Mode d`emploi de la sonde CTD Sea
Contents
1. EBATCH qui va appeler respectivement les programmes DATCNV FIL BINAVG DERIVE ASCIIOUT et SEAPLOT voir Pour le traitement nous utiliserons l arborescence suivante seasoft seasoft seasoft A A Q Q ecotem ecotem6 data gt kD su con batch bat gt Kchex Cnv asc h Or seasoft ecotem6 data plots gt jpg Sous le r pertoire seasoft nous allons cr er un r pertoire par campagne Nous y copierons les fichiers de configuration psu des diff rents logiciels de traitement SbeDataProcessing Le fichier ecotem6 batch contiendra les lignes suivantes datcnv f 1 cnv ic seasoft ecotem6 data l hex oc seasof t ecotem 6 data cc seasof filter f oc seasof cc seasof t ecotem6 ecotem ic seaso tem6 data tem6 ecotem 1 cnv t eco t eco alignctd oc seasof sea ta fl cnv ic t ecotem6 da cc seaso celltm f oc seasof cc seasof ft ecotem6 ecot ic seaso tem6 data tem6 ecotem 1 cnv t eco t eco loopedit oc seasof sea ta f 1 cnv ic t ecotem6 da cc seaso derive f oc seasof cc seaso ft ecotem6 ecot 1 cnv ic seaso t ecotem6 da ft ecotem6 ecot binavg f oc seasof 1 cnv ic seaso t ecotem6 da cc seasof derive f 1 oc seasof cc seasof t ecotem6 ecotem ic seaso tem6 da tem6 ecotem cnv t eco t2. Batch exe c seasoft ecotem6 ecotem6 batch eco6 1 2 Pour l utiliser sous Windows 98 placer un raccourci de process bat sur le bureau et modifier ses propri t s onglet raccourci champ cible contenant la ligne sui vante C seasoft process bat Le point d interrogation permet d ouvrir une boite de dialogue permettant la saisie du num ro de station qui sera utils la place de la variable 1 Lors de la mise au point du programmes il sera n cessaire d adapter la configuration de chacun des modules en fonction de la configuration de la sonde On utilisera alors l option w la place de la variable 2 C seasoft ecotem6 process bat 001 w Sous Windows 2000 ou XP il faudra utiliser la console de commande et entrer la commande suivante C seasoft ecotem6 process bat 001 On pourra traiter l ensemble de la campagne en une seule fois en utilisant des carac t res g n riques comme ou C seasoft ecotem6 process bat 07 Lors de la mise en place de la cha ne de traitement il est n cessaire d ex cuter manuellement chacun des programmes afin de g n rer puis de sauvegarder les fichiers de configuration psu dans le r pertoire de travail de la campagne c seasoft ecotem6 L utilisateur se r f rera au manuel Seabird pour une des cription plus d taill e des options et configurations de chacun des programmes et plus particuli rement filter et aligncta en fonction du mat riel et des capteurs
3. eco asciiout oc seasof cc seaso t ecotem6 da ft ecotem6 seaplot f oc seasof pc seasof 1 a 02 ic t ecotem6 da t ecotem6 s ta p aPlo pc seasof 6 con ft ecotem 6 pc seasof 6 con pc seasof m6 con ft ecotem6 soft ecotem6 da t ecotem6 datcnv psu data l cnv t ecotem6 filter psu ta l cnv tem6 alignctd psu t eco data l cnv pc seasof 6 con pc seasof m6 con ft ecotem 6 soft ecotem 6 da t ecotem6 celltm psu ta l cnv tem6 loopedit psu t eco data l cnv m6 con ft eco 6 con ft eco tem6 da ta pc seasoft ecotem6 binavg psu tem6 da ta pc seasoft ecotem derive O2 psu ta l cnv ta l cnv 6 con lots t_02 psu 1 Documentation Seasoft win32 page 15 ta pc seasoft ecotem6 derive psu f 1 ic seasoft ecotem 6 data l cnv ta pc seasoft ecotem6 ascii out psu cotem6 con seasoft ecotem6 data l cnv Traitement seaplot f 1 a PAR ic seasoft ecotem6 data l cnv oc seasoft ecotem6 data plots pc seasoft ecotem6 SeaPlot PAR psu seaplot f 1 a DZDT ic seasoft ecotem6 data l cnv oc seasoft ecotem6 data plots pc seasoft ecotem6 SeaPlot DZDT psu Le traitement des stations se fera en utilisant un fichier batch process bat conte nant la ligne suivante C Program Files Sea Bird SBEDataProcessing Win32 SBE
4. u p p TRD HNS Etablissement Public national fran ais caract re Scientifique et Technologique 12 mai 2004 INSTITUT DE RECHERCHE POUR LE DEVELOPPEMENT ent ORSTOM Mode d emploi de la sonde CTD Sea Bird SBE19plus Jacques Grelet US 025 Centre IRD de Brest Pr liminaire Ce document d crit l utilisation des logiciels d acquisition et de traitement sous Windows pour la bathysonde SBE19 Cette sonde enregistre les donn es de temp rature salinit et pression en m moire Des capteurs suppl mentaires peuvent tre install s en fonction des besoins comme le nouveau capteur d oxyg ne SBE43 des fluorim tres WetStar Chlam Seatech ainsi que des capteurs de lumi re PAR de chez LICOR Il est possible de r aliser plusieurs profils suivre et de ne vider la m moire qu une fois par jour Pour la pr paration de la sonde se reporter au document technique CTD19plus Manual and repair Caract ristiques En standard la sonde est livr e avec les caract ristiques suivantes e corps en plastique profondeur d utilisation maximum de 600m e 8 Mbytes de m moire flash e 9 piles alkalines R20 D size e T C duct permettant de mesurer la temp rature et salinit de la m me parcelle d eau e Pompe miniature SBE SM La pompe permet d avoir un d bit constant au travers du capteur de conductivit Utilis avec le T C duct la pompe permet de minimi ser les pics de s
5. utilis s On peut rajouter dans le traitement le programme split qui va cr er 2 fichiers l un pour le profil de la descente qui sera pr fix avec la lettre d pour downcast l autre avec la lettre u pour upcast Sinon choisir l option downcast only dans binavg pour ne garder que le profil de la descente Visualiser ensuite manuellement les profils avec seaplot depuis le programme SBEDataProcessing ou directement depuis le repertoire plots ou auront t cr les fichiers jpeg TRAITEMENT DES DONNEES Traitement Le traitement est bas sur un script Perl qui permet d extraire les ent tes de stations puis en fonction du format de sortie des fichiers de donn es de g n rer des fichiers standards qui seront utilisables par la suite sous Matlab Ce traitement fonctionne indiff remment sous Windows avec Cygwin Linux ou Solaris Le traitement avec Perl n cessite l installation pr alable des modules Date Manip et seawater Ecrire et pr parer le script Perl en fonction du contenu des fichiers cnv ou hdr asc g n r s par Seasoft puis lancer le script de traitement des fichier Pour cela se placer dans le r pertoire de traitement c seasoft data et lancer la commande suivante ctd ecotem6 pl eco6 hdr L utilisation des caract res g n riques permet de traiter un ensemble de stations en une seul fois Ensuite v rifier le contenu du fichier des ent tes g n r ecomtem4 hdr ainsi
6. 34 34 692 21 889 1542 94 3 40376 0 1494 192 2900 5 667061 VISUALISATION DES DONNEES SOUS MATLAB LISTE DU MATERIEL Traitement La premi re ligne contient les m ta donn es La deuxi me ligne contient une des cription des n colonnes au format ROSCOP permettant d identifier les param tres physiques mesur s La suite du fichier est une matrice Matlab n colonnes ou les ent tes des stations sont identifi s par une profondeur gale 1 On y trouve le jour julien la position lat et lon exprim s en d cimal Le champ suivant correspont la date au format YYY YMMJJhhmmss Les colonnes non utilis es sont mises 1e 36 Lancer ensuite le programme Matlab puis se placer dans le r pertoire de traitement et ex cuter le script datagui m S lectionner l aide des menus d roulants le type de donn es la campagne Une fois les donn es charg es en m moire choisir le type de fond de carte puis s lec tionner avec le curseur graphique une station Le graphe de la station s affichera ensuite dans une nouvelle fen tre Passer d une station l autre avec les boutons Last et Nextou en cliquant directement sur la position d une station Il est galement possible de visualiser une coupe en s lectionnant les stations de d but et de fin en fonction soit du temps de la latitude ou de la longitude La configuration du logiciel est sauvegard e automatiquement dans le r pertoire courant dans le fi
7. alinit dans les zones de forts gradients PR PARATION DE LA BATHYSONDE MISE A L EAU ACQUISITION EXTRACTION DES DONN ES Traitement Utilisation e Installer le c ble Sea bird sur le port s rie COM1 de l ordinateur e Connecter la sonde bouchon marqu par point noir ergot en face de la plus grosse broche e _ Ex cuter le programme seaterm puis appuyer sur le bouton connect wake up pour r veiller la sonde e Le bouton status donne l tat de la sonde ou taper DS Display Status directe ment au clavier V rifier la tension de batterie e Appuyer sur nitLog pour effacer les donn es en RAM et pr parer la sonde pour une nouvelle s rie de mesure D connecter le c ble et remettre le bouchon La sonde est pr te e Renseigner la feuille de station num ro station latitude longitude date et heure e Enlever le tuyau Tygon de protection entre l entr e du capteur de conductivit et la sortie de la pompe e Fixer la sonde sur le c ble hydrologique pissure sur cosse inox Mettre la s curit e Mettre l interrupteur sur ON Filer le treuil jusqu 30 m sous la surface Attendre 1 min puis remonter la sonde en surface e Recaler la poulie compteuse Filer 1 m s jusqu environ la profondeur voulue e Remonter 1m s Sonde hors de l eau mettre l interrupteur sur OFF e Rincer la sonde l eau douce et remettre le tuyau Tygon entre le capteur de con ductivit et la sortie de la
8. chier datagui mat Si ce fichier n est pas pr sent il sera alors automatiquement cr avec des valeurs par d faut Afin d utiliser dans de bonnes conditions cet instrument de mesure il faudra embar quer le mat riel suivant e La sonde SBE19 avec sa cage de protection dans sa caisse tanche e Bouchon de connecteur et joints de rechange e Alimentation 12 volts utiliser lors de la r cup ration des donn es e 1 multiprise e Alcool papier d essuyage graisse siliconne e 2 jeux de 9 piles 1 5V pr voir des vis inox US de rechange e pince multiprise e tournevis cruxiforme e pince coupante e pompe de cale Triton X100 sceau avec 5 litres d eau d min ralis e pour le rin age et nettoyage de la cellule de conductivit e Tuyau Tygon de rechange e 1 manille rapide pour la fixation sur le c ble pr voir une s curit e 1 lest de 10 kg avec un snap de fixation e 1 cosse inox et serre cables Simel avec boulons crous inox
9. pompe Faire circuler l eau douce et terminer le rin age en remplissant le circuit avec la burette solution de Triton X100 dilu 1 dans de l eau d min ralis e Traitement e Connecter la sonde au PC scientifique avec le c ble s rie e Lancer SEATERM appuyer sur CONNECT wake up puis sur HEADER et v rifier la correspondance nb cast nb stations e Commencer l extraction en appuyant sur le bouton UPLOAD Le programme va ouvrir une fen tre popup ou il faudra entrer le nom du profil r cuperer Il demandera ensuite sous quel nom et quel r pertoire nous allons archiverlocale ment ce profil ECO6xxx par exemple On utilisera quatre lettres au maximum pour d signer la campagne et trois chiffres pour le num ro de station e Renseigner l ent te pour chaque profil en suivant le format la latitude DD MM N N S la longitude DDD MM M E W la date JJ MM AA et l heure HH MM e Le transfert commence et il faudra recommencer l op ration autant de fois qu il y a de profils casts r cup rer dans la m moire de la sonde e Lorsque les fichiers sont transf r s quitter le programme L effacement des don n es ne sera fait qu apr s traitement des donn es sur PC avec le bouton Initlog D CODAGE DES DONN ES Traitement Nous allons utiliser un fichier de traitement lt cruise gt batch lanc par le pro gramme SBI T ER ALIGNCTD LOOP EDIT DERIV F
10. que du fichier de donn es ecotem4 ctd Le fichier d ent te doit contenir les lignes suivantes ECOTEM6 CAP MORGANE IRD SBE19 St Heure Date Latitude Longitude Profondeur 001 09 00 04 05 2004 13 51 77 S 044 05 95E 333 002 13 00 07 05 2004 16 04 40 S 041 55 00 E 320 003 09 30 08 05 2004 16 45 21 S 041 45 25 E 321 004 11 26 10 05 2004 17 03 25 S 042 05 14 E 283 005 07 00 12 05 2004 13 35 49 S 046 00 01 E 334 Si ce n est pas le cas v rifier et corriger ventuellement les donn es correspon dants l ent te dans le fichier d origine hex et ex cuter de nouveau le processing pour la ou les stations corrig es ainsi que le script Perl Une fois que tous les ent tes seront correctement lus et format s on pourra passer l tape suivante sous Matlab ou on utilisera le fichier ecotem 4_ctd ayant le format suivant ECOTEM6 CAP MORGANE IRD SBE19 ST PRES TEMP PSAL DENS SVEL DOX1 FLU2 LGHT CNDC 1 1 125 375 13 8628 44 0992 20040504090000 1e36 1e36 1e36 1e36 1 1 28 804 32 608 20 334 1540 59 3 46666 0 8320 119 2900 5 360171 1 2 28 815 34 526 21 770 1542 64 3 06856 0 8156 258 6200 5 640749 3 28 823 34 675 21 880 1542 83 3 05959 0 7122 247 6100 5 663224 1 4 28 823 34 687 21 888 1542 86 3 05345 0 6322 253 2300 5 664974 1 5 28 828 34 689 21 889 1542 89 3 16003 0 4069 236 9900 5 665824 1 6 28 834 34 693 21 889 1542 92 3 39182 0 1378 190 7600 5 667011 1 7 28 8
Download Pdf Manuals
Related Search