MANUEL D`UTILISATION
Contents
1. BB Open with NIS Elements Viewer Graver Nouveau dossier e Nom Modifi le Type j PR Bureau Image 1 nd2 09 08 2011 09 35 UM images S Emplacements r cer e 2 nd2 09 08 2011 09 35 LIM images T l chargements di Phage 3 nd2 09 08 2011 09 35 LIM images di Image 4 nd2 09 08 2011 09 34 UM images Biblioth ques E Documents sl Images Musique E Vid os Copie s d cran 5 D p t des images dans le logiciel 7 Agrandissez la fen tre du logiciel de d convolution en cliquant sur l ic ne suivante haut droite de la fen tre Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 8 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 8 En dessous de la zone Images agrandissez la fen tre concernant les param tres d acquisition des images voir copie d cran ci dessous File View Processing Deconvolution Visualization Analysis Window Help PESOS BBQ Ge TEP FFG RER RER File View Processing Deconvolution Visualization Analysis Window Help 334 874x 21 1 0 0645 x 0645 x 0 15 um Copie s d cran 6 Ouverture de la fen tre des param tres d acquisition 9 Cliquez UNE fois sur le nom de la 1 image ne double cliquez pas sauf si vous voulez ouvrir votre image pour la visualiser L click for all occurrences Right click for one occurrenc 334 x 874 x 21 Time Points 1 Spacings 0 0645 x2. SCM Reservation Site SCM Et Equipement imago ie Planning Semaine lal Copie s d cran 1 Bureau de l ordinateur Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Transfert des images sur le disque dur local Avant toute d convolution ou tout autre traitement veuillez transf rer vos images dans votre dossier personnel local sur le disque dur local Ne d convoluez JAMAIS vos images partir du serveur Pour plus d informations rendez vous au paragraphe Gestion des donn es p 3 R alisation de deconvolution de stacks d Images Pr requis Pour r aliser une d convolution 3D vous devez disposer dau moins un stack Ce stack peut tre acquis sur le microscope Epifluo 1 Nikon Eclipse TE 2000 sur le microscope confocal 1 Zeiss LSM 510 ou sur le microscope confocal 2 Zeiss LSM 710 Le format des images doit tre ND2 pour les images acquises sur le microscope Epifluo 1 Nikon Eclipse TE 2000f lsm pour les images acquises sur les microscopes confocaux Utilisation du logiciel 1 Double cliquez sur l ic ne Autoquant X3 pour ouvrir le logiciel de d convolution Attendez le lancement complet du logiciel 3 Une fois le logiciel ouvert r duisez la fen tre en cliquant sur cette ic ne en haut a droite de la fen tre Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 6 Manuel d Utilisation Poste de Traitement
3. cccseseceeeseeeecscsceceusseeuseseuecseeusseeneeseneeseeeseees 24 Eli Cas de probleme dans Une IC en henecumesscitsenesdisen acute sense EEEE EENE ERNETEN EEE EEA 24 PROCEDURE EN CAS D INCIDENT EQUIPEMENT ccsscscsessccnsssenccsceecsceussceecsuuecseeuceueueseeuseseuesseeucseeuseseeeseueceueucseeueeeeueeseuecseeeceseueeeeneesenesenes 25 En cas d absence du Responsable de la Plate Forme 25 Si vous ne trouvez personne pour r soudre le probl me 25 TABLE DES ILLUSTRATIONS ee 26 COPIES D e NEE 26 PEO EA E EE oot tater tc eso oe eaten gs oso ee vee ils ci te es tarecean en E E EE 26 Manuel d Utilisation Pr cis Pr sentation du Poste Photo s 1 Vue d ensemble du poste de traitement d Images 1 sur la gauche Le poste de traitement d Images 1 est un ordinateur d di la d convolution 2D et 3D des images acquises sur les microscopes en pifluorescence ou sur les microscopes confocaux Le logiciel de d convolution install est Autoquant X3 y 4 CHE a 0 r S K Photo s 2 Logiciel Autoquant X3 Vous trouverez aussi sur ce poste le logiciel ImageJ et NIS Element Viewer e SE Kuere vd og ry 71 Cary COCO C ex Fa keal Ia cl An NAicrac f E Sommaire ersion 1 service Commun de Microsc 1 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis R servation du Poste de D convolution Le poste de d convolution est intitul Trt
4. Image 2 nd2 09 08 2011 09 25 LIM images image 4 nd2 09 08 2011 09 24 LIM mages RE Bures A d convoluer O2M2 2N5 1149 Dossier de fichier WL Emplacements r ce J See SLL Domi ge fichiers E T l chargements gt Bbliotn ques E Documents d Musique B videos W Ordineteur E Disque local Ci ca Disque local Dy La Images Traitement 1 Lei interne 172 20 165 R seau L 4 l ment s D convolu s Modili le 29 01 2025 17114 Dosser de fichiers Copie s d cran 3 Cr ation du dossier D convolu s 5 S lectionnez toutes vos images d convoluer cl il Ov ll Ordinateur Images Traitement 1 E SCM Ad convoluer X 4 Rechercher dans A d convoluer p Organiser BS Open with NIS Elements Viewer Graver Nouveau dossier FERN Modifi le Type Taille E Bureau 09 08 2011 09 35 LIM images 24 260 Ko SE Emplacements r cer ME e 2 ndz 09 08 2011 09 35 LIM images 28 628 Ko 8 T l chargements 09 08 2011 09 35 LIM images 18 984 Ko 09 08 2011 09 34 LIM images 23 788 Ko Biblioth ques C Documents Copie s d cran 4 S lection des images d convoluer 6 Glissez et d poser les images s lectionn es dans la fen tre du logiciel de d convolution File View Processing Deconvolution Visualization Analysis Window Help ON AmQ RER Tr gt gt Ordinateur Images Traitement1 E SCM Ad convoluer e Copier sur Bureau Organi
5. Service Commun de Microscopie Poste de Traitement d Images 1 Deconvolution Version 1 Pr cis F vrier 2015 MANUEL D UTILISATION Pr cis SERVICE COMMUN DE MICROSCOPIE MANUEL D UTILISATION Poste de Traitement d Images 1 D convolution Version 1 Pr cis F vrier 2015 Sommaire PRESENTATION DU POSTE euer 1 RESERVATION DU POSTE DE DECONVOLUTION ue Eegen Eegeregie EE ee Eege ee nent 2 GESTION DES DONNEES aa de a ce D on Das de an te den be tt oc one 3 OC RER e ere E uge E 3 ENFIN DE E ON a T T E A E A E e 4 DEROULEMENT D UNE SESSION E 5 DEMARRAGE DE L ORDINATEUR EE 5 TRANSFERT DES IMAGES SUR LE DISQUE DUR LOCAL 6 REALISATION DE DECONVOLUTION DE STACKS D RTE 6 PS LEE 6 Utilisation du logiciel 0 eececcccssecceceeseceeceeececsseueeeecsuseeceecaeseeeesseseceesaaeeeeesaeseceessanseeessuaecessuneecessuaseceesauseeeesaeeecessaaueseesaganses 6 FIN DE SES ON E aa a ca na a ee a ta a a ed cc an ce ce ee a de ee 19 ARR COU eier 19 TRANSFERT eS NES sac cis neces sae ne eosin cee an eine ace we nents anne ee enn ease Co ecaateen eee aneee 20 PROCEDURES E 21 Proc dure de Fin n 1 Sans arr t de l quipement cccsescccccsssecccceeseccccaeseccesueeccesaeececsaaueceeseeueeeeseeaceesaeaeeeessaaeeeesauaeees 22 Proc dure de Fin n 2 Arr t complet de l quipement sise 23 PROCEDURES EN CAS D INCIDENT sauer eene EEN 24 PROCEDURE URGENCE TECHNIQUE EN CAS D ABSENCE DU RESPONSABLE DE LA PLATE FORME
6. Fonction Copy Operational Settings a 15 Seele EE 15 Fonction Paste Operational Settings nm 16 Se Al a 16 Toutes les images s lectionn es dans le batch viewer 17 Lancement de ER CONV OMIT OM BE 17 Etacdes ele e ge E 19 Annulation d convolution en Cours 20 PUMPING UNO aa a came ee ears aad om a dun 21 EERSTEN 22 Photo s 1 Vue d ensemble du poste de traitement d images 1 sur la gauche 1 Photo s 2 Logiciel ECS a ae dde a a dede ed nn aa Done ete a ace 1 Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 26 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Pour toute remarque ou suggestion concernant ce guide merci d envoyer un e mail l adresse suivante scm parisdescartes fr Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 27
7. d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Ka Ss AutoQuant X l S File View Processing Deconvolution Visualization Analysis Window Help er AA gn an gt E T d E Y Rea si _ ER i X Li FA Q MAX MIN r fy 5 gt gt gt as Les a R lt Ready Operation Ready Stockage Local Serveurs de Stockage Images SCMRAID Trarterment 1 E ISQUE OUR LOCAL S DE 6 MOIS Adobe Reader xl NiS Ele ments Viewer 420 icones Utiles Etat Equipement Planning de la Semaine wk Poste Traitement d Images 1 DECONVOLUTION 2D 3D 5 ms F3 Ee A a SALON AU Lage er D e Zeng PL CT Copie s d cran 2 Logiciel r duit Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 7 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 4 Ouvrez ensuite votre dossier personnel local contenant vos images d convoluer puis cr ez un sous dossier D convolu s gO Ordinateur Images Traitement 1 E SCM A d convoluer age Ordinateur Images Tratement 1 Ei SCH Croyances Dy Owu incurre dans la bbtoth que Patage avec v Gravee Nouveau dossier Organiser Inclure dans le biblioth que gt Partager avec Graves Nouveeu dossier Favors Nom Modifi le Type Non Modifi Le Type Talle Fe Favoris BR Bureau Image nd2 09 06 2011 09 35 LIM images I Emplacements reg D Image 2 nd2 09 06 2011 09 35 UM mages S
8. 0 0645 x 0 15 um EM Ch 1 GFP yeux 535 nm BB Ch 2 DAPI 460 nm Modality Widefield Fluorescence Objective Lens 1 4NA Num Aperture 14 Imm Medium RI 1 515 Sample Med RI Water 1 33 Dist From Coverslip 0 File Info 23 385 MB 16 bit Specimen Collected By Date Collected Copie s d cran 7 S lection 1 image T Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 9 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 10 V rifiez les param tres d acquisition corrigez si besoin Volume 334 x 874 x 21 Time Points 1 Spacings 0 0645 x 0 0645 x 0 15 um EM Ch 1 GFP yeux 535 nm HB Ch 2 DAPI 460 nm Modality Widefield Fluorescence Objective Lens 1 4 NA Num Aperture 1 4 Imm Medium RI 1 515 Sample Med RI Water 1 33 Dist From Coverslip 0 File Info 23 385 MB 16 bit Specimen Collected By Date Collected Copie s d cran 8 V rification param tres d acquisition 11 Dans la barre de menu du logiciel cliquez sur l ic ne 3D File View Processing Deconvolution Visualization Analysis Window Help Le epepp ege A ZStttb atRs BEE Copie s d cran 9 S lection de la d convolution 3D 12 Dans la nouvelle fen tre qui s est ouverte sur la droite Fen tre 3D Deconvolution v rifiez corrigez si n cessaire que e La Deconvolution Method est sur Adaptative PSF Blind KA Pb Methods A
9. 96 3D Deconvelutio yy Copie s d cran 21 Toutes les images s lectionn es dans le batch viewer 28 Cliquez enfin sur la fl che de lancement en bas de la zone Staging pour initialiser la proc dure de d convolution Les images passeront alors dans la zone Pending Zone d attente puis seront automatiquement bascul es 4 par 4 dans la zone Launched pour tre d convolu es A partir de ce moment l ne touchez plus l ordinateur Laissez la d convolution se d rouler sans utiliser d autres applications sur l ordinateur Batch Viewer D x Batch Viewer 1X Staging Dataset Task Walid w gt Pending Dataset Task Time to Dataset Task Time to Launc k Image Znd2 184 3D Deconvolution 0 00 07 Image 3 nd2 190 30 Deconvolution 0 00 07 Image 4 nd2 196 30 Deconvolution 0 00 07 Launched Launched Dataset Task Job State Dataset Task Job State k Image 1 nd 1 3D Deconvolution Launched ke t o RH sw La RH amp Copie s d cran 22 Lancement de la d convolution Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 17 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 29 Laissez vos images se d convoluer puis revenez quelques minutes avant la fin pr vue de votre session pour transf rer vos images d convolu es sur le serveur Bi A savoir Notez bien Le temps de d convolution varie en fonction des r glages et du nombre de c
10. Img 1 Deconv dans la liste des quipements La r servation est obligatoire pour utiliser cet equipement Pendant ses heures de r servation utilisateur pourra mettre fin la session de l utilisateur pr c dent afin de pouvoir d convoluer ses images Veuillez donc a r server suffisamment de temps pour d convoluer l ensemble des images que vous souhaitez Bi A savoir Notez bien Le temps de d convolution varie en fonction des r glages et du nombre de canaux dans votre image En moyenne comptez 5 10 secondes de temps de d convolution par slice et par canal avec les r glages de base Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 2 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Gestion des donn es Une gestion des donn es efficace est primordiale pour permettre aux utilisateurs d utiliser les quipements dans de bonnes conditions En effet une mauvaise gestion des donn es entrainerait une saturation des disques durs et diminuerait consid rablement les performances de l ordinateur de pilotage Avant la d convolution Gi A NE PAS FAIRE NE DECONVOLUEZ JAMAIS VOS IMAGES A PARTIR DU SERVEUR AVANT DE DECONVOLUER VOS IMAGES VOUS DEVEZ D ABORD LES TRANSFERER DANS VOTRE DOSSIER PERSONNEL SUR LE DISQUE DUR DE STOCKAGE DEDIE A LA SAUVEGARDE DES IMAGES VOIR CI APRES Avant de d convoluer vos images transf rez les dans VOTRE dossier personnel sur l
11. Sans arr t de l quipement Cette proc dure est suivre uniquement si ly a un utilisateur juste apr s vous Ilya un utilisateur 1 2 ou 3 heures apr s vous 1 Apr s avoir correctement suivi les tapes d arr t du logiciel et de transfert des images voir Arr t du logiciel et Transfert APR d des images p 19 fermez juste la session en cliquant sur logo Windows 7 en bas gauche du bureau puis cliquez sur la petite fl che droite de l ic ne Arr ter et s lectionnez Fermer la session Changer d utilisateur Fermer la Verrouiller Red marrer Mettre en veille Copie s d cran 26 Fermeture de session 2 R cup rez vos affaires personnelles 3 Coupez la lampe de bureau 4 Fermez bien la porte cl en quittant le Service Votre session est maintenant termin e Si vous avez le moindre doute ou si vous rencontrez une difficult rapprochez vous du Responsable de la Plate Forme Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 22 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Procedure de Fin n 2 Arr t complet de l quipement Cette proc dure est suivre uniquement si Ilya plus de 3 heures de libre entre vous et l utilisateur suivant Vous tes le dernier utilisateur de la journ e 5 Apres avoir correctement suivi les tapes d arr t du logiciel et de transfert des images voir Arr t du lo
12. anaux dans votre image En moyenne comptez 5 10 secondes de temps de d convolution par slice et par canal avec les r glages de base Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 18 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Fin de session Arr t du logiciel Les d convolutions non d marr es encore en attente sont pr sentes dans la fen tre Batch Viewer zone Pending Les d convolutions en cours sont indiqu es par la mention Launched dans la fen tre Batch Viewer zone Launched Les d convolutions termin es sont indiqu es par la mention Completed dans la fen tre Batch Viewer zone Launched Pending Dataset Task Time to Launc lt Zone Pending Ici aucune d convolution en attente Launched Dataset Task Job State k Image 1 nd2 1 3D Deconvolution Completed D convolutions Image nd2 184 30 Deconvolution Completed termin es Image 3 nd2 190 3D Deconvolution Launched Image 4 nd2 196 3D Deconvolution Launched D convolutions en cours Copie s d cran 23 Etat des d convolutions Une fois toutes les d convolutions termin es not es Completed vous pouvez fermer compl tement le logiciel Autoquant X3 en cliquant sur la croix en haut droite eml Si des d convolutions sont encore en cours mais que vous n avez plus d heure de r servation vous pouvez r s
13. c un canal bleu un vert et un rouge l option Channels va cr er un fichier d convolu pour le bleu un fichier pour le vert et un fichier pour le rouge Data Type est sur 16 bit unsigned integer en bas droite de la fen tre Data Type 16 bit unsigned integer An Enregistrer sous i cun l ment ne correspond votre recherche iy Image 1 nd2_C1 tif Emplacements Image 1 nd2_C 2 tit r cents Bureau Enregistrer dans di D convolu s M O Si AT bi OR e Biblioth ques A GE Ordinateur amp R seau Type TIFF Image File if Annuler 16 bit unsigned integer Copie s d cran 12 Fen tre Enregistrer sous correctement param tr e Gi A NE PAS FAIRE NE MODIFIEZ PAS LE NOM DU FICHIER 17 Une fois les param tres v rifi s ou modifi s cliquez sur Enregistrer Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 12 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Apr s avoir cliqu sur Enregistrer 1 vous retournerez automatiquement sur la fen tre 3D Deconvolution 18 Dans le bas de la fen tre 3D Deconvolution v rifiez que vous avez bien Settings OK affich puis cliquez amp sur l ic ne Add to Batch h en bas de la fen tre Sommaire Version 1 3D Deconvolution H x Image 1_nd Deconvoluton Methods Adaptive PSF Bli
14. d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis des illustrations Copies d cran Copie s d cran 1 Copie s d cran 2 Copie s d cran 3 Copie s d cran 4 Copie s d cran 5 Copie s d cran 6 Copie s d cran 7 Copie s d cran 8 Copie s d cran 9 Copie s d cran 10 Copie s d cran 11 Copie s d cran 12 Copie s d cran 13 Copie s d cran 14 Copie s d cran 15 Copie s d cran 16 Copie s d cran 17 Copie s d cran 18 Copie s d cran 19 Copie s d cran 20 Copie s d cran 21 Copie s d cran 22 Copie s d cran 23 Copie s d cran 24 Copie s d cran 25 Copie s d cran 26 Photos Bureau ege TE 5 OSCAR a ET 7 Cr ation du dossier Ken e UE 8 S lection des images CECONVOIUEL ccccceescceeecccenecscenececeneceeeueseeuecsceueceeeueceeeuseeeuaceseuecensueseeeneeees 8 D p t des images dans le logiciel sisi 8 Ouverture de la fen tre des param tres d acquisition cccccccssseccccesececceneceeseesececeeeceseueeceesenes 9 S lection L t Image 9 V rification param tres d ACOUISI CIO escroissir k are rin r ONERE E a IIR 10 Selection de la Ee ein e Ti giele ECK E 10 Selecon led destockage a ee a 11 S lection dossier DECONVOIWCS EE 11 Fen tre Enregistrer sous correctement param tr e sisi 12 Venca ong Serine Ee 13 Fenetre Batch VIT eee sas E AE 14 E ee e ET 14 FoncHUona Send to BALCON E 14
15. daptive PSF Blind Fixed PSF Non Blind Les PSF Settings sont sur Theoretical PSF PSF Settings A Load PSF Dataset x Theoretical PSF None gt Le Use Default est bien coch dans les Deconvolution Settings Deconvolution Settings lt v Use Default t Adaptive PSF 10 Iterations Low noise Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 10 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 13 Dans la zone cochez Show Progress Window et Base Name puis cliquez sur le dossier S OutputSetiings Show Progress Window 7 Base Name Image lnd2tif Save PSF 14 Dans la fen tre Enregistrer sous qui s ouvre s lectionnez le disque de stockage local Images Traitement 1 E puis s lectionnez votre dossier personnel local X3 Enregistrer sous Enregistrer dans Images Traitement 1 E z E Ei ES Ei Es CES z ALL Si Documents r cents Modifi le Type HE Bureau vk R seau 03 02 2015 15 06 Dossier de fichiers Image 1nd2_C2tif Biblioth ques SCM Ba Ordinateur 2 Disque local C Bureau es Disque local D Images Traitement 1 E SCM S A d convoluer E 8 Lecteur BD ROM IZ Biblioth ques GP inteme 172 20 165 19 Z A Ordinateur Emplacements r cents mage 1 SSES TF age i ta or po Copie s d cran 10 S lectio
16. e disque dur local de l ordinateur l adresse indiqu e sur l tiquette jaune coll e en haut droite de l cran Un raccourci nomm Stockage Local est disponible sur le bureau de l ordinateur f Tar Vous pouvez aussi rejoindre le stockage local en cliquant sur le chemin suivant Logo D marrer gauche de l cran gt Poste de travail gt Disque dur correspondant au stockage local en bas L Attention Les images sont conserv es 6 mois sur les disques durs locaux puis sont SUPPRIMEES AUTOMATIQUEMENT Les images qui ne sont pas enregistr es l adresse indiqu e par tiquette jaune en haut a droite de l cran sont SUPPRIMEES AUTOMATIQUEMENT Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 3 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis En fin de session Transf rez vos images dans VOTRE dossier personnel sur le serveur de stockage du SCM Pour acc der au serveur de stockage double cliquez sur le raccourci SCMRAID pr sent sur le bureau de l ordinateur Pour transf rer vos images faites simplement un copier coller de votre dossier local votre dossier serveur L Attention Les images sont conserv es 2 ans sur le serveur de stockage puis sont SUPPRIMEES AUTOMATIQUEMENT Veillez bien transf rer vos images dans votre dossier personnel serveur Une fois de retour dans votre labora
17. erver de nouvelles heures pour terminer les d convolutions s il n y a pas d utilisateur apr s vous S il y a un utilisateur apres H pour annuler les d convolutions puis fermez compl tement le programme R servez d autres sessions disponibles vous s lectionnez les images not es Launched puis cliquez sur la croix rouge en bas de la zone Launched pour relancer ult rieurement les images qui restent d convoluer Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 19 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis W Pending Dataset Task Time to Launc Launched Dataset Task Job State Image 1 nd2 1 3D Deconvolution Completed Image 2 nd2 184 3D Deconvolution eted Image 3 nd2 190 30 Deconvolution Launched k Image 4 nd2 196 3D Deconvolution Launched Copie s d cran 24 Annulation d convolution en cours Transfert des images Une fois le logiciel ferm transf rez vos images d convolu es le serveur de stockage SCMRAID a 1 EE AE E Rejoignez votre dossier personnel local disque E Pour rejoindre le lieu de stockage local vous pouvez aussi double cliquer sur l ic ne de raccourci Stockage Stockage Local Traitementl g3 Local Copiez votre sous dossier D convolu s ou sous contenu Serveurs de Stockage Ouvrez le serveur de stockage SCMRAID en double cliquant sur l ic ne e SCMRAID Rejoignez votre d
18. giciel et Transfert SS D D D D D N des images p 19 cliquez sur logo Windows 7 en bas gauche du bureau puis cliquez sur l ic ne P j Arr ter 6 R cup rez vos affaires personnelles 7 Coupez la lampe de bureau 8 Fermez bien la porte cl en quittant le Service Votre session est maintenant termin e Si vous avez le moindre doute ou si vous rencontrez une difficult rapprochez vous du Responsable de la Plate Forme Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 23 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Proc dures en cas d incident EN CAS D URGENCE TECHNIQUE OU D INCIDENT SUR UN EQUIPEMENT RAPROCCHEZ VOUS IMMEDIATEMENT DU RESPONSABLE DE LA PLATE FORME EN CAS D ABSENCE DU RESPONSABLE DE LA PLATE FORME SUIVEZ LES PROCEDURES CI DESSOUS Proc dure Urgence Technique En cas d absence du Responsable de la Plate Forme ATTENTION Cette proc dure concerne uniquement les probl mes relatifs aux locaux du SCM Ne concerne pas les incidents relatifs aux microscopes En cas de probl me dans une pi ce Si vous constatez une anomalie dans une pi ce du SCM fuite d eau coupure d lectricit contactez imm diatement l atelier Service Technique du site et d crivez le probl me En cas de besoin insistez sur le caract re urgent d une intervention si par exemple de l eau menace de tomber sur un quipement A c
19. ion 1 Service Commun de Microscopie 15 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 25 Faites un clic droit sur la s lection puis cliquez sur Paste Operational Settings Batch Viewer H x Start at 02 03 2015 15 20 L Staging Dataset Task Valid Image 1 nd2 1 3D Deconvalutio wi Edit Settings Copy Optics Settings Copy Operational Settings Paste task 3D Deconvolution Paste Optics Settings Paste et le Settings Copie s d cran 19 Fonction Paste Operational Settings 26 Attendez que le logiciel colle les param tres et valide toutes les images Vous devez avoir pour chaque image l ic ne affich dans la colonne Valid Batch Viewer H x Staging Copie s d cran 20 Image Valide 27 Cliquez et maintenez le clic sur la 1 image de la liste dans le Batch Viewer puis faites glisser la petite fl che jusqu a la derni re image pour s lectionner toutes les images Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 16 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Batch Viewer H x Batch Viewer H x Start at 02 0 2015 15 20 Start at 02 03 2015 15 20 Staging Staging Dataset Task Valid Dataset Task Valid EN EES ea Image 2 nd2 184 3D Deconvolutio y Image 3 nd2 190 3D Deconvolutio yf 1 Image 4 nd2 1
20. n lieu de stockage local 15 Dans votre dossier personnel local s lectionnez votre sous dossier D convolu s X3 Enregistrer sous Enregistrer dans J SCM e emm Export ALL Y t Nom Modifi le Type A d convoluer 03 02 201515 09 Dossier de fichiers Image 1 nd2_C2tf nec Rings 29 01 2015 17 14 Dossier de fichiers Date de cr ation 29 01 2015 14 28 a Taille 93 4 Mo Tani Fichiers 10_Spermato 1001 crop nd2_C tif Copie s d cran 11 S lection dossier D convolu s 16 Toujours dans la fen tre Enregistrer sous v rifiez modifiez si besoin que L gt Type est sur TIFF Image File tif Type Export est sur ALL en haut droite de la fen tre Export ALL e Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 11 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Bi A savoir Notez bien L option All cr e un fichier d convolu unique contenant tous les canaux de votre image Attention l option All fonctionne uniquement si vous avez au moins 3 canaux dans votre image Sinon l option All se comportera comme l option Channels voir paragraphe suivant Si vous le souhaitez vous pouvez aussi s lectionnez l option Channels Cette option enregistrera des fichiers s par s pour chaque canal de votre image par exemple si vous avez acquis une image ave
21. nd Image 2 nd Copie s d cran 15 S lection des images 21 Faites un clic droit sur la s lection puis cliquez sur Send to batch Data Manager ax d Data Manager 4 Datasets 97 348 Mb Ne Image 1nd iw Image 2 nd E E G en Lab m A Le LOIRET Close super Copy Optics Paste Optics Copy BOOT WL Paste ROI s IK Copie s d cran 16 Fonction Send to Batch Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 14 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 22 Les images s lectionn es se retrouvent alors dans la fen tre de droite Batch Viewer 23 Faites un clic droit sur la 1 image de la liste puis cliquez sur Copy Operational Settings Batch Viewer H x Start at 02 03 2015 15 19 L b l _ CIE AR bcrr a Image 3 nd2 19 Copy Optics Settings Image 4 nd2 15 Copy K Settings Paste Optics Settings Paste Operational Settings 3 Copie s d cran 17 Fonction Copy Operational Settings 24 Cliquez et maintenez le clic sur la 2 image de la liste puis glissez le pointeur jusqu la derni re image de la liste Toutes les images sauf la premi re sont alors s lectionn es Batch Viewer H x Start at 02 03 2015 15 13 Staging Dataset Task Valid Image 1 nd2 1 3D Deconvolutio wi Copie s d cran 18 S lection des images Sommaire Vers
22. nd CC Fixed PSF Non Blind 6 PSF Settings Load PSF Dataset e Theoretical PSF None Deconvoluton Setings VY Use Default K Adaptive PSF 10 Iterations Low noise G Output Settings vd Show Progress Window 7 Base Name mage lnd2tf Ka Save PSF a Optics Information Modality Widefield Fluorescence Spacings 0 06449713 x 0 06449713 x 0 15 um Obj Lens NA 1 4 Ril 1 575 Em 535 460 nm Subvolume Information Number of Subvolumes 1 364 x 960 x J6 Available Memory MB 29672 Gi Available DiskSpace MB 22883 Contocal Defaults Nyquist Change Defaults S BR A H sw Copie s d cran 13 V rification Settings OK Service Commun de Microscopie 13 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis 19 La fen tre 3D Deconvolution se transforme alors en fen tre Batch Viewer Batch Viewer H x Start at 02 03 2015 15 19 L staging Dataset Task Valid k Image 1 nd2 1 3D Deconvolutio wi Copie s d cran 14 Fen tre Batch Viewer 20 Retournez dans la fen tre de gauche Data Manager Cliquez sur votre 2 image puis tout en maintenant Maj la touche Maj du clavier appuy e cliquez sur la derni re image de la liste Vous avez ainsi s lectionn toutes vos images sauf la premi re image de la liste d Data Manager 4 Datasets 97 348 Mb wi Image 1
23. ontacter en priorit Responsable Atelier Jos LUIT T l 01 42 86 20 19 Port 06 63 13 35 99 Si pas de r ponse vous pouvez essayer de contacter Accueil Service Technique T l 01 42 86 20 16 Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 24 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Proc dure en cas d incident Equipement En cas d absence du Responsable de la Plate Forme Si vous rencontrez un probleme lors de l utilisation d un quipement et que le Responsable de la Plate Forme n est pas disponible vous pouvez contacter M TOURAIN Christophe N de Poste 01 42 86 21 08 E Mail christophe tourain parisdescartes fr Localisation 3 tage Pi ce P326 N oubliez pas d envoyer un e mail l adresse suivante scm parisdescartes fr pour notifier l incident Si vous ne trouvez personne pour r soudre le probl me Si personne ne peut vous aider merci de remplir le formulaire Incident Microscope disponible sur le site du SCM l adresse suivante htto www biomedicale univ paris5 fr scm formulaire incident equipement Vous pouvez acc der directement a ce formulaire en double cliquant sur le lien pr sent sur chaque bureau d ordinateur de la Plate Forme Cliquez pour signaler un incident Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 25 Table Manuel d Utilisation Poste de Traitement
24. ossier personnel serveur Collez votre sous dossier ou fichiers dans votre dossier personnel serveur Fermez les fen tres du dossier local et serveur De retour dans votre laboratoire acc dez au serveur de stockage SCMRAID et r cup rez vos images e e Voir Bureau de l ordinateur Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 20 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Proc dures d arr t Pour d finir la proc dure d arr t appliquer suivez les tapes ci dessous Planning de la Semaine 1 V rifiez le planning de r servation en double cliquant sur l ic ne Planning situ e sur le bureau Le planning de la semaine en cours s ouvre 2 S il y a un utilisateur juste apr s vous exemple le 17 juin ci dessous ou s il y a 1 2 ou 3 heures de libre entre vous et le suivant exemple le 16 et 18 juin ci dessus suivez la proc dure de fin n 1 S il y a plus de 3 heures de libre entre vous et les suivants exemple le 19 juin ci dessous ou si vous tes le dernier utilisateur de la journ e exemple le 20 juin suivez la proc dure de fin n 2 semaine 15 00 16 00 16 00 17 00 17 00 18 00 19 00 20 00 Copie s d cran 25 Planning de r servation Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 21 Manuel d Utilisation Poste de Traitement d Images 1 D convolution 2D 3D Pr cis Procedure de Fin n 1
25. toire acc dez au serveur de stockage SCMRAID puis transf rez vos images sur votre ordinateur personnel Vous pouvez maintenant explorer ou traiter vos images depuis votre ordinateur Gi A NE PAS FAIRE NE BRANCHEZ JAMAIS DE PERIPHERIQUE SUR LES ORDINATEURS DU SCM Pas de cl USB Disques durs externes Pour ne pas ralentir ou bloquer le serveur N ENREGISTREZ JAMAIS VOS IMAGES DIRECTEMENT SUR LE SERVEUR N OUVREZ JAMAIS VOS IMAGES A PARTIR DU SERVEUR N ANALYSEZ JAMAIS VOS IMAGES A PARTIR DU SERVEUR Sommaire Version 1 Service Commun de Microscopie 4 Pour d convoluer vos images suivez la proc dure suivante Allumez l ordinateur Allumez l cran s il n tait pas en veille Attendez que l cran affiche le message suivant Appuyez sur CTRL ALT SUPPR pour ouvrir une session Appuyez sur les touches CTRL ALT SUPPR pour ouvrir une fen tre d authentification Entrez le nom d utilisateur et le mot de passe qui vous ont t fournis pendant la formation et appuyez sur uP WN H Entr e 6 Attendez que la session s initialise Une fois la session initialis e vous trouverez sur le bureau l ensemble des ic nes que vous avez l habitude d utiliser Acc s au stockage local au serveur au site web de la Plate Forme au planning XS AltoQuent 13 Muse nu Tag groe ad i Images SCMRAID brenementa Ni d NlSElements Viewers 20 1 d Li ER i Lai d SL
Download Pdf Manuals
Related Search