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FORMATION TNPC

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1. eeeeeeeeeeeeeececccceeeceeceeceeeecececeeeceececeeceeceeeeceeceeceeeeeceeeeeeeeeeeeee 24 ii pendant l acquisition des ImMapes issssissssssssenessstesssicstessosassssoesetesssesereseencsteseecessessnet ene 24 iii A partir d une base de donn es ACCesSS essecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccceee 24 iv Utilisation manipulation de la bas ssssssssssceccccccccccocsssssssssccecececcossssssssosssscececeessssssssssssoe 24 Vs Export import vers ACCESS tint rndtn ihesnerenttate ete aar eo aea restantes tete nin ententes nds 24 vi Recherche dans la base Chargement des images sssssssssssssseeseeccssssseeeesssee 25 vii Cr ation de vues requetes imminente minimes 25 7 ANNOTATION MESURES DE CROISSANCE 27 a Acquisition sauvegarde des radiales interpr t es ssssscccceccecccccccccccccccccccccceccee 27 L Radiales aa nt inst serein ten tien led ed en ed eee tte dead a net dada be benne tes 27 ii Marqueurs anneaux faux anneaux ti intenses eines te etseces 27 iii Visualisation du profil d intensit eeseeccccecccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 27 iv Visualisation du profil de croissance ssssssseseeecccssssccecocosssssceccocsssseccecoossosssececoosssssceeossssse 27 v G n ration d une image avec des annotations ssssssssssssssoeooooocococoococoooooocccccoccccoee 28 vi Tableur ge mesures de croissance r tro cal
2. de TNPC cliquer sur pour acc der au menu qui permet la configuration de la platine motoris e et du microscope ou binoculaire el le nombre de contr leur de platine disponible au minimum 1 Cliquer ensuite sur Platine puis sur Choisir le mod le de platine indiqu sur le capot du contr leur de la platine Dans l onglet moteur pr ciser la taille des pas moteurs 1 micron dans beaucoup de Cas D finir ensuite le minimum et le maximum de d placement de la platine Dans l onglet Minimum cliquer sur le bouton Atteindre La platine va se d placer jusqu au point 0 0 valider ce point en cliquant sur Obtenir Faire de m me dans l onglet Maximum L onglet Centre n est pas utilis actuellement Sauvegarder les r glages ii Configuration des param tres du microscope ou de la loupe binoculaire Avant de se lancer dans le r glage des objectifs du microscope 1l est pr f rable d avoir auparavant d fini une calibration pour chaque valeur des objectifs Voir pagel7 Calibration des images Puis dans l onglet Microscope cliquer sur Pr f rences Indiquer le nombre d objectifs du microscope ou le nombre de zooms de la loupe Attention n est utile que si le r volver permettant de changer de grossissement est crant si le zoom est continu ou motoris ces r glages sont inutiles Valider en cliquant sur OK Choisir un num ro d objectif lui donner une valeur champ
3. Export Traitement Smooth Detrend Demod TopHat r 2 9 A R Mom des param tres d faut Figure 6 Vue de l onglet Traitements ii Lissage Cette fonction lisse le profil d intensit pour en ter les hautes fr quences bruits d tails Le param tre de la fonction est d fini par la valeur de la largeur du plus troit des anneaux de croissance la valeur par d faut est 5 La valeur est en pixel s il n y a pas de calibration dans l unit de la calibration si elle est d finie 32 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 D el ale amp sin IN Dia me S mien FIN mie Ta sisis siriu welef a enea i x te PIE a Hi Ve Des Cie rie Tex GEC ER HOT k mm mat 1e Er o C fre e jeepa aaa 18 i EN EN ER EN EN Eu j EM i A E 15 p w H 15 eo r t De RES EN EN ON EE ER EN i CRT ik oa oi Ld Ld id bia dasi gt 4 sn uns i TEI j TT ri 2 100 10 a 100 w w JO w w w 0 0 w Mi M0 ED D iD s Faliki Su LES ke D Es CRAN Be pin avant le traitement apr s le traitement la nouvelle courbe appara t en vert Tableau 10 Utilisation de la fonction Smooth jii Retrait de la tendance Cette fonction enl ve la tendance du profil d intensit Le param tre de cette fonction est d fini par la valeur de la largeur du plus tendu des anneaux de croissance
4. am liorer la qualit de l image sont disponibles dans TNPC v Elimination des t ches v Recalage de l image v R duction du bruit v Am lioration des contrastes i Elimination des t ches La fonction Elimination des t ches sert d tecter la structure calcifi e dans l image et retirer l arri re plan bruit artefact Elle repose sur la binarisation de l image partir d un seuillage des niveaux de gris Ce seuillage peut tre automatique en utilisant une analyse factorielle ou entropique de l histogramme du niveau de gris O manuel La fonction Elimination des t ches ne sera efficace que si l objet observ est suffisamment contrast par rapport l arri re plan Avant traitement Apr s traitement Tableau 5 Exemple d utilisation de la fonction Elimination des t ches 19 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 ii Recalage de l image Cette fonction provoque une rotation de l image de mani re que l axe principal de l objet observ soit horizontal Elle permet galement de recadrer l otolithe dans l image Cette fonction exploite la fonction Elimination des t ches Avant traitement Apr s traitement Tableau 6 Exemple d utilisation de la fonction Recalage de l otolithe iii R duction du bruit Cette fonction r duit le bruit dans limage en utilisant un filtre Gaussien param tr par sa variance La valeur de ce param tre
5. lecteurl lecteur2 Voir la documentation Visilog 6 3 La base de donn es peut tre visualis e soit sous l aspect d un formulaire par d faut d une liste d imagettes ou d un tableau b D finition de nouveau champ 23 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 De nouveaux champs peuvent tre ajout s la base de donn es en entrant le nom du champ en s lectionnant le type de donn es que va contenir le champ puis en cliquant sur le bouton Ajouter Les attributs pr d finis des champs cr s sont v NOM qui vous permet d entrer le nom du champ cr er v TYPE qui vous permet de s lectionner le type des valeurs du champ v VALEUR PAR DEFAUT qui est la valeur qui sera entr e lors de la cr ation de nouveaux enregistrements Si aucune valeur n est pr cis e les enregistrements auront une valeur nulle c est dire que le champ sera vide Valider ensuite pour que le logiciel puisse prendre en compte les nouveaux champs Les diff rents types de donn es sont les donn es alphanum riques classiques Int Long Float Double Byte Bool Text les commentaires la date ou le nom d un fichier File c Cr ation d une base de donn es i partir d images d j acquises Pour ins rer dans la base de donn es des images qui ont d j t acquises cliquer sur Ajouter une image dans l onglet Fichier de la base de donn es S lectionner ensuite les images ajou
6. Mesures globales si ai al ef if Nom g n rique image _ Num ro de la prochaine acquisition 1 PF Movennage sur s image s Distance bord otolithe a oJ oj R a Nom des param tres d faut ii Onglet Traitement Dans le cas d une acquisition simple ces param tres peuvent tre ignor s Pour plus de renseignements voir en Fi page 19 Pr traitements associ s TNPC 15 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 ACQUISIFION Annotations Analyse de forme Calibration no_caib l Tr 4 a a Ea X E CO Acquisition ateme g n ral Elimination des t ches Facto Entropie Manuel 127 Recalage de l otolithe E Elimination du bruit 2 0 E Am lioration du contraste 5 0 B 9 A B iii Onglet G n ral Nom du champs Utilisation Explications compl mentaires l image Ajout dans la base de donn es en page 24 Cr ation d une base donn es ouverte de donn es Plan de travail Dans le cas d images couleurs il est possible de ne travailler que sur un plan Vert Rouge ou Bleu par d faut le plan choisi est le vert qui semble le mieux adapt au traitement des otolithes Format de sauvegarde Les images peuvent tre 12 Format de sauvegarde des sauvegard es sous plusieurs images formats les formats recommand s sont tif ou im6 Sauvegarde des images en niveau Les images provenant d une cam ra couleur p
7. av rer n cessaire lors du pr l vement de petits otolithes quelques dizaines de microns sur les larves par exemple 10 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Image d otolithe de merlu brut moyenne Image d otolithe de merlu brut moyenne de de 30 images shutter 71 30 images shutter 71 avec polarisation Tableau 1 Images faites avec la binoculaire LEICA M716 clairage transmis sans polarisation vs clairage transmis avec polarisation iii Les produits claircissants L utilisation d un milieu claircissant est recommand e pour tous les types d observation avec ou sans pr paration pr alable des PC sauf dans le cas de pr parations destin es faire des analyses microchimiques Un tel milieu est un liquide ou un produit durcissant r sine qui permet d am liorer le contraste et la visualisation des marques de croissance Il poss de souvent la m me densit optique que celle de la PC ou une densit proche permettant ainsi la lumi re de p n trer plus facilement dans le but de r v ler les structures les plus internes Plusieurs liquides claircissants sont disponibles le plus fr quemment utilis est probablement l eau puis viennent les solutions salines plus isotoniques suivies par l alcool les m langes eau alcool diff rentes proportions la glyc rine le m lange glyc rine alcool 30 70 et les huiles d immersion Les huiles essentielles clou de girofle romarin pin c dre ca
8. la valeur par d faut est 50 La valeur est en pixel s il n y a pas de calibration dans l unit de la calibration si elle est d finie kasuti Ver hajrimy Herut Virsa E ar Le Ua ve on mere 7 Da lale a an a Di en S Mein FIN He Te ME ve Pellea eeraa jee x ee PP a bie fi e e i Wrde F T nisis M C0 En n Taie E Y ILF oi RON ge 0 Es GILET P FCO B avant le traitement apr s le traitement la nouvelle courbe appara t en vert Tableau 11 Utilisation de la fonction Detrend iv D modulation Cette fonction provoque une d modulation du profil d intensit en utilisant un mod le de croissance priori Le profil d intensit est per u comme le r sultat de la modulation d un signal p riodique Journalier ou annuel modul par le pattern de croissance du poisson Pour pouvoir tre utilis e la fonction d modulation n cessite de d finir les valeurs du pattern de croissance soient Loo dont la valeur par d faut est 120 et K dont la valeur par d faut est 0 2 pour le mod le de Von Bertalanfy et LO et K pour le mod le exponentiel Le premier mod le est disponible si la fonction de r trocalcul est activ e voir la fen tre de r trocalcul alors que le mod le exponentiel peut tre utilis sans condition pr alable 33 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Best Vieser Pouf ai ihe ajeri Yi Gi Vas Des Cie We t Hie dt Vas Sos Copie ere
9. Setup type choisir English ou French valider par Next O 4 LEE TNPC 4 1 imaging Software La 6 me cran a DL Len TNPC 41 7 me cran Setup type valider Modify autorisation code valider par Next Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 ECTS TNPC 4 1 AERE T isip rpe Chem ba amg pa Baa bau mas paa ram Teamr ha mgran pan mari i aall lha Mier in rerea M iiy in Ulns rer la cl USBU et attendre un petit moment 5 secondes Th oriquement Windows devrait d tecter la cl USB et demander si vous souhaitez installer le pilote en vous connectant sur Windows Update r pondre non pas pour cette fois CLESCTESROT b rrie n ige mi aa Em Lep NUTTTERRREr 5 LETERR F RTTI ii i Gamh Faridia ou mer pia p ia AE hess pan vesa piping PR ia mass f Teiste ida a ILES CES A HH na de n rpa sanepa je aaan b Rmi mins anis n Pr eiee i je liben eee EN LEE TOC ARE CT m CrSUmr ia kl Cu FE Berre dans F tamiant Mme di pia da mari s Sur l cran suivant valider l option Rechercher le pilote dans ces emplacements puis Rechercher dans les m dias amovibles n m j te geag Fin Diah Lions a raie ia om Fa ha gan ns a pabi ie hamma d amis braa m i miba dis a emina para raen rada Col Fmiamiar am m mia an jiga O O eimie myin eemi ra a meei Appa DS aom da b pn nis asame
10. TNPC du 27 au 29 septembre 2005 85 4 049344 0 255 309 774780 0 S 255 310 787109 0 S O 255311 094000 S GLB S 30 313 824127 0 2 314 836456 0 o O ji Exemple d un fichier iid 407 460 Coordonn es du noyau de l otolithe 718 411 Coordonn es du bord de l otolithe au niveau de la radiale 407 460 Coordonn es du d part de la radiale RE OS C C CO 0 00 0 00 0 D but de la radiale Distance du d but au 2 taquet 3 229 80 Distance du d but au 3 taquet Edge 3 14 84 Taille de la radiale iii Base de donn es Les traitements peuvent tre appliqu s s quentiellement chaque image d une base en choisissant dans le champ source de l onglet Annotations l option Base de donn es la place de Image courante qui est l option par d faut Par exemple pour tracer une radiale sur chaque image de la base de donn es ouvrez la base de donn es dans l onglet Base de donn es de TNPC Dans l onglet TNPC s lectionnez l option Base de donn es comme source des images validez galement Ajout dans la base de donn es dans l onglet Export des Pr f rences refermez la fen tre des pr f rences pour valider l option choisie Cliquer sur pour afficher la 1 re image de la base tracer la radiale puis cliquer de nouveau sur pour passer l image suivante et ainsi de suite iv Charger une radiale comparer des interpr tation
11. a donc un d calage entre l image qui sera int gr e la mosa que et l image qu on observe lors du choix du point de d part de la trajectoire Pour en tenir compte choisir une trajectoire couvrant une surface plus tendue que le champ tudier Idem pour le point P2 qui est le point d arriv e de la trajectoire M me probl me que pour l image de d part sauf que le point d arriv e de la trajectoire est situ en haut gauche de l image Lorsque les points P1 et P2 sont d finis valider ce choix et sauver la trajectoire en la nommant Un click sur Simuler permet de visualiser le d placement de la platine et value le nombre d images qui seront int gr es dans la mosa que ATTENTION une image sauvegard e en tif fait peu pr s 1 4 Mo la mosa que sera une image dont la taille sera la somme des images la composant soit pour une mosa que de 10 images 10X1 4 14 Mo iv Mosa quage partir de deux images Il est galement possible de mosa quer 2 images faites ind pendamment des fonctions d acquisition Il faut se d abord ouvrir les 2 images dans TNPC cliquer sur Choisir les images choisir l axe de mosa quage X ou Y valuer le pourcentage de recouvrement des images et la taille de la zone commune aux 2 images Plus ces 2 zones sont importantes plus le temps de calcul sera long V Multi acquisition partir de la platine motoris e Cette fonctionnalit n est pas encore disponible en s ri
12. anneaux faux anneaux Pour ajouter des anneaux ou des faux anneaux cliquez sur OU Pour les enlever double cliquez directement sur le taquet concern Changement des couleurs des radiales et des taquets Il peut tre n cessaire de modifier les couleurs des radiales par exemple lorsqu il y a 2 lectures des otolithes ou plusieurs lecteurs d un m me otolithe Pour ce faire il faut s lectionner la radiale sur l image un petit carr ER E E blanc appara t chaque extr mit de la radiale puis cliquer sur El choisir une couleur puis valider Ne pas oublier de changer le nom de la radiale avant l enregistrement iii Visualisation du profil d intensit Pour visualiser le profil d intensit des niveaux de gris il faut cocher la case Visu du profil dans l onglet Annotation de TNPC eeeeeeseseseeseesoseseesesesseseg Source Image courante aa 4l lt tklalA ml rs LE Interpolation Retro calcul EOP Export Traitement Fecccceccccesescccescccesescecessssesd Taille des marqueurs 11 M Visu du profil M visu loi de croissance FIATTGE rave Luminance l Radiale Voisinnage du profil V Det bord C Angulaire 4 Rot 0 fe Rectang pix 1 aj 9 A e Nom des param tres d faut lt Le profil s affichera dans une fen tre appel e Result Viewer iv Visualisation du profil de croissance Pour visualiser le profil de croissance il faut
13. chie et inversement les zones sombres apparaissent en clair Image d otolithe de merlu brut moyenne Image d otolithe de merlu brut moyenne de 30 de 30 images shutter 71 lumi re transmise images shutter 71 lumi re r fl chie Tableau 9 Images faites avec la binoculaire LEICA MZ16 clairage transmis vs clairage r fl chi La polarisation est plus facile obtenir avec la lumi re transmise les microscopes et binoculaires ayant des syst mes adapt s ce type d clairage par contre il est plus difficile d obtenir de la lumi re polaris e en lumi re r fl chie ii Loupe binoculaire microscope Dans la plupart des cas en ce qui concerne l otolithom trie l utilisation de loupes binoculaires s av re suffisant La taille des coupes la pr cision perception des anneaux saisonniers sont compatibles avec le grossissement 7 1X 115X pour Leica MZ16 et le champ d observation fournis par des binoculaires Par contre lors de l observation et du comptage de microstries l utilisation du microscope est n cessaire La taille du champ d observation est par contre tr s r duite Dans ce cas il peut s av rer n cessaire d utiliser les fonctions de mosa quage Voir en page 31 Mosa quage partir d une platine motoris e 22 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 iii Exemple d acquisition d images de bonne qualit Image faite avec bino Leica MZ16 en lumi re Image faite avec bino Le
14. dans le champ l aide des vis de centrage condenseur ECLAIRAGE DE KOHLER 3 Ouvrir le diaphragme de champ juste la limite de non perception dans l oculaire 4 Fermer l g rement le diaphragme ii d ouverture si besoin est pour contraster 27 EE f EX Sie L r POI T4 2 LE dE CRE DR Was PERL it L 7 JPA EPA Vos D A Po ST ALAN 1 U N o esas te M A f Do 3 Haw j g p i Mar Te gt LE pA b A Sad Si ve S D A 2H MN ww A E 07 INT S A Rte nn NAN CT AE ES A CU eih wa nor Taen rs lt i hu j LL 0 ii La polarisation D une mani re g n rale l clairage des loupes binoculaires et dans une moindre mesure celui des microscopes sont soumis des perturbations soit ambiantes sous la forme de reflets soit g n r es par le mat riel observ lui m me bir fringence de certains cristaux De par leur nature ces m mes clairages peuvent galement g n rer une multitude de rayons incidents cas des clairages fond noir Dans tous ces cas l utilisation d un filtre polarisant permettra de s lectionner certaines sources et en particulier dans le cas d clairage transmis fond noir d liminer totalement les imperfections du fond Le filtre polarisant se compose lui m me de 2 filtres l un appel analyseur situ entre l clairage et la pr paration et l autre le polariseur situ entre la pr paration et l observateur La polarisation peut s
15. de gris les 768 autres niveaux ne seront pas affich s vous aurez donc une image noire l cran Pour cette m me raison les images cod es sur plus de 8 bits ne sont pas forc ment lisibles avec d autres logiciels PaintShopPro d Moyennage des images Le bruit g n r lors de l tape d acquisition d fauts d clairage bruit lectronique etc peut tre per u comme une variabilit de la r ponse d un simple pixel sous clairage constant La valeur d un pixel peut varier de plus ou moins 50 niveaux de gris pour une m me sc ne Pour r duire les effets de cette dispersion plusieurs prises de vue successives peuvent tre moyenn es afin d liminer ce bruit al atoire Quand on travaille avec des images microscopiques statiques comme dans notre cas le moyennage de trames successives peut s av rer tr s efficace Il peut tre r alis par logiciel De nos jours la qualit du mat riel cam ra num riseur etc am liore constamment le rapport signal bruit Cependant le profil d intensit repr sentant la diff rence entre images moyenn es montre que la variabilit d acquisition peut tre consid rablement r duite par simple moyennage de prises cons cutives e Format de sauvegarde des images Dans TNPC les images peuvent tre sauvegard e en 1m6 tif pgm ou jpg Le format jpg est un format de compression avec perte de donn es Le format tif est normalement sans compression des donn es d
16. e a a aaa aai 33 ive Demod la ioios A NEE O A restons etes cran atattitee 33 Ye U lisauon dela fonction top RAC rii iensen aki N EEES 34 Vie Toterpolalo mecano nsira eE Ni rer Taa 34 Y Retrocale il PR RER a A E EE EE A AREO SS 35 c Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 viii Pr f rence d s ARNOTATIONS RAT NN ne aR 36 ix R initialisation du profil sur les zones aveugles essccccceeccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 36 x Traitement d une base de donn es d images ssssecccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 36 Analyse d la lOr MEss an E E ec 36 i Extraction descontos sens niet esei aaraa eE E AAEE REAN REEE 36 ii Extraction des param tres de la forme sesssececccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 36 ii Mensuralions civan aarre ENA r Area V EAR EEr E EONA L Erra aieea 37 iv Param trage des mesures globales scccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceeee 37 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 1 Pr sentation g n rale de TNPC TNPC Traitement Num rique des Pi ces Calcifi es L objet de TNPC est de fournir une aide la lecture des pi ces calcifi es de poissons Ce logiciel peut g rer diff rents p riph riques tels que platine motoris e cam ra 1l permet galement d associer des calibrations aux images effectu es de faire des mesures et de sauvegarder ces mesures dans de
17. est exprim e en fonction de la largeur du plus petit des anneaux de croissance En utilisant la barre de d placement la valeur du param tre peut tre modifi e Le r sultat de la modification peut tre visualis en temps r el dans une fen tre superpos e l image originale vers le centre de l image 20 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Avant traitement Apr s traitement Tableau 7 Exemple d utilisation de la fonction R duction du bruit iv Am lioration du contraste Cette fonction vise rehausser les contrastes surtout les bords Elle repose sur un filtre Laplacien avec une valeur de param tre L utilisation de cette fonction est identique celle de la fonction d bruitage Avant traitement Apr s traitement Tableau 8 Exemple d utilisation de la fonction Rehausse des contrastes 21 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 f Diff rents types d images i Lumi re r fl chie transmise L clairage en lumi re r fl chie permet d observer l tat de surface de l chantillon Les anneaux d accroissement tr s r fringents apparaissent en clair En mode lumi re transmise le faisceau lumineux traverse la pr paration avant d atteindre l objectif Cet clairage rend les zones transparentes plus claires et donc inverse les couleurs par rapport l clairage r fl chi les zones claires en lumi re transmise apparaissent en sombres en lumi re r fl
18. lumineuse la focalisation de la lumi re sur le plan d observation avec le condenseur et l ajustement des diaphragmes de champ et d ouverture sont primordiaux lors de la num risation d images Un diaphragme d ouverture ajust correctement va augmenter les contrastes la profondeur de champ et la r solution Tous ces param tres doivent tre v rifi s au d but de l examen d une s rie d chantillons mais les m mes param tres doivent tre utilis s entre les diff rentes s ries d chantillons dans le but de standardiser le processus L clairage de la binoculaire en mode lumi re r fl chie est plus difficile r gler que celui du microscope En g n ral 1l est obtenu par un clairage fibres optiques la difficult tant de bien centrer le faisceau des 2 bras de fibres optiques vers l chantillon i R glage du condenseur Eclairage de Kohler sur microscope L utilisation du condenseur est inutile pour les objectifs 2 5 et 5 ECLAIRAGE DE KOHLER L clairage de K hler permet un clairage homog ne et contrast 1 Mettre au point une pr paration faible grossissement les deux diaphragmes grands ouverts 2 Fermer le diaphragme de champ pour visualiser une tache lumineuse polugonale floue et non centr e Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 ECLAIRAGE DE KOHLER 3 Rendre nette cette t che en jouant sur la hauteur du condenseur bords polygonaux 4 Centrer ce polygone
19. vi Interpolation Cette fonction permet d estimer le nombre de stries d accroissement dans les zones o la lecture est impossible Elle repose soit sur la moyenne des fr quences de la zone attenante la r gion sp cifi e ou sur une fonction polynomiale implicite dont les valeurs nulles sont les positions des marqueurs dans la zone attenante la r gion sp cifi e Cette fonction accessible dans le Result Viewer via l ic ne iel permet de recalculer des stries d accroissement dans des zones de l otolithe o elles ne sont pas visibles Il faut d abord choisir la zone partir de laquelle une estimation du nombre de stries sera faite Pour cela double cliquer sur le d but de la zone choisie puis la fin de la zone choisie valider en cliquant sur OK Ensuite choisir le d but de la zone sur laquelle l interpolation aura lieu en double cliquant double cliquer une deuxi me fois la fin de la zone sur laquelle appliquer l interpolation valider de nouveau en cliquant sur OK 34 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Profil Export Process o frterpolation 00 Backcalulstion Type Density C Polynomial Degree of the polynomial 3 Figure 7 Vue de l onglet interpolation vii R trocalcul Pour appliquer la fonction backcalculation le champ Length de la base de donn es doit contenir des valeurs Si ce champ Length n existe pas 1l doit tre cr ou le champ correspondant doit tre re
20. 05 Une fois le contour extrait plusieurs param tres concernant la forme peuvent tre calcul s et enregistr s p rim tre surface harmoniques de Fourier e Result Viewer Analysis anl_G6N163 Lu File Edit View Format Window E x psa gt e a selm 2x u l zie Elie el z x 7 SR EE CE A RS TO EE E CS RSC RE TE E Lm NIPSES ES ns es ls es le Ojojoj jejje i Les NH 1 _ NUM Figure 10 Tableau des diff rentes valeurs concernant les param tres de la forme iii Mensurations La barre d outils Mesures fournit tous les outils permettant de mesurer manuellement tous les structures l int rieur d une image Pour afficher cette barre d outils cliquez sur Mesures dans l onglet Affichage ou usla activez __ Pour obtenir une d finition de chaque bouton de la barre d outils voir le mode d emploi de Visilog a 6 3 Le bouton le plus u est Xe permet de v rifier la calibration qui est active Figure 11 Vue de la barre d outils permettant de prendre des mesures sur l image iv Param trage des mesures globales Un clic sur permet d acc der aux pr f rences du menu Analyse de formes La pr cision du contour peut tre affin e par d faut elle est sur 1 Le menu donne acc s plusieurs groupes de mesures un clic sur El permet de modifier les groupes de mesures et m me d en cr er de nouveaux Pour sauvegarder le contour et les analyses validez les
21. Conhisuration de la CAM FA ss ei mn is a tiates 13 Acquisition d une MAD RIRES a aE a a 14 Onelet sA CAUISMON kenana a N en ten amener tetes 14 Onelet lt Tranement SE ir MN e RE EE ete ais e 15 Onglet lt General Seroren ne nn RM nine 16 Calibration des MAS ina aaa aaar aaan A EEA TENTENE 17 Creation d une caAlDration stresse tentes E AEV teste enr es esseessee 17 U lisanon d une calDration sin ni ends iles 18 Pr traitements associ s TNPC ssssseccccoccceceecessssesssosoccoococcccceccessssssssssoococococeseesesee 19 Elimination des taches opasan a RSR Rd 19 Recalage de FimMADe nn E E E E Ea 20 R daction du Drui nn ne RA 20 Amelioration duContraste Si Ne et se 21 Diff rents types d IMagesS seceeeeeeeeeeeeccecceecececceeceeeceeeeeeeeeeeeeeceeceeeeeeececececeeeceeeeeeeeeeeee 22 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 i Lumi re r fl chie transmise sisi EEA EIER 22 i Loupe binoCulaire MICFOSCOP En ne nie 22 iii Exemple d acquisition d images de bonne qualit eeeccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccee 23 6 BASE DE DONNEES rrrerrrnrnrarrrnrnrnrnrnanannrenenenanennennnne 23 a Param trage de la base de donn es sesescececcccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceeee 23 b D finition de nouveau champ 23 c Cr ation d une base de donn es ssessssessseossseosssessssessssossseosssesossossssosssessssessssosso 24 i partir d images d j acquises
22. F Dal mn a lan 18 Da ee 8 Gien FIN Kwi rlel ielej eu ele ae EE IE xj Ne cri 11 X sjebe c 121 mi HE l i 4 Tru THON MORE M INRERERE HERMANN RR e MD HO g MO m 200 HO JS JM M0 MO w M MO MO AN CO 4 40 0 a O G a wW ES HA 1 MO KO JO 0 A0 2 AO o ME NO a D LU 4 aan Bee 11 Se U Su LRO ei Es LITE P Fi avant traitement apr s traitement la nouvelle courbe appara t en vert Tableau 12 Utilisation de la fonction D modulation V Utilisation de la fonction top hat Cette fonction d tecte les pics par d faut ou les vall es appropri s du profil d intensit Pr cisez la largeur minimale par d faut 5 et maximale par d faut 50 des structures rep rer et le seuillage en niveau de gris par d faut la valeur est 0 pour la hauteur du chapeau Les marqueurs seront positionn s a l extremum par d faut des pics ou des vall es ou au d but la fin au centre ou au barycentre des pics ou vall es leu ui Warser Pratila al ihs inajertery y Fe EE w Ms is Wiis F Djem ae a ssl e Hi Te j av fele ai RAI AL AE l x See CPI 11 x se LEP 1 a ce Le GE es Sos Copie ere F CG tn Sein FIN HE HE CEE ETmM w a un nu M 100 10 00 PO MO 00 0 00 CO JO M MO A AN avant traitement apr s traitement la nouvelle courbe appara t en vert Tableau 13 Utilisation de la fonction Top Hat
23. Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 FORMATION TNPC 27 au 29 septembre 2005 Andr Ogor Ronan Fablet IFREMER STH LASAA ji iii V a b c d e a b c ji iii d ii e il iii V f Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 PRESENTATION GENERALE DE TNPC n 5 FONCTIONNALITES PRINCIPALES nnoinonnonoononnonnonnnnsnnennnnnnrennennns 5 PRE REQUIS ET INSTALLATION DETAILLEE nisoinonoononnonnonnnnnnnnn 5 Materiel reg le A R AAR AREE 5 Param trage et installation de TNPC eesssecccsecsssssssooccocccoccccceccesessssssosococosococcesesesee 5 Reslas de V optigUE ss nt ea EE E e a 8 R glage du condenseur Eclairage de Kohler sur MICFOSCOpe e ssescccecccccccccccccccccccccccccccccceee 9 Lapolhirisanon ER E AE A 10 Les produits claircissants sieste leds ist etats 11 La TIUOF SCENCC is nn nt Aa eransenset dote lentssenintece 12 NOTIONS GENERALES SUR LES IMAGES NUMERIQUES 12 TOR LE i PR RER nn Rene Rene RER E RES 12 Le temps d exposition ou valeur du shutter sssssssssssseeessssseee 12 Dynamique d PIMAD inscne 12 Moyennase d s IMADES nn M RE EA EN en nets ts este 12 Format de sauvegarde des images sssssceccccsossssceecoocsosssccccoccosssseceecosssssssccecossssssseee 12 ACQUISITION D IMAGE SIMPLE nanoanonnanonnonnonnnnonnsnnennnesrsennenns 12 Influence du param trage de la caM ra seeccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccee 12
24. XP Il faut convertir la base Access 97 en Access 2000 ou XP la modifier rajouter des champs ou changer la structure de la base puis la retransformer en Access97 pour qu elle redevienne compatible avec Visilog 24 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Convertir Valider une base de donn es Vous avez S lectionn une base de donn es cr e dans une version ant rieure de Microsoft Access Vous pouvez convertir ou valider la base de donn es Chacune des actions peut prendre quelques minutes i Convertir une base de donn es Convertisses le Fichier au Format par d faut sp cifi dans l onglet Avanc de la boite de dialogue Options Si vous convertissez le Fichier au Format Access 2000 vous ne pourrez plus l ouvrir dans Access 97 ou toute version ant rieure Si vous le convertissez au format Access 2002 vous ne pourrez plus l ouvrir dans Access 2000 ou toute version ant rieure Valider une base de donn es Ouvrez la base de donn es dans Access 2002 mais conserves le Format du fichier d origine afin de pouvoir l utiliser avec les versions pr c dentes de Microsoft Access Dans Access 2002 vous pouvez visualiser les objets et modifier les enregistrements mais les modifications de conception ne Peuvent tre effectu es que dans la version pr c dente Annuler Aide vi Recherche dans la base Chargement des images Pour rechercher une fiche dans la base le module base de donn es de TNPC propose une ba
25. cocher la case Visu de croissance dans l onglet Annotation de TNPC 27 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 proeoeeseeseeeoseseoeoseseseeseesg eseseeseesoeeoseseseoseseseesess Source Image courante v 4l lt k al A ml vfs 5 Interpolation Retro calcul Pol Export Traitement Taille des marqueurs 11 M visu loi de croissance Luminance Y M visu du profil Plan de travail Radiale Voisinnage du profil V Det bord C Angulaire 4 Rot D fe Rectang pix 1 aj 9 A e Nom des param tres d faut vV G n ration d une image avec des annotations ins rer les annotations voulues sur l image Pour sauvegarder les annotations 1l faut d abord les incruster dans A Pour rajouter des annotations sur l image cliquez sur le curseur se place sur limage et vous pouvez l image en cliquant sur _ puis enregistrer l image Export Les options de sauvegarde et d export des radiales et des mesures associ es profil d intensit mesures de croissance doivent tre sp cifi es dans le menu Export de l onglet Annotations Apr s avoir cliqu sur r Profil Age ou et Loi de croissance Des fichiers binaires texte seront cr s avec une extension rad pour les puis sur l onglet Export dans la case Sauvegarde effectuer choisissez les options Radiale fichiers radiales une extension pro pou
26. courbe valider les traitements choisis annuler les traitements r alis s w effacer la courbe de la loi de croissance Dans les fen tres contenant les profils d intensit s et les courbes de croissance une autre barre d outils appara t x le ee aa e alela 8 Figure 5 Vue de la barre d outils de la fen tre profil d intensit et courbe de croissance Supprime les taquets Passe en mode interactif le curseur est visible sur le graphique et sur l image Mode ajout de courbes z E Proprie des courbes O EU Couleurs des courbes Configuration des axes Affichage dans un tableau des valeurs X et Y des courbes Affichage dans un tableau des positions des taquetss pi Lissage gaussien de la courbe Recherche des minima l E Recherche des maxima Annule le traitement pr c demment r alis NN Reconstruction de limage partir de la courbe b Fichiers de sauvegarde rad iid pro avec exemples de bases de donn es avec des radiales i Exemple d un fichier pro Gin4 Nom de l image 407 460 Coordonn es du noyau de l otolithe 718 411 Coordonn es du bord de l otolithe au niveau de la radiale 407 460 Coordonn es du d part de la radiale 718 411 Coordonn es de la fin de la radiale 1 1 0 0 0 00 0 00 0 EEE 312 82 0 000000 0 Valeur du niveau de gris distance du d but de la radiale 83 1 012336 0 81 2 024672 0 S O 82 3 037008 0 S 29 Formation
27. cul sssssssssssssssssssssosssssssesssssssssssee 28 b Fichiers de sauvegarde rad iid pro avec exemples de bases de donn es avec d s radiales ornare CR a 29 L Exemple d un MCHICF DLO iare NN A releases 29 Exemple du ACRI P iscsi ra eea 1 Ni E 30 iis base d JONNRES res esece sise dressent Ee Ae EVENE ES NEKEP deteste sense tre 30 iv Charger une radiale comparer des interpr tationS eccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 30 8 FONCTIONNALITES AVANCEES 30 a Utilisation d une platine motoris e pour l acquisition d images ss 30 i R glage de la platine motoris e eeececececccccccccccccccccccccceccccccccccccccccceccccccccccccccccccccccccccccccccceceee 31 ii Configuration des param tres du microscope ou de la loupe binoculaire ses 31 iii Mosa quage partir d une platine motoris e eeecccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 31 iv Mosa quage partir de deux images ssssccccceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 31 v Multi acquisition partir de la platine motoris e ssssssssssseooeooosecssccscsssssssssee 31 b Annotation Interpr tation eeeeeeeeeeeececeeeecceececeeeeceeeeeceeeeeeeceeeeeeeeececeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeeee 32 i Utilisation des traitements du profil d intensit eeeeeecceccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccceee 32 W LISSA Ocse RE A E 32 i Retrait d la tendance sisi
28. e Palizarine L clairage en lumi re r fl chie est fourni par une lampe vapeur de mercure de 50 ou 100 watts Un filtre adapt au produit utilis est plac entre l chantillon et l observateur 4 Notions g n rales sur les images num riques a Le gain Le gain est un facteur multiplicatif de la courbe des niveaux de gris Il cr une augmentation artificielle de la dynamique de l image Le gain doit toujours tre gard une valeur faible b Le temps d exposition ou valeur du shutter Le shutter est l quivalent des diaphragmes m caniques qui permettent de commander le temps d exposition des capteurs de la cam ra la lumi re Sur les cam ras actuelles le shutter est command lectroniquement mais il a les m mes fonctions Plus le temps d ouverture du shutter est long plus la d finition de l image sera lev e c Dynamique de l image Certaines cam ras actuelles peuvent coder les images sur 8 10 ou 12 bits Pour une cam ra Noir amp Blanc sur 8 bits les niveaux de gris iront de 0 255 0 tant pour le noir et 255 pour le blanc sur 10 bits de 0 1023 sur 12 bits de 0 4095 Plus le nombre de niveau de gris est lev meilleure est l image Attention l affichage l cran des images est r gl par d faut pour des niveaux de gris de 0 255 donc si vous affichez une image cod e sur 12 bits avec le param trage par d faut vous n afficherez que les 256 premiers niveaux
29. e m me que le format im6 qui est le format standard de Visilog 6 3 Il est recommand d utiliser ces formats de stockage des images pour permettre des traitements ult rieurs d une base de donn es des images Le format im6 procure l avantage de sauvegarder des informations compl mentaires telle que la calibration associ e l image 5 Acquisition d image simple a Influence du param trage de la cam ra 12 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 D Gain Moyennage Fr quence des images du shutter b e Oooo me P Lumi re moyenne minimum gt N Image d otolithe de merlu brut moyenne de 30 Image d otolithe de merlu brut moyenne de 30 images shutter 65 images shutter 71 Tableau 3 Images faites avec la binoculaire LEICA MZ16 clairage transmis shutter 65 vs clairage transmis shutter 71 b Configuration de la cam ra Apr s avoir r gl l optique du microscope ou de la binoculaire choisi l objectif ou le grossissement ainsi que P clairage vous devez v rifier la configuration de la cam ra dans TNPC sur la barre d outils situ e en haut de 7 l cran cliquez sur La fen tre qui permet d afficher les images s ouvre a 2 4 Le DFW SX900 Figure 1 Fen tre de visualisation de l image dans Visilog 13 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Plusieurs ic nes deviennent disponibles in Activation s1 vert de la cam ra sinon cam ra acti
30. e sur TNPC Lorsque plusieurs chantillons sont dispos s sur une lame cette lame peut tre num ris e partir d un scanner ou d un microscope quip d une platine motoris e Le logiciel d tectera les otolithes sur la lame les individualisera vous permettra de choisir les otolithes que vous souhaitez conserver puis les enregistrera dans la base de donn es individuellement 31 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Avec la platine motoris e d finir une trajectoire Voir en page 30 Utilisation d une platine motoris e pour l acquisition d images Choisir ensuite dans le module Platine le projet VBA Tnpc Fr puis dans macro VBA AcqSeuillage R afficher le module TNPC puis cliquer sur A pour lancer l acquisition b Annotation Interpr tation i Utilisation des traitements du profil d intensit Pour estimer l ge et la croissance automatiquement plusieurs tapes de calculs doivent tre appliqu es Quand les fonctions utiliser auront t choisies dans la fen tre traitements de l onglet Annotation elles seront automatiquement appliqu es apr s la cr ation de la radiale Si besoin est elles peuvent tre appliqu es de nouveau avec d autres param tres en cliquant sur l dans la fen tre du Result viewer Acquisition Annotations l Analyse de Forme Source Base de donn es 41 el A m vjs Al Gin4b Interpolation Retro calcul Profil
31. embre 2005 FE 2eme A ae lei Tir TE ee ge ma ete LD BE n ae y LE 1 BOITE Pise ii T kiim Aa dr i g A a e LL Le champ suivant est un champ de commentaires indiquez le microscope la cam ra l objectif et la lame microm trique utilis s Dans la plupart des cas les 3 champs suivants calibration en Z ne sont pas utiles sauf en cas de motorisation de l axe Z Le champ type sert caract riser la forme des pixels de la cam ra habituellement carr s Dans le cas de pixels carr s le champ Ratio dx dy n est pas actif Le champ unit permet de choisir l affichage des mesures g n ralement millim tres ou microm tres Le champ taille dans image va afficher la taille du pixel et n est donc pas remplir maintenant par contre le champ Taille r elle est renseigner il permet de saisir la taille r elle de ce qui est affich l cran Les 4 autres champs doivent garder leur valeur par d faut JaW LUE a ae mE Ti TE rie EEn Sa elo n jaja i jE Tj d marrer Un clic sur l ic ne suivante permet d afficher une r gle de mesure dans l image 1l suffit de l ajuster la distance qui a t choisie dans le champ Taille r elle en cliquant sur le carr situ gauche de la ligne et en le glissant sur le 0 du microm tre de m me droite cliquez sur le carr et glissez le sur le 9 A l cran le nombre de pixel appara t sur la ligne si
32. euvent tre sauvegard es en Noir et blanc 16 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 ACQUISITION Annotations Analyse de forme LTLELCELELECCELELLELCELEEELCLLLLET Calibration no cab a pa al sale x a Ajout dans la base de donn es Plan de trawail vert ha Format de sauvegarde im Sauvegarde des images couleurs en niv de gris a A e ATTENTION VALIDER TOUS LES TRAITEMENTS EN REFERMANT LA FEN TRE DES PREFERENCES NOUVEAU CLIC SUR N fo Lorsque tous les param trages ont t effectu s 1l suffit de cliquer sur Z pour activer la cam ra L image s affiche sur l cran Un clic sur e fige une image ou plusieurs si un moyennage des images a t demand demande lutilisateur s il souhaite appliquer les traitements choisi pr c demment cette image affiche l image momentan ment l cran puis l enregistre avec le nom et l extension choisis et la r f rence dans la base de donn es ventuellement d Calibration des images i Cr ation d une calibration Num risation d une image d un microm tre voir Acquisition d une image Dans la barre d outils cliquez sur outils puis sur calibration el 2eme ae lea Tir TE rie ge ERR ee olna n C LIL E MELT x O fki n b Ai a Aal I r im Dans le champ Nom entrez un nouveau nom de fichier dans notre cas nouvcal 17 Formation TNPC du 27 au 29 sept
33. ica MZ16 en lumi re transmise shutter 71 sans glyc rine transmise polaris e shutter 71 avec glyc rine en utilisant les fonctions Elimination des t ches Am lioration des contrastes Elimination du bruit et Recalage de l otolithe Image faite avec bino Leica MZ16 en lumi re Image faite avec bino Leica MZ16 en lumi re r fl chie shutter 71 sans glyc rine r fl chie shutter 71 avec glyc rine en utilisant les fonctions Elimination des t ches Am lioration des contrastes Elimination du bruit et Recalage de l otolithe 6 Base de donn es a Param trage de la base de donn es S1 la base de donn es n avait pas t ferm e la fin de la session pr c dente elle sera r ouverte par d faut Pour avoir une description d taill e des fonctions de la base de donn es voir le mode d emploi de Visilog 6 3 Lors de la cr ation d une nouvelle base de donn es le chemin d acc s aux fichiers images peut tre soit relatif soit fixe Si la base de donn es doit tre d plac e copie sur un CD choisissez l option chemin relatif sinon choisissez l option chemin fixe Une fen tre appara t ensuite pour proposer des champs par d faut pouvant tre ajout s la base de donn es ces champs sont les champs Calibration Esp ce Zone Date Echantillon Longueur Poids Sexe Commentaires D autres champs peuvent ensuite tre ajout s par exemple
34. index correspondants dans ce menu Ces valeurs peuvent tre sauvegard es dans la base de donn es ou export e vers le result viewer La pr cision des bords peut tre modifi es et le groupe de mesures peut tre chang galement Les pr f rences peuvent tre sauvegard es comme dans les autres modules 37 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Source Image courante T 2 33 vu ns Pr cision des contours l Groupe de mesures Basic Sauvegarde des contours seg Sauvegarde des analyses Ajout dans la base de donn es Exportation vers le Resultviewer ae Mom des param tres d faut Figure 12 Vue de la sous fen tre pr f rences 38
35. momille etc offrent galement de tr s bons r sultats D autres liquides comme le cr osote le xyl ne le benzoate de m thyl sont d sormais moins utilis s car ils s av rent dangereux pour la sant De plus une attention particuli re doit tre port e au pr alable pour s assurer que les marques de croissance ne sont pas endommag es et ou rendues illisibles par un effet secondaire de ces liquides Apr s une observation dans un liquide visqueux et ou gras la PC doit tre nettoy e avec un tissu impr gn d une solution d ther alcool 50 50 Pour les otolithes par exemple le choix d un liquide claircissant d pend de l esp ce consid r e pour les otolithes petits et ou fins l eau ou le s rum physiologique peut tre recommand tandis que pour les otolithes plus pais les huiles sont pr conis es e g huile essentielle de romarin La plupart des produits de fixation e g r sine am liore en g n ral la lisibilit des PC Image d otolithe de merlu brut moyenne de 30 Image d otolithe de merlu avec un m lange images shutter 71 glyc rine alcool moyenne de 30 images shutter 71 Tableau 2 Images faites avec la binoculaire LEICA MZ16 clairage transmis sans claircissant vs clairage transmis avec claircissant 11 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 IV La fluorescence La fluorescence peut tre n cessaire pour observer des otolithes marqu s avec de la t tracycline d
36. n ou plusieurs champs qui vont appara tre dans la fen tre de visualisation 1l faut ensuite s lectionner le ou les crit res des champs sur lesquels vont s effectuer le tri des chantillons Attention si le champ est en format texte le crit re doit tre encadr par des Ce syst me de requ te peut tre utile dans le cas o plusieurs lecteurs travailleraient sur la m me base les r sultats du lecteur 1 pouvant tre masqu s de m me que la taille ou le poids du poisson L onglet SQL Querry permet d entrer les crit res de filtre directement en langage SQL 26 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 7 Annotation mesures de croissance a Acquisition sauvegarde des radiales interpr t es i Radiales Pour acqu rir une radiale cliquez sur Pour dessiner une ligne bris e cliquez une fois avec le bouton gauche sur l image pour fixer un point de d part une autre fois pour d finir la fin du segment suivant et ainsi de suite pour chaque segment Utilisez un double clic pour terminer la ligne bris e Si l analyse ne peut pas tre r alis e le long d une trajectoire simple d autres lignes peuvent tre d finies pour cr er une radiale Un clic sur permet de sortir de la cr ation de radiale Les lignes bris es sont automatiquement recal es sur le bord de la PC Les tapes de traitement 1D d crites ci dessous seront automatiquement appliqu es apr s la cr ation de la radiale ii Marqueurs
37. nomm Plusieurs mod les de r trocalcul sont int gr s dans TNPC mais l utilisateur peut en ajouter de nouveaux Les mod les existants sont le mod le de Dahl Lea Li Si Lc Sc le mod le de regression Li a Si b Je mod le SPH Scale Proportionnal Hypothesis Li S1 Sc Sc b a le mo le BPH Body Proportionnal Hypothesis Li aSi b aSc b Lc Les variables sont Li taille r trocalcul e du poisson Si distance entre le marqueur et l origine de la radiale Les constantes sont Lc longueur du poisson la capture Sc longueur de la radiale a pente de la relation allom trique b ordonn e l origine de la relation allom trique Pour construire un nouveau mod le placez vous dans la case ad quate et modifiez la formule en utilisant les variables constantes et op rateurs standards 35 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Profil Export Process Interpolation Back calculation W Execute Back calculation Calculation Dahl Lea Formula Lise sc Length Fish EE Allometrs Slope l Allometry Intercept 0 Figure 8 Vue de l onglet back calculation viii Pr f rence des annotations Les pr f rences peuvent tre sauvegard es et d finies comme pr f rences par d faut ix R initialisation du profil sur les zones aveugles Cette fonction accessible dans le Result Viewer via l ic ne i rend constante la valeur de l intensit du profil dans la r gi
38. oia gnr paa me rem m phir a pemp apma d a e weien eu paa pue pa pen meane om ala ia pana par na EFFETT RTT TEIR ANTHEA 4 TE E T EG P A z EE iiime o Une fois la cl USB install e revenir l cran d installation TNPC Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 OFL i I iing TNPC 4 1 Imamiinn fnfienres a V rifier que la valeur Key est bien prise en compte doit tre diff rente de FFFFFFF sinon faire un Back puis Next Refaire un Next puis entrer le code qui vous a t fourni par Noesis Installation de la cam ra en validant Install acquisition board ELLE TNPC 4 1 Imaging Software amp isi Le Ha bsa ba umg ypa a jav am prp rami me ka amparan p ami ia rll Uha Tie ia oreraa riain as Bai rmm sie ETES a eta m amer eaer ai Choisir IEEE1394 DCAM NIDC puis valider par Next DELA miar TNPC 4 1 Terminer le programme d installation A ce moment seulement Ubrancher la cam ra sur le port IEEE1394U Brancher galement la platine motoris e et la mettre en route Red marrer l ordinateur c R glages de optique Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 LES ELEMENTS DU MICROSCOPE DROIT _ Oculaire Sortie oculaire cam ra ou 50 50 Bo tier lumi re fluorescente HBO Statif Chectit Platine et porte objet Mise au point Bo tier lumi re transmise HAL Condenseur 13 Le centrage de la source
39. on sp cifi e de la fen tre graphique Un premier double clic sur l axe X du graphique permet de fixer le point partir duquel la courbe sera rendue constante un deuxi me double clic en fixe le point d arriv e X Traitement d une base de donn es d images Les traitements choisis peuvent tre appliqu s s quentiellement aux images d une base de donn es Voir en page30 Base de donn es c Analyse de la forme Ce sous menu fournit des fonctionnalit s permettant de mesurer des formes repr sentatives des PC observ es Des fonctions automatis es sont int gr es pour extraire les contours et calculer des param tres int ressant sur la forme Par ailleurs une barre d outils permettant de mesurer les longueurs a t rajout e L analyse de forme peut tre appliqu es l image courante ou successivement aux images de la base de donn es TELE es LE E F fF E P LE ng F E iE A me ge Figure 9 Vue de l extraction des contours i Extraction des contours Pour obtenir des informations sur la forme des otolithes l utilisateur doit d abord extraire le contour de l otolithe en cliquant sur a Cette fonction te l arri re plan en seuillant l image avant de calculer une approximation polygonale du contour Cette approximation utilise les param tres de pr cision sp cifi s dans les r glages des pr f rences ii Extraction des param tres de la forme 36 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 20
40. r les fichiers profils une extension iid pour les fichiers loi de croissance S1 les r pertoires n existent pas le logiciel cr des r pertoires correspondants aux fichiers 1 e RAD pour les fichiers rad PRO pour les fichiers pro IID pour les fichier iid dans le r pertoire de travail par d faut Noesis tnpc4 l Images Des liens vers ces fichiers peuvent tre automatiquement sauvegard s dans la base de donn es en validant les options Ajout dans la base de donn es Export de l ge Export de la loi de croissance Il faut noter que la validation de Ajout dans la base de donn es entra ne automatiquement la validation de la sauvegarde de la radiale si ce n est d j fait Interpolation Retro calcul Profil Export Traitement Sauvegarde e M Radiale Profi Age Loi de croissance Ajout dans la base de donn es Export de l ge Export de la loi de croissance Correction ge 0 D e A A Nom des param tres d faut vi Tableur ge mesures de croissance r tro calcul Le tableur appel galement Result viewer permet de visualiser les diff rentes courbes calcul es par TNPC voir Visualisation du profil de croissance sde el Figure 4 Vue de la barre d outils du tableur 28 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 gp ee ajouter des faux anneaux remettre 0 des portions du profil interpoler entre 2 points de la
41. rre d outils permettant de se d placer dans la base soit enregistrement par enregistrement soit en allant directement au d but ou la fin de la base W HIT 0 HO H A B x Figure 2 Vue de la barre d outils de navigation dans la base de donn es Lors de la suppression v rifier que le champ qui Cette barre d outils permet galement de rajouter l image affich e l cran en cliquant sur D autres part 1l est possible d effacer des enregistrements en cliquant sur pr voit que la base est en lecture seule soit d coch e vii Cr ation de vues requ tes Les vues permettent de faire des filtres sur la base de donn es Elles sont l quivalent des requ tes de Access et sont compatibles avec Access Un clic sur Vues puis Nouvelle vue ouvre une fen tre permettant de construire le filtre 25 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 ES Propri t s de la vue Mom de la vue Assistant SAL Query SELECT une liste de champs Name Fath ame 7 width Height Type Calibration Species Zone FROM une vue ou une table ORDER BY un champ Image Name Ce Sscendant C Descendant WHERE optionnel condition logigue sur les champs Path ame width Height Type Calbration Species Z0nE f Valider P Aide Quitter Figure 3 Visualisation de la fen tre permettant de cr er des requ tes ou vues Dans l onglet Assistant il faut s lectionner u
42. s Pour afficher une radiale partir d une base de donn es il suffit de cliquer sur le bouton Radiale 1 de la fiche correspondant l image dans l onglet Base de donn es Pour une deuxi me radiale cliquer sur Radiale 2 etc Jusqu 5 radiales peuvent tre stock es dans chaque fiche avec des descriptions diff rentes nom couleur Si les radiales ne sont pas stock es dans la base de donn es on peut les charger en sp cifiant leur nom dans le champ situ sous la barre d outils de l onglet Annotation puis en cliquant sur ou en cliquant T directement sur s pour rechercher le fichier rad dans le r pertoire de travail 8 Fonctionnalit s avanc es a Utilisation d une platine motoris e pour l acquisition d images Lorsque le champ d observation est plus grand que le champ de l image il est possible de faire des mosa ques d images en utilisant la platine motoris e Une autre fonctionnalit de TNPC permet d acqu rir des images multiples de s ries d otolithes suivant une trajectoire de la platine et ensuite d individualiser chaque otolithe en lui attribuant un nom d image Au pr alable la platine motoris e doit tre configur e ainsi que chaque objectif ou grossissement du microscope ou de la binoculaire pour d finir la taille du champ observable 30 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 i R glage de la platine motoris e Dans le module Platine
43. s bases de donn es Le logiciel est prot g contre le piratage par une cl USB Dans la version distribu e aux utilisateurs d Ifremer les fonctions g rant la cam ra la platine motoris e sont activ es 2 Fonctionnalit s principales Acquisition d images R alisation de mosa ques Trac de radiales Calibration des images Mesures Sauvegarde des donn es 3 Pr requis et installation d taill e a Mat riel requis TNPC doit tre install sur un PC sous Windows XP disposant de la suite Office2000 ou XP b Param trage et installation de TNPC L installation se fait partir du CD Ne pas ins rer la cl USB ni la cam ra au d part de l installation mais uniquement lorsque pr cis dans cette documentation Sinon Windows installera ses propres pilotes g n riques qui ne sont pas compatibles avec TNPC L installation se fait en mode administrateur Si le disque ne lance pas automatiquement l installation cliquer sur le fichier setup exe du CD ler cran Welcome valider par Next merme TNPC 4 1 2 me cran Destination folder choisir le r pertoire o seront copi s les fichiers puis valider par Next par d faut C Program Files TNPC4 1 RTS TNPC 4 1 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 3 me cran Program folder choisir le r pertoire de travail puis valider par Next ENCORE TNPC 4 1 E D E a S TNPC 4 1 S me cran
44. s texte indiquer par exemple X10 pour l objectif X10 II faut d finir la taille du champ observable Le plus facile est d utiliser une calibration correspondante l objectif consid r Voir en page17 Calibration des images Il suffit ensuite de d finir la taille des champs en X et en Y en cliquant sur le bouton Depuis une calibration puis de choisir la calibration correspondante Refaire la m me op ration pour tous les objectifs n cessaires iii Mosa quage partir d une platine motoris e Lorsque la platine motoris e et le microscope ou la loupe binoculaire sont configur s il est possible de r aliser des mosa ques d images partir d une trajectoire de la platine Pour ce faire la cam ra et la platine motoris e doivent tre activ es et TNPC en mode d acquisition d image Rendre le joystick de la platine motoris e actif en cliquant sur 5 Dans le module Platine de TNPC cliquer sur puis choisir l onglet Trajectoire Avant de d finir les points de d part et d arriv e de la trajectoire dans l onglet Par zone choisir une distance entre les images de 98 puis dans l onglet Pr f rences cliquer sur Oui dans le champ Recouvrement des bords Avec le joystick d placer la platine jusqu au point de d part de la trajectoire puis cliquer sur le bouton Lire P1 Attention le point de d part de la trajectoire correspond au point en bas droite de l image 1l y
45. ter limit 6 images en une seule fois ii pendant l acquisition des images Pour ins rer des images pendant l acquisition dans une nouvelle base ou dans une base existante il faut renseigner toutes les options qui vont caract riser les images dans l onglet Acquisition Dans le menu Pr f rences de l onglet Acquisition 1l faut crire le nom g n rique de l image le num ro d acquisition de l image et surtout dans l onglet G n ral il faut cocher Ajout dans la base de donn es Valider en fermant la fen tre des pr f rences apr s avoir activ la cam ra via TNPC L insertion des images se fera en cliquant sur l ic ne iii A partir d une base de donn es Access La base de donn es Access doit tre au format Access97 elle ne doit poss der qu une seule table Lors de louverture de la base Visilog rajoute des champs qui lui sont propres mais qui sont compatibles avec Access iv Utilisation manipulation de la base Lors de louverture de la base en Access ne pas oublier de fermer la base dans Visilog et r ciproquement lors de l ouverture de la base dans Visilog ne pas oublier de refermer la base dans Access V Export import vers Access Lors de l import ou de l export de Access ou vers Access la base doit tre ferm e dans TNPC La base cr e par TNPC est une base de format Access97 Or Access97 n est pas directement compatible avec Access 2000 ou Access
46. tu e au bas de l image dans l exemple 9mm correspondent 1054 pixels Cliquez sur le bouton Ajouter Modifier pour enregistrer la calibration Fes bu fap Ddi chu lee das Jari LE 6 mE Tor n Ba Ja i Li RE T dhe nenm j ee Lame ape nds d lite J A mn rare Frog 3 E ma kre ir ene A E Tm j z Pren 4 5 pr ie mir LH dE re Wie F2 m arr in p ae F Ti d marrer ji Utilisation d une calibration 18 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 Pour associer une calibration une image cliquez sur le bouton Attacher l image N oubliez pas de sauvegarder l image en im6 si vous souhaitez que la calibration reste associ e l image la prochaine ouverture de cette image Pour incruster la calibration dans l image cliquez sur Afficher dans l image si vous voulez que la barre de calibration apparaisse dans l image N oubliez pas de sauvegarder l image en im6 ou en tif Pour utiliser une calibration existante et l associer aux images qui vont tre acquises cliquer sur la fl che de la fen tre Calibration dans l onglet acquisition de TNPC et choisir la calibration dans l exemple pr c dent nouvcal Acquisition Annotations Analyse de Forme Calibration 0 Call k c_133_pm c_ixi_mm cany no_calib nouwcal lt le e e Pr traitements associ s TNPC Plusieurs types de traitements visant
47. ve Capture et affichage de l image Zoom avant au centre de l image Activation d une fen tre permettant de d placer le zoom Affichage de l image en mode contraint Tous les pixels sont affich s Acc s aux r glages du shutter du gain des couleurs du contraste de la cam ra R glage des couleurs de la cam ra e Configuration de la cam ra DP4 S 910 Choix de la cam ra Tableau 4 Ic nes de la fen tre de visualisation de l image La cam ra est th oriquement configur e de mani re optimale Un clic sur El permet d entrer dans le menu Configuration des cam ras Le gain le contraste la dynamique les couleurs peuvent tre modifi s dans ces fen tres c Acquisition d une image Pour num riser une image avec TNPC il faut d abord choisir les param tres d acquisition puis l onglet J Acquisition du module TNPC en cliquant sur i Onglet Acquisition Dans l onglet Acquisition indiquer le nom qui va tre commun toutes les images saisies lors de la session dans le champs Nom g n rique Indiquer ensuite le num ro de la prochaine image puis le nombre d images moyenner Le champ Distance Bord Otolithe n est utile que dans la mesure o dans l onglet Traitement l option Recalage de l otolithe est valid e 14 Formation TNPC du 27 au 29 septembre 2005 PLCLLLELLELLLELELELELELLELLELLELELE Acquisition Annotations

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