Evolution logiciel tnpc version 7 - Archimer
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1. le nom de la Calibration facultatif n ant moins choisir TWAIN_calib pour l acquisition scanner Lors de la premi re utilisation scanner cette calibration n est pas encore cr e Elle sera automatiquement cr e et incrust e aux images lors de la num risation TWAIN_calib sera automatiquement pris en compte pour toutes acquisitions scanner si incrustation de la calibration est coch e dans les param tres d acquisition images Pour les autres types d acquisitions choisissez la calibration souhait e sachant que vous pouvez y revenir par la suite Cocher la case Travailler avec une base si n cessaire R initiahsation de l acquisition et des contr leurs sont viter si les r glages r alis s sont bon puis sur OK Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 G n ralit s TNPC 6 1 2 Cr ation d une base de donn es Une fois que le logiciel TNPC est ouvert allez dans la barre d tat en bas gauche et s lectionnez l onglet Base de donn es Figure 2 si dans la fen tre Information globale pr c demment voqu vous avez coch l option Travailler avec une base TNPC vous place directement dans cet onglet Allez ensuite dans Fichier Nouvelle base et nommez la nouvelle base cr er et cliquez sur Cr ation La cr ation d une base de donn es n est pas obligatoire mais s av re tr s utile pour de nombreuses applications sur l2. Thresolding Process Expos E dos detection Edge precisson 1 0 Ri Analize Messures group Basic Figure 36 Onglet Process Le second encadr est le groupe de mesures que vous souhaitez r aliser sur vos chantillons Il existe d origine des groupes de mesures pr d finies mais g n ralement il est n cessaire de r aliser son propre groupe de mesures Pour cela 1l faut cliquer sur ce bouton D Une nouvelle fen tre s ouvre Measures selection Figure 37 ll Measures Selection Messures hat Measures group C9 Banc 1 a Coccouwrence O Bindaas C Feret l 5 BinShape CJ Geometry 0 BoundingBos t Ca Histogram amp 0 FeretDiameters C9 intensity C Fourier LC Intercept 33 GreyMoment L Locate C intercepts IL Other Moments C Segnen HO Pobolnprox Ci Use 0 AidMessuwres C2 S eOnentahon E e C3 test f LI iiphame C9 VaDiameters Diescnption i Close Figure 37 S lection des mesures i Add Pour cr er un groupe de mesures vous devez cliquer sur ce bouton un nouveau dossier nommer va se cr er dans la partie de droite Vous pouvez ensuite y Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme 36 ins rer les mesures souhait es situ es dans la partie gauche l aide des doubles fl ches 2 Pour certaines mesures il existe des param tres suppl mentaires exemple le choix du nombre d harmoniques souhait es pour l
3. image num ris e 1l va filtrer ces objets pour conserver les 50 objets les plus proches de la surface moyenne de l ensemble des 60 d o l int r t d avoir un chantillon homog ne Pour plus d informations sur l utilisation de l onglet acquisition voir le manuel d utilisation de TNPC Mah et al 2010 http www tnpc fr Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 10 2 Acquisition par scanner Pour pouvoir utiliser l acquisition scanner 1l faut au pr alable que le logiciel de ce dernier soit bien install et reconnu par TNPC Apr s l installation du scanner pour v rifier que ce dernier gt Er soit bien compatible allez dans TNPC sur la barre d acquisition scanner DDD et 7 T cliquer sur le dernier bouton de la s ri D Ce bouton vous permet de s lectionner le scanner utiliser et ainsi de v rifier que ce p riph rique a bien t reconnu les exemples suivants sont tir s de l utilisation du scanner Epson V750 Figure 7 S lectionner une source S OUTC E EPSON Perfection 3490 3590 2 76 32 32 EPSON Perfection Y 00 50 3 83 32 32 WI EPSON Perfection W700 r50 1 0 3 S lectionner Annuler Figure 7 S lection du scanner Le premier bouton D de la barre scanner permet de lancer le logiciel du scanner et le second permet de r aliser une num risation totale du scanner sans passer par l interface du scanner Si un message d erreur appara
4. l aide d une cam ra et enfin l analyse de forme Ces 4 l ments seront d velopp s dans la documentation suivante Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 G n ralit s TNPC 5 1 G n ralit s TNPC 1 1 Ouverture du syst me Allumer l ordinateur et le scanner et ouvrir le logiciel TNPC 7 0 gr ce l ic ne RS tu e sur le bureau ou dans le menu D marrer A louverture du logiciel une fen tre Information globale Figure 1 appara t avec Information globale coudard Guffise G merlan bleu Merlan bleu TWAIN calib R initialiger l acquisition R initialiser les contr leurs Y k Figure 1 Fen tre d information globale au lancement de TNPC 7 0 le nom du Lecteur automatiquement rempli par le nom d ouverture de session de l ordinateur le Suffixe facultatif mais pouvant tre utile lorsqu il y a plusieurs utilisateurs d une m me base le Dossier de travail emplacement dans lequel seront enregistr es les donn es choisir parmi les diff rents r pertoires propos s ou pouvant tre cr il est conseill que pour acquisition automatique par scanner ou platine motoriser de travailler en local sur C pour une question de rapidit d ex cution _ l esp ce tudi e il est tr s utile de renseigner ce champ si vous avez d j r alis une sauvegarde de param tres sous le m me nom d esp ces attention bien garder la m me orthographe
5. analyse des ellipses de Fourier un clic droit sur le nom de la mesure permet d y acc der Une fois le groupe de mesures finalis vous pouvez fermer la fen tre en cliquant sur Close Vous pouvez ensuite retourner dans le second encadr Measures group Figure 36 et s lectionnez le groupe de mesures que vous avez cr Puis vous pouvez passer au troisi me onglet pour pouvoir sauvegarder les r sultats qui seront obtenus Figure 38 Dans cet onglet 1l est n cessaire de cocher l ensemble des sauvegardes d sir es et choisir le format dat format texte ouvrable avec Word pad ou bloc note par exemple Thr solding Process Export M Save the contour dat MW Save the analysis M Add inthe databasa NW Export to Result iemer Figure 38 Enregistrement des r sultats des analyses de formes Une fois les trois onglets param tr s vous pouvez r aliser l acquisition des analyses de formes voulues Pour cela vous pouvez optionnellement r aliser un premier test en cliquant sur ce bouton al et ainsi v rifier que la m thode s lectionn e est efficace si tel est le cas cliquer ensuite sur 3 Un tableur va appara tre comprenant les r sultats des analyses demand es pour la pi ce calcifi e affich e Si les r sultats vous conviennent vous pouvez ensuite cliquer sur ce bouton pour valider Automatiquement TNPC passera l image suivante si vous travaillez en base de donn es et vo
6. ensemble d un groupe d images conversion du format annotations analyses de formes Fichier Affichage Outils Vba Aide olala slaa a sle tal e aHaj 2 z no cain FJA ell r Hisa Table Vues Options Outils onmeenntient Ouvrir une base Fermer la base Importer une base Excel image aucune F Lecture seule Jeju Ajouter l image courante Ajouter une image Ajouter un r pertoire i amj x EE BE lets HO HIT HI mi w E Fichiers Traitement Base de donn es da Tapes Pr t NUM Figure 2 Fen tre TNPC pour la cr ation d une base de donn es Pour plus informations sur l utilisation des bases de donn es voir le manuel d utilisation de TNPC Mah et al 2010 http www tnpc fr Oudard et al 2012 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 G n ralit s TNPC 7 1 3 R glages des param tres d acquisition Allez ensuite dans l onglet TNPC 7 puis dans Acquisition et cliquez sur afin de rentrer les diff rents param tres d acquisition Figure 3 Pa TNPC Fichier Affichage Outils Vba Aide plela slaa al sel alala ele wla 23S zL Lecteur coudard Dossier de travail Q merlan bleu Esp ce Merlan bleu Suffise Acq 1 amp 2 a m 2 a a xf KE Er BEBE EE Figure 3 Fen tre d enregistrement des param tres d a
7. faut que le couvercle soit ferm sans utiliser les rehausseurs du capot Figure 14 L utilisation de ce mode est r alisable sur de fables paisseurs otolithes in toto ou coupe La lumi re se situant dans le capot claire la partie convexe de l otolithe toujours pour l exemple de la Plie et l acquisition se r alise sur la partie concave pos e sur l embase du scanner Il est donc n cessaire que les deux parties du scanner embase et capot soient ferm es ce qui permet une bonne synchronisation entre l acquisition de l embase et la lumi re transmise du capot ce qui est laborieux obtenir s il y a utilisation des rehausseurs capot difficile mettre de niveau et d aplomb Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 16 Rehausseur du capot utilis pour la num risation d chantillons plus volumineux Figure 14 Scanner en mode transmis Si nous voulons obtenir des acquisitions pouvant faire l objet d estimations d ge en lumi re transmise nous devons r aliser pr alablement une r hydratation des otolithes observ s in toto Figure 15 ou badigeonner les lames d huile pour am liorer le contraste entre les diff rentes zones annuelles Figure 15 R hydratation des otolithes pour interpr tation in toto Ensuite d posez les pi ces calcif i es sur le scanner et fermer le capot d licatement pour ne pas bouger les chantillons Pour viter tout artefact pris en
8. le groupe associ de mesures et leurs sauvegardes gt le choix de la m thode de d tourage de l otolithe et du plan de travail IEICE GEF UE 1172 Current database C Documents and Setings releboo Bureau testhtest mdb Export directory gt Documents and Settings releboo Bureau est analyses de formes 3 M Edge detection Otokh thresoldng Edge precision 0 5 Interactive C Factorisation M Save the contour dat C Entropy C Moment C Background M Analyze N EE Measures groups t D Automatic thresold Background es x Color channel CTP M Savethe analysis EM M Export to ResulViewer VW Anse Cancel Figure 40 Param trage de l analyse de forme en base de donn es Pour plus d informations sur le choix des param tres se r f rer au chapitre 5 2 2 2 L p Anabyze Une fois cette tape r alis e cliquez sur ce bouton pour lancer le processus Une fen tre comportant un tableur avec l ensemble des donn es acquises va Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme 38 s ouvrir Vous pouvez exporter directement ce tableur sous Excel en cliquant sur l un ou l autre de ces boutons EE se situant au dessus du tableur la fin du traitement Les mesures individuelles sont aussi sauvegard es si demand dans le dossier MSR du dossier de travail concern ainsi qu un fichier texte comportant un tableau r capitulatif des mesures r alis es sur l ensemble des chantillons E
9. mont sur une loupe binoculaire Zeiss Discovery V20 motoris e en Z Dans un premier temps 1l est n cessaire d effectuer la proc dure d taill e dans le chapitre 1 ouverture de TNPC et ouverture d une base de donn es Ensuite cliquez sur l onglet Stage et r alisez un home D pour param trer les diff rents axes motoris s X Y Z en leur point 0 Figure 21 Y ioa 1 nep Pax 36720 at TT on Pag Z 7151 Tce d cocndnates Ce Lyme C Aerie E Fa Ps Px Larre wanmi o E VEA Hacio E o E W HT 0 il wi a lt X Process A Stage Database amp 4 Figure 21 Onglet Stage Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que 24 Ensuite activez la cam ra et placez vous sur une pi ce calcifi e pour r aliser une mise au point rapide pour cela vous pouvez activer le joystick en cliquant sur ce bouton Ensuite s lectionnez le grossissement souhait en cliquant sur Une fen tre appara tra Figure 22 et vous pourrez modifier le zoom instantan ment et finaliser cette op ration en cliquant sur Refresh En fonction de la motorisation de la binoculaire ou du microscope TNPC est capable de changer les intensit s lumineuses de changer de filtres cubes pour lumi re fluorescente par exermple dans cette m me fen tre Si la motorisation en Z n est pas pr sente sur l appareillage cette fen tre ne peut tre disponible St
10. t Figure 8 v rifier que le scanner est bien allum et connect EPSON Scan EPSON Scan ne peut pas tre d marr veuillez utiliser l Assistant D pannage pour r soudre le probl me Voulez vous ouvrir l Assistant D pannage Figure 8 Message d erreur Pour plus d informations sur l utilisation de la barre d acquisition voir le manuel d utilisation de TNPC Mah et al 2010 http www tnpc fr Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 11 2 1 Disposition des pi ces calcifi es sur le scanner L ordre de disposition des pi ces calcifi es sur le scanner est important En effet la 17 pi ce calcifi e qui sera reconnue par le logiciel TNPC sera celle situ e dans le coin sup rieur droit de la vitre du scanner Figure 9 Il est donc n cessaire d y placer la pi ce calcifi e n1 Citolithe n20 j Citolithe n1 Citolithe ngl Figure 9 Disposition des pi ces calcifi es sur le scanner Ensuite les pi ces calcifi es vont tre reconnues successivement sur la premi re ligne jusqu la pi ce calcifi e finissant la ligne dans cet exemple n20 La pi ce calcifi e n21 sera donc celle directement plac e sous la pi ce calcifi e nl et ainsi de suite Une fois la 1 ligne plac e il est possible de v rifier que celle c1 est bien incluse dans le champ d acquisition du scanner en r alisant un aper u de la zone d acquisition Figure 10 Pour viter tout probl me il fa
11. 00 v2 4 n pa 0 i L D LS U ERE Tres G r s Naite Mons AE 12 bt4 C1 0 Nurda de la pachais acabin 12 P Maerrageus T wh o a o A 0 Mors dez pasarsbisar Pie coran gt Sequres Process range DD ram Figure 19 D coupe des images Plus le nombre de traitements demand s au logiciel est important plus le temps de d coupe des pi ces calcifi es sera long Il est pr f rable de ne lancer aucune autre application et de travailler en local sur le disque C par exemple Il est possible de v rifier que le logiciel fonctionne toujours en allant dans la gestion des t ches processus et observer si le visilog exe utilise toujours de la m moire donc toujours en cours de traitement Figure 20 Gestionnaire des t ches de Windows Fichier Options Affichage Applications Frocessus Performances Mise en r seau Mom de l image Mom de l utilisateur Processeur Util m moire PhotoshopElemen SYSTEM 1 564 Ko Processus inactif SYSTEM 0 KO PSIService exe SYSTEM 2 fac ko gttask exe releboo z2 60 KO realsched exe releboon 208 Ko services EXE SYSTEM 5 1532 ko Sict3 exe SYSTEM 3 308 ko sms5 ExE SYSTEM 444 Ko spools exe SYSTEM SSiZ Ko stsvstra exe releboo 6 860 Ko svchost exe SYSTEM 4 926 Ko svchost exe SYSTEM 5 568 Ko svchost exe SERVICE R SEAU 4 644 Ko svchost exe SYSTEM 25 06 Ko svchost exe SYSTEM 3 604 Ka svchost exe SYSTEM 3 336 Ko svchost exe SERYICE
12. LOCAL 3 508 KO System SYSTEM 252 ko taskmgr exe relleboon 4 688 Ko Wisilog exe releboo 65 125 ko winlogon exe SYSTEM _ Afficher les processus de tous les utilisateurs Terminer le processus Processus 44 LC utilis e 15 Charge d di e 507 Mo j Figure 20 Gestion des t ches Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 22 2 5 Qualit des images et temps d acquisition associ L acquisition scanner permet de r duire consid rablement le temps d acquisition des images par rapport la m thode dite manuelle En effet titre d exemple 1h15 sont n cessaires l acquisition de 140 images sous loupe binoculaire contre 40 minutes l aide du scanner Les temps d acquisition et la taille des images r alis es gr ce au scanner diff rent selon la r solution choisie Tab 1 mais restent nettement inf rieurs la taille obtenue par une loupe binoculaire qui est de l ordre de 2 6 Mo en fonction des r glages cam ras Tableau 1 Temps d acquisition et taille des images r alis es gr ce au scanner selon la r solution choisie R solution ppp Image Taille de l image Temps d acquisition 140 images Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que 3 Acquisition Mosaique 3 1 G n ralit s pour l acquisition automatique L ensemble des explications ci dessous est bas sur une platine motoris e en X Y Marzhauser quip e d un contr leur tango
13. Microscope 4 Autofocus E Charger LA Sauver Sauver sous Simuler Aide Par zone ac Par points Pr f rences Psx 0 f of 0 esy of of o Xy Lire P1 Xy Lire P2 xy Validation des points D finition par nombre de champs xt D x D Yi i Y2 i X du nombre total de champs Distance entre 2 champs 4 X Distance entre 2 champs 4 Y Distance depuis le demier point Zone de recherche delta Z Figure 23 Fen tre des param tres platines La platine motoris e est mat rialis e dans TNPC par une multitude de positions sur les axes X et Y Concr tement il est n cessaire dans TNPC d identifier les deux points extr mes et oppos s P1 et P2 de la zone d int r t en l occurrence l emplacement des chantillons en rond rouge sur la Figure 24 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que 26 Figure 24 Lames d otolithes sur platine motoris e Pour cela il faut se d placer l aide de TNPC sur le premier chantillon ici le premier otolithe de la premi re lame en haut gauche encercl de rouge sur la Figure 24 pour l obtenir dans le champ cam ra il peut tre utile de r aliser une petite mise au point rapide et ensuite cliquez sur Get PI dans l onglet trajectoire de la fen tre des param tres Figure 25 Ensuite r alisez la m me op ration pour le dernier otolithe en bas droit de l ensemble et cliquer sur Get P2 By zo
14. Moment C Background r Color channel Green bd Figure 34 Shape analysis Trois sous onglets apparaissent Thresoldding comportant les diff rentes m thodes de d tection du contour de l objet 1 Interactive vous permet de s lectionner le contour de la pi ce calcifi e Figure 35 l aide d un seuillage bas sur la couleur des pixels Apr s avoir obtenu le contour d sir rouge cliquer sur ok 5 Fu fees ir Figh ar des Pih panat ieke M ragin FERA M 1 Fer Figure 35 S lection du contour par Interactive 2 Entropy Factorisation Moment et Background sont des m thodes automatiques de d tection du contour bas es elles aussi sur la couleur des pixels Pour plus de renseignements se r f rer la documentation Visilog Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme cs Il est conseill de r aliser quelques tests avec ces diff rentes m thodes avant de l appliquer Vous pouvez cliquer sur ce bouton et ainsi visualiser le contour s lectionn Une fois la m thode s lectionn e passez l onglet suivant Process Figure 36 Dans cet onglet le premier encadr Edge precision est la pr cision de d tection du contour au pixel pr s 0 5 par exemple correspond une d tection du contour au demi pixel pr s Dans le cas d une faible r solution de cam ra 1l est conseill d affiner cette pr cision de d tection
15. Romain Elleboode Cl mence Oudard K lig Mah IFREMER Centre Manche Mer du Nord Laboratoire Ressources Halieutiques P le de Scl rochronologie Ifremer A SCLERO Evolution du logiciel TNPC de la version 5 la version 7 Open Acquisition Evolution du logiciel TNPC de la version 5 la version 7 Date 14 08 2015 Version VO Ao t 2015 sommaire La LICE 6 10 LD 64 1 0 sissies aaa aaa RER 4 1 G n ralit s TNPC nnnnnnnnnnnrnsncnarnemanarnenannenenenncnenesnanenasnnnenacnunenecnunennune 5 1 1 Ouvernure dU SySIEME HR nt ne need eh a men a a tien 5 1 2 Gr alion d Un pase de TONA SS En ne nnn nes a a a 6 1 8 R glages des param tres d acquisition 7 2 Acquisition par SCANNEF 55 5 2 4020 soue doccnncesecnsnc css seessesnseececee ne 10 2 1 Disposition des pi ces calcifi es sur le scanner 11 2 2 R glages du scanner pour une acquisition en lumi re r fl chie des otolithes 12 2 3 R glages du scanner pour une acquisition en lumi re transmise des otolithes 15 2 4 Acquisition et num risation des images par Scanner ss ssssssreessnrresrrrrornrresrrrrrsrrrene 19 2 5 Qualit des images et temps d acquisition associ 000nnonannnaannnnannnnennnenenennnnrrnnnne 22 3 Acquisition MOSAIQUE 5 555 r00 n20 cscecde notes ones encres ite sites inet ceci eniee 23 3 1 G n ralit s pour l acquisition automatique naannnneoeann
16. chaque nouvelle acquisition et supprim es dans la fen tre Imagettes l ordinateur conservant l ensemble en m moire vive au contenu limit le mode Disk a une plus grande capacit de stockage mais contraint r aliser un traitement sur vid o par la suite car vous pouvez obtenir un r sultat n ayant pas les m mes caract ristiques que l image live Figure 32 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition vid o 31 Une fois le param trage r alis vous cliquez sur ce bouton pour lancer l acquisition vid o El Si vous obtenez avec la m moire Disk une vid o de mauvaise qualit Figure 32 il faudra proc der un traitement Pour cela allez dans l onglet Traitement Traitement bas droit de la fen tre principale S PC Acg0207_21 exs pelaj xaa a sle Aala elel aBa 21918 E ll esaa A el zma x EIE l rls elelsjo ala Figure 32 Image issue d une vid o r alis e en m moire Disk Dans l onglet Traitement tapez bayer2rgb puis cliquez sur entrer et s lectionnez bayer2rgb Figure 33 S lectionnez la s quence vid o transformer cet emplacement i Soit dans le choix champ droit si l image est pr sente dans les imagettes ou dans la fen tre d aper u soit par un clic droit pour ouvrir le dossier contenant la vid o Puis en dessous vous avez bien le traitement voulu de bayer2rgb
17. compte lors du d coupage d otolithes par TNPC viter les gouttes d huile ou d eau sur le scanner en les essuyant Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 17 Puis passez directement la num risation sans perdre trop de temps car les otolithes in toto S opacifient rapidement lors du s chage Dans le menu Mode choisir Mode professionnel Dans le menu Param tre choisir Configuration actuelle Dans le menu Original pour gt Type de document choisir Film av guide zone films gt Type de film choisir Film positif couleur Dans le menu Destination pour gt Type d image choisir en fonction des besoins 24 bits Couleur format utilis pour des photos couleur gt R solution choisir en fonction des besoins 2400 ppp est un bon compromis entre rapidit de num risation et d finition de l image pour effectuer des interpr tations ult rieurement ou analyses de formes gt Taille du document correspond largeur et hauteur du champ de prise de vue du scanner Format cible Z choisir Original v Nettet K ce traitement am liore la nettet de limage mais demande beaucoup de m moire vive au scanner pouvant donc provoquer un message d erreur Le niveau moyen peut tre facilement utilis pour des faibles r solutions D tramage pas n cessaire sur les otolithes Restauration de la couleur pas n cessaire sur les otolithes Correction du
18. cquisition Un sous menu Acquisition appara t dans lequel il faut entrer le nom g n rique choisi pour la s rie d chantillons et dans Num ro de la prochaine acquisition choisir le num ro attribu au 1 otolithe qui sera num ris Figure 9 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 G n ralit s TNPC 8 Onglet Traitement 1l est conseill de r aliser des tests sur des sous chantillons avant une num risation ou acquisition global Dans le sous menu G n ral Figure 4 cochez Incrustation de la calibration et si besoin Ajout dans la base de donn es La sauvegarde des images dans le format im6 ou tif permet de conserver les m tadonn es associ es l image Vous pouvez effectuer une sauvegarde des param tres de TNPC si n cessaire ou r cup rer I A j une sauvegarde pr alable partir de ces quatre boutons 2 Il est conseill de r aliser la sauvegarde avec le m me nom d esp ce utilis dans la premi re fen tre Information globale Ceci permettra la r ouverture de TNPC Figure 1 avec le m me nom d esp ce d obtenir automatiquement l ensemble des informations pr alablement sauvegard es sous le m me nom Acquisition Annotations Analyse de forme Live 2 A a 2 5 e xjl rem y Acquisition Traitement G n ral Fit N M Incrustation de la calbraton W Ajout dans la base de donn es Plan de travail Vert z Format de sauvegarde
19. dosac MosacW hOve lan Trandsbonlblties Figure 26 S lection de la Macro Vba et du Projet Fnpc 7 PONE Ensuite passer dans l onglet TNPC7 La rez et suivre les indications du chapitre R glages des param tres d acquisition 3 2 Acquisition automatique d une mosaique Une fois les r glages de l acquisition r alis s il faut cliquer sur ce bouton du sous onglet acquisition de l onglet TNPC 7 Al stage acquisition mosa que Ensuite TNPC va d placer la platine motoris e au centre de la mosa que pour demander de r aliser une mise au point fine pour faciliter la mise au point il est toujours possible de r aliser un d placement de la platine motoris e pour se focaliser sur un chantillon puis cliquer sur ok Figure 28 Il est possible de r aliser un auto focus chaque champ pour cela 1l existe diff rentes m thodes pour plus d informations sur ce param trage voir le manuel d utihsation de TNPC Mah et al 2010 http www tnpc fr Pour finir une fen tre appara t Figure 29 nous permettant de suivre l avancement de l acquisition Une fois l acquisition termin e la mosa que r alis e s affichera quelques secondes la place du champ camera et sera ensuite enregistr e dans la base et ou dans le dossier de travail voulu Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que 28 3 3 Acquisition automatique d une mosa que avec d coupe d otolithes Une fois les r
20. e longue un message d avertissement ignorer peut appara tre avant le lancement de la num risation Apr s la num risation de la zone s lectionn e le logiciel du scanner se ferme automatiquement et appara t l cran le logiciel TNPC avec une fen tre D coupe d images Figure 17 D coupe d images Identification des otolithes Nombre d otolithes 16 Nombre de lames Par ligne 1 Parcolonne 1 Fond entre les lames e Fond blanc C Fond noir Couper w Annuler Figure 17 D coupe de l image globale Dans cette fen tre 1l nous est demand dans un premier temps de noter le nombre total d otolithes positionn s sur le scanner Ensuite 1l nous ai demand le nombre de lames par ligne et par colonne s il n y a pas de lames et que le travail est effectu directement sur des otolithes entiers il faut laisser 1 par ligne et 1 par colonne Pour finir il faut s lectionner le fond entre chaque lame pour que TNPC puisse facilement les dissocier Le fond n a aucune importance si on travail sur une s rie d otolithes entiers i Couper Vous pouvez finaliser en cliquant sur 7 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 20 Ensuite TNPC lance le d coupage des lames et des otolithes nous pouvons observer la progression des diff rentes taches dans la barre d tat Figure 138 Lecteur teleboo f 1 1e r ss s aa erfi o T n ry t
21. eREO Manager Zoom f lt 1 x0 75 Switch RL TL Light Manager KL 2500 LCD v al 4 Figure 22 Ajustement du zoom Une fois ces param tres r gl s vous pouvez fermer cette fen tre et retourner l onglet stage Dans cet onglet il est n cessaire de v rifier que le zoom par exemple 1 587 dans la Figure 22 soit identique Manif Manification Figure 21 Sinon s lectionnez le Manif appropri si la valeur de zoom choisie ne correspond pas aux valeurs observ es dans Manif s lectionnez 1 et TNPC r alisera lui m me sa propre calibration en fonction du zoom s lectionn V rifiez galement que l objectif utilis corresponde bien au Lens affich dans cet exemple 0 63 Figure 21 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que Il est indispensable lors de la premi re utilisation de r aliser des calibrations et de param trer ces derni res dans la fen tre Param tres de l onglet stage Pour plus d informations sur ce param trage voir le manuel d utilisation de TNPC Mah et al 2010 http www tnpc fr Il est maintenant n cessaire de param trer la trajectoire de la platine motoris e pour pouvoir r aliser une mosa que de l ensemble des chantillons Il faut cliquer sur ce bouton c en haut de l onglet stage pour obtenir la fen tre de param tres Figure 23 g Param tres E S FA Trajectoire da Platine
22. en dessous s lectionnez auto et en avant derni re ligne cliquez sur le bouton et choisir bilinear si cela ne vous convient pas testez les autres options color_ratio et gradient Le nom de la vid o peut tre inscrit la place de image 1 puis cliquer sur Ga sauvegardez si besoin Miscellaneous Color Tools Choix 2D 2D 3D 3D a bayer2rgb Auto bilinear Imagel Go Last New Fichiers f Traitement A Platine pl Figure 33 Etapes de traitement de la s quence vid o Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition vid o 32 Remarque pour chaque vid o il est possible d extraire une ou plusieurs images de cette derni re A l heure actuelle il n est pas possible de travailler en base de donn es avec les acquisitions vid o les vid os sont une alternative ponctuelle Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme 33 5 Analyse de forme 5 1 Images pour les analyses de formes Pour pouvoir r aliser une analyse de forme 1l faut dans un premier temps avoir des images de bonne qualit Une image de bonne qualit pour l analyse de forme sous TNPC est d finie par diff rentes caract ristiques gt elle doit comporter un seul chantillon par image gt l chantillon doit tre centr et bien cadr gt l image calibr e sa calibration et son format d image doivent tre reconnus par TNPC les images non compress e
23. ginal pour Original gors psp Om i gt Type de document choisir Opaque ource du document itre d exposition v e o ejo ooe E z gt Source du document choisir Vitre d Exposition Option d uto Exposition Photo N gt Option d Auto Exposition choisir Photo En 24 bits Couleur x RES Dans le menu Destination pour R solution zj PPP Taile du document wj 2158 H 297 2 mm x gt Type d image choisir en fonction des besoins 24 bits Fee Origina 4 Couleur format utilis pour des photos couleur Ajustements j A b as gt R solution choisir en fonction des besoins pour l analyse de me mas R initialiser gt 1 a gt forme 2400 ppp points par pouce un bon compromis entre OF Nettet lt rapidit de num risation et d finition de l image pour ieau oyen Y 3 4 i Kri Moy xl effectuer des interpr tations ult rieurement ou analyses de F D tramage Type d impression Classique v forme Boo gt Taille du document correspond largeur et hauteur du Correction du r tro clairage ne die ae champ de prise de vue du scanner M D poussi rage gt Format cible Z choisir Original Niveau Moyen Or gt Nettet K ce traitement am liore la nettet de l image mais 2 a demande beaucoup de m moire vive pouvant donc provoquer Si in D nie un message d erreur Le niveau moyen peut tre facilement utilis pour des faibles r solutions amp ide H Conf
24. glages de l acquisition r alis s 1l faut cliquer sur ce bouton du sous onglet acquisition de l onglet TNPC 7 al dl Une fen tre va s ouvrir o vous devrez noter le nombre d otolithes identifier puis cliquer sur ok Figure 27 icMls idani cet mou Mae of oiy ta Figure 27 Identification des otolithes Ensuite TNPC va d placer la platine motoris e au centre de la mosa que pour demander de r aliser une mise au point fine pour faciliter la mise au point 1l est toujours possible de r aliser un d placement de la platine motoris e pour se focaliser sur un chantillon puis cliquer sur ok Figure 28 l Please adjust the Z position until the image is Focused Figure 28 Fen tre demandant d ajuster le focus Cette mise au point sera ensuite conserv e pour l acquisition de l ensemble des champs de la mosa que Remarque 1l est possible de r aliser un auto focus chaque champ pour cela 1l existe diff rentes m thodes pour plus d informations sur ce param trage voir le manuel d utilisation de TNPC Mah et al 2010 http www tnpc fr Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que 29 Trajectory re Figure 29 Vision globale de la trajectoire de la mosa que Une fois la mosa que r alis e TNPC passera par diff rentes tapes de filtres et de d coupes d images similaires ceux pr sent s dans la Figure 18 Ensuite les images individuelles seront o
25. iguration Fermer C P p g gt D tramage pas n cessaire sur les otolithes PIgUre enee gt Restauration de la couleur pas n cessaire sur les otolithes d enregistrement des param tres du scanner gt Correction du r tro clairage B pas n cessaire sur les acquisition r fl chie otolithes gt D poussi rage Comme pour la nettet l utilisation de cette option peut provoquer un message d erreur mais am liore la qualit de l image D per u Cliquez sur et r ajustez si besoin la position des diff rentes pi ces calcifi es sur la vitre du scanner et r alisez un nouvel aper u Vous pouvez maintenant effectuer vos diff rents r glages des param tres l aide du bouton en particulier contraste et clart instantan ment visible sur l aper u Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 15 2 3 R glages du scanner pour une acquisition en lumi re transmise des otolithes Cette acquisition est en r alit une application du scanner pour la num risation de diapositives ou films pas forcement disponible sur tous les scanners Dans le couvercle du scanner une lampe est incorpor e un cache doit tre t pour pouvoir observer la vitre pouvant permettre une acquisition en lumi re transmise Figure 13 Vitre d exposition et lampe Figure 13 Scanner pouvant effectuer une acquisition transmise Pour obtenir une num risation de qualit par ce syst me 1l
26. n CN rF pa l amp se ta i amp UT Esp ce Pie commune pm pare Dossier de traval Q Photos pieces caches Pie Acquistion Annotations Anayse de fome Live 1 2 JELE EF AIETE 2 a m i a xX T za R _12 b14 C1R_0_0007 vi B E Acquistion Traitement i G n eal Nettets LS M Efmonialion des l ches aa Le poa ali Mecs upe d Image l Facto C Erkopis Marae Harbre d objets par Igne j Recalage de l otofthe Distance bord 7 ctolthe Nomiee d objets pai colonne 5 a 3 A B Nom des param tres Ple commune Type d analyse Pourcentage de progression de l analyse en cour y Plaine 13 Tapes D coupe de f larma 1 Threshoaldng ire 1601 2431 Figure 18 Progression de l analyse Dans la barre d tat de nombreuses informations se succ dent D coupe d une planche d otalithes Recherche des diff rentes lames 9 Thresholding line 1601 3431 pour les diff rentes lames D coupe de la lame 1 Ensuite les It rationsiteration 3 Number of modified pixels 7 Pour finir avec euence Process image 0 0 pour la d coupe des images Figure 19 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 21 5 Loew rekteco Doisade reval Cr Fhcioe poot CONS Pie Emh Fieooinans Swe A E3 irge En Arreitere l Andoa dolcess Lau ie o E n poi e am SD NX ra f RE12 b14 C1_0_
27. ne G By points FE Setting 8001 371 114955272 13275184 49186648 Xy GetP1 Xy Get P2 W Vaidate points Figure 25 Position X Y de P1 et P2 Cette op ration demande que les chantillons soient parfaitement align s pour viter un cadrage imparfait de la mosa que globale en vert Figure 24 Ensuite 1l faut valider les points en cliquant sur valider les points Figure 25 et les sauvegarder en cliquant sur A ave Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition Mosa que 27 Il est imp ratif de conserver une distance de 2 champs cam ra entre le pourtour de la mosa que et les positions maximum de la platine Il peut tre utile de r aliser une simulation en cliquant sur ce bouton Simuier de la fen tre Param tre Figure 23 pour v rifier que le nombre de champs ne vous semble pas aberrant dans un contexte sp cifique Par habitude vous saurez approximativement le nombre de champs n cessaires pour un nombre de lames donn es et une calibration identique En v rifiant vous observerez directement s il y a eu un probl me de calibration si par exemple le nombre de champs se voit doubl ou divis par deux Il faut ensuite revenir sur l onglet stage Figure 21 et s lectionner le projet Vba StageMosaique et La Macro VBA acqMosac MosaicWithOverlap associ e Figure 26 VBA Project StageMosaique v VBA Macro AcqMc sac LiveMotac Kad AcqMosac uveMosac AcoM
28. nnneennnnnnennnnesrennnrosnnrennrnrrrenennenee 23 3 2 Acquisition automatique d une mosaique ss 27 3 3 Acquisition automatique d une mosa que avec d coupe d otolithes nnnoannnne11nneneni 28 4 ACQUISITION VI a a EANES 30 D ANAIVSC CC TOFME 85 sense ses entend asmsnanenenenssees etedessveenresns 33 5 1 Images pour les analyses de formes 4 33 5 2 Analyses d forme manuelles nn su nes ere mn tea 33 5 3 Analyses de formes en base de donn es 37 RETRO oombas 39 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Introduction TNPC Traitement Num rique de Pi ces Calcifi es est un logiciel d di l acquisition et au traitement des pi ces calcifi es d velopp l institut fran ais IFREMER Plusieurs ann es ont t n cessaires l laboration de ce logiciel Le d veloppement du projet a commenc en 1994 avec le travail d Herv Troadec en collaboration avec d autres personnes tels que Ronan Fablet H l ne de Pontual et Andr Ogor TNPC version 7 fonctionne sur la plate forme Visilog version 7 d velopp e par la soci t FEI anciennement No sis La plupart des applications utilis es sont des fonctions propres de Visilog et vous trouverez toutes les informations appropri es dans la documentation install e avec TNPC TNPC a connu de nombreuses volutions ces derni re ann es dont l acquisition d images l aide d un scanner ou d une platine motoris e ou encore vid o
29. ot du scanner ouvert pour effectuer un fond noir par le vide remarque pour viter tout art fact d aux reflets 1l est pr f rable d teindre les lumi res ext rieures En conservant le capot ouvert cela nous permet la num risation de pi ces calcifi es plus volumineuses exemple coquilles de bivalves Si l utilisateur veut apr s num risation r aliser un d nombrement de structures annuelles 1l est en g n ral pr f rable d immerger les pi ces calcifi es dans un r cipient en verre comme pour une acquisition sous loupe binoculaire Figure 11 Si la num risation a pour but d effectuer des analyses de forme les pi ces calcifi es peuvent tre en g n ral directement pos es sur la vitre du scanner Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner MINI AALAN perete ETE HU TIZI Figure 11 Num risation d otolithes immerg s Ensuite lancez le scanner cliquer sur S dans le menu acquisition Figure 3 et 4 La fen tre d enregistrement des param tres du logiciel scanner s ouvre Il faut suivre le d roulement suivant pour une acquisition en lumi re r fl chie Figure 12 Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 14 E EPSON Scan E PSO N Se an moase professionnel Dans le menu Mode choisir Mode professionnel Toma Configuration actuelle Dans le menu Param tre choisir Configuration actuelle ee er Dans le menu Ori
30. r tro clairage B pas n cessaire sur les otolithes Y V V Y D poussi rage Comme pour la nettet l utilisation de cette option peut provoquer un message d erreur Aper u Cliquez sur a et r ajustez si besoin la position des diff rentes pi ces calcifi es sur la vitre du scanner et effectuez vos diff rents r glages diff rents param tres peuvent tre r gl s l aide de ce bouton en particulier contraste et clart Figure 16 V rifiez que les LED bleues du capot Figure 14 sont visibles permettant ainsi de bien v rifier la bonne mise en marche de ce mode d acquisition Apr s avoir dispos l ensemble des chantillons r alisez un nouvel aper u pour v rifier la disposition de l ensemble des pi ces calcifi es Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 18 Acquisition par scanner ess is F TEN FEN gr w Eoo f E eee mou 3 l i a i ui a amarcopra i Figure 16 Aper u gauche et Fen tre de r glages droit Ao t 2015 Evolution de TNPC 7 Acquisition par scanner 19 2 4 Acquisition et num risation des images par scanner Une fois la mise en place des pi ces calcifi es ainsi que du mode de num risation s lectionn et r gl s lectionnez la zone num riser l aide du bouton Zoom puis cliquez SU Selon les param tres choisis dans le sous menu Ajustements cette phase de num risation peut tr
31. s sont pr f rables gt le fond de l image ne doit pas comporter de grosses impuret s ou artefacts gt les pi ces calcifi es utilis es doivent tre tr s propres aucune impuret ne doit d passer du pourtour de la pi ce calcifi e gt le contraste entre le fond et la pi ce calcifi e doit tre accru gt les images doivent poss der une d finition suffisante pour permettre un bon d tourage gt toute image de pi ces calcifi es cass es doit tre exclue des analyses Afin d viter tout biais en analyse de forme il est tr s important d avoir des images standardis es prenant en compte l ensemble des remarques c1 dessus 5 2 Analyses de forme manuelles Une fois les images correctement acquises 1l est possible de r aliser des analyses de forme Pour cela il est pr f rable de travailler en base de donn es se r f rer au chapitre 1 2 Une fois la base de donn es ouverte vous pouvez aller dans l onglet TNPC et s lectionnez le sous onglet shape analysis Figure 34 Dans cette fen tre il faut s lectionner la source des images analyser donc soit la base de donn es soit l image E courante et ensuite cliquez sur ce bouton Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme 34 Acquisition Annotations Shape analysis Live Sowce Database a gt Ai 33 vil Image005 Thresolding Process Export a no C Factorisation C Enti py C
32. us pourrez ainsi r p ter l op ration Une fois la base de donn es trait e TNPC va faire appara tre un tableur comprenant l ensemble des mesures demand es pour chaque image il est ensuite possible d exporter celui ci par un copier coller ou simplement en cliquant sur ces boutons E au dessus du tableur Les mesures individuelles sont aussi sauvegard es si demand dans le dossier MSR du dossier de travail concern Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme 37 5 3 Analyses de formes en base de donn es Il faut dans un premier temps r aliser une base de donn es comportant les images analyser de bonne qualit se r f rer au chapitre 5 1 Il faut aussi r aliser un groupe de mesures souhait es se r f rer au chapitre 5 2 Ensuite allez dans l onglet base de donn es et ouvrir votre base Figure 2 Placez vous ensuite Sur le premier chantillon de la base Puis aller dans Tools dans la partie sup rieure de l onglet base de donn es et s lectionnez Images analysis Figure 39 Images exportation images processo Figure 39 Option analyse des images Une fen tre va s ouvrir comportant les m mes caract ristiques que celles des onglets d analyses de formes faites manuellement Tout d abord choisir le dossier d exportation des r sultats ensuite s lectionner les param tres voulus Figure 40 gt d tection du contour et sa sauvegarde gt analyse avec
33. ut pr voir une petite marge d environ 2 cm sur le pourtour de la vitre du scanner Normal Mise lt ooien PTT T bbi Figure 10 Visualisation du champ d acquisition du scanner et mise en vidence du 1 otolithe ou autre pi ce calcifi e de la s rie qui sera num ris e Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition par scanner 12 2 2 R glages du scanner pour une acquisition en lumi re r fl chie des otolithes L acquisition par scanner est compl tement diff rente de celle utilis e traditionnellement en microscopie Pour une acquisition r fl chie par scanner 1l faut savoir que la num risation l acquisition de l image mais aussi la r flexion de la lumi re s effectue par le dessous de la vitre o l chantillon est pos Il faut donc placer la partie de l chantillon analyser contre la vitre Prenons comme exemple les otolithes de Plie commune Nous savons que nous pouvons observer les structures annuelles de croissance de cette esp ce sur la partie concave de l otolithe et non convexe Si nous voulons obtenir des acquisitions pouvant faire l objet d estimation d ge en lumi re r fl chie et ou transmise nous devons donc placer la face concave de l otolithe sur la vitre du scanner En g n ral l acquisition r fl chie est associ e au fond noir qui permet d avoir un meilleur contraste Apr s diff rents tests le meilleur r sultat obtenu est en gardant le cap
34. uvertes et plac es dans la base de donn es et ou dans le dossier de travail demand Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 Acquisition vid o 30 4 Acquisition vid o Il est parfois utile de r aliser une s quence vid o lorsque l on ne peut pas obtenir l ensemble des informations n cessaires sur une seule image par exemple certaines cailles Pour ce faire cliquer sur dans la fen tre principale de TNPC dans la barre d outils cam ra Figure 30 m TNPC CMU IEEE1394 iy Fichier Affichage Outils wba Fen tre Aide oela saa al Sle aaa CEE n ele amp af7 af 2 S xcov z Figure 30 Barre d outils Cam ra Une fen tre va s ouvrir Grabber settings comportant deux onglets cliquez sur Grabber settings x S quence Cameras Sequence ie Elapze time seconds 4 F Number ofimages 3 o r Mode Frame rate 7 s0000 C Memory Disk images seconde we DE A Save w Help Figure 31 Onglet s quence S lectionnez le param tre d acquisition voulu Vous avez le choix entre le temps d acquisition ou le nombre d images requises Sous ce champs le nombre d images par seconde est directement param tr en fonction de la camera Ensuite s lectionnez le mode de m moire utiliser Memory permet de r aliser des vid os de bonne qualit plut t courtes ou avec un faible nombre d images par seconde celles ci devront tre enregistr es
35. v Sauve les images couleurs en niveaux de gris Figure 4 D tails du menu d enregistrement des param tres d acquisition Une sauvegarde en niveaux de gris est possible Evolution de TNPC 7 Ao t 2015 G n ralit s TNPC 9 Pour les acquisitions scanner et mosa ques il est n cessaire de s lectionner un filtre d acquisition dans l onglet filtre Dans un premier temps s lectionnez le type de filtre en fonction des besoins pour une optimisation de l utilisation du filtre Figure 5 il est conseill d avoir un chantillon compos de pi ces calcifi es de taille homog ne Acquisition Traitement G n ral Filtres N _ lt Mesure utiis e par le fitre Alongement Longueur Largeur Type de filtre Conserver les plus proche de la moyenne Figure 5 Type de filtre Ensuite 1l faut s lectionner la mesure utilis e par le filtre soit la surface ou le ratio longueur largeur nomm Allongement Figure 6 Acquisition Traitement G n ral Filtres _ Mesure utilis e par le fitre Alongement Longu Conserver les plus proche de la moyenne Y Figure 6 Mesure utilis e par le filtre Ainsi si nous prenons par exemple le filtre conserver les plus proches de la moyenne et la mesure surface TNPC apr s le scanner va nous demander le nombre d otolithes num riser si on lui demande par exemple 50 et que lui identifie 60 objets sur l
36. volution de TNPC 7 Ao t 2015 Analyse de forme 39 R f rence Mahe Kelig Fave Sebastien Couteau Jean 2011 TNPC User guide http archimer ifremer fr doc 00032 14288 Oudard Clemence Elleboode Romain Mahe Kelig 2012 Utilisation du logiciel TNPC Acquisition automatique d images de pi ces calcifi es partir d un scanner http archimer ifremer fr doc 00063 17419 Site Internet http wWww tnpc fr Evolution de TNPC 7 Ao t 2015
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