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TD : Prise en main d`UNIX et outils d`analyse de séquence sous UNIX

1. TD Prise en main d UNIX et outils d analyse de s quence sous UNIX Daniel Gautheret 2009 v Notes Le compte prof fait r f rence gauthere TPUNIX Le fichier bashrc doit contenir export PATH gauthere bin S SPATH 1 Prise en main e Connectez vous sur votre station Unix avec votre nom et votre mot de passe communiqu s en TD S il s agit de votre premi re connexion e Les commandes Unix sont entr es dans une fen tre de commande Sachez cr er et supprimer les fen tres de commande Voyez bien la diff rence entre r duction et suppression des fen tres e Voyez comment rappeler la commande pr c dente avec la touche fl che haut puis fl che gauche pour corriger 2 Fichiers et R pertoires e Cr ez un R pertoire TPUNIX la racine de votre R pertoire personnel mkdir e Placez vous dans le r pertoire TPUNIX cd e V rifiez que vous tes bien dans ce r pertoire pwd e Copiez dans TPUNIX tous les fichiers se trouvant dans le r pertoire prof commande cp e Afficher le contenu de ce r pertoire Quelle est la taille des fichiers Le propri taire La date de cr ation Quels sont les fichiers executables commande ls et Is 1 e Le fichier test pl est un programme Ex cutez le e Tout en restant dans le r pertoire courant ex cutez la commande test2 p1 quise trouve dans prof e Affichez le contenu du fichier 16s seq partir de votre r pertoire racin
2. act rie Haemophilus influenza R cup rez le fichiers faa fna et gbk pour cet organisme D compressez les si n cessaire Que contiennent ils 7 Blast localement Blast ne travaille pas sur un fichier au format Fasta Il faut pr traiter les fichiers Fasta avec le programme formatdb A la racine de votre r pertoire cr ez un fichier ncbirc contenant NCBI Data usr local biotools bin BLAST BLASTDB Ce fichier indique o se trouvent les divers fichiers indispensables Blast p ex les matrices de substitution A l aide de la commande formatdb pr parez le fichier Fasta du g nome au traitement par Blast Attention arguments diff rents pour les s quences nucl iques et prot iques o formatdb i lt protein database gt p T o formatdb i lt DNA database gt p F Regardez quels fichiers ont t cr s Tapez blastall sans argument pour obtenir la liste des arguments de Blast L argument p qui sp cifie la version de Blast est indispensable p ex p blastp pour Blast prot ine ainsi que les arguments d et i Avec Blast recherchez dans le g nome de H influenzae des s quences similaires 16s seq Ex cutez Blast de fa on n obtenir que les solutions de E value inf rieure 10e 4 en redirigeant la sortie vers un fichier Gardez ce fichier 8 Alignement de s quences avec Muscle Objectif r aliser un alignement en mode local A partir de la s quence abc fasta u
3. e e A l aide de la commande cat et des redirections gt et gt gt concatenez le fichier 16s seq et le fichier petiteseq fasta dans le fichier allseq Affichez le r sultat 3 Edition e Lancez l editeur nedit commande nedit lt nom de fichier gt amp V rifier toutes les fonctionnalit s de base Entr e de texte sauvegarde recherche couper et coller via les menus et ou touches contr le xxx e Voyez comment effectuer les copier coller d une fen tre l autre l aide de la souris Les fonctions copier coller sous Unix Xwindows sont r alis es l aide des boutons de la souris Bouton de gauche pour copier bouton central ou deux boutons en m me temps pour coller 4 Commandes diverses e Vous devez tre familier avec les commandes suivantes o man utilisez le pour comprendre les commandes ci dessous o ps quelle option pour voir tous les process rm effacez un fichier du quel espace disque occupez vous o kill lancez nedit voyez son num ro de process avec ps tuez le a partir d une autre fen tre 5 Analyse d un fichier Genbank avec egrep Objectif Extraire rapidement les informations pr sentes dans un fichier Genbank Regardez le fichier mgen gbk l aide de la commande more Rep rez les s quences prot iques Que veut dire CDS Que veut dire complement apr s CDS O se trouve la s quence nucl otidique Quelles informations sont disponibles sur chaque g ne Av
4. ec la commande egrep comptez les lements suivants o les g nes prot iques annot s les g nes prot iques pr sents sur le brin inverse les tRNA Les g nes pr dits par similitude de s quence Les g nes pr dits par GeneMark G 0 0 attention aux majuscules minuscules utiliser egrep i en cas de doute 6 R cup ration de g nomes complets via un serveur ftp La plupart des g nomes compl tement s quenc s sont d pos s d une part dans Genbank et EMBL EBI et d autre part sur les serveurs Web ou ftp des diff rentes institutions ayant g n r ces s quences Nous allons r cup rer un g nome sur le site EMBL l EBL Lancez votre navigateur et connectez vous sur ftp ftp nchi nlm nih gov Notez que le protocole de communication est ici Ftp et non pas http Nous ne sommes pas sur page Web mais sur un serveur ftp con u pour le transfert de fichiers uniquement Les liens correspondent des r pertoires sur le disque du serveur ftp Ce serveur ftp comporte tous les fichiers de Genbank Explorez le r pertoire genomes qui contient les g nomes complets ou en cours de s quen age complet Identifiez les fichiers au format fasta et embl gbk o Les fichiers en Z ou gz sont des fichiers compress s Apr s les avoir t l charg il est n cessaire de les d compresser l aide du programme uncompress pour les fichiers Z ou gunzip pour les fichiers gz Identifiez le r pertoire contenant le g nome de la b
5. n ABC transporteur de E coli identifiez par Blast les ABC transporteurs homologues dans le g nome de H influenzae R cup rez une dizaine d homologues et sauvegardez les dans un fichier au format Fasta Lancez Muscle muscle et alignez les s quences d ABC transporteurs Pour le mode d emploi du programme tapez muscle sans aucun argument Visualisez le fichier d alignement avec more

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