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Rapport d`Utilisation de la Plateforme

1. 58 5 Utilisateurs de la plate forme et publications 0222201 59 o Veille technologique nerd ein rire in niei tes 60 7 Budget pr visionnel de fonctionnement pour 2009 61 8 Mise en place d un syst me de management de qualit 61 9 Remarques perspectives esse 61 gt Plate forme e E E 63 7 8 a netus 64 Ee ie e ET 64 Seele te EE 64 Tel Tune TEE 65 5 Expertise technique et formation permanente 65 DI Veille technologique Instrumentation 65 TlPerspectives 20097 a eene dti uec NGA ga a een 65 COMCIUSION 5246 ER EME ELLE 66 Rapport d activit plates formes 2008 Introduction Les plates formes technologiques sont des instruments de la politique scientifique de tendue vers un objectif d excellence Nos plates formes sont pilot es par des ing nieurs au service de l ensemble des quipes de recherche IBMP et ext rieures parfois galement de soci t s priv es d sirant utiliser les services de la plate forme Afin d en promouvoir leur transparence d utilisation depuis 2005 chaque responsable de plate forme r dige un rapport d activit annuel transmis au Coll ge de direction anciennement Conseil scientifique de l IBMP ainsi qu chaque chef de groupe Alors que ce rapport tait d abord pens comme un outil interne servant la
2. Rapport d activit plates formes 2008 25 Budget pr visionnel 2009 Pour 192000 r actions d signation quantit prix cout HT LC480 MULTIWELL 50X PLATE384 FILMS 10 307 50 3 075 00 LC480 SYBR GREEN MASTER 10X5ML 10 1 480 00 14 800 00 EmboutsAP96 P20 200 45 60 9 120 00 Total HT 26 995 00 5 Remarques et perspectives 2008 Utilisation de la plate forme La sollicitation de la plate forme pour l analyse d expression de g nes doubl e par rapport l ann e derni re L acquisition d un nouvel instrument haut d bit devrait galement doubler les possibilit s en 2009 N anmoins la situation est parfois ing rable il est difficile de r pondre toutes les demandes L activit 2008 est globalement positive au regard des r ponses apport es au chercheurs L apport de la PCR quantitative est consid rable tant au niveau de la qualit des r sultats que du confort et de la facilit la mettre en oeuvre Toutefois je constate une certaine d rive Une certaine curiosit des analyses qui n ont pas vraiment lieu d tre faites par PCR quantitative ou r alis es sans r flexion pr alable Partant du principe que toute analyse ou demande d analyse est justifi e par les chercheurs il m est difficile de faire la part des choses Il m est galement arriv de me lancer dans des analyses de masse une tude sur plusieurs plaques de 384 pui
3. G nolevure a pour t che d assembler et d annoter plus d une dizaine de g nomes de levure Pour l IBMP proprement dit il s agit essentiellement de constituer des bases de donn es de s quences v g tales sp cialis es permettant de fournir des services plus en ad quation avec les recherches en cours au sein de l institut notamment l analyse des siRNA lll Lab lisation En 2008 la plate forme t homologu e par le CNRS comme Centre de Traitement Automatis de l Information Une des conditions pour acc der la labellisation est un fonctionnement autonome concr tis par la formation d un comit de pilotage compos de repr sentants des diff rentes unit s UPR UMR et Universit l initiative du projet La lab lisation est donn e pour la dur e du mandat de l Unit h te de la plate forme L IBMP ayant d marr un nouveau mandat 2009 2013 une nouvelle demande d homologation a t d pos e en janvier 2009 IV Evolutions du cluster pendant l ann e 2008 Deux volutions majeures ont eu lieu en 2008 savoir le passage de l ensemble du cluster sous Mac OS X Server 10 5 ainsi que le rajout d une lame octo core Xserve suppl mentaire Ce d ploiement tait pr vu au printemps et n a finalement pu tre r alis qu l automne pour diverses raisons A cette occasion un partenaire s est rajout avec le laboratoire du Dr Reichhart qui a financ l achat du Xserve suppl mentaire son installation et la mise j
4. Ces fonctions peuvent grosso modo tre segment es en trois groupes non parfaitement tanches entre eux la sauvegarde s curis e de donn es les bases de donn es image et la bio informatique La partie de sauvegarde s curis e des donn es rentre dans une politique de SSI o les donn es produites par les laboratoires sont de plus en plus num ris es et donc sensibles aux pannes des syst mes qui les h bergent La partie bases de donn es images concerne essentiellement la plate forme d imagerie et de microscopie et l herbier La premi re produit quotidiennement quelques giga octets de donn es qu il faut stocker classer et redistribuer dans les diff rentes composantes s agissant d un mat riel Rapport d activit plates formes 2008 50 f d ratif L ambition de l herbier est de num riser et annoter assez rapidement 10 de son fond qui est assez exceptionnel afin de le rendre disponible sur un serveur web aux scientifiques du monde entier N anmoins s agissant d un patrimoine national ce service sera ouvert terme un public beaucoup plus large La partie bio informatique concerne plus la plate forme de prot omique le GMGM ainsi que les laboratoires de l IBMP Pour la premi re il faut tablir une base de donn e exp rience pour laquelle un traitement automatique devra tre appliqu en fonction de l actualisation des bases de donn es de s quence afin d identifier les prot ines tudi es Le GMGM associ
5. PLATE FORME DE BIOINFORMATIQUE V COGNAT 1 FONCTIONNEMENT DE LA PLATE FORME La plate forme est quip e d un Mac Pro quadri X on Achat septembre 2008 Montant 2190 euros d un acc s la plate forme Bioimage Les outils utilis s sont des outils disponibles gratuitement licences de type GNU ou similaires EMBOSS Logiciels d alignements Clustal Muscle Jalview Logiciels de phylog nies et visualisations d arbres Phylips phyML treedyn Recherche de similarit s NCBI blast wu blast Recherche de motifs PatMan La licence avanc e Genevestigator pour l analyse des donn es d expression a t renouvel e pour l ann e 2009 2 PRESTATIONS DE LA PLATE FORME L activit de la plate forme est ax e principalement sur L analyse des donn es biologiques analyse de s quences recherche de similarit s alignement recherche de motifs analyse fonctionnelle pr diction de structures secondaires phylog nie analyse des donn es de transcriptome Le d veloppement et la mise en place d outils et bases de donn es sp cifiques La formation des utilisateurs aux m thodes et outils bioinformatiques 3 RECETTE ET COUT FINANCIER Les activit s de la plate forme ne sont pas factur es Le co t de la Plate forme pour l ann e 2008 est de 2660 euros il se compose du renouvellement de la Licence Genevestigator Avanc 10 utilisateurs 470 euros du renouvellement de ma st
6. Rapport d activit 2008 des plates formes de l IBMP Y Production de plantes Y S quencage d ADN v Q PCR Y Imagerie amp Microscopie Y Cytologie Y Bio informatique Y Biologie structurale Y Bio Image Y M tabolomique Y Prot omique INSTITUT DE BIOLOGIE MOLECULAIRE DES PLANTES IBMP UPR 2357 SOMMAIRE Introduction 3 gt Plate forme lt Production de plantes 5 1 Pr sentation et caract ristiques des unit s de cultures de plantes exp rimetales 5 21 Go ts d UUlISAtION EEE ot ont 5 7 41 Activit s et utilisateurs 22 sise 7 lee leie elle UE 9 Tee Ee Lei 10 7 10 gt Plate forme S quencage d ADN 13 14 2 Actvit en 2008 40 bets EE 15 3r BilAN TIAN GIL o cea ths er re RR ERRORI wha RM MIEL 17 4 Remarouesipoerspechves eene er nes 19 Plate forme OQ POR sein eti A Uri aoi ttu p Ron REY 21 1 Pr Sentation EE 22 RE e 23 SIS 24 A Bilan financier 25 5 sn nnn 26 6 Production scientifique 26 gt Pla
7. Schaller 59 76 Franck Pinot qui continuent r aliser eux m me leurs injections ce qui concerne la maintenance du syst me elle est r alis e par nos soins Un syst me de r servation en ligne via le site de l IBMP t mis en place pour l utilisation du syst me GC MS Depuis mi septembre 93 chantillons ont t inject s GC FID et HPLC UV Fluo Les GC FID et l HPLC UV Fluo pr sents sur la plate forme sont en utilisation libre L acc s n est pas contr l Le bon fonctionnement et la maintenance des g n rateurs d air et d hydrog ne sont par contre r alis s par nos soins Avec l aide de Mr Morciano le syst me de r servation en ligne ActivPlanning a t galement mis en place pour le GC FID et la chaine HPLC En 2008 les personnels de la plate forme ont t associ s la publication suivante A BAHD acyltransferase is expressed in the tapetum of Arabidopsis anthers and is involved the synthesis of hydroxycinnamoyl spermidines Grienenberger E Besseau S Geoffroy P Debayle D Heintz D Lapierre C Pollet B Heitz T Legrand M Plant J 2009 Jan 17 6 Veille technologique La m tabolomique est une discipline nouvelle en volution constante c est pourquoi une large part de notre activit consiste suivre les innovations techniques et analytiques qui mergent L acquisition de la source APCI APPI nous a permis d aborder la m tabolomique des mol cules les plus difficil
8. ainsi que de possibilit s de calcul importantes et souples pour les composantes Courant 2007 la machine a t install e l IBMP Elle se composait de 3 Xserve Intel quad core pour la partie calcul et deux Cluster Node G5 et une baie Xserve RAID pour la partie SAN L ensemble des composants sont interfac s par du Fiber Chanel ainsi que de l ethernet gigabit Le cluster est prot g par un pare feu NetASQ F200 qui assure la pr vention d intrusion ainsi que la gestion des r gles d acc s la t te de cluster La protection de l alimentation lectrique tait assur e par un onduleur 3000 VA Le d marrage a t un peu chaotique essentiellement pour deux raisons d une part un retard dans les infrastructures n cessaires au fonctionnement de la machine et notamment de graves dysfonctionnements des installations r seau passives et d autre part des probl mes logiciels au niveau syst me qui ont mis beaucoup de temps tre correctement diagnostiqu s On peut dire que c est plut t tout d but 2008 que l installation s est retrouv e conforme aux attentes pour sa partie syst mes Mat riel Financeur Montant TTC 2007 achat X SAN ULP 35 000 IBMP 7 200 GMGM 1500 Total X SAN 43 700 2007 Am nagement local pour X SAN IBMP 6 000 2008 lame octo core UPR 9022 RIDI 5 000 2008 logiciels syst mes quipe Voinnet IBMP 5 000 Il Fonctions de la plate forme
9. 2D avec et sans phosphatase analyse d image PDquest superposition de blot Approche pr parative vers une caract risation par spectrom trie de masse Formation de A Ayyaz doctorant de l UPR 9022 janvier 2009 Etude du proteome extracellulaire de Serratia marcescens Analyse quantitative et qualitative par gel 2D 6 Veille technologique Instrumentation Acquisition du nouveau MALDI TOF TOF Bruker Autoflex III Identification des prot ines par PMF peptide mass fingerprinting en mode MS et par PFF peptide fragment fingerprinting en mode MS MS Taill pour le haut d bit Install le 28 10 2008 Co t 240 000 2 ans de garantie pi ces main d uvre et d placement 7 Perspectives 2009 Nouvel espace lectrophor se spectrom trie de masse Des quipements en lectrophor se k ratine free sont la disposition des quipes partenaires de la plateforme sur r servation Gel 1D 2D analyse d image et excision automatis e des spots prot iques Spectrom trie de Masse Automatisation de l acquisition et de l identification Analyses MS MS formation pour les ing nieurs en s quen age de novo Gestion administrative et communication R daction d une charte d utilisation de la plateforme Les r gles d utilisation se former planifier ses manips et nettoyer le mat riel apr s utilisation Cr ation d un Comit de pilotage outil de communication et de veille technologique peut o
10. LC Q TOF ou un orbitrap Rapport d activit plates formes 2008 61 Rapport d activit plates formes 2008 62 Plate forme Prot omique Philippe HAMMANN Rapport d activit plates formes 2008 63 PLATE FORME PROTEOMIQUE DE L ESPLANADE PHILIPPE HAMMANN Cette plate forme est commune avec l IBMC avec les instruments li s l analyse des masses localis s l IBMC et les mat riels de production et s paration des prot ines localis es l IBMP 1 Bilan des analyses LCQ TOF 1861 analyses de spectrom trie de masse 8 R partition des analyses par appareil 92 2 Bilan budg taire Budget 2008 par poste de d pense 30 494 EHT Recettes 2008 30 545 EHT UPR 9021 Consommable Consommable E d 10 2 Ee 9 UPR 9022 Maintenance 19 bureautique 4 parc 1 Consommable informatique 1 MALDI 7 GMGM UPR 9002 18 24 Infrastructure 12 Frais de formation IBMP 2 27 Maintenance QTOF 73 3 Applications Prot omique quantitative Analyses diff rentielles de l expression prot ique partir de gels 2D 2D classique bleu colloidal 2D DIGE differential in gel electrophoresis marquage des lysines avec Cy3 Cy5 2 Prot omique fonctionnelle Etude de prot ines isol es par gel 2D 1D Etude de PMT en particulier les phosphoprot ines D tection des phosphoprot ines par
11. consommables magasin 1 842 00 842 00 contrat de maintenance 1 11 470 00 11 470 00 TOTAL HT 32 927 70 Rapport d activit plates formes 2008 17 Facturation Base de calcul de la tarification Consommables maintenance 32 927 70 Amortissement du mat riel sur 5 ans 13 800 51 Infrastructure 81 29 Im 1 560 77 Total des d penses 48 288 98 Nb de r actions r alis es 30198 Co t unitaire hors frais personnel 1 60 Frais de personnel r action 50 1 17 Co t unitaire frais de personnel inclus 2 77 Tarif appliqu aux partenaires 3 50 Tarif appliqu aux clients ext rieurs non partenaires 6 50 Les frais de personnel sont calcul s sur la base de 50 du salaire annuel toutes charges comprises car je suis 50 sur la plate forme de s quen age et 50 sur la plate forme de Q PCR Recettes nb de s quences non D partement Equipe Unit Tarif appliqu Qt factur es total euros HT ESBS UPR 7175 6 50 1328 8 632 00 IBMC UPR CNRS 9022 6 50 64 416 00 INRA COLMAR BDV 3 50 341 25 1 106 00 INRA COLMAR GAV 3 50 272 952 00 INRA COLMAR NOLOGIE 3 50 203 710 50 INRA COLMAR VIVE 3 50 775 2 712 50 INRA COLMAR VVA 3 50 749 2 621 50 CENTRE DE NEUROCHIMIE UPR CNRS 2356 6 50 182 1 183 00 GENE SIGNAL COLIN S 6 50 42 273 00 BRAS
12. de nouvelles quipes 2002 2007 et l obtention 2 ERC en 2008 dynamise tr s sensiblement notre institut Cela repr sente une charge de travail suppl mentaire et une pression accrue sur les surfaces de culture avec l augmentation de la densit de plantes Depuis l ann e 2000 notre production de plantes a t multipli e par 5 5 avec le m me nombre de serristes et des r am nagements de surfaces de culture Le service serres a toujours essay de r pondre au mieux toutes les demandes Cette augmentation de la charge de travail fait qu actuellement nous sommes arriv s au maximum de nos capacit s de production sans perte en qualit des plantes exp rimentales cultiv es sans moyen suppl mentaire il sera tr s difficile de garantir le maintien de cette qualit Evolution de la culture de plantes 180000 160000 140000 120000 100000 80000 60000 40000 20000 0 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 Vieillissement des installations Le temps et le soleil ont des effets sur les mat riaux des serres qu il faudra int grer dans le plan de maintenance de l ann e 2009 Remplacement des toiles d ombrage de la serre toiture 20000 environ V rification et r fection de l tanch it des serres V rification et graissage annuel des ombrages moteurs cr maill res ouvrant fin de course etc 2000 environ remplacement de pi ces Travail isol En l absence de concierge l IBMP il fa
13. et 33 B Biogen se des mitochondries des plantes Biologie cellulaire et d veloppement des plantes Biologie mol culaire et cellulaire des interactions entre virus plantes et vecteurs D M tabolisme et fonction des isopr noides dans les plantes R ponses m taboliques l environnement biotique El service 15 de D partements scientifiques l IBMP Equipe s quences Biogen se des mitochondries des plantes bonnard 692 dietrich 651 drouard 606 gualberto gagliardi 1102 TOTAL 3051 Biologie cellulaire et d veloppement des plantes chaboute 384 genschik 4218 otten 448 schmit 507 Schnittger 795 shen 1290 TOTAL 7642 Biologie mol culaire et cellulaire des interactions entre virus plantes et vecteurs gilmer ziegler graff 2579 heinlein ritzenthaler 346 keller ryabova 939 voinnet 6027 TOTAL 9891 M tabolisme et fonction des isopr noides dans les plantes bach 666 camara 616 legrand 51 schaller 353 TOTAL 1686 R ponses m taboliques l environnement biotique blee 49 legrand 16 schaller 11 werck 651 TOTAL 727 Service 101 Bilan utilisateurs ext rieurs 5 organismes publics et priv s 16 laboratoires 91 utilisateurs S quencage 2008 r partition des prestations externes Universit s Co grandes coles a a CNRS 0 5 m INRA INSERM o INSERM 0 Sie D Universit s grandes coles priv Rapport d ac
14. et l absence d informaticien dans l institut pouvant r pondre ces besoins L ann e 2008 a t marqu e par une mise jour importante de l architecture du serveur qui a donc demand du temps pour mettre en place les modifications et la r installation d outils De plus d autres quipes internes ou externes impliqu es dans le projet Xsan Bioimage font galement appel la plate forme bioinformatique pour l installation de leurs outils et bases de donn es logiciel PrIMS pour la plate forme de Prot omique outils d annotation des banques issues du s quen age haut d bit pour UPR 9022 Le serveur dispose maintenant d un certain nombre d outils et de librairies bioinformatiques Les outils d velopp s dans le cadre de l annotation et de l analyse des banques de petits ARNs sont disponibles en intranet sur le serveur permettant ainsi aux biologistes d tre autonomes dans leurs utilisations http bioimage u strasbg fr bioinfo 5 VEILLE TECHNOLOGIQUE y a toujours un gros travail de bibliographie et de tests de logiciels aux nombreuses publications dans le domaine et aux nombreux outils associ s 6 BUDGET PREVISIONNEL Renouvellement de la licence Genevestigator fin 2009 500 euros Consommables 100 euros Participation un congr s bioinformatique 500 euros 7 REMARQUES ET PERSPECTIVES L arriv e d une informaticienne d but 2009 devrait me permettre de me lib rer d une partie des installations et conf
15. fluo 1997 12 702 IBMP Nikon E800 1998 59 437 IBMP Zeiss Confocal 1 1999 225 743 R gion Alsace ULP CNRS IBMP Nikon TE2000 2003 58 941 R gion Alsace PPF IBMP Nikon SMZ1500 2003 18 161 IBMP Zeiss confocal 2 2007 243 600 R gion Alsace PPF IBMP Leica Macroscope 2008 40 800 ANR IBMP Zeiss Apotome 2008 86 500 ERC IBMP Nikon D80 2008 1579 IBMP Total Rapport d activit plates formes 2008 880 218 28 3 et appareils de la plate forme Confocal Zeiss LSM 510 META jlate forme de microscopie Rapport d activit plates formes 2008 29 Lemmer c Loupe Leica pifluorescence Hitachi 600 Epifluorescence Leica DMRB Loupe Nikon pifluorescence SMZ1500 4 Domaines d intervention de la plate forme Biologie v g tale Caract risation ph notypiques ultrastructure Biologie cellulaire Interactions plantes pathog nes Biologie animale Caract risation ph notypiques ultrastructure Biologie cellulaire Parasitologie Microbiologie Biomat riaux Caract risation physico chimique Analyse des propri t s biologiques G ologie Cristallographie Uy Uy Rapport d activit plates formes 2008 30 5 Description et co t des prestations fournies par la plate forme Nous distinguons trois cat gories de prestations coh rentes avec ce qui peut t
16. mat riel propre serait important pour la plate forme Biolmage de proposer quelque chose en ce sens notamment pour des raisons budg taires car il semble possible d obtenir une aide des services de la DR qui ne sera plus disponible apr s ce qui ressemble une phase pilote Pour r sumer la nomination de deux informaticiens est une grande chance pour un meilleur d veloppement de la plate forme Biolmage La clusterisation des calculs sera probablement un point prioritaire traiter avant d envisager sereinement une croissance de la machine Une m thodologie en vue du d ploiement logiciel sur le cluster devra tre impos e aux partenaires afin de limiter les risques de dysfonctionnement p nalisant l ensemble des utilisateurs La r plication du SAN au niveau de la d l gation r gionale est aussi un chantier mettre en route rapidement afin de b n ficier le cas ch ant des facilit s offertes aux laboratoires pilotes Rapport d activit plates formes 2008 53 Annexe Bases de donn es disponibles sur fastaDB Arath_cdna Arath cds Lotus cds Nodul cds ncbi blastDB ASRP At Sulphur Ath cdna Ath cds Ath genome Ath Repbase AtuC58 TDNA AtuC58 Dmel genome Dmel MiR GadFly Dmel_MiR publi Dmel_MiRBase Dmel_MiRbaseStemLoop Dmel piRNA Dmel rasiRNA Dmel Repbase Dmel rRNA Dmel sn snoRNA Dmel tRNA Dmel ncRNA GadFly r5 4 Human genome Human Repbase Lotus aa Lotus cds Lotus g
17. of the RNA silencing factor DRB4 Embo J 27 2102 2112 2008 Jakoby M J Falkenhan D Mader M T Brininstool G Wischnitzki E Platz N Hudson A Hulskamp M Larkin J and Schnittger A Transcriptional profiling of mature Arabidopsis trichomes reveals that NOECK encodes the MIXTA Like transcriptional regulator MYB106 Plant Physiol 148 3 1583 1602 2008 Bouyer D Geier F Kragler F Schnittger A Pesh M Wester K Balkunde R Timmer J Fleck C and H lskamp M Two dimensional patterning by a trapping depletion mechanism th role of TTG1 and GL3 in Arabidopsis trichome formation PLoS Biol 6 1166 1177 2008 Achard P Gong F Cheminant S Alioua M Hedden P and Genschik P The cold inducible CBF1 factor dependent signaling pathway modulates the accumulation of the growth repressing DELLA proteins via its effect on gibberellin metabolism Plant Cell 20 8 2117 2129 2008 Sambade A and Heinlein M Approaching the cellular mechanism that supports the intercellular spread of Tobacco mosaic virus Plant Signaling Behavior sous presse 2008 and Heinlein M Impact fo RNA virus infection on plant cell function and evolution Ann NY Acad Sci sous presse 2008 Raffaele S Vailleau F Leger A Joubes J Miersch O Huard C Blee E Mongrand S Domergue F and Roby D A MYB transcription factor regulates very long chain fatty acid biosynthesis for activation of the hypersensitive cell death respo
18. 0 0 20 0 20 0 20 0 20 0 40 0 40 1 00 1 00 n n 2 Fournitures diverse 0 17 0 17 0 17 0 17 047 0 17 0 17 0 17 0 17 0 17 m jour Nombre de pot m 120 90 72 60 48 34 8 23 4 16 2 3 6 1 6 Nombre jourside 60 60 60 60 60 60 90 90 360 360 culture Co t unitaire hors frais 6536 0 62 0 75 0 84 0986 1 33 288 3 98 60 03 140 58 de personnels Forfait Main d oeuvre 0 50 0 50 0 50 0 50 0 90 0 90 1 50 1 50 5 00 5 00 Co t unitaire frais de 1 03 1 12 125 1 34 1 88 2 23 438 5 48 65 03 145 586 ersonnels inclus Tarif partenaires 0 55 0 65 0 75 0 85 1 1 35 2 90 4 60 140 Tarif non partenaires 1 05 1 15 1 25 1 35 1 90 2 20 4 40 5 50 65 150 3 Recettes de la plate forme serres Les facturations 2008 de plantes exp rimentales produites pour les partenaires ou les clients ext rieures l IBMP sont bas es sur les chiffres ci dessus En 2008 la plate forme n a factur aucune prestation certains prestataires avaient un reliquat de trop percu en 2007 4 Activit et utilisateurs de la plate forme En 2008 le service a produit 165 000 plantes d une quinzaine d esp ces diff rentes Production annuelle de plantes p
19. 481 54 2 736 00 598 00 2 198 50 Total HT 21014 04 En fond gris Partenaire financier l acquisition du s quenceur 2002 Budget pr visionnel 2009 Pour 30 000 s quences nb Prix unitaire HT Prix remis HT FG CAPILLARY 16X50 CM 1 921 00 782 85 FG CAPILLARY 16X80 CM 1 921 00 782 85 10 BUFFER EDTA 25 ml 3 107 00 256 80 HI DI FORMAMIDE 25 mL 6 37 00 177 60 5x seq buffer medium 1 1 056 00 844 80 FG 3130XL 7 ml 3 568 00 1 363 20 bulkpack 96 well rxn plate 1 2 140 00 1 500 00 FG 3130XL POP7 28 ml 3 500 00 1 385 00 BDTV3 1 1000 rxn 1 8 800 00 8 800 00 pointes p20 30 45 60 1 368 00 FILMS PCR ALUMINIUM 1 80 00 80 00 consommables magasin 1 1 000 00 contrat de maintenance automate 1 5 357 60 contrat de maintenance s quenceur 1 13 180 00 Infrastructure 1 3 240 00 3 240 00 TOTAL 40 118 70 4 Remarques et perspectives 2009 Prestations externes Comme en 2007 nous sommes confront s la concurrence des soci t s priv es qui proposent des tarifs plus attractifs 5 TTC la s quence en moyenne frais de port inclus Ceci ce traduit par une baisse des recettes d environ 10 000 L avantage pour l IBMP et ses partenaires est de pouvoir b n ficier de meilleurs d lais de transmission des r sultats 24h 48h
20. 65 00 Frais carboglace 4 15 00 60 00 Dessin d amorces sigma 108 2180 12 Total 29728 12 29 728 12 6 Facturation Base de calcul pour la tarification Consommables maintenance 29 728 12 Amortissement du mat riel sur 5 ans 9 800 00 Infrastructure 81 29 m2 5096 1 560 77 Total des d penses 41 088 89 nb de r actions r alis es 92256 Co t unitaire hors frais personnel 0 45 Frais de personnel r action 5096 1 17 Co t unitaire frais de personnel inclus 1 62 Tarif appliqu aux partenaires 0 75 Tarif appliqu aux clients ext rieurs non partenaires 2 50 1 Les frais de personnel sont calcul s sur la base de 50 du salaire annuel toutes charges comprises car je suis 50 sur la plate forme de et 50 sur la plate forme de Q PCR R partition des co ts par quipe quipe nbre de r actions utilisation Co t HT camara 960 1 04 286 66 chaboute 28032 30 39 8 370 46 dietrich 3840 4 16 1 146 64 drouard 4992 5 41 1 490 63 genschik 9120 9 89 2 723 27 gilmer ziegler graff 576 0 62 172 00 kauffmann 672 0 73 200 66 keller ryabova 288 0 31 86 00 legrand 3840 4 16 1 146 64 otten 192 0 21 57 33 service 1632 1 77 487 32 shen 3552 3 85 1 060 64 voinnet 33024 35 80 9 861 09 werck 1536 1 66 458 66 Total 92256 100 27 548 00
21. Heitz The Arabidopsis Patatin Like Protein 2 PLP2 plays an essential role in cell death execution and affects differentially biosynthesis of oxylipins and resistance to pathogens Molec Plant Microbe Interact 20089 sous presse M diouni C Ben Ammar W Houln G Chabout M E and Jemal F Cadmium and copper induction of oxidative stress and antioxidative response in tomato Solanum lycopersicon leaves Plant Growth Regul sous presse 2008 Rapport d activit plates formes 2008 Plate forme Imagerie et Microscopie J r me Mutterer Mathieu Erhardt Rapport d activit plates formes 2008 27 PLATE FORME DE MICROSCOPIE JEROME MUTTERER amp MATHIEU ERHARDT 1 Pr sentation de la Plate forme RIO d imagerie cellulaire Strasbourg Esplanade La plate forme RIO d imagerie cellulaire Strasbourg Esplanade a t cr e en 1998 Son programme scientifique a pour but l tude par diff rentes techniques de microscopie de l expression spatio temporelle de g nes d organismes sup rieurs animaux ou v g taux et l tude des biomat riaux par la caract risation des processus biophysiques et biologiques aux interfaces La plate forme adh re la charte des plates formes technologiques en sciences du vivant et a obtenu un label RIO en 2001 2004 et 2006 Les missions de la plate forme sont les suivantes e Soutenir l activit de recherche des quipes internes et externes la plate forme D ve
22. IER J GIBBINGS D JAY F LECHNER L MEDIOUNI C MENARD R MIALOUNDAMA A SCHEPELNIKOV M OHNESORGE S OTTEN L PAZHOUHANDEH M PELTIER C ROA H RUIZ V VAL R gt X lt gt lt XK lt IX X DK DK lt DK XXX IX DK lt DK lt DK DE gt lt gt lt gt lt X lt gt lt lt IX lt lt OK lt DK gt X lt X lt gt lt gt lt X lt XIX lt lt lt lt lt lt DK lt DK lt DX gt lt gt lt lt IX IX Rapport d activit plates formes 2008 24 4 Bilan financier Co t 2008 D signation Quantit Prix unitaire HT Co t HT QPCR MasterMix Fluoresceine 60 234 50 14070 00 QPCR MasterMix Rox 15 234 50 3 517 50 QPCR MasterMix Fluoresceine X10 1 2 360 00 2 360 00 Plaque 96 AB0900 30 58 50 1 755 00 FILMS 1170 15 72 50 1 087 50 KIT SYBR GREEN LC480 5 200 00 1 000 00 LC480 MULTIWELL PLATE384 FILMS 2 307 50 615 00 LC480 SYBR GREEN MASTER 1 1 480 00 1 480 00 EmboutsAP96 P20 10 45 60 456 00 MAINTENANCE ICYCLER METROLOGIE 1 582 00 GENEX 1 565 00 5
23. Ns 3 46 3 46 Formation Formation ULP Introduction la Bioinformatique M1 2 08 2 08 Plate forme Veille technologique Bibliographie tests logiciels Bioinformatique Serveur Xsan Bioimage Mise jour configuration e Les publications au titre de l ann es 2008 Xu L M nard R Berr A Fuchs J Cognat V Meyer D Shen WH The E2 ubiquitin conjugating enzymes AtUBC1 and AtUBC2 play redundant roles and are involved in activation of FLC expression and repression of flowering in Arabidopsis thaliana Plant J 2008 Oct 14 1 Cognat V Deragon JM Vinogradova E Salinas T Remacle C Mar chal Drouard L On the evolution and expression of Chlamydomonas reinhardtii nucleus encoded transfer RNA genes Genetics 2008 May 179 1 113 23 Lange H Holec S Cognat V Pieuchot L Le Ret M Canaday J Gagliardi D Degradation of a polyadenylated rRNA maturation by product involves one of the three RRP6 like proteins in Arabidopsis thaliana Mol Cell Biol 2008 May 28 9 3038 44 e La mise en place du serveur Depuis fin 2007 la plate forme exploite le serveur XSan Bioimage principalement pour la mise en place d outils d annotation pour les donn es issues du s quen age haut d bit de type 454 et Solexa la masse de donn es n cessitant la capacit de calcul du serveur La mise en place du serveur prend donc une part non n gligeable de l activit de la plate forme d autant plus devant les questions purement techniques
24. ORME CYTOLOGIE DENISE MEYER La plate forme propose des tudes cytologiques et histologiques ainsi que diverses analyses dont l hybridation in situ et l i mmunocytolocalisation pour obtenir des images de tissus biologiques en microscopie photonique Les utilisateurs sont essentiellement de l IBMP 1 Mission Effectuer des analyses histologiques et cytologiques sur coupes de tissus ou tissus et organes entiers Valoriser les tudes biochimiques ou de biologie mol culaire en localisant des compos s ou des produits de g nes gr ce aux outils indispensables que sont l hybridation in situ et l immunolocalisation Assurer la veille technologique de la plate forme Former les utilisateurs aux techniques utilis es sur la plate forme et les accompagner jusqu leur autonomie Mettre au point et crire des protocoles qui sont la disposition des utilisateurs Encadrer des stagiaires de tous horizons Mettre la disposition des utilisateurs des documents bibliographiques et photographiques notamment sur les diff rents stades du d veloppement des plantes Pour l hybridation situ disposer d un stock de marqueurs mol culaires wuschel stm pour le m rist me aintegumenta pour les t guments des ovules etc qui servent de contr le et permettent une localisation plus pr cise des g nes tudi s par les utilisateurs de la plate forme notamment au cours du d veloppement des plantes Constantes mises au point
25. QPCR en microplaque 96 et 384 puits Pipetage manuel ou automatis selon le nombre de r actions r aliser Analyse statistique des r sultats Analyse statistique des r sultats de QPCR quantification relative par la m thode des ct Analyse plaque par plaque ou en mode gene study permettant de normaliser et d analyser une centaine de plaques en m me temps pour les tudes portant sur un grand nombre de g nes Logiciels utilis s 1Q5 V2 et REST MC Support technique et logiciel Aider les utilisateurs pour la configuration et la r alisation de leur exp rience support technique pour la synth se des cDNA Formation l utilisation des diff rents logiciels Intervention orale 2H Sous la forme d un s minaire d bat Pr sentation du proc d de la plateforme dans les diff rentes tapes de la PCR quantitative d bat avec les diff rents utilisateurs Equipe ayant sollicit ce d bat O Voinnet Rapport d activit plates formes 2008 23 3 Utilisateurs pour lesquels le responsable de la plateforme t sollicit et nature des travaux r alis s R alisations et Test de g nes Design d amorces optimisation des R alisations Analyse statistique Support technique r f rence et de sondes r actions de RT QPCR des r sultats et logiciel QPCR ACHARD P AZEVEDO J BASSARD JE BAUMBERGER N BERR A CHABOUTE ME DE RUFFRAY P DELUIS A DUCHENE AM DUMBLIAUSKAS E DUNOYER P ELFAROUK S GARCIA S GENEST
26. S TARIFS TARIFS Membres des laboratoires Laboratoires publics Laboratoires priv s supports de la plateforme Pr paration des echantillons chromatographie pr parative extraction fractionnement concentration des chantillons analyses par spectrom trie de masse UPLC MS MS cartographie massique et analyse structurale MS MS 4 Th matiques scientifiques abord es Th mes scientifiques abord s analyses de phytohormones et du catabolisme hormonal en r ponse des conditions de stress biotique abiotique analyses de monoterp nes impliqu s dans la r ponse aux stress et au cours du d veloppement des plantes analyses des phytost rols et compr hension des m canismes de stockage et compartimentalisation cellulaire chez les v g taux analyses de sesquiterp nes impliqu s dans des m canismes du m tabolisme des CyP450 analyses de flavonoides de fonctions inconnues exprim s diff rentiellement dans les plantes au cours du d veloppement analyses de pigments carot no des chlorophylles dans des mutants du m tabolisme primaire et secondaire analyses de d riv s de spermidines impliqu s dans l activit enzymatique des CyP450 analyses de ph nylpropanoides impliqu s dans l activit enzymatique des CyP450 analyses de stilb no des polyph nols impliqu s dans les m canismes de r ponses aux attaques de pathog nes ext rieurs Rapport d activit plates formes 2008 5 Utilis
27. SERIE KRONENBOURG TEPRAL 3 50 194 679 00 GENETIQUE IPCB UPR 7156 3 50 2328 6 8 127 00 UNIVERSIT DE REIMS BAILLIEUL F 6 50 321 2 086 50 CANCEROLOGIE HUS CERALINE 6 50 94 611 00 m decine BACTERIOLOGIE HUS PREVOST 6 50 132 858 00 ulp chimie rohmer m 6 50 47 305 50 ensaia HEHN A 6 50 4 26 00 TOTAL 7076 31 299 50 En gris partenaires de la plate forme les s quences ne sont pas factur es lorsque le probl me de s quen age est li un dysfonctionnement de la plate forme En 2008 cela repr sente 0 00496 des demandes de s quences Le tableau ci dessus repr sente la situation telle qu elle aurait due appara tre de fa on comptable Cependant il y a eu des retards de payement imputables pour une large part aux partenaires qui ne r pondaient pas nos demandes de payements et pour une moindre part notre mani re de g rer la facturation Situation de la facturation de 2006 2008 ann e recettes attendues euros HT 2006 47 184 2007 45 136 2008 31 513 Total 123 833 Organismes en attente de payement la date de r daction du rapport Rapport d activit plates formes 2008 18 INRA de Colmar INSERM CNRS ibmc UNIVERSIT DE REIMS 2006 2 342 54 2007 4 935 00 1 267 00 182 00 112 00 2008 8 204 00 1 469 00 416 00 2 086 50 Total HT 15
28. Sterol dependent endocytosis mediates post cytokinetic acquisition of PIN2 auxin efflux carrier polarity Nat Cell Biol 10 2 237 244 2008 4 Perez Perez J M Serralbo O Vanstraelen M Gonzalez C Criqui M C Genschik P Kondorosi E and Scheres B Specialization of CDC27 function in the Arabidopsis thaliana anaphase promoting complex APC C Plant J 53 78 89 2008 5 Babiychuk E Bouvier Nav P Compagnon V Suzuki M Muranaka T Van Montagu M Kushnir S and Schaller H Allelic mutant series reveal distinct functions for Arabidopsis cycloartenol synthase 1 in cell viability and plastid biogenesis Proc Natl Acad Sci USA 105 3163 3168 2008 6 Ronceret A Gadea Vacas J Guilleminot J Lincker F Delorme V Lahmy S Pelletier G Chabout M E and Devic M The first zygotic division in Arabidopsis requires de novo transcription of thymidylate kinase Plant J 53 776 789 2008 7 Vogler H Kwon M O Dang V Sambade A Fasler M Ashby J and Heinlein M Tobacco mosaic virus movement protein enhances the spread of RNA silencing Plos Pathogens 4 1 12 2008 8 Molinier J Lechner E Dumbliauskas E and Genschik P Regulation and role of Arabidopsis CUL4 DDB1A DDB2 in maintaining genome integrity upon UV stress Plos Genet 4 1 12 2008 9 Navarro L Bari R Achard P Lison P Nemri A Harberd N P and Jones J D G DELLAs control plant immune responses by modulating the balance of jasmonic acid and salic
29. administration du serveur sera sous la responsabilit de Magali Daujat qui doit rejoindre l IBMP d but f vrier Ce syst me prend en charge tous les formats d images couramment utilis s dans les diff rentes plate formes de l institut et permet une organisation des donn es par laboratoires projets et chercheurs ainsi que le partage parmi ces entit s Pour les usages bio informatiques Val rie Cognat a d ploy sur la machine un certain nombre de librairies et ex cutables disponibles pour l ensemble des partenaires librairies Bioperl v 1 5 2 ImageMagick 6 4 6 ex cutables mpich2 EMBOSS v 6 0 1 CD hit v 3 1 0 Fasta v 34 mpiblast v 1 5 ncbi blast v 8 11 0 Wu blast v 2 0 A ceux ci se rajoutent d autres logiciels plus sp cialis s pour la prot omique ou l analyse des banques de petits ARNs PriMS Proteomic Information Management System RNAlibAnnot RNAlibAnalyze RNAlibCompare MultiBlast PrecursorExtract PlantTargetFinder Pour que ces logiciels puisent fonctionner efficacement ils sont adoss s des bases de donn es qui sont accessibles l ensemble des utilisateurs du cluster La liste en est donn e en annexe pour information VI Prospective et recommandations Ce paragraphe a pour but de d finir quelques grandes lignes de travail sur lesquelles il faudra ceuvrer pour am liorer et p renniser la plate forme Biolmage Le premier constat est que les besoins ressentis d
30. ar d partement de recherche en 2008 Ext rieurs TP Pe JBoss Mitochondrie Stress 3 8 6 6 Bio cellulaire 29 0 Virologie 51 5 Rapport d activit plates formes 2008 Il est noter que 2 d partements de recherche lt Biologie cellulaire et lt Virologie gt sont les principaux demandeurs en plantes ils repr sentent 80 596 de notre production en 2008 principalement Arabidopsis thaliana Nombre de plantes produites par quipe de recherche en 2008 L Uxenboun Enseignement Schaller Werck IUT Colmar H 227 Bonnard Ziegler Camara 6774 3897 322 475 Serres ee 1033 5438 1603 Gualberto 4 2 0 0 5332 1 3 1 4613 Bach SR 396 Drouard 396 Bl e 226 630 1658 0 0 Gimer 1 5481 Heinlein 376 11261 Otten 7 3392 Es 2 Voinnet 58820 gt 35 Genschik Shen K j Keller 26047 7140 4450 16 2 N Schmitt 3 Kauffmann Legrand Schnittger Dietrich Ghabout 949 4451 896 10845 0 778 1 3 1 7 0 2 Esp ces de plantes cultiv es l IBMP en 2008 Chenopodium 5712 dus lum 3 Benthamiana 8 0 7359 0 Tabacs 4 EIN 1187 Autres 1 3380 2 Arabidopsis 148114 90 Autres repr sente toutes les autres plantes illet d inde Kalanchoe Navet Colza Poivron Lotus Petit pois Pomme de terre Tomate Ipom e Phyllanthus Clevelendii Rapport d activit plates formes 2008 8 Evolution du nombr
31. ase fiche utilisateur formation cahiers d utilisation manuel d utilisation des appareils proc dures protocoles Avec la mise en place de cette tape la plate forme peut maintenant s engager dans une seconde phase celle de l am lioration continue de la qualit 12 Budget pr visionnel Mise jour de l ancien confocal Zeiss LSM510 Meta 1998 par un nouveau confocal LSM700 110000 euros microscopie lectronique transmission contrat de maintenance 8000 euros r vision ultramicrotome 1200 euros consommables TEM selon r affutages etc 4000 euros consommables Optique selon pannes lasers etc 11000 euros Remplacement des 2 crans phosphore du microscope lectronique cran de visualisation et cran de la cam ra env 3000 euros un objectif zoom polyvalent pour l appareil photo D80 nous n avons pour l instant qu un objectif macro env 500 euros Mini MEB env 50 000 euros 13 Probl mes Remarques Demandes de postes e La plate forme de microscopie souhaiterait recruter un personnel suppl mentaire de type IE pour la r alisation d exp riences prioritaires de certains projets e faudrait pr voir le remplacement de Denise Meyer dont le d part la retraite est pr vu pour 2009 afin de conserver l expertise en cytologie et histologie v g tale Rapport d activit plates formes 2008 36 Plate forme Cytologie Denise MEYER Rapport d activit plates formes 2008 37 PLATE F
32. ateurs de la plate forme et publications UPLC MS MS Les pourcentages d utilisation ont t d termin s fonction du nombre d chantillon fournis par les diff rents laboratoires Nous ne prenons pas en compte le nombre d injections qui ont t r alis es pour chaque chantillon Bien qu il soit tr s variable d une quipe l autre En tout nous avons r alis lanalyse de 446 chantillons Ouverture de la plate forme des quipes ext rieures La chaine UPLC MS MS a t le seul syst me de la plate forme avoir fait l objet d une ouverture ext rieure des utilisateurs provenant d autres laboratoires publics ou priv s R partition de l utilisation du syst me UPLC MS MS entre les quipes IBMP Kauffmann R partition de l utilisation du syst me UPLC MS MS entre les quipes ext rieures UMR INPL INRA 1121 L INRA partenaire de la plate forme ne repr sente qu un tiers des utilisateurs ext rieurs GC MS Le GC MS a t install sur la plate forme courant septembre 2008 Cet appareil n est pas en libre service tout comme pour l UPLC MS MS nous r alisons nous m mes les injections pour les personnels demandeurs Cependant il existe deux exceptions Hubert Schaller et Rapport d activit plates formes 2008 m Camara E Ext rieurs 1296 m IBMP 88 Schaller 8 Legrand 696 20 Blee Werck 44 19 Blee Pinot 5 2
33. ation de travail 2190 euros 4 UTILISATEURS DE LA PLATE FORME ET THEMATIQUES ABORDEES La plate forme est utilis e principalement par l IBMP Elle est toujours tr s sollicit e que ce soit de mani re ponctuelle analyses de s quences analyses phylog n tiques et analyses de donn es de puces ADN essentiellement ou pour une implication plus importante dans un projet de recherche ex Annotation de banques de petits ARNs Equipe O Voinnet Les principales th matiques abord es en 2008 96 par 96 par Groupes Equipes Th matiques quipe groupe D veloppement d outils pour l annotation et l analyse de banques de Virologie O Voinnet petits ARNs C Ritzenthaler Analyse de prot ines dbDUF26 Analyse des SINEs chez L Drouard Chlamydomonas Mitechondries G Bonnard Phylog nie des prot ines MRPP3 D Gagliardi Analyse des prot ines Cid M E Chaboute Phylog nie des prot ines BCD3 Analyse des prot ines WD40 DDBbox Biologie P Genschik Phylog nie de la prot ine MSI1 Cellulaire W H Shen Analyse de puces L Otten Rapport d activit plates formes 2008 44 par Groupes Equipes Th matiques groupe M Legrand Phylog nie des prot ines BAHD R eponses E Bl e Phylog nie de prot ines CLO m taboliques S Kauffmann Analyse de puces Plate forme 3 11 Prot omique Mise en place du logiciel PriMS 3 11 Ext rieur Reichhart Annotation de banques de petits AR
34. cations de avec un facteur moyen d impact de 8 4 alors qu il est de 8 0 pour l ensemble des publications de l IBMP La politique de la direction vise soutenir l effort d investissement dans les quipements de plates formes pour soutenir une recherche dynamique et innovante En 2009 il est pr vu le remplacement du microscope confocal le plus ancien pour un nouveau mod le plus performant Nous venons de recevoir un avis favorable dans le cadre de l appel d offre PPF 2008 pour le projet de microscope confocal de type spinning disc dont l achat est pr vu en 2010 Le CNRS vient d ouvrir un concours pour le recrutement d un ing nieur de recherche dont la mission sera d une part de mettre en place une nouvelle plate forme de production de prot ines par syst mes d expression h t rologue et d autre part de contribuer la plate forme prot omique commune IBMC IBMP en contribuant l tape de s paration 2D des prot ines tape pr alable l analyse par spectrom trie de masse r alis e l IBMC Pascal Genschik directeur Serge Kauffmann directeur adjoint Rapport d activit plates formes 2008 3 Rapport d activit plates formes 2008 Plate forme Production de plantes Richard Wagner Michel Kerneis S bastien Staerck Aur lie Bailly Rapport d activit plates formes 2008 5 PLATE FORME DE PRODUCTION DE PLANTES RICHARD WAGNER 1 Pr sentation de la plate forme serre et caract ristiques d
35. colorant fluorescent proQ diamond immuno d tection traitement phosphatase Etudes de complexes prot iques Experiences d immuno affinit Gels bleu natif L ensemble des spots ou bandes prot iques g n r s par ces techniques sont identifi s par spectrom trie de masse par PMF peptide mass fingerprinting Rapport d activit plates formes 2008 64 4 Ressources humaines Des mobilit s professionnelles ont modifi es la distribution des responsabilit s D part de Christelle Guillier le 1 septembre Depuis le 1er septembre 2008 Philippe Hammann IE CNRS IBMC Responsable Administratif Electrophor se et Spectrom trie de masse MALDI Philippe Wolff CNRS UPR 9002 IBMC Responsable spectrom trie de masse MALDI et LC MS MS mi temps 5 Expertise technique et Formation permanente Le service a privil gi des formations en immersion avec application directe sur les chantillons des stagiaires Dur e de 3 jours en moyenne Exemples Formation de N Page et J Beyrath doctorants de l UPR 9021 Etude du phosphoprot ome sur cellules humaines par imagerie sur gel 2D et gel 1D analyse quantitative Extraction gels 2D et 1D r solutifs 17cm r v lation du phosphoprot ome au colorant proQdiamond analyse d image PDquest Formation de M Bureau post doctorante de Etude de modification post traductionnelle de type phosphorylation Approche analytique visualisation d isoformes sur blot de gel
36. de nouvelles techniques pour am liorer les analyses Un stage l INRA de Versailles plate forme de cytologie m a permis d affiner des techniques et de ramener l IBMP de nouveaux protocoles d tudes des plantes Pr paration des travaux pratiques Hybridation in situ sur fleurs de Nicotiana tabacum pour les tudiants de master Encadrement d une stagiaire Marie GERBER 1 ann e biotechnologie Lyc e Rostand Strasbourg du 9 au 27 juin 2008 Je suis affect e la plate forme 50 Pendant l autre mi temps je mets mes comp tences en cytologie au service du groupe de Wen Hui SHEN 2 Equipement disponible la plate forme Un microtome motoris Leica RM 2155 4500 US Un microtome manuel Reichart Jung AG Heidelberg ancien mod le Un four hybridation Bioblock Scientific 1400 euros Deux tuves Memmert tuve paraffine 700 et 500 euros Une tuve Jouan 400 euros Une loupe binoculaire Zeiss Stemi 2000 900euros Une loupe binoculaire Nikon quip e d un appareil photo Nikon coolpix P5000 Une tuve vide Flam et Cie Une platine chauffante Kunz HP 3 535 euros Un d plisseur eau rond kunz HIS 2 655 euros Un microscope invers Nikon TMS 950 euros 3 Prestations de la plate forme tudes histologiques d une plante Mat riel frais Avec ou sans fixation Etude histologique des diff rents tissus par simple observation entre lame et lamelle de tissus entiers comme les racines les f
37. de r unions visant informer les groupes de recherche partenaires des possibilit s analytiques offertes par la plate forme Assistance des chercheurs dans le traitement des donn es et dans l exploitation des r sultats en particulier dans l interpr tation des spectres de masse Assurer le bon fonctionnement des syst mes pr sents sur la plate forme Enseignements et organisation de travaux pratiques de chromatographie et de spectrom trie de masse dans le cadre du TP de Phytochimie des M2 SNV Visite aux tudiants de l INSAIA de Nancy Mise en place d un syst me de management de la qualit en cours 2 Appareils pr sents sur la plate forme sir Acquisition tarif Equipements Nature des quipements Maintenance en HT UPLC MS MS Waters Chromatographie liquide spectrom tre de 2007 290 000 Acquity Quattro Premier XE masse triple quadrip le 70 784 HPLC UV Fluo Waters Ner R Chromatographie liquide d tecteur UV et 1997 Assemblage de SEN 3 Der plusieurs ae 996 UV 474 fluorescence GC MS Agilent Chromatographie gazeuse spectrom tre 6890 Series 5973Network de masse simple quadrip le 200189 gos e GC FID Varian Chromatographie gazeuse D tecteur 3900 ionisation de flamme Ee GC FID Chromatographie gazeuse D tecteur 3400CX ionisation de flamme EE GC FID Chromatographie gazeuse D tecteur 3400CX ionisation de flamme EE GC FID Fisons Inst Chromatog
38. e de plantes par d partement Commun 2007 182008 TP Ext rieurs Isopr no des Stress Virologie Bio cellulaire EE TT Mitochondrie 0 2000 40000 60000 80000 100000 La production annuelle de plantes exp rimentales de la plate forme Serres est en progression de 9 par rapport 2007 et repr sente 13 000 plantes suppl mentaires cultiv es sur l ann e 2008 Les tests et la mise en route de plantiquette peuvent entra ner des variations de 2 5 sur la production de l ann e 5 Veille technologique Mise aux normes Mise aux normes des logettes lt Arabidopsis et en Botanique par la mise en place d un syst me de r cup ration des graines au niveau des coulements obligatoire pour la culture d Arabidopsis Une tude de faisabilit sera r alis e d but 2009 Voir site du CNRS http www cnrs fr infoslabos reglementation CGOGplantes htm R am nagement de surfaces de culture L accueil d une nouvelle quipe en fin d ann e 2007 a g n r de nouveaux besoins en termes de production de plantes Nous y avons r pondu partiellement par le r am nagement en luminaire d une serre IBMC Cette serre de type S1 accueille des plantes obtenues par mutation chimique et elle est tout fait adapt e ce type de culture Une r flexion du devenir des serres IBMC devrait tre men e rapidement et prendre en compte l avanc e du projet d extension de l animalerie pr v
39. e longue date concernant le stockage de donn e et la puissance de calcul sont bien au rendez vous C est important d en prendre conscience car cela Rapport d activit plates formes 2008 52 r v le que cette plate forme de rel ve pas d une lubie mais bien d un besoin r el et concret des quipes de recherche Le second point est que nous avons sous estim les difficult s mettre en oeuvre une telle machine Si tous les logiciels taient parfait ces difficult s seraient probablement bien moindres malheureusement tel n est pas le cas Dans cette premi re ann e pleine d exploitation il nous a manqu essentiellement une expertise dans le domaine de l informatique pure L arriv e de Magali Daujat et Michel Morciano deux informaticiens au sein de l IBMP devrait grandement am liorer cette situation Il est important de cr er une r elle quipe multi comp tence s attelant r soudre point par point certaines difficult s qui p nalisent un fonctionnement nominal du cluster Le r el point noir concerne la parall lisation effective des calculs Le retard de sortie de mpiBlast ne nous a pas aid s pour trouver une solution efficace D autre part bien que des quipes internationales aient d ploy semble t il avec succ s des solutions sous Mac OS X elles n ont donn aucune information concr te permettant de reproduire leur m thode serait important de se rapprocher d une telle quipe pour acqu rir leur savoir fai
40. e nos unit s de cultures de plantes exp rimentales Le service serres est compos de 4 serristes CNRS et d un agent universitaire mi temps et a pour r le de produire les plantes exp rimentales pour l ensemble de l institut en r pondant au mieux aux besoins exp rimentaux r glementaires et en veillant galement l entretien et au bon fonctionnement de nos outils de production Nos unit s de production sont r parties sur 3 sites g ographiques identifi s IBMP IBMC et BOTANIQUE Le tableau ci dessous r sume l ensemble de nos surfaces de culture IBMP e Total repr sente la somme de la surface au sol et technique e Au sol repr sente la totalit des surfaces de culture au sol e Utile repr sente la surface de culture d di e aux plantes tablettes sans les all es dans les serres et les logettes Technique regroupe les surfaces des locaux de travail et techniques total au sol m2 utile m2 technique sous sol et logettes 245 05 147 80 130 32 97 25 Logettes b timent 69 87 69 87 45 92 0 00 IBMP toiture 266 01 163 81 77 45 102 20 197 50 162 00 77 74 35 50 103 10 76 10 63 68 27 00 81 53 619 58 395 11 261 95 e Logettes Botanique Total des surfaces au sol La serre a t financ e par Le CNRS La R gion Alsace La Communaut urbaine de Strasbourg gt Le minist re de l Education nationale de la recherche et de la technologie Rh ne Poulenc 1999 pe He 2 j
41. enome Lotus Repbase Mamm Repbase MCMV MCMV preMiR Medicago cds Medicago MiR publi Medicago MiR Medicago preMiR MiRbase MiRbaseStemLoop Mloti genome Mm 12 Mm LineGfA6TF Mm LineL 1 Mm mito Mm Mm mmO9 est ncbi blastDB suite mm9 refmRNA Mmu MIR publi Mmu preMiR publi MmX MiR MmxX preMiR Rapport d activit plates formes 2008 Mouse genome MouseENSEMBL cDNA Murid herpes1 Nodul gDNA Nodul transcr Phi24PiT piRNA Mamm Rodent Repbase rRNA Mamm rRNA Plants SCcRNA Mamm SCRNA Plants sn snoRNA Mamm sn snoRNA Plants Soybean cds tRNA Plants VZV wu blastDB At_Sulphur Ath_genome AtuC58 TDNA AtuC58 Dmel genome Human genome Lotus genome Mloti genome Mm 12 Mm mito Mm Mm Mm XRP23 38N21 Mm XRP23 147124 Mm 23 418017 Mouse genome Murid herpes1 TCV VZV_OKA 54 Plate forme M tabolomique Delphine DEBAYLE Dimitri HEINTZ Rapport d activit plates formes 2008 55 METABOLOMIQUE DELPHINE DEBAYLE amp DIMITRI HEINTZ 1 R sum de l activit Pour sa ann e de fonctionnement la plate forme assum les responsabilit s suivantes D veloppement et r alisation de nouvelles m thodes d analyses de petites mol cules issues ou non de sources v g tales Diffusion de l information par l organisation d un s minaire et mise en place
42. enschik LECHNER Esther P Genschik XU Lin WH Shen BERR Alexandre WH Shen BARBIER H A Schnittger BOUVIER FI B Camara SCHALLER Hubert T Bach 5 Publications Shiming Liu Yu Yu Ying Ruan Denise Meyer Michel Wolff Lin Xu Ning Wang andre Steinmetz and Wen Hui Shen Plant SET and RING associated domain protein in heterochromatinization The Plant Journal 2007 52 914 926 Bortolamiol D Pazhouhandeh M Marrocco K Genschik P and Ziegler Graff V The Polerovirus F box protein PO targets ARGONAUTE 1 to suppress RNA silencing Curr Biol 17 18 1615 1621 2007 Xu L and Shen WH Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot stem cell niches in Arabidopsis Curr Biol 2008 18 1966 1971 XU L ZHAO Z DONG A SOUBIGOU TACONNAT L RENOU J P STEINMETZ A and SHEN W H 2008 Di and tri but not mono methylation on histone H3 lysine 36 marks active transcription of genes involved in flowering time regulation and other processes in Arabidopsis thaliana Mol Cell Biol 28 1348 1360 CYP86B1 is required for very long chain hydroxyacids and dicarboxylic acids synthesis in root and seed suberin polyester Vincent Compagnon Patrik Diehl Ir ne Benveniste Denise Meyer Hubert Schaller Lukas Schreiber Rochus Franke and Franck Pinot Plant Physiol 2008 Xu L M nard R Berr A Fuchs J Cognat V Meyer D and Shen W H The E2 ubiquitin conjugating enzymes AtUBC1 and AtUBC2 play redundant roles and are inv
43. ent tre install s sur le serveur Ces outils informatiques sont indispensables pour g rer une masse d analyses croissante et une bonne tra abilit des r sultats 8 Conclusion Pour mener bien l ensemble de ces projets exploiter pleinement les possibilit s offertes par notre parc instrumental il est primordial de renforcer l quipe d ing nieurs Un Poste IE profil spectrom trie de masse sp cialis dans les approches LC MS MS a t ouvert en mobilit interne fin 2008 Celle ci n tant pas fructueuse est fortement souhaitable que ce NOEMI se transforme en recrutement externe 2009 Rapport d activit plates formes 2008 66 Institut de Biologie Mol culaire des Plantes 12 rue du G n ral Zimmer 67084 STRASBOURG Cedex T l 33 0 388 417200 Fax 33 0 388 614442 http ibmp u strasbg fr upr2357 ibmp ulp u strasbg fr
44. es analyser Ces m thodes d analyses par APPI APCI sont tr s r centes est d couvert en 2003 Il y a donc tr s peu d informations ouvertes accessibles pour l instant Une veille bibliographique s impose autour des applications de ces techniques pour glaner des informations pr cieuses Des r unions avec des sp cialistes sont organis es pour changer des conseils techniques et analytiques Enfin la diffusion de l information est assur e par des r unions avec nos diff rents coll gues Pr sentation des outils de la plateforme lors d un s minaire du d partement A cette occasion nous avons pr sent la source APPI APCI et ses potentialit s Nous avons assum une charge d enseignement sous forme de cours et de TP TD Nous avons accueilli les tudiants en Master 2 SNVI dans le cadre des TP de phytochimie o nous sommes intervenus dans la partie spectrom trie de masse et chromatographie Des cours de spectrom trie de masse et de chromatographie appliqu s l analyse des mol cules de plantes ont t dispens s tout au long de l ann e 2008 aux L2 Bio Infos et aux Master 2 SNVI Des tudiants de l cole d ing nieur INSAIA de Nancy ont t accueillis lors d une journ e UPLC MS MS L acquisition d une nouvelle source d ionisation a t faite au sein de la plate forme Celle ci a t financ e par diverses quipes du laboratoire et permet d analyser des mol cules de type tr s variable en compl ment de la source c
45. euilles les plantules les fleurs ou une coupe main lev e de tiges ou autres tissus Pour comparer plantes sauvages et mutant Apr s coloration ex Bleu de toluidine osine ou autre Visualisation au microscope fluorescence de structures en utilisant le DAPI noyaux le calcofluor et l iodure de propidium parois Rapport d activit plates formes 2008 38 Mise vidence de structures particuli res comme la lignine dans les faisceaux conducteurs phloroglucinol ou l amidon lugol ou les lipides rouge Soudan Mise en vidence de tanin cristaux sable gr ce des r actifs sp cifiques Coloration sp cifique de grains de pollen Alexander staining Observation des chantillons apr s r v lation GUS Sur coupes Apr s inclusion en paraplast Fixation des chantillons D shydratation Inclusions Coupes au microtome Dans le but Colorer et mettre en vidence les diff rents types cellulaires d un tissu Affiner des observations apr s r v lation GUS pour localiser plus pr cis ment le pr cipit bleu Etudes spatio temporelles de l expression d un g ne Localisation des prot ines IMMUNOCYTOLOCALISATION Inclusion en paraplast Coupes microtome Immunocytolocalisation d paraffinage pr traitement anticorps primaire anticorps secondaire r v lation observation et photos Pour localiser les ARN messagers HYBRIDATION situ Pr paration des sondes marqu es transcriptio
46. igurations purement techniques du serveur ou tout du moins b n ficier du support n cessaire pour les r aliser Elle permettra galement que les installations pour les ext rieurs ne passent plus syst matiquement par la plate forme bioinformatique Une stagiaire bioinformatique a t embauch e par O Voinnet et mise sous mon encadrement pour mettre en place une base de donn es pour le stockage et l exploitation des banques de petits ARNs Rapport d activit plates formes 2008 45 Rapport d activit plates formes 2008 46 Plate forme Biologie structurale Marc BERGDOLL Rapport d activit plates formes 2008 47 DE BIOLOGIE STRUCTURALE MARC BERGDOLL 1 Objectifs Les objectifs de cette plate forme sont divers 115 consistent sensibiliser les chercheurs aux relations structure fonction e les aider exploiter le plus efficacement possible les milliers de structures cristallographiques connues ce jour i e r cup rer visualiser et analyser les structures des macromol cules biologiques qui les int ressent e mod liser par homologie ou d terminer des structures par diffraction des rayons X e docker des substrats dans le site actif d une mol cule donn e e 2 Expertise L expertise mise au service de ces objectifs est e ma trise des outils d analyse et de traitement des s quences d acides nucl iques et de prot ines e ma trise des recherches et ext
47. ilisateurs et th matiques abord es enne nnns 44 5 Xeille technologlque 5 oen eene P aaa a a 45 Rapport d activit plates formes 2008 6 Budget pr visionnel sister tiennent ce loth etie oe E RIRs Geta REEL tt star 45 TL Remarques perspectlves etes attico cigar tb dan HERI ADI E ERATUM REM Er dein un 45 gt Plate forme Biologie structurale enne enne 47 14 lee EE 48 2 Comp tences et mat riel EE 48 3 Prestation EE 48 AL ACUVILG tette nta ttes tavit e rt e i ret erae titus 48 5 Elte e EE 48 gt Plate forme e E EE 49 1 Rappel NIStONGgUE BA a na tl t e ea 50 Ree EE 50 SIE Le un EE 51 4 Evolutions du cluster pendant l ann e 2008 51 5 Services d ploy s ou en cours de d veloppement 51 6 Prospective et recommandations ss 52 Annexe 1 base de donn es disponibles sur 54 gt Plate forme M tabolomique 55 V R sum d activit nn citet tl iene ee e 56 2 225 EE 56 tenis ted do 58 4 Th matiques scientifiques aborde es
48. lassique ESI Il pourrait tre int ressant d ajouter un syst me de d tection par fluorescence au syst me UV et masse En effet certaines mol cules ne sont pas d tectables en absorbance UV mais uniquement en d tection par la fluorescence GC MS Le GC MS bien que tr s robuste entame sa 8 ann e de fonctionnement Il existe maintenant des syst mes de masse coupl s au GC beaucoup plus performants en terme de sensibilit L HPLC La chaine HPLC est une association d appareils de sources diverses Plusieurs pannes sont apparues et sont difficilement r parable car certaines pi ces d tach es ne se font plus Un remplacement futur serait heureux Rapport d activit plates formes 2008 60 7 Budget pr visionnel de fonctionnement de la plateforme pour 2009 Budget de fonctionnement pour 2009 a t estim 24 950 euros Nous avons galement fait une demande d acquisition d une centrifugeuse de paillasse 3800 au pr s de la direction de l IBMP Poste de d pense maintenance du syst me d eau 900 filtres des g n rateurs 900 bouteilles H lium cartouche 400 GC maintenance 500 3 colonnes GC 1400 5 colonnes UPLC 5200 filtres de la hotte 400 25 paquets vials UPLC ambr s 3700 25 paquets vials UPLC 3700 tubes GC 1000 solvants 6450 Filtrations amp petites fournitures 400 total en euros HT 24 950 8 Mise en place d un syst me de management de la qualit Un consultant q
49. le haut d bit en plaque 384 puits acquis en 2008 1 thermocycler Biorad i cycler pour PCR en temps r elle en plaque 96 puits 1 station de pipetage robot biomek 3000 acquis en 2006 utilis e galement pour le s quen age d ADN 1 station PC pour l analyse des r sultats Missions Le service est organis en plate forme pour l analyse de l expression de g nes Ces analyses impliquent Des tests de g nes r f rence collection de couples d amorces Des validations des kits et r actifs Du design d amorces et de sondes taqman ou sybrgreen Des r alisations et optimisation des r actions de QPCR Un support technique et logiciel Un suivi de l volution technologique et logicielle de la plateforme Une formation des nouveaux utilisateurs Lalogistique de la plate forme et la maintenance des diff rents automates Le suivi administratif de la plate forme Bilan En 2008 L activit de la plateforme t multipli par 2 par rapport l ann e 2007 soit 92256 r actions r alis es pour 41 utilisateurs Jusqu 5096 du temps et de la capacit totale de la plateforme sont galement accessibles en libre service pour les utilisateurs confirm s Equipe nombre de r actions 96 utilisation Camara 960 1 04 Chaboute 28032 30 39 Dietrich 3840 4 16 Drouard 4992 5 41 Genschik 9120 9 89 Gilmer Ziegler graff 576 0 62 Kauffmann 672 0 73 Keller Ryabo
50. lopper et implanter de nouvelles m thodologies e Assurer la formation du personnel aux nouvelles techniques par l organisation de formations individuelles ou collectives dans le cadre de formations permanentes CNRS e Participer l enseignement sup rieur et l animation scientifique en direction du public e Assurer le bon fonctionnement du mat riel commun Responsable scientifique Prof Anne Catherine Schmit IBMP Unit s participantes e CNRS UPR 2357 IBMP Dr Pascal Genschik e CNRS UPR 9002 IBMC Pr Eric Westhof e CNRS UPR 9021 IBMC Dr Sylviane Muller e CNRS UPR 9022 IBMC Pr Jean Marc Reichhart e CNRS UMR 7156 GMGM Pr Serge Potier e UDS INRA UMR 1131 Pr Francis Karst e INSERM U595 Biomat riaux Dr Jean Claude Voegel e CNRS IFR37 INCI Dr Paul Pevet e Universit de Strasbourg Toutes ces unit s sont conventionn es avec l UDS Personnel a la plate forme e J r me Mutterer IR1 CNRS IBMP 100 plate forme Dr en Biologie Mol culaire et Cellulaire responsable microscopie confocale optique et imagerie e Mathieu Erhardt IR2 CNRS IBMP 100 plate forme Dr en Biologie Mol culaire et Cellulaire responsable microscopie lectronique 2 Mat riels disponibles dans la plate forme de l IBMP Prix Maintenance Financements d achat Ann e d acquisition Machine TEM H600 Hitashi CNRS IBMP 1983 100 000 Leica DMRB 1995 32 755 Fondation Koerber IBMP Leica bino
51. n 20 du prix neuf HT pendant 5 ans infrastructure m2 f 81 personnel heure 44 heures de personnel par 1 prestation k 6 Facturation 2008 Recettes externes pour la microscopie optique Inserm U977 15220 UPR9002 585 UPR9022 3120 UPR9021 855 ISIS 577 Recettes externes pour le microscope lectronique UPR9021 2385 180 Rapport d activit plates formes 2008 31 7 Activit de la plate forme En termes de volume le temps d utilisation des principaux microscopes utilis s dans la plate forme est d environ 6050 heures Heures Appareil d utilisation Heures par jour ouvrable Microscope confocal LSM 510 meta 1627 6 51 Microscope confocal LSM 510 405 561 2284 9 14 Microscope lectronique 850 h 3 40 Nikon E800 fond clair et fluo 882 3 53 Les autres quipements tels que petits microscopes loupes binoculaires ou loupe fluorescence sont utilis s r guli rement et entretenus mais sans contr le d acc s Sur les principaux quipements 2560 cr neaux horaires ont t r serv s Sur une base de 250 jours ouvrables annuels cela repr sente un total de plus de 10 exp riences par jour Ouverture de la plate forme des quipes ext rieures Cette ouverture est pour nous obligatoire vis vis des partenaires ayant contribu au projet et ou au financement initial du mat riel et elle est aussi un des points dema
52. n faire ce type d analyses Rapport d activit plates formes 2008 65 Fin du 2000 2006 environ 42 590 de maintenance suppl mentaire MALDI TOF TOF 15 000 EHT Achat de mat riel d lectrophor se 12 590 Bio informatique Mutualisation de moyens et d expertise La plateforme a connu un passage d licat depuis l arr t du 1 MALDI en juin 2007 jusqu la livraison du nouveau spectrom tre en octobre 2008 Le service a pu maintenir un niveau d analyses de masse constant gr ce la collaboration avec le groupe de recherche de spectrom trie de masse d E Leize bas sur le campus de l Esplanade Strasbourg utilisation de leur spectrom tre de masse Ces interactions fortes et la convergence de nos besoins communs en terme de mise en place de base de donn es prot omiques vont conduire pour l ann e 2009 solder le CPER par une op ration d acquisition d un serveur commun de prot omique Serveur prot omique de l Esplanade Laboratoire de Dynamique et Structure Mol culaire par Spectrom trie de masse LDSM2 CHIMIE Utilisateurs Proteomique de l Esplanade SDV L objectif est d acqu rir un serveur type armoire Dell pour localiser en interne les banques de prot ines n cessaires leur identification L automatisation d interrogation sera possible et permettra une analyse haut d bit Des logiciels de gestion de base de donn es prot omiques vont galem
53. n in vitro des ARN anti sens marqu s la digoxig nine ou Biotine ou FITC estimation quantit des sondes raccourcissement des sondes par hydrolyse alcaline Hybridation in situ sur coupes HIS D paraffinage Pr traitement Hybridation Lavages stringents R v lation des hybrides par immunologie Ac anti DIG anti biotine anti FITC Observation et photos Hybridation in situ in toto WISH Exp riences r alis es en tubes ou paniers strainers Protocoles comme pour HIS sur coupes mise part Fixation sp cifique des chantillons entiers Pr traitement l histoclear Technique des empreintes Pour avoir un rapide apercu de la pr sence et de la localisation d une prot ine dans des tiges des p tioles des feuilles une empreinte est effectu e sur de la nitrocellulose La suite de l exp rience se d roule comme un western blot Rapport d activit plates formes 2008 39 4 Utilisateurs de la plate forme cytologie Utilisateurs ext rieurs Universit de Strasbourg UDS STRASBOURG Universit Haute Alsace UHA COLMAR Utilisateurs IBMP Chercheur Equipe HOLVEC S D Gagliardi IMBAULT Patrice J Gualberto GIEGE Philippe G Bonnard BASSART Jean Etienne D Werck COMPAGNON Vincent D Werck MICHYIO D Werck OLRY Alexandre D Werck GRIENENBERGER E M Legrand BARTOLAMIOL D V Ziegler DUNOYER Patrice O Voinnet GILMER D SMETANA Ondrej M E Chaboute DUMBLIAUSKAS E P Genschik MAROCCO P Genschik CRIQUI M C P G
54. n inhibition by plant miRNAs and siRNAs Science 320 1185 1190 2008 16 Lange H Holec S Cognat V Pieuchot L Le Ret M Canaday J and Gagliardi D Degradation of a polyadenylated rRNA maturation by product involves one of the three RRP6 like proteins in Arabidopsis thaliana Mol Cell Biol 28 3038 3044 2008 Rapport d activit plates formes 2008 34 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 Lorber B Adrian Witz J Erhardt and Harris J R Formation of two dimensional crystals of icosahedral RNA viruses Micron 39 431 446 2008 Sambade A Brandner K Hofmann C Seemanpillai M Mutterer J and Heinlein M Transport of TMV movement protein particles associated with the targeting of RNA to plasmodesmata Traffic sous presse 2008 Hofer R Briesen Beck M Pinot F Schreiber L and Franke The Arabidopsis cytochrome P450 CYP86A1 encodes a fatty acid omega hydroxylase involved suberin monomer biosynthesis J Exp Bot 59 9 2347 2360 2008 Alkhalfioui F Renard M Frendo P Keichinger C Meyer Y Gelhaye E Hirasawa M Knaff D B Ritzenthaler C and Montrichard F A novel type of thioredoxin dedicated to symbiosis in legumes Plant Physiol 148 424 435 2008 Haas G Azevedo J Moissiard G Geldreich A Himber C Bureau M Fukuhara T Keller M and Voinnet O Nuclear import of CaMV P6 is required for infection and suppression
55. nd s pour l obtention du label GIS IBISA L ouverture aux quipes ext rieures repr sente environ 1696 pour la microscopie optique et atteint 2396 pour la microscopie lectronique R partition de l utilisation des microscopes confocaux entre les quipes IBMP Rapport d activit plates formes 2008 Blee 1 196 Legrand 0 4 Bernier 0 1 Schnittger 0 2 Shen 1 995 Dietrich 1 995 Bonnard 2 8 Keller 3 295 Gualberto 3 8 Voinnet 4 396 Heinlein 23 3 Werck 45 Drouard 4 796 Genschik 12 495 GilmerZiegler 5 2 Schmit 8 8 Chaboute 11 4 Bach 9 9 32 R partition de l utilisation du microscope lectronique entre les quipes Commentaires Rappel des r gles en vigueur 1 Toute personne d ment form e peut r server le microscope sans accord pr alable Chaque quipe dispose d un cr dit permanent de 9 heures r server dans le futur quota flottant par laboratoire Les plages horaires encore libres dans les 2 prochains jours sont accessibles hors quota Les plages Heinlein Ritzenthaler 8 Dietrich 1 Werd Ziegler 1 Graff Gilmer 13 horaires d butant apr s 18 h sont accessibles hors quota R partition de l utilisation du microscope confocal entre les quipes ext rieures R partition de l utilisation du microscope lectronique entre les quipes ext rieures Inserm U595 Rapport d activit plate
56. nse in Arabidopsis Plant Cell 20 3 752 767 2008 Babiychuk E Bouvier Nav P Compagnon V Suzuki M Muranaka T Van Montagu M Kushnir S and Schaller H Albinism and cell viability in cycloartenol synthase deficient Arabidopsis Plant Signaling Behavior 3 11 978 980 2008 Vos J W Pieuchot L Evrard J L Janski N Bergdoll M de Ronde D Perez L H Sardon T Vernos and Schmit A C The plant TPX2 protein regulates prospindle assembly before nuclear envelope breakdown Plant Cell 20 2783 2797 2008 Xu Lin and Shen Wen Hui Polycomb silencing of KNOX genes confines shoot tem cell niches in Arabidopsis Current Biology 18 1966 1971 2008 Aouad Crovisier JL Damidot D Stille P Hutchens E Mutterer J Meyer JM Geoffroy Interactions between municipal solid waste incinerator bottom ash and bacteria Pseudomonas aeruginosa Science of the Total Environnement 393 2 3 385 93 2008 9 Veille technologique e Un confocal rapide disque de Nipkow a t demand au PPF 2009 2012 pour l imagerie des v nements intra cellulaires rapides tels que le trafic de v sicules et la dynamique du cytosquelette e Notre premier microscope confocal a t acquis en 1999 Gr ce la reconnaissance de la plate forme b n ficions d une offre exceptionnelle de mise jour de cette station d imagerie en partenariat avec la soci t Carl Zeiss France L installation d un microscope LSM700 nous permettra de rester la p
57. ointe de la technique de microscopie confocale e plate forme de microscopie a organis une d monstration de mini microscopes lectroniques balayage mini MEB Durant deux jours de nombreux chantillons ont t observ s et les utilisateurs ont pu comparer les performances de trois appareils Hitachi FEI Hirox Un projet avait t d pos pour l achat d un tel appareil aupr s du conseil scientifique de l universit mais le financement de 50 000 euros demand n a pas t obtenu en 2008 Ce type d appareil permet d imager rapidement la surface d chantillons vivants sans r aliser de pr paration au pr alable Rapport d activit plates formes 2008 35 Exemples d images obtenues avec mini MEB feuille feuille G 0001 021 x120 500um fleur col00001 2008 04 23 1406 L D19 x60 pollen mem pollen 1mm WTOOO 023 x20k 30um Hitachi TM1000 Hitachi TM1000 10 Formations organis es en 2008 Formation traitement d images avec ImageJ 5 x 2 jours 54 participants Formation Cryopr paration 3 jours 5 participants 11 D marche qualit Dans le cadre du projet Qualit en Recherche CONECTUS la plate forme IBMP s est engag e au cours de l ann e 2008 dans une d marche Qualit avec le soutien d un consultant Philippe Turnani HIPOS Consultants Apr s la r alisation de l tat des lieux de la plate forme la documentation a t revue et mise en conformit pour les documents de b
58. olved in activation of FLC expression and repression of flowering in Arabidopsis Thaliana Plant J 57 2 janv 20089 Rapport d activit plates formes 2008 40 6 Consommables 2008 d signation PRIX MATERIEL pinces 36 00 fixateur 120 00 Mat Inclusion coupes 520 00 CHIMIE proteinase K 21 80 calcofluor 33 50 Fast Red TR naphtol 80 50 histoclear 133 80 ENZYMES T3 RNA POL 92 00 T7 RNA POL 276 00 Sp6 RNA pol 184 00 AUTRES HIS DIG RNA Lab mix 333 80 FITC RNA Lab mix 164 86 anti DIG AP 134 00 substrat AP 162 00 BCIP salt 87 17 NBT salt 89 78 2 469 21 Dur e de diff rentes analyses Une analyse cytologique demande environ 20 heures de travail r parties sur une semaine Fixation 1 2 heures Deshydratation et pr paration l inclusion 8 heures Inclusion 1 4 heures Coupe au microtome 2 4 heures Coloration 2 4 heures D paraffinage r hydratation coloration montage des lames Observation microscope 2 5 heures ou plus Une analyse de l expression de g nes par Hybridation in situ ou immunolocalisation dure 15 jours 3 semaines une tude cytologique de 10 15 jours Rapport d activit plates formes 2008 41 Rapport d activit plates formes 2008 42 Plate forme Bio informatique Val rie COGNAT Rapport d activit plates formes 2008 43
59. on n n POULENC sa Alsace 2 Co ts d utilisation Les co ts de la culture de plantes exp rimentales englobent la fourniture des mati res premi res les fluides la main d uvre l amortissement sur 10ans et l entretien des installations pour une dur e donn e et un type d exp rience souhait par les chercheurs Vu la saturation de nos unit s de production nous ne pouvons r pondre que parcimonieusement des demandes ext rieures Le tableau ci dessous donne les co ts calcul s sur la base de la taille des pots de culture et du temps de culture Des tarifs partenaires et non partenaires sont propos s partir de ces co ts Rapport d activit plates formes 2008 6 Dimension du pot 2 cm 7 7 6 2 8 9 10 11 13 16 19 32 50 Prix du pot 0 02 0 02 0 04 0 03 0 00 0 04 0 10 0 12 0 00 4 68 Prix du terreau pot 0 02 0 01 0 03 0 04 0 05 0 08 0 15 0 24 1 09 4 55 Eclairage 0 23 0 23 0 23 0 23 0 23 0 23 0 23 0 23 0 23 0 23 Kw jour Forfait eau 0 003 0 003 0 003 0 003 0 003 0 0036 0 0036 0 003 0 003 0 0036 Entretien 0 18 0 18 0 18 0 18 0 18 0 18 0 18 0 18 0 18 0 18 m jour Forfait amortissement 0 20 0 2
60. our en 10 5 de l ensemble du cluster tant financ e par le groupe du Dr Voinnet Les buts de cette volution taient d augmenter la puissance de calcul de mani re significative ainsi que de passer une architecture UNIX certified assurant une meilleure compatibilit de services pour certains logiciels devant tre d ploy s A ce jour le cluster a donc la configuration suivante pour la partie calcul 1 Xserve Intel quad 2 66 Ghz t te de cluster 2 Xserve Intel quad 2 Ghz noeuds de calcul 1 Xserve Intel octo 2 8 Ghz noeud de calcul pour la partie SAN 2 Cluster Node G5 contr leurs de m tadonn es 1 Xserve RAID 5 7 To effectifs stockage s curis pour la partie infrastructure 1 switch Fiber Channel interconnexion cluster 2 switches ethernet gigabit interconnexion r seau 2 onduleurs 3000 VA protection des micro coupures et coupures lectriques Chaque Xserve Intel a t quip deux disques durs o sont r pliqu s leurs syst mes Ceci permet une reprise d activit en cas de d faillance par un simple reboot Ind pendamment de ces modifications de structure la fusion des universit s avec la cr ation de l UdS a conduit la disparition ipso facto du CURRI comme partenaire V Services d ploy s ou en cours de d ploiement Les premiers services d ploy s ont t ceux de serveur de fichiers Une trentaine de comptes ont t cr s avec les espaces disque partag s correspondants Ils perme
61. politique de la direction tr s rapidement il est apparu n cessaire de le diffuser l ensemble de nos partenaires ayant particip au financement des quipements pr sents sur les plates formes Le rapport 2008 pr sente 10 plates formes dont 7 sont sp cifiques l IBMP et 3 s inscrivent dans un contexte inter Unit s savoir Imagerie amp Microscopie int gr e la plate forme d imagerie cellulaire de Esplanade Bio Image en lien avec GMGM et le Jardin Botanique et la prot omique plate forme commune avec l IBMC Le rapport 2008 faire apparaitre deux points majeurs Le taux d utilisation des plates formes est tr s lev Par exemple en Imagerie amp Microscopie les 2 instruments majeurs 2 microscopes confocaux repr sentent 9h pour le plus r cent et 6 5h pour le second d utilisation par jour ouvrable comptant 250 jours ouvrables an La production de plantes ne cesse de 30 000 2000 165 000 en 2008 pour atteindre un seuil proche de la saturation d nos surfaces limit es Le projet VEGOIA d extension de l IBMP a pour but d augmenter nos capacit s de production de plantes En 2008 30 000 s quen ages d ADN et 92 000 r actions Q PCR ont t r alis s Les plates formes participent activement l excellence des r sultats de l IBMP l Unit est not e A dans le dernier rapport de AERES Par exemple la plate forme d Imagerie et de Microscopie contribue pour 60 des publi
62. pour l ensemble des utilisateurs Depuis 2006 nous r alisons des travaux de s quen age cr dit pour certains laboratoires Dans ces conditions la rentabilit de la plate forme pourrait tre compromise serait judicieux de prendre des mesures pour permettre certains laboratoires de solder leur arri r dont le total atteint 21 000 Perspectives Test m thode de s quengage par Rolling Circle PCR collaboration avec A Berr Pour le s quengage direct partir de colonies bact riennes de stocks de bact rie en glyc rol de plasmides et sans la phase de purification Avantages tr s fort rendement d amplification diminution des co ts de s quencage car omission phase de purification ex minipreps Les premiers tests r alis s montrent un excellent rendement de PCR mais la qualit du s quen age n est pas tout fait celle obtenue avec une purification A suivre Rapport d activit plates formes 2008 19 Rapport d activit plates formes 2008 20 Plate forme Q PCR Abdelmalek ALIOUA Rapport d activit plates formes 2008 21 Plate forme Q PCR ALIOUA ABDELMALEK 1 Pr sentation 2007 Mise en place d une plate forme pour l analyse d expression de g nes par PCR quantitative en temps r el Personnel Mr Alioua Abdelmalek Ing nieur d tude IE2 CNRS malek alioua ibmp ulp u strasbg fr Equipements 1 instrument Roche LC480 pour la PCR quantitative en temps r el
63. quences une notation des s quences selon la longueur de lecture contr le de r solution un diagnostique des probl mes de s quen age d ADN qualit d chantillon pr sences d impuret s type sels ou autre concentration d chantillon clonage m lange de matrices hybridation des amorces structures secondaires Evolution de l activit de s quencage d ADN de 2001 2008 40000 35000 30000 25000 20000 15000 B extetrieur ibmp 10000 5000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 Rapport d activit plates formes 2008 14 2 Activit 2008 En 2008 l activit du service s l ve 30198 analyses La r partition des travaux de s quen age entre l IBMP et les utilisateurs externes est de l ordre de 3 4 1 4 PARTENAIRE 16 NON PARTENAIRES d 7 71 Bilan R ponses m taboliques l environnement biotique 5 d partements 3 22 quipes 128 utilisateurs M tabolisme et fonction des isopr noides dans les Biogen se des cellulaire des interactions entre virus plantes et vecteurs 44 Rapport d activit plates formes 2008 S quencage d ADN 2008 r partition de l activit E NON PARTENAIRES o PARTENAIRE mitochondries des plantes plantes 1396 7 Biologie cellulaire et d veloppement des i plantes Biologie mol culaire
64. raction des donn es des banques de s quences EMBL GENBANK Swissprot e ma trise d outils de mod lisation Modeller de cristallographie Coot et de visualisation PyMOL e en informatique maitrise des syst mes UNIX Linux ma trise de langages de programmation Python Perl e connaissance des technologies logicielles et mat rielles li es aux r seaux HTML PHP et Java e exp rience dans la gestion de bases de donn es relationnelles MySQL Les analyses sont effectu es sur un Mac PowerPC G5et d une station graphine Octane II 3 Prestation Actuellement aucun de prestation n est factur 4 Activit L activit est r sum e dans le tableau et la liste de publications suivants Nom du projet Porteur du projet Rattachement Avancement Aurora TPX2 JL Evrard CNRS IBMP Article publi FPPS farnesyl diphosphate synthase de F Karst INRA Colmar Article soumis levure SDR 4alpha carboxysterol C3 A Rahier CNRS Article accept dehydrogenase C4 decarboxylase GPPS Geraniol synthase de vigne M Fischer INRA Colmar Analyse du mod le tRNA specific adenosine deaminase J Gualberto CNRS IBMP Article soumis DXS 1 Deoxy D Xylulose 5 Phosphate M Hartmann CNRS Mod lisation en Synthase cours EBF1 et EBF2 M Bureau CNRS IBMP Mod lisation en cours 5 Publications The plant TPX2 protein regulates prospindle assembly before n
65. raphie gazeuse D tecteur 1995 8000 series ionisation de flamme Rapport d activit plates formes 2008 56 UPLC MS MS triple Quadrip le Financement GC FID Varian 3900 Rhobio IBMP GC FID Varian 3400 CX IBMP CNRS GC FID Fisons EC Biotechnology n rateur d air pur HPLC Financement IBMP CNRS NU 7 d Rapport d activit plates formes 2008 57 3 Co t des prestations La plate forme M tabolomique a effectu des prestations non payantes 2008 pour l ensemble des membres des laboratoires support de la plate forme N anmoins une tarification pr cise des diff rentes prestations a t mise en place R guli rement nous informons les utilisateurs du prix de revient de leurs analyses Un certain nombre de coll gues ont assur un support financ la plateforme Financements 2008 par les coll gues de l IBMP Achat de la sonde APPI APCI pour mol cules peu polaires et non volatiles 20 000 euros TTC financ int gralement par les groupes Bach 10 000 Werck 5000 Schaller 5000 Achats de colonnes et pr s colonnes UPLC C18 pour une valeur totale de 6000 Le prix unitaire d une colonne et pr colonnes est de 1000 Les acqu reurs sont Bach 1 Camara 1 Kauffmann 1 Werck 1 Legrand 2 Tarifs plate forme M tabolomique pour les d tails se r f rer l annexe 1 Applicable au 01 01 2009 PRESTATIONS TARIF
66. re et nous permettre ainsi un bon vident de productivit Second point auquel nous devons rendre attentifs les utilisateurs de la plate forme le cluster n est pas une machine de test mais bien une machine de production Cela signifie que les logiciels valuer ou d velopper doivent l tre en local sur une machine de test et qu une fois au point alors leur place sera sur le cluster Ceci a pour but d viter autant que faire se peut des plantages du cluster ainsi qu une monopolisation de session sur la t te de cluster Du point de vue mat riel la machine est capable en l tat de se voir ajouter une nouvelle lame de calcul sans investissement trop important En revanche l accroissement des donn es sur le SAN semble effectif et il va falloir s rieusement tudier les solutions de croissance de cet espace Cet investissement sera probablement assez lourd d o la n cessit de le pr voir bien en amont du besoin imp ratif Derni re chose si cet espace SAN est s curis face une destruction mat rielle b nigne il n en est rien concernant un dommage majeur L id e est de pouvoir terme r pliquer le SAN dans un lieu physiquement situ hors de l IBMP Le service informatique de la D l gation R gionale du CNRS bien ceuvr fin 2008 aupr s de ses instances sup rieures ce qui fait qu une salle de ressource d di e est en cours de cr ation a charge normalement pour les composantes int ress es de d ployer leur
67. re observ sur d autres plates formes d imagerie dont la nature et les tarifs ont t publi s au journal officiel du CNRS MRI Montpellier Institut Jacques Monod Paris IFR40 Toulouse RIO Toulouse G n thon IPMC Nice ou communiqu s directement IGBMC Illkirch Co t interne et tablissements publics le calcul du co t horaire est calcul sur la base de total des d penses maintenance consommables co t du m2 divis par le nombre d heures d observation Co t tablissements non publics le calcul doit tenir compte du tarif horaire d un ing nieur de recherche consommables a 4200 4200 3898 3898 7602 7602 contrat de maintenance 8000 8000 2000 2000 8000 8000 autres d penses 0 0 0 0 9500 9500 montant de d 0 0 25460 25460 48720 48720 l amortissement surface occup e e 15 15 40 40 20 20 frais d infrastructure g e f 1215 1215 3240 3240 1620 1620 h a b 13430 13430 34638 34638 75462 75462 total des frais annuels c d g type de prestation heure heure heure heure heure heure d utilisation d utilisation d utilisation d utilisation d utilisation utilisation nombre prestations i 850 850 2000 2000 3900 3900 par an frais de personnel l j k 44 44 44 prix de revient hors m h i 15 8 17 32 19 35 personnel prestation prix de revient complet l m 99 8 61 32 63 35 Tarif de facturation 16 60 18 62 20 64 HT prestatio
68. s formes 2008 Schmit 12 Chaboute 1 Bonnard 2 Blee 5 Drouard 199 Schaller 5 Gens 2496 upr9022 17 5 upr9021 4 8 enseignement 3 5 upr9002 3 3 ISIS 1 3 Neurochimie LL 0 8 INRA 0 7 Autre 0 5 VIRO 0 4 Microbiologie GMGM 1 Neurochimie 3 Enseignements 12 IBMC UPR9021 5 ISIS Muller 7 196 7996 UPR9002 296 CRP Luxembourg 196 LMSPC UMR7515 196 33 Commentaires Le plus gros utilisateur est l unit dirig e par Sylviane Muller IBMC UPR9021 Elle totalise 159 heures de microscopie lectronique Les autres quipes ext rieures ne viennent que de mani re tr s ponctuelle Hors unit UPR9021 les quipes ext rieures totalisent 32 heures et l enseignement 23 heures 8 Publications En 2008 la plate forme a contribu aux publications suivantes 1 Thomas C L Bayer E M Ritzenthaler C Fernandez Calvino L and Maule A J Specific targeting of a plasmodesmal protein affecting cell to cell communication Plos Biology 6 1 180 190 2008 2 Xu L Zhao Z Dong A Soubigou Taconnat L Renou J P Steinmetz A and Shen W H Di and tri but not mono methylation on histone H3 lysine 36 marks active transcription of genes involved in flowering time regulation and other processes in Arabidopsis thaliana Mol Cell Biol 28 1348 1360 2008 3 Men S Boutte Y Ikeda Y Li X Palme K Stierhof Y D Hartmann M A Moritz T and Grebe M
69. t pour l acquisition d un s quenceur lectrophor se en capillaire 16x80cm ABI3100 d Appliedbiosystems R gion Alsace IBMP UPR CNRS 2357 ULP Laboratoire de G n tique Microbiologie Environnement Soci t T pral Brasseries Kronenbourg Strasbourg Personnel affect la plate forme Alioua Abdelmalek ing nieur d tude IE2 CNRS malek alioua ibmp ulp u strasbg fr Equipements 1 s quenceur lectrophor se en capillaire 16 x 80cm ABI 3130XL acquis en 2002 1 station de pipetage robot Biomek 3000 acquis en 2006 35 000 euros IBMP 2 thermocyclers ABI 9700 pour plaque PCR 96 puits Capacit d analyse Capacit th orique annuelle 40 000 s quences de 900 1000 bp En 2008 30198 analyses 219 utilisateurs 17 laboratoires Missions Le service est organis en plate forme f d rative de s quencage Ses missions sont les suivantes R alisation des r actions de s quen age d ADN partir d chantillons d ADN plasmides divers ou produits de PCR pr alablement purifi s et quantifi s Transmission des r sultats en toute confidentialit sous forme de fichiers informatiques Optimisation des protocoles de s quen age et de g notypage Veille technologique Gestion administrative et financi re de la plateforme Expertise Le service assure un suivi personnalis de la production incluant un contr le visuel quotidien r alis sur l ensemble des s
70. te forme Imagerie et 27 1 Pr sentallon irae REI ehn 28 2 Mat riels disponibles se 28 3 Financeurs et appareils sise 29 4 Domaines d intervention seine 30 5 Description et co t des prestations fournies nnn 31 G Fact ratiO nem 31 cC RE 32 8 PubliCatloris aa ata a SAYAN alaa tette e doe ae ted 34 AEN enee ele UE 35 10 Formations organis66s need de true d med mide de etae d Rede die d 36 11 D marche qualit 5 cee orn Lot tete iei det ree ERR e tn aa Ue e den Pee e cen e ga Pee etu ted 36 12 Budget pr visionriel 2 ite reete etr reed nayana e banga kana kara det e d anale date dude d add tt 36 13 Probl mes remarque E 36 E e COLO ET 37 ll Ee 38 Ne le EE 38 CI AE Ae OT NE e ee ee 38 AY Utlisate rs e 40 D P blicatioris x A a Aan 40 RTE eu Lei EE 41 gt Plate forme Bio informatique 43 1 5 EE 44 drum Ee 44 3 Recette et co t financier ecce etude edita feed RARE saa ege tn ana terre eed a 44 4 Ut
71. tivit plates formes 2008 16 CNRS ESBS UPR 7175 1342 CENTRE DE NEUROCHIMIE UPR CNRS 2356 182 IBMC UPR CNRS 9022 64 GENETIQUE IPCB UPR 7156 2328 INRA INRA COLMAR BDV 359 INRA COLMAR GAV 258 INRA COLMAR NOLOGIE 203 INRA COLMAR VIVE 775 INRA COLMAR VVA 749 INSERM CANCEROLOGIE HUS CERALINE 94 m decine BACTERIOLOGIE HUS PREVOST 132 Universit s grandes coles UNIVERSIT DE REIMS BAILLIEUL F 321 ulp chimie rohmer m 47 ensaia HEHN A 4 Entreprises GENE SIGNAL COLIN S 42 BRASSERIE KRONENBOURG TEPRAL 194 en fond gris les utilisateurs issus de laboratoires ou d entreprise ayant particip s l achat du s quenceur 3 Bilan financier Co t s quencage 2008 pour 30 198 s quences nb P U Prix remis HT FG CAPILLARY 16X50 CM 3 891 00 2 272 05 GA 10 BUFFER EDTA 25 ml 5 103 00 412 00 HI DI FORMAMIDE 25 mL 20 36 00 576 00 5x seq buffer medium 2 1 021 00 1 632 00 bulkpack 96 well rxn plate 1 2 140 00 1 498 00 FG 3130XL POP7 7 ml 3 422 40 1 267 20 nano pop7 28 ml 9 227 50 2 047 50 BDT 5X BUFFER 1 113 75 113 75 10X CE RUNNING BUFFER 1 57 20 57 20 pointes p20 20 45 00 900 00 FILMS PCR ALUMINIUM 3 80 00 240 00 KIT 384 PUITS 1 800 00 800 00 BDTV3 1 1000 rxn 1 8 800 00 8 800 00
72. ts pour obtenir un chec total Dor navant je ne donnerais pas de suite toute demande d analyse n ayant pas donn lieu certaines v rifications pr QPCR notamment la validation des amorces pour la QPCR et la validation de la reverse transcription Perspectives 2009 Formations pratique la QPCR En accord avec E Lechner nous proposerons 2 sessions de formations pratiques afin que les utilisateurs puissent tres autonomes en QPCR 6 Production scientifique Navarro L Jay F Nomura K He S Y and Voinnet O Suppression of the microRNA pathway by bacterial effector proteins Science 321 5891 964 967 2008 Brodersen P Sakvarelidze Achard L Bruun Rasmussen M Dunoyer P Yamamoto Y Y Sieburth L and Voinnet O Widespread translation inhibition by plant miRNAs and siRNAs Science 320 1185 1190 2008 Achard P Gong F Cheminant S Alioua M Hedden P and Genschik P The cold inducible CBF1 factor dependent signaling pathway modulates the accumulation of the growth repressing DELLA proteins via its effect on gibberellin metabolism Plant Cell 20 8 2117 2129 2008 Thomann A Lechner E Hansen M Dumbliauskas E Parmentier Y Kieber J Sheres B and Genschik P Arabidopsis CULLIN3 genes regulate primary root growth and patterning by ethylene dependent and independent mechanisms Plos Genet sous presse 2008 La Camera C Balagu C G bel P Geoffroy M Legrand Feussner D Roby and T
73. ttent aux diff rents groupes ou Rapport d activit plates formes 2008 51 partenaires de disposer d un espace de stockage priv qu ils utilisent leur guise afin de prot ger les donn es qu ils jugent importantes Ces espaces peuvent aussi servir de disque r seau pour r aliser la sauvegarde automatique des ordinateurs Le passage du cluster en Mac OS 10 5 a grandement facilit cette possibilit de sauvegarde automatis e pr sente en standard sur ce syst me Time Machine A l heure actuelle de l ordre de 3 4 To sont d j utilis s par les diff rents partenaires Concernant la microscopie le serveur Bio Image a permis d s sa mise en place une am lioration de la situation du stockage des images gr ce aux espaces accessibles par le serveur de fichiers Cette situation nous permet de pr server de l espace disque sur les postes d acquisition sans le risque qu un utilisateur n ait pas sur son poste personnel suffisamment d espace pour sauvegarder ses images Les cas d images laiss es pour cette raison sur les postes d acquisition n existent plus Pour aller au del J r me Mutterer a test plusieurs solutions de bases de donn es d images Notre choix s est port sur le syst me OMERO http openmicroscopy org Ce syst me gratuit et open source est d velopp par le laboratoire de Jason Sweldow Universit de Dundee UK Son d ploiement complet et son ouverture tous les utilisateurs pourra se faire lorsque l
74. u l IBMC En cas d aboutissement de ce projet d animalerie nos serres IBMC seraient d molies et nous perdrions environ 2096 de notre surface totale de culture Pr voir une action annuelle de r am nagement de nos surfaces de culture permettrait de r pondre progressivement aux besoins toujours croissants en plantes et ne p naliserait pas trop fortement l institut en cas de cette perte de surface Un besoin d am nagement en conditions stables et reproductibles toute l ann e d di l observation et la mesure de pollen et de graines de Brachypodium et d Arabidopsis Il faudrait pr voir une logette 316 pour Brachypodium et une logette 513 pour Arabidopsis Le co t pr visionnel de l am nagement se situe autour de 60000 Local pour armoire climatique Un besoin grandissant de petite surface pour des conditions de culture particuli res et ponctuelles est exprim par un grand nombre d quipes serait bon de mener bien une r flexion pour l am nagement d un local d di accueillir 8 10 armoires de culture pour r pondre moyen terme aux besoins exprim s ex menuiserie Rapport d activit plates formes 2008 9 6 Budget pr visionnel Fonctionnement courant 36 000 00 R parations 20 000 00 Contrat de maintenance 5 000 00 Proposition d achat 60 000 00 Total 121 000 00 7 Remarques Perspectives Augmentation de la production annuelle L accueil
75. ualit Philippe Turnani de la soci t priv e HIPOS a t mis notre disposition par la d l gation du CNRS Nous poursuivons la mise en place du syst me qualit de la plate forme afin d tre ligible 1509001 9 Remarques et perspectives Le syst me UPLC MS MS est de loin le syst me analytique le plus utilis sur la plateforme 79 des analyses ont t effectu es par ce syst me UPLC MS MS Nous sommes extr mement satisfaits des performances de cet outil et m me surpris par la robustesse du syst me UPLC N anmoins ce syst me de spectrom trie de masse n a pas de potentialit en terme de r solution Concr tement nous n avons avec ce syst me aucune pr cision de la masse d une mol cule apr s la virgule Par cons quent nous ne pouvons pas exploiter les banques de petites mol cules accessibles et de plus en plus repr sentatives Ce manque de r solution s av re tre d j un probl me notamment avec les groupes avec lesquels ont est le plus avanc Werck Camara Schaller Dans le futur ce manque se fera de plus en plus ressentir et obligera externaliser une partie des analyses En absence de r solution il est impossible d identifier avec certitude une mol cule inconnue par exemple C est pour ces raisons mais aussi pour d lester le syst me UPLC MS MS que l acquisition future d un spectrom tre de masse haute r solution type TOF serait en compl ment une perspective heureuse L appareil id al serait un
76. uclear envelope breakdown Vos J W Pieuchot L Evrard J L Janski N Bergdoll M de Ronde D Perez L H Sardon T Vernos I and Schmit A C Plant Cell 2008 Oct 20 10 2783 97 Homology Modeling and Site Directed Mutagenesis Reveal Catalytic Key Amino Acids of 3 Hydroxysteroid Dehydrogenase C4 Decarboxylase from Arabidopsis thaliana Alain Rahier Marc Bergdoll Genevieve Genot Florence Bouvier and Bilal Camara Plant Physiology Preview Published on February 13 2009 10 1104 pp 108 132282 Rapport d activit plates formes 2008 48 Plate forme Bio Image Jean Luc EVRARD Serge KAUFFMANN Rapport d activit plates formes 2008 49 PLATE FORME BIO IMAGE JEAN LUC EVRARD amp SERGE KAUFFMANN L Rappel historique La cr ation de la plate forme Biolmage d coule de la soumission et de l acceptation du projet f d ratif Xsan Biolmage par le conseil scientifique de l ULP en 2007 Ce projet regroupait l poque six autres plates formes et laboratoires savoir la plate forme d imagerie et microscopie de rIBMP la plate forme de prot omique commune l IBMP et L BMC l unit de G n tique Mol culaire G nomique Microbiologie GMGM UMR7156 le consortium G nolevure le Centre Universitaire R gional de Ressources Informatiques CURRI ainsi que l Herbier de l Universit Louis Pasteur et l IBMP Les besoins communs taient de disposer d un espace de stockage de donn es vaste et s curis
77. ut souligner un probl me de s curit au travail isol des personnes effectuant les permanences et les chercheurs travaillant les week ends Travaux d installation de la machine laver les contenants la serre sous sol Pour r pondre l augmentation constante des surfaces de culture Arabidopsis 5096 par rapport 2005 et de future transformation de logettes une machine laver industrielle a t achet e en d cembre 2007 au prix de 11 175 ht Son installation a entrain le r am nagement du local de travail sous sol qui a t Rapport d activit plates formes 2008 10 effectu en d but d t 2008 au prix de 12 000 environ Cette installation est un r el gain de temps pour les serristes et financier pour l institut Cette machine laver permet de nettoyer tous types de contenants ainsi que les aracons et les aratubes non r utilis jusqu pr sent Sachant qu en 2007 l IBMP a d pens 8169 en aratubes et en aracons cet outil sera amorti en moins de 4 ans Rapport d activit plates formes 2008 11 Rapport d activit plates formes 2008 12 Plate forme S quen age d ADN Abdelmalek ALIOUA Rapport d activit plates formes 2008 13 DE SEQUENCAGE D ADN ALIOUA ABDELMALEK 1 Pr sentation de la plate forme 1996 Cr ation du service de s quen age d ADN 2002 Mise en place d une plate forme f d rative de s quen age d ADN Partenaria
78. va 288 0 31 Legrand 3840 4 16 Otten 192 0 21 service 1632 1 77 Shen 3552 3 85 Voinnet 33024 35 80 Werck 1536 1 66 Rapport d activit plates formes 2008 22 2 Prestations r alis es Test de g nes r f rence A partir d une collection de g nes recherche des 2 ou 3 g nes les plus stables pour un organisme donn pour un tissu donn et dans des conditions exp rimentales donn es Logiciel utilis Genorm et calcul des ct Ainsi la plateforme dispose de 3 sets de normalisation pour les organismes suivants Arabidopsis thaliana Nicotiana tobaccum tabac Tuberculum pomme de terre Design d amorces et de sondes Pour un g ne donn recherche de couples d amorces aillant les meilleures sp cificit s et efficacit en Q PCR pour un protocole d fini l avance Logiciel utilis Universal Probe Library Roche Calcul de l efficacit avec LinReg Au total 105 couples d amorces ont t dessin s test s et valid s pour la PCR quantitative Utilisateur nb de g nes organisme nb checs R MENARD 3 arabidopsis E DUMBLIAUSKAS 4 arabidopsis 1 E LECHNER 14 arabidopsis S OHNESORGE 1 arabidopsis L OTTEN 2 arabidopsis P ACHARD 10 arabidopsis ME CHABOUTE 10 arabidopsis A MIALOUNDAMA 2 tabac R VAL 23 pomme de terre S KAUFFMANN 4 arabidopsis 1 A BERR 35 arabidopsis 1 TOTAL 108 R alisations et optimisation des r actions de QPCR R alisation de
79. ylic acid signalling Curr Biol 18 650 655 2008 10 Rokov Plavec J Dulic M Duch ne A M Weygand Durasevic Dual targeting of organellar seryl tRNA synthetase to maize mitochondria and chloroplasts Plant Cell Rep 27 1157 1168 2008 11 Ungru A Nowack K Reymond M Shirzadi R Kumar M Biewers S Grini P E and Schnittger A Natural variation in the degree of autonomous endosperm formation reveals independence and constraints of embryo growth during seed development in Arabidopsis thaliana Genetics 179 2 829 841 2008 12 Achard P Renou J P Berthom R Harberd and Genschik P Plant restrain growth and promote survival of adversity by reducing the levels of reactive oxygen species Curr Biol 18 656 660 2008 13 Bandyopadhyay S Gama F Molina Navarro M M Gualberto J M Claxton R Naik S G Huynh B H Herrero E Jacquot J P Johnson M K and Rouhier N Chloroplast monothiol glutaredoxins as scaffold proteins for the assembly and delivery of 2Fe 2S clusters Embo J 27 1122 1133 2008 14 Brandner K Sambade A Boutant E Didier P M ly Y Ritzenthaler C and Heinlein M Tobacco mosaic virus movement protein interacts with green fluorescent protein tagged microtubule end binding protein 1 EB1 Plant Physiol 147 611 623 2008 15 Brodersen P Sakvarelidze Achard L Bruun Rasmussen M Dunoyer P Yamamoto Y Y Sieburth L and Voinnet O Widespread translatio

Rapport d`Utilisation de la Plateforme

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