Macma Salmo
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1. demarrer __ Orange amp Courrier entra fe MACMA T MANUEL DUTI E fichier pour test Ej MACMA V1 2 b FR 3 V rification des donn es et du format du fichier d entr e Avant de r aliser les calculs une v rification pr alable des donn es et du fichier est r alis e La boite de dialogue suivante appara t Elle vous informe sur l tat de votre fichier 2 A9 0 i fichier pour test Microsoft Exce a Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur x fir LL Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q F HEY oS Nouvelle fen tre Fractionner 1 Bo Ij Affichages personnalis s V Quadrillage I Titres 220 Sj R organisertout Masquer 3 Sr aiMiseen o i Zoom 100 Zoom sur p Enregistrer Changement Macros page E Plein cran _ Barre des messages la s lection del Figer les volets Z Afficher AS l espace de travail de fen tre Affichages classeur Zoom Fen tre Macros Macma Salmo 1 heure date temperature 00 00 00 _ 21 10 2007 2 837 01 00 00 21 10 2007 2 73 02 00 00 21 10 2007 2 624 03 00 00 21 10 2007 2 517 3 4 5 Cette phrase signifie que le fichier poss de 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 8 9 05 00 00 21 10 2007 2 517 bien 24 donn es par jour 06 00 00 21 10 2007 2 517 9 07 00 00 21 10 2007 2 517 10 08 00 00 21 10 2002. FEDERATION DE PECHE 74 herche sur les R secux Trophiques et Ecosyst mes Limniques Centre Alpin de Red F d ration de Haute Savoie pour la P che et la INRA UMR CARRTEL Protection du Milieu Aquatique 75 avenue de Corzent 2092 route des Diacquenods BPS11 Dear 74203 Thonon 74370 St Martin Bellevue rae www dijon inra fr thonon www pechehautesavoie com MANUEL D UTILISATION Macro Excel d Aide au Calcul de variables thermiques appliqu es aux Milieux Aquatiques Salmonicoles Version 1 0 mars 2010 Q DUMOUTIER L VIGIER A CAUDRON Rapport SHL 293 2010 FDP74 10 03 Disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 5 MANUEL D UTILISATION R f rence a citer Dumoutier Q Vigier L et Caudron A 2010 Macro Excel d Aide au Calcul de variables thermiques appliqu es aux Milieux Aquatiques Salmonicoles MACMASalmol 0 Rapport SHL293 2010 FDP74 10 03 disponible sur http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 5 SOMMATRE Pr ambule Pourquoi MACMASalmo1 0 I Modeles d enregistreurs utilis s et calibration IT Pr cautions et principes de poses III Validit des donn es enregistr es par la sonde thermique IV Variables thermiques calcul es A G n ralit s B Variables thermiques g n rales du milieu C Variables en rapport avec le preferendum thermique de la truite commune D Conditions thermiques potentiellement favorables au d vel
3. M Feuill 73 8 O Pret 4 FE Qu demarrer __ Orange amp Courrier entra fe MACMA pe MANUEL DUTI oy fichier pour test Eh MACMA 1 2b Si vous ne cochez pas la cat gorie Conditions thermiques de S trutta pendant la phase ZUNE larvaire PEL le champ destin a saisir une date m diane de ponte disparait A of gt chier poul test licrosoft Exce _ 5 Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur ox LJ Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q a oS Nouvelle fen tre Fractionner J CH gt li Affichages personnalis s 7 Quadrillage J Titres R organisertout Masquer La Mise en Zoom 100 Zoom sur Enregistrer Changement meres page E Plein cran Barre des messages la s lection Rss Figer les volets 5 Afficher ad y espace de travail de fen tre Affichages classeur Afficher Masquer 5 Zoom Fen tre Macros a f lt 00 00 00 Macma Salmo i B C D E F K L M N O 1 heure date temp rature 00 00 00 _ 21 10 2007 2 837 3 01 00 00 21 10 2007 2 73 4 02 00 00 21 10 2007 2 624 _5 03 00 00 21 10 2007 2 517 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 05 00 00 21 10 2007 2517 V rification des donn es effectu e avec succ s 8 06 00 00 21 10 2007 2 517 366 jours v rifi s 9 07 00 00 21 10 2007 2 517 P riode 21 10 2007 au 20 10 2008 10 08 00 00 21 10 2007 2 517
4. calcul es parce que la cat gorie correspondante n a pas t coch e par l utilisateur le terme NC s inscrit dans la cellule A 9 0 gt fichier pour test Microsoft Excel oa x Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage PDF S in 1 i A B fo Calibri x gt Wee gt Standard Fi Mise en forme conditionnelle 3 Inserer A z d Fa x 33 3 000 dE Mettre sous forme de tableau 3 Supprimer 3 v Coller EE E E EEE i S _ Trieret Rechercher et JI CE E er ar ES SRE ES 0 0 Ey Styles de cellules 7 ied Format 27 filtrer s lectionner Presse papiers Police Ca Alignement Ca Nombre 5 Style Cellules dition AD15 fe i Y Z AA AB AC al AE AF AG AH Al AJ Al Nbmax Ti csf gt 19 Nb Ti gt 25 Nb sq Ti gt 25 Nbmax Ti csf gt 25 0 0 0 0 D wn nw B UOUN n ln leo ln la les le les MEN pe ls le pes hs B wlnDiIhlS ble Yah Bw NR le l 25 16 4 gt gt Feuii Pr t Moyennes journaleres i d marrer amp Courrier entrant Th w MANUEL DUTILISATI T Rapport thermique Mi ps fichier pour test VI Questions et remarques Nous avons choisi de divulguer cette application afin de r pondre aux demandes de coll gues de divers organismes qui souhaitent travailler sur la qualit thermique des milieux aquatiques dont ils ont la gestion Cependant il ne faut pas oublier que cet o
5. e x 100 e Date laquelle la temp rature moyenne journali re Tmj est pour la premi re fois sur la plage tudi e strictement inf rieure 4 C Dd Tmj lt 4 e Date laquelle la temp rature moyenne journali re Tmj est pour la derni re fois sur la plage tudi e strictement inf rieure a 4 C Df Tmj lt 4 Ces deux dates permettent de rep rer rapidement au sein de la plage tudi e la p riode la plus froide de l ann e pouvant avoir une influence sur la biologie de la truite m tabolisme croissance e Pourcentage de jours au cours de la plage tudi o la temp rature moyenne journali re est strictement inf rieure 4 C j Tmj lt 4 e Pourcentage de jours au cours de la plage tudi o la temp rature moyenne journali re est strictement sup rieure 19 C j Tmj gt 19 Ces deux variables sont compl mentaires de la variable j Tmj 4 19 car elles permettent de savoir comment le pourcentage de jours durant lequel les temp ratures ne sont pas favorables la truite commune 100 j Tmj 4 19 se r parti entre temp ratures faibles et lev es e Nombre d heures totales o la temp rature instantan e est strictement sup rieure a 19 C Nb Ti gt 19 e Nombre de s quences pendant la p riode tudi e durant lesquels les temp ratures instantan es restent strictement sup rieures 19 C Nb sq Ti gt 19 e Nombre d heures maximales cons cutives durant lesquelles les temp ratures instantan es
6. 1 5 C Nb sq Ti lt 1 5 PEL e Nombre d heures maximales cons cutives pendant la PEL durant lesquelles les temp ratures instantan es restent inf rieures 1 5 C Nbmax Ti csf lt 1 5 PEL En accord avec Humpesch 1985 les temp ratures moyennes journali res de 1 5 C et de 15 C peuvent tre consid r es comme des valeurs limites partir desquelles le taux de survie embryo larvaires est fortement affect 10 F Tableau synth tique des variables utilis es et de leur d signation Code variable D signation succinte Rappel Preferendum thermique D veloppement potentiel MRP Phase de vie embryo larvaire PEL Ti ample thermique aura T T INbjRsp Nombre de jours de r sorption S VI Utilisation de MACMASalmol 0 A Installation de la macro MACMASalmol 0 MACMASalmol 0 est fourni sous la forme d une macro Excel poss dant une extension xla Son installation est donc identique a toute autre macro compl mentaires Excel Les tapes d installation sont rappel es en annexe 11 B Etapes d utilisation de MACMASalmol 0 1 Ouverture et format du fichier d entr e Ouvrir le fichier d entr e contenant les donn es brutes Le fichier d entr e est un fichier Excel poss dant sur la feuille 1 les valeurs brutes de temp rature issues de l enregistreur Pour quae MACMASalmol 0 fonctionne trois crit res sont obligatoires e Le fichier ne doit comporter qu une seule feuille
7. 11 09 00 00 21 10 2007 241 Choix des variables 4 calculer 12 10 00 00 21 10 2007 2 41 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 IV Pr f rendum thermique de Salmo trutta 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 16 14 00 00 21 10 2007 3 155 Pa A ae lt n 17 15 00 00 21 10 2007 3 367 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 34 40 2007 2 624 4 gt Feuill 23 4 I Pr t Eg d marrer __ Orange amp Courrier entra me MATMA TY MANUEL DUTI El fichier pour test Hj MACMA V1 2 b RA Rechercher sur l ordinateu M Variables thermiques g n rales 15 5 Entrer une date m diane de ponte option Si vous souhaitez que les variables en rapport avec les conditions thermiques pendant la phase de d veloppement embryo larvaire soient calcul es vous devez saisir une date m diane de ponte pour toute explication concernant la d finition et la d termination de cette date voir le IV E page 8 9 ld Be z fichier pour test Microsoft E 5 Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur x A Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q E
8. 15 03 11 2007 3 49 16 04 11 2007 3 85 17 05 11 2007 4 43 18 06 11 2007 3 38 19 07 11 2007 3 01 20 08 11 2007 2 93 21 09 11 2007 2 77 22 10 11 2007 1 93 23 11 11 2007 2 82 24 12 11 2007 2 92 25 13 11 2007 2 17 26 14 11 2007 1 45 27 15 11 2007 1 28 4 4 M Feuill Moyennes j d marrer ax Orange amp Courrier entra fe MACMA Ty MANUEL DUTI fichier pour test Eh MACMA 1 2b FR 17 La feuille Phase Embryo Larvaire PEL comporte 7 colonnes et synth tise les valeurs de temp rature observ e uniquement pendant la dur e de la phase de d veloppement embryo larvaire calcul e a partir de la date m diane de ponte Les trois premi res colonnes heure date et Ti C indiquent les temp ratures horaires enregistr es pendant la PEL Les 4 colonnes suivantes indiquent les donn es calcul es pour chaque jour de la PEL a partir de la date m diane de ponte Tmj C correspond a la temp rature moyenne journali re calcul e a partir des 24 donn es enregistr es Ecl et Emg indiquent pour chaque jour le pourcentage d avancement du d veloppement embryo larvaire respectivement jusqu a l closion et l mergence e H9 0 x fichier pour test Microsoft Excel Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur Fe A partir du fichier Access FED 2 Connexions a Effacer Validation des donn es
9. 201 221 Dunham J Chandler G Rieman B Martin D 2005 Measuring stream temperature with digital data loggers a user s guide Gen Tech Rep RMRSGTR I150WWW Fort Collins CO U S Department of Agriculture Forest Service Rocky Mountain Research Station 15 p Elliott J M 1975 The growth rate of brown trout Salmo trutta L fed on maximum rations Journal of Animal Ecology 44 805 821 Elliott J M 1981 Some aspects of thermal stress on freshwater teleosts pp 209 245 In Stress and fish Pickering A D ed Academic Press London Elliott J M 1984 Grouwth size biomass and production of young migratory trout Salmo trutta in a Lake District stream 1966 83 Journal of Animal Ecology 53 979 994 Elliott J M 1994 Quantitative ecology and the brown trout Oxford University Press Oxford 286 pp Elliott J M Hurley M A 2001 Modelling growth of brown trout Salmo trutta in terms of weight and energy units Freshwater Biology 46 679 692 De Kinkelin P Gay M 2000 La teracapsulose a Tetracapsula bryosalmonae une bonne cible pour des etudes pid miologiques en ichtyopathologie Epid miologie et sant animale 38 7 18 20 Feist S W Peeler E J Gardiner R Smith E Longshaw M 2002 Proliferative kidney disease and renal myxosporidiosis in juvenile salmonids from rivers in England and Wales Journal of Fish Diseases 25 451 458 Gay M Okamura B De Kinkelin P 2001 Evidence that infectious stage
10. E S oS Nouvelle fen tre Fractionner 1 Bo Ij Affichages personnalis s V Quadrillage J Titres 1120 me R organiser tout Masquer ER ormat Mise en Zoom 100 Zoom sur Enregistrer Changement Macros page E Plein cran Barre des messages la s lection B Figer les volets Z Afficher 218 l espace de travail de fen tre Affichages classeur Afficher Masquer Zoom 1 Fen tre Macros 00 00 00 Macma Salmo a a a er es E ET a a ae ey ee a oe 1 heure date temp rature u 00 00 00 Li 21 10 2007 2 837 3 01 00 00 21 10 2007 2 73 4 02 00 00 21 10 2007 2 624 IES 03 00 00 21 10 2007 2 517 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 05 00 00 21 10 2007 2 517 V rification des donn es effectu e avec succ s 8 06 00 00 21 10 2007 2 517 366 jours v rifi s 3 07 00 00 21 10 2007 2 517 P riode 21 10 2007 au 20 10 2008 10 08 00 00 21 10 2007 2 517 11 09 00 00 21 10 2007 2 41 F Choix des variables calculer 2 i 20 00 00 Fe om M Variables thermiques g n rales 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 IV Pr f rendum thermique de Salmo trutta 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 nn Conditions thermiques favorables au d veloppement E aa os se N de la Maladie R nale Prolf rative MRP ou PKD 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 Van Ne 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 Saisir une date m diane de ts 21 19 00 00 21 10 2007 3 26
11. Larvaire PEL Nbj PEL estimation du nombre total de jours n cessaire pour que 50 des fray res atteignent 100 du d veloppement embryo larvaire total de la f condation des ovules a l mergence des alevins Ce calcul est r alis partir de la date m diane de ponte fix e par l utilisateur et la formule suivante Crisp 1988 et 1992 permettant d estimer pour chaque jour le pourcentage de d veloppement embryo larvaire jusqu a l mergence des alevins a partir de la temp rature moyenne journali re D3 1 660xD 5 4 e Date m diane d mergence D50 Emg estimation de la date partir de la formule pr c dente a laquelle 50 des fray res ont atteint un taux de d veloppement embryo larvaire de 100 jusqu l mergence e Nombre d heures totales o la temp rature instantan e est strictement sup rieure a 15 C pendant la PEL Nb Ti gt 15 PEL e Nombre de s quences pendant la PEL durant lesquelles les temp ratures instantan es restent sup rieures 15 C Nb sq Ti gt 15 PEL e Nombre d heures maximales cons cutives pendant la PEL durant lesquelles les temp ratures instantan es restent sup rieures 15 C Nbmax Ti csf gt 15 PEL e Nombre d heures totales o la temp rature instantan e est strictement inf rieure 1 5 C pendant la PEL Nb Ti lt 1 5 PEL e Nombre de s quences pendant la PEL durant lesquelles les temp ratures instantan es restent inf rieures
12. Macros page E Plein cran Barre des messages la s lection Heil Figer les volets 5 Afficher l espace de travail de fen tre i Affichages classeur Afficher Masquer Zoom 1 Fen tre Macros 1 f 00 00 00 zi Macma Salmo A A B C D E F K L M N O 1 heure date temp rature m 00 00 00 l 21 10 2007 2 837 3 01 00 00 21 10 2007 2 73 4 02 00 00 21 10 2007 2 624 5 03 00 00 21 10 2007 2 517 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 8 9 05 00 00 21 10 2007 2517 V rification des donn es effectu e avec succ s 06 00 00 21 10 2007 2 517 366 jours v rifi s 3 07 00 00 21 10 2007 2 517 P riode 21 10 2007 au 20 10 2008 10 08 00 00 21 10 2007 2 517 12 10 00 00 21 10 2007 2 41 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 Cochez les cat gories IV Pr f rendum thermique de Salmo trutta 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 16 14 00 00 21 10 2007 3 155 de variables que yous y Conditions thermiques favorables au d veloppement 17 15 00 00 21 10 2007 3e souh aitez de la Maladie R nale Prolif rative MRP ou PKD 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 PE CC 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 Saisir une date m diane de a 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 ROLA MAN 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 M4
13. ac eA partir du site Web is f Propriet s amp R appliquer Ha Consolider k da G A partir d autres Connexions Actualiser z Trier Filtrer 7 A Convertir Supprimer 7 Grouper Dissocier Sous total Ei partir du texte sources existantes toutr Modifier les llens d acc s A AP Avance les doublons ie Analyse de sc narios X Donn es externes Connexions Trier et filtrer i Outils de donn es Plan E A2 vl fe 00 00 00 ST AN AN TV NO VON PT ENT EN EE 1 heure date Ti C date Tmj C Ecl Emg 00 00 00 15 12 2007 1 656 15 12 2007 1 25 0 5831569 0 3447592 3 01 00 00 15 12 2007 1 656 16 12 2007 0 56 1 10098751 0 65153765 4 02 00 00 15 12 2007 1 656 17 12 2007 0 31 1 59687567 0 94552309 5 03 00 00 15 12 2007 1 656 18 12 2007 0 72 2 12921879 1 26075281 6 04 00 00 15 12 2007 1 656 19 12 2007 1 13 2 7004915 1 59861434 7 05 00 00 15 12 2007 1 656 20 12 2007 1 43 3 30190568 1 95396002 8 06 00 00 15 12 2007 1 548 21 12 2007 1 53 3 91369056 2 31531367 ail 07 00 00 15 12 2007 1 548 22 12 2007 1 75 4 54887815 2 69021041 10 08 00 00 15 12 2007 1 439 23 12 2007 2 13 5 22645585 3 08958682 11 09 00 00 15 12 2007 1 33 24 12 2007 1 76 5 86272671 3 46510998 12 10 00 00 15 12 2007 1 221 25 12 2007 1 59 6 48081348 3 83011251 13 11 00 00 15 12 2007 1 112 26 12 2007 2 03 7 14698836 4 22291045 14 12 00 00 15 12 2007 1 003 27 12 2007 1 28 7 73315198 4 56941394 15 13 00 00 15 12 2007 1 003 28 12 2007 1 15 8 30638967 4 9
14. contr l De Kinkelin et Gay 2000 ont montr qu partir d une dur e de 2 semaines cons cutives un minimum de 15 C des sujets de truite arc en ciel taient infect es La prise en compte du risque potentiel d infection des juv niles par ce parasite dans l tude des populations de truites appara t pertinente au vu de la mise en vidence r cente de sites infect s en Grande Bretagne Feist et al 2002 et en Suisse Wahli et al 2002 o la MRP est consid r e sur certains secteurs comme responsable du d clin piscicole Burkhardt Holm et al 2002 La recherche syst matique de sympt mes visuels sur environ 5000 juv niles de truites r parties sur plus de 100 secteurs a montr que ce parasite avait infect plusieurs populations sur diff rents cours d eau de Haute Savoie Caudron et Champigneulle 2007 e Nombre d heures totales o la temp rature instantan e est sup rieure ou gale a 15 C Nb Ti gt 15 e Nombre de s quences pendant la p riode tudi e durant lesquelles les temp ratures instantan es restent sup rieures ou gales a 15 C Nb sq Ti gt 15 e Nombre d heures maximales cons cutives durant lesquelles les temp ratures instantan es restent sup rieures ou gales 15 C Nbmax Ti csf gt 15 Cette derni re variable est particuli rement int ressante pour valuer si les conditions thermiques sont potentiellement favorables l infection des populations de truite par la MRP En
15. de localisation pince fiche de terrain Photo 6 de l endroit exact de l enregistreur avant de faire les photos permet ensuite de le retrouver plus ais ment Indice de localisation sur la photo ici une pince coupante Fil accroch l arbre ts a gt eo iw N s 7 f HE aes 2 PA ME TNS Photo 6 Exemple d un indice de localisation permettant de rep rer avec exactitude l emplacement de l enregistreur III Validit des donn es enregistr es par la sonde thermique Apr s avoir t l charg les donn es de l enregistreur et avant toute utilisation de MACMASalmo pensez a bien choisir la plage de donn es sur laquelle vous souhaitez travailler et a v rifier la pr sence ventuelle de donn es aberrantes dans votre fichier d entr e Cette v rification est importante pour s assurer de la validit des calculs qui seront r alis s car MACMASalmo ne d tectera pas la pr sence de valeurs aberrantes Ces relev s aberrants peuvent tre caus s par un disfonctionnement de l enregistreur ou le plus souvent par sa mise hors d eau La visualisation de aspect de la s rie de donn es l aide d un graphique utilisant l ensemble des donn es brutes permettra de supprimer les donn es enregistr es avant et apres la mise en eau de choisir la plage de donn es ad quate et de rep rer dans celle ci la pr sence ventuelle de mesures anormales Figure 2 En fonction de la p riode et de la du
16. dur e de vie des piles Fabricant_ type d enregistreur__ submersible m moire temperature a25 25 C d alimentation __ Onset StowAway tidbit Oui 32520 4 37 0 2 0 16 5 ans non remplacable Onset HOBO Pendant tem Oui 8K ou 64K 20 70 0 47 0 1 1 an remplacable CR2032 Photo 1 Mod les d enregistreurs utilis s Un test r alis a faible temp rature environ 5 C avec le mod le HOBO Pendant temp n 26 a permis d estimer que l cart de temp rature obtenu entre enregistreurs plac s dans les conditions identiques tait inf rieur 0 8 C L utilisation de MACMASalmo n cessite de disposer de donn es thermiques enregistr es au pas de temps horaire Les proc dures de v rification des donn es sources et de calculs sont bas es sur la pr sence dans le fichier de 24 donn es instantan es par jour Cet intervalle de temps standard a t pr alablement choisi pour les raisons suivantes e Il apparait suffisamment adapt pour prendre en compte les carts thermiques dans le cas de cours d eau soumis d importantes amplitudes journali res e Il est compatible avec les capacit s de stockage actuelles des principaux enregistreurs disponibles permettant ainsi des suivis annuels sans relev interm diaire minimum de 8720 donn es stock es e Il permet une meilleure pr cision des variables calcul es sur les moyennes et les amplitudes e Il r duit significativement les risques de mauvaises estimations des
17. restent strictement sup rieures 19 C Nbmax Ti csf gt 19 e Nombre d heures totales o la temp rature instantan e est sup rieure ou gale 25 C Nb Ti gt 25 e Nombre de s quences pendant la p riode de suivi durant lesquelles les temp ratures instantan es restent sup rieures ou gales 25 C Nb sq Ti gt 25 e Nombre d heures maximales cons cutives durant lesquelles les temp ratures instantan es restent sup rieures ou gales 25 C Nbmax Ti csf gt 25 D Conditions thermiques potentiellement favorables au d veloppement de la MRP ou PKD La MRP maladie r nale prolif rative ou Proliferative Kidney Disease est une maladie infectieuse touchant pr f rentiellement les truites Salmo trutta et Oncorhynchus mykiss l ombre commun Thymallus thymallus et le saumon atlantique Salmo salar Elle provoque chez les sujets atteints une importante hypertrophie des reins et ventuellement du foie et de la rate qui peut entra ner dans les populations des taux de mortalit relativement importants notamment chez les juv niles L agent infectieux est un parasite nomm Tetracapsula bryosalmonae Canning et al 1999 qui utilise comme h te interm diaire des bryozoaires Anderson et al 1999 La temp rature de l eau joue un r le important dans le cycle de d veloppement de ce parasite qui se propage dans le milieu naturel lorsque celle ci atteint 9 C Gay et al 2001 Des tudes en milieu
18. tres avanc s Nous proposons une installation avec cr ation d un lien qui permet d acc der la macro compl mentaire via un bouton personnalis plac dans la barre d outils l Ouvrir un fichier Excel 2 Aller dans outil gt macro compl mentaire puis cochez MACMA V1 0 amp Microsoft Excel Classeur1 Tapez une question ify fey E gt 1 2 3 Re t t t t Macros compl mentaires disponibles 5 _ Assistant Recherche f _ Assistant Somme conditionnelle 8 comprement solveur 3 m Orkisponil Euro _ Utilitaire d analyse j i _ Utilitaire d analyse VBA gt j I YBA pour l Assistant Internet Automatisation 20 Macma 1 2 B ta M w Feuilt Feuil2 Fouls 7 l l EL a 2 d marrer oa 1 Boite de r ception EJ Microsoft Excel Gy Documenti Micr Pour cr er un lien via un bouton plac dans la barre d outil l Aller dans outil gt personnaliser la boite de dialogue personnalisation s ouvre 2 Ouvrez l onglet commande et rechercher dans le menu d roulant gauche la cat gorie macros 3 Cliquez sur la commande El ment de menu personnalis et faites la glissez l emplacement de votre choix dans la barre d outil Microsoft Excel Classeur1 ME Ay ji YY R pondre en incluant des modifications Terminer la r vision sertion Format utils Donn e
19. variables utilisant les temp ratures lev es limites sup rieures des exigences thermiques diff rentes phases du cycle de vie temp rature l tale calcul de la temp rature des jours les plus chauds D apr s Dunham 2005 la probabilit de sous estimer d au moins 1 C la temp rature journali re maximale est tr s r duite P 0 01 en utilisant un intervalle d enregistrement de 1 heure Il est conseill de disposer de chroniques de donn es ne pr sentant pas d interruptions durant les p riodes estivale mi juin a mi septembre et hivernale et printaniere d but octobre a mi juin afin de s assurer de la validit des variables correspondant a des moyennes mobiles temp rature moyenne des 30 jours les plus chauds ou a des dur es dur e de la phase embryo larvaire par exemple Ainsi les p riodes de pose conseill es sont donc de mi juin a fin juin et de mi septembre a d but octobre II Pr cautions et principes de poses Afin d optimiser l effort de pose nous avons cherch minimiser les causes de pertes vols li s a la curiosit arrachement par une crue ou de mise hors d eau des enregistreurs Apr s quelques ann es de retours d exp riences le syst me de pose retenu est le suivant un lest bloc de b ton pav brique autobloquante permettant le maintien du dispositif au fond du lit du cours d eau un tube PVC de 40 mm de diam tre trou transversalement en 3 endroits un trou
20. 0841632 16 14 00 00 15 12 2007 1 112 29 12 2007 1 49 8 91400654 5 26735582 17 15 00 00 15 12 2007 1 221 30 12 2007 2 9 57679547 5 65819943 18 16 00 00 15 12 2007 1 221 31 12 2007 1 23 10 1579559 6 00180021 19 17 00 00 15 12 2007 1 221 01 01 2008 0 72 10 690299 6 31702992 20 18 00 00 15 12 2007 1 112 02 01 2008 0 84 11 2337733 6 63873654 21 19 00 00 15 12 2007 1 003 03 01 2008 1 58 11 8508056 7 0031286 22 20 00 00 15 12 2007 1 003 04 01 2008 2 16 12 5318393 7 40449787 23 21 00 00 15 12 2007 0 784 05 01 2008 2 52 13 2556414 7 83049304 24 22 00 00 15 12 2007 0 674 06 01 2008 2 79 14 0131415 8 27584425 25 23 00 00 15 12 2007 0 563 07 01 2008 3 25 14 8314268 8 75600579 26 00 00 00 16 12 2007 0 563 08 01 2008 3 19 15 6415346 9 23149208 27 01 00 00 16 12 2007 0 563 09 01 2008 3 72 16 5265783 9 74973054 M4 M Feuill Moyennesjournaleres Phase embryo larvaire PEL Resultats 2 d marrer __ Orange amp Courrier entra fe MACMA TA MANUEL DUTT fichier pour test EY MACMA V1 2 b Enfin la feuille R sultats comporte les r sultats obtenus pour toutes les variables Une l gende de 4 couleurs permet de mieux visualiser les 4 grandes cat gories de variables Pa E a ld 9 i fichier pour test Microsoft Excel ox Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur x gg partir du fichier Access ray i l 3 Connexions Al BA
21. 1 ponte MM Aaa 15 12 2007 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 M4 gt Feuill F3 4 il pr t E d marrer orange amp Courrier entra fe MACMA C9 MANUEL DUTI fichier pour test Ei MACMA V1 2 b FR 6 Ex cuter les calculs Une fois les cat gories de variables choisies ex cuter les calculs en cliquant sur le bouton Calculer bed 92 i fichier pour test Microsoft Excel 5 Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur o gt x E LJ Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q i Hie oS Nouvelle fen tre Fractionner J CD l ail Affichages personnalis s V Quadrillage VY Titres EN ee R organisertout Masquer La mat Mise en 2 Zoom 100 Zoom sur A Enregistrer Changement Macros page E Plein cran Barre des messages la s lection 9 Figer les volets Z Afficher 28 l espace de travail de fen tre Affichages classeur 2 7 Afficher Masquer Zoom 4 _Fen tre i Macros El 00 00 00 A a a a er E F K L M N o E 1 heure date temp rature 00 00 00 i 21 10 2007 2 837 A 01 00 00 21 10 2007 2 73 4 02 00 00 21 10 2007 2 624 5 03 00 00 21 10 2007 2 517 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 05 00 00 21 10 2007 251
22. 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 M4 gt Feuill 23 demarrer enw Orange Courrier entrant T fe Mac tj MANUEL DUTILISAT Attention il n est pas recommand de travailler directement sur votre fichier source issu du logiciel fourni avec les enregistreurs Il est pr f rable de sauvegarder votre fichier source et de cr er un fichier d entr e sp cifique pour l utilisation de MACMASalmol 0 car l ex cution va modifier le fichier 12 2 Ex cution de la macro MACMASalmo Lorsque vous ex cutez la macro MACMASalmo la boite de dialogue suivante appara t Pour lancer l ex cution cliquer sur le bouton D marrer Ca i s ichrer pour tes Microsoft Exce Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur x Uj Aper u des sauts de page R gle Barre de formule pi iia Nouvelle fen tre 7 Fractionner _ J Le UY el me Jil Affichages personnalis s Quadrillage Titres oma ilies R organiser tout Masquer iat i i r Zoom 100 Zoom sur Enregistrer Changement Macros Al Plein cran Barre des messages la s lection Figer tes v
23. 21 10 2007 2 41 v rifier le nombre de donn es le 24 10 2007 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 16 14 00 00 21 10 2007 3 155 17 15 00 00 21 10 2007 3 367 i8 16 00 00 21 10 2007 3 472 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 44 Feuill lt P 4 Pr t demarrer ay Orange amp Courrier entra fm 2 Explorateu Tt MANUEL DUTI w Rapport therm fx 2 Microsoft 14 4 Choix des cat gories de variables Avant de lancer les calculs vous devez choisir quelles cat gories de variables vous souhaitez calculer pour conna tre quelles variables comprennent les diff rentes cat gories r f rez vous au i IV page 5 11 Par d faut les 4 types de eues sont coch s id 9 amp gt fichier pour tes Vicrosoft Exce amp Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur x LI Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q Ey os Nouvelle fen tre Fractionner J Hy sj Affichages personnalis s V Quadrillage Y Titres R organiser tout Masquer iat ormat Mise en 2 Zoom 100 Zoom sur Enregistrer Changement
24. 7 2 517 11 09 00 00 21 10 2007 2 41 12 10 00 00 21 10 2007 2 41 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 E Indication du nombre de jours total de votre fichier et de la p riode tudi e date de d but et de fin des donn es 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 IV Pr f rendum thermique de Salmo trutta 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 nn Conditions thermiques favorables au d veloppement ae 14 00 00 21 10 2007 M de la Maladie R nale Prolif rative MRP ou PKD 17 15 00 00 21 10 2007 3 367 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 F Conditions thermiques de 5 trutta pendant la phase embry larvaire PEL 13 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 Saisir une date m diane de ponte JJ MM AAAA 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 demarrer __ Orange amp Courrier entra fe MACMA TA MANUEL DUTI El fichier pour test Eh MACMA V1 2 b 13 Certains mod les de sonde thermique n integre pas directement lors de l enregistrement les changements d heures li s aux passages a l heure d t et l heure d hiver Dans ce cas la date de ces changements le nombre de donn es enregistr es par jours ne sera pas de 24 mais de 25 ou de 23 Vous n tes pas oblig de rechercher les dates correspondantes avant
25. 7 V rification des donn es effectu e avec succ s 8 06 00 00 21 10 2007 2 517 366 jours v rifi s 9 07 00 00 21 10 2007 2 517 P riode 21 10 2007 au 20 10 2008 10 08 00 00 21 10 2007 2 517 11 09 00 00 21 10 2007 2 41 Choix des variables calculer 12 10 00 00 21 10 2007 2 41 IV Variables thermiques g n rales 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 M Pr f rendum thermique de Salmo trutta 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 nn Conditions thermiques favorables au d veloppement 14 00 00 21 10 2007 3 155 M de la Maladie R nale Prolif rative MRP ou PKD 17 15 00 00 21 10 2007 3 367 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 Vv Conditions thermiques de 5 trutta pendant la phase 4 embry larvaire PEL 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 A a ee de las 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 ded tie cea 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 a 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 Mo Feuill AI 4 Ji Pr t fe d marrer Orange amp Courrier entra fe MACMA Ty MANUEL DUTI E fichier pour test Bj MACMAVI 2b FR 16 7 R sultats des calculs Apres avoir ex cut les calculs la boite de dialogue suivante apparait indiquant que l ex cution a r ussie En plus de la feuil 1 qui poss de vos donn es de base l ex cution a cr dans votre fichier Excel 3 nouvelles feu
26. F Effacer E 8 Validation des donn es HE 4 ME 2 4 Z 7 oe oe mm t 5 2 tzt z DA partir du site Web A is Sf Propri t s lA amp R appliquer Saa z Ha Consolider ER 3 M partir d autres Connexions Actualiser ral Trier Filtrer r Convertir Supprimer er Grouper Dissocier Sous total LAVA partir du texte sources 7 existantes touty Modifier les liens d acces My avanc les doublons 22 Analyse de sc narios y Donn es externes Connexions Trier et filtrer Outils de donn es Plan i D1 f A CS mme es a a a a a Se NT multi _1 L gende des variables _ Variables thermiques g n rales Pr f rendum thermique de Salmo trutta Conditions thermiques favorables au d veloppement de la Maladie R nale Proliferative MRP ou PKD _ Conditions thermiques de S trutta pendant la phase embryo larvaire PEL 2 3 4 5 6 7 Dd P riode Df P riode Dur e i min max T Ajmax A i m ma AIM mj ma a Tmst 130j n aDf Tm 8 21 10 2007 20 10 2008 366 0 12 6 12 6 4 2 21 06 2008 0 3 10 4 10 1 05 08 2008 4 88 3 16 07 2008 14 0 9 10 11 12 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 J 26 27 M4 gt Feuill Moyennesjournalieres Phase embryo larvaire PEL Resultats 2 GU N Pr t 1 demarrer x Orange amp Courrier entra fo MACMA T9 MANUEL DUTI x fichier pour test i MACMA 1 2 b FR 18 Lorsque les variables n ont pas t
27. ction pour la truite fario sur la r surgence de Morette Rapport de pr sentation des travaux Evaluation et suivi de l am nagement Rapport FDAAPPMA 74 13p Caudron A Champigneulle A 2007 Evaluation grande chelle de l efficacit du repeuplement et comparaison des caract ristiques des truites Salmo trutta L sauvages et introduites dans les rivieres de Haute savoie Rapport final 2002 2006 Rapport SHL 274 2007 68p annexes Champigneulle A Melhaoui M Maisse G Bagliniere J L Gillet C Gerdeaux D 1988 Premi res observations sur la truite Salmo trutta L dans le Redon un petit affluent frayere du Lac L man Bulletin Francais de la P che et de la Pisciculture 310 59 76 Champigneulle A Largiader C R Caudron A 2003 Reproduction de la truite Salmo trutta L dans le torrent de chevenne Haute Savoie Un fonctionnement original Bulletin Francais de P che et Pisciculture 369 41 70 Crisp D T 1988 Prediction from water temperature of eyeing hatching and swim up times for salmonids embryos Freshwater Biology 19 41 48 Crisp D T 1992 Measurement of stream water temperature and biologiacal applications to salmonid fishes grayling and dace Freshwater biological association occasional publication N 29 72p Crisp D T 1996 Environmental requirements of common riverine European salmonid fish species in freshwater with particular reference to physical and chemical aspects Hydrobiologia 323
28. de lancer l ex cution En effet en cas d erreur dans le nombre de donn es moins ou plus de 24 donn es par jour la boite de dialogue suivante s affiche en vous pr cisant la date laquelle l erreur a t relev e Dans ce cas cliquer sur OK rectifiez l erreur et relancer l application depuis le d but m 4 it gt firhic tect ave Jai nnees part f Sort z _ a a don gt Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur x M Aper u des sauts de page R gle Barre de formule 1 Nouvelle fen tre 1 Fractionner _ J aa f ail f j i 7 fil Affichages personnalis s Quadrillage Titres M ra R organiser tout Masquer E za MBEE i Zoom 100 Zoom sur A Enregistrer Changement Macros page all Plein cran Sarre des Messages la s lection HA Figer les volets 7 Afficher l espace de travail de fen tre v Affichages classeur Afficher Masquer Zoom Fen tre Macros A2 G fe 00 00 00 F1 s c SS PP SN NN AN PT PT SN RE PO PE 1 heure date temp rature m 21 00 00 00 l 21 10 2007 2 837 3 01 00 00 21 10 2007 2 73 4 02 00 00 21 10 2007 2 624 5 03 00 00 21 10 2007 2 517 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 05 00 00 21 10 2007 2 517 8 06 00 00 21 10 2007 2 517 9 07 00 00 21 10 2007 2 517 10 08 00 00 21 10 2007 2 517 Microsoft Excel x 11 09 00 00 21 10 2007 2 41 12 10 00 00
29. ds Cette donn e est directement exploitable pour le calcul de la biotypologie d apr s la formule propos e par Verneaux 1973 e Date de d but de la p riode correspondante aux 30 jours cons cutifs les plus chauds Dd Tm30j max e Date de fin de la p riode correspondante aux 30 jours cons cutifs les plus chauds Df Tm30j max Ces deux dates permettent de rep rer rapidement au sein de la plage tudi e la p riode la plus chaude de l ann e C Variables en rapport avec le preferendum thermique de la truite commune Ce preferendum peut tre d fini comme la plage de temp ratures d eau permettant une activit m tabolique de la truite commune c est dire favorable son alimentation et sa croissance D apr s les r sultats de plusieurs tudes Alabaster et Lloyd 1980 Crisp 1996 Elliott 1975 1981 1984 1994 Elliott et Hurley 2001 Varley 1967 les valeurs limites basse et haute de ce preferendum ont t fix es respectivement 4 C et 19 C De m me la valeur de 25 C a t consid r e comme la limite l tale ou sub l tale pour les juv niles et les adultes e Nombre total de jours durant lesquels la temp rature moyenne est sup rieure ou gale 4 C et inf rieure ou gale 19 C Nbj Tmj 4 19 e Pourcentage de jours au cours de la plage tudi e ou la temp rature moyenne journali re est comprise entre 4 et 19 C j Tmj 4 19 Nbj Tmj 4 19 Nb total de jours de la plage tudi
30. e le fichier doit poss der une donn e thermique par heure soit 24 donn es par jour e les donn es doivent tre dispos es selon 3 colonnes avec e dans la colonne A l heure e dans la colonne B la date e dans la colonne C la valeur de la temp rature en degr s Celsius 3 Eds fichier pour test Microsoft Excel ox y Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur 2 aan Fy at tne Seppe x B amp Calibri vit Aba Se 2 Sp Renvoyer la ligne automatiquement Standard 7 F HA A ax Sr ay Ry Ga RE 3 Supprimer 7 Coller G Z liii z lt SS BD E Fad fusionner et centrer 000 209 Mise enforme Mettre sous forme Styles de peu Trieret Rechercher et 7 F Bi oh l I ES 3 a 50 conditionnelley detableauy cellules H Format LT filtrer s lectionner Pressen G Police Ca Alignement Ca Nombre E Style Cellutes Edition UU OO UU j 01 00 00 21 10 2007 2 73 4 02 00 00 21 10 2007 2 624 l 5 03 00 00 21 10 2007 2 517 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 05 00 00 21 10 2007 2 517 8 06 00 00 21 10 2007 2 517 9 07 00 00 21 10 2007 2 517 10 08 00 00 21 10 2007 2 517 114 09 00 00 21 10 2007 2 41 12 10 00 00 21 10 2007 2 41 13 11 00 00 21 10 2007 2 41 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 16 14 00 00 21 10 2007 3 155 17 15 00 00 21 10 2007 3 367
31. ectu es sur le fichier par la macro sont irr versibles sauvegardez vos donn es avant de lancer l ex cution EJ M 4 n Feuil1 Feuil2 Feuils De a Dessiny Formes automatiques N d marrer E CA Remarque Si vous souhaitez modifier ou supprimer le bouton ouvrez la boite de dialogue personnalisation outils puis effectuez un clic droit sur le bouton MACMA
32. effet si la valeur approche ou d passe 360 heures 15 jours cons cutifs le parasite si il est pr sent dans les bryozoaires peut potentiellement infecter les salmonid s en place carte de risque pour la PKD nombre d heures cons cutives 15 C gt 360h 300 360 h pe N 0 300h Kilometres Figure 3 Carte des risques potentiels d infection par la MRP PKD tablis sur le X d partement de la Haute Savoie a partir de dur es calcul es nombre d heures cons cutives pour lesquelles la temp rature est sup rieure a 15 C E Conditions thermiques au cours de la phase de vie embryo larvaire intra graviers Toutes les variables de cette cat gorie sont calcul es uniquement sur les donn es thermiques comprises dans la p riode de vie sous graviers de la f condation a l mergence Cette p riode court partir de la date m diane de ponte renseign e par l utilisateur jusqu la date m diane d mergence calcul e en utilisant les valeurs de temp ratures et la formule tablie par Crisp 1988 voir ci dessous La date m diane de ponte est d finie comme la date a laquelle 50 des frayeres totales sont creus es par les g niteurs A titre d exemple sur le d partement de Haute Savoie des recensements quotidiens de fray res sur plusieurs sites d tudes Champigneulle et al 1988 et 2003 Caudron et al 2002 pendant la p riode de reproduction ont permis d estimer que le 15 d cembre co
33. en bas du tube pour le fixer au socle un trou m dian haut pour fixer l enregistreur a l int rieur du tube protection contre les chocs Fixation en berge un trou sur la partie haute pour fixer l ensemble Fixation de au point d ancrage choisi arbre bloc db ST berge une tiquette plastifi e et poss dant un trou avec un ceillet m tallique indiquant la nature du dispositif et qui contacter pour avoir des informations Les diff rents assemblages d crits sont r alis s a l aide de fil Fixation au socle m tallique inoxydable pour une part et de fil m tallique gain d autre part 10mm 10mm 80mm Etiquette attach e au socle Fixation de l enregistreur dans le tube PVC a Photo 2 El ments constituant le dispositif Photo 3 Vues du dispositif de pose de protection de l enregistreur assembl Le risque de perte ou de mise hors d eau est plus directement li au choix du site de pose dans le milieu naturel En l occurrence il s agit d viter de fixer le dispositif des emb cles quelque soit la taille des racines en berges reli es un arbre mort ou situ es sur une berge instable dans un secteur o le lit montre des signes importants de divagation ou des possibilit s d engravements importants Selon les types de rivi res hydrologie morphologie diff rents syst mes de fixations peuvent tre envisag s le plus simple mettre en place est la fixation a
34. illes intitul es Moyennes journali res Phase Embryo Larvaire PEL et R sultats Cliquez sur OK Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur X E L Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q ES CS Nouvelle fen tre Fractionner 1 r fa Taj Affichages personnalis s V Quadrillage Y Titres Len R organiser tout TT Masquer j dt Mise en es Zoom 100 Zoom sur Enregistrer Changement Macros page E Plein cran _ Barre des messages la s lection HilFigerles volets Z Afficher 2 l espace de travail de fen tre Affichages classeur Afficher Masquer Zoom Fen tre Macros B c D E G H l J K L M N o date ATm j C 2 21 10 2007 2 84 3 22 10 2007 2 59 4 23 10 2007 2 65 5 24 10 2007 3 41 6 25 10 2007 3 44 7 26 10 2007 3 78 8 27 10 2007 3 75 9 28 10 2007 4 2 10 29 10 2007 4 Microsoft Excel K ea 30 10 2007 2 Execution r ussie 12 31 10 2007 3 98 13 01 11 2007 4 05 14 02 11 2007 3 44 15 03 11 2007 3 49 16 04 11 2007 3 85 17 05 11 2007 4 43 18 06 11 2007 3 38 19 07 11 2007 3 01 20 08 11 2007 2 93 21 09 11 2007 2 77 Es 3 nouvelles feuilles ont t cr es 23 11 11 2007 2 82 24 12 11 2007 2 92 25 13 11 2007 2 17 26 14 11 2007 1 45 27 15 11 2007 1 28 W_4 gt Feuill Moyennes journalie
35. la litt rature MACMASalmol 0 est uniquement un outil pour faciliter les calculs partir de donn es abondantes de temp ratures instantan es obtenues lors de suivis thermiques Il ne constitue en aucun cas un outil automatique d analyse des donn es En effet cette partie doit rester sous le contr le de la personne qui a mis en place les suivis thermiques MACMASalmol 0 est donc un outil initialement mis au point pour r pondre des besoins locaux sur le territoire de la Haute Savoie Aussi certaines applications ne sont peut tre pas adapt es d autres territoires alors que d autres seraient manquantes De m me bien qu avant d tre divulgu l application a t test e sur 320 fichiers diff rents des bugs sont cependant toujours possibles Dans ce cas merci de nous retourner vos r flexions info pechehautesavoie com Enfin pour permettre de juger de l int r t d un d veloppement futur de cet outil nous vous serions reconnaissants de vous faire conna tre en tant qu utilisateur de MACMASalmol 0 en suivant la proc dure disponible la page suivante http www pechehautesavoie com telechargement1_bis php categ 5 I Mod les d enregistreurs utilis s et calibration Les deux mod les d enregistreurs utilis s dans le cadre de nos suivis ainsi que leurs caract ristiques plage de fonctionnement pr cision dur e de vie sont pr sent es ci dessous capacit de gamme de Pr cision R solution
36. olets Afficher 2 espace de travail de fen tre Affichages classeur Afficher Masquer a Zoom Fen tre Macros A2 Q fe 00 00 00 FA A B C D E F G H l J K L M N 0 Cu 1 heure date temp rature EF 00 00 00 21 10 2007 2 837 Macma Salmo 01 00 06 21 10 2007 2 73 02 00 00 21 10 2007 2 624 03 00 00 21 10 2007 2 517 MA A 3 4 5 4 6 04 00 00 21 10 2007 2 517 7 8 9 Salmo 05 00 00 21 10 2007 2 517 Pee 06 00 00 21 10 2007 2 517 Soya _ 07 00 00 21 10 2007 2 517 Macro excel d Aide au Calcul de variables thermiques appliqu es 10 08 00 00 21 10 2007 2 517 aux Milieux Aquatiques Salmonicoles 11 09 00 00 21 10 2007 2 41 12 10 00 00 21 10 2007 2 41 Rappel la macro doit tre lanc e sur un fichier avec une 13 11 00 00 21 10 2007 241 sani ii ia trois colonnes Heure Date et 14 12 00 00 21 10 2007 2 517 15 13 00 00 21 10 2007 2 943 Attention les modifications effectu es sur le fichier par la macro sont irr versibles sauvegardez vos donn es 16 14 00 00 21 10 2007 3 155 avant de lancer l ex cution 17 15 00 00 21 10 2007 3 367 18 16 00 00 21 10 2007 3 472 19 17 00 00 21 10 2007 3 472 20 18 00 00 21 10 2007 3 367 21 19 00 00 21 10 2007 3 261 22 20 00 00 21 10 2007 3 155 23 21 00 00 21 10 2007 3 049 24 22 00 00 21 10 2007 2 943 25 23 00 00 21 10 2007 2 837 26 00 00 00 22 10 2007 2 73 27 01 00 00 22 10 2007 2 624 Hea gt Feuill 23 2 l Pr t
37. oppement de la MRP ou PKD E Conditions thermiques au cours de la phase de vie embryo larvaire intra graviers F Tableau synth tique des variables utilis es et de leur d signation VI Utilisation de MACMASalmo1 0 A Installation de la macro MACMASalmol 0 B Etapes d utilisation de MACMASalmo1 0 1 Ouverture et format du fichier d entr e 2 Ex cution de la macro MACMASalmo 3 V rification des donn es et du format du fichier d entr e 4 Choix des cat gories de variables 5 Entrer une date m diane de ponte option 6 Ex cuter les calculs 7 R sultats des calculs VI Questions et remarques R f rences bibliographiques Page CO In Dw Nn WN nd 11 11 12 12 13 13 15 16 16 17 19 20 ANNEXE Installation et automatisation sous Excel de la macro compl mentaire MACMASalmo Pr ambule Pourquoi MACMASalmol 0 PP pour la P che et la Protection des Milieux Aquatiques FDPPMA 74 et l INRA UMR CARRTEL de Thonon dans le cadre du programme INTERREG II Truites Autochtones 2003 2006 dans le but de faciliter le traitement des donn es issues de suivis thermiques annuels de cours d eau mis en place a partir de 2003 L objectif tait d tre capable d valuer partir de donn es de temp rature r colt es sur un cycle annuel complet la qualit du r gime thermique des cours d eau en relation avec les exigences cologiques connues de la truite commune disponibles dans
38. ouveau menu Modifier la s lection R organiser les commandes Fermer ulvlnolvlvluvlulul nui mnll la st st st gi i reei Selaa ehea m gt gt I Fou Feuil2 TRE K i gt rt LE r P Q Dessinr Li Formes automatiquesy N a OO 4 2 is ol Oy oe De demarrer E Ce 4 entrer le texte suivant macmasalmo dans le champ nom de la macro 5 cliquez sur OK Microsoft Excel Classeur1 MES 25 dre en incluant des modifications Terminer la r vision E onn es Fen tre 2 acma Tapez une question Yao xX gt x 51 21 ua 100 000 2 20 lt sE iii F G J L M N O a Personnalisation Affecter une macro Nom de la macro macmasalmo Macros dans Tous les classeurs ouverts v Description Votre macro compl mentaire est accessible a partir du bouton MACMA la boite de dialogue MACMA Salmo s ouvre quand vous cliquez sur le bouton Microsoft Excel Classeur1 ME Tapez une question Ya X nm Se ns e Macma Salmo MACMA Salmo Version 1 0 b ta Macro excel d Aide au Calcul de variables thermiques appliqu es aux Milieux Aquatiques Salmonicoles Rappel la macro doit tre lanc e sur un fichier avec une t seule feuille comportant trois colonnes Heure Date et Temp rature Attention les modifications eff
39. r e de cette anomalie il conviendra galement de reconsid rer la validit de certaines variables calcul es DONNEES BRUTES FF PONT BOEX Plage de donn es non valid es 16 M us die M til ut ALN Y M tT Lee UH LN INN NE NI ll po AL O N A O 09 06 2005 23 06 2005 07 07 2005 21 07 2005 04 08 2005 18 08 2005 01 09 2005 15 09 2005 13 10 2005 27 10 2005 10 11 2005 24 11 2005 08 12 2005 22 12 2005 05 01 2006 19 01 2006 16 02 2006 16 03 2006 30 03 2006 13 04 2006 27 04 2006 R LO SS 29 09 2005 02 02 2006 02 03 2006 25 05 2006 08 06 2006 Figure 2 Donn es thermiques brutes d un enregistreur montrant une plage de donn es aberrantes suite une mise hors d eau IV Variables thermiques calcul es A G n ralit s A partir du fichier d entr e MACMASalmol 0 calcule plusieurs variables reparties dans les 4 cat gories suivantes en utilisant pour certaines d entre elles les connaissances disponibles dans la litt rature scientifique e Variables en rapport avec la thermie g n rale du milieu e Variables en rapport avec le preferendum thermique de la truite commune e Conditions thermiques en rapport avec le d veloppement de la Maladie R nale Prolif rative MRP ou Proliferative Kidney Disease PKD en anglais e Conditions thermiques en rapport avec la phase de d veloppement embryo larvai
40. re vie sous graviers de la truite commune B Variables thermiques g n rales du milieu e Temp rature instantan e minimale Ti min valeur de la temp rature instantan e minimale relev e sur la plage de donn es tudi es e Temp rature instantan e maximale Ti max valeur de la temp rature instantan e maximale relev e sur la plage de donn es tudi es e Amplitude thermique ATi diff rence entre les valeurs de temp ratures instantan es maximale et minimale Ti max Ti min e Amplitude thermique journali re maximale Ajmax Ti la valeur d amplitude thermique journali re la plus lev e obtenue sur la plage de donn es tudi es e Date laquelle l amplitude thermique journali re maximale a t observ e D Ajmax Ti e Temp rature moyenne journali re minimale Tmj min e Temp rature moyenne journali re maximale Tmj max e Amplitude thermique des moyennes journali res ATmj diff rence entre les moyennes journali res maximale et minimale Tmj max Tmj min e Date laquelle la temp rature moyenne journali re maximale a t observ e D Tmj max e Temp rature moyenne de la p riode Imp calcule la moyenne des temp ratures instantan es relev es pendant le suivi gt Ti nT1 e Temp rature moyenne des 30 jours cons cutifs les plus chauds Tm30j max calcule partir des temp ratures moyennes journali res la temp rature moyenne sur les 30 jours les plus chau
41. res Phase embryo larvaire PEL Resultats J 4 al m Pr t demarrer _ Orange amp Courrier entra fw MACMA EY MANUEL DUTI E fichier pour test Ei MACMA v1 2 b FR La feuille Moyennes journali res comporte 2 colonnes et indique pour chaque jour de votre s rie de donn es la moyenne obtenue partir des 24 donn es instantan es par jour Tmj Ce tableau permet par exemple de r aliser rapidement un graphique des temp ratures moyennes journali res Qs RS fichier pour test Microsoft Excel ox Accueil Insertion Mise en page Formules Donn es R vision Affichage D veloppeur ox LE LJ Aper u des sauts de page R gle V Barre de formule Q FS oS Nouvelle fen tre E Fractionner ree P fa a Tj Affichages personnalis s V Quadrillage V Titres tino em 3 R organisertout Masquer TE 0 Vormat Mise en gay Zoom 100 Zoom sur Enregistrer Changement Macros LE page 3 Plein cran Barre des messages la s lection Bl Figer les volets __ Afficher 2 l espace de travail de fen tre Affichages classeur Afficher Masquer Zoom Fen tre Macros Al x C date ie B c D E F G H l J K L M N O date ATmj C 2 21 10 2007 2 84 3 22 10 2007 2 59 4 23 10 2007 2 65 5 24 10 2007 3 41 6 25 10 2007 3 44 7 26 10 2007 3 78 8 27 10 2007 3 75 9 28 10 2007 4 2 10 29 10 2007 4 11 30 10 2007 4 59 12 31 10 2007 3 98 13 01 11 2007 4 05 14 02 11 2007 3 44
42. rrespondait a une date m diane de ponte moyenne voir figure ci dessous Pourcentage D wok A OD O Figure 4 Pourcentages cumul s de fray res observ es quotidiennement pendant toute la p riode de reproduction sur trois cours d eau de Haute Savoie Redon Chevenne Morette localis s entre 400 et 1200 m d altitude e Date m diane de ponte D50 ponte rappel de la date m diane de ponte rentr e par l utilisateur e Nombre de jours d incubation Nbj Inc estimation du nombre de jours n cessaire pour que 50 des fray res atteignent 100 du d veloppement des ufs de la f condation l closion Ce calcul est r alis partir de la date m diane de ponte fix e par l utilisateur et la formule suivante Crisp 1988 et 1992 permettant d estimer pour chaque jour le pourcentage de d veloppement des ufs partir de la temp rature moyenne journali re Logo D2 13 9306 logio Tmj 80 0 28 8392 e Date m diane d closion D50 Ecl estimation de la date partir de la formule pr c dente a laquelle 50 des fray res ont atteint un taux de d veloppement de 100 jusqu au stade closion e Nombre de jours de r sorption Nbj Rsp estimation du nombre de jours n cessaire pour que 50 des fray res atteignent 100 du d veloppement des larves de l closion des ufs l mergence des alevins Nbj Emg Nbj Inc e Nombre total de jours de la phase de vie Embryo
43. s Fen tre 2 Ele 33 M J x ZI Hi 36 100 GI 000 o 200 lt se oss Tapez une question x EUX F G Cat gories Fen tre et Aide Dessin Formes automatiques Graphique Modifier la s lection R organiser les commandes Fermer M4 m reuil Feu Feus i ds Dessin Formes automatiques v d marrer ECE Microsoft Excel a onen TE Personnalisation du bouton et affectation de la macro Durant cette tape vous devez conserver la boite de dialogue personnalisation ouverte ou la rouvrir le cas ch ant en allant dans outil gt personnalisation l r aliser un clic droit sur le bouton cr 2 modifier le nom dans l encadr pr vu cet effet cf illustration 3 cliquer sur la ligne Affecter une macro une boite de dialogue Affecter une macro s ouvre 1 Oy x Microsoft Excel Classeur 1 os Parent Tapez une question Ya X Coller l image du bouton R tablir l image du bouton diteur de boutons Modifier l image du bouton Par d faut Pour ajouter cat gorie et L Cat gories Masquer les images sur les menus Texte seul pour ce bouton Fen tre et A Image et texte Dessin Formes autd ALVBALLEEAtHSE Graphique affecter un lien hypertexte tecer memari Macros Menus pr d finis N
44. s of Tetracapsula bryosalmonae for rainbow trout Oncorhynchus mykiss are present throughout the year Diseases of Aquatic Organisms 46 31 40 Humpesch U H 1985 Inter and intra specific variation in hatching success and embryonic development of five species of salmonids and Thymallus thymallus Archiv fur Hydrobiologie 104 129 144 Varley M E 1967 Water temperature and dissolved oxygen as environmental factors affecting fishes pp 29 52 In British freshwater fishes Fishing News London Verneaux J 1973 Cours d eau de Franche Comt Massif du Jura Recherches cologiques sur le r seau hydrographique du Doubs These d Etat Universit de Franche Comt Besancon 257p Wahli T Knuesel R Bernet D Segner H Pugovkin D Burkhardt Holm P Escher M Schmidt Posthaus H 2002 Proliferative kidney diseases in Switzerland current state of knowledge Journal of Fish Diseases 25 491 500 21 ANNEXE Installation et automatisation sous Excel de la macro compl mentaire MACMASalmo Installation et automatisation sous Excel de la macro compl mentaire MACMASalmo Copier le fichier MACMA V1 0 xla l emplacement suivant C amp Documents and setting utilisateur Application data Microsoft amp Macro compl mentaire Pour acc der ce fichier vous devez cocher l option afficher les fichiers et dossiers cach s dans poste de travail gt outils gt option des dossiers gt affichage param
45. util est issu d une r flexion locale aussi sa divulgation pour une utilisation plus large et sur d autres territoires reste encore exp rimentale A ce titre nous sommes int ress s pour recevoir de la part des utilisateurs toutes questions remarques nouvelles id es et r f rences bibliographiques permettant d am liorer les futures versions En cas de disfonctionnement lors de l utilisation de MACMASalmol 0 une v rification rapide peut tre faite par nos soins dans ce cas merci de nous envoyer votre fichier source et une copie d cran du message d erreur Toute correspondance doit tre adress e info pechehautesavoie com 19 R f rences bibliographiques Alabaster J S Llyod R 1980 Water quality criteria for fresh water fish Butter Worths Ed London 297p Anderson C L Canning E U Okamura B 1999 18S rDNA sequences indicate that PKX organism parasites bryozoa Bulletin of the European association of fish pathologists 19 94 97 Burkhardt Holm P Peter A Segner H 2002 Decline of fish catch in Switzerland Project fishnet a balance between analysis and synthesis Aguatic Sciences 64 36 54 Canning E U Curry A Feist S W Longshaw M Okamura B 1999 Tetracapsula bryosalmonae n sp for PKX organism the cause of PKD in salmonid fish Bulletin of the European association of fish pathologists 19 203 206 Caudron A Josserand Y Genevey G 2002 Am nagement d une zone de reprodu
46. vec du fl m tallique gain couleur verte Ce type de fixation est appropri la majorit des cours d eau et a le double avantage d tre assez discret et de n cessiter une logistique minimale pinces coupantes et bobine de Fil attach la racine Positionnement id al de l enregistreur dans un profond derri re un bloc Photo 4 Exemple de fixation in situ d un enregistreur l aide d un fil gain attach une racine la fixation par per age d un gros bloc ou d un mur photo 5 est n cessaire lorsque la fixation en berge n est pas possible Elle est pr conis e dans les rivi res a forte nergie Dans ce cas le dispositif est constitu d une cheville sp ciale b ton viss e sur le support et d un cable gain et serti MN LATE Photo 5 Dispositif de fixation par per age Pour chaque enregistreur install une fiche de pose doit tre renseign e avec les informations suivantes Les donn es essentielles noter lors de la pose sont Nom de la rivi re et du bassin Nom et r f rence de la station R f rence de l enregistreur code du fabricant Date de pose Nom de la personne qui installe l enregistreur Coordonn es GPS du site de pose Description pr cise de l acc s voiture et p destre et de la localisation de l enregistreur Plusieurs photos g n rales et pr cises du lieu o l enregistreur a t install La mise en place d un indice
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