DEUG S3,S4
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1. sonbiydeiB sin s uuop s p uons b un p seq syu w j 80X7 INO 13 Ans INO 13 1 5 uonenuls Ino uc 13 ouweiBoid un p uonon nsuo s nb uqoliq q SOJUEJSIXS S21NP2201d uonhesimn ino u 13 ASES Ne 9919 ue six 1 uonesHemnpou qaz aueunbie uc 13 s p UOISSIUSUEI S lEqOl5 S lEP O S QEL PA 6 sejduoxs Sainpo2oid s s bbns 19p1e y dAL UP S u x 6 4 2 150g ounig jqesuods y OANI ASS AINGOMN np WON no uz 15 jejduos uoge INO uz 13 nb uy2 uonegu un2o0p sy uuonipuo s359 uonewwebod SonbiBo suonipuo 5 1 Ino tuz 13 pnoq s mmos s zu s p no uz 13 xne lqe s luL p s pnoq uonewweboid io uz 13 51591 10 2 1 snje2 5 s p uopewwebold no 42 13 SajqeueA S HHOS S RU2. eseq 2p MPNNS OJUI llES 5 ST INO uz 13 S lU L S p 401 5 2 uoneqloyldx p 5 5 OJUI llES DUL S s l no uz 13 IOWSeY anbiBojoiq 0150 ld l xq eouess 5 57 13 J ssed e uou oeyt 2 nbnpuuo ulolq e 8 uononpo 2uT s s bbns 19p1e y dAL UP S nUS U0D 91 LL uz x 8 OUT OEUZT aesoy 1504 oun g lqesuods q ASES 31 0 np WON S13N19V SJINAON 530 NV1Ig Nom du MODULE BILAN TD ET TP S3SV PV Nom du Responsable Aline MAHE Titre de la S ance Type C TD TP A garder oui Modifications Dur e non partiellement sugger es PV1 Transfert S ance de 5h Oui mise en place en d eau dans la plante comprenant sept 2003 Echanges d eau au 1h30 de cours niveau cellulaire 3h30 de TP oignon Etudes de stomates haricot bl ma s PV2 Transfert S ance de 3h Oui mise en place en d eau dans la plante Comprenant sept 2003 D termination des 30 min de cours composants du 2h30 de TP potentiel hydrique chardakoff et osmom trie Oignon TD D veloppement 3 TD de 1h30 Oui modifi en sept Approches 2003 g n tiques du d veloppement des plantes Les phytohormones d finitions nature effets fonctionnement utilisation Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 200
3. 2h oul biologiques continus loi Normale Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 8 Prendre des d cisions 1 Cours int gr 2h oui partir de l tude d chantillons biologiques 1 Tests statistiques de comparaisons de moyennes homog n it et conformit 9 Prendre des d cisions 1 Cours int gr 2h oui partir de l tude d chantillons biologiques 2 Tests statistiques homog n it et conformit chi 2 10 Correction d un devoir Cours int gr 2h oui la maison sur l ensemble des notions vues en biologie quantitative dynamique et statistiques total Cours int gr 20h Nous souhaitons que cet enseignement continue en L2 sous forme d un module long de 25 heures Il est tr s souhaitable qu il ait lieu en m me temps que le module de math matique qui traite de statistiques Le passage de 20 25 heures pourrait permettre de d velopper les notions de corr lations et de r gressions Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 LMD LICENCE INFORMATIQUE APPLIQUEE A LA BIOLOGIE MODULE INFORMATIQUE APPLIQUEE A LA BIOLOGIE EN L2 Equipe pedagogique Bruno BOST Didier CASANE Herv DELACROIX St phane DUQUERROY Olivier LESPINET Kamel SOUDANI Enseignement obligatoire pour tous les tudiants de L2 Objectifs _ d mystifier l outil informatique e former des tudiants imm diateme
4. la glycolyse et de la glucon og n se 5 Couplages faisant intervenir un transport HI R le central de l ATP Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 IV Synth se d ATP au cours de la glycolyse couplages chimiques par transfert de groupement phosphoryle 1 Compos s phosphoryl s 2 Transfert de groupement phosphoryle V Cycle de Krebs et formation des quivalents r ducteurs 1 Couples redox et potentiel d oxydo r duction 2 Formation des formes r duites des couples redox VI Couplages entre r actions d oxydo r duction et synth se d ATP phosphorylation oxydative mitochondriale 1 Quelques notions de structure membranaire 2 Cha ne membranaire mitochondriale de transfert d lectrons a Couples r dox NAD FAD Ubiquinone centre Fe S eytochomes b Composition et fonctionnement de la cha ne c Myopathies mitochondriales 3 ATP synthase 4 Contr le respiratoire 5 Bilan nerg tique de la phosphorylation oxydative VII Couplages entre l hydrolyse et travaux cellulaires 1 ATPases membranaires 2 Transports actifs secondaires Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 Nom du MODULE S3SV BA TD Nom du Responsable H l ne Courvoisier Le fichier s appellera BILAN S3SV BA TD Titre de la S ance Type C TD TP A garder oui Modifications Dur e non partiellement suggerees 1 Evolution du TD 3h oui squelette des membres et des ceintures 2
5. semestre avec l enseignement int gr 36h l autre avec le projet 14h en le couplant avec un autre module de 50h 15h 35h d terminer biologie quantitative statistiques mod lisation Faut il pr voir un enseignement d informatique appliqu e la biologie sp cifique pour les tudiants se destinant une fili re enseignement pr paration concours CAPES Agreg Si oui lequel et par qui Faut il envisager une mise niveau pour les tudiants ext rieurs arrivant Orsay en cours de Licence Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 007 E007 AWT suolx ll i pns sued AISISAIUN ney snid suons bDns 7 sed xn lul anop sues JUOp yeJ s 92X3 p UONESIAN uou uc 13 2ISg ENSIA 540 2 oxq jefqo aqueno 5 uoneuweiBoid uogewwebod un 51 ej 6 2 SISU0 uou 42 13 2158 JENSIA 54 ox4 S L s uuop uou UE 13 f inn Gney snid suons bDns l5olopou ul 5012 JUPE 5 1 suon uo uonesilnn 20x3 p suep 22ejd xn lul 12195 Jn jqe un p ajueurmuod uonesijhn 26essauoidde 7 uou uc 13 s4014 5 2
6. 4 Nom du MODULE TD et TP S48V PV Nom du Responsable Aline MAHE Titre de la S ance Type C TD TP A garder oui Modifications Dur e non partiellement sugger ees Etude de la S ance de 7h Oui modifi e pour fev photosynth se effet 1 comprenant 2004 de la lumi re rouge et 2h de TD verte sur l activit 5h de TP photosynth tique de Chlorelle et de Porphyridium Etude des pigments S ance de 6hh Oui modifi e pour fev photosynth tiques Comprenant 2004 d pinard et de 1h30 de TD Porphyridium spectre 4h30 de TP d absorption et chormatographie TD Photosynth se 2 TD de 1h30 Oui Notion d activit photosynth tique comparaison des spectres d absorption et d action notion de rendement quantique effet Emerson relation carbone azote Exercices Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 Nom du MODULE S4SV PA cours Nom du Responsable Herv DANIEL Physiologie cellulaire cours 13h30 garder e Cellules gliales et Neurones interactions fonctionnelles Bases et techniques de l lectrophysiologie e Communications cellulaires signaux lectriques et messagers chimiques Un exemple de physiologie sensorielle la sensibilit gustative cours commenc en 2003 2004 dans le cadre de la r forme du DEUG L environnement liquidien de la cellule le milieu int rieur cours 12h garder e Les compartiments liquidiens de l organisme Le
7. Evolution et TD 3h oui developpement de l organe visuel 3 Phylog nies et TD 3h oui donn es morpho anatomiques 4 Les cellules de cr te TD 3h oui neurale 5 Developpement TD 3h oui embryonnaire et post embryonnaire chez les insectes 6 Analyse de textes TD 3h oui Remarque le contenu de ces s ances de TD est en troite relation avec le contenu du cours de Mr Maurice Wegnez Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 Nom du MODULE S3SV GEN Nom du Responsable Martine HEUDE Le fichier s appelera BILAN S3SV GEN Les l ments positifs conserver Ce qu il faut modifier Rappelez aussi le contenu en tant assez complets par ex en mettant le titre complet de chaque s ance Cours CI TD TP Merci aussi de faire conna tre vos suggestions pour de nouveaux contenus Il n ya plus d enseignement de S3 GEN depuis cette ann e mis part 1 groupe de redoublants qui ne sera pas poursuivi l an prochain Cet enseignement a t int gr au nouvel S2SV GEN dont j ai rejoint le groupe de travail Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 Nom du MODULE BILAN S3SV BV Nom du Responsable G BELLIARD F HAMET Voir fichier PDF BDRP Titre de la S ance Type C TD TP A garder oui Modifications Dur e non partiellement suggerees Cours 1 Analyse florale Td 1h Angiospermes TP 2h Dicotyledones 2 Inflorescences Tdlh Famille des
8. Informations brutes collect es DEUG SSS V S4S V 15 janv 04 Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 BILANS COURS S3SV et S4SV Reste des documents non parvenus Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 ENSEIGNEMENT DE LA BIOCHIMIE AU S4SV Pierre Le Mar chal et Marc le Maire 12h de cours Introduction Catabolisme et anabolisme Notion de voie m tabolique Structure des sucres A monosaccharides fonctions carbonyle et alcool aldoses et c toses repr sentations de Fischer fonction h miac tal et repr sentations de Haworth anom rie mutarotation du glucose repr sentations de Reeves autres fonctions chimiques des sucres propri t s chimiques des sucres B disaccharides fonction ac tal conventions d criture trois exemples de disaccharides biologiques maltose saccharose lactose C polysaccharides biologiques 1 de r serve glycog ne amidon 2 de structure cellulose chitine parois des bact ries Action des amylases des phosphorylases et des glucosidases ETUDE DE TROIS VOIES DU M TABOLISME NERG TIQUE GLYCOLYSE CYCLE DE KREBS D GRADATION DES ACIDES GRAS R le et localisation cellulaire tapes de la voie Noms des enzymes et des produits Formules chimiques Devenir des carbones utilisation d isotopes radioactifs R gulation de la voie Bilan nerg tique Notion de liaison riche en nergie I Glyc
9. TP 2h Ast rac es 3 Monocotyledones 1 Td 1h Structure du gyn c e TP 2h Lilac es Poac es 4 Fruits graines Td 1h30 5 Fruits graines Td 1h TP 2h 6 Contr le TP 1h30 Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 Nom du MODULE S3SV Biologie quantitative Noms des Responsables Claire Lavigne B atrice Albert Cet enseignement est une introduction la mod lisation des ph nom nes biologiques Il vise initier les tudiants la d marche de formalisation d un probl me biologique Un des objectifs est de leur montrer que la biologie actuelle quelque soit le niveau d tude mol culaire l cosyst me n chappe pas une formalisation pour r soudre des probl mes concrets Cet enseignement est divis en deux parties une partie de dynamique de populations et une partie de traitement statistique de donn es biologiques La premi re partie de l enseignement nous am ne faire des rappels de notions math matiques d j connues des tudiants suites quations diff rentielles et d velopper de nouveaux outils math matiques qui sont fr quemment utilis s en biologie calcul matriciel La deuxi me partie utilise les notions statistiques d velopp es de mani re tr s formelle en math matiques L idee est de montrer tr s concr tement aux tudiants les utilisations biologiques des notions statistiques d velopp es dans le module de math matiques qui a lieu
10. d claration types utilisation constantes oBoucles d finies et ind finies oTests conditionnels conditions logiques oLecture criture de fichiers textes entr es sorties oProgrammation modulaire Proc dures cr ation utilisation Biblioth ques de programmes Utilisation conjointe de proc dures nouvelles et de proc dures existantes biblioth ques e Edition d un programme compilation tests ex cution e Utilisation et r daction de documentations techniques de programmes x Projet personnel TER Cr ation d un programme appliqu a un sujet scientifique R daction d un rapport pr sentation du sujet du programme des resultats l aide d un traitement de texte et d un tableur Pr sentation orale Moyens n cessaires pour cet enseignement e Service informatique du b timent 336 Acc s au syst me d exploitation Linux sur tous les ordinateurs Mise en place d un site Web performant qui pourrait permettre par exemple de faciliter l int gration d tudiants ext rieurs arrivant Orsay en cours de L mise niveau Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 Renforcer l quipe p dagogique enseignants chercheurs ATER moniteurs ce d autant plus si la bioinformatique doit tre pr sente dans tout le L voir suggestions plus bas PROPOSITIONS SUGGESTIONS POUR L ENSEMBLE DE LA LICENCE e Le service informatique du b timent 336 doit continuer tre exploit pou
11. en m me temps que le module de biologie quantitative Les deux modules sont donc tr s compl mentaires sur cette deuxi me partie L ensemble des cours int gr s total 20 h pr sente donc dans un contexte biologique simple comment choisir les variables tudier lorsque l on est confront un probl me biologique et quelques concepts et outils math matiques qui peuvent tre utilis s pour les r soudre Les applications concr tes de cette d marche sont tir es des sujets de recherche des laboratoires dans lesquels travaillent les enseignants ce qui favorise la discussion avec les tudiants En cons quence les exemples choisis varient d une ann e sur l autre Titre de la S ance Type C TD TP A garder oui Modifications Dur e non partiellement suggerees 1 Mod lisation de la Cours int gr 2h oul croissance d une population en temps discret 2 Mod lisation de la Cours int gr 2h oul croissance d une population en temps continu 3 Mod lisation de la Cours int gr 2h oul croissance d une population en utilisant les matrices 4 Mod lisation de la Cours int gr 2h oui croissance d une population suite 5 Description d un Cours int gr 2h oui chantillon Moyenne variance 6 Etudes de caract res Cours int gr 2h oui biologiques discrets Probabilit s loi de Bernouilli et loi binomiale Loi de Poisson 7 Etudes de caract res Cours int gr
12. nt efficaces devant un ordinateur capables de s adapter aux volutions techniques pr visibles et capables de dialoguer avec des sp cialistes de l informatique apporter les connaissances de base dans tous les domaines d utilisation de l informatique dans un contexte biologique syst mes d exploitation programmation tableurs mettre en valeur la logique dans l encha nement d instructions ou de commandes apprendre d chiffrer la documentation technique manuel d utilisation d un programme initier des logiciels classiques de biologie familiariser les tudiants la pr sentation d un document scientifique sur ordinateur projet personnel Volume horaire Total 50h R partition 36h d enseignement int gr en salle informatique 12 s ances de 3h 14h de projet personnel sous forme de TER ou bien 40h d enseignement int gr en salle informatique 2 x 2h 12 x 3h 10h de projet personnel sous forme de TER Contenu de l enseignement x Enseignement int gr en salle informatique Introduction r le de l informatique en biologie exemples de logiciel de biologie RasMol Syst mes d exploitation gestion des r pertoires et fichiers Fichiers types fichiers de donn es ex cutables origines cr ation gestion utilisation e Notion de cahier des charges Programmation structur e langage de programmation C en traitant des exemples biologiques oAlgorithmique oEntr es Sorties oVariables
13. olyse et fermentation Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 A tapes de la glycolyse 1 Passage du glycog ne ou de l amidon au glucose 6P 2 du glucose au glucose 6P 3 du glucose 6P aux trioses P 4 des trioses P au pyruvate B R oxydation du NADH en ana robie 1 Fermentation lactique passage du pyruvate au lactate 2 Fermentation alcoolique passage du pyruvate l thanol Bilan nerg tique II D carboxylation oxydative du pyruvate R oxydation du NADH en a robie coenzymes et vitamines Navettes de transfert des substrats oxyder chez les Eucaryotes M canisme de d carboxylation oxydative Bilan nerg tique Cycle de Krebs R le de la voie Oxydation compl te d un ac tyl CoA en CO2 H20 Devenir des carbones Bilan nerg tique IV D gradation des acides gras Structure des acides gras R le de la voie de 8 h lice de Lynen Transport des acides gras dans les mitochondries acyl carnitine Bilan nerg tique de la d gradation d un acide st arique Comparaison avec l oxydation compl te d une mol cule de glucose ENERG TIQUE BIOCHIMIQUE Plan du cours I Variation d enthalpie libre travail et spontan it des transformations H Couplages nerg tiques 1 R actions et travail chimique 2 Transport et travail osmotique 3 Couplage de deux r actions chimiques 4 R versibilit irr versibilit des voies m taboliques exemple de
14. r toute la Licence L1 L2 et L3 surtout si les salles informatiques actuellement utilis es par le 2 cycle sont utilis es pour le Master De plus la mise en place d enseignements performants n cessite de disposer de moyens humains pour assurer le support technique Propositions pour le L1 mettre en place un enseignement caract re m thodologique incluant la d couverte de l informatique et un apprentissage de l utilisation pertinente des outils informatiques avec un objectif concret pour les tudiants tude bibliographique cr ation d un site Web Les points suivants pourraient tre abord s otraitement de texte avec feuilles de style olnternet utilisation des moteurs de recherche cr ation d un site Web simple otableur l ments de base calculs graphiques utilisation de fonctions pr d finies gestion de donn es Propositions pour le L3 dans un objectif d approfondissement des enseignements de L1 et L2 tant pour repondre aux prerequis des modules de Master que pour preparer les etudiants a une insertion professionnelle en sortie de Licence deux types de modules pourraient tre propos s oApprofondissement en programmation programmation orient e objet autres langages Perl Java Visual Basic o Approfondissement de l approche bioinformatique et ma trise de certains logiciels comment appr hender une probl matique biologique en int grant les diff rents outils informatique
15. s disponibles en m lant des approches de programmation mod lisation statistiques Les th matiques suivantes pourraient tre abord es acquisition traitement et analyse de donn es s bases et banques de donn es analyse des s quences bioinformatique structurale bioinformatique en cologie et volution probl mes agronomiques initiation l imagerie mod lisation du m tabolisme Un projet obligatoire terminerait ces modules de L3 avec un rapport crit et une soutenance On pourrait galement envisager de transposer dans ces modules le concept atelier de bioinformatique auquel participent des tudiants de DEUG dans le cadre du th me et qui est encadr par Jean B nard Jean Benard domsoc u psud fr COMMENTAIRES QUESTIONS EN SUSPENS e Il appara t indispensable de coordonner les enseignements de bioinformatique de mod lisation de biologie quantitative et de statistiques au sein de la Licence si nous voulons pr senter aux tudiants une offre de formation coh rente e Quel format pourra tre adopt pour le module TAB en L2 Il nous appara t indispensable de travailler dans la dur e pour aborder correctement la programmation qui contient des concepts nouveaux pour les tudiants Partant de ce constat deux solutions paraissent envisageables sont elles r alistes omodule TAB 50h sur un semestre 1 ou 2279 o module TAB sur deux semestres un
16. sang L h mostase Le rein R gulation du volume et de l osmolarit des liquides extra cellulaires R gulation du pH des liquides extra cellulaires El ments d immunologie Nom du MODULE S4SV_PA TD TP Nom du Responsable Heather MCLEAN TP 3h garder e Batterie de diffusion Activit lectrique du nerf sciatique Physiologie r nale Mesure de volume sanguin et dosage plasmatique Potentiel de la membrane Physiologie de la go t ouverte en 2003 2004 dans le cadre de la r forme du DEUG TD 1h30 garder Activit ionique Pouvoir tampon du sang Potentiel de la membrane Transports membranaires Exploration fonctionnelle du rein Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004
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