Guide de prélèvements des otolithes chez les - Archimer
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1. rer l otolithe Otolithe Figure 12 Otolithes d espadon Xiphias gladius 5 Conservation des otolithes La meilleure m thode pour conserver les otolithes est de les stocker compl tement sec Apr s nettoyage 1ls sont s ch s par simple exposition l air temp rature ambiante ou dans une tuve basse temp rature Panfili ef al 2002 Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Conservation des otolithes 12 Il y a 2 modes de stockage utilis s l Ifremer Fig 13 des enveloppes papiers des microtubes de type Eppendorf Figure 13 Pochettes en papier et micro tubes utilis s par le stockage des pi ces calcifi es Les eppendorfs sont n cessaire lorsque les otolithes sont tr s petits et ou tr s fragiles comme chez les l espadon par exemple Ces 2 modes de stockage pr sentent des avantages et des inconv nients Les pochettes en papier recommand es par Williams amp Bedford 1974 sont tr s pratiques lors des chantillonnages et lors du rangement pour conserver des pi ces calcifi es assez volumineuses mais fragiles Ainsi ce syst me est le plus utilis l Tfremer S assurer que la pi ce calcifi e soit au fond de la pochette Ne jamais utiliser d lastiques qui peuvent casser les otolithes Ne jamais agrafer les enveloppes papier Le r f rence de l chantillon et toutes les informations li es date longueur sexe s2. Extraction des Otolithes nine 8 4 1 Apres coupe frontale sssicrisosacsateoresneonn ni a aae 8 4 1 1 Exemple chez le thon rouge Thunnus thynnus soooeeeesssssssseeesssssssseerrsssssssse 8 4 2 Apr s coupe transversale eeccccccececcccecccccccccccccccccccccccccccccccccecccccccccccccccccccccecceee 9 4 2 1 Exemple chez le thon germon Thunnus alalunga ssooceeeesssssssseenessessseee 9 4 2 2 Exemple chez l espadon Xiphias gladius 0 ooeeeeennssssnoeennsssssseseerssssss 10 5 Conservation des Otolithes srei a tibia 11 6 Pr cautions prendre pour des analyses microchimiques ssssssssessosoossssssssssees 13 7 Param tres biologiques asSsSoci S ssssssssseeeseeeeeeooossssosssssssssseeeeeeeeecccccossssssssssseeeeeeeee 15 OR RU RE a 15 3 Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 1 Contexte Ce guide pr sente les modes et r gles de pr l vement puis de stockage des otolithes de grands p lagiques thons et espadons Ils ont t mis en place dans le cadre de projets de recherche comme Germon http wwz ifremer fr lareunion Les projets GERMON en cours IOSSS Espadon http wwz ifremer fr lareunion Les projets IOSSS ESPADON et thon rouge ICCAT GBYP et dans le cadre de r seaux de surveillance coordonn s au niveau international en particulier au sein du r glement europ en sur la collecte des donn es halieutiques DCM
3. les otolithes dans un bain d acide nitrique 0 1 pendant 5 minutes Arrizabalaga ef al 2012 gt Les rincer dans 3 bains successifs d eau milliQ gt Les stocker dans un tube en plastique ouvert sous une hotte flux laminaire pendant 24 heures gt Fermer le tube et le conserver dans un endroit sec l abri de la lumi re et de la chaleur gt 7 Param tres biologiques associ s Lorsqu un poisson est chantillonn pour estimer son ge il est n cessaire de noter les param tres biologiques taille et poids individuels sexe stade de maturit et d chantillonnage date lieu Toutes ces donn es et celles li es l ge sont stock es dans un fichier standardis parametres biologiques v7 xls utilisable quel que soit le lieu de pr l vement en mer ou terre et qui comporte les champs suivants e Navire Engin Code_Espece Description Increment Unite Taille Unite_ Poids Presentation Maturite Echelle Type_PC Preparation_PC Poids_PC Cat Date Numero_Trait Lieu Zone Taille Poids Sexe AC LC AC AC LPC LPC AC LC AC AC AC AC AC AC AC LPC Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Param tres biologiques associ s 14 Maturite Age Reference _Prelevement Reference _ PC Observations
4. sont pr lev s 1l est n cessaire qu ils soient nettoy s lors du pr l vement afin de retirer le mucus et autres d p ts organiques sur la pi ce Des i otolithes mal nettoy s lors du pr l vement peuvent tre inutilisables Les otolithes peuvent tre simplement essuy s dans du papier absorbant imm diatement apr s leur extraction Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Type de Coupe 5 3 Type de Coupe La coupe doit tre r alis e avec pr caution pour viter de sectionner l oreille interne et les otolithes 3 1 Coupe frontale 3 1 1 Exemple chez le thon rouge Thunnus thynnus La t te de thon est d pos e sur le rebord de la table L entaille pour la coupe frontale se fait au couteau thon Puis la coupe se fait la scie m taux selon les photos de la figure 1 Le pe Se dr s gt 7 JE PE Da g Ke res STe y Figure 1 Photos des tapes lors de la coupe frontale d une t te de thon rouge Thunnus thynnus 3 2 Coupe transversale 3 2 1 Exemple chez le thon germon Thunnus alalunga La premi re coupe Fig 2 coupe n 1 qui s pare les 2 maxillaires permettra d effectuer la seconde coupe Fig 2 coupe n 2 plus facilement Cette coupe n 2 est transversale et passe sur l arri re de l il Il faut ensuite effectuer une coupe longitudinale de la partie sup rieure Fig 2 coupe n 3 Ne
5. AP Data Collection Multi Annual Programme Ce guide a pour but de standardiser les pr l vements d otolithes effectu s l Ifremer sur ces grands p lagiques Il reprend et compl te la synth se fran aise des proc dures d estimation d ge Mah et al 2009 le manuel d utilisation du fichier Parametres biologiques v7 xls Mah et al 2007 et le guide de pr l vement des pi ces calcifi es Mah et al 2013 Les proc dures d crites dans ce guide sont conformes aux r f rentiels de la base Harmonie de l Ifremer Pour toutes remarques sur ce document merci d envoyer un mail admsih ifremer fr en pr cisant dans l objet Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques 2 Mat riel de pr l vement Les pr l vements peuvent tre effectu s en mer ou terre sur des poissons entiers ou seulement des t tes fraiches ou congel es cas sp cifique aux grands p lagiques 1 Les otolithes tant dans la boite cr nienne 1l est n cessaire d ouvrir celle ci Chez les grands p lagiques la boite cr nienne tant tr s grosse et tr s dure il faut utiliser du mat riel adapt c est dire un grand couteau dents et une scie de boucher ou quivalent comme une scie m taux 2 Pour le pr l vement des otolithes une pince type Brucelle comme pour les autres esp ces peut tre utilis e car leur taille est quivalente celle de beaucoup d autres esp ces Lorsque les otolithes
6. S AC AC AC ve Les fichiers g n r s par les s ances de pr l vements sont g r s dans une base de donn es qui offre toutes les passerelles vers la base de donn es halieutiques Harmonie Pour tout envoi de pi ces calcifi es 1l faut n cessairement compl ter un fichier parametres biologiques v5 xls selon le Manuel d utilisation du fichier Parametres biologiques v5 xls Mah ef al 2007 et envoyer par mail Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Bibliographie 15 Bibliographie Badts V amp Bertrand J 2012 Guide de la mensuration des esp ces en halieutique poissons mollusques crustac s reptiles marins mammif res marins http archimer ifremer fr doc 00001 6237 Brothers E B 1987 Methodological approaches to the examination of otoliths in ageing studies In Summerfelt R C amp Hall G E Eds The age and growth of fish Ames Iowa USA The lowa State University Press 319 330 Mah K Bellail R Dufour J L Boiron Leroy A Dim et J Duhamel E Elleboode R F lix J Grellier P Huet J Labastie J Le Roy D Lizaud O Manten M L Martin S Metral L N delec D V rin Y Badts V 2009 Synth se fran aise des proc dures d estimation d ge French summary of age estimation procedures http archimer ifremer fr doc 00000 7294 Mah K Vigneau J amp Badts V 2007 Saisie
7. Syst me d Informations Halieutiques Action Param tres biologiques Hugues Evano Luisa M tral S Blandine Brisset J r me Bourjea Syst me c Natacha Nikolic d informations Halieutiques K lig Mah Septembre 2014 V 1 1 D l gation Oc an Indien 9 Rue Jean Bertho BP 60 97822 Le Port Cedex 2 Laboratoire Ressources Halieutiques de S te Avenue Jean Monnet CS 30171 34203 S te Cedex 3 Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne Centre Manche Mer du Nord 150 Quai Gambetta 62200 Boulogne sur Mer Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques La version informatique de ce document est disponible sur le site Web du SIH http sih ifremer fr Version O Dae Commentaires 1 0 Septembre 2014 Septembre 2014 sommaire COMORES nee de las reed ete en les tente Ole aa 4 2 Materiel deprelevemenl oasen a E E ATS 4 Type de C ope anena EE E E E E E E E T 5 3 1 Coupe frontale nsc aaa ana O Noea sens tiene tasse sets 5 3 1 1 Exemple chez le thon rouge Thunnus thynnus sssssseeessssssssseersssssssseereees 5 3 2 COUP transvers alC sseni oeenn EE RER E aE ERATE 5 3 2 1 Exemple chez le thon germon Thunnus alalunga cooooooessssnneeeseesssseeeenns 5 3 2 2 Exemple chez l espadon Xiphias gladius oooooooesssneenneeesssseeeensssssssseeeeres 6 4
8. des param tres biologiques Manuel d utilisation du fichier Parametres biologiques v5 xls 27p Mah K Dufour J L Elleboode R Felix J S vin K amp Badts V 2013 Guide de pr l vements des pi ces calcif es http archimer ifremer fr doc 00116 22764 Panfili J Pontual H de Troadec H amp Wright P J Eds 2002 Manuel de scl rochronologie des poissons Co dition fremer IRD 464p Simkiss K 1974 Calcium metabolism of fish in relation to ageing In Bagenal T B Eds Ageing of Fish Proceedings of an International Sympopsium Old Working Survey England Unwin Brothers 1 12 Williams T amp Bedford B C 1974 The use of otoliths for age determination In Bagenal T B Eds Ageing of Fish Proceedings of an International Sympopsium Old Working Survey England Unwin Brothers 114 123 Arrizabalaga H Go i N Fraile I Laconcha U Puncher G Rodriguez Marin E amp Medina A 2012 Sampling protocols for the GBYP biological sampling GBYP report ICCAT Madrid 17p Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014
9. inuer au maximum le volume de l chantillon conserver Ce morceau de t te contenant les otolithes doit tre stocker avec un num ro d identifiant Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Extraction des otolithes 8 4 Extraction des otolithes 4 1 Apr s coupe frontale 4 1 1 Exemple chez le thon rouge Thunnus thynnus Apr s avoir ouvert le cr ne et d plac l enc phale les deux plus gros otolithes les sagittae se situent dans les deux logettes telles que l on peut les voir sur les photos de la figure 5 Les otolithes Fig 6 sont pr lev s l aide d une pince en acier inoxydable puis nettoy s rinc s et s ch s avant d tre stock s d ak Figure 5 Photos permettant de situer les otolithes de thon rouge Thunnus thynnus T leh p nn a F PA ae p Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Extraction des otolithes 9 Otolithe gauche Otolithe droit Figure 6 Otolithes de thon rouge Thunnus thynnus 4 2 Apr s coupe transversale 4 2 1 Exemple chez le thon germon Thunnus alalunga Les otolithes se situent dans les deux logettes telles que l on peut les voir sur les photos de la figure 7 Les otolithes Fig 8 sont pr lev s l aide d une pince en acier inoxydable puis nettoy s rinc s et s ch s avant d tre stock s s Figure 7 Photos permet
10. pas h siter effectuer plusieurs coupes pour viter d ab mer les otolithes Fig 2 Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Type de Coupe 6 Figure 2 Photos des tapes lors de la d coupe d une t te de thon germon Thunnus alalunga 3 2 2 Exemple chez l espadon Xiphias gladius Pour ne pas couper les otolithes mais r aliser une coupe proche de ceux ci la distance D2 distance entre l arri re de l oeil et la coupe doit tre sup rieure D1 diam tre de l oeil Fig 3 Localisation des otolithes Coupe Diam tre de l il Distance entre l arri re de l 1l et la coupe Figure 3 Sch ma explicatif des diff rentes coupes effectuer de la t te d espadon Xiphias gladius Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Type de Coupe 7 L objectif est de couper un morceau de t te ayant un volume le plus petit possible contenant les otolithes pour faciliter le stockage sur un bateau par exemple l usine ou chez un mareyeur en attendant l extraction des otolithes au laboratoire On proc de plusieurs tapes de coupes successives Fig 4 2 4 i ME gS EN E hi AT GOR Par ie conserve Partie conserver CE are 5 at WA 5 7 a ce nn 6 A A it Figure 4 Etapes de d coupes successives de la t te d espadon Xiphias gladius pour dim
11. tade de maturit sexuelle esp ce num ro de trait sont report es sur la pochette avant l introduction de la pi ce calcifi e L usage de micro tubes n cessite d ins rer ou de coller une tiquette informative Les micro tubes ont l avantage d tre suffisamment rigides pour prot ger efficacement les otolithes des cassures cons cutives la manipulation lors d envoi ou de rangement Les zones de stockage fra ches et obscures sont probablement les meilleures et les otolithes s ch s peuvent ainsi tre conserv s ind finiment Brothers 1987 In Panfili ef al 2002 Il est noter qu une conservation dans un milieu aqueux comme l alcool peut tre utilis Ceci peut tre particuli rement utile pour les otolithes petits et fragiles La concentration de l alcool doit tre de 95 au minimum Panfili et al 2002 Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Pr cautions prendre pour des analyses microchimiques 13 6 Pr cautions prendre pour des analyses microchimiques gt Rincer les saccules avec de l eau milliQ gt Extraire les otolithes l aide des pinces en c ramique et les placer dans un r cipient neutre chimiquement en t flon ou en c ramique gt Les nettoyer avec un ustensile adapt la taille de l otolithe gt Une fois sec placer les otolithes dans 3 gouttes de peroxyde d hydrog ne ultra pure pendant 5 minutes placer
12. tant de situer les otolithes de thon rouge Thunnus alalunga Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Extraction des otolithes 10 Figure 8 Otolithes de thon germon Thunnus alalunga 4 2 2 Exemple chez l espadon Xiphias gladius Pour pouvoir pr lever les otolithes 1l est n cessaire d extraire pr alablement les canaux semi circulaires contenant les otolithes Il faut effectuer une coupe longitudinale de la partie sup rieure de la partie conserv e Ne pas h siter effectuer plusieurs coupes pour viter d ab mer les canaux semi circulaires Fig 9 Morceau de t te avant la coupe Les 3 ARE AVi k 5n Figure 9 Coupe longitudinale de la partie sup rieure de la t te d espadon Xiphias gladius pour atteindre les otolithes Enlever d licatement la graisse avec une spatule A l aide d une pince de pr l vement il faut r cup rer d licatement les canaux semi circulaires contenant les otolithes de chaque c t de la cavit centrale Fig 10 Guide de pr l vements des otolithes chez les grands p lagiques Septembre 2014 Conservation des otolithes 11 Figure 10 Position des canaux semi circulaires dans la t te de l espadon Apr s avoir pr lever les canaux semi circulaires l extraction des otolithes s effectue sous une loupe binoculaire Fig 11 Saccule contenant l otolithe Coupe du saccule pour lib
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