MANUEL D`UTILISATION DU SCRIPT updateRs05112010.pl I)Les
Contents
1. E S existMergeRef Bool an par tableau associatif Prend 1 si la cl existe dans Rsmerge 4 FREQ DATA Chargement des fr quences all liques associ es nos marqueurs Arguments E file Nom du fichier de fr quences correpondant au BIM en cours de traitement reconnaissance par nom E S hashRef Table de hash dans laquelle sont charg s les fr quences Fonctionnement Le fichier FRQ fournit la fr quence all lique de l all le mineur MAF calcul par plink partir de nos donn es de puce Apr s simple calcul de la fr quence de l autre all le 1 MAF l ensemble des fr quences est r f renc dans la table avec pour cl la combinaison rsname all le pour garantir que la bonne fr quence est associ au bon all le au cour du traitement Exemple hashRef r56675798 C gt 0 06887 rs752447 G gt 0 02514 rs6685064 T gt 0 083 5 UPDATE RM 5 5 5 D finit le bloc haplotypique en fonction du seuil de recombinaison choisit par l utilisateur Arguments E path Chemin donnant acc s au fichier genetique map E pre Partie du nom de fichier qui pr c dent le numero de chromosomes dans le nom de fichier E post Partie du nom de fichier qui suit le numero de chromosomes dans le nom de fichier E threeshold Taux de Recombinaison seuil choisit par l utilisateur pour caract ris le passage d un bloc halotypique un hotspot et d un hotspot au bloc suivant S outfile Fichi2. Rsname old ou new concat nation de rs et oldrs ou rs et newrs Le fichier RsMerge est utilis pour merger l ensemble des identifiants rs qui correspondent au m me SNP m me position m me contig mais rsname diff rent avant d effectuer une recherche dans les donn es 1000g nomes et hapmap 1 2 2 Donn es 1000genomes Repertoire db 1000g jun2010 b36 ceu Disponibles via le site d di IMPUTE SOFTWARE de Jonathan MARCHINI https mathgen stats ox ac uk impute impute html via le lien https mathgen stats ox ac uk impute 1000g_jun2010_b36_ceu tez derni re mise jours mars 2010 pour les SNPs nom et position et juin 2010 pour les haplotypes Population CEU 2 types de donn es disponiblent Pour chacun des 22 autosomes un fichier contenant la liste des SNPs avec nom position et all les legend fichier espace d limit un fichier haplotypes haps fichier espace d limit Pour le programme un seul fichier de donn es espace d limit est constitu 1000g_jun2010_b36_ceu fulldata db en utilisant le script calc_frequence pl Par simple comptage des all les dans le panel le script calcul la fr quence all lique de l all le a0 Cette fr quence est ensuite associ au SNP correspondant chr rsID position a0 a1 freq_a0 1 1 533 533 G C 0 950 1 1 41342 41342 T A 0 758 1 1 41791 41791 G A 0 958 1 1 44449 44449 T C 0 983 1 rs2462492 44539 C T 0 983 I
3. 2 3 Donn es Hapmap Repertoire db hapmap3 r2 b36 ceu tsi minus1kG Sur le m me principe que pour les donn es 1000g nomes un seul et unique fichier de donn es hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG fulldata db est constitu partir de fichiers disponible via https mathgen stats ox ac uk impute hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG gz Nota Calcul et jointure des fr quences all liques observ s dans le panel avec la liste de snps correspondants Fichier espace d limit Script calc_frequence pl ler argument r pertoire 2 me argument PRE nom de fichier Exemple perl calc_frequence pl tmp duval_tmp COMPARE1000G db hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG_chr Chomosome 1 done Chomosome 2 done Chomosome 3 done 000 IN Liste des marqueurs dataname_chr i legend et haplotypes observ s dataname_chr i hap pour chaque chromosome haps dans la derni re mise jours des donn es 1000genome OUT Un seul fichier dataname_fulldata db concat nation de toutes les donn es initialement sous forme d un fichier par chromosome en un seul fichier utilisable 1 2 4 Genetic mapping Pour la d finition des blocs d haplotypes Pour chaque chromosomes hormis X Y et M un fichier genetic_map_chr i_combined_b36 txt est disponible Ce fichier contient l ensemble des taux de recombinaison et la position g n tique un point donn du chromosomes i e position d un mar
4. de la puce chrom rsname chromEnd a0 freqDB_a0 freqData_a0 Genetic Map block 1 rs3934834 1995669 T 10 117 0 1469 0 4963005276 1 2 1 rs3737728 1011278 A 10 275 0 2464 0 5080087000 1 2 1 rs6687776 1020428 T 10 117 0 1722 0 5473720658 1 2 1 rs9651273 1021403 A 10 275 0 255 0 5479372336 1 2 1 rs4970405 1038818 G 0 083 0 1216 0 5529109999 1 2 Chrom numero chromosome 1 24 et 26 pour le chromosome M rsname Nom sous forme actualis si merg ChromEnd position du SNPs align sur les donn es 1000genomes hapmap ou dbSNP 130 a0 all le mineur freqDB_a0 fr quence de l all le a0 calcul dans les panel 1000genomes ou hapmap Pour des question pratique pour valeur NA si il est impossible de trouver le snps dans 1000genomes ou hapmap freqData_a0 Report de la fr quence all lique du SNP dans nos donn es de puce fichier pLink frq Genetic_Map position g n tique Bloc haplotypique chromosome numBloc chromosome HS si positionner sur un hotspot NOTA L tendu des donn es genetic_map ne couvrant pas la totalit des marqueurs 1000genomes des donn es disponibles motif inconnu Certain SNP n ont pu tre attribu un bloc haplotypique donn Pour une utilisation de ce fichier dans R les valeurs sont donc remplac es par NA 1 3 4 Newbimfile_ tab d limit Dans le m me format que le fichier BIM courant le nouveau bimfile tient c
5. Contient une valeur qui code o et comment on d finit une position mise jours du snp Par d faut 1 est associ au SNP s il a t trouv dans les donn es 1000g nomes notre disposition 2 si on a t oblig de passer par les donn es hapmap car non pr sent dans 1000genomes 3 si on a t oblig de passer par dbSnp130 hg18 build36 4 Concerne les snps particuliers ou tr s r cents pour lesquels par d faut la position physique est calcul e en fonction des snps qui l encadre Pour permettre cela les snps du fichier d entr BIM doivent tre ordonn en fonction de leur position initiale Colonne 3 Indique si le SNPs courant est pr sent dans 1000genomes sous un nom non soumis non rs de la forme n chr pos ou par d faut NA Colonne 4 position du SNP align avec les donn es 1000genomes hapmap ou dbSNP 1 3 2 Translation_ tab d limit Ce journal recense l ensemble de nos marqueurs dont le num ro rs a t merg sous un autre rsname Seul le nouveau nom est retenu pour le traitement hormis les snps merg s non identifiable dans 1000genomes mais pr sent sous leur ancien nom Oldname Newname rs16825288 devient rs3737622 rs7368038 devient rs2643891 rs6424088 devient rs4648545 rs1763330 devient rs1081454 rs3747977 devient rs3205229 1 3 3 frequencies _ tab d limit Ce fichier contient un ensemble d informations relatif la liste de snps
6. MANUEL D UTILISATION DU SCRIPT updateRs05112010 pl Auteur Alexandre DUVAL Mail alexandre duval nantes fr date de cr ation 5 novembre 2010 1 Les donn es L 1 Entr es I 1 1 Les fichiers BIM Le script a t con u pour r aliser le traitement d une s rie de un ou plusieurs fichiers BIM format pLink plac s dans le r pertoire in bim 1 1 2 Les fichiers FRQ Optionnel Le programme test automatiquement la pr sence d un fichier de fr quences au format plink Attention le programme ne test pas ce format de m me nom que le fichier BIM et charge les fr quences Si le fichier est absent cela n interrompt pas pour autant l ex cution du programme caract re facultatif Les fichiers FRQ doivent tre plac s dans le r pertoire in frequencies L2 Donn es annexes Repertoire db 1 2 1 RsmergeArch bcp gz Disponible sur le ftp de ncbi ftp ftp ncbi nlm nih gov snp database organism_data human_9606 RsMergeArch bcp gz Derni re mise jour du fichier le 11 mai 2010 Fichier tab d limit oldrs inewrs build dbsnp orientation Create time Update time Current rs Current orientation 840 1715 85 2000 09 19 2004 10 10 715 0 14 28 00 0 11 29 00 0 905 1716 85 2000 09 19 2004 10 10 716 0 14 28 00 0 11 35 00 0 1086 940 123 0 2004 10 08 2004 10 18 940 0 09 45 00 0 15 43 00 0 1234 11067 126 0 2006 03 11 2006 03 11 1067 0 07 22 00 0 07 22 00 0
7. a liste de nos snp pour controler s il n y a pas de doublons ventuel dans 1000genomes Fonctionnement A Principe g n ral Is Merge New Rsname Share 1 With 1000g datas 1 Exist in 1000genomes datas 1 2 Exist in 1000genomes under a alternative name Chr position 1 3 Exist in 1000genomes with a name not Merge 2 Exist in hapmap datas 3 Exist in dbSnp130 Hg18 datas B Actions Suivant chacune des conditions laquelle un SNP t soumis un traitement particulier est r alis a Action 1 Avec donn es 1000genomes et Hapmap SHARE 1 PosPhyData Current Rsname PosPhy1000genome current Rsname ChrData Current Rsname chr1000genome current Rsname PosGenData Current Rsname Pos1000genome current Rsname Result 1 No No Result 1 No Result 2 No Result 3 Default Result 4 Result 1 FreqAll0Database Current Rsname Freq1000genome current Rsname All0 Print freqFile Result 2 Print WarnFile Result 3 Default we define AIIO like allele not deleted FreqAll0ODatabase Current Rsname Freqg1000genome current Rsname AIllO Print fregFile Result 4 FreqAll0ODatabase Current Rsname NA Print fregFile Print WarnFile Les Conditionnelles A B C D E A L all le mineur mydata correspond l all le AO des datas 1000genome ou hapmap et l all le majeur correspond l all le A1 B Inversement dans la pr sentation des all le dans les databases L all le min
8. cations par l utilisateur commentaires SECTION1 param trel valeurA param tre2 valeurB SECTION2 param tre1 valeurC param tre2 valeurD 1 b La fonction READ CONFIG_INIFILE Disponible via la librairie updteRsUtils pm cette subroutine permet de charger les param tres du script dans un tableau de r f rence table de hash 2 types de param tres 1 Les param tres de navigation qui permettent au script de localiser les fichiers n cessaires 2 Autre param tre assemblage g nomique des donn es 1000genomes optionnel 3 Valeur seuil du taux de recombinaison pour d finir les blocs d haplotypes Recombination_Rate 2 UPDATERSNAME Fonction principale du script Les Arguments E PATH PATH du r pertoire g n rale o ce situe l application et les donn es E dbRef Param tre de configuration relative la section Database Contient les paths et noms des fichiers de donn es 1000g nomes et hapmap E buildref Facultatif Permet de stopper l application si l assemblage g nomique des donn es n est pas conforme aux attentes de l utilisateur alignement sur hg18 comme 1000g Cet argument n est plus utilis pathdata Nom du repertoire qui contient l ensemble des fichiers BIM que l on souhaite traiter pathfreq Nom du repertoire qui contient l ensemble des fichiers FRQ associ s filename nom du fichier courant out Nom du repertoire o seront accessibles les fichiers de sorti
9. er de donn es relative la position le rsname all le et fr quence Fonctionnement HashRef EXSE Freq AO position FHashtmp Loin d tre optimale cette m thode quick and Dirty en perl permet de mimer le principe des bases de donn es objet java ou C 2 inconv nients Le temps de chargement est tr s long et la quantit de m moire vive utilis es est cons quente mais le temps d ex cution de la partie traitement est rapide 7 CONTROL _BUILD 5 5 Permet de consulter par commande DBI mySQL un ensemble de 3 tables de ddSNP 125 130 et 131 et d en d duire au mieux l assemblage g nomique des donn es fichier BIM Arguments E datafile Fichier courant BIM E dbSNPhg17_SNPpos Statement de requ te MySQL sur la table ddSNP125 database Hg17 E dbSNPhg18_SNPpos Statement de requ te MySQL sur la table ddSNP130 database Hg18 E dbSNPhg19_SNPpos Statement de requ te MySQL sur la table ddSNP131 database Hg19 Fonctionnement Apr s une s lection al atoire de 500 de nos marqueurs Une series de requ tes est envoy au moteur SQL Pour chacune des 3 tables reposant sur un assemblage g nomique diff rent une requ te de type SELECT position FROM database table WHERE name rsname est ex cut e Les trois requ tes sont renouvel es pour chaque rsname de notre liste La position retourn e pour chacune des trois requ tes est compar e avec la position du marqueur dans nos donn es Tou
10. er de sortie correspondant une forme concat n des 22 fichier d entr s avec l information de bloc dans la derni re colonne Taux de recombinaison Seuil Bloc n 1 HS Bloc n HS HS HotSpot de recombinaison Fichier Temporaire genetic_map_1000G_combined_b36 txt annot ou genetic_map_hapmap_combined_b36 txt annot Source db 1000g_jun2010 b36 ceu gt Extrait avec un Seuil 5 chromosome position COMBINED _rate cM Mb Genetic_Map cM block_partition 1711153 2 6858076690 0 1 1 1 713682 2 8222713027 0 0067924076 1 1 1713754 2 9813105581 0 0069956111 1 1 1718105 2 9806151254 0 0199672934 1 1 1 782343 4 4923190939 0 1364244328 1 1 1 787889 5 7728684628 0 1613388344 1 HS 1 788664 5 7751919537 0 1658128075 1 HS 1 788822 5 4012795058 0 1667252878 1 HS 1 789326 5 3521292533 0 1694475327 1 HS 1 789870 5 2371543059 0 1723590910 1 HS 1 798175 4 9596712094 0 2158536575 1 2 1 836727 1 0 4070589020 1 2 1 871896 1 0 4070589020 1 2 1 939471 2 0585596818 0 4070589020 1 2 1 952073 1 8166948714 0 4330008711 1 2 p Bloc n 1 6 LOAD DB 5 Charge l ensemble des donn es 1000genomes et hapmap chr position all le fr quence all lique position g ntique numero de bloc dans une structure type table de hash Arguments E S HashRef Table de hash E dir path du repertoire de donn es E file1 fichier de donn es relative la position g ntique et au num ro de bloc E file2 fichi
11. es date date du jour la date est inscrite dans le nom de chaque fichier de sortie au format mmddyyyy m m m m m Fonctionnement a Chargement des donn es annexes RsMergeArch bcp LOAD_RsMERGE Fichier Fr quence correspondant au BIM courant s il existe FREQ_DATA D finition des blocs haplotypiques en fonction du seuil d terminer par l utilisateur Recombination_Rate 5 section Database dans le fichier de configuration Lancer 2 fois partir des donn es 1000genomes puis hapmap gt UPDATE_RM Chargement des donn es 1000genomes et Hapmap LOAD_DB b Connection dbSNP Connection via perl DBI la base de donn es local contenant dbSNP125 hg17 dbSNP130 hg18 et doSNP131 hg19 Pr paration des statements de requ tes MYSQL c D termination de l assemblage g nomique correspondant nos donn es CONTROL_BUILD d Recherche mise jours et aligneement des positions avec 1000genomes hapmap ou dbSNP130 COMPARE 1000G e Control si parmis nos donn es des SNPs ne sont pas redondant dans 1000genomes CONTROL_DUPLICATE_1000G 5 5 3 LOAD RSMERGE Chargement d une miniDatabase pour mise jours des numero Rs Arguments E RsMergeFile Nom en full path du fichier RsMergeAch bcp E S newNameRef Table de hash o chaque rs merg cl est associ le nouveau nom valeur
12. eur de nos donn es correspond l all le A1 dans la base et vis et versa Le r f rencement par double cl rsname all le permet d associ la bonne fr quence C Strand diff rent entre nos donn es et les donn es panels Une simple conversion par la fonction STRAND permet de retrouver la fr quences de l all le AO dans le panel de r f rence C1 D Strand diff rent et inversion Une simple conversion avec STRAND n est pas suffisante pour associ la fr quence all lique dans le panels all1 du SNP en cours de traitement car l all le ne correspond pas au premier all le dans la base On test alors s il correspond aux deuxi me all le et on recup re la fr quence si le test retourne vrai D1 E Un des all le est d l t A ou A on compare alors l all le g notyp avec les 2 all les des donn es panel variant ou ancestrale et on retourne la fr quence correspondantes F Une anomalie autre ne permet pas de trouver une fr quence compatible avec les donn es panel b Action 2 Envoie de la requ te MySQL suivante via DBI SELECT chromosome position FROM hg18 SNP130 WHERE nom rsname Si la commande retourne un tuple alors la position et le num ro de chromosome retourn sont affect s au SNP sinon on flag est d pos pour passer l action 3 au tour suivant Aucunes fr quences issue d un panel ou de d finition de bloc ne peut tre attribu au SNP via dbSNP Par d faut les valeurs NA sont inscrites dan
13. ichier de configuration ConfigUpdateRs ini UPDATE RS NAME parameters file This is a comment GENERAL path tmp duval_tmp COMPARE1000G DATABASE path tmp duval_tmp COMPARE1000G db _1kg 1000g_jun2010_b36_ceu 1000g_jun2010_b36_ceu fulldata db Hapmap hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG_fulldata db Path1kg tmp duval_tmp COMPARE1000G db 1000g_jun2010_b36_ceu PathHapmap tmp duval_tmp COMPARE1000G db hapmap3_r2_b36_ceu tsi_minus1kG RecMap_PRE genetic_map_ RecMap_POST _combined_b36 txt Recombination_Rate 5 build UCSC hg lt gt build 18 IN pathBim tmp duval_tmp COMPARE1000G in bim pathFreq tmp duval_tmp COMPARE1000G in frequencies OUT path tmp duval_tmp COMPARE1000G out tmp duval_tmp d signe la racine de l application et doit tre modifi lorsqu on souhaite d placer l application en l absence de makefile
14. mblage g nomique NCBI36 UCSC hg18 Le script ne peut pas pour le moment cibl une position pour des marqueurs au pire absent dans dbSNP130 hg18 L3 7 Double1000g_ tab d limit A l origine cr er pour identifier les marqueurs r f renc s plusieurs fois dans 1000g doublons avec m me rsname m me all le mais position diff rente N anmoins la derni re release des donn es montre que les redondances ont t corrig s Ce fichier est g n r titre de simple contr le IL Le Script Le programme UpdateRsname se r sume 3 l ment Un script principal de lancement en perl updateRs05112010 p 2 librairie de fonction perl et perl DBI 1 UpdateRsSub pm contient les fonctions de traitement des donn es du script 2 UpdteRsUtils pm contient une s rie de fonctions utilitaires toute ne sont pas n cessaire permettant la lecture du fichier de configuration lecture du fichier RsMerge sous format compress GZIP la cr ation de sous r pertoire report si il a t supprimer et d autre fonctions Les Fonctions 1 Script de configuration 1 a Le fichier de Configuration Sous un format correspondant aux fichiers de configuration windows ini Les param tres de navigation et d ex cution n c cessaire au script sont entr s dans ce fichier sous la forme param tre valeur Les diff rents ensembles de param tres sont regroup s en section SECTION afin de clarifier la lecture et l criture modifi
15. ompte des nouveaux numero rs attribu s si le marqueur a t merg et des positions align s sur 1000genomes ou hapmap Le 1er all le reste l all le mineur 1 3 5 Warnstrand_ tab d limit Lorsque une anomalie de STRAND est d tect entre nos donn es de puce et les donn es annexes alors une ligne est inscrite dans ce fichier 2 types d anomalie d clenche une telle inscription Type donn es chrom rsname All le mineur All le majeur a0 a1 dans 1kG ou hapmap 1 1 rs624329 G A CT Strand Diff rent 2 24 rs4933045 A G CT Dans un premier temps le strand diff re entre les donn es de puce et les donn es hapmaps pour le SNP rs933045 puis l all le mineur BIM file n est pas l all le de r f rence dans hapmap Autre anomalie pouvant tre d tect 12 24 rsXXXX A G AC Ce genre d anomalie ne fait l objet d aucun traitement particulier hormis l inscription d une alerte dans ce fichier et l ajout du terme NA dans le champ freqDB_ a0 du fichier frequencies_ L3 6 Missfile1000g_ tab d limit Se fichier contient la liste des marqueurs pour lesquelles une position par d faut en fonction des marqueurs encadrant a t attribu Parmi les causes on peut citer le caract re tr s r cent du marqueur Pour un tel marqueur tant donner que les donn es 1000g et hapmap notre disposition sont align es sur l asse
16. queur Utilisation Cr ation de blocs haplotypiques source Les fichiers genetic_mapping sont disponibles avec les autres donn es hap et legend sur le site https mathgen stats ox ac uk impute impute html Derni re mise jours juin 2010 POUR LE CHROMOSOME X Y et MITOCHONDRIALE Uniquement disponible via hapmap il est possible de r cup rer un fichier par chromosome avec rsname position all le1 all le2 frequence_all le1 directement partir des fichiers suivant source ftp ftp ncbi nlm nih gov hapmap frequencies 2010 08 phaselI IIT allele freqs_chrX _CEU r28_nr b36_fwd txt gz allele_ freqs_chrY_CEU _ r28_nr b36_fwd txt gz allele_freqs_chrM_CEU_r28_nr b36_fwd txt gz Pour la m thode r cup ration des colonnes O rsname 2 position 10 a0 13 a1 11 freq a0 dans cet ordre dans un fichier avec inscription du num ro de chromosome dans la 1 re colone X 23 Y 24 M 26 les fichiers sont alors merg s avec la data contenant les 22 autres chromosomes utilisation des commandes shell curl cut grep cat etc L3 Sorties Chacun des fichiers de sortie est d fini de la fa on qui suit gt pr fixe_nomdu fichierBIM_dateExecution out exemple control_canada_300k_ controls bim_1222010 out 1 3 1 Control tab d limit Ce fichier associe la liste des snps soumis au programme ventuellement merg s sous un autre rsname un ensemble de trois informations Colonel rsname Colonne 2
17. s les champs non remplis c Action 3 Si toutes actions sont veine pour pouvoir aligner un SNP L action de la derni re chance permet par d faut d axer d une certaine fa on le SNP sur les donn es 1000genomes A chaque lecture de ligne le rsname du pr c dant SNP lu est stock dans la variable previousRS en fin de traitement et sa position est inscrite dans la table previousPos rsname Ces 2 donn es peuvent tre alors recup rer la lecture du SNP suivant Lorsque une action de la derni re chance est d clench Alors une serie d information est stok dans la table Warnmiss Unflag Le numero RS du SNP probl matique a0etal Frequence de a0 dans nos datas Le numero RS du SNP pr c dant La position du SNP pr c dant et previousRS lt rsname A la ligne suivante si le flag warnMiss previousRS 0 est lu vrai i e egale 1 au tour pr c dant alors un traitement particulier est effectu Le SNP courant constituant le suivant par rapport au SNP pour lequel on a pas trouv de position La position de ce dernier SNP N 1 est d termin comme tant la position m diane entre le SNP courant N la position pos et le SNP N 2 la position warnMiss previousRS 3 NOTA Cette action n cessite de contitionner toute impression dans le newBimfile Pour viter toute redondance 2 lignes pour le m me rs dont une erron e une variable bool enne a t ajout I Annexes F
18. te diff rence stricte incr mente alors un compteur d erreur suivant le type de requ te Les compteurs sont analys s post rieuri et permettent de d duire la build UCSC sur laquelle est ax notre data L analyse repose sur trois conditionnelles retenant comme build compatible la build ayant un taux d erreurs de moins de 10 8 COMPARE1000G Fonction de traitement qui va chercher a ax les positions de nos marqueurs sur les donn es panel 1000genomes ou Hapmap ou alors sur db SNP130 Cette fonction g n re galement l ensemble des fichiers de sortie pour chaque bim trait Arguments E merge Table de hash contenant les variable bool enne indiquant si le SNP courant est annot ou non de le fichier Rsmerge E new Table de hash contenant les numeros rs merg r f renc par nom initiale E kG Table de hash contenant les donn es 1000genomes E hapmap Table de hash contenant les donn es hapmap E dbSNPhg18_SNPrs Statement DBI retournant position et chr d un SNP introuvable dans 1000genomes ou hapamap depuis dbSNP130 E freq Tables des fr quences all liques E path Path des fichier BIM E path_report Path du repertoire ou seront crit les fichier de sortie E path_db Path du r pertoire des donn es 1000genomes et hapmap E file nom du BIM courant E Inf Concat nation du nom de BIM et date d ex cution pour inscription dans les nom des fichiers en sortie S listSnpRef Retourne l
Download Pdf Manuals
Related Search