PapilloCheck® Notice d`utilisation - Greiner Bio-One
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1. temp rature ambiante pendant 10 secondes en d pla ant le porte lame de haut en bas Deuxi me tape de lavage Laver la ou les puces PapilloCheck dans la solution de lavage ll au bain marie 50 C pendant 60 secondes en d pla ant le porte lame de haut en bas Troisi me tape de lavage Laver la ou les puces PapilloCheck dans la solution de lavage lll temp rature ambiante pendant 10 secondes en d pla ant le porte lame de haut en bas S chage m Retirer imm diatement tout liquide de la surface des puces PapilloCheck par centrifugation 3 minutes 1 minute 500 g Vitesse maximale Figure 6 tapes de travail de la proc dure de lavage Effectuer les tapes de lavage et de s chage avant l analyse de la puce PapilloCheck l aide du scanner CheckScanner et du logiciel CheckReport Software 30 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 4 Lecture et valuation de la puce PapilloCheck Placer la ou les puces PapilloCheck dans le scanner CheckScanner et proc der au balayage de la mani re indiqu e en d tail dans le Guide de l utilisateur du logiciel CheckReport Software Pour de plus amples informations sur l installation du scanner CheckScanner et du logiciel CheckReport Y Software ainsi que sur le syst me informatique requis consulter le manuel d utilisation du scanner CheckScanner et du logiciel CheckReport Software Lorsque2. PapilloCheck Notice d utilisation HPV DNA Chip Kit de diagnostic pour le g notypage des papillomavirus humain de type 6 11 16 18 31 33 35 39 40 42 43 44 55 45 51 52 53 56 58 59 66 68 70 73 et 82 dans des frottis du col de l ut rus R F 465 060 Pour usage diagnostique in vitro par le personnel de laboratoire qualifi exclusivement Greiner Bio One GmbH Maybachstr 2 e 72636 Frickenhausen Allemagne T l 49 0 7022 948 0 Fax 49 0 7022 948 514 info de gbo com e www gbo com bioscience R vision BQ 013 07 Ao t 2011 gt greiner bio one EXPLICATION DES SYMBOLES en de fr es pt nl da sv pl no el tr Store in the dark Im Dunkeln lagern stocker l abri de la lumi re Conser var en un lugar oscuro Conserva re al buio Conservar num local escuro Donker bewaren Opbeva res m rkt F rvaras m rkt Przechow ywa w ciemno ci Oppbeva res m rkt ATTOONKEUETOI OTA OKOTEIV Karanlik yerde saklayiniz Use by Mindes tens haltbar bis Date limite de conserva tion A utilizar preferib lemente antes de Da utilizzare entro e non oltre A utilizar preferi velmente antes de Tenminste houdbaar tot Anvendes senest Sista f r bruknings dag Termin zydatno ci holdbar til TO AY TEPO SiaTnpe tal Son kullanma tarihi Consult Instruc tions For Use
3. d utiliser des barrettes pour PCR de 8 tubes Les microtubes simples 0 2 ml sont en option si les barrettes ne sont pas disponibles 3 Uniquement n cessaire en cas d absence de centrifugeuse pour lames PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 quipement R f Greiner Bio One Quantit CheckScanner 862 070 1 Version de base du logiciel CheckReport Software 862 080 Module PapilloCheck du logiciel CheckReport Software 862 081 Chambre d hybridation oCheck Hybridisation Chamber avec porte lame Poign e pour porte lame 447 001 447 070 Rigole de lavage oCheck Washbox 447 020 oCheck VacSet 863 080 1 oCheck VacPump 863 070 1 Enzymes requises e Taq Polym rase HotStarTaq ADN polym rase 5 U ul Qiagen 203203 203205 203207 203209 e Uracil N glycosylase Uracil ADN glycosylase 1 U ul Fermentas r f ENO361 r f ENO362 Consommables suppl mentaires requis e Eau de qualit PCR e Eau distill e ou d sionis e e Gants usage unique quipement suppl mentaire requis e Micro centrifugeuse pour microtubes de 1 5 et 2 ml e Centrifugeuse pour tubes en polypropyl ne de 50 ml par ex BeckmanCoulter Allegra X 22 Centrifuge C0650 Fixed Angle Rotor ou centrifugeuse pour lames par ex Labnet Slide Spinner VWR International Galaxy MiniArray Centrifuge e Micro centrifugeuse pour microtubes simples de 0 2 ml ou barrettes pour PCR de 8 tubes par ex L
4. 6 PCR EIA Pour cette tude des chantillons provenant de 1 437 femmes repr sentatives de plus de 40 ans ge moyen de 49 ans tranche d ge comprise entre 40 et 60 ans pr sentant une cytologie normale groupe t moin et 192 femmes repr sentatives ge moyen de 34 ans tranche d ge comprise entre 30 et 60 ans pr sentant des l sions de CIN3 confirm es histologiquement groupe de cas ont t analys s Tous les chantillons utilis s dans le cadre de cette tude ont t initialement pr lev s au cours de l tape d inclusion sur des femmes int gr es du groupe d intervention de l essai randomis et contr l de mise en uvre au profit de la population POBASCAM amp Apr s avoir limit l analyse PapilloCheck 14 types HPV haut risque cibl s par le test GP5 6 PCR EIA PapilloCheck pr sentait une sensibilit clinique pour gt CIN3 de 95 8 184 192 IC 95 92 8 98 8 et une sp cificit clinique pour gt CIN2 de 96 7 IC 95 95 7 97 7 titre de comparaison ces chiffres taient respectivement de 96 4 185 192 IC 495 93 9 98 9 et 97 7 IC 95 96 9 98 5 respectivement pour le test GP5 6 PCR EIA voir les Tableaux 5 et 6 Tableau 5 Comparaison des r sultats de PapilloCheck 14 types HPV haut risque et GP5 6 PCR EIA stratifi s pour les t moins et les cas PapilloCheck GP5 6 PCR EIA 14 types HPV haut risque T moins 1 386 96 5 4 0 3 1 390 96
5. PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 11 2 R p tabilit Pour valuer la r p tabilit du test cinq chantillons contenant chacun trois mod les de r f rence de HPV diff rents ainsi que de l ADN g nomique humain ont t analys s avec PapilloCheck Le nombre de copies des diff rents HPV cibles pr sents dans les chantillons variait de m me que le fond d ADN humain voir le Tableau 9 Chaque chantillon a t analys avec PapilloCheck en cinq r p titions ind pendantes Ces r p titions ont t analys es par le m me technicien dans les trois jours Tableau 9 Composition des chantillons soumis aux tests de r p tabilit Limite de d tection multipli e par X ID d chantillon Type HPV Quantit d ADN modele chantillon 1 chantillon 2 chantillon 3 chantillon 4 chantillon 5 HPV 16 HPV 18 HPV 31 ADN g nomique humain HPV 16 HPV 18 HPV 31 ADN g nomique humain HPV 16 HPV 18 HPV 45 ADN g nomique humain HPV 16 HPV 18 HPV 45 ADN g nomique humain HPV 18 HPV 31 HPV 45 ADN g nomique humain 180 copies 1 500 copies 1 400 copies 1 ng 180 copies 1 500 copies 1 400 copies 5ng 1 800 copies 450 copies 300 copies 5ng 10 000 copies 5 000 copies 20 000 copies 2 5 ng 4 500 copies 500 copies 90 copies 2 5 ng Pour les cinq chantillons et chaque analyse r p t e les trois types HPV corrects ont
6. Vor Gebrauch Anwei sung lesen Lire le manuel avant utilisation Antes de usar lea las instruccio nes Leggere le istruzi oni prima dell uso Antes de usar leia as inst ru es Gebruik saanwij zing lezen L s brugsan visningen L s bruk sanvisnin gen f re anv nd ning Przed u yciem przeczyta instrukcj Les bruksan visning f r bruk Trpiv TNV xp on DIABGOTE TIG o nyiec Kullanma dan nce talimat okuyun PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Catalog Number Katalog nummer Num ro de r f rence N mero de cat lo go Numero catalogo N mero de cat lo go Catalo gusnum mer Katalog nummer Katalog nummer Numer katalo gowy katalog nummer Api8ui S Katald you Katalog numaras Manufac turer Hersteller Fabricant Fabri cante Produt tore Fabri cante Fabrikant Producent Tillverkare Producent produsent Mapaywy s retici firma In Vitro Dianostic Medical Device In Vitro Diagnos tika Medi zinprodukt Produit m dical de dia gnostic in vitro Producto medicinal de diagn sti ca in vitro Dispositivo medico diagnosti co in vitro Producto medicinal de diagn sti ca in vitro In vitro diag nostisch medisch product In vitro meskdicin doag nose apparat In vitro medicinsk doag
7. DURE PAPILLOCHECK Le chapitre suivant d crit en d tail les diff rentes tapes de travail menant in fine l laboration d un rapport d taill indiquant clairement la pr sence ou l absence d un ou plusieurs des 24 types HPV d tectables dans chaque frottis du col de l ut rus analys La Figure 4 pr sente une vue d ensemble des diff rentes tapes de travail r aliser Elle illustre galement le sous chapitre correspondant qui d crit l tape du test en particulier Les tapes de travail doivent tre men es dans l ordre indiqu dans ce chapitre Chaque tape pratique est indiqu e par une fl che bleue ve Le pr l vement des chantillons l extraction d ADN et l analyse avec le logiciel CheckReport Software ne font pas partie du kit de test PapilloCheck La description de ces tapes de travail est donc abr g e dans ce chapitre Pour de plus amples informations consulter les manuels d utilisation correspondants par exemple dans le kit de pr l vement PapilloCheck Collection Kit le kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit et le logiciel CheckReport Software 8 1 Pr l vement d chantillon et extraction d ADN 8 1 1 Pr l vement d chantillon Le pr l vement d chantillon ne fait pas partie du kit de test PapilloCheck Un kit de pr l vement d di aux frottis du col de l ut rus PapilloCheck Collection Kit est galement disponible aupr s de Greiner Bio One voir les informations u
8. HPV 70 HPV 71 HPV 73 HPV 74 HPV 81 HPV 82 HPV 84 HPV 85 HPV 91 Les hybridations crois es suivantes ont t d tect es HPV 55 g n re un signal sur la sonde HPV 44 Par cons quent le logiciel CheckReport Software affiche un r sultat HPV 44 HPV 55 combin HPV 13 peut g n rer une r action crois e avec la sonde HPV 11 mais ne produit pas de faux positif car HPV 13 n est pas pr sent dans les frottis du col de l ut rus 11 1 3 Sp cificit analytique Organismes non HPV Les organismes non HPV suivants ont t test s avec PapilloCheck 5 10 ng d ADN g nomique Aucun signal positif n a t d tect Acinetobacter baumannii Acinetobacter calcoaceticus Acinetobacter lwoffii Actinobacillus actinomycetemcomitans Serovar c Actinomyces odontolyticus Actinomyces viscosus Bacillus subtilis Bifidobacterium adolescentis Bifidobacterium breve Campylobacter concisus Campylobacter gracilis Campylobacter rectus Candida albicans Capnocytophaga gingivalis Capnocytophaga ochracea Capnocytophaga sputigena Citrobacter amalonaticus Citrobacter freundii Citrobacter freundii Citrobacter koseri Citrobacter koseri Clostridium difficile Clostridium perfringens Eikenella corrodens Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae Enterobacter sakazakii Enterococcus durans Enterococcus faecali Enterococcus faecium Escherichia coli Eubacterium nodatum Fusobacterium nucleatum Gardnerella vaginalis Hafnia alvei K
9. dure du test est r sum e dans la Figure 1 Avant de proc der l analyse PapilloCheck il faut extraire l ADN d un frottis du col de l ut rus Le pr l vement d chantillon et l extraction d ADN ne font pas partie du kit de test PapilloCheck Des produits d di s au pr l vement d chantillon kit de pr l vement PapilloCheck Collection Kit et l extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit sont galement disponibles aupr s de Greiner Bio One et doivent tre achet s s par ment voir les informations utiles pour la commande au chapitre 2 Apr s extraction de l ADN g nomique viral et humain d un frottis du col de l ut rus un fragment de 350 bp du g ne E1 viral est amplifi par r action en cha ne par polym rase PCR en pr sence d un ensemble d amorces sp cifiques au HPV Dans le cadre de la m me r action un fragment du g ne humain non r p titif ADAT1 ad nosine d aminase1 sp cifique l ARNt humain est amplifi pour surveiller la pr sence de mat riel d chantillon humain dans le frottis du col de l ut rus contr le d chantillon et un mod le de contr le interne pr sent dans le PapilloCheck PCR MasterMix est amplifi pour surveiller la performance de la PCR contr le de PCR Le PapilloCheck PCR MasterMix contient en outre du dUTP Toute contamination par recirculation potentielle issue des r actions PCR pr c dentes peut donc tre exclue en utilisant un traitement base d uracil n gl
10. frottis du col de l ut rus qui sont tr s dilu s et qui ne pr sentent pas de cellule visible doivent tre concentr s pour obtenir une plus forte concentration de cellules en vue de l extraction d ADN centrifuger jusqu 1 000 ul d chantillon pendant 5 minutes 11 000 g et remettre le culot en suspension dans 250 ul d eau distill e Les 250 ul peuvent ensuite tre trait s avec le kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit Cette tape de concentration est uniquement adapt e aux frottis du col de l ut rus pr lev s l aide du kit de pr l vement PapilloCheck Collection Kit sur un support de pr l vement PreservCyt ou sur un support de pr l vement Surepath En cas d utilisation du support de pr l vement STM une concentration par centrifugation n est pas possible PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 2 R action en cha ne par polym rase PCR La PCR est une m thode tr s sensible qui permet de d tecter des quantit s d ADN extr mement faibles Des pr cautions sp ciales doivent tre observ es pour viter toute contamination de la r action voir le chapitre 7 Les enzymes HotStarTaq polym rase et uracil N glycosylase sont n cessaires mais elles ne sont pas fournies dans le kit de test PapilloCheck et doivent tre achet es s par ment voir le chapitre 2 Le kit de test PapilloCheck a t valid l aide de HotStarTaq polym rase de Q
11. nostisk apparatur Diag nostyka in vitro Produkt yw in vitro di agnostisk medisinsk utstyr In vitro DIAYVWOTIK ATPIK TTPO OVTA In vitro diagnostik tibbi tani r n Tempe rature limitation Tempera turbegren zung Limite de temp ra ture Limitaci n de tempera tura Limitazio ne tempe ratura Limita o de tempera tura Tempera tuurbeper king Tempera turbegra ens r Tempe ratur be gr nsning Ograni czenie tempera tury tempe raturbe grensning TTEDIODIOUOC Bepuokpao ia S cakl k s n rlamas contains sufficient for lt n gt tests Inhalt ausrei chend f r lt n gt Tests Contenu suffisant pour lt n gt tests Contenido suficiente para lt n gt ensayos Contenuto sufficiente per test lt n gt Conte do suficiente para lt n gt ensaios Voldoen de inhoud voor lt n gt tests Indehol der nok til lt n gt test Inneh llet r cker till lt n gt tester Zawarto wystarcza na lt n gt test w Innhold tilstrekke lig for lt n gt tester lepiex uevo APOKET y q lt n gt TEOT eri i lt n gt test i in yeter lidir Irritant Reizend Irritant irritante Irritante irritante Irriterend Lokalirri terende irriterande dra ni cy irriterende EPEBIOTIK Tahris edici Batch code Chargen bezeich nung Num ro de lot C digo
12. op ration d licate II faut des lors veiller pipeter avec la plus grande pr cision possible e Pour viter toute contamination microbienne des r actifs retirer les aliquotes des tubes de r actif avec prudence e Toutes les tapes de centrifugation doivent tre r alis es temp rature ambiante 18 25 C PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 7 3 4 Travailler en toute s curit e Faire preuve de prudence lors de la manipulation d chantillons biologiques contenant du mat riel humain potentiellement infectieux Afin de r duire le risque d infection li du mat riel potentiellement infectieux il est recommand de travailler sous flux laminaire jusqu ce que la lyse des chantillons soit termin e Manipuler et liminer tous les chantillons biologiques comme s ils taient susceptibles de transmettre des agents infectieux e Ne jamais pipeter les solutions la bouche e Ne pas manger boire fumer ni appliquer de produits cosm tiques dans les zones de travail e viter tout contact direct avec les chantillons biologiques ainsi que toute projection des chantillons e Toujours porter une blouse des gants et des lunettes de protection dans le cadre d un travail avec des chantillons humains e Se laver soigneusement les mains apr s avoir manipul les chantillons et les r actifs PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 PROC
13. quipement ni les consommables ne doivent tre interchang s entre les diff rentes salles et les diff rents espaces du laboratoire Ainsi une duplication de l quipement et des consommables est n cessaire et doit tre prise en compte lors de l quipement du laboratoire PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 7 3 Avertissements et pr cautions 7 3 1 Pr vention de la contamination e faut porter une blouse tout au long de la proc dure et chaque salle du laboratoire doit disposer de plusieurs jeux de blouses e Il faut porter des gants chaque tape de l analyse et il faut en changer r guli rement notamment pendant l extraction d ADN e L espace de travail doit tre d contamin l aide d une solution de nettoyage appropri e e Ne jamais toucher l int rieur du bouchon d un microtube Pour viter une contamination crois e n ouvrir qu un seul tube la fois e Utiliser des pointes filtre pour micropipettes appropri es quip es d une barri re a rosole sans DNase sans RNase et sans ADN humain Toujours changer les pointes des pipettes entre les transferts de liquides 7 3 2 Instructions pour la manipulation des puces ADN e Les puces ADN doivent tre utilis es dans un environnement sans poussi re Le d p t de poussi re et d autres particules sur la surface de la puce doit tre vit e Ne pas toucher la zone d hybridation situ e la surface de la puce
14. 000009 0000000000 0000000000 T11 1 10101000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 ceca e ERES 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 0000000000 CPOTIITIITI 9000000000 0000000000 0000000000 0000000000 hehehe hh le canal rouge 635 nm le canal vert 532 nm Figure 2 Conception de la puce PapilloCheck a Sch ma de la puce PapilloCheck b et c Images affich es par le logiciel CheckReport Software pour les deux longueurs d onde d excitation utilis es pour la lecture b le canal rouge 635 nm c le canal vert 532 nm et sch mas du design de la micro puce PapilloCheck Les sondes sp cifiques au type HPV et les contr les sur puce sont pr sent s PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 6 4 2 Contr les sur puce La conception de la puce ADN PapilloCheck int gre des contr les sur puce complets Plusieurs syst mes de contr le surveillent les tapes cl s du test et du traitement de la puce y compris la qualit de l chantillon et l extraction d ADN contr le d chantillon la qualit de la PCR contr le de PCR l efficacit de l hybridation contr le d hybridation ainsi que l homog n it et la qualit de l impression contr le d orientation et contr le d impression Outre la pr sence ou l absence de types HPV le logiciel CheckReport Softwa
15. 013 07 Ao t 2011 2 Hybridation 4 Balayage et analyse EI OI IE Figure 1 Proc dure du test PapilloCheck 1 PCR Apr s l extraction d ADN un fragment de 350 bp du g ne El viral et des fragments de deux cibles de contr le sont amplifi s par PCR Les produits d amplification sont ensuite hybrid s avec des sondes d ADN compl mentaires sur la puce 2 Hybridation Chaque type HPV est d tect par une sonde d ADN sp cifique pr sente en cinq exemplaires Le marquage fluorescent est introduit au cours de l hybridation 3 Lavage et s chage L ADN non li est limin aux tapes de lavage suivantes 4 Balayage et analyse La puce PapilloCheck est balay e analys e et valu e l aide du scanner CheckScanner et du logiciel CheckReport Software Un rapport indiquant clairement la pr sence ou l absence d un ou plusieurs des 24 types HPV d tectables est g n r 12 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 6 4 Conception de la puce ADN PapilloCheck 6 4 1 Design de la puce PapilloCheck Chaque puce PapilloCheck contient 12 micro puces nomm es de A1 B6 Chaque micro puce PapilloCheck comporte 28 sondes diff rentes et pr sente un bord sur lev Chaque sonde est depos e en cinq exemplaires Le design de la micro puce ADN PapilloCheck est illustr dans la Figure 2 et les contr les sur puce sont expliqu s plus en d tail au chapitre 6 4 2 00000
16. 5 2 yl 7 8 u 10 4 pl 5 U ul Uracil N Glyco sylase Dilution au 1 200 0 005 U pl 13ul 26 yl 39 yl 52 yl Volume total avant l ajout de l ADN dans l chantillon 21 yl 273 yl 546 yl 819 ul 1092 u m M langer soigneusement le m lange r actionnel mg Aliquoter le m lange r actionnel ajouter 21 pi du m lange r actionnel pour chaque PCR dans un microtube pour PCR de 0 2 ml d une barrette pour PCR mr e fl e fl e fen O rv T PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 12 2 Salle 2 PCR Ajout de la matrice d ADN PCR mg Ajouter 5 pl de matrice d ADN pour chaque PCR mg Bien m langer mg D buter la PCR avec le programme pr par du thermocycleur Temp rature C Nombre de cycles 37 C 1 95 C 1 1WOUNMmX mr e fl e fl e fen O kv T PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Commencer les pr parations au moins 30 minutes avant l hybridation Dissoudre les pr cipit s qui ont pu se former dans les tampons d hybridation et de lavage et bien m langer Pr parer le m lange de solution de lavage pour la quantit de puces PapilloCheck analyser Eau distill e ou d sionis e 140 ml 280 ml 420 ml 560 ml Tampon A PapilloCheck 14 ml 28 ml 42 ml 56 ml Tampon B PapilloCheck 1 75 ml 3 5 ml 5 25 ml 7 mi Volume total 155 75 m 311 50ml 467 25 ml 623 ml Al
17. 7 18 1 3 29 2 0 47 3 3 1 404 97 7 36 2 3 1 437 4 2 1 4 2 1 8 4 2 3 1 6 181 94 3 184 95 8 7 3 6 185 96 4 192 Tableau 6 Sensibilit et sp cificit cliniques de PapilloCheck et de GP5 6 PCR EIA r sultats pour un ou plusieurs des 14 types HPV haut risque HPV 16 18 31 33 35 39 45 51 52 56 58 59 66 et 68 14 HPV haut risque PapilloCheck GP5 6 Sensibilit clinique 0 o pour gt CIN3 95 8 96 4 Sp cificit clinique pour 2 CIN2 96 7 97 7 D 7 Comparison of the clinical performance of PapilloCheck human papillomavirus detection with that of the GP5 6 PCR enzymeimmunoassayinpopulation basedcervicalscreening HesselinkAT Heideman DA BerkhofJ TopalF Pol RP Meijer CJ Snijders PJ J Clin Microbiol 2010 Mar 48 3 797 801 Epub 2009 Dec 30 8 Bulkmans N W L Rozendaal P J Snijders F J Voorhorst A J Boeke G R Zandwijken F J van Kemenade R H Verheijen K Groningen M E Boon H J Keuning M van Ballegooijen A J van den Brule and C J Meijer 2004 POBASCAM a population based randomized controlled trial for implementation of high risk HPV testing in cervical screening design methods and baseline data of 44 102 women Int J Cancer 110 94 101 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Afin d valuer la pr valence des types HPV d tect s par PapilloCheck des frottis du col de
18. Use of uracil DNA glycosylase to control carry over contamination in polymerase chain reactions Gene 93 125 128 1990 22 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 2 3 Pr paration de la PCR l exception de la HotStarTaq polym rase et de l uracil N glycosylase le PapilloCheck PCR MasterMix contient d j tous les composants n cessaires la PCR tampon de PCR Mol dNTP amorces et ADN contr le de PCR Le kit de test PapilloCheck a t valid l aide de HotStarTaq polym rase de Qiagen voir le chapitre 2 Il est imp ratif d utiliser cette enzyme pour atteindre les performances tablies De mani re optimale la pr paration du m lange r actionnel est r alis dans un environnement prot g par exemple sous une hotte PCR pour viter toute contamination de la r action mg Pr parer le m lange r actionnel compos de PapilloCheck PCR MasterMix HotStarTaq polym rase et uracil N glycosylase pour la quantit requise de PCR comme indiqu dans le Tableau 3 Pour analyser plusieurs chantillons le m lange r actionnel doit tre pr par en lot dans la quantit requise pour toutes les analyses Pour s adapter aux variations de volume qui surviennent au cours du pipetage il est recommand d augmenter le nombre de r actions n de 1 pour chaque puce n 1 Par exemple pr parer un volume de m lange r actionnel pour 13 amplifications si 12 chant
19. abnet Spectrafuge Mini Centrifuge e Thermocycleur pour PCR GeneAmp PCR system 9700 Applied Biosystems ou Veriti M 96 Well Thermal Cycler Applied Biosystems e Bain marie 50 C e Micropipettes diff rentes plages entre 1 et 1 000 ul e Multi pipette 8 canaux 5 50 ul par ex Brand Transferpette 8 Brand e Pipeteur pour pipettes en verre et en plastique e Vortex e Racks pour diff rents microtubes Autre mat riel requis e Ordinateur concernant le syst me requis voir les manuels d utilisation du scanner CheckSanner et du logiciel CheckReport Software 4 Pour la proc dure de lavage de PapilloCheck trois chambres de lavage oCheck Washboxes sont n cessaires gt Uniquement n cessaire en association avec la r f 515 050 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 3 EXP DITION ET STOCKAGE Le kit de test PapilloCheck est exp di temp rature ambiante ll doit toutefois tre stock 4 8 C imm diatement r ception et prot g de la lumi re Lorsqu ils sont conserv s correctement le kit de test PapilloCheck et ses composants peuvent tre utilis s jusqu la date de p remption indiqu e Dans ces conditions la dur e de conservation correspond la date de p remption apr s la premi re ouverture du kit et de ses composants 4 CONSIGNES DE S CURIT Le kit de test PapilloCheck est r serv un usage en laboratoire et pas pour m dicat
20. antillon Les chantillons sont tr s clairs Les concentrer conform ment la description donn e au chapitre 9 1 et recommencer l extraction d ADN ou le pr l vement d chantillon Ce r sultat est jug valide si le logiciel CheckReport Software d tecte au moins un type HPV dans l chantillon et que le signal est sup rieur un seuil d fini Le contr le d chantillon et ou de PCR peut ensuite pr senter des signaux de fluorescence faibles voire nuls en raison de la comp tition qui s est exerc e au cours de la PCR 10 ASSISTANCE TECHNIQUE Greiner Bio One poss de un d partement de service technique dont le personnel est constitu de scientifiques exp riment s disposant d un savoir faire pratique et th orique appropri dans le domaine de la biologie mol culaire et des produits oCheck Pour toute question ou difficult li e aux produits oCheck ne pas h siter contacter un distributeur Greiner Bio One local 33 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 11 CARACT RISTIQUES DE PERFORMANCE DE PAPILLOCHECK 11 1 Performance analytique de PapilloCheck 11 1 1 Sensibilit analytique La limite de d tection LoD a t d termin e l aide de plasmides de r f rence pour chaque type HPV d tectable contenant la zone E1 cibl e par PapilloCheck Les LoD sont r sum es dans le Tableau 8 Tableau 8 Limites de d tection des types HPV d tectables i Copies G no
21. ccnncccconnncononnnnccnnnnnnncnnnnnanronnnnanrennnanncens R SUM DU PROTOCOLE DE PAPILLOCHECK occnccccccccconnnocnoncnnccnannncnnonancnnnnnnonns 12 1 Salle 2 12 2 Salle 2 12 3 Salle 3 12 4 Salle 3 PCR Pr paration du m lange r actionnel ss PCR Ajout de la matrice d ADN PCR coccccocccccnnoconcnconnnncnnnncnnnnnnanononnnonanrnnnarennnnnnananes Hybridation Pr paration R action d hybridation Lavage et s chage Lecture et valuation ss PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 1 COMPOSITION DU KIT Kit de test PapilloCheck Contenu Quantit 5 PapilloCheck SS PCR MasterMix 5 x 300 ul 1 bo te de lames PapilloCheck comportant 5 puces PapilloCheck 2 PapilloCheck Tampon d hybridation Bo te de lames 5 x 12 puces 5 x 12 puces Tampon d hybridation 2 x 1 000 pl 2 tampons A concentr s PapilloCheck Tampon A concentr 2x40 ml 1 tampon B concentr PapilloCheck Tampon B concentr 1x15ml 1 Un kit de test PapilloCheck suffit analyser 60 chantillons 2 Contient tous les composants n cessaires pour la PCR sauf la Taq ADN polym rase et l uracil N glycosylase 3 Une puce PapilloCheck contient 12 micro puces PapilloCheck PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 2 CONSOMMABLES QUIPEMENT ET MAT RIEL REQUIS Il es
22. cer l hybridation du ou des produits de PCR sur une autre puce Formation de bulles d air Recommencer l hybridation du ou des produits de PCR sur une autre puce pendant le transfert de liquide Pipeter soigneusement pour viter la formation de bulles d air sur la puce HYBRIDISATION CONTROL FAILED chec du contr le d hybridation Temp rature incorrecte La seconde tape de lavage doit tre effectu e 50 C V rifier que la solution de la solution de lavage II de lavage Il est port e cette temp rature Temp rature incorrecte La seconde tape de lavage doit tre effectu e 50 C Contr ler la temp rature du bain marie du bain marie V rifier que le bain marie est r gl sur une temp rature de 50 C Si n cessaire contr ler la temp rature l aide d un thermom tre Mauvaise pr paration du Recommencer la pr paration du m lange d hybridation avec les volumes m lange d hybridation corrects puis hybrider les produits de PCR sur une autre puce 32 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 PROBL ME et raison PCR CONTROL FAILED chec du contr le de PCR Pas d ajout de HotStarTaq ADN polym rase au MasterMix Ajout de HotStarTaq ADN polym rase ne fonctionnant pas correctement au MasterMix Ajout d uracil N glycosylase non dilu e au MasterMix M lange insuffisant du m lange r actionnel Pr sence d inhibiteurs de PCR dans l chantillon L hybrida
23. de lote Codice del lotto C digo do lote Lot nummer Lotnum mer Lot nummer Kod partii batch nr KW IK TTAPTIOAG Parti kodu Important Note Wichtiger Hinweis Note impor tante Nota im portante Nota im portante Aviso im portante Belangri jke op merking Vigtig henvis ning Viktigt medde lande Wazne Viktig merknad 2NpQVTIK UTT DEISN nemli Not TABLE OF CONTENTS 1 GOMPOSITON DU A aa ae CONSOMMABLES QUIPEMENT ET MAT RIEL REQUIS nn EXP DITION ET STOCKAGE mrmmmrnenenenenneennncenenenenennnneennnnenennnnennenennse CONSIGNES DE S CURlTE concocccccccccconnoccccononcnnononcnoonnnnccna nro cnn rro rra ono rro nnc narnia LIMINATION DES D CHETS JO eet ant et ME 6 1 6 2 6 3 6 4 MET ME Types HPV d tectables avec PapilloCheck ii EEERRREENRRR KEREN E ERR EERRREEERKEn Principe duU SERRE ee Re Conception de la puce ADN PapilloCheck ooooonnccccccnccancccccnnnonanccncnnnnnnnnccnnnnnnnnnncrnnnnnnnnncennnnnnnns 64 1 Design dela p ce Pablo he nn en Ne Sn Diz GE EE CONDITIONS G N RALES DE TRAVAIL AVEC PAPILLOCHECK ss 7 1 7 2 Instructions DEE S DArALION d s Salle SE en ne en Ds eee nn ee O 7 3 Avertissements et pr cautions ooccconncccconiccnncconcccnnnncnnnrennnrcnnnrnnnnn rra rrnnnrnnnn rra rrnnnrennnrrrnnnrrnnnrenanes st rre venton ae la conta nina lO e o lO ne nn ne 7 3 2 Instructions pour la man
24. e Seul le c t tiquet de la puce est destin l hybridation e Ne pas utiliser de marqueurs pour identifier les puces ADN car ils g n rent une fluorescence non sp cifique sur la puce e Les puces ADN sont exclusivement usage unique Les puces hybrid es ne peuvent pas tre r utilis es e Conserver les puces inutilis es dans leur bo te d origine l int rieur de la poche zipp e fournie qui contient un dessicatif 7 3 3 Pr cautions g n rales e Le pr sent kit est exclusivement destin tre utilis des fins de diagnostic in vitro et ne doit tre utilis que par le personnel form aux pratiques de laboratoire de diagnostic in vitro e r ception v rifier que les composants du kit ne sont pas endommag s Si l un des composants par exemple les flacons de tampon est endommag contacter le distributeur Greiner Bio One local Ne pas utiliser des composants de kit endommag s faute de quoi les performances du kit pourraient tre r duites e Ne pas utiliser le kit de test PapilloCheck apr s la date de p remption e Ne pas utiliser de r actifs p rim s e Ne pas m langer les r actifs de diff rents lots e Utiliser exclusivement les r actifs l quipement fournis avec le kit et ceux recommand s par le fabricant e lest n cessaire de r guli rement calibrer entretenir les micropipettes le bain marie et le bloc chauffant e Le pipetage de petites quantit s de l ordre du microlitre est une
25. e d vaporation Si plusieurs lames doivent tre trait es en m me temps l utilisation d une multi pipette est requise pour atteindre le temps d hybridation qui convient Si possible hybrider les 12 puits d une puce En cas de traitement de moins de 12 chantillons laisser les puits inutilis s vides Ces derniers ne pourront toutefois pas tre utilis s ult rieurement Manipuler la puce avec soin pour viter de d verser le m lange d hybridation Le d versement peut entra ner une contamination crois e des chantillons et g n rer des faux positifs Incuber la puce pendant exactement 15 minutes temp rature ambiante 20 25 C dans la chambre d hybridation pr par e dans une atmosph re sombre et satur e en humidit Veiller ne pas d placer la chambre d hybridation pendant l hybridation Ne jamais modifier le temps d incubation ni la temp rature de la r action d hybridation car cela peut provoquer une perte d intensit du signal de fluorescence ou une hausse de la fluorescence non sp cifique Ne pas exposer les puces hybrid es la lumi re directe du soleil PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Pr parer une atmosph re satur e en humidit dans la chambre d hybridation Incuber la quantit requise de puces PapilloCheck dans la chambre d hybridation temp rature ambiante 20 25 C voir le chapitre 8 3 1 M langer 30 ul du tampon d hybridation Pap
26. e pendant 10 secondes Retirer tout liquide de la surface de la puce PapilloCheck par centrifugation Lire la ou les puces PapilloCheck l aide du scanner CheckScanner Effectuer une lecture et une analyse de la mani re indiqu e dans le Guide de l utilisateur du logiciel CheckReport Software Cr er des rapports 1 minute 3 minutes Vitesse 500 g maximale
27. formations utiles pour la commande au chapitre 2 Suivre rigoureusement le manuel d utilisation du kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit 205 ul de solution d chantillon doivent tre utilis s pour extraire l ADN a l aide du kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit Les frottis du col de l ut rus qui sont pr lev s avec e le kit de pr l vement PapilloCheck Collection Kit Greiner Bio One r f 465 070 e dans le support de pr l vement PreservCyt Hologic Bedford MA tats Unis peuvent tre trait s directement Les frottis du col de l ut rus qui sont pr lev s avec e le support de pr l vement SurepathT BD Franklin Lakes NJ tats Unis doivent tre lav s avant l emploi centrifuger 250 ul d chantillon pendant 5 minutes a 11 000 g et remettre le culot en suspension dans 250 ul d eau distill e Les 250 ul peuvent ensuite tre trait s avec le kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit Les frottis du col de l ut rus qui sont pr lev s avec e le support de pr l vement STM Qiagen Hilden Allemagne doivent tre dilu s utiliser 100 ui d chantillon et ajouter 150 ul d eau distill e Les 250 ul d chantillon dilu peuvent tre trait s avec le kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit En g n ral si le frottis du col de l ut rus semble tr s concentr et d j agr g il doit tre dilu et homog n is avant le d but de l extraction d ADN Les
28. iagen et d uracil N glycosylase de Fermentas voir les informations utiles pour la commande au chapitre 2 Il est imp ratif d utiliser ces enzymes pour atteindre les performances tablies 8 2 1 Configuration du thermocycleur Le kit de test PapilloCheck a t valid avec les thermocycleurs suivants e GeneAmp PCR system 9700 Applied Biosystems e Veriti 96 Well Thermal Cycler Applied Biosystems Il est absolument n cessaire d utiliser Tun des thermocycleurs cit s ci dessus pour atteindre les performances tablies Le programme du thermocycleur de PCR PapilloCheck est r sum dans le Tableau 2 Tableau 2 Programme du thermocycleur de PCR PapilloCheck Nombre de cycles 1 1 En outre les param tres d ex cution suivants doivent tre d finis pour chaque thermocycleur Pour savoir comment les configurer consulter le manuel d utilisation du thermocycleur correspondant GeneAmp PCR system 9700 Applied Biosystems D finir le volume de r action sur 26 pl la vitesse de rampe sur 9600 et la temp rature du couvercle sur 103 C Veriti 96 Well Thermal Cycler Applied Biosystems Utiliser l outil Convert Method du thermocycleur Veriti M 96 Well Thermal Cycler pour acc der au programme de PCR PapilloCheck et choisir 9600 Emulation Mode Mode d mulation 9 600 D finir le volume de r action sur 26 ul et la temp rature du couvercle sur 103 C PapilloCheck Manuel d u
29. ient une chelle grav e qui indique la quantit de solution de lavage n cessaire pour 4 puces au maximum Utiliser cette chelle pour contr ler la quantit de tampon mg Pr chauffer la solution de lavage Il 50 C dans un bain marie temp rature contr l e pendant au moins 20 minutes avant l utilisation S assurer que le niveau de remplissage du bain marie est gal celui de la solution de lavage II PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Tableau 4 Pr paration du m lange de solution de lavage Les volumes r sum s dans ce tableau sont suffisants pour les trois tapes de lavage solutions de lavage II et 111 et pour le nombre indiqu de puces PapilloCheck Nombre de puces PapilloCheck Composants 2 3 Eau distill e ou d sionis e 140 ml 280 ml 420 ml Tampon A PapilloCheck 14 ml 28 ml 42 ml Tampon B PapilloCheck 1 5 ml 3 5 ml 5 25 ml Volume total 155 75 ml 311 50 ml 467 25 ml Ne jamais r utiliser les solutions de lavage car cela pourrait entra ner une accumulation de produit de PCR rinc pouvant potentiellement interf rer avec les r sultats PapilloCheck Utiliser de nouvelles solutions de lavage pour chaque dosage Le m lange de solution de lavage pr par peut tre conserv au maximum pendant une semaine temp rature ambiante V rifier si un pr cipit de SDS se forme Le cas ch ant r chauffer le m lange de solution de lavage jusqu diss
30. il d fini et les r sultats discordants ont t class s comme non probl matiques PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 11 4 Robustesse Les variations des param tres suivants ont t prises en compte afin d valuer la robustesse du syst me de test PapilloCheck e Temp rature d hybridation e Dur e d hybridation e Temp rature de lavage e Dur e du lavage Tous les tests ont t effectu s en 3 r p titions de fortes concentrations de mod le 1 ng de plasmide de r f rence de HPV ou environ 200 x 10 copies par chantillon Les plages de valeurs de param tres auxquelles une d tection robuste de HPV est possible avec PapilloCheck sont r sum es dans le Tableau 11 Tableau 11 Robustesse de PapilloCheck Param tre Plage Temp rature d hybridation 20 25 C Dur e d hybridation 13 17 minutes Temp rature de lavage 48 52 C 1 re tape de lavage 10 15 secondes 2 me tape de lavage Dur e du lavage 60 75 secondes 3 me tape de lavage 10 15 secondes 38 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 11 5 Performances cliniques de PapilloCheck Pour d terminer les performances cliniques du test PapilloCheck en termes de sensibilit et de sp cificit cliniques une tude comparative a t men e l aide de PapilloCheck et du test GP5
31. illoCheck dans un microtube de 0 2 ml d une barrette pour PCR avec 5 ul du produit de PCR Bien m langer gt Transf rer 25 ul du m lange d hybridation dans chaque puits de la puce PapilloCheck en utilisant une pipette multicanaux Fermer la chambre d hybridation et incuber la puce PapilloCheck pendant exactement 15 minutes a temp rature ambiante 20 25 C Figure 5 tapes de travail de la proc dure d hybridation PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 28 8 3 3 Lavage et s chage L quipement sp cial fourni par Greiner Bio One permet le lavage simultan de quatre puces PapilloCheck au maximum voir le chapitre 2 L quipement suppl mentaire requis pour traiter les puces PapilloCheck se compose de trois chambres de lavage oCheck WashBoxes et d une poign e pour le porte lame magn tique de la chambre d hybridation Les diff rentes tapes de travail sont illustr es sur la Figure 6 II IL 2 II IL 2 II IL 2 II Retirer soigneusement le porte lame magn tique contenant les lames hybrid es de la chambre d hybridation D poser le porte lame contenant les lames directement dans la chambre de lavage oCheck WashBox qui contient la solution de lavage I V rifier que le c t magn tique est orient vers le haut Fixer la poign e oCheck Handle sur le porte lame et commencer la premi re des trois tapes de lavage Laver la puce temp rat
32. illons doivent tre test s voir le Tableau 3 Toujours utiliser un flacon de MasterMix pour les r actions d une puce Il est recommand d inclure un contr le n gatif pour chaque lot de PapilloCheck PCR MasterMix pr par Le tampon d lution d ADN provenant du kit d extraction d ADN appropri ou de l eau de qualit PCR peut servir de contr le n gatif mg M langer soigneusement le m lange r actionnel en le passant au vortex pendant 2 secondes puis en le centrifugant ou en le pipetant plusieurs fois mg Aliquoter le m lange r actionnel en en pipetant 21 ul pour chaque PCR dans un microtube pour PCR de 0 2 ml paroi fine Ajouter de l ADN dans un espace de travail s par de celui de la pr paration du m lange r actionnel voir le chapitre 7 2 mg Ajouter 5 pl d extrait d ADN pour chaque PCR et m langer en passant au vortex pendant 2 secondes puis en centrifugant ou en pipetant plusieurs fois Le volume total d une PCR est de 26 ul mg Placer les microtubes dans un thermocycleur et lancer la PCR l aide du programme du thermocycleur indiqu dans le chapitre 8 2 1 Tableau 2 Une fois la PCR termin e les produits d amplification doivent tre utilis s imm diatement des fins d hybridation ou conserv s l abri de la lumi re 20 C pendant une semaine PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Tableau 3 Pr paration de la PCR PapilloCheck 1 r ac
33. ingella denitrificans Klebsiella oxytoca Klebsiella pneumoniae Lactobacillus casei Lactobacillus crispatus Lactobacillus gasseri Lactobacillus iners Lactobacillus rhamnosus Lactobacillus vaginalis Mogibacterium timidum Morganella morganii Mycoplama hominis Mycoplasma buccale Mycoplasma faucium Mycoplasma fermentans Mycoplasma genitalium Mycoplasma orale Mycoplasma pirum Mycoplasma salivrium Mycoplosma pneumoniae Neisseria elongata Neisseria gonorrhoeae Peptoniphilus asaccharolyticus Peptostreptococcus anaerobius Peptostreptococcus micros Porphyromonas gingivalis Prevotella intermedia Prevotella nigrescens Proteus hauseri Proteus mirabilis Proteus vulgaris Proteus vulgaris Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas fluorescens Pseudomonas fluorescens Pseudomonas putida Serratia marcescens Staphylococcus aureus ssp aureus Staphylococcus epidermidis Staphylococcus haemolyticus Staphylococcus saprophyticus Stenotrophomonas maltophilia Streptococcus agalactiae Streptococcus constellatus Streptococcus criceti Streptococcus cristatus Streptococcus gordonii Streptococcus intermedius Streptococcus mitis Streptococcus mutans Streptococcus oralis Streptococcus parasanguinis Streptococcus pneumoniae Streptococcus pyogenes Streptococcus salivarius Streptococcus sanguinis Streptococcus sobrinus Tannerella forsythensis anciennement Bacteroides forsythus Treponema denticola Ureaplasma uralyticum Veillonella parvula 35
34. ion usage dom stique ou d autres fins Toujours porter une blouse adapt e des gants usage unique et des lunettes de protection et respecter les consignes de s curit donn es dans ce chapitre Les composants suivants du kit de test PapilloCheck contiennent des substances nocives ou dangereuses Substance Symbole Phrases Phrases Phrases Composant dangereuse de danger de risque de risque de risque TAMBOR Thiocyanate R 20 21 22 S13 p de guanidine R 32 S61 d hybridation 25 60 R 52 53 S36 37 Tampon B lt 20 de dod cylsul Danaereux R 21 22 S26 p fate de sodium 9 R 36 37 38 336 37 Informations relatives aux risques non n cessaires pour les petits conditionnements atteignant 125 g ou ml conform ment aux directives 67 548 CEE article 25 et 1999 45 CE article 12 et la l gislation allemande relative aux substances dangereuses GefStoffV 8 20 3 et TRGS 200 7 1 Pour de plus amples informations consulter la Fiche de donn es de s curit Phrases de risque R 21 22 Nocif en cas de contact avec la peau et d ingestion R 20 21 22 Nocif en cas d inhalation de contact avec la peau et d ingestion R 32 Au contact d un acide d gage un gaz tr s toxique R 36 37 38 Irritant pour les yeux le syst me respiratoire et la peau R 52 53 Nocif pour les organismes aquatiques peut entra ner des effets n fastes long terme pour l environnement aquatique Phrases de s curit S13 Conserver l cart des alime
35. ipulation des puces ADN 723 H Eeer Sd Travailler em Re Ee EE PROCEDURE PAPILLOCHECK o e Eo 8 1 8 2 8 3 8 4 Pr l vement d chantillon et extraction d ADN N onococccccoccncncocococococococanocanananancnnnnnanrnrnrnrararananananas edil Prelevementa echan a o a e Set GEERT R action en cha ne par polym rase PCR RRE RRR KENNEN EEN E ENNER KEEN EEERR KEEN RE KENNEN GEN WR eelere o ET EE 6 2 2 Traitement par uracikN Glycosylase lr ER WEE 02 93 Prepatation dela EE arica lavage SE ia ent esnensenee den DES Msn pen ses st2 ane lt Pen een eee ee Sal e en nl emplacement en cn D A e a a a a 9 oa EE e a es Lera St DO D it Lecture et valuation de la puce PapilloCheck ssnnnunnnnnnnnnnnnrnnnnnnnnnnnnnnnennnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn EEN PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 o D RANN AR a E 10 ASSISTANCE TECHNIQUE o cccoooocccconoccccoconcnononcnnnnnncononancnnnnanennnnarenonnnrenananrerananarerananens 11 CARACT RISTIQUES DE PERFORMANCE DE PAPILLOCHECK ENEE 12 11 1 Performance analytique de PapilloCheck ooonccccoccccicccccanincconanccnnnnnnnonnnnnnncnnnnnnronnnanarcrnnnannnanos WET Sensible die EE 11 1 2 Sp cificit analytique Types HN 11 1 3 Sp cificit analytique Organismes non HPV Je Tie 272 0 2155 0 Le RER RE esos Lite Re i AA K AE AAA A A A A 11 5 Performances cliniques de PapilloCheck cccccoonnnccccnncnncccn
36. iquoter le m lange de solution de lavage dans trois rigoles de lavage oCheck WashBoxes Pr chauffer la solution de lavage Il au bain marie a 50 C Incuber la quantit de puces PapilloCheck analyser dans la chambre d hybridation pr par e temp rature ambiante M langer les produits de PCR et les d gyrer un court instant M langer le tampon d hybridation et le d gyrer un court instant M langer 30 ul de tampon d hybridation PapilloCheck Hybridisation Buffer avec 5 ul de produit de PCR Bien m langer et d gyrer un court instant Transf rer 25 ul de m lange d hybridation dans chaque puits de la puce PapilloCheck l aide d une pipette multicanaux viter la formation de bulles d air Incuber la puce PapilloCheck pendant exactement 15 minutes temp rature ambiante 20 25 C E E Retirer le porte lame magn tique de la chambre d hybridation Poser le porte lame dans la chambre de lavage oCheck Washbox contenant la solution de lavage Fixer la poign e oCheck Handle Laver la ou les puces PapilloCheck dans la solution de lavage temp rature ambiante pendant 10 secondes Laver la ou les puces PapilloCheck dans la solution de lavage Il pr chauff e au bain marie 50 C pendant 60 secondes Laver la ou les puces PapilloCheck dans la solution de lavage III temp rature ambiant
37. it tre interpr t conjointement avec d autres r sultats cliniques ou de laboratoire 6 2 Types HPV d tectables avec PapilloCheck PapilloCheck permet d identifier 18 types de papillomavirus humain HPV haut risque et 6 types de papillomavirus humain bas risque Tableau 1 Tableau 1 Types HPV d tectables avec PapilloCheck HPV 16 HPV 45 HPV 59 HPV 6 HPV 18 HPV 51 HPV 66 HPV 11 HPV 31 HPV 52 HPV 68 HPV 40 HPV 33 HPV 53 HPV 70 HPV 42 HPV 35 HPV 56 HPV 73 HPV 43 HPV 39 HPV 58 HPV 82 HPV 44 HPV 55 PapilloCheck ne permet pas de diff rencier HPV 44 de HPV 55 is Walboomers J et al 1999 Human papillomavirus is a necessary cause of invasive cervical cancer worldwide J Pathol 189 1 12 9 Burd EM Human papillomavirus and cervical cancer Clin Microbiol Rev 2003 16 1 17 Bosch F X et al 2008 Epidemiology and natural history of human papillomavirus infections and type specific implications in cervical neoplasia Vaccine 26 Suppl 10 K1 16 Meijer C J et al 2009 Guidelines for human papillomavirus DNA test requirements for primary cervical cancer screening in women 30 years and older Int J Cancer 124 3 516 20 N PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 10 6 3 Principe du test PapilloCheck est un kit de test micro puces destin la d tection et au g notypage d un fragment du g ne E1 du g nome du papillomavirus humain HPV La proc
38. k PCR MasterMix g n re un signal sur les spots de contr le de PCR de la puce PapilloCheck La qualit de la r action d amplification est galement valu e automatiquement par le logiciel CheckReport Software Si la performance de la PCR est inf rieure a un seuil pr d fini le logiciel CheckReport Software indique que le contr le PCR a chou failed et l analyse doit tre recommenc e voir Chapitre 9 Si la quantit d ADN de HPV contenue dans l chantillon est tr s lev e le signal fluorescent des spots de contr le de PCR peut tre faible voire nul en raison de la comp tition qui s est exerc e pendant la PCR Dans ce cas le signal fluorescent d au moins une sonde sp cifique au HPV doit d passer un seuil pr d fini pour que le test soit consid r comme valide Contr le d hybridation PapilloCheck contr le l efficacit de l hybridation en utilisant une sonde marqu e de fluorescence contenue dans le tampon d hybridation PapilloCheck Hybridisation Buffer qui s hybride en s quences d ADN sp cifiques sur la puce oCheck Une hybridation suffisante g n re des signaux de fluorescence sur chaque spot de la puce Les r sultats de cinq spots de contr le d hybridation pr sents sur la puce PapilloCheck sont galement valu s par le logiciel CheckReport Software Contr le d orientation et d impression Les spots de contr le d orientation de la puce PapilloCheck g n rent des signaux de flu
39. l analyse des donn es est effectu e l aide du logiciel CheckReport Software v rifier que la version du logiciel CheckReport Software install e sur l ordinateur correspond celle indiqu e sur le kit PapilloCheck en cours d utilisation Si les versions divergent mettre jour le logiciel CheckReport Software La derni re version du logiciel peut tre t l charg e sur le site Web de Greiner Bio One www gbo com bioscience biochips download PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 31 9 D PANNAGE Si l un des messages d erreur suivants appara t pendant le balayage de la puce ou si l analyse PapilloCheck choue en raison de contr les sur puce sp cifiques proc der comme suit Ne pas h siter contacter le distributeur Greiner Bio One local pour toute question ou difficult li e l utilisation de PapilloCheck PROBL ME et raison Commentaires et suggestions MESSAGE D ERREUR COULD NOT READ BARCODE impossible de lire le code barres Code barres endommag Rechercher tout dommage sur le code barres Saisir le code barres la main lorsque la fen tre correspondante s ouvre La puce a t mal charg e Contr ler l orientation de la puce et la balayer dans le bon sens MESSAGE D ERREUR MISSING SPOTS PRINTING CONTROL FAILED OR ORIENTATION CONTROL FAILED spots manquants chec du contr le d impression ou d orientation Poussi re sur la puce Recommen
40. l ut rus de 881 femmes ont t d pist s Tous ont t pr lev s sur un support de pr l vement STM Qiagen Hilden Allemagne Le plus fr quemment d tect tait HPV 16 avec un taux de 19 4 Ensuite les types les plus fr quemment d tect s taient HPV 31 HPV 39 HPV 51 et HPV 52 La pr valence de tous les types d tectables est indiqu e dans le Tableau 7 Tableau 7 Pr valence des types HPV sp cifiques au type d tect s par PapilloCheck i Pr valence par G notype HPV PapilloCheck HPV 16 19 40 HPV 31 14 40 HPV 39 9 30 HPV 51 9 10 HPV 52 7 50 HPV 58 6 10 HPV 53 6 10 HPV 42 5 80 HPV 66 5 90 HPV 68 5 60 HPV 45 4 50 HPV 33 4 40 HPV 18 4 00 HPV 70 4 10 HPV 59 2 50 HPV 82 1 90 HPV 35 1 60 HPV 73 1 50 HPV 6 0 60 HPV 11 0 60 HPV 40 0 40 40 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 12 RESUME DU PROTOCOLE DE PAPILLOCHECKe 12 1 Salle 2 PCR Pr paration du m lange r actionnel mg Diluer l uracil N glycosylase dans de l eau de qualit PCR au 1 200 m M langer soigneusement la dilution UNG m Pr parer le m lange r actionnel pour la quantit requise de PCR 1 13 26 39 52 r action r actions r actions r actions r actions 1 puce 2 puces 3 puces 4 puces 2 00 MJ PapilloCheck PCR MasterMix 198u1 2574u 514 81 772 21 1029 6 pl HotStar Taq Polymerase 0 2 yl 2 6 pl
41. liminer la contamination par recirculation de la PCR Veiller ne pas utiliser une solution d UNG plus concentr e car cela pourrait nuire aux performances de la PCR avec pour r sultat une baisse de la sensibilit de PapilloCheck En g n ral pour le traitement UNG le m lange r actionnel de PCR est incub pendant 20 minutes a 37 C Ensuite TUNG est inactiv par une tape d incubation suppl mentaire de 15 minutes 95 C Ces deux tapes sont d j int gr es dans la PCR PapilloCheck elles correspondent aux deux premi res tapes du programme du thermocycleur voir le Tableau 2 L inactivation de l uracil N glycosylase et l activation de la HotStarTaq Polymerase se produisent au cours de la seconde tape 15 minutes 95 C Le syst me UNG int gr dans la PCR PapilloCheck n limine que la contamination crois e avec les produits de PCR des PCR pr c dentes Il est impossible d liminer les autres contaminations survenant par exemple pendant la pr paration de l chantillon l extraction ou l ajout de l ADN la r action PCR Il est donc toujours n cessaire de suivre les instructions et les pr cautions particuli res pour viter la contamination d crite au chapitre 7 L achat du PapilloCheck s accompagne d une licence limit e en vertu des brevets am ricains n 5 035 996 5 683 896 5 945 313 6 287 823 et 6 518 026 ainsi que des brevets trangers correspondants Longo M C et al
42. muqueuse g nitale Les types HPV du col de l ut rus sont class s en deux groupes haut risque HPV haut risque et bas risque HPV bas risque Alors que les types HPV haut risque sont associ s un risque accru de d velopper un cancer du col de l ut rus les types HPV bas risque provoquent principalement des verrues g nitales b nignes Cependant m me dans le groupe a haut risque le risque relatif de d velopper un cancer ou de souffrir de l sions intra pith liales du col de l ut rus CIN d pend du type de HPV Environ 70 de tous les cas de cancer du col de l ut rus sont li s une infection persistante HPV 16 ou 18 Les types bas risque les plus fr quents sont HPV 6 et 11 Selon le lien tiologique quasi absolu entre le HPV carcinog ne et le cancer du col de l ut rus les tests du HPV haut risque sont d sormais envisag s dans le cadre du d pistage primaire du cancer du col de l ut rus 6 1 Destination PapilloCheck est un kit de diagnostic destin tre utilis pour la d tection qualitative et le g notypage de 24 types de papillomavirus humain dans des pr parations d ADN issues de frottis du col de l ut rus humains Le kit est destin a tre utilis exclusivement par du personnel qualifi PapilloCheck respecte les exigences de la directive relative au diagnostic in vitro 98 79 CE et dispose d s lors du marquage de conformit CE Tout r sultat diagnostique obtenu l aide de PapilloCheck do
43. nts et boissons y compris ceux pour animaux S26 En cas de contact avec les yeux rincer imm diatement et abondamment l eau et consulter un m decin S36 37 Porter des v tements et des gants de protection appropri s S61 viter le rejet dans l environnement Consulter les instructions sp ciales la fiche de donn es de s curit La version actuelle de la Fiche de donn es de s curit de ce produit peut tre t l charg e depuis le site Web de Greiner Bio One www gbo com bioscience biochips download PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 5 LIMINATION DES D CHETS Apr s avoir lav et s ch la puce PapilloCheck il est possible d liminer les solutions de lavage I Il et Ill sans pr caution particuli re liminer la puce PapilloCheck usag e les composants du kit inutilis s et le m lange d hybridation inutilis avec les d chets chimiques du laboratoire Respecter toutes les r glementations nationales et locales relatives l limination PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 6 INTRODUCTION L infection persistante papillomavirus humain HPV carcinog ne est pr sente dans la quasi totalit des cas de cancer du col de l ut rus et repr sente la deuxi me cause de cancer la plus fr quente chez les femmes du monde entier ce jour plus de 100 types HPV ont t identifi s dont environ 40 sont transmis sexuellement et infectent la
44. olution du pr cipit et r quilibrer temp rature ambiante Ensuite pr parer l exp rience d hybridation suivante 26 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 3 2 Hybridation L hybridation doit tre effectu e temp rature ambiante 20 25 C Les principales tapes de travail pour l hybridation des produits de PCR pour r aliser la PCR PapilloCheck sur la puce PapilloCheck sont illustr es sur la Figure 5 mg M langer les produits de PCR avant utilisation Centrifuger un court instant Siles produits de PCR ont t conserv s 20 C jusqu l hybridation commencer par les d congeler avant de m langer puis proc der comme indiqu mg Passer le tampon d hybridation au vortex avant utilisation D gyrer un court instant mg M langer 30 pi du tampon d hybridation PapilloCheck Hybridisation Buffer dans un microtube propre d une barrette pour PCR de 8 avec 5 ul du produit de PCR soit en passant au vortex soit en pipetant plusieurs fois mg Centrifuger un court instant mg Transf rer 25 pl du m lange d hybridation dans chaque puits de la puce en utilisant six canaux d une pipette multicanaux viter la formation de bulles d air Il est recommand de traiter six chantillons en parall le l aide d une multi pipette 8 canaux et de barrettes pour PCR de 8 voir la Figure 5 Cela am liore l efficacit et la rapidit de la manipulation ce qui r duit le risqu
45. orescence quelle que soit l efficacit du processus d hybridation Le logiciel CheckReport Y Software utilise ces spots comme des l ments d orientation pour pouvoir trouver les spots de fa on satisfaisante il s agit l d une condition pr alable l analyse correcte des signaux En outre la qualit du processus d impression est contr l par la pr sence d un signal fluorescent vert sur chaque spot de la puce contr le d impression PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 7 CONDITIONS G N RALES DE TRAVAIL AVEC PAPILLOCHECK 7 1 Instructions g n rales Lors de la mise en uvre des techniques de pointe actuellement utilis es en biologie mol culaire dans un laboratoire les instructions suivantes doivent tre prises en compte afin de garantir une s curit maximale pour les laborantins mais aussi des r sultats d excellente qualit Les techniques de biologie mol culaire notamment l extraction d ADN l amplification et la d tection des produits d amplification doivent tre mises en uvre par un personnel correctement form En outre des conditions de travail nettes et bien structur es sont indispensables pour viter des r sultats erron s tels que ceux dus une d gradation ou une contamination de l ADN par les produits d amplification cette fin il est n cessaire de s parer les zones d extraction d amplification et de d tection comme indiqu au chapitre 7 2 Cha
46. que zone doit tre munie d un quipement de consommables de blouses et de gants s par s Ne jamais transf rer les blouses les gants ou les quipements d une zone distincte l autre 7 2 S paration des salles Figure 3 illustre la fa on dont un laboratoire peut tre s par en trois sections distinctes L une des salles est exclusivement utilis e pour l extraction d ADN la deuxi me pour la mise en place et la r alisation des r actions de PCR et la troisi me pour l hybridation et l analyse Afin d viter la contamination des chantillons chaque salle doit tre exclusivement r serv e l application ou a la technique indiqu e L utilisation de couleurs peut tre avantageuse pour viter un change accidentel d quipement ou de consommables entre les zones Figure 3 S paration des salles Salle 1 L ensemble de la proc dure d extraction d ADN doit tre effectu e dans cette salle Salle 2 Dans cette salle le m lange r actionnel destin la PCR est pr par et aliquot id alement sous une hotte PCR L ajout des chantillons d ADN extraits dans la salle 1 doit tre effectu dans un espace part de la salle 2 Salle 3 Les tapes de r action d hybridation de lavage et de s chage de la puce ont lieu dans la troisi me salle de laboratoire De plus le scanner CheckScanner est utilis conjointement avec le logiciel CheckReport Software pour l analyse finale du test PapilloCheck Ni l
47. r une atmosph re satur e en humidit Pour viter l vaporation du faible volume de m lange d hybridation qui se trouve sur la puce il est n cessaire de r aliser l hybridation dans une atmosph re satur e en humidit Une chambre d hybridation d di e l analyse PapilloCheck est disponible aupr s de Greiner Bio One voir le chapitre 2 mg ncuber la quantit requise de puces PapilloCheck dans la chambre d hybridation pr par e temp rature ambiante 20 25 C pendant au moins 10 minutes Le porte lame magn tique de la chambre d hybridation est quip d un aimant l une de ses deux extr mit s seulement Si moins de quatre puces PapilloCheck doivent tre hybrid es simultan ment veiller remplir le porte lame avec les puces PapilloCheck du c t oppos l aimant Sinon les puces PapilloCheck ne seront pas recouvertes de liquide au cours de la proc dure de lavage mg Pr parer les solutions de lavage II et III conform ment aux instructions suivantes Pr paration des solutions de lavage Il et III mg Pr parer le m lange des solutions de lavage l Il et lll en fonction du nombre de puces PapilloCheck analys es comme indiqu dans le Tableau 4 mg Aliquoter trois volumes gaux du m lange de solution de lavage dans trois chambres de lavage oCheck WashBoxes distinctes et les tiqueter en tant que solutions de lavage l Il et III Chaque chambre de lavage oCheck WashBox cont
48. re affiche automatiquement les valeurs des contr les et les types HPV d tect s dans un rapport d taill Les deux longueurs d onde d excitation du scanner CheckScanner sont utilis es pour afficher les diff rents contr les Le canal rouge longueur d onde d excitation de 635 nm sert au contr le de la performance du test contr le d chantillon et de PCR alors que la qualit de l hybridation et de la puce contr le d hybridation d orientation et d impression est valu e dans le canal vert longueur d onde d excitation de 532 nm Contr le d chantillon PapilloCheck contr le la qualit de l chantillon et ou de l extraction d ADN en amplifiant un fragment du g ne humain non r p titif ADAT1 ad nosine d aminase1 sp cifique l ARNt humain Si de l ADN humain est pr sent en quantit suffisante dans l ADN extrait du frottis du col de l ut rus un signal fluorescent est g n r sur les spots de contr le de l chantillon Si l amplification de l ADAT1 est nulle ou insuffisante le logiciel CheckReport Software indique que le contr le d chantillon a chou failed et l analyse doit tre recommenc e en raison de la quantit insuffisante de cellules dans le frottis de col de l ut rus et ou du manque de performance de l extraction voir le chapitre 9 Contr le de PCR PapilloCheck contr le galement la qualit de la PCR L amplification d un ADN de contr le interne pr sent dans le PapilloChec
49. t d tect s et l analyse a t n gative pour le type non inclus Donc 75 r sultats d analyse individuels sur 75 5 chantillons x 5 r p titions x 4 mod les de HPV diff rents utilis s taient corrects PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 11 3 Reproductibilit La reproductibilit du kit de test PapilloCheck a t d termin e l aide de 22 chantillons cliniques voir le Tableau 10 des concentrations de HPV proches de la limite de d tection La d termination a t effectu e selon la m me m thode avec un mat riel d chantillon identique mais par un personnel diff rent dans des laboratoires distincts et l aide d une instrumentation diff rente Les r sultats ont t jug s concordants pour les chantillons positifs si des types HPV identiques taient d tect s dans des infections simples ou doubles ou si deux ou trois types HPV identiques taient d tect s respectivement dans des infections multiples trois ou quatre types de HPV respectivement Tableau 10 R sultats des tests de reproductibilit N d chantillon R sultat du laboratoire 1 R sultat du laboratoire 2 Concordance 1 22 HPV31 HPV 31 us Les r sultats concordaient pour tous les chantillons cliniques Les signaux correspondant aux types suppl mentaires d tect s par le laboratoire 2 pour plusieurs chantillons infect s 7 HPV 82 et 15 HPV 68 taient juste au dessus du seu
50. t recommand d utiliser PapilloCheck conjointement aux consommables quipement et mat riel r pertori s et de n autoriser qu un personnel qualifi l utiliser Consommables R f Greiner Bio One Quantit Kit de test PapilloCheck Kit de pr l vement PapilloCheck Kit d extraction d ADN Pr paration en colonne unitaire oCheck Kit d extraction d ADN Pr paration en barrettes de 8 colonnes oCheck Pointes filtre st riles exempts d ADNase pour micropipettes Pointes filtre de 0 5 10 ul Pointes filtre de 0 5 20 pl Pointes filtre de 10 100 pl Pointes filtre de 10 200 ul Pointes filtre de 100 1 000 ul Microtubes exempts de DNase Microtube de 1 5 ml Microtube de 0 2 ml 8 barrettes pour PCR de 0 2 ml Barrettes de bouchons pour 8 barrettes pour PCR de 0 2 ml Tube de polypropyl ne de 50 ml Pipettes en plastique pour pipeteur Pipette de 10 ml Pipette de 25 ml Pipette de 50 ml Kit de test pour 465 060 60 r actions 465 070 10 chantillons Kit de test pour ia 50 pr parations 515 050 12 x 8 pr parations 765 288 96 960 174 288 96 960 712 288 96 960 739 288 96 960 750 288 60 600 616 201 500 4000 683 201 500 1000 673 210 125 1250 373 270 125 1250 210 261 25 450 607 180 ou 607 160 760 180 ou 760 160 786 180 ou 768 160 1 Certaines tailles de pointe cit es sont en option selon les micropipettes disponibles 2 En principe il est recommand
51. tiles pour la commande au chapitre 2 PapilloCheck a t valid l aide d ADN pr par avec le kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit partir de frottis du col de l ut rus humains pr lev s gr ce l un des syst mes ou supports de pr l vement suivants e Kit de pr l vement PapilloCheck Collection Kit Greiner Bio One Frickenhausen Allemagne e PreservCyt Hologic Bedford MA tats Unis e Surepath BD Franklin Lakes NJ tats Unis e STM Qiagen Hilden Allemagne Pour de plus amples informations sur les supports de transport ou les syst mes d extraction d ADN adapt s contacter un distributeur Greiner Bio One local ou consulter le site Web de Greiner Bio One l adresse suivante www gbo com bioscience biochips_download PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 Chapitre 8 1 2 Extraction d ADN k Chapitre 8 2 PCR Chapitre 8 3 2 Hybridation Chapitre 8 3 3 Lavage et s chage Figure 4 Vue d ensemble des diff rentes tapes de travail PapilloCheck PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 1 2 Extraction d ADN L extraction d ADN ne fait pas partie du kit de test PapilloCheck Cette proc dure doit tre effectu e avant l analyse PapilloCheck l aide du kit d extraction d ADN oCheck DNA Extraction Kit galement fourni par Greiner Bio One voir les in
52. tilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 2 2 Traitement par uracil N Glycosylase UNG Le PapilloCheck PCR MasterMix contient du dUTP qui est int gr dans les produits d amplification pendant la PCR PapilloCheck les produits de PCR risquent donc d tre d grad s par TUNG L UNG coupe le produit de PCR au niveau des sites o un r sidu de d oxyuridylate a t incorpor Les produits de PCR coup s ne seront pas amplifi s dans la r action suivante Un traitement UNG peut donc aussi tre utilis pour liminer une contamination par recirculation li e aux r actions PCR pr c dentes f mg Diluer l uracil N glycosylase dans de l eau de qualit PCR au 1 200 Utiliser une nouvelle dilution d UNG pour chaque pr paration de r action PCR PapilloCheck voir le chapitre 8 2 3 Ne pas r utiliser l UNG dilu mg M langer soigneusement la dilution d UNG en la passant au vortex pendant 2 secondes puis en la centrifugant ou en la pipetant plusieurs fois La concentration initiale d uracil N glycosylase est de 1 U ul La concentration de la dilution est donc de 0 005 U ul Le kit de test PapilloCheck a t valid l aide d uracil N glycosylase de Fermentas voir le chapitre 2 Il est imp ratif d utiliser cette enzyme pour atteindre les performances tablies mg Ajouter 1 ul de cette dilution chaque r action PCR PapilloCheck voir le chapitre 8 2 3 Tableau 3 Cette quantit est suffisante pour
53. tion 13 r actions 26 r actions 39 r actions 52 r actions 1 puce 2 puces 3 puces 4 puces PapilloCheck PCR MasterMix 1029 6 pl HotStarTaq polym rase 5 Uiul Uracil N glycosylase Dilution au 1 200 0 005 U pl Volume total avant l ajout de l ADN dans l chantillon 1092 yl ADN extrait du frottis du col de l ut rus matrice d ADN Volume total par r action 24 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 8 3 Hybridation et lavage 8 3 1 Pr paration et mise en place L hybridation doit tre effectu e temp rature ambiante 20 25 C Commencer les pr parations n cessaires pour les tapes d hybridation et de lavage au moins 30 minutes avant de d buter la proc dure d hybridation mg Pour dissoudre les ventuels pr cipit s qui se sont form s dans les tampons d hybridation et de lavage exposer ceux ci la temp rature ambiante 20 25 C pendant 30 minutes et bien m langer avant utilisation Le stockage du kit de test PapilloCheck entre 4 et 8 C peut entra ner la pr cipitation de SDS dans le tampon d hybridation et le tampon B Laisser les solutions s quilibrer temp rature ambiante puis passer le tube au vortex ou agiter le flacon jusqu dissolution du pr cipit mg Pr parer la chambre d hybridation oCheck Hybridisation Chamber Placer une serviette en papier neuve et humide dans la chambre d hybridation et fermer le couvercle pour cr e
54. tion a t effectu e sans ajout de produit de PCR M lange insuffisant du m lange d hybridation Probl mes li s au thermocycleur SAMPLE CONTROL FAILED chec du contr le d chantillon Pas d ajout d ADN d chantillon la PCR chec de la pr paration de l ADN Mat riel d chantillon insuffisant PCR AND OR SAMPLE CONTROLS HAVE NOT FAILED BUT DISPLAY A SNR VALUE OF 0 les contr les de PCR et ou d chantillon n ont pas chou mais affichent une valeur signal sur bruit nulle Commentaires et suggestions Recommencer l analyse PapilloCheck en commen ant par la pr paration de la PCR Recommencer l analyse PapilloCheck en commen ant par la pr paration de la PCR Recommencer l analyse PapilloCheck en commen ant par la pr paration de la PCR Recommencer l analyse PapilloCheck en commen ant par la PCR Veiller bien m langer le m lange r actionnel Recommencer l extraction d ADN et l analyse PapilloCheck Recommencer l hybridation Recommencer l hybridation Contr ler les performances du thermocycleur et sa programmation tapes de la PCR rampe de chaleur et volume Attention Utiliser le thermocycleur GeneAmp PCR System 9700 Applied Biosystems ou Veriti M 96 Well Thermal Cycler Applied Biosystems conjointement avec le PapilloCheck Recommencer l analyse PapilloCheck en commen ant par la PCR Recommencer l extraction d ADN chec du pr l vement d ch
55. type HPV es HPV 6 30 0 052 HPV 11 150 0 26 HPV 16 50 0 086 HPV 18 300 0 516 HPV 31 300 0 522 HPV 33 300 0 519 pg ml HPV 35 750 1 29 HPV 39 30 0 052 HPV 40 30 0 052 HPV 42 30 0 052 La concentration valid e pour chaque plasmide de r f rence du HPV a t pr par e en 2 s ries de dilutions ind pendantes et mesur e en 3 r p titions de la concentration test e soit un total de 6 r p titions par concentration En outre chaque test contenait 10 ng d ADN humain En cas de variation par rapport aux donn es valid es les concentrations du plasmide en question ont t augment es ou diminu es puis test es nouveau 6 r p titions de 2 s ries de dilution ind pendantes La limite de d tection correspondait la concentration minimale o les 6 r p titions taient positives Analyse directe sans tenir compte de la pr paration de l ADN La quantit fait r f rence l ADN de HPV contenu dans le plasmide 34 PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 11 1 2 Sp cificit analytique Types HPV Les plasmides de r f rence correspondant aux types HPV r pertori s ont t test s avec 2 12 x 10 copies PCR HPV 6b HPV 11 HPV 13 HPV 16 HPV 18 HPV 26 HPV 30 HPV 31 HPV 33 HPV 34 HPV 35 HPV 39 HPV 40 HPV 42 HPV 43 HPV 44 HPV 45 HPV 51 HPV 52 HPV 53 HPV 54 HPV 55 HPV 56 HPV 58 HPV 59 HPV 61 HPV 66 HPV 67 HPV 68 HPV 69
56. ure ambiante 20 25 C dans la solution de lavage I en la d pla ant rapidement de haut en bas pendant 10 secondes Les puces doivent toujours rester recouvertes de solution de lavage Laver la puce pendant 60 secondes dans la solution de lavage Il 50 C en d pla ant vigoureusement le porte lame de haut en bas Laver la puce temp rature ambiante 20 25 C dans la solution de lavage lll en la d pla ant rapidement de haut en bas pendant 10 secondes Eliminer imm diatement tout liquide de la surface de la puce par centrifugation Si une micro centrifugation sp ciale des micro puces est utilis e centrifuger pendant 1 minute Si une centrifugation pour tubes de 50 ml est utilis e placer chaque puce PapilloCheck lav e dans un tube de 50 ml et centrifuger temp rature ambiante pendant 3 minutes 500 g La puce PapilloCheck est maintenant pr te tre balay e imm diatement Pour le nettoyage des chambres de lavage oCheck WashBoxes rincer plusieurs fois l eau apr s chaque proc dure de lavage et de s chage PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ 013 07 Ao t 2011 29 Premi re tape de lavage m Retirer soigneusement le porte lame magn tique de la chambre d hybridation m D poser rapidement le porte lame dans la chambre de lavage oCheck Washbox contenant la solution de lavage Fixer la poign e oCheck Handle Laver la ou les puces PapilloCheck dans la solution de lavage
57. ycosylase UNG voir le chapitre 8 2 2 Les produits de PCR sont ensuite hybrid s avec des sondes d ADN sp cifiques et avec des contr les fix s la surface de la puce PapilloCheck Chaque puce contient 12 micro puces ADN ce qui permet d analyser simultan ment 12 frottis du col de l ut rus Au cours de l hybridation l ADN li est marqu par fluorescence et l ADN non li est limin aux tapes de lavage suivantes L efficacit de l hybridation est surveill e contr le d hybridation Enfin la puce PapilloCheck est lue analys e et valu e automatiquement respectivement gr ce au scanner CheckScanner et au logiciel CheckReport Software voir les informations utiles pour la commande au chapitre 2 Le CheckScanner est un scanner laser deux couleurs longueurs d onde d excitation de 532 nm et 635 nm qui permet de d tecter le signal fluorescent g n r par la pr sence de produits d amplification sp cifiques au HPV et des contr les voir le chapitre 6 4 2 Le logiciel CheckReport Software permet la visualisation l analyse et l valuation des r sultats et affiche automatiquement les valeurs des types HPV d tect s et des contr les dans un rapport d taill Le rapport indique clairement la pr sence ou l absence d un ou plusieurs des 24 types HPV d tectables et les contr les sur puce complets permettent d obtenir une analyse extr mement fiable PapilloCheck Manuel d utilisation R vision BQ
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