LMD – LICENCE - INFORMATIQUE APPLIQUEE A LA BIOLOGIE
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1. en salle informatique 2 x 2h 12 x 3h 10h de projet personnel sous forme de TER Contenu de l enseignement x Enseignement int gr en salle informatique e Introduction r le de l informatique en biologie exemples de logiciel de biologie RasMol e Syst mes d exploitation gestion des r pertoires et fichiers e Fichiers types fichiers de donn es ex cutables origines cr ation gestion utilisation e Notion de cahier des charges e Programmation structur e langage de programmation C en traitant des exemples biologiques oAlgorithmique oEntr es Sorties oVariables d claration types utilisation constantes Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004 oBoucles d finies et ind finies oTests conditionnels conditions logiques oLecture criture de fichiers textes entr es sorties oProgrammation modulaire Proc dures cr ation utilisation Biblioth ques de programmes Utilisation conjointe de proc dures nouvelles et de proc dures existantes biblioth ques e Edition d un programme compilation tests ex cution e Utilisation et r daction de documentations techniques de programmes x Projet personnel TER e Cr ation d un programme appliqu un sujet scientifique e R daction d un rapport pr sentation du sujet du programme des r sultats l aide d un traitement de texte et d un tableur e Pr sentation orale PROPOSITIONS POUR LE L3 MODULES D APPROFONDISSEME2. LMD LICENCE INFORMATIQUE APPLIQUEE A LA BIOLOGIE PROPOSITIONS SUGGESTIONS POUR L ENSEMBLE DE LA LICENCE Equipe pedagogique Bruno Bosr Didier CASANE Herv DELACROIX St phane DUQUERROY Olivier LESPINET Kamel SOUDANI MOYENS Le service informatique du b timent 336 doit continuer tre exploit pour toute la Licence L1 L2 et L3 surtout si les salles informatiques actuellement utilis es par le 2 cycle principalement au b timent 332 sont utilis es pour le Master De plus la mise en place d enseignements performants n cessite de disposer de moyens humains pour assurer le support technique Il est n cessaire galement d avoir acc s au syst me d exploitation Linux sur tous les ordinateurs en particulier pour le L2 et le L3 Un site Web performant devra tre mis en place qui pourrait permettre par exemple de faciliter l int gration d tudiants ext rieurs arrivant Orsay en cours de L mise niveau L quipe p dagogique devra tre renforc e enseignants chercheurs ATER moniteurs ce d autant plus si la bioinformatique doit tre pr sente dans tout le L voir suggestions plus bas PROPOSITIONS POUR LE L1 MODULE METHODOLOGIE Mettre en place un enseignement caract re m thodologique incluant la d couverte de l informatique et un apprentissage de l utilisation pertinente des outils informatiques avec un objectif concret pour les tudiants tude bibliographique cr atio
3. NT Dans un objectif d approfondissement des enseignements de L1 et L2 tant pour r pondre aux pr requis des modules de Master que pour pr parer les tudiants une insertion professionnelle en sortie de Licence deux types de modules pourraient tre propos s oApprofondissement en programmation programmation orient e objet autres langages Perl Java Visual Basic oApprofondissement de l approche bioinformatique et ma trise de certains logiciels comment appr hender une probl matique biologique en int grant les diff rents outils informatiques disponibles en m lant des approches de programmation mod lisation statistiques Les th matiques suivantes pourraient tre abord es acquisition traitement et analyse de donn es bases et banques de donn es analyse des s quences bioinformatique structurale bioinformatique en cologie et volution probl mes agronomiques initiation l imagerie mod lisation du m tabolisme Un projet obligatoire terminerait ces modules de L3 avec un rapport crit et une soutenance On pourrait galement envisager de transposer dans ces modules le concept atelier de bioinformatique auquel participent des tudiants de DEUG dans le cadre du th me et qui est encadr par Jean B nard Jean Benard domsoc u psud fr Universit Paris Sud R flexions LMD 2003 2004
4. n d un site Web Les points suivants pourraient tre abord s otraitement de texte avec feuilles de style olnternet utilisation des moteurs de recherche cr ation d un site Web simple otableur l ments de base calculs graphiques utilisation de fonctions pr d finies gestion de donn es PROPOSITION POUR LE L2 MODULE INFORMATIQUE APPLIQUEE A LA BIOLOGIE Enseignement obligatoire pour tous les tudiants de L2 Objectifs e d mystifier l outil informatique e former des tudiants imm diatement efficaces devant un ordinateur capables de s adapter aux volutions techniques pr visibles et capables de dialoguer avec des sp cialistes de l informatique e apporter les connaissances de base dans tous les domaines d utilisation de l informatique dans un contexte biologique syst mes d exploitation programmation tableurs e mettre en valeur la logique dans l encha nement d instructions ou de commandes e apprendre d chiffrer la documentation technique manuel d utilisation d un programme e initier des logiciels classiques de biologie e familiariser les tudiants la pr sentation d un document scientifique sur ordinateur projet personnel Volume horaire Total 50h r viser en fonction de la correspondance heures ECTS R partition 36h d enseignement int gr en salle informatique 12 s ances de 3h 14h de projet personnel sous forme de TER ou bien 40h d enseignement int gr
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