BCM2550 – Automne 2010 1A – Connexion à l`environnement
Contents
1. BCM2550 Automne 2010 Cours 1 Introduction UNIX et Perl Le but de ce travail pratique sera de vous familiariser premi rement avec votre environnement de travail soit le system UNIX et dans un second temps vous familiariser avec le langage de programmation que nous utiliserons pour l ensemble de ce cours 1A Connexion l environnement ESIBAC Ouvrir le r pertoire Logiciels sp cialis s Ouvrir le r pertoire Hummingbird Double cliquer sur xdm _esilbac1 xs Saisir Nom d utilisateur et Mot de passe Cliquer sur le bouton Connexion 1B Introduction l environnement Linux SUSE Un certain nombre de logiciels sont disponibles sur l environnement tel qu Open Office Firefox etc Pour lancer des applications par une ligne de commande ouvrir un Terminal ou Console partir du 3eme bouton en bas gauche Ecran Coquillage 2 Introduction aux diff rentes commandes Linux Dans cette section seront d crites certaines des lignes de commandes les plus utilis es sur Linux Ces lignes de commandes vous serviront entres autres vous d placer d un r pertoire l autre afficher ce qu il y a dans un r pertoire copier un fichier afficher le contenu d un fichier modifier le contenu d un fichier etc gt La commande pwd sert voir dans quel r pertoire ou chemin de l arborescence vous vous situez gt La commande ls sert voir ce qu il y a dans votre r pertoire gt La c2. cette s quence d ADN en s quence d ARN Sadn CATGTCATTG Prendre des noms de fichiers en argument Nous voudrions lancer un script de la fa on suivante gt mon script pl lt fichier entr e gt lt fichier sortie gt Pour cela il faudra tre capable d aller chercher les valeurs mises en entr e Ces valeurs sont mises dans une variable sp ciale par Perl Cette variable se nomme ARGV C est un tableau nous verrons les tableaux plus tard Afin de ne pas avoir de probl mes pour notre ex cution nous devrons g rer les exceptions ainsi que les mauvaises utilisations du script Il faudra viter d avoir trop ou peu d arguments Voici comment if ARGV 2 tester le nombre d arguments donnes die erreur il faut 2 arguments n fichier entree ARGV 0 premier argument fichier sortie ARGVI1 second argument L entr e standard SDTIN L entr e standard se lit ligne paar ligne seq lt STDIN gt 1 ligne de l entr standard est lue et stock e dans la variable seq Attention bien enlever le retour de chariot chomp seq Manipulation de fichiers Lecture de fichier La mani re la plus simple d utiliser des fichiers externes et de les lire se fait avec deux commandes Une sert ouvrir le fichier open FICHIER fichier et l autre le fermer close FICHIER Bien s r fichier peut tre remplac par une variable De plus open ENTREE S Sfichier en
3. era la valeur 7 S1 vous tes la recherche d une ligne de commande fautive les commandes print ainsi que la commande exit peuvent vous tre tr s utiles Les conditions if else Voici la structure pour faire un test de conditions if condition Faire l op ration else Faire l op ration Les diff rents symboles utilis s pour r aliser des tests lt gt lt gt Pour les chiffres gt lt ge le eq Pour les cha nes de caract res Les signes logiques vous permettent de voir plusieurs conditions diff rentes la fois amp amp Op rateur et Op rateur ou Exemple print quelle est la date de naissance de mozart n print entrez une ann e annee lt STDIN gt print entrez un mois Smois lt STDIN gt if annee 1756 amp amp mois eq janvier print bravo n else print erreur n if annee 1756 mois eq janvier print au moins l une des deux r ponses tait correcte n else print vraiment tout faux n Faites plusieurs exemples afin de bien comprendre ces op rateurs ils seront tr s importants Commande de substitution Il est tr s facile en Perl de faire des changements dans une cha ne de caract res Il s agit d tablir une nouvelle variable avec la commande de substitution Voici comment l utiliser nouvelle variable s Ancien Nouveau g Comme exercice changez
4. ez pas et de commenter son code signe suivi des commentaires Ex Mon premier commentaire Il est important pour indiquer votre syst me qu il s agit d un script Perl de mettre un en t te dans votre fichier script la premi re ligne usr bin perl w Cet en t te indique au syst me le chemin prendre pour aller trouver l interpr teur de code L impression l cran et les variables Comme premier exercice commencez par faire une impression l cran avec la commande print print Bonjour le monde print Bonjour le mondel print Bonjour le monde Vous pouvez aussi cr er une variable scalaire et imprimer celle ci l cran avec la commande print Sdna CATTAG print S Sdna Si vous voulez jouer avec des chiffres Perl interpr tera les lignes de commandes que vous lui donnerez Sa HSE b a 4 print b Vous imprimera 9 c a 4 print c Vous imprimera 54 d cent print a d Vous imprimera 5cent Le caract re n vous permet de faire un saut de ligne lors de l impression Ainsi print Bonjour le monde Donnera Bonjourlemonde et print Bonjour n le n monde n Donnera Bonjour le monde Une fonction utile lorsqu on travaille avec des cha nes de caract res string est la commande length qui nous donne la taille de la cha ne mise entre parenth ses print length Bonjour Imprim
5. fichiers archiv s tar tar xzvf fichiers archiv s tar gz gt Un diteur de texte tr s bien et pas trop complexe qui vous permettra d crire vos programmes gedit o Pour ouvrir un fichier texte gedit fichierl amp Le signe amp vous permet de pouvoir continuer vous servir de votre terminal lorsqu un autre programme est en marche gt La commande chmod vous servira changer les diff rentes permissions pour ex cuter ou permettre d autres utilisateurs que vous de voir ou de modifier un fichier o chmod ugo rwx fichierl o u utilisateur g groupe o other ou ajouter ou enlever r droits de lecture w droits d criture x droits d ex cution o Pour vos scripts il vous faudra autoriser l ex cution chmod u x 3 Introduction Perl Maintenant que vous savez comment utiliser votre environnement de travail nous pouvons aborder les choses s rieuses Cette section sera une introduction afin que vous soyez capables de faire un script Perl de base Afin de lancer un script Perl il vous faut soit changer les permissions du fichier script ou le lancer de la fa on suivante gt perl script pl O script pl est le nom du script De bonnes habitudes prendre d s le d part en programmation sont de sauvegarder souvent vos travaux faire des copies de sauvegarde fr quemment au cas o vous feriez des modifications f cheuses qui occasionnent de nouveaux probl mes que vous n avi
6. ommande cd pour change directory nous permet de changer de r pertoire o cdnom du r pertoire gt La commande mkdir nous permet de cr er un nouveau r pertoire o mkdir nouveau r pertoire La commande rmdir nous permet d effacer un dossier vide o rmdir dossier effacer La commande cp nous permet de copier un fichier ou un dossier o cp fichierl fichier2 o cp r dossierl dossier2 o cp fichierl dossierl Copie le fichier1 dans le dossierl o cp fichierl dossierl fichier2 Idem sauf renomme fichierl La commande mv nous permet de d placer un fichier ou un dossier o M me syntaxe que pour cp La commande man nous permet de voir le manuel d utilisation pour une autre commande o manls o Pour quitter le manuel appuyez sur q La commande more nous permet de voir et naviguer dans le contenu d un fichier o less fichierl o Pour quitter appuyez sur q La commande gzip nous permet d archiver un fichier ou un dossier et la commande gunzip nous permet de les d sarchiver o gzip fichier Attention votre fichier original devient fichier gz o gunzip fichier gz La commande tar permet de cr er un fichier archiv de plusieurs fichiers et ou dossiers o tar cyf fichiers_archiv s tar fichierl dossier1 o gzip fichiers_archiv s tar Devient fichiers archiv s tar gz o tar czyf fichiers archiv s tar gz fichierl dossier1 Combine les deux premiers o Pour d compresser tar xvf
7. tree or die Impossible d ouvrir le fichier n Si le fichier n existe pas le programme quitte seq lt ENTREE gt 1 ligne du fichier est lue et stock e dans seq close ENTREE Ecriture dans un fichier Si nous voulons crire dans un fichier il faut ajouter le caract re d criture gt open SORTIE gt fichier sortie Pour crire dans un fichier il s agit de faire la commande print mais avec le nom du fichier dans lequel nous voulons crire tout juste apr s le mot print print SORTIE CATAGGA n
Download Pdf Manuals
Related Search