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Analyseur génétique 3100 ABI PRISM

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1. Etape Action 6 Utiliser les boutons dans le coin inf rieur gauche de la fen tre pour modifier la pr sentation de l affichage 5 l A feraf Spl PA Fi Bouton Fen tre Description 1 Annotation R capitulatif de l chantillon et de la s rie 2 S quence Le texte de la s quence nucl otidique bases 3 Fonction Fonctions ajout es par le traitement Factura 4 Electroph ro Donn es analys es en couleur avec les pics gramme repr sentant les bases Cette vue n est pas disponible si les donn es n ont pas t analys es 5 Donn es Trait es par la matrice multicomposante mais sans brutes correction du niveau de base ou de la mobilit Si le fichier chantillon n a pas t analys ceci est la vue par d faut 6 EPT Trac s sur la tension la temp rature le courant et la puissance laser Cette zone est vierge si les donn es EPT ne sont pas disponibles 7 Dans les vues d lectrooh rogramme des donn es brutes ou EPT utiliser les commandes du menu Window Fen tre pour effectuer des zooms avant ou arri re mah Sequencing Analysis File Edit Sample Manager MATOS Help oom Ir Zoom Out Ctrl Full View Ctrl Affichage et analyse des donn es 3 9 Pour afficher les donn es du fichier chantillon suite Etape Action 8 Pour imprimer le fichier chantillon a Dans le menu File choisir Print Imprimer po
2. Si le r servoir se remplit de liquide r p ter cette proc dure pour jeter et remplacer le tampon Remarque Le r servoir peut se remplir durant l limination des bulles Ex cution d une analyse de s quen age 2 11 Positionnement de la plaque sur le passeur d chantillons Positionnement de la Pour positionner la plaque sur le passeur d chantillons plaque sur le passeur 2 12 d chantillons Etape Action 1 Placer l ensemble plaque sur le passeur d chantillons comme cela est indiqu ci dessous Remarque Il n y a qu une orientation pour la plaque le c t encoch du socle doit tre vers le fond du passeur GR1854 IMPORTANT V rifier que l ensemble s ajuste plat sur le passeur d chantillons Si cette mesure n est pas observ e les extr mit s des capillaires risquent de soulever les plaques du passeur d chantillons Lorsque la plaque est correctement positionn e l indicateur de positionnement de plaque sur la page Plate View Fen tre de plaque passe du gris au jaune V rifier que ce changement s est bien produit BASEESEE HAS ESSE Plaque positionn e en position Place a plate into plate position B Aucune plaque en position B Refermer les portes de l instrument Remarque La fermeture des portes renvoie le passeur d chantillons dans la derni re position qu il occupait avant l ouverture des portes E
3. Cocher la case P uniquement si chaque fichier chantillon doit tre imprim imm diatement apr s l analyse Cela n est pas recommand Si l op rateur coche la case P il doit s assurer que les pr f rences d impression sont correctement r gl es Pour afficher les pr f rences d impression aller l option Preferences sous le menu Edit Edition et s lectionner Printing Preferences Pr f rences d impression Examiner les param tres d finis dans la fen tre Sample Manager Gestionnaire d chantillons Se reporter au tableau Param tres d analyse ci dessous pour plus de d tails V rifier que le fichier DyeSet Primer Jeu de fluorophores Amorce correspond la chimie de s quen age utilis e Le fichier DyeSet Primer est le m me que le fichier de mobilit s lectionn dans l tape 3 la page 2 15 Cliquer sur le bouton Start D marrer Examiner les donn es analys es Modifier les param tres d analyse et recommencer l analyse si n cessaire Param tres d analyse Article Description Basecaller Il y a deux options d assignation des bases Basecaller 3100 bcp s quen age standard plage d espacement par d faut 10 15 Basecaller 3100RRv2 bcp s quen age en lecture rapide espacement par d faut 15 22 Spacing L espacement doit correspondre l assignation de bases utilis e Les valeurs d espacement sont normalement calcul
4. Place Marne m _plate_record Apalication tf Sequencing GeneScan Spectral Calibration Fixe Type 96 Well r Comments This i an example plate record Finish Cancel Ex cution d une analyse de s quen age 2 13 Pour saisir les informations des enregistrements de plaque suite Etape Action 3 Dans la boite de dialogue Plate Editor nommer la plaque d signer l application s lectionner le type de plaque saisir des commentaires facultatif IMPORTANT Pour d signer la plaque l op rateur peut utiliser des lettres des chiffres et seulement les caract res de ponctuation suivants _ Ne pas utiliser d espaces Une fois l op ration termin e cliquer sur Finish Le tableur Plate Editor s ouvre Plate Editor File Edit Plate Name RARE de vel Sample Meme comment Blois Project Run Module Saisie des Pour saisir les informations sur l chantillon et sauvegarder l enregistrement de informations sur plaque l chantillon Etape Action 1 Dans le tableur Plate Editor taper les noms de tous les chantillons dans la colonne Sample Name Nom des chantillons Remarque En vertu de la convention d criture par d faut le nom de l chantillon est incorpor une fois frapp dans le nom du fichier chantillon Par exemple is declan Position du puits Nom d chantillon saisi L
5. IMPORTANT Toujours refermer les fen tres Array View et Capillary View Ne pas laisser ces fen tres ouvertes pendant un temps prolong lors d une s rie des probl mes irr cup rables de mise jour des fen tres risquent de se produire Laisser la fen tre Status View ouverte Pour plus d informations concernant les fen tres de barrette et de capillaires lire la section Affichage des donn es brutes d une s rie termin e dans le logiciel de collecte des donn es la page 3 2 Ex cution d une analyse de s quen age 2 23 Arr t d une s rie et r cup ration des donn es Arr t d une s rie et Quand une analyse est en cours les boutons de passage a la s rie suivante de passage une s rie Pause et d arr t de s rie sont visibles sur la barre d outils suivante amp 3100 Data Collection Software File View Instrument Toue Service Help TH Bouton d arr t Bouton de pause Bouton de passage la s rie suivante Pour arr ter la s rie en cours et Cliquer sur poursuivre les autres s ries le bouton de passage la s rie suivante programm es arr ter les autres s ries programm es a le bouton d arr t b Now dans la bo te de dialogue Question E Question 2 Stop now or after current run after run Cancel Si l autoextraction L extracteur automatique doit avoir extrait automatiquement les donn es de la s rie
6. ie 131 00 Data Collection Software Version 1 01 File Views Instrument Service Help HA E Hl Plate Editor Module Editor Plate view Run wiew Change Poymer Wizard Install Capillary Array Vizard 4 tosampler Calibracion wiza Perform Spatial Calikretion Pending Plate Reco Hate Marne Display Spatial Calibration Deplay Spectral Calbration L assistant d installation s ouvre Install Replace Capillary Aray Wizard x 1 Toinstall an array delermine what to do weith the currently installed array Removethe array for storage Remove and discard the array Install only Therein oo array on the instrument Cancel PTE Merh Bima Respecter les directives de l assistant pour remplacer ou installer la barrette Passer la section Remplacement du tampon ci dessous 5 12 Entretien de l instrument Remplacement Remplacer le tampon apres avoir install une nouvelle barrette capillaire Remplacer du tampon ensuite les r servoirs d eau et de tampon apr s 12 heures de fonctionnement Pour plus de d tails se reporter la section V rification et remplissage des liquides la page 2 9 Stockage d une barrette capillaire Quand faut il la Ranger la barrette capillaire hors de l instrument quand elle reste inutilis e pendant ranger hors de plus d une semaine a l instrument ayant de stocker la barrette capillaire pendant
7. 27 11 478 0411 27 11 478 0349 Region Par telephone Composer Par telecopie Composer Moyen Orient et Afrique du Nord Monza Italie 39 0 39 8389 481 39 0 39 8389 493 Extr me Orient Chine Oc anie Australie Scoresby Victoria 61 3 9730 8600 61 3 9730 8799 Chine Pekin 86 10 64106608 86 10 64106617 Cor e S oul 82 2 593 6470 6471 82 2 593 6472 Hong Kong 852 2756 6928 852 2756 6968 Malaisie Petaling Jaya 60 3 758 8268 60 3 754 9043 Singapour 65 896 2168 65 896 2147 Taiwan Taipei Hsien 886 2 22358 2838 886 2 2358 2839 Tha lande Bangkok 66 2 719 6405 66 2 319 9788 Europe Allemagne Weiterstadt 49 0 6150 101 0 49 0 6150 101 101 Autriche Vienne 43 0 1 867 35 75 0 43 0 1 867 35 75 11 Belgique 32 0 2 712 5555 32 0 2 712 5516 Danemark Naerum 45 45 58 60 00 45 45 58 60 01 Espagne Tres Cantos 34 0 91 806 1210 34 0 91 806 1206 Europe des Balkans Zagreb Croatie 385 1 34 91 927 385 1 34 91 840 Finlande Espoo 358 0 9 251 24 250 358 0 9 251 24 243 France Paris 33 0 1 69 59 85 85 33 0 1 69 59 85 00 Hongrie Budapest 36 0 1 270 8398 36 0 1 270 8288 Italie Milan 39 0 39 83891 39 0 39 838 9492 Norv ge Oslo 47 23 12 06 05 47 23 1205 75 Pays Bas Nieuwerkerk a d IJssel 31 0 180 331400 31 0 180 331409 Po
8. choue interrompue Dans la n gative utiliser l option Extract data into sample files Extraire les donn es dans les fichiers chantillon de la fa on suivante Pour r cup rer les donn es d une s rie interrompue Etape Action 1 A partir du menu Instrument pointer vers Data Acquisition Acquisition des donn es et s lectionner Extract data into sample files ELJ 00 Data Collection Software Version 1 0 1 File view Suns Toos Service Help Skip ia eso Ran Plate VIEW ca Array view Capillary View FT Etat Manual Control Data amp cquisiticn A Set Color Plate Mame Applicat Korce kum statue to Woriplete Display Ruri Dala Display EPT Data Fetract data into sample tes Observer l apparition du message Sample Files Successfully Extracted Extraction des fichiers chantillon r ussie sur la barre d tat Remarque Les donn es extraites ne sont pas analys es Utiliser le logiciel Sequencing Analysis pour analyser les fichiers chantillon 2 24 Ex cution d une analyse de s quen age Affichage modification ou cr ation d un module d lectrophor se Introduction Affichage d un module d lectrophor se Modification ou cr ation d un module d lectrophor se Le module d lectrophor se d finit comment l chantillon est analys pendant l ex cution de la s rie c a d la dur e de la s rie sa temperature et le temps d injecti
9. enregistrements m moris s et des blocs de donn es Pour plus de d tails se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM 5 6 Entretien de l instrument Nettoyage et inspection des seringues Quand faut il nettoyer les seringues Retrait des seringues Nettoyer a fond les seringues chaque fois qu elles sont retir es de l instrument ou au moins une fois par semaine chaque changement du polym re notamment lorsqu on passe un nouveau type ou lot de polym re Pour retirer les seringues de l instrument Etape Action 1 Saisir la seringue de r serve de polym re au dessus du raccord ou la base et tourner la seringue dans le sens anti horaire Ne pas desserrer ce raccord en retirant la seringue GR1876 IMPORTANT Faites attention de ne pas enlever le raccord Plusieurs anneaux et clapets anti retours risquent de se d monter si le raccord est enlev 2 Saisir la seringue de remplissage de barrette et tourner la seringue dans le sens anti horaire 3 Jeter le polym re restant selon les dispositions correctes Passer la section Nettoyage des seringues ci dessous Nettoyage des Pour nettoyer une seringue seringues Etape Action 1 Nettoyer la seringue fond en rin ant l int rieur et l ext rieur du cylindre de la seringue et sa pointe l eau chaude Pour plus de details sur
10. analyse des donn es Factura Settings File Les param tres du traitement Factura sont contenus dans ce fichier Affichage et analyse des donn es 3 13 Calibrations spatiale et spectrale Pr sentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes Section Voir page Ex cution d une calibration spatiale 4 2 Ex cution d une calibration spectrale 4 6 Calibrations spatiale et spectrale 4 1 Ex cution d une calibration spatiale Quand doit on effectuer une calibration spatiale Ex cution d une calibration spatiale La calibration spatiale doit tre effectu e a chaque installation ou remplacement de barrette capillaire retrait temporaire de la barrette capillaire du bloc de d tection Pour effectuer une calibration spatiale Etape Action 1 A partir du menu Tools Outils s lectionner Perform Spatial Calibration Ex cuter une calibration spatiale La boite de dialogue suivante apparait E Perform Spatial Calibration Spatial calibration progress N Click on the Start button to initiate spatial calibration Fill capillaries Details Start Cancel S lectionner la case cocher Fill capillaries Remplir les capillaires si les capillaires n ont pas de polym re c d une nouvelle barrette capillaire ou le polym re des capillaires a t utilis lors d une s rie Remarque L op rateur n
11. c Cliquer sur Cr er un raccourci Cela permet de cr er un raccourci nomm Raccourci vers orbixd exe d Faire glisser le raccourci vers le bureau IMPORTANT OrbixWeb Daemon doit tre lanc avant la mise en route du logiciel de collecte des donn es 3100 Ex cution d une analyse de s quencage 2 3 D marrage du Pour d marrer le logiciel de collecte des donn es logiciel de collecte des donn es Etape Action 1 A partir du menu D marrer pointer vers Applied Biosystems et s lectionner 3100 Data Collection Remarque Pour cr er un raccourci a Naviguer jusqu au fichier 3100Collection bat dans le r pertoire suivant D AppliedBio 3100 Bin b Effectuer un clic droit sur le fichier c Cliquer sur Create Shortcut Cela permet de cr er un raccourci nomm Raccourci vers le logiciel 3100 Collection Software d Faire glisser le raccourci vers le bureau Le logiciel de collecte des donn es 3100 s ouvre et la fen tre suivante appara t Ft 3100 Data Collection Software x Fie View Instrument Tools Service Help He S Se ala Plate View Run View Status View Array View Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application Wiells Status Place a plate into plate position 4 Place a plate into plate position B Linked Plate Records Plate Name Application Wells Status A B Processed Plate Records Plate Nam
12. de fa on serr e et niveau avec le dessus des r servoirs pour ne pas endommager les extr mit s des capillaires La bande de bouchons doit reposer plat sur le r servoir Ligne de remplissage 2 10 Ex cution d une analyse de s quen age Pour remplir les reservoirs d eau et de tampon cathodique suite Etape Action 9 Placer les r servoirs en position sur le passeur d chantillon comme indiqu ci dessous R servoir d eau R servoir d eau rincer d chet R servoir cathodique R servoir d eau tampon 1X Remplissage du Changer le tampon anodique r servoir de Avant chaque s rie ou au moins toutes les 24 heures tampon anodique chaque remplissage du bloc polym re avec du nouveau polymere Pour remplir le r servoir de tampon anodique jusqu au rep re avec le tampon 1X Etape Action 1 Enlever le r servoir de tampon anodique en le poussant fermement vers le bas d un lent mouvement de torsion Jeter le tampon usag de fa on appropri e Nettoyer et rincer le r servoir l eau d sionis e puis rincer l aide du tampon Remplir le r servoir jusqu au rep re de remplissage avec un tampon 1X frais environ 8 ml Ligne de remplissage GR1878 Placer le r servoir de tampon anodique sur l instrument Remarque Le m nisque doit s aligner avec la ligne rep re
13. lectionner Dye Set E Jeu de fluorophores E c S lectionner le module d lectrophor se en fonction de la longueur de barrette capillaire 36 cm Spect36_POP6DefaultModule 50 cm Spect50 _POP6DefaultModule d S lectionner le param tre spectral MtxStd Sequencing SetE par e Cliquer sur OK IMPORTANT S assurer que le fichier de param trage spectral s lectionn convient au type de fluorophores analys La s lection d un fichier de param trage incorrect entra ne l chec de la calibration spectrale Un enregistrement de plaque pour la phase de calibration est ainsi cr dans la base de donn es Apr s quelques secondes l entr e de l enregistrement de plaque appara t dans le tableau Pending Plate Records Enregistrements de plaque provisoires de la page Plate Setup Configuration de plaque Calibrations spatiale et spectrale 4 9 Liaison de la plaque Pour lier l enregistrement la plaque Etape Action 1 Dans le tableau Pending Plate Records Enregistrements de plaque provisoires s lectionner l enregistrement de plaque qui vient d tre cr Cliquer sur le graphique correspondant la plaque sur le passeur d chantillons Pa 3100 Data Collection Software x Fie View Instrument Tools Service Help HEL gt 12 Plate View Run View Status View Array View Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application wells Status Place a
14. L chantillon repose sur la paroi lat rale car la plaque n a pas t centrifug e W Une bulle d air se trouve au fond du puits car la plaque n a pas t centrifug e avec une force suffisante ou centrifug e assez longtemps Pr paration de la Suivre les instructions des pages 2 7 2 12 pour plaque et de assembler les plaques l instrument verifier et remplir les liquides sur l instrument placer la plaque sur le passeur d chantillons 4 8 Calibrations spatiale et spectrale Cr ation d un Pour cr er un enregistrement de plaque destin aux standards de matrice enregistrement d natur s de plaque Etape Action 1 Sur la page Plate View Fen tre de plaque du logiciel de collecte des donn es 3100 cliquer sur New Nouveau La bo te de dialogue Plate Editor de plaque s ouvre Dans la bo te de dialogue Plate Editor a Nommer la plaque b S lectionner Spectral Calibration Etalonnage spectral c V rifier que le type de plaque est appropri Plate Editor Plate Marne SpectralCalibration Application f Sequencing O GeneScan f Spectral Calibration Plate Type 96 1 Comments Finish Cancel d Cliquer sur Finish Terminer Le tableur Plate Editor s ouvre Remplir la feuille Plate Editor pour les puits qui ont t charg s a Taper le nom des chantillons b S
15. SEQ INJECTION 3100 Praecti 3tdSeq5C_ F2 A 02X E DT3100PO 6 BD vZ mob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti 5tdSeqsC_ Pez ao Eo jormoooscmopzmo STO SCQ INJECTION 2100 Project aSeuse 1 H2 405X E DT3100P0 6 BD Z mob STD SEQ INJECTION 3100 Projecti 3tdSeq5C_ BAX DT3100PO26 ED vz mob 1X DOAN SAMPLING 3100_Projecti BAX DT3100PO26 ED vz mob 1X DOAN SAMPLING 3100_Project1 pera DT3100P076 BD Wi mob 1x DOAN SAWPLING 3100_Preiect1 D2X THOR OPG DDWwZinob 1XDOMNSAMPLING 3100 _Proiect1 B 5X E DT3100P0 6 BD z Tob T DOAN SAMPLING 3100_Preiect1 Ep 5X DT3100PO76 BD Ww2 mob 1X DOAN SAMPLING 3100_Project1 os x DT31 00P076 BD vz mob 1X DOAN SAMPLING 3100_Project1 Bx CE DT3100P0 gt 6 BD Zzmob 1X DOAN SAMPLING 3100_Proectt KDWNSMF 9 ram RE RUN CF LRS DILUTION EXPERIMENT c Remarque Patienter pendant que le nouvel enregistrement de plaque est consign dans la base de donn es et ajout au tableau Pending Plate Records Enregistrements des plaques provisoires comme indiqu ci dessous Remarque Pour qu un enregistrement de plaque utilise un nom d j utilis l ancien enregistrement doit d abord tre supprim de la base de donn es EL 00 Data Collection Software Yersion 1 0 1 ee 2 Su mae 2 18 Ex cution d une analyse de s quencage Liaison d une plaque Introduction Cette proc dure explique comment lier une plaque sur le passeur d chantillons a l enregistrement d
16. a pas besoin de remplir les capillaires lors de chaque calibration spatiale Cliquer sur Start D marrer La calibration dure environ 2 mn sans remplissage des capillaires 8 5 mn avec remplissage des capillaires 4 2 Calibrations spatiale et spectrale Pour effectuer une calibration spatiale suite Etape Action 4 Si la calibration Proc dure a r ussi la bo te de dialogue suivante appara t P Perform Spatial Calibration x Spatial calibration progress Spatial calibration was successful Fill capillaries Details OK Cancel a Cliquer sur Details D tails pour afficher la fen tre Spatial Calibration Profile Profil de calibration spatiale b Passer la section Affichage des r sultats corrects et enregistrement des donn es ci dessous a chou le message d erreur qui appara t explique les raisons de l chec E Perform Spatial Calibration ET Spatial calibration progress Spatial calibration failed Bad spacing Fill capillaries Details OK Cancel a Cliquer sur Details D tails pour afficher la fen tre Spatial Calibration Profile Profil de calibration spatiale b Effectuer l une des op rations suivantes Cliquer sur Cancel Annuler puis sur Start pour r p ter la calibration Prendre les mesures correctives d crites page 4 5 Calibrations spatiale et spectrale
17. analyse des donn es assistance client le Voir support technique 1 3 autoextraction chec 2 24 B barrette capillaire installation retrait stockage 5 11 5 13 bloc polym re sup rieur limination des bulles d air 5 4 blocs polym re limination des bulles d air nettoyage 5 9 retir s de l instrument 5 8 Bo te de dialogue Select the run to display 3 2 Bouton d arr t 2 24 Bouton de passage la s rie suivante 2 24 Bouton de pause 2 24 bulles d air limin es du bloc polym re sup rieur 5 4 5 4 C calibration spatiale discussion 4 2 4 5 calibration spectrale discussion 4 6 4 13 capillaire jaune dans la fen tre Array View 4 11 cellule de d tection nettoyage 5 11 Champ de projet BioLIMS dans l enregistrement de plaque 2 16 Commande d affichage des r sultats de la s rie 3 2 Commande de remplissage de formulaire 2 16 courrier lectronique adresse du support technique 1 3 D Documents sur demande 1 6 donn es affichage des donn es analys es 3 5 affichage des donn es brutes 3 2 analyse ou reanalyse 3 11 extraction 2 24 donn es brutes en couleur affich es dans le logiciel de collecte des donn es 3 2 3 3 Donn es EPT affich es dans l analyse de s quen age 3 9 E enregistrement de plaque cr ation 2 13 2 18 liaison d une plaque 2 19 pour la calibration spectrale 4 9 ensemble plaque plac sur le passeur d chantillons 2 12 espace de base de donn es v rificati
18. d analyse des donn es Setting Preferences Data Collection Auto Analysis W AutoAnalysis On BioLihis Enable BioLiMS Data Analysis User Name Password Database Mame Server Mame Sample File Name Prefix Format Sample Mame havell Position Enonez OK Cancel Pr ference Description AutoAnalysis On S lectionner cette case pour analyser automatiquement les chantillons par le logiciel d analyse apr s leur collecte Remarque La s lection de cette option n interdit pas de r analyser les donn es de l chantillon BioLIMS Utiliser ces param tres pour extraire les donn es vers une base de donn es BioLIMS plut t que vers des fichiers chantillon Sample File Name Prefix Format Sp cifier le format utiliser en pr fixe pour les noms des fichiers chantillon en s aidant des listes d roulantes pour r agencer les identificateurs Identificateur Origine Run ID Identification de la s rie g n r e par le logiciel de collecte des donn es Nom d chantillon extrait de la saisie du tableur Plate Editor Sample Name Well Position Position du puits tir e de la position de l chantillon sur la plaque lettre de colonne et num ro de ligne par ex C3 Plate Name Nom de plaque extrait de la saisie de la bo te de dialogue Plate Editor Identification de l instrument extraite de la saisie des pr f rences sur la
19. duties Seda tee ede eiatest 5 7 Retraitides Docs Doly MEC reisens Ste BAe OR Re Ya eee ee Bod 5 8 Nettoyage des blocs polym re Larsen aides aida eee bee ea eee der 5 9 Montage du polym re frais sur l instrument 5 10 Avant d installer une barrette capillaire pr c demment utilis e 5 11 Installation et retrait de la barrette capillaire 5 12 Slockave d une barrette Cape ei ii Ni tirent adieu 5 13 PC Ce L INSITUM NES Le dau a acide ss diet pepe Ro es 5 14 Index Introduction Pr sentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes Section Voir page A propos de ce manuel 1 2 Pour plus d informations 1 2 Support technique 1 3 S curit 1 8 Introduction 1 1 A propos de ce manuel Objet Le but de ce manuel est de fournir des instructions l mentaires pour permettre d effectuer une analyse de s quen age d analyser les r sultats d talonner et d effectuer la maintenance p riodique de l Analyseur g n tique 3100 ABI PRism Pour plus d informations O trouver des Autres manuels et guides relatifs l Analyseur g n tique 3100 informations compl mentaires Pour lire Consulter le Reference des consignes de s curit ou des informations sur Guide de s curit et de pr paration du site de 4324533 la pr paration du l
20. enregistrements de plaques li es R p ter les tapes 1 3 pour lier une deuxi me plaque s il y a lieu 2 20 Ex cution d une analyse de s quen age Pour lier une plaque a un enregistrement suite Etape Action 3 V rifier que la plaque a bien t li e Une fois cela verifie Le bouton Run Instrument Lancer l instrument sur la barre d outils est activ ce qui signifie que l instrument est pr t fonctionner Le t moin de positionnement pour la plaque li e devient vert L enregistrement de plaque passe du tableau Pending Plate Records au tableau des Linked Plate Records Enregistrements des plaques li es Le t moin de Le bouton de lancement de positionnement de l instrument est activ plaque est vert 31 00 Data Collection Software Version 1 0 1 File View Instrument Toos Service Helg ala lols Er Plate View Run View Status View Array view Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application Wiells Status 082010 GS 96 pending 0824 crosstak GS 96 pending 0827 GS 96 pending A B er ia handing R Place a plate Into 0829am GS 96 pending E late position B 50B038 34 spe Spectral 96 pending gt a 5 Linked Plate Records Fate Name Application Wells Statt s iE A my_flate_record SQ 96 pending E B A Processed Plats Records A Plate Name Application Wells Status E 061430 SS 96 processed A 0815 GS 96 processed is 081730 GS 96 processed 08183
21. fermeture pour refermer la fen tre Affichage et analyse des donn es Pr sentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes Section Voir page Affichage des donn es brutes d une s rie termin e dans le logiciel de collecte 3 2 des donn es Affichage des donn es analys es 3 5 Analyse ou r analyse des donn es 3 11 Remarque On suppose pour la lecture de ce chapitre que les donn es d exploitation ont t extraites et transf r es dans les fichiers chantillon Si l Analyseur g n tique 3100 est utilis en association au syst me de base de donn es BioLIMS se reporter au Manuel d utilisation du logiciel d analyse du s quencage d ADN ABI PRISM R f n 4308924 pour plus de d tails sur l acc s de la base de donn es l aide du programme d analyse Affichage et analyse des donn es 3 1 Affichage des donn es brutes d une s rie termin e dans le logiciel de collecte des donn es 3 2 Introduction Les donn es brutes sont divis es en blocs de donn es de fluorescence trait e par la matrice multicomposante corrig s pour le chevauchement spectral mais aucune correction de mobilit n a t appliqu e Il y a deux fa ons d afficher les donn es brutes dans le logiciel de collecte des donn es 3100 sur la page Array View Fen tre de barrette comme on observerait les r sultats d un fichier gel d un instrument ABI PRISM gel sur
22. l espace disponible sur le disque dur 5 5 P Page Array View Fen tre de barrette 3 3 passeur d chantillons positionnement des plaques 2 12 positions de r servoir 2 11 polym re ajout ou remplacement 2 9 5 10 pr f rences 2 5 pr f rences logicielles 2 5 pr paration d chantillon Guide de chimie du s quen age 1 2 R reservoirs positions sur le passeur d chantillons 2 11 remplissage 2 9a2 11 reservoirs d eau et de tampon cathodique remplissage 2 9a2 11 Index 2 S s curit discussion 1 8 1 12 manuel 1 2 s curit chimique 1 8 s curit des d chets 1 8 s rie d marrage 2 23 passage une s rie suivante pause arr t 2 24 surveillance 2 23 seringes discussion 5 7 standards de matrice pr paration 4 6 support technique 1 3 1 7 adresse email 1 3 adresse Internet 1 6 agences de vente r gionales 1 4 1 5 t l phone fax Am rique du Nord 1 3 t l phone fax en dehors de l Am rique du Nord 1 4 T tampon 1X pr paration pour une seule analyse 2 10 Si ge social 850 Lincoln Centre Drive Foster City CA 94404 Etats Unis Telephone 1 650 638 5800 Num ro gratuit Etats Unis 1 800 345 5224 T l copie 1 650 638 5884 Agences commerciales internationales Le vaste r seau de service et de distribution Applied Biosystems present dans 150 pays sur les six continents met la disposition de ses clients les meilleurs sp cialistes des applications et du support te
23. le nettoyage des seringues se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique ABI PRISM 7 SN bate Ne pas utiliser d eau tr s chaude Cela risquerait de d former la pointe de seringue en t flon IMPORTANT S assurer que les seringues ne contiennent plus de polym re s ch Rincer le cylindre et la pointe de la seringue l eau d sionis e S cher l air comprim Remonter la seringue avant de l inspecter conform ment la page 5 8 Entretien de l instrument 5 7 Inspection d une IMPORTANT Apr s avoir nettoy la seringue toujours v rifier la pr sence des joints toriques seringue Pour viter les fuites pendant l analyse Pour inspecter la seringue Etape Action 1 Inspecter la pr sence des deux joints toriques dans la seringue R f n 221102 une derri re la bague et l autre autour Joints toriques 0 05 01 015 02 0 25 GR0413 V rifier que la bague est solidement plac e dans l extr mit de la seringue Retrait des blocs polym re Retrait du bloc Pour retirer le bloc polym re sup rieur polym re sup rieur Etape Action 1 Retirer les seringues comme cela est d crit en page 5 7 2 D brancher la barrette capillaire du bloc polym re a Appuyer sur le bouton du plateau Ouvrir l instrument le four et les portes du bloc de d tection Desserrer l crou de la barrette capillair
24. lt 0 Selectonz CPS 00FF76 BD 21m13 1 mob CPS OOPO 6 8D M Fes 1 mot CT 31 000 TE BD v2 mob CT OP dRhod 1 mok Remarque ll faut parfois redimensionner la colonne pour faire appara tre le nom complet du fichier Pour cela placer le curseur entre les en t tes de colonne le curseur prend la forme d une fl che a deux t tes et faire glisser vers la droite Mobility File gt Comment Le tableau suivant montre le fichier de mobilit s lectionner en fonction de la chimie de s quen age utilis e Chimie de sequencage d ADN Fichier de mobilit Chimie d amorces fluorescentes DP3100POP6 BD 21M13 v1 mob ABI PRism BigDye utilisant l amorce 21m13 Chimie d amorces fluorescentes DP3100POP6 BD M13Rev v1 mob BigDye utilisant l amorce M13reverse Chimie de terminateur fluorescent DT3100POP6 BD v2 mob ABI PRISM BigDye Chimie de terminateur fluorescent DT3100POP6 dRhod v1 mob dRhodamine ABI PRISM Ex cution d une analyse de s quencage 2 15 Pour saisir les informations sur l chantillon et sauvegarder l enregistrement de plaque suite Etape Action 4 Entrer un projet BioLIMS IMPORTANT Un projet BioLIMS doit tre d sign pour chaque chantillon m me si aucune base de donn es BioLIMS n est utilis e a Cliquer sur la cellule BioLIMS Project pour le puits A1 b S lectionner un nom de projet sur la liste d roulante BioLIMS Project no sele
25. plaque par exemple sur la page Capillary View Fen tre des capillaires un capillaire la fois IMPORTANT Toujours refermer les fen tres Array View et Capillary View Ne pas laisser ces pages ouvertes pendant une p riode prolong e lors d une s rie Cela risquerait d entra ner des probl mes de mise jour irr cup rables sur l cran Laisser la fen tre Status View Fen tre d tat ouverte Affichage des Pour afficher les r sultats d une s rie termin e donn es brutes Etape Action 1 Dans le logiciel de collecte des donn es 3100 cliquer sur l onglet Array View Fen tre de barrette pour afficher la page de ce nom A partir du menu Instrument pointer vers Data Acquisition Acquisition des donn es et s lectionner Display Run Data Afficher les r sultats de la s rie Cette action ouvre la boite de dialogue Select the run to display Choisir la s rie a afficher faq Select the run to display Fun_demo_51 O0 2000 04 06 _23 7 OK Cancel Dans la liste d roulante s lectionner la s rie afficher et cliquer sur OK Remarque Toutes les s ries termin es peuvent tre visualis es partir de la base de donn es de l instrument Remarque faut attendre quelques instants pour r cup rer les r sultats Affichage et analyse des donn es Pour afficher les r sultats d une s rie termin e suite Etape Action 4 Utiliser les fonction
26. s rie Etape Action J A 57 Q 17 J 1 Cliquer sur l onglet Status View Fen tre d tat pour surveiller l tat de l instrument pendant la s rie 3100 Data Collection Software File Yiew Instrument Tools Service Help MS e mel Plate View Run View Status View Array View Capillary View Instrument Condition Events Time Remaining this run 00 42 06 Wed Apr 12 16 58 24 PDT 2000 a BH Laser On a Set run status to STARTING Run Time 00 44 24 Wed Apr 12 16 58 24 PDT 2000 mw E off EP Voltage EP Current Started a Gene Scan Run Run_demo_3100 2000 04 12 46 200 kY Wed Apr 12 16 58 23 PDT 2000 i Sending run module to the instrument E Oven On led Apr 12 16 37 15 PDT 2000 dis connect data communication port Wed Apr 12 17 02 00 PDT 2000 M Front Doors Closed RUN PARAMETERS command reply led Apr 12 17 02 03 PDT 2000 M Oven Door Closed BEGIN command reply led Apr 12 17 02 36 PDT 2000 Laser Power Laser Current OVEN TEMPERATURE TOLERANCE 3 0 Oven temperature ti M Autosampler Return 250 mv 120 A Capillary Array Serial Number 0 0 E demo Oven Temp 65 0 Eos Errors 55 6 Wed Apr 12 16 58 29 PDT 2000 Capillary Array Usage 49 m Instrument offline Waiting for Oven to Stabilize at Run Temperature 3 z z 5 ope 2 L op rateur peut visualiser les donn es pendant l analyse en utilisant les pages Array View Fen tre de barrette et Capillary View Fen tre capillaire
27. 0 GS 96 processed 081930 GS 96 processed 0820om cs 96 procesecd gt Inport L enregistrement de plaque est dans le tableau des enregistrements de plaques li es 4 R p ter les tapes 1 3 pour lier une deuxi me plaque s il y a lieu Ex cution d une analyse de s quen age 2 21 Pour lier une plaque a un enregistrement suite Etape Action 5 Cliquer sur l onglet Run View Fen tre d ex cution pour visualiser le calendrier de la s rie d analyse Remarque M me si l op rateur peut supprimer des passages particuliers il ne peut pas modifier leur ordre d ex cution La programmation des s ries d pend d un certain nombre de facteurs se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM pour plus de d tails 3100 Data Collection Software ES gt ll im De 41 Run_demo_310 Sample StdSeq50_POP6a3 Pending a Run_demo_310 Sample _ StdSeqS0_POP6a3 Pending 2 22 Ex cution d une analyse de s quen age D marrage et surveillance de la s rie D marrage Pour lancer une s rie d une s rie Etape Action 1 Cliquer sur le bouton vert Run Instrument Lancer l instrument pour lancer les s ries d analyse programm es Pall 3100 Data Collection Software File View Instrument Toole Service Help ES a 1 cal 9 Bouton de lancement Surveillance Pour surveiller une s rie d une
28. 0 Introduction Pour commander des fiches signal tiques Proc dure par service t l phonique automatis Voir la section Pour obtenir des documents sur demande sous la section Support technique par t l phone aux Etats Unis Composer le 1 800 327 3002 puis le 1 par t l phone du Canada Pour passer des Composer le 1 800 668 6913 commandes en et anglais appuyer sur 1 sur 2 puis de nouveau sur 1 fran ais appuyer sur 2 sur 2 puis de nouveau sur 1 par t l phone dans les autres pays Se reporter la r gion sp cifique sous Contacter le support technique par t l phone ou fax sous Support technique Appeler le fabricant du produit chimique si celui ci n est pas fabriqu ou distribu par Applied Biosystems Des tiquettes de s ret sont fix es sur l instrument Chaque tiquette comprend trois parties Une zone de mise en garde impliquant un niveau particulier d observation ou d action par ex ATTENTION or AVERTISSEMENT Si l tiquette regroupe plusieurs risques le texte de mise en garde signale le danger le plus important Une fen tre de message expliquant le danger et l intervention requise de l utilisateur Un symbole d alerte la s curit indiquant la pr sence d un risque potentiel pour la s curit corporelle Se reporter au Guide de s curit et de pr paration du site de l an
29. 10 ab1 RE TO_ESCL5 40_357R_FO1_11 ab1 Z PTO Control 40_338F_D01_07 ab1 BE TO_ESCL5 S0_338F_A01_O1 ab1 panneau de repertoire et M2 TD_Contro_40_357R_HO1_15 ab1 MQ TD_ESCL5_90_957R_EO1_09 ab1 cliquer sur Add pour les aa TD_Control_80_338F_CO1_05 ab1 ajouter dans la boite File JTO Control 80 357R_GO1_13 ab1 name File name 06 861 T0 _ Control 40_338F_D001_07 ab1 Boite de texte des noms Files of type Sample data files ab1 de fichiers Add Al T _Control_40 338F 001 07 abl __ Adda TD_Control_40_357R_HO1_15 ab1 Panneau des Noms de TO_Control_80_338F_C01_05 ab1 i TD Control 80_357F_G01_12 ab1 Remove fichiers Remove All Finish Cancel 4 Lorsque tous les fichiers voulus sont dans la liste File Name cliquer sur le bouton Finish Terminer pour refermer la boite de dialogue Add Sample Files Les fichiers chantillon sont ajout s dans la fen tre Sample Manager Gestionnaire d chantillons Remarque Cette fen tre n affiche que les 20 premiers caract res du nom du fichier chantillon fl Sequencing Analysis z File Edit Sample Manager Window Help A Sample Manager CEZ O OA Status Basecaller Sample File Name Sample Name A F P Spacing Basecaller Settings Location Point Point TD_Control_40_338F _DC ro _control40_ 3 FI a Bssecaler 51000 13 84 hi 580 ES DT3100POP6 B Jenone fr TD_Control_40_357R_H TD_Control_40_ lt BJ Bd Basecaller
30. 3100P 1365 hiv580 445 jse fi1557 DT3100POP6 ED none P TD_Control_80_338F_CC TD_Control_80_Z CURE 31 ga E hiv580 PJase fse f1ssz pra1ooporeid knones P TD_Control_80_357R_G TD_Control_80_ 411557 DT3100POPE BI gt enone gt P Affichage et analyse des donn es 3 7 Pour afficher les donn es du fichier chantillon suite Etape Action 5 Double cliquer sur le nom du fichier chantillon pour ouvrir celui ci et afficher son contenu Une autre solution consiste ouvrir plusieurs fichiers chantillon la fois en les s lectionnant dans la fen tre Sample Manager et cliquer sur le bouton Open Files Si le fichier chantillon a t analys il s ouvre en faisant appara tre l lectroph rogramme ff Run_demo_3100_2000 04 28_14_400ng_B01_03 ab1 a 2880 2960 3040 3120 3200 3280 3360 3440 a GC GT TGC GC TCAC TGCCCGCTTTCCAGTCGGGAAACCTGTCGTGCCAGC TGC2 240 250 260 270 280 2 lh ML lu Ml mu l Si le fichier chantillon n a pas t analys il s ouvre en faisant appara tre les donn es brutes Pour plus de d tails sur l analyse des donn es se reporter la section Analyse ou r analyse des donn es la page 3 11 i Run_demo_3100_ 2000 04 28 14_400ng_B01_03 ab1 1960 3970 5220 reo 9300 1696 mr ats hi ul N 3 8 Affichage et analyse des donn es Pour afficher les donn es du fichier chantillon suite
31. 4 3 Affichage des Pour afficher les r sultats de la calibration spatiale et enregistrer les donn es r sultats corrects et Action Evaluer le profil de calibration spatiale Remarque Pour plus de d tails sur l valuation du profil se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM R f n 4315834 amp Spatial Calibration Profile 40000 30000 20000 10000 10000 0 20 40 60 80 100 120 140 160 180 200 220 240 260 Intensity vs Pixel Number Capillary Number 1 2 3 4 5 6 12 ep EE aL T 8 9 TO Capillary Position fi2 27 42 158 73 88 O03 f19 134 fiag 65 fso 195 210 225 241 cas Une fois l op ration termin e cliquer sur OK pour refermer la case Spatial Calibration Profile Si le profil de calibration spatiale est Procedure satisfaisant Passer l tape 3 non satisfaisant a Cliquer sur Cancel pour refermer la zone Details et cliquer sur Start pour r p ter la calibration ou b Repositionner une ou plusieurs croix rouges Pour d placer une croix modifier la valeur de la case de positionnement capillaire puis cliquer en dehors de cette case Si la calibration fournit toujours des r sultats non satisfaisants lire la section En cas d chec de la calibration la page 4 5 enregistrement Etape des donn es 1 2 3 Cliquer sur OK pour refermer la fen tre Perform Spatial Calibration Ex cuter la cali
32. ANGER CHIMIQUE Le polym re POP risque de provoquer l irritation des yeux de la peau et de l appareil respiratoire Pri re de lire sa fiche signal tique et de suivre les consignes de manipulation Porter des protections oculaires des gants et des v tements appropri s R serv la recherche et au d veloppement a ll faut gt 0 5 ml Un passage d analyse utilise 50 80 ul de polym re soit l quivalent de 60 100 s ries a partir d une seringue de 5 ml IMPORTANT Toujours remplacer le polym re g de plus d 1 semaine IMPORTANT V rifier l absence de bulles d air dans le bloc polym re sup rieur avant de poursuivre Pour liminer les bulles d air se reporter la page 5 4 Quand faut il Remplacer quotidiennement le tampon 1X dans les r servoirs de tampon anodique et remplacer le tampon de tampon cathodique ou avant chaque s rie d analyses IMPORTANT Le non remplacement du tampon risque de provoquer une perte de r solution et de qualit des donn es IMPORTANT Pour le remplissage du tampon et le positionnement de la plaque le passeur d chantillons doit tre plac en position avant les extr mit s des capillaires tant retir es de la solution tampon Ne pas laisser le passeur d chantillons dans cette position pendant plus de 30 mn car les capillaires peuvent s cher Ex cution d une analyse de s quen age 2 9 Pr paration d un tampon pour une seule analyse Remplissage
33. Analyseur g n tique 3100 ABI PRISM Guide de demarrage rapide du sequencage AR applied HITACHI Copyright 2001 Applied Biosystems For Research Use Only Not for use in diagnostic procedures FOR LIMITED LICENSE INFORMATION PLEASE SEE THE ABI PRISM 3100 GENETIC ANALYZER USER S MANUAL The ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi Ltd as part of a strategic partnership between Applied Biosystems and Hitachi Ltd as well as patented technology of Applied Biosystems ABI PRISM and its design Applied Biosystems BioLIMS GeneScan Genotyper and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U S and certain other countries ABI BigDye Factura Hi Di POP POP 4 and POP 6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U S and certain other countries AmpliTagq is a registered trademark of Roche Molecular Systems Inc Microsoft Windows and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation pGEM is a registered trademark of Promega Corporation All other trademarks are the sole property of their respective owners Applied Biosystems vast distribution and service network composed of highly trained support and applications personnel reaches into 150 countries on six continents For international office locat
34. Analysis Module 2 Les chantillons sont ensuite automatiquement regroup s de sorte que tous les chantillons d un m me module d lectrophorese sont analys s de fa on s quentielle Ex cution d une analyse de s quen age 2 17 Pour saisir les informations sur l chantillon et sauvegarder l enregistrement de plaque suite Etape Action 8 V rifier que l enregistrement de plaque est correct et cliquer sur OK Plate Editar RS_DILUTION_2 Al A1xX E __s DT3100P0 6 BDvz mob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti StdSeqSC_I a at jatx E DT3100PO26 BDwZzmob STD SEQ INJECTION 3100 Project 3tdSeq5C ct 42X EE DT3100PO8 BD w2 mob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti 3tdSeq5C_ D LA2X JE DT3100P06 BD zmob STD SEQ INJECTION 3100 Project 3tdSeq5C_ per jasx Jprsioopo enzmop STO SEG INJECTION 5100 praecti staseqsc F1 ASX LE DT3100P0 gt 6 BD 2mob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti 3tdSeq5C_ ot aix JE DT3100PO 6 BD zmob STD SEQ INJECTION 3100 Proiectt 5tdSeg5C_l HE LAiX E DT3100P06 BD Zmob STD SEQ INJECTION 3100 Proecti StdSeqSC_I 4 001X E DT3100P0 6 BD Z mob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti 5tdSegsc_l 82 jacox E prstoopoemp yzmub STD SEQ INJECTION 5100 Prueutt SitSeusc C2 A 01x E _ DT3100P0 6 BD vz mob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti 3tdSeq5C_ D2 ADX E DT3100PO 6 BD Zmob STD SEQ INJECTION 3100 Praecti 5tdSeq5C_ E2 A02X E DT3100P0 6 BD Z mob STD
35. Chaque mot implique un degre de mise en garde ou l une des actions d crites ci dessous Remarque Signale des informations utiles IMPORTANT Indique des informations n cessaires au bon fonctionnement de l instrument PNR bee Indique une situation potentiellement dangereuse susceptible d entra ner des blessures l g res ou mineures si elle n est pas vit e Ce message peut aussi servir de mise en garde contre les pratiques dangereuses PNY NAME SIAULANERE Indique une situation potentiellement dangereuse susceptible d entra ner des blessures graves voire la mort si elle n est pas vit e PAM el Indique une situation dangereuse imminente qui entra nera des blessures graves voire la mort si elle n est pas vit e Cette mise en garde doit tre limit e aux situations les plus extr mes PNEU EN DANGER CHIMIQUE Certains produits chimiques utilis s avec les instruments et les protocoles Applied Biosystems sont potentiellement dangereux ils peuvent entra ner des blessures des maladies voire la mort Lire et comprendre les fiches signal tiques MSDS sur la s curit des produits chimiques fournies par le fabricant avant de stocker manipuler ou utiliser les mat riaux dangereux ou les produits chimiques Limiter les contacts et viter les inhalations des produits chimiques Porter des quipements de protection appropri s en maniant les produits chimiques par ex lunettes de suret gants ou v tements de protecti
36. Quand faut il Nous recommandons de changer le polym re chaque semaine Le polym re a une changer le polym re dur e de vie d environ 7 jours 25 C Ajout ou DANGER CHIMIQUE Le polym re POP risque de provoquer l irritation des yeux de la peau et de l appareil respiratoire Pri re de lire la fiche signal tique applicable et de suivre les consignes de manipulation Porter des protections oculaires des ganis et des v tements appropri s R serv la recherche et au d veloppement changement du polym re Pour placer du polym re frais sur l instrument Etape Action 1 partir du menu Tools Outils s lectionner Change Polymer Wizard Assistant de changement du polym re Pll 3100 Data Collection Software File View Instrument Bie Service Help ES El r Flate Editor Module Editor Plate view Run iew Change Polymer Wizard Instrument Condition Install Capillary Array Vizard Autosampler Calibration Wizard Perform Spatial Calibration Display Spatial Calibration Display Spectral Calibration 2 Un message de mise en garde s ouvre F The currently installed capillary array is 50cm lf this is acceptable continue vith the polymer change lf this is not acceptable please click cancel install our preferred capillary array and restart this wizard Cancel Si la longueur de barrette actuellement sur l instrument est gale la longueur cit e dans le message d
37. RE 0 1 _ 2 3 4 5 5 T 2 g 10 11 12 13 14 15 16 17 15 19 20 Intensity ws Bin Number T 1000 2000 3000 4000 S000 6000 7000 a000 Intensity ws Scan Number Capillary Number 1 T Condition Number 3 34 a value 0 97 Data Source ok ane 4 Utiliser les boutons fl ch s ou le coulisseau pour examiner les donn es de chaque capillaire Pour qu une calibration soit consid r e de bonne qualit la calibration de chaque capillaire doit avoir une valeur Q sup rieure 0 95 un num ro de condition de 3 5 5 Cliquer sur Cancel Annuler pour refermer la bo te Remarque Le logiciel annule automatiquement les capillaires refus s mais si un profil particulier ne lui convient pas l op rateur peut le remplacer par un profil de son choix Pour plus de d tails ce sujet se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM Calibrations spatiale et spectrale 4 13 Entretien de instrument Pr sentation Dans ce chapitre Ce chapitre d crit les mesures a prendre pour l entretien de l Analyseur g n tique 3100 ABI PRISM Section Voir page Listes des travaux de maintenance 5 2 Elimination des bulles d air du bloc polym re sup rieur 5 4 V rification de l espace disque disponible 5 5 Nettoyage et inspection des seringues 5 7 Retrait des blocs polym re 5 8 Nettoyage des blocs polym re 5 9 Montage du polym re frai
38. Une barre mouill e risque de provoquer la formation d tincelles PAIE IANLE DANGER D INCENDIE ELECTROCUTION Ne pas laisser de liquide dans la barre cathodique Cela pose un risque d lectrocution voire d incendie si la barre n est pas correctement entretenue S assurer que la barre cathodique est s che particuli rement au centre Entretien de instrument 5 11 Installation et retrait de la barrette capillaire Quand faut il Remplacer la barrette capillaire apr s environ 100 passages changer la barrette capillaire Les probl mes suivants sugg rent qu une nouvelle barrette capillaire est n cessaire mauvaise r solution et ou intensit de signal diminu e Installation ou F ESE DANGER CHIMIQUE Le polym re POP risque de provoquer l irritation des retrait de la barrette YEUX de la peau et de l appareil respiratoire Pri re de lire la fiche signal tique applicable et de capillaire l aide de l assistant suivre les consignes de manipulation Porter des protections oculaires des gants et des v tements appropri s R serv la recherche et au d veloppement Pour remplacer une barrette capillaire ou l installer sur un instrument Etape Action 1 Refermer le four et les portes de l instrument et appuyer sur le bouton de plateau 2 partir du menu Tools Outils s lectionner Install Capillary Array Wizard Assistant d installation de barrette capillaire
39. a plat sur le sol et le poids des jambes doit tre support par le sol et non par les cuisses Pr voir un soutien lombaire pour assurer une courbe correcte de la colonne vert brale Placer le clavier sur une surface fournissant la hauteur appropri e pour le positionnement horizontal des avant bras et vertical des bras le soutien des avant bras et des mains pour viter la fatigue musculaire au niveau des bras Positionner l cran de visualisation une hauteur permettant la position normale de la t te et du corps Cette hauteur varie en fonction des proportions physiques de l utilisateur Ajuster les facteurs de vision pour optimiser le confort et l efficacit en ajustant les variables d cran telles que la luminosit le contraste et la couleur en fonction des pr f rences personnelles et de l clairage ambiant positionnant l cran pour minimiser les reflets provenant des sources lumineuses ambiantes Introduction 1 11 positionnant l cran a une distance tenant compte des variables de l utilisateur telles que l hyperm tropie la myopie l astigmatisme et les effets des lentilles correctives Utiliser quelques directives utiles en estimant la distance s parant l utilisateur de l cran La distance entre les yeux et l cran d affichage doit correspondre approximativement celle qui s pare les yeux du clavier La distance de lecture la plus confortable pou
40. aboratoire pour accueillir l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM Analyseur g n tique 3100 des informations d taill es sur Analyseur Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 4315834 g n tique 3100 ABI PRISM des informations sur la pr paration des Guide de chimie du s quen age de l analyseur 4315831 chantillons et sur la s lection et l optimisation des g n tique 3100 ABI PRISM m thodes chimiques pour le s quen age sur l Analyseur g n tique 3100 des informations d taill es sur l analyse et Manuel d utilisation du logiciel d analyse du 4308924 l affichage des donn es de sequengage l aide du s quen age d ADN ABI PRISM v 3 7 logiciel d analyse du s quen age d ADN une proc dure abr g e illustrant une analyse de Guide de d marrage rapide pour l analyse de 431532 fragment typique l affichage et l analyse des donn es d exploitation et l ex cution des op rations de maintenance courantes fragment de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM 1 2 Introduction Support technique Comment contacter le support technique Contacter le support technique par courrier lectronique Heures d acc s t l phonique du support technique Contacter le support technique par t l phone ou fax Le support technique Applied Biosystems peut tre consult par telephone ou t l copie par courrier lectronique ou sur l Internet Nos clients peuvent commander des documents utilisa
41. age 5 4 polym re ou dans le bloc polym re et les liminer le cas avant chaque ch ant s rie V rifier le collecteur c t chargement pour s assurer que Quotidien ou les pointes capillaires ne sont ni cras es ni avant chaque endommag es s rie V rifier le niveau de polym re dans la seringue de Quotidien ou r serve de polym re pour s assurer qu elle contient au avant chaque moins 1 ml s rie V rifier le bloc polym re pour s assurer qu il s ajuste Quotidien solidement sur l instrument Nettoyer les surfaces de l instrument Quotidien V rifier la pr sence de polym re dans la r gion du bloc Quotidien polym re et nettoyer si n cessaire V rifier l absence de fuites autour des seringues et de Quotidien l crou vis V rifier l espace disponible sur le disque dur Supprimer Quotidien page 5 5 les enregistrements de plaque de la base de donn es de l instrument et archiver les fichiers chantillon 5 2 Entretien de l instrument T ches Effectuer ces t ches au moins une fois par semaine hebdomadaires au besoin Tache de maintenance Frequence Voir Nettoyer les seringues Hebdomadaire page 5 7 ou au besoin Nettoyer les r servoirs d eau et de tampon l eau Hebdomadaire chaude Nettoyer les blocs polym re inf rieur et sup rieur Hebdomadaire page 5 9 Remplacer le polym re dans les seringues dans le bloc H
42. alyseur g n tique 3100 ABI PRISM pour une explication de tous les symboles d alerte la s curit en plusieurs langues La responsabilit incombe l op rateur en tant que producteur de produits potentiellement dangereux de prendre les mesures suivantes caract riser par une analyse si n cessaire les d chets g n r s par les applications les r actifs et les substrats particuliers utilis s dans le laboratoire veiller prot ger la sant et la s curit de tous les personnels du laboratoire v rifier que les d chets de l instrument sont convenablement stock s transf r s transport s et limin s en respectant toutes les r glementations locales et nationales en vigueur Remarque Les mat riaux repr sentant un danger biologique ou radioactif exigent parfois une manipulation sp ciale et des limitations peuvent s appliquer leur limination Avant d utiliser instrument Utilisation efficace et s curis e de DP ordinateur S assurer que toutes les personnes impliqu es dans le fonctionnement de l instrument ont recu une formation sur les pratiques de s curit g n rales en laboratoire re u une formation sur les pratiques de s curit sp cifiques l instrument lu et compris toutes les fiches signal tiques apparent es PNR e Cet instrument ne doit pas tre utilis d une mani re qui ne serait pas sp cifi e par Applied Biosystems M me si l instrument a t con u po
43. anum rique du nom de module et non pas dans l ordre des enregistrements de plaque ou des noms d chantillon 2 16 Ex cution d une analyse de s quencage Pour saisir les informations sur l chantillon et sauvegarder l enregistrement de plaque suite Etape Action 6 Pour chaque chantillon s lectionner le Analysis Module Module d analyse appropri dans la liste d roulante IMPORTANT La pr f rence AutoAnalysis doit tre s lectionn e pour une autoanalyse apr s la s rie voir page 2 6 ANAYE Module no selection BL 31OURR_Seqottrtott saz Bl 3100_Segortrtott saz Le tableau suivant montre les choix de modules d analyse a s lectionner en fonction du type d analyse effectue Type d electrophorese Module d analyse S quen age d ADN standard BC 3100 SeqOffFtOff saz S quen age d ADN rapide BC 3100RRv2_SeqOffFtOff saz Remarque Les parametres definis pour chacun de ces fichiers peuvent tre examin s a partir du logiciel d analyse du s quen age d ADN L explication de ces param tres est trait e dans le Manuel d utilisation du logiciel d analyse du s quencage d ADN ABI PRISM R f n 4308924 7 Si l op rateur souhaite analyser de nouveau le m me chantillon s lectionner un deuxi me module d lectrophorese et un deuxi me module d analyse Un chantillon dans une plaque li e peut tre analys cinq fois au total Fun Module 2
44. arque La limite est de cinq documents par demande 1 6 Introduction Pour commander les documents Proc dure sur l Internet pour a Acc der au site Web du support technique Applied Biosystems une r ponse http www appliedbiosystems com techsupp t l copi e ou par b Sous Resource Libraries Biblioth ques de ressources cliquer sur COUIET le type de document voulu lectronique eee A c Entrer ou s lectionner les informations demand es sur le formulaire affich et cliquer sur Search Rechercher d Dans les r sultats de recherche affich s s lectionner la case a cocher associ e au mode de livraison voulu pour chaque document identifi lors de la recherche et cliquer sur Deliver Selected Documents Now Envoyer les documents s lectionn s maintenant ou cliquer sur l ic ne PDF pour t l charger le document imm diatement e Remplir le formulaire de renseignements si cela n a pas d j t fait et cliquer sur Deliver Selected Documents Now pour envoyer la commande Remarque La limite est de cinq documents par demande d livrer par fax et aucune limite sur les documents envoy s par courrier lectronique Introduction 1 7 S curit Mises en garde a l attention des utilisateurs Mise en garde sur les dangers chimiques Cinq types de mise en garde apparaissent dans la documentation destin e aux utilisateurs des instruments Applied Biosystems
45. ation des bases permet de choisir entre Basecaller 3100 pour le s quen age standard et Basecaller 3100RR pour le s quen age en lecture rapide Ces fichiers sont situ s dans le r pertoire suivant D AppliedBio Shared Analysis Basecaller Params Les param tres Basecaller Settings Param tres d assignation des bases sont d sign s dans la boite de dialogue Preferences accessible a partir du menu Edit Sila case Write Seq Files Enregistrer les fichiers Seq est s lectionn e les fichiers texte de la s quence r f renc e sont enregistr s en formats ABI ou FASTA Si un fichier Factura Settings File Fichier de param tres Factura est s lectionn un traitement Factura sera appliqu pendant l analyse Pour afficher ou modifier un fichier de param tres Factura Dans le menu File Fichier s lectionner Open Ouvrir puis Factura Settings Param tres Factura Ces fichiers sont situ s dans le r pertoire suivant D AppliedBio Shared Analysis Factura Si op rateur apporte des changements au module d analyse et souhaite Procedure enregistrer les modifications a Dans le menu File s lectionner Save As dans un nouveau module Enregistrer sous d analyse b Entrer un nom unique et cliquer sur OK enregistrer les changements Dans le menu File s lectionner Save dans le module d analyse Enregistrer courant ignorer les changements Cliquer sur le bouton de
46. bration spatiale La bo te de dialogue Question s ouvre Pl Question 2 Save spatial calibration data Ifyou choose Yes spatial calibration data willbe saved in the database and sent to the instrument 4 4 Calibrations spatiale et spectrale Pour afficher les r sultats de la calibration spatiale et enregistrer les donn es suite Etape Action 4 Pour Proc dure enregistrer ces donn es de Cliquer sur Yes Oui calibration dans la base de donn es du logiciel de collecte 3100 supprimer ces donn es et utiliser a Cliquer sur No Non celles d une s rie pr c dente b contourner la carte de calibration spatiale actuelle Se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM En cas d chec En cas d chec de la calibration ou si la calibration a r ussi mais n a pas un profil de la calibration satisfaisant l op rateur peut essayer une ou plusieurs des actions correctives suivantes R p ter la calibration Remplir les capillaires de polym re puis r p ter la calibration Nettoyer la fen tre de barrette puis r p ter la calibration Repositionner la fen tre de barrette dans la cellule de d tection puis r p ter la calibration Calibrations spatiale et spectrale 4 5 Ex cution d une calibration spectrale Introduction L ex cution d une calibration spectrale comprend trois grands vole
47. chnique Pour obtenir la liste des agences internationales priere d appeler notre agence locale ou consulter notre site Web a www appliedbiosystems com www appliedbiosystems com AS Applied as HITACHI Applera Corporation s engage a fournir aux sp cialistes des sciences de la vie du monde entier les informations et les technologies les plus innovantes Applera Corporation est constitu e des divisions Applied Biosystems et Celera Genomics Imprim aux Etats Unis 02 2001 an Applera business
48. ction lt no selection 3100 Project IMPORTANT faut saisir un projet BioLIMS Remarque Pour plus de d tails sur la configuration d un projet BioLIMS consulter le Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM c Pour attribuer le m me nom de projet a chaque chantillon de l enregistrement de plaque Cliquer sur l en t te de colonne pour s lectionner toute la colonne Appuyer sur CTRL D Remarque Appuyer sur CTRL D chaque fois qu un champ est identique pour tous les chantillons de l enregistrement de plaque Pour chaque chantillon s lectionner le Run Module Module d lectrophor se appropri dans la liste d roulante Fin Module 1 lt no s lections r no s lections RapidSeqs6 POPGDerautModule stcseqo0 POP DefautModule Remarque Pour afficher ou modifier un fichier de module d lectrophorese se reporter a la page 2 25 Le tableau suivant montre les choix de modules d lectrophorese bas s sur le type d analyse Type d electrophorese Module d electrophorese S quen age d ADN standard StdSeq50_POP6DefaultModule S quen age d ADN rapide RapidSeq36 POP6DefaultModule Remarque Si on s lectionne un module diff rent pour plusieurs chantillons ceux ci sont automatiquement regroup s de sorte que les chantillons de m me module sont analys s en m me temps L ex cution des s ries d analyse est programm e selon l ordre alph
49. ctrale accept s et les capillaires refus s En cas d chec du capillaire Capillaire accept Capillaire refus X i Spectral Calibration Result Found 11 possible spectra for dye set E Please view and editthe spectra ee HUH AH _ K Pour accepter l analyse de calibration termin e Etape Action 1 Dans la zone Spectral Calibration Result R sultat de calibration spectrale cliquer sur OK IMPORTANT Examiner et valuer le profil de calibration spectrale de chaque capillaire m me si la zone des r sultats de la calibration spectrale indiquait qu ils taient accept s Se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM En cas d chec le profil spectral du capillaire accept le plus proche sur sa gauche est automatiquement attribu au capillaire S il ny a pas de capillaire accept sur sa gauche le syst me lui attribue le profil du capillaire accept le plus proche sur sa droite Ces capillaires sont marqu s en jaune et non en vert dans la fen tre de barrette par ex page 3 3 IMPORTANT Pour les applications o les pics vers le haut et vers le bas entra nent des erreurs critiques nous recommandons de refaire la calibration spectrale et d utiliser une analyse spectrale unique par capillaire Calibrations spatiale et spectrale 4 11 Examen d un profil spectrale pour le jeu 4 12 Apr s avoir effectu la calibration spec
50. des r servoirs d eau et de tampon cathodique Pour pr parer 30 ml de tampon 1X Etape Action 1 Ajouter 3 0 ml de tampon 10X dans une prouvette gradu e 2 Ajouter de l eau d sionis e pour amener le volume total 30 ml 3 Bien m langer Pour remplir les r servoirs d eau et de tampon cathodique Etape Action 1 Refermer les portes de l instrument 2 Appuyer sur le bouton du plateau sur le panneau externe de l instrument pour amener le passeur d chantillons en position avant Bouton de plateau 3 Attendre l arr t du passeur d chantillons puis ouvrir les portes de l instrument Retirer les r servoirs d eau et de tampon cathodique de l instrument 5 Jeter les liquides restants et rincer les r servoirs l eau d sionis e Remarque Les d chets sont tr s dilu s mais il faut respecter les pratiques d vacuation des d chets appropri es 6 Rincer le r servoir cathodique avec le tampon 1X puis remplir jusqu au rep re avec le tampon 1X environ 17 ml 7 Remplir les r servoirs d eau jusqu la ligne avec de l eau d sionis e de qualit environ 17 ml 8 Placer une bande de bouchons propre sur chaque r servoir et s cher la surface externe des r servoirs l aide d un chiffon non pelucheux Remarque Nous conseillons d tiqueter les r servoirs pour viter de les m langer PNR La bande de bouchons doit tre ajust
51. e 11 V rifier le niveau du tampon 1X dans le r servoir et le tube chaque semaine Entretien de l instrument 5 13 Arr t de l instrument Quand faut il Effectuer la proc dure d arr t appropri e comme suit effectuer chaque proc dure d arr t Si l instrument est laiss tampon plein sans surveillance Effectuer une proc dure d arr t pendant une semaine au court terme plus avec un r servoir IMPORTANT Il est d terminant pour le succ s de la proc dure d arr t acourt terme que la pointe de la barrette capillaire reste dans le tampon Cela emp che le polym re de s cher dans les capillaires pendant plus d une semaine long terme Ex cution d un arr t Pour effectuer un arr t court terme court terme Etape Action 1 Remplir les capillaires de polymere frais en utilisant des commandes de contr le manuelles Appuyer sur le bouton de plateau pour amener le passeur d chantillons vers lavant Remplir le r servoir de tampon 1X juste en dessous du sommet du r servoir Fixer une bande de bouchons sur le r servoir et le placer sur la position 1 du passeur d chantillons Appuyer sur le bouton de plateau avec les portes d instrument ouvertes Refermer les portes de l instrument Le passeur d chantillons se met en position 1 laissant les pointes capillaires dans le r servoir tampon Arr ter l ordinateu
52. e Extraire en partie le bloc polym re Retirer la cellule du bloc de d tection Retirer le manchon de la barrette capillaire du bloc polym re Si la barrette capillaire doit tre r utilis e elle doit tre rang e conform ment aux instructions en page 5 13 Q D ao D brancher le bloc polym re inf rieur en d vissant le raccord tubulaire sur la face inf rieure droite du bloc polym re sup rieur Saisir le bloc polym re sup rieur deux mains et l extraire directement en tirant vers soi Le bloc polym re sup rieur chevauche deux tiges d acier et s extrait facilement en coulissant d s qu un ressort d passe un certain point de contr le Retrait du bloc Pour retirer le bloc polym re inf rieur polym re inf rieur Etape Action 1 Retirer le r servoir anodique et mettre le tampon au rebut de fa on appropri e 2 Saisir le bloc polym re inf rieur et l extraire directement vers soi 3 D brancher le raccord tubulaire du bloc polym re 5 8 Entretien de l instrument Nettoyage des blocs polym re Quand faut il Nettoyer les blocs polymere inf rieur et sup rieur nettoyer les blocs avant de changer le polym re sur l instrument polym re gt i lorsque le polym re est rest sur l instrument plus d une semaine Remarque Le polym re g de plus d une semaine provoque une augmentation de courant transitoire penda
53. e cliquer sur Support Request Forms Formulaires de demande de service et s lectionner la zone de support correspondant au type de produit voulu Entrer les informations demand es et la question dans le formulaire affich et cliquer sur Ask Us RIGHT NOW Posez votre question maintenant bouton bleu et texte jaune Entrer les informations requises dans le formulaire suivant si cela n a pas d j t fait et cliquer sur Ask Us RIGHT NOW L un de nos experts r pondra la question par voie lectronique dans les 24 48 heures Obtenir des Un acc s gratuit 24 h 24 aux documents techniques Applied Biosystems notamment documents sur aux fiches signal tiques est accessible par t l copie ou par courrier lectronique ou demande Partir du site Web Pour commander les documents Procedure par num ro a Acc der au site Web du support technique Applied Biosystems a d index http www appliedbiosystems com techsupp b Cliquer sur le lien Index pour le type de document voulu puis identifier le document et noter le num ro d index c Utiliser le num ro d index pour demander les documents en fonction des proc dures ci dessous par telephone a Au Canada et aux Etats Unis appeler le 1 800 487 6809 ou pour une r ponse en dehors du Canada et des Etats Unis appeler le 1 858 712 0317 t l copi e b Suivre les instructions vocales pour commander les documents voulus Rem
54. e Application Wells Status 2 4 Ex cution d une analyse de s quen age R glage des pr f rences sur le logiciel Introduction Boite de dialogue de r glage des pr f rences Page de collecte des donn es Le pr f rences du logiciel de collecte des donn es sont r gl es pendant l installation de l instrument mais elles peuvent tre modifi es et visualis es dans la bo te de dialogue Setting Preferences R glage des pr f rences Pour visualiser la bo te de dialogue Setting Preferences Etape Action 1 partir du menu View Affichage s lectionner Preferences ou cliquer sur le bouton du m me nom sur la barre d outils e E 3100 Data Collection Software O Instrument Toole Service Help ral Toolbar Statue Bar Plate wiew Ctrl 1 Run wiew Ctrl 2 Status wiew Ctrl 3 Array View Ctrl g Capillary View Ctrl 5 Instrument Status Monitor Ctrl s Preferences BioLIMS Project Info La bo te de dialogue montre les deux pages d crites ci dessous Setting Preferences x Data Collection Data Analysis Instrument Instrument Name fiemo_31 00 OK Cancel Preference Description Nom de l instrument Ce champ est rempli automatiquement par demo _3100 L op rateur peut lui attribuer n importe quel nom par ex le num ro de s rie de l instrument Ex cution d une analyse de s quen age 2 5 Page
55. e mise en garde cliquer sur OK pour lancer l assistant de changement du polym re 3 Respecter les directives de l assistant pour placer le polym re frais sur l instrument 5 10 Entretien de l instrument Avant d installer une barrette capillaire pr c demment utilis e Introduction Avant de r installer une barrette capillaire il est recommand de nettoyer la face avant de la cellule de d tection v rifier que la barre cathodique est s che Nettoyage de la Cette proc dure est inutile pour les nouvelles barrettes sauf si la cellule de d tection cellule de d tection t touch e accidentellement Pour nettoyer la cellule de d tection Etape Action 1 Placer une goutte de m thanol sur la face avant de la cellule de d tection Face avant de la cellule de d tection DANGER CHIMIQUE Le m thanol est un gaz et un liquide inflammable Son exposition risque de provoquer l irritation des yeux de la peau et de l appareil respiratoire la d pression du syst me nerveux central et la cecit Pri re de lire la fiche signal tique applicable et de suivre les consignes de manipulation Porter des protections oculaires des gants et des v tements appropri s S cher la cellule en utilisant de l air pressuris propre V rification de la S assurer que la barre cathodique est s che au moment de replacer la barrette barre cathodique Usagee sur l instrument
56. e plaque qui vient d tre cr Cette op ration doit intervenir avant d analyser la plaque IMPORTANT Une plaque peut tre li e m me si aucun module d lectrophor se n a t s lectionn pour ses chantillons Dans ce cas aucun message d erreur n appara t et aucune s rie d analyse ne sera programm e pour les chantillons de la plaque Liaison d une plaque Pour lier une plaque un enregistrement un enregistrement de plaque Etape Action 1 Cliquer sur l onglet Plate View Fen tre de plaque de la fen tre 3100 Data Collection Software pour passer la page Plate View Onglet de i fen tr Plate Views Run view Status View Array View Capillary view en tre de plaque 2 Sur la page Plate View a Dans le tableau Pending Plate Records Enregistrements de plaque provisoires cliquer sur l enregistrement associ la plaque qui doit tre li e b Cliquer sur le t moin de positionnement de plaque associ a la plaque de liaison Cliquer sur l enregistrement de plaque Pending Plate Records Plate Name my_plate_ record 5Q Application pending Place a plate into plate position B Linked Plate Records Plate Name Application Wells Status A B Processed Plate Records Plate Name Application Wells Status Cliquer sur le t moin de positionnement de plaque Ex cution d une analyse de s quen age 2 19 Po
57. ebdomadaire page 5 10 polym re sup rieur et dans la barrette capillaire ou au besoin V rifier les conditions de stockage des barrettes Hebdomadaire utilis es T ches effectu es Effectuer ces t ches au besoin T che de maintenance Fr quence Voir Nettoyer les plateaux perfor s Au besoin Changer de barrette Au besoin page 5 12 Enlever le polym re des pointes capillaires Utiliser un Au besoin chiffon non pelucheux imbib d eau d sionis e Etalonner le passeur d chantillons Tr s rarement Manuel d utilisation Entretien de l instrument 5 3 Elimination des bulles d air du bloc polym re sup rieur Elimination des Pour plus de details sur l assistant de changement de polymere se reporter au bulles d air Manuel d utilisation de l analyseur g n tique ABI PRISM Pour liminer les bulles d air du bloc polym re sup rieur l aide de l assistant de changement de polymere Etape Action 1 Enfoncer la seringue de r serve de polymere pour expulser les bulles vers la partie inf rieure droite du bloc Enfoncer lentement ou tapoter pour minimiser la quantit de polym re utilis e Appuyer lentement sur la seringue de remplissage de la barrette pour expulser les bulles vers le bas du canal Les bulles se rassemblent la jonction des canaux Les bulles se rassemblent ici Tube du bloc polym re GR1798 a Maintenir la valve
58. es automatiquement mais l op rateur peut remplacer les valeurs courantes en saisissant une nouvelle valeur dans la zone Spacing Espacement 3 12 Affichage et analyse des donn es Parametres d analyse suite Article Description Basecaller Settings Les param tres d assignation des bases permettent d arr ter l analyse avant que le point d arr t d fini sur le Gestionnaire d chantillon ne soit atteint Pour utiliser ces param tres ouvrir la page Basecaller Settings Preference Pr f rence des param tres d assignation des bases en allant vers l option Preferences du menu Edit et en s lectionnant Basecaller Settings Aucune valeur seuil n est appliqu e par d faut Peak 1 Location Ce point marque la position du premier pic de base dans les donn es Pour d terminer l emplacement optimal du pic 1 se reporter au Manuel d utilisation du logiciel d analyse du s quencage d ADN ABI PRISM Start Point C est a partir de cette valeur de balayage que l analyse commence Par d faut elle correspond la position du pic 1 mais l op rateur peut entrer une valeur plus grande Stop Point C est a cette valeur de balayage que l analyse s arr te Par d faut c est le dernier point du fichier chantillon mais l op rateur peut entrer une valeur plus petite s il le souhaite DyeSet Primer File Le fichier de jeu de fluorophores amorce est le fichier de mobilit utilis pendant l
59. ffectu es avec succ s Consulter le chapitre 4 de ce guide s il y a lieu L espace est suffisant sur le disque dur de l ordinateur Consulter le chapitre 5 de ce guide s il y a lieu Les chantillons ont t correctement pr par s et remis en suspension Pour plus de d tails sur la pr paration des chantillons se reporter au Guide de chimie du s quencage de l analyseur g n tique ABI PRISM R f n 4315831 2 2 Ex cution d une analyse de s quen age D marrage du logiciel 3100 Data Collection Avant de commencer Avant de d marrer le logiciel de collecte des donn es Etape Action 1 L ordinateur et le moniteur doivent tre sous tension IMPORTANT L ordinateur doit tre mis sous tension avant l instrument Le nom d utilisateur par d faut est 3100User et le mot de passe par d faut est vierge 2 S assurer que l Analyseur g n tique 3100 ABI PRISM est sous tension et que le t moin vert est allum en mode fixe ne clignote pas 3 S assurer qu OrbixWeb Daemon fonctionne en identifiant son bouton sur la barre des taches de Windows NT H Start Orbw eb Daemon Si OrbixWeb ne fonctionne pas aller au niveau du menu D marrer pointer vers Applied Biosystems et s lectionner OrbixWeb Daemon Remarque Pour cr er un raccourci a Naviguer jusqu au programme orbixd exe dans le r pertoire suivant D dbtools iona orbixweb3 2 bin b Effectuer un clic droit sur le fichier
60. ions please call our local office or refer to our web site at www appliedbiosystems com Applera Corporation is committed to providing the world s leading technology and information for life scientists Applera Corporation consists of the Applied Biosystems and Celera Genomics businesses Sommaire I Introduction Presentato See Re aoe tard ahs edd iG ed ea ees eh awe eae ota eh ws 1 1 A DEODOS d ce MANUCl ch a nanina nana ae Pea he ek de eed Cesare esas eS WA GR a 1 2 Pour plus d informations niecne Lin Les ae ea a eat Coe ae eh eds awe 1 2 SUDDOLLIECHNIQUES DS SNA Meena due dr ea de bes Ao Se CD ed AU A TAN 1 3 D COULE anne SUS nr Os DO eee ORS Be de PRO NA Ne nl ee oe de 1 8 Ex cution d une analyse de s quencage RTE FE LE KO 2 4 5 2 2c 05 aeham ei mc oe Mare Maren de cue ho een USES BA BARE MERE T See SS 2 1 Avant de COMMME NC CE ES Ra e de anh Ao eee Ale an Ga wed ee Soe oe ee 2 2 D marrage du logiciel 3100 Data Collection 2 3 Reslase des preferences sur le logiciel 122 mu ent wilt tee ioe RES Ee os an 2 5 UGlsation d es ensembles plaques wi rss riad eek aaa aed Matias wed Barks 2 7 V rification et remplissage des liquides 1 eee eee teenies 2 9 Positionnement de la plaque sur le passeur d chantillons 2 12 Cr ation d un enregistrement de plaque 2 13 Liaison ad Une plague seemnis ede toe pen CL MAIN NA
61. l tiques MSDS Pour commander des fiches signal tiques Une fois le r cipient a d chets vide il doit tre referm herm tiquement avec le couvercle fourni Eliminer le contenu du bac ou de la bouteille du r cipient a d chets conform ment aux bonnes pratiques du laboratoire et aux r glementations de la sant et de l environnement locales et nationales en vigueur Le Guide de s curit et de pr paration du site est un document distinct livr chaque client qui a fait l achat d un instrument Applied Biosystems Se reporter au guide destin l instrument pour tous les d tails sur la pr paration du site la s curit de l instrument la s curit chimique et les types de d chets Certains des produits chimiques utilis s avec cet instrument peuvent tre identifi s comme produits dangereux par leur fabricant En pr sence de tels dangers des mises en garde apparaissent bien en vidence sur les tiquettes de tous les produits chimiques Les fabricants de produits chimiques fournissent une fiche signal tique MSDS sur la s curit du produit avant et ou avec les livraisons de produits chimiques dangereux leurs nouveaux clients et avec le premier envoi d un produit chimique dangereux lorsque la fiche signal tique est mise jour Les fiches signal tiques fournissent les consignes de s curit destin es au stockage la manipulation au transport et la mise au rebut des produits chimiques dans des c
62. les matrices du jeu de fluorophores E Etape Action 1 D congeler et homog n iser le tube de standards de matrice DS 01 R f n 4315974 2 Centrifuger bri vement les tubes Pr parer le jeu de standards de matrice DS 01 pour le jeu de fluorophores E en combinant dans un tube de microcentrifugeuse de 1 5 ml les l ments suivants Reactif Volume ul Jeu de standards de matrice DS 01 dROX dTAMRA 5 dR6G dR110 Formamide Hi Di R f n 4311320 195 Volume final 200 PNA AUTEUR DANGER CHIMIQUE Le formamide est dangereux s il est absorb par la peau il peut galement provoquer une irritation des yeux de la peau et de l appareil respiratoire Il risque d endommager le syst me nerveux central et les syst mes de reproduction f minin et masculin et pose un risque possible de malformation cong nitale Pri re de lire la fiche signal tique applicable et de suivre les consignes de manipulation Porter des protections oculaires des gants et des v tements appropri s 4 Homog n iser au vortex Centrifuger le m lange 4 6 Calibrations spatiale et spectrale suite Pour pr parer les standards de matrice pour les matrices du jeu de fluorophores E Action Chauffer le tube de standard a 95 C pendant 3 5 mn pour d naturer l ADN Placer imm diatement les tubes sur la glace pendant 2 mn Etape 6 7 Chargement des Pour charge
63. logne Lituanie Lettonie et Estonie 48 22 866 40 10 48 22 866 40 20 Varsovie Portugal Lisbonne 351 0 22 605 33 14 351 0 22 605 33 15 R publique tch que et Slovaquie Prague 420 2 61 222 164 420 2 61 222 168 Royaume Uni Warrington Cheshire 44 0 1925 825650 44 0 1925 282502 Russie Moscou 7 095 935 8888 7 095 564 8787 Su de Stockholm 46 0 8 619 4400 46 0 8 619 4401 Suisse Rotkreuz 41 0 41 799 7777 41 0 41 790 0676 Tous les autres pays non cit s 44 0 1925 282481 44 0 1925 282509 Warrington UK Japon Japon Hacchobori Chuo Ku Tokyo 81 3 5566 6230 81 3 5566 6507 Am rique latine Del A Obregon Mexique 305 670 4350 305 670 4349 Introduction 1 5 Acc der au support Nous encourageons vivement nos clients a visiter notre site Web pour consulter le technique sur forum aux questions et en savoir plus sur nos produits Les utilisateurs peuvent Internet galement commander nos documents techniques ou un index des documents disponibles afin de les recevoir par telecopie ou par courrier electronique depuis notre site L adresse du site Web Applied Biosystems est http www appliedbiosystems com techsupp Pour envoyer des questions techniques depuis l Am rique du Nord ou l Europe Etape Action 1 Acc der au site Web du support technique Applied Biosystems 2 Sous l en t te Troubleshooting D pannag
64. nel d entretien qualifi d lectrocution Mise en garde PME DANGER DE BRULURE PAR LASER Un laser surchauff peut sur les lasers Provoquer des br lures graves s il entre en contact avec la peau NE PAS faire fonctionner le laser s il ne peut pas tre refroidi par son ventilateur Toujours porter des lunettes de s curit laser 1 12 Introduction Ex cution d une analyse de s quen age Pr sentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes Section Voir page Avant de commencer 2 2 D marrage du logiciel 3100 Data Collection 2 3 R glage des pr f rences sur le logiciel 2 5 Utilisation des ensembles plaques 2 7 V rification et remplissage des liquides 2 9 Positionnement de la plaque sur le passeur d chantillons 2 12 Cr ation d un enregistrement de plaque 2 13 Liaison d une plaque 2 19 D marrage et surveillance de la s rie 2 23 Arr t d une s rie et r cup ration des donn es 2 24 Affichage modification ou cr ation d un module d lectrophor se 2 25 Affichage et modification d un module d analyse 2 27 Ex cution d une analyse de s quencage 2 1 Avant de commencer Hypoth ses Les proc dures d crites dans ce chapitre tiennent compte des hypotheses suivantes de d part L ordinateur et l instrument ont t correctement configur s L instrument a t talonn les calibrations spatiale et spectrale ont t e
65. nt l lectrophor se due la d composition ur ique Nettoyage des IMPORTANT Ne pas exposer les blocs polymere aux solvants organiques blocs polym re ae a Pour laver les blocs polym re inf rieur et sup rieur Etape Action 1 Retirer les blocs polym re de l instrument conform ment aux instructions en page 5 8 2 Utiliser de l eau courante ou une bouteille gicleur pour bien rincer le bloc polym re sup rieur a l eau chaude 3 Inspecter visuellement les canaux pour d tecter les traces de r sidu blanc polym re s ch Continuer le lavage des canaux jusqu l limination totale des r sidus Rincer le bloc et ses canaux l eau d sionis e Expulser l eau r siduelle du bloc polymere et de ses raccords pour s assurer que le polym re courant n est pas dilu Forcer le passage de l air dans les canaux en utilisant de l air comprim en bombe jusqu ce que les canaux soient secs Nettoyage du Pour laver le r servoir anodique et la tubulure de polym re r servoir anodique et de la tubulure FtePe Action de polym re 1 Utiliser une bouteille gicleur pour chasser l eau d sionis e dans la tubulure du bloc polym re 2 Laver le r servoir anodique l eau chaude et le rincer l eau d sionis e S cher les deux composants l air comprim Entretien de l instrument 5 9 Montage du polym re frais sur l instrument
66. o 3100 DataExtractor ExtractedRuns Un exemple de dossier de s rie et de son contenu est illustr ci dessous sample CO2_O6 ab1 sample DOT O7 ab1 sample E02 10 ab1 FUT_11 ab1 FA sample FO 12 abt sample HO1_15 ab1 E sample HO2_16 ab1 1 T object s 2 32ME Le nom par d faut du dossier de s rie est Run _ lt instrument name gt lt date gt lt runlD gt ze Document AB1 File AB File AB1 File 4671 File AB File 861 File AB File AB1 File AB File AB File ABT File AB File 407 Tile AB File AB1 File AB File 623 00 12 20 PM 623 00 12 19 PM 6423 00 12 20 PM 6423 00 12 19 PM 623 00 12 20 PM 623 00 12 19 PM 6223400 12 20 PM 623 00 12 19 PM 6423 00 12 20 PM 623 00 12 19 PM 623 00 12 20 PM Brdar 12473 FM 623 00 12 20 PM Dragi 12 20 PH 623 00 12 20 PM 6423 00 12 20 PM 6423 00 12 20 PM i A A A Pile Es Un exemple de nom de dossier de s rie est illustr ci dessous ER a OWA AE Nom d instrument Ann e mois jour Num ro de s rie Affichage et analyse des donn es 3 5 Affichage des Pour afficher les donn es du fichier chantillon donn es du fichier chantillon Etape Action 1 Lancer l analyse du s quen age L utilisateur peut placer une ic ne de raccourci pour l analyse du s quen age sur le menu D marrer Sinon le programme d analyse du s quen age SeqA exe r side dans le r pertoire suivant D Ap
67. on Pour visualiser un module d lectrophor se Etape Action 1 Cliquer sur le bouton de l Editeur de module sur la barre d outils El La bo te de dialogue Module Editor s ouvre Dans la zone de groupes Modules cliquer sur l onglet Sequencing Sequencage Pour afficher les param tres d un module particulier s lectionner le nom du module sur la liste Tous les param tres du module d lectrophor se apparaissent Pl Module Editor Modules Module Parameters Sequencing GeneScan Calibration Hame SidSeqS0_POP6DefauttModule Template StdSec50_POP6 RapidSeq36_POP6DefautModule SidSeqs0_POPSDefsultModule Paramater Name Value Range 1 Dowr sample frame size 4 nt 1 8 frames a 2 Run Temperature 50 nt 25 65 Deg C 3 Cap Fill Yolume 184 nt 1 250 steps 4 Pre Run Yullaye 12 2 Wal 0 15 kYulls 5 Pre Run Time 180 nt 1 1000 sec 6 Injection Voltage 15 loat 1 15 KYolts 7 Injection Time 20 nt 1 600 sec 6 Run voltage 122 oat 12 2 12 2k olts 9 Data Delay Time 1200 rt 1 3600 sec 10 Run Time 6500 mt 300 14000 sec Comments NOTE dick on the rows to see comnents for he parameters Double clic lt in the value column to edit values Export Import Delete i hew Save Save As Pour modifier un module d lectrophorese existant ou en cr er un nouveau Etape Action 1 Cliquer sur le bouton de le Module Editor sur la ba
68. on Consulter la fiche signal tique pour les autres consignes de s curit Ne pas laisser les r cipients des produits chimiques ouverts Ils ne doivent tre utilis s qu avec une ventilation ad quate Verifier r guli rement l absence de fuites ou d coulements des produits chimiques En cas de fuite ou d un coulement du produit respecter les directives de nettoyage du fabricant recommand es sur la fiche signal tique Respecter toutes les r glementations et lois locales et nationales en vigueur quant l entreposage des produits chimiques leur manipulation et leur limination Mise en garde sur FEMA DECHETS CHIMIQUES DANGEREUX Les d chets produits par les l limination des d chets chimiques 1 8 Introduction instruments Applied Biosystems sont potentiellement dangereux ils peuvent entra ner des blessures des maladies voire la mort Lire et comprendre les fiches signal tiques MSDS sur la s curit des produits chimiques dans le r cipient de stockage des d chets avant d entreposer de manipuler ou d liminer les d chets chimiques Manipuler les d chets chimiques dans une hotte ferm e Limiter les contacts ou viter les inhalations des d chets chimiques Porter des quipements de protection appropri s en maniant les produits chimiques par ex lunettes de s ret gants ou v tements de protection Guide de s curit et de pr paration du site A propos des fiches signa
69. on 5 6 espace disponible sur le disque dur v rification 5 5 F Factura affichage des fonctions 3 9 analyse application 3 12 Fen tre du Gestionnaire d chantillons 3 6 fichiers ajout s 3 6 3 7 fen tres d chantillonnage Analyse du s quencage description 3 9 Fiche signal tique comment commander fichiers chantillon affichage 3 6 affichage dans le logiciel d analyse du s quen age 3 10 impression 3 10 longueur maximale 2 14 1 9 H Heures 1 3 I impression des fichiers chantillon 3 10 instrument arr t 5 14 fonctionnement 2 23 J jeu de fluorophores s lection 2 15 L liaison d une plaque 2 19 Logiciel d analyse du s quen age affichage des donn es 3 5 chemin du r pertoire de SeqA exe 2 27 3 6 description des fen tres d chantillonnage 3 9 manuel d utilisation 1 2 logiciel de collecte des donn es d marrage 2 3 Index 1 M maintenance discussion 5 2a5 14 manuels documentation du 3100 1 2 mise en garde contre les risques d lectrocution 1 12 mise en garde sur les lasers 1 12 module d analyse affichage et modification 2 27 s lection 2 17 module d lectrophor se affichage modification et cr ation 2 25 s lection 2 16 N num ros de r f rence manuels 1 2 pi ces et fournitures Voir le manuel d utilisation O Onglet de fen tre de plaque 2 13 2 19 OrbixWeb d marrage 2 3 ordinateur v rification de l espace de la base de donn es 5 6 v rification de
70. on s quentielle et ACP PCR 1 800 762 4001 appuyer sur 1 pour ACP 2 pour le 7700 ou le 5700 6 pour le 6700 ou composer le 1 800 831 6844 et appuyer sur 5 1 240 453 4613 Biospectrometrie MALDI TOF Voyager et stations de spectrom trie de masse ESI TOF Mariner 1 800 899 5858 et appuyer sur 13 1 508 383 7855 Biochromatographie stations BioCAD et appareils chromatographiques par perfusion Poros 1 800 899 5858 et appuyer sur 14 1 508 383 7855 Systemes de synthese d acide nucl ique Expedite 1 800 899 5858 et appuyer sur 15 1 508 383 7855 Synthese peptidique synth tiseurs peptidiques Pioneer et 9050 Plus 1 800 899 5858 et appuyer sur 15 1 508 383 7855 Synth se et PNA personnalis 1 800 899 5858 et appuyer sur 15 1 508 383 7855 Systeme FMAT 8100 HTS et lecteur de plaque par fluorescence CytoFluor 4000 1 800 899 5858 et appuyer sur 16 1 508 383 7855 Chimioluminescence Tropix 1 800 542 2369 uniquement aux Etats Unis ou 1 781 271 0045 1 781 275 8581 Applied Biosystems MDS Sciex 1 800 952 4716 1 508 383 7899 En dehors de Il Am rique du Nord Region Par telephone Composer Par telecopie Composer Afrique et Moyen Orient Afrique anglophone et Asie occidentale Fairlands Afrique du Sud 27 11 478 0411 27 11 478 0349 Afrique du Sud Johannesburg
71. onditions s curis es Nous recommandons fortement nos clients de mettre jour leurs archives lorsqu ils re oivent les nouvelles fiches signal tiques des produits chimiques dangereux INS assy DANGER CHIMIQUE L op rateur doit prendre connaissance des fiches signal tiques avant d utiliser des r actifs ou des solvants Nos clients peuvent commander des exemplaires suppl mentaires gratuits des fiches signal tiques de s curit sur les produits chimiques fabriqu s ou distribu s par Applied Biosystems partir des renseignements suivants Pour commander des fiches signal tiques Procedure sur l Internet a Aller sur notre site Web www appliedbiosystems com techsupp b Cliquer sur MSDSs Fiches signal tiques Si l utilisateur a Proc dure le num ro de la fiche Entrer l un de ces num ros signal tique ou le num ro dans le champ appropri d index du document sur sur cette page demande le num ro de r f rence du S lectionner Click Here produit Cliquer ici puis entrer le Mot s cl s num ro de r f rence ou les mots cl s dans le champ sur cette page c L utilisateur peut ouvrir ou t l charger le document en format PDF en utilisant Adobe Acrobat Reader ou demander le recevoir par t l copie ou courrier lectronique Introduction 1 9 Etiquettes de s curit de Pinstrument A propos de limination des d chets 1 1
72. ools Sharing Security Label ej gt Type Loca Disk File system NTFS Used space 1 644 572 6872 bytes 1 5368 Free space F305 786 358 bytes 4 9468 Capacity 6 950 359 040 bytes 6 47 GB Dive D M Compress D Entretien de l instrument 5 5 Pour v rifier l espace disque disponible pour les fichiers chantillon suite Etape Action 3 Evaluer la quantit d espace libre n cessaire a l aide des informations ci dessous Espace approximatif Type de fichier requis par fichier Ko Fichier chantillon analys pour l analyse du 250 s quen age d ADN Fichier chantillon non analys 100 a Les valeurs fournies sont purement estimatives La taille r elle du fichier d pend du module d lectrophor se s lectionn 4 Si l espace n est pas suffisant a Archiver les fichiers chantillon vers un autre volume b Supprimer les fichiers originaux du lecteur V rification de Remarque La base de donn es de l instrument passe automatiquement de 2 9 Go selon la l espace de base quantit de donn es stocker de donn es Pour v rifier l espace de base de donn es Etape Action 1 Ex cuter l utilitaire Diskspace Pour plus de d tails se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM R f n 4315834 2 Si l espace utilis est sup rieur 8 Go supprimer une partie ou la totalit des
73. op rateur peut modifier la convention d criture des fichiers chantillon dans la boite de dialogue Preferences Voir page 2 6 pour plus de d tails IMPORTANT Pour d signer les chantillons l op rateur peut utiliser des lettres des chiffres et seulement les caract res de ponctuation suivants _ Ne pas utiliser d espaces IMPORTANT Les noms des fichiers chantillon ne doivent pas compter plus de 59 caract res Il n y a pas de v rification d erreurs automatique pour les noms d chantillon d passant cette limite Les noms de fichier chantillon plus longs ne seront pas ouverts par le logiciel d analyse 2 14 Ex cution d une analyse de s quen age Pour saisir les informations sur l chantillon et sauvegarder l enregistrement de plaque suite Etape Action 2 Pour chaque chantillon s lectionner le jeu de fluorophores Dye Set appropri dans la liste d roulante Pour le logiciel d analyse du s quen age d ADN ABI PRISM s lectionner le jeu de fluorophores Dye Set E IMPORTANT Verifier que le jeu de fluorophore s lectionn convient pour la s rie ou les s ries d analyse effectu es Si les donn es sont recueillies en ayant s lectionn un mauvais jeu de fluorophores les analyses doivent tre recommenc es Pour chaque chantillon s lectionner le fichier de mobilit Mobility File appropri dans la liste d roulante MOENT y File no s lectons
74. ou modifier le module d analyse fichier saz Etape Action 1 Lancer le logiciel d analyse du s quen age L utilisateur peut placer une ic ne du programme sur le menu D marrer Sinon le programme d analyse du s quencage d ADN SeqA exe r side dans le r pertoire suivant D AppliedBio SeqAnal Bin 2 Dans le menu File Fichier s lectionner Open Ouvrir puis Seq AZ Settings Parametres Seq AZ a Sequencing Analysis Edit Sample Manager Window Help ew b Open Sarnple Ctrl C close Ctrl ee awe fetes Pd eae 3 S lectionner le module d analyse a afficher ou modifier Les modules d analyse sont stock s dans le r pertoire suivant D AppliedBio Shared Analysis Sizecaller Params Open x Look in E Params E ce sa BC POPSLA_SeqOffFtOll saz aa BC POPE_SeqQOffFtOff sez Fie name EC 3100 Seq tiFrOi saz Files of type 547 Settings sa Cancel 4 Cliquer sur Open Le fichier des param tres d analyse du s quen age d ADN s ouvre Ex cution d une analyse de s quencage 2 27 Pour afficher ou modifier le module d analyse fichier saz suite Etape Action 5 lt A BC 3100_Seq0ffFtOif saz Basecaller Basecaller Type Basecaller 3 100 Basecaller Settings Defaut Settings Ww Write Seq Files Sequence File Format fe ABI C FASTA Les r glages suivants peuvent tre modifi s L option Basecaller Type Type d assign
75. page Data Collection Instrument ID Array ID Identification de barrette extraite de la saisie de l assistant Install Capillary Array Remarque En plus des quatre identificateurs definis avec les menus d roulants tous les noms sont automatiquement annex s au num ro du capillaire et une extension de fichier Par cons quent dans la page Data Analysis affich e ci dessus on obtiendra le nom d chantillon Sample Name Well Position _Capillary Number ab1 2 6 Ex cution d une analyse de s quen age Utilisation des ensembles plaques Composants des Les composants sont assembl s de la fa on suivante ensembles de plaques Clip de maintien de la plaque Tapis de bouchons septum Plaque d chantillons Socle de plaque Pr paration d un Pour pr parer un ensemble plaque ensemble plaque Etape Action 1 Fixer un tapis de bouchons propre et sec sur la plaque d chantillons IMPORTANT Ne jamais utiliser de plaques fauss es IMPORTANT Le tapis de bouchons doit tre a plat sur la plaque 2 Placer la plaque d chantillons sur le socle Fixer le clip de maintien la plaque et au socle Ex cution d une analyse de s quen age 2 7 Pour pr parer un ensemble plaque suite Etape Action 4 V rifier que les trous du clip de maintien et du tapis de bouchons sont align s IMPORTANT Les extr mit s des capillaire
76. plate into plate position B Linked Plate Records Plate Name Application Wells Status 96 A SpectralCalibrati Spectral pending B Processed Plate Records Plate Name Application Wells Status Edit Delete Import Remarque Une fois la plaque li e le graphique de plaque passe du jaune au vert L enregistrement de plaque passe du tableau Pending Plate Records au tableau des Linked Plate Records Enregistrements des plaques li es Cela prend environ 30 s Le bouton Run Instrument Lancer l instrument est activ sur la barre d outils ce qui signifie que l instrument est pr t a fonctionner Lancement de Pour lancer la calibration la calibration Etape Action 1 Pour examiner le calendrier d ex cution avant le d but de la s rie cliquer sur l onglet Run View Fen tre des s ries Cliquer sur le bouton Run Instrument sur la barre d outils pour lancer l analyse 4 10 Calibrations spatiale et spectrale Temps d ex cution Le tableau suivant indique les temps d ex cution pour la calibration spectrale Longueur de barrette Temps d ex cution capillaire cm approximatif mn 36 40 50 65 Zone des A la fin du passage pendant l analyse des donn es la zone Spectral Calibration r sultats de la Result R sultat de la calibration spectrale s ouvre pour indiquer les capillaires calibration spe
77. pliedBio SeqAnal Bin ll est parfois utile d agrandir la fen tre Sample Manager Gestionnaire d chantillons Utiliser pour cela le bouton d agrandissement D dans le coin sup rieur droit de la fen tre fl Sequencing Analysis Be x File Edit Sample Manager Window Help 3 Sample Manager Status Sample File Name Dans le menu Sample Manager Gestionnaire d chantillons cliquer sur Add Files Ajouter des fichiers pour ouvrir la boite de dialogue Add Sample Files Ajouter des fichiers chantillon 3 6 Affichage et analyse des donn es Pour afficher les donn es du fichier chantillon suite Etape Action 3 S lectionner les fichiers a ajouter dans la fen tre Sample Manager Gestionnaire d chantillons a Dans le panneau sup rieur identifier et ouvrir le dossier qui contient les fichiers ajouter b Cliquer deux fois sur les noms des fichiers pour les ajouter dans la bo te File name Nom de fichier c Utiliser les boutons Add All Tout ajouter Remove Supprimer ou Remove All Tout supprimer pour indiquer tous les fichiers voulus dans la zone de liste File Name Nom de fichier Cette liste contient les fichiers qui seront ajout s au Gestionnaire d chantillons Lookin C Analyzed Success EE Identifier les noms de StdP_ESCL5 80_338F_A02_02 ab MOTD_ESCL5_ 40 338F_B01_03 ab1 fichiers dans ce Pe StdP_ESCL5 80 _357R_E02_
78. pointeau du tampon anodique et enfoncer simultan ment la seringue de remplissage de barrette pour accro tre la pression dans les canaux b Rel cher la valve pointeau du tampon tout en appuyant sur la seringue de remplissage pour expulser les bulles dans le tube du bloc polym re R p ter l tape 3 si n cessaire 5 4 Entretien de l instrument V rification de l espace disque disponible Introduction V rifier chaque semaine l espace disque disponible pour s assurer qu il permettra de stocker les donn es cr er Les proc dures suivantes indiquent comment v rifier l espace disque sur le disque dur normalement D pour les fichiers chantillon extraits dans la base de donn es de l instrument normalement l unit E pour les donn es brutes V rification de Pour v rifier l espace disque disponible pour les fichiers chantillon l espace du disque dur Etape Action 1 Cliquer deux fois sur l ic ne Poste de travail du bureau pour visualiser les lecteurs 2 Effectuer un clic droit sur le lecteur D et s lectionner Propri t s Wy Computer IOs File Edit View Help B My Conputer Es 3 Floppy A a Os C Open Explore Find Sharing Format Create shortcut Propertes La bo te de dialogue Propri t s affiche alors l espace disponible et occup 3100Files D Properties HE General T
79. r et mettre l instrument hors tension Ex cution d un Pour effectuer un arr t long terme arr t long terme Etape Action 1 Observer la proc dure page 5 13 pour enlever et ranger la barrette capillaire hors de l instrument Enlever de l instrument Les seringues du bloc polym re sup rieur Pour plus de d tails lire la page 5 7 Bloc polym re sup rieur Pour plus de d tails lire la page 5 8 Bloc polym re inf rieur Pour plus de d tails lire la page 5 8 Enlever du passeur d chantillons les ensembles plaques les r servoirs Essuyer le passeur d chantillons et les plateaux perfor s avec un tissu non pelucheux imbib d eau Refermer les portes de l instrument Arr ter l ordinateur et mettre l instrument hors tension Laver les seringues les blocs polym re et les r servoirs l eau chaude Rincer a l eau d sionis e 5 14 Entretien de l instrument Entretien de instrument 5 15 Index A adresse Internet Documents sur demande 1 6 adresse Web Applied Biosystems 1 6 Documents sur demande 1 6 affichage donn es brutes en couleur dans le logiciel de collecte des donn es 3 2 3 3 fichiers chantillon dans le logiciel d analyse de s quen age 3 6 3 10 ajout de fichiers au Gestionnaire d chantillons 3 6 3 7 analyse des donn es logiciel d analyse du s quen age 3 11 3 13 analyse des donn es Voir
80. r la plupart des sujets est 50 cm La surface de la station de travail doit avoir une profondeur minimum de 90 cm pour permettre le r glage de la distance Ajuster l angle de l cran pour minimiser les reflets et l blouissement et viter les surfaces trop r flectives pour la station de travail Utiliser un porte copie bien con u capable d tre ajust dans le sens horizontal et vertical qui permet de placer les documents de r f rence une distance de visualisation quidistante de l cran et du clavier Garder les fils et les cables hors de port e des utilisateurs et des va et vients Choisir une station de travail avec une surface suffisamment large pour effectuer d autres travaux et avec un espace suffisant entre le siege et la station de travail Mises en garde DANGER D ELECTROCUTION L utilisation de l appareil en contre les risques alimentation haute tension pose un risque d lectrocution grave susceptible d entra ner des blessures corporelles voire la mort Pour viter les risques d lectrocution mettre l instrument hors tension d brancher le cordon d alimentation et patienter 1 minute avant d intervenir sur l appareil DANGER D ELECTROCUTION Pour viter les risques d lectrocution ne pas enlever les capots dont l ouverture n cessite l utilisation d outils Ils ne prot gent aucune pi ce r parable par l utilisateur Confier l entretien et les r parations Applied Biosystems a un person
81. r les standards Action Distribuer 10 ul de standard de matrice d natur dans une plaque a 96 puits des puits A1 a H2 comme indiqu 19608800 00 000000 POO OOO Le 8 2 2 2 61 Ss 2000000000 15600666 00886606 0000 OOOEC 6606606 8500000000 60000006 00000000 GR1315b A3 C1 C3 E1 E3 etc comme indiqu plaque 384 puits dans les puits A1 amp O000000000000000 amp OOO0OO0O0000000OOOOO0 8O000000000000000 40O0000000000000000 8OO00000000000000O0 20000000000000000 20O000000000000000 0000000000000000 O000000000000000 0O000000000000000O 0O000000000000000 O000000000000000O 0O000000000000000 rO000000000000000 r20O0000000000000000 0O000000000000000 20O000000000000000 r0O0000000000000000 20O0000000000000000 50O000000000000000 0O0000000000000000 9 0 0 08 08 0 0800 0 O000000000000000 r 0 0 0 0 08 8080 0 x lt emoawuUudgroeoewxaxyvuet zona Oo pad le 1 N N O0O0O0 GR1316b Etape 1 standards Calibrations spatiale et spectrale 4 7 Pour charger les standards suite Etape Action 2 Centrifuger la plaque de fa on a positionner chaque standard au fond de son puits Les chantillons doivent avoir cet aspect ne pas avoir cet aspect ne pas avoir cet aspect GR1303 L chantillon est positionn correctement au fonds du puits aay Es J
82. rre d outils I La bo te de dialogue Module Editor s ouvre S lectionner le module d lectrophor se utiliser comme mod le Modifier les valeurs de r glage souhait es IMPORTANT Seuls les nombres entiers sont accept s IMPORTANT Veiller ce que toutes les valeurs soient rouges les valeurs en noir ne sont pas enregistr es Ex cution d une analyse de s quen age 2 25 Pour modifier un module d lectrophorese existant ou en cr er un nouveau suite Etape Action 4 Pour Procedure enregistrer les changements Cliquer sur Save Enregistrer apport s au module Remarque La fonction d enregistrement Save ne s applique pas aux modules d lectrophorese par d faut cr er un nouveau module a Cliquer sur Save As Enregistrer sous d lectrophor se b Entrer un nom descriptif unique et cliquer sur OK Enter Name of New Module jny_new_module OK Cancel 5 Une fois l op ration termin e cliquer sur le bouton de fermeture X pour quitter l Editeur de module 2 26 Ex cution d une analyse de s quencage Affichage et modification d un module d analyse Introduction Affichage et modification d un module d analyse Le module d analyse d finit comment les donn es brutes sont analys es automatiquement la fin de la s rie c a d param tres d assignation des bases et param tres Factura Pour afficher
83. rs chantillon l aide du logiciel d analyse du s quen age lorsqu il achoisi le mauvais fichier de module d analyse lors de l enregistrement de la plaque Voir tape 6 la page 2 17 souhaite constater l effet des modifications des param tres d analyse sur ses donn es Analyse ou Pour analyser ou r analyser les fichiers chantillon r analyse des fichiers chantillon Etape Action 1 Ajouter les fichiers analyser dans la fen tre Sample Manager Gestionnaire d chantillons Remarque Se reporter aux tapes 1 4 pages 3 6 et 3 7 pour ajouter des fichiers dans la fen tre Sample Manager Cochez la case A pour tous les fichiers chantillon analyser Remarque Appuyer sur CTRL D la commande de remplissage afin de compl ter une colonne pour tous les fichiers chantillon AlFIF Affichage et analyse des donn es 3 11 Param tres d analyse sur la fen tre du Gestionnaire d chantillons Pour analyser ou r analyser les fichiers chantillon suite Etape Action 3 Pour appliquer le traitement Factura au fichier chantillon cocher la case F et s lectionner un fichier appropri sur la liste Factura Settings File Fichier des param tres Factura AIFIF Factura Settings File Pour plus de d tails sur le traitement Factura se reporter au Manuel d utilisation du logiciel d analyse du s quen age d ADN ABI PRISM FSF file FSF file
84. s de d filement sur la page Array View pour afficher les donn es Laisser la fen tre Status View Fen tre d tat ouverte IMPORTANT Toujours refermer les fen tres Array View et Capillary View Ne pas laisser ces pages ouvertes pendant une p riode prolong e lors d une s rie Cela risquerait d entra ner des probl mes de mise jour irr cup rables sur l cran Affichage des donn es de Affichage de l lectroph rogramme couleur capillaires brut pour le capillaire choisi Pa 3100 Data Collection Software x Fie Yiew Instrument Tools Service Help a Helin e2 Plate View Run View Status View Array View Capillary View 26 7 mr 27 4 278 Intensity vs Run Time mins 720 1440 1260 540 1080 900 360 720 540 180 360 180 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 2 40 0 Ss 10 1214165 Capitan Number 8 Intensity vs Spectral Bin Intensity vs Cap Number Utiliser cette zone de d filement pour afficher les donn es bloc par bloc Capillaire choisi pour s afficher dans le graphique central Affichage et analyse des donn es 3 3 Pour afficher les r sultats d une s rie termin e suite Etape Action 5 Une autre solution pour afficher l lectroph rogramme de plusieurs capillaires a la fois consiste a cliquer sur l onglet Capillary View pour afficher la page de ce nom IMPORTANT Toujours refermer les fen tres Array View et Capillary Vie
85. s risquent d tre endommag es si le clip de maintien et les trous du tapis de bouchons ne sont pas correctement align s Les trous du clip de maintien doivent s aligner avec ceux du tapis de bouchons 2 8 Ex cution d une analyse de s quen age V rification et remplissage des liquides Ajout ou D terminer si le polym re doit tre ajout ou chang sur l instrument avant de changement du proc der la pr paration de l instrument polym re Si le polymere sur l instrument Procedure a moins d une semaine et V rifier l absence de bulles d air et proc der la l r paration de l instrument dispose d une quantit suffisante prep pour terminer les s ries d analyse Remarque Pour liminer les bulles d air se reporter a la page 5 4 a plus d une semaine ou Remplir les seringues et le bloc polym re sup rieur de polym re conform ment l assistant de changement du polym re Pour plus de d tails se reporter la page 5 10 Aal 3100 Data Collection Software File wiew Instrument Bie Service Help AE le r Flate Editor Module Editor Plate View Run wiew Change Polymer Wizard Instrument Condition Install Capillary Array Wizard Autosampler Calibration Wizard Perform Spatial Calibration Display Spatial Calibration dispose d une quantit insuffisante pour terminer les s ries d analyse Display Spectral Calibration D
86. s sur l instrument 5 10 Avant d installer une barrette capillaire pr c demment utilis e 5 11 Installation et retrait de la barrette capillaire 5 12 Stockage d une barrette capillaire 5 13 Arr t de l instrument 5 14 Entretien de l instrument 5 1 Listes des travaux de maintenance Pr sentation Cette section indique la liste des travaux d entretien courants exig s pour le bon fonctionnement de l analyseur g n tique 3100 Les t ches sont agenc es sur la liste en fonction de la fr quence de leur ex cution T ches journali res Effectuer ces t ches au moins une fois par jour T che de maintenance Fr quence Voir V rifier si les bandes de bouchons de r servoir sont bien Avant chaque en place et plat s rie V rifier si les ensembles plaques sont correctement Avant chaque page 2 7 mont s s rie IMPORTANT Les trous dans le clip de maintien de la plaque doivent s aligner avec ceux des bandes de bouchons pour ne pas endommager les pointes capillaires V rifier si les ensembles plaques sont correctement Avant chaque positionn s sur la platine Les plaques doivent s ajuster s rie de fa on serr e sur la platine IMPORTANT Ne jamais utiliser de plaques fauss es Remplir les r servoirs d eau et de tampon 1X 3100 sur Quotidien ou page 2 9 l instrument avant chaque s rie V rifier l absence de bulles dans les canaux des blocs Quotidien ou p
87. systems utiliser les num ros de telephone ou de t l copie fournis ci dessous Pour un appel de service li d autres besoins techniques ou en cas d urgence composer le 1 800 831 6844 et appuyer sur 1 Produit ou Type de produit Par telephone Composer Par telecopie Composer Analyseur d ADN 3700 ABI PRISM 1 800 831 6844 1 650 638 5981 et appuyer sur 8 Synth se d ADN 1 800 831 6844 1 650 638 5981 et appuyer sur 21 Introduction 1 3 1 4 Introduction Produit ou Type de produit Par telephone Composer Par telecopie Composer S quencage d ADN fluorescent 1 800 831 6844 et appuyer sur 22 1 650 638 5981 Analyse de fragments fluorescents incluant les applications de GeneScan 1 800 831 6844 et appuyer sur 23 1 650 638 5981 Cyclages thermiques int gr s Instruments ABI PRISM 877 et Catalyst 800 1 800 831 6844 et appuyer sur 24 1 650 638 5981 Analyseur g n tique 3100 ABI PRISM 1 800 831 6844 et appuyer sur 26 1 650 638 5981 Biolnformatique incluant les applications BioLIMS BioMerge et SQL GT 1 800 831 6844 et appuyer sur 25 1 505 982 7690 Synth se peptidique syst mes 433 et 43X 1 800 831 6844 et appuyer sur 31 1 650 638 5981 Sequencage des prot ines Systemes de s quencage de prot ines Procise 1 800 831 6844 et appuyer sur 32 1 650 638 5981 D tecti
88. teur des fiches signaletiques des certificats d analyse Applied Biosystems et d autres documents apparent s 24 heures sur 24 Les utilisateurs peuvent en outre telecharger des documents en format PDF a partir du site Web Applied Biosystems lire la section Pour obtenir des documents sur demande apres les informations telephoniques ci dessous Contacter le support technique par courrier lectronique pour obtenir de l aide sur les produits suivants Type de produit Adresse email Analyse g n tique s quen age d ADN galab appliedbiosystems com Syst mes de d tection s quentielle et ACP PCR pcrlab appliedbiosystems com S quen age de prot ines corelab appliedbiosystems com Synth se d ADN et de peptides Biochromatographie syst mes de synth se peptidique de PNA et d ADN PerSeptive spectrom tres de masse CytoFluor FMAT Voyager et Mariner tsupport appliedbiosystems com Applied Biosystems MDS Sciex support sciex com Chimioluminescence Tropix tropix appliedbiosystems com Le support technique est accessible au Canada et aux Etats Unis aux heures suivantes Produit Heures Chimioluminescence de 8h 30 17 h 30 Heure de l Est Support Framingham de 08 h 00 a 18 h 00 Heure de l Est Tous les autres produits de 05 h 30 17 h 00 Heure du Pacifique En Am rique du Nord Pour contacter le support technique de Applied Bio
89. tome ine i eee er AS ees 2 19 D marrage et surveillance de la S miGs reenn Roe eh ap dw eme de oP ON ae eee ead 2 23 Arr t d une s rie et r cup ration des donn es 2 24 Affichage modification ou cr ation d un module d lectrophor se 2 25 Affichage et modification d un module d analyse 2 27 3 Affichage et analyse des donn es Presentation SERRE en nee men DAS EOE toy ae Ee EN nent 3 1 Affichage des donn es brutes d une s rie termin e dans le logiciel de collecte des donn es 3 2 Affichage des donn es analys es sisi titane lame hide han 3 5 Analyse ou r analyse des donn es ss ans sans da head ed dod and en SEE Oe RA OR Rad eR ees 3 11 Calibrations spatiale et spectrale Presentation HS Gees teats Ree Rea ee eee wee ade eae ee Ae Cees tee ee ee 4 Ex cution d une calibration spatiale 4 2 Ex cution d une calibration spectrale 4 6 5 Entretien de instrument PYCSEMLAUION eiai ee dde ne due aie ae ee be r p e ae ea 5 1 List s des travaux de maimtenance scrii carsten tiria EE bowed Meee ete ANS 5 2 Elimination des bulles d air du bloc polym re sup rieur 5 4 V rification de l espace disque disponible 4 sida us sens rende sde a ore aden 5 5 Nettoyage et inspection des Seringues 14 ss purhat eek
90. trale il est de bonne pratique de v rifier la de calibration qualit des donn es spectrales pour chaque capillaire de fluorophores E Pour afficher le profil de calibration spectrale m moris pour un jeu de fluorophores Etape Action 1 A partir du menu Tools Outils selectionner Display Spectral Calibration Afficher la calibration spectrale El 3100 Data Collection Software Yersion 1 0 1 File wiew Instrument Wiks Service Help fe E Flate Editor Module Editor Change Polymer Wizard Install Capillary Array Wizard Autozampler Calibration Wizard Perform Spatial Calibration Display Spatial Calibration Display Spectral Calibration La bo te de dialogue Question s ouvre E Question 2 Display matrices trom Dye set Previous run Cancel Cliquer sur Dye Set Jeu de fluorophores Cela ouvre la boite de dialogue Select the source to display Choisir la source a afficher fe Select the source to display Liste ES d roulante des jeux de ole Besa fluorophores Calibrations spatiale et spectrale Pour afficher le profil de calibration spectrale m moris pour un jeu de fluorophores suite Etape Action 3 S lectionner le jeu de fluorophores E et cliquer sur OK La fen tre Matrices for dye set E Matrice du jeu de fluorophores E s ouvre E Matrices for dye set E Pe mp 0 5 C
91. ts Quand faut il ex cuter une calibration spectrale Pr paration du standard de matrice pour les matrices du jeu de fluorophores E d finition des normes lancement de la calibration spectrale verification de la calibration spectrale Remarque Cette section explique la calibration spectrale pour le jeu de fluorophores E en utilisant le jeu de standards de matrice DS 01 Pour obtenir des d tails sur la calibration spectrale pour un autre jeu de fluorophores se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM La calibration spectrale permet de cr er une matrice afin de corriger le chevauchement spectral des emissions de fluorescence des fluorophores L application de cette matrice aux donn es brutes est le processus multicomposant Pour une explication plus detaillee de la calibration spectrale se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM Une calibration spectrale doit tre effectue chaque fois qu un nouveau jeu de fluorophores est utilis sur l instrument apres le r alignement du laser ou de la cam ra CCD par l ing nieur de service quand on constate une diminution de la s paration spectrale pics vers le haut et ou vers le bas apparaissant dans les autres couleurs sous un pic donn par exemple un pic de vert apparaissant syst matiquement sous un pic bleu avec le m me ratio entre eux Pour pr parer les standards de matrice pour
92. une p riode prolong e nous recommandons de remplir les capillaires de polym re frais Stockage de la IMPORTANT Ne pas laisser les capillaires de la barrette s cher s ils doivent tre r utilis s barrette capillaire Stocker la barrette capillaire en pla ant les deux extr mit s dans le tampon 1X hors de l instrument Pour stocker la barrette capillaire hors de l instrument Etape Action 1 Remplir la barrette capillaire de polym re frais en utilisant l assistant de changement du polym re 2 Enlever la protection de la seringue Enlever les deux seringues du bloc polym re sup rieur et mettre au rebut le polym re restant de la fa on appropri e 4 Laver les seringues Enlever la barrette capillaire de l instrument en utilisant l assistant d installation et de changement de la barrette capillaire Pour plus de d tails se reporter la section Installation et retrait de la barrette capillaire la page 5 12 6 Replacer le couvercle sur la cellule de d tection 7 Remplir un r servoir de tampon 1X et recouvrir l aide d une bandede bouchons Introduire les pointes capillaires dans le tampon 8 Remplir un tube conique de 1 5 ml d eau d sionis e et ins rer le c t d tection de la barrette capillaire 9 Envelopper le tube d une pellicule pour laboratoire Parafilm par exemple pour emp cher l vaporation 10 Ranger la barrette capillaire la vertical
93. ur la protection de son utilisateur cette protection risque d tre entrav e si l instrument n est pas utilis correctement Une bonne utilisation de l ordinateur emp che les effets li s au stress tels que la fatigue les douleurs et les tensions Pour r duire ces effets au minimum au niveau du dos des jambes des yeux et des extr mit s de la partie sup rieure du corps cou paule bras poignets mains et doigts la station de travail doit tre agenc e de fa on promouvoir des postures de travail neutres ou d tendues Cela signifie galement que le travail doit s effectuer dans un environnement o le chauffage la climatisation la ventilation et l clairage sont correctement r gl s Lire les directives suivantes DANGERS LIES A L APPAREIL SQUELETTO MUSCULAIRE ET A LA GESTUELLE ARTICULAIRE Ces dangers sont provoqu s par les facteurs de risque potentiels suivants qui incluent sans s y limiter la gestuelle articulaire r p t e les positions maladroites les efforts trop pouss s le maintien de postures statiques contraignantes la pression de contact et d autres facteurs li s l environnement des stations de travail Utiliser une position assise procurant une combinaison optimale de confort d accessibilit au clavier et d absence de pressions et de stress facteurs de fatigue La masse du poids du corps doit tre support e au niveau des fesses et non pas des cuisses Les pieds doivent tre
94. ur lier une plaque a un enregistrement suite Etape Action 3 V rifier que la plaque a bien t li e Une fois cela v rifi Le bouton Run Instrument Lancer l instrument sur la barre d outils est activ ce qui signifie que l instrument est pr t fonctionner Le t moin de positionnement pour la plaque li e devient vert L enregistrement de plaque passe du tableau Pending Plate Records au tableau des Linked Plate Records Enregistrements des plaques li es Le bouton de lancement de instrument est activ 31 00 Data Collection Software Version 1 0 1 Le t moin de positionnement de plaque est vert File View Instrument Toos Service Helg QE S gt Lule Er Plate View Run view Status View Array view Capillary View Pending Plate Records Plate Name Application Wiells Status 082030 GS 96 pending 0824 crosstak GS 96 pending 0827 GS 96 pending A nae GS 9A pending El 08299m GS 96 pending ig 50B038 34 spe Spectral 96 pending E Linked Plate Records Fate Name Application Wells Statt s a A my_flate_record SQ 96 pending E Processed Plat Records E Plate Name Application Wells Status E 061430 SS 96 processed i A 0815 GS 96 processed E 081730 GS 96 processed 081830 GS 96 processed 081930 GS 96 processed 08209m proccsscd gt cs 96 us me ven Place 4 plate Into plate position B L enregistrement de plaque est dans le tableau des
95. ur ouvrir la bo te de dialogue Printing Options Options d impression b V rifier les pr sentations imprimer c Cliquer sur OK af Printing options Print these Annotation Sequence Feature Table W Electropherogram Raw Data m Allow for 3 hole punch Cancel Une autre solution consiste imprimer plusieurs fichiers chantillon en m me temps en cochant la case d impression qui leur est associ e et en cliquant sur le bouton Start D marrer AlFIF ojoje 3 10 Affichage et analyse des donn es Analyse ou r analyse des donn es Introduction Quand faut il analyser les donn es avec le logiciel d analyse du s quencage Le fichier chantillon ne contiendra pas de donn es analys es si aucun module d analyse n est sp cifi lors de la configuration de l enregistrement de plaque Voir tape 6 la page 2 17 la case AutoAnalysis On Analyse automatique active n est pas coch e sur la bo te de dialogue des pr f rences Voir la page 2 6 Si le fichier chantillon ne contient pas de donn es analys es il doit tre analys selon la proc dure suivante Quand faut il r analyser les donn es avec le logiciel d analyse du s quen age Les param tres d analyse utilis s par l Analyseur automatique sont d termin s par les fichiers du module d analyse de s quen age Ces fichiers de module ont l extension saz L op rateur doit reanalyser les fichie
96. w Ne pas laisser ces pages ouvertes pendant une p riode prolong e lors d une s rie Cela risquerait d entrainer des probl mes de mise jour irr cup rables sur l cran Laisser la fen tre Status View Fen tre d tat ouverte File View Instrument Tools Service Help QE ele Plate View Run View Status view Array view Capilary View Cocher les 1 5 Select EE a a display V lv v M I cases des capillaires 25 3 26 7 27 1 27 4 Intensity vs Run Time mins l 400 26 7 27 1 27 4 Intensity vs Run Time mins 26 7 271 27 4 Intensity vs Run Time mins Ba nn nan i 400 26 7 27 1 27 4 Intensity vs Run Time mins El gt l 3 4 Affichage et analyse des donn es Affichage des donn es analys es Introduction Une fois les donn es de s rie extraites vers les fichiers chantillon le logiciel d analyse du sequencage d ADN ABI PRISMS permet d afficher les donn es brutes et analys es de l lectroph rogramme Emplacement des fichiers chantillon Dossier de s rie Nom par d faut Se reporter au Manuel d utilisation du logiciel d analyse du s quen age d ADN ABI PRISM Ref n 4308924 pour plus de d tails sur l affichage et sur l analyse des r sultats du s quen age Quand la s rie est termin e les fichiers chantillon analys s sont extraits dans un dossier d exploitation ainsi que le journal de la s rie dans le r pertoire suivant D AppliedBi
97. x cution d une analyse de s quen age Cr ation d un enregistrement de plaque A propos des enregistrements de plaque Cr ation d un enregistrement de plaque avec l Editeur de plaque Saisie des enregistrements de plaque Les enregistrements de plaque m morisent dans les tableaux de base de donn es de instrument des informations sur les plaques et sur les chantillons qu elles contiennent Remarque Les enregistrements de plaque sont similaires aux feuilles d chantillonnage ou aux listes d injections utilis es avec d autres instruments ABI PRISM Observer les deux proc dures suivantes pour cr er un enregistrement de plaque l aide de Plate Editor Se reporter au Manuel d utilisation de l analyseur g n tique 3100 ABI PRISM R f n 4315834 pour cr er des enregistrements de plaque selon d autres m thodes et importer et exporter les enregistrements de plaque Remarque On ne peut pas cr er d enregistrement de plaque tant qu une analyse est en cours Pour saisir les informations des enregistrements de plaque Etape Action 1 Cliquer sur l onglet Plate View Fen tre de plaque de la fen tre 3100 Data Collection Software pour passer a la page Plate View Onglet de Plate View Run ie Status View Array View Capillary wiew ce ee 2 Cliquer sur le bouton de l Editeur de plaque sur la barre d outils La boite de dialogue Plate Editor apparait Plate Editor x

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