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Agilent G2565CA Microarray-Scannersystem

1. Scanner Icon 2133580 b Klicken Sie auf OK Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 93 5 Wartung und Fehlerbehebung im System VORSICHT W hrend der Scanner eingeschaltet ist und HyperTerminal ausgef hrt wird kann der Scanner keine Initialisierung durchf hren Sie d rfen HyperTerminal erst 30 Sekunden nach dem Einschalten des Scanners starten 6 Im Dialogfeld Verbinden mit a W hlen Sie in der Dropdownliste Verbindung herstellen ber die h chste COMX Zahl aus Dies ist normalerweise COM3 und kann im Windows Ger te Manager gepr ft werden Der COM Anschluss f r den Scanner wird als Serieller USB Anschluss COMX aufgef hrt Connect To gt Scanner Enter details for the phone number that you want to dial Country region Area code Phone number Connect using Eae v b Klicken Sie auf OK 7 Im Dialogfeld Eigenschaften von COMX a W hlen Sie 19200 f r Bits pro Sekunde b W hlen Sie Kein f r Flusssteuerung 94 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 COM3 Properties Port Settings Bits per second 1 9200 u Data bits 8 Parity None Stop bits 1 Flow control c Klicken Sie auf OK Das Fenster Scanner HyperTerminal wird angezeigt 8 Klicken Sie auf Datei gt Sp
2. Profile Elsner Wenn Sie das Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms ffnen sehen Sie die Spalten die mit den Werten der Scan Einstellungen gef llt sind Diese Werte werden anhand des letzten Profils festgelegt das vor dem Schlie en des Programms f r einen Durchlauf ausgew hlt wurde Agilent liefert sechs vorkonfigurierte Profile zur Auswahl und Verwendung mit Agilent High Density Microarrays Agilent G3 Microarrays und Nicht Agilent Microarrays lt default gt Standardeinstellungen die nach der Programminstallation verf gbar sind AgilentHD_GX_2Color Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 2 Farben AgilentHD_GX_1Color Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 1 Farbe AgilentHD_CGH Agilent HD CGH CNV ChIP Microarrays AgilentHD_miRNA Agilent HD miRNA Microarrays AgilentG3_CGH Agilent G3 CGH CNV ChIP Microarrays Um alle Einstellungen in einem Schritt zu ndern k nnen Sie eines der Agilent Profile ausw hlen oder ein eigenes aus den vorhandenen Profilen erstellen einschlie lich des Profils lt Default gt Weitere Informationen zum ndern eines vorhandenen Profils oder Erstellen eines eigenen Profils erhalten Sie in Kapitel 4 unter Bearbeiten eines vorhandenen Profils auf Seite 63 oder Erstellen eines neuen Profils auf Seite 64 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 41 2 Erste Schritte Schritt 3 ndern einzelner Scan Einstellungen in der
3. cres Sie k nnen auch auf Durchsuchen klicken um das Dialog feld Datei zum Aufzeichnen ausw hlen zu ffnen W hlen Sie im Dialogfeld Datei zum Aufzeichnen ausw hlen einen neuen Ordner oder einen neuen Dateinamen Andernfalls wird die urspr ngliche Datei der Aufzeichnungssitzung ber schrieben Klicken Sie anschlie end auf Speichern um fort zufahren Fehlerbehebung bei der Software Falls Ihr PC abst rzt oder Sie das von Agilent mit dem PC gelieferte Image der Festplatte neu laden m chten finden Sie im Lieferumfang von Agilent eine Wiederherstellungs CD mit der Sie die Festplatte erneut abbilden k nnen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 97 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Fehlerbehebung bei der Software Um diese CD erfolgreich zu verwenden m ssen Sie das USB Kabel an der R ckseite des PCs abziehen bevor Sie die CD benutzen VORSICHT Wenn Sie das Kabel nicht abziehen k nnen die Agilent Standard einstellungen f r die USB Ger te ver ndert werden und die Software erkennt beim Neustart der Software den Scanner nicht 98 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Microarray Scannerfehlermeldungen In diesem Abschnitt wird erl utert wie Sie mit m glichen Fehlermeldungen umgehen Quellen von Fehlermeldungen Der PC Monit
4. Scan Progress auf Abort Folgende Meldung wird angezeigt Carousel Run Abort l x Q Do you want to abort the carousel run now Click Yes to abort the run now you may lose scan data Click No to abort the run after the current scan is done Click Cancel to cancel your abort command Abbildung 22 Meldung ber das Abbrechen eines Karusselldurchlaufs 46 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 1 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze Es k nnen eine oder zwei Minuten vergehen bis der Microarray Scanner den Scan Vorgang vollst ndig abgebrochen hat nachdem Yes ausgew hlt wurde Gesammelte Daten werden f r sp tere Analysen gespeichert Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 47 2 Erste Schritte Schritt 5 bertragen von Dateien und Archivieren von Daten e Verschieben Sie die Dateien ggf nach dem Durchlauf in einen anderen Ordner Sie haben folgende M glichkeiten zum Speichern der Datei oder Dateien In einem neuen Ordner im urspr nglichen Ordner auf dem lokalen Laufwerk das Sie f r den Ausgabepfad eingerichtet haben In einem anderen Ordner auf den lokalen Laufwerk In einem Ordner im Netzwerk Hier m ssen Sie die Daten auf den PC bertragen auf dem das Merkmalsextraktionsprogramm installiert ist Auf CD oder DVD Jeder PC Arbeitsplatz ist mit einem DVD Bren
5. ndern einzelner Scan Einstellungen in der Scan Tabelle 42 Schritt 4 Starten des Karusselldurchlaufs 44 Schritt 5 bertragen von Dateien und Archivieren von Daten 48 Dieses Kapitel enth lt Anweisungen f r den Betrieb des Scanners sowie f r die Einrichtung und das schnelle und einfache Scannen der Objekttr ger Informationen zur Behebung von Fehlern erhalten Sie in Kapitel 5 SEE Agilent Technologies 19 2 Erste Schritte Lizenzierung F r den Agilent Scanner werden zwei Konfigurationsoptionen angeboten die standardm ige Konfiguration f r hochaufl sendes Scannen oder ohne Hochaufl sungsfunktion Ohne die Lizenz f r hochaufl sendes Scannen stehen die Optionen 10 Mikrometer und 5 Mikrometer sowie 5 Mikrometer f r den dualen Scan Vorgang zur Verf gung Die Optionen 2 und 3 Mikrometer k nnen nicht ausgew hlt werden Falls Sie die Hochaufl sungsfunktion erworben haben ben ti gen Sie zur Aktivierung dieser Funktion die Softwarelizenz In den meisten F llen installiert das f r die Installation zust ndige Fachpersonal die Lizenz f r Sie Ist dies nicht der Fall oder wird die Funktion nachtr glich erworben folgen Sie den unten beschriebenen Anweisungen um die Softwarelizenz einzul sen Einl sen der Lizenz f r hochaufl sendes Scannen F hren Sie folgende Schritte aus um die Lizenz f r hochaufl sendes Scannen einzul sen 1 Halten Sie das Softwareberechtigungszertifikat griffbereit das mit d
6. Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D ScanData 10 lt Autodetec gt R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D 4ScanData Abbildung 26 Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms und Scan Tabelle mit vorkonfigurierten Profileinstellungen Slide ID Die Objekttr ger ID ist eine Bezeichnung f r den Objekttr ger Die Eintr ge unter Slide ID werden f r den Namen der Bilddatei verwendet falls dies im aktuellen Profil angegeben ist Siehe Naming prefix 1 und Naming prefix 2 auf Seite 64 Automatischer Eintrag Falls Ihre Objekttr ger ber Strichcodes verf gen die die Spezifikationen unter Spezifikationen zum Strichcode und Strichcodeetikett auf Seite 112 erf llen m ssen Sie die Objekttr ger ID vor dem Karusselldurchlauf nicht in die Scan Tabelle eingeben Die Funktion Auto detect in der Spalte Slide ID zeigt an dass der Scanner die Agilent unterst tzten Strichcodes automatisch beim Scannen des Objekttr gers in die Scan Tabelle einliest Sie k nnen die Objekttr ger ID auch manuell eingeben 54 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch ndern der Scan Einstellungen 3 Manueller Eintrag IDs f r Objekttr ger ohne Strichcode oder mit nicht unterst tzten Strichcodeformaten m ssen ber die Tastatur oder ein geeignetes externes Strichcodeleseger t eingegeben werden Wenn Sie die ID ber die Ta
7. AgilentHD_miRNA Agilent HD miRNA Microarrays AgilentG3_CGH Agilent G3 CGH CNV ChIP Microarrays F r Agilent Objekttr ger w hlen Sie das Profil das zu Ihrem Agilent Microarray Scanner passt F r Nicht Agilent Objekttr ger m ssen Sie nderungen an den einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle vornehmen Oder Sie erstellen basierend auf dem vorhandenen Profil ein neues Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 51 3 _ ndern der Scan Einstellungen ndern von einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle Die Scan Tabelle erm glicht es Ihnen Eintr ge f r einzelne Objekttr ger oder Objekttr gergruppen zu bearbeiten W hlen Sie hierzu ein Element im Dropdownmen aus das f r jede Spalte au er den Spalten Slide ID und Description angezeigt wird 1 Klicken Sie auf die Zelle n deren Einstellung en Sie ndern m chten Klicken Sie auf eine einzelne Zelle oder Klicken Sie auf eine Spalten berschrift oder Markieren Sie mehrere Zellen in einer Spalte um zusammenh ngende Zellen auszuw hlen Rechts neben der ersten ausgew hlten Zelle wird ein Pfeil angezeigt Dr cken Sie Strg und w hlen Sie mehrere nicht zusammenh ngende Zellen in einer Spalte aus Rechts neben der letzten ausgew hlten Zelle wird ein Pfeil angezeigt 2 Klicken Sie auf den Pfeil um die Dropdownliste anzuzeigen und w hlen Sie eine Einstellung Scan Region F Agilent HD 6
8. Einrichten eines Profils zum Bearbeiten aller Einstellungen in der Scan Tabelle auf Seite 41 1 Geben Sie im Feld Start slot die Nummer des Steckplatzes ein der den ersten Objekttr ger zum Scannen enth lt 2 Geben Sie im Feld End Slot die Nummer des Steckplatzes ein der den letzten Objekttr ger zum Scannen enth lt Start slot M End slot 48 7 Die Auswahl an Steckpl tzen die Sie in den Schritten 1 und 2 eingegeben haben wirkt sich auf die meisten Funktionen im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms aus e Nur die Auswahl der Steckpl tze die hier eingegeben wird wird in der Scan Tabelle angezeigt e Der Scanner scannt nur die Objekttr ger der Auswahl die hier eingegeben wurde e Mit dem Befehl Carousel Check wird nur die Auswahl an Steckpl tzen auf leere Steckpl tze und Agilent unterst tzte Strichcodes gepr ft die hier eingegeben wurde Siehe Pr fen auf Agilent unterst tzte Strichcodes und leere Steckpl tze auf Seite 55 in Kapitel 3 40 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 2 Einrichten eines Profils zum Bearbeiten aller Einstellungen in der Scan Tabelle e W hlen Sie in der Profilliste eines der vorhandenen Profile aus Ein Profil ist eine Sammlung von Scan und Bildeinstellungen anhand derer wenn sie ausgew hlt sind die Scan Tabelle mit Werten gef llt wird die im Profile Editor eingegeben wurden
9. hlt sind die Scan Tabelle mit Werten gef llt wird die im Profile Editor eingegeben wurden Sje k nnen die Eintr ge in beliebiger Reihenfolge ndern Um Zeit zu sparen sollten Sie die Eintr ge in folgender Reihenfolge bearbeiten e ndern einzelner Scan Einstellungen ber Dropdownlisten in der Scan Tabelle a Falls Sie Nicht Agilent Objekttr ger scannen finden Sie weitere Informationen unter Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor Ein benutzerdefi nierter Scan Bereich ist besser auf Ihre Objekttr ger abge stimmt als die in der Scan Tabelle oder im Profile Editor zur Verf gung stehenden Bereiche b Unabh ngig davon ob Sie Agilent oder Nicht Agilent Objekttr ger scannen finden Sie weitere Informationen unter ndern von Einstellungen der Scan Tabelle ber Profile Hier wird ein anderes Profil ausgew hlt c Wenn Sie ein anderes Profil ausgew hlt haben oder eins bearbeitet bzw erstellt haben finden Sie weitere Informationen unter ndern von einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle Falls Sie ein anderes Profil w hlen nachdem Sie die Eintr ge einzeln bearbeitet haben werden ge nderte einzelne Eintr ge durch die Profileintr ge berschrieben d Stellen Sie sicher dass die IDs der Objekttr ger entweder manuell oder automatisch nach der Auswahl des Profils erfasst werden F r Objekttr ger ohne Strichcode ist dies obligatorisch F r Agilent Objekttr ger ist d
10. 16 00 mm 500 7010 Height 11 00 mm 010 21 50 Abbildung 32 Dialogfeld Modify Region 3 ndern Sie den Namen oder die Gr e des Bereichs 4 Geben Sie die Ma e f r den Bereich gem den unter Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor auf Seite 68 genannten Kriterien ein 5 Klicken Sie auf Save 70 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge 4 Festlegen von Zeiten zum Ein Ausschalten der Laser Um die Lebensdauer der Laser zu verl ngern k nnen Sie festle gen dass die Laser ber das Scan Steuerungsprogramm auto matisch ein oder ausgeschaltet werden Diese Funktion erm glicht es dass die Laser zu einem bestimmten Zeitpunkt bereits aufgew rmt und betriebsbereit sind oder automatisch zu einem bestimmten Zeitpunkt oder bei Leerlauf ausgeschaltet werden Unabh ngig von den Einstellungen unter Laser Auto ON OFF Settings haben Sie folgende M glichkeiten e Sie k nnen die Laser jederzeit manuell ein oder ausschalten e Wenn das Scan Steuerungsprogramm gestartet wird werden die Laser eingeschaltet e Wenn ein Scanner w hrend einer definierten Ausschaltzeit scannt bleiben die Laser eingeschaltet Aktivieren der Funktion f r das automatische Ein Ausschalten der Laser 1 W hlen Sie in der Men leiste Tools gt Laser Auto ON OFF Settings Abbildung 27 2 Doppelklicken Sie auf No um die die O
11. 45 mm oder 0 7 mm e 76 2 mm lang 0 25 mm oder 1 4 mm e mm dick 0 1 mm Der Microarray Scanner verwendet Objekttr gerhalter um die M 4 0 aii Glasspezifikationen Objekttr 25 4 0 7 or 0 45 1 0 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Abbildung 40 Scan Bereich f r Agilent G2565CA 6 Referenz Spezifikationen zum Strichcode und Strichcodeetikett Strichcodespezifikationen f r Agilent Objekttr ger Der Scanner G2565CA liest Strichcodes die auf der aktiven Seite des Objekttr gers positioniert sind Um eine Abw rtskompatibilit t mit den Scanner der Serie G2565AA sicherzustellen haben Agilent Microarrays weiterhin Strichcodes auf beiden Seiten Das Etikett mit der Beschriftung Agilent markiert die aktive Seite das Etikett mit dem numerischen Wert die inaktive Seite Double barcoded slide example Inactive Glass Surface SIDE 1 D S gt N Ss D PS w Active Active Microarray Microarray Surface Surface SIDE 2 way Abbildung 41 Positionierung des Strichcodes f r Agilent Objekttr ger im Vergleich zur Microarray Oberfl che Strichcodespezifikationen f r Nicht Agilent Objekttr ger e Die maximale Dicke des Strichcodeetiketts betr gt 0 2 mm Stellen Sie sicher dass das Etikett keine Blasen wirft Kleben Sie keine neuen Etiketten auf alte Etiketten oder erneuern Sie Etiketten die sich
12. 5 um Tiff File dynamic range 16 bit Red PMT gain 100 Green PMT gain 100 XDR Ratio lt No XDR gt Output path cin Slide description Naming prefix 1 Instrument Serial gt Naming prefix 2 lt Siot gt Compress Tiff No Split rotate image No Abbildung 28 Profile Editor Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 63 4 Verwenden der Werkzeuge Beachten Sie dass das Profil lt default gt nicht aus der Liste entfernt werden kann Alle anderen Profile k nnen Sie l schen einschlie lich der Profile die Sie aus dem Profil lt default gt erstellt haben 2 3 W hlen Sie ein Profil zum Bearbeiten ndern Sie die Scan und Bildeinstellungen mit den in ndern von Einstellungen der Scan Tabelle auf Seite 50 und Nicht in der Scan Tabelle vorhandene Profileinstellun gen auf Seite 64 beschriebenen Optionen 4 Klicken Sie auf Save Erstellen eines neuen Profils Sie k nnen aus einem beliebigen vorhandenen Profil ein neues Profil erstellen indem Sie das vorhandene Profil unter einem neuen Namen speichern 1 2 W hlen Sie Tools gt Profile Editor W hlen Sie ein vorhandenes Profil aus das Sie als neues Profil speichern m chten Klicken Sie auf Save As um die vorhandene Datei unter einem neuen Namen zu speichern Geben Sie den Namen ein und klicken Sie auf Save ndern Sie die Scan und Bildeinstellungen mit den in ndern von Einst
13. Eine Schutzerdung ist f r die Sicherheit erforderlich ung ltig wird VORSICHT Wenn Sie den Microarray Scanner das erste Mal einschalten oder ihn an einen anderen Standort gestellt haben m ssen Sie sich vergewis sern dass die Spannungswerte korrekt eingestellt sind und die Span nungsquelle geerdet ist VORSICHT Agilent empfiehlt den Microarray Scanner auf einen stabilen Labortisch zu stellen Der Microarray Scanner selbst kann Vibrationen erzeugen und empfindlich auf externe Vibrationen reagieren VORSICHT Der Microarray Scanner kann empfindlich auf kondensierende Luft feuchtigkeit reagieren Befolgen Sie die in der Produktdokumentation genannten Sicherheitsvorkehrungen Weitere Informationen erhalten Sie unter Tipps zur Vermeidung von Problemen auf Seite 81 in Kapi tel 5 und Spezifikationen zur relativen Luftfeuchtigkeit finden Sie unter Seite 108 in Kapitel 6 16 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch Einf hrung 1 Arbeitsweise In diesem Abschnitt werden die Betriebsfunktionen des Agilent Microarray Scanner G2565CA beschrieben Positionierung der Objekttr ger Der Microarray Scanner kann in seinem herausnehmbaren Karussell bis zu 48 Objekttr ger der Gr e 76 mm x 26 mm aufnehmen W hrend eines Karusselldurchlaufs werden die Objekttr ger nacheinander in die Position zum Scannen gebracht gescannt und dann zur ck in das Karussell bef r
14. Emission Directive from 18 January 1991 Sound Pressure Lp lt 70 dB A at operator s position normal operation according to EN 27779 Type Test Die folgende Information wird in bereinstimmung mit den Anforderungen der Maschinenl rminformationsverordnung vom 18 Januar 1991 erteilt Schalldruckpegel am Arbeits platz bei normalem Betrieb Lp lt 70 dB A nach EN 27779 Typpr fung Recycling und Entsorgung Dieses Ger t kann am Ende seiner Lebensdauer recycelt werden Bitte entsorgen Sie dieses Ger t gem den lokalen Vorschriften Elektromagnetische St rungen Der Scanner ist zur Verwendung mit abgeschirmten Kabeln vorgesehen Erf llt die Anforderungen zur St raussendung f r Ger te der Klasse A gem EN 61326 1 Diese Ger te sind nicht zur Verwendung in Wohngebieten vorgesehen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 115 116 Referenz St rfestigkeit Canada Dieses Ger t erf llt die Anforderungen zur St rfestigkeit gem EN IEC 61326 1 f r nicht berwachte nicht gewerbliche Umgebungen Detaillierte Angaben erhalten Sie in der beiliegenden Konformit tserkl rung This ISM Industrial Scientific Medical device complies with Canadian ICES 001 Cet appareil ISM est conforme a la norme NMB 001 du Canada Sicherheitsinformationen Dieser Scanner erf llt die Anforderungen folgender Sicherheitsstandards CAN CSA C22 2 Safety Requi
15. Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 81 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Tipps zur Wartung der Hardwareleistung Vermeiden Sie es den Microarray Scanner umzustellen Wenn der Microarray Scanner umgestellt werden muss kann seine Leistung nachhaltig beeintr chtigt werden Hilfreiche Informationen zum Umstellen des Microarray Scanners erhalten Sie von Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter Stellen Sie den Microarray Scanner auf einen stabilen Labortisch Vermeiden Sie es sich auf den Microarray Scanner zu st tzen Um die Lebensdauer der Laser zu verl ngern k nnen Sie festlegen dass die Laser automatisch ein und ausgeschaltet werden Siehe Festlegen von Zeiten zum Ein Ausschalten der Laser auf Seite 71 in Kapitel 4 Geben Sie dem Laser nach dem Einschalten die M glichkeit zum Aufw rmen und Stabilisieren Die maximale Aufw rmphase betr gt 30 Minuten Halten Sie den Karussellboden mit einem Lappen und ohne L sungsmittel sauber Verwenden Sie kein Aceton oder sonstige L sungsmittel zum Reinigen Kommen Sie nicht mit dem Getriebe beim Karussell in Ber hrung WARNUNG Entfernen Sie die Abdeckungen nicht Versuchen Sie nicht die internen Komponenten zu reparieren oder auf diese zuzugreifen Andernfalls k nnten Sie sich selbst Hochspannung und gef hrlicher Laserstrahlung aussetzen 82 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungss
16. Microarray wird durch das Glas gescannt Stellen Sie sicher dass diese Regeln eingehalten werden wenn Sie den Objekttr ger ausrichten Agilent Objekttr ger verf gen ber zwei Strichcodes einem auf jeder Seite des Glases Siehe Abbildung 11 Normaler weise verf gen Nicht Agilent Objekttr ger nur ber einen Strichcode Platzieren Sie die Objekttr gerseite mit dem akti ven Microarray so dass sie nach oben in Richtung des Deckels des Halters zeigt Wenn bei einem Objekttr ger der Spot nicht auf der Seite des Objekttr gers mit dem Strichcode liegt kann der Scanner den Strichcode nicht lesen 28 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 VORSICHT Ein nicht ordnungsgem eingelegter Objekttr ger kann zu Besch digungen am Microarray Scanner f hren Double barcoded slide example Inactive Glass Surface SIDE 1 sH Sm se EE Sm N su m Active Active Microarray Microarray Surface Surface SIDE 2 wap by Abbildung 11 Beide Seiten des Objekttr gers 6 Lassen Sie das andere Ende des Objekttr gers los und lassen Sie es in den Halter fallen Der Objekttr ger kann leicht auf den Nasen an der Seite des Halters aufliegen Nase Abbildung 12 Objekttr ger f llt in den Halter Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 29 2 Erste Schritte 7 Dr cken Sie die Abdeckung
17. Ordner C Temp e Wenn Sie eine niedrige Leistung beobachten defragmentie ren Sie die Festplatte mit der Defragmentierungssoftware 78 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Regelm ige Hardwarewartung Die Ausf hrung dieser Aufgaben tr gt zur Sicherstellung der Leistung Ihres Microarray Scanners bei berpr fen der L ftung und des Luftfilters Eine hinreichende Bel ftung im Microarray Scanner ist f r einen ordnungsgem en Betrieb unerl sslich Verstopfte L ftungen und dreckige Luftfilter k nnen die Leistung nachhaltig beeintr chtigen L ftung L ftungen m ssen einmal w chentlich berpr ft werden um sicherzustellen dass sie nicht durch Staub Fremdk rper M bel oder sonstige Ger te blockiert werden Luftfilter Der Luftfilter im Microarray Scanner sollte wie folgt einmal monatlich auf Schmutz gepr ft werden 1 Schalten Sie den Microarray Scanner aus 2 ffnen und entfernen Sie an der rechten Seite des Microarray Scanners die Luftfilterabdeckung N Abnehmbare IN KO No Luftfilter A N abdeckung Abbildung 34 ffnen und Abnehmen der Luftfilterabdeckung 3 Entfernen Sie den Luftfilter aus dem T rgeh use und f hren Sie eine Sichtpr fung des Luftfilters durch Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 79 5 Wartung und Fehlerbehebung im Syste
18. Scan Vorgangs beeintr chtigen kann Tipps zur Vermeidung von Sch den am Scanner Halten Sie Fl ssigkeiten und D mpfe vom Microarray Scanner fern e Minimieren und berwachen Sie Temperaturschwankungen Setzen Sie den Microarray Scanner nicht direkter Sonneneinstrahlung aus Stellen Sie den Microarray Scanner nicht in der N he von Fenstern auf auch wenn diese ber Jalousien oder sonstigen Sichtschutz verf gen Durch direkte Sonneneinstrahlung kann sich das Geh use des Microarray Scanners ungleichm ig erhitzen wodurch Probleme bei der Ausrichtung der optischen Komponenten auftreten k nnen F hren Sie Scan Vorg nge nur aus wenn die Labortempera tur den Spezifikationen zur Betriebstemperatur f r den Mic roarray Scanner entspricht Um eine optimale Microarray Scannerleistung sicherzustellen nehmen Sie den Scanner nur in Betrieb wenn die angegebenen Temperaturbereiche eingehalten werden Siehe Microarray Scannerspezifikatio nen auf Seite 108 e berwachen Sie die Luftfeuchtigkeit Der Microarray Scanner kann empfindlich auf kondensie rende Luftfeuchtigkeit reagieren Um eine optimale Micro array Scannerleistung sicherzustellen nehmen Sie den Scanner nur in Betrieb wenn die angegebenen Luftfeuchtig keitsbereiche eingehalten werden Siehe Microarray Scan nerspezifikationen auf Seite 108 Vor dem ffnen der Verpackung ist eine 10 st ndige Temperaturanpassung vor Ort erforderlich Agilent
19. Software gelieferten Profile zu bearbeiten Das Profil dessen Einstellungen bei der Installation sichtbar sind Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 2 Farben Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 1 Farbe Agilent HD CGH CNV ChlIP Microarrays Agilent HD miRNA Microarrays Agilent G3 CGH CNV ChlIP Microarrays Basierend auf den vorhandenen Profilen k nnen auch neue Profile erstellt werden Sie m ssen m glicherweise Microarray Bereiche scannen die nicht standardm ig installiert sind Verwenden Sie den Scan Region Editor um neue Bereiche zu erstellen Um die Lebensdauer der Laser zu verl ngern k nnen Sie in diesem Dialogfeld festlegen dass die Laser zu bestimmten Zeiten automatisch ausgeschaltet werden Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge 4 Erstellen Bearbeiten von Profilen mit dem Profile Editor Bearbeiten eines vorhandenen Profils Sie k nnen vorhandene Profile bearbeiten und speichern Sie k nnen zudem ein vorhandenes Profil bearbeiten und die nderungen unter einem neuen Profilnamen speichern Siehe Erstellen eines neuen Profils auf Seite 64 1 W hlen Sie in der Men leiste Tools gt Profile Editor Abbildung 27 Profile Editor Current Profile lt Default gt Import Export B Description Default configuration settings g ii Dye channel R G Save As Scan region Agilent HD 61 x 21 6mm Scan resolution
20. bereits abl sen e Kleben Sie keine Strichcodeetiketten auf Objekttr ger deren Scan Bereich gr er als 61 mm ist Die Objekttr ger ID oder der Strichcode muss f r Objekttr ger deren Scan Bereich gr er als 61 mm ist manuell eingegeben werden 112 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Referenz 6 e Der Abstand zwischen der Kante des Microarray Scan Bereichs und des Strichcodeetiketts darf f r Objekttr ger mit Strichcode nicht kleiner als 4 mm sein Standard Scan Bereich Bereich f r das Strichcodeetikett gt 4 mm Abbildung 42 Strichcodepositionierung auf Nicht Agilent Objekttr gern e Die Breite des Strichcodeetiketts sollte etwa 6 mm betragen die empfohlene Breite des Strichcodeetiketts bezieht sich auf die Verwendung mit dem 61 mm Scan Bereich Gr ere oder l ngere Strichcodeetiketten k nnen verwendet werden wenn der Scan Bereich proportional vergr ert wird e Die Strichcodeetiketten sollten so schmal sein dass sie nicht gegen die Nasen der Objekttr gerhalter sto en e Die maximal zul ssige Neigung bei der Positionierung des Strichcodeetiketts auf dem Objekttr ger betr gt 3 Der Strichcode muss folgende Anforderungen erf llen e Der leere Bereich der Bereich zwischen der Kante des Etiketts und dem Anfang bzw Ende des Strichcodes ist mindestens 10 Mal so gro wie das X Ma auf jeder Seite des Str
21. dass die niedrigere Laserleis tung kompensiert wird Sie k nnen diese Warnhinweise zur cksetzen indem Sie Tools gt Reset Calibration Warnings w hlen 74 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge 4 Ist die n chste Kalibrierung auch nicht erfolgreich und werden die Warnungen erneut angezeigt sollten Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter wenden Extended Laser Calibration W hrend der normalen Kalibrierung der Laser wird nicht die maximale Leistung ermittelt Mit dem Werkzeug f r eine erweiterte Laserkalibrierung kann eine umfangreichere Pr fung des Lasersubsystems durchgef hrt werden Wenn Sie wie derholt Warnhinweise zur Laserkalibrierung erhalten kann das Agilent Supportteam Sie dazu auffordern das Werkzeug f r eine erweiterte Laserkalibrierung zu verwenden und anschlie end die Log Dateien mit den Ergebnissen per E Mail zu schicken Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 75 4 Verwenden der Werkzeuge Extended Laser Calibration 76 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Scan Control Software 8 5 Benutzerhandbuch 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Wartung Ihres Systems 78 Regelm ige Softwarewartung 78 Regelm ige Hardwarewartung 79 Tipps zur Vermeidung von Prob
22. der Netzspannung bereinstimmt 2 Wenn Sie Ihren PC Arbeitsplatz neu gestartet haben m ssen Sie eventuell den Microarray Scanner ausschalten und anschlie end wieder einschalten nachdem Windows neu gestartet wurde 3 Besteht das Problem weiterhin wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 Falls Sie ber eine Sicherungskopie Ihrer benutzerdefinierten ChipRegions ini Datei verf gen kopieren Sie diese in das Verzeichnis C Programme Agilent Microarray Mit einer Sicherungskopie von ChipRegions ini k nnen Sie den Verlust und eine erneute Erstellung benutzerdefinierter Scan Bereiche vermeiden 2 Falls Sie ber keine Sicherungskopie verf gen durchsuchen Sie den Ordner nach der Datei ChipRegions bak und benennen Sie sie in ChipRegions ini um 3 Sind beide Dateien nicht vorhanden installieren Sie das Scan Steuerungsprogramm erneut 4 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 103 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Tabelle 4 Fehlermeldungen Fortsetzung Fehlermeldung Beschreibung oder L sung Not enough disk space to create file PMT calibration may be unstable Using last known PMT setting PMT calibration lost Using factory default settings Slide skipped because it is outside the allowable thickness range or the selected scan region c
23. der Werkzeuge In diesem Kapitel erfahren Sie wie Sie Profile Gruppierungen von Scan Einstellungen Scan Bereiche und automatische Ein Ausschaltzeiten f r den Laser einrichten 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Dieses Kapitel beschreibt Wartungsverfahren und tipps sowie Fehlermeldungen f r die Behebung von Fehlern in Ihrem System 6 Referenz Dieses Kapitel enth lt Spezifikationen f r die Objekttr ger und Informationen zur Einhaltung rechtlicher Bestimmungen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 3 4 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Inhalt 1 Einf hrung 9 Ein leistungsstarkes Ger t f r Microarray Analysen 10 Systembeschreibung 11 Hardware und Softwarefunktionen 11 Teileliste 11 PC Systemanforderungen 12 Physische Beschreibung des Scanners 13 Vorbereiten des Ger testandorts 14 Sicherheitssymbole auf dem Scanner 15 Sicherheitsrichtliniien 16 Arbeitsweise 17 Positionierung der Objekttr ger 17 Laseranregung 17 Scannen 17 Fluoreszenzdetektion 18 Dunkelstromsubtraktion 18 2 Erste Schritte 19 Lizenzierung 20 Einl sen der Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 20 Installieren Ihrer Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 21 Lizenz f r Nicht Agilent Strichecodes 22 Inbetriebnahme des Scanners 23 Schritt 1 Einschalten des Agilent Microarray Scanners 23 Schritt 2 Einlegen der Objekttr ge
24. des Halters vorsichtig mit Ihrem Daumen nach unten um sie zu schlie en Abbildung 13 Schlie en der Abdeckung 8 Um die Abdeckung einzurasten schieben Sie sie vorsichtig mit Ihrem Daumen zur ck bis sie einrastet Abbildung 14 Einrasten der Abdeckung 30 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 1 Einschalten des Agilent Microarray Scanners 9 Pr fen Sie dass die Abdeckung des Halters ordnungsgem eingerastet ist Unter den seitlichen Nasen eingerastete Abdeckung Abbildung 15 Ordnungsgem eingerastete Abdeckung Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 31 2 Erste Schritte Schritt 3 Laden der Halter in das Karussell Wenn die Objekttr ger ordnungsgem in die Halter eingelegt wurden k nnen Sie die Halter in das Karussell laden Das Karussell ist so konzipiert dass die Halter problemlos richtig geladen werden k nnen Die Halter k nnen mit dem Karussell in den Scanner geladen oder aus dem Scanner entnommen werden Der Microarray Scanner scannt die 1 Laden Sie einen Halter in den Karussellsteckplatz 1 den Objekttr ger in der Reihenfolge in ersten Steckplatz im Uhrzeigersinn von der der sie erkannt werden w hrend Ausgangsposition das Karussell in die Richtung der Steckpl tze mit aufsteigender Nummerierung rotiert Im Legen Sie keinen Objekttr ger in den Ausgangsst
25. diesen erweiterten Bereich Dies erm glicht die Quantifizierung von hohen und niedrigen Frequenzen in einem einzigen Scan Vorgang Die Scan Steuerungssoftware erm glicht weiterhin konventionelles XDR 16 Bit Scannen wie nachfolgend beschrieben Die folgende Tabelle zeigt den Speicherplatz und die Scan Zeit f r einzelne und duale Scan Vorg nge f r die jeweilig gew hlte Aufl sung an d h f r einen dynamischen TIFF Bereich mit 16 Bit oder mit 20 Bit Der Scan Bereich betr gt 61 mm x 21 6 mm Die Statusleiste unten im Hauptfenster des Scan Steuerungs programms zeigt den gesch tzten Speicherplatz und die gesch tzte Laufzeit f r den kompletten Karusselldurchlauf Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch ndern der Scan Einstellungen 3 Tabelle 1 Speicherplatz und Scan Zeit f r einzelne und duale Scan Vorg nge f r den Agilent HD Scan Bereich 61 mm x 21 6 mm Aufl sung Speicherplatz Speicherplatz Scan Zeit MB 16 Bit MB 20 Bit min Einzeldurchgang mit2 1300 1600 20 Mikrometern Einzeldurchgang mit3 620 760 15 Mikrometern Einzeldurchgang mit5 200 300 8 Mikrometern Einzeldurchgang mit 10 52 115 8 Mikrometern Doppeldurchgang mit2 1300 1600 40 Mikrometern Doppeldurchgang mit3 620 760 30 Mikrometern Doppeldurchgang mit5 200 300 16 Mikrometern Duale Scan Vorg nge erfordern nicht mehr Speicherplatz als einzelne Scan Vorg nge aber dauern dopp
26. eingesetzt wird 2 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu 3 Besteht das Problem weiterhin wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Der Microarray Scanner ist 1 Pr fen Sie ob der PC Arbeitsplatz eingeschaltet ist eingeschaltet aber die gelbe Anzeige Pr fen Sie ob das USB Kabel mit dem PC Arbeitsplatz und dem Microarray leuchtet nach 20 Minuten noch Scanner verbunden ist 3 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Der Microarray Scanner ist eingeschaltet 1 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu und das Scan Steuerungsprogramm ist Der Microarray Scanner muss eingeschaltet sein bevor das Scan Steue ge ffnet aber der Scanner scannt nicht rungsprogramm gestartet wird Wenn Sie das Scan Steuerungsprogramm zuerst starten wird beim Einschalten des Scanners keine Verbindung herge stellt 2 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Ich verwende das 64 Bit Betriebssystem Aufgrund der Art und Weise wie Windows 7 Verbindungen zwischen dem von Windows 7 und ich erhalte die Scanner und dem PC verarbeitet m ssen Sie die Scan Steuerungssoftware Meldung Der Befehl hat das Zeitlimit beenden bevor Sie den Scanner ausschalten oder das USB Kabel vom Scanner berschritten trennen Anderenfalls wird die Meldung Der Befehl hat das Zeitlimit berschritten angezeigt Um dieses Problem zu beheben starten Sie Ihren Computer neu Agilen
27. sich vor dem Einbau an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Netzsicherungs halter Abbildung 37 Entfernen des Sicherungshalters f r das Netzteil berpr fen und Austauschen der Sicherung f r den roten Laser Kann der Microarray Scanner eingeschaltet werden aber ist der rote Laser weiterhin ausgeschaltet k nnen Sie die Lasersiche rung an der R ckseite des Ger ts problemlos berpr fen und austauschen 1 Ziehen Sie das Stromkabel ab 2 L sen Sie mit einem kleinen Schlitzschraubendreher die Schrauben der runden Kappe bis sie sich abnehmen l sst Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 91 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Lasersicherungs halter Abbildung 38 Lasersicherungshalter 3 Nehmen Sie den Sicherungshalter heraus und berpr fen Sie ob die Sicherungen intakt sind 4 Ist eine Sicherung durchgebrannt tauschen Sie diese mit einer Sicherung vom Typ T500mA 250 V Wechselstrom aus Teilenr 2110 0458 5 Bauen Sie den Sicherungshalter wieder ein und schrauben Sie die Kappe an Fehlerbehebung wenn sich der Arm zum automatischen Beladen ber dem Karussell befindet 1 Schalten Sie den Scanner aus 2 Drehen Sie das Karussell und dr cken Sie den Arm in die richtige Position Sollte dies nicht fun
28. 1 tf Barcode 16011535021652 Slot number 1 r Status Scanning a Progress Scan progress 9 Carousel progress 0 0 of 1 slides completed Abbildung 20 Dialogfeld Scan Progress Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Das Karussellprotokoll enth lt Scan Informationen und Meldungen zu Fehlern die w hrend des Karusselldurchlaufs aufgetreten sind Erste Schritte 2 Die Meldungen im Fenster Status des Dialogfelds Scan Progress enthalten Informationen zum Status des Scan Vorgangs und Karusselldurchlaufs Wenn der Karusselldurchlauf beendet ist wird im Feld Status die Meldung Carousel run completed angezeigt Am Ende eines Karusselldurchlaufs wird automatisch das Karussellprotokoll angezeigt AGILENT SCANNER CAROUSEL REPORT LOG Scanner SN US1470PPB1 Fri Apr 11 11 01 38 2008 Carousel run requested from Slot 1 to Slot 29 Total number of slide s detected 29 Scanned image D New Folder US1470PPB1_123456789012_S01 tif Scan completed Scanned image D New Folder US1470PPB1_251554817094_S01 tif Scan completed Scanned image D New Folder US1470PPB1_251554819356_S01 tif Scan completed Scanned image D New Folder US1470PPB1_251554819966_S01 tif Scan completed Abbildung 21 Karussellprotokoll Falls Sie das letzte Karussellprotokoll ffnen m chten nachdem Sie das
29. 1 x 21 6mm 1 3 Full Slide 71 x 21 6mm pie ilent HD 61 x 21 6mm Abbildung 24 Dropdownliste f r die Einstellungen des Scan Bereichs Die ge nderten Einstellungen werden in Fettschrift angezeigt Beschreibungen zu den Einstellungen dieser Spalten finden Sie unter Einstellungen der Scan Tabelle auf Seite 54 52 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch ndern der Scan Einstellungen 3 Zur cksetzen von Einstellungen der Scan Tabelle auf aktuelle Profilwerte Bei den Profilwerten die beim Zur cksetzen angezeigt werden handelt es sich um die urspr nglichen Werte des ausgew hlten Profils 1 Klicken Sie auf die Zelle n deren Einstellung en Sie zur cksetzen m chten Klicken Sie auf eine einzelne Zelle oder Klicken Sie auf eine Spalten berschrift oder Markieren Sie mehrere Zellen in einer Spalte um zusammenh ngende Zellen auszuw hlen oder Dr cken Sie Strg und w hlen Sie mehrere nicht zusammenh ngende Zellen in einer Spalte aus oder Klicken Sie auf die berschrift Slot in der oberen linken Ecke der Tabelle um alle Zellen in der Scan Tabelle zu markieren 2 Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf den markierten Bereich und w hlen Sie Reset to Profile Value Reset to Profile Value Fit Columnis to Window Best Fit Column Sizes Refresh Table Abbildung 25 Kontextmen zum Zur cksetzen aller markierten Einstellungen auf ihre urspr
30. 15 elektromagnetische St rungen 115 Recycling und Entsorgung 115 Initialisierungsprozess 24 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 121 Index K Karussell Abdeckung 33 Einlegen der Objekttr ger in 26 Fehlerbehebung f r den Arm zum automatischen Beladen 92 Laden der Halter in 32 Protokoll 46 Pr fen auf Strichcodes und leere Steckpl tze 55 Starten des Durchlaufs 44 Karusselldurchlauf 36 Karussellprotokol Anzeigen nach dem Karusselldurchlauf oder w hrenddessen 46 Definition Beispiel 45 L Laser automatisches Ausschalten 39 automatisches Ein Ausschalten 71 Einstellungen zum automatischen Ein Ausschalten 62 manuelles Ein Ausschalten 73 berpr fen oder Austauschen der Sicherungen 91 verwendete Arten 17 Laseranregung 17 Lasersicherung Austauschen 91 leere Steckpl tze Pr fen auf 55 Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 20 Lizenz f r Nicht Agilent Strichcodes 22 Lizenzierung hochaufl sendes Scannen 20 Nicht Agilent Strichcode 22 Luftfeuchtigkeit 81 Luftfilter Reinigen 80 berpr fen 79 Netzsicherungen 90 Netzwerklaufwerk 43 59 86 Nicht Agilent Objekttr ger Erstellen des Scan Bereichs 67 0 Objekttr ger Beschreibung f rs Scannen 59 Einlegen in das Karussell 26 Einlegen in die Halter 26 Entfernen 37 Scannen 36 Spezifikationen 111 Stau 87 Objekttr ger ID 54 Objekttr gerspezifikationen Glasobje
31. Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Scan Steuerungssoftware 8 5 mit hochaufl sender SureScan Technologie Benutzerhandbuch Juni 2010 Verwendung ausschlie lich f r Forschungszwecke Nicht f r Diagnoseverfahren geeignet RE Agilent Technologies Hinweise Agilent Technologies Inc 2010 Gem der Urheberrechtsgesetzgebung in den USA darf dieses Handbuch auch nicht auszugsweise ohne vorherige Vereinba rung und schriftliche Genehmigung seitens Agilent Technologies Inc vervielf ltigt wer den darunter f llt auch die Speicherung auf elektronischen Medien sowie die berset zung in eine Fremdsprache Handbuch Teilenummer 62505 92021 Ausgabe Juni 2010 Gedruckt in USA Agilent Technologies Inc 5301 Stevens Creek Blvd Santa Clara CA 95051 USA Windows ist eine in den USA eingetragene Marke der Microsoft Corporation Pentium ist eine in den USA eingetragene Marke der Intel Corporation Garantie Das in diesem Dokument enthaltene Material wird im vorliegenden Zustand zur Verf gung gestellt und kann in zuk nftigen Ausgaben ohne vorherige Ank ndigung ge ndert werden Agilent Technologies ber nimmt keinerlei Gew hrleistung f r die in dieser Dokumentation enthalte nen Informationen insbesondere nicht f r deren Eignung oder Tauglich keit f r einen bestimmten Zweck Agi lent Technologies bernimmt keine Haftung f r Fehler die in diesem Dokument enthalten sind und f r
32. Bildern genutzten Speicherplatz reduzieren indem Sie die TIFF Dateien komprimieren Der verwendete Komprimierunsalgorithmus LZW reduziert den Speicherplatz um 20 bis 70 Prozent Einige Analyseprogramme ben tigen Daten von um 90 Grad gedrehten einfarbigen Bildern Wenn Sie die Option Split Rotate auf Yes setzen wird die Farbdatei in zwei Farbdateien geteilt und die Bilder werden um 90 Grad gedreht und gespiegelt Im Folgenden wird ein Beispielbild gezeigt meco gt m O m gt Die geteilten Dateien haben nun die Namen FileName_green und FileName_red wobei FileName f r den Namen steht der der Datei vor der Teilung automatisch zugewiesen wurde Wenn Sie nur einen Farbstoffkanal f r Ihre Ausgabedatei gew hlt haben m ssen Sie diese Option auch w hlen wenn die Datei nur gedreht aber nicht geteilt werden muss Diese Option steht nur f r Scan Vorg nge mit einem dynamischen 16 Bit TIFF Bereich zur Verf gung Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge Erstellen Bearbeiten von Scan Bereichen mit dem Scan Region Editor Der Scan Bereich legt den zu scannen den Bereich des Objekttr gers fest Je gr er der Bereich desto l nger die Scan Zeit Faktoren wie z B die Posi tionierung und Gr e des Strichcode etiketts und Bereiche mit Mattglas beeinflussen den Scan Bereich Falls Sie Nicht Agilent Objekttr ger verwen
33. Compress Tiff lt Scan DateTime gt Split rotate image gSlot gt Customize gt Slide ID Ist diese Option ausgew hlt wird der Eintrag in der Zelle Slide ID f r den Dateinamen verwendet Steht der Eintrag lt Auto detect gt in der Zelle Slide ID wird der Strichcode f r den Dateinamen verwendet Slot Die Nummer des Steckplatzes in dem sich der gescannte Objekttr ger befindet Scan DateTime Ist diese Option ausgew hlt werden Datum und Uhrzeit im Format YYYYMMDDHHMM verwendet Customize Geben Sie ein benutzerdefiniertes Pr fix ein wenn Sie Customize w hlen h chstens 36 Zeichen ber das Scan Steuerungsprogramm wird die Scan Nummer automatisch zugewiesen Das Programm vergleicht den Dateinamen eines neuen Scan Vorgangs mit denen im gew hlten Datenverzeichnis Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 65 4 66 Verwenden der Werkzeuge Compress TIFF Split rotate image Ist Prefix1_Prefix2 eindeutig wird die Scan Nummer auf S01 gesetzt Bei einer bereinstimmung wird die Scan Nummer so lange erh ht bis der Dateiname eindeutig ist Beispiel US4510PP02_251485023883_S03 tif Instrument Serial US4510PPO2 e Slide ID 251485023883 e ScanNumber S03 Es handelt sich um die dritte Scan Datei im Verzeichnis mit den gleichen Angaben f r Instrument Serial und Slide ID Sie k nnen den von den Scan
34. Dialogfeld Scan Progress geschlossen haben finden Sie das Protokoll unter folgendem Pfad C Programme Agilent Microarray Logs CarouselRunLog htm Die Datei wird jedes Mal berschrieben wenn ein neuer Karusselldurchlauf gestartet wird Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 45 2 Erste Schritte Weitere Informationen finden Sie im Schnellstarthandbuch der Merkmalsextraktionssoftware in Ihren Scannerunterlagen Nachdem der Durchlauf beendet ist k nnen Sie die Objekttr ger entnehmen Siehe Schritt 5 Entfernen der Objekttr ger auf Seite 37 Anzeigen des Karussellprotokolls w hrend eines Durchlaufs Sie k nnen das Karussellprotokoll jederzeit w hrend des Karusselldurchlaufs anzeigen Klicken Sie im Dialogfeld Scan Progress auf View Report Pr fen der Daten nach dem Karusselldurchlauf oder w hrenddessen e Nachdem die Daten f r einen Scan Vorgang bertragen wurden k nnen Sie die Datei in der Agilent Merkmals extraktionssoftware oder einem anderen Programm anzei gen Falls Sie FE 10 x auf der Festplatte eines anderen PCs installiert haben m ssen Sie die Bilddateien nach dem Durchlauf auf dieses Laufwerk bertragen Siehe Schritt 5 bertragen von Dateien und Archivieren von Daten auf Seite 48 Abbrechen eines Scan Vorgangs Sie k nnen den Scan Vorgang oder den Karusselldurchlauf jederzeit anhalten Klicken Sie im Dialogfeld
35. Fehlermeldungen auf Falls Ihnen eine Fehlermeldung angezeigt wird die nicht aufgef hrt ist und Sie das Problem nicht beheben k nnen f hren Sie folgende Schritte aus 1 2 3 Notieren Sie sich die Fehlermeldung Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu L st Schritt 2 das Problem nicht f hren Sie folgende Schritte aus a Starten Sie den PC Arbeitsplatz neu b Schalten Sie den Microarray Scanner aus und anschlie end wieder ein c Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu L st Schritt 3 das Problem nicht wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter 106 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Microarray Scannerspezifikationen Objekttr gerspezifikationen Informationen zu rechtlichen Bestimmungen Pr fen der Eingangsspannung Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Scan Control Software 8 5 Benutzerhandbuch 6 Referenz Microarray Scannerspezifikationen 108 Objekttr gerspezifikationen 111 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen 115 Pr fen der Eingangsspannung 118 Dieses Kapitel enth lt Spezifikationen Informationen zu rechtlichen Bestimmungen und Anweisungen zum Pr fen der Spannung falls das Ger t umgestellt wird In diesem Abschnitt werden die Spezifikationen f r den Microarray Scanner beschrieben Weitere Informationen zu den Spezifikationen f r den PC Arbeitsplatz finden Sie im Benutzerhandbuch des PCs I
36. GB verf gbarer Plattenspeicherplatz f r Programme und Datengenerierung Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch Physische Beschreibung des Scanners Vorderansicht des Scanners Einf hrung L ftung und Abdeckung Abdeckung Statusanzeige Poren ee Ein Aus Schalter Abbildung 2 Microarray Scanner Vorderansicht Ansicht von oben auf den Scanner Arm zum Abdeckung Hinweis aufkleber Karussell tr ger automatischen Beladen Abbildung 3 Microarray Scanner Ansicht von oben Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch 13 1 Einf hrung R ckansicht des Scanners L ftung Netzsicherungshalter Netzspannung Anzeigefenster Netzspannungseinstellung USB Anschluss Lasersicherungshalter Abbildung 4 Microarray Scanner R ckansicht Vorbereiten des Ger testandorts Stellen Sie sicher dass in der Umgebung die Microarray Scannerspezifikationen auf Seite 108 aus Kapitel 6 erf llt sind Wenn Sie Fragen haben wenden An iR Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter oder besuchen Stellen Sie Sie uns auf www agilent com sicher dass gen gend Platz chem dnasupport f rdas ffnen und Schlie en der Abdeckung vorhanden ist Stellen Sie das Ger t auf einen stabilen Labortisch 14 Agile
37. Scan Tabelle Wenn Sie keine Einstellungen in der ber das ausgew hlte Profil erzeugten Scan Tabelle ndern m ssen warten Sie bis die Meldung Scanner status anzeigt dass der Scanner betriebsbereit ist und fahren Sie mit Schritt 4 Starten des Karusselldurchlaufs auf Seite 44 fort 1 Klicken Sie auf die Zelle n deren Einstellung en Sie ndern m chten Klicken Sie auf eine einzelne Zelle oder Klicken Sie auf eine Spalten berschrift oder Markieren Sie mehrere Zellen in einer Spalte um zusammenh ngende Zellen auszuw hlen Rechts neben der ersten ausgew hlten Zelle wird ein Pfeil angezeigt Dr cken Sie Strg und w hlen Sie mehrere nicht zusam menh ngende Zellen in einer Spalte aus Rechts neben der letzten ausgew hlten Zelle wird ein Pfeil angezeigt 2 W hlen Sie aus der Liste eine neue Einstellung aus Die neue Einstellung wird in Fettschrift angezeigt Scan Region F Agilent HD 61 x 21 6mm ri3 Full Slide 71 x 21 6mm pi ilent HD 61 x 21 6mm In der Statuszeile unten im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms wird die gesch tzte Gesamtdateigr e und Laufzeit angezeigt Beachten Sie dass gen gend Speicherplatz auf dem C Laufwerk f r w hrend des Scan Vorgangs erzeugte tempor re Dateien vorhanden sein muss ber schreitet die gesch tzte Bildgr e zuz glich der Dateigr e den verf gba ren Speicherplatz wird der Karusselldurchlauf vom Scanner nicht freigegeben 42 Agilent M
38. Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Inhalt Festlegen von Zeiten zum Ein Ausschalten der Laser 71 Aktivieren der Funktion f r das automatische Ein Ausschalten der Laser 71 Manuelles Ein Ausschalten der Laser 73 Weitere Werkzeuge 74 Unlock Door 74 Reset Calibration Warnings 74 Extended Laser Calibration 75 5 Wartung und Fehlerbehebung im System 77 Wartung Ihres Systems 78 Regelm ige Softwarewartung 78 Regelm ige Hardwarewartung 79 Tipps zur Vermeidung von Problemen 81 Fehlerbehebung in Ihrem System 83 Technischer Support 84 H ufig gestellte Fragen FAQs 86 Fehlerbehebung bei der Hardware 88 Verwenden von HyperTerminal zur Erfassung von Diagnosedaten 93 Fehlerbehebung bei der Software 97 Microarray Scannerfehlermeldungen 99 6 Referenz 107 Microarray Scannerspezifikationen 108 Objekttr gerspezifikationen 111 Scan Ma e 111 Glasspezifikationen 111 Spezifikationen zum Strichcode und Strichcodeetikett 112 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen 115 Pr fen der Eingangsspannung 118 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 7 Inhalt 8 berpr fen der Eingangsspannung 118 ndern der Spannungseinstellung 119 Index 121 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Ein leistungsstarkes Ger t System beschreibung Arbeitsweise Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Sca
39. Sie bei der Montage des Karussells darauf dass Sie mit dem Karussell nicht gegen den Arm zum automatischen Beladen des Karussells sto en Dadurch kann es zu Ausrichtungsfehlern kommen VORSICHT Wenn Sie das Karussell manuell drehen m ssen machen Sie dies nur wenn das Ger t ausgeschaltet ist Andernfalls kann es zu Besch digungen am Ger t kommen 5 Optional Positionieren Sie den Karusselldeckel ber das Karussell bis die zwei seitlichen Nasen einrasten Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 33 2 Erste Schritte Nasen Ausgangs steckplatz Abbildung 17 Karusselldeckel 6 Schlie en Sie die Abdeckung des Scanners Sie k nnen folgende Aufgaben nicht ausf hren solange die Abdeckung nicht geschlossen ist Den Scanner initialisieren Nach leeren Steckpl tzen im Karussell suchen Strichcodes vor dem Karusselldurchlauf lesen Einen Karusselldurchlauf starten Starre Ausrichtungsstifte L cher f r die starren Ausrichtungsstifte Bewegliche Ausrichtungsstifte L cher f r die beweglichen Ausrichtungsstifte Abbildung 18 Ausrichtungsstifte und L cher im Scanner und Karussell 34 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 1 Einschalten des Agilent Microarray S ier e S Falls eine Fehlermeldung im Karussellprotokoll erscheint die auf eine Betriebsunterbrechun
40. Vorgang werden in der Meldung Status im Dialogfeld Scan Progress angezeigt e Fehlermeldungen werden w hrend des Karusselldurchlaufs im Karussellprotokoll erfasst Siehe Anzeigen des Karussellprotokolls w hrend eines Durchlaufs auf Seite 46 in Kapitel 2 Wir empfehlen dass Sie das Protokoll zumindest nach dem ersten Scan Vorgang und nach Abschluss des Karusselldurchlaufs berpr fen Das Protokoll wird automatisch am Ende eines Karusselldurchlaufs erstellt Fehlerbehebung bei Fehlermeldungen Das Agilent Microarray Scannersystem erzeugt Fehlermeldun gen um Sie bei der Behebung m glicher Probleme zu unterst t zen Viele der Fehlermeldungen bieten eine L sung im Textfeld an befolgen Sie die Anweisungen Die folgende Tabelle f hrt einige der Fehlermeldungen auf die ohne Anweisungen angezeigt werden Die Beschreibungen enthalten Informationen die Ihnen bei der L sung des Problems helfen k nnen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Tabelle 4 Fehlermeldungen Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Fehlermeldung Beschreibung oder L sung Application Is Already Running Autofocus error Did not detect two reflective surfaces during home Autofocus error No PSD signal is detected Make sure there is a slide in the chip holder Autofocus was unable to retain focus as it travelled to the scan start position Cannot eject chip There is
41. already a chip in the slot Es k nnen nicht zwei Kopien des Scan Steuerungsprogramms gleichzeitig ausgef hrt werden F hren Sie folgende Schritte aus 1 Pr fen Sie ob der Objekttr ger ordnungsgem in den Halter eingesetzt wurde Siehe Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter auf Seite 26 oder versuchen Sie es mit einem anderen Objekttr gerhalter 2 berpr fen Sie ob der Objekttr ger den Agilent Spezifikationen entspricht Siehe Objekttr gerspezifikationen auf Seite 111 3 Besteht das Problem f r diesen Objekttr ger weiterhin ist vielleicht etwas mit dem Objekttr ger nicht in Ordnung 4 W hlen oder erzeugen Sie ggf einen geeigneten Scan Bereich Bei einigen Nicht Agilent Objekttr gern mit halbtransparenten oder undurchsichtigen Umrandungen kann es sein dass der Scan Bereich zu nahe am undurchsichtigen Bereich des Glases liegt Siehe Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor auf Seite 68 5 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 Pr fen Sie ob der Objekttr ger ordnungsgem in den Halter eingesetzt wurde Siehe Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter auf Seite 26 2 berpr fen Sie ob der Objekttr ger den Agilent Spezifikationen entspricht Siehe Objekttr gerspezifikationen auf Seite 111 3 Besteht das Problem f r diesen Objekttr ger weiterhin ist vielleicht etwas mit dem Ob
42. can Vorgang oder Karusselldurchlauf W hlen Sie den Steckplatz bzw die Steckpl tze aus dessen Farbstoffkanal Sie ndern m chten Klicken Sie auf den Abw rtspfeil neben der Auswahl W hlen Sie aus der Liste eine Einstellung f r den Farbstoffkanal aus Siehe Dye channel auf Seite 55 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 105 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Tabelle 4 Fehlermeldungen Fortsetzung Fehlermeldung Beschreibung oder L sung You must close the door first Warning The laser power does not fall within expected thresholds Please contact an Agilent representative Die Initialisierung des Microarray Scanners und Scan Vorg nge k nnen bei ge ffneter Abdeckung des Microarray Scanners nicht durchgef hrt werden Schlie en Sie die Abdeckung Warten Sie die erforderliche Aufw rmphase ab etwa 30 Minuten wenn die Statusmeldung des Scan Steuerungsprogramms Status Ready lautet Sie k nnen diesen Warnhinweis mit dem Werkzeug Reset Calibration Warnings zur cksetzen Siehe Weitere Werkzeuge auf Seite 74 Wird dieser Warnhinweis weiterhin oder erneut angezeigt wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Das Scan Steuerungsprogramm skaliert die TIFF Datei so dass die niedrigere Laserleistung kompensiert wird Nicht in der Tabelle aufgef hrte Fehlermeldungen Die Tabelle f hrt nicht alle m glichen
43. chnelles hochwertiges auto matisches Scannen von Microarrays Abbildung 1 Agilent Microarray Scanner G2565CA Jeder Objekttr ger wird innerhalb von Minuten ausgelesen und die Dateien werden f r die Merkmalsanalyse vorbereitet 10 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch Systembeschreibung Einf hrung 1 Dieser Abschnitt enth lt Aufz hlungen der Hardware und Softwarefunktionen Teile und PC Anforderungen sowie eine physische Beschreibung des Scanners und Informationen zur Standortvorbereitung und Sicherheit Hardware und Softwarefunktionen Teileliste Der Microarray Scanner hat folgende Funktionen e Interne und externe Funktion zum Lesen von Strichcodes e Dynamischer Autofokus e Automatische Kalibrierung der PMT Verst rkung vor jedem Scan Vorgang e Kontinuierliche Stabilisierung der Laserleistung e 2 3 5 oder 10 Mikrometer Pixelgr e e Dynamischer Bereich von gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge im 16 Bit Scan Modus gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge im 20 Bit Scan Modus und gt 10 f r duale Scan Vorg nge im 16 Bit Scan Modus XDR e Komprimierung von TIFF Bilddateien Spezifikationen zum Sicherstellen einer Gleichm igkeit von lt 5 VK Variationskoeffizient Die Scan Steuerungssoftware erm glicht die Auswahl des Farbstoffkanals Fluoreszenz des Scan Bereichs der Aufl sung des dynamischen Bereichs der PMT Verst rkung und des Ausgab
44. d anschlie end die Objekttr ger aus den Haltern entfernen 1 Optional Nehmen Sie das Karussell aus dem Scanner Nehmen Sie das Karussell nicht heraus wenn sich der Arm zum automatischen Beladen des Karussells ber dem Karus sell befindet Folgen Sie stattdessen den Anweisungen unter Fehlerbehebung wenn sich der Arm zum automatischen Beladen ber dem Karussell befindet auf Seite 92 2 Nehmen Sie die Halter aus dem Karussell 3 Nehmen Sie die Objekttr ger aus den Haltern a Halten Sie den Halter f r die Objekttr ger mit den Seiten nach oben auf denen das Agilent Logo abgebildet ist b Legen Sie einen Daumen auf die Mitte der Abdeckung des Halters c Dr cken Sie die Abdeckung vorsichtig nach unten und schieben Sie sie in Richtung Vorderseite des Halters bis sie entriegelt ist Entriegelte Abdeckung des Halters f r Objekt tr ger Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 37 2 Erste Schritte d Dr cken Sie das Ende des Objekttr gers mit dem Strichcode von der Unterseite des Halters nach oben um Fingerabdr cke in dem Bereich mit der Probe zu vermeiden e Fassen Sie den Objekttr ger an den Seiten an und entnehmen Sie ihn aus dem Halter Von unten dr cken Abbildung 19 Ordnungsgem es Entfernen des Objekttr gers 38 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 6 Fes
45. den k nnen Sie benutzerdefinierte Scan Bereiche definieren oder den Maximalbereich von 71 mm x 21 6 mm f r einen Scan Bereich festlegen Der neue Bereich wird als Auswahl in der Scan Tabelle und im Profile Editor angezeigt Starten des Scan Region Editors Im Hauptfenster der Scan Steuerungssoftware e W hlen Sie in der Men leiste Tools gt Scan Region Editor Abbildung 27 Agilent Technologies Scan Region Editor 21x Eile Help DIEIX Scanner G2505C i a ET en i a o o r Sl H Y i e Da T K Scan Region H 3 10 1 90 E Min upper left comer 1 G S H Max lower right comer F 74 20 23 50 N Slide Slide Holder FastMiddle Fast7Imm PGWTest PGWTest2 10 90 1 30 1 30 1 30 61 00 71 00 61 00 61 00 2 00 2 00 2 00 2 00 z Abbildung 29 Scan Region Editor Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 67 4 4 Verwenden der Werkzeuge Im Startmen e W hlen Sie in der Taskleiste Start gt Programme gt Agilent Life Sciences gt Scan Region Editor W hrend der Scanner in Betrieb ist k nnen Sie nicht auf das Men element Scan Region Editor im Hauptfenster zugreifen Neue Scan Bereiche k nnen Sie nur ber das Startmen erstellen und bearbeiten Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor Beim Erstellen eines neuen Scan Bereichs oder Verwenden von vorhandene
46. dert Laseranregung Der Microarray Scanner arbeitet mit zwei Lasern einem SHG YAG Laser 532 nm und einem Helium Neon Laser 633 nm Die Laser regen mit Cyanine 3 Cy 3 und Cyanine 5 Cy 5 markierte RNA oder DNA an um die Fluoreszenz nach der Hybridisierung der Zielnukleins ure auf den Microarray Sonden zu messen Farbstoffe die Cy 3 und Cy 5 hneln wie z B die Farbstoffe Alexa 647 555 und 660 k nnen ebenfalls verwendet werden Der Microarray Scanner wurde f r einen gro en St rabstand in den Emissionsbanden Cy 3 550 610 nm und Cy 5 650 750 nm optimiert mit einem weiten Dynamikbereich bis zu f nf Zehnerpotenzen und geringem spektralem bersprechen Dies erm glicht die Messung von zahlreichen Zielkonzentrationen und sorgt f r eine h here Datenzuverl ssigkeit bei niedrigeren Frequenzen Scannen Die Lasererregung wird schnell ber das Microarray vor und zur ck gescannt Der dynamische Autofokus zur Nachverfol gung sorgt daf r dass das Microarray immer in der Brennebene der Scan Linse positioniert ist um Gleichm igkeit beim Scan nen sicherzustellen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch 17 1 18 Einf hrung Fluoreszenzdetektion Die Fluoreszenz von den markierten Proben wird durch einen Hochleistungs PMT in ein elektrisches Signal umgewandelt Verst rker mit niedrigen Frequenzen und digitale Integratoren verarbeiten das PMT Signal z
47. die Kommunikation Deaktivieren Sie die Firewall e Wenn Sie Ihren PC Arbeitsplatz neu gestartet haben m ssen Sie eventuell den Microarray Scanner ausschalten und anschlie end wieder einschalten nachdem Windows neu gestartet wurde 102 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tabelle 4 Fehlermeldungen Fortsetzung Fehlermeldung Beschreibung oder L sung Error ejecting chip The chip was ejected into the home slot Failed to communicate with connection manager Lasers never became ready Missing or corrupt ChipRegions ini file F hren Sie folgende Schritte aus 1 Schalten Sie den Scanner aus 2 ffnen Sie die Scannerabdeckung 3 Drehen Sie das Karussell manuell bis der Ausgangssteckplatz nicht mehr vom Arm zum automatischen Beladen blockiert wird 4 Nehmen Sie den Objekttr ger aus dem Ausgangssteckplatz 5 Dr cken Sie den Arm vorsichtig bis zum Anschlag in den Scanner zur ck 6 Besteht das Problem weiterhin wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 Starten Sie den PC Arbeitsplatz neu 2 Schalten Sie den Microarray Scanner aus und anschlie end wieder ein 3 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm nach einigen Minuten neu F hren Sie folgende Schritte aus 1 berpr fen Sie ob die Zahl im Spannungswahlschalter auf der R ckseite des Scanners mit
48. durchgang mit 40 2 Mikrometern Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 109 110 Referenz Dynamischer Bereich Tabelle 5 Scan Zeit f r einzelne und duale Scan Vorg nge f r den Agilent HD Scan Bereich 61 mm x 21 6 mm Aufl sung Scan Zeit min Doppeldurchgang mit 30 3 Mikrometern Doppeldurchgang mit 16 5 Mikrometern Dynamischer 16 Bit Bereich von gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge Dynamischer 20 Bit Bereich von gt 10 f r einzelne Scan Vorg nge Erweiterter dynamischer Bereich eXtended Dynamic Range XDR von gt 10 f r duale Scan Vorg nge Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 6 Referenz 111 1 9 21 6 Y tere rechte Glasseite ist der le un ter und d Millime 76 2 0 25 1 4 din Referenzpunkt Der Scan Bereich ist in Abbildung 40 dargestellt Alle Angaben sin ionen ikat NVES Att l tltl lt gerspezi Scan Ma e jege7 sposJeg Die genauen Spezifikationen f r das Glas lauten wie folgt 61 0 das Karussell zu setzen und herauszunehmen lten Objekttr ger Diese Halter sind f r Glasobjekttr ger der Standardgr e 76 mm x 26 mm vorgesehen 60 0 ine gespiege Ke e Hohe Qualit t mit geringer Eigenfluoreszenz e Brechungsindex von 1 510 bis 1 515 1croarrays n 25 4 mm breit 0
49. eckplatz Der Ausgangssteckplatz ist breiter als die anderen Steckpl tze und ist mit Home beschriftet Karusselldurchlauf werden leere Steckpl tze bersprungen 32 2 Stellen Sie sicher dass das spitz zulaufende Ende des Halters auf die Mitte des Karussells zeigt 3 Stellen Sie sicher dass der Halter fest im Karussellsteckplatz sitzt Spitz zulau fende Enden zeigen auf die Mitte Ausgangs steckplatz Steck platz 1 Abbildung 16 Karussell VORSICHT Eine unsachgem e Platzierung der Halter im Karussell kann zu schweren Besch digungen am Microarray Scanner f hren Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 4 Ist das Karussell bereits montiert gehen Sie zu Schritt 5 Ansonsten montieren Sie das Karussell Falls Sie die Halter in ein Karussell gesteckt haben das aus dem Microarray Scanner herausgenommen wurde f hren Sie folgende Schritte aus um das Karussell wieder einzubauen a Montieren Sie das Karussell so dass die Ausrichtungs stifte auf dem Karusselltr ger im Microarray Scanner in die L cher im Karussell passen Richten Sie das das Karussell so aus dass der D f rmige Stab in der Mitte des Karusselltr gers in das D f rmige Loch im Karussellboden passt und setzen Sie das Karussell vorsichtig gerade nach unten in den Scanner ein b Stellen Sie sicher dass das Karussell fest montiert ist VORSICHT Achten
50. eibung der gescannten Objekttr ger Diese Informationen Description sind in der Datei enthalten die in der Merkmalsextraktionssoft ware angezeigt werden kann Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 59 3 ndern der Scan Einstellungen 60 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Scan Control Software 8 5 Benutzerhandbuch 4 Verwenden der Werkzeuge Erstellen Bearbeiten von Profilen mit dem Profile Editor 63 Erstellen Bearbeiten von Scan Bereichen mit dem Scan Region Editor 67 Festlegen von Zeiten zum Ein Ausschalten der Laser 71 Weitere Werkzeuge 74 Wenn Sie ein Profil oder einen Scan Bereich erstellen bzw bearbeiten oder Zeiten f r das automatische Ausschalten der Laser festlegen m chten k nnen Sie die Werkzeuge im Men Tools verwenden In diesem Kapitel wird beschrieben wie Sie diese Werkzeuge verwenden Tools Help Profile Editor Scan Region Editor Laser Auto ONJOFF Settings Log File Finder Abbildung 27 Men Tools SEE Agilent Technologies 61 4 62 Verwenden der Werkzeuge Profile Editor lt Default gt AgilentHD_GX_2Color AgilentHD_GX_1Color AgilentHD_CGH AgilentHD_miRNA AgilentG3_CGH Scan Region Editor Lasers Auto On Off Settings Der Profile Editor erm glicht es Ihnen die Einstellungen f r alle mit der
51. eichern um die Datei unter Scanner ht zu speichern und schlie en Sie das Fenster 9 Klicken Sie auf Ja wenn Sie gefragt werden ob Sie die bestehende Verbindung beenden m chten 10 Erstellen Sie eine Verkn pfung mit dem Namen Scanner ht auf dem Desktop a Klicken Sie auf Start gt Programme gt Zubeh r gt Kommunikation b Klicken Sie im HyperTerminal Untermen mit der rechten Maustaste auf Scanner ht Beachten Sie dass ein HyperTerminal Untermen im Men Kommunikation hinzugef gt wurde Klicken Sie nicht mit der rechten Maustaste auf das HyperTerminal Programm symbol im oberen Teil des Men s c Klicken Sie im Kontextmen auf Verkn pfung erstellen d Klicken Sie auf Verkn pfung mit Scanner ht und ziehen Sie die Option auf den Desktop Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 95 5 Wartung und Fehlerbehebung im System 11 Starten Sie eine HyperTerminal Sitzung zum Aufzeichnen von Text a a o oS D 5 Doppelklicken Sie auf das Symbol Scanner ht auf dem Desktop Klicken Sie auf bertragung gt Text aufzeichnen Klicken Sie auf Durchsuchen Suchen Sie im Dialogfeld Datei zum Aufzeichnen ausw hlen nach dem Laufwerk E Erstellen Sie einen neuen Ordner mit dem Namen Support Erstellen Sie im Ordner Support einen neuen Ordner und nennen Sie ihn HyperTerminal Capture Files Geben Sie im Ordner HyperTerminal Capture Files den Dateinamen Capture y
52. ellungen der Scan Tabelle auf Seite 50 und Nicht in der Scan Tabelle vorhandene Profileinstellun gen auf Seite 64 beschriebenen Optionen Klicken Sie auf Save Nicht in der Scan Tabelle vorhandene Profileinstellungen Naming prefix 1 und Naming prefix 2 Die folgenden Einstellungen sind nicht in der Scan Tabelle enthalten Diese Parameter gelten f r alle Scan Vorg nge im Karusselldurchlauf F r Standard Scan Vorg nge wird der Dateiname im Scan Steuerungsprogramm aus drei Namensbestandteilen gebildet Prefix1_Prefix2_ScanNumber tif 64 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge 4 F r XDR Scan Vorg nge wird dem Dateinamen ein zus tzliches Segment _H oder _L hinzugef gt um XDR Hi Bilder von XDR Lo Bildern zu unterscheiden Prefix1_Prefix2_ScanNumber_H tif Prefix1_Prefix2_ScanNumber_L tif Bei der standardm igen Angabe f r Prefix1 handelt es sich um die Option Instrument Serial Sie k nnen aber auch Slide ID w hlen oder ein benutzerdefiniertes Pr fix verwenden Bei der standardm igen Angabe f r Prefix2 handelt es sich um die Option Slide ID Sie k nnen aber auch Slot oder Scan Date Time w hlen oder ein benutzerdefiniertes Pr fix verwenden BE Image File Settings Output path ct Slide description Naming prefix 1 lt Instrument Serial gt Ef Naming prefix 2 Customize gt Customized lt Slide ID gt
53. elt so lange Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 57 3 58 ndern der Scan Einstellungen Red PMT Gain und Green PMT Gain XDR Ratio ber diese Einstellungen kann der Empfindlichkeitsgrad der PMTs des roten und gr nen Kanals eingestellt werden Der PMT ermittelt die von dem Microarray abgesonderte Fluoreszenz Das Standardausgangssignal 100 setzt die Verst rkung auf das werksseitig kalibrierte Signal hierbei handelt es sich um die empfohlene Einstellung f r Agilent Microarrays Die jeweiligen Farbkanaleinstellungen k nnen unabh ngig davon auf 1 gesetzt werden Ist ein Microarray so hell dass das obere Ende des Ausgangssig nals ges ttigt ist kann die PMT Empfindlichkeit auf einen Emp findlichkeitsbereich heruntergesetzt werden sodass alle Informationen gelesen werden k nnen Bevor der dynamische TIFF Dateibereich mit 20 Bit zur Verf gung stand musste die XDR Funktion eXtended Dynamic Range f r beide Scanner und die Merkmalsextraktionssoftware verwendet werden um alle gescannten Daten zwischen Merk malen mit sehr niedrigen und sehr hohen Frequenzen zu erfas sen Nun kann als Alternative zu XDR mit dem dynamischen TIFF Dateibereich mit 20 Bit gearbeitet werden um die dynami schen Daten zu erfassen Wenn die XDR Funktion aktiviert ist scannt der Scanner auto matisch den gleichen Objekttr ger zweimal mit unterschiedli cher PMT Empfindlich
54. em G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 73 4 Verwenden der Werkzeuge Weitere Werkzeuge Die folgenden zus tzlichen Werkzeuge finden Sie im Men Tools Unlock Door Mit dem Werkzeug zum Entriegeln der T r Tools gt Unlock Door k nnen Sie versuchen die T r manuell zu entriegeln falls das T rschloss nicht ordnungsgem funktioniert Dies kann vorkommen wenn die Abdeckung ge ffnet wird w hrend die automatische Entriegelung des Schlosses am Ende eines Karusselldurchlaufs noch in Betrieb ist Reset Calibration Warnings W hrend des normalen Betriebs kalibriert der Scanner G2505C die PMTs vor jedem Scan Vorgang und die Laser w hrend der Systeminitialisierung bzw nach jedem Karusselldurchlauf Ist die Kalibrierung nicht erfolgreich oder m ssen bei der Kalib rierung erhebliche nderungen im Vergleich zum letzten Durch gang vorgenommen werden erfasst die Scannersoftware dies und erzeugt Warnhinweise im Karussellprotokoll Warnhinweise zur PMT Kalibrierung werden ausgegeben wenn sich die PMT Spannung um mehr als 20 im Vergleich zum letzten Kalibrierungswert ndert Warnhinweise zur Laserkalibrierung werden ausgegeben wenn die Laser w hrend der Aufw rmphase nicht die angegebene Leistung erreichen Ist dies der Fall wird automatisch ein Warnhinweis angezeigt und die Laser werden auf 80 ihrer angegebenen Leistung neu kalibriert Das Scan Steuerungspro gramm skaliert die TIFF Datei so
55. em Scanner geliefert wurde 2 ffnen Sie die Seite https software business agilent com index stm 3 W hlen Sie die Option Click here to start software license redemption Klicken Sie hier um die Softwarelizenz einzul sen 4 Folgen Sie den Anweisungen um Ihre Lizenz einzul sen 20 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Installieren Ihrer Lizenz f r hochaufl sendes Scannen Wenn Sie Ihre Lizenz per E Mail erhalten haben f hren Sie folgende Schritte aus um die Lizenz zu installieren 1 Schlie en Sie das Fenster der Scan Steuerungssoftware 2 Suchen Sie die Lizenzdatei und verschieben Sie sie in folgendes Verzeichnis C Programme Agilent Microarray 3 Starten Sie die Scan Steuerungssoftware neu Die Optionen 2 und 3 Mikrometer stehen nun zur Verf gung Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 21 2 Erste Schritte Lizenz f r Nicht Agilent Strichcodes Falls Sie Strichcodes in einer Aufl sung mit 2 oder 3 Mikro meter scannen m ssen die nicht von Agilent stammen wenden Sie sich an Agilent um eine spezielle Lizenz f r den Zugriff auf diese Funktion zu erhalten Ist auf einem Objekttr ger kein Strichcode vorhanden oder erkennt der Scanner den Strichcode nicht als Agilent Array und soll das Array mit 2 oder 3 Mikrometeraufl sung gescannt werden berspringt der Scanner den Objekttr ge
56. eordners f r jeden Objekttr ger im Karussell Diese Einstellungen k nnen automatisch ber gespeicherte anwendungsspezifische Profile geladen oder individuell ausgew hlt werden Das Agilent Microarray Scannersystem G2565CA besteht aus folgenden Komponenten e Microarray Scanner Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch 11 1 12 Einf hrung Karussell und 50 Halter f r Objekttr ger e PC Arbeitsplatz mit Wiederherstellungssoftware auf CD e Stromkabel und USB Kabel e Scan Steuerungssoftware 8 5 Scan Control Software e Merkmalsextraktionssoftware 10 x Feature Extraction Software e Konformit tserkl rung Agilent Scan Steuerungssoftware 8 5 ist f r die Verwendung mit Agilent Merkmalsextraktionssoftware 9 5 und h her konzipiert 5 und 10 Mikrometer 16 Bit Scanvorg nge sind abw rtskom patibel mit FE 9 5 2 und 3 Mikrometer sowie alle 20 Bit Scan vorg nge erfordern FE 10 x PC Systemanforderungen berpr fen Sie ob Sie ber folgende f r die Installation und Verwendung der Agilent Scan Steuerungssoftware notwendigen Voraussetzungen verf gen Software e Windows XP Professional mit SP2 Windows Vista 32 mit SP1 oder Windows 7 64 Bit e Internet Explorer 5 5 oder h her Hardware e Pentium IV 3 2 GHz oder h her e 2GB RAM erforderlich 4 GB RAM erforderlich falls die Merkmalsextraktionssoftware auf dem gleichen PC installiert ist 250
57. f this version of software Unable to lock instrument specified by connection manager You must select a region to scan first You must select at least one dye channel Wenn Sie auf OK klicken wird der Microarray Scanner neu initialisiert Schl gt dies fehl f hren Sie folgende Schritte aus 1 2 w ffnen Sie die Scannerabdeckung Wenn sich der Arm zum automatischen Beladen ber dem Karussell befindet dr cken Sie ihn vorsichtig bis zum Anschlag in den Scanner zur ck Wenden Sie keine Gewalt an wenn sich der Arm nicht einfach bewegen l sst Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Besteht das Problem weiterhin wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 2 3 Starten Sie den PC Arbeitsplatz neu Schalten Sie den Microarray Scanner aus und anschlie end wieder ein Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu F hren Sie folgende Schritte aus um einen Scan Bereich in der Scan Tabelle zu erfassen der nicht im gew hlten Profil enthalten ist 1 N W hlen Sie den Steckplatz bzw die Steckpl tze aus f r die Sie einen Bereich erfassen m chten Klicken Sie auf den Abw rtspfeil neben der Auswahl W hlen Sie aus der Liste der Scan Bereiche einen Scan Bereich aus Siehe ndern von einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle auf Seite 52 Starten Sie den S
58. g des Motors hinweist kann es sein dass die Ursache ein nicht ordnungsgem montiertes Karussell ist berpr fen Sie die Ausrichtung des Karussells und bauen Sie es ggf erneut ein Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 35 2 Erzeugen eines Abbilds der Proben auf 36 Erste Schritte Schritt 4 Scannen der Objekttr ger Ein Scan Vorgang bezeichnet das einem einzigen Objekttr ger Ein Karusselldurchlauf bezeichnet das Scannen aller gekennzeichneten Objekttr ger im Karussell F hren Sie die unten aufgef hrten Schritte aus um Ihre Objekttr ger f r das Scannen vorzubereiten und um einen Karusselldurchlauf zu starten Weitere Informationen finden Sie im n chsten Abschnitt Scannen der Objekttr ger Schritt 1 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze auf Seite 40 Schritt 2 Einrichten eines Profils zum Bearbeiten aller Einstellungen in der Scan Tabelle auf Seite 41 Schritt 3 ndern einzelner Scan Einstellungen in der Scan Tabelle auf Seite 42 Schritt 4 Starten des Karusselldurchlaufs auf Seite 44 Schritt 5 bertragen von Dateien und Archivieren von Daten auf Seite 48 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 5 Entfernen der Objekttr ger Nachdem der Karusselldurchlauf beendet ist k nnen Sie die Halter aus dem Karussell entnehmen un
59. g zu ffnen 4 L sst sich die Abdeckung weiterhin nicht ffnen schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und schalten Sie den Microarray Scanner aus Schalten Sie den Microarray Scanner anschlie end wieder ein 5 Versuchen Sie die Abdeckung zu ffnen 6 L sst sich die Abdeckung immer noch ffnen wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter w 86 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tabelle 2 FAQs Fortsetzung FAQ Antwort Das Scan Steuerungsprogramm reagiert Das Scan Steuerungsprogramm reagiert nicht mehr die Statusmeldung ist seit nicht mehr als 15 Minuten unver ndert und Sie k nnen das Programm nicht schlie en F hren Sie folgende Schritte aus 1 ffnen Sie den Windows Task Manager Strg Alt Entf und schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm Starten Sie anschlie end das Scan Steuerungsprogramm neu 2 Schl gt dieser Schritt fehl starten Sie den PC Arbeitsplatz neu schalten Sie den Microarray Scanner aus und wieder ein warten Sie bis die gelbe Statusanzeige nicht mehr leuchtet und starten Sie das Scan Steuerungsprogramm erneut Was mache ich wenn ein Objekttr ger 1 Dr cken oder ziehen Sie je nachdem wobei es weniger Widerstand gibt den vom Arm zum automatischen Beladen Arm vorsichtig bis zum Ende seiner Reichweite ben Sie dabei keine Gewalt des Karussells nicht ordnungsgem aus
60. herungshalter heraus Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 119 6 Referenz 4 Entfernen Sie den Spannungswahlschalter mit einer Spitzzange Spannungswahlschalter Sicherungshalter Abbildung 45 Entfernen des Spannungswahlschalters aus dem Sicherungshalter 5 Positionieren Sie den Spannungswahlschalter so dass die sichtbare Zahl mit der Netzspannung bereinstimmt 6 Dr cken Sie den Sicherungshalter zur ck bis er einrastet 7 Schlie en Sie das Stromkabel an 120 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Index A Abbrechen eines Scan Vorgangs 46 Agilent Objekttr ger automatischer Strichcodeeintrag 54 manueller Strichcodeeintrag 55 Anhalten des Scan Vorgangs 46 Ansicht von oben auf den Scanner 13 Anzeige 13 88 89 Arbeitsweise 17 Dunkelstromsubtraktion 18 Fluoreszenzdetektion 18 Laseranregung 17 Positionierung der Objekttr ger 17 Scannen 17 Archivieren von Daten 37 48 78 Ausgabeverzeichnis Ausw hlen 59 Ausw hlen eines Profils 41 Automatische Dateibenennung 64 Benennen von Dateien automatisch 64 Benennungspr fix 1 und 2 64 D Dateibenennung automatisch 64 Daten Archivieren 48 78 Speichern 48 Dunkelstromsubtraktion Beschreibung 18 Dynamischer Bereich 16 Bit oder 20 Bit 56 TIFF Datei 56 Dynamischer Bereich der TIFF Datei 56 E Eingangsspannung Einstellu
61. ichcodes e Die Strichcodelinien m ssen parallel zur langen Kante des Objekttr gers mit einer Neigungstoleranz von 3 ausgerichtet sein Agilent bietet Unterst tzung f r folgende Strichcodeformate Code 128 Nicht Agilent Strichcodes mit 12 Stellen d rfen nicht mit einer 2 beginnen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 113 6 Referenz gt CODABAR maximal 8 Stellen Mindestlinienbreite 0 15 mm Code 39 maximal 8 Stellen Mindestlinienbreite 0 15 mm Code 93 maximal 8 Stellen Mindestlinienbreite 0 15 mm e Die Mindesth he des Strichcodes betr gt Code 128 15 der Strichcodel nge f r Code 128 Code 39 Code 93 CODABAR 5 mm oder 15 der Strichcodel nge je nachdem welcher Wert gr er ist 114 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Referenz 6 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen English Deutsch Wenden Sie sich f r weitere Informationen zu Recycling und Entsorgung an Agilent Technologies St raussendung Dieser Abschnitt enth lt Informationen zu den rechtlichen Bestimmungen f r den Microarray Scanner Verwendung ausschlie lich f r Forschungszwecke Der Agilent Microarray Scanner G2565CA ist AUSSCHLIESSLICH FUR FORSCHUNGSZWECKE vorgesehen Angaben zu Betriebsger uschen Angaben des Herstellers This statement is provided to comply with the requirements ofthe German Sound
62. icherungen zwei Sicherungen f r das Netzteil und eine Sicherung f r den roten Laser Die Sicherungen befinden sich an der R ckseite des Mic roarray Scanners Die Sicherungen f r das Netzteil befinden sich direkt ber dem Netzstecker Die Lasersicherung befindet sich in einem runden Sicherungshalter links neben dem Netz stecker Die Sicherungen k nnen direkt bei Agilent Technologies bestellt werden Ziehen Sie das Stromkabel immer ab bevor Sie die Sicherungen berpr fen oder austauschen VORSICHT berpr fen und Austauschen der Netzsicherungen Kann der Microarray Scanner nicht eingeschaltet werden obwohl Spannung an der Steckdose nachgewiesen wurde sollten Sie die Sicherungen berpr fen und ggf austauschen Dies geschieht von der R ckseite des Ger ts 1 Ziehen Sie das Stromkabel ab 2 Heben Sie mit einem kleinen Schlitzschraubendreher die kleine Plastiknase an der unteren Kante des Sicherungs halters an bis sie entriegelt ist 3 Nehmen Sie den Sicherungshalter heraus und berpr fen Sie ob die Sicherungen intakt sind 4 Ist eine Sicherung durchgebrannt tauschen Sie diese mit einer Sicherung vom Typ T4A 250 V Wechselstrom aus Teilenr 2110 1309 5 Dr cken Sie den Sicherungshalter zur ck bis er einrastet 6 Schlie en Sie das Stromkabel an Als Ersatz d rfen nur Sicherungen vom selben Typ oder mit gleichem Nennstromwert verwendet werden Sind Sie sich bei den Sicherungen nicht sicher wenden Sie
63. icroarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 VORSICHT Agilent empfiehlt dass Sie einen Ausgabepfad zum Speichern der Bild dateien auf einem lokalen Laufwerk ausw hlen Wenn Sie ein Netz werklaufwerk f r Ihren Ausgabepfad angeben und die Netzwerkverbindung zusammenbricht werden die Ordner auf dem C Laufwerk in der Datei Programme Agilent Microarray NetData Backup gespeichert Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 43 2 44 Erste Schritte Schritt 4 Starten des Karusselldurchlaufs W hrend eines Karusselldurchlaufs werden alle ausgew hlten Objekttr ger im Karussell gescannt 1 berpr fen Sie ob die Meldung Scanner status im Hauptfenster anzeigt dass der Scanner betriebsbereit ist Der Karusselldurchlauf kann nicht gestartet werden wenn die Aufw rmphase der Laser noch nicht vollst ndig abgeschlossen ist 2 Klicken Sie im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms auf Scan Slot m n Der Buchstabe m steht f r den Steckplatz mit dem ersten Objekttr ger und r f r den Steckplatz mit dem letzten Objekttr ger Zwei Vorg nge werden ausgef hrt wenn der Scan Vorgang gestartet wird Die Abdeckung des Scanners wird verschlossen Das Dialogfeld Scan Progress wird ge ffnet und zeigt den Status des Scan Vorgangs an Scan Progress m Current scan information File name S LPJANT4B4_SLOTO1_S0
64. ies optional Siehe Slide ID auf Seite 54 Weitere Informationen ber die Scan Einstellungen finden Sie unter Einstellungen der Scan Tabelle auf Seite 54 50 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch ndern der Scan Einstellungen 3 ndern von Einstellungen der Scan Tabelle ber Profile W hlen Sie in der Dropdownliste Profile das Profil dessen Einstellungen f r den Durchlauf verwendet werden sollen Profile Ena Erw Abbildung 23 Dropdownliste Profile im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms Sie k nnen die Einstellungen f r das markierte Profil bearbeiten siehe Bearbeiten eines vorhandenen Profils auf Seite 63 oder darauf aufbauend ein neues Profil erstellen siehe Erstellen eines neuen Profils auf Seite 64 Wenn Sie das Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms ffnen sehen Sie die Spalten die mit den Werten der Scan Einstellungen gef llt sind Diese Werte werden anhand des Profils festgelegt das zuletzt vor dem Schlie en des Programms f r einen Durchlauf gew hlt wurde Agilent liefert sechs vorkonfigurierte Profile zur Auswahl und Verwendung mit Agilent High Density Microarrays Agilent G3 Microarrays und Nicht Agilent Microarrays AgilentHD_GX_2Color Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 2 Farben AgilentHD_GX_1Color Agilent HD Genexpressions Microarrays mit 1 Farbe AgilentHD_CGH Agilent HD CGH CNV ChIP Microarrays
65. jekttr ger nicht in Ordnung 4 Bei einigen Nicht Agilent Objekttr gern mit halbtransparenten oder undurchsichtigen Umrandungen kann es sein dass der Scan Bereich zu nahe am undurchsichtigen Bereich des Glases liegt Siehe Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor auf Seite 68 5 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 Stellen Sie sicher dass der Strichcode nicht die Scan Startposition blockiert 2 W hlen Sie einen kleineren Scan Bereich 3 Besteht das Problem f r diesen Objekttr ger weiterhin ist vielleicht etwas mit dem Objekttr ger nicht in Ordnung 4 Wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 ffnen Sie die Scannerabdeckung 2 Nehmen Sie den Halter aus dem Ausgangssteckplatz Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 101 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Tabelle 4 Fehlermeldungen Fortsetzung Fehlermeldung Beschreibung oder L sung Cannot load chip moving the arm may be unsafe Command timed out Connection manager reports that there are no instruments F hren Sie folgende Schritte aus 1 ffnen Sie die Scannerabdeckung 2 Wenn sich der Arm zum automatischen Beladen ber dem Karussell befindet dr cken Sie ihn vorsichtig bis zum Anschlag in den Scanner zur ck 3 Besteht das Problem weiterhin
66. keit So entstehen zwei miteinander verkn pfte Bilder die bei der Merkmalsextraktion gleichzeitig bearbeitet werden k nnen um einen einheitlichen Satz an extrahierten Intensit tsdaten zu erhalten die bis zu 6 Zehner potenzen abdecken Eine hohe Empfindlichkeit wird ber Red PMT Gain oder Green PMT Gain festgelegt Ist die XDR Funktion aktiviert wird sie bei Werten unter 10 automatisch deaktiviert Die Einstellung in der Spalte XDR ratio gibt an ob der Scanner einen zweiten Scan Vorgang mit niedrigeren PMT Einstellungen durchf hren soll oder nicht Sind die PMTs f r rot und gr n beispielsweise auf 100 und das XDR Verh ltnis auf 0 1 gesetzt wird der zweite Scan Vorgang mit 10 f r die PMTs durchgef hrt Die niedrigste verf gbare PMT Einstellung betr gt 1 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch ndern der Scan Einstellungen 3 Output path ber die Schaltfl che Browse k nnen Sie zum Speichern der Daten aus jedem Scan Vorgang ein Verzeichnis ausw hlen Agi lent empfiehlt dass die Daten in einem lokalen Verzeichnis auf einer zweiten Festplatte erfasst werden Dar ber hinaus k nnen Sie auch ein Netzwerkverzeichnis ausw hlen Wird w hrend des Scannens ein Problem beim Netzwerkzugriff festgestellt werden die Daten in einem tempor ren lokalen Verzeichnis gespeichert und ein Warnhinweis wird im Karussellprotokoll angezeigt Slide Beschr
67. ktionieren wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Wenn Sie das Karussell herausnehmen w hrend sich der Arm zum automatischen Beladen des Karussells ber dem Karussell befindet kann dies zu schweren Besch digungen am Microarray Scanner f hren 92 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Verwenden von HyperTerminal zur Erfassung von Diagnosedaten Durch das Einrichten einer HyperTerminal Sitzung k nnen die Agilent Servicemitarbeiter und Benutzer Daten zur Fehlerbehebung am Scanner erfassen Die nachfolgenden Anweisungen beziehen sich auf Windows XP Systeme Anwei sungen zum Erfassen von Diagnosedaten f r Scanner mit Win dows Vista 32 Bit oder Windows 7 64 Bit Systemen erhalten Sie in den Versionshinweisen zur Scan Steuerungssoftware Einrichten von HyperTerminal 1 Schalten Sie den Scanner zum Starten der Initialisierung ein 2 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm um die Laser einzuschalten 3 Stellen Sie sicher dass der Scanner mindestens 30 Sekunden eingeschaltet ist bevor Sie HyperTerminal starten Schritt 4 4 Klicken Sie auf Start gt Programme gt Zubeh r gt Kommunikation gt HyperTerminal 5 Im Dialogfeld Beschreibung der Verbindung a Geben Sie Scanner im Textfeld Name ein Connection Description N New Connection Enter a name and choose an icon for the connection Name
68. kttr ger 111 Scan Ma e 111 ffnen der Scannerabdeckung 86 P PC Hardware Systemanforderungen 12 PC Systemanforderungen 12 Positionierung der Objekttr ger 17 Profil Definition 41 50 Profile 62 ndern der Einstellungen 51 Bearbeiten 63 Erstellen 64 Profile Editor 62 63 Profileinstellungen Compress TIFF 66 Naming prefix 1 und 2 64 nicht in der Scan Tabelle vorhanden 64 Split rotate image 66 Protokoll 46 Protokoll anzeigen 46 Protokoll Bericht 46 Recycling und Entsorgung 115 Reinigen des Luftfilters 80 R ckansicht des Scanners 14 S Scan Progress Dialogfeld 44 Scan Progress Status im Dialogfeld 44 Scan Region Editor 62 67 Bearbeiten vorhandener Scan Bereiche 70 Erstellen neuer Scan Bereiche 67 68 Starten 67 Scan Aufl sung 56 Scan Bereich Bearbeiten f r Nicht Agilent Objekttr ger 70 Bereich 55 Definition 67 Erstellen f r Nicht Agilent Objekttr ger 67 Scan Bereich erstellen Nicht Agilent Objekttr ger 67 Scan Bereiche 62 Bearbeiten 70 Erstellen 68 Scan Einstellungen ndern 50 ndern in der Scan Tabelle 42 automatische Dateibenennung 64 Split rotate image 66 Scan Laufzeit 45 Scan Ma e 111 Scannen 17 Scannen der Objekttr ger 36 40 Ausw hlen eines Profils 41 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze 40 Starten des Karusselldurchlaufs 44 Scanner Anhalten w hrend des Scan Vorgangs 46 Einschalten 23 elektromagnetische St rungen 115 Ini
69. lemen 81 Fehlerbehebung in Ihrem System 83 Technischer Support 84 H ufig gestellte Fragen FAQs 86 Fehlerbehebung bei der Hardware 88 Verwenden von HyperTerminal zur Erfassung von Diagnosedaten 93 Fehlerbehebung bei der Software 97 Microarray Scannerfehlermeldungen 99 Dieses Kapitel enth lt Informationen zur Wartung und Fehlerbehebung f r das Microarray Scannersystem Agilent G2565CA SEE Agilent Technologies 71 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Wartung Ihres Systems Mit der richtigen Pflege und Wartung k nnen Sie Ihren Microarray Scanner ohne Komplikationen verwenden Wenden Sie sich bei Fragen zur Verwendung oder Pflege des Microarray Scanners an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Regelm ige In diesen Abschnitten werden die Wartungsaufgaben f r Wartungsaufgaben die Software und Hardware beschrieben die regelm ig ausgef hrt werden m ssen um einen effizienten Betrieb des Microarray Scanners sicherzustellen Tipps zur Vermeidung In diesem Abschnitt erhalten Sie Hinweise zum Betrieb und zur von Problemen Pflege des Microarray Scanners um Probleme zu vermeiden Regelm ige Softwarewartung Die Ausf hrung dieser Aufgaben tr gt zur Sicherstellung der Leistung Ihres PC Arbeitsplatzes und MS Windows Betriebssystems bei e Pr fen Sie mindestens einmal die Woche den Plattenspeicherplatz und archivieren Sie ggf Daten e L schen Sie einmal die Woche tempor re Dateien mp tmp Dateien aus dem
70. lieferte Standard URL k nnen Sie den technischen Agilent Support f r den Microarray Scanner kontaktieren e Klicken Sie auf Help gt Technical Support Support f r den PC Arbeitsplatz Weitere Informationen zu Problemen mit dem PC Arbeitsplatz finden Sie in der mit dem PC gelieferten Dokumentation Wenn Sie das Problem dennoch nicht l sen k nnen wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter oder klicken Sie auf Help gt Technical Support Microarray Scannersupport Wenn Sie ein Problem mit Ihrem Microarray Scanner haben f r das Unterst tzung von Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter erforderlich ist k nnen Sie dazu aufgefordert werden die letzte vom Scan Steuerungsprogramm erstellte Diagnose Log Datei bereitzustellen Diese Dateien befinden sich im Ordner C Programme Agilent Microarray Logs Zus tzliche Diagnoseinformationen einschlie lich der Ergebnisse des Selbsttests k nnen mit dem HyperTerminal Programm erfasst werden Weitere Informationen zum Einrichten und Verwenden dieses Kommunikationswerkzeugs erhalten Sie unter Verwenden von HyperTerminal zur Erfassung von Diagnosedaten auf Seite 93 Jeder Agilent Microarray Scanner verf gt ber eine eindeutige 10 stellige Seriennummer Die Seriennummer befindet sich auf zwei Aufklebern auf dem Microarray Scanner am Karussellgestell und hinter der Filterabdeckung Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Ben
71. m Luftfilterabdeckung Abbildung 35 Entfernen des Luftfilters Reinigen des Luftfilters Hat sich Schmutz angesammelt oder sind seit der letzten Reinigung sechs Monate vergangen sollten Sie den Luftfilter reinigen 1 Waschen Sie den Luftfilter mit warmem Wasser 2 Dr cken Sie das Wasser aus dem Luftfilter Das Wasser sollte komplett aus dem Luftfilter herausgepresst werden 3 Lassen Sie den Luftfilter vollst ndig trocknen bevor Sie ihn einbauen Sie k nnen den Filter mit Papiert chern trocken tupfen 4 Bauen Sie den Luftfilter wieder in das Geh use der Luftfilterabdeckung ein und schlie en Sie die Abdeckung berpr fen Sie ob der Luftfilter nach dem Trocknen wieder eingesetzt wurde Wurde der Luftfilter nicht wieder eingebaut kann sich Staub im Ger t bilden und so die Leistung nachhaltig beeintr chtigen Luftfilter Teilenr 3150 0956 k nnen direkt bei Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter bestellt werden 80 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tipps zur Vermeidung von Problemen F hren Sie die zuvor beschriebenen regelm igen Wartungsaufgaben durch und befolgen Sie diese Tipps um den Microarray Scanner und seine Leistung zu warten Tipps zur Vermeidung von Datenverlust e Vermeiden Sie das Laden von Softwareprogrammen die eine hohe CPU Arbeitslast erzeugen da dies die Datenerfassung w hrend des
72. n Aus Schalter an der Vorderseite des Ger ts ein Sie werden Folgendes bemerken a Ein L fter wird eingeschaltet und die Abdeckung wird verriegelt b Der Microarray Scanner durchl uft eine Initialisierungs routine die ungef hr vier Minuten dauert W hrend der Initialisierung wird ein Selbsttest ausgef hrt Hierbei blinkt die Statusanzeige da verschiedene Funktionspr fungen durchgef hrt werden c Die Laser werden erst eingeschaltet wenn Sie die Scan Steuerungssoftware starten Status anzeige Hnterteinige EEEE 2 So o 0 Ein Aus Schalter E Abbildung 5 Ein Aus Schalter und Statusanzeige 5 Doppelklicken Sie auf das Symbol Agilent Scan Control um das Scan Steuerungsprogramm zu ffnen Oder Klicken Sie auf Start gt Programme gt Agilent gt Scan Control Abbildung 6 Agilent Scan Control Symbol Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 23 2 Erste Schritte Wenn das Programm gestartet wird beginnen die Laser mit der Aufw rmphase 6 Pr fen Sie unten im Hauptfenster die Meldung Scanner status Initialisieren Der Scanner wird initialisiert Wenn die Initialisierung des Scanners abgeschlossen ist wird der Scannerdeckel entriegelt und die Laser fahren mit der Aufw rmphase fort Aufw rmphase Die Aufw rmphase der Laser dauert etwa 30 Minuten Wenn der Laser Sie auf das Aufw rmen der Laser wa
73. n Control Software 8 5 Benutzerhandbuch 1 Einf hrung Ein leistungsstarkes Ger t f r Microarray Analysen 10 Systembeschreibung 11 Arbeitsweise 17 Dieses Kapitel enth lt eine allgemeine Einf hrung zum Agilent G2565CA Microarray Scannersystem In diesem Abschnitt werden die leistungsstarken Funktionen des Microarray Scanners beschrieben der L sung f r Microarray Analysen von Agilent Dieser Abschnitt behandelt Hardware und Softwarefunktionen des Microarray Scanners Teile und Systemanforderungen Ma nahmen f r die Standortvorbereitung und Sicherheitsricht linien In diesem Abschnitt wird die Funktionsweise des Microarray Scanners erl utert SEE Agilent Technologies 9 1 Einf hrung Ein leistungsstarkes Ger t f r Microarray Analysen Der Agilent Microarray Scanner G2565CA ist eine Komponente der L sung f r Microarray Analysen von Agilent Technologies Der Microarray Scanner ist ein anspruchsvoller Scanner der mit laserinduziertem Fluoreszenzverfahren arbeitet Er erm g licht das Auslesen von Microarrays die auf Objekttr gern der Standardgr e 76 mm x 26 mm gedruckt sind Der Microarray Scanner misst die Fluoreszenzintensit t der markierten Probe von der an die Microarrays gebundenen Nuk leins ure DNA und RNA Da die Fluoreszenz von zwei Farb stoffen gleichzeitig gemessen werden kann erleichtert dies die Durchf hrung von zweifarbigen Microarray Untersuchungen Diese Technologie erm glicht ein s
74. n Dateien 48 Umstellen des Scanners Sicherheitsvorkehrungen 82 V Versionsinformationen Suche 85 Vorbereiten des Ger testandorts 14 Vorderansicht des Scanners 13 wW Wartungsaufgaben 78 to 80 Wiederherstellungs CD 97 X XDR Verh ltnis 58 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 123 www agilent com Wir behalten uns vor Informationen Beschreibungen und Spezifikationen ohne vorherige Ank ndigung zu ndern Aktualisierte Informationen zu Agilent Produkten erhalten Sie unter http genomics agilent com Agilent Technologies Inc 2010 Juni 2010 G2505 92021 Revision A RE Agilent Technologies
75. n Scan Bereichen m ssen Sie sicherstellen dass der Abstand zwischen dem Scan Bereich und dem Strichcodeetikett mindestens 4 mm betr gt und dass der Scan Bereich keine anderen undurchsichtigen oder halbtransparenten Bereiche des Objekttr gers umfasst 1 W hlen Sie in der Men leiste des Scan Region Editors File gt New Region w Add New Region olx Name Ranges mm x mm 310 6910 Y mm 1 90 23 40 Width mm 500 71 00 Height mm 0 10 2160 e Abbildung 30 Dialogfeld Add New Region 2 Geben Sie den Namen oder die Gr e des Bereichs ein 3 Geben Sie die Ma e f r den Bereich in mm gem den unten beschrieben Kriterien ein 68 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge 4 Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor Ung ltige Werte werden rot hervorgehoben x X Achsenwert f r die obere linke Ecke Sie geben diesen Wert und den f r die Y Achse in mm ein um den Bereich auf dem Objekttr ger zu positionieren Y Y Achsenwert f r die obere linke Ecke Width Breite des Scan Bereichs gemessen vom X Achsenwert der oberen linken Ecke Height H he des Scan Bereichs gemessen vom Y Achsenwert der oberen linken Ecke Ranges Wertebereich den Sie f r jeden Wert eingeben k nnen 4 Klicken Sie auf Save Wurden keine Fehler gefunden ffnet sich der Scan Region Editor und der neue Bereich wird dort angezeig
76. n diesem Abschnitt werden die Spezifikationen f r Glas und Strichcodes erl utert die vom Scanner erkannt werden Dieser Abschnitt befasst sich mit den rechtlichen Bestimmungen zu Betriebsger uschen Recycling und Entsorgung elektromagnetischen St rungen sowie mit den Sicherheitsbestimmungen denen der Microarray Scanner entspricht In diesem Abschnitt wird beschrieben wie Sie die Eingangsspannung nach dem Umstellen des Ger ts pr fen k nnen SEE Agilent Technologies 107 6 Referenz Microarray Scannerspezifikationen Ungef hre Ma e Gewicht Stromversorgung Sicherungen Temperaturbereich Feuchtigkeit H he Verwendung Laser informationen Der Microarray Scanner hat folgende Spezifikationen H he 97 cm mit geschlossener Abdeckung 55 cm Breite 91 cm Tiefe 71 cm Diese Ma e weisen die maximale H he und Breite bei offener Abdeckung und einem Abstand von 80 mm in der Breite f r eine angemessene Bel ftung aus 99 kg 100 120 220 oder 240 V Wechselstrom bei 4 A 50 60 Hz Zwei Netzsicherungen T4A 250 V Wechselstrom Teilenr 2110 1309 Eine Lasersicherung T500mA 250 V Wechselstrom Teilenr 2110 0458 Betrieb 15 bis 30 Lagerung 20 bis 50 Betrieb 15 bis 95 relative Luftfeuchtigkeit bei 30 C Kann empfindlich auf kondensierende Luftfeuchtigkeit reagieren Befolgen Sie die in Kapitel 5 genannten Sicherheitsvorkehrungen Maximale Betriebsh he 2 300 m Maximale Lagerung
77. ner ausgestattet VORSICHT Es ist wichtig Daten regelm ig vom PC des Scanners zu archivieren um sicherzustellen dass ausreichend Plattenspeicherplatz f r zuk nf tige Durchl ufe verf gbar ist Ist wenig Speicherplatz vorhanden h lt der Microarray Scanner den Scan Vorgang an und es wird ein Hinweis angezeigt Durch regelm iges Defragmentieren des Festplattenlaufwerks k nnen Sie die Leistung steigern 48 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Scan Control Software 8 5 Benutzerhandbuch 3 ndern der Scan Einstellungen ndern von Einstellungen der Scan Tabelle 50 ndern von Einstellungen der Scan Tabelle ber Profile 51 ndern von einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle 52 Einstellungen der Scan Tabelle 54 Bevor Sie die Objekttr ger scannen k nnen Sie die Scan oder Bildeinstellungen ndern In diesem Kapitel werden zun chst die einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle beschrieben und dann erl utert wie Sie diese einzeln oder alle in einem Schritt ndern k nnen SEE Agilent Technologies 49 3 _ ndern der Scan Einstellungen ndern von Einstellungen der Scan Tabelle Sie haben zwei M glichkeiten die Einstellungen der Scan Tabelle zu ndern Ein Profil ist eine Sammlung von Scan ndern aller Einstellungen in einem Schritt ber ein Profil und Bildeinstellungen anhand derer wenn sie ausgew
78. nformationen f r meinen PC Arbeitsplatz wie z B Treiber Handb cher und L sungen zur Fehlerbehebung Ich kann die obere Abdeckung des Karussells nicht ffnen Die Scannerleistung k nnte dadurch nachhaltig beeintr chtigt werden Hilfreiche Informationen zum Umstellen und zur Sicherstellung des ordnungsgem en Betriebs des Microarray Scanners erhalten Sie von Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter Agilent empfiehlt dass Sie Ihre Datendateien direkt auf die lokale Festplatte speichern Dar ber hinaus k nnen sie auf einem Netzwerkverzeichnis gespeichert werden Wird w hrend des Scannens ein Problem beim Netzwerkzugriff festgestellt werden die Daten in einem tempor ren lokalen Verzeichnis gespeichert und ein Warnhinweis wird im Karussellprotokoll angezeigt Weitere Informationen zu Problemen mit dem PC Arbeitsplatz finden Sie in der mit dem PC gelieferten Dokumentation Wenn Sie das Problem dennoch nicht l sen k nnen wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Versuchen Sie nicht die Abdeckung mit Gewalt zu ffnen Das gewaltsame ffnen der Abdeckung kann den Microarray Scanner besch digen 1 Dr cken Sie die Abdeckung nach unten um die ggf vorhandene Federspannung zu verringern und versuchen Sie anschlie end die Abdeckung zu ffnen Wenn dies nicht gelingen sollte fahren Sie mit Schritt 2 fort 2 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu Versuchen Sie die Abdeckun
79. ng 118 Pr fen 118 Einstellung des Ausgabepfads 59 Einstellung des Farbstoffkanals 55 Einstellungen der Scan Tabelle ndern 50 ndern ber Profile 51 Dye channels 55 einzeln ndern 52 Output path 59 Red and green PMT gain 58 Scan region 55 Scan resolution 56 Sensitivity level PMT 58 Slide description 59 Slide ID 54 TIFF file dynamic range 56 XDR ratio 58 Zur cksetzen auf aktuelle Profilwerte 53 Empfindlichkeitseinstellung PMT 58 Entfernen der Objekttr ger 37 Entfernen der Scannerabdeckungen 82 Erfassen von Diagnosedaten 93 F FAQs 86 keine Reaktion des Programms 87 Objekttr gerstau 87 ffnen der Scannerabdeckung 86 FAQs h ufig gestellte Fragen 86 Fehlerbehebung Arm zum automatischen Beladen ber dem Karussell 92 Austauschen der Sicherungen 90 to 91 Erfassen von Diagnosedaten 93 FAQs 86 Fehlermeldungen 99 to 106 Hardware 88 to 91 mit der Statusanzeige 88 Technischer Support 84 Verwenden der Wiederherstellungs CD 97 Fehlermeldungen 99 nicht in der Tabelle aufgef hrt 106 Tabelle in alphabetischer Reihenfolge 101 wo und wann sie angezeigt werden 99 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze 40 Fluoreszenzdetektion 18 Funktionen des Systems 10 Funktionsweise 17 G Glasobjekttr ger Spezifikationen 111 H H ufig gestellte Fragen FAQs 86 Inbetriebnahme des Scanners 23 Informationen zu rechtlichen Bestimmungen Betriebsger usch 1
80. nglichen Werte im aktuellen Profil Die Einstellungen im aktuellen Profil werden im markierten Bereich angezeigt Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 53 3 _ ndern der Scan Einstellungen Einstellungen der Scan Tabelle In diesem Abschnitt werden die Einstellungen in der Scan Tabelle beschrieben die bearbeitet werden k nnen Anschlie end wird erl utert wie diese bearbeitet werden k nnen Agilent Scan Control DER File Tools Help Start slot Mo End slot 10 z Profile E Operator E Slot Slide ID Channels Scan Region Resolution TIFF RPMT GPMT XDR Output Path Description 1 lt Autodetec gt R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D 4ScanData 2 lt Autodetec gt R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoxXDR gt D ScanData 3 lt Autodetec gt R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D ScanData 4 lt Auto detec R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D ScanData 5 lt Autodetec R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoxXDR gt D ScanData 6 lt Autodetec R G Agilent HD 61 x 21 6mm Sum 20bit 100 100 lt NoxDR gt D ScanData D 7 lt Autodetec gt R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5 um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D 4ScanData j 8 lt utodetecb R G Agilent HD 61 x 21 6mm 5um 20bit 100 100 lt NoXDR gt D ScanData 9 lt Autodetec gt R G
81. nt Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch Einf hrung 1 Sicherheitssymbole auf dem Scanner N Symbol VORSICHT Das Produkt ist mit diesem VORSICHT Symbol gekennzeichnet wenn es f r den Benutzer notwendig ist sich auf diese Anwei sungen in der Produktdokumentation zu beziehen um eine m gliche Gefahr zu erkennen Es wird auf einen Betriebsablauf ein Vorgehen o aufmerksam gemacht die bei falscher Aus f hrung zur Besch digung des Produkts oder zum Verlust wich tiger Daten f hren k nnen Symbol WARNUNG Das Produkt ist mit diesem WARNUNG Symbol gekennzeichnet wenn gef hrliche Spannungen oder elektrische Schl ge auftre ten k nnen Nur geschultes Servicepersonal sollte Arbeiten in diesem Bereich durchf hren Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch 15 1 Einf hrung Sicherheitsrichtlinien Der Agilent Microarray Scanner G2565CA ist auf Sicherheit und Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet Lesen und beachten Sie vor der Inbetriebnahme des Microarray Scanners alle Warnungen und Hinweise Versuchen Sie nicht die internen Teile des Microarray Scanners zu reparieren oder auf diese zuzugreifen Andernfalls k nnten Sie sich selbst Hochspannung und gef hrlicher Laserstrahlung aussetzen Das Entfernen der Abdeckungen f hrt dazu dass die Garantie Der Microarray Scanner muss an eine geerdete Steckdose angeschlossen werden
82. nung Wenn Sie den Microarray Scanner das erste Mal einschalten oder ihn an einen anderen Standort gestellt haben m ssen Sie sich vergewissern dass die Eingangsspannung an der R ckseite des Ger ts korrekt eingestellt ist Vier Werte k nnen f r die Eingangsspannung gew hlt werden 100 V Wechselstrom 120 V Wechselstrom 220 V Wechselstrom 240 V Wechselstrom Betrachten Sie den Microarray Scanner von der R ckseite Die Einstellung f r die Eingangsspannung wird in einem kleinen Fenster angezeigt Anzeigefenster f r die Einstel lung der Ein gangsspannung Abbildung 43 Anzeigefenster f r die Einstellung der Eingangsspannung 3 Stimmen die Einstellung f r die Eingangsspannung und die Netzspannung berein k nnen Sie den Microarray Scanner einschalten Stimmen die Einstellung f r die Eingangsspannung und die Netzspannung nicht berein m ssen Sie die Einstellung ndern 118 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Referenz 6 Andern der Spannungseinstellung 1 Ziehen Sie das Stromkabel ab WARNUNG Ziehen Sie das Stromkabel immer ab bevor Sie die Einstellung f r die Eingangsspannung ndern 2 Heben Sie mit einem kleinen Schlitzschraubendreher die kleine Plastiknase an der unteren Kante des Sicherungshal ters an bis sie entriegelt ist Sicherungshalter Abbildung 44 Entfernen des Sicherungshalters f r das Netzteil 3 Nehmen Sie den Sic
83. oftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Fehlerbehebung in Ihrem System Der Agilent Microarray Scanner ist auf geringe Wartungs anforderungen und hohe Benutzerfreundlichkeit ausgerichtet Wenn Sie ein Systemproblem nicht l sen k nnen lesen Sie bitte dieses Kapitel vollst ndig durch bevor Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter wenden Technischer Support In diesem Kapitel erhalten Sie wichtige Informationen zum technischen Support H ufig gestellte Dieser Abschnitt enth lt Antworten auf h ufig gestellte Fragen Fragen zu Support und Wartung Fehlerbehebung beider Hier wird die Statusanzeige beschrieben und wie Sie die Hardware Sicherungen austauschen Fehlerbehebung Hier werden die Sicherheitsvorkehrungen beschrieben beider die getroffen werden m ssen wenn Software und Daten Software auf Ihrer Festplatte mit der Wiederherstellungs CD wiederhergestellt werden sollen Scannerfehlerm Hier erfahren Sie mehr ber wichtige Fehlermeldungen und eldungen L sungen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 83 5 84 Wartung und Fehlerbehebung im System Technischer Support F r das Agilent Microarray Scannersystem steht technischer Support zur Verf gung Lesen Sie sich das Kapitel durch bevor Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter wenden Technischer Support ber das Internet ber eine mit der Software ge
84. ontains an obstruction to the initial focus positions The autoloader loading arm is in an unknown location It is unclear if it is safe to move the carousel The chip carousel is not present Please place the carousel in the scanner and try again The carousel may be misaligned Please remove the carousel make sure that its opening is aligned with home position and reinsert the carousel Auf der Festplatte ist nicht genug Speicherplatz vorhanden um eine Datei zum Speichern der Scan Daten zu erstellen Sie k nnen folgende Schritte ausf hren e Navigieren Sie zum Hauptmen des Scan Steuerungsprogramms und w hlen Sie ein anderes Ausgabeverzeichnis auf einer anderen Festplatte L schen oder verschieben Sie die Dateien von der aktuellen Festplatte Siehe Schritt 5 bertragen von Dateien und Archivieren von Daten auf Seite 48 Sie k nnen diesen Warnhinweis mit dem Werkzeug Reset Calibration Warnings zur cksetzen Siehe Weitere Werkzeuge auf Seite 74 Wird dieser Warnhinweis weiterhin oder erneut angezeigt wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Sie k nnen diesen Warnhinweis mit dem Werkzeug Reset Calibration Warnings zur cksetzen Siehe Weitere Werkzeuge auf Seite 74 Wird dieser Warnhinweis weiterhin oder erneut angezeigt wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 berpr fen Sie ob sich auf dem bersprungenen Objekttr ge
85. or zeigt Fehlermeldungen f r die Microarray Scannerhardware die Scan Steuerungs und Merkmals extraktionssoftware Microsoft Windows und den PC Arbeits platz an Lesen Sie die Titelleiste der Fehlermeldung um die Quelle der Fehlermeldung zu ermitteln Die Titelleiste der Fehlermeldung weist darauf hin dass sich diese Meldung auf die Karussellhardware bezieht Browsing carousel p x amp Description The chip carousel is not present Please place the carousel in the scanner and try again Abbildung 39 Titelleiste einer Scan Steuerungsfehlermeldung Hier werden die Fehlermeldungen f r die Microarray Scannerhardware und das Scan Steuerungsprogramm beschrieben Falls die Titelleiste anzeigt dass ein Problem mit dem PC Arbeitsplatz oder Windows besteht finden Sie weitere Informationen hierzu unter Support f r den PC Arbeitsplatz auf Seite 84 Wo Scannerfehlermeldungen angezeigt werden Fehlermeldungen k nnen an folgenden Stellen angezeigt werden e Fehler bei der Microarray Scannerinitialisierung werden in der Meldung Scanner status im Fenster des Scan Steuerungsprogramms angezeigt Siehe Schritt 4 Scannen der Objekttr ger auf Seite 36 in Kapitel 2 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 99 5 100 Wartung und Fehlerbehebung im System e Fehler vor dem Start des Scanners werden ber Meldungsfelder ausgegeben Einige Fehler beim Scan
86. ption Enable laser auto ON OFF auf Yes zu setzen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 71 4 Verwenden der Werkzeuge Laser Auto ON OFF Settings Enable laser auto ON OFF Yes E Turn ON daily Every day Turn ON at 7 00 AM E Turn OFF daily Yes Turn OFF at 8 00 PM E Turn OFF when idle Yes Idle for hr 1 Turn Lasers on Now Cancel Abbildung 33 Eigenschaftenseite Laser Auto ON OFF Settings Ist NO ausgew hlt m ssen Sie die Laser manuell ein und ausschalten wie im n chsten Abschnitt beschrieben Turn ON daily W hlen Sie Weekdays only oder Weekends und geben Sie die Zeit zum EINSCHALTEN der Laser unter der Woche oder am Wochenende ein Turn OFF daily W hlen Sie Yes und geben Sie die Zeit zum AUSSCHALTEN der Laser unter der Woche oder am Wochenende ein Turn OFF when idle W hlen Sie Yes und geben Sie eine Zeitspanne ein nach der die inaktiven Laser automatisch ausgeschaltet werden Ist die Option No gew hlt wird der Scanner bei dieser Bedingung nicht ausgeschaltet 3 Klicken Sie auf OK 72 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Verwenden der Werkzeuge 4 Manuelles Ein Ausschalten der Laser 1 ffnen Sie die Eigenschaftenseite Laser Auto ON OFF Settings 2 Klicken Sie auf Turn Lasers on Now oder Turn Lasers off Now 3 Klicken Sie auf OK Agilent Microarray Scannersyst
87. r Ausf hrung zur Besch digung des Produkts oder zum Verlust wichti ger Daten f hren k nnen Setzen Sie den Vorgang nach einem Hin weis mit der berschrift VORSICHT nicht fort wenn Sie die darin auf gef hrten Hinweise nicht vollst n dig verstanden haben und einhalten k nnen Ein WARNUNG Hinweis weist auf eine Gefahr hin Es wird auf einen Betriebsablauf ein Vorgehen o aufmerksam gemacht die bei fal scher Ausf hrung zu Personen sch den u U mit Todesfolge f hren k nnen Wenn eine Proze dur mit dem Hinweis WARNUNG gekennzeichnet ist d rfen Sie erst fortfahren wenn Sie alle auf gef hrten Bedingungen verstan den haben und diese erf llt sind 2 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch In diesem Handbuch Dieses Handbuch enth lt Anweisungen f r die ersten Schritte den Gebrauch die Behebung von Problemen und die Wartung Ihres Agilent Microarray Scannersystems 1 Einf hrung In diesem Kapitel werden der Microarray Scanner und die notwendigen Ma nahmen vor seinem Betrieb beschrieben 2 Erste Schritte In diesem Kapitel erhalten Sie Anweisungen f r den sicheren Betrieb des Microarray Scanners sowie f r die Einrichtung und das Scannen von Objekttr gern mit dem Agilent Scan Steuerungsprogramm 3 ndern der Scan Einstellungen Dieses Kapitel behandelt die Scan Einstellungen und wann und wie Sie diese ndern k nnen 4 Verwenden
88. r ein Strichcode Hybridisierungsr ckst nde oder andere nicht transparente Hindernisse befinden die die Ausgangsposition f r den Fokus blockieren Die Ausgangsposition f r den Fokus befindet sich 1 bis 2 mm links vom Scan Bereich auf der obersten Reihe des Scan Bereichs 2 Messen Sie die Glasdicke und berpr fen Sie ob sie den Spezifikationen in Objekttr gerspezifikationen auf Seite 111 entspricht F hren Sie folgende Schritte aus 1 ffnen Sie die Scannerabdeckung 2 Wenn sich der Arm zum automatischen Beladen ber dem Karussell befindet dr cken Sie ihn vorsichtig bis zum Anschlag in den Scanner zur ck 3 Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm und starten Sie es neu 4 Besteht das Problem weiterhin wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter Setzen Sie das Karussell in den Microarray Scanner und starten Sie den Karusselldurchlauf neu Siehe Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter auf Seite 26 Siehe Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter auf Seite 26 104 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Tabelle 4 Fehlermeldungen Fortsetzung Fehlermeldung Beschreibung oder L sung The slide failed to eject Pressing OK will re initialize the instrument The software has detected a serious sensor error that may have existed prior to the installation o
89. r in die Halter 26 Schritt 3 Laden der Halter in das Karussell 32 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Inhalt Schritt 4 Scannen der Objekttr ger 36 Schritt 5 Entfernen der Objekttr ger 37 Schritt 6 Festlegen von Zeiten f r das automatische Ausschalten der Laser 39 Scannen der Objekttr ger 40 Schritt 1 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze 40 Schritt 2 Einrichten eines Profils zum Bearbeiten aller Einstellungen in der Scan Tabelle 41 Schritt 3 ndern einzelner Scan Einstellungen in der Scan Tabelle 42 Schritt 4 Starten des Karusselldurchlaufs 44 Schritt 5 bertragen von Dateien und Archivieren von Daten 48 3 ndern der Scan Einstellungen 49 ndern von Einstellungen der Scan Tabelle 50 ndern von Einstellungen der Scan Tabelle ber Profile 51 ndern von einzelnen Einstellungen der Scan Tabelle 52 Einstellungen der Scan Tabelle 54 4 Verwenden der Werkzeuge 61 Erstellen Bearbeiten von Profilen mit dem Profile Editor 63 Bearbeiten eines vorhandenen Profils 63 Erstellen eines neuen Profils 64 Nicht in der Scan Tabelle vorhandene Profileinstellungen 64 Erstellen Bearbeiten von Scan Bereichen mit dem Scan Region Editor 67 Starten des Scan Region Editors 67 Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor 68 Bearbeiten eines vorhandenen Scan Bereichs f r Nicht Agilent Objekttr ger 70 6 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA
90. r und gibt folgende Meldung aus wenn diese Lizenz nicht erworben wurde Scan settings or slide is not supported by the current scanner license Contact Agilent via pdI non_ag_barcode agilent com to obtain license to scan non Agilent barcodes in high resolution Die derzeitige Scannerlizenz unterst tzt die Scan Einstellungen oder den Objekttr ger nicht Senden Sie ber pdI non_ag_ barcode agilent com eine E Mail an Agilent um eine Lizenz zum Scannen von Nicht Agilent Strichcodes mit hoher Aufl sung zu erhalten Beziehen und Installieren einer Lizenz f r Nicht Agilent Strichcodes 1 Senden Sie eine E Mail mit der Seriennummer im Textfeld an PDL non_ag_barcode agilent com und Sie erhalten unmittelbar eine Lizenz Diese Lizenz muss jedes Jahr erneuert werden 2 Wenn Sie die Lizenz erhalten haben verschieben Sie sie in folgendes Verzeichnis C Programme Agilent Microarray 3 Schlie en Sie die Scan Steuerungssoftware und starten Sie sie neu Der Scanner erkennt die neue Lizenz 22 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Inbetriebnahme des Scanners Schritt 1 Einschalten des Agilent Microarray Scanners Weitere Informationen dar ber wie die Laser automatisch ein und ausgeschaltet werden erhalten Sie unter Festlegen von Zeiten zum Ein Ausschalten der Laser auf Seite 71 in Kapitel 4 4 Schalten Sie den Microarray Scanner ber den Ei
91. rements for Electrical No 1010 1 92 Equipment for Measurement Control and Laboratory Use Part 1 General Requirements Includes Amendment 1 CAN CSA C22 2 No Amendment 2 to CAN CSA C22 2 No 1010 1 92 1010 1B 97 Safety Requirements for Electrical Equipment for Measurement Control and Laboratory Use Part 1 General Requirements UL 3101 1 Electrical Equipment for Laboratory Use Part 1 General Requirements UL 3111 1 Equipment for Measurement Use Part I General Requirements ISA S82 01 1994 Safety Standards for Electrical and Electronic Test Measuring Controlling and Related Equipment General Requirements EN 61010 1 Sicherheitsbestimmungen f r elektrische Mess Steuer Regel und Laborger te Teil 1 Allgemeine Anforderungen EN 60825 1 Sicherheit von Lasereinrichtungen Teil 1 Klassifizierung von Anlagen Anforderungen und Benutzer Richtlinien EN60825 1 einschlie lich nderung 1 1992 und nderung 2 1995 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Referenz 6 Spezifikationen zum Strichcode und Strichcodeetikett e Verschmutzungsgrad 2 Installationskategorie II e Ger t der Klasse 1 erfordert ein Erdungssystem Lasereinrichtung der Klasse 1 Einrichtung genehmigt gem UL CSA Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 117 6 Referenz Pr fen der Eingangsspannung berpr fen der Eingangsspan
92. rten m ssen gehen Sie zu Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter auf Seite 26 Laser sind W hlen Sie Tools gt Laser Auto ON OFF Settings und ausgeschaltet klicken Sie auf Turn Lasers ON Now um die Laser einzuschalten Scanner ist Sie k nnen mit dem Scan Vorgang beginnen betriebsbereit Sie k nnen einen Karusselldurchlauf nur starten wenn beide Laser aufgew rmt sind 24 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Schritt 1 Einschalten des Agilent Microarray Scanners DER Abbildung 7 Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms bei betriebsbereiten Lasern Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 25 2 Erste Schritte Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter Fingerabdr cke f hren zu Fehlern bei der Fluoreszenzdetektion Fassen Sie die Objekttr ger f r genaue Ergebnisse nur an den Kanten an und arbeiten Sie bei der Handhabung der Objekttr ger immer mit Handschuhen Beschriften Sie die Objekttr ger zudem nicht und kleben Sie keine anderen Etiketten au er dem entsprechenden Strichcode auf die Objekttr ger Objekttr ger m ssen in einen Halter eingelegt werden bevor sie in das Karussell geladen werden k nnen Die Halter sch tzen den Objekttr ger w hrend des Scan Vorgangs Abbildung 8 Einlegen der Objekttr ger in die Halter 1 Halten Sie den Hal
93. sh he 4 600 m Zur Verwendung in geschlossenen R umen Anregungswellenl ngen e SHG YAG Laser 532 nm Helium Neon Laser HeNe 633 nm 108 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Maximaler Scan Bereich Vorgeschlagener Microarray Druckbereich Unterst tzte Farbstoffe Aufl sung Pixelgr e Pixelpositionierungs fehler Gleichm igkeit Scan Zeit Referenz 6 Leistung 20 mW bei 532 nm und 23 mW bei 633 nm beide geregelt auf 13 mW Agilent G2565CA 71 mm x 21 6 mm 1 mm kleiner als der Scan Bereich rechts 2 mm kleiner als der Scan Bereich links und 0 6 mm kleiner als der Scan Bereich oben und unten Bei Nicht Agilent Objekttr gern ist der Druckbereich um die Array Drucktoleranz kleiner als diese Angaben Cyanine 3 Cy 3 und Cyanine 5 Cy 5 und Farbstoffe die Cy 3 und Cy 5 hneln sowie die Farbstoffe Alexa 647 555 und 660 2 3 5 oder 10 Mikrometer lt 1 Pixel bei einer Aufl sung von 5 Mikrometern 5 VK f r globale Ungleichm igkeit die durchschnittliche lokale Ungleichm igkeit liegt normalerweise bei 1 bei 100um Merkmalen Tabelle 5 Scan Zeit f r einzelne und duale Scan Vorg nge f r den Agilent HD Scan Bereich 61 mm x 21 6 mm Aufl sung Scan Zeit min Einzeldurchgang mit 20 2 Mikrometern Einzeldurchgang mit 15 3 Mikrometern Einzeldurchgang mit 8 5 Mikrometern Einzeldurchgang mit 8 10 Mikrometern Doppel
94. statur eingeben doppelklicken Sie zun chst auf die Zelle Slide ID bevor Sie den Strichcode oder eine eindeutige Textbezeichnung eingeben Pr fen auf Agilent unterst tzte Strichcodes und leere Steckpl tze Um von Agilent unterst tzte Strichcodes anzuzeigen und nach leeren Steckpl tzen in der Spalte Slide ID zu suchen klicken Sie auf Tools gt Carousel Check Das Programm berpr ft das Karussell zun chst auf leere Steckpl tze und schreibt f r leere Steckpl tze No chip in jede Zelle unter Slide ID Anschlie end liest das Programm die Strichcodes f r alle Objekttr ger aus und schreibt sie in die Zellen unter Slide ID Dye channel Mit dem Farbstoffkanal wird festgelegt ob Informationen nur f r rot z B der Farbstoff Cy 5 nur f r gr n z B der Farbstoff Cy 3 oder f r beide Farbstoffkan le gesammelt werden Diese Auswahl hat keine Auswirkungen auf die Scan Zeit Ist allerdings nur ein Farbstoffkanal ausgew hlt kann sich die Dateigr e halbieren Scan region Der Scan Bereich legt den zu scannenden Bereich des Objekt tr gers fest Der Bereich sollte so gro sein dass er den gesam ten Druckbereich des Microarrays umfasst aber so klein dass nicht zu nah am Strichcode oder anderen nicht transparenten Grenzbereichen des Objekttr gers gescannt und die Autofokus Funktion des Scanners nicht beeintr chtigt wird Eine Minimie rung des Scan Bereichs verringert au erdem die Scan Zei
95. t g Custom Region 1 3 15 11 95 70 90 21 50 Abbildung 31 Liste der Scan Bereiche Show Custom Ist dieses Kontrollk stchens aktiviert werden nur die benut regions only zerdefinierten Scan Bereiche in der Liste im Scan Region Editor angezeigt Ist dieses Kontrollk stchens nicht aktiviert enth lt die Liste auch die von Agilent bereitgestellten Berei che Diese Bereiche k nnen jedoch nur mit dem Scan Region Editor bearbeitet werden 5 Schlie en Sie den Scan Region Editor Die neu erstellten Bereiche werden nun in den Scan Bereichslisten im Profile Editor und in der Scan Tabelle angezeigt Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 69 4 Verwenden der Werkzeuge Bearbeiten eines vorhandenen Scan Bereichs f r Nicht Agilent Objekttr ger Sie k nnen nur die von Ihnen erstellten Scan Bereiche bearbeiten Die von Agilent bereitgestellten Bereiche k nnen nicht bearbeitet oder gel scht werden Beim Erstellen eines neuen Scan Bereichs oder Verwenden von vorhandenen Scan Bereichen m ssen Sie sicherstellen dass der Abstand zwischen dem Scan Bereich und dem Strichcodeetikett mindestens 4 mm betr gt 1 W hlen Sie im Scan Region Editor den zu bearbeitenden Bereich aus 2 W hlen Sie in der Men leiste File gt Open Region Das Dialogfeld Modify Region ffnet sich a Modify Region lofx Name Ranges mm x 4 00 mm 310 6910 N 2 00 mm 190 23 40 Width
96. t Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 87 5 Wartung und Fehlerbehebung im System Fehlerbehebung bei der Hardware Es gibt nur wenige Teile beim Microarray Scanner die Sie selbst warten k nnen Sie k nnen Ma nahmen zur Behebung von Fehlern ergreifen auf die durch die Statusanzeige an der Vorderseite hingewiesen wird Au erdem k nnen Sie die Sicherungen austauschen die das System sch tzen Bei anderen Problemen einschlie lich Stau sollten Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter wenden Weitere Informationen zu Problemen mit dem PC Arbeitsplatz finden Sie unter Support f r den PC Arbeitsplatz auf Seite 84 Fehlerbehebung mit der Statusanzeige Auf der Vorderseite befinden sich drei Leuchten f r die Statusanzeige die den aktuellen Status des Microarray Scanners anzeigen o Oos o Status anzeige o s200 o pa m a Abbildung 36 Statusanzeige Tabelle 3 beschreibt die Ma nahmen die bei der entsprechenden Statusanzeige durchgef hrt werden m ssen 88 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Tabelle 3 Anzeigestatus Wartung und Fehlerbehebung im System 5 LED Status M gliche Empfohlene Ursachen Ma nahme Gr n Gelb Rot Aus Aus Aus Keine Stromversorgung des berpr fen Sie Folgendes Scanners e Ob der Ein Aus Schalter eingeschal
97. t und spart Speicherplatz Agilent stellt einen Scan Bereich zur Verf gung der den Anforderungen aller Agilent High Density und G3 Objekttr ger entspricht und einen weiteren der den Anforderungen f r Scan Vorg nge von ganzen Objekttr gern der Gr e 76 mm x 26 mm ohne Strichcodeetikett entspricht Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 55 3 56 ndern der Scan Einstellungen Scan resolution nm TIFF file dynamic range F r Nicht Agilent Objekttr ger m ssen ggf kundenspezifische Scan Bereiche verwendet werden die die Anforderungen des Druckbereichs besser erf llen Siehe Erstellen eines neuen Scan Bereichs mit dem Scan Region Editor auf Seite 68 Die Scan Aufl sung Pixelgr e kann auf 2 3 5 oder 10 Mikrometer festgelegt werden F r Scan Vorg nge mit 10 Mikrometern stellt jede Reihe von Pixeln im TIFF Bild den Durchschnittswert zweier Scan Linien dar eine f r jede Richtung F r Scan Vorg nge mit 5 3 und 2 Mikrometern k nnen duale Scan Vorg nge zum Ermitteln dieses Durchschnittswerts gew hlt werden oder nur eine Scan Linie pro Bildreihe erfasst werden Mit dieser Einstellung kann der dynamische Bereich auf 16 oder 20 Bit eingestellt werden F r den Scanner G2565CA wurde der dynamische Bereich des PMTs und der signalverarbeitenden Elektronik erweitert Durch die Auswahl der Option f r eine 20 Bit TIFF Datei erhalten Sie Zugriff auf
98. ter f r die Objekttr ger mit den Seiten nach oben auf denen das Agilent Logo abgebildet ist 2 Legen Sie einen Daumen auf die Mitte der Abdeckung des Halters 3 Dr cken Sie die Abdeckung vorsichtig nach unten und schieben Sie sie in Richtung Vorderseite des Halters bis sie entriegelt ist Weitere Informationen zum Entfernen der Objekttr ger erhalten Sie unter Schritt 5 Entfernen der Objekttr ger auf Seite 37 26 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Erste Schritte 2 Entriegelte Abde ckung des Halters f r Objekttr ger Abbildung 9 Entriegeln der Abdeckung 4 Legen Sie den Objekttr ger in den Halter sodass das Ende des Objekttr gers an der R ckseite auf der Kante aufliegt Die aktive Microarray Oberfl che muss nach oben zeigen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 27 2 Erste Schritte Weitere Informationen zum Anbringen eines zweiten lesbaren Strichcodes erhalten Sie unter Spezifikationen zum Strichcode und Strichcodeetikett auf Seite 112 Aktive Microarray Oberfl che Abbildung 10 Ordnungsgem e Platzierung des Objekttr gers an der Kante 5 Legen Sie den Objekttr ger ordnungsgem in den Halter Das Ende ohne Strichcodeetikett liegt an der Kante an der R ckseite an Der Objekttr ger liegt mit der Oberfl che nach oben auf der das Microarray aufgebracht ist Das
99. tet ist Ob das Stromkabel angeschlossen ist und ob an der Steckdose Spannung anliegt e dass die Sicherungen nicht durchgebrannt sind Einmaliges Blinken Einmaliges Einmaliges LED Test beim Einschalten Keine Ma nahme erforderlich Blinken Blinken Dauer lt 1 Sek Blinken Blinken Aus Selbsttest beim Einschalten Keine Ma nahme erforderlich wird ausgef hrt Verwenden Sie HyperTerminal um Diagnoseinformationen zu erfassen Siehe Verwenden von HyperTerminal zur Erfassung von Diagnosedaten auf Seite 93 Aus Blinken Aus Verbindungsversuch zum PC Installieren Sie die Scan 20 Sek aus Steuerungssoftware 8 0 falls sie 20 Sek an noch nicht installiert ist Aus oder an Blinken Aus Herunterladen der Firmware Keine Ma nahme erforderlich Dauer 1 3 und DSP Initialisierung oder 1 0 Sek An An Aus Die Laser befinden sich in Warten Sie Die maximale der Aufw rmphase und sind Aufw rmphase betr gt 30 Minuten noch nicht betriebsbereit An Aus Aus Das Ger t ist bereitf rden Keine Ma nahme erforderlich Scan Vorgang Blinken Aus Aus Scan Vorgang Keine Ma nahme erforderlich Beliebiger Status Beliebiger An Fehler ermittelt Wenden Sie sich an Ihr Agilent Status Vertriebs und Supportcenter Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 89 5 90 Wartung und Fehlerbehebung im System berpr fen und Austauschen der Scannersicherungen Der Microarray Scanner verf gt ber drei S
100. tialisieren 23 Spezifikationen 108 Umstellen 82 Warnhinweis zum Entfernen der Abdeckungen 82 Wartungsaufgaben 78 to 80 Scannerabdeckung ffnen 86 Scan Protokoll 46 Scan Steckplatz 44 Scan Vorgang Definition 36 Scan Vorg nge Tabelle mit Speicherplatz und Scan Zeit 57 122 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Scan Zeit 109 Seriennummer Scanner 84 85 Sicherheit Richtlinien 16 Symbole f r den Scanner 15 Vorschriften 116 Sicherheitssymbole 15 Sicherungen Laser 91 Netzteil 90 Software Hauptfenster 25 keine Reaktion 87 Starten 23 Symbol 23 Systemanforderungen 12 Wartung 78 Spannungseinstellung Eingang 118 Spannungspr fung 118 Spezifikationen 15 Microarray Scanner 108 Strichcodes 112 Standardm ige Scan Einstellungen 63 71 Standortvorbereitung 14 Starten Software 23 Statusanzeige 13 88 89 St rabstand 17 Strichcodeformate 113 Strichcodes automatischer Eintrag 54 manueller Eintrag 55 nicht Agilent 22 Pr fen auf 55 Spezifikationen 112 Support technischer 84 Systemfunktionen 10 T Technischer Support 84 ndern der URL f r Kontaktaufnahme 84 Technischer Support Kontakt 84 Teileliste 11 Teilen Drehen des Bilds 66 Temperaturanforderungen 81 TIFF Bild teilen und drehen 66 Index TIFF Bild teilen und drehen 66 TIFF Komprimierung 66 U berpr fen des Luftfilters 79 bertragen vo
101. tlegen von Zeiten f r das automatische Ausschalten der Laser Sie k nnen die Lebensdauer der Laser verl ngern indem die Ger te zu bestimmten Zeiten automatisch ausgeschaltet werden Siehe Festlegen von Zeiten zum Ein Ausschalten der Laser auf Seite 71 in Kapitel 4 Verwenden der Werkzeuge f r weitere Informationen Der Microarray Scanner muss nicht ausgeschaltet werden Falls Sie den Scanner abschalten m chten f hren Sie folgende Schritte aus 1 Klicken Sie auf Exit im Hauptfenster des Scan Steuerungsprogramms Schlie en Sie das Scan Steuerungsprogramm vor dem Ausschalten des Microarray Scanners um unvorhergesehene bertragungssperren zu vermeiden 2 Warten Sie einige Sekunden und stellen Sie sicher dass die Abdeckung des Microarray Scanners nicht verriegelt ist 3 ffnen Sie die Abdeckung 4 Schalten Sie den Microarray Scanner ber den Ein Aus Schalter an der Vorderseite des Ger ts aus VORSICHT ffnen Sie die Abdeckung nur wenn Sie geh rt haben wie diese entriegelt wurde Wenn Sie versuchen die Abdeckung w hrend des Entriegelns zu ffnen kann dies zu einem Stau im Microarray Scanner f hren Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 39 2 Erste Schritte Scannen der Objekttr ger Schritt 1 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze Wenn Sie alle Objekttr ger in allen 48 Steckpl tzen scannen m chten gehen Sie zu Schritt 2
102. u digitalen Messwerten die in einer TIFF Datei erfasst werden Dunkelstromsubtraktion Bei sehr niedrigen Frequenzen k nnen St rungen negative Pixelwerte erzeugen Anstatt diese Werte auf null zu setzen wodurch es zu einer fehlerhaften Messung kommen k nnte addiert der Agilent Scanner einen niedrigen Versatz zu allen Pixelwerten sodass die gesamte Pixelverteilung erfasst werden kann Dieser konstante Versatz stellt keine St rung dar und wird von der Agilent Merkmalsextraktionssoftware statistisch korrekt wieder abgezogen Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 4 Benutzerhandbuch Agilent G2565CA Microarray Scannersystem Scan Control Software 8 5 Benutzerhandbuch 2 Erste Schritte Lizenzierung 20 Einl sen der Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 20 Installieren Ihrer Lizenz f r hochaufl sendes Scannen 21 Lizenz f r Nicht Agilent Strichcodes 22 Inbetriebnahme des Scanners 23 Schritt 1 Einschalten des Agilent Microarray Scanners 23 Schritt 2 Einlegen der Objekttr ger in die Halter 26 Schritt 3 Laden der Halter in das Karussell 32 Schritt 4 Scannen der Objekttr ger 36 Schritt 5 Entfernen der Objekttr ger 37 Schritt 6 Festlegen von Zeiten f r das automatische Ausschalten der Laser 39 Scannen der Objekttr ger 40 Schritt 1 Festlegen der Platzierung der Steckpl tze 40 Schritt 2 Einrichten eines Profils zum Bearbeiten aller Einstellungen in der Scan Tabelle 41 Schritt 3
103. utzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Geben Sie in der Korrespondenz mit Ihrem Agilent Vertriebs und Supportcenter immer die Modellnummer und 10 stellige Seriennummer an Notieren Sie sich die Seriennummer Ihres Agilent Microarray Scanners die Softwareversionsnummer und das Installations datum in den daf r vorgesehen Feldern wenn Sie diese Seite drucken oder auf einem Blatt Papier das Sie in der N he Ihres Scanners aufbewahren Scannerinformationen Modellnr Seriennr Installationsdatum Softwareversionsnr Versionsnr Datum von Softwareupdates Versionsnr Datum von Softwareupdates Suche nach Versionsinformationen f r die Scannersoftware 1 W hlen Sie in der Men leiste Help gt About um nach Versionsinformationen zu suchen 2 Klicken Sie zum Schlie en des Programms auf OK Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch 85 5 Wartung und Fehlerbehebung im System H ufig gestellte Fragen FAQs Tabelle2 FAQs Im Folgenden werden h ufig gestellte Fragen FAQs und die entsprechenden Antworten aufgef hrt die Ihnen beim Betrieb und der Wartung des Agilent Microarray Scannersystems sowie bei der Behebung von m glichen Fehlern als Hilfe dienen k nnen FAQ Antwort Ich m chte den Microarray Scanner umstellen Kann ich Dateien w hrend des Scannens ber das Netzwerk sichern Wo finde ich Supporti
104. wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter F hren Sie folgende Schritte aus 1 Pr fen Sie ob das USB Kabel mit dem Microarray Scanner und dem PC Arbeitsplatz verbunden ist 2 Schalten Sie den Microarray Scanner aus und anschlie end wieder ein 3 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm neu 4 Besteht das Problem weiterhin wenden Sie sich an Ihr Agilent Vertriebs und Supportcenter M gliche Ursachen f r diesen Fehler e Der Microarray Scanner ist m glicherweise nicht eingeschaltet oder Sie haben den Microarray Scanner eingeschaltet aber nicht lange genug gewartet sodass der Microarray Scanner den Selbsttest und die Initialisierung nicht abschlie en konnte W hlen Sie OK um die Scan Steuerungsmeldung zu schlie en warten Sie einige Minuten und versuchen Sie es erneut e Der Microarray Scanner ist m glicherweise nicht mit dem PC Arbeitsplatz verbunden Pr fen Sie ob das USB Kabel mit dem Microarray Scanner und dem PC Arbeitsplatz verbunden ist Ist das USB Kabel nicht angeschlossen schlie en Sie es erneut an starten Sie den PC neu und schalten Sie den Microarray Scanner ggf aus und anschlie end wieder ein Die Internet Protokoll Netzwerkeigenschaften TCP IP f r den Scanner sind m glicherweise ge ndert worden berpr fen Sie ob die IP Adresse f r die lokale Verbindung des Scanners 10 0 0 1 und die Subnetzmaske 255 255 255 0 ist Die Windows XP Firewall verhindert m glicherweise
105. ymmdd im Textfeld Dateiname ein wobei yymmdd f r das heutige Datum und f r die Nummer der Aufzeichnungssitzung f r diesen Tag steht Klicken Sie auf Speichern Klicken Sie im Dialogfeld Text aufzeichnen auf Starten Folder C Documents and Settings david_baker My Eile inal Capture Files Capture 060105 1 TXT Browse Cancel Die HyperTerminal Daten werden an diese Datei angeh ngt bis HyperTerminal geschlossen wird oder die Sitzung Text aufzeichnen ber das Dropdownmen bertragung beendet wird HyperTerminal wird geschlossen wenn Sie sich abmelden 96 Agilent Microarray Scannersystem G2565CA Scan Steuerungssoftware 8 5 Benutzerhandbuch Wartung und Fehlerbehebung im System 5 Starten einer HyperTerminal Aufzeichnungssitzung nach erstmaliger Einrichtung Sind die Laser bereits aufgew rmt fahren Sie mit Schritt 3 fort 1 Schalten Sie den Scanner zum Starten der Initialisierung ein 2 Starten Sie das Scan Steuerungsprogramm um die Aufw rmphase f r die Laser zu starten 3 Doppelklicken Sie auf das Desktopsymbol Scanner ht 4 Klicken Sie im HyperTerminal Dropdownmen bertragung auf Text aufzeichnen 5 Im Dialogfeld Text aufzeichnen a ndern Sie den Dateinamen im Textfeld Datei sodass dieser das heutige Datum und die Aufzeichnungssitzung enth lt b Klicken Sie auf Starten Folder C Documents and Settings david_baker My Eile inal Capture Files Capture 0601ER TXT Browse
106. zuf llige Sch den oder Folgesch den im Zusammenhang mit der Lieferung Ingebrauchnahme oder Benutzung dieser Dokumentation Falls zwischen Agilent und dem Benutzer eine sepa rate schriftliche Vereinbarung mit Garantiebedingungen bez glich des in diesem Dokument enthaltenen Materials besteht die zu diesen Bedingungen im Widerspruch ste hen gelten die Garantiebedingungen in der separaten Vereinbarung Technologielizenzen Die in diesem Dokument beschriebene Hardware und oder Software wird unter einer Lizenz bereitgestellt und kann nur gem der Lizenzbedingungen verwendet oder kopiert werden Nutzungsbeschr nkungen Nutzungsbeschr nkungen f r Organe der US Regierung Die der Bundesregierung gew hrten Rechte bez glich Software und technischer Daten gehen nicht ber diese Rechte hinaus die blicherweise Endbenut zern gew hrt werden Agilent stellt diese handels bliche kommerzielle Lizenz f r Software und technische Daten gem FAR 12 211 technische Daten und 12 212 Com puter Software f r das US Verteidigungs ministerium gem DFARS 252 227 7015 technische Daten kommerzielle Pro dukte und DFARS 227 7202 3 Rechte an kommerzieller Computer Software oder Computer Software Dokumentation bereit Sicherheitshinweise VORSICHT Ein Hinweis mit der berschrift VORSICHT weist auf eine Gefahr hin Es wird auf einen Betriebs ablauf ein Vorgehen o aufmerk sam gemacht die bei falsche

Agilent G2565CA Microarray-Scannersystem

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