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Guia de referência do instrumento MiSeq FGx - Support

1. ACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGICTACAACCT TAAGAT TACTTGATCCACTGAT TCAACG TACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAG AGTAACACA GATAACA TAAQACACIT TET AACCTTAAGATTACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATI AACGTACCAT LARGAGCTACOGICUTCUGLRACCITRAGA ACITGATOGAI GA AAA AAA TAACCTTAAGATTAC a AT GG AATAT AAGATTACTTGAT GAAAAGAATGAT SRAAAGAATGATAACAGTAACACAC TCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGT CO TRA A TACTTGATC AAGAGCTACC GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAA EA CACACTTCTGT A TCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAAC AAATGATAAI GATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAI GOLGATA ATTCAACI AI EGG Gi ITGAGACT ANAL A CTGTTAACCTT AGCAACGACG
2. 6 SACTGATTCAACGTACCAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCITCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGIACCGTAACGA DAAAGAATGATRACAGTAACACACTICIGT IAACCIIAAGATTACTIGAICCACTGA TCAACGTACCOTARAGATTACTIGATCCACIGA TCAACGTACCGTAACGARCGTAICAAL TGAGACTAMATA TAACGTACCAT TAAGAGCIACO GATRACAGTAACACACT ICTOTIAACCTTRAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACORACGTATCAATTGAGAC TARATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGT OT TGAGACTAAATAT TAACGTTGTTAACC AAGALTACTIGATEGACTGATTERACETACCE TARGGAACETATEAAT GAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTICTG AAC AAA TACA ATCCACT GATTCAACGTACCGTA A AAT TGAGACTAMATA TAACO TACI TAACG T TAAGATTACT O y o gt 83 oJ gt O 4 e 1839 Beg z 0 O 33 o o PA cos o
3. TCAACOTACC TARA A TACI GATO AAGAGCTACC APENAS PARA PESQUISA PER CIA OU PATERNIDADE PROPRIEDADE DA ILLUMINA Componente 15050524 Rev C PTB Fevereiro de 2015 Cat logo SY 411 9001DOC Este documento e seu conte do s o propriedade da Illumina Inc e suas afiliadas Illumina e destinam se exclusivamente ao uso contratual de seu cliente com rela o ao uso dos produtos descritos neste documento e para nenhuma outra finalidade Este documento e seu conte do n o ser o usados ou distribuidos para nenhuma outra finalidade e ou comunicados divulgados ou reproduzidos em nenhuma forma sem o consentimento pr vio por escrito da Illumina A Ilumina n o transmite nenhuma licen a sob seus direitos de patente marca registrada direitos autorais ou lei comum nem direitos semelhantes de terceiros por este documento As instru es neste documento devem ser estrita e explicitamente seguidas por pessoal devidamente treinado e qualificado para garantir o uso adequado e seguro dos produtos descritos neste documento Todo o conte do deste documento deve ser inteiramente lido e entendido antes da utilizac o de tais produtos NAO LER COMPLETAMENTE E N O SEGUIR EXPLICITAMENTE TODAS AS INSTRUCOES AQUI CONTIDAS PODE RESULTAR EM DANOS AOS PRODUTOS FERIMENTOS A PESSOAS INCLUINDO USU RIOS OU OUTROS E DANOS A OUTROS BENS
4. vii II A A A o E e ix Cap tulo 1 Introdu o 1 Uso pretendido 1 1 2 2 Componentes 3 Inicializa o do MiSeq FGX 6 Materiais de consumo necess rios T Cap tulo 2 MiSeq FGx Software 2 9 INTOQUCAO terne a a en 10 MiSeq FGx Control Software 11 Op es do software de an lise para execu es RUO 35 Cap tulo 3 Realiza o de uma execu o 37 Introdu o l lllll ll ll 38 MiSeq FGx Fluxo de trabalho 39 Prepara o do cartucho de reagentes 41 Login e sele o do tipo de execu o 44 Limpeza da l mina de fluxo 45 Carregamento da l mina de fluxo 47 Carregamento de reagentes
5. Quando a verificac o pr execuc o for bem sucedida o bot o Start Run Iniciar execuc o ficar ativo Tela Sequencing Sequenciamento para RUO 1 Durante a execu ao RUO monitore o progresso as intensidades e as pontua es de qualidade da execuc o na tela Sequencing Sequenciamento A tela Sequencing Sequenciamento somente para exibic o Para monitorar a execu ao com mais detalhes use o Sequencing Analysis Viewer SAV instalado em outro computador independente do computador do instrumento necess ria uma conex o de rede Consulte Guia de usu rio do Sequencing Analysis Viewer n da pe a 15020619 Como alternativa se voc estiver conectado ao BaseSpace poder monitorar a execu o usando o SAV no BaseSpace Run Progress Andamento da execu o mostra o andamento da execu o em uma barra de status e lista o n mero de ciclos conclu dos Intensity Intensidade mostra o valor das intensidades de clusters do 90 percentil para cada bloco O gr fico na rea de intensidade representa o n mero de blocos e o n mero de superf cies cujas imagens est o sendo criadas Se a imagem da l mina de fluxo for criada somente na superf cie superior um gr fico com uma coluna ser exibido Se a imagem da l mina de fluxo for criada nas superf cies superior e inferior um gr fico com duas colunas ser exibido Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx o 9JEMIJOS 101002 XD D S N MiSeq FGx Softw
6. A ILLUMINA N O ASSUME NENHUMA RESPONSABILIDADE RESULTANTE DA UTILIZA O INDEVIDA DOS PRODUTOS AQUI DESCRITOS INCLUINDO SUAS PARTES OU SEU SOFTWARE OU DE QUALQUER USO DE TAIS PRODUTOS FORA DO ESCOPO DAS LICEN AS EXPRESSAS POR ESCRITO OU PERMISS ES CONCEDIDAS PELA ILLUMINA EM CONEX O COM A AQUISI O DE TAIS PRODUTOS POR PARTE DO CLIENTE PARA USO EXCLUSIVO EM PESQUISAS AN LISES FORENSES OU DE PATERNIDADE 2015 Illumina Inc Todos os direitos reservados Ilumina 24sure BaseSpace Bead Array BlueFish BlueFuse BlueGnome cBot CSPro CytoChip DesignStudio Epicentre GAIIx Genetic Energy Genome Analyzer GenomeStudio GoldenGate HiScan HiSeq HiSeq X Infinium iScan iSelect ForenSeq MiSeq FGx NeoPrep Nextera NextBio NextSeq Powered by Illumina SeqMonitor SureMDA TruGenome TruSeq TruSight Understand Your Genome UYG VeraCode verifi VeriSeq a cor de ab bora e o desenho de sequ ncias de DNA onduladas s o marcas registradas da Ilumina Inc e ou de seus afiliados nos Estados Unidos e ou em outros pa ses Todos os outros nomes logotipos e marcas s o de propriedade de seus respectivos propriet rios Leia antes de usar o produto Este Produto seu uso e descarte est o sujeitos aos seguintes termos e condic es Caso n o concorde com estes termos e condi es o Comprador n o tem autoriza o da Illumina para usar o Produto de modo que n o dever us lo 1 Defini es PI Espec fica de Aplica o
7. Fornecedor VWR n do cat logo 95041 714 Fornecedor de itens de uso comum do laborat rio Fornecedor de itens de uso comum do laborat rio VWR n do cat logo 21905 026 VWR n do cat logo 52846 001 Fornecedor de itens de uso comum do laborat rio Fornecedor de itens de uso comum do laborat rio Sigma Aldrich n do cat logo P7949 McMaster Carr n do cat logo 7003 22 Fornecedor de itens de uso comum do laborat rio Orienta es para gua sem nuclease Utilize sempre gua sem nuclease para realizar os procedimentos com instrumentos Nunca use gua da torneira ou gua desionizada Qualquer um dos exemplos a seguir s o aceit veis Ilumina PW1 gua de 18 Megohm MO gua Milli Q gua Super Q gua de qualidade de biologia molecular Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx Finalidade Limpeza do suporte da l mina de fluxo Uso geral Limpeza da plataforma da l mina de fluxo e a vedac o que cobre o reservat rio de amostras de carregamento Limpeza da l mina de fluxo Desnaturac o e dilui ao de bibliotecas de amostras e DNA de controle de PhiX Limpeza do instrumento Limpeza do instrumento Remoc o da l mina de fluxo do recipiente de transporte da l mina de fluxo Limpeza do instrumento P SIENEN 4 SoliESS C U OUINSUOD N da pe a 15050524 Rev C PTB MiSeq FGx Software t oloi0i 0010000606060606000000000 10 MiSeq FGx Control Sof
8. o ou a o sem o pr vio consentimento por escrito da outra parte e v prestar a assist ncia razo vel outra parte na defesa da reivindica o ou a o fica estabelecido que a parte reembolsar a parte indenizada por suas despesas diversas incorridas em tal assist ncia e Produtos e indeniza o de terceiros A Illumina n o tem obriga es de indeniza o com rela o a eventuais produtos de terceiros e fornecidos ao Comprador Produtos de terceiros s o aqueles com etiquetas ou marcas com o nome de um terceiro Os direitos de indeniza o do Comprador se houver em rela o a produtos de terceiros ser o de acordo com a indeniza o do fabricante ou licenciante original Mediante solicita o por escrito a Illumina tentar repassar tal indeniza o se houver para o Comprador Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx V N da peca 15050524 Rev C PTB Hist rico das revis es N de pe a Revis o Data Descri o da mudan a 15050524 PTB C Fevereiro Erros de formata o corrigidos 2015 15050524 Janeiro de Apenas dispon vel em ingl s 2015 Atualiza o do nome do kit de reagentes de Kit de sequenciamento MiSeq ForenSeq para Kit de reagentes MiSeq FGx 15050524 A Outubro de Apenas dispon vel em ingl s 2014 Lan amento inicial Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx VI OOLO1S H S QSIA SE N da pe a 15050524 Rev C PTB ndice Hist rico das revis es
9. Sample Sheets Planilhas de amostras Manifests Manifestos Genomes Genomas Recipes Receitas e Bundle Logs Agrupar logs Figura 7 Tela Manage Files Gerenciar arquivos Directory D lh minolMiSeq Gx utput O E 5 O ww nie u maaca u ww 1 4 N da pe a 15050524 Rev C PTB Op es de Manage Files Gerenciar arquivos Em qualquer guia da tela Manage Files Gerenciar arquivos selecione Browse Procurar para ir para os arquivos acessiveis ao instrumento Guia Runs Execu es Sample Sheets Planilhas de amostras Manifests Manifestos Genomes Genomas Recipes Receitas Bundle logs Agrupar logs Recursos Delete Excluir ou Move Mover Delete Excluir Upload Carregar ou Rename Renomear Delete Excluir ou Upload Carregar Delete Excluir ou Upload Carregar Delete Excluir ou Upload Carregar Bundle Logs Agrupar logs Utiliza o Para o modo forense ou RUO Para o modo RUO Para o modo RUO Para o modo RUO Para o modo RUO Somente para solu o de problemas do Suporte t cnico da Ilumina Os arquivos de manifesto genoma e receita do ForenSeq s o pr carregados para kits forenses e n o devem ser alterados Delete Excluir selecione a caixa de sele o ao lado do arquivo ou da pasta listados e selecione Delete Excluir O recurso Delete Excluir est dispon vel em todas as guias O n vel de aces
10. Tabela 3 Informa es de contato gerais da Ilumina Site www illumina com E mail techsupportoillumina com Tabela 4 Ilumina N meros de telefone do suporte ao cliente Regi o N mero de contato Regi o N mero de contato Am rica do Norte 1 800 809 4566 Holanda 0800 0223859 Alemanha 0800 180 8994 It lia 800 874909 Austr lia 1 800 775 688 Irlanda 1 800 812949 ustria 0800 296575 Noruega 800 16836 B lgica 0800 81102 Nova Zel ndia 0800 451 650 Dinamarca 80882346 Reino Unido 0800 917 0041 Espanha 900 812168 Su cia 020790181 Finl ndia 0800 918363 Su a 0800 563118 Fran a 0800 911850 Outros pa ses 44 1799 534000 Ficha de dados de seguran a As fichas de dados de seguran a SDSs est o dispon veis no site da Illumina no link support illumina com sds html Documentac o do produto No site da Ilumina ha documenta o do produto em PDF dispon vel para download Acesse support illumina com selecione um produto e clique em Documentation amp Literature Documenta o e literatura Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx T 291499 6104019189 SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTTCTGT TAACCT TAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTAC GATAACAG TAACACACT TCTGTTAACCT TAAGATTACTTGT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAAT TGAGACTAAATAT A TAATA A A O O oa SL CATT cs CTA ATIRADO TENGO O Ea 2 AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGAT PEN ACTTGATCCACTGATTCAACGTACCG
11. b seja um re so de um Material de Consumo c seja a desmontagem engenharia reversa compila o reversa ou montagem reversa deste Produto d seja a separa o a extra o ou o isolamento de componentes deste Produto ou outras an lises n o autorizadas deste Produto e obtenha acesso ou determine os m todos de opera o deste Produto f seja o uso de materiais de consumo reagentes de outra marca que n o Illumina com Hardware da Illumina n o aplic vel se a Documenta o ou as Especifica es deste Produto definirem em contr rio ou g seja a transfer ncia ou o sublicenciamento para um terceiro de um Software ou de qualquer software de outra empresa Todo Software n o importando se fornecido N da pe a 15050524 Rev C PTB separadamente instalado em um Produto ou integrado a ele licenciado ao Comprador e n o vendido Salvo conforme expressamente declarado nesta Sec o nenhum direito ou licen a previstos nos direitos de propriedade intelectual da Illumina concedido de forma expressa impl cita ou ato contradit rio O Comprador o nico respons vel por determinar se det m todos os direitos de propriedade intelectual necess rios para os fins a que pretende destinar este Produto incluindo dentre outros eventuais direitos de terceiros ou direitos a PI de Aplica o Espec fica A Illumina n o oferece nenhuma garantia de que os usos espec ficos pretendidos do Comprador n o violar o os direitos de prop
12. 49 In cio execu o 2 2 1 2 51 Monitoramento da execu o 52 Cap tulo 4 Procedimentos da manuten o 53 ot AA 7 54 Realiza o de uma limpeza p s execu o 55 Realiza o de uma limpeza de manuten o 58 Realiza o de uma limpeza de espera 61 Desligamento do instrumento 63 Cap tulo 5 Solu o de problemas 65 Introdu o sam lie Ri 66 Resolu o dos erros de configura o da execu o 67 Resoluc o da falha de leitura do RFID 68 Evitar reinicios durante uma execu o 70 Solu o de problemas de erro de taxa de fluxo 71 Realiza o de um teste de volume 72 Medi ao dos volumes de limpeza esperados 74 Indice remissivo fo Assist ncia T CNICA siria A E L T7 Guia de refer ncia do instrum
13. MiSeq FGx Software 24 Tela Pre Run Check Verificac o pr execuc o O programa executa automaticamente uma verifica o pr execu o dos componentes e das condi es de execu ao necess rios antes de permitir o inicio da execuc o Se algum erro ocorrer durante a verificac o pr execuc o uma mensagem aparecer na tela descrevendo o erro e a a o para corrigi la Para obter mais informa es consulte Resolu o dos erros de configura o da execu o na p gina 67 Figura 19 Tela Pre Run Check Verifica o pr execu o Checking flow Network Connection Active Sample Validated Free Disk Space 85 Y Flow Cell Cartridge Loaded Y Waste Bottle Loaded PR2 Bottle Loaded Y Y Reagent Cartridge Loaded Flow Cell Door Closed Chiller Door Closed Flow Rate Measured Primary Analysis Ready The system s waiting 1 hour for primary analysis to complete for the previous run Start Run m El LAR 00000 Quando a verificac o pr execuc o for bem sucedida o bot o Start Run Iniciar execuc o ficar ativo Tela Sequencing Sequenciamento A tela Sequencing Sequenciamento aberta no in cio da execuc o Esta tela oferece uma representac o visual da execu ao em andamento incluindo intensidades e pontua es de qualidade Q scores Run Progress Andamento da execuc o mostra o andamento da execuc o em uma barra de status e lista o n mero de ciclos concluidos Intensity Intensid
14. Se o RFID continuar falhando selecione o cone do teclado para abrir o teclado na tela N da pe a 15050524 Rev C PTB Digite o n mero do c digo de barras do frasco de Soluc o SBS PR2 localizado na etiqueta do frasco de Solu ao SBS PR2 logo abaixo do c digo de barras Selecione Done Conclu do Selecione Next Pr ximo para avancar para a pr xima etapa de configurac o da execu ao Cartucho de reagentes 1 8 9 Sempre repita a leitura do RFID antes de prossegulr Para fazer isso abra e feche a porta do refrigerador do reagente Se o RFID falhar uma segunda vez abra a porta do refrigerador de reagentes e remova o cartucho Verifique o cartucho de reagentes e o refrigerador de reagentes em busca de detritos ou sais que possam interromper a leitura RFID Substitua o cartucho de reagentes e feche a porta do refrigerador de reagentes Se o RFID continuar falhando selecione Enter Reagent Kit Barcode Inserir c digo de barras do kit de reagentes Digite o n mero do c digo de barras do kit de reagente localizado na etiqueta do kit bem abaixo do c digo de barras Digite o n mero de pe a do cartucho de reagentes localizado a direita do REF na etiqueta do kit de reagentes Figura 46 Insira informa es do reagente 1422 Valid bypass code has been entered Please enter the reagent kit barcode and part number Allowed format for barcode is AA1234567 12345 Reagent Kit Barcode
15. a do aspirador de l quidos o suficiente na gua para permitir que a tens o da superf cie remova a gota c Quando solicitado levante lentamente a al a do aspirador de l quidos e verifique se h uma gota de gua no aspirador d Quando solicitado abaixe lenta e completamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador desca at os frascos de limpeza e de res duos Figura 49 Remo o das gotas do aspirador de l quidos Please lift the PR2 sipper Remove any large droplets on the tip by dipping the sipper slightly back into water Surface tension should pull the droplet off insert PR2 and waste bottle Y Insert Wash Tray Y Insert MiSeq Flow Cell Conduct Volume Test x y Stop Test Next m EH 7 x 00000 8 Selecione Next Pr ximo O teste de volume iniciado Quando o teste de volume estiver conclu do os resultados ser o exibidos na tela Figura 50 Resultados do teste de volume System Check is complete Results are displayed below Conduct Volume Test Pass Se o resultado do teste for negativo realize uma limpeza de manutenc o Veja Procedimento na p gina 58 9 Quando a limpeza de manuten o for concluida repita o teste de volume Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 3 3153 WN op EzilE M Medi ao dos volumes de limpeza esperados A medic o dos volumes de limpeza esperados confirma se o sistema de fluxo de reagentes de limpeza
16. configura es de rede Tela System Check Verifica o do sistema A tela System Check Verifica o do sistema normalmente usada para se conectar com um representante do suporte t cnico da Illumina durante uma sess o Live Help Ajuda ao vivo O uso desse recurso n o necess rio durante a opera o normal ou para a manuten o do instrumento Algumas verifica es do sistema podem ser realizadas antes de entrar em contato com o suporte t cnico da Illumina como o teste de volume Um teste de volume verifica a integridade do sistema de fluxo de reagentes estimando o volume do fluxo enquanto as bolhas passam pelos sensores Para obter mais informa es consulte Realiza o de um teste de volume na p gina 72 Ap s a conclus o de uma verifica o do sistema os resultados do teste aparecem na tela Selecione Show Details Mostrar detalhes para ver um resumo dos resultados na interface do programa Selecione Export Results Exportar resultados para exportar os resultados em formato csv para uma unidade USB N da pe a 15050524 Rev C PTB Figura 13 Op es de System Check Verifica o do sistema Please select the system check options to perform 9JEMILOS 041402 XD Db S N Tela Manual Update Atualizac o manual O recurso Manual Update Atualiza o manual usado para atualizar o software de controle do instrumento e o software de analise Esse recurso n o est disponivel para o MiSeq
17. es Separe cada endereco de e mail com uma v rgula Selecione Test Teste para enviar um e mail de teste aos destinat rios das notifica es Notify via email when Notificar por e mail quando marque a caixa de selec o para os eventos da execu ao que v o gerar uma notifica ao 1 8 N da pe a 15050524 Rev C PTB Tela Manage Instrument Gerenciar instrumento A tela Manage Instrument Gerenciar instrumento contem controles para as configura es do sistema solu ao de problemas atualiza es manuais do software rein cio ou encerramento do software do instrumento Figura 11 Tela Manage Instrument Gerenciar instrumento Please select an activity System Settings Configurac es do sistema fornece a opc o para alterar as configura es IP o nome da m quina ou o dom nio Consulte Tela System Settings Configura es do sistema na p gina 20 System Check Verificac o do sistema fornece op es de solu ao de problemas para verificar o status Operacional de componentes do instrumento Consulte Tela System Check Verifica o do sistema na p gina 20 Manual Update Atualiza o manual fornece a op o para atualizar o software de forma manual no computador do instrumento Consulte Tela Manual Update Atualiza o manual na p gina 21 Reboot Reiniciar use o comando Reboot para reiniciar o software do sistema N o h nenhuma exig ncia para reiniciar o software como parte da manuten o regul
18. significa os direitos de propriedade intelectual da Ilumina ou controlados por ela que se aplicam a este Produto e a seu uso somente no que diz respeito a campos ou aplica es espec ficas A PI de Aplica o Espec fica exclui toda a propriedade intelectual da Illumina ou controlada por ela que abranja caracter sticas ou recursos deste Produto ou seu uso comuns a todas as aplica es e campos de uso poss veis PI Principal A PI de Aplica o Especifica e a PI Principal s o subconjuntos independentes que n o se sobrep em de toda a propriedade intelectual da Ilumina ou controlada por ela A t tulo de exemplos n o taxativos os direitos de propriedade intelectual da Ilumina para m todos de diagn sticos espec ficos m todos forenses espec ficos ou biomarcadores sequ ncias ou combina es de biomarcadores e sequ ncias de cido nucleico espec ficos s o casos de PI de Aplica o Espec fica Materiais de Consumo significa reagentes e itens de consumo da marca Illumina desenvolvidos para serem usados com o Hardware e consumidos por meio do uso do Hardware Documenta o significa o manual do usu rio desenvolvido pela Illumina para este Produto incluindo entre outros encartes e qualquer outra documenta o que acompanhe este Produto ou seja mencionada por ele ou em sua embalagem e que esteja em vigor na data de envio pela Ilumina A Documenta o inclui este documento Hardware significa instrumentos acess rios ou peri
19. Evite tocar na veda o enquanto a amostra colocada Verifique se h bolhas de ar no reservat rio ap s o carregamento da amostra Se houver bata levemente o cartucho na bancada para liberar as bolhas Figura 31 Carregamento de bibliotecas 4 Va diretamente para as etapas de configura o da execu o usando a interface do MiSeq FGx Control Software N da pe a 15050524 Rev C PTB Carregamento de bibliotecas de amostras no cartucho para RUO OBSERVA O Se for necess rio para o seu tipo de biblioteca desnature e dilua as bibliotecas e adicione o controle opcional do PhiX Consulte Como preparar as bibliotecas de DNA para o sequenciamento no MiSeq n da pe a 15039740 Essa etapa n o se aplica a todos os tipos de bibliotecas Alguns m todos de prepara o de amostras Illumina resultam em uma concentra o normalizada de bibliotecas agrupadas pronta para uso Consulte o guia de prepara o de amostras do kit utilizado para preparar bibliotecas de amostras OBSERVA O Se voc estiver usando primers personalizados prepare os primers e a planilha de amostras conforme descrito em Uso de primers personalizados no MiSeq n da pe a 15041638 Depois de ter preparado para uso o cartucho de reagentes do MiSeq FGx voc est pronto para carregar as amostras 1 2 3 4 Use um len o de papel de laborat rio com poucos fiapos para limpar a veda o que cobre o reservat rio marcado como Load
20. FGx Todas as atualiza es de software s o executadas pela equipe do Ilumina para manter a configurac o adequada do sistema Tela Review Revisao A tela Review Revisao confirma que o MiSeq FGx Control Software recebeu informa es de execu ao do ForenSeq Universal Analysis Software Figura 14 Tela Review Revisao Please review the run setup Run Name MockRun1 Workflow Type FG Read 1 Index 1 index2 Read 2 351 8 8 31 User customerQ youriab com Read Length 44 Back Telas Run Setup Configurac o da execuc o Ap s a selec o da Sequence Sequ ncia na tela Welcome Boas vindas selecione um tipo de execu o Quando voc seleciona Forensic Genomics Gen mica forense uma s rie de telas para configura o da execu o exibida na seguinte ordem Select Run Selecionar execu o Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo Load Reagents Carregar reagentes Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 2 1 MiSeq FGx Software e Review Revis o e Pre Run Check Verificac o pr execu ao Quando voc seleciona uma Research Use Only Run Execu o somente pesquisa uma s rie diferente de telas de configura o de execu o exibida Consulte Telas de configura o da execu o para uma execu o RUO na p gina 25 Tela Select A Run Selecionar uma execu o Selecione uma execu o para sequenciamento usando o menu suspenso As execu es s o configuradas no ForenSeq Universa
21. Samples Carregar amostras Use a ponta de uma pipeta limpa de 1 ml para perfurar a veda o que cobre o reservat rio marcado como Load Samples Carregar amostras Y y OBSERVA O N o fure nenhuma outra posi o do reagente Outras posi es do reagente s o furadas automaticamente durante a execu o Com a pipeta adicione 600 ul das bibliotecas preparadas no reservat rio Load Samples Carregar amostras Evite tocar na veda o enquanto a amostra colocada Verifique se h bolhas de ar no reservat rio ap s o carregamento da amostra Se houver bata levemente o cartucho na bancada para liberar as bolhas Figura 32 Carregamento de bibliotecas V diretamente para as etapas de configura o da execu o usando a interface do MiSeq FGx Control Software Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 4 3 s3 uebesaJ op Oyonu29 op oe3eledald Realizac o de uma execuc o Login e selec o do tipo de execu ao 1 Na tela de login digite seu nome de usu rio e sua senha do ForenSeq Universal Analysis Software e selecione Next Pr ximo 2 Na tela Welcome Boas vindas selecione Sequence Sequ ncia 3 Quando a tela Select Run Type Selecionar tipo de execu o for exibida selecione Forensic Genomics Gen mica forense ou Research Use Only Run Execuc o somente pesquisa Figura 33 Selecionar tipo de execu ao Please select a run type 4 Siga as solicita es para carregar a l mina de fluxo e os re
22. Welcome Boas vindas selecione Perform Wash Realizar limpeza 3 Na tela Perform Wash Realizar limpeza selecione Maintenance Wash Limpeza de manutenc o O programa levanta automaticamente os aspiradores de l quidos do refrigerador de reagentes Procedimentos da manutenc o Realizac o da primeira limpeza 1 Prepare a soluc o de limpeza fresca com Tween 20 e gua sem nuclease da seguinte maneira a Adicione 5 ml de Tween 20 100 a 45 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em 10 Tween 20 b Adicione 25 ml de Tween 20 10 a 475 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma solu o de limpeza de 0 5 e Tween 20 nverta v rias vezes para misturar 2 Prepare os componentes de limpeza com a solu o de limpeza fresca com 0 5 de Tween 20 da seguinte forma a Adicione 6 ml da solu o de limpeza em cada reservat rio da bandeja de limpeza b Adicione 350 ml da solu o de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml 3 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza no instrumento a Abra a porta do compartimento de reagentes a porta do refrigerador de reagentes e remova o cartucho de reagentes usado ou a bandeja de limpeza do refrigerador b Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes at o fundo Feche a porta do refrigerador de reagentes c Levante a al a do aspirador de l quidos na frente do frasco de res duos e do frasco de Solu o SBS PR2 at que ela trave e substitua o frasco de Solu
23. ao Produto a pessoal autorizado de assist ncia t cnica da Ilumina a fim de confirmar a n o conformidade e realizar os reparos nico recurso previsto na garantia A Illumina a seu crit rio reparar ou substituir Produto fora de conformidade que ela confirme estar coberto por esta garantia Os Materiais de Consumo reparados ou substitu dos t m garantia de 30 dias O Hardware poder ser reparado ou substitu do por Hardware ou componentes com funcionamento equivalente recondicionados ou novos se apenas um componente do Hardware n o estiver em conformidade Se o Hardware for totalmente substitu do o per odo de garantia da substitui o de 90 dias a contar da data do envio ou o per odo remanescente da garantia original do Hardware o que for mais curto Se apenas um componente for reparado ou substitu do o per odo de garantia de tal componente de 90 dias a contar da data do envio ou o per odo remanescente da garantia original do Hardware o que tiver maior validade O precedente define o nico recurso do Comprador e as nicas obriga es da Ilumina previstos nesta garantia Produtos e garantia de terceiros A Ilumina n o tem obriga es de garantia com rela o a eventuais produtos de terceiros e fornecidos ao Comprador nos termos deste documento Produtos de terceiros s o aqueles com etiquetas ou marcas com o nome de um terceiro A garantia para bens de terceiros se houver fornecida pelo fabricante original Mediante s
24. bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes at o fundo Feche a porta do refrigerador de reagentes b Carregue o frasco de limpeza e abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos c Feche a porta do compartimento de reagentes Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 5 9 nueu op ezadu eun op ezile ki op u Procedimentos da manutenc o 5 Selecione Next Pr ximo A limpeza final iniciada Ap s a limpeza Quando a limpeza estiver conclu da deixe a l mina de fluxo a bandeja e o frasco de limpeza usados contendo a solu o de limpeza restante no instrumento y OBSERVA O Os aspiradores de l quidos permanecem na posi o para baixo o que normal Deixe a solu o de limpeza n o utilizada na bandeja e no frasco de limpeza para evitar que os aspiradores de l quidos sequem e evitar a entrada de ar no sistema 6 O N da pe a 15050524 Rev C PTB Realizac o de uma limpeza de espera Caso n o se espera o uso do instrumento nos pr ximos sete dias prepare o instrumento para ficar ocioso realizando uma limpeza de espera Uma limpeza de espera realiza duas limpezas consecutivas que limpam todas as posic es dos reagentes restantes ou do ac mulo de sal Cada limpeza demora aproximadamente 60 minutos Reserve cerca de 2 horas para completar a limpeza de espera Quando a limpeza de espera estiver conclu da o instrumen
25. cada etapa de limpeza A reutiliza o da solu o de limpezas anteriores pode devolver res duos para as linhas de fluxo de reagentes Prepare a solu o de limpeza fresca com Tween 20 e gua sem nuclease da seguinte maneira a Adicione 5 ml de Tween 20 100 a 45 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em 10 Tween 20 b Adicione 25 ml de Tween 20 10 a 475 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma solu o de limpeza de 0 5 e Tween 20 Inverta v rias vezes para misturar Quando a primeira limpeza for conclu da remova a bandeja e o frasco de limpeza e descarte a solu o de limpeza restante Encha os componentes de limpeza com a solu o de limpeza fresca com Tween 20 0 5 da seguinte forma a Adicione 6 ml da solu o de limpeza em cada reservat rio da bandeja de limpeza b Adicione 350 ml da solu o de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml Carregue a bandeja e o frasco de limpeza da seguinte forma a Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes at o fundo Feche a porta do refrigerador de reagentes b Carregue o frasco de limpeza e abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos c Feche a porta do compartimento de reagentes Selecione Next Pr ximo A segunda limpeza iniciada Ap s a limpeza Quando a limpeza estiver conclu da deixe a l mina de fluxo a bandeja e o frasco de limpeza
26. da c lula de fluxo Se o RFID falhar uma segunda vez abra a porta do compartimento da l mina de fluxo e remova com cuidado a l mina de fluxo Verifique a l mina de fluxo e a plataforma da l mina de fluxo em busca de detritos ou sais que possam interromper a leitura RFID Recoloque a l mina de fluxo Verifique se a trava alinha a l mina de fluxo adequadamente Feche a porta do compartimento da l mina de fluxo Se o RFID continuar falhando selecione o cone do teclado para abrir o teclado na tela Digite o n mero do c digo de barras da l mina de fluxo localizado no r tulo do recipiente da l mina de fluxo bem abaixo do c digo de barras Selecione Done Conclu do Selecione Next Pr ximo para avan ar para a pr xima etapa de configura o da execu o Frasco de Solu o SBS PR2 1 Sempre repita a leitura do RFID antes de prosseguir Para fazer isso levante e abaixe a al a do aspirador de l quidos Se o RFID falhar uma segunda vez abra a porta do compartimento de reagentes Levante a al a do aspirador de l quidos e remova o frasco Solu o SBS PR2 Verifique o frasco Solu o SBS PR2 e o compartimento de reagentes em busca de detritos ou sais que possam interromper a leitura RFID Substitua o frasco Solu o SBS PR2 e abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos at que ele fique preso Os aspiradores de l quido devem descer at os frascos de res duos e de Solu o SBS PR2
27. de ciclos em uma leitura na p gina 32 e a se ao da guia Run Metrics M tricas da execu o no Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Prephasing consulte N mero de ciclos em uma leitura na p gina 32 e a seg o da guia Run Metrics M tricas da execu o no Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Read 1 Leitura 1 para obter informa es consulte a se o da guia Run Metrics M tricas da execuc o no Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Index 1 ndice 1 para obter informac es consulte a sec o da guia Run Metrics M tricas da execuc o no Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Read 2 Leitura 2 para obter informa es consulte a se o da guia Run Metrics M tricas da execu ao no Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Index 2 ndice 2 para obter informac es consulte a se ao da guia Run Metrics M tricas da execu ao no Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Telas de configurac o da execuc o para uma execuc o RUO Ap s a selec o da Sequence Sequ ncia na tela Welcome Boas vindas selecione um tipo de execu ao Quando voc seleciona Research Use Only Run Execu ao somente pesquisa uma s rie de telas para configura o da execu o exibida na seguinte ordem BaseSpace Option Opc o do BaseSpace Load Flow
28. de limpeza p s execuc o selecione Start Wash Iniciar limpeza O programa levanta automaticamente os aspiradores de l quidos do refrigerador de reagentes Aguarde alguns segundos para ter certeza de que os aspiradores de l quido estejam totalmente erguidos antes de continuar Abra a porta do compartimento de reagentes a porta do refrigerador de reagentes e remova o cartucho de reagentes usado do refrigerador Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes at o fundo e feche a porta do refrigerador de reagentes Levante a al a do aspirador de l quidos na frente do frasco de Solu ao SBS PR2 e do frasco de limpeza at que ela trave Remova o frasco de Soluc o SBS PR2 e substitua o pelo frasco de limpeza J OBSERVA O Descarte o frasco de Solu o SBS PR2 ap s cada execu o N o reutilize nenhum Solu o SBS PR2 que sobrar Remova o frasco de res duos e descarte o conte do de forma apropriada Coloque o frasco de res duos de volta no compartimento de reagentes x y ADVERT NCIA 11 12 13 Este conjunto de reagentes cont m formamida uma amida alif tica que pode ser t xica para o sistema reprodutivo Podem ocorrer ferimentos por meio de inalac o ingest o e contato com a pele e com os olhos Descarte recipientes e todo o conte do n o utilizado em conformidade com as normas de seguranca governamentais de sua regi o Para obter mais informa es consulte a SDS deste kit em support illu
29. disco pouco espa o em disco 67 verifica o 33 Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 4 exclus o de arquivos e pastas 14 filtro de pureza 25 fixa ao da l mina de fluxo 4 fluxo de reagentes limpeza 58 61 soluc o de problemas 71 72 fluxo de trabalho durac o da execuc o 32 frasco de residuos 5 G gerac o de modelos 31 z cone de alerta de status 13 cones alerta de status 13 erros e advert ncias 13 indicadores de atividade 12 sensores 12 indicadores de atividade 12 indicadores de sensor 12 inicializa o 67 intensidades 24 interrup o de uma execu o 33 interruptor 6 L l mina de fluxo carregamento 22 26 47 limpeza 45 vis o geral 4 limpeza prepara o para o estado ocioso 61 limpeza de espera 13 61 limpeza de manuten o 13 58 limpeza p s execu o 55 limpezas enef cios da 54 configura es da limpeza p s execuc o 16 espera 13 61 manuten ao 13 58 p s execu ao 55 preparac o para finalizar 63 volumes esperados 74 Live Help 34 locais das pastas configura es padrao 16 OAISSILUSA S9IPU fo z Indice remissivo M materiais de consumo fornecidos pela Illumina 7 fornecidos pelo usu rio 7 materiais de consumo fornecidos pelo usu rio 7 MiSeq Reporter vis o geral 35 m dulo tico 3 monitoramento da execu o 24 29 52 movimenta o de arquivos e pastas 14 N nome de dom nio 20 nome de usu rio 6 O op es da execu
30. em nuvem da Ilumina Usar o BaseSpace para armazenar e analisar os dados de execu o oferece as seguintes vantagens Elimina a necessidade de computa o e armazenamento no local Permite a an lise e o gerenciamento de dados com base na Web Permite que uma nova execu o de sequenciamento seja iniciada enquanto os dados est o sendo analisados Fornece ferramentas para compartilhamento e colabora o global Quando voc come a sua execu o de sequenciamento os arquivos de dados s o criptografados durante o processo descriptografados durante a an lise e criptografados novamente ao serem armazenados Voc pode fazer login no BaseSpace ao configurar a execu o de sequenciamento Para mais informa es consulte Tela BaseSpace Options Op es do BaseSpace na p gina 26 O BaseSpace se desconecta automaticamente do MiSeq FGx ao final da execu o ou assim que o upload de todos os arquivos da an lise de RTA termina Se a conex o com a Internet for interrompida o upload dos arquivos de an lise continuar depois que a conex o for restaurada a partir do ponto em que ocorreu a interrupc o Assim que o ltimo arquivo de chamada de base for carregado no BaseSpace a an lise adicional dos dados iniciada Os mesmos fluxos de trabalho de an lise s o compat veis com o BaseSpace como com a an lise no instrumento com o uso do MiSeq Reporter O BaseSpace suporta apenas os mesmos genomas fornecidos com o MiSeq Reporter E poss
31. execu o de sequenciamento RUO use um cartucho de reagentes MiSeq padr o Remova o cartucho de reagentes do armazenamento de 25 C a 15 C Coloque o cartucho de reagentes em banho maria contendo gua desionizada em temperatura ambiente para submergir a base do cartucho de reagentes at a linha de gua impressa no cartucho de reagentes N o permita que a gua exceda a linha de gua m xima Figura 30 Linha de gua m xima Deixe o cartucho de reagentes descongelar em banho maria em temperatura ambiente por cerca de 60 a 90 minutos ou at estar completamente descongelado Retire o cartucho do banho maria e bata o levemente na bancada para retirar a gua da base do cartucho Seque a base do cartucho Certifique se de que a gua n o tenha respingado sobre o cartucho de reagentes Inspe o do cartucho de reagentes 1 Inverta o cartucho de reagentes dez vezes para misturar os reagentes descongelados e em seguida inspecione visualmente se todas as posi es est o descongeladas dy OBSERVA O fundamental que os reagentes no cartucho sejam totalmente descongelados e misturados para garantir o sequenciamento adequado Inspecione visualmente os reagentes nas posi es 1 2 e 4 para se certificar de que estejam totalmente misturados e sem precipitados Bata o cartucho levemente na bancada para reduzir as bolhas de ar nos reagentes OBSERVA AO Os tubos do aspirador de liquidos do MiSeq F
32. hipoclorito de s dio N o use hipoclorito de s dio para uma limpeza de manuten o ou uma limpeza de espera Em uma pr xima execu o o programa n o prosseguir para as etapas de configura o de execu o at que uma limpeza seja executada OBSERVA O Deixe a l mina de fluxo usada no instrumento Uma l mina de fluxo deve ser carregada no instrumento para a realiza o de uma limpeza Materiais de consumo fornecidos pelo usu rio Tween 20 Sigma Aldrich n do cat logo P7949 Hipoclorito de s dio gua sem nuclease Procedimento 1 Prepare a solu o de limpeza fresca com Tween 20 e gua sem nuclease da seguinte maneira a Adicione 5 ml de Tween 20 100 a 45 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em 10 Tween 20 b Adicione 25 ml de Tween 20 10 a 475 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma solu o de limpeza de 0 5 e Tween 20 nverta v rias vezes para misturar 2 Prepare a solu o de limpeza com hipoclorito de s dio e gua sem nuclease da seguinte maneira a Acrescente 30 ul de 6 de hipoclorito de s dio a 870 ul de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma dilui o de hipoclorito de s dio na propor o 1 30 b Acrescente 50 ul da dilui o de hipoclorito de s dio a 1 30 em 950 ul de gua sem nuclease em um tubo MiSeq fornecido pela Illumina n da pe a MS 102 9999 OBSERVA AO Verifique a porcentagem de hipoclorito de s dio no r tulo do produto E im
33. longo da margem superior da janela A sele o de um cone alterna a condi o para exibir ou ocultar Tela Perform Wash Realizar limpeza A tela Perform Wash Realizar limpeza permite que os usu rios realizem os seguintes tipos de limpeza al m de ver a data da limpeza executada mais recentemente Limpeza de manuten o a limpeza de manuten o consiste em tr s ciclos de limpeza consecutivos que limpam o sistema minuciosamente Realize uma limpeza de manuten o pelo menos a cada 30 dias Consulte Procedimento na p gina 58 Limpeza para standby a limpeza para standby prepara as linhas de fluxo de reagentes de maneira adequada para que fiquem ociosas e consiste em duas limpezas consecutivas Realize uma limpeza de espera se o instrumento ficar ocioso por at sete dias Consulte Realiza o de uma limpeza de espera na p gina 61 Depois de colocar o instrumento em um estado ocioso uma limpeza de manuten o dever ser executada antes do in cio de uma execu o de sequenciamento Limpeza p s execu o a limpeza p s execu o a limpeza padr o no instrumento realizada entre as execu es de sequenciamento e consiste em um ciclo de limpeza Para executar uma limpeza p s execu o em um momento que n o seja diretamente ap s uma execu o use o comando na tela Perform Wash Realizar limpeza para iniciar a limpeza O MiSeq FGx pode ser configurado para efetuar uma limpeza de manuten o entre duas execu es em vez de
34. ou de uma execu o anterior uma caixa de di logo de confirma o ser exibida Ap s a confirma o da execu o de sequenciamento a an lise secund ria interrompida Para reiniciar a an lise use o recurso Requeue Recolocar na fila na interface do MiSeq Reporter ap s a conclus o da nova execu o de sequenciamento Nesse ponto a an lise come a desde o in cio N da pe a 15050524 Rev C PTB Realiza o de uma execu o IntrOdLi O quado sile bla See aro bel Bank 38 MiSeq Fluxo de trabalho 2 2 2 222 39 Prepara o do cartucho de reagentes 2 2 41 Login e sele o do tipo de execu o 44 Limpeza da l mina de fluxo 2 2 45 Carregamento da l mina de fluxo 2 47 Carregamento de reagentes 2 49 In cio da execu o ns 51 Monitoramento da execu o 52 x air o e Hi TR v m rra ino Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 3 o ojnyudes Realizac o de uma execuc o Introdu o Para realizar uma execu o no MiSeq FGx execute as etapas de configura o des
35. uma limpeza p s execu o Para mais informa es consulte Tela Run Options Op es de execu o na p gina 16 Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 1 3 9JEMIJOS 101002 XD D S N MiSeq FGx Software Figura 6 Tela Perform Wash Realizar limpeza mina Mi gt TT Please select a wash activity Perform The Maintenance Wash should be performed every 30 days for optimal performance Maintenance Wash Last performed N A The Standby Wash should be performed when the instrument will be idle for more than seven days Note If a Standby Wash is performed a maintenance wash must be conducted before sequencing Last performed N A The Post Run Wash is performed alter every sequencing run Last performed N A Back Sippers 00000 A tela Perform Wash Realizar limpeza tamb m inclui um comando que ergue os aspiradores de l quidos ent o o cartucho de reagentes pode ser removido do instrumento em caso de erro ou de uma interrup ao inesperada na execu ao x CUIDADO y Feche sempre a porta do refrigerador de reagentes ap s carregar a bandeja de limpeza e antes de come ar a limpeza Isso previne poss veis les es que podem ocorrer se suas m os estiverem no caminho dos aspiradores quando eles abaixarem Tela Manage Files Gerenciar arquivos Use o recurso Manage Files Gerenciar arquivos para mover carregar ou apagar arquivos do computador do instrumento A tela dividida em seis guias Runs Execu es
36. usados contendo a solu o de limpeza restante no instrumento 62 OBSERVA O Os aspiradores de l quidos permanecem na posi o para baixo o que normal Deixe a solu o de limpeza n o utilizada na bandeja e no frasco de limpeza para evitar que os aspiradores de l quidos sequem e evitar a entrada de ar no sistema N da pe a 15050524 Rev C PTB Desligamento do instrumento E melhor deixar o instrumento ligado em todos os momentos No entanto se o instrumento tiver que ser desligado use o procedimento a seguir para finalizar o Windows e preparar as linhas do fluxo de reagentes 1 Realize uma limpeza de manuten o Para mais informa es consulte Procedimento na p gina 58 2 Remova o frasco de res duos e descarte o conte do de forma apropriada Coloque o frasco de res duos de volta no compartimento de reagentes Feche a porta do compartimento de reagentes 4 Na tela Manage Instrument Gerenciar instrumento selecione Shut Down Desligar Esse comando finaliza o software Figura 45 Tela Manage Instrument gerenciar instrumento Please select an activity o0 uaun 1 sul op ojuawebi seg 5 Coloque o interruptor na posi o OFF Desligado OBSERVA O v Toda vez que o instrumento for desligado espere no m nimo 60 segundos antes de colocar o interruptor na posi ao ON Ligado Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 6 3 64 N da pe a 15050524 Rev C PTB Solu o de
37. vel se conectar ao BaseSpace no site basespace com Fa a o login usando sua conta Mylllumina Para obter mais informa es sobre como usar o BaseSpace consulte a ajuda on line do BaseSpace no site da Illumina www illumina com help BaseSpaceHelp BaseSpaceHelp htm Vis o geral do MiSeq Reporter MiSeq Reporter um aplicativo de servico do Windows que processa as chamadas de base geradas pela an lise inicial O MiSeq Reporter inicia uma an lise adicional logo ap s a conclus o da an lise de RTA da execuc o de sequenciamento O MiSeq Reporter executado no computador do instrumento MiSeq FGx No entanto a interface do software deve ser exibida por um navegador da Web em outro computador conectado a mesma rede do MiSeq Reporter Quando a an lise secund ria for conclu da um arquivo chamado CompletedJobInfo xml ser gravado na pasta da execu o Para obter mais informa es consulte o MiSeg Reporter User Guide Guia do usu rio do MiSeq Reporter n da pe a 15042295 Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 3 5 ONH s g n x eJed asijeue ap asemz jos op sao do MiSeq FGx Software 36 Sequenciamento durante a an lise Se voc escolher MiSeq Reporter para an lise adicional de uma execug o RUO os recursos de computa o do instrumento MiSeq FGx s o dedicados ao sequenciamento ou an lise Se uma nova execuc o de sequenciamento for iniciada no MiSeq FGx antes da conclus o de uma an lise secund ria
38. AACGTACCGTAACGAACGTATCAATI GAGACTAAATAT TAACG ALACA AOC TECAACUACGRARAGAATGAIBACAGIAACACACTTCTET HAC TIE AAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGIACCGTAAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACC ACOATTANGAGCTACOGTGCARCAGTAA ACACTTCTGT TAACCTIAAGA TACTIGATCCACTGA TORACGTACOGTARCGAACOTAT CART TGAGACTARATAT TBACGTACCATTAAGAGCTACCCTGCAACGACGAMAAGAAT GATAA GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGAITACTIGATCCACTGATTCAACGTACOGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTOTICIGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTC STTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGCTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATI K N ALR SAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGTOTGTIAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGAAAAGAATGATAACAGTA GTACCOTARCGAACGTATCATIARGATTACTIGATCCACTGALTCAR COTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTARATA TAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGA TG TAACAGTAACACACTTCTGI TAACCT IZ STIGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATIGAGCTICTGT IAACCTTAAGAT TACTIGATCCAGTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATICAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACO
39. AAGAGCTACCGTCTICTG AAGAT SARA GAATGATAACAGIAAGACAGT GTA TAACCTIMAGATIACTIGAICCAC TGA CAAC TAGCO TAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG TACCGT AACGARCTATOAATTGA GATAACAGTAACACACTTCTGTIAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATA CTG TTGAGACTAAATATTAACGTTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGAC TATGAATTGAGAC AAATATIAACGTAC TAACCTTAAGATTACT GATGCACIGAT ICAACGTACOGIAACGAACOICTICTOT TAACC CATTAAGAGCTACAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGC Mi a AGA A A a CA Tea ACLS 7 TAAGATTACT LA ACTA COC AACCAACGTATOAATTGAG C AA AAGATTAC GGATAACAGTAACACACTTCTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTA 2 gt gt gt D gt Q gt o A gt O 4 AAAGATTACTTG l N CGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT TAACGTACCATT ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGT1 ACCTIAAGAT IAC TGATECACICAM TACNA TIGA CAC TANITAN TAACGTAC GATTCAACGTA AACGAACGTATCAATTG CTAAATATTAACGTAC GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTGCAA CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGI TACCCTARCCAACGTAICAATICAG
40. C COIACGAAOS TAT GAATT A AC BARATA TRACE ACCA TAAGAGCIAOCGICTIOT GTT AAGATIAC o m ACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATT T TCTGTTAACCTTAAGAT TACT TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAGCTACCGTGCAAC AAA ACGTATORA TT CAGACTAAATATTAA ALA AA A LTA I EQ 0 0 142600 6016000660 TT ETAT GAGCTACCGTGCAA GAAAAG AACCTTAAGA HTACTT AT OACI AT CAROS AACGTACCATTAAGAGCTACCG TGCAACGACGAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTI TCAALTGAGACTAGCAACGACC CAGTAACAC GTACCAT TAAGAGCTACC san A A GTATCAATTGAGACTAGCAACGACC CGAAAA GAATGATAACAGT TTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAG AC CTTGATCCACTGAT TAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGCTTCTGT AAGOT AAGATTACT TS ra 1 SANA GAR GATAACAG TAC AAGTTCTG IA CCTTAAGATT TCAACOTACOOTAAAGATTACTTGACCACTOATCAOGTACCOT GATAACAGTAACACACT TETGTTAA CT TAA AT TACT TGATCCACTGATTCAACGTACCG TAACGAACG TATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCATTAAGAGCIACCGTCTTCTGTTAACCT TAA ATTACTTGATCCACTGAT TCAAC AA RO AAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTA O pp A AR AN PSA SD pasa TCTGTTAACCTT SAAAAGAA AGTAACACACT TCTGTTAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACT TGATCCACTGATT
41. CAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TG CTAAATA ACCATIBAGAGO TAGCOTSCAADAGTAACACAC CTO ANGEL TM GATTACTTGATOCAS TGATTOAACGTACOOTAAGGAAOGTATGAAT T CACACTARATATRACOTACOAT TANGA COTA CAT ECA GATA GATAACAGTAACACACI TCTGTTAACCTTAAGATTACIT TGATCCACTGAT RALAR ATLARI ATCAATI aa Ao TCTG CTTGATCCACTGAT TCAACGTTAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGTACI ATCCACI AL IGRACGTACOGTAR CARIT A ACTAAATAT AAC TACCAT TAACACTO TO TAACCTIMAGALTACI TOA TOCACTGATTCAACOTACCOTAACGAACO TA OAATIGAGACTAMATATTAA CACA AA CASCTACOGIGORA GTACCGTAACGAACGTATCATTAAGATTAC 1601760716 11 606100 00 62770 O LAQ ea ET 0 OS CC AC TCTGT ARES y CTTGATCCACTGATTCAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACI CAATTGAGCTICTGTTAA ACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAAC E DAR UR q RO GS TCAA D gt gt gt D gt O gt o gt O AATTGAGACTAAATATTAA GACTAAATAT TAACGTA AACCTTAAGATTAC ACCATTAAGAGCTACCGTGCAACTTAACCTTAAGAT TACTTGATCCACTGALTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACCATT A AA CC TGTTAACCT TAAGATTACIT TGTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTATCAAT TGAGACTAAATATT GTACCATT
42. Cell Carregar l mina de fluxo Load Reagents Carregar reagentes Review Revis o e Pre Run Check Verifica o pr execu o Quando voc seleciona Forensic Genomics Gen mica forense uma s rie diferente de telas de configura o da execu o exibida Consulte Telas Run Setup Configura o da execu o na p gina 21 Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 2 5 9JEMIJOS 101002 XD D S N MiSeq FGx Software 26 Tela BaseSpace Options Op es do BaseSpace Se voc estiver realizando uma analise de uma execu ao RUO no BaseSpace selecione Use BaseSpace for storage analysis Usar o BaseSpace para analise de armazenamento Quando voc seleciona a op ao BaseSpace as informa es sobre a execu ao s o transferidas para o BaseSpace Digite as informa es sobre sua conta Mylllumina Figura 20 Tela BaseSpace Options Op es do BaseSpace Please select BaseSpace option vi Use BaseSpace for storage and analysis raw data from thus run will also be stored on thi instrument Enter your Mylllumina account Email Password 44 Back Tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo A tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo aparece quando hora de carregar a l mina de fluxo Ap s o carregamento da l mina de fluxo feche a trava da l mina de fluxo e a porta do compartimento da l mina de fluxo A trava e a porta do compartimento devem ser fechadas antes de a execuc o ser i
43. Comprador com rela o a este Produto e reembolsando ao Comprador o valor depreciado conforme os registros oficiais do Comprador do Produto devolvido no momento de tal devolu o fica estabelecido que nenhum reembolso ser feito para Materiais de Consumo usados ou vencidos Esta Se o define a responsabilidade total da Illumina por qualquer viola o de direitos de terceiros Exclus es s obriga es de indeniza o da Ilumina A Illumina n o obrigada a defender indenizar ou isentar de responsabilidades o Comprador por eventuais A es de viola o de direitos da Illumina desde que tal viola o decorra i do uso deste Produto de qualquer forma ou para qualquer finalidade fora do escopo de uso em pesquisa ii do uso deste Produto de qualquer forma que n o esteja de acordo com suas Especifica es sua Documenta o os direitos expressamente aqui concedidos ao Comprador ou qualquer viola o cometida pelo Comprador em rela o a estes termos e condi es iii do uso deste Produto junto com qualquer outro produto material ou servi o n o fornecido ou prestado pela Ilumina iv do uso deste Produto para executar um ensaio ou outro processo n o fornecido pela Illumina ou v conformidade da Illumina com especifica es ou instru es para este Produto fornecida pelo Comprador ou em nome dele sendo cada um dos itens i v mencionado como uma Reivindica o exclu da Indeniza o paga pelo Comprador O Comprador d
44. Gx vao para o fundo de cada reservat rio para aspirar os reagentes portanto importante que os reservat rios nao tenham bolhas de ar Coloque o cartucho de reagentes no gelo ou reserve entre 2 C e 8 C por um m ximo de 6 horas at que voc esteja pronto para configurar a execuc o Para melhores resultados prossiga diretamente para o carregamento da amostra e a configurac o da execu ao Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 41 Oyonu29 op opdeJedaJd Realizac o de uma execuc o Carregamento de bibliotecas de amostras no cartucho 42 OBSERVA O Se voc estiver realizando uma execu o RUO siga as instru es de carregamento de amostra em Carregamento de bibliotecas de amostras no cartucho para RUO na p gina 43 Depois de ter preparado para uso o cartucho de reagentes do MiSeq FGx voc est pronto para carregar as amostras 1 Use um len o de papel de laborat rio com poucos fiapos para limpar a veda o que cobre o reservat rio marcado como Load Samples Carregar amostras Use a ponta de uma pipeta limpa de 1 ml para perfurar a veda o que cobre o reservat rio marcado como Load Samples Carregar amostras q OBSERVA O N o fure nenhuma outra posi o do reagente Outras posi es do reagente s o furadas automaticamente durante a execu o Com a pipeta adicione 600 ul de suas bibliotecas de amostra de DNL no reservat rio Load Samples Carregar amostras
45. OTTCTOLTAACCT IRAGALTAC TATO RET GR CANCOTACOO Ilumina 5200 Ilumina Way San Diego Calif rnia 92122 E U A 1 800 809 ILMN 4566 1 858 202 4566 fora da Am rica do Norte techsupport amp illumina com www ilumina com AACGTACCAT TAAGAGCTACCG TCTTCTGTTAACCTT ACT GATCCACI TTAACGTACCATT 277071 TATTAACGTACCAI 5 CTG TCCACTGA 6550 AGCTACCGTGCAACGACGAAAA CATTAAGAGCT m CTG TGAI TCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATT AACCTTAAGA CGAAAAGAATGATAACA TAACGAACGTATCAATTGAGACTAGCAACGACG GA TAMMATAAC MO TTAAGA CTTAAGATTACTTGA AAC AAATATTAACGTACCATTAAGAGCT TCTGTTAACCT TAAGAT TACTTGATCCACTGATTCAACGT AACGAACGTATCAAT TGAGACTAACGACG AAGATTAC ss CGTACCGTAACGA SE 10 ACCGTA ES o gt O gt O 101 4 o os as gt o 2 gt GAGACTAAATAT TAACGTACCAT TAAGAGCTACC
46. Reagent Kit Part Number Selecione Next Pr ximo para retornar tela de carregamento de reagentes Selecione Next Pr ximo para avan ar para a pr xima etapa de configura o da execu o Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 6 9 QIAH Op ep op njoseu Soluc o de problemas Evitar reinicios durante uma execuc o Se o MiSeq reiniciar durante uma execuc o talvez signifique que o software Windows Update na rede esteja configurado para instalar automaticamente as atualiza es de software Essa configurac o deve ser desativada durante a instalac o Entre em contato com o departamento de Tl local a fim de obter ajuda para desativar as atualiza es autom ticas do sistema operacional Windows em execug o em segundo plano no MiSeq FGx J OBSERVA O Um rein cio encerra a execu o que n o pode ser recuperada A execu o precisa come ar novamente desde o princ pio N da pe a 15050524 Rev C PTB Soluc o de problemas de erro de taxa de fluxo A taxa de fluxo a velocidade com que os fluidos passam atrav s do sistema de fluxo de reagentes ul min Ela medida antes de cada execuc o durante a verificac o pr execuc o Se o sistema n o conseguir medir a taxa de fluxo bombeie um volume de reagente Solu ao SBS PR2 pelo sistema antes de verificar a taxa de fluxo novamente 1 Use a lista suspensa ou o teclado da tela para inserir as seguintes inf
47. T ICAACOTACCOTARCOAACOTAICAM IGAGACTAAATAYIAACOTACCAN IAAGAGOTACOGIOCAACCACGMAC TIETE TAACETTRAGATTACTIGAT AOC AK A NRO ETAPA DAS AA AL MS E E EO a A NO CAN VARA SAAAAGAATGATAACAGTAACACACTICTGT TAACCTTAAGATTACTIGATOCACTGATTGAACGTACCGTAMAGATTACTIGATCCACTGAT ICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT IAACGTACCAT TAAGAGCTA O EXTRA CAGTRRONCALI TETE TIAACOTIRAGA TACTTOATOCACTOATCAACOTACCOIAAC GRACO TATOMATIGAGAC AAA COTACCAMAAGAGCIACCGTOOAACGACCAAAAGAM CATAAGAGIRACACACITCNOT A A TAAGAGC TACCGTGCAACAGTAACACACT I CTGTTAACGTTAAGATTACTTGATCCACTGAT TCAACGTACCOTAACGAACGTATOAAL IGAGACTAAATAT IAACGTACCAT TAAGAGCTACCCTGOAACGACGAAAAGAATGATAA GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGA TACTTGATCCACTGATTCAACGTACOGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTOTICTGTIAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACC GTACCOTAACOAACGTATCAT IMA GATTACTIGATCCACTGAT TCAACGTACCGTAACGAACG TATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGC TACOGTGCARCGACGARAAGART GATAACAGTAACACACTICTGTIAACOT R STIGATCCACTGATTCAACGTTAAGATIACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATIGAGCTICTGT IAACCTTAAGAT TACTIGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAGCAACGACG AMA AA GATAACA TAACACA TICI I TANCCLTRAGALTACTTGATOCACI GAT TCARCGIAGOGTARAGAT TAC IGATCCACTGAT TOAACGTACCOTAACOAACGTAICAAITGAGACTARATA TAACGTACCA TABGAGCTAGO GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGOTACOGTCTICTGTIAACCTIAAGATIACTTGATCCACTGATTCAACCE GTACCGTAACGAACGTATCAT TAAGATIACTTGATCCACTGAT IC
48. TAACGAACGTATCAATTG TTGAGAC al e la e GOTT Componente 15050524 Rev C PTB TGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATAT teo o LAL AACGTACCAT TAAGAGCTACCGTCTTCTGTTAACCT TAAGAT VX 607707 A C 0000001 CTAAATATTAACGTACI CATA OE ALI TATCAAT TGAGACTAAATAT TAACGTACTTAAGG TIAAGATTACTTGATC CACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTO Pre o US 50 00 TTAACGTACCATTAAGAGCTACC AAC TACA TACI GATCCACTI ATC MACCTACOOT AACCTTAAGAT PTI ALEAC TETRA AG AD AL NN Ta VS dy GACTAAATATTAACGTACCAT TAAGAGCTACAA ITTACTIGATCC GATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAAT TGAGACTAAATATTAAC VTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAA AOC TAM A TACTICATOCACTGATICRAC M a e e ECOG ENA CRI NATO A UCA Sos GATAACAGTAACACACTTCTG TAKASI A A TAGTIGATO ACCAI S ACI NAN GAT A NUN gt GCTACCGTGCAACGAAAATAACCT TAAGATTACTTGATCCACTGA SAAAA 28 GATAACA TAACACA CTGTTAACCT ASALA 00 GA X GCTACCGTGCAACAGTAACACACTTCTGT TAACCTTAAGATTACTTGAT GATTCAACGTACCG AMO AACACTAACACACITOTOTIAACCTAAGATIAC TOM OCACTGAT CAACO TACCGTAAAGATTA CTIGATOCACIGANTOAACGTACOS m CATA ACT CAFICAACS 1100100 QTAAATATIAACQACCALIMACA CTAQCOTOTT T T CGTATCAAT TGAGACTAAATA CATT GAA TACLARI CC AAGATACLIGATOCAG GA ICMOGTA
49. TE DOCUMENTO SEJA ELA CONTRATUAL PROVENIENTE DE ATO IL CITO INCLUINDO CULPA RESPONSABILIDADE CIVIL OBJETIVA OU OUTRA HIP TESE EM NENHUM CASO EXCEDER O VALOR PAGO ILLUMINA POR ESTE PRODUTO 7 Limita es das garantias oferecidas pela Illumina NO LIMITE PERMITIDO POR LEI E SUJEITA GARANTIA EXPRESSA DO PRODUTO DAQUI CONSTANTE A ILLUMINA N O APRESENTA NENHUMA GARANTIA E EXPRESSAMENTE AFASTA TODAS ELAS SEJA EXPRESSA IMPL CITA OU LEGAL EM RELA O A ESTE PRODUTO INCLUINDO DENTRE OUTRAS COISAS QUALQUER GARANTIA IMPL CITA DE COMERCIABILIDADE ADEQUA O PARA UM DETERMINADO FIM INVIOLABILIDADE DE DIREITOS OU DECORRENTE DE CURSO DO CUMPRIMENTO DE CONTRATOS NEGOCIA ES COSTUMES OU TRANSA ES SEM LIMITAR A GENERALIDADE DO PRECEDENTE A ILLUMINA N O APRESENTA NENHUMA REIVINDICA O DECLARA O OU GARANTIA DE QUALQUER NATUREZA QUANTO UTILIDADE DESTE PRODUTO PARA OS USOS PRETENDIDOS DO COMPRADOR 8 Garantia do Produto Todas as garantias s o exclusivas do Comprador e n o podem ser transferidas ou cedidas a terceiros incluindo uma afiliada do Comprador Todas as garantias s o espec ficas para um local e n o s o transferidas se o Produto for transferido para outra instala o do Comprador a menos que a Illumina conduza tal transfer ncia a Garantia de Materiais de Consumo A Illumina garante que Materiais de Consumo que n o sejam personalizados atender o s suas Especifica es at o mais tardar entre i 3 mes
50. a com a ID do cartucho de reagentes para a execu o verifique se a planilha de amostra est localizada na pasta de planilhas de amostra padr o Verifique o local da pasta padr o em Run Options Op es de execu o na tela Welcome Boas vindas Verifique se a extens o de arquivo da planilha de amostra csv Se estiver faltando a planilha de amostra crie uma e a copie para os locais de planilha de amostra especificados em Run Options Op es de execu o Ap s localizar uma planilha de amostras selecione Restart Check Reiniciar verifica o Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 67 Soluc o de problemas Resolu o da falha de leitura do RFID 68 Falhas de RFID acontecem se O componente carregado n o faz parte de um kit forense Para uma execuc o RUO o componente carregado n o faz parte do kit identificado pela planilha de amostra H uma falha t cnica com a marca ao RFID no componente Os passos a seguir podem ser usados para resolver falhas de RFID causadas por uma falha t cnica OBSERVA AO Uma execuc o permitida em uma falha de leitura RFID Se o RFID de dois materiais de consumo nao puder ser lido o programa n o avan ara para a pr xima etapa de configura ao da execuc o Se isso ocorrer entre em contato com o suporte t cnico da Ilumina L mina de fluxo 1 Sempre repita a leitura do RFID antes de prosseguir Para fazer isso abra e feche a porta do compartimento
51. a obter informa es sobre o n mero de ciclos que podem ser executados com um kit consulte Guia de refer ncia do kit de reagentes MiSeq FGx n da peca 15055483 Se voc estiver executando uma execu o RUO consulte o guia de prepara o de reagente apropriado do Kit de reagentes MiSeq para RUO N da pe a 15050524 Rev C PTB Espaco em disco necess rio O computador integrado do instrumento tem aproximadamente 550 GB de capacidade de armazenamento Antes de iniciar uma execuc o o programa verifica o espa o em disco dispon vel Se nao houver espa o em disco suficiente para a execu ao um aviso aparecer A mensagem indica quanto espa o em disco necess rio para a execu o e quanto espa o em disco deve ser liberado antes que a execu o possa prosseguir Se voc for solicitado a liberar espa o em disco v para a tela Welcome Boas vindas e selecione Manage Files Gerenciar arquivos Na tela Manage Files Gerenciar arquivos selecione a guia Runs Execu es Mova ou exclua as pastas de execu o mais antigas conforme o caso Para mais informa es consulte Tela Manage Files Gerenciar arquivos na p gina 14 Depois de liberar o espa o em disco adequado selecione Restart Check Reiniciar verifica o Pausa ou interrup o de uma execu o O MiSeq foi projetado para completar uma execu o do in cio ao fim sem a interven o do usu rio No entanto poss vel pausar ou interromper uma e
52. a trava da l mina de fluxo est fechada dois pinos de alinhamento pr ximos a dobradica da trava se alinham e posicionam a l mina de fluxo Um clique aud vel indica que a trava da l mina de fluxo est firme Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 47 Realizac o de uma execuc o 48 Figura 40 Fechamento da trava da l mina de fluxo 5 Verifique o canto inferior esquerdo da tela para confirmar que o RFID da l mina de fluxo foi lido com sucesso A OBSERVA O i No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica ao podem ser introduzidas manualmente No entanto o softvvare permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID celula de fluxo cartucho de reagentes Solu ao SBS PR2 falhe Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 6 Feche a porta do compartimento da l mina de fluxo 7 Selecione Next Pr ximo na tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo A tela Load Reagents Carregar reagentes se abrir N da pe a 15050524 Rev C PTB Carregamento de reagentes H duas etapas para carregar os reagentes Primeiro carregue o frasco de Solug o SBS PR2 verifique se o frasco de res duos est vazio e em seguida carregue o cartucho de reagentes Carregamento de Solu o SBS PR2 e verifica o do frasco de res duos 1 Remova o frasco de Solu o SBS PR2 do armazenamento de 2 C a 8 C Inverta suavemente o
53. acessa a pasta Analysis Analise no disco local do instrumento para come ar outra analise Todos os arquivos gravados na pasta Analysis An lise s o copiados para a pasta Output Saida Para obter mais informa es consulte o Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da peca 15053876 Nomenclatura da pasta principal O nome da pasta principal da execu o identifica a data da execu o o n mero do instrumento e a l mina de fluxo usada para a execu ao Para qualquer execuc o cada pasta de execuc o segue o mesmo formato de nomenclatura Por padr o o nome da pasta usa o seguinte formato AAMMDD lt N merodolnstrumento gt lt N mero da execuc o gt _ A lt C digodeBarrasdaL minadeFluxo gt O n mero da execuc o aumenta em um cada vez que uma execuc o realizada em um determinado instrumento Durac o da execuc o 32 A durac o da execuc o depende do n mero de ciclos executados O MiSeq FGx pode realizar 8 8 execu es de sequenciamento do tipo paired end com 351 x 31 ciclos para kits ForenSeq N mero de ciclos em uma leitura O n mero de ciclos realizados em uma leitura um ciclo a mais do que o n mero de ciclos analisados O ciclo extra necess rio para os c lculos de phasing e prephasing Por exemplo uma execu o de 350 30 ciclos do tipo paired end realiza uma leitura de 351 ciclos e uma leitura de 31 ciclos num total de 382 ciclos Ao final da execuc o 380 ciclos s o analisados Par
54. ade mostra o valor das intensidades de clusters do 90 percentil para cada bloco O gr fico na rea de intensidade representa o n mero de blocos e o n mero de superficies cujas imagens est o sendo criadas A l mina de fluxo aparece apenas na superf cie superior Um gr fico com uma nica coluna exibido Flow Cell L mina de fluxo mostra a temperatura atual da l mina de fluxo indicada por cor Azul indica temperaturas mais baixas enquanto laranja e vermelho indicam temperaturas mais altas Durante a gerac o de imagens os blocos com imagens geradas aparecem em cinza escuro Durante a qu mica linhas onduladas indicam que os reagentes est o sendo bombeados atrav s da l mina de fluxo Cluster Density Densidade de clusters K mm mostra o n mero de clusters por mil metro quadrado para a execuc o O ideal esperar uma densidade de cluster de 400 1 650 K mm N da pe a 15050524 Rev C PTB Clusters Passing Filter Clusters que passam o filtro mostra a porcentagem de clusters que passam o filtro com base no filtro de pureza da Illumina que mede a qualidade Estes dados aparecem somente ap s o ciclo 25 dy OBSERVA O A pureza de uma chamada de base a relac o entre a intensidade do maior sinal dividido pela soma dos dois maiores sinais Se houver mais de uma chamada de base com pureza inferior a 0 6 nos primeiros 25 ciclos as leituras n o passar o no filtro de qualidade Phasing consulte N mero
55. agentes e para configurar a execuc o descrito nas se es a seguir A A N da pe a 15050524 Rev C PTB Limpeza da l mina de fluxo A l mina de fluxo est imersa no tamp o de armazenamento em um recipiente da l mina C O o de fluxo N o 1 Coloque um novo par de luvas sem p o 2 Usando uma pin a pl stica segure a l mina de fluxo pela base do cartucho pl stico e O retire do recipiente da l mina de fluxo o Figura 34 Remoc o da l mina de fluxo 3 5 00 o o x O 3 Enx gue levemente a l mina de fluxo com gua sem nuclease tirando cuidadosamente o excesso de sais do vidro e do cartucho pl stico O excesso de sais pode afetar o assentamento da l mina de fluxo no instrumento Se os sais secarem na rea de imagem a imagem tamb m poder ser afetada Figura 35 Enx gue da l mina de fluxo 4 Tomando cuidado em torno da junta preta das portas da l mina de fluxo circulada em laranja na ilustrac o abaixo seque completamente a l mina de fluxo e o cartucho usando um tecido para limpeza de lentes sem fiapos Seque delicadamente a rea da junta e o vidro adjacente Figura 36 Junta e portas da l mina de fluxo ilumina Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 4 5 Realizac o de uma execuc o 46 Usando um tecido com alcool limpe o vidro da lamina de fluxo Verifique se ha manchas ou impress es digitais no vidro e se ha fiapos ou fibras de tecido Evite usar a compressa com alc
56. ar Shut Down Encerrar use o comando Shut Down Encerrar para encerrar o software de controle e o Windows no computador do instrumento Consulte Desligamento do instrumento na p gina 63 Minimize to Windows Minimizar para Windows fornece acesso r pido ao sistema operacional do instrumento e a quaisquer pastas localizadas no computador do instrumento quando o MiSeq FGx estiver sendo executado no modo de quiosque oposto ao modo Windows necess rio ter n vel de acesso de usu rio Admin ou SuperUser para utilizar este recurso Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 1 9 9JEMIJOS 101002 XD D S N MiSeq FGx Software Tela System Settings Configura es do sistema As configura es do sistema normalmente s o definidas quando o instrumento instalado e iniciado pela primeira vez Se alguma configurac o precisar ser alterada por causa de uma mudanca de rede ou instalac o use o recurso System Settings Configurac es do sistema Figura 12 Configura es do sistema Please select from the folowing options to set up your IP settings o Obtain an IP address automatically Obtain DNS server address automatically o Use the following IP address P address Preferred DNS server o o Use the following DNS server addresses Subnet mask Alternate DNS server Default gateway 44 x Save and Back Cancel Continue 00000 Entre em contato com o administrador da instala o para obter informa es sobre as
57. are a E A Indica dois blocos apenas na superf cie superior B Indica quatro blocos superf cies superior e inferior Q Score All Cycles Q Score de todos os ciclos mostra a porcentagem m dia de bases superiores a Q30 que uma medi o da pontua o de qualidade Q score Uma Q score uma previs o da probabilidade de uma chamada de base errada As Q scores s o calculadas ap s o ciclo 25 O Score Probabilidade da chamada de base errada Q40 Tem 10 000 Q30 1 em 1 000 Q20 1em 100 Q10 lem 10 Cluster Density Densidade de clusters K mm mostra o n mero de clusters por mil metro quadrado para a execuc o Clusters Passing Filter Clusters que passam o filtro mostra a porcentagem de clusters que passam o filtro com base no filtro de pureza da Illumina que mede a qualidade Estes dados aparecem somente ap s o ciclo 25 4 OBSERVA O A pureza de uma chamada de base a rela o entre a intensidade do maior sinal dividido pela soma dos dois maiores sinais Se houver mais de uma chamada de base com pureza inferior a 0 6 nos primeiros 25 ciclos as leituras n o passar o no filtro de qualidade Estimated Yield Rendimento estimado Mb mostra o n mero projetado de bases chamadas para a execu o medido em megabases Estes dados aparecem somente ap s o ciclo 25 Quando a execu o for conclu da o bot o Next Pr ximo aparecer Revise os resultados na tela Sequencing Sequenciamento antes de prossegu
58. cabo de energia Figura 1 Localiza o do interruptor Coloque o interruptor na posi o ON ligado O computador do instrumento integrado ser iniciado Fa a login no sistema operacional Espere at que o sistema operacional termine de carregar O MiSeq FGx Control Software ativado e inicializa o instrumento automaticamente Ap s a conclus o da etapa de inicializac o faca login usando seu nome de usu rio e sua senha do ForenSeq Universal Analysis Software Figura 2 Tela de login Enter your ForenSeq UAS username and password Password Next 00000 Clique em Next Pr ximo A tela Welcome Boas vindas ser aberta Consulte a Tela Welcome Boas vindas na p gina 11 N da pe a 15050524 Rev C PTB Materiais de consumo necess rios Materiais de consumo para sequenciamento Os materiais de consumo para sequenciamento necess rios para a execuc o do MiSeq FGx sao fornecidos separadamente Materiais de consumo fornecidos pelo usu rio Os materiais de consumo fornecidos pelo usu rio a seguir devem estar dispon veis antes do inicio de uma execuc o Material de consumo Compressa com lcool 70 isoprop lico ou 70 et lico Luvas descart veis sem p Lenco de papel de laborat rio poucos fiapos Lenco de papel para lentes 4x6 pol Tubos de microcentrifuga Hipoclorito de s dio Tween 20 Pincas pl sticas com ponta quadrada opcional gua sem nuclease ou equivalente
59. critas neste cap tulo Ap s o in cio da execu o nenhuma interven o do usu rio necess ria Ap s a conclus o da execu o de sequenciamento fa a a limpeza do instrumento 3 8 N da pe a 15050524 Rev C PTB MiSeq FGx Fluxo de trabalho Certifique se de que as bibliotecas de amostras j tenham sido carregadas no cartucho de reagentes antes de configurar a execu ao Essas etapas se aplicam a qualquer protocolo do ensaio Prepare o cartucho de reagentes e carregue a biblioteca agrupada no reservat rio designado Na interface do programa selecione Sequence Sequenciar para iniciar as etapas de configura o da execu o Opcional Conecte se ao BaseSpace se estiver realizando uma execu o RUO Limpe e seque cuidadosamente a l mina de fluxo Siga as solicita es de software para carregar a l mina de fluxo Siga as solicita es do software para carregar o frasco Solu o SBS PR2 certifique se de que o frasco de res duos esteja vazio e carregue o cartucho de reagentes Para uma execu o RUO selecione uma planilha de amostra Revise os par metros da execu o e os resultados da verifica o pr execu o Selecione Start Run Iniciar execu o Conforme o desejado monitore a execu o na tela Sequencing Sequenciamento Realize uma limpeza p s execu o usando gua sem nuclease misturada com hipoclorito de s dio Clusteriza o Durante a clusteriza o mol culas
60. d Reagents Carregar reagentes e v at a planilha de amostra apropriada Tela Review Revis o A tela Review Revis o confirma que o programa localizou a planilha de amostras para a execu o e lista o nome da planilha de amostra e os par metros fornecidos na planilha de amostras MiSeq FGx Software Figura 24 Tela Review Revis o Please review the run setup Run Name SampleSheet Workflow Type None Read1 Index 1 Index2 Read2 301 8 8 31 User customeri yourlab com Read Length 8 N da pe a 15050524 Rev C PTB Tela Pre Run Check Verificac o pr execuc o O programa executa automaticamente uma verificac o pre execu ao dos componentes e das condi es de execu ao necess rios antes de permitir o inicio da execuc o Se algum erro ocorrer durante a verificac o pr execuc o uma mensagem aparecer na tela descrevendo o erro e a a o para corrigi la Para obter mais informa es consulte Resolu o dos erros de configura o da execu o na p gina 67 Figura 25 Tela Pre Run Check Verifica o pr execu o Checking flow Network Connection Active Sample Validated Y Flow Cell Cartridge Loaded Y Waste Bottle Loaded v PR2Bottle Loaded Y Y Free Disk Space 8694 Reagent Cartridge Loaded Flow Cell Door Closed Chiller Door Closed Flow Rate Measured Primary Analysis Ready The system is waiting 1 hour for primary analysis to complete for the previous run Start Run
61. de DNA em fita simples s o ligadas superf cie da l mina de fluxo e em seguida amplificadas por ponte para formar clusters Sequenciamento Ap s a clusteriza o s o geradas imagens deles com o uso de combina es de filtro e LED espec ficas para cada um dos quatro didesoxinucleot deos marcados de forma fluorescente Ap s a conclus o da gera o da imagem de um bloco da l mina de fluxo a l mina de fluxo movida de lugar para expor o pr ximo bloco O processo repetido at que a imagem de todos os blocos seja gerada Ap s a an lise das imagens o programa realiza uma chamada de base filtragem e pontua o de qualidade Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 3 9 oylege17 xD 4 basin Realizac o de uma execuc o 40 An lise Ap s a conclus o da execu o o ForenSeq Universal Analysis Software executa automaticamente outra an lise A an lise monitorada usando uma conex o com a Internet de outro computador Consulte o Guia do ForenSeq Universal Analysis Software n da pe a 15053876 N da pe a 15050524 Rev C PTB Prepara o do cartucho de reagentes As instru es a seguir descrevem como descongelar o cartucho de reagentes utilizando um banho maria em temperatura ambiente Este m todo requer cerca de uma hora A OBSERVA O Um Cartucho de reagentes MiSeq FGx funciona com execu es de sequenciamento ForenSeq e n o funciona com as execu es RUO Ao executar uma
62. de reagentes do RUO v1 Kits de reagentes do Kits de reagentes do RUO v3 Kits de reagentes do RUO v2 Kits de reagentes do RUO v1 Kits de reagentes do Kits de reagentes do RUO v3 Kits de reagentes do RUO v2 Kits de reagentes do RUO v1 MiSeq FGx MiSeq MiSeq MiSeq MiSeq FGx MiSeq MiSeq MiSeq MiSeq FGx MiSeq MiSeq MiSeq Ciclo Ciclo 1 7 Ciclo 1 7 Ciclo 1 4 Ciclo 1 4 Ciclo 8 25 Ciclo 8 25 Ciclo 5 25 Ciclo 5 25 Ciclo 26 at a conclus o da execuc o N da pe a 15050524 Rev C PTB Procedimentos da manuten o Introdu o 54 Realiza o de uma limpeza p s execu o 55 Realiza o de uma limpeza de manuten o 58 Realiza o de uma limpeza de espera 61 Desligamento do instrumento 63 e e o qo 0 y co CPA Ator Darme Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 5 3 y omydes Procedimentos da manutenc o Introdu o Sempre realize uma limpeza no instrumento depois de completar uma execu o de sequenciamento Limpezas regulares no instrumento garantem um desempenho cont nuo das seguintes formas Remove os reagentes remanescentes das linhas de fluxo de reagentes e dos aspirador
63. dias a contar da data de instalac o dos Componentes Atualizados Os Componentes Atualizados n o estendem a garantia do Hardware salvo se a atualizac o for conduzida pela Illumina em suas instala es caso no qual o Hardware atualizado enviado ao Comprador ser acompanhado da Garantia Base de Hardware Exclus es da cobertura da garantia As garantias supracitadas n o se aplicam se um descumprimento for decorrente de i abuso uso incorreto descuido neglig ncia acidente armazenamento inapropriado ou uso que v de encontro a Documenta o ou s Especifica es ii inadequa o de manuseio instala o manuten o ou reparo que n o tenha sido executado por pessoal da Illumina iii modifica es n o autorizadas iv casos de For a Maior ou v uso com um bem de terceiro n o fornecido pela Ilumina salvo se a Documenta o ou as Especifica es do Produto definirem expressamente que tal bem de terceiro para ser usado com o Produto Procedimento para cobertura da garantia Para ter direito a reparo ou substitui o previstos nesta garantia o Comprador dever i entrar em contato imediato com o departamento de suporte da Illumina para informar a n o conformidade ii cooperar com a Illumina para confirmar ou diagnosticar a n o conformidade e iii devolver este Produto Ilumina com os encargos de transporte pr pagos seguindo as instru es da Ilumina ou se acordado entre a Illumina e o Comprador conceder acesso
64. efender indenizar e isentar de responsabilidade a Ilumina suas afiliadas e seus colaboradores e parceiros de desenvolvimento n o afiliados que contribu ram para o desenvolvimento deste Produto e seus respectivos representantes diretores agentes e empregados contra eventuais a es responsabilidades danos multas san es causas de pedir e perdas de qualquer natureza incluindo entre outras coisas a es por les es corporais ou morte e viola o dos direitos de propriedade intelectual de um terceiro decorrente ou relacionado i viola o de qualquer destes termos e condi es por parte do Comprador ii ao uso N da pe a 15050524 Rev C PTB deste Produto pelo Comprador fora do escopo dos fins de pesquisa iii a qualquer uso deste Produto que n o esteja de acordo com as Especifica es ou com a Documentac o deste Produto ou iv a qualquer Reivindicac o exclu da d Condi es para obriga es de indeniza o As obriga es de indeniza o das partes ficam condicionadas parte que busca a indeniza o tomando as seguintes provid ncias i notificar imediatamente a outra parte por escrito sobre tal reivindica o ou a o ii dar outra parte controle exclusivo e autoridade sobre a defesa e ao acordo de tal reivindica o ou a o iii n o admitir viola o de nenhum direito de propriedade sem o consentimento pr vio da outra parte iv n o firmar qualquer acordo ou compromisso em tal reivindica
65. ento MiSeq FGx IX N da pe a 15050524 Rev C PTB Introdu o Uso pretendido ll Componentes creo lana dr oi Inicializa o d MiSeq FOX treat iris ei Materiais de consumo necess rios 2 ME z 7 m ge Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 1 Lonudes Introduc o Uso pretendido O MiSeq FGx um instrumento de sequenciamento que mede os sinais de fluoresc ncia de nucleotideos marcados por meio de reagentes espec ficos do instrumento e l minas de fluxo hardware de imagens e software de an lise de dados O MiSeq FGx como parte do MiSeq Forensic Genomics System serve para sequenciamento direcionado de DNA para estudos de caso forenses banco de dados e outras aplica es de identifica o humana O MiSeq FGx tamb m apresenta um modo RUO Research Use Only Somente para pesquisa O modo RUO funciona com todos os kits de prepara ao de biblioteca de RUO do Illumina compat veis com o MiSeq 2 N da pe a 15050524 Rev C PTB Componentes O MiSeq FGx tem os seguintes componentes externos sajuauoduo A Compartimento da l mina de fluxo cont m a plataforma que abriga a l mina de fluxo durante a execuc o Os motores da plataforma da l mina de fluxo movem a plataforma para fora d
66. erta por longos per odos de tempo 1 Abra a porta do refrigerador de reagentes 2 Segure o cartucho de reagentes na extremidade com o r tulo da Illumina e introduza o no refrigerador de reagentes at o fundo Realiza o de uma execu o Figura 43 Carregamento do cartucho de reagentes Feche a porta do refrigerador de reagentes 4 Verifique o canto inferior esquerdo da tela para confirmar que o RFID do cartucho de reagentes foi lido com sucesso OBSERVA O No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica o podem ser introduzidas manualmente No entanto o software permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID c lula de fluxo cartucho de reagentes Solu o SBS PR2 falhe Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 5 Feche a porta do compartimento de reagentes 6 Selecione Next Pr ximo na tela Load Reagents Carregar reagentes A tela Review Revis o se abrir 5 O N da pe a 15050524 Rev C PTB In cio da execuc o Depois de carregar a l mina de fluxo e os reagentes revise os par metros da execu ao e realize uma verifica o pr execu o antes de iniciar a execu o Revis o dos par metros da execuc o 1 Revise o nome da lista de trabalho o fluxo de trabalho da an lise e o tamanho da leitura No modo RUO esses par metros s o especificados na planilha de amostra 2 modo RUO revise os
67. es de l quidos Impede o ac mulo de sal e a cristaliza o nas linhas de fluxo de reagentes e nos aspiradores de l quidos Impede a contamina o cruzada com a execu o anterior Frequ ncia da manuten o Execute as atividades de manuten o descritas neste cap tulo de acordo com os intervalos exibidos nas tabelas abaixo Tabela 1 Manuten o durante o funcionamento normal Atividade Di ria Mensal Conforme necess rio Limpeza p s Ap s cada execu o execu o Limpeza de X manuten o Limpeza de Prepara o para espera per odo ocioso z 7 dias sem utiliza o Desligamento X do instrumento Tabela2 Manuten o durante o per odo ocioso 2 7 dias sem utiliza o Atividade Di ria Mensal Conforme necess rio Limpeza de espera X Desligamento do X instrumento Manutenc o preventiva A Illumina recomenda uma manuten o preventiva por ano Se voc n o estiver vinculado a um contrato de servi o entre em contato com seu gerente de conta territorial ou suporte t cnico da Ilumina para contratar um servi o de manuten o preventiva fatur vel 5 A N da pe a 15050524 Rev C PTB Realiza o de uma limpeza p s execuc o Sempre realize uma limpeza no instrumento depois de completar uma execuc o de sequenciamento Siga as instruc es do software para carregar os componentes e realizar a limpeza Cada limpeza p s execuc o demora aproximadamente 30 minutos J OBSERVA O A limpeza p s execu o cont m
68. es a contar da data de envio pela Ilumina e ii qualquer data de expira o ou validade impressa pela Ilumina em tais Materiais de Consumo mas em nenhum caso em mais de 12 meses a contar da data de envio Em rela o aos Materiais de Consumo personalizados isto Materiais de Consumo feitos de acordo com especifica es ou projetos do Comprador ou fornecidos Ilumina pelo Comprador ou em nome dele a Illumina garante apenas que os Materiais de Consumo personalizados ser o feitos e testados de acordo com os seus processos padr o de fabrica o e controle de qualidade A Illumina n o apresenta nenhuma garantia de que Materiais de Consumo personalizados funcionar o conforme a pretens o do Comprador ou para os usos pretendidos por ele Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx Garantia de Hardware A Illumina garante que o Hardware que n o os Componentes Atualizados atender o as suas Especifica es por um per odo de 12 meses ap s a data de envio da Illumina salvo se o Hardware incluir instala o feita pela Ilumina caso no qual o per odo de garantia se inicia na data da instala o ou em 30 dias ap s a data de entrega o que ocorrer primeiro Garantia Base de Hardware Componentes Atualizados significa componentes modifica es ou melhorias fornecidos pela Illumina ao Hardware previamente adquirido pelo Comprador A Illumina garante que os Componentes Atualizados cumprir o suas Especifica es por um per odo de 90
69. esiduos Durante a execuc o o refrigerador de reagentes mantem um cartucho de reagentes descart vel Durante a limpeza do instrumento o refrigerador de reagentes sustenta a bandeja de limpeza O programa automaticamente abaixa os aspiradores de l quidos em cada reservat rio do cartucho de reagentes no momento apropriado durante uma execu o dependendo do processo que est sendo executado A direita do refrigerador de reagentes h duas aberturas uma para o frasco de Solug o SBS PR2 e outra para o frasco de residuos A al a do aspirador de l quidos mant m as garrafas no lugar e abaixa o aspirador de l quidos apropriado em cada frasco Os reagentes s o bombeados pelo aspirador de l quidos e pelas linhas de fluxo de reagentes e seguem para a l mina de fluxo Os res duos do reagente s o colocados no frasco de res duos durante todo o processo Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 5 sajuauoduo 1 Introdu o 1 5 Inicializa o do MiSeq FGx OBSERVA O A Illumina recomenda que voc deixe o instrumento ligado continuamente No entanto se o instrumento tiver que ser desligado siga o procedimento descrito em Desligamento do instrumento na p gina 63 Espere no m nimo 60 segundos antes de colocar o interruptor na posi o ON ligado Se o MiSeg FGx n o estiver j ligado localize o interruptor do instrumento no painel traseiro direita Ele est localizado no canto inferior logo acima do
70. est operando com efici ncia 1 Antes de iniciar uma limpeza esvazie o frasco de res duos 2 Quando a limpeza estiver conclu da me a o volume de limpeza no frasco de res duos Tipo de limpeza Volume de limpeza esperado Limpeza p s execu o 25 5 ml Limpeza de espera 46 ml Limpeza de manuten o 17 25 ml Solu o de problemas ar A N da pe a 15050524 Rev C PTB ndice remissivo A agrupar logs 15 ada Live Help 34 57 t cnica 77 al a do aspirador de liquidos 5 alertas por e mail 16 an lise durante sequenciamento 36 op es 35 arquivo de manifesto c pia para o instrumento 14 assistencia t cnica 77 B BaseSpace 26 conexao 12 C carregamento 49 carregamento da l mina de fluxo 22 26 carregamento de reagentes 23 27 cartucho 50 Solu o SBS 49 chamadas de base 25 ciclos em uma leitura 32 como ligar o instrumento 6 compartimento da l mina de fluxo 3 componentes compartimento da l mina de fluxo 4 compartimento de reagentes 3 5 componentes compartimento da l mina de fluxo 3 compartimento de reagentes 3 5 l mina de fluxo 4 m dulo tico 3 conex o de rede 67 configura o do instrumento 19 configura es de rede 20 configura es do sistema 20 c pia de arquivos e pastas 14 D densidade de clusters 24 desativa o do instrumento 61 desligamento do instrumento 19 63 documenta o 77 dura o da execu o 32 dura o da leitura 32 endere o IP 20 espa o em
71. f ricos da marca Ilumina Illumina significa Illumina Inc ou uma de suas afiliadas conforme o caso Produto significa o produto que acompanha este documento por exemplo Hardware Materiais de Consumo ou Software Comprador a pessoa f sica ou jur dica que adquire jur dica e legitimamente o Produto da Illumina ou de um revendedor autorizado Software significa software da marca Ilumina por exemplo software de opera o de Hardware software de an lise de dados Todo Software licenciado e n o vendido e pode estar sujeito a outros termos encontrados em contratos de licen a de usu rio final espec ficos de um Software Especifica es significa especifica es escritas da Illumina para este Produto em vigor na data em que o Produto enviado pela Ilumina 2 Direitos para uso exclusivo em pesquisas Sujeito a estes termos e condi es e salvo se acordado em contr rio por escrito por um representante da Illumina o Comprador recebe apenas um direito n o exclusivo intransfer vel pessoal e impass vel de sublicenciamento na PI Principal da Ilumina existente na data em que essa envia o Produto apenas para o uso deste Produto nas instala es do Comprador e para fins de suas pesquisas internas que incluem servi os de pesquisa prestados a terceiros atendo apenas Documenta o deste Produto mas excluindo especificamentequalquer uso que a exigiria direitos ou uma licen a da Ilumina para PI de Aplica o Espec fica
72. frasco do Solu o SBS PR2 para misturar e remova a tampa 2 Abra a porta do compartimento de reagentes 3 Levante a al a do aspirador de l quidos at que ela trave 4 Coloque o frasco de Solu o SBS PR2 na reentrancia situada direita do refrigerador de reagentes Figura 41 Carregamento do frasco de Solu o SBS PR2 sejusbeo op ojusueboues 5 Verifique se o frasco de res duos est vazio Se ele n o estiver vazio esvazie o conte do dentro do recipiente para res duos adequado 6 Abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos O aspirador deve descer nos frascos de res duos e de Solu o SBS PR2 Figura 42 Abaixe a al a do aspirador de l quidos Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 4 9 7 Verifique o canto inferior esquerdo da tela para confirmar se o RFID do frasco de Solu ao SBS PR2 foi lido com sucesso OBSERVA O No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica o podem ser introduzidas manualmente No entanto o software permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID c lula de fluxo cartucho de reagentes Solu o SBS PR2 falhe em uma execu o gen mica forense Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 8 Selecione Next Pr ximo na tela Load Reagents Carregar reagentes Carregamento do cartucho de reagentes a OBSERVA O N o deixe a porta do refrigerador de reagentes ab
73. illum na Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx M AAAAGAATGATAACAGTAACACACTTOTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATIGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACO GATRACAGTAACACACT ICTGT IRACCT TRAGA TACTIGTTGATECACTGATICAACGTACCGTAIC A IGAGAC TAAATATIRACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTTCTG1TAACCTIRAGANTAC IGATCCACTGATICAACGTACCGT SACTGATTCAACGTACCAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTAC AGCTACCGTCTT CTTAAGA SAMAAGAATGATAAGAGTAACACAGTIOTGT TAACCTTAA AT TACI AT CA I AT GANG TACOGTAACGAAOSTAICAA TTGAGACTAAATATTAACGTACCATIAAGAGCTACO GATAACAGTAACACACTICTGTTAACCTIAAGATTACTTGATCCACTGATICAACGTACCGTAACGAACGTATCAATIGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACCGTCTICIGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACC TTGAGACTAAATATTAACGTTGTTAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTICTGTTAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTA ATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACTIAACCTIAAGATTACTIGAICCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTCTICTGTIAACCTIAAGATTACTIGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGTATCAATTGAGACTAACGACGA GACTAAATAT TAACGTACCAT HB CTACAAC ei SONG TONT TODO Ga A LAL A TR AAA GTACCATTAAGAGCTACCGTGCAACGACGAAAAGAATGATAACA TAACACA GATAACAGTAACACACTICTGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACGTACCGTAACGAACGIATCAATTGAGACTAAATATTAACGTACCATTAAGAGCTACOGTCTICIGTIAACCTTAAGATTACTTGATCCACTGATTCAACG CEATTAAGABCTACCOTGOAACTIARCCIIRAGAACLTOATCOACTGA
74. ir 4 OBSERVA O A pureza de uma chamada de base a rela o entre a intensidade do maior sinal dividido pela soma dos dois maiores sinais Se houver mais de uma chamada de base com pureza inferior a 0 6 nos primeiros 25 ciclos as leituras n o passar o no filtro de qualidade Selecione Next Pr ximo para sair da tela Sequencing Sequenciamento e prosseguir para uma limpeza p s execu o N da pe a 15050524 Rev C PTB Figura 26 Tela Sequencing Sequenciamento para uma execu o RUO Pase spaco Lasd Flow L Cen Hempeats 4 4R61234567 00CDE 2 101 Phix v2 6pM Work Resequencing 151 151 BaseSpace User EE SA O Score All Cycles Flow Cell ntensity o as Vat pata Atar Cycle 5 Cluster Density Kimm2 Clustors Passing Filtor 5 Estmatod Yield MB l r m EH 7 m 00000 Gerac o do modelo A gera ao de modelo de posi es dos clusters o processo pelo qual as posi es dos clusters em toda a superf cie da l mina de fluxo s o definidas de acordo com a posi ao das coordenadas X e Y Real Time Analysis RTA usa os primeiros sete ciclos da execug o de sequenciamento para gerac o de modelo para o MiSeq FGx e kits RUO v3 e os primeiros quatro ciclos para kits RUO v1 e v2 Ap s o modelo das posi es dos clusters ser gerado as imagens produzidas ao longo de cada ciclo subsequente da gerac o de imagens s o alinhadas em comparac o com o modelo As intensidade
75. is Software n da peca 15053876 para obter informa es sobre como analisar dados Para execuc es RUO o BaseSpace e o MiSeq Reporter est o dispon veis para executar outras an lises Consulte Op es do software de an lise para execu es RUO na p gina 35 N da pe a 15050524 Rev C PTB MiSeq FGx Control Software Durante a execuc o o MiSeq FGx Control Software opera a plataforma da l mina de fluxo dispensa os reagentes controla as temperaturas da l mina de fluxo e captura as imagens de agrupamentos na l mina de fluxo O software de controle realiza a execuc o de acordo com os par metros especificados no ForenSeq Universal Analysis Software Tela Welcome Boas vindas A interface do MiSeq FGx Control Software abre a tela Welcome Boas vindas quando o software iniciado Figura 3 Tela Welcome Boas vindas Welcome to Illumina MiSeq FGx SEQUENCE Sequence Sequ ncia essa opc o abre uma s rie de telas que orientam os usu rios pelas etapas de configurac o de execu ao Consulte Telas Run Setup Configura o da execu o na p gina 21 Perform Wash Realizar limpeza fornece op es para iniciar os seguintes tipos de limpezas do instrumento uma limpeza de manutenc o uma limpeza de espera ou uma limpeza p s execu o Consulte Tela Perform Wash Realizar limpeza na p gina 13 Manage Files Gerenciar arquivos oferece controles para mover excluir e fazer upload de arquivos no computador do i
76. l Analysis Software Figura 15 Tela Select a Run Selecionar uma execu o Please select a run Select Run Tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo A tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo aparece quando hora de carregar a l mina de fluxo Ap s o carregamento da l mina de fluxo feche a trava da l mina de fluxo e a porta do compartimento da l mina de fluxo A trava e a porta do compartimento devem ser fechadas antes de a execuc o ser iniciada Figura 16 Tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo Prensa lood the fow cel and wan for ne RFID to be reed Quando a l mina de fluxo estiver carregada o programa ler e gravar o RFID Uma confirma o de que o REID foi lido com sucesso aparecer no canto inferior direito da tela No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica ao podem ser introduzidas manualmente No entanto o software permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID c lula de fluxo cartucho de reagentes Solu o SBS N da pe a 15050524 Rev C PTB PR2 falhe em uma execu o Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 Selecione o cone de ajuda no canto superior direito da tela O arquivo de ajuda cont m um v deo que ilustra as etapas para o carregamento da l mina de fluxo Tela Load Reagents Carregar reagentes A tela Load Reagents Carregar reagentes tem duas etapas pri
77. locais da pasta no canto inferior esquerdo Se forem necessarias altera es selecione Change Folders Alterar pastas Quando as alterac es forem conclu das selecione Save Salvar e depois Next Pr ximo 3 Selecione Next Pr ximo A tela Pre Run Check Verifica o pr execu o ser aberta Revis o da verificac o da pr execuc o Antes de iniciar a execuc o o sistema executa uma verificac o de todos os componentes espa o em disco e conex es de rede da execuc o Se algum item n o passar na verificac o pr execuc o uma mensagem com instru es sobre como corrigir o erro aparecer na tela Para obter mais informa es consulte Resolu o dos erros de configura o da execu o na p gina 67 Quando todos os itens passarem na verifica o pr execu o selecione Start Run Iniciar execu o Observa o importante antes do in cio da execu o ADVERT NCIA y O MiSeq FGx sens vel vibra o Tocar no instrumento depois de iniciar uma execu o pode afetar negativamente os resultados do sequenciamento Depois de selecionar Start Run Iniciar execu o n o abra o compartimento da l mina de fluxo ou as portas do compartimento do reagente nem toque no monitor do instrumento exceto para pausar a execu o Para obter mais informa es consulte Pausa na execu o na p gina 33 Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 5 1 orolu oe ngexe e Realizac o de uma execuc
78. meiro carregue o frasco de Solu ao SBS PR2 e o frasco de residuos vazio e em seguida carregue o cartucho de reagentes Depois de o frasco de Solu ao SBS PR2 e o cartucho de reagentes terem sido carregados o software 16 e grava o RFID Uma confirma o de que o RFID foi lido com sucesso aparecer no canto inferior direito da tela 1 y OBSERVA O Use os componentes corretos do kit de reagentes sequenciamento para o tipo de execu o realizada As execu es gen micas forenses funcionam apenas com os kits de sequenciamento ForenSeq e as execu es RUO funcionam apenas com os kits de reagente RUO Figura 17 Carregamento do frasco de Solu o SBS PR2 e do frasco de res duos 9JEMIJOS 101002 XD Db S N k all Please icad the PRZ and waste bottle and wait for the RFID to be read No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica o podem ser introduzidas manualmente No entanto o softvvare permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID c lula de fluxo cartucho de reagentes Solu ao SBS PR2 falhe em uma execu o forense Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 Selecione o cone de ajuda no canto superior direito da tela O arquivo de ajuda cont m um v deo que ilustra as etapas para o carregamento do cartucho de reagentes e do frasco de Solu o SBS PR2 Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 3
79. micas forenses funcionam apenas com os kits de sequenciamento ForenSeq e as execu es RUO funcionam apenas com os kits de reagente RUO Figura 22 Carregamento do frasco de Solu o SBS PR2 e do frasco de res duos ES a Please load the PRZ and waste bottle and walt for the RFID to be rosa 9JEMIJOS 101002 XD Db S N No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica o podem ser introduzidas manualmente No entanto o software permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID c lula de fluxo cartucho de reagentes Solu o SBS PR2 falhe em uma execu o forense Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 Selecione o cone de ajuda no canto superior direito da tela O arquivo de ajuda cont m um v deo que ilustra as etapas para o carregamento do cartucho de reagentes e do frasco de Solu o SBS PR2 Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 2 T Alterac o da planilha de amostra necess rio ter uma planilha de amostra para uma execu o RUO Por padr o o programa procura por um arquivo de planilha de amostra com um nome que corresponda ao n mero do c digo de barras do cartucho de reagentes carregado no instrumento Se nenhuma planilha de amostra for encontrada uma janela ser exibida para que voc possa navegar at a planilha de amostra Selecione o bot o Change Sample Sheet Alterar planilha de amostra na tela Loa
80. mina com sds html Abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos Feche a porta do compartimento de reagentes Selecione Next Pr ximo A limpeza p s execuc o ser iniciada N da pe a 15050524 Rev C PTB Quando a limpeza estiver conclu da deixe a l mina de fluxo a bandeja e o frasco de limpeza usados contendo a solu o de limpeza restante no instrumento Uma pequena quantidade de soluc o de limpeza permanece no tubo MiSeq na posic o 17 4 OBSERVA AO Os aspiradores de l quidos permanecem na posic o para baixo o que normal Deixe a soluc o de limpeza n o utilizada na bandeja e no frasco de limpeza para evitar que os aspiradores de l quidos sequem e evitar a entrada de ar no sistema Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 5 F eun op ezi l M 4 op n o x sod ezaduul Realiza o de uma limpeza de manuten o Realize uma limpeza de manutenc o a cada 7 dias para garantir o melhor desempenho A limpeza de manutenc o inclui uma s rie de tr s etapas de limpeza usando uma solu ao de limpeza de gua sem nuclease misturada com Tween 20 Aguarde aproximadamente 90 minutos para concluir a limpeza Materiais de consumo fornecidos pelo usu rio Tween 20 Sigma Aldrich n do cat logo P7949 gua sem nuclease Procedimento 1 Verifique se uma l mina de fluxo usada est carregada no instrumento 2 Na tela
81. na tela para executar o teste 1 Verifique se uma l mina de fluxo usada est carregada no instrumento 2 Na tela Manage Instrument Gerenciar instrumento selecione System Check Verificac o do sistema 3 Selecione Conduct Volume Test Realizar teste de volume e depois Next Pr ximo Figura 48 Tela System Check verifica o do sistema 4 Encha cada reservat rio da bandeja de limpeza com 6 ml de gua sem nuclease 5 o frasco de limpeza de 500 ml com 350 ml de gua sem nuclease 6 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza no instrumento a Abra a porta do compartimento de reagentes e a porta do refrigerador de reagentes e deslize a bandeja de limpeza pelo refrigerador at o fundo Feche a porta do refrigerador de reagentes b Levante a al a do aspirador de l quidos at que ela trave e carregue o frasco de limpeza c Remova o frasco de res duos e descarte o conte do de forma apropriada Coloque o frasco de res duos de volta no compartimento de reagentes d Abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos F 2 N da pe a 15050524 Rev C PTB 7 Depois dos avisos na tela remova todas as gotas do aspirador de l quidos do frasco de limpeza da seguinte forma a Quando solicitado levante lentamente a al a do aspirador de l quidos e verifique se h uma gota de gua no aspirador b Quando solicitado abaixe lentamente a al
82. niciada Figura 21 Tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo Presse icad ne how cel and waf for he RFID to be read Quando a l mina de fluxo estiver carregada o programa ler e gravar o RFID Uma confirma o de que o RFID foi lido com sucesso aparecer no canto inferior direito da tela No caso do RFID n o poder ser lido as informa es de identifica o podem ser introduzidas manualmente No entanto o software permite que apenas um dos tr s componentes marcados como RFID c lula de fluxo cartucho de reagentes Solu o SBS PR2 falhe em uma execu o Para obter mais informa es consulte Resolu o da falha de leitura do RFID na p gina 68 N da pe a 15050524 Rev C PTB Selecione o cone de ajuda no canto superior direito da tela O arquivo de ajuda cont m um v deo que ilustra as etapas para o carregamento da l mina de fluxo Tela Load Reagents Carregar reagentes A tela Load Reagents Carregar reagentes tem duas etapas primeiro carregue o frasco de Solu ao SBS PR2 e o frasco de residuos vazio e em seguida carregue o cartucho de reagentes Depois de o frasco de Solu ao SBS PR2 e o cartucho de reagentes terem sido carregados o software 16 e grava o RFID Uma confirma o de que o RFID foi lido com sucesso aparecer no canto inferior direito da tela 1 y OBSERVA O Use os componentes corretos do kit de reagentes sequenciamento para o tipo de execu o realizada As execu es gen
83. nstrumento Consulte Tela Manage Files Gerenciar arquivos na p gina 14 Run Options Op es de execu o fornece op es para a limpeza p s execu o a altera o da localiza o padr o de pastas de dados e a especifica o de prefer ncias de notifica o por e mail Consulte Tela Run Options Op es de execu o na p gina 16 Manage Instrument Gerenciar instrumento fornece op es para ir para as configura es do sistema executar uma verifica o no sistema atualizar manualmente o software reiniciar ou desligar o instrumento Consulte Tela Manage Instrument Gerenciar instrumento na p gina 19 Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 1 1 9JEMIJOS 101002 XD Db S N MiSeq FGx Software 12 Indicadores de atividade V rios cones est o localizados no canto inferior direito de cada tela da interface Cada cone um indicador de atividade que mostra qual atividade est sendo executada pelo instrumento Figura 4 Indicadores de atividade 00000 Da esquerda para a direita os indicadores de atividade representam as seguintes atividades Movimenta o do est gio Y Movimenta o do est gio Z Ativa o da funcionalidade eletr nica Uso da c mera Bombeamento atrav s do sistema de fluxo de reagentes Indicadores de sensor Quatro indicadores de sensor na base de cada tela de interface representam o status de um componente do instrumento Figura 5 Indicadores de sensor Da esque
84. o Monitoramento da execu ao 1 Durante a execu ao monitore o progresso as intensidades e as pontua es de qualidade da execu ao na tela Sequencing Sequenciamento A tela Sequencing Sequenciamento somente para exibi o Para obter mais informa es consulte Tela Sequencing Sequenciamento na p gina 24 Para uma execu o RUO consulte Tela Sequencing Sequenciamento para RUO na p gina 29 2 Quando a execu o for conclu da o bot o Next Pr ximo aparecer Revise os resultados na tela Sequencing Sequenciamento antes de prosseguir y OBSERVA O A tela Sequencing Sequenciamento permanece vis vel at que o bot o Next Pr ximo seja selecionado Depois que o bot o Next Pr ximo selecionado n o poss vel retornar tela Sequencing sequenciamento 3 Selecione Next Pr ximo para sair da tela Sequencing Sequenciamento e prosseguir para uma limpeza p s execu o M tricas da execu o As m tricas de execu o aparecem na tela Sequencing Sequenciamento em diferentes pontos em uma execu o Durante as etapas de clusteriza o n o aparece nenhuma m trica Ap s o in cio do sequenciamento as seguintes m tricas aparecem nos ciclos indicados M trica Intensidade Intensidade e densidade dos clusters Intensidade densidade dos clusters PF rendimento e pontua es Q 92 Kit Kits de reagentes do Kits de reagentes do RUO v3 Kits de reagentes do RUO v2 Kits
85. o 16 P pastas de execu o gerenciamento 14 nomenclatura 32 temp sa da an lise 32 pausa na execu o 33 planilha de amostras c pia para o instrumento 14 n o encontrada 67 Q Q scores 24 R reagentes carregamento 23 27 49 em kits 7 Real Time Analysis gera o de modelos 31 pasta de execu o 32 receitas gerenciamento 14 refer ncias do genoma 14 refrigerador de reagentes temperatura 12 reinicializa o do software 19 cartucho de reagentes 50 l mina de fluxo 47 solu o de problemas 68 Solu o SBS 49 S sele o de uma execu o 22 senha 6 sensor da porta da l mina de fluxo 12 Sequencing Analysis Viewer 29 52 software configura o do instrumento 19 dura o da execu o 32 inicializa o 6 verifica o de espa o em disco 33 solu o de prona agrupar logs 15 arquivos espec ficos da execu o ara 66 erros de configura o da execu o 67 fluxo de reagentes 72 RFID 68 taxa de fluxo 71 Solu o SBS 49 suporte ao cliente 77 T tamanho da leitura 32 taxa de fluxo solu o de problemas 71 tela de sequenciamento 29 52 tela sequenciamento 24 tela welcome 11 telas de configura o da execu o 25 banco de dados 22 estudo de caso 22 teste de volume 72 V volumes de limpeza 74 W Windows minimizar para 19 N da pe a 15050524 Rev C PTB Assist ncia t cnica Para obter assist ncia t cnica entre em contato com o suporte ao cliente da Ilumina
86. o SBS PR2 por um frasco de limpeza y OBSERVA O Descarte o frasco de Solu o SBS PR2 ap s cada corrida N o reutilize nenhum Solu o SBS PR2 que sobrar d Remova o frasco de res duos e descarte o conte do de forma apropriada Coloque o frasco de res duos de volta no compartimento de reagentes e Abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos f Feche a porta do compartimento de reagentes 4 Selecione Next Pr ximo A primeira limpeza iniciada 5 8 N da pe a 15050524 Rev C PTB Realizac o da segunda limpeza R OBSERVA AO Utilize sempre uma soluc o de limpeza fresca para cada etapa de limpeza A reutiliza ao da solu ao de limpezas anteriores pode devolver res duos para as linhas de fluxo de reagentes 1 Prepare a solu ao de limpeza fresca com Tween 20 e gua sem nuclease da seguinte maneira a Adicione 5 ml de Tween 20 100 a 45 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em 10 Tween 20 b Adicione 25 ml de Tween 20 10 a 475 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma solu o de limpeza de 0 5 e Tween 20 Inverta v rias vezes para misturar 2 Quando a primeira limpeza for conclu da remova a bandeja e o frasco de limpeza e descarte a solu o de limpeza restante 3 Encha os componentes de limpeza com a solu o de limpeza fresca com Tween 20 0 5 da seguinte forma a Adicione 6 ml da s
87. o m dulo tico para o carregamento da l mina de fluxo e retorna a quando a execuc o iniciada B M dulo tico fechado cont m componentes ticos que permitem a aquisi o da imagem da lamina de fluxo C Barra de status usa tr s cores para indicar o status do instrumento A cor azul indica que o instrumento est processando laranja indica que o instrumento precisa de atenc o e verde indica que o instrumento est pronto para comecar a pr xima execuc o D Monitor da tela de toque permite a configura o no instrumento e a configura o da execuc o com o uso da interface do software E Porta USB externa facilita a transfer ncia de arquivos e dados para o computador do instrumento a partir do monitor da tela de toque F Compartimento de reagentes cont m reagentes em temperaturas adequadas solu es de limpeza e o frasco de res duos A porta do compartimento de reagentes protegida por uma trava magn tica A interface do MiSeq FGx orienta os usu rios nas etapas de configura o da execu o usando o monitor da tela de toque Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 3 Introduc o Compartimento da l mina de fluxo Plataforma da l mina de fluxo Porta do compartimento da l mina de fluxo Trava da l mina de fluxo L mina de fluxo Bot o para liberac o da trava da l mina de fluxo muou gt O compartimento da l mina de fluxo abriga a plataforma a estac o t rmica e as conex es de fluxo de
88. o suporte t cnico da Illumina poder solicitar c pias de arquivos espec ficos da execu o para tentar solucionar o problema Os seguintes arquivos est o localizados no n vel da pasta principal de sa da da execu o SampleSheet csv se estiver usando o instrumento no modo RUO RunParameters xml Runlnfo xml Pasta Interop N da pe a 15050524 Rev C PTB Resoluc o dos erros de configura ao da execu ao Se a verifica o da pr execu o encontrar alguma falha um cone X vermelho aparecer ao lado do item A mensagem que aparece na tela descreve o erro e como corrigi lo Erro A o X Taxa de fluxo medida A tela de verifica o da taxa de fluxo aberta Use a lista drop down ou o teclado da tela para inserir as seguintes informa es Solu o PR2 e Volume 250 Taxa de aspira o 2500 Taxa de dispensa 2500 Selecione Pump Bombear Se o erro persistir defina o volume para bombear 500 ul Solu o SBS PR2 e repita o processo Quando os fluidos tiverem sido bombeados selecione Restart Check Reiniciar verifica o Quando a verifica o pr execu o for bem sucedida o bot o Start Run Iniciar execu o ficar ativo Se a verifica o de fluxo falhar novamente recoloque a l mina de fluxo para certificar se de que n o haja interrup o no fluxo por causa de desalinhamento Inspecione se h fiapos ou irregularidades na junta da l mina de fluxo X Espa o em disco livre Se o espa o em di
89. ocal ou no computador do instrumento As op es da guia Folder Settings Configura es de pasta dizem ao MiSeq FGx onde essas pastas est o localizadas Figura 9 Guia Folder Settings Configura es de pasta Please make any needed changes to the Run Options Run Settings Folder Settings Emaili Notifications Recipe Folder C iiluminaiMiSeq Control SoftwareiRecipe Sample Sheet Folder DilluminaiMiSeg FGx Control SoftwareiSampleSheets Manifest Folder DlluminaiMiSeg FGx Control SoftwarelManifests Output Folder DiuminalMiSegFGxOutput 9JEMIJOS 101002 XD D S N 44 Cancel Recipes Receitas receitas personalizadas n o s o suportadas para kits ForenSeq Sample Sheets Planilhas de amostras define o local padr o para as informac es de amostras no ForenSeq Universal Analysis Software As informa es de amostras s o criadas antes da prepara ao da biblioteca e cont m os par metros para a execuc o Manifests Manifestos kits ForenSeq usam arquivos de manifesto pr carregados MiSegFGxOutput define o local padr o dos arquivos de sa da da an lise A Ilumina recomenda a pasta de sa da padr o para um local de rede para compartilhamento e armazenamento a longo prazo Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 1 ri Guia Email Notifications Notifica es por e mail O MiSeq FGx pode ser configurado para enviar um e mail de notifica ao quando a an lise RTA for conclu da quando a an lise ForenSeq Universal Analysi
90. olicita o por escrito a Illumina tentar repassar eventuais garantias para o Comprador 9 Indeniza o a Indeniza o por viola o paga pela Illumina Sujeita a estes termos e condi es incluindo dentre outros as Exclus es s Obriga es de Indeniza o da Illumina Se o 9 b abaixo e as Condi es para Obriga es de Indeniza o Se o 9 d abaixo a Ilumina i defender indenizar e isentar de responsabilidade o Comprador contra eventuais reivindica es ou a es de terceiros que aleguem que este Produto quando usado apenas para fins de pesquisa de acordo com estes termos e condi es e com a Documenta o e as Especifica es deste Produto viola direitos de propriedade intelectual v lidos e leg timos de um terceiro e ii pagar todos os acordos firmados todas as decis es definitivas e todos os custos inclusive honor rios advocat cios razo veis definidos em face do Comprador em rela o a tal a o de viola o de direitos Caso este Produto ou qualquer parte dele seja ou a crit rio da Illumina venha a ser objeto de uma a o de viola o de direitos a Ilumina ter o direito a seu crit rio de A providenciar ao Comprador o direito de continuar usando este Produto B modificar ou substituir este Produto por outro substancialmente equivalente e que n o viole direitos ou C solicitar a devolu o deste Produto extinguindo os direitos a licen a e qualquer outra permiss o dada ao
91. olu o de limpeza em cada reservat rio da bandeja de limpeza b Adicione 350 ml da solu o de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml 4 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza da seguinte forma a Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes at o fundo Feche a porta do refrigerador de reagentes b Carregue o frasco de limpeza e abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos c Feche a porta do compartimento de reagentes 5 Selecione Next Pr ximo A segunda limpeza iniciada Realiza o da limpeza final 1 Prepare a solu o de limpeza fresca com Tween 20 e gua sem nuclease da seguinte maneira a Adicione 5 ml de Tween 20 100 a 45 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em 10 Tween 20 b Adicione 25 ml de Tween 20 10 a 475 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma solu o de limpeza de 0 5 e Tween 20 Inverta v rias vezes para misturar 2 Quando a segunda limpeza for conclu da remova a bandeja e o frasco de limpeza e descarte a solu o de limpeza restante 3 Encha os componentes de limpeza com a solu o de limpeza fresca com Tween 20 0 5 da seguinte forma a Adicione 6 ml da solu o de limpeza em cada reservat rio da bandeja de limpeza b Adicione 350 ml da solu o de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml 4 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza da seguinte forma a Deslize a
92. one Next Pr ximo Figura 29 Tela Live Help Ajuda ao vivo ma MiSea FOX Please follow below Instructions to log into MiSeq Live Help Step 1 Enter the access coda provided to you by your Ilumina Representative in the Access Code liekt below using the keyboard icon and select Next to start the scraen sharing session Step 2 You might be prompted to download a small virus free plug in This plug in will not stay on the instrument and will bo removed once the support session rs closad Step 3 When your session has started your Ilumina support representativa will ask to take control of your nstrument You have ovording control and can and the screen sharing session at any hma Access Code Instrument ID M99999 Machine Name CONFIG376VMOE 3 A N da pe a 15050524 Rev C PTB Op es do software de an lise para execu es RUO Ap s a conclus o da an lise RTA os dados de sequenciamento do MiSeq FGx para execu es ForenSeq exigem a an lise no ForenSeq Universal Analysis Software Ao realizar uma execu o RUO no MiSeq FGx os dados de sequenciamento podem ser analisados na nuvem usando BaseSpace ou no computador de instrumento usando MiSeq Reporter O BaseSpace e o MiSeq Reporter produzem informa es sobre o conjunto de elementos cont guos alinhamento e variantes para cada genoma solicitado e para cada amostra de uma execu o com v rias amostras Vis o geral do BaseSpace O BaseSpace um ambiente de computa o
93. ool no poro de entrada da lamina de fluxo Figura 37 Secagem da lamina de fluxo kr a Segue o excesso de lcool com um tecido de limpeza de lentes sem fiapos Inspecione visualmente para se certificar de que as portas da l mina de fluxo n o t m obstru es e que a junta est bem assentada em torno das portas da l mina de fluxo Se a junta parecer estar desalojada pressione a suavemente de volta no lugar at que esteja bem em volta das portas da l mina de fluxo N da pe a 15050524 Rev C PTB Carregamento da l mina de fluxo A tela Load Flow Cell Carregar l mina de fluxo solicita o carregamento da l mina de fluxo 1 Levante a porta do compartimento da l mina de fluxo e depois aperte o botao de libera o direita da trava da l mina de fluxo A trava da l mina de fluxo se abre Figura 38 Abertura da trava da l mina de fluxo 2 Inspecione visualmente a plataforma da l mina de fluxo para verificar se ha fiapos Caso haja fiapos ou outros detritos limpe a plataforma da l mina de fluxo usando uma compressa com lcool ou um tecido sem fiapos umedecido com etanol ou isopropanol Limpe cuidadosamente a superf cie da plataforma da l mina de fluxo at que ela esteja limpa e seca oxnil ap euwe ep ojuaueBaJleo 3 Segurando a l mina de fluxo pelas bordas do cartucho da l mina de fluxo coloque a l mina na plataforma Figura 39 Coloca o da l mina de fluxo na plataforma A OBSERVA O y Quando
94. orma es e Solu o PR2 Volume 250 ul e Taxa de aspira o 2500 ul min Taxa de dispensa 2500 ul min 2 Selecione Pump Bombean Figura 47 Medi o da taxa de fluxo Unable to Measure Flow Rate Please check the fluldics and press Restart Check to continue 2 3 Y Volume 250 fut 3 Aspirate Rate 2500 tuL min e Dispense Rate 2500 min E 44 Back Check J m 7 00000 3 Quando a etapa da bomba estiver conclu da selecione Restart Check Reiniciar verifica o 4 Se o erro persistir defina o volume para bombear 500 ul de Solu o SBS PR2 e repita o processo mais uma vez Entre em contato com o suporte t cnico da Illumina se a segunda tentativa n o resolver o erro Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 71 exe ap 0119 seu lqold ep oe njos Soluc o de problemas Realizac o de um teste de volume Uma obstru ao nas linhas de fluxo de reagentes pode ser a causa da fraca distribui ao de reagente ou afetar os resultados do sequenciamento Se houver suspeita de uma obstru ao nas linhas de fluxo de reagentes realize um teste de volume Um teste de volume verifica a integridade do sistema de fluxo de reagentes estimando o volume entre duas bolhas que passam pelos sensores Para executar um teste de volume a bandeja e o frasco de limpeza devem ser carregados com gua sem nuclease e uma l mina de fluxo usada deve ser colocada no lugar Siga as instruc es
95. portante usar a concentra o correta de hipoclorito de s dio Se a concentra o for muito alta podera causar falha na clusterizac o nas pr ximas execu es Se n o houver hipoclorito de s dio a 6 fa a uma solu o de 1 ml com 0 01 hipoclorito de s dio em gua sem nuclease c Misture bem a dilui o do hipoclorito de s dio e da gua realizando a pipetagem para cima e para baixo com uma micropipeta P1000 3 Prepare os componentes de limpeza com a solu o de limpeza fresca com Tvveen 20 0 5 da seguinte forma a Adicione 6 ml da solu o de limpeza em cada reservat rio da bandeja de limpeza b Adicione 350 ml da solu o de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 5 5 eun op op ezi l M 4 op n o x sod ezaduul Procedimentos da manutenc o 26 10 Insira o tubo MiSeg contendo a solu o de limpeza com 0 01 de hipoclorito de s dio na posi ao 17 da bandeja de limpeza at que o pesco o do tubo seja limpo com a bandeja O tubo desloca a soluc o de limpeza com Tween 20 e gua sem nuclease da posic o 17 Figura 44 Tubo MiSeq na posi ao 17 da bandeja de limpeza OBSERVA AO Insira o tubo MiSeq com hipoclorito de s dio somente na posi o 17 da bandeja A inser o do tubo em outra posi ao pode causar falha na clusterizac o nas pr ximas execu es alem de poder danificar o sistema de fluxo de reagentes do instrumento MiSeq FGx Na tela
96. problemas ntrodu ao ER 66 Resolu o dos erros de configura o da execu o 67 Resolu o da falha de leitura do RFID 22 222 68 Evitar reinicios durante uma execu o 70 Solu o de problemas de erro de taxa de fluxo 71 Realiza o de um teste de volume 2 72 Medi o dos volumes de limpeza esperados 74 sor gt gi f m dara Ade rre Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 6 5 gojnydeo Soluc o de problemas Introdu o 66 Esta se ao descreve as etapas comuns para soluc o de problemas a serem seguidas antes de entrar em contato com o suporte t cnico da Illumina Para a maioria dos erros uma mensagem aparece na tela com instru es para a corre o do erro Em caso de d vidas t cnicas visite as p ginas de suporte do MiSeq FGx no site da Ilumina para ter acesso s perguntas mais frequentes ou fa a login com sua conta Mylllumina para acessar os boletins de suporte Em caso de problemas com a qualidade ou o desempenho da execu o entre em contato com o suporte t cnico da Ilumina Para obter mais informa es consulte Assist ncia t cnica na p gina 77 O representante d
97. ptions Op es de execuc o A tela Run Options Op es de execu o tem tr s guias para especificar as configura es padrao para uma execuc o Run Settings Configura es da execu ao Folder Settings Configura es de pasta e Email Notifications Notifica es por e mail Figura 8 Guia Run Settings Configura es de execu o da tela Run Options Op es de execu ao Please make any needed changes to the Run Options Run Settings Folder Settings tmall Notifications Recipe Folder C ililuminaiMiSeq Control SoftwareiRecipe Sample Sheet Folder D UiluminalMiSeg FGx Control SoftwareiSampleSheets Manifest Folder D WiuminalMiSeq FGx Control SoftwarelManifesis Output Folder D UiluminalMiSegFGxOutput 44 Cancel Guia Run Settings Configura es de execu o Op o Post Run Wash Limpeza p s execu o necess ria uma limpeza no instrumento ap s cada execu o Em uma pr xima execu o o programa n o prosseguir para as etapas de configura o de execu o at que uma limpeza seja executada Essa configura o determina o tipo de limpeza que ser executada por padr o depois que uma execu o for configurada aqui Uma limpeza p s execu o leva cerca de 30 minutos e uma limpeza de manuten o leva cerca de 1 hora 1 6 N da pe a 15050524 Rev C PTB Guia Folder Settings Configura es de pasta O MiSeq FGx requer acesso a v rios tipos de arquivos armazenados em pastas em uma rede l
98. r interrompida o comando atual n o ser conclu do e a plataforma da l mina de fluxo se movimentar para a frente A an lise RTA continuar no ltimo ciclo conclu do Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 3 3 MiSeq FGx Software Figura 27 Interrupc o de uma execuc o gt Confirm Stopping a run is final You can not resume the run Are you sure you want to stop the run A interrup o de uma execu o definitiva Uma execu o interrompida n o pode ser retomada A nica opc o seguir para uma limpeza no instrumento Se voc interromper uma execuc o n o poder usar os reagentes restantes no cartucho de reagentes para uma pr xima execuc o Uma nova execuc o exige um novo cartucho de reagentes Live Help Ajuda ao vivo O MiSeg FGx deve estar conectado a uma rede com acesso Internet para ativar o Live Help O recurso Live Help uma ferramenta de assist ncia on line que permite que um representante do suporte t cnico da Illumina visualize a tela do MiSeq FGx com sua permiss o e compartilhe o controle do instrumento Voc tem controle sobre a substituic o e pode terminar a sess o de compartilhamento de tela a qualquer momento Acesse o Live Help pelo cone de ajuda na tela Welcome Boas vindas Figura 28 Menu de ajuda Para habilitar uma conex o obtenha um c digo de acesso exclusivo do suporte t cnico da Illumina digite esse c digo na tela Live Help Ajuda ao vivo e seleci
99. rda para a direita os indicadores de sensor representam os seguintes componentes Porta do compartimento da l mina de fluxo na posi o aberta ou fechada Temperatura do refrigerador do reagentes em C Temperatura da l mina de fluxo em C Status da conex o com o servidor N da pe a 15050524 Rev C PTB cones de status No canto superior direito da tela Welcome Boas vindas h um cone de status que indica todas as mudan as nas condi es durante a configurac o da execu ao ou durante a execu ao cone de Nome do status Descri ao status Status OK Nenhuma mudan a O sistema est normal Aten o Informa o importante Uma a o recomendada Advert ncia As advert ncias n o interrompem uma execu o mas podem exigir uma a o antes de prosseguir Erro Erros geralmente interrompem uma execu o e E normalmente exigem uma ac o antes de prosseguir com a execu o Quando ocorre uma altera o na condi o o cone muda para a imagem associada e pisca para alertar Neste caso selecione o cone para abrir a janela de status que cont m uma descri o geral da condi o Selecione qualquer item listado para ver uma descri o detalhada da condi o e instru es para resolver a condi o se for o caso Selecione Acknowledge Confirmar para aceitar a mensagem e Close Fechar para fechar a caixa de di logo As mensagens na janela de status podem ser filtradas basta selecionar os cones ao
100. re ou software de outra empresa O Comprador concorda ainda que o conte do e os m todos de opera o deste Produto s o exclusivos da Ilumina e portanto este Produto cont m ou re ne segredos comerciais da Illumina As condi es e restri es constantes destes termos e condi es s o negociadas at chegar s condi es de venda e depois ao controle da venda e do uso deste Produto pelo Comprador 5 Responsabilidade limitada NO LIMITE PERMITIDO PELA LEI EM NENHUMA HIP TESE A ILLUMINA OU SEUS FORNECEDORES SER O RESPONS VEIS PERANTE O COMPRADOR OU QUALQUER TERCEIRO POR CUSTOS DE AQUISI O DE PRODUTOS OU SERVI OS DE SUBSTITUI O LUCROS CESSANTES PERDA DE DADOS OU NEG CIOS NEM POR NENHUM DANO INDIRETO ESPECIAL INCIDENTAL EXEMPLAR CONSEQUENTE OU PUNITIVO DE QUALQUER NATUREZA DECORRENTE OU RELACIONADO SEM LIMITA ES VENDA DESTE PRODUTO AO SEU USO AO CUMPRIMENTO DAS OBRIGA ES DA ILLUMINA NOS TERMOS DESTE DOCUMENTO OU DE QUALQUER DESTES TERMOS E CONDI ES POR MAIS QUE DECORRA OU SEJA CAUSADO POR ALGUMA TEORIA DE RESPONSABILIDADE CIVIL SEJA ELA CONTRATUAL PROVENIENTE DE ATO IL CITO INCLUINDO CULPA RESPONSABILIDADE CIVIL OBJETIVA OU OUTRA HIP TESE 6 RESPONSABILIDADE TOTAL E CUMULATIVA DA ILLUMINA PERANTE O COMPRADOR OU QUALQUER TERCEIRO DECORRENTE OU RELACIONADA A ESTES TERMOS E CONDI ES INCLUINDO DENTRE OUTRAS COISAS ESTE PRODUTO E SEU USO E O CUMPRIMENTO DAS OBRIGA ES DA ILLUMINA NOS TERMOS DES
101. reagentes para a l mina de fluxo A plataforma da l mina de fluxo segura a l mina de fluxo e trava da l mina de fluxo prende e posiciona a l mina de fluxo Quando a trava da l mina de fluxo fechada dois pinos pr ximos a dobradica da trava posicionam a l mina de fluxo automaticamente A estac o t rmica localizada sob a plataforma controla as alterac es na temperatura da l mina de fluxo necess rias para a clusterizac o e o sequenciamento L mina de fluxo A Porta de sa da B rea de imagem C Porta de entrada A l mina de fluxo do MiSeq FGx um substrato descart vel com base em vidro no qual s o gerados os clusters e executada a rea o de sequenciamento Os reagentes entram na l mina de fluxo atrav s da porta de entrada passam pela rea de imagem de canaleta nica e em seguida saem da l mina de fluxo pela porta de sa da Os res duos que saem da l mina de fluxo s o colocados no frasco de res duos Durante a execu o de sequenciamento s o feitas imagens da canaleta nica em pequenas reas chamadas de blocos N da pe a 15050524 Rev C PTB Compartimento de reagentes Refrigerador dos reagentes Alca do aspirador de l quidos mostrada na posic o levantada Frasco de Solu ao SBS PR2 Frasco de res duos MiSeq FGx Cartucho de reagentes ou gt O compartimento de reagentes contem o refrigerador de reagentes e as posi es do frasco de Solu ao SBS PR2 e do frasco de r
102. riedade intelectual de terceiros ou da PI de Aplica o Espec fica 3 Regulamenta o Este Produto n o foi aprovado liberado ou licenciado pela Food and Drug Administration dos Estados Unidos nem por qualquer outro rg o regulador nacional ou estrangeiro para um uso pretendido espec fico seja ele de pesquisa comercial diagn stico ou de outra natureza Este Produto tem a etiqueta For Research Use Only Somente para pesquisa O Comprador deve garantir que tem todas as aprova es regulat rias necess rias para o uso que pretende dar a este Produto 4 Usos n o autorizados O Comprador concorda em a usar apenas um Material de Consumo por vez e b usar apenas materiais de consumo reagentes da Ilumina com Hardware da Illumina As restri es nos itens a b n o se aplicam se a Documenta o ou as Especifica es deste Produto definirem em contr rio O Comprador concorda em n o se envolver e em n o autorizar o envolvimento de terceiros em nenhuma das atividades a seguir i desmontagem engenharia reversa compila o reversa ou montagem reversa do Produto ii separa o extra o ou isolamento de componentes deste Produto ou sujei o deste Produto ou seus componentes a qualquer an lise que n o esteja expressamente autorizada na Documenta o deste Produto iii obten o de acesso ou tentativa de determinar os m todos de opera o deste Produto ou iv transfer ncia ou sublicenciamento a terceiros de qualquer Softwa
103. s Software for conclu da ou se ocorrer um erro de software cr tico no MiSeq FGx A notifica ao por e mail fica dispon vel apenas se o instrumento estiver conectado a uma rede com acesso a Internet Figura 10 Guia Email Notifications Notifica es por e mail Please make any needed changes to the Run Options Run Settings Folder Settings Email Notifications TP email server address required Sender address required on SMTP server MiSeq FGx Software Recipient addresses separate with commas Notify via email when Primary analysis is complete On instrument analysis is complete A critical MiSeq Software error occurs Cancel Return m EH 00000 Local SMTP email server address Endere o de servidor de e mail SMTP local use o teclado da tela para digitar o endereco de servidor de e mail SMTP local Se necess rio entre em contato com o administrador da instalac o para obter essa informac o Sender email address Endereco de e mail do remetente use o teclado da tela para digitar o endere o de e mail do remetente Esse endere o pode ser o endere o de e mail de um usu rio Admin ou um endereco diferente especificado para o envio de notifica es por e mail O endere o de e mail do remetente deve ter o mesmo nome de dominio que o endere o do servidor de e mail Recipient addresses Enderecos de destinat rio use o teclado na tela para digitar os endere os de e mail de cada destinat rio a fim de receber notifica
104. s individuais dos clusters em todos os quatro canais de cor de nucleot deos extra dos e as chamadas de base s o produzidas a partir das intensidades normalizadas dos clusters Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx 31 041402 XD Db S N MiSeq FGx Software Pastas de execuc o Cada execu o no MiSeq FGx gera tr s pastas de execu o cada uma com uma finalidade espec fica DAllluminalMiSegFGxTemp quando a execu o iniciada uma pasta tempor ria de execuc o criada no disco local do computador do instrumento e usada como uma rea de trabalho para o MiSeq FGx Control Software e o RTA Nao necess rio acessar a pasta Temp O conte do desta pasta exclu do ap s sete dias DAllluminalMiSegFGxOutput o RTA copia arquivos da pasta Temp Tempor ria para a pasta Output Sa da Conforme os arquivos de chamada de base e de pontua ao de qualidade da chamada de base s o gerados o RTA copia os arquivos de volta para a pasta Temp e preenche a pasta Analysis An lise Imagens de foco e imagens em miniatura n o s o copiadas para a pasta Analysis An lise A localiza o da pasta de sa da pode ser alterada no campo Output Folder Pasta de sa da na tela Run Options Op es de execu o Para obter mais informa es consulte Tela Run Options Op es de execu o na p gina 16 DAllluminalMiSegFGxAnalysis quando a an lise RTA conclu da o ForenSeq Universal Analysis Softvvare
105. sco estiver baixo uma mensagem aparecer indicando quanto espa o em disco necess rio Use o recurso Manage Files Gerenciar arquivos para limpar o espa o necess rio do computador do instrumento X Conex o de rede ativa Verifique se o cabo de rede est conectado ao instrumento JUO9 S0119 OB N OSIY p eindbi Se a conex o de rede n o for restaurada selecione Reboot Reiniciar na tela Manage Instrument Gerenciar instrumento para reiniciar o programa Se a conex o ainda n o for restaurada selecione Shut Down Desligar na tela Manage Instrument Gerenciar instrumento e depois desligue o instrumento usando o interruptor Aguarde pelo menos 60 segundos e depois ligue o instrumento e inicie O programa Yan lise prim ria pronta A an lise RTA da execu o anterior n o est completa O tempo padr o para que a an lise RTA seja conclu da de 1 hora e uma contagem regressiva aparece na tela As op es s o aguardar uma hora ou selecionar Terminate Analysis Encerrar an lise A an lise do ForenSeq Universal Analysis Software interrompida para todos os ciclos incompletos X Planilha de amostra Se a planilha de amostra n o foinomeada com a ID do cartucho de reagentes presente para a execu o o instrumento n o conseguir localizar automaticamente a planilha de amostra apropriada Navegue at a planilha de amostra para a execu o po op n o x e Se a planilha de amostra foi nomead
106. so de usu rio de administrador necess rio para excluir arquivos de execu o Move Mover dispon vel apenas para pastas de execu o Marque a caixa de sele o ao lado do nome da pasta selecione Move Mover e v at um local apropriado A op o Move Mover copiar a pasta de execu o para o novo local em seguida excluir a pasta do local anterior Select All Files Selecionar todos os arquivos marque a caixa de sele o esquerda do bot o Delete Excluir e selecione uma a o Delete Excluir ou Move Mover A a o aplicada a todos os arquivos ou pastas Upload Files Carregar arquivos se o MiSeq FGx n o estiver conectado a uma rede use este recurso para carregar os arquivos da planilha de amostras ou manifestos no computador do instrumento a partir de uma unidade USB Selecione Upload Carregar e v at o local em que a planilha de amostras est dentro de uma unidade USB O arquivo carregado para a pasta indicada no campo Directory Diret rio Rename Renomear marque a caixa de sele o ao lado do arquivo de planilha de amostras e selecione Rename Renomear Use o teclado da tela para renomear a planilha de amostras Bundle Logs Agrupar logs esse comando combina e compacta grupos de arquivos para uso pelo suporte t cnico da Ilumina para fins de solu o de problemas Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 15 9JEMIJOS 101002 XD D S N MiSeq FGx Software Tela Run O
107. to entrar no modo de espera e aparecer uma mensagem na tela Welcome Boas vindas indicando o status do instrumento Quando o instrumento estiver no modo de espera uma limpeza de manutenc o devera ser executada antes do in cio de uma execu ao de sequenciamento Consulte Frequ ncia da manuten o na p gina 54 para obter informa es sobre quando realizar limpezas E OBSERVA O A Illumina recomenda repetir a limpeza para standby a cada 30 dias que o instrumento permanecer ocioso Materiais de consumo fornecidos pelo usu rio Tween 20 Sigma Aldrich n do cat logo P7949 gua sem nuclease Procedimento 1 Certifique se de que uma l mina de fluxo usada esteja carregada no instrumento 2 Na tela Welcome Boas vindas selecione Perform Wash Realizar limpeza 3 Na tela Wash Options Op es de limpeza selecione Standby Wash Limpeza de espera O programa levanta automaticamente os aspiradores de l quidos do refrigerador de reagentes Realiza o da primeira limpeza 1 Prepare a solu o de limpeza fresca com Tween 20 e gua sem nuclease da seguinte maneira a Adicione 5 ml de Tween 20 100 a 45 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em 10 Tween 20 b Adicione 25 ml de Tween 20 10 a 475 ml de gua sem nuclease Esses volumes resultam em uma solu o de limpeza de 0 5 e Tween 20 nverta v rias vezes para misturar 2 Prepare os componentes de limpeza com a solu o de limpeza fresca com 0 5 de T
108. tware 11 Op es do software de an lise para execu es RUOO 35 gt x as Guia de refer ncia do instrumento MiSeq FGx AA 1 9 condes MiSeq FGx Software Introdu o 10 O software descrito neste cap tulo usado para configurar executar e analisar dados do MiSeq FGx MiSeq FGx Control Software controla a operac o do instrumento incluindo diversas defini es de configura ao Esse software est instalado e funciona no instrumento Consulte MiSeq FGx Control Software na p gina 11 Real Time Analysis RTA executa processamento de imagem e chamada de base e atribui uma pontua o de qualidade a cada base para cada ciclo As imagens s o armazenadas temporariamente na pasta da execu o para processamento pelo RTA e depois automaticamente exclu das quando a an lise do RTA conclu da Esse software est instalado e funciona no instrumento ForenSeq Universal Analysis Software executa a autenticac o do usu rio e uma an lise por exemplo demultiplexa o alinhamento chamada variante e gera o de relat rio As fun es espec ficas suportadas variam de acordo com o aplicativo Esse software instalado fora do instrumento em um servidor aut nomo A sa da pode ser visualizada em um navegador da web Consulte o Guia do ForenSeg Universal Analys
109. ween 20 da seguinte forma a Adicione 6 ml da solu o de limpeza em cada reservat rio da bandeja de limpeza b Adicione 350 ml da solu o de limpeza no frasco de limpeza de 500 ml 3 Carregue a bandeja e o frasco de limpeza no instrumento a Abra a porta do compartimento de reagentes a porta do refrigerador de reagentes e remova o cartucho de reagentes usado ou a bandeja de limpeza do refrigerador b Deslize a bandeja de limpeza no refrigerador de reagentes at o fundo Feche a porta do refrigerador de reagentes Guia de refer ncia do instrumento MiSeg FGx 61 eJadse ez duli eun op ezil v Procedimentos da manutenc o c Levante a al a do aspirador de l quidos na frente do frasco de res duos e do frasco de Solu ao SBS PR2 at que ela trave e substitua o frasco de Solu ao SBS PR2 por um frasco de limpeza J OBSERVA O Descarte o frasco de Solu o SBS PR2 ap s cada corrida N o reutilize nenhum Solu o SBS PR2 que sobrar d Remova o frasco de res duos e descarte o conte do de forma apropriada Coloque o frasco de res duos de volta no compartimento de reagentes e Abaixe lentamente a al a do aspirador de l quidos deixando que o aspirador des a at os frascos de limpeza e de res duos f Feche a porta do compartimento de reagentes Selecione Next Pr ximo A primeira limpeza iniciada Realiza o da segunda limpeza 4 OBSERVA O Utilize sempre uma solu o de limpeza fresca para
110. xecu o na tela Sequencing Sequenciamento 9JEMIJOS 101002 XD D S N Pausa na execuc o Uma execu ao pode ser pausada durante o sequenciamento se for necess rio por exemplo para esvaziar o frasco de residuos ou verificar o volume restante no frasco de Solu ao SBS PR2 e retomada logo em seguida para que o sequenciamento continue q CUIDADO y N o pause uma execuc o durante a clusterizac o nem nos primeiros oito ciclos do sequenciamento Nao possivel retomar uma execu ao que foi pausada durante essa etapa Se voc usar o MiSeq FGx no modo RUO consulte M tricas da execu o na p gina 52 para ver as informa es sobre o ciclo para kits de cartucho de reagentes Para pausar uma execuc o na tela Sequencing Sequenciamento selecione Pause Pausar O comando atual ser conclu do em seguida a execu o ser pausada a l mina de fluxo ser colocada em um estado seguro e o bot o mudar para Resume Continuar Nesse momento poss vel esvaziar o frasco de res duos por exemplo Selecione Resume Continuar para continuar a execu o Interrup o de uma execu o Uma execu o pode ser interrompida durante o sequenciamento se for necess rio por exemplo se a execu o tiver sido configurada de forma incorreta se a qualidade dos dados for ruim ou se houver um erro de hardware Para interromper uma execu o na tela Sequencing Sequenciamento selecione Stop Parar Quando uma execu o fo

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