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        Mode d`emploi de phylogène
         Contents
1.    Amnios     Si l on consid  re que cet attribut est une    Annie    Embryon  innovation  ils partagent donc un anc  tre commun qui     LCL ET    n est pas celui de la Grenouille  A tout moment les choix  d esp  ces et de caract  res sont modifiables  On peut ainsi  construire le concept  d innovation partag  e    et la notion    d anc  tre commun exclusif  dtelline    Gangua g  latinausa    Amning  Cdi    T  gurment   Organe respiratoire  Organe circulatoire  Organe locomoteur  Annexes embronnares  Cr  ne   Squelette       Donn  es disponibles       Cloison ventricule    Doigts  F  condation    Fen  tre mandibulaire  Fen  tres temporales  Formations cutan  es  Formations dermiques  Formations   pidermiques    keratine  M  choires  Membres pairs    B abouin  Cam  l  on  Crocodile  Dauphin  Grenouille  Homme  Lamproie    M  sange    Allaitement  Amies  Ehoanes  f entre mandibulaire      La commande  construire une matrice    divise l   cran en  deux zones    La zone inf  rieure permet de choisir    la fois des esp  ces  et des caract  res   tudi  s  Ces choix sont    tout moment  r  visables    Dans l   exemple pr  sent   on a s  lectionn     les esp  ces suivantes     Babouin  Cam  l  on  Crocodile  Dauphin  Grenouille   Homme  Lamproie  M  sange  Oreillard  Raie   Salamandre  Sardine  Tortue        et les caract  res suivants      Allaitement  Amnios  Choanes  Fen  tre mandibulaire   Fen  tres temporales  M  choire  Squelette    Le tableau de comparaison est vide    l origi
2.   Squelette osseux   Pr  sen      Sppendices pairs s CHE    Cr  ne et vert  bres    Caract  res de l anc  tre situ   au noeud cliqu   EI       tat d  riv   commun esclusi du groupe F         autre   tat d  riv          tat primitif             TE          VW Ordonher         M  choire inf  rieure 1 seul os   Plus de 3 vert  bres cervicales  Cr  ne et      On voit ici que Compsognathus  Pigeon et Arch  opt  ryx partagent de fa  on exclusive l   tat  pr  sents   color   en  vert  du caract  re  3 doigts sur le sol   Les   tats cod  s en jaune dans le tableau ne sont pas partag  s de fa  on exclusive     Au terme du travail un retour sur chacun des caract  res utilis  s en  mode   dition  permet de voir si l on a bien  construit l arbre le plus parcimonieux     
3. Mode d   emploi de phylog  ne       Tout travail doit   tre pr  c  d   par le choix d une collection d esp       i  EA  Ia    l    Ve  TE    he  ita  Hominin  s    Une fois le choix r  alis    une s  rie de vignettes pr  sente les esp  ces de la collection     Par la commande  Observer  le bureau se modifie pour proposer une s  rie de vignettes           mm    RES    Anatomiques Al Draane locomoteur    Il est ensuite possible de s  lectionner dans deux menus d  roulants les caract  res     observer      Le TS TA TE TT qe    Des illustrations et des textes apparaissent en fonction de ces choix  C est le moment de collecter de l information sans  a priori de classification  Cela permet de faire ressortir un certain nombre de caract  res qui ne sont pas forc  ment  utilisables pour classer                                                                          Cr  e le Grass       Ce premier travail a pour objectif d utiliser un argument embryologique pour regrouper des esp  ces partageant un  anc  tre commun exclusif  On utilisera les esp  ces pr  sent  es dans la collection  Vert  br  s lyc  e        La commande  comparer  permet de mettre sur le bureau 4 illustrations au maximum  soulign  es en bleu dans la  liste      En choisissant dans les menus d  roulants en bas de Viscule v  e    se Embryon  l   cran  Anatomiques  et  Annexes embryonnaires      l affichage se transforme  Dans l exemple ci contre on   F  observe que trois de ces esp  ces partagent l attribut   e24 Menus
4. ne  Faites un  clic sur chaque case pour afficher les renseignements  dans le coin inf  rieur droit de l   cran  En fonction de ces  renseignements  faites le bon choix entre les options  propos  es     r    La commande  v  rifier  permet de d  tecter les erreurs de  remplissage    Elles sont signal  es par un cadre rouge  Il faut les corriger  pour passer aux   tapes suivantes        Pour utiliser correctement ce module  il faut avoir fait un tableau de comparaison et l avoir v  rifi    On passera  alors directement de  comparer        tablir des parent  s      L objectif est de construire un arbre phylog  n  tique en regroupant uniquement les esp  ces qui partagent une    innovation        Pour construire l   arbre v  rifier que le bouton      dition    est s  lectionn     Suivre les consignes fournies dans la partie de fen  tre color  e en vert     Quelques explications compl  mentaires      1    S  lectionner les noms des esp  ces Les noms des esp  ces apparaissent    droite dans la fen  tre sur  choisies pour constrigire un arbre fond blanc    4  Organiser    1   le tableau  Pr  sents    bsents Pr  sent  Pr  sents      bsents Absent    Absents Pr  sent    EE chEcptErss  E Cnpsoognathus  E apad  E Crocodile    E orile      bsents Pr  sent    bsents   Pr  sent      bsents   Absent      bsents   Absent      2    S  lectionner un caract  re en cliquant sur le    tre delatolonne En cliquant sur la colonne  3 doigts sur le sol     les deux   tats du    caract  re vont appara  
5. tes      Pi  sent  s  Pr  sents   Absente   Absentes    Pr  sentes paca Absente Free      dbsentes Absenta Absente Absentes    De nouveaux segments apparaissent en jaune    tat d  riv   du caract  re  et en bleu    tat primitf du caract  re   Relier les esp  ces comme pr  c  demment mais en selectionnnat un autre point de rattachement  le partage de ce  caract  re    l     tat d  riv   correspondant    un autre anc  tre commun    La selection d   un 3  re caract  re n  cessite parfois un r  arrangement au sein de l arbre d  j   construit    Archeopteryx  Compsognathus   amp rcheopteryx    Crocodile  Crocodile    Crapaud  Homme  E Crapaud  BE Homme    E Grille  E Gorile       Une fois l arbre fini  le passage en mode  exploration de l arbre  met en   vidence des    carr  s    situ  s aux n  uds de  l arbre et qui sont autant d innovations partag  es    Un clic sur l un de ces carr  s met les branches qui conduisent aux esp  ces pr  sentant cette innovation en vert  Le  logiciel affiche alors les   tats des caract  res pr  sents    cette bifurcation     S  Caract  res E  3 A    Fermer Copier    Imprimer Mommer le groupe         Anc  ire     3 doigts sur le sal   220 Ha      A L                                Compsognathus  Pigeon  rcheopt  rux  Crocodile    E apad    E hat  E Gorile  E Hone    HLE    Fen  tre mandibulaire Fr  se    Flus de 3 vert  bres cervicales  Pr  sent          Diese     ESEE  i       L  F     Amnon  OL       Srticulation ceinture 1 seul os  Pr  sente      
6. tre cod  s en couleur  Ceux qui pr  sentent         cette innovation    tat d  riv   du caract  re  sont au bout de  3 doigts sur le sol   Amnios   Appendices pars   C    l    adia segments color  s en jaune  II faut d  placer ces segments en les    Pr  sents   Pr  sents    prenant avec la souris par leur milieu et en les raccrochant tous         bsents   Pr  sent   Pr  sents    un m  me point qui repr  sente l anc  tre commun poss  dant cette    Pr  sents   Pr  sents     amp bsents   Absent   Pr  sents   Pr   innovation      bsents Pr  sent Pr  sents   D  placement des segments     bsents Pr  sent Pr  sents   7     JZ    i     s  lection du segment    d  placer   cliquer sur le segment quand     bsents Pr  sent Pr  sents    ne     P         p      l ic  ne    main    appara  t puis maintenir le bouton de souris enfonc       s  lection du segment de rattachement   quand apparait une croix   T POTE MIE ED rel  cher le bouton de la souris     Absent     tat primitif     Pr  sents       tat d  riv       E Liocodile  rcheopterus  Compsognathus  Pigeon    N cle    E   rcheopterys  E Compsognathus  E apad  A Ciocodile    E Gorile       Selectioner un autre caract  re         Doiots   Fen  tre mandibulaire  Plumes    Fr  sentes   Pr  sents Pr  sente Pr  sentes       Pr  sentes   Pr  sents Absente Abszentes    Crocodile  Archenpterys  Compsognathus    Pr  sentes   Pr  sents Pr  sente   bsentes    BR Crapaud    Pr  sentes Pr  sents Absente Absentes    Pisces Pisseng  Pr  sente   Absen
    
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