Test Elucigene® QST*R-PL (Fausses couches) Mode d`emploi
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1. Ratio blot AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 30 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Pour obtenir plus d informations sur les fonctions d analyse de trisomie et leur utilisation consulter le manuel GeneMarker Compte rendu GeneMarker GeneMarker comprend une matrice de compte rendu compatible avec les kits Elucigene QST R Pour acc der au compte rendu cliquer sur l ic ne Print Imprimer situ dans la barre d outils en haut gauche de la fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie S ez Cela ouvre la fen tre Trisomy Print Settings Param tres d impression de trisomie figure 24 Trisomy Print Settings Window Fen tre des param tres d impression de trisomie La fen tre Trisomy Print Settings param tres d impression de trisomie montre le d tail des options d inclusion et d affichage des donn es d chantillon dans le compte rendu GeneMarker S lectionner les options comme il est d crit dans la figure 24 S assurer que Custom Size Range Plage de taille personnalis e est r gl e sur 98 pb pour Start D but et 510 pb pour End Fin Figure 24 Trisomy Print Settings Window Fen tre des param tres d impression de trisomie Trisomy Print Settings Samples C Selected Samples a Markers Ratio Plot Ce Al Markers e Show Population C Selected Marker Show Sample Only Report Table2. Avertissement 2 Pour interpr ter un r sultat comme anormal c d pr sence de trisomie il est n cessaire d avoir au moins deux marqueurs informatifs correspondant un g notype triall lique tous les autres marqueurs tant non informatifs Il n est pas recommand d interpr ter un r sultat comme anormal sur la base d informations provenant d un seul marqueur 3 Pour interpr ter un r sultat comme normal il est n cessaire d avoir au moins deux marqueurs informatifs correspondant un g notype diall lique tous les autres marqueurs tant non informatifs Un r sultat normal indique le compl ment de deux normal pour les chromosomes test s 4 Les rapports de r gion de pic qui sont compris entre les plages normale et anormale sont class s comme non concluants Les r sultats non concluants peuvent tre r solus en utilisant les kits de chromosome simple En l absence de donn es de pic pour un marqueur Absent s affiche dans la colonne d avertissement Cet avertissement sera syst matiquement observ en l absence de marqueurs du chromosome Y AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 22 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Guide d analyse GeneMarker Remarque Les captures d cran suivantes sont extraites de la version 2 6 3 de GeneMarker Ajouter des fichiers d chantillons GeneMarker Ouvrir le fichier de l application GeneMarker et s lectionner a Open Data Ouvrir donn es
3. H AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 26 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Run Wizard Assistant de traitement Data Process Traitement des donn es La fen tre Data Process Traitement des donn es du Run Wizard Assistant de traitement permet l utilisateur de s lectionner les param tres de filtrage des pics 1 S lectionner les param tres d analyse appropri s dans la fen tre Data Process Traitement des donn es tel que cela est montr dans la figure ci dessous figure 18 2 Cliquer sur Next Suivant pour continuer Remarque La plage des param tres d analyse dans la bo te de dialogue Raw Data Analysis Analyse des donn es brutes varie en fonction du polym re utilis au cours du recueil des donn es L utilisateur doit s lectionner une valeur de point de d part qui comprend le pic de marqueur de taille 75 pb Figure 18 Run Wizard Assistant de traitement Data Process Window Fen tre de traitement des donn es r Run Wizard x Data Process Fragment Animal Analysis Set data process options Raw Data Analysis llele Call M uto Range frame tal F Auto Range bps 0 z 10000 s Start f j End 520 j M Smooth Enhanced Smooth Peak Detection Threshold M Peak Saturation V Baseline Subtraction Min Intensity 50 Max Intensity 60000 Enhanced Baseline Subtraction Percentage gt 5 1 Global Max M Pull up Correction
4. ho 50 200 250 300 350 400 1 50 500 _ on 340 376 7331 6148 D2151411 D2151437 D2151442 19 06 di 318 326 4787 4521 Q 0101010 His a D ta EGE Ca C9 SE b Q9 GA lm 348 364 6775 7403 elo NIN nf fu SRY AF9L 3 2 1 118122 13145 6766 S y 26 406426 350 400 450 500 416 420 6423 6273 256 260 5203 4506 i ad Oj ni Le compte rendu GeneMarker comprend les caract ristiques suivantes e En t te de compte rendu comporte les informations sur l analyse le projet l chantillon et les param tres e Case de signature emplacement pour la date et les initiales des examinateurs du compte rendu e _ lectroph rogramme comparable la fen tre d analyse de trisomie affiche toutes les couleurs de fluorochrome du trac de l chantillon e Tableau de compte rendu affiche les valeurs s lectionn es de pic et de marqueur pour l chantillon en cours Les d nominations de trisomie sont surlign es en gris Une colonne suppl mentaire de v rification est pr vue pour les initiales de l examinateur e Graphe de rapport corrig contient tous les points de graphe de l ensemble de donn es pour tous les marqueurs dans la couleur de fluorochrome Les symboles repr sentent diff rents marqueurs et peuvent tre d chiffr s partir de la ligne Symbol Symbole dans Report Table Tableau de compte rendu Les sym
5. l invite La bo te de dialogue Open Data Files Ouvrir fichiers de donn es appara t Cliquer sur le bouton Add Ajouter La bo te de dialogue Open Ouvrir appara t Parcourir les dossiers jusqu au r pertoire contenant les fichiers de donn es brutes 1 S lectionner tous les fichiers par CTRL A ou utiliser les touches CTRL et ou MAJ pour s lectionner des chantillons individuels 2 Cliquer sur le bouton Open Ouvrir dans la bo te de dialogue Open Ouvrir Les fichiers s lectionn s apparaissent dans le champ Data File List Liste de fichiers de donn es figure 13 Figure 13 chantillons ajout s la liste de fichiers de donn es Open Data Files Data File List C Soft enetics Gene Marker D atasetstA FLP rag_001_H01 fsa C ASoftGenetics Gene MarkerDatasets amp FLP frag_ 002 G01 fsa C Soft enetics Gene MarkerDatasets SF LPfrag_003 FU fsa C Soft enetics Gene MarkerDatasets AFLP rag_004_E01 fsa C Soft enetics Gene MarkerDatasets SF LP frag_ 005 D01 fsa C SoftGenetics Gene MarkerDatasets FLP frag_ 006 _C0T fsa L SoftGenetics Gene MarkerDatasets AFLP rag_007_B01 fsa P Ai C Soft enetics Gene Markeniatasetch ktl Dag 008 401 fsa his C Soft enetics Gene MarkerDatasets 4FLP frag_009 HOS fsa C Soft enetics Gene MarkerDatasets AFLP rag 010 GO5 fsa C Soft enetics Gene Marker Datasets AFLP rag _011_F03 fsa C SoftGenetics Gene MarkerDatasetst AFLP rag_012_E03 fsa C So
6. D16S52624 16q22 3 0 71 bleu D16S2621 16q23 2 q24 2 0 79 NL jaune D16S539 16q24 1 0 76 vert D18S1002 0 76 SOS bleu D18S535 0 77 bleu D18S386 18q22 1 0 92 SOS vert D21S11 0 82 bleu D21S1437 21q21 1 0 76 bleu D21S1442 0 85 Ke rouge D21S1411 21q22 3 0 83 jaune D22S685 22q11 23 0 77 vert D22S689 22q12 1 0 74 jaune D225683 22q12 3 AMEL Xp22 22 Vp11 2 104 110 jaune TAF9 3p24 2 Xq21 1 116 121 jaune SRY Yp11 31 124 145 jaune Les h t rozygoties observ es sont bas es sur un nombre d all les observ s avec le panel de validation de Elucigene Diagnostics Ces chiffres peuvent donc tre diff rents des donn es publi es et peuvent aussi varier selon la population test e e D C AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 34 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi ANNEXE 3 Profil GeneMapper Profil GeneMapper pour un homme normal montrant les positions relatives des marqueurs d tect s par QST R PL i a nt 1339 ez 190 91 at 7704 190 N LB SEN M nt 038 t 1702 105 27 r 110 40 214713 1210740 17 17 nt 930 ez 110 46 ar 4060 at 1800 1600 1400 1200 1000 200 600 400 200 o 2400 2000 1600 200 600 400 o 1600 1400 1200 1000 600 600 400 200 o AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 35 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Limites de la proc dure Ce test est con u pour
7. jw Show Alele Name jw Show Peak Height rea jw Show Peak Ratio Show Trisomy Scores W Show Allele e Show Observation Electropheragram Size Range C Show Current Size Range C Show All Markerz Size Range e Show Custom Size Range Start bp EE End Ep D Scale data to highest peaks within size range k x Cancel AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 31 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Afficher l aper u du compte rendu GeneMarker Cliquer sur Preview Aper u pour afficher le compte rendu GeneMarker figure 25 partir de cette fen tre l utilisateur peut examiner et imprimer les donn es de pic de chaque chantillon pour tous les marqueurs pour cr er un compte rendu d chantillon simple d une ou deux pages Figure 25 Compte rendu GeneMarker Trisomy Analysis Report SoftGenetics Sample A11_Run_AB3130A 2014 10 24 15 12 0299 2014 10 24 fsa Panek OSTR PL Classification Trisomy lt 0 80 or Trisomy gt 1 40 inconclusive gt 0 65 to lt 0 80 or gt 1 40 to lt 1 80 ESS Eesen ag E bas ia 150 200 250 300 350 400 40 500 Goes Bless lesen Dress a aim 216320324 76086844608 _ Green Biber seess _ Pre Bb reese _ SES 188197 EELER EE SE Dee en fo 0155822 01652821 D1652624 54 CH LO fiesso sts 250 100 150 200 D D165535 0165753 D1851002 E Deene erse 1 2 on 9 1 0 eh ep O
8. jw Spike Removal Local Region gt 35 Local Max Size Call MW Stutter Peak Filter M Plus Filter e Local Southem Cubic Splinef Large Size Left 164 Right 32 Load Default Save Default lt lt Back Cancel Remarque Pour les donn es du 3500 augmenter le param tre Minimum Intensity Intensit minimale 150 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 27 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Run Wizard Assistant de traitement Param tres suppl mentaires Aucun param tre suppl mentaire n est requis pour r aliser l analyse QST R figure 19 1 Cliquer sur OK gt pour continuer Figure 19 Run Wizard Assistant de traitement Param tres suppl mentaires Run Wizard Additional Settings Fragment Animal Analysis Get additional options related to the different analysis type Allelic Ladder NONE Allele Evaluation Peak Score Reject lt 1 00 Check 7 00 Pass E Dn lt lt Back E Cancel Bo te de dialogue de traitement des donn es Apr s avoir cliqu sur OK dans la bo te de dialogue Additional Settings Param tres suppl mentaires du Run Wizard Assistant de traitement la bo te de dialogue Data Processing Traitement des donn es appara t figure 20 Les donn es brutes sont trait es et mesur es puis les param tres de filtrage et le panel QST R s lectionn sont appliqu s 1 Clique
9. QST R PL Fausses couches Mode d emploi Importer les param tres d analyse GeneMapper QST R dans GeneMapper Manager Les param tres QST R pour GeneMapper doivent tre import s Ce processus est contr l par l interface a GeneMapper Manager gt Gestionnaire GeneMapper Les param tres de GeneMapper QST R sont disponibles sur le site Internet de Elucigene www elucigene com product category rapid aneuploidy analysis 1 Ouvrir GeneMapper Manager Gestionnaire GeneMapper en cliquant sur l ic ne 2 S lectionner l onglet Analysis Methods M thodes d analyse puis cliquer sur le bouton Import Importer 3 Parcourir les dossiers et importer le ou les fichiers de param tres d analyse QST R 3130 ou 3500 4 Recommencer le processus en s lectionnant l onglet appropri et en important le fichier correspondant pour e Table Settings Param tres de tableau e Plot Settings Param tres de graphe e Size Standards Marqueurs de taille Remarque Les param tres Cluster Plot Settings Param tres de regrouvement de graphe Matrices Matrices SNP Sets Ensembles SNP et Report Settings Param tres de compte rendu ne n cessitent pas d importation de fichier Importer les param tres du panel QST R PL dans le Panel Manager Gestionnaire de panel Les param tres de panel et de segment QST R PL pour GeneMapper doivent tre import s Ce processus est contr l par l interface Panel Manager Gestionnai
10. Sous la forme d un ensemble de trois pics avec un rapport 1 1 1 ou un ensemble de deux pics avec un rapport 2 1 ou 1 2 est un diagnostic de la pr sence d une s quence suppl mentaire qui peut son tour repr senter un chromosome suppl mentaire comme c est le cas pour une trisomie Les produits amplifi s issus de la technique QF PCR sont analys s de fa on quantitative sur un Genetic Analyzer Analyseur g n tique par lectrophor se capillaire pour d terminer le nombre de copies des marqueurs STR analys s Avertissements et pr cautions 1 Le contr le ADN normal fourni avec les kits a t test de mani re ind pendante et trouv n gatif pour le virus de l h patite B VHB le virus de l h patite C VHC et les virus de limmunod ficience humaine VIH 1 et 2 2 Des pr cautions doivent tre prises lors de la manipulation de mat riel d origine humaine Tous les chantillons doivent tre consid r s comme potentiellement infectieux Aucune m thode d analyse ne peut garantir totalement l absence du VHB du VHC du VIH ou d autres agents infectieux 3 La manipulation des chantillons et des composants du test leur utilisation leur conservation et leur limination doivent respecter les proc dures d finies par les recommandations ou les r glementations nationales appropri es en mati re de s curit biologique 4 Conform ment aux bonnes pratiques de laboratoires actuelles les laboratoires doivent traiter
11. bri vement les flacons jusqu ce que tout le liquide soit au fond de chaque flacon Placer fermement tous les flacons dans le bloc du thermocycleur Lancer le programme d activation 95 C suivi par le programme d amplification voir l tape 1 la fin du programme d amplification les chantillons peuvent tre conserv s temp rature ambiante jusqu au lendemain ou 2 8 C pendant une dur e maximale de 7 jours avant leur analyse par lectrophor se capillaire AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 7 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi lectrophor se capillaire Il est recommand chaque utilisateur de s assurer que l quipement choisi est utilis conform ment aux instructions du fabricant et qu il est compatible avec ce test Dans cette situation les param tres cl s sont le polym re et la rang e de capillaires Les conditions d lectrophor se capillaire suivantes permettent d obtenir des r sultats optimaux sur un analyseur g n tique AB13130 ou ABI3500 1 M langer 6 85 ul de marqueur de taille 250 ul de formamide Hli Di et agiter soigneusement m lange suffisant pour 16 puits Distribuer 15 ul du m lange dans le nombre requis de puits d une plaque optique 96 puits 2 Ajouter 3 ul de produit PCR de l chantillon de test au m lange de marqueur de taille de l tape 1 d j distribu dans la plaque et m langer en utilisant la pipette Sceller la plaque 3 D natur
12. d appareils de polym res et de marqueurs de taille peuvent produire une l g re variation dans la d nomination des tailles Au cours de la validation du kit les utilisateurs doivent v rifier que les param tres de segment par d faut produisent un tiquetage pr cis des pics et les ajuster si n cessaire En cas de difficult s veuillez contacter le support technique techsupport elucigene com pour obtenir des conseils Directives d analyse g n rales pour QST R PL 1 Le contr le n gatif ne doit montrer aucun pic prononc dans la plage de lecture comprise entre 100 et 510 pb 2 Le contr le positif doit montrer les r sultats attendus et tous les pics doivent r pondre aux crit res ci dessous 3 Pour l analyse des chantillons d ADN au moins un pic doit tre observ pour chaque marqueur test La plage acceptable pour les pics de marqueur analys s sur l analyseur g n tique 3130 va de 50 6 000 unit s relatives de fluorescence urf et de 175 32 000 urf pour les analyseurs g n tiques 3500 Les hauteurs de pics situ es en dehors de cette plage ne doivent pas tre analys es 4 Les lectrophor grammes de mauvaise qualit en raison d une diffusion excessive entre les fluorochromes aussi appel e pull up sl ou les pointes d lectrophor se pics prononc s pr sents dans plusieurs fluorochromes ne doivent pas tre interpr t s Les produits PCR doivent tre r inject s et r analys s 5
13. 50_0043 e E02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa i Run_AB3130A_20 14 04 17_08 58_0048 F02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa k Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0049 G02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10 0020 _2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0050 e H02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0051 e Ar Run_AB3130A_2014 04 17_08 58_0052 7 11 Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0057 Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0058 Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0059 Run_AB3130A_2014 04 17_16 13_0060 4 Run_AB3130A_2014 04 23_10 46_0067 Run_AB3130A_2014 06 10_15 50_0100 4 1 Run_AB3130A_2014 06 13_15 16_0102 Run_AB3130A_2014 06 16_12 46_0103 4 1 Run_AB3130A_2014 06 17_10 38_0105 Run_AB3130A_2014 06 17_16 06_0106 M Run_AB3130A_2014 06 18_09 12_ 0107 Run_AB3130A_2014 06 19_17 33_ 0110 4 Run_AB3130A_2014 06 20_12 27 0111 Run_AB3130A_2014 06 20_15 57_0112 Run_AB3130A_2014 06 20_15 57_0113 Li Run_AB3130A_2014 06 20_15 57 0114 Run_AB3130A_2014 06 23_12 09 0115 Run_AB3130A_2014 06 23_14 33_0116 Run_AB3130A_2014 06 23_16 28_0117 Run_AB3130A_2014 06 24_14 53_0118 Run_AB3130A_2014 06 24_14 53_0119 Run_AB3130A_2014 06 25_13 54_0120 fi Run_AB3130A_2014 06 25_13 54 0121 X Add To List gt gt Options Add Add amp Aneiyze Cancel AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 13 sur 37 Test Elucigene
14. FR 001 Feb 2015 Page 19 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Matrice de compte rendu QST R PL Les matrices de compte rendu QST R PL peuvent tre utilis es pour d terminer les rapports de pic d un marqueur et faciliter l analyse des donn es La matrice de compte rendu sp cifique QST R PL est disponible sur le site Internet www elucigene com product category rapid aneuploidy analysis 1 Ouvrir le fichier de matrice de compte rendu QST R PL QSTR PL Report Template xism 2 Sila matrice de compte rendu affiche un message d avertissement indiquant que les macros ont t d sactiv es cliquer sur le bouton Enable Content Activer ce contenu pour activer les macros figure 10 Figure 10 Activation de la fonction macro dans la matrice de compte rendu QST R PL s HOME INSERT PAGE LAYOUT FORMULAS DATA REVIEW VIEW 110 e Clipboard F ef D Alignment gd SECURITY WARNING Macros have been disabled Enable Content 3 Si un avertissement de s curit est affich comme le montre la figure 11 cliquer sur Yes Oui pour continuer Iustration 11 Autorisation de l acc s de s curit Security Warning Do you want to make this file a Trusted Document This file is on a network location Other users who have access to this network location may be able to tamper with this file Whats the risk E Do not ask me again for network files 4 Coller les donn es de t
15. L analyse est r alis e par l valuation des rapports de pics A1 A2 o A1 correspond la surface de pic du fragment plus court et A2 correspond la surface de pic du fragment plus long Le rapport r sultant est un diagnostic du nombre de copies de locus Pour les chromosomes disomiques les marqueurs h t rozygotes doivent montrer deux pics de hauteur similaire Une analyse compl te de l tat du nombre de copies chromosomiques est r alis e par comparaison des rapports de surface de pic AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 10 sur 37 10 11 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Les marqueurs diall liques c d deux all les h t rozygotes doivent tre compris dans une plage de rapport de 0 8 1 4 Cependant pour deux all les s par s par plus de 24 pb en taille un rapport maximal de 1 5 est acceptable Toutes les valeurs comprises dans cette r gion sont d sign es comme ayant un rapport de 1 1 Si l quilibre de rapport se situe en dehors de cette fen tre cela peut tre d plusieurs facteurs notamment Trisomie chromosomique compl te Trisomie chromosomique partielle y compris les r plications submicroscopiques Mosaicisme Second g notype contaminant par ex maternel jumeau externe Parasites stutters produisant un biais Amplification pr f rentielle d un all le produisant un biais Polymorphismes des sites d amorce Mutations somatiques des microsatellites Le Guide d interp
16. QSTRPLVI Panel Name 1L QSTRPL Panel File AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 15 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Modifier le fichier de param tres d analyse Il peut tre n cessaire de modifier les Analysis Ranges Plages d analyse par d faut dans les param tres d analyse QST R pour repr senter la variance locale des conditions d analyse La plage minimum d analyse d pendra du capillaire et du polym re utilis s pendant la collecte des donn es Proc dure pour visualiser les param tres d analyse actuels 1 Ouvrir GeneMapper Manager Gestionnaire GeneMapper en cliquant sur l ic ne 2 Cliquer sur l onglet Analysis Methods M thodes d analyse Le fichier QST R import est intitul QSTR Analysis v02 Analyse QSTR v02 3 Cliquer sur QSTR Analysis v02 Analyse QSTR v02 La ligne appara t pr sent surlign e 4 Cliquer sur le bouton Open Ouvrir et s lectionner l onglet Peak Detector D tecteur de pic figure 5 Les plages d analyse sont param tr es par d faut pour commencer 2 000 et se terminer 18 000 Figure 5 Plages d analyse e m GeneMapper Manager Cluster Plot Settings Matrices Size Standards SNP Sets Projects Analysis Methods Table Settings Analysis Method Editor Microsatellite General Allele Peak Detector Peak Quality Quality Fiags Pea
17. R QC 48 A03 17 QSTR_QC 22102009 A fsa z geet EE SEENEN 858153562065534 200 300 400 500 B B B 3 B E02_13_0STR_QC_22102009 e bus za ger oC 48 BF B B Page Up Page Down AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 24 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Importer les param tres de panel QST R PL GeneMarker Les param tres QST R pour GeneMarker doivent tre import s Ce processus est contr l par l interface Panel Editor Editeur de panel Les param tres de panel GeneMarker QST R PL sont disponibles sur le site Internet de Elucigene www elucigene com product category rapid aneuploidy analysis 1 Ouvrir Panel Editor diteur de panel dans le menu d roulant Tools Outils figure 15 Figure 15 S lection de l diteur de panel File View Project Applications Tools Help Fun EEN NNN sl D EB ge 1 Maker Horn e y ten Get image ATI _Fun_AB31304 2014 10 24 15 12 0093 201 8 10 244ss AMEL IA sav E 0275536 H FES FPS I 0155822 DESI 02151442 LI 0185819 a 0165753 Es L 90 106 110 1 15 140 150 16 174 t t 190 200 21 20 20 240 259 26 270 20 290 LIT D 20 TY Ai D a 370 6 190 400 10 42 rar PTT so 46 470 46 490 00 510 2 S lectionner Import Panels Importer les panels dans le menu d roulant File Fichier figure 16 Figure 16 Importation des panels Panel Editor CPE Tools Help D Create New Pan
18. Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Elucigene Diagnostics Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Code cat AN6XYB1 25 tests Utilisation pour diagnostic in vitro e par Elucigene Diagnostics Citylabs Nelson Street Manchester M13 9NQ Pour joindre le service des ventes le service clients et le service technique T 44 0 161 669 8122 F 44 0 161 669 8129 E mail enquiries elucigene com E mail techsupport elucigene com Elucigene Diagnostics est le nom commercial de Delta Diagnostics UK Limited une soci t enregistr e en Angleterre et au Pays de Galles sous le num ro 8696299 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 1 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Elucigene QST R PL Usage pr vu Pour le diagnostic in vitro routinier des six trisomies autosomiques les plus r pandues associ es aux avortements spontan s trisomie 13 syndrome de Patau trisomie 15 trisomie 16 trisomie 18 syndrome d Edwards trisomie 21 syndrome de Down et trisomie 22 Le kit comprend galement les marqueurs chromosomiques X et Y ainsi que le marqueur TAF9L pour la d termination du type sexuel La m thode employ e par le kit Elucigene QST R PL est la technique de r action en cha ne par polym rase fluorescence quantitative QF PCR Quantitative Fluorescence Polymerase Chain Reaction Le dispositif est con u pour tre utilis avec de
19. ableau copi es de GeneMapper voir ci dessus Copying Data Table Copier les donn es de tableau en appuyant sur les touches Ctrl V dans la cellule en haut gauche de la zone surlign e voir figure 12 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 20 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Illustration 12 Importation des donn es brutes de GeneMapper dans la matrice de compte rendu QST R PL D e Panet Sample ID Elucigene Run Coord ISTR PL Report Ti dat Fioname Sotrware Genekapper war RED OUTLINED CELL BELOW Aren Aren Area3 A1 A2 Warning 1 Check 2 Check 3 Check Comment D135305 Absent D135325 Absent D135634 Absent D135628 Absent D155822 Absent D155659 Ab FES FPS At 551515 Ab D165753 Absent D1652624 Absent D1652621 Absent D165539 Ab D1851002 Absent D185819 Absent D185535 Absent D185386 Absent D21511 Absent D2151437 Absent D2151442 Absent D2151411 Absent D225686 Absem D225685 Absent D225689 Absent D225683 Absent AMEL Absent TAF9 Absent SRY Absent CONCLUSION CHECKED DATE 5 Les rapports calcul s pour chaque marqueur apparaissent pr sent dans le tableau de donn es gauche Le tableau de donn es peut tre imprim ou sauvegard en nouveau fichier pour chaque chantillon sp cifique 6 Afin de traiter les chantillons suivants il est important que toutes les donn es soient enti rement supprim es de la matrice de compte rendu Afin de r aliser cec
20. association avec d autres donn es de laboratoire et cliniques la disposition du clinicien Ces r actifs Elucigene sont fournis pour des tests de diagnostic in vitro Plus de d tails sur les produits Elucigene QST R sont disponibles l adresse www elucigene com AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 36 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi R f rences Goddijn M Leschot NJ Genetic aspects of miscarriage Baillieres Best Pract Res Clin Obstet Gynaecol 2000 Oct 14 5 855 65 Gardner RJM Sutherland GR 2004 Chromosome Abnormalities and Genetic Counselling New York Oxford University Press 339 360 Mansfield E S Diagnosis of Down syndrome and other aneuploidies using quantitative polymerase chain reaction and small tandem repeat polymorphisms Human Molecular Genetics 1993 2 1 43 50 Mann K Fox SP Abbe SJ Yau SC Scriven PN Docherty Z Mackie Ogilvie C Development and implementation of a new rapid aneuploidy diagnostic service within the UK National Health Service and implications for the future of prenatal diagnosis The Lancet 2001 358 9287 1057 1061 Mann K Donaghue C Fox SP Docherty Z Mackie Ogilvie C Strategies for the rapid prenatal diagnosis of chromosome aneuploidy European Journal of Human Genetics 2004 12 907 915 Mackie Ogilvie C Donaghue C Fox SP Docherty Z Mann K Rapid prenatal diagnosis of an aneuploidy using Quantitative Fluorescence PCR QF PCR Journal of Histochem
21. boles jaunes pleins repr sentent les points de AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 32 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi donn es de l chantillon actuel Les symboles liser rouge repr sentent les d nominations de trisomie Remarque Le Corrected Ratio Plot Graphe de rapport corrig appara t sur la deuxi me page pour chaque chantillon uniquement quand Ratio Plot Graphe de rapport est s lectionn dans la bo te de dialogue Trisomy Print Report Settings Param tres d impression du compte rendu de trisomie ANNEXE 1 tiquettes des fluorochromes Les marqueurs sont tiquet s comme suit D225686 D22S689 D16S2621 D21S1411 D15S659 D13S628 Pour obtenir des d tails suppl mentaires sur les marqueurs STR y compris les plages de taille voir l Annexe 2 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 33 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi ANNEXE 2 Tableau de l emplacement du marqueur h t rozygotie observ e plage de taille d all le Remarque le fluorochrome NED utilis dans les kits a une identification spectrale jaune Par convention il est affich en type noir pour plus de clart D13S305 13q13 3 0 79 453 504 vert D13S325 13q14 11 0 80 292 343 vert D13S634 13q21 33 396 453 bleu D13S628 13q31 1 0 75 451 499 jaune D15S822 15q12 0 86 247 308 rouge D15S659 15q21 1 0 86 395 441 jaune FESFPS 15q25 2 0 61 rouge D16S753 16p11 2 0 77 rouge
22. couches Mode d emploi 3130 RUN MODULE MODULE DE S RIE POUR LE POLYM RE POP7 Module de capillaires de 36 cm QSTR Nom du param tre Intervalle Oven Temperature int 18 65 C Poly_fill_ Vol 6500 38000 steps Current Stability int Oo 2000 uAmps PreRun_Voliage 0 15 kvolts Pre Run Time 1000 kvolts Injection _ Voltage 15 kvolts Injection Time 600 kvolts Voltage Number_of_Steps 100 kvolts Voltage Step _Interval Data Delay Time 3600 kvolts Run_Voltage 15 kvolts Run Time 1 1 1 1 1 60 kvolts 1 O 3 00 14000 kvolts ABI3130 GENETIC ANALYZER ANALYSEUR G N TIQUE Un protocole QST R doit tre cr et pourra ensuite tre r utilis pour chaque s rie QST R Cr er le protocole d instrument QST R l aide de la biblioth que de protocoles d instrument du 3500 S assurer que les options suivantes sont s lectionn es e Run Module Module de s rie FragmentAnalysis50 POP7 e Saisir les param tres indiqu s dans l image ci dessous E Edit Instrument Protocol QSTR Setup an Instrument Protocol Apphcation Type Fragment v Dye Set G5 LA Instrument Protocol Properties cm Polymer DS Capillary Length 50 v Run Module FragmentAnalysis50_POP7 Protocol Name QSTR Description Oven Temperature C 60 Run Time zech 1300 A
23. d tecter des trisomies chromosomiques sp cifiques et des aneuplo dies des chromosomes sexuels comme il est d crit dans le mode d emploi Il peut ne pas d tecter les r organisations structurelles impliquant les chromosomes test s et ne d tectera pas les anomalies dans d autres chromosomes ll est possible que le mosa icisme ne soit pas d tect pour les chromosomes test s Un r sultat QST R PL peut uniquement tre appliqu directement au tissu test et peut ne pas repr senter le caryotype Total Une contamination par des cellules maternelles CCM et un mosa cisme confin au placenta MCP peuvent entra ner des divergences entre les r sultats du QST R PL et du caryotype Remarque Les h t rozygoties des marqueurs utilis s ont t d riv s d un ensemble d chantillons au hasard soumis pour des analyses de routine et provenant d une population principalement blanche d Europe du nord Tous les calculs effectu s en utilisant ces h t rozygoties s appliquent strictement la population dont proviennent les chantillons Une petite tude utilisant des chantillons d riv s localement peut tre r alis e dans le cadre d une tude de validation pour tablir les h t rozygoties dans la population tester Il n est pas attendu que les variations de population modifient Significativement la valeur informative globale du test Avis de non responsabilit Les r sultats de ce test diagnostique doivent tre interpr t s en
24. donn es de trac tiquet es et tableau des g notypes correspondants ES samples Dot File Edt View Tools Alleles Help Piot Set ng QSTR Plot Settings E Pares mmen CHA we Modifier manuellement les profils AVERTISSEMENT GeneMapper affecte des tiquettes uniquement pour un maximum de 2 pics par marqueur Il est donc possible qu une modification manuelle des profils soit requise c d lors de l affectation d tiquettes aux 3e pics le cas ch ant ou de la suppression d tiquettes de pics parasites stutters Pour ajouter une tiquette de pic cliquez avec le bouton de gauche sur le pic non tiquet L utilisateur aura l option d ajouter un commentaire d all le Cliquer sur OK Le pic sera maintenant tiquet avec sa taille en paires de bases et sa surface de pic Le tableau incorpore automatiquement le pic qui vient d tre tiquet Pour supprimer une tiquette de pic cliquez avec le bouton de gauche sur l tiquette du pic L utilisateur aura l option de supprimer le commentaire d all le Cliquer sur OK a L tiquette du pic est ensuite supprim e Le tableau retire automatiquement les donn es du pic supprim Copier les donn es de tableau 1 Surligner toutes les lignes dans le tableau au bas de la fen tre de graphe 2 Copier les lignes s lectionn es en appuyant sur les touches Ctrl C AN6XYB1
25. dvanced Options Close AN6XYB1FR 001 Run Voltage kValts PreRun Time sec 19 5 PreRun Voltage KVolts 15 Injection Voltage KVolts 3 0 150 Injection Time sec D Data Delay sec 1 Feb 2015 Page 9 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Pour traiter les chantillons cr er une plaque d chantillons en cliquant sur a Create Plate from Template Cr er plaque partir de la matrice sur le Dashboard Tableau de bord s assurer que le protocole d instrument ad quat pour QST R a t affect voir ci dessus Analyse et interpr tation des r sultats Il est recommand que chaque laboratoire d veloppe ses propres proc dures et crit res d interpr tation et de compte rendu Des directives de meilleures pratiques pour la QF PCR ont t document es par l Association for Clinical Genetic Science au Royaume Uni et sont disponibles pour r f rence www acgs uk com Les produits PCR sont observ s comme un syst me marqu par 5 fluorochromes utilisant un ensemble de filtres G5 L ensemble de filtres G5 d tecte les fragments marqu s au 6 FAM bleu au VIC vert au NED jaune et au PET rouge plus le marqueur de taille marqu au LIZ orange sur un lectrophor gramme et dans le programme GeneMapper ou GeneMarker Un guide d interpr tation QST R est disponible sur le site Internet de Elucigene www elucigene com Remarque importante Diff rentes combinaisons
26. e des anomalies respectivement Ces donn es sont pr sent es dans la figure 1 ci dessous 2 H Autosomal Trisomy Figure 1 R sultats chromosomiques identifi s dans les produits de la conception 46N correspond aux r sultats normaux AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 2 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Principes de la proc dure La m thode employ e par les kits Elucigene QST R est la technique de r action en cha ne par polym rase fluorescence quantitative QF PCR Quantitative Fluorescence Polymerase Chain Reaction 3 6 En utilisant l amplification par PCR les amorces marqu es par fluorescence ciblent des r gions hautement polymorphiques de s quences d ADN appel es STR Short Tandem Repeat ou s quences br ves r p t es en tandem qui se situent sur les chromosomes d int r t Chacun des marqueurs STR cibl s est sp cifique au chromosome sur lequel il se trouve donc le nombre de copies du marqueur STR peut indiquer le nombre de copies du chromosome Des marqueurs STR informatifs ont t s lectionn s pour leur h t rog n it lev e afin de pouvoir d terminer facilement le nombre de copies Un chantillon diplo de normal comporte le jeu normal de deux de chacun des chromosomes somatiques ainsi deux all les d un STR sp cifique du chromosome sont d termin s par la technique de QF PCR comme deux pics avec un rapport 1 1 La pr sence d un all le de STR suppl mentaire
27. el Lou es T Gi Help X Delete Current Panel Marker RM Save Changes Ctri S Save Changes with Signal Info Save As New Panel 5 PS Import Panels Import Pre defined Panels Import ABI Panels Import MRC Holland Panels Export Panel Exit EG D135305 3 AMEL I TAFIL UU DW LA LA wt SRY m 4 E a Samples s A11 Run _AB31304_2014 e A12 Run AB31304_2014 d K B11_Run_4B31304_2014 e B12 Run_AB31304_2014 C11_Run_AB31304_2014 12_Run_4B31306_2014 i 1_Run_AB31304_2014 un_4B31304_2014 R _Run_AB31304_2014 Bun _AB31304_2014 _Run_AB31304_2014 Run_AB31304_2014 _Run_AB31304_2014 _Run_AB31304_2014 CEET Panel Name QSTR PL Ploidy 2 3 Parcourir les dossiers et importer le panel QSTR PL xml AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 25 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi 4 R p ter ce processus selon les besoins pour d autres fichiers de panel appropri s Traiter les donn es Une fois les fichiers de donn es brutes charg s dans GeneMarker ils sont pr ts tre trait s L tape de traitement comprend l application d un marqueur de taille le filtrage des pics de bruit et la comparaison avec un panel d all les connu si cela est souhait GeneMarker associe toutes les tapes en un outil simple appel Run Wizard Assistant de traitement figure 17 Pour acc der au Run Wizard Assistant de traitement il suffit de cliq
28. er le produit PCR distribu dans la plaque optique sur un thermocycleur avec les param tres suivants 94 C pendant 3 minutes puis 4 C pendant 30 secondes 4 Centrifuger la plaque 1 000 g pendant 10 secondes pour liminer les bulles ventuelles des puits puis charger sur l analyseur g n tique Remarque est essentiel que les puits inutilis s c d les puits dans lesquels aucun chantillon ADN n est charg soient quand m me charg s avec du formamide Hi Di afin de s assurer que les capillaires ne s chent pas Analyse des donn es apr s la PCR AB13130 GENETIC ANALYZER ANALYSEUR G N TIQUE Cr er une fiche d chantillon l aide du logiciel de collecte des donn es 3130 en utilisant les param tres suivants e Nom de l chantillon doit tre le m me nom ou num ro sp cifique de l chantillon e Propri taire de la s rie s lectionner le propri taire par d faut du laboratoire e Protocole de la s rie QSTR contient le module de s rie QST R 3130 voir ci dessous Remarque est n cessaire de cr er un module de s rie d taillant les param tres de l instrument et de l affecter ensuite un protocole de s rie dans lequel l ensemble de fluorochromes G5 a t s lectionn Pour de plus amples informations sur la cr ation de modules de s rie veuillez consulter le manuel utilisateur de votre instrument AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 8 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses
29. er que la plage maximale d analyse inclut le plus grand pic du marqueur de taille par ex GS500LIZ de 500 pb ou GS600L1IZv2 de 600 pb Saisir les nouvelles valeurs dans le fichier d analyse QST R en y acc dant comme d crit ci dessus Figure 6 D termination de la plage minimale l aide des donn es brutes d chantillon e EEN nio Raw Den EPT Den 3 Canum 00 1475 025 2005 1 1 sons 01113 ges CS Le TON OI rom m2 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 17 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Analyse des fichiers QST R PL import s 1 Dans la fen tre principale GeneMapper s lectionner QST R Table Settings v02 Param tres de tableau QST R v02 figure 7 Figure 7 S lection des param tres de tableau QST R 2 Sous Analysis Method M thode d analyse choisir QSTR Analysis v02 Analyse QSTR v02 Remplir chaque colonne en cliquant sur les touches Ctrl D R p ter cette proc dure en s lectionnant QSTR PL sous l en t te Panel et QSTR sous l en t te Size Standard Marqueur de taille Penser remplir en cliquant sur les touches Ctrl D pour s assurer que chaque param tre est appliqu l ensemble de la liste des chantillons 3 Cliquer sur gt pour d marrer l analyse de l chantillon l invite affecter le nom de projet Examiner les donn es QST R 1 S lectionner l chantillon pour analyse surl
30. et leurs valeurs sont comprises dans la plage normale de 0 8 1 4 bien que pour les all les ayant un cart sup rieur 24 pb un rapport d all le maximal de 1 5 soit acceptable Si cela ne se produit pas cela peut tre d l un des facteurs cit s l tape 6 Pour interpr ter un r sultat comme normal il est n cessaire d avoir au moins deux marqueurs informatifs correspondant un g notype diall lique tous les autres marqueurs tant non informatifs Un r sultat normal indique le compl ment de deux normal pour les chromosomes test s Les rapports de r gion de pic qui sont compris entre les plages normale et anormale sont class s comme non concluants Les r sultats non concluants peuvent tre r solus en utilisant les kits de chromosome simple Si des ensembles d all les la fois normaux et anormaux sont obtenus pour un seul chromosome il est recommand de r aliser des tudes de suivi pour identifier la cause des r sultats divergents avant de tirer quelque conclusion que ce soit Dans de rares cas les plages de taille d all le pour les marqueurs peuvent se chevaucher Si cela est suspect une analyse avec les kits pour chromosome simple peut r soudre le probl me AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 11 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Analyse des marqueurs de chromosomes sexuels AMEL TAF9 et SRY 1 Le marqueur AMEL amplifie les s quences non polymorphiques sur les chr
31. ft enetics Gene MarkerDatasets 4FLPfrag_ 013 DOS fsa Add Folder C ASoftGenetics Gene MarkerDatasetstAFLP gt rag_014_C03 fsa C SoftGenetics Gene MarkerDatasets SF LPMfrag_ 015 BO3 fsa IC Softienetics Gene MarkertND atase AFl Phfran MA AID fea Remove Channels DK Cancel Cliquer sur le bouton OK dans la bo te de dialogue Open Data Files Ouvrir les fichiers de donn es pour charger les chantillons dans GeneMarker Le logiciel ouvrira alors automatiquement la fen tre Raw Data Analysis Analyse des donn es brutes figure 14 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 23 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Figure 14 Fen tre d analyse des donn es brutes Sample File Tree Report Table Synthetic Gel Image Electropherogram GeneMarker Untitled EEK File View Proj ct Applications Tools Help G gt EM S BH oo Ps D Be LA Maker None aza FER s H rom AAJ zm 5 Alel Cal IS o A03_17_QSTR_QC_22102009_ L aos 17 ostr oc 48 B 803 18 0STR_ DC 22102009 z pos 16 051 oc A B C03 19 QSTR_QC_22102009 a cos 19 osrr oc 49 B D03_20_QSTR_QC_22102009 li a pos 20_asTR_ac4 e froo 21 om oc 1 e fros 22 osTn oc 4E E03_21_QSTR_QC_221020089 F03_22_QSTR_QC_22102009 4 G03_23_ QSTR_QC_22102009 H03_24_ QSTR_QC_22102008 D d OO OU BE GO NN z 02_14_QSTR_QC_22102009 El G02_15_QSTR_QC_22102009 _13_0STR_0C_ HO2_16_QSTR_QC_ 22102009 En 150 200 250 an 0f 400 450 soo V EA 087
32. i cliquer sur le bouton CLEAR DATA Effacer les donn es situ sous le tableau de donn es brutes dans la matrice de compte rendu QST R PL Les nouvelles donn es d chantillon peuvent pr sent tre import es en suivant la proc dure d taill e ci dessus AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 21 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Noter le rapport 1 La trisomie est d termin e par soit a Deux pics de hauteur in gale dus au fait que l un des pics repr sente deux all les pr sents chez les deux parents Dans ce cas le rapport entre les deux pics sera class comme 2 1 ou 1 2 A1 A2 produira un r sultat dans la r gion de 1 8 2 4 quand le pic repr sentant l all le plus court a une surface sup rieure celle du pic repr sentant l all le plus long ou A1 A2 produira un r sultat dans la r gion de 0 45 0 65 quand le pic repr sentant l all le plus court a une surface inf rieure celle du pic repr sentant l all le plus long Dans les deux cas Ratio Rapport appara t dans la colonne Warning Avertissement b Trois pics de hauteur comparable sont pr sents Le rapport des pics sera class comme 1 1 1 et leurs valeurs sont comprises dans la plage normale de 0 8 1 4 bien que pour les all les ayant un cart sup rieur 24 pb un rapport d all le maximal de 1 5 soit acceptable Dans ce cas 3 alleles 3 all les appara t dans la colonne Warning
33. igner la ligne de l chantillon 2 Cliquer sur Display Plots Afficher les graphes du 3 S lectionner QST R Plot settings gt Param tres de graphe QST R figure 8 Figure 8 Menu d roulant des param tres de graphe QST R m Samples Plot File Edit View Tools Alleles Help Plot Setting QSTR Plot Settings a HAN 01 4 HE WA MS a 4 La fen tre de graphe affiche le profil d chantillon avec les donn es tabul es figure 9 Deux pics au maximum pour chaque marqueur sont automatiquement tiquet s par GeneMapper En pr sence de trois all les pour un marqueur le troisi me pic non tiquet doit tre tiquet manuellement voir Modifier manuellement les profils ci dessous Remarque Les plages de taille des all les pour chaque marqueur sont bas es sur les donn es observ es ant rieurement De rares all les peuvent tre en dehors de la plage de taille de marqueur donn e et il peut tre n cessaire d ajuster en cons quence l ensemble de segments AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 18 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi 5 Il est recommand d activer le param tre Single click editing Modification par clic unique sur la fen tre de graphe Pour cela s lectionner Alleles set click editing All les Param trage de modification par clic et s assurer que cette option est coch e Figure 9 Fen tre de graphe d chantillon affichant les
34. istry and Cytochemistry 2005 53 3 285 288 Deutsch S Choudhury U Merla G Howald C Sylvan A Antonarakis SE Detection of aneuploidies by paralogous sequence quantification Journal of Medical Genetics 2004 41 908 915 ELUCIGENE et QST R sont des marques commerciales de Delta Diagnostics UK Ltd GENEMARKER est une marque commerciale de Softgenetics Corporation GENEMAPPER GENESCAN NED VIC PET POP 7 LIZ et HI DI sont des marques commerciales de Life Technologies Corporation Avis l acheteur Licence limit e Ce produit est vendu conform ment un accord avec Life Technologies Corporation L achat de ce produit conf re l acheteur le droit non transf rable d utiliser uniquement la quantit de produit et les composants achet s seulement pour le diagnostic in vitro humain et uniquement dans le cadre de l indication clinique d crite dans le mode d emploi De plus amples informations sur l obtention des droits d utilisation de ce produit ou ses composants peuvent tre obtenues en contactant outlicensing lifetech com Copyright 2014 Delta Diagnostics UK Ltd AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 37 sur 37
35. k Detection Algorithm Advanced m Ranges Peak Detection Analysis Sizing Peak Amplitude Thresholds Partial Range e Al Sizes B 50 R 50 Start Pt 2000 Start Size 0 Stop Pt 18000 Stop Size 000 G 50 K Y 50 0 20 Smoothing and Baselining Min Peak Half Width 2 Smoothing None i R Light Polynomial Degree Heavy Peak Window Size 15 Baseline Window 51 pts Slope Threshold Peak Start 0 0 ENER Peak End 0 0 2nd Order Least Squares 3rd Order Least Squares Size Standard Normalization Cubic Spline Interpolation blet izati Local Southern Method E SEN Global Southern Method Note For 35XX series data collection normalization only Factory Defaults Lg cance AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 16 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Proc dure pour d terminer la plage d analyse adapt e votre laboratoire 1 Dans la fen tre principale GeneMapper double cliquer sur le dossier de traitement import pour visualiser la liste des fichiers fsa qu il contient S lectionner un fichier fsa Cliquer sur l onglet Raw data Donn es brutes pour afficher l lectroph rogramme des donn es brutes En utilisant le premier pic du marqueur de taille par ex GS500LIZ de 75 pb comme r f rence s lectionner un point de donn es sup rieur d environ 100 points de donn es figure 6 Cela permet de d terminer le point le plus bas dans la plage analysable S assur
36. l ADN extrait soit de mat riel f tal obtenu apr s une fausse couche soit de sang entier d origine f tale Les femmes ayant fait l objet d une fausse couche spontan e sont la population cible pr vue Les r sultats obtenus par le kit QST R PL peuvent contribuer d terminer le statut d aneuplo die du f tus il est con u pour tre utilis avec d autres proc dures diagnostiques pour confirmer ou carter le diagnostic clinique propos Le dispositif est destin un usage professionnel exclusivement en milieu de laboratoire mol culaire ou cytog n tique R sum et explication Statistiquement 10 20 de l ensemble des grossesses se terminent en avortement spontan fausse couche dont la majorit survient vers la fin du premier trimestre Parmi ces cas il a t d montr que plus de 50 d entre eux sont provoqu s par une anomalie chromosomique 1 principalement une aneuplo die les anomalies les plus couramment observ es sont les trisomies qui repr sentent 60 de l ensemble des anomalies chromosomiques pr sentes dans les fausses couches La trisomie la plus fr quemment observ e dans les produits de la conception PDC est la trisomie du chromosome 16 cependant les trisomies des chromosomes 13 15 18 21 et 22 figurent galement parmi les plus fr quentes Parmi les autres aneuplo dies couramment observ es figurent la monosomie X et la triplo die qui repr sentent environ 20 et 15 de l ensembl
37. leurs propres chantillons internes de CQ de type connu avec chaque analyse afin d valuer la validit de la proc dure 5 Si l emballage du kit est endommag le contenu peut l tre aussi ne pas utiliser le kit et contacter le service clients AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 3 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Symboles utilis s sur les tiquettes Les symboles utilis s sur l ensemble des tiquettes et conditionnements respectent la norme harmonis e ISO 15223 Fabricant Nombre de tests Voir le mode d emploi ui y X C Conserver en dessous de la temp rature indiqu e Utiliser avant la date indiqu e REF Code du catalogue Num ro de lot ou de s rie Dispositif m dical de diagnostic in vitro g AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 4 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Mat riel fourni Conserver tous les l ments une temp rature inf rieure 20 C Le kit Elucigene QST R PL IVD contient 450089 1 x 250 ul de m lange r actif TA 404485 1 x 50 ul de contr le ADN DC Quantit suffisante pour 25 tests Pr paration et conservation du kit Apr s ouverture du kit il est recommand de distribuer le m lange r actif dans les flacons de PCR de 0 2 ml en volumes de 10 ul et de les congeler 20 C Il convient de s assurer que le contenu des flacons est compl tement d congel et m lang avant la distribution Le con
38. nalysis Analyse principale s lectionner l option de menu d roulant Applications en haut de l cran S lectionner Trisomy Analysis Analyse de trisomie La bo te de dialogue Trisomy Analysis Settings Param tres d analyse de trisomie s ouvre alors figure 22 Figure 21 Fen tre principale d analyse Sample File Tree Synthetic Gel Image Report Table In Fa ahn ER S ein ka Sid bes mm Electropherogram l KA Lal Wall Lliuub Au su Figure 22 Bo te de dialogue des Trisomy Analysis Settings param tres d analyse de trisomie 2 Trisomy Analysis Settings Analysis 3 Statistics Plot Analysis by C Classic e BPG neuploidy Peak Height gt 50 Height Ratio gt 30 00 Max Quantification by C Peak Height e Peak Area Trisomy Ratio M Shorter Length Longer Length M Apply Linear Correction Trisomy lt 0 80 or gt 1 40 M Inconclusive Range gt 10 65 to lt 0 80 or gt 1 40 to lt 1 80 D Save Parameters when Save Report AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 29 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Trisomy Analysis Settings param tres d analyse de trisomie Deux onglets sont disponibles dans la bo te de dialogue Trisomy Analysis Settings Param tres d analyse de trisomie 1 Onglet Analysis Analyse 2 Onglet Statistics Plot Graphe des statistiques Onglet Analysis Analyse L onglet Analysis Anal
39. nir un ADN de qualit ambplifiable par PCR une concentration de 0 5 ng ul 4 ng l Concentration de l ADN l aide des conditions de PCR recommand es et des param tres d injection de l chantillon mentionn s dans le module de fonctionnement de la colonne capillaire page 9 des r sultats optimaux sont obtenus avec une quantit d ADN de d part de 2 5 ng Cependant des r sultats interpr tables sont obtenus avec un intervalle d ADN de d part de 1 25 ng 10 ng Remarque les param tres d injection de l chantillon peuvent tre modifi s pour s adapter la quantit d amplicon produite pendant la r action PCR qui peut varier en fonction de la quantit d ADN g nomique d entr e ajout e Une quantit plus faible d amplicon peut tre appliqu e la colonne pour l analyse en r duisant la dur e d injection Inversement une quantit plus importante d amplicon peut tre appliqu e a la colonne pour l analyse en augmentant soit la dur e soit le voltage de l injection Des chantillons pr c demment amplifi s peuvent tre r inject s plusieurs fois pour une nouvelle analyse AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 6 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Protocole de test Proc dure d amplification Remarque afin de minimiser le risque de contamination les tapes 3 5 doivent tre r alis es dans une zone exempte d ADN Des mesures doivent aussi tre prises pour viter la co
40. nt 121 XX 3 taient T18 XY 5 taient T18 XX 6 taient T16 XY 2 taient T16 XX 1 tait T15 XY 1 tait T15 XX 2 taient T13 XY 2 taient T13 XX 7 avaient une monosomie X 8 taient triplo des pour tous les chromosomes test s Un chantillon a produit un r sultat non informatif en raison d une homozygotie au sein de l ensemble de marqueurs Cet chantillon a ensuite t analys avec QST R 18 et a montr tre T18 XX Tous les r sultats analysables ont montr une concordance de 100 avec les r sultats obtenus pr c demment avec d autres m thodes alternatives et tablies AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 12 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Guide d analyse GeneMapper Remarque Les captures d cran suivantes proviennent de GeneMapper v5 0 Import et analyse des fichiers QST R 1 Ouvrir le fichier de l application GeneMapper 2 Cliquer sur afin d ajouter les fichiers de donn es un nouveau projet Naviguer l endroit de stockage des fichiers de donn es brutes Tea s lectionner les fichiers de donn es appropri s et cliquer sur le bouton Add to List gt gt Ajouter la liste gt gt 3 Le dossier de traitement appara t pr sent dans la zone Samples to Add Echantillons ajouter Double cliquer sur l ic ne du dossier de traitement dans cette fen tre pour afficher chaque fichier fsa importer Ajouter ensuite les chantillons en cliquant sur en ba
41. ntamination avec un produit PCR 1 Programmer le thermocycleur pour un cycle tape unique pour activer l ADN polym rase 95 C pendant 15 minutes reli un programme cyclique d amplification de 30 secondes 95 C d naturation 1 minute et 30 secondes 59 C renaturation et 1 minute et 30 secondes 72 C extension pendant 26 cycles Cela peut tre associ un fichier retard de 30 minutes 72 C extension pendant le cycle final Enzyme Activation Cycling Final Extension 15 min 30 secs Ambient 1 min 30 secs Temperature ek 26 Cycles i gt Un contr le n gatif eau doit tre inclus dans chaque s rie PCR Il peut aussi tre appropri d inclure d autres contr les par ex contr le positif normal contr le ADN fourni et contr le positif de trisomie ADN non fourni D congeler suffisamment de flacons de m lange r actif QST R PL pr aliquot pour le nombre d chantillons et de contr les tester consulter la remarque sous Mat riel fourni et centrifuger les flacons 12 000 g pendant 10 secondes l aide d embouts de pipette distincts ajouter 2 5 ul de l ADN de test dans un flacon d chantillon contenant 10 ul de m lange r actif QST R PL et m langer par pipetage va et vient R p ter pour tous les chantillons tester Ne pas ajouter d ADN au flacon de PCR pour le contr le n gatif remplacer par 2 5 ul d eau distill e st rile Centrifuger
42. omosomes X 104 pb et Y 110 pb et peut tre utilis pour d terminer la pr sence ou l absence d un chromosome Y et repr sente la quantit relative de s quence X Y Veuillez noter qu en de rares occasions un chec de l amplification d une mutation de la s quence AMEL Y a t signal 2 TAF9L est un marqueur paralogue invariant avec des s quences sur les chromosomes 3 et X Le pic sp cifique du chromosome 3 116 pb repr sentant 2 copies du chromosome 3 peut donc tre utilis comme pic de r f rence pour faciliter la d termination du nombre de chromosomes A pr sents pic de 121 pb Analys en combinaison avec l am log nine et les autres marqueurs des chromosomes sexuels il est particuli rement utile dans la d tection d aneuploidie des chromosomes sexuels Chez une femme normale les marqueurs doivent tre compris dans une fen tre de rapport de 0 8 1 4 Chez un homme normal les marqueurs produiront un rapport de 1 8 ou plus Le Guide d interpr tation donne plus de d tails sur l interpr tation du marqueur TAF9L 3 Le marqueur SRY sp cifique de Y produit un seul pic chez les hommes normaux et n amplifie pas chez les femmes normales Caract ristiques des performances VALIDATION INTERNE 125 chantillons d riv s de tissus f tal ont t test s avec Elucigene QST R PL Parmi ceux ci 34 taient normaux XY 40 taient normaux XX 5 taient T22 XY 1 tait T22 XX 3 taient T21 XY 4 taie
43. orme GeneAmp 9700 AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 5 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi lectrophor se capillaire lectrophor se capillaire Marqueurs de taille GeneScan 500 LIZ ABI N de cat 4322682 polym re POP 7 ABI N de cat 4352759 matrice standard DS 33 ensemble de fluorochromes G5 ABI N de cat 4345833 10x Genetic Analyzer Buffer tampon d analyseur g n tique ABI N de cat 402824 et Formamide Hi Di ABI N de cat 4311320 Analyseurs g n tiques Applied Biosystems ABI 3130 et 3500 avec logiciel de collecte des donn es actuel rang e de capillaires de 36 cm rang e de capillaires de 50 cm pour l analyseur g n tique 3500 plaques optiques de 96 puits septas pour 96 puits cassettes de 96 puits Analyse des donn es L un des progiciels d analyse de donn es suivant est requis GeneMapper 4 1 Applied Biosystems Inc ou version ult rieure ou GeneMarker 1 65 SoftGenetics LLC ou version ult rieure Documentation Elucigene QST R suppl mentaire Ce mode d emploi comprend un chapitre de base sur l interpr tation des r sultats obtenus ainsi qu un guide sur l analyse logicielle avec la fois les progiciels GeneMapper et GeneMarker Un Guide d interpr tation suppl mentaire contenant des exemples et un glossaire sont disponibles sur le site Internet de Elucigene www elucigene com Extraction de l ADN M thode d extraction de l ADN permettant d obte
44. r tation donne des exemples de profils types pour beaucoup de ces facteurs Les marqueurs homozygotes sont non informatifs car un rapport ne peut pas tre d termin Pour interpr ter un r sultat comme anormal c d pr sence de trisomie il est n cessaire d avoir au moins deux marqueurs informatifs correspondant un g notype triall lique tous les autres marqueurs tant non informatifs II n est pas recommand d interpr ter un r sultat comme anormal sur la base d informations provenant d un seul marqueur Si n cessaire des tests de suivi avec les kits de chromosome simple par ex Elucigene QST R 13 Elucigene QST R 18 Elucigene QST R 21 peuvent fournir suffisamment d informations pour l interpr tation La trisomie est d termin e par soit 7 1 Deux pics de hauteur in gale dus au fait que l un des pics repr sente deux all les pr sents chez l un ou les deux parents Dans ce cas le rapport entre les deux pics sera class comme 2 1 ou 1 2 de telle sorte que A1 A2 produira un r sultat dans la r gion de 1 8 2 4 quand le pic repr sentant l all le plus court a une surface sup rieure celle du pic repr sentant l all le plus long ou A1 A2 produira un r sultat dans la r gion de 0 45 0 65 quand le pic repr sentant l all le plus court a une surface inf rieure celle du pic repr sentant l all le plus long 7 2 Trois pics de hauteur comparable sont pr sents Le rapport des pics sera class comme 1 1 1
45. r sur OK dans la bo te de dialogue Data Processing Traitement des donn es quand l analyse est termin e Figure 20 Bo te de dialogue de traitement des donn es Events Checking options Processing Samples C11_Run_AB31304 2014 10 24 15 12 0299 2014 10 24 fsa Completed Checking Calibration 1 samples processed Analysis Time 0 14s AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 28 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Fen tre principale d analyse La disposition de la fen tre principale d analyse figure 21 de GeneMarker est simple utiliser Cette disposition comprend les l ments suivants Liste des fichiers d chantillon affich e dans la partie gauche de la fen tre Image du gel synth tique affich e en haut de la fen tre lectroph rogrammes des donn es en dessous de l image du gel Tableau de compte rendu affich dans la partie droite de la fen tre Il est important de v rifier dans cette fen tre que tous les pics appropri s de chaque profil ont t correctement d nomm s 1 Double cliquer successivement sur chaque chantillon dans l arborescence des fichiers d chantillon du c t gauche de l cran Cliquer avec le bouton droit sur les pics en question et choisir dans les options de la bo te de dialogue par ex modifier ou supprimer l all le confirmer ou annuler la confirmation selon le cas 2 Dans la fen tre Main A
46. re de panel Les param tres de panel et de segment GeneMapper QST R PL sont disponibles sur le site Internet de Elucigene www elucigene com product category rapid aneuploidy analysis e 1 Ouvrir l application Panel Manager Gestionnaire de panel en cliquant sur l ic ne 2 Cliquer sur Panel Manager Gestionnaire de panel dans la fen tre de navigation de gauche Le Gestionnaire de panel appara t pr sent surlign en bleu 3 S lectionner File Import Panels Fichier Importer panels Parcourir les dossiers et importer le fichier de panel GeneMapper QSTRPL Panel txt figure 3 4 Le fichier de panel appara t pr sent dans la fen tre de navigation de gauche Cliquer sur le fichier de panel pour qu il soit surlign en bleu 5 S lectionner File Import Bin Set gt Fichier Importer ensemble de segments Parcourir les dossiers et importer le fichier de segment GeneMapper QSTRPL Bins txt gt figure 4 6 Cliquer sur Apply Appliquer puis sur OK gt AN6XYB1FR 001 Feb 2015 Page 14 sur 37 Test Elucigene QST R PL Fausses couches Mode d emploi Figure 3 Importation du fichier de panel QST R PL Mi Edit Analysis View Tools Help SONG MMM LU AEA renge QTR Tabie setings vo BI SIDD Progress Status j See H EECHER HECTSER Sample Name Sample ID Comments Sample Type SFN E ER anset
47. s de l cran Les fichiers de donn es apparaissent pr sent dans l cran principal de GeneMapper figure 2 Figure 2 chantillons pr ts tre ajout s au projet File Edit Analysis View Tools Help a MICSE ii ES D Table Setting QSTR Table Settings vo2 meane sa Project Samples Status Sample File Sample Name Sample 1D Comments Sample Type SFN_ Analysis Method Panel Size Standard Matrix SNP Set Run Name r m Add Samples to Project x Edit View Files GM Database Samples To Add TI Run _A83130A_2014 03 19_15 10_0020 a Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020 Run_AB3130A_2014 04 10_09 20_0032 e A01_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 14 14 24 0033 L e A02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa do Run_AB3130A_2014 04 14_14 24 0034 B01 Run_AB3130A_2014 03 19_15 10 0020 _2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 14_14 24 0035 amp B02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_ 0036 e CDI Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_0037 e CO02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 14_14 24_ 0038 D01 Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3 130A_20 14 04 15_09 00_0039 D02_Run_AB3130A_2014 03 19_15 10_0020_2014 03 19 fsa Run_AB3130A_2014 04 15_15
48. tr le ADN doit tre congel 20 C Mat riel n cessaire mais non fourni G n ral Consommables de laboratoire gants tubes de microcentrifugation avec bouchons vis flacons de PCR de 0 2 ml ou plaques de microtitration recommand s par le fabricant du thermocycleur utilis embouts de pipette quipement de laboratoire pipettes de pr cision 2 jeux 1 pour la manipulation pr amplification et 1 pour la manipulation post amplification pipettes d placement positif de pr f rence v tements de protection vortexeur micro centrifugeuse centrifugeuse pour plaques de microtitration de 96 puits Amplification par PCR Thermocycleur adapt pour des plaques de microtitration de 96 puits ou des flacons de 0 2 ml avec une pr cision de temp rature de 1 dans la plage de 33 100 C et une uniformit statique de temp rature de 1 C QST R PL a t valid et a montr respecter les sp cifications sur les plateformes de thermocycleur recommand es suivantes Life Technologies GeneAmp 9700 Life Technologies Veriti Dx fonctionnant en mode standard Life Technologies Veriti Dx fonctionnant en mode simulation 9700 Life Technologies Proflex fonctionnant en mode standard Life Technologies Proflex fonctionnant en mode simulation 9700 Remarque Les intensit s de signal du pic peuvent augmenter lors de l utilisation des plateformes de thermocycleur Veriti et Proflex compar es la platef
49. uer sur l ic ne Run Project Traiter le projet dans la barre d outils principale Run Wizard Assistant de traitement Cr ation d une matrice de traitement Il est n cessaire de cr er une matrice de traitement lors de l utilisation initiale de ce logiciel pour l analyse des donn es QST R PL Cela est r alis l aide du Run Wizard Assistant de traitement 1 Pour acc der au Run Wizard Assistant de traitement il suffit de cliquer sur l ic ne a Run Project Traiter le projet dans la barre d outils principale Renseigner le champ Template Name Nom de matrice par ex QSTR PL S lectionner Panel Size Standard Marqueur de taille Standard Colour Couleur du marqueur de taille et Analysis Type Type d analyse comme cela est montr dans la figure 17 ci dessous Cliquer sur Save Enregistrer pour sauvegarder la matrice des fins d analyses ult rieures Cliquer sur Next Suivant pour continuer Figure 17 Run Wizard Assistant de traitement Fen tre Template Selection s lection de la matrice Run Wizard Template Selection Set the template of the project e Select an existing template or create one AFLP Template Name QSTR PL BHS_MPXI1 G QSTR PL Fragilex z uja 4 LOH Size Standard GS5500 D 3 a e SE ees E mPCR Analysis Type Fragment nimal v uci 4 i Next gt gt Cancel 7 Ki 3
50. yse offre des options de param trage du seuil pour l analyse de trisomie Il convient de s assurer que BPG est s lectionn dans la bo te d analyse et que les param tres suivants sont affich s e Peak Height Hauteur de pic 50 Hauteur minimale de 50 pour la d nomination des pics 150 pour les donn es du 3500 e Height Ratio Rapport de hauteur 30 Pourcentage maximum du pic principal devant tre atteint par le deuxi me pic pour que deux all les soient identifi s Quantification by Peak Area Quantification par surface de pic Option Shorter Length Longer Length Longueur plus courte longueur plus longue coch e Les seuils pour Trisomy Ratio Rapport de trisomie sont de 0 80 1 40 Option Apply Linear Correction Appliquer la correction lin aire d coch e Cliquer sur OK Fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie La fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie figure 23 permet l utilisateur d examiner les donn es d chantillon QST R d afficher le rapport des pics pour chaque marqueur et d acc der au compte rendu GeneMarker Plusieurs affichages aident l utilisateur dans l analyse des donn es ce sont les suivants Liste des chantillons lectroph rogramme Graphe de rapport Tableau de compte rendu Figure 23 Fen tre Trisomy Analysis Analyse de trisomie Sample List Electropherogram Report Table
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