manual de usuario - Ingeniería de Sistemas
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1. ooccccooncnnnonannnnnnnncnnnnnaronnnnnonnnonanonnnnnooos 5 Ilustraci n 6 Histograma con tipo de gr fico bar occcccoonccnconoccnnonanonnnnononnnnnaconnnnnocononanononnnaoos 5 Ilustraci n 7 Histograma con tipo de gr fico point ooccncccnnccnnonanonnnnnaconnnnncnnnonaronnnnnncnnnnnnoss 5 Ilustraci n 8 Cambio en la visualizaci n de la imagen usando los controles ccooommmmmmooo 7 Ilustraci n 9 Vista de volumen con zoom y visualizando un punto en el espacio ooo ooo 8 Ilustraci n 10 Panel de algoritmo de selecci n de IM BenNes oocccccnnccnncnnncononnncnnnonanonnnnancnnnnanoss 9 Ilustraci n 11 Panel de algoritmo desarrollo ooocccconnccnnonanonnnnnaconnnnaconnnnanonnnnnncnnnnnaronnnnos 10 Ilustracion 12 Panelde dalos soria 12 Ilustraci n 13 Panel de VOM Dedicated aa 12 Ilustraci n 14 Modelo tridimensional obtenido en el panel de volumetr a ooocccccnocnnnon 13 Ilustraci n 15 Ventana de modelo en tres dimensiones ooccccccnccnncnnncnnnnnaconnnnnacononanonnnonaronnnnos 14 Ilustraci n 16 Modelo en tres dimensiones del pulm n y de los vasos usando los controles de O o E A 15 Caracter sticas generales A continuaci n se describen las caracter sticas de cada herramienta que provee la aplicaci n para encontrar candidatos a n dulos pulmonares 600 MainWindow 000000000002 Slice 256 D 1a 256 l Reset Views2. Ilustraci n 1 Pantalla principal de la aplicaci n 1 Abrir Al seleccionar usted podr buscar en su disco duro un directorio con un conjunto de im genes en formato dmc im genes tipo DICOM Para abrirla simplemente debe hacer doble clic sobre el directorio o sobre el bot n Choose estando dentro del directorio de inter s Q fm 00_Imageln gt 1323200601150 10 dem d Cancel Choose Ilustraci n 2 Ventana para abrir archivos 2 Guardar En cualquier momento despu s de abierta una imagen usted puede guardar la imagen que est visualizando para ello solo debe buscar la ruta donde se guardar el archivo y darle un nombre Si ya ha guardado la imagen una vez cada vez que seleccione esta imagen se guardar la imagen sin preguntar el nombre de archivo 3 Guardar como En cualquier momento despu s de abierta una imagen usted puede guardar la imagen que est visualizando para ello solo debe buscar la ruta donde se guardar el archivo y darle un nombre Cada vez que seleccione esta opci n la aplicaci n le preguntar el nombre de archivo y el directorio 4 Histograma Al abrir una imagen se habilita la opci n de histograma Al seleccionar aparecer una nueva ventana que contiene una nueva ventana con el histograma de la imagen de entrada Chart Type 4 1 Stacked Line Bar gt Point Minimum Value usea EP Aro J 937 e Yes e i No Maximum vau Sele
3. Retrocede a la regi n anterior Avanza a la regi n siguiente Marca con una esfera la regi n actual que se est analizando en la imagen actual 12 6 Abre una nueva ventana que contiene el modelo tridimensional de los pulmones los vasos y rbol bronquial y la regi n candidata seleccionada ep00 Visualization Toolkit Cocoa 1 Ilustraci n 14 Modelo tridimensional obtenido en el panel de volumetr a 13 Modelo tridimensional Al seleccionar se abre una nueva ventana donde se puede observar el modelo en tres dimensiones de los pulmones los vasos y rbol bronquial y las regiones candidatas 13 600 Dialog a SS S Segmentation o E iwn Opacity 0 5 Opacity 1 0 Opacity 1 0 Exit Ilustraci n 15 Ventana de modelo en tres dimensiones 13 1 Opci n para seleccionar si se visualizar o no el modelo de los pulmones 13 2 Opci n para seleccionar si se visualizar o no el modelo de los vasos y rbol bronquial 13 3 Opci n para seleccionar si se visualizar o no el modelo de las regiones candidatas 13 4 Cambio en la opacidad del modelo del pulm n 1 0 para modelo s lido y 0 0 para modelo totalmente transparente 13 5 Cambio en la opacidad del modelo de los vasos y rbol bronquial 1 0 para modelo s lido y 0 0 para modelo totalmente transparente 13 6 Cambio en la opacidad del modelo de las regiones candidatas 1 0 para modelo s lido y 0 0 para modelo
4. n 7 cambiar la vista de la ventana principal para mostrar nicamente la vista sagital 18 La interacci n con la imagen es la misma descrita en 5 8 Vista de volumen Al presionar el bot n 8 cambiar la vista de la ventana principal para mostrar nicamente la vista de volumen 19 que es la combinaci n de los tres planos sagital coronal transversal En esta ventana se puede hacer la siguiente interacci n e Rotar el volumen presionando clic izquierdo sostenido fuera del plano y moviendo el puntero del mouse e Rotar el volumen presionando la tecla control sostenida clic fuera de la imagen y moviendo el puntero del mouse e Rueda de desplazamiento del mouse hace zoom o pan a la imagen e Tecla r deja la imagen en su estado por defecto e Tecla shift sostenida click izquierdo del mouse realizar una traslaci n de la imagen e Tecla 3 imagen multiplexada tridimensional para ver con gafas anaglifo azul roja Al presionar de nuevo 3 vuelve a su estado normal e Clic izquierdo mantenido sobre la imagen movimiento del puntero del mouse verificar el valor de intensidad del v xel junto con sus coordenadas e Clic derecho mantenido sobre la imagen movimiento del puntero del mouse verificar el nivel de ventana e00 gt B MainWindow y fal Lula ee 4 el i E Ea y 375 319 127 680 Reset Views Ilustraci n 9 Vista de volumen con zoom y visualizando un punt
5. 7 Al presionar este bot n se realiza el filtro de mediana con el radio seleccionado 10 18 Con ayuda de la vista de volumen se debe buscar una coordenada x y z que se encuentre dentro del pulm n izquierdo Esas coordenadas debe escribirlas en los espacios correspondientes para cada eje 10 19 Con ayuda de la vista de volumen se debe buscar una coordenada x y z que se encuentre dentro del pulm n derecho Esas coordenadas debe escribirlas en los espacios correspondientes para cada eje 10 20 Al presionar este bot n se realiza la segmentaci n de los pulmones 10 21 Al presionar este bot n se realiza la segmentaci n del mediastino 10 22 Puede cambiar el valor de sigma con el cual se har el algoritmo de segmentaci n de vasos usando el control de selecci n se recomienda usar un valor de sigma de 2 0 10 23 Al presionar este bot n se realiza la segmentaci n de vasos y rbol bronquial 10 24 Al presionar este bot n se crean las im genes en escala de grises que ser n segmentadas mediante umbralizaci n 10 25 Al presionar este bot n se elige la imagen de intensidad para ser umbralizada 10 26 Al presionar este bot n se elige la imagen modificada por valores propios para ser umbralizada 10 27 Al presionar este bot n se elige la imagen de contraste local para ser umbralizada 10 28 Con el uso de cualquiera de estos dos controles se puede cambiar el umbral que ser utilizado 10 29 Al presionar este
6. SISTEMA DE APOYO PARA IDENTIFICACI N Y ESTIMACI N DE VOLUMETR A DE N DULOS PULMONARES MANUAL DE USUARIO Pontificia Universidad Javeriana Jos Alejandro Le n Andrade Ingenier a de Sistemas 2015 Contenido Tablarde MUStraciones eiii 2 Caracter sticas generales escitas ice casi lectoras 3 t An ias 3 Ze Ml oia 4 3 QUA COMO so oia eio caca 4 E ASTON a E E cion 4 Sn VISta iran versidad on 6 6 Vista COCO riada aia 7 A a a E E A 7 Es VISAS Volu N re enn r N E E E E E E AOA 7 D Tod TaN E AE A A E E N 8 10 clk OINO EA 8 11 li do Edo Lo e E o A 12 12 Panebdes VOM taa 12 13 Modelo tridimensional cccccccccoonccccnnnnnonononannnnnnnnnnononannnnnnnnnnonnnnnnnnnnnnnnonnnnnnnnnnnnnss 13 14 Control de cambio de corte ssssssssererssssssrsrrressssssrrrressssssereresesssserereesssseereresessse 15 15 Control preciso de cambio d COMO espana iaa 15 20 Bot n de reset VieWS cccoooooocccnnnnnnnconnnocnnnnnnnnononnncnnnnnnnnonnnnnnnnnnnnnnonnnnnnnnnnnnononnnnannnnnnnnnns 15 Tabla de ilustraciones Ilustraci n 1 Pantalla principal de la aplicaci n cocoooccnnonocnnnonanonnnnanonnnonaconononocononaninnnnnnoss 3 ilustraci n 2 Ventana para abrir archiVOS vista 3 Ilustraci n 3 Ventana de histograma vrai dt 4 Ilustraci n 4 Histograma con tipo de gr fico Stacked o ooonccccncccnnocnnonanononaccnonacnnnanononarononanoss 5 Ilustraci n 5 Histograma con tipo de gr fico line
7. bot n se realiza la segmentaci n por umbralizaci n de la imagen seleccionada con el valor de umbral indicado 10 30 Al presionar este bot n se realiza la intersecci n de las im genes obtenidas por umbralizaci n 11 10 31 Al presionar este bot n se realiza la uni n de las im genes obtenidas por umbralizaci n 11 Panel de datos Al seleccionar aparece un panel al lado izquierdo de la ventana principal con la informaci n b sica del paciente y de la imagen DICOM obtenidas a partir del encabezado de la imagen de entrada le da e OO MainWindow CBE EuUue a SHTe PATIENT INFORMATION Patient s Name A151 Patient s ID A151 Patient s Sex NA Patient s Birth Date NA IMAGE INFORMATION Pixel Spacing 0 667969 mm Slice Thickness 1 25 mm Reset Views Ilustraci n 12 Panel de datos 12 Panel de volumetr a Al seleccionar aparece un panel al lado izquierdo de la ventana principal con toda la informaci n de las regiones candidatas e O o man MainWindow CHK a wte Objects 124 12 2 0 gt 116705 Select Element gt 12 3 Prev D Next Coordinates X pi yA 12 5 View Location 2D 12 6 View 3D Model Volume Reset Views Ilustraci n 13 Panel de volumetr a 12 12 1 Control de selecci n deslizable se puede cambiar la regi n candidata que se est analizando 12 2 12 3 12 4 12 5 Control preciso para cambiar la regi n candidata que se esta analizando
8. ct a Mask Y None 4 5 Lungs p Mediastinum ET Vessels Intensity Ilustraci n 3 Ventana de histograma e O 706 4 1 Puede seleccionar el tipo de visualizaci n de los datos que m s le convenga para ello puede seleccionar entre Stacked line bar y point Cada vez que selecciona una de esas opciones el cambio del histograma se ver inmediatamente Frequency 136 34402 Ilustraci n 4 Histograma con tipo de Ilustraci n 5 Histograma con tipo de gr fico Stacked gr fico line Ilustraci n 6 Histograma con tipo de Ilustraci n 7 Histograma con tipo de gr fico bar gr fico point 4 2 Puede ver el histograma entre un intervalo deseado cambiando los l mites m nimo y m ximo usando la barra deslizadora al mismo tiempo que cambia los valores en la barra puede ver el valor exacto en el control de selecci n 4 3 4 3 Puede ver el histograma entre un intervalo deseado cambiando los l mites m nimo y m ximo usando este control preciso ya sea escribiendo el valor que desea cambiando el valor con las flechas arriba y abajo del teclado o mediante el clic en el propio control 4 4 Si selecciona la opci n Yes podr ver una lista de im genes disponibles para usar como mascara y limitar el histograma nicamente al volumen dado por la m scara Inmediatamente seleccione una de estas im genes se visualizar el nuevo histograma 4 5 Lista de im genes binarias d
9. ionar este bot n se puede visualizar la imagen de intensidad en escala de grises 10 9 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen modificada por medio de los valores propios 10 10 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de contraste local O la salida del algoritmo de top hat 10 11 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de umbralizaci n de la imagen en escala de grises 10 12 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de umbralizaci n de la imagen modificada por los valores propios 10 13 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de umbralizaci n de la imagen de contraste local 10 14 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de uni n segmentada de candidatos 10 15 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de intersecci n segmentada de candidatos Original Image Median Median Radius 1 3 0 5 7 Perform D Lungs Mask Left Lung s Seed Right Lung s Seed Mediastinum Mask Perform o Vessels Mask 022 Sig 5 Perform 1 Candidate Detection 10 24 erform Gray Images Threshold 10 27 Set Intensity igenValues Bothat rform Segmentation S Intersection Do Union 10 39 Perform lungs mas Ilustraci n 11 Panel de algoritmo desarrollo 10 10 16 Control se selecci n del radio de la mediana se recomienda usar 3 o 7 para evitar tiempos largos de procesamiento 10 1
10. isponibles que servir n como m scara 4 6 Seleccionar para volver a la pantalla principal 5 Vista transversal Al seleccionar cambiar la vista de la ventana principal para mostrar nicamente la vista transversal 16 Podr usar los controles 14 y 15 para cambiar de corte tambi n lo puede hacer usando la rueda de desplazamiento del mouse sobre la imagen Puede cambiar la visualizaci n de la imagen con clic izquierdo sostenido sobre la imagen cambiando la posici n del puntero del mouse adem s puede usar el teclado para realizar las siguientes acciones e Tecla r deja la imagen en su estado por defecto e Tecla control sostenida rueda de desplazamiento del mouse hace zoom o pan a la imagen e Tecla shift sostenida click izquierdo del mouse realizar una traslaci n de la imagen e Tecla 3 imagen multiplexada tridimensional para ver con gafas anaglifo azul roja Al presionar de nuevo 3 vuelve a su estado normal Aunque puede realizar interacci n con la imagen de m s formas las anteriormente descritas son suficientes para las tareas que el sistema debe tener A O O qa my ae EON Ilustraci n 8 Cambio en la visualizaci n de la imagen usando los controles 6 Vista coronal Al seleccionar cambiar la vista de la ventana principal para mostrar nicamente la vista coronal 17 La interacci n con la imagen es la misma descrita en 5 7 Vista sagital Al seleccionar el bot
11. o en el espacio 9 Todas las vistas Al seleccionar cambiar la vista de la ventana principal para mostrar las 3 vistas m s la vista de volumen en la misma pantalla 10 Panel de algoritmo Al seleccionar aparece un panel al lado izquierdo de la ventana principal con los pasos del algoritmo y con botones para ver las im genes que se van creando 10 1 View Original Image View Median a 10 3 View Lungs Mask O i View Mediastinum Mask View Vessels Segmentation maskes cray segmentation View Candidate Detection 00 0 BotHat Q Intensity Q soenvalues 9 Segmentation 10 12 Segmentatio poa segmentatio Union JS nersection Ilustraci n 10 Panel de algoritmo de selecci n de im genes 10 1 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de entrada 10 2 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen despu s de hab rsele realizado el filtro mediana 10 3 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de segmentaci n de los pulmones 10 4 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de segmentaci n del mediastino 10 5 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen en escala de grises que sirve para segmentar los vasos 10 6 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen de realce de vasos en escala de grises 10 7 Al presionar este bot n se puede visualizar la imagen segmentada de los vasos 10 8 Al pres
12. totalmente transparente 13 7 Muestra el modelo tridimensional de acuerdo a los par metros antes descritos 13 8 Bot n para cerrar la ventana y volver a la ventana principal 14 6060 Dialog M Lungs M Vessels Segmentation View Opacity 0 2 Opacity 1 0 Opacity 1 0 Exit Ilustraci n 16 Modelo en tres dimensiones del pulm n y de los vasos usando los controles de opacidad 14 Control de cambio de corte Control de barra deslizadora para cambiar los cortes en cada una de las vistas de la imagen 15 Control preciso de cambio de corte Control preciso para seleccionar un corte en cada una de las vistas de la imagen 20 Bot n de reset views Bot n para dejar el corte de cada una de las vistas por defecto 15
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