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ABI PRISM ®- Gen-Analysator 3100

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1. Polymerblockleitung GRII798 a Das Anodenpuffer Nadelventil heruntergedr ckt halten und gleichzeitig die Array F llspritze langsam herunterdr cken um Druck in den Kan len zu erzeugen b Das Puffer Nadelventil loslassen jedoch die Array F llspritze weiterhin herunterdr cken um die Blasen in die Polymerblockleitung aus zu treiben Bei Bedarf Schritt 3 wiederholen 5 4 Ger tewartung berpr fen der verf gbaren Speicherkapazit t Einf hrung Jede Woche sicherstellen dass gen gend Festplattenspeicherplatz zum Speichern der erstellten Daten verf gbar ist Die folgenden Verfahren enthalten Anweisungen zum berpr fen des verf gbaren Speicherplatzes Auf der Festplatte normalerweise Laufwerk D f r die extrahierten Probendateien Inder Ger tedatenbank normalerweise in Laufwerk E f r die Rohdaten berpr fen des Zum berpr fen des verf gbaren Festplattenspeicherplatzes im Hinblick auf verf gbaren ausreichende Kapazit t f r die Probendateien folgenderma en Festplatten vorgehen speicherplatzes schritt Ma nahme 1 F hren Sie auf dem Symbol My Computer Arbeitsplatz auf dem Desktop einen Doppelklick aus um die Laufwerke anzuzeigen 2 Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf Laufwerk D und w hlen Sie Properties Eigenschaften A My Computer Iofx Fi Edit View Help Bmc A Al Ak ee E 3 Floppy amp go Os
2. Place a plate Into plate position B Verkn pfte Plate Records Plate Record in der Tabelle Linked Plate Records Wiederholen Sie ggf die Schritte 1 3 zum Verknipfen einer zweiten Platte 2 22 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Zum Verkn pfen einer Platte mit einem Plate Record folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 5 Klicken Sie auf das Register Run View Laufanzeige um den Laufplan anzuzeigen Hinweis Es ist zwar m glich einzelne L ufe zu l schen jedoch kann die im Laufplan festgelegte Reihenfolge nicht ge ndert werden Der Laufplan wird von einer Reihe von Faktoren bestimmt siehe dazu die Bedienungsanleitung f r den ABI PR sM Gen Analysator 3100 3100 Data Collection Software Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 23 Starten und Uberwachen des Laufs Starten eines Laufs Zum Starten eines Laufs folgendermaBen vorgehen Schritt MaBnahme 1 Klicken Sie auf die gr ne Schaltfl che Run Instrument Geratelauf um die geplanten Laufe einzuleiten E 13100 Data Collection Software Fie View Instrument Tools Service Help CHE gt ale Schaltfl che Run Instrument Ger telauf berwachen Zum berwachen eines Laufs folgenderma en vorgehen eines Laufs Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie auf das Register Status View Status Anzeige um den Ger testat
3. DNA Fluoreszenz Sequenzierung 1 800 831 6844 anschlie end 22 dr cken 1 650 638 5981 Fluoreszenz Fragmentanalyse einschl GeneScan Anwendungen 1 800 831 6844 anschlie end 23 dr cken 1 650 638 5981 Integrierte Thermozykler ABI PRISM Gerate 877 und Catalyst 800 1 800 831 6844 anschlie end 24 dr cken 1 650 638 5981 ABI Prism Gen Analysator 3100 1 800 831 6844 anschlie end 26 dr cken 1 650 638 5981 Biolnformatics einschl BioLIMS BioMerge und SQL GT Anwendungen 1 800 831 6844 anschlie end 25 dr cken 1 505 982 7690 Peptidsynthese Systeme 433 und 43X 1 800 831 6844 anschlie end 31 dr cken 1 650 638 5981 Proteinsequenzierung Procise Proteinsequenziersysteme 1 800 831 6844 anschlie end 32 dr cken 1 650 638 5981 PCR und Sequence Detection Systems qPCR 1 800 762 4001 anschlie end 1 fur PCR dr cken 2 f r 7700 oder 5700 6 f r 6700 oder Durchwahl 1 800 831 6844 anschlie end 5 dr cken 1 240 453 4613 Voyager MALDI TOF Biospectrometrie und Mariner ESI TOF Massenspektrometrie Arbeits stationen 1 800 899 5858 anschlie end 13 dr cken 1 508 383 7855 Biochromatographie BioCAD Arbeitsstationen und Poros Perfusions Chromatographie produkte 1 800 899 5858 anschlie end 14 dr cken 1 508 383 7855 ExpediteTM Nukleins uresynthese Systeme 1 800 899
4. Weitere Methoden zur Erstellung von Plate Records sowie Angaben zum Importieren und Exportieren von Plate Records enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI Prism Gen Analysator 3100 Bestell Nr 4315834 Hinweis W hrend eines Laufs k nnen keine Plate Records erstellt werden Zum Eingeben der Plate Record information folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie im Fenster der 3100 Data Collection Software auf das Register Plate View Platten Anzeige um die Seite Plate View Platten Anzeige aufzurufen Register Plate View Plate View Run view Status View Array View Capillary View Platten Anzeige 2 Klicken Sie in der Utensilienleiste auf die Schaltfl che Plate Editor Plattenbearbeitung Damit wird das Dialogfeld Plate Editor Plattenbearbeitung aufgerufen Plate Editor x Place Name my_plate_record Apalication Sequencing GeneScan Spectral Calibration Plae Type Joewen Comments This is an example plate record Finich Cancel Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 15 Zum Eingeben der Plate Record information folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 Gehen Sie im Dialogfeld Plate Editor Plattenbearbeitung folgenderma en vor Benennen Sie Ihre Platte Legen Sie die Anwendung fest W hlen Sie den Plattentyp Geben Sie eventuelle Bemerkungen ein optional WICHTIG F r de
5. GC GTTGC GC TCAC TGCCCGC TTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGC TGC 240 250 260 270 280 2 J n Ma Ist die Probendatei noch nicht analysiert wird mit der Datei die Rohdaten Anzeige aufgerufen Anweisungen zum Analysieren von Daten enth lt Analysieren bzw Re Analysieren von Daten auf Seite 3 11 I al REN ee N i i it N Aland aid lt 3 8 Anzeigen und Analysieren von Daten Zum Anzeigen von Probendateiinformationen folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 6 Mit Hilfe der Schaltfl chen unten links im Fenster k nnen Sie die Anzeigedarstellung ndern Schalt Anzeige fl che name Beschreibung 1 Annotation Zusammenfassende Daten zu Probe und Lauf Anmer kung 2 Sequence Der Wortlaut der Nukleotidensequenz Sequenz Basensequenz 3 Feature Von der Factura Verarbeitung hinzugef gte Option Optionen 4 Electro Analysierte Farbdaten in der Basen als Peaks pherogram erscheinen Diese Anzeige ist nur f r bereits Elektrophe analysierte Daten verf gbar rogramm 5 Raw Data Daten mit Multikomponentenverarbeitung die Rohdaten jedoch nicht im Hinblick auf Grundlinie oder Mobilitat korrigiert wurden Bei noch nicht analysierten Probendateien ist dies die Vorgabe Anzeige 6 EPT Diagramme von Spannung Temperatur Strom und Leistung Falls keine EPT Daten verf gbar sind kann dieser B
6. 4 Klicken Sie wenn alle gew nschten Dateien in der Liste File Name Dateiname vorliegen auf die Schaltfl che Finish Fertig neben dem Dialogfeld Add Sample Files Probendateien hinzuf gen Die Probendateien werden dem Fenster Sample Manager Probenverwaltung hinzugef gt Hinweis Im Fenster Sample Manager Probenverwaltung werden lediglich die ersten 20 Zeichen des Probendateinamens angezeigt fl Sequencing Analysis olx File Edit Sample Manager Window Help af Sample Manager D sure i Resume E cancer 5 remove C open rnes Peak1 Stoi Location Point Point IDT3100PoPs Bd gt Jknones P Drs1ooporstP Jknones PY IDT3100PoPe Bd Jknones 9 P prsioororstel knones PY Anzeigen und Analysieren von Daten 3 7 Zum Anzeigen von Probendateiinformationen folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 5 Doppelklicken Sie auf den Namen einer Probendatei um diese zu ffnen und deren Inhalt anzuzeigen Sie k nnen auch mehrere Probendateien auf einmal ffnen indem Sie diese im Fenster Sample Manager Probenverwaltung ausw hlen und anschlie end auf die Schaltfl che Open Files Dateien ffnen klicken Ist die Probendatei bereits analysiert wird mit der Datei die Elektropherogramm Anzeige aufgerufen l Run_demo_3100_2000 04 28_14_400ng_B01_03 ab1
7. folgenden potentiellen Risikofaktoren verursacht st ndig wiederholte Bewegungsabl ufe unbequeme Haltung beranstrengung Beibehaltung ungesunder Haltung Kontaktdruck und sonstige Arbeitsplatzfaktoren Einf hrung 1 11 1 12 Einf hrung Es sollte eine Sitzposition gew hlt werden die in optimaler Weise Bequemlichkeit Tastaturzugriff und Eliminierung von erm denden Stressbelastungen kombiniert Der Gro teil des K rpergewichts sollte vom Ges getragen werden und nicht von den Oberschenkeln Die F e sollten flach auf dem Boden ruhen und das Gewicht der Beine sollte vom Fu boden und nicht von den Oberschenkeln getragen werden Zur Erhaltung der korrekten konkaven Wirbels ulenkr mmung sollte eine R ckenst tze verf gbar sein Die Tastatur auf einer Fl che mit folgenden Attributen platzieren Korrekte H he f r waagrechte Haltung der Unterame und senkrechte Haltung der Oberame St tze f r Unterarme und H nde um Erm den der Oberarmmuskulatur zu verh ten Den Bildschirm in einer H he anordnen die eine normale K rper und Kopfhaltung zul t Diese H he ist abh ngig von den jeweiligen K rperproportionen des Benutzers Die Anzeige im Hinblick auf optimale Bequemlichkeit und Effektivit t einstellen Regulierung der Bildschirmeinstellungen wie Helligkeit Kontrast und Farbton entsprechend der pers nlichen Vorlieben sowie auch der Umgebungsbeleuchtung Platzierung
8. tebetrieb erforderlich sind PAo Weist auf eine potentielle Gefahrensituation hin die bei Missachtung f r den Anwender zu kleineren bis mittelschweren Verletzungen f hren kann Kann au erdem vor gef hrlichen Praktiken warnen P AN Ne Weist auf eine potentielle Gefahrensituation hin die bei Missachtung lebensgef hrlich sein oder zu schweren Verletzungen f hren k nnte 7 Nels Nalsi Weist auf eine potentielle Gefahrensituation hin die bei Missachtung lebensgef hrlich ist oder zu schweren Verletzungen f hrt Dieser Gefahrenhinweis wird nur f r die sch rfsten Gefahrensituationen verwendet NGN CHEMISCHE GEF HRDUNG Einige der mit den Ger ten von Applied Biosystems verwendeten Chemikalien sind potentielle Gefahrstoffe und k nnen zu Verletzungen Erkrankungen oder zum Tod f hren Vor Lagerung Handhabung oder Arbeiten mit Chemikalien oder Gefahrstoffen sind die vom Chemikalienhersteller bereitgestellten Sicherheitsdatenbl tter einzusehen und zu verinnerlichen Den Kontakt mit Chemikalien bzw deren Einatmung m glichst gering halten Bei der Handhabung von Chemikalien entsprechende Personenschutzausr stung tragen wie z B Schutzbrille Handschuhe oder Schutzbekleidung Weitere Sicherheitsrichtlinien enth lt das entsprechende Sicherheitsdatenblatt Chemikalienbehalter nicht offen stehen lassen Nur bei ausreichender L ftung verwenden In regelm igen Abst nden auf Chemikalienlecks oder versch ttungen ber
9. 5858 anschlie end 15 dr cken 1 508 383 7855 Peptidsynthese Pioneer und 9050 Plus Peptidsynthesesysteme 1 800 899 5858 anschlie end 15 dr cken 1 508 383 7855 PNA Spezial und Synthese 1 800 899 5858 anschlie end 15 dr cken 1 508 383 7855 FMATTM 8100 HTS System und CytoFluor 4000 Fluoreszenz Plattenleseger t 1 800 899 5858 anschlie end 16 dr cken 1 508 383 7855 oder 1 781 271 0045 Produkt oder Telefon Fax Produktbereich Durchwahl Durchwahl Chemolumineszenz Tropix 1 800 542 2369 nur 1 781 275 8581 USA Applied Biosystems MDS Sciex 1 800 952 4716 1 508 383 7899 Au erhalb Nordamerikas Region Telefon Durchwahl Fax Durchwahl Afrika und Mittlerer Osten Afrika Englisch sprechende L nder und Westasien Fairlands S dafrika 27 11 478 0411 27 11 478 0349 S dafrika Johannesburg 27 11 478 0411 27 11 478 0349 Mittlerer Osten und Nordafrika Monza Italien 39 0 39 8389 481 39 0 39 8389 493 Ostasien China Ozeanien Australien Scoresby Victoria 61 3 9730 8600 61 3 9730 8799 China Peking 86 10 64106608 86 10 64106617 Hongkong 852 2756 6928 852 2756 6968 Korea Seoul 82 2 593 6470 6471 82 2 593 6472 Malaysia Petaling Jaya 60 3 758 8268 60 3 754 9043 Singapur 65 896 2168 65 896 2147 Taiwan Taipei Hsien 886
10. Blasen Sie so lange Dosen Druckluft durch die Kan le bis diese trocken sind Gehen Sie zum Waschen des Anodenreservoirs und der Polymerleitung folgenderma en vor Schritt Ma nahme 1 Sp len Sie die Polymerblockleitung mit Hilfe einer Spritzflasche mit deionisiertem Wasser aus 2 Waschen Sie das Anodenreservoir mit warmem Wasser und sp len Sie anschlie end mit deionisiertem Wasser 3 Trocknen Sie beide Komponenten mit Dosen Druckluft Laden von frischem Polymer in das Gerat Zeitpunkt des Polymerwechsel Zugabe bzw Wechsel des Polymers Wir empfehlen das w chentliche Auswecheln des Polymers Das Polymer bleibt bei 25 C etwa 7 Tage lang haltbar CHEMISCHE GEF HRDUNG POP kann Augen Haut und Atemwege reizen Bitte das Sicherheitsdatenblatt einsehen und die Handhabungsanweisungen befolgen Entsprechende Schutzbrille Schutzkleidung und Schutzhandschuhe tragen Nur zu Forschungs und Entwicklungszwecken einsetzen Zum Laden von frischem Polymer in das Ger t folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 W hlen Sie aus dem Men Tools Utensilien die Option Change Polymer Wizard Polymerwechsel Assistent 3100 Data Collection Software File View Instrument GE Service Help Plate Editor Module Editor Plate View Run View Change Polymer Wizard Instrument Condition Install Capillary Array Wizard Autosampler Calibration Wizard Perform Spatial Cali
11. C Open Explore Eind Sharing Format Create Shortcut Propertes Damit wird das Dialogfeld Properties Eigenschaften aufgerufen das den belegten und den freien Speicherplatz anzeigt 3100Files D Properties 21x General Tools Sharing Security A Label 3100Files Type Locd Disk File system NTFS WE Used space 1 644 572 672 bytes 1 53GB PD Free space 5 305 786 358 bytes 4 94GB Capacity 6 950 359 040 bytes 6 47GB Diive D I Compress D emes Ger tewartung 5 5 Zum berpr fen des verf gbaren Festplattenspeicherplatzes im Hinblick auf ausreichende Kapazit t f r die Probendateien folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 Sie k nnen anhand der folgenden Angaben absch tzen wieviel freien Speicherplatz sie ben tigen Ungef hr ben tigter Platz pro Datei Dateityp kByte a Analysierte Probendatei f r die 250 DNA Sequenzanalyse Nicht analysierte Probendatei 100 a Die hier angef hrten Werte sind lediglich Sch tzwerte Die tats chliche Dateigr e ist abh ngig vom gew hlten Laufmodul 4 Bei unzureichend verf gbarer Kapazit t folgenderma en vorgehen a Archivieren Sie die Probendateien auf einem anderen Datentr ger b L schen Sie die Originaldateien aus dem Laufwerk berpr fen der Hinweis Die Ger tedatenbank wird automatisch um 2 9 GByte erweitert je nach dem verf gbaren Umf
12. Daemon nicht l uft ffnen Sie das Start Men zeigen Sie auf Applied Biosystems und w hlen Sie OrbixWeb Daemon Hinweis Gehen Sie zum Erstellen einer Verkn pfung folgenderma en vor a Machen Sie orbixd exe im folgenden Verzeichnis ausfindig D dbtools iona orbixweb3 2 bin b Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Datei c Klicken Sie auf Create Shortcut Verkn pfung erstellen Dadurch erstellen Sie eine Verkn pfung namens Shortcut to orbixd exe Verkn pfung zu orbixd exe d Ziehen Sie die Verkn pfung auf den Desktop WICHTIG Die 3100 Data Collection Software kann erst nach dem Starten von OrbixWeb Daemon laufen Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 3 Starten der Data Zum Starten der Data Collection Software folgenderma en vorgehen Collection Software Schritt Ma nahme 1 Zeigen Sie im Start Men auf Applied Biosystems und w hlen Sie 3100 Data Collection Hinweis Gehen Sie zum Erstellen einer Verkn pfung folgenderma en vor a Navigieren Sie zur Datei 3100Collection bat im Verzeichnis D AppliedBio 3100 Bin b Klicken Sie mit der rechten Maustaste auf die Datei c Klicken Sie auf Create Shortcut Verkn pfung erstellen Dadurch erstellen Sie eine Verkn pfung namens Shortcut to 3100 Collection Software Verkn pfung zu 3100 Collection Software d Ziehen Sie die Verkn pfung auf den Desktop Die 3100 Data Collection Software wird aufgerufen und es wird das folgende
13. Einsehen stets geschlossen werden W hrend des Laufs sollten diese Seiten nicht ber l ngere Zeit hinweg aufgerufen bleiben da andernfalls irreparable Probleme mit der Bildschirmauffrischung auftreten Das Fenster Status View Status Anzeige offen lassen Weitere Angaben zum Anzeigen von Array und Kapillaren enth lt Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs in der Data Collection Software auf Seite 3 2 2 24 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Stoppen eines Laufs und Wiederherstellung der Daten Stoppen oder W hrend des Laufs sind in der Utensilienleiste die Schaltfl chen Skip Auslassen Auslassen eines Pause Unterbrechen und Stop Stoppen sichtbar Laufs Ps 13100 Data Collection Software File View Instrument Tools Service Help Schaltflache Stop Stoppen ry a 1 m la Schaltfl che Pause Unterbrechen Schaltfl che Skip to Next Run Auslassen weiter mit n chstem Lauf Zum Stoppen des gegenw rtigen Laufs und Folgendes anklicken Fortfahren mit den brigen geplanten Schaltfl che Skip Auslassen L ufen Stoppen der brigen geplanten L ufe a Schaltfl che Stop Stoppen b Now Jetzt im Dialogfeld Question Frage 7 Stop now or after current run After run Cancel Bei Fehlschlagen der Die automatische Extraktionsfunktion sollte automatisch die Daten des gestoppten automatischen Laufs eingeholt haben Ist dies nicht der Fall kann der B
14. Ger ts Auf der Seite Capillary View Kapillaren Anzeige Kapillare f r Kapillare WICHTIG Die Fenster Array View Array Anzeige und Capillary View Kapillaren Anzeige m ssen nach dem Einsehen stets geschlossen werden W hrend des Laufs sollten diese Seiten nicht ber l ngere Zeit hinweg aufgerufen bleiben Dies k nnte zu irreparablen Problemen mit der Bildschirmauffrischung f hren Das Fenster Status View Status Anzeige offen lassen Anzeigen von Zum Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs folgenderma en Rohdaten vorgehen Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie in der 3100 Data Collection Software auf das Register Array View Array Anzeige um die Seite Array View Array Anzeige aufzurufen 2 Zeigen Sie im Men Instrument Ger t auf Data Acquisition Datenerfassung und w hlen Sie Display Run Data Laufdaten anzeigen Damit wird das Dialogfeld Select the run to display Anzuzeigenden Lauf w hlen aufgerufen SEIEN the run to display x Run_demo_3100_2000 04 06_23 v OK Cancel 3 W hlen Sie aus der Dropdown Liste den Lauf den Sie anzeigen m chten und klicken Sie auf OK Hinweis Alle in der Datenbank des Ger ts vorliegenden abgeschlossenen L ufe k nnen angezeigt werden Hinweis Das Aufrufen der Daten kann u U einen Augenblick dauern Anzeigen und Analysieren von Daten Zum Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs folgendermaBen vorgehen Fortsetzung
15. Platte nicht kr ftig genug zentrifugiert wurde oder nicht lang genug zentrifugiert wurde Vorbereitung der Die Anweisungen auf den Seiten 2 8 bis 2 14 befolgen um Folgendes durchzuf hren Platte und des amp Zusammenstellung der Platten Ger ts berpr fung und Auff llen der Ger te L sungen Platzierung der Platte im Autosampler 48 Spatial und Spectral Kalibrierung Erstellung eines Zum Erstellen eines Plate Records fiir die denaturierten Matrix Standards Plate Records folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie in der Seite Plate View Plattenanzeige der 3100 Data Collection Software auf New Neu Damit wird das Dialogfeld Plate Editor Plattenbearbeitung aufgerufen Gehen Sie im Dialogfeld Plate Editor Plattenbearbeitung folgenderma en vor a Geben Sie der Platte einen Namen b W hlen Sie Spectral Calibration Spectral Kalibrierung c Vergewissern Sie sich dass die korrekte Plattengr e gew hlt wurde Plate Editor LX Plate Name SpectralCalibration Application C Sequencing C GeneScan Spectral Calibration Plate Type 96 VWell v Comments Finish Cancel d Klicken Sie auf Finish Fertig Damit wird das Tabellenprogramm Plate Editor Plattenbearbeitung aufgerufen Tragen Sie in das Tabellenprogramm Plate Editor Plattenbearbeitung die von Ihnen geladenen Vertiefungen ein a Geben Sie einen Name
16. Schritt MaBnahme Array Anzeige 4 Verwenden Sie zum Einsehen der Daten die Scroll Leisten der Seite Array View WICHTIG Die Fenster Array View Array Anzeige und Capillary View Kapillaren Anzeige m ssen nach dem Einsehen stets geschlossen werden W hrend des Laufs sollten diese Seiten nicht ber l ngere Zeit hinweg aufgerufen bleiben Dies k nnte zu irreparablen Problemen mit der Bildschirmauffrischung f hren Das Fenster Status View Status Anzeige offen lassen Kapillaren Farb daten Anzeige 3100 Data Collection Software File View Instru He Plate View Run ment Tools Service Help Rohdaten Elektrophero gramm Anzeige f r die gew hlte Kapillare 26 7 27 1 27 4 Intensity vs Run Time mins 278 Rollfeld zum blockweisen 1440 1260 1080 900 720 540 360 180 Einsehen der Daten Gew hlte Kapillare wird in SA ar Basler jun 8 Intensity vs Spectral Bin ey to ES Diagramm Mitte Intensity vs Cap Number i j angezeigt Anzeigen und Analysieren von Daten 3 3 34 Zum Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 5 Es k nnen auch die Elektropherogramm Daten mehrerer Kapillaren zugleich angezeigt werden Klicken Sie dazu auf das Register Capillary View Kapillaren Anzeige um die Seite Capillary View Kapillaren Anzeige aufzurufen
17. analysierten Probendateien gemeinsam Probendateien mit einem Lauf Protokoll in einem Lauf Ordner gespeichert und zwar im folgenden Verzeichnis D AppliedBio 3100 DataExtractor ExtractedRuns Im Folgenden ist ein Beispiel eines Lauf Ordners samt Inhalt abgebildet amp D AppliedBio 31 00 D ataE xtractor ExtactedRuns Run_demo_3100_2000 05 23_1 OP x File Edit View Help Modified sas 2KB Text Document 6 23 00 12 20 PM A 148KB AB1 File 6 23 00 12 19 PM 146KB AB1 File 6 23 00 12 20 PM 147KB ABI File 6 23 00 12 19 PM 12 sample_BO2_04 3b1 151KB ABI File 6 23 00 12 20 PM a sample_C01_05 3b1 147KB ABI File 6 23 00 12 19 PM sample_C02_06 ab1 153KB AB1 File 6 23 00 12 20 PM A sample_D01_07 ab1 152KB AB1 File 6 23 00 12 19 PM goaa 147KB ABI File 6 23 00 12 20 PM i sample _E01_09 ab1 151KB ABI File 6 23 00 12 19 PM sample_E02_10 3b1 147KB ABI File 6 23 00 12 20 PM 12 sample_FU1_11 ab1 154Kb ABI File b z3 UU 12 19 PM A sample_F02_12 ab1 152KB AB1 File 6 23 00 12 20 PM A a sample_G01_13 ab1 152KD AD1 Tile 629700 12 20 PM sample _G02_14 ab1 147KB ABI File 6 23 00 12 20 PM E sample _H01_15 ab1 147KB AB1 File 6 23 00 12 20 PM By sample_H02_16 ab1 152KB AB1 File 6 23 00 12 20 PM 17 object s 2 32MB L Lauf Ordner Der Vorgabe Name des Lauf Ordners lautet Vorgabe Name Run Lauf _ lt Ger tename gt _ lt Datum gt _ lt Lauf ID gt Namensbeispiel f r einen Lauf Ordner GR un_31 00_R a
18. call our local office or refer to our web site at www appliedbiosystems com Applera Corporation is committed to providing the world s leading technology and information for life scientists Applera Corporation consists of the Applied Biosystems and Celera Genomics businesses Inhalt 1 Einf hrung berblick segonna tet eh eA EN RER HEN ER ARRERNRERERACHERNCSERTEN DOREEN 1 1 Z dieser 08 51 1 ae a a ee me E EAEE it 1 2 Weitere Informationen uses Sa ee We eels EG eae web es wack ne 1 2 Technische Unterst tzung hw ees Ghee ae en Gee eden 1 3 Sicherheit 4 5252 Ar a seen 1 8 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs DEO LCR piss u sn re a a ee 2 1 Vor Besim 2 a BA RBB babe a RE ER gm ee ROE 2 2 Starten der 3100 Data Collection Software 22020neeeenenen een en 2 3 Einrichtung der Software Benutzeroptionen 2 220202 eeeereneneneen nennen 2 5 Arbeiten mit Platteneinheiten 0 00 eee eens 2 8 berpr fen und Auff llen von L sungen u s oirir cee cence ence ene ees 2 10 Platzierung der Platte auf dem Autosampler 0 0 0 cece eee eee eee eee 2 14 Erstellung eines Plate Records 2 0 0 0 0 0c eee cece tenes 2 15 Verkn pfung von Platten 0 ccc cent a E nn teen eeee 2 21 Starten und berwachen des L use hens days kone ood peed eh pees 2 24 Stoppen eines Laufs und Wiederherstellung der Daten 0 0 0 000004 2 25 Anzeigen Bearbeiten oder Erstellen
19. der Anzeige oder Bearbeitung von Laufmoduldateien siehe Seite 2 26 Die folgende Tabelle enth lt das f r Ihren Lauftyp zu w hlende Laufmodul Lauftyp Laufmodul Standardm ige StdSeq50_POP6DefaultModule DNA Sequenzierung Schnelle DNA Sequenzierung RapidSeq36_POP6DefaultModule Hinweis Werden f r verschiedene Proben verschiedene Module gew hlt werden die Proben automatisch so gruppiert dass alle Proben mit dem gleichen Laufmodul zugleich bearbeitet werden Die L ufe werden in alphanumerischer Reihenfolge nach den Laufmodulnamen geplant und nicht in der Reihenfolge des Plate Records oder nach Probennamen 2 18 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Zum Eingeben von Probendaten und Speichern des Plate Records folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 6 W hlen Sie f r jede Probe das entsprechende Analysis Module Analysemodul aus der Dropdown Liste WICHTIG Wenn die Analyse im Anschlu an den Lauf automatisch erfolgen soll ist die Benutzeroption AutoAnalysis Auto Analyse zu w hlen siehe Seite 2 7 Analysis Module 1 BC 3100RR_SeqOttFtoft saz BC 3100_SeqOtfFtOtf saz Die folgende Tabelle enth lt das f r Ihren Lauftyp zu wahlende Analysemodul Lauftyp Analysemodul Standardm ige BC 3100_SeqOffFtOff saz DNA Sequenzierung Schnelle DNA Sequenzierung BC 3100RRv2_SeqOffFtOff saz Hinweis Die Einstellungen f r jede Einzelne dieser Dat
20. des Wizards Assistenten 4 Fahren Sie fort mit Pufferwechsel im Folgenden Nach der Installation eines neuen Kapillaren Arrays muss der Puffer ausgewechselt werden Danach sind der Puffer und das Wasser der Reservoirs alle 12 Laufstunden auszuwechseln Anweisungen enth lt berpr fen und Auff llen von L sungen auf Seite 2 10 Aufbewahrung der Kapillaren Arrays Aufbewahrung au erhalb des Ger ts Aufbewahrung des Kapillaren Arrays au erhalb des Ger t 5 14 Ger tewartung Das Kapillaren Array ist dann au erhalb des Ger ts aufzubewahren wenn es voraussichtlich l nger als 1 Woche lang nicht benutzt wird Vor dem Verwahren eines Kapillaren Arrays ber einen l ngeren Zeitraum hinweg sollten die Kapillaren mit frischem Polymer gef llt werden WICHTIG Falls das Kapillaren Array wieder verwendet werden soll die Kapillaren nicht austrocknen lassen Das Kapillaren Array so aufbewahren dass beide Enden in 1X Laufpuffer getaucht sind Zum Aufbewahren des Kapillaren Arrays au erhalb des Ger ts folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 F llen Sie das Kapillaren Array mit Hilfe des Wizards Assistenten Change Polymer Polymerwechsel mit frischem Polymer 2 Entfernen Sie den Spritzenschutz 3 Entfernen Sie beide Spritzen aus dem oberen Polymerblock und entsorgen Sie das restliche Polymer 4 Waschen Sie die Spritzen 5 Entfernen Sie das Kapillaren Array mit H
21. einem Plate Record Dieses Verfahren beschreibt die Verkn pfung einer auf dem Autosampler befindlichen Platte mit dem erstellten Plate Record Bevor eine Platte bearbeitet werden kann muss dies erfolgen WICHTIG Eine Platte kann auch dann verkn pft werden wenn f r deren Proben keine Laufmodule gew hlt sind In diesem Fall erfolgt keine Fehlermeldung und es werden keine L ufe f r die in der Platte befindlichen Proben geplant Zum Verkn pfen einer Platte mit einem Plate Record folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie im Fenster der 3100 Data Collection Software auf das Register Plate View Platten Anzeige um die Seite Plate View Platten Anzeige aufzurufen Register Plate View Plate View Run View Status View Array view Capillary View Platten Anzeige 2 Gehen Sie in der Seite Plate View Platten Anzeige folgenderma en vor a Klicken Sie in der Tabelle Pending Plate Records Anstehende Plate Records auf den Plate Record f r die zu verkn pfende Platte b Klicken Sie auf die Plattenpositionsanzeige f r die zu verkn pfende Platte Plate Record anklicken Pending Plate Records Plate Name Application Wells Status my_plate_record SQ 96 pending Place a plate into plate position B Linked Plate Records Plate Name Application Wells Status B Processed Plate Records Plattenpositionsanzeige anklicken Durchfiihrung ei
22. glich Angaben zur Standortvorbereitung Ger tesicherheit chemischen Sicherheit und Ger teabfallprodukten den schriftlichen Leitfaden f r das betreffende Ger t einsehen Zu Sicherheits Einige der an diesem Ger t verwendeten Chemikalien sind u U von deren Herstellern datenbl ttern als Gefahrstoffe ausgewiesen Die Kennzeichnung aller Chemikalien enth lt bei MSDS Vorliegen einer Gef hrdung deutliche Warnhinweise Chemikalienhersteller liefern neuen Kunden bzw bei der ersten Lieferung nach Aktualisierung des betreffenden Sicherheitsdatenblatts vor oder mit den gef hrlichen Chemikalien ein aktuelles Sicherheitsdatenblatt Sicherheitsdatenbl tter enthalten die erforderlichen Sicherheitsangaben f r die sichere Lagerung Handhabung Bef rderung und Entsorgung der betreffenden Chemikalie Wir empfehlen eindringlich bei jedem Erhalt eines neuen Sicherheitsdatenblatts im Zuge einer Lieferung gef hrlicher Chemikalien das betreffende Sicherheitsdatenblatt in der Ablage zu ersetzen INEGI ee CHEMISCHE GEF HRDUNG Vor dem Einsatz von Reagenzien bzw L semitteln sollte sich der Anwender mit dem entsprechenden Sicherheitsdatenblatt vertraut machen Einf hrung 1 9 Bestellung von Kostenlose zus tzliche Sicherheitsdatenblatt Exemplare f r die von Sicherheitsdaten Applied Biosystems hergestellten oder vertriebenen Chemikalien sind bl ttern folgenderma en erh ltlich 1 10 Einf hrung Zum Bestellen von Sicherheitsdaten bl t
23. in der Utensilienleiste auf die Schaltfl che Module Editor Modulbearbeitung Damit wird das Dialogfeld Module Editor Modulbearbeitung aufgerufen W hlen Sie ein als Schablone zu verwendendes Laufmodul Modifizieren Sie die zu ndernden Parameterwerte WICHTIG Es sind nur ganze Zahlen zul ssig WICHTIG Alle Werte m ssen rot erscheinen schwarze Werte werden nicht gespeichert 4 Wenn Folgendes gew nscht wird folgenderma en vorgehen Speicherung der nderungen im Klicken Sie auf Save Speichern aktuellen Modul Hinweis Die Option Save Speichern ist f r Vorgabemodule nicht anwendbar Erstellung eines neuen a Klicken Sie auf Save As Speichern Laufmoduls unter b Geben Sie einen unverkennbaren aussagekr ftigen Namen ein und klicken Sie auf OK Enter Name of New Module fny_new_module OK Cancel 5 Klicken Sie nach Abschluss auf die Schlie en Schaltfl che X um die Funktion Module Editor Modulbearbeitung zu beenden Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 27 Anzeigen und Bearbeitung eines Analysemoduls Einfiihrung Das Analysemodul legt die Art und Weise der automatischen Rohdatenanalyse am Laufende fest z B Analysebereich und Gr enstandardparameter Anzeigen und Zum Anzeigen oder Bearbeiten eines Analysemoduls saz Datei folgenderma en Bearbeitung eines vorgehen Anal l nalysemoduls Schritt Ma nahme 1 Starten Sie die Sequenzanalyse Software Eventuel
24. len Sie das Kathodenreservoir mit 1X Laufpuffer und f llen Sie es anschlie end bis zur Markierungslinie mit 1X Laufpuffer etwa 17 mL 7 F llen Sie die Wasserreservoirs bis zur Markierungslinie mit qualitativ hochwertigem deionisiertem Wasser etwa 17 mL Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 11 2 12 Zum Bef llen der Wasser und Kathodenpufferreservoirs folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 8 Geben Sie auf jedes Reservoir einen sauberen Septumstreifen und trocknen Sie das Au ere der Reservoirs mit einem fusselfreien Tuch ab Hinweis Um Verwechslungen zu vermeiden raten wir zum Kennzeichnen der Reservoirs 7 Nake stiles Sicherstellen dass die Septen fest und l ckenlos auf den Reservoirs sitzen damit die Kapillarenspitzen nicht besch digt werden i A Flach auf dem Reservoir liegende Septen UUUUUUUM j i F llstandslinie Platzieren Sie die Reservoirs folgenderma en in den entsprechenden Positionen des Autosamplers Wasserreservoir Abfall Wasserreservoir Bef llung des Der Anodenpuffer ist zu folgenden Zeitpunkten zu wechseln Anodenpuffer Vor jedem Lauf bzw mindestens alle 24 Std reservoirs Bei jeder Bef llung des Polymerblocks mit frischem Polymer Zum Bef llen des Anodenpufferreservoirs mit 1X Laufpuffer bis zur F llstandslinie folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Entfernen
25. sM Gen Analysator 3100 Sequenzierung am Gen Analysator 3100 detaillierte Informationen zur Analyse und Anzeige Bedienungsanleitung f r die ABI PRISM 4308924 von Sequenzdaten mit Hilfe des DNA Sequenzanalyse Software v 3 7 DNA Sequenzanalyseprogramms Abgek rztes Verfahren f r die Durchf hrung einer Kurzanleitung f r die Fragmentanalyse f r den 431532 typischen Fragmentanalyse Anzeige und Analyse der Laufdaten und Durchf hrung blicher Wartungsma nahmen ABI PRisM Gen Analysator 3100 1 2 Einf hrung Technische Unterstiitzung Kontaktaufnahme mit der technischen Unterstiitzung Kontaktaufnahme mit der technischen Unterstiitzung per E Mail Anrufzeiten fiir die telefonische technische Unterstiitzung Kontaktaufnahme mit der technischen Unterstiitzung per Telefon oder Fax Die technische Unterst tzung von Applied Biosystems ist telefonisch per Fax per E Mail oder im Internet erreichbar Applied Biosystems Anwenderunterlagen Sicherheitsdatenblatter Anlaysenzertifikate und sonstige relevante Unterlagen k nnen Sie rund um die Uhr anfordern Au erdem k nnen Sie von der Applied Biosystems Website Unterlagen im PDF Format herunterladen siehe im Folgenden den Abschnitt Anfordern von Unterlagen im Anschluss an die Rufnummern Die technische Unterst tzung bietet auf E Mail Anfrage Unterst tzung f r die folgenden Produktbereiche E Mail Adresse galab appliedbiosystems com Produkt
26. siehe Seite 5 11 1 3100 Data Collection Software File View Instrument BEE Service Help a EN E i Plate Editor Module Editor Plate View Run View banner Instrument Condition Install Capillary Array Wizard Autosampler Calibration Wizard Perform Spatial Calibration Display Spatial Calibration Display Spectral Calibration nicht in ausreichender Menge f r die L ufe vorhanden CHEMISCHE GEF HRDUNG POP Polymer kann Augen Haut und Atemwege reizen Bitte das Sicherheitsdatenblatt einsehen und die Handhabungsanweisungen befolgen Entsprechende Schutzbrille Schutzkleidung und Schutzhandschuhe tragen Nur zu Forschungs und Entwicklungszwecken einsetzen a Es m ssen gt 0 5 mL vorliegen Jeder Lauf verbraucht 50 80 uL des Polymers Diese entspricht 60 100 L ufen mit einer Spritzenf llung von 5 mL WICHTIG Polymer das lter als 1 Woche ist ist stets auszutauschen WICHTIG Vor dem weiteren Vorgehen sicherstellen dass im oberen Polymerblock keine Luftblasen vorliegen Bez glich der Beseitung von Luftblasen Seite 5 4 einsehen Zeitpunkt des Der 1X Laufpuffer im Anodenpufferreservoir und im Kathodenpufferreservoir ist Pufferwechsels t glich oder aber vor jedem neuen Laufsatz auszutauschen WICHTIG Wird der Puffer nicht ausgetauscht kann dies zu schlechterer Aufl sung und Qualit t der Daten f hren WICHTIG F r das Auff llen des Puffers und die Platzierung der Platte muss sic
27. stchen AutoAnalysis On Auto Analyse aktiviert nicht ausgew hlt wurde Siehe Seite 2 7 Falls die Probendatei keine analysierten Daten enth lt muss die Datei gem des nachfolgenden Verfahrens analysiert werden Re Analysieren von Daten mit Hilfe der Sequenzanalyse Software Die vom AutoAnalyzer verwendeten Analyseparameter werden durch die SequenzAnalysemodul Dateien festgelegt Diese Moduldateien tragen die Dateierweiterung saz Die Probendateien sollten dann mit Hilfe der Sequenzanalyse Software erneut analysiert werden wenn bei der Einrichtung des Plate Records die falsche Analysemodul Datei gew hlt wurde Siehe Schritt 6 auf Seite 2 19 die Auswirkung ver nderter Analyseparameter auf die Daten erprobt werden soll Analysieren bzw Zum Analysieren bzw Re Analysieren von Probendateien folgenderma en Re Analysieren von vorgehen Probendateien Schritt Ma nahme 1 F gen Sie die zu analysierenden Dateien dem Fenster Sample Manager Probenverwaltung hinzu Hinweis Anweisungen zum Hinzuf gen von Dateien zum Fenster Sample Manager Probenverwaltung bieten die Schritte 1 4 auf den Seiten 3 6 bis 3 7 Markieren Sie f r alle zu analysierenden Probendateien das Kontrollk stchen A Hinweis Dr cken Sie STRG D den Abw rts F ll Befehl um eine Spalte f r alle Probendateien auszuf llen A lF r Anzeigen und Analysieren von Daten 3 11 Zum Analysieren bzw Re Analysieren
28. von Probendateien folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 Soll auf die Probendatei die Factura Verarbeitung angewendet werden markieren Sie das Kontrollk stchen F und w hlen Sie eine geeignete Datei aus der Liste Factura Settings File Factura Einrichtungsdatei ALF P Factura Settings File Weitere Angaben zur Factura Verarbeitung enthalt die Bedienungsanleitung fur die ABI PRISM DNA Sequenzanalyse Software Markieren Sie das Kontrollkastchen P nur dann wenn alle Probendateien unmittelbar nach der Analyse ausgedruckt werden sollen Nicht zu empfehlen Falls Sie das Kontrollk stchen P markieren sollten Sie sicherstellen dass die korrekten Druckoptionen gew hlt sind Zeigen Sie zum Anzeigen der Druckoptionen im Men Edit Bearbeiten auf Preferences Benutzeroptionen und w hlen Sie Printing Preferences Druckoptionen berpr fen Sie die Einstellungen im Fenster Sample Manager Probenverwaltung Weitere Informationen enth lt die Tabelle Analyseeinrichtung im Folgenden Vergewissern Sie sich dass die Datei DyeSet Primer Filterset Primer f r Ihre Sequenzierungsmethode geeignet ist Bei der Datei DyeSet Primer Filterset Primer handelt es sich um dieselbe Datei wie die in Schritt 3 auf Seite 2 17 gew hlte Mobilit tsdatei Klicken Sie auf die Schaltfl che Start berpr fen Sie die analysierten Daten ndern Sie erforderlichenfalls die Ana
29. 0 OOOO O OG OOSOODOO OO0O00000 ODOSOODS gt OO0O00000 3 DODODOODO SOOSDOOD xz GR1315b eine Platte mit 384 Vertiefungen 384 well plate in die Vertiefungen A1 A3 C1 C3 E1 E3 usw wie abgebildet 5 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 OO000000000000 ozzrre zonmoou 00000000000000 OO000000000000000 OoE0000000000000 OO0O00000000000000 OoO0O00000000000000a Oo000000000000000 OO0O00000000000000Nn OoO0O00000000000000 OoO0O00000000000000e OO0O00000000000000 O O O O O O O O O O O 0 O O O O O00000000000000 OoO0O0000000000000 OO0O0000000000000 O0O0000000000000 OoO0O0000000000000 OO0000000000000 OO0O0000000000000 OO00000000000000 O0O0000000000000 OoO0O0000000000000 OO0O0000000000000 O0O0000000000000 OoO00000000000000 O GR1316b Spatial und Spectral Kalibrierung 4 7 Zum Laden des Standards folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 2 Zentrifugieren Sie die Platte bis sich jeder Standard am Boden der jeweiligen Vertiefung befindet Die Proben sollten So aussehen Nicht so aussehen Nicht so aussehen GR1303 Die Probe befindet sich korrekt am Boden der Vertiefung A gt U Die Probe befindet sich an der Seitenwand da die Platte nicht zentrifugiert wurde U Am Boden der Vertiefung befindet sich eine Luftblase da die
30. 1 Location Lage von Peak 1 Dieser Datenpunkt markiert den ersten Basen Peak der Daten Weitere Angaben zum Ermitteln der optimalen Lage von Peak 1 enth lt die Bedienungsanleitung f r die ABI PRISM DNA Sequenzanalyse Software Start Point Startpunkt Bei dieser Scan Nummer beginnt die Basenidentifizierung Standardm ig handelt es sich hierbei um dieselbe Position wie Peak 1 Location Lage von Peak 1 Sie k nnen jedoch eine h here Nummer w hlen Stop Point Stopp Punkt Bei dieser Scan Nummer wird die Basenidentifizierung gestoppt Standardm ig handelt es sich hierbei um den letzten Punkt der Probendatei Sie k nnen jedoch eine kleinere Nummer eingeben falls Sie dies w nschen DyeSet Primer File Filterset Primer Datei Hierbei handelt es sich um die bei der Datenanalyse verwendete Mobilit tsdatei Factura Settings File Factura Einrichtungs datei Diese Datei enth lt die Parameter f r die Factura Verarbeitung Anzeigen und Analysieren von Daten 3 13 Spatial und Spectral Kalibrierung Uberblick In diesem Kapitel Dieses Kapitel befaBt sich mit folgenden Themen Siehe Thema Seite Durchf hren einer Spatial Abstand Kalibrierung 4 2 SpectralDurchf hrung einer Spectral Spektrum Kalibrierung 4 6 Spatial und Spectral Kalibrierung 4 1 Durchf hren einer Spatial Abstand Kalibrierung Zweck der Eine Spatial Abstand Kalibrierung ist stets da
31. 2 22358 2838 886 2 2358 2839 Thailand Bangkok 66 2 719 6405 66 2 319 9788 Europa Belgien 32 0 2 712 5555 32 0 2 712 5516 Danemark Naerum 45 45 58 60 00 45 45 58 60 01 Deutschland Weiterstadt 49 0 6150 101 0 49 0 6150 101 101 Finnland Espoo 358 0 9 251 24 250 358 0 9 251 24 243 Frankreich Paris 33 0 1 69 59 85 85 33 0 1 69 59 85 00 Warschau Italien Mailand 39 0 39 83891 39 0 39 838 9492 Niederlande Nieuwerkerk a d IJssel 31 0 180 331400 31 0 180 331409 Norwegen Oslo 47 23 12 06 05 47 23 12 05 75 Osterreich Wien 43 0 1 867 35 750 43 0 1 867 35 75 11 Polen Lithauen Lettland und Estland 48 22 866 40 10 48 22 866 40 20 Portugal Lissabon 351 0 22 605 33 14 351 0 22 605 33 15 Russland Moskau 7 095 935 8888 7 095 564 8787 Schweden Stockholm 46 0 8 619 4400 46 0 8 619 4401 Schweiz Rotkreuz 41 0 41 799 7777 41 0 41 790 0676 Spanien Tres Cantos 34 0 91 806 1210 34 0 91 806 1206 S dost Europa Zagreb Kroatien 385 1 34 91 927 385 1 34 91 840 Tschechische Republik und Slovakei Prag 420 2 61 222 164 420 2 61 222 168 Einf hrung 1 5 Telefon Fax Region Durchwahl Durchwahl Ungarn Budapest 36 0 1 270 8398 36 0 1 270 8288 Vereinigtes K nigreich Warrington 44 0 1925 825650 44 0 1925 282502 Cheshire Alle brigen nicht
32. 4315834 400007 300004 200004 100004 0 05 20 4 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 Intensity vs Pixel Number Capillary Number 1 2 3 4 5 6 if 8 9 Wel ail are alee IRE IGT As Capillary Position fi2 27 42 ss fra fs fos fis fas fsa fies fso figs pio 225 Par Cancel Klicken Sie anschlie end auf OK um das Feld Spatial Calibration Profile Abstand Kalibrierungsprofil zu schlie en 2 Ist das Spatial Kalibrierungs profil folgenderma en vorgehen zufrieden stellend Fahren Sie mit Schritt 3 fort nicht zufrieden stellend a Klicken Sie auf Cancel Abbruch um das Feld Details zu schlie en und anschlie end auf Start um die Kalibrierung zu wiederholen oder b Verschieben Sie mindestens eines der roten Kreuzchen ndern Sie zum Verschieben eines Kreuzchens den Wert im Feld Capillary Position Kapillarenposition und klicken Sie anschlie end au erhalb dieses Felds F llt die Kalibrierung auch weiterhin nicht zufrieden stellend aus siehe Bei Fehlschlagen der Kalibrierung auf Seite 4 5 44 Spatial und Spectral Kalibrierung Zum Anzeigen der Resultate der Spatial Kalibrierung und Speichern der Daten folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 Klicken Sie auf OK um das Dialogfeld Perform Spatial Calibration Abstand Kalibrierung durchf hren zu schlie en Es wird das Dialogfeld Question Frage aufgerufen P Question Eg q Save spatial cal
33. 5 6 Detektionszelle Reinigung 5 12 Drucken von Probendateien 3 10 E E Mail Adresse f r technische Unterst tzung 1 3 EPT Daten Anzeigen in der Sequenzanalyse Software 3 9 F Factura Anzeigeoptionen 3 9 Factura Analyse Anwendung 3 12 Fenster Sample Manager Probenverwaltung 3 6 Hinzuf gen von Dateien 3 6 3 7 Festplattenspeicherplatz berpr fen 5 5 Filterset Wahl 2 17 G gelbe Kapillare im Fenster Array View Array Anzeige 4 11 Ger t Betrieb 2 24 Stilllegen 5 15 H Hilfestellung Siehe technische Unterst tzung 1 3 Hinzuf gen von Dateien zum Sample Manager Probenverwaltung 3 6 3 7 I Internet Adresse Anfordern von Unterlagen Documents on Demand 1 7 K Kapillaren Array Installation Ausbau Aufbewahrung 5 12 5 14 Kundenunterst tzung Siehe technische Unterst tzung 1 3 L Laser Warnhinweis Lauf Auslassen Unterbrechen Stoppen 2 25 Starten 2 24 berwachen 2 24 Laufmodul Anzeigen Bearbeiten und Erstellen 2 26 Wahl 2 18 Luftblasen Beseitigung aus dem oberen Polymerblock 5 4 1 13 Index 1 M Matrix Standards Vorbereitung 4 6 MSDS Bestellinformationen 1 10 O oberer Polymerblock Beseitigung von Luftblasen 5 4 OrbixWeb Starten 2 3 P Plate Record Erstellen 2 15 2 20 Erstellung f r die Spectral Kalibrierung 4 9 Verkn pfung von Platten 2 21 Platteneinheit Platzierung auf dem Autosampler Polymer Zugabe bzw Wechsel 2 10 5 11 Polymerbl cke Ausbau aus dem Ger t 5 9 Be
34. ABI PRISM Gen Analysator 3100 Kurzanleitung fur die Sequenzierung AS Applied HITACHI Copyright 2001 Applied Biosystems For Research Use Only Not for use in diagnostic procedures FOR LIMITED LICENSE INFORMATION PLEASE SEE THE ABI PRISM 3100 GENETIC ANALYZER USER S MANUAL The ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi Ltd as part of a strategic partnership between Applied Biosystems and Hitachi Ltd as well as patented technology of Applied Biosystems ABI PRISM and its design Applied Biosystems BioLIMS GeneScan Genotyper and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U S and certain other countries ABI BigDye Factura Hi Di POP POP 4 and POP 6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U S and certain other countries AmpliTaq is a registered trademark of Roche Molecular Systems Inc Microsoft Windows and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation pGEM is a registered trademark of Promega Corporation All other trademarks are the sole property of their respective owners Applied Biosystems vast distribution and service network composed of highly trained support and applications personnel reaches into 150 countries on six continents For international office locations please
35. Abschnitt wird die Durchf hrung einer Spectral Kalibrierung f r Filterset E anhand des Matrix Standardsatzes DS 01 beschrieben Bez glich Angaben zur Durchf hrung einer Spectral Kalibrierung f r ein anderes Filterset siehe die Bedienungsanleitung f r den ABI PRisM Gen Analysator 3100 Die Spectral Kalibrierung dient zum Erstellen einer Matrix zur Korrektur von berlagerungen der Fluoreszenz Emissionsspektren der Farbstoffe Die Anwendung dieser Matrix auf die Rohdaten wird als Multikomponentenverarbeitung bezeichnet Eine ausf hrlichere Erl uterung der Spectral Kalibrierung enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRism Gen Analysator 3100 Zweck der Eine Spectral Kalibrierung ist stets dann durchzuf hren wenn Spectral 4 am Ger t ein neuesFilterset verwendet wird Kalibrierung der Laser bzw die CCD Kamera von einem Kundendiensttechniker neu justiert wurde erste Anzeichen einer verringerten Spectraltrennung ersichtlich sind Pull up und oder Pull Down Peaks Vorbereitung des Zum Vorbereiten des Matrix Standards f r die Matrizen des Filtersets E Matrix Standards folgenderma en vorgehen Filtersets E Senet MaBnahme 1 Tauen Sie das R hrchen mit dem Matrix Standard DS 01 Bestell Nr 4315974 vollst ndig auf und mischen Sie gr ndlich Zentrifugieren Sie die R hrchen kurzzeitig in einer Mikrozentrifuge Bereiten Sie den Matrix Standardsatz DS 01 f r das Filterset E zu in
36. Das Dialogfeld umfa t die beiden im Folgenden vorgestellten Seiten Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 5 Data Collection Setting Preferences Datenerfassung Benutzer optionen Beschreibung Ger tename In diesem Feld erscheint automatisch demo_3100 Sie k nnen jedoch stattdessen jeden beliebigen Namen eintragen z B die Seriennummer des Ger ts 2 6 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Data Analysis Datenanalyse Setting Preferences x Data Collection Data Analysis AutoAnalysis IV AutoAnalysis On BioLIMS Enable BioLIMS User Name ser Password password SS Database Name Bam 7 Server Name fever OS Sample File Name Prefix Format Sample Name frei Position knone gt OK Cancel Benutzeroptionen Beschreibung AutoAnalysis Markieren Sie dieses Kontrollkastchen wenn die Proben im Auto Analyse Anschluss an den Lauf automatisch mit der Analyse Software aktiviert analysiert werden sollen Hinweis Bei Wahl dieser Option k nnen Sie Ihre Probendaten auch weiterhin re analysieren BioLIMS Diese Einstellungen dienen zum Extrahieren von Daten in eine BioLIMS Datenbank anstelle von Probendateien Format von Bestimmen Sie das Format der Probendateinamen durch Auswahl der Probendateinamen Namenszus tze aus den Dropdown Listen Namenszusatz Herkunft Lauf ID von der Data Collection Software erstellt Pro
37. Dye Primer Methode mit dem DP3100POP6 BD M13Rev v1 mob Reverse Primer ABI PRISM DT3100POP6 BD v2 mob BigDye Terminator Methode ABI PrR sm dRhodamin Terminator DT3100POP6 dRhod v1 mob Methode Durchfiihrung eines Sequenzierungslaufs 2 17 Zum Eingeben von Probendaten und Speichern des Plate Records folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 4 Geben Sie ein BioLIMS Projekt ein WICHTIG F r jede Probe ist ein BioLIMS Projekt erforderlich auch wenn die BioLIMS Datenbank nicht verwendet wird a Klicken Sie auf die Zelle BioLIMS Project BioLIMS Projekt f r die Vertiefung A1 b W hlen Sie aus der Dropdown Liste einen Projektnamen _BioLIMS Project Jeno selection WICHTIG Es muss ein BioLIMS Projekt 3100_Project1 eingegeben werden Hinweis Weitere Angaben zum Einrichten von BioLIMS Projekten enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRism Gen Analysator 3100 c Gehen Sie zum Zuweisen des selben Projektnamens f r alle Proben des Plate Records folgenderma en vor Klicken Sie auf die Spalten berschrift um die gesamte Spalte auszuw hlen Dr cken Sie STRG D Hinweis Dr cken Sie STRG D stets dann wenn ein Feld f r alle Proben des Plate Records das selbe sein soll 5 W hlen Sie f r jede Probe das entsprechende Run Module Laufmodul aus der Dropdown Liste Run Module RapidSeq SteSeq50 POP6DefauttModule Hinweis Bez glich
38. ECTION 3100_Preject DT3100P076 8D vzmob STD SEQ INJECTION _ 3100_Prciect1 DT3100P076 8D vz mob STD SEQ INJECTION 3100_Preject DT3100P076 8D vZ mob STD SEQ INJECTION 3100_Praiect DTM 00PO G DD vz inob STD SCQ INJECTION 100_Project1 DT3100P076 BD vzZ mob STD SEQ INJECTION _ 3100_Prciect1 DT3100P076 8D v2mab 1X DOAN SAMPLING 3100_Preiect DT3100PO gt 8 BD wZ mob 1X DOWN SAMPLING 3100_Preject DT3100P076 BD vz mob 1X DOWN SAMPLING 3100_Preject DT31 00PO G DD jvZ mob 1X DOAN SAMPLING 3100_Project1 DT3100PO gt 8 BD w2 mob 1X DOWN SAMPLING 3100_Preject DT3100P076 BD vz mob 1X DOWN SAMPLING 3100_Preject DT3100P076 8D v2Zmob 1X DOWN SAMPLING 3100_Prciect1 DT3100P0 gt 6 8D vzZ mob 1X DOWN SAMPLING 3100_Preject I 383888833 8 81Rl8 siRl8lz2 2122 2 82 gt _ In RE RUN CF LRS PILUTION EXPERIMENT Hinweis Das Speichern des neuen Plate Records in der Datenbank und die Aufnahme in die nachfolgend abgebildete Tabelle Pending Plate Records Anstehende Plate Records kann eine Weile dauern Hinweis Um einen Namen f r einen weiteren Plate Record zu verwenden muss der vorliegende Plate Record zun chst aus der Datenbank gel scht werden 3100 Data Collection Software Version 1 0 1 pending 2 20 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Verkniipfung von Platten Einf hrung Verkn pfung einer Platte mit
39. Fenster angezeigt File View Instrument Tools Service Help SE em Be Plate View Run View Status View Array View Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application Wells Status A B Place a plate into Place a plate into plate position A plate position B Linked Plate Records Plate Name Application Wells Status A B Processed Plate Records Plate Name Application Wells Status 2 4 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Einrichtung der Software Benutzeroptionen Einf hrung Anzeigen des Dialogfelds Die Benutzeroptionen der Data Collection Software werden w hrend der Ger teinstallation eingerichtet k nnen jedoch vom Benutzer ber das Dialogfeld Setting Preferences Benutzeroptionen einrichten angezeigt bzw ge ndert werden Zum Anzeigen des Dialogfelds Setting Preferences Benutzeroptionen einrichten folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme v Toolbar v Status Bar Plate View Run View Status View Array View Capillary View Instrument Status Monitor BioLIMS Project Info ie 3100 Data Collection Software Mica Instrument Tools Service Help Ctrl 1 Ctri 2 Ctri 3 Ctri 4 Ctri 5 Ctr S 1 W hlen Sie aus dem Ment View Anzeigen die Option Preferences Benutzeroptionen oder klicken Sie auf die Schaltfl che Preferences Benutzeroptionen in der Utensilienleiste
40. Polymer Reste ordnungsgem entsorgen Fahren Sie fort mit Spritzenreinigung im Folgenden Spritzenreinigung Zum Reinigen der Spritzen folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 S ubern Sie die Spritze gr ndlich durch Sp len des Inneren und u eren des Spritzenzylinders und der Spritzenspitze mit warmem Wasser Weitere Angaben zum Reinigen der Spritzen enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRism Gen Analysator 7 alfe stile Kein heisses Wasser verwenden Heisses Wasser kann zum Verziehen des Teflons der Spritzenspitze f hren WICHTIG Sicherstellen dass in den Spritzen kein getrocknetes Polymer verbleibt Sp len Sie den Spritzenzylinder und die Spitze mit deionisiertem Wasser Mit Dosen Druckluft trocknen Montieren Sie die Spritze wieder und inspizieren Sie sie anschlie end wie auf Seite Seite 5 8 beschrieben Ger tewartung 5 7 Spritzeninspektion WICHTIG Nach der Reinigung ist die Spritze stets im Hinblick auf fehlende O Ringdichtungen zu inspizieren damit es wahrend des Laufs nicht zu Lecks kommt Inspizieren der Spritze Schritt MaBnahme 1 Inspizieren Sie die Spritze im Hinblick auf das Vorliegen der beiden O Ringdichtungen Bestell Nr 221102 eine hinter dem Klemmring und eine um den Klemmring herum O Ringdichtungen Ai al HL U 0 05 0 1 0 15 0 2 0 25 GR0413 2 Vergewissern Sie sich dass der Kle
41. Probenplatte auf dem Plattentr ger Lassen Sie den Plattenhalter ber Platte und Plattentr ger einrasten 2 8 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Zum Vorbereiten einer Platteneinheit folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 4 Vergewissern Sie sich dass die Offnungen der Plattenhalterung mit den Offnungen des Septumstreifens ausgerichtet sind WICHTIG Bei inkorrekter Ausrichtung der Plattenhalterungs und Septumstreifen ffnungen kommt es zur Besch digung der Array Spitzen Die ffnungen der Plattenhalterung m ssen mit den ffnungen des Septumstreifens ausgerichtet sein Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 9 berpr fen und Auff llen von L sungen Zugabe bzw Vor der weiteren Ger tevorbereitung ist zu ermitteln ob das im Ger t vorliegende Wechsel des Polymer aufgef llt oder ausgewechselt werden muss Polymers Ist das im Ger t vorliegende Polymer folgenderma en vorgehen weniger als 1 Woche alt und Vergewissern Sie sich dass keine Luftblasen vorliegen und fahren Sie anschlie end mit der in ausreichender Menge f r die Ger tevorbereitung fort L ufe vorhanden Hinweis Bez glich der Beseitung von Luftblasen Seite 5 4 einsehen ber 1 Woche alt oder F llen Sie die Spritzen und den oberen Polymerblock mit Polymer befolgen Sie dazu die Anweisungen des Wizard Assistenten Change Polymer Polymerwechsel Bez glich Anweisungen
42. Sie das Anodenpufferreservoir indem Sie dieses kr ftig nach unten ziehen und langsam drehen Entsorgen Sie den gebrauchten Puffer in angemessener Weise Reinigen und sp len Sie das Reservoir mit deionisiertem Wasser und sp len Sie es anschlie end mit Puffer Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Zum Bef llen des Anodenpufferreservoirs mit 1X Laufpuffer bis zur F llstandslinie folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 4 F llen Sie das Reservoir bis zur F llstandslinie mit frischem 1X Laufpuffer etwa 8 mL F llstandslinie 5 Setzen Sie das Anodenpufferreservoir in das Ger t ein Hinweis Der Meniskus sollte an der F llstandslinie liegen 6 Falls sich das Reservoir mit L sung f llt wiederholen Sie dieses Verfahren zum Entsorgen und Austauschen des Laufpuffers Hinweis Das Reservoir k nnte sich w hrend der Beseitigung von Luftblasen f llen Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 13 Platzierung der Platte auf dem Autosampler Platzierung der Zum Platzieren der Platte auf dem Autosampler folgenderma en vorgehen Platte auf dem Autosampler Schritt Ma nahme 1 Platzieren Sie die Platteneinheit gem der folgenden Abbildung auf dem Autosampler Hinweis Die Platte kann nur in einer Richtung platziert werden wobei der eingekerbte Rand des Plattentr gers vom Benutzer weg wei
43. WICHTIG Die Fenster Array View Array Anzeige und Capillary View Kapillaren Anzeige m ssen nach dem Einsehen stets geschlossen werden W hrend des Laufs sollten diese Seiten nicht ber l ngere Zeit hinweg aufgerufen bleiben Dies k nnte zu irreparablen Problemen mit der Bildschirmauffrischung f hren Das Fenster Status View Status Anzeige offen lassen 3100 Data Collection Software x Fie View Instrument Tools Service Help E E i g Plate View Run View Status view Array View Capilary View 1 5 10 15 Select capillariestodisplay V Vi fv vf fo fo fo fo ff fo fo fae a A AA Mon un A andl i 27 1 27 4 ee Run Time mins a ad Ad nn nun i 400 25 3 26 7 27 4 27 4 Intensity vs Run Time mins 3 es 25 3 26 7 274 27 4 Intensity vs Run Time mins men i 400 25 3 26 7 27 4 27 4 Intensity vs Run Time mins Kontrollk stchen der anzuzeigenden Kapillaren ausw hlen Anzeigen und Analysieren von Daten Anzeigen von analysierten Daten Einf hrung Nachdem die Laufdaten in Probendateien gespeichert sind k nnen mit Hilfe der ABI PRism DNA Analyse Software sowohl rohe als auch analysierte Daten als Elektropherogramm angezeigt werden Bez glich Einzelheiten zum Anzeigen und Analysieren von Sequenzanalyse Daten die Bedienungsanleitung f r die ABI PRISM DNA Sequenzanalyse Software Bestell Nr 4308924 einsehen Auffinden der Nach dem Abschluss eines Laufs werden die
44. altung aller lokalen landesweiten regionalen bzw nationalen Auflagen bei Lagerung berf hrung Transport und Entsorgung von Ger teabf llen Hinweis Radioaktive bzw biogef hrliche Stoffe erfordern u U spezielle Handhabungsma nahmen und es gelten evtl Entsorgungseinschr nkungen Sicherstellen dass alle mit dem Ger tebetrieb betrauten Personen Uber die allgemeinen Laborsicherheitsma nahmen unterrichtet sind ber die ger tespezifischen Sicherheitsma nahmen unterrichtet sind alle relevanten Sicherheitsdatenbl tter gelesen und verinnerlicht haben 7 Ake EA Dieses Ger t sollte nur gem der Angaben von Applied Biosystems eingesetzt werden Das Gerat wurde im Hinblick auf Benutzersicherheit konstruiert jedoch kann diese bei unsachgemaBem Einsatz nicht gewahrleistet werden Bei korrekter Bedienung des Computer werden Stressbelastungen wie Erm dung Schmerzen und Uberanstrengung vermieden Um derartige Belastungen von Rucken Beinen Augen und oberen Extremitaten Hals Schultern Armen Handgelenken H nden und Fingern m glichst gering zu halten sollte die Arbeitsstation f r eine neutrale oder entspannte Arbeitshaltung ausgelegt werden Darunter fallen auch Arbeitsplatzbedingungen wie korrekt eingestellte Heizung Klimaanlage L ftung und Beleuchtung Siehe hierzu die folgenden Richtlinien GEF HRDUNG DER SKELETTMUSKULATUR UND RISIKEN WIEDERHOLTER BEWEGUNGSABL UFE Diese Gef hrdungen werden u a durch die
45. ang der zu speichernden Datenmenge Datenbankkapazit t Zum berpr fen der verf gbaren Datenbankkapazit t folgenderma en vorgehen 5 6 Ger tewartung Schritt Ma nahme 1 F hren Sie das Dienstprogramm Diskspace Plattenspeicherplatz aus Anweisungen enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRismM Gen Analysator 3100 Bestell Nr 4315834 Falls mehr als 8 GByte belegt sind l schen Sie einige der oder auch s mtliche gespeicherten Plate Records Anweisungen enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PR sM Gen Analysator 3100 Reinigung und Inspektion der Spritzen Zeitpunkt der Die Spritzen sind unter folgenden Umstanden grtindlich zu reinigen Spritzenreinigung bei jedem Ausbauen aus dem Ger t bzw mindestens einmal pro Woche bei jedem Auswechseln des Polymers darunter auch beim Wechseln zu einer neuen Polymer Art oder Charge Ausbau der Spritzen Zum Ausbauen der Spritzen aus dem Ger t folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Die Polymer Reservespritze dicht oberhalb des Fittings oder am Sockel fassen und entgegen dem Uhrzeigersinn drehen m Dieses Fitting beim Ausbauen der Spritze nicht lockern GR1876 WICHTIG Sorgf ltig darauf achten dass das Fitting nicht entfernt wird Beim Entfernen dieses Fittings k nnten einige Ringe und R ckschlagventile austreten Die Array F llspritze fassen und entgegen dem Uhrzeigersinn drehen
46. apillaren Arrays 202022neeeeneneneen nen 5 13 Aufbewahrung der Kapillaren Arrays 2222 c22oeeeeneeeereren een en nn 5 14 Stilllegenrdes Ger ts na sense ae aa Im SESE SAS A 5 15 Index Einf hrung berblick In diesem Kapitel Dieses Kapitel befa t sich mit folgenden Themen Siehe Thema Seite Zu dieser Anleitung 1 2 Weitere Informationen 1 2 Technische Unterst tzung 1 3 Sicherheit 1 8 Einf hrung 1 1 Zu dieser Anleitung Zweck Zweck dieses Handbuchs ist die Bereitstellung grundlegender Benutzeranweisungen f r die Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs die Analyse der sich ergebenden Daten die Durchf hrung der Kalibrierung und routinem iger Wartungsarbeiten am ABI Pr sm Gen Analysator 3100 Weitere Informationen Quellen f r weitere Weitere Anleitungen und Leitf den zum Gen Analysator 3100 Informationen Angaben zu enthalten folgenden Quellen Bestell Nr Sicherheitsinformationen oder Informationen Leitfaden f r Standortvorbereitung und Sicherheit 4324534 bez glich der Vorbereitung des Labors f r den f r den ABI PRisM Gen Analysator 3100 Gen Analysator 3100 Detaillierte Informationen zum Bedienungsanleitung f r den 4315834 Gen Analysator 3100 ABI PRisM Gen Analysator 3100 Angaben zur Probenvorbereitung und zur Auswahl Methodenleitfaden f r die Sequenzierung des 4315831 und Optimierung chemischer Methoden f r die ABI PR
47. atus Place a plate into plate position B Linked Plate Records Plate Name Application Wells Status AlSpectralCalibrati Spectral 96 pending B Processed Plate Records Plate Name Application Wells Status Hinweis Wenn eine Platte verkn pft wird wechselt die Farbe der Grafik von Gelb zu Gr n wird der Plate Record aus der Tabelle Pending Plate Records Anstehende Plate Records in die Tabelle Linked Plate Records Verkn pfte Plate Records verschoben Dies kann bis zu 30 Sek dauern wird die Schaltfl che Run Instrument Ger telauf in der Utensilienleiste aktiviert Damit ist das Ger t f r den Lauf bereit Starten der Zum Starten der Kalibrierung folgenderma en vorgehen Kalibrierung Schritt Ma nahme 1 Falls Sie vor Beginn des Laufs den Laufplan einsehen m chten klicken Sie auf das Register Run View Laufanzeige 2 Klicken Sie in der Utensilienleiste auf die Schaltfl che Run Instrument Ger telauf um den Lauf zu starten 410 Spatial und Spectral Kalibrierung Laufdauer Feld fiir das Spectral Kalibrierungs resultat Wenn eine Kapillare die Kalibrierung nicht besteht In der folgenden Tabelle sind die Laufdauern f r Spectral Kalibrierungen aufgef hrt L nge des Kapillaren Arrays Approximate Run Time cm Min 36 40 50 65 Am Abschlu des Laufs wird w hrend der Analyse der Daten das F
48. aufgef hrten L nder 44 0 1925 282481 44 0 1925 282509 Warrington Verein K nigreich Japan Japan Hacchobori Chuo Ku Tokio 81 3 5566 6230 81 3 5566 6507 Lateinamerika Del A Obregon Mexiko 305 670 4350 305 670 4349 Kontaktaufnahme Bei h ufig auftretenden Fragen bzw f r weitere Produktinformationen ist ein Besuch mit der technischen unserer Website sehr zu empfehlen ber die Website k nnen auch technische Unterst tzung per Unterlagen bzw ein Index der erh ltlichen Unterlagen bestellt werden diese werden sodann per Fax oder E Mail bereitgestellt Die Adresse f r die Website von Applied Biosystems lautet Internet http www appliedbiosystems com techsupp F r technische Anfragen aus Nordamerika oder Europa Schritt Ma nahme 1 Besuchen Sie die Website der technischen Unterst tzung von Applied Biosystems 2 Klicken Sie unter der berschrift Troubleshooting Fehlersuche und behebung auf Support Request Forms Unterst tzungsanforderungsformulare und w hlen Sie anschlie end die zust ndige Unterst tzungsregion f r den betreffenden Produktbereich 3 Geben Sie die angeforderten Informationen sowie Ihre Frage in das erscheinende Formular ein und klicken Sie anschlie end auf Ask Us RIGHT NOW Fragen Sie uns JETZT SOFORT blaue Schaltfl che mit gelbem Text 4 Geben Sie in das daraufhin erscheinende Formular die erforderlichen Informationen ein sofern Sie dies nicht bereits ge
49. aut und Atemwege reizen und zu Depression des Zentralnervensystems sowie zu Erblindung f hren Bitte das Sicherheitsdatenblatt einsehen und die Handhabungsanweisungen befolgen Entsprechende Schutzbrille Schutzkleidung und Schutzhandschuhe tragen 2 Blasen Sie die Zelle mit sauberer Dosen Druckluft trocken berpr fung der Beim Wiedereinbau eines gebrauchten Arrays in das Ger t ist sicherzustellen dass Kathodenleiste die Kathodenleiste trocken ist Bei feuchter Leiste k nnte es zu Spannungs berschl gen kommen rN ee STROMSCHLAGGEFAHR BRANDGEFAHR Keine Feuchtigkeit in der Kathodenleiste belassen Dies kann zu Stromschl gen oder bei unsachgem er Wartung sogar zum Brand f hren Trockenheit der Kathodenleiste sicherstellen besonders in der Mitte 5 12 Ger tewartung Installation und Ausbau des Kapillaren Arrays Zeitpunkt des Kapillaren Array Wechsels Installation oder Ausbau des Kapillaren Arrays mit Hilfe des Wizard Assistenten Das Kapillaren Array sollte nach etwa 100 Laufen ausgewechselt werden Die folgenden Probleme k nnen darauf hinweisen dass ein neues Kapillaren Array erforderlich ist Schlechte Aufl sung und oder verringerte Signalstarke CHEMISCHE GEF HRDUNG POP kann Augen Haut und Atemwege reizen Bitte das Sicherheitsdatenblatt einsehen und die Handhabungsanweisungen befolgen Entsprechende Schutzbrille Schutzkleidung und Schutzhandschuhe tragen Nur z
50. bbit_ 2000 06 03 3 Laufnummer des Tages Ger te Jahr Monat Tag name Anzeigen und Analysieren von Daten 3 5 Anzeigen Proben Zum Anzeigen von Probendateiinformationen folgenderma en vorgehen dateiinformationen Schritt Ma nahme 1 Starten Sie die Sequenzanalyse Software Eventuell gibt es im Start Men ein Symbol f r die Sequenzanalyse Software Ansonsten finden Sie das Sequenzanalyse Programm SeqA exe im folgenden Verzeichnis D AppliedBio SeqAnal Bin Es ist u U hilfreich das Fenster Sample Manager Probenverwaltung zu vergr ssern Verwenden Sie dazu die Schaltfl che Maximize Vergr ssern DJ in der rechten oberen Fensterecke al Sequencing Analysis Bee File Edit Sample Manager Window Help gt Start H Cancel Wadd fites i Remove openrites Status Sample FileName Sample Name A F P Basecaller Spaeing Basecaller Peak1 Start Stop DyeSet Primer Factura Settings File Settings Location Point Point file D O DO srore gt 22 ca anone gt Jznone ca Klicken Sie im Fenster Sample Manager Probenverwaltung auf Add files Dateien hinzuf gen um das Dialogfeld Add Sample Files Probendateien hinzuf gen aufzurufen 3 6 Anzeigen und Analysieren von Daten Zum Anzeigen von Probendateiinformationen folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBna
51. benname entspricht dem Eintrag im Tabellenprogramm Plate Editor Plattenbearbeitung Vertiefungs entspricht der Position der Probe auf der Platte position Spaltenbuchstabe und Reihennummer z B C3 Plattenname entspricht dem Eintrag im Dialogfeld Plate Editor Plattenbearbeitung Ger te ID entspricht dem Benutzeroptionen Eintrag in der Seite Data Collection Datenerfassung Array ID entspricht dem Eintrag im Wizard Assistenten Install Capillary Array Kapillaren Array Installation Hinweis Neben den vier mit Hilfe der Pulldown Men s festgelegten Namenszus tzen erhalten alle Namen automatisch einen weiteren aus der Kapillarennummer und einer Dateierweiterung bestehenden Zusatz Der Probenname f r die obige Beispielseite Data Analysis Datenanalyse w re demzufolge also Sample Name_Well Position_Capillary Number ab1 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 7 Arbeiten mit Platteneinheiten Komponenten der Die Platteneinheiten bestehen aus folgenden Komponenten Platteneinheiten Plattenhalter Septen Probenplatte Plattentrager Vorbereitung einer Zum Vorbereiten einer Platteneinheit folgenderma en vorgehen Platteneinheit Schritt Ma nahme 1 Fixieren Sie einen sauberen trockenen Septumstreifen auf der Probenplatte WICHTIG Niemals verzogene Platten verwenden WICHTIG Sicherstellen dass der Septumstreifen flach auf der Platte liegt Platzieren Sie die
52. bereich Gen Analyse DNA Sequenzierung Sequence Detection Systems qPCR und pcrlab appliedbiosystems com PCR Proteinsequenzierung Peptid und DNA Synthese Biochromatographie PerSeptive DNA PNA und Peptidsynthese Systeme Massenspektrometer CytoFluor FMAT Voyager und Mariner corelab appliedbiosystems com tsupport appliedbiosystems com Applied Biosystems MDS Sciex support sciex com Chemolumineszenz Tropix tropix appliedbiosystems com In den USA und Kanada steht die technische Unterst tzung zu folgenden Uhrzeiten zur Verf gung Uhrzeiten 8 30 bis 17 30 Uhr Ostk sten Zeit 8 00 bis 18 00 Uhr Ostk sten Zeit 5 30 bis 17 00 Uhr Pazifik Zeit Produkt Chemolumineszenz Framingham Unterst tzung Alle sonstigen Produkte Innerhalb Nordamerikas Die technische Unterst tzung von Applied Biosystems ist ber die folgenden Ruf bzw Faxnummern erreichbar Zum Anfordern von Kundendienst f r anderweitige Hilfestellung oder in Notf llen 1 800 831 6844 und 1 dr cken Fax Durchwahl 1 650 638 5981 Telefon Durchwahl 1 800 831 6844 anschlie end 8 dr cken 1 800 831 6844 anschlie end 21 dr cken Produkt oder Produktbereich ABI PRISM DNA Analysator 3700 DNA Synthese 1 650 638 5981 Einf hrung 1 3 1 4 Einf hrung Produkt oder Produktbereich Telefon Durchwahl Fax Durchwahl
53. bration Display Spatial Calibration Display Spectral Calibration 2 Daraufhin erscheint eine Warnmeldung 4 The currently installed capillary array is 50cm If this is acceptable continue with the polymer change If this is not acceptable please click cancel install your preferred capillary array and restart this wizard i Cancel Falls die L nge des gegenw rtig am Ger t befindlichen Arrays der in dieser Warnmeldung angegebenen L nge entspricht klicken Sie auf OK um den Wizard Assistenten Change Polymer Polymerwechsel zu starten 3 Befolgen Sie zum Laden von frischem Polymer in das Ger t die Anweisungen des Wizards Assistenten Ger tewartung 5 11 Vor der Installation eines zuvor verwendeten Kapillaren Arrays Einf hrung Vor dem Wiedereinbauen eines Kapillaren Arrays sollte Folgendes durchgef hrt werden Reinigung der Vorderseite der Detektionszelle berpr fung der Kathodenleiste auf Trockenheit Reinigung der Dieses Verfahren ist f r neue Arrays nicht erforderlich es sei denn die Detektionszelle Detektionszelle wurde versehentlich ber hrt Zum Reinigen der Detektionszelle folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Geben Sie einen Tropfen Methanol auf die Vorderfl che der Erfassungszelle Qa Se ee Vorderflache der Erfassungszelle CHEMISCHE GEFAHRDUNG Methanol ist als Fl ssigkeit und Dampf entz ndlich Der Kontakt kann Augen H
54. ch Basecaller 3100RR f r Sequenzierung mit Schnellablesung Diese Dateien befinden sich im folgenden Verzeichnis D AppliedBio Shared Analysis Basecaller Params Die Auswahlen f r Basecaller Settings Basecaller Rahmen werden im Dialogfeld Preferences Benutzeroptionen getroffen das ber das Men Edit Bearbeiten aufgerufen wird Bei Markierung des Kontrollk stchens Write Seq Files Seq Dateien schreiben werden die Textdateien der Sequenzen mit identifizierten Basen entweder im Format ABI oder im Format FASTA aufgezeichnet Wird eine Datei unter Factura Settings File Factura Rahmendatei gew hlt wird bei der Analyse die Factura Verarbeitung angewendet Zum Anzeigen oder Bearbeiten einer Factura settings Datei Factura Rahmendatei folgenderma en vorgehen Zeigen Sie im Men File Datei auf Open ffnen und w hlen Sie Factura Settings Factura Rahmen Diese Dateien befinden sich im folgenden Verzeichnis D AppliedBio Shared Analysis Factura Falls Sie das Analysemodul modifiziert haben und Folgendes tun m chten folgenderma en vorgehen die nderungen in Form eines a W hlen Sie aus dem Men File Datei neuen Analysemoduls die Option Save As Speichern unter speichern b Weisen Sie einen unverkennbaren Namen zu und klicken Sie auf OK die nderungen im aktuellen W hlen Sie aus dem Men File Datei die Analysemodul speichern Option Save Speichern di
55. dem Sie die folgenden Komponenten in ein beschriftetes 1 5 mL Mikrozentrifugenr hrchen geben Reagenz Volumen pL Matrix Standardsatz DS 01 dROX dTAMRA dR6G 5 dR110 Hi Di Formamid Bestell Nr 4311320 195 Endgiltiges Volumen 200 CHEMISCHE GEFAHRDUNG Formamid ist bei Hautabsorption schadlich und kann Augen Haut und Atemwege reizen Es kann das Zentralnervensystem sowie mannliche und weibliche Fortpflanzungsorgane schadigen und eventuell angeborene Missbildungen verursachen Bitte das Sicherheitsdatenblatt einsehen und die Handhabungsanweisungen befolgen Entsprechende Schutzbrille Schutzkleidung und Schutzhandschuhe tragen Gr ndlich vortexen Spatial und Spectral Kalibrierung Zum Vorbereiten des Matrix Standards f r die Matrizen des Filtersets E folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 5 Zentrifugieren Sie die Mischung kurz in einer Mikrozentrifuge 6 Erhitzen Sie das Standardr hrchen 3 5 Min lang auf 95 C um die DNA zu denaturieren 7 Legen Sie die R hrchen sofort 2 Min lang auf Eis Laden der Standards Zum Laden des Standards folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Geben Sie 10 uL des denaturierten Matrix Standards in eine Platte mit 96 Vertiefungen 96 well plate in die Vertiefungen A1 bis H2 wie abgebildet gt N w O nm O 00000000 000800000 OODODOROO DOOOOOOO OOO0000
56. des Bildschirms f r minimale Reflektion von Umgebungslichtquellen Platzierung des Bildschirms in einem Abstand der den individuellen Gegebenheiten des Benutzers angepasst ist wie z B Kurzsichtigkeit Weitsichtigkeit Stabsichtigkeit und Kontaktlinsen Bei der Ermittlung des Benutzerabstands vom Bildschirm sind folgende Richtlinien hilfreich Der Abstand zwischen den Augen des Benutzers und dem Bildschirm sollte ungef hr dem Abstand zwischen den Augen des Benutzers und der Tastatur entsprechen Die meisten Personen empfinden einen Leseabstand von etwa 50 cm am angenehmsten Die Flache der Arbeitsstation sollte eine Tiefe von mindestens 91 cm aufweisen so dass die Regulierung des Abstands m glich ist Den Bildschirmwinkel so regulieren dass Reflektion und Gleissen minimiert sind und f r die Arbeitsstation nach M glichkeit keine reflektierenden Fl chen w hlen Einen gut konstruierten horizontal und vertikal verstellbaren Texthalter verwenden so dass die einzusehenden Papierunterlagen im gleichen Sichtabstand angeordnet werden k nnen wie Bildschirm und Tastatur Dr hte und Kabel von Benutzern und Passanten fern halten Eine Arbeitsstation w hlen deren Fl che gro genug ist um andere Arbeiten zu erm glichen und die zur Beweglichkeit ausreichenden Beinspielraum bietet Stromschlag STROMSCHLAGGEFAHR Bei Arbeiten am Ger t bei aktiver Warnhinweise Hochspannungsversorgung kann es zu starken Str
57. e nderungen verwerfen Klicken Sie auf die Schlie en Schaltfl che um das Fenster zu schlie en Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 29 Anzeigen und Analysieren von Daten Uberblick In diesem Kapitel Dieses Kapitel befaBt sich mit folgenden Themen Siehe Thema Seite Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs in der Data 3 2 Collection Software Anzeigen von analysierten Daten 3 5 Analysieren bzw Re Analysieren von Daten 3 11 Hinweis In diesem Kapitel wird vorausgesetzt dass die Laufdaten in Probendateien gespeichert wurden Wird der ABI PRISM Gen Analysator 3100 in Verbindung mit dem BioLIMS Datenbanksystem eingesetzt sollte evtl die Bedienungsanleitung f r die ABI PRISM DNA Sequenzanalyse Software Bestell Nr 4308924 bez glich Anweisungen zum Aufrufen der Datenbank mit Hilfe des Analyseprogramms eingesehen werden Anzeigen und Analysieren von Daten 3 1 Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs in der Data Collection Software 3 2 Einf hrung Bei Rohdaten handelt es sich um Daten mit Multikomponentenverarbeitung d h mit Kompensierung f r Spektral berschneidungen die jedoch nicht im Hinblick auf Mobilit t korrigiert wurden Es gibt zwei Formate f r das Anzeigen der Rohdaten mit der 3100 Data Collection Software Auf der Seite Array View Array Anzeige in hnlicher Weise wie beim Anzeigen der Gel Dateiausgabe eines ABI PRism Schichtgel
58. efehl Extract data into Extraktion sample files Daten in Probendateien erfassen wie folgt angewendet werden Zum Wiederherstellen der Daten eines gestoppten Laufs folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Zeigen Sie im Men Instrument Ger t auf Data Acquisition Datenerfassung und w hlen Sie Extract data into sample files Daten in Probendateien erfassen Fie View Toos Servie Help E a Ron Sip iG MERAT Plate View pause Array View Capillary View Stap Manual Control Data Acquisiticn d Set Cobr Plate Name Applicati Force Run Status to Complete Display Run Dala Display EPT Data Fytrart data into sample fles Achten Sie darauf dass in der Statusleiste die Meldung Sample Files Successfully Extracted Extraktion der Probendateien erfolgreich erscheint Hinweis Die extrahierten Daten sind nicht analysiert Die Probendateien m ssen zunachst mit Hilfe der GeneScan Analyse Software analysiert werden Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 25 Anzeigen Bearbeiten oder Erstellen von Laufmodulen Einfiihrung Die Daten des Laufmoduls legen fest wie die Probe abgearbeitet wird z B Laufdauer Lauftemperatur und Injektionszeit Einsehen eines Zum Einsehen eines Laufmoduls folgenderma en vorgehen Laufmoduls i Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie in der Utensilienleiste auf die Schaltfl che Module Editor Modulbearbeitung 2 Damit wird das Dialogfeld Mod
59. effende Region unter Kontaktaufnahme mit der technischen Unterst tzung per Telefon oder Fax unter Technische Unterst tzung Bez glich nicht von Applied Biosystems hergestellter oder vertriebener Chemikalien den Chemikalienhersteller kontaktieren Sicherheitsauf kleber am Ger t Zur Abfall beseitigung Vor der Inbetrieb nahme des Ger ts Sicherer und effektiver Einsatz des Computers Am Ger t sind Sicherheitsaufkleber angebracht Jeder Sicherheitsaufkleber umfa t drei Bereiche Ein Gefahrenhinweisbereich f r einen bestimmten Beachtungs oder Handlungsgrad z B VORSICHT oder WARNUNG Bei Vorliegen mehrerer Gefahrenquellen wird der Gefahrenhinweis f r die gr ere Gef hrdung verwendet Ein Meldungsbereich mit einer Erl uterung der Gefahrenquelle und der eventuell erforderlichen Benutzerma nahmen Ein Sicherheitswarnsymbol das auf eine potentielle Personengef hrdung hinweist Eine Erl uterung s mtlicher Sicherheitswarnsymbole in mehreren Sprachen enth lt der Leitfaden f r Standortvorbereitung und Sicherheit f r den ABI PRiSM Gen Analysator 3100 Der Erzeuger potentiell gef hrlicher Abfallprodukte tr gt die Verantwortung f r Folgendes Die Beurteilung des bei den jeweiligen Anwendungen Reagenzien und Substraten des Labors anfallenden Abfalls ggf per Analyse Die Sicherstellung der Gesundheit und Sicherheit s mtlichen Laborpersonals Die Sicherstellung der Einh
60. eien k nnen mit Hilfe der DNA SequenzAnalyse Software eingesehen werden Die Einstellungen sind im Benutzerhandbuch f r die ABI PRISM Sequenzanalyse Software Bestell Nr 4308924 erl utert Falls Sie eine Probe erneut bearbeiten m chten w hlen Sie ein zweites Laufmodul und ein zweites Analysemodul Sie k nnen die Probe in einer verkn pften Platte bis zu f nf Mal bearbeiten Run Module 2 Analysis Module 2 Die Proben werden automatisch so gruppiert dass alle Proben mit demselbem Laufmodul der Reihe nach bearbeitet werden Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 19 Zum Eingeben von Probendaten und Speichern des Plate Records folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 8 Vergewissern Sie sich dass der Plate Record korrekt ist und klicken Sie anschlieBend auf OK Plate Editor RS_DILUTION_2 DT3100PO gt 8 BD W2 mob STD SEQ INJECTION 3100_Preiectt StdSegSt DT3100PO8 BD w2 mob STD SEQ INJECTION 3100 Project DT3100P076 8D vzmob STD SEQ INJECTION 3100_Preiect DT3100P076 8D vzmab STD SEQ INJECTION 3100_Preiect OT 31 00P0 6 BD YwZ mob STD SEG INJECTION 3100_Prgect DT3100P076 8D v2mob STD SEQ INJECTION _ 3100_Prciect1 DT3100P076 8Djvzmab STD SEQ INJECTION 3100_Preiect DT3100P026 8D w2 mab STD SEQ INJECTION 3100_Preject DT3100P076 8D vzmob STD SEQ INJECTION _ 3100_Prciect1 DT3100P076 BD yrZ n ubs STD SEQ INJECTION 3100_Projeutt DT3100P076 8D vz mab STD SEQ INJ
61. eines Analysemoduls 2 28 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs 2 1 Vor Beginn Voraussetzungen Bei den in diesem Kapitel beschriebenen Verfahren wird Folgendes vorausgeseizt Computer und Ger t sind korrekt konfiguriert Das Ger t wurde kalibriert die Spatial und Spectral Kalibrierungen wurden erfolgreich durchgef hrt Ggf Kapitel 4 dieser Anleitung einsehen Die Festplatte des Computers besitzt ausreichend freie Kapazit t Ggf Kapitel 5 dieser Anleitung einsehen Die Proben wurden korrekt vorbereitet und resuspendiert Angaben zur Probenvorbereitung enth lt der Methodenleitfaden f r die Sequenzierung f r den ABI PR sM Gen Analysator 3100 Bestell Nr 4315831 2 2 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Starten der 3100 Data Collection Software Vor Beginn Vor dem Starten der Data Collection Software Schritt MaBnahme 1 Vergewissern Sie sich dass Computer und Monitor eingeschaltet sind WICHTIG Der Computer muss vor dem Ger t eingeschaltet werden Der Vorgabe Benutzername ist 3100User das Vorgabe Kennwort wird leer belassen Vergewissern Sie sich dass der ABI PRiSM Gen Analysator 3100 eingeschaltet ist und die gr ne Statuslampe konstant leuchtet und nicht blinkt Vergewissern Sie sich dass OrbixWeb Daemon l uft d h dass die diesbez gliche Schaltfl che in der Task Leiste von Windows NT erscheint A Start E OrbikWeb Daemon Falls OrbixWeb
62. eld Spectral Calibration Result Spectral Kalibrierungsresultat aufgerufen das angibt welche Kapillaren die Kalibrierung bestanden haben und welche nicht Kapillare hat bestanden Kapillare hat nicht bestanden X Fl Spectral Calibration Result Round 11 possible spectra for dye set E Please view and edit the spectra LNR IDE x Zum Best tigen des abgeschlossenen Kalibrierungslaufs folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie im Feld Spectral Calibration Result Spectral Kalibrierungsresultat auf OK WICHTIG berpr fen und beurteilen Sie das Spectral Kalibrierungsprofil jeder einzelnen Kapillare auch wenn das Feld Spectral Calibration Results Spectral Kalibrierungsresultate angibt dass alle bestanden haben Siehe hierzu die Bedienungsanleitung f r den ABI Prism Gen Analysator 3100 Falls eine Kapillare die Kalibrierung nicht besteht wird ihr automatisch das Spectralprofil der nachsten linker Hand gelegenen Kapillare mit bestandener Kalibrierung zugewiesen Sollten links keine Kapillaren mit bestandener Kalibrierung vorhanden sein wird der Kapillare das Spectralprofil der n chsten rechter Hand gelegenen Kapillare mit bestandener Kalibrierung zugewiesen Diese Kapillaren sind im Fenster Array View Array Anzeige gelb markiert anstatt gr n wie z B auf Seite 3 3 WICHTIG F r Anwendungen bei denen Pull up bzw Pull Down Peaks zu schwer wiegenden Fehlern
63. ereich auch leer sein 7 Sie k nnen die Elektropherogramm Rohdaten bzw EPT Anzeige mit Hilfe der Befehle des Men s Window vergr ern oder verkleinern Sequencing Analysis File Edit Sample Manager Full View Ctrl Anzeigen und Analysieren von Daten 3 9 Zum Anzeigen von Probendateiinformationen folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 8 Gehen Sie zum Ausdrucken der Probendatei folgendermaBen vor a W hlen Sie aus dem Men File Datei die Option Print Drucken um das Dialogfeld Printing options Druckoptionen aufzurufen b Markieren Sie diejenigen Darstellungen die Sie ausdrucken m chten c Klicken Sie auf OK Printing options Print these Annotation Sequence Feature Table M Electropherogram Raw Data Allow for 3 hole punch Sie k nnen auch mehrere Probendateien auf einmal ausdrucken indem Sie das Druck Kontrollk stchen f r die auszudruckenden Probendateien markieren und anschlie end auf die Schaltfl che Start klicken A F r alfa ojok 3 10 Anzeigen und Analysieren von Daten Analysieren bzw Re Analysieren von Daten Einfiihrung Die Datenanalyse mit Hilfe der Sequenzanalyse Software Die Probendatei enth lt dann keine analysierten Daten wenn Beim Einrichten des Plate Records kein Analysemodul festgelegt wurde Siehe Schritt 6 auf Seite 2 19 Im Dialogfeld Preferences Benutzeroptionen das Kontrollk
64. f hren w rden empfehlen wir die Wiederholung der Spectral Kalibrierung sowie die Anwendung einer individuellen Spectral Kalibrierung f r jede einzelne Kapillare Spatial und Spectral Kalibrierung 4 11 Uberpriifung eines Spectral Kalibrie 412 rungsprofils fiir Filterset E Nach dem Abschluss der Spectral Kalibrierung sollte optimalerweise die Qualitat der Spektraldaten f r die einzelnen Kapillaren berpr ft werden Zum Anzeigen des aktuell gespeicherten Kalibrierungsprofils eines Filtersets folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 W hlen Sie aus dem Men Tools Utensilien die Option Display Spectral Calibration Spectral Kalibrierung anzeigen 3100 Data Collection Software Version 1 0 1 File View Instrument Service Help Ell EN Plate Editor Module Editor Change Polymer Vizard Install Capillary Array Wizard Autosampler Calibration Wizard Perform Spatial Calibration Display Spatial Calibration ectral Calibration Es wird das Dialogfeld Question Frage aufgerufen E Question 1x 2 Display matrices from Dye set Previous run Cancel Klicken Sie auf Dye set Filterset Damit wird das Dialogfeld Select the source to display Anzuzeigende Quelle ausw hlen aufgerufen E Select the source to display x Dropdown Liste der Filtersets OK Cancel Spatial und Spectral Kalibrierung Zum Anzeigen des ak
65. h der Autosampler in Vorw rtsposition befinden die Kapillarenspitzen m ssen aus der Pufferl sung entfernt sein Den Autosampler nicht l nger als 30 Minuten lang in dieser Position belassen da ansonsten die Kapillaren austrocknen k nnen 2 10 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Pufferherstellung fiir einen Einzellauf Bef llung der Wasser und Kathodenpuffer reservoirs Zum Vorbereiten von 30 mL 1X Laufpuffer folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 3 0 mL des 10X Laufpuffers in einen Messzylinder geben 2 Deionisiertes Wasser zugeben um das Gesamtvolumen auf 30 mL zu bringen 3 Gut mischen Zum Bef llen der Wasser und Kathodenpufferreservoirs folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Schlie en Sie die Ger tet ren 2 Dr cken Sie die Taste Tray Tablett an der Ger teau enseite um den Autosampler in die Vorw rtsposition zu bringen o Taste Tray Ze 5 Tablett E E 3 Warten Sie den Stillstand des Autosamplers ab und ffnen Sie anschlie end die T ren des Ger ts 4 Entfernen Sie das Kathodenpufferreservoir und die Wasserreservoirs aus dem Ger t 5 Entsorgen Sie die L sungsreste und sp len Sie die Reservoirs mit deionisiertem Wasser aus Hinweis Die Abfallprodukte sind stark verd nnt dennoch sollten zur ordnungsgem en Beseitigung die firmeninternen Abfallvorschriften eingehalten werden 6 Sp
66. hme 3 W hlen Sie die Dateien die dem Fenster Sample Manager Probenverwaltung hinzugef gt werden sollen a Machen Sie im oberen Bereich den Ordner mit den hinzuzuf genden Dateien ausfindig und ffnen Sie diesen b F hren Sie auf den Dateinamen einen Doppelklick aus um diese in das Textfeld File name Dateiname aufzunehmen c Verwenden Sie ggf die Schaltfl chen Add All Alle hinzuf gen Remove Entfernen oder Remove All Alle entfernen um alle gew nschten Dateien im Listenfeld File Name Dateiname zu platzieren Diese Dateien werden zum Sample Manager Probenverwaltung hinzugef gt In diesem Look in 3 AnayzedSucoess x amp c Verzeichnisbereich Dateinamen ausfindig PA stdP_ESCL5_80_338F_A0202 ab1 WlTD_ESCL5_40_338F_B01_03 261 h d auf Add P StdP_ESCL5_80_357R_E02_10 ab1 M TD_ESCL5_40_357R_F01_11 ab1 macnemung au P TD_Control_40_338F_D01_07 ab MJ TD_ESCL5_80_336F_A01_01 ab1 Hinzuf gen klicken P TD_Control_40_357R_H01_15 ab1 E TD_ESCLS_80_357R_EON_09 ab1 um sie im Textfeld File PE TD_Control_80_338F_C01_05 ab1 PTD _Control_80_357R_GO1_13 ab1 name Dateiname zu platzieren Filename _05 ab1 TD_Control_ 40_338F_D01_07 ab1 Textfeld File name Files of type Sample data files ab1 Dateiname Add All TD_Control_40_338F_D01_07 ab1 Bereich File name TD_Control_40_357R_HO1_15 ab1 Dateiname TD_Control_80_338F_CO1_05 ab1 TD_Control_80_357R_G01_13 ab1 _Remove Remove All Finish Cancel
67. hn gerade heraus 3 Ziehen Sie das Fitting aus der Polymerblock Leitung heraus Ger tewartung 5 9 Reinigung der Polymerbl cke Zeitpunkt der Polymerblock reinigung Reinigung der Polymerbl cke Reinigung des Anodenreservoirs und der Polymerleitung 5 10 Ger tewartung Die oberen und unteren Polymerbl cke sind unter folgenden Umst nden zu reinigen vor dem Laden des Polymers am Ger t wenn das Polymer sich bereits l nger als 1 Woche am Ger t befindet Hinweis Polymer das lter als 1 Woche ist kann aufgrund der Zersetzung von Harnstoff zu einer vor bergehenden Stromzunahme w hrend der Elektrophorese f hren WICHTIG Die Polymerbl cke von organischen L sungsmitteln fern halten Zum Waschen des oberen und unteren Polymerblocks folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Bauen Sie die Polymerbl cke aus dem Ger t aus wie auf Seite 5 9 beschrieben 2 Sp len Sie den oberen Polymerblock gr ndlich mit fliessendem warmen Wasser oder warmem Wasser aus einer Spritzflasche 3 Begutachten Sie die Kan le im Hinblick auf wei e R ckst nde getrocknetes Polymer Setzen Sie die Sp lung der Kan le solange fort bis diese R ckst nde verschwunden sind 4 Sp len Sie den Block und dessen Kan le mit deionisiertem Wasser 5 Entfernen Sie restliches Wasser aus dem Polymerblock und den Fittings um sicherzustellen dass das f r den Lauf verwendete Polymer nicht verd nnt wird
68. ibration x Spatial calibration progress PITT TTT Spatial calibration was successful Fill capillaries Details OK Cancel a Klicken Sie auf Details um das Fenster Spatial Calibration Profile Abstand Kalibrierungsprofil aufzurufen b Fahren Sie fort mit Anzeigen von Erfolgsresultaten und Speichern der Daten im Folgenden fehlgeschlagener Kalibrierung Es erscheint ein Fehlermeldungsfeld mit Informationen bez glich der Ursache des Fehlschlagens E Perform Spatial Calibration x Spatial calibration progress EE GE E E G A A OE A O O O E E E E O Spatial calibration failed Bad spacing Fill capillaries Details OK Cancel a Klicken Sie auf Details um das Fenster Spatial Calibration Profile Abstand Kalibrierungsprofil aufzurufen b Gehen Sie auf eine der folgenden Weisen vor Klicken Sie auf Cancel Abbruch und anschlie end auf Start um die Kalibrierung zu wiederholen Wenden Sie die auf Seite 4 5 beschriebenen Abhilfema nahmen an Spatial und Spectral Kalibrierung 4 3 Anzeigen von Zum Anzeigen der Resultate der Spatial Kalibrierung und Speichern der Daten Erfolgsresultaten folgenderma en vorgehen und Speichern der Schritt Ma nahme Daten 1 Werten Sie das Spatial Kalibrierungsprofil aus Hinweis Angaben bez glich der Profilauswertung enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRisM Gen Analysator 3100 Bestell Nr
69. ibration data Ifyou choose Yes spatial calibration data will be saved in the database and sentto the instrument m Zum folgenderma en vorgehen Speichern dieser Klicken Sie auf Yes Ja Kalibrierungsdaten in der Datenbank der 3100 Data Collection Software L schen dieser Daten und a Klicken Sie auf No Nein Heranziehen der Daten eines b bergehen Sie die aktuellen vorhergehenden Laufs Spatial Kalibrierungsdaten Anweisungen enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRISM Gen Analysator 3100 Bei Fehlschlagen der Sollte die Kalibrierung fehlschlagen oder falls das Erscheinungsbild des Kalibrierung vorangegangenen Kalibrierungsprofils nicht optimal ist k nnen eine oder mehrere der folgenden Abhilfema nahmen angewendet werden Kalibrierung wiederholen Kapillaren mit Polymer f llen und anschlie end die Kalibrierung wiederholen Das Array Fenster s ubern und anschlie end die Kalibrierung wiederholen Das Array Fenster in der Detektionszelle umpositionieren und anschlie end die Kalibrierung wiederholen Spatial und Spectral Kalibrierung 4 5 SpectralDurchf hrung einer Spectral Spektrum Kalibrierung fiir die Matrizen des 46 Einf hrung Die Durchf hrung einer Spectral Kalibrierung umfasst drei Hauptaufgaben Einrichtung der Standards Starten der Spectral Kalibrierung berpr fen der Spectral Kalibrierung Hinweis In diesem
70. ie unter Resource Libraries Referenz Bibliotheken auf den gew nschten Unterlagentyp c Geben Sie die angeforderten Informationen in das erscheinende Formular ein oder heben Sie diese hervor und klicken Sie anschlie end auf Search Durchsuchen d Markieren Sie in den daraufhin erscheinenden Suchergebnissen jeweils das Kontrollk stchen f r die Zustellmethode der von Ihnen gew nschten Unterlage und klicken Sie anschlie end auf Deliver Selected Documents Now Gew hlte Unterlagen jetzt zustellen oder klicken Sie auf das PDF Symbol der Unterlage um diese sofort herunterzuladen e F llen Sie das Informationsformuler aus sofern Sie dies nicht bereits getan haben und klicken Sie anschlie end auf Deliver Selected Documents Now Gew hlte Unterlagen jetzt zustellen um Ihre Bestellung abzusenden Hinweis W hrend per Fax nur f nf Unterlagen zugestellt werden k nnen ist die Zahl der per E Mail zustellbaren Unterlagen unbegrenzt Einf hrung 1 7 Sicherheit Benutzerhinweise in den Anwender unterlagen Warnungen beziiglich chemis cher Gef hrdung Warnungen bez glich gef hrli cher Chemikalien 1 8 Einf hrung abf lle Im Text s mtlicher Anwenderunterlagen von Applied Biosystems treten f nf Benutzerhinweise auf Jeder Begriff schreibt einen bestimmten Beachtungs oder Handlungsgrad vor Hinweis Weist auf hilfreiche Informationen hin WICHTIG Weist auf Informationen hin die f r den korrekten Ger
71. igung von Luftblasen aus dem oberen Polymerblock 5 4 berpr fen der verf gbaren Speicherkapazit t 5 5 Reinigung und Inspektion der Spritzen 5 7 Ausbau der Polymerbl cke 5 9 Reinigung der Polymerbl cke 5 10 Laden von frischem Polymer in das Ger t 5 11 Vor der Installation eines zuvor verwendeten Kapillaren Arrays 5 12 Installation und Ausbau des Kapillaren Arrays 5 13 Aufbewahrung der Kapillaren Arrays 5 14 Stilllegen des Ger ts 5 15 Ger tewartung 5 1 Wartungspl ne berblick T gliche Ma nahmen 5 2 Ger tewartung In diesem Abschnitt sind die generellen Ma nahmen aufgef hrt die zur Erhaltung des einwandfreien Betriebszustands des Gen Analysators 3100 erforderlich sind Die Ma nahmen sind je nach ihrer H ufigkeit in verschiedenen Listen zu finden Mindestens einmal t glich durchzuf hren Wartungsma nahme H ufigkeit Siehe Sicherstellen dass die Reservoirsepten fest und flach Vor jedem Lauf sitzen Sicherstellen dass die Platteneinheiten korrekt Vor jedem Lauf Seite 2 8 zusammengestellt wurden WICHTIG Die ffnungen der Plattenhalterung m ssen mit den Offnungen des Septumstreifens ausgerichtet sein da es ansonsten zur Besch digung der Kapillarenspitzen kommt Sicherstellen dass die Platteneinheiten korrekt auf dem Vor jedem Lauf Plattendeck platziert sind Die Platten sollten schl ssig auf dem Deck sitzen WICHTIG Niemals verzogene Plat
72. ilfe des Wizards Assistenten Install Replace Capillary Array Kapillaren Array Installation Wechsel aus dem Ger t Anweisungen enth lt Installation und Ausbau des Kapillaren Arrays auf Seite 5 13 6 Bringen Sie die Abdeckung der Detektionszelle wieder an 7 F llen Sie ein Pufferreservoir mit 1X Laufpuffer und decken Sie es mit einem Septumstreifen ab Tauchen Sie die Kapillarenspitzen in den Puffer 8 F llen Sie ein konisches 1 5 mL R hrchen mit deionisiertem Wasser und f hren Sie das Detektionsende des Kapillaren Arrays ein 9 Umwickeln Sie das R hrchen mit Laborfolie wie z B Parafilm um Verdunstung zu verh ten 10 Bewahren Sie das Kapillaren Array senkrecht auf 11 berpr fen Sie den F llstand des 1X Laufpuffers in Reservoir und R hrchen w chentlich Stilllegen des Ger ts Wahl des geeigneten Zur Wahl des geeigneten Stilllegungsverfahrens Folgendes beachten Stilllegungs verfahrens Bei Stilllegen des Ger ts f r Folgendes Stilllegungsverfahren anwenden maximal 1 Woche bei Kurzfristige Stilllegung vollem Pufferreservoir WICHTIG Das wichtigste Element einer kurzfristigen Stilllegung ist die Pufferbenetzung der Spitzen des Kapillaren Arrays Dies verh tet das Austrocknen des Polymers in den Kapillaren l nger als 1 Woche Langfristige Stilllegung Durchf hrung einer Zum Durchf hren einer kurzfristigen Stilllegung folgenderma en vorgehen
73. kurzfristigen Stilllegung Schritt Ma nahme 1 F llen Sie die Kapillaren unter Einsatz manueller Steuerbefehle mit frischem Polymer 2 Dr cken Sie die Taste Tray Tablett um den Autosampler vorw rts zu bewegen 3 F llen Sie das Pufferreservoir mit 1X Laufpuffer bis dicht unterhalb des oberen Reservoirabschlusses 4 Befestigen Sie ein Septum sicher auf dem Reservoir und platzieren Sie das Reservoir in Position 1 auf dem Autosampler 5 Dr cken Sie bei offenen Ger tet ren die Taste Tray Tablett 6 Schlie en Sie die Ger tet ren Der Autosampler bewegt sich zu Position 1 wobei die Kapillarenspitzen im Pufferreservoir verbleiben 7 Schalten Sie erst den Computer aus und anschlie end das Ger t Durchf hrung einer Zum Durchf hren einer langfristigen Stilllegung folgenderma en vorgehen langfristigen Stilllegung Schritt Ma nahme 1 F hren Sie das auf Seite 5 14 beschriebene Verfahren zum Ausbauen und Aufbewahren des Kapillaren Arrays au erhalb des Ger ts durch 2 Entfernen Sie Folgendes aus dem Ger t die Spritzen des oberen Polymerblocks Anweisungen enth lt Seite 5 7 den oberen Polymerblock Anweisungen enth lt Seite 5 9 den unteren Polymerblock Anweisungen enth lt Seite 5 9 3 Entfernen Sie Folgendes aus dem Autosampler die Platteneinheiten die Reservoirs 4 Wischen Sie den Autosampler und die Auffangschalen mit einem fusselfreien T
74. l gibt es im Start Men ein Symbol f r dieses Programm Ansonsten finden Sie die DNA Sequenzanalyse Software SeqA exe im folgenden Verzeichnis D AppliedBio SeqAnal Bin Zeigen Sie im Ment File Datei auf Open Offnen und wahlen Sie Seq AZ Settings E Edt Sample Manager Window Help New gt Open Sample Cikt Factura Settings Zlose Ctrl Save Tre W hlen Sie das Analysemodul das Sie anzeigen bzw bearbeiten m chten Die Analysemodule sind im folgenden Verzeichnis gespeichert D AppliedBio Shared Analysis Baseecaller Params Open 21x Laok in FE B c BC 31C0 _Seqg0 a BC 31C0RR_Se30ffFtOff saz a BC POPSLR_Seg0ffFtOf saz a BC POP amp _SegdffFt ff sez Fie name BC 3100_Seq0ffFtOff saz Files of type saz Settings saz x Cancel Klicken Sie auf Open ffnen Damit wird die Datei f r DNA Sequencing Analysis Setting Rahmen f r DNA Sequenzanalyse ge ffnet 2 28 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Zum Anzeigen oder Bearbeiten eines Analysemoduls saz Datei folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 5 of BC 3100_SegDffFtOff saz Basecaller Basecaller Type Basecaller 3100 v Basecaller Settings Default Settings w Write Seq Files Sequence File Format ABI C FASTA Sie k nnen die Einstellungen bearbeiten Basecaller Type kann Basecaller 3100 sein f r die standardm ige Sequenzierung oder au
75. lyseparameter und analysieren Sie erneut Analyseeinrichtung Analyseeinrichtung im Fenster Sample Manager Objekt Beschreibung Probenverwaltung Basecaller Es gibt zwei Basenidentifizierungsoptionen Basenidentifizierung Basecaller 3100 bcp standardm ige Sequenzierung Spacing Abstands Bereich 10 15 Basecaller 3100RRv2 bcp Sequenzierung mit Schnellablesung Spacing Abstands Bereich 15 22 Spacing Abstand Der Abstand sollte den f r die Basenidentifizierung verwendeten Abst nden entsprechen Die Abstandswerte werden normalerweise automatisch berechnet Sie k nnen diese Werte jedoch berschreiben indem Sie in das Feld Spacing Abstand einen neuen Wert eingeben 3 12 Anzeigen und Analysieren von Daten Analyseeinrichtung Fortsetzung Objekt Beschreibung Basecaller Settings Basenidentifizierungs optionen Der Parameter Basecaller Settings Basenidentifizierungsoptionen kann dazu verwendet werden die Analyse vor dem Erreichen des unter Sample Manager Probenverwaltung eingestellten Stop Point Stopp Punkt abzubrechen Offnen Sie zum Anwenden der Basenidentifizierungsoptionen die Seite Basecaller Settings Preference Basenidentifizierungsoptionen indem Sie im Men Edit Bearbeiten auf Preferences Benutzeroptionen zeigen und anschlieBend Basecaller Settings Basenidentifizierungsoptionen wahlen StandardmaBig wird kein Endpunkt angewendet Peak
76. mmring fest im Spritzenende sitzt 5 8 Ger tewartung Ausbau der Polymerbl cke Ausbau des oberen Zum Ausbauen des oberen Polymerblocks folgenderma en vorgehen Polymerblocks Schritt Ma nahme 1 Bauen Sie die Spritzen aus wie auf Seite 5 7 beschrieben 2 Trennen Sie das Kapillaren Array vom Polymerblock Dr cken Sie die Taste Tray Tablett ffnen Sie die Ger te Heizungs und Detektionsblockt ren L sen Sie die Mutter des Kapillaren Arrays Ziehen Sie den Polymerblock teilweise heraus Entfernen Sie die Detektionszelle aus dem Detektionsblock Entfernen Sie die Manschette des Kapillaren Arrays aus dem Polymerblock oa BD Soll das Kapillaren Array erneut eingesetzt werden verwahren Sie es wie auf Seite 5 14 beschrieben Trennen Sie den unteren Polymerblock ab indem Sie das rechts unten am oberen Polymerblock befindliche Fitting der Polymerblock Leitung entfernen Fassen Sie den oberen Polymerblock mit beiden Handen und ziehen Sie ihn gerade heraus Der obere Polymerblock ist auf zwei Stahlschienen gelagert und gleitet leicht heraus nachdem die Feder einen Kontrollpunkt passiert hat Ausbau des unteren Zum Ausbau des unteren Polymerblocks folgenderma en vorgehen Polymerblocks Schritt Ma nahme 1 Entfernen Sie das Anodenreservoir und entsorgen Sie den Puffer ordnungsgem 2 Fassen Sie den unteren Polymerblock und ziehen Sie i
77. n Oberen und unteren Polymerblock reinigen W chentlich Seite 5 10 Polymer in Spritzen oberem Polymerblock und W chentlich Seite 5 11 Kapillaren Array auswechseln bzw bei Bedarf Lagerbedingungen gebrauchter Arrays berpr fen W chentlich Wartungsma nahme H ufigkeit Siehe Auffangschalen reinigen Bei Bedarf Array austauschen Bei Bedarf Seite 5 13 Polymer von den Kapillarenspitzen entfernen Dazu ein Bei Bedarf mit deionisiertem Wasser befeuchtetes fusselfreies Tuch verwenden Autosampler kalibrieren Sehr selten Bedienungs anleitung Ger tewartung 5 3 Beseitigung von Luftblasen aus dem oberen Polymerblock Beseitigung von Angaben zum Assistenten Change Polymer Polymerwechsel enthalt die Luftblasen Bedienungsanleitung f r den ABI PRismM Gen Analysator Zum Beseitigen von Luftblasen aus dem oberen Polymerblock mit Hilfe des Wizards Assistenten Change Polymer Polymerwechsel folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Die Polymer Reservespritze herunterdr cken um Blasen durch den rechten unteren Teil des Blocks zu dr cken Dabei langsam dr cken oder auch klopfen um den Polymerverbrauch zu beschr nken Die Array F llspritze langsam herunterdr cken um Blasen den Kanal entlang zu bewegen Die Blasen sammeln sich am Verbindungspunkt der Kan le lt gt ES Blasen sammeln ea SH U sich hier 1 T
78. n Plattennamen sind lediglich Buchstaben Ziffern und die folgenden Satzzeichen zul ssig _ Keine Leerstellen oder Sonderzeichen verwenden 4 Klicken Sie zum Abschlu auf Finish Fertig Es wird das Tabellenprogramm Plate Editor Plattenbearbeitung aufgerufen Plate Editar File Edit Plate Name INGE Mace wer at ne ca D1 El Sample Neme Dye Set Mobility File Comment BloLIMS Project Run Mod Eingabe von Zum Eingeben von Probendaten und Speichern des Plate Records folgenderma en Probendaten vorgehen Schritt Ma nahme 1 Geben Sie im Tabellenprogramm Plate Editor Plattenbearbeitung die Namen aller Proben in die Spalte Sample Name Probenname ein Hinweis Im Rahmen der Vorgabe Namenskonventionen geht der eingegebene Probenname in den Probendateinamen ein Beispiel MySample_A01_ ab1 Lil U Vertiefungsposition Vom Benutzer eingegebener Probenname Sie k nnen die f r die Probendateien zum Einsatz kommende Namenskonvention im Dialogfeld Preferences Benutzeroptionen ndern Einzelheiten enth lt Seite 2 7 WICHTIG F r den Probennamen sind lediglich Buchstaben Ziffern und die folgenden Satzzeichen zul ssig _ Keine Leerstellen oder Sonderzeichen verwenden WICHTIG Die Probendateinamen d rfen nicht mehr als 59 Zeichen umfassen Es gibt keine automatische berpr fung der Probennamen im Hinblick auf die ber
79. n f r die Proben ein b W hlen Sie Dye Set E Filterset E c W hlen Sie das entsprechende Laufmodul f r die Gr e des verwendeten Kapillaren Arrays 36 cm Spect36_POP6DefaultModule 50 cm Spect50_POP6DefaultModule d W hlen Sie die Spektrumparameter MtxStd Sequencing SetE par e Klicken Sie auf OK WICHTIG Vergewissern Sie sich dass die korrekte Spektrumparameter Datei f r die im Lauf zum Einsatz kommenden Farbstofftypen ausgew hlt wurden Bei Auswahl der falschen Parameterdatei schl gt die Spectral Kalibrierung fehl Hierdurch wird in der Datenbank ein Plate Record f r die angewandte Kalibrierung erstellt Nach einigen Sekunden erscheint der Eintrag f r den Plate Record in der Tabelle Pending Plate Records Anstehende Plate Records der Seite Plate Setup Platteneinrichtung Spatial und Spectral Kalibrierung 4 9 Verkn pfung der Zum Verkn pfen der Platte folgenderma en vorgehen Platte Schritt Ma nahme 1 W hlen Sie aus der Tabelle Pending Plate Records Anstehende Plate Records den soeben von Ihnen erstellten Plate Record 2 Klicken Sie auf diejenige grafische Plattendarstellung die der im Autosampler befindlichen Platte entspricht 3100 Data Collection Software x Fie View Instrument Tools Service Help Bele gt i ulm cle Plate View Run View Status View Array View Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application Wells St
80. nes Sequenzierungslaufs 2 21 Zum Verkn pfen einer Platte mit einem Plate Record folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 Vergewissern Sie sich dass die Platte verkn pft wurde Wenn die Platte verkn pft wurde geschieht Folgendes Die Schaltfl che Run Instrument Ger telauf in der Utensilienleiste ist aktiviert was bedeutet dass das Ger t f r den Lauf bereit ist Die Plattenpositionsanzeige f r die verkn pfte Platte wird gr n Der Plate Record aus der Tabelle Pending Plate Records Anstehende Plate Records wird in die Tabelle Linked Plate Records Verkn pfte Plate Records verschoben Aktivierte Schaltfl che Run Instrument Ger telauf 31 00 Data Collection Software Version 1 0 1 Gr ne Plattenposition sanzeige File View Instrument Toos Service Helk eal gt dole lel Plate View Run View Status View Array View Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application Wells Status 082030 GS 96 pending a 0824_crosstak GS 96 pending 0827 GS 96 pending A naa GS ar pending 08299m Gs 96 pending ial 50B038 34 spe Spectral 96 pending gt Linked Plate Records Flate Name Application Wells Status A my_slate_record SQ 96 pending B Processed Plata Records Plate Name Application Wells Status 081430 GS 96 processed a 0815 Gs 96 processed 081730 Gs 96 processed 081830 GS 96 processed 081930 GS 96 processed 08200m os 96 processed vor
81. nn durchzuf hren wenn Spatial Kalibrierung ein Kapillaren Array installiert oder ausgetauscht wurde das Kapillaren Array vor bergehend aus dem Detektionsblock entfernt wurde Durchf hren einer Zum Durchf hren einer Spatial Kalibrierung folgenderma en vorgehen Spatial Kalibrierung Schritt Ma nahme 1 W hlen Sie aus dem Men Tools Utensilien die Option Perform Spatial Calibration Abstand Kalibrierung durchf hren Es erscheint das folgende Dialogfeld t Perform Spatial Calibration Spatial calibration progress Click on the Start button to initiate spatial calibration T Fill capillaries stat 0 _ cance 2 Markieren Sie das Kontrollk stchen Fill capillaries Kapillaren f llen wenn die Kapillaren kein Polymer enthalten d h bei einem neuen Kapillaren Array oder das in den Kapillaren befindliche Polymer bereits in einem Lauf verwendet wurde Hinweis Die Kapillaren brauchen nicht bei jeder Spatial Kalibrierung gef llt zu werden 3 Klicken Sie auf Start Die Kalibrierung dauert etwa 2 Min wenn die Kapillaren nicht gef llt werden 8 5 Min wenn die Kapillaren gef llt werden 42 Spatial und Spectral Kalibrierung Zum Durchf hren einer Spatial Kalibrierung folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 4 Bei folgenderma en vorgehen erfolgreicher Es erscheint das folgende Dialogfeld Kalibrierung I Perform Spatial Cal
82. omschl gen und damit zu K rperverletzungen oder Lebensgefahr kommen Zur Vermeidung von Stromschl gen mindestens eine Minute vor den Arbeiten am Ger t die Stromversorgung ausschalten und das Netzkabel ziehen STROMSCHLAGGEFAHR Um die Gefahr von Stromschl gen zu reduzieren keine Abdeckungen entfernen zu deren Demontage Werkzeuge erforderlich sind Im Ger teinneren befinden sich keine vom Benutzer zu wartenden Komponenten Reparaturarbeiten qualifiziertem Personal von Applied Biosystems berlassen Laser Warnhinweis PNIZGNIN VERBRENNUNGSGEFAHR DURCH DEN LASER Uberhitzte Laser k nnen bei Hautkontakt schwere Verbrennungen verursachen Den Laser NICHT betreiben wenn eine K hlung durch den Laser K hlventilator nicht m glich ist Stets Laser Schutzbrille tragen Einf hrung 1 13 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs berblick In diesem Kapitel Dieses Kapitel befasst sich mit folgenden Themen Siehe Thema Seite Vor Beginn 2 2 Starten der 3100 Data Collection Software 2 3 Einrichtung der Software Benutzeroptionen 2 5 Arbeiten mit Platteneinheiten 2 8 berpr fen und Auff llen von L sungen 2 10 Platzierung der Platte auf dem Autosampler 2 14 Erstellung eines Plate Records 2 15 Verkn pfung von Platten 2 21 Starten und berwachen des Laufs 2 24 Stoppen eines Laufs und Wiederherstellung der Daten 2 25 Anzeigen Bearbeiten oder Erstellen von Laufmodulen 2 26 Anzeigen und Bearbeitung
83. pr fen Bei Lecks oder Versch ttungen die vom Hersteller im entsprechenden Sicherheitsdatenblatt empfohlenen Reinigungsma nahmen durchf hren Bez glich der Lagerung Handhabung und Entsorgung von Chemikalien sind s mtliche lokalen landesweiten regionalen bzw nationalen Gesetze und Auflagen einzuhalten WMG Uhre GEF HRLICHE CHEMIKALIENABFALLE Die Abfallprodukte der Ger te von Applied Biosystems sind potentielle Gefahrstoffe und k nnen zu Verletzungen Erkrankungen oder zum Tod f hren Vor der Lagerung Handhabung oder Entsorgung von Chemikalienabf llen sind die vom Chemikalienhersteller bereitgestellten Sicherheitsdatenbl tter einzusehen und zu verinnerlichen Chemikalienabfalle unter einer Abzugshaube handhaben Den Kontakt mit Chemikalienabfallen bzw deren Einatmung m glichst gering halten Bei der Handhabung von Chemikalien entsprechende Personenschutzausr stung tragen wie z B Schutzbrille Handschuhe oder Schutzbekleidung Den Abfallbeh lter nach dem Leeren mit der bereitgestellten Kappe verschlie en Den Inhalt der Abfallschale gem den Regeln der Guten Laborpraxis GLP sowie der lokalen landesweiten regionalen bzw nationalen Umweltschutz bzw Gesundheitschutzsauflagen entsorgen Leitfaden f r Ein Leitfaden f r Standortvorbereitung und Sicherheit wird allen Kunden die ein Ger t Standortvorberei von Applied Biosystems erworben haben als separate Unterlage zugesandt tung und Sicherheit Bez
84. schreitung dieses Limits Probendateien mit langen Namen k nnen von der Analyse Software nicht ge ffnet werden 2 16 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Zum Eingeben von Probendaten und Speichern des Plate Records folgendermaBen vorgehen Fortsetzung Schritt MaBnahme 2 W hlen Sie f r jede Probe den entsprechenden Dye Set Filterset aus der Dropdown Liste W hlen Sie f r die ABl PRISM DNA SequenzAnalyse Software den Filterset E lt no selection WICHTIG Es ist wichtig dass der korrekte Filterset f r den Lauf gew hlt wird Werden die Daten mit dem falschen Filterset erfa t muss der Lauf wiederholt werden 3 W hlen Sie f r jede Probe das entsprechende Mobility File Mobilit tsdatei aus der Dropdown Liste Moklitty File 70 selection DP31 00PO 6 BD 21M1 371 mob DP31 00PO 6 BD M 3Rev Ww1 mob DT31007 O 6 BD vz mob DT3100PO 6 dRhod w1 mob Hinweis Eventuell muss die Spaltengr e ver ndert werden um den gesamten Dateinamen sichtbar zu machen Dazu den Cursor zwischen den Spaltentiteln platzieren wo er zum Doppelpfeil wird und nach rechts ziehen Mobility File Comment Die folgende Tabelle gibt an welche Mobilit tsdatei zu w hlen ist und zwar in Abh ngigkeit von der angewandten Sequenziermethode DNA Sequenziermethode Mobilit tsdatei ABI PRism BigDye Primer Methode DP3100POP6 BD 21M13 v1 mob mit dem Primer 21m13 Big
85. seitigung von Luftblasen 5 4 Reinigung 5 10 Probendateien Anzeigen 3 6 Anzeigen in der Sequenzanalyse Software 3 10 Drucken 3 10 Maximall nge f r 2 16 Probenfensterdarstellungen Sequenzanalyse Erl uterung 3 9 Probenvorbereitung Methodenleitfaden f r die Sequenzierung 1 2 2 14 Puffer Herstellung f r einen Einzellauf 2 11 R Register Plate View Platten Anzeige 2 15 2 21 Reservoirs Bef llen 2 10 2 13 Positionen auf dem Autosampler 2 12 Rohdaten Farbe Anzeigen in der Data Collection Software 3 2 3 3 S Schaltfl che Pause Unterbrechen 2 25 Schaltfl che Skip to Next Run Auslassen weiter mit n chstem Lauf 2 25 Schaltfl che Stop Stoppen 2 25 Seite Array View Array Anzeige 3 3 Dialogfeld Select the run to display Anzuzeigenden Lauf w hlen 3 2 Sequenzanalyse Software Anzeigen von Daten 3 5 Bedienungsanleitung 1 2 Erl uterung der Probenfensterdarstellungen 3 9 Verzeichnispfad f r SeqA exe 2 28 3 6 Sicherheit Anleitung Sicherheits handbuch 1 2 Software Benutzeroptionen 2 5 Spatial Kalibrierung Anleitung 4 2 4 5 1 8 1 13 Index 2 Spectral Kalibrierung Anleitung 4 6 4 13 Spritzen Handhabung 5 7 Stromschlag Warnhinweise 1 13 T Technische Unterst tzung 1 3 1 7 E Mail Adresse 1 3 Internet Adresse 1 6 Regionale Verkaufsvertretungen 1 5 1 6 Rufnummer Faxnummer Nordamerika 1 3 Telefon Fax au erhalb Nordamerikas 1 5 V Verkn pfung von Platten 2 21 W Wart
86. st Y GR1854 WICHTIG Sicherstellen dass die Platteneinheit flach in den Autosampler passt Ansonsten k nnten die Kapillarenspitzen die Platteneinheit aus dem Autosampler heben Bei korrekter Platzierung der Platte wechselt die Plattenpositionsanzeige der Seite Plate View Platten Anzeige von grau zu gelb Vergewissern Sie sich dass dies der Fall ist E Plattenplatzierung in Position A A _ rm Place a plate into plate position B SSE Hea eS He ee ja SRM Keine Platte in Position B all al T l ji Schlie en Sie die Ger tet ren Hinweis Das Schlie en der T ren versetzt den Autosampler in die Position zur ck in der er sich vor dem Offnen der T ren befand 2 14 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Erstellung eines Plate Records Zum Plate Record Einsatz der Funktion Plate Editor Plattenbearbeitung zum Erstellen eines Plate Records Eingabe der Plate Record information Bei den Plate Records handelt es sich um Datentabellen in der Geratedatenbank in denen Angaben zu den Platten sowie zu den in diesen enthaltenen Proben gespeichert werden Hinweis Ein Plate Record entspricht weitgehend den Probenseiten oder Injektionslisten die Ihnen evtl von anderen ABI PRiSM Geraten gel ufig sind Die beiden folgenden Verfahren dienen zum Erstellen eines Plate Records mit Hilfe der Funktion Plate Editor Plattenbearbeitung
87. tan haben und klicken Sie anschlie end auf Ask Us RIGHT NOW Fragen Sie uns JETZT SOFORT Einer unserer technischen Experten wird Ihre Frage innerhalb von 24 bis 48 Stunden per E Mail beantworten 1 6 Einf hrung Anfordern von Per Fax E Mail oder Website Download sind rund um die Uhr und kostenlos Unterlagen technische Unterlagen von Applied Biosystems erh ltlich darunter auch Sicherheitsdatenbl tter Zum Anfordern von Unterlagen folgenderma en vorgehen nach Indexnummer a Besuchen Sie die Website der technischen Unterst tzung von Applied Biosystems unter http www appliedbiosystems com techsupp b Klicken Sie auf das Link Index f r den gew nschten Unterlagentyp suchen Sie anschlie end die gew nschte Unterlage heraus und notieren Sie sich deren Indexnummer c Verwenden Sie diese Indexnummer zum Anfordern von Unterlagen auf eine der im Folgenden beschriebenen Weisen Telefonisch mit Fax Zustellung a Durchwahl innerhalb der USA oder Kanadas 1 800 487 6809 bzw Durchwahl au erhalb der USA oder Kanadas 1 858 712 0317 b Befolgen Sie die gesprochenen Anweisungen f r die Anforderung der gew nschten Unterlagen Hinweis Pro Anfrage k nnen f nf Unterlagen bezogen werden Per Internet mit Fax oder E Mail Zustellung a Besuchen Sie die Website der technischen Unterst tzung von Applied Biosystems unter http www appliedbiosystems com techsupp b Klicken S
88. ten verwenden Die Reservoirs f r Wasser und 1X 3100 Laufpuffer am T glich bzw vor Seite 2 10 Ger t auff llen jedem Lauf Im Hinblick auf Blasen im Polymerblock und den T glich bzw vor Seite 5 4 Polymerblockg ngen berpr fen und diese ggf jedem Lauf beseitigen Das Kopfteil am Ladeende berpr fen um T glich bzw vor sicherzustellen dass die Kapillarenspitzen nicht jedem Lauf gequetscht oder besch digt sind Den F llstand des Polymers in der T glich bzw vor Polymer Reservespritze berpr fen um sicherzustellen jedem Lauf dass mindestens 1 mL vorliegt Den Polymerblock im Hinblick auf dessen festen Sitz am T glich Ger t berpr fen Die Ger teoberfl chen reinigen T glich berpr fen ob um den Polymerblock herum T glich getrocknetes Polymer vorliegt und dieses ggf entfernen Das Umfeld der Spritzen und Schraubenmutter im T glich Hinblick auf Lecks inspizieren Die verf gbare Speicherkapazit t der Festplatte T glich Seite 5 5 feststellen Plate Records aus der Ger tedatenbank l schen und Probendateien archivieren W chentliche Mindestens einmal pro Woche durchzuf hren Ma nahmen Bedarfsgem e Bei Bedarf durchzuf hren Ma nahmen Wartungsma nahme H ufigkeit Siehe Spritzen reinigen W chentlich Seite 5 7 bzw bei Bedarf Wasser und Pufferreservoirs mit warmem Wasser W chentlich reinige
89. tern folgenderma en vorgehen per Internet a Besuchen Sie unsere Website unter www appliedbiosystems com techsupport b Klicken Sie auf MSDSs Sicherheitsdatenbl tter Bei Vorliegen folgendermaBen vorgehen MSDS oder der Indexnummer f r die Demand der Dokumentnummer des Sicherheitsdatenblatts Funktion Anfordern von Unterlagen Documents on Geben Sie eine dieser Nummern in das entsprechende Feld dieser Seite ein der Bestell Nr des Produkts W hlen Sie Click Here Schl sselwort e Hier anklicken und geben Sie dann die Bestell Nr bzw das die Schl sselwort e in das entsprechende Feld dieser Seite ein c Sie k nnen mit Hilfe von Adobe Acrobat Reader eine PDF Datei der Unterlage ffnen und herunterladen indem Sie diese ausw hlen oder Sie k nnen sich die Unterlage per Fax oder E Mail zustellen lassen per automatischem Telefondienst Gem Anfordern von Unterlagen unter Technische Unterst tzung telefonisch innerhalb der USA W hlen Sie 1 800 327 3002 und dr cken Sie anschlie end 1 telefonisch von Kanada aus F r Bestellungsauf gabe auf 1 800 668 6913 w hlen und Englisch 1 dr cken und anschlie end 2 und anschlie end nochmals 1 Franz sisch 2 dr cken und anschlie end 2 und anschlie end 1 Telefonisch von einem anderen Land aus Siehe die betr
90. tuell gespeicherten Kalibrierungsprofils eines Filtersets folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 W hlen Sie Filterset E und klicken Sie auf OK Damit wird das Feld Matrices for dye set E Matrizen f r Filterset E aufgerufen fl Matrices for dye set E x Capillary Number 1 4 gt Condition Number 3 34 Q Value 0 97 Data Source 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 Intensity vs Bin Number 3000 4000 5000 Intensity vs Scan Number ox ra Sehen Sie mit Hilfe der Pfeiltasten oder der Schiebeleiste die Daten jeder Kapillare ein Bei einer qualitativ zufrieden stellenden Kalibrierung sollte die Kalibrierung jeder einzelnen Kapillare Folgendes aufweisen einen Q Wert von mehr als 0 95 eine Konditionsnummer von 3 5 Klicken Sie zum Schlie en des Felds auf Cancel Abbruch Hinweis Die Software bergeht Kapillaren mit nicht bestandener Kalibrierung automatisch Falls Ihnen jedoch ein bestimmtes Profil nicht zusagt k nnen Sie dieses durch ein Profil Ihrer Wahl ersetzen Weitere Informationen enth lt die Bedienungsanleitung f r den ABI PRisM Gen Analysator 3100 Spatial und Spectral Kalibrierung 4 13 Ger tewartung berblick In diesem Kapitel Dieses Kapitel enth lt Angaben zu Wartungsma nahmen f r Ihren ABI PRism Gen Analysator 3100 Siehe Thema Seite Wartungspl ne 5 2 Beseit
91. u Forschungs und Entwicklungszwecken einsetzen Zum Austauschen eines Kapillaren Arrays bzw Installieren eines Kapillaren Arrays an einem Ger t folgenderma en vorgehen Schritt Ma nahme 1 Schlie en Sie die Heizungs und Ger tet ren und dr cken Sie anschlie end die Taste Tray Tablett 2 W hlen Sie aus dem Men Tools Utensilien die Option Install Capillary Array Wizard Kapillaren Array Installations Assistent 3100 Data Collection Software Version 1 0 1 File View Instrument GOES Service Help Plate Editor Madule Editor Change Poymer Wizard Plate View Run View Install Capllary Array Vizard Astosampler Calibration Wizard Perform Spatial Calikration Display Spatial Calibration Display Spectral Calbration Pending Plate Recor Rate Name Damit wird der Wizard Assistent aufgerufen Install Replace Capillary A ray Wizard 1 Toinstall an array delermine what to do with the currently installed array C Removethe array for storege C Remove and discard the array Install nnly Thereis nn array nn the instrumert Cancel Prey Wea Ranier Ger tewartung 5 13 Pufferwechsel Zum Austauschen eines Kapillaren Arrays bzw Installieren eines Kapillaren Arrays an einem Ger t folgenderma en vorgehen Fortsetzung Schritt Ma nahme 3 Befolgen Sie zum Auswechseln bzw Installieren eines Arrays die Anweisungen
92. uch sauber das mit Wasser angefeuchtet wurde 5 Schlie en Sie die Ger tet ren 6 Schalten Sie den Computer aus und anschlie end das Ger t 7 Waschen Sie die Spritzen Polymerbl cke und Reservoirs mit warmem Wasser Sp len Sie mit deionisiertem Wasser Ger tewartung 5 15 Index 1X Laufpuffer Herstellung f r einen Einzellauf 2 11 A Abfallsicherheit 1 8 Abw rts F ll Befehl Analysemodul Anzeigen und Bearbeitung 2 28 Wahl 2 19 Analysieren von Daten Siehe Datenanalyse Anfordern von Unterlagen Documents on Demand Anleitungen 3100 Satz 1 2 Anzeigen von Probendateien in der Sequenzanalyse Software 3 6 3 10 Rohdaten Farbe in der Data Collection Software 3 2 3 3 automatische Extraktion Fehlschlagen 2 25 Autosampler Platzierung von Platten 2 14 Reservoirpositionen 2 12 2 18 1 7 B Befehl Display Run Data Laufdaten anzeigen Bef llung 2 11 Benutzeroptionen 2 5 Bestellnummern Anleitungen 1 2 Komponenten und Verbrauchsmaterialien Siehe Bedienungsanleitung 3 2 BioLIMS Projektfeld im Plate Record 2 18 C Chemische Sicherheit 1 8 Computer berpr fen der verf gbaren Datenbankkapazit t 5 6 berpr fen des verf gbaren Festplattenspeichers 5 5 D Data Collection Software Starten 2 3 Daten Analysieren bzw Re Analysieren 3 11 Anzeigen analysiert 3 5 Anzeigen roh 3 2 Extraktion 2 25 Datenanalyse Sequenzanalyse Software 3 11 3 13 Datenbankkapazit t verf gbar berpr fen
93. ule Editor Modulbearbeitung aufgerufen 2 Klicken Sie in der Gruppe Modules Module auf das Register Sequencing Sequenzierung 3 Wenn Sie die Parameter eines bestimmten Moduls einsehen m chten w hlen Sie den Namen des betreffenden Moduls aus der Liste Daraufhin werden s mtliche Parameter des Laufmoduls angezeigt ZA Module Editor x Modules Module Parameters Sequencing GeneScan Calibration Name SidSeq50_POP6DetauttModule Template StdSec50_POP amp RapidSeq36_POP6DefautModule PBDeteultModule Paramater Name Value Range 1 Dowr sample frame size 4 rt 1 8 frames a 2 Run Temperature 50 nt 25 65 Deg C 3 Cap Fill Volume 184 nt 1 250 steps 4 Pre Run Yullage 12 2 Wual 0 15 kYulls 5 Pre Run Time 180 nt 1 1000 sec 6 Injection Voltag gt 15 lost 1 15 kVolts 7 Injection Time 20 nt 1 600 sec 8 Run voltage 122 oat 12 2 12 2 kYolts 9 Data Delay Time 1200 Mt 1 3600 sec 10 Run Time 6500 nt 300 14000 sec X Comments E Ben Sa NOTE Click on the rows to see comnents for he parameters Double clic lt in the value column to edit values Export Import Delete E 2 26 Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Bearbeiten oder Zum Bearbeiten eines bereits vorliegenden Laufmoduls bzw Erstellen eines neuen Erstellen eines Laufmoduls folgenderma en vorgehen Laufmoduls Schritt Ma nahme 1 Klicken Sie
94. ung Anleitung 5 2 5 15 Wasser und Kathodenpufferreservoirs Bef llen 2 10 2 13 WWW Adresse Anfordern von Unterlagen Documents on Demand 1 7 Applied Biosystems 1 6 Hauptsitz 850 Lincoln Centre Drive Foster City CA 94404 USA Tel 1 650 638 5800 Geb hrenfrei in USA 1 800 345 5224 Fax 1 650 638 5884 Weltweite Verkaufsb ros Das ausgedehnte Vertriebs und Service Netzwerk von Applied Biosystems mit seinem hoch qualifizierten Unterst tzungs und Anwendungspersonal erstreckt sich ber 150 L nder auf sechs Kontinenten Die Adressen der internationalen Vertretungen erfahren Sie von Ihrer rtlichen Vertretung bzw auf unserer Website www appliedbiosystems com www appliedbiosystems com AR Applied HITACHI Applera Corporation ist bestrebt den in der Bioforschung t tigen Wissenschaftlern erstklassige Technologie und Informationen zu bieten Applera Corporation umfasst die Unternehmen Applied Biosystems und Celera Genomics Printed in USA 02 2001 an Applera business
95. us w hrend des Laufs zu berwachen 3100 Data Collection Software x File View Instrument Tools Service Help Sem 2 gt Plate View Run View Status View Array View Capillary View Instrument Condition Events Time Remaining this run 00 42 06 Wed Apr 12 16 58 24 PDT 2000 a E Laser On Set run status to STARTING Run Time 00 44 24 Wed Apr 12 16 58 24 PDT 2000 me off EP Voltage EP Current Started a Gene Scan Run Run_demo_3100_2000 04 12_46 i 200 kV 8000 pA Wed Apr 1216 58 23 PDT 2000 E Sending run module to the instrument E oven On E600 0 Wed Apr 12 16 37 15 PDT 2000 E iR dis connect data communication port I ETUUN Wed Apr 12 17 02 00 PDT 2000 MM FrontDoors Closed Som RUN PARAMETERS command reply E Wed Apr 12 17 02 03 PDT 2000 Oven Door Closed Foo BEGIN command reply on Wed Apr 12 17 02 36 PDT 2000 Laser Power Laser Current OVEN TEMPERATURE TOLERANCE 3 0 Oven temperature ti W Autosampler Return 120 A 9 0 E 6 0 Capillary Array Serial Number foo seme Oven Temp 4 gt Born Errors 556 Wed Apr 12 16 58 29 PDT 2000 Capillary Array Usage 49 Instrument offline J Waiting for Oven to Stabilize at Run Temperature W hrend des Laufs k nnen Sie die Daten in den Seiten Array View Array Anzeige und Capillary View Kapillaren Anzeige einsehen WICHTIG Die Fenster Array View Array Anzeige und Capillary View Kapillaren Anzeige m ssen nach dem
96. von Laufmodulen 0 00005 2 26 Anzeigen und Bearbeitung eines Analysemoduls 0 00 02 e eee eee eee 2 28 3 Anzeigen und Analysieren von Daten BEIDE eK a den panes tite into te he IEE NAMEN EARL Uae EAR Me ER Oa nC 3 1 Anzeigen von Rohdaten eines abgeschlossenen Laufs in der Data Collection Software 3 2 Anzeigen von analysierten Daten 2 222202 eeeeeeeeneneenenen een een enenn 3 5 Analysieren bzw Re Analysieren von Daten 0 0 0 0 eee eee eee 3 11 4 Spatial und Spectral Kalibrierung berblick ea hy case od Be veteran eeu dente Ay ea GOE Peds athe Goma naa 4 1 Durchf hren einer Spatial Abstand Kalibrierung 0 0 00 0 0 0 e eee ee eee 4 2 SpectralDurchf hrung einer Spectral Spektrum Kalibrierung 04 4 6 5 Ger tewartung berblicke een Bee ee RK ERSTER DE 5 1 Wartungspl ne 22 22 ne Re 5 2 Beseitigung von Luftblasen aus dem oberen Polymerblock 22222020 5 4 berpr fen der verf gbaren Speicherkapazitit 0 0 0 00 ccc ccc cece ence nena 5 5 Reinigung und Inspektion der Spritzen 2 2 2 eee 5 7 Ausbau der Polymerbl cke c s 0 0 ee ccc ence eee eens 5 9 Reinigung der Polymerbl cke 2 0 ranra ao a pee e iaai eee nee 5 10 Laden von frischem Polymer in das Ger t 0 0 00 5 11 Vor der Installation eines zuvor verwendeten Kapillaren Arrays 5 12 Installation und Ausbau des K

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