SBTengine® Mode d`emploi
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1. Copyright 2013 M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 182. L analyse des fichiers de s quence est effectu e dans la fen tre d aper u de s quence en trois tapes principales 1 R solution des incoh rences d alignement 2 R solution des incoh rences entre les traces de s quence 3 V rification modification des positions fondamentales 3 3 1 tape 1 r solution des incoh rences d alignement S lectionnez l chantillon et le locus HLA que vous voulez analyser Tous les fichiers de s quence ABI de l chantillon s lectionn sont ensuite charg s et align s avec la base de donn es IMGT HLA Les positions pr cises de la s quence d chantillon qui ne s alignent sur la base de donn es IMGT HLA sont d sign es comme des incoh rences d alignement Ces incoh rences refl tent g n ralement une mauvaise d tection des bases par SBTengine en raison de la mauvaise qualit de la s quence ces positions Notez qu une incoh rence d alignement peut tre attribuable dans certains cas rares l mergence d un nouvel all le Contactez l quipe de support en cas d incertitude Les incoh rences doivent tre tudi es avant de continuer l analyse SBTengine indique le nombre d incoh rences dans la fen tre droite des traces de s quence 1 M SBTengine HLA A IMGT HLA 3 12 0 S0466 YF10 1797 TAR File Help jew i User Morven_First First Reviewer a E Sample Management Sequence Overview Typing Result GPS Glossary Exon 1 Ex
3. 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 Not approved 50205 YF10 6 6 6 6 50207 YF10 S0208 YF10 S0209 YF10 50767 5644 50768 YF10 50769 YF11 S0770 YF11 Ready in 00 01 890 sec 6 6 6 5 6 6 6 f 4 Tous les fichiers de s quence dans les dossiers d op ration qui ont t copi s vers le dossier SBTdata appara tront dans le volet central 2 SBTengine enregistre tous les fichiers de s quence dans le dossier SBTdata et tous les sous dossiers Les fichiers de s quence situ s plus profond ment dans l arborescence du dossier SBTdata ne sont pas d tect s locus HLA est indiqu pour chaque nom d chantillon Un aper u des fichiers de s quence est donn dans le volet droit 3 le nombre de fichiers de s quence ABI par Au bas du volet droit vous pouvez cliquer sur le bouton Actualiser 4 pour actualiser la gestion des chantillons C est particuli rement utile lorsque de nouveaux dossiers d op ration sont ajout s pendant que SBTengine tourne La liste est actualis e automatiquement chaque d marrage de SBTengine Windows M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 Avec le bouton Gestion avanc e des fichiers 5 vous pouvez acc der aux fichiers de s quence dans l Explorateur 9 GENDX 3 3 Analyse des donn es dans SBTengine
4. t press e SBTengine se d place automatiquement vers la prochaine incoh rence d alignement s il en est S il n en reste plus SBTengine signale Alignements OK et vous passez automatiquement l tape 2 du processus d analyse des donn es la r solution des incoh rences entre les traces de s quence M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 10 GENDX 3 3 2 tape 2 r solution des incoh rences entre les traces de s quence Des incoh rences entre les fichiers de trace peuvent galement se produire par exemple entre les s quences directe et inverse SBTengine indique ces incoh rences du c t droit de l cran comme dans l illustration ci dessous 1 mn SBTengine HLA A IMGT HLA 3 12 0 S0466 YF10 1797 File Help Sample Management Sequence Overview Typing Result Gps LL Glossary User Morven_First First Reviewer Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 6 Exon 7 1 1 T3 74 343 344 619 620 6895 896 1012 1013 1045 1046 1093 ST EEEE CE Ga os E DE CET ou A E S LE Samples Genes 50466 YF10 1797 HLA A rheterozygous 3 positions SO466 YF10 1797_4 Ex3F G05 035 G 116934 1112 T 674 C 1420 QY 505 A G G T T C T C C A C C T C G 4 G A 489 vanne A S Pos Tye Ex Sa 355 E LE 363 391 2 rheterozygous 13 positions S0466 YF10 1797_A_Ex3R_G05_035 RC G 1842 A 1644 T 1668 C 3174 0V 475 ll Filters
5. taill s sur les ambigu t s individuelles 2 et les GSSP 3 qui peuvent les r soudre Notez qu il ne s agit PAS d un rapport pour les chantillons approuv s mn SBTengine HLA A IMGTHLA 3 12 0 S0466 YF10 1 797 File Help D SNS L i sample Management Jeees s Dveryie gt Toping Result LE L GFS CI Glossary User Morven_Final Final Reviewer I Sample 0466 YF10 1797 F Matches expected freq 8 3 402 01 01 01 03 01 01 01 65 A02 01 52 03 01 03 0 cwd A02 20 01 03 157 0Sa cwd 4022401 03 17 01 O cwd 4 02 35 01 03 108 DS cwd A2237 03 05 01 0Sa cwe 02 01 02 03 01 12 O cwd B A12 01 36 03 01 38 0S cwd A 02 26 03 07 0 cwd A234 03 06 0Sa cwd A1206 03 123 0 cwd A2 30 03 09 0 cwd cwd A2335 03 95 0 cwe Allele ambiquities 143 AUS 01 01 01 143 A 03 01 01 03 0 29 6 A02 01 01 01 29 6 A D2 01 01 02L 50 cwe AU2 01 01 03 O 5 cwo us Alleles with incomplete sequences 374 of 374 crucial positions not checked Resolving Genotype ambiguities with GSSP s 0201 01 03 01 01 and 4402 01 52 05 01 03 AT 51445 F GenDx 502 240 gt A15 A292 C R GenDx A02 52440 o AS A3625 A GenDx 502 Read exon 2 s 02 01 01 03 01 01 and 4022001 03 15 Alg 5144F GenDx A02 27025 AS A3625 A GenDx 502 Read exon 2 02 01 01 03 01 01 and 4022401 03 17
6. un fichier utilis par l ancien syst me d octroi de licences Si vous utilisez Windows XP ce fichier est situ dans le dossier C Documents and Settings All Users Application Data GenDx Shared Licensing Dans toutes les autres versions de Windows vous trouverez ce fichier dans le dossier C ProgramData GenDx Shared Licensing 1 Veuillez installer SBTengine en empruntant le lien fourni par votre quipe de support D compressez et installez le logiciel avec le fichier SBTengine zip Suivez ensuite les instructions l cran SBTengine d marrera alors automatiquement 3 Lors de la premi re utilisation de SBTengine il vous sera demand de coller la cl d activation de licence fournie par GenDx Si vous n avez pas de cl d activation contactez votre quipe de support 4 D s la premi re utilisation vous serez pri de d finir les utilisateurs individuels et leur mot de passe Pour ce faire vous devez utiliser les param tres d administrateur Utilisateur admin Mot de passe GenDx respectez la casse SBTengine login Password 5 Cliquez sur Administration M User Administration Add Update User 6 Vous pouvez maintenant ajouter de nouveaux utilisateurs diter des utilisateurs existants et allouer des niveaux d dition d examen Allez 2 2 2 pour lire une description de la hi rarchie des niveaux d autorisation Une fois que vous avez ajout tous les utilisateurs cliquez sur
7. 01 A0 A55565 A GenDx A02 5453 ADD l83556G F TGenDxl e 4535 sal L M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 15 GENDX 3 5 2 Loci approuv s l onglet Loci approuv s 1 vous trouverez le contenu du rapport sur l chantillon actuel et tous les chantillons en s lectionnant l onglet correspondant 2 L onglet chantillon actuel montre le rapport pour l chantillon en cours d analyse dans l aper u de s quence tandis que l onglet Tous les chantillons vous donne acc s au rapport de tous les chantillons analys s ant rieurement Vous pouvez s lectionner un chantillon dans le menu d roulant 3 SBTengine HLA DRB345 IMGT HLA 3 12 0 MIE File Help a nR e pu 4 7 K Sample Management Sequence Overview Typing Result GPS Glossa Saah a Typing Result for Current Locus vit Approved Loci o f Hir paree E NN NN EI Current Sample Se All Samples l H lele Assignment Sample 0205 YF10 0872 Resolving strategies Allele assignment G55Ps applied HLA AT 25 02 6 03 01 HLA C 1203 01 01 14 02 01 ENMIG report HLA ORES 01 01 02 01 F and G group report HLA DREA 01 03 02 Rs Ambiguities Comment A2E 02 68 03 01 is ambiguous with 7250101 68 01 02 Re re ABS TN can not
8. 01 62 T 2 Fe ES cwd cwd owd gt cwd cwd A cwd 03 95 cwd Use GSSP A38 Specificity and A39 to resolve all ambiguities Allele ambiguities 143 3 4 03 01 01 01 143 4 03 01 01 03 0 29 6 4 02 01 01 01 296 8 02 01 01 02L 0 cwd 8 02 01 01 03 0 cwd Scale bp la Save Changes Approved Last Position Visited 202 Position 527 lt lt Approve gt gt G M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 12 GENDX R duction de la charge de travail Le nombre de positions fondamentales v rifier peut souvent d passer 100 Afin de r duire la charge de travail l option Filtre de valeur de la qualit filtre QV peut tre coch e Ce filtre exclut les pics d excellente qualit o SBTengine a enti rement confiance en leur d tection Comme vous pouvez le voir ci dessous quand le filtre QV est d sactiv il y a 140 positions fondamentales v rifier 1 Si le filtre QV est activ 2 le nombre de positions fondamentales v rifier manuellement est r duit consid rablement au nombre de 12 Samples Samples T1197961 11197461 HLA C HLA C Genotypes Genotypes 05 01 01 08 03 01 0 08 02 01 08 03 01 0 03 02 01 08 03 01 0 08 02 01 08 03 01 0 08 02 01 08 03 01 0 08 10 08 45 08 10 08 74 05 25 08 01 01 08 10 08 53 05 55 08 01 01 _ ____ Shown Crucial positione 140 unchecked
9. approbation le niveau d authentification des donn es est lev au niveau de l examinateur final _ Approuv ce niveau donne acc s toutes les donn es qui ont t approuv es par tous les utilisateurs qui sont premiers examinateurs Il permet d inspecter et d diter les donn es approuv es par l utilisateur et tous les utilisateurs avec le m me niveau d authentification 3 Examinateur final L examinateur final peut analyser diter et approuver toutes les donn es qui ont t approuv es par les premiers examinateurs L examinateur final peut galement analyser diter et approuver toutes les donn es qui ont t approuv es par d autres examinateurs finaux y compris lui m me L utilisateur travaille deux niveaux Dossier de travail il s agit tout simplement de la liste de travail de la journ e qui contient toutes les donn es approuv es par les premiers examinateurs _ Approuv ce niveau donne acc s toutes les donn es qui ont t approuv es par l un ou l autre des utilisateurs qui sont examinateurs finaux I permet d inspecter et d diter les donn es approuv es par l utilisateur et tous les utilisateurs avec le m me niveau d authentification R sumons comme suit he Flux de donn es Approbation Administrateur peut uniquement cr er des comptes d utilisateur et d finir modifier les niveaux d autorisation n a acc s aucunes de
10. be excluded i amp 12 03 01 01 14 02 01 is ambiguous with C12 05 04 140205 and 12 03 08 1402086 and 12 24 1416 Overview 12 03 01 02 can not be excluded Fe SET enoine Version CRESUOT 010202 can not be excluded Resolving strategies Er HLA A Exon 1 GSSP A16 53196 A GenDx HLA C GSSP C22 CHGA4 Fi GenDx GSSP C32 C3684 F Gen0x Approved I HLA A 22 05 2013 15 13 54 Moren Final Final Reviewer 22 05 2013 15 11 16 Moren First First Reviewer HLA C 22 05 2013 15 14 03 Moren Final Final Feviewer 22 05 2013 15 12 06 Moren First First Reviewer HLA D DRB3 22 05 2013 15 14 09 Moren Final Final Reviewer 22 05 2013 15 12 47 Moren First First Reviewer HLA DR B4 22 08 2013 15 14 09 Morwen Final Final Reviewer 22 06 2013 15 12 47 Morwen First First Reviewer Databases used HLA A IMG PHLA 3 12 0 2013 April 17 2241 Alleles HLA C IMG THLA 3 12 0 2013 April 17 1795 Alleles HLA DRES IMG THLA 3 12 0 2013 April 17 93 Alleles HLA DRE IMG PHLA 3 12 0 2013 April 17 93 Alleles SBTengine version 3 0 1 16831 current version 3 0 1 1631 Overview Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 5 Exon 6 Exon 7 IE Hac HLA DRB3 L J Ready in 00 00 078 sec C Aux deux onglets chantillon actuel et Tous les chantillons un certain nombre d options d affichage 4 peuvent tre activ es et d sactiv es selon les besoins du rapport Les options d affichage qui peuvent tre activ es et d sactiv es sont les
11. dE EVE 1 ME 6 CN INT EC ES ME KO F FT LICwWD EE BE s C Enable or disable filters in Preferences r lt Allele assignments amp lignments OK Inconsistencies between sequences ana a an nan ln a Scale bp Li Save Changes E Approved Last Position Visited 508 Position 355 lt lt Approve gt gt C Celles ci peuvent tre dit es comme le d crit la section 3 3 1 tape 1 r solution des incoh rences d alignement Appuyez sur Entr e et SBTengine passe automatiquement la prochaine incoh rence ou l tape 3 du processus d analyse la v rification modification des positions fondamentales M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 11 GENDX 3 3 3 tape 3 v rification modification des positions fondamentales Il est ensuite n cessaire de v rifier toutes les positions fondamentales 1 et de v rifier si la d tection des bases concorde avec la trace de s quence Au besoin la d tection des bases peut tre dit e SBTengine calcule dynamiquement les positions fondamentales et dresse la liste de toutes les positions de nucl otide pertinentes qui entra nent une attribution d all le diff rente si elles sont chang es Il est donc essentiel de v rifier la d tection des bases ces positions manuellement Une fois que toutes les positions fondamentales ont t valu es et que toutes les positions sont clairement et correctement marqu es l attribut
12. suivantes e Attribution d all le un aper u de l attribution d all le HLA pour chaque locus approuv e Strat gies de r solution les GSSP utiliser e GSSP appliqu s les GSSP qui ont t utilis s M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 16 GENDX e Rapport NMDP pour les utilisateurs de code NMPDP e Rapport des groupes P et G pour les utilisateurs des groupes P et G pour simplifier les rapports sur les typages d all les ambigus e Approbation un aper u de la personne qui a approuv l attribution d all le de son niveau d authentification et de la date et l heure o l approbation a eu lieu Chaque action d approbation est consign e e Commentaires tous commentaires ajout s lors de l approbation du typage e Bases de donn es un aper u de la base de donn es IMGT HLA utilis e y compris le nombre d all les e Aper u cet aper u montre quelles donn es de s quence ont t utilis es pour l attribution d all le dans chaque locus Les fl ches avant et arri re indiquent les s quences directes et inverses La couleur jaune indique que la s quence tait h t rozygote tandis que la couleur rouge indique une s quence homozygote Pour obtenir des renseignements d taill s sur l utilisation de SBTengine veuillez consulter la fonction d aide dans le glossaire du logiciel SBTengine M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 17 GENDX Distribu par Clients de GenDx CE IVD Pour trouver les n
13. w Choi Crucial positions 12 unchecked Allele Freg HMDOF European American Freg g lele Freg NDP European American Freg Filters Filters Sow F cwD B lity Value lt 0 E M Quality alue Quality Value lt 70 3 4 Approbation des r sultats Lorsque le processus d attribution d all le est termin le premier examinateur peut finaliser l analyse en cliquant sur le bouton Approuver en bas droite Le nom du premier examinateur appara tra automatiquement dans la case Approuver 1 et un commentaire peut tre ajout au choix 2 Comment may be empty Great sequencing results 2 Automatically load next sample Le nom du premier examinateur figurera dans le rapport comme la personne ayant autoris cette attribution d all le avec la date et l heure de l approbation L examinateur final p ex le superviseur peut maintenant se connecter pour v rifier l analyse et approuver par la suite l chantillon pour la deuxi me fois Le nom de l examinateur final est galement consign dans le rapport avec la date et l heure Pour en savoir davantage sur le premier examinateur et l examinateur final reportez vous la section 2 2 2 Hi rarchie des niveaux autorisation M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 13 GENDX Lors de l approbation de l attribution d all le les fichiers de s quence de l chantillon sont d plac s vers le dossier d archivage et un rapport XML est g n r Le rap
14. Control Panel 9 My Network Places Recycle Bin ICT_Stuff C2 Unused Desktop Shortcuts H Work Folder C2 workfolder O Z Desktop 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 50205 YF10 lt 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF S0205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF S0205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF 50205 YF IHASBT data_2013 Show C Masked piahia HLA A HLA A HLA A HLA A HLA A HL B HLA B HLA B HLA B HLA B HLA B HLA C HLA C HLA C HLA C HLA C HLA C HLA DPA1 HLA DPA1 HL DP41 HL DP41 HLA DPE1 HL amp DPB1 HL amp DPB1 HLA DPB1 HLA DQE1 HLA DQE1 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0 50205 YF10 0
15. GENDX SBTengine Mode d emploi M13019 GenDx T l phone 31 302 523 799 Adresse lectronique info gendx com Web www gendx com Adresse Yalelaan 48 3584 CM Utrecht M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 GENDX 1 Utilisation pr vue SBTengine est un progiciel d analyse de s quence d ADN destin l identification haute r solution des all les des antig nes leukocytaires humains HLA Les s quences sont obtenues au moyen de r actifs de typage HLA par s quen age SBT Sequencing Based Typing SBTengine est destin au diagnostic in vitro par les professionnels de la sant tels que les techniciens de laboratoire et les m decins en mesure de suivre les sp cifications de l EFI ou de l ASHI ou form s au typage HLA et au s quen age de l ADN dans des laboratoires de diagnostic agr s soit par EFI soit par ASHI 1 1 L gende des symboles ll Fabricant l gal MAT Num ro de mat riel Dispositif m dical de diagnostic in vitro Consulter le mode d emploi 1 2 Contraintes d utilisation du produit Pour assurer une performance optimale utilisez le logiciel SBTengine avec la configuration minimale requise indiqu e dans le chapitre 2 1 Configuration requise N oubliez pas que l utilisation erron e des filtres et des fonctions dans le logiciel SBTengine peut alt rer les donn es g n r es Des mises jour du logiciel seront propos es pour plusieurs raisons notamment pour garant
16. Licence Please enter a valid licence key below and click on Activate Enter licence key here Proxy settings Offline activation M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 6 GENDX 6 7 8 Copiez l ID d ordinateur Allez sur un autre ordinateur qui a acc s Internet Ouvrez un navigateur Web et allez Clients de GenDx https quicklicensemanager com gendx sal1 QlmAspLicenseSite QlmWebActivation aspx Clients de Abbott https quicklicensemanager com gendx sal2 QlmAspLicenseSite QlmWebActivation aspx 9 10 11 12 13 14 15 Le formulaire suivant appara t License Activation Enter your Activation Key and Computer ID Computer Dans le champ Cl activation entrez la cl qui vous a t fournie par messagerie lectronique Dans le champ ID d ordinateur entrez la cl g n r e par SBTengine Cliquez sur le bouton Activer Dans le champ cl de licence appara t une cl qui peut tre utilis e pour activer SBTengine copiez cette cl Retournez l ordinateur sur lequel vous d sirez installer SBTengine Entrez la cl de licence que vous venez de g n rer dans le bas de l cran activation de licence de SBTengine Licencing Licence Please enter a walid licence key below and click on Activate Enter licence key here 16 Cliquez sur le bouton Activer 17 Vous tes maintenant pr
17. Quitter 7 Fermez SBTengine 8 Rouvrezle logiciel et ouvrez une session sous le nom d utilisateur pertinent M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 GENDX 2 2 2 Hi rarchie des niveaux d autorisation D s la premi re utilisation vous serez pri de d finir les utilisateurs individuels et leur mot de passe Pour ce faire vous devez utiliser les param tres d administrateur Utilisateur admin Mot de passe GenDx respectez la casse Vous pouvez maintenant ajouter de nouveaux utilisateurs diter des utilisateurs existants et allouer des niveaux d dition d examen SBTengine prend en charge 3 niveaux d authentification administrateur premier examinateur et examinateur final 1 Administrateur admin L administrateur ne peut voir aucune donn e L administrateur peut uniquement cr er des comptes d utilisateur et d finir ou modifier le niveau d autorisation de chaque utilisateur 2 Premier examinateur Le premier examinateur peut analyser diter et approuver toutes les donn es brutes qui n ont pas encore t approuv es Le premier examinateur peut aussi analyser diter et approuver toutes les donn es brutes qui ont t approuv es par n importe quel autre premier examinateur y compris lui m me L utilisateur travaille deux niveaux Dossier de travail il s agit tout simplement de la liste de travail de la journ e qui donne acc s toutes les donn es brutes Apr s l
18. c Par exemple le nom de fichier ADN1_HLA C_C16_autresrenseignements ab1 Nom de l chantillon ADN1 Locus HLA C tiquette de GSSP Trace obtenue par le GSSP C16 Autres renseignements Selon le r glage du s quenceur ignor aux fins du nommage par SBTengine SBTengine peut alors lire les chantillons automatiquement D autres conventions de d finition d chantillon et de locus peuvent tre utilis es Veuillez consulter le glossaire dans SBTengine Nom automatique attribution de locus ou Nom manuel attribution de locus pour savoir comment faire ou contactez votre quipe de soutien M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 GENDX 3 2 Importation de fichiers de s qauen age dans SBTengine et s lection des chantillons Nous vous conseillons de stocker les donn es de s quen age dans un dossier d analyse d di de SBTengine p ex SBTdata Si vos ordinateurs sont en r seau nous vous recommandons de stocker les donn es de s quen age sur un serveur de fichiers accessible partir de chaque poste de travail o SBTengine est install Assurez vous d effectuer r guli rement des sauvegardes partir de cet ordinateur pour viter toute perte accidentelle de donn es Remarque que vous soyez dans un environnement r seaut ou non dans le pr sent manuel nous appellerons le dossier qui contient les fichiers de s quen age SBTdata 3 2 1 Importation des fichiers de s quen age de base dans SBTeng
19. e GenDx Pour demander une assistance technique et pour tout renseignement suppl mentaire contactez votre distributeur GenDx local www gendx com ou notre service de support GenDx support gendx com ou par t l phone au 31 0 30 252 3799 Clients d Abbott Pour demander une assistance technique et pour tout renseignement suppl mentaire veuillez contacter les services techniques d Abbott Molecular au 1 800 553 7042 aux tats Unis ou au 49 6122 580 hors des tats Unis ou consulter le site Web d Abbott Molecular http www abbottmolecular com M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 2 GENDX 2 Installation du logiciel SBTengine et licence 2 1 Configuration requise Configuration minimale requise e Windows Vista Windows 7 e 2 Go de m moire vive e 80 Mo d espace disque disponible e Connexion r seau permettant le trafic TCP IP en provenance et destination du port 3500 e Microsoft NET framework 2 0 Configuration recommand e e Windows 7 e 2 Go de m moire vive e Connexion Internet pour la validation de licence et les mises jour automatiques e 250 Mo d espace disque disponible e Microsoft NET framework 2 0 M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 GENDX 2 2 Consignes d installation 2 2 1 Consignes d installation du logiciel et de la licence Si vous avez une version ant rieure de SBTengine commencez par la d sinstaller en passant par le panneau de configuration Veuillez de plus supprimer le fichier licence ldf
20. fichier XML sera export SBTengine suppose que la derni re attribution d all le est sup rieure la pr c dente L ancien fichier XML est donc automatiquement cras M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 14 GENDX 3 5 Production d un rapport de r sultats l onglet R sultat du typage vous trouverez les onglets R sultat du typage pour le locus actuel et Loci approuv s C est l que vous trouverez l information sur vos r sultats de typage Ces rapports peuvent tre imprim s directement ou enregistr s en tant que fichier au format de texte enrichi rtf en cliquant respectivement sur le bouton Imprimer ou Enregistrer au bas de la fen tre Lorsque vous enregistrez le rapport sous forme de fichier rtf vous pouvez l ouvrir dans n importe quel diteur de texte comme Microsoft Word et ajouter votre en t te et du texte suppl mentaire pour cr er un rapport l intention du clinicien Vous pouvez m me envisager de g n rer une macro dans votre diteur de texte pour automatiser cette t che Reportez vous votre logiciel d diteur de texte pour apprendre comment g n rer des macros 3 5 1 R sultat du typage pour le locus actuel Dans cette fen tre vous trouverez un aper u d taill du statut de typage de l chantillon actuel c d l chantillon qui est actuellement charg dans la fen tre Aper u de s quence 1 S il existe des ambigu t s de g notype vous trouverez des renseignements d
21. ine et s lection des chantillons 1 la fin de chaque op ration de s quen age vous devez copier tout le dossier d op ration de l ordinateur de s quen age vers le dossier SBTdata 2 SBTengine doit conna tre l emplacement du dossier SBTdata Ce r glage doit tre effectu une seule fois par installation de SBTengine Pour ce faire d marrez SBTengine rendez vous la fen tre de gestion des chantillons et s lectionnez le dossier SBTdata dans le volet gauche 1 Ne s lectionnez PAS un dossier d op ration car SBTengine pourrait combiner les donn es de plusieurs dossiers d op ration M SBTengine HLA A IMGT HLA 3 12 0 File Help O Sample Management Sequence Overview Typing Resut GPS Glossar E Desktop H B My Documents E My Computer H a Local Disk C amp L DVD Drive D a User Morven_First First Reviewer 8 samples 196 sequences HLA sequences Sample Field Comment Sample HLA A HLA B HLA C HL DRB1 HLA EDRE1 50205 YF10 0 Locus HLA A File Name 50205 YF Sample S0205 YF10 H S group on darwin G 5 gt 4 morven on darwinshome H D Application Data amp 2 Desktop amp 2 My Documents 2 Outlook amp 2 PSTBackup SBTdata 2013 H 31301 2013 03 13 ED H 3130 2013 03 16 3130x1_ 2013 03 29 H S temp on darwin l ESS gms on darwin 5 etc on darwin T amp data on 10 200 16 19 U F
22. ion d all le est termin e Pour r soudre les ambigu t s restantes utilisez les GSSP sugg r s par SBTengine 2 mn SBTengine HLA A IMGT HLA 3 12 0 S0466 YF10 1797 File Help Sample Management Sequence Dverview Typing Result amp GPS o Glossary User Morven_Final Final Reviewer ic T Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 6 Exon 7 E 1 1 11 1 1 1 1 73 74 343 344 619 620 595 896 1012 1013 1045 1046 1093 D ne Samples Genes heterozygous 13 positions S0466 YF10 1797_4_Ex3F G05 035 G 116934 11127T 674C 1420QV 505 f B G G A A T 6 Eo w w f e Z MM Genotypes 3 02 01 01 03 02 01 0 3 02 01 01 03 02 01 0 2 01 01 03 02 01 0 2 06 01 03 01 01 0 2 02 06 01 03 01 01 0 3 02 17 01 03 01 01 0 2 N2 17 01 N2 01 N1 N m 2x Le nana amant DUNNO Shown Crucial positions 374 unchecked amp llele Freq NMDP_European_ merican Freq heterozygous 13 positions 50466 YF10 1797_A_Ex3R_G05_035 RC G 1842 4 1644 T 1668 C 3174 QY 475 f Filters A 8 G g g E ce e c G oc C cwo e Z M C Quality Value lt 70 amp Allele assignments Matches expected freg 8 5 3 1 01 01 26 E T G G C G T Los gt amp 02 01 0 03 01 01 01 5 02 01 52 03 01 0 02 20 01 3 cwd 02 24 01 AF S cwd l 02 35 01 2 owd A A A Y i gt PA T PS LV cm me 402
23. ir l utilisation de l tat le plus pr cis de la base de donn es de r f rence la mise jour du logiciel avec chaque nouvelle version est donc fortement recommand e L attribution du ou des g notypes possibles peut diverger si les donn es sont analys es avec diff rentes versions du logiciel SBTengine est un dispositif m dical de diagnostic in vitro IVD In Vitro Diagnostics Les donn es g n r es doivent tre examin es par un professionnel de la sant comp tent comme les techniciens de laboratoire et les m decins form au typage HLA et au s quen age de l ADN dans des laboratoires de diagnostic agr s soit par l EFI soit par l ASHI ou en mesure de suivre les sp cifications de l EFI ou de l ASHI Les donn es g n r es par SBTengine ne fournissent aucune conclusion d finitive ou de diagnostic sous quelque forme que ce soit L utilisation inappropri e du logiciel SBTengine y compris mais sans limitations les changements non autoris s dans la base de donn es de r f rence l utilisation sous une fausse licence etc peuvent entra ner des modifications importantes pour lesquelles GenDx ne fournit aucune assistance et dont elle ne peut assumer la responsabilit Les modifications peuvent notamment conduire une analyse erron e des donn es des probl mes li s l accr ditation ou la r glementation et un stockage incomplet des donn es 1 3 Assistance technique Clients d
24. on 2 Exon 3 Li nee IMGT HLA I 1 73 74 343 344 1012 1013 1045 1046 mt SR database RE Exon 6 Exon 7 Samples Genes 50466 YF10 1797 HAA tit 10 positions S0466 YF10 1 797 ESF G05 035 G 11634 1112T 674 C 1420 Fe 50 5 E A w A G rR eA G A G wg e O Pos _ Type Ex 5q Il 508 l FE EE h nn Filters C CwD C Quality Value lt 70 TP Scale bp Save Changes Fi Approved Last Position Visited 202 a Position 1508 c a Approve 59 heterozygous 13 poiri 50466 F1 0 1797_ Ex3R GOS 035 RC G 1842 4 1644 T 1668 C 31 74 gv 475 G Y G amp p H P E G T G G G G C G Q Dans cet exemple la base de donn es IMGT HLA indique qu un A devrait tre pr sent la position 508 2 de HLA A exon 3 tandis que SBTengine a d tect un M M A ou C avec les codes IUPAC IUB L amorce inverse dans la trace inf rieure montre clairement un A la position 508 ce qui vous permet de d tecter A avec certitude sur la trace sup rieure d amorce directe Pour diter cette position s lectionnez la en cliquant dessus avec le pointeur de la souris ou en suivant la liste dans le volet droit de l aper u de s quence 3 La position s lectionn e est indiqu e par un curseur clignotant dans la trace de s quence Entrez la d tection correcte des bases A T C ou G avec le clavier 4 et appuyez sur Entr e Quand la touche Entr e a
25. port XML est un fichier texte qui stocke les donn es dans une structure balis e Le fichier XML peut tre utilis pour importer les renseignements sur l chantillon et l attribution d all le dans diff rents logiciels p ex un syst me de gestion de l information des laboratoires en vue d un traitement suppl mentaire SBTengine cr e un rapport pour tous les loci approuv s l onglet R sultat du typage qui peut tre import dans le programme de votre choix p ex Microsoft Word pour r diger le rapport sous forme de lettre l intention de la clinique 3 4 1 Comment acc der aux donn es qui ont t approuv es Pour acc der aux donn es approuv es vous devez cliquer sur le bouton Approuv illustr ci dessous E SBTengine HLA A IMGT HLA 3 12 0 ESR File Help Sample Management Sequence Overview Typing Result amp GPS o Glossary User Morven _First First Reviewer H 2nd_Gen_Extended_Kit A 1 sample w 4BL3130KL 1 sequence HLA sequences amp Approved Typing Report H Communication Sample File Name Locus Sample Field Comment S N Sample HLA A HLA B HLA C HLA DRB1 HLA DRB34 B Customer_Data 50466 YF10 HLA A 50466 YF10 amp 2009 2010 amp 2011 amp 2012 a 2013 H 13 01_Jan amp 1302 Feb amp 2 13 03 March amp 2 13_04_4pril amp 13 05 May amp 2 13 06 Jun 13 07 Ju Click here to see E 13_08_ ug Example_Data appro
26. s donn es de s auencaae Acc s aux donn es Premier examinateur Examinateur final Niveau d acc s Liste de travail pour Approuv par Liste de travail pour Approuv par le 1er examinateur le 1er examinateur l examinateur final l examinateur final Niveau d authentification de l utilisateur Donn es E EN Donn es approuv es Donn es approuv es par le 1er examinateur finales M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 5 GENDX 2 2 3 Installation de la licence de SBTengine sur les ordinateurs sans acc s Internet Pour installer SBTengine sur un ordinateur sans acc s Internet il est possible de suivre les tapes suivantes 1 Ouvrez SBTengine L cran d activation de licence appara t W Licencing Licence Please enter a valid licence key below and click on Activate Enter licence key here 2 Siaucune connexion internet n est d tect e l cran suivant s affiche aussi X Mo internetconnection d tectec Do vou need proxvserver to connect ko khe internet fes x Si l ordinateur n a pas acc s Internet cliquez sur Non 4 L cran suivant surgit alors avec un ID d ordinateur g n r par SBTengine il se compose du nom de l ordinateur et d une cl al atoire propre l ordinateur 5 Sil ID d ordinateur n est pas visible veuillez cliquer sur le bouton Activation hors ligne illustr ci dessous M Licencing
27. t utiliser SBTenginef M 13019 SBTN IFU V1 2013 08 GENDX 3 Flux du travail avec SBTengine Le flux de travail de SBTengine se r partit dans les tapes suivantes Nommage d ch Importation de fichiers de s quen age et s lection des chantillons tape 1 r solution des incoh rences d alignement 3 3 1 Analyse des donn es tape 2 r solution des incoh rences entre les traces 3 3 2 tape 3 v rification modification des positions fondamentales 3 3 3 Approbation des r sultats Production d un rapport de r sultats 3 1 D finition d chantillon Avant que les fichiers de s quence ABI ab1 ne puissent tre analys s par SBTengine un nom d chantillon et un nom de locus doivent tre d finis pour chaque fichier de s quence ABI Nous vous recommandons d utiliser le format de nom de fiche d chantillon suivant Nom d chantillon Locus_ Exon et brin s quenc s chaque partie tant s par e par un trait de soulignement Cela permet SBTengine de d terminer automatiquement le nom d chantillon et le locus pour chaque trace Par exemple le nom de fichier ADN1 HLA C Ex5D autresrenseignements ab1 Nom de l chantillon ADN1 Locus HLA C Brin s quenc Exon 5 direct Autres renseignements Selon le r glage du s quenceur ignor aux fins du nommage par SBTengine Si un GSSP est utilis ajoutez l tiquette de GSSP au lieu du brin s quen
28. um ros de produit et les options de licence consultez notre site Web www gendx com GenDx Yalelaan 48 3584 CM Utrecht Pays Bas Pour trouver une liste de tous les distributeurs locaux de GenDx rendez vous sur www gendx com Clients d Abbott CE IVD Num ro de liste 08N33 02 Num ro de liste 08N33 01 Abbott 1300 East Touhy Avenue Des Plaines IL 60018 tats Unis Repr sentant autoris Qarad b v b a Volmolenheide 19 B 2400 Mol Belgique 32 0 14 3238 99 Version 1 09 2013 Avis de non responsabilit Genome Diagnostics B V a pris toutes les mesures possibles pour assurer l exactitude du pr sent mode d emploi Genome Diagnostics B V se d gage de toute responsabilit pour les impr cisions ou les omissions ventuelles L information fournie par le mode d emploi est sujette modification sans pr avis Genome Diagnostics B V n assume aucune responsabilit pour les impr cisions ventuelles du mode d emploi quelles qu elles soient Genome Diagnostics B V se r serve le droit d apporter des am liorations au mode d emploi ou aux produits d crits dans le mode d emploi tout moment et sans pr avis Copyright La pr sente publication dont l ensemble des photos et des illustrations est prot g e par les lois internationales sur les droits d auteur Tous droits r serv s Il est interdit de reproduire le mode d emploi ou une partie quelconque de son contenu sans l autorisation crite de l auteur
29. ved data B Screenshots_Morven S S0466 YF10 1797 a HAA H 4B3730_2011 01 H 4B3730_2011 024 amp HLAB amp HLAC amp HLA DPAT amp HLA DPB1 HLA DAAT HL4 DQB1 lt M amp HLADRB S 04_GenDx 59_GD_ Custom Ana Customer Datei 3 Screenshots_Morven S0468 YF10 17971HLA AA 3 HLA DRB345 L sent amp Data ARC_WM_ a Define Locus lt gt AMDI r 7 gt OWokist Approved Fist Reviewer w Define Name W Refresh E3 Advanced File Management Ready in 00 05 860 sec 3 4 2 Comment ajouter un fichier de s quen age suppl mentaire un chantillon d j analys et approuv Si un s quen age suppl mentaire a t effectu pour un chantillon p ex avec des GSSP les s quences doivent tre combin es aux donn es de l chantillon d j approuv Pour ce faire copiez le dossier d op ration contenant les s quences de GSSP dans le dossier de travail SBTdata Ouvrez SBTengine et s lectionnez l chantillon SBTengine va charger les fichiers de GSSP et r cup rer aussi automatiquement toutes traces pr sentes dans l archive L analyse des donn es combin es peut modifier l attribution d all le finale en liminant les ambigu t s de g notype ou d all le Une fois l analyse termin e il faut l approuver nouveau Les fichiers qui viennent d tre ajout s seront d plac s vers le dossier d archivage et le
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