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Mikrobiologie Benutzerhandbuch

1. 3 2 3 6 Eine Farbklasse l schen Einzelne Farbklassen l schen Sie indem Sie mit der rechten Maustaste auf die zu l schende Farbklasse klicken und im daraufhin erscheinenden Pop up Men auf Farbklasse l schen klicken ACHTUNG Alle in der Farbklasse enthaltenen Farbwerte werden damit ebenfalls gel scht Alle Pixel im Originalbild mit diesen Farbwerten gehen aber nicht verloren sondern werden den n chstbenachbarten Farbwerten zu geschlagen 3 2 Software Konfiguration 3 2 3 7 Ein Farbschema testen Um das momentane Farbschema zu testen klicken Sie auf das Feld Analysieren im Farbdialog Im oberen Teil des Hauptfensters erscheint dann das farbklassifizierte Bild in dem jeder Bildpunkt der im Original erkannten Kollonien einer Farbklasse zugeordnet und durch deren Signalfarbe eingef rbt ist Dieser Test bezieht sich jedoch nur auf das aktuelle Bild Die statistischen Daten eines Einzelbildes bzw die Farb klassifizierung einer Messreihe wird erst nach der Aktivierung siehe Abschnitt und einer kompletten Reanalyse ge ndert 3 2 3 8 Das Farbschema speichern Au erdem k nnen Sie das nun fertig erstellte Farbschema f r sp tere Wiederver wendung abspeichern indem Sie mit der linken Maustaste auf Speichern klicken Daraufhin erscheint die Standard Windows Dateiauswahlbox Datei speichern unter Datei speichern unter Speichern in E Farbklassen ES E 400 ml 200 mi e cls E Diesel cla
2. 0 4 35 3 17 Bildverarbeitung konfigurieren 22 2 CC aa a aa 35 3 18 Bildverarbeitungsparameter 222 2 a a a nn 36 3 19 Datei ffnen e 37 3 20 Bildverarbeitung konfigurieren aa 38 3 21 Farbschema aus Datei ausw hlen e 39 ara osas as 40 A 41 errar aaa 41 eur naaa ee 42 ironia aaa 43 A 44 aca ed 45 E E 45 4 1 Symbol Originalbild aa a Emm 47 L2 Symbol Kantenbild 22220 47 4 3 Symbol farbklassifiziertes Bild 48 4 4 Symbol Statistik 64 44 64 54 ese 0 we an ey eh eS ew A 48 4 5 Symbol aufgenommene Bilder a aa a a a a 49 4 6 Symbol analysierte Bilder 2 2 2 CC a 20 2008 49 4 7 Symbol farbklassifizierte Bilder 2 22 2222 2 m nn nenn 49 4 8 Symbol begutachtetes Bild 2 2 2 2 49 4 9 Gesamt Daten Messreihel e 50 rana aan Ea 52 aa aaa ee es 53 rana odo ea 53 a en a Ea 54 5 5 Neue Einzelmessung 54 DREES 54 Peet ee Geen eae hee oa eee ee es eee ee He 55 Arras 55 5 9 Fenster Manuelle Nachbearbeitung 56 Gad Aue aa noon ande 57 N 57 Ra eee 58 across nd 58 eee ee eee eee 58 A 58 5 16 Kommentar zum aktuellen Replikat 2 222 222 2 nn nn 59 5 17 Scanalyzer Hauptfenster Ansicht Statistik 60 pee eee eae eee E eee 61 EE A AAA 61 5 20 Neue Einzelmessung ooa aa 62 A 62 5 22 Konfigurationsassistent starten 63 5 23 Hardwarekonfiguratiod e 63 5 24 Kalibrationsf
3. Dateiname Dateityp LemnaTec Dokumenti mdf sl Abbrechen Abbildung 6 6 Testgut Datei laden Haben Sie einen Namen gew hlt der bereits vorkommt erhalten Sie folgende Warnung Date berschreiben Die Datei existiert bereits Soll ae berschrieben werden Nein Abbildung 6 7 Datei existiert bereits Dar ber hinaus geben Sie in dieser Dialogbox s mtliche Daten die sich auf die Probe Ihres Screenings beziehen in die entsprechenden Felder ein Auch hier besteht die M glichkeit einzelne Felder leer zu lassen Sollten Sie in der vorherigen Dialogbox ein Testdesign in Form einer Datei geladen haben so stehen in den einzelnen Feldern nat rlich Daten die Sie l schen und ersetzen k nnen indem Sie die Felder mit der linken Maustaste anklicken dann den alten Text mit der Entf Taste l schen und den neuen Text eingeben k nnen Sie k nnen sich in dieser Dialogbox entscheiden ob es sich bei Ihrer Probe um eine Umweltprobe oder einen zu testenden Stoff handelt indem Sie das entsprechende Feld markieren Abh ngig von dieser Entscheidung k nnen Sie dann die Daten der Probe eingeben die sich nur speziell auf eine Umweltprobe bzw einen Stoff beziehen Durch Klicken mit der linken Maustaste auf lt lt Zur ck gelangen Sie in die vorherige Dialogbox Neues Screening Auftrag siehe oben und durch Klicken auf Abbrechen brechen Sie den ganzen Vorgang ab 14 Scre
4. OK wenn Sie neuen Einstellungen beibehalten wollen oder auf Abbruch um diese zu verwerfen Nach Beenden des Farbdialoges erscheint wieder der Bildverarbeitungsdialog aus dem Sie den Farbdialog aufgerufen haben 3 3 Aktivieren des ausgew hlten Farbschemas Um das zuvor ausgew hlte und evtl bearbeitete Farbschema zu aktivieren klicken Sie in der unteren H lfte des Bildverarbeitungsdialoges auf Ubernehmen Es erscheint ein Dialog in dem Sie einige Bemerkungen zu diesem Farbschema eingeben k nnen siehe Abbildung 3 4 Einrichten der GroBenklassen Farbschemaanderung Das soeben ausgew hlte Farbechema wird in den nachfolgenden Farbanalpsen verwendet Hier konnen sie einige Bemerkungen zu diesem Farbechema eingeben demo Abbrechen Abbildung 3 28 Bemerkungen zum Farbschema Dieses Feld kann z B als nderungsprotokoll f r Arbeiten unter der Guten Labor praxis GLP verwendet werden Das Mikrobio Programm speichert das Farbschema bis zur n chsten nderung und verwendet ihn nun f r alle folgenden Analysen Die Einstellungen bleiben auch ber die Beendigung des Programmes oder eines Herun terfahren des Betriebssystems erhalten 3 4 Einrichten der Gr enklassen Das Analyseergebnis zeigt Ihnen u a eine Gr enverteilung der gefundenen Kollonien Sollten die angezeigten Gr enklassen ihre Versuchsergebnisse nicht gut wiedergeben k nnen Sie die Gr enklassen auch ver ndern Gehen
5. e 1 7 Mikrobio Hauptfenster 22 2 Co oo En 9 1 8 Windows NT Ausschalten 10 aa 10 ENS EH 2 1 Mikrobio Desktop Symbol 0 000008 o 13 ee we eae ee ee ee 13 2 3 Fehlermeldung Anmeldung 14 2 4 Mikrobio Hauptfenster 2 22 2 oo on nn 14 2 5 Scanalyzer Administration 2 2 CE Eon nen 15 ana fue ee ke eed 16 ARR EAE ESET NOP Re ede ee a oe 17 IAE 18 ES EE SEENEEEEEEEEEE 19 2 10 Fehlermeldung Kennwortbest tigung aoa a a a a a a 19 ep BH a fo GG HSN 20 PARR Eee eee ee aoe eee ee ee eae eee 21 2 13 Scanalyzer Administration Kennwort 2 2 2 22 222 22 Er AAA 22 2 15 Fehlermeldung Kennwortbest tigung aoa a a a a a 23 2 16 Scanalyzer Administration Beleuchtung 24 2 17 Beleuchtungssteuerung 222 a a 24 3 1 Scanalyzer Desktop Symboll o o aaa 26 3 2 Mikrobio Anmeldung 26 3 3 Fehlermeldung Anmeldung 0 0 050000 27 3 4 Mikrobio Hauptfenster 2 22 CL oo nn 28 3 5 kamerabhalterungen nn 29 A AE 29 ora sa sosa 30 3 8 Men Auto ris ee 30 39 o ARRE 31 TR E 32 peg een eee ee ages 32 3 12 Pfeile zur Ver nderung des Mittelpunktes 2 33 106 ABBILDUNGSVERZEICHNIS 3 13 Pfeile zur vertikalen Ver nderung Beugungsrand 33 3 14 Pfeile zur horizontalen Ver nderung Beugungsrand 33 ee E EE ee ee eee 34 3 16 Einstellungen Bildverarbeitungl
6. entnehmen Sie bitte Anhang A Wenn die gew nschte bmp Datei geladen wurde erscheint das Bild im Haupt fenster des Scanalyzers die folgende Dialogbox Hardware Konfiguration siehe Ab bildung Hardware Ronfiguration C Konfigurationsassistent bbrechen Abbildung 5 22 Konfigurationsassistent starten Hier miissen Sie sich entscheiden ob Sie die fiir die Analyse zugrunde liegende Hardware Konfiguration aus einer hwc Datei entnehmen oder iiber den Konfigura tionsassistenten eingeben F r den Fall dass Sie eine Hardwarekonfiguration aus einer hwc laden wollen markieren Sie aus Datei und klicken dann auf OK In der daraufhin erscheinen den Standard Windows Datei Auswahlbox geben Sie den Pfad und den Namen der gew nschten hwc Datei an und klicken auf OK siehe Anhang A Falls Sie sich f r den Konfigurationsassistenten entschieden haben so wird dieser gestartet siehe Abbildung Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge Dans 4 axeal 61 lt lt 4 Hardwarekonfigurat ion Kalibrationsfaktor 0 02600 mm Pixel Bi Bereit DEZ Abbildung 5 23 Hardwarekonfiguration Hier k nnen Sie wie in Kapitel 3 1 beschrieben die Gef position und die Kali bration eingeben Da eine automatische Kalibration und eine Abspeicherung bei der 65 66 Einzelmessung Analyse einer Bild Datei keinen Sinn macht k nnen Sie in diesem Fall nur einen
7. 1 Aufnahmeeinheit Markierte Schalter fiir Kamera und Durchlicht 2 Bildschirm 3 Computer Daraufhin startet der Computer das bereits installierte Betriebssystem Micro soft Windows NT 4 0 Aufgrund der extrem gro en Festplattenkapazit t dauert der Bootvorgang etwas l nger ca 3 Minuten Nach dem Bootvorgang erscheint die Auf forderung sich durch gleichzeitiges Herunterdr cken der Strg Alt und Entf Taste an das System anzumelden siehe Abbildung Anmeldung beginnen ff Drucken Sie Strg 4lt E nth um sich anzumelden EE Abbildung 1 2 Anmeldung Windows NT Wenn Sie dieser Aufforderung nachkommen erscheint die Windows NT 4 0 An meldeinformationsbox siehe Abbildung Anmeldeinformationen Geben Sie einen Benutzernamen und ein Kennwort ein die f r dieses Systern giltig sind Benutzername karl Kennwort zeen Dom ne Scanalyzer 7 Abbrechen Hilfe Herunterfahren Abbildung 1 3 Anmeldeinformation Windows NT In dieser Box melden Sie sich unter dem NT Benutzernamen und dem NT Kennwort an die Ihnen in dem gesondert mitgelieferten Briefumschlag NT Kenn wort genannt werden Die Dom ne ist Scanalyzer Klicken Sie dazu mit der linken Maustaste auf die jeweiligen Felder und geben Sie die entsprechenden Namen ber die Tastatur ein Gro und Kleinschreibung beachten Aus Sicherheitsgr nden erscheint das Kennwort nur als pro eingetipptem Buchstaben Diese Anmeldung an
8. 68 Einzelmessung So drucken Sie immer die Daten aus die gerade im Speicher das Programms ak tiv sind entweder eine Einzelmessung bei der Einzelbild analysiertes Kantenbild und Zahlenwerte der Messung auf einem Kolonie gedruckt werden oder aber die Zah lenwerte einer Messreihe Bei einem Screening siehe Kapitel 7 werden ebenfalls die aktuellen Messwerte ausgedruckt Wenn Sie sich nun anhand der Einzelmessung mit der prinzipiellen Funktionswei se des LemnaTec Scanalyzers vertraut gemacht haben k nnen Sie nun im n chsten Kapitel dazu bergehen komplette Screenings zu erstellen Hier entfaltet sich das gesamte Potential des LemnaTec Scanalyzers indem es Ihnen von Anfang an von der Konzeption der Messreihe bis hin zur GLP und OECD DIN ISO konformen statisti schen Auswertung der Ergebnisse sowie der Bestimmung der Endwerte hilfreich zur Seite steht Zeit und Nerven raubende Arbeiten wie Tabellen und Grafikerstellung und Hemmwertberechnung etc sind weitestgehend automatisiert und werden Ihnen zeitsparend vom LemnaTec Scanalyzer abgenommen wenn Sie das Zusatzpaket Bio Stat einsetzen Kapitel 6 Screening Screeningtests dienen vor allem der schnellen Erfassung von Wirkungen Mit dieser Methode k nnen Sie schnelle Einzelmessungen einer gro en Anzahl von Proben ohne Konzentrationsreihen vornehmen Im Unterschied zu einer Messreihe bei der Sie mit mehreren Messzeitpunkten aber nur mit einer Substanz oder L
9. Abbildung 2 1 Mikrobio Desktop Symbol Nun erscheint die LemnaTec Mikrobio Anmeldebox siehe Abbildung Anmelden Benutzername osora Kennwort E Abbrechen Abbildung 2 2 Anmeldung Mikrobio In dieser Anmeldebox geben Sie Administrator als Benutzernamen und Ihr 16 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer pers nliches LemnaTec Administrator Kennwort das in einem separaten Briefum schlag mitgeliefert wird nicht den NT Benutzernamen und das NT Kennwort in die entsprechenden Felder ein Gro und Kleinschreibung beachten und klicken dann mit der linken Maustaste auf Ob oder dr cken die Return Taste Aus Sicher heitsgr nden erscheint das Kennwort nur als pro eingetipptem Buchstaben Zum Abbrechen des Anmeldevorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Falls Sie ein falsches oder ung ltiges Kennwort eingegeben haben soll ten erscheint eine Fehlermeldung siehe Abbildung Fehler E4 ES Der Benutzername oder das Kennwort ist falsch Abbrechen Abbildung 2 3 Fehlermeldung Anmeldung Klicken Sie in diesem Fall mit der linken Maustaste auf Wiederholen oder dr cken Sie die Return Taste zur Best tigung der Fehlermeldung und versuchen Sie es in der daraufhin erneut erscheinenden Anmeldebox noch einmal Zum Abbruch des Anmeldevorgangs klicken Sie bitte mit der linken Maustaste auf Abbrechen Wenn Sie sich mit dem g ltigen LemnaTec Administrator Kennwor
10. Einstellung der Beleuchtung W hrend Punkt 1 eine rein mechanische Einstellung der Hardware ist sind die Punk te 2 bis 4 reine Einstellungen der Software Die Softwareeinstellungen 2 bis 4 werden f r jede Messung beibehalten selbst wenn der Rechner heruntergefahren wird und zwar solange bis sie wieder ge ndert werden da selbiges ja offensichtlich auch f r die damit verbundenen Hardwareeinstellungen unter Punkt 1 gilt Die Punkte 2 bis 3 sind allerdings Softwareeinstellungen die von der verwende ten Hardware abh ngen D h jedes Mal wenn sich an der Hardware etwas ndert z B eine andere Position der Kamera ein Objektivwechsel anderer Gef typ bzw eine andere Gef position vorliegt m ssen auch diese Softwareeinstellungen 1 bis 3 zwangsl ufig ge ndert werden Bei diesen Einstellungen hilft Ihnen der in den Kapi teln 3 1 2 bis 3 1 6 beschriebene Konfigurationsassistent Diese Einstellungen werden in einer hwc Dateien abgespeichert damit die Einstellungen f r Analysen von im portierten Bildern zur Verf gung stehen siehe Kapitel 5 7 Zur Konfiguration des LemnaTec Scanalyzers schalten Sie bitte falls nicht schon geschehen Aufnahmeeinheit Bildschirm und Computer ein wie in Kapitel 1 2 be schrieben und melden Sie sich unter dem NT Benutzernamen und Kennwort an das System an Starten Sie dann das LemnaTec Analyse Programm durch Doppelklicken mit der linken Maustaste auf das entsprechende Symbol auf dem Deskto
11. Messung existiert bereits siehe Abbildung Info Pei 8 Das Glas Ka wurde schon aufgenommen Dol es ersetzt werden Abbildung 6 18 Info Probe wurde bereits aufgenommen Wenn Sie hier mit der linken Maustaste auf Ja klicken dann wird die neue Messung unter dem bereits bestehenden Namen tibernommen Die alte Messung die unter diesem Namen abgespeichert war geht dabei natiirlich verloren Wenn Sie sich nicht sicher sind dann klicken Sie in dieser Box also besser mit der linken Maustaste auf Nein wodurch Sie wieder zur ck in die vorherige Dialogbox Bild bernehmen gelangen in der Sie dann berpr fen k nnen ob Sie tats chlich ein und dasselbe Testgef zweimal gemessen haben oder ob es sich nur um einen Tippfehler bei der Eingabe des Namens handelt Zum Abbruch des gesamten Vorgangs klicken Sie in der Dialogbox Bild aufneh men mit der linken Maustaste auf Abbrechen Falls noch nicht alle Messungen des Screenings aufgenommen wurden erscheint die folgende Warnung siehe Abbildung Warnung EN AN Das Replikat mit der Aufschrift E Oa wurde noch nicht aufgenommen Wiederholen Ignorieren Abbildung 6 19 Replikat noch nicht aufgenommen Wenn Sie hier erneut auf Abbrechen klicken dann wird die Aufnahme von Pro ben an diesem Messzeitpunkt beendet obwohl noch nicht alle Proben aufgenommen wurden Zur Aufnahme der fehlenden Messung klicken Sie auf Wiederholen und
12. bmp abgespeichert werden Dazu klicken Sie mit der linken Maustaste in der Meniileiste oben im LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster auf den Men punkt Datei und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Exportieren im herausklappenden Men klicken Sie dann auf Aktuelles Bild Daraufhin erscheint die Standard Windows Dateiauswahlbox Datei speichern unter siehe Abbildung 5 2 Einzelmessung starten 55 Datei speichern unter Speichern tr CH Bilder bd Ex D ateiname Dateityp Bitmap D ateien bmp bi Abbrechen Abbildung 5 2 Bilder in Datei speichern Hier geben Sie in dem Feld Dateiname den Namen der Datei an unter dem Sie das Bild speichern wollen Die Dateierweiterung bmp steht f r das Windows Bitmap Format und wird automatisch hinzugefiigt Als Standardverzeichnis ist der Pfad D Bilder vorgesehen Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Die allgemeinen Bedienungshinweise der Standard Windows Dateiauswahlbox ent nehmen Sie bitte Anhang A 5 2 Einzelmessung starten Um eine neue Einzelmessung zu starten klicken Sie mit der linken Maustaste in der Symbolleiste am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fensters auf das Symbol mit dem einzelnen Kolonie das fiir Einzelmessung steht siehe Abbildung gt OF mdf Mikrobio Date Bearbeiten Ans ch os Neue Einzelmessung Abbildu
13. gelangen ist Ihr pers nliches Lemna Tec Kennwort ge ndert ACHTUNG Wenn Sie sich als Administrator angemeldet haben ndern Sie mit diesem Schritt auch das Administrator Kennwort des Programms M chte der Administrator das Kennwort eines Benutzers der vielleicht sein pers nliches vergessen hat ndern erscheint eine etwas andere Dialogbox In die ser muss der Administrator den entsprechenden Benutzernamen angeben und dann nur das neue Kennwort zweimal tippen 2 6 ndern der Beleuchtungssteuerung Wenn Sie die Schnittstelle der Beleuchtungssteuerung ndern wollen klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fen sters auf den Men punkt Werkzeuge und dann im daraufhin herunterklappenden Drop Down Men auf den Men punkt Administration daraufhin erscheint die An meldebox in der Sie sich anmelden wie oben beschrieben Wenn Sie sich mit Ihrem g ltigen LemnaTec Kennwort angemeldet haben erscheint die Dialogbox Scanaly zerAdmin auf dem Monitor siehe Abbildung 25 26 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer En ScanalyzerAdmin Dewsch Abbildung 2 16 Scanalyzer Administration Beleuchtung Unter dem Men punkt Beleuchtungssteuerung k nnen Sie die zwei Schnittstel len f r die Beleuchtung COM1 und COM2 ndern siehe Abbildung Beleuchtungssteuerung Abbildung 2 17 Beleuchtungssteuerung Standardm ig wird die
14. sungsmittel arbei ten ist es beim Screening m glich beliebig viele Substanzen und L sungsmittel zu bearbeiten 6 1 Screeningassistent Um ein Screening zu erstellen starten Sie das System und melden sich an das System an wie Kapitel 1 2 beschrieben Dann klicken Sie mit der linken Maustaste in der oberen Men leiste des Lemna Tec Scanalyzer Hauptfensters auf Date Neu und w hlen Sie den Men punkt Screening siehe Abbildung gt Unbenannt Hikrobio MEGA Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge Heu d Einzelmessung Offrien Strg Screening Speichern Strg S Speichern unter E sportieren Abbildung 6 1 Neues Screening Oder klicken Sie mit der linken Maustaste auf das entsprechende Symbol in der Men leiste des Hauptfensters 6 1 1 Einrichten des Screenings Wenn Sie sich mit einem g ltigen Benutzernamen und Kennwort an das Programm angemeldet haben erscheint die Dialogbox Screening erstellen siehe Abbildung 70 Screening Neues Screening 1 x m Auftraggeber m Auftragnehmer Vorname Labor LemnaT ec GmbH Nachname PO Studienleiter Vorname Firma DD sun Nachname FO Stra e Nummer I Telefon Fax 024205 412611 Postfach FO PLZ DD e mail into lemnatec de Stadt Durchf hrung Land P Durchf hrung fF Telefon fF Durchf hrung Fax fF Programm PO e mail FO Update Kunden Nr DS Framegrabber t ae n Auftrags Nr DD Kame
15. 4 L schen eines Benutzers Nur der Programm Administrator des LemnaTec Scanalyzers kann die Benutzerdaten l schen Um Benutzerdaten zu l schen klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fensters auf den Men punkt Werkzeuge Administration Daraufhin melden Sie sich als Administrator an wie oben beschrieben ACHTUNG Nur der Programm Administrator kann Benutzer aus dem System entfernen Aus Sicherheitsgr nden sollte das Administrator Kennwort daher nur einer einzigen Person bekannt sein damit das Sy stem vor Missbrauch durch Unbefugte gesch tzt ist Bei Verlust des Administrator Kennwortes wenden Sie sich bitte an die LemnaTec GmbH Wenn Sie sich mit dem g ltigen LemnaTec Administrator Kennwort angemeldet haben erscheint die Dialogbox ScanalyzerAdmin auf dem Monitor siehe Abbil dung EN Scanalyzer dmin Wahlen Sie eine Administrationsaufgabe aus neuen Benutzer anmelden Benutzer entfernen Cy Kennwort andern FirnenLabordaten einstellen Beleuchtungssteuerung Sprache Language MEME Deutsch English Abbildung 2 11 Scanalyzer Administration Benutzer l schen 2 5 Andern des Kennwortes 23 Um einen Benutzer zu l schen klicken Sie in dieser Dialogbox mit der linken Maustaste auf Benutzer entfernen Es erscheint die Dialogbox Benutzer entfer nen siehe Abbildung Benutzer entfernen Ed Benutzername Ab
16. COMI Schnittstelle f r die Ober und Unterbeleuchtung benutzt und die COM2 Schnittstelle f r UV Licht und die Blauansteuerung Mit diesem Tool kann man die Belegung der Schnittstellen ndern wenn man eine der Schnittstellen f r ein anderes Ger t ben tigt Geben Sie hier keine der Schnittstellen an l sst sich die Beleuchtung des Scanalyzers nicht mehr ber den Computer an und ausschalten Durch Klicken mit der linken Maustaste auf OK best tigen Sie die neue Schnitt stelle und gelangen zur ck in die Scanalyzer Administration Dialogbox Klicken Sie auf Abbrechen gelangen Sie ebenfalls wieder in die vorherige Dialogbox ohne die Schnittstellenbelegung ge ndert zu haben Kapitel 3 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes Bevor Sie mit der eigentlichen Analyse beginnen k nnen ist es wichtig dass Sie den LemnaTec Scanalyzer auf Ihre pers nlichen Bed rfnisse und Anforderungen hin kon figurieren Bei der Aufnahme von Kolonien in einer Petrischale oder einem hnlichen Gef gibt es verschiedene Parameter die von einer Analyse zur anderen variieren k nnen Daher muss dem System vorher bekannt sein mit welcher Art von Gef en und mit welchen Kamerapositionen gearbeitet wird damit die Analyse z gig und optimal durchgef hrt werden kann Die Konfigurationseinstellungen umfassen folgende Punkte 1 Hardware abh ngige Einstellungen 2 Konfiguration der Bildverarbeitungssoftware 3 Konfiguration der s
17. Daten zu allen Grafiken sind f r das Einzelbild exportierbar siehe Ka pitel 5 9 6 9 Diese Ansichtsoption besteht sowohl f r jede Einzelaufnahme als auch f r jedes Bild einer Messreihe 4 5 Weitere Ansichtsoptionen Im Drop down Men aber nicht als Icon haben Sie folgende weiteren Ansichtsoptio nen 4 5 Weitere Ansichtsoptionen 51 4 5 1 Inhaltsverzeichnis Bei der Aufnahme einer Messreihe k nnen Sie in der ldf Basisdatei bzw in den Ana lysedateien 00x ldf ansehen welche Gl ser zu welchem Zeitpunkt aufgenommen Kl Abbildung 4 5 Symbol aufgenommene Bilder analysiert Abbildung 4 6 Symbol analysierte Bilder farbklassifiziert Abbildung 4 7 Symbol farbklassifizierte Bilder und begutachtet Abbildung 4 8 Symbol begutachtetes Bild worden sind Durch Anklicken mit der linken Maustaste k nnen Sie direkt jedes Bild aufrufen Sie k nnen als weitere Option zum jeweils n chsten Bild springen indem Sie die schwarzen und roten Pfeile mit der linken Maustaste anklicken 4 5 2 Gesamt Daten Messreihe Bei der Aufnahme einer Messreihe f llt ein sehr gro er Datensatz an den Sie sich unter Ansicht und Gesamt Daten Messreihe ansehen k nnen siehe Abbildung 52 Ansichtsoptionen Abbildung 4 9 Gesamt Daten Messrethe Hier werden geordnet nach Messzeitpunkten und der Testspezifikation folgende Daten tabellarisch dargestellt L 2 3 4 5 6 8 9 Messung Konz
18. Pe Abbildung 6 9 Dialogbox Testkonzeption Screening In dieser Dialogbox geben Sie s mtliche die sich auf die Testumgebung ihres neuen Screenings beziehen in die entsprechenden Felder ein Auch hier besteht nat rlich die M glichkeit einzelne oder mehrere Felder leer zu lassen Zwingend ist aber die Eingabe von Werten in die Felder Konzentrationsstufen und Anzahl der Testans tze pro Konzentrationsstufe Anhand der Zahlen aus diesen Felder und falls Zahlen vorliegen aus dem Feld Kontrollans tze errechnet das Programm die Zahl der notwendigen Petrischalen Ist die ausgegebene Zahl im Feld Anzahl der notwendigen Testgef e gleich 0 so l sst sich diese Seite nicht weiterbl ttern und es erscheint folgende Fehlermeldung siehe Abbildung Abbildung 6 10 Warnung Anzahl der notwendigen Testgef e 16 Screening Dies ist nicht nur als Hilfe zur Testvorbereitung gedacht es sollten ja geniigend Testgef e zur Verf gung stehen hinter der Zahl im Feld Anzahl der notwendigen Testgef e verbirgt sich eine wertvolle Kontrollfunktion Die Zahlen in den erw hnten Feldern k nnen Sie ndern indem Sie die Pfeile neben den Zahlen mit der linken Maustaste anklicken Sollten Sie in der ersten Dialogbox ein Testdesign in Form einer Datei geladen ha ben so stehen in den einzelnen Feldern nat rlich Daten die in dieser Datei enthalten waren Diese k nnen Sie jedoch l schen und erset
19. Sie dazu auf den Men punkt Einstellungen und ffnen Sie den Dialog Gr enklassen Es erscheint dann die folgenden Dialogbox Gr enklassen siehe Abbildung Gro enklassen Anzahl der Gro enklassen 10 El d Klassenbreite in m E Se Anzeige Fl che Anzahl Empfohlen wird eine Anzahl von 10 Gro enklassen mit einer Klassenbreite won 2 mr Abbildung 3 29 Gr enklassen festlegen In der oben gezeigten Dialogbox k nnen Sie nun die Anzahl der Gr enklassen festlegen maximal 10 indem Sie mit der linken Maustaste auf die kleinen Pfeile 47 48 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes klicken Neben der Anzahl der Gr enklassen ist aber auch deren Breite relevant f r eine optimale Darstellung der Ergebnisse Diese Klassenbreite k nnen Sie im zweiten Feld festlegen indem Sie ebenfalls die entsprechenden Pfeile mit der linken Maustaste anklicken Beachten Sie bitte dass die Standardwerte f r die Generierung des Diagramms 10 Klassen mit der Klassenbreite 2 mm Klasse sind Diese Standardwerte werden bei jeder Messung automatisch eingestellt Kapitel 4 Ansichtsoptionen Grunds tzlich k nnen Sie das Fenster in vier Abschnitte unterteilen indem Sie mit der linken Maustaste in die untere linke Ecke des Fensters fahren und mit gedr ckter linker Maustaste den Fensterteiler beliebig weit zur Mitte ziehen und so das Fenster in der vertikalen Richtung teilen Um das
20. Speichern unter Exportieren Aktuelle Bild Analysedaten aktuelles Heike at Analysedaten gesamte Messreihe Testkonzept Abbildung 6 33 Export von Daten Drucken Strg P Druckereintichtuna FE hlakkar Adri rol oe Sie haben folgende M glichkeiten 6 10 Drucken von Ergebnissen und Bildern 1 Aktuelles Bild Hier k nnen Sie immer das aktivierte Bild als Bitmap expor tieren Dies ist unabh ngig davon ob es das Original Kanten oder Falschfar benbild ist oder ob es sich um eine Einzelmessung oder ein Screening handelt 2 Analysedaten aktuelles Replikat Sowohl aus Messreihen als auch aus Ein zelmessungen exportieren Sie alle Daten die unter Statistik angezeigt werden also auch die Tabelle zur Gr en und Farbverteilung 3 Analysedaten gesamte Messreihe Hier werden alle Daten der Tabelle die Sie unter Ansicht und Gesamt Daten Messreihe finden als Html Excel oder Text File exportiert 4 Testkonzept Das aktuelle Testkonzept k nnen Sie hier als Text File exportie ren 6 10 Drucken von Ergebnissen und Bildern Sie m ssen allerdings nicht unbedingt externe Programme benutzen um einen Aus druck der Messergebnisse zu erhalten sondern k nnen auch vom Scanalyzer Pro gramm aus drucken falls Sie einen Drucker angeschlossen und installiert haben Hierzu klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste des Hauptfensters auf Datei Drucken So drucken Sie immer d
21. am Ende der Screeningkonfiguration in der 5 Dialogbox Verd nnungsstufen Siehe unten als neue Testdesign Datei abspei chern nat rlich unter einem neuen Namen Wenn Sie in dieser Dialogbox alle gew nschten Felder ausgef llt haben klicken Sie bitte mit der linken Maustaste auf Weiter gt gt So gelangen Sie in die zweite Dialogbox Neues Screening erstellen Testgut 2 siehe Abbildung 12 Screening 6 1 2 Dialogbox Testgut Neues Screening Tea che Abbildung 6 4 Dialogbox Testgut Screening In dieser Dialogbox wird im Feld Name der Name der Datei festgelegt unter der die Messdaten gespeichert werden Sie k nnen einfach nur einen Namen eingeben die Dateierweiterung ldf wird dabei vom Programm automatisch hinzugef gt Auch der Pfad in dem die Datei gespeichert wird wird vom Programm selber eingestellt Die Eingabe eines Dateinamens ist zwingend Geben Sie keinen Dateinamen ein und klicken auf Weiter gt gt erscheint folgende Warnung Abbildung 6 5 Warnung Um sicherzugehen das die Datei an der gew nschten Stelle abgespeichert wird sollten Sie deshalb unbedingt vom Schalter Durchsuchen Gebrauch machen Wenn Sie auf Durchsuchen klicken sehen Sie die bereits oben beschriebene Standard Win dows Dateiauswahlbox Datei und ffnen siehe Abbildung 6 1 Screeningassistent 13 ffnen Ell Ey Suchen in a Mikrobio gt El ce
22. berechtigter Benutzer re gistriert wurden siehe Kapitel 2 dann k nnen Sie nun mit einer Analyse begin nen Schalten Sie dazu falls nicht schon geschehen Aufnahmeeinheit Bildschirm und Computer ein wie in Kapitel 1 2 beschrieben und melden Sie sich mit dem NT Be nutzernamen und NT Kennwort an das System an Starten Sie dann das LemnaTec 54 Einzelmessung Analyse Programm wie in Kapitel 1 2 beschrieben durch Doppelklick mit der lin ken Maustaste auf das entsprechend gekennzeichnete Symbol auf dem Desktop und melden Sie sich unter Ihrem LemnaTec Scanalyzer Benutzernamen und Kennwort an das System an Wenn Sie sich mit einem giiltigen Benutzernamen und Kennwort angemeldet ha ben befinden Sie sich im Hauptfenster des LemnaTec Scanalyzers siehe Abbildung gt 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge ir OM sus aaa lt lt A AE cg Abbildung 5 1 Scanalyzer Hauptfenster Falls sich in der Aufnahmeeinheit nichts befindet oder die Tiir der Aufnahmeein heit offen steht ist der Inhalt dieses Fensters natiirlich leer da hier das Livebild der in der Aufnahmeeinheit befindlichen CCD Kamera angezeigt wird Zur Einstellung der Kamera sehen Sie bitte in Kapitel 3 1 1 nach 5 1 Speichern des Livebildes Das Livebild das Sie im Hauptfenster sehen kann jederzeit einfach als Foto zu Do kumentationszwecken oder sp terer Analyse im Windows Bitmap Format
23. che der beiden zu vereinigenden Kolonien Sie k nnen alle Aktionen in Einzelschritten durch Linksklick auf Ruckgangig Abbildung 6 29 Symbol letzte Aktion r ckg ngig r ckg ngig machen Au erdem k nnen Sie durch Linksklick auf kommentar Abbildung 6 30 Kommentar ein Feld ffnen in dem Sie Bemerkungen zu Ihrer manuellen Nachbearbeitungen notieren k nnen Dieser Text wird zusammen mit der Probe abgespeichert und beim Ausdruck oder Export der Ergebnisse mit ausgegeben siehe Abbildung 6 8 Manuelle Nachbearbeitung 89 Bemerkung eingeben x Geben Sie bitte die Bemerkung zum aktuellen Replikat em Abbrechen Abbildung 6 31 Kommentar eingeben Sobald Sie alle Fehler Ihrer Einzelmessung mit der manuellen Nachbearbeitung be arbeitet haben klicken Sie mit der linken Maustaste auf Weiter gt gt oder driicken die Return Taste Wenn Sie bereits mit dem Ergebnis der automatischen Frondfin dung zufrieden sind k nnen Sie hier nat rlich auch direkt auf Weiter gt gt klicken oder die Return Taste driicken um in der Analyse fortzufahren ohne vorher eine ma nuelle Nachbearbeitung zu machen Mit der Taste Abbrechen gelangen Sie ohne Bearbeitung zuriick ins Hauptfenster die Ergebnisse der Analyse bleiben erhalten ACHTUNG Wenn Sie manuelle Korrekturen im Nachbearbeitungs Dialog durchf hren werden diese nur im jeweiligen Ergebnisfile gespeichert Be einer Reanalyse z B nach dem Hinz
24. das Betriebssystem muss jeder Benutzer mit diesem Namen und Kennwort vornehmen beide m ssen also allen Benutzern bekannt sein Klicken Sie nach Beendigung der Eingaben auf OK oder dr cken Sie die Return Taste Sie sind dann als Benutzer des Betriebssystems Microsoft Windows NT 4 0 angemeldet haben allerdings keine Administrator Rechte Mit dem NT 10 Inbetriebnahme des Systems Administrator Kennwort das Ihnen ebenfalls mitgeliefert wird kann man die Eigen schaften des Betriebssystems ndern Zum Beispiel wird als Uhrzeit und Datum von Messungen automatisch die aktuelle Systemzeit Ihres Computers bernommen Falls diese nicht stimmt muss nun der NT Administrator die Systemzeit des Computers ndern Dazu muss sich der Administrator unter seinem NT Administrator Kennwort in Ihrem Computer einloggen und mit der linken Maustaste auf die Uhr in der Start zeile unten rechts auf dem Bildschirm doppelklicken In der daraufhin erscheinenden Dialogbox Eigenschaften von Datum Uhrzeit k nnen diese Daten dann richtig ein gestellt werden nderungen am Betriebsystem setzen allerdings voraus dass man mit dem Betriebssystem vertraut ist da ungewollt gemachte nderungen am System sehr schnell zu Funktionsproblemen f hren k nnen Ca 20 Sekunden nach der erfolgreichen Anmeldung an das System erscheint die Microsoft Windows NT 4 0 Benutzeroberfl che auf dem Bildschirm Das LemnaTec Mikrobio Programm wird durch Doppelklick
25. er kannt wurden nachtr glich manuell korrigieren So k nnen Sie hier von der Automatik 6 8 Manuelle Nachbearbeitung nicht gefundene Kolonien manuell hinzuf gen indem Sie die entsprechenden Kolonien mit einer Kurve umranden bzw die von der Automatik zuviel gefundenen Kolonien l schen indem Sie die zuviel gefundenen Kolonien einfach anklicken Normalerweise sollte der Scanalyzer fast alle Kolonien erkennen Falls deutlich weniger als 95 der Kolonien erkannt wurden berpr fen Sie bitte die Einstellungen der Hardwarekonfiguration siehe Kapitel 3 1 Die manuelle Nachbearbeitung arbeitet nur auf den Randkurven Sie ndert nicht die Farbinformation im Originalbild Bei der manuellen Nachbearbeitung gehen also keinerlei Farbinformationen aus dem Originalbild verloren Jedes Pixel das w hrend der manuellen Nachbearbeitung von Ihnen eingezeichnet oder entfernt wird dient ausschlie lich der Randkurvenbestimmung Die Pixel die unter den Randkurven liegen geh ren mit zu dem von der Kurve umrandeten Objekt und behalten f r die Farbanalyse siehe unten ihren urspr nglichen Farbwert aus dem Originalbild bei Helle Pixel am Kolonierand oder ber mehrere Pixel auslaufende unschar fe Kolonier nder sind durch die Diskretisierung der Digitalkamera bedingt Die zus tzliche Einbeziehung sehr heller Kolonier nder f hrt daher nicht zu einer bes seren Ann herung an den wahren Kolonierand sondern viel mehr zu k nstlichen hell
26. gung Zur nderung Ihres pers nlichen Kennworts klicken Sie in der Dialogbox mit der linken Maustaste auf dieses Feld Es erscheint die Dialogbox Kennwort ndern siehe Abbildung Benutzer a Kennwort sl Kennwort best tigen Abbrechen Abbildung 2 14 Kennwort ndern In dieser Anmeldebox geben Sie Ihre altes Kennwort und zweimal Ihr gew nschtes neues Kennwort in die jeweiligen Felder ein Gro und Kleinschreibung beachten und klicken dann mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken die Return Taste Aus Sicherheitsgr nden erscheint das Kennwort nur als pro eingetipptem Buchsta ben Die Eingabe des Benutzerkennwortes muss dabei wiederholt werden Wenn Sie hier aus irgendwelchen Gr nden z B Tippfehler zwei verschiedene Kennw rter ein 2 6 Andern der Beleuchtungssteuerung geben akzeptiert das System die Eingabe nicht und fordert zur erneuten Eingabe der Kennw rter auf siehe Abbildung Fehler Ea ES Die Best tigung des Rennwores stimmt nicht mit dem Kennwort ubere Abbrechen Abbildung 2 15 Fehlermeldung Kennwortbest tigung Klicken Sie in diesem Fall mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken Sie die Return Taste um die Fehlermeldung zu best tigen und versuchen Sie es erneut Gro und Kleinschreibung beachten Zum Abbruch des gesamten Vorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Wenn Sie wieder zur Dialogbox Scanalyzer Admin
27. haben Es wird die Konfiguration die w hrend dieser Analyse aktiv war verwendet e aus Datei Sie haben die M glichkeit Farbklassifikationskonfigurationen in Da teien zur sp teren Verwendung zu speichern Hier haben Sie Gelegenheit diese Dateien wieder zu laden Haben Sie diese Option gew hlt dann k nnen Sie durch Klicken auf das Feld Durchsuchen die Datei w hlen siehe Abbildung 3 2 Software Konfiguration Uffnen Ei Ea Suchen im E Farbklassen ex a Mikrobiol ch D ateiname Mikrobio cls Dateityp Farbechematal cls E Abbrechen Abbildung 3 21 Farbschema aus Datei ausw hlen Klicken Sie auf ffnen um die gew hlte Datei zu laden Um das ausgew hlte Farbschema zu bearbeiten klicken Sie in dem Bildverarbeitungs dialog auf das Feld Bearbeiten Es erscheint nun der Farbbearbeitungsdialog In diesem Farbdialog sehen sie re pr sentative Farbwerte die in Farbklassen eingeteilt sind Jeder Klasse ist eine Si enalfarbe zugeordnet die in einem Falschfarbenbild der erkannten Kollonien die Zu gehorigkeit eines Bildpunktes zu einer Farbklasse darstellt Die Software ordnet also alle im Bild vorhandenen Farben nach hnlichkeit den repr sentativen Farbwerten zu Damit wird jeder Bildpunkt der Teil eines erkannten Objektes ist einer Farbklas se zugeordnet Damit eine verl ssliche Zuordnung m glich ist sollte jede Farbklasse mindestens f nf repr sentative Farbwerte enthalten Je
28. ist diejenige die f r alle folgenden Farbanalysen verwendet wird Sie wird vom System gespeichert und steht so auch nach Beendigung und Neustart des Programmes zur Verf gung e aus MDF bernehmen Diese Option ist nur aktiv falls Sie in der aktuell geladenen Bilddatei schon Analysen durchgef hrt haben Es wird die Konfigu ration die w hrend dieser Analyse aktiv war verwendet e aus Datei Sie haben die M glichkeit Farbklassifikationskonfigurationen in Da teien zur sp teren Verwendung zu speichern Hier haben Sie Gelegenheit diese Dateien wieder zu laden Haben Sie diese Option gew hlt dann ffnet sich beim Anklicken des Buttons Durchsuchen die Standard Windows Box ffnen siehe Abbildung Uffnen El ES Suchen im E Farbklassen ex Mikrobiol ck D ateiname Mikrobio cls Dateityp Farbechematal cls Abbrechen Abbildung 3 19 Datei ffnen Klicken Sie auf ffnen um die gew hlte Datei zu laden oder aktivieren Sie die gew nschte Datei durch Doppelklicken auf den Namen der Datei Um das ausgew hlte Farbschema zu bearbeiten klicken Sie in dem Bildverarbei tungsdialog auf das Feld Bearbeiten Es erscheint nur der der Farbbearbeitungsdialog 40 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes 3 2 3 Einstellungen zur Farbklassifikation Die Farbanalyse dient zur reproduzierbaren Klassifizierung und Bonitierung der F rbungen der Probe Daraus lassen sich z B di
29. 5 29 28 30 31 34 30 36 38 40 40 Al 42 42 42 43 43 44 44 45 INHALTSVERZEICHNIS 4 5 Weitere Ansichtsoptionen 2 2 22 2 CC mn nn 48 4 5 1 Inhaltsverzeichnisl 2 2 2 CC om Er en 49 SCC EC EECH 49 GE a ee ee u a ae u RE eee OE RS Ee HG Eee eG 50 5 Einzelmessung 51 AURA aa 52 ALEA O 53 5 3 Einzelmessung aus Aufnahmeeinheit 54 5 4 Manuelle Nachbearbeitung 004 56 METETE TETERA 60 EES 60 EEE 62 AA 65 aaa aa 65 6 Screening 67 6 1 Screeningassistent 2 2 222 CC mn nn 67 6 1 1 Einrichten des Screenings 0 000004 67 6 1 2 Dialogbox Testgut 2 222 2 CC Con nen 70 ee ee ee ae ee oS 12 nadar er ee ee ee T3 KR SECH 74 were ret E 75 E AAA 76 AAA AAA TT 6 4 Hinzuf gen einer Messung in ein bestehendes Screening 80 TANIA 81 ate Pa ee ee se em 82 peewee hae IAEA 83 6 8 Manuelle Nachbearbeitung 0 020 008 84 AAA 88 apenas oe eo us 89 Phe eGa E E E ayaa ees oS 89 91 95 B 1 Das Dateiformat Mikrobio Data File bei Einzelmessungen 95 95 96 97 C l _Leuchtimittel 4 666224 a w rau a bb awe ha eee we eee HES 97 C 2 Lebensdauer l e 97 C 3 Wechsel der Leuchtmittell 97 ee Pte ee ie die Alena AAA ee ee ee eG 97 C 5 Objektivwechsell e 98 99 aaa 100 D 2 Frame grabber Eltec PC_EYEQ o 101 INHALTSVERZEICHNIS E Abbildungsverzeichnis 103 INHALTSVERZEICHNIS Kapitel 1 I
30. E Guido B dens cls 22 600 mi 300 ml och S Dieselx cls E Guido B dent cls 22 600 mi 300 mi z c 5 Diesely cls E Guido B denu cls aa ach Ei Dieses cle Guido Bodeny cls E b cls Ei Guide Bodenp cle Guido Boderw cls Ej colors ch Ei Guido Bodeng ch Ej Guido Bodenx cls El Dateiname colors cls Dateityp Farbschematal cls Abbrechen Abbildung 3 26 Farbschema als Datei speichern Hier geben Sie in dem Feld Dateiname den Namen der Datei an unter dem das Farbschema abgespeichert werden soll Sie sollten der Datei einen m glichst plausiblen Dateinamen geben damit Sie das Farbschema hinterher einfacher unter diesem Na men wiederfinden k nnen Als Dateityp ist f r die Dateien mit Farbschemata der Typ cls vorgeschrieben Diese Dateierweiterung wird automatisch dem Namen hinzu gef gt Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Die allgemeinen Bedienungshinweise der Standard Windows Dateiauswahlbox ent nehmen Sie bitte Anhang A Nach Eingabe des Dateinamens klicken Sie mit der linken Maustaste auf Spei chern oder dr cken die Return Taste um die Datei unter dem gesetzten Pfad und dem gew hlten Namen anzulegen Falls Sie einen Dateinamen w hlen der bereits existiert erscheint die folgende Warnung siehe Abbildung 45 46 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes Date speichern unter Ce D Vcapnaluzerkarbklassen eseu ce besteh
31. Fenster in der Horizontalen zu teilen klicken Sie mit der linken Maustaste auf den Fensterteiler in der rechten oberen Ecke des Fensters und ziehen den Fensterteiler mit gedr ckter linker Maustaste beliebig weit nach unten In allen vier Sektionen des Fensters k nnen Sie nun verschieden Ansichten w hlen indem Sie die Sektion durch Anklicken markieren und in der Men leiste eine Ansichtsicon dr cken Wenn Sie die Analyse durchgef hrt haben k nnen Sie alle Dateien und Bilder im Drop Down Men Ansicht abrufen und exportieren siehe Kapitel 5 8 TT 4 1 Originalbild Das aufgenommene Originalbild k nnen Sie unter Original oder dem abgebildeten Icon siehe Abbildung Abbildung 4 1 Symbol Originalbild ansehen Dieses Bild bleibt unabh ngig von der Bildanalyse erhalten 4 2 Kantenbild Das Kantenbild mit den blauen R ndern aller erkannten Objekte k nnen Sie un ter Ansicht und Kantenbild oder durch Klicken auf das Icon in der Men leiste ansehen siehe Abbildung Abbildung 4 2 Symbol Kantenbild 50 Ansichtsoptionen Nur die umrandeten Objekte werden fiir die weitere Bildauswertung und das Er gebnis benutzt Sollte die Auswertung nicht dem visuellen Eindruck entsprechen k nnen Sie entweder die Bildanalyseparameter optimieren siehe Kapitel 3 oder eine manuelle Nachbearbeitung durchf hren indem Sie im Men den Punkt Bearbeiten anklicken und die Option Kollonien nachbe
32. Mikrobiologie Benutzerhandbuch Ute Tarara Aachen 31 August 2001 LemnaTec GmbH Schumanstra e 18 D 52146 W rselen Inhaltsverzeichnis hee wpe ep eens EEN A AN 1 4 Dateiverwaltungl ee 2 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer 2 1 Sprache w hlen s s ia 224 3 4 ws 2 de ee be aipa nugi 2 2 Firmendaten eingeben 2 3 Neue Benutzer hinzuf gen 2 2 2 CC m Emmen 2 4 L schen eines Benutzers 0 0 ce ee ee ee ke 25 ndern des Kennwortes 2 6 ndern der Beleuchtungssteuerung 0000 3 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes 3 1 Hardware bkonbeurat on 3 1 1 Einstellung der CCD Kamer l 3 1 2 AMOS criada a na ne peu AE SC ee ee ee eee 3 2 1 Bildverarbeitungskonfiguration 3 2 2 Einstellungen zur Farbauswahl emule nu 3 2 3 1 Farbwerte sortieren 222 22 a 3 2 3 2 Einen Farbwert hinzufiigen 2 3 2 3 3 Einen Farbwert l dschen ae 3 2 3 5 Eine neue Farbklasse hinzuf gen A adas as TE EEE E 3 3 Aktivieren des ausgew hlten Farbschemas 3 4 Einrichten der Gr enklassen 4 Ansichtsoptionen 4 1 Originalbild ooa ee ee hea ea na ED 4 2 Kantenbild s 4 4 6 se amp 5 4 amp an Ei as Bessere 4 3 Farbklassifiziertes Bild 2 2 oo oo oo 4 4 Statistik 13 15 16 Ee 20 21 23 2
33. Vorgangs oder um die nderungen zu verwerfen und die alten Daten beizubehalten klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen 2 3 Neue Benutzer hinzuf gen Nur der System Administrator des LemnaTec Scanalyzers kann neue Benutzer ein geben oder Benutzerdaten ndern F r die Eingabe neuer Benutzer klicken Sie mit 19 20 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer der linken Maustaste in der Meniileiste am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fen sters auf den Men punkt Werkzeuge und dann im daraufhin herunterklappenden Drop Down Men auf den Men punkt Administration Daraufhin melden Sie sich als Administrator an wie oben beschrieben ACHTUNG Nur der Programm Administrator kann dem System Benut zer hinzuf gen Aus Sicherheitsgr nden sollte das Administrator Kennwort daher nur einer einzigen Person bekannt sein damit das System vor Missbrauch durch Unbefugte gesch tzt ist Bei Verlust des Administrator Kennwortes wenden Sie sich bitte an die LemnaTec GmbH Wenn Sie sich mit dem g ltigen LemnaTec Administrator Kennwort angemeldet haben erscheint die Dialogbox ScanalyzerAdmin auf dem Monitor siehe Abbil dung En 5canalyzerAdmin E Wahlen Sie eme Administrationsaufgabe aus neuen Benutzer anmelden Benutzer entfernen y Kennwort andern FirnenLabordaten einstellen Beleuchtungssteuerung Abbildung 2 8 Scanalyzer Administration Benutzer hin
34. ahren des Systems beenden Sie alle laufenden Programme und klicken dann mit der linken Maustaste auf das Start Symbol unten links am Bild schirm und klicken dann in dem hierdurch erscheinenden Start Men auf Beenden unterster Men Punkt siehe Abbildung E Programme Dokumente F gd Einstellungen OL Suchen Hilfe a Ausfuhren Abbildung 1 8 Windows NT Ausschalten Es erscheint die Dialogbox Windows NT beenden siehe Abbildung Windows NT beenden W llen Sie eine der folgenden Optionen amp Computer herunterfahrer o Computer neu starter C Anwendungen schlie en und unter anderem Mamen anmelden Abbrechen Hite Abbildung 1 9 Windows NT Beenden 1 4 Dateiverwaltung 13 Markieren Sie Computer herunterfahren erste Zeile durch Anklicken mit der linken Maustaste und klicken Sie dann auf OK oder dr cken Sie die Return Taste Der Computer wird nun heruntergefahren Falls aber vor Ihrer Anweisung den Computer herunterzufahren noch Programme liefen k nnen diese sich hier noch einmal melden damit sie in jedem Fall ordentlich beendet werden Zum Abbruch des Vorgangs k nnen Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen klicken Wenn Sie mit der linken Maustaste auf Hilfe klicken be kommen Sie eine Hilfebox geliefert in der Sie das hier Geschriebene auch noch einmal nachlesen k nnen Falls Sie das System tats chlich ausschalten wollen warten Sie ca 1 Mi
35. aktor eingeben e 64 ABBILDUNGSVERZEICHNIS 5 25 Einzelmessung benennen 5 26 Export von Daten und Bildern 0 6 1 Neues Screening 44 0 amp 64 ee ewe ewe Eee OSE EEE ES 6 2 Dialogbox Auftrag Screening 6 4 Dialogbox Testgut Screening 2 0020 eee A 2 a 6 6 RR ee he AO EEE eae wh eee ee a oe eee eh ee ee 6 7 Datei existiert bereits 6 8 Dialogbox Testdesign Screening e 6 9 Dialogbox Testkonzeption Screening e Oo RRE 6 11 Dialogbox Substanzen und Konzentrationen Screening AE EEE AAA E A 6 15 Name der Probe eingeben 6 16 Warnung Fehler bei Eingabe der Beschriftung 6 17 Bilder aufnehmenl 0000 0 eee ee ee 6 18 Info Probe wurde bereits aufgenommen RIE TA II AE AE 6 24 Fenster Manuelle Nachbearbeitung 6 25 Symbol Objekt l schen 6 26 Symbol Objekt hinzuf gen 2 2 22 2 2 CE En nn 6 27 Symbol Objekt teilen 6 28 Symbol Objekte zusammenf gen 6 29 Symbol letzte Aktion r ckg ngig gt 2 2 Cr m nn 6 30 kommentar 6 31 Kommentar eingeben 2 2 2 2 on 000 eee ee 6 32 Scanalyzer Hauptfenster Ansicht Statistik 2 222 220 6 33 Export von Daten 2 2 Co Korn AT Standard Windows Datei Auswahlbox 228 A 2 H heres Verzeichnis 2 a a eee A 3 Neuen Ordner anlegen CC m mm AJ Warnung Dateiname existiert berei
36. ann im daraufhin herunterklappenden Drop Down Men auf den Men punkt Administration Daraufhin melden Sie sich als Administrator an wie oben beschrieben ACHTUNG Nur der Programm Administrator kann die Firmendaten eingeben oder ndern Aus Sicherheitsgr nden sollte das Administrator Kennwort daher nur einer einzigen Person bekannt sein damit das Sy stem vor Missbrauch durch Unbefugte gesch tzt ist Bei Verlust des Administrator Kennwortes wenden Sie sich bitte an die LemnaTec GmbH Wenn Sie sich mit dem g ltigen LemnaTec Administrator Kennwort angemeldet haben erscheint die Dialogbox ScanalyzerAdmin auf dem Monitor siehe Abbil dung En ScanalyzerAdmin EN Wahlen Sie eine Administrationsaufgabe aus neuen Benutzer anmelden Benutzer entfernen Cy Kennwort andem Firmen Labordaten einstellen Beleuchtungssteuerung Sprache Language MEME Deutsch Abbildung 2 6 Scanalyzer Administration Firmendaten Zur Eingabe der Firmendaten klicken Sie in dieser Dialogbox mit der linken Maustaste auf Firmen Labordaten einstellen Es erscheint die Dialogbox Firmen daten siehe Abbildung 2 3 Neue Benutzer hinzufiigen Bitte geben Sie hier Ihre Firmendaten em und klicken Sie auf OF Firma oder Institut LemnaTec GmbH Stra e und Haus Duer 18 Posthach Po PL2 und Ort isen Wuessen Land Deutschland Telefon oam Fax En Konto Hr Bank ELZ E Mail ee Internet we
37. arbeiten w hlen siehe Kapitel 6 8 4 3 Farbklassifiziertes Bild Dieses Falschfarbenbild basiert auf der Farbklassifizierung die im Men unter Ein stellungen Bildverarbeitung zu finden sind und als aktuelle Methode geladen ist Auch hier k nnen Sie das entsprechende Icon in der Men leiste anklicken um das Falschfarbenbild aufzurufen siehe Abbildung Abbildung 4 3 Symbol farbklassifiziertes Bild Wenn das Ergebnis nicht Ihrem visuellen Eindruck entspricht k nnen Sie das Farbschema dort berarbeiten 4 4 Statistik Das Statistik Bild k nnen Sie aufrufen indem Sie mit der linken Maustaste im Men auf Ansicht und Statistik klicken oder in der Men leiste das entsprechende Icon anklicken siehe Abbildung in Abbildung 4 4 Symbol Statistik Auf der Basis der analysierten und farbklassifizierten Bilder findet die quantita tive Auswertung statt Die umrandeten Objekte werden als Anzahl der Kollonien summiert Die Gesamtfl che der Kollonien wird aus der Summe aller umrandeten Objekte und dem Kalibrationsfaktor berechnet In Kombination von Fl chenanteilen und Falschfarben werden die Fl chenanteil der Farbklassen berechnet und als Kreis diagramm angezeigt Das Diagramm stellt die Gr enverteilung der Kollonien dar Die Kollonien werden in Gr enklassen eingeteilt siehe Kapitel 3 4 Dann werden die Fl chen und die Farbklassenanteile jeder Gr enklasse einzeln aufsummiert Die tabellarischen
38. assen D Mikrobio Messdaten mdf Mikrobio Data File Alle Messdaten der Reihen und Einzelmessungen D Mikrobio Messdaten txt Als TeXT ausgegebene exportierte Einstellungen und Ergebnisse D Mikrobio Testdesign tkz Testdesign Einstellung und TestKonZeption fiir Messreihen D Mikrobio Bilder bmp gif Exportierte abgespeicherte ppm jpg Bilder im BitMaP Format Graphics Interchange Format Portable Pixmap Format JPEG Format D Mikrobio Bilder hwc HardWare Configuration Einstellung die zusammen mit exportierten Bildern angelegt werden Kapitel 2 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer Dieses Kapitel ausgenommen 2 4 ndern des Kennwortes ist nur f r Benutzer mit Administrator Funktion interessant da f r s mtliche in diesem Kapitel beschrie benen Konfigurationsschritte des LemnaTec Mikrobio Programmes die Eingabe des Administrator Kennwortes erforderlich ist Dies dient der Sicherheit des Programms da nur so ein Schutz gegen Misskonfiguration durch fremde Benutzer gegeben ist Das Administrator Kennwort sollte daher auch nur einem sehr engen Kreis von Benutzern bekannt sein am besten nur einem Normale Benutzer des LemnaTec Scanalyzers k nnen daher dieses Kapitel berspringen Starten Sie den LemnaTec Scanalyzer wie in Kapitel 1 1 beschrieben durch Dop pelklick auf das entsprechende Symbol auf dem Microsoft Windows NT 4 0 Desktop siehe Abbildung Mikrobio
39. assifizierung des Screenings durchgef hrt laden Sie die entsprechende xxx mdf Datei mit analysierten Bildern und klicken Sie in der Men leiste auf Bearbeiten und dann auf Farbanalyse Einzelbild Es ffnet sich die Dialogbox Farbklassifizierung in der Sie so vorgehen wie es bereits bei der Einzelmessung siehe Kapitel 5 beschrieben wurde Auch die manuelle Einteilung der Farbklassen entspricht exakt der der Einzelmessung nur dass die Einstellungen jetzt f r alle Bilder eines Screenings gleicherma en gelten Dies ist auch sinnvoll da in nerhalb einer vergleichbaren Screenings keine abweichenden Analyseparameter gelten d rfen Nach der Farbklassifizierung stehen im Hauptfenster auch Falschfarbenbild und Farbstatistik zur Verf gung 6 7 Schalten zwischen den Proben Im Unterschied zur Einzelmessung kann im Hauptfenster bei einem Screening mit ver schiedenen Proben und Messzeitpunkten neben den Darstellungsformen Originalbild Kantenbild Falschfarbenbild und der Statistik noch jeweils zwischen den einzelnen Proben hin und hergeschaltet werden Dies geschieht durch Mausklick auf folgende Felder der Men leiste siehe Abbildung lt lt gt gt Abbildung 6 23 Schalten zwischen den Proben 85 86 Screening Die einfachen roten Pfeile schalten dabei in der chronologischen Reihenfolge der Aufnahme zum ersten letzten Bild des n chsten vorhergehenden Messzeitpunkts Die Doppelp
40. auen Titelbalken der Dialogbox und gleichzeitigem Fah ren der Maus bei gedr ckter linker Maustaste so verschieben dass Sie freien Blick auf den Graukeil haben Sobald Sie mit dem Ausrichten des Graukeils zufrieden sind klicken Sie in der Dialogbox Hardware konfigurieren Kalibration mit der linken Maustaste auf Ka librieren oder dr cken die Return Taste Daraufhin wird das aktuelle Bild eingelesen und das System beginnt mit der Kalibration Nach ein paar Sekunden erscheint dann in der Textfeld der Dialogbox der f r diese Kameraeinstellung und f r das verwendete Objektiv gemessene Kalibrationsfaktor Das Ergebnis der Kalibration wird in Qua dratmillimetern pro Pixel angezeigt Sie k nnen den Kalibrationsfaktor aber auch manuell eingeben In diesem Fall klicken Sie mit der linken Maustaste in das Textfeld der Dialogbox Danach k nnen Sie einen neuen Kalibrationsfaktor ber die Tastatur eingeben Hinweis Die Eingabe des Kalibrationsfaktors 1 f hrt dazu dass die Fl che in Pixeln gemessen wird Zum Abbruch des Vorgangs klicken Sie bitte mit der linken Maustaste auf Abbrechen Falls Sie mit dem Kalibrationswert zufrieden sind klicken Sie mit der linken Maustaste auf OK 3 2 Software Konfiguration Die Konfiguration der Bildverarbeitung umfasst Einstellungen zu den Kolonie Erkennungsalgorithmen und Einstellungen zur Farbklassifikation Die Konfiguration der Bildverarbeitung ist unt
41. auf einf gen Im darunterliegenden Listenfeld erschei nen dann alle zusammengeh rigen Daten einer Probe in einem weiteren Listenfeld Nat rlich k nnen Sie auch Daten aus diesem Listenfeld l schen indem Sie das zu l schende Element mit der linken Maustaste markieren und auf l schen klicken Der Probenname erscheint dann wieder im ersten Listenfeld und sie k nnen die Pro be erneut bearbeiten Haben Sie nicht alle Proben der Listen hinzugef gt und klicken auf Weiter gt gt erscheint folgende Warnung Warnung Es sind noch nicht alle Proben bearbeitet worden Restliche Proben verweren 7 Nein Abbildung 6 12 Warnung Proben verwerfen Wahlen Sie Nein so gelangen Sie zur ck zur Dialogbox und k nnen die restlichen proben bearbeiten Wahlen Sie Ja so werden alle noch nicht bearbeiteten Proben verworfen und stehen sp ter nicht mehr zur Bearbeitung zur Verf gung Durch Klicken mit der linken Maustaste auf lt lt Zur ck gelangen Sie in die vor herige Dialogbox Testkonzeption siehe oben und durch Klicken auf Abbrechen brechen Sie den gesamten Vorgang ab Wenn Sie allen Probennamen Substanzen und Konzentration zugeordnet haben und diese in das Listenfeld eingef gt haben klicken Sie auf Weiter gt gt und gelangen so zur sechsten Dialogbox des Screeningassistenten Zuordnung der Testgef e siehe Abbildung Arbeiten Sie mit Bechergl ser ist der Sc
42. be der Kennw rter auf siehe Abbildung Fehler El x Die Best tigung des Kennwortes stimmt nicht mit dem Kennwort berein Abbrechen Abbildung 2 10 Fehlermeldung Kennwortbest tigung Klicken Sie in diesem Fall mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken Sie die Return Taste um die Fehlermeldung zu best tigen und versuchen Sie es erneut Gro und Kleinschreibung beachten Zum Abbruch des gesamten Vorgangs klicken Sie bitte mit der linken Maustaste auf Abbrechen 22 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer Nach erfolgreicherer Eingabe ist der neue Benutzer dem System hinzugef gt und nun dazu berechtigt Analysen zu starten Er muss dazu seinen Benutzernamen und sein Benutzerkennwort in der Anmeldebox zu Beginn jeder Analyse Sitzung eingeben Vergessen Sie daher nicht den entsprechenden Benutzern Ihren jeweiligen Be nutzernamen und Ihr Benutzerkennwort mitzuteilen Es ist zwar m glich dass sich mehrere Benutzer einen Benutzernamen und ein Benutzerkennwort teilen jedoch geht dadurch die Transparenz bei der nachtr glichen Bestimmung des Benutzers aus den Daten verloren Gerade f r gut dokumentierte Studien unter GLP ist eine Nach vollziehbarkeit aller Vorg nge erforderlich Es ist daher ratsam jedem potentiellen Benutzer auch einen eigenen Benutzernamen und ein eigenes Benutzerkennwort zu geben Die Anzahl der m glichen Benutzer ist praktisch unbegrenzt 2
43. brechen Abbildung 2 12 Benutzer l schen In dieser Dialogbox kann der Administrator und nur dieser einzelne Benut zer angeben und dann durch Klicken auf OK linke Maustaste oder Driicken der Return Taste entfernen oder den Vorgang durch linken Maustasten Klick auf Ab brechen beenden 2 5 ndern des Kennwortes Falls Sie Ihr zugeteiltes LemnaTec Benutzerkennwort ndern wollen oder als Admi nistrator das Kennwort irgendeines Benutzers ersetzen m chten klicken Sie mit der linken Maustaste in der Meniileiste am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fensters auf den Meniipunkt Werkzeuge und dann im daraufhin herunterklappenden Drop Down Menii auf den Men punkt Administration daraufhin erscheint die Anmelde box in der Sie sich anmelden wie oben beschrieben Wenn Sie sich mit Ihrem giiltigen LemnaTec Kennwort angemeldet haben er scheint die Dialogbox ScanalyzerAdmin auf dem Monitor siehe Abbildung 24 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer ir 5canalyzerAdmin Ea Wahlen Sie ene Administrationsaufgabe aus neuen Benutzer anmelden Benutzer entfernen d Kennwort andern Firmen Labordaten einstellen Beleuchtungssteuerung Sprache Language MEME Deutsch English Abbildung 2 13 Scanalyzer Administration Kennwort Haben Sie sich als normaler Benutzer angemeldet steht Ihnen anders als hier abgebildet nur das Feld Kennwort ndern zur Verf
44. brechen Die brigen Bedienungshinweise der Standard Windows Dateiauswahlbox entneh men Sie bitte der Microsoft Windows NT 4 0 Standardliteratur ACHTUNG Beim Abspeichern einer Datei unter einem bereits existie renden Dateinamen geht die alte Datei endg ltig verloren 95 96 Die Standard Windows Datei Auswahlbox Anhang B Dateiformat mdf B 1 Das Dateiformat Mikrobio Data File bei Einzelmessungen Bei Einzelbildern werden sowohl die Rohbilder als auch alle Analyseergebnisse in ei nem mdf File abgelegt Findet eine Reanalyse statt und wird unter dem gleichen Namen wieder abgespeichert so gehen die vorher erstellten Analyseergebnisse verlo ren B 2 Das Dateiformat Mikrobio Data File bei Messreihen In diese mdf Dateien werden die Originalbilder die im Rahmen einer Messreihe vom LemnaTec Scanalyzer aufgenommen werden abgespeichert Wird die Messrei hen um neue Aufnahmen erweitert vergr ert sich auch die jeweilige mdf Datei Eine Analyse dieser Bilder also das Auffinden und Bewerten von Lemnafronds fin det noch nicht statt So bleiben alle Rohbilder zum Export zum Druck und vor allem f r Reanalysen zug nglich Es ist aber nicht m glich und auch wenig sinnvoll in diesen mdf Dateien einzelnen Aufnahmen gesondert zug nglich zu machen Ist also ein einzelnes Bild f r Sie besonders interessant laden Sie die entsprechende mdf Datei bl ttern durch die Aufnahmen und suchen sich das Bi
45. der Men leiste oben im Lemna Tec Scanalyzer Hauptfenster auf den Men punkt Bearbeiten und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Aufnahmen hinzuf gen klicken siehe Abbildung gt Test 007 mdf Mikrobio Ansicht Einstellungen 44 k Aufnahmen hinzufugen Analyse starten Farbklessitzierang Eneida Farbanalpee gesamte ele Rolonten machbearbelen verwendete Harmarekonfguration chem Ronzentrationsanalpze Abbildung 6 14 Aufnahme hinzuftigen Sie werden vom Programm mit der Dialogbox Bilder aufnehmen zur Eingabe des Namens der ersten Probe aufgefordert siehe Abbildung Bilder aufnehmen Lesen Sie die Beschriftung der Probe mit dem Handscanner ein oder geben Sie sie in dem Textfeld ein Name Importieren aus Aufnahmen beenden Abbildung 6 15 Name der Probe eingeben 80 Screening Dabei miissen Sie sich an die oben beschriebene Probenbezeichnung halten Sie konnen hier sofern im Lieferumfang vorgesehen einen Handscanner benutzen Geben Sie einen nicht konformen Namen ein erhalten Sie nach dem vergeblichen Versuch einer Messung eine Fehlermeldung Die Reihenfolge der Glaser ist beliebig siehe Abbildung Fehler E x Fehler bei Eingabe der Beschriftung Abbildung 6 16 Warnung Fehler bei Eingabe der Beschriftung Danach erscheint die Dialogbox Bilder aufnehmen siehe Abbildung Bild aufnehmen E Stell
46. devorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbre chen Falls Sie ein falsches oder ung ltiges Kennwort eingegeben haben sollten er scheint eine Fehlermeldung siehe Abbildung Fehler x Der Benutzername oder das Kennwort ist Falsch 1 Abbrechen Abbildung 1 6 Fehlermeldung Anmeldung Klicken Sie in diesem Fall mit der linken Maustaste auf Wiederholen oder dr cken Sie die Return Taste zur Best tigung der Fehlermeldung und versuchen Sie es in der daraufhin erneut erscheinenden Anmeldebox noch einmal Zum Abbruch des Anmeldevorgangs klicken Sie bitte mit der linken Maustaste auf Abbrechen Wenn Sie sich mit einem g ltigen Benutzernamen und Kennwort angemeldet ha ben erscheint das LemnaTec Mikrobio Hauptfenster auf dem Monitor siehe Abbil dung 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge 2 OM ses aa 64 lt lt Qo te Ga Bereit II RZ Abbildung 1 7 Mikrobio Hauptfenster 11 12 Inbetriebnahme des Systems Wenn Sie das Ihnen zugeteilte pers nliche Kennwort ndern wollen gehen Sie bitte wie in Kapitel 2 4 beschrieben vor 1 3 Ausschalten des Systems ACHTUNG Schalten Sie den Computer niemals aus bevor Sie Microsoft Windows NT 4 0 nicht vollst ndig heruntergefahren haben Ausschalten des Computers bei laufendem Betriebssystem kann zur vollst ndigen und irre parablen Zerst rung des Betriebssystems f hren Zum Herunterf
47. down Men auf den Men punkt Kolonien bearbeiten In Fenster Nachbearbeiten ist jedes von der Analyse erkannte Kolonie blau um randet Da jedes automatisierte Bilderkennungssystem seine nat rlichen Grenzen hat k nnen Sie hier Problemf lle die von der automatischen Erkennung nicht richtig er kannt wurden nachtr glich manuell korrigieren So k nnen Sie hier von der Automatik nicht gefundene Kolonien manuell hinzuf gen indem Sie die entsprechenden Kolonien mit einer Kurve umranden bzw die von der Automatik zuviel gefundenen Kolonien l schen indem Sie die zuviel gefundenen Kolonien einfach anklicken Normalerweise sollte der Scanalyzer fast alle Kolonien erkennen Falls deutlich weniger als 95 der Kolonien erkannt wurden berpr fen Sie bitte die Einstellungen der Hardwarekonfiguration siehe Kapitel 3 1 Die manuelle Nachbearbeitung arbeitet nur auf den Randkurven Sie ndert nicht die Farbinformation im Originalbild Bei der manuellen Nachbearbeitung gehen also keinerlei Farbinformationen aus dem Originalbild verloren Jedes Pixel das w hrend der manuellen Nachbearbeitung von Ihnen eingezeichnet oder entfernt wird dient ausschlie lich der Randkurvenbestimmung Die Pixel die unter den Randkurven liegen geh ren mit zu dem von der Kurve umrandeten Objekt und behalten f r die Farbanalyse siehe unten ihren urspr nglichen Farbwert aus dem Originalbild bei Helle Pixel am Kolonierand oder ber mehrere Pixel aus
48. e stehenden Screenings klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fensters auf Datei und in dem daraufhin her ausklappenden Men auf Screening ffnen Es erscheint eine Auswahlbox siehe Abbildung Offnen EEE Suchen ir E Mikrobio i Ex 0 mdf U mat UO md 10 md Test OU md Dateiname Dateityp Dateityp Mikrob mdf sl Abbrechen Abbildung 6 20 Screening ffnen Relevant sind hier f r Sie die Dateien mit der Erweiterung mdf OHNE Zahlen wie 001 mdf Dies sind Dateien mit Analysedaten die erst sp ter erstellt werden W hlen Sie hier die Datei heraus die Sie um einen Messzeitpunkt erg nzen wollen indem Sie sie mit der linken Maustaste anklicken und dann auf ffnen klicken 6 5 Analyse eines Screenings Danach klicken Sie mit der linken Maustaste in der Meniileiste des Hauptfensters auf Bearbeiten Aufnahmen hinzuf gen Weiter gehen Sie vor wie oben beschrie ben Die Datei mdf die Sie ge ffnet hatten wird dann um die neuen Aufnahmen erweitert was Sie z B anhand der Gr e der Datei leicht feststellen k nnen 6 5 Analyse eines Screenings Um die Originalbilder immer unver ndert zur Verf gung zu haben ist beim Lemna Tec Scanalyzer Programm das Aufnehmen der Bilder eines Screenings streng getrennt von der Analyse d h dem Auffinden und Klassifizieren der Lemnafronds Wollen Sie die Bild
49. e Handhabbarkeit des Systems gelegt Zum fehlerfreien Betrieb der Anlage ist es den noch unvermeidlich auf einige wichtige Punkte hinzuweisen ACHTUNG Beim Aufbau sowie beim Ein und Ausschalten des Lem naTec Scanalyzers ist es u erst wichtig dass die vorgegebene Reihenfolge unbedingt eingehalten wird da das sogenannte hotplugging zu Deutsch Das Verbinden eingeschalteter hei er Ger te empfindliche elektronische Komponenten wie z B Video Kamera oder Frame Grabber zerst ren kann Inbetriebnahme des Systems Abbildung 1 1 Komponenten des Scanalyzer Systems 1 1 Bestandteile des Systems 1 Aufnahmeeinheit 2 Computer 3 Bildschirm 4 Tastatur 5 Maus 1 2 Aufbau und Einschalten des Systems Verbinden Sie das Bildschirmkabel mit der entsprechend gekennzeichneten Monitor Buchse auf der Riickseite des Computers und schlieBen Sie sowohl Computer als auch Monitor mit den mitgelieferten Netzkabeln an das Stromnetz an 230 110 Volt Stecken Sie nun bitte Maus und Tastaturkabel in die entsprechend gekennzeichneten Buchsen auf der Riickseite des Computers Verbinden Sie die Aufnahmeeinheit tiber das mitgelieferte Netzkabel mit dem Stromnetz 230 110 Volt und ber das mit gelieferte Videokabel mit der entsprechend gekennzeichneten Video Buchse ebenfalls auf der R ckseite des Computers Nun schalten Sie die Ger te bitte in der folgenden Reihenfolge ein wichtig 1 2 Aufbau und Einschalten des Systems
50. e in dieser Box also besser mit der linken Maustaste auf Nein oder dr cken die Return Taste wodurch Sie wieder zur ck in die vorherige Dateiauswahlbox gelangen in der Sie dann einen anderen noch nicht vorhandenen Dateinamen f r Ihre neue Einzelmessung w hlen k nnen Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Lassen Sie das Textfeld leer benennt das Programm Ihre Messung automatisch nach Datum und Uhrzeit der Messung Zum Abbrechen des gesamten Vorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Klicken Sie mit der linken Maustaste auf OK erscheint dann die Dialogbox Einzelmessung einlegen siehe Abbildung Einzelmessung einlegen Stellen Ste bitte die Probe in die Aufnahmeeinheit und schlie en Sie die Tur Abbrechen Abbildung 5 8 Einzelmessung einlegen 57 58 Einzelmessung Kommen Sie der Aufforderung nach oder klicken Sie zum Abbruch des Vorgangs mit der linken Maustaste auf Abbrechen um zum LemnaTec Scanalyzer Hauptfen ster zur ck zu gelangen Achten Sie beim Hineinstellen der Petrischale in die Aufnahmeeinheit bitte darauf dass die Petrischale genau in der daf r vorgesehenen Passform in der Aufnahmeeinheit steht da die Messung sonst verf lscht werden k nnte Wenn Sie die T r der Aufnah meeinheit schlie en k nnen Sie im Hauptfenster des LemnaTec Analyse Programms das Livebild der Videokamera beobachten Fal
51. e prozentualen Fl chenanteile von Chlorosen und Nekrosen ermitteln Um in die Farbanalyse zu gelangen klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men zeile am oberen Rand des LemnaTec Mikrobio Programmes auf den Men punkt Einstellungen und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Bildverarbeitung Es erscheint dann die Dialogbox Bildverarbeitung konfigurieren siehe Abbildung Bildverarbeitungsparameter ES Bildverarbeitung Empfindlichkeit e la helle Kolonien E coli auf EndoNHS dunkle Kolonien Enterobacter Ames Enterococcus C B ckerhefe C Pseudomonas E coli auf Endoagar C Staphylococcus Ames 2 Analysieren Farbauswahl aktive Konfiguration C vom mdf bernehmen C aus Datei Durchsuchen Bearbeiten Abbrechen Abbildung 3 20 Bildverarbeitung konfigurieren F r die Konfiguration der Farbklassifizierung ist die untere H lfte des Dialogfeldes zust ndig W hlen Sie zun chst eine der vorhandenen Konfigurationen aus Dies sind e aktive Konfiguration Dies ist die zuletzt aktivierte Konfiguration Die ak tive Konfiguration ist diejenige die f r alle folgenden Farbanalysen verwendet wird Sie wird vom System gespeichert und steht so auch nach Beendigung und Neustart des Programmes zur Verf gung e aus MDF bernehmen Diese Option ist nur aktiv falls Sie in der aktuell gela denen Bilddatei schon Analysen durchgef hrt
52. eben Farbwerte werden immer am Ende einer Farbklasse unten eingef gt Auf diese Weise k nnen Sie auch einzelne Farbwerte in nerhalb einer Farbklasse verschieben und umsortieren Allerdings hat die Reihenfolge der einzelnen Farbwerte innerhalb einer Klasse keinerlei Auswirkung auf die Analyse und dient allerh chstens der bersicht 3 2 3 2 Einen Farbwert hinzuf gen Hier gibt es zwei M glichkeiten Die bequemste und sicherste besteht darin eine Farbe aus dem Originalbild auszuw hlen Klicken Sie mit der linken Maustaste im Hauptfenster mit dem Originalbild einfach auf die Stelle mit der gew nschten Farbe Es erscheint ein Dialog der sie fragt ob Sie diese Farbe bernehmen wollen siehe Abbildung 3 2 Software Konfiguration Farbe hinzufugen Soll diese Farbe zum Farbschema hinzugetugt werden Abbrechen Abbildung 3 23 Farbe hinzuf gen Wenn Sie dies mit OK best tigen wird die Farbe zun chst zur obersten Farb klasse des Farbdialoges hinzugefiigt und kann dann sp ter an die gewiinschte Stelle verschoben werden Die zweite M glichkeit besteht darin dass Sie mit der rechten Maustaste in dem Farbdialog klicken und aus dem dann erscheinenden Kontextmen den Punkt Farbe hinzuf gen w hlen Es erscheint der Windows Farbauswahldialog aus dem Sie eine Farbe ausw hlen k nnen Um dort ein differenzierteres Farbspektrum zu erhalten klicken Sie auf das Feld Farben defin
53. en Der blaue Kreis dient dazu dem System zu zeigen wo in diesen Pe trischalen der Bodensatz bzw der Bodenrand des Glases ist Positionieren sie den blauen Kreis m glichst so dass er gut diese markiert Um den Kreis optimal auszu richten benutzen Sie die Dialogbox Hardwarekonfiguration Gef position Gehen Sie dabei wie folgt vor Die oberen schwarzen Pfeile dienen dazu die Position des roten Kreises in alle Richtungen zu verschieben siehe Abbildung 3 1 Hardware Konfiguration 35 Position Abbildung 3 12 Pfeile zur Ver nderung des Mittelpunktes Um den Kreis in der vertikalen Richtung vergr ern verkleinern zu k nnen dr cken Sie mit der linken Maustaste auf das folgende Plus Minus in der Einstel lungsbox am rechten oberen Bildschirmrand siehe Abbildung ur U Abbildung 3 13 Pfeile zur vertikalen Ver nderung Beugungsrand Um den Kreis in der horizontalen Richtung vergr ern verkleinern zu k nnen dr cken Sie mit der linken Maustaste auf das folgende Plus Minus Symbol in der Einstellungsbox am rechten oberen Bildschirmrand siehe Abbildung Gobe RSA SS Abbildung 3 14 Pfeile zur horizontalen Ver nderung Beugungsrand Bei allen genannten Einstellungen k nnen Sie auch das entsprechende Feld durch Linksklick markieren und dann mit gedr ckter Return Taste kontinuierlich in die entsprechende Richtung fahren Wenn Sie die Einstellungen vorgenommen haben klicken Sie bitte auf Weite
54. en Kolonier ndern die bei der Farbanalyse falsch bewertet werden Um in dem Ausschnittbild an die richtige Stelle in Ihrem Bild zu fahren bewegen Sie die Bildlaufleisten rechts und unter dem Bild bei gedr ckter linker Maustaste in die gew nschte Richtung hnlich den Bildlaufleisten im Hauptfenster Die folgenden sechs manuellen Nachbearbeitungsschritte sind nun m glich Linksklick bedeutet dabei Klicken mit der linken Maustaste L schen eines zuviel gefundene Kolonien durch Linksklick auf e Abbildung 6 25 Symbol Objekt l schen und anschlie endem Linksklick auf den zuviel gefunden Kolonie Hinzuf gen einer nicht gefunden Kolonie durch Linksklick auf _ Abbildung 6 26 Symbol Objekt hinzuftigen und anschlie endem manuellem Umranden der entsprechenden nicht gefundenen Kolonie mit gedr ckter linker Maustaste im Ausschnittbild Die Kurve muss dabei nicht ganz geschlossen sein da das System die Kurven selbstst ndig schlie t Teilen einer Kolonie in zwei neue durch Linksklick auf Abbildung 6 27 Symbol Objekt teilen 87 88 Screening Anschlie end klicken Sie im Bild auf zwei Punkte in den zu teilenden Kolonien Die Verbindungslinie dieser beiden Punkte wird dann die Trennlinie zwischen den beiden neuen Kolonien Zusammenf gen zweier Kolonien zu einem durch Linksklick auf _ge Abbildung 6 28 Symbol Objekte zusammenf gen und anschlie endem Linksklick in die Fl
55. en Sie die Probe in die Aufnahmeeinheit und klicken Ste auf OF Abbrechen Abbildung 6 17 Bilder aufnehmen Kommen Sie der Aufforderung nach und stellen Sie das Becherglas in die Aufnah meeinheit und schliefen Sie die Tiir Achten Sie beim Hineinstellen der Petrischale bitte darauf dass diese genau in der dafiir vorgesehenen Passform in der Aufnahme einheit steht da die Messung sonst verf lscht werden k nnte Wenn Sie die T r der Aufnahmeeinheit schlie en k nnen Sie im Hauptfenster des LemnaTec Analyse Pro gramms das Livebild der Videokamera beobachten Falls die Dialogbox das Livebild des Testgef es berdeckt k nnen Sie diese durch Anklicken mit der linken Mausta ste auf den oberen blauen Titelbalken der Dialogbox und gleichzeitigem Fahren der Maus bei gedr ckter linker Maustaste so verschieben dass Sie freien Blick auf das Testgef haben Klicken Sie in der Dialogbox Bild aufnehmen mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken die Return Taste Daraufhin wird das aktuelle Bild eingelesen Es erscheint dann erneut die Dialogbox Bilder aufnehmen s o f r das 2 Test gef Ihres Screenings usw Dieser Vorgang Bilder aufnehmen wird nun solange wiederholt bis Sie alle Test gef e Ihres Screenings aufgenommen haben Sollten Sie aus Versehen ein Testgef 6 3 Erste Aufnahmen des Screenings Ihres Screenings aufnehmen das Sie bereits aufgenommen haben erscheint die War nung
56. ening Wenn Sie in dieser Dialogbox alle Daten Ihrer Probe eingegeben haben klicken Sie mit der linken Maustaste auf Weiter gt gt und gelangen so in die dritte Dialogbox Neues Screening Testdesign 3 siehe Abbildung 6 1 3 Dialogbox Testdesign Neues Screening 3 Abbildung 6 8 Dialogbox Testdesign Screening In dieser Dialogbox geben Sie s mtliche Daten ein die sich auf das Testmedium und den Testorganismus Ihres Screenings beziehen in die entsprechenden Felder ein Auch hier besteht nat rlich die M glichkeit einzelne oder mehrere Felder leer zu lassen Klicken Sie auf andere und lassen das Feld mit Bemerkungen frei Haben Sie in der ersten Dialogbox ein Testdesign in Form einer Datei geladen haben so stehen in den einzelnen Feldern Daten die Sie wie oben beschrieben l schen und ersetzen k nnen Durch Klicken mit der linken Maustaste auf lt lt Zur ck gelangen Sie in die vorherige Dialogbox Neues Screening Testdesign siehe oben und durch Klicken auf Abbrechen brechen Sie den ganzen Vorgang ab Wenn Sie in dieser Dialogbox alle Daten des Testmediums sowie des Testorga nismus eingegeben haben klicken Sie mit der linken Maustaste auf Weiter gt gt und gelangen so in die vierte Dialogbox Testkonzeption siehe Abbildung 6 1 Screeningassistent 15 6 1 4 Dialogbox Testkonzeption Neues Screening 4 Er RT RT fe lz MiKr otter etter A
57. entration Kalibration Zeitpunkt Dauer Kollonien Farbklassen Gr enklassen Gesamtfl che pro Gr enklasse Gr enklassen Anzahl Kollonien pro Gr enklasse Gegen ber der Einzelstatistik fehlen hier die Daten f r die kombinierte Farbklas sifikation und Gr enverteilung aus Gr nden der bersichtlichkeit Wenn diese Daten aus einer Messreihe ben tigt werden k nnen diese unter dem Men punkt Ansicht otatistik angesehen werden 4 5 3 Livebild Hier k nnen Sie durch Anklicken mit der linken Maustaste auf Ansicht in der Meniileiste und dann auf Live Bild das aktuelle Kamerabild anzeigen lassen Kapitel 5 Einzelmessung Der LemnaTec Scanalyzer unterscheidet prinzipiell zwei verschiedene Formen von Messungen 1 die Einzelmessung 2 das Screening und W hrend bei der Einzelmessung nur eine einzige Probe analysiert wird und das Ergebnis der Messung Koloniezahl Koloniefl che Gr enverteilung und Gesamt fl che der Kolonien sowie die prozentuale H ufigkeit spezieller Farbklassen pro Kolo nie ausgegeben wird fasst ein Screening mehre Einzelmessungen zu einem einzigen Messzeitpunkt aber mit mehreren unterschiedlichen Konzentrationen zusammen Die Einzelmessung ist sinnvoll wenn eine Probe einmalig und nicht als Bestandteil einer ganzen Messreihe ausgewertet werden soll Auch Reanalysen von Einzelbildern die mit dem LemnaTec Scanalyzer aufgenommen und abgespeichert wurde
58. er dem Menu Einstellungen zug nglich W hlen Sie dort den Men punkt Bildverarbeitung 3 2 Software Konfiguration EE z mdf Mikrobio Einstellungen Abbildung 3 16 Einstellungen Bildverarbeitung Es erscheint ein Dialogfeld Bildverarbeitungsparameter Abbildung 3 17 Bildverarbeitung konfigurieren Die obere H lfte bezieht sich auf Einstellungen zu den Objekt Erkennungsalgorithmen die untere Einstellungen zur Farbauswahl 3 2 1 Bildverarbeitungskonfiguration Unter dem Punkt Dist Threshold k nnen Sie Einstellungen zur Farbempfindlichkeit vornehmen Je h her der angegebene Wert ist desto niedriger ist die Empfindlichkeit d h es werden weniger Objekte erkannt Um die Werte zu ver ndern klicken Sie mit der linken Maustaste den Regler an und verschieben diesen mit gedr ckter linker Maustaste in die gew nschte Richtung Sie k nnen den Wert auch ndern indem Sie mit der linken Maustaste das Zahlenfeld anklicken und den gew nschten Wert ber die Tastatur eingeben Au erdem geben Sie bitte in den Feldern darunter an mit welcher Art Objekten Sie arbeiten indem Sie mit der linken Maustaste das Feld vor den Objektbezeichnun gen markieren Dies ist wichtig da f r jede der angegebenen Objekte ein spezieller Bilderkennungs Algorithmus existiert 38 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes Haben Sie diese Einstellungen vorgenommen klicken Sie mit der linken Mausta ste auf Analysi
59. er eines Screenings analysieren lassen sorgen Sie daf r dass dieses Screening sich im Arbeitspeicher des Programms befindet indem Sie die ent sprechende mdf Datei von der Festplatte des Computers ffnen Auch eine gerade abgeschlossene Serie von Aufnahmen kann sofort analysiert werden Klicken Sie zum Starten der Analyse mit der linken Maustaste im Men Bearbei ten auf Analyse starten Es erscheint die folgende Dialogbox siehe Abbildung Analyse starten Die Analyse kann nun mit folgender Konfiguration gestartet werden Eildwerarbeitungsk onfiguration Konfiguration erstellt von hans am Mittwoch 21 Juni 000 14 36 h Bemerkungen Heu Hans Farbklassitik ation Farbzchema erstellt von hans am Mittwoch ZT Jun 2000 14 70 h Bemerkungen Da die Yerarbeitung s mtlicher Bilder langere Zeit in Anspruch nehmen kann wird se als Hintergrundprozess d h unbhangig von dieser Anwendung gestartet Dazu wird das aktuelle Dokument gespeichert und geschlossen In dieser Anwendung konnen Sie w hrend der Analyse weiter Dokumente bearbeiten oder auch die Anwendung schlie en Abbrechen Abbildung 6 21 Analyse starten 83 04 Screening Best tigen Sie diese Dialogbox durch Linksklick auf Analyse starten Das Pro gramm beginnt nun die automatische Suche nach Kolonien in den einzelnen Messun gen die Sie zum Screening angelegt haben Sie k nnen den Prozessor des C
60. eren und das Programm startet die Analyse mit der gew hlten Einstellung Wenn diese noch nicht optimal sein sollten verschieben Sie den Dist Threshold 3 2 2 Einstellungen zur Farbauswahl Die Farbanalyse dient zur reproduzierbaren Klassifizierung der F rbungen der Probe Daraus lassen sich z B die prozentualen Fl chenanteile der Kolonien ermitteln Um in die Farbanalyse zu gelangen klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men zeile am oberen Rand des LemnaTec Scanalyzers auf den Men punkt Einstellungen und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Bildverarbeitung Es erscheint dann die Dialogbox Bildverarbeitungs parameter siehe Abbildung Bildverarbeitungsparameter Bildverarbeitung Empfindlichkeit de 123 Ge helle Kolonien C E coli auf EndoNHS dunkle Kolonien C Enterobacter C Ames C Enterococcus Malal C Pseudomonas E coli auf Endoagar Staphylococcus Ames 2 Analysieren Farbauswahl e aktive Konfiguration vom mdf bernehmen aus Datei Durchsuchen Bearbeiten Abbrechen Abbildung 3 18 Bildverarbeitungsparameter F r die Konfiguration der Farbklassifizierung ist die untere H lfte des Dialogfeldes zust ndig W hlen Sie zun chst eine der vorhandenen Konfigurationen aus Dies sind 3 2 Software Konfiguration 39 e aktive Konfiguration Dies ist die zuletzt aktivierte Konfiguration Die ak tive Konfiguration
61. evorgangs klicken Sie bitte mit der linken Maustaste auf Abbrechen Wenn Sie sich mit einem g ltigen Benutzernamen und Kennwort angemeldet ha ben befinden Sie sich im Hauptfenster LemnaTec Scanalyzers siehe Abbildung 30 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes gt 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge Deco c amp LA WIK lt lt gt gt gt d n dl Y v 4 gt Bereit IT DE Abbildung 3 4 Mikrobio Hauptfenster Falls sich in der Aufnahmeeinheit nichts befindet oder die Tiir der Aufnahmeein heit offen steht ist der Inhalt dieses Fensters nat rlich leer da hier das Livebild der in der Aufnahmeeinheit befindlichen CCD Kamera angezeigt wird Je nach Blendenein stellung kann es sein dass das Livebild extrem dunkel oder hell ist und keine Objekte zeigt 3 1 1 Einstellung der CCD Kamera Am besten beginnen Sie immer damit das Livebild auf Sch rfe und Helligkeit zu berpr fen und ggf scharf zu stellen und die richtige Blende an der Kamera in der Aufnahmeeinheit zu w hlen da die Ergebnisse der Bildverarbeitung sehr stark von der richtigen Sch rfe und Belichtung des Bildmaterials abh ngen Zur richtigen Ein stellung von Sch rfe und Belichtung der CCD Kamera ffnen Sie vorsichtig die obere Abdeckung an der Frontseite der Aufnahmeeinheit so dass Sie Zugang zur Kamera haben Dazu m ssen die beiden Halterungen an der Innenseite der oberen Frontplat
62. feile lassen die Anzeige zum ersten letzten Bild der ersten letzten Messung springen Mit einem Klick auf die schwarzen Pfeile springt die Ansicht immer ein Bild vor oder zur ck Im Fenster oben links ist die Zeit der Messung relativ zum ersten Messzeitpunkt 0 sowie Konzentrationsstufe und Replikat der Probe angegeben 6 8 Manuelle Nachbearbeitung Die Analysedauer ist abh ngig von der Anzahl der gefundenen Kolonien und der Komplexit t der Kolonieanordnung Sie betr gt normalerweise zwischen 10 und 20 Sekunden Nach Abschluss der Analyse erscheint das Analyseergebnis mit den gefun denen Kolonien im Fenster Nachbearbeiten siehe Abbildung OF mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge OM oi a x ioj SI Objekte vereinigen R ckg ngig Kommentar A Y lt lt Zur ck PEIES TOR Abbrechen Abbildung 6 24 Fenster Manuelle Nachbearbeitung Dieses Fenster l sst sich auch vom LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster aus auf rufen Dazu klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste oben auf den Men punkt Bearbeiten und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Kolonien bearbeiten In Fenster Nachbearbeiten ist jede von der Analyse erkannte Kolonie blau um randet Da jedes automatisierte Bilderkennungssystem seine nat rlichen Grenzen hat k nnen Sie hier Problemf lle die von der automatischen Erkennung nicht richtig
63. feiner die Abstufung sein soll z B zwischen verschiedenen Gr nt nen desto mehr Farbwerte sind sinnvoll Au erdem wird das Hauptfenster in zwei Teile geteilt In dem unteren sehen sie das Originalbild Die obere H lfte dient zum Testen der gew hlten Farbkonfiguration 41 42 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge OMe erage ll lt gt gt gt I Farbklassifizierung ti EB ER dunkelblau Fl che 20 4 0 6 0 8 0 10 012 014 016 018 020 0 gt 20 0 Gr enklass A Analysieren ffnen Speichern Abbrechen E WM 7 Abbildung 3 22 Farbklassifizierung bearbeiten Wenn Sie in dem Farbdialog auf das Feld Analysieren klicken dann werden die Farben der im Originalbild erkannten Kollonien den Farbklassen des Dialoges zu geordnet und durch die Signalfarben im oberen Bild dargestellt Die Einteilung in Farbklassen kann nun von Ihnen selbst ndig bearbeitet werden Au erdem haben Sie die M glichkeit hnlich wie bei der Auswahl der Konfiguration im Bildverarbeitungs dialog alternative Farbschemata aus einer Datei zu laden In dem Farbdialog k nnen Sie nun 3 2 3 1 Farbwerte sortieren Einzelne Farbwerte einer anderen Farbklasse zuordnen indem Sie den gew nschten Farbwert mit der linken Maustaste anklicken und mit gedr ckter linker Maustaste in die gew nschte Farbklasse verschi
64. g von h ufig benutzten Testdesigns anlegen k nnen die Sie dann zu Beginn des Screenings einfach laden ohne jedes Mal die Daten wieder neu eingeben zu m ssen Es empfiehlt sich eine Menge solcher Testdesigns anzule gen damit Sie f r fast alle in Ihrem Labor vorkommenden Konfigurationsf lle eine entsprechende Datei zur Verf gung haben und so eine Menge Zeit sparen Das Laden der Testdesign Datei erfolgt ber die bereits beschriebene Standard Windows Dateiauswahlbox Datei und Offnen siehe Abbildung 6 1 Screeningassistent Offnen Md ES Suchen in E Testdesign EX Testkonzept tkz Dateiname Screening tkd Dateityp Testkanzept tkz E Abbrechen Abbildung 6 3 Testdesign Datei laden Hier geben Sie Pfad und Dateinamen der Datei ein die Sie laden wollen und klicken mit der linken Maustaste auf ffnen Der Standardname f r diese Art Datei en ist tkz Die allgemeinen Bedienungshinweise entnehmen Sie bitte der Microsoft Windows NT 4 0 Standardliteratur Speichern k nnen Sie das Testdesign erst am Ende der Dialogboxen des Scree ningassistenten in der 5 und letzten Dialogbox siehe unten da erst dort alle zum Testdesign geh renden Daten eingegeben wurden Sie k nnen nat rlich ebenfalls ein Testdesign laden das dem gew nschten sehr nahe kommt und dies an den Stellen an denen es nicht stimmt korrigieren Danach m ssen Sie das so entstandene Testdesign
65. gelangen dadurch zur ck zu der Dialogbox Bilder aufnehmen in der Sie die fehlende Probe eingeben und dann aufnehmen k nnen Der Schalter Ignorieren dient dazu einzelne Proben im Screening wegzulassen falls diese aus irgendwelchen Gr nden w hrend der Messung unbrauchbar wurden ol 82 Screening ACHTUNG Fehlende Bilder k nnen nach dem endg ltigen Abbruch nicht mehr nachgetragen werden Nur teilweise aufgenommene Messzeitpunkte machen u U eine statistische Analyse der Ergebnisse problematisch Wenn Sie alle Testgef e Ihres Screenings aufgenommen haben erscheint eine Hinweisbox Nun k nnen die Originalbilder in der bereits beschriebenen Datei mit dem Format mdf gespeichert werden Das Programm fordert Sie dazu automatisch auf wenn Sie jetzt eine neues Screening anlegen wollen oder das Programm verlassen m chten Sie k nnen auch selbstst ndig Ihre Originalbilder speichern indem Sie im Men Da tei auf Speichern unter klicken Diese Datei mit Originalbildern ist von allen Analysen unabh ngig Zur Durchf hrung einer Analyse gehen Sie bitte so vor wie in Kapitel 5 beschrieben Zun chst jedoch ein Kapitel ber die Vorgehensweise wenn vor der Analyse weitere Screeningtests zu sp teren Messzeitpunkten durchgef hrt werden sollen 6 4 Hinzuf gen einer Messung in ein bestehendes Screening F r die Aufnahme von Proben zu einem weiteren Messzeitpunkt einem bereits b
66. hen OR Abbildung 3 9 Iris Steuerung Durch klicken auf Abbrechen brechen Sie den gesamten Vorgang ab Durch klicken auf Ok beenden Sie das Iris Steuerungs Men Die von Ihnen gew hlte Ka libration bleibt aktiv bis zur n chsten Kalibration 3 1 3 Einrichten von Petrischalen Stellen Sie dazu eins der Gef e f r die Sie den LemnaTec Scanalyzer konfigurieren wollen in die daf r vorgesehene Passform in der Aufnahmeeinheit Wenn sich die Petrischale f r die der LemnaTec Scanalyzer konfiguriert werden soll in der Aufnahmeeinheit befindet schlie en Sie die T r der Aufnahmeeinheit und klicken mit der linken Maustaste in der Men leiste oben im LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster auf den Men punkt Einstellungen und in dem daraufhin herunter klappenden Pull down Men auf den Men punkt Hardware siehe Abbildung 33 34 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes gt OF mdf H krob o Einstellungen Hardware Abbildung 3 10 Einstellungen Hardware Es wird nun ein Assistent mit zur Hardwarekonfiguration gestartet Als erstes m ssen Sie in der Dialogbox Hardwarekonfiguration die Position der Petrischale angeben siehe Abbildung H ardwarekonfiguration Abbildung 3 11 Hardwarekonfiguration Gef position Der Scanalyzer zeichnet nun einen blauen Kreis in das Livebild Da Sie mit gef rbten tr ben oder verschmutzen L sungen arbeiten m ssen Sie das System dar auf einstell
67. i Punkte in den zu teilenden Kolonien Die Verbindungslinie dieser beiden Punkte wird dann die Trennlinie zwischen den beiden neuen Kolonien Zusammenf gen zweier Kolonien zu einem durch Linksklick auf _ge Abbildung 5 13 Symbol Objekt zusammenf gen und anschlie endem Linksklick in die Fl che der beiden zu vereinigenden Kolonien R ckg ngigmachen aller Aktionen und Wiederherstellen des Ausgangsbildes durch Linksklick auf R ckg ngig Abbildung 5 14 Symbol Aktionen r ckg ngig machen Au erdem k nnen Sie durch Linksklick auf kommentar Abbildung 5 15 Kommentar eingeben ein Feld ffnen in dem Sie Bemerkungen zu Ihrer manuellen Nachbearbeitungen notieren k nnen Dieser Text wird zusammen mit der Probe abgespeichert und beim Ausdruck oder Export der Ergebnisse mit ausgegeben siehe Abbildung 5 4 Manuelle Nachbearbeitung Bemerkung eingeben x Geben Sie bitte die Bemerkung zum aktuellen Replikat em Abbrechen Abbildung 5 16 Kommentar zum aktuellen Replikat Sobald Sie alle Fehler Ihrer Einzelmessung mit der manuellen Nachbearbeitung be arbeitet haben klicken Sie mit der linken Maustaste auf Weiter gt gt oder dr cken die Return Taste Wenn Sie bereits mit dem Ergebnis der automatischen Objekt findung zufrieden sind k nnen Sie hier nat rlich auch direkt auf Weiter gt gt klicken oder die Return Taste dr cken um in der Analyse fortzufahren ohne vorher eine ma
68. ie Datei den Sie nat rlich ndern k nnen wird Ihnen vom Programm der Name des Tests vorgeschlagen wie Sie Ihn zu Beginn Ihrer Messung eingegeben haben Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Die allgemeinen Bedienungshinweise der Standard Windows Dateiauswahlbox entnehmen Sie bitte Anhang A Nach Eingabe des Dateinamens klicken Sie mit der linken Maustaste auf Spei chern oder driicken die Return Taste um die Datei unter dem gesetzten Pfad und dem gew hlten Namen anzulegen Falls Sie einen Dateinamen w hlen der bereits existiert erscheint eine Warnung siehe Abbildung Speichern unter Pei DO Mikrobio 0 md besteht bereits Mochten Sie sie ersetzen Abbildung 5 19 Datei ersetzen Wenn Sie hier mit der linken Maustaste auf Ja klicken dann wird die alte Datei durch die neue ersetzt Die alte Datei die unter diesem Dateinamen abgespeichert war geht dabei verloren Klicken Sie in dieser Box also besser mit der linken Maustaste auf Nein oder dr cken die Return Taste wodurch Sie wieder zur ck in die vorherige Dateiauswahlbox gelangen in der Sie dann einen anderen noch nicht vorhandenen Dateinamen w hlen k nnen Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen 63 64 Einzelmessung Beachten Sie bitte wieder dass beim Uberschreiben bereits vorhandener Dateien die alten Informationen
69. ie Daten aus die gerade im Speicher das Programms aktiv sind entweder eine Einzelmessung bei der Einzelbild analysiertes Kantenbild und Zahlenwerte der Messung auf einem Blatt gedruckt werden oder aber die Zahlenwerte einer Messreihe Bei einem Screening siehe Kapitel 6 werden ebenfalls die aktuellen Messwerte ausgedruckt 6 11 Die Reanalyse Eine Reanalyse unter anderen Gesichtspunkten ist ausgehend von den Originalbildern jederzeit m glich ffnen Sie die Datei der Originalbilder Men leiste Datei ffnen Klicken Sie zum Starten der Analyse mit der linken Maustaste im Men Bearbeiten auf Analyse starten Sie k nnen jetzt bez glich Konfiguration Farbklassifizierung und vor allem manueller Nachbearbeitung andere Entscheidungen treffen als Sie es vorher getan haben Das Programm erzeugt eine Analysedatei mit einer neuen laufenden Nummer Ergebnisse der verschiedenen Analysen k nnen so verglichen und die Methode optimiert werden 91 92 Screening Anhang A Die Standard Windows Datel Auswahlbox Die Standard Windows Datei Auswahlbox erscheint immer dann wenn es darum geht bestimmte Dateien zu ffnen oder abzuspeichern siehe Abbildung Offnen El ES Suchen in E Scanalyzer EX JJ Farbklassen _ J Messdaten _ Methoden _ Testdesign Dateiname Dateityp LemnaTec Dokument On Abbrechen Abbildung A 1 Standard Windows Datei Auswahlbox In d
70. ieren siehe Abbildung Farben Ed x WI ee eee DIF ee WPS Gallet CL LEE BEEBE eee EEN WI Benutzerdefinierte Farben WI I I I I TI Farbe 182 Bot se Colle a CRW F rben definieren gt Farbe Basis Hell H 20 Blau H 93 Abbrechen Farben hinzufugen Abbildung 3 24 Farben Klicken Sie auf OK um die gew hlte Farbe wieder der ersten Farbklasse hinzu zufiigen 3 2 3 3 Einen Farbwert l schen Einen Farbwert l schen Sie indem Sie mit der rechten Maustaste auf den zu l schenden Farbwert klicken und in dem daraufhin erscheinenden Pop up Men auf Farbe l schen klicken Der entsprechende Farbwert wird dann gel scht Die Pixel mit diesem Farbwert gehen nicht verloren sondern werden dem n chst hnlichen Farb wert zugeschlagen 43 44 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes 3 2 3 4 Die Signalfarbe einer Farbklasse ndern Die Signalfarbe mit der eine Farbklasse dargestellt wird entspricht der Farbe des K stchens vor der Farbklasse in der Dialogbox Farbklassifizierung Zur nderung dieser Signalfarbe klicken Sie mit der linken Maustaste auf das K stchen vor der entsprechenden Farbklasse In der daraufhin erscheinenden Dialogbox Farben sie he Abbildung zu Punkt 3 4 4 klicken Sie dann mit der linken Maustaste auf die gew nschte Signalfarbe mit der die Farbklasse dargestellt werden soll Achten Sie bitte darauf dass die Signalfarbe mit de
71. ieser Box geben Sie in dem Feld Dateiname den Namen der Datei an die Sie ffnen m chten bzw unter der die entsprechenden Daten abgespeichert werden sollen Beim Speichern sollten Sie der Datei einen m glichst plausiblen Dateinamen geben damit Sie Ihre Daten sp ter einfacher unter diesem von Ihnen selbst gew hlten Namen wiederfinden k nnen Sie k nnen allerdings auch den vom Computer vorgeschlagenen und wenig aussagekr ftigen durchnummerierten Dateinamen nehmen Nach Eingabe des Dateinamens klicken Sie mit der linken Maustaste auf Speichern oder dr cken die Return Taste um die Datei unter dem gesetzten Pfad und dem gew hlten Namen abzuspeichern Zum Abbruch des Vorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen In der Dateiauswahlbox k nnen Sie au erdem den sogenannten Pfad bestimmen unter dem Ihre Messreihen Datei auf der Festplatte abgelegt wird Der Standardpfad 94 Die Standard Windows Datei Auswahlbox ist D Scanalyzer Um in ein tieferes Verzeichnis zu gelangen doppelklicken Sie mit der linken Maustaste einfach auf das gew nschte Verzeichnis und um in das n chst h here Verzeichnis zu gelangen klicken Sie mit der linken Maustaste auf siehe Abbildung Offnen Ei Suchen ir E Scanalpzer Ex Ubergeordneter Ordner Abbildung A 2 H heres Verzeichnis Wenn Sie ein neues Verzeichnis Ordner anlegen wollen klicken Sie mit der linken Maustaste in der Dateiauswahlb
72. instellungen Werkzeuge Heu ffnen Strg Speichern Strg 5 Speichern unter Exportieren Aktuelles Bild nr Analysedaten aktuelles Heike at Sralfeedaten gesamte Messin estioneent Abbildung 5 26 Export von Daten und Bildern konfiguration laden F oniguration speicher Sie haben folgende M glichkeiten e Aktuelles Bild Hier k nnen Sie immer das aktivierte Bild als Bitmap expor tiere Dies ist unabh ngig davon ob es das Original Kanten oder Falschfar benbild ist oder ob es sich um eine Einzelmessung oder eine Messreihe handelt e Analysedaten aktuelles Replikat Sowohl aus Screenings als auch aus Ein zelmessungen exportieren Sie alle Daten die unter Statistik angezeigt werden also auch die Tabelle zur Gr en und Farbverteilung e Analysedaten gesamte Messreihe Hier werden alle Daten der Tabelle die Sie unter Ansicht und Gesamt Daten Messreihe finden als Html Excel oder Text File exportiert e Testkonzept Das aktuelle Testkonzept k nnen Sie hier als Text File exportie ren 5 9 Drucken von Ergebnissen und Bildern Sie m ssen allerdings nicht unbedingt externe Programme benutzen um einen Aus druck der Messergebnisse zu erhalten sondern k nnen auch vom Scanalyzer Pro gramm aus drucken falls Sie einen Drucker angeschlossen und installiert haben Hierzu klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste des Hauptfensters auf Datei Drucken
73. laufende unschar fe Kolonier nder sind durch die Diskretisierung der Digitalkamera bedingt Die zus tzliche Einbeziehung sehr heller Kolonier nder f hrt daher nicht zu einer bes seren Ann herung an den wahren Kolonierand sondern viel mehr zu k nstlichen hellen Kolonier ndern die bei der Farbanalyse als chlorotisch oder nekrotisch einge stuft werden Um in dem Ausschnittbild an die richtige Stelle in Ihrem Bild zu fahren bewegen Sie die Bildlaufleisten rechts und unter dem Bild bei gedr ckter linker Maustaste in die gew nschte Richtung hnlich den Bildlaufleisten im Hauptfenster Die folgenden sechs manuellen Nachbearbeitungsschritte sind nun m glich Linksklick bedeutet dabei Klicken mit der linken Maustaste L schen eines zuviel gefundenen Kolonien durch Linksklick auf w Abbildung 5 10 Symbol Objekt l schen und anschlie endem Linksklick auf den zuviel gefunden Kolonie Hinzuf gen eines nicht gefunden Kolonien durch Linksklick auf e Abbildung 5 11 Symbol Objekt hinzuf gen und anschlie endem manuellem Umranden der entsprechenden nicht gefundenen Kolonien mit gedr ckter linker Maustaste im Ausschnittbild Die Kurve muss dabei nicht ganz geschlossen sein da das System die Kurven selbstst ndig schlie t 59 60 Einzelmessung Teilen eines Kolonien in zwei neue durch Linksklick auf we Abbildung 5 12 Symbol Objekt teilen Anschlie end klicken Sie im Bild auf zwe
74. ld heraus Alle Daten des Einzelbildes k nnen dann wie bei der Einzelmessung abgerufen und exportiert werden Alle Analysenergebnisse dagegen werden nach jeder Analyse d h Suchen von Lemnafronds manuelle Nachbearbeitung und Farbanalyse die sie am Ende oder auch nach einzelnen Messzeitpunkten durchf hren k nnen in Dateien mit dem Na men 001 mdf 002 mdf 003 mdf usw chronologisch gespeichert Um unter GLP arbeiten zu k nnen sind die Datenformate gegen manipulierte Eingriffe gesch tzt Erst nach dem Export k nnen die Bilder und Daten editiert und ver ndert werden Die folgenden Daten werden in dem mdfDateiformat des LemnaTec Scanalyzers abgespeichert B 3 Basisdatei e Header Name der Messreihe Benutzername des Benutzers Voller Vor und Zuna me des Benutzers Datum und Uhrzeit der Aufnahme Bemerkungen Programm 98 Dateiformat mdf version Kamera und Framegrabbermodell bei Reanalyse noch mal dieser Hea der mit den Daten des Reanalysators e Die Testspezifikation S mtliche Angaben aus den Eingaben zur Testspezifika tion e Originalaufnahmen Komprimierte Bitmap des Originalbildes zusammen mit der Hardwarekonfiguration w hrend der Aufnahme B 4 Analysedateien e Softwarekonfiguration Die f r die Analyse verwendete Konfiguration der Bild verarbeitung e Testspezifikation Wie in der Basisdatei e Messzeitpunkte Uhrzeit der Analyse und eine Liste der Konzentrationsstufen u
75. logboxbox Einzelmes sung benennen siehe Abbildung Emzelmessung benennen Geben Sie bitte den Namen des Tests em Einzeimessung 28 09 852 Durchsuchen Abbrechen OF 5 3 Einzelmessung aus Aufnahmeeinheit Abbildung 5 6 Einzelmessung benennen Geben Sie Ihrer Einzelmessung hier einen passenden Namen und klicken mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken Sie die Return Taste Der Name des Tests erscheint als berschrift wenn Sie die Resultate ausdrucken oder als Text exportie ren Der Name wird Ihnen auch als Dateiname vorgeschlagen wenn Sie die Messung abspeichern wollen Sie sollten dem Test einen aussagekr ftigen Namen geben da mit Sie ihn einfach an diesem Namen erkennen k nnen Wollen Sie sichergehen dass ein Name nicht schon vorhanden ist oder gezielt eine alte Messung durch eine neue gleichen Namens ersetzen gehen Sie auf Durchsuchen und sehen in einer Standard Windows Dateiauswahlbox nach siehe AnhangA Falls Sie einen Dateinamen w hlen der bereits existiert erscheint die folgende Warnung siehe Abbildung Speichern unter Pei 0 Mikrobio40 mdf besteht bereits Mochten Sie sie ersetzen Ja Abbildung 5 7 Datei ersetzen Wenn Sie hier mit der linken Maustaste auf Ja klicken dann wird die neue Einzelmessung unter dem bereits bestehenden Dateinamen angelegt Die alte Datei die unter diesem Dateinamen abgespeichert war geht dabei nat rlich verloren Klicken Si
76. ls die Dialogbox das Livebild der Pe trischale berdeckt k nnen Sie diese durch Anklicken mit der linken Maustaste auf den oberen blauen Titelbalken der Dialogbox bei gleichzeitigem Fahren der Maus mit gedr ckter linker Maustaste so verschieben dass Sie freien Blick auf die Petrischale haben Klicken Sie in der Dialogbox Einzelmessung einlegen mit der linken Maustaste auf Fertig oder dr cken die Return Taste Daraufhin wird das aktuelle Bild einge lesen und analysiert 5 4 Manuelle Nachbearbeitung Die Analysedauer ist abh ngig von der Anzahl der gefundenen Kolonien und der Komplexit t der Kolonieanordnung Sie betr gt normalerweise zwischen 10 und 20 Sekunden Nach Abschluss der Analyse erscheint das Analyseergebnis mit den gefun denen Kolonien im Fenster Nachbearbeiten siehe Abbildung VE OF mdf Mikrobio 5 x Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge DM sea alaeale sen lt lt lt gt gt gt Nachbearbeiten x Objekt l schen Objekte vereinigen R ckg ngig Kommentar lt lt Zur ck weiter gt u E Abbrechen Bereit IT Ra Abbildung 5 9 Fenster Manuelle Nachbearbeitung 5 4 Manuelle Nachbearbeitung Dieses Fenster l sst sich auch vom LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster aus auf rufen Dazu klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste oben auf den Men punkt Bearbeiten und in dem daraufhin herunterklappenden Pull
77. m kann sowohl in deutscher als auch in englischer Sprache gestartet werden Zur Auswahl der Sprache w hlen Sie in der Menuleiste aus dem Menu Werkzeuge den Punkt Administration aus Daraufhin melden Sie sich als Administrator oder unter Ihrer Benutzerkennung an Es erscheint die Dialogbox Sc analyzerAdmin En ScanalyzerAdmin EN Wahlen Sie eine Adrministrationsaufgabe aus neuen Benutzer anmelden Benutzer entfernen Cy Kennwort andem Firmen Labordaten einstellen Beleuchtungssteuerung Sprache Language Abbildung 2 5 Scanalyzer Administration Zur Auswahl der Sprache klicken sie auf den Pfeil in der Liste Language Sprache unterhalb des LemnaTec Logos und wahlen Sie gewiinschte Sprache Deutsch oder Englisch Damit die Anderung wirksam wird miissen Sie die Andwendungen neu starten worauf Sie eine Dialogbox in der gew hlten Sprache aufmerksam macht Beachten Sie da einige Dialoge z B die Dateiauswahlbox aus den Windows Bibliotheken stammen und daher immer in der Sprache der zugrundeliegenden Win dowsinstallation sind 17 18 Einrichten der Firmendaten und der Benutzer 2 2 Firmendaten eingeben Nur der System Administrator des LemnaTec Scanalyzers kann die Firmendaten ein geben oder ndern F r die Eingabe Ihrer Firmendaten klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men leiste am oberen Rand des Lemnalec Analyse Fensters auf den Men punkt Werkzeuge und d
78. manuellen Kalibrationsfaktor w hlen siehe Abbildung Kal bration Abbildung 5 24 Kalibrationsfaktor eingeben Nach Beendigung der Hardwarekonfiguration erscheint dann die Dialogbox Ein zelmessung benennen siehe Abbildung Emzelmessung benennen Einzelmessung 28 09 852 Abbrechen ok Abbildung 5 25 Einzelmessung benennen Geben Sie Ihrer Einzelmessung hier einen passenden Namen und klicken mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken Sie die Return Taste Zum Abbrechen des gesamten Vorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Nach der Eingabe des Namens geht es dann mit den weiteren Analyseschritten manuelle Nach korrektur und Farbanalyse genauso weiter wie in der Beschreibung f r die Einzel messung von Bildern aus der LemnaTec Scanalyzer Aufnahmeeinheit Kapitel 5 3 5 8 Der Export von Daten und Bildern 67 ACHTUNG Bitte beachten Sie dass der LemnaTec Scanalyzer auf Bil der der systemeigenen Aufnahmeeinheit optimiert ist Daher kann es beim Import von Fremdbildern zu Schwierigkeiten bei der Analyse kommen 5 8 Der Export von Daten und Bildern Sie k nnen mit dem LemnaTec Scanalyzer Programm ermittelte Daten auch als Text ausdrucken oder in anderen Programmen weiterverarbeiten Unter dem Men punkt Datei Exportieren finden Sie die m glichen Export optionen von Daten und Bildern siehe Abbildung gt OF mdf Mikrobio MEGA Bearbeiten Ansicht E
79. mit der linken Maustaste auf das ent sprechend gekennzeichnete Symbol auf dem Desktop gestartet siehe Abbildung 9 Mikrobio Abbildung 1 4 Mikrobio Desktop Symbol Befindet sich das LemnaTec Mikrobio Desktop Symbol nicht auf Ihrem Desktop ffnen Sie bitte im Startmen den Windows Explorer und suchen Sie im Laufwerk C den Ordner Mikrobio ffnen Sie diesen Ordner durch klicken In diesem Ordner befindet sich die Datei Mikrobio exe Mit einem Doppelklick auf diese Datei starten Sie das Mikrobio Programm Sie k nnen das Symbol auf Ihren Desktop legen indem Sie es anklicken und mit gedr ckter linker Maustaste auf Ihren Desktop ziehen Das Symbol tr gt dann die Unterschrift Verkn pfung mit Mikrobio exe Es erscheint nun die Anmeldebox des LemnaTec Mikrobio Programmes siehe Abbildung Anmelden EJ Benutzername son Kennwort gt Abbrechen Abbildung 1 5 Anmeldung Mikrobio 1 2 Aufbau und Einschalten des Systems In dieser Anmeldebox geben Sie Ihren LemnaTec Benutzernamen und Ihr pers nliches LemnaTec Benutzerkennwort nicht den NT Benutzernamen und das NT Kennwort in die entsprechenden Felder ein Gro und Kleinschreibung beachten und klicken dann mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken die Return Taste Aus Sicherheitsgr nden erscheint das Kennwort nur als pro eingetipptem Buchsta ben Ihren Benutzernamen und Ihr Kennwort bekommen Sie vom Administrator Zum Abbrechen des Anmel
80. mnaTec eine automatische Blendensteuerung Auto Iris an Mit dieser Blendenkontrolle ist es m glich die Lichtverh ltnisse au tomatisch zu kalibrieren Sie ben tigen den Graukeil dann nicht mehr f r die Kali brierung der Helligkeit sondern nur noch f r die Gr enkalibrierung Klicken Sie hier mit der linken Maustaste auf Einstellungen und w hlen den Men punkt Auto Iris siehe Abbildung Date Bearbeiten Ansicht ITS Werkzeuge C kil Pail p m d Hardware Bildverarbeitung Grobenklazzen Beleuchtung Optionen Anto ris In der daraufhin erscheinenden Dialogbox k nnen Sie im Feld Helligkeit die Zeit 3 1 Hardware Konfiguration einstellen die der Blendenmotor ben tigt um sich von ganz dunkel auf die gew nschte Helligkeit einzustellen indem Sie die Zahl ber die Tastatur eingeben 0 dunkel Klicken Sie mit der linken Maustaste auf Einstellen und der Blendenmotor wird auf den gew hlten Wert eingestellt Klicken Sie auf die Buttons Heller oder Dunkler um die Helligkeit schrittweise anzupassen Unter Methoden k nnen Sie drei verschiedene Blendeneinstellungen speichern die Sie h ufiger verwenden Um diese zu aktivieren markieren Sie das entsprechende Feld vor der Methode und klicken danach auf Einstellen siehe Abbildung Ins Steuerung E4 Heller Helligkeit 0 4000 208 Einstellen C Methode 1 C Methode 2 Ce Methade 3 Abbrec
81. ms during pulse H odd L even 12 V DC 11 0 V to 16 0 V 56 W Oneratino temnerature Adeo to ASdeoC dech to 113decF D 2 Frame grabber Eltec PC_EYE2 D 2 Frame grabber Eltec PC_EYE2 Video inputs 2 multiplexed each for SVHS Y C and RGB 1 Vpp into 75 Ohm single SVHS connector dual 15 pin 3 row female D connector for 2 RGB inputs Optional 3rd CVBS input PCI bus 5V medium size PCI card 32 bit bus DMA master capabilities interrupt INTA used optionally DMA bandwidth 40 MB s ADC 3 8 bit flash 20 Msamples s max programmable bottom and top references black level clamp AC coupled input LUT 256 8 RGB Dual 8 bit flash ADC for Y C with black level clamp AC coupled Clock generation Oscillator restarted at falling edge of Hsybc resolution 10ns External clock input RGB only Y C and CVBS with digital oscillator PLL Trigger scheme Opto coupled trigger input into PC_EYE sampled by PC_EYE3 internal sequencer PC_EYE then generates camera reset output Colour encoding Look up table for colour encoding optional Assigns 8 or 16 bit value to each of the 2M possible colour values represented by the 7 MSB each of R G and B 103 104 Technische Daten Abbildungsverzeichnis 1 1 Komponenten des Scanalyzer Systems 2 2222 2 nn nn 6 nadas 7 arena osas fas 7 8 8 9 1 4 Mikrobio Desktop Symboll 22222 L 1 5 Anmeldung Mikrobio 2 2 2 aaa nn 1 6 Fehlermeldung Anmeldung
82. n Klicken Sie dazu mit der linken Maustaste in der Men zeile am oberen Rand des LemnaTec Scanalyzers Hauptfensters auf den Men punkt Datei und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Speichern Die Einzelmessung wird daraufhin unter dem zu Beginn der Einzelmessung Kapitel 5 3 gew hlten Dateinamen abgespeichert 5 6 Speichern unter einem anderen Namen Um Ihre Einzelmessung unter einem anderen Dateinamen abzuspeichern als zu Begin der Einzelmessung Kapitel 5 3 gew hlt klicken Sie mit der linken Maustaste in der Men zeile am oberen Rand des LemnaTec Scanalyzers Hauptfensters auf den Men punkt Datei und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Speichern unter Es erscheint dann die Standard Windows Datei Auswahlbox in der Sie den Namen und den Pfad der Datei eingeben k nnen unter der Ihre Einzelmessung abgespeichert werden soll siehe Abbildung 5 6 Speichern unter einem anderen Namen Speichern unter Speichern in CH Mikrobio dl El Dateiname 07 mdf Dateityp Dateityp Mikrob mdf Abbrechen Abbildung 5 18 Datei speichern Hier geben Sie in dem Feld Dateiname den Namen der Datei an unter dem Ihre Einzelmessung abgespeichert werden soll Als Dateityp ist f r die Dateien mit Farbschemata der Typ mdf vorgeschrieben Diese Dateierweiterung wird automa tisch dem Namen hinzugef gt Als Namen f r d
83. n k nnen hier durchgef hrt werden Au erdem eignet sich die Einzelmessung zur Analyse von Bilddateien auch sol chen die nicht mit der Aufnahmeeinheit des LemnaTec Scanalyzers aufgenommen wurden z B eingescannte Fotos von Kolonien Die Hauptsache ist dass die ent sprechende Datei im Windows Bitmap Format bmp vorliegt Bitte beachten Sie dabei dass die LemnaTec Scanalyzer Software speziell auf die Bilder der Lemna Tec Scanalyzer Aufnahmeeinheit zugeschnitten und optimiert wurde und daher bei der Auswertung von fremden Bildern nicht die gleiche Qualit t erwartet werden kann wie bei systemeigenen Bildern Insbesondere ist zu beachten dass in einer Konfigurations datei cfg s mtliche variablen Parameter der Messung definiert sind Vergleiche Kapitel 3 2 1 Neben der schnellen Auswertung von Einzelbildern und importierten Bildern eig net sich die Einzelmessung auch noch hervorragend zur Einarbeitung in die prinzi pielle Funktionsweise des LemnaTec Scanalyzers da der Einzelmessungsmodus alle grunds tzlichen Funktionsprinzipien der Bildanalyse beinhaltet F r den Erstbenutzer ist es daher sinnvoll sich zun chst einmal mit der Ein zelmessung zu besch ftigen um sich mit dem grunds tzlichen Funktionsprinzip des LemnaTec Scanalyzers vertraut zu machen ohne dabei mit den zahlreichen Parame tern eines Screenings oder sogar einer ganzen Messreihe konfrontiert zu sein Wenn Sie vom LemnaTec Programm Administrator als
84. nbetriebnahme des Systems Der LemnaTec Scanalyzer ist ein Komplett System zur automatischen und digitalen Vermessung von Planzentests Dazu nimmt die Bildaufnahmeeinheit ein digitales Farbbild der Probe auf und speichert dieses Bild in einem speziellen Datenformat auf der Festplatte des ange schlossenen Computers Anschlie end listet eine eigens programmierte Analysesoft ware die gefundenen Kollonien auf ermittelt Anzahl Gr e Gr enverteilung und Gesamtfl che der Kollonien sowie die prozentuale H ufigkeit spezieller Farbklassen pro Kolonie und speichert dieses Ergebnis ab So ermittelt das System krankhafte Ver nderungen einzelner Kollonien und fasst dann diese Ergebnisse f r ganze beliebig gro e Messreihen zusammen Ermittelt werden so die Anzahl der Kollonien in jeder Einzelmessung die Gesamtfl che und die Gr enverteilung der Kollonien Au erdem liefert die automatische Analyse eine Einteilung der Koloniefl chen in Farbklassen die nach Anzahl und nach der Gr enverteilung aufgeschl sselt ist kurz Geleistet wird eine Erfassung aller visuell messbaren Werte Auf dieser Basis wird mit kleinem Mess zeit aufwand biologische Hochstatistik m glich Alle Schritte der Untersuchung verlaufen dokumentiert und GLP konform Wie Sie das System in Betrieb nehmen beim Messen vorgehen und Messreihen anle gen sagt Ihnen dieses kurze Handbuch Bei der Entwicklung von Software und Ger t wurde gro er Wert auf einfach
85. nce frequency deviation Jitter Scanning frequency Horizontal resolution Minimum illumination Sensitivity Composite video Y SYNC Video S N Gain Electronic shutter Charge accumulation White balance Input output terminals Field index pulse General Power requirements Power consumption 56 x 50 x 128 mm w h d 23 x 2 x 57 in excluding projecting parts Apprx 440 g 31 32 Ib Imaging system Interline transfer 1 3 inch CCD 752 H 1582 V 6 0074 96 mm C mount PAL colour 625 TV lines Scanning 2 1 interlace non interlace switching internal switch Internal external External sync VS HD VD 1 Horizontal sync frequency Within 50 nsec Horiz 15 625 kHz Vertical 50 00 Hz 570 TV lines Vertical effective lines 575 lines 31 1x F2 2 GAIN 18 sB at 100 2000 lx F5 6 Video output 1 Vp p 752 RGB 0 7 Vp p 750 1 Vp p 750 C Same as VBS level 759 2 Vp p 750 WEN 5 Vp p 750 negative polarity 58 dB 0 dB to 18 dB 1dB increments NORMAL OFF FL 1 125 1 250 1 500 1 1000 1 2000 1 4000 1 10000 sec 1 frame increments FLD mode 001 to 128 frames FRM mode 002 to 129 frames DONPISHA 1 1000 1 2000 1 3000 1 4000 1 6000 1 8000 1 10000 sec FLD FRM menu Auto manual switching menu VIDEO OUT BNC type 759 unbalanced DC IN VBS 12 pin connector RGB SYNC S sub 9 pin connector External trigger input H min 4V L max 0 7V Positive polarity Hi reception 2us to 10
86. nd Replikate Diese enthalten die Bitmaps und die Farbanalyse der gefundenen Objekte e Bitmaps der Umrandungen der gefundenen Fronds und das Falschfarbenbild Die Aufstellung der Dateiinhalte zeigt dass Basis und Analysedatei f r die Do kumentation immer zusammen geh ren Nur wenn beide Dateien im gleichen Da teiordner vorhanden sind kann die Messreihe ge ffnet und die Ergebnisse angesehen werden Anhang C Hardware Im folgenden Kapitel werden die einzelnen Hardware Komponenten des LemnaTec Sc analyzers genau beschrieben Hier finden Sie auch die technischen Daten der einzelnen Hardware Komponenten C l Leuchtmittel Bei den benutzten Leuchtmitteln handelt es sich um 8 Watt Leuchtstoffr hren mit einer Lichtfarbe von 5200 K Die Lampen werden im HF Hoch Frequenz Modus betrieben C 2 Lebensdauer Um eine optimale Bildqualit t zu gew hrleisten sollten die Leuchtstoffr hren nach einer Betriebszeit von 50 Std gewechselt werden C 3 Wechsel der Leuchtmittel 1 L sen Sie die in der folgenden Abbildung gekennzeichneten Schrauben 2 Entfernen Sie die Abdeckplatte 3 Nun k nnen Sie den Leuchttisch aus seiner F hrung nehmen ACHTUNG Der Leuchttisch ist mit dem Ger t ber ein 1 5 m langes Kabel fest verbunden 4 ffnen Sie den Leuchttisch und tauschen die Leuchtstofflampen aus Die Leucht stoflampen k nnen ber die Firma LemnaTec GmbH bezogen werden CA Kameraposition des Bildausschni
87. nes Abbrechen Abbildung 2 7 Firmendaten eingeben Geben Sie hier bitte die Daten Ihrer Firma bzw Ihrer Institution die hinterher im Report erscheinen sollen in die entsprechenden Feldern ein indem Sie mit der linken Maustaste in das Feld das Sie eingeben wollen klicken und dann die entsprechenden Daten eingeben Sie k nnen auch mit der Tab Taste von einem Feld zum n chsten springen Wenn Sie alle Firmendaten eingegeben haben klicken Sie mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken Sie die Return Taste Ihre Firmendaten werden dann abgespeichert Sie brauchen nicht unbedingt alle Felder auszuf llen Wenn Ihre Firma bzw Ihre Institution beispielsweise nicht ber eine Internet Adresse verf gt dann lassen Sie die entsprechenden Felder E Mail und Internet einfach leer Zum vorzeitigen Abbruch dieses Vorgangs klicken Sie einfach mit der linken Maustaste auf Abbrechen und gelangen so zur ck ins Hauptfenster des Scanalyzer Administrationsprogrammes Die Daten werden in diesem Fall nicht gespeichert Zum ndern der Firmendaten gehen Sie genauso vor wie am Anfang dieses Unterkapitels 2 1 Firmendaten eingeben beschrieben In der Dialogbox Firmen daten klicken Sie dann mit der linken Maustaste in das zu ndernde Feld l schen den alten Inhalt mit der Entf Taste geben dann den neuen Inhalt ein und klicken anschlie en mit der linken Maustaste auf OK oder dr cken die Return Taste Zum Abbruch des
88. ng 5 3 Neue Einzelmessung starten oder in der Men leiste ebenfalls am oberen Rand des LemnaTec Analyse Fensters auf Date und in dem daraufhin herausklappenden Men auf Neu und dann rechts davon auf Neue Einzelmessung siehe Abbildung 56 Einzelmessung 5 OF mdf Mikrobio MEGA Bearbelten Ansicht Einstellungen Werkzeuge Uffnen Strg Screening Abbildung 5 4 Neue Einzelmessung starten Es erscheint dann die Dialogbox Neue Einzelmessung siehe Abbildung Neue Einzelmessung Sollen die Bilddaten fur diese Messung aus einer Bilddatei importiert werden oder soll vom Scanalyzer bernommen werden Y Importieren Abbrechen Abbildung 5 5 Neue Einzelmessung Hier m ssen Sie sich entscheiden ob Sie eine Einzelmessung eines neuen Bildes aus der LemnaTec Scanalyzer Aufnahmeeinheit machen m chten Kapitel 5 3 oder eine Einzelmessung einer importierten Bild Datei im Windows Bitmap Format bmp z B ein abgespeichertes Bild aus einer fr heren Einzelmessung oder ein eingescanntes Foto oder hnliches Kapitel 5 7 Falls Sie den Vorgang abbrechen m chten klicken Sie hier mit der linken Maustaste auf Abbrechen 5 3 Einzelmessung aus Aufnahmeeinheit Falls Sie eine Einzelmessung eines Bildes aus der LemnaTec Scanalyzer Aufnahme einheit machen m chten klicken Sie in der Dialogbox Neue Einzelmessung mit der linken Maustaste auf Scanalyzer Es erscheint dann die Dia
89. nuelle Nachbearbeitung zu machen Mit der Taste Abbrechen gelangen Sie ohne Bearbeitung zur ck ins Hauptfenster die Ergebnisse der Analyse bleiben erhalten ACHTUNG Wenn Sie manuelle Korrekturen im Nachbearbeitungs Dialog durchf hren werden diese nur im jeweiligen Ergebnisfile gespeichert Be einer Reanalyse z B nach dem Hinzuf gen neuer Bilder werden die ma nuellen Korrekturen aus Gr nden der Transparenz und R ckf hrbarkeit nicht bernommen Bilder sollten deshalb erst nach Optimierung der Bildanaly semethode und der Farbanalysemethode und nach Abschluss der Messreihe im abschlie enden Ergebnisfile stattfinden siehe AnhangB Das manuell nachkorrigierte Bild wird nun bernommen und Sie gelangen zur ck in das LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster 61 Einzelmessung 2 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge OM sa serge OL lt lt lt gt gt gt Flache 200 Blau 18 7 K Rot 28 3 Braun 53 0 100 0 20 4 0 6 0 8 0 10 012 014 016 018 020 0 gt 20 0 Gr enklassen 192 Kolonien mit einer Fl che von 1241 mm Bemerkungen Blau 6 Rot 45 Braun 134 4 gt Bereit ei IRF 4 Abbildung 5 17 Scanalyzer Hauptfenster Ansicht Statistik Die Gr enklassen k nnen frei festgelegt werden wie im Kapitel 3 3 beschrieben 5 5 Speichern der Ergebnisse An dieser Stelle ist die Einzelmessung beendet und Sie k nnen die Ergebnisse abspei cher
90. nute bis die Meldung Sie k nnen den Computer jetzt abschalten auf dem Bildschirm erscheint siehe Abbildung Computer herunterfahren Ki Abbildung 1 10 Computer herunterfahren Schalten Sie erst danach die Ger te in der folgenden Reihenfolge aus wichtig 1 Computer 2 Bildschirm 3 Aufnahmeeinheit Durch Klicken mit der linken Maustaste auf Neu starten oder Dr cken der Return Taste k nnen Sie den Computer neu starten 1 4 Dateiverwaltung Auf den Festplatten des zum LemnaTec Analysesystem geh renden Computers ist folgende Einteilung vorgenommen e Laufwerk C WinNT das Windows NT Betriebssystem e Laufwerk C Mikrobio das LemnaTec Mikrobio Programm e Laufwerk D Mikrobio alle Analysedaten Ergebnisse und Einstellungen Laufwerk D ist dabei unterteilt in 5 verschiedene Verzeichnisse in denen entsprechenden Dateien gespeichert werden Im Verzeichnis des Mikrobio Programmes auf Laufwerk C Mikrobio befindet sich au erdem 14 Inbetriebnahme des Systems die Datei ini mit den Firmendaten und Benutzerdaten Das Lemna Tec Mikrobio Programm verwendet weiterhin noch 6 verschiedenen Daten formate erkennbar an jeweils verschiedenen Erweiterungen des Dateinamens Verzeichnis Dateityp Funktion D Mikrobio Methoden cfg Verschiedene ConFiGurationen je nach verwendeten Pflanzenarten D Mikrobio Farbklassen cls CoLourclasseS Verschiedene Schemata einer Einteilung in Farbkl
91. omputers dabei mit weiteren Programmen Text verarbeitung Dateiverwaltung etc belasten die sehr anspruchsvollen Algorithmen des LemnaTec Scanalyzer Programms ben tigen aber einige Rechenzeit die Sie nicht weiter verl ngern sollten Nach Abschluss der Analyse ist automatisch eine Datei mit dem Namen hr_Name 001 mdf gespeichert worden Jede neue Analyse erzeugt eine Datei mit dem Namen 002 mdf 003 mdf usw Wenn Sie zur manuellen Nachbearbeitung der aufgenommenen Messungen ge langen wollen dann klicken Sie in der Men leiste auf Bearbeiten und w hlen Sie den Men punkt Kolonien nachbearbeiten In diesem Fall ffnet sich das Fenster Nach bearbeitung identisch in Anlage und Funktionsweise mit dem schon bei der Einzel messung beschriebenen siehe Kapitel 5 Unterschiedlich ist aber dass Sie wenn Sie bei der Begutachtung eines Screenings auf Weiter gt gt klicken zum n chsten Bild der Reihe gelangen Wollen Sie sp ter doch eine Nachbearbeitung durchf hrten m ssen Sie einfach noch einmal die Datei ffnen Men leiste Datei Offnen es erscheint erneut die oben gezeigte Box usw siehe Kapitel 5 Haben Sie noch keine Farbklassifizierung des Screenings durchgef hrt laden Sie die entsprechende xxx mdf Datei mit analysierten Bildern und klicken Sie in der Men leiste auf Bearbeiten und dann auf Farbanalyse Gesamte Messreihe Es ffnet
92. ox auf siehe Abbildung ffnen El E4 Suchen in E Scanalpzer EX Sg E El 3 Bilder Neuer Ordred Neuen Ordner erstellen H Farbklassen _ Messdaten _ Methoden Heuer Ordner Ej Testdesign D ateiname Dateityp LemnaTec Dokument ld sl Abbrechen Abbildung A 3 Neuen Ordner anlegen und geben dem dadurch entstehenden Neuen Ordner dann den gewiinschten Namen Ordner dienen der Ubersichtlichkeit Ihrer Dateien indem Sie beispielsweise in einem Ordner alle Dateien einer Messung ablegen k nnen Falls Sie beim Speichern einen Dateinamen w hlen der bereits existiert erscheint die folgende Warnung siehe Abbildung Fehler beim Umbenennen der Datei Heuer Ordner kann nicht umbenannt werden Eine Datei mit dem angegebenen Namen ist bereits vorhanden Geben Sie einen anderen Dateinamen an Abbildung A 4 Warnung Dateiname existiert bereits Wenn Sie hier mit der linken Maustaste auf Ja klicken dann wird die neue Datei unter dem bereits bestehenden Dateinamen angelegt Die alte Datei die unter diesem Dateinamen abgespeichert war geht dabei unwiderruflich verloren Klicken Sie in dieser Box also besser mit der linken Maustaste auf Nein wodurch Sie wieder zur ck in die vorherige Dateiauswahlbox gelangen in der Sie dann einen anderen noch nicht existenten Dateinamen f r Ihre neue Datei w hlen k nnen Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Ab
93. p siehe Ab bildung Mikrobio Abbildung 3 1 Scanalyzer Desktop Symbol Das LemnaTec Analyse Programm wird nun gestartet und es erscheint das Haupt fenster und die Anmeldebox des LemnaTec Scanalyzers siehe Abbildung Anmelden Benutzername geor Kennwort 5 Abbrechen Abbildung 3 2 Mikrobio Anmeldung 3 1 Hardware Konfiguration In dieser Anmeldebox geben Sie Ihren LemnaTec Benutzernamen und Ihr pers nliches LemnaTec Benutzerkennwort nicht den NT Benutzernamen und das NT Kennwort in die entsprechenden Felder ein Gro und Kleinschreibung beach ten und klicken dann mit der linken Maustaste auf Anmelden oder dr cken die Return Taste Aus Sicherheitsgr nden erscheint das Kennwort nur als pro einge tippten Buchstaben Ihren Benutzernamen und Ihr Kennwort bekommen Sie vom Administrator Zum Abbrechen des Anmeldevorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbre chen Falls Sie ein falsches oder ung ltiges Kennwort eingegeben haben sollten erscheint eine Fehlermeldung siehe Abbildung Fehler E ES Die Bestatigung des Kennwortes stimmt nicht mit dem Kennwort ubere Abbrechen Abbildung 3 3 Fehlermeldung Anmeldung Klicken Sie in diesem Fall mit der linken Maustaste auf Wiederholen oder dr cken Sie die Return Taste zur Best tigung der Fehlermeldung und versuchen Sie es in der daraufhin erneut erscheinenden Anmeldebox noch einmal Zum Abbruch des Anmeld
94. r Sie eine Farbklasse darstellen lassen auch ein guter Repr sentant f r diese Klasse ist damit Sie die einzelnen Farbklassen hin terher im klassifizierten Bild gut und intuitiv unterscheiden k nnen Sie k nnen aber auch z B besonders wichtige Farbklassen in Rot darstellen Auf diese Weise hebt man in den dadurch entstehenden Falschfarbenbildern besonders interessante Teile der Objekte z B Erkrankungen sehr deutlich hervor 3 2 3 5 Eine neue Farbklasse hinzuf gen Eine neue Farbklassen f gen Sie hinzu indem Sie mit der rechten Maustaste auf eine Farbklasse klicken und im daraufhin erscheinenden Pop up Men auf Neue Farb klasse klicken Es erscheint dann die Dialogbox Neue Farbklasse siehe Abbildung Neue Farbklasse Hame der Klasse E elbgruer S gnalfarbe Abbrechen Abbildung 3 25 Neue Farbklasse hinzuf gen Hier geben Sie den Namen der neuen Farbklasse ein und durch Linksklick auf Si enalfarbe die Signalfarbe der neuen Farbklasse Durch Linksklick auf Abbrechen brechen Sie diesen Dialog wie immer ab Diese neue Farbklasse enth lt zun chst keine Farbwerte Diese m ssen Sie wie in Kapitel 3 2 3 2 beschrieben einordnen Auf diese Art und Weise kann man auch eine Farbklasse umbenennen indem man eine neue Farbklasse mit dem gew nschten Namen erzeugt dann alle Farbwerte der umzube nennenden Farbklasse einfiigt 3 2 3 1 und anschlie end die alte Farbklasse l scht 3 2 3 6
95. r gt gt Als n chstes kalibrieren Sie nun die Gr e des Kamerabildes dazu erscheint die Dialogbox Hardwarekonfiguration Kalibration siehe Abbildung 36 Konfigurieren des Lemna Tec Mikrobioprogrammes Kalibration E4 Legen Die nun den Graukell in den Scanalyzer und klicken Sie auf Rallbreren Kalibrationstaktor 0 026 Kalibrieren Abbrechen Abbildung 3 15 Hardwarekonfiguration Kalibration Die Kalibration wird zur Gr enbestimmung der Kolonien ben tigt Die Kalibrati on ermittelt den Umrechnungsfaktor zwischen den gemessenen Pixelzahlen der einzel nen Kolonien und der Gr e der Kolonien in Quadratmillimeter Die Gr e mit der ein Objekt im Bild erscheint ist jedoch stark vom Abstand des Objektes zum Objek tiv abh ngig Je weiter das Objekt vom Objektiv entfernt ist desto kleiner erscheint es Deshalb sollte sich der mitgelieferte Graukeil in der Aufnahmeeinheit w hrend der Kalibration m glichst auf der gleichen H he befinden wie hinterher bei der Analyse die zu vermessenden Kolonien also auf H he des Wasserspiegels im Becherglas Wenn Sie die T r der Aufnahmeeinheit geschlossen haben k nnen Sie im Hauptfenster des LemnaTec Analyse Programms das Livebild der Videokamera beobachten um so zu berpr fen ob der Graukeil vollst ndig im Bild dargestellt wird Falls die Dialogbox das Bild des Graukeils berdeckt k nnen Sie diese durch Anklicken mit der linken Maustaste auf den oberen bl
96. ra Sony Probenbezeichnung DD Testbezeichnung fF Bemerkungen Bemerkungen Vorlage attnen Abbrechen Abbildung 6 2 Dialogbox Auftrag Screening In dieser ersten Dialogbox zur Erstellung Ihres neuen Screenings werden in den grau unterlegten Felder automatisch die bereits feststehenden Daten ihrer System konfiguration angezeigt Einige Felder mit Ihren Firmen oder Institutsdaten werden automatisch eingef gt aus der Datei Scanalyzer ini die der LemnaTec Scanalyzer Programm Administrator erstellen kann In dem Feld Bemerkungen k nnen Sie zu Dokumentationszwecken einige generelle Bemerkungen zum Test notieren Auf der rechten Seite der Dialogbox k nnen Sie die Kundendaten Ihres Auftraggebers f r die ses Screening eintragen Sie k nnen einzelne oder alle Felder leer lassen falls Sie Ihre Screenings z B gar nicht f r einen Auftraggeber erstellen Die Eingabe aller Felder ist zwar nicht zwingend viele Informationen erleichtern jedoch das Zurechtfinden in lteren Daten und ist daher u erst ratsam Alle Daten dieser Box werden zusammen mit dem Screening abgespeichert Diese Daten erschei nen dann sp ter automatisch an den entsprechenden Stellen im Report Au erdem k nnen Sie das Testdesign eines bereits bestehenden Screenings ffnen indem Sie mit der linken Maustaste auf Vorlage ffnen klicken Dies hat den Vorteil das Sie sich selbst eine Sammlun
97. reeningassistent an dieser Stelle beendet und Sie haben ein neues Screening erstellt wenn Sie mit der linken Maustaste auf Fertig klicken Zum Speichern des Testdesigns lesen Sie bitte Kapitel 6 1 6 Speichern des Testdesigns siehe unten Klicken Sie auf OK und bearbeitet die restlichen Proben 6 1 6 Speichern des Testdesigns Um nderungen des Screening Testdesigns zu speichern klicken Sie mit der linken Maustaste auf Speichern Daraufhin erscheint die Standard Windows Dateiauswahl box Datei speichern unter siehe Abbildung EE 18 Screening Datei speichern unter Ei El Spelchern in CH Testdesign e al demo tkz demol tkz Testkonzept tkz dl El Dateiname IT estkonzept tka Dateityp Testkonzept tke S Abbrechen Abbildung 6 13 Testdesign speichern In dieser Box geben Sie in dem Feld Dateiname den Namen der Datei an unter dem das Testdesign abgespeichert werden soll Sie sollten der Datei einen m glichst plausiblen Namen geben damit Sie das Testdesign hinterher einfacher unter diesem Namen wiederfinden k nnen Als Dateityp ist f r die Testdesign Datei der Typ tkz vorgeschrieben Diese Dateierweiterung wird automatisch dem Namen hinzugef gt Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbre chen Die allgemeinen Bedienungshinweise der Standard Windows Dateiauswahlbox ent nehmen Sie bitte der Microsof
98. sich die Dialogbox Farbklassifizierung in der Sie so vorgehen wie es bereits bei der Einzelmessung siehe Kapitel 5 beschrieben wurde Auch die manuelle Einteilung der Farbklassen entspricht exakt der der Einzelmessung nur dass die Einstellungen jetzt f r alle Bilder eines Screenings gleicherma en gelten Dies ist auch sinnvoll da innerhalb einer vergleichbaren Messreihe keine abweichenden Analyseparameter gelten d rfen Nach der Farbklassifizierung stehen im Hauptfenster auch Falschfarbenbild und Farbstatistik zur Verf gung 6 6 Laden eines bereits bestehenden Screenings Wollen Sie das Ergebnis betrachten klicken Sie mit der linken Maus im Men des Hauptfensters auf Datei Offnen und w hlen dann in der Auswahlbox eben die zuletzt erzeugte Datei Ihr_Name 00x mdf aus siehe Abbildung 6 7 Schalten zwischen den Proben Offnen E EES Suchen in E Mikrobio P Ex 02 md 07 md UO md 10 md Test 007 001 md Test 00 md Dateiname Dateityp Dateityp Mikrob rad Abbrechen Abbildung 6 22 Datei ffnen Best tigen Sie mit Klick auf ffnen gelangen Sie sofort zum Hauptfenster auf dem Sie sich die verschiedenen Ergebnisse ansehen k nnen Wollen Sie sp ter doch eine Nachbearbeitung durchf hrten m ssen Sie einfach noch einmal die Datei ffnen Men leiste Datei ffnen es erscheint erneut die oben gezeigte Box usw Haben Sie noch keine Farbkl
99. t Windows NT 4 0 Standardliteratur Nach Eingabe des Dateinamens klicken Sie mit der linken Maustaste auf Spei chern oder dr cken die Return Taste um die Datei unter dem gesetzten Pfad und dem gew hlten Namen anzulegen Beachten Sie bitte wieder dass beim berschreiben bereits vorhandener Dateien die alten Informationen verloren gehen 6 2 Beschriftung der Proben Zur eindeutigen Bezeichnung aller Proben im Test ist im LemnaTec Scanalyzer Pro gramm eine bestimmte Nomenklatur der Probenbeschriftung vorgesehen und kann auch nicht ge ndert werden Die Kennzeichnung der Proben ergibt sich aus den An gaben die Sie beim Erstellen Ihres Testdesigns in der Dialogbox Testkonzeption in den Feldern Konzentrationsstufen und Anzahl der Testans tze pro Konzentra tionsstufen sowie dem Feld Kontrollans tze gemacht haben Anhand der Zahlen aus diesen Feldern und falls Zahlen vorliegen aus dem Feld Kontrollans tze errechnet das Programm die Zahl der notwendigen Bechergl ser Damit liegt auch folgende Nomenklatur f r die Probenbezeichnung fest Replikat Nr Kontrollans tze Kontrollans tze mit Lsg Mittel 6 3 Erste Aufnahmen des Screenings 79 und Replikat Nr Konz Stufe 1 Konz Stufe 2 Konz Stufe 3 6 3 Erste Aufnahmen des Screenings Nachdem Sie ein geeignetes Testdesign gew hlt haben starten Sie die Aufnahmen ei nes Screenings indem Sie mit der linken Maustaste in
100. t angemeldet haben erscheint das LemnaTec Mikrobio Hauptfensterauf dem Monitor siehe Abbil dung gt 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge OMish sarge e ahu lt gt gt gt A Abbildung 2 4 Mikrobio Hauptfenster Sie k nnen nun damit beginnen Ihre Firmen bzw Institutsdaten einzugeben und die berechtigten Benutzer des Systems einzurichten Die Eingabe der Firmendaten 2 1 Sprache wahlen dient dazu dass Ihre Firmenadresse in den vom LemnaTec Mikrobio Programm aus gegebenen Reports erscheint Das Einrichten der verschiedenen Benutzer dient zum einen der Sicherheit des Sy stems da hierdurch nicht beliebige Personen eine Analyse starten k nnen sondern nur diejenigen Personen die vom Administrator durch Benennung der entsprechen den Person und Vergabe eines Kennwortes dazu befugt wurden Zum anderen dient dieser Schutz aber auch der Nachvollziehbarkeit der verschiedenen Messungen da der Name des jeweiligen Benutzers zusammen mit dem Analyseprotokoll abgespeichert wird so dass man sich bei eventuellen sp teren Unklarheiten an die entsprechende Person wenden kann Diese Anforderungen ergeben sich zwangsl ufig aus den GLP Vorschriften ACHTUNG Nur die Personen die vom LemnaTec Scanalyzer System Administrator als berechtigte Benutzer deklariert wurden k nnen eine Ana lyse starten und durchf hren 2 1 Sprache w hlen Das Mikrobio Program
101. t bereits Mochten Sie sie ersetzen Abbildung 3 27 Warnung Dateiname existiert bereits Wenn Sie hier mit der linken Maustaste auf Ja klicken dann wird das neue Farbschema unter dem bereits bestehenden Dateinamen angelegt Die alte Datei die unter diesem Dateinamen abgespeichert war geht dabei nat rlich verloren Klicken Sie in dieser Box also besser mit der linken Maustaste auf Nein oder dr cken die Return Taste wodurch Sie wieder zur ck in die vorherige Dateiauswahlbox gelangen in der Sie dann einen anderen noch nicht vorhandenen Dateinamen f r Ihr neues Farbschema w hlen k nnen Zum Abbruch des Speichervorgangs klicken Sie mit der linken Maustaste auf Abbrechen Beachten Sie bitte wieder dass beim berschreiben bereits vorhandener Dateien die alten Informationen verloren gehen Zu Punkt und 3 2 3 6 ist zu bemerken dass auch gel schte Farbklassen oder gel schte Farbwerte nicht bedeuten dass einzelne Pixel nicht mehr in der Analyse ber cksichtigt werden Sind Farbwerte gel scht worden werden dennoch weiterhin alle Bildpunkte der Fl che den Kollonien zugez hlt und ihr Farbwert dem n chstliegenden zugeordnet L schen von Farbwerten ver ndert deshalb die Fl chenanalyse nicht macht aber die Farbanalyse ungenauer ACHTUNG Einziger Grund Farbwerte zu l schen ist ein Gewinn an Ubersichtlichkeit im Bild 3 2 3 9 Den Farbdialog beenden Um den Farbdialog zu Beenden klicken Sie auf
102. tatistischen Auswertung Der erste Punkt umfasst alle Einstellungen die vom momentanen Kameraaufbau und dem verwendeten Gef typ abh ngen Wichtig ist dass diese Einstellungen vor der Aufnahme eines Bildes vorgenommen werden m ssen Die Einstellungen werden dann vom System gespeichert so dass sie auch nach einem Neustart des Systems zur Verf gung stehen Nach jeder nderung der Kameraeinstellungen Objektivwechsel Ver nderung der Position der Kamera oder des Gef types m ssen diese Einstel lungen erneut vorgenommen werden Nach der Bildaufnahme werden diese Konfigu rationsdaten in den mdf Dateien zusammen mit den Bilddaten abgespeichert so dass f r die Bildanalyse die Hardware Konfiguration zum Zeitpunkt der Aufnahme rekonstruiert werden kann Der zweite Punkt umfasst einige Einstellungen zu der Bildverarbeitungssoftware Hier kann die Bildverarbeitung f r bestimmte Problemstellungen optimiert werden Die Einstellungen k nnen in Dateien gespeichert werden so dass sie bei Bedarf wie derhergestellt werden k nnen Der dritte Punkt beeinflusst die Darstellung der statistischen Auswertung der Messergebnisse 3 1 Hardware Konfiguration Die Hardwarekonfiguration besteht aus den folgenden vier Schritten 28 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes 1 Einstellung der CCD Kamera 2 Angabe des verwendeten Gef typs und der Probeneigenschaften 3 Positionierung des Gef es 4 Kalibration mm Pixel 5
103. te gel st werden und abgenommen werden siehe Abbildung 3 1 Hardware Konfiguration 31 Lemmnal amp c Halterungen an der Innenseite Abbildung 3 5 Kamerahalterungen Auf das Leuchtfeld unten legen Sie den mitgelieferten Graukeil ins Blickfeld der Kamera Drehen Sie nun so lange an den Objektiv Ringen f r Sch rfe und Belich tung bis der hellste Abschnitt des Graukeils gerade nicht mehr zu erkennen ist siehe Abbildung zu dunkel 2 3452 785 m Abbildung 3 6 Graukeil Dann stellen Sie die Sch rfe der Kamera ein Dazu verwenden Sie ein Becherglas mit den Objekten und der F llh he wie Sie es auch bei Ihrer Messung verwenden Die Einstellung der Sch rfe sollte vor jeder Messung kontrolliert werden Sollte das Bild einen gr nlichen oder bl ulichen Stich haben dr cken Sie den Knopf mit der Bezeichnung AWB auto white balance der sich auf der R ckseite der Kamera befindet und legen Sie gleichzeitig ein wei es Objekt unter die Kame ra Die Kamera f hrt einen Wei Abgleich durch und der Wei Wert wird so automatisch in der Kamera gespeichert siehe Abbildung 32 Konfigurieren des LemnaTec Mikrobioprogrammes AWB button W RGB SYNC connector VIDEO OUT connector LENS connector Abbildung 3 7 Kamera R ckseite Wenn Sie die Kamera richtig eingestellt haben k nnen Sie mit der Hardwarekon figuration fortfahren 3 1 2 Auto Iris Optional bietet Ihnen die Firma Le
104. ts 222222 C 1 Kamerahalterungen 22222 oo on nenn 107
105. tts ge ndert werden Dazu m ssen die beiden Halterungen an der Innenseite der oberen Frontplatte gel st und diese abgenommen werden siehe Ab bildung 100 Hardware 3 E S E Halterungen an der Innenseite Abbildung C 1 Kamerahalterungen Nach dem Justieren der Kameraposition muss die Kamera erneut scharf gestellt werden siehe Kapitel 3 1 1 Ch Objektivwechsel Verfahren Sie zum Wechsel des Objektives so wie in Kapitel C 4 Kameraposition be schrieben Dazu m ssen die beiden Halterungen an der Innenseite der oberen Front platte gel st werden und diese abgenommen werden Danach kann das Objektiv durch einfaches Drehen im Uhrzeigersinn herausgenommen und gewechselt werden Achten Sie dabei darauf dass das Prisma der Kamera nicht beschmutzt oder ber hrt wird Dies kann zu Beeintr chtigung der Bildqualit t f hren Verwenden Sie zur Reinigung der Objektive nur dazu geeignete T cher Nach dem Wechsel der Objektive muss das Bild scharf gestellt werden siehe Kapitel 3 1 1 ACHTUNG Verwenden Sie ausschlie lich Objektive der Firma LemnaTec GmbH Das Verwenden von anderen Objektiven kann zur Zerst rung der Kamera Chips f hren 102 Technische Daten Anhang D Technische Daten D 1 Kamera Sony XC 003P Dimensions Mass Image device Effective picture elements Sensing area Optical system and functions Lens mount Signal system system Scanning lines mode Synchronization Sync tolera
106. uf gen neuer Bilder werden die ma nuellen Korrekturen aus Gr nden der Transparenz und R ckf hrbarkeit nicht bernommen Bilder sollten deshalb erst nach Optimierung der Bildanalyse methode und der Farbanalysemethode und nach Abschluss der Messung im abschlie enden Ergebnisfile stattfinden siehe AnhangB Das manuell nachkorrigierte Bild wird nun bernommen und Sie gelangen zur ck in das LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster siehe Abbildung 90 Screening gt 07 mdf Mikrobio Datei Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge nk a E za HH du lt lt lt gt gt R Fl che 200 Blau 18 7 K Rot 28 3 Braun 53 0 100 0 2 0 4 0 6 0 8 0 10 012 014 016 018 020 0 gt 20 0 Gr enklassen 192 Kolonien mit einer Flache von 1241 mm Bemerkungen Blau 6 Rot 45 Braun 134 v 4 gt Bereit a RF 4 Abbildung 6 32 Scanalyzer Hauptfenster Ansicht Statistik Die Gr enklassen k nnen frei festgelegt werden wie im Kapitel 3 4 beschrieben 6 9 Der Export von Daten und Bildern Sie k nnen mit dem LemnaTec Scanalyzer Programm ermittelte Daten auch als Text ausdrucken oder in anderen Programmen weiterverarbeiten Unter dem Men punkt Datei Exportieren finden Sie die m glichen Export optionen von Daten und Bildern siehe Abbildung Bearbeiten Ansicht Einstellungen Werkzeuge 7 N tin 68 lt lt lt thers Strg 0 Speichern Strg 5 le Replikat 1
107. verloren gehen Sie k nnen das Programm nun beenden indem Sie mit der linken Maustaste in der Men zeile am oberen Rand des LemnaTec Scanalyzer Hauptfenster auf den Men punkt Datei klicken und in dem daraufhin herunterklappenden Pull down Men auf den Men punkt Beenden klicken oder Sie k nnen eine neue Einzelmes sung oder Screening starten 5 7 Einzelmessung einer importierten Bild Datei Falls Sie eine Einzelmessung einer Bild Datei machen m chten starten Sie eine Ein zelmessung wie in Kapitel 5 2 Einzelmessung starten erkl rt und klicken dann in der Dialogbox Neu und Einzelmessung bitte mit der linken Maustaste auf Im portieren siehe Abbildung Neue Einzelmessung Sollen die Bilddaten fur diese Messung aus einer Bilddatei importiert werden oder soll vom Scanalyzer bernommen werden Y Importieren Abbrechen Abbildung 5 20 Neue Einzelmessung Es erscheint die Standard Windows Dateiauswahlbox ffnen siehe Abbildung ffnen E E Suchen in CH Mikrobio EX Dateiname Dateityp Bitmap D atelen bmp kil Abbrechen Mit Schreibschutz ffnen Abbildung 5 21 Bild Datei ffnen 5 7 Einzelmessung einer importierten Bild Datei Hier geben Sie den Pfad und den Dateinamen der Bild Datei an die Sie analysieren lassen wollen und klicken dann mit der linken Maustaste auf ffnen Die brige Bedienung dieser Dateiauswahlbox Datei ffnen
108. zen Durch Klicken mit der linken Maustaste auf lt lt Zur ck gelangen Sie in die vorherige Dialogbox Testdesign siehe oben und durch Klicken auf Abbrechen brechen Sie den gesamten Vorgang ab Wenn Sie in dieser Dialogbox alle Daten Ihrer Testumgebung eingegeben haben klicken Sie mit der linken Maustaste auf Weiter gt gt und gelangen so zur f nften Dialogbox Konzentrations Verd nnungsstufen 6 1 5 Dialogbox Substanzen und Konzentrationen Neues Screening 5 Ea Einheit ug L C mg L C g l C pmol mmol L mol L C V Testgut V Ansatz v v C ViTestgutl Ansatz v v Probenname Substanz Probe Konzentration k0c aye fo einfugen 0 000000 ug L k b xy 0 000000 ngFL Be loschen lt lt Zur ck Abbrechen Speichen ox Abbildung 6 11 Dialogbox Substanzen und Konzentrationen Screening In dieser Dialogbox geben Sie die Substanzen und die zugeh rigen Konzentrationen ein Im oberen Feld der Dialogbox k nnen Sie die Ma einheiten der Konzentrationen einfach w hlen indem Sie einfach das entsprechende Feld mit der linken Maustaste markieren Um den LemnaTec Probennamen einzuf gen klicken Sie einfach im darunter lie genden Listenfeld auf die entsprechende Probe und diese erscheint im obersten Feld 6 1 Screeningassistent Tragen Sie danach die Substanz ein und die entsprechende Konzentration und Klicken mit der linken Maustaste
109. zuf gen Zur Eingabe eines neuen Benutzers klicken Sie in dieser Dialogbox mit der linken Maustaste auf neuen Benutzer anmelden Es erscheint die Dialogbox Benutzer hinzuf gen siehe Abbildung 2 3 Neue Benutzer hinzuf gen 21 Benutzer hinzufugen x Heuer Benutzer Benutzerkennung a g Vorname Wilhelm Ottokar Nachname Muller Ludenscheidt KERNE Kennwort HXEXE Bestatigen Abbildung 2 9 Benutzer hinzuftigen In dieser Dialogbox kann der Administrator und nur dieser in die jeweiligen Felder den Benutzernamen Vornamen und Nachnamen sowie das entsprechende Be nutzerkennwort fiir den neuen Benutzer eingeben AnschlieBend wird durch linken Maustasten Klick auf OK oder Dr cken der Return Taste dem System der neue Benutzer hinzuf gt oder der Vorgang durch linken Maustasten Klick auf Abbrechen abgebrochen Der Benutzername ist das K rzel oder Spitzname unter dem sich der Benutzer zu Beginn einer Analyse an das Programm anmelden muss Die Eingabe des Benutzerkennwortes muss dabei wiederholt werden da das Be nutzerkennwort genau wie das Administrator Kennwort aus Sicherheitsgr nden nur als pro eingetipptem Buchstaben auf dem Bildschirm angezeigt wird und es daher nicht m glich ist eventuelle Tippfehler zu erkennen Wenn Sie hier aus irgendwelchen Gr nden z B Tippfehler zwei verschiedene Kennw rter eingeben akzeptiert das Sy stem die Eingabe nicht und fordert zur erneuten Einga

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