probable ou ses chances de r ussite Une r action typique fut celle d un participant qui la lecture des rapports des directeurs crit avec mauvaise humeur les G nopoles sont par excellence l exemple de recherches financ es par le haut Par cons quent tous les centres en souffrent d une mani re g n rale leur travail n est pas d termin par la science Il tait int ressan
46. of the American Academy of Arts and Sciences 1997 Member of Academia Europaea 1998 Foreign Associate of US National Academy of Sciences 1999 Abraham White Scientific A chievenent Award of the George Washington University Department of Biochemistry amp Molecular Biology Washington D C U S A 1993 Nina C Werblow lecture Cornell University Medical College N ew York U S A 1993 J W Jenkinson Lecture University of Oxford 1997 Martin Breitman Memorial Lecture University of Toronto 1998 5th Severo Ochoa M emorial Lecture Autonomous University of Madrid 1998 Nobel Prizein Physiology or Medicine 2001 with Lee H artwell and Paul Nurse Officier of the French L gion d Honneur 2002 Consortium national de Recherche en g nomique La connaissance des g nomes tant d organismes mod les que d individus au sein de populations homog nes permet d aborder l analyse fine des diff rences entre individus la biodiversit mol culaire l analyse des pathologies individuelles h rit es maladies g n tiques ou induites par l environnement maladies somatiques cancer Cette approche de la biologie a t rendue possible par une automatisation des proc dures on ne travaille plus sur un g ne la fois mais sur des dizaines voire des milliers La masse de donn es ainsi cr es ne peut plus tre simplement catalogu e et classifi e Ces donn es constituent le socle d une biologie plus th orique plus pr d
47. ologies sont pr sentes dont 26 projets incub s 18 entreprises sontinstall es Genopole 10 soci t s qui ont interesse les investisseurs et ont lev 34 3 millions d euros 225 millions de francs Ces soci t s travaillent dans des domaines aussi vari s que la th rapie cellulaire les pathologies de la sph re urologique la recherche de vacchs anticanc reux etc Un groupe pharmaceutique international Aventis pharma a externalis vry un centre de recherche g n tique Le g ant agropharmaceutique Bayer CropScience conduit sur le campus ses recherches en bio informatique et en g nomique v g tale Pr s de 500 personnes travaillent actuellement dans les entreprises de biotechnologies install es Genopole L objectif est d attirer de nouvelles soci t s pour atteindre le chiffre de 60 entreprises dans deux ans DES INFRASTRUCTURES ET DES OUTILS COMMUNS R alis s depuis 1998 Un centre international de conf rences de 750 places le G nocentre Un p le d imagerie et de microscopie lectronique Un r seau m tropolitain haut d bit le r seau Evry Val d Essonne REVE Une biblioth que lectronique de site Une plate forme Transcriptome Des quipements d envergure en cours de r alisation Un centre de ressources biologiques Un centre d exploration et de recherche fonctionnelle exp rimentale Cerfe 1 La part de march est pass e de 7 5 5 5 sur les 5 derni res ann
48. ormation En 2001 pour 100 euros employ s par l AFM budget 90 ME 79 9 euros pour les missions gu rir et aider 9 6 euros pour les frais de collecte 10 5 euros pour les frais de gestion Contact Presse Emmanuelle Guiraud Estelle Assaf T l 01 69 47 28 28 AFM 1 rue de l Internationale BP 59 91002 Evry www afm france org Direction des sciences du vivant DSV CEJ D partement de radiobiologie et de radiopathologie DRR Service de G nomique Fonctionnelle SGF A sa cr ation en 1999 le Service de G nomique Fonctionnelle du CEA Evry a re u pour mission de d velopper une plate forme de production de puces ADN pour rendre cette technologie plus accessible aux chercheurs acad miques d velopper de nouveaux concepts de puces notamment des puces cellules pour l exploration fonctionnelle des g nomes s appuyer sur ces d veloppements technologiques pour d velopper ses propres th matiques biologiques autour de deux axes e diff rentiation des cellules souches adultes En comparant les profils d expression des cellules diff renci es par rapport aux cellules souches le Service de G nomique Fonctionnelle esp re pouvoir identifier des signatures mol culaires de la plasticit des cellules souches et mieux comprendre les m canismes de r gulation impliqu s dans la diff renciation cellulaire e le stress g notoxique et la canc rogen se Le Service de G nomique Fonctionnell
49. oupes de recherches qui y sont associ s La proc dure d valuation Cette valuation a t men e en plusieurs tapes Pour commencer nous avons re u des documents des diff rentes G nopoles qui comprenaient leurs propositions initiales Sur la base de ces documents nous avons pos sept questions aux directeurs des G nopoles Annexe 1 Leurs r ponses leur a permis de d crire l tat actuel de leur d veloppement et d expliquer les carts entre leurs plans d origine et leur situation pr sente Ces documents ont t examin s par un panel de 24 membres de l EMBO s lectionn s pour cette t che pr cise pr sid par Tim Hunt voir l Annexe 2 Ils ont servi de base pour une valuation plus d taill e qui a t effectu e par huit quipes de trois membres de EMBO qui ont chacune visit un site des G nopoles Finalement l emsemble du panel s est rencontr Paris a discut les informations re ues a rencontr les directeurs et a pu appr cier les forces et les faiblesses des diff rents sites Le panel a galement valu les diff rentes technologies de plate forme d une mani re comparative en utilisant les comp tences disponibles en son sein Il a r dig un rapport sur chaque G nopole et sur chaque grande technologie de plate forme La derni re tape a consist pr senter les opinions du panel de EMBO sur le programme des G nopoles dans sa totalit Ces opinions sont class es en poi
50. rance pourrait s av rer contre productive et une telle d cision devrait tre valu e d une mani re tr s critique FICHE D IDENTITE DE GENOPOLE Date de cr ation J uillet 1998 Structure juridique Lanc sous la forme d une association 1901 le Groupement d int r t public GIP Genopole a t cr par publication au J ournal Officiel le Le mars 2002 Membres Minist re d l gu la Recherche et aux Nouvelles Technologies Conseil r gional d Ile de France Conseil g n ral de l Essonne Communaut d agglom ration d Evry Courcouronnes Bondoufle Lisses Ville d Evry Universit d Evry Val d Essonne Association fran aise contre les myopathies Pr sident Thierry Mandon Vice P r sident du Conseil g n ral de l Essonne Directeur g n ral Pierre Tambourin ancien directeur du D partement des Sciences de la vie du CNRS Directeur de recherche Inserm Directrice g n rale adjointe Fran oise Olier Coordonn es 2 rue Gaston Cr mieux CP 5723 91057 Evry Cedex T l 01 60 87 83 00 Fax 01 60 87 8301 Site Internet www genopole org MISSIONS B tir renforcer et animer un campus scientifique de haut niveau de recherche et d enseignement en g n tique g nomique post g nomique et sciences connexes Favoriser le d veloppement d un parc technologique d di aux biotechnologies par l accueil de soci t s existantes l incubation de jeunes pousses en sciences de la vie le
51. rtes et aux financements de l AFM les g nes de 700 maladies souvent rares ont pu tre d couverts Parmi ces maladies des maladies neuromusculaires des maladies neurologiques des cancers certains diab amp tes Les malades ont pu b n ficier directement de ces d couvertes diagnostics fiables conseil g n tique am lioration de la prise en charge 7200 programmes de recherche ou bourses d tudes financ s L AFM soutient de nombreux programmes de recherche publics ou priv s recherche fondamentale sur le muscle maladies neuromusculaires g nomique recherche de th rapeutiques ou financement d quipements sophistiqu s 2002 franchir une Nouvelle Fronti re En 2000 gr ce au soutien de tous les donateurs du T l thon trois premi res mondiales concernant le traitement des b b s bulles de la maladie de Huntington et de l infarctus du Myocarde ont fait basculer l espoir des malades dans la r alit Aujourd hui les nouvelles approches th rapeutiques issues de la g n tique les g noth rapies se multiplient et se combinent entre elles offrant de nouvelles voies prometteuses Th rapie g nique th rapie cellulaire cellules souches AFM les explore toutes dans le but d tendre ces premiers r sultats d autres malades et d autres maladies Son laboratoire G n thon se consacre aujourd hui la mise au point des outils n cessaires ces nouvelles th rapeutiques MISSION AIDER Parall lement
52. t de comparer ce genre de r actions avec les rapports des quipes leur retour des diff rents centres Chacun tait enthousiasm par ce qu il a vu Nous pouvons donc simplement conclure qu il y a eu des erreurs dans les m canismes de financement avant l tablissement des G nopoles Loin d un manque de travail d termin par la science il existait plut t un manque d quipement et d installations n cessaires l application de m thodes modernes toute une s ri de questions scientifiques tr s r elles et de l avis de nos quipes extr mement int ressantes En fit il est apparu que les m canismes actuels de financement de la recherche en France privil giait le recrutement de bons scientifiques mais rendaient difficile l acquisition de grands appareillages co teux qui permettraient aux scientifiques de r aliser leur potentiel Les chercheurs ont rencontr de grands obstacles par rapport au reste du monde par manque de fonds pour les recherches Il doit tre tr s difficile d atteindre le bon quilibre dans la r partition des finances entre le personnel les quipements et les fournitures la r partition optimale variant certainement en fonction de l endroit et du projet Nos enqu tes sugg rent que le programme des G nopoles a r alis une correction indispensable un certain d s quilibre dans cette r partition Points forts du programme Renforcement de l excellence dans le s quen age d
53. te Web Prestations Be ee TORNE Mail Exploration http www ciml univ Animaux transg niques P Ferrier J RZ fonctionnelle souris mrs fr mrs Austen Transcriptome http tagc univ Expression des g nes ss NE M Piovant mrs fr Marseille P Barbry Nice G nomique en http ifr48 free fr S quen age d isolats D Raoult JM Claverie Microbiologie bact riens Prot omique en M Brushi aval Bioinformatique http www cpt univ Interface bioinformatique P Chiappetta mrs fr Physique Nom Responsable Thematique Site Web PROGRAMME EUROMORPHIA P Ferrier Fonction des genes http www ciml univ mrs fr souris D veloppement C elegans M Piovant Formations offertes 7 Mast res DEA DESS DU Licence Ma trise en Bioinformatique Ecole Sup rieure des Ing nieurs de Luminy Facult des Sciences Entreprises cr es en rapport avec la g nopole 4 Ipsogen Phylogenomix Gensodi Ecole de l ADN En Cr ation Transfly Adhersis Transg n se souris Budget global annuel en K uros HT 2000 2001 2002 Cumul 2000 2002 4904 2324 1799 9027 G nopole de Strasbourg Alsace Loraine D finition de la G nopole G nopole de Strasbourg Alsace Lorraine Du g ne au M dicament Cr e en 1999 Directeur Pierre CHAMBON Partenaires Institutionnels Universit Louis Pasteur IGBMC Inserm CNRS LORIA INRIA Missions Th matiques de la G nopole du G ne au M dicament Description des plates for
54. ulaires Formations offertes DESS bioinformatique IUP Prot omique Formation bioinformatique s minaires thique Entreprises cr es en rapport avec la g nopole Directement Genoscreen Mediagen Proteaxis Indirectement Genfit Sedac thp Mediam Endotis pharma Cellvax pharma Cellial techn selkis It Omics Budget global annuel Environ 2 millions Membres du comit d valuation Prof Michael ASHBURNER Dept of Genetics University of Cambridge Downing Street UK Cambridge CB2 3EH Tel 44 1223 333969 Fax 44 1223 333992 E mail m ashburner gen cam ac uk Prof Alan ASHWORTH Inst of Cancer Research Chester Beatty Laboratories 237 Fulham Road UK London SW3 6JB Tel 44 207 3528133 x5317 Fax 44 207 3523299 E mail alana icr ac uk Web address http www cr ac uk Prof Rudi BALLING GBF Braunschweig Mascheroder Weg 1 D 38124 Braunschweig Tel 49 531 6181500 Fax 49 531 6181502 E mail balling gbf de Web address http www isg de Dr David BAULCOMBE The Sainsbury Laboratory John Innes Institute Norwich Research Park Colney UK Norwich NR4 7UH Tel 44 1603 452571 Fax 44 1603 450011 E mail david baulcombe bbsrc ac uk Web address http www jic bbsrc ac uk Sainsbury Lab david baulcombe dcbhome htm Dr Ren BERNARDS Division of Molecular Carcinogenesis Netherlands Cancer Inst 121 Plesmanlaan NL 1066 CX Amsterdam Tel 31 20 5121952 Fax 3

PRESENTATION DES RESULTATS DE L`EVALUATION

Contents

Download Pdf Manuals

Related Search

Related Contents