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Rapport de Stage

1. Lorsque vous aurez renseign toutes les donn es vous pourrez enregistrer votre profil d expression _ 39 D veloppement du curateur d Aniseed 4 Rapport d activit 4 1 Cycle de d veloppement Marl ne Guillemette Pour le d veloppement de l interface de curation j ai d cid de suivre un cycle it ratif cf figure 53 visible ci dessous Analyse dela faisabilite Expression des D finition des besoins maquettes Cycle de d veloppement Validation par l utilisateur Figure 53 Cycle de d veloppement Le d veloppement s est divis en plusieurs tapes La premi re tape consistait d finir les besoins des utilisateurs Cette tape se fait en troite collaboration avec l utilisateur pour bien le comprendre et inclut la compr hension de notions biologiques La deuxi me tape consistait d terminer la faisabilit de ce que l utilisateur souhaitait Cette tape a t l une des plus d licates car je savais que j aurais besoin d utiiser des notions d informatique nouvelles Par exemple je savais qu il me faudrait utiliser Ajax pour r pondre certains besoins mais n ayant l poque aucune connaissance en Ajax je ne savais pas quelles taient ses limites Par la suite j ai essay de produire des maquettes pour bien valider ce qu il faudrait produire Ensuite j ai d velopp la page correspondant la maquette Cette tape tait la plus
2. bide 2 Ouest CC gue e iyceuaterccmecsareasates cornsnassenasienscaeeaarenes dunn cetesaaraseedtonsciesnes 2 LLS DescHipion de Tex lt 1c C 16 eresi ee cr 3 1 2 Analyse des besoins fonctionnels ss 4 1 2 1 Quels sont les utilisateurs de l interface de bio curation 4 a D GUC Onis DOSO nd a du ci 4 1 3 Analyse des besoins non fonctionnels Us 7 US ER Environnement UE 7 e ASDC CIS enee 7 182068484000 CANAL E 7 2 PAOD ORL EEN 8 DN CONS RE TE 8 2 La ASS e 8 2 1 2 L environnement de d veloppement int gr ce ceeeeesseeeeeeeceeeeeeeeeeeeeaaaeees 11 E Bed e A E E EE A E EE 11 PAE e E E 13 2 2 L ancienne version de l interface de curation analyse de son contenu et ses d fauts 13 2 21 e EE ste 14 Did oes MEV SMS E 14 2 Mibe CD place des DAMES a de a 15 2 3 1 Page de cr ation d un outil mol culaire 15 2 3 2 Les pages de cr ation d une exp rience de type mam 16 PE Ee PORTES AA CO OE CG e ee EE Eege 18 2 5 L interaction avec e rt 19 2 5 2 Le retrait d informations de BD 2 19 2 9 3 Les enrosistreomenis dans BD 20 2 5 4 L dition et la suppression dans la BD 21 20L wilisation de J query Gt JQuery EE 22 DOS SSSR a dei a et 22 202 AUDIO COPI HO nd een ee en eds nee ee 23 2022 SNOW TT 25 DO e 26 DO D O de aa nd ae E te 27 Dita se CR a le en 28 Eed 29
3. SON SO E E 31 3 Manuel d utilisation 3 1 Les outils mol culaires 5 1 1 Ajouter un Outil une Ee E 3 1 2 Voir la liste des outils mol culaires ses 5 13 Supprimer un Outil Mol culaire sieis a means 3 1 4 diter un outil mol culaire senc eeneseneeceerese 3 2 Les in situ 3 2 1 Cr er l in situ 3 2 2 Ajouter un biomat riel de type sauvage 3 2 3 Ajouter une expression de type sauvage ou perturb 4 Rapport d activit 4 1 Cycle de d veloppement 4 2 Planification 4 3 M thodes et outils de travail ccccccececcececsececcececcccececcececsececsecececcscessecersecs Table des figures Figure 1 Architecture du projet Aniseed 2 Figure 2 Le role du curateur d Aniseed 3 Figure 3 Le deuxieme role du curateur 4 Figure 4 UseCase de cr ation d un outil mol culaire 5 Figure 5 Plusieurs objets forment une exp rience de type in situ 5 Figure 6 Use Case de cr ation d un in situ 6 Figure 7 Un exemple de dictionnaire anatomique hi rarchis 8 Figure 8 Modules caract ristiques de Chado 9 Figure 9 Diagramme de navigation entre les tables pour le module cv 10 Figure 10 Aper u de la base de donn es 11 Figure 11 Le fonctionnement de Jelix 12 Figure 12 Ancienne version de la page create a molecular tool 14 Figure 13 Ancienne version de la page create in situ 15 Figure 14 Maquette de la
4. gt Premi re tape Recensement des types de donn es ins rer gt Deuxi me tape D finition des formats de repr sentation de ces types de donn es gt Troisi me tape Identification des jeux de donn es Quatri me tape Saisie des donn es et v rification de leur qualit et int grit gt Cinqui me tape Partage au public des donn es Les objectifs de la curation sur le site d Aniseed sont multiples e La curation permet d extraire les donn es provenant de la litt rature ainsi que de connecter les informations de diff rentes sources de mani re coh rente et compr hensible e Elle permet l informatisation des donn es pr sentes dans les publications en extrayant l information pertinente e Elle permet galement de d finir et g rer un vocabulaire contr l e Grace la curation on peut corriger les erreurs pr sentes dans la repr sentation de donn es e Enfin la curation va permettre de remplir la base de donn es Aniseed et de ce fait aider les utilisateurs se servir et trouver les donn es dont ils ont besoin I D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Dans le cas d Aniseed les annotateurs et curateurs vont d abord lire et recenser des informations pertinentes pour le site Pour cela ils pourront soit r cup rer les informations directement dans l quipe o ils travaillent soit trouver ces informations dans des publications scientifiqu
5. this gt _whereClause WHERE AND phenotype_reagent reagent_id reagent nd reagent_id 123 124 125 sql AND phenotype reagent phenotype id this gt _prepareValue phenotype id integer 126 127 if limit 1 sql ORDER BY reagent name ASC 128 129 rs this gt conn gt limitQuery sql start limit 130 rs gt setFetchMode 8 this gt _DaoRecordClassName 131 132 return rs 133 134 gt lt body gt 135 lt method gt 136 lt factory gt 137 lt dao gt 138 Figure 23 Exemple de DAO Pour ce faire il faut fournir un ficher en XML figure 23 Ce fichier va permettre au d veloppeur de s affranchir de l criture des requ tes SQL des probl mes du genre SQL injection A partir de ce fichier jDAO va fournir deux objets record repr sentant un enregistrement ses propri t s correspondant avec les champs d une table et factory qui fournit un certain nombre de m thodes permettant de cr er un record de le sauvegarder dans la base de le supprimer ou de r cup rer des ensembles d enregistrements 2 5 3 Les enregistrements dans la BD Pour ajouter un enregistrement une table on va de nouveau utiliser une factory On commence par appeler la factory cibl e puis on cr e un enregistrement vide du m me type que la table concernant la factory On compl te ensuite cet enregistrement en attribuant une valeur chaque champ
6. 312 ile 213 314 add anat button click function 315 SI anat form dialog open 1 316 H Figure 41 JavaScript pour l affichage des arbres 30 Marl ne Guillemette s cell png D veloppement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette On commence par utiliser le plugin ui Ce plugin permet de r gler les s lections et d s lections Comme vous pouvez le constater ligne 285 on a impos que l utilisateur ne puisse choisir qu un territoire anatomique Ligne 286 on pr cise qu un n ud est pr s lectionn On utilise ensuite le plugin types qui permet de mettre en place le typage des n uds Ainsi on pourra pr ciser le type de n ud valide ligne 290 l attribut de chaque n ud de liste ligne 291 les diff rents types de n ud par exemple ligne 295 300 et 305 c est l icone qui les repr sente qui ont t modifi s 2 9 Subversion Subversion aussi couramment appel svn est un logiciel de gestion de versions En le combinant l utilisation de NetBeans ce logiciel m a permis de r cup rer le projet Jelix correspondant la version en cours de d veloppement d Aniseed et d y apporter mes propres modifications en local Le pouvoir de ce logiciel r side dans sa capacit comparer plusieurs versions des diff rents fichiers Ainsi lorsque j avais fini de d velopper ou d am liorer une partie de mon code j a
7. Be UNIVERSITE MONTPELLIER 2 SCIENCES ET TECHNIQUES SSS MONTPELLIER Kl ao D EN 2 E O i d Ke 2 fob GO Ke e Q 03 Kei Rapport de stage Developpement du curateur d Aniseed R alis par Marlene GUILLEMETTE Sous la direction de Cyril MARTIN Pour l obtention du DUT informatique Ann e universitaire 2012 2013 Remerciements Avant toute chose j aimerais remercier Patrick Lemaire et Cyril Martin de m avoir accept e pour ce stage et de m avoir accord leur aide leur gentillesse et leur disponibilit au cours de ces trois mois de stage Je remercie galement toute l quipe Lemaire pour l accueil la bonne humeur et l ambiance agr able tout au long du stage Merci l quipe de biologistes de m avoir donn l occasion de voir des embryons d ascidies ainsi que des toiles de mer Merci galement Mme Gelsomino pour ses conseils sur la conception de ce rapport Pour finir je voudrais remercier mon tuteur M Fabien Michel pour son aide et ses conseils ainsi que l ensemble du corps enseignant de l Institut Universitaire et Technologique de Montpellier pour les enseignements que j ai re us depuis deux ans J aimerais remercier tout particuli rement mes professeurs de programmation qui m ont appris des notions de POO qui m ont t tr s pr cieuses durant ce stage Sommaire t EE UN TVA SOI CO MUCK E ELEL ASU EE RN DO NS a de
8. A la fin de cette premi re semaine Cyril Martin et Patrick Lemaire m ont pr sent le vrai site d Aniseed visible sur internet ainsi que l interface de curation Ils m ont expliqu en d tail le sujet du stage et quelles allaient tre mes taches Cyril m a galement donn quelques pistes sur ce qu il faudrait que j utilise pour parvenir ces objectifs La premi re t che qui m a t confi e a t de faire la page permettant de cr er un nouvel outil mol culaire Ja entrepris de faire une premi re version simplifi e de la page puis petit petit J ai rajout les diff rentes fonctionnalit s qui m avaient t demand es Au total pour cette page J ai d velopp six versions Ja choisi de d velopper par versions et non de faire progresser une m me page car selon les versions je testais des technologies diff rentes HTMLS Jquery Ajax J ai r guli rement discut avec Delphine Dauga la biocuratrice d Aniseed par mail pour d finir exactement les besoins de curateur En effet il ne m a pas t demand de faire une page pr cise on ma juste d fini les besoins g n raux des utilisateurs Je devais donc me renseigner par exemple sur quels champs taient obligatoires combien de g nes on pouvait choisir pour un outil mol culaire Ces informations paraissent souvent peu importantes pour les non informaticiens alors qu elles sont cruciales pour savoir les requ tes quels l ments d o
9. S SI amp u e 4 o ic a l wo e i ka i a ae i g O Si S 1 ol o 1 a S o D E g A iP 5 i Si E 5 5 Gel a a ie o i El y 2 g z EI ai g o BI D 2 E a 5 i 2 5 al i 0 i E al ol 2 Si S i i 8 n e EI el amp ZS nok i j S S g HEEE BL LE 3 el Di El i g 2 i D 2 E il gja i i i S 5 i i i a i 5 i i g 2 i i i D ZS i S Gel Si 5 ai i i i D i i Ki i 5 i i i DEED U Eeer ET DEER U U Di EE SC eg EE U U U g E S A d kel Bi 2 ki a 6 En S E Si S 2 e pm D A E I OM x vo E CO Click sur add territories of expression mn Click sur add a deregulated molecule Click sur add a probe ann nn nnn nn nn nn nn nn nn np Click sur add an expression CC Click sur add a mutant biomaterial D finir m thode description Click sur add an embryo manipulation finir le stade de d Utilis D Curator mz TI sz TL mi TI mz IL ms Si eee mmmeemmmmempmesasereper Aniseed Curator B bel Curator Discovering Aniseed En New 100 Molecular tools First version mm New 100 Molecular tools Second version putting Ms New 100 Molecular tools Third version EEE New 100 Molecular tools Final version adding Ss New 100 In situ Creating an in situ and a es New 100 Creating a mutant biomaterial Gs New 100 R daction du rapport de stage DEN New 100 Annexe 5 Diagra
10. culaire Si c est un morpholino sp cifiez la personne qui l a cr ou le laboratoire d origine Exemple FGF9 16 20 MO Lemaire Lab Choisissez le type de l outil mol culaire en naviguant dans la liste d roulante L outil mol culaire peut tre de cing types diff rents Inhibitor overexpression construct morpholino oligo mRNA ou Others qui regroupe tout autre type Sp cifier ensuite l espece poss dant le g ne associ l outil mol culaire Lorsque vous aurez choisi votre esp ce un champ suppl mentaire s ajoutera automatiquement dans le formulaire Saisir ensuite dans le champ Supplier le fournisseur de l outil mol culaire si celui ci est connu Sp cifier ensuite le type de r gulation gr ce une liste d roulante Il sera soit un gain de fonction soit une perte de fonction e D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Ajouter un commentaire ou une courte description de votre outil mol culaire dans le champ d di a cet effet Saisissez la sequence Cette information est peu utile pour certains types d outils mol culaires mais peut parfois tre cruciale par exemple pour un morpholino Vous pouvez ensuite inscrire dans le champ associated transcript le g ne li votre outil mol culaire Que vous saisissiez le nom exact du g ne ou un de ses synonymes n a pas d importance puisqu il y a une aide l auto compl tion Par exemple si v
11. name datatype varchar required true maxlength 80 gt unt lt property name type id fieldname type id datatype int required true gt 12 lt property name feature id LIANT feature ae Lt Lo int gt 13 ra f f 14 15 ipda l 16 lt property name type_name fieldname name datatype string table cvterm gt 17 lt property name feature name fieldname uniquename datatype string table feature gt 18 lt record gt 19 5 lt factory gt 20 5 lt method name getByUnique type selectfirst gt 21 lt parameter name name gt 22 lt parameter name type id gt 23 5 lt conditions Logic and gt 24 lt eq property name expr name gt 25 lt eq property type id expr type_ id gt 26 lt conditions gt eA t lt method gt 28 E lt method name findFirstByName type selectfirst gt 29 lt parameter name name gt 30 E lt conditions gt 31 lt eq property name expr name gt 32 lt conditions gt 33 lt method gt 1120 lt method name findALLByPhenotype type php gt 113 lt parameter name phenotype id gt 114 lt parameter name start default 0 gt 115 lt parameter name Limit default 1 gt 116 4 lt body gt lt CDATA 117 if empty phenotype id return null 118 119 sql this gt _selectClause 120 sql this gt _fromClause phenotype reagent 121 sql this gt whereClause 122 sql
12. nd_reagent id integer name string type_id string reagent_pub_id integer reagent_prop_id integer reagent feature_id integer reagent id string reagent id integer reagent id integer pub_id integer type_id integer feature_id integer va lue string MI Annexe 3 Diagramme de classe In situ experiment_biomaterial_id integer TER d integer experiment_id integer experiment _pub_id integer biomaterial_id integer type_id integer experiment_id integer description string pub_id integer biomaterial_id integer expression_image_id integer eimage_id integer taxon_id integer expression_id integer eimage_data string eimage_id integer eimage_ type string image_uri string cvterm_id integer name string Expression_cvtermprop expression_id integer biomaterial_ expression_id integer description string expression_cvtermprop_id integer expression_id integer expression_cvterm_id integer expression_evterm _id integer biomaterial_id integer expression id integer type_id integer Cvterm_id integer eaxpressionprop_id integer E m EE eee i expression_id integer expression_cvterm_contact_id integer type_id integer expression_cvterm_id integer contact_id integer Experiment Sert a d finir l exp rience Experiment_pub Sert cr er des liens entre une exp rience et des publications Experiment_bi
13. plusieurs noms appel s synonymes il n est pas vident quel nom doit tre retenu De plus il n est pas ais de savoir quelle est la syntaxe exacte du g ne majuscule minuscules Le deuxi me d faut de cette page est que l identifiant de la publication devait tre cherch sur le site pubmed Pour optimiser le curateur l id al serait de supprimer cette recherche co teuse en temps en proposant par exemple une liste d roulante contenant l ensemble des publications ayant trait au g ne consid r Welcome to ANISEED Notice Undefined index gene in home mguillemette NetBeansProjects aniseed3 CURATOR moltool create php on line 15 Create a Molecular Tool Type Antibody Supplier Regulation loss of Function Comments or Short Description Sequence for Morpholino Associated Transcript JGI Kyoto Ensembl PubmedID Submit Figure 12 Ancienne version de la page create a molecular tool 2 2 2 In situs Pour la page Create an In situ data la navigation manque de clart On pr cise sur la premi re page l esp ce le stade de d veloppement l auteur et si l in situ est de type sauvage ou pas Sur la page suivante on peut ajouter des images des commentaires des r f rences associ es lin situ etc Comme l illustre la figure 13 la mise en page est trange On trouve plusieurs boutons edit mais il est difficile d
14. renvoyer une r ponse de type htmlfragment car elle ne renvoie qu une portion de page et non une page enti re En effet le type jResponseHtml aurait contenu le lt head gt le lt body gt Le reste de la fonction est assez classique ligne 229 on r cupere les valeurs int ressantes dans la base de donn es puis on lie la variable pubs au Template On d signe ensuite quel est le template associ On fait ensuite l affichage de toutes ces publications dans le template http api jquery com change yee Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette 213 function retrieve _pub 214 jClasses inc pub pub 215 resp this gt getResponse html fragment 216 217 218 gene this gt param gene id 219 id this gt param id 220 221 222 fpubrecord_ factory jDao get nd reagent_pub 223 rpubs pubrecord factory gt getByReagent id 224 tb rpubs gt fetchAlL 225 226 resp gt tpl gt assign tb old pub tb 227 228 i 229 pubs jClasses getService pub pubService gt findALLByFeature gene 230 resp gt tpl gt assign Pubs pubs 231 232 resp gt tplname curator retrieve pub 233 234 return resp 235 oan Figure 28 Fonction retrieve_pub 2 6 2 Auto compl tion L auto completion de certains champs tait imp rative En effet les curateurs perdent trop de temps dans la version 3 pour chercher la synta
15. tait trop chronophage par rapport a la dur e de mon stage et de ce fait peu int ressante La syntaxe utilis e dans jTpl est a mi chemin entre celle utilis e dans le moteur de template Smarty et la syntaxe PHP Le but tant d avoir des templates suffisamment lisibles facile modifier en n imposant pas une syntaxe trop loign e de PHP tout en proposant des facilit s que ne poss de pas PHP et propres Jelix Cette syntaxe pr sente l avantage d tre tr s facile prendre en main Enfin Jelix poss de une couche d abstraction pour l acc s aux bases de donn es jDb Ce composant met disposition de l utilisateur le principe des transactions Une transaction est une suite d op rations effectu es sur une base de donn es La suite d op rations est indivisible en cas d chec en cours d une des op rations la suite d op rations doit tre compl tement annul e quel que soit le nombre d op rations d j r ussies Jelix pr sente aussi l avantage d tre relativement rapide prendre en main compar d autres frameworks comme Symfony Symfony a aussi le d savantage d alourdir l application en nombre d octets 2 1 4 Le serveur Apache http Server est le serveur http libre le plus r pandu sur Internet C est un logiciel connu pour sa performance et sa s curit ainsi que pour sa modularit encouragement de l innovation et de la personnalisation 2 2 L ancienne version de
16. Figure 6 Use Case de cr ation d un in situ S lectionner le stade de d but de la d r gulation Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette 1 3 Analyse des besoins non fonctionnels 1 3 1 Environnement de travail Systeme d exploitation Linux e Environnement de d veloppement int gr NetBeans IDE 7 2 Outils de d veloppement a Serveur web Apache 2 2 o Langages HTML PHP 5 JavaScript XML a SGBD PostgreSQL 9 0 1 3 2 Aspects ergonomiques Les utilisateurs de l interface de curation sont des biologistes qui pour la plupart n ont suivi aucune formation en informatique Il faut donc cr er un outil facile d utilisation o la navigation se fait de fa on intuitive De plus les curateurs sont rares et doivent de ce fait pouvoir effectuer leur travail rapidement L interface doit faciliter le travail de ces personnes tout en restant simple prendre en main 1 3 3 Organisation du travail Il faudra rendre compte r guli rement de l avancement de son travail sur Redmine qui est un gestionnaire de projets utilis par toute l quipe Lemaire Le compte rendu devra tre r dig en anglais Un cahier m a t donn dans lequel j ai d cid de tenir un carnet de bord Il y aura aussi des pr sentations orales du projet faire lors de r unions d quipe deux pendant la totalit du stage Les reunions d quipe se d roulent en anglais et ont l
17. cr era son exp rience et son biomat riel cf figure 16 ci contre Stage tree La premi re section de la page s affiche d s le chargement de la page La section num rot e 2 s affiche apr s s lection de l esp ce Tous les champs visibles ici sont obligatoires Les champs optionnels sont ceux s affichant lors des Figure 16 Maquette de la page create in situ _ 16 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette clics sur les deux boutons Lors du clic sur le bouton add experiment description un champ textarea apparait Il est ensuite possible de cacher le champ De m me le bouton add a reference permet d afficher un champ o l utilisateur pourra saisir sa r f rence Ce champ b n ficie du ph nom ne d auto completion Il s affichera galement un autre bouton nomm add more references Lors du clic sur ce bouton un champ suppl mentaire apparaitra dans lequel l utilisateur pourra ins rer une publication suppl mentaire Vous pouvez cliquer autant de fois que n cessaire sur ce bouton SES View in situ Ensuite s affichera la page faisant le r sum de l exp rience de type in situ Experiment compl te Comme dit dans le cahier des Method in situ e References charges une experience de type in situ se Name compose de lusieurs l ments une P P Wild type biomaterial exp rience un biomat riel de type sauvage 0 Species C Intestin
18. dans le contr leur On commence par r cup rer tous les g nes dans la base de donn es cette op ration est visible ligne 271 On ne prend que les g nes li s l esp ce choisie auparavant dans la page 265 266 genesByOrganism cacheName genesByOrganism organismIid Specie 267 268 tb jCache get genesByOrganism_ cacheName 269 if empty tb 270 genetype jDao get cv cvterm gt getByUnique Sequence gene 271 gene jDao get sequence feature gt findALLByOrganismAndType Specie genetype gt cvterm id 272 foreach gene as q 273 Geneobj new Gene g 274 Geneobj gt setGeneNames 275 tb Geneobj 276 E jCache set genesByOrganism cacheName tb 278 279 280 resp gt tpl gt assign TbGene tb 281 resp gt tplname curator retrieve gene 282 cnx gt commit 283 284 return resp 285 Figure 30 Contr leur retrieve_gene Lorsqu on a cette liste de g nes on va la transmettre de fa on classique au template travers une variable gt http api jqueryui com autocomplete _ 94 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 34 lt table gt d lt tr gt D lt td gt Associated gene lt td gt 65 lt td gt lt input type text name gene id id gene id autocomplete off value gene id gt 7 if id null lt td gt The name of the gene that was associated to this molec
19. de l quipe certains moments selon le biologiste l information tait diff rente J ai galement pu constater quel point 1l peut tre difficile de communiquer avec des personnes ext rieures au monde de l informatique Durant ce stage j ai rencontr plusieurs difficult s qui m ont cependant permis d acqu rir des comp tences et des connaissances suppl mentaires Premi rement ce stage m a permis d am liorer mes comp tences en programmation web Ja appris utiliser des outils que je ne connaissais pas comme NetBeans pour faciliter le codage Firebug pour aider debugger Redmine pour mieux organiser l avancement du projet Ja aussi appris utiliser le Framework Jelix le syst me de gestion de base de donn es postgreSQL et enfin SVN Sur le plan humain je me suis int gr e tr s rapidement cette quipe qui sait travailler de mani re productive tout en restant d contract e Durant ce stage J ai pu d velopper mon autonomie et apprendre mieux rechercher les r ponses mes questions dans de la documentation Je sais galement mieux expliquer mon travail gr ce aux r unions d quipe et aux r sum s poster sur redmine Finalement a pu d couvrir beaucoup de choses des outils des langages mais galement mettre en pratique les connaissances th oriques que j ai acquises durant ma formation De plus je me suis confront e aux difficult s r elles du monde du travail Le bilan d
20. de la table Dans l exemple de la figure 24 on commence par r cup rer le sch ma dans lequel aura lieu l enregistrement Ensuite on appelle l objet DAC et on cr e un enregistrement du _90 Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette m me type On remplit ensuite cet enregistrement avant de finalement l ins rer S 1l y a des champs de type autoincrement les propri t s correspondantes dans moltool seront mises jour avec la valeur schema jClasses getService organism organismService gt getSchema jDao get organism organism gt get Specie moltool_ factory jDao get nd reagent manager moltool jDao createRecord nd reagent moltool gt name Name moltool gt type id Type moltool factory gt insert moltool schema Figure 24 Enregistrement dans la base de donn es Dans les annexes 2 et 3 vous trouverez des diagrammes de classes propres aux donn es que j ai trait es Pour des soucis de clart je n ai inclus dans le diagramme de classes des in situs que les attributs et classes qui sont n cessaires votre compr hension Un diagramme de classes g n ral de l application est visible dans l annexe 5 2 5 4 L edition et la suppression dans la BD Pour diter une information contenue dans la base de donn es il faut d abord r cup rer l enregistrement correspondant cf figure 25 139 fUpdating the informatio
21. entreprises Il propose plusieurs outils aidant au d veloppement psql une interface en ligne de commande permettant la saisie de requ tes SQL pgAdmin est un outil d administration graphique et enfin PhpPgAdmin qui est une interface web d administration PostgreSQL offre une particularit partag e avec Oracle particuli rement int ressante le partitionnement de la base en sch mas Un sch ma est un espace de noms il contient des objets nomm s dont les noms peuvent tre identiques ceux d objets d autres sch mas Les objets nomm s sont accessibles en pr fixant leur nom de celui du sch ma Cette division est particuli rement int ressante pour Aniseed car la base contient des informations multi esp ces de ce fait on peut faire un partage logique des donn es en cr ant un sch ma par esp ce Enfin bien qu elle suive le mod le Chado la base de donn es d Aniseed comporte des modules additionnels En effet Chado fut initialement con u pour repr senter des donn es g nomiques bas es sur la s quence de l ADN L originalit de Niseed est d avoir tendu la 10 D veloppement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette logique de Chado des donn es non bas es sur des s quences d ADN par exemple les donn es anatomiques les mol cules chimiques LITERATURE Aniseed contient les donn es suivantes DATA gt Donn es anatomiques l anatomie le destin le lignage la morph
22. fait par des hi rarchies compos es de termes issus d un vocabulaire contr l Une ontologie exemple dans la figure ci dessous o les liens orient s sont de type fait partie de regroupe l ensemble du vocabulaire contr l et de la hi rarchie Humain T te Visage Yeux a Iris Pupille Nez Tronc Jambes P Bouche Dent La ngue Menton Figure 7 Un exemple de dictionnaire anatomique hi rarchis Aniseed repose sur une base de donn es de mod le Chado Chado permet la standardisation des bases de donn es contenant des informations biologiques En effet il est bas sur l utilisation extensive d ontologies D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Le choix des ontologies par les concepteurs de Chado a t motiv par les raisons suivantes gt Int grit des donn es les vocabulaires contr l s emp chent l utilisation de valeurs diff rentes pour d signer une m me chose et permettent d viter d ventuelles fautes d orthographe ou de syntaxe gt Portabilit et standardisation des donn es des ontologies internationales ont t cr es dans le but de permettre un partage plus efficace des r sultats entre chercheurs il existe plusieurs ontologies tr s connues en biologie Gene Ontology qui r unit toutes les caract risations des g nes Sequence Ontology qui regroupe toutes les caract risations des types de s
23. l interface de curation analyse de son contenu et ses d fauts L ancienne version du curateur pr sente a part les probl mes du script et de la base de donn es des probl mes de mise en page qui g nent la compr hension pour les utilisateurs On trouve parfois des champs mal nomm s ou des ic nes dont le sens n est pas toujours vident Quelques am liorations sont galement faire pour augmenter la rapidit du travail du curateur Sur la version 3 le curateur doit aller chercher sur le reste du site ou sur le site pubmed des identifiants qui n ont g n ralement aucun sens pour lui en temps que biologiste La nouvelle version devra proposer une version plus agr able pour l utilisateur en mettant en place des syst mes d auto completion de pop up Il faut aussi savoir que le curateur se divise en quatre grandes sections La premiere concerne les outils mol culaires la seconde la description des profils d expression de g nes et d activit la troisi me la description des r gions r gulatrices la quatri me la description des ph notypes Pour des raisons de contraintes de temps mon stage se limite aux deux premieres sections ne D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 2 2 1 Outils mol culaires Pour la page Create a Molecular tool visible dans la figure 12 l utilisateur devait saisir la main le nom exact du gene dans le champ associated transcript Un g ne ayant
24. la page dans la section search tools Cliquez ensuite sur Molecular tools Trouvez outil mol culaire qui vous int resse dans la page puis cliquez sur le bouton edit situ c t de lui La page d dition de l outil mol culaire s affichera figure 45 Welcome to ANISEED Curator Gel A10 316 92 0 Molecular Tool Name FGF9 16 20 MO Ima s 25mer MO Type morpholino_oligo Species C intestinalis ct Tool Supplier Gene Tools LLC Create Tools Regulation Loss of fonction Sequence if Morpholino Associated gene The name of the gene that was associated to this molecular tool is Ci FGF9 16 20 B 14651852 Neural tissue in ascidian embryos is induced by FGF9 16 20 acting via a combination of maternal GATA and Ets transcription factors B 17728350 Sequential and combinatorial inputs from Nodal Delta2 Notch and FGF MEK ERK signalling pathways establish a grid like organisation of distinct cell identities in the ascidian neural plate E 18336583 Novel genes involved in canonical Wnt beta catenin signaling pathway in early Ciona intestinalis embryos a 12617820 Region specific gene expressions in the central nervous system of the ascidian embryo B 19088089 Gene regulatory networks underlying the compartmentalization of the Ciona central nervous system oe 16219040 Ci Rga a gene encoding an MtN3 saliva family transmembrane protein is essential for tissue differentiation dur
25. longue car elle comprenait aussi l tape suivante qui regroupait les tests En effet Ca d cid de faire des tests au fur et mesure du d veloppement Apres que la page est enti rement fonctionnelle je la faisais valider par la curatrice et Patrick Lemaire Parfois 1l venait s ajouter des d tails en plus oubli s ou non sp cifi s au d part Cette tape faisait donc parfois revenir l tape de d part pour rajouter de nouvelles fonctionnalit s aux pages _ 40 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 4 2 Planification Lors de la premi re semaine de stage j ai principalement d couvert Aniseed travers des articles et de la documentation J ai pu voir le fonctionnement global du mod le Chado la base de donn es d Aniseed ainsi que le Framework que j allais utiliser Pour mieux comprendre Jelix Ca fait quelques tutoriels pr sents sur le site J a1 d velopp un module de news pour m entrainer Cr ation dition et suppression J ai ainsi pu d couvrir comment s articulaient les templates les contr leurs et les classes sous Jelix Sur la copie en local de la version 4 d Aniseed j ai pu ensuite m entrainer essayer de modifier les couleurs et les requ tes des diff rentes pages Jar ainsi pu voir plus en d tail ou taient situ s les diff rents blocs de code et l utilit des modules Gr ce a cet exercice Ia galement pu manipuler un peu la base de donn es
26. milieu o il travaille Au cours de mon stage j ai eu animer deux de ces r unions By ee Conclusion L objectif principal de mon stage tait de d velopper une partie de l interface permettant la curation pour les biologistes Cette interface s int gre dans la version 4 d Aniseed A travers plusieurs formulaires les plus intuitifs possibles l utilisateur doit pouvoir saisir dans la base diff rents types de donn es biologiques ainsi que pouvoir cr er des liens avec des entit s d ja existantes Les objectifs qui m ont t donn s en d but de stage ont bien t atteints une partie de l interface de curation d Aniseed version 4 est bien fonctionnelle et pourra facilement voluer gr ce l utilisation d une base de donn es bien construite et au Framework Jelix L utilisation de Redmine permet d avoir un suivi d taill du stage et des explications sur le code Les commentaires dans le code permettent la r utilisation et la maintenance de mon travail et facilitent le d veloppement des autres pages de l interface de curation Au d but du stage j ai d apprendre et int grer rapidement des notions en biologie qui m taient n cessaires pour comprendre interface que je devais cr er De plus n ayant jamais travaill avec une si grande base de donn es et un framework auparavant l adaptation tait assez prouvant Ja aussi t confront e des probl mes de communication au sein
27. o proviennent les termes db les r f rences externes dbxref les propri t s qui s y rattachent dbxrefprop et enfin la distance s parant des cvterm li s entre eux cvtermpath D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette cvterm_relationship cvtermpath ev id int cvterm relationship id int cvtermpath id int name varchar type id int type id int definition text subject_id int subject id int object id int object_id int cv_id int pathdistance int cvterm dbxref cvterm_dbxref_id int cvterm id int dbxref_id int cvterm id int 15 for definition int cv_id int name varchar definition text dbxref id int is obsolete int is_ relationship int dbxrefprop dbxrefprop id int dbxref id int type id int value text rank int cvtermprop id int cvterm_ id int type id int value text rank int cvtermsynonym id int cvterm id int synonym varchar type id int dbxref_id int db id int accession varchar version varchar db_id int description varchar name varchar description varchar urlprefix varchar url varchar Figure 9 Diagramme de navigation entre les tables pour le module cv Le sch ma Chado est impl ment avec le SGBD PostgreSQL 9 0 PostgreSQL est un syst me de gestion de base de donn es relationnelle et objet Ce syst me est fond sur une communaut mondiale de d veloppeurs et d
28. publications associ es un g ne au plus une vingtaine de publications dans les organismes tudi s par l quipe h te nous avons d cid de mettre une case cocher par publication Ainsi si le g ne a des publications qui lui sont associ es dans la base de donn es les cases cocher apparaitront Sinon la phrase no publications for this gene appara tra Dans les deux cas 1l y aura le bouton de soumission qui appara tra galement Le diagramme de s quences ci dessous r sume le d roulement de la cr ation d un outil mol culaire Page de cr ation d un outil mol culaire Nom Type d outil Espece Fournisseur Type de r gulation Commentaire Sequence EE Re ne Ono Pe ce Oona eee eee 1 i Liste des genes appartenant l esp ce Choix du gene SR RE EE A RE MR RNCS E EE SE oe Nea Se Tae SE aaa H Liste des publications li es au gene Choix des publications Figure 15 Diagramme de s quences pour la cr ation d un outil mol culaire 2 3 2 Les pages de cr ation d une Create an in situ exp rience de type in situ First step Creating the experiment Method EA Il y aura plusieurs pages pour permettre la cr ation d un in situ Tout le processus de cr ation d une exp rience de type in situ est r sum dans Second step Creating the wild type biomaterial le diagramme de s quences visible dans l annexe Bee a 4 Dans la premi re page l utilisateur
29. quences rencontr es dans un g nome gt La maintenabilit elle r sulte des points abord s ci dessus C est l un des sch mas relationnels les plus sophistiqu s existant actuellement en biologie mol culaire Il a t utilis pour le site d Aniseed car il est capable de contenir la plupart des classes rencontr es en biologie De plus Chado et Jelix sont compl mentaires du fait qu ils sont tout deux bas s sur un syst me de modules Chado est un sch ma modulable ce qui en fait un outil flexible et extensible Les modules les plus caract ristiques sont les suivants Controlled vocabulary cv Vocabulaires contr l s et ontologies Organism Donn es taxinomiques Sequence Objets bas s sur des s quences Publication Publications scientifiques et r f rences Genetic Donn es g n tiques et les g notypes Mage Donn es de microarray Companalysis Informations issues d analyses informatiques Figure 8 Modules caract ristiques de Chado Nous allons prendre l exemple du module cv et voir comment sont architectur es ces tables afin de mieux illustrer la strat gie g n rale utilis e dans Niseed Les diff rentes tables du module cv cf figure 9 permettent de stocker les termes d finis cvterm ainsi que des propri t s s y rattachant cvtermprop les synonymes des termes cvtermsynonym les relations qui les unissent cvterm_relationship les bases de donn es d
30. rend particuli rement ad quat au syst me Aniseed 1 2 Analyse des besoins fonctionnels 1 2 1 Quels sont les utilisateurs de l interface de bio curation Tous les utilisateurs de l interface de curation sont des biologistes Il y a deux cat gories d utilisateurs les annotateurs et les curateurs Les annotateurs sont des utilisateurs disposant de moins de droits que les curateurs ils peuvent interagir avec l interface de curation pour ajouter des donn es et les modifier Leurs ft d S DER D P D donn es sont automatiquement Annotateurs enregistr es comme priv es C est dire que seules les personnes de leur laboratoire y auront acces et que la qualit de leurs donn es ne sera pas L gende Contenu soumis curation Curateurs 3 Contenu priv contr l e S ils veulent que les donn es EE curateur uils ont enregistr es deviennent MN gt o Utilisateurs de l interface publiques ils peuvent les soumettre curation Un bio curateur se chargera alors de d finir si la qualit des donn es 7 S publique soumises est suffisante pour les ins rer dans la base de donn es publique Les donn es valid es seront ensuite PRET ee eee disponibles pour tous les internautes sur l interface publique Par contre si une donn e n est pas valid e par le bio curateur elle ne sera pas visible sur l interface publique Les curateurs en plu
31. tation biologique des donn es ins r es d pend du type de donn es consid r Pour l insertion d un outil mol culaire un type de r actif biologique qui permet de modifier la fonction d un g ne on aura besoin des donn es pr sentes dans la figure 4 ci dessous Create a molecular tool S lectionner le type inhibiteur Entrer le g ne dont la fonction T est modifi e Curateur ou annotatetf S lectionner E l esp ce i lt lt Ext end gt gt T 4 S lectionner les publications S lectionner le type de modification de fonction Figure 4 UseCase de cr ation d un outil mol culaire Sur la page de cr ation d une exp rience de description du profil d expression d un g ne exp rience dite in situ l utilisateur va devoir rentrer de multiples informations En fait la cr ation de l in situ se fera en plusieurs tapes Au total l utilisateur doit pouvoir rentrer toutes les informations cit es dans la figure 6 Ces informations concerneront plusieurs objets Il y aura une exp rience li e des biomat riels n cessairement un seul biomat riel de type sauvage et z ro un ou plusieurs biomat riels de type perturb pouvant chacun tre associ au profil d expression d un ou plusieurs genes Ces objets et leurs relations sont visibles dans la figure 5 ci dessous Figure 5 Plusieurs objets forment une exp rience de type in situ Experience Biomat riel
32. the curator 28 Mar 2013 01 29 pm Cyril Martin Insitu 0 1 expression N CH Lin N CH as Figure 42 Apercu SVN 10 http www jstree com documentation ui l http www jstree com documentation types e312 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 3 Manuel d utilisation 3 1 Les outils mol culaires Aniseed supporte la description de profils d expressions et de ph notypes en r ponse aux perturbations de la fonction d un g ne Pour d finir ces perturbations 1l utilise le concept d outil mol culaire Un outil mol culaire peut tre un morpholino un mRNA Chaque outil mol culaire sera li au g ne qu il r gule en lui apportant un gain ou une perte de fonction ainsi qu aux articles et exp riences dans lesquels il a t d crit ou utilis 3 1 1 Ajouter un outil mol culaire Pour ajouter un outil mol culaire s lectionnez dans le menu situ gauche de la page la section create tools Ensuite cliquez sur Create a Molecular tool La page de cr ation d un outil mol culaire s affichera figure 43 Welcome to ANISEED Curator Search Tools Supplier Create Tools Regulation Loss of fonction Comments or short description Sequence if Morpholino These fieds are mandatory Figure 43 Ajouter un outil mol culaire Les champs obligatoires sont signal s par une toile c t de leur nom Pour commencer renseigner le nom de l outil mol
33. 87 7 lues Figure 2 Le r le du curateur d Aniseed 1 1 3 Description de l existant La version 3 d Aniseed permet de r pondre aux besoins des biologistes mais p che par la qualit de son architecture logicielle ce qui la rend difficilement modifiable et portable Elle est compos e d environ 800 scripts mis a la racine du projet sans suivre de design pattern et sans utiliser de POO Cette version est galement bas e sur une base de donn es peu optimis e certaines tables n ont pas de cl primaire il y a des redondances dans les donn es Actuellement la version 4 d Aniseed est en plein d veloppement Cette nouvelle version est destin e faciliter la lecture la compr hension et la maintenance de l application en utilisant des concepts informatiques comme la programmation orient e objet le design pattern MVC et le framework Jelix De plus une migration de base de donn es est en cours En effet les anciennes versions utilisaient une base de donn es qui voluait au gr des modifications et des besoins pressentis par les auteurs La nouvelle base de donn es PostgreSQL suit le sch ma Chado qui a t mis en place par la communaut GMOD Generic Model Organism http www ncbi nlm nih gov pubmed http gmod org wiki Chado_ _Getting Started BE Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette Database Ce mod le est sp cifique aux bases de donn es biologiques ce qui le
34. Biomate riel de type mutant 2 sauvage Biomat riel mutant 1 Biocurateur ou annotateur D veloppement du curateur d Aniseed D finir un in situ Ajouter une description Selectionner une m thode d analyse Ajouter des references NM lt lt include gt gt Cr er une exp rience Si Cr er un biomat riel perturb Marl ne Guillemette Ajouter une description des conditions exp rimentales K S K i S lt elnglude gt gt i Ki K lt lt Extend gt i 7 3 ms lt lt Extend s S i i k w i w T s E Ka Sp cifier des i lt lt Eytend gt gt territoires anatomiques K o l expression H t d tect e lt lt Extend gt d est detectee lt lt Extende 7 lt lt Extend gt Ki Sp cifier que i r K lexpr esso i S dans un b i territoire Specifier i 4 n est pas qu un s re territoire est 4 partiellement S marqu e Ajouter une manipulation Dre Gg iy a 2e ncudes gt H Z S lectionner un outil i d S pO mol culaire i i lt lt Extend gt lt lt nclude gt lt lt Include gt lt lt indude gt Se l S i S lectionner un type de r gulation S lectionner le stade de fin de la d r gulation S lectionner le S lectionner le territoire enlev stade de d part
35. a pass de longues heures a chercher sur internet pour me renseigner sur quels outils existaient pour mettre en place les fonctionnalit s qu on m avait demand es Gr ce ces recherches a d couvert et appris a utiliser de nombreux outils et concepts ainsi que des rudiments dans divers langages Lorsque j ai fini ma premi re page J ai d pr senter mon travail devant toute l quipe Lemaire lors d un lab meeting Comme ces r unions s adressent des biologistes et des informaticiens il faut essayer de s exprimer clairement afin que notre travail soit compr hensible et int ressant pour tous Ensuite suite une deuxi me petite r union avec Patrick Lemaire et Cyril Martin nous avons d fini ma seconde mission Pour cette page je devais recr er une page du curateur qui posait des probl mes dans la version pr c dente En effet ce n tait pas une am lioration de l ergonomie qui devait tre faite mais plut t une r organisation des pages Pour enregistrer un in situ complet il faut ins rer beaucoup de donn es dans la base qui sont li s plusieurs tables diff rentes De plus il a fallu int grer la notion d exp rience qui n existait pas dans la v3 Ce qui a t difficile dans ma deuxi me mission a surtout t de comprendre le besoin des utilisateurs En effet j ai parfois re u quelques informations contradictoires selon les sources J ai donc souvent d velopp des fonctionnalit s qui f
36. alis Developmental stage Stage 3 4 cell add an expression r i delete in situ chaque biomat riel une expression cf delete ins figure 5 add a mutant biomaterial n biomat riels de type mutant et pour La figure 17 vous montre la page view in situ li e une exp rience de type Figure 17 Maquette de la page view in situ in situ ne comportant pas encore d expressions ou de biomat riels de type mutant Si l in situ comporte un biomat riel les informations li es celui ci seront pr sentes sur cette page De m me pour une expression Cette page permet donc de Create mutant biomaterial supprimer des l ments ou d acc der la page pour les diter Cette page First step Defining the stage of analysis propose aussi des liens pour ajouter de species Bea nouveaux l ments Enfin elle permet stage de voir le r sum de tous les l ments li es une exp rience de type in situ Second step Defining the eventual perturbations Je vais maintenant vous pr senter la page vous permettant add a deregulated molecule d ajouter un biomateriel de type mutant Cette page comporte deux groupes de champs qui sont optionnels C est pourquoi l utilisateur devra cliquer sur les boutons s il veut y avoir acc s Figure 18 Maquette de la page create biomaterial En cliquant sur add an embryo manipulation l utilisateur fera appara tre une liste d roulante o il pour
37. alit d auto compl tion ne peut pas tre utilis e dans notre cas pour plusieurs raisons E D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette HTML S5 est support par la plupart des versions r centes des navigateurs classiques Or les utilisateurs du curateur ne font pas forc ment les mises jour de leur navigateur e M me sur certains navigateurs comme Opera o la fonctionnalit est bien int gr e on ne peut trouver un terme qu en tapant le d but du mot Par exemple si on recherche le g ne Trypsin type protease 26 il faudra absolument taper Trypsin pour trouver le g ne Avec protease le g ne voulu ne sera pas dans les r sultats Dans notre cas il faut absolument pouvoir saisir le milieu du terme voulu pour le trouver e Il est hors de question d int grer dans la page stockant le formulaire l int gralit de la liste des g nes La fonctionnalit d auto compl tion propos e par HTMLS est donc r serv e aux listes comprenant peu de valeurs De par ces multiples raisons 1l faut absolument utiliser une autre m thode pour l auto compl tion du curateur C est pourquoi je me suis tourn e vers Jquery UI qui propose un widget d auto compl tion assez facilement impl mentable L utilisation que j ai faite de ce widget est d crite dans les figures ci dessous figures 30 et 31 Dans un premier temps 1l s agit de r cup rer la liste de valeurs Cette op ration se fait
38. ant ou promouvant un squelette de programme DAO Objet d acc s aux donn es est un patron de conception utilis dans les architectures logicielles objet Smarty Smarty est un moteur de template pour le langage PHP ORM Technique de programmation faisant le lien entre le monde de la base de donn es et le monde de la programmation objet Elle permet de transformer une table en un objet facilement manipulable via ses attributs Notions biologiques Clone L ADN situ dans le noyau est isol et coup avec un enzyme de restriction Tous les fragments d ADN sont ins r s individuellement dans un vecteur pour produire plusieurs millions de mol cules recombinantes Ces mol cules sont propag es chez des bact ries pour produire les clones Lors d une exp rience de type in situ hybridization le biologiste va utiliser une sonde qui reconnait sp cifiquement le g ne recherch Cette sonde se fixe sur le g ne s il est pr sent dans la cellule et le signale par sa fluorescence sa radioactivit etc In situ Comparaison d un embryon sauvage pour un stade donn et du m me embryon ayant subi une perturbation Biomat riel Un biomat riel est un embryon Il est dit perturb s il a t perturb par une exp rience permettant la manipulation de la fonction d un g ne ou de l organisation des cellules embryonnaires Sinon c est un embryon l tat sauvage n ayant subi aucune modification Une fois le s
39. avaScript d Ajax et d autres outils visant am liorer l interactivit Dans un premier temps une pr sentation du contexte et des contraintes sera faite l aide du cahier des charges Dans cette partie vous trouverez un r sum des besoins fonctionnels et des sp cifications techniques Ensuite j aborderai les notions techniques du stage et J expliciterai les choix de conception Apr s cela je presenterai le manuel d utilisation expliquant comment utiliser le site et permettant de voir le r sultat concret qui a t obtenu Enfin je r sumerai tous les points lies a l activit en explicitant le mode de d veloppement adopt et le d roulement du Stage D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 1 Cahier des charges 1 1 Analyse du contexte 1 1 1 Le sujet Am lioration de l application web Aniseed d veloppement du curateur Il s agit en fait de d veloppement web utilisant le framework Jelix une base de donn es PostgreSQL et des notions en JavaScript et en Jquery 1 1 2 Le projet Niseed Le projet Niseed Network for In Situ Expression and Embryological Data est un syst me informatique permettant de repr senter l ensemble du d veloppement d un animal a travers diff rents types de donn es biologiques Niseed met disposition de l utilisateur une gamme tendue d outils de fouille qui permettent l extraction et la cr ation de nouvelles donn es L une d
40. bouton submit plusieurs actions vont s ex cuter Dans un premier temps on va r cup rer la case que l utilisateur aura coch e On va placer la valeur de cette case dans un champ cach sur la page Ensuite on cache le bouton add probe et on le remplace par le bouton change probe Si l utilisateur clique sur change probe alors la valeur du champ cach e prendra la nouvelle valeur Enfin on peut fermer la fen tre hnttp api jqueryui com dialog e Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette 353 354 399 356 357 356 399 360 361 362 363 364 365 366 367 368 369 370 371 372 373 374 379 376 377 378 379 CLlones fdialog for clones SI clone form dialog autoOpen false height 650 width 850 modal true buttons Submit function var Checked input name clone id selected checked i input clone id val Checked value i change probe show i add probe hide S this dialogi close H i old probe hide lee Cancel function f this dialog close J l We i add clone button click function SI clone form dialog open l Figure 36 Dialog 2 7 La mise en cache La mise en cache permise par Jelix a t tr s utile car certaines requ tes ou cr ation d objets n cessitait beaucoup de temps De ce fait 1l tait utile de pouvoir cr er un fichie
41. comment r aliser cela Il a donc fallu que je fasse de nombreuses recherches sur internet pour savoir quel langage ou outils 1l faudrait utiliser J ai ensuite fait quelques tentatives peu fructueuses en utilisant Ajax Peu apr s mon tuteur m a pr sent un s lecteur de Jquery nomm change Ce s lecteur permet de provoquer un v nement lors du changement d un champ Son fonctionnement global est visible dans la figure 27 ci dessous 92 organism id change retrieve_ genes 53 g4 function retrieve genes 95 ajax 96 url literal jurl curator moltool retrieve gene literaL 97 data input serializeArray D success function result 59 i result_gene html result 100 101 H 102 return false 103 L 104 Figure 27 S lecteur change Dans la ligne 92 on pr cise que pour la liste d roulante dont lid est organism_id lors d un changement de s lection on appelle la fonction retrieve_genes La fonction retrieve_genes est ensuite explicit e ligne 94 Elle appelle un url et envoie tous les champs du formulaire input en param tre cette URL sous forme de tableau serializeArray La r ponse de cette page appel e sera ensuite plac e dans la balise d id result_gene L appel visible ligne 96 va en fait appeler la fonction retrieve_pub qui est situ e dans le module curator dans le contr leur moltool Cette fonction visible dans la figure 28 va
42. ctionner la sonde Vous pouvez ensuite ajouter des images li es votre expression Pour cela cliquez sur le bouton add a picture Le bouton parcourir vous permettra d aller chercher votre image sur votre ordinateur Si vous souhaitez associer une autre image votre expression cliquez sur add more pictures Lorsque vous aurez cliqu sur ce bouton un nouveau champ appara tra Dans ce champ vous pourrez associer une autre image votre expression Si vous voulez ajouter une description des conditions exp rimentales cliquez sur le bouton add experimental conditions description Saisissez le substrat utilis dans l exp rience S lectionnez un auteur pour cette expression Si vous entrez des donn es issues d un article choisissez le premier auteur Vous pouvez ensuite sp cifier les territoires anatomiques marqu s en cliquant sur add territories of expression Une nouvelle fen tre s affichera cf figure 52 Cette fen tre comprend un arbre avec tous les territoires anatomiques li s au stade de d veloppement choisi c t de chaque territoire que vous s lectionnerez vous pourrez pr ciser s il est not sure ce qui signifie que vous n tes pas s r qu il y ait bien ce territoire dans les territoires d expression Vous pourrez galement sp cifier si le territoire est part of ce qui veut dire que la t che est r serv e une partie du territoire Vous pouvez
43. d cid de vous pr senter son fonctionnement travers un cas simple ep lt tr gt 26 lt td gt mg lt div class clone form title Adding probes to your wild type expression gt 28 lt p gt First step please enter a gene lt p gt CHE lt div gt 30 lt input type text name gene id id gene id value old gene autocomplete off gt 31 lt p id clones gt 32 lt div gt 33 lt div gt 34 lt p id summary clones gt lt p gt 35 lt td gt 36 lt tr gt 37 E lt tr gt 38 lt td gt lt button type button id add probe class add clone gt if expression id null Change else Add a if probe lt button gt lt td gt 39 lt tr gt Figure 35 Code HTML n cessaire a la cr ation d un Dialog La figure 35 visible ci dessus pr sente l utilisation du dialog dans le template Il faut cr er une div englobant le contenu que l on veut avoir dans sa fen tre Ici c est la div ligne 27 Il faut aussi cr er le bouton entra nant ouverture de la fen tre ligne 38 Pour mettre en place ce widget au niveau JavaScript on commence par d finir les propri t s de la fen tre AutoOpen permet de d finir si la fen tre s ouvre automatiquement au chargement de la page Modal permet de d finir si les l ments l arri re de la fen tre restent cliquables et actifs Ensuite on pr cise quels boutons seront pr sents dans la fen tre Lorsqu on clique sur le
44. dd a reference Lorsque vous commencerez saisir le nom de votre publication vous pourrez tre aid par le m canisme d auto compl tion Si vous voulez associer d autres publications votre exp rience cliquez sur add more references et un champ suppl mentaire appara tra Vous pouvez saisir autant de publications que n cessaire en dupliquant le champ chaque fois Maintenant cr ons le biomat riel de type sauvage Choisissez une esp ce dans la liste d roulante Lorsque vous aurez choisi une esp ce un arbre contenant tous les stades de d veloppement appara tra automatiquement Vous pouvez maintenant choisir le stade de d veloppement auquel l analyse de l expression des g nes a t effectu e Pour faire d plier l arbre compl tement et donc voir toutes ses feuilles cliquez sur Expand all Pour faire l action contraire et donc ne voir que les n uds cliquez sur Collapse all Vous pouvez galement n ouvrir et ne fermer que certains n uds en jouant avec le triangle plac c t de chaque stade Une fois le stade choisi le bouton save appara tra La nouvelle page qui appara tra r sume les informations li es l in situ qui sont contenues dans la base de donn es cf figure 48 Sur cette page de nombreux liens permettent d acc der d autres pages permettant d diter l in situ d ajouter un nouveau biomat riel de type mutant d ajouter une e
45. e Contr le transcriptionnel de la morphogen se des chord s dirig e par Patrick Lemaire se compose de biologistes et d informaticiens Son objectif g n ral est de comprendre comment la s quence lin aire du g nome dirige la formation dynamique d un animal multicellulaire complexe en utilisant comme syst me mod le les embryons d un proche parent des vert br s l ascidie Ciona Intestinalis Les ascidies ont t choisies en raison de leur simplicit anatomique et g nomique De plus les ascidies montrent une excellente conservation des lignages cellulaires embryonnaires des destin es cellulaires et des formes de cellules Les ascidies sont donc tr s adapt es pour d chiffrer le programme de d veloppement d un chord et pour comprendre comment la stabilit du d veloppement est cod e dans P ADN g nomique Pour atteindre ses objectifs l quipe combine des approches embryologiques mol culaires et bioinformatiques Pour int grer les donn es h t rog nes de ce projet s quences nucl otidiques diverses territoires anatomiques donn es d expression g nique dans des conditions sauvages ou mutantes l quipe a con u et maintient toujours le projet Aniseed Ascidian Network for In Situ Expression and Embryological Data Il est compos d une base de donn es et de plusieurs applications web La version 3 est disponible a l adresse suivante http www aniseed cnrs fr La version 4 est actuellem
46. e ce stage est donc tr s positif Sitographie SITES INTERNET CONSULTES Adresse de la page Type de site Information recherch e ings nature com docum Site de publications de Informations sur aniseed ents 3 186 version 1 chercheurs http bioinformatics oxfordjournals Site de publications Informations sur Chado Org http docs jelix org fr manuel 1 4 Manuel de Jelix 1 4 http docs jelix org fr manuel 1 5 Manuel de Jelix 1 5 Documentation sur la version de Jelix utilis e par Aniseed apres la mise a jour http jelix org reference 1 5 2 API de Jelix version 1 5 2 widgets des m thodes http xul fr xml ajax html Tutoriels et demos Ajax en ee Tutoriel sur Jquery ery http ajax developpez com cours http forum phpfrance com faq Forum Informations sur les listes li es tutoriels http siddh developpez com article Informations sur Ajax s ajax http codular com jquery Site proposant des articles Article sur l auto completion en utilisant autocomplete suggestion dropdown sur diff rentes notions Jquery d informatique http www javascriptir com Site de tutoriels Informations sur les listes li es ajax et jquery http www kommunauty Tri Tutoriel sur l auto compl tion javascript www dynamicajax com fr ind Site sur ajax Informations sur Ajax http www blog nouvelles Site proposant des articles Explications sur le concept global d auto technologies fr sur diverses notion
47. e chronologique US d entr e dans la base le plus ancien est en haut Nodal MO Imai s 25mer MO morpholino_oligo So e de la liste le plus r cent en bas Si vous EE zaps souhaitez afficher plus de d tails sur un outil FoxA a MO Imai s 25mer MO morpholino_oligo aN mol culaire cliquez sur edit a c t de FoxD a_bMO Imai s 25mer MO morpholino_oligo RE EE l outil mol culaire choisi Vous pourrez ainsi AP2 like2 MO Imai s 25mer MO morpholino_oligo EES voir toutes les informations sur votre outil mol culaire Figure 44 Lister les outils mol culaires 3 1 3 Supprimer un outil mol culaire Pour supprimer un outil mol culaire via l interface de curation il faudra que vous trouviez d abord votre outil dans la liste des outils mol culaires Cette liste est accessible via le menu situ a gauche de la page dans la section search tools Cliquez ensuite sur Molecular tools Cliquez ensuite sur le bouton delete situ c t de l outil mol culaire supprimer aes D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Une fen tre demandant votre confirmation appara tra Attention lorsque vous confirmez la suppression l action sera irr versible et vous ne pourrez plus acc der aux donn es concernant cet outil mol culaire Si vous avez besoin d diter un outil mol culaire d j pr sent dans la base il vous faudra aller dans le menu situ a gauche de
48. e savoir ce qu ils permettent d diter Il manque galement un objet la d finition d un in situ il n existe pas le concept permettant de relier les profils d expression de plusieurs g nes dans plusieurs conditions 14 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette exp rimentales Ce manque pose des probl mes car il y a certaines donn es qui ne sont de ce fait pas stock es dans la base Welcome to ANISEED Author 2013 04 15 Annotator 2013 04 15 This entry is and Submit TS curation Pipeline Make Curated Delete Picture description Ciona intestinalis Zygote Que signifient ces checkbox Change developmental stage Pad ef AS rd a a JE Que signifie cette croix FHT Que va t on diter Notice Undefined variable substrate in home mguillemette NetBeansProjects aniseed3 CURATOR insitu php on line 516 Notice Undefined variable substrate in home mguillemette NetBeansProjects aniseed3 CURATOR insitu php on line 516 Expression profile Clone Construct Method Substrate Multiple Remove Notice Undefined variable mol in home mguillemette N etBeansProjects aniseed3 CURATOR insitu php on line 718 Experimental conditions FNIT Deregulated molecules Rad Name Regulation type Molecular tool From stage To stage Edit Delete NONE Embryo manipulations Rd Removed anatomy part From stage References NONE Notice Undefined index FHeader in home mgu
49. eed Marl ne Guillemette 2 8 Jstree Jstree est un plugin libre se basant sur jquery Sa documentation est en anglais Ce plugin permet de cr er des arbres semblables ceux visible dans la figure 38 visible ci dessous 4 gd Root node 1 b asdf 4 W Root node 1 a asdf oad fin W asdf ke Child node 2 4 Let DS Child node 2 Kc E 4 kal Some other child node A p Documents and settings i Some other w W Some other a ka Root node 2 GD Administrator e Root node 2 All Users El J Root node 1 ad Y DD Root node 1 KG W e A George ne Loading d kel asdf L Root node 2 i s Program files lan ke Some other child node Figure 38 Plugin Jstree aper u des fonctionnalit s Ce plugin a t utilis de nombreuses fois sur le curateur g n ralement m me plusieurs fois par page Nous allons nous pencher sur un des cas o a t utilis cet arbre afin d illustrer son fonctionnement g n ral Le contr leur permettant la cr ation de l arbre est visible dans la figure 40 Dans un premier temps on commence par inclure les classes dont on a besoin La classe anatomyInsituJTreeRecursivelterator d rive de la classe Recursivelterator qui d rive elle m me de la classe Iterator Ensuite 1l faudra r cup rer tous les territoires anatomiques li s au stade de d veloppement s lectionn C est ce que fait la fonction findAnats d finie dans la classe devstage On va ensuite ch
50. ent toujours en d veloppement Mon stage concerne la refonte de l interface de curation de cette nouvelle version I comprend plusieurs aspects comme l adaptation a la nouvelle base de donn es le d veloppement suivant un framework l am lioration de l ergonomie de l interface D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Introduction L quipe de Patrick Lemaire travaille sur quatre esp ces d ascidies Ciona intestinalis Ciona savignyi Halocynthia roretzi et Phallusia mammillata Afin d enregistrer leurs donn es g nomiques l quipe d informaticiens t charg e de cr er la base de donn es Aniseed Cette base de donn es dispose de plusieurs outils de fouille de donn es Parmi eux le curateur permet aux biologistes de consulter et d ajouter de nouvelles informations dans la base de donn es La version 3 d Aniseed dispose d une interface de curation qui bien qu a peu pres fonctionnelle a t cod e sans utiliser de framework ni de design pattern ni de POO et avec une base de donn es ne correspondant plus a celle utilis e dans la quatri me version C est pourquoi l objectif de mon stage est de recr er l interface de curation tout en l adaptant la quatri me version donc en la faisant correspondre l actuelle base de donn es et au framework Jelix La nouvelle version profitera galement de formulaires plus faciles utiliser gr ce l utilisation de J
51. ercher l arbre qui est compos de ces territoires Il faudra galement assigner it l it rateur de l arbre au template Cet it rateur est un objet permettant de parcourir tous les l ments contenus dans l arbre Le parcours qu il fait est d crit dans la classe Iterator et Recursivelterator Displaying anatomy tree jClasses inc aniseed jtree JTreelterator jClasses mc aniseed jtree anatomyInsitulTreeRecursivelterator devstage jClasses getServicel anatomy devstageService gt get devstage id devstage gt findAnats tree jClasses getService anatomy anatomyService gt getTree devstage gt anats it new anatomyInsituJTreeRecursivelterator tree new JTreeIterator tree getTree true tpl assignByRef tree it it resp body gt assign MAIN tpl fetch create expression return resp Figure 39 Cr ation d un arbre dans le contr leur La figure 40 illustre l affichage de l arbre dans le template Les boutons permettent de faire ouvrir l arbre enti rement afin d afficher toutes les feuilles ou de fermer l arbre compl tement afin de ne voir que les n uds 9 e www jstree com _29 D veloppement du curateur d Aniseed t r gt lt div class anat form title Territories of expression gt lt p gt Please select the anatomical part s that are stained lt p gt lt div gt lt div class buttons gt lt a id close all anat lt img
52. es recens es sur le site pubmed Ensuite ils effectueront une structuration de ce contenu Par exemple pour enregistrer un nouvel outil mol culaire r cemment apparu ils d finiront l esp ce impliqu e le g ne le type de r gulation La structuration est cruciale pour l informatisation de ces donn es La derni re tape concerne le partage de ce contenu Le curateur pourra rendre disponible et accessible les nouvelles donn es aux internautes Le curateur d Aniseed jouera galement un tout autre r le Il devra valider ou discr diter les informations saisies par les annotateurs qui sont d autres utilisateurs de l interface de curation extraction et insertion des c 919 15 donn es Jian elef EN Age s A dissection At the tailbud stage it was de l article detected in the endoderm mesenchyme and nervous system AVAILABLE ON PUBLIC WEBSITE BETA Choma istostiualis Mid tailbud Charactemac expeexnon patema af the poutre genes detected by whole mount in atu tytadrsnon Leen view of a mid tabud stage erabryo shows eqpreanon af capitis Original arsstation at the neunda stage zygotic expresman war deoected m the endo dems aid etanche and of the tibud stage ganz detected ii the taisod seoloculo oea0l 7116 endo deme cero whead tanches go feat and nervous system aan a the head Stued region miterice sensory vesick head endodenu mesenchyme BE 4 amp
53. es forces de ce projet est sa g n ricit l id e est de pouvoir tendre ce syst me plusieurs groupes d organismes c est dire pouvoir int grer des donn es ind pendamment des organismes tudi s Aniseed est la version consacr e au groupe des ascidies qui sont des invert br s marins Ascidian Niseed Un historique des diff rentes versions d Aniseed est visible dans l annexe 1 C est la plus r cente version d Aniseed encore en d veloppement aujourd hui qui va donner naissance au syst me g n rique Le projet se compose de diff rents modules cf figure 1 a Deux bases de donn es PostgreSQL une pour Niseed une pour Gbrowse o GBrowse Outil open source d velopp en Perl et disponible sur le site de la communaut GMOD Combinant base de donn es et page Web interactive il permet la manipulation et l affichage d annotations de g nomes a Le module Niseed du manager Application web qui permet a un administrateur d installer une nouvelle base De plus elle fournit une gamme d outils qui permettent de g rer l ensemble des utilisateurs de maintenir jour les donn es de la base et de cr er de nouvelles informations a Le module Niseed public aussi appel navigateur d veloppemental Application web qui met a disposition de l utilisateur diff rents outils de fouille de donn es Il est organise autour de divers domaines donn es d expression donn es anatomiques donn es mol cu
54. es outils mol culaires Figure 45 Modifier un outil mol culaire Figure 46 Cr er l in situ exp rience et biomat riel de type sauvage Figure 47 Cr er un in situ Figure 48 R sum de l in situ Figure 49 Cr er un biomat riel Figure 50 Cr er une expression Figure 51 Fen tre pour s lectionner la sonde Figure 52 Fen tre pour ajouter des territoires d expression Figure 53 Cycle de d veloppement 330 ee Pee oi SBA x EE 235 AD Eerie BOF ao _ 39 _ 40 Glossaire Notions informatiques IDE Environnement de d veloppement logiciel Programme regroupant un ensemble d outils pour le d veloppement de logiciels Il regroupe g n ralement un diteur de texte un compilateur des outils automatiques de fabrication et un d bogueur Ontologie Une ontologie est un syst me contenant des termes une d finition de ces termes ainsi qu une sp cification des relations existant entre les termes formant ainsi un vocabulaire contr l Une ontologie et g n ralement repr sent e par un graphe les n uds tant les termes et les arcs les relations entre ces termes Systeme de gestion de base de donn es relationnelle et objet Ensemble de logiciels qui servent a manipuler des bases de donn es G n ricit Ind pendance vis vis du type Framework Ensemble d outils et de composants logiciels organis s conform ment un plan d architecture et des patterns l ensemble form
55. galement pr ciser la position subcellulaire des marquages d un territoire 3 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Territories of expression Please select the anatomical part s that are stained T Collapse All F Expand All plasma membrane nucleus nuclear envelope A C whole embryo L Not sure L Part of cytoplasm M plasma membrane E nucleus nuclear envelope A C line L Not sure L Part of cytoplasm plasma membrane j nucleus O nuclear envelope 4 A4 1 cell pair Not sure L Part of cytoplasm S plasma membrane a H j H nucleus o nuclear envelope L C a4 1 C Not sure L Part of cytoplasm E plasma membrane E nucleus H nuclear envelope i C a4 1 C Not sure L Part of cytoplasm A plasma membrane a nucleus jo 2 nuclear envelope R A C b line L Not sure L Part of cytoplasm K plasma membrane i nucleus nuclear envelope b4 2 cell pair C Not sure C Part of cytoplasm plasma membrane nucleus Es SS nuclear envelope L L b4 2 L Not sure L Part of cytoplasm plasma membrane nucleus 8 nuclear envelope H L C b4 2 C Not sure L Part of cytoplasm plasma membrane a j 7 nucleus nuclear envelope B line L Not sure L Part of cytoplasm Le plasma membrane A murlens Submit Cancel Figure 52 Fen tre pour ajouter des territoires d expression
56. i pu proposer les diff rents fichiers que j avais cr s dit s sans alt rer le contenu de ces derniers s ils ont t utilis s entre temps par un autre d veloppeur Tout au long de mon stage j ai d mettre jour r guli rement ma copie locale Les mises jour ont t facilit es par NetBeans Ces mises jour ont toutes t r pertori es sur Redmine Dec lt lt E Overview Activity Roadmap Issues New issue Gantt Documents Repository Settings Revisions Revision OK Date Author Comment 217 21 Apr 2013 02 56 pm Cyril Martin fix autocomplete find gene by annotation 18 Apr 2013 01 57 pm Marlene Guillemette Minor bugs fixed 18 Apr 2013 12 42 pm Marl ne Guillemette Minor bugs fixed 18 Apr 2013 12 26 pm Cyril Martin fix list anatomies by devstage new phenotype_reagent N g ka je vi Ig N en Ab 213 10 Apr 2013 11 27 am Cyril Martin is_visible insitu 212 09 Apr 2013 04 56 pm Cyril Martin curator list insitus 2 211 09 Apr 2013 04 40 pm Cyril Martin curator list insitus 210 05 Apr 2013 02 54 pm Cyril Martin change directory for locales 209 05 Apr 2013 02 54 pm Cyril Martin change directory for locales 208 05 Apr 2013 02 35 pm Cyril Martin cvterm is_visible 207 04 Apr 2013 05 05 pm Cyril Martin treatment_cvtermprop N CO 28 Mar 2013 02 07 pm Marlene Guillemette Minor bugs fixed 28 Mar 2013 02 00 pm Marlene Guillemette First update on
57. ieu tous les mardis pendant deux heures Ces pr sentations devront bien entendu tre faites en anglais et tre accompagn es d un diaporama D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 2 Rapport technique 2 1 Contexte technique 2 1 1 La base de donn es Une base de donn es contenant des donn es biologique est une base de donn es originale de par sa conception et l architecture de ses tables En effet les donn es biologiques sont atypiques et n cessitent de ce fait un traitement un peu particulier car elles sont parfois incompl tes erron es ou p rim es De plus ces donn es vont voluer et s changer tr s rapidement Pour pallier ces probl mes les concepteurs de Niseed proposent une annotation manuelle ou semi automatique des donn es Cette facilit de mise jour de la base garantit une meilleure qualit des informations stock es De plus Aniseed insiste sur la tra abilit des donn es Pour chaque information saisie on va retenir son auteur les publications o elle est cit e son annotateur la date de saisie et le bio curateur l ayant valid e Cette tra abilit permet de mieux savoir l origine des donn es Un autre point important dans la base de donn es d Aniseed concerne les hi rarchies pour la repr sentation des relations de filiation Dans mon quipe d accueil et dans la biologie du d veloppement en g n ral on s int resse aux embryons et leur description se
58. illemette N etBeansProjects aniseed3 CURAT OR insitu php on line 1013 Create a molecular tool 1114 l _CCUIAIre Name a Type E Suite aux probl mes voqu s 1 ai Species D cr une maquette qui a ensuite subi Sappien D Regulation plusieurs modifications La maquette Comments b e e S S l finale est visible ci contre dans la figure Sequence 1 14 Associated gene Les champs Name Type Q Publication 1 Supplier Regulation et Sequence n ont H ZSEerees pas subi de modification car ils n en pr sentaient pas le besoin Une nouvelle liste d roulante permettant de sp cifier l esp ce a t mise en place Cette liste D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette g nes propos s par lauto completion sur le champ associated gene Lorsqu un utilisateur saisira une esp ce le champ associated gene appara tra L utilisateur pourra ainsi saisir son g ne en s aidant de l auto completion L auto completion devra g rer le fait que l utilisateur puisse saisir un synonyme chaque g ne a un identifiant et un nom commun l auto completion fonctionnera avec ces deux termes Il faudra galement qu il puisse commencer par le milieu du terme et non pas forc ment le d but Lorsque le champ associated gene sera rempli une recherche s effectuera pour trouver toutes les publications associ es ce g ne Vu le nombre restreint de
59. inalement n ont pas eu d utilit Ja trouv tr s int ressant de voir les divergences des opinions et la difficult de comprendre le besoin exact des utilisateurs Ces pages taient techniquement plus difficiles Maintenant que je m tais familiaris e avec le fonctionnement de Jelix et de la base de donn es je devais apprendre utiliser de nouvelles fonctionnalit s de Jquery De plus il me fallait absolument comprendre quelques notions de biologie plus complexes pour comprendre les diff rents objets et les liens qui existaient entre eux Je n ai pas fait plusieurs versions de cette page car il n y avait pas de choix a faire quant aux technologies utiliser Lorsqu elle tait presque finie J ai galement pr sent cette page en lab meeting 4 3 M thodes et outils de travail Lors de mon stage at d couvert une nouvelle m thode de travail alliant autonomie et travail d quipe Les probl mes ou difficult s techniques que j ai pu rencontrer ont g n ralement t r solus en recherchant sur internet Toutefois le chef de l quipe Patrick Lemaire passait r guli rement dans le bureau informatique pour voir l avancement des projets donner son avis des conseils ou encore compl ter les consignes donn es l origine Je devais galement rapporter sur Redmine une application web libre de gestion de projets l avancement de mon travail l explication du code et un r sum des solutions apport es a
60. ing embryogenesis of the ascidian Ciona intestinalis a 17022960 FGF8 17 18 functions together with FGF9 16 20 during formation of the notochord in Ciona embryos B 11165477 Induction of anterior neural fates in the ascidian Ciona intestinalis B 11532913 Gene expression profiles in Ciona intestinalis tailbud embryos a 12441299 A conserved role for the MEK signalling pathway in neural tissue specification and posteriorisation in the invertebrate chordate the ascidian Ciona intestinalis 15269171 Gene expression profiles of transcription factors and signaling molecules in the ascidian embryo towards a comprehensive understanding of gene networks B 15355799 Three distinct lineages of mesenchymal cells in Ciona intestinalis embryos demonstrated by specific gene expression B 15750182 Patterning across the ascidian neural plate by lateral Nodal signalling sources 5 16728634 Regulatory blueprint for a chordate embryo a 16787106 Formation of the ascidian epidermal sensory neurons insights into the origin of the chordate peripheral nervous system These fieds are mandatory ryoure 49 MIO er un outil ol c Ha Cette page contient tous les champs pr remplis relatifs l outil mol culaire que vous avez s lectionn Vous pourrez modifier ou remplir des champs vides Vous pourrez galement cocher des publications ou en d cocher s il y a eu erreur Enfin si vous voulez changer de g ne il vous suff
61. ira de modifier la donn e entr e dans le champ associated gene Les publications associ es ce g ne appara tront ensuite _ 34 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 3 2 Les in situ 3 2 1 Cr er Um situ Imaginons que vous souhaitez ins rer dans la base une exp rience ISH montrant un embryons au stade 110 cellules d riv d un ceuf inject de morpholino FGF9 16 20 et sond par une expression Ci Bra Vous devrez effectuer plusieurs tapes afin d enregistrer cette exp rience Dans un premier temps dirigez vous vers le menu situ gauche de la page et allez dans la section create tools Choisissez ensuite l onglet Create an in situ data Welcome to ANISEED Curator Create description of expression pattern of expression or activity First step Creating the Method Add experiment description Search Tools Add a reference in situ hybridization experiment Create Tools EE Second step Creating the Species Figure 46 Cr er l in situ exp rience et biomat riel de type sauvage La page qui appara tra figure 46 vous permettra de cr er l exp rience qui est en fait un objet informatique comprenant la m thode d exp rimentation la description d une exp rience les publications associ es cette exp rience Elle vous permettra galement de d finir le biomat riel qui regroupe toutes les informations concernant l chantill
62. l organisation du code Template Controleur htmlfragment Pour charger la page contenant le Appelfonction retrieve gene retrieve gene formulaire utilis pour cr er un outil mol culaire on commence par utiliser la fonction create_moltool Cette fonction permet d extraire des valeurs de la base de Contr leur Template donn es par exemple la liste d especes dont htmlfragment Appel fonction nous avons besoin d assigner ces valeurs au retrieve_pub retrieve_pub template et enfin d appeler le template voulu Dans l exemple choisi ici une autre fonction sera appel e Cette fonction aura pour but Figure 2i lt Onganisation dii gode d extraire de la base de donn es tous les g nes l s Vesp ce choisie puis d appeler un Contr leur Contr leur template de type htmlfragment ce template ne Appel fonction Appel fonction contient que le code contenu dans le template save_insitu view_insitu il n y a pas d inclusion du header ni du menu Enfin lorsque le g ne est choisi on appelle une autre fonction qui va r cup rer toutes les publications li es ce g ne Template html mme Un deuxi me exemple va permettre lew_insitu d illustrer le fonctionnement des redirections Une redirection est utilis e lorsqu on veut appliquer deux fonctions la suite Par Figure 22 Exemple de redirection E e BEES bt exemple apr s avoir enregistr l exp rience de type in si
63. laires a Le module Niseed du curateur Application web proposant des outils d insertion et d dition de donn es sp cifiques a la fonction du bio curateur Un bio curateur est une personne primordiale en biologie car elle est cens e accr diter ou discr diter les informations contenues dans la base de donn es De son travail d pend la cr dibilit des donn es publi es Le curateur peut controler modifier annoter et supprimer certaines donn es pr sentes dans la base a travers cette application Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette a 3D virtual embryo Application JAVA permettant de visualiser les donn es contenues dans la base aniseed dans le contexte d embryons virtuels reconstruits en 3D ENTREE SORTIE Base de donn es GBrowse x Base de donnees Curateur am Navigateur developpemental 3D Virtual Embryo Figure 1 Architecture du projet Aniseed 1 1 2 Qu est ce que la curation La curation est utilis e par des sites qui souhaitent am liorer la lisibilit de leur contenu En effet la curation permet de faire gagner du temps aux internautes lors de leur recherche le tri et la s lection de l information ont d j t op r s et les r sultats affich s correspondent la requ te la curation permet galement d organiser les grandes quantit s d information et de faire merger des contenus parfois peu connus Elle repose sur cinq tapes fondamentales
64. lete Add a picture Create Tools Add experimental conditions description Author Affymetrix e Ka Add territories of expression Save These fields are mandatory D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Vous acc derez ainsi a la page Create a new expression Vous commencerez par d finir le niveau de visibilit de votre expression Si l expression est destin e rester entre vos mains et celles de votre labo cochez this expression is private Si ce n est pas le cas et que vous souhaitez que tout le monde y ait acc s choisissez plut t this expression is public D finissez ensuite le niveau de curation de votre expression Si l expression n est pas en tat de curation laissez le choix this expression is not curated Pour d finir un profil d expression il faut d finir une sonde que vous voulez associer votre expression en cliquant sur add a probe Aniseed n accepte que les sondes enregistr es dans Genbank Une fen tre s affichera figure 51 Commencez par saisir le g ne dont le profil d expression est tudi dans le champ pr vu cet effet Lorsque vous aurez fait votre choix une liste de clones apparaitra automatiquement S lectionnez dans cette liste le clone a partir duquel la sonde a t r alis e Adding probes to your wild type expression x First step please enter a gene Submit Cancel Figure 51 Fen tre pour s le
65. mme de Gantt R sum Mon stage s est centre sur le d veloppement d une section de la version 4 du site d Aniseed Cette section concerne le curateur qui est l interface permettant aux biologistes d ins rer leurs donn es dans la base de donn es d Aniseed Cette interface s articule autour d une s rie de formulaires conviviaux et intelligents d velopp s gr ce des plugins comme Jquery ou Jstree Ce site a t d velopp en suivant le Framework Jelix Sa base de donn es s appuie sur le mod le Chado Le site a t cr en utilisant plusieurs langages dont HTML PHP JavaScript Mots cl s D veloppement web Curation Aniseed Jquery Jelix Chado Summary My internship was centered on the development of a part of Aniseed s fourth version This part concerns the curator which is the interface that allows biologists to enter their data in Aniseed s database This interface is formed of a succession of user friendly forms developed thanks to plugins like Jquery or Jstree This website was developed following the Jelix framework The database uses the Chado model The site was created using several languages such as HTML PHP JavaScript Key words Website development Curation Aniseed Jquery Jelix Chado
66. ns 140 fData concerning the reagent 141 moltool factory jDao get nd reagent manager 142 record moltool factory get id 143 Frecord name Name 144 record type id Type 145 moltool factory gt update record Figure 25 Mise a jour dans la base de donn es La m thode get cr e automatiquement pour toutes les DAO permet de r cup rer l enregistrement avec la cl primaire Une fois l enregistrement r cup r on peut modifier les donn es qu il contient puis le mettre a jour dans la base grace a la fonction update Pour la suppression d un enregistrement contenu dans la base de donn es on r cup re la factory concern e Puis on supprime l enregistrement en appelant la m thode delete sur la factory en pr cisant la cl primaire de l enregistrement en param tres ffDeleting the data from the database fInformation about the reagent moltool factory jDao get nd reagent manager fmoltool factory delete id Figure 26 Suppression dans la base de donn es ee D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette 2 6 L utilisation de Jquery et Jquery UI 2 6 1 Les listes li es Lorsque je suis arriv e au CNRS je ne connaissais du web que les langages suivants html PHP et SQL Je savais qu il tait possible de cr er des listes li es car j avais d j eu l occasion de voir ce syst me sur d autres sites mais J ignorais
67. ologie GENE EXPRESSION ANATOMICAL DATA gt Litt rature eer Il gt Donn es g nomiques Les clones les g nes et l annotation les s quences cis r gulatrices les outils mol culaires GEROMICONR gt Donn es d expression des genes Figure 10 Apercu de la base de donn es Ces donn es sont toutes r pertori es dans les modules suivants Aniseed anatomy companalysis contact curator cv experiment expression library mage manager nd news organim phenotype pub sequence user Vous pouvez voir les liens qui existent entre ces modules dans l annexe 6 qui contient un sch ma des relations ontologiques 2 1 2 L environnement de d veloppement int gr NetBeans est un environnement de d veloppement int gr libre Ce qui rend NetBeans particuli rement int ressant pour d velopper Aniseed est qu il supporte un grand nombre de langages de programmation et qu il est capable de travailler avec les systemes de gestion de versions 2 1 3 Le framework L usage d un framework dans la version 4 va permettre de corriger de nombreux probl mes de la version 3 En effet dans les pr c dentes versions d Aniseed il n y avait pas d organisation du code ce qui entrainait des difficult s pour maintenir et tendre le syst me L impl mentation d un framework permet de e Faciliter la lecture du code e Faire des tests facilement e Ajouter de nouvelles fonc
68. omaterial Sert lier l exp rience son biomat riel Biomaterial Sert d finir un biomat riel Biomaterial_expression Sert lier le biomat riel a ses exp riences Expresssion Sert d finir une expression Expressionprop Sert enregistrer des informations li s une expression le substrat Expression_image Sert faire le lien entre une expression et ses images Eimage Sert d finir une image Cvterm Sert d finir un cvterm vocabulaire contr l Expression_cvterm Sert cr er des liens entre des cvterms et une expression Expression_cvtermprop et Expression_cvterm_contact Servent ajouter des sp cifications au lien expression Otem les commentaires IV EE aa noms mm po noms ET Page create expression culai loppement be amp molecular tools laire pans RES EE EE CE SEEN ee COR COS COS OS RS NN ET RES CRE TEE CO ooo z l outil mol culaire a rrespondant soumission tu un in si loppement et du loppement et de l outil mol EE EE WEE Auen Ree eT D eve nt EE tle stade de d veloppem s territoires anatomiques du territoire anatomique trat auteur de d ve S s a Affichage du champ type t de l arbre de stades de d ve 2 a d E z 8 a S g 8 S EE Pee rien me sre ST oar Zl S a 8 i 8 i S i S 23 i e 3 i e E S i Ble D 8 SE l 5 o D
69. on sur lequel vous allez effectuer votre Cr er l exp rience Cr er le biomat riel de type sauvage Ajouter une expression Ajouter un biomateriel de type sauvage de type mutant Ajouter une expression de type mutant Figure 47 Cr er un in situ exp rience Le biomat riel comprend l esp ce et le stade de d veloppement de l chantillon Voici une br ve pr sentation de l architecture globale des pages cf figure 47 Vous commencez par ins rer les donn es li es l exp rience et le biomat riel de type sauvage Vous pourrez ensuite ajouter des profils d expression g niques li es ce biomat riel de type sauvage Vous pourrez aussi ajouter un biomat riel de type mutant et donc sp cifier les mol cules d r gul es par celui ci ainsi que les modifications embryologiques effectu es Apr s avoir cr ce biomat riel vous pourrez y associer des profils d expression 35 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Commen ons par cr er l exp rience Choisissez la m thode d analyse de votre exp rience dans la liste d roulante Ensuite vous pouvez ventuellement ajouter une description en cliquant sur add experiment description Un champ texte appara tra que vous pourrez ensuite cacher si vous le trouvez trop encombrant en cliquant sur Hide Vous pouvez ensuite associer des publications votre exp rience en cliquant sur a
70. ous saisissez Otx l auto compl tion vous proposera KH C4 84 puisque c est l identifiant du g ne Lorsque vous aurez saisi le g ne soit quelques cases cocher appara tront soit la phrase No publications for this gene Dans le premier cas vous pouvez cocher les publications o l outil mol culaire est cit puis enregistrer l outil Dans le second cas vous pouvez directement enregistrer l outil 3 1 2 Voir la liste des outils mol culaires Welcome to ANISEED Curator Name Typename Edit Delete Si vous avez besoin de consulter la liste FGF9 16 20 MO Lemaire lab morpholino_oligo RE complete des outils mol culaires il vous faudra Ets1 2 MO Lemaire Lab morpholino_oligo D ko SD SCH S y E A T s lectionner dans le menu situ gauche de la GATAa modified mRNA Lemaire lab mRNA Ets1 2 modified mRNA mRNA page la section search tools Ensuite cliquez FGFS modified mRNA mRNA i Search Tools Create Tools sur Molecular tools La page listant tous les FGF9 mRNA mRNA ee S outils mol culaires pr sents dans la base Ci Bra 3 5Kb Ci Su H DBD WRPW null s affichera figure 43 ZicL MRNA mRNA Ci Bra 251bp Ci Sna null Ci Bra 251bp Ci Sna overexpression_construct Ci snaVP16 null SS EC Cette liste vous permet de voir le nom EE EEN de tous les outils ainsi que leur type Ils sont U0126 inhibitor un SE d office class s par ordr
71. page create a molecular tool 15 Figure 15 Diagramme de s quences pour la cr ation d un outil mol culaire 16 Figure 16 Maquette de la page create in situ 16 Figure 17 Maquette de la page view in situ 17 Figure 18 Maquette de la page create biomaterial 17 Figure 19 Maquette de la page create expression 18 Figure 20 Agencement des pages 19 Figure 21 Organisation du code 19 Figure 22 Exemple de redirection 19 Figure 23 Exemple de DAO 20 Figure 24 Enregistrement dans la base de donn es 21 Figure 25 Mise jour dans la base de donn es 21 Figure 26 Suppression dans la base de donn es 21 Figure 27 S lecteur change 22 Figure 28 Fonction retrieve_pub 23 Figure 29 Autocomplete avec HTMLS 23 Figure 30 Contr leur retrieve_gene 24 Figure 31 Template retrieve_gene 25 Figure 32 Exemple de Hide et Show Template 26 Figure 33 Exemple de Hide et Show JavaScript 26 Figure 34 Clone 26 Figure 35 Code HTML n cessaire a la cr ation d un Dialog 27 Figure 36 Dialog 28 Figure 37 Mise en cache 28 Figure 38 Plugin Jstree apercu des fonctionnalit s 29 Figure 39 Cr ation d un arbre dans le contr leur 29 Figure 40 Affichage de l arbre dans le template 30 Figure 41 JavaScript pour l affichage des arbres Figure 42 Aper u SVN Figure 43 Ajouter un outil mol culaire Figure 44 Lister l
72. ption sont utilisables dans les formulaires Il mia fallu un mois pour aboutir la derni re version fonctionnelle Cette page m a apport norm ment de connaissances nouvelles D j c tait la premi re fois que je codais en suivant un Framework avant je ne suivais que le design pattern MVC j ai appris naviguer et manipuler une norme base de donn es plus de 200 tables j ai appris utiliser jQuery m initier un peu JavaScript at aussi appris utiliser des outils comme FireBug pour d bugger je me suis familiaris e avec l IDE NetBeans que je ne connaissais pas avant je codais sur gedit ou notepad J ai aussi pu utiliser SVN pour me coordonner avec mon tuteur J ai d galement faire preuve d autonomie En effet mon tuteur a du s absenter durant ma deuxi me troisi me et quatri me semaine de stage J ai post r guli rement sur Redmine des rapports relatant l avanc e de mon travail afin qu un autre d veloppeur soit en mesure de comprendre mon code _4 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette En dehors de ces comp tences en informatique j ai galement pu voir comment se d roulait le travail au CNRS En effet je n avais jamais assist auparavant des r unions de labo J ai aussi pu voir l importance des informaticiens dans le milieu de la biologie Une des choses les plus fastidieuses lors de mon stage a t la recherche d informations J
73. r temporaire contenant ces r sultats plut t que de refaire l op ration chaque chargement de la page 265 266 267 268 269 270 271 272 Ee 274 275 276 277 278 279 280 281 282 283 284 285 ke genesByOrganism cacheName genesByOrganism_organismId_ Specie tb jCache get genesByOrganism cacheName if empty tb genetype jDao get cv cvterm gt getByUnique Sequence gene gene jDao get sequence feature gt findALLByOrganismAndType Specie genetype gt cvterm id foreach gene as q Geneobj new Gene g Geneob j gt setGeneNames tb Geneobj jCache set genesByOrganism cacheName tb resp gt tpl gt assign TbGene tb resp gt tplname curator retrieve gene cnx gt commit return resp Figure 37 Mise en cache La figure 37 montre la proc dure faire pour stocker des objets dans un fichier temporaire On commence par d finir le nom qu on va attribuer au fichier stock en cache ligne 266 Ce nommage contient le nom de l esp ce afin qu il y ait un fichier temporaire par esp ce Si le fichier en cache portant ce nom n existe pas d j alors on va le cr er en y ins rant la variable qui nous int resse De ce fait l utilisateur ne cr era qu une fois ce fichier les autres fois le navigateur r cup rera le contenu stock en cache sur le serveur Je Developpement du curateur d Anis
74. r clonedref firstref clone 118 119 i For every input field that is cloned 120 clonedref find input each function 121 ff Emptying the field 122 this 123 halo A smsna US TN ON TS De 124 125 126 i f Adding the new field after the Last field that was present 127 clonedref insertAfter lastref hide fadeln slow 128 H 129 Figure 34 Clone 96 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Dans la figure 34 on voit que lorsque l utilisateur clique sur le bouton de classe addRef une fonction s ex cute Cette fonction va commencer par rechercher dans le formulaire le plus proche tous les champs de classe clonedInputRef et les stocker dans la variable nomm e refList On va ensuite compter le nombre de r f rences qui ont t cr es c est dire compter le nombre d l ments dans la liste pr c demment cr e Aux lignes 113 et 115 on va r cup rer respectivement le premier l ment de la liste et le dernier Ensuite ligne 117 on clone le premier l ment afin de produire le nouveau champ Ligne 120 on va vider le contenu du champ qu on duplique Enfin ligne 127 on ins re le nouveau champ apres tous les autres champs de la page 2 6 4 Dialog Le widget Dialog mis en place par Jquery UI permet de faire appara tre des pop ups qui peuvent tre de simples messages des formulaires M tant servie a plusieurs reprises de ce widget Jai
75. ra choisir le type de manipulation et le stade de d veloppement de son embryon Lorsqu il aura choisi le stade de d veloppement il pourra choisir le territoire anatomique concern La liste des territoires anatomiques d pend du stade de d veloppement re D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette En cliquant sur add a deregulated molecule l utilisateur fera appara tre deux arbres avec les stades de d veloppement pour choisir le stade de d part et le stade de fin et un champ o il pourra renseigner l outil mol culaire Le champ permettant de saisir son outil mol culaire b n ficiera d une aide l auto compl tion Enfin je vais vous pr senter la page permettant d ajouter un profil d expression Que le profil d expression soit li un biomat riel sauvage ou mutant il faudra renseigner les m mes informations donc la page est la m me Gr ce aux boutons radios situ s en haut de la page l utilisateur pourra d finir le niveau de visibilit et l tat de la curation Lors du clic sur le bouton add a probe une fen tre s ouvrira Dans cette fen tre l utilisateur commencera par saisir le g ne li au clone qu il veut associer l expression Lorsqu il aura saisi le g ne il pourra ventuellement se faire aider par un syst me d auto compl tion la liste de clones li s ce g ne appara tra automatiquement Il pourra ensuite choisir un de ces clones Lor
76. ription Ce bouton va en fait permettre d afficher tout ce qui est contenu dans la div situ e en dessous de lui Ce m canisme va tre mis en place gr ce au morceau de JavaScript ci dessous 223 Experimental conditions 224 Addcomm exp click function il 225 hidden addcomm exp show slide 226 Hide comm exp click function 227 hidden addcomm exp hide slide AT AE Figure 33 Exemple de Hide et Show JavaScript Au chargement de la page la div ligne 92 est cach e Lors du clic sur le bouton tout son contenu va s afficher Enfin lors du clic sur le bouton hide ligne 93 la div disparait a nouveau 2 6 3 Clone Il a parfois t n cessaire de cr er un moyen pour que l utilisateur puisse dupliquer des champs Par exemple pour associer autant de r f rences que n cessaire son exp rience J ai mis en place des champs qui se clonent avec du JavaScript 106 f Add more references 107 p addRef clicki function MT 108 ver form this closesti form 109 var refList form find clonedInputRef 110 P f f mis the number of fields for references already present on the page 111 var n refList length 112 Tirstref is the first reference field present on the page 113 ver firstref refList 0 114 f lastref is the last reference field present on the page 115 var Lastref refList n 1l 116 i ff clonecrer is the mew cloned fiela 117 va
77. s d informatique http desgeeksetdeslettres com Site d informatique Id es pour am liorer son auto compl tion http plusdescripts fr Site d informatique Tutoriel sur le clonage de champs gr ce Jquery http phpprogramming wordpress q Wordpress Tutoriel sur le passage de valeurs cach es om http www tomsyweb com Blog Tutoriel sur le masquage de champs javascript http gmod org wiki Site de gmod Documentation sur Chado http christophe kerhousse free fr Site d informatique Explications sur Ajax https developer mozilla org fr doc Documentation Documentation de JavaScript s JavaScript compl tion Annexes Annexe 1 Historique AMISC G 8 sense emsnss scene sotecs tuer enendne encens scene Il Annexe 2 Diagramme de classe Outils mol culaires Il Annexe 3 Diagramme de classe In ot IV Annexe 4 Diagramme de s quences de cr ation d un 1n am V Annexe 5 Diagramme de classes global VI Annexe 6 Sch ma des relations ontologiques ccccccsseeeseeceececeeaeeeeeeceeeeeeeeeeeeees VII Annexe 7 Diagramme E iinit VIII Il Annexe 1 Historique d Aniseed en ligne en d veloppement 2004 2005 2007 2012 O Tassy O Tassy F Daian B Laporte P Khoueiry P Khoueiry C Martin D veloppement D Sobral D Sobral M Mendez D Salgado I Guigon F Dumond Bio l D Dauga D Dauga D Dauga curation Annexe 2 Diagramme de classe Outils mol culaires
78. s de b n ficier des droits de base pourront annoter les donn es en supprimer Ils sont galement charg s de cr diter ou discr diter les informations entr es par les autres utilisateurs en contr lant leur validit Pour l instant la seule curatrice d Aniseed est Delphine Dauga Pour le d veloppement de l interface de curation faire pendant le stage d une contrainte de temps il n y aura pas besoin de g rer les droits on consid rera qu il n y a que des curateurs 1 2 2 De quoi ont ils besoin Les utilisateurs de l interface de curation ont des donn es de plusieurs types rentrer dans la base Ils auront par exemple des images a attacher a certains objets biologiques des liens faire entre un g ne et une publication ou des simples cha nes de caract res enregistrer La gestion des liens pourra tre facilit e pour augmenter la rapidit du travail de l utilisateur on pourra faire des tris de donn es Par exemple un outil mol culaire est li un http gmod org wiki Main_ Page D veloppement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette gene ainsi qu des publications L outil mol culaire ne pourra tre associ qu des publications en lien avec le g ne choisi Quand l utilisateur va cr er un outil mol culaire apr s qu il a saisi son g ne on lui proposera uniquement les publications qui sont li es ce gene L information minimale requise pour l interpr
79. s pourrez renseigner le type de manipulation et le stade de d veloppement appara tront Lorsque vous aurez s lectionn un stade de d veloppement une fen tre appara tra contenant un arbre des territoires anatomiques S lectionnez ensuite les territoires de l embryon qui sont concern s par la manipulation Pour associer une mol cule d r gul e votre biomat riel cliquez sur le bouton add a deregulated molecule Deux arbres contenant des stades de d veloppement et un champ de type texte appara tront Dans le premier arbre vous pourrez s lectionner le stade de d but de la d r gulation Dans le second s lectionnez son stade de fin Dans le champ molecular tool renseignez le nom de l outil mol culaire L auto compl tion vous aidera a trouver le nom exact de l outil mol culaire Lorsque vous aurez saisi cet outil mol culaire le nom du g ne y tant li appara tra galement a D a D Q 6 O Pour rajouter un profil d expression votre biomat riel cliquez sur add an expression en dessous du biomat riel concern Welcome to ANISEED Curator A10 629 ma Create a new expression fa ut s A N ae THUR Visibility This expression is public This expression is private Curation level L this expression is curated L this expression is being curated This expression is not curated Search Tools gt Name L tze a earc oois ne Add a picture EE dCTRIEIT De
80. sque l utilisateur cliquera sur add experimental conditions description un champ texte appara tra Lorsqu on clique sur add territories of expression une fen tre s ouvrira Cette fen tre contiendra un arbre anatomique o l utilisateur pourra s lectionner plusieurs territoires l aide de cases cocher Pour chaque territoire anatomique il pourra sp cifier s il est part of not sure ainsi que les positions subcellulaires touch es Les champs obligatoires seront signal s par une toile Create a new expression Visibility This expression is public o This expression is private Curation level o Curated Being curated Not curated Add a probe Pictures LAdd a picture Add experimental conditions description Substrate Author E Add territories of expression Figure 19 Maquette de la page create expression 2 4 L agencement des pages Comme vu pr c demment l utilisation de Jelix impose une r partition du code particuli re Le fonctionnement global est un contr leur qui appelle un template Dans le 18 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette contr leur on peut faire appel des classes Controleur Template html pour cr er des objets et le template ne servira ACCUS qu l affichage des r sultats Appelfonction create_moltool Prenons l exemple de la page Create a molecular tool pour expliciter 7
81. src j themepath img icons contract png border lt a id open_all_anat gt lt img src j _themepath img icons expand png border 0 lt div gt lt br gt lt br gt lt br gt lt fieldset gt lt div id anat_tree gt foreach tree it as it foreach tree it gt getStr lt div gt lt fieldsat gt lt div gt lt div gt lt tr gt Figure 40 Affichage de l arbre dans le template Enfin un peu de JavaScript est n cessaire pour l affichage de l arbre et le fonctionnement des boutons 275 f anatomy tree 276 et ee ee 277 open all anat click function 278 anat_tree jstree open all 279 Fi 280 close all anat click function 281 anat tree jstree close all 2562 ri 283 anat tree jstree 284 EE 285 Select Limit ol 286 initially select node literal anatomy id literal 287 fb 2395 289 types 290 Heli enildren roars SCH APE atir title 292 types 293 Angani sme 294 irona sant 295 image literal j themepath literal img icons tadpole png 296 297 K 298 cell 299 SEET 300 image literal j themepath literal img icon 301 302 F 303 Heralt 304 ME EMI e 305 image literal j_ themepath literal img icons region png 306 307 308 309 je 310 plugins thames Riml date Di types 311 ile
82. tade d analyse du biomat riel sauvage d fini ce stade est le m me pour les biomat riels perturb s correspondants Profils d expression Un profil d expression est la description de l tat d activit d un gene son expression dans chaque cellule d un embryon un stade donn D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Pr sentation de l entreprise Le CNRS Le Centre National de Recherche Scientifique est un organisme public fran ais de recherche cr en 1939 Ce centre est class comme tablissement public caract re scientifique et technologique Il est pr sid par Alain Fuchs assist de deux directeurs g n raux d l gu s Jo l Bertrand la science et Xavier Inglebert aux ressources 54 laboratoires sont associ s au CNRS de la d l gation du Languedoc Roussillon dont l essentiel est implant Montpellier Le CNRS exerce son activit dans tous les champs de la connaissance en s appuyant sur plus de 1100 unit s de recherche et de service dont le CRBM Le CRBM Le Centre de Recherche de Biochimie Macromol culaire cr en 1968 est l origine une unit propre du CNRS qui est devenue d but 2007 une unit mixte de Recherche associ e aux Universit s Montpellier 1 et 2 La mission premi re du CRBM est de d velopper une recherche fondamentale de pointe et de r putation internationale dans les domaines de la biologie mol culaire L quipe Lemaire L quip
83. tionnalit s au site sans modifier tout le code du site e Produire des modules r utilisables e Corriger les bugs qui pourraient ventuellement appara tre maintenance simplifi e Le framework utilis pour d velopper la nouvelle version d Aniseed est Jelix Jelix est un framework open source proposant un ensemble d interfaces de programmation moteur de Template acc s aux donn es gestion de droits Jelix poss de galement plusieurs particularit s il permet le d veloppement de modules r utilisables qui sont des ensembles de fichiers concernant un domaine pr cis et permet la cr ation de composants jDao ce qui permet de faire du mapping relationnel objet en ajoutant une couche d abstraction de base de donn es 11 D veloppement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette Il permet donc aux d veloppeurs de s abstraire en partie des requ tes SQL en g n rant des objets PHP Il op re en se basant sur des fichiers XML cr s l aide d un script fourni par Jelix C est dans ces fichiers qu on peut d finir la structure d une table ainsi que les m thodes qui y sont associ es Ce fichier XML fournit deux objets diff rents un objet record qui va permettre d impl menter des insertions dans la base et une factory qui permet d appeler les m thodes relatives cet objet et donc par extension de r cup rer les enregistrements pertinents La s paration logique du code obtenue gr ce aux design pa
84. to completion au champ dont l id est gene_id On pr cise galement la source qui est la variable d crite au dessus puis le d lai cette information est optionnelle Le d lai permet de d finir au bout de combien de secondes on va faire des suggestions a l utilisateur 2 6 2 Show Hide Pour augmenter la rapidit du travail du curateur il a t d cid de pouvoir afficher et cacher les champs optionnels Cette fonctionnalit a aussi t mise en place grace a Jquery UI En effet Jquery UI propose deux m thodes simples utiliser nomm es show et hide Vous trouverez un exemple de l utilisation de hide et show dans les figures ci dessous http api jqueryui com show http api jqueryui com hide 95 lt D veloppement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette 87H lt tr gt 88 lt td gt 89 lt button type button id Addcomm_exp gt Add experimental conditions description lt button gt 90 lt br gt SUE lt td gt 92 5 lt div id hidden addcomm exp style display none gt 93 lt button type button id Hide comm exp gt Hide lt button gt 94 lt br gt 95 lt textarea name comm exp rows 5 cols 40 gt Insitu gt wild type gt expression gt expressi 96 lt div gt 97 lt td gt 98 lt td gt 99 lt tr gt Figure 32 Exemple de Hide et Show Template Dans ce morceau de code on peut voir le bouton permettant d ajouter une desc
85. tterns MVC et DAO font de Jelix un framework compl mentaire du sch ma Chado 2 C Contr leur 3 Traitement des M donn es Keesen i classes dao Base de donn es fichiers Figure 11 Le fonctionnement de Jelix Voici le principe de fonctionnement de Jelix cf figure 11 l Jelix re oit du client une requ te http Il instancie un objet de type jRequest qui va contenir les donn es de la requ te Il instancie galement le contr leur li l action 2 La m thode du contr leur correspondant l action est ex cut e Cette m thode r cup re les param tres ventuellement contenus dans la requ te 3 Le contr leur va ex cuter les traitements et ventuellement r cup rer des r sultats qui pourront tre affich s 4 Le contr leur instancie un objet de type jResponse Il initialisera les templates et assignera les donn es afficher 5 Jelix va r cup rer cet objet jResponse et invoquer la g n ration du document en sortie et envoyer ce dernier au navigateur D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Jelix impl mente le module junittest qui permet de r aliser des tests unitaires Il utilise pour cela la biblioth que SimpleTest Cependant je n ai pas utilis cette biblioth que et j a1 seulement fait des tests fonctionnels tests de validation et de performance pour v rifier que application donnait bien le r sultat attendu La cr ation de modules de tests
86. tu dans la base on veut rediriger l utilisateur automatiquement vers la page pour voir le r sum des donn es concernant cet in situ La r ponse de la fonction save insitu sera de type redirect On d finira l action de la r ponse c est dire la fonction vers laquelle on va la rediriger ainsi que les parametres a passer a cette fonction 2 5 L interaction avec la base de donn es 2 5 2 Le retrait d informations de la BD Le retrait d informations de la base de donn es est simplifi par l utilisation que fait Jelix des DAO jDAO est PORM de Jelix il permet de g n rer des objets PHP qui op rent sur des tables pr cises de base de donn es La g n ration de ces objets inclut la g n ration des requ tes SQL qui correspondent ces op rations 19 Developpement du curateur d Aniseed Marl ne Guillemette 1 lt xml version 1 0 encoding UTF 8 gt 2111 lt dao xmlns http jelix org ns dao 1 0 gt 310 lt datasources gt 4 lt primarytable name reagent realname nd_reagent primarykey nd reagent id gt 5 lt foreigntable name cvterm primarykey cvterm id onforeignkey type id gt 6 lt optionalforeigntable name feature primarykey feature id onforeignkey feature id gt Zi lt datasources gt CHE lt record gt 9 lt property name nd reagent_ id fieldname nd reagent id datatype int autoincrement true default gt 10 lt property name name fieldname
87. ular tool is gene_name lt td gt if 8 lt tr gt DL lt table gt 10 11E lt script type text javascript gt literal var liste gene literal foreach TbGene as g literal label literal addslashes g gt feature gt name g gt getGeneNames literal value literal g gt feature gt feature id literal literal foreach literal gene id autocomplete source liste gene delay 500 j literal lt script gt Figure 31 Template retrieve_gene Dans le template cf figure 31 visible ci dessus on cr e un champ de type texte L auto compl tion de la balise doit tre mis off pour que l utilisateur n ait pas auto compl tion automatique relative a son historique Ensuite on cr e une variable javascript ligne 13 qui contiendra toutes nos valeurs Ici je n ai pas utilis une simple liste de valeurs car si l utilisateur tape bien le nom du g ne je veux surtout pouvoir r cup rer l identifiant Ainsi le label correspond aux valeurs qui s afficheront pour aider la saisie alors que la value contiendra l identifiant du g ne choisi Ainsi lorsque la personne clique sur la valeur de son choix dans la liste d auto completion c est l identifiant qui s affiche dans le champ Ensuite 1l convient de pr ciser pour quel champ on veut appliquer cette liste ligne 21 On indique donc qu on veut appliquer le widget d au
88. ux diff rents probl mes rencontr s Cette documentation crite en anglais permettra aux autres d veloppeurs de comprendre mon travail de ne pas tre confront aux m mes erreurs et de 1 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette pouvoir maintenir l interface plus facilement Sur cet outil j essayais aussi de planifier les dates de fin de chaque t che afin d am liorer mon organisation Le diagramme de Gantt suivi pendant mon stage est visible en annexe 7 J ai eu la chance de discuter plusieurs fois avec Delphine Dauga la curatrice d Aniseed Ces conversations m ont permis de trouver des id es sur comment simplifier son travail et donc de rendre l interface de curation la plus agr able possible Nous avons ainsi pu d finir ensemble ses besoins Lorsque j avais une question d ordre biologique je pouvais facilement la contacter par mail Toutes les semaines je participais aux reunions d quipe ou un membre de l quipe pr sente l avancement de son travail en anglais Ces r unions permettent de voir sur quoi les autres personnes travaillent de proposer des id es et permettent a la personne qui pr sente de prendre du recul sur son travail En effet le pr sentateur doit essayer d tre le plus compr hensible possible Sachant que l quipe se compose de biologistes et d informaticiens il doit savoir se faire comprendre par des personnes n ayant presque aucune formation dans le
89. xe exacte des g nes les identifiants de publication etc Dans un premier temps j ai cherch le moyen le plus simple possible pour permettre cette auto completion Ja donc appris comment proposer de l auto compl tion en utilisant seulement HTMLS Sur la figure 29 est pr sent le code permettant cette auto compl tion Il y aura ensuite une explication plus d taill e de ce code ra lt input name q type text list liste valeurs gt lt datalist id liste valeurs gt 2 lt option label suggestion 1 value suggesti lt option a TT 1 label suggestion lt option label suggestion 3 value suggest 1 value suggestion 1 lt datalist gt Figure 29 Autocomplete avec HTMLS 1 ex r e 9 Cette premi re ligne de code permet de cr er une zone de saisie de texte libre C est dans ce champ que l utilisateur commencera ins rer sa valeur L attribut list sert a d finir l id du datalist qui contiendra tous les mots reconnaitre Le La datalist va comporter toute la s rie de valeurs qui seront propos es pendant la saisie Dans cette datalist on a pour chaque valeur une balise option LA D 2 bd L Pour chaque option on trouve le label qui correspond au libell affich comme suggestion lors de la frappe ainsi que la value qui sera la valeur r ellement retenue et envoy e lors de la validation du formulaire Notons que cette fonctionn
90. xpression au biomat riel de type sauvage Welcome to ANISEED Curator E Z A OOTY SE OA A 2 View the description of expression pattern of expression or activity LT Method in situ hybridization experiment References No references Search Tools Species C intestinalis Developmental stage Stage 4 8 cell Create Tools Figure 48 R sum de l in situ 3 2 2 Ajouter un biomat riel de type sauvage Afin de cr er un biomat riel de type sauvage il faudra renseigner la mol cule d r gul e ou et la manipulation d embryon qui a t faite En effet l esp ce et le stade de d veloppement sont pr s lectionn s puisqu ils doivent tre les m mes que pour le biomat riel de type sauvage 36 D veloppement du curateur d Aniseed Marlene Guillemette Welcome to ANISEED Curator e gp RK te We A A 3 Create mutant biomaterial N Ty First step Defining the stage of analysis s 1 Le d Species C intestinalis Ia Collapse All P Expand All Pre embryonic development Create Tools d Embryonic development pre metamorphosis Metamorphosis Post metamorphosis Search Tools Second step Defining the eventual perturbations Add an embryo manipulation Add a deregulated molecule Save Pour associer une manipulation d embryon votre biomat riel cliquez sur le bouton add an embryo manipulation Des champs dans lesquels vou

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