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HiSeq 1000 User Guide - Support

1. Der Bildschirm Advanced Erweitert enth lt Einstellungen zur Best tigung der ersten Base und zum Angeben der Alignment Lanes Abbildung 17 Bildschirm Advanced Erweitert f r eine Hochleistungs Flie zelle Please check the remaining parameters and select Next to continue O Confirm First Base Control Lane None Align to PhiX a Y gi g oi Ei O Keep Intensity Files Confirm First Base Erste Base best tigen W hlen Sie dieses Kontrollk stchen aus um ein Dialogfeld zur Best tigung der ersten Base anzuzeigen in dem Sie w hlen k nnen ob der Lauf an diesem Punkt fortgesetzt oder abgebrochen werden soll Wenn Sie diese Option ausw hlen m ssen Sie die Ergebnisse best tigen damit der Lauf fortgesetzt werden kann Wenn Sie das Kontrollk stchen nicht ausw hlen wird der Bericht zur ersten Base wie gew hnlich generiert und der Lauf wird fortgesetzt ohne dass das Best tigungsdialogfeld f r den Bericht zur ersten Base angezeigt wird Der Bericht zur ersten Base kann jederzeit w hrend des Laufs vom Laufordner aus ge ffnet werden Weitere Informationen finden Sie unter Best tigen des Berichts zur ersten Base auf Seite 54 Control Lane Kontroll Lane W hlen Sie sofern zutreffend in der Dropdown Liste die Lane Ihrer Flie zelle aus die die Kontrollbibliothek enth lt W hlen Sie ansonsten None Keine Align to PhiX An PhiX ausrichten Dies erm glicht die Echtzeit Meldung von Fehlerraten f
2. Resume Fortsetzen an 3 Best tigen Sie die Einstellungen im Bildschirm Resume Fortsetzen oder w hlen Sie den entsprechenden Punkt des Laufs aus an dem der Lauf fortgesetzt werden soll Unter Resume At Fortsetzen bei wird der Read oder Punkt des Laufs aufgef hrt an dem der Lauf fortgesetzt werden soll Unter Start At Cycle Starten bei Zyklus wird der Zyklus aufgef hrt an dem der Lauf fortgesetzt werden soll Abbildung 30 Punkte zum Fortsetzen des Laufs Paired End Reagents Paired End Prime Paired End Turnaround Read 2 a ACHTUNG y Iluminaempfiehlt einen Lauf nur f r die Read 2 Primer Rehybridisierung am Punkt des Paired End Turnarounds fortzusetzen Weitere Informationen finden Sie unter Wiederholen der Read 2 Primer Hybridisierung auf Seite 141 4 Best tigen Sie die Einstellungen im Bildschirm Resume Fortsetzen oder w hlen Sie die Bildgebungs und Chemie Befehle zum Fortsetzen aus Weitere Informationen finden Sie unter Mustereinstellungen zum Fortsetzen eines Laufs auf Seite 58 5 W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren Die Software leitet Sie durch die brigen Schritte f r die Laufkonfiguration Mustereinstellungen zum Fortsetzen eines Laufs Wenn Sie einen Lauf nach der Aufnahme von Lane 1 bei Zyklus 23 eines Reads mit 101 Zyklen angehalten haben richtet die Software automatisch die Einstellungen zum Teile Nr 15023355 Rev KDEU Fortsetzen des Laufs f r Read Nr 1 bei Zyklus
3. Einf hrung Auf dem Ger tecomputer sind drei Software Anwendungen installiert HiSeq Control Software Die Benutzeroberfl che der HiSeq Control Software HCS f hrt Sie vor dem Start des Laufs durch die Schritte zum Festlegen von Laufparametern sowie zum Laden der Flie zelle und der Reagenzien W hrend der Durchf hrung des Laufs liefert HCS eine Zusammenfassung der Qualit tsstatistikwerte Echtzeitanalyse Die integrierte Prim ranalysesoftware f r die Echtzeitanalyse RTA f hrt das Base Calling durch und weist jeder Base f r jeden Zyklus einen Qualit ts Score zu Weitere Informationen hierzu finden Sie unter berblick ber die Echtzeitanalyse auf Seite 128 Sequenzierungsanalyse Viewer Der Sequenzierungsanalyse Viewer SAV liefert w hrend der Durchf hrung des Laufs detaillierte Qualit tsstatistikwerte und aktualisierte Kennzahlen Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungsanalyse Viewer auf Seite 131 Neue Funktionen in HCS v2 0 26 HCS v2 0 umfasst die folgenden neuen Funktionen Neuer Dichtungswechsel Workflow Verbesserung und Erzwingung der Waschlauf Workflows Waschlauf Timer die einen Waschlauf des Systems vor einem Sequenzierungslauf anfordern Wasserwaschlauf alle 24 Stunden ab dem Ende des letzten Wasserwaschlaufs Wartungswaschlauf alle 240 Stunden ab dem Ende des letzten Wartungswaschlaufs Der Wartungswaschlauf gilt im Hinblick auf die Timer und die Priorit t als Wasserwaschlauf D
4. HP8 oder HP12 17 Index 17 Index HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 3 Bunarzuanbeas Hya z pu yaddop op aqn 491 9499 N Uberblick 14 Abbildung 7 Doppelt indizierte Paired End Sequenzierung Read 1 Index Read 1 17 Index Read 2 15 Read 2 15 Index Read Read Primer Primer x HPS oder HP10 Y HP7 oder HP11 DNA Insert i7 Index Sequenzierungs Primer HP8 oder HP12 i7 Index 7 Index 16 Index Reine Ar Chemiezyklen 5 Index Sequenzierungs Primer P5 gepfropft Read 1 Read 1 wird gem dem Read 1 Standardsequenzierungsprotokoll durchgef hrt und verwendet Reagenzien des TruSeq SBS Kits Der Read 1 Sequenzierungs Primer wird w hrend des Clusterbildungsprozesses auf dem cBot an den Matrizenstrang gebunden Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Nextera Bibliotheken m ssen Sie den in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthaltenen Sequenzierungs Primer HP10 verwenden Dieser wird auf dem cBot anstelle von HP6 eingesetzt Weitere Informationen finden Sie im cBot Benutzerhandbuch Teile Nr 15006165_DEU F r die Sequenzierung von doppelt indizierten TruSeq HT Bibliotheken k nnen Sie HP6 oder HP10 verwenden Index Read Vorbereitung Das Read 1 Produkt wird entfernt und der Index 1 i7 Sequenzierungs Primer wird an denselben Matrizenstrang gebunden der den Index 1 i7 Read erzeugt Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Nextera Bibliotheken m ssen Sie den i
5. Reinigen des Flie zellenhalters 1 ffnen Sie die T r der Flie zellenkammer a ACHTUNG y Es d rfen keine Fl ssigkeiten auf der T r der Flie zellenkammer oder dem Flie zellentisch abgestellt werden wenn die T r ge ffnet ist Versch ttete Fl ssigkeiten in diesem Bereich k nnen das Ger t besch digen 2 Stellen Sie sicher dass sich der Flie zellenregler in der AUS Position befindet USIZUSBESH uon ua no pun uape7 Abbildung 35 Flie zellenregler in Position 0 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch OO Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 92 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Latexhandschuhe an Entfernen Sie ggf die Flie zelle des vorherigen Laufs und legen Sie sie beiseite Sie k nnen sie zur Pr fung des Flusses vor dem Einsetzen einer Cluster Flie zelle verwenden Wischen Sie die Oberfl che des Flie zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er vollst ndig sauber ist ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch Unterziehen Sie den Flie zellenhalter einer Sichtpr fung um sicherzustellen dass sich keine Fussel auf dem Halter befinden und die Vakuum ffnungen nicht blockiert werden Abbildung 36 Positionen der Vakuum ffnungen Einsetzen der gebrauchten Flie zelle 1 Sp len Sie die geb
6. das Disassemblieren Zur ckentwickeln Dekompilieren oder R ckassemblieren dieses Produkts umfasst d die Trennung die Extraktion oder Isolierung von Komponenten dieses Produkts oder eine andere unbefugte Analyse dieses Produkts zum Ziel hat e den Zugriff auf die oder die Ermittlung der Betriebsmethoden dieses Produkts beabsichtigt f sich auf die Nutzung von nicht von Illumina stammendem Reagenzien V erbrauchsmaterialien mit der Hardware von Illumina bezieht trifft nicht zu wenn die Spezifikationen oder die Dokumentation anderes besagen oder g die bertragung an einen Dritten das Unterlizenzieren der Software oder einer Software von Drittanbietern beinhaltet F r die gesamte Software ob separat bereitgestellt auf einem Produkt installiert oder darin eingebettet erh lt der K ufer eine Lizenz die Software wird ihm jedoch nicht verkauft Soweit nicht ausdr cklich in diesem Abschnitt angegeben wird im Rahmen der Immaterialg terrechte von Illumina kein Recht bzw keine Lizenz ausdr cklich stillschweigend oder nach dem Estoppel Prinzip gew hrt Der K ufer ist allein daf r verantwortlich herauszufinden ob er s mtliche f r die beabsichtigte Nutzung dieses Produkts erforderlichen Immaterialg terrechte besitzt einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Rechte von Drittanbietern oder Rechte auf anwendungsspezifische IP Ilumina gibt keine Garantie oder Gew hrleistung daf r dass die beabsichtigte Nutzung durch den K ufer
7. e Ta ARETA A TT CAAA ACTGATTCAACC GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TA CTGTTAACCTT STTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACT GAITCAAGGTAGGGTAAGGAAGGIATCAATTGAGCTTCTGTIAACH AGCAACGACG SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATG AAGAGCTACC Wuess NUR F R FORSCHUNGSZWECKE ILLUMINA EIGENTUMSRECHTLICH GESCH TZT Teile Nr 15023355 Rev K DEU Mai 2013 Dieses Dokument und dessen Inhalt sind Eigentum von Illumina Inc und verbundenen Unternehmen Illumina und ausschlie lich f r den bestimmungsgem en Gebrauch durch den Kunden in Verbindung mit dem Gebrauch des hier beschriebenen Produkts der hier beschriebenen Produkte und f r keinen anderen Bestimmungszweck ausgelegt Dieses Dokument und dessen Inhalt d rfen ohne schriftliches Einverst ndnis von Illumina nicht verwendet und zu keinem anderen Zweck verteilt bzw anderweitig bermittelt offengelegt oder auf irgendeine Weise reproduziert werden Illumina bertr gt mit diesem Dokument keine Lizenzen unter seinem Patent Markenzeichen Urheberrecht oder b rgerlichem Recht bzw hnlichen Rechten an Drittparteien Die Software ist lizenziert unter den Bestimmungen und Bedingungen der Illumina Sequenzierungs Software Lizenzvereinbarung in einem separaten Dokument Wenn Sie nicht mit den darin festgelegten Bestimmungen und Bedingungen einverstanden sind lizenziert Illumina diese Software nich
8. fung durch a W hlen Sie L sung 5 SB2 aus der Dropdown Liste b Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volumen 250 Aspirationsrate 250 Zufuhrrate 2000 c W hlen Sie Pump Pumpe d F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch L sen Sie die acht Abfallschl uche der Flie zelle vom Abfallbeh lter und entfernen Sie sie Entfernen Sie nicht die Schl uche f r die Kondensatpumpe oder die Cluster Vorf llpumpe B ndeln Sie alle Abfallschl uche mit Parafilm sodass die Enden nebeneinanderliegen Platzieren Sie die geb ndelten Enden der Schl uche in eine 250 ml Flasche W hlen Sie Next Weiter um den Wasserwaschlauf zu starten Positionen Ungef hre Laufzeit 8 SBS Positionen 20 Minuten 8 SBS Positionen und 10 Paired End Positionen 60 Minuten Messen Sie nach Abschluss des Waschlaufs die abgegebenen Volumina Halten Sie das Abgabevolumen im Laborkontrollformular fest Positionen Abgegebene Volumina 8 SBS Positionen 32 ml 8 SBS Positionen und 10 Cluster Positionen 72 ml Geben Sie das Abfallr hrchen zur ck in die Abfallflasche HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 2 3 SINBJy9SEMISSSEM SUIS USIUYNJYIING Verfahren nach einem Lauf Ger tin den Leerlauf versetzen 124 Wenn das Ger t innerhalb der n chsten zehn Tage nicht benutzt wird bereiten Sie es f r den Leerlaufmodus vor Falls das Ger t l nger als zehn T
9. hlen Sie L sung 5 SB2 aus der Dropdown Liste b Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volumen 250 Aspirationsrate 250 Zufuhrrate 2000 c W hlen Sie Pump Pumpe d F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch 9 B ndeln Sie die 8 Abfallschl uche mit Parafilm sodass die Enden nebeneinanderliegen Platzieren Sie die geb ndelten Enden der Abfallr hrchen in einer 250 ml Flasche 10 W hlen Sie Next Weiter 11 Messen Sie nach Abschluss des Waschlaufs die abgegebenen Volumina HINWEIS Die Vorf llpumpe wird in den Waschschritten gewaschen Halten Sie den Abfall von der Vorf llpumpe getrennt In den folgenden Tabellen sind die Waschvolumina der acht Abfallschl uche aufgelistet Sie enthalten nicht das Waschvolumen der Vorf llpumpe Positionen Abgegebene Volumina 8 SBS Positionen 32 ml 8 SBS Positionen und 10 Cluster 72 ml NaOH Waschlauf a ACHTUNG Aus Sicherheitsgr nden sollten Sie eine Schutzbrille tragen wenn Sie mit gro en Mengen NaOH arbeiten 1 Laden Sie das Ger t wie folgt mit 1 N NaOH a Laden Sie acht 250 ml Flaschen mit 5 ml NaOH 1 2 O Teile Nr 15023355 Rev KDEU b Wenn Sie Cluster Positionen waschen bef llen Sie zehn 15 ml R hrchen mit 5 ml NaOH 2 Laden Sie die Flaschen und R hrchen in den entsprechenden Reagenzien Rack im Ger t 3 W hlen Sie Next Weiter um den n chsten NaOH Waschgang
10. hren m ssen Sie vor dem Starten des Laufs die Indizierungsreagenzien laden 1 Bevor Sie beginnen halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Heben Sie die Sipper f r den Paired End Reagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin b Schieben Sie den Griff nach oben und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Der Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer Setzen Sie die Reagenzr hrchen in die entsprechend nummerierten Positionen je nach Art des durchgef hrten Laufs Tabelle 4 Einfach indizierter Lauf Position Reagenzien Beschreibung 17 HP8 oder HP12 Index 1 i7 Sequenzierungs Primer Mischung 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer Tabelle 5 Doppelt indizierter Lauf bei einer Single Read Flie zelle Position Reagenzien Beschreibung 16 HP9 Index 2 i5 SR Sequenzierungs Primer Mischung 17 HP8 oder HP12 Index 1 17 Sequenzierungs Primer Mischung 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 3 9 usizuaBesy uon ua njoA pun uspe7 Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Tabelle 6 Doppelt indizierter Lauf bei einer Paired End Fle zelle Position Reagenzien Beschreibung 10 RMR Resynthese Mischung 17 HP8 oder HP12 Index 1 i7 Sequenzierungs Primer
11. um ICB f r bis zu 58 Sequenzierungszyklen vorzubereiten 1 Geben Sie den Inhalt eines LFN R hrchens in die Flasche mit ICB 50 2 Sp len Sie das LFN R hrchen mit ICB 50 um sicherzustellen dass sich der gesamte LFN Inhalt in der ICB 50 Flasche befindet 3 Geben Sie den Inhalt eines EDP 50 R hrchens in die ICB LFN Mischung 4 Sp len Sie das EDP 50 R hrchen mit der ICB LFN Mischung um sicherzustellen dass sich der gesamte EDP Inhalt in der Flasche mit der ICB LFN Mischung befindet 5 Setzen Sie den Verschluss der Flasche auf und invertieren Sie die Flasche zum Mischen mehrmals vorsichtig Teile Nr 15023355 Rev KDEU 6 Legen Sie die Flasche auf Eis bis Sie die Reagenzien in das Ger t laden ICB f r doppelt indizierte L ufe vorbereiten Illumina empfiehlt das folgende Verfahren zum Berechnen des erforderlichen ICB Volumens f r einen doppelt indizierten Lauf Weitere Informationen zur erforderlichen Anzahl an SBS Kits f r einen doppelt indizierten Lauf basierend auf der Read L nge finden Sie unter SBS Kits f r die doppelt indizierte Sequenzierung auf Seite 73 1 Aliquotieren Sie zu Beginn Ihres Laufs ICB LFN und EDP mit den folgenden Volumina f r jeweils zehn durchzuf hrende Sequenzierungszyklen Sie d rfen ICB LFN und EDP nicht mischen Reagenzien Volumen pro zehn Speicherung Zyklen ICB 4 57 ml 2 bis 8 C LEN 0 6 ml 15 bis 25 C EDP 0 11 ml 15 bis 25 C Beispiel Ein doppelt indizierter Paired
12. 1 2 07 gt Platte 1 oben 01 bis 16 2 unten y Bildstreifen 1 Erster 2 Zweiter 3 Dritter In diesem Beispiel handelt es sich um eine Platte aus der oberen Oberfl che der Flie zelle den zweiten Bildstreifen und die siebte Platte Hauptsequenz Ausgabedateien Die folgenden Ausgabedateitypen enthalten von der Echtzeitanalyse generierte Prim ranalysedaten Base Call Dateien Eine Base Call Datei bcl enth lt Base Calls und Qualit tsbewertungen f r einen Zyklus und eine Platte Base Call Dateien k nnen f r eine sp tere Analyse separat vom Ger t verwendet werden HINWEIS Wenn Sie CASAVA v1 7 oder fr her verwenden m ssen die bcl Dateien in OLB oder im BCL Converter in das _qseq txt Format konvertiert werden um eine nachgeschaltete Analyse zu erm glichen Weitere Informationen finden Sie im BCL Converter Benutzerhandbuch oder im Offline Basecaller Software Benutzerhandbuch Dieser Schritt ist mit CASAVA v1 8 2 oder h her nicht erforderlich HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 3 5 9s eue19z1yoy usjepaqebsny Echtzeitanalyse Stats Dateien Die Stats Datei ist eine Bin rdatei die Base Calling Statistiken f r Cluster enth lt die den Filter passiert haben Diese Dateien werden vom BCL Converter und CASAVA v1 8 verwendet Filter Dateien Die Filter Dateien filter sind Bin rdateien die Filterergebnisse enthalten Diese Dateien werden vom BCL Converter und CASAVA v1 8 verwe
13. 100 und pumpen Sie weitere 250 ul Wasser in die Flie zelle Wenn die Probleme weiterhin bestehen entfernen Sie die Flie zelle wiederholen Sie die Reinigungsschritte und setzen Sie die Flie zelle erneut ein Vorf llen von Reagenzien L sen Sie die acht Abfallschl uche der entsprechenden Flie zelle vom Abfallbeh lter und entfernen Sie sie Entfernen Sie nicht die acht Schl uche der gegen berliegenden Flie zelle oder die Schl uche f r die Kondensatpumpe oder die Paired End Vorf llpumpen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 9 5 usizuabesy uon ua nop pun u pe Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Abbildung 40 Abfallschl uche f r ein HiSeq 1000 System A Flie zellen Abfallschl uche f r Reagenzpositionen 1 8 B Kondensatpumpe nicht entfernen C Paired End Vorf llpumpe nicht entfernen 1 Platzieren Sie jeden Abfallschlauch in einem leeren 15 ml R hrchen Der Vorf llabfall wird gesammelt und nach dem Vorf llvorgang gemessen 2 W hlen Sie Next Weiter Der Vorf llbildschirm wird ge ffnet und der Vorf llvorgang wird automatisch gestartet Sie k nnen den Status des Vorf llvorgangs auf dem Vorf llbildschirm berwachen 3 Messen Sie nach Abschluss des Vorf llvorgangs den gesammelten Vorf llabfall und berpr fen Sie ob das Volumen 2 ml pro vorgef llter Reagenzposition bzw insgesamt 14 ml betr gt Halten Sie die Ergebnisse im Laborkontrollformular fest J HINWEIS Die Farbe des Vorf llabfalls kann
14. 23 ein Im Bildschirm Resume Fortsetzen sollten folgende Einstellungen angezeigt werden gt Resume At Fortsetzen bei Read 1 gt Start At Cycle Starten bei Zyklus 23 Abbildung 31 Beispiel f r das Fortsetzen bei Zyklus 23 Resume At Read 1 62 Image 1 och Start At Cycle 23 EJ Imaging mo e Bei einem Read mit 101 Zyklen gibt es einen FirstBase Zyklus gefolgt von 100 CompleteCycle Zyklen Bei Zyklus 23 befinden Sie sich innerhalb von 100 CompleteCycle Zyklen Image 100 cycles wi CompleteCycle 100 Zyklen mit CompleteCycle aufnehmen sollte automatisch ausgew hlt werden Abbildung 32 Beispiele f r Bildgebungsbefehle Image 100 ob Image 1 cycles w FirstBase Image 100 cycles wi CompleteCycle Chemistry End Da der Lauf in diesem Beispiel w hrend eines Bildgebungsschrittes angehalten wurde sollte automatisch Imaging no chemistry Bildgebung keine Chemie ausgew hlt werden Abbildung 33 Beispiele f r Chemiebefehle Imaging no e Chemistry Deblock Chemistry Buffer Wash Chemistry Incorporation Imaging no chemistry HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 5 9 SINE saule uaz esyo y pun u yeyuy HiSeq Software Unterbrechen eines Laufs Sie k nnen einen Lauf im Lauf bersichtsbildschirm unterbrechen Das Unterbrechen eines Laufs ist beispielsweise m glich um die Laufkomponenten z B die Reagenzienmengen zu pr fen und anschlie end mit dem Lauf fortzufahren In
15. BaseSpace App Store bieten viele einfache Workflows mit denen die Analyse f r verschiedene biologische Anwendungen individuell angepasst werden kann Zielgruppe und Zweck Dieses Handbuch enth lt Informationen zum HiSeq System Es bietet einen berblick ber die Ger tekomponenten und Softwarefunktionen sowie umfassende Anweisungen f r die Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs Diese Anleitung richtet sich an Labormitarbeiter und andere Personen die das Ger t bedienen 2 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Sequenzierungsl ufe durchf hren Ger te und Komponentenwartungen durchf hren Mitarbeiter in der Bedienung des Ger ts schulen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch SunJynyu 3 Uberblick HiSeq Konfiguration und Komponenten Systemkonfiguration Das HiSeq wird mit einer dedizierten Workstation ausgeliefert die an die neuesten Systemanforderungen angepasst ist Die Computer Workstation ist ein dediziertes Subsystem des Ger ts Sie ist nicht zur Nutzung als Workstation f r allgemeine Zwecke geeignet und wird daf r auch nicht unterst tzt Das HiSeq System besteht aus dem HiSeq Ger t das einen Bildschirm eine dedizierte und an die neuesten Systemanforderungen angepasste Workstation einen Barcodescanner eine Tastatur eine Maus und ein Universal Netzteil umfasst Komponenten Reagenzienkammer Enth lt Racks mit Reagenzien f r die Sequenzierungsl ufe oder Waschl sung f r Ger tewaschl ufe Flie zellenkammer En
16. Berichts Speicherort 39 62 Best tigung 39 54 105 K Klickger usch 104 Komponenten Flie zellenkammer 4 6 91 Fluidikkammer 4 Optikmodul 4 Reagenzienkammer 4 5 117 Kontrolldateien 135 L Laden von Reagenzien 87 111 117 Lauf fortsetzen 30 Laufdauer 71 Laufordner 62 Lauf bersichtsbildschirm 53 104 locs Dateien 133 M Manifold Dichtungen 19 118 N Nextera Bibliotheken 16 O Optikmodul 4 P Paired End Reagenzien 106 Paired End Sequenzierung Reagenzien laden 111 Plattennummerierung 134 os txt Dateien 134 rimer Anforderungen 20 Primer Rehybridisierung 141 Probenblatt Editor 64 Hochladen 44 im Laufordner 62 Probenblattbildschirm 44 Uberblick 64 Probenblattbildschirm 44 Probenvorbereitung Kits f r die doppelte Indizierung 16 Protokolldatei anzeigen 28 Q Qualit tsbewertungen Erstellen 130 R Read L nge 41 Read 2 Hybridisierung 141 Reagenzien ICB laden 112 Kit ID aufzeichnen 44 Laden 89 111 117 Paired End 111 Reagenzienbildschirm 44 SBS laden 87 Sequenzierung 117 Trichterverschl sse 19 Versionskompatibilit t 21 Vorf llen 96 Reagenzienbildschirm 44 Reagenzienkammer 4 5 117 Reagenzpositionen Indizierung 89 an 111 Regul rer Stoppvorgang 56 en d S Rezepturordner 62 Runlnfo xml 62 134 S SAV 55 105 131 Scanbildschirm 83 Sequenzierungs Primer 20 Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien 17 Sequenzierungsanalyse Viewer 26 55 105 131 Software Echtzeitanalyse 2
17. DEU Sie k nnen die Typen der Meldungen filtern die im Statusfenster angezeigt werden indem Sie die Symbole am oberen Fensterrand ausw hlen Wenn Sie ein Symbol ausw hlen wird die Bedingung angezeigt bzw ausgeblendet HINWEIS Weitere Informationen zu bekannten Problemen in Zusammenhang mit Fehlern und Warnungen finden Sie in den Versionshinweisen f r die Version der von Ihnen verwendeten Ger testeuerungssoftware SJEMYOS 01JUO baS H 1p AYIR LSQOJSZINUIY HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 3 3 HiSeq Software Laufkonfigurationsbildschirme Wenn Sie im Begr ungsbildschirm die Option Sequence New Run Sequenz Neuer Lauf w hlen werden die Laufkonfigurationsbildschirme ge ffnet Diese f hren Sie durch die Schritte zum Einrichten des Laufs die auf der Registerkarte Run Configuration Laufkonfiguration beginnen Jeder Laufkonfigurationsbildschirm enth lt Dropdown Listen Kontrollk stchen oder Textfelder Scannen Sie die Flie zellen oder Reagenzien Kit ID mit dem tragbaren Barcodescanner ein oder geben Sie die ID ber die Touchscreen Tastatur ein Das Tastatursymbol befindet sich rechts neben den Textfeldern Wenn Sie die erforderlichen Informationen auf den einzelnen Bildschirmen eingegeben haben wird die Schaltfl che Next Weiter aktiviert W hlen Sie Next Weiter um zum n chsten Bildschirm zu wechseln oder w hlen Sie Back Zur ck um zum vorherigen Bildschirm zur ckzukehren Sie k
18. Daten aller vorherigen L ufe in einem Netzwerkverzeichnis So wird sichergestellt dass ausreichend freier Speicherplatz vorhanden ist HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 2 3 sus1s s baSIH sep ua Ie1s Uberblick 24 6 Starten Sie die HiSeq Control Software HCS mithilfe des Symbols auf dem Computer Desktop Die Initialisierung der HiSeq Control Software nimmt einige Minuten in Anspruch Nachdem die Initialisierung der Software abgeschlossen ist wird der Begr ungsbildschirm ge ffnet Links unten im Bildschirm wird das Initialisierungssymbol angezeigt Teile Nr 15023355 Rev KDEU Hiseq Software Einf hrung 26 Benutzeroberfl che der HiSeq Control Software 28 Laufkonfigurationsbildschirme 34 Voreinstellungsbildschirme 46 Laufinitiierungsbildschirme 50 Laut bersichtsbildschim ees deg tarotista SES ee seen 53 Anhalten und Fortsetzen eines Laufs o oooccccccccccccccccccccccccccnccccccccnnnnnnnccccccnos 56 Unterbrechen eines Laufs 0 00000000000000 0000000000000000 nn nennen nen nnnnneenee nennen 60 L auf rdner EE 62 berblick ber das Probenblatt ccccccccccccnnenenenenenennsnseneneneneneeeeenn 64 Verf gbarer Speicherplatz ccccccoceeeeseesnneeennnnennneennnnnennneeennnnnn 66 EA franz Sy hd gg u Be ng ES Fr geet n nen gef A se nn Dee P nern sr pal HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 2 D CO HiSeq Software
19. Dichtungen aus Tauschen Sie die Dichtungen vor jeden Ger tewartungswaschlauf aus berpr fen Sie ob die Sipper Einheiten vollst ndig abgesenkt wurden und jeder Sipper in Kontakt mit den Reagenzien ist 139 UOIJEIN LLUOYINE Jap 199 SWSIAOAA SyaBolN Durchf hren einer Fluidikpr fung ber die Schaltfl che Check Pr fung im Begr ungsbildschirm k nnen Sie eine Fluidikpr fung durchf hren wenn Sie nicht gerade einen Lauf konfigurieren Verwenden Sie diese Option w hrend der Ger teinstallation und der Behebung von Fluidik Fehlern 1 Setzen Sie eine gebrauchte Flie zelle in das Ger t ein Weitere Informationen finden Sie unter Einsetzen der gebrauchten Flie zelle auf Seite 92 Fehlerbehebung 2 Bef llen Sie acht 250 ml Flaschen mit Waschl sung oder Wasser in Laborqualit t und laden Sie die Flaschen auf den entsprechenden Reagenzien Rack Laden Sie den Rack in das Ger t 3 W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Check Pr fung 4 W hlen Sie L sung 5 SB2 aus der Dropdown Liste Wenn Sie eine Fluidikpr fung mit einer gebrauchten Flie zelle im Ger t durchf hren k nnen Sie L sung 2 ausw hlen wobei es sich um Wasser handelt D Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volumen 250 Aspirationsrate 250 Zufuhrrate 2000 6 W hlen Sie Pump Pumpe Wenn Sie die Fluidikpr fung unterbrechen m ssen w hlen Sie Pause 7 F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die d
20. End Lauf mit 101 Zyklen hat insgesamt 225 Zyklen 124 Zyklen 101 8 7 8 f r Read 1 und die Index Reads 101 Zyklen f r Read 2 Read 1 und Index Reads 124 Zyklen Read 2 101 Zyklen 124 Zyklen 10 Zyklen 12 4 101 Zyklen 10 Zyklen 10 e ICB 12 4 x 4 57 ml 56 9 ml e ICB 10 x 4 57 ml 45 7 ml e LEN 12 4 x 0 6 ml 7 44 ml e LFN 10 x 0 6 ml 6 ml e EDP 12 4 x 0 11 ml 1 36 ml e EDP 10 x 0 11 ml 1 1 ml Sie k nnen dieselbe Berechnung f r alle doppelt indizierten L ufe basierend auf der Gesamtanzahl der Zyklen in Read 1 und den Index Reads sowie der Gesamtanzahl der Zyklen in Read 2 verwenden Rechnen Sie bei doppelt indizierten Paired End L ufen die sieben reinen Chemiezyklen im Index 2 Read hinzu 2 Lagern Sie alle Volumina von ICB LFN und EDP nach Bedarf in der geeigneten Lagerumgebung HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch USIZUSBESY SAS UON UayaaQq oA Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Lagern Sie bei Paired End L ufen die f r Read 2 berechneten Aliquote bis Sie frischen ICB f r Read 2 vorbereiten Bereiten Sie ICB LFN und EDP wie folgt vor a Geben Sie LEN in die Flasche mit ICB b Sp len Sie die beiden LFN R hrchen mit ICB um sicherzustellen dass sich der gesamte LFN Inhalt in der ICB Flasche befindet F gen Sie EDP zu der ICB LFN Mischung hinzu Sp len Sie das EDP R hrchen mit der ICB LFN Mischung um sicherzustellen dass sich der gesamte EDP Inhalt in der Flasche mit der ICB LFN Misc
21. Kit ID der Reagenzien die Sie neu laden Die Anzahl der Zyklen f r die die Reagenzien ausreichen sollen Teile Nr 15023355 Rev KDEU HINWEIS E Im Bildschirm Change Reagents Reagenzien wechseln ist das Kontrollk stchen f r den Vorf llvorgang deaktiviert Das Vorf llen der Reagenzien ist nicht erforderlich D W hlen Sie Next Weiter um mit dem Laden der Reagenzien fortzufahren HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 61 SINE s ul uaysa1q ajup HiSeq Software Laufordner Bei jedem Sequenzierungslauf wird ein Laufordner mit Daten und Protokolldateien erstellt Name und Pfad des Laufordners Wenn Sie den Lauf konfigurieren fordert Sie die Software zur Eingabe des Pfads des Laufordners auf Standardm ig hat der Name des Ordners das folgende Format JMMTI_ lt Workstation Name_ lt Laufnummer gt _ lt Flie zellen ID gt Beispiel 110114_5N106_0716_A90095ACXX Die Laufnummer wird jedes Mal wenn Sie einen Lauf auf dem entsprechenden Ger t durchf hren um 1 erh ht Die Flie zellen ID die Sie beim Einrichten des Laufs eingegeben haben wird an das Ende des Laufordnernamens angeh ngt Der Laufordner wird in dem Ausgabepfad gespeichert den Sie bei der Laufkonfiguration im Scanbildschirm angegeben haben Der tempor re Laufordner f r Flie zelle A wird auf das Laufwerk D und der tempor re Laufordner f r Flie zelle B wird auf das Laufwerk E geschrieben Inhalte der Laufordner 62 Unterordner Schl sseldate
22. Men schaltfl che des Begr ungsbildschirms die sich in der oberen linken Ecke des Begr ungsbildschirms befindet bietet folgende Optionen View Ansicht Bietet Optionen zum Anzeigen der Benutzeroberfl che im Vollbildmodus oder in einem Fenster sowie zum Minimieren der Benutzeroberfl che Tools Werkzeuge Bietet Zugriff auf das Fenster Options Optionen und die Option Show Log Protokoll anzeigen Options Optionen In diesem Fenster k nnen Sie die Lauf ID Vorlage die Standardspeicherorte der Ordner und den LIMS Server den Benutzernamen und das Kennwort festlegen Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Fenster mit Menioptionen auf Seite 29 Teile Nr 15023355 Rev KDEU 28 Show Log Protokoll anzeigen Die Protokolldatei ist eine Textdatei die zur Fehlerbehebung verwendet wird Scanner Aktiviert den Befehl zum manuellen Initialisieren der Software About Info Bietet Informationen zur Ger te Hardware und den Software Versionen sowie Kontaktinformationen f r technische Unterst tzung Exit Beenden Schlie t die CS Benutzeroberfl che Abbildung 9 Men schaltfl che Fenster mit Men optionen Im Fenster Options Optionen k nnen Sie die Lauf ID Vorlage die Standardspeicherorte der Ordner und den LIMS Server den Benutzernamen und das Kennwort festlegen Abbildung 10 Fenster mit Men optionen Run ID Template YYMMYDD _ SERIAL _ RUN _ FCPOSYFGSERIAL Reset B Default Output Folde
23. Mischung 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer J HINWEIS Setzen Sie R hrchen mit deionisiertem Wasser in nicht benutzte Rack Positionen 5 Entfernen Sie die Verschl sse von den einzelnen Reagenzr hrchen 6 Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten 7 Senken Sie die Sipper wie folgt in die R hrchen auf dem Paired End Reagenzien Rack ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin b Senken Sie den Griff ab und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die R hrchen nicht verbogen werden d Schieben Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Der Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen 8 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer 9 W hlen Sie Next Weiter um mit dem Schritt Vorf llen von Reagenzien auf Seite 91 fortzufahren 9 O Teile Nr 15023355 Rev KDEU Vorf llen von Reagenzien F hren Sie folgende Schritte zum Vorf llen der Reagenzien aus gt Reinigen des Flie zellenhalters auf Seite 91 Einsetzen der gebrauchten Flie zelle auf Seite 92 Pr fen des Flusses auf Seite 95 Vorf llen von Reagenzien auf Seite 95 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Reinigungst cher f r Objektive gt 70 iges Ethanol oder Alkoholtupfer gt Fusselfreie Labort cher gt Gebrauchte Flie zelle
24. Namen des Experiments und Ihren Benutzernamen ein W hlen Sie die Lane aus die das Kontrollmaterial enth lt sofern zutreffend W hlen Sie ansonsten None Keine W hlen Sie Next Weiter Rezeptbildschirm 1 W hlen Sie eine der folgenden Indizierungsoptionen No Index Kein Index F hrt einen nicht indizierten Single Read oder Paired End Lauf durch Single Index Einfacher Index F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit einem Index Read Index 1 i7 Read durch Dual Index Doppelter Index F hrt einen Single Read oder Paired End Lauf mit zwei Index Reads Index 1 i7 Read und Index 2 i5 Read durch Custom Benutzerdefiniert F hrt einen Single Read bzw Paired End Lauf mit einer benutzerdefinierten Anzahl an Zyklen f r die Index Reads durch HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 3 3 ula jouwesedine7 uoan UsqseBuly Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 384 2 W hlen Sie Single Read oder Paired End f r das Flie zellenformat aus Diese Option wird nur im angezeigt wenn Sie Dual Index Doppelter Index oder Custom Benutzerdefiniert ausgew hlt haben Geben Sie die Anzahl der Zyklen ein die Sie f r Read 1 und sofern zutreffend f r Read 2 sequenzieren m chten Wenn Sie die Indexierungsoption Custom Benutzerdefiniert ausw hlen geben Sie die Anzahl der Zyklen ein die Sie f r die Index Reads sequenzieren m chten HINWEIS Es ist m glich einen doppelt indizierten
25. Nr 15023355 Rev KDEU Der Illumina Experiment Manager kann auf jeder Windows Plattform ausgef hrt werden Um die Software herunterzuladen besuchen Sie die Supportseite Illumina Experiment Manager auf der Ilumina Website support illumina com sequencing sequencing_ software experiment_manager downloads ilmn Weitere Informationen finden Sie im Ilumina Experiment Manager Benutzerhandbuch Teile Nr 15031335 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 6 5 18 queqold SEP 18qN 491194897 HiSeq Software Verf gbarer Speicherplatz 66 W hrend des Laufs pr ft die Software nach der Bildgebung jeder Lane ob gen gend Festplattenspeicher auf den lokalen Laufwerken D und E verf gbar ist Der Netzwerkspeicherort wird zu diesem Zeitpunkt nicht gepr ft Wenn der verf gbare Speicherplatz den sicheren Grenzwert unterschreitet stoppt die Software den Lauf und versetzt die Flie zelle in einen sicheren Status HINWEIS Iluminaempfiehlt einen Speicherort im Netzwerk f r den Ausgabeordner Ihres Laufs anzugeben Geben Sie den Ausgabeordner Ihres Laufs im Scanbildschirm an Weitere Informationen finden Sie unter Flow Cell Set up Einrichtung der Flie zelle auf Seite 38 Falls der Speicherplatz knapp wird m ssen Sie Speicherplatz frei machen damit der Lauf fortgef hrt werden kann Sobald wieder gen gend Speicherplatz verf gbar ist wird der Lauf automatisch fortgesetzt Der HiSeq Ger tecomputer besitzt eine Speicherkapazit t von 2 7
26. Paired End Flie zelle HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch Index 1 i7 HP12 HP12 HP8 oder HP12 HP8 oder HP12 HP8 oder HP12 HP8 oder HP12 Index 2 i5 HP9 RMR HP9 79 usizuaBea 1sBun JaIzipu UOA USNSISQJON Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Sie ben tigen f r die Vorbereitung von Indizierungsreagenzien weniger als 30 Minuten Tabelle 2 Indizierungsreagenzien Reagenzien Name des Kits HP3 TruSeq PE Cluster Kit Box mit Indizierungsreagenzien HT2 TruSeq PE Cluster Kit Box mit Indizierungsreagenzien HP8 oder HP12 TruSeq PE Cluster Kit Box mit Indizierungsreagenzien TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box HP9 TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box RMR TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box p f HINWEIS Das im TruSeq Cluster Kit enthaltene HP8 ist nicht f r doppelt indizierte Nextera Bibliotheken geeignet Verwenden Sie stattdessen HP12 das in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten ist HINWEIS Die Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box sind f r nicht indizierte und einfach indizierte Bibliotheken geeignet Wenn Ihre Flie zelle eine Kombination aus nicht indizierten einfach indizierten und doppelt indizierten Bibliotheken enth lt verwenden Sie f r den gesamten Lauf die Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Auftauen von Indizierungsreagenzien 1 Nehmen Sie die Reagenzien aus dem Lagerort mit einer Tem
27. Sequenzierungslauf starten HINWEIS HCS l sst Sie keinen neuen Lauf durchf hren wenn das Ger t mehr als 24 Stunden im Leerlauf war Bevor Sie einen Lauf starten f hren Sie die empfohlene Fluidikpr fung durch wenn Sie von der Software dazu aufgefordert werden um sicherzustellen dass die Fluidik ordnungsgem funktioniert Von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien Wasser in Laborqualit t Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Acht 250 ml Flaschen Corning Katalognummer 430776 Zehn konische 15 ml R hrchen Corning Katalognummer 430052 Ein Eppendorf Gef f mit Deckel f r jede Flie zelle Verfahren 1 2 122 W hlen Sie im HCS Begr ungsbildschirm Wash Water Waschen Wasser Laden Sie Wasser in Laborqualit t wie folgt in das Ger t a F llen Sie acht 250 ml Flaschen mit 20 ml Wasser in Laborqualit t b Wenn Sie Paired End Positionen waschen bef llen Sie zehn 15 ml R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t J HINWEIS Manifold Dichtungen m ssen vor einem Wasserwaschlauf nicht ausgetauscht werden Stellen Sie sicher dass eine gebrauchte Flie zelle geladen ist Setzen Sie ggf eine gebrauchte Flie zelle ein W hlen Sie Next Weiter HINWEIS Ilumina empfiehlt eine Fluidikpr fung wenn eine gebrauchte Flie zelle f r den Waschlauf geladen wurde Teile Nr 15023355 Rev KDEU Wenn Sie eine gebrauchte Flie zelle geladen haben f hren Sie eine Fluidikpr
28. Set up Einrichtung der Flie zelle f r eine Hochleistungs Flie zelle Please enter Flowcell ID Flow Cell ID Flow Cell Type HiSeq Flow Cell v1 5 Experiment User Name engradmin HINWEIS Es ist erforderlich dass Sie beim Einrichten des Laufs den Flie zellenbarcode scannen bzw die richtige Fie zellen ID eingeben Die Software ben tigt die Flie zellen ID um festzustellen ob der Flie zellentyp mit den Komponenten kompatibel ist Flow Cell ID Flie zellen ID Geben Sie die Flie zellen ID der neuen Flie zelle ein Sie k nnen die Flie zellen ID mithilfe des Barcodescanners der Tastatur oder der Touchscreen Tastatur eingeben Verwenden Sie den Barcodescanner um eine fehlerfreie Eingabe sicherzustellen oder geben Sie die Flie zellen ID sorgf ltig ein Flow Cell Type Flie zellentyp Die entsprechende Flie zelle wird automatisch auf Basis der Flie zellen ID ausgew hlt Die Software verwendet diese Information um die Kompatibilit t der Flie zelle mit der Ger tesoftware und den Laufkomponenten zu berpr fen Weitere Informationen finden Sie unter Rezept auf Seite 40 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Erweitert Experiment Geben Sie einen beliebigen Versuchsnamen ein Dieser Name wird oben in jedem Bildschirm der Benutzeroberfl che angezeigt um die Identifikation des laufenden Sequenzierungslaufs zu erleichtern User Name Benutzername Geben Sie den Namen der Person ein die den Lauf konfiguriert
29. Single Read Lauf mit einer Paired End Flie zelle und Paired End Bibliotheken durchzuf hren Richten Sie hierzu einen doppelt indizierten Paired End Lauf ein und geben Sie 0 f r die Anzahl der Zyklen in Read 2 ein Der Lauf wird nach dem Index 2 i5 Read gestoppt Pr fen Sie die Chemie Einstellungen f r Ihren Lauf a SBS Diese Einstellung wird von der Flie zellen ID festgelegt b Index Diese Einstellung wird durch die Auswahl der Indizierungsoption festgelegt F r einfach indizierte L ufe m ssen Sie jedoch den Namen des Kits angeben um sicherzustellen dass die korrekte Anzahl an Indizierungszyklen f r den Lauf verwendet wird Nicht indizierte und einfach indizierte Bibliotheken W hlen Sie Multiplexing Primer Box Der Lauf wird f r einen Index Read mit sieben Zyklen eingerichtet Doppelt indizierte Bibliotheken W hlen Sie TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Der Lauf wird f r einen Index Read mit acht Zyklen eingerichtet HINWEIS W hlen Sie unabh ngig davon welche Sequenzierungs Primer Sie f r den Lauf einsetzen f r alle doppelt indizierten Bibliotheken Nextera oder TruSeq HT die Einstellung Select TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box aus Wenn Sie eine andere Einstellung ausw hlen wird der Index Read mit weniger als acht Zyklen durchgef hrt Weitere Informationen zu den erforderlichen Sequenzierungs Primern f r den Lauf finden Sie unter Sequenzierungs Primer nach Lauftyp auf Seite 20 c PE t
30. Stelle durch an der der Lauf angehalten wurde Sie k nnen den Lauf nicht fortsetzen Complete For Read F r Read beenden Die Echtzeitanalyse wird gestoppt Die Laufdaten Laufparameter und Rezeptdateien werden aktualisiert um die L nge des aktuellen Reads auf den zuletzt durchgef hrten Zyklus zu k rzen Die nachfolgenden Reads sind nicht davon betroffen Anschlie end wird RTA neu gestartet und beendet die Analyse f r den aktuellen Read Sie k nnen den Lauf am Anfang des n chsten Reads fortsetzen 4 Nachdem der Lauf angehalten wurde w hlen Sie im bersichtsbildschirm des Laufs Return to Start Zur ck zum Anfang Der Begr ungsbildschirm wird ge ffnet Fortsetzen eines angehaltenen Laufs Sie k nnen einen angehaltenen Lauf fortsetzen wenn der Lauf mithilfe einer normalen Stopp Option in Verbindung mit einer der Echtzeitanalyse Optionen die das Fortsetzen des Laufs zulassen sicher angehalten wurde 1 W hlen Sie im Begr ungsbildschirm die Option Sequence Sequenzierung und anschlie end Resume Run Lauf fortsetzen Der Bildschirm Resume Fortsetzen wird ge ffnet HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 5 T SINE saula uazjesyo y pun u yeyuy HiSeq Software 2 W hlen Sie in der Dropdown Liste den Laufordner f r den Lauf aus den Sie fortsetzen m chten J HINWEIS Die Software setzt den Lauf an dem Punkt fort an dem er angehalten wurde und zeigt standardm ig die richtigen Einstellungen im Bildschirm
31. Unterst tzung ben tigen wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina Tabelle 10 Allgemeine Kontaktinformationen f r Illumina Illumina Website www illumina com E Mail techsupport illumina com Tabelle 11 Telefonnummern des Illumina Kundendiensts Region Telefonnummer Region Telefonnummer Nordamerika 1 800 809 4566 Italien 800 874909 sterreich 0800 296575 Niederlande 0800 0223859 Belgien 0800 81102 Norwegen 800 16836 D nemark 80882346 Spanien 900 812168 Finnland 0800 918363 Schweden 020790181 Frankreich 0800 911850 Schweiz 0800 563118 Deutschland 0800 180 8994 Gro britannien 0800 917 0041 Irland 1 800 812949 Andere L nder 44 1799 534000 MSDS Materialsicherheitsdatenbl tter MSDS Material Safety Data Sheets stehen auf der Illumina Website unter www illumina com msds zur Verf gung Produktdokumentation Weitere Produktdokumentation steht auf der Illumina Website im PDF Format zum Herunterladen zur Verfiigung Rufen Sie www illumina com support auf und w hlen Sie ein Produkt aus Hierf r m ssen Sie sich bei Mylllumina anmelden Um sich f r ein Mylllumina Konto zu registrieren rufen Sie my illumina com Account Register auf HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 47 Bunzin s a juf y s uy Teile Nr 15023355 Rev K DEU ACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA AATGATAACAG TAAC
32. Wenn die Flie zelle w hrend der Reinigung auf dem Tischger t liegt wird m glicherweise zu viel Druck auf die Flie zelle ausge bt sodass diese brechen kann Illumina empfiehlt daher die Flie zelle w hrend der Reinigung mit den Fingern an den R ndern festzuhalten 6 Sch tzen Sie die Flie zelle vor Staub bis Sie sie in das Ger t einsetzen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 9 9 9 9Z5J91 4 4aula USpe7 Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Laden der Flie zelle 100 HINWEIS Tauschen Sie zu diesem Zeitpunkt nicht die Manifold Dichtungen aus Verwenden Sie beim Laden der Cluster Flie zelle die Dichtungen die Sie vor dem Ger tewaschlauf eingesetzt haben Die Manifold Dichtungen werden ausgetauscht wenn der aktuelle Sequenzierungslauf abgeschlossen ist und bevor der Ger tewartungswaschlauf durchgef hrt wird F hren Sie nicht mehrere Sequenzierungsl ufe mit denselben Manifold Dichtungen durch Legen Sie die Flie zelle so auf den Flie zellenhalter dass die Einlass und Auslassanschl sse nach unten weisen und der Barcode sich auf der rechten Seite befindet Der Pfeil am linken Rand der Flie zelle gibt die Flussrichtung an und sollte in Richtung Ger t zeigen Schieben Sie die Flie zelle vorsichtig bis zum Anschlag in Richtung des oberen und der rechten F hrungsstifte Abbildung 44 Flie zelle an oberem und rechten F hrungsstiften ausgerichtet A Oberer F hrungsstift B Rechte F hrungsstif
33. Zyklen f r jeden Read und Index Es enth lt nicht die Optionen f r die Kontroll Lane das PhiX Alignment die Bilder oder cifs Abbildung 18 Rezeptbildschirm f r eine Hochleistungs Flie zelle mit Auswahl der Option Dual Index doppelte Indizierung Please check the remaining parameters and select Next to continue Index Type Flowcell Format O No Index O Dual Index O Single Read O Single Index O Custom O Paired End Read 1 Index 1 17 Index 2 15 Read 2 Cycles 4 er 8 8 1 SBS TruSeq SBS Kit v3 Index TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Y PE Turnaround O Existing Recipe Teile Nr 15023355 Rev KDEU Index Type Index Typ W hlen Sie die Option No Index Kein Index um einen nicht indizierten Lauf durchzuf hren W hlen Sie die Option Single Index Einfacher Index um unmittelbar auf Read 1 folgend einen Lauf mit einem Index Read durchzuf hren Die Read L nge des Index Reads h ngt von dem Kit ab das Sie in der Dropdown Liste Index ausw hlen Einfach indizierte Bibliotheken erfordern sieben Zyklen und doppelt indizierte Bibliotheken acht Zyklen W hlen Sie die Option Dual Index Doppelter Index um doppelt indizierte Bibliotheken mit zwei unmittelbar auf Read 1 folgenden Index Reads mit acht Zyklen zu sequenzieren Der zweite Index Read umfasst sieben reine Chemiezyklen vor acht Bildgebungszyklen W hlen Sie die Option Custom Benutzerdefiniert um einen einfach oder doppelt indizierten Lauf
34. ber die Echtzeitanalyse Die integrierte Prim ranalysesoftware f r die Echtzeitanalyse RTA f hrt die Bildanalyse sowie das Base Calling durch und weist jeder Base f r jeden Zyklus einen Qualit ts Score zu Die Analyse wird w hrend der Chemie und Bildzyklen eines Sequenzierungslaufs durchgef hrt sodass keine nachgeschalteten Analysen durchgef hrt werden m ssen und somit Zeit gespart wird und Sie schneller entscheiden k nnen ob der Sequenzierungslauf den Erwartungen entspricht Die Echtzeitanalyse RTA wird automatisch auf dem Ger tecomputer durchgef hrt und mithilfe der CS Benutzeroberfl che vor dem Starten eines Laufs konfiguriert lay HINWEIS Wenn die Echtzeitanalyse aus irgendeinem Grund gestoppt wird setzt die Software die Analyse automatisch w hrend des n chsten Zyklus am entsprechenden Punkt auf der Flie zelle fort Die Anwendung darf nicht manuell gestartet werden Echtzeitanalyse Daten bertragung Die Ausgabe aus einem Sequenzierungslauf besteht aus mehreren hinsichtlich ihrer Qualit t ausgewerteten Base Call Dateien bcl die aus den Rohbilddateien generiert werden und die Base Calls pro Zyklus enthalten Standardm ig werden die Bilder nach der Bildanalyse vom Computer des Ger ts gel scht Die Rohbilddaten werden f r die nachgeschaltete Analyse nicht ben tigt Falls die Bildanalyse aus irgendeinem Grund zu weit zur ckf llt stoppt die Software die Sequenzierung und versetzt die Flie zelle in einen
35. braun sein Dies ist normal Die Ver nderung der Abfallfarbe ist nicht toxisch und wirkt sich nicht auf die Leistung des Laufs aus 4 Bevor Sie fortfahren setzen Sie die Abfallschl uche wieder in den Abfallbeh lter ein 5 W hlen Sie Next Weiter Sie k nnen nun die Cluster Flie zelle einsetzen Teile Nr 15023355 Rev K DEU Laden einerrFlie zelle Im n chsten Schritt entfernen Sie die gebrauchte Flie zelle und setzen die Flie zelle ein die Sie sequenzieren m chten F hren Sie die folgenden Schritte durch um die Flie zelle einzusetzen Entfernen der gebrauchten Flie zelle auf Seite 97 Reinigen des Flie zellenhalters auf Seite 98 Reinigen der Flie zelle auf Seite 99 Laden der Flie zelle auf Seite 100 Pr fen des Flusses auf Seite 102 v v v vw Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien gt Reinigungst cher f r Objektive 70 iges Ethanol oder Alkoholtupfer gt Fusselfreie Labort cher Entfernen der gebrauchten Flie zelle 1 ffnen Sie die T r der Flie zellenkammer Abbildung 41 Flie zellenregler in Position 1 2 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 1 um die Manifolds zu l sen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 9 Fi allez 1 U1 USpe7 Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 3 Bewegen Sie den Flie zellenregler langsam in Position 0 um die Vakuumdichtung zu l sen und die Fliefszelle freizugeben Abbildung 42 Flie zellenregler in Position 0 4 Heben
36. dem Versanddatum oder er besteht in der verbleibenden Zeit der urspr nglichen Hardware Garantie je nachdem welcher Zeitraum sp ter endet Falls nur eine Komponente repariert oder ersetzt wird betr gt der Gew hrleistungszeitraum f r diese Komponente 90 Tage ab dem Versanddatum oder er besteht in der verbleibenden Zeit der urspr nglichen Hardware Garantie je nachdem welcher Zeitraum sp ter endet Die vorangehenden Aussagen sind im Rahmen dieser Gew hrleistung die einzigen Anspr che des K ufers und die einzigen Verpflichtungen von Illumina Waren von Drittanbietern und Garantie Illumina hat keine Garantieverpflichtungen in Bezug auf Waren eines Drittanbieters mit denen ein K ufer hierunter beliefert wurde Waren von Drittanbietern sind Waren die mit dem Namen oder der Marke eines Drittanbieters versehen sind Die Garantie f r Waren von Drittanbietern wird gegebenenfalls vom Originalhersteller gew hrt Auf schriftliche Anfrage wird Illumina versuchen eine solche Garantieerkl rung an den K ufer weiterzugeben 9 Schadenersatz a Schadenersatz bei Vertragsverletzung durch Illumina Vorbehaltlich dieser Bestimmungen und Bedingungen einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf die Ausschl sse bei der Schadenersatzverpflichtung von Illumina Abschnitt 9 b unten die Bedingungen f r die Schadenersatzverpflichtung Abschnitt 9 d unten wird Illumina i den K ufer gegen Anspr che oder Aktionen Dritter verteidigen entsch digen u
37. dem Boden des Racks befindet Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten Senken Sie die Sipper wie folgt in die Sequenzierungs Reagenzienflaschen ab a Ziehen Sie den Sipper Griff zu sich hin b Senken Sie den Sipper Griff ab und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die Trichterverschl sse nicht verbogen werden d Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Der Sipper Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen Teile Nr 15023355 Rev KDEU 8 Schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer und w hlen Sie anschlie end Next Weiter um mit dem Lauf fortzufahren Z pesy n us zus esy uo u peT HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 1 3 1 1 A Teile Nr 15023355 Rev KDEU Verfahren nach einem Lauf Einf hrung 116 Entladen und Wiegen von Reagenzien 2222222222eeenenennnnnnennnnnnnnnnnnnnnennnnnn 117 Durchf hren eines Ger tewartungswaschlaufs 22cccccceeeeeeseeneeennnn 118 Durchf hren eines Wasserwaschlaufs cc ccceneee nn 122 Ger t in den Leerlauf versetzen 124 Ausschalten des Ger ts 2ccoccceeeeessnnnenneeennnnnsnnenennnnennnnennnnnenenennnn 125 Dan PS PE d ae ee fA Va 3 EN SE 5 A C U A EY en ee
38. nicht die Immaterialg terrechte eines Dritten oder der anwendungsspezifischen IP verletzt Regulatorisches Dieses Produkt wurde weder durch die United States Food and Drug Administration noch durch eine andere ausl ndische oder einheimische Beh rde f r eine bestimmte beabsichtigte Nutzung sei es Forschung kommerzielle Nutzung Diagnose oder jegliche andere Nutzung genehmigt oder lizenziert Dieses Produkt darf lediglich zu Forschungszwecken eingesetzt werden Der K ufer muss sicherstellen dass er ber alle beh rdlichen Genehmigungen verf gt die f r die beabsichtigte Nutzung dieses Produkts erforderlich sind Unbefugte Verwendung Der K ufer stimmt zu a jegliches Verbrauchsmaterial nur einmal zu verwenden und b nur Illumina Verbrauchsmaterialien Reagenzien mit Illumina Hardware zu verwenden Die Einschr nkungen in a b gelten nicht wenn die Dokumentation oder die Spezifikationen f r dieses Produkt anderslautende Aussagen enth lt Der K ufer stimmt zu dass er auf die folgenden Aktivit ten verzichtet und einen Dritten nicht dazu autorisiert i das Produkt zu disassemblieren zur ckzuentwickeln reverse engineering zu dekompilieren oder zur ckzuassemblieren ii Komponenten dieses Produkts zu trennen zu extrahieren bzw zu isolieren oder dieses Produkt oder Komponenten davon einer Analyse zu unterziehen die nicht ausdr cklich durch die Dokumentation des Produkts autorisiert ist iii den Zugriff auf die Betriebsmethode
39. w hrend der Einrichtung des Laufs die Option First Base Confirmation Erste Base best tigen gew hlt haben wird das Best tigungsdialogfeld f r den Bericht zur ersten Base nach Abschluss des ersten Zyklus automatisch angezeigt Weitere Informationen finden Sie unter Erweitert auf Seite 39 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Sequenzierungsanalyse Viewer Der Sequenzierungsanalyse Viewer SAV ist eine Anwendung die es Ihnen erm glicht wichtige Sequenzierungskennzahlen die von der Echtzeitanalyse RTA generiert wurden in Darstellungen Diagrammen und Tabellen anzusehen Der SAV wird nach Beginn der Bildanalyse automatisch ge ffnet und zeigt die Analyseseite an Die Statistikdaten werden aktualisiert sobald neue Analysedaten verf gbar sind W hlen Sie zu einem beliebigen Zeitpunkt w hrend des Laufs Refresh Aktualisieren um w hrend der Durchf hrung des Laufs aktualisierte Kennzahlen anzuzeigen Der SAV kann an einem Remote Standort angezeigt werden indem er auf einem anderen Computer installiert wird der auf den Netzwerkspeicherort des Ausgabe Laufordners zugreifen kann Sie k nnen den SAV von der Illumina Website herunterladen Hierf r m ssen Sie sich bei Mylllumina anmelden Eine ausf hrliche Beschreibung der verf gbaren Kennzahlen und Installationsanweisungen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 5 5 WIYOSPIIASIYIISISANINET Stopp Option N
40. 000 W hlen Sie Pump Pumpe 4 F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn Sie eine erh hte Anzahl an Luftblasen feststellen berpr fen Sie die Manifold Dichtungen auf Hindernisse und wiederholen Sie den Vorgang a W hlen Sie L sung 6 SB2 um zu verhindern dass SB2 an Position 5 aufgebraucht wird Teile Nr 15023355 Rev KDEU b Senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 250 ul der SB2 L sung in die Flie zelle 5 W hlen Sie nach der Pr fung des Flusses die Option Next Weiter um fortzufahren Stellen Sie sicher dass der Flie zellenregler gr n leuchtet und schlie en Sie dann die T r der Flie zellenkammer 6 Achten Sie darauf dass die Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert und Door Closed T r geschlossen aktiviert sind und w hlen Sie Next Weiter 7 W hlen Sie Start um den Sequenzierungslauf zu starten HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 O 3 9 9Z5J91 4 4aula USpe7 Durchf hren eines Sequenzierungslaufs berwachen des Laufs 104 Verwenden Sie den Lauf bersichtsbildschirm um Ger teanalysen Fluidik und Bildanalysen zu berwachen Statusleiste Die Statusleiste gibt an wie viele Zyklen bereits abgeschlossen sind Flie zellenbild Das Flie zellenbild zeigt welche Lanes f r den jeweiligen Zyklus bereits aufgenommen wurden Analysediagramm Das Analysedi
41. 2 Monate lang den Spezifikationen entspricht es sei denn die Hardware enth lt eine von Illumina bereitgestellte Installation In letzterem Fall beginnt der Gew hrleistungszeitraum ab dem Datum der Installation oder 30 Tage nach dem Lieferdatum je nachdem was zuerst eintritt Basis Hardware Garantie Aktualisierte Komponenten sind von Illumina bereitgestellte Komponenten Modifikationen oder Verbesserungen an der Hardware die zuvor vom K ufer erworben wurde Illumina gew hrleistet dass aktualisierte Komponenten f r den Zeitraum von 90 Tagen ab dem Datum an dem die aktualisierten Komponenten installiert wurden ihren Spezifikationen entsprechen Aktualisierte Komponenten verl ngern nicht die Garantie f r die Hardware es sei denn die Aktualisierung wurde von Illumina in einer Einrichtung von Illumina vorgenommen In diesem Fall kommt die an den K ufer versandte aktualisierte Hardware mit einer Basis Hardware Garantie c Gew hrleistungsausschl sse Die vorstehenden Garantien gelten nicht soweit eine Nichtkonformit t bedingt wird durch i Missbrauch falschen Gebrauch Fahrl ssigkeit Unfall unsachgem e Speicherung oder Verwendung die nicht im Einklang mit der Dokumentation oder den Spezifikationen steht ii unsachgem e Handhabung Installation Wartung oder Reparatur sofern sie nicht vom Illumina Personal durchgef hrt wird iii unerlaubte nderungen iv h here Gewalt oder v Verwendung zusammen mit einer nicht
42. 6 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Experiment Manager 64 GER 139 HiSeq Control 66 HiSeg Control Software 26 Info Version 28 Initialisierung 23 Laufdauer 7 Manuell initialisieren 28 Protokolldatei anzeigen 28 RTA 128 Sequenzierungsanalyse Viewer 26 Versionskompatibilit t 21 Vollbild anzeigen 28 Speicherplatz pr fen 66 Speicherung BaseSpace 35 stats Dateien 133 135 status xml 62 Statusalarmsymbol 32 Statusseite 104 Storage Bildschirm 35 RANS 147 Symbole Fehler und Warnungen 32 Statusalarm 32 T Technischer Support 147 Trichterverschl sse 19 TruSeq HT Bibliotheken 16 U berpr fungsbildschirm 45 berwachen 104 Bildproben 104 Cluster Intensit ten 104 Lauf Fluidik 104 V Verbrauchsmaterialien Illumina Sequenzierungskits 17 Versionskompatibilit t 21 vom Benutzer bereitgestellt 22 Verfahren nach einem Lauf 116 Versionskompatibilit t Software 21 Verbrauchsmaterialien 21 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 22 Vorf llen Abfallvolumen 96 Vorbereitung 96 W Wartungswaschlauf 116 118 Waschl ufe ehe Volumen 118 122 Empfehlungen 116 Manifold Dichtungen 118 Verbrauchsmaterialien 118 122 Wartungswaschlauf 30 116 118 Wasserwaschlauf 30 116 122 Wasserwaschlauf 116 Workflow Laufdauer 71 Z Zyklen in einem Read 41 xapul 145 Index 146 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Technische Unterst tzung Wenn Sie technische
43. 9 Dunn Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Sequenzierungsworkflow ER y 70 Bereiten Sie die SBS Reagenzien vor Dazu geh ren das Auftauen und Invertieren aller Reagenzien F r indizierte L ufe Bereiten Sie die Indizierungsreagenzien vor Stellen Sie sicher dass Sie die f r Ihre Bibliothek und Ihren Lauftyp geeigneten Sequenzierungs Primer vorbereiten Geben Sie mithilfe der HiSeq Control Software HCS Parameter f r Ihren Lauf ein Wenn Sie dazu aufgefordert werden laden Sie die SBS Reagenzien f r Read 1 und Read 2 au er ICB empfohlen F r indizierte L ufe Laden Sie die Indizierungsreagenzien Laden Sie f r doppelt indizierte L ufe Reagenzien f r beide Index Reads berpr fen Sie mit einer gebrauchten Flie zelle im Ger t den ordnungsgem en Fluss gem den Anweisungen auf der Benutzeroberfl che von HCS F llen Sie die SBS Reagenzien vor und messen Sie den Vorf llabfall Laden Sie eine Flie zelle die zuvor geclustert wurde auf dem cBot berpr fen Sie den ordnungsgem en Fluss gem den Anweisungen auf der Benutzeroberfl che von HCS Teile Nr 15023355 Rev KDEU Gesch tzte Laufzeit Starten Sie Ihren Sequenzierungslauf Pr fen Sie nach Zyklus 1 den Bericht zur ersten Base optionale Einstellung und fahren Sie anschlie end mit Read 1 fort F r indizierte L ufe Nach Read 1 f hrt der Lauf mit dem Index Read einfach indizierte L ufe bzw zwei In
44. AAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAG ATACA TE El TOAACOTACOGIAACCAACOTACAATICAGAC TAAATATTMACOTACCATTAAGAGOTACOTOTICTOTIAACCITAAGATTACTTGATECACTGATICAN ACGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACT ee CCGTGCAACGACGAAMAAGAAT e aE CACTICTGTTAACC TACTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGA ACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTT ed IE GTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTA MATGATAA EEN EE TTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTTOTGTTAACGT TAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAA ACGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGC TACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACC ACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG TAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA EI E Ee Ee ATG e A AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT N ITCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTETTCTGTTAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAA TACTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCT TAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAGGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGA AA GAGACTAAATA ACTA OC ATTAAGAGTCTGTIAACCTIBAGATACTIGATOCACTGATICAMOOTACCOTAACOAACOTATOAATIGAGACTAAATATIAACG TACCATAAGAGCTACCO TGORACCAMAAGAAI GATAACAC ACGTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGT
45. ACACT TCTGTIAACCTTAAGATTACTTGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACC WEE E ee e E EE E Ee ACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTA AATGATAACAGTAACACACT TCTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT GAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA ear e EE da E Dd GTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIACCGTAACGAACGTCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAACGAC GAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACA EE E E EN GTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAACTICTGTT E Fese SAGCTACCGTGCAACGAAAATAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATITCAACGTACTICTGTTAACCTIAAGA TAC TIAICCACTOM TCAACOTACOGTAACOAN CGTATCAA d GO TACO TOCAACGACGAMAAC N CSAAAAGAMTOATAACAGTAACACAOTTOTOTIMACCTIAAGATIACTTGATCACTCATICAACOTACCGTAMAGATTACITOATCCAC ICA TOAACCIACOCTAACGAACGTATOMA IGAGACIAAATATTAACOTACCATTAAGACCTA MATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTITAAG O E CGTATCAATTGAGACT ee E e CGACGAAAAGAATGA en GTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTAGCAT T
46. ATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA SE CGACGAAAMAGAA Seen CACTTCTGTTAACC TACTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGA O O ETAT OAE TAGATA N EAE O Ee MAATGATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTTAAGATTACTT EE CTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGICTICTGTIAACCTIAAGATTACTT a SUN CC TCCACTGATTCAACGTACCAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAC SAMA GAATOATAACAGIAACACACTICTOTIAACCIAAGANTACTTOATOCACTOATTCAACOTACOSTAMAGATTACTIGALOCACIGATICAACGTACOCTAACOMACGTATCA A IGAGACIAMATATTAACOTACCATIAAGACOTA a A A RIEDEL E SEEN ER TE SEO EEE En GATTACTTGATCCACTGATTCAA AATTGAGACTAAATATTAACGTTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTICT AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCE CAIGA A ICACACTAAATATTAACGTACITAAO Ti AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTIGATCCACT RITA AE E CSAC EE e e EE A LE RS I TGATO AG TGATTCAACG GTAACGAACGTATCAATTGAGA e Erd ACC AACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAA GTACCATTAAGAGCTAGCGTGCAACTTAACCTTAAGATTACTT ACA CTO TOAACOTACOOTAROGAACOTA TCAATTGA SA CTAAATATTAACGTACCA ec MRN CGAACTTCTGTIAACCTTAAGATTACTTC TACE TOTAA e E ES G TAAGO TTAAGATTACTIGATECACTGAICAACGTACCOTAACGKACG TAI CAAT IGAGAGTAAGCTACCGTOCAACGAGGAAMAGAAT CGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTT TTACTTGA TESTER OST SAT TTGATCCACTGATTCAACGTACC
47. Bibliotheken Single Read Flie zelle oder Paired End Flie zelle TruSeq SmallRNA Bibliotheken Single Read Flie zelle oder Paired End Flie zelle 4 HINWEIS Read 1 cBot HP10 HP6 oder HP10 HP6 oder HP10 HP6 oder HP10 HP6 oder HP10 Index 1 i7 HP12 HP8 oder HP12 HP8 oder HP12 HP8 oder HP12 HP8 oder HP12 Index 2 15 P5 aufgepfropft auf der Flie zelle HP9 P5 aufgepfropft auf der Flie zelle Read 2 HP11 HP7 oder HP11 HP7 oder HP11 HP7 oder HP11 TruSeq HT Bibliotheken sind doppelt indizierte Bibliotheken TruSeq LT Bibliotheken sind einfach indizierte Bibliotheken und umfassen Bibliotheken die mit TruSeq v2 Kits vorbereitet wurden Versionskompatibilit t und Anforderungen Verwenden Sie stets die kompatiblen Versionen der Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien und der Software um eine optimale Leistung und die besten Ergebnisse zu erzielen Lauftyp Doppelt indizierte Sequenzierung Reagenzien Kit Version TruSeq Cluster Kit v3 cBot HS mit Flie zelle v3 TruSeq SBS Kit v3 HS TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box SR oder PE HiSeq Control Software HCS v1 5 oder h her HiSeq Control Software HCS v1 4 oder h her HCS v1 4 oder h her HCS v1 5 oder h her Weitere Informationen ber die Versionskompatibilit t finden Sie auf der Website von Ilumina unter http www illumina com VersionCompatibility HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 21
48. Bibliotheken unterst tzt die mit den folgenden Illumina Probenvorbereitungs Kits vorbereitet wurden TruSeq HT Probenvorbereitungs Kits Nextera DNA Probenvorbereitungs Kits Nextera XT Probenvorbereitungs Kits Nextera Custom und Exome Enrichment Probenvorbereitungs Kits Teile Nr 15023355 Rev KDEU Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien Setzen Sie f r die Sequenzierung auf dem HiSeq System nur von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien ein Welche Kits Sie ben tigen h ngt von der Art des Laufs und dem Typ der Sequenzierungsbibliotheken ab Bibliothekstyp Kompatible Laiye Verbrauchsmaterialien Alle L ufe Beliebiger TruSeq SBS Kit Bibliothekstyp Indizierter Sequenzierungslauf Beliebiger TruSeq Cluster Kit SR oder PE Bibliothekstyp Paired Read Sequenzierungslauf Beliebiger TruSeq PE Cluster Kit Bibliothekstyp Alle Lauftypen Nextera Bibliotheken TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Doppelt indizierter Single Read TruSeq HT TruSeq Dual Index Lauf Bibliotheken Sequencing Primer Box Single Read Flie zelle Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungs Primer nach Lauftyp auf Seite 20 SBS Reagenzien Sequenzierungsreagenzien sind im TruSeq SBS Kit enthalten F r alle Sequenzierungsl ufe werden abh ngig von der Gesamtanzahl an Zyklen des Laufs entweder ein TruSeq SBS Kit f r 200 Zyklen oder ein oder mehrere TruSeq SBS Kits f r 50 Zyklen ben tigt Ein Kit f r 200 Zyklen bietet gen gend Reagenz
49. C SALRACAGIRACACACTICTGH AACO IRAGAN TACTO GATGOAC GAY IGAC GTACOGIATCAA IGAGAC TAAATAT RAQGTACCA IAAGASCTACOSICT CTGTTMRGOTIAAGAHACTTGATGORCTSATTCMAGGTACEST ISO en Gel EE E ESO y SU AACGAACGTATCAA IK GH NEIN SS TACCAT TAAGAGCTA RO CTGTT ESTER GATTACTTGATCCACT RE ACCGTAACGA AATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAA AAGATT GATCCACTGATTCAACGTA TTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACC EATRACASTRACACACT IO TSH AACO TRAGA LTAC TT GATOCACTGA TCAACGTACCGTAAOGAACGOTATCAATTGAGAC TAAATAT TAAG TAGAT TAAGAGG TACOGTOTTOTT TAACC I IAAGA TAO TGATOOAO GAY ICME TGAGACTAAA AACGTTGTITAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTTCTGTTAACCTTIY ET e GATTCAACGTACCGTA TATCAATTGAGA ACTAAATA TT AACGTACTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAACGACGA GACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACA SE E e ele le AA a ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGAC TY AAGATTACTTGAT SCTACCGTGCAACGAAAATAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAGGTACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTF GGAAAAGAATGAI a GS STE TORE J AAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGA A N CCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTA CACACTTCTGT ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAA AAAGAATGA
50. CHTUNG y Betreiben Sie das HiSeq System nicht wenn irgendein Geh useteil entfernt wurde Ber hren Sie nicht die Temperaturstation in der Bildgebungskammer Der im Tischbereich verwendete Peltiereffekt Heizk rper wird in der Regel auf Temperaturen zwischen 22 C Raumtemperatur und 85 C eingestellt Der Kontakt mit dem Ger t bei Temperaturen am oberen Ende dieses Bereichs kann zu Verbrennungen f hren 8 Teile Nr 15023355 Rev K DEU Laserlicht Das HiSeq System ist ein Laserprodukt der Klasse 1 das zwei Laser der Klasse 4 beinhaltet Laser der Klasse 4 stellen eine Gefahr f r die Augen bei direkter und diffuser Reflexion dar Vermeiden Sie den Augen und Hautkontakt mit direkter oder reflektierter Laserstrahlung der Klasse 4 Laser der Klasse 4 k nnen bei direktem Kontakt die Entz ndung brennbarer Materialien verursachen und schwere Hautverbrennungen und Verletzungen hervorrufen Betreiben Sie das Ger t nicht wenn irgendein Geh useteil entfernt wurde Wenn die vordere Klappe des Ger ts offen ist wird der Laserstrahl ber eine Sicherheitssperre blockiert Wenn Sie das Ger t betreiben wenn Abdeckungen entfernt wurden besteht die Gefahr des direkten oder reflektierten Kontakts mit Laserlicht Abbildung 4 Warnhinweis Laser der Klasse 4 usjusuoduoy pun uoenpuoy b SIH Vorsichtsma nahmen bez glich des Barcodescanner Lasers Das HiSeq Sequenziersystem wird mit einem tragbaren Barcodescanner ausgeliefert der einen La
51. Das Index Read Produkt wird entfernt und der urspr ngliche Matrizenstrang wird zur Neubildung des komplement ren Stranges verwendet Anschlie end wird der urspr ngliche Matrizenstrang entfernt um die Hybridisierung des Read 2 Sequenzierungs Primers zu erm glichen Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Nextera Bibliotheken m ssen Sie den in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthaltenen Sequenzierungs Primer HP11 verwenden Dieser wird anstelle von HP7 eingesetzt F r die Sequenzierung von doppelt indizierten TruSeq HT Bibliotheken k nnen Sie HP7 oder HP11 verwenden Read 2 Read 2 wird gem dem Paired End Standardsequenzierungsprotokoll durchgef hrt und verwendet Reagenzien des TruSeq SBS Kits HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 5 Sunerzuanbas y z pu yeddop op 18qn 1911q489N Uberblick Doppelt indizierte Bibliotheken Doppelt indizierte Bibliotheken sind Bibliotheken die mit Adaptern mit zwei Indizes vorbereitet werden Index 1 i7 ein Acht Basen Index neben dem P7 Strang Index 2 i5 ein Acht Basen Index neben dem P5 Strang Bei der Probenvorbereitung werden bis zu 12 eindeutige Index 1 Sequenzen ber den Spalten einer 96 Well Platte und bis zu acht eindeutige Index 2 Sequenzen entlang der Reihen angeordnet Somit werden 96 eindeutige doppelt indizierte Adapter erstellt Unterst tzte doppelt indizierte Bibliotheken 16 Die doppelt indizierte Sequenzierung wird auf dem HiSeq System f r
52. EXT Bildschirm Fluidics Check Fluidikpr fung Im Bildschirm Fluidics Check Fluidikpr fung werden Sie aufgefordert den ordnungsgem en Fluss zu berpr fen bevor Sie den Sequenzierungslauf starten SB2 muss f r eine Fluidikpr fung bei einer Cluster Flie zelle ausgew hlt werden Verwenden Sie die Standardeinstellungen f r Volumen Aspirationsrate und Zufuhrrate 5 O Teile Nr 15023355 Rev KDEU Wenn Sie die Fluidikpr fung wiederholen m ssen wechseln Sie zwischen Position 5 und Position 6 Abbildung 26 Bildschirm Fluidics Check Fluidikpr fung f r eine Hochleistungs Flie zelle RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN Load Seq Flow Cell Close Door Seguen Solution 5 SB2 Incorporation sur LY Volume 250 E Aspirate Rate 250 KE Dispense Rate 2000 q auwJIyospyigsBun a une Bildschirm Close Door T r schlie en Im Bildschirm Close Door T r schlie en werden Sie aufgefordert die T r der Flie zellenkammer zu schlie en Das System best tigt dass das Vakuum aktiv und die T r der Flie zellenkammer geschlossen ist Die Kontrollk stchen werden automatisch aktiviert wenn das System bereit ist HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 5 HiSeq Software Abbildung 27 Bildschirm Close Door T r schlie en RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN Load Seq Flow Cell Fluidics Check close Door Sequence Please close the d
53. GTAAGGAACGTATCAATTGAGACTAAA GTACCATTAAGAGCTA AATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAG Daer ACCGTAACGAACG TATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAA CK ESANA AGAK K WEE GE E BEN I IB AATA AACAGTAACACACTTCTGTT AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICTG AAGAT TACTTGATCCACTGATTCAA ACTA EE AOTT GATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT GAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGA Ee Sieh TAACAGTAACACACTTCTGTTAACC TACTTGATCCAGTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGOTTCTGTTAACCT TAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGA ACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA Ilumina San Diego Kalifornien 92122 USA 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 au erhalb von Nordamerika techsupport illumina com www illumina com
54. HINWEIS L TruSeq SBS v3 Reagenzien erm glichen einen alternativen Workflow f r das Laden aller SBS Reagenzien zu Beginn eines Paired End Sequenzierungslaufs f r Read 1 und Read 2 Obwohl dieser alternative SBS Workflow in Read 2 eine akzeptable Sequenzierungsleistung bietet empfiehlt Illumina f r eine optimale Leistung zu Beginn von Read 2 frischen ICB vorzubereiten und zu laden SBS Kits f r die doppelt indizierte Sequenzierung Ein SBS Kit f r 200 Zyklen bietet gen gend Reagenzien f r bis zu 209 Sequenzierungszyklen F r L ufe mit mehr als einer Gesamtanzahl von 209 Zyklen und zur Maximierung der Reagenzienverwendung f r andere Read L ngen k nnen Sie mehrere Kits f r 50 Zyklen verwenden In der folgenden Tabelle ist die erforderliche Kit Anzahl f r doppelt indizierte L ufe angegeben Bei doppelt indizierten Paired End L ufen wird mit sieben reinen Chemiezyklen in der Gesamtanzahl der Zyklen gerechnet Lauftyp Laufzyklen Gesamtanzahl Kit Kit Zyklen Option 1 Option 2 SBS Kits SBS Kits 200 50 Zyklen Zyklen Paired End doppelt indiziert 101 8 7 225 4 8 101 93 8 7 8 93 209 1 4 76 8 7 8 76 175 1 3 51 8 7 8 51 125 1 3 36 8 7 8 36 95 1 2 Single Read doppelt indiziert 101 8 8 117 1 2 76 8 8 92 1 2 51 8 8 67 1 2 36 8 8 52 1 1 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch v 3 USIZUSBESY SAS UON UayaaQq oA Durchf hren eines Sequenzierungslaufs F llen Sie den Beh lter f r SRE und SB3 randvoll Es ist ke
55. MAGATTACT TGATOGACIGAT TORACGTACOGTAACOAAGGTATOAATTGAGACT AATA TACO TACEN MACAO TACO TGOMCCACOAAAAGAN CATNACAOTAACACACTICTGTIAACCTI A oi TTCAACGTTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTIAACCTTAAGATTACTT el re 3AAAAGAA A E ACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAA on CCATTAAGAGCTACC GAT NACAGIRACA CACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTA CESTO HON GTTAACCTTAAGATTACTT EE GATTCAACC SET A U Ee da SUN ER SAAAAGAATGATAACAGTAAGACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTT GITTER TACO Nera IEI eech ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACG SINS ACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTICTGT TAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTTCTGTTAAC a TAE a EE EE RENTCATCOACTCATICAA e Ba TTCAACGTTAAGATTACTIGATCCACT DEN ee ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTICTGTTAACCTIAAGA I OSTEN TEE ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG GAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTCTGT T GATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAACG TACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGTA TACOS IAACGAACO TALCA IAAGAL TAC TTGATOCAGTGAT CAACGTACOGTAACOAACGIAT SAAI TGAGACTARATA TAA CGTACCAT IAAGAGO TAGCO TAGAACGACGAANAGAATGAT AACAGTAACACACTTCOTGT TAACCTT TIGER a ATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACT Ek ee e e AACCTTAAGATTACTT ee UE EE E AAAAGAA AACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAA ACTTGATCC AACGTACCGTAAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGAC TACCATTAAGAGCTAC
56. Mischen des Reagenz f nfmal und pulszentrifugieren Sie es anschlie end kurz Geben Sie 3 800 ul PW1 in ein konisches 15 ml Sarstedt R hrchen und f gen Sie 200 ul HP3 hinzu Invertieren Sie das R hrchen zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit der verd nnten HP3 L sung mit Reagenz Nr 18 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HP8 1 2 3 Invertieren Sie das R hrchen mit HP8 zum Mischen des Reagenz f nfmal Pulszentrifugieren Sie kurz das Reagenz um Tr pfchen aufzufangen Beschriften Sie das R hrchen mit HP8 mit Reagenz Nr 17 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 81 USIZUSBBSASBUNJBIZIPU UOA USYUSISQO A Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 4 Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HP12 Die Verwendung von HP12 ist f r die Sequenzierung von doppelt indizierten Bibliotheken erforderlich 1 2 3 4 Invertieren Sie das R hrchen mit HP12 zum Mischen des Reagenz f nfmal Pulszentrifugieren Sie kurz das Reagenz um Tr pfchen aufzufangen Beschriften Sie das R hrchen mit HT12 mit Reagenz Nr 17 Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HP9 Verwenden Sie HP12 f r doppelt indizierte L ufe auf einer Single Read Flie zelle 1 2 3 A Invertieren Sie das R hrchen mit HP9 zum Mischen des Reagenz f nfmal Pulszentrifugieren Sie kurz das Reagenz um Tr pfchen aufzufangen Bes
57. Sie die gebrauchte Flie zelle aus der Halterung Reinigen des Flie zellenhalters 1 Ziehen Sie ein neues Paar ungepuderter Latexhandschuhe an 2 Wischen Sie die Oberfl che des Flief zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er vollst ndig sauber ist V ACHTUNG y Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch 9 3 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Abbildung 43 berpr fen der Vakuum ffnungen 3 Unterziehen Sie den Flie zellenhalter einer Sichtpr fung um sicherzustellen dass sich keine Fussel auf dem Halter befinden und die Vakuum ffnungen nicht blockiert werden Reinigen der Flie zelle 1 Sp len Sie die Flie zelle mit Wasser in Laborqualit t und trocknen Sie sie mit einem Reinigungstuch f r Objektive 2 Falten Sie einen Alkoholtupfer auf die ungef hre Gr e der Flie zelle 3 Halten Sie die Cluster Flie zelle mit zwei Fingern an den R ndern fest Stellen Sie sicher dass die Einlass und Auslassanschl sse nach oben zeigen 4 Reinigen Sie die beiden Seiten der Flie zelle jeweils mit einer einzigen Wischbewegung Falten Sie den Alkoholtupfer nach jedem Wischen neu und wiederholen Sie den Vorgang bis die Flie zelle vollst ndig gereinigt ist 5 Trocknen Sie die Flie zelle mit einem Reinigungstuch f r Objektive V ACHTUNG y
58. TB pro Flie zelle Dies bietet ausreichend Speicherplatz fiir einen Lauf mit 209 Zyklen einer Hochleistungs Flie zelle Teile Nr 15023355 Rev KDEU Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Einf hrung 68 Sequenzierungsworkflow 70 Vorbereiten von SBS Reagenzien coooocceesseesennseennnnsnnneennnnseneneennnenn 73 Vorbereiten von Indizierungsreagenzien o ooccccccccccccccccccccccccccccccccccccncccccnnncncns 79 Eingeben von Laufparameten 83 Laden und Vorf llen von Reagenzien cccccceeeeeeeeeeeeeeneneeeneeeneeeennnn 87 LademeinerFlieBzelles 2 2 2 222 20 2 22 02 idad EE Se 97 berwachen des Laufs ooo 104 Vorbereiten von Reagenzien f r Read 2 106 Laden von Reagenzien f r Head 111 FF ATA Sy 9 ASIN H GE SEEN e AA g ra 7 3 Se A ION cn NS d d e Fan e d GE A q A I ik 3 S Snd e chegn enee A d za e een A lt Y TS Be ven 8 a u eens HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 67 Cla Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Einf hrung Um einen Sequenzierungslauf auf dem HiSeq System durchzuf hren bereiten Sie zuerst die Reagenzien f r den Lauf vor und richten Sie anschlie end den Lauf ber die HCS Schnittstelle ein Die Einrichtung des Laufs umfasst folgende Schritte Laufparameter eingeben Reagenzien laden und vorf llen Hochleistungs Flie zelle einsetzen und Fluidikpr fung durchf hren Die Reagenzien f r Read 1 und f r die Index Read
59. TER F R IRGENDWELCHE DIREKTEN INDIREKTEN BEIL UFIG ENTSTANDENEN ODER SPEZIELLEN SCH DEN SCHADENERSATZFORDERUNGEN MIT STRAFZWECK ODER FOLGESCH DEN Teile Nr 15023355 Rev KDEU HAFTBAR DIES GILT INSBESONDERE F R DIE BESCHAFFUNG VON ERSATZG TERN ODER DIENSTLEISTUNGEN NUTZUNGSAUSFALL DATENVERLUST ENTGANGENE GEWINNE ODER GESCH FTSUNTERBRECHUNGEN GANZ GLEICH WIE DIESE VERURSACHT WURDEN UND WELCHER HAFTUNGSTHEORIE SIE UNTERLIEGEN SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES DIE AUF IRGENDEINE WEISE DURCH DIE BENUTZUNG DIESER SOFTWARE ENTSTEHEN SELBST WENN DIE M GLICHKEIT SOLCHER SCH DEN MITGETEILT WURDE Vor Nutzung dieses Produkts lesen Dieses Produkt seine Nutzung und Aufstellung unterliegen den folgenden Bestimmungen und Bedingungen Wenn der K ufer den Bestimmungen und Bedingungen nicht zustimmt erh lt er von Illumina nicht die Erlaubnis dieses Produkt zu verwenden und darf dieses Produkt dann nicht einsetzen 1 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch Definitionen Anwendungsspezifische IP sind Immaterialg terrechte von Illumina die sich nur hinsichtlich bestimmter Bereiche bzw bestimmter Anwendungen auf dieses Produkt und dessen Verwendung beziehen Anwendungsspezifische IP umfasst keine im Besitz von Illumina befindlichen Immaterialg terrechte f r bestimmte Teile oder Funktionen dieses Produkts oder dessen Verwendung die f r alle m glichen Anwen
60. US DIESEN BESTIMMUNGEN UND BEDINGUNGEN ERGIBT ODER IN VERBINDUNG MIT DIESEN STEHT EINSCHLIESSLICH JEDOCH NICHT BESCHR NKT AUF DIESES PRODUKT SOWIE DER NUTZUNG DESSELBEN UND DIE LEISTUNGEN VON ILLUMINA LAUT DIESEM VERTRAG SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES BERSCHREITET IN KEINEM FALL DEN BETRAG DER F R DIESES PRODUKT AN ILLUMINA GEZAHLT WURDE IV Teile Nr 15023355 Rev KDEU 7 Einschr nkungen der von Illumina gew hrten Garantien SOWEIT DIES GESETZLICH ZUL SSIG IST UND VORBEHALTLICH DER HIERIN AUSDR CKLICH GEW HRTEN PRODUKTGARANTIE GIBT ILLUMINA KEINERLEI AUSDR CKLICHE STILLSCHWEIGENDE ODER GESETZLICH VORGESCHRIEBENE GEW HRLEISTUNG IN BEZUG AUF DIESES PRODUKT UND SCHLIESST EINE HAFTUNG DIESBEZ GLICH EXPLIZIT AUS DIES GILT INSBESONDERE F R DIE STILLSCHWEIGENDE GEW HRLEISTUNG DER MARKTG NGIGKEIT EIGNUNG F R EINEN BESTIMMTEN ZWECK NICHTVERLETZUNG VON SCHUTZRECHTEN DRITTER UND DIE GEW HRLEISTUNG AUFGRUND DER LEISTUNG DES HANDELS ODER DER NUTZUNG OHNE EINSCHR NKUNG DER OBEN AUFGEF HRTEN BESTIMMUNGEN ERHEBT ILLUMINA KEINEN ANSPRUCH GIBT KEINE DARSTELLUNG ODER GARANTIE JEDWEDER ART HINSICHTLICH DER NUTZBARKEIT DIESES PRODUKTS F R DIE BEABSICHTIGTE VERWENDUNG DURCH DEN K UFER 8 Produktgarantie Alle Gew hrleistungen beziehen sich pers nlich auf den K ufer und d rfen nicht an Dritte bertragen oder diesen zugewiesen werden Dies gilt auch f r Partner
61. W hlen Sie Resume Fortsetzen um den Vorgang fortzusetzen W hlen Sie Stop um die Fluidikpr fung abzubrechen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch A7 SWMUYISP IQSBUN DISUIDIOA HiSeq Software Abbildung 23 Bildschirm Prime Fluidics Check Primer Fluidikpr fung RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN Solution 5 SB2 ncorpor i Volume 250 E Aspirate Rate 250 KE Dispense Rate 2000 Vorf llen Im Bildschirm Prime Vorf llen k nnen Sie den Vorf llvorgang berwachen W hlen Sie Start Prime Vorf llvorgang starten um den Vorgang zu starten oder w hlen Sie Skip Prime Vorf llvorgang berspringen wenn die Reagenzien bereits vorgef llt sind A 8 Teile Nr 15023355 Rev K DEU Abbildung 24 Bildschirm Prime Vorf llen RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN Load Reagents gt Load Prime Flow Cell Prime Fluidics Check Please select Start Prime to begin priming or Skip Prime to skip priming A lo re 0 lO I L L lO 44 x b gt BACK CANCEL HELP Start Prime Sie k nnen den Vorf llvorgang in diesem Bildschirm unterbrechen oder abbrechen W hlen Sie Pause um den Vorf llvorgang vor bergehend zu unterbrechen Die Schaltfl che Pause ndert sich in die Schaltfl che Resume Fortsetzen W hlen Sie Resume Fortsetzen um den Vorgang fortzusetzen W hlen Sie Stop um den Vorf llvorgang zu stoppen W hlen Sie Cancel Abbrechen um di
62. Zyklus aufgenommen wurden Hellgrau gibt an dass die Lane aufgenommen wurde und Dunkelgrau dass die Lane noch nicht aufgenommen wurde HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 5 3 WIYOSPIIASIYIISISQNINE7 HiSeq Software Gewellte Linien quer ber die Flie zelle bedeuten dass Reagenzien durch die Flie zelle gepumpt werden nderungen der Hintergrundfarbe stellen Temperatur nderungen w hrend des Laufs dar Blau zeigt k ltere Temperaturen an Orange und Rot w rmere Temperaturen a A Flie zellen Bild der Hochleistungs Flie zelle Fluidik l uft D Flie zellen Bild der Hochleistungs Flie zelle Bildgebung l uft Configuration Konfiguration Listet den Read Typ den Ausgabeordner und die Laufparameter f r diesen Lauf auf W hlen Sie die Pfeilschaltfl che aus um die Ansicht zu erweitern Analysis Analyse Zeigt ein Diagramm der Intensit ten pro Zyklus Fluidics Fluidik Gibt die aktuelle Temperatur den Protokoll Schritt und das Reagenz an W hlen Sie die Pfeilschaltfl che aus um die Ansicht zu erweitern Images Bilder Zeigt ein Diagramm der Intensit ten pro Zyklus w hrend die Flie zelle in der Chemie ist und Miniaturbilder w hrend die Bildgebung der Flie zelle durchgef hrt wird Best tigen des Berichts zur ersten Base 54 Der Bericht zur ersten Base ist eine htm Datei die erste Informationen ber die Clusterdichte Fokusqualit t und Intensit ten der Flie zelle bietet Wenn Sie
63. age nicht verwendet werden soll lesen Sie den Abschnitt Ausschalten des Ger ts auf Seite 125 1 F hren Sie einen vollst ndigen Wartungswaschlauf durch um das System gr ndlich zu sp len Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Ger tewartungswaschlaufs auf Seite 118 Lassen Sie die Flie zelle auf dem Flie zellentisch wobei sich der Flie zellenregler in Position 2 befinden muss Dadurch bleiben die Manifolds in der angehobenen Position Geben Sie 10 ml Wasser in Laborqualit t in jede Reagenzposition im Reagenzien Rack und senken Sie dann die Sipper in das Wasser ab Lassen Sie das Ger t eingeschaltet Wenn Sie bereit sind das Ger t f r einen weiteren Lauf zu verwenden f hren Sie einen Wasserwaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wasserwaschlaufs auf Seite 122 Teile Nr 15023355 Rev K DEU Ausschalten des Ger ts Schalten Sie das Ger t nur aus wenn es l nger als zehn Tage nicht benutzt wird Wenn das Ger t innerhalb der n chsten zehn Tage benutzt wird lesen Sie den Abschnitt Ger t in den Leerlauf versetzen auf Seite 124 Wenn Sie das Ger t ausschalten m ssen Sie nicht den PC ausschalten Gehen Sie wie folgt vor um die Fluidik sicher vorzubereiten und das System auszuschalten 1 F hren Sie einen vollst ndigen Wartungswaschlauf durch um das System gr ndlich zu sp len Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Ger tewartungswasch
64. agramm gibt die Qualit tsbewertungen pro Zyklus an Bilddiagramm Das Bilddiagramm gibt die Intensit ten pro Zyklus an Fluidikdiagramm Erweitern Sie mit der Pfeilschaltfl che den Fluidikabschnitt und berwachen Sie die chemischen Schritte des Protokolls Abbildung 47 berblick ber den Bildschirm Run Monitoring Lauf berwachung Cycle 1 of 101 Analysis Extracted D Called 0 Scored O Fluidics gt Images Eos DES Ce u u 00 Mon Jan 10 om 1PM Ge Configuration gt Read Type Single Read Run 1 Read Cycles 101 Output Folder D llumina Basecalls1110110_Velocity Simulator_0186_AHS12645 Temperature B Incorporation 100 3 E 030 Soe UB 4 Fiowcell 1 H512645 Cycle 1 Chemistry FirstBase Incorporation Pumping Reagent IC ie LU HELP STOP Laufstatus Fluidik und Temperatur Laufkonfiguration Analyse Bilder muou gt Teile Nr 15023355 Rev KDEU HINWEIS W hrend des Betriebs h ren Sie m glicherweise ein sich wiederholendes Klickger usch von der rechten Seite des Ger ts Dies ist normal Das Klickger usch weist darauf hin dass die Kondensatpumpe des K hlmoduls arbeitet Bericht zur ersten Base Wenn Sie w hrend der Einrichtung des Laufs auf dem Scanbildschirm das Kontrollk stchen Confirm First Base Erste Base best tigen aktiviert haben wird das Best tigungsdialogfeld f r den Bericht zur ersten Base automatisch nach Abschluss
65. alyseseite Auf der Analyseseite wird der Verlauf der Analyse angezeigt Au erdem bietet sie Zugang zu den wichtigsten Laufzeitstatistikdaten Die Statistikdaten werden aktualisiert sobald neue Analysedaten verf gbar sind Die Laufzeitstatistik kann von jedem Computer mit Zugang zum Versuchs Laufordner aus aufgerufen werden Navigieren Sie zum Ordner lt RunFolder gt Data und ffnen Sie die Statusdatei Die Statusdatei wird am Ende jedes verarbeiteten Zyklus in den Datenunterordner des Analysenordners bertragen lay HINWEIS M glicherweise gibt Ihr Browser eine Warnmeldung ber aktive Inhalte aus Klicken Sie in diesem Fall auf die Warnung in der Informationleiste und lassen Sie die blockierten Inhalte zu HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 31 USNI1YSIYEISYSZINET UOA USy9BemuaQq7 Echtzeitanalyse Ausgabedaten Die Ausgabeergebnisse der Echtzeitanalyse werden an dem Netzwerkspeicherort gespeichert den Sie in den Schritten f r die Laufkonfiguration angegeben haben Alle Analyseergebnisse werden in einem Analyse Ausgabeordner gespeichert der denselben Namen erh lt wie der Laufordner auf dem Ger tecomputer In der folgenden Abbildung ist die Organisation des Netzwerk Analyseordners dargestellt einschlie lich des Speicherorts der wichtigsten Ausgabedateien blaue K stchen Echtzeitanalyse Abbildung 49 Echtzeitanalyse Ordner lt ExperimentName gt YYMMDD_Ger tename_XXXX_FC L001 Data Y Intensiti
66. ample sheet if you want indexes to be reported Sample Sheet HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch A 3 SWIYISPIIASUONEAN LLUONINET HiSeq Software 44 Reagenzien Im Bildschirm Reagents Reagenzien werden Informationen zu den Reagenzien in Ihrem Lauf aufgef hrt Wenn Sie Ihrem Lauf ein Probenblatt zuordnen k nnen Sie indexspezifische Informationen im Sequenzierungsanalyse Viewer SAV v1 8 4 oder h her anzeigen Weitere Informationen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 Abbildung 20 Bildschirm Reagents Reagenzien Please enter valid SBS Kit barcode or Reagents barcodes Reagent Kit ID Indexing Reagent Kit 1D SBS Kit O 200 Cycles O 50 Cycles O Custom Cycles Remaining 225 Prime SBS Reagents Reagent Kit ID Reagenzien Kit ID Lesen Sie die SBS Reagenzien Kit ID von Karton 1 oder Karton 2 des SBS Kits mithilfe des Barcodescanners ein oder geben Sie sie ber die Tastatur bzw den Touchscreen ein Indexing Reagent Kit ID Indizierungs Reagenzien Kit ID Geben Sie die Indizierungs Reagenzien Kit ID mit dem Barcodescanner ber die Tastatur oder ber die Touchscreen Tastatur ein Die Indizierung Reagenzien Kit ID ist der Barcode des Reagenzien Kits das f r einen indizierten Lauf verwendet wird SBS Kit SBS Kit W hlen Sie das SBS Kit aus das Sie f r Ihren Lauf verwenden 200 Zyklen 50 Zyklen oder eine von Ihnen definierte Anzahl an Zykle
67. barer Speicherplatz ccoocceeeeoeeeneee nennen 66 Kapitel 3 Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 67 EIERE ae a E 68 Sequenzierungsworkflow 70 Vorbereiten von SBS Reagenzien ccceeeeeeeeeeeeneeeeneeeennn 73 Vorbereiten von Indizierungsreagerzien o occccccccccccccccccccccccccccccccccco 79 Eingeben von Laufparameten 22222222222eesennennnnnnnnnnnnnenennnnn 83 Laden und Vorf llen von Reagenzien ceeeeeeeennnn 87 Laden einer Flie zelle 97 berwachen des Laufs o 2220oooooeneeeenonnennnnennnnnn 104 Vorbereiten von Reagenzien f r Read 72 106 Laden von Reagenzien f r Head 111 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch x Kapitel 4 Verfahren nach einem Lauf coco 115 Einf hrung S 2 222222 2 28 32 ass E 116 Entladen und Wiegen von Reagenzien o oocccccccccccccccccccccccccccccccccccccoo 117 Durchf hren eines Ger tewartungswaschlaufs 118 Durchf hren eines Wasserwaschlaufs oooccoccccccccccccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnns 122 Ger t in den Leerlauf versetzen 124 Ausschalten des Ger ts nennen nnnnnnnnnnnnnnnnennnn 125 Kapitel 5 Echtzeitanalyse EEN 127 berblick ber die Echtzeitanalyse 128 berwachen von Laufzeitstatistiken 200occcceeeeeeennnnnnn 130 Echtzeitanalyse Ausgabedaten oooococcccccccccccccccccccccccccccccnnnnnc
68. ben mit den TruSeg Probenvorbereitungskits vorbereitet haben f hrt die Echtzeitanalyse in Zyklus 52 jedes Reads oder wenn die Read L nge weniger als 52 Zyklen betr gt am Ende des Reads ein In Line Kontroll Alignment durch Indexzahl Nach Abschluss des letzten Index Reads meldet die Echtzeitanalyse die Indexzahl pro Lane wenn ein Probenblatt bereitgestellt wurde Teile Nr 15023355 Rev KDEU Sequenzierungsanalyse Viewer Der Sequenzierungsanalyse Viewer SAV ist eine Anwendung die es Ihnen erm glicht wichtige Sequenzierungskennzahlen die von der Echtzeitanalyse RTA generiert wurden in Darstellungen Diagrammen und Tabellen anzusehen Der SAV wird nach Beginn der Bildanalyse automatisch ge ffnet und zeigt die Analyseseite an Die Statistikdaten werden aktualisiert sobald neue Analysedaten verf gbar sind W hlen Sie zu einem beliebigen Zeitpunkt w hrend des Laufs Refresh Aktualisieren um w hrend der Durchf hrung des Laufs aktualisierte Kennzahlen anzuzeigen Der SAV kann an einem Remote Standort angezeigt werden indem er auf einem anderen Computer installiert wird der auf den Netzwerkspeicherort des Ausgabe Laufordners zugreifen kann Sie k nnen den SAV von der Illumina Website herunterladen Hierf r m ssen Sie sich bei Mylllumina anmelden Eine ausf hrliche Beschreibung der verf gbaren Kennzahlen und Installationsanweisungen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 An
69. bzw verbundene Unternehmen des K ufers Alle Gew hrleistungen sind einrichtungsspezifisch und werden nicht bertragen wenn das Produkt an einer anderen Einrichtung des K ufers eingesetzt wird es sei denn Illumina nimmt diesen Transfer selbst vor a Garantie f r Verbrauchsmaterialien Illumina gew hrleistet dass Verbrauchsmaterialien im Unterschied zu k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien ihren Spezifikationen entsprechen und zwar bis zum sp teren der folgenden Daten i 3 Monate ab dem Versanddatum ii dem Ablaufdatum oder dem Ende der Haltbarkeitsdauer das von Illumina auf dieses Verbrauchsmaterial aufgedruckt wurde aber in keinem Fall l nger als 12 Monate ab dem Versanddatum Hinsichtlich der k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien d h Verbrauchsmaterialien die nach den Spezifikationen oder Entw rfen des K ufers hergestellt oder Illumina vom K ufer oder im Namen des K ufers zur Verf gung gestellt wurden gew hrleistet Illumina nur dass die k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien in bereinstimmung mit der standardm igen Herstellung und Qualit tskontrolle von Illumina hergestellt und getestet werden Illumina gibt keine Gew hrleistung daf r dass die k uferspezifischen Verbrauchsmaterialien wie vom K ufer beabsichtigt bzw f r die vom K ufer beabsichtigte Nutzung funktionieren b Hardware Garantie Illumina gew hrleistet dass die Hardware im Unterschied zu aktualisierten Komponenten ab dem Versanddatum 1
70. chlauf zu starten Sie k nnen zwischen zwei Arten von Waschl ufen w hlen Wasserwaschlauf und Wartungswaschlauf Abbildung 12 Optionen unter Wash Waschlauf Water Wash Wasserwaschlauf Bei einem Wasserwaschlauf wird das System mit Wasser gesp lt Ein Wasserwaschlauf wird vor dem Starten eines neuen Laufs empfohlen wenn das Ger t einen Tag oder l nger nicht benutzt wurde Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wasserwaschlaufs auf Seite 122 Maintenance Wash Wartungswaschlauf Bei einem Wartungswaschlauf wird das System zuerst mit Wasser dann mit NaOH und anschlie end nochmals mit Wasser gesp lt Die Durchf hrung dieses Waschlaufs wird nach jedem Sequenzierungslauf Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Ger tewartungswaschlaufs auf Seite 118 Check Pr fung W hlen Sie die Option Check Pr fung um bei der Ger teinstallation oder der Behebung von Fluidik Fehlern den Bildschirm f r die Fluidikpr fung zu ffnen und den ordnungsgem en Fluss zu berpr fen Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren einer Fluidikpr fung auf Seite 140 Aktivit tsanzeigen In der unteren rechten Ecke des Begr ungsbildschirms befinden sich mehrere Symbole die angeben welche Aktivit t gerade vom Ger t ausgef hrt wird HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 31 SJEMYOS 01JUO b SIH JSP y g u qo z nu g HiSeq Software Abbildung 13 Aktivit tsanzeigen Von links nach re
71. chriften Sie das R hrchen mit HP9 mit Reagenz Nr 16 Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von RMR Bereiten Sie RMR f r doppelt indizierte L ufe auf einer Paired End Flie zelle vor 1 2 3 4 82 Invertieren Sie das R hrchen mit RMR zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit RMR mit Reagenz Nr 10 Zentrifugieren Sie das Reagenz bis zu einer Minute lang bei 1 000 rpm Alternativ k nnen Sie leicht gegen das R hrchen klopfen um sicherzustellen dass sich die Reagenztr pfchen am Boden des R hrchens sammeln HINWEIS Mischen Sie RMR nicht mit dem Vortexer Lagern Sie es auf Eis Teile Nr 15023355 Rev KDEU Eingeben von Laufparametern Die HCS fiihrt Sie durch die Schritte zum Einrichten des Laufs W hlen Sie im CS Begr ungsbildschirm Sequence New Run Sequenz Neuer Lauf Der Scanbildschirm wird ge ffnet Bildschirm Flow Cell Set up Einrichtung der Flie zelle HINWEIS Es ist erforderlich dass Sie beim Einrichten des Laufs den Flie zellenbarcode scannen bzw die richtige Fie zellen ID eingeben Die Software ben tigt die Flie zellen ID um den Flie zellentyp und die Kompatibilit t des Reagenz festzustellen Scannen Sie den Flie zellenbarcode ein oder geben Sie die Flie zellen ID Barcodenummer der zu sequenzierenden Flie zelle ein Best tigen Sie den Flie zellentyp der automatisch auf Basis der Flie zellen ID ausgew hlt wird Geben Sie den
72. chts stehen sie f r die X Y und Z Motoren die Elektronik Funktionalit t die Kamera das Fluidiksystem und Verarbeitungsfunktionen 5606000068 Abbildung 14 Aktivit tsanzeigen Von links nach rechts stellen sie die Temperatur der Flie zelle A die Temperatur des Reagenzienk hlers den Cloud Status von BaseSpace und die Temperatur von Flie zelle B dar Statussymbole In der oberen rechten Ecke jedes Bildschirms befinden sich Statussymbole die Sie ber Anderungen der Bedingungen w hrend der Laufkonfiguration oder des Laufs informieren Statussymbol Statusname Beschreibung Status OK Keine Anderung Das System funktioniert normal Information Nur zur Information Es ist keine Aktion erforderlich Achtung Informationen die m glicherweise Ihre Aufmerksamkeit erfordern Warnung Warnungen stoppen einen Lauf nicht erfordern jedoch m glicherweise eine Aktion bevor der Lauf fortgesetzt werden kann Fehler Fehler stoppen einen Lauf in der Regel und erfordern im Allgemeinen eine Aktion bevor der Lauf fortgesetzt werden kann Wenn eine Bedingungs nderung auftritt ndert sich das Symbol und blinkt um Sie aufmerksam zu machen Wenn dies geschieht w hlen Sie das Symbol aus um das Statusfenster zu ffnen das eine allgemeine Beschreibung der Bedingung enth lt W hlen Sie Acknowledge Best tigen um die Meldung zu akzeptieren und Close Schlie en um das Dialogfeld zu schlie en 3 2 Teile Nr 15023355 Rev K
73. d End L ufe die PE oder SR Reagenzien Kit ID oder geben Sie sie ein W hlen Sie das SBS Reagenzien Kit aus das Sie f r den Lauf verwenden W hlen Sie 200 Cycles 200 Zyklen f r das Kit f r 200 Zyklen oder w hlen Sie 50 Cycles 50 Zyklen f r das Kit f r 50 Zyklen aus W hlen Sie Used Kit Gebrauchtes Kit f r ein unvollst ndiges Kit aus und geben Sie die Anzahl der verbleibenden SBS Zyklen bzw die gesch tzte Zyklenanzahl ein f r die die Reagenzien halten sollen HINWEIS Wenn Sie f r einen doppelt indizierten Lauf vier 50 Zyklen SBS Kits kombinieren w hlen Sie Used Kit Gebrauchtes Kit anstelle von 50 Cycles 50 Zyklen aus um den Zyklusz hler korrekt zu konfigurieren 5 Das Feld Cycles Remaining Verbleibende Zyklen wird je nach verwendetem SBS Kit automatisch ausgef llt Wenn Sie ein unvollst ndiges Kit verwenden geben Sie die gesch tzte Zyklenanzahl an f r die die Reagenzien ausreichen sollen Die Software HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 3 5 ula jouwesedine7 uoa UsqseBuly Durchf hren eines Sequenzierungslaufs z hlt von der eingegebenen Zyklenanzahl abw rts Ist die Zyklenanzahl gering werden Sie aufgefordert frische Reagenzien zu laden Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Wechseln von Reagenzien w hrend des Laufs auf Seite 60 A HINWEIS Wenn Sie einen neuen Lauf mit einem nicht kompletten Reagenzien Kit starten stellen Sie sicher dass Sie anwesend sind wenn neu
74. der Regel ist die Verwendung dieser Funktion nicht erforderlich Die Software h lt den Lauf automatisch vor Read 2 an damit Sie Reagenzien laden k nnen 1 W hlen Sie im Lauf bersichtsbildschirm die Option Pause Das Men Pause wird ge ffnet Abbildung 34 Optionen im Men Pause Normal Change Reagents W hlen Sie Normal Pause Normale Unterbrechung W hlen Sie Yes Ja um die Auswahl zu best tigen Die Software beendet den aktuellen Chemie oder Bildgebungsvorgang und versetzt die Flie zelle in einen sicheren Status Wenn Sie bereit sind den Lauf fortzusetzen w hlen Sie Resume Fortsetzen Wechseln von Reagenzien w hrend des Laufs Wenn Sie Ihren Lauf mit nicht vollst ndig gef llten Reagenzien starten w hlen Sie die Funktion Change Reagents Reagenzien wechseln um den Lauf anzuhalten und die Reagenzien aufzuf llen Es ist nicht erforderlich den Lauf vor dem Start von Read 2 zum Laden frischer Reagenzien anzuhalten An dieser Stelle h lt die Software den Lauf automatisch an SO 1 W hlen Sie im Lauf bersichtsbildschirm die Option Pause Das Men Pause wird ge ffnet W hlen Sie Change Reagents Reagenzien wechseln W hlen Sie Yes Ja um die Auswahl zu best tigen Die Software beendet den aktuellen Chemie oder Bildgebungsvorgang und versetzt die Flie zelle in einen sicheren Status Geben Sie im Reagenzienbildschirm die folgenden Reagenzparameter ein Reagenzien
75. des ersten Zyklus angezeigt Der Lauf wird an diesem Punkt angehalten Wenn Sie dieses Kontrollk stchen nicht aktiviert haben wird der Lauf nach der Inkorporation der ersten Base fortgesetzt und es wird keine Aufforderung zur berpr fung des Berichts zur ersten Base angezeigt Weitere Informationen finden Sie unter Erweitert auf Seite 39 1 Rufen Sie den Bericht zur ersten Base ber das Best tigungsdialogfeld f r den Bericht zur ersten Base oder durch ffnen der Berichtsdatei First_Base_Report htm auf der Stammebene des Laufordners auf und berpr fen Sie ihn 2 Wenn die Ergebnisse zufriedenstellend sind w hlen Sie Continue Fortsetzen um den Lauf fortzusetzen Wenn die Ergebnisse nicht zufriedenstellend sind brechen Sie den Lauf ab Sequenzierungsanalyse Viewer Sie k nnen Ihren Lauf mit dem Sequenzierungsanalyse Viewer berwachen der nach Beginn der Bildanalyse automatisch gestartet wird Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungsanalyse Viewer auf Seite 131 Eine ausf hrliche Beschreibung der verf gbaren Kennzahlen und Installationsanweisungen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 O 5 sine sep UsyoemiaQgf Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 106 Vorbereiten von Reagenzien fur Read 2 Bereiten Sie vor Abschluss von Read 1 und den Index Reads Reagenzien f r die Read 2 Resynthese und frischen ICB f r Read 2 v
76. dex Reads doppelt indizierte L ufe fort F r Paired End L ufe Bereiten Sie Paired End Reagenzien f r die Read 2 Resynthese vor Bereiten Sie frischen ICB f r Read 2 vor empfohlen F r Paired End L ufe Laden Sie Paired End Reagenzien in den Paired End Rack Laden Sie frischen ICB in Position 1 empfohlen F r Paired End L ufe Setzen Sie den Lauf fort Die Software f llt automatisch Paired End Reagenzien vor und f hrt die Read 2 Resynthese und Read 2 durch Wenn der Lauf abgeschlossen ist entladen und wiegen Sie die Reagenzien F hren Sie einen Ger tewartungswaschlauf durch In der folgenden Tabelle ist die ungef hre Dauer eines Sequenzierungslaufs auf Basis der Lesel nge und der Version der Ger tesoftware aufgef hrt HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch N mMO mJ10MsSBunJaizuanbas Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 12 Lauf Format 1x36 2x50 2x 100 HCS v2 0 oder h her mit Flie zelle v3 Etwa 2 Tage Etwa 5 Tage Etwa 10 Tage Teile Nr 15023355 Rev KDEU Vorbereiten von SBS Reagenzien Der erste Schritt bei der Einrichtung eines Laufs besteht in der Vorbereitung von SBS Reagenzien Die Reagenzien m ssen ber Nacht bei 2 bis 8 C oder ungef hr 90 Minuten in einem Wasserbad aus raumtemperiertem deionisiertem Wasser aufgetaut werden Nach dem vollst ndigen Auftauen sind die Reagenzien einsatzbereit muss die Inkorporations Mischung vor der Verwendung vorbereitet werden
77. die anderen beiden R hrchen Sequenzierungszyklen vor auf wenn Sie ICB f r Read 2 oder einen nachfolgenden Lauf vorbereiten Tauen Sie alternativ vier R hrchen auf um ICB f r Read 1 und Read 2 vorzubereiten Legen Sie LFN36 nach dem Auftauen auf Eis bis Sie ICB vorbereiten Lagern Sie EDP bei 15 bis 25 C bis Sie ICB vorbereiten Verwenden Sie ICB SB1 SB2 und SB3 direkt nach einer K hlung bei 2 bis 8 C N A a A Halten Sie die Chargennummern der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Vorbereiten von ICB Bereiten Sie ICB dem Typ Ihres Laufs und der Gr e des von Ihnen verwendeten Kits entsprechend vor Gehen Sie f r nicht oder einfach indizierte L ufe mit einem Kit f r 200 Zyklen wie unter Vorbereiten von ICB f r Read 1 Kit f r 200 Zyklen auf Seite 76 und Vorbereiten von ICB f r Read 2 Kit f r 200 Zyklen auf Seite 110 beschrieben vor Gehen Sie f r nicht oder einfach indizierte L ufe mit einem Kit f r 50 Zyklen wie unter Vorbereiten von ICB f r 58 Zyklen Kit f r 50 Zyklen auf Seite 76 beschrieben vor Weitere Informationen zu doppelt indizierten L ufen finden Sie unter ICB f r doppelt indizierte L ufe vorbereiten auf Seite 77 Gehen Sie f r nicht oder einfach indizierte L ufe mit dem alternativen Workflow f r SBS v3 Reagenzien wie unter Vorbereiten von ICB f r Read 1 und Read 2 Kit f r 200 Zyklen auf Seite 78 beschrieben vor HINWEIS Invertieren Sie beim Vorbereiten von ICB di
78. dikpr fung im Begr ungsbildschirm 1 3 5 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Mogliche Probleme bei der Laufkonfiguration Problem Die Software wurde nicht initialisiert Der Flie zellenregler ist orange Schlechte Fl ssigkeitsabgabe M gliche Ursache Die Software konnte interne Hardwareger te nicht initialisieren Die Flie zelle wurde nicht richtig platziert Das Vakuum ist nicht dicht Die Manifolds wurden nicht angehoben M glicherweise Luftblasen im System HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch Aktion Schlie en Sie die Fehlermeldung und starten Sie anschlie end die Ger tesoftware neu Falls das Problem weiterhin besteht starten Sie den Ger tecomputer neu Wenn Sie den Computer neu starten m chten m ssen Sie das Ger t zuerst ausschalten um sicherzustellen dass das DoNotEject Laufwerk korrekt erkannt wird Falls das Problem nach dem Neustart des Ger tecomputers weiterhin besteht schalten Sie das Ger t aus warten Sie mindestens 60 Sekunden und starten Sie das Ger t anschlie end neu Entfernen Sie die Flie zelle und wiederholen Sie die Reinigungsschritte Stellen Sie sicher dass die Dichtungen vorhanden sind und gut sitzen Setzen Sie die Flie zelle wieder ein Positionieren Sie die Flie zelle neu und berpr fen Sie ob die L cher nach unten zeigen Suchen Sie im Bereich der Dichtungen nach wei en Ablagerungen Falls Ablagerungen vorhanden sind tauschen Sie die
79. dungen und alle m glichen Bereiche der Nutzung dieses Produkts gelten die Kern IP Die anwendungsspezifische IP und die Kern IP sind voneinander getrennte sich nicht berlappende Untergruppen aller Immaterialg terrechte die im Besitz von Illumina sind Beispiele f r anwendungsspezifische IPs sind unter anderem die Immaterialg terrechte von Illumina f r bestimmte diagnostische Methoden f r bestimmte forensische Methoden und f r bestimmte Nukleins ure Biomarker Sequenzen oder Kombinationen aus Biomarkern oder Sequenzen Verbrauchsmaterialien sind Reagenzien und Verbrauchsmaterialien auf die Illumina Markenrechte hat und die von Illumina zur Nutzung mit und zum Verbrauch durch die Verwendung der Hardware vorgesehen sind Dokumentation ist das Benutzerhandbuch f r dieses Produkt einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Packungsbeilagen und sonstige Dokumentation die diesem Produkt beiliegen oder die vom Produkt oder in der Packung des Produkts zum Datum des Versands von Illumina referenziert werden Die Dokumentation umfasst dieses Dokument Hardware sind unter dem Markennamen Illumina vertriebene Instrumente Zubeh r und Peripherieger te Illumina steht f r Illumina Inc oder eine Tochtergesellschaft von Illumina Produkt steht f r das Produkt auf das sich dieses Dokument bezieht z B Hardware Verbrauchsmaterialien oder Software K ufer ist die Person oder juristische Person die dies
80. e ICB Flasche zum Mischen vorsichtig Stellen Sie f r eine optimale Leistung sicher dass die Temperatur des ICB unter 8 C bleibt HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch v 5 Ua1zuaBeay Sgs UON USNSISALION Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 76 Vorbereiten von ICB f r Read 1 Kit f r 200 Zyklen Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor um ICB f r einen nicht oder einfach indizierten Lauf mit bis zu 2 x 101 Zyklen vorzubereiten Weitere Informationen zu doppelt indizierten L ufen finden Sie unter ICB f r doppelt indizierte L ufe vorbereiten auf Seite 77 1 Aliquotieren Sie 47 ml ICB 200 in eine 250 ml Reserveflasche um zwei Flaschen mit ICB zu erhalten 2 Lagern Sie die Reserveflasche mit 47 ml ICB bei 2 bis 8 C bis Sie die Reagenzien f r Read 2 vorbereiten und laden 3 Geben Sie den Inhalt von zwei LFN R hrchen in die urspr ngliche Flasche mit ICB 200 4 Sp len Sie die beiden LFN R hrchen mit ICB 200 um sicherzustellen dass sich der gesamte LFN Inhalt in der ICB 200 Flasche befindet 5 Aliquotieren Sie 1 1 ml EDP 200 in die ICB LFN Mischung 6 Lagern Sie den nicht verwendeten Anteil des EDP 200 wieder bei 15 bis 25 C 7 Setzen Sie den Verschluss der Flasche auf und invertieren Sie die Flasche zum Mischen mehrmals vorsichtig 8 Legen Sie die Flasche auf Eis bis Sie die Reagenzien in das Ger t laden Vorbereiten von ICB f r 58 Zyklen Kit f r 50 Zyklen Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor
81. e Konfiguration des Laufs abzubrechen und zum Begr ungsbildschirm zur ckzukehren Wenn der Vorf llvorgang abgeschlossen ist werden die Laufinitiierungsbildschirme automatisch ge ffnet HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch A 9 S2UMIYISP ISBUN 9ISUISIO A HiSeq Software Laufinitiierungsbildschirme Wenn Sie die Reagenzien geladen und vorgef llt haben werden die Laufinitiierungsbildschirme ge ffnet Starten Sie Laufbildschirme wie Load Sequencing Flow Cell Sequenzierungsflie zelle laden Fluidics Check Fluidikpr fung und Close Door T r schlie en Bildschirm Load Sequencing Flow Cell Sequenzierungsflie zelle laden Im Bildschirm Load Sequencing Flow Cell Sequenzierungsflie zelle laden werden die Schritte f r das Laden der Cluster Flie zelle und das Aktivieren des Vakuums dargestellt Wenn das Vakuum aktiviert ist wird im System das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert automatisch aktiviert Abbildung 25 Bildschirm Load Seq Flow Cell Sequenzierungsflie zelle laden f r eine Hochleistungs Flie zelle RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN ell FiuidiesCheck E CioseDoor Sequence Please load the sequencing flow cell simulator and engage the vacuum on the flow cell holder Do not close the instrument door until prompted to do so Press Next to perform a fluidics check YA Vacuum Engaged 44 x Ti b gt BACK CANCEL HELP N
82. e Reagenzien ben tigt werden W hlen Sie Prime SBS Reagents SBS Reagenzien vorf llen um die Reagenzien vorzuf llen bevor Sie einen Lauf starten F hren Sie immer einen Vorf llvorgang aus bevor Sie eine neue Fliefszelle laden 6 W hlen Sie Next Weiter berpr fungsbildschirm berpr fen Sie die Informationen des Laufs Wenn alle Informationen richtig sind w hlen Sie Next Weiter W hlen Sie Back Zur ck wenn Sie Eintr ge ndern m ssen 3 6 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Laden und Vorf llen von Reagenzien Der n chste Schritt besteht im Laden der Sequenzierungsreagenzien Die Benutzeroberfl che der Software f hrt Sie durch den Vorgang Laden von SBS Reagenzien Vergewissern Sie sich dass die SBS Reagenzien vollst ndig aufgetaut sind und in das Ger t geladen werden k nnen Von Illumina bereitgestellte Verbrauchsmaterialien Acht Trichterverschl sse im Lieferumfang des TruSeq Cluster Kits enthalten Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Eine 250 ml Flasche Corning Katalognummer 430776 Verfahren 1 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest A HINWEIS Durch das Wiegen der Reagenzien vor und nach einem Sequenzierungslauf kann die tats chliche Reagenzabgabe ermittelt werden 2 ffnen Sie die T r der Reagenzienkammer 3 Heben Sie die Sipper f r den Sequenzierungsreagenz Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Sipper Griff zu sich hin b Sc
83. en Immediate Stop Normal Stop End of Lane Chemistry Normal Stop End of Cycle 2 W hlen Sie eine der folgenden Stopp Optionen Normal Stop End of Lane Chemistry Regul rer Stoppvorgang Lane Chemie Ende Der Lauf wird erst angehalten nachdem der aktuelle Chemie oder 96 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Bildgebungsbefehl abgeschlossen und die Flie zelle in einen sicheren Status versetzt wurde Normal Stop End of Cycle Regul rer Stoppvorgang Zyklusende Der Lauf wird angehalten nachdem der aktuelle Zyklus abgeschlossen und die Flie zelle in einen sicheren Status versetzt wurde Immediate Stop Sofortiger Stopp Der Lauf wird ohne Beenden des aktuellen Vorgangs gestoppt Die Flie zelle wird nicht in einen sicheren Status versetzt Die Fortsetzung eines Laufs der mit der Option Immediate Stop angehalten wurde ist nicht m glich 3 W hlen Sie eine der folgenden RTA Optionen Keep As Is Ohne nderungen fortfahren Der Lauf wird angehalten und es werden keine nderungen an der Echtzeitanalyse vorgenommen So k nnen Sie den Lauf an der Stelle fortsetzen an der Sie ihn angehalten haben Complete For Run F r aktuellen Lauf beenden Die Echtzeitanalyse wird gestoppt Die Laufdaten Laufparameter und Rezeptdateien werden aktualisiert um die Anzahl der Zyklen auf den zuletzt durchgef hrten Zyklus zu verringern Die Echtzeitanalyse wird erneut gestartet und f hrt die Analyse f r den Lauf bis zu der
84. en technischen Support von Illumina senden Erlaubt dem Ger t Informationen f r jeden Lauf an BaseSpace zu senden Alle Informationen bleiben vertraulich Illumina empfiehlt diese Funktion aktiviert zu lassen Ihre Informationen werden niemals an Dritte weitergegeben Probedaten eines Laufs werden nur gesendet wenn Sie auf dem Bildschirm Storage Speicherung angeben dass Sie Probedaten senden m chten Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Speicherung auf Seite 35 Optionen des Startbildschirms Der Begr ungsbildschirm enth lt die folgenden Optionen Sequence Sequenz Wash Waschlauf Check Pr fung Sequence Sequenzierung W hlen Sie Sequence Sequenzierung um mit den Schritten zur Konfiguration eines Sequenzierungslaufs zu beginnen ber die Schaltfl che Sequence Sequenzierung k nnen Sie einen neuen Lauf starten oder einen bestehenden Lauf fortsetzen Abbildung 11 Optionen unter Sequence Sequenzierung re 3 O Teile Nr 15023355 Rev KDEU New Run Neuer Lauf Die Software leitet Sie durch das Festlegen der Laufparameter das Laden und Vorf llen der Reagenzien das Laden der Flie zelle das Durchf hren von Fluidikpr fungen und das Starten des Laufs Resume Run Lauf fortsetzen Die Software leitet Sie durch das Ausw hlen des Ordners f r den bestehenden Lauf und das Festlegen der Parameter zum Fortsetzen des Laufs Wash Waschlauf W hlen Sie Wash Waschlauf um einen Ger tewas
85. enzien verwendet wird Existing Recipe Vorhandenes Rezept Wenn Sie ein benutzerdefiniertes Rezept f r den Lauf verwenden m chten geben Sie den Pfad und den Rezeptnamen ein Lassen Sie das Kontrollk stchen ansonsten deaktiviert Illumina empfiehlt den Rezeptassistenten zu verwenden um das Rezept auf Basis der Informationen zu erstellen die Sie im Rezeptbildschirm eingeben Bildschirm Sample Sheet Probenblatt HINWEIS Wenn Sie die Ergebnisse der Indizierung im Sequenzierungsanalyse Viewer SAV ansehen m chten m ssen Sie zu Beginn des Laufs ein Probenblatt laden SAV v1 8 ben tigt ein Probenblatt um die Indizierungsinformationen korrekt anzeigen zu k nnen Weitere Informationen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 Geben Sie im Feld Sample Sheet Probenblatt den Pfad eines g ltigen Probenblatts f r den Lauf ein Wenn der Lauf beginnt kopiert die Software das Probenblatt in das Stammverzeichnis des Laufordners Sofern Sie kein BaseSpace verwenden ist das Probenblatt optional Wenn Sie einen indizierten Lauf durchf hren ben tigen Sie das Probenblatt um die Indizes in SAV zu protokollieren Ein Probenblatt wird auch ben tigt wenn Sie BaseSpace ausf hren Weitere Informationen ber Probenbl tter finden Sie unter berblick ber das Probenblatt auf Seite 64 Abbildung 19 Bildschirm Sample Sheet Probenblatt f r eine Hochleistungs Flie zelle Please select a s
86. enzpositionen mit SBS v3 Reagenznamen e Anweisungen zum Ausschalten des Ger ts e Die erforderliche Wassermenge f r den Ger tewartungswaschlauf wurde erh ht Nur in Englisch verf gbar Erste Version Nur in Englisch verf gbar Teile Nr 15023355 Rev KDEU Inhaltsverzeichnis EST viii Inhaltsverzeichnis 22222oooeeeeeeessennennnnennennnnnnnnnnnnnnnnnn xi Kapitel 1 UberbliCk nn 1 Einf hrung e222 222 amp 2 23 25282228 en ee een see 2 HiSeq Konfiguration und Komponenten 4 berblick ber die einfach indizierte Sequerzierung 11 berblick ber die doppelt indizierte Sequenzierung 222200 13 Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien 0 17 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 22 Starten des HiSeq Systems 23 Kapitel 2 HiSeq Software nn 25 Einf hrung NEEN 26 Benutzeroberfl che der HiSeq Control Software 28 Laufkonfigurationsbildschirme 34 Voreinstellungsbildschirme 46 Laufinitiierungsbildschirme 50 Lauf bersichtsbildschirm oooooooocccccccccocccccccnnccccccccnnnnnncccccnnnnncccos 53 Anhalten und Fortsetzen eines Laufs oooococccccccccccccccccccccccccccccccncnncoo 56 Unterbrechen eines Laufs oooooccccccccccccccccccccccccccnccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncoo 60 Laufordner N 62 berblick ber das Probenblatt 222200 64 Verf g
87. er Software Benutzerhandbuch Diese Dateien enthalten die x y Position f r jeden Cluster Die clocs Datei ist die komprimierte Version der locs Datei filter Dateien enthalten Filterergebnisse pro Platte Diese Dateien werden von CASAVA v1 8 2 oder h her verwendet CS kann Miniaturbilder von neun Positionen aus jeder Platte generieren Die Miniaturbilder werden f r jeden Zyklus und jede Base generiert und k nnen zur Fehlerbehebung bei einem Lauf verwendet werden Weitere Informationen finden Sie unter Miniaturbilder auf Seite 136 stats Dateien enthalten die Base Calling Statistik der RTA f r einen bestimmten Zyklus Platte Diese Dateien werden von CASAVA v1 8 2 oder h her verwendet 133 9s eue19Z1yoy usjepaqebsny Echtzeitanalyse Schliisseldatei Unterordner _pos txt AnalysisFolder Data Dateien Intensities config xml AnalysisFolder Data Intensities AnalysisFolder Data Intensities Basecalls CopyLog txt AnalysisFolder Data ErrorLog txt AnalysisFolder Data Runinfo xml AnalysisFolder SampleSheet csv AnalysisFolder AnalysisFolder Data Intensities Basecalls Plattennummerierung Beschreibung Enthalten Berichte zu den Cluster Koordinaten Es gibt eine _pos txt Datei f r jede Platte Diese Dateien sollten in der OLB Analysesoftware verwendet werden wenn Sie ein BUSTARD Base Calling durchf hren m chten Enth lt Meta Informationen ber den Lauf die Bildanalyse
88. es Nach Lane f Thumbnail reports E L001 Ki Images J p HA Sessel J Nach Lane _ T C Lane Zyklus Interop m Status Files LJ Offsets If Matrix m TileStatus A pa LJ Phasing files RTALogs A m Plots config xml 4 SignalMeans a config xml A control files 1 3 A Teile Nr 15023355 Rev K DEU Analyseergebnisse Tabelle 9 Inhalt des Netzwerk Analyseordners Schl sseldatei Unterordner bel Dateien AnalysisFolder Data Intensities Basecalls LOOX CX X cif Dateien AnalysisFolder Data Intensities LOOX CX X clocs locs AnalysisFolder Data Intensities LO Dateien filter Dateien AnalysisFolder Data Intensities Basecalls jpg Dateien AnalysisFolder Thumbnail_Images LOOX CX X stats Dateien AnalysisFolder Data Intensities Basecalls1 L00X CX X HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch Beschreibung Jede bcl Datei enth lt die Base Calling und Base Qualit tsbewertungs Ergebnisse der RTA f r einen Zyklus und eine Platte Diese Dateien stellen die Eingabe in CASAVA v1 8 2 oder den BCL Converter dar Weitere Informationen finden Sie unter Hauptsequenz Ausgabedateien auf Seite 135 Jede bin re cif Datei enth lt die Bildanalyse Ergebnisse der RTA f r einen Zyklus und eine Platte Diese Dateien sollten in der OLB Analysesoftware verwendet werden wenn Sie ein BUSTARD Base Calling durchf hren m chten Eine Beschreibung finden Sie im Off line Basecall
89. es Produkt von Illumina oder einem autorisierten Illumina H ndler rechtm ig erworben hat Software ist unter dem Markennamen Illumina vertriebene Software z B Software mit der Hardware betrieben wird Datenanalysesoftware Die gesamte Software wird von Illumina lizenziert aber nicht verkauft Sie unterliegt m glicherweise weiteren in der Endbenutzer Lizenzvereinbarung der Software aufgef hrten Bedingungen Spezifikationen sind schriftliche Spezifikationen von Illumina f r dieses Produkt die zum Zeitpunkt der Produktauslieferung von Illumina wirksam waren Rechte f r die Verwendung nur zu Forschungszwecken Vorbehaltlich dieser Bestimmungen und Bedingungen und sofern nicht anders schriftlich mit einem Mitarbeiter von Illumina vereinbart wird dem K ufer lediglich ein nicht exklusives nicht bertragbares pers nliches nicht als Unterlizenz weitergebbares Recht im Rahmen der Kern IP von Illumina gew hrt die an dem Tag bestand als dieses Produkt von Illumina versandt wurde dieses Produkt in der Einrichtung des K ufers zu den internen Forschungszwecken Forschungsleistungen f r Dritte eingeschlossen des K ufers und ausschlie lich in bereinstimmung mit der Dokumentation dieses Produkts zu nutzen Speziell davon ausgenommen ist jegliche Verwendung die a Rechte oder eine Lizenz der anwendungsspezifischen IP von Illumina erfordern w rde b eine Wiederverwendung zuvor verwendeter Verbrauchsmaterialien darstellt c
90. etragene Marken von Illumina Inc Alle anderen hierin enthaltenen Marken und Namen sind Eigentum der jeweiligen Eigent mer Diese Software enth lt die SeqAn Bibliothek die f r Illumina lizenziert wurde und unter folgender Lizenz verteilt wird Copyright 2010 Knut Reinert FU Berlin Alle Rechte vorbehalten Die Weitergabe und die Verwendung des Quellcodes und des Bin rformats ob mit oder ohne nderungen sind gestattet wenn die folgenden Bedingungen erf llt sind 1 Der weitergegebene Quellcode muss den obigen Urheberrechtsvermerk enthalten diese Liste der Bedingungen und den folgenden Haftungsausschluss 2 Das weitergegebene Bin rformat muss den obigen Urheberrechtsvermerk diese Liste der Bedingungen und den folgenden Haftungsausschluss in der Dokumentation und oder in weiteren Materialien enthalten die im Rahmen der Weitergabe bereitgestellt werden 3 Weder der Name der FU Berlin der Name Knut Reinert noch die Namen seiner Mitarbeiter d rfen als Bef rworter von Produkten oder zur Werbung f r Produkte verwendet werden die von dieser Software abgeleitet sind DIE SOFTWARE WIRD VON DEN URHEBERRECHTSINHABERN UND DEREN MITARBEITERN OHNE M NGELGEW HR GELIEFERT OHNE GARANTIEN JEDWEDER ART WEDER AUSDR CKLICH NOCH IMPLIZIT EINSCHLIESSLICH DER ABER NICHT BESCHR NKT AUF DIE IMPLIZITEN GARANTIEN DER MARKTG NGIGKEIT UND DER EIGNUNG F R EINEN BESTIMMTEN ZWECK IN KEINEM FALL SIND DIE URHEBERRECHTSINHABER ODER DEREN MITARBEI
91. f Teile Nr 15023355 Rev K DEU Bildschirm Load Prime Flow Cell Primer Flie zelle laden Im Bildschirm Load Prime Flow Cell werden Sie aufgefordert eine gebrauchte Flie zelle f r den Vorf llvorgang zu laden Wenn Sie die gebrauchte Flie zelle geladen haben pr fen Sie ob das Vakuum aktiviert ist J HINWEIS Ilumina empfiehlt die Verwendung einer Flie zelle aus dem vorherigen Lauf um die Reagenzien des nachfolgenden Laufs vorzuf llen oder nach dem Lauf eine Sp lung durchzuf hren Abbildung 22 Bildschirm Load Prime Flow Cell Laden der Primer Flie zelle f r Hochleistungs Flie zellen RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN Please load a non sequencing flow cell and engage the vacuum on the fios ell holder Do not close the instrument door until prompted to do so Press Next to perform a fluidics check YA Vacuum Engaged x b gt CANCEL HELP NEXT Bildschirm Prime Fluidics Check Primer Fluidikpr fung Im Bildschirm Prime Fluidics Check Primer Fluidikpr fung werden Sie aufgefordert den ordnungsgem en Fluss zu berpr fen bevor Sie Reagenzien vorf llen W hlen Sie Pump Pumpe um die Fluidikpr fung zu starten Sie k nnen die Fluidikpr fung in diesem Bildschirm unterbrechen oder abbrechen W hlen Sie Pause um die Fluidikpr fung vor bergehend zu unterbrechen Die Schaltfl che Pause ndert sich in die Schaltfl che Resume Fortsetzen
92. fordert die Paired End Reagenzien f r die Read 2 Resynthese und frisch vorbereiteten ICB f r Read 2 zu laden Laden von Paired End Reagenzien 1 2 5 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Heben Sie die Sipper f r den Paired End Reagenzien Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Griff zu sich hin D Schieben Sie den Griff nach oben und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Schieben Sie den Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Der Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer Setzen Sie die Reagenzr hrchen je nach Art des durchgef hrten Laufs in die entsprechend nummerierten Positionen des Racks Tabelle 8 Positionen der Paired End Reagenzien Position Reagenzien Beschreibung 10 RMR Resynthese Mischung 11 LMX2 Linearisierungs Mischung 2 12 BMX Blockierende Mischung 13 AMX2 Amplifikations Mischung 2 14 APM2 AMX2 Vormischung 15 AT2 100 Formamid 16 HP7 oder HP11 Read 2 Sequenzierungs Primer 18 HP3 Denaturierungsl sung 19 HT2 Waschpuffer HINWEIS Sie m ssen RMR nicht f r doppelt indizierte Paired End L ufe laden RMR wird f r den Index 2 i5 Read verwendet und f r die Read 2 Resynthese nicht erneut eingesetzt Entfernen Sie die Verschl sse von den einzelnen Reagenzr hrchen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 1 1 Z pesy In us zus esy uo u peT Durchf
93. g aktiviert und Ilumina empfiehlt sie aktiviert zu lassen Um Berechtigungen zu deaktivieren w hlen Sie Menu Tools Options Men Extras Optionen und heben Sie dann die Auswahl von Send system health information to Illumina to aid technical support Informationen zum Systemzustand an Illumina senden um technischen Support zu unterst tzen auf Sie k nnen im Dialogfeld Options Optionen auch die Bedingungen anzeigen Wenn die Berechtigungen f r diese Funktion nicht aktiviert sind fordert HCS Sie auf die Lizenzbedingungen zu akzeptieren Wenn Sie die Lizenzbedingungen nicht akzeptieren k nnen Sie BaseSpace nicht verwenden Wenn Sie BaseSpace nicht verwenden wechseln Sie zum vorherigen Bildschirm zur ck und stellen Sie sicher dass die BaseSpace Option nicht ausgew hlt ist andernfalls ist die Schaltfl che Next Weiter nicht aktiviert Save to an Output Folder In Ausgabeordner speichern Geben Sie den Pfad zum Laufordner ein der der Zielordner f r alle Ausgabedateien ist Illumina empfiehlt einen Netzwerkspeicherort f r den Laufordner anzugeben Weitere Informationen finden Sie unter Laufordner auf Seite 62 Zip BCL files BCL Dateien verzippen Diese Option reduziert den f r den Lauf erforderlichen Festplattenspeicherplatz Wenn Sie BaseSpace verwenden werden Dateien standardm ig verzippt Bin OScores OScores gruppieren Diese Option reduziert den f r den Lauf erforderlichen Festplattenspeicherplatz Die
94. genen Ak eE AA AE A i e A ra M 4 cs mar Com as m SAA o AAA E d ps ben cr a ganze een Es Se D ZA pco amp sr af Gei a ECH Sexe eo HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 1 5 Glace Verfahren nach einem Lauf Einf hrung 116 Nach einem Lauf werden Verfahren wie das Entfernen und Wiegen von Reagenzien und ein Ger tewaschlauf durchgef hrt Durch regelm ige Ger tewaschl ufe wird die kontuierliche Leistungsf higkeit des Ger ts wie folgt sichergestellt Ggf vorhandene Reagenzien und Probenreste werden aus den Fluidikleitungen und Sippern gesp lt Eine Ansammlung und Kristallisation von Salz in den Fluidikleitungen und Sippern wird verhindert Eine Kreuzkontamination mit dem vorherigen Lauf Schnelllauf oder Hochleistungs Modus und umgekehrt wird verhindert HINWEIS Am Ende jedes Laufs wird ein Wasserwaschlauf durchgef hrt um das System zu waschen und die Fluidik zu berpr fen HCS l sst den Start eines neuen Laufs nur dann zu wenn innerhalb der letzten 24 Stunden ein Wasserwaschlauf oder ein erforderlicher Wartungswaschlauf durchgef hrt wurde Sie werden alle 10 Tage von HCS aufgefordert einen Wartungswaschlauf durchzuf hren unabh ngig davon wann Sie den letzten Wartungswaschlauf durchgef hrt haben a Teile Nr 15023355 Rev KDEU Entladen und Wiegen von Reagenzien 1 ffnen Sie die T r der Reagenzienkammer 2 Heben Sie die Sipper f r den Reagenzien Rack und den Cluster Rack a
95. ginn des Laufs Reagenzien vorhanden waren um sicherzustellen dass die Sipper gesp lt werden b Wenn Sie Cluster Positionen waschen f llen Sie zehn 15 ml R hrchen mit 10 ml Wasser in Laborqualit t c Laden Sie die Flaschen und R hrchen in den entsprechenden Reagenzien Rack im Ger t 4 Entfernen Sie die Flie zelle vom Flie zellentisch und legen Sie sie beiseite Sie werden diese Flie zelle erneut laden bevor Sie den Ger tewaschlauf starten HINWEIS 4 Dichtungen sollten nicht w hrend der NaOH und zweiten Waschschritte ausgewechselt werden Sie sollten eingesetzt bleiben bis der Sequenzierungslauf abgeschlossen ist Setzen Sie immer neue Manifold Dichtungen ein bevor Sie einen Ger tewartungswaschlauf durchf hren 5 Tragen Sie Schutzhandschuhe und nehmen Sie die vorderen und hinteren Dichtungen heraus Dr cken Sie hierzu leicht mit Ihrem Finger auf eine Seite der Dichtung Die andere Seite springt dann heraus Verwenden Sie eine Pinzette um die Dichtung zu fassen und zu entfernen Abbildung 48 Entfernen der gebrauchten Manifold Dichtungen 6 Positionieren Sie zwei neue Dichtungen in den Aussparungen vorne und hinten am Flie zellenhalter HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 1 9 SInNe y9sSemSBUNYEMAJelar Sale UEAUNJYUOANG Verfahren nach einem Lauf 7 Laden Sie die Flie zelle die Sie zum Einsetzen der neuen Dichtungen entfernt hatten W hlen Sie Next Weiter 8 F hren Sie eine Fluidikpr fung durch a W
96. haben und deren jeweilige F hrungskr fte Direktoren Repr sentanten und Mitarbeiter gegen alle Anspr che Haftungen Sch den Geldbu en Strafen Klageanspr che und Verluste jedweder Art verteidigen entsch digen und schadlos halten einschlie lich jedoch nicht beschr nkt auf Personensch den oder Anspr che nach Todesf llen und Verletzung der Immaterialg terrechte eines Dritten die resultieren aus sich beziehen auf oder entstehen durch i den Versto des K ufers gegen eine dieser Bestimmungen und Bedingungen ii die Nutzung des Produkts durch den K ufer f r einen anderen Zweck als den der Forschung iii die Verwendung dieses Produkts die nicht in bereinstimmung mit den Spezifikationen oder der Dokumentation des Produkts erfolgt oder iv einen Haftungsausschluss d Bedingungen f r Schadenersatzverpflichtungen Die Schadenersatzverpflichtungen der Parteien sind an die Bedingung gekn pft dass die Schadenersatz verlangende Partei i die andere Partei umgehend schriftlich ber einen solchen Anspruch bzw eine entsprechende Aktion informiert ii der anderen Partei bei einem solchen Anspruch bzw einer entsprechenden Aktion die exklusive Kontrolle und Autorit t hinsichtlich der Verteidigung und Schadensregulierung berl sst iii ohne vorherige schriftliche Zustimmung der anderen Partei keinen Versto gegen ein Immaterialg terrecht zugibt iv ohne vorherige schriftliche Zustimmung der anderen Partei keiner Schadensregulie
97. halten Sie das Ger t niemals aus w hrend die Ger tesoftware ausgef hrt wird Stecken Sie das USB Kabel des Ger ts das Bildschirm USB Kabel und das Tastatur USB Kabel in die entsprechenden Anschlussbuchsen auf der R ckseite des Servers Schlie en Sie den Barcodescanner und die Maus an der Vorderseite des Servers an Verwenden Sie den Port Manager nicht um Ports zu l schen Starten Sie den Ger testeuerungscomputer Melden Sie sich mit dem Standardbenutzernamen und dem Standardkennwort beim Betriebssystem an Warten Sie ab bis das Betriebssystem vollst ndig geladen wurde Benutzername sbsuser Kennwort sbs123 Wenn die Anmeldung mit den Standarddaten fehlschl gt erkundigen Sie sich bei Ihrer IT Abteilung nach dem Benutzernamen und dem Kennwort f r Ihren Standort Bringen Sie den Hauptnetzschalter in die EIN Position Wenn Sie vor dem Ger t stehen befindet sich der Netzschalter auf der linken Seite Warten Sie bis das Ger telaufwerk DoNotEject initialisiert wird W hrend der lnitialisierung des Laufwerks wird ein entsprechendes Fenster ge ffnet Schlie en Sie das Fenster HINWEIS Werfen Sie niemals das Flash Laufwerk DoNotEject aus das sich im Geh use des Ger ts befindet und ndern Sie nicht die auf dem Laufwerk gespeicherten Dateien Das Laufwerk enth lt Hardwarekonfigurationsdateien und wird jedesmal initialisiert wenn Sie das Ger t einschalten Archivieren Sie die auf dem Ger tecomputer befindlichen
98. hieben Sie den Sipper Griff nach oben und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Der Sipper Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen 4 Schieben Sie den Reagenzien Rack aus der Reagenzienkammer 5 Platzieren Sie die einzelnen Reagenzienflaschen in den nummerierten Positionen des Racks und stellen Sie sicher dass sich die konischen Seiten der Flaschen in den Aussparungen auf dem Boden des Racks befinden HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 87 usizuaBesy uon ua njoA pun USD Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 88 Tabelle 3 SBS Reagenzienpositionen Position Reagenzien Beschreibung 1 ICB Inkorporations Mischung 2 PW1 25 m Waschpuffer 3 SRE Scan Mischungs Reagenz 4 SBS Puffer 1 SB1 Puffer mit hoher Salzkonzentration 5 SBS Puffer 2 SB2 Inkorporations Waschpuffer 6 SBS Puffer 2 SB2 Inkorporations Waschpuffer 7 CMR Aufspaltungs Mischungs Reagenz 8 SBS Puffer 3 SB3 Furchungs Puffer 6 Geben Sie 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in die Flasche in Position 2 HINWEIS HCS v2 0 und h her umfasst die automatische Sp lung nach Abschluss des Sequenzierungslaufs Zur Vorbereitung der Sp lung nach dem Lauf ist es wichtig zu Beginn des Laufs 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in Position 2 zu laden wenn Sie die SBS Reagenzien laden Die Sp lung nach dem Lauf ersetzt nicht den Ger tewaschlauf nach dem Lauf 7 Ne
99. hmen Sie den Verschluss von jeder Reagenzienflasche ab und setzen Sie einen Trichterverschluss auf Y ACHTUNG Nach Kontakt mit der CMR Flasche m ssen Sie die Handschuhe entsorgen und neue Handschuhe anziehen H Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten 9 Senken Sie die Sipper wie folgt in die Sequenzierungs Reagenzienflaschen ab a b d Ziehen Sie den Sipper Griff zu sich hin Senken Sie den Sipper Griff ab und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die Trichterverschl sse nicht verbogen werden Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Der Sipper Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen 10 W hlen Sie das Kontrollk stchen PW1 25mL loaded in Position 2 PW1 25 ml in Position 2 geladen aus Teile Nr 15023355 Rev KDEU 11 Verfahren Sie nach einer der folgenden Anweisungen Wenn Sie einen indizierten Lauf durchf hren w hlen Sie Next Weiter In einer Meldung der Software werden Sie aufgefordert die Indizierungsreagenzien zu laden Wenn Sie einen nicht indizierten Lauf durchf hren schlie en Sie die T r der Reagenzienkammer und w hlen Sie Next Weiter Die Software f hrt mit dem Vorf llen der Reagenzien fort Laden von Indizierungsreagenzien Wenn Sie einen indizierten Lauf durchf
100. hrchen mit APM2 mit Reagenz Nr 14 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm e U H Lagern Sie es bei Raumtemperatur Teile Nr 15023355 Rev K DEU Vorbereiten von AT2 1 Invertieren Sie das R hrchen mit AT2 zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit AT2 mit Reagenz Nr 15 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm Ae N Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HP7 1 Invertieren Sie das R hrchen mit HP7 zum Mischen des Reagenz f nfmal 2 Beschriften Sie das R hrchen mit HP7 mit Reagenz Nr 16 3 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm 4 Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HP11 Die Verwendung von HP11 ist f r die Sequenzierung von doppelt indizierten Nextera Bibliotheken erforderlich 1 Invertieren Sie das R hrchen mit HP11 zum Mischen des Reagenz f nfmal 2 Beschten Sie das R hrchen mit HP11 mit Reagenz Nr 16 3 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm 4 Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HP3 1 Invertieren Sie das R hrchen mit HP3 zum Mischen des Reagenz f nfmal und pulszentrifugieren Sie es anschlie end kurz 2 Geben Sie 2 85 ul PW1 in ein konisches 15 ml Sarstedt R hrchen und f gen Sie 150 ul HP3 hinzu 3 Invertieren Sie das R hrchen zum Mischen des Reagenz f nfmal 4 _Nummerieren Sie das konische R hrchen mit der verd nnten HP3 L sung
101. hren eines Ger tewartungswaschlaufs Um eine optimale Ger teleistung sicherzustellen f hren Sie einen Ger te Wartungswaschlauf gem folgendem Zeitplan durch Alle 10 Tage Nach jedem Sequenzierungslauf Wechseln Sie die Dichtung zum Zeitpunkt des Wartungswaschlaufs aus Der Wartungswaschlauf umfasst drei Schritte Erster Wasserwaschlauf Sp lt das System mit Wasser in Laborqualit t NaOH Waschlauf W scht das System mit NaOH Letzter Wasserwaschlauf Sp lt das System mit Wasser in Laborqualit t um das NaOH zu entfernen Positionen Ungef hre Laufzeit pro Schritt 8 SBS Positionen 20 Minuten 8 SBS Positionen und 10 Cluster 60 Minuten Positionen Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien Ethanol Tupfer 24 Flaschen 250 ml Corning Katalognummer 430776 acht Flaschen pro Waschschritt 30 R hrchen 15 ml Corning Katalognummer 430052 10 R hrchen pro Waschschritt Wasser in Laborqualit t 1 N NaOH 3 Eppendorf Gef e pro Flie zelle f r Waschschritte der Probenladestation Erster Wasserwaschlauf 118 1 W hlen Sie im HCS Begr ungsbildschirm Wash Maintenance Waschen Wartung W hlen Sie Yes Ja um die PE Reagenzpositionen zu waschen W hlen Sie ansonsten No Nein W hlen Sie Next Weiter um fortzufahren Laden Sie Wasser in Laborqualit t wie folgt in das Ger t Teile Nr 15023355 Rev KDEU a F llen Sie acht 250 ml Flaschen mit mehr Wasser in Laborqualit t als zu Be
102. hren eines Sequenzierungslaufs Schieben Sie den Reagenzien Rack in die Reagenzienkammer indem Sie ihn an der erh hten F hrung unten in der Kammer ausrichten Senken Sie die Sipper wie folgt in die Paired End Reagenzr hrchen ab a Ziehen Sie den Griff zu sich hin b Senken Sie den Griff ab und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Inspizieren Sie die Sipper visuell um sicherzustellen dass sie beim Eintauchen in die R hrchen nicht verbogen werden d Schieben Sie den Griff in die Aussparung am unteren Ende der Schiene Der Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen Laden von ICB f r Read 2 112 1 2 Halten Sie das Gewicht der einzelnen Reagenzien im Laborkontrollformular fest Heben Sie die Sipper f r den Sequenzierungsreagenz Rack wie folgt an a Ziehen Sie den Sipper Griff zu sich hin D Schieben Sie den Sipper Griff nach oben und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin c Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Der Sipper Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen Schieben Sie den Reagenzien Rack aus der Reagenzienkammer Nehmen Sie die vorhandene ICB Reagenzienflasche aus Position 1 des Reagenzien Racks und entfernen Sie den Trichter Verschluss von der Flasche Platzieren Sie den Trichter Verschluss auf der neuen ICB Flasche und laden Sie die Flasche in Position 1 Stellen Sie dabei sicher dass die konische Seite der Flasche sich in der Aussparung auf
103. hung befindet e Setzen Sie den Verschluss der Flasche auf und invertieren Sie die Flasche zum Mischen mehrmals vorsichtig f Legen Sie die Flasche auf Eis bis Sie die Reagenzien in das Ger t laden an Vorbereiten von ICB f r Read 1 und Read 2 Kit f r 200 Zyklen Wenn Sie den alternativen Workflow verwenden m chten und zu Beginn Ihres Laufs ICB f r Read 1 und Read 2 laden gehen Sie f r einzelne Indizierungsl ufe mit einer Gesamtanzahl von bis zu 209 Zyklen wie nachfolgend beschrieben vor 1 2 TO Geben Sie den Inhalt von vier LFN R hrchen in die Flasche mit ICB 200 Sp len Sie die beiden LFN R hrchen mit ICB 200 um sicherzustellen dass sich der gesamte LFN Inhalt in der ICB 200 Flasche befindet Geben Sie den Inhalt eines EDP 200 R hrchens in die ICB LFN Mischung Sp len Sie das EDP 200 R hrchen mit der ICB LFN Mischung um sicherzustellen dass sich der gesamte EDP Inhalt in der Flasche mit der ICB LFN Mischung befindet Setzen Sie den Verschluss der Flasche auf und invertieren Sie die Flasche zum Mischen mehrmals vorsichtig Legen Sie die Flasche auf Eis bis Sie die Reagenzien in das Ger t laden Teile Nr 15023355 Rev KDEU Verwenden Sie Indizierungsreagenzien f r die indizierte Sequenzierung Die Vorbereiten von Indizierungsreagenzien Indizierungsreagenzien m ssen dem Typ der Sequenzierungsbibliothek und der Anzahl der durchgef hrten Index Reads entsprechen Sie ben tigen f r alle Bibl
104. ie Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn Sie eine erh hte Anzahl an Luftblasen feststellen berpr fen Sie die Manifold Dichtungen auf Behinderungen senken Sie die Aspirationsrate auf 100 und pumpen Sie weitere 250 ul Wasser in die Flie zelle 1 4 O Teile Nr 15023355 Rev KDEU Wiederholen der Read 2 Primer Hybridisierung Sie k nnen die Read 2 Primerhybridisierung auf dem Ger t wiederholen Hierzu sind jedoch zus tzliche Reagenzien erforderlich Wenden Sie sich an den technischen Support von Illumina um zu ermitteln ob die Read 2 Rehybridisierung m glich ist Wenn Sie weitere Informationen hierzu ben tigen rufen Sie die HiSeq Supportseite auf der Illumina Website auf und klicken Sie auf Troubleshooting Fehlerbehebung Hierf r m ssen Sie sich bei Mylllumina anmelden HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 41 BUNJSISIPLUQ H J9WUA Z DES 1p USIOUIEPSI Wenn BaseSpace nicht verf gbar ist Wenn BaseSpace nicht verf gbar ist ffnen Sie bitte die Windows Dienste und stellen Sie sicher dass Illumina BaseSpace Broker gestartet wurde Ist dies nicht der Fall starten Sie den Dienst Wenn Dienste laufen und Sie dennoch nicht auf BaseSpace zugreifen k nnen wenden Sie sich bitte an den technischen Support von Illumina Fehlerbehebung 1 A 2 Teile Nr 15023355 Rev K DEU Index A Aktivit tsanzeigen 31 Analyseergebnisse 133 135 Analyseordner 132 Analyseseite 55 131 Anhalten ei
105. ie Software fordert den Benutzer auf Waschl ufe durchzuf hren wenn L ufe abgeschlossen sind Wenn Sie einen Lauf anhalten fordert HCS Sie zur Durchf hrung eines Waschlaufs auf wenn deutlich wird dass Sie den Lauf nicht fortsetzen werden Complete for Run F r aktuellen Lauf beenden Ein angehaltener Lauf kann ohne Waschlauf des Systems fortgesetzt werden Der Start eines neuen Laufs erfordert einen Waschlauf Teile Nr 15023355 Rev KDEU Verzippen von BCL Dateien und Gruppieren von Q Scores zur Reduzierung der Datengr e Optionale Fluidikpr fung vor dem Lauf Unterst tzung f r BaseSpace F r BaseSpace ben tigen Sie ein Probenblatt Optional BCL Komprimierung und QScore Gruppierung welches f r BaseSpace erforderlich ist Um HCS v2 0 herunterzuladen rufen Sie die HiSeq Supportseite unter http www illumina com auf und klicken Sie anschlie end auf die Registerkarte Downloads Hierf r m ssen Sie sich bei Mylllumina anmelden HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch P T SunJynyul3 HiSeq Software Benutzeroberfl che der HiSeq Control Software Die HCS Benutzeroberfl che wird mit dem Bildschirm zur Laufkonfiguration ge ffnet Abbildung 8 HCS Benutzeroberfl che Begr ungsbildschirm Welcome Please select the appropriate option to start SEQUENCE A Men schaltfl che des Begr ungsbildschirms B Hauptbereich der Benutzeroberfl che C Aktivit tsanzeigen Men des Begr ungsbildschirms Die
106. ien Beschreibung ordner Stammebene First_Base_Report htm Datei mit den grundlegenden Kennzahlen f r den ersten Zyklus IALog txt Protokolldatei f r Bildanalyse Ereignisse Probenblatt optional Wenn Sie CASAVA verwenden m chten kopieren Sie das Probenblatt in die Stammebene des Laufordners Weitere Informationen hierzu finden Sie im CASAVA Benutzerhandbuch Teile Nr 15011196 Runlnfo xml Gibt Laufinformationen der h chsten Ebene an runParameters xml Liefert die Einrichtungsparameter f r den Lauf Config Enth lt eine Kopie der f r den Lauf verwendeten Softwarekonfigurationsparameter Teile Nr 15023355 Rev KDEU Unterordner Data Datal Intensities Logs Rezept Thumbnail_ Images Schliisseldateien ordner Status htm Ordner Intensities CopyLog txt Log txt Ordner BaseCalls config xml RTAConfiguration xml Recipe_ lt date gt _ lt time gt log xml Miniaturbilder jpg Dateien HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch Beschreibung Enth lt lauf und analysespezifische Metriken die w hrend des Laufs generiert wurden Enth lt die Ergebnisse der Bildanalyse Dieser Ordner befindet sich im Netzwerkordner unter lt Laufordner gt Data und hat denselben Namen wie der Laufordner auf dem Ger tecomputer Protokolldatei f r Kopierereignisse Protokolldatei f r Bildanalyse und Base Calling Enth lt die Base Calling Ergebnisse der RTA Enth lt spezifische Informationen z
107. ien f r bis zu 209 Zyklen Ein Kit f r 50 Zyklen bietet gen gend Reagenzien f r bis zu 58 Zyklen Kit Katalognummer TruSeq SBS Kit v3 HS 200 Zyklen Katalognummer FC 401 3001 TruSeq SBS Kit v3 HS 50 Zyklen Katalognummer FC 401 3002 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 u eneyewsyoneqA spuniarzusnb s Uberblick J HINWEIS F r doppelt indizierte Paired End Sequenzierungsl ufe mit einer Gesamtanzahl von bis zu 209 Zyklen ist ein SBS Kit f r 200 Zyklen ausreichend F r L ufe bei denen die Gesamtanzahl an Zyklen 209 bersteigt z B bei einem doppelt indizierten Paired End Lauf mit 101 Zyklen und einer Gesamtanzahl von 225 Zyklen k nnen Sie vier SBS Kits f r 50 Zyklen verwenden Weitere Informationen finden Sie unter SBS Kits f r die doppelt indizierte Sequenzierung auf Seite 73 Indizierungsreagenzien Indizierungsreagenzien f r die Sequenzierung von einfach oder doppelt indizierten Bibliotheken sind im TruSeq Cluster Kit SR oder PE enthalten Ein Kit bietet gen gend Reagenzien f r die Sequenzierung einer Flie zelle Kit Katalognummer TruSeq SR Cluster Kit v3 cBot HS Katalognummer GD 401 3001 TruSeq PE Cluster Kit v3 cBot HS Katalognummer PE 401 3001 HINWEIS Bei Sequenzierungsl ufen mit Nextera Bibliotheken und bei doppelt indizierten L ufen mit TruSeq HT Bibliotheken auf einer Single Read Flie zelle sind f r die Index Reads zus tzliche Sequenzierungs Primer erforderlich Weitere Info
108. illumina Hiseq 1000 System Benutzerhandbuch N EE E EE EE GATAACAGTAACACA AACCTT TTACTTGTTGATCCACTGATTCAAG ALA CCGTATCAATTGAGAGTAAATAT I TACCAT TAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCT TAAGATTACTTGATCCACTGATTCAA CCGT SACTGATTCAACGT ACCAA AAA EE AACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGT ACA AAGAGCTACCGTCTTCTGTT ACTA AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT ACT KE GE EE SE EE EE EE GATAACAGTAACACACTTI AACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAAG CGTAACGAACGTATC AACGTACCA eh CCGTCTTCTG TAGET ARATI ACTTGATCCACTGATTCAA TTGAGACTAAATATTAA dert JE CCTTAAGATTACTTGATCCACT SES SR EE AAGAGCTTCTGTTAACCT LAAGATT AE Ee E e E EE e EE GACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTA AAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAA AACAGTAA SATAACACTAACACA CTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCA TRAGA CTA CCGTCTICTGTTAACCTTAAG eer Ee EE EE E E SE AEST ETONI CCAGTOAT TCAE ACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGAI AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGT TAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC GATAACAGTAACACAC TICTGTTAAG a a ee pay Ii EE GTT PARCAT AAGATTACTT N TE CETA Sa CTAAATATTAACGT A CET ECAC CGAAAAGAATGAT GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTY TTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCA AGA TA CCGTCTICTGTTAACCTTAAGATTACTT ONTCCACTSATTCAACE TACCO TAACOAACOTATGATT
109. imer Anforderungen f r TruSeq HT und Nextera Bibliotheken aufgelistet Liste der unterst tzten doppelt indizierten Bibliotheken hinzugef gt Laufkonfiguration f r doppelt indizierte Bibliotheken aktualisiert Die TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box ist unabh ngig davon erforderlich welche Sequenzierungs Primer f r den Lauf verwendet werden Nur in Englisch verf gbar Teile Nr 15023355 Rev K DEU Teile Nr 15023355 15023355 15023355 Uberarbeitete Datum Beschreibung der nderung Fassung F April 2012 Workflow f r die Laufkonfiguration ge ndert Die Manifold Dichtungen m ssen vor der Durchf hrung des Ger tewaschlaufes und nicht vor dem Einsetzen der Cluster Flie zelle ersetzt werden Folgende neue Informationen wurden hinzugef gt e berblick ber einfach indizierte und doppelt indizierte Sequenzierungsl ufe e Beschreibung zu doppelt indizierten Bibliotheken e Beispiel zu ICB Volumina f r doppelt indizierte L ufe e Anweisungen zur Vorbereitung von SBS Paired End und Indizierungsreagenzien sowie zu den erforderlichen Sequenzierungs Primern f r doppelt indizierte Bibliotheken e Hinweis darauf dass f r den jeweiligen Flie zellentyp die entsprechende Version der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box verwendet werden muss Nur in Englisch verf gbar E Oktober 2011 Folgende Informationen wurden korrigiert e Gesch tzte Laufdauer f r nicht indizierte L ufe e Anzahl der ben tigten Ki
110. in Nachf llen erforderlich Weitere Informationen finden Sie unter berblick ber die doppelt indizierte Sequenzierung auf Seite 13 Auftauen von SBS Reagenzien 1 Nehmen Sie SRE und CMR aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 15 bis 25 C heraus tauen Sie sie auf und invertieren Sie sie gem den Anweisungen in der folgenden Tabelle Name des SBS Kit 200 Zyklen Reagenz SRE Bei 2 bis 8 C 16 Stunden lang oder in einem Wasserbad mit Raumtemperatur 90 Minuten lang auftauen Zum Mischen f nf Mal invertieren Bis zur Verwendung auf Eis lagern CMR Bei 2 bis 8 C 16 Stunden lang oder in einem Wasserbad mit Raumtemperatur 90 Minuten lang auftauen Zum Mischen f nf Mal invertieren Bis zur Verwendung getrennt von ICB und SRE auf Eis lagern SBS Kit 50 Zyklen In einem Wasserbad mit Raumtemperatur eine Stunde lang auftauen In einem separaten Wasserbad mit Raumtemperatur eine Stunde lang auftauen 2 Legen Sie SRE und CMR nach dem Auftauen auf Eis bis Sie die Reagenzien laden 3 Nehmen Sie LFN36 aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 15 bis 25 C heraus und tauen Sie es in einem Becher mit raumtemperiertem deionisiertem Wasser 20 Minuten lang auf 74 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Name des SBS Kit 200 Zyklen SBS Kit 50 Zyklen Reagenz LFN Tauen Sie zwei R hrchen auf um Tauen Sie ein R hrchen auf Fin ICB f r Read 1 vorzubereiten Tauen R hrchen LEN bereitet ICB f r 58 Sie
111. iothekstypen HP3 und HT2 die im TruSeq Cluster Kit enthalten sind Doppelt indizierte Nextera Bibliotheken erfordern zus tzliche Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box F hren Sie Sequenzierungen auf Single Read Flie zellen mit dem Single Read Kit und Sequenzierungen auf Paired End Flie zellen mit dem Paired End Kit durch Wenn Sie f r doppelt indizierte TruSeq HT Bibliotheken einen doppelt indizierten Lauf auf einer Single Read Flie zelle durchf hren ben tigen Sie HP9 Index 2 Read Primer aus der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Single Read HINWEIS Wi Die Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box sind f r nicht indizierte und einfach indizierte Bibliotheken geeignet Wenn Ihre Flie zelle eine Kombination aus nicht indizierten einfach indizierten und doppelt indizierten Bibliotheken enth lt verwenden Sie f r den gesamten Lauf die Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Sequenzierungs Primer nach Lauftyp auf Seite 20 Bibliothekstyp und Flie zellentyp Nextera Bibliotheken Single Read Flie zelle Nextera Bibliotheken Paired End Flie zelle TruSeq HT Bibliotheken Single Read Flie zelle TruSeq HT Bibliotheken Paired End Flie zelle TruSeq LT v2 Bibliotheken Single Read Flie zelle oder Paired End Flie zelle TruSeq Small RNA Bibliotheken Single Read Flie zelle oder
112. laufs auf Seite 118 Entfernen Sie die Flie zelle n vom Flie zellentisch Wischen Sie die Oberfl che des Flie zellenhalters vorsichtig mit einem Alkoholtupfer oder einem fusselfreien mit Ethanol oder Isopropanol befeuchteten Tuch ab bis er vollst ndig sauber ist ACHTUNG Es darf kein Alkohol in die Vakuum ffnungen oder auf die Umgebung der Manifolds gelangen Reinigen Sie den Tisch ggf mit einem fusselfreien Tuch Geben Sie 10 ml Wasser in Laborqualit t in jede Reagenzposition im Reagenzien Rack und senken Sie dann die Sipper in das Wasser ab Schalten Sie das Ger t aus Wenn Sie das Ger t wieder starten m chten laden Sie alle Reagenzpositionen mit Wasser schalten Sie das Ger t ein und f hren Sie einen Wasserwaschlauf durch Weitere Informationen finden Sie unter Durchf hren eines Wasserwaschlaufs auf Seite 122 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 2 D s g199 sep u yeyossny 1 2 6 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Echtzeltanalyse berblick ber die Echtzeitanalyse ooooococcccccccccccccccnococcccncnonncncnncncnocanoss 128 berwachen von Laufzeitstatistiken 00 22ooccccnueenneen nenn 130 Echtzeitanalyse Ausgabedaten nenn 132 TI Te mz E En gt N ua SADA a NS AN 7 3 lem m nt y an Sa EEE DE i Ge E Rus TS pa ai gt y A tA As SA Se an K gt pao eu S y Sa qee rs Gs K a A ur HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 2 d elle berblick
113. m Fall wird ein Wartungswaschlauf empfohlen 1 Load Wash Reagents Waschreagenzien laden Sie werden zum Laden von Waschreagenzien aufgefordert 2 Load Wash Flow Cell Wasch Flie zelle einsetzen Sie werden aufgefordert eine nicht f r die Sequenzierung vorgesehene Flie zelle einzusetzen und eine Wasch Flie zellen ID einzugeben 3 Fluidics Check Fluidikpr fung Sie werden aufgefordert eine L sung auszuw hlen Verwenden Sie die Standardwerte f r Volumen Aspirationsrate und Zufuhrrate 4 Wash Waschlauf Das Ger t f hrt einen Waschlauf durch 5 Load Solvent L sungsmittel laden Sie werden aufgefordert f r den Waschlauf NaOH in alle Positionen zu laden 6 Solvent Wash L sungsmittelwaschlauf Das Ger t f hrt einen L sungsmittelwaschlauf durch 7 Load Wash Reagents Waschreagenzien laden Sie werden zum Laden von Waschreagenzien aufgefordert 8 Wash Waschlauf Das Ger t f hrt einen Waschlauf durch Speicherung Im Bildschirm Storage Speicherung k nnen Sie festlegen wo Laufdaten ausgegeben und gespeichert werden sollen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 3 5 SWIYISPIIASUOIEAN LLUONINET HiSeq Software 36 Abbildung 15 Bildschirm Storage Speicherung Please enter Password Connectto Ba Storage and analysis Q Run Monitori Enter your Mylllumina account Email walshGillumina com If you do not have an account please go to httos my illumina com to sign up A sample
114. mehrere Zyklen ben tigen In der folgenden Zusammenfassung werden die Punkte des Laufs beschrieben an denen Kennzahlen verf gbar sind Bildanalyse Beginnt nach Zyklus 4 Die Software muss zun chst eine Vorlage mit Cluster Positionen generieren Im vierten Zyklus beginnt die Software mit der Bildanalyse HINWEIS Da die Software w hrend des vierten Zyklus mit der Bildanalyse beginnt dauert die Fertigstellung des vierten Zyklus wesentlich l nger Die Software wartet das Ende der Analyse ab bevor sie mit dem n chsten Zyklus fortf hrt Dieses Verhalten ist normal Phasierungssch tzungen und Base Calls Nach Zyklus 12 generiert die Software Phasierungs Vorphasierungssch tzungen und Base Calls Qualit tsbewertungen Die Software erstellt Qualit tsbewertungen nach Zyklus 25 Sie bestimmt welcher der Reads den Qualit tsfilter passiert Dabei wird die Reinheitsformel auf die ersten 25 Basen angewendet Mindestens 24 der ersten 25 Zyklen m ssen einen Reinheitswert von gt 0 6 haben Die Reads k nnen den Qualit tsfilter passieren wenn nur eine Base in den ersten 25 Basen einen niedrigeren Reinheitswert hat Die Qualit tsbewertungen werden nur f r Reads ausgegeben die den Qualit tsfilter passiert haben Weitere Informationen hierzu finden Sie unter RTA Theorie der Abl ufe Fehlerraten Wenn eine PhiX Kontrolle hinzugef gt wurde generiert die Echtzeitanalyse nach Zyklus 25 Fehlerraten In Line Kontrollen Wenn Sie Ihre Pro
115. mina Experiment Manager verwenden Beachten Sie beim Erstellen Ihres Probenblatts die folgenden Richtlinien Alle Indexsequenzen werden im Feld Index angegeben Wenn Sie doppelt indizierte Reads durchf hren m ssen mehrere Indizes durch einen Bindestrich voneinander getrennt werden ACCAGTAA GGACATGA Wenn eine Probe keine Indexsequenz enth lt lassen Sie das Feld Index leer Damit ein Probenblatt g ltig ist muss bei jedem Zyklus in einem Index Read f r jede Lane mindestens eine Base im roten Kanal A C und eine Base im gr nen Kanal G T vorhanden sein um eine korrekte Bildverarbeitung sicherzustellen Ein ung ltiges Probenblatt verhindert die ordnungsgem e Sekund ranalyse Illumina Experiment Manager 64 Der Illumina Experiment Manager ist eine assistentenbasierte Anwendung die Sie durch die Schritte zum Erstellen Ihres Probenblatts f hrt Durch die Verwendung des Illumina Experiment Managers verringert sich nicht nur die H ufigkeit von Syntaxfehlern sondern Sie werden au erdem zur Angabe von Informationen aufgefordert die auf Ihren Probentyp und Analyse Workflow zutreffen Die Anwendung bietet eine Funktion zum Aufzeichnen von Parametern f r die Probenplatte z B der Proben ID des Projektnamens der doppelten Indizes und der Barcode Informationen Die Probenplatteninformationen werden importiert Mithilfe des Ilumina Experiment Manager k nnen Sie Probenplattenparameter in das Probenblatt importieren Teile
116. mit Reagenz Nr 18 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 O 9 Z pesy n uarzuabesy uon UeUelaOUOA Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 5 6 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von HT2 AeA N Invertieren Sie das R hrchen mit HT2 zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit HT2 mit Reagenz Nr 19 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm Lagern Sie es bei Raumtemperatur Vorbereiten von ICB f r Read 2 Kit f r 200 Zyklen Gehen Sie bei nicht oder einfach indizierten L ufen wie nachfolgend beschrieben vor Bereiten Sie ICB f r doppelt indizierte L ufe mit den Volumina vor die Sie f r Read 2 aufgehoben haben Weitere Informationen hierzu finden Sie unter ICB f r doppelt indizierte L ufe vorbereiten auf Seite 77 1 2 110 Geben Sie den Inhalt von zwei LFN R hrchen in die Flasche mit 47 ml ICB 200 Sp len Sie die beiden LFN R hrchen mit ICB 200 um sicherzustellen dass sich der gesamte LFN Inhalt in der ICB 200 Flasche befindet Aliquotieren Sie 1 1 ml EDP 200 in die ICB LFN Mischung Setzen Sie den Verschluss der Flasche auf und invertieren Sie die Flasche mehrmals zum Mischen Legen Sie die Flasche auf Eis bis Sie die Reagenzien in das Ger t laden Teile Nr 15023355 Rev KDEU Laden von Reagenzien f r Read 2 Nach Abschluss von Read 1 und den Index Reads werden Sie aufge
117. mit einer benutzerdefinierten Anzahl an Zyklen f r jeden Index Read durchzuf hren SWIYISPIIASUOIEAN LLUONINET Flow Cell Format Flie zellenformat Diese Option wird angezeigt wenn Sie Dual Index Doppelte Indizierung oder Custom Benutzerdefiniert als Indextyp w hlen W hlen Sie unter Flow Cell Format Flie zellenformat ein Flie zellenformat aus Single Read oder Paired End Ein doppelt indizierter Single Read Lauf kann entweder auf einer Single Read Flie zelle oder auf einer Paired End Flie zelle mit Rezeptanpassungen durchgef hrt werden Ihre Auswahl in CS Paired End oder Single Read Flie zelle bestimmt das Rezept Verwenden Sie immer die Ihrem Flie zellentyp entsprechende Dual Index Sequencing Primer Box lay HINWEIS i Ein doppelt indizierter Paired End Lauf muss auf einer Paired End Flie zelle durchgef hrt werden Zyklen Cycles Zyklen Geben Sie die Anzahl der Zyklen ein die Sie f r jeden Read einschlie lich Read 1 der Index Reads und Read 2 sequenzieren m chten HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 41 HiSeq Software 42 SBS HINWEIS Addieren Sie immer einen Zyklus zur Gesamtanzahl der Zyklen von Read 1 oder Read 2 Wenn Sie beispielsweise 100 Zyklen f r Read 1 durchf hren m chten geben Sie 101 ein Wenn Sie 50 Zyklen f r Read 1 durchf hren m chten geben Sie 51 ein Die Anzahl der in einem Read ausgef hrten Zyklen ist um einen Zyklus h her als die Anzahl der analysierten Zykle
118. n Der letzte Zyklus ist f r Phasierungs und Vorphasierungsberechnungen erforderlich Geben Sie f r Paired End L ufe dieselbe Zyklenanzahl f r Read 2 wie f r Read 1 ein Wenn Sie die Indizierungsoption Custom Benutzerdefiniert gew hlt haben geben Sie die Anzahl der Zyklen f r jeden Index Read ein Read L ngen m ssen nicht identisch sein HINWEIS Wenn Sie Single Index Einfacher Index oder Dual Index Doppelter Index ausgew hlt haben wird die Anzahl der Indizierungszyklen automatisch eingegeben Bei HCS v2 0 und h her werden kompatible Kit Versionen f r SBS Index und PE Turnaround Chemie standardm ig auf Basis der von Ihnen im Scanbildschirm angegebenen Flief zellen ID eingegeben Die folgende Tabelle enth lt den Namen des Standardkits f r jeden Flie zellentyp so wie dieser im Rezeptbildschirm angegeben ist Flie zellentyp SBS Index Clustering und oder PE Turnaround HiSeq Flie zelle v3 TruSeq TruSeq Multiplex Sequencing Primer TruSeq PE SBS Kit Box einfach indizierte Bibliotheken Cluster Kit v3 v3 oder cBot HS TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box doppelt indizierte Bibliotheken HINWEIS Die TruSeq Multiplex Sequencing Primer Box ist Bestandteil des TruSeq Cluster Kit v3 Die in diesen Kits enthaltenen Reagenzien k nnen mit jedem beliebigen Hochleistungs Flie zellentyp verwendet werden Teile Nr 15023355 Rev KDEU Index Dies ist der Name des Illumina Kits das f r Indizierungsreag
119. n Nach Auswahl des gew nschten Kits werden die verbleibenden SBS Zyklen entsprechend den vom Kit unterst tzten Zyklen automatisch ausgef llt Cycles Remaining Verbleibende Zyklen Dieses Feld wird je nach verwendetem SBS Kit automatisch ausgef llt Wenn Sie ein unvollst ndiges Kit verwenden geben Sie die gesch tzte Zyklenanzahl an f r die die Reagenzien ausreichen sollen Die Software z hlt von der eingegebenen Zyklenanzahl abw rts Ist die Zyklenanzahl gering Teile Nr 15023355 Rev KDEU werden Sie aufgefordert frische Reagenzien zu laden Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Wechseln von Reagenzien w hrend des Laufs auf Seite 60 A HINWEIS Wenn Sie einen neuen Lauf mit einem nicht kompletten Reagenzien Kit starten stellen Sie sicher dass Sie anwesend sind wenn neue Reagenzien ben tigt werden Prime SBS Reagents SBS Reagenzien vorf llen Aktivieren Sie dieses Kontrollk stchen um vor Beginn des Laufs die Reagenzien vorzuf llen F hren Sie immer einen Vorf llvorgang aus bevor Sie eine neue Flie zelle laden berpr fungsbildschirm Im berpr fungsbildschirm werden die Informationen aufgef hrt die Sie f r den Lauf eingegeben haben W hlen Sie Back Zur ck wenn Sie Eintr ge ndern m ssen HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch A 5 SWIYISPIIASUONEAN LLUONINET HiSeq Software 46 Voreinstellungsbildschirme Wenn Sie in den Einrichtungsbildschirmen des Laufs die erforderlichen Informatio
120. n der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthaltenen Sequenzierungs Primer HP10 verwenden Dieser wird anstelle von HP8 eingesetzt F r die Sequenzierung von doppelt indizierten TruSeq HT Bibliotheken k nnen Sie HP8 oder HP12 verwenden Teile Nr 15023355 Rev KDEU Index 1 i7 Read F hren Sie im Anschluss an die Index Read Vorbereitung den Index 1 i7 Read durch Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Bibliotheken Nextera oder TruSeq HT umfasst der Index Read acht Sequenzierungszyklen Index 2 i5 Read Der Index 2 i5 Read Prozess ist f r L ufe auf Single Read Flie zellen und f r L ufe auf Paired End Flie zellen unterschiedlich Single Read Flie zellen Das Index 1 i7 Read Produkt wird entfernt und an diesen Matrizenstrang wird die Index 2 i5 Sequenzierungs Primer Mischung HP9 gebunden HP9 ist in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten und wird f r doppelt indizierte L ufe auf Single Read Flie zellen ben tigt Dies gilt f r alle Bibliothekstypen Nextera oder TruSeq HT Der Lauf wird in acht Sequenzierungszyklen durchgef hrt Paired End Flie zellen Das Index 1 i7 Read Produkt wird entfernt Die Resynthesemischung RMR spaltet den auf der Oberfl che der Flie zelle gepfropften P5 Primer auf und die Matrize wird an den gepfropften P5 Primer gebunden Der Lauf durchl uft zus tzlich sieben Chemiezyklen ohne Bildgebung und anschlie end acht Sequenzierungszyklen Read 2 Resynthese
121. n die Sie laden Gehen Sie dabei wie folgt vor a b Ziehen Sie den Sipper Griff zu sich hin Schieben Sie den Sipper Griff nach oben und ziehen Sie ihn gleichzeitig zu sich hin Schieben Sie den Sipper Griff in die Aussparung am oberen Ende der Schiene Der Sipper Griff sollte f hlbar fest in der Aussparung sitzen 3 Schieben Sie den Reagenzien Rack mithilfe des Rack Griffs aus der Reagenzienkammer 4 Nehmen Sie die Flaschen aus dem Reagenzien Rack und dokumentieren Sie das Gewicht auf dem Laborkontrollformular y HINWEIS Die Farbe des Sequenzierungsreagenzabfalls kann braun sein M glicherweise stellen Sie auch eine leichte Verf rbung der Trichterverschl sse oder in versch tteten Fl ssigkeiten fest Die Ver nderung der Abfallfarbe ist nicht toxisch und wirkt sich nicht auf die Leistung des Laufs aus WARNUNG Eine Komponente des Cluster Reagenzien Kits enth lt Formamid ein aliphatisches Amid das in Verdacht steht ein fortpflanzungsgef hrdendes Toxin zu sein Es kann daher durch Inhalation oder orale Aufnahme Kontakt mit der Haut oder den Augen zu einer Verletzung von Personen kommen Beh lter und nicht verwendeter Inhalt m ssen gem den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region entsorgt werden Weitere Informationen finden Sie im MSDS f r dieses Kit unter http www illumina com msds HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 1 d usizuabBesay uon usaba pun uspej uy Verfahren nach einem Lauf Durchf
122. n Illumina bei jeglicher Vertragsverletzung von Immaterialg terrechten Dritter dar Ausschl sse bei der Schadenersatzverpflichtung von Ilumina Illumina ist nicht verpflichtet den K ufer f r jegliche Anspr che aus Vertragsverletzungen zu verteidigen zu entsch digen oder schadlos zu halten soweit eine solche Vertragsverletzung erfolgt ist durch i die Verwendung dieses Produkts in einer Form oder zu einem Zweck die bzw der nicht Forschungszwecken dient ii die Verwendung dieses Produkts in einer Form die nicht mit seinen Spezifikationen seiner Dokumentation und mit den dem K ufer ausdr cklich gew hrten Rechten bereinstimmt oder die einen Versto gegen diese Bestimmungen und Bedingungen seitens des K ufers darstellt iii die Verwendung dieses Produkts in Verbindung mit anderen Produkten Materialien oder Diensten die nicht von Illumina bereitgestellt wurden iv die Verwendung dieses Produkts zur Durchf hrung eines Assays oder eines anderen Prozesses der nicht von Illumina bereitgestellt wurde oder v die Einhaltung der Spezifikationen oder Teile Nr 15023355 Rev KDEU Anweisungen f r dieses Produkt seitens Illumina das durch den oder im Namen des K ufers eingerichtet wurde jeder der Punkte i v bezeichnet einen Haftungsausschluss c Schadenersatz durch den K ufer Der K ufer wird Illumina ihre Tochtergesellschaften ihre Partnerfirmen und Entwicklungspartner die zur Entwicklung dieses Produkts beigetragen
123. n dieses Produkts zu erlangen oder diese zu ermitteln oder iv das Produkt einem Dritten zu bertragen eine Unterlizenz der Software oder einer Software von Drittanbietern zu vergeben Der K ufer ist zudem damit einverstanden dass die Inhalte und Methoden des Betriebs dieses Produkts Eigentum von Illumina sind und dass dieses Produkt Gesch ftsgeheimnisse von Illumina enth lt Die Bedingungen und Einschr nkungen dieser Bestimmungen und Bedingungen sind f r Verkaufsbedingungen gedacht und haben daher den Verkauf und die Nutzung dieses Produktes durch den K ufer zum Gegenstand Begrenzte Haftung SOWEIT DIES GESETZLICH ZUL SSIG IST SIND ILLUMINA ODER DEREN LIEFERANTEN IN KEINEM FALL GEGEN BER DEM K UFER ODER DRITTEN F R KOSTEN DER BESCHAFFUNG VON ERSATZPRODUKTEN ODER DIENSTEN ENTGANGENEN GEWINN DATENVERLUST ODER ENTGANGENE GESCH FTE ODER F R INDIREKTE SPEZIELLE BEIL UFIG ENTSTANDENE BEISPIELHAFTE FOLGE ODER STRAFRECHTLICHE SCH DEN JEDWEDER ART HAFTBAR DIE OHNE EINSCHR NKUNG AUS ODER IN VERBINDUNG MIT DEM VERKAUF DIESES PRODUKTS SEINER NUTZUNG DEN LEISTUNGEN VON ILLUMINA LAUT DIESEM VERTRAG ODER EINER DIESER BESTIMMUNGEN UND BEDINGUNGEN ENTSTEHEN GANZ GLEICH WIE DIESE VERURSACHT WURDEN UND WELCHER HAFTUNGSTHEORIE SIE UNTERLIEGEN SEI DIES VERTRAGS GEF HRDUNGS ODER DELIKTHAFTUNG EINSCHLIESSLICH FAHRL SSIGKEIT ODER SONSTIGES ILLUMINAS GESAMTE UND KUMULATIVE HAFTUNG GEGEN BER DEM K UFER ODER EINEM DRITTEN DIE SICH A
124. nd schadlos halten die unterstellen dass dieses Produkt wenn es in bereinstimmung mit diesen Bestimmungen und Bedingungen und in bereinstimmung mit der Dokumentation und den Spezifikationen des Produkts zu Forschungszwecken verwendet wird gegen die g ltigen und vollstreckbaren Immaterialg terrechte eines Drittanbieters verst t und ii f r alle Schadensregulierungen rechtskr ftigen Urteile und Kosten aufkommen einschlie lich angemessener Rechtanwaltskosten mit denen der K ufer im Zusammenhang mit solchen Vertragsverletzungen belastet wird Falls dieses Produkt oder ein Teil des Produkts Gegenstand eines Schadenersatzanspruches aufgrund einer Vertragsverletzung wird oder nach Meinung von Illumina werden kann hat Illumina das Recht nach seiner Wahl A dem K ufer das Recht einzur umen das Produkt weiter zu verwenden B dieses Produkt zu ndern oder durch ein im Wesentlichen gleichwertiges Produkt das nicht von diesen Schadenersatzanspr chen betroffen ist zu ersetzen oder C die R ckgabe des Produkts einzufordern und die Rechte Lizenzen und alle weiteren dem K ufer gegebenen Berechtigungen hinsichtlich dieses Produkts zu entziehen und dem K ufer bei R ckgabe den Restwert wie in den offiziellen Dokumenten des K ufers aufgef hrt des zur ckgegebenen Produkts zu erstatten mit der Einschr nkung dass verbrauchte oder abgelaufene Verbrauchsmaterialien nicht r ckerstattet werden Dieser Abschnitt stellt die gesamte Haftung vo
125. ndet Kontrolldateien Die Kontrolldateien control sind Bin rdateien die Kontrollergebnisse enthalten Diese Dateien werden vom BCL Converter und CASAVA v1 8 verwendet Miniaturbilder Sie k nnen CS f r das Generieren von Miniaturbildern im jpg Format konfigurieren Miniaturbilder werden f r jeden Zyklus und jede Base generiert CS erfasst Bilder aus neun Abschnitten einer Platte Diese neun Bilder werden in einem Miniaturbild kombiniert und k nnen zur Fehlerbehebung bei einem Lauf verwendet werden Miniaturbilder sind nicht f r die Bildanalyse geeignet Abbildung 51 Miniaturbild EL EL E 3 6 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Fehlerbehebung Einf hrung 138 M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration 222222222eseeeeeeeennnnn 139 Durchf hren einer Fluidikpr fung 140 Wiederholen der Read 2 Primer Hybridisierung oooccccccccccccccccccccccccccccccccccnnnnoos 141 Wenn BaseSpace nicht verf gbar ist eoooooeaeneeeeneesennnnennsnnennnnnnnnnnnnnnnenenn 142 nr u AP or rn 3 ege ad ee en fl o ATT Gg d Sa A gt aA d h gt p ns S Di j iS nr 4 SH o HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 37 Oli Fehlerbehebung Einf hrung Im folgenden Abschnitt wird beschrieben was Sie bei Problemen die w hrend der Durchf hrung eines Sequenzierungslaufs auftreten k nnen unternehmen k nnen Dar ber hinaus enth lt er Anweisungen zur Durchf hrung einer Flui
126. nds verwendet Teile Nr 15023355 Rev KDEU Reagenzien Name des Kits LMX2 TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box BMX TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box AMX2 TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box APM2 TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box AT2 TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box HP7 oder TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box HP11 TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box HP3 TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box HT2 TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box a WARNUNG y Die Reagenzien enthalten Formamid ein aliphatisches Amid das in Verdacht steht d ein fortpflanzungsgef hrdendes Toxin zu sein Es kann daher durch Inhalation oder orale Aufnahme Kontakt mit der Haut oder den Augen zu einer Verletzung von Personen kommen Beh lter und nicht verwendeter Inhalt m ssen gem den geltenden Sicherheitsstandards Ihrer Region entsorgt werden Weitere Informationen finden Sie im MSDS f r dieses Kit unter www illumina com Auftauen von Reagenzien 1 Nehmen Sie die Reagenzien aus dem Lagerort mit einer Temperatur von 15 bis 25 C heraus Vergewissern Sie sich dass die Sequenzierungs Primer f r den Bibliotheks und Lauftyp geeignet sind 2 Lassen Sie die Reagenzien in einem Becher mit raumtemperierten deionisiertem Wasser etwa 20 Minuten bzw so lange auftauen bis sie vollst ndig aufgetaut sind 3 Nachdem die Reagenzien vollst ndig aufgetaut sind legen Sie LMX2 BMX AMX2 und RMR auf Eis Vo
127. nen eingegeben haben werden die Voreinstellungsbildschirme ge ffnet Folgende Voreinstellungsbildschirme stehen zur Verf gung Load Reagents Reagenzien laden Load Prime Flow Cell Primer Flie zelle laden Prime Fluidics Check Primer Fluidikpr fung und Prime Vorf llen Bildschirm Load Reagents Reagenzien laden Im Bildschirm Load Reagents Reagenzien laden werden Sie zum Laden der SBS Reagenzien aufgefordert Wenn Sie Indizierungszyklen angegeben haben fordert die Software Sie auf Indizierungsreagenzien auf dem Paired End Rack zu laden Bei der Durchf hrung von Paired End L ufen wird der Lauf nach Read 1 angehalten sodass Sie die Paired End Reagenzien laden k nnen Die Paired End Reagenzien m ssen vor der Durchf hrung der Read 2 Resynthese geladen werden Abbildung 21 Bildschirm Load Reagents Reagenzien laden f r eine Hochleistungs Flie zelle RUN CONFIGURATION PRE RUN SETUP INITIATE RUN Al Load Reagents Load Prime Flow Cell Prime Fluidics Check Prime gt E A I I 0 o I 2 Gs co Sol 00 Ol ol O 0 LA LA L L L el E O Pw1 25mL loaded in Position 2 x ti CANCEL HELP HINWEIS 4 Zur Vorbereitung der Sp lung nach dem Lauf ist es wichtig zu Beginn des Laufs 25 ml PW1 oder Wasser in Laborqualit t in Position 2 zu laden wenn Sie die SBS Reagenzien laden Die Sp lung nach dem Lauf ersetzt nicht den Ger tewaschlauf nach dem Lau
128. nes Laufs 56 Ausschalten des Ger ts 125 B Base Calling Ergebnisse 62 bcl Dateien 133 135 Berichte Inhalt des Laufordners 62 Inkorporation der ersten Base 39 62 105 Bilder Miniaturbilder 35 Speichern von Bilderproben 35 Bildschirm zum Uberpr fen der Laufkonfiguration 83 Bildschirm zur Einrichtung der Flie zelle 38 Bildstreifen 35 C cif Dateien 133 clocs Dateien 133 config xml 62 134 D ee Ee 128 Dokumentation 147 Doppelt indizierte Bibliotheken 16 rimer 19 20 Doppelte Indizierun Auf Paired End Flie zelle 83 Einstellungen im Rezeptbildschirm 83 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch xapul Uberblick 13 E Echtzeitanalyse 26 128 Analyseergebnisse 133 Analyseordner 132 Analyseseite 55 131 Bei angehaltenem Lauf 56 Daten bertragung 128 Laufzeitstatistiken 130 Statusseite 131 Einfache Indizierung berblick 11 F Fehlerbehebung 139 Filter Dateien 33 135 Flie 98 Flie zelle Einsetzen 91 97 Fehlerbehebung 139 Flie zellen ID 38 83 Regler 92 100 Reinigen 99 Versionskompatibilit t 21 Flie zellenkammer 4 6 91 Fluidik Fehlerbehebung 139 Fluidikkammer 4 Fluidikpr fung 140 G Ger t in den Leerlauf versetzen 124 Ger tewaschlauf 116 122 Ger usch Klicken 104 H Hilfe technisch 147 HiSeq Control Software 26 66 143 Index 144 Indizierte Sequenzierun Reagenzien laden 8 Indizierungsreagenzien 79 Initialisieren der Software 28 Inkorporation der ersten Base
129. ngsprozesses auf dem cBot an den Matrizenstrang gebunden Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Nextera Bibliotheken m ssen Sie den in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthaltenen Sequenzierungs Primer HP10 verwenden Dieser wird auf dem cBot anstelle von HP6 eingesetzt Weitere Informationen finden Sie im cBot Benutzerhandbuch Teile Nr 15006165_DEU F r die Sequenzierung von einfach indizierten TruSeq LT v2 Bibliotheken oder doppelt indizierten TruSeq HT Bibliotheken k nnen Sie HP6 oder HP10 verwenden Index Read Vorbereitung Das Read 1 Produkt wird entfernt und der Index 1 i7 Sequenzierungs Primer wird an denselben Matrizenstrang gebunden der den Index 1 i7 Read erzeugt HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 1 Bun4s zusnbag syelz pui yoejule ep 18qn YOAN Uberblick Bei der doppelt indizierten Sequenzierung m ssen Sie den entsprechenden Sequenzierungs Primer HP12 verwenden der in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten ist Dieser wird anstelle von HP8 eingesetzt F r die Sequenzierung von einfach indizierten TruSeq LT v2 Bibliotheken oder doppelt indizierten TruSeq HT Bibliotheken k nnen Sie HP8 oder HP12 verwenden Index 1 i7 Read F hren Sie im Anschluss an die Index Read Vorbereitung den Index 1 i7 Read durch Bei der Sequenzierung von einfach indizierten Bibliotheken umfasst der Index Read sieben Sequenzierungszyklen Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Bibliotheken Nex
130. nnen w hrend der Laufkonfiguration jederzeit die Option Cancel Abbrechen w hlen um die Laufkonfiguration abzubrechen und zum Begr ungsbildschirm zur ckzukehren Dichtungswechsel 34 Am Ende eines Laufs werden die Dichtungswechselbildschirme ge ffnet die Sie durch einen Wartungswaschlauf f hren 1 Load Gasket Dichtung einsetzen Sie werden zum Einsetzen einer neuen Dichtung aufgefordert 2 Load Wash Reagents Waschreagenzien laden Sie werden zum Laden von Waschreagenzien aufgefordert 3 Load Wash Flow Cell Wasch Flie zelle einsetzen Sie werden aufgefordert eine nicht f r die Sequenzierung vorgesehene Flie zelle einzusetzen und eine Wasch Flie zellen ID einzugeben 4 Fluidics Check Fluidikpr fung Sie werden aufgefordert eine L sung auszuw hlen Verwenden Sie die Standardwerte f r Volumen Aspirationsrate und Zufuhrrate 5 Wash Waschlauf Das Ger t f hrt einen Waschlauf durch 6 Load Solvent L sungsmittel laden Sie werden aufgefordert f r den Waschlauf NaOH in alle Positionen zu laden Teile Nr 15023355 Rev KDEU Solvent Wash L sungsmittelwaschlauf Das Ger t f hrt einen L sungsmittelwaschlauf durch Load Wash Reagents Waschreagenzien laden Sie werden zum Laden von Waschreagenzien aufgefordert Wash Waschlauf Das Ger t f hrt einen Waschlauf durch Wartungswaschlauf Falls erforderlich fordert HCS Sie auf vor einem Lauf einen Wartungswaschlauf durchzuf hren In jede
131. nnnnnnos 132 Kapitel 6 Fehlerbehebung i iiiiaooooaaaoaooaoaiaa anana nni oori nronnn11an 137 Einf hrung sad are er ae ada 138 M gliche Probleme bei der Laufkonfiguration 22 00000 139 Durchf hren einer Fluidikpr fung 140 Wiederholen der Read 2 Primer Hybridisierung 141 Wenn BaseSpace nicht verf gbar ist 0202220222222eeenneneenn nennen 142 HIER A yes N en 143 Technische Unterst tzung Ren 147 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Uberblick Einf hrung 2 2 822 3 22 224 2 2122222 ee ee een ee 2 HiSeq Konfiguration und Komponenten 4 berblick ber die einfach indizierte Sequenzierung ooccccccccccccccccccccccccccccccccccccns 11 berblick ber die doppelt indizierte Sequenzierung cccccccceeeeseeeeneennnn 13 Sequenzierungs Verbrauchsmaterialien 222022cneeeeeneeeeneesenneennnenenneeennnnen 17 Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 222202 000 22 Starten des HiSeg Systems 23 AT eessen AT Er A gt H T SAS NO Ki S tee A EEE ZN N OC gt e o e NS Ze fl o EA a a zu ee Sem TE A A a Bu en ee e u E K eens HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 eydey Uberblick Einf hrung Das Illumina HiSeg System kombiniert innovative Technik mit bew hrter SBS Technologie und setzt damit neue Standards in punc
132. oor Once the instrument door is shut press Next to begin sequencing Y Vacuum Engaged Y Door Closed 44 x b gt BA CANCEL HELP NEXT 5 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Lauf bersichtsbildschirm Der Lauf bersichtsbildschirm bietet eine bersicht ber den Lauffortschritt den Fluidikstatus den Bildgebungsstatus und die Intensit ten pro Zyklus Abbildung 28 Bildschirm Run Overview Lauf bersicht f r eine Hochleistungs Flie zelle Cycle 1 of 101 Analysis Extracted 0 Called 0 Scored O View Data Fluidics gt Images Incorporation 10 z a z B om N os i 5 4 Za E 02 CR Mon Jan 10 npea 1PM Cycle Configuration gt Read Type Single Read Run Read Cycles 101 Output Folder D lllumina Basecalls 110110_Velocity Simulator_0186_AHS12645 4 Fiowcell 1 HS12645 Cycle 1 Chemistry FirstBase Incorporation Pumping Reagent IC u HELP STOP Laufstatus Fluidik und Temperatur Laufkonfiguration Analyse Bilder moou gt Dieser Bildschirm enth lt die folgenden Abschnitte zum berwachen Ihres Laufs Run Progress Lauffortschritt Zeigt den Lauffortschritt an und listet die Anzahl der abgeschlossenen Zyklen auf Der Lauffortschritt wird durch eine Statusleiste und das Bild einer Flie zelle angegeben Die Statusleiste oben im Bildschirm gibt die Anzahl der abgeschlossenen Zyklen an und das Bild der Flie zelle zeigt welche Lanes f r den entsprechenden
133. or Die Vorbereitung der Reagenzien nimmt weniger als 30 Minuten in Anspruch HINWEIS F r eine optimale Leistung empfiehlt Ilumina f r Read 2 frische ICB Inkorporations Mischung vorzubereiten Vorbereiten von Paired End Reagenzien F r die Paired End Sequenzierung werden die im TruSeq Cluster Kit enthaltenen Paired End Reagenzien ben tigt Doppelt indizierte Nextera Bibliotheken erfordern HP11 Read 2 Sequenzierungs Primer das im Lieferumfang der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten ist Bibliothekstyp Read 2 Nextera Bibliotheken HP11 TruSeq HT Bibliotheken HP7 oder HP11 TruSeq LT v2 Bibliotheken HP7 oder HP11 TruSeq Small RNA Bibliotheken HP7 oder HP11 Sie ben tigen f r die Vorbereitung der Paired End Reagenzien weniger als 30 Minuten HINWEIS Das im TruSeq PE Cluster Kit enthaltene HP7 ist nicht f r doppelt indizierte Nextera Bibliotheken geeignet Verwenden Sie stattdessen HP11 das in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box PE enthalten ist Tabelle 7 Paired End Reagenzien Reagenzien Name des Kits RMR TruSeq PE Cluster Kit PE Reagenzien Box Hinweis Sie m ssen RMR nicht f r doppelt indizierte Paired End L ufe vorbereiten RMR wird f r den Index 2 i5 Read eines doppelt indizierten Paired End Laufs verwendet und f r die Read 2 Resynthese nicht erneut eingesetzt Bei nicht oder einfach indizierten Paired End L ufen ist RMR erforderlich und wird w hrend des Paired End Turnarou
134. ormal Stop End of Lane Chemistry HiSeq Software Regul rer Stoppvorgang Lane Chemie Ende Normal Stop End of Cycle Regul rer Stoppvorgang Zyklusende RTA Option Keep As Is Ohne nderungen fortfahren Complete For Run F r aktuellen Lauf beenden Complete For Read F r Read beenden Keep As Is Ohne nderungen fortfahren Complete For Run F r aktuellen Lauf beenden Complete For Read F r Read beenden Immediate Stop Sofortiger Keine Option Stopp Anhalten und Fortsetzen eines Laufs Sie k nnen einen Lauf im Lauf bersichtsbildschirm anhalten Sie k nnen einen Lauf beispielsweise anhalten wenn er falsch konfiguriert wurde die Datenqualit t schlecht ist oder ein Hardwarefehler auftritt Wenn Sie den Lauf fortsetzen m chten m ssen Sie die entsprechende normale Stopp Option in Verbindung mit einer der Echtzeitanalyse Optionen die das Fortsetzen des Laufs zulassen ausw hlen Fortsetzen m glich Ja Der Lauf wird mit dem n chsten Chemie oder Bildgebungsbefehl fortgesetzt Nein Der Lauf kann nicht fortgesetzt werden Ja Der Lauf wird am Anfang des n chsten Reads fortgesetzt Ja Der Lauf wird mit dem n chsten Zyklus fortgesetzt Nein Der Lauf kann nicht fortgesetzt werden Ja Der Lauf wird am Anfang des n chsten Reads fortgesetzt Nein 1 W hlen Sie im Lauf bersichtsbildschirm die Option Stop Das Stoppmen wird ge ffnet Abbildung 29 Lauf anhalt
135. peratur von 15 bis 25 C heraus Vergewissern Sie sich dass die Sequenzierungs Primer f r den Bibliotheks und Lauftyp geeignet sind Lassen Sie die Reagenzien in einem Becher mit raumtemperiertem deionisiertem Wasser etwa 20 Minuten bzw so lange auftauen bis sie vollst ndig aufgetaut sind Vorbereiten von HT2 80 1 2 3 4 Invertieren Sie das R hrchen mit HT2 zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit HT2 mit Reagenz Nr 19 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm Lagern Sie es bei Raumtemperatur Teile Nr 15023355 Rev K DEU HP3 f r einfach indizierte L ufe vorbereiten 1 DD 0 A Q Invertieren Sie das R hrchen mit HP3 zum Mischen des Reagenz f nfmal und pulszentrifugieren Sie es anschlie end kurz Geben Sie 3325 ul PW1 in ein konisches 15 ml Sarstedt R hrchen und f gen Sie 175 ul HP3 hinzu Invertieren Sie das R hrchen zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit der verd nnten HP3 L sung mit Reagenz Nr 18 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1000 rpm Lagern Sie es bei Raumtemperatur HP3 f r doppelt indizierte L ufe vorbereiten DD 0 A Q HINWEIS Um f r beide Index Reads des doppelt indizierten Laufs ausreichend HP3 bereitzustellen sind die Anweisungen zur Vorbereitung von HP3 f r doppelt indizierte L ufe und f r einfach indizierte L ufe unterschiedlich Invertieren Sie das R hrchen mit HP3 zum
136. r SPECIFY NETWORK PATH Default Output Folder2 Default Temp Folder 1 DAlllumina HiSeqTemp Run Setup Folder LIMS Server LIMS Username LIMS Password O Send instrument health information to Illumina to aid technical support Run ID Template Lauf ID Vorlage Der f r einen Laufordner verwendete Name Default Output Folder Standardausgabeordner Der Standardspeicherort in dem L ufe der Flie zelle A gespeichert werden Dieser kann pro Lauf ge ndert werden HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch se 9 SJEMYOS 01JUO bas H JSP AYIR LSQOJSZINUIY HiSeq Software Default Output Folder2 Standardausgabeordner 2 Der Standardspeicherort in dem L ufe der Flie zelle B gespeichert werden Dieser kann pro Lauf ge ndert werden Default Temp Folder 1 Standard Temp Ordner 1 Der Speicherort in den tempor re Dateien w hrend eines Laufs geschrieben werden k nnen Run Setup Folder Laufeinrichtungsordner Der Ordner aus dem HiSeq die LIMS Probeformulare bezieht LIMS Server LIMS Server Der Name des Servers f r Interaktionen mit dem unterst tzten Illumina LIMS LIMS Username LIMS Benutzername Der LIMS Benutzername den HiSeq f r die Authentifizierung beim Illumina LIMS verwendet LIMS Password LIMS Kennwort Das LIMS Kennwort das das HiSeq System f r die Authentifizierung beim Illumina LIMS verwendet Send instrument health information to Illumina to aid technical support Ger testatusinformationen an d
137. r PhiX Kontroll Lanes oder PhiX Spike in Lanes Standardm ig werden HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 3 9 SWIYISPIIASUONEAN LLUONINET HiSeq Software Rezept 40 alle Lanes f r das Alignment durch die Echtzeitanalyse RTA ausgew hlt Heben Sie die Auswahl des Kontrollk stchens f r alle Lanes auf bei denen PhiX nicht zur Probe hinzugegeben wurde sodass die RTA f r diese Lanes kein Alignment vornimmt und Fehlerraten berechnet was zu unn tig hohen Fehlerraten f hrt Weitere Informationen finden Sie unter Using a PhiX Control for HiSeg Sequencing Runs Verwenden einer PhiX Kontrolle f r HiSeq Sequenzierungsl ufe auf der HiSeq Supportseite der Illumina Website unter http www illumina com Keep Intensity Files Intensit tsdateien beibehalten W hlen Sie dieses Kontrollk stchen um Cluster Intensit tsdateien cif f r die sp tere erneute Analyse Fehlerbehebung oder benutzerdefinierte Verarbeitung zu speichern F r eine Analyse auf dem Ger t m ssen keine Intensit tsdateien gespeichert werden Durch die Aktivierung dieser Option wird die Gr e des Datenausgabeordners deutlich erh ht Standardm ig ist diese Option nicht ausgew hlt Aus den Informationen die Sie im Rezeptbildschirm eingeben erstellt die Software ein f r den Lauf spezifisches Rezept Das Rezept wird automatisch in den Laufordner kopiert und im Unterordner Recipe Rezept gespeichert Das gespeicherte Rezept enth lt nur die Anzahl der
138. rauchte Flie zelle mit Wasser in Laborqualit t Trocknen Sie sie mit einem f r Objektive geeigneten Reinigungstuch oder einem anderen fusselfreien Tuch ab Reinigen Sie die Flie zelle mit Alkoholtupfern und einem Reinigungstuch f r Objektive Teile Nr 15023355 Rev KDEU J y HINWEIS Entfernen bzw tauschen Sie an dieser Stelle die Manifold Dichtungen nicht aus 3 Legen Sie die gebrauchte Flie zelle so auf den Flie zellenhalter dass die Einlass und Auslassanschl sse nach unten weisen und der Barcode sich auf der rechten Seite befindet Der Pfeil am linken Rand der Flie zelle gibt die Flussrichtung an und sollte in Richtung Ger t zeigen 4 Schieben Sie die Flie zelle vorsichtig bis zum Anschlag in Richtung des oberen und der rechten F hrungsstifte r HINWEIS Nehmen Sie die Hand von der Flie zelle bevor Sie den Vakuumschalter bet tigen Dadurch wird verhindert dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt Abbildung 37 Flie zelle an oberem und rechten F hrungsstiften ausgerichtet A Oberer F hrungsstift B Rechte F hrungsstifte 5 Bewegen Sie den Flief zellenregler langsam in Position 1 Dadurch werden das Vakuum aktiviert und die Flie zelle in Position gehalten Wenn der Flie zellenregler gr n leuchtet ist das Vakuum aktiviert HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 9 3 usizuabeay uon ua no pun u pe Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 94 Abbildung 38 Flie zellenregler in Po
139. rbereiten von RMR 1 Invertieren Sie das R hrchen mit RMR zum Mischen des Reagenz f nfmal 2 Beschriften Sie das R hrchen mit RMR mit Reagenz Nr 10 3 Zentrifugieren Sie das Reagenz bis zu einer Minute lang bei 1 000 rpm Alternativ k nnen Sie leicht gegen das R hrchen klopfen um sicherzustellen dass sich die Reagenztr pfchen am Boden des R hrchens sammeln HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 O7 Z pesy In uarzuabesy UON u y 1 q10A Durchf hren eines Sequenzierungslaufs 108 A HINWEIS Mischen Sie RMR nicht mit dem Vortexer 4 Lagern Sie es auf Eis Vorbereiten von LMX2 Invertieren Sie das R hrchen mit LMX2 zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit LMX2 mit Reagenz Nr 11 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm Bo Lagern Sie es auf Eis Vorbereiten von BMX 1 Invertieren Sie das R hrchen mit BMX zum Mischen des Reagenz f nfmal 2 Beschriften Sie das R hrchen mit BMX mit Reagenz Nr 12 3 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm 4 Lagern Sie es auf Eis Vorbereiten von AMX2 1 Invertieren Sie das R hrchen mit AMX2 zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R hrchen mit AMX2 mit Reagenz Nr 13 Zentrifugieren Sie das Reagenz eine Minute lang bei 1 000 rpm AeA N Lagern Sie es auf Eis Vorbereiten von APM2 Invertieren Sie das R hrchen mit APM2 zum Mischen des Reagenz f nfmal Beschriften Sie das R
140. rmationen finden Sie unter Sequenzierungs Primer f r doppelt indizierte Bibliotheken auf Seite 19 Paired End Reagenzien F r alle Paired End Sequenzierungsl ufe werden die im TruSeq PE Cluster Kit enthaltenen Paired End Reagenzien ben tigt Ein Kit bietet gen gend Reagenzien f r die Sequenzierung einer Paired End Flie zelle Kit Katalognummer TruSeq PE Cluster Kit v3 cBot HS Katalognummer PE 401 3001 HINWEIS 4 Doppelt indizierte Nextera Bibliotheken erfordern den Read 2 Sequenzierungs Primer der im Lieferumfang der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthalten ist Weitere Informationen finden Sie unter Sequenzierungs Primer f r doppelt indizierte Bibliotheken auf Seite 19 1 3 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Sequenzierungszubeh r Das TruSeq Cluster Kit cBot HS enth lt ein Zubeh r Kit das die folgenden Komponenten zum Konfigurieren eines Sequenzierungslaufs auf dem HiSeq umfasst ICB Ger ter hrchen Eine 250 ml Flasche f r das Aufteilen und Vorbereiten von ICB Flie zellendichtungen Vier Flie zellendichtungen die vor der Durchf hrung eines Ger tewartungswaschlaufs angebracht werden m ssen Trichterverschl sse Acht Trichterverschl sse die beim Laden von SBS Reagenzien verwendet werden Sequenzierungs Primer f r doppelt indizierte Bibliotheken Doppelt indizierte Nextera Bibliotheken und doppelt indizierte TruSeq HT Bibliotheken haben unterschiedliche Anforderungen an den Sequenzierungs Primer Nex
141. rung bzw Kompromissl sung bei einem solchen Anspruch bzw einer entsprechenden Aktion zustimmt und v der anderen Partei eine angemessene Unterst tzung bei der Verteidigung hinsichtlich des Anspruchs oder der Aktion gew hrt vorausgesetzt dass die Partei der gesch digten Partei die Auslagen die bei der Gew hrung der Unterst tzung angefallen sind angemessen ersetzt e Waren von Drittanbietern und Schadenersatz Illumina hat keine Schadenersatzverpflichtungen in Bezug auf Waren eines Drittanbieters mit denen ein K ufer beliefert wurde Waren von Drittanbietern sind Waren die mit dem Namen oder der Marke eines Drittanbieters versehen sind Etwaige Schadenersatzrechte des K ufers hinsichtlich Waren von Drittanbietern ergeben sich aus den Regelungen des Originalherstellers oder Lizenzgebers Auf schriftliche Anfrage wird Illumina versuchen diese Regelungen zu Schadenersatzrechten gegebenenfalls an den K ufer weiterzugeben HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch VI Versionshistorie Teile Nr 15023355_DEU 15023355 15023355 15023355 Uberarbeitete Fassung K Datum Mai 2013 Januar 2013 November 2012 Juli 2012 Beschreibung der nderung Folgende Reagenzien wurden ersetzt e RMX durch RMR Fehlerkorrektur die Info 1500 wurde aus den Abschnitten Durchf hren eines Sequenzierungslaufs entfernt Nur in Englisch verf gbar Aktualisiert um HCS 2 0 zu unterst tzen Nur in Englisch verf gbar Pr
142. s geschieht durch das Gruppieren von OScores ber einen breiteren Wertebereich Technische Details dazu wie die Aufl sung von Datenqualit tsscores reduziert werden kann ohne die Genauigkeit oder die Leistung der Standardanalyse und des Varianten Callings zu beeintr chtigen finden Sie im Whitepaper mit dem Titel Reducing Whole Genome Data Storage Footprint Speicherplatz von Gesamtgenom Daten reduzieren unter www lllumina com Save Auxiliary Files Zusatzdateien speichern Mit dieser Option k nnen Sie festlegen welche Bilddateien gespeichert werden Save All Thumbnails Alle Miniaturbilder speichern Miniaturbilder bestehen aus jeweils acht Bildern von jedem Bildstreifen Ein Bildstreifen ist eine Plattenspalte HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 37 SWIYISPIIASUOIEAN LLUONINET HiSeq Software 38 Es gibt drei Bildstreifen pro Lane und Oberfl che Mit Save All Thumbnails werden die Bildstreifen Miniaturbilder und die Platten Miniaturbilder gespeichert Save Tile Thumbnails Platten Miniaturbilder speichern Diese Option speichert nur die Platten Miniaturbilder Platten Miniaturbilder zeigen nur die Platte statt des gesamten Bildstreifens Flow Cell Set up Einrichtung der Flie zelle Der Bildschirm Flow Cell Set up Einrichtung der Flie zelle ist der Bildschirm zur Laufkonfiguration in dem Sie Informationen zu Ihrem Lauf eingeben angefangen mit der Flie zellen ID Abbildung 16 Bildschirm Flow Cell
143. s werden bei der Einrichtung des Laufs d h vor dem Starten des Laufs geladen Die Reagenzien f r die Read 2 Resynthese werden nach Abschluss von Read 1 und den Index Reads geladen Ilumina empfiehlt einen frischen ICB Inkorporations Mischungs Puffer zu Beginn von Read 2 vorzubereiten Weitere Informationen hierzu finden Sie unter Vorbereiten von ICB auf Seite 75 Arten von L ufen Sie k nnen sechs Arten von L ufen auf dem HiSeq System durchf hren Lauftyp Read 1 Index 1 17 Index 2 15 Read 2 Gesamtzahl der Zyklen Read Zyklen Read Zyklen Zyklen Zyklen Single Read lt 101 lt 101 nicht indiziert Single Read lt 101 75 lt 108 einfach indiziert ge lt 109 Single Read lt 101 8 8 lt 117 doppelt indiziert Paired End lt 101 lt 101 lt 202 nicht indiziert Paired End lt 101 e lt 101 lt 209 einfach indiziert ga lt 210 Paired End lt 101 8 748 lt 101 lt 225 doppelt indiziert Anzahl der Zyklen f r einfach indizierte Bibliotheken Anzahl der Zyklen f r doppelt indizierte Bibliotheken Der Index 2 Read eines doppelt indizierten Paired End Laufs umfasst sieben zus tzliche reine Chemiezyklen ohne Bildgebung 6 5 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Weitere Informationen hierzu finden Sie unter berblick ber die einfach indizierte Sequenzierung auf Seite 11 und unter berblick ber die doppelt indizierte Sequenzierung auf Seite 13 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 6
144. ser der Klasse 2 enth lt Der Barcodescanner ist ein Klasse 2 Laserprodukt Blicken Sie nicht in den sichtbaren Lichtstrahl des Barcodescanners HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 9 Uberblick Compliance und Regulierungsetiketten Am HiSeq System sind folgende Compliance und Regulierungsetiketten angebracht 10 Etikett Ce KM LISTED z Bedeutung Dieses Etikett versichert dass das Produkt alle relevanten EU Richtlinien erf llt Dieses Ftikett versichert dass das Produkt die chinesischen Regulierungsanforderungen erf llt Dieses Etikett versichert dass das Produkt die Sicherheitsnormen erf llt und von einem Drittanbieter getestet und zertifiziert wurde Dieses Etikett versichert dass das Produkt die WEEE Abfallrichtlinie erf llt Geben Sie das Ger t zur Entsorgung an Illumina zur ck Teile Nr 15023355 Rev K DEU berblick ber die einfach indizierte Sequenzierung Die einfach indizierte Sequenzierung umfasst einen Index Read Dieser wird im Anschluss an Read 1 durchgef hrt Abbildung 5 Einfach indizierte Sequenzierung Read 1 i7 Index Read Read 2 Read2 Read1 Primer y Primer Y HP7 oder HP11 i HP6 oder HP10 i DNA Insert 17 Index Sequenzierungs Y Primer i7 Index HP8 oder HP12 Read 1 Read 1 wird gem dem Read 1 Standardsequenzierungsprotokoll durchgef hrt und verwendet Reagenzien des TruSeq SBS Kits Der Read 1 Sequenzierungs Primer wird w hrend des Clusterbildu
145. sheet is required for BaseSpace runs Save to an output folder C Illumina E 3 a Zip BCL ges Jin ascores 36 reduction in storage space Save Auxiliary Files Save All Thumbnails Y Connect to BaseSpace Mit BaseSpace verbinden Wenn Sie diese Option w hlen werden Sie aufgefordert die Anmeldedaten f r Ihr Mylllumina Konto einzugeben Zip BCL files BCL Dateien verzippen unten ist standardm ig ausgew hlt Ilumina empfiehlt zudem dass Sie Dateien lokal speichern W hlen Sie hierzu die Option Save to an out put folder In Ausgabeordner speichern und geben Sie einen Pfad an Storage and analysis Speicherung und Analyse Mit dieser Option kann das HiSeq System Laufdaten und Informationen zum Systemzustand an BaseSpace senden Run Monitoring Only Nur Lauf berwachung Bei Auswahl dieser Option werden nur Informationen zum Systemzustand an BaseSpace gesendet Teile Nr 15023355 Rev KDEU HINWEIS Bei jedem Lauf versucht das HiSeq System mindestens allgemeine Lauf Kennzahlen an BaseSpace zu senden Kennzahlen werden anonym gesendet in Verbindung mit dem HiSeq System vom dem sie stammen und nicht mit einem bestimmten Benutzer Kennzahlen umfassen Interoperationsdateien die von SAV verwendet werden und globale Dateien wie z B RunInfo xml und RunParameters xml Es werden keine Datendateien gesendet es sei denn Sie konfigurieren das System entsprechend Die Berechtigungen f r diese Funktion sind standardm i
146. sicheren Status Die Sequenzierung wird fortgesetzt wenn die Bildanalyseprobleme gel st wurden Basecalling_Netcopy_complete Die Daten bertragung ist abgeschlossen wenn die Basecalling_Netcopy_complete Dateien auf der Stammebene des Laufordners vorhanden sind Es sollten eine generische Datei mit dem Namen Basecalling_Netcopy_complete txt sowie eine Datei f r jeden Read vorhanden sein Analyse von RTA Daten Das bel2fastg und das configureBclToFastq pl Skript von CASAVA v1 8 sind in der Lage gleichzeitig BCL Dateien in fastq Dateien zu konvertieren und indizierte Daten zu demultiplexieren Das configureBcIToFastgq pl Skript von CASAVA 1 8 ist jedoch nicht mit 1 3 Teile Nr 15023355 Rev KDEU verzippten BCL Dateien kompatibel Bcl2fastq kann die BCL Konvertierung und das Demultiplexing von verzippten und unverzippten BCL Dateien handhaben Zur Analyse der RTA Datenausgabe aus doppelt indizierten Sequenzierungsl ufen ist CASAVA v1 8 2 oder h her oder bcl2fastq 1 8 3 oder h her erforderlich Weitere Informationen finden Sie im CASAVA v1 8 Benutzerhandbuch Teile Nr 15011196 HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 P Q os eueyaz1y93 ap J1aqn 1911q189N Echtzeitanalyse 130 berwachen von Laufzeitstatistiken Die Echtzeitanalyse generiert automatisch Qualit tskennzahlen wenn die Bildanalyse beginnt W hrend der ersten Zyklen stehen nicht alle Metriken zur Verf gung da einige Prozesse zum Generieren von Daten
147. sition 1 Warten Sie f nf Sekunden und bewegen Sie dann den Flie zellenregler langsam in Position 2 ganz rechts Wenn der Fliefzellenregler dauerhaft gr n ist ist ein Vakuum entstanden und die Flie zelle ist einsatzbereit Abbildung 39 Flie zellenregler in Position 2 Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Einsetzen der Primer Flie zelle aktiviert ist und w hlen Sie dann die Option Next Weiter Teile Nr 15023355 Rev KDEU Pr fen des Flusses berpr fen Sie nach dem Einsetzen der Flie zelle den ordnungsgem en Fluss Bei der berpr fung des Flusses wird auch festgestellt ob die Flie zelle und die Dichtungen ordnungsgem installiert sind und Vakuum entstanden ist 1 W hlen Sie L sung 2 Wasser in Laborqualit t aus der Dropdown Liste a ACHTUNG y Sie k nnen Wasser zur Pr fung des Flusses nur bei einer gebrauchten Flie zelle verwenden Verwenden Sie niemals Wasser zur Pr fung des Flusses bei einer Cluster Flie zelle 2 berpr fen Sie die folgenden Standardwerte Volumen 250 Aspirationsrate 250 Zufuhrrate 2000 3 W hlen Sie Pump Pumpe 4 F hren Sie eine Sichtpr fung der Flie zelle auf Luftblasen die die Lanes passieren und Undichtigkeiten in der N he der Manifolds durch Wenn Sie eine erh hte Anzahl an Luftblasen feststellen berpr fen Sie die Dichtungen auf Behinderungen senken Sie die Aspirationsrate auf
148. t f r Sie und Sie d rfen die Software weder installieren noch verwenden Die Anweisungen in diesem Dokument m ssen von qualifiziertem und entsprechend ausgebildetem Personal genau befolgt werden damit die in diesem Dokument beschriebene Anwendung der Produkte sicher und ordnungsgem erfolgt Vor der Verwendung dieser Produkte muss der Inhalt dieses Dokuments vollst ndig gelesen und verstanden worden sein FALLS NICHT ALLE HIERIN AUFGEF HRTEN ANWEISUNGEN VOLLST NDIG GELESEN UND BEFOLGT WERDEN K NNEN PRODUKTSCH DEN VERLETZUNGEN DER BENUTZER UND ANDERER PERSONEN SOWIE ANDERWEITIGER SACHSCHADEN EINTRETEN ILLUMINA BERNIMMT KEINERLEI HAFTUNG F R SCH DEN DIE AUS DER UNSACHGEM SSEN VERWENDUNG DER HIERIN BESCHRIEBENEN PRODUKTE EINSCHLIESSLICH TEILEN HIERVON ODER DER SOFTWARE ENTSTEHEN ODER JEDER ANDEREN ART DER VERWENDUNG DER PRODUKTE AUSSERHALB DES G LTIGKEITSBEREICHS DER AUSDR CKLICHEN SCHRIFTLICHEN LIZENZEN ODER DER DURCH ILLUMINA GENEHMIGTEN ZULASSUNGEN IN VERBINDUNG MIT DEM ERWERB DER PRODUKTE DURCH DEN KUNDEN NUR F R FORSCHUNGSZWECKE 2013 Illumina Inc Alle Rechte vorbehalten Illumina IluminaDx BaseSpace BeadArray BeadXpress cBot CSPro DASL DesignStudio Eco GAllx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq Infinium iSelect MiSeq Nextera NuPCR SeqMonitor Solexa TruSeq TruSight VeraCode die orangene Farbe und das Genetic Energy Streaming Basen Design sind Marken oder eing
149. te 0 Teile Nr 15023355 Rev KDEU J y HINWEIS Nehmen Sie die Hand von der Flie zelle bevor Sie den Vakuumschalter bet tigen Dadurch wird verhindert dass im Laufe der Zeit eine Verschiebung der Ausrichtung auftritt 3 Bewegen Sie den Fliefszellenregler langsam in Position 1 Dadurch werden das Vakuum aktiviert und die Flie zelle in Position gehalten Wenn der Flie zellenregler gr n leuchtet ist das Vakuum aktiviert Abbildung 45 Flie zellenregler in Position 1 4 Warten Sie f nf Sekunden und bewegen Sie dann den Flie zellenregler langsam in Position 2 Wenn der Flie zellenregler dauerhaft gr n leuchtet ist ein Vakuum entstanden und die Flief zelle ist einsatzbereit HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 01 9 9ZcJ91 4aula USpe7 Durchf hren eines Sequenzierungslaufs Abbildung 46 Flie zellenregler in Position 2 5 Stellen Sie sicher dass das Kontrollk stchen Vacuum Engaged Vakuum aktiviert auf dem Bildschirm f r das Laden der Sequenzierungsflie zelle aktiviert ist Pr fen des Flusses 102 Nach dem Einsetzen der Flie zelle k nnen Sie den Fluss mithilfe des Fluidikbildschirms berpr fen Bei der berpr fung des Flusses wird auch festgestellt ob die Flie zelle und die Dichtungen ordnungsgem installiert sind und Vakuum entstanden ist 1 W hlen Sie L sung 5 SB2 aus der Dropdown Liste 2 Geben Sie die folgenden Standardwerte ein Volumen 250 Aspirationsrate 250 Zufuhrrate 2
150. tem Benutzerhandbuch 1 9 Ualenayeusyonelq1a A sBunJaizuanbas berblick Eine TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enth lt ausreichend Reagenzien f r die Sequenzierung einer Flie zelle Name des Kits Katalognummer TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Katalognummer FC 121 1003 Single Read TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Paired End Katalognummer PE 121 1003 Inhalt der Dual Index Sequencing Primer Box Single Read Name des Reagenz Speicherung Beschreibung HP10 15 bis 25 C Read 1 Sequenzierungs Primer Mischung HP12 15 bis 25 C Index 1 i7 Sequenzierungs Primer Mischung HP9 15 bis 25 C Index 2 i5 Sequenzierungs Primer Mischung Inhalt der Dual Index Sequencing Primer Box Paired End Name des Reagenz Speicherung Beschreibung HP10 15 bis 25 C Read 1 Sequenzierungs Primer Mischung HP12 15 bis 25 C Index 1 i7 Sequenzierungs Primer Mischung HP11 15 bis 25 C Read 2 Sequenzierungs Primer Mischung Sequenzierungs Primer nach Lauftyp In der folgenden Tabelle sind die erforderlichen Sequenzierungs Primer nach Bibliothekstyp und Flie zellentyp aufgef hrt Lauftyp Read 1 cBot Index 1 i7 Index 2 i5 Read 2 Nextera Bibliotheken Single Read Flie zelle Teile Nr 15023355 Rev KDEU Lauftyp Nextera Bibliotheken Paired End Flie zelle TruSeq HT Bibliotheken Single Read Flie zelle TruSeq HT Bibliotheken Paired End Flie zelle TruSeq LT v2
151. tera Bibliotheken Nextera Bibliotheken erfordern zus tzliche Sequenzierung Primer die mit der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box bereitgestellt werden Diese Primer werden w hrend des Sequenzierungsprozesses eingesetzt z B bei Read 1 bei der Clusterbildung bei allen Index Reads und bei Read 2 Wenn Sie Sequenzierungsl ufe auf Single Read Flie zellen durchf hren ben tigen Sie die Sequenzierungs Primer im Single Read Kit F r Sequenzierungsl ufe auf Paired End Flie zellen sind die Sequenzierungs Primer des Paired End Kits erforderlich Dies gilt auch f r Single Read L ufe auf Paired End Flie zellen TruSeq HT Bibliotheken Bei der Sequenzierung auf einer Paired End Flie zelle k nnen Sie f r TruSeq HT Bibliotheken die Sequenzierungs Primer des TruSeq Cluster Kits w hrend des gesamten Sequenzierungsprozesses einsetzen Wenn Sie jedoch einen doppelt indizierten Lauf auf einer Single Read Flie zelle durchf hren ben tigen Sie f r TruSeq HT Bibliotheken den Index 2 Read Sequenzierungs Primer HP9 aus der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box Single Read 1 HINWEIS Die Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box sind f r alle TruSeq und Nextera Bibliotheken geeignet Wenn Ihre Flie zelle eine Kombination aus TruSeq und Nextera Bibliotheken in verschiedenen Lanes enth lt verwenden Sie f r den gesamten Lauf die Sequenzierungs Primer der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box HiSeq 1000 Sys
152. tera oder TruSeq HT umfasst der Index Read acht Sequenzierungszyklen Read 2 Resynthese Das Index Read Produkt wird entfernt und der urspr ngliche Matrizenstrang wird zur Neubildung des komplement ren Stranges verwendet Anschlie end wird der urspr ngliche Matrizenstrang entfernt um die Hybridisierung des Read 2 Sequenzierungs Primers zu erm glichen Bei der Sequenzierung von doppelt indizierten Nextera Bibliotheken m ssen Sie den in der TruSeq Dual Index Sequencing Primer Box enthaltenen Sequenzierungs Primer HP11 verwenden Dieser wird anstelle von HP7 eingesetzt F r die Sequenzierung von einfach indizierten TruSeq LT v2 Bibliotheken oder doppelt indizierten TruSeq HT Bibliotheken k nnen Sie HP7 oder HP11 verwenden Read 2 Read 2 wird gem dem Paired End Standardsequenzierungsprotokoll durchgef hrt und verwendet Reagenzien des TruSeq SBS Kits 1 2 Teile Nr 15023355 Rev KDEU berblick ber die doppelt indizierte Sequenzierung HINWEIS d Zur Durchf hrung von doppelt indizierten Sequenzierungsl ufen ben tigen Sie die HiSeq Control Software HCS v1 5 oder h her Die doppelt indizierte Sequenzierung umfasst zwei Index Reads die im Anschluss an Read 1 durchgef hrt werden Abbildung 6 Doppelt indizierte Single Read Sequenzierung Read 1 Index Read 1 17 Index Read 2 15 15 Index f V Sequenzierungs D Index 15 Index Primer HP9 Read1 Primer HP6 oder HP10 17 Index Sequenzierungs x Primer
153. teuert der sich vor dem Flie zellenhalter befindet Wenn der Flie zellenregler gr n leuchtet sitzt die Vakuumdichtung sicher Abbildung 3 Flie zellentisch A Flie zelle B Flie zellenregler Sicherungen Interne Sicherungen d rfen nur von Illumina Au endienstingenieuren ausgewechselt werden Das Stromeingabemodul enth lt zwei Eingangssicherungen an den Hochspannungseing ngen Diese Sicherungen haben die Gr e 5x20 und die Kennwerte 10 Ampere 250 VAC tr ge HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch T usjusuoduloy pun uorjembyuoy basIiH Uberblick Netzkabel Im Lieferumfang des HiSeq Systems sind eine internationale standardm ige IEC 60320 C13 Kupplung und ein landesspezifisches Netzkabel enthalten Es liegen nur dann keine gef hrlichen Spannungen am Ger t an wenn das Netzkabel von der Wechselstromquelle abgezogen wurde Wenden Sie sich an einen Drittanbieter wie Interpower Corporation www interpower com um quivalente Kupplungen oder Netzkabel zu erhalten die den lokalen Standards entsprechen x ACHTUNG y Verwenden Sie niemals ein Verl ngerungskabel um das Ger t an eine Stromquelle anzuschlie en W rmeabgabe Die W rmeabgabe f r ein HiSeq System mit PC und Bildschirm wird unten dargestellt Tabelle 1 W rmeabgabe pro Ger t Komponente Gemessene Leistung Thermische Leistung Watt Btu h Ger t 750 2 600 PC und Bildschirm 750 1 400 Ger t PC und Bildschirm 1 500 4 000 insgesamt a A
154. th lt den vakuumgesteuerten Flie zellentisch der die Flie zelle w hrend des Sequenzierungslaufs in Position h lt Fluidikkammer Enth lt Fluidikpumpen die die Reagenzien in die Flie zelle und anschlie end in den Abfallbeh lter leiten Gekapseltes Optikmodul Enth lt optische Komponenten die die Darstellung zweier Oberfl chen der Flie zelle erm glichen indem A C G und T gleichzeitig mithilfe von Epifluoreszenz aufgenommen werden Der Anregungslaserstrahl tritt durch das Objektiv und die Fluoreszenz wird vom selben Objektiv erfasst Statusleiste Zeigt den Ger testatus anhand von drei Farben an Blau bedeutet dass das Ger t in Betrieb ist Orange weist darauf hin dass das Ger t berpr ft werden muss und Gr n zeigt an dass das Ger t f r den n chsten Lauf bereit ist A Teile Nr 15023355 Rev KDEU Abbildung 1 HiSeq 1000 Hauptkammern HiSeg 1000 Optisches Modul Flie zellenkammer Fluidikkammer Statusleiste Reagenzienkammer moou gt F r die Einrichtung eines Sequenzierungslaufs auf dem HiSeg System ben tigen Sie Zugang zu der Reagenzienkammer und der Flie zellenkammer Reagenzienkammer Bei der Reagenzienkammer handelt es sich um einen Reagenzienk hler mit zwei Reagenzien Racks und einer hohen Aufnahmekapazit t ein Rack f r SBS Reagenzien und ein Rack f r Paired End Reagenzien Mithilfe der Sippergriffe werden die Sipper in jedem Rack in die Reagenzienflaschen abgesenkt HiSeq 1000 System Benu
155. to Leistung Schlichtheit und Kostenwirksamkeit Funktionen des HiSeq Darstellung von zwei Oberfl chen Das HiSeq System verwendet ein Epifloureszenzsystem mit vier Kameras das ber eine moderne Scan Technologie zur Darstellung von zwei Oberfl chen ausgestattet ist Reagenz K hler mit hoher Aufnahmekapazit t Die Reagenzienkammer ist ein hochleistungsf higer K hler der ausreichend Reagenzien f r den gesamten Sequenzierungslauf aufnehmen kann Integrierte Fluidik f r Paired End L ufe Die integrierte Paired End Fluidik liefert Reagenzien aus der Reagenzienkammer f r die Read 2 Resynthese und die indizierte Sequenzierung an die Flie zelle Steuerungsoptionen auf der Benutzeroberfl che Die Benutzeroberfl che der Ger tesoftware bietet Optionen zum Einrichten des Laufs und Bedienen des Ger ts ber den Touchscreen Monitor bzw die integrierte Tastatur BaseSpace Konnektivit t Das HiSeq System bietet jetzt eine Funktion zum Senden von Ger tezustands und Sequenzierungsdaten an die BaseSpace Genomik Cloud L sung in Echtzeit um die Ger tequalit tskontrolle und Analyse zu optimieren Die standortunabh ngige Echtzeit berwachung von L ufen z B vom technischen Suppport von Illumina erm glicht eine sehr schnelle Fehlerbehebung BaseSpace erleichtert die Zusammenarbeit indem es Ihnen erm glicht Ergebnisse sofort mit anderen Personen berall auf der Welt gemeinsam zu nutzen Kostenloses Alignment und Varianten Calling sowie der
156. ts f r doppelt indizierte L ufe einschlie lich der H chstzahl der durchgef hrten Zyklen mit einem Kit f r 200 Zyklen e Anweisungen f r das Splitting von ICB f r doppelt indizierte Paired End L ufe e Anforderungen eines g ltigen Probenblatts Volumina von HP3 f r indizierte L ufe Nur in Englisch verf gbar D Oktober 2011 Software Beschreibungen auf HCS v1 5 aktualisiert Anweisungen f r das Einrichten und Durchf hren von doppelt indizierten L ufen f r Nextera Bibliotheken hinzugef gt Nur in Englisch verf gbar HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch IX 91J0 SIYSUOISIDA Teile Nr 15023355 15023355 15023355 Uberarbeitete Fassung C Datum Juni 2011 April 2011 M rz 2011 Beschreibung der nderung Anweisungen zum Laden von 25 ml Wasser in Laborqualit t in SBS Position 2 f r die automatische Sp lung nach dem Lauf hinzugef gt Nur in Englisch verf gbar Software Beschreibungen auf HCS v1 4 aktualisiert Folgende neue Informationen wurden hinzugef gt Beschreibung der Pr fung der Flie zellenausrichtung e Gesch tzte Laufzeiten f r HCS v1 4 e Versionskompatibilit t der Software und Reagenz Kit Versionen f r verschiedene Flie zellentypen e Informationen zu den Reagenzien im TruSeq SBS Kit v3 sowie eine Beschreibung des alternativen SBS v3 Workflows zum Laden von Reagenzien e Anweisungen zum Leerlaufmodus des Ger ts Folgende Informationen wurden aktualisiert e Reag
157. tzerhandbuch 5 usjusuoduloy pun uorjembiyuoy basIiH Uberblick Abbildung 2 Reagenzienkammer A Sipper Griffe B Reagenzien Rack f r Paired End oder Indizierungsreagenzien C Reagenzien Rack f r SBS Reagenzien SBS Reagenzien Rack Das SBS Reagenzien Rack das sich in der Position ganz rechts befindet fasst konische 250 ml Flaschen Die Nummern der Positionen auf dem Reagenzien Rack entsprechen den Anschl ssen auf der Fluidikpumpe Paired End Reagenzien Rack Das Paired End Reagenzien Rack das sich links neben dem SBS Rack befindet fasst konische 15 ml R hrchen mit Paired End Reagenzien und Indizierungsreagenzien Reagenzienk hler Der Reagenzienk hler kann eine Reagenztemperatur von 4 C aufrechterhalten Der Reagenzienk hler ist nicht zum Abk hlen von Reagenzien vorgesehen Daher m ssen Reagenzien abgek hlt werden bevor sie in das Ger t geladen werden Flie zellenkammer In der Flie zellenkammer sind der Flie zellentisch ein Heizelement das Vakuumsystem und die Fluidikanschl sse f r die Flie zelle untergebracht 6 Teile Nr 15023355 Rev KDEU Die Flie zelle befindet sich auf dem Flie zellentisch der in das optische Modul hineingefahren und aus diesem herausgefahren wird Die Flie zelle befindet sich auf dem Flie zellenhalter wobei die Einlass und Auslass ffnungen nach unten zeigen und wird durch das Vakuum in Position gehalten Das Vakuum wird von einem beleuchteten Flie zellenregler ges
158. ua1enayeusyonelqua A sBunaizuanbas Uberblick Vom Benutzer bereitzustellende Verbrauchsmaterialien 22 Verbrauchsmaterialien Verbrauchsmaterial 1N NaOH Alkoholtupfer 70 Isopropyl oder Ethanol 70 250 ml Zentrifugenr hrchen Konische 15 ml R hrchen Einweg Handschuhe ungepudert Labort cher fusselfrei Linsenpapier 4x 6 Zoll 10 2 x 15 2 cm Wasser Laborqualit t 18 M Ohm Anbieter Allgemeiner Laborlieferant VWR Katalognummer 15648 981 Allgemeiner Laborlieferant Corning Katalognummer 430776 Corning Katalognummer 430052 Allgemeiner Laborlieferant VWR Katalognummer 21905 026 VWR Katalognummer 52846 001 Millipore Zweck Ger tewartungswaschlauf Reinigen der Flie zelle und des Flie zellentisches Ger tewartungswaschlauf und Wasserwaschlauf Sammeln und Messen der Abfallvolumina Allgemeine Verwendung Reinigen des Flie zellenhalters Reinigen der Flie zelle SBS Reagenzien Rack Position 2 Wasserwaschlauf Teile Nr 15023355 Rev KDEU Starten des HiSeq Systems Gehen Sie wie nachfolgend beschrieben vor um das HiSeq Ger t und den Computer des Ger ts zu starten f HINWEIS Ber cksichtigen Sie beim Ein und Ausschalten bzw Bedienen des Computers die folgenden Best Practices Schalten Sie den Computer nicht an wenn das Ger t eingeschaltet ist Lassen Sie das Ger t mindestens eine Minute lang ausgeschaltet bevor Sie es wieder einschalten Sc
159. um Lauf und zur Bildanalyse Konfigurationsdatei f r RTA im Format xml Enth lt Protokolldaten zum Lauf Wenn die Protokolldatei zu gro wird etwa 5 MB legt CS eine neue Protokolldatei an Wenn Sie einen Lauf starten wird eine Kopie des Rezeptes im Ordner Recipe gespeichert Wenn Sie den Lauf unterbrechen und sp ter fortsetzen wird dieses Rezept an der Stelle neu gestartet an der der Lauf angehalten wurde Enth lt Miniaturbilder von neun Positionen aus jeder Platte Diese k nnen zur Fehlerbehebung bei einem Lauf verwendet werden 63 JaupJojne7 HiSeq Software berblick ber das Probenblatt Das Probenblatt ist eine benutzergenerierte Datei im csv Format in der Informationen zu einem Sequenzierungslauf gespeichert werden Das Probenblatt wird in den Laufordner kopiert und sp ter f r die Analyse verwendet Die Verwendung eines Probenblatts ist optional Wenn Sie ein Probenblatt verwenden m chten erstellen Sie eines bevor Sie den Lauf starten lay HINWEIS Wenn Sie die Ergebnisse der Indizierung im Sequenzierungsanalyse Viewer SAV ansehen m chten m ssen Sie zu Beginn des Laufs ein Probenblatt laden SAV v1 8 ben tigt ein Probenblatt um die Indizierungsinformationen anzeigen zu k nnen Weitere Informationen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 Sie k nnen Ihr Probenblatt in verschiedenen Softwareanwendungen wie Excel oder Notepad erstellen oder den Illu
160. und das Base Calling Alle Kopierereignisse w hrend der Analyse werden in der Datei CopyLog erfasst Falls w hrend der Analyse Fehler auftreten werden diese in der Datei ErrorLog erfasst Wenn keine Fehler auftreten wird keine ErrorLog txt Datei generiert Gibt die Grenzen der Reads einschlie lich Index Reads die Flie zellen ID sofern verf gbar und die f r den Lauf ausgew hlte Qualit tstabelle an Enth lt Probeninformationen einschlie lich Indizierungsinformationen Die RTA kopiert die Probenblattdatei im Stammordner des Laufs in den Ordner Basecalls Der Plattenname ist eine vierstellige Zahl die einen Code f r die Position der Flie zelle darstellt Die erste Ziffer ist der Code f r die Oberfl che 1 steht f r oben 2 steht f r unten Die zweite Ziffer ist der Code f r den Bildstreifen 1 steht f r den ersten Bildstreifen 2 steht f r den zweiten Bildstreifen 3 steht f r den dritten Bildstreifen nur auf Flie zelle v3 Teile Nr 15023355 Rev KDEU HINWEIS Ein Bildstreifen ist eine Spalte mit Platten Es gibt zwei Bildstreifen pro Lane und Oberfl che Bei Flie zelle v3 gibt es drei Bildstreifen pro Lane und Oberfl che Die letzten beiden Ziffern sind der Code f r die Platte 01 bis 16 mit HCS v2 0 Die Plattennummerierung beginnt bei 01 am Ausgabeende der Flie zelle bis 16 am Eingabeende Abbildung 50 Plattennummerierung Plattenname Oberfl che
161. urnaround chemistry PE Turnaround Chemie Diese Einstellung wird von der Flie zellen ID festgelegt Aktivieren Sie das Kontrollk stchen Use Existing Recipe Vorhandenes Rezept verwenden nur dann wenn Sie ein benutzerdefiniertes Rezept verwenden m chten Ansonsten lassen Sie zu dass die Software ein Rezept auf Basis der Informationen erstellt die Sie in den Einrichtungsbildschirmen des Laufs eingegeben haben Teile Nr 15023355 Rev KDEU Bildschirm Sample Sheet Probenblatt 1 2 y HINWEIS Wenn Sie die Ergebnisse der Indizierung im Sequenzierungsanalyse Viewer SAV ansehen m chten m ssen Sie zu Beginn des Laufs ein Probenblatt laden SAV v1 8 ben tigt ein Probenblatt um die Indizierungsinformationen korrekt anzeigen zu k nnen Weitere Informationen finden Sie im Sequenzierungsanalyse Viewer Benutzerhandbuch Teile Nr 15020619 Geben Sie den Pfad eines g ltigen Probenblatts ein oder w hlen Sie das Probenblatt f r den Lauf aus Wenn Sie einen indizierten Lauf durchf hren ben tigen Sie das Probenblatt um die Indizes in SAV zu protokollieren Ein Probenblatt wird auch ben tigt wenn Sie BaseSpace verwenden W hlen Sie Next Weiter Bildschirm Reagents Reagenzien 1 Scannen Sie die Reagenzien Kit ID oder geben Sie sie ein Sie k nnen die Kit ID aus Feld 1 oder Feld 2 eingeben Scannen Sie f r indizierte L ufe die Indizierungs Reagenzien Kit ID oder geben Sie sie ein Scannen Sie f r Paire
162. vom Illumina bereitgestellten Drittanbieterware es sie denn die Produktdokumentation bzw die Spezifikationen geben ausdr cklich an dass eine solche Drittanbieterware mit dem Produkt verwendet werden kann d Verfahren f r Abdeckung durch Garantie Um im Rahmen dieser Garantie Anspruch auf Reparatur oder Ersatz zu haben muss der K ufer i die Support Abteilung von Illumina sofort kontaktieren um die Nichtkonformit t mitzuteilen ii mit Illumina zusammenarbeiten um die Nichtkonformit t zu best tigen bzw zu diagnostizieren und iii das Produkt zur ckgeben wobei die Transportkosten entsprechend der Anweisungen an Illumina zu zahlen sind oder wenn sich Illumina und der K ufer einverstanden erkl ren dem autorisierten Reparaturpersonal von HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch V Illumina Zugriff auf dieses Produkt gew hren damit die Nichtkonformit t best tigt und Reparaturen vorgenommen werden k nnen Alleiniger Anspruch im Rahmen der Garantie Illumina wird das abweichende Produkt entweder reparieren oder ersetzen falls die Garantie f r dieses Produkt gilt Reparierte bzw ersetzte Verbrauchsmaterialien haben eine 30 Tage Garantie Die Hardware wird m glicherweise repariert oder durch funktional gleichwertige berholte oder neue Hardware bzw Komponenten ersetzt falls nur eine Komponente der Hardware abweicht Falls die Hardware insgesamt ersetzt wird betr gt der Gew hrleistungszeitraum f r die ersetzte Hardware 90 Tage ab
163. zu starten 4 Messen Sie nach Abschluss des NaOH Waschgangs die abgegebenen Volumina Positionen Abgegebene Volumina 8 SBS Positionen 16 ml 8 SBS Positionen und 10 Cluster 36 ml Positionen Letzter Wasserwaschlauf 1 Laden Sie Wasser in Laborqualit t wie folgt in das Ger t a Befiillen Sie acht 250 ml Flaschen mit mindestens 20 ml Wasser in Laborqualit t b Wenn Sie Paired End Positionen waschen bef llen Sie zehn 15 ml R hrchen mit mindestens 10 ml Wasser in Laborqualit t a ACHTUNG y Das im ersten Schritt verwendete Wasser bzw die verwendeten Waschflaschen darf d rfen nicht wiederverwendet werden Das Wasser aus dem ersten Schritt kann mit Reagenzien aus den Sippern kontaminiert sein 2 Laden Sie die Flaschen und R hrchen in den entsprechenden Reagenzien Rack im Ger t 3 W hlen Sie Next Weiter um den letzten Wasserwaschlauf zu starten 4 Messen Sie die abgegebenen Volumina nach Abschluss des letzten Wasserwaschlaufs Positionen Abgegebene Volumina 8 SBS Positionen 32 ml 8 SBS Positionen und 10 Cluster 72 ml Positionen 5 Entfernen Sie die Umwicklung von den Abfallschl uchen und setzen Sie sie wieder in den Abfallbeh lter ein HiSeq 1000 System Benutzerhandbuch 1 2 1 SINEJUISEMSBUNYEMSEISH seua usJynJyalng Verfahren nach einem Lauf Durchf hren eines Wasserwaschlaufs F hren Sie einen Wasserwaschlauf durch wenn das Ger t seit mindestens einem Tag nicht verwendet wurde bevor Sie einen neuen

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