Mode d`emploi Epidoscope
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1. Fichier MOTS Near Population Experience Aide Nouvelle pid mie amp E Agent Li Agents invisibles infectie pidoscope sans titre ssibilit a 10 prob d infection 91 5 91 25 v Transmissibilite 1agation T v Fropagation Probabilit d infection La variable mobilit n appara t que si on l active dans le menu population Par d faut sa valeur est 0 Activer ou d sactiver la visualisation de l agent L agent infectieux invisible peut tre rendu invisible partir du menu Agents infectieux Ceci peut tre int ressant dans une premi re approche du concept de contagion et de transmission et nous place dans la situation d un observateur d avant Pasteur et la reconnaissance du microbe comme cause premi re de nombreuses maladies Fichier Wlan EN TETE Population Experience Aide pidoscope sans titre Agents invisibles Assibilit e Cr 10 Ai agation infectie Transmissibilit v Propagation Probabilit d infection P riode contagieuse fal pen 2 Ii Marche suivre A Param trage Si n cessaire activer les variables d sir es via le menu agent de la maladie probabilit d infection p riode contagieuse ou population mobilit Demander une nouvelle population puis d finir sa densit et la couverture vaccinale de celle ci IE Choisir un agent infectieux IE dan2. 21 x z L acc s n cessite un mot de passe Edu Ilna lannan OvAR
3. exp riences Pour cela s lectionnez l exp rience par son onglet puis supprimez la via le menu exp rience supprimer La sauvegarde permet l enseignant de revenir sur le travail des l ves pour en appr cier la d marche par exemple la pose des hypoth ses le fait de ne faire varier qu une variable la fois la r p tition des essais Pour un rapport ou une pr sentation il est possible d imprimer le graphique actif via le menu Fichier imprimer la page Il est conseill de r gler au pr alable le format d impression via le menu Fichier format d impression On retourne en mode simulation en cliquant sur l ic ne 10 Exploitation p dagogique Ce logiciel est con u pour tre utilis par un ou deux l ves par poste en salle multim dia Il peut aussi tre exploit en introduction collective l aide du chariot multim dia MAC Des s quences p dagogiques sont disponibles sur la base de donn es p dagogiques du CO BioBase Celle ci est accessible l adresse suivante http bdp ge ch biotiques biobase index php Le th me sant individuelle et sant collective peut se structurer de la mani re suivante en gras les s quences utilisant Epid mio e S quence Qu est ce qu une pid mie une le on visant e Mettre en vidence la part de hasard dans le d clenchement d une pid mie et le fait que tout le monde n est pas forc ment touch par une pid m
4. que le microbe n a pas infect une personne il continue sa trajectoire De ce fait en augmentant cette valeur on augmente galement le nombre de contacts potentiellement infectant La probabilit d infection qui comprend deux variables e La capacit de d fense naturelle de l organisme L efficacit d un vaccin Il s agit de valeur moyenne 1 chance sur 25 repr sente la probabilit qu une personne soit infect e la suite d un contact avec un agent infectieux ce qui n exclue pas le fait forc ment rare qu une personne s infecte au second contact d ja La p riode contagieuse dont on fixe le d but et la fin soit e Le temps d incubation e La dur e de la p riode contagieuse La p riode termin e la personne est consid r e comme immunis e ou d c d e Attention cette variable peut ralentit fortement le processus et rend difficile la comparaison des graphiques 4 Activer ou d sactiver certains r glages Suivant la t che demand e et pour restreindre le niveau de complexit les simulations peuvent s effectuer sur un nombre limit de variables Pour faire appara tre l cran d autres variables et les utiliser il faut les activer partir de la barre de menu Le statut est indiqu par le signe v Les variables probabilit d infection et p riode contagieuse d sactiv es par d faut sont accessibles depuis le menu agent infectieux i
5. Epidoscope Nr a A Logiciel de simulateur d pid mie MAC version 4 3 juin 2007 Y Dethurens DIP CO 2005 z T sO be c D a w A Conti Au cours de la 9e ann e de biologie au CO les l ves abordent des probl mes mettant en jeu des situations complexes multifactorielles Les trois th mes de ce degr g n tique cologie et am nagement du territoire sant individuelle et sant collective privil gient le niveau d organisation population avec parfois des incursions explicatives d autres niveaux abord s en 7e et 8e cellule organe individu Ce logiciel Epidoscope est destin tre utilis dans le cadre du th me sant collective et sant individuelle Il permet de mettre sur pied de travaux pratiques mettant en jeu la strat gie exp rimentale et des raisonnements hypoth tico d ductifs Il offre par une approche intuitive et ludique d asseoir des concepts importants de la sant telle qu pid mie propagation agents infectieux contagion vaccination pr vention d pistage immunit et d autres encore Il met la port e des l ves un outil la simulation de plus en plus important et sp cifique de la pratique scientifique contemporaine en leur offrant un environnement de travail ax sur la mod lisation qu ils abordent par l interm diaire de repr sentations graphiques 1 Na lamimial famatinmumzs ar NAS MOANM NAME Ce logi
6. ciel permet de simuler le d veloppement d une pid mie dans une population L utilisateur peut observer l extension de la contagion l existence et le d placement d un pidoscope sans titre foyer l effet positif d une CLONE ES DES Le Cite animissibinti Fa rob d infection 213 1 8 l 3 vinus Fage E transrmissibhitt Fi CE prob d infection S173 HE ch riode contagieuse Epid mie vaccination plus ou moins eus D LE 3 LE I ES 1 p LE E FE massive cela m me sur des individus non vaccin s Pour chaque simulation un graphique visualise le nombre cumul de personnes atteintes et le nombre d agents infectieux actifs chaque instant deux modes de repr sentation courants d J u ne cou rbe pid miq ue i PEFULATHER densit couverture varcchmalp esse pit niote MAT Jusqu 15 exp riences sont conserv es en m moire Des onglets facilitent le passage pidoscape sans titre de l un l autre et permettent WIR F g aa ai f RL 10 A prob d infection A12 Misio pe rioie contagieuse 3 En 73 ze m Ts TARN UE 0 des comparalIsons L utilisateur peut intervenir sur 3 variables li es la population et 6 variables li es l agent infectieux Il peut d velopper une strat gie exp rimentale en 3 gt posant des hypoth ses sur l effet de certaines
7. ie contingence e D finir ce qu est une pid mie une contagion l agent infectieux e Lire et interpr ter une courbe pid mique e D finir et mettre en vidence l effet d une couverture vaccinale et l effet qu un geste individuel peut avoir sur le collectif mise en vidence qu une couverture vaccinale importante prot ge aussi les non vaccin s e mettre des hypoth ses sur des facteurs qui pourraient amplifier ou limiter une pid mie S quence Construire une courbe pid mique une le on S quence Cr er une fiche d avertissement sur une maladie mena ante chol ra peste sida SRAS virus du Nil grippe tuberculose rage 2 4 le ons e S quence Param trer un agent infectieux partir des connaissances acquises la suite de l tude d une maladie particuli re temps d incubation mode de transmission avec ou sans vecteur existence d un vaccin efficace 30 e S quence Enqu te autour d une pid mie myst rieuse une le on Retrouver les variables d un agent infectieux partir d une courbe pid mique Analyser une courbe pid mique Appliquer une strat gie exp rimentale hypoth se modification de variable isol e comparaison analyse et nouvelle hypoth se Des courbes produites par le logiciel peuvent galement servir dans une valuation D autres propositions d activit s sont inventer et d poser sur la base de donn es p dagogique Biobase
8. mbre d agents infectieux mis dans le milieu compteur donnant le temps relatif coul L exp rience prend fin lorsqu il n y a plus un seul agent infectieux actif Il est possible de relancer un agent infectieux ou de basculer en mode graphique en cliquant sur l ic ne pr vue 4 1E C Mode graphique Le mode graphique permet de garder en m moire jusqu 15 exp riences Pour permettre la comparaison on passe de l une l autre par des onglets Il est recommand de pratiquer plusieurs essais avec un m me param trage avant de conclure quoi que ce soit pour r duire les fluctuations dues au hasard ou la contingence Il est possible de fusionner plusieurs simulations via le menu exp rience Le logiciel va automatiquement rechercher les donn es des exp riences ayant les m mes valeurs de d part que l exp rience s lectionn e Le nombre d exp riences fusionn es figure au bas du graphique La fusion d exp rience permet aussi de gagner de la place pour d autres tentatives Fichier Agentinfectieux Population ESTITTIITAN Aide 15 Renommer E pidoscope joana natacha Supprimer Cele agents 1 2 5 7 2 actifs Agent Hyp6 B B transmi f infectieux prop Fusionner D Gestion des exp riences Au del de 15 essais le programme n inscrit plus de nouvelle exp rience ce qui n cessitera de supprimer une ou plusieurs
9. n peut modifier un agent infectieux en changeant une ou plusieurs variables partir du dernier agent s lectionn Dans ce cas le nom ne change pas Il est conseill de cr er une nouvelle souche avec la commande nouveau Exemple Apr s avoir proc d divers essais sur plusieurs agents la comparaison des r sultats r v le que l agent infectieux de la Rage produit le r sultat le plus proche du r sultat recherch Il faut alors e S lectionner l agent Rage dans le menu d roulant agent infectieux e Cliquer sur nouveau e Renommer l agent en l appelant par exemple Rage 2 e Changer une ou plusieurs variables B Lancement d une simulation Par d faut les personnes saines apparaissent en ocre les personnes vaccin es en bleu et les personnes atteintes par la maladie en rouge Ces couleurs sont modifiables partir du menu Fichier Pr f rences En appuyant sur le bouton pr vu cet effet un agent infectieux est envoy au hasard dans la foule Il faut parfois r p ter l op ration avant d obtenir le d clenchement d une pid mie Une fois qu une personne est atteinte elle est consid r e comme immunis e contre toute nouvelle attaque cran en mode simulation compteur donnant le pidoscape sans titre bre d a ent actif VIRUS aat z ri Er pros dtte cthon i 1 rinde coniadieus e bid mni FE 1 nom g wU hiis 163 nombre de personnes atteintes cumul es le no
10. s la liste tablie Si vous voulez cr er un nouvel agent infectieux l faut d abord donner un nouveau nom par d faut il prend le nom du dernier agent choisi suivi d une lettre B C D Valider le nom en tapant la touche ENTER du clavier a 4 vias TRE msn fio Taime RL transmissibilite e 10 RE A VIRUS grippe ad propagation i a ce Epid mie Eee virus actifs temps Nouvelle population densit 500 s couverture vaccinale gt 0 pidoscope rans titre variole ni Modele population densit 390 CORP TUTE vacinal cost n J94 rang s siBilit io Vies EEN pr pagati t a 3 Hantle Horm du vitus purs ENTEHJ n prol d untectior p riode contagieuse tempa e R gler la ou les variables d sir es rage A grippe B ransmissibilit p propagation p prob d infection p p riode contagieuse b transmissibilit b propagation prob d infection p riode contagieuse Ichancesur25 1 chance sur 100 1chance sur 10 1 chance sur 8 bonnes 1 chance sur 5 immunit norn 1 chance sur 2 immunit faible rage B rog B b transmissibilit propagation b prob d infection p riode contagieuse btransmissibitit b propagation b prob d infection p riode contagieuse production de noume auw WITUS e Valider en cliquant OK On peut renommer un agent infectieux ou le supprimer de la liste O
11. variables en r alisant une s rie de simulation et en r p tant au besoin la simulation reproductibilit Il peut op rer une fusion des r sultats de plusieurs simulations identiques pour mettre en vidence les r gularit s Des exp riences peuvent tre supprim es ou sauvegard es R glages Les noms donn s ne recouvrent pas exactement les concepts utilis s en pid miologie IIS ont t choisis pour faciliter l approche intuitive des ph nom nes aid s en cela par une illustration qui explicite bien l effet de chaque variable L utilisateur peut agir sur trois variables au niveau de la population La densit de la population de 100 500 par pas de 100 la proportion de la population vaccin e Les individus vaccin s sont color s en bleu La mobilit de la population de 0 100 des individus qui se d placent Cette variable est int ressante associer la p riode contagieuse Il pe La transmissibilit qui correspond au nombre moyen de particules infectantes rejet es par une personne atteinte de 0 10 par pas de 1 4 Une transmissibilit de 6 5 indique que le nombre de particules infectantes rejet es par une personne sera de 6 ou 7 et que 6 5 repr sentera la moyenne La propagation mod lis e ici comme le rayon d action de l agent infectieux On peut l associer au mode de transmission contact direct gouttelettes expector es transmission par un vecteur Tant
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