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Agilent G4900DA Sistema de scanner de microarrays SureScan

1. Figura 26 Cuadro de di logo Export Scan Region Prop sito Muestra las regiones de barrido disponibles que puede seleccionar para la exportaci n Para abrir En el cuadro de di logo Scan Regions Editor haga clic en Export 104 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Export Cuando se seleccionan una o m s regiones de barrido este comando abre el cuadro de di logo Save As donde puede seleccionar una ubicaci n y un nombre de archivo para el archivo de regiones de barridos exportado Close Cierra el cuadro de di logo Cuadro de di logo Input Barcode Enter a barcode load the slide into slot 1 then click Set Barcode Set Figura 27 Cuadro de di logo Input Barcode Prop sito Se utiliza para escribir o introducir un c digo de barra para una placa sin c digo de barra o cuyo c digo de barra no puede leer el scanner Para abrir En el programa Scan Control haga clic en Tools gt Input Barcode Barcode El c digo de barra que se introduce mediante un lector de c digo de barra externo o el teclado Set Despu s de que se introduce el c digo de barras y la placa est cargada en la ranura 1 del scanner este bot n se utiliza para asignar el c digo de barra a la placa en la ranura 1 Close Se utiliza para cerrar el cuadro de di logo Gu a del usuario del sistema SureScan 105 106 Cuadro de di logo Scan Protocol Editor Cuadro de di logo Scan Protocol Editor
2. TopLeft X TopLeft Y Width Height Chip Package StandardSlide 2 6 19 Save As Remove Figura 30 Cuadro de di logo Scan Region Editor Prop sito Permite ajustar o definir el rea de la placa barrida Para abrir En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Scan Region Editor 114 Gu a del usuario del sistema SureScan Agilent Defined Locked TopLeft X TopLeft Y Width Height Save Save As Remove Import Export Close Referencia 6 General Un protocolo suministrado por Agilent Cuando un protocolo est bloqueado no puede cambiarse Regi n de barrido Medici n del eje X par la esquina superior izquierda Especifique esta medici n y la del eje Y en mm para ubicar la regi n de la placa Medici n del eje Y para la esquina superior izquierda Ancho de la regi n de barrido medido desde el extremo de la medici n del eje X en la esquina superior izquierda Altura de la regi n de barrido medida desde el extremo de la medici n del eje Y en la esquina superior izquierda Paquete de chips Un paquete de chips describe el tama o m ximo de la regi n de barrido de las placas de un tipo designado Esta rea de s lo lectura muestra la regi n de barrido predeterminada para el paquete de chips seleccionado Existen dos tipos de paquetes de chips Full Agilent para placas de Agilent con etiquetas de c digo de barra y Full Standard para placas sin
3. La carpeta predeterminada se ha eliminado o no est disponible Vuelva a crearla o repare la conexi n de red Vuelva a iniciar el scanner para intentar eliminar la falla Este mensaje indica que no se pudo crear el archivo de proyecto FE Verifique si el programa Feature Extraction est correctamente configurado Este mensaje indica que el programa no pudo iniciar la aplicaci n Feature Extraction Aseg rese de que el programa Feature Extraction est correctamente instalado Problema de hardware p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Problema de hardware p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Problema de hardware p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Varias causas posibles Intente reiniciar el scanner y el programa Scan Control Si el problema contin a p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Verifique el cable LAN Reinicie el scanner y el programa Scan Control Se redujo la potencia del l ser La salida TIFF se compens Es posible que el l ser verde presente fallas pronto Indica que la calibraci n del PMT se complet correctamente pero algunos de los valores que calcul no son buenos Error de nivel bajo P ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Error de nivel bajo Verifique los errores recientes y p ngase en contacto con el departamento d
4. Scan Protocol Scan Protocol NewScanProtocol General Scan Settings Dye Channel s Scan Region Resolution Tiff Dynamic Range Red PMT Sensitivity 3 Green PMT Sensitivity 2 Red Green FullAgilentSlide 5 um 16 bit 100 100 XDR Ratio lt NoXDR gt Image Settings Transform Image Split Compress File Naming Settings Field 1 Instrument SN Field 2 Slide ID Field 3 Customize Image File Info lt InstrSN gt _ lt SlidelD gt _Sx00c tif 12200 4320 201 05 MB 9 min 57 sec Import Figura 28 Cuadro de di logo Scan Protocol Editor Prop sito Se utiliza para crear o cambiar los protocolos de barrido Para abrir En la ventana del programa Scan Control haga clic en Tools gt Scan Protocol Editor Muestra una lista de los protocolos de barrido disponibles Los ajustes para el protocolo de barrido seleccionado se muestran en el cuadro de di logo Scan Protocol Editor Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 General Agilent Defined Un protocolo suministrado por Agilent Locked Cuando un protocolo est bloqueado no puede cambiarse Ajustes de barrido Dye channel Determina si se recopila s lo rojo por ejemplo pigmento Cy 5 s lo verde por ejemplo pigmento Cy 3 o ambos tipos de informaci n del canal de pigmentos La selecci n no afecta el tiempo del barrido pero al seleccionar s lo un canal de pigmento se reduce el tama o de archivo a la mit
5. Fecha de instalaci n N de versi n de software N de versi n de actualizaci n del software fecha N de versi n de actualizaci n del software fecha Localizaci n de la informaci n de la versi n del software del scanner 1 Seleccione Help gt About en la barra del men para localizar la informaci n de la versi n 2 Para cerrar el programa haga clic en OK Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Preguntas m s frecuentes Tabla 1 Preguntas m s frecuentes Las siguientes preguntas m s frecuentes pueden ayudarle a utilizar y mantener el sistema SureScan y diagnosticar los problemas que se produzcan Pregunta m s frecuente Respuesta Deseo trasladar el scanner SureScan a otra rea Puedo guardar archivos en la red mientras se realiza el barrido D nde puedo encontrar informaci n de soporte como controladores gu as y soluciones de problemas para la estaci n de trabajo del ordenador Puedo abrir la puerta del scanner de forma manual El scanner SureScan est encendido y el programa Scan Control abierto pero el scanner no realiza el barrido Deseo retirar una placa del scanner pero el programa Scan Control no me permite abrir la puerta El traslado puede afectar negativamente el rendimiento del scanner Llame a la oficina de ventas local de Agilent y al centro de servicio y soporte si necesita ayuda para
6. ltima posici n en la cola Move up Mueve la placa una posici n hacia arriba en la cola de barrido Move down Mueve la placa una posici n hacia abajo en la cola de placas Gu a del usuario del sistema SureScan 95 6 96 Referencia Scan Protocol Carpeta de salida Tabla 9 Selecciones de men para State continuaci n Selecci n Descripci n Remove from queue Retira la placa de la cola de barrido y establece el estado en Ready for Queue Add to queue Est disponible si no hay placas en la cola de barrido A ade la placa seleccionada a la cola de barrido Add to queue first A ade la placa a la primera posici n en la cola Si un barrido est en ejecuci n la placa pasa a ser la primera placa que se barrer una vez finalizado el barrido actual Add to queue last A ade la placa en la ltima posici n en la cola Muestra el protocolo de barrido que se utilizar para el barrido de la placa seleccionada Los protocolos de barrido disponibles incluyen los protocolos de barrido predeterminados suministrados por Agilent y cualquier protocolo de barrido que se haya creado o importado Consulte Acerca de los protocolos de barrido en la p gina 35 Muestra la carpeta donde se guardan los archivos de im genes creados por el scanner De manera predeterminada esta ubicaci n es DAScanData Puede cambiar la carpeta de salida predeterminada en Tools gt Settings Puede cambiar la carpeta de s
7. 2 Opcional Si el c digo de barra de una placa que ya se encuentra en una ranura no se puede leer retire el portaplacas que contiene la placa del cassette 3 Enla ventana principal de Scan Control haga clic en Tools gt Input Barcode Aparecer el cuadro de di logo Input Barcode 4 Utilice un lector de c digos de barra externo o bien en el cuadro de texto Barcode escriba el c digo de barra 5 Inserte el portaplacas que contiene la placa en la ranura designada del cassette 6 Haga clic en Set En la tabla de barrido el c digo de barra aparece en la ID de placa de esa ranura El estado de la ranura cambia a Present Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 Para a adir un c digo de barras 7 Silo desea paso 3 contin e paso 6 para a adir otro c digo de barra 8 Cuando finalice haga clic en Close Gu a del usuario del sistema SureScan 55 4 Uso de las herramientas de Scan Control Encender los l seres manualmente 56 Los l seres se encienden autom ticamente cuando se inicia el programa Scan Control o cuando se a aden placas a la cola Se apagan autom ticamente seg n los ajustes del tiempo de retraso para la protecci n del l ser Consulte Para configurar el retraso del protector de l seres en la p gina 60 Esta secci n describe c mo encender los l seres manualmente Una vez que los l seres est n encendidos debe esperar 5 minutos par
8. Este scanner cumple los siguientes est ndares de seguridad CAN CSA C22 2 Requisitos de seguridad para equipos el ctricos No 61010 1 04 para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales UL Std No 61010 1 2da Requisitos de seguridad para equipos el ctricos edici n para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales IEC 61010 1 2001 Requisitos de seguridad para equipos el ctricos para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales EN 61010 1 2001 Requisitos de seguridad para equipos el ctricos para medici n control y uso en laboratorio Parte 1 Requisitos generales IEC 60825 1 2007 Seguridad de productos l ser Parte 1 Clasificaci n y requisitos del equipo EN60825 1 2007 Seguridad de productos l ser Parte 1 Clasificaci n y requisitos del equipo e Grado de poluci n 2 e Categor a de instalaci n II Equipo de clase I requiere un sistema de toma de tierra Producto l ser de la Clase 1 Gu a del usuario del sistema SureScan 131 6 132 Referencia Informaci n sobre normativa e Producto certificado CSA y NRTL Gu a del usuario del sistema SureScan ndice A actualizaci n de firmware 83 actualizar firmware 83 ajuste de canal de pigmento 107 ajuste de nivel de sensibilidad PMT 109 ajuste de ruta de salida 96 ajustes de barrido asignaci n autom tica de nombres de archivo 112 ajustes de la tabla de ba
9. Scan Log muestra los barridos de los 30 d as anteriores Haga clic con el bot n secundario del rat n en una de las leng etas de registro para abrir un men de acceso directo con las siguientes opciones Tabla 10 Opciones del men de acceso directo para las lengietas de registro Comando del men Descripci n Clear Borra el contenido de la leng eta No afecta el contenido del archivo de registro Copy Se activa al mantener presionado el bot n del rat n y arrastrar para seleccionar una porci n del registro Copia la regi n seleccionada en el portapapeles Puede pegar la selecci n en un editor de texto o programa de su elecci n 100 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Tabla 10 Opciones del men de acceso directo para las leng etas de registro continuaci n Comando del men Descripci n Select all Selecciona todo el contenido de la leng eta de registro Auto Scroll Activa o desactiva el desplazamiento autom tico en el registro Si el desplazamiento autom tico est activado cuando aparece un nuevo mensaje el programa autom ticamente se desplaza hacia la parte inferior del registro para que pueda verlo f cilmente Si el desplazamiento autom tico est desactivado el panel no se desplaza cuando aparece un nuevo mensaje La desactivaci n del desplazamiento autom tico es til si desea revisar el registro mientras el scanner est activo Gu a del usuario del
10. ctese con el servicio Varias causas posibles Para obtener m s informaci n haga clic en Tools gt Show Recent Errors Intente reiniciar el scanner y el programa Scan Control Si el problema contin a p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Error de software de nivel bajo P ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Verifique la conexi n con el aparato Para obtener m s informaci n haga clic en Tools gt Show Recent Errors La carpeta de destino no estuvo disponible durante el barrido Error de nivel bajo Si el problema vuelve a aparecer p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Detalles agregados cuando se genera el mensaje Si no aparece un mensaje de error en la tabla Esta tabla no incluye todos los mensajes de error posibles Si tiene un mensaje de error que no aparece en la lista y no puede resolver el problema haga lo siguiente 1 Escriba el mensaje de error 2 Reinicie el programa Scan Control Gu a del usuario del sistema SureScan 79 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 3 Si el paso 2 no resuelve el problema haga lo siguiente a Cierre el programa Scan Control a Reinicie la estaci n de trabajo del ordenador b Apague el scanner SureScan y vuelva a encenderlo c Reinicie el programa Scan Control 4 Siel paso 3 no resuelve el problema p ngase en contacto con la oficina local de
11. El flujo de aire adecuado a trav s del scanner SureScan es esencial para un funcionamiento correcto Los conductos de ventilaci n bloqueados pueden afectar negativamente el rendimiento Conductos de ventilaci n Revise semanalmente todos los conductos de ventilaci n para asegurarse de que no haya polvo suciedad mobiliario u otros instrumentos que los obstruyan Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Sugerencias para evitar problemas Siga estas sugerencias que le ayudar n a mantener el scanner SureScan y su rendimiento Sugerencia para evitar p rdida de datos Evite ejecutar programas de software que causen sobrecarga en el procesador ya que podr a influir en la captura de datos durante el barrido Sugerencias para evitar da os en el scanner Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenga el scanner SureScan alejado de l quidos y vapores No coloque ning n objeto sobre el scanner o la puerta del scanner Minimice y controle las fluctuaciones de temperatura No coloque el scanner SureScan bajo la luz directa del sol No coloque el scanner SureScan cerca de ventanas aunque tenga persianas o cortinas El calor del sol puede calentar la carcasa del scanner SureScan de forma desigual lo cual puede causar problemas en la alineaci n de la ptica Realice barridos s lo cuando la temperatura del laboratorio sea constante de acuerdo con las especificaciones de
12. Scan Control viene con un conjunto de protocolos de barrido predeterminados que est n dise ados para funcionar junto con los dise os t picos de placas de microarrays Agilent Consulte Acerca de los protocolos de barrido en la p gina 35 No puede cambiar estos protocolos de barrido predeterminados Sin embargo puede crear un protocolo de barrido al guardar un protocolo existente con un nombre diferente Puede cambiar el nuevo protocolo de barrido Para crear un protocolo de barrido No puede modificar un protocolo de barrido que est actualmente asignado a una placa en la tabla de ranura Si desea crear un protocolo a partir de cualquier protocolo existente guarde el protocolo existente con un nuevo nombre 1 Seleccione Tools gt Scan Protocol Editor 2 Seleccione un protocolo existente que sea similar al protocolo de barrido que desea crear 3 Haga clic en Save As para guardar el protocolo existente con un nuevo nombre Aparecer el cuadro de di logo Save As New Name 4 Escriba un nombre nuevo para el protocolo y haga clic en Save Los ajustes del protocolo de barrido se activan 5 Cambie los ajustes de barrido e im genes como lo desee Para obtener m s informaci n sobre los ajustes disponibles consulte Cuadro de di logo Scan Protocol Editor en la p gina 106 6 Cuando termine haga clic en Save Para cambiar un protocolo de barrido existente No puede cambiar los protocolos de barrido predeterminad
13. carpeta en donde est instalado el programa Feature Extraction seleccione FENoWindows exe y haga clic en OK De forma predeterminada esta ubicaci n es C Program Files x86 AgilentMicroArrayYFeatureExtractionl FeNoWindows exe 3 Haga clic en Save Para ejecutar Feature Extraction despu s del barrido Si lo desea puede ejecutar el programa Feature Extraction autom ticamente al final de un barrido Para obtener m s informaci n consulte Cuadro de di logo Settings General Settings en la p gina 117 y Ejecuci n de Feature Extraction en im genes barridas en la p gina 122 1 En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Settings Aparecer el cuadro de di logo Settings 2 Junto a Run Feature Extraction after scan is finished seleccione Yes 3 Haga clic en Save Gu a del usuario del sistema SureScan 61 4 Uso de las herramientas de Scan Control Asignar protocolos de barrido a dise os La primera vez que barre un microarray de un determinado dise o el programa Scan Control asigna el protocolo seleccionado a ese dise o A continuaci n cada vez que el programa Scan Control reconozca una placa con el mismo dise o el programa Scan Control completar autom ticamente ese protocolo de barrido para la placa en la tabla de la ranura Puede tambi n asignar protocolos de barrido a los dise os de placas de forma manual Para asignar un protocolo de barrido a un dise o de pl
14. del l ser 18 Barrido 18 Detecci n de fluorescencia 19 Programas instalados en la estaci n de trabajo del ordenador 20 2 Procedimientos iniciales 21 Licencias 22 Activaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 22 Instalaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 22 Utilizaci n del scanner 23 Paso 1 Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control 23 Paso 2 Inserci n de las placas en los portaplacas 26 Paso 3 Cargar los portaplacas en el cassette 29 Gu a del usuario del sistema SureScan 5 Contenido Paso 4 Establecimiento o cambio de los ajustes de barrido del protocolo 32 Paso 5 Incorporaci n de las placas a la cola del barrido 33 Paso 6 Barrido de las placas 33 Paso 7 Extracci n de las placas 34 Acerca de los protocolos de barrido 35 Modo desconectado 36 Apagar el scanner SureScan 37 3 Utilizaci n del programa Scan Control 39 Utilizaci n de la tabla de ranura 40 Para cambiar una ID de placa 40 Para establecer o cambiar el protocolo de barrido 41 Para cambiar la carpeta de salida para un barrido 41 Para aplicar una selecci n a varias placas 41 Para a adir una placa a la cola de barrido 42 Para a adir todas las placas a la cola 42 Para mover una placa de la cola 42 Para eliminar una placa de la cola de barrido 43 Para eliminar todas las placas de la cola de barrido 43 Para abrir la puerta del scanner 43 Para cerrar la puerta del scanner 44 Para iniciar un barr
15. describe en Tabla 8 en la p gina 94 Slide ID La ID de placa que se utiliza para denominar el archivo de imagen barrido Despu s de cargar placas en el cassette del scanner y cerrar la puerta del scanner el programa lee la etiqueta de c digo de barra de cada placa en el cassette y la muestra en esta columna Puede cambiar la ID de placa a Gu a del usuario del sistema SureScan 93 6 Referencia State cualquier texto aceptable en un nombre de archivo El c digo de barra para la placa se conserva y aparece cuando se mueve el rat n sobre su ID de placa en la tabla de barrido Muestra el estado actual de la ranura Los posibles estados y el color del indicador de estado de la ranura se muestran en la siguiente tabla Tabla8 Estados de la ranura e indicadores Indicador de estado de la ranura Estado Significado Apagado Empty No hay placas en el cassette Parpadea en azul Present Hay placas en la ranura del cassette Parpadea en azul Azul fuerte Parpadea en verde Verde fuerte Amarillo Rojo Cuando el c digo de barras se lee correctamente aparece en la ID de placa La placa no est lista para a adirse a una cola ya que a n no se le ha asignado ning n protocolo de barrido Ready for queue La placa est lista para a adirse a una cola de barrido In queue x La placa se encuentra en la cola de barrido en posici n x donde x indica el orden en que se barren las placas Scanning x La placa se en
16. doble paso de 5 micras pero las selecciones de 2 y 3 micras no est n disponibles Si adquiri la capacidad de alta resoluci n necesita la licencia de software para habilitar esta capacidad En la mayor a de los casos el ingeniero de instalaci n del scanner instala la licencia por usted En caso contrario o si se adquiere la capacidad m s adelante siga las instrucciones que se describen en la siguiente secci n para activar la licencia de software Activaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n Para activar la licencia de barrido de alta resoluci n 1 Busque el certificado de derechos del software SEC que se entrega con el scanner 2 Vaya a https software business agilent com index stm Seleccione Click here to start software license redemption Haga clic aqu para iniciar la activaci n de la licencia de software 4 Siga las instrucciones para activar la licencia Instalaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n Cuando reciba la licencia a trav s de correo electr nico instale la licencia como se indica a continuaci n 1 Cierre el programa Scan Control Busque el archivo de licencia y col quelo en la carpeta del programa C Program Files x86 AgilentAScanControl 2 Reinicie el programa Scan Control 22 Gu a del usuario del sistema SureScan Utilizaci n del scanner Procedimientos iniciales 2 Los pasos siguientes explican c mo utilizar el scanner Para obtener m s informaci
17. escaneo El modo de escaneo de alta sensibilidad proporciona una sensibilidad comparable a la del modo de pasada doble pero reduciendo los Gu a del usuario del sistema SureScan 107 6 108 Referencia Intervalo din mico TIFF tiempos de escaneado en un 25 El modo de alta sensibilidad se puede seleccionar en el men desplegable Resoluci n en el Editor de protocolos del esc ner Si no posee una licencia de alta resoluci n no est n disponibles los ajustes para 2 y 3 micras Establece el rango din mico en 16 o 20 bits El scanner G4900DA ha ampliado el intervalo din mico de PMT y los componentes electr nicos de procesamiento de se ales Al seleccionar la opci n de archivo TIFF de 20 bits puede acceder a este intervalo ampliado para posibilitar la cuantificaci n de las caracter sticas de se ales altas o bajas en un solo barrido Si no posee una licencia de alta resoluci n no est disponible la opci n de 20 bits El software Scan Control a n posibilita el barrido convencional XDR de 16 bits como se describe a continuaci n Si se selecciona la opci n de 20 bits no se permite la opci n XDR y si ya est seleccionada una opci n XDR se restablece autom ticamente Tabla 11 muestra el espacio de almacenamiento y el tiempo de barrido en barridos de uno y dos pasos para cada resoluci n seleccionada para un intervalo din mico de TIFF de 16 bits o de 20 bits La regi n de barrido es 61 X 21 6 mm La barr
18. establecer la ubicaci n del programa Feature Extraction 61 Para ejecutar Feature Extraction despu s del barrido 61 Asignar protocolos de barrido a dise os 62 Para asignar un protocolo de barrido a un dise o de placa 62 Gu a del usuario del sistema SureScan 7 Contenido 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 63 Mantenimiento del sistema 64 Mantenimiento programado del software 64 Mantenimiento programado del hardware 64 Sugerencias para evitar problemas 65 Soluci n de problemas 67 Soporte t cnico 67 Preguntas m s frecuentes 69 Soluci n de problemas del hardware 70 Soluci n de problemas del software 72 Ubicaciones de archivos 73 Mensajes de error del sistema SureScan 74 Uso de la pantalla de diagn stico 81 Actualizaci n del firmware del scanner y del programa Scan Control 83 Para verificar si una actualizaci n est disponible 83 Para actualizar el programa Scan Control y el firmware 83 Para verificar la instalaci n del software 84 Referencia 87 Referencia de la ventana del programa Scan Control 88 Ventana principal de Scan Control 88 Men Tools 90 Men Help 92 Tabla de ranura 93 Botones de funci n 97 Panel de ajustes 98 Leng etas de registro 99 Referencia del cuadro de di logo del programa Scan Control 102 Agilent Installation Qualification Tool 102 Cuadro de di logo Export Scan Protocol 103 Gu a del usuario del sistema SureScan Contenido Cuadro de di logo Export Scan R
19. para crear el nombre de archivo Estos prefijos se definen en el protocolo de barrido Field1_Field2_Field3_ScanNumber tif En barridos XDR se a ade un segmento adicional Ho_L al nombre de archivo para distinguir la imagen XDR Hi de la imagen XDR Lo Field1_Field2_Field3_ScanNumber_H tif Field1_Field2_Field3_ScanNumber_L tif El programa Scan Control asigna autom ticamente el N de barrido El programa compara el nombre de archivo de un nuevo barrido con los nombres de archivo de la carpeta de datos seleccionada Si Field1_Field2_Field3 es nico el n mero de barrido se fija en S01 Si se encuentra una coincidencia el n mero de barrido se incrementa hasta que el nombre de archivo sea nico Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Ejemplo US4510PP02_251485023883_S03 tif Instrument Serial US4510PP02 e Slide ID 251485023883 ScanNumber S03 Indica el tercer archivo de barrido de la carpeta con el mismo n de serie del aparato y la misma ID de placa Image File Info Esta secci n es un rea de s lo lectura que muestra informaci n sobre el nombre de archivo de imagen la geometr a de la placa el espacio en disco necesario para el archivo y el tiempo estimado para finalizar el barrido Gu a del usuario del sistema SureScan 113 6 Referencia Cuadro de di logo Scan Region Editor Cuadro de di logo Scan Region Editor Scan Region NewScanRegion General
20. portaplacas en el cassette El cassette y los portaplacas est n dise ados para asegurar que los portaplacas est n correctamente insertados No cargue portaplacas que no contengan placas en el scanner SureSan Gu a del usuario del sistema SureScan 29 2 Procedimientos iniciales Paso 3 Cargar los portaplacas en el cassette La flecha ayuda a identificar Soporte para el dedo la orientaci n del scanner Aa e 5 S E SS 11100001 h Figura 11 El portaplacas le permite insertar las placas correctamente 1 Enla ventana del programa Scan Control haga clic en Open Door para abrir la puerta del scanner ATENCI N La forma correcta de abrir la puerta del scanner es mediante el bot n Open Door en el programa Scan Control No intente abrir la puerta manualmente 2 Levante el portaplacas mediante el soporte para el dedo La flecha ubicada en la parte superior del portaplacas apunta hacia la izquierda cuando levanta el portaplacas correctamente Consulte Figura 11 30 Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 El scanner SureSan barre las placas Inserte un portaplacas en cualquier ranura abierta Los en el orden establecido en la cola n meros de las ranuras est n claramente etiquetados en el del barrido El scanner omite todas cassette de la placa No fuerce el portaplacas en el cassette las ranuras vac as Consulte Para ya que se inserta f cilmente si est correctamente alineado a
21. se encuentra en la cola de barrido Consulte Para eliminar una placa de la cola de barrido en la p gina 43 En la tabla de barrido seleccione la placa cuyos ajustes desea cambiar En el rea Scan Settings haga clic en la flecha junto al ajuste que desea cambiar y a continuaci n seleccione el nuevo ajuste Al cambiar los ajustes de forma manual el protocolo de barrido de la placa cambia a lt Customized gt Cuando haya terminado de cambiar los ajustes haga clic en la celda State y a ada la placa a la cola Consulte Para a adir una placa a la cola de barrido en la p gina 42 Para obtener m s informaci n sobre todos los ajustes consulte Cap tulo 6 Referencia Gu a del usuario del sistema SureScan 45 3 Utilizaci n del programa Scan Control Para cambiar los ajustes de varias placas S lo puede cambiar los ajustes de 1 barrido de una placa cuando no se encuentra en la cola de barrido 2 Consulte Para eliminar una placa de la cola de barrido en la p gina 43 En la tabla de barrido haga clic para seleccionar la primera placa cuyos ajustes desea cambiar Mantenga presionada la tecla Ctrl y a continuaci n haga clic para seleccionar otras placas O Para seleccionar un bloque contiguo de placas haga clic para seleccionar la primera placa y a continuaci n mantenga presionada la tecla Shift y haga clic en la ltima placa En el rea Scan Settings haga clic en la flec
22. sistema SureScan 101 Referencia Referencia del cuadro de di logo del programa Scan Control 102 Esta secci n contiene descripciones de los par metros disponibles en los cuadros de di logo que aparecen cuando se utiliza el programa Scan Control Las descripciones de los cuadros de di logo aparecen en orden alfab tico Agilent Installation Qualification Tool K Open report after qualification Products to be qualified Show OK files in report Open report after qualification Products to be qualified Qualify Re Qualify O Agilent Microarray ScanControl Figura 24 Cuadro de di logo Installation Qualification Tool Prop sito Verifica que el programa Scan Control se haya instalado correctamente y genera un informe de Installation Qualification Para abrir En el men Inicio de Windows haga clic en Todos los programas gt Agilent Technologies gt Installation Qualification Tool Cuando se selecciona esta opci n el informe de calificaci n incluye una lista de todos los archivos verificados aceptados No se selecciona el valor predeterminado Siempre se muestran los archivos no v lidos Cuando se selecciona esta opci n el informe de calificaci n se abre en el explorador de Internet despu s de que finaliza la calificaci n de instalaci n Muestra una lista de los productos de software de Agilent que puede calificar con la herramienta Inicia la calificaci n de insta
23. soluci n de problemas del sistema ATENCI N 5 Vuelva a introducir el portafusibles para ello emp jelo hasta escuchar un clic 6 Conecte el cable de alimentaci n Sustituya los fusibles s lo por fusibles con las mismas caracter sticas o equivalentes Si no est seguro de los fusibles p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de soporte y servicio antes de colocarlos Portafusibles de alimentaci n Soluci n de problemas del software En caso de que se produzca un fallo en el ordenador o desee volver a cargar la imagen del disco duro que Agilent entrega con el ordenador Agilent suministra un CD de recuperaci n que le permite volver a instaurar la imagen del disco duro Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Ubicaciones de archivos El sistema SureScan utiliza las siguientes carpetas Archivos del programa Scan Control carpeta de instalaci n C Program Files x86 AgilentiScanControl Archivos de registro CAProgramDatalMAgilentMicroarrayScannerLogs Archivos de im genes barridas de forma predeterminada de lo contrario como se establece en los ajustes de Scan Control DAScanData Archivos de im genes barridas en caso de no encontrar una ubicaci n de almacenamiento en la red Si la carpeta predeterminada para datos de barrido Default Scan Data establecida en Tools gt Settings no est disponible
24. trasladar el scanner y asegurarse de que funciona correctamente tras el traslado Agilent recomienda guardar los archivos de datos directamente en el disco duro local Puede tambi n guardar archivos de datos en una carpeta de red Si experimenta un problema de acceso a la red durante el barrido los datos se guardan en una carpeta local temporal y se incluye un aviso de atenci n en el registro de barrido Si tiene un problema con la estaci n de trabajo del ordenador consulte la documentaci n que se incluye con el ordenador Si a n as no puede resolver el problema p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y con el centro de soporte y servicio No Debe utilizar el bot n Open Door Close Door en el programa Scan Control para abrir y cerrar la puerta 1 Cierre el programa Scan Control y despu s rein cielo Debe encender el scanner SureScan antes de iniciar el programa Scan Control Si inicia primero el programa Scan Control no se realiza la conexi n al encender el scanner 2 P ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio El programa ScanControl evita que abra la puerta mientras est cargando o expulsando una placa Espere hasta que el bot n Open Door est activo para abrir la puerta Si contin a con problemas verifique el registro del estado y p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Gu a del usuario del sistema SureSc
25. un ciclo de expulsi n de placas para asegurase de que ninguna placa est en ese momento en el enfoque autom tico Si el scanner tiene 24 placas cargadas cuando lo enciende se producir un error en la inicializaci n porque no puede realizar el ciclo de expulsi n de placas e El sistema de barrido se inicializa y se calibra el sistema de adquisici n de datos Una vez que finaliza la secuencia de inicializaci n el bot n Open Door se activa y es posible cargar las placas Para obtener m s informaci n sobre la ventana del programa Scan Control consulte Referencia de la ventana del programa Scan Control en la p gina 88 Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 Paso 1 Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control Help Slide ID Scan Protocol Output Folder SA Dye Channel s L Scan Region Resolution Tiff Dynamic Range Red PMT Sensitivity 3 Green PMT Sensitivity 9 XDR Ratio Image Settings Transform Image Split Compress File Naming Settings l Field 1 l Field 2 l Field 3 Open Door Description Cuiiviuvinyg avu Calibrating PMT Calibrating PMT Initializing loader Reading barcodes Warming up lasers Warming up lasers Remaining scan time 0 min Disk space required 0 KB Figura 5 Ventana del programa Agilent Microarray Scan Control lista para agregar placas El estado del scanner se indica en la esquina inferior derecha d
26. 0 con respecto al valor de calibraci n anterior Los avisos de atenci n de calibraci n del l ser se ajustan cuando los l seres no pueden alcanzar la potencia especificada en el per odo de calentamiento Si ocurre este problema el sistema establece el aviso de atenci n y vuelve a calibrar los l seres al 80 de su potencia especificada El programa Scan Control ampl a el archivo TIFF para compensar la potencia menor del l ser Si la siguiente calibraci n tampoco se realiza correctamente y vuelven a aparecer los avisos de atenci n p ngase en contacto con la oficina de ventas local o el centro de servicio y soporte de Agilent Para restablecer los avisos de atenci n de calibraci n e En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Reset Calibration Warnings 58 Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 Para ejecutar una autocomprobaci n Para ejecutar una autocomprobaci n retire todos los portaplacas del scanner El comando de autocomprobaci n est activado cuando el estado del scanner es Ready y la puerta est cerrada La autocomprobaci n no prueba todos los subsistemas o las especificaciones Para volver a realizar una prueba completa cont ctese con el servicio de Agilent para obtener una comprobaci n de mantenimiento preventivo y del scanner 1 En la barra de men de Scan Control haga clic en Tools gt Self Test Se abrir el
27. 21 2 Procedimientos iniciales Paso 2 Inserci n de las placas en los portaplacas Consulte Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras en la p gina 127 para aplicar un segundo c digo de barras legible ATENCI N Figura 8 Placa insertada en portaplacas im ES S 2 Su Figura 9 Portaplacas cerrado con placa Para obtener instrucciones sobre la forma de retirar las placas consulte Paso 7 Extracci n de las placas en la p gina 34 Las placas de Agilent tienen dos c digos de barra una en cada lado del cristal Consulte Figura 10 Generalmente las placas que no son de Agilent s lo tienen un c digo de barras Para las placas de Agilent y no pertenecientes a Agilent coloque el lado activo de microarrays de la placa hacia la cubierta del portaplacas Si tiene una placa cuya superficie activa se encuentra en el lado opuesto del c digo de barras el scanner no puede leer el c digo de barras Una placa insertada incorrectamente puede da ar el Scanner SureScan 28 Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 Double barcoded slide example Inactive Glass Surface SIDE 1 EbvZ000ZpY00091 O O A Active Active Microarray Microarray Surface Surface SIDE 2 Figura 10 Orientaci n de la placa Paso 3 Cargar los portaplacas en el cassette Una vez introducidas correctamente las placas en los portaplacas puede cargar los
28. Agilent G4900DA Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario Enero 2012 S lo para uso en investigaci n No utilizarse en procedimientos de diagn sticos EE Agilent Technologies Avisos O Agilent Technologies Inc 2011 2012 Ninguna parte de este manual puede reproducirse en forma alguna o por medio alguno incluido el almacenamiento y la recuperaci n electr nicos o la traducci n a otro idioma sin el acuerdo previo y el consentimiento por escrito de Agilent Technologies Inc tal y como establecen las leyes de derechos de autor internacionales y de los Estados Unidos N mero de referencia del manual 64900 95000 Edici n Enero 2012 Impreso en EE UU Agilent Technologies Inc 5301 Stevens Creek Blvd Santa Clara CA 95051 EE UU Windows es una marca registrada en los EE UU de Microsoft Corporation Garant a El material contenido en este documento se facilita tal cual y est sujeto a cambios sin previo aviso en ediciones futuras Asimismo y en la medida en que est permitido por la legislaci n aplicable Agilent rechaza todas las garant as ya sean expresas o t citas relativas a este manual y a la informaci n contenida en el mismo incluidas a t tulo enunciativo pero no limitativo las garant as impl citas de comerciabilidad e idoneidad para un fin determinado Agilent no se responsabiliza de los errores contenidos en este m
29. C Program Files x86 Extraction AgilentYMicroArrayWFeatureExtractionFeNoWindows exe Run Feature Cuando se selecciona esta opci n las placas se extraen como Extraction caracter stica de forma autom tica despu s del barrido Para whenscanis ejecutar Feature Extraction de forma autom tica los archivos complete de dise o para todas las im genes ya deben estar presentes en la base de datos de Feature Extraction Para utilizar Agilent CytoGenomics en el modo de procesamiento autom tico no seleccione Run Feature Extraction when scan is complete El programa Agilent CytoGenomics no est incluido con el sistema SureScan 118 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Protoco Cuadro de di logo Settings Design To Protocol Mapping AGARA Design To Protocol Mapping Design ID 17278 AgilentG3_CGH 26573 AgilentHD_CGH Scan Protocol Description Figura 33 Cuadro de di logo Settings Leng eta Design To Protocol Mapping Prop sito Se utiliza para asignar protocolos de barrido predeterminados a las ID de dise o de placas de microarrays Cada vez que el scanner reconoce una placa con un protocolo de barrido asignado a su dise o el programa rellena autom ticamente el protocolo de barrido asignado en la tabla de ranura Para abrir En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Settings y a continuaci n haga clic en Design To Protocol Mapping Gu a del usuar
30. HR al 30 C Potencialmente sensible a condiciones de condensaci n de humedad Siga las precauciones que se indican en Sugerencias para evitar da os en el scanner en la p gina 65 Antes de abrir la caja de embalaje espere siempre 12 horas para su acondicionamiento t rmico en las instalaciones M xima de funcionamiento 4 600 m 15 000 pies M xima de almacenamiento 9 200 m 30 000 pies a 40 C Uso en interiores Longitudes de onda Estado del l ser verde fuerte 532 nm Estado del l ser rojo fuerte 640 nm Alimentaci n de corriente ambas controladas a 13 mW 71 mm x 21 6 mm 1 mm menos que la regi n de barrido a la derecha 2 mm a la izquierda y 0 6 mm en la parte superior e inferior En placas que no son de Agilent la regi n de impresi n es m s peque a en una cantidad igual a la tolerancia de impresi n de array Gu a del usuario del sistema SureScan 123 6 Referencia Pigmentos Cianina 3 Cy 3 y cianina 5 Cy 5 y pigmentos similares a admitidos Cy 3 y Cy 5 y pigmentos Alexa 647 555 y 660 Resoluci n 2 3 5 10 micras tama o en pixeles Error de lt 1 p xel en una resoluci n de 5 micras colocaci n de pixel Uniformidad 5 de CV global sin uniformidad la media local sin uniformidad es generalmente un 1 bas ndose en funciones de 100um Tiempo de barrido Tabla 13 Tiempo de barrido en barridos de uno y dos pasos para la regi n de barrido HD de Agilent de 61 x 21 6 mm
31. Inc 2011 2012 Enero 2012 4900 95000 Revisi n A1 EE Agilent Technologies
32. Resoluci n Tiempo de barrido min Un solo paso de 2 micras 24 Un solo paso de 3 micras 16 Un solo paso de 5 micras 10 Un solo paso de 10 10 micras Dos pasos de 2 micras 46 Dos pasos de 3 micras 31 Dos pasos de 5 micras 19 alta sensibilidad de 2 36 micrones alta sensibilidad de 3 24 micrones alta sensibilidad de 5 15 micrones alta sensibilidad de 10 15 micrones 124 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Intervalo din mico Intervalo din mico de 16 bits de un barrido gt 10 Intervalo din mico de 20 bits de un barrido gt 10 Intervalo din mico ampliado XDR de dos barridos gt 108 Gu a del usuario del sistema SureScan 125 Referencia Especificaciones de las placas Dimensiones de barrido La regi n de barrido de un microarray est ndar de Agilent se especifica en Figura 34 Todas las dimensiones se indican en mil metros y el punto de referencia es el lado inferior derecho del cristal je 76 2 0 25 1 4 gt E a m lt lt lt A O 25 4 0 7 y or 0 45 gt Ll 5 21 6 Q O 5 an Y 1 9 A al Figura 126 1 0 34 Regi n de barrido predeterminada del scanner G4900DA Especificaciones del cristal El scanner SureScan utiliza portaplacas para introducir y sacar las microarrays del cassette Estos portaplacas se han dise ado para aceptar piezas de cristal de 1 x 3 pulgadas Las especificaciones de
33. Scan Region Editor con la nueva regi n en su lista Cambio de una regi n de barrido existente para placas que no son de Agilent S lo puede cambiar las regiones de barrido creadas No es posible cambiar o eliminar las regiones facilitadas por Agilent Gu a del usuario del sistema SureScan 51 4 52 Uso de las herramientas de Scan Control Al crear una regi n de barrido o utilizar regiones de barrido existentes aseg rese de que haya una distancia de 4 mm como m nimo entre la regi n de barrido y la etiqueta de c digo de barra 1 En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Scan Region Editor Se abrir Scan Region Editor En la lista que se encuentra junto a Scan Region seleccione la regi n de barrido que desea modificar Cambie las medidas de la regi n seg n lo desee Para obtener m s informaci n sobre los ajustes disponibles consulte Cuadro de di logo Scan Region Editor en la p gina 114 Haga clic en Save para guardar los cambios de la regi n de barrido seleccionada Para crear una regi n de barrido 1 En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Scan Region Editor Se abrir Scan Region Editor Haga clic en Export Se abrir el cuadro de di logo Export Scan Region Haga clic para seleccionar la regi n de barrido que desea exportar O BIEN Para seleccionar las regiones de barrido no contiguas que desea exportar mantenga pr
34. SureScan 77 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Tabla 4 Mensaje de error en registros continuaci n Mensaje de error Descripci n y acci n sugerida No se pudo calibrar el sistema de datos No se pudo realizar la verificaci n de la carpeta de datos de barrido predeterminada Se produjo un error en la expulsi n no se puede mover la placa al cassette No se pudo crear el archivo de proyecto FE No se pudo iniciar la aplicaci n FE Se detect un error en la velocidad del ventilador Se detuvo el funcionamiento del aparato Se elimin el aviso de atenci n de la velocidad del ventilador Se est reanudando el funcionamiento del aparato Se detect el aviso de atenci n de la velocidad del ventilador Se suspendi el funcionamiento del aparato Se produjo un error en la b squeda del enfoque Falla general de comunicaci n La potencia del l ser verde no est configurada en el valor calibrado La calibraci n del PMT verde se complet con avisos de atenci n Se detect un error de hardware en el subsistema El funcionamiento del aparato se detuvo Se detect un aviso de atenci n de hardware en el subsistema El funcionamiento del aparato se suspendi Se detect un error de temperatura alta Se detuvo el funcionamiento del aparato Indica que no se pudo calibrar el sistema de datos Si el problema contin a cont ctese con el servicio
35. a Cierre el software Scan Control reinicie el scanner y a continuaci n vuelva a iniciar el programa Scan Control Cierre el programa Scan Control y rein cielo Si el problema contin a vuelva a instalar el programa Scan Control 76 Gu a del usuario del sistema SureScan Tabla 3 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Mensajes de error en cuadros de di logo emergentes continuaci n Mensaje de error Descripci n y acci n sugerida No se pudo mostrar informaci n Acerca de No se pudo actualizar el firmware Cierre el programa Scan Control y rein cielo Si el problema contin a vuelva a instalar el programa Scan Control No se pudo actualizar el firmware del aparato P ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Detalles agregados cuando se genera el mensaje Tabla 4 La siguiente tabla muestra los mensajes de error que aparecen en el registro de estado o en el registro de barrido Para ver informaci n adicional cuando se produce un error haga clic enTools gt Show Recent Errors Mensaje de error en registros Mensaje de error Descripci n y acci n sugerida Error desconocido de la m quina de estado durante el estado Se produjo un error en la actividad EjectSlide Se produjo un error en la actividad InitLoader Se produjo un error en la actividad InitStages La actividad LaserWarmup se complet con
36. a La funci n XDR se desactiva autom ticamente en valores por debajo del 10 El ajuste de relaci n de XDR ordena al scanner que realice un segundo barrido con ajustes de PMT m s bajos Por ejemplo si los PTM rojo y verde se establecen en 100 y la relaci n de XDR se establece en 0 1 el segundo barrido se realiza con los PMT establecidos en 10 Los valores disponibles son lt NoXDR gt 0 5 0 2 0 1 y 0 05 Ajustes de imagen Algunos programas de an lisis necesitan girar 90 grados los datos de las im genes de un color Si selecciona Flip Rotate la imagen se transforma como se muestra en Figura 29 mec gt YBCD Figura 29 Imagen con la opci n Flip Rotate establecida Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Split Si selecciona Yes el archivo de color se divide en dos archivos de color Los archivos divididos tienen los nombres FileName_green y FileName_red donde FileName es el nombre que se asigna autom ticamente al archivo antes de dividirse Esta opci n s lo est disponible en barridos de intervalo din mico TIFF de 16 bits Si se selecciona un canal de pigmento simple un barrido de 20 bits o cualquier opci n XDR no se permite la opci n Split Si la opci n Split ya se encuentra seleccionada se restablece autom ticamente Compress Al seleccionar Yes el programa reduce el tama o final del espacio de almacenamiento ocupado por las im genes de barrido comprimiendo los archivos TIFF El a
37. a que se calienten y el aparato estar listo para realizar un barrido Para encender los l seres En la ventana del programa Scan Control haga clic en Tools gt Switch on Lasers Los l seres se encienden El registro de estado muestra Warming up lasers y la barra de estado Warming up Cuando los l seres est n calientes la barra de estado muestra Ready Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 Herramientas para soluci n de problemas Para facilitar la soluci n de problemas puede ver los errores recientes o abrir los archivos de registro que se generaron para el scanner Puede adem s crear un archivo que contiene una instant nea del estado actual del aparato Las herramientas para soluci n de problemas que se describen en esta secci n se utilizan generalmente al trabajar con un especialista de soporte t cnico de Agilent Para ver errores recientes En la barra del men de programa Scan Control haga clic en Tools gt Show Recent Errors El archivo LogMessages txt se abre en Bloc de notas o en el programa de editor de texto predeterminado Para ver archivos de registro 1 Enla barra de men del programa Scan Control haga clic en Gu a del usuario del sistema SureScan Tools gt Log Files La carpeta CAProgramDatalAgilentAMicroArrayScannerl Logs se abre con una lista de archivos de registro ScanLog csv contiene informaci n ace
38. a de estado situada en la parte inferior de la ventana principal Scan Control muestra una estimaci n del espacio de almacenamiento y el tiempo de ejecuci n necesario para la cola de placas actual Tabla 11 Espacio de almacenamiento y tiempo de barrido Resoluci n Espacio de Espacio de Tiempo de almacenamiento almacenamiento barrido min Mb 16 bits Mb 20 bits Un solo paso de 2 1300 1600 24 micras Un solo paso de 3 620 760 16 micras Un solo paso de 5 200 300 10 micras Un solo paso de 10 52 115 10 micras r x Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Tabla 11 Espacio de almacenamiento y tiempo de barrido Resoluci n Espacio de Espacio de Tiempo de almacenamiento almacenamiento barrido min Mb 16 bits Mb 20 bits Dos pasos de 2 1300 1600 46 micras Dos pasos de 3 620 760 31 micras Dos pasos de 5 200 300 19 micras alta sensibilidad de 2 1300 1600 36 micrones alta sensibilidad de 3 620 760 24 micrones alta sensibilidad de 5 200 300 15 micrones alta sensibilidad de 52 115 15 10 micrones Los barridos de dos pasos requieren el mismo espacio de almacenamiento que los barridos de un solo paso pero tardan el doble de tiempo en finalizar Red PMT Ajusta el nivel de sensibilidad del PTM de canal rojo y de canal Sensitivity 4 verde El PMT detecta la fluorescencia emitida por la Y microarray Green PMT Sensitivity 4 El nivel de salida predeterminado 100 establece la g
39. aca 1 62 En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Settings Aparecer el cuadro de di logo Settings Haga clic en la leng eta Design to Protocol Mapping En Design ID escriba el n mero de ID de dise o para el dise o que desea asignar al protocolo de barrido La ID de dise o est determinada por un c digo de barras de la placa de Agilent Todos los c digos de barra empiezan con 25 Los cinco d gitos siguientes corresponden a la ID de dise o Por ejemplo la ID de dise o para el c digo de barra 251727810298 es 17278 En Scan Protocol seleccione el protocolo de barrido que desea utilizar para las placas del dise o seleccionado Opcional En Description escriba la informaci n sobre el protocolo o dise o seg n lo desee Haga clic en Save Cada vez que a ade una placa que se cre con el dise o asignado el programa utiliza autom ticamente el protocolo de barrido seleccionado en la tabla de la ranura Gu a del usuario del sistema SureScan Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Mantenimiento del sistema 64 Mantenimiento programado del software 64 Mantenimiento programado del hardware 64 Sugerencias para evitar problemas 65 Soluci n de problemas 67 Soporte t cnico 67 Preguntas m s frecuentes 69 Soluci n de problemas del hardware 70 Soluci n de problem
40. ad Scan region Scan region determina el rea de la placa que se procesa Debe ser lo suficientemente grande para capturar toda la regi n de impresi n de la microarray Debe ser lo suficientemente peque a para evitar realizar el barrido demasiado cerca del c digo de barra u otras reas de los bordes de la placa no transparentes y que afecten la capacidad del scanner de realizar el enfoque autom tico debidamente Minimizar la regi n de barrido tambi n reduce el tiempo de barrido y ahorra espacio de almacenamiento Agilent proporciona una regi n de barrido adecuada para todas las placas de alta densidad y G3 de Agilent y otra adecuada para realizar el barrido completo de placas de 1 x 3 sin etiquetas de c digos de barra En placas que no son de Agilent es posible que tenga que utilizar una regi n de barrido personalizada que se adapte mejor a la regi n impresa Consulte Crear y cambiar regiones de barrido en la p gina 51 Resolution Establece la resoluci n de barrido tama o en p xeles en 2 3 5 y 10 micras En barridos de 10 micras cada fila de p xeles en la imagen TIFF representa la media de dos l neas de barrido una adquirida en cada direcci n En barridos de 5 3 y 2 micras puede seleccionar un barrido de doble paso para realizar esta media o adquirir s lo una l nea de barrido nica para cada fila de imagen Un modo de escaneo de alta sensibilidad est tambi n disponible en todas las resoluciones de
41. adir una placa a la cola de con el soporte para el dedo en la parte superior y la flecha barrido en la p gina 42 hacia la izquierda Figura 12 Insertar el portaplacas en el cassette 3 Aseg rese de que el portaplacas est colocado en la parte inferior de la ranura del cassette El n mero de la ranura para la placa cargada se indica en azul 4 Repita los pasos 1 a 3 hasta que todos los portaplacas est n cargados en el cassette Los n meros de las placas junto al cassette y en la tabla de ranura de la ventana del programa Scan Control cambian de color para indicar el estado de la ranura Para obtener m s informaci n consulte Tabla 8 en la p gina 94 ATENCI N La colocaci n incorrecta del portaplacas en el cassette puede provocar serios da os en el scanner SureScan 5 En el programa Scan Control haga clic en Close Door Se producir n los siguientes eventos Gu a del usuario del sistema SureScan 31 2 Procedimientos iniciales Para obtener m s informaci n sobre c mo asignar los protocolos de barrido a los dise os de placas consulte Para asignar un protocolo de barrido a un dise o de placa en la p gina 62 e Se cierra la puerta del scanner El scanner lee el c digo de barra de cada placa El c digo de barras se muestra en Slide ID en la tabla de ranura del programa Scan Control e Se aplica la carpeta de salida predeterminada e Para las placas que tienen un protocolo de barrido asign
42. ado a su dise o el protocolo de barrido est asignado en la tabla de la ranura y el estado de la ranura cambia a Ready for queue Para las placas que no tienen asignado un protocolo de barrido a su dise o el protocolo de barrido permanece vac o y el estado de la ranura permanece como Present Asigne un protocolo de barrido como se describe en Paso 4 Establecimiento o cambio de los ajustes de barrido del protocolo Para obtener m s informaci n sobre la ventana principal del programa Scan Control consulte Referencia de la ventana del programa Scan Control en la p gina 88 Es posible agregar placas al cassette mientras un barrido est en proceso Consulte Acerca de la adici n de placas en la p gina 121 Paso 4 Establecimiento o cambio de los ajustes de barrido del protocolo Los ajustes actuales del protocolo de barrido se muestran para cada placa seleccionada en el panel derecho de la ventana principal del programa Scan Control Para obtener m s informaci n sobre estos ajustes consulte Referencia de la ventana del programa Scan Control en la p gina 88 32 Cuando configure el barrido para una placa por primera vez seleccione el protocolo de barrido que desea utilizar Consulte Acerca de los protocolos de barrido en la p gina 35 Una vez barrida la placa el programa recuerda ese protocolo de barrido y lo asigna a todas las placas con el mismo dise o de microarrays Puede ca
43. alida de una placa antes de que se a ada a la cola El bot n Browse le permite seleccionar una carpeta donde almacenar los datos de cada barrido Agilent recomienda recopilar los datos en una carpeta local en un disco duro secundario Tambi n puede seleccionar una carpeta de red Si experimenta un problema de acceso a la red durante el barrido los datos se guardan en una carpeta local temporal y se incluye un aviso de atenci n en el registro de barrido Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Botones de funci n All to Queue Empty Queue Open Door Close Door Start Scan Stop Scan Los botones junto a la tabla de ranura est n disponibles seg n el estado del aparato A ade a la cola de placas todas las placas que no se encuentran en ella Las placas se a aden a la cola en el orden en que aparecen en la tabla de ranura Retira todas las placas de la cola excepto las que se est n barriendo Abre o cierra la puerta del scanner Inicia o detiene el barrido Las placas se barren en el orden que aparecen en la cola de barrido Gu a del usuario del sistema SureScan 97 6 Referencia Panel de ajustes Panel de ajustes Scan Settings Dye Channel s Red Green hd b Scan Region FullAgilentSlide Resolution 3 um w Tiff Dynamic Range 16 bit X Red PMT Sensitivity 100 X Green PMT Sensitivity 100 hd XDR Ratio lt NoXDR gt X Transform Image None Split No X Compress No v b Field 1 Instrumen
44. ambi n se restablece por los ciclos de energ a del aparato Para realizar la operaci n seleccionada mueva el interruptor hacia la derecha hacia la posici n Select Una vez que el programa Scan Control se conecta con el aparato la pantalla muestra Client Connected Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Actualizaci n del firmware del scanner y del programa Scan Control Agilent Technologies ocasionalmente facilita actualizaciones de software Las actualizaciones de firmware en caso de ser necesario se incluyen con la actualizaci n de programa Scan Control Esta secci n describe c mo actualizar el programa del scanner y el firmware Para verificar si una actualizaci n est disponible Si una actualizaci n para el programa Scan Control est disponible aparece el icono Information en la parte inferior derecha de la ventana principal de Scan Control iy Haga clic en el icono para mostrar la informaci n acerca de la versi n instalada y la ltima versi n disponible r y Scan Control 55 A newer version of Scan Control is available Current version 9 1 1 1 Latest version available 9 3 1 1 For more information please click Help gt Scanner Home Page Figura 15 Cuadro de di logo de notificaci n de actualizaci n Para actualizar el programa Scan Control y el firmware 1 En la ventana principal de Scan Control
45. an 69 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Soluci n de problemas del hardware Salvo por el fusible de alimentaci n el scanner SureScan no tiene piezas que el usuario pueda reparar El indicador luminoso de estado ubicado en la parte frontal del scanner indica posibles problemas Tambi n puede sustituir los fusibles que protegen el sistema Por cualquier otro problema incluidos atascos p ngase en contacto con la oficina local de ventas de Agilent y el centro de soporte y servicio Si tiene problemas con la estaci n de trabajo del ordenador consulte Soporte de la estaci n de trabajo del ordenador en la p gina 67 para obtener informaci n de soporte Soluci n de problemas de los indicadores luminosos de estado El panel frontal cuenta con un indicador luminoso que muestra el estado del scanner SureScan lio ar sl Indicador luminoso _ de estado a Figura 13 Ubicaci n del indicador luminoso de estado Tabla 2 describe los posibles estados del indicador luminoso 70 Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Tabla2 Estados de los indicadores luminosos del Scanner Estado de la luz Significado acci n requerida Amarillo El scanner se est inicializando La luz amarilla aparece una vez que enciende el scanner y tambi n cuando el programa Scan Control se conecta e inicia la comunicaci n con el scanner Apagado El scanner se ha inic
46. anancia al nivel calibrado de f brica ste es el ajuste recomendado para microarrays Agilent Puede reducir cada ajuste de canal de color independientemente hasta un m nimo de 1 Si una microarray es tan brillante que se satura el extremo superior de la se al de salida el nivel de sensibilidad del PMT puede reducirse a un intervalo de sensibilidad que permita la lectura de toda la informaci n Relaci n XDR Antes de que el intervalo din mico de TIFF de 20 bits estuviera disponible se utilizaba la funci n eXtended Dynamic Range en el scanner y en el programa Feature Extraction para capturar Gu a del usuario del sistema SureScan 109 6 110 Referencia Transform Image todos los datos barridos entre caracter sticas de se ales muy bajas y caracter sticas de se ales muy altas Ahora en lugar de utilizar XDR puede seleccionar el intervalo din mico de archivos TIFF de 20 bits para capturar el intervalo din mico amplio de datos Si se selecciona la opci n de 20 bits no se permite la opci n XDR Con la funci n XDR activada el scanner barre autom ticamente la misma placa dos veces con dos niveles de sensibilidad PMT diferentes Genera dos im genes vinculadas que Feature Extraction procesa conjuntamente para proporcionar un solo conjunto unificado de datos de intensidad extra dos Estos datos abarcan hasta 6 rdenes de magnitud El nivel de ganancia de PMT rojo o verde establece el nivel de sensibilidad alt
47. anual ni de los da os ocasionales relativos al suministro al uso o a las prestaciones de este documento o de la informaci n contenida en el mismo En el supuesto de que Agilent y el usuario hayan firmado un contrato aparte por escrito cuyos t rminos de garant a que cubren el material contenido en este documento sean contrarios a los presentes t rminos prevalecer n los t rminos de garant a del contrato firmado aparte Licencias de tecnolog a El hardware y o el software que se describen en este documento se ofrecen bajo licencia y pueden ser utilizados o copiados nicamente de acuerdo con los t rminos de esa licencia Leyenda sobre la restricci n de derechos Derechos restringidos del gobierno de EE UU Software y derechos de datos t cnicos otorgados al gobierno federal incluyen los derechos facilitados habitualmente a los clientes usuarios finales Agilent proporciona esta licencia comercial habitual de Software y datos t cnicos de acuerdo con FAR 12 211 Datos t cnicos y 12 212 Software inform tico y para el Departamento de Defensa DFARS 252 227 7015 Datos t cnicos Art culos comerciales y DFARS 227 7202 3 Derechos en software inform tico comercial o documentaci n del software inform tico Avisos sobre seguridad ATENCI N Un aviso de ATENCI N significa que hay un riesgo Llama la atenci n sobre una pr ctica un procedimiento de funcionamiento o un proceso similar que si no se realiza corr
48. ara utilizar el servidor eArray durante la extracci n e Ejecute el programa Feature Extraction de forma manual despu s de que se creen las im genes barridas Para obtener informaci n sobre el programa Feature Extraction consulte la documentaci n suministrada con el programa e Para utilizar CytoGenomics Agilent y extraer im genes como caracter sticas ajuste la carpeta de salida en la carpeta de im genes TIFF de procesamiento autom tico configurada en el programa Agilent CytoGenomics El programa CytoGenomics recoge las im genes de forma autom tica y a continuaci n las extrae como caracter sticas y las analiza Para obtener m s informaci n consulte la documentaci n del programa Agilent CytoGenomics Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Especificaciones del scanner SureScan Dimensiones aproximadas Peso Entrada de alimentaci n Fusibles Rango de temperatura Humedad Altitud Uso Informaci n del l ser Regi n de barrido m xima Regi n de impresi n de microarrays sugerida El scanner SureScan funciona dentro de las siguientes especificaciones Altura 42 cm 16 5 pulg Ancho 43 cm 17 pulg Fondo 67 cm 26 pulg 56 8 kg 125 lbs 100 240 VCA 50 60 Hz 250 VA m x Dos fusibles para la fuente de alimentaci n T4A 250 VCA A pieza 2110 1491 Funcionamiento de 15 a 30 C Almacenamiento de 40 a 50 C Funcionamiento de 15 al 85 de
49. arrido de la excitaci n del l ser se realiza r pidamente de atr s a adelante a lo largo de la microarray El enfoque autom tico din mico garantiza que la microarray siempre est colocada en el plano focal de la lente de barrido lo que da como resultado una intensidad calibrada y uniforme del barrido Gu a del usuario del sistema SureScan Introducci n 1 Detecci n de fluorescencia La fluorescencia de las muestras con etiquetas se convierte en una se al el ctrica mediante un PMT de alto rendimiento Los amplificadores de ruido muy bajo y los integradores digitales procesan la se al del PMT en una medici n digital que se graba en el archivo TIFF Gu a del usuario del sistema SureScan 19 1 Programas instalados en la estaci n de trabajo del ordenador 20 El ordenador que se incluye con el sistema SureScan cuenta con los siguientes programas instalados Programa Agilent Microarray Scan Control para instalar y utilizar el scanner Programa Feature Extraction de Agilent ejecuta autom ticamente la extracci n de caracter sticas de archivos de im genes barridas creadas por el scanner Puede adem s ejecutar el programa Feature Extraction manualmente para examinar im genes y configurar las opciones de extracci n de caracter sticas Programa Installation Qualification de Agilent verifica que el programa Scan Control se haya instalado correctamente y no se haya da ado despu s de la instalaci n Produce un info
50. as del software 72 Mensajes de error del sistema SureScan 74 Actualizaci n del firmware del scanner y del programa Scan Control 83 Para verificar si una actualizaci n est disponible 83 Para actualizar el programa Scan Control y el firmware 83 Para verificar la instalaci n del software 84 En este cap tulo se facilita informaci n de mantenimiento y soluci n de problemas del sistema de scanner SureScan Apg Agilent Technologies 63 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Mantenimiento del sistema 64 Con el cuidado y mantenimiento adecuados el scanner SureScan funcionar sin problemas Cuando tenga dudas sobre el uso o cuidado del scanner SureScan p ngase en contacto con la oficina local de ventas o el centro de servicio y soporte de Agilent para obtener respuestas a sus preguntas Mantenimiento programado del software Realice estas tareas que ayudan a mantener el rendimiento de la estaci n de trabajo del ordenador y del sistema operativo Al menos una vez por semana compruebe el espacio en disco y archive los datos seg n precise Una vez a la semana borre todos los archivos temporales archivos mp tmp de la carpeta C Temp e Si se observa un rendimiento lento desfragmente el disco duro utilizando el software de desfragmentaci n Mantenimiento programado del hardware El scanner SureScan no contiene piezas que el usuario pueda reparar Inspecci n de los conductos de ventilaci n
51. avisos de atenci n Se produjo un error en la actividad LaserWarmup Se produjo un error en la actividad LoadSlide El porcentaje de espera de enfoque autom tico es mayor al l mite de advertencia La calibraci n del sistema de datos se complet con avisos de atenci n Error de nivel bajo P ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Varias causas posibles Intente reiniciar el scanner y el programa Scan Control Si el problema contin a p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Varias causas posibles Intente reiniciar el scanner y el programa Scan Control Si el problema contin a p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Varias causas posibles Intente reiniciar el scanner y el programa Scan Control Si el problema contin a p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Los l seres no se pudieron calentar con la potencia calibrada Los l seres no se estabilizaron en un per odo determinado Varias causas posibles Intente reiniciar el scanner y el programa Scan Control Si el problema contin a p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Polvo u obstrucciones en la placa placa no instalada correctamente en el portaplacas Indica que no se pudo calibrar el sistema de datos Si el problema contin a cont ctese con el servicio Gu a del usuario del sistema
52. bits XDR e Especificaci n de uniformidad del lt 5 de CV Coeficiente de variaci n Compresi n de archivo de im genes TIFF e Voltear y girar im genes e Lectura de c digos de barra internos o externos El programa Agilent Microarray Scan Control le permite seleccionar los canales de tinte fluorescencia las regiones de barrido la resoluci n el intervalo din mico la ganancia de PMT y las carpetas de salida de cada una de las placas del casete Puede cargar estos ajustes autom ticamente de protocolos de aplicaciones espec ficas guardadas o configurarlos manualmente en la tabla de ranura Lista de componentes El G4900DA sistema de scanner de microarrays SureScan consta de los siguientes componentes e G2600D Scanner SureScan con cassette integral de 24 placas e 24 portaplacas Gu a del usuario del sistema SureScan 13 1 Introducci n Estaci n de trabajo del ordenador con software de recuperaci n en CD Cables de alimentaci n y cable de red Software Agilent Microarray Scan Control instalado Feature Extraction Software de Agilent instalado Installation Qualification Tool Software de Agilent instalado Declaraci n de conformidad El Microarray Scan Control Software 9 1 est dise ado para su uso con Feature Extraction Software FE 10 7 3 y versi n superior Requisitos inform ticos del sistema El sistema SureScan viene con un ordenador que cumple o supera la siguiente configuraci n Agilent Technol
53. calificaci n de instalaci n IQT Utilice este programa una vez actualizado el software para verificar que la actualizaci n se instal correctamente 1 Haga clic en Inicio gt Todos los programas gt Agilent Technologies gt Installation Qualification Tool X Show OK files in report K Open report after qualification Products to be qualified O Agilent Microarray ScanControl Figura 16 Cuadro de di logo Agilent Installation Qualification Tool Gu a del usuario del sistema SureScan 2 Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Seleccione la casilla junto a Agilent Microarray Scan Control En Products to be qualified haga clic en Qualify La instalaci n se verifica y se genera un informe de calificaci n de instalaci n Si seleccion Open report after qualification se abre el informe de instalaci n de calificaci n en el explorador de Internet Una vez que finalice haga clic en el bot n Close ubicado en la esquina derecha superior del cuadro de di logo del programa 85 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Para verificar la instalaci n del software 86 Gu a del usuario del sistema SureScan Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario 6 Referencia Referencia de la ventana del programa Scan Control 88 Referencia del cuadro de di logo del programa Scan C
54. camente Si se coloca una placa en la ranura para una placa que cuyo barrido est en proceso el indicador de estado de la ranura se pone rojo y aparece un mensaje que indica que se debe retirar la placa Si la puerta se atasca mientras se cierra debido a un portaplacas insertado incorrectamente por ejemplo aparece un cuadro de di logo que solicita que elimine el atasco y despu s haga clic en OK para intentarlo nuevamente 121 6 Referencia Ejecuci n de Feature Extraction en im genes barridas El programa Feature Extraction se encuentra preinstalado en la estaci n de trabajo del scanner El programa Agilent CytoGenomics no est incluido con el sistema SureScan 122 Existen varias maneras en las que puede realizarse la extracci n de caracter sticas de los archivos de im genes barridas creadas por el scanner e Configure el programa Scan Control para que ejecute Feature Extraction autom ticamente a medida que se barren las placas Consulte Para establecer la ubicaci n del programa Feature Extraction en la p gina 61 y Para ejecutar Feature Extraction despu s del barrido en la p gina 61 El programa Scan Control crea autom ticamente un archivo de proyecto que se utiliza para extraer como caracter stica la imagen despu s de que se barre La base de datos de Feature Extraction debe contener el dise o cuadr cula de la imagen o bien es necesario tener el programa Feature Extraction configurado p
55. centro de servicio y soporte o bien haga clic en Help gt Online Support Soporte del scanner SureScan Si tiene problemas con el scanner SureScan que requiera la asistencia de la oficina de ventas local de Agilent y del centro de soporte y servicio est preparado para proporcionar los ltimos archivos de registro de diagn stico creados con el programa Scan Control Para abrir la carpeta que contiene los archivos de registro en la ventana principal del programa Scan Control haga clic en Tools gt Log Files Los archivos de registro se encuentran en la carpeta C AProgramDataMAgilentX MicroArrayScamnerlLogs Gu a del usuario del sistema SureScan 67 5 68 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Cada scanner SureScan tiene un n mero de serie exclusivo compuesto por 10 caracteres El n mero de serie est ubicado en la parte frontal del aparato en la esquina inferior derecha y en la parte posterior del aparato Al contactarse con la oficina de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio sobre el scanner SureScan aseg rese de incluir el n mero del modelo y un n mero de serie de 10 caracteres Anote el n mero de serie del scanner SureScan el n mero de versi n de software y la fecha de instalaci n en los espacios que se incluyen a continuaci n si imprime esta p gina o en una hoja de papel que conserve cerca del scanner Informaci n del scanner N de modelo N de serie
56. ci n de problemas Los avisos de atenci n de calibraci n del l ser se establecen cuando los l seres no pueden alcanzar la potencia especificada en el periodo de calentamiento Si ocurre este problema el sistema establece el aviso de atenci n y vuelve a calibrar los l seres al 80 de su potencia especificada Utilice esta funci n para restablecer los avisos a los ajustes predeterminados La autocomprobaci n examina diversos subsistemas del scanner para verificar si existe un comportamiento que no cumple con las especificaciones Una vez finalizada la autocomprobaci n se abre un resumen de los resultados en el explorador de Internet Abre el cuadro de di logo Settings donde puede establecer valores predeterminados y asignar protocolos de barrido a dise os de microarrays Gu a del usuario del sistema SureScan 91 6 Referencia Men Help Tools Help Users Guide Scanner Home Page Online Support About Agilent Scan Control Figura 19 Men Help de Scan Control Los siguientes comandos est n disponibles en el men Help Tabla7 Comandos de ayuda de Scan Control Elemento Descripci n Gu a del usuario Abre esta gu a en Adobe Reader P gina principal del scanner Abre el sitio web de Agilent Technologies para el scanner SureScan en el explorador de Internet Soporte en l nea Abre la p gina web de soporte t cnico de Agilent Technologies donde puede encontrar info
57. cuadro de di logo Self Test 2 Haga clic en Start La autocomprobaci n examina diversos subsistemas del scanner para verificar si existe un comportamiento que no cumple con las especificaciones Una vez finalizada la autocomprobaci n se abre un resumen de los resultados en el explorador de Internet Gu a del usuario del sistema SureScan 59 4 Uso de las herramientas de Scan Control Configurar los ajustes predeterminados del scanner Para configurar la carpeta de datos de barrido predeterminada De forma predeterminada la carpeta de salida de datos de barrido es D 1ScanData La ubicaci n es la carpeta de salida predeterminada donde se encuentran depositados los archivos de imagen generados por el scanner Es archivo se muestra de forma predeterminada como la carpeta de salida en la tabla de ranura Puede cambiar la carpeta de salida manualmente para un barrido antes de que se a ada a la cola 1 Enla barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Settings Aparecer el cuadro de di logo Settings 2 Junto a Default Scan Data Folder escriba la ruta de la carpeta donde desea guardar las im genes de barrido O BIEN Haga clic en Browse y busque la ubicaci n donde desea guardar las im genes de barrido y haga clic en OK 3 Haga clic en Save Los cambios a la configuraci n de la carpeta de datos de barrido no se aplican a las placas con c digos de barra ya le dos por el scanner Para cambiar
58. cuentra en el proceso de barrido donde x indica el porcentaje de ejecuci n del barrido Complete El barrido se ha completado correctamente Warning Se gener un aviso de atenci n durante el barrido Error Se produjo un error durante el barrido 94 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Tabla8 Estados de la ranura e indicadores continuaci n Indicador de estado de la ranura Estado Significado Parpadea en amarillo Removed Una placa cuyo estado era Ready o In Queue fue retirada del cassette Parpadea en amarillo Replaced Se coloc una placa en una ranura cuyo estado era Removed e Siel c digo de barra coincide con la placa original que se retir el estado vuelve a ser Ready o In Queue e Siel c digo de barra no coincide con la placa que se retir el estado cambia a Ready si se asigna un protocolo a la 1D de dise o de la placa Si no se le asigna ning n protocolo el estado cambia a Present Selecciones de men para State Para las placas que no se barren existen comandos disponibles que permiten a adir o eliminar una placa de la cola Las opciones disponibles para una placa en particular var an seg n la ubicaci n de la placa en la cola o si la placa est lista para a adirse a la cola Tabla9 Selecciones de men para State Selecci n Descripci n Move to First Mueve la placa a la primera posici n en la cola Move to Last Mueve la placa a la
59. dad 65 indicador de estado de la ranura 93 indicadores luminosos 15 indicadores luminosos de estado 15 informaci n de versi n buscar 68 informaci n sobre normativa interferencias electromagn ticas 130 reciclaje y eliminaci n 130 ruido ac stico 130 iniciar software 23 Inspecci n de los conductos de ventilaci n 64 intervalo din mico 16 0 20 bits 108 archivo TIFF 108 Intervalo din mico del archivo TIFF 108 L Las 69 l seres apagado autom tico 37 licencia de barrido de alta resoluci n 22 Licencias 22 licencias barrido de alta resoluci n 22 M mensajes de error 74 d nde y cu ndo aparecen 74 que no aparecen en la tabla 79 tabla en orden alfab tico 75 133 ndice men de acceso directo para las leng etas de registro 100 N n mero de serie scanner 67 68 0 Open Door 97 P placa de cristal especificaciones 126 placas barrido 33 especificaciones 126 insertar en portaplacas 26 retirar 34 placas que no son de Agilent crear regi n de barrido 51 Preguntas m s frecuentes 69 preguntas m s frecuentes 69 preparaci n de las instalaciones 16 principios de funcionamiento 18 barrido 18 colocaci n de placas 18 detecci n de fluorescencia 19 excitaci n del l ser 18 proceso de inicializaci n 25 reciclaje y eliminaci n 130 regi n de barrido rea 107 cambiar para placas que no son de Agilent 51 crear para placas que no son de Agilent 51 de
60. disco requerido se muestran en la parte inferior de la ventana principal de Scan Control Consulte Referencia de la ventana del programa Scan Control en la p gina 88 Los eventos durante el barrido se registran en Scan Log y Status Log Consulte Leng etas de registro en la p gina 99 Paso 7 Extracci n de las placas Si el bot n Open Door no est disponible no puede abrir la puerta Verifique el proceso de barrido para asegurarse de que haya finalizado 34 Si el bot n Open Door est activado puede descargar los portaplacas del cassette y retirar las placas de ellos 1 En la ventana principal de Scan Control haga clic en Open Door para abrir la puerta del scanner Abra la puerta del scanner y retire los portaplacas del cassette Retire las placas de los portaplacas del siguiente modo Sostenga el portaplacas por los laterales con el logotipo de Agilent hacia arriba Empuje suavemente y tire del extremo de la leng eta de la cubierta transparente de pl stico para abrirlo Empuje sobre el extremo del c digo de barras de la placa por debajo del portaplacas para no dejar huellas en el rea de la muestra Sujete la placa por los laterales y ret rela del portaplacas Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 Acerca de los protocolos de barrido AgilentHD_GX_2Color AgilentHD_GX_1Color AgilentG3_GX_2Color AgilentG3_GX_1Color AygilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_m
61. e la ventana de Scan Control en la barra de estado Initialize Indica que el scanner se est inicializando Una vez que finaliza la inicializaci n el bot n Open Door se activa y los l seres contin an calent ndose Gu a del usuario del sistema SureScan 25 2 Procedimientos iniciales WarmUp Los l seres tardan 5 minutos como m ximo en calentarse Durante el calentamiento puede cargar placas establecer protocolos y agregar placas a la cola Una vez que los l seres est n calientes puede iniciar el barrido LasersOff Indica que los l seres est n apagados Ready Indica que se pueden cargar las placas o iniciar el barrido No puede comenzar el barrido hasta tanto los dos l seres est n calientes al menos una placa est en la cola y el estado del scanner sea Ready Paso 2 Inserci n de las placas en los portaplacas Debe introducirse una placa en un portaplacas antes de cargarla en el scanner Las huellas de dedos pueden 1 Antes de insertar la placa coloque el portaplacas sobre una causar errores en la detecci n de superficie plana con la cubierta transparente hacia arriba y fluorescencia Para obtener la leng eta sobre la derecha Esto permite garantizar que la lecturas precisas toque s lo los placa est correctamente alineada al momento de insertarla bordes de la placa y utilice siempre en el portaplacas guantes al manipularla 2 Empuje suavemente y tire del extremo de la leng eta de la o i cubierta transpar
62. e no son de Agilent puede crear o cambiar su de la placa que se procesa Cuanto m s propia regi n de barrido hasta una regi n de barrido m xima grande sea la regi n m s largo ser el de 71 mm x 21 6 mm La nueva regi n aparece como una tiempo de barrido selecci n en la tabla de la ranura y en Protocol Editor Editor de protocolos Para crear una regi n de barrido Aseg rese de que la regi n de 1 En la barra de men del programa Scan Control haga clic en barrido est alejada al menos 4 mm Tools gt Scan Region Editor de la etiqueta del c digo de barra y no se superponga con otras reas opacas o translucidas de la placa Se abrir Scan Region Editor En la lista que se encuentra junto a la regi n de barrido seleccione New Scan Region O BIEN Para usar una regi n de barrido existente como plantilla a En la lista que se encuentra junto a Scan Region seleccione una de las regiones de barrido disponibles b Seleccione Save As Aparecer el cuadro de di logo Save As New Name c Escriba el nombre de la nueva regi n de barrido y haga clic en OK Los ajustes de la regi n de barrido se activan 3 En Scan Region escriba las medidas en mm de la regi n Si escribe un valor no v lido aparece un cuadro rojo alrededor de la medida El cuadro rojo en la parte superior del cuadro de di logo muestra la regi n de barrido actualmente definida 4 Haga clic en Save Si no se detecta ning n error aparece
63. e placa La ID de placa se utiliza en el nombre del archivo de imagen De manera predeterminada es el c digo de barra de la placa que lee el scanner Consulte Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras en la p gina 127 para obtener informaci n acerca de los c digos de barra 40 Generalmente el scanner lee el c digo de barras de una placa de forma autom tica y lo muestra como la ID de placa en la tabla de ranura Para a adir o cambiar la ID de placa en la tabla 1 En la tabla de ranura haga clic en la celda Slide ID correspondiente a la ID de placa de la placa que desea a adir o cambiar La edici n de celdas s lo se habilita cuando la ranura tiene una placa cargada y a n no se encuentra en la cola 2 Escriba la nueva ID de placa Despu s de cambiar la ID de placa mueva el cursor del rat n sobre la celda Slide 1D de la tabla de barrido para ver el c digo de barra de la placa El c digo de barra aparece en una descripci n de informaci n sobre herramientas Gu a del usuario del sistema SureScan Utilizaci n del programa Scan Control 3 Para establecer o cambiar el protocolo de barrido Un protocolo de barrido es un conjunto Si no est seleccionado un protocolo de barrido para una placa predefinido de ajustes de barrido Con o si desea cambiar el protocolo de barrido el software se proporcionan varios protocolos de barrido predeterminados 1 En lla tabla de la ran
64. e soporte t cnico de Agilent Verifique las ranuras de ventilaci n 78 Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Tabla 4 Mensaje de error en registros continuaci n Mensaje de error Descripci n y acci n sugerida Se elimin el aviso de atenci n de alta temperatura Se est reanudando el funcionamiento del aparato Se detect el aviso de atenci n de alta temperatura Se suspendi el funcionamiento del aparato Se produjo un error de calibraci n del PMT La potencia del l ser rojo no est configurada en el valor calibrado La calibraci n del PMT rojo se complet con avisos de atenci n Se produjo un error en la placa de barrido Se produjo un error en la m quina de estado Se produjo un error en la comunicaci n del estado Suspensi n del funcionamiento de carga autom tica debido a errores de carga autom tica No se pudo acceder a la carpeta Guardando carpeta de salida en carpeta PA Se produjo un error en la comunicaci n de vigilancia Verifique las ranuras de ventilaci n Verifique las ranuras de ventilaci n Indica una falla de calibraci n del PMT Si el problema contin a cont ctese con el servicio Se redujo la potencia del l ser La salida TIFF se compens Es posible que el l ser rojo presente fallas pronto Indica problemas de calibraci n del PMT Si el problema contin a cont
65. ectamente o no se cumple estrictamente podr a dar como resultado da os en el producto o la p rdida de datos importantes Ante la presencia de un aviso de ATENCI N no debe proseguirse hasta que se hayan comprendido y cumplido todas las condiciones indicadas ADVERTENCIA Un aviso de ADVERTENCIA significa que existe un riesgo Llama la atenci n sobre una pr ctica un procedimiento de funcionamiento o un proceso similar que si no se realiza correctamente o no se cumple estrictamente podr a tener como resultado lesiones f sicas o la muerte Ante la presencia de un aviso de tipo ADVERTENCIA no debe proseguirse hasta que se hayan comprendido y cumplido todas las condiciones indicadas Gu a del usuario del sistema SureScan En esta gu a Esta gu a del usuario contiene instrucciones para comenzar a utilizar solucionar problemas y mantener el sistema de scanner de microarrays SureScan de Agilent El sistema SureScan se compone del scanner de microarrays SureScan de Agilent la estaci n de trabajo del ordenador y programas de control y an lisis 1 Introducci n En este cap tulo se describe el scanner de microarrays y su preparaci n para utilizarlo 2 Procedimientos iniciales En este cap tulo abordaremos la forma de utilizar el scanner de microaarays y la forma de configurar y realizar el barrido de placas con el programa Agilent Microarray Scan Control 3 Utilizaci n del programa Scan Control En e
66. eferencia No coloque etiquetas de c digo de barras en placas cuya regi n de barrido sobrepase los 61 mm Introduzca manualmente el identificador de placa o el c digo de barras en placas cuyas regiones de barrido sobrepasan los 61 mm En placas con c digo de barras la distancia entre el borde de una regi n de barrido de la microarray de la etiqueta del c digo de barras no puede ser inferior a 4 mm Regi n de barrido nominal rea de etiqueta de gt 4 mm Figura 36 Ubicaci n de la etiqueta del c digo de barras en placas que no son de Agilent Elancho de la etiqueta del c digo de barras debe ser de unos 6 mm el ancho de la etiqueta del c digo de barras recomendado se utiliza con la regi n de barrido de 61 mm Las etiquetas de c digo de barras m s grandes o m s largas se pueden utilizar reduciendo proporcionalmente la regi n de barrido e Las etiquetas del c digo de barras deben estrecharse lo suficiente para que no interfieran con las leng etas del portaplacas e La inclinaci n m xima permisible en la colocaci n de la etiqueta del c digo de barras en la placa es 3 El c digo de barras debe cumplir los siguientes requisitos e La zona sobria m nima la regi n entre el borde de la etiqueta y el principio o el fin del c digo de barras es diez veces la dimensi n X en cada lado del c digo de barras e Las l neas del c digo de barras deben ser paralelas al borde lo
67. egion 104 Cuadro de di logo Input Barcode 105 Cuadro de di logo Scan Protocol Editor 106 Cuadro de di logo Scan Region Editor 114 Cuadro de di logo Self Test 116 Cuadro de di logo Settings General Settings 117 Cuadro de di logo Settings Design To Protocol Mapping 119 Acerca de la adici n de placas 121 Ejecuci n de Feature Extraction en im genes barridas 122 Especificaciones del scanner SureScan 123 Especificaciones de las placas 126 Dimensiones de barrido 126 Especificaciones del cristal 126 Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras 127 Informaci n sobre normativa 130 ndice 133 Gu a del usuario del sistema SureScan 9 Contenido 10 Gu a del usuario del sistema SureScan Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario 1 Introducci n Una herramienta eficaz para an lisis de microarrays 12 Descripci n del sistema 13 Principios de funcionamiento 18 Programas instalados en la estaci n de trabajo del ordenador 20 En este cap tulo se facilita una introducci n general sobre el sistema SureScan Agilent Technologies 1 Introducci n Una herramienta eficaz para an lisis de microarrays El scanner SureScan es parte de la soluci n del sistema SureScan de Agilent Technologies El scanner SureScan es un sofisticado scanner de fluorescencia con inducci n mediante l ser dise ado para leer microarrays impr
68. el programa realiza las siguientes acciones e Coloca un mensaje de error en el registro de estado Elimina la carpeta Default Scan Data establecida en Tools gt Settings e Establece la carpeta de salida en la tabla de ranura en CAProgramDatalMAgilentMicroArrayScannerTemp Gu a del usuario del sistema SureScan 713 5 74 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Mensajes de error del sistema SureScan Esta secci n explica c mo utilizar los mensajes de error y los registros de errores generados por el sistema Supervisi n del hardware El scanner SureScan supervisa continuamente las temperaturas internas y las velocidades del ventilador as como las condiciones de error en varios subsistemas e Silos par metros supervisados alcanzan niveles que requieren atenci n se mostrar un mensaje en el registro de estado y el aparato entra al estado scanning suspended En este estado finaliza el barrido que est en ejecuci n y no se inicia ning n barrido nuevo e Silos par metros supervisados alcanzan niveles que requieren atenci n el aparato detiene inmediatamente el barrido y reduce el consumo de energ a al m ximo posible Para ver los detalles del error que produjo que se apague el aparato en el programa Scan Control haga clic en Tools gt Show Recent Errors Lugares en los que aparecen mensajes de error del scanner Los mensajes de error aparecen en los siguientes lugares Los mensaje
69. ente de pl stico para abrirlo Asimismo no escriba en las placas con rotuladores ni coloque ninguna etiqueta que no sea el c digo de barras apropiado Figura 6 Abrir el portaplacas 26 Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 LL Saliente de la placa Figura 7 Insertar la placa en el portaplacas 3 Inserte la placa en el portaplacas como se describe a continuaci n Gu a del usuario del sistema SureScan a b Sostenga la placa por el extremo del c digo de barras Aseg rese de que la superficie de microarrays activa est hacia arriba hacia la cubierta de la placa y con el c digo de barra a la izquierda Coloque con cuidado el extremo de la placa sin la etiqueta del c digo de barra sobre el saliente de la placa Consulte Figura 7 Baje suavemente la placa en el portaplacas Consulte Figura 8 Cierre la cubierta de pl stico de la placa al empujar el extremo de la leng eta hasta escuchar un clic Al hacer esto la placa toma su posici n dentro del portaplacas Empuje suavemente y tire del extremo de la leng eta de la cubierta transparente de pl stico para abrirla nuevamente y verifique que la placa est correctamente colocada Una vez insertada la placa queda en una posici n horizontal y coincide con los puntos de alineaci n del portaplacas Cierre la cubierta de pl stico de la placa al empujar el extremo de la leng eta hasta escuchar un clic Consulte Figura 9
70. epartamento de ventas local de Agilent y el centro de soporte y servicio o bien visite www genomics agilent com Simbolos de seguridad en el scanner S mbolo PELIGRO DE PUNTO DE COMPRESI N Este s mbolo se coloca sobre el rea del producto donde hay riesgo de que las manos o los dedos queden atrapados Mantenga las manos alejadas de los componentes movibles en esta rea Gu a del usuario del sistema SureScan Introducci n 1 Instrucciones de seguridad El scanner SureScan est dise ado para un uso seguro y sencillo Aseg rese de comprender y respetar todas las advertencias y llamadas de atenci n antes de utilizar el scanner SureScan ADVERTENCIA No intente reparar ni acceder a los componentes internos del scanner SureScan Se expone a alto voltaje y a una radiaci n peligrosa del l ser La extracci n de las cubiertas anula la garant a ADVERTENCIA Conecte el scanner SureScan a una toma de alimentaci n con toma de tierra La toma de tierra de protecci n es esencial por razones de seguridad ATENCI N Para disminuir las vibraciones debido al r pido barrido de la excitaci n del l ser por los microarrays instale el scanner en un banco de laboratorio o una mesa resistente No instale el scanner cerca de otro equipo de laboratorio que pueda causar vibraciones f El scanner SureScan es potencialmente sensible a situaciones de ATENCION maa nia humedad por condensaci n Siga las precauciones que se indican en
71. ero de 1991 Presi n de sonido Lp lt 70 dB A en posici n del operador funcionamiento normal de acuerdo con EN 27779 ISO 7779 Prueba de tipo Die folgende Information wird in bereinstimmung mit den Anforderungen der Maschinenl rminformationsverordnung vom 18 Januar 1991 erteilt Schalldruckpegel am Arbeisplatz bei normalem Betrieb Lp lt 70 dB A nach EN 27779 150 7779 Typpr fung Reciclaje y eliminaci n Este dispositivo se ha dise ado para permitir el reciclaje al final de su vida til Elimine este dispositivo de acuerdo con la normativa local Interferencias electromagn ticas El scanner est previsto para utilizarse s lo con cables blindados Cumple con los l mites de emisiones para equipos de Clase A Grupo 1 especificados en CISPR 11 EN5011 como se requiere en IEC 61326 1 para equipos de Clase A Este equipo no est previsto para utilizarse en reas residenciales Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Inmunidad Este dispositivo cumple los niveles de inmunidad exigidos en IEC 61326 2 6 para un entorno electromagn tico no controlado Este equipo no est previsto para utilizarse en reas residenciales ni industriales Consulte la Declaraci n de conformidad que se adjunta sobre los niveles espec ficos Canad This ISM Industrial Scientific Medical device complies with Canadian ICES 001 Cet appareil ISM est conforme a la norme NMB 001 du Canada Informaci n de seguridad
72. errar este cuadro de di logo este comando abre el explorador de Internet con los resultados Cierra el cuadro de di logo Self Test y reinicia el scanner Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Cuadro de di logo Settings General Settings Cuadro de di logo Settings General Settings General Settings MESE Laser Saver Delay Default Scan Data Folder Location of Feature Extraction executable Run Feature Extraction after scan is comple No X Browse Save Close Laser Saver Delay Figura 32 Cuadro de di logo Settings Leng eta General Settings Para ajustes que requieren una ubicaci n de carpeta permite buscar la carpeta y seleccionarla en lugar de escribir la ruta Guarda los ajustes Si cambia los ajustes y desea guardarlos seleccione este bot n antes de cerrar el cuadro de di logo Cierra el cuadro de di logo sin guardar los cambios Tiempos de espera Cuando no hay barridos ni colas de barrido en ejecuci n los l seres se apagan autom ticamente despu s de este per odo en minutos Gu a del usuario del sistema SureScan 117 6 Referencia Datos Carpeta Default Muestra la carpeta donde se almacenan de manera Scan Data predeterminada las im genes creadas por el scanner Puede cambiar esta carpeta para un barrido en la tabla de barrido Feature Extraction Location of La ruta al archivo de programa FENoWindows exe De forma Feature predeterminada esta ubicaci n es
73. esas en placas est ndar de 1 x 3 pulgadas El scanner SureScan mide la intensidad de fluorescencia del cido nucleico DNA y RNA de muestras etiquetadas unidas a microarrays Su capacidad para medir la fluorescencia de dos tintes simult neamente facilita todos los estudios de microarrays de dos colores Esta tecnolog a proporciona un barrido de microarrays automatizado r pido y de gran calidad Del Teclas tarios isr ins Figura 1 Scanner SureScan El barrido de cada placa se realiza en minutos y los archivos se preparan para un an lisis de extracci n de caracter sticas 12 Gu a del usuario del sistema SureScan Introducci n 1 Descripci n del sistema En esta secci n encontrar una lista de las caracter sticas del equipo y de los programas los componentes y los requisitos del ordenador Encontrar adem s una descripci n f sica del scanner SureScan e informaci n sobre preparaci n de las instalaciones y sobre seguridad Caracter sticas de los equipos y los programas El scanner SureScan proporciona las siguientes funciones Enfoque autom tico din mico e Barrido en color nico y doble e Calibraci n autom tica de ganancia de PMT antes de cada barrido Tama o de p xeles de 2 3 5 y 10 micras Intervalo din mico de gt 10 para un barrido nico en modo de barrido de 16 bits gt 10 para un barrido nico en modo de barrido de 20 bits y gt 106 para un barrido doble en modo de barrido de 16
74. esionada la tecla ctrl y haga clic en otras regiones de barrido O BIEN Para seleccionar un conjunto de regiones de barrido haga clic para seleccionar la primera regi n de barrido y a continuaci n mantenga presionada la tecla shift y haga clic para seleccionar la ltima regi n que desea exportar 4 Haga clic en Export 5 Aparecer el cuadro de di logo Save As Busque la ubicaci n donde desea guardar el archivo de la regi n de barrido exportado Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 7 En nombre de archivo escriba el nombre del archivo de la regi n de barrido exportado 8 Haga clic en Save Para importar una regi n de barrido Si una regi n de barrido en el 1 Enla barra de men del programa Scan Control haga clic en archivo tiene el mismo nombre que Tools gt Scan Region Editor una regi n de barrido existente el i Se abrir Scan Region Editor programa no la importa 2 Haga clic en Import Aparecer el cuadro de di logo Open 3 Busque el archivo de las regiones de barrido exportado que desea importar Los archivos de las regiones de barrido exportados tienen las extensiones exp 4 Haga clic para seleccionar el archivo de las regiones de barrido y haga clic en Open Para eliminar una regi n de barrido No puede eliminar ninguna de las 1 Seleccione Tools gt Scan Region Editor regiones de barrido predeterminadas ni ninguna regi n de barrido que
75. etiquetas de c digo de barra Guarda los valores actuales de la regi n de barrido en la regi n actual de barrido de placas Abre el cuadro de di logo Save As New Name donde se puede guardar la regi n de barrido actual con un nuevo nombre Elimina la regi n de barrido seleccionada Abre el cuadro de di logo Open donde se selecciona un archivo de regi n de barrido exportado para importar al programa Abre el cuadro de di logo Export Scan Region donde se seleccionan una o m s regiones de barrido para la exportaci n Cierra el cuadro de di logo Gu a del usuario del sistema SureScan 115 116 Referencia Cuadro de di logo Self Test Start Stop Show Last Results Close Self test will take up to 15 minutes to complete Click Stop to interrupt testing The instrument will reinitialize when this window is closed z Load test scripts Scripts root folder Built in Scripts Progress Figura 31 Cuadro de di logo Self Test Prop sito Examina diferentes subsistemas del scanner para verificar si existe un comportamiento que no cumple con las especificaciones Una vez finalizada la autocomprobaci n se abre un resumen de los resultados en el explorador de Internet Los resultados de la comprobaci n tambi n se guardan en la carpeta CAProgramDatalAgilentMicroArrayScannerl SelfTestReport Para abrir Inicia o detiene la autocomprobaci n Si se ejecutaron varias autocomprobaciones sin c
76. finici n 51 regiones de barrido editar 51 relaci n se al ruido 18 relaci n XDR 109 requisitos del sistema 14 retirar cubiertas del scanner 66 retirar placas 34 134 S Scan Region Editor 51 editar regiones de barrido existentes 51 scanner V vista frontal del scanner 15 vista posterior del scanner 16 aviso de atenci n sobre la extracci n de cubiertas 66 encender 23 especificaciones 123 inicializaci n 23 interferencias electromagn ticas 130 tareas de mantenimiento 64 trasladar 66 seguridad normativa 131 s mbolos de seguridad 16 en el scanner 16 Instrucciones 17 Slide ID 93 software icono 23 iniciar 23 mantenimiento 64 Soluci n de problemas indicadores luminosos 70 soluci n de problemas hardware 70 mensajes de error 74 to 79 sustituir fusibles 71 t cnico soporte 67 soporte t cnico 67 soporte t cnico llamar 67 T tabla de ajustes de barrido 98 t cnico soporte 67 cambiar URL para contactar 67 tiempo de barrido 124 trasladar scanner precauciones 66 U unidad de red 69 96 utilizaci n del scanner 23 Gu a del usuario del sistema SureScan ndice Gu a del usuario del sistema SureScan 135 www agilent com La informaci n las descripciones y las especificaciones est n sujetas a cambios sin previo aviso Para obtener informaci n actualizada sobre los productos Agilent visite http genomics agilent com Agilent Technologies
77. grama Scan Control se utiliza para controlar todas las caracter sticas del scanner SureScan incluidas la configuraci n y el cambio de los ajustes y protocolos de barrido el inicio y la detenci n de los barridos la revisi n del estado del barrido y la soluci n de problemas En este cap tulo se describe c mo utilizar el programa Scan Control para configurar y ejecutar el scanner Para obtener informaci n sobre c mo utilizar las herramientas de Scan Control para modificar los protocolos y las regiones de barrido as como para encender y apagar los l seres consulte Cap tulo 4 Uso de las herramientas de Scan Control e i 3 Agilent Technologies 39 3 Utilizaci n del programa Scan Control Utilizaci n de la tabla de ranura La tabla de ranura proporciona una visualizaci n del cassette y su contenido Una vez que carga las placas en la cinta y cierra la puerta el software Scan Control lee el c digo de barra para cada placa y lo muestra como la ID de placa en la tabla de la ranura Los n meros a la izquierda de la tabla corresponden a las ranuras del cassette del scanner El color del n mero indica el estado de la ranura Para obtener detalles sobre la ventana principal de Scan Control consulte Referencia de la ventana del programa Scan Control en la p gina 88 Los temas de esta secci n describen c mo utilizar la tabla de ranura de Scan Control para preparar el barrido de las placas Para cambiar una ID d
78. ha junto al ajuste que desea cambiar y a continuaci n seleccione el nuevo ajuste Al cambiar los ajustes de forma manual el protocolo de barrido de las placas seleccionadas cambia a lt Customized gt Cuando haya terminado de cambiar los ajustes a ada las placas a la cola Consulte Para a adir una placa a la cola de barrido en la p gina 42 o Para a adir todas las placas a la cola en la p gina 42 Para a adir una descripci n en la placa S lo puede cambiar la descripci n 1 de barrido de placas de una placa cuando no se encuentra en la cola 2 de barrido Consulte Para eliminar una placa de la cola de barrido en la p gina 43 En la tabla de ranura seleccione la placa cuyos ajustes desea cambiar En el rea Scan Description escriba informaci n acerca de la placa y el barrido seg n lo desee Cuando haya terminado de escribir la descripci n haga clic en la celda State y a ada la placa a la cola Consulte Para a adir una placa a la cola de barrido en la p gina 42 Para a adir un nombre de usuario S lo puede cambiar el nombre de 1 usuario de una placa cuando no se encuentra en la cola de barrido Consulte Para eliminar una placa de la cola de barrido en la p gina 43 46 En la tabla de ranura seleccione la placa cuyos ajustes desea cambiar 2 En el rea User escriba la informaci n de usuario Cuando haya terminado de escribir esta informaci n haga clic en la ce
79. haga clic en Help gt Scanner Home Page La gen mica de Agilent Technologies se abre la p gina web de descripci n general del scanner de alta resoluci n 2 En la p gina web haga clic en Download Software 3 Siga las instrucciones para leer las notas sobres las versiones y la instalaci n Gu a del usuario del sistema SureScan 83 5 84 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Haga clic en Download Software para descargar el instalador de software y gu rdelo en el ordenador Inicie el instalador de software y siga los mensajes para instalar el software Acepte la configuraci n predeterminada No es necesario eliminar la versi n anterior del software Las actualizaciones del software no sobrescriben las regiones de barrido los protocolos ni la calibraci n del aparato 8 9 Una vez finalizada la instalaci n del software inicie el programa Scan Control En caso de ser necesario actualizar el firmware aparece un mensaje y el programa Scan Control cambia a modo desconectado Cierre el programa Scan Control Apague el scanner 10 Espere 10 segundos y encienda el scanner 11 Inicie el programa Scan Control El programa Scan Control y el firmware del scanner est n ahora actualizados Si tiene problemas p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Para verificar la instalaci n del software La estaci n de trabajo del sistema SureScan incluye una herramienta de
80. iRNA AgilentG3_miRNA Un protocolo de barrido es un conjunto de ajustes de barrido y de im genes que al seleccionarse se aplica a la placa a medida que se barre Agilent facilita ocho protocolos precargados para su selecci n y uso con microarrays de alta densidad HD de Agilent microarrays Agilent G3 y microarrays que no son de Agilent Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 2 color Microarrays de expresi n gen tica Agilent HD 1 color Microarrays de expresi n gen tica Agilent GX 2 color Microarrays de expresi n gen tica Agilent GX 1 color Microarrays Agilent HD CGH CNV ChIP Microarrays Agilent G3 CGH CNV ChIP Microarrays Agilent HD miRNA Microarrays Agilent G3 miRNA Para las placas de Agilent seleccione el protocolo predeterminado que se aplica al tipo de microarrays de Agilent Para las placas que no son de Agilent es necesario cambiar los ajustes de barrido individuales O bien puede crear un protocolo a partir de uno existente Para obtener m s informaci n sobre c mo crear un protocolo de barrido o cambiar uno existente consulte Para crear un protocolo de barrido en la p gina 48 o Para cambiar un protocolo de barrido existente en la p gina 48 Gu a del usuario del sistema SureScan 35 2 Procedimientos iniciales Modo desconectado Si no hay ning n aparato disponible el programa Scan Control se ejecuta en modo desconectado En este modo puede crear importar y exportar protoc
81. ializado completamente Verde El barrido est en proceso Rojo Se produjo un error Verifique el registro de estado y el registro de barrido de Scan Control as como la lista de errores recientes y a continuaci n p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Comprobaci n y sustituci n de los fusibles del scanner El scanner SureScan cuenta con dos fusibles para la fuente de alimentaci n ubicados en la parte posterior del scanner Los fusibles de la fuente de alimentaci n se encuentran directamente por encima del enchufe del cable de alimentaci n Los fusibles se solicitan directamente desde Agilent Technologies ADVERTENCIA Desconecte siempre el cable de alimentaci n antes de comprobar o sustituir los fusibles Comprobaci n y sustituci n de los fusibles de alimentaci n Si no puede encender el scanner SureScan por m s que la toma de alimentaci n est activa al probarse debe revisar y sustituir los fusibles en caso necesario 1 Desconecte el cable de alimentaci n el ctrica 2 Utilice un destornillador plano peque o para retirar la leng eta peque a de pl stico que se encuentra en el borde inferior del portafusibles 3 Saque el portafusibles y compruebe la integridad del fusible 4 Si est fundido sustituya el fusible por un fusible T4A con una potencia nominal de 250 VCA N ref 2110 1491 Gu a del usuario del sistema SureScan mn 5 72 Mantenimiento y
82. ic en las placas adicionales que desea seleccionar En la tabla de ranura se resaltan las placas seleccionadas 3 Dentro de la ltima placa seleccionada seleccione la celda Scan Protocol o Output Folder La selecci n se aplica a todas las placas resaltadas Gu a del usuario del sistema SureScan 41 3 Utilizaci n del programa Scan Control No se pueden realizar cambios en las placas de la cola Para a adir una placa a la cola de barrido 1 En la tabla de ranura haga clic en la celda State de la placa que desea a adir en la cola 2 Haga clic en Add to queue si no hay otras placas en la cola O Haga clic en Add to queue first para a adir la placa al principio de la cola O Haga clic en Add to queue last para a adir la placa al final de la cola Para a adir todas las placas a la cola 1 En la ventana principal de Scan Control haga clic en All to Queue Aparecer un cuadro de di logo de confirmaci n 2 Haga clic en Yes Todas las placas en la tabla de ranura con el estado Ready for queue se a aden a la cola en el orden en que aparecen en la tabla de ranura Para mover una placa de la cola 1 En la tabla de ranura haga clic en la celda State de la placa que desea mover 2 Haga clic nuevamente para ver las selecciones de la placa 3 Haga clic en una de las siguientes opciones posibles para mover la posici n de la placa en la cola Move to first mueve la placa a la primera posici n Move to last mueve
83. ido 44 Modificaci n de los ajustes de barrido de la placa 45 Para cambiar los ajustes de una sola placa 45 Para cambiar los ajustes de varias placas 46 Para a adir una descripci n en la placa 46 Para a adir un nombre de usuario 46 4 Usode las herramientas de Scan Control 47 Creaci n y cambio de protocolos de barrido 48 Para crear un protocolo de barrido 48 Gu a del usuario del sistema SureScan Contenido Para cambiar un protocolo de barrido existente 48 Para crear un protocolo de barrido 49 Para importar un protocolo de barrido 49 Para eliminar un protocolo de barrido 50 Crear y cambiar regiones de barrido 51 Para crear una regi n de barrido 51 Cambio de una regi n de barrido existente para placas que no son de Agilent 51 Para crear una regi n de barrido 52 Para importar una regi n de barrido 53 Para eliminar una regi n de barrido 53 A adir un c digo de barra 54 Para a adir un c digo de barras 54 Encender los l seres manualmente 56 Para encender los l seres 56 Herramientas para soluci n de problemas 57 Para ver errores recientes 57 Para ver archivos de registro 57 Para crear una instant nea del estado del aparato 58 Para restablecer los avisos de atenci n de calibraci n 58 Para ejecutar una autocomprobaci n 59 Configurar los ajustes predeterminados del scanner 60 Para configurar la carpeta de datos de barrido predeterminada 60 Para configurar el retraso del protector de l seres 60 Para
84. ing scan time 26 min Disk space required 1 09 GB Scanning Y Figura 17 Ventana principal de Agilent Microarray Scan Control 88 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 La ventana de Microarray Scan Control aparece cuando se inicia dicho programa Tiene las siguientes caracter sticas Tabla5 Caracter sticas de la ventana de Scan Control Caracter stica Descripci n Barra de men Tabla de ranura Panel de ajustes Indicadores de estado de la ranura Botones de funci n Registros Barra de estado Abre el men de herramientas y la ayuda Muestra el estado los protocolos de barrido y las carpetas de salida de las placas de microarrays que se encuentran en el scanner Muestra los ajustes de la placa seleccionada Aqu se pueden cambiar los ajustes de las placas que no est n en la cola Indica el estado de la ranura Coincide con los indicadores luminosos de ranura del cassette A adir o eliminar placas de la cola de barrido Abrir y cerrar la puerta del scanner Iniciar y detener un barrido Muestran los registros de estado del aparato y del barrido Muestra el estado del scanner el tiempo restante de barrido y el espacio en disco necesario para el barrido Gu a del usuario del sistema SureScan 89 6 90 Men Tools Tools Help Scan Region Editor Switch on Lasers Show Recent Errors Log Files State Snapshot Self Test Setti
85. io del sistema SureScan 119 6 120 Referencia Design ID Scan Protocol Descripci n Para placas de microarrays de Agilent se puede determinar la ID de dise o desde el c digo de barra Todos los c digos de barra comienzan con 25 Los cinco d gitos siguientes corresponden a la ID de dise o Por ejemplo la ID de dise o del c digo de barra 251727810298 es 17278 El protocolo de barrido que se asigna a la ID de dise o Este protocolo de barrido se asigna autom ticamente en la tabla de ranura cuando el scanner reconoce una placa con la ID de dise o asociada Un rea donde puede escribir la informaci n sobre el protocolo de barrido asignado Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Acerca de la adici n de placas Puede a adir placas al scanner SureScan incluso cuando est barriendo Utilice las siguientes instrucciones al a adir placas al scanner Gu a del usuario del sistema SureScan Puede a adir placas en los portaplacas al cassette incluso cuando el barrido est en proceso Si una placa se est cargando o descargando no se puede abrir la puerta Espere aproximadamente 30 segundos para que finalice la carga o descarga Cuando la puerta est abierta el scanner espera para expulsar una placa que se est barriendo Si se deja la puerta abierta sin actividad durante 5 minutos aparece un mensaje para avisarle que la puerta est por cerrarse y despu s la puerta se cierra autom ti
86. la documentaci n del producto Consulte Sugerencias para evitar problemas en la p gina 65 en el Cap tulo 5 y las especificaciones de humedad relativa de p gina 123 en el Cap tulo 6 Gu a del usuario del sistema SureScan 17 1 Introducci n Principios de funcionamiento 18 En esta secci n se describen las caracter sticas de funcionamiento del scanner SureScan Colocaci n de placas El scanner SureScan tiene capacidad para un total de 24 placas de 1 x 3 pulgadas en un cassette no extra ble Durante el barrido las placas se trasladan consecutivamente a la posici n de barrido y luego vuelven al cassette Excitaci n del l ser Barrido El scanner SureScan utiliza dos l seres un l ser verde de estado s lido bombeado por diodos 532 nm y un l ser rojo de diodos 640 nm Los l seres excitan el RNA o DNA con etiqueta de cianina 3 Cy 3 y cianina 5 Cy 5 para medir la fluorescencia tras la hibridaci n del cido nucleico en las sondas de microarrays Tambi n es posible utilizar tintes similares a Cy 3 y Cy 5 como tintes Alexa 647 555 y 660 El scanner SureScan se ha optimizado para obtener una relaci n se al ruido alta en bandas de emisi n de Cy 3 550 610 nm y Cy 5 650 750 nm Cuenta con un amplio rango din mico y una baja diafon a espectral lo que permite la medici n de una amplia gama de concentraciones diana y una mayor confianza en los datos con niveles de se al m s bajos El b
87. la configuraci n predeterminada de las placas que ya se encuentran en la tabla de la ranura abra y cierre la puerta del scanner para que el aparato vuelva a leer los c digos de barra Para configurar el retraso del protector de l seres Los l seres se encienden autom ticamente cuando se inicia el programa Scan Control y una vez que se a aden placas a la cola Puede tambi n encenderlos manualmente Consulte Encender los l seres manualmente en la p gina 56 60 El tiempo de retraso para la protecci n del l ser est dise ado para apagar los l seres autom ticamente cuando no est n en uso para maximizar la vida til de los l seres 1 Enla barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Settings Aparecer el cuadro de di logo Settings 2 Junto a Laser Saver Delay seleccione un valor para la cantidad de minutos que el scanner debe esperar para apagar los l seres despu s del ltimo barrido 3 Haga clic en Save Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 Para establecer la ubicaci n del programa Feature Extraction Si desea ejecutar el programa Feature Extraction autom ticamente al final de un barrido debe establecer la ubicaci n de instalaci n del programa Feature Extraction 1 Enla barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt Settings Aparecer el cuadro de di logo Settings 2 Haga clic en Browse y busque la
88. la placa a la ltima posici n 42 Gu a del usuario del sistema SureScan Utilizaci n del programa Scan Control 3 Move up mueve la placa una posici n hacia arriba Move down mueve la placa una posici n hacia abajo Para eliminar una placa de la cola de barrido 1 En la tabla de ranura haga clic en la celda State de la placa que desea eliminar de la cola 2 Haga clic nuevamente para ver las selecciones de la placa 3 Haga clic en Remove from queue La placa se retira de la cola y el estado cambia a Ready for queue Para eliminar todas las placas de la cola de barrido 1 En la ventana principal de Scan Control haga clic en Empty Queue Aparecer un cuadro de di logo de confirmaci n 2 Haga clic en Yes Se retiran de la cola todas las placas en cola y el estado cambia a Ready for queue Para abrir la puerta del scanner Debe utilizar el programa Scan Control En la ventana principal de Scan Control haga clic en para abrir la puerta del scanner Open Door No puede abrir la puerta mientras el scanner est cargando o expulsando una placa Gu a del usuario del sistema SureScan 43 3 Utilizaci n del programa Scan Control Para cerrar la puerta del scanner Para iniciar un barrido debe cerrar En la ventana principal de Scan Control haga clic en la puerta Una vez que comienza el Close Door barrido puede abrir la puerta y a adir o retirar placas Debe utilizar el programa Scan Cont
89. laci n para el producto seleccionado Aparece despu s de la calificaci n de instalaci n Permite volver a calificar la instalaci n Vuelve a calificar despu s de corregir cualquier problema para generar un nuevo informe de calificaci n de instalaci n Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 yo Export scan Protoco Report saved at Aparece despu s de que finaliza la calificaci n de instalaci n Muestra un v nculo a la ubicaci n del informe de calificaci n Haga clic en el v nculo para abrir el informe en el explorador web al Abre la carpeta de informes IQT Cuadro de di logo Export Scan Protocol AgilentHD_CGH AgilentG3_CGH AgilentHD_GX_1Color AgilentHD_GX_2Color AgilentG3_GX_1Color AgilentG3_GX_2Color AgilentHD_CGH2 NewScanProtocol NewScanProtocol1 Figura 25 Cuadro de di logo Export Scan Protocol Prop sito Permite seleccionar los protocolos de barrido disponibles para la exportaci n Para abrir En el cuadro de di logo Scan Protocol Editor haga clic en Export Gu a del usuario del sistema SureScan 103 6 Referencia Export Cuando se seleccionan uno o m s protocolos de barrido este comando abre el cuadro de di logo Save As donde puede seleccionar una ubicaci n y un nombre de archivo para el archivo de protocolos exportado Close Cierra el cuadro de di logo Cuadro de di logo Export Scan Region FullStandardSlide FullAgilentSlide NewScanRegion
90. lda Statey a ada la placa a la cola Consulte Para a adir una placa a la cola de barrido en la p gina 42 Gu a del usuario del sistema SureScan Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario 4 Uso de las herramientas de Scan Control Creaci n y cambio de protocolos de barrido 48 Crear y cambiar regiones de barrido 51 A adir un c digo de barra 54 Encender los l seres manualmente 56 Herramientas para soluci n de problemas 57 Configurar los ajustes predeterminados del scanner 60 Asignar protocolos de barrido a dise os 62 El men Tools del programa Scan Control proporciona los ajustes y las funciones generales que ayudan a solucionar problemas Las herramientas de Scan Control le permiten e Crear o cambiar protocolos del scanner e Cambiar la regi n de barrido de las placas Ingresar c digos de barra Encender y apagar los l seres e Ver los errores recientes y los archivos de registro e Crear un archivo de instant nea del estado actual del scanner e Restablecer avisos de atenci n de calibraci n e Realizar una autocomprobaci n e Establecer los ajustes generales del scanner e Asignar protocolos a los dise os de placas Este cap tulo describe c mo utilizar las herramientas disponibles del programa Scan Control EE Agilent Technologies 41 4 Uso de las herramientas de Scan Control Creaci n y cambio de protocolos de barrido El programa
91. lgoritmo de compresi n utilizado LZW reduce el espacio de almacenamiento de un 20 a un 70 Ajustes de asignaci n de nombres Field 1 Field 2 Muestra los ajustes que se utilizan para asignar nombres a los and Field 3 archivos de im genes TIFF creados por el scanner Las opciones se muestran en Tabla 12 Tabla 12 Opciones para los campos de asignaci n de nombres de archivo Opci n Descripci n lt none gt El campo no se incluye en el nombre del archivo de imagen Instrument SN Incluye el n mero de serie del scanner en el nombre de archivo de imagen Slide ID Incluye el n mero de identificaci n de la placa c digo de barra en el nombre de archivo de imagen Gu a del usuario del sistema SureScan 111 6 112 Referencia Tabla 12 Opciones para los campos de asignaci n de nombres de archivo continuaci n Opci n Descripci n Scan DateTime Incluye la fecha y hora del barrido en el nombre de archivo de imagen Customize Permite escribir informaci n personalizada para incluir en el nombre de archivo de imagen Despu s de seleccionar Customize haga doble clic en Field X Donde X el n mero de campo 1 2 3 En el cuadro adyacente escriba la informaci n personalizada que desea incluir en el nombre de archivo Los archivos de barrido se nombran con las siguientes reglas En barridos est ndar el programa Scan Control utiliza hasta tres prefijos de nombre definidos por el usuario
92. mbiar estas asignaciones m s adelante Asimismo puede configurar manualmente los ajustes de barrido para una placa seleccionada 1 Para cada placa de la tabla de ranura haga clic en el Protocol Scan y seleccione el protocolo de barrido que desea utilizar para barrer la placa Consulte Acerca de los protocolos de barrido en la p gina 35 y Para establecer o cambiar el protocolo de barrido en la p gina 41 2 Opcional Para una placa seleccionada en el panel de ajustes de barrido cambie uno o varios de los ajustes de barrido que utilizar para barrer solo esa placa Consulte Modificaci n de los ajustes de barrido de la placa en la p gina 45 Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 Paso 5 Incorporaci n de las placas a la cola del barrido Una vez que agrega una placa a la 1 cola del barrido no puede cambiar sus ajustes de barrido Para cambiar los ajustes de barrido elimine la placa de la cola Para agregar una placa a la cola de barrido su estado debe ser Ready for queue En la ventana principal de Scan Control haga clic en All to Queue para agregar a la cola de barrido todas las placas de la tabla de la ranura que muestren el estado Ready for queue Aparecer un cuadro de di logo de confirmaci n Haga clic en Yes para agregar las placas a la cola O BIEN En la tabla de la ranura de Scan Control haga clic en la celdaState para la primera placa que desea ba
93. n sobre c mo utilizar el programa Scan Control consulte Cap tulo 3 Utilizaci n del programa Scan Control Paso 1 Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control 1 Para conocer la forma de configurar 2 el encendido y apagado autom tico de los l seres consulte Para 3 configurar el retraso del protector de l seres en la p gina 60 Encienda el scanner SureScan utilizando el interruptor de alimentaci n situado en la parte delantera del aparato Despu s de encender el scanner se cargar e inicializar el firmware Encienda la estaci n de trabajo del ordenador y espere que se inicie Haga doble clic en el icono Agilent Microarray Scan Control para abrir el programa Scan Control O bien Seleccione Inicio gt Todos los programas gt Agilent gt Agilent Microarray Scan Control E Aslan Figura 4 Icono de Agilent Microarray Scan Control Gu a del usuario del sistema SureScan Cuando el programa se inicia la ventana principal del programa Agilent Microarray Scan Control se abre y el scanner realiza la secuencia de inicializaci n Consulte Ventana principal de Scan Control en la p gina 88 e El programa Scan Control se comunica con el scanner a trav s del cable LAN env a los comandos y par metros y recibe el estado y los datos e Los l seres se encienden y empiezan a calentarse 23 24 Procedimientos iniciales e La carga autom tica se inicializa y realiza
94. ngitudinal con una tolerancia de inclinaci n de 3 e Agilent admite los siguientes formatos de c digos de barra 128 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Code 128 los c digos de barra que no son de Agilent con 12 d gitos no deben empezar con 2 CODABAR m ximo de ocho d gitos grosor m nimo de l nea 6 mil metros Code 39 m ximo de ocho d gitos grosor m nimo de l nea 6 mil metros Code 93 m ximo de ocho d gitos grosor m nimo de l nea 6 mil metros e La altura m xima de c digo de barras debe ser de Gu a del usuario del sistema SureScan Code 128 15 de la longitud del c digo de barras para Code 128 Code 39 Code 93 CODABAR 5 mm o 15 de la longitud del c digo de barras de los dos el mayor 129 6 Referencia Informaci n sobre normativa Espa ol Deutsch P ngase en contacto con Agilent Technologies para obtener informaci n adicional sobre reciclaje y eliminaci n 130 Emisiones Esta secci n enumera informaci n sobre normativa del sistema SureScan que incluye el scanner de microarrays SureScan G2600D la estaci n de trabajo del ordenador y el software de control S lo para investigaci n El sistema SureScan est destinado S LO PARA INVESTIGACI N Informaci n de ruido ac stico Declaraci n del fabricante Esta declaraci n se facilita para cumplir con los requisitos de la Directiva sobre emisi n de sonidos de Alemania del 18 de en
95. ngs Scan Protocol Editor Figura 18 Men Tools Las siguientes funciones est n disponibles en el men Tools Tabla6 Comandos de las herramientas de Scan Control Herramienta Descripci n Scan Protocol Editor Scan Region Editor Input Barcode Switch on Lasers Abre el cuadro de di logo Scan Protocol Editor donde puede crear cambiar o eliminar protocolos de barrido Abre el cuadro de di logo Scan Region Editor donde puede crear cambiar o eliminar regiones de barrido de placas personalizadas Permite utilizar el teclado o un lector de c digo de barra que emula un teclado para introducir el c digo de barra de una placa que no posee c digo de barra o cuando el scanner no puede leer un c digo de barra Si los l seres est n apagados utilice este comando para encender los l seres del scanner Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia Tabla6 Comandos de las herramientas de Scan Control 6 Herramienta Descripci n Show Recent Errors Log Files State Snapshot Reset Calibration Warnings Self Test Settings Abre el bloc de notas o su editor de texto predeterminado y muestra los detalles de los errores m s recientes Abre la carpeta Logs donde puede abrir cualquiera de los registros creados por el programa Crea un archivo que contiene el estado del scanner en el momento en que se cre la instant nea Este archivo es til para la solu
96. nte y se estabilice Generalmente el tiempo que demora en calentarse es menor a cinco minutos No utilice acetona u otros disolventes para limpiar No retire la cubierta principal No intente reparar ni acceder a los componentes internos Se expone a alto voltaje y a una radiaci n peligrosa del l ser Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Soluci n de problemas El scanner SureScan est dise ado para requerir escaso mantenimiento y su uso sea sencillo Si no puede resolver un problema con el sistema lea este cap tulo Si contin a el problema p ngase en contacto con la oficina local de ventas o el centro de soporte y servicio de Agilent Soporte t cnico El servicio de soporte t cnico est disponible para el sistema SureScan Lea el resto de este cap tulo antes de llamar a la oficina de ventas local de Agilent o al centro de servicio y soporte Utilice la Web para contactarse con el servicio de soporte t cnico El men Help del programa Scan Control proporciona un v nculo a soporte t cnico de Agilent para el scanner SureScan Haga clic en Help gt Online Support Soporte de la estaci n de trabajo del ordenador Si tiene un problema con la estaci n de trabajo del ordenador consulte la documentaci n que se incluye con el ordenador Si a n as no puede resolver el problema p ngase en contacto con la oficina de ventas local de Agilent o con el
97. ntes Mensaje de error Descripci n y acci n sugerida Se ha colocado una placa en la ranura activa N mero de placa Retire la placa para permitir que contin e el barrido No se puede conectar con el aparato La versi n de firmware es posterior a la versi n de software del host Versi n del firmware Versi n de software del host P ngase en contacto con el departamento de soporte para productos de Agilent No se puede conectar con el aparato No se pudo comprobar el firmware 0 P ngase en contacto con el departamento de soporte para productos de Agilent No se pudo comprobar el espacio en disco Faltan elementos de configuraci n en los archivos de config No se puede guardar Faltan elementos de configuraci n Se produjo un error durante el cierre Una placa est en la ranura activa y el scanner no puede regresar la placa barrida a su ranura en el cassette No se pueden realizar m s barridos y la funci n Close Door est desactivada Retire la placa de la ranura activa El firmware del aparato no coincide con la versi n del programa Scan Control P ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Scan Control no se puede comunicar con el scanner debido a un problema de firmware y entra en modo desconectado P ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Se produce cuando intenta agregar un barrido a la cola pero no ha
98. ogies es compatible solamente con el ordenador provisto con el sistema SureScan Software Sistema operativo Windows 7 Professional de 64 bits Hardware 14 Intel Core 2 Duo E8500 de 3 16 GHz o equivalente 8 GB de RAM Disco duro de 250 GB como m nimo Se requiere un mantenimiento del disco adecuado para asegurarse de tener siempre espacio de disco disponible para la generaci n de datos Consulte Tabla 11 en la p gina 108 para los tama os estimados de las im genes barridas Gu a del usuario del sistema SureScan Introducci n 1 Descripci n f sica del scanner Vista frontal del scanner Indicador luminoso de estado Panel frontal extra ble T Dg Puerta Interruptor de encendido apagado Tne Figura 2 Scanner SureScan vista frontal Gu a del usuario del sistema SureScan 15 1 16 Introducci n Vista posterior del scanner Salida de aire de enfriamiento principal Salida de aire de enfriamiento del l ser Conector LAN B Enchufe de alimentaci n Entrada de aire de enfriamiento del l ser Entrada de aire de enfriamiento principal Salida de aire de la fuente de alimentaci n Fusible de alimentaci n Figura 3 Scanner SureScan vista posterior Preparaci n de las instalaciones Aseg rese de que el entorno cumpla las Especificaciones del scanner SureScan en la p gina 123 del Cap tulo 6 Si tiene alguna pregunta p ngase en contacto con el d
99. olos de barrido y barrer regiones Puede adem s abrir archivos de registros mostrar los errores recientes establecer ajustes generales y asignar protocolos de barrido para dise ar ID 36 Gu a del usuario del sistema SureScan Procedimientos iniciales 2 Apagar el scanner SureScan 0 A O N Vaya a la ventana del programa Scan Control y aseg rese de que el scanner no est realizando tareas de barrido expulsi n o carga de una placa Haga clic en Open Door para abrir la puerta del scanner Retire el portaplacas del cassette del scanner Retire las placas de los portaplacas Haga clic en Close Door ATENCI N No es posible abrir la puerta del scanner manualmente Utilice el bot n Open Door Close Door en el programa Scan Control para abrir y cerrar la puerta Gu a del usuario del sistema SureScan En la ventana principal de Scan Control haga clic en la X roja ubicada en la esquina superior derecha para cerrar el programa Los l seres se apagan autom ticamente cuando cierra el programa Apague el interruptor de alimentaci n de la parte delantera del Scanner SureScan 37 2 Procedimientos iniciales Apagar el scanner SureScan 38 Gu a del usuario del sistema SureScan Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario 3 Utilizaci n del programa Scan Control Utilizaci n de la tabla de ranura 40 Modificaci n de los ajustes de barrido de la placa 45 El pro
100. ontrol 102 Acerca de la adici n de placas 121 Ejecuci n de Feature Extraction en im genes barridas 122 Especificaciones del scanner SureScan 123 Especificaciones de las placas 126 Informaci n sobre normativa 130 En este cap tulo se incluye la descripci n de las ventanas y cuadros de di logo del programa Microarray Scan Control Tambi n contiene especificaciones e informaci n sobre el cumplimiento de las normativas s j Agilent Technologies 87 6 Referencia Referencia de la ventana del programa Scan Control Referencia de la ventana del programa Scan Control En esta secci n se describe la ventana principal del programa Microarray Scan Control y su contenido Ventana principal de Scan Control Slide ID Scan Protocol Output Folder 251727810267 SCA AgilentG3_CGH CAScanData Red Gre 252657310248 In queue 1 AgilentG3_CGH CAScanData DeC eiae Scan Region FullAgilentSlide Resolution 3 um Tiff Dynamic Range 16 bit Red PMT Sensitivity 100 Green PMT Sensitivity 100 Indicadores de XDR Ratio lt NoXDR gt estado de la raua Transform Image None Split No ENEE Compress No File Naming Settings Field 1 Instrument SN Field 2 Slide ID Field 3 Customize Panel de ajustes Registros Botones de funci n Empty Queue Open Door Stop Scan Status Log MESES Procesamiento de Calibrating ADC Loading slide estado im genes Calibrating PMT Calibrating PMT Scanning slide Remain
101. os que vienen con el scanner Para cambiar uno de estos protocolos de barrido primero gu rdelo con un nombre diferente 48 1 Seleccione Tools gt Scan Protocol Editor 2 Seleccione el protocolo existente que desea cambiar En el cuadro de di logo Scan Protocol Editor cambie uno o m s ajustes 4 Haga clic en Save Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 Para crear un protocolo de barrido Puede exportar uno o m s protocolos de barrido a un archivo en el disco duro como una copia de seguridad o bien importarlos a otro sistema SureScan 1 Seleccione Tools gt Scan Protocol Editor Se abrir el cuadro de di logo Scan Protocol Editor 2 Haga clic en Export Se abrir el cuadro de di logo Export Scan Protocol Aparecer una lista de protocolos de barrido 3 Haga clic para seleccionar el protocolo de barrido que desea exportar O BIEN Para seleccionar la serie de protocolos contiguos que desea exportar haga clic para seleccionar un protocolo de barrido y a continuaci n mantenga presionada la tecla Shift y haga clic en otro protocolo de barrido O BIEN Haga clic para seleccionar un protocolo de barrido y a continuaci n mantenga presionada la tecla Ctrl y seleccione los protocolos no contiguos adicionales que desea exportar Haga clic en Export Aparecer el cuadro de di logo Save As Busque la ubicaci n donde desea guardar el archivo de los pr
102. otocolos exportados Escriba un nombre nuevo para el archivo de los protocolos exportados y haga clic en Save Para importar un protocolo de barrido Si un protocolo de barrido en el 1 archivo tiene el mismo nombre que un protocolo de barrido existente el programa no lo importa Gu a del usuario del sistema SureScan Seleccione Tools gt Scan Protocol Editor Se abrir el cuadro de di logo Scan Protocol Editor Haga clic en Import Aparecer el cuadro de di logo Open Busque la ubicaci n del archivo de los protocolos de barrido exportados que desea importar Los archivos de los protocolos de barrido exportados tienen las extensiones exp 49 4 Uso de las herramientas de Scan Control 4 Haga clic para seleccionar el archivo de protocolos de barrido y despu s haga clic en Open Se importan los protocolos de barrido del archivo Para eliminar un protocolo de barrido No puede eliminar ninguno de los 1 Seleccione Tools gt Scan Protocol Editor protocolos de barrido predeterminados o que est n actualmente asignados a un placa en la tabla de la ranura Se abrir el cuadro de di logo Scan Protocol Editor 2 En la lista de protocolos de barrido seleccione el protocolo de barrido que desea eliminar 3 Haga clic en Remove 50 Gu a del usuario del sistema SureScan Uso de las herramientas de Scan Control 4 Crear y cambiar regiones de barrido La regi n de barridodetermina el rea Si utiliza placas qu
103. rca de la actividad de barrido SysLog lt datestamp gt lt timestamp gt csv contiene informaci n acerca de la actividad del sistema ExceptionLog txt contiene informaci n acerca de las condiciones especiales que afectan a la ejecuci n del software Haga doble clic para seleccionar y abrir un archivo de registro Los archivos con la extensi n csv variable separada por comas se abren de forma predeterminada con un programa de hoja de c lculo disponible Estos son archivos de s lo lectura nicamente Los archivos con la extensi n txt se abren de forma predeterminada con un editor de texto disponible 57 4 Uso de las herramientas de Scan Control Para crear una instant nea del estado del aparato e En la barra de men del programa Scan Control haga clic en Tools gt State Snapshot Se crea un archivo en la carpeta CProgramDatalAgilentl MicroArrayScannerSnapshots StateSnapshots Para restablecer los avisos de atenci n de calibraci n Durante el uso normal el scanner SureScan calibra los PMT antes de cada barrido Calibra adem s los l seres durante la inicializaci n del sistema Si la calibraci n no se realiza correctamente o cambia de forma significativa desde la ltima vez que se llev a cabo el software del scanner grabar esa informaci n y generar avisos de atenci n en el registro del barrido El aviso de atenci n de calibraci n del PMT se ajusta cuando la ganancia de PMT cambia m s del 2
104. re Extraction User En este rea puede escribir informaci n acerca del operador que ajusta o realiza los barridos de microarrays Esta informaci n pasa a formar parte de la informaci n del archivo que puede visualizarse en el programa Feature Extraction Lengiletas de registro El estado del aparato de documentos de software y del barrido en los archivos de registro que se guardan en la carpeta CA ProgramDatalAgilentMicroArrayScannerl Logs Estos registros tambi n se muestran en las leng etas de registro en la parte inferior de la ventana del programa Scan Control Leng eta Status Log Status Log ENEE CUIiniuviy au 10 52 56 Calibrating PMT 10 52 57 Calibrating PMT 10 52 58 Initializing loader 10 53 26 Reading barcodes E 10 53 37 Warming up lasers m Figura 22 Leng eta Status Log Gu a del usuario del sistema SureScan 99 6 Referencia Muestra informaci n sobre el estado del aparato Lengijeta Scan Log Scan Log Begin scan of slot 1 2011 06 07 15 57 03 2 Details SlideID 251727810267 Scan Protocol AgilentG3_CGH Output Fil Completed scan of slot 1 2011 06 07 16 15 20 Begin scan of slot 2 2011 06 0 Details SlideID 25265731024 Scan Protocol AgilentHD CGH Output Fil Commlerad_ aran nf alot A 2011 06 07 14 22 14 ig 4 m Figura 23 Leng eta Scan Log Muestra informaci n sobre los barridos Cuando inicia el programa Scan Control
105. rmaci n de soporte para el scanner About Agilent Scan Control Muestra informaci n de versi n del programa Scan Control as como el n mero de serie y modelo del scanner 92 Gu a del usuario del sistema SureScan Referenci 6 Tabla de ran Tabla de ranura Slide ID Scan Protocol Output Folder A 251727810267 Seanning 10 AgilentG3_CGH CaAScanData 252657310248 In queue 1 AgilentHD_CGH CAScanData 251727810212 In queue 2 AgilentG3_CGH CAScanData 251727810296 In queue 3 AgilentG3_CGH CAScanData JA 252657310211 In queue 4 AgilentHD_CGH CAScanData A 251727810231 In queue 5 AgilentG3_CGH CAScanData J 252657310233 In queue 6 AgilentHD_CGH CAScanData J 251727810236 In queue 7 AgilentG3_CGH CAScanData J 251727810298 In queue 8 AgilentG3_CGH CAScanData 1 251727810268 In queue 9 AgilentG3_CGH CAScanData 1 252657310249 In queue 10 AgilentHD_CGH CAScanData 1 251727810213 In queue 11 AgilentG3_CGH CaiScanData Empty Queue Open Door Stop Scan Figura 20 Tabla de ranura del programa Scan Control La tabla de ranura es una representaci n virtual del contenido del cassette del scanner Se utiliza para configurar iniciar detener y supervisar el progreso de los barridos Indicador de Los n meros a la izquierda de la tabla de ranura son id nticos a estado dela los indicadores luminosos de estado de la ranura en el cassette ranura El color de los n meros cambia para indicar el estado de la ranura y el barrido como se
106. rme de calificaci n de instalaci n para sus registros Gu a del usuario del sistema SureScan Sistema de scanner de microarrays SureScan Microarray Scan Control Software 9 1 Gu a del usuario 2 Procedimientos iniciales Licencias 22 Activaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 22 Instalaci n de la licencia de barrido de alta resoluci n 22 Utilizaci n del scanner 23 Paso 1 Encendido del scanner SureScan e inicio del programa Scan Control 23 Paso 2 Inserci n de las placas en los portaplacas 26 Paso 3 Cargar los portaplacas en el cassette 29 Paso 4 Establecimiento o cambio de los ajustes de barrido del protocolo 32 Paso 5 Incorporaci n de las placas a la cola del barrido 33 Paso 6 Barrido de las placas 33 Paso 7 Extracci n de las placas 34 Acerca de los protocolos de barrido 35 Modo desconectado 36 Apagar el scanner SureScan 37 En este cap tulo se describe la forma de utilizar el scanner incluida la forma de configurar y procesar las placas de forma r pida y sencilla Si tiene problemas consulte Cap tulo 5 para obtener informaci n sobre la soluci n de problemas EE Agilent Technologies 21 2 Procedimientos iniciales Licencias El sistema SureScan se puede solicitar con una de las dos configuraciones siguientes la configuraci n est ndar de alta resoluci n o bien sin la capacidad de alta resoluci n Sin la licencia de alta resoluci n puede seleccionar 10 micras 5 micras y
107. rol para cerrar la puerta del scanner Para iniciar un barrido En la ventana principal de Scan Control haga clic en Start Scan Durante el proceso de barrido la luz indicadora de estado de la ranura parpadea en verde En la celda State de la ranura se muestra el progreso del barrido Por ejemplo Scanning 50 44 Gu a del usuario del sistema SureScan Utilizaci n del programa Scan Control 3 Modificaci n de los ajustes de barrido de la placa Al seleccionar una placa en la tabla de la ranura de la ventana principal de Scan Control los ajustes de barrido de esa placa se muestran en Settings Pane en la parte derecha de la ventana Consulte Referencia de la ventana del programa Scan Control en la p gina 88 Los valores que se muestran se definen en el protocolo de barrido seleccionado para esa placa Existen dos formas de cambiar los ajustes de barrido Realice los cambios una sola vez en los ajustes de barrido de una placa antes de que se a ada a la cola Estas instrucciones se muestran en las siguientes secciones Seleccione un protocolo de barrido o cree uno nuevo Consulte Para crear un protocolo de barrido en la p gina 48 Tambi n puede aplicar los cambios de los ajustes en varias placas Para obtener informaci n consulte Para aplicar una selecci n a varias placas en la p gina 41 Para cambiar los ajustes de una sola placa S lo puede cambiar los ajustes de 1 barrido de una placa cuando no
108. rrer y haga clic en Add to Queue Para cada placa adicional que desea barrer Haga clic en la celda State y seleccione Add to queue first para agregar la placa al principio de la cola de barrido O Haga clic en la celda State y seleccione Add to queue first para agregar la placa al final de la cola de barrido A medida que cada placa se agrega a la cola su estado indica que est en la cola y el orden de barrido In queue 1 In queue 2 por ejemplo La luz que indica el estado cambia a azul fuerte Paso 6 Barrido de las placas Un barrido se refiere a crear una imagen 1 de las sondas en una sola placa Gu a del usuario del sistema SureScan En caso de ser necesario en la ventana principal de Scan Control haga clic enClose Door Espere hasta que se cierre la puerta y se active el bot n Start Scan En la ventana principal de Scan Control haga clic en Start Scan para iniciar el barrido de las placas que se agregaron a la cola El scanner barre las placas en el orden establecido en la cola del barrido Consulte Paso 5 Incorporaci n de las placas a la cola del barrido en la p gina 33 Durante un barrido ver lo siguiente e La luz que indica el estado de la ranura para la placa actual parpadea en verde durante el proceso de barrido y el progreso del barrido por ejemplo Scanning 50 se muestra en el estado de la ranura 33 2 Procedimientos iniciales El tiempo de barrido restante y el espacio de
109. rrido canales de pigmentos 107 ganancia de PTM rojo y verde 109 Intervalo din mico del archivo TIFF 108 nivel de sensibilidad PMT 109 regi n de barrido 107 relaci n XDR 109 ajustes de tabla de ranura ruta de salida 96 All to Queue 97 archivar datos 34 64 archivo asignaci n autom tica de nombres 112 asignaci n autom tica de nombres de archivo 112 asignaci n de nombres de archivo autom tico 112 asignar dise o a protocolos de barrido 62 119 barrido 18 barrido de placas 33 barrido definici n 33 barridos tabla de espacio de almacenamiento y tiempo de barrido 108 C carpeta de salida seleccionar 96 carrusel carga de portaplacas en 29 Close Door 97 c digos de barra especificaciones 127 colocaci n de placas 18 componentes lista de 13 consideraciones de temperatura 65 crear regi n de barrido placas que no son de Agilent 51 D datos archivar 64 detecci n de fluorescencia 19 dimensiones de barrido 126 E Empty Queue 97 especificaciones 16 c digos de barra 127 scanner de microarrays 123 especificaciones de las placas dimensiones de barrido 126 placa de cristal 126 estado de la ranura 94 excitaci n del l ser 18 F Feature Extraction 20 122 formatos de c digos de barra 128 fusibles fuente de alimentaci n 71 fusibles de alimentaci n 71 Gu a del usuario del sistema SureScan herramienta de calificaci n de instalaci n IQT 84 hume
110. s de error aparecen en el registro de estado en la ventana principal del programa Scan Control Si el error provoca que los datos est n en peligro esto tambi n aparece en el registro de barrido e Los errores se vuelcan tambi n con mayores detalles en el archivo de registro del sistema Los archivos de registro del sistema se guardan como archivos de valores separados por comas con extensi n csv Estos archivos se pueden abrir con un programa editor de texto como Bloc de notas o con Microsoft Excel Para abrir la carpeta donde se encuentran los archivos de registro del sistema haga clic en Tools gt Log Files e Para ver los errores recientes haga clic en Tools gt Show Recent Errors Los errores recientes se abren en Bloc de notas Gu a del usuario del sistema SureScan Tabla 3 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Soluci n de problemas con mensajes de error El sistema SureScan crea mensajes de error que le ayudar n a resolver los problemas que se produzcan Muchos de los mensajes de error incluyen una soluci n dentro del cuadro de texto siga esas instrucciones La tabla siguiente contiene algunos de los mensajes de error que aparecen en cuadros de di logo emergentes junto con descripciones y acciones sugeridas Si el problema contin a tras haber intentado la acci n sugerida p ngase en contacto con el departamento de soporte t cnico de Agilent Mensajes de error en cuadros de di logo emerge
111. se est utilizando en un protocolo de barrido Se abrir el cuadro de di logo Scan Region Editor 2 En la lista Scan Protocol seleccione la regi n de barrido que desea eliminar 3 Haga clic en Remove Gu a del usuario del sistema SureScan 53 4 Uso de las herramientas de Scan Control A adir un c digo de barra Los c digos de barra permiten identificar las placas de microarrays f sicamente y dentro del programa Scan Control Adem s el c digo de barra se guarda en los metadatos de la imagen TIFF y se muestra en los informes de Feature Extraction De forma predeterminada el scanner lee el c digo de barra de una placa y lo muestra como la ID de placa en la tabla de barrido del programa Scan Control Si cambia la 1D de placa y desea ver el c digo de barra de la placa mueva el cursor por su ID de placa El c digo de barra aparece en informaci n sobre herramientas Para a adir un c digo de barras Para a adir un c digo de barra puede utilizar un lector de c digos de barra externo o el teclado para escribir el c digo de barra 54 Si por alg n motivo el scanner no puede leer el c digo de barra de una placa de microarrays lo puede a adir manualmente Para a adir un c digo de barra manualmente al menos un ranura del cassette debe estar disponible 1 Sila puerta del scanner no est abierta en la ventana principal del programa Scan Control haga clic en Open Door y espere a que se abra la puerta
112. ste cap tulo se describe c mo utilizar el programa Scan Control para configurar y ejecutar el scanner 4 Utilizaci n de las herramientas de Scan Control En este cap tulo abordaremos la forma de utilizar los comandos en el men Tools de Scan Control En este cap tulo se incluye la forma de configurar los protocolos de barrido y las regiones de barrido la visualizaci n de los archivos de registro y la selecci n de los ajustes predeterminados del programa 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema En este cap tulo se describen los procedimientos y sugerencias de mantenimiento as como los mensajes de error para solucionar los problemas del sistema 6 Referencia En este cap tulo se incluye la descripci n de las ventanas y los cuadros de di logo de Scan Control Tambi n contiene las especificaciones del scanner y de las placas adem s de la informaci n de cumplimiento de las normativas Gu a del usuario del sistema SureScan 3 Gu a del usuario del sistema SureScan Contenido 1 Introducci n 11 Una herramienta eficaz para an lisis de microarrays 12 Descripci n del sistema 13 Caracter sticas de los equipos y los programas 13 Lista de componentes 13 Requisitos inform ticos del sistema 14 Descripci n f sica del scanner 15 Preparaci n de las instalaciones 16 S mbolos de seguridad en el scanner 16 Instrucciones de seguridad 17 Principios de funcionamiento 18 Colocaci n de placas 18 Excitaci n
113. t SN X b Field2 Slide ID X b Field 3 Customize X Scan Description User Figura 21 Scan Control Panel de ajustes El panel de ajustes le permite cambiar los ajustes individuales de una placa seleccionada Para cambiar los ajustes la placa no debe estar en la cola de barrido Para obtener m s informaci n sobre los ajustes disponibles en esta tabla consulte Cuadro de di logo Scan Protocol Editor en la p gina 106 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Scan Settings Muestra los ajustes de barrido en el protocolo de barrido asignado Para cambiar un ajuste haga clic junto al nombre del ajuste y seleccione un nuevo valor de la lista Para obtener informaci n consulte Ajustes de barrido en la p gina 107 Image Settings Algunos programas de an lisis de datos tienen requisitos espec ficos para las im genes Esta secci n le permite cambiar la forma en que la imagen se crea a partir del barrido Para obtener informaci n consulte Ajustes de imagen en la p gina 110 File Naming Muestra las selecciones de c mo el programa denomina los Settings archivos de barrido Para obtener informaci n consulte Ajustes de asignaci n de nombres en la p gina 111 Scan En este rea puede escribir informaci n acerca de la placa o del Description barrido de microarrays Esta informaci n pasa a formar parte de la informaci n del archivo que puede visualizarse en el programa Featu
114. talladas del cristal son las siguientes pulgada de ancho 25 4 mm 0 45 mm 0 7 mm 3 pulgada de longitud 76 2 mm 0 25 mm 1 4 mm 1 mm de grosor 0 1 mm e Sin placas duplicadas e Alta calidad con fluorescencia intr nseca baja e ndice de refracci n de 1 510 a 1 515 Gu a del usuario del sistema SureScan Referencia 6 Especificaciones del c digo de barras y de la etiqueta del c digo de barras Especificaciones del c digo de barras de placas Agilent El scanner G4900DA lee los c digos de barra colocados en el lado activo de la placa Para admitir versiones anteriores con los scanners del modelo G2565AA las microarrays Agilent contin an teniendo c digos de barra en ambos lados La etiqueta con el texto Agilent indica el lado activo la etiqueta con el valor num rico es el lado inactivo Double barcoded slide example Inactive Glass Surface SIDE 1 EbZ000Zyv0009L DE LOAD NI Active Active Microarray Microarray Surface Surface SIDE 2 uay Figura 35 Orientaci n del c digo de barras de las placas Agilent frente a la superficie de la microarray Especificaciones del c digo de barras de placas que no son de Agilent El grosor m ximo de la etiqueta del c digo de barras es 0 2 mm Aseg rese de que la etiqueta no tenga burbujas No a ada etiquetas sobre etiquetas antiguas y sustituya aquellas que empiecen a despegarse Gu a del usuario del sistema SureScan 127 6 R
115. temperatura de funcionamiento del scanner SureScan Para garantizar un rendimiento ptimo del scanner SureScan utilice el scanner s lo en los intervalos de temperatura especificados Consulte Especificaciones del scanner SureScan en la p gina 123 Controle la humedad El scanner SureScan es potencialmente sensible a situaciones de humedad por condensaci n Para garantizar un rendimiento ptimo del scanner SureScan utilice el scanner s lo en los porcentajes de humedad especificados Consulte Especificaciones del scanner SureScan en la p gina 123 Antes de abrir la caja de embalaje espere siempre 12 horas para su acondicionamiento t rmico en las instalaciones 65 5 66 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema ADVERTENCIA Sugerencias para mantener el rendimiento del hardware Evite trasladar el scanner SureScan Si debe trasladar el scanner SureScan es posible que esto afecte negativamente el rendimiento Llame a la oficina local de ventas de Agilent o al centro de servicio y soporte si necesita ayuda para trasladar el scanner SureScan Coloque el scanner SureScan en un banco de laboratorio o una mesa resistentes Evite apoyarse sobre el scanner SureScan Para prolongar la vida de los l seres config relos para que se enciendan y se apaguen autom ticamente Consulte Para configurar el retraso del protector de l seres en la p gina 60 Tras encender deje que el l ser se calie
116. to Cierre el programa Scan Control y rein cielo Si el problema contin a vuelva a instalar el programa Scan Control Cierre el programa Scan Control y rein cielo Si el problema contin a vuelva a instalar el programa Scan Control Cierre el programa Scan Control y rein cielo Si el problema contin a vuelva a instalar el programa Scan Control El archivo de registro est abierto en otra aplicaci n Cierre el archivo de registro y reinicie el programa Scan Control Se produce cuando intenta usar un comando que no se puede completar mientras el aparato no est disponible Espere y vuelva a intentar la acci n Vuelva a instalar el programa Scan Control La instalaci n del programa Scan Control est da ada Vuelva a instalar el programa Scan Control La instalaci n del programa Scan Control est da ada Vuelva a instalar el programa Scan Control La instalaci n del programa Scan Control est da ada Vuelva a instalar el programa Scan Control Vuelva a instalar el programa Scan Control La p gina web no est disponible actualmente Verifique la conexi n a Internet Vuelva a intentar m s tarde La p gina web no est disponible actualmente Verifique la conexi n a Internet Vuelva a intentar m s tarde Cierre el programa Scan Control y rein cielo Si el problema contin a vuelva a instalar el programa Scan Control Se produjo un error cuando el aparato intentaba recuperarse de un atasco de puert
117. ura haga clic en la celda Scan Protocol Consulte Acerca de los protocolos de de la placa seleccionada y a continuaci n haga clic barrido en la p gina 35 nuevamente para que aparezca la lista de protocolos de barrido disponibles 2 Haga clic en un protocolo de barrido de la lista desplegable No se pueden cambiar los protocolos de barrido para las placas de la cola Para cambiar la carpeta de salida para un barrido La carpeta de salida se encuentra donde 1 En la tabla de ranura haga clic en la celda Output Folder de se guardan los archivos de im genes una placa barridas de una placa De manera 2 predeterminada la carpeta de salida es DiAScanData Se abrir el cuadro de di logo Browse For Folder Haga clic en el icono Browse Hl 3 Vaya a la ubicaci n donde desea guardar los archivos de im genes barridas para esta placa y haga clic en OK Para aplicar una selecci n a varias placas Dentro de la tabla de ranura puede seleccionar m s de una placa y despu s realizar una selecci n para Scan Protocol y Output Folder 1 En la tabla de ranura haga clic para resaltar la primera placa 2 Para seleccionar varias placas contiguas mantenga presionada la tecla Shift y a continuaci n seleccione la segunda placa En la tabla de ranura se resaltan todas las placas incluidas las placas seleccionadas O Para seleccionar una serie de placas no contiguas mantenga presionada la tecla Ctrl y a continuaci n haga cl
118. ventas de Agilent y con el centro de soporte y servicio 80 Gu a del usuario del sistema SureScan Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema 5 Uso de la pantalla de diagn stico La pantalla de diagn stico del scanner SureScan se utiliza para tareas de soluci n de problemas avanzadas Esta pantalla est ubicada en la parte frontal del aparato detr s de la cubierta frontal superior Para abrir la cubierta sujete los soportes para el dedo por los laterales de la cubierta y tire hacia afuera Podr ver la pantalla de diagn stico y un interruptor de control de 4 modos Utilice el interruptor de la pantalla de diagn stico s lo cuando se lo solicite el personal de soporte t cnico de Agilent Soportes para dedos Interruptor de control de 4 modos Figura 14 Ubicaci n de la pantalla de diagn stico Gu a del usuario del sistema SureScan 81 5 82 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema El interruptor de control de la pantalla cuenta con las siguientes funciones Antes de que Scan Control se conecta al aparato la pantalla muestra la direcci n IP del scanner Si la direcci n IP no se muestra el firmware no est funcionando Alterne el interruptor Up en el ciclo mediante el men con las siguientes opciones El primer elemento le permite restablecer la direcci n IP a la predeterminada de f brica 10 0 0 2 El segundo elemento le permite reiniciar el firmware El firmware t
119. y suficiente espacio en disco para completar el barrido Limpie el disco duro para disponer del espacio de almacenamiento adecuado para los archivos de barrido Vuelva a instalar el programa Scan Control Vuelva a instalar el programa Scan Control Se produjo un error al cerrar el programa Scan Control Reinicie el programa Scan Control y vuelva a intentar Gu a del usuario del sistema SureScan 75 5 Mantenimiento y soluci n de problemas del sistema Tabla3 Mensajes de error en cuadros de di logo emergentes continuaci n Mensaje de error Descripci n y acci n sugerida Se produjo un error al buscar los archivos de registro No se pudieron encontrar errores recientes No se pudo obtener informaci n Acerca de No se pudo inicializar el registrador El aparato no est disponible Espere a que el aparato est inactivo No se pudo realizar la autocomprobaci n del aparato No se pudo cargar la configuraci n de la aplicaci n No se pudo cargar la configuraci n del aparato No se pudieron cargar las configuraciones del barrido No se pudo cargar la configuraci n del script de prueba No se pudo abrir el sitio web de soporte en l nea No se pudo abrir el sitio web de la p gina de inicio del scanner No se pudo abrir la gu a del usuario 0 No se pudo recuperar del atasco de puerta No se pudo guardar el estado del apara

Agilent G4900DA Sistema de scanner de microarrays SureScan

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