Fichier pdf - CV de Sophie AZAR
Contents
1. Un micro MeSH a galement t cr par des chercheurs de l H pital g n ral du Massachussets Ils ont impl ment dans le syst me de recherche des outils de navigation qui permettaient au syst me de retrouver les termes appropri s du MeSH en utilisant la structure en arborescence ainsi que les subheadings ce processus s effectuait de facon automatis e et transparente pour l utilisateur 19 Les concepts du MeSH sont aujourd hui utilis s dans le m tathesaurus de l UMLS Unified Medical Language System L UMLS convertit le langage naturel des utilisateurs en langage contr l du MeSH L UMLS contient des informations s mantiques pour chaque concept du MeSH La version 1999 de ce m tathesaurus comporte 626 893 concepts biom dicaux repr sentant 1 358 861 d nominations diff rentes Ces d nominations sont issues de plusieurs th saurus comme le MeSH mais aussi de classifications et de vocabulaires contr l s de donn es cliniques administratives et de notices de banques de donn es bibliographiques L UMLS comporte quatre bases de connaissances un m tathesaurus une base de connaissances lexicales un r seau s mantique et une base de sources d informations 20 Son d veloppement a t entrepris depuis 1986 par la National Library of Medecine L UMLS a d abord t utilis pour faciliter l interrogation de bases de donn es de complexit s vari es et d acc s diff rents par les utilisateurs finaux en leur pe2. Cette tude s est appuy e sur une tude pr c dente qui analysait les erreurs commises par des pharmaciens et des pathologistes dans leurs formulations de recherche dans TOXLINE et MEDLINE Les erreurs les plus courantes taient une mauvaise orthographie des termes utilis s et une mauvaise utilisation du vocabulaire contr l Dans les strat gies de recherche des tudiants la manipulation la plus fr quente tait la combinaison d ensembles de termes puis l utilisation d expression ou d op rateurs de proximit et les diff rentes possibilit s de restriction de la recherche par langue par champ de la notice par type de documents Toutes ces actions visent restreindre le champ de la recherche Les erreurs d orthographie des termes utilis s ont t de nouveau assez fr quentes Bien que la formulation des recherches semblait appropri e 97 96 des recherches contenaient des occasions manqu es La plus courante tait de loin la non exploitation du vocabulaire contr l par exemple en se limitant la recherche en langage naturel ou en n utilisant pas la fonction Explode sur un terme du MeSH Les tudiants passaient aussi le plus souvent c t de l utilisation des qualificatifs Il semblait donc qu un lien plus troit entre le th saurus en ligne et le moteur de recherche aurait permis aux utilisateurs d am liorer leurs recherches 5 D sormais ce lien existe avec la fonction Mapping 11 En effet le systeme peu
3. Feb 1994 vol 17 n 1 p 41 45 Another fine MeSH clinical medicine meets information science A O Rourke A Booth Ford Journal of information science avril 1999 vol 25 n 4 p 275 281 Applications of informatics in veterinary medecine Ronald D Smith Mitsuko Williams Bulletin of the Medical Library Association January 2000 vol 88 n 1 p 49 55 CeDAR Centre for Database Access Research Steve Pollit last updated July 15 1996 consult le 22 mai 2001 http www ariadne ac k issue4 cedar End user search behaviors and their relationship to search effectiveness B M Wildemuth M E Moore Bulletin of the Medical Library Association July 1995 vol 83 n 3 p 294 304 Evidence based Medicine in a nutshell a guide to finding and using the best evidence in caring for patients Michael Bigby Archives of Dermatology Dec 1998 Manque le n et les pages Exploring the use of concept spaces to improve medical information retrieval A L Houston H Chen B R Schatz S M Hubbard R R Sewell Decision Support Systems 2000 vol 30 n 2 p 171 186 Features of the MeSH vocabulary National Library of Medicine National Library of Medicine last updated 30 October 2000 consult le 22 mai 2001 lt http www nim nih gov mesh features html gt Histoire des outils systemes produits et usages d informations dans l laboration des disciplines scientifiques biom decine et sant en
4. LIMITES DE L UTILISATION DU MESH POUR LA RECHERCHE 5 V FACILITER ET RENDRE PLUS EFFICACE L UTILISATION DU MESH 6 a CANSEARCH GENSEARCH et MenUSE trois interfaces d interrogation fond es sur l approche par menus I A2 TORRE ILE 1 CANSEARCH ii GENSEARCH MenUSE eser or e a ROTE ERA eri are ERE EE ERES b L Unified Medical Langage System UMLS VI UNE AUTRE UTILISATION DU MESH EXEMPLE DU 8 CONCLUSION tec 8 SOURCES UPIBISEES ananas neri docete edite ccs donee uc deme 9 nimiae mui pee 11 ANNEXE CARTOGRAPHIE DU MESH ET SON UTILISATION HTTP WWW KARTOO CO 16 Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde LE THESAURUS MEDICAL MeSH ET SON UTILISATION PAR DES NON DOCUMENTALISTES INTRODUCTION Le MeSH Medical subject headings est un th saurus cr par la National Library of Medicine Etats Unis en 1960 pour indexer rechercher et classer des documents dans le domaine biom dical A l origine il comprenait 8000 termes Sa version 2000 contient plus de 19 000 termes contr l s et une entr e de vocabulaire de plus de 300 000 termes Le MeSH est un th saurus suffisamment souple pour pouvoir int
5. R Rada International classification 1990 vol 17 n 3 4 p 158 164 Medical subject headings and medical terminology an analysis of terminology used in hospital charts Fred E Masarie Randolph A Miller Bulletin of the Medical Library Association April 1987 vol 75 n 2 89 94 Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 14 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Need a bloody nose be a nosebleed or lexical variants cause surprising results MaryEllen Cullinan Sievert Timothy B Patrick John C Reid Bulletin of Medical Library Association janvier 2000 vol 89 n 1 Searching for patterns in the MeSH vocabulary Joyce E B Backus Sara Davidson Roy Rada Bulletin of the Medical Library Association July 1988 vol 75 n 3 p 221 227 Semantically assisted medical bibliographic retrieval an experimental computer system Perry L Miller John S Morrow Seth M Powsner Caroline A Riely Bulletin of the medical library association avril 1988 vol 76 n 2 p 131 136 Separate but equal a system comparison study of MEDLINE s controlled vocabulary MeSH Karin Schreier Hallett Andrew L Todd Bulletin of the medical library association octobre 1998 vol 86 n 4 p 491 495 Trimming the thorns from Medline trees B Snow Online Mai 1998 vol 12 n 3 p 70 76 Le th saurus m dical MeSH e
6. ou avec l absence d intervention ces quatre l ments ont t repris dans le formulaire EBM Faire une recherche d informations valuer de mani re critique les r f rences les plus prometteuses Appliquer les conclusions de la recherche m dicale la pratique m dicale D Si on compare les requ tes des formulaires non structur s avec celles des formulaires structur s selon l EBM on constate que les seconds ont mieux amen les utilisateurs faire tat du patient ou de la maladie de l intervention et des r sultats qui les int ressaient et d inclure un ensemble de comparaisons Le succ s de I EBM d pend d une utilisation plus approfondie de la litt rature m dicale pour cela les m decins cliniciens devront comprendre comment utiliser le MeSH au mieux et d velopper leurs comp tences en interrogation de bases de donn es comme MEDLINE De leur c t les professionnels de l information auront besoin d apprendre structurer les recherches selon EBM De plus l o on utilise des formulaires de requ tes ceux ci devront tre con us de mani re lier troitement la richesse de l expertise de l utilisateur les avantages de la hi rarchie contr l e du MeSH et la logique de l EBM 1 Ill Avantages de l utilisation du MeSH pour la recherche bibliographique Les avantages du MeSH sont de deux sortes les avantages classiques d un th saurus utilis comme vocabulaire contr l et des avantages pl
7. effectiveness B M Wildemuth M E Moore Bulletin of the Medical Library Association July 1995 vol 83 n 3 294 304 Histoire des outils systemes produits et usages d informations dans l laboration des disciplines scientifiques biom decine et sant en ligne N Pinhas S David Solaris en ligne avril 1996 consult le 22 mai 2001 http www info unicaen fr bnum jelec Solaris d04 4pinhas html ISSN 1265 4876 Historical Notes Medical Subject Headings MeSH Carolyn E Lipscomb Bulletin of Medical Library Association juillet 2000 vol 88 n 3 Medical subject headings National Library of Medicine last updated 24 January 2000 consult le 15 mai 2001 lt http www nim nih gov mesh meshhome html gt Medline Cancerlit mode d emploi version OVID MED Benoit Thirion Biblioth que m dicale du CHU de Rouen derni re mies jour le 7 juin 2000 consult le 25 mai 2001 http www chu rouen fr documed mme html gt Medline sur Internet Eric Th ron F d ration Rh ne Alpes des Associations de Formation M dicale Continue FMC RA derni re mise jour le 16 avril 2001 consult le 25 mai 2001 lt http www multimania com fmcra debut html gt Medline version Web et les MeSH Explode Focus Subheadings Mapping et Scope Universit de Montr al Biblioth que des sciences de la sant derni re mise jour le 2 novembre 2000 consult le 15 mai 2001 lt http www
8. le th saurus MeSH car il est un bon interm diaire entre la rigidit du th saurus et le langage naturel Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 8 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Sources utilis es Le symbole pr c dant une r f rence bibliographique indique que le texte se trouve dans le document joint Principaux documents ayant servi la synth se Les documents r f renc s ci dessous sont class s par ordre alphab tique du titre Another fine MeSH clinical medicine meets information science A O Rourke A Booth N Ford Journal of information science avril 1999 vol 25 n 4 p 275 281 Augmenting GRATEFUL MED with the UMLS Metathesaurus an initial evaluation John S Jachna Seth M Powsner Perry L Miller Bulletin of the medical library association january 1993 vol 81 n 1 p 20 27 CeDAR Centre for Database Access Research Steve Pollit last updated July 15 1996 consult le 22 mai 2001 lt http www ariadne ac k issue4 cedar gt CISMEF pourquoi comment en ligne St fan Darmoni Magaly Douy re Eric Goupy Jean Philppe Leroy Saida Ouazir Josette Piot Benoit Thirion Hopitaux de rouen derni re mise jour le 13 novembre 2000 consult le 26 mai 2001 lt http www chu rouen fr cismef cismef html gt End user search behaviors and their relationship to search
9. Libraries March 1997 vol 16 n 1 p 5 19 Simplified access to MeSH tree structures on CISMeF Benoit Thirion Stefan J Darmoni Bulletin of the Medical Library Association octobre 1999 vol 87 n 4 UMLS knowledge for biomedical language processing Alexa T McCray Alan R Aronson Allen C Browne Thomas C Rindflesh Bulletin of the Medical Library Association avril 1993 vol 81 n 2 Un exemple d utilisation de l UMLS base multilingue de connaissances biom dicales Samuel Jolibois Emmanuel Nauer Dominique Chouani re Jacques Ducloy Francoise Grandjean Marc Mouz Amady Documentaliste Sciences de l information juin 2000 vol 37 n 2 Unified Medical Language System factsheet National Library of Medicine National Library last updated 26 January 2000 consult le 22 mai 2001 lt http ww nlm nih gov pubs factsheets umls html gt Whodoc concordance frangais anglais espagnol Organisation Mondiale de la Sant O M S Biblioth que et R seaux d Information l Appui des Connaissances Gen ve OMS 2000 102 p La mise jour du MeSH et son vocabulaire Creating and evaluating entry terms Roy Rada Hafedh Mill Gary Letourneau Doug Johnston Journal of documentation March 1988 vol 44 n 1 p 19 41 File maintenance of mesh headings in MEDLINE SM Humphrey Journal of the American Society For Information Science 1984 vol 35 n 1 p 34 44 Maintening thesauri and metathesauri
10. NE via the MeSH thesaurus A S Pollitt International forum on information and documentation octobre 1988 vol 13 n 4 p 11 17 MeSH the subject heading approach C Norris ASLIB proceedings 1981 vol 33 n 4 p 153 159 Quality filtering of the clinical literature by librarians and physicians Alice B Kuller Charles B Wessel David S Ginn Thomas P Martin Bulletin of the Medical Library Association January 1993 vol 81 n 1 p 38 43 Query expansion and Medline Srinivasan Information Processing Management vol 32 n 4 July 1996 p 431 443 Understanding and using the medical subject headings MeSH vocabulary to perform literature searches Henry J Lowe G Octo Barnett Journal of the American medical association 13 avril 1994 vol 271 n 14 p 1103 1108 Understanding MeSH for literature searches Henry J Lowe Otto Barnett Journal of the American Medical Association January 18 1995 vol 273 n 3 p 184 185 Using CD ROM in science and medicine Patti Myers Optical Information Systems March April 1989 vol 9 n 2 p 65 69 L exploitation du MeSH en dehors des bases de donn es de la NLM CISMEF A study of MESH and ULMS for subject searching in an online catalog Peggy W Richwine Bulletin of the Medical Library Association vol 81 n 2 April 1993 p 229 232 Augmenting GRATEFUL MED with the UMLS Metathesaurus an initial evaluation John S Jachna Seth M Powsne
11. a des bases de donn es comme MEDLINE fait partie de la formation de nombreuses coles de m decine aux Etats Unis 19 b Les avantages sp cifiques au MeSH Les personnes charg es de l indexation des documents dans MEDLINE sont form es pour choisir le terme le plus sp cifique d crivant un sujet ce qui permet d avoir des r ponses tr s pr cises L utilisateur peut accro tre cette pr cision en limitant sa recherche aux descripteurs principaux 19 La structure arborescente du MeSH permet l utilisateur de resserrer ou d largir le champ de sa recherche En traversant l arborescence vers le terme le plus sp cifique repr sentant un concept l utilisateur peut effectuer des requ tes tr s sp cifiques Cette m me structure permet galement d largir une recherche pour retrouver le plus grand nombre d articles en remontant cette fois l arborescence vers le terme le plus g n ral d un concept biom dical Cette derni re technique peut tre int ressante si le nombre de documents trouv s est trop juste ou si l utilisateur ne tol re pas le silence 19 IV Limites de l utilisation du MeSH pour la recherche bibliographique Des tudes comparatives ont t effectu es sur diff rentes interfaces de recherche dans MEDLINE Elles ont montr que la qualit de la recherche bibliographique sur ces diff rentes interfaces d pendait plus de l utilisateur que du syst me lui m me En effet la qualit de la recherche d pendai
12. a plus pertinente Cela oblige l utilisateur comparer les diff rentes hi rarchies dans la liste des Tree structures ce qui prend parfois beaucoup de temps on peut avoir jusqu 9 arborescences diff rentes pour un m me terme 17 V Faciliter et rendre plus efficace l utilisation du MeSH Bien que la n cessit d tre plus habile en recherche d informations pour les professionnels de la sant soit reconnue depuis plusieurs ann es de nombreux utilisateurs ne comprennent pas encore les finesses du MeSH ni la diff rence entre une recherche en langage naturel et une recherche utilisant les termes du th saurus et ont du mal effectuer des strat gies de recherche dans les bases de donn es bibliographiques 1 2 a CANSEARCH GENSEARCH et MenUSE trois interfaces d interrogation fond es sur l approche par menus 3 12 De 1981 1993 trois interfaces d interrogation ont t successivement d velopp es par la NLM pour permettre aux utilisateurs non professionnels de construire une formule de recherche labor e en choisissant des termes du MeSH dans des arborescences pr sent es sous forme de menus La NLM a choisi une approche par les menus qui permettait de prendre en compte la capacit des utilisateurs finaux reconnaitre et utiliser plus de concepts et de termes qu ils n en peuvent lister compte tenu du fait qu ils poss dent un vocabulaire passif bien plus grand que leur vocabulaire actif En feuilletant un v
13. aussi par des non professionnels C est pourquoi seuls les m tatermes du MeSH ont t utilis s pour aider la recherche cet acc s simplifi l arborescence du MeSH aide l utilisateur acc der l information de mani re plus facile et plus efficace Il est aussi utilis comme outil d apprentissage l interrogation de la base MEDLINE 16 CONCLUSION C est dans un contexte d explosion de l information que les chercheurs auteurs des articles ont compris l importance pour le grand public d acc der par eux m mes aux bases de donn es m dicales De nombreuses exp riences ont montr que l utilisation du MeSH par rapport au langage naturel am liorait les recherches des utilisateurs Mais alors que le MeSH satisfait les professionnels de l information il n est pas suffisamment adapt aux praticiens chercheurs m dicaux au grand public Il semble que pour r soudre ces difficult s il faudrait d une part am liorer la structure du MeSH et des interfaces et d autre part donner les moyens aux utilisateurs de s adapter au langage contr l en les formant 2 19 Le MeSH est employ dans certains cas de mani re simplifi e pour effectuer des recherches non bibliographiques S il est efficace dans ce type d utilisation les probl mes rencontr s dans son utilisation classique ont amen a de nombreux projets UMLS qui combine le langage contr l du MeSH avec d autres formes de langages pourrait ainsi prendre le pas sur
14. bib montreal ca SA caps7b htm gt Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 9 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde 20 MenUSE for Medicine end user browsing and searching of MEDLINE via the MeSH thesaurus A S Pollitt International forum on information and documentation octobre 1988 vol 13 n 4 p 11 17 Need a bloody nose be a nosebleed or lexical variants cause surprising results MaryEllen Cullinan Sievert Timothy B Patrick John C Reid Bulletin of Medical Library Association janvier 2000 vol 89 n 1 Semantically assisted medical bibliographic retrieval an experimental computer system Perry L Miller John S Morrow Seth M Powsner Caroline A Riely Bulletin of the medical library association avril 1988 vol 76 n 2 p 131 136 Separate but equal a system comparison study of MEDLINE s controlled vocabulary MeSH Karin Schreier Hallett Andrew L Todd Bulletin of the medical library association octobre 1998 vol 86 n 4 p 491 495 Simplified access to MeSH tree structures on CISMeF Benoit Thirion Stefan J Darmoni Bulletin of the Medical Library Association octobre 1999 vol 87 n 4 Trimming the thorns from Medline trees B Snow Online Mai 1998 vol 12 n 3 70 76 UMLS knowledge for biomedical language processing Alexa T McCray Alan A
15. cument signal s par des dans MEDLINE en 1999 e Avec des descripteurs secondaires minor emphasis headings sujets plus p riph riques 1 Les descripteurs peuvent tre sous une forme simple ou sous une forme compos e de plusieurs termes selon que le concept pr sent regroupe une ou plusieurs notions 11 Les termes du MeSH sont organis s autour de 15 niveaux de hi rarchie qui constituent la structure en arbre du MeSH ou Tree structures Cela permet l utilisateur de naviguer partir d un descripteur vers des termes plus g n riques ou plus sp cifiques 19 A chaque descripteur de MEDLINE correspond un code alphanum rique du MeSH qui indique la place du descripteur dans l arbre hi rarchique Comme une classification permet de regrouper les documents par sujet sur des tag res ces codes permettent l utilisateur de MEDLINE de regrouper des r f rences bibliographiques pertinentes sur des sujets larges 17 Pour la recherche un certain nombre d outils ont t d velopp s Le mapping quand on fait une recherche l aide d un terme qui n existe pas dans le MeSH le mapping permet de visualiser les descripteurs voisins les plus fr quemment rencontr s dans les r f rences que le syst me a retrouv es l aide du terme utilis pour la recherche e Le focus il permet de restreindre la recherche aux descripteurs principaux ce qui accroit la pr cision dans le cas de recherches portant sur des su
16. doption d une strat gie privil giant la profondeur au lieu de l tendue dans la navigation entre les menus D autre part le syst me pr sentait l utilisateur un cran affichant tous les descripteurs qu il avait retenus en faisant toutes les combinaisons possibles entre deux n descripteurs avec l op rateur bool en ET Cela permettait l utilisateur d afficher facilement le r sultat des diff rentes combinaisons et de voir laquelle correspondait le mieux ses besoins d information sans qu il ait laborer au pr alable une requ te complexe iii MenUSE MenUSE utilisait un sous ensemble de MEDLINE contenant environ 73 000 r f rences couvrant le vocabulaire complet du MeSH ce qui a limin le probl me de la limitation du vocabulaire MenUSE tait disponible en six langues autre que l anglais chinois francais allemand grec japonais et espagnol b L Unified Medical Langage System UMLS Le projet de langage m dical unifi qui est l origine de l UMLS a regroup plusieurs institutions dans le but d laborer un langage codifi comprenant des termes et concepts m dicaux Ce projet construit sur la base de plusieurs langages codifi s a inclus un nouveau type de relation entre les termes Au lieu de combiner les descripteurs entre eux uniquement avec des op rateurs bool ens on pouvait les lier avec des verbes ou des pr positions qui permettaient de pr ciser l interaction entre les descripteurs 14
17. effectuer leurs diagnostics 19 Nous allons donc nous attacher l tude de l utilisation du MeSH par des professionnels de la m decine qui sont les premiers demandeurs d information dans le domaine biom dical l Le MeSH et son fonctionnement a Quelques rep res chronologiques En 1960 le MeSH est cr pour la base de donn es bibliographiques Index Medicus imprim e sur papier En 1964 la NLM cr e la base de donn es informatis e MEDLARS les personnes ext rieures la NLM peuvent alors y envoyer des requ tes qui sont trait es sur place Le num ro entre crochets correspond au num ro du document source dans la bibliographie Sources utilis es p 9 Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 1 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde MEDLARS devient accessible en ligne en mode conversationnel en 1971 sous le nom de MEDLINE MEDLARS ONLINE MEDLINE est alors la version lectronique des bases de donn es Index medicus International Nursing index et Index to dental literature La NLM a mis MEDLINE sur Internet en 1996 sous le nom d Internet GRATEFUL MED depuis 2000 MEDLINE est consultable sur Internet via PubMed 6 7 b Fonctionnement du MeSH Avec le MeSH les documents sont index s deux niveaux e Avec des descripteurs principaux major emphasis headings sujets principaux du do
18. grer de nouveaux concepts de nouveaux termes et de nouvelles technologies Chaque ann e la NLM ajoute modifie ou remplace plusieurs centaines de termes La version 2000 du MeSH comporte plus de 19 000 descripteurs et 110 000 Supplementary Concept Records auparavant les Supplementary Chemical Records est apparu assez rapidement comme un mod le pour l organisation et le classement du vocabulaire biom dical c est d sormais le th saurus de r f rence dans ce domaine Il a t traduit en plusieurs langues l INSERM en a r alis la version fran aise 1 6 8 De plus en plus les utilisateurs finaux font leurs recherches eux m mes dans les bases de donn es m dicales sans passer par l interm diaire des professionnels de l information Ceci pour trois raisons principales e Les technologies m dicales sont en volution constante ce qui oblige les m decins se tenir au courant des nouveaut s tr s r guli rement e Les interfaces de recherche sont de plus en plus conviviales et contiennent des r sum s et des articles en texte int gral en plus des simples r f rences bibliographiques 1 e l explosion de l information en m decine rend l acc s cette information de plus en plus difficile en effet chaque ann e 20 000 journaux biom dicaux sont publi s ainsi que 17 000 livres Ceci alors qu une tude effectu e aupr s de 700 praticiens a r v l qu ils taient les premiers avoir besoin d information pour
19. jets pour lesquels la litt rature est abondante e La note d application ou scope note elle d finit les descripteurs et l histoire des concepts durant la vie du MeSH e l explosion ou explode permet d avoir des r ponses plus compl tes sur un sujet utilisant toute la hi rarchie descendante du descripteur 17 Les qualificatifs ou subheadings permettent de restreindre la recherche a des aspects sp cifiques du sujet comme la mortalit la pathologie etc Le MeSH comporte actuellement 82 qualificatifs 1 9 11 Il Utilisation du MeSH pour la recherche bibliographique Le MeSH est utilis pour indexer et interroger les documents r f renc s dans de nombreuses bases de donn es biom dicales de la National Library of Medicine AIDSLINE AIDSTRIALS AVLINE BIOETHICS CANCERLIT HEALTH MEDLINE TOXLINE 19 Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 2 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Depuis 1997 MEDLINE est en acc s libre sur le web Cette base de donn es contient 9 millions d articles depuis sa cr ation 33 000 nouvelles r f rences par mois y sont index es gr ce au d pouillement de 3800 publications scientifiques 10 a Comparaison de la recherche dans MEDLINE sur les serveurs Ovid et Dialog Une tude effectu e en 1997 l Universit de Tennessee Medical Center Etats Unis a compar
20. les r sultats de la recherche bibliographique dans MEDLINE sur les serveurs Ovid et Dialog Les recherches sur Dialog permettaient de retrouver plus de documents que sur Ovid Ces diff rences s expliqueraient par la politique de double postage des termes du MeSH dans le cas de Dialog Lorsqu un descripteur est compos de plusieurs mots le syst me de Dialog indexe individuellement chaque mot du descripteur et indexe aussi l ensemble des mots qui le composent comme une expression Quand on fait une recherche sur un mot le syst me le cherche la fois dans les descripteurs unitermes et dans les descripteurs compos s Par contre on obtient des r sultats quivalents dans Ovid et dans Dialog si on utilise la limitation full descriptor dans Dialog Cette limitation permet de chercher uniquement les descripteurs correspondant exactement au x mot s saisi s dans la recherche Mais le double postage n est pas forc ment avantageux pour l utilisateur car il s accompagne parfois d une baisse de pertinence dans les documents retrouv s 15 b Les strat gies de recherches d tudiants en m decine dans la base MEDLINE Une tude a t conduite en 1992 et 1993 l Universit de North Carolina at Chapel Hill aux Etats Unis sur les recherches faites par des tudiants en m decine dans la base MEDLINE Le but de cette tude tait d analyser la mani re dont des utilisateurs finaux formulent et reformulent leurs strat gies de recherche
21. ligne N Pinhas S David Solaris en ligne avril 1996 consult le 22 mai 2001 lt http www info unicaen fr bnum jelec Solaris d04 4pinhas html gt ISSN 1265 4876 Historical Notes Medical Subject Headings MeSH Carolyn E Lipscomb Bulletin of Medical Library Association juillet 2000 vol 88 n 3 Medical subject headings National Library of Medicine last updated 24 January 2000 consult le 15 mai 2001 lt http www nlm nih gov mesh meshhome html gt Medline Cancerlit mode d emploi version OVID MED Benoit Thirion Biblioth que m dicale du CHU de Rouen derni re mies jour le 7 juin 2000 consult le 25 mai 2001 http www chu rouen fr documed mme html Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 12 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Medline sur Internet Eric Th ron F d ration Rh ne Alpes des Associations de Formation M dicale Continue FMC RA derni re mise jour le 16 avril 2001 consult le 25 mai 2001 lt www multimania com fmcra debut html gt Medline version Web et les MeSH Explode Focus Subheadings Mapping et Scope Universit de Montr al Biblioth que des sciences de la sant derni re mise jour le 2 novembre 2000 consult le 15 mai 2001 lt http www bib montreal ca SA caps7b htm gt MenUSE for Medicine end user browsing and searching of MEDLI
22. ocabulaire contr l affich sous forme d une structure clairement hi rarchis e l utilisateur peut clarifier et pr ciser le concept qu il recherche La structure du th saurus sert de catalyseur l utilisateur et lui permet de cristalliser ses besoins Le r sultat est une meilleure formulation de la recherche et de meilleurs r sultats i CANSEARCH Un sous ensemble du MeSH relatif la th rapie du cancer a t transform en une hi rarchie de menus dans lesquels l utilisateur pouvait exprimer sa question par une m thode fond e sur la s lection dans les menus On peut consid rer que l objectif de la mise en place de CANSEARCH t atteint puisque des m decins cliniciens ont t capables de formuler des requ tes efficaces apr s une introduction de 4 minutes en moyenne par m decin Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 6 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde ii GENSEARCH Les principes appliqu s dans CANSEARCH ont t repris dans le prototype GENSEARCH en utilisant cette fois ci un sous ensemble du MeSH relatif la g n tique et la biochimie compl t par les noms de substances chimiques du Medical Subject Headings Supplementary Chemical Records L interface de recherche tait similaire celle de CANSEARCH mais comportait deux am liorations le choix des menus a t facilit par l a
23. r Perry L Miller Bulletin of the medical library association january 1993 vol 81 n 1 p 20 27 CISMeF a structured health resource guide SJ Darmoni JP Leroy F Baudic M Douyere J Piot B Thirion Methods of information in medicine 2000 vol 39 1 p 30 35 CISMEF pourquoi comment en ligne St fan Darmoni Magaly Douyere Eric Goupy Jean Philppe Leroy Saida Ouazir Josette Piot Benoit Thirion Hopitaux de rouen derniere mise jour le 13 novembre 2000 consult le 26 mai 2001 http www chu rouen fr cismef cismef html gt Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 13 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Enrichissement du th saurus de la Banque d Informations sur les Recherches BIR de l INSERM Catherine Parmentier Paris INTD 1990 85 pages M moire INTD Exploiting a large thesaurus for information retrieval AR Aronson TC Rindflesch AC Browne RIAO 94 recherche d information assist e par ordinateur New York NY October 11 12 1994 p 197 216 Implementation of a Web based tutorial simplified access to MESH tree stuctures on CISMeEF J E Foust N H Tannery E G Detlefsen B Thirion S J Darmoni Bulletin of the Medical Library Association vol 87 n 4 October 1999 p 477 481 Mapping the LCSH and MeSH Systems Tony Olson Gary Strawn Information Technology and
24. rmettant d interroger en langage Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 1 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde naturel 18 L UMLS a t utilis plus r cemment pour homog n iser le vocabulaire d un corpus bibliographique multibases 20 Une exp rience men e sur GRATEFUL MED aupr s de cliniciens a montr que l utilisation du m tath saurus UMLS am liorait l efficacit des recherches Il permet en effet d viter les erreurs syntaxiques et aide les utilisateurs comprendre les termes d indexation dans leur contexte en affichant une liste des termes du MeSH quivalents ou associ s celui que l utilisateur a saisi en premier lieu Les utilisateurs test s ont exprim leur satisfaction se faire guider pour le choix des termes 2 VI Une autre utilisation du MeSH exemple du CISMeF Le MeSH est utilis pour organiser le catalogue CISMeF Catalogage et Indexation des Sites M dicaux Francophones Ce catalogue indexe les sites et documents m dicaux francophones et recense les ressources Internet sur la sant Il a d pass 9400 ressources en octobre 2000 avec une moyenne de 50 nouvelles ressources par semaine en 1999 Ses utilisateurs sont des praticiens mais aussi le grand public chaque jour environ 7500 personnes s y connectent 4 Les recherches sont r alis es par des professionnels de la sant mais
25. ronson Allen C Browne Thomas C Rindflesh Bulletin of the Medical Library Association avril 1993 vol 81 n 2 Understanding and using the medical subject headings MeSH vocabulary to perform literature searches Henry J Lowe G Octo Barnett Journal of the American medical association 13 avril 1994 vol 271 n 14 p 1103 1108 Un exemple d utilisation de l UMLS base multilingue de connaissances biom dicales Samuel Jolibois Emmanuel Nauer Dominique Chouani re Jacques Ducloy Frangoise Grandjean Marc Mouz Amady Documentaliste Sciences de l information juin 2000 vol 37 n 2 Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 10 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde BIBLIOGRAPHIE La recherche avec le MeSH page 12 L exploitation du MeSH en dehors des bases de donn es de la NLM CISMEF ULMS page 13 La mise jour du MeSH et son vocabulaire page 14 Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Le symbole pr c dant une r f rence bibliographique indique que le texte se trouve en annexes page 16 Les r f rences en gras sont celles utilis es pour la synth se La recherche avec le MeSH A brief hitchhiker s guide to MEDLINE Gregory F Pratt Database
26. sciences et techniques de linformation INT Synthese documentaire Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes A l attention de Madame Arlette BOULOGNE Cycle sup rieur 2000 2001 Groupe 4 COPIN Isabelle EXBRAY AT Sophie FONTAINE Mathilde LE THESAURUS MEDICAL MeSH ET SON UTILISATION PAR DES NON DOCUMENTALISTES SOMMAIRE INT RODUG TION ep 1 LE MESH ET SON FONCTIONNEMENT 2 ccceceeeseseessceeeeseeeenssnssceeseseeesnsensacoesoeseseensnnsacaneeseseenennsesanes 1 a Quelques rep res chronologiques eerie eese eese eene eene enne nnne nennen tenete tenete enne trennen nee 1 b Fonctionnement du MeSH ee rs e ete etse ete mat Et fini t 2 Il UTILISATION DU MESH POUR LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE nnne a Comparaison de la recherche dans MEDLINE sur les serveurs Ovid et Dialog b Les strat gies de recherches d tudiants en m decine dans la base MEDLINE cesses c Cadrer la recherche d informations gr ce l Evidence based medicine une exp rience men e en Gr nde Bretdgne en I998 cce ooa epe epu an te nant 4 Ill AVANTAGES DE L UTILISATION DU MESH POUR LA RECHERCHE BIBLIOGRAPHIQUE 4 a Avantages du vocabulaire contr l par rapport au langage naturel ss 4 b Les avantages sp cifiques au MeSH soso 2 IV
27. t des connaissances et de la formation de l utilisateur ainsi que de sa familiarit avec l interface de recherche Alors qu il semble adapt des professionnels de l information le MeSH devrait tre restructur pour son utilisation par d autres utilisateurs entre autres les praticiens et chercheurs m dicaux 15 19 Le MeSH est aujourd hui un vieux langage qu il est difficile d entretenir Malgr l utilisation intensive de relations transversales entre les termes et d quivalences avec des mots commun ment employ s un utilisateur peu averti aura parfois des difficult s retrouver les termes appropri s du MeSH De nombreux concepts voisins sont regroup s sous un seul terme au lieu d tre traduits individuellement le terme les regroupant peut tre dans certains cas difficile trouver 19 Le MeSH est un tr s bon outil mais la qualit de l indexation des bases de donn es est variable D autre part une recherche s effectuant uniquement sur les termes d un th saurus peut tre restrictive c est pourquoi la plupart des interfaces de MEDLINE proposent de combiner le MeSH et le langage naturel pour optimiser les recherches 19 Des tudes effectu es sur diverses interfaces Dialog medical connection MEDBASE GRATEFUL MED ont montr que des am liorations pourraient tre faites sur les barres de menus Celles ci devraient guider les utilisateurs vers l utilisation des qualificatifs l exploration des arborescences d
28. t son utilisation par des non documentalistes 15 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Annexe Cartographie du MeSH et son utilisation http www kartoo co Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde
29. t sugg rer des synonymes du vocabulaire contr l quand l utilisateur saisit un terme Pour l utilisateur final une s lection de termes parmi une liste de synonymes possibles est sans doute un moyen plus efficace de construire une strat gie de recherche coh rente que l utilisation de ses propres repr sentations d un concept Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 3 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Cadrer la recherche d informations grace Evidence based medicine une exp rience men e en Grande Bretagne en 1998 Cette exp rience se fondait sur l id e que pour am liorer le r sultat des recherches dans MEDLINE il fallait concevoir le formulaire de requ te de mani re obtenir plus d informations sur les besoins de l utilisateur Des recherches faites avec un formulaire de requ te standard et avec un formulaire labor selon la structure de l Evidence based medicine ont t compar es L EBM Evidence based medicine est une mani re de g rer l incertitude dans la pratique m dicale en abordant les probl mes selon les tapes suivantes 1 Traduire un probl me m dical en une question structur e contenant au moins trois l ments le patient ou la maladie l intervention les r sultats attendus s y ajoute parfois un 4 l ment la comparaison avec d autres interventions possibles
30. u MeSH et la navigation sur les mots du titre ou les descripteurs 15 L utilisation du MeSH par des personnes qui ne sont pas familiaris es avec les terminologies m dicales n est pas ais e Aussi le mapping voir le chapitre Fonctionnement du MeSH p 2 permet de retrouver le descripteur appropri Cependant une recherche sur le terme bloody nose a ramen des r f rences non pertinentes Il est important que des patients ou le grand public puisse acc der la litt rature pertinente aussi Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 5 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde il serait n cessaire que les termes utilis s par le grand public avec leurs variations lexicales soient reli s par mapping aux descripteurs du MeSH 13 Les inconv nients sont aussi li s des difficult s d utilisation des indices de la classification des Tree structures I arrive qu un terme g n rique correspondent plusieurs indices de la classification En effet un m me terme peut tre rang dans plusieurs cat gories par exemple Antitoxine est class la fois dans Anticorps et dans Produits biologiques Selon les cas on peut aboutir au m me r sultat en appliquant la fonction Explode indiff remment l un ou l autre des deux indices ou il faudra l appliquer successivement aux deux afin de choisir la cat gorie l
31. us sp cifiques au MeSH a Avantages du vocabulaire contr l par rapport au langage naturel L utilisation du langage naturel pour une requ te peut tre dangereuse si l utilisateur et l auteur du document ont une repr sentation diff rente des m mes concepts Par contre l utilisation du MeSH est sans quivoque Le MeSH permet de retrouver le plus grand nombre de documents r pondant une requ te car chaque concept biom dical n y est repr sent que par un seul terme Une tude effectu e sur 975 recherches men es par des tudiants en m decine Harvard a r v l une meilleure qualit de rappel et de pr cision 6696 contre 5596 pour les recherches effectu es l aide du MeSH par rapport celles effectu es sur les mots du titre et du r sum Cette tude avait t effectu e sur MEDLINE mais des r sultats similaires ont t obtneus pour d autres bases de donn es Le th saurus m dical MeSH et son utilisation par des non documentalistes 4 Synth se documentaire INTD Cycle sup rieur Mai 2001 COPIN Isabelle EXBRAYAT Sophie FONTAINE Mathilde Lorsque des tudiants ont suivi une formation l utilisation de MEDLINE en ligne ils sont capables de formuler une requ te en utilisant le th saurus MeSH et d obtenir de l information pertinente Ils peuvent ainsi utiliser les informations contenues dans MEDLINE pour soigner les patients On constate d ailleurs que l apprentissage de recherche de litt rature vi
Download Pdf Manuals
Related Search