Mode d`emploi du logiciel PHYLOGENE
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1. Mode d emploi du logiciel PHYLOGENE D apr s l aide en ligne du logiciel www inrp fr Acces biotic evolut phylogene accueil htm Objectif du logiciel Phylog ne permet partir de diverses activit s observer comparer construire classer tracer un arbre d tudier la classification et l volutiondes tres vivants Il dispose d un ensemble de fonctionnalit s qui permettent de travailler sur des donn es morphologiques anatomiques et mol culaires Menu Fichiers Ouvrir Images fichiers phg avec donn es morphologiques anatomiques biologiques des esp ces Fichiers tab de comparaisons d j tablies d esp ces voir en page 3 d esp ces diff rentes Fichiers arb avec arbre phylog n tique et tableau de comparaison correspondant Enregistrer le tableau Enregistre le tableau de comparaison r alis Enregistrer l arbre Enregistre l arbre phylog n tique r alis Voir la planche des esp ces Permet d afficher les imagettes des diverses esp ces inactif si seul un tableau de mol cules a t ouvert Imprimer Imprime l cran dans son tat Ferme l ensemble des fichiers ouverts sans quitter le logiciel Quitte le logiciel Menu Observer Fournit des informations sous forme de textes ou images sur l esp ce s lectionn e dans le bandeau de d filement d imagettes en bas d cran ou dans la planche des esp ces Le choix des donn es afficher se fait par l interm diai2. choisi Longueur partielle 2 cliquer sur la branche ou le n ud choisi Indique le nombre de sauts volutifs on ce 5 pre les br pe d un qu il faut envisagepour l ensemble noeud cliquer sur le n ud choisi de l arbre total ou en consid rant p uniquement le caract re s lectionn Affiche l tat du caract re q Annule toutes les actions partielle sur chaque branche Comparaison mol culaire Affiche un tableau comparatif de la s quence de mol cules de diverses esp ces Permet ainsi de construire matrice ou arbre phylog n tique Une esp ce peut tre s lectionn e ou d s lectionn e en cliquant sur son nom dans le tableau de comparaison Abe Affiche les r sultats de la comparaison sous forme d arbre voir ci dessus pour l utilisation des boutons Affiche la matrice des distances correspondant l arbre Ajouter des mol cules Ajoute une mol cule format du fichier adn pro mol Aligne les s quences affich es Choix des options de repr sentation des arbres et des types de calcul des distances Affiche les rubriques habituelles des logicielles mais aussi un glossaire des termes utilis s dans Phylog ne P Nadam Lyc e La Tour des Dames Rozay en Brie 77 phylogene doc Avril 2003 page 3 3
3. e ou simplement partir d un fichier Pour les classer les esp ces en fonction des tats d un caract re cliquer sur celui ci dans la matrice Pour le d s lectionner 1l suffit de recliquer dessus Menu Arbre Le cladogramme ne peut se construire qu partir d une matric w rifi e ou d un fichier ouvert Construction d un cladogramme pas pas La seule hypoth se de d part est que tous les taxons choisis ont une origine commune un m me anc tre commun Choisir un caract re en cliquant sur son nom dans la matrice Un code couleur appara t alors sur les branches du cladogramme Teriyan Treaa ai e en jaune tat d riv du caract re e en bleu tat primitif du caract re Eusthenopteron Crocodile renoue Crdthornmque D placer l aide de la souris les branches de l arbre cliquer sur la branche d placer avec le bouton gauche de la souris sans l cher ce bouton d placer la souris de fa on venir faire le branchement l o on le souhaite lorsque le branchement est possible un symbole appara t doigt point vers le haut pour un branchement simple symbole de multifurcation pour un branchement multiple P Nadam Lyc e La Tour des Dames Rozay en Brie 77 phylogene doc Avril 2003 page 2 3 Barre d outils Longueurs de l arbre Sa AEO Permet les permutations effectu es successivement P Longueur totale 8 m onani 7 Enracine le sch ma sur le taxon
4. re des listes d roulantes en bas d cran Permet de comparer quatre esp ces s lectionn es dans le bandeau de d filement inf rieur ou dans la planche des esp ces Le choix des crit res de comparaisons se fait par l interm diaire des listes d roulantes en bas d cran Il est possible de supprimer ou de changer une esp ce comparer en cliquant sur son image ou sur une nouvelle image dans le bandeau inf rieur ou dans la planche des esp ces P Nadam Lyc e La Tour des Dames Rozay en Brie 77 phylogene doc Avril 2003 page 1 3 Menu Construire Permet la construction d une matriceen vue de faire le point sur les observations r alis es et de pr parer ventuellement le trac d un arbre phylog n tique Ag me amenlara S lectionner ou d s lectionner les taxons esp ces dans le bandeau d filant Fhinarn ou la planche des esp ces S lectionner ou d s lectionner et les caract res dans la liste d roulante ordre PRE Jaaa doigts alphab tique Pour remplir la case cliquer dedans et choisir parmi les tats possibles du caract re qui s affichent en m me temps qu un documentpermettant de d terminer cet tat pour l esp ce consid r e Cliquer sur l tat choisi pour qu s inscrive dans la matrice rifl Une fois la matrice remplie le bouton _ V rin permet de corriger les ventuelles erreurs La classification se fait partir d une matriceconstruite et v rifi
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