Manual - Auxilab
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1. Lateral grooves Version 1 May 07 Instruction manual 53000001 Page 17 L ENGLISH Thank you for choosing this equipment We sincerely wish that you enjoy your Nahita horizontal electrophoresis cell We highly recommend looking after this equipment accor ding to what is stated in this manual Nahita develops its products according to the CE marking regulations as well as emphasizing the ergonomics and security for its user The correct using of the equipment and its good quality will permit you to enjoy this equipment for years The improper use of the equipment can cause accidents and electric discharges circuit breakers fires damages etc Please read the point of Maintenance where we expose the security notes TO GET THE BEST RESULTS AND A HIGHER DURATION OF THE EQUIP MENT IT IS ADVISABLE TO READ THOROUGHLY THIS MANUAL BEFORE OPERATING WITH THE EQUIPMENT Please bear in mind the following This manual is inseparable from the Nahita horizontal electrophoresis cell so it should be available for all the users of this equipment You should carefully handle the electrophoresis cell avoiding sudden movements knocks free fall of heavy sharp objects on it If you have any doubt about setting up installation or functioning do not hesitate in contacting your wholesaler You can also tell us any doubts or suggestions you have by contacting Nahita Technical Assistance Department by email to asistencia auxilab es or by tele2. 4 1 Inspecci n preliminar Desembale la cubeta de electroforesis horizontal retire todas las protecciones y aseg rese de que no presenta ning n da o debido al transporte De ser as comuniquelo inme diatamente a su transportista o suministrador para que pueda hacer las debidas reclama ciones en el plazo establecido Guarde el embalaje ya que siempre se deben realizar las devoluciones en su embalaje original con todos los accesorios suministrados Compruebe los accesorios que usted debe recibir junto al equipo 1 Tanque con electrodos 1 Tapa con cables fijos 1 Molde para preparaci n de geles 2 Bandejas de 74x100 mm para geles 2 Peines de 1 0 y 1 5 mm grosor respectivamente Garant a Manual de instrucciones Solo aceptamos devoluciones de equipos en los 15 d as posteriores al env o y siempre que vengan completos en su embalaje original 4 2 Modo de uso Nota el equipo est dise ado exclusivamente para su uso en el laboratorio la tempe ratura ambiente debe ser de 0 40 C y la humedad relativa no debe exceder del 80 Para su utilizaci n coloque la cubeta de electroforesis en una superficie plana lisa y libre de vibraciones Revisi n 1 Mayo 07 Manual de instrucciones 53000001 P g 5 Y 7 CASTELLANO Montaje para preparaci n del gel Coloque la bandeja para geles den tro del molde Aseg rese de que la banda AmO negra para facilitar la visualizaci n de los i m mie pocillos est a la altura de
3. 4 g 200 mM cido ac tico glacial 17 0 mL 296 mM Agua desionizada Hasta 1 L Nota Esta es una soluci n concentrada 10x Para su uso diluir previamente con agua desionizada El pH final debe ser 7 8 a 25 C 5 2 Soluci n de carga La soluci n de carga debe ser a adida a las muestras antes de cargarlas en los pocillos Esta soluci n debe tener la cantidad suficiente de glicerol para hacer que la muestra sea m s densa que la soluci n de electroforesis y as caiga hacia el fondo del pocillo Se recomienda preparar un stock concentrado e inmediatamente antes de cargar las muestras a adirles soluci n de carga de modo que la concentraci n final en la muestra sea de 1x El stock debe ser conservado a 4 C TABLA 6 Soluci n de carga 10x Componente Cantidad Concentraci n Glicerol 5mL 50 v v Na EDTA 2H 0 0 37 g 100 mM Dodecil sulfato s dico SDS 0 1g 1 p v Azul bromofenol 0 01 g 0 1 p v Agua desionizada Hasta 10 mL 4 P g 10 Manual de instrucciones 53000001 Revisi n 1 Mayo 07 ENGLISH 3 TECHNICAL SPECIFICATIONS Code 53000001 Gel dimensions mm 100x70 N samples 8 15 Comb thickness l and 1 5 mm Buffer volume approx 260 mL Working conditions 0 40 C and lt 80 RH Continuous working time gt 24 h Max Input voltage 100 V Max Current 50 mA Cell dimensions LxWxH 268x116x76 mm 4 OPERATING MODE 4 1 Preliminary inspection Unwrap the
4. horizontal electrophoresis cell take off all protections and make sure it does not present any damage because of the shipment In case it presents any damage tell it immediately to your transport agent or dealer so that they can make the claims in the correct time limit Please keep the original wrapping you will always need it for returns enclosed with all the accessories supplied Please check that all the accessories are enclosed with the equipment 1 Tank with electrodes 1 Lid with fixed leads 1 Mould for gel casting 2 Gel trays dimensions 74x100 mm 2 combs of 1 0 and 1 5 mm thick respectively Warranty User s manual We will only accept any equipment return within 15 days after delivery and provided it comes in its original wrapping 4 2 Operating mode Note the equipment is exclusively designed for laboratory purposes ambient tem perate must be 0 40 C and relative humidity must not exceed the 80 Prior to use put the electrophoresis cell on a plane smooth and vibration free surface Version 1 May 07 Instruction manual 53000001 Page 19 L ENGLISH Gel tray with integrated rule and dark band to facilitate well visualization and thus make easier sample loading Combs the equipment is supplied with 2 combs of 1 0 and 1 5 mm thick respectively both of them with 8 teeth at one side and 15 teeth at the other TT ollz cms 2 2 2 1 Electro
5. la ranura para la AS y sujeci n del peine Seleccione el peine con el grosor y n mero apropiado de pocillos seg n el expe rimento que se vaya a realizar Generalmente se utiliza el peine de 1 mm grosor pero en aquellos casos en los que se trabaje con geles fr giles es preferible utilizar el peine de 1 5 mm grosor Inserte el peine en el molde para geles de modo que cada uno de los extremos del peine encaje dentro de las ranuras latera les del molde Preparaci n del gel Seleccione la concentraci n de agarosa que debe tener el gel de acuerdo al tama o de los fragmentos de DNA que desea analizar Tabla 1 TABLA 1 Concentraci n de agarosa recomendada para diferentes tama os de fragmen tos de DNA Concentraci n agarosa p v Tama o fragmentos DNA Kb 0 5 1 0 a 30 0 7 0 8 a 12 1 0 0 5 a 10 12 0 4a3 15 0 2a3 2 0 0 01 a1 Seleccione el volumen de agarosa l quida que necesita seg n el grosor del gel que desea preparar Tabla 2 TABLA 2 Volumen de agarosa requerido y volumen de soluci n tamp n a a adir en el tanque de electroforesis en funci n del grosor del gel Grosor gel Volumen agarosa Volumen soluci n tamp n tanque 10 mm 70 mL 250 mL 5 mm 35 mL 210 mL 3 mm 21 mL 200 mL uy Pag 6 Manual de instrucciones 53000001 Revision 1 Mayo 07 ENGLISH Security The horizontal electrophoresis cell must be used by previously qualified staff that
6. similar but they can damage the equipment NEVER autoclave or dry heat sterilize the apparatus or components Do not expose the apparatus or components to phenol benzene acetone halogenated hydrocarbon solvents or undiluted laboratory alcohols Avoid prolonged exposure of the apparatus or components to the UV light In case of breakage or damage of the electrodes proceed as follows for their replace ment TA Si Page 26 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 gt na O J CASTELLANO INDICE DE CONTENIDOS 1 APLICACIONES DEL INSTRUMENTO oo ecccecsssssssessseesseseseesssecsneceneceneessneesneesees 3 2 DESCRIPCI N Y COMPONENTES seso npenes 3 3 ESPECIFICACIONES T CNICAS ccoo 5 4 MODO DE USO pia 5 5 SOLUCIONES TAMP N DE ELECTROFORESIS Y OTRAS sssi 9 6 RESOLUCI N DE PROBLEMAS nori 11 7 MANTENIMIENTO Y LIMPIEZA 13 1 APLICACIONES DEL INSTRUMENTO La cubeta de electroforesis horizontal de Nahita est dise ada para la separaci n iden tificaci n y preparaci n de mol culas de DNA y RNA en geles de agarosa El equipo viene completo con todos los accesorios necesarios para la preparaci n y electroforesis de geles de 100x70 mm 2 DESCRIPCI N Y COMPONENTES Componentes La cubeta de electroforesis horizontal de Nahita se suministra junto con todos los com ponentes necesarios para la preparaci n y electroforesis de geles de agarosa de 100x70 mm Tanque de electroforesis fabricado en material de alt
7. y estable No coloque la cubeta de electroforesis en zonas pr ximas a fuentes de calor mecheros sopletes Evite las vibraciones en el lugar de trabajo La cubeta de electroforesis horizontal est preparada para ser conectada a una fuente de alimentaci n de CA Una manipulaci n no adecuada puede resultar en quemaduras heri das y da os a la instalaci n el ctrica Nunca conecte la cubeta de electroforesis a la fuente de alimentaci n antes de comen zar el experimento La corriente el ctrica proporcionada por la fuente de alimentaci n se transmite a la cubeta a trav s de los cables y la conexi n de la tapa Nunca intente utilizar la cubeta de electroforesis sin la tapa puesta Apegue siempre la fuente de alimentaci n antes de abrir la cubeta y retirar la tapa Determinados reactivos indicados en este manual son peligrosos p ej bromuro de eti dio cido ac tico cido b rico El usuario deber observar estrictamente las normas de seguridad indicadas para dichos productos El usuario deber as mismo seguir las normas de seguridad espec ficas para los equi pos utilizados en el procedimiento indicado en este manual transiluminador de luz UV fuentes de alimentaci n etc 5 SOLUCIONES TAMP N DE ELECTROFORESIS Y OTRAS 5 1 Soluciones tamp n de electroforesis Para electroforesis de geles de igual concentraci n y a un voltaje constante la soluci n TAE proporciona una mejor resoluci n de fragment
8. 7 CASTELLANO ATENCI N NO SE ADMITIR NING N APARATO PARA REPARAR QUE NO EST DEBIDAMENTE LIMPIO Y DESINFECTADO INSTRUCCIONES SOBRE PROTECCI N DEL MEDIO AMBIENTE No se deshaga de este equipo tir ndolo a la basura ordinaria cuando haya terminado su ciclo de vida ll velo a un punto de recogida para el reciclaje de aparatos el ctricos y electr nicos No contiene elementos peligrosos t xicos para el humano pero una eliminaci n no adecuada perjudicar a al medio ambiente Los materiales son reciclables tal como se indica en la marcaci n Al reciclar materia les u otras formas de reutilizaci n de aparatos antiguos esta Ud Haciendo una contri buci n importante a la protecci n del medio ambiente Por favor p ngase en contacto con la administraci n de su comunidad para que le ase soren sobre los puntos de recogida To Y j P g 14 Manual de instrucciones 53000001 Revisi n 1 Mayo 07 ed ENGLISH O AUXILAB S L E ER 1015 1999 150 9001 2000 DECLARACI N CE DE CONFORMIDAD CUBETA DE ELECTROFORESIS HORIZONTAL NAHITA de Auxilab S L a la Directivade M quinas 89 392 CEE modificada y a las reglamentaciones adoptadas para su transposici n NOMBRE DEL FABRICANTE IMPORTADOR AUXILAB S L DIRECCI N Pol gono Morea Norte 8 31191 Beri in Navarra DECLARAMOS QUE CUBETA DE ELECTROFORESIS HORIZONTAL 53000001 Est n dise ados y fabricados de acuerdo a Directiva 89 392 CEE incl
9. CHART 2 Volume of agarose required according to gel thickness It is also shown the volume of electrophoresis buffer needed to fill the tank in each case Gel thickness Agarose volume Buffer volume tank 10 mm 70 mL 250 mL 5 mm 35 mL 210 mL 3 mm 21 mL 200 mL In a bottle or Erlenmeyer flask prepare the volume of liquid agarose required Eg to prepare a 10 mm thick and 1 agarose gel add 0 7 g of agarose powder to 70 mL of electrophoresis buffer Weight the flask Heat the mixture in a hot plate or microwave until it boils and mix the flask occasionally until the agarose is completely dissolved in the buffer AL a uf Page 20 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 CASTELLANO Despu s de la electroforesis Retire la tapa Saque la bandeja con el gel y con cuidado deslice el gel fuera de la bandeja para su tinci n con bromuro de etidio y posterior visualizaci n con luz UV Nota los geles de agarosa se rompen f cilmente si no se manipulan con cuidado Vacie el tanque en el recipiente de desechos adecuado No reutilice la soluci n tamp n Limpie el tanque con agua desionizada Elimine de la bandeja posibles restos de agarosa y acl rela con agua desioniza da Seguridad La cubeta de electroforesis horizontal debe ser utilizada por personal cualificado pre viamente que conozca el equipo y su manejo mediante el manual de uso Coloque la cubeta de electroforesis sobre una mesa horizontal plana
10. E H Version 1 May 07 Instruction manual 53000001 Page YN poda ENGLISH ha TROUBLE COMENTS Flaming bands excessive fluorescence Reduce the amount of the sample appearing as a trail above the band Reduce the amount of protein and or glycerol of the sample Bands are not straight lines or parallel to Verify that the wells are free of parti the top edge of the gel cles and bubbles before and after loading samples Verify that the agarose is completely dissolved before casting the gel Remove any particulate matter from the agarose before casting the gel Be sure that bubbles are not trapped against the comb during gel casting All bands appear as doublets each band Concentrate the sample and use a thin is represented twice within the same lane gel with a thin comb Avoid movements during gel photo graphy Reduce voltage Band doublets may result due to denaturalization from excess heat from electrophoresing gel at high vol tage 7 MAINTENANCE AND CLEANING To get the best results and a higher duration of the horizontal electrophoresis cell it is essential to follow the processes of use Note All the processes of use mentioned below will not have any value unless you keep a continued and careful maintenance Please follow the processes of use of this manual This manual should be available for all users of this equipment Always use original components and supplies Other devices can be
11. ENGLISH ANEX I CE CERTIFICATE AENOR ISO 9001 2000 AUXILAB S L Fe zo CE DECLARATION OF CONFORMITY HORIZONTAL ELECTROFORESIS CELL of Auxilab S L for the Directive of machi nes 89 392 CEE modified and the regulations adopted for its transposition NAME OF THE MANUFACTURER IMPORTER AUXILAB S L ADDRESS Pol gono Morea Norte 8 31191 Beri in Navarra WE STATE THAT HORIZONTAL ELECTROFORESIS CELL 53000001 Are designed and manufactured according to Directive 89 392 CEE including the modifications and the national regulations that transpose them Directive 73 23 CEE modified over the electric security Directive 89 336 CEE modified over the electromagnetic compatibility And that the following harmonized rules have applied or part of them UNE 292 1 2 2 A1 UNE EN 1050 UNE EN 614 1 UNE EN 1037 UNE EN 1088 UNE EN 547 UNE EN 953 UNE EN 294 UNE EN 418 UNE EN 894 1 UNE EN 894 2 UNE EN 954 1 UNE EN 60204 1 UNE 61010 1 A2 UNE EN61010 2 051 BERIAIN 04th JUNE 2007 Signed by ALFONSO AINCIBURU SANZ DIRECTOR MANAGER Poligono Morea Norte 8 31191 Beriain Navarra Spain Tel 948 310 513 Fax 948 312 071 Internet www auxilab es Email correo auxilab es T Ph yi j Page 28 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 CUBETA DE ELECTROFORESIS HORIZONTAL HORIZONTAL ELECTROFORESIS CELL Este manual es parte inseparable del aparato por lo que debe estar disponible a todos los usuarios d
12. a calidad resistente a la rotura la acci n de agentes qu micos y presi n y temperaturas elevadas Es un dispositivo durade ro transparente bien sellado y sin contaminantes qu micos Presenta 4 patas antidesli zantes y 2 electrodos reemplazables de platino puro resistentes a la corrosi n y a elevadas temperaturas Tapa al igual que el tanque est fabricada con un material de elevada calidad y resis tencia Presenta ranuras para disipar el calor y dos cables fijos de alimentaci n con conec tor tipo banana para conectar a la fuente de alimentaci n Molde para la preparaci n de geles permite la preparaci n de geles de 100x70 mm Presenta ranuras latera les para la colocaci n y sujeci n de hasta 2 peines paralelos en caso de tener que analizar un elevado n me ro de muestras al mismo tiempo Ranuras para peines dt gt aa Manual de instrucciones 53000001 Pag 3 Y j ed Revisi n 1 Mayo 07 CASTELLANO Bandejas para geles con regla integrada y con banda oscura para favorecer la visualizaci n de los pocillos y as facilitar la carga de las muestras Peines el equipo se suministra con 2 peines de 1 0 y 1 5 mm de grosor res pectivamente ambos con 8 dientes en un lado y 15 en el otro 1 Tanque de electroforesis 2 Electrodos reemplazables 3 Patas antideslizantes 4 Dispositivo para facilitar la extracci n de la tapa 5 Bandeja para geles 6 Tapa 7 Ranuras pa
13. be estar disponible para todos los usuarios del equipo Debe manipularse siempre con cuidado evitando los movimientos bruscos golpes cai das de objetos pesados o punzantes Cualquier duda puede ser aclarada por su distribuidor instalaci n modo de uso fun cionamiento Usted puede tambi n mandarnos sus dudas o sugerencias a la siguiente direcci n de correo del Servicio T cnico Nahita asistencia auxilab es o bien llamando al Tel 807117040 0 30Euros min Este equipo est amparado por la Ley de garant as y bienes de consumo 10 2003 No se consideran en garant a las revisiones del equipo Los accesorios as como su p rdida no est n cubiertos por dicha garant a Tampoco estar n cubiertos por el periodo de garant a las piezas en su desgaste por uso natural Aseg rese de guardar la factura de compra para tener derecho de reclamaci n o pres taci n de la garant a En caso de enviar el equipo al Servicio T cnico adjunte factura o copia de la misma como documento de garant a Rellene y env e la garant a antes de los 15 d as despu s de la compra El fabricante se reserva los derechos a posibles modificaciones y mejoras sobre este manual y equipo i ATENCI N NO SE ADMITIR NING N APARATO PARA REPA RAR QUE NO EST DEBIDAMENTE LIMPIO Y DESINFECTADO INDI CO EN Castellano 2 15 Y j P g 2 Manual de instrucciones 53000001 Revisi n 1 Mayo 07 ENGLISH Remove the screw and the rubber ring loca
14. e la cantidad de muestra que desea cargar teniendo en cuenta el tama o de los pocillos del gel Tabla 3 y la concentraci n de las muestras TABLA 3 Volumen m ximo de muestra en funci n del tipo y grosor del peine y del gro sor del gel Manual de instrucciones 53000001 P g 7 G Revisi n 1 Mayo 07 CASTELLANO Grosor gel mm Grosor peine mm Anchura diente mm Vol pocillo UL 1 5 4 54 10 2 5 33 1 4 32 2 5 22 5 1 5 4 24 5 2 5 15 1 4 16 2 5 10 Nota los vol menes indicados son aproximados En geles de baja concentraci n de agarosa o de agarosa de bajo punto de fusi n los vol menes pueden ser menores que los indicados A ada soluci n de carga a las muestras antes de cargarlas en los pocillos Con ayuda de una pipeta autom tica y puntas desechables prepare las muestras combinando las cantidades apropiadas de soluci n de carga y muestra Las mezclas pueden ser pre paradas en tubos o bien sobre un trozo de Parafilm Con ayuda de una pipeta autom tica llene uno a uno los pocillos con su corres pondiente muestra evitando la formaci n de burbujas Nota extreme la precauci n para no da ar el fondo o las paredes de los pocillos con la punta de la pipeta Electroforesis Coloque la tapa sobre el tanque de electroforesis Nota El dise o especial de la tapa nicamente permite colocarla en una posici n asegurando siempre que el cable negro est conectado al electrodo negro y el cable r
15. el equipo Le recomendamos leer atentamente el presente manual y seguir rigurosamente los proce dimientos de uso para obtener las m ximas prestaciones y una mayor duraci n del mismo This manual should be available for all users of these equipments To get the best results and a higher duration of this eguipment it is advisable to read carefully this manual and follow the processes of use Revisi n 1 Mayo 2007 Manual de instrucciones 53000001 P g 1 CASTELLANO Gracias por haber adquirido este equipo Deseamos sinceramente que disfrute de la cubeta de electroforesis horizontal Nahita Le recomendamos que cuide el equipo confor me a lo expuesto en este manual Nahita desarrolla sus productos seg n las directrices del marcado CE y haciendo hin capi en la ergonom a y seguridad del usuario La calidad de los materiales empleados en la fabricaci n y el correcto proceder le per mitir n disfrutar del equipo por muchos a os El uso incorrecto o indebido del equipo puede dar lugar a accidentes descargas el ctri cas cortocircuitos fuegos lesiones etc Lea el punto de Mantenimiento donde se recogen aspectos de seguridad LEA DETALLADAMENTE ESTE MANUAL DE INSTRUCCIONES ANTES DE OPERAR CON ESTE EQUIPO CON EL FIN DE OBTENER LAS M XIMAS PRES TACIONES Y UNA MAYOR DURACI N DEL MISMO Tenga especialmente presente lo siguiente Este manual es parte inseparable de la cubeta de electroforesis horizontal Nahita por lo que de
16. el to verify that the apparatus is levelled prior to gel casting and electrophoresis S Shaped lanes anomalous migration front results in lanes that are not running at a uniform speed Version 1 May 07 Mix the buffer periodically during electrophoresis Use a low conductivity high buffering capacity buffer eg from TAE 1x or TBE 1x to TBE 0 5x Reduce the salt concentration of the sample Instruction manual 53000001 Page 25 4 ENGLISH CHART 5 TAE Tris acetate EDTA buffer 10x Component Quantity Concentration Tris base 48 4 g 400 mM Na EDTA 2H 0 748 20 mM Sodium acetate anhydrous 16 4 g 200 mM Glacial acetic acid 17 0 mL 296 mM Deionized water Up to1L Note This is a 10x concentrated solution Dilute with deionized water prior to use Final pH should be 7 8 at 25 C 5 2 Loading buffer Loading buffer must be added to samples before loading the gel This solution must have enough glycerol to be denser than the electrophoresis buffer It is recommended to prepare a concentrated stock and immediately prior to loading add this stock to samples so that the final concentration at the mixture is 1x Stock solu tion must be kept at 4 C CHART 6 Loading buffer 10x Component Quantity Concentration Glycerol 5mL 50 v v Na7EDTA 2H30 0 37 g 100 mM Sodium dodecyl sulphate SDS 0 1 g 1 w v Bromophenol blue 0 01 g 0 1 w v Deionized water Up to 10 mL gt 5 3 Et
17. f the wells with the pipette tip Electrophoresis Cover the electrophoresis tank with the lid Note The lid is especially designed to fit in a unique position thus assuring that the black lead is always connected to the black electrode and the red lead to the red electrode Plug the power leads to a power supply Switch the power supply on and select the desired voltage Small bubbles will rise from each electrode when the power supply is properly connected Note Voltage will depend on thickness length and percentage of the gel and type of electrophoresis buffer used a High voltage the electrophoresis time will be shorter but the heat will be higher and the resolution lower High voltages are suitable for selecting and analy zing purity of samples b Low voltage the heat produced will be lower and resolution higher but the time of electrophoresis will be longer Check electrophoresis by following the migration of the bromophenol blue dye Migration must be always towards the positive pole Note Do not move the cell during electrophoresis Small amounts of gases will be produced make sure the equipment is located in a well aired area When electrophoresis finishes switch the power supply off and unplug the power leads After electrophoresis Remove the lid Take the tray with the cell out and carefully slide the gel out of the tray for stai ning with ethidium bromide and subsequent visualization with UV light N
18. fore is better suited for electrophoresis at high voltage gt 150 V Moreover this solution generates less heat at equivalent voltage and does not permit a significant pH drift Due to its low buffering capacity TAE buffer requires recirculation systems or mixing periodically for full length electrophoresis particularly at higher voltages TAE buffer provides better results for supercoiled DNA Itis recommended to prepare a concentrated stock from which a 1x solution will be pre pared when necessary CHART 4 TBE Tris borate EDTA buffer 10x Component Quantity Concentration Tris base 1211 g 1M Boris acid anhydrous 61 8 g 1M Na EDTA 2H O 7 4g 20 mM Deionized water Upto1L Note This is a 10x concentrated solution Dilute with deionized water prior to use Final pH should be 8 3 at 25 C Version 1 May 07 Instruction manual 53000001 Page 23 4 ENGLISH Note volumes given are approximate Low percentage gels and low melting point agarose gels may have lower sample volumes Add loading buffer to samples before loading the gel Use an automatic pipet te and disposable tips to prepare samples by combining appropriate quantities of loading buffer and sample Mixtures can be prepared in microcentrifuge tubes or on a piece of Parafilm Load the samples into each individual well using the pipetting device Avoid bubble formation Note caution must be taken at this point to avoid damaging the bot tom and walls o
19. hidium bromide For visualization of double stranded DNA after electrophoresis it is necessary to stain the gel with a 0 5 g mL solution of ethidium bromide in deionized water The gel should be transferred to the solution and left to stain for a time depending on gel thickness 10 15 min for 3 mm thick gels and up to 1 h for 10 mm thick gels To reduce fluorescent background the gel can be destained in deionized water for 10 15 min thin gels or 30 min thick gels Ethidium bromide can also be added directly to the agarose before casting the gel so that electrophoresis is preformed in the presence of ethidium bromide The concentration of ethidium bromide in the gel must also be 0 5 g mL It is recommended to prepare a concentrate stock of ethidium bromide that must be sto red in the dark NOTA el bromuro de etidio es un agente mutag nico muy potente Lleve guantes en todo momento cuando manipule soluciones geles o equipos que hayan estado en contacto con esta sustancia TA Y Page 24 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 CASTELLANO 3 ESPECIFICACIONES T CNICAS Referencia 53000001 Dimensiones gel mm 100x70 N muestras 8 15 Grosor peines 1y15mm Volumen sol tamp n aprox 260 mL Condiciones trabajo 0 40 C y lt 80 HR Tiempo de trabajo continuo gt 24 h Max voltaje entrada 100 V Max corriente el ctrica 50 mA Dimensiones cubeta LxAxH 268x116x76 mm 4 MODO DE USO
20. istortion of bands Select the amount of sample to be loaded bearing in mind the size of the wells Chart 3 and the concentration of samples CHART 3 Maximum volume of sample depending on the type and thickness of the comb and the thickness of the gel Gel thickness mm Comb thickness mm Tooth width mm Vol well AL 1 5 4 54 10 2 5 33 1 4 32 2 5 22 5 1 5 4 24 5 2 5 15 1 4 16 2 5 10 Version 1 May 07 Instruction manual 53000001 Page 21 L ENGLISH Set up Put the gel tray inside the mould for gel casting Make sure that the black band for visualizing the wells stays between the grooves to hold the comb Select the comb with the appropria te thickness and number of wells for the expe riment Usually the 1 0 mm thick comb is used but when fragile gels are cast it is advi sable to use the 1 5 mm thick comb Put the comb on the mould so that each extreme of the comb fits into one of the lateral grooves of the mould Gel casting Select the agarose concentration of the gel according to the size of the DNA fragments to be analyzed Chart 1 CHART 1 Agarose concentration recommended for different sizes of DNA fragments Agarose concentration w v Size of DNA fragments Kb 0 5 1 0 to 30 0 7 0 8 to 12 1 0 0 5 to 10 12 0 4 to 3 15 0 2 to 3 2 0 0 01 to 1 Select the volume of liquid agarose depending on the thickness of the gel to be cast Chart 2
21. knows how the equipment works thanks to the user manual Put the electrophoresis cell on top of a horizontal plane and stable table Do not put the electrophoresis cell near any warm supply burners blowlamps Avoid vibrations Horizontal electrophoresis cell is intended to use with a DC power supply An inade quate manipulation may cause burns hurts and damages to the electrical installation Never connect the electrophoresis cell to the power supply before starting the experi ment The electrical current supplied by the power supply is transmitted to the cell through the leads and the lid assembly Never use the electrophoresis cell without the lid Always turn off the power supply before opening and removing the lid Certain reagents indicated for use in this manual are of a hazardous nature eg ethi dium bromide acetic acid boric acid User should strictly observe the safety regulations indicated for such products The equipments used in these procedures power supplies UV lamps etc should be used following the manufacturer safety recommendations 5 ELECTROPHORESIS BUFFERS AND OTHER SOLUTIONS 5 1 Electrophoresis buffers For electrophoresis of gels of the same concentration and at the same voltage TAE buf fer provides better resolution of fragments gt 4 Kb in length while TBE buffer provides bet ter resolution for 0 1 3 Kb fragments TBE buffer has a higher buffering capacity and a lower conductivity and there
22. les migran mas lentamen te en uno de los lados del gel La preparaci n o electroforesis del gel se ha realizado en desnivel Utilice un nivel de burbuja para asegurarse de que el molde y la cubeta est n perfectamente nivelados Bandas con forma de S frente de migra ci n an malo que resulta en calles que no migran a velocidad uniforme Mezcle ocasionalmente la soluci n tamp n durante la electroforesis Utilice una soluci n tamp n de baja conductividad y alta capacidad amorti guadora p ej de TAE 1x o TBE 1x a TBE 0 5x Reduzca la concentraci n de sal de la muestra Aparici n de estelas se observa un rastro de fluorescencia por detr s de las bandas Reduzca la cantidad de muestra Reduzca la cantidad de prote nas y o glicerol de la muestra Las bandas no son l neas rectas ni parale las a los extremos del gel Antes y despu s de cargar las mues tras compruebe que los pocillos no contie nen part culas o burbujas Compruebe que la agarosa est com pletamente disuelta antes de a adirla sobre el molde para geles Retire cualquier part cula presente en la agarosa l quida Compruebe que no hay burbujas atra padas por el peine durante la preparaci n del gel El azul bromofenol se vuelve amarillo cambio de pH durante la electroforesis Los resultados no son interpretables Manual de instrucciones 53000001 Compruebe el pH de las soluciones de electroforesis Aseg re
23. lo Utilice siempre componentes y repuestos originales Puede ser que otros dispositivos sean parecidos pero su empleo puede da ar el equipo NUNCA esterilice mediante autoclave o calor los distintos componentes de la cubeta No exponga el aparato a productos como fenol benceno acetona solventes hidrocar bonatos halogenados o alcoholes de laboratorio no diluidos Evite la exposici n prolongada del equipo o sus componentes a la luz UV En caso de rotura o desgaste de los electrodos proceda de la siguiente manera para su recambio Retire el tornillo y la arandela de goma situados en la parte inferior del conec tor tipo banana del tanque de electroforesis Retire el electrodo roto o da ado tirando del conector tipo banana hacia arriba Inserte el nuevo electrodo no olvide la arandela de goma Coloque de nuevo el tornillo y su correspondiente arandela de goma y aj stelo bien para que la junta quede bien sellada Limpieza Limpie los distintos componentes del equipo suavemente con agua y detergentes no abrasivos y acl relos con agua desionizada Nota ponga especial cuidado en no da ar el cable de los electrodos cuando limpie el tanque de electroforesis Seque los componentes con un trapo suave o d jelos secar al aire Nunca utilice productos abrasivos estropajos o productos que puedan rayar ya que deterioran el equipo limitando su vida til Revisi n 1 Mayo 07 Manual de instrucciones 53000001 P g 13 Y
24. ntes del peine Espere unos 15 30 min hasta que la agarosa se enfr e y solidifique totalmente Retire el peine cuidadosamente tirando de l verticalmente extraiga del molde la bandeja con el gel y col quela sobre la parte central del tanque de electroforesis Coloque el gel de manera que los pocillos queden m s cercanos al c todo polo negativo negro ya que las muestras migrar n siempre hacia el nodo polo positivo rojo Nota En caso de no utilizar el gel inmediatamente humedezca la superficie del gel con soluci n tamp n de electroforesis y selle la bandeja con el gel en una bolsa de pl stico Mant ngalos a 4 C de este modo el gel se puede conservar durante 1 2 d as si est bien sellado Llene el tanque con soluci n tamp n de electroforesis hasta cubrir la superficie del gel seg n el volumen indicado en la Tabla 2 Nota la superficie del gel debe estar cubierta nicamente por 1 2 mm de soluci n tamp n De este modo se evita que el gel se seque y se asegura un gradiente de voltaje uniforme a lo largo del gel Un volumen mayor de soluci n tamp n no es necesario y resulta en un aumento de la corriente y el calor producido Preparaci n de las muestras y carga del gel La cantidad de muestra que puede ser cargada en cada pocillo es variable y depende de la concentraci n de las muestras y del tama o del pocillo La sobrecarga del gel produce la aparici n de estelas y la distorsi n de bandas Seleccion
25. ojo al electrodo rojo Conecte los cables con la fuente de alimentaci n Encienda la fuente de alimentaci n y seleccione el voltaje deseado Si la fuente est bien conectada en cada electrodo se formar n peque as burbujas Nota La selecci n del voltaje depender del grosor longitud y concentraci n del gel y del tipo de soluci n tamp n utilizada a Voltaje alto tiempo de electroforesis menor pero el calor producido ser mayor y la resoluci n menor El voltaje alto es adecuado para el an lisis de pureza o la selecci n de muestras b Voltaje bajo el calor producido ser menor y la resoluci n mayor pero el tiempo del experimento se alargar Siga la evoluci n de la electroforesis mediante la migraci n del colorante azul de bromofenol La migraci n debe realizarse en direcci n al polo positivo Nota No mueva la cubeta durante la electroforesis Peque as cantidades de gases se producen durante el proceso aseg rese de que el equipo est situado en un lugar con adecuada ven tilaci n Cuando la electroforesis se haya completado apague la fuente de alimentaci n y desconecte los cables de la tapa ul P g 8 Manual de instrucciones 53000001 Revisi n 1 Mayo 07 ENGLISH Weight the flask again and adjust to the original weight by adding deionized water to compensate for evaporation Apply a water spurt or introduce the flask into a water bath to cool the liquid agarose to 50 60 C Note casting gels
26. ontacto con esta sustancia 6 RESOLUCI N DE PROBLEMAS PROBLEMA No aparecen burbujas en los electrodos cuando se conecta la fuente de alimentaci n COMENTARIOS Compruebe que la fuente de alimenta ci n funciona correctamente Compruebe que la tapa est correcta mente colocada Compruebe que los cables est n en perfectas condiciones Compruebe que los electrodos est n en perfectas condiciones Todas las bandas aparecen por duplicado en una misma calle cada banda aparece dos veces Revisi n 1 Mayo 07 Concentre la muestra y utilice un gel fino con un peine fino Evite movimientos durante la fotogra f a del gel Reduzca el voltaje La aparici n de bandas dobletes puede ser debida a un proceso de desnaturalizaci n causado por un exceso de calor durante la electrofore sis Manual de instrucciones 53000001 Pag 11 uy PROBLEMA Las muestras se salen por debajo del gel durante la carga de los pocillos CASTELLANO COMENTARIOS El fondo de los pocillos se ha roto al retirar el peine Para minimizar la adhe si n de la agarosa al peine retire el peine tan pronto como la agarosa se ha enfriado y solidificado El gel se derrite o se reblandece cerca de los pocillos Esto se debe a la variaci n del pH y a las elevadas temperaturas Reduzca el voltaje de electroforesis Se observa un efecto smiling pronuncia do en uno de los lados del gel bandas igua les en distintas cal
27. os con una longitud gt 4 Kb mientras que la soluci n TBE proporciona una resoluci n mejor para fragmentos de 0 1 3 Kb La soluci n TBE presenta adem s una mayor capacidad amortiguadora y una menor con ductividad por lo que es preferible su uso en electroforesis a voltajes altos gt 150 V Adem s esta soluci n genera menos calor a voltajes equivalentes y no permite variacio nes significativas del pH Debido a su baja capacidad de amortiguaci n la soluci n TAE requiere sistemas de recirculaci n o mezcla ocasional para electroforesis completa sobre todo a voltajes eleva Revisi n 1 Mayo 07 Manual de instrucciones 53000001 P g 9 ki CASTELLANO dos La soluci n TAE proporciona mejores resultados par el DNA superenrollado Se aconseja preparar un stock de soluci n concentrada a partir de la cual se preparar en el momento el volumen de soluci n 1x requerido para la preparaci n del gel y poste rior electroforesis TABLA 4 Soluci n TBE Tris borato EDTA 10x Componente Cantidad Concentraci n Tris base 1211 g 1M cido b rico anhidro 61 8 g 1M Na EDTA 2H O 7 4g 20 mM Agua desionizada Hasta 1 L Phas Nota Esta es una soluci n concentrada 10x Para su uso diluir previamente con agua desionizada El pH final debe ser 8 3 a 25 C TABLA 5 Soluci n TAE Tris acetato EDTA 10x Componente Cantidad Concentraci n Tris base 48 4 g 400 mM Na EDTA 2H 0 7 4g 20 mM Acetato s dico anhidro 16
28. ote agarose gels tear easily if not properly supported Properly discard the electrophoresis buffer Do not reuse the buffer Rinse the tank with deionized water Remove any residual agarose from the tray by rising with deionized water LU Page 22 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 CASTELLANO Prepare el volumen requerido de agarosa l quida en un frasco o matraz Erlenmeyer P ej para la preparaci n de un gel de 1 cm grosor al 1 de agarosa a ada 0 7 g de agarosa en polvo a 70 mL de soluci n tamp n de electroforesis Pese el frasco Caliente la mezcla hasta la ebullici n en una placa calefactora o en un micro ondas para que la agarosa se disuelva totalmente en la soluci n tamp n Agite el frasco ocasionalmente para evitar la formaci n de grumos Pese de nuevo el frasco y aj stelo al peso original a adiendo agua desionizada para compensar la p rdida por evaporaci n Enfr e la agarosa l quida hasta 50 60 C aplicando un chorro de agua fr a o introduciendo el frasco en un ba o a esa temperatura Nota si la temperatura de la aga rosa est por encima de los 60 C podr a deformar el fondo de la bandeja para geles Vierta la agarosa a 60 C sobre la bandeja para geles situada dentro del molde Ay dese de una punta de pipeta para distribuir la agarosa uniformemente por toda la superficie de la bandeja y para eliminar las burbujas de aire formadas especialmente aquellas situadas entre los die
29. phone 34 807 117 040 0 30 Euros min This equipment is protected under the Warranties and consumer goods regulation 10 2003 Overhaul is not covered by the equipment warranty Accessories including their loss are not covered by the product s warranty The warranty neither covers piece s deterioration due to the course of time Please make sure you keep the invoice either for having the right to claim or asking for warranty coverage In case you have to send the equipment to Nahita Technical Assistance Department you should enclose the original invoice or a copy as guarantee Please do not forget filling the warranty certificate and send it before 15 days after the date of purchase Manufacturer reserves the right to modify or improve the manual or equipment ATTENTION IF EQUIPMENTS ARE NOT PROPERLY CLEAN AND DISINFECTED THEY WOULD NOT BE ALLOWED TO REPAIR BY OUR TECHNICAL SERVICE INDEX OF LANGUAGES Spanish 2 15 TAn ran Page 16 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 CASTELLANO 7 MANTENIMIENTO Y LIMPIEZA Para un adecuado funcionamiento de la cubeta de electroforesis horizontal es nece sario seguir algunas recomendaciones Nota Todas las normas de utilizaci n citadas anteriormente carecer n de valor si no se realiza una continua labor de mantenimiento Siga las instrucciones y advertencias relativas a este manual Tenga este manual siempre a mano para que cualquier persona pueda consultar
30. phoresis tank 2 Replaceable electrodes 3 Antiskid legs 4 Device to facilitate lid removal 5 Gel tray 6 Lid 7 Slots for heat dispersion 8 Fixed leads paee ou Page 18 Instruction manual 53000001 Version 1 May 07 CASTELLANO 5 3 Bromuro de etidio Para visualizar el DNA bicatenario tras la electroforesis es necesario tenir el gel con una soluci n de bromuro de etidio 0 5 g mL en agua desionizada Para ello se introduce el gel en la soluci n y se mantiene durante un tiempo que depender del grosor del gel 10 15 min para geles de 3 mm y hasta 1 h para geles gruesos de 10 mm Para reducir el fondo se recomienda aclarar el gel en agua desionizada durante 10 15 min geles finos o 30 min geles gruesos El bromuro de etidio tambi n puede ser a adido directamente a la agarosa l quida antes de la preparaci n del gel de este modo la electroforesis se realiza en presencia de bro muro de etidio La concentraci n de bromuro de etidio en el gel debe ser tambi n de 0 5 g mL Se recomienda preparar una soluci n concentrada de bromuro de etidio que debe ser almacenada en la oscuridad TABLA 7 Soluci n concentrada de bromuro de etidio 20000x Componente Cantidad Concentraci n Bromuro etidio 100 mg 10 mg mL Agua desionizada 0 37 g NOTA el bromuro de etidio es un agente mutag nico muy potente Lleve 0 8 guantes en todo momento cuando manipule soluciones geles o equipos que hayan estado en c
31. ra dispersi n del calor 8 Cables fijos Wy Pag 4 Manual de instrucciones 53000001 Revision 1 Mayo 07 ENGLISH CHART 7 Concentrated stock of ethidium bromide 20000x Component Quantity Concentration Ethidium bromide 100 mg 10 mg mL Deionized water 0 37 g 6 TROUBLESHOOTING TROUBLE COMENTS Bubbles do not appear on the electrodes when DC voltage is connected Verify that the DC power supply is operating properly Verify that the lid is properly placed on the apparatus Verify that power leads are in perfect conditions Verify that electrodes are in perfect conditions Bromophenol blue dye turns yellow pH change during electrophoresis Results are uninterpretable Check the pH of the electrophoresis buffer Be sure to use Tris base not Tris HCI Mix the buffer periodically during electrophoresis Samples leak underneath the gel upon loading The bottom of the wells were torn when the comb was removed To minimize adhesion of the agarose to the comb remove the comb as soon as the agarose is solidified Gel melts or become soft near sample wells This is due to the combination of pH drift and high temperatures Reduce the electrophoretic voltage Pronounce smiling along one edge of the gel is observed corresponding bands in different lanes migrate slower toward one edge of the gel Gel was cast or electrophoresed out of level Use the bull s eye lev
32. se de que ha utili zado Tris base y no Tris HCl para su pre paraci n Mezcle peri dicamente la soluci n tamp n durante la electroforesis Revisi n 1 Mayo 07 ENGLISH INDEX OF CONTENTS 1 USES OF THE INSTRUMENT coi 3 TECHNICAL SPECIFICATIONS 4 OPERATING MODE 1 USES OF THE INSTRUMENT Nahita horizontal electrophoresis cell is specially designed for separating identifying and preparing DNA and RNA molecules in agarose gels The equipment is provided com plete with all the necessary accessories for preparation and electrophoresis of 100x70 mm gels 2 DESCRIPTION AND COMPONENTS Components Nahita electrophoresis cell is supplied together with all the necessary components for preparation and electrophoresis of agarose gels 100x70 mm Electrophoresis tank made of a high quality material resistant to breakage chemicals and high pressure and temperatures It is a durable transparent and well sealed device It pre sents 4 antiskid legs and 2 replaceable electrodes made of pure platinum and resistant to corrosion and high temperatures Lid it is also made of a high quality and resistant material It presents slots for heat dis persion and two fixed power leads with banana connector to be plugged to a power supply Mould for gel casting for casting 100x70 mm gels It presents lateral grooves to fit and hold up to 2 combs in parallel in case of analy zing a large amount of samples at the same time
33. ted under the banana connector of the tank Remove the broken or damaged electrode by pulling upward from the connector Insert the new electrode do not forget the rubber ring Put the screw and the rubber ring again and tighten them to form a leak free seal Cleaning Wash all components gently with water and non abrasive detergents and rinse well in deionized water Note be careful not to damage the electrode wire when cleaning the electrophoresis tank Wipe dry with a soft cloth or allow to air dry Never use scourers or substances that can grate as they damage the electrophoresis cell and produce an early ageing of the equipment DISINFECTED THEY WOULD NOT BE ALLOWED TO REPAIR BY OUR t ATTENTION IF EQUIPMENTS ARE NOT PROPERLY CLEAN AND TECHNICAL SERVICE INSTRUCTIONS ON ENVIRONMENT PROTECTION lt At the end of its life cycle please do not dispose of this equipment q by throwing it in the usual garbage hand it over a collection point for the recycling of electrical and electronic appliances It does not contain dangerous or toxic products for humans but a non adequate disposal would damage the environment The materials are recyclable as mentioned in its marking By recycling material or by other forms of re utilization of old appliances you are making an important contribu tion to protect our environment Please inquire at the community administration for the authorized disposal location N N
34. uidas las modificaciones de la misma y las regla mentaciones nacionales que la transponen Directiva 89 336 CEE modificada sobre compatibilidad electromagn tica Directiva 73 23 CEE modificada sobre seguridad el ctrica Y que se han aplicado las siguientes normas armonizadas o parte de ellas UNE 292 1 2 2 A1 UNE EN 1050 UNE EN 614 1 UNE EN 1037 UNE EN 1088 UNE EN 547 UNE EN 953 UNE EN 294 UNE EN 418 UNE EN 894 1 UNE EN 894 2 UNE EN 954 1 UNE EN 60204 1 UNE 61010 1 A2 UNE EN61010 2 051 BERIAIN a 04 de JUNIO 2007 Fdo ALFONSO AINCIBURU SANZ DIRECTOR GERENTE Pol gono Morea Norte 8 31191 Beriain Navarra Spain Tel 948 310 513 Fax 948 312 071 Internet www auxilab es Email correo auxilab es Revision 1 Mayo 07 Manual de instrucciones 53000001 Pag 15 Y 7
35. with the agarose above 60 C may cause the tray bottom to deform Pour the agarose at 60 C on the gel tray fitted into the mould Use a pipette tip to distribute the agarose evenly over the whole surface of the tray and to remove air bub bles especially those situated between and around the teeth of the comb Allow the agarose to cool until completely solidified usually 15 30 min Remove the comb gently by pulling it vertically take the tray with the gel out of the mould and put them at the central part of the electrophoresis tank Make sure that the wells of the gel are near the cathode negative pole black since the samples always migrate towards the anode positive pole red Note To store the gel wet the gel surface with a small amount of electrophoresis buf fer and seal the tray with the gel in a plastic bag Keep at 4 C at these conditions the gel can be stored for 1 or 2 days Fill the tank with electrophoresis buffer until covering the surface of the gel with the volume indicated in Chart 2 Note the surface of the gel must be covered only with 1 or 2 mm of buffer This avoids the gel to dry and assures an even voltage gradient through the gel A higher volume of buffer is not necessary and will result in an increase of the current and heat Sample preparation and loading the gel The amount of sample to be load is variable and depends on sample concentration and well size Overloading the gel causes trailing and d
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