Manuel d`utilisation du vidéo
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1. 150 Pagitions 231347 171316 149 5 gt Positions 231843 171132 145 x t Move to Position Load Dave 3 Si besoin cliquer sur Save State dans l onglet Main de la MDA pour sauvegarder vos parametres d acquisition 20 Acquisition multidimensionnelle 1 Pour acqu rir une s rie d images multidimensionnelle plusieurs fluorochromes s rieZ time cocher les cases correspondantes dans l onglet Main de la boite Multi Dimentional Acquisition 2 R gler ensuite les diff rents param tres comme indiqu dans les chapitres pr c dents Par exemple pour une acquisition 2 fluorochromes s rie temps s rie Z Main Saving iw J imelapse E Timelapse Multiple Stage Positions Warelengie We Multiple Wavelengths wli GFP_1O0 OO Series We RFP_1OO Z Series Stream Display Aun Journals Summary 21 Eteindre le systeme Regarder sur le planning http imagpresa 1jm jussieu ft week php room 3 si le syst me est utilis apr s votre session ou non Si le systeme est utilis 1 Quitter Metamorph File Close 2 Transf rer ou graver les donn es 3 Sortir de la session de votre groupe menu D marrer Fermer la session Si le syst me n est pas utilis 1 Quitter Metamorph File Close 2 Transf rer ou graver les donn es 3 Eteindre le PC menu D marrer Turn Off 4 Eteindre la multiprise marqu e VM3 par terre droite 5 Remettre la pu2. l onglet Main de la boite Multi Dimensional Acquisition s lectionner Multiple Wavelengths 4 Multi Dimensional Acquisition Main Saving Timelapse Wavelengths Multiple Stage Positions aa ee fw Multiple Wavelengths Wer RFP SO Seres Display ce Stream Run Journals Cliquer sur l onglet Wavelengths de la boite Multi Dimensional Acquisition et choisir le nombre de types d illuminations utiliser Multi Dimensional Acquisition Main as Himbeer of Wavelengths 2 Saving Wavelengths we RFP_SO Display Summary Pour chaque onglet W1 W2 cr E Multi Dimensional Acquisition Main me a ia GFP w Saving Pc Wavelength Exposure 200 m Display Panett int nstn Summary Auto Expose No Auto Expose w 2000 Auto Focus Mo Auto Focus w a Dans la fen tre Illumination choisir le mode d illumination GFP RFP Cy5 DIC b Dans la fen tre Exposure choisir le temps d exposition ici 200 ms 14 c V rifier que les fonctions d Auto focus et d Auto exposure ne sont pas activ es No Auto Expose No Auto Focus d Cliquer sur Live et trouver le plan d int r t avec les fl ches montante et descendante m S g z 150 00 e Cliquer sur Snap en n Bin 2 J Bin 2 f V rifier le nombre de niveaux de gris dans l image boite Scale Image voir page 9 4 Lancer l acquisition en cliquant sur A
3. Manuel d utilisation du video microscope 3 04 12 2008 Allumage du syst me Mise en place de l chantillon positionnement de l optovar Passage du syst me en mode oculaires transmission Passage du syst me en mode oculaires fluorescence Passage du syst me en mode Acquisition Echantillonnage spatial dynamique des images Sauver les images Acqu rir une image Acqu rir plusieurs couleurs Acqu rir une s rie Z Acqu rir un timelapse Acqu rir plusieurs positions de platine Acquisition multidimensionnelle Eteindre le syst me 11 12 14 16 13 19 20 22 Allumage du systeme 1 Allumer la lampe fluorescence sur l tag re a droite et mettrela puissance sur le premier cran Le microscope la cam ra le pilote des roues d mission excitation et la platine motoris e y sont reli s La mise en marche de cette multiprise allume tous ces l ments 3 Allumer le PC sous la table 4 Sur le PC Loggez vous en utilisant la session de votre groupe S il n en existe pas adressez vous l quipe de la PF web imagerie 1jm jussieu fr 5 Lancer Metamorph 7 0 MetaMorph 6 V rifier que la barre de journaux Taskbar est apparente sinon afficher en allant dans le menu Journal Show Taskbar ou F4 s CHANGE 2 TK OCULAIRES CAMERAS CONFIGURATIONS 7 Si une configuration est d j enregistr e votre nom cliquez sur CONFIGURATIONS puis sur
4. cquire W Acquire 5 Si besoin cliquer sur Save State dans l onglet Main de la MDA pour sauvegarder vos param tres d acquisition 15 Acqu rir une s rie Z 1 Dans l onglet Main de la boite Multi Dimensional Acquisition s lectionner Z Series S Multi Dimensional Acquisition Main Saving Timelapse Wavelength Multiple Stage Positions Series M Multiple Wavelengths Display W Seres Summary Stream Run Journals 2 Cliquer sur l onglet Z Series de la boite Multi Dimensional Acquisition Multi Dimensional Acquisition Main Interactive settings Saving Current Position 150 um Increment 0 25 Wavelength Series Settings for acquisition seres Display We Keep shutter open between steps SUMMA y Range Range Around Current Top 74 5 Set Top To Current Bottorn E a 5 Set Bottom To Current Step Size Os Center Around Current Number of Steps JE Mo recommended Step Size due to unknown NA or Mag setting 3 Cliquer sur Live 4 En utilisant les fl ches montantes et descendantes d placer D eae a ae ns i er S g z 150 00 l objectif jusqu la limite sup rieure de la r gion de l chantillon imager 5 La d finir comme Top en cliquant sur la touche Set Top to Current Se Top To Cunert 16 Proc der de fa on identique pour d finir la limite inf rieure de la r gion d acquisition cliquer sur Set Bottom to Current Spt Botham T
5. de du microscope respectivement gauche droit Mettre en place l chantillon en utilisant le support universel ou la platine chauffante sans oublier l huile ou l eau pour les objectifs huile ou eau Passage du systeme en mode oculaires transmission 1 Dans Metamorph sur la Taskbar cliquer sur OCULAIRES pour avoir l image aux oculaires S CHANGE Ma oK OCULAIRES CAMERAS Ce CONFIGURATIONS 2 Au niveau du microscope l aide des boutons situ s derri re la vis de mise au point de gauche cliquer sur BF BrightField ou Ph Contraste de phase ou ICT DIC Nomarski ou POL seulement polariseur et analyseur selon le mode de contraste d sir N B Attention si le grossissement de l objectif clignote a l cran c est que l objectif n est pas adapt au mode de contraste demand Passage du systeme en mode oculaires fluorescence 1 Dans Metamorph sur la Taskbar cliquer sur OCULAIRES pour avoir l image aux oculaires S CHANGE TK OCULAIRES 0 CONFIGURATIONS 2 Au niveau du microscope cliquer sur une des positions de filtres de fluorescence 3 Ouvrir le shutter Passage du systeme en mode Acquisition 1 Sur la Taskbar cliquer sur CAMERAS pour avoir l image a cran e cHANGE OR __ OCULAIRES CAMERAS lent rapide avgltime CONFIGURATIONS 2 Sur la Taskbar cliquer sur CONFIGURATIONS puis sur votre nom pour charge
6. escence gt Intensity Shutter Cm e gt Attention Plus on claire un chantillon plus on le d truit Pour choisir le bon compromis n h sitez pas a demander conseil a un ing nieur de la plate forme 10 Sauver les images 1 Cliquer sur l onglet Saving de la boite Multi Dimensional Acquisition Multi Dimensional Acquisition Wee Description Images automatically saved with base file Saying Multi Dimensions Experiment Wavelength Display Summary Select Director D users 200 Soctobres0 qude iw Increment base name if file exists Base Name monimage 2 Cliquer sur Select Directory et choisir le dossier dans lequel sauvegarder les images S lectionner le chemin suivant D users ann e mois en cours jour de la manip dossier votre nom 3 Dans la fen tre Base Name indiquer le nom de l image Lorsque la case Increment base name if file exists est s lectionn e l incr mentation du nom de fichier se fait automatiquement exemple si GFP H2B existe Metamorph appellera le fichier suivant GFP H2B 1 puis le suivant GFP H2B 2 etc 4 Les images sont sauvegard es automatiquement a la fin de leur acquisition Remarque Les stacks sont sauv s en un fichier tif qui contient tous les plans du stack Attention Les images sauv es dans un autre r pertoire ou datant de plus de 15 jours sont d truites automatiquement et sans pr avi
7. issance de la lampe fluorescence au minimum puis teindre sur l tag re droite 22
8. n de rapidit de sous chantillonner le signal en travaillant un binning plus lev N h sitez pas demandez conseil aux ing nieurs de la plate forme En xz La meilleure valeur de Step Size appliquer est fonction de l objectif utilis Objectif Step Size optimum 100x ou 63x huile 0 3 um 40x huile Remarque Ces valeurs sont choisies pour num riser de fa on optimale l image en fonction du pouvoir r solutif de l objectif utilis Il peut tre int ressant dans certains cas de sous chantillonner ou de sur chantillonner le signal N h sitez pas demander conseil aux ing nieurs de la plate forme Dynamique de l image M Scale Image Image nD Snap Range Image Min Max Settings MW Auto scale Low 2 25 65 High D Scale within the active region Gray level rinimyetand mazmum values Current plane 78 1535 Copy to 8 bit image mi o Bit Copy Copy Transfer filename when copying rc Le maximum de l image ne doit jamais atteindre 4095 Plus la dynamique de l image est importante diff rence entre intensit maximum et intensit minimum dans cet exemple 1535 78 1457 niveaux meilleure est l image Une dynamique de 300 niveaux est suffisante en cellule vivante Une dynamique de 1000 niveaux est suffisante en cellule fix e Si la dynamique de l image est trop faible augmentez le temps d exposition ou la puissance de la lampe a fluor
9. nt r aliser ce type d acquisition prenez contact avec un ing nieur de la plate forme web imagerie ijm jussieu fr 19 Acquerir plusieurs positions de platine 1 Dans l onglet Main de la boite Multi Dimensional Acquisition s lectionner Multiple Stage Positions 4 Multi Dimensional Acquisition Main Saving Timelapse tage sds Multiple Stage Positions Wavelength Multiple Wavelengths Display Seres summary Stream Run Journals 2 Dans l onglet Stage de la bo te Multi Dimensional Acquisition Le num ro de la position est affich dans la fen tre Position Label Pour ajouter une nouvelle position cliquer sur F Le nom de la position ainsi que ses coordonn es X Y et Z apparaissent alors dans la fen tre Positions Attention si une pr c dente position est s lectionn e surlign e en bleu celle ci sera cras e par la nouvelle Pour ins rer une position entre 2 positions d ja existantes s lectionner la position sup rieure et cliquer sur f L acquisition est r alis e en fonction de leur ordre dans la liste Pour modifier l ordre d acquisition des positions s lectionner les positions d int r t et utiliser les fl ches et Pour supprimer une position la s lectionner et cliquer sur Position Label Position 38 eae 256689 1 1 64692 50 P r Offset 2 for travel to this position Positions travel offset 0 Position go 231342 1 70884
10. o Current D finir la distance entre deux coupes optiques Step Size Le nombre de plans est d fini automatiquement en cliquant sur la case Number of Steps Step Size 0 5 Humber of Stepe b Lancez l acquisition en cliquant sur Acquire W Acquire Si besoin cliquer sur Save State dans l onglet Main de la MDA pour sauvegarder vos param tres d acquisition Remarques Les r glages de temps d exposition doivent tre effectu s dans le plan le plus intense de l chantillon Les param tres de la s rie peuvent galement tre d finis en cochant la case Range Around Current Dans ce cas indiquer l paisseur dans la fen tre Range puis le Step Size Le nombre de plans effectuer est d fini automatiquement en cliquant sur la fen tre Number of Steps En cas d acquisition de s ries Z multi couleurs sur des chantillons fix s cocher les cases Acquire Z series for one wavelength at a time et Keep shutter open between steps En cas d acquisition de s ries Z multi couleurs sur des chantillons vivants cocher la case Acquire wavelength set at each Z Settings for acquisition s ries Loop order Acquire wavelength set at each Z Ww Keep shutter open between steps 17 Acquerir un timelapse Mode classique 1 Dans l onglet Main de la boite Multi Dimensional Acquisition s lectionner Timelapse Main Saving We Timelapse Timelapse Multiple Stage Positions Wavelength M Multiple Wavelengths Dis
11. play Senes SUMMary Skream Run Journals 2 Dans l onglet Timelapse de la bo te Multi Dimensional Acquisition s lectionner le nombre de points de temps r aliser ainsi que l intervalle de temps souhait V rifier que l intervalle de temps choisi n est pas inf rieur au temps d acquisition temps d acquisition 160 ms de lecture d image au maximum Pour plus d information sur le d lai minimum entre deux points de temps adressez vous aux ing nieurs de la plate forme Multi Dimensional Acquisition Main Experiment Length saving Number of time points 91 Timelapse Talay E minutes Wavelenath Curation i A Display Time Interval i 0 seconds Estimated minimum interval 0 80 sec Summary 3 Cliquer sur Live et trouver le plan d int r t avec les fl ches montante et descendante m a af z 15000 4 Cliquer sur Snap 0 Bir 2 4 Bir 2 5 V rifier le nombre de niveaux de gris dans l image boite Scale Image 6 Lancer l acquisition en cliquant sur Acquire M Acquire 7 Si besoin cliquer sur Save State dans l onglet Main de la MDA pour sauvegarder vos param tres d acquisition 18 Mode rapide stream Dans le mode Stream les acquisitions s encha nent en continu Pendant qu une image est acquise la pr c dente est lue Les acquisitions sont plus rapides mais la qualit des images est un peu inf rieure Pour savoir comme
12. r votre propre configuration d acquisition E ee EANGE a Ea Configu NEA Magalie OCULAIRES NET Nathalie Sophie christelle JULIEN JULIEN tui Merlet DIC Live RETOUR rapide avgtime CONFIGURATIONS Ou charger les param tres d acquisitions enregistr s lors de votre pr c dente s ance en cliquant sur Load State dans l onglet Main de la Multi Dimensional Acquisition ve Multi Dimensional Acquisition fe x Main wavelength C Multiple Stage Positions I Multiple wavelengths eave State ummary o Load State Stream Run Journals N B si vous n avez pas de configuration enregistr e vous devez cr er vos propres parametres puis les sauver en cliquant sur Save State Echantillonnage spatial dynamique des images Echantillonnage spatial En xy Appliquer la bonne valeur de binning et v rifier la position de optovar en fonction de I objectif utilis Objectif NA Immersion Optovar Binning SS EC ES OS ES E ee te S S Binning pour la Binning pour la fonction Snap fonction Live x Bir e Optovar Remarque Ces valeurs de binning sont choisies pour num riser de fa on optimale l image en fonction du pouvoir r solutif de l objectif utilis La sensibilit de d tection de la cam ra et sa rapidit de lecture augmentant selon le carr du binning 1l peut tre int ressant dans certains cas signaux faibles besoi
13. s 11 Acquerir une image 1 Dans l onglet Main de la boite Multi Dimensional Acquisition v rifier que rien n est s lectionn Multi Dimensional Acquisition Main saving SUMMAN wavelength tiple Stage Positions Display tiple Wavelengths save State Summary jerez Load State fearn Gun Journals mon Bone Sm mm BB ease o 2 Cliquer sur l onglet Wavelength de la boite Multi Dimensional Acquisition E Multi Dimensional Acquisition Main A Illumination GFP Saving Sic ES Wavelength Exposure 200 mi Display final aif 1e o pra Summary Auto Expose No Auto Expose S000 Auto Focus No Auto Focus v a Dans la fen tre Illumination choisir le mode d illumination GFP RFP Cy5 DIC b Dans la fen tre Exposure choisir le temps d exposition 200 ms c V rifier que les fonctions d Auto focus et d Auto exposure ne sont pas activ es No Auto Expose No Auto Focus 12 d Cliquer sur Live et trouver le plan d int r t avec les fleches montante et descendante a gt 2150 00 Cliquer sur Snap x Bin 2 Bin 2 4 V rifier le nombre de niveaux de gris dans l image boite Scale Image voir page 9 Cliquer sur Acquire pour acqu rir l image E Acquire Si besoin cliquer sur Save State dans l onglet Main de la MDA pour sauvegarder vos param tres d acquisition 13 Acquerir plusieurs couleurs Dans
14. votre nom Tous les param tres de votre acquisition sont alors charg s s CHANGE EOR Se Configu O OCULAIRES O Noval CRE j Hetil r i Sophie christelle JULIEN DT JULIEN multi CONFIGURATIONS Merlet DIC Live RETOUR 8 Lancer la boite Multidimensional acquisition Apps Multidimensionnal Acquisition Multi Dimensional Acquisition Main Saving Timelapse Summary Wavelength Multiple Stage Positions ae Multiple Wavelengths Save State ummary Z Series Load Stat oad State Stream Run Journals ai Previous w Bin 2 Bein al B E E rio BE Macuir cise Afficher la boite Scale Image Display Scale Image MM Scale Image Image AD Snap Range Image Mind M ax Settings M Auto scale Low 25 65 High D gt Scale within the active region Gray level minimum and maximum values Current plane 78 1535 Entire stack lt None gt Calculate Stack Min Max Copy to 8 bit image mi 8 Bit Copy Copy Transfer filename when copying Copy entire stack Mise en place de l chantillon positionnement de l optovar S lectionner l objectif d sir l aide des boutons situ s sur le joystick gauche L objectif en place est indiqu sur l cran du microscope Selon l objectif utilis mettre enlever l optovar dans la bonne position l aide des boutons situ s en fa a
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