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Agilent G4900DA SureScan-Microarray

1. Der Strichcode wird unter Slide ID in der Steckplatztabelle der Scan Steuerungssoftware angezeigt e Der Standard Ausgabeordner wird verwendet Informationen zur Zuordnung von e Objekttr gern deren Konstruktion ein Scan Protokoll Scan Protokollen zu zugeordnet ist wird das Scan Protokoll in der Objekttr gerkonstruktionen siehe Steckplatztabelle zugewiesen und der Steckplatzstatus So ordnen Sie einer wechselt zu Ready for queue Objekttr gerkonstruktion ein 2 i Besn Pruinkoll ad a f S ite 67 F r Objekttr ger deren Konstruktion kein Scan Protokoll zugeordnet ist bleibt das Scan Protokoll leer und der Steckplatzstatus Present Weisen Sie wie in Schritt 4 Festlegen oder ndern von Einstellungen des Scan Protokolls beschrieben ein Scan Protokoll zu Weitere Informationen zum Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms siehe Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster auf Seite 96 Sie k nnen w hrend eines laufenden Scans der Kassette Objekttr ger hinzuf gen Siehe Informationen ber das Hinzuf gen von Objekttr gern auf Seite 130 SureScan System Benutzerhandbuch 33 2 Erste Schritte Schritt 4 Festlegen oder ndern von Einstellungen des Scan Protokolls Die aktuellen Einstellungen des Scan Protokolls werden f r jeden ausgew hlten Objekttr ger im rechten Feld des Hauptfensters der Scan Steuerungssoftware angezeigt Weitere Informationen zu diesen Einstellungen
2. Informationen zu Scan Protokollen auf Seite 37 Diese standardm igen Scan Protokolle k nnen nicht ge ndert werden Sie k nnen jedoch ein Scan Protokoll erstellen indem Sie ein vorhandenes Protokoll unter einem anderen Namen speichern Dieses neue Scan Protokoll kann anschlie end ge ndert werden So erstellen Sie ein Scan Protokoll Ein Scan Protokoll das aktuell einem Objekttr ger in der Steckplatztabelle zugewiesen ist kann nicht ge ndert werden 52 Sie k nnen aus einem beliebigen vorhandenen Profil ein Protokoll erstellen indem Sie das vorhandene Protokoll unter einem neuen Namen speichern 1 W hlen Sie Tools gt Scan Profile Editor 2 W hlen Sie ein vorhandenes Protokoll aus das dem Scan Protokoll das Sie erstellen m chten hnelt 3 Klicken Sie auf Save As um das vorhandene Protokoll unter einem neuen Namen zu speichern Das Dialogfenster Save As New Name wird angezeigt 4 Geben Sie einen neuen Namen f r das Protokoll ein und klicken Sie anschlie end auf Save Die Einstellungen f r das Scan Protokoll werden aktiv 5 ndern Sie die Scan und Bildeinstellungen nach Ihren Anforderungen Weitere Informationen zu den verf gbaren Einstellungen siehe Dialogfeld Scan Protocol Editor auf Seite 115 6 Wenn Sie fertig sind klicken Sie auf Save SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 So ndern Sie ein vorhandenes Scan Protokoll Die m
3. 27779 ISO 7779 Typpr fung Recycling und Entsorgung Dieses Ger t kann am Ende seiner Lebensdauer recycelt werden Bitte entsorgen Sie dieses Ger t gem den lokalen Vorschriften Elektromagnetische St rungen Der Scanner ist zur Verwendung mit abgeschirmten Kabeln vorgesehen 139 6 140 Referenz St raussendung St rfestigkeit Canada Erf llt die in CISPR 11 EN5011 angegebenen Einschr nkungen f r die St raussendung f r Ger te der Klasse A Gruppe 1 gem EN 61326 1 f r Ger te der Klasse A Diese Ger te sind nicht zur Verwendung in Wohngebieten vorgesehen Dieses Ger t erf llt die Anforderungen zur St rfestigkeit gem EN 61326 2 f r nicht berwachte elektromagnetische Umgebungen Diese Ger te sind nicht zur Verwendung in Wohngebieten oder gewerblichen Umgebungen vorgesehen Detaillierte Angaben erhalten Sie in der beiliegenden Konformit tserkl rung This ISM Industrial Scientific Medical device complies with Canadian ICES 001 Cet appareil ISM est conforme a la norme NMB 001 du Canada Sicherheitsinformationen Dieser Scanner erf llt die Anforderungen folgender Sicherheitsstandards CAN CSA C22 2 Sicherheitsbestimmungen f r elektrische Mess Nr 61010 1 04 Steuer Regel und Laborger te Teil 1 Allgemeine Anforderungen UL 61010 1 2 Ausgabe Sicherheitsbestimmungen f r elektrische Mess Steuer Regel und Laborger te Teil 1 Allgemeine Anforderungen EN 61
4. Im Ordner C ProgramData Agilent MicroArrayScanner Snapshots StateSnapshots wird eine Datei erstellt So setzen Sie Warnhinweise zur Kalibrierung zur ck W hrend des normalen Betriebs kalibriert der SureScan Scanner die PMTs vor jedem Scan Vorgang Zudem werden die Laser w hrend der Systeminitialisierung kalibriert Ist die Kalibrierung nicht erfolgreich oder m ssen bei der Kalibrierung erhebliche nderungen im Vergleich zum letzten Durchgang vorgenommen werden erfasst die Scannersoftware diese Informationen und erzeugt Warnhinweise in der Scan Log Datei Warnhinweise zur PMT Kalibrierung werden ausgegeben wenn sich die PMT Verst rkung um mehr als 20 im Vergleich zum letzten Kalibrierungswert ndert Warnhinweise zur Laserkalibrierung werden ausgegeben wenn die Laser w hrend der Aufw rmphase nicht die angegebene Leistung erreichen Tritt dieses Problem auf wird automatisch ein Warnhinweis angezeigt und die Laser werden auf 80 ihrer angegebenen Leistung neu kalibriert Das Scan Steuerungsprogramm skaliert die TIFF Datei so dass die niedrigere Laserleistung kompensiert wird SureScan System Benutzerhandbuch Durchf hren Entfernen Sie zur Durchf hrung eines Selbsttests alle Objekttr gerhalter von Scanner Der Befehl Self Test wird aktiviert wenn der Scanner den Status Ready aufweist und die T r geschlossen ist Beim Selbsttest werden nicht alle Untersysteme oder Spezifikationen getestet Wenn Sie
5. Registerkarte General Settings Browse Bei Einstellungen die eine Ordnerangabe verlangen k nnen Sie hiermit zu dem Ordner navigieren und ihn ausw hlen statt den Pfad einzugeben Save Speichert die Einstellungen Wenn Sie Einstellungen ndern und sie speichern m chten w hlen Sie vor dem Schlie en des Dialogfelds diese Schaltfl che aus 126 SureScan System Benutzerhandbuch Close Laser Saver Delay Default Scan Data Folder Location of Feature Extraction Run Feature Extraction when scan is complete SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Schlie t das Dialogfeld ohne dass nderungen gespeichert werden Timeouts Wird gerade kein Scan Vorgang und keine Scan Warteschlange ausgef hrt werden die Laser nach diesem Zeitraum in Minuten automatisch ausgeschaltet Data Zeigt den Ordner an in dem die vom Scanner erstellten Bilder standardm ig gespeichert werden Sie k nnen diesen Ordner f r einen Scan Vorgang in der Scan Tabelle ndern Feature Extraction Der Pfad zur Programmdatei FENoWindows exe Standardm ig lautet dieser Speicherort C Program Files x86 Agilent MicroArray FeatureExtraction FeNoWindows exe Bei Auswahl dieser Option werden die Merkmale der Objekttr ger nach dem Scan Vorgang automatisch extrahiert Damit die Merksmalsextraktion automatisch ausgef hrt werden kann m ssen die Konstruktionsdateien f r alle Bilder bereits in der Datenbank des M
6. Steckplatztabelle Einstellungen Ausgabepfad 103 St rabstand 18 Strichcodeformate 135 Strichcodes Spezifikationen 134 Support technischer 73 Systemanforderungen 14 T Technischer Support 73 ndern der URL f r Kontaktaufnahme 73 Technischer Support Kontakt 73 Teileliste 14 Temperaturanforderungen 71 TIFF Datei dynamischer Bereich 115 U berpr fen der L ftung 70 Umstellen des Scanners Sicherheitsvorkehrungen 72 V Versionsinformationen Suche 74 Vorbereiten des Ger testandorts 16 Vorderansicht des Scanners 15 SureScan System Benutzerhandbuch Index SureScan System Benutzerhandbuch 143 www agilent com Wir behalten uns vor Informationen Beschreibungen und Spezifikationen ohne vorherige Ank ndigung zu ndern Aktualisierte Informationen zu Agilent Produkten finden Sie unter http genomics agilent com Agilent Technologies Inc 2011 2012 Januar 2012 G4900 92000 Revision A1 Be Agilent Technologies
7. igkeit und eine Kalibration der Intensit t beim Scannen sicherzustellen SureScan System Benutzerhandbuch Einf hrung 1 Fluoreszenzdetektion SureScan System Benutzerhandbuch Die Fluoreszenz von den markierten Proben wird durch einen Hochleistungs PMT in ein elektrisches Signal umgewandelt Verst rker mit niedrigen Frequenzen und digitale Integratoren verarbeiten das PMT Signal zu digitalen Messwerten die in einer TIFF Datei erfasst werden 1 Auf der Computer Arbeitsstation installierte Software 20 Auf dem Computer der mit Ihrem SureScan System geliefert wird ist folgende Software bereits installiert Agilent Microarray Scan Steuerungsprogramm zur Einrichtung und Inbetriebnahme des Scanners Agilent Merkmalsextraktionsprogramm automatische Merkmalsextraktion anhand von durch den Scanner erzeugten Dateien von gescannten Bildern Das Merkmalsextraktionsprogramm kann auch manuell gestartet werden um Bilder zu pr fen und Funktionen f r die Merkmalsextraktion zu konfigurieren Software f r das Agilent Installationsqualifizierungswerkzeug stellt sicher dass das Scan Steuerungsprogramm ordnungsgem installiert und nach der Installation nicht besch digt wurde Generiert einen Bericht zur Installationsqualifizierung SureScan System Benutzerhandbuch SureScan Microarray Scanner System Microarray Scan Steuerungssoftware 9 1 Benutzerhandbuch 2 Erste Schritte Lizenzierung 22 Einl sen der Lizenz f r ho
8. 1 festgelegt wird der zweite Scan Vorgang mit 10 f r die PMTs durchgef hrt Folgende Werte sind verf gbar lt NoXDR gt 0 5 0 2 0 1 und 0 05 Image Settings Einige Analyseprogramme ben tigen Daten von um 90 Grad gedrehten einfarbigen Bildern Wenn Sie Flip Rotate ausw hlen wird das Bild wie in Abbildung 29 gezeigt transformiert meco gt YBCD Abbildung 29 Bild mit festgelegter Option Flip Rotate Wenn Sie Yes w hlen wird die Farbdatei in zwei Farbdateien unterteilt Die geteilten Dateien besitzen nun die Namen FileName_green und FileName_red wobei FileName f r den Namen steht der der Datei vor der Teilung automatisch zugewiesen wurde Diese Option steht nur f r Scan Vorg nge mit einem dynamischen 16 Bit TIFF Bereich zur Verf gung Ist ein einzelner Farbstoffkanal 20 Bit Scan oder eine beliebige XDR Option ausgew hlt ist keine Split Option zul ssig ist die Split Option bereits ausgew hlt wird sie automatisch zur ckgesetzt SureScan System Benutzerhandbuch Compress Field 1 Field 2 und Field 3 SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Wenn Sie Yes w hlen reduziert das Programm den von den Scan Bildern genutzten Speicherplatz durch Komprimierung der TIFF Dateien Der verwendete Komprimierungsalgorithmus LZW reduziert den Speicherplatz um 20 bis 70 Prozent File Naming Settings Zeigt die Einstellungen an die zur Benennung der vom Scanner erstellten TIFF Bilddatei
9. Dropdownliste aus Scan Protokolle k nnen nicht f r Objekttr ger in der Warteschlange ge ndert werden So ndern Sie den Ausgabeordner f r Scan Vorg nge Im Ausgabeordner werden die gescannten Bilddateien f r einen Objekttr ger gespeichert Der Ausgabeordner ist standardm ig D ScanData 1 Klicken Sie in der Steckplatztabelle f r einen Objekttr ger auf die Zelle Output Folder 2 Klicken Sie auf Symbol zum Durchsuchen Das Dialogfenster Browse For Folder wird angezeigt 3 W hlen Sie den Speicherort aus an dem Sie die gescannte Bilddatei f r diesen Objekttr ger speichern m chten und klicken Sie auf OK So w hlen Sie mehrere Objekttr ger aus SureScan System Benutzerhandbuch In der Steckplatztabelle k nnen Sie mehrere Objekttr ger ausw hlen und diese Auswahl auf ein Scan Protokoll und Ausgabeordner anwenden 1 Klicken Sie in die Steckplatztabelle um den ersten Objekttr ger zu markieren 2 Halten Sie zur Auswahl von zusammenh ngenden Objekttr gern die Umschalttaste gedr ckt und w hlen Sie einen weiteren Objekttr ger aus Alle Objekttr ger zwischen diesen Objekttr gern einschlie lich der ausgew hlten Objekttr ger werden in der Steckplatztabelle markiert 43 3 44 Verwenden des Scan Steuerungsprogramms ODER Halten Sie zur Auswahl nicht zusammenh ngender Objekttr ger die Strg Taste gedr ckt und klicken Sie auf weitere Objekttr ger Die ausgew hlten Objekttr g
10. Erstellung enth lt Diese Datei ist bei der Fehlerbehebung hilfreich Warnhinweise zur Laserkalibrierung werden ausgegeben wenn die Laser w hrend der Aufw rmphase nicht die angegebene Leistung erreichen Tritt dieses Problem auf wird automatisch ein Warnhinweis angezeigt und die Laser werden auf 80 ihrer angegebenen Leistung neu kalibriert Mit dieser Funktion setzen Sie Warnungen auf die Standardeinstellungen zur ck SureScan System Benutzerhandbuch 99 6 100 Referenz Tabelle 6 Befehle im Scan Steuerungsmen Tools continued Werkzeug Beschreibung Self Test Settings Der Selbsttest untersucht verschiedene Scanneruntersysteme und pr ft auf Verhalten das nicht der Spezifikation entspricht Nach Abschluss des Selbsttests wird eine Zusammenfassung der Ergebnisse in Ihrem Webbrowser ge ffnet ffnet das Dialogfeld Settings in dem Sie Standardwerte festlegen und Scan Protokolle den Microarray Konstruktionen zuordnen k nnen Men Help Tools Help Users Guide Scanner Home Page Online Support About Agilent Scan Control Abbildung 19 Scan Steuerungsmen Help Die folgenden Befehle finden Sie im Men Help Tabelle 7 Befehle im Scan Steuerungsmen Help Element Beschreibung Users Guide Scanner Home Page ffnet dieses Handbuch in Adobe Reader ffnet die Agilent Technologies Website f r den Su
11. Initialisierung wird die Schaltfl che Open Door aktiviert und das Aufw rmen der Laser fortgesetzt 26 SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 WarmUp Die Aufw rmphase der Laser dauert bis zu 5 Minuten W hrend des Aufw rmens k nnen Sie Objekttr ger laden Protokolle einstellen und Objekttr ger der Warteschlange hinzuf gen Sobald die Laser aufgew rmt sind k nnen Sie mit dem Scannen beginnen LasersOff Zeigt an dass die Laser ausgeschaltet sind Ready Sie k nnen Objekttr ger laden oder einen Scan starten Sie k nnen erst dann einen Scan starten wenn beide Laser aufgew rmt sind sich mindestens ein Objekttr ger in der Warteschlange befindet und der Scannerstatus Ready ist Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter Objekttr ger werden in einen Halter eingelegt bevor sie in den Scanner geladen werden Fingerabdr cke f hren zu Fehlern 1 Legen Sie den Objekttr ger vor Einsetzen in den Halter auf bei der Fluoreszenzdetektion Fassen Sie die Objekttr ger f r genaue Ergebnisse nur an den Kanten an und arbeiten Sie bei der Handhabung der Objekttr ger immer mit Handschuhen Beschriften Sie die Objekttr ger zudem nicht und kleben Sie keine anderen Etiketten au er dem entsprechenden Strichcode auf die Objekttr ger SureScan System Benutzerhandbuch eine flache Oberfl che wobei die klare Abdeckung nach oben und die Nase nach rechts weist So k nnen Sie leichter sicherste
12. Maximal 8 Stellen Mindestlinienbreite 0 15 mm Code 39 Maximal 8 Stellen Mindestlinienbreite 0 15 mm Code 93 Maximal 8 Stellen Mindestlinienbreite 0 15 mm e Die Mindesth he des Strichcodes betr gt Code 128 15 der Strichcodel nge f r Code 128 Code 39 Code 93 CODABAR 5 mm oder 15 der Strichcodel nge je nachdem welcher Wert gr er ist SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen English Deutsch Wenden Sie sich f r weitere Informationen zu Recycling und Entsorgung an Agilent Technologies SureScan System Benutzerhandbuch In diesem Abschnitt werden rechtliche Bestimmungen f r das SureScan System aufgef hrt Hierzu geh ren der SureScan Microarray Scanner G2600D die Computer Arbeitsstation und die Steuerungssoftware Verwendung ausschlie lich f r Forschungszwecke Das SureScan System ist AUSSCHLIESSLICH F R FORSCHUNGSZWECKE bestimmt Angaben zu Betriebsger uschen Angaben des Herstellers This statement is provided to comply with the requirements ofthe German Sound Emission Directive from 18 January 1991 Sound Pressure Lp lt 70 dB A at operator s position normal operation according to EN 27779 ISO 7779 Type Test Die folgende Information wird in bereinstimmung mit den Anforderungen der Maschinenl rminformationsverordnung vom 18 Januar 1991 erteilt Schalldruckpegel am Arbeitsplatz bei normalem Betrieb Lp lt 70 dB A nach EN
13. Protocol Editor Abbildung 18 Men Tools Die folgenden Funktionen finden Sie im Men Tools Tabelle 6 Befehle im Scan Steuerungsmen Tools Werkzeug Beschreibung Scan Protocol Editor Scan Region Editor Input Barcode ffnet das Dialogfeld Scan Protocol Editor in dem Sie Scan Protokolle erstellen ndern oder entfernen k nnen ffnet das Dialogfeld Scan Region Editor in dem Sie benutzerdefinierte Scan Bereiche auf Objekttr gern erstellen ndern oder entfernen k nnen Erm glicht Ihnen die Verwendung der Tastatur oder eines Tastaturemulation Strichcode Leser s zum Eingeben eines Strichcodes f r einen Objekttr ger der keinen Strichcode aufweist oder f r den Fall dass der Scanner einen Strichcode nicht lesen kann 98 SureScan System Benutzerhandbuch Referenz Tabelle 6 Befehle im Scan Steuerungsmen Tools continued 6 Werkzeug Beschreibung Switch on Lasers Show Recent Errors Log Files State Snapshot Reset Calibration Warnings Wenn die Scannerlaser ausgeschaltet sind k nnen Sie sie mithilfe dieses Befehls einschalten ffnet den Editor oder Ihren Standard Texteditor und zeigt Details zu den zuletzt aufgetretenen Fehlern an ffnet den Ordner Logs in dem Sie die vom Programm erstellten Protokolle ffnen k nnen Erstellt eine Datei die den Status des Scanners zum Zeitpunkt der Snapshot
14. So berpr fen Sie die Softwareinstallation 92 Dieses Kapitel enth lt Informationen zur Wartung und Fehlerbehebung f r das SureScan System SEE Agilent Technologies 69 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Wartung Ihres Systems 70 Mit der richtigen Pflege und Wartung k nnen Sie den fehlerfreien Betrieb Ihres SureScan Scanners gew hrleisten Wenden Sie sich bei Fragen zur Verwendung oder Pflege des SureScan Scanners an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Regelm ige Softwarewartung Die Ausf hrung dieser Aufgaben tr gt zur Sicherstellung der Leistung Ihrer Computer Arbeitsstation und des Betriebssystems bei e Pr fen Sie mindestens einmal die Woche den Plattenspeicherplatz und archivieren Sie ggf Daten e L schen Sie einmal die Woche tempor re Dateien mp tmp Dateien aus dem Ordner C Temp e Wenn Sie eine niedrige Leistung beobachten defragmentieren Sie die Festplatte mit der Defragmentierungssoftware Regelm ige Hardwarewartung Der SureScan Scanner enth lt keine Teile die vom Benutzer gewartet werden k nnen berpr fen der L ftung Eine hinreichende Bel ftung im SureScan Scanner ist f r einen ordnungsgem en Betrieb unerl sslich Verstopfte L ftungen k nnen die Leistung nachhaltig beeintr chtigen L ftung L ftungen m ssen einmal w chentlich berpr ft werden um sicherzustellen dass sie nicht durch Staub Fremdk rper M bel oder sonstige Ger te blockiert
15. beim Schlie en des Scan Steuerungsprogramms aufgetreten Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu und versuchen Sie es erneut Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Falls das Problem weiterhin besteht installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Falls das Problem weiterhin besteht installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Falls das Problem weiterhin besteht installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Die Log Datei ist in einer anderen Anwendung ge ffnet Schlie en Sie die Log Datei und starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Tritt auf wenn Sie einen Befehl eingeben der nicht ausgef hrt werden kann w hrend das Ger t in Aktion ist Warten Sie und versuchen Sie es erneut Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Die Installation des Scan Steuerungsprogramnms ist fehlerhaft Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Die Installation des Scan Steuerungsprogramnms ist fehlerhaft Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Die Installation des Scan Steuerungsprogramms ist fehlerhaft Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Die Webseite ist vor bergehend nicht verf gbar berpr fen Sie Ihre Internetverbindung Versuchen Sie es zu einem sp teren Zeitpunk
16. ckansicht des Scanners 16 141 Index S Scan Region Editor 55 Bearbeiten vorhandener Scan Bereiche 56 Scan Bereich Bearbeiten f r Nicht Agilent Objekttr ger 56 Bereich 114 Definition 55 Erstellen f r Nicht Agilent Objekttr ger 55 Scan Bereich erstellen Nicht Agilent Objekttr ger 55 Scan Bereiche Bearbeiten 56 Scan Einstellungen Automatische Dateibenennung 120 Scan Einstellungen Tabelle 105 Scan Ma e 133 Scannen 18 Scannen der Objekttr ger 35 Scanner Einschalten 24 elektromagnetische St rungen 137 Initialisieren 24 Spezifikationen 130 Umstellen 72 Warnhinweis zum Entfernen der Abdeckungen 72 Wartungsaufgaben 70 Scan Tabelle Einstellungen Empfindlichkeit PMT 117 Farbstoffkan le 114 Rot und gr n PMT Verst rkung 117 Scan Bereich 114 TIFF Datei dynamischer Bereich 115 XDR Verh ltnis 117 Scan Vorgang Definition 35 Scan Vorg nge Speicherplatz und Scan Zeit Tabelle 116 Scan Zeit 131 Seriennummer Scanner 73 74 Sicherheit Richtlinien 17 Symbole f r den Scanner 16 Vorschriften 138 Sicherheitssymbole 16 142 Sicherungen X Netzteil 78 Slide ID 100 XDR Verh ltnis 117 Software Starten 24 Z Symbol 24 Wartung 70 Zuordnen einer Konstruktion zum Spezifikationen 16 Scan Protokoll 67 126 Microarray Scanner 130 Strichcodes 134 Standortvorbereitung 16 Starten Software 24 Statusanzeige 15 Steckplatzstatus 100 Steckplatz Statusanzeige 100
17. des SureScan Scanners und Starten des Scan Steuerungsprogramms Informationen ber die Einrichtung des automatischen Ein Ausschaltens der Laser siehe So legen Sie die Laserschonerverz gerung fest auf Seite 65 24 1 2 3 Schalten Sie den SureScan Scanner ber den Ein Aus Schalter an der Vorderseite des Ger ts ein Nach dem Einschalten l dt und initialisiert der SureScan Scanner seine Firmware Schalten Sie die Computer Arbeitsstation ein und warten Sie bis sie hochgefahren ist Doppelklicken Sie auf das Symbol Agilent Microarray Scan Control um das Scan Steuerungsprogramm zu starten Oder Klicken Sie auf Start gt Alle Programme gt Agilent gt Agilent Microarray Scan Control wen gza Sam Abbildung 4 Agilent Microarray Scan Control Symbol Beim Programmstart wird das Hauptfenster des Agilent Agilent Microarray Scan Steuerungsprogramms ge ffnet und der Scanner f hrt seine Initialisierungssequenz aus Siehe Scan Steuerungshauptfenster auf Seite 96 SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 e Das Scan Steuerungsprogramm kommuniziert ber das LAN Kabel mit dem Scanner sendet Befehle und Parameter und empf ngt Status und Daten e Die Laser werden eingeschaltet und gehen in die Aufw rmphase e Die automatische Beladefunktion wird initialisiert und f hrt einen Objekttr ger Auswurfzyklus aus um sicherzustellen dass zurzeit kein Objekttr ger den Autofokus beeinf
18. die Betriebsfunktionen des SureScan Scanners beschrieben Positionierung der Objekttr ger Der SureScan Scanner kann in seiner nicht herausnehmbaren Kassette bis zu 24 Objekttr ger der Gr e 76 mm x 26 mm aufnehmen W hrend eines Scan Vorgangs werden die Objekttr ger nacheinander in die Position zum Scannen gebracht gescannt und dann zur ck in die Kassette bef rdert Laseranregung 1 Einf hrung Arbeitsweise Scannen 18 Der SureScan Scanner arbeitet mit zwei Lasern einem gr nen diodengepumpten Festk rperlaser 532 nm und einem roten Diodenlaser 640 nm Die Laser regen mit Cyanine 3 Cy 3 und Cyanine 5 Cy 5 markierte RNA oder DNA an um die Fluoreszenz nach der Hybridisierung der Zielnukleins ure auf den Microarray Sonden zu messen Farbstoffe die Cy 3 und Cy 5 hneln wie z B die Farbstoffe Alexa 647 555 und 660 k nnen ebenfalls verwendet werden Der SureScan Scanner wurde f r einen gro en St rabstand in den Emissionsbanden Cy 3 550 610 nm und Cy 5 650 750 nm optimiert Er verf gt ber einen weiten Dynamikbereich mit geringem spektralem bersprechen was die die Messung von zahlreichen Zielkonzentrationen erm glicht und f r eine h here Datenzuverl ssigkeit bei niedrigeren Frequenzen sorgt Die Laseranregung wird schnell ber das Microarray vor und zur ck gescannt Der dynamische Autofokus sorgt daf r dass das Microarray immer in der Brennebene der Scan Linse positioniert ist um Gleichm
19. erneut um die Auswahl f r den Objekttr ger anzuzeigen 3 Klicken Sie auf eine der folgenden Optionen um die Position des Objekttr gers in der Warteschlange zu ver ndern Move to first Verschiebt den Objekttr ger an die erste Position Move to last Verschiebt den Objekttr ger an die letzte Position Move up Verschiebt den Objekttr ger um eine Position nach oben Move down Verschiebt den Objekttr ger um eine Position nach unten So entfernen Sie einen Objekttr ger aus der Scan Warteschlange 1 Klicken Sie f r den Objekttr ger den Sie aus der Warteschlange entfernen m chten in der Steckplatztabelle auf die Zelle State 2 Klicken Sie erneut um die Auswahl f r den Objekttr ger anzuzeigen 3 Klicken Sie auf Remove from queue Der Objekttr ger wird aus der Scan Warteschlange entfernt und der Status ndert sich in Ready for queue So entfernen Sie alle Objekttr ger aus der Scan Warteschlange 1 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Empty Queue Ein Best tigungsdialogfenster wird ge ffnet 2 Klicken Sie auf Yes Alle Objekttr ger in der Warteschlange werden aus der Warteschlange entfernt und der Status in Ready for queue ge ndert SureScan System Benutzerhandbuch 45 3 _ Verwenden des Scan Steuerungsprogramms So ffnen Sie die Scannert r Sie m ssen das Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms Scan Steuerungsprogramm auf Open Door
20. externen Strichcodeleser oder Ihre Tastatur verwenden um den Strichcode einzugeben 58 Wenn der Strichcode eines Microarray Objekttr gers aus irgendeinem Grund nicht gelesen werden kann k nnen Sie diesen manuell hinzuf gen Um einen Strichcode manuell hinzuzuf gen muss mindestens ein Steckplatz der Kassette zur Verf gung stehen 1 Wenn die Scannert r nicht ge ffnet ist klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Open Door und warten Sie bis die T r ge ffnet wird 2 Optional Wenn der Strichcode f r einen Objekttr ger der sich bereits in einem Steckplatz befindet nicht lesbar ist entfernen Sie den Objekttr gerhalter in dem sich der Objekttr ger der Kassette befindet 3 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Input Barcode Das Dialogfenster Input Barcode wird ge ffnet 4 Verwenden Sie einen externen Strichcodeleser oder geben Sie in das Textfeld Barcode den Strichcode ein SureScan System Benutzerhandbuch SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 Setzen Sie den Objekttr gerhalter ein der den Objekttr ger im angegebenen Steckplatz der Kassette aufweist Klicken Sie auf Set In der Scan Tabelle wird der Strichcode in der Objekttr ger ID f r diesen Steckplatz angezeigt Der Steckplatzstatus wird in Present ge ndert Sofern erforderlich befolgen Sie Schritt 3 ber Schritt 6 um einen weitere
21. ist nicht zum Hinzuf gen zur Warteschlange bereit da ihm noch kein Scan Protokoll zugewiesen wurde Ready for queue Der Objekttr ger ist zum Hinzuf gen zu einer Scan Warteschlange bereit 102 SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Tabelle 8 Steckplatz Statusangaben und Anzeigen continued Steckplatz Statusanzeige Status Bedeutung Durchg ngig blau In queue x Der Objekttr ger befindet sich in der Scan Warteschlange in Position x wobei x f r die Reihenfolge steht in der die Objekttr ger gescannt werden Blinkt gr n Scanning x Der Objekttr ger wird gerade gescannt wobei x auf den bereits abgeschlossenen Teil des Scan Vorgangs in Prozent hinweist Durchg ngig gr n Complete Scan erfolgreich abgeschlossen Gelb Warning Beim Scan Vorgang wurde eine Warnung erzeugt Rot Error Beim Scan Vorgang ist ein Fehler aufgetreten Blinkt gelb Removed Ein Objekttr ger der bereit Ready oder in der Warteschlange In Queue war wurde aus der Kassette entfernt Blinkt gelb Replaced Ein Objekttr ger wurde in einen Steckplatz eingef gt dessen Status Removed lautete e Wenn der Strichcode dem urspr nglichen Objekttr ger entspricht der entfernt wurde wird der Status wieder auf Ready oder In Queue gesetzt e Wenn der Strichcode nicht dem entfernten Objekttr ger entspricht ndert sich der Status in Ready wenn der Objekttr ger Konstruktions ID ein Protokoll zugeor
22. ts neu gestartet e Um den ausgew hlten Vorgang durchzuf hren bewegen Sie den Schalter nach rechts auf die Position Select e Sobald das Scan Steuerungsprogramm mit dem Ger t verbunden ist wird in der Anzeige Client Connected angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch 89 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Aktualisieren der Scannerfirmware und des Scan Steuerungsprogramms 90 Agilent Technologies stellt gelegentlich Software Updates zur Verf gung Die Firmware Updates sind sofern erforderlich im Update des Scan Steuerungsprogramms enthalten Dieser Abschnitt beschreibt wie Sie das Scannerprogramm und die Firmware aktualisieren So pr fen Sie ob ein Update verf gbar ist Wenn ein Update f r das Scan Steuerungsprogramm verf gbar ist wird rechts unten im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms ein Informationssymbol angezeigt Klicken Sie auf das Symbol um die Informationen zu Ihrer installierten Version und die aktuellste verf gbare Version anzuzeigen ea Control A newer version of Scan Control is available Current version 91 1 1 Latest version available 93 1 1 For more information please click Help gt Scanner Home Page Abbildung 15 Dialogfeld zu Benachrichtigungen ber Updates SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 So aktualisieren Sie das Scan Steuerungsprogramm und die Firmware 1 Klicken Sie im Hau
23. werden SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tipps zur Vermeidung von Problemen Befolgen Sie diese Tipps um den SureScan Scanner und seine Leistung zu warten Tipps zur Vermeidung von Datenverlust e Vermeiden Sie das Ausf hren von Softwareprogrammen die eine hohe CPU Arbeitslast erzeugen da dies die Datenerfassung w hrend des Scan Vorgangs beeintr chtigen kann Tipps zur Vermeidung von Sch den am Scanner Halten Sie Fl ssigkeiten und D mpfe vom SureScan Scanner fern Platzieren Sie niemals Gegenst nde auf dem Scanner oder der Scannert r e Minimieren und berwachen Sie Temperaturschwankungen Setzen Sie den SureScan Scanner nicht direkter Sonneneinstrahlung aus Stellen Sie den SureScan Scanner nicht in der N he von Fenstern auf auch wenn diese ber Jalousien oder sonstigen Sichtschutz verf gen Durch direkte Sonneneinstrahlung kann sich das Geh use des SureScan Scanners ungleichm ig erhitzen wodurch Probleme bei der Ausrichtung der optischen Komponenten auftreten k nnen F hren Sie Scan Vorg nge nur aus wenn die Labortemperatur den Spezifikationen zur Betriebstemperatur f r den SureScan Scanner entspricht Um eine optimale SureScan Scannerleistung sicherzustellen nehmen Sie den Scanner nur in Betrieb wenn die angegebenen Temperaturbereiche eingehalten werden Siehe SureScan Scanner Spezifikationen auf Seite 132 SureScan System Benutzerhandbuc
24. 00 m 15 000 Fu Maximale Lagerungsh he 9 200 m 30 000 Fu bei 40 C Zur Verwendung in geschlossenen R umen Wellenl ngen e Gr ner Festk rperlaser 532 nm Roter Festk rperlaser 640 nm Leistung beide geregelt auf 13 mW 7lmmx 21 6 mm SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Vorgeschlagener 1 mm kleiner als der Scan Bereich rechts 2 mm kleiner als der Microarray Druckbereich Scan Bereich links und 0 6 mm kleiner als der Scan Bereich oben und unten Bei Nicht Agilent Objekttr gern ist der Druckbereich um die Array Drucktoleranz kleiner als diese Angaben Unterst tzte Cyanine 3 Cy 3 und Cyanine 5 Cy 5 und Farbstoffe die Cy 3 Farbstoffe und Cy 5 hneln sowie die Farbstoffe Alexa 647 555 und 660 Aufl sung 2 3 5 oder 10 Mikrometer Pixelgr e Pixelpositionierungsfehler lt 1 Pixel bei einer Aufl sung von 5 Mikrometern Gleichm igkeit 5 VK f r globale Ungleichm igkeit die durchschnittliche lokale Ungleichm igkeit liegt normalerweise bei 1 bei 100um Merkmalen Scan Zeit s Tabelle 13 _ Scan Zeit f r einzelne und duale Scan Vorg nge f r den Agilent HD Scan Bereich 61 mm x 21 6 mm Aufl sung Scan Zeit min Einzeldurchgang mit 2 Mikrometern 24 Einzeldurchgang mit 3 Mikrometern 16 Einzeldurchgang mit 5 Mikrometern 10 Einzeldurchgang mit 10 Mikrometern 10 Dualer Durchgang mit 2 Mikrometern 46 Dualer Durchgang mit 3 Mikrometern 31 Dualer Durchgang mit 5 Mikrometern 19 Hohe
25. 010 1 2001 Sicherheitsbestimmungen f r elektrische Mess Steuer Regel und Laborger te Teil 1 Allgemeine Anforderungen EN 61010 1 2001 Sicherheitsbestimmungen f r elektrische Mess Steuer Regel und Laborger te Teil 1 Allgemeine Anforderungen EN 60825 1 2007 Sicherheit von Lasereinrichtungen Teil 1 Klassifizierung von Anlagen und Anforderungen EN60825 1 2007 Sicherheit von Lasereinrichtungen Teil 1 Klassifizierung von Anlagen und Anforderungen SureScan System Benutzerhandbuch SureScan System Benutzerhandbuch Verschmutzungsgrad 2 Installationskategorie II Ger t der Klasse I erfordert ein Erdungssystem Lasereinrichtung der Klasse 1 Durch CSA und NRTL zertifiziertes Produkt Referenz 6 141 6 Referenz Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett 142 SureScan System Benutzerhandbuch Index A Aktualisieren der Firmware 91 Allto Queue 104 Anzeige 15 Arbeitsweise 18 Fluoreszenzdetektion 19 Laseranregung 18 Positionierung der Objekttr ger 18 Scannen 18 Archivieren von Daten 36 70 Ausgabeordner ausw hlen 103 Ausgabepfad Einstellung 103 Automatische Dateibenennung 120 Benennen von Dateien automatisch 120 c Close Door 104 D Dateibenennung automatisch 120 Daten Archivieren 70 Dynamischer Bereich 16 Bit oder 20 Bit 115 TIFF Datei 115 E Empfindlichkeitseinstellung PMT 117 Empty Queue 104 Entfernen der Objekttr ger 36 Entfernen der Sca
26. 23 Dialogfeld Settings General Settings 124 Dialogfeld Settings Design To Protocol Mapping 126 Informationen ber das Hinzuf gen von Objekttr gern 128 Durchf hren der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern 129 SureScan Scanner Spezifikationen 130 Objekttr gerspezifikationen 133 Scan Ma e 133 Glasspezifikationen 133 Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett 134 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen 137 Index 141 Inhalt 10 SureScan System Benutzerhandbuch SureScan Microarray Scanner System Microarray Scan Steuerungssoftware 9 1 Benutzerhandbuch 1 Einf hrung Ein leistungsstarkes Ger t f r Microarray Analysen 12 Systembeschreibung 13 Arbeitsweise 18 Auf der Computer Arbeitsstation installierte Software 20 Dieses Kapitel enth lt eine allgemeine Einf hrung zum SureScan System Agg Agilent Technologies 1 Einf hrung Ein leistungsstarkes Ger t f r Microarray Analysen Der SureScan Scanner ist eine Komponente der SureScan Systeml sung von Agilent Technologies Der SureScan Scanner ist ein anspruchsvoller Scanner der mit laserinduziertem Fluoreszenzverfahren arbeitet Er erm glicht das Auslesen von Microarrays die auf Objekttr gern der Standardgr e 76 mm x 26 mm gedruckt sind Der SureScan Scanner misst die Fluoreszenzintensit t der markierten Probe von der an die Microarrays gebundenen Nukleins ure DNA und RNA Da die Fluoreszenz von zwei Far
27. 6 Scanning SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Das Microarray Scan Steuerungsprogrammfenster wird angezeigt wenn Sie das Microarray Scan Steuerungsprogramm starten Es umfasst folgende Merkmale Tabelle 5 Merkmale des Scan Steuerungsfensters Merkmal Beschreibung Men leiste Steckplatztabelle Einstellungsbereich Steckplatz Statusanzeigen Funktionstasten Protokolle Statusleiste ffnen des Werkzeugmen s und der Hilfe Anzeigen von Status Scan Protokollen und Ausgabeordnern f r derzeit im Scanner befindliche Microarray Objekttr ger Anzeigen von Einstellungen f r den ausgew hlten Objekttr ger F r nicht in der Warteschlange enthaltene Objekttr ger k nnen Sie die Einstellungen hier ndern Zeigt den Status des Steckplatzes an Entspricht der Steckplatz Statusanzeige auf der Kassette Hinzuf gen und Entfernen von Objekttr gern zur bzw aus der Scan Warteschlange ffnen und Schlie en der Scannert r Starten und Beenden eines Scan Vorgangs Anzeigen von Statusprotokollen zum Ger t und zum Scan Vorgang Anzeigen des Scannerstatus der verbleibenden Scan Zeit und des f r den Scan Vorgang erforderlichen Speicherplatzes SureScan System Benutzerhandbuch 97 6 Referenz Men Tools Tools Help Scan Region Editor Switch on Lasers Show Recent Errors Log Files State Snapshot Self Test Settings Scan
28. 8 GB RAM SureScan System Benutzerhandbuch Einf hrung 1 Festplatte mit mindestens 250 GB Eine ordnungsgem e Festplattenwartung ist notwendig um sicherzustellen dass immer gen gend Speicherplatz zur Datengenerierung verf gbar ist In Tabelle 11 auf Seite 117 finden Sie weitere Informationen zur gesch tzten Gr e von gescannten Bilder Physische Beschreibung des Scanners Vorderansicht des Scanners Statusanzeige D Aying ans kamen kann Abnehmbare Frontplatte Ein Ausschalter Fe Abbildung 2 Vorderansicht des SureScan Scanners SureScan System Benutzerhandbuch 15 1 Einf hrung R ckansicht des Scanners Luftauslass f r Lufteinlass f r die die allgemeine Laserk hlung K hlung Luftauslass f r die Laserk hlung Lufteinlass f r die allgemeine K hlung Luftauslass f r die LAN Anschluss Stromversorgung 2 Netzsteckdose Netzsicherung Abbildung 3 R ckansicht des SureScan Scanners Vorbereiten des Ger testandorts Stellen Sie sicher dass in der Umgebung die SureScan Scanner Spezifikationen auf Seite 132 aus Kapitel 6 erf llt sind Wenn Sie Fragen haben wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter oder besuchen Sie uns auf www genomics agilent com Sicherheitssymbole auf dem Scanner QUETSCHUNGSGEFAHR Das Produkt ist mit diesem Symbol gekennzeichnet wenn die Gefahr besteht sich H nde oder Finger zu quetschen Ac
29. Agilent G4900DA SureScan Microarray S cannersystem Microarray Scan Steuerungs software 9 1 Benutzerhandbuch Januar 2012 Verwendung ausschlie lich f r Forschungszwecke Nicht f r Diagnoseverfahren geeignet SEE Agilent Technologies Hinweise Agilent Technologies Inc 2011 2012 Gem der Urheberrechtsgesetzgebung in den USA darf dieses Handbuch auch nicht auszugsweise ohne vorherige Vereinbarung und schriftliche Genehmigung seitens Agilent Technologies Inc vervielf ltigt werden darunter f llt auch die Speicherung auf elektronischen Medien sowie die bersetzung in eine Fremdsprache Handbuch Teilenummer 64900 92000 Ausgabe Januar 2012 Gedruckt in USA Agilent Technologies Inc 5301 Stevens Creek Blvd Santa Clara CA 95051 USA Windows ist eine in den USA eingetragene Marke der Microsoft Corporation Garantie Das in diesem Dokument enthaltene Material wird im vorliegenden Zustand zur Verf gung gestellt und kann in zuk nftigen Ausgaben ohne vorherige Ank ndigung ge ndert werden Agilent Technologies bernimmt keinerlei Gew hrleistung f r die in dieser Dokumentation enthaltenen Informationen insbesondere nicht f r deren Eignung oder Tauglichkeit f r einen bestimmten Zweck Agilent Technologies bernimmt keine Haftung f r Fehler die in diesem Dokument enthalten sind und f r zuf llige Sch den oder Folgesch den im Zusammenhang mit der Lieferung Ingebrauchnahme oder Ben
30. Benutzerhandbuch Referenz 6 e Der Abstand zwischen der Kante des Microarray Scan Bereichs und des Strichcodeetiketts darf f r Objekttr ger mit Strichcode nicht kleiner als 4 mm sein Standard Scan Bereich Bereich f r das gt 4 mm Abbildung 36 Positionierung des Strichcodeetiketts auf Nicht Agilent Objekttr gern e Die Breite des Strichcodeetiketts sollte etwa 6 mm betragen die empfohlene Breite des Strichcodeetiketts bezieht sich auf die Verwendung mit dem 61 mm Scan Bereich Gr ere oder l ngere Strichcodeetiketten k nnen verwendet werden wenn der Scan Bereich proportional verkleinert wird Die Strichcodeetiketten sollten so schmal sein dass sie nicht gegen die Nasen der Objekttr gerhalter sto en Die maximal zul ssige Neigung bei der Positionierung des Strichcodeetiketts auf dem Objekttr ger betr gt 3 Der Strichcode muss folgende Anforderungen erf llen e Der leere Bereich der Bereich zwischen der Kante des Etiketts und dem Anfang bzw Ende des Strichcodes ist mindestens 10 Mal so gro wie das X Ma auf jeder Seite des Strichcodes Die Strichcodelinien m ssen parallel zur langen Kante des Objekttr gers mit einer Neigungstoleranz von 3 ausgerichtet sein e Agilent bietet Unterst tzung f r folgende Strichcodeformate Code 128 Nicht Agilent Strichcodes mit 12 Stellen d rfen nicht mit einer 2 beginnen 137 6 138 Referenz CODABAR
31. Bereichen Der Scan Bereich legt denzu Falls Sie Nicht Agilent Objekttr ger verwenden k nnen Sie scannenden Bereich des Objekttr gers einen eigenen Scan Bereich definieren oder einen Scan Bereich fest Je gr er der Bereich desto ndern wobei der Maximalbereich 71 mm x 21 6 mm betr gt l nger die Scan Zeit Der neue Bereich wird als Auswahl in der Steckplatztabelle und im Profile Editor angezeigt So erstellen Sie einen Scan Bereich Stellen Sie sicher dass der 1 Klicken Sie in der Men leiste des Abstand zwischen dem Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Scan Region Editor Scan Bereich und dem Strichcodeetikett mindestens 4 mm betr gt und dass der Scan Bereich keine undurchsichtigen oder ODER halbtransparenten Bereiche des Objekttr gers umfasst Der Scan Region Editor wird ge ffnet 2 W hlen Sie in der Liste neben dem Scan Bereich die Option New Scan Region aus Zur Verwendung eines vorhandenen Scan Bereichs als Vorlage gehen Sie wie folgt vor a W hlen Sie aus der Liste neben Scan Region einen der verf gbaren Scan Bereiche aus b W hlen Sie Save As Das Dialogfenster Save As New Name wird angezeigt c Geben Sie den Namen f r den neuen Scan Bereich ein und klicken Sie auf OK Die Einstellungen f r den Scan Bereich werden aktiv 3 Geben Sie unter Scan Region die Ma e in mm f r den Bereich ein Wenn Sie einen ung ltigen Wert eingeben wird der Wert mit einem roten K stchen verseh
32. DR gt Instrument SN Slide ID Customize Image File Info lt InstrSN gt _ lt SlidelD gt _Swwxtif 12200 4320 201 05 MB 9 min 57 sec Import Abbildung 28 Dialogfeld Scan Protocol Editor Zweck Dient zum Erstellen oder ndern von Scan Protokollen ffnen Klicken Sie im Scan Steuerungsprogrammfenster auf Tools gt Scan Protocol Editor Scan Protocol Zeigt eine Liste verf gbarer Scan Protokolle an Die Einstellungen f r das ausgew hlte Scan Protokoll werden im Dialogfeld Scan Protocol Editor angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch 115 6 116 Referenz Agilent Defined Locked Dye channel Scan region Aufl sung General Ein von Agilent bereitgestelltes Protokoll Ist ein Protokoll gesperrt kann es nicht ge ndert werden Scan Settings Mit dem Farbstoffkanal wird festgelegt ob Informationen nur f r rot z B der Farbstoff Cy 5 nur f r gr n z B der Farbstoff Cy 3 oder f r beide Farbstoffkan le gesammelt werden Diese Auswahl hat keine Auswirkungen auf die Scan Zeit Ist allerdings nur ein Farbstoffkanal ausgew hlt kann sich die Dateigr e halbieren Der Scan Bereich legt den zu scannenden Bereich des Objekttr gers fest Der Bereich muss so gro sein dass er den gesamten Druckbereich des Microarrays umfasst aber so klein dass nicht zu nah am Strichcode oder anderen nicht transparenten Grenzbereichen des Objekttr gers gescannt und die Autofokus Fu
33. Empfindlichkeit mit 2 Mikrometern 36 Hohe Empfindlichkeit mit 3 Mikrometern 24 Hohe Empfindlichkeit mit 5 Mikrometern 15 Hohe Empfindlichkeit mit 10 Mikrometern 15 SureScan System Benutzerhandbuch 133 6 134 Referenz Dynamischer Bereich Dynamischer 16 Bit Bereich von gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge Dynamischer 20 Bit Bereich von gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge Erweiterter dynamischer Bereich eXtended Dynamic Range XDR von gt 109 f r duale Scan Vorg nge SureScan System Benutzerhandbuch Referenz Objekttr gerspezifikationen Scan Ma e Der Scan Bereich f r einen Standard Agilent Microarray istin Abbildung 34 angegeben Alle Angaben sind in Millimeter und die untere rechte Glasseite ist der Referenzpunkt lt 76 2 0 25 1 4 gt a Y Q 25 4 0 7 os or 0 45 z Es 21 6 Q O m y 4 9 Ae alis I Abbildung 34 Standard Scan Bereich f r G4900DA Scanner Glasspezifikationen Der SureScan Scanner verwendet Objekttr gerhalter um die Microarrays in die Kassette einzulegen bzw daraus zu entnehmen Diese Halter sind f r Glasobjekttr ger der Standardgr e 76 mm x 26 mm vorgesehen Die genauen Spezifikationen f r das Glas lauten wie folgt 25 4 mm breit 0 45 mm oder 0 7 mm e 76 2 mm lang 0 25 mm oder 1 4 mm e mm dick 0 1 mm e Keine gespiegelten Objekttr ger e Hohe Qualit t mit geringer Eigenfluoreszen
34. Fehlermeldung in Protokolle Wartung und Fehlerbehebung im System 5 n continued Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme State machine failure Status communication failure Suspending autoloader operation due to autoloader errors Unable to access folder Saving output file in folder Watchdog communication failure Low Level Fehler der Software Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support berpr fen Sie die Verbindung zum Ger t Klicken Sie auf Tools gt Show Recent Errors um weitere Informationen zu erhalten Der Zielordner war w hrend des Scans nicht verf gbar Low Level Fehler Falls das Problem erneut auftritt kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Diese Information wird beim Erzeugen der Meldung hinzugef gt SureScan System Benutzerhandbuch Nicht in der Tabelle aufgef hrte Fehlermeldungen Die Tabelle f hrt nicht alle m glichen Fehlermeldungen auf Falls Ihnen eine Fehlermeldung angezeigt wird die nicht aufgef hrt ist und Sie das Problem nicht beheben k nnen f hren Sie folgende Schritte aus 1 Notieren Sie sich die Fehlermeldung 2 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu 3 L st Schritt 2 das Problem nicht f hren Sie folgende Schritte aus a Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm a Starten Sie die Computer Arbeitsstation neu b Schalten Sie den SureScan Scanner aus und anschlie end wieder ein c Starte
35. Steuerungsprogramms auf Tools gt Settings Das Dialogfenster Settings wird ge ffnet W hlen Sie neben Laser Saver Delay einen Wert f r die Anzahl der Minuten aus die der Scanner nach dem letzten Scan Vorgang wartet bevor die Laser ausgeschaltet werden Klicken Sie auf Save So legen Sie den Speicherort f r das Merkmalsextraktionsprogramm fest Wenn Sie m chten dass das Merkmalsextraktionsprogramm am Ende eines Scan Vorgangs ausgef hrt wird m ssen Sie den Speicherort festlegen an dem das Merkmalsextraktionsprogramm installiert wird 1 SureScan System Benutzerhandbuch Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Settings Das Dialogfenster Settings wird ge ffnet Klicken Sie auf Browse und navigieren Sie zu dem Ordner in dem das Merkmalsextraktionsprogramm installiert ist w hlen Sie FENoWindows exe und klicken Sie anschlie end auf OK Standardm ig lautet dieser Speicherort C Program Files x86 Agilent MicroArray FeatureExtraction FeNoWindows exe Klicken Sie auf Save 65 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen So legen Sie die Ausf hrung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan Vorgang fest Das Merkmalsextraktionsprogramm kann automatisch am Ende eines Scan Vorgangs ausgef hrt werden Weitere Informationen finden Sie unter Dialogfeld Settings General Settings auf Seite 126 und Durchf hren der Merkmal
36. Warteschlange hinzugef gt wird 1 Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Settings Das Dialogfenster Settings wird ge ffnet 2 Geben Sie neben Default Scan Data Folder den Pfad zu dem Ordner ein in dem Sie die Scan Bilder speichern m chten ODER Klicken Sie auf Browse und navigieren Sie zu dem Ort an dem Sie die Scan Bilder speichern m chten und klicken Sie anschlie end auf OK 3 Klicken Sie auf Save nderungen am Ordner f r die Scan Daten werden f r Objekttr ger mit Strichcodes die bereits vom Scanner gelesen wurden nicht angewendet Um die Standardeinstellungen f r Objekttr ger zu ndern die sich bereits in der Steckplatztabelle befinden m ssen Sie die Scannert r ffnen und anschlie end wieder schlie en sodass der Scanner den Strichcode erneut liest SureScan System Benutzerhandbuch Die Laser werden automatisch beim Start des Scan Steuerungsprogramms und nach Hinzuf gen von Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 So legen Sie die Laserschonerverz gerung fest Zur Maximierung der Lebensdauer von Lasern ist die Laserschonerverz gerung so konzipiert dass die Laser Scan Vorg ngen zur Warteschlange eingeschaltet Sie k nnen Sie jedoch auch manuell einschalten Siehe Manuelles Anschalten von Lasern auf Seite 60 automatisch ausgeschaltet werden wenn diese nicht in Gebrauch sind Klicken Sie in der Men leiste des Scan
37. alifizierungswerkzeug E Agilent Installation Qua X Show OK files in report fe Open report after qualification Products to be qualified Show OK files in report Open report after qualification Products to be qualified Qualify SureScan System Benutzerhandbuch O Agilent Microarray ScanControl A Abbildung 24 Dialogfeld Installation Qualification Tool Zweck Stellt sicher dass das Scan Steuerungsprogramm ordnungsgem installiert wurde und generiert einen Bericht zur Installationsqualifizierung ffnen Klicken Sie im Windows Startmen auf Alle Programme gt Agilent Technologies gt Installation Qualification Tool Ist diese Option ausgew hlt enth lt der Qualifikationsbericht eine Liste aller Dateien die als OK best tigt wurden Standardm ig nicht aktiviert Ung ltige Dateien werden immer angezeigt Ist diese Option ausgew hlt wird der Qualifikationsbericht in Ihrem Webbrowser ge ffnet sobald die Installationsqualifizierung beendet ist Zeigt eine Liste von Agilent Softwareprodukten an die Sie mit dem Werkzeug qualifizieren k nnen Startet die Qualifizierung der Installation f r das ausgew hlte Produkt 111 112 Referenz Re Qualifiy Wird nach der Installationsqualifizierung angezeigt Erm glicht Ihnen das erneute Qualifizieren der Installation F hren Sie die Qualifizierung nach der Korrektur von Problemen erneut durch um einen neuen Bericht zur In
38. ang fest 66 Zuordnen von Scan Protokollen zu Konstruktionen 67 So ordnen Sie einer Objekttr gerkonstruktion ein Scan Protokoll zu 67 Wartung und Fehlerbehebung im System 69 Wartung Ihres Systems 70 Regelm ige Softwarewartung 70 Regelm ige Hardwarewartung 70 Tipps zur Vermeidung von Problemen 71 Fehlerbehebung in Ihrem System 73 Technischer Support 73 H ufig gestellte Fragen FAQs 75 Fehlerbehebung bei der Hardware 76 Fehlerbehebung bei der Software 79 Dateispeicherorte 79 Fehlermeldungen des SureScan Systems 81 Verwenden der Diagnoseanzeige 88 Aktualisieren der Scannerfirmware und des Scan Steuerungsprogramms 90 So pr fen Sie ob ein Update verf gbar ist 90 So aktualisieren Sie das Scan Steuerungsprogramm und die Firmware 91 So berpr fen Sie die Softwareinstallation 92 Referenz 93 Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster 94 Scan Steuerungshauptfenster 94 Men Tools 96 Men Help 98 SureScan System Benutzerhandbuch SureScan System Benutzerhandbuch Inhalt Steckplatztabelle 99 Funktionstasten 104 Einstellungsbereich 105 Protokollregister 106 Referenz zu den Dialogfeldern des Scan Steuerungsprogramms 109 Agilent Installationsqualifizierungswerkzeug 109 Dialogfeld Export Scan Protocol 110 Dialogfeld Export Scan Region 111 Dialogfeld Input Barcode 112 Dialogfeld Scan Protocol Editor 113 Dialogfeld Scan Region Editor 121 Dialogfeld Self Test 1
39. as Agilent Um Agilent CytoGenomics zum Extrahieren der CytoGenomics Programm ist im Bildmerkmale zu verwenden stellen Sie den Ausgabeordner SureScan System nicht enthalten auf den TIFF Bildordner f r die automatische Verarbeitung ein der im Agilent CytoGenomics Programm konfiguriert wurde Das CytoGenomics Programm sucht die Bilder automatisch heraus extrahiert die Merkmale und analysiert sie anschlie end Weitere Informationen hierzu finden Sie in der Dokumentation zum Agilent CytoGenomics Programm SureScan System Benutzerhandbuch 131 6 Referenz SureScan Scanner Spezifikationen Ungef hre Ma e Gewicht Stromversorgung Sicherungen Temperaturbereich Feuchtigkeit H he Verwendung Laser informationen Maximaler Scan Bereich 132 F r den SureScan Scanner gelten folgende Spezifikationen H he 42 cm 16 5 Zoll Breite 43 cm 17 Zoll Tiefe 67 cm 26 Zoll 56 8 kg 125 Pfund 100 240 Vac 50 60 Hz 250 VA max Zwei Netzsicherungen T4A 250 V Wechselstrom Teilenr 2110 1491 Betrieb 15 bis 30 C Lagerung 40 bis 50 C Betrieb 15 bis 85 relative Luftfeuchtigkeit bei 30 C Kann empfindlich auf kondensierende Luftfeuchtigkeit reagieren Befolgen Sie die Sicherheitsvorkehrungen unter Tipps zur Vermeidung von Sch den am Scanner auf Seite 71 Vor dem ffnen der Verpackung ist eine 12 st ndige Temperaturanpassung vor Ort erforderlich Maximale Betriebsh he 4 6
40. ationen 132 Objekttr gerspezifikationen 135 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen 139 In diesem Kapitel werden die Fenster und Dialogfelder des Microarray Scan Steuerungsprogramms beschrieben Au erdem enth lt es Spezifikationen und rechtliche Bestimmungen Be Agilent Technologies 95 6 Referenz Scan Steuerungshauptfenster Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster In diesem Abschnitt wird das Hauptfenster des Microarray Scan Steuerungsprogramms und dessen Inhalt beschrieben Scan Steuerungshauptfenster io 6 Menileiste Slide ID Scan Protocol Output Folder 251727810267 Seannm AgilentG3_CGH C ScanData MM 252657310248 In queue 1 AgilentG3_CGH CAScanData Einstellungsbereich Steckplatz Statusanzeigen Steckplatztabelle Protokolle Funktionstasten Empty Queue Open Door Stop Scan Bildverarbeitung Loading slide Status Calibrating PMT Calibrating PMT Scanning slide Remaining scan time 26 min Dye Channel s Scan Region Resolution Tiff Dynamic Range Red PMT Sensitivity Green PMT Sensitivity XDR Ratio Transform Image Split Compress Field 1 Field 2 Field 3 Image Settings File Naming Settings Red Green FullAgilentSlide 3 um 16 bit 100 100 lt NoXDR gt None No No Instrument SN Slide ID Customize Disk space required 1 09 GB Abbildung 17 Hauptfenster des Agilent Microarray Scan Steuerungsprogramms 9
41. aufgetretenen Fehler werden in Notepad ge ffnet Fehlerbehebung bei Fehlermeldungen Das SureScan System erzeugt Fehlermeldungen um Sie bei der Behebung m glicher Probleme zu unterst tzen Viele der Fehlermeldungen bieten eine L sung im Textfeld an befolgen Sie die Anweisungen Die folgende Tabelle f hrt einige der in Dialogfenstern angezeigten Fehlermeldungen mit Beschreibungen und empfohlenen Ma nahmen auf Falls ein Problem weiterhin besteht obwohl Sie die empfohlene Ma nahme durchgef hrt haben kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Tabelle 3 Fehlermeldungen in Dialogfenstern Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme A slide has been placed in the active slot Slot number Remove the slide to allow scanning to continue Cannot connect to instrument Firmware version is more recent than host software version Firmware version Host software version Contact Agilent product support Cannot connect to instrument Verify firmware failed 0 Contact Agilent product support Ein Objekttr ger befindet sich im aktiven Steckplatz und der Scanner kann den gescannten Objekttr ger nicht zur ck auf seinen Steckplatz in der Kassette legen Es k nnen keine weiteren Scan Vorg nge durchgef hrt werden und die Funktion Close Door ist deaktiviert Nehmen Sie den Objekttr ger aus dem aktiven Steckplatz Die Ger tefirmware stimmt nicht mit der Version des Scan Steuerun
42. ays mit 2 Farben Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 1 Farbe Agilent GX Genexpressions Microarrays mit 2 Farben Agilent GX Genexpressions Microarrays mit 1 Farbe Agilent HD CGH CNV ChIP Microarrays Agilent G3 CGH CNV ChIP Microarrays Agilent HD miRNA Microarrays Agilent G3 miRNA Microarrays F r Agilent Objekttr ger w hlen Sie das vordefinierte Protokoll das zu Ihrem Agilent Microarray Scanner passt F r Nicht Agilent Objekttr ger m ssen ggf individuelle Scan Einstellungen ge ndert werden Oder Sie erstellen basierend auf dem vorhandenen Protokoll ein neues Informationen zum Erstellen eines Scan Protokolls bzw nderung eines vorhandenen Protokolls siehe So erstellen Sie ein Scan Protokoll auf Seite 52 oder So ndern Sie ein vorhandenes Scan Protokoll auf Seite 53 37 2 Erste Schritte Offline Modus 38 Wenn kein Ger t verf gbar ist wird das Scan Steuerungsprogramm im Offline Modus ausgef hrt In diesem Modus k nnen Sie Scan Protokolle und Scan Bereiche erstellen importieren und exportieren Sie k nnen auch Log Dateien ffnen aktuelle Fehler anzeigen allgemeine Einstellungen festlegen und Scan Protokolle Konstruktions IDs zuordnen SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Ausschalten des SureScan Scanners VORSICHT 0 A O N Vergewissern Sie sich im Scan Steuerungsprogrammfenster dass der SureScan Scanner keinen Objekttr ger scannt auswirft oder l dt Kl
43. bstoffen gleichzeitig gemessen werden kann erleichtert dies die Durchf hrung von zweifarbigen Microarray Untersuchungen Diese Technologie erm glicht ein schnelles hochwertiges automatisches Scannen von Microarrays nn husto tinar in Fan Abbildung 1 SureScan Scanner Jeder Objekttr ger wird innerhalb von Minuten ausgelesen und die Dateien werden f r die Merkmalsanalyse vorbereitet 12 SureScan System Benutzerhandbuch Systembeschreibung Einf hrung 1 Dieser Abschnitt enth lt Aufz hlungen der Hardware und Softwarefunktionen Teile und PC Anforderungen sowie eine physische Beschreibung des SureScan Scanners und Informationen zur Standortvorbereitung und Sicherheit Hardware und Softwarefunktionen SureScan System Benutzerhandbuch Der SureScan Scanner hat folgende Funktionen e Dynamischer Autofokus Ein und zweifarbiges Scannen e Automatische Kalibrierung der PMT Verst rkung vor jedem Scan Vorgang e 2 3 5 oder 10 Mikrometer Pixelgr e e Dynamischer Bereich von gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge im 16 Bit Scan Modus gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge im 20 Bit Scan Modus und gt 10 f r duale Scan Vorg nge im 16 Bit Scan Modus XDR Spezifikationen zum Sicherstellen einer Gleichm igkeit von lt 5 VK Variationskoeffizient e Komprimierung von TIFF Bilddateien e Spiegeln Drehen von Bildern e Interne und externe Funktion zum Lesen von Strichcodes Das Agilent Microarray Scan Steueru
44. chaufl sendes Scannen 22 Installieren Ihrer Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 23 Inbetriebnahme des Scanners 24 Schritt 1 Einschalten des SureScan Scanners und Starten des Scan Steuerungsprogramms 24 Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter 27 Schritt 3 Laden des Halters in die Kassette 31 Schritt 4 Festlegen oder ndern von Einstellungen des Scan Protokolls 34 Schritt 5 Hinzuf gen von Objekttr gern zur Scan Warteschlange 34 Schritt 6 Scannen der Objekttr ger 35 Schritt 7 Entfernen der Objekttr ger 36 Informationen zu Scan Protokollen 37 Offline Modus 38 Ausschalten des SureScan Scanners 39 Dieses Kapitel enth lt Anweisungen f r den Betrieb des Scanners sowie f r die Einrichtung und das schnelle und einfache Scannen der Objekttr ger Informationen zur Behebung von Fehlern siehe Kapitel 5 SEE Agilent Technologies 21 2 Erste Schritte Lizenzierung F r das SureScan System werden zwei Konfigurationsoptionen angeboten die standardm ige Konfiguration f r hochaufl sendes Scannen oder ohne Hochaufl sungsfunktion Ohne die Lizenz f r hochaufl sendes Scannen stehen die Optionen 10 Mikrometer und 5 Mikrometer sowie 5 Mikrometer f r den dualen Scan Vorgang zur Verf gung Die Optionen 2 und 3 Mikrometer k nnen nicht ausgew hlt werden Falls Sie die Hochaufl sungsfunktion erworben haben ben tigen Sie zur Aktivierung dieser Funktion die Softwarelizenz In den meisten F llen installiert da
45. cht ordnungsgem eingelegten Halters werden Sie in einem Dialogfeld aufgefordert das Problem zu beheben Klicken Sie anschlie end auf OK um es erneut zu versuchen 130 SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Durchf hren der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern Es gibt mehrere M glichkeiten zur Durchf hrung der Merkmalsextraktion f r die gescannten Bilddateien die von Ihrem Scanner erstellt wurden Das e Richten Sie das Scan Steuerungsprogramm so ein dass die Merkmalsextraktionsprogramm Merkmalsextraktion automatisch beim Scan Vorgang der wurde auf Ihrem Objekttr ger durchgef hrt wird Siehe So legen Sie den Scannerarbeitsstation Speicherort f r das Merkmalsextraktionsprogramm fest auf vorinstalliert Seite 65 und So legen Sie die Ausf hrung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan Vorgang fest auf Seite 66 Das Scan Steuerungsprogramm erstellt automatisch eine Projektdatei die zum Extrahieren der Bildmerkmale nach dem Scan Vorgang verwendet wird Die Datenbank f r die Merkmalsextraktion muss das Design das Raster f r das Bild enthalten oder Sie m ssen das Merkmalsextraktionsprogramm so konfigurieren dass der eArray Server w hrend der Extraktion verwendet wird e F hren Sie das Merkmalsextraktionsprogramm manuell nach der Erstellung der gescannten Bilder aus Informationen zur Verwendung des Merkmalsextraktionsprogramms finden Sie in der Dokumentation die dem Programm beiliegt D
46. ded slide example Inactive Glass Surface SIDE 1 Er20007rr00091 ENE m Active Active Microarray Microarray Surface Surface SIDE 2 Abbildung 10 Ausrichtung des Objekttr gers SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte J Schritt 3 Laden des Halters in die Kassette Schritt 3 Laden des Halters in die Kassette Wenn die Objekttr ger ordnungsgem in die Halter eingelegt wurden k nnen Sie die Halter in die Kassette laden Kassette und Halter sind so konzipiert dass das richtige Einsetzen der Halter gew hrleistet ist Laden Sie keine leeren Objekttr gerhalter in den SureScan Scanner Pfeil erleichtert das Erkennen Griffpunkt Scannerausrichtung ali aa AA dl S t a Abbildung 11 Der Objekttr gerhalter erleichtert Ihnen das richtige Einlegen des Objekttr gers 1 Klicken Sie im Scan Steuerungsprogrammfenster auf Open Door um die Scannert r zu ffnen VORSICHT Die richtige Methode zum Offnen der Scannert r ist die Verwendung der Schaltfl che Open Door im Scan Steuerungsprogramm Versuchen Sie nicht die T r manuell zu ffnen 2 SureScan System Benutzerhandbuch 31 2 Erste Schritte 2 Greifen Sie den Objekttr gerhalter am Griffpunkt Der Pfeil an der Oberseite des Objekttr gerhalters weist nach links wenn Sie den Objekttr gerhalter richtig greifen Siehe Abbildung 11 Der SureScan Scanner scannt Setzen Sie einen Objekttr gerhalter i
47. der Scan Vorgang abgeschlossen ist 36 1 2 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Open Door um die Scannert r zu ffnen ffnen Sie die Scannert r und nehmen Sie die Objekttr gerhalter aus der Kassette Nehmen Sie die Objekttr ger wie folgt aus den Haltern Halten Sie den Halter f r die Objekttr ger mit den Seiten nach oben auf denen das Agilent Logo abgebildet ist Dr cken Sie das mit der Nase versehene Ende der klaren Kunststoffabdeckung sanft nach unten und ziehen Sie es zum ffnen nach oben Dr cken Sie das Ende des Objekttr gers mit dem Strichcode von der Unterseite des Halters nach oben um Fingerabdr cke in dem Bereich mit der Probe zu vermeiden Fassen Sie den Objekttr ger an den Seiten an und nehmen Sie ihn aus dem Halter SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Informationen zu Scan Protokollen AgilentHD_GX_2Color AgilentHD_GX_1Color AgilentG3_GX_2Color AgilentG3_GX_1Color AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_miRNA AgilentG3_miRNA SureScan System Benutzerhandbuch Ein Scan Protokoll ist eine Zusammenstellung von Scan und Bildeinstellungen die bei Auswahl beim Scannen auf den Objekttr ger angewandt werden Agilent liefert acht vorkonfigurierte Protokolle die Ihnen zur Auswahl und Verwendung mit Agilent High Density HD Microarrays Agilent G3 Microarrays und Nicht Agilent Microarrays zur Verf gung stehen Agilent HD Genexpressions Microarr
48. dnet ist Der Status ndert sich in Present wenn der Objekttr ger Konstruktions ID kein Protokoll zugeordnet ist SureScan System Benutzerhandbuch 103 6 Referenz Men auswahl f r den Status F r Objekttr ger die derzeit nicht gescannt werden stehen Befehle zur Verf gung mit denen Sie einen Objekttr ger einer Warteschlange hinzuf gen bzw daraus entfernen k nnen Die f r einen bestimmten Objekttr ger verf gbare Auswahl variiert abh ngig von der Position des Objekttr gers in der Warteschlange bzw abh ngig davon ob der Objekttr ger zum Hinzuf gen zur Warteschlange bereit ist Tabelle 9 Men auswahl f r den Status Auswahl Beschreibung Move to First Verschiebt den Objekttr ger an die erste Position in der Warteschlange Move to Last Verschiebt den Objekttr ger an die letzte Position in der Warteschlange Move up Verschiebt den Objekttr ger in der Scan Warteschlange um einen Platz nach oben Move down Verschiebt den Objekttr ger in der Objekttr ger Warteschlange um einen Platz nach unten Remove from queue Entfernt den Objekttr ger aus der Scan Warteschlange und legt den Status auf Ready for Queue fest Add to queue Verf gbar wenn in der Scan Warteschlange keine Objekttr ger enthalten sind F gt den ausgew hlten Objekttr ger der Scan Warteschlange hinzu 104 SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Tabelle 9 Men auswahl f r den Status continued Aus
49. e letzte vom Scan Steuerungsprogramm erstellte Diagnose Log Datei bereithalten Klicken Sie auf Tools gt Log Files um den Ordner mit den Log Dateien im Hauptfenster des SureScan System Benutzerhandbuch 73 5 74 Wartung und Fehlerbehebung im System Scan Steuerungsprogramms zu ffnen Die Log Dateien befinden sich im Ordner C ProgramData Agilent MicroArrayScanner Logs Jeder SureScan Scanner verf gt ber eine eindeutige 10 stellige Seriennummer Die Seriennummer befindet sich rechts unten auf der Vorderseite des Ger ts und auf der R ckseite des Ger ts Geben Sie in der Korrespondenz mit Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter immer die Modellnummer und 10 stellige Seriennummer an Notieren Sie sich die Seriennummer Ihres SureScan Scanners die Softwareversionsnummer und das Installationsdatum in den daf r vorgesehenen Feldern wenn Sie diese Seite drucken oder auf einem Blatt Papier das Sie in der N he Ihres Scanners aufbewahren Scannerinformationen Modellnr Seriennr Installationsdatum Softwareversionsnr Versionsnr Datum von Softwareupdates Versionsnr Datum von Softwareupdates Suche nach Versionsinformationen f r die Scannersoftware 1 W hlen Sie in der Men leiste Help gt About um nach Versionsinformationen zu suchen 2 Klicken Sie zum Schlie en des Programms auf OK SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 H ufig gestellte F
50. efindet die Sie importieren m chten Exportierte Dateien mit Scan Bereichen haben die Dateierweiterung exp 4 W hlen Sie die Datei mit den Scan Bereichen per Mausklick aus und klicken Sie anschlie end auf Open So entfernen Sie einen Scan Bereich Standardm ige Scan Bereiche 1 W hlen Sie Tools gt Scan Region Editor oder Scan Bereiche die aktuell in einem Scan Protokoll verwendet werden k nnen nicht gel scht werden Das Dialogfenster Scan Region Editor wird ge ffnet 2 W hlen Sie in der Liste Scan Region einen Scan Bereich aus den Sie entfernen m chten 3 Klicken Sie auf Remove SureScan System Benutzerhandbuch 57 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen Hinzuf gen eines Strichcodes Microarray Objekttr ger werden sowohl physisch als auch innerhalb des Scan Steuerungsprogramms anhand von Strichcodes identifiziert Zudem wird der Strichcode in den Metadaten der TIFF Bilddatei gespeichert und in Merkmalsextraktionsberichten angezeigt Standardm ig liest der Scanner den Strichcode eines Objekttr gers und zeigt diesen als Objekttr ger ID in der Scan Tabelle des Scan Steuerungsprogramms an Wenn Sie die Objekttr ger ID ndern k nnen Sie den Strichcode weiterhin auf dem Objekttr ger sehen indem Sie den Mauszeiger ber die Objekttr ger ID ziehen Der Strichcode wird in einer Kurzinfo angezeigt So f gen Sie einen Strichcode hinzu Um einen Strichcode hinzuzuf gen k nnen Sie einen
51. eine virtuelle Darstellung des Inhalts Ihrer Scannerkassette Sie wird verwendet um Scan Vorg nge einzurichten zu starten bzw zu beenden und ihren Fortschritt zu berwachen Zahlen links neben der Steckplatztabelle entsprechen der Steckplatz Statusanzeige auf der Kassette Die Farbe der Zahl ndert sich gem dem Status des Steckplatzes und des Scan Vorgangs wie in Tabelle 8 auf Seite 102 beschrieben Die Objekttr ger ID Slide ID dient zum Benennen der gescannten Bilddatei Nachdem Sie Objekttr ger in die Scannerkassette geladen und die Scannert r geschlossen haben liest das Programm das Strichcodeetikett der einzelnen Objekttr ger in der Kassette und zeigt die ID in dieser Spalte an Sie k nnen die Objekttr ger ID in einen beliebigen Text ndern der f r einen Dateinamen zul ssig ist Der Strichcode f r den Objekttr ger bleibt erhalten und wird angezeigt wenn Sie die Maus ber die Objekttr ger ID in der Scan Tabelle bewegen Zeigt den aktuellen Status des Steckplatzes an M gliche Statusangaben und die Farbe der Steckplatz Statusanzeige werden in der folgenden Tabelle angezeigt Tabelle 8 Steckplatz Statusangaben und Anzeigen Steckplatz Statusanzeige Status Bedeutung Aus Blinkt blau Blinkt blau Empty Kein Objekttr ger in der Kassette Present Objekttr ger ist in der Kassette enthalten Wenn der Strichcode erfolgreich gelesen wird wird er in der Objekttr ger ID angezeigt Der Objekttr ger
52. einen vollst ndig neuen Test durchf hren m chten wenden Sie sich an den Agilent Service f r vorbeugende Wartung und Scannerpr fung SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 Ist die n chste Kalibrierung auch nicht erfolgreich und werden die Warnungen erneut angezeigt wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter So setzen Sie Warnhinweise zur Kalibrierung zur ck e Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Reset Calibration Warnings eines Selbsttests 1 Klicken Sie in der Men leiste auf Tools gt Self Test Das Dialogfenster Self Test wird angezeigt 2 Klicken Sie auf Start Der Selbsttest untersucht verschiedene Scanneruntersysteme und pr ft auf Verhalten das nicht der Spezifikation entspricht Nach Abschluss des Selbsttests wird eine Zusammenfassung der Ergebnisse in Ihrem Webbrowser ge ffnet 63 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen Einrichten von Scannerstandards So legen Sie den standardm igen Ordner f r Scan Daten fest Der Ausgabeordner f r Scan Daten ist standardm ig D ScanData 64 Beim Speicherort handelt es sich um den standardm igen Ausgabeordner in dem die vom Scanner generierten Bilddateien abgelegt werden Diese Datei wird in der Steckplatztabelle standardm ig als Output Folder angezeigt Sie k nnen den Ausgabeordner f r einen Scan Vorgang manuell ndern bevor dieser der
53. em Benutzerhandbuch 109 6 110 Referenz Tabelle 10 Optionen im Kontextmen f r Protokollregister Men befehl Beschreibung Clear Copy Select all Auto Scroll L scht den Inhalt der Registerkarte Der Inhalt der Log Datei bleibt davon unber hrt Aktiv nachdem Sie die Maustaste gedr ckt und durch Ziehen einen Teil des Protokolls ausgew hlt haben Kopiert den ausgew hlten Bereich in die Zwischenablage Sie k nnen die Auswahl in einem Texteditor oder einem Programm Ihrer Wahl einf gen W hlt den gesamten Inhalt der Protokollregisterkarte aus Aktiviert bzw deaktiviert den automatischen Bildlauf innerhalb des Protokolls Ist der automatische Bildlauf aktiv f hrt das Programm automatisch einen Bildlauf zum Ende des Protokolls durch sobald eine neue Meldung angezeigt wird Ist der automatische Bildlauf deaktiviert wird kein Bildlauf im Fenster durchgef hrt wenn neue Meldungen auftreten Das Deaktivieren des automatischen Bildlaufs ist dann n tzlich wenn Sie das Protokoll lesen m chten w hrend der Scanner aktiv ist SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Referenz zu den Dialogfeldern des Scan Steuerungsprogramms Dieser Abschnitt enth lt Beschreibungen der Parameter die in den bei Verwendung des Scan Steuerungsprogramm angezeigten Dialogfeldern verf gbar sind Die Beschreibungen der Dialogfelder werden in alphabetischer Reihenfolge aufgef hrt Agilent Installationsqu
54. em weiterhin besteht kontaktieren Sie den technischen Agilent Support berpr fen Sie die Verkabelung mit dem lokalen Netzwerk Starten Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu Die Laserleistung wurde reduziert Die Ausgabe TIFF wurde kompensiert Der gr ne Laser k nnte demn chst ausfallen Zeigt an dass die PMT Kalibrierung erfolgreich abgeschlossen wurde aber einige der errechneten Werte unzureichend sind Low Level Fehler Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Low Level Fehler berpr fen Sie k rzlich aufgetretene Fehler und kontaktieren Sie den technischen Agilent Support berpr fen Sie die Bel ftungssteckpl tze berpr fen Sie die Bel ftungssteckpl tze berpr fen Sie die Bel ftungssteckpl tze Zeigt einen Fehler der PMT Kalibrierung an Falls das Problem weiterhin besteht wenden Sie sich an den Kundendienst Die Laserleistung wurde reduziert Die Ausgabe TIFF wurde kompensiert Der rote Laser k nnte demn chst ausfallen Zeigt Probleme bei der PMT Kalibrierung an Falls das Problem weiterhin besteht wenden Sie sich an den Kundendienst Verschiedene m gliche Ursachen Klicken Sie auf Tools gt Show Recent Errors um weitere Informationen zu erhalten Versuchen Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu zu starten Falls das Problem weiterhin besteht kontaktieren Sie den technischen Agilent Support 86 SureScan System Benutzerhandbuch Tabelle 4
55. en Im roten K stchen im oberen Teil des Dialogfensters wird der aktuell definierte Scan Bereich angezeigt 4 Klicken Sie auf Save Wurden keine Fehler gefunden ffnet sich der Scan Region Editor und der neue Bereich wird dort angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch 55 4 56 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen Bearbeiten eines vorhandenen Scan Bereichs f r Nicht Agilent Objekttr ger Sie k nnen nur die von Ihnen erstellten Scan Bereiche bearbeiten Die von Agilent bereitgestellten Bereiche k nnen nicht bearbeitet oder gel scht werden Beim Erstellen eines Scan Bereichs oder Verwenden von vorhandenen Scan Bereichen m ssen Sie sicherstellen dass der Abstand zwischen dem Scan Bereich und dem Strichcodeetikett mindestens 4 mm betr gt 1 Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Scan Region Editor Der Scan Region Editor wird ge ffnet W hlen Sie aus der Liste neben Scan Region den Scan Bereich aus den Sie ndern m chten Bei Bedarf k nnen Sie die Ma e f r den Bereich ndern Weitere Informationen zu den Einstellungen siehe Dialogfeld Scan Region Editor auf Seite 123 Klicken Sie auf Save um alle nderungen f r den ausgew hlten Scan Bereich zu speichern So exportieren Sie einen Scan Bereich 1 Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Scan Region Editor Der Scan Region Editor wird ge ffnet Kl
56. en verwendet werden Die Auswahl wird in Tabelle 12 gezeigt Tabelle 12 Auswahl f r Felder zur Dateibenennung Auswahl Beschreibung Das Feld ist im Bilddateinamen nicht enthalten lt keine gt Nimmt die Seriennummer des Scanners in den Bilddateinamen auf Instrument SN Slide ID Nimmt die Objekttr ger Identifikationsnummer Strichcode in den Bilddateinamen auf Nimmt das Datum und die Uhrzeit des Scan Vorgangs in den Bilddateinamen auf Scan DateTime Customize Erm glicht Ihnen die Eingabe benutzerdefinierter Informationen die in den Bilddateinamen einbezogen werden Doppelklicken Sie nach Auswahl von Customize auf Field X X steht hierbei f r die Feldnummer 1 2 oder 3 Geben Sie im daneben liegenden Feld die benutzerdefinierten Informationen ein die in den Dateinamen aufgenommen werden sollen Scan Dateien werden nach den folgenden Regeln benannt 121 6 122 Referenz Bei Standard Scan Vorg ngen verwendet das Scan Steuerungsprogramm bis zu drei benutzerdefinierte Namenspr fixe f r die Zusammenstellung des Dateinamens Diese Pr fixe werden im Scan Protokoll definiert Field1_Field2_Field3_ScanNumber tif F r XDR Scan Vorg nge wird dem Dateinamen ein zus tzliches Segment _H oder _L hinzugef gt um XDR Hi Bilder von XDR Lo Bildern zu unterscheiden Field1_Field2_Field3_ScanNumber_H tif Field1_Field2_Field3_ScanNumber_L tif ber das Scan Steuerungsprogramm wird die Scan N
57. enn Sie keine Lizenz f r hochaufl sendes Scannen besitzen stehen die Einstellungen f r 2 und 3 Mikrometer nicht zur Verf gung TIFF Dynamic Mit dieser Einstellung kann der dynamische Bereich auf 16 oder Range 20 Bit eingestellt werden F r den Scanner G4900DA wurde der dynamische Bereich des PMTs und der signalverarbeitenden Elektronik erweitert Durch die Auswahl der Option f r eine 20 Bit TIFF Datei erhalten Sie Zugriff auf diesen erweiterten Bereich Dies erm glicht die Quantifizierung von hohen und niedrigen Frequenzen in einem einzigen Scan Vorgang Wenn Sie keine Lizenz f r hochaufl sendes Scannen besitzen steht die 20 Bit Option nicht zur Verf gung Die Scan Steuerungssoftware erm glicht weiterhin konventionelles XDR 16 Bit Scannen wie nachfolgend beschrieben Bei Auswahl der 20 Bit Option ist keine XDR Option zul ssig wenn bereits eine XDR Option ausgew hlt ist wird diese automatisch zur ckgesetzt Tabelle 11 zeigt den Speicherplatz und die Scan Zeit f r einzelne und duale Scan Vorg nge f r die jeweilig gew hlte Aufl sung d h f r einen dynamischen TIFF Bereich mit 16 Bit oder mit 20 Bit Der Scan Bereich betr gt 61 mm x 21 6 mm Die Statusleiste unten im Scan Steuerungshauptfenster zeigt den gesch tzten Speicherplatz und die gesch tzte Laufzeit f r die aktuelle Objekttr gerwarteschlange SureScan System Benutzerhandbuch 117 6 Referenz Tabelle 11 Speicherplatz und Scan Zeit Aufl sung S
58. enn ein oder mehrere Scan Bereiche ausgew hlt sind ffnet dieser Befehl das Dialogfeld Save As In diesem Dialogfeld w hlen Sie einen Speicherort und einen Dateinamen f r die exportierte Datei mit den Scan Bereichen aus Schlie t das Dialogfeld Dialogfeld Input Barcode Barcode Set Close Barcode Abbildung 27 Dialogfeld Input Barcode Zweck Dient zur Eingabe eines Strichcodes f r einen Objekttr ger ohne Strichcode oder f r einen Objekttr ger dessen Strichcode vom Scanner nicht gelesen werden kann ffnen Klicken Sie im Scan Steuerungsprogramm auf Tools gt Input Barcode Geben Sie den Strichcode ber einen externen Strichcode Leser oder ber Ihre Tastatur ein Nachdem der Strichcode eingegeben und der Objekttr ger in Steckplatz 1 des Scanners geladen wurde k nnen Sie den Strichcode ber diese Taste dem Objekttr ger in Steckplatz 1 zuweisen Dient zum Schlie en des Dialogfelds SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Dialogfeld Scan Protocol Editor Dialogfeld Scan Protocol Editor Scan Protocol NewScanProtocol General Scan Settings Dye Channel s Scan Region Resolution Tiff Dynamic Range Red PMT Sensitivity Green PMT Sensitivity XDR Ratio Image Settings Transform Image Split Compress File Naming Settings Field 1 Field 2 Field 3 Red Green FullAgilentSlide 5 um 16 bit 100 100 lt NoX
59. er Konstruktions ID zugewiesene Scan Protokoll Dieses Scan Protokoll wird in der Steckplatztabelle automatisch zugewiesen sobald der Scanner einen Objekttr ger mit der verkn pften Konstruktions ID erkennt Ein Bereich in dem Sie Informationen ber das zugeordnete Scan Protokoll eingeben k nnen 129 6 Referenz Informationen ber das Hinzuf gen von Objekttr gern Sie k nnen dem SureScan Scanner selbst w hrend des Scan Vorgangs Objekttr ger hinzuf gen Beachten Sie beim Hinzuf gen von Objekttr gern zum Scanner die folgenden Richtlinien e Sie k nnen Objekttr ger in Haltern der Kassette auch w hrend des Scan Vorgangs hinzuf gen Solange ein Objekttr ger aktiv geladen oder entladen wird kann die T r nicht ge ffnet werden Warten Sie etwa 30 Sekunden bis der Lade bzw Entladevorgang abgeschlossen ist e Wenn die T r ge ffnet ist wartet der Scanner mit dem Auswerfen eines Objekttr gers der gerade gescannt wird Bleibt die T r ohne weitere Aktivit t f r 5 Minuten ge ffnet werden Sie in einer Meldung darauf hingewiesen dass die T r geschlossen wird Anschlie end schlie t sich die T r automatisch e Wenn Sie einen Objekttr ger in einen Steckplatz f r einen Objekttr ger legen der gerade gescannt wird ndert sich die Steckplatz Statusanzeige auf Rot und Sie werden in einer Meldung angewiesen den Objekttr ger zu entfernen e Wenn die T r beim Schlie en blockiert z B aufgrund eines ni
60. er werden in der Steckplatztabelle markiert W hlen Sie beim zuletzt ausgew hlten Objekttr ger die Zelle Scan Protocol oder Output Folder aus Die Auswahl wird auf alle markierten Objekttr ger angewandt Objekttr ger in der Warteschlange k nnen nicht ge ndert werden So f gen Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu 1 Klicken Sie in der Steckplatztabelle f r den Objekttr ger den Sie zur Warteschlange hinzuf gen m chten auf die Zelle State Klicken Sie auf Add to queue wenn sich keine anderen Objekttr ger in der Warteschlange befinden ODER Klicken Sie auf Add to queue first um den Objekttr ger am Anfang der Warteschlange hinzuzuf gen ODER Klicken Sie auf Add to queue last um den Objekttr ger am Ende der Warteschlange hinzuzuf gen So f gen Sie alle Objekttr ger zur Warteschlange hinzu 1 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf All to Queue Ein Best tigungsdialogfenster wird ge ffnet Klicken Sie auf Yes Alle Objekttr ger in der Steckplatztabelle mit dem Status Ready for queue werden in der Reihenfolge zur Warteschlange hinzugef gt in der sie in der Steckplatztabelle aufgef hrt sind SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden des Scan Steuerungsprogramms 3 So verschieben Sie Objekttr ger in der Warteschlange 1 Klicken Sie f r den Objekttr ger den Sie verschieben m chten in der Steckplatztabelle auf die Zelle State 2 Klicken Sie
61. erkmalsextraktionsprogramms vorliegen Wenn Sie Agilent CytoGenomics im automatischen Verarbeitungsmodus verwenden m chten w hlen Sie nicht Run Feature Extraction when scan is complete Das Agilent CytoGenomics Programm ist im SureScan System nicht enthalten 127 Referenz Inni P n Nac Dentn EVP alogTte gt ungs vVesi t o Frotocol Viani ARARUNA Design To Protocol Mapping Design ID Scan Protocol Description 17278 AgilentG3_CGH 26573 AgilentHD_CGH Abbildung 33 Dialogfeld Settings Registerkarte Design To Protocol Mapping Zweck Dient zum Zuweisen von Standard Scan Protokollen zu Konstruktions IDs von Microarray Objekttr gern Sobald der Scanner einen Objekttr ger erkennt dessen Konstruktion ein Scan Protokoll zugeordnet ist f gt das Programm automatisch das zugeordnete Scan Protokoll in der Steckplatztabelle ein ffnen Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramm auf Tools gt Settings und klicken Sie anschlie end auf Design To Protocol Mapping SureScan System Benutzerhandbuch Design ID Scan Protocol Description SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 F r Agilent Microarray Objekttr ger k nnen Sie die Konstruktions ID ber den Strichcode ermitteln Alle Strichcodes beginnen mit 25 die n chsten f nf Ziffern stehen f r die Konstruktions ID Beispiel Die Konstruktions ID f r den Strichcode 251727810298 lautet 17278 Das d
62. es Objekttr gers Nach dem Einsetzen liegt der Objekttr ger plan und den Ausrichtungspunkten am bjekttr gerhalter gem in seiner Position g Schlie en Sie die Objekttr gerabdeckung aus Kunststoff wobei Sie auf das Ende mit der Nase dr cken bis Sie ein Klicken h ren Siehe Abbildung 9 Abbildung 8 In Objekttr gerhalter eingelegter Objekttr ger 1us 4 T 7 Abbildung9 Objekttr gerhalter geschlossen mit Objekttr ger Anweisungen zum Entfernen der Objekttr ger siehe Schritt 7 Entfernen der Objekttr ger auf Seite 36 SureScan System Benutzerhandbuch 29 2 Erste Schritte Weitere Informationen zum Anbringen eines zweiten lesbaren Strichcodes erhalten Sie unter Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett auf Seite 136 VORSICHT Agilent Objekttr ger verf gen ber zwei Strichcodes einem auf jeder Seite des Glases Siehe Abbildung 10 Normalerweise verf gen Nicht Agilent Objekttr ger nur ber einen Strichcode Achten Sie sowohl bei Agilent als auch Nicht Agilent Objekttr gern darauf dass die aktive Microarray Seite des Objekttr gers zur Abdeckung des Halters hin weist Wenn sich die aktive Oberfl che eines Objekttr gers auf der dem Strichcode gegen berliegenden Seite befindet kann der Scanner den Strichcode nicht lesen Ein nicht ordnungsgem eingelegter Objekttr ger kann zu Besch digungen am SureScan Scanner f hren 30 Double barco
63. f r einen Objekttr ger hinzu 48 So f gen Sie einen Benutzernamen ein 49 SureScan System Benutzerhandbuch 4 SureScan System Benutzerhandbuch Inhalt Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 51 Erstellen und ndern von Scan Protokollen 52 So erstellen Sie ein Scan Protokoll 52 So ndern Sie ein vorhandenes Scan Protokoll 53 So exportieren Sie ein Scan Protokoll 53 So importieren Sie ein Scan Protokoll 54 So entfernen Sie ein Scan Protokoll 54 Erstellen und ndern von Scan Bereichen 55 So erstellen Sie einen Scan Bereich 55 Bearbeiten eines vorhandenen Scan Bereichs f r Nicht Agilent Objekttr ger 56 So exportieren Sie einen Scan Bereich 56 So importieren Sie einen Scan Bereich 57 So entfernen Sie einen Scan Bereich 57 Hinzuf gen eines Strichcodes 58 So f gen Sie einen Strichcode hinzu 58 Manuelles Anschalten von Lasern 60 So schalten Sie Laserein 60 Werkzeuge zur Fehlerbehebung 61 So zeigen Sie derzeit auftretende Fehleran 61 So zeigen Sie Log Dateienan 61 So erstellen Sie einen Snapshot des Ger testatus 62 So setzen Sie Warnhinweise zur Kalibrierung zur ck 62 Durchf hren eines Selbsttests 63 Einrichten von Scannerstandards 64 So legen Sie den standardm igen Ordner f r Scan Daten fest 64 So legen Sie die Laserschonerverz gerung fest 65 So legen Sie den Speicherort f r das Merkmalsextraktionsprogramm fest 65 Inhalt So legen Sie die Ausf hrung des Merkmalsextraktionsprogramm nach einem Scan Vorg
64. finden Sie im Lieferumfang von Agilent eine Wiederherstellungs CD mit der Sie die Festplatte erneut abbilden k nnen Dateispeicherorte Das SureScan System verwendet die folgenden Ordner Scan Steuerungsprogrammdateien Installationsordner C Program Files x86 Agilent ScanControl SureScan System Benutzerhandbuch 79 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Log Dateien C ProgramData Agilent MicroarrayScanner Logs Gescannte Bilddateien Standardordner oder gem Einstellung unter Scan Control Settings D ScanData Gescannte Bilddateien falls kein Netzwerkspeicherort gefunden wird Wenn der unter Tools gt Settings eingestellte Ordner Default Scan Data Folder nicht verf gbar ist f hrt das Programm folgende Aktionen aus Eintragen einer Fehlermeldung im Statusprotokoll e L schen des unter Tools gt Settings eingestellten Ordners Default Scan Data Folder Einstellen von Output Folder in der Steckplatztabelle auf C ProgramData Agilent MicroArrayScanner Temp 80 SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Fehlermeldungen des SureScan Systems SureScan System Benutzerhandbuch In diesem Abschnitt wird erl utert wie Sie mit vom System erzeugten Fehlermeldungen und Fehlerprotokollen umgehen Hardware berwachung Der SureScan Scanner berwacht kontinuierlich die Innentemperaturen und L ftergeschwindigkeiten sowie die Fehlerbedingungen bei
65. g darf sich der Objekttr ger nicht in der Scan Warteschlange befinden Weitere Informationen zu den in dieser Tabelle verf gbaren Einstellungen finden Sie unter Dialogfeld Scan Protocol Editor auf Seite 115 SureScan System Benutzerhandbuch 107 6 Referenz Scan Settings Image Settings Zeigt Scan Einstellungen aus dem zugewiesenen Scan Protokoll an Klicken Sie zum ndern einer Einstellung auf den Namen der Einstellung und w hlen Sie einen neuen Wert aus der Liste aus Weitere Informationen finden Sie unter Scan Settings auf Seite 116 Einige Datenanalyseprogramme verf gen ber spezielle Anforderungen f r Bilder In diesem Abschnitt k nnen Sie ndern wie das Bild aus dem Scan erstellt wird Weitere Informationen finden Sie unter Image Settings auf Seite 120 File Naming Zeigt eine Auswahl an wie das Programm Scan Dateien Settings benennt Weitere Informationen finden Sie unter File Naming Settings auf Seite 121 Scan In diesem Bereich k nnen Sie Informationen ber den Description Microarray Objekttr ger oder Scan eingeben Diese Informationen geh ren zu den Dateiinformationen die im Merkmalsextraktionsprogramm angezeigt werden k nnen User In diesem Bereich k nnen Sie Informationen ber den Bediener eingeben der die Microarray Scans eingerichtet und durchgef hrt hat Diese Informationen geh ren zu den Dateiinformationen die im Merkmalsextraktionsprogramm angezeigt werden k nnen P
66. gsprogramms berein Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Die Scan Steuerungssoftware kann aufgrund eines Firmwareproblems nicht mit dem Scanner kommunizieren und schaltet in den Offline Modus Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support 82 SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tabelle 3 Fehlermeldungen in Dialogfenstern continued Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme Check disk space failed Configuration items are missing from config files Cannot save Configuration items missing Error during shutdown Find log files failed Find recent errors failed Get About information failed Initialize logger failed Instrument is busy Please wait for the instrument to become idle Instrument self test failed Load application configuration failed Load instrument configuration failed Load scan configurations failed Load test script set failed Open Online Support website failed Tritt auf wenn Sie versuchen einen Scan Vorgang zur Warteschlange hinzuzuf gen aber nicht gen gend Speicherplatz f r den Abschluss des Scan Vorgangs vorhanden ist Bereinigen Sie Ihre Festplatte um ausreichend Speicherplatz zum Speichern der Scan Dateien bereitzustellen Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Ein Fehler ist
67. gssoftware 9 1 Benutzerhandbuch 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen Erstellen und ndern von Scan Protokollen 52 Erstellen und ndern von Scan Bereichen 55 Hinzuf gen eines Strichcodes 58 Manuelles Anschalten von Lasern 60 Werkzeuge zur Fehlerbehebung 61 Einrichten von Scannerstandards 64 Zuordnen von Scan Protokollen zu Konstruktionen 67 Das Men Tools im Scan Steuerungsprogramm bietet allgemeine Einstellungen und Funktionen die bei der Fehlerbehebung unterst tzen Mit Scan Steuerungswerkzeugen k nnen Sie Folgendes e Erstellen oder ndern der Scannerprotokolle e ndern des Scan Bereichs f r Objekttr ger e Eingeben von Strichcodes e Ein und Ausschalten von Lasern e Anzeigen von derzeit auftretenden Fehlern und Log Dateien e Erstellen einer Snapshot Datei des aktuellen Scannerstatus e Zur cksetzen von Warnhinweisen zur Kalibrierung e Durchf hren eines Selbsttests Festlegen allgemeiner Scannereinstellungen e Zuordnen von Protokollen zu Objekttr gerkonstruktionen In diesem Kapitel wird beschrieben wie die im Scan Steuerungsprogramm verf gbaren Werkzeuge verwendet werden SEE Agilent Technologies 51 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen Erstellen und ndern von Scan Protokollen Das Scan Steuerungsprogramm verf gt ber einen standardm igen Satz an Scan Protokollen die f r den Einsatz mit g ngigen Agilent Microarray Objekttr gerkonstruktionen konzipiert sind Siehe
68. h 71 5 72 Wartung und Fehlerbehebung im System berwachen Sie die Luftfeuchtigkeit Der SureScan Scanner reagiert empfindlich auf kondensierende Luftfeuchtigkeit Um eine optimale SureScan Scannerleistung sicherzustellen nehmen Sie den Scanner nur in Betrieb wenn die angegebenen Luftfeuchtigkeitsbereiche eingehalten werden Siehe SureScan Scanner Spezifikationen auf Seite 132 Vor dem ffnen der Verpackung ist eine 12 st ndige Temperaturanpassung vor Ort erforderlich Tipps zur Wartung der Hardwareleistung Vermeiden Sie es den SureScan Scanner umzustellen Wenn Sie den SureScan Scanner umstellen m ssen kann dies die Leistung nachhaltig beeintr chtigen Hilfreiche Informationen zum Umstellen des SureScan Scanners erhalten Sie von Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter Stellen Sie den SureScan Scanner auf einen stabilen Labortisch Vermeiden Sie es sich auf den SureScan Scanner zu st tzen Um die Lebensdauer der Laser zu verl ngern k nnen Sie die Laser so einrichten dass diese automatisch ein und ausgeschaltet werden Siehe So legen Sie die Laserschonerverz gerung fest auf Seite 65 Geben Sie dem Laser nach dem Einschalten die M glichkeit zum Aufw rmen und Stabilisieren Die normale Aufw rmphase betr gt weniger als f nf Minuten Verwenden Sie kein Aceton oder sonstige L sungsmittel zum Reinigen WARNUNG Entfernen Sie die Hauptabdeckung nicht Versuchen Sie nicht die inte
69. hten Sie darauf dass Sie bewegliche Teile in diesem Bereich nicht ber hren 16 SureScan System Benutzerhandbuch Einf hrung 1 Sicherheitsrichtlinien Der SureScan Scanner ist auf Sicherheit und Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet Lesen und beachten Sie vor der Inbetriebnahme des SureScan Scanners alle Warnungen und Hinweise WARNUNG Versuchen Sie nicht die internen Teile des SureScan Scanners zu reparieren oder auf diese zuzugreifen Andernfalls setzen Sie sich selbst Hochspannung und gef hrlicher Laserstrahlung aus Das Entfernen der Hauptabdeckung f hrt dazu dass die Garantie ung ltig wird WARNUNG Schlie en Sie den SureScan Scanner an eine geerdete Steckdose an Eine Schutzerdung ist f r die Sicherheit erforderlich VORSICHT Stellen Sie den Scanner auf einen stabilen Labortisch um die Vibration am Microarray zu minimieren die durch schnelles Scannen der Laseranregung ausgel st wird Stellen Sie den Scanner nicht in der N he von Laborausr stung auf die Vibrationen erzeugt Der SureScan Scanner reagiert empfindlich auf kondensierende Luftfeuchtigkeit Befolgen Sie die in der Produktdokumentation genannten Sicherheitsvorkehrungen Weitere Informationen erhalten Sie unter Tipps zur Vermeidung von Problemen auf Seite 71 in Kapitel 5 und Spezifikationen zur relativen Luftfeuchtigkeit finden Sie unter Seite 132 in Kapitel 6 SureScan System Benutzerhandbuch 17 In diesem Abschnitt werden
70. icken Sie auf Export Das Dialogfenster Export Scan Region wird ge ffnet 3 W hlen Sie per Mausklick einen Scan Bereich aus den Sie exportieren m chten ODER Halten Sie zur Auswahl nicht zusammenh ngender Scan Bereiche die Sie exportieren m chten die Strg Taste gedr ckt und klicken Sie auf weitere Scan Bereiche SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 ODER Klicken Sie zur Auswahl von zusammenh ngenden Scan Bereichen die exportiert werden sollen zun chst auf den ersten Scan Bereich halten dann die Umschalttaste gedr ckt und klicken anschlie end auf den letzten Scan Bereich der exportiert werden soll 4 Klicken Sie auf Export 5 Das Dialogfenster Save As wird ge ffnet 6 W hlen Sie den Speicherort aus an dem Sie die exportierte Datei f r den Scan Bereich speichern m chten 7 Geben Sie unter File name den Namen f r die exportierte Scan Bereich Datei ein 8 Klicken Sie auf Save So importieren Sie einen Scan Bereich Wenn ein Scan Bereich in der 1 Klicken Sie in der Men leiste des Datei denselben Namen wie ein Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Scan Region Editor vorhandener Scan Bereich aufweist wird dieser vom Programm nicht importiert Der Scan Region Editor wird ge ffnet 2 Klicken Sie auf Import Das Dialogfenster Open wird ge ffnet 3 Navigieren Sie zum Speicherort an dem sich die Datei mit den exportierten Bereichen b
71. icken Sie auf Open Door um die Scannert r zu ffnen Nehmen Sie die Halter aus der Scannerkassette Nehmen Sie die Objekttr ger aus den Haltern Klicken Sie auf Close Door Sie k nnen die Scannert r nicht manuell ffnen Verwenden Sie die Schaltfl che Open Door Close Door im Scan Steuerungsprogramm um die Scannert r zu ffnen bzw zu schlie en SureScan System Benutzerhandbuch Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf das rote X in der oberen rechten Ecke um das Programm zu schlie en Die Laser werden beim Schlie en des Programms automatisch ausgeschaltet Schalten Sie den SureScan Scanner ber den Ein Aus Schalter an der Vorderseite aus 39 2 Erste Schritte Schritt 7 Entfernen der Objekttr ger 40 SureScan System Benutzerhandbuch SureScan Microarray Scanner System Microarray Scan Steuerungssoftware 9 1 Benutzerhandbuch 3 Verwenden des Scan Steuerungsprogramms Verwenden der Steckplatztabelle 42 ndern von Scan Einstellungen f r Objekttr ger 47 Das Scan Steuerungsprogramm wird zur Steuerung aller Funktionen des SureScan Scanners verwendet einschlie lich der Konfiguration und nderung von Scan Einstellungen und Protokollen des Starten und Anhaltens von Scan Vorg ngen der berpr fung des Scan Status und der Fehlerbehebung In diesem Kapitel wird beschrieben wie Sie den Scanner mit dem Scan Steuerungsprogramm einrichten und in Betrieb nehmen Weitere Informationen
72. ie Softwareinstallation Die SureScan Systemarbeitsstation beinhaltet ein Installationsqualifizierungswerkzeug Verwenden Sie dieses Programm nach der Aktualisierung der Software um die korrekte Installation des Updates zu berpr fen 1 Klicken Sie auf Start gt Alle Programme gt Agilent Technologies gt Installation Qualification Tool 3 Ag ation Q X Show OK files in report yf Open report after qualification Products to be qualified O Agilent Microarray ScanControl Abbildung 16 Dialogfeld Agilent Installation Qualification Tool 2 Aktivieren Sie das Kontrollk stchen neben Agilent Microarray Scan Control 3 Klicken Sie unter Products to be qualified auf Qualify Die Installation wird berpr ft und ein Installationsqualifizierungsbericht wird erzeugt Wenn Sie Open report after qualification ausgew hlt haben wird der Installationsqualifizierungsbericht in Ihrem Webbrowser ge ffnet 4 Klicken Sie abschlie end auf die Schaltfl che zum Schlie en rechts oben im Programmdialogfeld 92 SureScan System Benutzerhandbuch SureScan Microarray Scanner System Microarray Scan Steuerungssoftware 9 1 Benutzerhandbuch 6 Referenz Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster 96 Referenz zu den Dialogfeldern des Scan Steuerungsprogramms 111 Informationen ber das Hinzuf gen von Objekttr gern 130 Durchf hren der Merkmalsextraktion bei gescannten Bildern 131 SureScan Scanner Spezifik
73. ilent Defined Locked TopLeft X TopLeft Y Width Height Save Save As Remove Import Export Close 124 General Ein von Agilent bereitgestelltes Protokoll Ist ein Protokoll gesperrt kann es nicht ge ndert werden Scan Region X Achsenwert f r die obere linke Ecke Geben Sie diesen Wert und den f r die Y Achse in mm ein um den Bereich auf dem Objekttr ger zu positionieren Y Achsenwert f r die obere linke Ecke Breite des Scan Bereichs gemessen vom X Achsenwert der oberen linken Ecke H he des Scan Bereichs gemessen vom Y Achsenwert der oberen linken Ecke Chip Package Ein Chip Paket beschreibt die maximale Gr e des Scan Bereichs f r Objekttr ger eines bestimmten Typs Dieser schreibgesch tzte Bereich zeigt den Standard Scan Bereich f r das ausgew hlte Chip Paket an Es gibt zwei Arten von Chip Paketen Full Agilent f r Agilent Objekttr ger mit Strichcodeetiketten und Full Standard f r Objekttr ger ohne Strichcodeetiketten Speichert die aktuellen Scan Bereichswerte im Scan Bereich des aktuellen Objekttr gers ffnet das Dialogfeld Save As New Name in dem Sie den aktuellen Scan Bereich unter einem neuen Namen speichern k nnen Entfernt den ausgew hlten Scan Bereich ffnet das Dialogfeld Open in dem Sie eine exportierte Scan Bereichsdatei f r den Import in das Programm ausw hlen ffnet das Dialogfeld Export Scan Region in dem Sie eine
74. ilent Technologies bestellt WARNUNG Ziehen Sie das Stromkabel immer ab bevor Sie die Sicherungen berpr fen oder austauschen SureScan System Benutzerhandbuch 77 5 78 Wartung und Fehlerbehebung im System VORSICHT berpr fen und Austauschen der Netzsicherungen Wenn Sie den SureScan Scanner nicht einschalten k nnen obwohl Spannung an der Steckdose nachgewiesen wurde sollten Sie die Sicherungen berpr fen und ggf austauschen 1 2 Ziehen Sie das Stromkabel ab Heben Sie mit einem kleinen Schlitzschraubendreher die kleine Plastiknase an der unteren Kante des Sicherungshalters an bis sie entriegelt ist Nehmen Sie den Sicherungshalter heraus und berpr fen Sie ob die Sicherungen intakt sind Ist eine Sicherung durchgebrannt tauschen Sie diese mit einer Sicherung vom Typ T4A 250 V Wechselstrom aus Teilenr 2110 1491 Dr cken Sie den Sicherungshalter zur ck bis er einrastet Schlie en Sie das Stromkabel an Als Ersatz d rfen nur Sicherungen vom selben Typ oder mit gleichem Nennstromwert verwendet werden Sind Sie sich bei den Sicherungen nicht sicher wenden Sie sich vor dem Einbau an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Netzsicherungsh alter Fehlerbehebung bei der Software Falls Ihr Computer abst rzt oder Sie das von Agilent mit dem Computer gelieferte Image der Festplatte neu laden m chten
75. inzugef gt Die folgende Tabelle enth lt Fehlermeldungen die im Statusprotokoll oder Scan Protokoll angezeigt werden Klicken Sie auf Tools gt Show Recent Errors um beim Auftreten eines Fehlers weitere Informationen zu erhalten Tabelle 4 Fehlermeldung in Protokollen Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme State Machine unknown error during state Activity EjectSlide failed Low Level Fehler Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Verschiedene m gliche Ursachen Versuchen Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu zu starten Falls das Problem weiterhin besteht kontaktieren Sie den technischen Agilent Support 84 SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tabelle 4 Fehlermeldung in Protokollen continued Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme Activity InitLoader failed Activity InitStages failed Activity LaserWarmup completed with warnings Activity LaserWarmup failed Activity LoadSlide failed AutoFocus hold percentage is more than warning limit Data system calibration completed with warnings Data system calibration failed Default scan data folder verification failed Eject failed unable to move slide into cassette Failed to create FE project file Failed to start FE application Fanspeed error detected Instrument operation halted Fanspeed warning cleared Instr
76. it dem Scanner 1 W hlen Sie Tools gt Scan Profile Editor bereitgestellten Standard Scan Protokolle k nnen nicht ge ndert werden Zum Speichern eines dieser Scan Protokolle m ssen Sie dieses 4 Klicken Sie auf Save zun chst unter einem anderen Namen speichern 2 W hlen Sie das vorhandene Protokoll das Sie ndern m chten ndern Sie im Dialogfenster Scan Protocol Editor eine oder mehrere Einstellungen So exportieren Sie ein Scan Protokoll Als Sicherung oder f r den Import in ein anderes SureScan System k nnen Sie ein oder mehrere Protokolle in eine Datei auf der Festplatte exportieren 1 W hlen Sie Tools gt Scan Profile Editor Das Dialogfenster Scan Protocol Editor wird ge ffnet 2 Klicken Sie auf Export Das Dialogfenster Export Scan Protocol wird ge ffnet Eine Liste mit Scan Protokollen im Programm wird angezeigt 3 Klicken Sie auf das Scan Protokoll das Sie exportieren m chten ODER Zur Auswahl einer Reihe an zusammenh ngenden Protokollen f r den Export w hlen Sie ein Scan Protokoll aus halten die Umschalttaste gedr ckt und klicken auf ein weiteres Scan Protokoll ODER Klicken Sie zur Auswahl auf ein Scan Protokoll halten Sie die Strg Taste gedr ckt und w hlen Sie weitere nicht zusammenh ngende Protokolle f r den Export aus 4 Klicken Sie auf Export Das Dialogfenster Save As wird ge ffnet 5 Navigieren Sie zu dem Ort an dem Sie die exportierte Datei mit den P
77. it ein Objekttr ger der Warteschlange hinzugef gt werden kann muss sein Status Ready for queue lauten 34 1 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf All to Queue um alle Objekttr ger in der Steckplatztabelle mit dem Status Ready for queue der Scan Warteschlange hinzuzuf gen Ein Best tigungsdialogfenster wird ge ffnet Klicken Sie auf Yes um die Objekttr ger der Warteschlange hinzuzuf gen ODER Klicken Sie in der Steckplatztabelle des Scan Steuerungsprogramms f r den ersten zu scannenden Objekttr ger auf die Zelle State und klicken Sie auf Add to Queue SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 2 F r jeden zus tzlichen Objekttr ger den Sie scannen m chten e Klicken Sie auf die Zelle State und w hlen Sie Add to queue first um den Objekttr ger am Anfang der Scan Warteschlange hinzuzuf gen oder e Klicken Sie auf die Zelle State und w hlen Sie Add to queue last um den Objekttr ger am Ende der Scan Warteschlange hinzuzuf gen Sobald ein Objekttr ger der Warteschlange hinzugef gt wird gibt sein State Status an dass er sich in der Warteschlange befindet sowie die Position an der er sich befindet In Warteschlange 1 In Warteschlange 2 z B Die Statusanzeige wechselt zu permanentem Blau Schritt 6 Scannen der Objekttr ger Ein Scan Vorgang bezeichnet das Erzeugen eines Abbilds der Proben auf einem einzigen Objekttr ger SureScan System Benu
78. itt 1 Einschalten des SureScan Scanners und Starten des Scan Steuerungsprogramms 24 Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in dieHalter 27 Schritt 3 Laden des Halters in die Kassette 31 SureScan System Benutzerhandbuch Inhalt Schritt 4 Festlegen oder ndern von Einstellungen des Scan Protokolls 34 Schritt 5 Hinzuf gen von Objekttr gern zur Scan Warteschlange 34 Schritt 6 Scannen der Objekttr ger 35 Schritt 7 Entfernen der Objekttr ger 36 Informationen zu Scan Protokollen 37 Offline Modus 38 Ausschalten des SureScan Scanners 39 Verwenden des Scan Steuerungsprogramms 41 Verwenden der Steckplatztabelle 42 So ndern Sie eine Objekttr ger ID 42 So erstellen oder ndern Sie Scan Protokolle 43 So ndern Sie den Ausgabeordner f r Scan Vorg nge 43 So w hlen Sie mehrere Objekttr geraus 43 So f gen Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu 44 So f gen Sie alle Objekttr ger zur Warteschlange hinzu 44 So verschieben Sie Objekttr ger in der Warteschlange 45 So entfernen Sie einen Objekttr ger aus der Scan Warteschlange 45 So entfernen Sie alle Objekttr ger aus der Scan Warteschlange 45 So ffnen Sie die Scannert r 46 So schlie en Sie die Scannert r 46 So starten Sie einen Scan Vorgang 46 ndern von Scan Einstellungen f r Objekttr ger 47 So ndern Sie Einstellungen f r einzelne Objekttr ger 47 So ndern Sie Einstellungen f r mehrere Objekttr ger 48 So f gen Sie eine Beschreibung
79. llen dass Sie den Objekttr ger richtig ausgerichtet haben wenn Sie ihn in den Halter einsetzen Dr cken Sie das mit der Nase versehene Ende der klaren Kunststoffabdeckung sanft nach unten und ziehen Sie es zum Offnen nach oben Abbildung 6 ffnen des Objekttr gerhalters 27 2 Erste Schritte pumin Objekttr gerauflage Abbildung 7 Einlegen des Objekttr gers in den Objekttr gerhalter 3 Legen Sie den Objekttr ger wie folgt in den Objekttr gerhalter a b 9 Halten Sie den Objekttr ger am Strichcodeende Achten Sie darauf dass die aktive Microarray Oberfl che nach oben gerichtet ist gegen die Objekttr gerabdeckung und der Strichcode sich an der linken Seite befindet Platzieren Sie das Ende des Objekttr gers an dem sich der Strichcode nicht befindet vorsichtig auf der Objekttr gerauflage Siehe Abbildung 7 Senken Sie den Objekttr ger behutsam in den Objekttr gerhalter ab Siehe Abbildung 8 Schlie en Sie die Objekttr gerabdeckung aus Kunststoff wobei Sie auf das Ende mit der Nase dr cken bis Sie ein Klicken h ren So wird der Objekttr ger im Halter in die richtige Position gebracht SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter f Dr cken Sie das mit der Nase versehene Ende der klaren Kunststoffabdeckung sanft nach unten ziehen Sie es zum erneuten ffnen nach oben und berzeugen Sie sich von der richtigen Positionierung d
80. lusst Wenn der Scanner beim Einschalten 24 Objekttr ger geladen hat misslingt die Initialisierung weil er den Objekttr ger Auswurfzyklus nicht ausf hren kann SureScan System Benutzerhandbuch e Das Scan System wird initialisiert und das Datenerfassungssystem kalibriert Nach der Initialisierungssequenz wird die Schaltfl che Open Door aktiviert und Sie k nnen Objekttr ger laden Weitere Informationen zum Fenster des Scan Steuerungsprogramms siehe Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster auf Seite 96 25 2 Erste Schritte Schritt 1 Einschalten des SureScan Scanners und Starten des Scan Steuerungsprogramms Scan Protocol Output Fold can Protoco utput Folder Fre Dye Channel s L Scan Region Resolution Tiff Dynamic Range Red PMT Sensitivity Green PMT Sensitivity XDR Ratio Image Settings Transform Image Split Compress File Naming Settings l Field1 l Field2 l Field 3 Open Door Description Scan Log Cuiiviuvinyg avu Calibrating PMT Calibrating PMT Initializing loader Reading barcodes Warming up lasers Warming up lasers Remaining scan time 0 min Disk space required 0 KB Abbildung 5 Fenster des Agilent Microarray Scan Steuerungsprogramms bereit zum Hinzuf gen von Objekttr gern Der Status des Scanners wird in der unteren rechten Ecke des Scan Steuerungsfensters in der Statusleiste angezeigt Initialize Der Scanner wird initialisiert Nach der
81. n oder mehrere Scan Bereiche f r den Export ausw hlen k nnen Schlie t das Dialogfeld SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Dialogfeld Self Test Self test will take up to 15 minutes to complete Click Stop to interrupt testing The instrument will reinitialize when this window is closed z Load test scripts Scripts root folder Built in Scripts zer Progress Abbildung 31 Dialogfeld Self Test Zweck Untersucht verschiedene Scanneruntersysteme und pr ft auf Verhalten das nicht der Spezifikation entspricht Nach Abschluss des Selbsttests wird eine Zusammenfassung der Ergebnisse in Ihrem Webbrowser ge ffnet Die Testergebnisse werden au erdem im Ordner C ProgramData Agilent MicroArrayScanner SelfTestReport gespeichert ffnen Start Stop Startet oder beendet den Selbsttest Show Last Wenn mehrere Selbsttests ausgef hrt wurden ohne dieses Results Dialogfeld zu schlie en ffnet dieser Befehl die Ergebnisse in Ihrem Webbrowser Close Schlie t das Dialogfeld Self Test und initialisiert den Scanner neu SureScan System Benutzerhandbuch 125 6 Referenz Dialogfeld Settings General Settings Dialogfeld Settings General Settings General Setting WET Laser Saver Delay Default Scan Data Folder Location of Feature Extraction executable Run Feature Extraction after scan is comple No X Abbildung 32 Dialogfeld Settings
82. n Sie das Scan Steuerungsprogramm neu 4 L st Schritt 3 das Problem nicht wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter 87 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Verwenden der Diagnoseanzeige Die Diagnoseanzeige des SureScan Scanners wird f r erweiterte Aufgaben zur Fehlerbehebung verwendet Die Anzeige befindet sich auf der Vorderseite des Ger ts hinter der oberen Frontabdeckung Zum ffnen der Abdeckung fassen Sie die Griffpunkte an den Seiten der Abdeckung und ziehen die Abdeckung nach vorne Sie sehen die Diagnoseanzeige und einen 4 Vierwege Steuerungsschalter Bet tigen Sie den Schalter der Diagnoseanzeige nach Anweisung des technischen Agilent Supports Griffpunkte Abbildung 14 Position der Diagnoseanzeige 88 SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Der Steuerungsschalter der Diagnoseanzeige hat die folgenden Funktionen e Bevor das Scan Steuerungsprogramm eine Verbindung zum Ger t aufbaut wird in der Anzeige die IP Adresse des Scanners angezeigt Wird die IP Adresse nicht angezeigt wird die Firmware nicht ausgef hrt e Schalten Sie den Schalter nach oben um durch das Men zu bl ttern Hierbei bestehen folgende M glichkeiten e Mit der ersten Option k nnen Sie die IP Adresse auf die Werkseinstellung zur cksetzen 10 0 0 2 e Mit der zweiten Option starten Sie die Firmware neu Die Firmware wird auch durch Aus und wieder Einschalten des Ger
83. n Strichcode hinzuzuf gen Wenn Sie fertig sind klicken Sie auf Close 59 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen Manuelles Anschalten von Lasern 60 Die Laser werden automatisch eingeschaltet wenn Sie das Scan Steuerungsprogramm starten oder wenn Sie Objekttr ger aus der Warteschlange hinzuf gen Basierend auf den Laser Saver Delay Einstellungen werden sie automatisch ausgeschaltet Siehe So legen Sie die Laserschonerverz gerung fest auf Seite 65 Dieser Abschnitt beschreibt wie Sie Laser manuell einschalten Wenn die Laser eingeschaltet sind dauert es bis zu 5 Minuten bis diese aufgew rmt sind und das Ger t zum Scannen bereit ist So schalten Sie Laser ein e Klicken Sie im Scan Steuerungsprogrammfenster auf Tools gt Switch on Lasers Die Laser werden eingeschaltet Im Statusprotokoll wird Warming up lasers und auf der Statusleiste Warming up angezeigt Wenn die Laser aufgew rmt sind wird auf der Statusleiste Ready angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 Werkzeuge zur Fehlerbehebung Zur Unterst tzung bei der Fehlerbehebung k nnen Sie derzeit auftretende Fehler oder offene Log Dateien anzeigen die f r den Scanner erzeugt wurden Zudem k nnen Sie eine Datei erstellen die einen Snapshot des aktuellen Ger testatus enth lt Die in diesem Abschnitt beschriebenen Werkzeuge zur Fehlerbehebung werden in der Regel
84. n einen beliebigen Objekttr ger in der in der offenen Steckplatz ein Die Objekttr gerkassette ist deutlich Warteschlange festgelegten mit den Steckplatznummern beschriftet Versuchen Sie nicht Reihenfolge Der Scanner den Objekttr gerhalter in die Kassette zu zw ngen er l sst berspringt ggf sich m helos einsetzen wenn er richtig ausgerichtet ist d h leere Steckpl tze Siehe So f gen wenn der Griffpunkt oben ist und der Pfeil nach links weist Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu auf Seite 44 Abbildung 12 Einsetzen des Objekttr gerhalters in die Kassette 3 Stellen Sie sicher dass der Halter fest am Boden des Kassettensteckplatzes sitzt Die Steckplatznummer des geladenen Objekttr gers blinkt blau 4 Wiederholen Sie die Schritte 1 bis 3 bis alle Objekttr gerhalter in die Kassette geladen sind 32 SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Die Objekttr gernummern neben der Kassette und in der Steckplatztabelle des Scan Steuerungsprogrammfensters wechseln die Farbe um den Status des Steckplatzes anzuzeigen Weitere Informationen finden Sie unter Tabelle 8 auf Seite 102 VORSICHT Eine unsachgem e Platzierung des Halters in der Kassette kann zu schweren Besch digungen am SureScan Scanner f hren 5 Klicken Sie im Scan Steuerungsprogramm auf Close Door Daraufhin geschieht Folgendes e Die Scannert r schlie t sich e Der Scanner liest den Strichcode f r jeden Objekttr ger
85. ngen Sie ndern m chten wenn sich dieser nicht in der 2 Scan Warteschlange befindet Siehe So entfernen Sie einen Objekttr ger aus der 3 Klicken Sie nach dem Eingeben der Beschreibung auf die Scan Warteschlange auf Seite 45 Zelle State und f gen Sie den Objekttr ger zur Warteschlange hinzu Siehe So f gen Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu auf Seite 44 Geben Sie im Bereich Scan Description die Informationen ber den Objekttr ger und Scan Vorgang wie gew nscht ein 48 SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden des Scan Steuerungsprogramms 3 So f gen Sie einen Benutzernamen ein Sie k nnen den Benutzernamen f r 1 W hlen Sie in der Steckplatztabelle den Objekttr ger aus einen Objekttr ger nur ndern dessen Einstellungen Sie ndern m chten wenn sich dieser nicht in der Scan Warteschlange befindet i Siehe So entfernen Sie einen 3 Klicken Sie nach dem Eingeben des Benutzers auf die Zelle Objekttr ger aus der State und f gen Sie den Objekttr ger zur Warteschlange Scan Warteschlange auf Seite 45 hinzu Siehe So f gen Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu auf Seite 44 2 Geben Sie im Bereich User die Benutzerinformationen ein SureScan System Benutzerhandbuch 49 3 _ Verwenden des Scan Steuerungsprogramms So f gen Sie einen Benutzernamen ein 50 SureScan System Benutzerhandbuch SureScan Microarray Scanner System Microarray Scan Steuerun
86. ngsprogramm erm glicht die Auswahl des Farbstoffkanals Fluoreszenz des Scan Bereichs der Aufl sung des dynamischen Bereichs der PMT Verst rkung und des Ausgabeordners f r jeden Objekttr ger in der Kassette Diese Einstellungen k nnen automatisch ber gespeicherte anwendungsspezifische Protokolle geladen oder manuell in der Steckplatztabelle konfiguriert werden 1 14 Einf hrung Teileliste Das SureScan Microarray Scannersystem G4900DA besteht aus folgenden Komponenten e SureScan Scanner G2600D mit integrierter Kassette f r 24 Objekttr ger e 24 Halter f r Objekttr ger e Computer Arbeitsstation mit Wiederherstellungssoftware auf CD e Stromkabel und Netzwerkkabel e Installierte Agilent Microarray Scan Steuerungssoftware e Installierte Agilent Merkmalsextraktionssoftware e Installierte Software f r das Agilent Installationsqualifizierungswerkzeug e Konformit tserkl rung Microarray Scan Steuerungssoftware 9 1 ist f r die Verwendung mit Agilent Merkmalsextraktionssoftware 10 7 3 und h her konzipiert PC Systemanforderungen Im Lieferumfang des SureScan Systems ist ein Computer enthalten der nachfolgenden Anforderungen entspricht oder diese bertrifft Agilent Technologies bietet ausschlie lich Unterst tzung f r Computer die mit dem SureScan System geliefert werden Software e Windows 7 Professional 64 Bit Betriebssystem Hardware Intel Core 2 Duo E8500 3 16 GHz oder gleichwertig e
87. nktion des Scanners nicht beeintr chtigt wird Eine Minimierung des Scan Bereichs verringert au erdem die Scan Zeit und spart Speicherplatz Agilent stellt einen Scan Bereich zur Verf gung der den Anforderungen aller Agilent High Density und G3 Objekttr ger entspricht und einen weiteren der den Anforderungen f r Scan Vorg nge von ganzen Objekttr gern der Gr e 76 mm x 26 mm ohne Strichcodeetikett entspricht F r Nicht Agilent Objekttr ger m ssen ggf kundenspezifische Scan Bereiche verwendet werden die die Anforderungen des Druckbereichs besser erf llen Siehe Erstellen und ndern von Scan Bereichen auf Seite 55 Die Scan Aufl sung Pixelgr e kann auf 2 3 5 oder 10 Mikrometer festgelegt werden F r Scan Vorg nge mit 10 Mikrometern stellt jede Reihe von Pixeln im TIFF Bild den Durchschnittswert zweier Scan Linien dar eine f r jede Richtung F r Scan Vorg nge mit 5 3 und 2 Mikrometern k nnen duale Scan Vorg nge zum Ermitteln dieses Durchschnittswerts gew hlt oder nur eine Scan Linie pro Bildreihe erfasst werden SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 F r alle Scan Aufl sungen steht ein Scan Modus mit hoher Empfindlichkeit zur Verf gung Der Hochempfindlichkeitsmodus bietet hnliche Empfindlichkeit wie duale Scan Vorg nge allerdings mit um 25 reduzierten Scan Zeiten Der Hochempfindlichkeitsmodus kann im Pulldownmen Resolution des Scan Protocol Editors ausgew hlt werden W
88. nnerabdeckungen 72 F FAQs h ufig gestellte Fragen 75 SureScan System Benutzerhandbuch Farbstoffkanal Einstellung 114 Fehlerbehebung Anzeige 76 Austauschen der Sicherungen 77 Fehlermeldungen 81 to 87 Hardware 76 Technischer Support 73 Fehlermeldungen 81 nicht in der Tabelle aufgef hrt 87 Tabelle in alphabetischer Reihenfolge 82 wo und wann sie angezeigt werden 81 Firmware Update 91 Fluoreszenzdetektion 19 Funktionsweise 18 G Glasobjekttr ger Spezifikationen 133 H H ufig gestellte Fragen FAQs 75 Im 75 Inbetriebnahme des Scanners 24 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen Betriebsger usch 137 elektromagnetische St rungen 137 Recycling und Entsorgung 137 Initialisierungsprozess 26 Installationsqualifizierungswerkzeug 92 K Karussell Laden der Halter in 31 Kontextmen f r Protokollregister 107 L Laser automatisches Ausschalten 39 Laseranregung 18 Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 22 Lizenzierung 22 hochaufl sendes Scannen 22 Luftfeuchtigkeit 72 M Merkmalsextraktion 20 129 Netzlaufwerk 75 103 Netzsicherungen 78 Nicht Agilent Objekttr ger Erstellen des Scan Bereichs 55 0 Objekttr ger Einlegen in die Halter 27 Entfernen 36 Scannen 35 Spezifikationen 133 Objekttr gerspezifikationen Glasobjekttr ger 133 Scan Ma e 133 Open Door 104 P Positionierung der Objekttr ger 18 Recycling und Entsorgung 137 R
89. odes beginnen mit 25 die n chsten f nf Ziffern stehen f r die Konstruktions ID Beispiel Die Konstruktions ID f r den Strichcode 251727810298 lautet 17278 W hlen Sie unter Scan Protocol das Scan Protokoll aus das Sie f r Objekttr ger f r die ausgew hlte Konstruktion verwenden m chten Optional Geben Sie bei Bedarf unter Description Informationen zum Protokoll oder zur Konstruktion ein Klicken Sie auf Save Jedes Mal wenn Sie einen Objekttr ger hinzuf gen der mit einer zugeordneten Konstruktion erstellt wurde nutzt das Programm automatisch das ausgew hlte Scan Protokoll in der Steckplatztabelle 67 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen So ordnen Sie einer Objekttr gerkonstruktion ein Scan Protokoll zu 68 SureScan System Benutzerhandbuch SureScan Microarray Scanner System Microarray Scan Steuerungssoftware 9 1 Benutzerhandbuch 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Wartung Ihres Systems 70 Regelm ige Softwarewartung 70 Regelm ige Hardwarewartung 70 Tipps zur Vermeidung von Problemen 71 Fehlerbehebung in Ihrem System 73 Technischer Support 73 H ufig gestellte Fragen FAQs 75 Fehlerbehebung bei der Hardware 76 Fehlerbehebung bei der Software 79 Fehlermeldungen des SureScan Systems 81 Aktualisieren der Scannerfirmware und des Scan Steuerungsprogramms 90 So pr fen Sie ob ein Update verf gbar ist 90 So aktualisieren Sie das Scan Steuerungsprogramm und die Firmware 91
90. organg nach einem Hinweis mit der berschrift VORSICHT nicht fort wenn Sie die darin aufgef hrten Hinweise nicht vollst ndig verstanden haben und einhalten k nnen Ein WARNUNG Hinweis weist auf eine Gefahr hin Es wird auf einen Betriebsablauf ein Vorgehen o aufmerksam gemacht die bei falscher Ausf hrung zu Personensch den u U mit Todesfolge f hren k nnen Wenn eine Prozedur mit dem Hinweis WARNUNG gekennzeichnet ist d rfen Sie erst fortfahren wenn Sie alle aufgef hrten Bedingungen verstanden haben und diese erf llt sind SureScan System Benutzerhandbuch In diesem Handbuch SureScan System Benutzerhandbuch Dieses Handbuch enth lt Anweisungen f r die ersten Schritte den Gebrauch die Behebung von Problemen und die Wartung Ihres Agilent SureScan Microarray Scannersystems Das SureScan System besteht aus dem Agilent SureScan Microarray Scanner und der Computer Arbeitsstation sowie aus Steuerungs und Analyseprogrammen Einf hrung In diesem Kapitel werden der Microarray Scanner und die notwendigen Ma nahmen vor seinem Betrieb beschrieben Erste Schritte In diesem Kapitel erhalten Sie Anweisungen f r den sicheren Betrieb des SureScan Scanners sowie f r die Einrichtung und das Scannen von Objekttr gern mit dem Agilent Microarray Scan Steuerungsprogramm Verwenden des Scan Steuerungsprogramms In diesem Kapitel wird beschrieben wie Sie den Scanner mit dem Scan Steuerungsprogramm ein
91. peicherplatz Speicherplatz Scan Zeit MB 16 Bit MB 20 Bit min Einzeldurchgang mit2 1300 1600 24 Mikrometern Einzeldurchgang mit3 620 760 16 Mikrometern Einzeldurchgang mit5 200 300 10 Mikrometern Einzeldurchgang mit 10 52 115 10 Mikrometern Dualer Durchgang mit2 1300 1600 46 Mikrometern Dualer Durchgang mit3 620 760 31 Mikrometern Dualer Durchgang mit5 200 300 19 Mikrometern Hohe Empfindlichkeit 1300 1600 36 mit 2 Mikrometern Hohe Empfindlichkeit 620 760 24 mit 3 Mikrometern Hohe Empfindlichkeit 200 300 15 mit 5 Mikrometern Hohe Empfindlichkeit 52 115 15 mit 10 Mikrometern Duale Scan Vorg nge erfordern nicht mehr Speicherplatz als einzelne Scan Vorg nge aber dauern doppelt so lange 118 SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Red PMT ber diese Einstellungen kann der Empfindlichkeitsgrad der Sensitivity PMTs des roten und gr nen Kanals eingestellt werden Der PMT und ermittelt die von dem Microarray abgesonderte Fluoreszenz Green PMT Sensitivity Das Standardausgangssignal 100 setzt die Verst rkung auf das werkseitig kalibrierte Signal diese Einstellung wird f r Agilent Microarrays empfohlen Die jeweiligen Farbkanaleinstellungen k nnen voneinander unabh ngig auf bis zu 1 reduziert werden Ist ein Microarray so hell dass das obere Ende des Ausgangssignals ges ttigt ist kann die PMT Empfindlichkeit auf einen Empfindlichkeitsbereich heruntergesetzt werden der ein Le
92. programm ordnungsgem eingerichtet ist Diese Meldung zeigt an dass das Programm die Merkmalsextraktionsanwendung nicht starten konnte berpr fen Sie ob das Merkmalsextraktionsprogramm ordnungsgem installiert ist Hardwareproblem kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Hardwareproblem kontaktieren Sie den technischen Agilent Support SureScan System Benutzerhandbuch 85 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Tabelle 4 Fehlermeldung in Protokollen continued Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme Fanspeed warning detected Instrument operation suspended Find focus failed General communication failure Green Laser power is not setto calibrated value Green PMT calibration completed with warnings Hardware error detected in subsystem CY lnstrument operation halted Hardware warning detected in subsystem Instrument operation suspended High temperature error detected Instrument operation halted High temperature warning cleared Instrument operation resuming High temperature warning detected Instrument operation suspended PMT calibration failed Red Laser power is not set to calibrated value Red PMT calibration completed with warnings Scan slide failed Hardwareproblem kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Verschiedene m gliche Ursachen Versuchen Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu zu starten Falls das Probl
93. ptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Help gt Scanner Home Page Die Webseite Agilent Technologies Genomics High Resolution Scanner Overview wird ge ffnet 2 Klicken Sie auf der Webseite auf Download Software 3 Folgen Sie den Anweisungen und lesen Sie die Versions und Installationshinweise 4 Klicken Sie auf Download Software um das Softwareinstallationsprogramm herunterzuladen und dieses auf Ihrem Computer zu speichern 5 Starten Sie das Softwareinstallationsprogramm und folgen Sie den Anweisungen zur Installation der Software bernehmen Sie die Standardeinstellungen Die Vorg ngerversion der Software muss nicht deinstalliert werden Software Updates berschreiben nicht die Scan Bereiche Protokolle oder die Kalibrierung des Ger ts 6 Wenn die Installation der Software abgeschlossen ist starten Sie das Scan Steuerungsprogramm 7 Sollte ein Firmware Update erforderlich sein wird eine Mitteilung angezeigt und das Scan Steuerungsprogramm wechselt in den Offline Modus 8 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm 9 Schalten Sie den Scanner aus 10 Warten Sie zehn Sekunden und schalten Sie dann den Scanner wieder ein 11 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm Das Scan Steuerungsprogramm und die Scannerfirmware sind nun aktualisiert Bei Problemen kontaktieren Sie den technischen Agilent Support SureScan System Benutzerhandbuch 91 5 Wartung und Fehlerbehebung im System So berpr fen Sie d
94. ragen FAQs Tabelle 1 FAQs Im Folgenden werden h ufig gestellte Fragen FAQs aufgef hrt die Ihnen beim Betrieb und der Wartung des SureScan Systems sowie bei der Behebung von m glichen Fehlern als Hilfe dienen k nnen FAQ Antwort Ich m chte den SureScan Scanner umstellen Kann ich Dateien w hrend des Scannens ber das Netzwerk sichern Wo finde ich Supportinformationen f r meine Computer Arbeitsstation wie z B Treiber Handb cher und L sungen zur Fehlerbehebung Kann ich die T r des Scanners manuell ffnen Der SureScan Scanner ist eingeschaltet und das Scan Steuerungsprogramm ist ge ffnet aber der Scanner scannt nicht Ich m chte einen Objekttr ger aus dem Scanner entfernen das Scan Steuerungsprogramm hindert mich jedoch daran die T r zu ffnen Ein Umstellen kann die Scannerleistung nachhaltig beeintr chtigen Hilfreiche Informationen zum Umstellen und zur Sicherstellung des ordnungsgem en Betriebs des Microarray Scanners erhalten Sie von Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter Agilent empfiehlt dass Sie Ihre Datendateien direkt auf die lokale Festplatte speichern Sie k nnen Datendateien auch in einem Netzwerkordner speichern Wird w hrend des Scannens ein Problem beim Netzwerkzugriff festgestellt werden die Daten in einem tempor ren lokalen Ordner gespeichert und ein Warnhinweis wird im Scan Protokoll angezeigt Weitere Informationen zu Problemen mit der Computer Arbeit
95. reScan Scanner in Ihrem Webbrowser SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 e Tabelle 7 Befehle im Scan Steuerungsmen Help continued Element Beschreibung Online Support About Agilent Scan Control ffnet die Webseite des technischen Supports von Agilent Technologies auf der Sie Supportinformationen f r Ihren Scanner finden Zeigt Versionsinformationen f r das Scan Steuerungsprogramm sowie die Seriennummer und das Modell Ihres Scanners an Steckplatztabelle Slide ID 251727810267 g 252657310248 251727810212 251727810296 252657310211 251727810231 252657310233 251727810236 251727810298 251727810268 252657310249 251727810213 In queue 1 In queue 2 In queue 3 In queue 4 In queue 5 In queue 6 In queue 7 In queue 8 In queue 9 In queue 10 In queue 11 Scan Protocol Output Folder Scanning 10 AgilentG3_CGH AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentG3_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData CAScanData Empty Queue Open Door Stop Scan Abbildung 20 Steckplatztabelle des Scan Steuerungsprogramms SureScan System Benutzerhandbuch 101 6 Referenz Steckplatz Stat usanzeige Slide ID State Bei der Steckplatztabelle handelt es sich um
96. richten und in Betrieb nehmen Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen In diesem Kapitel lernen Sie wie Sie Befehle im Men der Scan Steuerungswerkzeuge verwenden Es wird ebenfalls beschrieben wie Sie Scan Protokolle und Scan Bereiche einrichten Log Dateien anzeigen und Standardeinstellungen f r das Programm ausw hlen Wartung und Fehlerbehebung im System Dieses Kapitel beschreibt Wartungsverfahren und tipps sowie Fehlermeldungen f r die Behebung von Fehlern in Ihrem System Referenz In diesem Kapitel werden die Fenster und Dialogfelder des Scan Steuerungsprogramms beschrieben Au erdem enth lt es Spezifikationen f r den Scanner und die Objekttr ger sowie Informationen zur Einhaltung rechtlicher Bestimmungen SureScan System Benutzerhandbuch Inhalt 1 Einf hrung 11 Ein leistungsstarkes Ger t f r Microarray Analysen 12 Systembeschreibung 13 Hardware und Softwarefunktionen 13 Teileliste 14 PC Systemanforderungen 14 Physische Beschreibung des Scanners 15 Vorbereiten des Ger testandorts 16 Sicherheitssymbole auf dem Scanner 16 Sicherheitsrichtliniien 17 Arbeitsweise 18 Positionierung der Objekttr ger 18 Laseranregung 18 Scannen 18 Fluoreszenzdetektion 19 Auf der Computer Arbeitsstation installierte Software 20 2 Erste Schritte 21 Lizenzierung 22 Einl sen der Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 22 Installieren Ihrer Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 23 Inbetriebnahme des Scanners 24 Schr
97. rnen Komponenten zu reparieren oder auf diese zuzugreifen Andernfalls setzen Sie sich selbst Hochspannung und gef hrlicher Laserstrahlung aus SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Fehlerbehebung in Ihrem System Der SureScan Scanner ist auf geringen Wartungsaufwand und hohe Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet Wenn Sie ein Problem mit dem System nicht l sen k nnen lesen Sie dieses Kapitel Tritt das Problem weiterhin auf wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Technischer Support F r das SureScan System steht technischer Support zur Verf gung Lesen Sie sich das Kapitel durch bevor Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter wenden Technischer Support ber das Internet Im Hilfemen des Scan Steuerungsprogramms steht ein Link zum technischen Agilent Support f r den SureScan Scanner zur Verf gung e Klicken Sie auf Help gt Online Support Support f r die Computer Arbeitsstation Weitere Informationen zu Problemen mit der Computer Arbeitsstation finden Sie in der mit dem Computer gelieferten Dokumentation Wenn Sie das Problem dennoch nicht l sen k nnen wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter oder klicken Sie auf Help gt Online Support SureScan Scannersupport Wenn Sie ein Problem mit Ihrem SureScan Scanner haben f r das Unterst tzung von Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter erforderlich ist sollten Sie di
98. rotokollen speichern m chten 6 Geben Sie einen Namen f r die Datei mit den exportierten Protokollen ein und klicken Sie auf Save SureScan System Benutzerhandbuch 53 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen So importieren Sie ein Scan Protokoll Wenn ein Scan Protokoll in der 1 W hlen Sie Tools gt Scan Profile Editor Datei denselben Namen wie ein vorhandenes Protokoll aufweist wird dieses vom Programm nicht importiert Das Dialogfenster Open wird ge ffnet Das Dialogfenster Scan Protocol Editor wird ge ffnet 2 Klicken Sie auf Import 3 Navigieren Sie zu dem Speicherort an dem sich die Datei mit den exportierten Protokollen befindet die Sie importieren m chten Exportierte Scan Log Dateien haben die Dateierweiterung exp 4 W hlen Sie die Scan Log Datei per Mausklick aus und klicken Sie anschlie end auf Open Die Scan Protokolle in der Datei werden importiert So entfernen Sie ein Scan Protokoll Sie k nnen keine standardm igen 1 W hlen Sie Tools gt Scan Profile Editor Scan Protokolle oder Scan Protokolle die aktuell einem Objekttr ger in der Steckplatztabelle zugewiesen sind ndern 3 Klicken Sie auf Remove Das Dialogfenster Scan Protocol Editor wird ge ffnet 2 W hlen Sie in der Liste Scan Protocol ein Scan Protokoll aus das Sie entfernen m chten 54 SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 Erstellen und ndern von Scan
99. rotokollregister 108 Die Software dokumentiert den Ger te und Scan Status in Log Dateien die im Ordner C ProgramData Agilent MicroArrayScanner Logs gespeichert werden Diese Protokolle werden auch in den Protokollregistern im unteren Bereich des Scan Steuerungsprogrammfensters angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Registerkarte Status Log Status Log Curina ui J ano Calibrating PMT z 10 52 57 Calibrating PMT 10 52 58 Initializing loader 10 53 26 Reading barcodes Warming up lasers Abbildung 22 Registerkarte Status Log Zeigt Informationen ber den Status des Ger ts an Registerkarte Scan Log Saiten Scan Log Begin scan of slot 1 2011 06 07 15 57 03 Details SlideID 251727810267 Scan Protocol AgilentG3_CGH Output Fil Completed scan of slot 1 2011 06 07 16 15 20 Begin scan of slot 2 2011 06 07 16 13 18 Details SlideID 2526573102 Scan Protocol AgilentHD_CGH Output Filt_ Pomnlered_ aran nf alnt Q N11 N6 N7 1472 16 u Abbildung 23 Registerkarte Scan Log Zeigt Informationen ber die Scan Vorg nge an Wenn Sie das Scan Steuerungsprogramm starten werden im Scan Protokoll die Scans der vorherigen 30 Tage aufgef hrt Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf eines der Protokollregister um ein Kontextmen mit den folgenden Optionen zu ffnen SureScan Syst
100. s automatisch und zeigt diesen als Objekttr ger ID in der Steckplatztabelle an So f gen Sie eine Objekttr ger ID in der Tabelle hinzu oder ndern diese 1 Klicken Sie in der Steckplatztabelle auf die Zelle Slide ID f r den Objekttr ger den Sie hinzuf gen oder ndern m chten Das Bearbeiten von Zellen ist nur m glich wenn der Steckplatz einen Objekttr ger geladen hat sich aber noch nicht in der Warteschlange befindet 2 Geben Sie die neue Objekttr ger ID ein Nachdem Sie die Objekttr ger ID ge ndert haben k nnen Sie den Mauszeiger ber die Zelle Slide ID in der Scan Tabelle bewegen um den Strichcode f r den Objekttr ger anzuzeigen Der Strichcode wird in einer Kurzinfo angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden des Scan Steuerungsprogramms 3 So erstellen oder ndern Sie Scan Protokolle Bei einem Scan Protokoll handelt es sich um einen vordefinierten Satz an Scan Einstellungen Im Lieferumfang der Software sind verschiedene Standard Scan Protokolle enthalten Siehe Informationen zu Scan Protokollen auf Seite 37 Wenn f r einen Objekttr ger kein Scan Protokoll ausgew hlt ist oder Sie das Scan Protokoll ndern m chten gehen Sie wie folgt vor 1 Klicken Sie in der Steckplatztabelle auf die Zelle Scan Protocol f r den ausgew hlten Objekttr ger Klicken Sie erneut um die Liste verf gbarer Scan Protokolle anzuzeigen 2 W hlen Sie per Mausklick ein Scan Protokoll aus der
101. s f r die Installation zust ndige Fachpersonal die Lizenz f r Sie Ist dies nicht der Fall oder wird die Funktion nachtr glich erworben folgen Sie den im folgenden Abschnitt beschriebenen Anweisungen um die Softwarelizenz einzul sen Einl sen der Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 22 F hren Sie folgende Schritte aus um die Lizenz f r hochaufl sendes Scannen einzul sen 1 Halten Sie das Softwareberechtigungszertifikat griffbereit das mit dem Scanner geliefert wurde 2 ffnen Sie die Seite https software business agilent com index stm 3 W hlen Sie die Option Click here to start software license redemption 4 Folgen Sie den Anweisungen um Ihre Lizenz einzul sen SureScan System Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Installieren Ihrer Lizenz f r hochaufl sendes Scannen Wenn Sie Ihre Lizenz per E Mail erhalten haben f hren Sie folgende Schritte aus um die Lizenz zu installieren 1 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm Suchen Sie die Lizenzdatei und verschieben Sie sie in folgenden Programmordner C Program Files x86 Agilent ScanControl 2 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu SureScan System Benutzerhandbuch 23 2 Erste Schritte Inbetriebnahme des Scanners In den folgenden Schritten wird die Bedienung des Scanners erl utert Weitere Informationen zur Verwendung des Scan Steuerungsprogramms siehe Kapitel 3 Verwenden des Scan Steuerungsprogramms Schritt 1 Einschalten
102. sen aller Informationen erm glicht XDR Ratio Bevor der dynamische TIFF Dateibereich mit 20 Bit zur Verf gung stand musste die XDR Funktion eXtended Dynamic Range sowohl f r den Scanner als auch f r das Merkmalsextraktionsprogramm verwendet werden um alle gescannten Daten zwischen Merkmalen mit sehr niedrigen und Merkmalen mit sehr hohen Frequenzen zu erfassen Statt XDR zu verwenden k nnen Sie jetzt den dynamischen TIFF Dateibereich mit 20 Bit zur Erfassung des breiten dynamischen Datenbereichs ausw hlen Bei Auswahl der 20 Bit Option ist keine XDR Option zul ssig Wenn die XDR Funktion aktiviert ist scannt der Scanner automatisch denselben Objekttr ger zweimal mit jeweils unterschiedlicher PMT Empfindlichkeit Er generiert zwei miteinander verkn pfte Bilder die bei der Merkmalsextraktion gleichzeitig verarbeitet werden um einen einheitlichen Satz an extrahierten Intensit tsdaten zu erhalten Diese Daten decken bis zu 6 Zehnerpotenzen ab Die Option Red PMT Gain bzw Green PMT Gain legt die hohe Empfindlichkeit fest Die XDR Funktion wird bei Werten unter 10 automatisch deaktiviert SureScan System Benutzerhandbuch 119 6 120 Referenz Transform Image Split Die Einstellung des XDR Verh ltnisses weist den Scanner an einen zweiten Scan Vorgang mit niedrigeren PMT Einstellungen durchzuf hren Sind die PMTs f r Rot und Gr n beispielsweise auf 100 gesetzt und ist das XDR Verh ltnis auf 0
103. sextraktion bei gescannten Bildern auf Seite 131 1 Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Settings Das Dialogfenster Settings wird ge ffnet 2 W hlen Sie nach Abschluss des Scan Vorgangs neben Run Feature Extraction die Option Yes 3 Klicken Sie auf Save 66 SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 4 Zuordnen von Scan Protokollen zu Konstruktionen Wenn Sie zum ersten Mal einen Microarray einer bestimmten Konstruktion scannen weist bzw ordnet das Scan Steuerungsprogramm der Konstruktion das ausgew hlte Protokoll zu Wenn das Scan Steuerungsprogramm im Anschluss einen Objekttr ger mit derselben Konstruktion erkennt erstellt das Scan Steuerungsprogramm automatisch das Scan Protokoll f r den Objekttr ger in der Steckplatztabelle Scan Protokolle k nnen Objekttr gerkonstruktionen auch manuell zugewiesen werden So ordnen Sie einer Objekttr gerkonstruktion ein Scan Protokoll zu SureScan System Benutzerhandbuch 1 Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Settings Das Dialogfenster Settings wird ge ffnet Klicken Sie auf die Registerkarte Design to Protocol Mapping Geben Sie unter Design ID die Konstruktions ID Nummer f r die Konstruktion ein die Sie dem Scan Protokoll zuweisen m chten Die Konstruktions ID wird durch den Agilent Objekttr gerstrichcode festgelegt Alle Strichc
104. siehe Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster auf Seite 96 Wenn Sie zum ersten Mal die Einrichtung zum Scannen eines Objekttr gers vornehmen w hlen Sie ein zu verwendendes Scan Protokoll Siehe Informationen zu Scan Protokollen auf Seite 37 Wenn der Objekttr ger einmal gescannt wurde erinnert das Programm sich an dieses Scan Protokoll und weist es allen Objekttr gern mit identischer Microarray Konstruktion zu Sie k nnen diese Zuweisungen sp ter ndern Sie k nnen auch manuell Scan Einstellungen f r einen ausgew hlten Objekttr ger einstellen 1 Klicken Sie f r jeden Objekttr ger in der Steckplatztabelle auf das Scan Protokoll und w hlen Sie ein Scan Protokoll aus das zum Scannen des Objekttr gers verwendet werden soll Siehe Informationen zu Scan Protokollen auf Seite 37 und So erstellen oder ndern Sie Scan Protokolle auf Seite 43 2 Optional Sie k nnen f r einen ausgew hlten Objekttr ger im Scan Einstellungenfenster eine oder mehrere Scan Einstellungen ndern die nur zum Scannen dieses Objekttr gers verwendet werden Siehe ndern von Scan Einstellungen f r Objekttr ger auf Seite 47 Schritt 5 Hinzuf gen von Objekttr gern zur Scan Warteschlange Sobald Sie der Scan Warteschlange einen Objektr ger hinzuf gen k nnen Sie seine Scan Einstellungen nicht mehr ndern Um die Scan Einstellungen zu ndern entfernen Sie den Objektr ger aus der Warteschlange Dam
105. sstation finden Sie in der mit dem Computer gelieferten Dokumentation Wenn Sie das Problem dennoch nicht l sen k nnen wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Nein Sie m ssen die Schaltfl che Open Door Close Door im Scan Steuerungsprogramm verwenden um die Scannert r zu ffnen bzw zu schlie en 1 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Sie m ssen den SureScan Scanner einschalten bevor Sie das Scan Steuerungsprogramm starten Wenn Sie das Scan Steuerungsprogramm zuerst starten wird beim Einschalten des Scanners keine Verbindung hergestellt 2 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Das Scan Steuerungsprogramm hindert Sie die T r zu ffnen w hrend ein Objekttr ger geladen oder ausgeworfen wird Warten Sie bis die Schaltfl che Open Door zum ffnen der T r zur Verf gung steht Sollten die Probleme weiterhin bestehen berpr fen Sie das Statusprotokoll und kontaktieren Sie den technischen Agilent Support SureScan System Benutzerhandbuch 75 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Fehlerbehebung bei der Hardware Mit Ausnahme der Netzsicherung verf gt der SureScan Scanner ber keine Teile die vom Benutzer gewartet werden k nnen Die Statusanzeige an der Vorderseite des Scanners zeigt m gliche Probleme an Au erdem k nnen Sie die Sicherungen austauschen die das System sch tzen Bei anderen Problemen einschlie lich 4 Sta
106. stallationsqualifizierung zu generieren Reportsavedat Wird nach Abschluss der Installationsqualifizierung angezeigt Zeigt eine Verkn pfung zum Speicherort des Qualifikationsberichts an Klicken Sie auf die Verkn pfung um den Bericht in Ihrem Webbrowser zu ffnen ffnet den Ordner mit den IQT Berichten Dialogfeld Export Scan Protocol AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_GX_1Color AgilentHD_GX_2Color AgilentG3_GX_1Color AgilentG3_GX_2Color AgilentHD_CGH2 NewScanProtocol NewScanProtocoli Abbildung 25 Dialogfeld Export Scan Protocol SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Zweck Erm glicht Ihnen die Auswahl verf gbarer Scan Protokolle f r den Export ffnen Klicken Sie im Dialogfeld Scan Protocol Editor auf Export Export Wenn eines oder mehrere Scan Protokolle ausgew hlt sind ffnet dieser Befehl das Dialogfeld Save As In diesem Dialogfeld w hlen Sie einen Speicherort und einen Dateinamen f r die exportierte Log Datei aus Close Schlie t das Dialogfeld Dialogfeld Export Scan Region FullStandardSlide FullAgilentSlide NewScanRegion Abbildung 26 Dialogfeld Export Scan Region SureScan System Benutzerhandbuch 113 114 Referenz Export Close Zweck Zeigt verf gbare Scan Bereiche an die Sie f r den Export ausw hlen k nnen ffnen Klicken Sie im Dialogfeld Scan Regions Editor auf Export W
107. t erneut SureScan System Benutzerhandbuch 83 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Tabelle 3 Fehlermeldungen in Dialogfenstern continued Fehlermeldung Beschreibung und empfohlene Ma nahme Open Scanner Home Page website failed 0 Open Users Guide failed Recovering door jam failed Save instrument state failed Show About information failed Update firmware failed Die Webseite ist vor bergehend nicht verf gbar berpr fen Sie Ihre Internetverbindung Versuchen Sie es zu einem sp teren Zeitpunkt erneut Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Falls das Problem weiterhin besteht installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Ein Fehler ist aufgetreten w hrend das Ger t nach dem Blockieren der T r versuchte dieses Problem zu beheben Schlie en Sie die Scan Steuerungssoftware starten Sie den Scanner neu und starten Sie anschlie end das Scan Steuerungsprogramm neu Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Falls das Problem weiterhin besteht installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Falls das Problem weiterhin besteht installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm neu Die Aktualisierung der Ger tefirmware ist fehlgeschlagen Kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Diese Information wird beim Erzeugen der Meldung h
108. tellungen f r einen Objekttr ger bevor dieser zur Warteschlange hinzugef gt wird Die Schritte werden in den folgenden Abschnitten beschrieben e Ausw hlen eines Scan Protokolls oder Erstellen eines neuen Protokolls Siehe So erstellen Sie ein Scan Protokoll auf Seite 52 Sie k nnen Einstellungs nderungen auch auf mehrere Objekttr ger anwenden Weitere Informationen erhalten Sie unter So w hlen Sie mehrere Objekttr ger aus auf Seite 43 So ndern Sie Einstellungen f r einzelne Objekttr ger Sie k nnen die Scan Einstellungen f r einen Objekttr ger nur ndern wenn sich dieser nicht in der Scan Warteschlange befindet Siehe So entfernen Sie einen Objekttr ger aus der Scan Warteschlange auf Seite 45 SureScan System Benutzerhandbuch 1 W hlen Sie in der Scan Tabelle den Objekttr ger aus dessen Einstellungen Sie ndern m chten 2 Klicken Sie im Bereich Scan Settings auf den Pfeil neben der Einstellung die Sie ndern m chten und w hlen Sie eine neue Einstellung aus Wenn Sie eine Einstellung manuell ndern wechselt der Status des Scan Protokolls in lt Customized gt 3 Klicken Sie nach dem Durchf hren der nderungen auf die Zelle State und f gen Sie den Objekttr ger zur Warteschlange hinzu Siehe So f gen Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu auf Seite 44 Weitere Informationen zu allen Einstellungen erhalten Sie in Kapitel 6 Referenz 47 3 _ Ver
109. tzerhandbuch 1 Klicken Sie ggf im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Close Door Warten Sie bis die T r schlie t und die Schaltfl che Start Scan aktiviert ist Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Start Scan um mit dem Scannen der Objekttr ger zu beginnen die der Warteschlange hinzugef gt wurden Der Scanner scannt die Objekttr ger in der in der Warteschlange festgelegten Reihenfolge Siehe Schritt 5 Hinzuf gen von Objekttr gern zur Scan Warteschlange auf Seite 34 W hrend eines Scans sehen Sie Folgendes e Die Steckplatzstatusanzeige des aktuellen Objekttr gers blinkt w hrend des Scan Vorgangs und der Scan Verlauf z B Scanning 50 wird im Steckplatzstatus angezeigt e Verbleibende Scan Zeit und erforderlicher Festplattenspeicher werden am unteren Rand des Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms angezeigt Siehe Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster auf Seite 96 e W hrend des Scans stattfindende Ereignisse werden im Scan bzw Statusprotokoll protokolliert Siehe Protokollregister auf Seite 108 35 2 Erste Schritte Schritt 7 Entfernen der Objekttr ger Wenn die Schaltfl che Open Door aktiviert ist k nnen Sie die Objekttr gerhalter aus der Kassette nehmen und dann die Objekttr ger aus den Haltern entfernen Ist die Schaltfl che Open Door nicht verf gbar k nnen Sie die T r nicht ffnen Vergewissern Sie sich dass
110. ument operation resuming Verschiedene m gliche Ursachen Versuchen Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu zu starten Falls das Problem weiterhin besteht kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Verschiedene m gliche Ursachen Versuchen Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu zu starten Falls das Problem weiterhin besteht kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Laser wurden bei kalibrierter Leistung nicht aufgew rmt Laser haben sich innerhalb eines bestimmten Zeitraums nicht stabilisiert Verschiedene m gliche Ursachen Versuchen Sie den Scanner und das Scan Steuerungsprogramm neu zu starten Falls das Problem weiterhin besteht kontaktieren Sie den technischen Agilent Support Schmutz oder Hindernis auf dem Objekttr ger Objekttr ger nicht korrekt in Halter eingelegt Zeigt einen Kalibrierungsfehler des Datensystems an Falls das Problem weiterhin besteht wenden Sie sich an den Kundendienst Zeigt einen Kalibrierungsfehler des Datensystems an Falls das Problem weiterhin besteht wenden Sie sich an den Kundendienst Der Standardordner wurde entfernt oder auf diesen kann nicht zugegriffen werden Erstellen Sie ihn neu oder reparieren Sie die Netzwerkverbindung Starten Sie den Scanner neu um den Fehler zu beheben Diese Meldung zeigt an dass die Erzeugung der Projektdatei f r die Merkmalsextraktionssoftware fehlgeschlagen ist berpr fen Sie ob das Merkmalsextraktions
111. ummer automatisch zugewiesen Das Programm vergleicht den Dateinamen eines neuen Scan Vorgangs mit den Dateinamen im ausgew hlten Datenorder Ist Field1_Field2_Field3 eindeutig wird die Scan Nummer auf S01 gesetzt Bei einer bereinstimmung wird die Scan Nummer so lange erh ht bis der Dateiname eindeutig ist Beispiel US4510PP02_251485023883_S03 tif e Instrument Serial US4510PPO2 Slide ID 251485023883 e ScanNumber S03 Bezeichnet die dritte Scan Datei im Ordner mit denselben Angaben f r Instrument Serial und Slide ID Image File Info Bei diesem Abschnitt handelt es sich um einen schreibgesch tzten Bereich in dem Informationen ber den Bilddateinamen die Geometrie des Objekttr gers den f r die Datei ben tigten Speicherplatz und die gesch tzte Zeit zum Abschlie en des Scan Vorgangs angezeigt werden SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Dialogfeld Scan Region Editor Dialogfeld Scan Region Editor Scan Region NewScanRegion General Topleft X Topleft Y Width Height Chip Package StandardSlide 2 6 19 Remove Abbildung 30 Dialogfeld Scan Region Editor Zweck Erm glicht Ihnen das Einstellen oder Definieren des Objekttr gerbereichs der gescannt wird ffnen Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramm auf Tools gt Scan Region Editor SureScan System Benutzerhandbuch 123 6 Referenz Ag
112. us wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Weitere Informationen zu Problemen mit der Computer Arbeitsstation finden Sie unter Support f r die Computer Arbeitsstation auf Seite 73 Fehlerbehebung mit der Statusanzeige Auf der Frontplatte befindet sich eine Anzeige die den Status des SureScan Scanners angibt Aut tn kan nn is N _ MEZ Anzeige Abbildung 13 Statusanzeige 76 SureScan System Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tabelle 2 beschreibt die m glichen Status der Anzeige Tabelle 2 Status der Scannerstatusanzeige Anzeigenstatus Bedeutung erforderliche Ma nahme Gelb Der Scanner wird initialisiert Die gelbe Anzeige erscheint nachdem Sie den Scanner eingeschaltet haben oder wenn das Scan Steuerungsprogramm eine Verbindung aufbaut und die Kommunikation mit dem Scanner initialisiert Aus Der Scanner ist vollst ndig initialisiert Gr n Der Scan Vorgang wird durchgef hrt Rot Ein Fehler ist aufgetreten berpr fen Sie das Protokoll f r den Scan Steuerungsstatus das Scan Protokoll und die Liste der zuletzt aufgetretenen Fehler Kontaktieren Sie anschlie end den technischen Agilent Support berpr fen und Austauschen der Scannersicherungen Der SureScan Scanner verf gt auf der R ckseite ber zwei Sicherungen f r das Netzteil Die Sicherungen f r das Netzteil befinden sich direkt ber dem Netzstecker Die Sicherungen werden direkt bei Ag
113. utzung dieser Dokumentation Falls zwischen Agilent und dem Benutzer eine separate schriftliche Vereinbarung mit Garantiebedingungen bez glich des in diesem Dokument enthaltenen Materials besteht die zu diesen Bedingungen im Widerspruch stehen gelten die Garantiebedingungen in der separaten Vereinbarung Technologielizenzen Die in diesem Dokument beschriebene Hardware und oder Software wird unter einer Lizenz bereitgestellt und kann nur gem der Lizenzbedingungen verwendet oder kopiert werden Nutzungsbeschr nkungen Nutzungsbeschr nkungen f r Organe der US Regierung Die der Bundesregierung gew hrten Rechte bez glich Software und technischer Daten gehen nicht ber diese Rechte hinaus die blicherweise Endbenutzern gew hrt werden Agilent stellt diese handels bliche kommerzielle Lizenz f r Software und technische Daten gem FAR 12 211 technische Daten und 12 212 Computer Software f r das US Verteidigungsministerium gem DFARS 252 227 7015 technische Daten kommerzielle Produkte und DFARS 227 1202 3 Rechte an kommerzieller Computer Software oder Computer Software Dokumentation bereit Sicherheitshinweise VORSICHT Ein Hinweis mit der berschrift VORSICHT weist auf eine Gefahr hin Es wird auf einen Betriebsablauf ein Vorgehen o aufmerksam gemacht die bei falscher Ausf hrung zur Besch digung des Produkts oder zum Verlust wichtiger Daten f hren k nnen Setzen Sie den V
114. verwenden um die Scannert r zu ffnen Die T r kann nicht ge ffnet werden w hrend der Scanner einen Objekttr ger l dt oder auswirft So schlie en Sie die Scannert r Die T r muss vor dem Starten e Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms eines Scan Vorgangs geschlossen auf Close Door werden Nach dem Start des Scan Vorgangs kann die T r ge ffnet und Objekttr ger hinzugef gt oder entfernt werden Sie m ssen das Scan Steuerungsprogramm verwenden um die Scannert r zu schlie en So starten Sie einen Scan Vorgang e Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Start Scan Die Steckplatz Statusanzeige blinkt w hrend des Scan Vorgangs gr n Der Fortschritt des Scan Vorgangs z B Scanning 50 wird in der Steckplatzzelle State angezeigt 46 SureScan System Benutzerhandbuch Verwenden des Scan Steuerungsprogramms 3 ndern von Scan Einstellungen f r Objekttr ger Wenn Sie einen Objekttr ger in der Steckplatztabelle im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms ausw hlen werden die Scan Einstellungen f r diesen Objekttr ger im Einstellungsbereich auf der rechten Seite des Fensters angezeigt Siehe Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster auf Seite 96 Die angezeigten Werte werden im f r diesen Objekttr ger ausgew hlten Scan Protokoll definiert Sie haben zwei M glichkeiten die Scan Einstellungen zu ndern e Einmalige nderung der Scan Eins
115. verwendet wenn Sie mit einem Supporttechniker von Agilent zusammenarbeiten So zeigen Sie derzeit auftretende Fehler an e Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Show Recent Errors Die Datei LogMessages txt wird in Notepad oder Ihrem standardm igen Textbearbeitungsprogramm ge ffnet So zeigen Sie Log Dateien an SureScan System Benutzerhandbuch 1 Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt Log Files Der Ordner C ProgramData Agilent MicroArrayScanner Logs der mehrere Log Dateien enth lt wird ge ffnet ScanLog csv enth lt Informationen zu Scan Aktivit t SysLog lt datestamp gt lt timestamp gt csv enth lt Informationen zur Systemaktivit t ExceptionLog txt enth lt Informationen zu Sonderbedingungen die Auswirkungen auf die Softwareausf hrung haben 61 4 62 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen 2 Nehmen Sie die Auswahl per Doppelklick vor und ffnen Sie eine Log Datei Dateien mit der Dateierweiterung csv comma separated variable werden standardm ig mit einem verf gbaren Tabellenkalkulationsprogramm ge ffnet Diese Dateien sind schreibgesch tzt Dateien mit der Dateierweiterung txt werden standardm ig mit einem verf gbaren Textverarbeitungsprogramm ge ffnet So erstellen Sie einen Snapshot des Ger testatus e Klicken Sie in der Men leiste des Scan Steuerungsprogramms auf Tools gt State Snapshot
116. vielen Untersystemen e Wenn die berwachten Parameter eine Warnstufe erreichen wird im Statusprotokoll eine Meldung angezeigt und das Ger t schaltet in den Status scanning suspended Bei diesem Status wird der aktuelle Scan Vorgang abgeschlossen aber es werden keine neuen Scan Vorg nge gestartet e Wenn die berwachten Parameter eine Alarmstufe erreichen unterbricht das Ger t den Scan Vorgang sofort und reduziert seinen Stromverbrauch soweit wie m glich Um Informationen zu dem Fehler zu erhalten der zum Herunterfahren des Ger ts f hrte klicken Sie im Scan Steuerungsprogramm auf Tools gt Show Recent Errors Wo Scannerfehlermeldungen angezeigt werden Fehlermeldungen werden an folgenden Stellen angezeigt e Fehlermeldungen werden im Statusprotokoll im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms angezeigt Wenn der Fehler zu fehlerhaften Daten f hren kann wird er zus tzlich im Scan Protokoll angezeigt e Detailliert werden Fehler in der System Log Datei erfasst System Log Dateien werden mit der Dateierweiterung csv comma separated value gespeichert Sie k nnen mit einem Textbearbeitungsprogramm wie Notepad oder Microsoft Excel ge ffnet werden Klicken Sie auf Tools gt Log Files um den Ordner zu ffnen in dem sich die System Log Dateien befinden 81 5 Wartung und Fehlerbehebung im System e Klicken Sie auf Tools gt Show Recent Errors um die zuletzt aufgetretenen Fehler anzuzeigen Die zuletzt
117. wahl Beschreibung Add to queue first F gt den Objekttr ger an der ersten Position der Warteschlange hinzu Wenn bereits ein Scan Vorgang l uft wird dieser Objekttr ger sofort nach Abschluss des aktuellen Scan Vorgangs gescannt Add to queue last F gt den Objekttr ger an der letzten Position der Warteschlange hinzu Scan Protocol Zeigt das Scan Protokoll an das zum Scannen des ausgew hlten Objekttr gers verwendet wird Zu den verf gbaren Scan Protokollen geh ren die von Agilent bereitgestellten Standard Scan Protokolle und alle Scan Protokolle die erstellt oder importiert wurden Siehe Informationen zu Scan Protokollen auf Seite 37 Output Folder Zeigt den Ordner an in dem durch den Scanner erzeugte Bilddateien gespeichert werden Standardm ig hei t dieser Speicherort D ScanData Sie k nnen den Standard Ausgabeordner unter Tools gt Settings ndern Sie k nnen den Ausgabeordner f r einen Objekttr ger ndern bevor dieser der Warteschlange hinzugef gt wird ber die Schaltfl che Browse k nnen Sie zum Speichern der Daten aus jedem Scan Vorgang einen Ordner ausw hlen Agilent empfiehlt dass die Daten in einem lokalen Ordner auf einer zweiten Festplatte erfasst werden Dar ber hinaus k nnen Sie auch einen Netzwerkordner ausw hlen Wird w hrend des Scannens ein Problem beim Netzwerkzugriff festgestellt werden die Daten in einem tempor ren lokalen Ordner gespeichert und ein Warnhinweis
118. wenden des Scan Steuerungsprogramms So ndern Sie Einstellungen f r mehrere Objekttr ger Sie k nnen die Scan Einstellungen 1 W hlen Sie in der Scan Tabelle den ersten Objekttr ger aus f r einen Objekttr ger nur ndern dessen Einstellungen Sie ndern m chten wenn sich dieser nicht in der 2 Halten Sie die Strg Taste gedr ckt und klicken Sie auf weitere Scan Warteschlange befindet Objekttr ger Siehe So entfernen Sie einen Objekttr ger aus der ODER Scan Warteschlange auf Seite 45 Zur Auswahl einer Reihe an zusammenh ngenden Objekttr gern w hlen Sie den ersten Objekttr ger aus halten die Umschalttaste gedr ckt und klicken auf den letzten Objekttr ger 3 Klicken Sie im Bereich Scan Settings auf den Pfeil neben der Einstellung die Sie ndern m chten und w hlen Sie eine neue Einstellung aus Wenn Sie eine Einstellung manuell ndern wechselt der Status des Scan Protokolls f r die ausgew hlten Objekttr ger in lt Customized gt 4 F gen Sie nach dem Durchf hren der nderungen die Objekttr ger zur Warteschlange hinzu Siehe So f gen Sie Objekttr ger zur Scan Warteschlange hinzu auf Seite 44 oder So f gen Sie alle Objekttr ger zur Warteschlange hinzu auf Seite 44 So f gen Sie eine Beschreibung f r einen Objekttr ger hinzu Sie k nnen die Scan Beschreibung 1 W hlen Sie in der Steckplatztabelle den Objekttr ger aus f r einen Objekttr ger nur ndern dessen Einstellu
119. wird im Scan Protokoll angezeigt SureScan System Benutzerhandbuch 105 6 106 Referenz Funktionstasten Allto Queue Empty Queue Open Door Close Door Start Scan Stop Scan Neben der Steckplatztabelle sind je nach dem Ger testatus Tasten verf gbar F gt der Objekttr ger Warteschlange alle Objekttr ger hinzu die sich nicht in der Objekttr ger Warteschlange befinden Objekttr ger werden der Warteschlange in der Reihenfolge hinzugef gt in der sie in der Steckplatztabelle aufgef hrt sind Entfernt alle Objekttr ger aus der Warteschlange au er denjenigen die derzeit gescannt werden ffnet oder schlie t die T r am Scanner Startet oder beendet den Scan Vorgang Objekttr ger werden in der Reihenfolge gescannt in der sie in der Scan Warteschlange aufgef hrt sind SureScan System Benutzerhandbuch Referenz 6 Einstellungsbereich Einstellungsbereich Scan Settings Dye Channel s Red Green v b Scan Region FullAgilentSlide v Resolution 3um v Tiff Dynamic Range 16 bit v Red PMT Sensitivity 100 X Green PMT Sensitivity 100 v XDR Ratio lt NoXDR gt X Transform Image None Split No v Compress No v b Field1 Instrument SN v b Field2 Slide ID v b Field 3 Customize v Scan Description Abbildung 21 Scan Steuerung Einstellungsbereich Im Einstellungsbereich k nnen Sie einzelne Einstellungen f r einen ausgew hlten Objekttr ger ndern Zum ndern der Einstellun
120. z e Brechungsindex von 1 510 bis 1 515 SureScan System Benutzerhandbuch 135 6 136 Spezifikationen zu Strichcode und Strichcodeetikett Strichcodespezifikationen f r Agilent Objekttr ger Der Scanner G4900DA liest Strichcodes die sich auf der aktiven Seite des Objekttr gers befinden Um eine Abw rtskompatibilit t mit den Scannern der Serie G2565AA sicherzustellen besitzen Agilent Microarrays weiterhin Strichcodes auf beiden Seiten Das Etikett mit der Beschriftung Agilent markiert die aktive Seite das Etikett mit dem numerischen Wert die inaktive Seite Double barcoded slide example Inactive Glass Surface SIDE 1 D S gt N Ss D PS X Active Active Microarray Microarray Surface Surface SIDE 2 wwady Abbildung 35 Positionierung des Strichcodes f r Agilent Objekttr ger im Vergleich zur Microarray Oberfl che Strichcodespezifikationen f r Nicht Agilent Objekttr ger e Die maximale St rke des Strichcodeetiketts betr gt 0 2 mm Stellen Sie sicher dass das Etikett keine Blasen wirft Kleben Sie keine neuen Etiketten auf alte Etiketten und erneuern Sie Etiketten die sich bereits abl sen e Kleben Sie keine Strichcodeetiketten auf Objekttr ger deren Scan Bereich gr er als 61 mm ist Geben Sie die Objekttr ger ID oder den Strichcode f r Objekttr ger deren Scan Bereich gr er als 61 mm ist manuell ein SureScan System Benutzerhandbuch SureScan System
121. zur Verwendung der Scan Steuerungswerkzeuge zum ndern von Protokollen und Scan Bereichen sowie zum Ein und Ausschalten der Laser erhalten Sie in Kapitel 4 Verwenden von Scan Steuerungswerkzeugen SEE Agilent Technologies 4 3 Verwenden des Scan Steuerungsprogramms Verwenden der Steckplatztabelle Die Steckplatztabelle verf gt ber eine Anzeige der Kassette und deren Inhalt Nachdem Sie Objekttr ger in die Kassette geladen und die T r geschlossen haben liest die Scan Steuerungssoftware die Strichcodes der einzelnen Objekttr ger und zeigt diese als Objekttr ger ID in der Steckplatztabelle an Die Zahlen links neben der Tabelle entsprechen den Steckpl tzen in der Scannerkassette Die Farbe der Zahl zeigt den Status des Steckplatzes an Weitere Informationen zum Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms finden Sie unter Referenz zum Scan Steuerungsprogrammfenster auf Seite 96 In diesem Abschnitt wird beschrieben wie Sie den Scan Vorgang f r die Objekttr ger mit der Steckplatztabelle des Scan Steuerungsprogramms vorbereiten So ndern Sie eine Objekttr ger ID Die Objekttr ger ID wird im Bilddateinamen verwendet Standardm ig handelt es sich um den Strichcode und Strichcodeetikett auf 42 vom Scanner gelesenen Objekttr ger Strichcode Weitere Informationen zu Strichcodes finden Sie unter Spezifikationen zu Seite 136 Normalerweise liest der Scanner den Strichcode eines Objekttr ger

Agilent G4900DA SureScan-Microarray

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